Sju medlemmar har ännu inte dykt upp, enligt uppgift på grund av transportfrågor.
Men det finns misstankar om att Algerietgruppen ville bojkotta matchen mot Israel på grund av långvariga spänningar mellan de två länderna.
Målboll är en sport för synskadade med en boll med klockor.
Algeriet hade varit tänkt att spela USA på fredag, och Israel på lördag, och de sju lagmedlemmarna planerades att lämna ett träningsläger i Polen för Rio förra måndagen.
IPC säger att laget har missat en buss som ledde till att de missade ett flyg. De påstod sig inte lyckas boka om den i tid på grund av en allmän helgdag i Algeriet.
"Det är ett intressant konto de har levererat till oss," IPC talesman Craig Spence berättade BBC.
"Att ha fem dagars resa till Rio, det är en lång tid. Jag har missat kontakter i det förflutna, och du brukar komma dit inom 24 timmar, "sade han.
Målboll på Rio 2016 Paralympics: Allt du behöver veta
En nybörjarguide till målboll
Tiderna i Israel antyder att den algeriska frånvaron är "sannolikt att undvika ett israeliskt drag".
"Det är en stor skam att politiken också har sett in i Paralympics," tidningen citerar chefen för den israeliska paralympiska kommittén, Danny Ben-Abu, som säger.
Frågan har också fått en viss reaktion på sociala medier.
IPC säger att det kommer att kontrollera fakta och agera därefter.
– Om, som många tror, detta är en politisk protest kan vi vidta någon form av åtgärder mot dem, säger Craig Spence.
"Det kan vara en örfil på handleden, eller så kan vi ta bort målbollslaget från turneringen helt och hållet," tillade han.
Under tiden har både USA och Israel tilldelats en 10-0 seger och tre poäng vardera för de ospelade matcherna.
Målboll spelas av två lag med tre synskadade spelare, med hjälp av en boll med klockor inuti.  Målet med spelet är att kasta bollen i motståndarlagets nät, medan försvarare försöker blockera den med sina kroppar.
Internationella paralympiska kommittén (IPC) har sagt att den undersöker varför det algeriska kvinnomålslaget inte kom till Rio i tid för matcher mot USA och Israel.