Ian Brown, 44, och Daniel Dunkley, 35, tog sina egna liv på HMP Woodhill i juli förra året.
Deras släktingar hävdade att Woodhills guvernör inte helt hade följt Fängelsetjänstens instruktioner.
Guvernören och justitieministern Liz Truss sa att domstolsprövningen var "antingen lämplig eller nödvändig".
PSI omfattar hantering av fångar som riskerar att skada sig själva, andra och andra, tidiga vårdnadsdagar och medicinska nödfallskoder.
Heather Williams QC, för familjerna, sade påståendet behandlade vad hon sade var en "exceptionellt hög" hastighet av självförvållade dödsfall i Milton Keynes fängelse.
Sju fångar tog livet av sig förra året, fem år 2015, med totalt 18 fångar sedan maj 2013.
Anne Williams påpekade att fallet ledde till allvarliga brott mot artikel 2 i lagen om skydd för de mänskliga rättigheterna, som skyddar rätten till liv, och att man på lång sikt har underlåtit att uppfylla myndigheternas ansvar för att skydda fångarna.
James Strachan QC, försvarare, sade: "Inte bara har guvernören och utrikesministern vidtagit betydande åtgärder under 2016 för att förbättra situationen, men detta är en fortsatt hög prioritet."
Lord Justice Irwin och Mr Justice Garnham avslog ansökan om domstolsprövning.
I sitt utslag sade de att familjerna hade misslyckats med att upprätta ett "systemfel".
Justitieminister Garnham sade: "De svarande har klargjort att de delar de sökandes stora oro över självmordsfrekvensen i fängelserna i allmänhet, och HMP Woodhill i synnerhet.
"De har en förnuftig och tillfredsställande politik.
"De svarande har erkänt att deras personal ibland har gjort sig skyldiga till operativa fel när det gäller att hantera personer som riskerar att begå självmord och har försökt förhindra att dessa misstag upprepas."
Familjer till två män som dog i fängelse har förlorat ett fall i högsta domstolen som har att göra med den höga självmordsfrekvensen där.