Francisco Palomo sköts minst 12 gånger av beväpnade män i Guatemala City.
Pálomo, 63, försvarade general Rios Montt mot anklagelser i samband med mordet på mer än 1.700 guatemalanska medborgare på 1980-talet.
Generalen dömdes till 80 års fängelse för två år sedan, men hans dom upphävdes.
En ny rättegång som planeras till januari har skjutits upp på obestämd tid på grund av en rättslig tvist.
Palomo blev skjuten i bröstet och ansiktet när han körde sin bil vid middagstid på onsdagen, sade talesmannen för räddningstjänsten Raul Hernandez.
Vittnena sa att skyttarna var på en motorcykel.
" Offret, som fortfarande lever, försökte fly attacken och körde några meter innan krascha in i ett träd", sade Hernandez.
Motivet till mordet är fortfarande oklart.
En advokat som representerade den f.d. guatemalanska militärledaren Efrain Rios Montt mot folkmordsanklagelser har skjutits ihjäl.