Hyresvärden som hyr ut fastigheter till fler än tre icke-närstående personer behöver ansöka om tillstånd för ett Hus of Multiple Occupation (HMO).
Men många skjuts upp - eftersom en licens kan kosta?1000 - trots att jag har fått böter på upp till?20 000, sa Southamptons kommunfullmäktige.
Myndigheten uppskattade att det fanns sammanlagt 1.500 olicensierade HMO i området.
Shelter helpline rådgivare Nadeem Khan sade rädsla för vräkning och att leva i dåligt underhållna fastigheter är frekvent oro som väckts av HMO hyresgäster.
"På grund av den enorma bristen på prisvärda bostäder tvingas människor in i hyrda bostäder som är oreglerade. Vi får ungefär fem eller sex samtal om dagen om detta, sade han.
Nationella, obligatoriska tillstånd för HMOs riktar sig till hus med tre våningar eller mer och ockuperas av fem eller fler icke-närstående personer.
I Southampton påverkar licenserna fastigheterna i Bargate, Bevois, Portswood, Swaythling (Designation 1 - infördes 2013) och Shirley Freemantle, Millbrook och Bassett (Designation 2 - infördes 2015).
En talesman för rådet sade: "Landsherrar har i allmänhet samarbetat med regimen, men en liten minoritet har motsatt sig att ansöka om deras tillstånd."
Rådet sade att det hittills hade vunnit åtal mot en firma och 13 individer.
Hyresgäster i Southampton kan drabbas av vräkning eftersom hyresvärdar håller felaktiga pappersarbete, Shelter påståenden.