Ett förhandsparti på cirka 10 soldater från Force Troop Command, 1 Div- och fältarméns utbildning kommer att stödja Afrikanska unionens fredsbevarande insatser mot al-Shabab-gruppen.
Omkring 70 personer kommer så småningom att vara i Somalia och utföra medicinska, logistiska och tekniska uppgifter.
Omkring 300 trupper är också utplacerade i konflikten i Sydsudan.
Al-Shabab - den islamistiska militanta gruppen allierade med al-Qaida - kämpar mot Somalias regering för att få kontroll över landet.
Vilka är Somalias al-Shabab?
Nya frågor för afrikansk styrka i Somalia
Somalisk avhoppare: Varför jag lämnade al-Shabab
Gruppen har genomfört en rad attacker - även i angränsande Kenya - och tros ha mellan 7.000 och 9.000 fighters.
Afrikanska unionens uppdrag i Somalia (Amisom) lanserades 2007 och består huvudsakligen av trupper från Uganda, Burundi, Djibouti, Kenya och Etiopien.
I Sydsudan har konflikten mellan regeringen och rebellstyrkorna sett mer än 2,2 miljoner människor fly från sina hem i staten, som bröt sig loss från Sudan 2011.
De brittiska trupper som sänds till Sydsudan kommer också att utföra ingenjörsarbete för att stärka infrastrukturen.
Det följer ett åtagande från den brittiske premiärministern David Cameron vid FN i New York i september.
Det ingick i ett löfte i den strategiska översynen av försvaret och säkerheten om att fördubbla antalet brittiska trupper i FN:s "blåhatade" fredsbevarande uppgifter och stödja ansträngningarna att få ett slut på några av världens mest destabiliserande konflikter.
Vid den tidpunkten sade Cameron att operationer "kommer att bidra till att lindra allvarliga humanitära frågor och säkerhetsfrågor... bidra till att skapa stabilitet i regionen och förhindra dessa utmaningar från att sprida sig längre bort".
Försvarsminister Michael Fallon tillkännagav att teamet anlänt till Somalia och sade: "Denna insats är ytterligare en demonstration av våra väpnade styrkors flexibilitet och globala räckvidd."
Det visade Storbritanniens "beslut att ta itu med terrorism varhelst det tar sitt ansvar", tillade han.
Försvarsministeriet sade den brittiska militärens bidrag till FN: s fredsbevarande speglar en lång historia av att stödja organisationen, inklusive en varaktig närvaro i Cypern.
Storbritannien har länge varit en stor finansiell bidragsgivare till FN:s fredsbevarande uppdrag och är den femte största tillhandahållaren av medel.
Men truppens engagemang har varit relativt litet - främst inriktat på 250 soldater i Cypern.
Ett brittiskt arméteam har anlänt till Somalia som en del av ett FN-uppdrag för att bekämpa islamistiska militanter.