Veteraner med amputationsrelaterade medicinska frågor kan nu närvara vid en klinik vid den surreybaserade enheten Defence Medical Rehabilitation Centre (DMRC).
De sex första patienterna har redan fått behandling där.
Fallon sade att veteranerna som skulle behandlas "har gjort enorma uppoffringar för att skydda Storbritannien".
Han tillade: "Detta handlar om att se till att de får bästa möjliga behandling."
De sex som redan har fått behandling sågs efter remisser från deras nuvarande NHS-center.
De hade alla upplevt komplexa amputationsrelaterade komplikationer.
Medan veteraners hälso-och sjukvård förblir ansvaret för NHS, de har nu tillgång till DMRC vid Headley Court nära Epsom.
Personalen där har under det senaste årtiondet skaffat sig erfarenhet av att hantera rehabilitering av militära offer med komplexa traumaskador.
Det nya systemet speglar det tertiära remitteringssystemet inom NHS, där ett sjukhus vid behov kan hänvisa en patient till ett annat sjukhus.
Det nya programmet kommer också att utveckla befintliga samarbeten med NHS för att säkerställa att kunskap och bästa praxis delas.
Veteraner kommer nu att behandlas på Headley Courts militära rehabiliteringsenhet samt betjäna personal, säger Försvarsminister Michael Fallon.