Midfielder Garrett gjorde i 3-1 seger på Shamrock Park men borde inte ha varit på planen.
Ards har nu fått segern på en 3-0 poänglinje och flytta upp till sjunde i ligan, med Ports nu åtta poäng på drift vid foten av bordet.
Frågan diskuterades av en irländsk disciplinnämnd för FA på onsdag.
Enligt IFA webbplats, Garrett skulle tjäna en enmatch förbud, med verkan från måndag 24 oktober, men Portadown säger att de förstod att avstängningen skulle börja en vecka senare.
I ett uttalande som offentliggjordes av IFA på torsdag förmiddag sade att sanktionen hade utdömts för en överträdelse av artikel 22.1 i disciplinlagen "efter övervägande av Portadowns skriftliga kommentarer".
"Kommittén var nöjd med att Portadown kände till eller borde ha känt till de nuvarande reglerna om avstängningar", läsa uttalandet.
Frågan om Garretts berättigande togs upp av Ards före Premiership-spelet mellan sidorna och uppmärksammades formellt av IFA av Nordirlands fotbollsförbund.
Resultatet på Shamrock Park var Portadowns fjärde seger för säsongen, vilket innebär att de skulle ha utplånat 12-punktsavdraget som infördes innan säsongens början.
De ligger nu på minus tre punkter.
Portadown har förverkat de poäng de vann genom att slå Ards på lördag och bötfällts £350 för att spela Robert Garrett medan han var avstängd.