Inflödet av migranter har satt press på myndigheterna i den norra staden att hitta boende. En del invandrare sover hårt utomhus.
Hamburgs lag träder i kraft nästa vecka.
I en separat utveckling anmälde åklagarna rashat mot en av grundarna av den anti-islamiska Pegida-rörelsen.
Åklagarna i den östra staden Dresden sade att de agerade efter Lutz Bachmann hade på Facebook beskrivit asylsökande "krasch" och "djur".
Pegida (Patriotiska européer mot islamiseringen av västerlandet) medlemmar har iscensatt ett antal möten under de senaste månaderna, locka tiotusentals människor.
Under tiden, en ny undersökning av TV-bolag ARD sade 51% av människor medgav tillströmningen av invandrare skrämde dem. Det tyder på att kansler Angela Merkels popularitet är låg i fyra år.
Hon har sagt att Tyskland kan ta emot invandrare som verkligen har flytt från krig eller förföljelse - en humanitär gest mot de tusentals människor som riskerar livet för att nå Europa i år.
Men många politiker - däribland hennes konservativa bayerska CSU-allierade och olika EU-partner - har kritiserat öppenhetspolitiken.
Hur länge kan Merkels öppen-dörr-policy pågå?
Hamburgs nya lag beskrivs som en tillfällig nödåtgärd. Ägare av tomma kommersiella fastigheter kommer att kompenseras. Lagen omfattar inte bostadsfastigheter.
Men den konservativa oppositionen i staden, i norra Tyskland, fördömde flytten.
Myndigheterna i Bremen, en stad strax väster om Hamburg, överväger att anta en liknande lag.
Tyskland räknar med att ta emot minst 800.000 asylsökande i år - ungefär fyra gånger så många som förra året.
Många kommer från Syrien, Irak och Afghanistan. Men de tusentals personer som anländer är också asylsökande från Kosovo, Albanien och andra länder på Balkan, vars krav vanligtvis avvisas.
På torsdag slogs mer än 200 migranter mot varandra i ett massbråk vid ett mottagningscentrum i Hamburg-Bergedorf. Polisen sa att syrier och afghaner var inblandade i den senaste sammandrabbningen.
Liknande strider har brutit ut vid vissa andra invandrarcentra i Tyskland. Ett större bråk ägde rum nära Kassel i centrala Tyskland i slutet av september.
I Berlin, München, Hamburg och på andra håll har myndigheterna byggt tältläger för invandrare - men med vintern som närmar sig anses de alltför grundläggande som gemensamma bostäder.
Det finns knappast något boende kvar i Hamburg för invandrare, som kommer in i staden i en takt av omkring 500 dagligen, ARD TV-rapporter.
Hamburgregionens vänsterregering - en koalition av gröna, socialdemokrater (SPD) och Die Linke - säger att den nya lagen kommer att gälla fram till mars 2017.
Förverkande kommer endast att ske om fastighetsägaren vägrar lämna över det frivilligt i utbyte mot ersättning.
I Brandenburgregionen, i östra Tyskland, har myndigheterna stoppat rivningen av gamla subventionerade bostadshus. I stället kommer de att renoveras för att tillhandahålla 4.000 lägenheter för invandrare, rapporterar den dagliga Die Zeit.
Samtidigt planerar Franconia, i norra Bayern, att bygga billiga modulära enheter för att inhysa invandrare i 10 år, varefter de kommer att hyras ut som subventionerade bostäder för lokalbefolkningen.
Hamburg har blivit den första tyska staden att anta en lag som tillåter beslag av tomma kommersiella fastigheter för att inhysa migranter.