Den 35-årige läraren berättade för domstolen att hennes matsmältningssystem ibland omvandlar mat till alkohol.
Efter hennes gripande, hennes läkare utförde tester som fann att höga halter av jäst i hennes tarmar jäser hög-kolhydrat livsmedel.
Åklagarna vill ha åtalet mot kvinnan återinsatt.
"Hon kan registrera en blod alkohol innehåll som skulle få dig eller jag falla ner berusad, men hon kan fungera," hennes advokat Joseph Marusak berättade Buffalo News.
Marusak avböjde att namnge sin klient med hänvisning till lagstiftningen om tystnadsplikt.
Kvinnan greps nära Buffalo i oktober 2014 efter att polisen sagt att hon körde oberäkneligt. Ett test visade att hennes alkoholhalt i blodet var mer än fyra gånger högre än den lagliga gränsen.
Den anhållande polisen sa att hon misslyckades med flera nykterhetsprov.
Medicinska och juridiska experter säger att tillståndet, även känd som gut fermentering syndrom, höjs oftare som ett försvar i rattfylleri fall.
"Vid första anblicken, det verkar som en get-out-of-jail-free-kort," Jonathan Turley, en juridik professor vid George Washington University, berättade Associated Press. "Men det är inte så lätt. Domstolarna tenderar att vara skeptiska till sådana påståenden. Man måste kunna dokumentera syndromet genom erkända tester."
En amerikansk kvinna i staten New York har undvikit rattfylleri efter att ha hävdat att hon lider av ett sällsynt tillstånd som kallas "autobryggerisyndrom".