En lång klarering från debutant målvakt Jonathan Mitchell undvek hem försvarare Shaun Brisley och tillät Marriott att lobkeeper Alex Cisak.
Brisley bårades senare av och lades in på sjukhus med en huvudskada efter att ha fått långvarig behandling när skadade kolliderade med Mitchell.
Dan Potts gick nära att göra det 2-0 efter pausen, men böjd bred.
Leyton Orient manager Kevin Nolan berättade för BBC Radio London:
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Det mest nedslående för mig är att vi medgav ett mycket slarvigt mål.
"Jag måste erkänna att jag var ganska besviken på domaren idag men jag vill inte fortsätta med det eftersom jag kommer att hamna i trubbel.
"Jag tyckte idag att vi var mycket bra, vi dominerade spelet och gav dem egentligen inga chanser. Jag tror inte att de erbjöd mycket framåt men de försvarade fantastiskt bra."
Luton chefen Nathan Jones berättade för BBC Tre grevar Radio:
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Jag är oerhört stolt över vad de gav mig idag, deras strävan, hur de gjorde sitt arbete.
"De gav mig absolut allt idag och det är allt du kan begära.
"Det fanns en bit kvalitet i spelet, Jack producerade det och det vann spelet.
"Jag är verkligen stolt över spelarna, jag får veta vad de kommer att producera. Det finns en balans i deras prestationer och jag gillar det, jag kan arbeta med det. Det är en plattform."
Jack Marriott gjorde det enda målet i spelet på Leyton Orient för att förlänga Lutons vinnande körning till fyra matcher.