Före detta elever var fångade i en våldsam tvist utanför Holy Cross Primary School 2001, som gjorde rubriker runt om i världen på den tiden.
Justitiedepartementet bekräftade betalningarna efter begäran om informationsfrihet från Belfast Telegraph.
Än så länge har justitiedepartementet mottagit åtta ansökningar, varav tre har avgjorts.
Betalningarna gjordes enligt villkoren i Nordirlands system för ersättning till brottsoffer 2002.
Men avdelningen skulle inte avslöja hur mycket pengar som har betalats ut till de tidigare heliga korseleverna, för att skydda deras identiteter.
Den berättade för tidningen att denna detaljnivå var "undantagen från utlämnande av uppgifter" enligt lagen om informationsfrihet och skulle "konvergera den första principen i dataskyddslagen".
Skolan fick internationell uppmärksamhet i början av terminen i september 2001, då hundratals lojala demonstranter försökte blockera den huvudsakliga vägen som barnen och deras föräldrar tog på sin promenad till klassen.
Tremånadersprotesten utlöstes av en lokal tvist mellan katolska och protestantiska invånare i Ardoyne i norra Belfast.
Protestanterna hävdade att katolikerna attackerade sina hem och sade att skolprotesterna var deras sätt att belysa deras oro.
Men stenar, flaskor, fyrverkerier och till och med en sprängbomb användes under veckor av oroligheter.
Efter det inledande våldet satte polisen och armén upp krockbarriärer för att hålla en korridorväg öppen för eleverna från Heliga Korset.
Beväpnade poliser eskorterade barnen till klassen tills tvisten hade lösts.
Ardoynes församlingspräst på den tiden, Fr Aidan Troy, berättade för Belfast Telegraph att han kunde "fullständigt förstå varför människor som har gått igenom trauma skulle vilja ansöka om ersättning".
– Det var flickor mellan fyra och elva år, de var mycket unga och mycket lättpåverkade och påverkades djupt av det. Var och en av oss var", sade han.
Prästen tillade att även om han inte själv skulle "gå på kompensationens väg" kunde han "väl föreställa sig att konsekvenserna skulle bli mycket stora för barn i en sådan formativ ålder".
"Du kunde se deras trauma", sa Fr Troy.
Omkring 100 elever behövde rådgivning på grund av sin dagliga prövning, enligt rektorn på den tiden, Anne Tanney.
Hon talade till BBC 2004, hon sade att även som vuxen, hon traumatiserades av protesterna.
"Det fanns tillfällen då jag inte kunde äta, inte kunde sova", sade hon. "Jag brukade bita mig i läppen och försöka att inte gråta inför barnen."
Tre tidigare katolska skolflickor har fått ersättning för att de måste gå igenom lojala protester på väg till grundskolan för 15 år sedan.