Händelsen inträffade i Unst hamn omkring 06:50. Det fanns inga passagerare ombord, bara fyra besättningsmedlemmar och ingen skadades.
Det fanns ingen förlust av bränsle från fartyget.
Färjan är för närvarande jämsides med Unst med brandkåren som pumpar ut vatten som togs ombord under olyckan.
Shetlands kustbevakning kallades ut efter att färjan träffade klippor på väg från Yell till Unst.