Hannover framåt, som också kommer att missa Österrikes match i Serbien på söndag, har ersatts av Sturm Graz strejkaren Deni Alar
Harnik är lagets mest toppade spelare, med 14 mål i 61 matcher.
Alar är den ledande top-scorer för österrikiska ligan ledare Graz, med nio mål i så många matcher.
Österrike ytter Martin Harnik kommer att missa torsdagens VM kval mot Wales i Wien på grund av en kalvskada.