Guinea avslutar botten av Grupp A efter att ha behövt en seger mot Argentina för att ha någon chans att göra framsteg.
I den andra gruppen en match England avancerat till de senaste 16 med en 1-0 seger över Sydkorea, som också går igenom.
Guinea tjänade sin enda poäng i turneringen med en 1-1 dragning med England på tisdag.
De började sin kampanj med en 3-0 förlust att värd Sydkorea.
Marcelo Torres öppnade poäng för Argentina efter 33 minuter och Lautaro Martinez lade till en sekund strax före halvtid.
Matias Zaracho och Marco Senesi gjorde en var i andra halvan innan Martinez avslutade poängsättningen.
Argentina slog Guinea 5-0 på fredag på Under-20 World Cup i Sydkorea för att slå den afrikanska sidan ur turneringen.