I juli tog Michael Gove upp möjligheten till tidig frigivning för dem som fick kompetens och kvalifikationer.
Under ledning av rektor Dame Sally Coates kommer utredningen att avläggas i början av 2016.
Den kommer också att överväga en ökad användning av teknik och arbetsgivarnas "direkta engagemang" i utformningen av fångarnas lärande.
Fängelsereform Trust direktör Juliet Lyon sade: "Att ge människor kunskap och färdigheter för att hjälpa dem att leva ett laglydigt liv efter frigivning bör vara ett centralt mål för ett modernt och effektivt straffsystem."
Gove sade: " Vi har mer än 80.000 vuxna i vårt förvar.
"En av de viktigaste sakerna vi kan göra när de väl är inne i fängelsemurarna är att se till att de får den läs- och skrivkunnighet och de räknefärdigheter de behöver för att göra dem anställningsbara och positiva bidrag till samhället när de väl släppts ut.
"För dem som avtjänar längre straff är utbildning en viktig del av deras rehabilitering.
– Vi måste ha rätt incitament för fångarna att lära sig och för fängelsepersonalen att se till att utbildningen prioriteras på rätt sätt.
"Jag vill se fångar motiverade att engagera sig i sitt eget lärande, och guvernörer med rätt verktyg för att vara mer krävande och kreativa om den utbildning som ges i fängelserna de driver.
– Jag har sett några utmärkta exempel på innovativa och visionära organisationer som ger fångar utbildningsmöjligheter och kvalifikationer som de faktiskt behöver för att säkra ett jobb vid frigivningen. Men jag vill se mer."
I ett tal i juli till fångläraralliansen efterlyste Gove ett slut på fängelselivets "ödmjukhet och meningslöshet".
Han sade att fångarnas oförmåga att läsa ordentligt eller behärska grundläggande matematik gjorde dem till huvudkandidater för återoffensiv.
Ett system med "förtjänad frigivning" skulle innebära en stor förändring jämfört med den nuvarande politiken, där de flesta fångar automatiskt friges på körkort halva vägen genom sina domar.
I juli sade Gove att han erkände "tekniska och komplicerade politiska frågor" om hur en sådan förändring skulle kunna genomföras.
Justitiesekreteraren har beordrat en översyn för att överväga "stimulans av fångar att delta i, delta i och uppnå på utbildning".