Stämpelskatt skulle samla in mindre pengar per capita i Wales än resten av Storbritannien, hävdar Wales Governance Centre.
Experterna vid universitetet i Cardiff fruktar att den brittiska finansförvaltningen skulle kunna skära ned blockbidraget baserat på intäktsprognoser som uppblåstes av Londons fastighetsmarknad.
De har efterlyst en justering av siffrorna för att fastställa "ett mer realistiskt och uppnåeligt mål för Wales".
Kontroll av fastighets- och deponiskatter passerar till Wales i april 2018, med utsikter till makt över inkomstskattenivåer att följa.
Hittills har den walesiska församlingen och den walesiska regeringen till stor del finansierats genom ett blockbidrag från Förenade kungarikets finansdepartement.
Förhandlingarna kommer att inledas i höst om hur mycket bidraget kommer att skäras ned när Wales höjer sina egna inkomster.
När det gäller stämpelskatt sades det i en rapport från Wales Governance Centre att det fanns en "mycket stor skillnad" mellan intäkterna per capita i Wales och Storbritannien som helhet.
Den hävdade att det skulle kunna leda till en "stor negativ inverkan" på den walesiska budgeten - omkring 50 miljoner pund per år - om den högre siffran i Förenade kungariket användes som riktmärke för inkomster.
Rapportförfattaren Ed Poole sade att förändringar för att bevilja finansiering "utgör den walesiska regeringen för de djupt rotade skillnaderna i förhållandena på den brittiska bostadsmarknaden".
Han tillade: " På många sätt är fastighetsmarknaden i London och sydöstra England fristående från resten av Storbritannien och påverkas starkt av internationella faktorer som ligger helt utanför den walesiska regeringens kontroll.
"Och denna distinkta karaktär av Londons fastighetsmarknad har ytterligare förstärkts sedan Storbritannien röstade för att lämna Europeiska unionen.
"Bortsett från intäkterna från London och sydöstra England från justeringsberäkningarna skulle det fortfarande vara ett incitament för den walesiska regeringen att utöka den walesiska skattebasen, men med ett mer realistiskt och uppnåeligt mål."
Wales skulle kunna drabbas av ett budgetunderskott om de decentraliserade skatterna inte kompenserar för nedskärningar, har akademiker varnat.