Förbudet, som gäller från torsdag, gäller tjänstemän med tillgång till sekretessbelagd information samt ministrar, borgmästare och domare i landet.
BBC: s Cindy Sui i Taipei säger att det finns farhågor för att de oavsiktligt kan avslöja information.
Det beror på att förbindelserna mellan de båda sidorna redan är ansträngda.
Vissa tjänstemän väljer Kina för vidareutbildning delvis eftersom de vill bygga förbindelser för att generera handel och investeringsmöjligheter.
Men det har också förekommit en rad fall där taiwanesiska försvarsministerier spionerat för Kina, säger vår korrespondent.
"Ministeriet har diskuterat frågan under en tid och publicerat de reviderade reglerna med tanke på nationell säkerhet," sade inrikesminister Chen Wei-zen på onsdag.
Statliga medier Focus Taiwan citerade uppgifter från National Security Bureau som visade att 97 tjänstemän reste till Kina mellan 2004 och 2013, främst för att söka doktorsexamen.
De studerade främst vid Xiamen University i Fujian Province, China University of Political Science and Law i Peking och Jinan University i Guangzhou, Focus Taiwan sade.
Förbindelserna mellan de två sidorna bröts tidigare i år när protesterna bröt ut i Taiwan om ett handelsavtal med Kina. I mars ockuperade studentprotesterna parlamentsbyggnaden.
I oktober uttryckte Taiwans president Ma Ying-jeou sitt stöd för Hongkongs demokrativänliga rörelse och förargade kinesiska tjänstemän.
Det finns också en växande oro över Kinas växande inflytande i Taiwan, våra korrespondentrapporter.
Peking hävdar Taiwan som en provins i Kina med förhoppningar om återförening någon gång.
Taiwan har förbjudit sina högre regeringstjänstemän från högre studier i Kina, med hänvisning till "nationella säkerhetsskäl".