Aberdeens Graeme Shinnie var en anmärkningsvärd frånvarande från nationalcoachens två separata trupper uppkallade efter vänner mot Tjeckien och Danmark.
"Jag vet att Gordon bara kan välja så många, men jag skulle inte byta honom mot någon", sade Dons chef McInnes.
"Jag tror att han är den bästa vänstern i landet."
Celtics 18-åriga vänster-back, Kieran Tierney, var en av sex spelare - inklusive Aberdeen Midfielder Kenny McLean - att kallas in i en Scotland trupp för första gången.
Medan Tierney utsågs till trupp för att möta Danmark den 29 mars, är Hull Citys Andrew Robertson den naturliga vänstern i partiet att ta på Tjeckien fem dagar tidigare.
Mångsidigt par Steven Whittaker, från Norwich City, och Charlie Mulgrew, av Celtic, är också alternativ för den rollen och ingår i båda trupperna.
"Jag är så besviken att han inte är i det", sade McInnes av 24-åriga Shinnie, som anslöt Aberdeen från Inverness Caledonian Thistle förra sommaren. "Jag är verkligen förvånad över att han inte är med.
"Det är bara chefens preferenser. Det är hans jobb att välja gruppen och, låt oss inte lura oss själva, han har gjort jobbet mycket bra.
"Det finns ingen kritik från mig. Jag är bara besviken för min egen spelare men glad att Kenny är inblandad."
Aberdeen betalade St Mirren 300000 pund för McLean för drygt ett år sen.
"Jag hoppas Kenny går och visar alla på Skottland varför vi betraktar honom så högt och varför han förtjänar sin inkludering i truppen," sade McInnes.
"Utmaningen för Kenny nu är att fortsätta att förbättras med oss, eftersom han har varit med oss hela säsongen, och vara en regelbunden.
"Jag tror att han är bra nog att visa det."
McInnes hade också hoppats att McLeans 24-årige midfielder, Ryan Jack, skulle få ett första samtal.
"Ryans tid kommer, jag är övertygad om att", tillade Dons manager. "Han kommer bara tillbaka från skada och det är kanske förståeligt varför han inte är i det.
"Han kom bara tillbaka för två eller tre matcher sedan, men jag förväntar mig att han kommer att vara i framtida trupper."
Gordon Strachan har utelämnat den bästa vänstern i Skottland från sina senaste nationella trupper, säger en "överraskad och besviken" Derek McInnes.