Fiona Hyslop hade anklagats för "cronyism" efter att 150 000 pund av offentliga medel gavs till DF Concerts.
Det visade sig att tidigare SNP-aide hade inrättat ett möte mellan Hyslop och arrangörerna av festivalen.
Men Audit Scotland har nu kommit fram till att det fanns en "klar grund för bidraget".
Det sades att det fanns tydliga villkor för pengarna.
Bidraget beviljades för att hjälpa DF-konserter med driftskostnader i samband med byte av plats för den årliga musikfestivalen.
I ett brev till en namnlös MSP sade vakthunden att den skotska regeringen hade rätt att bevilja bidraget.
Och beslutet att bevilja bidraget till DF Concerts hade varit ett "legitimt politiskt beslut" för Hyslop, och var förenligt med råd hon fått från skotska regeringstjänstemän.
Det fanns också budgetanslag för bidraget inom budgeten för kultur och Europafrågor för större evenemang och temaår, uppgavs det i skrivelsen.
Det tillade: "Det finns belägg för att DF Concerts konsulters kostnader i samband med att få planeringsmedgivanden under 2014 och 2015 för 2015 händelsen, tillsammans med de ökade lokalkostnaderna, överskred det bidrag som skotska regeringen tillhandahöll.
"Det finns också bevis för att den skotska regeringen har vidtagit åtgärder för att bekräfta att pengarna har använts i enlighet med bidragsvillkoren genom sin granskning av slutrapporten från DF Concerts och tillhörande fakturor."
Men Audit Scotland sade också att det fanns ett behov av "ökad intern klarhet och bevis för att stödja beslutsfattande" när liknande beslut fattades i framtiden.
Den drog följande slutsats: "Vi förstår att den skotska regeringen kräver flexibilitet för att reagera snabbt på omständigheterna när de uppstår, men vi anser att detta måste balanseras med ökad intern tydlighet och bevis för att stödja beslutsfattandet.
"Den skotska regeringen har ett pågående arbete på detta område."
Oppositionspolitikerna hade ifrågasatt varför pengar gavs till festivalen, som de sade förde in enorma vinster för dess organisatör.
De ifrågasatte också Jennifer Dempsie, en före detta rådgivare till Alex Salmond, som arbetade med ett kontrakt för DF Concerts som festivalprojektledare vid ett möte mellan Hyslop och DF Concerts.
Ms Dempsie hade planerat att ställa upp som en lista över MSP för SNP i Highlands och Islands valkrets i 2016 års val, men beslutade att inte gå vidare med nomineringen.
När hon kom till Holyroods utbildnings- och kulturkommitté förra året insisterade Hyslop på att finansieringen var lämplig, öppen och i linje med de belopp som gavs till andra evenemang.
Hyslop berättade för utskottet att festivalcheferna hade uttryckt oro över evenemangets "långsiktiga framtid" på grund av den sjusiffriga kostnaden för att flytta från Balado till Strathallan, och sade att det fanns en risk för att festivalen kunde ha flyttat från Skottland.
Den skotska regeringen publicerade mer än 600 sidor med e-post och dokument relaterade till bidraget.
En vakthund för offentliga utgifter har rentvått Skottlands kultursekreterare från alla förseelser över ett statligt bidrag till organisatören av T i parken.