Tjuvar stal en 5m (16ft 4in) flaggstång - komplett med Union Jack - någon gång under helgen.
Tidigare denna månad stals föremål avsedda för en öppen dag, däribland två generatorer, mat och dryck.
Förra året skadades ett minnesmärke över de tusentals besättningsmän som tjänstgjorde i Bomber Command under andra världskriget av inkräktare.
Direktör Nicky Barr sa att det var "extremt frustrerande".
Hon sa: "Jag hade stor tilltro till människosläktet, men det har minskats något - jag förstår inte varför någon skulle vilja rikta in sig på ett minnesmärke."
Mer om detta och andra berättelser från hela Lincolnshire
Lincoln-attraktionen är att hedra flygpersonalens ansträngningar med utställningar, information och konton från servicepersonal och överlevande.
Centret - som skall öppnas i september - behöver fortfarande 2 miljoner pund i donationer och evenemang hålls för att samla in pengar.
125 000
Flygbesättningen tjänstgjorde i bombkommandot under andra världskriget
364,514 operativa sorteringar som flugits
55,573 flygbesättning dödas i strid
25,611 döda från Lincolnshire
70 % av besättningen dödades, tillfångatogs eller skadades
Barr sade att insamlingsinsatserna hämmades av inbrotten.
Hon sa: "Oavsett om det gjordes som höga jinks, eller om det finns en marknad för begagnade flaggstänger, jag vet bara inte.
"Verkligheten är de uppoffringar som görs av dessa killar [Bomber Command besättningar] möjliggör friheten som den som gör detta har idag."
Tjänstemännen har lagt fram en petition i ett försök att få ytterligare finansiering från regeringen för att slutföra projektet.
International Bomber Command Centre har angripits av tjuvar för andra gången på några veckor.