Omkring 10 hotell, pubar och klubbhus stängdes också, sade tjänstemän.
Vissa beräkningar sätter Lagos befolkning på omkring 20 miljoner, skapa en konstant bakgrund av buller - från bultande av bilhorn, till Muselman kallar till bön och högljudd sång i kyrkor.
Statens regering har lovat att göra staden, den största i Afrika, bullerfri 2020.
Afrika Live: Mer om detta och andra nyheter
I augusti stängde Lagos State Environmental Protection Agency (LEPA) 22 lokaler efter att invånarna klagat över buller från dem.
Efter det senaste ingripandet sade dess chef Bola Shabi att byrån inte längre skulle tillåta människor att be i provisoriska byggnader och tält.
Shabi sade att bullernivåerna hade sänkts med cirka 35 %, men att detta inte var ett "pass" ännu.
"Enforcement är en kontinuerlig övning och vi har satt upp ett mål för oss själva. Vi vill se till att Lagos är bullerfri till år 2020, sade han.
Shabi sade att moskéerna följde deras instruktioner mer än kyrkorna, eftersom de när de beordras att stänga ner "helt och hållet tar ner sina talare eller minskar det buller de gör".
Nigerianer är extremt religiösa, och ett stort antal evangeliska kyrkor är verksamma i Lagos.
De kristna utgör majoriteten i staden.
År 2014 dog 116 personer när en byggnad som ägs av den populära televangelisten TB Joshua kollapsade i Lagos.
Myndigheterna i Nigerias Lagos State har stängt 70 kyrkor och 20 moskéer i ett försök att minska höga bullernivåer.