Rojo rymde med ett gult kort från domare Craig Pawson för en tvåfotad lunga på Wilfried Zaha under Uniteds 2-1 seger på Crystal Palace på onsdag.
Den argentinska undvek också ett rött kort för en liknande utmaning på Everton midfielder Idrissa Gueye i 1-1 dragningen på Goodison Park den 4 december.
"Rojo spelar fenomenalt", sa Mourinho.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Palace chefen Alan Pardew beskrev Rojos tackling på Zaha som "farlig".
"Det är en annan tvåfotad tackling, jag tror att han gjorde en innan [mot Everton]. Han var lite lyckligt lottad att komma undan med det", tillade han.
Mourinho försvarade dock den tidigare Sporting Lisbon spelaren och tillade: "Han spelar riktigt bra - emotionell men mycket ren."
Före detta England strejker Alan Shearer, talar på Match of the Day, sade Rojo skulle ha skickats iväg för sin utmaning på f.d. United spelare Zaha.
"Vi såg det mot Everton och han kom undan med det. Du kan inte ta itu med det. Det skulle ha förändrat spelet helt, "tillade Shearer.
Onsdagens resultat lämnar United sjätte i Premier League tabellen, sex poäng bakom fjärde plats grannar Manchester City och 13 bakom ledare Chelsea.
United spelade back-to-back Premier League vinner för första gången sedan augusti som Zlatan Ibrahimovic slog sent att beröva kämpande Palace av en punkt.
Ibrahimovic, 35, har gjort nio Premier League mål sedan gå på en fri överföring från Paris St-Germain i juli.
Mourinho avslöjade efter palatset vinna att han har varnat Ibrahimovic att om han ville avsluta sin karriär med en semester, han bör hålla sig borta från England.
"Zlatan har passion och spelar så där. Personligheten är där, "tillade United bossen.
"Jag sa till honom att England inte är det bästa stället att åka på semester när du är en rik kille med en fenomenal karriär. Om du vill ha semester, kom inte till England.
"Du kommer om du vill bevisa dig själv, för att visa vad du kan göra. Hans beslut att komma var baserat på det och jag är mycket glad."
Manchester United försvarare Marcos Rojo är en "ren spelare med en aggressiv natur", säger chef Jose Mourinho.