Ibrahim Halawa har suttit fängslad i ett egyptiskt fängelse i mer än tre år.
Rättegången avbröts för sjuttonde gången på tisdagen.
Charlie Flanagan sa att regeringens fokus var på att stödja en ansökan om att Halawa skulle utvisas.
Den irländska regeringen har också begärt att han ska betraktas som frigiven enligt ett nytt egyptiskt regeringsprogram för amnesti för unga fångar.
Halawa, som fyllde 21 på tisdagen, är son till Irlands högsta muslimska präst och arresterades under protester mot regeringen i Kairo i augusti 2013.
Han har tillsammans med 463 andra anklagats för att ha anstiftat våld, upplopp och sabotage i samband med protesterna i Kairo.
Mr Halawa dök upp i rätten i tisdags och sade till domarna att han var oskyldig och bad att få återvända hem.
Hans familj har förnekat att Mr Halawa är medlem av Muslimska brödraskapet, Egyptens äldsta och största islamistiska organisation.
Den egyptiska regeringen har förklarat det som en terroristgrupp, ett påstående som organisationen avvisar.
Mer än 1000 människor har dödats och 40 000 tros ha fängslats sedan president Abdul Fattah al-Sisi ledde militärens störtande av Mohammed Morsi, Egyptens första demokratiskt valda statschef, 2013.
Den irländska utrikesministern har sagt att regeringen kommer att utöva största möjliga påtryckningar på de egyptiska myndigheterna för att se till att en fånge återvänder till Irland.