East Riding of Yorkshire Council vägrade att godkänna planen vid North Ferriby, nära Hull, i maj 2013.
Utvecklaren St Modwen vädjade till statssekreterare för kommuner och lokala myndigheter Greg Clark, som har avvisat planen.
Företaget sade att det var besviken och överväger sina alternativ.
Projektet Melton Fields skulle ha omfattat 510 hus och ett vårdhem. Företaget ansökte också om tillstånd för ett alternativt mindre system med 390 bostäder.
Byborna satte i gång en kampanj mot utvecklingen, och mer än 1.200 personer skrev brev som invände mot planerna.
East Riding Council avvisade båda förslagen och hävdade att marken hade öronmärkts för sysselsättning snarare än för bostadsbruk.
Utvecklaren överklagade rådets beslut till regeringens planeringsinspektion, som genomförde en offentlig utredning förra året.
Ledamot John Mabbett, vice ordförande i North Ferriby Parish Council, beskrev statssekreterarens vägran som "en seger för sunt förnuft".
"Om denna ouppnåeliga utveckling hade godkänts skulle vårt samhälle ha blivit överväldigat av sin storlek och byns tyg och karaktär skulle ha skadats för alltid", sade han.
En talesman för St Modwen sade: "Vi är övertygade om att våra förslag till bostadsutveckling är det mest livskraftiga alternativet för området, och för regionen.
"Våra förslag skulle inte bara leverera välbehövliga familjehem, utan också ge viktiga investeringar och arbetstillfällen till det lokala området."
Regeringen har avböjt planer på att bygga mer än 500 bostäder i närheten av en by i East Yorkshire.