Den 58-årige skolan rektorn från Dublin vann 144 av en möjlig 278 röster och var 98 före hans närmaste rivaler Sean Walsh och Frank Burke.
Horan tar över från nuvarande president Aogan O Fearghail 2018.
"Aogan är president för de kommande 12 månaderna så jag ska stödja honom och lära av honom så gott jag kan", sade Horan på Croke Park.
Övriga kandidater till tjänsten var Martin Skelly med 22 röster medan 20 gick till Robert Frost.
Den här helgens årliga kongress kommer att domineras av nya mästerskapsförslag inom fotboll och hurling.
De planer som lagts fram av GAA generaldirektör Paraic Duffy inkluderar slutförande av All-Ireland Senior Championships i slutet av augusti.
Dessutom ingår en ny round-robin format för All-Ireland SFC kvartsfinal, vilket skulle innebära fler spel.
Detta förslag har visat sig vara särskilt kontroversiellt under de senaste veckorna.
Både Gaelic Players' Association och nyligen bildade Club Players' Association har kommit ut mot Duffys planer, men inte nödvändigtvis av samma skäl.
Osannolikt är huvudorsaken till dessa omtvistad förändringar att försöka säkerställa mer regelbundna spel för klubbspelare, men det finns en viss mängd bafflement om hur detta kan vara i kvadrat med motionen att ha en round-robin scen i All-Ireland fotbollskvartsfinalen.
Den nya klubbspelare kropp har förargats efter GAA: s bästa mässing vägrade att bevilja det en talande plattform vid Croke Park samling.
Detta kan dock ändras vid ytterligare årliga möten med GAA-delegater om ett förslag om att klubbspelarnas organ officiellt ska erkännas antas i Dublin.
Allt tyder på att omröstningarna om både den så kallade nya fotbollsrundan "Super 8" och förslaget om att lägga fram finalen All-Irland kommer att vara exceptionellt nära, med en majoritet på två tredjedelar som krävs för att formatändringarna ska prövas under en treårsperiod.
För att göra saker och ting till och med komplicerade kommer kongressen också att få höra ett antal förslag från den två tredjedelars majoritet som ska skrotas, med ett förslag om en enkel majoritet och ett annat krav på att siffran ska sänkas till 60 procent.
Dessa förslag kommer oundvikligen att kräva två tredjedelars majoritet.
Att gå in i helgen, Croke Park önskan om repris som ska skrotas - till förmån för extratid - i alla mästerskapsmatcher bar provinsiella och All-Ireland finaler verkar vara bekvämt att passera.
Vid förra årets kongress, förslag att flytta All-Ireland Finaler till tidigare i år och skrot repriser båda besegrades, även om finalen förslaget föll snävt kort efter att ha fått stöd från 60,8% av delegater.
John Horan vann lätt omröstningen på kongressen på fredag kväll för att bli den valda GAA-presidenten.