Inrikesminister Abdikarim Hussein Guled berättade för BBC att 15 personer hade skadats efter att en bil exploderat utanför Hotel Maka.
Hotellet ligger på en av huvudstadens huvudvägar, som myndigheterna brukar säga är säker.
Islamistisk militant grupp al-Shabab drevs ut ur Mogadishu för två år sedan men arrangerar ofta attacker i staden.
BBC:s Ibrahim Mohamed Adan i Mogadishu säger att en högljudd explosion hördes i stadens administrativa centrum strax före 20:00 lokal tid (17:00 GMT).
Hotel Maka ligger på vägen Maka Mukaramah som förbinder presidentpalatset med flygplatsen, en av de mest bevakade områdena i Mogadishu.
Det är populärt bland parlamentsledamöter och andra tjänstemän. I en rapport uppgavs det att en högre somalisk diplomat var bland de döda.
Vår reporter sa att vittnen i närheten sa att de kunde se en bil som brann utanför hotellet.
Överordnad polis Farah Aden berättade för Reuters nyhetsbyrå att fyra poliser var bland de sex döda.
Byrån rapporterade att fyra bilar och två motorcyklar brändes ut på platsen.
En polis berättade för AFP nyhetsbyrå att han kunde se "flera brinnande bilar, döda och skadade människor på marken" efter attacken.
Vittnena berättade för BBC att det faktiskt var två explosioner; bilbomben detonerade efter det att en mindre apparat hade placerats i en bärbar dator i hotellets receptionsområde.
Bombningarna kom när Somalias fotbollssäsong startade på fredag kväll med en första divisionsmatch på den nyrenoverade Banadirstadion i norra Mogadishu.
Det var första gången på mer än 22 år som tusentals fans hade varit på stadion.
Korrespondenter säger att det fanns mycket spänning i staden i väntan på matchen på Banadir Stadium, som har Somalias första konstgräs planen.
Den somaliska regeringen kämpar mot al-Shabab, som är en del av nätverket al-Qaida, för att få kontroll över landet.
Militanterna har drivits ut ur Somalias större städer av en FN-mandaterad Afrikanska unionens styrka på omkring 18.000 soldater, som stöder regeringen.
Men den islamistiska gruppen kontrollerar fortfarande många städer och landsbygdsområden i södra Somalia.
I september sade gruppen att den låg bakom attacken mot köpcentret Westgate i Kenyas huvudstad Nairobi, där minst 67 personer dog under en fyra dagar lång belägring.
Minst sex personer har dödats efter en misstänkt självmordsattack på ett hotell i Somalias huvudstad Mogadishu.