"Självklart skulle jag inte utesluta det, men det är inte för tillfället", berättade han för BBC: s Newsnight.
Yentob sa att beslutet att släppa Clarkson som presentatör av Top Gear hade rätt, men också en sorglig dag för BBC.
Han sade att det skulle vara en besvikelse om de andra presentatörerna slutade, men programmet skulle kunna fortsätta.
Jeremy Clarkson, Richard Hammond och James May har arbetat tillsammans på Top Gear sedan 2003.
BBC har hittills inte kommenterat Hammonds och Majs framtid.
Yentob erkände att det var "fullständigt naturligt" för presentatörerna att ha reservationer om att fortsätta på BBC Two show: "De är ett team - de har arbetat tillsammans under en mycket lång tid, de är alla mycket fästa.
"Frågan om vad som händer härnäst för Top Gear är ett samtal som måste fortsätta mellan controller av BBC Two Kim Shillinglaw, mellan Andy [Wilman - producent av Top Gear], och laget."
På onsdagen twittrade Hammond: " Han såg ett så sorgligt slut på en era. Vi är alla tre idioter på våra olika sätt men det har varit en otrolig resa tillsammans."
May verkade också föreslå att han överväger sin egen avresa, säger Sky News: "Jag är säker på att Top Gear kan fortsätta på något sätt. Den fanns framför oss och har omarbetats flera gånger."
Clarkson blev avstängd den 10 mars, efter vad som kallades "fracas" med Top Gear-producenten Oisin Tymon.
På onsdag meddelades att presentatörens kontrakt inte skulle förnyas.
En intern utredning under ledning av Ken MacQuarrie, direktör för BBC Scotland, fann att Tymon tog sig till sjukhus efter att ha utsatts för en "oprovocerad fysisk och verbal attack".
North Yorkshire polisen undersöker också händelsen, som ägde rum på ett lokalt hotell.
"Vi har en skyldighet att undersöka var vi tror att ett brott kan ha begåtts, och det är vad vi har gjort med detta fall", sade en talesman.
"Som vanligt under dessa omständigheter har vi tagit kontakt med Tymon genom hans advokater, för att be honom tala med oss så att vi kan ta reda på hur han vill driva denna fråga."
"När dessa rutinförfrågningar är klara kommer vi att kunna bedöma om ytterligare åtgärder behöver vidtas ur ett polisperspektiv eller inte."
När Clarkson talade med reportrar utanför sitt hem på torsdag, vägrade han att svara på frågan om han var orolig för ett eventuellt gripande.
I stället sade han: " Allt jag skulle vilja säga är... Jag önskar att människor skulle lämna Ois [Oisin Tymon] ensam eftersom inget av detta var hans fel."
BBC kreativ regissör Alan Yentob har sagt att han inte skulle utesluta Jeremy Clarkson att göra en återgång till BBC i framtiden.