K Prithika Yashini, som föddes manlig men genomgick könsbyteskirurgi, ansökte om att bli polisunderinspektör i den södra staten.
Men den statliga polisstyrelsen erkände inte ett tredje kön, vilket fick henne att driva ett rättsfall mot det.
En domstol i Chennai (Madras) har nu uttalat sig till hennes fördel.
"Jag är glad," Prithika citerades som säger av Indiens NDTV-nätverk. "Det är en ny början för hela transpersonerna."
I ett utslag av två domare i Chennais högsta domstol hette det: " De sociala konsekvenserna av en sådan rekrytering kan inte förloras ur sikte, eftersom det skulle ge kraft åt fallet med transgenders.
"Yashini måste nå mållinjen, och inte stoppas och diskvalificeras i mitten."
Indiens högsta domstol erkände transpersoner som ett tredje kön i april förra året, fem år efter valkommissionen lagt kategorin till valsedlar.
Domen innebar att regeringen var tvungen att förse transpersoner med kvoter i jobb och utbildning i linje med andra minoriteter, samt viktiga bekvämligheter.
Det finns uppskattningsvis två miljoner transpersoner i Indien.
Medan Times of India rapporterar att Tamil Nadu polisen redan har tre transpersoner konstabler på sina böcker, rapporter i andra indiska medier sade Prithika kommer att bli den första officeren i landet.
Prithika föddes Pradeep Kumar och lämnade sina föräldrars hem innan hon fullföljde en datorkurs och genomgick en operation.
Hon hade velat bli polis sedan hon var barn, sade indiska media.
Domstolen slog också fast att resultatet av en fysisk undersökning av polisen, som Prithika misslyckades med efter att ha varit en sekund sen i ett 100-metersstreck, inte var giltigt.
Den indiska staten Tamil Nadu är att anställa landets första transpersoner polis efter en domstol rensat hinder som möter en sökande.