Gruppen, en blandning av studenter och aktivister, arresterades medan de deltog i en protest för två veckor sedan mot en ny utbildningsproposition.
De ställs inför eventuella fängelsestraff för anklagelser, inklusive förolämpningar av statstjänstemän och vägran att sprida sig.
Video av protesterna som visade att människor blev inringade av polisen och slagna utlöste internationellt fördömande.
President Thein Sein från Myanmar (tidigare Burma) har försvarat officerarnas agerande och sagt till BBC att en liknande situation i många västländer kan ha slutat med skottlossning och död.
Förutom de 65 personer som står inför rätta i Lettpadan på onsdag har ytterligare fem åtalats i utevaron. Elva personer som frigavs mot borgen kommer att åtalas vid ett senare tillfälle.
Alla kan hamna i fängelse i upp till sex år.
BBC: s Jonah Fisher, vid hovet, säger släktingar och supportrar samlades utanför byggnaden med blommor, vatten och mat till fångarna. Riotpolisen var utplacerad för att hålla folkmassorna borta.
Vår korrespondent säger att även om det har skett reformer i Myanmar sedan slutet av det militära styret, visar fallet att dess lagar och rättssystem fortfarande är daterade och repressiva.
Studenterna började en protestmarsch från Mandalay till Yangon (även känd som Rangoon) i januari, i opposition mot ett lagförslag som centraliserar kontrollen över högre utbildning.
De krävde att mer makt skulle ges till universitet och högskolor, rätten att bilda studentkårer och undervisning på etniska minoritetsspråk.
Marschen var tekniskt olaglig eftersom den inte hade något officiellt godkännande.  De två sidorna hade varit i förhandlingar, och myndigheterna hade gått med på att låta eleverna fortsätta till Yangon.
Men eleverna blev förargade över polisens motstånd när de nådde Letpadan, 140 kilometer norr om Yangon, och sammandrabbningar bröt ut när de försökte bryta igenom polislinjerna.
Många elever och en del poliser skadades, medan mer än 100 personer arresterades.
Regeringen har aviserat en utredning om svar från säkerhetstjänsten, State Media Report. Unga burmeser har under årens lopp stått i förgrunden för flera protester i Myanmar, bland annat ett ökänt uppror 1988 mot den tidigare regerande juntan.
Sextiofem personer har framträtt i Myanmar för att åtalas för en studentprotest som slutade med våld.