Högsta domstolens fall gällde federal lag som begränsar vapeninnehav för personer som dömts för våld i hemmet.
Domare Thomas har tidigare sagt att han föredrar att inte "gräva" advokater när de lägger fram sina argument i domstol.
Han talade veckor efter det att en av de mest konservativa ledamöterna i Högsta domstolen, domare Antonin Scalia, hade dött, vilket kan förändra domstolens maktbalans.
Domare Thomas på måndag frågade en advokat för Justitiedepartementet om brott mot någon lag "suspenderar en [persons] konstitutionella rättigheter".
Domstolen överväger att sätta nya gränser för den federala lagen som förbjuder personer som dömts för våld i hemmet att äga vapen.
Det var rättens andra vecka av muntliga argument - när rättvisan ges möjlighet att förhöra advokater om deras uppdrag - sedan domare Scalias död, en vän och kollega till domare Thomas.
Sista gången han rapporterades ha ställt en fråga till högsta domstolen var under ett dödsstraffsmål i februari 2006.
Domare Thomas förklarade sin tystnad under årens lopp och berättade 2013 för Associated Press: "Vi har en livstid på oss att gå tillbaka i kammaren och gräla med varandra."
Han berättade för en grupp elever år 2000 att "det inte finns någon anledning att öka volymen. Jag tror också starkt, om jag inte vill ha ett svar, jag frågar inte saker... Vanligtvis, om du väntar tillräckligt länge, någon kommer att ställa din fråga ".
Domare Clarence Thomas, en av åtta domare vid högsta domstolen i USA, har brutit en tioårig tystnad i domstolen.