Villiers yttrade sig dagen efter det att tio poliser skadades under ett upplopp i östra Belfast.
Problemet blossade upp under en lojalistisk protest mot ett rådsbeslut om att begränsa antalet dagar som fackföreningsflaggan hissas i Belfasts stadshus.
Ytterligare protester äger rum över hela staden på fredag kväll.
Translink sa att vissa Belfast tunnelbanebusstjänster har dragits tillbaka.
Villiers sade att det våld som har blivit följden av vissa demonstrationer under de senaste veckorna är "helt oacceptabelt".
– Det otroligt skadliga är bilden av Nordirland runt om i världen, berättade hon för BBC Radio Ulster's Evening Extra program.
"Nordirland är i en global kapplöpning för investeringar och arbetstillfällen och vi måste projicera verkligheten i ett framåtblickande, modernt Nordirland, inte en som är bunden i den typ av konflikt som är förknippad med dess förflutna snarare än dess nuvarande."
Gatuprotester har ägt rum, nästan dagligen, eftersom fullmäktigeledamöter röstade för att ändra sin långvariga flaggpolicy den 3 december.
Utrikesministern sade återförsäljare representanter hade uttryckt "en enorm mängd oro" till henne om den inverkan våldet hade på före jul handel.
"Tack och lov har ingen investerare kommit direkt till mig för att säga att detta påverkar deras beslut - och jag hoppas verkligen att det inte kommer att göra det - men det måste finnas en risk att det gör det, och det är en av många skäl till varför dessa flagg protester är skadliga och de är faktiskt kontraproduktiva.
"De undergräver orsaken till att de försöker främja", sade Villiers.
Hon uppmanade alla politiska partier i Nordirland att inleda en dialog för att lösa tvister om flagg och emblem.
"Politiskt ledarskap i Nordirland har brottats med svårare än detta", tillade hon.
"Det visar att det är viktigt att ta itu med splittring i samhället, att ta itu med sekterisk splittring och bygga upp en verkligt gemensam framtid, för om vi gör det, då är det säkert möjligt att fatta sådana beslut på ett sätt som är mycket mindre fylld av spänningar än vi har sett under de senaste veckorna," Fru Villiers sade.
Statssekreteraren bekräftade att hon inte har talat direkt med ledarna för de två huvudfackliga partierna DUP och UUP, eftersom de meddelade att de skulle inrätta ett fackligt forum för att hantera kulturella frågor som flagga den 18 december.
Våld under flaggprotester skadar bilden av Nordirland internationellt, har utrikesministern, Theresa Villiers, sagt.