Polisen kallades till området runt 20:30 BST på torsdag och barnet förklarades död på platsen.
Hälso- och säkerhetsstyrelsen (HSENI) undersöker dödsorsaken, som anses ha omfattat jordbruksmaskiner.
Pojkens död var det första barnet på en gård i Nordirland i nästan tre år, sade HSENI.
År 2016 inträffade sju dödsfall på Nordirlands jordbruk och sex av dem året innan, tillade man.
Det sista barnet som dog på en gård var i juni 2014, då en pojke dog i en tankolycka i närheten av Dunloy, County Antrim.
DUP-ledaren Arlene Foster sa att nyheterna hade chockat det tätt sammansvetsade lantbruket i Fermanagh.
Ulster Unionist MP Tom Elliott sa att samhället skulle samlas runt "mycket nära" familjen.
"Familjen har förlorat en son, ett barnbarn och en bror och det är något jag är säker på att de kommer att finna mycket, mycket svårt att komma till rätta med", sade han.
Tidigare Sinn FÃ©in jordbruksminister Michelle Gildernew sade samhället Maguiresbridge var "devastated".
Methodist Church i Maguiresbridge håller en särskild tjänst klockan 19:00 BST, inbjuder människor att komma tillsammans och att be för familjen.
En fyraårig pojke har dött i en incident på en gård i Maguiresbridge, County Fermanagh.