Det innehåller inte ett slutgiltigt beslut om var man ska lokalisera en ny station i eller nära Sheffield.
Tillkännagivandet bekräftar ministrarnas åtagande att gå vidare med det kontroversiella projektet på 56 miljarder pund, som de säger kommer att stimulera ekonomin.
Kritiker säger att HS2 inte behövs och kommer att förstöra delar av landsbygden.
Tillkännagivandet tar bort mycket av osäkerheten om projektet, utom om var man ska placera Sheffields station - ett beslut som förväntas nästa år.
Regeringens föredragna alternativ är att huvudrutten HS2 går öster om Sheffield, med en separat sporre att ta passagerare till Sheffields centrum.
Detta skulle kosta omkring 1 miljard pund mindre än de alternativa förslagen - vilket innebar att ta huvudlinjen HS2 genom Sheffields centrum eller till en ny station i Meadowhalls köpcentrum strax utanför Sheffield, nära M1.
Ytterligare en sporre tar HS2 till en ny station på Manchesters flygplats.
Den första fasen av järnvägen på 56 miljarder pund kommer att öppnas i december 2026, med tåg som färdas i hög hastighet mellan London och Birmingham innan de fortsätter på den befintliga huvudlinjen på västkusten.
Den andra, Y-formade fasen ska vara klar ca 2032-33.
Nu när regeringen har bekräftat större delen av sin valda väg kommer den att gå igenom den parlamentariska processen.
Transportminister Chris Grayling sade att stöd och ersättning skulle vara tillgängliga för dem som påverkas av projektet, som kan börja processen nu genom att kontakta HS2 Ltd.
Transportavdelningen säger att ersättningen kommer att beräknas till 110 % av det värde som deras hem skulle ha haft utan några planer för HS2.
Alla som bor inom 60 meter från rutten har rätt till ersättning, även om DfT sade att det kunde förlängas under vissa omständigheter och inte var "en hård och snabb regel".
Kommuner längs den föreslagna rutten i South Yorkshire uttrycker dock fortfarande starka invändningar.
Bland dem finns invånare i den nybyggda Shimmer Estate i Mexborough, som sannolikt kommer att rivas för att ge plats för den nya järnvägslinjen.
Resident Russell Holmes sade: " Det kan vara en ny egendom, men det är ett riktigt samhälle. För att det ska förstöras är förödande.
"Men osäkerheten, att vänta tills det händer, när man faktiskt kan sätta något på plats för att flytta, är också hemsk."
Områdets parlamentsledamot, före detta Labourledaren Ed Miliband, sade att han skulle motsätta sig den planerade Sheffield delen av rutten och säga att det "fluger i ansiktet på bevis, logik, valuta för pengarna och lokalbefolkningens behov och intressen".
Han tillade: "Detta är fel beslut för South Yorkshire, fel för Doncaster och fel för invånarna som kommer att se sina hem förstöras och samhällen fördärvas."
Jonathan Pile, kampanjgruppen Yorkshire Against HS2, sade att den föreslagna rutten var "olämplig, borde slås ut" och var "olämplig för ändamål".
Påtryckningsgruppen Stop HS2 sade att när höghastighetståget väl var i drift skulle de befintliga intercitytjänsterna till London minskas med upp till två tåg per timme.
Gruppens kampanjledare, Joe Rukin, sade att ministrarna "försökte lura allmänheten" att höghastighetslinjen behövdes för att öka järnvägskapaciteten.
"Regeringen har äntligen kommit till rätta med att erkänna "frigörande kapacitet" betyder för många städer "att förlora de tåg ni redan har", som HS2-affären kräver 8,3 miljarder pund i nedskärningar av befintliga tjänster," tillade han.
Regeringen har tillkännagett vägen för den andra fasen av höghastighetståget HS2, från Crewe till Manchester och West Midlands till Leeds.