Pastorn Gavin Ashenden, en ledande präst i engelska kyrkan, lämnade sin ställning som präst för att vara fri att kritisera flytten.
En passage från Koranen lästes under en Epifani-gudstjänst i St Marys katedral i Glasgow tidigare denna månad.
Ashenden sade att läsningen hade orsakat "allvarligt brott".
Katedralen har sagt att den står fast vid sitt beslut.
Marias inbjudna lokala muslimer, som också vördar Jesus som profet, att ansluta sig till gudstjänsten.
En elev, Madinah Javed, läste ur det arabiska kapitlet i Maryam, eller Maria.
Kapitlet berättar historien om Kristi födelse till jungfru Maria, och inkluderar den islamiska läran att Jesus inte är Guds son och inte bör tillbes.
Ashenden sade till BBC Radio 4s söndagsprogram: "Problemet med det som hände i Glasgow var att även om det presenterades som ett sätt att bygga broar och ett sätt att utbilda människor, gjordes det illa, på fel sätt, på fel plats, i fel sammanhang.
"Det finns ett antal medlemmar i församlingen som har skrivit öppna brev och klagat över den djupa upprördhet de upplevde som människor som är en del av det eukaristiska samfundet som hade kommit för att tillbe Kristus."
Katedralens provost, Very Rev Kelvin Holdsworth, har sagt att läsningar av Koranen i katedralen var en del av ansträngningarna att bygga relationer mellan kristna och muslimer i Glasgow.
Han sade: "Sådana avläsningar har hänt ett antal gånger i det förflutna i detta och i andra kyrkor och har lett till fördjupade vänskapsförhållanden lokalt, till större medvetenhet om det vi har gemensamt och till dialog om hur vi skiljer oss åt."
Han frågade om han hade vetat vad Koranens vers specifikt sade om Jesus och avböjde därför att kommentera ytterligare.
En av drottningens präster har avgått efter en rad om att läsa ur Koranen i en Glasgow kyrka.