Thailändska tjänstemän sade att händelsen, som stoppades några minuter innan den skulle börja, kunde ha påverkat förbindelserna mellan de två länderna.
HRW:s rapport fokuserar på behandlingen av en kristen grupp i Vietnam.
Gruppen sade att det thailändska svaret visade hur yttrandefriheten hade urholkats sedan armén tog makten förra året.
Thailändska polisen sa att evenemanget på Foreign Correspondents Club i Thailand "kan ha en inverkan på landets säkerhet eller kan påverka vänskapen och samarbetet mellan Thailand och Vietnam".
Det är det tredje människorättsevenemanget på platsen som har stoppats av myndigheterna under den senaste månaden.
HRW:s rapport beskriver vad den säger är förföljelsen av Montagnardkristna i Vietnams centrala högländer. Deras religiösa sedvänjor har av den vietnamesiska regeringen beskrivits som "onda".
Sunai Phasuk, Human Rights Watchs seniorforskare i Asien, sa att beslutet att avbryta rapportens lansering var "mycket nedslående".
"Thailand kommer nu att bli känd som försvarare av mänskliga rättigheter violatorer i [Sydostasien], vilket lägger mer skada på Thailands redan skamfilade internationella rykte under militärstyret," tillade han.
Thailändska myndigheter har inlett ett ingripande mot kritiker sedan militären tog makten från en civil regering i maj 2014.
Thailands militärdrivna regering har tvingat Human Rights Watch (HRW) att ställa in ett evenemang i Bangkok för att lansera en rapport om påstådda övergrepp i Vietnam.