Det är ute efter att höja mer än $ 900m (Â £ 624m) från investerare, som skulle värdera företaget till mer än $ 5 miljarder.
Börsnoteringen, som är planerad till juli, skulle kunna göra den till världens största första offentliga teknikerbjudande i år.
Linjen är ute efter att samla in pengar för att expandera till USA och hjälpa den att konkurrera med rivaler som Facebook Messenger, WhatsApp och Kinas WeChat.
Appen gjorde sin första debut 2011 och är den mest populära meddelandetjänsten i Japan, Thailand och Taiwan.
Det är känt för att sälja animerade klistermärken och frimärken som folk kan dela medan de chattar. Linjen erbjuder också gratis röstsamtal och tjänster som musikströmning.
Lines ledning har försökt att göra företaget publikt i flera år nu. Företaget lämnade in en ansökan om börsnotering till Tokyo Stock Exchange 2014.
Dessa planer lades dock ned vid den tidpunkten på grund av svaga globala marknader.
Linjen hade 218 miljoner aktiva användare varje månad i slutet av mars.
Japanska telefon meddelande app operatör, Line, har sagt att det planerar att lista sina aktier i både Tokyo och New York.