Greklands premiärminister Antonis Samaras misslyckades med att få tillräckligt stöd för sin presidentkandidat på måndagen och kommer att kalla ett val för 25 januari.
Priset på koppar sjönk också till sitt lägsta på fyra och ett halvt år på en stark dollar och en avmattning i Kina.
Japans Nikkei föll 1,6% till 17,450.77 på sin sista handelsdag i år.
Men indexet slutar året upp 7,1%, drivet av aggressiva tillgångsköp av Bank of Japan och en svagare yen som ökade företagets vinster.
Dollarn var på 120,41 yen från 120,66 yen i morgonhandel.
Japanska marknader kommer att stängas för påminnelsen om denna vecka och kommer att öppna igen nästa måndag.
Kina aktier handlas i motsatt riktning med Hong Kongs Hang Seng index ner 0,9% på 23 550.44.
På fastlandet bröt Shanghai-kompositen trenden och ökade med 0,7 % till 3 189,64.
I Australien stängde riktmärket S&P/ASX 200 1% till 5.416.6 efter att ha ökat med 1,5% på måndagen.
Andelen tunga gruvarbetare BHP Billiton och Rio Tinto sjönk båda mer än 0,7 % på fallande råvarupriser.
De sydkoreanska andelarna var lägre trots ekonomiska uppgifter som visade tecken på att ekonomin återhämtade sig.
I november ökade landets industriproduktion med 1,3 % jämfört med oktober, vilket var den snabbaste ökningen på fyra månader.
Samtidigt var överskottet i bytesbalansen också upp till ett säsongrensat belopp på 9,73 miljarder dollar (6,2 miljarder pund) i november - det högsta på sju månader.
Men riktmärket Kospi stängde 0,6% till 1,915.59, minskning 4.8% för året.
I år var den första årliga nedgången för huvudbourse sedan 2011.
Sydkoreanska marknader öppnas på fredag.
Asiatiska aktier handlas mindre som politisk osäkerhet i Grekland och en försäljning i råvaror vägde på investerarnas aptit.