President Thein Sein sade att avtalet hade öppnat "vägen till framtida fred" i Myanmar, även känd som Burma.
Men de mest aktiva rebellgrupperna har inte undertecknat avtalet, som kommer efter två års förhandlingar.
Myanmar har varit inblandat i väpnade konflikter med olika etniska och andra grupper som söker större självständighet sedan självständighet från britterna 1948.
Våldet har under årens lopp lämnat tiotusentals döda, fördrivit hundratusentals fler och har använts av militären för att rättfärdiga sitt långa grepp om den politiska makten.
Att lösa konflikterna anses vara centralt för Myanmars försök att reformera efter årtionden av militärt styre.
Regeringen hoppas att torsdagens överenskommelse - som kommer veckor före de allmänna valen - kommer att bli det första steget på vägen mot en varaktig politisk uppgörelse.
Vid den påkostade signeringsceremonin i huvudstaden, Nay Pyi Taw, sade Thein Sein att det var en "historisk dag för Myanmar".
"Vi har kunnat lansera en ny väg till en fredlig framtid för vårt land."
Ordföranden för en av de väpnade grupperna, Karen National Union (KNU), kallade den "en ny sida i historien och en produkt av modiga och energiska förhandlingar".
Avtalet är varken verkligt rikstäckande eller strängt taget ett eldupphör.
För att kunna delta i detta kollektivavtal måste de väpnade grupperna tidigare ha undertecknat ett bilateralt eldupphör med regeringen. Så det stoppar egentligen inte några konflikter.
Detta har ibland handlat om att försöka få alla till startlinjen innan nästa fas, politisk dialog, kommer igång.
Med bara ungefär hälften av grupperna har kommit till startlinjen, kommer vägen framåt härifrån att bli allt mer komplex.
Läs mer: Eldupphör markerar milstenen för Myanmar
Men sju av de väpnade grupper som har deltagit i samtalen undertecknade inte den slutliga överenskommelsen.
Bland dem är den största, United Wa State Army (UWSA), som har cirka 25 000 medlemmar verksamma vid gränsen till Kina, och har till stor del förblivit på sidan av samtalen.
Inte heller undertecknade var Kachin Independence Organisation (KIO), vars Independence Army (KIA) kontrollerar stora områden i nordöstra Kachin staten och har regelbundet kolliderat med den burmesiska armén sedan ett eldupphör kollapsade 2011.
Thein Sein sade att regeringen skulle "fortsätta med våra ansträngningar att få in de återstående organisationerna i processen".
"Dörren är öppen för dem", sa han.
Politiska diskussioner kommer nu att inledas inom några månader om strukturen på ett nytt, och förmodligen mer federalt, regeringssystem, säger vår korrespondent.
Men det finns fortfarande farhågor för att freden med de grupper som undertecknar torsdagens avtal kan bli kortlivad, om den burmesiska armén ignorerar vapenvilan, som den har gjort med andra.
Tidigare i veckan togs alla gruppers undertecknande bort från regeringens lista över "olagliga föreningar", ett steg mot att föra in dem i den allmänna politiken.
Oppositionsledaren Aung San Suu Kyi, som tidigare har uppmanat rebellgrupper att fokusera mer på en varaktig uppgörelse än en snabb sådan, var inte på undertecknandeceremonin.
Företrädare för Förenta nationerna, Europeiska unionen, Indien och Kina med flera bevittnade undertecknandet.
Myanmar har undertecknat ett eldupphöravtal med åtta väpnade rebellgrupper i hopp om att få ett slut på årtionden av konflikter.