En talesman för banken sa att de "arbetade platt för att få dessa betalningar uppdaterade för våra kunder senast på lördag".
Dess moderbolag RBS sade att omkring 600 000 betalningar påverkades.
Den sade att den nu hade identifierat och åtgärdat det underliggande problemet.
Ulster Bank sa att berörda kunder skulle "komma in i en filial eller komma i kontakt med våra callcenter".
"Vi kommer att se till att inga kunder lämnas utanför fickan som ett resultat av denna fråga," sade en talesman.
Under 2012 drabbades RBS-gruppen av en stor IT-härdsmälta som ledde till stora böter.
RBS, NatWest och Ulster Bank kunder påverkades i juni 2012 efter problem med en uppgradering av programvara. Vid detta tillfälle påverkade IT-felet mer än 6,5 miljoner kunder i Storbritannien under flera veckor.
Bankgruppen sade att den hade investerat hundratals miljoner pund för att förbättra sina datasystem sedan dess.
Ulster Bank arbetar för att återställa betalningar och autogireringar som försenades av ett datafel som involverade RBS-gruppen av banker.