Polisen säger att Arena-klanen tjänade pengar genom att tillhandahålla tjänster på Isola di Capo Rizzuto i Italiens sydligaste del och använda statliga medel.
Klanen påstås ha gömt sig bakom en lokal katolsk välgörenhet som officiellt driver centret.
På måndagen kom påståendena fram, då officerare arresterade 68 personer, däribland en präst på orten.
En annan av dem som greps var Leonardo Sacco, chef för den katolska föreningen Misericordia, som ska kontrollera invandrarcentret Sant'Anna Cara. Centret rymmer 1.500 personer åt gången.
Det påstås att Arena-klanen, en del av det mäktiga brottssyndikatet Ndrangheta, kan ha tagit mer än en tredjedel av de 100 miljoner euro ($109m/€85m) avsedda för centret under de senaste 10 åren.
Prästen, kallad Edoardo Scordio, hade redan i år fått 132.000 euro för "andliga tjänster", en biträdande åklagare påstådd.
Polisen i Catanzaro, en stad i södra Kalabrien, sade att mer än 500 agenter var inblandade i gripandet av misstänkta "anklagade för maffiaförening, utpressning, bärare av olagliga vapen, bedrägeri, förskingring till skada för staten, (och) stöld".
Arresteringarna kom två år efter att tidningen L'Espresso publicerade en utredning, där man påstod att pengar stals och att chefer tjänade pengar på att svälta ut de invandrare som bodde där.
Ett år tidigare påstods det att antalet invandrare som sades bo på centret hade varit mycket överdrivet, medan man 2013 fann att asylsökande matades med små mängder föråldrad mat.
Polisen tror att klanen, genom Sacco, tilldelar kontrakt, även för livsmedelsleveranser, till andra medlemmar av "Ndrangheta-syndikatet" samt inrättar egna sammanslutningar.
Enligt Rosy Bindi, chef för parlamentets anti-maffiakommission, hade centrumet i praktiken omvandlats till "en pengautskrift för organiserad brottslighet".
"Denna operation visar maffians förmåga att dra nytta av vår tids svagheter och bräcklighet med dess rovlystna och parasitiska tillvägagångssätt", tillade hon.
En av Italiens största invandrarcentra har varit i maffians händer i mer än ett decennium, har polisen sagt.