En ISI-tjänsteman berättade för BBC att föreningen i Abbottabad där bin Laden dödades av amerikanska styrkor på söndagen hade plundrats för flera år sedan.
Men föreningen "var inte på vår radar" sedan dess, sade tjänstemannen.
Pakistans regering har kategoriskt förnekat någon kunskap om razzian innan den ägde rum.
Ingen bas inom Pakistan användes av amerikanska styrkor, utrikesdepartementet sade i ett uttalande.
Det fortsatte: "USA helikoptrar gick in i Pakistans luftrum med användning av blinda fläckar i radar täckning på grund av kuperad terräng."
Ministeriet försvarade dock ISI, säger: "Vad gäller målområdet, ISI hade delat information med CIA och andra vänliga underrättelseorgan sedan 2009."
Bin Laden, 54 år, var grundare och ledare av al-Qaida. Han tros ha beordrat attackerna mot New York och Washington den 11 september 2001 samt ett antal andra dödliga bombningar.
ISI-tjänstemannen gav nya detaljer om razzian och sa att bin Ladins unga dotter hade sagt att hon såg sin far skjutas.
Han berättade för BBC: s Owen Bennett-Jones i Islamabad att anläggningen i Abbottabad, bara 100 km (62 miles) från huvudstaden, plundrades när under uppförande 2003.
Man trodde att en al-Qaida-agent, Abu Faraj al-Libi, var där.
Men sedan dess, "området var inte på vår radar, det är en skam för ISI", sade tjänstemannen. "Vi är bra, men vi är inte Gud."
Han tillade: " Detta misslyckande bör inte få oss att framstå som helt inkompetenta. Titta på våra meriter. Under de senaste tio åren har vi tillfångatagit talibanerna och al-Qaida i hundratals - mer än några andra länder tillsammans."
Ämnet är ungefär en kilometer från Pakistans militärakademi - landets motsvarighet till West Point eller Sandhurst.
ISI-tjänstemannen gav också nya eller olika redogörelser för några av händelserna vid söndagens räd. Bland dessa ingick följande:
Tjänstemannen sade att man trodde att amerikanerna ville ta bort de överlevande kvinnorna och barnen men var tvungen att överge planen när en av helikoptrarna krånglade.
Av Owen Bennett-JonesBBC News, Islamabad
Det fanns tydligen folk som hjälpte bin Laden på den här platsen... var de statsanställda, var de bara från talibanrelaterade grupper, var de från underrättelsetjänsten?
För alla amerikaner kan ställa frågorna, jag tvivlar på att de kommer att få några svar. Det kommer att råda tvetydighet om detta och pakistanierna kommer att förneka att de hade någon som helst kunskap.
Etableringen här består av arméledarskap, underrättelsetjänstledarskap och några högre tjänstemän, och de har alltid drivit Pakistan, vare sig demokratiska regeringar eller militära regeringar, och dessa människor har förbindelser med jihadis.
Västs svårigheter är att uppskatta att det finns mer än 20 olika typer av jihadorganisationer, och al-Qaida är bara en av dem. Staten har olika politik gentemot olika typer av grupper och att subtilitet ofta går förlorad för västerländska beslutsfattare.
Helikoptern förstördes av specialstyrkan.
USA har inte kommenterat någon som fångats eller planerat att fånga, förutom att säga att det hade tagit Bin Ladins kropp.
ISI-tjänstemannen sa att organisationen hade hittat några dokument från anläggningen.
CIA sägs redan gå igenom ett stort antal hårddiskar och lagringsenheter som beslagtogs i razzian.
Vita huset har inte avslöjat om någon har krävt $ 25m (Â £ 15m) belöningen för att leda USA till bin Ladin.
White House anti-terrorist rådgivare John Brennan sade att det hade funnits oro pakistanska styrkor skulle sätta in för att motverka USA Navy Seal laget som genomför räden men det hade undvikit konfrontation.
ISI:s tjänsteman sade: " Vi blev helt överraskade. De gick in och ut innan vi kunde reagera."
Vår korrespondent säger invånare nära lägret i Abbottabad rapporterade att pakistanska soldater hade bett dem att släcka sina lampor en timme före attacken, men ISI tjänsteman sade att detta inte var sant och att det inte hade någon förhandskunskap om razzian.
Tidigare, i ett yttrande i Washington Post, erkände president Asif Ali Zardari Bin Laden "var inte någonstans vi hade förväntat att han skulle vara".
Men han förnekade morden och föreslog att Pakistan skulle misslyckas i sina ansträngningar för att bekämpa terrorismen.
Zardari sade att Pakistan "aldrig har varit och aldrig kommer att bli den grogrund för fanatism som ofta beskrivs av medierna".
"Sådana grundlösa spekulationer kan göra spännande nyhetssändningar, men det återspeglar inte fakta", sade han.
"Pakistan hade lika stor anledning att förakta al-Qaida som vilken nation som helst. Kriget mot terrorismen är lika mycket Pakistans krig som det är Amerikas."
Brennan hade sagt att det var "oförståeligt att bin Ladin inte hade något stödsystem" i Pakistan. Han uppskattade att bin Laden hade bott i området i Abbottabad i fem eller sex år.
Pakistans utrikesminister Salman Bashir försökte dra en gräns under frågan och sade: " Vem gjorde det som inte hör till saken?... Detta nummer av Usama bin Ladin är historia."
Bin Laden var USA:s mest eftersökta man men hade undvikit tillfångatagandet i mer än ett decennium.
Amerikanska tjänstemän säger att efter DNA tester de är "99,9%" säker på att mannen de sköt och dödade och senare begravdes till havs var Bin Laden.
USA: s president Barack Obama såg hela operationen i realtid i Vita huset med sitt nationella säkerhetsteam.
Mr Brennan sa: "Minusen gick som dagar."
CIA regissör Leon Panetta berättade via en videoskärm från ett separat Washington kontor, med Bin Laden gav kodnamnet Geronimo.
Panettas berättelse varade i flera minuter. "De har nått målet, vi ser Geronimo, Geronimo EKIA."
Obama sa: "Vi har honom."
Bin Ladin, hans son Khalid, litade på personlig kurir Sheikh Abu Ahmed och kurirens bror dödades tillsammans med en oidentifierad kvinna.
Bin Laden sköts ovanför hans vänstra öga, blåste bort en del av hans skalle, och blev också skjuten i bröstet.
BBC: s Andrew North i Washington säger att Vita huset fortfarande diskuterar om man ska släppa en video som gjordes av Bin Ladins begravning från ett hangarfartyg i Arabiska havet, som vissa islamiska forskare har sagt inte överensstämmer med traditionen.
Vår korrespondent säger att många människor kommer att vilja ha bevis på att bin Ladin är död men Vita huset kommer att oroa sig för reaktionen om videon, och fortfarande fotografier av kroppen, släpps.
Pakistans viktigaste underrättelsetjänst, ISI, har sagt att den skäms över sina misslyckanden med al-Qaidas ledare Osama bin Ladin.