Evans gick med i statsförvaltningen 2010 och är för närvarande vice ständig sekreterare för den walesiska regeringen. Han kommer att efterträda Ian Jones i rollen från oktober.
S4C:s ordförande Huw Jones sa att Evans var "en högt respekterad ledare".
Evans utbildades vid Ysgol Penweddig, Aberystwyth. Han tog examen i ekonomi vid Swansea University.
Han var direktör för Business in the Community Wales från 2008 och 2010 och medlem i Wales språknämnd från 2005 och 2010.
Owen Evans har utsetts till ny chef för det walesiska språkprogramföretaget S4C.