Humberto Benitez Trevinos dotter orsakade upprördhet genom att använda sitt inflytande för att försöka stänga bistron efter att det inte gav henne ett bord hon ville ha.
Avsnittet gav upphov till en diskussion om maktmissbruk i landet.
Styckningen tyder på att Mexiko har blivit mer känsligt för problemet, säger korrespondenterna.
Episionen blev ett trendigt ämne på Twitter under hashtaggen #ladyprofeco, efter hennes fars byrå.
Benitez, generalåklagaren för konsumentskydd, och hans dotter bad båda om ursäkt, men detta gjorde inte mycket för att blidka allmänheten.
På onsdag beordrade president Pena Nieto att han skulle avskedas.
Restaurangen, Maximo Bistro i Mexico City, plundrades av tjänstemän efter att Andrea Benitez inte erbjöds det bord hon hade bett om.
Regeringen sade att även om Benitez inte personligen var inblandad i razzian hade episoden blivit pinsamt för institutionen.
Mexikansk president Enrique Pena Nieto har sparkat en högre tjänsteman för en incident som orsakats av hans dotter på en exklusiv restaurang förra månaden.