FA säger att klubben, en av några från utanför det engelska fastlandet för att komma in, måste spela några repris i England - även om de är hemmasidan.
Klubben skulle också behöva betala resekostnader för besökande sidor.
Dessa utgifter, som kommer efter klubben har delat några grind kvitton, betyder Guernsey överväger om de har råd att delta i tävlingen.
Klubben, som grundades 2011, vill också spela i FA Trophy, och regissören Nigel Braybrook berättade BBC South West Sport: "De är mycket prestigefyllda tävlingar och spelarna har förtjänat rätten att delta.
"Vi tycker att de förtjänar chansen att visa sig på den nationella scenen, men det kan tas ifrån oss av icke-fotbollsskäl."
Guernsey är van att betala för klubbar att komma över till ön för att spela dem, efter att ha tillbringat de senaste två säsongerna i Kombinerade grevskap League,
De gjorde också semifinalen av FA Vasen,
Förutom alla hem respel som spelas på en plats i England på Guernseys bekostnad, skulle klubben också behöva spela upp eventuella uppskjutna hemmaband i England också.
Ett Channel Island team har tävlat i en FA Cup tidigare. Jerseys St Peters damer sida spelade i 2004 FA Women's Cup, förlora 3-1 till Aldershot Town i den första kvalomgången.
FA har gett Guernsey fram till måndagen den 24 juni för att avgöra om de vill delta på dessa villkor, och berättade för BBC South West Sport att de inte skulle kommentera förrän då.
"De har inte gett en anledning, de har bara satt ut dessa villkor," Braybrook sade.
"Jag kan bara föreställa mig deras oro är att motsatta klubbar skulle behöva resa över mitt i veckan, och på en lägre nivå några av spelarna kommer att behöva arbeta och de kan ha farhågor om det.
"Vi skulle gärna vara med i tävlingen, men det är rent ekonomiskt.
"Att spela i Ryman League i år kommer att öka våra kostnader avsevärt, med fler matcher, fler övernattningar och längre resor.
"Om vi spelar ett spel på fastlandet, ritade och sedan betala för reprisen, kan det potentiellt kosta oss 10 000 pund att spela en omgång."
Klubben har startat en kampanj för att försöka samla in pengar i Guernsey för att hjälpa till att finansiera sina cupmatcher.
Guernsey FC kunde tvingas att dra sig ur FA Cup över restriktioner som ålagts dem av fotbollsförbundet.