39-åringen, som vann silver i Peking 2008, fick en ryggskada i utbildningen.
Hon stack med ett avskedsskott över sin behandling som cyklist.
Houvenaghel kommer att återvända till tandvården, där "som kvinna i trettioårsåldern kommer jag att behandlas som en jämlike".
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Hon kritiserade Storbritannien lagkamrater och tränare Shane Sutton när hon utelämnades från lagjakten på OS i London för två år sedan.
"Det senaste årtiondet av mitt liv har ägnats åt professionell cykling och det har för det mesta varit oerhört givande," sade hon.
"Jag har alltid ägnat mig 100% åt min roll som en naturlig professionell sport person och jag är oerhört stolt över mina genomgående höga prestationer från början."
County Londonderry infödda säkrade OS silver för GB i den individuella jakten i Peking och vann också lag jakt guld vid VM 2008, 2009 och 2011.
Cornwall-baserade Houvenaghel representerade England i 2006 Samväldesspelen innan han vann silver för Nordirland i Delhi fyra år senare.
Houvenaghel hade siktat in sig på ett sista podiumframträdande i Glasgow innan hon avslutade sin bana, men har tvingats dra sig tillbaka med hänvisning till en skada som lidits under utbildningen.
"Det är aldrig lätt att fatta det slutliga beslutet att avsluta sin idrottskarriär", tillade hon.
"Det är en besvikelse att behöva dra sig ur konkurrensen vid Samväldesspelen. Jag vill dock önska mina nordirländska lagkamrater all framgång med deras framträdanden i Glasgow.
"I framtiden hoppas jag kunna sätta något tillbaka i sporten men för tillfället ser jag fram emot att fortsätta min karriär inom tandvård."
Som svar på Houvenaghels kommentarer om sexism i cykling, tidigare Team GB spår cyklisten Victoria Pendleton kommit överens om kvinnor får olika behandling.
Den olympiska guldmedaljören och före detta världsmästaren sade till BBC Radio 5 live: "Sportvärlden, gillar den eller inte, det är fortfarande mycket en mansdominerad arena att arbeta i och det är tufft ibland."
Pendleton, som gick i pension efter OS 2012 vid 31 års ålder, tillade: "Jag kände definitivt i min karriär att ibland var jag inte nödvändigtvis lika väl tillgodosedd som en kvinna, och jag var tvungen att agera mer som en man.
"Jag kan nog förstå att hon kunde ha gjort med lite av ett annat stöd kanske."
Olympic medaljören Wendy Houvenaghel har meddelat sin pension från cykling efter att ha dragit sig ur Nordirland laget för Samväldesspelen i Glasgow på grund av skada.