Candystripes kan nu inte fångas för fjärde plats eftersom de cementerade sitt grepp på tredje plats med ledare Dundalk slå Shamrock Rovers 3-0.
Derry gjorde en långsam start när Kurtis Byrne satte Bohs framåt på 17 minuter.
Aaron McEneff jämnades ut från en 51: a minut straff innan Rory Patterson slog vinnaren på 64 minuter.
Derry var fullt värde för deras seger när de slog i träslöjden två gånger innan McEneffs equalizer.
McEneff slog mot crossbaren med en hård körning på 30 minuter med Patterson ser hans skott åter till säkerhet några minuter senare med Bohskeeper Dean Delany igen slagen efter stort arbete av Dean Jarvis och Josh Daniels.
Men Derry fick på villkor sex minuter efter omstart som McEneff nät hans spot-kick efter en feltidig utmaning från Derek Pender på Jarvis.
Derry var framför 13 minuter senare med Patterson få den sista touchen efter en goalmouth crumpe, för hans 18: e mål för säsongen.
Som Derry tog total kontroll, Delany gjorde en stor räddning för att vända bort en Ronan Curtis huvud även om Bohs nästan ryckte en oförtjänt dragning i skade-tid som Derek Prendergast på väg inches bred.
Derrys seger flyttade dem fem poäng före fjärde plats Shamrock Rovers med bara deras återstående spel mot Sligo Rovers och St Patricks Athletic att komma.
Derry City garanterade sig en Europa League plats nästa sommar när de kom bakifrån för att slå Bohemians i League of Ireland Premier Division.