Dussintals andra skadades i explosionen tidigt på söndagen.
Bombaren slog till vid ingången till stadens viktigaste hamnanläggningar. Invånarna säger att explosionen kan höras över Mogadishu.
Ingen grupp har sagt att den genomförde attacken, men den somaliska islamistiska gruppen al-Shabab utför ofta sådana bombningar i huvudstaden.
"Vi hjälpte 48 skadade människor och bar 16 andra som dödades i explosionen," sade Abdikadir Abdirahman Adem, chef Mogadishus Amin ambulanstjänst.
Dödssiffran förväntas stiga ytterligare.
En självmordsbombare har dödat minst 16 personer i den somaliska huvudstaden Mogadishu, säger myndigheterna.