Ett lag uttalande sade Henao, 28, hade kontaktats av cyklingens styrande organ och en anti-doping byrå om uppgifter mellan augusti 2011 och juni 2015.
Den colombianska sade att han var "bortom besviken", efter att ha missat tre månader i 2014 över liknande farhågor.
"Jag vet vem jag är, hur hårt jag har arbetat och vilka uppoffringar jag har gjort för att vara där jag är idag", tillade han.
Henao drogs frivilligt tillbaka av Team Sky 2014 medan de forskade om de biologiska egenskaperna hos ryttare som lever och tränar på hög höjd.
De sade att resultaten inte visade någonting som kunde väcka misstankar om något orätt.
Team Sky betonade att Henao inte hade misslyckats med ett dopingtest och hade dragits tillbaka på grund av den "mycket uppenbara distraktionen för honom".
"Vi fortsätter att stödja Sergio och är fortsatt övertygade om den oberoende vetenskapliga forskning som genomfördes," laget tillade.
"Det är vår förhoppning att detta kan ses över och lösas snabbt av alla relevanta myndigheter så att Sergio kan börja tävla igen snart."
En specialist klättrare, Henao undertecknade med Team Sky 2012 och slutade i topp 10 i sin första Grand Tour, 2012 Giro d'Italia.
Team Sky har dragit tillbaka Sergio Henao från ridning efter oro över hans biologiska pass data återuppstod.