I tisdags hade kommissionen hindrat Shafiq från att stå upp under en lag som hindrade högre tjänstemän från president Hosni Mubaraks tid.
I onsdags biföll dock utskottet Shafiqs överklagande.
Shafiq var den sista premiärminister som tjänstgjorde under Mubarak, som blev utkastad av protester i februari 2011.
"Beslutet att acceptera min klients överklagande bevisar att valkommittén fungerar som ett oberoende organ enligt rättsstatsprincipen," Shafiqs advokat, Shawqi Sayyid, sade, enligt Reuters.
Den lag enligt vilken Shafiq ursprungligen diskvalificerades från ordförandeskapet var och en som tjänstgjorde i högre befattningar i regeringen och det tidigare regerande nationella demokratiska partiet under president Mubarak.
Lagen hade rusat genom det islamistdominerade parlamentet och ratificerats av den styrande högsta rådet av de väpnade styrkorna (Scaf) på tisdagen.
I sitt överklagande ifrågasatte dock Shafiq åtgärdens konstitutionella karaktär och kommissionen har nu hänskjutit lagen till Egyptens högsta författningsdomstol.
Kommissionen kommer att tillkännage den slutliga listan över kandidater på torsdag.
Mubaraks tidigare vicepresident och spionchef Omar Suleiman har också diskvalificerats av olika skäl, tillsammans med två islamister - Khairat al-Shater från Muslimska brödraskapet och Salafist Hazem Abu Ismail.
De främsta bland dem som är kvar i loppet anses vara före detta utrikesminister Amr Moussa, den oberoende moderata islamisten Abdel Moneim Aboul Fotouh och Mohammed Mursi, ordförande för Muselman Brotherhood's Freedom and Justice Party (FJP).
Den första valomgången är planerad till den 23 och 24 maj, varefter det förväntas bli en avmattning mellan de två största kandidaterna i juni.
Den härskande Scaf, som tog över presidentmakten efter att Hosni Mubarak störtades, kommer att överlämna till den nya presidenten den 1 juli.
Egyptens valkommission har återinsatt f.d. premiärminister Ahmed Shafiq som kandidat i landets kommande presidentval.