Fit-återigen mittfältaren Jimmy Ryan hade omedelbar inverkan, sätta upp Ash Hunter att lob i öppnaren tidigt.
Inom några minuter var det 2-0, med Bobby Grant nicka hem Antoni Sarcevic kors från vänster.
I den andra halvan, Scunthorpe Paddy Madden gjorde från platsen när Tom Hooper knuffades över, men Fleetwood slutade starkt för en välförtjänt seger.
Scunthorpe vaktmästare Nick Daws sa till BBC Radio Humberside:
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Jag tror att föreställningen nog var lite krita och ost i termer av de två halvorna av spelet.
"Alla vet att få det första målet är nyckeln, vi fick inte det.
"Vi förväntade oss en riktigt tuff utmaning efter en riktigt lång vecka och lyckad vecka för oss, men de fick det första målet.
"Två saker i första halvan satte oss på baksidan fot, men vi justerade formen något för att stanna kvar i spelet - Jag tyckte att vi gjorde det riktigt bra och det var grunden för vår andra hälften prestanda som var utmärkt."
Fleetwood ökade deras överlevnadshopp genom att slå Scunthorpe för bara deras andra League One seger för året.