Stuart Coffey, 44, överförde kontanter från Bracebridge Heath Medical Practice till sitt eget konto mellan 2008 och 2013.
Lincoln Crown Court hörde att han stal så mycket pengar att operationen hamnade i hyresskulder på 37 000 pund.
Coffey från Bede Close, Quarrington, erkände sig skyldig till en enda källa till bedrägeri.
Bedrägeriet upptäcktes när Coffey lämnade praktiken och personalen upptäckte att hyran inte hade betalats och andra fakturor var utestående.
Åklagare Jonathon Dee sa att en granskning av konton som hittades "pretty mycket konsekvent under fem år den tilltalade hade stulit från praktiken".
Domaren, Recorder Stuart Sprawson, sade: " Detta var avsiktligt. Det var klart planerat."
Coffeys advokat Mark Harries sa att hans klient var "förfärad och äcklad av sig själv".
Han sa att han hade börjat ta pengarna efter att ha kämpat för att få bolån.
Denise Black, den nuvarande verksamhetschefen vid operationen, sade stölden hade en "betydande inverkan" på praktiken men det var "arbeta hårt för att hantera effekterna".
En före detta GP praktik chef som stal nästan £ 250.000 från operationen han lyckades har fängslats i två år och åtta månader.