RMT-facket började den 72-timmars promenaden på nyårsafton.
Åtgärden föranledde varningar om omfattande störningar för resenärer under nyårsfirandet.
Södra moderbolaget Govia Thameslink (GTR) är i tvist med både RMT och Aslef. Ännu en strejk är inställd till den 9 januari.
Den planerade sexdagarsstrejken involverar lokförare från båda fackföreningarna. De flesta linjer förväntas inte ha några tjänster.
Förarfacket Aslef fortsätter med ett förbud mot övertid som bidrar till störningarna.
RMT och GTR har sagt att de är tillgängliga för samtal och Aslef deltog i förhandlingarna i december vid förlikningstjänsten Acas, men diskussionerna avslutades utan ett avtal.
RMT-ledaren Mick Cash uppmanade transportminister Chris Grayling att göra det till sitt nya årslöfte "för att komma in i ett rum med fackföreningarna och hans entreprenörer för att reda ut de nuvarande skevheterna".
Jean-Pierre Grayling sade att det var frustrerande att fackföreningarna hade beslutat sig för att inleda ett nytt år med att fortsätta en gammal strejk.
Han sade: " Vi investerar rekordbelopp i att förbättra våra järnvägar, och vi behöver att alla inom järnvägsindustrin samarbetar för att leverera till passagerarna.
"Nu måste fackföreningarna komma tillbaka till förhandlingsbordet. Det är bara de som kan göra slut på denna misär för järnvägsanvändarna."
Södras vice chefsofficer Alex Foulds sa: "Vår dörr är öppen för meningsfulla samtal."
Politiken bakom den södra järnvägstvisten
Vad handlar strejken om?
Hur illa har södra järnvägen blivit?
Brittiska kommunförbundet sade att störningar hade orsakat hälsoproblem, tvingat människor att flytta hem och förlora jobb.
Kampanjgruppen granskade cirka 1000 passagerare och sade att resultaten belyste omfattningen av lidandet som ett resultat av "nedbrytningen" av sydliga tjänster, med förseningar, inställda och överbefolkade.
En talesman, som krävde regeringsingripande, sade: "Tusentals människor är nu på bristningsgränsen."
Transportdepartementet har sagt att tvisten är mellan syd och fackföreningarna och "inte något som regeringen är inblandad i".
En strejk av ledare på södra järnvägen har gått in i sin andra dag som en långlöpande rad om rollen som vakter på nya tåg fortsätter.