Inspektörer i slakterier brukade kunna skära upp slaktkroppar av gris för att kontrollera tecken på sjukdom.
Men enligt nya europeiska bestämmelser, som stöds av den brittiska myndigheten för livsmedelsstandarder (FSA), måste de förlita sig enbart på visuella kontroller.
FSA säger att det nya systemet undviker risken för att skadliga bakterier sprids.
Omkring åtta miljoner grisar om året slaktas för kött i Förenade kungariket.
Ron Spellman, en brittisk köttinspektör med 30 års erfarenhet, säger de nya reglerna, som trädde i kraft den 1 juni, riskerar sjuka delar av djur som inte upptäcks.
Lyssna på Allan Urrys rapport om Arkiv på fyra på BBC Radio 4 klockan 20:00 BST tisdagen den 17 juni, eller ta igen på BBC iPlayer
Thomas Spellman, som är generaldirektör för den europeiska arbetsgruppen för livsmedelsinspektörer och konsumentskydd (EWFC), som företräder köttinspektörer i hela EU, sade: " Förra året vet vi att det fanns minst 37 000 svin med abscesser eller tuberkulosskador i lymfkörtlarna i huvudet. De kommer inte att skäras nu.
"Det finns inget sätt att se de små abscesserna, små tuberkulosskador utan att skära av lymfkörtlarna."
Kött från svin, som återvinns av specialiserade delar av urbeningsanläggningar och som går till pajer, korvar och andra bearbetade livsmedel.
De nya förordningarna har utarbetats av Europeiska myndigheten för livsmedelssäkerhet, en myndighet som finansieras av EU, men de bygger på vetenskapliga utlåtanden från FSA.
FSA: s chefsofficer Andrew Rhodes berättade för BBC det var bättre att ha en hands-off system med hjälp av visuella kontroller för att minska korskontaminering, eftersom buggar som E. coli och campylobacter orsakar forskare mer oro.
Han sade: "Riskerna för konsumenterna är i allt högre grad mikrobiologiska och patogena faror och det är vad vi måste kontrollera.
"Vi kan inte helt enkelt bortse från de risker som uppstår genom beröring, styckning och hantering av produkter som senare kommer att gå vidare för att tillagas och ätas, vi måste göra detta på rätt sätt."
Men FSA:s stöd för de nya åtgärderna strider mot många av deras egen personal, de 1100 köttinspektörer som kontrollerar säkerhetsnormerna i Storbritanniens 350 slakterier och i köttstyckningsanläggningar som bearbetar slaktkroppar.
Vissa inom slaktindustrin motsätter sig också förändringarna.
Kevin Burrows, C och K Meats, äger ett slakteri i Suffolk vars huvudsakliga verksamhet är fläsk.
Han ser den nya hands-off-metoden som "ett steg bakåt" och säger att hans kunder på asiatiska marknader fortfarande insisterar på att deras fläsk kontrolleras på det gamla sättet, vilket FSA har gått med på att tillåta honom att göra.
Men han säger: " Varför bör en exporterad produkt granskas högre än en brittisk produkt? Vi kommer att få ett tvåstegssystem."
Skuggmats- och jordbruksminister Huw Irranca-Davies har efterlyst ett brådskande möte med FSA.
Han säger att han inte är övertygad om den vetenskap han har sett i frågan och är orolig för att de nya reglerna kan skada Storbritanniens export, som bygger på ett rykte om hög välfärd och kötthygien.
Irranca-Davies sade: "Vi vill se absoluta kategoriska försäkringar om att detta inte äventyrar konsumentskyddet och vi är inte lugnade ännu, för trots det arbete som FSA har gjort under några år nu för att titta på denna fråga, är det som de har lagt fram för oss inte ett övertygande argument för en förändring av det sätt på vilket detta fungerar."
En talesman för ministeriet för miljö, livsmedel och landsbygdsfrågor (Defra) sade: " Förändringarna i köttbesiktningarna kommer att innebära mindre styckning och hantering av slaktkroppar och slaktbiprodukter, vilket minskar risken för att skadliga bakterier sprids till köttet.
"Pigs kommer att fortsätta att inspekteras för skador av en veterinär och igen efter slakt av en köttinspektör.
"Alla svin för export kommer att inspekteras med hjälp av de metoder som överenskommits med de marknader vi exporterar till."
Mer sjukt kött kan hamna i korvar och pajer på grund av förändringar i säkerhetskontrollerna i slakterierna, har hygieninspektörer varnat.