Reformerna, som sträcker sig från att starta småföretag till att minska byråkratin, hade redan godkänts av det styrande kommunistpartiet.
Castro antydde också att ändringar av landets kontroversiella rese- och utvandringsregler skulle kunna införas.
Han sade att de som försöker underminera reformerna kan ställas inför rätta.
BBC:s Michael Voss i Havanna säger att ett av de största hinder som Castro nu står inför är motstånd från partibyråkrater som förlorar sitt jobb under förändringarna.
Men presidenten varnade lagstiftarna för att "byråkratiskt motstånd är värdelöst".
Castro talade om för parlamentet att det är dags att införa sociala och politiska reformer. "Låt oss rensa våra huvuden av alla typer av nonsens," sade han.
Bland de åtgärder som församlingen diskuterade under sitt två gånger om året ingår att minska mer än en miljon statliga arbetstillfällen i ett försök att minska Kubas omfattande byråkrati och minska statens roll på områden som jordbruk, detaljhandel och bygg- och anläggningsverksamhet.
Små privata företag kommer att uppmuntras att ta steget in för att fylla utrymmet, medan statliga subventioner för varor och tjänster kommer att fasas ut.
Castro sade också att regeringen "arbetar för att organisera moderniseringen" av landets migrationspolitik.
Gruppen för mänskliga rättigheter har länge kritiserat kravet på att kubaner ska få tillstånd från regeringen att resa utomlands - en kvarleva av de dagar då kubaner emigrerade av politiska snarare än ekonomiska skäl.
Castro sade att reglerna hade "spelat en roll i sin tid och uthärdat i onödan".
Kubas nationalförsamling har gett sitt stöd till president Raul Castros planer på att reformera landets stagnerande ekonomi.