Spireites mittfältare Gary Liddle skickades iväg efter bara 16 minuter för en foul på Kane Vincent-Young.
Chesterfield höll U: s ute tills Drew Wright bröt sig fri med 20 minuter kvar, skära bollen tillbaka för Bonne att slå högerfotade.
Men tre minuter senare konverterade Lee Novak från platsen efter att Richard Brindley fällt honom.
Colchesters winless run i League One sträckte sig till 17 matcher när de förblir rotade till foten av bordet medan en punkt var tillräckligt för att ta Chesterfield ut ur nedflyttningsplatserna.
Macauley Bonne gjorde sitt första mål i 11 matcher men Colchester hölls till en dragning av 10-man Chesterfield.