Han sade att pro-devolutionister borde samarbeta för att se till att Wales inte förlorar sina befogenheter.
Den tidigare partiledaren tillkännagav dramatiskt sin avfärd på fredag, vilket framkallade ilska från några av hans kolleger.
Han har avvisat krav på honom att avgå och utlösa ett val.
Labour har en minoritet av ams i församlingen och behöver andra partier för att hjälpa till att styra.
Plaid Cymru har inte gått med på ett formellt koalitionsavtal med Labour, men tillät Carwyn Jones att återvända som förste minister efter en tidigare låst omröstning om huruvida Jones eller Plaid ledaren Leanne Wood skulle ta det bästa jobbet.
Lord Elis-Thomas, som företräder Dwyfor Meirionnydd, sade: "Det stod klart för mig att Plaidgruppen i nationalförsamlingen inte var villig att på allvar delta i regeringen och ge Wales en stabil regering, särskilt efter de beslut som fattades i Wales och på andra håll om våra framtida förbindelser med Europeiska unionen."
"Det finns en allvarlig konstitutionell utmaning nu och vi kan mycket väl förlora makt från Wales", sade han.
"Jag tycker att alla pro-devolutionister ska arbeta tillsammans för att se till att det inte händer."
Lord Elis-Thomas var kritisk till den låsta första ministeromröstningen, som orsakades av att Tories och UKIP stödde Ms Wood för toppjobbet.
Han sade att det gjordes utan hans vetskap och var "helt olämpligt".
Frågade om han skulle stödja nästa walesiska regeringens budget, som kommer att läggas fram på tisdag, sade han: "Det beror på vad som finns i den."
"Jag måste vara nöjd med att budgeten innehåller finansiering för det arbete jag gör för dem nu", sade han och pekade på hans arbete med framtiden för utsedda naturlandskapsområden i Wales.
Förra året slogs Lord Elis-Thomas med sitt parti över kommentarer han gjorde om dess allmänna valkampanj.
Han föreslog att man i kölvattnet av raden skulle försöka få honom att avstå från offentliga uttalanden om kontroversiella frågor som kränkte hans mänskliga rättigheter.
På lördagen hävdade kamraten att han hade "tvingats att delta i ett författningsstridigt partimöte" av den nationella verkställande kommittén "där de försökte avsätta mig som kandidat i Dwyfor Meirionnydd efter att jag hade valts ut ordentligt av valkretspartiet".
"Hela episoden var helt oordentlig. Jag sa så på den tiden, de ville inte lyssna på mig, "sade han.
Lord Elis-Thomas sade att han hade "tvingats att gå med på att inte tala offentligt om några frågor som de betraktade som kontroversiella utan särskilt tillstånd av partiordföranden".
"Jag höll fast vid det till det senaste valet", tillade han.
"Jag tror verkligen inte att jag hade någon ytterligare skyldighet mot någon inom partiet och att jag skulle kunna tala mitt sinne som församlingsmedlem.
"Det strider mot demokratiska principer och mina mänskliga rättigheter att försöka hindra en AM från att tala ut till stöd för sina väljare och till stöd för sina egna principer."
Tidigare Plaid Cymru president Dafydd Iwan var bland partipersoner som kritiserade den tidigare presiderande officeren i helgen.
Han sade: " Jag är bedrövad över hans beslut.
"Men jag tror att Dafydd aldrig har varit en bra lagspelare och han har misslyckats med att sätta orsaken och hans parti före sin egen självbevarelse.
"Jag tycker att detta är ett steg för långt", sade han och tillade att det borde finnas ett val.
Playd AM Bethan Jenkins sa: "Jag är ledsen och arg över det beslut som togs av Dafydd."
South Wales West AM sade: "Vill Dafydd att hans arv ska vara det att låta Plaid väljare och vår nation ner på ett sådant sätt, efter att ha uppnått så mycket som en Plaid MP, presiderande officer, och tidigare ledare för partiet?
"Denna handling har visat att han har svikit sina väljare, nationen och partiet."
Rhun ap Iorwerth, Plaid AM for Anglesey, sade till BBC Radio Wales: "Om detta skedde mot slutet av en valperiod, skulle det kunna vara annorlunda.
