Ljudregistratorn från olyckan utanför Shetland 2013, där fyra personer dog, återfanns av luftolycksutredningskontoret.
En domare ansåg att det låg i allmänhetens intresse och i rättvisans intresse att göra det tillgängligt.
British Airline Pilots' Association (Balpa) sade att den hade lämnat in ett överklagande.
Fackförbundets generalsekreterare, Jim McAuslan, sade: "Olyckan med Supa Puma 2013 var tragisk, och det är viktigt att AAIB får tillgång till grundorsaken och har tillgång till alla data som behövs.
"Men att ge uppgifter till åklagaren och polisen parallellt med AAIB:s utredning skär över allt som piloter och det bredare flygsäkerhetssamhället står för.
"Vi kan inte stå och vänta medan domstolen tillåter det att ske utan att gå vidare med andra rättsliga vägar för att belysa våra farhågor och ifrågasätta om det är rätt tillvägagångssätt."
Åklagare har försökt fastställa om någon kan hållas kriminellt ansvarig för kraschen.
Air Accidents Investigation Branch (AAIB) har rätt till första tillgång till ljudregistratorn men väljer rutinmässigt att inte lämna över materialet till andra organ - i detta fall kronåklagaren.
BBC Scotland nyhetswebbplatsen avslöjade förra året en order söktes av Lord Advocate Frank Mulholland QC vid sessionsdomstolen för att få tillgång till uppgifterna.
Det var ett ovanligt juridiskt drag.
Lord Jones sade att han var nöjd med att utlämnandet av uppgifterna inte skulle ha någon negativ inverkan på nuvarande eller framtida krockutredningar - men att det bara kunde lämnas ut till kronkontoret och polisen i Skottland.
Totalt 18 personer var ombord när Super Puma kraschade när den närmade sig Sumburgh.
Helikopterpassagerare Sarah Darnley från Elgin, Gary McCrossan, från Inverness, Duncan Munro, från biskop Auckland, och George Allison från Winchester, förlorade sina liv.
En dom om att utredare ska lämna över den svarta lådan från en helikopterkrasch i Nordsjön till Skottlands högsta polisman utmanas.