Mooboo Bubble Tea - som säljer taiwanesiska drink toppad med tapioca bollar - attackerades på sociala medier och av kampanjgrupper.
En petition för att kräva att den betalar personalen ordentligt samlat in mer än 40 000 underskrifter.
I ett uttalande, Mooboo sade praktikanter skulle nu betalas "företagsnivå".
E-post som beskriver de ursprungliga villkoren läcktes till kampanjorganisationen 38 Degrees.
Gordon Maloney från gruppen sade att det var ett "överraskande sätt för MooBoo Bubble Tea att utnyttja människor som söker arbete".
Han välkomnade "svängningen" men sade att det var "mycket viktigt för oss att människor som har arbetat för kedjan gratis inom ramen för denna politik också ska belönas".
Företaget har filialer i London, Birmingham, Bradford, Coventry, Gateshead, Hatfield, Leeds, Liverpool, Manchester och Glasgow.
Framgångsrika intervjusökande erbjöds 40 timmars utbildning, men varnade för att detta inte garanterade ett arbete.
Mooboo sade i ett uttalande: "Med tanke på de senaste återkopplingarna, är vi beredda att genomföra en ny utbildningsprocess som alla praktikanter kommer att betalas enligt vårt företag sätta nivåer när praktikanten har ingått vårt utbildningskontrakt."
Den bekräftade senare för kampanjgruppen "Bättre än noll" att all personal skulle få åtminstone minimilönen från "den första timmen".
Färren över utbildningskontraktet ledde till att andra kaféer förväxlades med företaget.
Bubble Boba i Coventry "led vandalism till vår butik, förtal och övergrepp till vår personal", sade det.
Direktörerna Neil och Kristin McCoy-Ward sa att det nu var "Mooboos plikt att föregå med gott exempel och följa brittiska regler och betala bubblan te konstnärer korrekt för sitt arbete".
Ett café som kritiserats för att ha gjort praktikanter obetalda i 40 timmar, utan garanterat arbete, har gett efter för påtryckningar från allmänheten.