Johnston mål satte Kilcoo 1-6 till 0-6 upp tidigt i andra halvlek och var alltid sannolikt att visa sig avgörande i en sådan låg-scoring tävling.
Kilcoos ledning var klippt till en punkt men Down mästare flyttade tre framåt igen och sedan höll på.
Scotstown duo Francis Caulfield och sub Brian McGinnity skickades iväg sent.
Caulfield avfärdades efter att ha fått ett andra gult kort medan McGinnity såg rött efter att ha visat sig slå imponerande Kilcoo full-back Darragh O'Hanlon.
Monaghan-mästarna, slagna av Crossmaglen efter extratid i förra årets provinsfinal, hade bara poäng från Darren Hughes och Donal Morgan att visa för sin tidiga dominans som flera andra goda chanser missades.
Kilcoo slog tillbaka med fem obesvarade poäng efter Aaron Branigan öppnade sitt konto i nionde minuten.
Conor Lavertys typiskt upptagna uppvisning var avgörande för Kilcoos förbättring som Donal Kane, Paul Devlin (två) och Martin Devlin också notched punkter.
Efter att ha hållits poänglös i nästan 20 minuter, Scotstown fann sin räckvidd igen sent i den första halvan som den livliga Shane Carey pekade en fri och väktare Rory Beggan också slog målet från en 45 efter att ha missat tre tidigare långdistans ansträngningar.
Aidan Branigans avgång vid halvtid såg ett slag för Kilcoo men istället hans ersättare Johnston fortsatte att bli den centrala personligheten i matchen.
Sidorna var plana på 0-6 ett stycke när Johnston höll sin nerv för att producera en stor finish förbi Beggan efter Laverty hade snärt på en lång boll.
Efter Shane Careys svar såg Johnston ut att ha handflatat i ett andra Kilcoo mål, men ansträngningarna uteslöts - hårt det verkade - för en fyrkantig boll.
Det kontroversiella beslutet såg ut som om det kunde vara match-svängande som en annan Carey punkt klipp Kilcoos bly till minimum men avgörande Beggan och Carey sedan missade chanser att få Scotstown på villkor.
Paul Devlins fantastiska långdistanspunkt och Aaron Morgan-poängen, efter mer stort arbete av Laverty, lämnade Kilcoo tre framåt med tre minuter av normal tid kvar och Careys sjunde punkt var allt Scotstown kunde kalla i de återstående åtta minuterna av handling.
Förutom Johnston och Laverty, Niall Branigan och Darragh O'Hanlon var bland Kilcoos stjärnor när de satte upp ett möte antingen Kilcar eller Glenswilly den 30 oktober.
Ryan Johnstons halvtid introduktion hjälper Kilcoo kant ut 13-man Scotstown 1-8 till 0-9 i Ulster Club Football preliminär runda spel på Clones.