Steve Davies berättade ams tjänstemän var "berörda" om volymen av tidigt inträde.
Det följer kritik från utbildningssekreterare Kirsty Williams att barn "bankades" på lägre kvalifikationer.
Chris Davies sade att regeringen vill vidta åtgärder i frågan i höst.
Williams uttryckte tidigare i maj sin oro över att fokuseringen på att höja GCSE-nivån till C-nivå har lett till "oavsiktliga konsekvenser" och att vissa barn har lagt in en lägre kvalifikation för tidig inresa till banken i stället för att potentiellt uppnå högre utbildning.
Den högre statstjänstemannen - frågade om frågan om "tidigt inträde som ett sätt att spela systemet" av Labour AM Lee Waters - sade den walesiska regeringen råd var att beslut om tidigt inträde gjordes "i ett enskilt barns intresse".
Han berättade för församlingens kommitté för offentliga räkenskaper att i år har vissa skolor genomfört tidiga inträde "nästan för att testa systemet".
Men han tillade: "Jag tror... det finns också de där ute som spelar."
Chris Davies erkände: "Ibland är det den press som det system vi har sätter på dem.
"Jag rättfärdigar det inte på något sätt, men jag kan förstå att folk kommer att ta till det."
Chris Davies sade att regeringen samarbetar med Qualifications Wales (QW) för att identifiera "problemets omfattning" med en rapport från det organ som ska läggas fram i september.
Han tillade att Williams är "mycket medveten om det" och tillägger att åtgärder kommer att vidtas under den "tidiga delen av hösten" efter översynen.
Vissa skolor "gaming" examenssystemet genom att komma in barn tidigt, den walesiska regeringen chef för utbildning har sagt.