Rättsläkaren Jim Kitson sa att förhöret om 11-åriga Francis Rowntrees död 1972 skulle "allvarligt hindras" om han inte kunde närvara.
Han sade att mannens hjärtetillstånd måste vara en faktor när han bestämde sig för att tvinga honom att vittna.
Rättsläkaren sa till förhandlingen att det var en "fin balansakt".
Francis lekte med vänner på Divis Flats komplex utanför Falls Road i västra Belfast i april 1972 när han träffades på huvudet av gummikulan. Han dog på sjukhus flera dagar senare.
Kontroverserna omger skottlossningen, med omtvistade påståenden om huruvida den unge pojken blev träffad direkt eller träffad av en ricochet, och om kulan hade blivit manipulerad för att göra den potentiellt orsaka mer skada.
Den tidigare medlem av Royal Anglian-regementet som avfyrade gummikulan är känd för domstolen som soldat B.
En advokat för försvarsministeriet berättade för förhöret att soldat B:s konsult kardiolog hade uttryckt "betydande reservationer" om hans lämplighet att närvara, i en rapport som utarbetats för rättsläkarens domstol.
"Det verkar på ytan av det att vara ett ganska allvarligt tillstånd som innebär flera medicinska ingrepp under åren," advokaten sade.
Han tillade: " Sannolikheten för en hjärtattack eller en död skulle vara liten, men inte noll.
"Det finns en betydande risk för den här mannens hälsa att tvinga honom att ge bevis."
En advokat som representerade familjen Rowntree sade att man kunde vidta ett antal åtgärder för att få vittnet att känna sig väl till mods.
Hon föreslog att den tidigare soldaten kunde ge bevis via videolänk; det kunde bli regelbundna avbrott i förhöret; medicinsk hjälp kunde vara i beredskap och domstolen kunde delvis rensas.
Hon sa till rättsläkaren: "Du vet hur allvarligt fallet är och du vet att han är huvudvittnet och mycket viktig för fallet."
Mr Kitson sade: " Detta är ett nyckelvittne och helt klart skulle förhöret allvarligt hindras om detta vittne inte är närvarande, men jag är mycket medveten om inverkan på den här mannens hälsa.
"Det är en bra balans mellan de två prerogativen och påtryckningar - jag kommer att reflektera över detta mycket noga."
Utredningen ska inledas den 27 april.
En rättsläkare har sagt att han kommer att fundera noga på om en soldat som sköt en gummikula som dödade en pojke är för sjuk för att ge bevis.