Priset sjönk under 4,8 euro i tidig handel, innan det återhämtade sig till över 5 euro i slutet av eftermiddagen.
Koltillstånd är en mekanism som är utformad för att minska koldioxidutsläppen, eftersom företag måste betala för att släppa ut koldioxid.
En kraftig minskning av efterfrågan på energi har lett till ett kraftigt överutbud av tillstånd.
Kritikerna mot EU:s system för handel med utsläppsrätter hävdar också att EU i första hand utfärdade för många tillstånd.
EU har föreslagit att upp till 900 miljoner tillstånd ska frysas för att hantera detta överutbud.
"Det finns för många tillstånd på grund av lågkonjunkturen", sade Isaac Valero, talesman för EU:s klimatkommissionär Connie Hedegaard.
Priset på kol återhämtade sig något på måndagen efter efterfrågan på en auktion med 3,5 miljoner tillstånd var starkare än väntat.
Ett svagt koldioxidpris undergräver ansträngningarna att minska koldioxidutsläppen.
Kolpriset måste vara mycket högre än 5 euro - vissa tror mellan 25 och 30 euro - för att ge företagen ett lämpligt incitament att minska utsläppen och investera i renare teknik, säger experterna.
Kolmarknaden är av central betydelse för EU:s insatser för att uppnå sitt klimatförändringsmål om en 20-procentig minskning av koldioxidutsläppen från 1990 års nivåer fram till 2020.
Priset på koldioxid var rekordlågt i Europa i måndags, eftersom överutbudet av utsläppstillstånd under den globala ekonomiska nedgången fortsatte att undergräva koldioxidmarknaden.