Vikki Thompson, 21 år, hittades död i sin cell på HMP Leeds 2015 med en ligatur runt halsen.
Robert Steele berättade för förhöret i Wakefield Miss Thompson skrev till honom i fängelset och sa: "Jag vet att jag kommer att göra något dumt."
Han sa: "Jag tror inte att hon borde ha suttit i ett manligt fängelse."
Fler berättelser från hela Yorkshire
Juryns förhör fick också veta att miss Thompson från Keighley upprepade gånger hade sagt till fängelse- och hoveskortpersonalen att hon skulle "föras i en låda".
David Steele sa att han talade med henne i telefon när hon satt i fängelse och hon sa att hon ville flytta till ett kvinnofängelse som och hennes advokater väntade på att hon skulle lämna in en formell ansökan till guvernören.
Steele sa också att han fick ett brev från sin partner där det stod: "Jag tror inte att jag klarar mig så länge här inne. Jag kan inte sova på natten. Det känns som om jag inte kommer att vara här längre.
"Jag vet att jag ska göra något dumt. Jag vill inte, men jag kan inte göra det här."
Men i ett uttalande som lästes upp för domstolen sa miss Thompsons mor Lisa Harrison att hennes dotter inte sa att hon hade problem med att sitta i ett herrfängelse.
"Vikki gillade inte fängelset, men vem gör det?" Ms Harrison sa det. "Hon sa aldrig något till mig om att det var fel fängelse för henne."
Utredningen hörde att miss Thompson hade identifierat sig som kvinna sedan hon var 10 år men aldrig hade fått någon kirurgisk eller hormonbehandling.
Hon hade inget jämställdhetsintyg för att fastställa sin kvinnliga identitet, så hon skickades till ett herrfängelse.
Rättsläkaren Jonathan Leach sade att förhöret skulle undersöka ett antal frågor inklusive lämpligheten av "fängelseboende".
Juryn fick veta att efter en omfattande riskbedömningsprocess placerades miss Thompson till en början i E-Wing snarare än A-Wing, där sårbara fångar var inhysta och placerades på en timmes självmordsbevakning.
Leach sade att detta beslut fattades eftersom man trodde att hon skulle utsättas för större risk för A-Wing på grund av antalet sexualbrottslingar där.
Han sa att hon senare fick flytta till A-Wing men blev hånad av män i segregationsblocket nedanför.
Utredningen hörde att den dag hon dog hade miss Thompson setts titta på TV klockan 19:00 GMT men klockan 20:00 sågs hon på golvet med ligaturen runt halsen och larmet höjdes.
Utredningen, som förväntas pågå i tre veckor, fortsätter
Partnern till en transsexuell kvinna som hittades död i ett mansfängelse medan han satt i remand har sagt att hon inte ville sitta i ett mansfängelse.