Träd för livet sade en mor och minst två kit har observerats på en flod nära Beauly.
Man har begärt att däggdjuren skall få stanna kvar där de befinner sig eller förflyttas.
Regeringen har instruerat bävrarna att fångas och sedan hållas i fångenskap.
Träd för livet tror att djuren har varit i området i minst fem år.
Bävrar har tidigare hittats i högländerna.
År 2008 hittades en död på en strand vid Eathie på Svarta Ön efter att ha drabbats av vad polisen beskrev som en "smutsig" död efter att ha förtärt en stor mängd havsvatten.
Polisen misstänkte att djuret var kopplat till olagliga bävrar i andra delar av Skottland.
Inhemska skotska bävrar jagades till utrotning på 1500 - talet.
Förra året meddelade den skotska regeringen att bävrar som återinförts till Skottland kunde förbli och ges skyddad status.
Eurasiska bävrar som tagits från Norge släpptes på Knapdale i Argyll 2009. En olagligt frigiven befolkning har också upptäckts i Tayside.
Båda grupperna kommer att tillåtas expandera naturligt men kommer att kunna skydda jordbrukare och markägare.
Men när det gäller Beauly bävrar, miljöminister Roseanna Cunningham sade djuren hade släppts olagligt och måste avlägsnas.
Hon sade: " Vi har varit tydliga med att vi är medvetna om att bävrar kan stanna kvar i Skottland och att deras utbredningsområde kan utvidgas på ett naturligt sätt.
"Men otillåtet frisläppande av bävrar är ett brott och kommer att skada bäveråterinförandeprojektet.
"Det är därför jag ber skotska naturarvet att agera snabbt i Beauly-området. Vi måste undvika en upprepning av upplevelsen på Tayside."
Alan McDonnell, projektledare på Trees for Life, sa att regeringens beslut var "nedsättande".
Han sade: " Vi förstår att ministern vill ta itu med markägarnas oro i Tayside, situationen här är mycket annorlunda och vi tror att det är möjligt att samråda och förhandla med markägare i familjens omedelbara närhet och uppströms för att finna ett alternativt resultat för djuren.
"Vi tror att dessa bävrar har varit aktiva på denna webbplats i minst fem år utan någon lokal oro tas upp. Vilket bara visar att på rätt plats kan bävrar och andra markbruksintressen samexistera framgångsrikt."
En välgörenhetsorganisation har bett den skotska regeringen att skydda en familj av bävrar som konstaterats ha släppts olagligt i en del av högländerna.