De lokala myndigheterna sa att Richard Ellis skulle åka i fredags i slutet av sitt kontrakt.
Ciaran Monaghan och Ewan Sutherland omfattas båda av ett frivilligt avgångs- och förtidspensionssystem.
Stephen Flynn, ledare för oppositionen SNP-gruppen, sade att avgångarna var tecken på rådets oförmåga att hålla fast vid högre tjänstemän.
Han sa att han förväntade sig fler avgångar under de kommande månaderna.
Ellis är rådets tidigare tillförordnade direktör för bolagsstyrning och har också varit vice verkställande direktör i flera månader.
Monaghan är chef för den verkställande makten, medan Sutherland är chef för personal och kundservice.
Rådets verkställande direktör Angela Scott tackade trion för deras "dedikation och professionalism".
Tre högre tjänstemän ska lämna sina roller i Aberdeen stadsfullmäktige.