HBTQ Youth Scotland sade att dess forskning föreslog mer behöver göras för att se till att HBTQ ungdomar kände sig säkra.
Det uppmanade de drabbade att förstå sina rättigheter och rapportera diskriminering.
Välgörenhet sade att inte alla unga människor var medvetna om vad som utgjorde en brottslig handling enligt hatbrott lagstiftning.
I en online-undersökning av hbtq-personer i åldern 13-25 år som genomfördes av välgörenhetsorganisationen, sa 49% av de 273 respondenterna att de kände sig trygga och stöddes av rättssystemet. Siffran sjönk till 40 % bland dem som identifierades som transpersoner.
Hälften av de tillfrågade sade att de var medvetna om sina rättigheter, medan en liknande andel (53 %) sade att de skulle känna sig säkra på att anmäla ett brott som de upplevde till polisen.
Bland transsexuella ungdomar sjönk siffran till 48 procent, medan bisexuella kvinnor var minst benägna att känna sig säkra på att rapportera ett hatbrott på 46 procent.
Drygt hälften (51 %) av de transsexuella ungdomarna sade att de kände sig trygga med kollektivtrafiken.
Även om välgörenhetsorganisationen har välkomnat en ökning av rapporteringen om hatbrott, har YGBT Youth Scotland rekommenderat att kampanjer, aktiviteter och lektionsplaner utvecklas för användning i skolor, med särskild hänvisning till hatbrott.
Chefsdirektör Fergus McMillan sade: " I Skottland har vi turen att ha en stark lagstiftning om hatbrott som omfattar transpersoners identiteter, men säkerhetsrapporten visar på en brist i kunskap och förtroende för särskilt transsexuella ungdomar.
– När ungdomar känner till sina rättigheter och har förtroende för processen är det mer sannolikt att de är villiga att rapportera.
– En ökning av rapporterade brott sedan införandet av lagstiftningen är säkert positiv, men mer måste göras för att se till att hbtq-ungdomar känner sig trygga i samhället, förstår sina rättigheter och hur man anmäler diskriminering och trakasserier, och har självförtroende att rapportera.
Många lesbiska, homosexuella, bisexuella och transsexuella (LGBT) ungdomar utsätts fortfarande för trakasserier på offentliga platser, enligt en skotsk välgörenhet.