Jordan Burrow snubblade James Jennings i stadslådan, och Parkin satte besökarna framåt från rebound efter att hans straff räddades av Sam Johnson.
Frear gjorde det 2-0 innan pausen när han sköt i Keanu Marsh-Browns kors.
Darren Carters skott träffade baren för Rovers i andra halvan, medan Halifax kämpade för att skapa chanser.
Forest Green assistent Jamie Day berättade för BBC Radio Gloucestershire:
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"De var på en bra körning av spel - 13 unbeaten - så vi visste att det skulle bli en tuff match, men jag trodde pojkarna grävde i dag och visade kvalitet när det behövdes och förtjänade helt segern.
"Det sätt Cheltenham spelar också, vi måste fortsätta vinna spel.
"Vi har haft två riktigt bra lopp under säsongen och vi vill hålla igång det."
Mål från Jon Parkin och Elliott Frear hjälpte promotion-chasing Forest Green Rovers avsluta Halifax Towns 13-match obesegrad kör i National League.