Minst 21 människor dödades av stormen, sade Röda korset, med den östra ön Samar värst hit, men det orsakade mycket mindre skada än fruktad.
Tusentals människor är på väg hem efter att omkring en miljon människor evakuerats från sårbara områden.
Staden Tacloban, som förra året bar på supertyfonen Haiyan, har framträtt relativt oförstörd.
Albayprovinsen, som evakuerade mer än hälften av sin befolkning, har krävt att dessa människor ska åka hem.
Efter att ha tillbringat tre dagar på en skola i Polangi packar familjer in i små militärlastbilar och håller en eller två plastpåsar med det nödvändiga som de förde med sig.
De oroar sig för det tillstånd i vilket de kommer att hitta sina hem, men många är mest oroade över sina risfält, deras enda inkomstkälla.
En kvinna kom fram till sitt hus och fann det översvämmat och obeboeligt. För henne betyder det minst en natt till i evakueringscentret.
Hagupit: Vad gjorde Filippinerna annorlunda?
Hagupit - bilder, tweets och videor från Filippinerna
I huvudstaden förbereder sig invånarna för kraftigt regn och starka vindar.
Tyfonen färdas fortfarande västerut över Filippinerna och har försvagats till en tropisk storm, enligt de filippinska meteorologiska myndigheterna.
En regeringsvarning på måndag morgon meddelade att invånarna i huvudstaden och omgivande regioner bör förvänta vindar på upp till 100 km/h (62 mph) under de närmaste 24 timmarna, och att förbereda sig för eventuella plötsliga översvämningar, jordskred, och stormsvallar på upp till 2 m.
Tusentals människor som bor längs kusten och flodbankarna evakuerades på måndagen, sägs det i rapporter. Totalt bor 11,8 miljoner människor i den nationella huvudstaden.
Manila borgmästare Joseph Estrada sa att staden var "förberedd och tränad för detta", men tillade: "Det är översvämningarna som vi oroar oss för."
Finansmarknaderna stängde sina dörrar på måndagen tillsammans med skolor och statliga kontor. Flyg och andra allmänna transportmedel stoppades.
Hagupit har inte varit i närheten av lika mäktig som tyfonen Haiyan - känd som Yolanda i Filippinerna - som slet genom centrala Filippinerna i november 2013, vilket lämnade mer än 7.000 döda eller saknade.
I Tacloban blåste Hagupit bort tak och översvämmade gator, men området har undgått förra årets större förödelse.
"Det fanns inga kroppar utspridda på vägen, inga stora högar av skräp," lokal kvinna Rhea Estuna berättade Associated Press per telefon från Tacloban. "Tack och lov var tyfonen inte lika våldsam."
Tacloban Mayor Alfred Romualdez berättade för BBC att den omedelbara uppgiften var att bedöma skador på de tillfälliga skyddsrum där vissa människor har bott.
Han sade att vädret var bra nu men att högvatten gjorde det svårare för vattenvägar att rinna, trots arbete med att rensa skräp.
FN:s officiella organisation Orla Fagan berättade för Reuters att många människor har börjat återvända till sina hem. "I Tacloban i morse, solen skiner, folk bara började gå tillbaka", sade hon.
Stormen gjorde sitt fjärde landfall på måndag kväll, träffa Batangas provinsen omkring 100km (60 miles) söder om Manila med vindar på ungefär 100km/h.
På sin höjd, när den närmade sig land på lördagen, registrerades vindbyar på upp till 250 km/h.
Myndigheterna sade att de var bättre förberedda än när Haiyan slog till och organiserade den största evakueringen av freden i Filippinernas historia.
Justin Morgan, Oxfam landschef för Filippinerna, berättade för BBC att en nyckelfaktor var ett större fokus på farorna med stormvågor, vilket innebär att människor flyttades bort från kustområden.
Joey Salceda, guvernör i Albayprovinsen, sa till BBC att inga döda och bara "försumliga skador" hade rapporterats i hans provins.
Han sade att stormen hade identifierats som ett hot i slutet av november, vilket gav tjänstemän tid att identifiera befolkningen i riskzonen, evakuera dem två dagar före stormen och förbereda matförråd.
Hagupit, känd lokalt som tyfon Ruby, har dock orsakat stora skador i flera städer i öster.
Den filippinska Röda Korset sade att minst 21 människor hade dött under helgen, med 18 av dem på den östra ön Samar, där Hagupit gjorde landfall på lördag.
Borgmästaren i Dolores, en stad på Samar, sade att 80 procent av hemmen där hade förstörts. En invånare uppges ha dött när ett träd föll på honom.
Ytterligare två personer - en ettårig flicka och en 65-årig man - dog av hypotermi i den centrala provinsen Iloilo, sade National Katastrofrisk Reduction and Management Council.
Totalt 183 flygningar hade ställts in och fem flygplatser stängdes, sade byrån, och det fanns strömavbrott i 16 provinser.
Tropiska stormen Hagupit är på väg till Manila, men har nedgraderats från en tyfon efter att ha korsat landet.