Officerare söker 18 lokaler i London och en i Stoke-on-Trent.
Metpolisen sade att det var en del av en pågående utredning om islamistisk-relaterad terrorism och inte som svar på något omedelbart hot mot allmänheten.
Choudary är före detta brittisk ledare för den islamistiska gruppen al-Muhajiroun eller Islam4UK, som förbjöds i Storbritannien 2010.
De arresterade männen, mellan 22 och 51 år, hålls fångna på polisstationer i centrala London.
av Dominic Casciani, korrespondent för inrikes frågor
Anjem Choudary är en djupt kontroversiell islamisk figur, en man som många muslimer föraktar eftersom de tror att han orsakar enorma skador på deras ställning i det brittiska samhället.
Vid sidan av en annan nu bannlyst präst, han en gång spjutspetsad al-Muhajiroun, en grupp som hävdade att väst utkämpar ett krig mot muslimer och islam.
När regeringen förbjöd gruppen, några av dess tidigare medlemmar grundade nya organisationer, inklusive Islam4UK och Muslims Against Crusades - som också senare förbjöds.
Den senare gruppens protester mot brittiska soldater som återvände från Afghanistan ledde till motprotester och det senare bildandet av engelska försvarsförbundet.
Choudary har alltid förnekat anklagelser om att han antingen har anstiftat eller förhärligat terroristhandlingar.
I ett uttalande sade Met att männen hölls misstänkta för att vara medlemmar i en förbjuden organisation, stödja en förbjuden organisation i strid med 11 och 12 § Terrorism Act 2000 och uppmuntra terrorism, i motsats till 1 § Terrorism Act 2006.
Polisen sade att ett antal bostads-, affärs- och samhällslokaler håller på att genomsökas; 11 i östra London, 1 i västra London, 1 i nordvästra London och 5 i södra London.
En bostadsfastighet genomsöks också i Stoke-on-Trent.
Arresteringarna genomfördes av Mets kommando för kampen mot terrorism (SO15).
Nio män, däribland den radikala islamistiska predikanten Anjem Choudary, har arresterats i London på misstanke om att vara medlemmar i en förbjuden organisation.