Det stod att bara 8 procent av råden hade byggt tillräckligt för att ersätta hälften av sina aktier som såldes genom systemet, vilket gör det möjligt för rådets hyresgäster att köpa sina hem.
Välgörenhet sade att det fanns en risk för att vissa områden inte hade några prisvärda hem.
Regeringen sade att den åtog sig att bygga 275.000 prisvärda nya hem under loppet av detta parlament.
Rätt att köpa introducerades först på 1980-talet under Margaret Thatchers regering och fick ett uppsving under 2012 då rabatter för hyresgäster ökade till 75.000 pund.
I årets Queen tal meddelade regeringen att projektet skulle utökas till 1,3 miljoner bostadsförenings hyresgäster i England.
Shelter, som tittade på preliminära siffror från departementet för kommuner och kommuner, sade bara två av de 166 råd i England som listas som sälja fastigheter genom Right to Buy hade lyckats ersätta mer än 100% av de sålda fastigheterna.
Enligt gällande politik har regeringen lovat att varje hem som säljs efter 2012 ska ersättas.
Välgörenhetschefen Campbell Robb varnade för att problemet med att inte ha tillräckligt med rådshus att bytas ut var bara sannolikt att bli värre, vilket lämnar vissa områden utan prisvärda hem.
"I den här takten kommer de snart att vara svarta fläckar över hela landet där ingen på en normal inkomst har råd att leva", sade han.
1. Vad är det för fel på dig? Norra Kesteven 187%
2 ) och 2......................................................................................................... Ny skog 128 %
3. Vad är det som händer? Waverley 89 %
Fyra. Barking och Dagenham 88%
För att uppnå detta mål har kommissionen beslutat att inleda ett förfarande enligt artikel 108.2 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt (nedan kallat EUF-fördraget). Winchester 81%
6. Vad är det som händer? Ipswich 80 %
7. Vad är det som händer? Tandridge 79 %
8. Vad är det som händer? Slottspunkt 71%
9. Utövande av delegeringen av befogenhet Hounslow 64%
- Tio. - Vad är det för fel på dig? Södra Cambridgeshire 59%
Den lokala regeringen Association (LGA), som företräder råd i England och Wales, sade att många kommunala bostadsprogram hämmades av komplexa regler och restriktioner för användningen av intäkter från försäljning av bostäder.
LGA bostads talesman Peter Box sade: " Det är absolut nödvändigt att råd ges befogenheter att ersätta bostäder som säljs genom Rätt att köpa snabbt och effektivt som en del av Spending Review.
"Rådet måste kunna behålla 100 % av intäkterna från försäljningen, medan rabatterna för rätt att köpa bör fastställas lokalt så att de återspeglar kostnaderna för hus i området."
Box sade att LGA uppskattade att detta skulle göra det möjligt för råden att ersätta 50 000 bostäder som sålts under nästa parlaments livstid.
Regeringen sa att nästan 40 000 nya husägare hade skapats sedan det ökade rabatterna för fullmäktige hyresgäster 2012.
En talesman tillade: " Råden fortsätter att uppfylla kravet att leverera en för en ersättare inom tre år, och över 3.000 ersättningshem har redan levererats över hela England.
"Vi har varit helt tydliga med att om råden inte levererar en för en ersättare för de ytterligare bostäder som säljs enligt Rätt att köpa regeringen kommer."
Ett av tre råd i England har inte ersatt ett enda hem som sålts genom Right to Buy-systemet sedan 2012, enligt välgörenhetsorganisationen Shelter.