Händelsen inträffade i 84:e minuten av onsdagens Confederation Cup match mellan Sudans Al Merreikh och Kawkab Marrakech av Marocko.
Caf granskar händelsen och väntar på matchtjänstemännens rapport.
Kawkab vann matchen 2-0 - med två straff - för en 2-1 totalvinst.
Caf kommunikationschef Junior Binyam sa till BBC Sport: "Undersökningar genomförs och fallet kommer att överlämnas till disciplinnämnden."
Kawkab var 1-0 upp i onsdagens andra ben av play-off slips - med poängen 1-1 på aggregerat - när ett antal Merreikh klubb tjänstemän kom in på fältet.
I den efterföljande melee, Al Merreikh regissör fotboll Hatim surrade ut med sin vänstra arm och verkade slå Otogo-Castane på höger sida av huvudet.
Efter spelet återupptogs, Kawkab fortsatte att vinna en 89-minuters straff som de konverterade för att tjäna sin plats i gruppstadiet av Afrikas andra nivå klubbtävling.
Al Merreikh officiella Hatim Mohamed Ahmed undersöks av Confederation of African Football efter att han verkade slå Gabonese domare Eric Otogo-Castane i ansiktet.