Den evolutionsforskare, vars böcker inkluderar The God Delusion, sade Wales var "före resten av Storbritannien" i att visa en nedgång i religiös tro.
Folkräkningen fann att 32 procent i Wales inte har någon religion, mot en siffra i Storbritannien på 25 procent.
Kyrkan i Wales sa att kristendomen var "inte längre standardinställningen" för många, men bilden var komplex.
Av dem i Wales som beskrev sig själva som troende minskade antalet kristna med 14 procentenheter till 57 procent.
Prof Dawkins sade: "Jag gratulerar folket i Wales till att ha kommit ut före resten av Storbritannien i detta avseende - bra gjort."
Han berättade för BBC Radio Wales "God morgon Wales att han trodde på "under" vetenskaplig sanning.
Han sade: " Människor som är utbildade i religion uppmuntras positivt att inte undersöka, inte att skeptiskt tänka på varför de är här, utan att i stället acceptera det som människor skrev för 2.000 år sedan.
"Jag antar att vi behöver kontaktpunkter för samhällen men du kan också säga att religionen har varit en brännpunkt för alla typer av bakåtsträvande, verkligen trångsynta, tänkande på homosexualitet, om abort, rätten att dö, som vi ser för tillfället."
Han tillade att forskning som beställts av hans stiftelse innebar att utsikterna för kristendomen i Storbritannien var "till och med mer pessimistiska" än de folkräkningsdata som föreslogs.
Han sade att många av dem som lade ner sig på kristna gjorde det därför att de tänkte på sig själva "som en god människa" snarare än på grund av tron på jungfrufödelsen, eller på Jesus Kristus som Guds son.
Prof Dawkins avfärdade figurerna för människor som säger att de var en Jedi riddare eller att heavy metal musik var deras religion som "ett slags protest" mot införandet av en folkräkning fråga om religion.
Folkräkningen fann att de i Wales som är muslimer var 1,5 %, en ökning från 0,7 % 2001, medan det också fanns små ökningar av hinduer eller buddister, båda upp från 0,2 % till 0,3 %.
Det var också en ökning av människor som sade att de hade andra trosuppfattningar, från 0,2 % till 0,4 % medan andelen som sade att de var sikh eller jude förblev oförändrad mellan 2001 och 2011 på 0,1 %.
Kyrkorna sade att de inte blev modfällda av resultaten, och de hävdade att den kristna tron fortfarande var klart levande och frisk.
Efter resultaten av folkräkningen sade kyrkan i Wales: " Man bör också komma ihåg att statistiken inte kan visa hela bilden i fråga om tro.
"De senaste månaderna har till exempel människor i olika delar av Wales vänt sig till kyrkor i tusental efter olika tragiska händelser: i Machynlleth, i Ely, i St Asaf.
"Människor finner Gud när livet blir tufft och det är kyrkans privilegium att vara där för dem när och varhelst vi kan behövas."
Atheist författaren Prof Richard Dawkins har gratulerat folket i Wales efter nästan en tredjedel av dem avslöjade i 2011 års folkräkning att de inte har någon religion.