Gruppen för utveckling av privat infrastruktur (PIDG) har också byggt upp ett överskott på 27 miljoner pund efter att den brittiska regeringen ökat sina donationer.
NAO har uppmanat ministrarna att hålla ett mycket närmare öga på PIDG:s utgifter.
Bland de projekt som nyligen finansierats av byrån finns ett stålgjuteri i Nigeria och ett ugandiskt vattenkraftsprogram.
PIDG sade att man hade reviderat sin resepolicy, som hade sett styrelseledamöter som krävde dyrare flexibla business class biljetter.
Men Margaret Hodge, ordförande i Commons Public Accounts Committee, sade att avdelningen för internationell utveckling (DfID) var ansvarig för att inte hålla ett tillräckligt hårt tyglar om utgifterna.
"Det är skandalöst att 15 flygningar bokades från 2011, varje kostar över £ 5000", sade Mrs Hodge.
"Endast denna månad har PIDG reviderat sin resepolicy. DfID bör få grepp om administrativa kostnader som detta."
PIDG grundades 2002 av fyra länder - Storbritannien, Schweiz, Holland och Sverige - för att stödja privata investeringar i infrastrukturprojekt i utvecklingsländer, inklusive vägar, telekom, sanitet, bostäder, jordbruk, kraft och industri.
Men Storbritannien står för 70 % av sin finansiering, vilket förväntas uppgå till totalt 700 miljoner pund 2015.
Förenade kungarikets finansiering av byrån ökades femfaldigt av koalitionsregeringen 2011, i linje med dess politik att uppmuntra privata investeringar i utvecklingsländerna.
Men NAO fann att mycket av dessa pengar ännu inte hade spenderats på utvecklingsprojekt och PIDG Trust satt på £ 27m på sitt bankkonto.
Amyas Morse, chef för Riksrevisionen, sade: "The Private Infrastructure Development Group ger viktiga fördelar för fattiga människor i svåra miljöer, men DfID har inte tillräckligt goda bevis för att visa att finansiering PIDG är det bästa alternativet.
"Dessutom har DfID:s finansiella kontroll saknats, vilket gör det möjligt för PIDG Trust att hålla nästan 27 miljoner pund i finansiering av DfID sedan 2012.
– Avdelningen har nyligen gjort stora framsteg när det gäller att ta itu med dessa frågor, vilket kommer att ge den bättre förutsättningar att visa valuta för pengarna, men jag anser att den borde ha vidtagit fler åtgärder tidigare med tanke på sitt beslut 2011 att öka finansieringen av PIDG femfaldigt.
I betänkandet kritiseras också två av byråns dotterbolag, GuarantCo och Emerging Africa Infrastructure Fund (EAIF), som inrättades av den dåvarande brittiske premiärministern Tony Blair 2002 och som ingår i Mauritius skatteparadis.
Detta arrangemang har kommit från kritik från War on Want, som hävdar att det flyger mot premiärminister David Camerons åtagande att beskatta rättvisa för fattiga länder. NAO sa att det "höjer ryktesrisker" för DfID.
En talesman för DfID sade: "NAO har erkänt att vi redan förbättrar koncernens verksamhet för att driva på ännu mer sysselsättningsskapande privata investeringar i utvecklingsekonomier, vilket är det enda hållbara sättet att få slut på beroendet av bistånd.
"Sedan 2012 har vi kommit överens om nya finansiella kontroller inklusive valuta för pengarna regler som begränsar business class resor och se till att medel endast görs när projekten är klara."
Styrelsemedlemmar vid ett brittiskt finansierat utvecklingsorgan gjorde stora utgifter anspråk, inklusive £ 5000 flygbiljetter, National Audit Office har avslöjat.