Affären kommer att se företaget övertas av holdingbolaget Cheil Industries, en annan del av Samsung-koncernen.
Sammanslagningen är starkt emot av några av Samsung C&T:s aktieägare, ledd av US hedgefond Elliott Associates.
För Samsungs grundande familj är flytten ett avgörande steg för att konsolidera kontrollen av konglomeratet.
Aktieägare i Cheil Industries godkände fusionen tidigare på fredag.
Aktierna i Samsung C&T minskade med 10,4 % och Cheil Industries sjönk med 7,7 % efter att sammanslagningen godkändes.
Elliott Associates, som är den näst största enskilda aktieägaren i C&T, säger att övertagandet avsevärt undervärderar bolagets aktie.
hedgefonden hade lämnat in flera misslyckade stämningar för att hindra omröstningen från att gå vidare.
Övertagandet är nyckeln till att konsolidera Samsung grundande familjens kontroll av multi-headed konglomerat.
Det är av särskild betydelse eftersom det kommer före en generationell kraftöverföring på Samsung.
Företagsimperiets patriark Lee Kun-hee har legat på sjukhus sedan maj 2014 och hans son Lee Jae-yong ska ta en större ledarroll.
En av Sydkoreas mest kontroversiella sammanslagningar har godkänts av aktieägarna i byggföretaget Samsung C&T.