text: Cas9 crRNT-nin kök-döngü ikincil strukturunu bağlayır . Cas9, crRNA və tracrRNA kompleksi hədəf DNT-yə bağlanır və hər iki DNT zəncirini kəsir. İki RNT bölmələrdə öz-özünə hibridləşən tək zəncirdə də yerləşə bilər ( tək rəhbər RNT , sgRNA). DNT-ni bağlayan sahə ( tanıma sahəsi , REC) və endonükleaza sahəsi (NUC) məkan olaraq ayrılmışdır. HNH domeni zülalın qalan hissəsi ilə çevik şəkildə əlaqəli olduğundan, Cas9 zülal kristalında görünmür . Cas9 kofaktor kimi manqan ionlarından istifadə edir .