Jean-Yves Le Drian, som besöker Mali, sa att en styrka på 1000 skulle lämnas på plats.
Frankrike ingrep militärt i januari för att driva bort islamistiska militanter som hade tagit över norra delen av landet.
En FN-styrka i Mali, Minusma, berodde vid det här laget på nummer 12 000 - men är fortfarande mindre än hälften av det.
När krisen var som värst hade Frankrike en styrka på omkring 4.500 i sin tidigare koloni.
I juli överlämnade Frankrike ansvaret för säkerheten till Minusma - som har införlivat västafrikanska trupper som stödde den franska offensiven.
Men Frankrikes tidtabell för att dra tillbaka de flesta av sina styrkor i slutet av året har halkat.
De 1 000 franska soldater som finns kvar i Mali är avsedda att hjälpa till att bekämpa de al-Qaida-kopplade grupperna som fortfarande riktar sig mot den vidsträckta norra ökenregionen.
"Vi kommer att förbli vid sidan av Malis armé, och även Minusma, så länge det behövs," AFP nyhetsbyrå citerar Mr Le Drian som säger.
På måndagen hittade FN:s fredsbevarare ett stort förråd av sprängämnen medan de patrullerade nära den norra staden Kidal.
FN:s talesman Olivier Salgado sade att den mängd ammoniumnitrat som hittades kunde användas för att tillverka mellan 20 och 25 bilbomber, rapporterar nyhetsbyrån Associated Press.
Frankrike kommer att minska antalet trupper i Mali under de kommande tre månaderna med 60 procent, har den franska försvarsministern sagt.