Albert II varnade för farorna med populister som söker syndabockar för nuvarande ekonomiska svårigheter.
Flamländsk separatistledare Bart De Wever antog att kommentarerna var riktade mot honom och sade att han hade överträtt sin roll.
Belgiens politiska experter och kommentatorer hävdade att sändningen hade ingripit i den politiska debatten.
I sin sändning sade kungen att "i dessa oroliga tider vi lever i, bör vi förbli vaksamma och se igenom populistiska argument".
Han sade att populisterna försökte hitta syndabockar för krisen, vare sig de var utlänningar eller landsmän från en annan del av landet.
Ett sådant tänkande höll i sig i Belgien lika mycket som i andra europeiska länder och " 1930-talets kris och den tidens populistiska reaktioner får inte glömmas", sade kungen.
Belgien har en fördjupad klyfta mellan dess flamländska (nederländska) nord och fransktalande syd, och det har spekulerats om att landet i slutändan skulle kunna göra slut.
De Wever, vars nya flamländska alliansparti (N-VA) gjorde stora framsteg i valet i oktober och som nu är den största politiska kraften i Flandern, anklagade kungen för att "implicit" hänvisa till N-VA i sitt tal.
I en tidningsartikel i De Standaard anklagade han kungen för att välja "en divisionskunglighets väg", och tillade i en senare utsändningsintervju att han inte längre kunde se monarken spela den konstitutionella rollen som domare.
På belgisk radio anklagade han Belgiens fransktalande statsminister, Elio Di Rupo, för att gömma sig bakom tronen och hävdade att han måste ha sett en förhandskopia av talet och gett det grönt ljus.
"[Di Rupo] kommer inte att säga att jag är en fascist men tydligen tror det och låter kungen säga det", sade Mr De Wever.
Den separatistiska ledaren tog också ett svep på en föregångare till Alberts, Belgiens krigstidskung Leopold III (då krigsfånge), som träffade Adolf Hitler "för kaffe" i Berchtesgaden i Bayern 1940 och tog Belgien "till gränsen till inbördeskrig".
De Wevers arga kommentarer följde på en rad invändningar från politiska kommentatorer och akademiker.
Prof Carl Devos vid Gent University sade att talet borde ha lagts ned, medan monarkiexperten Prof Mark Van den Wijngaert sade att en jämförelse med 30-talet var "en bro för långt".
Men en annan flamländsk politisk ledare, socialist Bruno Tobback, sade att monarken bara uttryckte vad andra europeiska statschefer hade sagt i sina julbudskap.
Sociologen Benoit Scheuer sade till La Libre Belgique att det var bra för kungen att varna för populismens faror, även om han ansåg att även de stora demokratiska partierna borde tala ut.
Kung Albert har tidigare intagit en stark ståndpunkt om Belgiens politiska svårigheter och monarken spelar av tradition en roll när det gäller att försöka lösa konstitutionella problem.
I juli 2011 höll Albert ett känslomässigt TV-tal och vädjade till politiska ledare att visa upp "modernt medborgarskap" för att få ett slut på en utdragen kris, som lämnade landet utan en vald regering under ett och ett halvt världsrekord.
I en uppenbar försmak av hans kontroversiella julbudskap varnade kungen tittarna vid den tiden för att om deras politiska återvändsgränd förblev olöst, riskerade de uppkomsten av en form av "poujadism", med hänvisning till en högerpopulistisk rörelse på 1950-talet Frankrike.
Den belgiske kungen har framkallat ett skarpt svar på ett julbudskap där han drog paralleller med fascismens uppgång på 1930-talet.