Yorkshire Water sa att problemet upptäcktes vid vattenrening vid Tophill Low och Keldgate.
En talesman sade att frågan nu hade lösts, men det kunde ta flera timmar för vattenförsörjningen att återgå till det normala.
Postkoderna HU7 och HU8 påverkades särskilt av problemet, tillsammans med andra platser i staden.
Tiotusentals invånare kan påverkas, men den exakta siffran kommer inte att vara känd förrän en undersökning har genomförts.
Yorkshire Water sa: "Vi ber om ursäkt för den olägenhet som orsakades i morse och hoppas få frågan löst och vattenförsörjningen tillbaka till det normala i slutet av dagen."
Tusentals hus i Hull har lämnats utan vatten på grund av ett tekniskt fel.