Apoteken säger att näthandel med läkemedel äventyrar kunderna genom att inte följa gällande regler.
Regeringen säger att det är på väg att utarbeta riktlinjer för att reglera försäljningen av narkotika på nätet.
Ett antal företag säljer droger på nätet för att ta sig an en marknad som uppskattas vara värd $ 10 miljarder (Â £ 65 miljoner).
Även om apoteken kommer att stängas, kommer kunderna att kunna köpa akutläkemedel med hjälp av särskilda telefonnummer tryckta på affischer och tidningar.
"Det kommer att bli en 100-procentig strejk. Cirka 800.000 kemister kommer att strejka," All India Organisation of Chemists and Druggists chief JS Shinde berättade AFP nyhetsbyrå.
"Vår egen undersökning har visat att anti-graviditet piller, sömntabletter och steroider säljs fritt på nätet."
Shinde sade att 40-50 % av verksamheten i Indiens tegel-och-mortar säljare hade påverkats på grund av försäljning av narkotika på nätet.
"Vi vill att regeringen ska stänga alla illegala online läkemedelsföretag omedelbart."
Indiens hälsovårdsministerium sade att det höll på att utarbeta planer för att reglera försäljningen av narkotika på nätet.
"En underkommitté har inrättats för att undersöka frågan, som hittills endast har fört preliminära diskussioner med intressenterna för att ta reda på deras synpunkter," hälsoministeriet sade i ett uttalande på tisdag.
Minst 800 000 apotek i Indien strejkar en dag och kräver ett slut på försäljningen av narkotika på nätet, vilket de säger påverkar deras affärer.