Club president Josep Maria Bartomeu berättade reportrar det hade varit "ett misstag... i skatteplanering" i samband med överföringen.
Barcelona hade anklagats för skattebedrägeri på grund av undertecknandet, vilket det förnekade.
Neymar och hans far undersöks också över påstådda skattebedrägerier, vilket de också förnekar.
"Vi har varit tvungna att acceptera att betala en € 5,5 miljoner böter på grund av ett misstag i 2011 och 2013 skatteplanering i undertecknandet av Neymar," Mr Bartomeu sade.
"Det var bättre att acceptera detta avtal än att fortsätta med den osäkerhet som har pågått länge i Neymar-fallet."
Barcelona gjorde en frivillig skatteutbetalning på 13,5 miljoner euro 2014 efter att ha åtalats för skattebedrägerier vid undertecknandet, men förnekade alla oegentligheter.
Neymar, vars fullständiga namn är Neymar da Silva Santos Junior, kom till Barcelona i juni 2013 efter en framgångsrik karriär med den brasilianska klubben Santos.
Barcelona sa att det betalade 57 miljoner euro (SEK 43m) för framåt, med spelarens föräldrar får € 40m och Santos € 17m.
Men utredarna sa att avgiften var närmare 83 miljoner euro och att Barcelona hade dolt en del av affären. Klubben förnekade anspråket.
Tidigare denna månad begärde spanska åklagare att Neymar skulle åtalas för bedrägeri.
De hävdar att spelaren och hans far dolde det verkliga värdet av överföringen från Santos till Barcelona.
En brasiliansk investeringsfond, som hade 40 % av Neymars idrottsrättigheter när han spelade på Santos, hävdar att den berövades sin fulla andel av överlåtelsen.
Neymar undersöks också för skatteflykt i Brasilien.
Barcelonas fotbollsklubb har gått med på att betala böter på 5,5 miljoner euro (4,3 miljoner pund) för överföringen av Brasiliens internationella Neymar 2013.