Husmästare, som ansvarar för bostadshus vid universitetet, kommer att bli kända som "fakultetsdekaner".
Harvard Law School beslutar också om man skall ändra sitt officiella sigill, på grund av kopplingar till slaveriet.
USA:s campus har utsatts för en rad protester mot anklagelser om rasism.
Harvard har inte gått med på att användningen av "mästare" representerade en länk till slaveriet, men det har accepterat kampanjarbetarnas krav på namnbyte.
Det kommer att innebära att man ändrar tjänstetitlarna för 24 anställda - men kommer inte att påverka andra användningsområden för "master", såsom en magisterexamen.
Harvard akademiker säger att ordet "mästare" härrör från den latinska termen "magister" - en form av adress för forskare eller lärare. Det liknar termer som "skolmästare" eller "huvudmästare".
Men demonstranterna har hävdat att vad dess ursprungliga härledning än är, så har ordet nu bibetydelser om slaveri.
Studentkampanjen kräver också en förändring i Harvard Law Schools officiella sigill, med en sit-in hålls denna vecka.
Sigillet omfattar vapenskölden av 18th Century college donator Isaac Royall, som såväl som etablerar högskolans första professur i juridik, var en notoriskt brutal slavägare.
Isaac Royall, vars pengar hjälpte till att förse universitetet, har anklagats för att bränna slavar levande.
Ett beslut om att byta sigill förväntas fattas inom kort.
Tvister om ras och identitet har påverkat många amerikanska campus.
Carol Christ, chef för Centrum för studier i högre utbildning, University of California, Berkeley, har sagt att "symboliska strider alltid handlar om verkliga och aktuella politiska frågor" och ras och mångfald förblir stora campus frågor.
"Race är så traumatisk och central en fråga i amerikansk kultur," sade Dr Christ.
Förra månaden accepterade Amherst College, i Massachusetts, studenternas krav på att släppa banden med sin informella maskot, Jeffery Amherst, en 18th Century general anklagad för att förespråka infektera inhemska amerikaner med smittkoppor.
Och det har funnits sit-ins på Princeton i ett försök att döpa om en skola uppkallad efter Woodrow Wilson, på grund av påståenden den tidigare amerikanska presidenten hade rasistiska åsikter.
De amerikanska studenternas protester är en del av en bredare internationell kampanj som utmanar historiska titlar, statyer och emblem.
Men ytterligare krav på "säkert utrymme", där vissa studenter har krävt rätten att studera bort från attityder eller beteenden som de tycker är stötande, har förkastats av universitetsledare och andra som har argumenterat för vikten av att skydda yttrandefriheten.
I Sydafrika togs en staty av Cecil Rhodes bort från Cape Towns universitet, där demonstranter attackerade statyn som ett tecken på kolonialism och apartheid.
Men en uppmaning att ta bort en staty av 1800-talets politiker från Oriel College i Oxford University förkastades.
Louise Richardson, universitetets rektor, sade att studenterna behövde kunna debattera och konfrontera "idéer som gör dem obekväma".
Harvard University i USA kommer att ta bort ordet "master" från akademiska titlar, efter protester från studenter som hävdade titeln hade ekon av slaveri.