Moore, 69, sade kvinnornas spel "rider på rock-tails" av män - en vy som beskrivs som "sexist" av USA Tennis Association (USTA).
Kvinnors värld nummer ett Serena Williams sa Moores uttalande var "offensiv och mycket felaktig".
Men hennes manliga motsvarighet, Novak Djokovic, hävdade att hans turné borde kämpa för mer pengar.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Moore sa att kvinnliga spelare "bör gå ner på knä" tack vare manliga motparter som Roger Federer och Rafael Nadal. Sydafrika - en före detta spelare - bad senare om ursäkt för sina "arronomiska" kommentarer.
Tennislegenden Martina Navratilova sade Moores kommentarer var "extremt fördomsfulla", lägga kvinnliga spelare kan bojkotta Indian Wells om Moore stannade.
Djokovic, som vann BNP Paribas Open i Indian Wells på söndagen, beskrev Moores kommentarer som "inte politiskt korrekta".
Men den 28-årige serben föreslog att män skulle få mer prispengar eftersom fler människor tittar på sina matcher.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Det har funnits lika prispengar i alla fyra majors - Australian Open, US Open, Franska Open och Wimbledon - sedan 2007, och kombinerade Masters händelser som Indian Wells och Miami betalar samma till män och kvinnor.
I ett uttalande, Indian Wells turneringsägare Larry Ellison sade: "Ray låt mig veta att han har beslutat att avgå från sina roller som VD och turneringsledare med omedelbar verkan. Jag förstår helt hans beslut."
Tala i en BBC Radio 5 lever speciellt på jämlikhet inom idrott, tidigare badminton världsmästare Gail Emms sade: "Om var Novak Djokovic, Jag skulle känna sig förgrymmad också."
Briton, en olympisk silvermedaljör, tillade: " Jag tycker inte om att säga detta, men det är lättare att vara en topp kvinnlig idrottsman än det är för män, eftersom det bara är siffror, hur hårt man måste arbeta för att komma upp dit.
"Jag säger inte att de bästa kvinnliga idrottarna inte arbetar hårt, och de på toppen är fantastiska idrottare och offrar och dedikerar en hel del. Det är bara ett talspel."
Andra argument hittills:
Indian Wells turneringschef Raymond Moore har slutat efter sina kontroversiella kommentarer om kvinnors tennis.