Marcel Kittel o'r Almaen oedd y cyntaf i gyrraed y llinell derfyn yn Liege, gyda Thomas yn seithfed.
Mewn Glaw trwm ac amgylchiadau anodd, cafodd Thomas a phencampwr y llynedd, Chris Froome, hefyd o Team Sky, ddamwain ar hyd y daith, ond llwyddodd Thomas i gyrrad y terfynyn syn ddiaf.
Ond Geraint Thomassy'n parhau ar frig y tabl ar segel amser.
Dywedodd Geraint Thomas fod y profiad o ddod yn fuddugol yn y ras yn erbyn y cloc padd Sadwrn yn anghredadwy, en diolchodd i'w gefnogwyr am eu dymuniadau da.
Bydd y trydydd cymal yn dechrau yn Verviers yng Ngwlad Belg padd Llun, ac yn croesi'r ffin i Ffrainc cyn gorffen yn Longwy.
Tabl y Tour de France wedi dau gymnastik
1. Vad är det för fel på dig? Geraint Thomas (Prydain/Team Sky) - 4:53:10"
2 ) och 2......................................................................................................... Stefan Kueng (Swisdir/BMC Racing) - +5 eiliad
3. Vad är det som händer? Marcel Kittel (Yr Almaen/Quick-Step) - +6 eiliad
Fyra. Vasil Kirjienka (Belarws/Team Sky) - +7 eiliad
För att uppnå detta mål har kommissionen beslutat att inleda ett förfarande enligt artikel 108.2 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt (nedan kallat EUF-fördraget).  Matteo Trentin (Yr Eidal/Quick-Step) - +10 eiliad
6. Vad är det som händer?  Chris Froome (Prydain/Team Sky) - +12 eiliad
Gallwch wylio uchafbwynteau'r Tour de France ar S4C yn padddiol.
Bydd Geraint Thomasyn gwisgo gråter melyn y Tour de France unwaith eto padd Llun er nad enillodd ail gymal y ras.