I rondellen, som såg mer än 80 kollisioner och 90 personer skadades under 2012-14, ersattes med tvåvägstrafik på söndagen.
Transport för London (TfL) sade trängsel berodde på "trafik att vänja sig vid den nya layouten".
"Det är en mycket upptagen korsning och det kommer alltid att vara", sade en talesman.
Återinförandet av tvåvägstrafik vid korsningen för första gången på 50 år var en "nyckel milstolpe" i £ 25m omvandlingen på Elephant och Castle, TfL sade.
Förutom den nya väglayouten har även vänstersvängar från Newington Causeway mot New Kent Road och högersvängar från New Kent Road till Newington Causeway förbjudits.
Men trafikanterna tog sig till Twitter för att klaga på sin måndag morgon pendla.
"Det är 8 på morgonen och kön för den nya #elefantandcastle korsningen börjar någonstans söder om Camberwell. tillåter extra 1h 4 resa (eller gå!)", en Twitter-användare publicerad.
"Skräck fasa! Alla närmar sig Elephant och Castle värre än någonsin. Endast TfL kunde spendera miljoner och miljoner för att göra något värre!" Tweeted @tango97.
Andy Woodward twittrade: "Delays runt Elephant och Castle ännu värre idag. Om detta var röret skulle det finnas skrik. Pendeln använder också bussar!"
Väganvändare hade informerats om trafikförändringar med en nedräkning till trafikbrytaren och rådgivare och polis var på plats för att hjälpa till att hålla trafiken i rörelse, sade TfL talesman.
En talesman för London TravelWatch sa: "Det är tidiga dagar - vi måste vänta och se hur det går."
TfL planerar att omvandla det utrymme som skapats genom att ta bort rondellen till ett nytt offentligt område.
Det kommer att ersätta tunnelbanan med nya fotgängare korsningar, skapa nya cykelvägar och införa en 20mph hastighetsbegränsning, TfL sade.
Borttagandet av Elephant och Castles rondell har orsakat kaos för pendlare, med bilister som klagar över köer på mer än en timme.