Argyle rapporterade den 27-årige midfielder till FA efter att ha sagt att en av deras boll pojkar var "satt till marken" i 86: e minuten av spelet.
Händelsen sågs inte av matchtjänstemännen, utan fångades på video.
FA har lämnat in ett påstående om att standardstraffet, ett förbud mot tre matcher, skulle vara "tydligt otillräckligt".
Kelly har fram till klockan 18:00 GMT fredagen den 17 februari för att svara på anklagelsen.
Leyton Orient kapten Liam Kelly har åtalats för våldsamt beteende av Football Association för en incident i tisdags seger i Plymouth.