Från och med i år bedöms skolorna efter nya åtgärder, som tar större hänsyn till elevernas framsteg och deras grundläggande förmåga än råa resultat.
Utbildningsavdelningen säger att åtgärderna ger en tydligare bild av hur väl skolorna presterar.
Huvudlärare säger att resultaten kommer mitt i en finansierings- och rekryteringskris.
Fram till i år har skolorna främst utvärderats av råa GCSE-resultat – baserat på vilken andel av eleverna som får fem A* till C GCSE, inklusive engelska och matematik.
Förra året ansågs 312 skolor ha misslyckats inom ramen för de gamla åtgärderna.
Nu används en ny åtgärd, baserad på GCSE resultat från A* till G över åtta ämnen, känd som Uppnåelse 8, tillsammans med en annan åtgärd, känd som Progress 8.
Dessa förändringar innebär att årets resultat inte kan jämföras med tidigare år, eftersom det är första året som skolor och elever har bedömts enligt det nya systemet.
Framsteg och Uppnående 8 mäter hur en elev utvecklas genom gymnasiet, med beaktande av deras förmåga i slutet av grundskolan.
De flesta skolor kommer att uppnå en poäng mellan -1 och 1, med 0 är genomsnittet.
I år anses gymnasier underpresterande om deras framsteg 8 poäng är under -0,5 (väl under genomsnittet) och under en ytterligare komplicerad beräkning som visar att statliga statistiker är övertygade om att poängen är korrekt.
Beroende på individuella poäng kommer skolorna att placeras i ett av fem band för framsteg - genomsnitt, över genomsnittet, långt över genomsnittet, under genomsnittet eller långt under genomsnittet. Föräldrar kommer sannolikt att finna dessa deskriptorer lättare att läsa än de råa talen.
Uppgifterna visar på stora variationer i de regionala resultaten.
I nordvästra England är en av sex gymnasier underpresterande, medan London i andra änden av skalan har den lägsta andelen underpresterande skolor.
Totalt ligger 3,1 % av huvudstadens högstadie- och gymnasieskolor under det nya tröskelvärdet, medan endast 2,2 % av dess gymnasieelever befinner sig i en skola som inte lyckats nå målet.
Knowsley på Merseyside var den sämst presterande lokala myndigheten, med alla sex av sina gymnasier faller golvet under standarden, medan i Darlington, 42,9%, av skolor är märkta misslyckande och 38,5% under-standard i Oldham.
När man tittar på könsklyftan, gjorde flickor mer framsteg i genomsnitt än pojkar, trots alla högre tidigare resultat de kan ha haft.
Flickorna gjorde större framsteg än genomsnittet, 0,11, medan pojkarna låg under genomsnittet, vid -0,17.
De missgynnade eleverna (de som är berättigade till gratis skolmåltider) gjorde i genomsnitt betydligt mindre framsteg än icke missgynnade elever nationellt under gymnasiet.
Progress 8-poängen var -0,03 för alla elever i alla statliga gymnasier, jämfört med -0,38 för mindre gynnade elever.
Detta är viktigt eftersom det visar att mindre gynnade elever hålls tillbaka på gymnasiet av mer än lägre förskolenivå.
Det nationella genomsnittsresultatet för Uppnående 8 var 49,9 - detta uttrycks som poäng av 80.
Det är totalt de råa resultaten för enskilda elevers åtta bästa GCSE-ämnen i betygen A* till G, inklusive engelska och matematik, med fler poäng kopplade till högre betyg.
Flickor fick bättre resultat nationellt än pojkar. De fick ett genomsnitt på 52,3 respektive 47,7.
Skolstandardminister Nick Gibb sade resultaten "bekräftade att det hårda arbetet av lärare och elever över hela landet ledde till högre standarder".
Han tillade: "Under våra reformer finns det nästan 1,8 miljoner fler ungdomar i bra eller enastående skolor än 2010, och genom vår nya, rättvisare åtgärd Progress 8 kommer vi att se till att ännu fler barn får stöd för att uppnå sin fulla potential."
Malcolm Trobe, tillförordnad generalsekreterare för föreningen för skol- och collegeledare, sade att skolor och elever bör gratuleras till resultaten, som hade uppnåtts "mot en nationell bakgrund av en finansierings- och rekryteringskris".
Han sade att framsteg 8 var ett rättvisare sätt att mäta skolprestationer eftersom det bättre återspeglade det faktum att barn börjar gymnasiet på olika nivåer av akademisk förmåga.
Men han varnade för att föräldrar inte skulle komma ihåg något system för att mäta skolprestationer var perfekt.
"Det är deras [föräldrars] bedömning som är viktigast och de bör basera denna bedömning på hela bilden av skolans läroplan och kultur och om det är bäst lämpad för deras barn", sade han.
Kevin Courtney, chef för National Union of Teachers, sade att en majoritet av lärarna ifrågasatte giltigheten av framsteg 8, eftersom de ansåg att de viktigaste steg 2 resultat som används för att ge barn tidigare resultat inte gav ett tillförlitligt riktmärke att mäta från.
"Key steg 2 tester är inte bara snävt baserade, men notoriskt opålitliga. Ändå används detta riktmärke för att hålla skolorna ansvariga.
"Unionen är oroad över att DfE i framsteg 8 har infört en annan åtgärd som förenklar lärandet, kokar ner framsteg till ett enda nummer, och dominerar på lärare och skolledare att organisera sitt arbete runt det."
Totalt 282 gymnasier i England anses misslyckas av regeringen, eftersom de inte har uppfyllt en ny uppsättning nationella normer.