De visar att utsläppen 2015 var 41 % lägre än 1990 års nivåer, vilket är ett riktmärke mot vilka målen fastställs.
Förra året skedde en rekordstor minskning med 45,8 %, vilket inte bara uppfyllde det årliga målet utan översteg målet på medellång sikt att minska utsläppen med 42 % fram till 2020.
Det innebär att de totala utsläppen sedan 2014 är 1,8 % högre.
Statistiken verkar stödja påståenden från miljögrupper om att målet för 2020 endast uppnåddes på grund av en ovanligt mild vinter.
Den senaste statistiken kommer att bli en besvikelse för ministrar som har placerat Skottland som världsledande när det gäller att bekämpa klimatförändringarna.
Tidigare i år tillkännagav Skottlands miljöminister Roseanna Cunningham ett nytt mål att minska utsläppen med 50 % till 2020.
Hon tillkännagav också planer på att minska koldioxidutsläppen inom elsektorn och öka mängden skogsmark för att kompensera för kol.
Siffrorna för alla år justeras årligen för att återspegla den ökade förståelsen för växthusgasutsläpp.
De anpassas också för att återspegla Skottlands deltagande i det komplexa EU-omfattande systemet för handel med utsläppsrätter.
En andra uppsättning siffror om utsläpp från källor visar en minskning på 3 % sedan 2014.
Fram till förra året hade det årliga målet missats fyra år i följd.
När det gäller utsläpp från källor har transporterna tagit över energiförsörjningen som den största bidragsgivaren.
Detta tillskrivs en minskning av mängden kol som förbränns vid Longannet-kraftverket.
Det har också skett en förskjutning i beroendet av kärnkraft, vilket motsvarar 34,7 % av efterfrågan jämfört med 25,7 % 2007.
Den största förändringen är skogsbruket som har sett en betydande minskning av mängden kol som blötts upp av träd.
Bristen på planteringar runt 1980-talet innebär att fler träd fälls årligen än vad som är på väg att mogna.
Cunningham sade dock att Skottland fortfarande var "komfortabelt på rätt spår" för att nå sitt 2020-mål.
Hon tillade: "Statistiken visar också att vi fortsätter att överträffa Storbritannien som helhet, med våra ansträngningar att driva på en transformativ förändring i vårt energisystem som tydligt lönar sig.
"Vi visste alltid att det skulle vara tufft att uppfylla våra ambitiösa mål och att de medför ett antal utmaningar, såväl som möjligheter.
"Vårt förslag till klimatplan innehåller ett åtgärdspaket för transport, värme, elproduktion och energieffektivitet som kommer att hjälpa oss att gå längre."
Jim Densham, från Stop Climate Chaos Scotland, sade att siffrorna visade att verkliga framsteg gjordes för att säkra en "ren energirevolution".
"För att nå framtida klimatmål måste vi nu bygga vidare på de tidiga framgångarna att överladda åtgärder på nyckelområden", sade han.
– Hit hör bostäder, jordbruk och framför allt transporter, som för första gången är den största källan till utsläpp.
"Transportföroreningar har varit envist höga i årtionden och vi behöver betydande åtgärder för att komma ikapp andra länder som Indien och Norge som planerar att avsluta försäljningen av bilar med fossila bränslen fram till 2030."
Växthusgasutsläppen i Skottland har ökat, men det lagstadgade målet för 2015 har enligt de senaste siffrorna uppnåtts.