Polisen Skottland kallades att undersöka i slutet av juni när Annan Athletic misslyckades med att få en slutbetalning av säsongen från ligan.
League Two-sidan förväntade sig omkring 18000 pund, men pengarna betalades in till ett bedrägligt konto.
BBC Scotland har fått veta att pengarna har hämtats och att polisutredningen fortsätter.
SPFL sade att det har varit föremål för ytterligare försök att hacka och bedräglig verksamhet så sent som denna vecka.
Scotish Professional Football League varnar klubbar för att vara på sin vakt mot bedrägerier på nätet.