EDF:s chef Jean-Bernaard Levy anslöt sig till tjänstemän från Storbritannien, Frankrike och Kina vid ceremonin bakom stängda dörrar i London på torsdag.
Tidigare denna månad, regeringen gav klartecken för anläggningen som kommer att driva nästan sex miljoner bostäder.
Det kommer att bli Storbritanniens första nya kärnkraftverk i en generation.
Mötet var ett andra försök att slutföra avtalet efter det att premiärminister Theresa May oväntat meddelade i juli att hon ville ha tid att granska det.
Med hennes godkännande nu beviljat och de uppdaterade kontrakten, ägde det formella undertecknandet rum vid en ceremoni i närvaro av näringsminister Greg Clark och fransk utrikesminister Jean-Marc Ayrault.
Kinas National Energy Administration direktör, Nur Bekri, och ordföranden för det kinesiska företaget CGN, He Yu, deltog också.
Charles Clark sade att undertecknandet av avtalet var ett "väsentligt ögonblick" och att Hinkley spelade "en viktig roll för att säkerställa vår framtida energitrygghet med låga koldioxidutsläpp".
Ayrault sade att han var nöjd med att den brittiska regeringen hade beslutat att fortsätta med projektet.
Q&A: Vad är Hinkley Point och varför är det viktigt?
Hur mycket skulle Hinkley C kosta räkningsbetalarna?
Vad får Kina ut av Hinkley?
Dussintals kontrakt som löper till tusentals sidor för det enorma projektet i Somerset tros ha förberetts inför evenemanget.
Nyckeldokumentet är avtalet om skillnad, eller CfD, som ger ett garanterat pris för elen som Hinkley kommer att generera i 35 år.
I gengäld kommer EDF, tillsammans med CGN, att finansiera projektet och ta risken för eventuella förseningar.
Kritiker säger att det garanterade "strikepriset" - vilket är mer än dubbelt så mycket som den nuvarande grossistkostnaden för el - kommer att ge ett oförväntat resultat för EDF i årtionden framöver.
Den formella klartecken för Hinkley också cement Kinas fotfäste i Storbritanniens kärnkraftsindustri.
Den senaste regeringen undertecknade en rad samarbetsavtal om civil kärnkraft med Peking som öppnade den brittiska marknaden för kinesiska företag.
CGN betalar ungefär en tredjedel av Hinkleys kostnad. Enligt avtalet med EDF kommer företaget också att ha en andel i en ny anläggning i Sizewell i Suffolk.
Kineserna kommer då att tillåtas att utveckla sin egen reaktorteknik på Bradwell i Essex, under förutsättning att planering och regulatoriska godkännanden.
Regeringen förväntas nu publicera några av de nyckeldokument som är kopplade till affären. Dessa kommer att omfatta avtalet om skillnad och det avtal om avfallsöverföring som omfattar kärnavfall som genereras av anläggningen.
Efter många förseningar gick EDF:s styrelse med på att fortsätta med det kontroversiella projektet redan i juli.
Men bara några veckor efter det att premiärminister Theresa May hade tillträtt, beställde han en översyn av avtalet, vilket ledde till frågor om Storbritanniens öppenhet för utländska investeringar.
Hennes regering gav sitt godkännande för två veckor sedan på villkor att det kunde hindra EDF från att sälja sin kontrollerande andel innan projektet slutfördes.
EDF:s styrelse godkände de nya villkoren på tisdagen och banade väg för det formella undertecknandet av avtalet.
Du kan följa John på Twitter på @JohnMoylanBBC
Regeringen och den franska energijätten EDF har undertecknat nyckelkontraktet för det nya Hinkley Point C kärnkraftverket.