Domare Clifford Bellamy sa att Leicester stadsfullmäktige inte hade gjort en "robust riskbedömning" av pojkens gammel-farfarbror som hade fängslats för sexuella övergrepp.
Stadens familjedomstol hörde att nioåringen hade ett "komplex" hemliv.
Domaren sa att pojken skulle placeras i fosterhem.
En talesman för kommunfullmäktige sa att barnet redan har flyttats till en "lämplig placering".
Domaren förklarade i ett skriftligt utslag pojkens mor hade psykiska hälsoproblem och skilde sig från sin far för flera år sedan och var nu i ett lesbiskt förhållande.
Hans far har dvärgskap, alkoholproblem och hade dömts för att ha haft olagligt sex med en 16-årig flicka när han var 21.
Uppdateringar från denna berättelse och mer från Leicestershire
Pojken hade levt i vård av sin gammelfarbror, som var i 70-årsåldern, som hade fått en åttaårig fängelsetid i början av 1990-talet.
Han hade erkänt olagligt sexuellt umgänge och ett allvarligt sexuellt brott med sin brorsdotter när hon var mellan 11 och 13 år.
Domare Bellamy sa att mannen hade släppts på licens efter att ha avtjänat fem år och bedömdes som "låg risk".
Den oro som väcktes efter det att domaren ombetts att fatta beslut om pojkens långsiktiga framtid vid förhandlingen.
Han sade att rådet inte hade "någon känsla av brådska" när det gällde att göra en familjedomstolsdomare uppmärksam på fallet.
En talesman för kommunfullmäktige sade: " Detta fall tycks inte ha behandlats på lämpligt sätt, eller med den skyndsamhet som krävs, och vår egen granskning pågår.
"Vi har redan infört nya system för att förbättra och övervaka hur utvärderingarna genomförs, och det pågår ytterligare arbete för att se till att domstolsförfarandena påskyndas."
Domaren slog också fast att ingen av dem som var inblandade i ärendet kunde identifieras.
Socialtjänstens personal har kritiserats efter att en pojke tillbringat två år med en släkting som var en dömd pedofil.