Båda var på skeppet, Tara, när det stötte på problem mellan Bokpunt och Gansekraal, ungefär 04:30 på måndag.
National Sea Rescue Institute (NSRI) sade en 61-årig skotsk man, och 49-årig kvinna från Irland, dog i händelsen.
En 66-årig man, även från Irland, tog sig i land och satte igång larmet.
Den sydafrikanska sjösäkerhetsmyndigheten undersöker de omständigheter som ledde till tragedin.
NSRI - en sydafrikansk organisation liknande RNLI i Storbritannien - sade sina sjöräddnings flottar och en polis dykenhet hade svarat när larmet höjdes.
Räddningsteamen upptäckte emellertid att båten bröts upp bland klippor på stranden.
NSRI sade att det inte var känt vad som hade orsakat båten att träffa klipporna och om det hade kapsejsat innan löpning grund.
En talesman sa att det fanns tre besättningsmedlemmar ombord, som enligt uppgift seglade från Langebaan till Kapstaden.
Den 66-årige mannen som larmade är ursprungligen från Irland men bosatt i västra Kapprovinsen.
En talesman för utrikesdepartementet sade: "Vi samarbetar med lokala myndigheter och söker ytterligare information efter en brittisk medborgares tragiska död i Kapstaden i Sydafrika."
En skotsk man och en irländsk kvinna har dött efter att en yacht kapsejsat och gjort slut på Sydafrikas västkust.