Diana Sacayan, en välkänd aktivist för lesbiska, homosexuella, bisexuella och transsexuella (LGBT) rättigheter, hittades död i Buenos Aires på tisdag.
Det är den tredje våldsamma transpersoner död i landet under den senaste månaden.
Latinamerika står för de flesta transpersonella mord över hela världen, säger rättighetsgrupperna.
Rättighetsgruppen Amnesty International sade i onsdags att Sacayans kropp, som upptäcktes i hennes lägenhet, visade tecken på våld.
"Ett mörkt moln har satt över Argentinas trans community", säger Mariela Belski, verkställande direktör för Amnesty International Argentina.
"Om inte denna senaste våg av mord undersöks effektivt och de ansvariga tas till rätta, kommer ett budskap att skickas att attackera trans kvinnor är faktiskt ok."
President Fernandez gav uttryck för Amnestys oro.
"Jag ber den nationella säkerhetstjänsten och storstadspolisen att lösa detta fruktansvärda brott," sade hon under ett offentligt tal.
Sacayan, 40 år, hade varit ledare för ett antal organisationer som sökte jämställdhet för Argentinas hbtq-samhälle.
År 2012 fick hon personligen sitt nationella identitetskort av president Fernandez, som erkände henne som kvinna - ett första för Argentina.
Sacayans död följde på morden på Marcela Chocobar och Coty Olmos, två transpersoner vars kroppar hittades under den senaste månaden i provinserna Santa Fe och Santa Cruz.
Latinamerika stod för 78 % av de 1 731 morden på transpersoner och könsdiverse personer som rapporterades över hela världen mellan januari 2008 och december 2014, enligt aktivistgruppen Transgender Europe.
Den argentinska presidenten Cristina Fernandez och Amnesty International har krävt rättvisa efter en transpersonell aktivists våldsamma död.