Sammandrabbningarna mellan sunni-pro- och anti-syriska grupper följde på söndagens skottlossning av två anti-syriska präster.
Våldet är det första i Beirut sedan konflikten började i grannlandet Syrien i mars förra året.
BBC:s Jim Muir i Beirut säger att incidenten visar hur splittrade libanesiska är över den syriska krisen.
Det följer en vecka av sammandrabbningar i den norra staden Tripoli mellan antisyriska sunnis och alawiter som stöder den syriska presidenten Bashar al-Assads regim.
Syriens och Libanons politik har varit djupt sammanflätad genom de två staternas historia.
Syrien, den dominerande partnern, hade en stor militär närvaro i Libanon i 29 år och drog slutligen tillbaka soldater 2005, men behöll ett starkt inflytande. Politiska fraktioner i Libanon har ofta definierat sig som pro- eller anti-syriska.
Genom Jim MuirBBC News, Beirut
Med tanke på hur djupt och skarpt Libanon är delat över Syrien, är det ett mirakel att det inte har varit mycket mer våld än det har.
Men dödandet av två sunnipräster vid en libanesiska armékontrollstation i norra delen av landet på söndagen kunde knappast gå utan konsekvenser - även om nedfallet kunde ha varit mycket större.
Bara i Beirut bröt spänningen in i en öppen konflikt. Och det var begränsat till en sammandrabbning mellan sunnigrupper, med den vanliga framtida fraktionen av Saad al-Hariri med hjälp av tillfället att pressa ut det lilla, pro-syriska arabiska rörelsepartiet, vars ledare Shaker Berjawi flydde.
I närliggande områden i södra Beirut höll sig Hizbollah, den mäktigaste kraften i landet, långt därifrån.
Politiska och religiösa ledare från alla sidor uppmanade till återhållsamhet, medan regeringen utlovade en kraftfull undersökning om de två schajkernas död.
Divisioner om Syrien är den avgörande frågan i den libanesiska politiken. Alla vet hur verklig faran är att landet skulle slitas sönder om dessa skillnader tillåts bryta ut fritt på gatorna.
Söndagens våld utlöstes av att två sunni-shejkar sköts döda i samband med den antisyriska framtidsrörelsen, ledd av oppositionsledaren Saad al-Hariri, vid en libanesiska armékontrollstation i norr på söndagen.
De som stödde Hariri svarade genom att blockera huvudvägarna med brinnande bildäck, men säkerhetsstyrkorna ingrep för att rensa dem.
I Beiruts södra distrikt i Tariq al-Jadideh anfölls en lokal försyrisk ledare av beväpnade män.
Raketdrivna granater och kulspruteeld hördes under större delen av natten.
Men sammandrabbningarna dog bort efter att ledaren, Shaker Berjawi, lämnade området, och den libanesiska armén flyttade in.
De religiösa och politiska ledarna i Sunni har krävt största återhållsamhet, och man har inlett en utredning om dödandet av de två shejkerna.
Korrespondenter säger att det finns rädsla för en återgång till det våld som ses i sammandrabbningar mellan Sunni och Shia Muslims i 2008 som förde landet nära inbördeskrig.
Minst två personer har dödats och 18 skadades i sammandrabbningar över en natt i den libanesiska huvudstaden Beirut.