Gruppen publicerade sin rapport om regeringens budgetförslag, som markerar den första användningen av nya skattebefogenheter.
Ledamöterna sade att nya befogenheter i kombination med ekonomisk osäkerhet orsakad av Brexit innebar att det var "kritiskt" att det fanns "fullständig insyn" i budgeten.
Holyroods partier har hittills misslyckats med att nå samförstånd om planerna.
Finansminister Derek Mackay har sagt att han är "positiv" om att vinna oppositionsstöd för budgeten, men andra partiledare har varnat "det ser inte bra ut" för en överenskommelse som ska göras före den första etappens omröstning den 2 februari.
Budgetpropositionen har nu formellt offentliggjorts i Holyrood, vilket markerar början på den formella lagstiftningsprocessen. De slutliga omröstningarna om skatte- och utgiftsförslagen kommer att äga rum före slutet av februari.
Finanskommittén sammankallar Bruce Crawford sade att han var nöjd med att partiöverskridande medlemmar i gruppen hade lyckats komma fram till ett samförstånd och producera en i stort sett enhällig rapport, trots de politiska meningsskiljaktigheterna om budgeten.
När han sammanfattade rapporten pekade han på Holyroods nya finanspolitiska befogenheter och införde "en betydande komplexitet i budgetprocessen".
Han sade: "Det är uppenbart för oss att budgetens ökade beroende av relativa ekonomiska resultat i kombination med komplexiteten i den finanspolitiska ramen innebär att det nu finns en mycket större grad av volatilitet och osäkerhet i budgetprocessen.
"Denna osäkerhet förvärras av Brexits potentiella inverkan på den ekonomiska tillväxten och de offentliga finanserna."
I rapporten konstateras att budgeten är "historisk" och att Holyrood för första gången kommer att fastställa skattesatserna och gränserna för inkomstskatten i Skottland.
Ledamöterna noterade att detta skulle vara komplicerat under normala omständigheter, men tillade att "den ökade osäkerhet som uppstår till följd av Brexit avsevärt ökar utmaningen" för parlamentet och regeringen när det gäller att enas om budgeten.
De sade därför att det var "kritiskt" att det fanns "tillräcklig insyn för att säkerställa allmänhetens förtroende för de nya ekonomiska befogenheterna".
Och de tillade att "betydande arbete krävs för att utveckla en ny budgetprocess och en mer omfattande finansiell granskning" med tanke på den ökade komplexiteten och den förkortade tidsramen för granskning i det nuvarande systemet.
Ledamöterna noterade också den "olika uppsättningar siffror" som presenteras om lokala myndigheter och lokala tjänster, vilket har varit roten till en politisk rad. Oppositionspartierna har pekat på att den centrala rådsbudgeten går ner, men regeringen insisterar på att andra medel går direkt till skolor och partnerskap inom hälso- och sjukvård och socialvård innebär att budgeten för "lokala tjänster" ökar.
I sin budgetrapport sade Holyroods kommunkommitté att "det krävs större öppenhet" eftersom "budgeten för lokala myndigheter och anslagen till lokala myndigheter är mycket svåra att följa".
Finansutskottet instämde i detta och uppmanade den skotska regeringen att utarbeta "detaljerade förslag" om att göra de lokala myndigheternas finanser mer öppna.
Detta var ett av de få områden där den fysiska planeringen i kust- och havsområden inte kunde nå samförstånd, med rapporten med följande påpekande: "På grund av de olika presentationerna och uppsättningarna av siffror för den lokala regeringen, var några medlemmar oroade över nivån på de finansiella resurser som finns tillgängliga för lokala myndigheter i bosättningen."
Medlemmarna uttryckte också besvikelse över att chefssekreterare David Gauke hade vägrat att ge bevis till kommittén om hur den finanspolitiska ramen fungerar och sade att det var "vitalt" att höra från en finansminister under budgetprocessen.
I rapporten uppmanas också den skotska regeringen att lämna ytterligare information om en rad frågor, bland annat uppskattningar av skatteintäkter och "en fullständig och omfattande analys av användningen av lånebefogenheter".
Mackay sade att han skulle överväga rekommendationerna i betänkandet "på ett försiktigt sätt" och ge ett formellt svar innan budgetprocessen avslutas.
Förste minister Nicola Sturgeon har sagt att vi inte får några rimliga förslag från de konservativa eller arbetarpartiet, men Mackay har sagt att det finns " manöverutrymme" i samtalen med Lib Dems och De gröna.
Men Lib Dem ledare Willie Rennie, som har bett om upp till 400m extra utgifter för psykisk hälsa och utbildning, varnade för att "det ser inte bra ut" för en affär som ska göras före Stage One-omröstningen.
Och Scottish Green medkonvenören Patrick Harvie, som siktar på skatteändringar, sade att det inte fanns några tecken hittills att regeringen hade beslutat att kompromissa med någon annan part.
Han sade att debatten skulle fortsätta "i en konstruktiv anda", men sade att bollen var i regeringens domstol.
Mackay sade att han skulle fortsätta "konstruktiva diskussioner" med andra parter.
De skotska konservativa sade att de inte skulle stödja budgeten och sade att den skulle göra Skottland till "den högst beskattade delen av Storbritannien".
Och Scottish Labour sade att regeringen skulle "gå tillbaka till ritbordet", och säga att de skulle "försöka ändra SNP: s budget för att stoppa nedskärningarna".
Skottland står inför "en mycket högre grad av osäkerhet och volatilitet" i sina budgetar på grund av nya befogenheter och Brexit, Holyroods finansutskott har sagt.