Brandmän tillbringade flera dagar på platsen i Duncan Street efter branden den 2 mars, vilket minskade tågtrafiken och orsakade förseningar.
Miljöbyrån (EA) avstängde Recovered Fuels Shipping Limited från att ta emot avfall efter branden.
Byrån var "bredt överensstämmande" med brandsäkerhetslagstiftningen, sade brandkåren.
Recovered Fuels Shipping Limited, vars webbplats drevs av Asset and Land Group, kunde inte kontaktas för en kommentar. Den har till och med den 7 augusti på sig att överklaga beslutet.
Greater Manchester Fire and Rescue Service (GMFRS) har besökt lokalerna nio gånger under de senaste tolv månaderna.
Geoff Harris, GMFRS områdeschef, sade: "Byggnadsoperatörerna, Asset and Land, har i stort sett följt brandsäkerhetslagstiftningen under hela den tiden."
Brandkåren oroade EA i februari över den inverkan som en brand kan ha på närboende, transport och miljö.
"EA var mycket intresserade av vår oro, vilket resulterade i att våra brandsäkerhetsansvariga gjorde gemensamma besök på platsen med EA:s personal, EA beslutade att vidta verkställighetsåtgärder mot webbplatsoperatörerna", sade Harris.
En talesman för EA sade: "Efter att ha övervägt alla fakta som rör företaget och platsen har EA nu beslutat att återkalla miljötillståndet.
"Om inte annat följer av ett överklagande träder upphävandet i kraft den 7 augusti, vilket innebär att företaget efter detta datum inte längre kommer att kunna bedriva verksamhet från den platsen. Företaget är fortfarande skyldig att ta bort allt avfall."
Orsaken till branden är inte fastställd.
Ett företag som driver en pappersåtervinningsanläggning i Salford där en stor brand bröt ut har fått sitt miljötillstånd återkallat.