Tidigare var agenter med FBI och andra federala myndigheter förbjudna att spela in förhör utan särskild dispens.
Kritiker av den gamla politiken sade att det riskerade att generera falska bekännelser och andra missbruk.
Förändringen rapporterades först av tidningen Arizona Republic.
Politiken, som kommer att träda i kraft i juli, kommer att omfatta agenter vid FBI, Drug Enforcement Administration (DEA), Byrån för alkohol, tobak, skjutvapen och sprängämnen (ATF) och US Marshals service.
Enligt de nya reglerna kan agenter ta ljud- eller videoinspelningar men de senare kommer att "starkt uppmuntras", rättsavdelningen memo författare av biträdande justitieminister James Cole stater.
Valerie Newman, advokat och professor i juridik, som tjänstgjorde i en arbetsgrupp i Michigan i frågan, berättade för BBC att policyskiftet gör att den amerikanska federala regeringen ligger i linje med staterna, vars polis redan är skyldig att spela in förhör.
"Nu har du öppenhet, så det är inte en persons ord mot en annans", sade hon.
Enligt den nuvarande politiken, federala agenter som genomför en intervju ta handskrivna anteckningar och sedan producera en rapport som sammanfattar samtalet.
Kritiker har anklagat en svarande för att göra en orättvis process, särskilt när den misstänktes minne av intervjun skiljer sig från agentens.
"Du hör ofta en brottsling säga: "Det har jag aldrig sagt." Men hur kan du bevisa det?" Ms Newman sa det.
Före detta åklagare för Arizona Paul Charlton sa att han avskedades i en utrensning 2006 på justitiedepartementet delvis eftersom han pressade tillbaka mot politiken att inte spela in förhör.
"Vi förlorade fall och åberopade fall till en lägre brott när vi borde ha vunnit dessa fall," på grund av politiken, sade han.
Mr Charlton hade jurisdiktion över våldsbrott som normalt övervägs i statliga brottmål, på grund av 21 indiska reservationer i hans distrikt.
Han sade att avsaknaden av registrerade bekännelser gjorde "stor skada" till hans åtal, särskilt i fall av sexuella övergrepp mot barn.
"Det var en grovt föråldrad politik", sade han.
Justitiedepartementet har vägrat att släppa sin policy om inspelning av misstänkta intervjuer, New York Times har publicerat en FBI-dokument från 2006 där det står att jurymedlemmar kanske inte förstår de juridiskt tillåtna taktik agenter använder för att få information - och kan finna dem motbjudande.
Byrån har också sagt att inspelningsutrustning kan skrämma misstänkta till tystnad.
Undantag från den nya policyn omfattar när den svarande vägrar att registreras, nationella säkerhets- eller säkerhetssituationer eller när det inte är möjligt.
Den politiska förändringen kommer inte att gälla intervjuer som genomförs utanför USA, även om PM-noterna som spelar in "kan vara lämpliga" i denna omständighet.
Amerikanska brottsbekämpande agenter har beordrats att spela in intervjuer med misstänkta, i en omsvängning av en decennier gammal rättsvårdande avdelning politik.