En hundvandrare såg kroppen i Vernatt's Drain, nära Pinchbeck Road bron i Spalding, på söndag.
Polisen återhämtade kroppen från vattnet efter att ha larmats strax efter 14:00 GMT.
Officerare hade inledningsvis behandlat dödsfallet som oförklarligt, men sade att de nu betraktade det som inte misstänkt.
Mannens detaljer är ännu inte släppta.
En mans död på Lincolnshires vattenväg behandlas inte som misstänkt, har polisen sagt.