Isis Academy i Oxford sa att den hade ommärkt sig som "Iffley Academy" för att skydda sin "reputation, integritet och image".
Namnet 'Isis' valdes ursprungligen eftersom skolan ligger nära den del av floden Themsen som har samma namn.
Tidigare Iffley Mead School, blev det Isis Academy 2013.
Ett uttalande utfärdat av skolan sade att det hade bytt namn efter "den oförutsedda ökningen av ISIS (även känd som Isil och Islamiska staten) och relaterade globala mediebevakningen av verksamheten i gruppen".
"Vår prioritet är att ta bort den skadliga inverkan som namnet Isis hade på elever, deras familjer och vår personal."
Förra året tog en språkskola i staden bort Isis från sitt namn av samma anledning.
Isis är namnet på den del av Themsen som ligger ovanför Iffley Lock i Oxford. Det är också namnet på gudinnan hustrun till guden Osiris i egyptisk tro.
En skola har ändrat sitt namn från "Isis" eftersom ordet har blivit associerat med den så kallade islamiska staten.