Adam Burton, 23, och en fransk turist fångades naken på onsdagen av övervakningsarbetare och avlägsnades från Unescos världsarv, sade Cusco polisen.
En talesman för polisen berättade för Pressföreningen att paret förhördes om mindre förseelser "mot moral".
Utrikesdepartementet sa att det var i kontakt med de peruanska myndigheterna.
Det är förstått att männen inte har gripits eller åtalats.
En talesman för utrikesdepartementet sade: "Vi är i kontakt med lokala myndigheter i Peru efter en incident med en brittisk medborgare i Machu Picchu."
Övervakningen ökade på Machu Picchu i mars 2014 efter nakenbilder och strimma blev allt vanligare på webbplatsen.
Machu Picchu citadellet, byggt av inkariket på 15th Century, ligger på 2.430m (7.972ft) över havet.
Hundratusentals turister besöker platsen, som är en av Perus största turistattraktioner, varje år.
I juni fick fyra turister som ställde sig nakna på ett berg i Malaysia, däribland en britt, fängelsestraff på tre dagar för att ha orsakat en allmän olägenhet.
En brittisk man har blivit förhörd i Peru efter att ha poserat naken vid Machu Picchu ruinerna, har lokalpolisen sagt.