Snabbmatsföretaget säger att det inte kan få tag på tillräckligt med potatis på grund av industriella åtgärder i Amerika.
Därför måste de ransonera pommes frites till kunderna.
"Tyvärr utan denna försäljningsrestriktion steg, skulle vi löpa risken att få slut på pommes frites i några av våra butiker runt slutet av året," sade McDonalds Japan taleskvinna Kokoro Toyama.
Det finns mer än 3 100 McDonald's butiker i Japan.
För nu kommer de bara att servera små portioner pommes frites, även om de inte kommer att begränsa hur många portioner kunder kan beställa.
Mer än 1 000 ton potatis har redan flugits in för att försöka öka utbudet. De började anlända den här veckan.
Ytterligare 1.600 ton importeras sjövägen, men de anländer först i januari.
Arbetskonflikten i Amerika är mellan 20 000 hamnarbetare och terminaloperatörer och fartygslinjer vid 29 hamnar på USA:s västkust.
Det här är inte första gången som Japan har drabbats av matbrist under de senaste veckorna.
Under större delen av denna månad har tillgången på smör varit så låg att stormarknader har varit tvungna att begränsa kunderna till en förpackning var.
Följ @BBCNewsbeat på Twitter och Radio1Newsbeat på YouTube
McDonald's i Japan börjar få slut på chips.