Biträdande utrikesminister Faisal al-Mekdad sade till BBC "Syrien gör sitt bästa" för att följa tidsplanen för att förstöra sina kemiska vapen.
Syrien missade onsdagens deadline för att lämna över hela sitt lager.
Mr Mekdad sa att en sändning vapen kom under attack två gånger på väg från Damaskus till hamnen i Latakia.
"Vi skickade två transporter till den syriska kusten", sa han. "Den andra leveransen avlyssnades av eld från terroristgrupper."
Han tillade: " Detta är en allvarlig angelägenhet. Syrien är i krig, och amerikanerna och andra måste ta hänsyn till detta."
Han beskrev som "absolut oacceptabelt" USA:s utrikesminister John Kerry nyligen fördömande av regeringens användning av fatbomber i staden Aleppo.
Det brittiska syriska observatoriet för mänskliga rättigheter hävdar 246 personer, däribland 73 barn, har dödats i Aleppo under de senaste fem dagarna enbart efter att tunnor som innehåller sprängämnen och metallfragment har släppts av militära helikoptrar.
Aktivistgruppen Aleppo Media Centre hävdar att 14 personer dödades i bombattacker mot Masaken Hanano-distriktet på torsdag, med bilder som visade att bomber släpptes från en helikopter till ett civilt område.
"Vi försvarar vårt folk mot terroristattacker. Vi har aldrig bombarderat platser med civila", insisterade Mekdad och anklagade USA för att "fortfarande stödja terroristiska element" i landet.
Den syriska regeringen, via statliga medier, förnekade också rapporter om att rebellerna hade gripit större delen av Aleppos centrala fängelse.
Det syriska observatoriet för mänskliga rättigheter sade medlemmar av Islamiska fronten koalitionen, domineras av Ahrar al-Sham brigaden och al-Qaida affiliate al-Nusra Front, monterade angreppet, befria hundratals fångar.
Men den statliga televisionen insisterade på soldater och säkerhetsstyrkor hade "hotat en attack mot fängelset av terroristgrupper".
Observationsorganet säger att strider fortfarande pågår, men Ahrar al-Sham brigaden och Aleppo Media Centre, ett medborgarjournalistiskt utlopp, säger rebeller nu helt kontrollera fängelset.
Det rapporteras hålla minst 3.000 fångar, inklusive islamister, aktivister och minderåriga, under fruktansvärda förhållanden.
Syrien har omkring 1.300 ton deklarerade kemiska vapen.
USA sade i förra veckan att hittills hade bara omkring 4 procent av lagret - 30 ton - lämnat landet.
USA:s försvarsminister Chuck Hagel sade att han var "berömd" över att den FN-stödda planen låg efter och sade att Damaskus "måste ta ansvar för att fullgöra sitt åtagande".
Ryssland - en central allierad till Syrien - har sagt att Damaskus bör slutföra överföringen av sina kemiska vapen till kusten för att tas bort med fartyg senast den 1 mars.
En tidsfrist fastställdes förra året för att alla vapen skulle förstöras i slutet av juni.
Organisationen för förbud mot kemiska vapen (OPCW), som övervakar förstörelsen, har medgett att processen har saktats ned av säkerhetsproblem.
Mekdad betonade: "Syrien har åtagit sig att följa alla sina avtal med OPCW och FN:s säkerhetsråd. Vi kommer i tid att genomföra alla våra skyldigheter."
Syrien säger att internationella anklagelser om att det försenar förstörelsen av sitt lager av kemiska vapen är "absolut omotiverade".