Brev från Miljödepartementet till en rad organisationer som arbetar inom områden som turism, miljöarv och bergsförvaltning, började anlända på onsdag.
Det är underförstått att ett antal organisationer med hög profil är hårt drabbade.
I vissa fall uppgår nedskärningarna till mer än 200.000 pund.
Den följer en nedskärning på mer än 10 procent av institutionens egen budget som slutfördes tidigare i veckan.
En av de organisationer som berörs är Nordirlands miljölänk.
Finansieringen har minskats från 200 000 pund till 50 000 pund.
I den skrivelse som mottogs sades det att finansieringen skulle fortsätta fram till juni, men sedan dras tillbaka.
Dess verkställande direktör Craig McGuicken sade: "Vi visste att avdelningen hade tagit en allvarlig nedskärning i budgeten, men sektorn har blivit förvånad över allvaret i detta."
I det brev som hans organisation mottog skrev en avdelningstjänsteman: "Vi kommer att betala den relevanta delen av vårt erbjudande om finansiering för 2015-16 för tremånadersperioden 1 april–30 juni 2015 i enlighet med den kontroll- och ansökningsprocess som anges i erbjudandebrevet och till högst 50.000 pund.
"Ingen ytterligare finansiering kommer att tillhandahållas under de kommande räkenskapsåren i förhållande till vårt tidigare erbjudandebrev.
"Jag uppskattar att detta brev inte kommer att ge dig välkomna nyheter."
Belfast Hills-partnerskapet har också påverkats.
Det hjälper till att bevara och främja bergen runt staden.
Dess kärnfinansiering från avdelningen har minskats till noll från 50.000 pund.
Regissören Jim Bradley sade: "Även om NIEA [Nordirland Environment Agency] har varnat oss för mycket drastiska nedskärningar, är detta mycket mer än bara en stor nedskärning av finansieringen, det är ett slut på finansieringen av organisationer, varav många NIEA inrättade för att ta itu med specifika behov och frågor.
"Detta har ingenting att göra med hur effektiva eller effektiva enskilda organisationer var, det är ett avlägsnande i grossistledet av en sektor som levererade tjänster mycket bättre och till lägre kostnader än vad staten kunde."
En representant från Ulster Wildlife Trust sa att deras årliga bidrag på 220 000 pund var helt nedlagt.
Hon sade att det skulle påverka sysselsättningen.
"Vi är alla väldigt chockade. Vi förväntade oss nedskärningar, men inte på den här nivån. Det kommer att bli ett helt annat landskap som vi kommer att arbeta i, tillade hon.
Mourne Heritage Trust förlorar tre fjärdedelar av sin finansiering för 2015/16 går från £ 225.000 till £ 56.000 pounds.
Verkställande direktör Martin Carey sa att snittskalan hade kommit "som en fullständig överraskning".
"Från och med den 1 juli kommer Nordirlands miljöbyrå inte att tillhandahålla någon finansiering för ett område av enastående naturskönhet och för Mourne Heritage Trust som den inrättade."
Han sade att det skulle påverka organisationens förmåga att upprätthålla stigar och stylar och samla skräp.
Han sade att beslutet också äventyrade upp till 1.000.000 pund i "matchfinansiering" från organisationer som Heritage Lottery Fund och Big Lottery Fund.
Miljögrupper i Nordirland står inför enorma nedskärningar i sina budgetar efter det att de pengar de får från regeringen har skurits ned.