Barnet flögs till Swansea's Morriston Hospital efter incidenten på Telelkebir Road i Hopkinstown i Pontypridd på tisdag.
Han var i ett stabilt tillstånd efter svåra benskador.
Mannen som åtalas i samband med händelsen kommer att infinna sig vid Mertyr Tydfil Magistrates' Court på torsdag.
En 20-årig man har åtalats efter en kollision mellan en fyrhjuling och en sjuårig pojke i Rhondda Cynon Taff.