En 24-timmars promenad av medlemmar i Rail, Maritime and Transport (RMT) facket, i protest mot införandet av endast förare tåg, slutade kl 11:00 BST på onsdag.
Södern varnade passagerarna för att förvänta sig "svåra och frustrerande" resor under hela dagen.
Ytterligare två strejker har aviserats den 10 maj och den 12 maj.
Senaste uppdateringar här
RMT bekräftade att den skulle delta i samtal med södra "över vakterna jobb och säkerhetstvist" på fredag.
Dyan Crowther, chefsofficer för södra ägaren Govia Thameslink Railway, berättade för BBC Sussex: "Vi är mycket glada att höra det och vi ser fram emot att träffa RMT."
Söderut sade vissa rutter var återigen avstängda eller reducerade med 700 färre tjänster över Sussex och östra Surrey.
Clothe Crowther sade att tidtabellen inte skulle återgå till det normala förrän på torsdag eftersom de behövde få rullande materiel och personal i rätt position.
Paul Barker, en pendlare från Rye, tar normalt ett sydligt tåg till Ashford och sedan en höghastighetståg till St Pancras.
Han sade att han arbetade hemifrån på tisdagen men åkte till Robertsbridge på onsdag för att fånga en sydöstra tjänst till London.
Han sade: "Det var stående rum endast från Frant, men du kan inte ta två dagar ledigt från arbetet."
RMT:s generalsekreterare Mick Cash sade: "Tvisten handlar om säkerhet. Företaget, med ett öga på allt högre vinster, är redo att yxa vakterna på några av de mest överfulla och potentiellt farliga tjänster."
Företaget sade att det inte skulle finnas något arbete eller lönesänkningar men de planerade förändringarna skulle göra ledare mer synliga medan förare skulle köra dörrar.
Den anklagade RMT för "scaremongering" och sade "Driver-only drift är en säker, beprövad sätt att arbeta" som hade använts "på 40% av tågen över södra nätet i 25 år".
Samtal för att förhindra ytterligare strejk av södra järnvägsledare ska hållas på fredag.