Den center-back, 30, lämnade planen strax före slutet av onsdagens 2-1 EFL Cup seger över Swansea.
Kompany, som opererades under sommaren, gjorde sitt första framträdande sedan den 4 maj.
Hans skada är inte en upprepning av kalv problem som begränsade honom till 14 liga framträdanden förra säsongen.
Staden har bott i södra Wales sedan onsdagens match, eftersom de är borta till Swansea igen på lördag (15:00 BST) i Premier League.
Manchester City har inte bestämt något datum på en återkomst för kapten Vincent Kompany, som får behandling på ljumskeskada som lidit under hans comeback match.