Striker Aluko, 30, slutade laget i maj 2016 efter att ha gjort anspråk.
Chelsea-spelaren sade att hon också kände sig "minerad och förnedrad" av Englands personal och hävdar att deras negativa fördomar bidrog till att hon inte blev vald.
Men FA sade att en oberoende rapport inte fann några bevis för att Sampson eller hans stab hade handlat orätt.
Aluko och FA kom överens om en uppgörelse tidigare i år, och en nationell tidning hävdade att den innehöll ett 40 000 pund konfidentialitetsavtal. BBC Sport förstår att siffran var högre.
FA sa att Aluko inte var "förberedd från att tala om fakta i detta klagomål" och att det enades om "en ömsesidig resolution" för att undvika att störa England truppens förberedelser för Euro 2017, som slutade på söndag.
England slogs ut ur tävlingen i semifinalen av de slutliga vinnarna i Nederländerna.
Fallet kastar ljus över förvirringen kring Alukos England karriär, som har stannat upp under det senaste året trots att hon var den kvinnliga Super League One toppskytt 2016.
Aluko, en del av Englands lag som vann bronsmedaljen vid VM 2015, har 102 kapsyler och har gjort 33 internationella mål, men senast spelade för sitt land i april 2016. Hon är fortfarande en centralt kontrakterad spelare.
En kvalificerad advokat, Aluko blev den första kvinnliga pundit att visas på Match of the Day och arbetade för Channel 4 i samma roll under Euro 2017.
Påståenden som gjorts av henne inkluderar anklagelser om att personalen kallar henne "lazy", Sampson förringa henne framför truppen och vad hon säger är "falska påståenden" av Sampson om "dåligt beteende".
I klagomålet sade Aluko: "Det är oundvikligt att ett sådant skadligt beteende och fördomar från den ultimata ledaren för gruppen i närvaro av mina England lagkamrater kommer och har påverkat annan personal och lagkamrater att få möjlighet att också försöka underminera och förringa.
"Jag hävdar att detta är grunden för en kultur av mobbning och trakasserier."
Hon tillade: "Även om jag är väl anpassad till det slutliga beslutet av en chef, jag hävdar att Mark Sampson negativa personliga beteende gentemot mig har lett till inkonsekvens, skillnader i behandling och förvirring när det gäller kriterierna för laget framsteg."
FA beställde en oberoende utredning utförd av en advokat, Katharine Newton, som startade i december och avslutades i mars i år.
Newton skrev också till Aluko för att "säkerställa fullständig insyn och objektivitet i resultaten", sade FA.
Sampson utsågs till chef för England i december 2013, och ersatte Hope Powell som hade varit ansvarig i 15 år.
Englands chef Mark Sampson friades från förseelser efter att Eniola Aluko lämnat in ett klagomål till Football Association om "mobbning och trakasserier".