Graderna är en del av Storbritanniens strategi för cybersäkerhet som publicerades 2011.
I strategin erkändes att utbildning var avgörande för att förbättra försvaret mot hackare och bedrägerier på nätet.
Minister Francis Maude sade internet cyber säkerhet var en "särskild del" av regeringens långsiktiga plan för den brittiska ekonomin.
Han sa att kurserna skulle bidra till att göra "Storbritannien till en av de säkraste platserna i världen att göra affärer på nätet".
Han sa: "Genom GCHQ:s utmärkta arbete, i samarbete med andra statliga departement, den privata sektorn och den akademiska världen, kan vi bekämpa hot och se till att vi tillsammans blir starkare och mer medvetna."
Förenade kungarikets universitet uppmanades att lämna in sina masterkurser för certifiering.
Universiteten som nu driver GCHQ-godkända program inom cybersäkerhet är Edinburgh Napier University, Lancaster University, University of Oxford och Royal Holloway, University of London.
GCHQ har också gett preliminär ackreditering till Cranfield Universitys cyberförsvars- och informationssäkringskurs samt till University of Surreys informationssäkerhetskurs.
En talesman för GCHQ sade universiteten "bedömdes för att ge väldefinierad och lämpligt innehåll, levereras till högsta standard".
Intelligence Agency GCHQ har ackrediterat sex brittiska universitet för att lära ut specialiserade masterkurser till framtida internetsäkerhetsexperter.