Säkerhetsbrottet ledde till en möjlig stöld av bitcoin värt $65m (Â £49m).
Bitfinex berättade för Reuters nyhetsbyrå på onsdag att nästan 120.000 bitcoin stals från dess utbytesplattform.
Alla transaktioner på den virtuella börsen har avbrutits medan säkerhetsbrottet utreds.
I ett uttalande på sin webbplats, Bitfinex sade att det var "djupt bekymrad över frågan och vi åtar oss alla resurser för att försöka lösa det".
Hacket är en av de största stölderna i bitcoins historia och behandlas som en "stor affär" av många i den virtuella valutagemenskapen.
"Tyvärr fortsätter vi att ha sårbarheter i form av börser och plånböcker," före detta Singapore-baserade bitcoin mäklare David Moskowitz berättade BBC.
"De sårbarheter förekommer nästan alltid på börs- eller plånbokssidan och detta är ett område som fortsätter att behöva förbättras och säkrare protokoll, inte annorlunda än när en bank blir rånad."
Att säkra bitcoin handelsplattformar har varit en viktig utmaning, med hacka och stölder ses som de största hoten.
Under 2014 förklarade den Tokyobaserade Mt Gox-börsen konkurs när hundratals miljoner dollar i bitcoins försvann eller stals.
Men Pierre Moskowitz betonade att trots den senaste påstådda stölden "är kärnprotokollet extremt robust och har inte hackats".
Han sade att även om det sannolikt skulle finnas en priskorrigering i bitcoin, han förblev övertygad om att det skulle fortsätta att vara en tilltalande alternativ tillgång.
Priset på bitcoin har sjunkit mer än 10% efter Hong Kong-baserade digitala valuta utbyte Bitfinex sade att det hade drabbats av en stor hacka.