Rådet antog en resolution efter en "överväldigande" röst för att stanna kvar i EU, som man sade grundade sig på "balansen mellan befintliga bevis".
Unionen - som har 55.000 medlemmar i England och Wales - tillkännagav sin ståndpunkt efter en omröstning i rådet.
NFU sade dock att det inte skulle vara aktivt kampanjande i folkomröstningen.
Rådet sade att dess rådsmedlemmar har tittat på ett antal frågor, bland annat den inverkan som EU skulle få på handeln med jordbruksprodukter och tillgången på arbetskraft.
Det har också avslutat 28 roadshows för att diskutera viktiga jordbruksfrågor i folkomröstningen med ledamöterna, och skickat två rapporter till sina medlemmar.
Organisationen sade att den inte gick med i några kampanjgrupper och inte skulle tala om för sina medlemmar hur de skulle rösta.
Facket har inte släppt hur var och en av dess 90 medlemmar röstade.
Men dess ordförande, Meurig Raymond, sade att det hade skett en "överväldigande" omröstning för att stanna kvar i EU.
"Vi tror att det är för att förbättra framtiden för det brittiska jordbruket", sade han.
"På alla undersökningar vi har gjort i NFU, de flesta anser att vi bör stanna kvar i."
Han tillade: " Vi har haft 28 möten över hela landet under de senaste tre veckorna.
"Vi har talat med tre eller fyra tusen människor. Så delegaterna här idag förde synpunkter från dessa möten till vårt rådsmöte."
Av Claire Marshall, miljökorrespondent för BBC
Även om NFU inte representerar alla jordbrukare, kommer detta beslut att vara inflytelserikt.
Som en etablerad välfinansierad organisation har NFU tillgång till information och expertråd som den genomsnittlige jordbrukaren inte har tid att söka.
Debatten i rådssalen var livlig, och medlemmarna talade om vad beslutet kunde betyda för deras barns framtid.
Domen kommer också att spela en viktig roll i den bredare europeiska debatten. Under de senaste veckorna har nyckeltal från båda sidor av folkomröstningskampanjen varit i telefon till NFU och bett om uppdateringar, angelägna om att få veta vilken sida de kommer att hamna på.
Nu vet alla vad rådet tycker - det är nu upp till bönderna att bestämma.
NFU säger att mer än 70 % av heltidsbönderna i England och Wales är medlemmar.
Resolutionen kommer efter NFU i Skottland och Tenant Farmers' Association uttryckte båda sitt stöd för att stanna kvar i EU.
Jordbruksminister George Eustice, som vill lämna EU, sade dock att "i princip varje problem som NFU klagar över till mig är en direkt följd av dysfunktionell EU-lagstiftning".
Han sade att jordbrukare som "vill se förändring och en bättre framtid" bör rösta för att lämna landet.
Förra månaden varnade premiärminister David Cameron, som kämpar för att stanna kvar i EU, för att det brittiska jordbruket skulle drabbas om Storbritannien röstade för att lämna unionen.
Han sade att jordbrukarna kunde förlora så mycket som 330 miljoner pund på lamm- och nötköttsexport om Storbritannien skulle lämna landet.
Före detta miljöminister Owen Paterson har dock sagt att Storbritanniens jordbrukare skulle ha det bättre utanför EU.
Den konservativa parlamentsledamoten sade att Storbritannien då skulle vara fritt att fastställa sina egna subventioner och sin egen miljöpolitik.
Jordbrukarnas intressen tjänar bäst genom att stanna kvar i Europeiska unionen, sade de nationella jordbrukarnas union.