Jonathan Forte slog inlägget för besökarna, som är sex poäng över de nedersta fyra, innan Tareiq Holmes-Dennis skickade en insats bred.
Joel Coleman räddade en David Worrall skjuten i andra änden.
Main avfyrades hem efter timtalet när han låste in sig på Fortes pass för att försegla segern för Latics.
Oldham har en stor kudde ovanför League One nedflyttning platser med tre spel kvar att spela, medan Southend förblir på 13: e plats.
Oldham Athletic ökade sina förhoppningar om League One överlevnad som Curtis Mains andra hälften mål förseglade en viktig tre punkter mot Southend United.