Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Ennis-Hill, 30 år, antydde att hon gick i pension efter att ha förlorat sin heptathlontitel till 21-åriga belgiska Nafissatou Thiam i en spännande tävling i Rio.
Minichiello sa till BBC att hon skulle "ta två eller tre månader och räkna ut exakt vad du vill göra".
"När hon tar den tiden och fattar det beslutet flyttar vi därifrån."
Nästa år världsmästerskapen kommer till London, där Ennis-Hill vann OS-guld för fyra år sedan, men efter att ha missat att behålla sin titel med 35 poäng, Sheffield idrottare skulle inte förbinda sig att fortsätta.
"Det kommer att bli ett tufft beslut, jag kommer att gå bort och tänka på det," sade hon. "I det här ögonblicket är jag trött och känslosam - det är ett stort beslut."
Minichiello har tränat Ennis-Hill sedan hon var 13, hjälpt henne att bli världsmästare 2009, OS-mästare i London tre år senare, och sedan ta guld på 2015 World Championships bara 14 månader efter att hon födde sin son Reggie.
Den Sheffield-födde tränaren sa att det kan vara dags för honom att "vara självisk", om Ennis-Hill går i pension.
"Hon kommer uppenbarligen inte att göra fler olympiska spel 2020. Om det finns möjligheter måste jag börja titta på det som en karriär framöver, fortsatte han.
"Det blir lite av ett beslut jag måste fatta för mig själv så det kanske är dags för mig att vara lite självisk och göra några val för mig."
Minichiello sade att han räknade Ennis-Hills silver i Rio som en "bättre prestanda" än hennes guld i London 2012, men han hade "blandade känslor" efter händelsen.
"Om du tittar på de framsteg hon gjort, efter att ha missat två år av heptathlon konkurrens för att komma tillbaka, de framsteg hon gjort är ganska anmärkningsvärd," tillade han.
Storbritanniens olympiska silvermedaljör Jessica Ennis-Hill bör "ta sig tid" att tänka på sin framtid, hennes tränare Toni Minichiello har sagt.