De gjorde förbindelsen på en expedition till pojkens by, Meliandou.
De tog prover och pratade med lokalbefolkningen för att ta reda på mer om Ebolas källa.
Teamets resultat publiceras i EMBO Molecular Medicine.
Meliandou är en liten by med 31 hus.
Den ligger djupt inne i den guineanska skogsregionen, omgiven av höga vassrör och oljepalmodlingar - dessa tros ha lockat fruktfladdermössen som bär viruset som förs vidare till Emile.
Under sin fyra veckor långa fältresa i april 2014 hittade dr Fabian Leendertz och kollegor en stor stubbe belägen ca 50 meter från Emiles hem.
Byborna rapporterade att barn brukade leka ofta i det ihåliga trädet.
Emile - som dog i Ebola i december 2013 - brukade spela där, enligt sina vänner.
Byborna sade att trädet brann den 24 mars 2014 och att när trädet fick eld, det utfärdade ett "regn av fladdermöss".
Ett stort antal av dessa insektsätande fladdermöss - mops condylurus på latin - samlades in av byborna för mat, men bortskaffades dagen efter att ett regeringsstyrt förbud mot konsumtion av bushmeat tillkännagavs.
Medan bushmeat tros vara en möjlig källa till ebola, tror forskarna att det inte utlöste utbrottet.
Istället var det Emiles exponering för fladdermössen och deras spillningar när han lekte med sina vänner i det ihåliga trädet.
Forskarna tog och testade askprover från trädet och hittade DNA-spår som matchade djuren.
Medan de inte kunde testa något av det bushmeat som byborna hade gjort sig av med, fångade och testade de alla levande fladdermöss som de kunde hitta i och runt Meliandou.
Ingen ebola kunde dock upptäckas hos något av dessa hundra djur.
Men tidigare tester visar att den här arten av fladdermus kan bära Ebola.
Dr Leendertz, från Robert Koch Institute i Tyskland, och hans kolleger säger att detta måste vara en ganska sällsynt händelse dock.
Doktor Leendertz sade: " Det är också uppenbart när man tänker på hur många ton fladdermuskött som konsumeras varje år.
"Om fler fladdermöss bar viruset skulle vi se utbrott hela tiden."
Han säger att det är viktigt att ta reda på mer om fladdermöss.
"De har flyttat in i mänskliga bosättningar. De bor inte bara i träden, utan också under hustaken i byarna.
"Ebolaviruset måste hoppa genom kolonier från fladdermus till fladdermus, så vi behöver veta mer."
Men att slakta djuren är inte lösningen.
"Vi måste hitta sätt att leva tillsammans med djurlivet. Dessa fladdermöss fångar insekter och skadedjur, till exempel myggor. De kan äta omkring en fjärdedel av sin kroppsvikt hos insekter om dagen.
"Att döda dem skulle inte vara en lösning. Du skulle få mer malaria."
Offret för Ebola som tros ha utlöst det nuvarande utbrottet - en tvåårig pojke som heter Emile Ouamouno från Guinea - kan ha smittats genom att spela i ett ihåligt träd som hyser en koloni fladdermöss, säger forskare.