Biskop Geoffrey Robinson berättade en nationell undersökning kyrkan hade misslyckats med att tala ut kraftigt om övergrepp.
Biskopen spelade en viktig roll när det gällde att utveckla den australiska kyrkans svar på frågan på 1990-talet.
Australien håller på att genomföra en nationell undersökning om institutionella åtgärder mot sexuella övergrepp mot barn.
Påvar och ärkebiskopar, inklusive Vatikanens finanschef, australiensisk kardinal George Pell, hade skickat ut "felbudskapet" om frågan, biskop Robinson berättade undersökningen på måndagen.
"Jag tror att vissa påvar gav ut fel budskap... och några ärkebiskopar också," lokala medier rapporterade biskop Robinson berätta den kungliga kommissionen i institutionella svar på sexuella övergrepp mot barn.
Biskop Robinson sade att påven Johannes Paulus II inte omedelbart fördömde övergreppsanspråken när de kom fram på 1990-talet.
"Vi har fortfarande inte haft den sortens ledarskap, inte ens från (Pope) Francis", sade han och förklarade att biskopar följde Vatikanens linje genom att hålla tyst om frågorna.
Biskop Robinson sade att medan han utarbetade ett nationellt svar för den australiska katolska kyrkan på övergrepp mot offer under 1990-talet, släppte den dåvarande ärkebiskopen i Melbourne, kardinal Pell, sitt eget protokoll för Melbourne.
Till skillnad från den nationella strategin krävdes det att de som utsatts för sexuella övergrepp först talade med kyrkliga advokater.
"(Pell) skulle senare hävda att detta innebar att han var den första personen i Australien att ha ett sådant protokoll," sade biskop Robinson.
"Han förstörde vår enighet", sa han till kommissionen.
Mer än 4.000 offer har kommit fram till den kungliga kommissionen, som undersöker hur religiösa grupper, välgörenhetsorganisationer och statliga vårdgivare reagerade på anklagelser om sexuella övergrepp mot barn.
Vatikanen och en av Australiens främsta präster hade misslyckats med att på rätt sätt ta itu med barnmisshandelsoffer, har en pensionerad biskop sagt.