The Toffees, tillbaka i turneringen för första gången sedan 2010, kontrollerade mycket av spelet som en Ricardo Rodriguez eget mål och en Seamus Coleman huvudet gav dem en 2-0 halvtid ledning.
Leighton Baines satte spelet bortom Wolfsburg med en andra hälften straff.
Kevin Mirallas borrade i slutet av fjärde för Everton innan Rodriguez tog en tröst med en lockig frikick.
Vinsten sätter Everton topp i Grupp H och var bara belöning för manager Roberto Martinez, som betonade sin avsikt att ta tävlingen på allvar genom att namnge en stark sida, efter att ha kallat det "det perfekta nästa steg" för klubben.
The Toffees missade snävt ut på Champions League förra säsongen när de slutade femte i Premier League, men med sitt deltagande i säsongens Europa League avslutar en fyra-års frånvaro, Martinez har uttryckt en beslutsamhet att gå så långt som möjligt.
Evertons anfallsutställning på torsdag kommer säkert att ge honom förtroende för framsteg från en grupp som också innehåller franska sidan Lille och ryska FK Krasnodar.
Martinez hade valt att inte vila någon av sina första lag stammisar för besöket i Wolfsburg, namnge samma sida som besegrade West Brom 2-0 i Premier League på lördag.
Romelu Lukaku fick sin första kampanj i det spelet och anfallaren gick i spetsen för en spännande, anfallande kvartett som också inkluderade Aiden McGeady, Naismith och Mirallas.
De har alla bidragit till Everton imponerande statistik över att ha gjort minst två mål i varje match den här säsongen, och det var av liten överraskning att de var spelade betydande roller i målen mot Wolfsburg.
Naismith var den första som gjorde ett talande bidrag, tvingade öppningen med Evertons första attack. Efter att ha vunnit besittning, Naismith sprang in i området för att få en Baines passera innan hugga ett skott på mål. Rodriguez försökte rensa, men bollen kanoniserade av målvakt Diego Benaglio, och slog Wolfsburg full-back igen innan han hamnade i sitt eget nät.
Det var Evertons första mål i Europa på Goodison Park sedan han slog Sporting Lisbon 2-1 i februari 2010, och det hade den livliga hemmapubliken hungrig efter mer.
Everton försökte leverera, med fullbacks Baines och Coleman blir mer äventyrliga som Wolfsburg erbjöd lite framåt, och deras attackerande instinkter resulterade i hemmasidans andra mål på slag av halvtid.
Mirallas driv var svagt knuffad i vägen för Baines, som hade följt skottet in i området, och han slog bollen över målet för Coleman att nicka in.
Wolfsburg boss Dieter Hecking introducerade Tyskland midfielder Aaron Hunt för början av andra halvan, men inom några sekunder efter omstart Everton gick längre framåt. Den här gången, Robin Knoche s foul på McGeady ansågs ha inträffat inne i området, och Baines säkert avskrev den resulterande straffet.
Målet gjorde slut på Wolfsburgs förhoppningar om att återvända till Tyskland med allt att visa, men utan att förlora gav de sig in på en förtrollning av dominans.
Under drygt 30 minuter njöt de av lejonets andel av innehavet och försöken på mål, då Tim Howard producerade räddningar från Luiz Gustavos opportunistiska skott och Rodriguez välbyggda frikick.
Före detta Arsenalstrejkaren Nicklas Bendtner introducerades efter en timme, med Wolfsburg chefen Hecking känner ett möjligt mål, men istället var det Everton som tog en fjärde. Mirallas skalade bort från försvarare för att springa vidare för att ersätta Samuel Eto'o's genom bollen och han svalt slitit in på Benaglio nära post.
Det fanns fortfarande tid för Wolfsburg att få trösten deras 27 skott på mål förtjänade, Rodriguez göra några gottgörelse för hans tidiga egna mål med en curling fri-kick.
Everton boss Roberto Martinez: " Atmosfären var perfekt för oss att starta en mycket bra föreställning.
"Jag tyckte att det fanns två väldigt bra sidor. På natten speglar mållinjen förmodligen inte skillnaden mellan de två sidorna.
"Vi gjorde mål vid rätt tidpunkt. Vårt arbete var magnifikt. Vi var tvungna att försvara och vi gjorde det riktigt bra, men varje gång vi gick framåt hade vi en klinisk touch om oss."
Wolfsburgs chef Dieter Hecking: " Det är uppenbarligen inte början vi hade hoppats på. Vi saknade på vissa områden, både när det gäller slutbehandling och defensivt arbete.
"Vi borde ha gått in i halvtid ett mål ner och vi blev träffade med en sekund strax innan pausen. Direkt efter omstart, 3-0 ner och spelet är förlorat.
"Vi var verkligen inte smarta nog och visade en viss naivitet."
Everton markerade deras Europaliga återkomst med en dominant seger över tyskarna Wolfsburg i Goodison Park.