Lasse Vibe nettade en första halv dubbel för bina som följde en Nico Yennaris nära-range finish för att göra resultatet allt utom säkert med halvtid.
Zach Clough fick en andra halv tröst från straffplatsen för Trotters efter att Alan McCormack straffades för en foul.
Bolton är 17 poäng från säkerhet med sex matcher kvar under säsongen.
Besegra för Bolton förlängde deras fruktansvärda sekvens av no away segrar i ett år och innebär nederlag i Derby i helgen kommer att stava relegation för Wanderers.
En andra seger i så många matcher för Brentford lyfte dem 12 poäng utanför de nedre tre.
Alan Judge var skaparen av hemmasidans första chans när han nästan loopade ett kors från höger över Ben Amos, men slog i baren.
Mittfältaren gav en prick kors från Vibe andra mål med en rubrik, som var Danmark strejkarens tredje mål i två matcher.
Brentford manager Dean Smith:
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Om du hade sagt till mig för tre veckor sedan att vi skulle ha två segrar på spinnet på Nottingham Forest och igen här, skulle jag ha bitit handen av dig.
"Det innebär att vi kan gå till Ipswich på lördag och försöka göra det tre segrar i rad och sedan kan vi titta på en topp 10 finish.
"Jag ville ha fler mål men med den form vi har varit på ville jag ha ett resultat och det var det viktigaste."
Bolton vaktmästare Jimmy Phillips:
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Vi måste ge supportrarna något att heja på snarare än att ge dem den typ av uppvisningar vi gav under första halvan av kvällen.
"I andra halvan var vi mer konkurrenskraftiga och vi säger alltid att vi måste tävla innan vi kan spela.
"Innan pausen var vi inte i närheten av så konkurrenskraftiga som vi behövde vara."
Bolton kunde förvisas till League One på lördag efter att de blivit slagna av Brentford på Griffin Park.