"Jag är mycket tacksam för de många digitala budskap av goodwill jag har fått och vill tacka er alla för er vänlighet", skrev hon.
Monarken, vars milstolpe födelsedag markerades med många händelser, undertecknade det sällsynta budskapet "Elizabeth R".
Drottningen skickade sin första tweet 2014 när hon öppnade en ny utställning på Science Museum i London.
Storbritanniens längsta monark firade sin 90-årsdag den 21 april, och en mängd händelser hölls under tre månader, från april till juni.
Drottningen fyller två år - sin riktiga födelsedag den 21 april och sin officiella födelsedag en lördag i juni - en tradition som sträcker sig tillbaka 250 år. Det infördes för att försöka säkerställa bättre väder för monarkens officiella firande.
Hennes officiella födelsedag i år var den 11 juni och den årliga Trooping the Colour hölls på Horse Guards Parade, följt av en RAF-fluga som Kungafamiljen tittade på från balkongen i Buckingham Palace.
Dagen därpå stod Drottningen värd för Patrons lunch, ett gatuparty för omkring 10 000 personer längs The Mall som erkände hennes beskydd av mer än 600 organisationer i Storbritannien och runt Samväldet.
Drottning Elizabeth II vid 90
Läs mer om drottning Elizabeth II på BBC iWonder
Drottningen har twittrat henne tack vare folk som skickade hennes 90-årsdagsmeddelanden på sociala medier.