Den kommer också att undersöka fordringar på pengar som finns på ett Isle of Man bankkonto.
Det är underförstått att PSNI bad den nationella konkurrensmyndigheten att ta ledningen på grund av undersökningens komplexitet och omfattning.
Det är den nationella konkurrensmyndighetens första större undersökning sedan den inledde sin verksamhet i Nordirland i maj.
Utredningsledare från myndigheten förväntas inom kort möta PSNI.
I ett uttalande på torsdag bekräftade den nationella konkurrensmyndigheten, den brittiska motsvarigheten till FBI, att den hade gått med på att undersöka försäljningen av Nordirlands tillgångar som ägs av Republiken Irlands nationella kapitalförvaltningsbyrå (Nama).
De nationella konkurrensmyndigheternas biträdande verksamhetschef Graham Gardner sade: "De nationella konkurrensmyndigheterna har övervägt en begäran från [den] PSNI och har gått med på att leda en utredning och anlitar stöd vid behov från PSNI-tjänstemän.
BBC News NI Inrikes frågor Korrespondent Vincent Kearney
Detta tar utredningen till en ny nivå.
Den nationella konkurrensmyndigheten har en nivå av sakkunskap och resurser som PSNI inte har tillgång till.
De omfattar en specialiserad enhet för ekonomisk brottslighet och en enhet för finansiell information.
Dessa enheter innehåller specialiserade utredare som kriminaltekniska revisorer och tekniska experter.
Den nationella konkurrensmyndigheten har också en internationell räckvidd och samarbetar med andra organ över hela världen, däribland Interpol, vars medlemmar inkluderar Republiken Irland och Förenta staterna.
"Vi kommer inte att ge en löpande kommentar om våra framsteg utan kommer att tillhandahålla uppdateringar när så är lämpligt."
Tidigare fick ett irländskt parlamentsutskott (Dáil) veta att en före detta Namarådgivare stod i kö för en betalning på 5 miljoner pund efter försäljningen av Namas fastighetslånportfölj i Nordirland.
Det amerikanska värdepappersföretaget Pimco drog sig ur anbudsförfarandet efter att ha upptäckt avgiftsarrangemanget till Namas tidigare rådgivare, Frank Cushnahan.
Uppenbarelsen kom under en utfrågning av Kommittén för offentliga räkenskaper (PAC).
Den undersöker Namas försäljning av sin 850-fastighetsportfölj förra året.
National Assets Management Agency (Nama) är Republiken Irlands "dåliga bank", som inrättats för att hantera giftiga lån under den irländska bankkrisen, och försäljningen av Namas portfölj i Nordirland kallas Project Eagle.
National Crime Agency (NCA) ska leda utredningen av försäljningen av Namas NI-fastighetsportfölj.