The 2016 Rio Olympics GB Sevens silvermedaljör verkade använda en gest och svära på domaren Greg Garner.
Scarlets har fördömt Davies "missbrukande språk eller handlingar".
I ett uttalande sade spelaren: "Jag skulle vilja be mina lagkamrater, fansen, Scarlets, min familj och rugby samhället."
I 28:e minuten på Stade Felix Mayol ringde Garner över Davies och Scarlets kapten Ken Owens och sa till Davies: "Om du använder det språket igen på planen, kommer jag att skicka iväg dig."
Davies sa att han hade bett om ursäkt till den engelska officiella Garner under och efter matchen.
Han tillade: " Under stridens hetta förlorade jag fattningen och sade och gjorde saker som jag djupt ångrar.
"Jag bad om ursäkt för att döma Garner både under och efter matchen, men jag vill upprepa mina uppriktiga ursäkter offentligt."
En talesperson från Scarlets sade: " Scarletarna har rugbyförbundets unika värderingar i högsta grad.
"Våra aktörer är alla medvetna om sitt ansvar som förebilder och väktare av dessa värderingar.
"Vi fördömer oreserverat alla oanständiga eller kränkande språk eller handlingar som James Davies visade på söndag."
Davies kunde nu ställas inför disciplinära åtgärder som kunde påverka hans chanser att möta Toulon i deras återmatch på Parc y Scarlets, Llanelli på söndag.
Scarlets säger att de kommer att följa "disciplinära förfaranden" och genomföra en intern utredning av händelsen.
Scarlets flanker James Davies har bett om ursäkt för sina "oförlåtliga handlingar" i deras europeiska Champions Cup nederlag i Toulon på söndag.