Det följer en tweet av järnvägsbolaget uppmuntrar sina passagerare att skicka meddelanden till facket som säger hur de känner för pågående strejkaktioner.
Southern tog också ut tidningsannonser med rubriken Let's Strike Back och inklusive RMT: s twitter detaljer.
De flesta som svarade kritiserade företaget snarare än facket.
Södern sade i måndags att dess mål hade varit "att få igång debatten".
RMT sade att det trodde att annonsen uppgick till "riktade trakasserier", vilket stred mot Twitters regler.
På måndagen twittrade Södern: " Dags att komma på rätt spår igen. Tweet @RMTunion & berätta för dem hur järnvägsstrejker får dig att känna."
Dussintals passagerare svarade omedelbart, däribland Marianne Powell, som tweetade: " Ni har dragit detta över er själva. Vi, dina kunder lider."
En annan passagerare, Simon Cox, skrev: "Jag ogillar fackföreningar men jag ogillar inkompetent ledning mer."
Kommentar till Southern's meddelande, en annan arg kvinna tweeted: "Starkly rekommenderar du läsa denna tråd, @SouthernRailUK bc problemen är på dig."
Nästa planerade strejk av RMT är mellan 00:01 BST tisdag 11 oktober och 23:59 BST torsdag 13 oktober.
Månader av industriella åtgärder av RMT och höga nivåer av personalsjuka har drabbat Southern's tjänster, som förbinder London med Surrey, Sussex, Kent och Hampshire.
Förra månaden meddelade RMT 14 dagars strejkaktion i den långvariga dispyten om rollen som ledare på tåg.
På måndagen erbjöd Southern ledare en klumpsumma på 2 000 pund i ett försök att få industrin att upphöra.
RMT-facket, som är invecklat i en bitter tvist med Southern Railway, säger att det är att göra ett officiellt klagomål till Twitter.