Organisationerna använde informationsfrihetslagen för att få information om lönepaket för alla från chefer och sjukhusläkare till tandläkare och allmänläkare.
Forskarna inkluderade bonusar, pensionsavgifter och avgångsvederlag samt löner i beloppen.
Skattebetalaralliansen sade att en del av siffrorna gällde.
I synnerhet betonade lobbygruppen de belopp som betalades ut till högre chefer.
Den överväldigande majoriteten av personalen på sexsiffriga löner var kliniska, inklusive allmänläkare, sjukhuskonsulter och tandläkare.
Men nästan 2 400 av personalen var anställda av NHS organ i Storbritannien i icke-kliniska roller - av dessa 472 tjänade mer än £ 150.000.
The Daily Mail sade sin analys av årsredovisningen för NHS organ visade att löneräkningen för NHS direktörer hade ökat med 22% på två år.
Ytterligare 534 anställda i Quangos hade också sexsiffriga löner.
Skattebetalaralliansens verkställande direktör Jonathan Isaby sade: "Ingen missunnar sig att betala läkare och sjuksköterskor väl för de tuffa jobb de gör, men det är taskigt att se chefer på misslyckade sjukhus fortsätta att kratta i kontanter.
"Det är en förolämpning mot skattebetalarna, men det är ännu värre för patienter som har lidit på grund av dålig förvaltning och värre.
"Rewards-for-failure kultur är utbredd i NHS och det måste stämplas ut som en brådskande fråga."
Separata siffror från Health and Social Care Information Centre har dock visat att totalt sett har antalet chefer inom hälso- och sjukvården i England, inklusive äldre och lägre nivåer, minskat.
Det finns nu drygt 37.600 sysselsatta - ner med nästan en femtedel på fem år.
Ministrarna i England påpekade också att de hade skrivit till NHS-organ för att avskräcka från "pensionering och återanställ" praxis där personalen får lukrativa ersättningar och sedan börja arbeta igen i nära kopplade jobb, medan eventuella löner över nivån på premiärministerns nu måste granskas av hälsodepartementet.
Hälsominister David Prior sade: "Vi är helt klara med att det är viktigt med valuta för pengarna för skattebetalarna, varje pund som slösas bort eller används i onödan är ett pund som inte kan användas för att ta hand om patienterna."
Rob Webster, chef för NHS Confederation, försvarade lönenivåerna och sade att det var ett av landets tuffaste jobb att vara chef i NHS.
Och han tillade: " I den tuffaste miljön för NHS i en generation behöver vi goda ledare som kan förändra vården. De behöver ambitionen och färdigheterna för att ta med sig människor, och de behöver stabilitet och tid för att bygga relationer kring ett gemensamt gemensamt mål för lokalbefolkningen.
Mer än 50.000 personer i NHS tjänade mer än 100 000 pund under 2013-14, en undersökning av taxpayers' Alliance och Daily Mail visar.