Studieavgifter för 2017 är listade på Durham, Kent och Royal Holloway webbplatser som £9,250.
Parlamentsledamöterna kommer under hösten att rösta om huruvida en höjning av studieavgifterna ska tillåtas.
Regeringen kommer att stödja en ökning om universiteten kan visa att de har högkvalitativ undervisning.
En högre avgift på 9 250 pund angreps av den liberaldemokratiske utbildnings talesmannen John Pugh som "förvanskade arrogans från vissa universitet".
Förslaget att höja avgifterna är "inte gjort", säger Pugh.
Sally Hunt, ledare för UCU-föreläsarens fackförening, sa: "Dessa universitet är dumma nog att annonsera högre avgifter kommer inte att göra något för att dämpa oron från studenter och föräldrar att de helt enkelt är ute efter så mycket pengar som de kan få."
De högre avgifter som nu annonseras är för grundkurser med start hösten 2017.
Studenterna kommer att börja söka dessa kurser efter sommarlovet.
Det finns hänvisningar på universitetets webbplatser till avgifter "som är föremål för statlig bekräftelse" och "inflatoriska förändringar", men detta kommer innan parlamentsledamöter har röstat om lagstiftning som kommer att koppla avgiftsökningar till standarder för undervisning.
Det kommer också att hållas en separat omröstning av parlamentsledamöter under hösten om huruvida man ska tillåta en höjning av studieavgifterna över 9 000 pund.
Enligt regeringens förslag kommer universiteten, om de når en tröskel för undervisning av god kvalitet, att kunna höja avgifterna med inflation, vilket för 2017 beräknas tillåta ytterligare 250 pund.
I den takten kan studieavgifterna uppgå till över 10 000 pund inom de kommande fyra åren.
Planerna i lagförslaget om högre utbildning och forskning ligger framför parlamentet och i en debatt på tisdagen varnade Labour's Gordon Marsden denna inflationslänk vilket innebar att det inte fanns någon garanti för hur höga avgifter kunde stiga.
Den process som kommer att skapas för att mäta undervisningens kvalitet vid universiteten kallas "ramen för undervisningskompetens".
Denna ram finns ännu inte, men för sitt första år har regeringen sagt att nästan alla universitet kommer att bedömas ha nått en kvalitetsgräns, vilket gör det möjligt för dem att höja sina avgifter över den övre gränsen på 9 000 pund.
Det innebär att nästan alla universitet kommer att kunna ta ut 9 250 pund för sitt intag hösten 2017, vilket i praktiken gör det till den nya övre gränsen.
Labours skuggutbildningsminister Gordon Marsden sade att det var ett "bakomhusförsök att höja avgifterna, utan en ordentlig och öppen debatt i parlamentet, genom att koppla det till ett ramverk för undervisningskompetens som ännu inte har definierats".
Men liberaldemokraterna, Pugh, sade: "Den verkliga frågan är om regeringen ger dessa institutioner grönt ljus för att annonsera högre avgifter.
"De har inte ens visat sina planer på att länka avgifter stiger till parlamentet. Så varför ger de universiteten intrycket av att de kommer att klara sin kvalitetsbedömning av undervisningen?
Universitetet i Kent sade att avgiften ökade med 2,8 %, vilket skulle kunna tillämpas "där tillhandahållare av högre utbildning uppnår en gradering av "förväntningarna" inom ramen för utbildningens excellens".
Ett uttalande sade att den hade publicerat den högre avgiften "för att se till att både potentiella studenter och befintliga studenter får så mycket varsel som möjligt" och för att följa konsumentskyddsriktlinjerna.
Durham University utfärdade ett uttalande som säger att det var att sätta avgifter i linje med vad regeringen skulle tillåta och sade "vi är skyldiga att ge omfattande och transparent information till sökande".
Som svar på parlamentsledamöternas oro om avgiftsökningar, utbildning sekreterare Justine Greening berättade House of Commons på tisdagen: "Detta kommer med rätta att fortsätta att kräva samma nivå av parlamentarisk granskning som tidigare och lagförslaget kommer att tillåta den maximala avgiftstaket för att hålla jämna steg med inflationen."
Regeringen hävdar att utan en inflationsökning kommer värdet av terminsavgifter, som ger 1,6 miljarder pund till universitet, att urholkas.
Andra universitet är fortfarande reklamavgifter på 9 000 pund, men med en varning om en eventuell ökning.
Manchester Metropolitan University annonserar avgifter på £ 9000 för 2017, men med en not som säger "dessa avgifter regleras av den brittiska regeringen, och så kan öka varje år i linje med regeringens politik".
University of Newcastle citerar en £ 9000 avgift men säger att det kan öka med inflation för dem som kommer in 2017.
Andra universitet, såsom University College London, har hittills inte publicerat avgifter för 2017 på sina webbplatser.
Ökningen av avgifter i England till £ 9000 per år infördes 2012 av koalitionsregeringen och föranledde arga protester från studenter.
Vid skotska universitet behöver studenter från Skottland inte betala studieavgifter. De nordirländska studenterna vid de nordirländska universiteten har avgifter på upp till 3 925 pund och de walesiska studenterna har avgifter på 3 810 pund.
Sorana Vieru, vice ordförande i National Union of Students, varnade för högre skuldnivåer för studenter.
"En ytterligare avgiftsökning kommer att ha en skadlig inverkan på studenter och det är frustrerande att lära sig att universiteten var lobbyister ministern för avgiftsökningen innan reformerna offentliggjordes."
En regeringstaleskvinna sade: "Den pedagogiska spetskompetensramen kommer att göra det möjligt för universiteten att upprätthålla avgifter i linje med inflationen endast om de uppfyller en kvalitet bar, som anges i den senaste vitboken om högre utbildning."
Universiteten i England tillkännager redan en höjning av undervisningsavgiften över gränsen på 9 000 pund innan parlamentet ens har avslutat debatten om planer som skulle bana väg för att höja avgifterna.