Domstolen biföll ett chilenskt fängelsestraff för Hartmut Hopp, en tysk medborgare i sjuttioårsåldern.
Hopp arbetade tillsammans med Paul SchÃ¤fer, en före detta nazistisk soldat som grundade kommunen i södra Chile 1961.
Invånarna indoktrinerades och behölls som virtuella slavar i mer än 30 år.
Hopps advokat säger att han kommer att överklaga domen.
SchÃ¤fer samarbetade också med Augusto Pinochets regering, vars hemliga polis använde kolonin omkring 350 km söder om huvudstaden Santiago, som en plats för tortyr och för att "försvann" sina motståndare.
Tyskland sade förra året att det skulle avklassificera sina akter om sekten, och utrikesministern vid den tidpunkten, Frank-Walter Steinmeier, medgav att diplomattjänsten hade misslyckats med att stoppa övergreppen.
Omfattningen av missbruket kom först fram efter det att SchÃ¤fer ställdes inför en serie stämningar 1997.
Han flydde Chile och arresterades i Argentina 2005. Han dömdes i Chile för sexuella övergrepp mot barn, vapeninnehav och kränkningar av de mänskliga rättigheterna.
Han dog i ett chilenskt fängelse 2010 vid 88 års ålder.
En tysk domstol har dömt en läkare som flydde från Chile till fem års fängelse för inblandning i sexuella övergrepp mot barn i en kommun som heter Colonia Dignidad.