Craig Stillwell och Carla Andrews lilla flicka Effie togs ifrån dem i nästan åtta månader.
Det har visat sig att hon har ett sällsynt medicinskt tillstånd, känt som Ehlers-Danlos syndrom typ IV (EDS), som orsakar "lätta blåmärken".
Fallet har stoppats och Effie är hemma med sina föräldrar i Aylesbury.
Mr Stillwell greps på Stoke Mandevilles sjukhus, anklagad för att ha orsakat allvarlig kroppsskada efter att Effie kollapsade i augusti förra året, fem månader gammal.
"Sjukhuset behandlade oss som monster", sa han.
"Det var hjärtskärande."
LIVE: För fler Buckinghamshire berättelser
Effie placerades i fosterhem och hennes föräldrar fick bara träffa henne tre gånger i veckan i 90 minuter på ett kontaktcenter.
Buckinghamshire County Council tog fallet till familjedomstolen, försöker sätta den lilla flickan i lokal myndighet vård.
Miss Andrews undersökte vad som kunde ha orsakat blödning i hennes dotters hjärna och tester visade att hon led av EDS IV.
Tillståndet kännetecknas av "tunn och genomskinlig hud, lätt blåmärken, kärl- och arteriell bristning".
Rådets ansökan drogs tillbaka förra veckan och domaren Karen Venables sa att familjen hade upplevt "otänkbar skräck".
Miss Andrews sa att det var "amazing" att ha sin dotter hemma.
Paret, båda 23, sade att de inte skulle vidta några åtgärder mot myndigheterna utan ville öka medvetenheten om tillståndet.
Miss Andrews sade: " Jag känner mig bitter mot sjukhuset. Jag vet att de måste göra sitt jobb, men de borde ha gjort det annorlunda."
Stillwell tillade: " Vi vill få ut medvetenheten om att dessa sammanhängande vävnadssjukdomar verkligen existerar.
"De kan vara osynliga men de kan orsaka mycket skada och de härmar barnmisshandel och skakade barnsyndrom."
Ett par anklagade för att ha skadat sin dotter i ett misstänkt skakat barnfall sa att de hade behandlats som "monsters".