Smith utsågs till kapten för Red Rose för 2015 säsongen, men bara skeppade laget i ett spel efter att ha fått höra att han behövde ryggkirurgi.
Skadan höll honom ute i 13 månader men han kom tillbaka till funktionen i de sista månaderna av förra säsongen, bara för rygg problem att återvända.
"Det är mycket sorgligt och ett svårt beslut att komma till," sade han BBC Radio Lancashire.
"Följa några medicinska råd från specialisten och tänka på den långsiktiga framtiden det har kommit på grund av skada.
"De senaste två årens toppar från kapten till att inte spela, till operation, till att spela igen, till att gå i pension men till slut har det tagit sin tribut. Min långsiktiga hälsa har prioriterats."
Klubben har meddelat att Smith kommer att stanna på Old Trafford för att hjälpa akademichef Gary Yates att hjälpa till att föra unga spelare genom deras system.
BBC Radio Lancashire cricket reporter Scott Läs:
"Tom Smith kan se tillbaka på sin karriär med en hel del stolthet för både sina föreställningar på fältet Lancashire och för det mod han visade upp det.
"Han kämpade hårt för att återvända från skada förra säsongen, en skada som berövade honom kaptency 2015.
"En genuin allrounder, som överensstämmer med skålen och skicklighet med fladdermusen såg honom namngav klubbens spelare av året efter en stellar 2014.
"Han kommer att bli beundrad och respekterad på Old Trafford i lika hög grad både som spelare och person."
Lancashire allrounder Tom Smith har meddelat sin pension vid 31 års ålder efter en rad skadeproblem.