Clogher ryttaren tog en smal seger över landsman Alastair Seeley efter 10 varv, med Dublins Jack Kennedy fjärde och David Allingham i sjätte.
Seeley kan inte göra mästerskapspoäng på sin Spirit Moto2-maskin.
Farmer ligger nu tvåa i ställningarna på 145 poäng, fem efter Tarran Mackenzie, som har tagit upp Danny Kents ritt i Moto2 MotoGP-serien.
Allingham är tredje på 134 punkter, följt av Carrickfergus ryttare Andrew Irwin på 115 och Kennedy med 100.
Funktionen Supersport event kommer att äga rum på söndag.
Bli Wiser Ducati pilot Glenn Irwin missar mötet genom skador som uppstått i en övning krasch på Knockhill men Nordirland ryttare Michael Laverty, Andy Reid och Josh Elliott kommer att delta i söndagens två Superbike utflykter.
Reid har kallats upp för att ersätta Davide Giugliano i Tyco BMW laget för resten av säsongen, medan Elliott står i för den skadade Christian Iddon för denna runda.
Elliott är också inställd på att ta i helgens Superstock 1000cc tävlingar, tillsammans med MD Racing representant Carl Phillips.
Keith Farmer följde upp sin dubbel på Knockhill genom att vinna Supersport sprint race på Snetterton på lördag.