Om senaten bekräftar det, kommer James Comey att ersätta den avgående direktören Robert Mueller III, som har tjänstgjort i tio år.
Vid Vita huset lovordade Obama Joaquín Comey som en modell för "starkt oberoende och djup integritet".
Mr Comey är känd för att framgångsrikt motsätta sig ett otillåtet avlyssningsprogram som stöds av andra Bush-aides.
Mueller tillträdde sin tjänst strax före attackerna den 11 september och går i pension som direktör den 4 september.
I kommentarer på fredag sa Obama att den avgående direktören hade visat "en stadig hand och ett starkt ledarskap" under sin tid som chef för FBI.
USA:s president sa att mr Comey hade "rättsvård i sitt blod".
"Som en ung åklagare i USA advokat kontor på Manhattan han hjälpte till att få ner Gambino brott familj; som en federal åklagare i Virginia han ledde en aggressiv insats för att bekämpa vapen våld som minskade antalet mord och räddade liv," Mr Obama sade.
Han skämtade också om att Mr Comey - som är 6ft, 8in lång (2.03m) - var "en man som står upp mycket lång för rättvisa och rättsstatsprincipen".
Den nominerade sa att han inte kunde beskriva sin spänning att arbeta igen med FBI.
"De är män och kvinnor som har ägnat sina liv åt att tjäna och skydda andra och jag kan helt enkelt inte vänta på att bli deras kollega", sade han.
En av de mest dramatiska händelserna i mr Comeys ämbetstid som biträdande justitieminister i Bushadministrationen kom 2004 när dåvarande general John Ashcroft var sjuk på sjukhus.
Mr Bushs advokat Alberto Gonzales och stabschef Andrew Card pressade honom i sin sjukhussäng för att på nytt godkänna ett kontroversiellt program som tillåter federala agenter att tjuvlyssna på telefonsamtal utan tillstånd.
Mr Comey, som agerade som allmän åklagare i Ashcrofts ställe, rusade till sjukhuset och ingrep.
Därefter gjordes ändringar i programmet och Jean-Pierre Comey berömde honom starkt.
Barack Obama hänvisade till händelsen i fredags och sade att Mr Comey "var beredd att ge upp ett jobb han älskade snarare än att vara en del av något som han ansåg var i grunden fel".
Efter att ha lämnat Bushadministrationen var Mr Comey allmän rådgivare för Bridgewater Associates, en hedgefond i den amerikanska staten Connecticut. Han föreläser nu vid Columbia Universitys juridikskola i New York.
Innan han blev biträdande justitieminister, hade Mr Comey en lång anställning på justitiedepartementet, som tjänstgjorde i många befattningar inklusive som amerikansk advokat för Southern District of New York.
USA:s president Barack Obama har nominerat en f.d. justitieminister under president George W Bush till nästa FBI-chef.