Ali Asghar Zareean berättade för staten TV att Iran skulle underteckna ett avtal med Kina om att ändra reaktorn innan det.
På måndagen citerade den halvofficiella nyhetsbyrån Fars namnlösa källor som sa att reaktorn hade avvecklats.
Det skulle innebära ett sista steg mot genomförandet av kärnkraftsaffären i juli mellan Iran och världsmakterna.
Iran har gått med på att begränsa sin känsliga kärntekniska verksamhet i utbyte mot att upphäva förlamande sanktioner.
Iran har i åratal byggt en kärnkraftsanläggning för tungt vatten i Arak, ett utbränt bränsle som skulle innehålla plutonium som lämpar sig för en atombomb.
P5+1-gruppen av världsmakter - USA, Storbritannien, Frankrike, Kina och Ryssland plus Tyskland - hade ursprungligen velat avveckla Arak på grund av spridningsrisken. Men så småningom kom de överens om att Iran kunde omforma reaktorn så att den inte skulle producera något plutonium av vapenkvalitet.
Måndagens rapport av Fars, som ligger nära de mäktiga revolutionsgardena, sade tekniker hade avlägsnat kärnan i den befintliga reaktorn och hällt betong i håligheten.
I juli enades Iran om ett viktigt kärnkraftsavtal med sex världsmakter för att begränsa sin känsliga kärntekniska verksamhet i mer än ett decennium i utbyte mot att de förlamande sanktionerna hävdes. USA är övertygat om att avtalet kommer att hindra Iran från att skaffa sig ett kärnvapen. Iran säger att landet har rätt till kärnenergi - och betonar att dess kärnenergiprogram endast är avsett för fredliga ändamål.
Iran kommer inte att få se FN:s, USA:s och EU:s sanktioner hävas förrän Internationella atomenergiorganet (IAEA) har uppfyllt sina åtaganden enligt avtalet. Det exakta datumet för den så kallade genomförandedagen har inte fastställts. Men Iran säger att det har uppfyllt dessa åtaganden tidigare än väntat och förra veckan förklarade USA:s utrikesminister John Kerry: "Vi är dagar bort från genomförandet."
Sanktionerna har kostat Iran mer än $160 miljarder dollar (102 miljarder pund) i oljeintäkter sedan 2012 ensam. När de väl har lyfts kommer landet att kunna återuppta försäljningen av olja på internationella marknader och använda det globala finansiella systemet för handel. Iran har världens fjärde största oljereserver och energiindustrin står för lägre priser. Iran kommer också att kunna få tillgång till mer än 100 miljarder dollar i tillgångar som frysts utomlands.
Men på tisdagen insisterade Zarean på att Iran inte skulle avveckla reaktorn förrän man hade undertecknat ett avtal med Kina om dess ombyggnad - något som förväntas nästa vecka.
"Definitivt, vi kommer inte att tillämpa någon fysisk förändring på detta område förrän en slutlig överenskommelse är klar", sade han, utan att hänvisa till Fars rapport direkt.
Zarean sade också att när ändringarna var slutförda och Arak gick online, hoppades Iran att exportera överskott av tungt vatten som producerades där till USA för forskningsändamål, via ett tredjeland.
Iran uppskattar att landet kommer att behöva omkring 6 av de 20 ton tungt vatten per år som det kommer att producera för medicinska isotoper.
Regeringens talesman Mohammad Baqer Nobakht meddelade separat på tisdagen att sanktionerna mot Iran skulle hävas "under de kommande dagarna".
Det exakta datum då kärnkraftsavtalet genomförs och sanktionerna upphävs av FN, USA och EU har inte fastställts och är beroende av att Internationella atomenergiorganet (IAEA) intygar att Iran har uppfyllt sina åtaganden.
Irans vice kärnkraftschef har förnekat en rapport om att kärnan i Araks tungvattenreaktor har avlägsnats och fyllts med betong.