Sir Harry Burns ska leda studien, som kommer att konsultera NHS personal och patienter för att säkerställa att mål och resultatindikatorer ger de bästa resultaten för patienterna.
En första rapport och rekommendationer väntas under våren 2017.
Burns, som avgick som chefsläkare 2014, sade att det var viktigt att personalen kände sig "förmögen".
Översynen av målen tillkännagavs av hälsominister Shona Robison i juni.
Hon sade att hon var "glad" över att välkomna Burns till arbetet och tillade: "Vi vill se till att vi har en nationell mätram över hela hälso- och sjukvårdssystemet.
– Som jag har sagt tidigare har målen en viktig plats i vår nationella hälso- och sjukvård och det finns vissa standarder, t.ex. inom akutvård och cancer, som patienterna har rätt att förvänta sig.
"Vi måste se till att vi också förstår hur våra vårdtjänster fungerar på ett sätt som tar hänsyn till människors erfarenheter av olika typer av vård, och i vilken utsträckning deras vård är väl sammanfogad."
Sir Harry avgick som Skottlands bästa läkare efter nio år i arbetet för att fokusera på att bekämpa ojämlikhet i hälsa, och tillträdde som professor i global folkhälsa vid Strathclyde University.
Han sade: "Minister är med rätta tydliga med att hälso- och sjukvårdstjänster måste ge bästa möjliga resultat för Skottlands befolkning.
"Jag tror också att hälso- och sjukvårdspersonalen vill ge effektiv och medkännande vård till dem de tjänar. Det är viktigt att den information vi samlar in gör det möjligt för dem som arbetar inom hälso- och sjukvård och socialvård att känna att de kan förbättra sina resultat.
"Jag ser fram emot att engagera mig positivt med människor i denna viktiga recension."
Den skotska regeringen planerar också att se över antalet, strukturen och roller hälsonämnder, och vill att GP praxis att bli mer av en samhällstjänst, som involverar team av vårdpersonal och andra som arbetar tillsammans under ledning av en GP.
En före detta chefsläkare har utsetts för att leda en översyn av strategin för att nå målen i Skottlands nationella hälso- och sjukvårdssystem.