Nordkorea hade begärt kroppen, men har inte bekräftat sin identitet.
Det släpptes som en del av en affär enligt vilken nio malayser tidigare förhindrat att lämna Nordkorea har nu kommit hem.
De två länderna hade varit inlåsta i en diplomatisk rad efter mordet på Kim i Kuala Lumpur förra månaden.
Båda länderna hade förbjudit varandras medborgare att lämna landet.
"Kravet av den nordkoreanska medborgare som dog i Malaysia och relevanta nordkoreanska medborgare har återvänt till Nordkorea idag via Peking," Kinesiska utrikesministern talesman Lu Kang sade under en regelbunden presskonferens, med landets officiella namn, Demokratiska folkrepubliken Korea.
Nordkorea misstänks ha iscensatt mordet med en nervagent på Kuala Lumpurs flygplats.
Tre nordkoreaner som hade blivit efterlysta för förhör har nu fått lämna Malaysia, sade Malaysias polischef.
"Vi har fått vad vi ville av dem" och är "belåtna" med uttalanden, Khalid Abu Bakar sade.
I kölvattnet av Kims död den 13 februari reagerade Pyongyang ilsket när Malaysia vägrade att lämna över kroppen omedelbart, utan obduktion.
De malaysiska myndigheterna sa att de hade rätt att obducera honom när han hade dödats på malaysisk mark och att de bara skulle släppa kroppen till Kims familj.
I torsdags sade Najib att en formell begäran hade mottagits från familjen, men han lämnade inga ytterligare detaljer.
En dag senare, nationell polischef Khalid Abu Bakar sade "juridiskt talat, Kim Jong Un är nästa-of-kin" men vägrade att säga vem begäran hade kommit från.
Kung Jong-nams egen familj bodde tidigare i Macao men de tros nu gömma sig.
Hans son Kim Han-sol dök upp i en video tidigare denna månad bekräftar att han var med sin mor och syster på en ospecificerad plats.
Även om han var den äldsta sonen till den tidigare nordkoreanska ledaren Kim Jong-il, blev Kim Jong-nam förbigången för ledarskapet och bodde utanför Nordkorea vid tiden för sin fars död.
Malaysias vägran att lämna över kroppen föranledde ett ordkrig. Nordkoreas ambassadör Kang Chol anklagade Malaysia för att ha samarbetat med "fientliga styrkor", anklagelser som Kuala Lumpur kallade "delusioner, lögner och halvsanningar".
Kang Chol uteslöts och Malaysias ambassadör i Nordkorea återkallades också.
Pyongyang sade då att det skulle förbjuda alla malaysare i Nordkorea från att lämna tills "situationen löstes", som Malaysias premiärminister Najib Razak kallade en "ohygglig handling" som effektivt höll sina medborgare som gisslan.
Kuala Lumpur införde ett exitförbud mot nordkoreaner.
Enligt avtalet återvände de nio malaysiska medborgarna till Kuala Lumpur tidigt på fredagen, där de möttes av släktingar.
De inkluderar landets rådgivare till Nordkorea, Mohd Nor Azrin Md Zain, ambassadpersonal och deras familjer.
De exakta omständigheterna kring hur avtalet ingicks är fortfarande oklara. Malaysias premiärminister Najib Razak beskrev förhandlingarna som "utmanande".
Utrikesminister Anifah Aman hyllade utbytet som en framgång för diplomati och "benägenhet".
Reuters rapporterade att TV - filmerna visade två nordkoreaner på flyget till Peking med kroppen: Hyon Kwang Song, den andra sekreteraren på Nordkoreas ambassad i Kuala Lumpur, och Kim Uk Il, en nordkoreansk statsanställd.
Den tredje hette Ri Ji U, som hade blivit instängd med dem på den nordkoreanska ambassaden. Reuters citerade polischefen som sade det.
Kim Jong-nams kropp, halvbror till den nordkoreanska ledaren Kim Jong-un, har anlänt till Pyongyang, säger kinesiska tjänstemän.