Hans beslut att ersätta polischefen Dame Rosie Winterton med Nick Brown möttes av en överraskning förra veckan.
Parlamentsledamöterna Holly Lynch och Conor McGinn har avgått, det bekräftades.
Lynch tweetade att det var "dags att fokusera" på hennes marginella valkrets medan McGinn sade att det var "rätt tid" att koncentrera sig på sin plats och sin familj.
En talesman för Corbyn tackade dem för deras tjänst och sade att deras ståndpunkter skulle tillsättas "i sinom tid".
När hans omväxling fortsatte, sade Corbyn 10 parlamentsledamöter som lämnade den främre bänken i en massutflykt under sommaren var tillbaka. De är Jack Dromey, Pat Glass, Sharon Hodgson, Roberta Blackman-Woods, Kevin Brennan, Louise Haigh, Jenny Chapman, Matthew Pennycook, Nick Thomas-Symonds och Emma Lewell-Buck.
Corbyn sade: "Det gläder mig att kunna tillkännage utnämningen av 21 parlamentsledamöter till vår frontbänk, varav 14 är kvinnor och fyra kommer från det svarta och minoritetsfolket.
"Jag välkomnar tillbaka de 10 som har återvänt, och ser fram emot att arbeta med de åtta begåvade MPs gå med i fronten för första gången."
Men som svar på borttagandet av Winterton skrev ordföranden för det parlamentariska partiet, John Cryer, till parlamentsledamöterna i Labour för att protestera mot att han inte hade hållits informerad om omväxlingen trots att han var engagerad i samtal med ledningen om att sätta upp några skuggkonseljer för val.
Men skugghemssekreterare Diane Abbott, en Corbyn allierad, motsade påståendet. Hon sade till BBC Radio Fours The Westminster Hour: " Han blev rådfrågad. Vi ansåg att det var viktigt att ha ett fullt skuggskåp på plats för att parlamentet skulle komma tillbaka."
Whips utses för att hjälpa till att säkerställa partiets disciplin, inklusive att se till att parlamentsledamöterna röstar i linje med ledarskapet.
S:t Helens Nordparlamentariker McGinn kom i konflikt med Corbyn i augusti, när han anklagade honom för att hota att använda McGinns far, Sinn Fein-fullmäktige, för att "vila mig till underkastelse" efter att han uttalat sig mot Labourledaren.
På sin hemsida sa han att han hade varit "mycket tacksam" för den nya chefspiskan för att "ge mig möjlighet att stanna" men "Jag förklarade för honom att jag tyckte att det var rätt tid för mig att lämna bänken vid denna omväxling för att koncentrera mig på min valkrets ansvar och min unga familj".
Han sa att det nya laget hade sina bästa lyckönskningar och tackade den "utstående" Dame Rosie och kollegor för deras stöd.
Ms Lynch twittrade hennes bästa hälsningar till Dame Rosies ersättare, Nick Brown, och tillade: "Det har varit ett nöje att tjäna med @arbete piska men med en av de mest marginella platser, det är dags att fokusera alla mina ansträngningar på Halifax."
Under söndagen rapporterades det att labourrebeller planerade att bilda ett eget "skuggskåp", i konkurrens med frontbänken, för att ta fram egna politiska initiativ.
Två arbetarparlamentsledamöter har avgått från skuggpiskans kontor, bara några dagar efter att partiledaren Jeremy Corbyn började skaka om bänken.