Adelie Irland, som tog över Bitegruppen förra året, har nu gått in i administrationen.
Företaget som är baserat i Lackaboy Industrial Estate tillverkar smörgåsar och snacks för närbutiker och butiker.
Personalen skickades hem efter att ha informerats om nyheterna på fredag.
Administratörer undersöker möjligheterna för verksamhetens framtid.
Omkring 80 jobb är i riskzonen hos en livsmedelstillverkare och distributör i Enniskillen.