Planet flög över Amanosbergen i den södra provinsen Osmaniye på måndagen när det förlorade radiokontakten, sade Anatolia nyhetsbyrån.
Piloten skickade ett meddelande som sa "Jag hoppar" innan kontakten försvann.
Räddare hittade hans kropp nära vraket på flygplanet.
Osmaniye guvernör Celalettin Cerrah hade tidigare meddelat att ett cockpit fönster och några andra delar av flygplanet hade hittats i Caksir området.
Jetplanet, som är baserat på 5:e Jet Command i norra provinsen Amasya, hade genomfört en operativ flygning.
Den turkiska militären sade att den hade förlorat kontakten med flygplanet vid 14:15 lokal tid (11:15 GMT).
Människor som bodde runt byn Yarpuz, omkring 25 km norr om den syriska gränsen, sade att de hade hört en hög smäll som en explosion, enligt lokala medier
Ett turkiskt stridsflygplan sköts ned av Syrien över Medelhavet i juni 2012, efter att syriska styrkor sagt att det hade kommit in i landets luftrum.
Det var inte omedelbart klart vad som orsakade måndagens krasch.
Piloten på ett turkiskt F-16-plan har hittats död efter att flygplanet kraschat nära Turkiets gräns mot Syrien, enligt rapporter.