Artis Sterkis, 37, kollapsade på Peterhead-registrerade Starlight Rays.
Han fördes till sjukhus med räddningshelikopter efter incidenten i augusti 2011, men han återfick aldrig medvetandet.
James Thores dömdes till böter vid Elgins sheriffdomstol efter att ha erkänt ett brott mot fiskefartygets hälsa och säkerhet.
Böterna på 20 000 pund sänktes från 30 000 pund på grund av den skyldige.
Starlight Rays medverkade i BBC TV-serien Trawlermen, och utförde stand-by-uppgifter för oljeindustrin när incidenten inträffade i Devenickfältet, 155 miles off Aberdeen.
En tidigare utredningsavdelning för sjöolyckor (MAIB) sade att pumpens bensinmotor kördes i mer än en timme i ett fack utan mekanisk ventilation och liten naturlig luftcirkulation.
Efter torsdagens dom sade kapten Bill Bennett från Sjö- och Kustbevakningsverket: "Farorna med att använda en bensinmotor i ett begränsat utrymme är välkända."
En fiskebåt skeppare och ägare har bötfällts £ 20000 efter en besättningsman dog av kolmonoxidförgiftning medan man försöker pumpa ut vatten.