Flickan, som då var 15 år, hade träffat en man som hette David Ayrton i ett garage i Portsmouth hösten 2004.
Den tilltalade, nu 34 och ringde Davina, förnekade anklagelsen. Hon kommer att dömas till döden den 4 mars.
Domare Ian Pearson häktade henne och sa att det var troligt att hon skulle hållas fången i ett manligt fängelse.
Han tillade: " Om jag skulle frige mig mot borgen finns det betydande skäl att tro att hon skulle vara en risk för sig själv och en risk för att inte närvara av någon som helst anledning.
"Jag kommer därför att bli tvungen att häktas. Det måste vara ett manligt fängelse i Winchester men det kommer att bli en fråga för fängelsetjänsten."
Han berättade också för juryn vid Portsmouth Crown Court: "Det har varit ett något ovanligt fall och det har inte varit ett lätt fall."
Domstolen hörde att Ayrton, som har inlärningssvårigheter, försökte begå självmord förra sommaren.
Protokoll har införts för hennes kvarhållande i fängelset, förklarade en domstolstjänsteman.
Under rättegången talade Ayrton om sin sexualitet och sa att hon inte hade "gjort några fysiska förändringar eller förbättringar" till sin kropp eller tagit någon medicin. Hon bytte namn 2012.
Portsmouth Crown Court fick veta att hon våldtog tonåringen medan två andra sov i garaget.
Offret sa att hon skrek och svor på Ayrton att stoppa attacken, men hennes vänner hade inte vaknat.
Hon hade "bara druckit en och en halv burk av Foster" och kom tydligt ihåg händelserna.
Domstolen hörde att Ayrton 2014 berättade för en arbetare på vårdhemmet där hon bodde i Fordingbridge i Hampshire om attacken.
En transsexuell kvinna har befunnits skyldig till att ha våldtagit en flicka när hon fortfarande lever som man.