Arron Banks, som finansierade kampanjen Lämna EU i förra årets EU-omröstning, gjorde påståendet via Twitter.
Han sade att flytten var "uppenbarligen" som svar på att han sade partiets nuvarande ledarskap "inte kunde slå skinnet av en rispudding".
Men en talesman sade att hans medlemskap hade upphört tidigare i år.
Och partiledaren Paul Nuttall sade att affärsmannen - som har föreslagit att han skulle bli partiordförande för att skaka om partiets beslutsfattande och kampanjande - orsakade "negativ och skadlig publicitet".
I ett brev till Banks sade Nuttall att partiet NEC hade gått med på att träffa affärsmannen senare denna månad för att diskutera sina idéer, men denna inbjudan kunde dras tillbaka om han fortsatte att kritisera UKIP och dess ledarskap.
Han tillade: "Jag bör klargöra att medan jag är öppen för att arbeta med er för att förbättra och förbättra vårt parti, är partiordförandeskapet inte till buds."
Banks, som gav 1 miljon pund till partiet inför 2015 års allmänna val, har varit skeptisk till Paul Nuttalls ledarskap och har nyligen talat om att grunda en ny politisk rörelse för att "dränera träsket" i Westminster-politiken.
Han föreslog också att han skulle kunna stå emot Douglas Carswell, UKIP:s enda parlamentsledamot, genom att använda en begäran om återkallande för att utlösa ett val i sin valkrets i Clacton.
Men Carswell förringade betydelsen av Banks tillkännagivande och sade till BBC: "Det är alltid mycket sorgligt när en av UKIP:s 40 000 medlemmar lämnar partiet av någon anledning."
I stället för tidigare påståenden om att han hade förhindrat att före detta UKIP-ledaren Nigel Farage blev riddad tillade Carswell: "Jag har inget mer att säga till om i NEC-besluten på UKIP än jag gör i vem som får ett riddarskap."
På Banks förslag att han skulle kunna stå emot Carswell i Clacton vid nästa allmänna val sade parlamentsledamoten: "Varje gång jag har stått där har det funnits några underbart färgstarka karaktärer på röstsedeln.
"Jag hade till och med en kille som ändrade sitt namn genom att rösta på Lord Ha Woof Woof." Jag är säker på att det vid nästa val kommer att finnas några färgstarka karaktärer också - ju mer desto bättre."
Ursäkt till squash klubbar
Men i ett uttalande hävdade Banks att UKIP hade "någon gång lyckats låta mitt medlemskap upphöra i år trots att han har gett betydligt mer än den årliga medlemsavgiften under de senaste tolv månaderna".
"Vid en ny ansökan fick jag veta att mitt medlemskap avbröts i väntan på mitt utseende på ett NEC möte," sade han.
"Mina kommentarer om att partiet drivs som en squashklubbskommitté och Carswell har inte gått så bra.
"Jag inser nu att jag var orättvis mot att squasha klubbar över hela Storbritannien och jag ber dem om ursäkt. Vi kommer nu att koncentrera oss på vår nya rörelse."
En talesman för UKIP sade dock att Banks förra året hade underrättats om att hans medlemskap skulle förnyas i början av oktober, men han "valde att inte förnya sig trots påminnelser".
"Med detta gick hans medlemskap ut den 1 januari 2017", sade talesmannen. "Det skulle inte vara möjligt att stänga av Mr Banks från något som han inte är medlem av."
UK Independence Party har avvisat påståenden från en av sina största givare om att han har blivit avstängd från partimedlemskapet.