51-åringen hittades i sitt hem i Royston i Hertfordshire i juli. Hon hade varit försvunnen i tre månader.
Hennes partner, Ian Stewart, 56, har vägrat att mörda henne.
Patologen Dr Nathaniel Cary berättade för St Albans Crown Court att det var "möjligt att hon lades ner brunnen i ett medvetslöst tillstånd och sedan drunknade".
Ms Baileys kropp hittades i en kloak under garaget i vätska, inklusive mänsklig exkrement, som domstolen hörde.
Mer om detta och andra nyheter från Hertfordshire
Hennes dachshund Boris hittades bredvid henne, tillsammans med en hundleksak.
Northumberland-född författare till Electra Brown serien för tonåringar, hade senast setts levande den 11 april.
Orsaken till ms Baileys död var officiellt angiven som "obestämd", sade dr Cary.
Tester efter slakt visade inga tecken på skada. Det fanns inga brutna ben, inga tecken på blåmärken eller hjärnblödning, berättade han för juryn.
Analys av hennes hår fann spår av det lugnande Zopiklone, som hade förskrivits till Mr Stewart, hade funnits i hennes system i flera månader och var närvarande vid tidpunkten för hennes död.
Toxikologen Dr Mark Piper sade biverkningar av läkemedlet kan inkludera kortsiktiga minnesförlust kanske leda någon att tänka "deras sinne spelade trick".
Juryn fick veta tidigare att författaren under veckorna före sin död hade mejlat vänner som beskrev hur hon kände sig förvirrad och mentalt störd.
Patologen Dr Cary sa att om hon hade blivit nedsövd, kunde ms Bailey ha dödats utan synskador med mer "subtila" medel.
"Subtila sätt att dö inkluderar kvävning och kompression av halsen med hjälp av ett armlås, med hjälp av boven i armbågen... även kallad sovande grepp, det används i vissa kampsporter för att minska medvetandet."
Korsförhör av försvarsadvokat Simon Russell Flint QC, Dr Cary sade att han spekulerade, men tillade: "På grundval av fallet som helhet, är det min åsikt att inte bara var hon dold av en tredje part men det verkar troligt att hon dog i händerna på tredje part på något sätt."
Han tillade: " Det är möjligt att hon lades ner i ett medvetslöst tillstånd och sedan drunknade... men omöjligt att bekräfta att kroppen befann sig i vatten med tanke på hur mycket tid det tog.
"Jag kan inte diskontera det, det är en av en rad möjligheter."
Veterinären som utförde obduktionstester på Baileys hund hade inte kunnat fastställa dödsorsaken.
Ingen Zopiclone hittades i dess system och i ett uttalande från Dr Jonathan Williams fick juryn veta att det inte var möjligt att "bekräfta eller vederlägga om djuret drunknade".
Åklagarsidan hävdar att Stewart, som skulle gifta sig med Bailey "illvilligt", mördade henne för hennes pengar.
Författaren var värd "att närma sig £ 4m", hörde domstolen tidigare.
Stewart nekar till mord, förhindrar en laglig begravning, bedrägeri och tre fall av förvrängning av rättvisans sak.
Juryn har skickats hem för dagen.
Rättegången förväntas pågå i sju veckor.
Barnförfattaren Helen Bailey kan ha levt när hon släpptes in i en kloak hemma hos sig, en domstol har hört.