Händelsen i en by i västra Bengkuluprovinsen gav upphov till en sällsynt debatt i Indonesien om sexuellt våld.
Det maximala straffet skulle ha varit 15 år vardera, men domaren sade att han tog hänsyn till pojkarnas ungdom.
Flickan Yuyun försvann den 2 april på väg hem från skolan.
Hennes kropp hittades i undervegetation två dagar senare av byborna, slagna, slagna och med händerna bundna.
Fallet täcktes inte i stor utsträckning av indonesiska medier förrän det togs upp av aktivister på nätet flera veckor senare.
Detta ledde till protester i huvudstaden, Jakarta, och fick barnskyddsministern Yohana Yembise att uppmana våldtäktsmän att möta dödsstraffet.
Fem män ställs också inför rätta i samband med fallet, och polisen säger att ytterligare två misstänkta fortfarande är på flykt.
Sju pojkar under 18 år har dömts till 10 års fängelse i vardera Indonesien för gängvåldtäkt och mord på en 14-årig flicka.