Besegra ser Burton glida till 21st, två punkter utanför drop zonen, som de förlorade för tredje gången i fem matcher.
Damien McCrory och Jamie Ward sköt mot värdarna, medan Huddersfields Nahki Wells sköt en frikick över.
Wells vände sedan matchvinnare, på väg mot Christopher Schindlers knock-back från Aaron Mooys frikick.
Huddersfield är fortfarande nio poäng på drift av nuvarande ledare Brighton, som vann 3-2 på Blackburn, men Brewers är bara en plats ovanför relegationszonen när deras fem-match obesegrad homerun i Championship kom till ett slut.
Ater går nära innan pausen, Ward rullade ett skott över baren i andra halvan.
Huddersfield framåt Elias Kachunga såg hans målbundna skott rensas bort linjen av McCrory som besökarna såg mest sannolikt att göra mål.
Men de var tvungna att vänta till den 85: e minuten som Mooys långa fri-kick var på väg tillbaka i lådan av Schindler och nickade in av Wells för hans femte mål för säsongen.
Burton Albion chef Nigel Clough:
"Vi förtjänade åtminstone en poäng ut ur spelet. Spelarna var magnifika från början till slut och kunde inte ge mer.
"Vi har spelat bra, skapat chanser men bara inte kunde avsluta en och sedan de dyker upp i den 85: e minuten.
"Vi har otur att inte få resultatet men vi är inte besvikna på föreställningen - det var utmärkt."
Huddersfield stadsdirektör David Wagner:
"Vi kan vara mycket glada över de tre punkterna. Vi visste att det skulle vara mycket viktigt att kämpa mot andemeningen och den arbetande inställningen, och detta är vad de har visat.
"Den offensiva föreställningen var inte vårt bästa, men detta var inte det viktigaste.
"Vi visade rätt attityd och det är därför jag är väldigt stolt över dem att de gjorde rätt saker i rätt ögonblick."
Matchen slutar, Burton Albion 0, Huddersfield Town 1.
Andra halvlek, Burton Albion 0, Huddersfield Town 1.
Rajiv van La Parra (Huddersfield Town) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Lee Williamson (Burton Albion).
Martin Cranie (Huddersfield Town) visas det gula kortet för en dålig foul.
Lloyd Dyer (Burton Albion) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Martin Cranie (Huddersfield Town).
Försöket räddades. Nahki Wells (Huddersfield Town) vänster fotade skott från vänster sida av lådan sparas i nedre vänstra hörnet. Hjälpt av Kasey Palmer.
Foul av John Brayford (Burton Albion).
Jonathan Hogg (Huddersfield Town) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Hörnet, Burton Albion. Förföljd av Chris Löwe.
Foul av Jonathan Hogg (Huddersfield Town).
Jackson Irvine (Burton Albion) vinner en frispark i anfallshalvan.
Mål!  Burton Albion 0, Huddersfield stad 1. Nahki Wells (Huddersfield Town) huvudet från mitten av lådan till den höga mitten av målet. Hjälpt av Christopher Schindler med ett huvudkort efter en viss situation.
John Brayford (Burton Albion) visas det gula kortet för en dålig foul.
Elias Kachunga (Huddersfield Town) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av John Brayford (Burton Albion).
Michael Hefele (Huddersfield Town) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Michael Hefele (Huddersfield stad).
Jackson Irvine (Burton Albion) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Nahki Wells (Huddersfield Town).
Damien McCrory (Burton Albion) vinner en frispark i defensiva halvan.
Substitution, Burton Albion. Lee Williamson ersätter Hamza Choudhury.
Chris O'Grady (Burton Albion) visas det gula kortet för en dålig foul.
Aaron Mooy (Huddersfield Town) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Chris O'Grady (Burton Albion).
Christopher Schindler (Huddersfield Town) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Chris O'Grady (Burton Albion).
Foul av Martin Cranie (Huddersfield Town).
Lloyd Dyer (Burton Albion) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Försök blockerat. Chris Löwe (Huddersfield Town) vänster fotade skott utanför boxen är blockerad.
Substitution, Burton Albion. Will Miller ersätter Jamie Ward.
Jamie Ward (Burton Albion) visas det gula kortet för en dålig foul.
Michael Hefele (Huddersfield Town) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Jamie Ward (Burton Albion).
Foul av Jonathan Hogg (Huddersfield Town).
Jackson Irvine (Burton Albion) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Michael Hefele (Huddersfield Town) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Kyle McFadzean (Burton Albion).
Försök blockerat. John Brayford (Burton Albion) vänster fotade skott från mitten av lådan är blockerad.
Huddersfield gjorde mål sent för att vinna på att kämpa Burton och konsolidera sin plats i Championship play-offs.