Elgan Varney, 33 år, anklagades för att ha våldtagit Hannah Stubbs, som var student vid Keele University i Staffordshire.
22-åringen tog livet av sig i sitt Stafford-hem i augusti 2015.
Domare John Fletcher friade Mr Varney, tidigare Newcastle-under-Lyme, från två våldtäkter och ett sexuellt överfall efter att CPS inte hade lagt fram några bevis mot honom.
Se fler berättelser från hela Stoke och Staffordshire här
Under förhandlingen i Stoke-on-Trent Crown Court sade åklagare Karim Khalil QC att beslutet att inte fortsätta åtalet hade fattats på "högsta nivå" av CPS.
CPS sade att fallet hade hållits under regelbunden granskning och åklagare var inte längre nöjda med att det fanns realistiska utsikter till fällande dom.
Försvarsadvokaten Ann Cotcher QC sa till domstolen att Mr Varney hade "borttagits från sina försök till utbildning" i Keele på grund av rättegången mot honom.
"Detta är ett påstående som går tillbaka till 2014", berättade Cotcher för den korta utfrågningen.
"Den tilltalade intervjuades, liksom den klagande, i mars 2015, för nästan exakt två år sedan."
Efter hearingen framförde Varney sina kondoleanser till Stubbs familj.
I ett uttalande som lästes upp av hans advokat Hollie Alcock sade Varney: "Detta är inte en tid av firande för mig - helt enkelt skulle jag aldrig ha anklagats och gått igenom denna fasansfulla prövning."
Han efterlyste också en lagändring för att ge anonymitet åt dem som åtalats för men inte dömts för sexuella brott.
I ett uttalande sade Ms Stubbs föräldrar Paul och Mandy Stubbs: "Vi vill inte att det som hände Hannah ska definiera hennes liv eller vårt minne av den snälla och kärleksfulla person hon var."
En utredning visade att hon hade tagit sitt eget liv efter posttraumatisk stress.
En talesman för universitetet sade: " Baserat på dagens resultat kommer vi att samtala med Mr Varney under de kommande veckorna.
"Som vanligt kommer alla sådana diskussioner att vara konfidentiella mellan universitetet och studenten."
En man frikändes för att ha våldtagit en elev som tog livet av sig medan detektiver undersökte fallet.