Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Alex Schalks huvud öppnade poäng efter åtta minuter och Brian Grahams sista-minuten lob clinched seger.
Men Kilmarnock kunde inte ändra sitt öde mellan när de halkade till ett åttonde hem Premiership nederlag.
De är åtta poäng fria från Dundee United, som är värd Aberdeen på onsdag, men har spelat två matcher mer.
Så snart det andra målet gick in, avvisade Kilmarnock fans bland en blek 2.633 publiken började strömma ut ur marken, som möjligheten av en nedflyttning play-off - eller värre - hotar stor.
Ingendera sidan hämmades av deras omständigheter och de punkter som stod på spel. De inledande minuterna såg dem skapa en chans styck, och den stavningen formade resten av spelet.
Hemsidan var först att tvinga sig själva, men Greg Kiltie kunde inte ändra sin kroppsform snabbt nog att ordentligt ansluta med Josh Magennis kors och han volleyed över när han rusade in i straffområdet.
Kilmarnock skulle ha uppmuntrats av möjligheten, eftersom deras hemform har varit så konsekvent dålig att den allmänna stämningen i Rugby Park är en djupt rotad ångest. Trots detta svepte en välbekant känsla av bestörtning runt jorden strax efter Kiltieansträngningen.
I Countys första meningsfulla attack, levererade Michael Gardyne ett kors i straffområdet från vänster och Schalk halkade ut i rymden för att titta på en rubrik i det avlägsna hörnet.
Han var omärkt och han hade tid att komponera sig själv, och det visade sig vara en kostsam avvikelse för Kilmarnock.
Målet stärkte Schalk. När ett annat kors skickades in i området, kontrollerade han bollen skickligt med ryggen mot målet, snurrade vilt och träffade ett skott på målet som Jamie Macdonald var tvungen att röra sig snabbt för att rädda.
Senare i mitten, var han på väg att slå en annan ansträngning inifrån området när Kilmarnock center-back Conrad Balatoni smet in för att blockera.
Hemsidan var till en början orolig över deras brist på beslutsamhet i försvaret, men de erkände inte sin plats i spelet och fortsatte att kämpa sin sak.
Det var emellertid typiskt för deras olycka att Topi Obadeyi måste ersättas på 30: e minuten på grund av skada.
Det var Obadeyi som kom närmast att göra mål i första halvlek, med en tam rubrik bred från Rory McKenzies kors.
Intervallet gav Kilmarnock boss Lee Clark en möjlighet att återuppliva sin sida. Det fanns säkert en större attack avsikt till hemmasidans pjäs i andra halvan och McKenzie svepte ett skott på målet tidigt, bara för att se Ross County målvakt Gary Woods spara.
Kilmarnock såg massor av egendom, medan länet verkade bekväm att försvara sina linjer och slå på pausen.
De lade nästan till ledningen när Grahams kors var på väg mot utsidan av hans post av Liam Boyce.
Under de sista minuterna övergav Kilmarnocks organisation dem, och Graham lyckades styra ett huvud över den strandsatta Macdonald för att försegla segern. Booing från hemmafansen hälsade på den sista visselpipan.
En hårdnackad seger skickade Ross County att klättra till fjärde plats i Premiership och ökade känslan av oro i Rugby Park.