De flesta skadorna var små, men flera personer hade förts till sjukhus, sade en tjänsteman.
Tågen hade kommit från Bakersfield och Los Angeles. De kolliderade nära Oakland Station runt 2200 lokala på onsdag (0500 GMT torsdag).
En brandman berättade Associated Press ett tåg hade varit stillastående och den andra var på 15mph (24kph).
En passagerare sade att det hade varit "en hemsk stöt" när kollisionen ägde rum.
Oakland Fire Department bataljonschef Emon Usher berättade för AP att det stationära tåget hade lossat passagerare när det träffades.
Han sade att flera av 16 skadade vid kollisionen hade förts till lokala sjukhus.
Oakland Tribune och KTVU-TV satte antalet skadade vid 18.  De sade att de flesta hade fått blåmärken och knölar, med en rapport om en bruten arm.
Myndigheterna sa att de skadade kom från båda tågen.
Amtrak sade att det hade varit en "låg hastighet" kollision mellan "San Joaquin" tåg - resa mellan Bakersfield och Oakland - och Coast Starlight, som var på väg från Los Angeles till Seattle.
Hjulen på båda tågens huvudmotorer hade spårat ur, sade en talesman.
Tågtrafiken genom Oakland Station har stängts av och räddningstjänsten och järnvägsinspektörerna är på plats.
Minst 16 personer har skadats efter att två Amtraktåg kolliderade i Kalifornien, säger amerikanska mediarapporter.