Foyle och Lagan Search och Recue är bland 67 välgörenhetsorganisationer att dra nytta av Department of Transport system.
Bidragen beviljades från en finansieringspott på 5 miljoner pund som levererades över hela Förenade kungariket under en femårsperiod.
Phillip Batt, en av grundarna av Lagan Search and Rescue, sade att pengarna var avgörande för gruppens överlevnad.
Den Belfast-baserade organisationen kommer att få totalt 31,590 pund.
"Det är en enorm skjuts till organisation, detta är vårt sjätte år i drift och vi har nu tre livbåtar och 40 plus volontärer," sade Mr Batt.
"Vi kommer att använda dessa vitala pengar främst för frivillig utrustning, såsom nya flytvästar och hjälmar.
"Detta belyser engagemang volontärer, vi lanserar vår livbåt mellan fyra och sju minuter och det är verkligen på samma nivå som RNLI."
Organisationen hanterar inte bara lokala nödsituationer, de kan också kallas in för att hjälpa nationella sökinsatser här och längre bort.
Några frivilliga återvände nyligen från Egeiska havet, där de var inblandade i att rädda migranter och flyktingar i svårigheter till sjöss.
Deras motsvarigheter i Londonderry, Foyle Search and Rescue, har fått 42.000 pund - den högsta av alla välgörenhetsorganisationer i Storbritannien.
Gruppen har varit verksam i Foyle-området sedan 1993 och huvuddelen av deras arbete omfattar utryckningar för saknade eller utsatta personer.
Den brittiske sjöfartsministern John Hayes sade: " Varje dag utför otaliga frivilliga i vattenräddningsorganisationer över hela vår ö nation ett livsviktigt arbete i nödsituationer, inte bara runt våra kuster, utan också håller våra floder, sjöar och kustvatten säkra.
– Det är absolut nödvändigt att vi värdesätter och stöder deras outtröttliga ansträngningar. Jag är glad att kunna tillkännage den senaste omgången av finansiering, se till att de har den utrustning och de resurser de behöver för att tillhandahålla sina dygnet runt livräddande tjänster," tillade han.
Två vattenräddningsorganisationer i Nordirland har fått 70.000 pund i finansiering mellan sig.