De misslyckades med att få en poäng i andra halvan som Rob Elloway, Matt Evans och Joe Atkinson var gul-carded.
"Kommunikationen var där, vi bara inte reagera på vad han (domaren) sade," Davies sade.
"Kumulationen kom ifatt oss med tre gula kort - det ser man inte ofta, men de var berättigade."
Pirater hade slagit sina Championship rivaler i alla tre av sina tidigare möten den här säsongen.
Evans och på-lån Exeter scrum-halv Stu Townsend gjorde försök för Cornish sidan, som kommer att förlora huvudtränare Davies i sommar på grund av budget begränsningar.
"I den första halvan var det allt som höll dem i spelet, vår ill-disciplin", berättade han för BBC Radio Cornwall.
"Ill-disciplin kom tillbaka för att hemsöka oss - det var en bro för långt.
"Det har varit några mörka dagar och några långa dagar, så att komma till en final skulle ha varit bra, men vi har inte uppnått det."
Cornish Pirates chef Ian Davies säger odisciplin "kom tillbaka för att hemsöka" hans sida i deras 36-15 Brittiska och Irish Cup semifinal nederlag vid London Welsh.