Den "marijuana resort" skulle ha varit den första i sitt slag, men oro för att lagret kunde konfiskeras ledde stamledare att bränna den.
Stammen säger att den vill visa samarbete med federala tjänstemän för framtida förhandlingar.
Huruvida stammen kan sälja marijuana till icke-indianer har ifrågasatts.
Representanter för det amerikanska justitiedepartementet berättade inte Santee Sioux stamledare en räd var nära förestående, men regeringen förbehåller sig rätten att genomföra en räd när som helst och stammen skulle riskera en om alla farhågor om orten inte togs upp.
Justitiedepartementet beslutade förra året att låta stammarna odla marijuana på sin mark.
Det är också fråga om ursprunget till de marijuanafrön som används för stammens skörd.
Stammen hade planerat att öppna en lounge som sålde marijuana - för konsumtion bara i loungen - på nyårsafton.
"Vi kände bara att det skulle vara bäst att gå in med en ren skiffer för att leta efter svar på hur man går tillväga så att alla sidor är bekväma med det," sade Flandeau Santee Sioux President Anthony Reider, tillägger att bränna grödan var "i bästa intresse för både stam- och icke-tribala medlemmar."
Den 400-personer stam, som redan driver ett kasino, hotell och ranch, hade förutspått marijuanaförsäljningen skulle utgöra upp till $2m (Â £1.3m) per månad.
Loungen skulle ha haft spel, mat och en bar, och så småningom en levande musik plats och spelautomater.
I september sade Reider att han ville att det skulle vara "en lekpark för vuxna".
I fruktan för en federal razzia bränner en syd Dakota - indianstam sin marijuanaskörd, som den hade planerat att sälja i en semesterort på sin mark.