text: 1497-1498-ci illərdə İstanbulun türklər tərəfindən alınmasından az sonra II.Bayazid dövründə binanın Cənub kilsəsi adlanan hissəsini Molla Fənarinin qardaşı oğlu Rumeli kadısı Fənarizadə Əlaəddin Əli bin Yusif Əfəndi məscidə çevirdi. Binanın cənub-şərq hissəsinə minarə əlavə edilmişdir. Yarım günbəzlərdən biri mehraba çevrilmişdir. Məscid mədrəsənin baş xətiblərindən İsa Əfəndinin adını daşıyır. 1633-cü ildə baş verən yanğın nəticəsində ciddi ziyan görən və yararsız hala düşən məscidi 1636-cı ildə vəzir Bayram paşa təmir etdirib. Eyni dövrdə bina məscidə, Şimal kilsəsi isə lojaya çevrilmişdir. Sütunlar dayaqlarla dəstəklənirdi. Onun iki günbəzi yenidən qurulmuş və divarlardakı mozaikalar çıxarılmışdır. 1782-ci ildə baş verən başqa bir yanğın da strukturu zədələdi. Bundan sonra onun ilk əsaslı təmiri yalnız 1847-1848-ci illərdə baş verdi. Bu təmirdə Cənub kilsəsinin sütunları dəstəklənərək narteksdə məhəccər funksiyasını yerinə yetirən yarımdivarlar götürülüb. Bina 1918-ci ildə yenidən yanğına məruz qalmış və təxliyə edilmiş və istifadəsiz qalmışdır. Respublika elan edildikdən sonra 1929-cu ildə aparılan qazıntılar zamanı 22 sarkofaq aşkar edilmişdir. Struktur 1970 və 1980-ci illərdə Amerika Bizans Cəmiyyəti tərəfindən geniş təmirə məruz qalmışdır. Bu gün də məscid kimi fəaliyyət göstərir.