Daimler, som äger den lyxiga biltillverkaren, har utsatts för intensiva påtryckningar från polis och åklagare.
Myndigheterna undersöker möjligheten att manipulera utsläppen av dieselutsläpp i personbilar.
En Daimler talesman sade programfixen, som kommer att kosta ca 220 miljoner euro (195 miljoner pund), var inte kopplad till polisens utredning.
Han sade att den "frivilliga serviceåtgärden" var att minska kväveoxidföroreningarna.
"Tjänsteåtgärderna medför inga kostnader för kunderna. Genomförandet av åtgärderna kommer att börja under de kommande veckorna," Daimler sade.
Åtgärderna kommer efter tyska parlamentsledamöter förra veckan frågade Mercedes-Benz chefer om utsläpp.
Vid den tiden kom biltillverkaren överens med transportministeriet om att genomgå ytterligare en omgång utsläppsprovningar.
I maj genomsökte den tyska polisen 11 av biltillverkarens kontor som en del av en utredning av eventuella bedrägliga utsläppsuppgifter från anställda.
Totalt deltog 23 åklagare och 230 poliser i sökandet i delstaterna Baden-Wuerttemberg, Berlin, Niedersachsen och Sachsen.
Tre miljoner Mercedes-Benz-ägare i Europa kommer att erbjudas en programfix för sina dieselbilar.