Utredningen leds av det komplexa ärendeteamet inom kommandot för sexuella övergrepp, utnyttjande och övergrepp mot barn.
Kids Company sade att det inte var medveten om arten av några anklagelser och dess prioritet var säkerheten för sina kunder.
Polisen vill att alla med information eller oro ska kontakta dem eller NSPCC.
Polisens utredningsgrupp kan kontaktas på 0208 217 6538, medan NSPCC:s hjälplinjenummer är 0808 800 5000.
Kids Company drivs av Camila Batmanghelidjh.
Välgörenheten ger praktiskt, känslomässigt och pedagogiskt stöd till några av de mest eftersatta och sårbara barnen i innerstaden.
I ett uttalande Kids Company sade sin "första prioritet är säkerhet och trygghet för alla barn, ungdomar och vuxna vi stöder och skyddar".
Det tillade: "Organisationen bedriver robusta policyer och rutiner som säkerställer att alla Kids Companys kunder skyddas och att personalen alltid arbetar säkert med kunderna.
"Kids Companys riktlinjer och förfaranden granskas externt regelbundet av en expertkonsult och styrs av en riskunderkommitté bestående av seniora kliniker och representanter från styrelsen.
"Alla anklagelser om tjänstefel mellan Kids Companys anställda och klienter rapporteras omedelbart till polisen om så krävs."
Tidigare denna månad ställdes välgörenheten inför frågor om hur den drevs och om den statliga finansieringen skulle fortsätta.
En utredning av ett antal anklagelser om brott som involverar barn välgörenhet Kids Company har inletts av Metropolitan Police, BBC har lärt sig.