Återsändande officerare beordrades att fysiskt leverera papperskopior av sin valkretss tal till räknecentralen i huvudstaden.
Valtjänstemännen har uppmanat till tålamod.
Uhuru Kenyatta, som står inför rätta vid Internationella brottmålsdomstolen, har lett i tidiga presidentresultat som förklarats från måndagens tätt omtvistade val.
Han ska ställas inför rätta i Haag nästa månad för att ha underblåst våldet efter det omtvistade 2007 års val. Han förnekar anklagelsen.
Hans närmaste rival är avgående premiärminister Raila Odinga.
Med preliminära resultat från mer än 40 % av vallokalerna tidigare på onsdagen hade Odinga 42 % av rösterna jämfört med Kenyattas 53 %.
Men Odingas allierade är övertygade om att han kommer att vinna mark till följd av sina fästen, däribland kustprovinsen.
Mer än 1 000 människor dödades i det våld som bröt ut 2007–2008 efter att Odinga hävdade att han hade blivit lurad av president Mwai Kibakis anhängare, som avgår efter två mandatperioder.
BBC:s Solomon Mugera i huvudstaden, Nairobi, säger att kenyaner blir alltmer bekymrade över förseningen med att slutföra resultaten.
Vissa företag och skolor över hela landet har varit stängda sedan måndagens val, säger han.
Detta har lett till en brist på varor, vilket har pressat upp priserna på baslivsmedel i områden som Kibera, Nairobis största slumområde och ett fäste för Odinga, tillägger vår korrespondent.
Uhuru Kenyatta
Järnväg Odinga
Typ: Uhuru Kenyatta
Typ: Järnväg Odinga
En del valtjänstemän har varit tvungna att köra hundratals kilometer till beräkningscentret i Nairobi för att leverera papperskopior av antalet återvändanden.
Vid omkring 13:00 lokal tid hade återvändande officerare från endast 53 av 290 valkretsar anlänt och valkommissionen sade att det skulle tillkännage resultat från valkretsar som de var redo.
Dess webbplats hade slutat ge uppdaterade resultat från presidentracet på onsdag, och visade fortfarande siffror från tisdag kväll.
Vår korrespondent säger att det stora antalet bortskämda omröstningar - cirka 6 procent av den totala omröstningen, långt över dubbelt så många som antalet avgivna röster för den tredje kandidaten, Musailia Mudavadi - har blivit ett stort tvisteämne.
Odinga's Coalition of Reforms and Democracy (Ord) vill att de ska räknas, men Kenyattas Jubilee Coalition motsätter sig detta.
Sent på tisdagen meddelade valkommissionen att de bortskämda röstsedlarna skulle räknas i den totala röstsumman, vilket ökar sannolikheten för en avrinning mellan de två bästa kandidaterna, nyhetsbyråer rapporterar.
Mr Kenyattas styrman William Ruto, som också står inför en rättegång vid ICC, sade att utländska ambassader kan ha påverkat ett sådant beslut.
"Vi vill tro att detta inte är ett försök att förneka Jubileumskoalitionen en första omgången seger som är tydligt nu på väggen", citeras han av Reuters nyhetsbyrå som säger.
Men valkommissionen säger nu att ett beslut om vad man ska göra åt de bortskämda omröstningarna kommer att fattas efter att alla andra omröstningar har räknats, våra korrespondentrapporter.
Om ingen överenskommelse nås måste en av presidentkandidaterna anta en rättslig utmaning, säger han.
Eftersom det finns olika typer av bortskämda omröstningar skulle en möjlig kompromiss vara att inkludera dem som ogiltigförklarades helt enkelt för att de hade placerats i fel ruta - till exempel i parlamentslådan snarare i presidentlådan - samtidigt som man uteslöt en röstsedel på vilken en person hade röstat på två kandidater, säger vår reporter.
Inför valet sade Europeiska unionen (EU) att den endast skulle ha begränsad kontakt med en president som ställdes inför rätta vid Internationella brottmålsdomstolen, medan USA:s biträdande utrikesminister Johnnie Carson varnade kenyanska väljare för att "val har konsekvenser".
Den vinnande kandidaten måste få mer än 50 % av de totala rösterna och minst 25 % av rösterna i hälften av de 47 länen.
Om det inte finns någon tydlig vinnare kommer en andra omgång omröstningar att äga rum, förmodligen den 11 april.
Kenya val: Kartor och grafik
Räknandet av kenyanska valresultat har avtagit på grund av problem med de elektroniska systemen.