Dentsu anklagas för att bryta mot arbetsnormer efter att Matsuri Takahashi, 24 år, tog livet av sig 2015.
Hennes vänner sade att Takahashi - som hade varit på byrån i mindre än ett år - påstod sig vara så upptagen att hon bara sov 10 timmar i veckan.
Död på grund av överarbete är relativt vanligt i Japan, där det har sitt eget ord: karoshi.
Takahashi uppges ha arbetat 100 timmar övertid i månaden en tid före sin död.
Hon dog på juldagen 2015. Enligt rapporter innehöll en lapp som lämnades kvar till hennes mamma raden: "Varför måste saker och ting vara så svåra?"
Tidningen Asahi Shimbun sade att företaget åtalades för olaglig övertid och att åklagare sökte böter.
Det skulle i praktiken avsluta utredningen, rapporterade Kyodo nyhetsbyrå.
Fallet mot Dentsu riktar sig till företagsenheten, men inte till några individer.
Men Kyodo nyhetsbyrå citerade Takahashis mor som sade att hon var "oövertygad" om bristen på anklagelser för sin dotters överordnade.
Det uppmärksammade fallet har lett till förnyade krav på ändringar av Japans notoriskt långa arbetstid och olagliga obetald övertid.
Officiellt finns det flera hundra fall av karoshi varje år, även om kampanjdeltagarna säger att det verkliga antalet är ännu högre.
Dentsu har genomfört ett antal reformer i efterdyningarna av Takahashis fall, enligt uppgift att stänga av lamporna klockan 22:00 varje kväll i ett försök att tvinga de anställda att gå.
Byråns verkställande direktör, Tadashi Ishii, erbjöd sin avgång i december förra året över kontroversen.
En av Japans ledande reklambyråer har åtalats för att en anställd har avlidit på grund av överarbete.