Pojken hade bott med tvillingen i magen hela sitt liv, men gick till sjukhus efter att ha klagat på smärta.
Hans mor sa till Bernama att fostret "skapades med organ som ett barns".
Det tros vara det första rapporterade fallet av sjukdomen, känd medicinskt som "fetus in fetu", i Malaysia.
Pojkens mor, 38, sade att begravningsriter hade utförts på fostret och att det begravdes på en kyrkogård.
Enligt rapporter hade fostret ben, händer och könsorgan.
"Bara näsan och munnen var inte fullständig", sade hon och sade att hon hade accepterat hans öde.
Tonåringen hade blivit intagen till ett lokalsjukhus innan han blev remitterad till Sultan Abdul Hamid Hospital i Kedah för operationen för att avlägsna tvillingen.
Sjukhuset och Malaysias statliga hälsotjänstemän skulle inte kommentera fallet till BBC.
Vad är foster i fetus?
Dr S Raman, specialist på obstetrik och gynekologi vid Pantai Hospital i huvudstaden, Kuala Lumpur, berättade för BBC att det är när en "ytterligare tvilling blir absorberad i kroppen av den levande tvillingen".
"Det är nästan som en försvinnande tvilling, eller ibland kallas en parasitisk tvilling", sade han.
"Jag har faktiskt sett ett fall av fostret fästas på utsidan av den levande tvillingen, så det är möjligt för tvillingen att vara både inuti eller utanför kroppen."
Det har också funnits fall av två tvillingar som hittats inuti buken på ett barn, i fallet med en triol graviditet.
Vad är orsaken till det?
Det finns ingen känd utlösare, men det förekommer i de tidiga stadierna av utveckling när ett foster sveper runt det andra.
Den omslutna tvillingen bildar då inte helt utan blir en "parasit", som förlitar sig på sin värdtvilling för sin överlevnad. Sådana tvillingar dör vanligtvis före födseln.
Onormaliteten beräknas inträffa hos 1 av 500.000 levande födslar.
Är det ovanligt att leva så länge med tvillingen?
Ett allmänt rapporterat fall var en 36-årig man i Indien vars tumör hade blivit så stor att han hade svårt att andas.
I byar eller mindre städer där tillgången till medicinska anläggningar är begränsad är det möjligt för någon att inte veta att de har ett foster och leva med det hela livet, säger dr Raman.
Onormaliteten är lätt att upptäcka om ett barn genomgår ultraljud eller datortomografi, och det har förekommit fall av barn som är så unga som tre månader gamla som opereras på.
En 15-årig malaysisk pojke har fått det parasitiska fostret av sin tvilling bort från magen, Malaysias Bernamas statliga nyhetsbyrå rapporterar.