Den 32-årige, som anslöt sig till Black Cats fram till slutet av säsongen den 9 mars, förbjöds efter att ha underlåtit att betala pengar till en tidigare agent.
Sunderland boss Sam Allardyce sade att klubben var "helt i mörkret" över tvisten som startade i juli 2013.
"Jag är väldigt besviken som alla andra är", sade Allardyce.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Chefen för Sunderland tillade: " Problemet är vad som har hänt i det förflutna har kommit ifatt Emmanuel, oavsett orsaken.
"Han har ett förbud och kontraktet sägs upp på den grunden."
Sunderland är 18:e i Premier League - två poäng från säkerhet med åtta matcher kvar - och ansikte West Brom på Stadium of Light på lördag (15:00 BST).
Allaryce föreslog "det kan finnas en väg tillbaka" för Eboue, om han löser tvisten. Elfenbenskusten har två veckor på sig att överklaga beslutet.
"Han har förlitat sig på andra människor och andra människor har svikit honom", tillade Allaryce.
Eboue, som inte har gjort ett första lag framträdande för Black Cats, hade beordrats av Fifa att betala agent Sebastien Boisseau ett oupplyst belopp han hade rätt till enligt villkoren i ett avtal mellan paret.
Den tidigare Arsenal full-back bötfälldes 30 000 schweiziska franc (21000 pund) i september 2014 och fick fyra månader på sig att lösa ärendet.
Eboue tillbringade åtta säsonger på Gunners efter att ha anlänt från belgiska sidan Beveren 2004, innan han flyttade till Turkiet, där han vann tre Super Lig titlar och fem inhemska troféer med Galatasaray.
Han började träna med Sunderland i februari.
Ghanas fotbollsagent Oliver Arthur berättade för BBC World Service att det var "mycket besviken" att Eboue hade fått "i denna röra". Han sa att situationen ibland uppstår när en spelare flyttar till en större agent och glömmer att betala sin tidigare representant.
Arthur sa att förbudet var "fantastiska" nyheter för agenter eftersom det visade att de kan "ta ditt fall till en högre nivå".
"Nu är det mycket lätt att hänvisa en spelare till ett fall som detta och det är lätt för dem att förstå. Många spelare kommer nu att tänka två gånger i sina beslut, tänka två gånger i att hålla pengar och väntar på att betala. Agenter avgifter är inte så stora att spelarna bör sätta sig i denna röra. "
Allardyce talade för första gången sedan före detta Sunderland ytter Adam Johnson fängslades för sexbrott förra veckan.
28-åringen hade fått fortsätta att spela för klubben, innan han fick sparken när han erkände sig skyldig till två brott i början av rättegången. Han har överklagat sin fällande dom för ett tredje sexualbrott.
"Vi har förlorat en enormt begåvad spelare i Adam Johnson, oavsett hans indiskretioner," sade Allardyce.
"Han fick uppenbarligen vad han förtjänade, men vi har förlorat en begåvad spelare jag skulle ha velat behålla. Men det togs ur våra händer av andra faktorer."
Sunderland kommer att säga upp kontraktet med försvararen Emmanuel Eboue efter att Fifa avstängt honom från all fotbollsrelaterad verksamhet i ett år.