Målen från Robert Wurube och James Moga hjälpte Sydsudan att slutföra en 4-1 total seger i den centrala östra zonen kvalificering att inrätta ett möte med Uganda i nästa omgång.
På lördagen åkte Malawi och Seychellerna till Madagaskar respektive Mauritius.
Den CHAN - en turnering för lokalt baserade afrikanska spelare med i sitt eget lands inhemska ligor - kommer att hållas i Kenya från 12 januari till 4 februari 2018.
Malawi slogs 1-0 hemma i det andra benet av deras öppning Southern Zone kval med Madagaskar vinna 2-0 på aggregat.
Seychellerna kunde bara rita den andra etappen av sin kvalificering i Mahé 1-1 som Mauritius framsteg totalt 3-2.
Madgascar hade Rokotoarimaldla Tsilavina att tacka för sin seger i Lilongwe som han gjorde det enda målet strax efter pausen, slå avancera Malawi målvakt Ernest Kakhobwe.
Besökarna var då den bättre sidan för större delen av den andra halvan, visar offensiva och passerar fotboll.
Malawi lämnades att rue deras tre missade chanser i den första halvan med strejkaren Muhammad Sulumba den viktigaste boven efter hans svaga skott inifrån sex-yard box var lätt stoppas av Madagaskar innehavare.
Nederlaget mot Madagaskar innebär Malawis nya tränare Ronny Van Geneugden är utan vinst i tre matcher.
Resultatet kommer att ge mat för tankar för Malawi som stärkte sin trupp vid återkomsten från Madagaskar genom att inkludera bland annat tidigare kapten Joseph Kamwendo och framåt Binwell Katinji och Ishmael Thindwa.
Madagaskar kommer att spela Moçambique i nästa omgång.
På en bra dag för Indiska oceanen nationer, Mauritius förseglade sin plats i nästa omgång av CHAN kval med en 1-1 dra mot Seychellerna på Stad Linité i Mahé för att göra framsteg 3-2 på aggregat.
På en regnig eftermiddag, Mauritius öppnade poäng med en 14: e minut mål från försvararen Marco Dorza.
Mauritius trodde att de hade fördubblat ledningen men Kevin Perticots mål var otillåtet för offside.
Seychellerna gjorde sedan två minuter efter pausen från ett straff har också haft ett mål nekas, men de kunde inte lägga till sin stämmer, med Mauritius boka sin plats mot Angola i nästa omgång.
Sydsudan bokade sin plats i nästa runda av regionala kval för 2018 African Nations Championship (CHAN) på söndag, besegra Somalia 2-0 i Juba.