Träden gungade, regnet slog sönder högkvartersbyggnadens kupoltak och, med tanke på föreläsningen han just hade gett till afrikanska ledare från deras egen predikstol, kunde det mycket väl ha varit diktatorernas spöken som skramlade takbjälkarna.
Han talade om demokrati och "korruptionscancer", men de ord som genljudde över kontinenten var en off-script-nedsättning av ledare som "kastar sig åt sidan när deras villkor tar slut".
Publiken jublade, men det var inte förvånande att församlingens säten inte fylldes av kontinentens presidenter.
I stället var det AU:s kommission som han talade till - dess sekretariat.
Det var alltid planen enligt Vita huset.
Journalister och kommentatorer hade spottat på utsikten att Amerikas första svarta president skulle träffa Afrikas äldsta.
Robert Mugabe, som är 91 år, är AU:s ordförande, och talet skulle ha skakat om takbjälkarna inifrån om statsöverhuvudena hade varit närvarande.
"Jag älskar mitt arbete, men under vår konstitution kan jag inte springa igen", sade president Obama.
"Jag tycker faktiskt att jag är en ganska bra president - jag tror att om jag sprang igen jag kan vinna."
Det är förmodligen inte sant - med tanke på att han bara är hälften så populär i USA som han är i Kenya, det första stoppet på en resa hyllas som en hemkomst.
"Jag förstår inte varför folk vill stanna så länge, särskilt när de har en massa pengar", hånade han, till dagens högsta jubel.
Tredjetermismen är fångande. Det är redan gjort en comeback i Burundi, orsakat en regering att kollapsa i Burkina Faso, och visas på korten i Rwanda, Demokratiska republiken Kongo och Republiken Kongo.
Och de tre äldre statsmännen i AU har plågat upp hundra år i makten mellan dem.
Presidenterna Teodoro Obiang från Ekvatorialguinea (36), Mugabe från Zimbabwe (35), och Paul Biya från Kamerun (33) är den längsta ställningen för de ledare på kontinenten som inte är så angelägna om att ge upp ämbetet.
"Ibland kommer du att höra en ledare säga: "Jag är den enda som kan hålla ihop nationen." Om det är sant att ledare har misslyckats med att verkligen bygga nationen", sade president Obama i det sista talet av hans Afrika resa, och utan tvekan hans bästa.
Han betonade de avgörande temana för sitt besök - betydelsen av säkerhet, särskilt kampen mot extremism, handel som ersätter bistånd, vikten av ungdomar och kvinnor, mänskliga rättigheter och demokrati samt kampen mot korruption.
De var punkter som man kunde dra fördel av från varje tal från hans allra första i Kenya, där han öppnade det globala entreprenörskapstoppmötet där han betonade handel och lovande investeringar.
Med honom på resan var amerikanska affärsmän och minst en miljardär.
Han såg till att besöka framgångsrika start-up företag, bland dem ett utveckla ett solljussystem för att ge kraft till de mest avlägsna byarna.
Maktafrika är ett av hans huvudprogram, men har hittills misslyckats med att uppnå mycket.
Stora tröga säkringar inom infrastruktur, jordbruk, handel och ungt ledarskap är vad han satsar sitt arv på.
Presidenterna Clinton och Bush plöjde enorma summor till Afrika för att ta itu med aids och malaria - enorma hälsoutmaningar som behövde dollarn.
Kina är nu den största enskilda investeraren i Afrika och sparar AU en föreläsning, men president Obama hoppas att han kan skapa varaktig förändring - att ge "inte fisken, men fiskespöet" som han uttryckte det.
Hans anhängare säger att hans afrikanska arv kan ta tid att bygga, men kommer att bära frukt, och det är uppenbart att han är angelägen om att tillbringa mer tid på kontinenten när han har lämnat kontoret.
"Jag ska vara ärlig mot dig", sa han till AU. "Jag ser fram emot livet efter att ha varit president. Jag kommer inte att ha denna stora säkerhet detalj hela tidenâ € och jag kan besöka Afrika oftare. "
Att komma till Kenya medan president var en viktig del i att planera den framtiden.
Han band sig nerför trappan från Air Force One i Nairobi, och videoklippen av honom som dansade vid statsmiddagen visade den passion han har för sitt "anstrala hem".
Och det var bra PR för Kenya.
Terrorattacker har drabbat landets rykte hårt och det första besöket någonsin av en sittande amerikansk president gjorde en hel del för att förbättra den globala bilden.
Det var verklig Obama-mani på gatorna i Nairobi, trots den höga säkerheten och knotande över vägavstängningar.
Och han gjorde inte sina slag där heller - offentligt kolliderar med president Uhuru Kenyatta om homosexuella rättigheter.
President Obamas förnyade engagemang i Afrika började sent under hans ordförandeskap, genom att samla kontinentens ledare i Washington förra året, bland anklagelser han spelade ifatt Kina.
USA:s engagemang för att lösa krisen i Sydsudan verkar osannolikt att lyckas på kort sikt eftersom det blir allt mer komplicerat och svårt att upphäva.
Men det är det långa spelet där president Obama, "Kenyas första amerikanska president" som han kallade sig själv, kommer bäst att bedömas.
När president Obama avslutade sitt tal till Afrikanska unionen (AU) i Addis Abeba förra månaden och steg av scenen, pryglade en storm utanför.