Bekännelser hade tvingats från Muselman män efter de var slagen upp i häktet, en rättighetsaktivist sade.
De var bland en grupp människor som arresterades sent förra året.
Homosexuella handlingar är olagliga i den västafrikanska staten enligt både islamisk och sekulariserad lag - den senare skärptes tidigare i år.
Samkönade äktenskap, homosexuella grupper och uppvisningar av samkönad offentlig tillgivenhet är nu förbjudna i hela Nigeria.
En annan muslimsk man fick också 20 piskrapp i januari efter den islamiska domstolen i Bauchi dömde honom av homosexuella brott.
De flesta stater i den övervägande muslimska norra Nigeria har antagit islamisk lag, känd som Sharia, sedan slutet av militärstyre 1999.
BBC: s Ishaq Khalid i Bauchi säger att detaljer om det senaste fallet är skumt, men domstolstjänstemän har bekräftat piskandet.
Det verkar som om domstolen ville undvika publicitet efter att en arg folkmassa stört rättegången förra månaden och krävt dödsstraff för de fyra, säger vår reporter.
Domaren utdömde inte dödsstraff därför att de homosexuella brotten hade ägt rum för länge sedan, och männen hade ångrat sig, säger han.
Var är det olagligt att vara bög?
Männen, mellan 20 och 22 år, beordrades också att betala böter på 120 dollar vardera, Dorothy Aken'Ova, en rättighetsaktivist med Nigeria-baserade International Centre for Reproductive Health and Sexual Rights, berättade Associated Press nyhetsbyrå.
Rättighetsgrupperna försökte samla in pengarna - annars kommer de att sitta kvar i fängelse, sade hon.
Männen borde inte ha dömts för att de blev misshandlade och deras bekännelser påtvingades, sade hon.
Deras familjer, främst lantarbetare, tackade nej till ett erbjudande om juridisk representation eftersom de föredrog att förhandla med domaren och få saken bakom sig, sade Aken'Ova.
Nigeria är ett djupt konservativt land, där de flesta människor - kristna och muslimska - är emot homosexualitet.
Fyra nigerianska män har fått 20 piskrapp var efter en islamisk domstol i den norra staden Bauchi dömde dem för homosexuellt sex, säger tjänstemän.