Korrespondenterna sade att stämningen i skolorna var dämpad och att många elever inte hade återvänt.
De sade att föräldrar hade blivit överraskade av regeringens beslut att återuppta skolor med bara fyra dagars varsel och många var inte förberedda.
Mer än 8.400 människor har dött i Västafrika vid världens värsta utbrott av ebolaviruset.
Återinförandet av skolor i Guinea kommer fyra dagar efter det att FN sade att antalet bekräftade ebolafall i landet hade sjunkit till sin lägsta veckosumma sedan augusti.
Vid en skola i Guineas huvudstad, Conakry, rapporterades det att endast omkring 220 av de omkring 2.000 eleverna hade återvänt.
Av de 36 lärarna var mer än hälften tillbaka på arbetet.
Många skolor har infört hälsoåtgärder, inklusive handtvätt och temperaturkontroller.
Ebola har haft allvarliga konsekvenser inte bara för folkhälsan utan också för den guineanska ekonomin.
Arbetslösheten och undersysselsättningen har ökat, vilket innebär att många föräldrar har svårt att klara av skolrelaterade utgifter i början av ett nytt läsår.
Skolorna är fortfarande stängda i Sierra Leone och Liberia, de två andra länderna drabbades hårt av Ebolautbrottet.
Tidigare denna månad sade den avgående chefen för FN-teamet mot Ebola, Anthony Banbury, att han trodde att fall av viruset skulle sänkas till noll i slutet av 2015.
Skolorna har återupptagits i Guinea efter fem månaders stängning på grund av det dödliga ebolautbrottet.