Det Dundee-baserade företaget sade att aktieägarna hade velat att förändringar skulle göras för att förbättra prestandan.
Finansdirektör Alan Trotter ska lämna Alliance Trust, medan direktör Katherine Garrett-Cox ska lämna styrelsen.
Det finansiella tjänstebolagets aktiekurs steg när handeln öppnades efter tillkännagivandet.
Alliance Trust hade ställts inför krav på en förändring i styrningen från USA-baserade aktivistinvesterare Elliott Rådgivare.
Företaget strävar efter att förenkla sina strukturer och minska kostnaderna med 6 miljoner pund per år i slutet av 2016, även om uppgifter om personalnedskärningar eller andra effektivitetsåtgärder inte har meddelats.
Att Garrett-Cox lämnar styrelsen innebär att den nu enbart består av icke verkställande direktörer, vilket gör den helt oberoende.
I ett brev till aktieägarna sade styrelseordförande Karin Forseke att förändringarna skulle träda i kraft "så snart som möjligt", och senast i mars 2016.
Hon sade: "De åtgärder vi har tillkännagett representerar några av de största förändringarna i vår historia, och är utformade för att ytterligare förbättra aktieägarvärdet.
"Genomförandet kommer att kräva betydande ytterligare arbete av teamet, men vi tror att som ett resultat Alliance Trust kommer att vara betydligt bättre positionerade för framtiden."
Chefer på Alliance Trust, den vördnadsbjudande Dundee finanshuset, har varit under belägring i åratal. Efter att ha varit tvungen att stämma för fred tidigare i år är villkoren nu tydligare, och de innebär en radikal förändring i riktning.
En kostnadssänkning på 20 procent kommer att kännas smärtsam vid Taysides högkvarter. Icke-kärntillgångar säljs och nya riktmärken sätts upp, med regelbundna översikter för att kontrollera hur förvaltningen av fonden fungerar gentemot marknaden.
De har varit före sina riktmärken sedan förra året, men om de inte presterar tillräckligt i framtiden, kommer de styrelsemedlemmar som tillförs av aktivistinvesterare att ompröva beslutet att inte överlåta fondförvaltning till ett annat företag.
Omfattningen av förändringen av Trusts strategi, och klippandet av ledande befattningshavares inflytande, genom att ta bort dem från styrelsen, är sådan att man kan förvänta sig att verkställande direktören Katherine Garrett-Cox och/eller ordförande Karin Forseke avgår.
Detta följer dock på samråd med hela skalan av aktieägare, och de mindre på lång sikt kan se de nuvarande cheferna som sitt bästa skydd mot kortsiktiga vinster. Med ledande aktivistinvesterare Elliot Advisers ökar sin insats nyligen, är detta en obehaglig uppgörelse.
Investeringsföretaget Alliance Trust ska minska kostnaderna med 6 miljoner pund samtidigt som styrelsen omstruktureras för att bli helt oberoende.