Scottish Salmon Company (SSC) sade att det drabbades av "exceptionella dödliga" som uppgick till 1.300 ton - ungefär en femtedel av dess potentiella skörd.
SSC sade också "biologiska utmaningar", såsom havslöss, hade lett till en lägre medelvikt av fisk som skördats.
Till följd av detta ökade driftskostnaderna och minskade resultatet, tillade företaget.
Oslo-börsen rapporterade förluster på 1,4 miljoner pund under kvartalet före ränta och skatt.
Detta trots att intäkterna ökade med 39 % från året innan till följd av ökade skördar och högre marknadspriser.
Intäkterna uppgick till 25,5 miljoner pund, medan volymerna ökade från 5 130 ton till 5,486 ton.
SSC:s verkställande direktör Craig Anderson sade: "Det här kvartalet har varit utmanande och, liksom många andra aktörer inom sektorn, har resultaten påverkats av biologiska frågor.
– Vi har under en tid arbetat med att ta fram effektiva långsiktiga lösningar för att ta itu med dessa branschövergripande frågor, till exempel användningen av renare fisk för att bekämpa löss.
"På kortare sikt använder vi en rad etablerade metoder för bästa praxis för att hantera situationen.
"Vi fokuserar fortfarande på att växa vår verksamhet och utveckla våra exportmarknader så att vi kan dra nytta av den fortsatta efterfrågan på skotsk premiumlax.
"Maragay Mor, vår nya webbplats i Hebriderna, har beställts och är ett viktigt inslag i vår strategi för långsiktig hållbar tillväxt."
En skotsk laxproducent har rapporterat förluster för tredje kvartalet efter att ha drabbats av en "oförutsedd" dödlighet på sina fiskodlingar.