Oberon var ett av tre djur som skadades av en hund på sitt fält i den östra delen av New Forest den 22 december.
Ägaren Susan Sears sade att hon var "devastated" Oberons sår hade inte läkt, och trots ytterligare kirurgi, befanns han vara "bortom återhämtning".
De två andra skadade djuren har fått ytterligare behandling för sina sår.
Mrs Sears sade: " Efter nästan två veckors övervakning dygnet runt och amning, var stackars Oberons sår inte helande så bra som man hade hoppats och, trots ytterligare operationer, befanns vara bortom tillfrisknandet.
"Som alfahane, är det troligt att Oberon skulle ha satt sig mellan sina flockkamrater och den anfallande hunden,"
En annan alpacka hade också utsatts för en hundattack på samma område tidigare förra året.
Oberon var en del av en hjord på omkring 80 djur som Sears och hennes man har fött upp för sin ull under de senaste sex åren.
En crowdfunding appeal för att hjälpa till att betala för djurens behandling höjde mer än £ 1.900.
En alpacka som skadades allvarligt i en hundattack har avlivats, har ägaren sagt.