Lewis Hamilton var den snabbaste av silverbilar, trots ett misstag-strewn sista varv på en helg när straff innebär att han kommer att börja från baksidan.
Team-mate Nico Rosberg, som har en gyllene möjlighet att stänga titeln race underskott, var 0,107seks långsammare.
Red Bulls Daniel Ricciardo var näst snabbast, följt av Sebastian Vettel.
Mercedes har hittills inte visat sin verkliga takt under en ovanlig helg som dominerats av Hamiltons motorpåföljder - som uppgår till 55 platser efter tre motorbyten, vilket innebär att han kommer att börja på baksidan - och problem med däckval som orsakas av den oväntade värmen.
Spa-Francorchamps är mer vanligtvis förknippas med oförutsägbara och ofta vått väder, även i augusti, men denna helg har bakat, med temperaturer i de låga 30Cs.
Det innebär att däcken lider - ett problem som förvärras av att större frihet för teamen i däckval än tidigare i år har lett till att de har lutat sig mot mjukare däck.
Det supermjuka däcket har aldrig förts till Spa tidigare, på grund av kraven från dess många långa, snabba hörn.
Men Ferrari plockade sju uppsättningar av däcket från deras tillgängliga 13 och bara en av de mer hållbara medium.
Mercedes har gått åt andra hållet och delat upp sina val mycket jämnare mellan supermjuka, mjuka och medium.
Det innebar, med bara fyra uppsättningar av supermjuka tillgängliga, Mercedes använde det inte alls förrän de sista minuterna av sessionen.
Det var inte omedelbart klart varför Rosberg låg 0,768seks utanför Raikkonens tempo, men Hamilton hade en lift i den snabba dubbel-vänster hander på Pouhon och sedan gjorde misstag på platt-ut Blanchimont och på ingången till den sista chikanen.
Mercedes verkställande direktör (teknisk) Paddy Lowe berättade BBC Sport att laget var sannolikt att ge Hamilton bara den minsta möjliga kör i kval - förmodligen innebär bara en körning i den första sessionen - på grund av hans straff.
"Vi kommer förmodligen bara köra det minsta nödvändiga i kvalificering," Lowe sade. "Vi vill ge Lewis den starkaste möjliga rasen från baksidan och med maximalt antal däck."
Rosberg, trots sin brist på rubrik tempo i den sista övningen, förväntas ta pole, och det kommer att bli en hård strid mellan Red Bull och Ferrari för bästa av resten.
Ricciardo lagkamrat Max Verstappen, som var snabbast på fredag eftermiddag, gjorde bara två varv på lördagen innan de drabbades av ett växellåda problem.
Hamilton är inte den enda föraren med motorpåföljder.
McLaren's Fernando Alonso, som var 11:e snabbaste och två platser före lagkamrat Jenson Button i sessionen, har en 35-plats straff och Sauber Marcus Ericsson 10 platser.
Belgiska Grand Prix praxis resultat
Belgiska Grand Prix täckningsuppgifter
Ferrari's Kimi Raikkonen satte farten i sista hand vid belgiska Grand Prix eftersom Mercedes-förarna endast var femte och sjunde.