"USA är ett mycket varierat samhälle och attityderna till hbtq-personer skiljer sig mycket åt över hela landet", läser en reserådgivare från Storbritannien.
Nyligen antagna lagar i båda staterna tillåter företag att vägra service till hbtq-personer.
Rådgivningen kommer från UK Foreign and Commonwealth Office.
I North Carolina ogiltigförklarar lag som antogs av guvernör Pat McCrory tidigare lag från Charlotte, den statens största stad, som antog HBTQ-skydd.
Hans nya lag säger att transpersoner måste använda offentliga badrum enligt kön på sina födelseattest. Mississippis lag har en liknande badrumsbestämmelse och skyddar dessutom dussintals former av företag och tjänster från att åtalas av regeringen för att ha vägrat tjäna HBTQ-personer.
Det är "både skrämmande och pinsamt att en av vår nations ståndaktiga allierade har varnat sina medborgare för riskerna" att resa till USA, sade Ty Cobb i kampanjen för mänskliga rättigheter.
"Det är nu tydligare än någonsin att dessa fruktansvärda åtgärder inte bara skadar individer och tar en ekonomisk tribut på staterna, utan också orsakar allvarliga skador på vårt lands rykte, och den upplevda säkerheten för hbtq-personer som reser hit."
Företag begränsar sin verksamhet i staterna på grund av lagen, och flera underhållare har annullerat föreställningar i båda staterna om lagen.
Mer än ett dussin amerikanska stater har antagit eller övervägt "religiösa frihetslagar", vilket ger upphov till kontroverser och protester över hela landet.
Supporter hävdar att räkningarna skyddar religiösa övertygelser, men de flesta kritiker säger att de faktiskt legaliserad diskriminering när homoäktenskap blir lagligt förra året.
Republikanska front-runner för USA: s president ras Donald Trump har vägt in på badrum bestämmelserna i lagarna, säger människor i North Carolina bör tillåtas att använda badrummet de tycker är lämpligt.
Frågade om dokusåpastjärnan Caitlyn Jenner kunde använda vilket badrum som helst i Trump Tower i New York, sa han "Det stämmer."
"North Carolina gjorde något som var mycket stark," Mr Trump berättade ABC's The Today Show. "Och de betalar ett högt pris."
Senator Ted Cruz har sagt att han stöder North Carolinas lag.
Den brittiska regeringen har varnat homosexuella och transpersoner för att vara försiktiga i USA på grund av lagstiftningen i North Carolina och Mississippi.