Habtom Zerhom sköts först av en säkerhetsvakt vid en busstation i Beerseba och sparkade sedan och slagna av en folkmassa när han låg i en blodpöl.
En obduktion visade att han dog av skottskador, inte misshandeln.
Tjänstemän sa att en fängelseofficer, en soldat och två civila åtalades för grov misshandel.
Mobilfilmen den 18 oktober visade en arg publik kring Mr Zerhom när han låg skadad på golvet, under en pall som hölls över honom av en säkerhetsmedlem.
En uppsättning stolar dumpades sedan på hans huvud innan han sparkades av maffian.
Israelisk premiärminister Benjamin Netanyahu uppmanade senare israeler att inte ta rättvisa i egna händer.
Slåndet inträffade vid tiden för en dödlig attack av en israelisk arab på samma plats i Beersheba.
Angriparen dödade en israelisk soldat och skadade tio andra. Gärningsmannen sköts senare ihjäl.
De första rapporterna visade att två personer hade angripit busstationen i den södra israeliska staden.
Tjugotvå israeler Israel har dödats i en våg av knivhuggningar, skottlossningar och bilkramningar av palestinier sedan oktober, säger tjänstemän.
Palestinska hälsovårdsministeriet säger att 149 palestinier har dödats på den tiden.
Israel sade att mer än hälften var angripare. Andra har dödats i sammandrabbningar med israeliska styrkor.
Fyra israeler har åtalats för misshandel av en eritreansk invandrare som misstogs för en revolverman under en militant attack i oktober förra året.