Waits slog Jeff Smith 7-1 i söndags finalen vid Lakeside.
38-åringen från Huddersfield hade en operation på ett rotatormanschettproblem i februari.
"Jag hade sex veckor utan att kasta en pil - det är smärtsamt i sig själv. Nu tar jag världstiteln hem igen," sa han till BBC Sport.
"Det är svårt att försöka komma tillbaka från en skada och försöka få dig själv att träna. Ibland, oavsett vad du gör, kommer din kropp inte att reagera med det."
Waites, som tillade sin tidigare Lakeside framgång från 2013, fortsatte: "Den här veckan har jag förberett mig för att spela i två timmar i en session och det är så svårt att göra. Min axel och min kropp var inte nöjda med det.
"Efter att jag spelat Glen Durrant [i kvartsfinalen på fredag] slutade det med att jag somnade halv åtta."
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Waites, som var den nionde fröet, är den åttonde mannen att vinna BDO titeln vid mer än ett tillfälle.
Han tävlade i en 5-0 ledning i finalen mot oseeded Canadian Smith, 40, och så småningom avslutade en bekväm seger.
"Det har inte riktigt sjunkit in ännu", sade Waites, som kommer att återvända till sitt jobb som snickare på tisdag.
"Jag kan inte fatta att det var över så snabbt. Jag lurade mig själv för att det var en riktigt tuff match och Jeff, även om han pressade mig lite, inte tog sina möjligheter.
"Jag tog mina chanser när jag fick dem och jag tog set."
Scott Wayes var glad att få en andra BDO världstitel, erkänna att det verkade "en miljon miles away" efter axelkirurgi förra året.