Myndigheterna säger att de vill kontrollera om organisationerna är lagligt verksamma - särskilt om de följer en kontroversiell lag som kräver att alla icke-statliga organisationer som får medel från utlandet registrerar sig som "utländska agenter".
Men människorättsvakten Agora säger att minst 90 icke-statliga organisationer har använt sin telefonjour sedan förra veckan för att klaga över besök av tjänstemän från åklagarmyndigheten, justitieministeriet och skattemyndigheterna.
Utländska icke-statliga organisationer - som Amnesty International, Human Rights Watch och Transparency International - har varit bland dem som är riktade.
Marina Gridneva, från åklagarmyndigheten, sade att kontrollerna genomfördes "i strikt överensstämmelse med gällande lagstiftning".
Ryska tjänstemän anländer vanligtvis oanmälda, eller med kort varsel, och ber grupper att lämna över juridiska och ekonomiska dokument, säger ögonvittnen.
Yelena Panfilova, som leder Transparency Internationals kontor i Moskva, sade att hon var förvånad över att det kontrollerades igen - bara en månad efter en liknande inspektion.
Polisen besökte hennes kontor på onsdag och gav henne 24 timmar att lämna över pappersarbete. Anna Panfilova kopplar samman kontrollerna med den nya lagstiftningen om icke-statliga organisationer.
"Vi står på listan över icke-statliga organisationer som är synliga och förmodligen får utländskt stöd. Så vitt jag förstår finns det ett stort sökande efter "utländska agenter" bland de icke-statliga organisationerna, berättade hon för BBC.
När den kontroversiella lagen om icke-statliga organisationer antogs i november sade ett antal framstående ryska grupper att de inte skulle följa den - även om detta riskerade att stängas.
De betraktar termen "utländska agenter" som förolämpande och säger att det går tillbaka till Stalin-era utrensningar.
Memorial, en icke-statlig organisation som samlade information om kommunismens offer, upprepade denna ståndpunkt tidigare i veckan när brottsbekämpande agenter dök upp på dess kontor.
"Memorialâ € € har genomfört en forskning av människor som för 70 år sedan kallades agenter av myndigheterna och sedan sköts. För oss är det oacceptabelt att ta på sig etiketten på en utländsk agent", berättade Memorials Alexander Cherkasov för Reuters nyhetsbyrå.
Lagförslaget om "utländska agenter" var en av flera kontroversiella lagar som antogs efter förra årets prodemokratiska protester i Moskva.
Andra åtgärder införde hårdare internetrestriktioner, förbjöd "gay propaganda" och förbjöd adoptioner av ryska föräldralösa barn av amerikanska föräldrar.
"Skalan av dessa inspektioner bidrar till att stärka den hotande atmosfären för det civila samhället som skapades genom antagandet av förra årets lagar," Human Rights Watch Rachel Denber berättade Reuters.
Gruppens Moskvabyrå inspekterades i torsdags.
Flera icke-statliga organisationer, däribland Transparency International, rapporterade att besökande tjänstemän också undersökte hur organisationerna följde antiextremistisk lagstiftning.
Rysslands lag ger en extremt vag definition av extremism, vilket ger tjänstemännen mycket spelrum när det gäller att välja sina mål.
Ryska tjänstemän talar om "oplanerade inspektioner" - men människorättsförespråkare kallar de senaste räderna mot dussintals icke-statliga organisationer en skrämselkampanj.