Den 22-åriga Algeriet international flyttade till den tyska sidan på en säsong lång lån i augusti och har gjort 20 Bundesliga framträdanden.
Han har kommit överens om ett fyraårigt avtal med Gelsenkirchen laget, även om ingen klubb har avslöjat detaljer om någon avgift.
Bentaleb hade gjort 66 framträdanden för Spurs sedan han började som tonåring.
Tottenham Hotspur Midfielder Nabil Bentaleb kommer att ansluta sig till Schalke på en permanent affär i slutet av hans låneförtrollning i sommar.