Han var den enda nominerade efter att Jamie Adams hade dragit sig ur tävlingen.
John Simpson lämnade rådets kabinett och Independent Plus Political Group (IPPG) 2014 om meningsskiljaktigheter om hur gruppen drevs.
IPPG har lett rådet sedan 1996 men förlorade 20 fullmäktigeledamöter i valet den 4 maj.
John Simpson fick stöd av Labour, liberaldemokraterna, de konservativa och Plaid Cymru-medlemmarna i sitt ledarskapserbjudande.
David Simpson har valts till ny ledare för Pembrokeshires råd.