Stölden skedde utanför St John's Kirk i St John's Place i staden före 23:30 på måndagen.
Det var andra gången den livsstora dockan hade stulits från födelsescenen under de senaste två åren.
Polisen i Skottland sa att tre män skulle anmälas till prokuratorn i sinom tid.
Anne Chat, som tjänar som äldste i kyrkan och också arbetar som volontär, sade efter stölden: " Förra året stal någon dockan också från utställningen, men den dök upp igen ett tag senare.
"Det verkar bara vara något som folk gör nuförtiden, det är synd."
Fru Chat sade att födelsen hade införts av lokalbefolkningen på lördag kväll efter en lykta procession med ett hundratal personer och ett rörband.
Ett barn i naturlig storlek Jesus som stals från en födelseutställning i en kyrka i Perth har hittats.