Ett uttalande från antiterroristbyrån krävde särskild försiktighet i sydvästra Indien.
Man sade att resenärer skulle undvika trånga områden som strandfester, klubbar och marknader.
Indien är ett populärt turistmål för israeler.
Unga besökare från Israel reser ofta till områden som Goa för att koppla av efter att ha avslutat sin obligatoriska militärtjänst.
I ett ovanligt drag offentliggjordes varningen på fredagskvällen i Israel, efter det att den judiska sabbaten hade börjat, då regeringsämbetena stängdes för affärer.
Byrån för kampen mot terrorism uppmanade israeliska familjer att kontakta sina släktingar i Indien och berätta för dem om hotet.
Den sade inte vad som hade framkallat varningen.
"Treats" till Sydneys nyårsafton
Under 2012 blev hustrun till Israels diplomat stationerad i Indien allvarligt skadad i en bilbombsattack tillsammans med sin chaufför och två andra.
Incidenten utlöste diplomatiska spänningar när Israels premiärminister Benjamin Netanyahu anklagade Iran för att ligga bakom det - en anklagelse som Teheran starkt förnekade.
Israels varning kom timmar efter den australiska anti-terrorpolisen åtalade en man för att ha hotat Sydneys nyårsafton.
40-åringen greps på Sydney Airport på torsdag efter att ha anlänt på ett plan från London.
För en vecka sedan sa australiensisk polis att de hade omintetgjort en stor terrorattack som planerades för Melbourne på juldagen.
Säkerhetsplanerna har justerats vid stora sammankomster runt om i världen med tanke på lastbilsattackerna i Nice och Berlin, där personer som befann sig i närheten blev nedsänkta av extremister.
I London utplaceras över 3.000 poliser för att skydda nyårsfirandet.
Israel har utfärdat en varning om nära förestående "terroristattacker" mot turister i Indien och gett sina medborgare råd om att undvika offentliga platser under nyårsfirandet.