Mannen, som var 31 år, sköts av polisen på Francis Street runt 09:35 GMT. En elpistol användes också.
IPCC sa att officerare hade avfyrat mer än ett skott mot mannen.
Humberside polisen sa att beväpnade officerare hade skickats till Holderness Road området vid omkring 09:20 GMT efter rapporter om en man som bär en yxa.
Mer om detta och andra Hull berättelser
IPCC, som utreder skottlossningen, sade: " I detta skede förstår IPCC att officerare sköt mer än ett skott mot mannen, omkring 09:35 på Francis Street.
"Under incidenten skrevs även en elpistol ut av polisen."
Den döde mannen har inte blivit namngiven, men hans familj har blivit informerad, tillade den.
Tidigare hade Humberside-polisen bekräftat att den hade svarat på samtal från allmänheten och bekräftat att polisen inte letade efter några andra personer i samband med incidenten.
En byggmästare som jobbade i närheten sa att han hörde skott.
"Jag hörde två bränder, det är allt jag hörde egentligen", sade han.
"Det var läskigt, en skrämmande situation."
Rachael, som gick en träningskurs i en närliggande byggnad, sa att hon hörde två "höga smällar och skrik".
"Sedan tittade vi ut genom fönstret och han lades på golvet", sade hon.
"Han hade vad som såg ut som två stora slag av skärsår, skär ner saker och det var blod som kom ut ur dem.
"Det var ungefär fyra eller sex (poliser) med honom på golvet och han försökte sitta upp, uppenbarligen han blödde ganska mycket."
En man skjuten av poliser i Hull har dött på sjukhus, har Independent Police Complaints Commission (IPCC) vakthund sagt.