Joao Santana ansågs allmänt vara arkitekten till Ms Rousseffs 2010 och 2014 års valseger.
Han har vägrat att ta emot mutor i en plan för att avleda medel från det statligt drivna oljebolaget Petrobras.
Omkring 50 brasilianska politiker, däribland ledaren för kongressens lägre hus, är under utredning i Petrobras korruptionsskandalen.
Mr Santana anklagas för att ha fått mutor från flera stora industrikonglomerat.
Analytiker säger att åtalet mot honom är ytterligare ett slag för president Rousseff som står inför åtal.
Han greps i februari efter att ha återvänt från Dominikanska republiken, där han arbetade med omvalskampanjen av president Danilo Medina.
På grund av sin närhet till henne förväntas gripandet skada hennes ställning ytterligare, även om åtalet mot henne inte är relaterat till Petrobras korruptionsutredning.
En före detta journalist, herr Santana är känd för att producera dramatiska, stora budget kampanjvideor som tilltalar fattigare väljare.
Santana hade kallat anklagelserna "ogrundade".  Och han hade hårda ord för utredningen och sade att Brasilien för närvarande levde i ett "klimat av förföljelse".
Om den utredande domaren accepterar anklagelserna mot honom, kommer mr Santana att fängslas.
I Brasilia har en särskild senatskommission börjat förhöra inför en omröstning om huruvida hela senaten ska vidta åtal mot president Rousseff.
En folkomröstning i plenum väntas äga rum omkring den 11 maj.
Över hela landet blockerade regeringsvänliga stora vägar i städer i nio brasilianska stater under torsdagens rusningstid för att kräva att åtalsförfarandet mot president Rousseff skulle stoppas.
I Sao Paulo såg staden hundratals kilometer trafikstockningar som bildades bakom vägspärrar av brinnande däck.
Brasilianska åklagare har åtalat president Dilma Rousseffs valstrateg för korruption.