St Peters RC Primary, Firrhill High och Braidburn Specialskolor byggdes av samma entreprenör som Oxgangs Primary, som stängdes på onsdag.
En vägg vid Oxgangs kollapsade under Storm Gertrude i januari.
En säkerhetsinspektion visade att det fanns problem med hur den yttre väggen restes när skolan byggdes för 10 år sedan.
Entreprenörerna arbetade inom ramen för projektet Offentlig-privata partnerskap 1.
St Peters kommer att stängas på fredag och kommer att förbli stängd till slutet av påskhelgen. Edinburgh stadsfullmäktige sa att det var att undersöka alternativa skolarrangemang för nästa vecka.
Skolan stängdes efter en detaljerad undersökning utförd av Edinburgh Schools Partnership.
Undersökningen inriktades på de yttre väggarna i skolbyggnaderna som identifierade ett problem med bredden på vägghålen och väggbanden.
Firrhill och Braidburn kommer att stängas på fredag så att "ytterligare detaljerade tester" kan utföras under helgen.
Fäktning kommer att sättas upp runt det drabbade området på Firrhill High med skolan öppnas på måndag.
Rådet sade att om Braidburn skolan inte kunde öppna på måndag då alternativa arrangemang skulle införas.
Hundratals tegelstenar sprängdes från Oxgangs grundskola under stormarna i januari. Den förväntas öppna igen den 11 april.
Rådsledamoten Paul Godzik, utbildningsledare, sade: " Våra elevers och medarbetares hälsa och säkerhet är vår högsta prioritet och därför har rådet beslutat att tillfälligt stänga dessa skolor som en rent försiktighetsåtgärd.
"Största resultatet av undersökningen har visat att dessa skolor kan fortsätta att verka under normala väderförhållanden tills de nödvändiga arbetena utförs är vi ovilliga att ta några risker.
"Vi erkänner till fullo den olägenhet som dessa nedläggningar orsakar och vi vill be föräldrar om ursäkt för detta, men jag är säker på att alla kommer att förstå varför vi har vidtagit dessa åtgärder."
Rådet sade att det skulle uppdatera föräldrar på Braidburn Special och St Peters skolor med mer information så snart som möjligt.
Rådsledamot Melanie Main, utbildningstaleskvinna för Edinburgh De gröna, sade att säkerhet måste vara en prioritet men ifrågasatte hur föräldrar kan förväntas klara av den korta varsel.
Hon sade: " På ytan av det, det ser ut som något har gått dåligt med hur dessa privata skolbyggnadskontrakt har hanterats, både i byggnad och i löpande underhåll, att sådana snabba åtgärder har behövt vidtas.
"När allt krisarbete är slutfört är det avgörande att ansvaret för dessa brister är fastställt."
Ytterligare tre skolor i Edinburgh kommer tillfälligt att stängas på grund av strukturella problem.