Kamal C Chavara fängslades av polisen i Kerala-staten på söndagen efter det att den hinduiske nationalisten BJP:s ungdomsflygel hade lämnat in ett klagomål mot honom.
Förra månaden slog Högsta domstolen fast att hymnen måste spelas på varje biograf innan en film visas.
Omkring 20 personer har hållits i Kerala och Tamil Nadu sedan dess för att de suttit kvar under hymnen.
Dessutom har Indiens kolonial-era uppviglingslag ofta använts mot studenter, journalister, författare och sociala aktivister och de som är kritiska mot regeringen.
Enligt rapporterna lämnade BJP:s ungdomsavdelning in ett klagomål mot en Facebook-post av Chavara som påstods förolämpa hymnen. Inlägget var tydligen ett utdrag ur en av hans böcker.
Högre polistjänsteman Sateesh Bino berättade för NDTV nyhetskanalen att författaren-aktivisten "förhörs för hans kontroversiella inlägg på nationalsången på Facebook" och hade anklagats för uppvigling.
Tidigare denna månad arresterades 12 personer på en biograf i Kerala, efter att de suttit kvar medan nationalsången spelade.
Filmbesökarna, som deltog i en internationell filmfestival, frigavs senare, men de åtalades för "misslyckande att lyda en order utfärdad av en offentlig tjänsteman, vilket orsakade hinder eller irritation för andra".
Och på en biograf i Chennai blev åtta personer som inte stod för hymnen överfallna och misshandlade, sade polisen. De åtta anklagades senare för att visa ringaktning för hymnen.
En författare i Indien har anklagats för uppvigling för att ha visat ringaktning för nationalsången.