Valurnorna skulle ha varit den första valtävlingen mellan de rivaliserande Fatah- och Hamasrörelserna i tio år.
Deras försening beordrades efter att listor över kandidater till Fatah, som dominerar den västbanksbaserade palestinska myndigheten, ställdes in i delar av Gazaremsan, som drivs av Hamas.
Hamas har protesterat mot domstolens utslag och beskrivit det som "politiskt".
Fatah sa att det höll Hamas fullt ansvarig.
Torsdagens dom från högsta domstolen i staden Ramallah på Västbanken kom efter en Hamas-kontrollerad domstol i Gaza diskvalificerade flera kandidatlistor som Fatah upprättade av tekniska skäl.
En advokat framförde också en utmaning om oförmågan att hålla omröstningen i östra Jerusalem, som Israel annekterade efter att ha beslagtagit den i kriget 1967, men palestinierna vill vara huvudstad i en framtida stat.
"Elektioner kan inte äga rum på en plats och inte på en annan", sade den presiderande domaren.
"Valet kan inte äga rum i Jerusalem och dess omgivningar. Dessutom finns det problem med bildandet av domstolar i Gaza... Därför beslutar domstolen att stoppa valet."
Hamas talesman Sami Abu Zuhri skyllde Fatah på förseningen.
"Det höga domstolsbeslutet är politiskt motiverat och det kom för att rädda Fatah efter dess listor över kandidater kollapsade i ett antal områden", berättade han för Reuters nyhetsbyrå.
Men Osama al-Qawasmi av Fatah avslog anklagelsen och sade: "Vi håller Hamas fullt ansvariga för att ha omintetgjort valet, till att börja med de omotiverade framställningar som det lämnade in."
Valet skulle ha varit det första med Hamas och Fatah sedan 2006 års opinionsundersökning för det palestinska lagstiftande rådet, där Hamas vann majoritet.
En våldsam spricka med Fatah såg den islamistiska rörelsen ta kontroll över Gaza året därpå.
Även om Fatah och Hamas formellt enades om ett enandeavtal och en teknokratisk regering 2014 kvarstår djupa klyftor, vilket leder till politisk förlamning.
En palestinsk domstol har skjutit upp kommunala val som skulle hållas den 8 oktober.