De var beväpnade med vapen när de kom in i offrets hem kl. 22.45 på torsdag.
Den 29-årige fick huvud- och kroppsskador i händelsen, som spilldes ut på gatan utanför fastigheten i Herbertson Crescent.
Det Con Gavin McKellar vädjade om hjälp med att spåra angriparna, som bar balaclavas.
"Detta är ett lugnt område och vi tror att attacken var riktad, men trots det, detta var en ond attack på mannen," sade han.
Den skadade mannen lyckades få hjälp av en granne innan han fördes till Crosshouse Hospital i Kilmarnock med ambulans.
Det Con McKellar tillade: " Det var några få som kom till mannens hjälp, men vi måste ändå tala med alla som var i området och som såg de två misstänkta dra sig undan.
"Vi tror att de kan ha tagit sig in i en liten svart bil i Tollerton Drive och sedan kört iväg.
"Vi vill höra från någon som såg dem tillsammans, tog på sig eller tog av sig maskerna, eller om de såg dem hänga omkring innan attacken antingen i bilen eller till fots."
Polisen vet inte om paret, som bar mörka kläder, var män eller kvinnor.
Polisen jagar två maskerade angripare som anföll en man i sitt eget hem i Irvine.