Säkerheten var hård, med polisen spärra av Lahores största kristna kvarter och lämna in de som var med om säkerhetskontroller.
Söndagens bombningar av två kyrkor i området Youhanabad gjorde att 17 människor dog och mer än 70 skadades.
Två dagar av upplopp av kristna följde, med två män lynchade.
En rapporterad 5.000 poliser och paramilitära rangers var utplacerad på tisdagen för att försöka förhindra ytterligare upplopp.
Huvudvägen in i distriktet var stängd med räls och taggtråd.
Butikerna stängdes också när sörjande släktingar tog sig till begravningsplatserna.
"Jag skulle vilja berätta för dessa terrorister om de tror att de kan driva oss tillbaka från vår tro, de är dödliga, helt, mycket fel," sade Manual Mani, en pastor som närvarar vid begravningarna.
Angreppen under söndagsmässan har fördömts av företrädare för alla religioner i Pakistan.
De kritiserade också det pöbelvåld som följde, när arga kristna folkskaror kastade stenar, blockerade vägar och lynchade två män som de anklagades för att vara inblandade i angreppet. Familjen till en av männen har berättat för en pakistansk tidning att han var en oskyldig butiksägare och inte hade varit militant.
Upploppspolisen använde tårgas och vattenkanon för att skingra upploppsfångare på måndag.
Pakistans inrikesminister Chaudhry Nisar Ali Khan, talar vid nationalförsamlingen på tisdagen, fördömde också repressalier attacker, säger att de utgjorde "den värsta formen av terrorism".
"En liknande händelse inträffade mitt i hjärtat av Paris där en synagoga attackerades", sade Nisar, "men minoritetsjudarna reagerade inte våldsamt i den franska huvudstaden."
Kristna utgör mindre än 2% av Pakistans befolkning och många är bland dess fattigaste människor.
Medlemmar av det kristna samfundet säger att upploppen är ett upplopp av ilska och frustration från ett samhälle som känner sig oskyddat och övergivet av regeringen.
Hundratals pakistanska kristna har deltagit i begravningar för offren för två självmordsbombattacker i staden Lahore.