Pojken, Julian Hernandez, försvann när han var fem och är nu 18 och bor med sin far i Cleveland.
Bobby Hernandez, 53 år, greps och hålls fången i Ohio.
FBI fick ett tips den 30 oktober att denna tonåring kan vara det länge saknade barnet efter problem han hade ansökt om college.
Byrån arbetade med Alabamapolisen och National Center for Missing and Exploited Children för att bekräfta pojkens identitet.
Hans mamma har underrättats om hans tillfrisknande, AL.com rapporterar.
Hans far är också anklagad för att manipulera register i Ohio så att han kunde få ett körkort 2012.
Han hålls fången i Cuyahoga County-fängelset i Ohio med en borgen på 250 000 dollar.
Myndigheterna misstänkte vid tiden för pojkens försvinnande att hans far möjligen var den skyldige, enligt AL.com.
En databas över försvunna personer visar att Bernardo Hernandez sade att han skulle ta sin son till förskolan i augusti 2002 men sedan flydde.
Ett barn som saknas i Alabama sedan 2002 har hittats säkert i Ohio med sin far, som har åtalats för bortförande, myndigheterna har sagt.