Tre operatörer har nominerats till Northern Rail franchise och tre till First TransPennine Express (TPE), och vinnarna kommer att tillkännages i oktober 2015.
Kampanjen för bättre transporter och RMT:s transportunion rör järnvägstjänster som skulle kunna skäras ned.
Men järnvägsminister Claire Perry lovade ett "järnvägsnät i världsklass".
Franchiseavtalen förbinder passagerare som reser mellan de viktigaste strategiska städerna Leeds, Liverpool, Sheffield, Manchester, Newcastle och Carlisle och vidare till Edinburgh och Glasgow.
De företag som konkurrerar om den nordliga franchiseperioden är Arriva, Govia och Abellio, som har ingått avtalet i ett gemensamt företag med Serco sedan 2004.
De tre nominerade för TPE är FirstGroup, Keolis och Stagecoach. FirstGroup och Keolis driver för närvarande TPE i ett gemensamt företag.
Regeringen sade franchise budgivare skulle behöva förbättra kundservice och passagerarnöjdhet på de två nätverk som transporterar mer än 110 miljoner passagerare förra året.
Perry sade: "Att bygga en järnväg som är lämplig för 2000-talet är en viktig del av vår långsiktiga ekonomiska plan, som förenar företag och samhällen, skapar arbetstillfällen och ökar tillväxten."
Under de kommande fem åren kommer mer än 1 miljard pund att spenderas på järnvägsnätet i norr, har regeringen sagt. Detta inkluderar 600 miljoner pund för Northern Hub-projektet och elektrifieringsprojekt i nordväst och över de trans-Penninska linjerna.
RMT höll en protest utanför Westminster på måndagen mot planer för norra och TPE franchise.
Mick Cash, RMT tillförordnad generalsekreterare, sade: "Detta var bara runda en av kampen för att stoppa snidningen av jobb och tjänster på Northern och TransPennine Express."
Kortlistan över företag som erbjuder sig att driva järnvägsnät i norra England har tillkännagivits.