I augusti inledde Scott undersökningen av en "försämrad" olympisk kampanj som producerade tre medaljer från ett mål på fem till sju.
En viktig upptäckt i rapporten krävde Australien-baserade Scott att flytta till Storbritannien, något han inte kunde göra.
Scott, som har varit verksamhetsledare sedan 2007, kommer att kliva åt sidan i slutet av månaden.
Australiska avlägsnandet gör det möjligt för brittiska simning att börja sökandet efter en ny performance regissör som uppmärksamhet vänder sig till nästa OS i Rio om fyra år.
"Jag respekterar denna slutsats från prestandagranskningen jag initierade efter våra resultat i London," Scott sade.
"Jag ville se till att vi inte lämnade någon sten ovänd i förståelse för varför vi inte nådde våra mål.
"En av de viktigaste resultaten av översynen kräver en förändring av min nuvarande arbetsmetod genom att vara baserad i Storbritannien. Men av personliga skäl och familjeskäl kan jag inte uppfylla denna rekommendation och erbjöd mig därför att säga upp mig."
Brittiska Simning prestanda regissör Michael Scott har avgått efter en översyn i resultat i London 2012.