Ett brev från en NHS England tjänsteman till chefer och allmänläkare i en region tyder på att sårbara metoder kan lämnas att "vissna av systemet".
Noten, sedd av BBC och Pulse tidningen, hävdar NHS England inte längre kan "fortsätta att stödja metoder oavsett deras förmåga... att omvandla på lämpligt sätt".
NHS England förnekade att så var fallet.
En talesman för British Medical Association sade att det var "oacceptabelt" att vissa NHS chefer trodde att vissa GP praxis skulle lämnas att stänga.
En metod kan vara sårbar på grund av följande:
Dessa metoder bedöms ofta av tillsynsmyndigheterna som "otillräckliga" eller "kräver förbättringar".
Det kommer som media rapporter tyder på mycket av en särskild fond för att hjälpa kämpa GP operationer har ännu inte delats ut mer än ett år efter att det presenterades. I juni 2015 tillkännagav hälsominister Jeremy Hunt en investering på 10 miljoner pund i GP praxis i England som ansågs vara sårbar. Detta lanserades formellt av NHS England senare under året.
Men förra veckan rapporterade den medicinska publikationen Pulse att knappt någon av fonden hade nått GPs.  Förvaltare som förvaltar fonden inom varje område sades fortfarande identifiera vilka sårbara metoder som skulle berättiga till stödet.
NHS England förnekade inte rapporten, även om en källa sade att organisationen "arbetar genom sina lokala team för att se till att de medel som finns tillgängliga genom programmet för sårbara metoder är helt engagerade i namngivna individuella metoder före slutet av oktober".
Omkring 800 av totalt 8 000 metoder anses av NHS England vara i den utsatta kategorin. Kriterierna inkluderar ett stort antal patienter per GP och en "otillräcklig" eller "kräver förbättring" betyg av regulatorn, CQC.
NHS chefer sade att syftet var att ge stöd för praxis under tryck och att säkerställa att patienterna hade fortsatt tillgång till högkvalitativ vård.
I april 2016 tillkännagav NHS England ytterligare 16 miljoner pund för i år för ett så kallat "praktikresiliensprogram", med ytterligare 24 miljoner pund under de följande åren.
Denna pool av pengar var också avsedd att shoring upp kämpar praxis och var en del av GP Practice Forward View avslöjas av chefen för NHS England Simon Stevens.
Men ett brev från Paul Twomey, medicinsk chef för NHS England North Yorkshire och Humber område team, till lokala allmänläkare och hälsovård tjänstemän i augusti tyder på en hårdare linje hållning.
I den säger han: "Det budskap vi behöver för att kommunicera till allmän praxis är GP Practice Forward View måste handla om omvandling och i den bemärkelsen inte är som en pilot."
Han fortsätter med att uttrycka sin tro på att lokala hälsoledare kommer att förstå att " sårbara metoder måste antingen förändra och leverera en kvalitetstjänst eller tillåtas misslyckas och förtvina av systemet. Vi är inte längre i stånd att fortsätta att stödja praxis oberoende av deras vilja eller förmåga som leverantör att anpassa sig på ett lämpligt sätt."
Doktor Richard Vautrey från British Medical Associations GP-kommitté sade att detta tillvägagångssätt var oacceptabelt.
Han uppmanade regeringen att leverera finansieringen omedelbart och "detonera ett tänkesätt bland chefer att vissa GP praxis kan tillåtas att försvinna".
En talesman för NHS England sade: "Att öka patientefterfrågan är att utsätta allmänläkare för större press och det är därför vi vänder den historiska underinvesteringen i allmänhet genom en omfattande handlingsplan, som backas upp med en halv miljard pund för att stödja kämpande metoder.
"Detta inkluderar ett fyraårigt, 40 miljoner pund program för att hjälpa GP operationer som står inför de mest svårigheter och ytterligare praktiska åtgärder för att stabilisera allmän praxis för framtiden."
Hänvisningar till operationer och metoder som "tillåts misslyckas" kommer vid en känslig tidpunkt i debatten om tillståndet för NHS primärvård i England.
Det har funnits en stadig ström av kirurgiska nedläggningar och rekryteringsproblem. GPs klagar över en växande och ibland outhärdlig arbetsbörda.
Förra månaden lämnades 2000 patienter utan GP efter att en operation avslutats i Nottingham efter en "otillräcklig" regulatorisk bedömning. De fick rådet att kontakta andra operationer i närheten.
I juli, en Oxfordshire läkare operation meddelade att det skulle stänga eftersom det hävdade förändringar i den nationella GP kontrakt gjorde det "ekonomiskt ohållbar" och två partners skulle gå i pension. Den här veckan sa en North Yorkshire-övning att den skulle avslutas under det nya året.
NHS England, som lovar att öka andelen av den totala NHS-budgeten går till allmän praxis, har uppmuntrat läkare att samla resurser genom att bilda "super-partnerskap" och förbund.
Det finns också en uppgiftslista för GP-grupper när det gäller att förbättra tillgången till hälso- och sjukvård i samhället. Det underliggande budskapet är att det krävs effektivare sätt att tillhandahålla vård i en tid av ansträngda resurser.
NHS chefer är under press att hitta effektivitetsbesparingar och en mängd mindre metoder kanske inte är den bästa användningen av resurser.
Men faran är att en process av modernisering och konsolidering med kirurgi stängningar kan lämna patienter i vissa områden oförmögen att få en GP-tid.
Några kämpande GP operationer i England kommer att tillåtas att misslyckas och stänga, enligt ett läckt dokument.