Sedan december har kommissionen undersökt om finansieringen av anläggningen på 16 miljarder pund, som ska byggas av utvecklare EDF Energy, bröt mot reglerna för statligt stöd.
Hinkley Point C skulle vara det första nya kärnkraftverket som byggs i Storbritannien sedan 1995.
Anti-nukleära kampanjer har kallat kommissionens beslut en "U-sväng".
Antoine Colombani, kommissionens talesman för konkurrensfrågor och vice ordförande Joaquin Almunia, sade: "Våra diskussioner med de brittiska myndigheterna har lett till ett avtal.
"På grundval av detta kommer vice ordförande Almunia att föreslå kommissionärskollegiet att fatta ett positivt beslut i detta fall. I princip bör ett beslut fattas inom ramen för detta mandat."
En talesman för EDF sade att rekommendationen var "ett annat positivt steg framåt för detta viktiga projekt".
"Hinkley Point C är ett viktigt projekt som kommer att leverera EU-omfattande mål och erbjuda utsikter till tillförlitlig, säker och koldioxidsnål el under många årtionden framöver samt främja arbetstillfällen och kompetens."
Andrea Carta från Greenpeace sade: " Om kommissionsledamot Joaquín Almunia har stött statligt stöd till Hinkley, riskerar det en bakdörrsaffär som råder över rättsstatsprincipen.
"För bara ett år sedan sade kommissionen att Hinkley "i princip var oförenlig med EU:s regler om statligt stöd".
"Nu, under påtryckningar från den brittiska regeringen och den franska kärnkraftsoperatören EDF, förbereder kommissionen för att genomföra en U-sväng.
"Europeiska kommissionsledamöter bör motsätta sig planen och motsätta sig att ett kontroversiellt och långtgående beslut fattas under de sista veckorna av denna kommission."
Gary Smith från GMB facket sa: "Vi lobbade kommissionen för att gå vidare med detta viktiga projekt för den brittiska ekonomin, så vi är mycket nöjda med denna senaste utveckling och ser fram emot att rekommendationen accepteras."
Rekommendationen måste nu godkännas av kommissionens kommissionskollegium under de närmaste veckorna.
Ett slutligt beslut väntas i oktober.
Planer för att bygga ett nytt kärnkraftverk vid Hinkley Point i Somerset har rekommenderats för godkännande efter en undersökning från Europeiska kommissionen.