Prinsen välkomnades till byn Surama i regnskogen Iwokrama med en befjädrad huvudbonad, innan han såg en kulturell dans runt en stolpe.
Han träffade rangers för att lära sig om de åtgärder som vidtas för att skydda regnskogen och fördelarna med ekoturism.
Prins Harry besökte senare en skola och Kaieteurfallen - ett av världens största vattenfall.
På den näst sista dagen av sin karibiska turné, tog prinsen ett flyg till Iwokrama International Centre som har en nära koppling till prinsen av Wales, som har varit dess beskyddare sedan 2000.
Han besökte sedan byn Fairview för att visa sin respekt för dess äldste och för att gå i den lokala skolan.
Prinsen fördes också till en friluftssal, där han fick presenter inklusive en målning av traditionella hem.
Han höll ett tal som berömde människorna i det avlägsna samhället och sade: " Min far berättade för mig vilken fantastisk tid han hade här, när han var mycket yngre och hade mycket mer hår.
"Det positiva du gör här, det är otroligt, ditt ledarskap är så viktigt för att säkerställa skyddet av denna plats."
Dagens sista stopp var Kaieteurfallen, som har en droppe på 250 meter - fem gånger så hög som Niagarafallen.
Tidigare i veckan träffade prinsen Barbados största stjärna, Rihanna, när paret satt sida vid sida vid en högtidskonsert. De deltog också i ett HIV-test för att lyfta fram World Aids Day i Bridgetown.
Guyana är det enda engelsktalande landet i Sydamerika.
Mellan 1780 och 1813 bytte Guyana hand mellan holländarna, fransmännen och britterna.
Guyana var hem till 1978 Jonestown massaker - ett massmord av mer än 900 medlemmar av folkets tempel religiösa sekt ledd av Jim Jones.
Klicka här för att läsa mer om landet Guyana
Prins Harry har besökt hjärtat av Guyana och utforskat regnskogen på dag 14 av sin karibiska turné.