Det andra nederlaget i fyra matcher lämnar Gordon Strachan män femte i Grupp F och chefen inför ytterligare frågor om sin framtid.
Före detta Scotland-strejkaren Steven Thompson ger sina märken av 10 för visningen.
Ingen chans med mål men hade lite annat att göra än att plocka bollen ur sitt nät.
Ett överraskande val men Derby yttern försvarade väl med tanke på att han inte var i sin naturliga position.
Skottlands bästa spelare natten efter en lång frånvaro från den internationella scenen. Erbjudde ett verkligt hot framåt och arbetade outtröttligt.
Spelat bättre än i Slovakien och otur på första mål efter att ha gjort en bra block. Slösade en stor chans att utjämna, misslyckas med att träffa målet från en fri rubrik.
Med en sällsynt start och gjorde bra för att hålla Englands fara män tyst under stora perioder.
Kaptenens önskan och arbetstakt är aldrig ifrågasatta men han var lös i besittning alltför ofta.
Tillbaka från sin kortlivade internationella pension, men hur länge? Den keltiska kaptenen gav mittfältet energi och aggression som förväntat.
I stort sett ineffektiv. Fick inte upp bollen tillräckligt för att göra en positiv effekt. Återigen, en överraskning inkludering med tanke på hans brist på speltid på West Brom.
Missade en härlig möjlighet att nivå spelet tidigt i andra halvlek, dra ett skott bred från nära straffplatsen. En annan spelare skyldig till att ge bort bollen alltför ofta.
Förutsatt några hotfulla pjäser. Verkligen borde ha gjort mål inte långt efter Forrests miss när han hade en bra syn på mål.
Ledde linjen väl med positiv energi i första halvan. Men tog ett dåligt beslut att inte spela i Snodgrass på en bra motattack. Trött i andra halvan som Skottland saktmodigt kapitulerade.
Spelet var över när han kom på, mycket svårt att göra ett intryck.
På för den skadade Anya. Inte gett mycket att göra sedan England var nöjd med att hålla bollen och inte utgör mycket av ett hot.
Det är för sent att slå till.
Scotland's World Cup kvalificerande förhoppningar är nära att släckas ut efter en 3-0 förlust till England på Wembley.