"Golden Rice" har utvecklats av forskare för att bekämpa vitamin A-brist, som drabbar miljontals barn i utvecklingsländerna.
Skörden var bara några veckor från det att den lämnades in till myndigheterna för en säkerhetsbedömning.
Men en grupp på omkring 400 demonstranter attackerade fälträttegången i Bicol-regionen och ryckte upp alla GM-växter.
Projektet att utveckla Golden Rice startades för 20 år sedan 1993 av tyska forskare med finansiering från Rockefeller Foundation.
Riset har modifierats genom att lägga till extra gener som sätter på växtens förmåga att producera betakaroten, som människor kan omvandla till vitamin A.
Brist på detta vitamin ökar risken för blindhet och mottaglighet för sjukdomar. Brist på vitamin A är ett betydande problem bland barn i utvecklingsländerna.
Enligt Helen Keller International dör omkring 670.000 barn varje år av problemet, medan 350.000 blir blinda.
Man beräknar att en kopp Golden Rice skulle kunna ge en halv vuxens rekommenderade dagliga intag.
Golden Rice fältförsök genomförs för närvarande i Filippinerna under överinseende av International Rice Research Institute (IRRI), tillsammans med PhilRice, det lokala forskningsorganet.
Fem små testytor har planterats med tanken att det inom kort kommer att läggas fram för Filippinernas tillsynsmyndighet. Man hoppades att de första utsläppen till jordbrukarna skulle kunna ske 2014.
Tomten i Bicol vaktades och inhägnades, men demonstranterna bröt sig igenom säkerheten och ryckte upp och trampade risplantorna.
De angripare som var medlemmar i en grupp som heter Sikwal-Gmo säger att de attackerade grödan eftersom de tror att GM-teknik inte är lösningen på undernäring i Filippinerna.
Protestörerna hävdar att internationella agrokemiska företag och USA ligger bakom kampanjen för Golden Rice. I ett uttalande sade de att de var oroade över att risförsöket både var en fara för människors hälsa och för den biologiska mångfalden.
Forskarna som var inblandade i rättegången säger att de var lättade över att ingen skadades under incidenten.
"Det var inte helt oväntat som vi hade hört hot," IRRIS Dr Bruce Tolentino berättade BBC News.
"Det var verkligen en besvikelse att vår fältprövning vandaliserades eftersom vår Golden Rice-forskning syftar till att undvika den fruktansvärda situationen för kvinnor och barn som lider av vitamin A-brist."
Forskarna säger att utvecklingen av det modifierade riset fortfarande är avgörande för Filippinerna eftersom 1,7 miljoner barn i landet under fem år drabbas av vitamin A-brist. De säger att de är fast beslutna att fortsätta med projektet.
"Detta är inte ett stort bakslag, eftersom det bara är en prövning av en serie och bara en av flera platser. Vi är fortfarande helt engagerade i att fortsätta vår Golden Rice forskning för att hjälpa till att förbättra människors näring, säger Dr Tolentino.
Utvecklingen av GM-tekniken är mycket omstridd i Filippinerna. Tidigare i år förkastade appellationsdomstolen en annan gröda, en aubergine som hade modifierats för att producera gifter till en skadedjur. Domstolen fastställde att grödan bröt mot filippinarnas konstitutionella rättigheter till hälsa och en balanserad ekologi.
Följ Matt på Twitter.
En försökslott med genetiskt modifierat ris har förstörts av lokala jordbrukare i Filippinerna.