Det kommer dagar efter IS drevs ut ur den närliggande antika staden Palmyra.
IS tillfångatogs al-Qaryatain i augusti och bortfördes hundratals invånare, inklusive dussintals kristna. Många blev senare befriade.
En övervakningsgrupp sa att det fortfarande fanns fickor av strider i staden.
Det brittiska syriska observatoriet för mänskliga rättigheter sade på söndagen att det fortfarande fanns IS-kämpar i de östra delarna av staden, men att de drog sig tillbaka.
Om regeringen återigen bekräftar sin kontroll över al-Qaryatain skulle det vara ytterligare ett uppsving för president Bashar al-Assad, vars styrkor - med stöd av ryska flyganfall - har gjort en rad vinster mot rebeller under de senaste månaderna.
Infångandet av staden skulle också utgöra en central bas för regeringstrupper och deras allierade för att attackera IS-områden nära den irakiska gränsen, säger observatörerna.
En syrisk armé general sade att trupper hade "återställt säkerhet och stabilitet till al-Qaryatain och gårdar som omger den" och skulle skära av IS försörjningsvägar mellan öst och Qalamoun bergsregionen i väst.
Al-Qaryatain, omkring 80 km väster om Palmyra, togs över av IS-kämpar i deras första stora offensiv sedan de grep Palmyra i maj förra året.
Den blandade staden hade en stor kristen befolkning, av vilka många flydde, även om dussintals kidnappades och enligt uppgift fördes till IS "de facto huvudstad, Raqqa. De släpptes flera veckor senare, sades det i rapporterna.
Det har skett en dramatisk nedgång i striderna i Syrien sedan ett partiellt eldupphör trädde i kraft förra månaden, även om IS och den al-Qaida-kopplade Nusrafronten uteslöts och fortfarande är föremål för eldupphör.
Syriska styrkor och deras allierade har återtagit den centrala staden al-Qaryatain från den så kallade islamiska staten (IS), vilket innebär ytterligare ett strategiskt slag mot den militanta gruppen, säger statsmedierna.