Riot polisen lamslagna skärmytslingar mellan rivaliserande fans bakom ett av målen strax innan kick-off i Englands 3-0 seger.
I ett engelskt FA uttalande sades det att händelserna inte hade ägt rum i området där fans som köpte biljetter från FA fanns.
Ärendena kommer att behandlas torsdagen den 22 oktober.
"Vi skulle uppmuntra myndigheterna att identifiera alla inblandade i oordning och hantera dem på lämpligt sätt genom det kriminella systemet och med förbud order," den engelska FA sade.
"Vi kommer naturligtvis att samarbeta fullt ut med Uefa."
När striderna bröt ut ingrep polisen snabbt för att skapa en barriär mellan fansen för att förhindra att våldet trappades upp.
En del Englandfans verkade ha köpt biljetter till delar av marken avsedda för hemsupportrar.
Litauens FA har också åtalats av den europeiska fotbollens styrande organ för överträdelser av biljettreglerna och för att ha blockerat trapporna.
BBC Radio 5 live reporter Alan Green rapporterade att han hade sett missiler kastas av fans.
Och BBC Sports chefsfotbollsförfattare Phil McNulty tillade att det hade varit "ett fåtal korta skärmytslingar mellan rivaliserande fans i ena änden av denna lilla stadion där vissa England fans har lagt ut sig nära Litauen supportrar".
England vann 3-0 med mål från Ross Barkley och Alex Oxlade-Chamberlain, båda sidor av ett eget mål från Litauen innehavaren Giedrius Arlauskis.
Segern innebar att Roy Hodgsons sida vann alla 10 av sina kvalmatcher inför nästa sommars EM i Frankrike.
Uefa har laddat de engelska och litauiska fotbollsförbunden över publikstörningar på deras Euro 2016 kval i Vilnius på måndag.