Portalen, för matchen mot Polen, kommer att vara öppen för supportrar på en prioriteringslista som informerades om att de hade missat på tisdagen.
UEFA kommer att göra cirka 1000 extra biljetter tillgängliga för Nordirlands fans.
Nordirland ska spela Polen, Ukraina och Tyskland i Frankrike i juni.
På tisdagen sa IFA att det var "överöst" med samtal från arga Nordirland fans som inte kunde köpa biljetter.
Några fans som sa att de rankas nära toppen av IFA: s "prioriterad lista" missade på biljetter till Polen spelet.
Särskilt drabbade var fans som ansökte om kategori 3 biljetter, den näst billigaste sorten.
"Vi upptäckte att det fanns ett problem igår morse på detta med ett stort antal människor som fann att de inte hade fått biljetter i kategori 3 för Polen spelet," IFA verkställande direktör Patrick Nelson sade.
"Vi kom direkt in på Uefa och med Uefas ledning har vi arbetat med den frågan nu. Vi har identifierat med Uefa att det finns nästan 1000 biljetter till som de kommer att göra tillgängliga för oss, särskilt för dessa fans.
"De 900 eller så fans som vi talar om här kommer att ha prioritet tillgång, i själva verket specifik tillgång, till en portal som Uefa håller på att inrätta och de bör kunna köpa biljetter.
"Vi har pratat med Uefa i inte riktigt de senaste 24 timmarna, men förmodligen 21 av de senaste 24 timmarna över detta och vi är ganska säkra på att Uefa kommer att klara detta på rätt sätt."
Ett poängsystem hade införts för spelen för att fastställa en prioritetslista för biljetter, vilket gynnade fans som hade deltagit mest i matcherna hemma och utomlands.
Men på tisdag Gary McAllister från Amalgamation of Official NI Supporters Clubs sa att många fans nu frågade om lojalitetssystemet har genomförts korrekt.
Han missade på en biljett till Polen spelet, trots att ha 27 lojalitet poäng av en möjlig 29.
I Irland har fans ännu inte hört om de har lyckats säkra biljetter.
Irish Times chef fotbollsförfattaren Emmet Malone sade erfarenheten av Nordirland anhängare har oroat fans i Republiken Irland.
Med anledning av BBC:s program Good Morning Ulster på onsdag sade Malone att det fanns "mycket pessimism" bland Irlands fans.
"FAI [Fotball Association of Ireland] är tänkt att börja informera människor, eventuellt redan i eftermiddag, om vem som fick biljetter här," sade han.
"Men våra ansökningar var mycket mer övertecknade än IFA: s, så många människor är mycket oroade över vad som kommer att hända."
Daniel Malone sade att det fanns en särskild oro för att FAI:s lojalitetsprogram infördes först 2015, så det är relativt nytt.
"FAI har varit ganska vagt med fangrupper över förfrågningar om att publicera de punkter som alla har, hur kategorierna bryts ner, som kommer att jämföras med vem när det gäller picka ordning.
"Den vagheten kommer att leda till en hemsk känsla här under de närmaste dagarna."
Irish Football Association har sagt Uefa kommer att inrätta en portal för Nordirland supportrar att ansöka om extra EM-biljetter.