Chefer och lärare har klagat på att problemen med finansiering brist - med varningar de kan behöva minska skoltiden.
Ministerns svar visar att 5 % av fullmäktigeskolorna har budgetunderskott.
Lib Dem ledare Tim Farron sade att finansieringsluckor hade blivit en "nationell skandal".
"Över 1000 skolor är i rött. Detta borde vara oroande för alla föräldrar", sade Farron.
Hans parti hade frågat ministrarna hur många skolor och akademitruster, som driver skolkedjor, som var skuldsatta.
Skolorna har fått allt fler varningar om problem med finansieringen.
Cheferna för varje statlig skola i West Sussex skickade nyligen ett brev till Downing Street, där de varnade för att de skulle behöva överväga att förkorta skoltiderna eller göra lärare överflödiga om de inte fick nödfinansiering.
De varnade för att skolorna stod inför en "dålig ekonomisk ställning".
I en debatt den här veckan om skolfinansiering i West Sussex stödde parlamentsledamöter sin oro.
Sir Nicholas Soames, konservativ MP för Mid-Sussex, sade finansiering arrangemang var "otillfredsställande och orättvis" och budgetbrist skulle ha en "skadlig effekt" på skolor.
Tim Loughton, konservativ parlamentsledamot för East Worthing, sade att det fanns "inget kvar i tanken" för många skolor och att rektorer berättade för honom att skolans ekonomi var på "brytande punkt".
Huvudlärare säger att budgetarna inte har hållit jämna steg med de stigande kostnaderna.
Det finns också särskilda regionala brister, och regeringen skjuter upp planerna på att införa en nationell finansieringsformel som syftar till att ta itu med lokala avvikelser i finansieringsnivåer.
Utbildningsminister Nick Gibbs svar på frågan om skolor i skuld visade att det under 2014-15 fanns 113 akademiska truster med ett intäktsunderskott, vilket motsvarar 4% av truster.
Det fanns 944 kommunala skolor med underskott, vilket motsvarar 5,3 % av dessa skolor.
National Association of Head Teachers sa att problem med skolans finansiering var "mycket allvarliga".
En talesman sade att en undersökning visade att två tredjedelar av skolorna "droppar in i reserver för att avvärja underskott" - och det fanns farhågor för att stigande kostnader skulle göra detta värre.
"Jag oroar mig för att skolorna för att få sina budgetar i ordning för att betala sin skuld, de kommer att behöva titta på nedskärningar personal, som står för 80% av skolans utgifter," sade Farron.
"Det kommer att finnas mindre fritidsaktiviteter, IT-utrustning eller till och med böcker eftersom kontanter lockas att betala skulden."
Kevin Courtney, generalsekreterare i National Union of Teachers, uppmanade regeringen att tillhandahålla "omedelbar tilläggsfinansiering".
"Skolbudgetar skärs ner till benet, och många fler kan hamna i skuld när finansieringskrisen förvärras.
"Vi uppskattar att 92 % av skolorna i England skulle kunna ställas inför verkliga budgetnedskärningar under de kommande fyra åren."
Men avdelningen för undervisningstaleman sade: " Alla akademier måste balansera sin budget från varje akademiskt räkenskapsår till nästa.
"Vi fortsätter att övervaka det lilla antal truster som rapporterade ett underskott i slutet av läsåret 2014-15."
Nästan 1.000 kommunala skolor och mer än 100 akademier i England är nu skuldsatta, ministrar har avslöjat i ett svar på en parlamentsfråga.