Minimistraffet har ökat från 20 till 40 år.
Det kommer att gälla för alla bortföranden, även de som bara pågår några timmar eller dagar, så kallade "expressa kidnappningar".
Det maximala fängelsestraffet kommer att höjas från 50 till 140 år för dem som dödar sina offer.
Kidnappningar som begås av en offentlig säkerhetstjänsteman, till exempel en polis eller militär, kommer att straffas med upp till 100 års fängelse.
Kidnappare måste också betala höga böter.
I själva verket är det få människor som någonsin får straff längre än 60 år för federala brott, men kidnappning betraktas som en separat kategori.
Antalet kidnappningar som rapporterats till polisen har ökat dramatiskt i Mexiko under de senaste åren.
År 2007 rapporterades 438 kidnappningar, men antalet hade ökat till nästan 1700 i fjol.
Och regeringen uppskattar att antalet kidnappningar som rapporteras till polisen kan vara mindre än 2 procent av det totala antalet.
Om så är fallet kan det verkliga antalet bortföranden vara omkring 105 000 per år.
Analytiker säger att exakta siffror är svåra att få tag på, eftersom många bortföranden bara pågår i timmar eller några dagar tills offren tömmer sina bankkonton under pistolhot eller betalar en lösensumma.
De flesta rapporteras aldrig till myndigheterna av rädsla för repressalier från det kriminella gäng som utförde kidnappningen.
I januari i år inledde den mexikanska regeringen en landsomfattande insats för att bekämpa kidnappning.
En federal åklagare, Renato Sales, utsågs till chef för en anti-kidnapping kommitté som skulle samordna insatserna för att bekämpa bortföranden i de 10 mexikanska staterna (av 31) där 74 % av alla kidnappningar äger rum.
"Mexiko måste hantera snabbt och effektivt den humanitära nödsituation som detta brott innebär", sade Mr Sales vid den tidpunkten.
Mexiko har publicerat nya riktlinjer som kommer att fördubbla fängelsestraffen för kidnappning.