De två nationerna möts i en VM-kvalificerare 2018 på Armistice Day, även känd som Remembrance Day, när Storbritannien minns dem som har förlorat sina liv i krig.
Men Fifa, som är ansvarig för världsfotbollen, säger att de inte tillåter några nationer att ha några politiska, religiösa eller kommersiella budskap på skjortor.
De hade avböjt en begäran om att låta Englands och Skottlands spelare bära armband med vallmo på.
FA har nu sagt att de kommer att låta sina spelare bära armband ändå och kommer att acceptera alla straff.
Poppis bärs av miljoner som en symbol för att komma ihåg dem som har förlorat livet i krig eller blivit skadade.
Den brittiske premiärministern Theresa May har sagt att Fifas vägran att låta spelare bära vallmo är "överraskande".
Vid premiärministerns frågor på onsdag sade hon: "Våra fotbollsspelare vill erkänna och respektera dem som har gett sina liv för vår säkerhet - jag tycker att det är helt rätt att de ska kunna göra det."
Football Association of Wales har också skrivit till Fifa och begärt tillstånd att bära vallmo på armband under deras match mot Serbien i Cardiff den 12 november, men har ännu inte sagt om det kommer att ignorera förbudet.
Fotbollsföreningarna i England och Skottland säger att de kommer att ignorera ett förbud mot spelare som bär vallmo i sin kommande match den 11 november.