Några av dessa invånare hade just återvänt till sina hem efter förra veckans utbrott.
Det senaste utbrottet var mindre kraftfullt, men sände en stor plym av mörkgrå rök och aska som steg upp från kratern.
Calbuco överraskade invånarna i Los Lagos förra veckan genom att bryta sig in i livet efter årtionden av inaktivitet.
National Geology and Mines Service utfärdade en röd varning efter torsdagens utbrott och varnade för att vulkanen förblev instabil.
På fredagen varnades invånarna för att kraftigt regn kunde blandas med aska och sten för att framkalla dödliga vulkaniska lerflöden.
Dessa "laharer" kan glida ner vulkaner som laviner.
BBC: s Gideon Long i Santiago säger att medan askan förra veckan blåstes i nordostlig riktning, denna gång driver den sydost över staden Cochamo.
Staden är täckt i ett moln av rök och aska.
Calbuco är en av de mest aktiva vulkanerna i Chile, efter att ha brutit ut 1961 och 1972, och många gånger tidigare.
Förra veckans utbrott orsakade inställda flygningar till och inom Chile, och tvingade jordbrukare i området att evakuera sin boskap.
Den chilenska vulkanen Calbuco har brutit ut för tredje gången på åtta dagar, vilket har lett till att regeringen beordrat evakuering av 2.500 personer.