Den skotska Premiership Club har meddelat att paret "har kommit överens om avslutande av sin låneperiod i Rugby Park med ömsesidigt samtycke".
Defender Waddington och målvakt Davies var två av 11 spelare signerade en dag av Killie manager Lee Clark.
Båda gjorde två framträdanden för Scottish Premiership Club.
Den 19-åriga Waddington gjorde en start, mot Greenock Morton i Challenge Cup och ett substitut utseende bort till Hamilton Academical i Premiership.
Davies, som är två år äldre och var på sin andra låneformel på Rugby Park, spelade mot Berwick Rangers och Albion Rovers i Challenge Cup.
Stoke Citys Mark Waddington och Swansea Citys Oliver Davies har haft sina låneformler med Kilmarnock kortslutna och återvänt till sina klubbar.