Kulbhushan Jadhav arresterades i restive Balochistanprovinsen och anklagades för "spionage och sabotage aktiviteter mot Pakistan".
Förra månaden sa en högsta FN-domstol till Pakistan att inte avrätta Mr Jadhav förrän det hade tid att höra ett fall som väckts av Indien.
Indien avfärdade nådens begäran och en "konfessionell video" av Jadhav.
Pakistan på torsdag släppt ett uttalande som sade Mr Jadhav hade sökt "förlåtelse för sina handlingar" och hade "behövt chefen för arméns stab att skona sitt liv på medlidsamma grunder".
Indien, som förnekar Jadhav är spion, har avfärdat Pakistans uttalande och en andra "konfessionell" video av Jadhav som säger: "Indien förväntar sig att Pakistan upphör med att försöka påverka förfarandet vid Internationella domstolen (ICJ) i fallet genom falsk propaganda".
"Utvecklingen visar än en gång på bristen på insyn och fars natur av förfaranden mot Jadhav om hopkokta anklagelser, fortsatta kränkningar av hans lagliga och konsulära rättigheter och ett försök att införa fördomar i förfarandet i ICJ," externa departement talesman Gopal Baglay berättade reportrar på torsdag.
Förra månaden hävdade Indien i ICJ att Pakistan bröt mot internationella lagar genom att inte tillåta den tillgång till Jadhav sedan han arresterades i Balochistan i mars 2016.
Under tiden finns det olika redogörelser för hur och var Jadhav fängslades.
Pakistan säger att han fängslades den 3 mars 2016 i restive Balochistanprovinsen, som har drabbats av en separatist uppror att Islamabad anklagar Indien för att stödja. Indien säger att han kidnappades av Pakistan medan han var i Iran.
De kärnvapenbeväpnade grannarna har en lång historia av diplomatiska spattar, och Delhi och Islamabad anklagar ofta varandra för att skicka spioner till sina territorier.
En före detta indisk marinofficer som har dömts till döden på anklagelser om spioneri i Pakistan har lämnat in en barmhärtighet petition, Pakistan militären säger.