De anklagas för att ha kidnappat, torterat och dödat vänsteraktivister under landets militära styre mellan 1976 och 1983.
Gruppen för mänskliga rättigheter hoppas att rättegången kommer att belysa Operation Condor, en gemensam insats bland sydamerikanska militära härskare som syftar till att undertrycka oppositionen.
De fem har nekat till anklagelserna.
De omfattar två tidigare underrättelseofficerare, Honorio Martinez Ruiz och Eduardo Ruffo, före detta general Eduardo Cabanillas, före detta överste Ruben Visuara och tidigare militär underrättelseagent Raul Guglielminetti.
En sjätte man, tidigare vice vd Nestor Guillamondegui, frigavs från rättegången av hälsoskäl, sade domstolstjänstemän.
De sa att hans hälsa skulle övervakas för att avgöra om han kunde ställas inför rätta vid ett senare tillfälle.
Männen anklagas för att ha drivit ett ökänt fångläger i Buenos Aires.
Mer än 200 personer tros ha kidnappats och förts till det hemliga fängelset, känt som Automotores Orletti.
De flesta av de fängslade var från Uruguay, men överlevande säger att det också inrymmer fångar från Chile, Paraguay, Bolivia och Kuba.
Condor uppfanns 1975 av militärer från Argentina, Brasilien, Bolivia, Chile, Paraguay och Uruguay.
Dess syfte var att tysta oppositionen genom att skicka team till andra länder för att spåra, övervaka och döda oliktänkande.
En åklagare sa att det som hände på Automotores Orletti var "beräknat och planerat och uppgick till en dödsdom" för fångarna.
Marcelo Gelman, son till den argentinska poeten Juan Gelman, var en av dem som fängslades i det hemliga fängelset 1976. Hans kropp hittades senare i en cementfylld trumma dumpad i en flod.
Hans fru, Maria Claudia Garcia, var gravid när hon blev bortförd. Hon fördes till Uruguay, där hon försvann.
Deras dotter, Macarena Gelman, uppfostrades av en polis i Uruguay.  Hon säger att hon kommer att vittna vid rättegången, vilket förväntas pågå i månader.
Fem före detta underrättelsemän och militärer i Argentina har åtalats för mord på 65 personer.