Defender Ofuso Appiah klappade till 22-åringen i slutskedet av Europa League-kvalificeringen.
Det lämnade en sur lapp på en eftermiddag när Hearts vann 6-3 på aggregerat.
"Jag var verkligen besviken på det och jag tror domaren fick gjort," Neilson berättade BBC Skottland.
"Jack har bollen i sina händer och pojken kommer in och krossar honom sedan går ner och spelar död så han inte blir bokad.
"Dessa utmaningar bör inte tillåtas i fotboll. Det var inte acceptabelt idag."
Callum Paterson och Igor Rossi hade Hjärtan 2-0 framåt inom öppningen åtta minuter innan Alim Ozturk gjorde det tre.
Ozturk skar sedan in i sitt eget nät, men Rossi återställde snart Hearts tre mål före en strejk från Vladimir Voskoboinikov.
Hjärtan kommer nu att möta Birkirkara av Malta nästa vecka i den andra kvalomgången.
"Vi visade en riktig skärpa i första halvlek, något vi missade förra veckan fitness visa," sade Neilson.
"Vi trött runt 60: e minuten, men förhoppningsvis detta spel har hjälpt oss och vi kan få rustad upp för Malta nästa vecka.
"Vi visste att vi kunde komma åt dem. Spelarnas arbetstakt var fantastisk.
"Att ha en sådan hård match förra veckan med förväntningar på det och sedan komma hit ikväll och gå och uppträda så där var bra.
"Vi är fortfarande i försäsongen. I allmänhet är det sex veckor och vi är bara tre veckor på."
Neilson varnade för att Birkirkara inte kommer att vara en walkover och pekade på dem att ta West Ham United till straff i förra säsongens Europa League kval.
"De är ett bra lag, de är ett mycket bra team," förklarade han. "Du tror att när du ska till Malta med ett skotskt lag bör du vinna, men de har investerat en hel del pengar, de hade ett bra resultat förra året mot West Ham, de har några riktiga kvalitet spelare."
Hearts huvudtränare Robbie Neilson märkte en utmaning på Jack Hamilton oacceptabel efter att den unge målvakten lämnades behöver stygn efter 4-2 seger över Infonet Tallinn.