Den bästa bildvinnaren fick också bästa regissörspris för Richard Linklater och bästa stödjande skådespelerska för Patricia Arquette.
Det sköts över mer än ett decennium för att fånga tidens gång i en pojkes liv från 5 till 18 år.
De årliga kritiker utmärkelser ses vanligtvis som en pre-cursor till de uppmärksammade och eftertraktade Academy Awards.
Andra vinnare är skådespelaren Timothy Spall - utsedd till bästa skådespelare för den brittiske målaren JMW Turner i Mr Turner - och den bästa skådespelerskan Marion Cotillard för sina roller i Immigranten och Two Days, One Night.
Skådespelare JK Simmons vann ett bäst stödjande skådespelarpris för sin roll som terroriserande musiklärare i Whiplash.
Legofilmen vann den bästa animerade filmen, medan Ida hette den bästa utländska filmen. Citizenfour, om USA: s underrättelsetjänst Edward Snowden, vann för bästa dokumentärfilm.
Prisutdelningen är planerad till den 5 januari i New York.
New York Film Critics Circle, som grundades 1935, räknar medlemmar som representerar tidskrifter, tidningar och publikationer på nätet.
Priserna anses vara en bellweather för Oscars, som kommer att sändas den 22 februari.
Boyhood, en film på 12 år, har vunnit toppbetyg på New York Film Critics Awards.