Tolvåringen rycktes av krokodilen medan han simmade med vänner i ett vattenhål i Kakadu nationalpark, i norra territoriet.
Rangers sade att ingen av de två krokodilerna verkade vara angriparen, och att sökandet skulle fortsätta.
En annan pojke skadades också av krokodilen, men lyckades fly.
Australiska polisen letade över natten efter krokodilen och den beslagtagna pojken.
De sade att två krokodiler, den ena som mäter 4,3 meter (14ft) och den andra 4,7 meter (15ft), hade blivit skjutna och undersökta under sitt sökande.
"Vi har sedan dess tittat på båda krokodiler och ingen av dem hade något i magen," Sergeant Stephen Constable sade.
"Vi kommer att fortsätta sökandet idag", tillade han.
Tjänstemän säger att besökare uppmanas att inte simma i Kakadus vattningshål på grund av risken för krokodilangrepp.
Saltvattenkrokodiler kan bli 7 meter långa och väga mer än ett ton. De är ett vanligt drag i Australiens tropiska norra del.
I augusti dödades en man av en krokodil när han simmade i en flod i norr under en födelsedagsfest.
Australiska polisen har skjutit två krokodiler döda i ett sökande efter en försvunnen 12-årig pojke attackerad av en krokodil på söndag.