Informationsministeriet sa att det har "framgångsrikt stört signalerna" på stationen.
BBC:s Abdussalam Ahmed i Enugu säger dock att Radio Biafara fortfarande sänder.
Det är inte klart var den är baserad, men den sänder huvudsakligen till den igbotalande sydöstra delen av landet.
Den första republiken Biafra förklarade sig oberoende från Nigeria i maj 1967, men besegrades så småningom efter ett treårigt inbördeskrig som kostade mer än en miljon liv.
Vår korrespondent säger att stationen är värd telefon-in program med lyssnare ringer för att prata om frågor som påverkar deras region och deras önskan att bryta sig loss från Nigeria.
Det attackerar och förlöjligar också president Muhammedu Buhari och andra regeringstjänstemän.
Även om Biafra-upproret kuvades av militären, har en grupp som kallas rörelsen för att förverkliga en suverän stat i Biafra (Massob) dragit till sig stödet från många unga människor i regionen.
De känner att de har diskriminerats av makthavarna i Abuja och kräver oberoende.
Flera av deras ledare och sympatisörer har häktats av myndigheter och anklagats för förräderi.
Nigerias regering har lovat att stänga en olaglig radiostation som drivs av människor som sympatiserar med utbrytarstaten Biafra.