Borgmästare John Hamilton sade flytten skulle "bättre återspegla kulturell känslighet på arbetsplatsen", sade lokala medier.
Bloomington är en traditionellt liberal stad. Dess län gav Hillary Clinton 58,6% i presidentvalet.
Men flytten gav upphov till en motreaktion på de sociala medierna, där motståndare fördömde den som en handling av politisk korrekthet.
Hur Columbus blev en hatfigur för många
Ett politiskt regelrätt krig som aldrig riktigt tog slut
Ändringen tillkännagavs i fredags av Hamilton i ett PM till stadsanställda.
"Vi är oerhört stolta över vår mångfald av arbetskraft i staden", skrev han, enligt Herald-Times.
"Mångfalden gör oss starkare och mer representativa för den publik vi stolt tjänar. Dessa uppdaterade namn för två dagar av välförtjänt ledighet är ett annat sätt vi kan visa vårt engagemang för inklusivitet."
Bloomington stadsanställda får betald ledighet för Columbus Day och Långfredag.
Columbus Day blev en federal semester i USA år 1937 och firar ankomsten av upptäcktsresanden Christopher Columbus i Amerika år 1492.
Semestern infaller den andra måndagen i oktober.
Men den har fått ett betydande motstånd från dem som betraktar Columbus ankomst som en upptakt till århundraden av förtryck.
En rörelse började 1977 för att ersätta den med en högtid som hyllar de inhemska folken i Nordamerika. Några få stater markerar nu inte Columbus Day, eller ger det en annan titel.
Långfredag är ett av de viktigaste datumen för den kristna tron, som markerar den dag då Jesus Kristus korsfästes av romarna.
Det är inte en federal semester i USA, utan en statssemester i vissa stater.
Bloomington, med en befolkning som uppskattas till 84.067 i juli 2016 av Folkräkningsbyrån, har länge betraktats som en liberal stad.
Det är hem för Indiana University Bloomington och ett antal andra skolor och institut.
Den skrev in sig i Tree City USA, ett trädplanterings- och trädvårdsprogram 2015.
De flesta av dem fördömde flytten.
De inkluderade inlägg som "Hur är den dag då Jesus dog okänslig?" och "Jag gissar att de kommer att nästa namnge jul till vintersemester".
Den amerikanska staden Bloomington i Indiana har bytt namn till Långfredag och Columbus Day som "Vårlov" och "Fall Semester" för att vara mer "inclusive".