Weston spelade 19 liga och cupmatcher för Chairboys förra säsongen efter undertecknandet från Southend i juni 2016.
Den 29-årige har gjort 327 karriär Football League framträdanden, har också spelat för Charlton, Brentford, Gillingham och Notts County.
Han är Ebbsfleet fjärde signering sedan vinna befordran från National League South förra säsongen.
Detaljer om Westons kontrakt har inte avslöjats.
National League sida Ebbsfleet har undertecknat Wycombe ytter Myles Weston på en fri överföring.