Betänkandet var en del av en kampanj för att undergräva en nation som värdesätter de mänskliga rättigheterna, sade man.
FN publicerade rapporten efter en årslång undersökning.
Det sades att regeringen kan ha begått brott mot mänskligheten, inklusive en politik för att skjuta till döds vid sina gränser.
President Isaias Afewerki har styrt den östafrikanska nationen i 22 år, och landet har aldrig hållit val sedan landet blev självständigt från Etiopien 1993.
Eritreanerna står för den näst största gruppen migranter som passerar Medelhavet, efter syrierna, med uppskattningsvis 5 000 flyktingar varje månad.
I rapporten sades att eritreanerna flyr från de svårigheter som orsakas av systematiska och utbredda kränkningar av de mänskliga rättigheterna.
Eritreas utrikesministerium sade i ett uttalande att FN:s anklagelser var "helt ogrundade och utan all förtjänst".
"De är ett angrepp, inte så mycket på regeringen, utan på ett civiliserat samhälle och människor som värnar om mänskliga värden och värdighet", tillade det.
Inuti det hemlighetsfulla Eritrea
Eritreanskt liv i bilder
De ensamma sjuåringarna lämnar Eritrea
Eritreas profil
Eritreas regering har avfärdat en FN-rapport som anklagar Eritrea för kränkningar av de mänskliga rättigheterna i en skala som "helvete bevittnats på annat håll".