Striderna varade i flera timmar nära staden Mazar-e Sharif i norra Balkh provinsen.
Rebeller riktade sig mot dem som lämnade fredagsbönerna vid basens moské och andra i en matsal, sade armén.
Talibanerna sade i ett uttalande att de hade utfört attacken med hjälp av självmordsbombare för att bryta mot försvaret.
Enligt tidigare beräkningar var dödssiffran så hög som 134, men ett uttalande från försvarsministeriet på lördagen gav en siffra på mer än 100 döda eller skadade.
Det är en av de dödligaste vägtullarna i en talibanattack mot den afghanska armén.
Minst tio talibanska militanter dödades också i striderna och en angripare fängslades.
Den afghanska regeringen har förklarat söndagen som en dag av nationell sorg.
separat sade USA:s militära befäl i Afghanistan att talibanbefälhavaren Quari Tayib hade dödats i ett koalitionsflyganfall.
Det sades att Tayib var "en gång känd som talibanernas skuggguvernör i Takharprovinsen" i nordöstra delen och dödades tillsammans med åtta andra talibanstridande i strejken den 17 april.
De talibankrigare som attackerade basen bar arméuniformer och körde genom vägspärrar för att inleda räden, sade en militär talesman.
En skadad soldat, Mohammad Hussain, sade: " När jag kom ut ur moskén, började tre personer med arméuniformer och ett arméfordon skjuta på oss. Naturligtvis hade de några infiltratörer inne i basen, annars skulle de aldrig ha kunnat komma in.
"En av dem som satt i ett fordon hade satt upp en kulspruta vid bilens fönster och sköt alla i hans väg."
President Ashraf Ghani flög till området på lördag och besökte skadade trupper.
USA:s militära talesman John Thomas beskrev attacken som en "betydande" strejk, men han berömde afghanska kommandosoldater för att ha fått slut på "troheten".
Det finns motstridiga rapporter om förluster. Försvarsministeriet bekräftade att mer än 100 soldater hade "dödats eller skadats", men en säkerhetstjänsteman i Mazar-e Sharif berättade för BBC att mer än 100 hade dött, inklusive en högsta militär befälhavare.
Släktingar till några av soldaterna samlades utanför basen för att ta kistor i besittning. De ifrågasatte alla de säkerhetsåtgärder som fanns vid huvudingången.
"Om stränga inspektioner hade ägt rum, angriparna skulle inte ha passerat den första porten", sade Jan Agah, från Jowzjan provinsen. En av hans brorsöner som tjänstgjorde vid basen dog och en annan skadades i attacken.
Rädslan visar att talibanerna kan planera och genomföra komplexa attacker. De stridande sade att fyra av angriparna hade tjänat som soldater under en lång tid och hade kunskap om varje hörn av basen.
Basen i Mazar-e-Sharif är hem till den afghanska nationella arméns 209:e kår, som ansvarar för säkerheten i större delen av norra Afghanistan, inklusive Kunduzprovinsen - som har sett kraftiga strider nyligen.
Flera tyska och andra utländska soldater rapporteras vara garnisonerade där.
Förra månaden rapporterades omkring 50 personer ha dött när militanter tros vara från den grupp som kallas Islamiska staten riktade patienter och personal på ett militärsjukhus i Kabul med vapen, granater och knivar.
Även i mars sade talibanerna att de hade tillfångatagit det avgörande södra afghanska distriktet Sangin efter ett års strid.
Mer än 100 afghanska soldater dödades eller sårades i en talibanattack på en armébas på fredag, har försvarsministeriet bekräftat.