Många av stadens vägar hade blockerats av barrikader som rests som en del av protester mot regeringen.
Den våg av demonstrationer som startade i San Cristobal för nästan två månader sedan har sedan dess spridit sig till huvudstaden, Caracas och andra städer.
Minst 39 personer har dödats i protestrelaterat våld.
Chefen för de nationella väpnade styrkornas strategiska operativa ledning, general Vladimir Padrino, sade att polisen och nationalgardet hade "avbrutit det utegångsförbud som ålagts av terrorister".
General Padrino sa att ingen hade skadats i operationen för att rensa barrikaderna i avenyerna Carabobo, Ferrero Tamayo och Espana.
Guvernören i Tachirastaten, där San Cristobal ligger, välkomnade operationen.
Guvernör Jose Vielma Mora i det styrande PSUV-partiet sade att "den bästa presenten vi kan ge till San Cristobal är att våra barn återvänder till skolan och till vårt goda folk för att arbeta".
Borgmästaren i San Cristobal, Daniel Ceballos från oppositionspartiet Popular Will, avsattes från sitt ämbete och dömdes förra veckan till 12 månaders fängelse för att han inte beordrade bortförandet av barrikaderna.
Venezuelas högsta domstol slog fast att Ceballos inte bara hade misslyckats med att garantera allmän ordning utan också hade gett sitt stöd till grupper som deltog i våldsamma protester.
Den nuvarande vågen av oroligheter började i San Cristobal den 4 februari, då eleverna gick ut på gatorna för att protestera mot det påstådda våldtäktsförsöket på en universitetsstudent.
Efter arresteringen av dussintals studentledare spred sig protesterna till Caracas och åtföljdes av venezuelaner som var missnöjda med landets höga mordfrekvens, den ökande inflationen och den ofta förekommande bristen på baslivsmedel.
Det har varit nästan dagliga demonstrationer sedan, främst i San Cristobal och Caracas, men också i andra städer, såsom Valencia och Merida.
Minst 39 personer, bland dem både regerings- och oppositionsanhängare, har dött i incidenter kopplade till protesterna.
Regeringen säger att "fascister" som backas upp av utländska agenter ligger bakom oroligheterna, medan oppositionen anklagar säkerhetsstyrkorna för att använda överdrivet våld.
Justitieminister Luis Ortega sa i fredags att hennes kontor undersökte 81 fall av påstådda kränkningar av de mänskliga rättigheterna.
Hon sade att 17 poliser och militärer hade häktats i samband med anklagelserna.
Demonstrationerna är de största på tio år och många av demonstranterna säger att de inte kommer att ge upp förrän regeringen avgår.
Regeringssupportrar har också hållit möten för att visa sitt stöd för president Nicolas Maduro och hans administration.
En av Venezuelas främsta militärbefäl säger att säkerhetsstyrkorna har återtagit kontrollen över gatorna i den västra staden San Cristobal.