Jones, från Colwyn Bay i Conwy, meddelade förra månaden att han har en allvarlig typ av demens.
Fellow Python stjärna Michael Palin hyllade sin "mest underbara vän" innan han delade ut priset.
Jones sa till publiken att "tysta ner" innan hans son berättade för publiken att det var en "stor ära".
En tårfull Bill Jones tog emot lovordet för sin fars räkning och sade till publiken i Cardiff: " Det är en stor ära för pappa. Vi är så stolta över honom... med den kamp vi har just nu, det har varit svårt."
Tidigare på kvällen hyllade Hollywoods skådespelare Leonardo DiCaprio i ett videomeddelande till Oscar-nominerad sminkkonstnären Sian Grigg, som vann Sian Phillips-priset.
Det ges till någon som har gjort ett betydande bidrag till internationella långfilmer eller nätverks-TV.
Mali Harries tog det bästa skådespelerpriset för sin föreställning som Det Insp Mared Rhys i detektivserien Hinterland/YGwyll, som också vann bästa tv-drama.
Mark Lewis Jones vann den bästa skådespelaren priset för filmen Yr Ymadawiad, som berättar om två unga älskare som räddas av en man efter att ha kraschat sin bil i en ravin i avlägsna bergen i Wales.
Hinterland/Y Gwylls producentförfattare Ed Talfan vann också författarens pris för filmen.
Mr Calzaghe, en dokumentärfilm om den walesiske boxaren Joe Calzaghes karriär, vann tre utmärkelser, bland annat en speciell prestation i en långfilm/televisionsfilm och bästa faktaregissör för Vaughan Sivell.
Will Millard, vann presentatörspriset för Hunters of the South Seas, som utforskar livet för människor i Coral Triangle i västra Stilla havet, medan Newyddion 9, en BBC Wales produktion för S4C, vann bästa nyhetsbevakning för sitt program Argyfwng y Mudwyr om den europeiska invandrarkrisen.
Musik för Misfits: The Story of Indie, som dokumenterar utvecklingen av brittisk indiemusik, vann det faktiska seriepriset.
Utmärkelsen för live-utsändningen gick till S4C:s Cor Cymru - Y Rownd Derfynol - täckning av den walesiska körfinalen.
Bland dem som deltog i evenemanget, som hedrar den walesiska televisionens och filmskaparnas prestationer, fanns Gothamstjärnan Erin Richards, Torchwood och Victorias skådespelerska Eve Miles och komikern Elis James.
Monty Python's Terry Jones har fått en stående ovation på Bafta Cymru Awards för sitt enastående bidrag till TV och film.