Den 35-årige gick med i Iron från Blackpool 2013 och har gjort 119 liga framträdanden för League One sidan.
Han hjälpte dem till en tredje plats avsluta denna säsong, innan de slogs av Millwall i play-off semi-finalen.
Bishop berättade klubben hemsida: "Med sättet säsongen slutade, det är en känsla av oavslutade affärer och det var en besvikelse för oss alla."
Scunthorpe mittfälter Neal Bishop har undertecknat ett ettårigt kontraktsförlängning.