Gotabhaya Rajapaksa är anklagad för att tillåta en privat firma att etablera en flytande vapenförråd.
Det påstås att flytten berövade staten mer än $ 75m (Â £ 57m).
Rajapaksa, som förnekar oegentligheter, tjänstgjorde som försvarssekreterare under sin brors, Mahinda Rajapaksas, ordförandeskap, som slutade förra året.
Åtalet väcktes vid en domstol i Colombo av en särskild antikorruptionskommission.
Upptäckten av den flytande arsenalen utanför södra Sri Lanka och av ett annat vapendrag i huvudstaden kom dagarna efter det att Mahinda Rajapaksa röstades bort.
Rajapaksa familjens kraschar faller från nåd
Privat firman Avant-Garde Security Service sa att vapnen var till för att eskortera kommersiella fartyg, men polisen sa att de fick klagomål på att vapnen användes för hot.
Gotabhaya Rajapaksa har också utsatts för anklagelser, som han förnekar, om kränkningar av de mänskliga rättigheterna kopplade till det slutliga nederlaget för tamilska tigersoldater 2009.
Flera andra medlemmar av Rajapaksa-familjen är också föremål för utredning om påstådd korruption.
Tidigare denna månad greps Namal Rajapaksa, Mahindas äldste son, misstänkt för penningtvätt. Han förnekar ett orätt handlingssätt.
Namals bror Yoshitha åtalas för penningtvätt medan Mahindas andre bror Basil, den tidigare ministern för ekonomisk utveckling, har arresterats tre gånger för misstänkt missbruk av pengar och penningtvätt. Han är just nu mot borgen.
Sri Lankas president Maithripala Sirisena har lovat att undersöka påståenden om att medlemmar av familjen Rajapaksa sög av miljarder dollar i offentliga medel under Mahindas nästan tioåriga ordförandeskap.
Den f.d. presidenten, som nu är lagstiftare i oppositionen, har också kritiserats hårt för srilankesiska militärens påstådda kränkningar av de mänskliga rättigheterna under ett långvarigt krig med tamilska separatister.
En av Sri Lankas mest kontroversiella politiker har anklagats för korruption som inbegriper olaglig överföring av statligt ägda vapen.