Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
De två bästa i Super League kommer också att mötas i de sista åtta som Hull FC, förra årets vinnare, värdledare Castleford Tigers.
Leeds Rhinos värd Championship sida Featherstone i en lokal derby, medan Wakefield gör resan till Salford.
Slipsarna spelas helgen 17-18 juni.
Warrington Wolves mot Wigan Warriors
Leeds Rhinos mot Featherstone Rovers
Salford Red Devils mot Wakefield Trinity
Hull FC mot Castleford Tigers
Nitton gånger vinnare Wigan Warriors kommer att resa till lokala rivaler och 2016 löpare-up Warrington Wolves i kvartsfinalen i Challenge Cup.