Det hände den 16 september när Obama besökte Centers for Disease Control and Prevention i Atlanta.
Händelsen kom fram på tisdag, timmar efter chefen för Secret Service grillades av kongressen om en säkerhetsintrång i Vita huset.
En Secret Service tjänsteman bekräftade händelsen men avböjde att kommentera.
Händelsen stred mot ett protokoll som bara medlemmar av Secret Service får bära vapen i presidentens närvaro.
Tisdagens avslöjanden ledde till uppmaningar från en ledande amerikansk kongressledamot om en "top-to-bottom" översyn av byrån.
Pistolen hittades när mannen förhördes av agenter efter att ha filmat presidenten i hissen.
Han blev omedelbart avskedad av sina arbetsledare, som anlände till platsen kort efter händelsen, rapporter sade.
November 2009: Ett Virginia par som filmar en reality show gör det förbi Secret Service checkpoints till en middag för att besöka Indiens premiärminister Manmohan Singh utan en inbjudan.
November 2011: En man parkerar en bil direkt söder om Vita huset och öppnar eld med ett gevär, slår bostaden minst sju gånger. Secret Service chefer misslyckas med att inse Vita huset har drabbats i fyra dagar - tills en hushållerska upptäcker skadan.
April 2012: Elva Secret Service anställda förbereder för presidentens besök på toppmötet i Amerika i Cartagena, Columbia, ta sexarbetare tillbaka till sitt hotell. En dispyt uppstår när en agent avstår från ett avtal om att betala 800 dollar (500 pund) för natten, berättar en kvinna för en tidning. Undersökare avslöjar senare agenter som brutit mot protokollet genom att "använda alltför stora mängder alkohol och nedlåta tvivelaktiga lokala inrättningar medan de inte är i tjänst".
November 2013: En chef på presidentens beskyddande detalj börjar en rad efter att ha krävt tillgång till en kvinnas rum på Hay Adams Hotel med utsikt över Vita huset. Han lämnar en kula i rummet från sitt tjänstevapen.
Mars 2014: Tre agenter på eliten kontra attack team skickas hem från Nederländerna, där de har förberett för ett presidentbesök, efter att en hittas avsvimmad berusad i en hall. Agenterna hade druckit fram till kl. 02.30 och skulle vara i tjänst kl. 10.00.
16 september 2014: En beväpnad säkerhetsentreprenör med brottsregister tillåts gå ombord på en hiss med presidenten i en regeringsbyggnad i Atlanta.
19 September 2014: Omar Gonzalez, en orolig Irakkrigsveteran, skalar ett staket i Vita huset, undviker agenter under hans streck över gräsmattan, och går in i Vita huset genom en olåst och oalarmerad dörr.
En chef bad mannen att lämna över sitt vapen och överraskade Secret Service - teamet som inte visste att han var beväpnad.
Washington Post sa att mannen hade tre fällande domar för misshandel och misshandel.
"Denna person var inom armlängd av presidenten med en pistol", sade Utah kongressledamot Jason Chaffetz, som fick höra om händelsen av en visselblåsare.
Det kommer att komma som ytterligare en förlägenhet dagen efter chefen för den amerikanska Secret Service, Julia Pierson, tog ansvar inför en fientlig House tillsynskommitté utfrågning för en "oacceptabel" säkerhetsintrång på presidentens residens.
Den 19 September Omar Gonzalez, 42, skalade ett staket vid Vita huset, sprang över gräsmattan, gick in i en olåst dörr och slutligen tacklas inne.
På onsdagen krävde republikansk kongressledamot Michael McCaul, ordförande i representanthusets kommitté med tillsyn över byrån, en omfattande översyn.
"Denna senaste episod lägger till den växande listan över misslyckanden från en byrå plågas av operativa utmaningar, kulturella problem och rapportering svårigheter," sade han.
President Barack Obama åkte i en hiss med en beväpnad säkerhetsentreprenör som hade misshandel fällande domar, i ett annat säkerhetsfall.