Det kommer att ge 40 miljoner yen (274 000 pund) till Cartivator-gruppen som är verksam utanför Toyota-staden i centrala Japan.
Nikkei Asian Review rapporterar Toyota och dess koncernföretag har i princip kommit överens om att stödja projektet.
Hittills har crowdfunding betalat för utveckling av den så kallade Skydrive bilen, som använder drönarteknik och har tre hjul och fyra rotorer.
Retroteknik: Flygande bilprototyper
Jetdriven skytaxi testad i Tyskland
Uber planerar att testa flygvagnar på begäran senast 2020
Skydrive, som mäter 9,5ft (2,9m) med 4.3ft (1,3m), påstår sig vara världens minsta flygande bil.
Den har en beräknad högsta flyghastighet på 100 km/h (62 mph), medan den färdas upp till 10 m över marken.
Teamet på 30 frivilliga som utvecklar Skydrive bilen hoppas att dess prototyp kan användas för att tända den olympiska lågan när Tokyo är värd för sommarmatcherna 2020.
Flygande bilar är något av en smak-i-the-månaden för närvarande, med företag från USA, Tyskland, Nederländerna, Kina och Japan som vill förvandla science fiction till verklighet.
Japansk biltillverkare Toyota har meddelat sitt stöd för en grupp ingenjörer som utvecklar en flygande bil.