De flesta incidenter kom under det kalla kriget, då USA och Sovjetunionen kämpade för inflytande över hela kontinenten.
CIA hemliga operationer är till sin natur svåra att bevisa definitivt. Men forskning om byråns arbete, liksom avslöjanden av tidigare CIA-anställda, har kastat upp flera fall där myndigheten försökt påverka händelser.
Här är fyra exempel:
Patrice Lumumba blev den första premiärministern i det nyoberoende Kongo 1960, men han varade bara några månader i arbetet innan han störtades och mördades i januari 1961.
År 2002 erkände före detta kolonialmakt Belgien sitt ansvar för sin del i dödandet, men USA har aldrig förklarat sin roll trots långvariga misstankar.
USA:s president Dwight D Eisenhower, orolig för kommunismen, var orolig för Kongo på en liknande väg som Kuba.
Enligt en källa som citerades i Death in the Congo, en bok om mordet, gav president Eisenhower "en order om mordet på Lumumba. Det fanns ingen diskussion; [det nationella säkerhetsrådet] mötet gick helt enkelt vidare".
Men en CIA-plan för att spetsa Lumumbas tandkräm med gift genomfördes aldrig, Lawrence Devlin, som var stationschef i Kongo vid den tiden, berättade BBC år 2000.
En undersökning av deklassificerade amerikanska statliga dokument från eran noterar att CIA "ursprungligen fokuserade på att ta bort Lumumba, inte bara genom mord om nödvändigt men också med en rad icke-dödliga åtaganden".
Även om det inte finns några tvivel CIA ville ha honom död, undersökningen visar inte direkt USA inblandning i hans slutliga dödande.
Ghanas förste president Kwame Nkrumah störtades i en militärkupp 1966 medan han var ut ur landet.
Han misstänkte senare att USA hade en roll i hans fall och i en bok från 1978 stödde f.d. CIA:s underrättelseofficer John Stockwell denna teori.
I Sök efter fiender skriver han att en officiell sanktion för kuppen inte förekommer i CIA-dokument, men han skriver "Accra-stationen uppmuntrades ändå av högkvarteret att upprätthålla kontakten med dissidenter.
"Den fick en generös budget och höll nära kontakt med plottrarna när en kupp kläcktes."
Han säger att CIA i Ghana blev mer involverade och dess agenter fick "inofficiell kredit för den slutliga kuppen".
Ett dokument från den amerikanska regeringen visar att man är medveten om en sammansvärjning för att störta presidenten, men det tyder inte på något officiellt stöd.
Ett annat avklassificerat dokument som skrevs efter kuppen beskriver Nkrumahs fall som ett "lyckligt vindfall. Nkrumah gjorde mer för att undergräva våra intressen än någon annan svart afrikan."
I Angola kämpade tre konkurrerande grupper för kontroll efter självständighet från Portugal 1975, med MPLA under Agostinho Neto ta över huvudstaden Luanda.
Stockwell, chef för CIA:s hemliga operationer i Angola 1975, skriver att Washington beslutade att motsätta sig MPLA, eftersom det ansågs vara närmare Sovjetunionen, och i stället stödja FNLA och Unita, trots att alla tre hade hjälp från kommunistiska länder.
CIA hjälpte sedan till att i hemlighet importera vapen, däribland 30 000 gevär, genom Kinshasa i grannlandet Zaire, som nu är känt som Demokratiska republiken Kongo, säger Stockwell i en videodokumentär.
Han tillägger att CIA-officerare också tränade fighters för väpnad strid.
Ett avklassificerat dokument från USA:s regering som beskriver en diskussion mellan chefen för CIA, utrikesministern och andra indikerar det stöd CIA gav till de styrkor som kämpade mot MPLA.
USA fortsatte att stödja Unita genom en stor del av inbördeskriget då Kuba stödde MPLA.
Hissene Habre misslyckades i sitt försök att ta makten med våld i Tchad 1980.
Men hans ansträngningar fick president Goukouni Oueddei att kalla på hjälp från den libyske ledaren Muammar Gaddafi, vars soldater framgångsrikt slog tillbaka Habres utmaning och tvingade honom till exil.
En föreslagen allians mellan Libyen och Tchad började störa Förenta staterna, särskilt som Gaddafi började ses som en anhängare av antiamerikanska aktiviteter.
I tidskriften Foreign Policy skriver Michael Bronner att CIA:s direktör, tillsammans med utrikesministern, "ledde runt idén om att starta ett hemligt krig i samarbete med Habre".
Det påstås att USA sedan stödde Habres störtande av presidenten 1982 och sedan stödde honom under hela hans brutala styre.
US Central Intelligence Agency (CIA) har en lång historia av engagemang i afrikanska frågor, så söndagens rapporter att 1962 gripandet av Nelson Mandela kom efter en CIA tips-off inte komma som en stor överraskning.