Mr Matheson har tjänstgjort som arbetarråd i staden i 17 år - fem av dem som ledare.
Han avgick från ledningen i september förra året och ersattes av Frank McAveety.
Ett val kommer att hållas för hans Anderston/City avdelning, vars datum ännu inte har bekräftats.
Matheson sade: "Som en stadsmänniska är jag glad över att kunna acceptera denna prestigefyllda utnämning som kommer vid en perfekt tidpunkt för mig.
"Efter att ha varit stadsledare har jag turen att fortfarande kunna bidra till utvecklingen av internationella städer i en icke-politisk kapacitet."
Matheson kommer att vara gästprofessor vid Strathclyde University's Institute for Future Cities - en del av sin ekonomiavdelning.
I sin roll förväntas han skriva, föreläsa och bistå med forskningsprojekt i Storbritannien och utomlands.
Flyttningen tycks för tillfället markera slutet på Mathesons politiska ambitioner.
Förra året stod han för det skotska labourpartiets ställföreträdare och kom på andra plats i den första valomgången.
Han beslöt senare att inte lägga fram sig själv som en möjlig arbetarkandidat för Holyrood.
Den tidigare ledaren för Glasgows kommunfullmäktige, Gordon Matheson, är att lämna myndigheten att bli gästprofessor vid Strathclyde University.