Filmen, Caste på Menu Card, var den enda film bland de 35 som sändes till Indiens informations- och sändningsministerium för att vägras klarering.
Festivalregissören Manoj Mathews berättade för BBC Hindi att han var "förtvivlad och besviken" av beslutet.
Ministeriets tjänstemän sade att de "inte fick tillräcklig information".
Mathews sade: "Det fanns dokumentärer på denna plattform som behandlade mer kontroversiella frågor än detta och vi har inte haft några problem."
Dokumentären filmades av fem studenter från Tata Institute of Social Sciences.
– Dokumentären handlar om hur kast fungerar inom köttindustrin. Hur det är en utkomstfråga för arbetare i branschen. Vi talar om social utslagning, vi talar om kast," Atul Anand, en av studenterna som gjorde dokumentären, berättade BBC Hindi.
"Vi är chockade och upprörda. Vi gjorde denna dokumentär mellan augusti och september 2014, innan nötkött förbjöds i Maharashtra.
"Vi tog nästan tre månader att göra denna dokumentär och det startades av en rad på vårt campus 2014 efter att några studenter krävde att nötkött och fläsk skulle förbjudas," Mr Anand sade.
Mathews berättade för tidningen Indian Express att informations- och radio- och TV-tjänstemän hade sagt till honom att "på grund av den rådande politiska situationen i fråga om nötköttsförbudet har de inte beviljat undantag för just denna dokumentär".
Ministeriets tjänstemän berättade dock för tidningen att de inte hade fått "tillräcklig information" om filmen och var villiga att ompröva beslutet om de fick den information som krävdes.
I en annan händelse visade rapporter från den nordindiska staten Haryana att en redaktör för en statlig publikation blev avskedad på grund av en artikel som sade att nötkött var näringsrikt.
En dokumentär om matvanor för nötkött i Indien har dragits tillbaka från en filmfestival i Delhi av "tekniska" skäl, har dess organisatörer sagt.