Sam Sebastian, 18 år, fick också hjärtstillestånd vid West Gate School i Leicester den 27 januari 2016.
Eileen Coull, 63, från Leicester, och Marilyn Smith, 61, från Ratby i Leicestershire, kommer att dömas i Leicester Crown Court den 13 juli.
En anklagelse om uppsåtlig försummelse lades ner.
Tonåringen, som har mentala och fysiska funktionshinder, halkade ur sin gummiring och var under vatten i en och en halv minut innan han återupplivades.
Han fick också lungskador efter simlektionen.
Domstolen hade hört att det var svårt att bedöma omfattningen av hans skador på grund av hans funktionshinder.
Rättning: En tidigare version av denna berättelse sade Eileen Coull och Marilyn Smith anklagades för avsiktlig försummelse.
Två medarbetare har medgett att de underlåter att vidta rimliga åtgärder mot en handikappad elev som led av hjärnskador när han var nedsänkt i en simbassäng i 90 sekunder.