El dato más comúnmente usado para estudiar la relación filogenética entre las bacterias es:
La composición en citosina-guanina de sus DNA.
El grado de hibridación DNA-DNA.
La secuencia de aminoácidos de las proteínas ribosomales.
La secuencia de nucleótidos de los RNA ribosómicos 16S.
La composición de la pared celular.