Sharbat Gula, vars hemsökande gröna ögon gjorde henne berömd, flydde sovjetiskt ockuperade Afghanistan som barn och avbildades 1984 i ett flyktingläger i Pakistan.
Gula har anklagats för att ha bott i Pakistan på falska identitetshandlingar och står inför 14 års fängelse.
Pakistan inledde nyligen ett ingripande mot falska identiteter.
Det finns strikta restriktioner för att få ett pakistanskt ID-kort, som behövs för att öppna ett bankkonto eller för att köpa egendom.
Varför nu?: M Iljas Khan, BBC News, Islamabad
Tekniskt sett kan Sharbat Gula inte förneka att hon begick bedrägeri. Men på det humanitära planet anser många att hon bara är en av tusentals afghanska flyktingar som begått samma brott.
Olyckligtvis för Gula har hon blivit offer för en ganska plötslig vändning i Pakistans flyktingpolitik.  Den vill ha ut dem ur landet på kortast möjliga tid.
Pakistans beslut har kommit mitt i dess snabbt försämrade förbindelser med Indien och Afghanistan. Tjänstemän säger att militanta har använt gömställen i flykting bosättningar för att starta attacker i Pakistan.
En annan orsak, enligt vissa kvarter, kan vara Islamabads troliga önskan att orsaka ekonomisk smärta på Kabul för samarbete med Indien.
Afghanerna tvingades åka hem.
Afghanistans annalkande flyktingkatastrof
Fru Gula greps i Peshawar, nära den afghanska gränsen efter en tvåårig utredning.
Enligt uppgift ansökte hon om ett identitetskort i april 2014 med namnet Sharbat Bibi.
På söndag Pakistans inrikesminister Chaudhry Nisar Ali Khan sade att hon skulle beviljas borgen, men en domare nekade henne ansökan, säger att hon hade misslyckats med att göra hennes fall.
Om bedrägerianspråken stämmer är hon en av tusentals afghanska flyktingar som vidtar desperata åtgärder för att undvika att återvända till sitt krigshärjade hemland.
Den berömda "Afghan flicka" bilden togs av fotografen Steve McCurry 1984 i ett flyktingläger i nordvästra Pakistan, under den sovjetiska ockupationen av Afghanistan. Det ledde till ett av de mest igenkännbara tidningsomslag som någonsin tryckts.
Han spårade henne 17 år senare och bodde i Tora Bora-regionen i Afghanistan. Gula flyttade senare tillbaka till Pakistan och han höll kontakten.
Han berättade för BBC Newsday på onsdag att han hade hyrt en advokat åt henne.
Han tillade att han trodde att de pakistanska myndigheterna kan ha pekat ut henne eftersom hon är så känd.
"Kanske försöker de skicka budskapet till andra afghanska flyktingar att vi inte kunde bry oss om vem du är, vi kommer att jaga dig och köra dig tillbaka till ditt land."
FN:s senaste siffror visar att Pakistan är värd för 1,4 miljoner registrerade afghanska flyktingar. Ytterligare en miljon oregistrerade flyktingar tros befinna sig i landet.
Pakistan började nyligen knäcka falska ID-kort.
Det har varit olagligt för icke-pakistanier att ha ID-handlingar sedan de först utfärdades på 1970-talet, men lagen verkställdes inte, säger vår reporter M Ilyas Khan i Islamabad.
Till att börja med var förfarandet att en ledamot av kommunfullmäktige skulle godkänna en medborgares ansökan. Det var inte många som motsatte sig en ansökan för någon som, för dem och för resten av byn, inte längre var flykting utan granne, tillägger han.
En afghansk kvinna som förevigats på omslaget till tidskriften National Geographic har nekats borgen efter att ha gripits för bedrägeri.