Saints hade det bättre av en skrotig första-halva, efter Jonny Lomax korsade på baksidan av straffmål styck för båda sidor.
Leeds drog sig ur när Adam Cuthbertson ökade Ryan Halls poäng.
Danny Richardsons försök höll Saints förhoppningar vid liv men Leeds höll fast vid och är nu tre poäng klara för tredje plats Hull FC i Super League tabellen.
Nederlaget lämnar Saints en punkt bakom Wakefield, som är fjärde med fyra Super 8s spel att spela.
Leeds kan inte fånga Castleford Tigers på toppen, men är i lådan plats för den andra hem semifinalen kommer de fyra bästa play-offs.
Nowleys förestående omutveckling innebar att detta spel skulle vara den sista för 86-åriga takterrassen, och det lade till en känslomässig pinne till en match som hade stor betydelse för loppet för Old Trafford.
Tyvärr lyckades festligheterna före matchen inte överföras till fältet, eftersom ingen av sidorna fann sin rytm i ett spel högt på drama men brist på kvalitet.
Saints bästa ögonblick i första halvan producerade spelets första försök när Lomax fastnade på Zeb Taias pass efter James Roby sätta back-rower i rymden.
Värdarna var lika splittrade men gav publiken lite jubel när ett smart drag till vänster avslutades av Ryan Hall på hans 300: e klubb framträdande.
Cuthbertson knuffade sig över på baksidan av Leeds tryck men det var aldrig bekvämt förrän choter, särskilt när den livliga Richardson kom från bänken för att kliva sin väg över randen med fem minuter kvar.
Leeds Rhinos huvudtränare Brian McDermott:
"Jag trodde att vi var extremt bra, Jag har aldrig varit stolt över ut spelare även om jag inte säger det för mycket. Jag är stolt över att vara deras tränare ikväll.
"Jag vet inte vart vi går den andra halvan från, Saints var bra, slog oss från däck i den första halvan och vi fick aldrig grepp om deras play-the-balls.
"Vi rullade upp ärmarna och gjorde lite hårt arbete, vi borde ha utfört bättre. Det var ett bra spel i rugby ligan."
St Helens huvudtränare Justin Holbrook:
"Jag kunde inte vara stoltare över mitt team. Tyvärr är det två veckor i rad vi har blivit slagna med två poäng.
"Jag tycker inte att vi spelade dåligt. Vi hade inte mycket boll i andra halvan, vi slog läger i vår egen hälft, men vi fick inom två poäng hemifrån mot en mycket tuff sida.
"Vi kunde bara inte komma igång av en eller annan anledning i den andra halvan men full kredit till Leeds, de spelade mycket bra."
Leeds Rhinos: Walker; Briscoe, Watkins, Sutcliffe, Hall; Moon, McGuire; Cuthbertson, Parcell, Singleton, Ward, Jones-Buchanan, Ablett
Ersättningar: Burrow, Delaney, Keinhorst, Mullally
St Helens: Lomax; Makinson, Morgan, Percival, Grace; Fages, Smith; Amor, Roby, Thompson, Taia, Wilkin, Knowles.
Ersättningar: Walmsley, McCarthy-Scarsbrook, Peyroux, Richardson
Leeds Rhinos såg av den snart ska rivas ikoniska South Stand med en felsliten seger över St Helens.