Club regissör Emilio Butragueno bekräftade Fifa hade bett den spanska federationen för dokument som rör överföringar under de senaste fem åren.
Butragueno sa att klubben var "helt lugn" om sitt beteende.
Fifa gav Barcelona ett överföringsförbud fram till 2016 efter att de brutit mot reglerna när de signerade 10 spelare under 18 år 2013.
I ett uttalande sade Real Madrid att majoriteten av de 51 spelare som världsfotbollens styrande organ hade bett om information om var undantagna från regler av olika skäl.
Fifa-reglerna säger att internationella överföringar endast är tillåtna för spelare som är över 18 år - om inte spelaren i fråga uppfyller ett av tre kvalificeringskriterier.
Under 18 år kan man flytta till en klubb i ett annat land om:
Verkligt anspråk 10 av de 51 spelarna var spanska medborgare, medan 23 utländska spelare redan hade registrerats på en spansk klubb.
På torsdag slutförde Real undertecknandet på 2,3 miljoner pund av 16-årige Norge mittfältaren Martin Odegaard från Stromgodset.
Barcelona får inte underteckna några spelare 2015 efter att deras överklagande av deras överföringsförbud avvisades i december.
Fifa undersöker Real Madrids policy för ungdomsöverföring och har bett klubben om information om 51 spelare.