Kostnaden kan vara "mycket större", varnade Kommittén för offentliga räkenskaper.
Utskottet anklagade departementet för att göra "grundläggande fel" och för att inte ha lärt sig av "tidigare katastrofer".
En talesman sade att avdelningen hade vidtagit åtgärder för att se till att det inte kunde bli någon upprepning av misslyckandet.
Men Labour anklagade ministrarna för att gömma sig bakom sina statstjänstemän.
För att förklara varför den totala kostnaden kan visa sig vara högre än tidigare uppskattningar sade Labour-ledamoten Margaret Hodge, som är ordförande för utskottet,: "Om man tar hänsyn till kostnaden för förseningar av investeringar på linjen och den potentiella dominoeffekten på andra franchisetävlingar, då kommer den slutliga kostnaden för skattebetalarna att bli mycket större."
Hon berättade om sitt utskotts senaste rapport och sade: " Franchisingprocessen var full av grundläggande fel. Polisen har inte lärt sig av tidigare katastrofer, som Metronet-kontraktet. Den underlät att lyssna på sina advokaters råd. Den reagerade inte på lämpligt sätt på tidiga varningstecken om att saker och ting gick fel.
"Seniorledningen hade ingen ordentlig tillsyn över projektet. Nedskärningar i personal och i konsultbudgetar bidrog till bristen på nyckelkompetens.
"Projektet led av brist på ledarskap. Det fanns ingen enskild person som var ansvarig från början till slut och därför var ingen tvungen att leva med konsekvenserna av dåliga politiska beslut.
"I tre månader fanns det ingen ensam ansvarig alls. Inte bara det, det fanns ingen högre tjänsteman i laget ansvarig för arbetet, trots den avgörande betydelsen av denna multi-miljarder pund franchise."
Utskottet hade varit "förvånat" över att transportministeriets högsta tjänsteman hade blivit "förtalad att han inte kunde se all information som kunde ha gjort det möjligt för honom att utmana processerna, även om det var en av de viktigaste uppgifterna som avdelningen ansvarar för".
Sophia Hodge tillade: "Med tanke på att departementet hade så fel när det gällde denna konkurrens måste vi känna oro över hur väl den kommer att hantera framtida projekt, däribland HS2 och Thameslink [järnvägsvägar]."
"Institutionen måste få ordning på sitt hus och sätta grundläggande principer och praxis i centrum för vad den gör, med en lämplig kvalificerad och senior person som ansvarar för projektet hela tiden och en tillgänglig ledningsgrupp redo och villig att höra och agera på varningsskyltar."
I oktober skrotade regeringen sitt beslut att tilldela FirstGroup 5 miljarder pund i franchise.
Misstagen i West Coast-processen kom fram efter att konkurrerande budgivare Virgin Trains inledde en rättslig utmaning mot beslutet. Virgin kommer att fortsätta att driva tjänsten fram till november 2014, då en ny långsiktig franchise börjar.
I december beräknade den nationella revisionsmyndigheten att det skulle bli en "betydande kostnad för skattebetalarna" till följd av fiaskot.
Det sade kostnader för personal, rådgivare, advokater och de två översyner i fiasko lagt upp till £ 8,9m, utöver de beräknade £ 40m det kommer att krävas för att ersätta företag för kostnaden för sina anbud.
Bob Crow, ledare för RMT-facket, som företräder järnvägsarbetare, efterlyste en åternationalisering av järnvägarna i grossistledet.
"Stanken från konsekvenserna av västkusten franchise fortsätter att hänga över Storbritanniens transportindustri eftersom det blir tydligare med varje undersökning att de ministrar som är ansvariga för denna röra inte kunde lita på att driva en whalk stall än mindre multi-miljarder statliga kontrakt," sade han.
"Privatiseringen är ett frätande och dyrt politiskt projekt som är dömt till upprepade och kostsamma misslyckanden, två gånger på östkusten och nu på väst", tillade han.
"Att blanda ihop processer fungerar inte. Det är hela den ruttna politiken som behöver dumpning med en återgång till offentligt ägande."
Men en talesman för transportministeriet sade: " Den oberoende Laidlaw-utredningen, som offentliggjordes i december, identifierade de unika och exceptionella omständigheter som ledde till misslyckanden i Västkustens franchisingprogram och på ett avgörande sätt vilka åtgärder avdelningen bör vidta för att förhindra att detta händer igen.
– Avdelningen har accepterat alla rekommendationer och har vidtagit omedelbara åtgärder genom att sammanföra all järnvägsverksamhet under en enda generaldirektör och rekrytera en högre direktör för att leda franchisingprogrammet, samt förbättra intern styrning och stärka tillsynen och ansvarsskyldigheten.
"Dessa kommer inte bara att förstärka franchisingprocessen utan även skydda järnvägsinfrastrukturprojekt som HS2 och det största programmet för järnvägselektrifiering."
Maria Eagle, skuggtransportsekreterare, uppmanade premiärminister David Cameron att "ta ansvar för järnvägsfiaskot i stället för att låta ministrarna gömma sig bakom sina statstjänstemän".
"Regeringen måste acceptera slutsatsen från Kommittén för offentliga räkenskaper att det var ministrarnas kortsiktiga beslut att yxa externa revisioner av mångmiljardkontrakt som slutade med att minst 50 miljoner pund av skattebetalarnas pengar gick åt skogen", tillade hon.
"Det är en skam att varje politiker som är ansvarig för den misslyckade franchiseaffären antingen har stannat kvar i kabinettet eller blivit befordrad till det."
Richard Hebditch från Campaign for Better Transport, som kämpar för bättre kollektivtrafik, sade att rapporten visade att det största problemet var franchisingsystemet självt.
"Franchising behöver helt reformeras så att det som räknas är förbättringar av den tjänst som erbjuds, snarare än komplexa beräkningar av vinst och förlust som inte staplas upp", sade han.
En "fullständig brist på sunt förnuft" i avdelningen för transport hantering av West Coast Main Line franchise affär kommer att kosta skattebetalarna " £50m åtminstone", MPs har sagt.