Facket meddelade i augusti att Glasgow Warriors boss Townsend skulle ersätta Cotter i juni.
Tidigare Clermont huvudtränare Cotter har därefter säkrat en återgång till Frankrike med Montpellier för nästa år.
"Helistiskt, förstår jag", sade Cotter, som har utsett sin trupp för November höst Test serie.
"Som en konkurrent, du är alltid besviken om du gör något och du vill gå någonstans och du har mål i åtanke, naturligtvis, men det är affären och det är gjort.
"Beslut togs att sätta Gregor på plats. Jag tycker att det är ett bra beslut och att cheferna har fattat sitt beslut. Jag respekterar det och bara gå vidare."
Cotter, vars sida ansikte Australien (12 november), Argentina (19 november) och Georgien (26 november) i sin förra höst internationella som Scotland huvudtränare, säger det "stora året" framåt bör hålla spelarna fokuserade.
"Det finns viktigare saker än bara oss", sa han om sig själv och Townsend. "Det är ett Lions år, det finns platser att ta på den resan i juni mot Nya Zeeland.
"Spelarna är professionella och de kommer att vilja spela bra för sin klubb, oavsett om det är Glasgow, och sedan övergå till internationella saker - oavsett om det är en ung spelare eller etablerade spelare.
"Titta på Ross Ford." Det kan vara hans 100: e match [för Skottland]. Sånt går före allt annat.
"Det handlar inte om oss, det handlar om helheten."
Vern Cotter är "besviken" han lämnar sitt jobb som Scotland huvudtränare men "respekterar" skotska Rugby beslut att utse Gregor Townsend.