Wagner, 46, utsågs till ett 12-månaders rullande kontrakt i november 2015.
Efter en 19:e plats i den tyska första säsongen, ledde ex-Borussia Dortmund II coach Terriers till femte sista terminen innan du slog Läsa i Championship play-off finalen.
Wagners assistent Christophe Buehler har också tecknat ett nytt kontrakt.
Huddersfields första Premier League-match är på väg till Crystal Palace lördagen den 12 augusti.
Klubben har undertecknat den belgiska strejkaren Laurent Depoitre och Australien mittfältaren Aaron Mooy, för en klubb-rekord avgift, hittills i sommar.
Ordförande Dean Hoyle sade till BBC Radio Leeds: " Utan David som tränare för denna fotbollsklubb förra året, Huddersfield Town skulle inte vara i Premier League. Han trotsade alla odds.
" Kontraktet är en belöning för lojaliteten han gett klubben."
Huddersfield huvudtränare David Wagner har tecknat ett nytt tvåårigt avtal efter att ha guidat klubben till Premier League för första gången.