Som en del av affären var det meningen att firman skulle ha byggt en såglinje till fredag.
Trots att Emyr Roberts ifrågasattes av ams gav han inte ett tydligt svar på om det har hänt.
Han sade att avtalet - ett försök att ta itu med sjuka lärker - var en framgång.
Även om Roberts var nöjd med beslutet medgav han att dess dokumentation var "inte bra", att det borde ha förts mer diskussioner med den walesiska regeringen och att styrelsen kunde ha haft en större roll i granskningen av affären.
En medlem av kommittén, Lee Waters, dubbade senare svaren "oövertygad".
2014 tilldelades ett företag en affär på 39 miljoner pund för att köpa både gran- och lärkvirke - varav det senare var skogar där det fanns en svampsjukdom som orsakade omfattande skador - Phytophthora ramorum.
Inget annat företag gavs möjlighet att lämna anbud på avtalen.
Som en del av affären var avsikten att företaget skulle ha byggt en ny såglinje senast den 31 mars 2016. Denna tidsfrist missades och förlängdes med 12 månader fram till mars 2017.
Under ett sammanträde i församlingens kommitté för offentliga räkenskaper frågade Labour Llanelli AM Lee Waters Roberts om linjen hade byggts.
"Vi är inne på att gå diskussioner med operatören om detta", sade Roberts.
Richard Waters pressade honom igen och påpekade att datumet för kommitténs sammanträde var den 28 mars. Roberts upprepade svaret och tillade senare att det var en "kommersiell fråga".
Hans-Gert Waters frågade om Roberts kände att företaget "kastade ullen över ögonen för att få dig att känna att det enda sättet de skulle ta itu med denna kris var genom att investera i ny dyr kapitalutrustning".
Roberts svarade med en förnekelse: "Nej, jag tror inte att de har dragit ull över våra ögon alls."
"På den tiden fanns det ingen marknad för lärk", sade han och hävdade att timmerhandlare på den tiden "inte skulle röra lärk, än mindre sjuka lärk".
"Vad operatören gjorde och resten av branschen gjorde var faktiskt att bygga upp den marknaden."
Roberts sade att det fanns en "verklig kris på gång" och att det fanns en risk för att trämarknaden skulle kollapsa.
"Situationen idag var mycket stabilare än 2013-14. Vår politik, våra beslut om dessa kontrakt tillsammans med den övergripande politiken för behandling av lärksjukdomar har varit framgångsrik, säger han.
"Det har stoppat spridningen, men det betyder att virkesmarknaden har kunnat fortsätta också."
I en rapport från revisor general Huw Vaughan Thomas som släpptes tidigare i mars uttrycktes tvivel om huruvida beslutet uppfyllde reglerna för statligt stöd och sade att beslutsprocessen inte var öppen.
I en kvalificering till kroppens räkenskaper sade han att han inte kunde övertyga sig själv om huruvida beslutet att göra affären var lagligt.
NRW ifrågasatte revisorns slutsatser om statligt stöd och hade sagt att det starkt ansåg att kontrakten var lagliga.
Varken NRW eller revisorerna har identifierat det berörda företaget.
Efter mötet sade Waters att svaren från den verkställande direktören "inte var tillfredsställande" och att bevisen var "oövertygade".
Han sade att det var en "allvarlig fråga som har hanterats dåligt". Mr Waters sade att det framgår tydligt av bevisen "med två dagar kvar till slutet av mars har sågverkslinjen inte installerats av detta företag".
"Jag tror att hela kommittén ansåg att resultatet var självbelåtet och detta var en tillräckligt allvarlig situation för revisorn att kvalificera räkenskaperna, vilket sällan händer", berättade han för BBC Wales.
"Jag tror att kommittén kommer att hänvisa detta till hela församlingen för att dra detta till sin uppmärksamhet", sade han.
Den verkställande direktören för Natural Resources Wales har förnekat organisationens "wool stoppas över ögonen" av en sågverksoperatör ges en 10 år timmer kontrakt som kritiserades av en revision.