Kaptenen, som gick i pension skadade på 60 med ett ryggproblem den första dagen i Adelaide, återvände för att göra 128.
"Det sätt han spelade talar ord för killen", sade Steve Smith, som slog 162 inte ut som Australien nådde 517-7.
Testet försenades efter att Hughes, 25 år, dog efter att ha blivit slagen av en boll medan han spelade för södra Australien.
Clarke, 33, hjälpte till att bära sin lagkamrats kista och höll ett känslosamt tal på sin begravning den 3 december.
Clarke, som fick en stående ovation från Adelaide Ovala publiken efter att ha nått tre figurer, firade sitt århundrade genom att kyssa sin hjälm och omfamna Smith.
"Han kom ut hit och försökte göra något för Hughesy", sade Smith. "Det gjorde han verkligen."
Smith berömde också Clarke för hans ansträngningar under de senaste tre veckorna.
"Det har varit tufft för oss alla, men han har tillbringat hela tiden vid Hughesys familj sida," sade Smith. "Bara den styrka och det mod han har visat under den tiden var otrolig."
Australisk fladdermöss David Warner slog också ett århundrade på dag ett av testet och överlämnade det till Hughes.
Testet är det första i en fyrmatch serie, som slutar i januari.
Michael Clarke gjorde ett sekel på dag två av öppningstestet mot Indien, Australiens första match sedan fladdermössen Phillip Hughes död.