Den 54-årige har lämnat sitt jobb som assistent första lag tränare på Barnet för att gå med i National League Club på ett rullande kontrakt.
Waddock ledde Shots in i fotbollsligan 2008 med en då rekordpoäng totalt 101 och lämnade 2009.
Ex-Republic of Ireland internationella ersätter Barry Smith, som lämnade Shots i slutet av den här säsongen efter att inte förnya sitt kontrakt.
Waddock har tidigare varit ansvarig för två år på Rekreation Ground, innan han tog över på Wycombe 2009. Han hade senare trollformler vid Oxford United och Portsmouth.
Hans första chefsjobb var på QPR, där han tidigare gjort sitt namn som spelare.
"Det är en situation jag aldrig trodde att jag skulle vara i, men jag är glad att vara här," Waddock berättade Aldershot hemsida.
"Jag har saknat folket här och jag har saknat supportrarna. Atmosfären de skapade hemma spel var fantastisk och jag älskade det.
"Vi måste kunna ge dem något att heja på och vi ska göra vårt bästa för att få det här stället att gunga igen."
Gary Waddock har återvänt till Aldershot Town för en andra trollformel som chef.