Skottlands tidiga ledning hade försvunnit, sidorna var plana på 1-1 och svagheterna i hjärtat av deras försvar var uppenbara igen. "Det var en kris", sade Skottland manager, uppriktigt.
Kris var ett starkt ord att använda, men det var Strachans ord och det var ett avslöjande ord. Det talade inte bara till situationen hans lag var i mot en nation rankad 176: e i världen men också till Skottlands tidigare öppningsdagar i stora mästerskap kval.
De 0-0-0-tal mot Litauen som fick igång Euro 2000-kampanjen till en dyster start. Den 2-2 dra mot Färöarna i den första omgången av matcher för Euro 2004. Den 0-0 dragning med Slovenien i vecka en av kvalen för VM 2006.
Förlusten för Makedonien den första dagen av kampanjen för att göra VM 2010. Dragningen med Litauen som satte Skottland på den bakre foten direkt i Euro 2012 kval. Dragningen med Serbien som gjorde samma sak för VM 2014.
Skottland misslyckades med att kvalificera sig för alla dessa turneringar, som om någon behöver påminnas.
"Alla var oroliga", sade Strachan, ungefär halvtid på Malta. "Men vi hade ett gäng killar som kunde hantera stressen."
Skottland hade haft 72,5% innehav i denna öppningshalva och deras dominans av bollen återspeglades inte i en dominans på resultattavlan.
Detta är inte ovanligt när lag spelar Malta, men det är fortfarande oroande på den tiden. Massor av innehav betyder inte alltid massor av mål. Malta kan vara en örfil, men på sina allra bästa dagar kan de också vara täppta.
Strachan hade vetat det. Kanske är det där omnämnandet av en "kris" kom från, en insikt om att även om minnows inte vinner matcher, de har kapacitet, från tid till annan, att frustrera.
I kvalet för Euro 2016 hade Italien 71% innehav (och en man fördel för 46 minuter) mot Malta och ändå bara gjorde en gång mot dem. I returmatchen hade de 70% innehav och igen bröt de ner sina motståndare bara en gång.
I samma grupp hade Kroatien sina problem med malteserna. De, liksom Italien, hade en enmans fördel, i 59 minuter, och åt 70% av bollen men bara gjorde två poäng, den andra kommande nio minuter från slutet. I sin andra match med Malta, hade de 64% innehav och bara vann 1-0. Strachan hade nämnt deras stelhet i ingressen. Vid halvtid, skulle den rädslan inte ha varit långt ifrån hans sinne.
I rättvisans namn tog Skottland upp bananskinnet och kastade ut det ur vägen. Vid 2-1, hade de åter tagit kontroll över spelet, sedan drog de nytta av en fasansfull domare fel som gav dem ett straff de inte förtjänade, ett beslut som också orättvist minskade Malta till 10 män med en halvtimme kvar.
I Euro-kvalificeringarna lyckades 10-mans Malta slå ner luckorna mot de 11 männen i Italien och Kroatien, men de kunde inte upprepa tricket mot Skottland. Strachans team hade stor tur med straffet och det röda kortet, men de gjorde det mesta av det. Fem mål är en sjuhelsikes återvändo när så många skulle ha bestämt sig för en, så länge det var avgörande.
Vad sa söndagskvällen till oss? Det berättade för oss att Strachans favorit center-halvor, Russell Martin och Grant Hanley, hade bättre börja spela spel för sina klubbar - de är ute ur bilden på Norwich och Newcastle - före nästa omgång kval i oktober. I en oroande öppning var hälften av dem rostiga och sårbara, till och med för Maltas ärtskyttar.
Det berättade för oss att Ollie Burke har mycket att erbjuda, att i James McArthur frånvaro, Barry Bannan överraskning val var berättigad och att i Leigh Griffiths frånvaro - och den alltmer förbryllande utelämnande Ross McCormack - Chris Martin gjorde ett viktigt mål att göra det 2-1.
Den berättade också för oss att Matt Ritchies leverans från hela världen kunde vara ovärderlig. Framför allt påminde det oss om att Robert Snodgrass inte bara är en fantastisk fotbollsspelare, utan han är också en bra ledare - och om det fanns tur i hans hatt-trick så var det inte förr än. Skadan berövade honom 16 månader av hans karriär. Han ska hämnas.
Skottlands rekord på öppningsdagen för stora mästerskaps kvalificerande kampanjer är beklagansvärt, men detta lag har besparat sig själv eländet av sina föregångare. De kan med lite tillförsikt vända sig till Litauen på Hampden den 8 oktober.
Som Malta spelet, det är en måste-vinn. Litauen ritade 2-2 med Slovenien på söndagen efter att ha lett 2-0 efter 34 minuter. De är redan försvagade av det resultatet. Skottland kan ge dem ett hårt slag genom att slå dem nästa månad. Förbered dig på att glömma kvalificering om de inte gör det.
Vi kan bara tala i boll-park nummer när vi försöker räkna ut hur många poäng Skottland kan behöva för att göra play-offs - förutsätt att England, även om enormt oinspirerade i seger mot Slovakien, gå vidare och vinna gruppen.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
För 2014 World Cup, Kroatien, Island och Frankrike gjorde play-offs med 17 poäng. Alla de andra nationerna som gjorde spelen kunde ha kommit dit med 18, även om vissa slutade med mer än 18.
Fyra år tidigare, och eftersom Skottlands grupp var så sorgligt dålig - Norge slutade tvåa med en svag 10 poäng, 11 poäng skulle ha fått ett lag till play-offs. Men det var en mycket ovanlig kampanj.
Under de senaste två VM kvalkampanjer de 16 lag som avancerat till play-offs hade i genomsnitt 20 poäng vardera. Det är därför hem och bort segrar mot Malta och Litauen är avgörande. Det är därför Slovakien och Slovenien behöver bli slagna i något skede, hem eller bort. Även då, Skottland kan behöva samla några drar för att toppa sin totala.
Skottland har varit långt ifrån den standarden. I de tre senaste VM-kvalificeringsserierna slutade de på 11 poäng (2014), 10 poäng (2010) och 13 poäng (2006).
Skottland är Skottland, även när de kom iväg till en flygblad (Euro 2008 kampanj) och hade nio poäng av nio (inklusive en seger över Frankrike) och 12 poäng från en möjlig 15 i början, de fortfarande inte göra det. Inget av det här blir lätt, men det är inte meningen.
Det uppmuntrande är att de på söndagen hoppade över det första hindret, ett hinder som de vanligtvis dundrar in i innan de störtar till golvet. Barriärerna blir bara större härifrån. Men priset är också ganska stort.
Vålnaderna från tidigare misslyckanden måste ha snurrat runt Gordon Strachans öron på halvtid på Malta på söndag kväll.