Bland de fängslade finns hans svåger och en av de två piloter som flög Guzman till hans hemstat.
Mexikos justitieminister sade att en medlem av Guzmans juridiska team, som beskrevs som mästersinnet, också blev arresterad.
Guzman, chef för Sinaloa-kartellen, rymde från ett högsäkerhetsfängelse genom en specialgrävd tunnel.
Justitieminister Arely Gomez berättade på onsdag att den misstänkte hjärnan bakom rymningen upprepade gånger hade gått in i Altiplano fängelse för att besöka Guzman och uppdatera honom om operationens framsteg.
Hon sade också att Guzmans svåger hade övervakat byggandet av den millånga flykttunneln och organiserat transporten.
"I dag kan vi bekräfta att den grupp som ansvarar för att planera, organisera och genomföra rymningen utanför fängelset har brutits upp", sa Gomez, utan att nämna de misstänkta.
Utvecklingen kommer dagar efter att tjänstemän avslöjade drogkungen hade drabbats av ansikts- och benskador när han trångt undvek en polisoperation för att återta honom i nordvästra Mexiko tidigare denna månad.
I onsdags bekräftade Gomez att Guzman efter sin flykt reste landvägen till staden Queretaro, varifrån han tog ett litet plan till sin hemstat Sinaloa.
Hans flykt var en skam för den mexikanske presidenten Enrique Pena Nieto, som Guzman hånade på Twitter efter händelsen.
Flera fängelsetjänstemän har redan gripits under misstanke om att de på insidan gav hjälp till Guzman, som flydde genom en tunnel som sprang 1,5 km från en dusch i sin cell till utanför fängelset.
Guzman greps för första gången i Guatemala 1993 och tillbringade nästan ett decennium i ett annat mexikanskt fängelse med maximal säkerhet innan han flydde, enligt uppgift i en tvättkorg.
Han var på rymmen i 13 år innan han hölls åter igen 2014 efter en rad uppmärksammade arresteringar av medarbetare och hemlig övervakning av de amerikanska myndigheterna.
Mexikanska tjänstemän säger att de har arresterat sex nyckelpersoner som påstås ha hjälpt Joaquin Guzman fly från fängelset i juli.