Omkring 300 judar begav sig till Jasenovac en vecka före den officiella ceremonin.
Judisk föreningschef Ognjen Kraus sa att snobben var en varning till den nya center-högerregeringen, som tog makten i januari.
Tiotusentals dog i lägret "Kroatiska Auschwitz".
Etniska serber och antifascistiska grupper bojkottar också nästa veckas officiella ceremoni.
Dödslägret - vars offer omfattade judar, serber och zigenare - opererade under Ustasjeregimen, som drev Kroatien som nazistisk marionettstat.
Men aktivister säger att vissa kroater ser Ustash som landets grundare och bagatelliserar sina brott.
"Detta är en lavin som har rullat i mer än ett år", sade Kraus, ordförande för de judiska gemenskapernas samordningskommitté.
I januari skrek ultranationalister pro-nazistiska slagord vid ett möte där tusentals människor deltog, däribland vice talman Ivan Tepes.
Liknande slagord framfördes också under en fotbollsmatch mellan Israel och Kroatien i mars, där premiärminister Tihomir Oreskovic deltog.
Tre fjärdedelar av cirka 40 000 kroatiska judar dödades av Ustashe och judar utgör nu mindre än 1 % av befolkningen.
Kroatiska judar har hållit sitt eget firande av Förintelsen vid ett andra världskrigs dödsläger, i protest mot vad de säger är regeringens passivitet inför de nynazistiska känslorna.