Före detta stjärnans kroppar och hennes söner, Zachary och Amon, hittades i familjens hem på tisdag.
Oron över Blake's välfärd vidarebefordrades till Met-polisen innan den inledde sin utredning om försvunna personer.
IPCC lovade att den skulle genomföra "en grundlig undersökning".
En sond för saknade personer avfyrades den 16 december efter det att officerare hade besökt familjens hem i Erith.
Detta gjordes efter information från barnens välgörenhet, NSPCC, om oro över fru Blakes välfärd, sade polisen.
Kvarlevor som hittades i trädgården av familjens hem i Erith sydöstra London hem bekräftades på torsdag som de av Sian Blake, 43, och hennes söner Zachary Bilal Kent-Blake, åtta, och Amon Ben George Kent-Blake, fyra.
En talesperson sa att de alla dog av huvud- och nackskador.
Fru Blakes partner söks av polisen över dödsfallen.
BBC förstår dock Arthur Simpson-Kent, 48, har lämnat Storbritannien och rest till Ghana.
Fru Blake och parets söner hade inte setts sedan den 13 december. De anmäldes försvunna tre dagar senare.
Fallet behandlas nu som en tredubbel mordutredning.
Rättsmedicinska specialister kallades senare in för att söka igenom familjens hem och kropparna hittades vid utgrävningar i trädgården på tisdag.
Betydande försök hade gjorts att dölja kropparna, sade polisen.
Det Supt Paul Monk, från Mets mordrotel och Major Crime Command, sade att polisen "fortsatte att vädja om all information om Arthur Simpson-Kents rörelser".
Ava Blake, mrs Blakes syster, har hävdat att den före detta EastEnders stjärna tidigare hade sagt att hon ville lämna sin pojkvän.
Sian Blake, som hade motorisk neuronesjukdom, spelade Frankie Pierre i BBC One-tvålen mellan 1996 och 1997.Probera till polis efter skådespelerska mord
Met hänsköt sin handläggning av ärendet till IPCC tidigare i veckan. Det har nu bekräftats att vakthunden kommer att fortsätta med en utredning.
IPCC:s biträdande kommissionsledamot Tom Milsom sade: " Förlusten av Sian och hennes två unga pojkar, Zachary och Amon, är en tragedi och mina tankar är med deras familj under denna mycket svåra tid.
"IPCC kommer att genomföra en grundlig utredning om hur polisen reagerade på oron för deras välfärd och deras försvinnande."
Den oberoende polisklagomålskommissionen undersöker polisens svar på de farhågor som väckts om den tidigare skådespelerskan Sian Blake och hennes två barn.