Tidigare denna månad uppskattade NRW lagunen skulle innebära 21% av laxen och 25% av havsöringen dör varje år, eftersom de migrerar till och från lokala floder.
Tidal Lagoon Power (TLP) sade att påståendena inte hade någon "klar vetenskaplig grund".
NRW sade att dess siffror var baserade på "bästa tillgängliga bevis" den fick.
TLP ifrågasatte NRW:s siffror och hävdade att tillsynsmyndigheten vägrade att dela med sig av sin metod för att beräkna dem.
"Utan tydlig vetenskaplig grund har NRW nyligen publicerat siffror baserade i dessa "tänk om" scenarier trots vår begäran att överväga de bevis som behövs för att stödja dem före publicering," genomgången sade.
"Dessa scenarier ger orealistiska och grovt vilseledande siffror [om fisk]", tillägger genomgången.
TLP sade att datormodellering som utförs av experter för dess räkning uppskattade ett "största fall scenario" av lagunen döda 2% av alla arter av fisk.
Projektet Swansea tidal lagun ses av företaget som en testbädd för mycket större och mer kostnadseffektiva versioner runt kusten, inklusive Cardiff, Newport och Colwyn Bay.
Förenade kungarikets ministrar överväger resultaten av en sexmånaders översyn av systemets genomförbarhet, som ännu inte har offentliggjorts.
Wales miljöminister Lesley Griffiths sade att den walesiska regeringen var "mycket stödjande" av systemet.
Men hon sade att både det och branschen behövde klarhet om den brittiska regeringens position inom "mycket, mycket nära framtid".
NRW sade att det starkt motsade TLP kritik, som det var "mycket förvånad och besviken över".
Gareth O'Shea, en NRW verkställande direktör, sade: "Vi har fått en stor mängd bevis i detta ämne från den sökande och har hållit detaljerade diskussioner med utvecklaren för ett och ett halvt år där vi har delat en enorm mängd information, data och vår metodik.
"Detta har bedömts av oberoende experter och våra egna tekniska experter, och vi har det största förtroende för att det är det bästa tillgängliga beviset för att göra det möjligt för oss att fatta rätt beslut för miljön i Wales, som vi är juridiskt bundna att göra."
Utvecklarna av den föreslagna Swansea Bay tidvatten lagun har anklagat Natural Resources Wales (NRW) för att publicera en "grossly missledande" analys av projektets sannolika inverkan på fisk.