Lancashire County Council har öronmärkt mark på före detta Glenburn Sports College och Skelmersdale College.
Idrottshögskolan stängde i augusti, medan Skelmersdale Colleges Westbank campus, som ägs av Newcastle College, också är oanvänd.
Beslutet följer på en jämförande studie av Network Rail på båda platserna och en i närheten av köpcentret Concourse.
Skelmersdales ursprungliga järnvägsstation stängd för passagerare 1956.
Rådet - som äger Glenburn Sports College - sade att Skelmersdale kunde få två direkta tåg till Liverpool per timme enligt de planer det har gjort i samarbete med Merseytravel och West Lancashire Borough Council.
Landstinget John Fillis, kabinettsledamot för motorvägar och transporter, sa att det var ett "spännande steg framåt".
Han sade att den föredragna platsen var stor nog för att möjliggöra en framtida expansion.
Han tillade: "Den har god motorvägstillgång och god uppkoppling till staden och det omgivande området."
Myndigheten bekräftade att den nu kommer att inleda processen med att förvärva marken i fråga.
Skelmersdale utsågs till ny stad den 9 oktober 1961.
Det är en av de största städerna i nordvästra England att inte ha en egen järnvägsstation.
Den föredragna platsen för en stads första järnvägsstation på 50 år har avslöjats.