Gerry McGowan, Michael Toner, Stephen Crumlish och Gerard Kelly var tonåringar när de anklagades för att ha dödat Steven Kirby 1979.
De så kallade Derry Four flydde Nordirland tills de frikändes 1998.
De är nu inblandade i ett civilmål mot polisen för olovligt gripande.
De fyra männen säger också att de utsattes för falsk fängelse, misshandel, misshandel och illvillig åtal.
PSNI sade till BBC att det skulle vara olämpligt att kommentera på grund av rättsliga förfaranden.
I fredags lämnade advokater till PSNI:s chefskonstapel in handlingar till Högsta domstolen i Belfast som tydde på att alla ursprungliga intervjuanteckningar från 1979 saknades.
"Jag antar att min första reaktion var en av misstro men samtidigt var det inte förvånande," sade Gerry McGowan.
"Dessa dokument kunde ha testats rättstekniskt för att avgöra om uttalandena manipulerades.
"Var de avsiktligt förstörda eller var det bara fullständig inkompetens?"
Det är underförstått att det inte gavs någon förklaring till hur anteckningarna hade försvunnit.
Det är ännu en vändning i en lång kamp för rättvisa, enligt Paul O'Connor från Pat Finucane Centre.
"Det är en otrolig tillfällighet att i just detta fall intervjun anteckningar har försvunnit", sade han.
"Det skulle vara viktigt att gå till botten med detta för att se vad som skrevs i de ursprungliga intervjuanteckningarna och detta är ett hårt slag för dem.
"Mitt hjärta går ut till de fyra männen, uppenbarligen har de rättfärdigats i termer av att få anklagelserna tillbakadragna men de har inte haft någon rättvisa."
De fyra männen har nu lämnat in en ansökan om utgivning av hemliga bandinspelningar av intervjuerna, som de trodde gjordes av säkerhetstjänsten.
En av fyra män som felaktigt anklagats för att ha mördat en brittisk soldat har sagt att han är "devastat, men inte förvånad" över att få veta att intervjuanteckningar om fallet har försvunnit.