Skylten utanför Chimes café i Machynlleth i Powys säger: " Ju mer du väger, desto svårare är det att kidnappa! Håll dig i säkerhet. Ät tårta! "
April, fem, försvann den 1 oktober 2012 nära hennes hem, vilket gav upphov till den största sökningen i Storbritanniens historia.
Kaféets ägare sade att skylten inte var avsedd att vara motbjudande eller kränkande.
Hon lade till skylten hade varit på "display i många veckor" och hon hade "bara fått en kommentar".
"April Jones familj har varit här nyligen, när skylten var uppe, och har inte sagt något", sade hon.
Hon medgav dock att hon kunde "uppskatta hur andra skulle tolka budskapet", men tror att de som har klagat "har tagit det på fel sätt".
Machynlleth bosatt, Angharad Penrhyn Jones, tog till Twitter för att säga: "En skylt utanför ett café i #Machynlleth: "Ju mer du väger, desto svårare är det att bli kidnappad. Ät tårta!" Med tanke på #AprilJones, chockerande.
"Jag gick för att prata med caféägaren och tydligen är skylten 'humorous' och kidnappningen hände 'år sedan', och jag är 'överkänslig'.
Författaren och den tidigare parlamentskandidaten Mike Parker sade: "Jag tycker att skylten är helt olämplig och min första tanke var hur motbjudande det var med tanke på vad som hade hänt tidigare i staden".
Kaféet ligger bakom klocktornet i Machynlleth, som spelade en framträdande visuell roll under sökandet efter april då ett stort rosa band placerades på räckena utanför.
Mark Bridger, 47, av Ceinws, Powys, befanns skyldig till bortförande och mord April i en sexuellt motiverad attack och måste tillbringa resten av sitt liv bakom galler.
Hennes kvarlevor har aldrig hittats.
En caféägare har försvarat en skylt som uppmanar folk att äta tårta för att undvika att bli kidnappade i staden där April Jones kidnappades och mördades 2012.