En kran användes för att lyfta skannern på plats och operationen tog flera timmar att slutföra.
Investeringen på flera miljoner pund har delvis finansierats genom välgörenhetsdonationer.
Av 2012, scanner appeal hade höjt £2m, och på den tiden Belfast Health och Social Care Trust sade att det förväntade maskinen skulle vara på plats 2013/2014.
I detta skede uppskattades den totala kapitalkostnaden till 4 miljoner pund, med ytterligare årliga driftskostnader på 1,9 miljoner pund.
Den dåvarande hälsovårdsministern Edwin Poots engagerade 2,75 miljoner pund i projektet i november 2012 och beskrev det som en "vital service".
Han sade att han var glad över att det äntligen skulle installeras och att förseningarna hade orsakats av praktiska frågor.
"Tydligen är det något som Belfast Trust hade att göra med men sjukhuset som det placeras i är en mycket gammal byggnad," sade han.
"Det första problemet som de stötte på var asbest och det fanns betydande asbestborttagning som skulle ske, så det var den första fördröjningsfaktorn.
"En annan sak som påverkade det var att själva skannern är en betydande vikt och marken måste staplas för att skannern ska installeras.
"Den pålen ägde rum faktiskt i en byggnad, så man kan förstå att det var en enorm teknisk utmaning att ta sig an."
Poots sade att när det väl installerats skulle det få "livsfrälsande konsekvenser" och göra en "ömsesidig skillnad" för de tjänster som tillhandahålls på barnsjukhuset.
Brian Barry, Belfast Health and Social Care Trusts chef för specialistsjukhus, sade att den nya skannern skulle hjälpa till att minska väntetiderna.
"Tidigare våra barn i Nordirland var tvungna att gå och få magnetröntgen i en vuxen miljö", sade han.
"Vi har nu en helt ny målinriktad, barnvänlig miljö och har ökat antalet tillgängliga sessioner, så det finns mer service och en bättre service, måndag till fredag."
Skannern bör vara i drift inom två månader och kommer att användas för diagnos av ett brett spektrum av medicinska tillstånd, inklusive cancer.
En ny MRI-scanner har levererats till Royal Belfast Hospital for Sick Children.