Den påstådda spioneri av National Security Agency (NSA) "måste förklaras och viktigare nytt förtroende måste byggas upp för framtiden", berättade hon tyska parlamentsledamöter.
Anklagelserna dominerade nyheterna under ett EU-toppmöte förra månaden.
Angela Merkel sade att NSA-affären satte handelssamtalen mellan EU och USA på prov.
Hon sade också att Tysklands förbindelser med USA "är av största vikt".
Den tyska regeringen har sagt att det är angeläget att höra direkt från NSA läckaren Edward Snowden om byråns insamling av telefon- och internetdata.
Men Tyskland säger att det inte kan erbjuda honom asyl eftersom han måste lämna in sin ansökan på tysk mark.
Enligt sina läckor riktade sig NSA till Washingtons västliga allierade, däribland Angela Merkels mobiltelefon och EU-kontor.
"Anklagelserna är allvarliga", sade Angela Merkel i sitt uttalande på måndag. Hon kommenterade inte specifikt den påstådda buggningen av hennes telefon.
Bundestag - Tysklands lägre hus - håller en särskild debatt om NSA:s spioneripåståenden.
Omfattningen av NSA-övervakningen i Tyskland är oklar, och förra månaden skickade Tyskland några högre tjänstemän till Washington för att ta reda på mer.
Tyska medier rapporterar att de tyska underrättelsetjänsterna utbyter underrättelser med sina amerikanska motsvarigheter.
Men nyligen sade den brittiska tidningen The Independent, som citerade läckor från Mr Snowden, att den brittiska spionbyrån GCHQ hade kopplat in sig i kommunikationen med hjälp av en hörstolpe på den brittiska ambassadens tak i Berlin.
Mr Snowden, 30, flydde till Ryssland i juni efter att ha läckt detaljer om omfattande amerikansk spionage. Han har ett tillfälligt asyltillstånd som gör det möjligt för honom att bo i Ryssland fram till juli 2014.
Kansler Angela Merkel har varnat för att rapporter om amerikansk spionverksamhet i Tyskland - inklusive avlyssning av hennes mobiltelefon - anstränger de transatlantiska banden.