Den oro som engelskt institut för idrott (EIS) förde med sig över tränares praxis ledde till en översyn 2015.
EIS har ifrågasatt granskningsgruppens oberoende och resultat, även om både UK Sport och GB Taekwondo säger att översynen genomfördes på lämpligt sätt.
Taekwondo är den senaste sporten att engagera sig i en social kontrovers efter cykling, simning och kanotpaddling.
Medicinsk personal som arbetar med GB Taekwondo väckte oro för UK Sport när det gäller hjärnskakning, viktminskning och träningsbelastningar, inklusive påståenden om att idrottare ombads att träna i bastur, rapporterade City AM.
Detta ledde till att GB Taekwondo inledde en oberoende granskning, även om organisationen tilläts välja sin egen panel. De valde att inte intervjua någon av de klagande eller idrottsmännen, enligt tidningen, utan hade tillgång till skriftliga inlagor och medicinska anteckningar.
I den rapport som offentliggjordes förra året fann man inga bevis till stöd för klagomålen eller dålig praxis.
I ett uttalande från EIS sades det att man var oroad över panelens oberoende - som inrättades med hjälp av finansiären UK Sports hjälp - förvaltningen av granskningsprocessen och inte helt höll med om slutsatserna i slutrapporten.
"EIS har fortsatt att ha en dialog med UK Sport om dessa frågor", tillade den.
GB Taekwondo laget njöt av sin bästa olympiska medalj drag förra året, när Jade Jones, Lutalo Muhammad och Bianca Walken vann guld, silver och brons respektive i Rio.
GB Taekwondo säger att det "inte har större prioritet" än hälsa och välbefinnande för idrottare på sin världsklass program.
"De får en individualiserad utbildning och konkurrensplan samt ett skräddarsytt närings- och återfuktningsprogram som stöds av en robust vikthanteringspolicy för att se till att de är bland de bäst förberedda idrottarna i världen", sade det.
"De reser med medicinsk hjälp hela tiden för att se till att de är fullt rustade att konkurrera i denna krävande sport."
GB Taekwondo använder inte längre EIS-medicinska personal men säger att denna förändring var planerad innan påståendena gjordes, tillägger att förbättringar hade gjorts för att stödja idrottare.
En brittisk idrottstalesman sade att det krävdes "lämpliga och lägliga" åtgärder och att det inte fanns tillräckliga bevis för att stå emot påståendena.
"Med det sagt har vi bett våra interna team inom UK Sport (prestanda och styrning) att ge en extra betoning i sin övervakning både i fråga om världsklass program och GB Taekwondo interna processer på idrottare välfärd / trygghet," sade det.
"Vi undersöker också hur vi kan involvera idrottare mer direkt i att lämna sina synpunkter på ett konfidentiellt sätt om både prestanda och tjänster som tillhandahålls av utövare."
De senaste påståendena kommer mitt i oro över kulturen av högpresterande program inom brittisk idrott.
UK Sport är under vidare granskning efter dess behandling av klagomål om GB Taekwondo ifrågasattes.