Hatfield Colliery stängde i juni med förlusten av 430 arbetstillfällen efter nästan ett sekel av produktion.
Den korta ceremonin ägde rum vid gruvan, nära Doncaster.
John Grogan, ordförande för Hatfield Employee Benefit Trust, som har drivit gruvan sedan 2013, sade att det var "slutet på en era".
Han sade: " På måndagen kommer företaget att avvecklas i Högsta domstolen och det kommer att representera slutet på kolbrytningen i South Yorkshire efter många generationer.
" 1980 fanns det 50.000 gruvarbetare i South Yorkshire. På måndag morgon när vi är i Högsta domstolen blir det ingen.
"Vi presenterar denna bit kol som en symbol för vår respekt för alla gruvarbetare som har gått före oss i South Yorkshire och hjälpt till att bygga ekonomin i vårt land och hålla ljuset tänt i många decennier."
Doncaster Ros Jones sa: "På Doncasters och South Yorkshires vägnar är jag ödmjuk att acceptera detta."
Den enda kvarvarande djupa kolgruva i England, Kellingley Colliery i North Yorkshire, kommer att avslutas senare i år.
Den sista kolgruven i South Yorkshire har presenterats för Doncasters borgmästare vid en ceremoni som markerar slutet på gruvdriften i regionen.