Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Sexton, 30 år, har drabbats av flera hjärnskakningar och tvingades bort i den 69:e minuten av Irlands nederlag av Frankrike den 13 februari.
Jones sade: "Vi riktar oss mot spelare hela tiden. Det är en del av rugby, eller hur?
"Jag säger inte att Sexton är en svag försvarare, men vi kommer att rikta spelare eftersom vi vill vinna."
Jones tillade att tränare har valt ut särskilda oppositionsspelare i sina taktiska planer "sedan Adam var en pojke", avslöjar att han hade sagt till sina spelare att köra på England flyga-halv Jonny Wilkinson skadade höger axel när coaching Australien i 2003 VM-finalen.
Behandlingen gick ut på att flyga halva Sexton i Paris - inklusive en off-the-ball axelladdning av andra raden Yoann Maestri tidigt i den första halvan - kritiserades av Irland coach Joe Schmidt.
Maestri undkom ett förbud efter att incidenten hade granskats av den åberopande kommissionsledamoten. Sexton fick diagnosen whiplashskador på halsen och axeln efter matchen.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Jones sade att han ville att England skulle vara "brutal" men lagligt i sin första match på Twickenham sedan han tog ansvar för England i november.
Han sade: " Det är inte olagligt att rikta in sig på någon. Jag vill inte att våra spelare ska göra något olagligt när det gäller lagarna. Vi vill vara fysiska, rättvisa och brutala.
"De har pratat om att han har whiplash skador, vilket inte är en bra sak att prata om. Jag är säker på att hans mor och far skulle oroa sig för det."
Kapten Dylan Hartley tillade: "Om det finns en svag försvarare i laget, sätter du din bästa bollbärare på den svaga försvararen. Men en svag försvarare kan vara en lat tight-head vars ben har försvunnit. Det är inte för att de är fysiskt svaga, det kan vara av andra skäl."
Sexton tillbringade 12 veckor på sidolinjerna mellan november 2014 och februari 2015 som en del av en påtvingad permittering efter en fyra hjärnskakningar på ett år medan han spelade sin klubb rugby för Racing Metro i Frankrike.
Vissa media kommentatorer har uppmanat Sexton att överväga att gå i pension för att skydda sin långsiktiga hälsa med 69 procent av de läsare som svarar på en online-undersökning av Irish Independent tidning föreslår att han ska sluta spela.
Före detta England scrum-halva Matt Dawson berättade BBC Radio 5 live att Jones kommentarer var "uppfriskande".
Dawson sade: " Naturligtvis har han inte överträtt målet. Det är så det är. Varje enskilt möte mellan England och Irland, de kommer att ha riktat spelare de tror är svaga. "
Irland flyger halva Johnny Sexton kommer att vara ett legitimt mål under lördagens Six Nations match på Twickenham, säger Englands huvudtränare Eddie Jones.