Parlamentets talman Paul Ryan sade att han och Trump gick med på att genomföra omröstningen, efter att det blev uppenbart att det inte skulle få minst 215 republikanska röster behövs.
Den sista minuten drag sågs som ett stort slag mot Mr Trump.
Att upphäva och ersätta det program som kallas Obamacare var ett av hans stora vallöften.
Tidigare på fredagen sade Vita husets pressekreterare Sean Spicer att omröstningen skulle äga rum kl. 15:30 (19:30 GMT).
Mr Trump hade enligt uppgift varnat republikaner att om de inte röstade för hans lagförslag då skulle de vara fast med Barack Obamas hälsoprogram för gott.
Flera rapporter tydde emellertid på att mellan 28 och 35 republikaner motsatte sig hans förslag till amerikansk sjukvårdslag.
Omröstningen drogs tillbaka strax efter 15:30, och kammaren är nu i paus.
Republikanerna har för närvarande majoritet i både huset och senaten.
Men vissa republikaner var missnöjda med att lagförslaget minskade hälsotäckningen alltför hårt, medan andra ansåg att förändringarna inte gick tillräckligt långt.
Lagförslaget verkade också impopulärt med allmänheten - i en nyligen genomförd undersökning, bara 17% godkänt av det.
Efter tillbakadragandet beskyllde Trump demokraterna för att inte stödja lagförslaget och förutspådde att Obamacare skulle "explodera".
Han sa att republikanerna förmodligen skulle fokusera på skattereformer för tillfället.
"Vi måste låta Obamacare gå sin egen väg för en liten stund", sade han, och tillade att om demokraterna "civiliserades och kom samman" kunde de två partierna komma fram till en "bra sjukvårdsproposition".
Hur illa var fredagens nederlag för den amerikanska hälsovårdslagen i representanthuset? Dåligt. Väldigt illa.
Den amerikanska hälso- och sjukvårdslagen var det första stora lagförslaget som Vita huset och den republikanska kontrollerade kongressen, ett viktigt politiskt test i början av presidentens mandatperiod, när han borde stå på höjden av sin makt och partisammanhållning som starkast.
Trots allt detta, Mr Trump, House talman Paul Ryan och republikanerna som driver Washington kunde inte få jobbet gjort.
För republikanerna var fredag inte bara dåligt. Det var en katastrof.
Läs mer analys här.
Tidigare sade Ryan till reportrar: "Vi kommer att leva med Obamavården inom överskådlig framtid.
"Jag vill inte ha sockerkappa på det här. Det här är en sorglig dag för oss. Det är svårt att göra stora saker."
"Vi var ett 10-årigt oppositionsparti där det var lätt att vara emot saker", sade han och tillade att det var svårt att få "människor att hålla med varandra om hur vi gör saker".
Samtidigt beskrev den demokratiska och husminoritetsledaren Nancy Pelosi det som "en seger för det amerikanska folket".
Och House Minority Whip Steny Hoyer sade att det var en "bra dag" för amerikaner, och tillade "vi arbetade under åren för att försäkra att den amerikanska allmänheten skulle ha tillgång till prisvärd, kvalitet sjukvård".
USA: s president Donald Trump har dragit tillbaka sin sjukvård lagförslag efter det misslyckades med att få tillräckligt stöd för att passera i kongressen.