Oordningen vid HMP Erlestoke började på lördagen när två interner rymde från sina celler och hotade personalen.
Ingen skadades och de inblandade utreds av polisen, sade justitieministeriet.
Fängelseofficerarnas förening sade att frågorna omgav en brist på regim på grund av otillräckliga personalnivåer.
En talesman för justitieministeriet sade att "två separata incidenter" med tre fångar hade "framgångsrikt lösts" på lördagen.
Han tillade att fängelset nu var "löpande som vanligt" och sade att det hade varit "några mindre strukturella skador".
Han sade: "Det står helt klart att fångar som uppför sig på detta sätt kommer att straffas och kan tillbringa betydligt längre tid bakom galler."
Fängelseofficerarnas förening (POA) sade att ordern återställdes över natten på lördagen men sade "båda vingarna förstördes och var nu ur funktion".
POA:s talesman tillade att detta var "ett annat exempel på en misslyckad benchmarkingprocess som orsakats av brutala och onödiga statliga nedskärningar som har lett till att personalnivåerna minskat till en osäker nivå".
Släktingar till interner kom också i kontakt med BBC säger fångar hölls inlåsta i sina celler i tre dagar, utan varm mat, varmvatten och inga fängelse officerare på vissa vingar.
Den konservativa parlamentsledamoten för Devizes sade: " Jag blev ledsen när jag hörde talas om oroligheterna i Erlestokefängelset under de senaste dagarna.
"Dessa händelser är helt och hållet oacceptabla, och jag har förstått att dessa frågor har hänskjutits till polisen för att överväga anklagelser mot förövarna."
En störning vid ett fängelse såg 130 interner förflyttas till närliggande fängelser efter två vingar sattes "av provision", en fackförening har sagt.