Läkarna, som bar vita klänningar och operationsmössor, krävde att regeringen hedrar ett 2013 avtal för att öka lönerna.
Dussintals patienter med psykisk hälsa sades ha lämnat ett sjukhus i Nairobi under strejken.
Tjänstemännen säger att åtgärden är förhastad och att förhandlingarna bör fortsätta.
De säger att läkare har trotsat ett domstolsbeslut om att skjuta upp strejken till slutet av den här månaden för att möjliggöra fler samtal.
Men Kenya Medical Practitioners Pharmacists and Dentists' Union (KMPDU) sade att det hade fått slut på tålamod efter att regeringens åtaganden inte förverkligats.
– Vi har haft mycket diplomati och mycket dialog. Dialogen måste få ett slut, sade fackets ordförande Samuel Oroko.
Omkring 5.000 läkare på mer än 2.000 offentliga sjukhus slutade arbeta vid midnatt på söndagen.
Sjukhusen skulle inte erbjuda ens räddningstjänster under aktionen, sade facket.
En BBC - korrespondent säger att detta äventyrar tusentals liv, eftersom många kenyaner inte har råd med privat sjukvård.
Vid ett sjukhus i västra Kenya hörde en reporter i tidningen Daily Nation en sjuksköterska säga åt en gråtande kvinna i arbete att gå och träffa landshövdingen. Enligt det kenyanska systemet är länen ansvariga för att betala viss medicinsk personal.
Under tiden rapporterades minst 50 patienter med psykisk hälsa på Mathares mentalsjukhus i Nairobi ha lämnat anläggningen mitt i strejkens kaos.
Videon som publicerades på Standardtidningens hemsida visade att patienter klättrade över sjukhusväggar och gick sin väg.
Medicinsk personal vill att ett avtal undertecknat mellan Kenya Medical Practitioners' Union och Kenyas regering under 2013 ska genomföras.
I avtalet ingicks en löneökning på 300 % för läkare.
Läkarfacket säger också att det vill ha fler läkare anlitade för att minska förhållandet mellan läkare och patient, för närvarande en läkare för mer än 16.000 kenyaner.
"Vi har en stor brist på läkare men våra län skickar bort läkare, säger att de inte kan anställa fler läkare," fackrepresentant Gitau Kagona berättade Daily Nation. "Vi kan inte få bra service på sjukhus på grund av denna utmaning."
En del läkare förde med sig tomma säckar till en händelse som markerade början av strejken, en hänvisning till pengar som betalades ut under en kontroversiell statlig upphandling till en affärskvinna, som enligt uppgift bar ut dem i en säck.
De lanserade också en hashtag i sociala medier - #LipaKamaTender - som ungefär översätts som "betala som anbuden", vilket innebär att staten bör betala sina löner lika effektivt som den betalar offentliga anbud.
Det har förekommit protester och enstaka strejker från olika läkare i delar av landet om förseningen med lönehöjningen.
Detta är dock den första landsomfattande strejken i frågan.
Läkarnas beslut att inte erbjuda akutvård följer ett liknande tillvägagångssätt som togs av medicinsk personal under en veckolång strejk i Burkina Faso förra månaden, då läkarstudenter och armésjukvårdare fördes in för att erbjuda behandling.
Polisen har avfyrat tårgas för att skingra hundratals läkare som slår till i Kenyas huvudstad Nairobi.