Hans kommentarer, som gjordes under ett sammanträde i den ungerska huvudstaden Budapest, sändes av misstag till reportrar.
Han sade att EU är den enda stora makten att knyta "politiska" villkor till sina förbindelser med Israel.
Han sade att detta var skadligt för blockets säkerhet och ekonomiska intressen.
EU har upprepade gånger fördömt Israels byggnad av judiska bosättningar på den ockuperade Västbanken.
Netanyahu sade till premiärministrarna i Ungern, Tjeckien, Polen och Slovakien: " Europeiska unionen är den enda sammanslutning av länder i världen som underställer förbindelserna med Israel... på politiska villkor. De enda."
Han hänvisade till EU:s krav på att villkoren för den israelisk-palestinska fredsprocessen skall ingå i dess associeringsavtal med Israel, som undertecknades 2000 och därefter inte uppdateras.
"Det är galet. Det är faktiskt galet, sa han. "Det handlar inte om mitt intresse. Jag talar om Europas intresse.
"Vi har en speciell relation till Kina. Och de bryr sig inte. De bryr sig inte om de politiska frågorna."
Han tillade att Indien och Ryssland hade en liknande strategi och uppmanade de fyra premiärministrarna att verka för en överenskommelse om ett nytt associeringsavtal.
"Det finns ingen logik här. EU undergräver sin säkerhet genom att undergräva Israel. Europa undergräver sina framsteg genom att undergräva sin koppling till israelisk innovation genom ett vansinnigt försök att skapa förutsättningar."
Han tillade: " Jag tror att Europa måste bestämma sig för om det vill leva och frodas eller om det vill skrumpna och försvinna.
"Jag är inte särskilt politiskt korrekt. Jag vet att det är en chock för några av er. Det är ett skämt. Men sanningen är sanningen. Både om Europas säkerhet och Europas ekonomiska framtid. Båda dessa gäller mandat en annan politik gentemot Israel."
Netanyahu kritiserade också USA:s tidigare president Barack Obamas administrations politik och sade att saker och ting hade förbättrats sedan Donald Trump tillträdde.
"Vi hade ett stort problem. Jag tror att det är annorlunda nu. Vis-a-vis Iran, det finns en starkare position. USA är mer engagerat i regionen och genomför fler bombningar."
Han medgav också att Israel hade genomfört dussintals attacker mot den iranska milisgruppen Hizbollahs vapenkonvojer i Syrien.
"Jag sa till [rysk president Vladimir] Putin, när vi ser dem överföra vapen till Hizbollah, kommer vi att skada dem. Vi gjorde det dussintals gånger, sa han.
Den ungerske premiärministern Viktor Orban, som har varit en frispråkig motståndare till den muslimska invandringen till Europa, sade senare till reportrarna: " Vi delar Israels uppfattning om att skydda de yttre gränserna. Om Europa inte samarbetar med Israel straffar det sig självt."
Israels premiärminister Benjamin Netanyahu har fördömt Europeiska unionens "galna" inställning till att ta itu med sitt land.