Kunder som betalar via autogiro får ofta räkningar baserade på uppskattade mätvärden.
När en faktisk avläsning görs, företaget "back-bills" kunden för eventuella brister mellan betalningar och den energi som används.
Citizen Advice säger att räkningarna träffar tusentals pund i vissa fall.
Dess forskning förra året visade att så många som 2,1 miljoner konsumenter per år får någon form av upphämtningsräkning, i genomsnitt 206.
År 2007 undertecknade energileverantörerna ett frivilligt åtagande om att inte back-bill inhemska kunder för energi som användes mer än 12 månader tidigare, om leverantören hade fel.
Utbyggnaden av marknaden har lett till farhågor om att vissa inte håller sig till detta avtal, och tillsynsmyndigheten Ofgem vill skriva in det i reglerna före vintern.
"Vi förväntar oss att leverantörer sätter sina kunder först, vilket är anledningen till att vi föreslår en ny verkställbar regel för att ge detta skydd", säger Rachel Fletcher, senior partner på Ofgem.
Gillian Guy, chef för Citizen Advice, sade: " Gas- och elräkningar kan kasta folks ekonomi i oordning.
"Vi hjälpte en person som fick en räkning för över 3,000 pund efter att deras energiföretag slutat ta sin autogirobetalning men inte berätta för kunden. Företaget vägrade att tillämpa 12-månaders back-bill-gränsen och lämnade kunden att betala hela räkningen.
"Vi har länge uppmanat tillsynsmyndigheten att införa en obligatorisk tidsfrist för backräkningar i stället för att förlita sig på frivilliga åtgärder, som leverantörer har vägrat att ansöka om i vissa fall."
Regulatorn planerar att minska återbetalningstiden när mer exakta smarta mätare blir normen i hemmen. Medborgarrådgivningen kräver att denna tidsfrist minskas till tre månader.
Energiföretagen kommer att förbjudas att ta ut upphämtningsräkningar för gas och el som förbrukas mer än tolv månader tidigare, enligt tillsynsmyndighetens planer.