Supportrarna hävdade att London Legacy Development Corporation (LLDC) skulle subventionera hyran, vilket den förnekade.
Gruppen bestod av truster från klubbar inklusive Arsenal sade att det var "nedslagen" av beslutet men hade förväntat sig det.
Regeringen sa att affären hade "skrotats" och "upphävts".
LLDC, som äger stadion, sade West Ham bidrog £ 15m till £ 272m konvertering av stadion och utvecklingsföretaget skulle också betala för "anläggningar och tjänster" såsom planen underhåll och för förvaltare på matchdagar, som kan kosta £ 2,5m årligen.
Man förstår också att klubben kommer att betala upp till 2,5 miljoner pund per år i hyra, även om LLDC sade att det aldrig skulle avslöja denna information.
Som jämförelse kan nämnas att Manchester City, som flyttade in i den tidigare stadion för samväldesspel, betalar omkostnader utöver hyran på 4 miljoner pund.
Koalitionen av supportrar, bestående av truster från klubbar inklusive Chelsea och Tottenham Hotspur, startade en online petition som hade fått mer än 24 000 underskrifter till förmån för en offentlig undersökning.
Mat Roper sade att gruppen fortfarande var orolig att de förväntades se det som en "fabulous deal för skattebetalarna" när de inte hade sett några siffror för att stödja påståendet och ett dokument som de begärde hade "fullständigt redigerats".
Han sade: "Vi är inte närmare sanningen om vad vi tror finns i hyresavtalet....tills vi vet att då kommer vi att fortsätta.
"Oavsett om det fortsätter med denna petition, en ny petition eller... en ny FOI-begäran, så är den definitivt inte död i vattnet."
Gruppen sade att de förblev oroliga affären skulle ge Hammers en konkurrensfördel.
Men avdelningen för kultur, medier och idrott sade: " West Ham United har en koncession på stadion, och deras bidrag återspeglar denna status.
"Kontraktet, som tilldelats efter ett öppet offentligt uttagningsprov, har granskats och prövats i stor utsträckning i domstol.
"stadion är fortfarande i offentlig ägo och vinsterna från dess flera användningsområden kommer att flöda till skattebetalarna."
Medan West Ham kommer att vara värd för alla sina hemmamatcher på stadion, kommer British Athletics ta kontroll över arenan i en månad varje sommar.
Regeringen har avvisat en begäran från en grupp fotbollssupportrar om att undersöka hyran av Olympiastadion till West Ham United.