Memphis Depay satte besökarna framåt i första delen av deras Europa League sista-32 slips, men Pione Sisto och Paul Onuachu gav värdarna seger.
Van Gaal, redan utan 13 spelare, förlorade David de Gea under uppvärmningen och använde ett talesätt som betyder att allt som kan gå fel kommer att gå fel.
"Det är Murphys lag tror jag", sa holländaren till BT Sport.
"En massa saker händer i huvudet på spelarna och under de första 10 eller 15 minuterna var vi inte så bra."
Van Gaal kände att hans sida förbättrades när första halvan gick på och kunde ha gjort fler mål.
Men han tillade: " Under andra hälften vann vi inga dueller, inga andra bollar. Du har inte råd med ett andra mål, men vi kunde ha gjort mål också.
"Jesse Lingard hade två otroliga chanser."
I slutet av spelet gjorde United fans i MCH Arena klart att de inte var imponerade av sin sidas display.
Van Gaal accepterade den andra hälften prestanda var inte tillräckligt bra, men försvarade attityden hos hans spelare.
"Fansen kan kritisera", sa han. "De kan göra det för när du ser andra halvan, kanske de har rätt. Vi måste förbättra oss och då kommer fansen att stödja oss igen.
"Alla spelare vill prestera på ett utmärkt sätt. Det handlar inte om attityd. Vi vann inte de andra bollarna - det är min analys."
Uniteds nästa match ser dem ansikte League Ena sidan Shrewsbury i FA Cup femte omgången på måndag kväll på New Meadow, som vill undvika en upprörd och en tredje på varandra följande nederlag i alla tävlingar.
The Manchester Evening News krävde att Van Gaal omedelbart skulle avskedas i en artikel skriven av deras förenade reporter Stuart Mathieson.
"Jag skrev 'tillräckligt är tillräckligt' efter den dystra uppvisningen mot Southampton för mindre än en månad sedan att tro att det inte kunde bli värre och att det inte borde tillåtas," skrev han.
"Men så kom det här skämtet i Jylland."
Chefsfotbollsförfattaren för Times, Henry Winter, berättade för BBC Radio 5 live att föreställningen var förfärlig.
"Det är definitivt tick-tack tid," sade han.
"Pressboxen där är mycket nära där Manchester United maktmäklare satt. Det var bara en blick av fullständig chock och fasa i ansiktet på Ed Woodward, den verkställande vice ordföranden, som kommer att vara den person tillsammans med Glazers som tar beslutet. "
Före detta England kapten Alan Shearer berättade BBC Radio 5 live att United har varit "pretty hemskt att titta på" den här säsongen.
Han tillade: "De är inte särskilt bra, det är problemet - de har inte underhållit sina fans, som naturligtvis på den fotbollsklubben du måste göra och Van Gaal har inte.
– Bristen på ledarskap i det laget är alarmerande - jag vet att Rooney är där inne och han missade igår kväll men det finns inget skrikande och skrikande på andra lagkamrater att tala om för dem vad de ska göra.
"Med skadorna nu med De Gea dra ut i uppvärmningen igår kväll - Shrewsbury kommer att gnugga händerna tillsammans tror att de har en helvetes chans i FA Cup på måndag."
De Gea hoppade ut ur uppvärmningen med ett knäproblem, men Sergio Romero visade sig vara en skicklig vicesheriff - att göra flera fina räddningar.
Van Gaal kunde inte säga hur länge hans målvakt skulle vara ute.
Han sa: "Vi måste vänta på en skanning, då kanske vi kan säga mer men det var en stor överraskning."
Manchester United manager Louis van Gaal satte sin sidas 2-1 nederlag av FC Midtjylland ner till Murphys lag.