Mercedeschauffören gjorde ett sensationellt varv för att slå titel rivalen Sebastian Vettel av Ferrari, som var på topp form själv, med 0.242 sekunder.
Hamilton var 0,541seks före lagkamraten Valtteri Bottas, som var tredje före Kimi Raikkonens Ferrari.
Max Verstappen ledde lagkamrat Daniel Ricciardo till en all-Red Bull tredje raden.
Nyckeln till Hamiltons stolpe var utan tvekan en häpnadsväckande insats genom mitten av knät på den krävande Spa-Francorchamps banan i Ardennes bergen.
Ferrari hade varit snabbare än Mercedes genom sektor två under helgen men Hamilton drog något ur väskan på sin sista körning för att sätta takten där med 0.2seks.
Efteråt, F1 sport boss Ross Brawn levererat ett meddelande från Schumachers familj. Brawn sa: "Hans fru Corinna sa att Michael alltid trodde att skivor var där för att brytas, och de vill ge sina gratulationer."
Schumacher har inte setts offentligt sedan skidolyckan 2013 som lämnade honom med svåra huvudskador och i koma under några månader. Hans familj har konsekvent sagt att hans tillfrisknande kommer att bli långt och svårt och har inte gett några andra nyheter om hans tillstånd.
"Det är en speciell dag", sade Hamilton. "Jag visste att det var vid horisonten och visste att jag skulle få 68:e stolpen, men jag har inte tänkt på det så mycket.
"Men nu när vi är där är det en ovanlig plats att vara på. Jag minns att jag kom hit 1996, min första Grand Prix, och såg Michael komma förbi och motorn vibrerade min bröstkorg och det var då min kärlek för sporten tog ett annat steg.
"Och jag har nu jämnat honom på pålar och det är mycket surrealistiskt. Det är en ödmjuk upplevelse att veta att Michael är en sådan legend. Det är en otrolig bedrift han uppnått och jag är mycket stolt över att vara där uppe med honom.
"Att kunna sätta ihop ett knä som det är en dröm. Jag har världens bästa jobb. Det är ett nöje att vara här.
"För att höra meddelandet Ross just gav, måste jag säga ett stort tack. Jag följde efter Michael och tävlade mot honom och beundrade honom alltid. Mina böner är för honom och familjen och han kommer alltid att vara en av de största genom tiderna."
Lika bra som Hamiltons knä var, så var Vettels lika imponerande.
Tyskan hade kämpat för tempot under en stor del av helgen jämfört med lagkamrat Kimi Raikkonen och var en halv sekund ner på Hamilton efter de första körningarna i topp-10 shootout.
När Hamilton minskade sin egen tid med ytterligare 0,354seks på sin sista körning och Bottas dök upp på andra plats framför Raikkonen, verkade Vettel ha problem.
Men han producerade sin egen mega-lap för att gå med Hamilton på första raden.
"Det var rätt varv vid rätt tidpunkt," Vettel sade, tillade att han hade fått hjälp av en slipstream från Raikkonen i den sista sektorn, där den tyska satte den snabbaste tiden av alla i en del av banan där Mercedes har dominerat hela helgen.
Scenen är därför inställd på en titanisk strid mellan de två titel rivaler i loppet, som Vettel startar 14 poäng före Hamilton.
Bakom Red Bulls var Renaults Nico Hulkenberg sjunde, en plats som verkade ockuperad av hans lagkamrat Jolyon Palmer.
Engelsmannen, som har haft en svår start på säsongen, hade kanten på Hulkenberg hela dagen och var sjunde i den andra delen av kvalet.
Men han led av en förlust av växellådsoljetryck på hans out-lap i början av Q3 och drog ur spåret i ett moln av rök.
Palmer börjar därmed 10:e, som den sista Q3-löparen, bakom Force Indias i Sergio Perez och Esteban Ocon.
McLaren's Fernando Alonso var 11:e, klagande en förlust av makt i sitt sista varv i Q2.
McLaren hade använt team-mate Stoffel Vandoorne, som har en 60-plats rutnät straff för motor-och växellåda överträdelser, att 'tow' Alonso för att försöka kompensera för Honda motorer brist på kraft på båda hans körningar.
Alonso var 10:e efter sin första körning men på sitt sista varv, som såg ut att vara snabbare, motorn förlorade hybridenergi distribution mellan Pouhon och Stavelot och han var tvungen att avbryta varvet.
"Ingen makt, ingen makt", skrek han över radion. Men efter att ha kommit över frustrationen sade han att det var en generellt positiv helg eftersom 11: e med val av däck kan vara bättre för loppet och att bilen hade varit förvånansvärt konkurrenskraftig på en sådan power track.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Det var en hemsk dag för Williams, vars förare Felipe Massa och Lance Stroll båda misslyckades med att göra framsteg efter den första knockout sessionen.
Massa hamnade 16th och Stroll 18th, den kanadensiska förnekade ett andra försök att göra det till Q2 när Williams sprang ur tiden för att byta en skadad bakvinge endplate.
Belgiska Grand Prix kvalificeringsresultat
Belgiska Grand Prix täckningsuppgifter
Lewis Hamilton motsvarade Michael Schumachers rekord på 68 Formel 1-stolpepositioner vid Belgiska Grand Prix.