Det ekonomiska forskningsinstitutet ifrågasatte 320 företag efter omröstningen om att lämna EU.
Undersökningen visade att mer än 60 % av de skotska företagen tror att Brexit skulle ha en "negativ inverkan" på dem.
Men institutet sade att det fanns få bevis för att företag ställde in investeringar eller rekrytering direkt.
Allanderinstitutets Fraser, ett oberoende forskningsorgan med säte vid universitetet i Strathclyde, genomförde undersökningen mellan den 5 juli och den 12 juli, efter folkomröstningen i EU.
Drygt 60 % av de tillfrågade skotska företagen sade att de trodde att Brexit skulle få en negativ inverkan på deras verksamhet, medan bara 19 % sade att det skulle ha en positiv inverkan. En tredjedel sade att effekterna skulle bli "mycket negativa".
Omkring 40 % anser att det skulle kunna leda till en minskning av deras investerings- och expansionsplaner om de lämnar EU, och 34 % sade att de skulle kunna skära ned på rekryteringen.
Mer än 70 % av de företag som deltog i undersökningen hade inte gjort några förberedelser för att Storbritannien skulle lämna EU.
Två tredjedelar av företagen sade att en lösning på osäkerheten i ekonomin var en nyckelfråga i förhandlingarna om Förenade kungarikets utträde ur Europeiska unionen, medan 49 procent av företagen angav tillträde till den inre marknaden som en nyckelfråga.
Undersökningen visade dock att det inte fanns mycket som tydde på att företag faktiskt skulle ställa in investerings- eller rekryteringsplaner.
En fjärdedel av företagen sade att de hade fattat ett beslut om att ändra sina investerings- och rekryteringsplaner, även om den stora majoriteten - 95 procent - sade att besluten hade skjutits upp snarare än annullerats helt.
Prof Graeme Roy, chef för institutet, sade: "Detta är det första hårda enkätbeviset efter folkomröstningen om vad företag i Skottland tänker och hur de reagerar på det oväntade resultatet av EU:s folkomröstning.
"En klar majoritet anser att effekterna - förvisso på kort till medellång sikt - kommer att bli negativa. Undersökningen ger vissa belägg för att investerings- och rekryteringsplaner kan komma att skjutas upp.
"Att lösa den nuvarande politiska och ekonomiska osäkerheten måste nu vara den viktigaste prioriteringen. Ju längre tiden av osäkerhet fortsätter, desto skadligare blir konsekvenserna för ekonomin."
De flesta skotska företag anser att Brexit är dåligt för deras framtidsutsikter och ekonomi, enligt en undersökning av Fraser of Allander Institute.