Många sefardiska judar dödades, tvingades konvertera till kristendomen eller lämna den i slutet av 1400 - talet.
Parlamentet banade väg för en förändring av medborgarskapslagarna för två år sedan, men flytten krävde godkännande av kabinettet.
Från och med nu kan ättlingar till sefardiska judar som kan bevisa en stark koppling till Portugal ansöka om pass.
Regeringen säger att man kan lägga fram bevis genom en kombination av efternamn, språk som talas i familjen eller bevis på direkt härkomst.
Tusentals sefardiska judar tvingades bort från den iberiska halvön, först från Spanien och sedan från Portugal.
Några av dem som flydde till andra delar av Europa eller till Amerika fortsatte att tala en form av portugisiska i sina nya samhällen.
Den portugisiska regeringen erkänner att judar bodde i regionen långt innan det portugisiska riket grundades på 1100 - talet.
"Det finns ingen möjlighet att ändra på det som gjordes", säger den portugisiske justitieministern Paula Teixera da Cruz, och tillägger att lagändringen var "en tillskrivning av en rättighet".
Portugals judiska samhälle, som en gång var tiotusental, har krympt till bara 1.000 - de flesta av dem Ashkenazim med rötter i Östeuropa.
Grannlandet Spanien diskuterar fortfarande en liknande lag för att ta itu med sin behandling av judar i det förflutna.
Den portugisiska regeringen har godkänt regler enligt vilka ättlingar till judar som fördrivits från Portugal för mer än 500 år sedan kan göra anspråk på medborgarskap.