Gwynedd-rådet beslutade att gå vidare med inrättandet av en ny kyrka i Wales campus på Ysgol y Berwyn i Bala.
Guvernörerna vill att det utses till en lokal plats och 500 personer har undertecknat en petition mot flytten.
Rådsförespråkaren sade att den hade mottagit invändningarna och skulle noggrant överväga brevets innehåll.
Planen skulle innebära en sammanslagning av Ysgol Bro Tegid och Ysgol Beuno Sant, en kyrka i Wales skola, med gymnasieskolan Ysgol y Berwyn.
I december hävdade rådet att kyrkan inte längre stödde projektet, något som den förnekade.
Guvernörsordförande Gwion Lynch sa efter denna rad, det bekräftade rädsla förhållandet inte skulle fungera och något förtroende hade krossats.
Kyrkan i Wales sade att endast två av de 17 platserna på den skuggstyrande kretsen skulle vara för dess medlemmar, med två andra reserverade för andra kristna traditioner i Bala och de återstående 13 platserna skulle vara för andra - religiösa eller inte.
En talesman sade kyrkan förblev "fullständigt engagerad i att ge de bästa utbildningsmöjligheterna för barn och ungdomar i Bala, Penllyn och omgivande områden".
En rapport förväntas diskuteras vid rådets kabinettsmöte den 14 februari.
Om allt går till planen - öppnar det nya tre-till-19 campus i september 2018.
Guvernörer på en Gwynedd skola vill ha ett samråd om kyrkans ägande av sitt nya campus på 10 miljoner pund.