Båten är känd för att ha kapsejsat i Durris området, vid Craiglug.
Scottish Fire and Rescue Service sade inledningsvis att en av de tre - tros vara tonåringar - tog sig i land, och ansträngningar gjordes för att nå de andra två som var strandsatta på en ö i floden.
De räddades senare med båt.
Varningen väcktes strax efter 13:45.
Tre flickor som satte igång en räddningsinsats i floden Dee i Aberdeenshire efter rapporter om att en båt kommit i svårigheter är alla säkra och väl.