Scots förlorade sin sista uppvärmning test 19-16 till Frankrike och Cotter tror att utrymningen i Paris kommer att hjälpa hans sida i deras VM-öppnare mot Japan.
"Det gick säkert upp en nivå och var ett mycket fysiskt spel mot ett mycket aggressivt försvar", sade han.
"Det var ett stort spel med några tilltalande saker men saker vi måste arbeta på."
Skottland gick i 9-6 i intervallet vid Stade de France tack vare kängan av Greig Laidlaw men förlorade farten vid tillfällen med problem vid den inställda biten och förlora line-out bollen.
"Vi fick inte boll och när vi gjorde det var det inte rent", sade Cotter som var ansvarig för Skottland för 16: e gången.
"Trots det tyckte jag spelarna försvarade riktigt bra. Killarna gjorde stora succéer. Ibland på sådana dagar om du inte har bollen då du kompenserar för det på andra sätt. Det betyder att du anpassar dig."
Cotter hade särskilt beröm för John Hardie i veckan Nya Zeelander valde sin landsman för Skottlands VM trupp trots att bara ha spelat en timme rugby för den nationella sidan.
Han sade: " Kräftigt, John tillade en kant. Han var mycket effektiv och fick igenom en enorm mängd arbete.
"Såna här saker inspirerar människor. Han är en klassspelare. Vi har några klassspelare och det finns några klassspelare som inte klarade sig."
Skottlands uppmärksamhet riktas nu mot VM och öppningsmatchen mot Japan den 23 september, följt av matcher mot USA, Sydafrika och Samoa.
Och samtidigt som Cotter erkänner att mer arbete måste göras, säger han att det finns en beslutsamhet framför att resa till England för finalen.
"Vi blir bättre", sa han. "Vi har en påminnelse om att vi måste jobba på vår linje. Jag trodde att vår scrum var bättre.
"Jag tror att vi visar smidighet på fältet - både mentalt och fysiskt. Vi ställer upp för armbrottningen, vilket är bra.
"Vi visar lite mer explosivitet runt kontaktområdena men vi behöver utveckla lite mer självförtroende. Vi vill göra riktigt bra ifrån oss i denna VM och spelarna är beslutna."
Scotland huvudtränare Vern Cotter säger att hans lag är "på väg upp för arm brottning" och visar mer "explosivitet" före VM.