Bilder av kapseln landning i Inre Mongoliet vid 10:05 lokal tid (02:05 GMT) visades live på TV.
Astronauterna, inklusive Kinas första kvinna i rymden, genomförde en framgångsrik manuell dockning med Tiangong-1 laboratoriemodulen.
Uppdraget är ett viktigt steg mot Kinas mål att bygga en rymdstation till 2020.
Premiärminister Wen Jiabao hyllade uppdraget som en "fullständig framgång".
Från Jonathan AmosScience korrespondent
Leendena sa allt. Jing Haipeng, befälhavare för Shenzhou-9 besättningen, var den första att komma ut ur returkapseln, följt av hans flygingenjörer Liu Wang och landets första kvinna astronaut, Liu Yang.
Uppdraget Shenzhou-9 postade en serie första: den första bemannade automatiska och manuella dockningar; den första långdistans rymdfärd; och den första besättningen att bo ombord på en permanent omloppsbana modul, Tiangong-1.
Peking har länge talat om sin trestegsstrategi.
Det första steget var utvecklingen av själva Shenzhou kapselsystemet, det andra involverade den teknik som behövs för rymdgående och dockning, och det tredje är Kinas egen rymdstation.
Men ett varningens ord. Spaceflight, för att citera den gamla klichén, är svårt, och någon gång kommer det kinesiska programmet att stöta på problem.
Rymdfärdens historia säger oss tyvärr att vissa motgångar är oundvikliga. Det kommer då att bli intressant att se hur myndigheterna i Peking reagerar.
Jonathan Amos fullständiga analys
"Detta är ett annat enastående bidrag från det kinesiska folket till mänsklighetens ansträngningar att utforska och använda utrymme", sade Wen i Peking.
"Det känns så bra att stå på jorden, och det känns ännu bättre att vara hemma," astronaut Liu Wang citerades av det nationella TV-bolaget CCTV som säger.
"Tiangong-1, vårt hem i rymden, var bekväm och trevlig. Vi är mycket stolta över vår nation, säger astronaut Liu Yang.
Besättningen på fartyget Shenzhou-9 utförde framgångsrikt den manuella dockningsmanövern tidigare i veckan.
Den känsliga proceduren, som innebar att föra samman två skepp i omloppsbana som färdas i tusentals kilometer i timmen, behärskades av SSSR och USA:s rymdteam på 1960-talet.
Besättningen utförde också automatisk dockning av de två hantverken under sitt uppdrag.
De tre astronauterna återvände till rymdfarkosten Shenzhou-9 på torsdag och utförde en manuell separation från rymdlaboratoriet.
De landade i Inre Mongoliets län Siziwang, och kapseln satte i gång en fallskärm för att sakta ner dess inflygning.
Alla astronauterna var vid god hälsa, den statliga nyhetsbyrån Xinhua rapporterade. De visades på CCTV och lämnade kapseln på stolar och log när de vinkade till supportrar.
Besättningen inkluderade Jing Haipeng, 45, uppdragschefen och en veteran astronaut, Liu Yang, 33, och Liu Wang, 43, som utförde manuell dockning.
Ms Liu, 33 år, är en stor del av Kinas flygvapen från centrala provinsen Henan. På Kinas Tencent QQ meddelandeservice, hon går under namnet "liten Flying Knight".
Hon rekryterades till Kinas rymdprogram för bara två år sedan, men hon utmärkte sig, säger den officiella nyhetsbyrån Xinhua.
Shenzhou-9 rymdfarkosten lanserades den 16 juni.
En kinesisk rymdkapsel med tre besättningsmedlemmar har återvänt till jorden efter ett 13-dagars uppdrag.