Mr Tsilikin, 54, hittades på torsdag kväll efter att vänner och familj inte hade kunnat kontakta honom.
Hans mobil och dator saknas. Polisen har inlett en mordutredning.
Tsilikin var en välkänd kultur- och konstkritiker som arbetade på TV och radio samt för tryckta medier som Kommersant, Vogue och Elle.
Mr Tsilikin hade enligt uppgift just återvänt från en resa till Lettlands huvudstad Riga.
Vänner och familj pratade senast med honom i slutet av förra veckan.
Mr Tsilikin hittades med flera knivsår och man tror att han kan ha varit död i minst två dagar.
Den ryska undersökningskommittén sade att en rättsmedicinsk utredning pågick och att den inte uteslutit "mord som begåtts på inhemska grunder".
St Petersburg Union of Journalists chairwoman Lyudmila Fomichev sade till Kommersant: "Detta är en stor tragedi för hela journalistiska samhället, eftersom han var en mycket välkänd, stor journalist som skrev om kultur och konst."
Mr Tsilikin, som tog examen från Leningrad State Institute of Music and Cinema, vände sig till journalistiken efter Sovjetunionens sammanbrott och arbetade för tidningen Rush Hour och redigerade kultur och samhälle.
Han arbetade också med ett antal TV - och radioprogram samt andra tidningar och tidskrifter.
Den ryske journalisten Dmitry Tsilikin har hittats knivhuggen till döds i sin lägenhet i S:t Petersburg.