Birmingham Academies Park View och Nansen Primary - betygsatt otillräcklig av Ofsted - kommer att få sina finansieringsavtal avslutade.
Park View Educational Trust sade att det kan tas bort från att driva skolorna.
Oldnow Academy och Golden Hillock School, som också bedömdes som otillräckliga, varnades för att de kunde förlora pengar om de inte tog itu med sina problem.
En lärare vid en av de trojanska hästskolorna sade att föräldrar försökte undergräva hennes auktoritet och steg ner på skolan under en Ofsted inspektion.
Huvudläraren, som ville förbli anonym, sade att hon hörde föräldrar tala med en inspektör om henne.
Hon sa att hon var nära att sluta sitt jobb vid ett antal tillfällen men allt "föll på plats" när nyheten om Trojan Horse brev bröt.
"Från 2012 kände jag mig ensam", sa hon.
"Jag visste inte att det hände med andra huvuden. Om jag hade vetat det hade jag kunnat rationalisera det, men då kände jag mig generad.
"Jag började tänka "kanske det är jag, kanske jag gör något fel."
På måndagen publicerade vakthunden 21 rapporter till skolor som påstås vara riktade som en del av ett hårt muslimskt övertagande.
Fem av dessa skolor, däribland Park View och Oldnow, bedömdes vara otillräckliga.
"Islamiska-temaförsamlingar"
Birmingham City Council sade att det skulle fungera med Saltley School, den enda lokala myndighetsskolan som placerats i särskilda åtgärder, och avdelningen för utbildning att installera en tillfällig styrelse.
I ett brev till Park View ordförande Tahir Alam, utbildningsminister Lord Nash sade att det fanns "djup oro" om hur Park View School drevs.
I brevet stod det: "Jag har i enlighet med punkt 5.6 i den kompletterande finansieringsöverenskommelsen för akademin beslutat att skriftligen meddela statssekreterarens avsikt att säga upp avtalet."
Lord Nash kritiserade förtroendet för att inte främja elevernas andliga, moraliska, sociala och kulturella utveckling.
"Jag är djupt medveten om behovet av att eliminera diskriminering, främja lika möjligheter och främja goda relationer", sade han.
Ett liknande brev om Nansen Primary School, som också riktades till Tahir Alam, sade att det skulle få sitt finansieringsavtal avslutat.
Båda breven uppmanade tilliten att svara före den 4 juli.
En talesman för Park View School sade att de skulle utmana Ofstedrapporten genom lämpliga juridiska kanaler.
De sade att ett avslutande av finansieringsöverenskommelsen skulle innebära att förtroendet kunde tas bort från driften av de tre skolorna.
"Vad som händer med skolorna efter det skulle vara beslutet av utrikesministern, eftersom de redan är akademiskolor under ansvar av [den] avdelningen för utbildning," sade de.
I ett brev till dr Achmad da Costa, ordförande för Oldnow Academy Trust, sade Lord Nash att den inte uppfyllde kraven i sitt finansieringsavtal.
"Därför har statssekreteraren för avsikt att avsluta finansieringsavtalet om inte alla överträdelser åtgärdas snabbt, i sin helhet, och till hans belåtenhet," sades det.
Lord Nash satte upp en lista över de åtgärder som tilliten måste vidta före den 4 juli.
Bland dessa ingick att upphöra med "mindre gynnsam" behandling av icke-muslimer, att upphöra med segregationen av pojkar och flickor och att utarbeta en plan för att säkerställa en mer "bred och balanserad" läroplan.
Oldnow Academy avböjde att kommentera brevet från Lord Nash.
I ett brev till Tahir Alam om Golden Hillocks finansieringsarrangemang angavs en liknande lista med krav som ska uppfyllas inom samma tidsram.
Överordnad chef sir Michael Wilshaw sade "en kultur av rädsla och hot har tagit grepp" i Birmingham skolor, medan ett antal ledande lärare hade rapporterat en "organiserad kampanj för att rikta vissa skolor för att införa en smal, trosbaserad ideologi".
"Own agendor"
Rapporten till Park View School sade att akademins arbete för att hålla eleverna säkra, inklusive från extremism, var otillräckligt.
Det sades att externa talare inte hade granskats ordentligt och att skolan hade låtit en gäst med kända extremistiska åsikter tala till elever som en del av islamiska-temaförsamlingar.
Park View och Oldnow trusts kommenterade inte framtiden, men en av Saltley Schools högre lärare sade att den hoppades öka sin Ofsted betyg.
Darren Turner togs in som biträdande rektor på torsdag som en del av ett partnerskapsprogram med andra lokala skolor.
Han sade att det hade varit "upprört" bland personal och elever på Saltleys otillräckliga betyg.
"Detta handlar om att gå framåt, vad som händer härnäst", sade han.
"Bakom dessa murar har de några utmärkta lärare och de vill återgå till att göra vad de är bra på: att undervisa.
"När den här skolan kommer tillbaka till 'bra' igen vill vi gå längre och bli enastående."
Föräldrar på skolorna har kritiserat Ofsteds rapporter och anklagat inspektörer för partiskhet.
Hälsoproffs Arshad Malik berättade BBC resultaten var "alien" till sitt barns erfarenhet på Park View.
"â € Ž Inspectors kom med laddade frågor," sade han.
"Folk försöker använda den här skolan för att driva sina egna agendor."
Han sa att föräldrar skulle vilja bjuda in utbildningsminister Michael Gove till skolan för ett öppet möte om Ofsteds resultat och tala om vilka bevis som fanns för att stödja dem.
Två skolor i mitten av Trojan Horse utredningen är att förlora sin statliga finansiering.