Devon och Cornwall polisen bekräftade att kroppen återfanns norr om Tresco.
Polisen sa att familjen av den saknade mannen Josh Clayton, 23, hade informerats men ingen formell identifiering hade gjorts.
En sökning inleddes efter Mr Clayton från Taunton, som arbetar för Tresco Estate, efter att han försvann den 13 september.
Sgt Colin Taylor från Devon och Cornwall Polisen sa att kroppen upptäcktes av en fransk yachtsman strax före 1800 BST på onsdag och återfanns av St Mary livbåt.
Sergeant Taylor sade: "Livsbåtsbesättningarna kom till Tean som är precis mellan Tresco och St Martins... Från mellan högvatten märket och lågvatten märket de hittade kroppen av vad som tros vara en hane," sade han.
Han sade att kroppen skulle återsändas till fastlandet på Scillon-färjan på torsdag och att en formell identifiering troligen skulle utföras nästa vecka.
Han sade att ansträngningarna från lokalsamhället, polisen och räddningsgrupperna i åtta dagars sökande efter Josh Clayton hade varit "fantastiska".
"Jag är förvånad över mänskligheten, jag är mycket imponerad av vad som hände på Tresco Estate och hur de mobiliserade sig."
Mike Nellams från Tresco Estate sa att brev hade skickats till personal och några semesterfirare för att informera dem.
"Självklart är vi alla mycket ledsna men faktiskt är det lite av en lättnad också, verkligen", sade han.
"Vi är faktiskt ett mycket trångt samhälle i trevlig bemärkelse... Så alla ville hjälpa till och det är normalt för Tresco. Tyvärr var resultatet inte för det bästa, men det var inte för bristen på att försöka. "
En kropp har hittats i vattnet utanför Scillyöarna.