Confederation of African Football (Caf) slog fast att de fem spelarna alla deltog i den första omgången första benet i Sudan den 3 april.
Cafs regler anger att endast spelare som är födda efter den 1 januari 1997 är berättigade att delta i kvalificeringarna.
Sudan kvalificerar sig automatiskt för den andra omgången när de försöker nå finalen i Zambia nästa år.
Beslutet kan överklagas till Cafs överklagandenämnd inom tre dagar från delgivningen.
Kenya har sparkats ut av 2017 Under-20 Africa Cup of Nations kvalificerar sig för att använda overage spelare.