Bloemfontein ansluter sig till Peking och Lissabon genom att avstängas från att utföra någon Wada-relaterad antidopningsverksamhet, medan Moskvas labb fick sin ackreditering återkallad i april.
Beslutet lämnar 31 Wada-ackrediterade labb i världen, men inget i Afrika.
Wada sa att laboratoriet kan ansöka om återinträde före den 30 september.
Organet angav inte skälen till att Sydafrikas anläggning har upphävts, vilket kan överklagas vid domstolen för skiljeförfarande för idrott inom 21 dagar från det att Bloemfontein anmäldes.
Sydafrikas Doping Control Laboratory har blivit det fjärde labbet som har sanktionerats av World Anti-Doping Agency (Wada) under den senaste månaden.