De värst drabbade områdena låg i Midlands, där vägarna översvämmades, tågpassagerare strandsattes och många skolor stängdes.
Omkring 50 översvämningsvarningar från miljöbyrån - vilket betyder "omedelbara åtgärder som krävs" - finns för närvarande på plats.
Över 160 översvämningsvarningar på lägre nivå har utfärdats i stora delar av England och delar av Wales.
Översvämningar fortsätter att orsaka allvarliga störningar på vissa vägar, däribland delar av A428 och A3400 i Warwickshire.
BBC prognostiseraren Tomasz Schafernaker sade att torsdagens väder skulle vara en "mycket tystare", med "ingen av det kraftiga regnet som vi hade första sak på morgonen på onsdag".
Han sa att moln skulle klara sig över natten och lämna ett "få regnfläckar" i centrala och östra England på torsdag morgon, med klar himmel och låga temperaturer på andra håll.
På onsdagen bildade British Transport Police mänskliga barriärer för att hålla tillbaka folkmassor i London Euston efter det att tågen mellan Rugby och Milton Keynes hade ställts in.
I Warwickshire stängdes 14 skolor, och ett antal människor räddades från bilar av brandmän på grund av översvämningsvatten.
I Birmingham filmades en man med hjälp av en stege som bro för att nå en skåpbil som var strandsatt.
Dussintals översvämningsvarningar finns kvar i centrala England efter kraftigt regn och störningar på onsdagen.