Staffordshire polisen sa att officerare kallades på 03:55 BST till den sydgående vagnen, mellan korsning 16 för Crewe/Stoke-on-Trent och 15 för Stoke-on-Trent.
Mannen fördes till sjukhus där han är i ett kritiskt tillstånd.
Den södra sträckan stängdes efter kraschen och öppnades vid tiotiden. Motorister varnades för förseningar under morgonen.
Se fler uppdateringar om denna historia och andra från hela Staffordshire och Cheshire här
West Midlands Ambulance Service sa att mannen, som troddes vara i 20-årsåldern, låg på den hårda axeln när besättningen kom.
Talesman Jamie Arrowsmith sade: " Han hade lidit flera allvarliga skador och led av en minskad medvetandegrad.
"Mannen fick specialistvård på platsen innan han blev sövd för att stabilisera sitt tillstånd.
"Han transporterades sedan till Royal Stoke Universitetssjukhus på blått ljus och sirener för ytterligare akutbehandling."
En sträcka av M6 stängdes efter att en fotgängare blivit påkörd av en lastbil.