Inrikesministeriet beslutade att stoppa systemet för kvarhållen snabbspår (DFT) bland farhågor om skyddsåtgärder, särskilt för "sårbara sökande".
Invandringsminister James Brokenshire sa att han hoppades att DFT-systemet skulle återupptas inom några veckor.
Man tror att 800 sökande påverkas - och kan nu söka borgen.
Av dessa beräknas det att omkring 100 kan behöva släppas.
Systemet, som infördes 2000, påskyndar rättsliga förhör och överklaganden samtidigt som den enskilde hålls frihetsberövad. Det används i fall där tjänstemännen anser att det går att fatta snabba beslut.
Förra månaden beordrade appellationsdomstolen hemkontoret att stoppa systemet omedelbart efter det att en tidigare domstolsförhandling avslutats, och det innehöll "strukturell orättvisa".
Högsta domstolens domare Nicol föreslog en "juridisk vistelse" - en tillfällig försening - i sitt avgörande den 12 juni, efter ett fall som väckts av kampanjgruppen Häktningsåtgärder.
Detta innebar att snabbspårssystemet fortsatte att fungera tills regeringen hade uttömt alla möjligheter att överklaga.
BBC inrikes angelägenheter korrespondent Danny Shaw sade tjänstemän var orolig deras förfaranden var inte så robust som de borde vara.
I ett uttalande till underhuset sade Brokenshire att systemet hade "blivit föremål för en betydande rättslig utmaning".
"Risker kring garantierna inom systemet för särskilt utsatta sökande har också identifierats i den mån vi inte kan vara säkra på risken för orättvisa för vissa sårbara sökande som kan komma in i DFT.
"Mot bakgrund av dessa frågor har jag beslutat att tillfälligt avbryta tillämpningen av den fängslade snabbspårspolitiken.
"Jag hoppas att denna paus blir kort, kanske bara några veckor, men jag kommer bara att fortsätta att tillämpa denna politik när jag är säker på att det finns rätt strukturer för att minimera risken för orättvisa."
Beslutet att avbryta förfarandet innebär att de asylsökande som hålls fängslade och väntar på att bli hörda kommer att omprövas på "seniornivå" för att se om de kan friges från förvar för att fortsätta sin asylansökan på normalt sätt.
Brokenshire tillade: "De som uppfyller de allmänna kriterierna för frihetsberövande kommer inte att påverkas direkt av beslutet att upphäva DFT.
– Många hålls redan fängslade under dessa befogenheter, till exempel för att de riskerar att avvika och står inför ett nära förestående avlägsnande.
"Endast om kvarhållandet inte längre kan motiveras utanför en DFT-process kommer sökande att friges för att fortsätta sin asylansökan i det ordinarie asylsystemet."
Han sade att sökande som ställs inför avlägsnande till ett säkert tredjeland, utgör en risk för allmänheten eller är utländska lagöverträdare "fortfarande riskerar att kvarhållas eller förbli frihetsberövade".
DFT-systemet påskyndade omkring 4.300 asylansökningar eller asylbeslut under 2013. Den behandlar för närvarande 30 till 40 ärenden i veckan.
Ett system för kvarhållande av asylsökande medan deras ansökningar snabbt bedöms har tillfälligt upphävts efter det att det förklarats olagligt förra månaden.