Plantskolorna fokuserar i allt högre grad på växter som kan massproduceras så att de stora butikerna kan sälja dem billigt, säger han.
"Du har dessa stora grossist plantskolor nu levererar stormarknader - och det är en minskning av valet," sade han till Radio 4 är du och din.
Horticultural Trades Association (HTA) säger dock att stormarknad försäljning faktiskt bidrar till att växa marknaden.
Enligt Kantar World Panel får nästan 40 procent av trädgårdsmästarna sina växter, lökar och frön från stormarknader.
"Det är dåligt", säger Don. "Det är ganska som de stora leverantörer som levererar mat - man får massor och massor av samma sak massa produceras för att vara så billig som möjligt."
Den brittiska trädgårdsmarknaden är värd runt 5 miljarder pund, med några Â£1.4 miljarder spenderas på trädgårdsväxter av brittiska konsumenter under 2013, enligt HTA, industrikroppen.
Trädgårdsmästaren anser att konsumenterna bör handla runt.
"Jag är ett stort fan av oberoende plantskolor. Det är där du får expertisen, det är där du kommer att hitta människor som har ägnat sitt liv åt att odla något.
"De kommer att odla pelargoner eller träd och de kommer verkligen att veta om det, så när du kontaktar dem, kan de ge dig stor hjälp och hjälp."
Martin Simmons, HTA:s verksamhetschef, sade: " Människor gör ofta impulsköp av växter i stormarknader och om detta sedan uppmuntrar dem att köpa fler anläggningar så är detta bra för industrin och bidrar till att växa marknaden.
"Att köpa en anläggning i en stormarknad kan vara det första steget för vissa konsumenter, särskilt yngre konsumenter. Om detta fångar deras intresse kommer de naturligtvis att söka upp trädgårdscenter och plantskolor för detaljhandeln."
Waitrose berättade för BBC att det tog kvalitet på allvar, och att dess växter levererades av två ansedda plantskolor som levererar endast trädgårdscenter - inte andra stormarknader.
Asda bjöd in Monty Don för ett besök för att prata med köpare och sa att det fungerar med ett nätverk av expertodlare för att se till att det erbjuds kvalitet.
Sainsbury's sa att det hade en långvarig relation med leverantörer, av vilka många var familjeföretag. Det tillade att det alltid fungerade för att ge kunderna val och värde.
BBC sände första gången Gardeners' World på 1960-talet, vilket gjorde det till en av de längsta spelningarna på TV. Monty Don presenterade den från 2003 till 2008 och återvände till rodret 2011.
Försäljningen på stormarknaden minskar kundernas val, säger trädgårdsmästare Monty Don.