I ett brev från 2005 hänvisade prinsen till "det mest akuta och brådskande problemet" med tuberkulos (TB) hos nötkreatur, som "orsakades och spreds" av grävlingar.
Han skrev: " Jag uppmanar er att se till att införa en ordentlig utslaktning av grävlingar där det är nödvändigt.
Labourregeringen förkastade senare en slakt på den engelska landsbygden.
Uppenbarelserna kommer från privata brev som Prinsen av Wales skickade till arbetsmarknadsministrarna för tio år sedan, vilka har publicerats efter en lång rättslig strid.
Prins Charles skrev: "Jag kan för min del inte förstå hur 'grävlingslobbyn' inte alls tycks bry sig om slakten av tusentals dyra nötkreatur, men trots detta motsätter jag mig en kontrollerad utslaktning av en överbefolkning grävlingar - för mig är detta intellektuellt oärligt."
Som svar sade Tony Blair att han kunde "personligen se målet med att slakta grävlingar", men han ville inte föregripa ett beslut av miljöministrarna".
Den koalition som leddes av David Cameron gav klartecken för pilotslakt i England 2013.
Dessa förväntas återupptas för ett tredje år i sydväst i år och kan rullas ut till andra områden i England.
Andra brev skrivna av prinsen avslöjar fler detaljer om hans intresse för jordbruk.
Han vädjade om stöd för jordbrukare och brittiskt odlade produkter, och höjde hans "ångest" om landets brist på självförsörjning i livsmedel som kött och grönsaker.
Han nämnde också "det enorma problemet med klimatförändringarna", där regeringen lovordade "den anmärkningsvärda ledarskapsrollen" på detta område.
Prins Charles bad Blairs regering att överväga gallring av grävlingar, historiska dokument avslöjar.