Världen nummer ett, 32, slog Waters 11-2 11-5 11-4 på bara 24 minuter på National Squash Centre för att säkra en första nationell titel sedan 2012.
"Jag är verkligen glad att jag spelade bra hela veckan för att vinna titeln igen," berättade hon turneringens webbplats.
I herrevenemanget slog Nick Matthew James Willstrop 11-2 6-11 11-3 11-3 för att vinna sin åttonde brittiska titel.
World nummer tre Matthew, 35, förlorade sin första uppsättning i veckan men återhämtade sig för att vinna finalen på 50 minuter.
Laura Massaro vann sin tredje brittiska titel med en straight-set final seger över Alison Waters i Manchester.