Ahmed Awad bin Mubarak överlämnades till en delegation av stamledare.
Han skulle släppas förra veckan som en del av ett avtal med president Abdrabbuh Mansour Hadi för att avsluta ett våldsamt dödläge i huvudstaden, Sanaa.
Hadi och hans regering har sedan dess erbjudit sina avgångar och sagt att de inte kunde fortsätta på sina poster under sådana påtryckningar från rebellerna.
Deras beslut kom efter att Houthis beslagtog presidentpalatset komplexet och skalade presidentens privata hem.
Rebellledaren Abdul Malik al-Houthi avslog presidentens avgång som en "manoeuvre" i ett tv-inlägg efter det att Hadis stabschef frigetts.
Han sade att de politiska partierna i Jemen, med FN:s stöd, hade hållit samråd.
"Vi söker en fredlig överföring av makt på grundval av partnerskap," han citerades av Reuters nyhetsbyrå som säger.
Han tillade att resolutionerna från den nationella dialogkonferensen (NDC) efter ett uppror tvingade president Ali Abdullah Saleh från makten, och det fredsavtal som Hadi undertecknade efter rebellerna överran Sanaa i september, skulle ligga till grund för alla överenskommelser.
"Låt alla gå mot samarbete istället för sammandrabbning, gräl och brottning."
För en vecka sedan anklagade Jean-Pierre Houthi presidenten och de omkring honom för att ha misslyckats med att genomföra politiska överenskommelser som han sade borde ha påbörjat en ny era i Jemen.
Han räknade upp som sin huvudsakliga begäran om att kommissionen skulle omorganiseras med uppgift att skriva en översyn av en ny konstitution för att säkerställa en större representation för sin grupp.
Rebellerna har avvisat ett utkast till stadgan som skulle skapa en federal stat i sex regioner, även om planen var en rekommendation från NDC, som de stödde.
De grep Bin Mubarak den 17 januari för att hindra honom från att delta i ett möte för att diskutera utkastet och sade att han hade blivit medveten om "oegentligheter" i texten.
Shia Houthi-rebeller i Jemen har frigett en presidentadid som de förde bort för tio dagar sedan.