En sammanslagning av sjukhusen vid Royal Liverpool och Aintree University har föreslagits i förslaget till hållbarhets- och omvandlingsplan för Merseyside och Cheshire som släpptes på onsdag.
Syftet är att åtgärda ett potentiellt finansieringsgap på 908 miljoner pund i området senast 2021.
Ledamot Andy Moorhead sade Liverpool City Region "kommer inte att stödja" planen, som var "fullbordad i hemlighet".
Louise Shepherd, som är chef för Alder Hey Children's Hospital och ledde arbetet, sade att sjukhusen har "pratat tillsammans i över tre år om vad de kan göra bättre tillsammans".
Sjukhusen "sade att deras avsikt skulle vara att försöka föra samman de två organisationerna", sa Shepherd, men "vad det egentligen innebär för tjänster återstår att fastställa".
I planen föreslås en sammanslagning av Royal, Aintree och Liverpool Women's Hospital till ett nytt förtroende i april 2018 - men också "omkonfigurera" kvinnosjukhuset 2021.
I Southport och Ormskirk Trust, som driver Southport och Formby Hospital A&E, beaktas också nya modeller för A&E, som på tisdagen bedömdes som otillräckliga av hälsovakten.
Moorhead, ansvarig för hälsa, välbefinnande och social omsorg för Liverpool City Region Combined Authority, sade "alla beslut av NHS att konfigurera sjukhus" bör "vara föremål för öppen och öppen debatt" och "har stöd av lokala samhällen och NHS personal... detta har bara inte hänt".
Shadow Health Minister och Labour MP för Ellesmere Port och Nesson Justin Madders sade att processen har "helt saknas i öppenhet och ansvarighet" och "beundras av förvirring".
NHS England har delat upp landet i 44 geografiska områden - kallade "fotavtryck" - som alla snart måste producera en femårig hållbarhets- och omvandlingsplan.
Merseyside och Cheshire är de näst största och omfattar Knowsley, Sefton, Liverpool, Halton, St Helens, Cheshire East, Cheshire West och Chester, Warrington, Wirral.
Labour MP för Wallasey Angela Eagle sade Wirral verkar vara "särskilt hårt drabbade" och planen " verkar vara mer om att möta underskottet än att faktiskt titta på vilken typ av hälso-och sjukvård vi behöver".
Rapportens publikation markerar början på en samrådsperiod under vilken människor kommer att bli ombedda att yttra sig.
Två sjukhus i Liverpool skulle kunna slås samman enligt kostnadsnedskärningsplaner som presenterats av hälsochefer.