Det kommer efter barnpatolog Dr Caroline Gannon avgick över interventioner av Mr Larkin om abort lagar om dödliga foster abnormitet.
Foyle MLA sa att justitieministern skulle stå över politiken.
"Mr Larkin har rätt till sina egna samvetsgranna övertygelser, religiösa och andra", sade McCann.
"Herr Larkin har enligt min mening inte rätt att gå runt i världen, i europeiska domstolar och så vidare och uttrycka åsikter som återspeglar hans egna moraliska religiösa övertygelser, men som inte kan representeras som de flesta människors tro i norr.
"Jag tycker att han har gått för långt så jag tycker att han ska gå."
Doktor Gannon undersökte dödsfallen bland spädbarn, däribland dem i livmodern eller dödfödsel.
Hon sade att Larkins inlägg nyligen gjorde hennes ståndpunkt ohållbar.
Hon sa att sista strået för henne var att behöva råda ett par att använda en picknick kylväska för att lämna tillbaka sitt barns kvarlevor till NI efter en abort i England.
En familj kan få en obduktion utförd i England - men de är svåra att ordna.
Dr Gannons avgång lämnar Nordirland med endast en pediatrisk patolog.
Både justitieministern och justitiedepartementet är involverade i rättsliga förfaranden som behandlar den nuvarande lagen.
Peter Lynas, från den evangeliska alliansen, sade att han inte kunde se någon anledning till varför Larkin har pekats ut.
"Jag hör ingen uppmaning till justitieministern att dra sig tillbaka", sade han.
"John upprätthåller lagen som han är tänkt att göra, så jag är inte riktigt säker på vilken serie av brott är. Hur har han gått för långt?
Justitieministerns roll är att upprätthålla lagen som den är och han är delaktig i överklagandet av Justitiedepartementet.
Folk före Profit MLA Eamonn McCann har bett justitieministern John Larkin att dra sig tillbaka.