Åtgärden vidtogs av St Columba's School i Inverclyde efter det att detaljer om polisutredningar kommit fram.
Polisen i Skottland bekräftade att den undersökte ett påstående nyligen som gällde ett litet barn.
En 56-årig man har också rapporterats till åklagare över påstådd historisk misshandel av en 15-årig flicka.
En taleskvinna från polisen i Skottland sade: " Vi kan bekräfta att ett klagomål har kommit in angående ett sexuellt överfall på en ung flicka.
"Förfrågningar pågår för att fastställa de fullständiga omständigheterna och det skulle vara olämpligt att kommentera ytterligare vid denna tidpunkt."
På den andra anklagelsen sade hon: "En 56-årig man har rapporterats till Procurator Fiscal i samband med icke-recent påstått sexuellt utnyttjande av en 15-årig flicka."
Den medpedagogiska skolan, som är baserad i Kilmacolm, tillgodoser ca 700 elever, med årliga avgifter på ca 11 000 pund.
Två lärare vid en av Skottlands ledande privatskolor har blivit avstängda bland separata anklagelser om sexuella övergrepp mot unga flickor.