Lorenzo Insignes avböjda 25-yards skott gav värdarna ledningen sex minuter före pausen.
Giacomo Bonaventura planade vid den avlägsna inlägget fem minuter senare med Milanos första skott på mål.
Napoli, som jagar sin första titel sedan 1990, är en punkt bakom Juventus, som ritade 0-0 i Bologna på fredag.
Napoli slösade bort en chans att återvända till toppen av Serie A när de hölls hemma av AC Milan på måndag.