Den undersökte onlineagenter Booking.com, Expedia och hotellgruppen InterContinental Hotels (IHG).
Sonden misstänkte inledningsvis att avtalen stred mot konkurrenslagstiftningen eftersom de begränsade priskonkurrensen.
Men den har nu tillåtit sådana avtal på vissa villkor.
OFT har gjort det möjligt för online-agenter att rabatt hotellets rum pris, att främja mer konkurrenskraftiga priser.
Tidigare kunde webbplatserna inte erbjuda rabatter.
På de villkor, OFT nämnda konsumenterna måste först registrera sig till ett medlemskap system med ett hotell, antingen av agenterna, eller en annan online agent.
Kunder måste också tidigare bokat ett rum till full ränta med online agent eller hotell, för att vara berättigade till framtida rabatter, sade OFT.
Booking.com och Expedia är två av Storbritanniens största online resebyråer.
OFT inledde sin undersökning 2010 för att undersöka påståendena om att det kan finnas avtal och samordnade förfaranden som leder till fasta eller lägsta återförsäljningspriser.
Huruvida flytten kommer att öppna konkurrensen eller inte och driva ned priserna är föremål för en viss debatt.
Gaucho Rasmussen, verkställande direktör på OFT, sade att han hade tittat på villkoren "mycket, mycket noga".
Han sade: "Vi gjorde en del konsumentforskning och en betydande mängd människor skulle handla runt och använda mindre webbplatser och nya förrätter."
Rasmussen sade att OFT hade genomfört två samråd och att beslutet var det bästa resultatet.
Han sade att när marknaden fortsatte att förändras, kunde mindre webbplatser förnya sig och hitta ett sätt att hålla sig framåt.
Dorian Harris, grundare av rabattbokning webbplats Skoosh, sade att han inte trodde att flytten skulle öppna upp marknaden och pressa priserna ner.
Han sade: "Jag är förbryllad över utgången."
Han sade att mindre företag, som Skoosh, inte hade råd att ändra sin marknadsföringsstrategi och hotellkontrakt för att tillgodose OFT: s villkor, så skulle kämpa för att erbjuda rabatter, sade han.
Harris säger att villkoren skulle avskräcka nya konsumenter från att använda mindre, okända webbplatser snarare än Booking.com eller Expedia: "OFT har inte förstått marknaden. Det är ett enormt misslyckande i bedömningen."
Han sade att konsumenterna inte skulle vilja betala för ett fullt pris rum, för att kvalificera sig för rabattrummen, från en ny webbplats som Skoosh.
De skulle istället föredra att få rabatt direkt från större webbplatser, såsom Expedia, där kunderna förmodligen redan hade köpt ett förstklassigt hotellrum från, för att kvalificera sig.
Han sade att villkoren skulle stärka Booking.com eller Expedias dominans, lägga till OFT hade "slipat till intressen" av de två stora företagen.
OFT: s Rasmussen erkände att det fanns en chans att inrättandet skulle kunna leda till ytterligare monopol, men han sade att OFT skulle övervaka rörelser på marknaden.
OFT har gjort ett försök att hjälpa människor att få tillgång till rabatter när de bokar online, efter att ha avslutat en undersökning av konkurrenspraxis mellan tre företag.