Den 76-årige, som fick 25 000 pund för Squint (19) på Liverpools Walker Art Gallery, var en av de nominerade konstnärerna 1991.
Simpson, som också gjort prislistan vid tre andra tillfällen, sade slutligen att vinna var "mycket trevligt faktiskt".
Domaren Ansel Krut sa att Squint (19) var "otrolig", trots att det var en "svår målning att titta på".
Verket skildrar en spetälsk kiss, som Simpson sade var "hål gjorda i sidorna av medeltida kyrkor så att de oönskade kunde titta igenom till gudstjänsten och på något sätt delta".
Han sa att det var en av en serie målningar han arbetat med, varav några var "mycket större".
Den relativt lilla storleken på Squint (19) - som är ca 7ft (2,1m) i höjdled - var en av anledningarna till att Simpson deltog i tävlingen, även om han också medgav att "det verkade vara en bra idé att skicka en som jag var förtrogen med och arbetade med".
Han sa att prispengarna skulle spenderas på "stretches, canvas och - särskilt - bra kvalitetsfärger".
"Jag spenderar en hel del pengar på material, så dessa pengar kommer att gå till en bra sak."
Krut sa att Simpsons stycke var "lite som en tondikt - när man tillbringar lite tid med den, börjar den gradvis att bygga upp en bild".
"Tekniskt sett är det mycket subtilt och hans språk är mycket minimalt, mycket reducerat, men när du går in i det, kommer du in i detta breda område av stor sympati, på grund av ämnet.
"Vi kunde inte ha bett om en bättre målning."
Det tvååriga John Moores Painting Prize instiftades 1957 och är ett av Storbritanniens äldsta konstpris.
Tidigare vinnare är David Hockney och Peter Doig. Sir Peter Blake, som nu är pristagaren, vann juniortiteln 1961.
Michael Simpson har vunnit John Moores Painting Prize, 25 år efter att han först kom nära att ta titeln.