Det kommer efter Camden invånare försökte rädda St James' Gardens plats, nära London Euston, som var en begravningsplats från 1790 till 1853.
Den lokala kyrkodirektören Dorothea Hackman sa att det var "likt skandalöst" att de skulle "gräva upp våra döda".
HS2 Ltd sade att arbetet skulle utföras med "värdighet, respekt och omsorg".
I trädgården finns bland annat kapten Matthew Flinders, som är den första personen att omringa och namnge Australien, och Bill Richmond, en av de första svarta boxarna.
"[Dessa människor] bör inte störas av falska aktiviteter som detta", sade Mrs Hackman, som hjälpte till att organisera tjänsten, som förväntades vara närvarande av 40 personer.
"Och tänk bara på den skadliga effekten att ta bort fördelarna med träd och grönområden kommer att ha på området när det gäller luftkvalitet.
"Det har inte skett någon förstörelse på den här skalan sedan sextiotalet. Regeringen har styrt över demokratin."
Invånaren Marian Kamlish, 92, sade att "i tider av åtstramningar", ett sådant "vanity projekt" var en förolämpning mot dem som arbetar för liknande NHS, brand- och polisstyrkor.
HS2 Ltd kommer att gräva ut delar av gravplatsen så att den kan planera avlägsnandet av kvarlevorna innan de återinträds på annat håll.
En talesman betonade att grunderna inte hade använts på mer än ett århundrade.
"Vi kommer att se till att vi behandlar webbplatsen med värdighet, respekt och omsorg," sade han.
"Därför kommer vi att fortsätta vårt nära samarbete med lokalsamhället, ärkebiskopsrådet, den lokala församlingen, det historiska England och andra organisationer när vi går vidare med nästa fas av projektet."
I februari gav parlamentet befogenheter att bygga den första etappen av linjen - mellan London och Birmingham - som skall öppnas i december 2026.
I juni, Department for Transport (DfT) sade First Trenitalia West Coast, MTR West Coast Partnership och West Coast Partnership hade alla varit blanklistade för att driva tjänsten på linjen.
En minnesgudstjänst har hållits för 60 000 personer vars kvarlevor kommer att grävas upp i London som en del av höghastighetsprojektet HS2.