BBC Wiltshire rapporterar 23-årige framåt lämnade Sixfields innan kick-off, efter att ha hört att han inte var inblandad i gruppen för League One match.
Huvudtränare Luke Williams sa att saken skulle behandlas "i huset".
Robins är i nedflyttningszonen efter fem raka förluster, fyra poäng från säkerhet, med 14 matcher kvar.
Swindon har vunnit tre, dragit fyra och förlorat 11 av sina 18 matcher i alla tävlingar sedan Tim Sherwoods utnämning som fotbollschef den 10 november.
Swindon Towns Jermaine Hylton kan ställas inför interna disciplinära åtgärder efter att ha gått ut på hans sida innan tisdagens 2-1 förlust i Northampton Town.