John Ridsdel, 68, togs från en turistort tillsammans med tre andra av Abu Sayyaf-gruppen i september förra året.
Gruppen hade hotat att döda en manlig gisslan den 25 april, om en lösensumma inte hade betalats.
Den kanadensiske premiärministern Justin Trudeau bekräftade sin död och kallade den "en handling av kallblodigt mord".
Mr Ridsdel kidnappades från en marina nära staden Davao tillsammans med en annan kanadensare, Robert Hall, norska Kjartan Sekkingstad och en filippinsk kvinna, herr Halls flickvän Marites Flor.
De fördes 500 kilometer till ön Jolo. Abu Sayyaf släppte en video av gruppen i november, där de krävde $80m (Â £55m) för sin release.
Mr Ridsdel varnade senare för att han skulle dödas om ingen lösensumma betalades.
Flera timmar efter deadline hittades ett avhugget huvud på en gata på Jolo. De filippinska myndigheterna sade att den tillhörde en utländsk man, men den har ännu inte formellt identifierats.
"Det är svårt", berättade en vän till mr Ridsdel, Bob Rae, för CBC News. "Det är bara väldigt svårt. Jag har varit med bakom kulisserna de senaste sex månaderna och försökt hitta en lösning och det har varit väldigt smärtsamt."
En före detta gruvchef, Mr Ridsdel beskrivs av kanadensiska medier som halvpensionerad.
Han arbetade också som journalist.
Trudeau framförde sina kondoleanser och gav några få detaljer och sade att han inte skulle äventyra de andra fångarnas säkerhet.
Abu Sayyaf bildades på 1990-talet och fick finansiering från al-Qaida.  Den kämpar för en oberoende islamisk provins i Filippinerna.
Flera av dess fraktioner har förklarat sin lojalitet till den militanta gruppen Islamiska staten. Abu Sayyaf håller också flera andra utlänningar.
Arton filippinska soldater dödades i sammandrabbningar med militanterna på Basilanska ön nära Jolo ön tidigare denna månad.
En kanadensisk man som hålls fången av islamistiska militanter i månader i Filippinerna har dödats.