Skolan säger att regeln infördes för att respektera elever som är "känsliga för buller" men säger praxis också "minskar fidgeting".
Det är det senaste i serien av skolregler som har utsatts för kritik i australiska medier.
Hugs och Australien Day firande har ställts inför förbud på olika skolor runt om i landet.
Tidigare i veckan avvisade en all-girls skola en tidningsrapport som sade att dess lärare ombads sluta tala till elever som flickor, damer och kvinnor till förmån för ett könsneutralt språk.
Elanora Heights Public School, på Sydneys norra stränder, tillkännagav den icke-klappande politiken i sitt senaste nyhetsbrev.
"Om du har varit på en skolmöte nyligen, du kanske har märkt våra elever gör tyst jubel", sade det.
"I stället för att klappa, eleverna är fria att slå i luften, dra upphetsade ansikten och vicka runt på plats.
"Practice har antagits för att respektera medlemmar i vårt skolsamhälle som är känsliga för buller.
Det sades att lärarna skulle "förmana publiken att föra ett tyst jubel om det behövs" och att de hade funnit det vara "ett bra sätt att förbruka barns energi och minska fidgeting".
En skola i Sydney har förbjudit klappar till förmån för "tyst jubel", "upphetsade ansikten" och "punching the air".