Han har namngett flera spelare med problem i sin preliminära 24-man trupp, inklusive Charles Kaboré, Préjuce Nakoulma, Jonathan Pitroipa och Bertrand Traoré.
"Jag är säker på att de kan återhämta sig i tid," Duarte insisterade.
Gruppen ska påbörja ett träningsläger den 27 december.
Bakary Koné är en annan spelare från 2013 truppen som slutade som löpare-up i Sydafrika som har en skada oro.
Skador har uteslutit Aziz Kabore, som spelar för Valenciennes i Frankrike, medan det finns en första upprop för Blati Toure.
22-åringen föddes i Elfenbenskusten, spelade som junior i Spanien men är nu på Omonia Nicosia av Cypern.
"Blati Touré är en spelare jag älskar. Jag har tittat på honom sedan han var på Evian TG I Frankrike men jag fick höra att han var Ivorian, men han ringde mig för att försäkra mig att han är 100 procent Burkinabe, "Duarte förklarade.
"Han har ännu inte tränat med oss men han är spelare med kvalitet för att göra ett positivt tillägg."
Dessutom ingår den ofångade Marocko-baserade Ernest Aboubakar Congo, inkallad förra månaden för första gången för förra månadens VM kval mot Kap Verdeöarna, och Issoumaila Lingane av Hapoel Ashkelon i Israel.
Förutom Aziz Kabore, är den viktigaste frånvaron förstahandsval målvakt Daouda Diakite, som skadades allvarligt för tre månader sedan spelar för AS Vita Club i Demokratiska republiken Kongo.
Stallions lämnar Ouagadougou den 27 december för att träna i Marrakech där de spelar ett marockanskt B lag den 4 januari och Mali några dagar senare.
Burkina Faso träffa Kamerun i Libreville i deras första Grupp Ett spel på öppningsdagen för Nations Cup finalen den 14 januari.
Grupp:
Målvakter: Germain Sanou (Beauvais, Frankrike), Hervé Koffi (ASEC Abidjan, Cote d'Ivoire), Aboubacar Sawadogo (RC Kadiogo)
Försvarare: Ernest Aboubakar Congo (IZK Khemisset, Marocko), Yacouba Coulibaly (RC Kadiogo), Youssoufou Dayo (RCB Berkane, Marocko), Bakary Koné (Malaga, Spanien), Patrick Malo (Smouha, Egypten), Issouf Paro (Santos, Sydafrika), Steeve Yago (Toulouse, Frankrike)
Mellanfältare: Cyrille Bayala (Sheriff Tiraspol, Moldavien), Adama Guira (Racing Lens, Frankrike), Charles Kaboré (FC Krasnodar, Ryssland), Prejuce Nakoulma (Kayserispor, Turkiet), Jonathan Pitroipa (Al Nasr, Förenade Arabemiraten), Bakary Sare (Moreirense, Portugal), Blati Toure (Omonia Nicosia, Cypern), Abdou Razack Traore (Karabukspor, Turkiet), Alain Traore (Kayserispor, Turkiet), Jonathan Zongo (Almeria, Spanien)
Framåt: Aristide Bance (Asec Mimosas, Elfenbenskusten), Banou Diawara (Smouha, Egypten), Issoumaila Lingane (Hapoel Ashkelon, Israel), Bertrand Traore (Ajax Amsterdam, Nederländerna).
Burkina Faso coach Paulo Duarte säger att han inte är orolig över ett antal skador till nyckelspelare som går in i nästa månads African Nations Cup finaler.