I en muslimsk skola satt en "kvinnlig guvernör utom synhåll för de manliga guvernörerna i ett angränsande rum".
Vakthunden inspekterade 22 skolor i England som tidigare hade inspekterats av Bridge Schools Inspectorate.
Inspektörerna fann att nio av dessa skolor var otillräckliga.
Ofsted chief inspector Sir Michael Wilshaw har skrivit till utbildningssekreterare Nicky Morgan med resultaten av inspektioner av 15 muslimska och sju kristna skolor, i städer som Manchester, Coventry, Birmingham och Leicester.
Tidigare kontroller av dessa privata trosskolor hade utförts av Bridge Schools Inspectorate (BSI), en oberoende inspektör som hade inspekterat omkring 50 privata muslimska och kristna skolor.
Oberoende skolor omfattas inte av samma Ofsted-process som statliga skolor, och inspektioner utförs av oberoende organ som Independent Schools Inspectorate och School Inspection Service.
Ofsted hade uttryckt oro över "kvaliteten på BSI-inspektioner" och i höst tog Ofsted över sitt inspektionsansvar.
En skola i den nuvarande vågen av Ofsted-inspektioner - Manchester Islamic High School for Girls - bedömdes som enastående.
Men Sir Michaels brev belyser en rad farhågor om andra skolor som tidigare inspekterats av BSI.
Fyra av skolorna bedömdes inte vara "främja grundläggande brittiska värderingar". Detta inbegrep att inte främja "ömsesidig respekt och tolerans för dem som har olika trosuppfattningar och trosuppfattningar".
Det fanns farhågor om att det inte fanns någon exponering för andra religioner och "olämpliga" böcker.
Vid Al Ameen grundskola i Birmingham säger inspektörer att eleverna inte var skyddade från att läsa "olämplig litteratur om extremistiska, sexistiska eller partisanistiska åsikter".
Inspektörer sade att vid Darul Uloom Islamic High School i Birmingham " satt den enda kvinnliga guvernören utom synhåll för de manliga guvernörerna i ett angränsande rum till huvudmötet.
"Som ett resultat kunde hon bara bidra till mötet genom en dörröppning. Guvernörerna sa till inspektörerna att detta var deras vanliga arrangemang.
"En senior HMI har påpekat för skolan att denna praxis är oacceptabel eftersom den inte visar tillbörlig respekt för kvinnor."
Denna skola, som nu bedömdes som otillräcklig, hade inspekterats av Ofsted-inspektörer sedan 2011. I oktober 2013 bedömde Ofsted det som bra och beskrev rektorn som "framåttänkande".
Ofsted säger att även om de egna inspektörerna utförde ett antal inspektioner under de senaste åren, ansågs skolan ha varit en del av BSI:s inspektionssystem.
I Cornerstone School i Epsom, en privat kristen skola, sade Ofsted att eleverna inte fick "tillräckliga möjligheter att lära sig om olika kulturer och andras perspektiv".
Det fanns åtta skolor där man värnade om oron, bland annat "som inte tar vederbörlig hänsyn till den vägledning som ges i "Att hålla barnen säkra i utbildningen", en brist på kontroll av personalen eller otillräckliga register över elevers närvaro.
Och i ytterligare tio fall fanns det farhågor om att skolor inte skulle tillhandahålla en tillräckligt bred läroplan.
Sir Michaels brev till utbildningssekreteraren säger att det bör vara en prioritet att inspektera andra före detta BSI-skolor.
Förlegade inspektörer har funnit att vissa privata trosskolor inte gör tillräckligt för att respektera kvinnor, eller människor med andra trosuppfattningar och trosuppfattningar.