30-åringen ska stanna kvar där efter det att en psykiatrisk rapport har färdigställts.
Belfast Magistrates' Court fick veta att hon inte skulle kunna lämna sjukhuset utan sjukhusets tillstånd.
Kvinnan kan inte namnges bland påståenden som identifierar henne skulle öka risken för att hon tar sitt eget liv.
En pressutmaning mot de tillfälliga rapporteringsbegränsningarna kommer att höras nästa månad.
Kvinnan greps av detektiver som undersökte barnets död efter en incident i Belfast i mars.
Hon åtalades för mord och hölls sedan under mental hälsa lagen.
Hennes advokat avslöjade i onsdags att en medicinsk rapport nu hade utarbetats.
Baserat på dess innehåll sökte han avsluta de nuvarande arrangemangen för att hålla sin klient vid anläggningen.
"Ansökningen är att hon blir häktad mot borgen, under förutsättning att hon fortsätter att bo (där)," sade han.
En läkare som bedömde den anklagade bekräftade att hälsotrusten samtyckte till förslaget, förutsatt att den anklagade var där som en frihetsberövad person.
Domaren informerades om att kvinnan enligt dessa arrangemang inte skulle kunna ge sig av.
När hon beviljade ansökan, räknade hon upp de straffrättsliga förfarandena för ytterligare en uppdatering om åtta veckor.
En kvinna som anklagas för att ha mördat sin son har häktats mot borgen vid en mentalvårdsanstalt.