Den nya avgiften kommer att tas ut från april 2017 och hjälpa till att se till att storföretagen axlar kostnaden för att utbilda arbetstagare, sade George Osborne.
Men företagsgrupper har beskrivit avgiften som en ny "löneskatt".
Institute of Directors sade att det skulle vara en stor kostnad för många företag, inklusive medelstora företag.
CBI sade att det var en betydande extra skatt för företag som skulle drabba många mindre företag.
Endast företag med en lönesumma på mer än 3 miljoner pund kommer att betala avgiften, som regeringen sade skulle undanta 98 procent av arbetsgivarna.
Mr Osborne sa till Commons: "Det är en enorm reform att höja landets kompetens och ta itu med en av de bestående svagheterna i den brittiska ekonomin."
Men Institute of Directors generaldirektör Simon Walker sade: "Vi är mycket oroade över regeringens antagande att en fjärdedel av de insamlade pengarna kommer att användas för att bara administrera avgiften.
"Firmer har lovats att de kommer att få tillbaka mer än de lägger in, men det är inte klart hur detta kommer att hända om så mycket går förlorat i byråkrati."
CBI generaldirektör Carolyn Fairbairn sa att avgiften var stinget i svansen för affärer i kanslerns uttalande.
Byrån för budgetansvar, den organisation som sammanställer prognoser för regeringen, sade att avgiften skulle bidra till att minska lönetillväxten under de kommande fem åren med 0,7 %.
OBR tillade: "Vi antar att de flesta av kostnaderna i slutändan kommer att bäras av de anställda."
Chris Sanger, chef för skattepolitiken vid EY, sade att kanslern hade försökt att täcka införandet av en ny skatt, som stod för mer än hälften av de skattehöjningar som tillkännagavs i Höstförklaringen.
British Retail Consortium generaldirektör Helen Dickinson sade: "Regeringen gör helt rätt i att vilja öka antalet lärlingar, men då måste den se till att kvaliteten också ökar."
Petra Wilton, från Chartered Management Institute, sade dock: "Om företag vill ha en kvalificerad arbetskraft då är det bara rätt att de betalar för det."
I andra tillkännagivanden som påverkar näringslivet kommer 165 miljoner pund av forsknings- och utvecklingsbidrag som distribueras via Innovate UK att omvandlas till lån. Kanslern sade att detta tillvägagångssätt hade använts framgångsrikt i Frankrike i åratal.
En innovaterad brittisk talesman sade att förändringen innebar att man "måste fokusera sitt arbete inom en ny operativ finansieringsram".
John Longworth, generaldirektör för British Chambers of Commerce, sade att det var viktigt att ersätta bidrag med lån inte "minskade vår dynamik i den globala ekonomin".
BCC välkomnade också ökade utgifter för infrastruktur, särskilt för vägnätet, som man sade skulle hjälpa företagen att expandera.
Stödet till flyg- och bilindustrin kommer att bibehållas på befintliga nivåer under det kommande årtiondet.
Paul Everitt, chef för ADS Group, som representerar flyg-, försvars-, rymd- och säkerhetsföretag, sade att flytten var "en aldrig tidigare skådad förtroendeomröstning" för den brittiska flyg- och rymdindustrin.
"Långsiktig finansiering av flyg- och rymdforskning kommer att se till att vår industri förblir globalt konkurrenskraftig och en av de mest attraktiva platserna för denna höga värde och hög kvalificerad verksamhet," sade han.
Osborne sade att systemet med skattelättnader för företag skulle förlängas med ytterligare ett år, vilket skulle hjälpa 600 000 småföretag.
John Allan, ordförande i Federation of Small Businesss, sade att dess medlemmar skulle bli lättade av förlängningen, även om CBI: s Ms Fairbairn tillade: "Många företag kommer att bli besvikna över att ha hållit kvar för en välbehövlig översyn av affärsräntor fram till nästa års budget."
BRC sade att High Street detaljhandeln rabatt - värt upp till £1500 per år till butiker, kaféer, pubar och restauranger - inte hade förnyats i ett drag som återförsäljare skulle finna "mycket besvikelse".
Årliga affärspriser för den genomsnittliga lilla butiken kommer att bryta mot 9.000 pund för första gången nästa år, enligt butiksexperten Paul Turner-Mitchell.
"Höstförklaringen var fruktansvärd för både detaljhandeln och de som har kämpat länge och hårt för en meningsfull strukturreform av systemet", sade han. "Det är en riktig spark i tänderna och regeringen har helt enkelt inte lyssnat."
I utgiftsöversynen, som presenteras av förbundskansler George Osborne, fastställs vilka statliga utgifter som kommer att vara under de kommande fyra åren, medan höstförklaringen är en årlig uppdatering av regeringens planer för ekonomin.
Särskild rapport: Fullständig djuptäckning av utgiftsöversynen och höstförklaringen
Dokument: Länk till fullständiga höstredovisningar och utgiftsgranskningsdokument via HM Treasury
Vad det betyder för dig: Hur höstförklaringen och Spending Review kommer att påverka din ekonomi
En ny lärlingsavgift på 0,5 % för företagslöner kommer att öka med 3 miljarder pund per år och finansiera tre miljoner lärlingsutbildningar, har kanslern meddelat.