public int @NotNull [] remove(@NotNull List<Pair<VirtualFile, Integer>> files) {
      List<Integer> toRemove = new ArrayList<>();
      for (Pair<VirtualFile, Integer> e : files) {
        if (myAdded.contains(e.first)) {
          toRemove.add(e.second);
          myAdded.remove(e.first);
          myUserAddedToRemove.add(e.first);
        }
        else if (myExcluded.contains(e.first)) {
          myExcluded.remove(e.first);
        }
        else {
          myExcluded.add(e.first);
        }
      }
      return ArrayUtil.toIntArray(toRemove);
    }
public int @NotNull [] remove(@NotNull List<Pair<VirtualFile, Integer>> files)