Dead Men Risen, skriven av Toby Harnden och publicerad av Quercus, tog priset vid en ceremoni i Westminster och var domarnas enhälliga val.
Den fokuserar på överstelöjtnant Rupert Thorneloes död 2009.
Den publicerades i ändrad form efter att den första utskriften förstördes av MoD.
Domarna sade att boken "tar oss in i walesiska gardets hjärtan och sinnen på ett sätt som är både intressant och visceralt".
"Det utmanar varje medborgare i detta land att undersöka exakt vad vi ber soldater att göra i Afghanistan", fortsatte panelen.
"I stället för att ge enkla svar låter den soldaterna tala för sig själva."
Andra utmärkelser som delades ut var en postum ära för Christopher Hitchens, vars sista bok, Arguyable, ingick på den långa listan för topppriset.
Hitchens änka Carol Blue tog emot priset för Vanity Fair-författarens räkning.
Journalistpriset delades ut till Amelia Gentleman för hennes arbete i The Guardian, medan bloggpriset gick till Rangers Tax Case - en online kommentar om de pågående ekonomiska problemen på den historiska skotska fotbollsklubben.
Författarna till bloggen sade att de syftade till att "ge detaljer om vad Rangers FC har gjort, varför det var olagligt och vad konsekvenserna är för en av de största fotbollsklubbarna i Storbritannien".
Vinnarna valdes ut bland shortlists med sex böcker, sex journalister och sju bloggare, ner från longlists med 17 böcker, 12 journalister och 18 bloggare.
Var och en av vinnarna fick ett 3 000 pund pris.
En bok om en brittisk officers död i Afghanistan, som en gång var massakrerad av försvarsministeriet, har vunnit Orwell-priset för politiskt skrivande.