Vid mötet kommer poliser, advokater och Scotland's Lord Advocate James Wolffe QC att närvara.
Fokus kommer att ligga på hur det kan påverka brottsbekämpningen och straffrätten i Skottland att lämna EU.
Kommissionen kommer också att undersöka de eventuella konsekvenserna för civil- och familjerätten samt handelsfrågor.
Mötet, som också kommer att omfatta experter från Scottish Universities Legal Network on Europe och Ständiga Europarådet, kommer att äga rum i Edinburgh den 24 november.
Matheson sade: "Den brittiska Brexit-omröstningen ger upphov till många osäkerhetsfaktorer för Skottlands unika rättssystem.
"Det är därför jag samlar ledare och experter för att hjälpa oss att förstå dessa frågor - och alla åtgärder vi kan vidta nu för att minska riskerna.
"Att upphöra med EU-medlemskapet och få tillträde till den inre marknaden skulle få betydande och omfattande konsekvenser ur ett rättsligt och rättsligt perspektiv.
"Frågorna sträcker sig från att ta itu med gränsöverskridande brottslighet till en person med en före detta EU-partner som säkrar underhållsbidrag, från Europols samordning med andra länder till att skydda skotska konsumenters rättigheter vid köp från utlandet på nätet."
Det följer av ett domstolsbeslut att parlamentet måste rösta innan Förenade kungariket kan inleda processen med att lämna EU.
Domen innebär att den brittiska regeringen inte kan utlösa artikel 50 i Lissabonfördraget - att inleda formella utträdesförhandlingar med EU - på egen hand.
Justitieministern tillade: " Toppdiskussionerna kommer att bidra till att informera oss om risker som dessa - och andra - eftersom den skotska regeringen fortsätter att trycka på för ett fullt deltagande i alla förhandlingar mellan den brittiska regeringen och EU.
"Trots den osäkerhet som Brexits hot orsakar kommer vi att fortsätta våra ansträngningar att skydda Skottlands samhällen och vårt rättssystems integritet, samtidigt som vi skyddar våra familjers, konsumenters och företags personliga och kommersiella intressen."
Justitieminister Michael Matheson är värd för ett experttoppmöte för att överväga hur Storbritanniens Brexit-omröstning skulle kunna påverka Skottlands rättssystem.