Leverantören av teknik och administrativa tjänster, som sysselsätter 300 personer i Nordirland, har vunnit ett statligt kontrakt värt 500 000 pund.
Systemet är utformat för att hjälpa till med inspelning, planering och schemaläggning av personal.
Passportkontoret har 2 500 anställda som arbetar på 37 orter i Storbritannien.
Plattformen kommer inledningsvis att användas i Glasgow och sedan rullas ut till de sex andra passkontoren i hela Storbritannien.
Equiniti säkrade affären genom regeringens G-Cloud upphandling ram.
Nigel Farr, en av företagets direktörer, sade: "Arbetsmönster har förändrats dramatiskt under det senaste årtiondet och mycket färre företag driver de stereotypa nio till fem timmarna."
"Att ha ett tids- och närvarosystem som är molnbaserat blir allt viktigare för att rymma allt från flexibelt arbete eller distansarbete till jobbdelning och hot-desking över olika platser", tillade han.
"Her Majesty's Passport Office har ökat sin flexibilitet och förmåga att reagera på extrema externa påtryckningar som har en direkt inverkan på dess personalbehov."
Belfast-baserat företag Equiniti har valts ut för att tillhandahålla ett molnbaserat system för Passport Office.