30-åringen gick med i Wanderers för ett andra lån i januari från Cardiff City och hjälpte klubben att marknadsföra från League One.
Han var arbetslös i Cardiff i somras och flyttar på en fri förflyttning.
"Det kommer inte att bli en chock att jag har undertecknat och det har varit en lång tid kommer," sade han klubben hemsidan.
"Bolton är mitt andliga hem just nu och jag ser verkligen fram emot att sätta in en hel del hårt arbete och komma igång."
Hitta alla de senaste fotbollsöverföringarna på vår dedikerade sida.
Bolton Wanderers har avslutat den permanenta undertecknandet av anfallaren Adam Le Fondre på en två-årig affär efter hans låneformel förra säsongen.