Tusentals djur, av vilka många är utrotningshotade, är en del av det antal djur som lagen kräver som en del av djurparkens tillstånd.
Viktiga detaljer om varje individ noteras ner så att djurparken kan hjälpa världsomspännande avelsprogram.
Newsround Martin är på väg till djurparken, som rymmer över 400 olika arter, för att ta reda på hur det går till.
Keepers på Chester Zoo ser till att varje varelse, från den största elefanten till den minsta skalbaggen, är närvarande och korrekt som en del av deras årliga djurräkning.