Efter en drabbning med få chanser för båda sidor, Mohamed Salah tied upp El Said, som slog fast förbi Uganda väktare Denis Onyango på 89 minuter.
Ugandas Joseph Ochaya hade tidigare ett mål som helt korrekt förkastades för offside.
Vinsten innebär Egypten spela Ghana på onsdag med top plats i Grupp D fortfarande på spel, medan Uganda är ute ur sin första turnering sedan 1978.
Ghana säkrade sin plats i kvartsfinalen med en 1-0 seger över Mali tidigare på lördag.
På en försämring i Port-Gentil, sju gånger mästare Egypten misslyckades med att bryta ner en resolut Cranes försvar under långa perioder.
Onyango gjorde en imponerande glänta för att förneka den onrusande Salah i slutet av en annars livlös första halvlek.
Uganda började den andra halvan ljust, tvinga veteran Egypten målvakt Essam El Hadary att slå flera uppsättningar tydliga men slutligen misslyckades att registrera ett skott på målet som Ochaya vände i Faruku Miyas genom bollen från en tydligt offside position på 52 minuter.
El Said sprängde ett skott väl över när omärkt och Marwan Mohsen gick nära för faraonerna med en rubrik, men Egypten verkade vara på väg mot deras andra mållösa dragning.
Men en annars tyst Salah visade stor fattning sent för att kontrollera hans skott och spela i El Said med en omvänd passning, substitutets nära avstånd skott undkomma Onyango.
Uganda står nu inför Mali i den sista omgången gruppspel på onsdag, med Mali behöver en seger och för Ghana att slå Egypten med två mål eller mer om de ska kvalificera sig.
Matchen slutar, Egypten 1, Uganda 0.
Andra halvlek, Egypten 1, Uganda 0.
Offside, Uganda. Murshid Jjuko försöker en genom boll, men Muhammad Shaban fångas offside.
Handboll av Moses Oloya (Uganda).
Kahraba (Egypten) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Hassan Wasswa (Uganda).
Utanför Egypten. Kahraba försöker en genom boll, men Marwan Mohsen fångas offside.
Ersättning, Uganda. Moses Oloya ersätter Denis Iguma.
Mohamed Shafy (Egypten) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Khalid Aucho (Uganda).
Mål!  Egypten 1, Uganda 0. Abdallah El Said (Egypten) höger fotade skott från mitten av lådan till mitten av målet. Hjälpt av Mohamed Salah.
Försök missade. Amr Warda (Egypten) höger fotade skott utanför lådan är för hög. Hjälpt av Mohamed Shafy.
Hörnet, Uganda. Förföljd av Ahmed Fathy.
Försök blockerat. Joseph Ochaya (Uganda) vänster fotade skott utanför lådan är blockerad. Hjälpt av Nicholas Wadada.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Ersättning, Uganda. Nicholas Wadada ersätter Faruku Miya.
Substitution, Egypten. Kahraba ersätter Trezeguet.
Försening i match Khalid Aucho (Uganda) på grund av en skada.
Försöket räddades. Marwan Mohsen (Egypten) vänster fotade skott från utsidan boxen sparas i mitten av målet. Hjälpt av Amr Warda.
Tonny Mawejje (Uganda) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Mohamed Elneny (Egypten).
Försening över. De är redo att fortsätta.
Försening i match Mohamed Shafy (Egypten) på grund av en skada.
Foul av Muhammad Shaban (Uganda).
Ali Gabr (Egypten) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Handboll av Trezeguet (Egypten).
Försök missade. Marwan Mohsen (Egypten) huvud från mitten av lådan är bara lite för högt. Hjälpt av Mohamed Shafy med ett kors efter en viss bit situation.
Foul av Murshid Jjuko (Uganda).
Marwan Mohsen (Egypten) vinner en frispark i anfallshalvan.
Godfrey Walusimbi (Uganda) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Ahmed Fathy (Egypten).
Försöket räddades. Trezeguet (Egypten) höger fotad skott från mitten av lådan sparas i mitten av målet.
Försök blockerat. Trezeguet (Egypten) höger fotade skott utanför lådan är blockerad. Hjälpt av Amr Warda.
Substitution, Egypten. Amr Warda ersätter Ramadan Sobhi.
Ersättning, Uganda. Muhammad Shaban ersätter Geofrey Massa.
Försök missade. Abdallah El Said (Egypten) höger fotad skott från mitten av lådan är hög och bred till höger.
Foul av Joseph Ochaya (Uganda).
Ahmed Fathy (Egypten) vinner en frispark i defensiven.
Substitution, Egypten. Abdallah El Said ersätter Tarek Hamed.
Foul av Geofrey Massa (Uganda).
Substitute Abdallah El Said gjorde en sen vinnare för Egypten att slå Uganda ur Afrika Cup of Nations.