Andelen i den 80-procentiga skattebetalarägda banken sjönk med 3 % på nyheterna.
RBS chef Ross McEwan sade: "Skalan av de dåliga besluten under den perioden [finanskrisen] innebär att vissa problem fortfarande bara dyker upp."
RBS sade att dess verkställande utskott inte skulle få en bonus för 2013, Mr McEwan har avstått sin bonus för 2013-14.
RBS sade på måndagen att de 3,1 miljarder pund den planerade att avsätta skulle användas för att reglera fordringar relaterade till bolåneprodukter, PPI fordringar och räntesäkring.
Den skulle fördela följande:
RBS ordförande Philip Hampton sade: "RBS drabbades mer än de flesta banker i krisen och dessa avgifter idag utgör en extra clearing av den röra som skapades i banken i upptakten till finanskrisen 2008."
Av Robert PestonBusiness redaktör
Tillkännagivandet av de nya bestämmelserna kom nära slutet av aktiehandeln i London.
Affärsminister Vince Cable sa: "Det är en fullständigt chockerande historia att de brittiska skattebetalarna fortfarande betalar för excesserna av denna bank i högkonjunkturen innan den kollapsade."
Ian Gordon, från Investec Securities, sade att nyheterna inte var helt oväntade, men de belopp som var inblandade var.
"En del av detta är ett framsteg för framtida dåliga nyheter och en del av detta är ytterligare", sade Gordon.
"De flesta av objekten är inte förvånande, men beloppen är på eller över toppen av förväntningarna."
Det kumulativa belopp som avsatts för att täcka felförsäljning av PPI, betalningsskydd försäkring, ensam, är nu 3,1 miljarder pund, sade RBS.
RBS har också, i likhet med de flesta av sina konkurrenter, bötfällts för att fastställa nyckelräntan för Libor och har avbrutit handlarna under en undersökning av påstådd riggning av valutamarknaderna.
BBC fick tidigare denna månad veta att allmänna diskussioner om bonusar hade ägt rum med aktieägare, inklusive UK Financial Investments, det organ som förvaltar statens aktieinnehav i banken.
Men i en intervju med BBC på måndagen förklarade RBS verkställande direktör Ross McEwan varför de flesta ledande cheferna inte skulle få bonusar i år.
"Detta handlar om ledarskap", sade han. "När du tittar på vad vi måste lägga åt sidan för tidigare aktiviteter om tvister och uppförande, sade jag till laget, "Jag är ledsen, jag kan bara inte rättfärdiga utbetalningen av en bonus."
Han tillade att det mesta av det nuvarande ledarskapet inte hade något att göra med tidigare förseelser, men sade att de behövde "fastställa normerna".
Men McEwan sade att när det gäller att betala 200 % bonusar för att locka och behålla begåvad personal, "Vi måste se till att vi, oavsett vad marknaden gör, är i stånd att följa den.
"Vi är inte ledare på lön, vi behöver bara hålla oss inom röra avstånd från dem vi måste tävla med för att få talang."
Kontroversen om bankbonusar blossade upp i parlamentet tidigare denna månad, då Labour krävde att förbundskansler George Osborne skulle blockera alla försök från RBS att betala bonusar på upp till dubbla sina bankirers årslön.
År 2008 betalade regeringen ut RBS med 46 miljarder pund offentliga medel, och äger nu drygt 80 % av den gigantiska banken.
Sedan dess har bankens aktiekurs sjunkit till mindre än en tredjedel av det pris som staten betalade för den.
Det finns frågor om huruvida regeringen kommer att kunna ta tillbaka dessa pengar.
BBC affärsredaktör Robert Peston sade att investerare och politiker hade sagt till honom att de tror att det är osannolikt att skattebetalarna kommer att få alla sina pengar tillbaka.
RBS kan drabbas av förluster på upp till 8 miljarder pund under hela året, efter det att banken sagt att den behövde ytterligare 3,1 miljarder pund för fordringar relaterade till finanskrisen.