Den offentliga förvaltningskommittén sa att den skulle söka skriftliga bevis och publicera en delårsrapport före sommaruppehållet senare denna månad.
EU-skeptiker Tories fruktar att reglerna håller på att ändras för att göra det möjligt för regeringen att öppet verka för att stanna kvar i EU.
Men ministrarna säger att det är nödvändigt att låta dem fortsätta sitt arbete.
Utskottet, som leddes av den konservativa parlamentsledamoten Bernard Jenkin, sade att purdahsonden skulle utgöra den första delen av en omfattande undersökning av EU:s folkomröstningslag, den föreslagna lagen som kommer att godkänna en folkomröstning om Storbritanniens medlemskap i EU i slutet av 2017.
Jenkin sade att han och hans kolleger ville veta varför regeringen planerade att delvis "inte tillämpa" de befintliga reglerna om regeringsmeddelanden under de fyra veckor som ledde fram till folkomröstningen.
Utredningen kommer att inriktas på de befintliga reglerna, som anges i 2000 års politiska partier och folkomröstningslagen, regeringens argument för att ändra dem, hur ministrarna planerar att gå till väga och hur det kommer att påverka den offentliga förvaltningens opartiskhet.
Vid en omröstning i frågan förra månaden gjorde 27 konservativa parlamentsledamöter uppror mot sitt parti och uppmanade ministrarna att återinföra hela purdah-perioden, även om regeringen vann omröstningen efter att Labour lagt ned sina röster.
Regeringen har sagt att de befintliga reglerna skulle kunna hindra ministrarna från att delta i EU:s möten och fatta beslut med en europeisk dimension. De har insisterat på att de kommer att ta itu med parlamentsledamöternas oro över detta och andra frågor - t.ex. den finansiering som finns tillgänglig för olika sidor och själva kampanjens längd - eftersom lagförslaget tar sig igenom Commons.
Kommittén kommer att offentliggöra sin rapport den 22 juli.
Planer för att lätta på så kallade "purdah-regler" om regeringsmeddelanden inför EU:s folkomröstning kommer att bli föremål för en snabbbrandsutredning av parlamentsledamöter.