Andrew Bedford, 27 år, från Huntingdon i Cambridgeshire, sågs senast i september 1990.
Officerare öppnade utredningen igen i april och upptäckte människoben på land utanför Stocking Fen Road i Ramsey.
En 64-årig man från Ramsey har gripits.
Mr Bedford sågs senast på kvällen den 28 september på Factory Bank, utanför Great Whyte, Ramsey.
Tre personer greps i samband med hans försvinnande men ingen åtalades.
I april öppnade Cambridgeshire-polisen utredningen som en mordutredning och sa att de trodde att han hade blivit skjuten.
Detektiver tror att Mr Bedford dödades med ett hagelgevär någon gång under kvällen den 28 september i ett garage som heter Mongrel Cars, som inte längre existerar, i Ramsey.
De började söka mark i staden i april.
Ben "i överensstämmelse med att vara människa" hittades av brottsplatser, rättsmedicinska forskare och detektiver under 13-dagars operationen.
Det Ch Insp Martin Brunning, som leder mordutredningen, sade: " Benen upptäcktes under en noggrann genomsökning av det område som vi hade identifierat som intressant.
"En expert på rättsmedicinsk antropologi har hjälpt utredningen och benen kommer nu att bli föremål för DNA-test och mycket mer påträngande rättsmedicinsk analys."
Mr Bedford sågs senast äta en hämtmat i en ljusblå Ford Cortina bil.
Han bar overall, en khaki hoppare, jeans och tränare. Han beskrevs som 5ft 8in (1,72m), medelstor byggnad med musigt blont, lockigt, axellångt hår och hade ett antal tatueringar.
Brunning sade att han var "säker" lokalbefolkningen hade ytterligare information som skulle hjälpa "att föra resolution till Andrews familj".
En man har gripits misstänkt för sammansvärjning efter att människoben hittades av utredare som utreder en mans död för 25 år sedan.