Joe Root, Alex Hales, Moeen Ali och Mark Wood återvänder också för slipsen med Pakistan på Old Trafford den 7 September efter att ha missat Sri Lanka i juli.
Liam Dawson, Chris Woakes, James Vince och Dawid Malan missar allt.
Men den snabba T20-specialisten Tymal Mills behåller sin plats.
Stokes missade slipsen mot Sri Lanka, som England vann med åtta wickets, men har räknat i den pågående fem-match ODI-serien, där de har slagit Pakistan i de första tre fixturer.
England imponerade på Trent Bridge på tisdag, poäng en internationell ODI rekord 444-3.
Hales gjorde 171 i den matchen, den högsta poängen av en England fladdermöss i begränsad overs cricket, medan Root tillade 85 - hans femte på varandra följande ODI halv-talet.
Liam Dawson tog 3-27 på debut mot Sri Lanka, men missar som Test spinner Ali återvänder, medan Malan hoppar ur truppen utan att göra sin debut.
Nationalväljare, James Whitaker, sade: " Det är utmärkt att se vilka framsteg vi gör i vit boll cricket över båda formaten.
"Det är ett bevis på det utmärkta arbete som vårdas i länsstrukturen och genom England Lions, att det finns ett djup av kvalitet som driver kärnan i den nuvarande gruppen."
England Twenty20-truppen: Eoin Morgan (Middlesex), Moeen Ali (Worcestershire), Sam Billings (Kent), Jos Buttler (Lancashire), Alex Hales (Nottinghamshire), Chris Jordan (Sussex), Tymal Mills (Sussex), Liam Plunkett (Yorkshire), Adil Rashid (Yorkshire), Joe Root (Yorkshire), Jason Roy (Surrey), Ben Stokes (Durham), David Willey (Yorkshire), Mark Wood (Durham)
Ben Stokes har återvänt till England Twenty20-truppen för första gången sedan han blev slagen för fyra sexor i finalen av World T20, när Västindien slog England.