West Yorkshire brandkår sa att hälften av Freeston Academy i Normanton, nära Wakefield, låg i brand vid ett tillfälle och lämnade byggnaden svårt skadad.
Mer än 50 brandmän deltog efter larmet höjdes 09:10 BST. Branden kom under kontroll vid tolvtiden.
Brandkåren sa att det inte fanns några skador och eleverna var opåverkade.
Lokalbefolkningen uppmanades att hålla fönstren stängda och hålla sig inomhus vid brandens höjd.
Ian Bitcon, områdeschef för brandkåren, sa att branden var i taket på skolan som var "svårt att ta itu med på grund av tillgång".
Han sade: " Vi har varit mycket lyckligt lottade över att skolan är obebodd och att det har funnits en mycket god vattenförsörjning.
"Vi verkar ha fått det knäckt nu."
En person som ringde till Radio Leeds sade: " Jag var på väg hem när jag såg denna massiva rök och lågor.
"De vände oss alla bort och stoppade oss alla att gå uppför gatan.
"Det finns massor av barn här som väntar på sina GCSE resultat och de kommer alla bort i tårar."
Eleverna på skolan leddes senare till idrottshallen för att samla in sina provresultat.
En kvinna vars dotter hade varit att samla sina examensresultat på skolan sade: "Det har varit en galen dag".
Hon sade till BBC Radio Leeds: " Det har varit en känslomässig berg- och dalbana. Först går du upp och väntar på att komma in och plocka upp resultaten.
"Men sen hörde jag att skolan brann. Det har bara varit ett totalt drama."
I ett uttalande sade skolan: "Vår främsta prioritet var säkerheten för vår personal, studenter och entreprenörer som arbetar på plats, och att se till att vårt år 11 elever kunde samla in sina GCSE-resultat.
"Efter råd från brandkåren kunde alla elever samla in sina GCSE-resultat utanför sporthallen.
"All personal på platsen var redovisad och ingen skadades i branden."
En stor brand bröt ut en skola när eleverna samlades för att samla in sina GCSE-resultat.