Hennes majestät, som hade bott på Palace of Holyroodhouse, dök upp i Får Heid i Duddingston på fredag.
Monarken hade tidigare varit på Musselburgh Racecourses 200:e födelsedagsfirande.
Hon är mycket sällan sett äta ute på offentliga restauranger, men 650-åriga Får Heid Inn har kopplats till Royals sedan 1500-talet.
År 1580 gav kung Jakob VI av Skottland hyresvärden en utsmyckad vädurs huvudsnusdosa.
Man tror att han och hans mor, Mary Queen of Scots, besökte värdshuset många gånger för att leka skittles på gården.
Som ett tecken på tacksamhet presenterade han hyresvärden med den ovanliga gåvan som fanns kvar på plats i 300 år innan den såldes på auktion till Earl of Rosebery.
En talesman för fårheid sade: " Jag kan bekräfta att drottningen var här. " Han vägrade att ge detaljer om vad hon beställde.
Det har emellertid rapporterats att drottningen och hennes följeslagare åtnjutit två portioner lamm och en filé havsabborre.
Drottningen har setts äta kvällsmat på en pub i Edinburgh.