Djokovic vann 6-3 7-5 i en till stor del befallande prestanda.
Den 29-årige, som nu har vunnit sju titlar i år, har slagit japanerna vid nio på varandra följande tillfällen.
Djokovic, som blev slagen i tredje ronden i Wimbledon av Sam Querrey, kommer att representera Serbien vid OS i Rio.
"Jag behöver inte förklara att varje idrottsman drömmer om att vara en del av de olympiska spelen", sade han. "Jag tävlar i singlar och dubbelgångare.
"Förhoppningsvis får jag minst en medalj."
Världs nummer ett Novak Djokovic vann sin första titel sedan hans överraskning exit från Wimbledon med en straight-set seger över Japans Kei Nishikori i finalen av Rogers Cup i Toronto.