QK Cold Stores (Marston) Ltd åtalades av South Kesteven District Council efter incidenten i juni.
Granthams domare hörde att den anställde gick mot ett frysrum i lagerlokalen när det hände.
Mannen ekvired hud transplantat för att reparera skadan på hans högra ben.
Vid en utfrågning på torsdag fick domstolen veta att kommunens miljövårdsteam inte hittade någon bakre fyr på gaffeltrucken och ett trasigt ljus.
Det var också oklart om föraren hade låtit hornet, som det krävdes.
För företaget har Phil Cookson gjort sig skyldig till brott enligt lagen om hälsa och säkerhet på arbetsplatsen 1974.
När det gäller begränsning sade han att företaget hade utvärderat sin riskbedömning och eftersom händelsen hade gjort £ 75,000 värde av förbättringar i lagret, inklusive att skapa nya gångvägar för personal för att undvika områden som används av gaffeltruckar.
En firma har bötfällts nästan 14.000 pund efter att en gaffeltruck vänts över en mans ben i ett lager och slitit skinnet i benet.