Utställningen i Block 27 placerar det tidigare lägret i det bredare sammanhanget av Nazitysklands systematiska försök att utplåna Europas judiska befolkning.
Den övervakas av Israels Förintelseinstitut Yad Vashem.
Tidigare i Warszawa anklagade Netanyahu Iran, en av Israels starkaste fiender, för att ha planerat en ny Förintelse.
Av Adam EastonBBC News i Warszawa
Den nya permanenta Shoah-utställningen har ersatt den förfallna utställningen som installerades 1960-talets kommunist-era Polen.
Det är en imponerande, kraftfull utställning. När man kommer in i ett förmörkat rum kan man höra en bön. I nästa rum visas ett panorama över diabilder och video av förkrigstidens judiska liv i Europa. Ett rum ägnas åt nazistisk ideologi och visar en video av Hitlers och Goebbels tal. En karta visar de många judiska utrotningsplatserna i Europa. En av de mest rörande uppvisningarna belyser de 1,5 miljoner judiska barn som mördades av nazisterna. En konstinstallation återger sina pennteckningar gjorda under Förintelsen på starka vita väggar.
Det finns också en bok med namn, som löper till 58 volymer, som syftar till att räkna upp alla namnen på de sex miljoner offren för Förintelsen. Slutligen finns det ett rum för besökare att sitta och reflektera över de fasor de just har sett.
På torsdag fördes han runt utställningen på det tidigare lägret innan han höll ett tal vid invigningsceremonin, Yad Vashem rapporterade på sin Twitter-konto.
Den ursprungliga judiska utställningen i Auschwitz daterat till 1960-talet och hade försummats, vilket fick den israeliska regeringen att nyligen besluta om en ombyggnad.
Uppskattningsvis en miljon judar, tillsammans med omkring 100.000 människor av annan etnicitet och bakgrund, dog i Auschwitz och det angränsande Birkenaulägret, i gaskamrar eller av svält, sjukdom och tvångsarbete.
De nya skärmfunktionerna:
Netanyahu använde ett besök i den polska huvudstaden på onsdag för att varna för att Iran nu var ett stort hot mot judarna.
Iranierna går till vallokalerna på fredag för att välja en ny president, med den hårdsinta etablerade Mahmoud Ahmadinejad, som inte är berättigad till en tredje mandatperiod.
Netanyahu sade att det iranska valet på fredag skulle "inte ändra någonting" i Islamiska republikens påstådda strävan efter kärnvapen.
"Detta är en regim som bygger kärnvapen med det uttalade syftet att förinta Israels sex miljoner judar", sade han. "Vi kommer inte att tillåta detta. Vi kommer aldrig att tillåta ännu en Förintelse."
Teheran förnekar att han vill skaffa kärnvapen.
Iran betraktas som ett hot i Israel på grund av sin aggressiva retorik, sitt stöd för militanta grupper i regionen, sin arsenal av långdistansmissiler och sitt kärnvapenarbete.
Men kritiker av den israeliska premiärministern har anklagat honom för att alltför ofta citera Förintelsen i Iran.
Aluf Benn, redaktör för den liberala israeliska tidningen Haaretz, skrev i en ledare förra veckan: "Shoah [Förintelse] varningar har tagit över den politiska och militära diskursen."
Israels premiärminister Benjamin Netanyahu har öppnat en Förintelseutställning på Auschwitz nazistiska dödsläger i södra Polen.