Pakistans teleregulator sade förbudet var inte längre nödvändigt eftersom Google, som äger YouTube, hade nu lanserat en Pakistan-specifik version.
YouTube har förnekat påståenden om att myndigheterna kan filtrera innehåll.
Många unga pakistanier har välkomnat upphävandet av förbudet men vissa aktivister vill ha detaljer i avtalet med Google.
De säger att det bör finnas större insyn i de villkor som avtalats mellan Google och regeringen.
En tjänsteman från Pakistans telemyndighet (PTA) bekräftade för BBC att alla leverantörer av internettjänster hade letts till öppen tillgång till YouTube.
Pakistan Telecommunication Company Ltd postade på sin Facebook-sida på måndagen: "Välkommen tillbaka YouTube".
Pakistans ministerium för informationsteknik sade: "Google har tillhandahållit en online webb process genom vilken förfrågningar om att blockera tillgång till kränkande material kan göras av PTA till Google direkt.
"Google / YouTube kommer därför att begränsa tillgången till nämnda kränkande material för användare inom Pakistan."
En taleskvinna på YouTube sade dock att regeringens begäran om att ta bort innehåll inte automatiskt skulle beviljas.
"Vi har tydliga gemensamma riktlinjer, och när videor bryter mot dessa regler, vi tar bort dem", sade hon.
"Dessutom, där vi har lanserat YouTube lokalt och vi underrättas om att en video är olaglig i det landet, kan vi begränsa tillgången till den efter en grundlig översyn."
Hon sade att regeringarnas krav på att innehållet ska tas bort skulle registreras i YouTubes öppenhetsrapport.
Pakistans förbud mot YouTube infördes av Högsta domstolen i 2012 efter den USA-gjorda filmen Inocence av Muslims laddades upp.
Den amatörgjorda videon var fördömd i den muslimska världen och utlöste utbredda protester för dess hånfulla porträtt av profeten Muhammed.
Mer än ett dussin människor dog i protester i Pakistan.
Blasphemy är ett brott i Pakistan och kan verkställa dödsstraff, även om en sådan dom inte har verkställts.
Google avslöjade förra veckan att det hade lanserat lokala versioner av YouTube för Nepal, Pakistan och Sri Lanka.
Pakistan har avstängt sajten för videodelning, YouTube, mer än tre år efter att det förbjöds för att publicera en video som anses förolämpa islam.