Den 19-årige togs av i den 15: e minuten på Vitality Stadium efter att visas för att plocka upp fotskadan.
Staden sade i ett uttalande: "Han kommer att genomgå ytterligare undersökningar under de kommande dagarna för att fastställa omfattningen av sin permittering."
Brasilien International, som avslutade en £27m från Palmeiras i januari, har spelat fem gånger för City.
Jesus hoppades att bli den tredje staden spelare att hitta nätet på var och en av sina första tre Premier League börjar, efter att ha gjort mål på West Ham och två mot Swansea.
De andra två spelarna att ha uppnått denna bedrift är före detta strejkaren Emmanuel Adebayor och och nuvarande mittfältaren Kevin de Bruyne.
Metatarsalerna är de fem långa benen i framfoten som förbinder fotledsbenen med tårna.
Den första är kopplad till den stora tån och den femte, på den yttre foten, länkar till den lilla tån.
Tillsammans fungerar de fem metatarsalerna som en enhet för att hjälpa till att dela belastningen på kroppen, och de flyttar positionen för att klara av ojämn mark.
Skador uppstår vanligtvis som ett resultat av ett direkt slag mot foten, en vridskada eller överanvändning.
Medicinska experter rekommenderar vila med ingen motion och sport i fyra till åtta veckor.
Patienten kan bli ombedd att bära promenadkängor eller styva skor för att skydda skadan medan den läker.
Om orsaken är överanvändning, då behandlingen kan variera enormt. Träningsvanor, utrustning som används och atletisk teknik bör alla undersökas.
Allt beror på skadan och vilket metatarsal ben som är inblandat. Det är omöjligt att sätta en tidsskala på återhämtning från en stressskada.
Med en slagfraktur, efter gips och skyddande känga inte behövs (vanligtvis efter fyra till sex veckor), kommer det att vara ett fall av motion och ökande viktbärande aktiviteter.
Isförpackningar, band och till och med användning av syrgastält kan användas för att underlätta återhämtningen.
Fullständig återgång till handling kan vara allt från ytterligare fyra veckor och uppåt - beroende på omfattningen av initiala skador. Unga ben läker fortare.
Manchester City framåt Gabriel Jesus bröt en metatarsal i måndagens 2-0 Premier League seger på Bournemouth.