Land- och bostadsminister Anna Tibaijuka hade inte visat "due diligence" när hon tog pengarna, sade han.
Tibaijuka, en före detta FN-tjänsteman, förnekar alla förseelser.
Hon är en hög profil offer i en korruptionsskandal som har skakat Tanzanias regering och energiföretag, anstränger förbindelserna med givare.
Den 17 december avgick riksåklagare Frederick varma efter att riksdagsledamöter anklagade honom för att godkänna den bedrägliga överföringen av cirka 120 miljoner dollar till ett energiföretag.
Han förnekade anklagelsen, men sade att han avgick eftersom kontroversen hade "stört landets politiska atmosfär".
Kikwete sade i ett tv-tal att regeringen fortfarande undersökte anklagelser om oegentligheter mot energi- och mineralminister Sospeter Muhongo och hans ständige sekreterare Eliakim Maswi.
Presidentens kansli sade senare att Mr Maswi hade blivit avstängd, i avvaktan på resultatet av undersökningen.
Mia Tibaijuka avslog parlamentets krav på att hon skulle avgå och sade att de 1 miljonerna var en donation till en skola där hon tjänar som den största insamlingen.
Hon tog emot den i god tro och presenterade den för skolan, sade hon.
Men Kikwete sade att han hade avfärdat henne eftersom "en av de största frågor som ställdes är varför dessa pengar inte betalades direkt till skolan och istället deponerades på ett personligt bankkonto i hennes namn," Reuters nyhetsbyrå citerar honom som säger.
Tibaijuka var verkställande direktör för FN:s program för mänskliga bosättningar, innan hon 2010 blev ledamot och minister i regeringen.
Tanzanias parlament, som domineras av det styrande Chama Cha Mapinduzi-partiet (CCM), har satt press på Kikwete att avskeda höga tjänstemän som anklagats för att ha stulit statliga pengar i samverkan med affärsmän som är knutna till energisektorn.
En undersökning av en parlamentarisk vakthund kommitté fann att omkring 120 miljoner dollar hade tagits från ett spärrkonto, betalas till ett energiföretag och sedan ges till olika ministrar.
En grupp på 12 givare - däribland Japan, Storbritannien, Världsbanken och Afrikanska utvecklingsbanken - beslutade i oktober att hålla inne omkring 490 miljoner dollar tills regeringen vidtog åtgärder mot den påstådda korruptionen.
Kikwete tillträdde 2005 med ett löfte om att ta itu med korruptionen inom regeringen.
Tanzanias president Jakaya Kikwete har avskedat en högre regeringsminister som anklagats för att felaktigt ha tagit 1 miljon dollar (640 000 pund) från en affärsman.