Den balsamerade kroppen visas för närvarande i hans hemstad Batac.
Beslutet att flytta Marcos är kontroversiellt på grund av hans rekord om omfattande korruption och brott mot rättigheter.
President Duterte sa att överföringen av Marcos kropp kunde ske nästa månad.
Han sade att protester mot flytten skulle tillåtas så länge bilister inte besvärades.
Armé talesman Col Benjamin Hao sade att representanter för Marcos familjen har besökt kyrkogården i Taguig området i staden Manila för att välja en begravningsplats och göra inledande förberedelser.
Vänsterkritiker av överföringen hävdar att det är olämpligt att ge en hedervärd begravning till en president som anklagas för tusentals mord, tortyr och militära bortföranden - av vilka många fortfarande är olösta.
Medan militären består av majoriteten av de 40 000 människor som lagts till vila på kyrkogården, säger korrespondenterna att militära regler förbjuder dem som har blivit ohederligt avskedade.
President Marcos och hans fru Imelda styrde Filippinerna i 20 år innan mer än en miljon människor gick ut på gatorna för att störta dem i vad som blev känt som Folkkraftsrevolutionen 1986.
Hur människornas makt störtade diktatorn Marcos
Tidigare på söndagen sade president Duterte att dussintals nuvarande eller tidigare politiker, tjänstemän och domare med kopplingar till olagliga droger måste kapitulera och utredas.
I en nationell tv-adress namngav han dem han anklagade och beordrade att deras säkerhet skulle dras tillbaka.
Duterte: "Punisher" till ordförande
Lokala media rapporterar att några av de namngivna har blivit felidentifierade. Men mr Duterte sa att han skulle ta fullt ansvar för alla som visade sig vara oskyldiga.
Mr Duterte svors in som president i juni, efter att ha vunnit en jordskredsvalsseger en månad tidigare.
Han hade tidigare varit borgmästare i landets tredje största stad, Davao, i 22 år där hans tuffa strategi och kontroversiella kommentarer gav honom smeknamnet "The Punisher".
Filippinerna President Rodrigo Duterte har gett klartecken för kroppen av hans vanärade föregångare Ferdinand Marcos att begravas i Heroes "kyrkogården i Manila.