"Ceta är klart och vi kommer inte att öppna det igen", säger EU:s handelskommissionär Cecilia Malmström.
Cecilia Malmström talade när EU:s handelsministrar träffades i Slovakien för att diskutera Ceta och ett liknande avtal med USA, TTIP, som också har kritiserats.
Ett utkast till Ceta-avtal har överenskommits, men parlamenten kan fortfarande skjuta upp det.
Tusentals aktivister protesterade mot Ceta och TTIP i Tyskland på lördagen och tusentals fler i Bryssel - utanför EU:s högkvarter - på tisdagen.
Aktivister fruktar att avtalen skulle kunna urvattna de europeiska normerna på de viktigaste områdena för arbetstagarnas rättigheter, folkhälsa och miljö.
Det finns också stor oro för de särskilda domstolar som föreslås där investerare kommer att kunna stämma regeringar om de anser att lagstiftningen skadar deras affärer orättvist.
Kritiker säger att enbart förekomsten av sådana domstolar - ett alternativ till nationella domstolar - kommer att få en "lugnande" effekt på beslutsfattare, vilket leder till långsammare reglering av miljö och välfärd.
Skulle Ceta vara en bra modell för Storbritannien?
Europaparlamentets information om Ceta
TTIP: Handelsavtalet mellan EU och USA förklarade
Är TTIP-handelssamtalen mellan USA och Europa tankning?
Cecilia Malmström sade att Ceta skulle dominera fredagens möte i Bratislava. Kommissionen hoppas att avtalet kan undertecknas med Kanada i slutet av oktober, så att det sedan kan gå till Europaparlamentet för ratificering. Men den måste också ratificeras av de nationella parlamenten i hela EU.
– Vad vi diskuterar med kanadensarna är om vi ska göra några förtydliganden, en förklaring så att vi kan täcka en del av dessa problem, sade Cecilia Malmström.
Hon erkände att det i vissa länder finns farhågor för att politikerna kan se sin "rätt att reglera" urvattnad. "Kanske att [rätt] måste vara ännu tydligare i en förklaring", sade hon, medgav att Ceta-förhandlingarna fortfarande var "svåra".
Karoline Graswander-Hainz, österrikisk socialdemokratisk ledamot av Europaparlamentet, sade att EU:s högsta domstol - EG-domstolen - först måste granska det föreslagna investeringsdomstolssystemet (ICS) för att kontrollera dess laglighet.
Ceta har "stora risker" för Europa, varnade hon och tillade att vissa av hennes kolleger tänkte likadant.
Tysklands rektors- och ekonomiminister Sigmar Gabriel kallade CETA "en modell för framtida affärer".
Men han var pessimistisk om TTIP. "Amerikanerna var inte beredda att göra Europa erbjudanden som Kanada gjorde, och så det kommer definitivt inte att bli en [TTIP] affär i år," sade han.
De som stöder Ceta och TTIP säger att sådana avtal skulle kunna fastställa globala handelsnormer och varna för att ett misslyckande skulle kunna innebära att Kina fastställer standarderna.
Ceta och TTIP lovar att ta bort tullar och icke-tariffära hinder, vilket ökar tillväxten på båda sidor av Atlanten, säger frihandelsförespråkarna.
Europeiska kommissionen har fastställt att ett kontroversiellt frihandelsavtal mellan EU och Kanada - Ceta - inte kan omförhandlas, trots mycket motstånd i Europa.