Steve Sankey valdes i Östra Fastlandet, South Ronaldsay och Burray avdelningen i Orkney Islands Council.
Partiledare Patrick Harvie tweetade att han var "glad" med den första gröna vinsten i valet, och partiets första Orkney fullmäktigeledamot.
Robbie McGregor vann det obestridda Shetland South-sätet för SNP.
Han är den förste fullmäktigeledamoten som företräder partiet i Shetland Islands Council.
De gröna sade att Sankey var den första medlemmen i ett nationellt huvudparti som valdes till Orkney Islands Council, där kandidaterna traditionellt har stått som oberoende.
Både Orkney och Shetland råd var oberoende ägare.
Orkney har valt sin första skotska ledamot någonsin, medan SNP har fått sin första representant i Shetland.