Oroligheterna bröt ut efter det att en polis påstods ha dödat mannen och sårat två andra under ett gräl om priset på en kopp te.
Polisen har gripits och fallet hänsköts till åklagare.
Videofilmer visade arga demonstranter som välter ett polisfordon medan de skanderar "Polisen är busar".
Egypten har sett en rad anklagelser om polisbrutalitet under de senaste månaderna, som väcker allmänhetens vrede.
Inrikesdepartementet sade att tisdagens händelse i den östra förorten Rehab började med ett gräl om priset på en kopp te mellan flera poliser och en gatuförsäljare.
En polisman öppnade eld, dödade säljaren och sårade två förbipasserande, tillade den.
Fotografier visade vad som tycktes vara en man som fortfarande låg på golvet, täckt av blod, omgiven av arga åskådare.
Vittnena sade att protesten började strax efter händelsen.
"Säkerhetsstyrkor förde in två upplopp polisfordon och en bepansrad lastbil och offrets familj är här och slår dem med stenar", ett vittne berättade för Reuters nyhetsbyrå.
"Säkerhetsstyrkorna retirerar och lovar rättvisa, men publiken kräver att polisen ger över mördaren."
I februari protesterade man utanför Kairos säkerhetsdirektorat efter att en polis enligt uppgift skjutit ihjäl en förare på en gata i ett gräl om en biljett.
Det förekom också upplopp i Ismailia och södra staden Luxor efter att minst tre personer dött i polisförvar under en enda vecka i november.
Regeringen har också upprepade gånger tvingats förneka anklagelser om att säkerhetstjänsten var ansvarig för mordet på den italienska akademikern Giulio Regeni i Kairo tidigare i år.
Tjänstemän har anklagat ett kriminellt gäng för hans bortförande och tortyr.
Hundratals människor har tagit sig ut på gatorna i Egyptens huvudstad, Kairo, för att protestera efter det att en teförsäljare påstods ha skjutits ihjäl av polisen.