Offret John Culshaws kvarlevor behölls av polisen utan familjens vetskap.
Dussintals andra familjer har också fått höra att deras nära och käras kroppsdelar behölls av polisen.
GMP sade om man skulle kontakta de drabbade familjerna eller inte var ett beslut som det "ångrade över under ett antal månader".
Culshaw, 26 år, knivhöggs till döds i Wigan 1993.
Hans familj begravde honom i tron att hans kropp var intakt och var omedveten om att hans mage, lever och andra vävnader hade behållits efter två obduktionsundersökningar tills polisen besökte dem i september förra året.
Hans mor, Jennifer Shaw, sa att hon ville veta varför det hade tagit så lång tid att komma fram.
"Han är min son. Och han har varit vänster - hälften av honom, sa hon.
"Om han hade dött och de hade frågat mig om de kunde använda delarna för att hjälpa någon, så ja. Men bara för att sitta i ett labb i 23 år gör ingenting, det är bara fasansfullt. "
Kroppsdelarna upptäcktes efter en granskning av den tidigare rättsmedicinska tjänsten 2014, avslöjade Manchester Evening News.
Den fann mer än 180 prov - inklusive större organ - från brottsoffer i Greater Manchester hölls för polisen, som har medgett att det kan finnas fler kroppsdelar som inte har redovisats.
Det blev olagligt 2006 att ta bort eller lagra mänsklig vävnad utan familjens samtycke efter en utredning på Liverpools Alder Hey sjukhus 1999.
Organ från hundratals barn som dog på sjukhuset togs i hemlighet.
De kroppsdelar som förvarades åt polisen i Manchester togs bort före det datumet.
Assistent Chief Constable Debbie Ford sade: " När vi väl kände till proverna kände vi att en så känslig fråga aldrig enbart skulle handla om att följa lagens bestämmelser eller bokstav.
– Därför har vi samrått med ett antal relevanta personer, bland annat samhälls- och trosgrupper, samt med vår egen etikkommitté. Efter detta omfattande samråd kom man överens om att vi hade en etisk och moralisk skyldighet att informera den anhöriga i de allra flesta fall."
Hon sa att officerare hade erbjudit en rad alternativ för "känsligt bortskaffande" av proverna, som polisen skulle betala för.
Men familjer har fått höra att vissa prover kan förbli oredovisade av "av olika skäl", sade hon.
John Culshaws familj kommer att begrava sina organ i en privat andra ceremoni på torsdag.
"Någon har gjort ett stort misstag. Inte bara jag, men en hel del andra familjer lider också," Ms Shaw sade.
"Jag vill inte att någon annan ska gå igenom det här. Det är förödande."
En mor förbereder sig för att begrava sin son för en andra gång efter att ha fått höra att hans organ togs bort och förvarades i hemlighet i mer än 20 år.