Städer och städer längs den baltiska kusten översvämmades, från Kiel längst norrut till semesterorten Usedom nära den polska gränsen.
Havsnivåerna noterades i Wismars hamn på 1,83m (6ft) över normal natt.
Svåra vinterförhållanden drabbade även Sverige och Finland.
Övernattningstemperaturen sjönk till -41.7C vid Muonio i finska Lappland, nära nordvästra gränsen till Sverige, den kallaste vintern hittills.
Längre västerut i norra Sverige sjönk temperaturen lika lågt som -41.3C och vägförhållandena var förrädiska i stora delar av landet.
Ett passagerartåg fastnade utan kraft och värme i flera timmar i nordöstra Norrbotten med utomhustemperaturer vid -38C. Svenska medier sa att inga ersättningsbussar var beredda att ge sig ut på grund av kylan.
Några av de värsta översvämningarna i norra Tyskland var i den historiska stadskärnan Rostock och i Stralsund samt på Usedom, där stora skador rapporterades. Utomhustrappor tvättades bort och snackbarer drabbades hårt.
"Detta är ingen barntebjudning", sade en lokal tjänsteman. Vattennivåerna förväntades dock sjunka under de närmaste timmarna.
Storm Axel var också ansvarig för ankomsten av flera hundra tusen plastägg på ön Langeoog på torsdag.
Lokala rapporter säger att äggen innehöll små leksaker med ryska meddelanden inuti och verkade ha kommit från en behållare som hade fallit av ett fartyg.
En stormvåg har orsakat de värsta översvämningarna på Tysklands nordöstra kust sedan 2006, vilket lämnar gator och bilar under vatten och orsakar stora skador.