Nio män greps över en pitch invasion och bloss kastas under stadens 3-0 förlust vid Sixfields.
Klubben har sagt att de "upprepade störningarna" var "oacceptabla".
En Sky Blue Trust uttalande sade: "Vi tolererar inte antisociala och olagliga handlingar såsom kastande av rökbomber och flera pitch invasioner."
Men uttalandet fortsatte: " Vi förstår att det helt och hållet var resultatet av frustration och desperation och att många anhängare helt enkelt känner sig maktlösa och ignorerade i slutet av sina tjuder.
"Medan fredliga protester och framställningar har väckt nationell uppmärksamhet och sympati, har de till synes ignorerats av Sisu och [ordföranden] Tim Fisher och denna en gång stora klubb är i nu i total förvirring och kaos.
"Skådeplatserna var fula men bärs av desperation och passion. Förtroendet uppmanar alla fans att hålla alla protester lagliga och se till att dessa scener inte upprepas."
Coventry fans har hållit ett antal protester mot klubbens ägare denna säsong, med Decembers EFL Trophy andra omgången seger över Crawley locka en rekordlåg hemmapublik.
Den Sky Blues är utan en League One seger sedan 1 November och har bara vunnit fyra gånger hela säsongen.
En Coventry City fans förtroende säger avbrott vid lördagens nederlag av Northampton orsakades av "desperation" med klubbens ägare, Sisu.