# Proteomics/Post-translational Modification

\_\_NOEDITSECTION\_\_ \_\_NOTOC\_\_

### `<font size=1 color=dimgray>`{=html}Presentation`</font>`{=html}

```{=html}
<table height=1 border=1 style="border-collapse:collapse; border-color:LightSkyBlue; background-color:AliceBlue;" width="100%">
```
```{=html}
<tr>
```
```{=html}
<td align=left>
```
```{=html}
<table width="100%" align=left>
```
```{=html}
<tr>
```
```{=html}
<td>
```
!Protein Primary
Structure{width=""
height="40"}

```{=html}
</td>
```
```{=html}
<td>
```
![](Gohome.png "Gohome.png"){width="" height="40"}

```{=html}
</td>
```
```{=html}
<td nowrap>
```
`<font size=6 color=teal>`{=html}`</font>`{=html}

```{=html}
</td>
```
```{=html}
<td>
```
!Protein - Protein
Interactions{width=""
height="40"}

```{=html}
</td>
```
```{=html}
<td>
```
!List of Topics{width=""
height="40"}

```{=html}
</td>
```
```{=html}
<td width="99%">
```
 

```{=html}
</td>
```
```{=html}
<td>
```
```{=html}
<td>
```
!Protein - Protein
Interactions{width=""
height="40"}

```{=html}
</td>
```
```{=html}
</td>
```
```{=html}
</tr>
```
```{=html}
</table>
```
```{=html}
</td>
```
```{=html}
</tr>
```
```{=html}
</table>
```
 

## Introduction

I. Definition

`    A. Spontaneous or enzymatic alteration to one or more of a protein's amino acids`\
`    B. Most often manifests as an addition or deletion to a side-chain`\
`    C. Can occur at any point during or following full translation of a protein`\
`    D. Often drastically effects overall structure and function of protein and associated complexes`\
`    E. Are highly conserved among all living organisms`

II\. Types of modifications

`    A. Acetylation`\
`    B. Amidation/Deamidation`\
`    C. Glycosylation`\
`    D. Oxidation`\
`         i. S-Glutathionylation`\
`         ii. S-Nitrosylation`\
`    E. Phosphorylation`\
`         i. Histidine`\
`         ii. Serine`\
`         iii. Theronine`\
`         iv. Tyrosine`\
`    F. Proteolysis`\
`    G. Ubiquitinylation/SUMOylation`\
`    H. Others?`

III\. Manipulating in-vivo modifications

`    A. Modifications can be prevented or induced in organism, tissue, and cell based model systems`\
`    B. May allow for the detection of target proteins or dissection of related processes and pathways`\
`    C. Exogenous introduction of stimuli`\
`         i. endocrine/paracrine signals (aka hormones)`\
`         ii. environmental (temp, UV, heavy-metals, peroxide, etc.)`\
`         iii. antigens (virus, bacteria, allergens, lysates, etc.)`\
`         iv. chemical/medicinal activators and inhibitors`\
`    D. Genetic Approaches`\
`         i. deletion, mutation, or reorganization of genetic elements (enhancers, promoters, genes, etc.)`\
`         ii. gene inactivation or silencing by nucleic acid hybridization`\
`         iii. transgenics (tansformations and transfections)`\
`    E. Advantages and Draw-backs`\
`         i. Qualitative but often hard to quantify`\
`         ii. Often expolaratory in nature (observe and report)`\
`         iii. Often very large scale in terms of available data`

IV\. In vitro reconstitution strategies

`    A. Often provide a more quantitative, in depth analysis of a particular post-translational modification`\
`    B. The protein in question is added to a reaction with the appropriate reagents and/or enzymes`\
`    C. Reactions can be followed in real-time more readily`

V. Methods of detection

`    A. Most commonly used detection method of known modifications is through immuno/Western blotting`\
`    B. Unexpected or novel modifications can be detected with a variety of analytical techniques, most notably mass spectrometry`\
`    C. The best specific method of detection depends on many factors including the stability, frequency, and scale of the modification(s)`\
`    D. In practice ease and cost dictate which methods are used first while the more exhaustive, cumbersome, or expensive methods follow as needed`

