text: Cas9 iki bölgədən ibarətdir, RNT α-spiral bölgə (mavi) və endonükleaz bölgəsi (göy, narıncı, boz) arasında yerləşmişdir. İki sahə spiral ilə bağlanır. Nukleaza bölgəsində iki endonükleaz protein domeni var , RuvC (boz) və HNH nukleazı (siyan). HNH nukleazı crRNA- ya bağlı DNT zəncirini kəsir , RuvC isə əks ipi kəsir. Kəsiləcək DNT üç NGG nukleotidindən və PAM ilə qarşılıqlı təsir domenindən ibarət olan protospacer bitişik motivi (PAM) ehtiva etməlidir.Cas9- un C terminalına bağlıdır (PI domeni, narıncı). Cas9 üç fərqli quruluşa malikdir , bağlanmamış, RNT ilə əlaqəli və RNT və DNT ilə bağlıdır.