Den 29-åriga världen nummer 21 tog den första matchen 12-10 efter en imponerande trick-shot mellan benen med poäng bundna på 10-10.
Men Egyptens 2014 US Open vinnare kantade andra och tredje matcher 11-9 och 12-10 innan vinna den fjärde 11-5.
Simpson hade slagit Egyptens Karim Ali Fathi i öppningsrundan.
"Spelade min första trick shot idag. Vill du veta hur jag gjorde det? Jag också.... " Simpson skrev på Twitter efter matchen.
Guernseys Chris Simpson har blivit knockad från US Open, trots att Mohamed El Shorbagy är världens främsta.