Fifa president Sepp Blatter meddelade planer förra veckan att bilda en 11-personer panel för att granska fotboll skandal-hit värld styrande organ.
Domenico Scala hade tidigare sagt att han bara skulle leda arbetsgruppen om han garanteras full självständighet.
Den schweiziska affärsmannen är redan den oberoende ordföranden för Fifa:s revisions- och efterlevnadskommitté.
Scala troddes ha varit beredd att leda arbetsgruppen efter att ha träffat presidenterna i tre av Fifas sex kontinentala förbund.
Men en talesman för Scala sa till BBC Sport: "Domenico Scala har aldrig ansökt om ett sådant ordförandeskap."
Han tillade att tjänsten endast skulle anses "under strikt villkor" att "oberoende garanterades".
Förutom en oberoende ordförande kommer arbetsgruppen att ha två företrädare för AFC (Asia), CAF (Afrika), Concacaf (North, Centralamerika och Karibien) och Uefa (Europa) samt en företrädare för vardera Conmebol (Sydamerika) och OFC (Oceanien).
I ett uttalande sade Fifa representanter från federationer skulle inte nödvändigtvis vara "medlemmar i fotboll gemenskapen" och konfederationerna kunde besluta att själva.
Blatter, som har tillkännagivit sin avsikt att avgå som president, har sagt att begränsningar av presidentens mandat och integritetskontroller för höga tjänstemän är möjliga reformområden.
Rekommendationer kommer att läggas fram vid nästa möte i Fifa:s verkställande utskott i Zürich den 24–25 september.
Utsikten att Scala leder en oberoende granskning av Fifa beskrevs som "skrattbar" av kampanjgruppen New Fifa Now.
Och Alexandra Wrage, som avgick från Fifa oberoende styrelsekommitté i april 2013 i protest mot en brist på meningsfulla åtgärder, sade även en oberoende ordförande i reformarbetsgruppen "kan inte arbeta".
Hon sade till BBC Sport: " Processen måste tas ur Fifas händer. Annars är det ännu en återvändsgränd."
Blatters avgång den 2 juni följde på gripandet av sju Fifa - tjänstemän som en del av en undersökning i Förenta staterna där 14 personer åtalades för korruption.
En separat brottsutredning av schweiziska myndigheter om hur VM 2018 och 2022 tilldelades pågår också.
Fifa har sagt att dess arbetsgrupp för reform kommer att ledas av en oberoende person utanför fotbollen.