Bissouma skrev ett professionellt avtal med den norra klubben först i juli 2016, fyra månader efter att ha gått med i reservaten från AS Real Bamako.
20-åringen, vars tidigare avtal löpte fram till juni 2019, säger att han är mycket nöjd på Stade Pierre-Mauroy.
"I fotboll, när du lägger i arbetet får du alltid belönas," Bissouma berättade klubbens webbplats.
"Jag har fortfarande mycket att göra. Jag vill ge mig själv varje chans att göra det och uppfylla mina mål.
"Den första är att hålla klubben i Ligue 1, och sedan skulle jag också vilja vinna en trofé med Lille."
Bissouma har gjort mål en gång i 17 framträdanden för klubben sedan han gjorde sin debut mot Toulouse i september 2016.
Malis internationella midfielder Yves Bissouma har tecknat ett nytt avtal om att stanna hos den franska klubben Lille fram till 2021.