Mr Natzler har varit tillförordnad Clerk sedan Sir Robert Rogers pensionerades förra året.
En panel ledd av Bercow rekommenderade inledningsvis att Australian Carole Mills skulle ta rollen, men parlamentsledamöterna invände och hon har sedan dragit sig tillbaka.
Nyheten om Mr Natzlers utnämning möttes med jubel av parlamentsledamöter i underhuset.
Rekryteringen av en ny Clerk, parlamentets mest högt uppsatta juridiska och konstitutionella rådgivare, har varit ihärdig under de senaste nio månaderna.
Parlamentsledamöterna sade att Mills, det ursprungliga valet av underhusets utskott som arbetar i det australiska parlamentet, inte hade den relevanta konstitutionella erfarenheten och anklagade Bercow för en "stitch-up".
Bercow insisterade på att utnämningen måste ha parlamentsledamöternas förtroende och att rekryteringsprocessen måste "använts" innan den inleds på nytt.
Som ett led i en modernisering av förfarandena kommer nu det nuvarande ansvaret att delas upp, med en ny tjänst som generaldirektör för generaldirektoratet för allmänna frågor som tar över ansvaret för de löpande kommersiella och administrativa funktionerna hos generalerna.
Bercow meddelade att han hade utnämnts till general i underhuset och sade att han hade valts ut från ett område med fyra kandidater.
David Cameron välkomnade utnämningen och skämtade om att Mr Bercow hade "bort till jordens ändar" för att hitta den mest kvalificerade kandidaten och han var "mycket glad att han hittade rätt svar här i Storbritannien".
Labourledaren Ed Miliband sade att Natzlers utnämning var "välförtjänt".
Innan Sir Robert gick i pension, tjänstgjorde Mr Natzler som Clerk Assistant i många år.
David Natzler har blivit uppkallad som nästa fogd till underhuset och avslutar en kontroversiell process som ställde talman John Bercow mot vissa parlamentsledamöter.