Att leverera BBC Radio 4's Thought for the Day, prinsen av Wales sade uppkomsten av populistiska grupper "aggressiv" till minoritetstros hade "djupt oroande ekon av de mörka dagarna" på 1930-talet.
I julbudskapet uppmanade han till respekt för dem som hade olika trosuppfattningar.
Han sade att religionsfrihet var ett "val mellan liv och död" för vissa.
Det är tredje gången han talar om programmet i dag.
Prinsen sade att han nyligen hade träffat en jesuitpräst från Syrien som beskrev de kristnas belägenhet som han var tvungen att lämna i landet.
Han sade: " Han berättade för mig om massakidnappningar i delar av Syrien och Irak och hur han fruktade att de kristna skulle drivas ut ur länder som beskrivs i bibeln.
"Han trodde att det var fullt möjligt att det inte kommer att finnas några kristna i Irak inom fem år.
"För sådana människor är religionsfrihet ett dagligt, starkt val mellan liv och död."
Prinsen sade att omfattningen av religiös förföljelse runt om i världen var "inte allmänt uppskattad" och var inte begränsad till kristna, utan inkluderade många andra minoritetstror.
Han berättade för lyssnarna att han föddes strax efter andra världskrigets slut där hans föräldrars generation hade kämpat mot ett försök att "utrota den judiska befolkningen i Europa".
Han fortsatte: " Att vi, närmare sjuttio år senare, fortfarande skulle få se sådan ond förföljelse är, för mig, bortom all tro.
"Vi är skyldiga dem som lidit och dött så fruktansvärt att inte upprepa det förflutnas fasor."
Prins Charles uppmanade folk att komma ihåg berättelsen om födelsen denna jul, som handlade om "den heliga familjens flykt för att undkomma våldsam förföljelse".
Han bad lyssnarna att komma ihåg att profeten Mohammed migrerade från Mecka till Medina eftersom han "sökande friheten för sig själv och sina anhängare till dyrkan".
Prinsen sade: "Vilken religiös väg vi än följer, är målet detsamma - att värdesätta och respektera den andra personen och acceptera deras rätt att leva ut sitt fredliga gensvar på Guds kärlek."
Prins Charles har talat ut om faran med religiös förföljelse och varnat för en upprepning av "det förflutnas fasor".