Oron väcktes efter det att ungen ritat en bild av en man som styckade grönsakerna.
Personalen i Luton berättade för barnets mor att de trodde att han sa "kookerbomb" istället för "cucumber".
Fallet skickades till en instans för polis och socialtjänst i stället för ett avradikaliseringssystem Channel.
Rådet beslutade att inte vidta ytterligare åtgärder.
Pojkens mor, som inte har namngetts för att skydda sin sons identitet, drog slutsatsen att förvirringen berodde på hur hennes son uttalade ordet.
"Hon (medlem av barnkammarens personal) fortsatte att säga att det var denna en bild av mannen skär gurkan....som hon sade till mig är en "kokare bomb", och jag var förbryllad," berättade hon BBC Asian Network.
Läs detta och fler berättelser från Sängar, Bucks och Herts
Hon sa att hon fruktade att hennes barn skulle tas ifrån henne och tillade: "Men jag har inte gjort något fel... Det var en hemsk dag."
Lärare och arbetstagare inom den offentliga sektorn har en rättslig skyldighet att rapportera alla farhågor om extremistiskt beteende till myndigheterna sedan juli.
Mellan januari 2012 och december 2015 hänvisades knappt 2 000 personer under 15 år.
Undervisningsfacket säger att det råder förvirring om regeringens strategi mot terrorism i skolorna.
Alex Kenny från National Union of Teachers sade: " Lärare är rädda för att få det fel.
"De tror Ofsted kommer att kritisera dem om de inte har rapporterat dessa saker, och du slutar med att pojken gör stavfelet, eller pojken säger något på arabiska - som sedan rapporteras om."
Institutionen för utbildning sade sin strategi mot terrorism Förhindra är "helt konsekvent" med skolornas ansvar och "bra skolor skulle redan vara att skydda barn från extremism".
En barnkammare föreslog att man skulle hänvisa en fyraårig pojke till ett program för avradikalisering efter att han felförklarat ordet "cucumber", det påstås.