22-åringen föddes i Edinburgh men har inte varit inblandad i Skottlands uppbyggnad tidigare.
Jones spelar för Kapstaden-baserade Stormers i Super Rugby och hans föredragna position är centrum.
Han kommer in i Vern Cotters 27-mans trupp efter Glasgow Warriors flyghalva Finn Russell drog ut efter att ha drabbats av en huvudskada.
Jones sade: " Det gläder mig att få denna möjlighet att spela för Skottland. Det är en dröm som besannas.
"Jag åkte inte ut till Sydafrika med avsikt att bli en professionell rugbyspelare, men, allteftersom min karriär gick framåt, blir det mer av ett realistiskt mål att spela för Skottland.
Samtalet kom som en överraskning, men jag är glad och längtar efter att komma till Edinburgh nästa månad och spela min roll i en spännande trupp.
Den skotska nykomlingen utbildades i Somerset, men hans rugbykarriär tog fart på en årsresa till Sydafrika 2012.
Han stannade på och hjälpte University of Cape Town vinna Varsity Cup 2014, poäng i finalen, innan han kallas upp för Western Province Under-21s.
Jones gick vidare till seniorteamet innan han kallades in av stormarna, för vilka han har gjort 21 framträdanden.
Skottland spelar två tester mot Japan den 18 och 25 juni, med BBC Skottland ger live-TV, online och radio täckning.
Skottland har kallat upp Sydafrika-baserade tillbaka Huw Jones för sin juni turné i Japan.