Delegerad Villa ledde 2-1 på Vicarage Road innan två sena mål från Watford kapten Troy Deeney.
Ayew och lagkamraten Idrissa Gana Gueye påstods då vara inblandade i en incident med hemsupportrar.
Rapporter tyder på att Ghana International, 24, klättrade över reklamtavlor för att konfrontera fans.
Ayew, som ersattes i den 79: e minuten, tros ha tagit undantag från något som sades i Sir Elton John Stand.
Hans låga drive hade tidigare restaurerat Villas ledning, men Aly Cissocho skickades iväg med 17 minuter för att spela och Watford monterade en sen comeback.
Fotbollsföreningen säger att den kommer att undersöka anfallaren Jordan Ayews handlingar under Aston Villas 3-2 nederlag vid Watford på lördag.