I maj lovade Joyce att anmäla en man som slog honom med en paj över sitt stöd för samkönade äktenskap, vilket inte är lagligt i Australien.
Joyce har också kritiserats av vissa politiker som säger att han inte bör inta en politisk ståndpunkt på flygbolagets vägnar.
Han sade dock att hans företag "skulle vara aktivt där ute" i kampanjen.
"Jag anser att vi måste gå bakom den och se till att vi har en ja-röst, och jag kommer säkert att vara där ute och kämpa för en ja-röst", sade han.
"Vi anser att de sociala frågorna är mycket viktiga för alla dina [företags] intressenter och är mycket viktiga för detta land."
Australier kommer att tillfrågas sina åsikter om samkönade äktenskap genom en frivillig, icke-bindande omröstning som börjar nästa månad.
Om den visar stöd för att ändra Australiens äktenskapslag, förväntas det att en omröstning i parlamentet kommer att följa. Parlamentsledamöterna skulle dock inte vara tvungna att rösta i linje med allmänheten.
Mr Joyce var en av 20 företagsledare som undertecknade en petition i mars där premiärminister Malcolm Turnbull uppmanades att legalisera samkönade äktenskap.
Det ledde till kritik av invandringsminister Peter Dutton, som sade att det var "oacceptabelt att människor skulle använda företag och pengar från börsnoterade företag för att kasta sin vikt runt".
"Om Alan Joyce och någon annan VD vill kampanja om detta eller någon annan fråga i sin egen tid och på egen hand, lycka till dem," Mr Dutton sade på den tiden.
Två månader senare höll mr Joyce ett tal i Perth när en inkräktare knuffade honom i ansiktet med en marängpaj.
"Från min läsning, det verkar som Alan Joyce är mycket en del av ett nätverk som försöker omkullkasta den federala parlamentariska processen kring frågan om äktenskap jämställdhet," inkräktaren, Tony Overheu, berättade Australian Broadcasting Corp.
Joyce sade senare att han skulle väcka åtal mot Overheu.
Undersökningar under de senaste åren har visat att en majoritet av australiensarna stöder samkönade äktenskap.
Qantas verkställande direktör Alan Joyce har uppmanat australiensarna att stödja samkönade äktenskap i en hotande poströst.