Den 28-åriga Wales International har varit med Cherries sedan 2011, under vilken tiden de har utvecklats från League One till Premier League.
MacDonald kom genom Swansea ungdomssystem och har haft fyra stints ut på lån på Yeovil.
"Han är ett fantastiskt proffs som förstår hur vi vill spela," chefen Gary Caldwell berättade klubbens hemsida.
Han är inte tillgänglig för Latics match mot Blackburn på lördag, 13 augusti men är registrerad för matcher efter denna helg.
Hitta alla de senaste fotbollsöverföringarna på vår dedikerade sida.
Wigan Athletic har undertecknat Bournemouth Midfielder Shaun MacDonald för en hemlig avgift på två års avtal.