Den 40-åriga före detta Nya Zeeland spelare är för närvarande framåt tränare på Clermont Auvergne och han hade tidigare en liknande position på Leinster.
Gibbes kommer att arbeta under direktör för rugby Les Kiss, medan nuvarande huvudtränare Neil Doak framtid är oklar.
"Den respekt jag har för Les som tränare och person var en av mina främsta skäl för att fatta detta beslut," sade Gibbs.
Ulster är sjätte i Pro12 bordet och ut ur European Champions Cup i vad som har varit en till stor del nedslående säsong.
"Les sålde sin vision om var han vill ta Ulster under de närmaste åren", tillade Gibbes.
"Ulster är ett team som jag känner väl, efter att ha stött på dem vid ett antal tillfällen. Clermont-Ulster spel den här säsongen gav mig en inblick i styrkan i truppen och det är spännande att tro att jag kommer att vara en del av den miljön från nästa säsong. "
Gibbes, som gick Leinster 2008 och vann tre Heineken Cups under sin trollformel i Dublin, sade: "Med sex år på Leinster och tre på Clermont i Top 14, har jag fått många olika erfarenheter, arbetar med några mycket begåvade tränare och spelare.
"Jag hoppas kunna tillämpa det jag lärt mig på rollen hos Ulster och min familj och jag ser fram emot att integreras i en stark gemenskap i Belfast."
Han flyttade till Frankrike 2014 och var en del av en coaching uppsättning som guidade Clermont till Top 14 och Champions Cup finaler i sin debut säsong.
"Jonos CV talar för sig själv och jag vet att han ser fram emot att gå med Ulster och arbeta med laget", säger Kiss, 52.
"Sedan han gick i pension från att spela, har Jono haft en integrerad roll i coaching team av två av europeiska rugbys mest framgångsrika sidor.
"Jonos expertis som framåt coach är uppenbar, men hans rikedom av kunskap inom andra områden i spelet kommer att vara riktigt viktigt för oss."
"En översyn av coachingstrukturen pågår inför nästa säsong och utnämningen av Jono som huvudtränare är den första delen av den processen.
"En ytterligare tillkännagivande kommer att göras under de kommande veckorna, som kommer att fokusera på att få rätt balans i vårt coaching team."
Jono Gibbes ska bli huvudtränare på Pro12-sidan Ulster på ett tvåårigt avtal på sommaren.