Charlie Dunn, från Tamworth, dog på sjukhus efter att ha hittats nedsänkt i Blue Lagoon-området vid Bosworth Water Park i Leicestershire den 23 juli.
Lynsey Dunn, 28, och Paul Smith, 36, som tros vara pojkens mor och styvfar, har anklagats för dråp på grund av grov vårdslöshet.
De anklagas också för sju barnmisshandelsbrott.
Dessa brott påstås ha ägt rum mellan april 2012 och juli 2016.
Live-uppdateringar från East Midlands
Dessutom har Smith åtalats för två fall av hot mot vittnen som påstås ha ägt rum i mars 2016 och juni 2017, ett fall av hot mot skador på eller förstör egendom genom eld i juni 2017 och åtta trafikförseelser som påstås ha ägt rum i januari och juni 2017.
Båda svarande, av Caledonian, Glascote Heath, Tamworth, framträdde vid Leicester Magistrates' Court tidigare och kommer att infinna sig vid Leicester Crown Court den 5 juli.
En man och kvinna har åtalats för dråp på en femårig pojke som drunknade i en sjö.