Den 20-åriga center-back gjorde 12 framträdanden denna säsong som Pompey vann League Two titeln, och har spelat 50 matcher totalt för klubben.
Whatmough sade: " Under de senaste åren har jag sett en hel del hårda tider när klubben kämpade och glidit nedåt genom ligorna.
"Men nu är vi på väg tillbaka upp igen och det är bra att vara involverad och spela en roll i det."
Hitta alla de senaste fotbollsöverföringarna på vår dedikerade sida.
Portsmouth försvarare Jack Whatmough har undertecknat ett nytt tvåårigt kontrakt.