Regeringen har "inkallat" förslag att stänga St Joseph primär i Milngavie nära Glasgow.
Rådet planerar att bygga en ny primärval i närliggande Bearsden - ersätter både St Joseph's och skolan på platsen för närvarande.
Föräldrar på St Joseph's och katolska kyrkan har kämpat mot planen.
East Dunbartonshire Council planerar att slå samman St Josephs primär med St Andrews primär i angränsande Bearsden.
Den sammanslagna skolan skulle placeras i en ny byggnad på den nuvarande St Andrews Primary School plats.
När den skotska regeringen begär att en skola ska stängas undersöker den den process som följs av rådet och den information som används för att fatta beslutet.
Men den kan inte helt enkelt upphäva ett beslut, eftersom den inte håller med om det.
I ett brev som informerade rådet om regeringens beslut sade ministrarna att anklagelserna i rådets samrådsdokument innehöll felaktig information.
Det sades också att de farhågor som togs upp av Education Scotland kanske inte helt och hållet togs upp av rådet i samrådet.
En talesman för föräldrarna vid St Joseph's sade: " Föräldrarna är glada över att den skotska regeringen har beslutat sig för att kalla in denna process.
"Det står nu klart att det sätt som East Dunbartonshire Council har genomfört denna process har fler hål än en colander.
"Vi tror och ministrar verkar vara överens om att våra barn kommer att få bästa möjliga utbildning i sitt eget samhälle."
Rådsledare Rhonda Gheekie sade: "Detta är en komplicerad process och det är förståeligt att den skotska regeringen vill undersöka förslaget ytterligare.
"Vi välkomnar samma möjlighet att mer i detalj förklara de utbildningsfördelar som vi tror kommer från vårt förslag att bygga en ny 9 miljoner pund valörsskola för Bearsden och Milngavie.
"Vi förstår betydelsen av varje ny skolbyggnad för lokalsamhället och vad vi alla har gemensamt är att vi vill få det rätt att säkerställa bästa möjliga framtida utbildning för ungdomarna i området."
Rådet sade att dess förslag var en del av dess program för förbättring av primärskolan för att modernisera primärskoleegendomen. Syftet är att leverera toppmoderna grundskolor som är bättre för eleverna och billigare att driva och underhålla.
Geekie tillade: " Rådet måste spara ytterligare 20 miljoner pund från sin budget under de kommande tre åren. Utöver de 40 miljoner pund som vi redan har sparat, så var det aldrig ett alternativ att inte göra någonting i form av vår skolegendom för att hjälpa till att ta itu med detta.
"Vi måste se till att våra skolbyggnader är så kostnadseffektiva som möjligt för att se till att vi får valuta för pengarna från våra budgetutgifter."
Samtidigt planerar rådet att stänga två grundskolor i Kirkintilloch och inrätta en ny skola på 7 miljoner pund för att ersätta dem.
Den nya skolan beräknas öppna 2016 eller 2017.
Kontroversiella förslag om att stänga en katolsk skola i East Dunbartonshire ska granskas av den skotska regeringen.