Nyheten kommer en dag efter att sökteamen hämtat ljudregistratorn från vraket av Flight MS804.
Båda bandspelare, kända som "svarta lådor", är avgörande för att upptäcka varför Airbus A320 kom ner den 19 maj och dödade alla 66 personer ombord.
Planet flög från Paris till Kairo när det försvann från radarn.
Utredare har sagt att det är för tidigt att utesluta alla orsaker till kraschen, inklusive terrorism.
Den egyptiska utredningskommittén sade att dataregistren hade "fått tillbaka flera bitar" av ett specialiserat fartyg, John Lethbridge.
Fartyget, som drevs av Deep Ocean Search, fann på onsdagen planets vrak på flera platser omkring 290 kilometer norr om Egyptens kust, på ett djup av omkring 3.000 meter (9.800 meter).
Dataregistratorn är vanligtvis placerad i flygplanets svans tillsammans med röstregistratorn, som måste bärgas i etapper på torsdag eftersom den var svårt skadad.
Utredningskommittén sa att data från den andra inspelarens minnesenhet kommer att laddas ner när den har överförts till den egyptiska hamnen i Alexandria.
Dataregistratorn samlar information om planets hastighet, höjd och riktning.
Tidigare på fredagen berättade en namnlös tjänsteman i utredningskommittén för AP:s nyhetsbyrå att röstregistratorns data redan analyserades av experter, däribland företrädare för Frankrikes flygsäkerhetsbyrå och flygplanets tillverkare, Airbus.
Orsaken till kraschen är fortfarande ett mysterium.
Egyptens civila luftfartsminister har sagt att en terroristattack är mer sannolikt än ett tekniskt misslyckande.
Automatiserade elektroniska meddelanden skickade av planet visade att rökdetektorer gick av i en toalett och i avionikområdet under cockpit, minuter innan planets signal försvann.
På måndagen bekräftade undersökningskommittén att radardata visade att planet svängde 90 grader åt vänster och sedan 360 grader åt höger, sjönk från 11 300 meter (37 000 meter) till 4 600 meter (15.000 meter) och sedan 3000 meter (10 000 meter) innan det försvann.
Vad vet vi hittills?
Vilka var offren?
Flygregistratorn från EgyptAir-planet som kraschade i Medelhavet förra månaden har hämtats, säger egyptiska utredare.