Domen kommer sannolikt att uppmuntra tusentals passagerare med liknande krav i Förenade kungariket.
Jet2 hävdade att kompensationsbetalningarna borde skjutas upp i avvaktan på resultatet av ett liknande fall i Nederländerna.
Men domaren vid Liverpool County Court slog fast att " en gräns nu bör dras. Rättvisa som försenats är att rättvisa förnekas."
EU har fastställt att flygbolagen måste betala ersättning för försenade flygningar, men ett antal flygbolag har ännu inte betalat ut.
Fyra flygbolag i Storbritannien har ansökt om betalningsförseningar: Jet2, Thomas Cook, Ryanair och WizzAir.
Jet2 fallet som hördes i Liverpool involverade Kim Allen, som krävde â ¬ 400 (Â £ 292) kompensation efter en nästan sju timmars försening när du flyger från Manchester till Malaga 2012.
"Vi har alla fått vänta så länge, men jag är verkligen nöjd med dagens beslut", sade hon efter domarens utslag.
"Förhoppningsvis nu är det dags för flygbolagen att betala oss vad lagen säger att de ska."
Hennes advokat, Kevin Clarke från Bott & Co, sade att han hoppades att "flygbolagen nu äntligen kommer att ta itu med sina skyldigheter gentemot passagerarna och att lösa de hundratusentals legitima anspråk utestående.
"Tyvärr skulle historien om deras beteende under det senaste årtiondet tala om för oss att vänta oss ännu en rättslig utmaning."
Frågan härrör från 2004 års EU-förordningar som i vissa fall tvingar flygbolagen att betala ersättning till passagerare vid inställda flygningar och förseningar, om de inte beror på extraordinära omständigheter.
I ytterligare ett utslag från EG-domstolen 2009 bekräftades att försenade passagerare skulle behandlas som om deras flygningar hade ställts in, om förseningen var längre än tre timmar, och att de skulle ha rätt till kontant ersättning.
Trots domen hävdar ett antal flygbolag i Förenade kungariket fortfarande att vissa tekniska problem bör klassificeras som extraordinära omständigheter, och som sådana bör ingen ersättning betalas.
De har också hävdat att det är oproportionerligt och alltför betungande att betala ersättning för förseningar på tre timmar eller mer.
En länsdomstol har beslutat att flygbolaget Jet2.com inte kan fördröja betalningen av ersättning till passagerare för försenade flygningar.