Sheikh Obeikan, som var rådgivare åt det kungliga kabinettet, motsatte sig åtgärder för att minska könssegregationen.
Uppsägningen kommer kort efter Sheikh Obeikan attackerade planer av "influentiella människor till korrupt Muselman samhälle genom att försöka ändra den naturliga statusen av kvinnor".
De saudiska myndigheterna angav inte någon anledning till Sheikh Obeikans avresa.
Hans senaste kommentarer togs som ett angrepp på trevande steg mot att lätta på vissa strängare tolkningar av saudisk lag.
Kung Abdullah har lovat kvinnor rätten att rösta i kommande val, har öppnat landets första sampedagogiska universitet och infört åtgärder mot våld i hemmet.
Chefen för Saudiarabiens religiösa polis, "mutawa", ersattes också i januari, med det nya huvudet allmänt sett mer moderat än hans föregångare.
Sheikh Obeikan uppnådde en grad av rykte för flera år sedan med ett dekret som antyder att icke-närstående saudiska män och kvinnor kunde blanda så länge mannen drack kvinnans bröstmjölk, vilket skapade ett maternell band mellan dem.
Den saudiske kungen Abdullah har sparkat en av sina mest hårda rådgivare, Sheikh Abdelmohsen al-Obeikan.