Gareth Southgates sida gick ut i gruppstadiet i Tjeckien.
"Vi fattade beslutet och jag stöder det," Ashworth berättade BBC: s senior fotbollsreporter Ian Dennis.
"Ungdomslag finns där för att hjälpa till att utveckla spelare och ge dem erfarenhet för att komma in i seniorerna."
Liverpool framåt Raheem Sterling, Everton midfielder Ross Barkley, Arsenal midfielders Alex Oxlade-Chamberlain och Jack Wilshere och Manchester United försvarare Phil Jones var bland de berättigade men inte inkallade.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Ashworth tillade: " Dessa spelare är etablerade internationella. Det är som att vara en första lagspelare och be dem komma tillbaka och spela i U21s. Det är inte nödvändigtvis det rätta att göra.
"De spelare som inte hade tävlat i den tvååriga cykeln och bly-fram till EM skulle inte beaktas.
– Debatten kommer att återupptas nu, men vi står fast vid beslutet som Gareth och jag fattade. Man vet aldrig när man släpper spelare i en ny grupp om det kommer att vara det rätta att göra."
England, som hade Premier League kvalitet i Tottenham strejkaren Harry Kane, Everton försvarare John Stones och nya Liverpool framåt Danny Ings, förlorade 1-0 till Portugal, slog Sverige med samma poäng men sedan förlorade 3-1 till Italien.
Ashworth hade en nyckelroll i FA som presenterade förslag - "England DNA-programmet" - i december som syftade till att förbättra Englands framtidsutsikter vid större turneringar.
Planen är att koordinera stil, formation och taktik från under-15 sidan uppåt. Och han tror att förbättringar redan kan ses.
"Jag vill inte gömma mig bakom det faktum att vi är förkrossade att ha eliminerats i grupp stadier," Ashworth sade. "Vi är besvikna på den grupp som vi hoppades och tänkte kan gå lite längre. Men det finns några framgångshistorier.
"För att vinna saker på högre nivå behöver vi utveckla spelare som kan hantera bollen i alla områden av planen. Det måste vi prioritera i utvecklingsteamen.
"De är unga spelare och de kommer att göra misstag - det kommer att kosta oss spel. Vi måste acceptera det. Vi kan inte efter sex månader säga att det är fel, vi slår ner den i andra änden så fort vi kan.
"Vi börjar se en annan typ av spelare komma igenom systemet nu. Tre år in i EPPP [Elite Player Performance Plan] vi ser spelare mer kapabla med bollen. Jag tror att det kommer att vara bra för oss under de kommande åren. Är det för tidigt att se det nu? Ja, kanske."
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
FA ordförande Greg Dyke satte ett mål 2013 för England att vinna VM 2022 och Ashworth är orubblig att detta förblir ett realistiskt mål.
"Ja, det tror jag", sa han. "Jag tror verkligen att vi har en hel del bra unga spelare i systemet. Vi har vägar som blir bättre på klubbar och internationell nivå.
"Vi har introducerat en Under-15s, 18s och 20s under de senaste 12 månaderna eftersom vi inser att vi måste ge våra spelare mer storspel erfarenhet.
"Du har sett på denna turnering vi behöver spelare som kan fatta beslut på högsta nivå i de stora spelen för att vinna turneringar. Men det tar tid - det händer inte över en natt.
"Vi gör alla rätt saker, men vi måste sitta tätt och vara lite tålmodiga och låta det löpa sin kurs. Jag är övertygad om det."
Match of the Day pundit Gary Lineker kritiserade "exasperatingly amatörish approach" att inte välja spelare som Sterling, Wilshere och Barkley för turneringen.
"Vi lär oss aldrig. Vilken bortkastad möjlighet att samla ovärderlig internationell erfarenhet," den tidigare England kapten lagt till på sin Twitter-sida.
Före detta QPR midfielder Joey Barton, som vann en cap för England, sade "kulturen är rutten" i engelsk fotboll, och kritiserade kraften i Premier League klubbar.
"Det verkar inte vara stoltheten det en gång var på att representera England på någon nivå eller en större turnering," sade han BBC 5 live.
"Vi har en talangpool som matchar alla nationer. Det är inte spelarna eller coachningspersonalen. Det är inte en sak, det är en ansamling av många saker.
"Kulturen i engelsk fotboll förändras inte. Ingen St George's Park, inga stora utgifter, ingen byta tränare kommer att ändra det. Kulturen är rutten från topp till botten. Englands landslag kommer att underprestera vid varje enskild turnering av denna anledning.
"Spelarna tycker att 'Jag är för bra för under-21s, jag har varit i en senior trupp - Jag vill inte gå till en stor turnering. Jag behöver vila för att jag vill spela i Europa League eller Champions League nästa år."
"Eller 'häng på det är bättre för min karriär att inte gå till denna turnering'. Eller så säger deras chefer det. Det är problemet med att Premier League är starkare än FA. Det är omöjligt för England att bygga bra lag.
"FA bör säga till dem om du inte gör dig berättigad till de under 21, då kommer du inte att betraktas för landslaget på hur många år.
"Jag tycker synd om Dan Ashworth, jag tycker synd om Gareth Southgate, jag tycker synd om Roy Hodgson. Vad de försöker göra är så svårt tills de får Premier League tillbaka i kön."
Före detta England försvarare Danny Mills har varit på en FA provision som inrättats för att bedöma potentiella förbättringar av engelsk fotboll.
Han sade att det kan ta ett decennium för stora förbättringar att komma till stånd, och även föreslog engelska spelare tjänar för mycket är att skylla.
– Vi tittade på detta som en kommission och bestämde oss för att saker och ting behövde förändras. Gareth har bara jobbat i två år. Saker förändras inte över en natt. Att ändra hur England spelar och spelarna utvecklas kommer att ta minst 10 år. Det var vad tyskarna var tvungna att göra innan de blev mycket framgångsrika.
"Får de för mycket för tidigt? Det är mycket svårt för coachningspersonalen. Raheem Sterling vill inte spela för Liverpool - han skulle säkert ha orsakat fler problem för under 21-talet än han skulle ha gjort dem bra.
"När jag och Joey kom igenom, spelade för de under 21 och landslaget var massiva kudos.
"Det händer inte nu, de ges så mycket så tidigt i klubbfotboll att England Under-21s har blivit sekundär. Det finns inte samma önskan att spela för dem. Spanien och Tyskland har fortfarande en önskan att spela för sina Under-21s - de får betalt en hemskt mycket mindre än våra spelare.
"Engelska spelare betalas för mycket och klubbar sätter press på dem att inte gå till turneringen - 'Vi vill spara dig till nästa säsong'. Vi måste förändra den här kulturen.
"Jag kan inte fatta att spelare ens överväga att inte spela för under-21s. Dessa spelare som Barkley eller Sterling kunde ha ringt Gareth upp och sade "Jag vill vara i din sida."
Du kan lyssna på BBC Radio 5 lives Dan Ashworth intervju och reaktionen på England Under 21s föreställning från Joey Barton och Danny Mills här.
England fattade rätt beslut att utelämna några av sina Premier League-spelare i European Under-21 Championship, säger Football Association chef för elitutveckling Dan Ashworth.