Premiärminister Narendra Modi skrotade 1000 pund (11,8 pund) och 500 sedlar i en överraskningsrörelse förra veckan som en del av ett skattefusk och korruptionsnedslag.
Människor har en begränsad tid på sig att byta ut sedlarna mot mindre valörer, men kommer att få sina fingrar märkta.
Regeringen vill stoppa innehavare av "svarta pengar" av att lasta sina gamla rupier sedlar i små trancher.
Myndigheterna använder ofta outplånligt bläck för att hindra människor från att rösta mer än en gång i indiska val.
Människor fick höra att de skulle sätta in sina sedlar i hög valör i bankerna, eller bara kunde växla upp till 4.500 rupier, ($65; Â£52) för mindre sedlar.
Men för att klämma ner innehavare av olagligt hållna eller oskattade kontanter, kan insättare bara göra sådana transaktioner en gång och så bankerna använder bläcket för att hindra dem från att göra flera insättningar.
Indien skrapar 1.000 rupee-sedlar över natten
Kaos vid banker över Indien pengaförbud
Supportrar säger att det är ett praktiskt sätt för den indiska regeringen att ta itu med korruption.
Finansdepartementet misstänker att "oskrupelfria" människor har försökt kringgå tillslaget genom att skicka fullmakter för att utbyta sina förbjudna rupier.
Indragningen av de stora sedlarna syftar till "svarta pengar" och riktar sig till människor som har undvikit skatter genom att hålla lager av kontanter.
Även om myndigheterna säger att människor inte kommer att tillåtas att byta pengar igen, undrar kritiker vad som händer om bläcket avtar?
Under valet har människor använt kemikalier för att ta bort bläcket från fingrarna så att de kan rösta mer än en gång.
Regeringens förbud mot stora sedlar fick först brett godkännande eftersom mindre än 3 % av indianernas skattedeklarationer.
Men övergången har orsakat kaos med tiotals miljoner indianer köar i timmar för att byta och ta ut kontanter.
Regeringen var dåligt förberedd för förbudet som plötsligt satte 86% av landets penningmängd ur omlopp.
Många företag tar bara emot kontanter och hundratals miljoner indianer har inga bankkonton och använder bara kontanter.
Indien använder outplånligt bläck på fingrarna för att se till att människor bara får en chans att ändra sina stora sedlar.