Anthony Kevin Morais försvann den 4 september efter att ha lämnat sitt hus.
Polisen sa att de hade arresterat sju misstänkta i fallet, varav en ledde dem till kroppen tidigt på onsdag.
En av de misstänkta var inblandad i ett korruptionsfall som åtalades av Mr Morais nyligen, lokala medier citerade polisen som säger.
Den 52-åriga försvarsmaktens läkare tros ha anlitat de andra misstänkta, The Star citerade polisen som säger.
Polisen leddes till en flod klockan 06:00 lokal tid på onsdagen, Comm Datuk Seri Mohmad Salleh, chef för brottsutredningen, berättade reportrar.
Dykare bekräftade att oljetrumman var i floden och en gaffeltruck användes för att lyfta upp den ur vattnet, sade han. Kroppen hittades efter att oljetrumman bröts upp.
Övervakningsfilmen visade att mr Morais bil spårades av ett annat fordon som körde in i honom. Han blev bortförd efter kollisionen, sa polisen.
Kroppen har skickats till ett sjukhus i Kuala Lumpur för obduktion.
Kroppen av en saknad malaysisk biträdande åklagare har hittats i en oljetrumma fylld med betong nära Kuala Lumpur.