Ian McCann, chef för Rosewood Primary School i Burnley, Lancashire, uppges ha deltagit i en välgörenhet cykeltur och missade den sista veckan av terminen.
58-åringen lämnade in ett sjukbrev efter att guvernörerna avböjt hans begäran om frånvaro utanför skollovet.
Lancashire County Council toppade nyligen en lista över råd som bötfäller föräldrar som tar barn på semester.
McCann, som inte omedelbart kunde nås för kommentarer, kommer nu att ställas inför skolans styrelse.
4 800 Lancashire
3 319 Bradford Ordförande
2.523 Rödbro
2.402 Västsussex
2.354 Derbyshire
Ordföranden Alex Bird sade: " Jag kan bekräfta att en anställd har blivit avstängd.
"Eftersom frågan är föremål för utredning kommer vi dock inte att kommentera ytterligare vid denna tidpunkt."
Lancashire County Council utfärdade 3 907 böter till föräldrar för otillåten frånvaro mellan september 2014 och juli.
Varje förälder kan bötfällas 60 pund, dubblering till 120 pund om den inte betalas inom 28 dagar.
Underlåtenhet att betala kan leda till domstolsförfaranden.
I en nyligen genomförd undersökning från Pressförbundet konstaterades att antalet böter som lämnats till föräldrar nästan tredubblats på två år, från 32,512 år 2012-13 till 86,010 år 2014–15.
En huvudlärare som åkte till Brasilien på cykelsemester under terminstiden har blivit avstängd.