"Men detta är inom fem månader efter valet i det sammanhang där Dafydd Elis-Thomas, en stor bidragsgivare till walesiska politiska liv genom åren, hade en möjlighet att stå som en oberoende, vilket han hade all rätt att göra."
"Och han sa, nej, jag är lojal mot Plaid Cymru, lita på mig på detta", sade Mr Ap Iorwerth.
"Och det finns ett inslag av att bryta det förtroendet."
Åtminstone en Plaid Cymru partimedlem, som inte ville identifieras, hade sympati med Lord Elis-Thomas.
Källan sade: " Jag är inte förvånad. Gruppen drivs inte på ett inkluderande sätt."
Plädmedlemmen tillade att lord Elis-Thomas "skulle ha visat större respekt".
En walesiska Torykälla på lördagen föreslog att Plaid Cymru skulle ge upp titeln på den officiella oppositionen nu när den har samma antal am som de konservativa i församlingen.
Källan sade: " Det är som flintskalliga män som slåss om en kam. Vi kommer inte att slåss om beteckningen - men antingen är titeln officiell opposition delas av Plaid eller det släpps. "
En talesman för partiet tillade: "De walesiska konservativa kommer att fortsätta att vara den verkliga oppositionen".
Som vi har sett i och med Nathan Gills avgång från UKIP-gruppen vid Senedd tar det inte lång tid för interna splittringar att utvecklas under denna mötesperiod.
Det finns potentiellt stora konsekvenser för sammankomsten.
Arbetarna gick med knapp marginal miste om en allmän majoritet, och med två flytande röster upp för att gripa tag i form av Lord Elis-Thomas och Nathan Gill, Plaid och Tories kan det bli svårare att sätta press på Labour.
Med detta sagt, Labour har formella mekanismer på plats med Plaid för att diskutera budgeten, Brexit, lagstiftning och konstitutionen, så det är sannolikt att det finns en vilja att få det att fungera.
Läs Nicks blogg.
Carmarthen-födde lord Elis-Thomas började sin politiska karriär i Westminster, tjänstgör som ledamot av parlamentet för Meirionydd mellan 1974 och 1983 och för Meirionydd Nant Conwy mellan 1983 och 1992.
År 1992 blev han en livskamrat.
Lord Elis-Thomas valdes till den nyinrättade nationalförsamlingen för Wales 1999, som företräder valkretsen Meirionnydd Nant Conwy tills den avskaffades 2007.
Han har tjänstgjort som AM för valkretsen Dwyfor Meirionnydd sedan det årets val.
Den sakkunnige tjänstgjorde som ordförande från institutionens början fram till 2011.
Som församlingens galjonsfigur slogs han med Leanne Wood, som nu är partiledare, 2004.
Lord Elis-Thomas beordrade henne att lämna salen på grund av "ohövlighet" när hon vägrade dra tillbaka sin hänvisning till drottningen som "fru Windsor".
Han hade gjort ett försök att bli partiledare 2012 men förlorade till Ms Wood, och sedan dess har Lord Elis-Thomas upprepade gånger fallit ut med partiledningen.
Det året tog Plaid Cymru tillbaka piskan från Lord Elis-Thomas efter att han misslyckats med att delta i ett misstroendevotum mot dåvarande hälsominister Lesley Griffiths.
I mars 2014 avskedades han som transport talesperson och ordförande i församlingens miljöutskott efter hans kritik mot ledarens attack mot UKIP vid partiets vårkonferens.
Den tidigare församlingens ordförande sa att det var "facilt" av Wood att säga att en röst för UKIP är en röst mot Wales.
År 2015 kritiserade AM partiets allmänna valkampanj, vilket ledde till att han ställdes inför disciplinära åtgärder.
Han vann stöd av lokala partimedlemmar vid den tiden, men sammandrabbade igen med partiet när han stödde Labours norra Wales polis- och brottskommissarie kandidat tidigare i år.
Lord Elis-Thomas lämnade Plaid Cymru för att sitta som en självständig AM eftersom partiet inte var "allvarligt" om att delta i den labourledda walesiska regeringen, har han sagt.