Våld bröt ut i utkanten av Jerusalems gamla stad och över den ockuperade Västbanken efter slutet av muslimska fredagsböner.
Två palestinier rapporterades ha dödats av trupper - en påstådd angripare på Västbanken, den andra i Gaza.
Spänningen kvarstår trots slutet av en stand-off på den heliga platsen.
Palestinierna återvände till kullen platsen känd för muslimer som Haram al-Sharif och judar som Temple Mount på torsdag efter Islamiska myndigheter lyfte en två veckor bojkott kallas i protest vid nya israeliska säkerhetsåtgärder där.
Israel avlägsnade hela säkerhetsapparaten efter intensiva påtryckningar för att desarmera krisen efter dagar av dödliga sammandrabbningar.
Åtgärderna, inklusive metalldetektorer, säkerhetskameror och annan infrastruktur, infördes efter att två israeliska poliser sköts ihjäl av tre israeliska araber som Israel sade hade smugglat in sina vapen på platsen.
Trots rörelserna bröt sig samman i och runt lägret på torsdag kväll, och 136 palestinier skadades, sade palestinska sjukvårdare.
Det hade funnits fruktan för ytterligare våld, när tillbedjare samlades i östra Jerusalem på fredagsmorgonen. Israelisk polis hindrade palestinska män under 50 år från att komma in i Gamla stan, platsen för den heliga föreningen, vilket begränsade tusentals palestinier att be på gatorna utanför.
Begränsningen används ibland under perioder av spänningar för att försöka förhindra våldsamma protester inne i anläggningen.
Medan de flesta folkmassor skingrades fredligt, bröt korta samman i Wadi Joz-distriktet, nära Gamla stan.
På kvällen upphävdes alla restriktioner och palestinier i alla åldrar tilläts in i moskéområdet, sade israeliska och palestinska källor.
Våld bröt också ut på Västbanken i städerna Qalqilya, Nablus, Hebron, Tulkarm, Ramallah och utkanten av Betlehem. Trupper avfyrade tårgas och gummikulor när hundratals demonstranter kastade stenar, sade lokala medier. Många palestinier skadades, enligt palestinska medicinska källor.
Den israeliska militären sade att trupper sköt ihjäl en palestinsk beväpnad med en kniv när han sprang mot soldater vid Gush Etzion korsningen, en rondell utanför ett judiskt bosättningsblock, omkring 10 kilometer söder om Betlehem.
Men den palestinska nyhetsbyrån Maan citerade ett namnlöst ögonvittne som sade att mannen var obeväpnad när han sköts från 20 meters avstånd.
I Gaza sköts en 16-årig palestinier ihjäl av israeliska trupper mitt i sammandrabbningar nära gränsen mot Israel, sade den hälsovårdsministerium som drevs av enklavens Hamas-härskare.
Sedan krisen trappades upp efter mordet på de två poliserna den 14 juli har minst fem palestinier dödats i sammandrabbningar och tre israeliska civila knivhöggs till döds av en palestinier.
Skillnader över Temple Mount/Haram al-Sharif går till kärnan i den israelisk-palestinska konflikten och komplexet är en flampunkt för våld.
Judarna vördar den som platsen för två bibliska tempel och den heligaste platsen i judendomen. Det är också al-Aqsa moskéförening, den tredje heligaste platsen i Islam, där profeten Muhammed steg upp till Himlen, enligt islamisk tradition.
Palestinierna sade att Israels nya säkerhetsåtgärder rubbade det känsliga status quo, som Israel upprepade gånger har lovat att upprätthålla sedan ockupationen av området i kriget i Mellanöstern 1967.
Israel sade att palestinierna använde frågan som förevändning för att sprida fientlighet mot den judiska staten.
Israeliska styrkor och palestinier har kolliderat i östra Jerusalem, den ockuperade Västbanken och Gaza efter veckor av motsättningar över en helig plats i Jerusalem.