"Det här är ärligt talat den konstigaste dagen någonsin", sade hon när programmet började.
"Det finns en hashtag på Twitter, #FarewellFearne, vilket är lite som jag har dött," tillägger hon.
33-åringen sa att hon avgick för "familj och nya äventyr" i februari, efter att ha avslöjat att hon var gravid med sitt andra barn.
Dave Grohl - frontman i hennes favoritband, Foo Fighters - ledde hyllningarna med ett specialinspelat telefonmeddelande till sin senaste show.
Han sade: "Det är en sak att vara en underbar röst på radion, någon som har den typen av timing och förfining och humor och kunskap - men också att vara den vackraste kvinnan i världen?
"Vanligtvis när du kliver in i en radiostudio, står du inför vissa människor som ser ut som de borde arbeta på radion. I hennes fall förtjänar hon att vara utanför studion lite mer."
Ricky Gervais, David Brent, lämnade också ett meddelande och sade: " Tio år på det gamla trådlösa nätet. Varade längre än vissa. Grattis Fern Britton."
Coldplay's Chris Martin skrev en ny låt - Borta men inte F. Cotton - för att markera sin avresa.
"Jag var väldigt, väldigt ledsen över att höra min favoritshow försvinna", sjöng han.
"Måste tacka henne för skivorna hon spelade / Tack för att du presenterade oss för Lana Del Rey."
"Tack för alla morgnar i loungen, vi skulle anlända / och sött du skulle säga oss, 'inget svärande, vi är live."
Rockbandet Kodaline spelade en specialanpassad version av deras låt The One, med texten: "BBC kommer aldrig att bli densamma, vi kommer att sakna dig när du är borta. Vi hoppas att guldfisken som vi gav dig fortfarande lever och simmar vidare."
James Bay spelade också in en akustisk version av Jackie Wilsons (Din kärlek håller lyft mig) Högre.
Låten, som spelades på Cottons bröllop, reducerade DJ:n till tårar.
När sändningen började kl 10:00 BST, Cotton sade att hon var "skrämd-slash-excited," efter att ha hållits i mörker om överraskningar i butik.
"Jag har sett fram emot det och fruktat det i lika mått. Jag har knappt sovit."
När hon såg tillbaka på sin tid på Radio 1 sade hon: " Jag började här i början av 20-talet med min käre vän Reggie Yates och det känns som för ett helt liv sedan. Jag befinner mig här på min sista dag, vid 33, som mamma."
"Jag kommer att gå ut hit med så många fantastiska minnen."
DJ:n handplockade spellistan för sin sista show, spelade favoriter inklusive Adele's Hometown Glory, Fleet Foxes' Helpless Blues och The Avalanches' Sedan jag lämnade dig.
Hennes sista spår var Lana Del Reys videospel.
Under showen skickade många av konstnärerna Cotton under årens lopp sina bästa lyckönskningar till sociala medier.
Sam Smith sade att han skulle "sakna din söta röst i mina öron varje dag", medan Ellie Goulding tillade: "Tack för att du alltid stöttar mig och stöder ny musik."
Cottons show, som innehåller Live Lounge-segmentet, vann ett Sony-pris för bästa musikprogram 2012.
DJ Clara Amfo kommer att ta över programmet på måndag, spela höjdpunkter från Radio 1: s Big Weekend festival, som äger rum i Norwich i helgen.
Cotton kommer att avsluta sin tid på stationen genom att presentera en del av täckningen under de två dagarna av evenemanget.
DJ Fearne Cotton har sänt sin sista show på Radio 1, efter nästan 10 år på stationen, och sex vid rodret på mittmorgonen show.