Presentören efterträdde Jonathan Ross som värd för den förnyade veckovisa showen och sade att lämna "inte var ett lätt beslut".
Winkleman, som också medvärdar lördag kväll show Strictly Come Dancing, sade showen "enkelt förtjänar någon som kan ge allt".
En ny serie kommer tillbaka i höst med den nya presentatör som ska tillkännages "i sinom tid", sade BBC.
Winkleman, som listar The Godfather och The Shawshank Redemption som sina favoritfilmer, sade: " Jag är otroligt ledsen över att lämna filmshowen och det var inte ett lätt beslut.
"Vid den här tiden på året jag jonglerar alla typer av saker för TV och radio och showen förtjänar helt enkelt någon som kan ge allt."
Hon tillade att hon skulle sakna filmkritikern Danny Leigh, som presenterar showen tillsammans med henne, och laget bakom showen.
Mark Bell, BBC chef för konst driftsättning, sade: "Vi har älskat att ha Claudia på Film 2016 och jag vill tacka henne för allt hennes hårda arbete och engagemang för showen."
Den långvariga filmserien, som först sändes för 45 år sedan, visades av filmkritikern Barry Norman i 26 år. Han efterträddes av Ross 1999, som stannade vid rodret i 11 år.
Winkleman kommer fortfarande att presentera BBC: s The Great British Sying Bee och vara värd för en Radio 2 show.
Efter att ha landat jobbet på Strikt 2014 när Sir Bruce Forsyth lämnade, sade mor-av-tre om hennes TV och radio åtaganden, hon skulle "få det att fungera".
Den 14:e serien av Strictly kommer igång på lördag kväll, med olympier, skådespelare och sångare tävlar om glitterboll trofé.
Claudia Winkleman har slutat med BBC:s filmrecensionsshow, Film 2016, efter sex år av att ha tagit fram programmet.