Den f.d. polischefen ledde en hemlig kontra-insurgensenhet som grep och dödade anti-apartheidaktivister.
Den opererade i hemlighet från Vlakplaas, en gård nära Pretoria, rekryterar svarta befrielserörelsemedlemmar som den förvandlade till mördare.
Han avslöjade Vlakplaas existens 1989 när han smugglades ut från Sydafrika för att skriva sin historia.
Coetzee tog på sig ansvaret för dödandet av flera medlemmar i Afrikanska nationalkongressen (ANC).
Han tog sin tillflykt till London efter att ha avslöjat gruppen i en intervju med en liberal afrikaanstidning.
När han var i exil, gick han med i ANC, där han var känd som kamrat Dirk med lojalitet till Nelson Mandela, och själv blev ett mordmål för den vita-minoritet regeringen.
Han återvände senare till Sydafrika och anslöt sig till spiontjänsten efter att Mandela blev president 1994.
Han dömdes senare för mord, men beviljades amnesti av Sanning and Reconciliation Commission 1997 när han offentligt erkände mordet på en advokat för mänskliga rättigheter i Durban, Griffiths Mxenge.
Men Coetzee lyckades inte avslöja platsen där en annan aktivist, Sizwe Kondile, hade begravts efter att ha dödats och bränts.
Coetzee var central för apartheidtidens många hemligheter, men när han fick amnesti för sina brott fann sanningskommissionen att han helt enkelt hade följt order från högre säkerhetspolischefer.
Han dog på Life Wilgers sjukhus i Pretoria på grund av njursvikt, sade en talesman på sjukhuset på torsdag.
Dirk Coetzee, en av de mest ökända personerna i Sydafrikas apartheid era, har dött vid 57 års ålder.