Vid samtalen i Moskva berättade han för Israels premiärminister Benjamin Netanyahu att Rysslands agerande i Mellanöstern alltid skulle vara "ansvarigt".
Netanyahu är oroad över möjligheten för israeliska och ryska styrkor att oavsiktligt handla med eld.
Israel har regelbundet slagit till i Syrien mot militanter som det säger har planerat attacker mot det.
Den har också reagerat på granateld från styrkor som är lojala mot Syriens president Bashar al-Assad, som Ryssland har stött under hela det fyraåriga upproret mot hans styre.
Men under den senaste veckan har amerikanska tjänstemän bekräftat att den ryska militären har skickat krigsflygplan, helikoptrar, stridsvagnar, artillerivapen, bepansrade personalfartyg och 200 marinsoldater till ett flygfält nära Assads förfädershem i Latakiaprovinsen.
De tror att Moskva planerar att förvandla flygfältet till en operationsbas som kan göra det möjligt för det att skicka ett stort antal trupper till Syrien och skicka ut flyganfall.
Israel tros tidigare ha riktat in sig på syriska och iranska vapenkonvojer i Syrien avsedda för den libanesiska militanta gruppen Hizbollah, även om landet inte officiellt har erkänt detta.
Benjamin Netanyahus besök i Moskva kommer i en tid då Rysslands militära engagemang i Syrien fördjupas.
Ankomsten av ryska stridsflygplan med fasta vingar till flygbasen i Latakia accentuerar bara de frågor som omger Moskvas militära närvaro där.
Enligt satellitbilder tagna av Stratfor - en amerikansk tankesmedja - verkar jetplan vara fyra Sukhoi Su-30 multi-rolle fighters och upp till ett dussin möjliga SU-25 mark attack flygplan.
Deras utplacering kom kort efter inledande militära-till-militära kontakter mellan USA och ryssarna i slutet av förra veckan.
USA använder sig av stridsflygplan mot så kallade islamiska statsmål i Syriens luftrum och Israel är också oroat över de potentiella begränsningarna av landets militära handlingsfrihet gentemot södra Syrien.
Det var därför mr Netanyahu besökte Moskva. Det är uppenbart att alla tre länderna måste ha en viss känsla för vad de andra skulle kunna göra om en skadlig händelse skulle undvikas - särskilt om Ryssland avser att använda sina flygplan för att stödja Assadregimen.
Netanyahu sade att Iran och Syrien "försökte sätta upp en andra terroristfront på Golanhöjderna", en syrisk platå som till största delen erövrades av Israel under kriget i Mellanöstern 1967.
Israel annekterade den tillfångatagna sektionen 1981, i ett drag som inte erkänns internationellt.
Vladimir Putin berättade för Netanyahu att Syrien inte hade något intresse av att angripa Israel.
"Vi vet att den syriska armén och Syrien som helhet är i en sådan stat att de inte har tid för en andra front. De måste rädda sin egen stat, sa han.
Ryssland erkänner att de levererar vapen till Syrien och sänder militära experter för att utbilda regeringsstyrkor i deras användning, men förnekar att de är inblandade i strid.
Rysslands president Vladimir Putin har försökt dämpa Israels oro över Rysslands militära uppbyggnad i Syrien.