Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Vingen, 34, gjorde i sista drag av Wales 24-18 nederlag av Australien i Cardiff och var senare i tårar under en TV-intervju.
Gatland sa att den sista gasp försöka "var fantastiskt för honom [Williams]".
Nya Zeelander säger också Wales fans kan se fram emot med spänning till 2012 Six Nations och vidare.
"Du måste vara upphetsad över de sex nationerna. Jag tyckte det var en riktigt bra omgång rugby, "sade Gatland.
"Och jag tyckte vi spelade en stor rugby i den första halvan mot en av de bästa försvar i världen rugby.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"De hade det bästa försvaret på VM - de var svåra att bryta ner.
"Vi gjorde ett par sprickiga försök och du måste vara glada över ungdomen i detta lag.
"Jamie Roberts, nu när Shane Williams är borta, är den äldsta i den backline vid 25 års ålder.
"Det finns en bra ung lös framåt trio, några andra-rader är fortfarande mycket ung så vi måste verkligen vara glada över inte bara den kommande Six Nations, men nästa cykel och ser fram emot att bygga upp till 2015."
Gatland ansåg att Leigh Halphpennys 50-minuters synd-binning var "olycklig" och att Australien fullt ut utnyttjade Wales nackdel medan full-back var frånvarande.
"Jag tyckte synd om Leigh eftersom med vinkeln han kom från och sättet bollen studsade han trodde att det hade gått in till [Australien fly-halv James] O'Connor händer och han har inte kunnat se bollen, men han trodde att han hade bollen på den tiden," Gatland sade.
" Domaren har en annan vinkel och vi accepterar det beslutet, men tyvärr medgav vi 21 poäng i den perioden och det är spelet.
"Vi fick oss tillbaka in i spelet, men att 10 minuter har varit mycket kostsamt för oss."
Men Gatland kände att Osprey Williams kan se tillbaka på en minnesvärd avskedande till en enastående karriär.
Han [Shane Williams] är en en gång i en generation spelare
Gatland sade: " Spelet gick inte fantastiskt för honom utanför det [försök], men det var ett passande slut för någon som har haft en fantastisk karriär.
"Han har vunnit en hel del spel från sina individuella bedrifter för Wales genom åren så att göra mål i sista minuten av sitt sista spel var ett passande slut, tycker jag."
Australien tränare Robbie Deans gav också hyllning till Williams.
"Han är en en gång i generation spelare," sade före detta All Black Deans, ekar tankar rugby figurer som Barry John, Graham Henry och Bryan Habana.
"Vad han har uppnått i spelet ingen gör egentligen. Han förtjänar alla erkännanden.
"Det var ett trevligt sätt att avsluta, även om jag förmodligen inte var upphetsad på den tiden förrän jag såg vem det var.
"Han är en kvalitet spelare och vi önskar honom lycka till. Han har bidragit till spelet rugby.
"Han lämnar ett arv en hel del spelare i walesisk rugby kommer att vilja följa. Det är bra för spelet."
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Wales tränare Warren Gatland hyllade Shane Williams sena försök i deras nederlag av Australien som ett passande slut på spelarens karriär.