Planer för Ysgol y Berwyn-anläggningen godkändes ursprungligen 2015, och campuset skulle öppnas 2018.
Men en petition krävde en översyn av förslag som skulle se kyrkan äga byggnaderna.
På tisdagen gick Gwynedds kabinett med på att rådgöra om skolans kyrkliga status.
St Asafs stift sade att det var "nedsatt men inte förvånad" av beslutet, och anklagade rådet för att göra "en fullständig röra av detta projekt".
"Den grundläggande frågan här är att Cyngor Gwynedd (rådet) har dragit tillbaka sitt stöd för detta projekt och som ett resultat har avsiktligt destabiliserat partnerskapet", sade kyrkan i ett uttalande.
De ursprungliga planerna skulle ha sett sammanslagningen av Ysgol Bro Tegid och Ysgol Beuno Sant, en kyrka i Wales skola, med sekundär Ysgol y Berwyn.
Men efter uppmaningar om att platsen ska utses till ett gemensamt campus - snarare än en kyrka skola - har rådets kabinett gått med på ett nytt formellt samråd.
"Tyvärr, efter en lång period av samarbete med kyrkan i Wales, har den senaste utvecklingen orsakat stor oro bland guvernörer och medlemmar i det lokala samhället och utgör en betydande risk för skolans framgång," sade kabinettets utbildningsmedlem, Gareth Thomas.
"Som ett resultat av detta har regeringen beslutat att stödja rekommendationen att hålla ett formellt samråd med guvernörerna om möjligheten att överge det befintliga förslaget."
I sitt uttalande sade kyrkan att den kände att rådet "nu har ett ansvar gentemot samhället, barnen och stiftet att hitta en väg framåt som utvecklar samhälls- och kyrkoundervisning".
Kyrkans tjänstemän sade att de hoppades att rådet skulle kontakta dem om utvecklingen "som en brådskande fråga".
Gwynedds ledning har blivit beskjuten av kyrkan i Wales i en rad över framtiden för planer för ett nytt 10 miljoner pund skolcampus som betjänar Balaområdet.