Priserna var upp till 5,4% jämfört med samma kvartal 2015 - under de fyra föregående kvartalen var den årliga ökningen över 7%.
Jämfört med årets andra kvartal var priserna nästan plana och steg med bara 0,8 %.
Siffrorna är från NI Residential Property Price Index, som analyserar nästan all försäljning, inklusive cash deals.
Det genomsnittliga standardiserade priset, för alla typer av fastigheter, är strax över 124.000 pund.
Den största årliga ökningen under tredje kvartalet var i Antrim- och Newtownabbey-distriktet där priserna steg med 7,3%.
Den minsta årliga ökningen var i Ards och North Down där priserna steg med 2,1%
Bland fastighetstyperna var den största årliga ökningen för terrasser, en ökning med 7,1%.
Den minsta årliga ökningen var för lägenheter som ökade med 4%.
Antalet genomförda affärer under tredje kvartalet var 5.200.
Bostadspriserna i Nordirland fortsatte att stiga under tredje kvartalet i år, men i långsammare takt.