Snap övningen i Rostov regionen beställdes av president Vladimir Putin.
I södra militärdistriktet ingår Krim - halvön annekterad av ryska styrkor 2014 - och områden vid gränsen till östra Ukraina.
Proryska rebeller höll också militära övningar i östra Ukraina förra veckan.
Den självutnämnda "Donetsk folkrepubliken" testade tunga artilleri- och raketsystem i Torezområdet, nära den rebelliska staden Donetsk.
Nato, västliga ledare och Ukrainas regering anklagar Ryssland för att skicka tunga rustningar och reguljära trupper till rebellerna. Moskva förnekar detta, men medger att ryska "volontärer" hjälper rebellerna.
Det finns ett skakigt eldupphör, men båda sidor - rebellerna och de ukrainska regeringsstyrkorna - är fortfarande långt borta och uppfyller det fredsavtal som de har undertecknat i Minsk.
Den ryska militären angav inget samband mellan de nuvarande övningarna i södra Ryssland och situationen i Ukraina.
Övningarna omfattar snabb utplacering av trupper från 3.000 km bort och förberedelse av nödlandningsbanor för flygvapnet.
Organisationen för säkerhet och samarbete i Europa (OSSE) sade sina övervakare i östra Ukraina konfliktzonen hade sett fortsatt användning av "förbjudna vapen, tungt artilleri", trots Minskavtalet.
I ett uttalande till BBC sade OSSE att spänningsnivåerna "fortfarande ebb och flöde". I slutet av januari förekom mer än 1 000 brott mot eldupphöret "på olika platser längs kontaktlinjen", men i början av februari "var konfliktzonen relativt lugn", sade OSSE.
De viktigaste hotspots kvar: området norr om Horlivka, särskilt Zaitseve by (ca 45 km norr om Donetsk), även runt Donetsk flygplats, Debaltseve och triangeln Kominternove-Pavlopil-Oktiabr söder om Donetsk.
Rysslands övningar kommer som dess flygvapen kontingent i Syrien genomför tunga bombningar för att driva anti-regeringen rebeller bort från staden Aleppo.
Några av Rysslands senaste militära utrustning är inblandade i Syriens uppdrag, inklusive fyra Sukhoi Su-35S-stridande - en typ som bara började med den ryska militären förra året.
Ryssland håller stridsberedskapsövningar med 8 500 soldater, med dussintals fartyg och flygplan, i en sydlig region nära områden i östra Ukraina som hålls av proryska rebeller.