Justitieminister Michael Matheson har beordrat Hennes Majestäts konstapelsinspektör i Skottland att undersöka de hemliga officerarnas handlingar.
En översyn pågår i England och Wales, men den brittiska regeringen har vägrat att utvidga den till Skottland, vilket innebär att Matheson "nedvärderas".
Offer för polisspionage hade krävt att en skotsk utredning skulle inledas.
Holyroods partier hade enats i att kräva en förlängning av Pitchford-utredningen, som bildades i England och Wales för att utreda anklagelser om tjänstefel av under täckmantel.
Det finns anklagelser om att undercover Metropolitan Polices hade fött barn och orsakat missfall av rättvisa, med påståenden om denna verksamhet sträcker sig till Skottland.
Mark Kennedy, en av fem officerare som har haft relationer med kvinnor under täckmantel, påstås ha infiltrerat miljögrupper inför G8-toppmötet i Gleneagles 2005.
Labour MSP Neil Findlay skrev direkt till polisministern, Brandon Lewis, men fick höra att det var "inte möjligt" att förlänga sonden norr om gränsen av "ett antal skäl".
Matheson sade att han var "ense om" att en förlängning av Pitchford skulle vara det "rätta att göra", och sade att han var "nedslagen" med den brittiska regeringens vägran.
Han sade: "Med tanke på de berörda enheternas operativa omfattning anser den skotska regeringen att en enda sammanhängande undersökning är den mest effektiva metoden för att genomföra en omfattande undersökning av dessa verksamheter.
"Men mot bakgrund av inrikesministeriets beslut har jag i dag gett Hennes Majestäts konstapelinspektör i Skottland i uppdrag att genomföra en strategisk översyn av polisen under täckmantel i Skottland."
Justitieministern sade att denna utredning skulle omfatta "omfånget och omfattningen av under täckmantel polisen i Skottland" från 2000 samt operationer som utförs av Met polisen enheter under utredning av Pitchford.
Han tillade: "Denna översyn kommer också att ge oberoende garantier för polisens verksamhet, förfaranden och skyddsåtgärder i samband med under täckmantel av polisen."
De skotska liberaldemokraterna välkomnade nyheten, och Liam McArthur beskrev sonden som "inget mindre än vad som krävs".
Men Mr Findlay sa att det var "mindre framsteg", kallar det "polisen granskar polisen" snarare än den offentliga utredning han hade begärt.
Offer som deltar i Pitchford-utredningen hade kommit fram till beslutet att inte utvidga den till Skottland och uppmana Holyrood att beställa sin egen sond.
En grupp på 17 offer gjorde ett gemensamt uttalande efter det att Lewis vägrade att utvidga undersökningen och sade att de var "extremt frustrerade", och sade att "det sätter igång undersökningen för att misslyckas innan den ens börjar".
En i gruppen, Merrick Cork, tillade: " Det är upprörande att Theresa May anser att offer för polisövergrepp förtjänar rättvisa i England, men inte i Skottland.
"Polisen erkänner engelska officerare som begått brott mot mänskliga rättigheter mot medborgare på skotsk mark. Det är absurt att förvänta sig allmänhetens förtroende för polisen när maktmissbruk sopas under mattan, och det är en snobb till Skottland att säga att det inte spelar någon roll där. "
Lewis försvarade utredningens begränsade omfattning och sade att den redan var "extensiv och komplex" och att den måste "fortsätta snabbt" utan ytterligare förseningar.
Han tillade: "Inrikesdepartementet är övertygad om att utredningen både kan få en förståelse för historiska brister och ge rekommendationer för att se till att oacceptabla metoder inte upprepas utan att man behöver överväga varje fall av under täckmantel polisarbete, var det än togs."
Den skotska regeringen har beordrat en oberoende granskning av polisen under täckmantel i Skottland.