Fyra dagar efter lanseringen av anti-korruption flytta, långa köer fortsätter utanför bankomater som folk försöker utbyta 500 ($7) och 1000 anteckningar.
"Det måste göras plötsligt men jag trodde aldrig att jag kommer att få välsignelser för detta", sade Modi.
Han antydde att andra åtgärder som syftar till att bekämpa korruption och den svarta ekonomin kan följa.
Finansminister Arun Jaitley uppmanade människor att vara tålmodiga och sade att det skulle ta några veckor för banker och bankomater att helt ersätta de gamla sedlarna, som beräknas utgöra cirka 85 % av den totala valutan i omlopp.
Jaitley sade att nästan 30 miljarder i de gamla sedlarna hittills hade deponerats i banker över hela landet.
Men kaotiska scener kan fortfarande bevittnas utanför banker eftersom allmänhetens tålamod börjar ta slut, säger BBC:s Sanjoy Majumder i Delhi.
En del handlare och småföretagare har hotat att strejka, eftersom de har drabbats hårt, säger vår korrespondent.
Oppositionen har också varit kritisk till flytten och sagt att de fattiga på landsbygden och i städerna har drabbats hårdast.
Men Modi tackade sina landsmän som "tog emot beslutet i nationellt intresse".
Och han varnade för att det inte fanns någon "garanti" för att nya åtgärder inte skulle följa efter det att systemet med note-exchange löper ut den 30 december.
Han sa att ingen skulle skonas i kampen mot korruption. Men "ärliga människor kommer inte att ställas inför några problem", tillade han.
Efter Modis överraskningsmeddelande på tisdag kväll stängdes bankerna på onsdag.
Tusentals panikslagna indianer har strömmat till banker sedan de öppnade igen på torsdag.
Det finns begränsningar för kontantuttag från bankomater och banker.
De 500 ($7; $6) och 1.000 ($15; £12) rupee sedlar är de högsta valör anteckningar i landet och är extremt vanliga i Indien. Flygplatser, järnvägsstationer, sjukhus och bränslestationer kommer bara att acceptera dem fram till dagens slut.
Människor kommer att kunna växla sina pengar på banker mellan den 10 november och den 30 december.
Den faktiska siffran är oklar, men korrespondenterna säger att frågan om "svarta pengar" - som kan ha förvärvats korrumperat eller undanhållits skattemyndigheterna - är ett enormt problem. Indiens regering hoppas kunna spola ut skattesmitare och göra pengar som är oredovisade för synliga för skatteändamål. Det har förekommit rapporter om skatteräder i många delar av Indien.
En person kan lägga så mycket han eller hon vill i banken - men uttag är begränsade så banksystemet kan hamna översvämmas av kontanter.
Regeringens riktlinjer säger att det är möjligt att växla upp till 4.000 rupier per dag fram till den 24 november - allt över detta kommer att omfattas av skattelagar. Människor kan också ta ut upp till 10 000 rupier från en bank per dag och högst 20 000 rupier per vecka.
Nya 2.000 och 500 rupee valör anteckningar med nya säkerhetsdetaljer ges till människor för att ersätta dem som avlägsnas från cirkulationen.
En ny 1000 rupee not "med en ny dimension och design" kommer också att införas i sinom tid, en högre regeringstjänsteman sade på torsdag.
De kan köpa valuta motsvarande 5 000 rupier med hjälp av dessa sedlar på flygplatsen växlingsdiskar fram till midnatt på fredag.
Planen att dra tillbaka värdefulla rupier i Indien måste hållas hemlig, har premiärminister Narendra Modi sagt.