Underofficer Aimee Mejia, 21, var inblandad i en tre-bil olycka på ön på lördag, skadar två personer, sade polisen.
Det är den senaste incidenten med amerikanska trupper baserade i Okinawa.
Många Okinawans har länge kämpat mot USA:s tunga militära närvaro.
Polisen sa att PO Mejia körde åt fel håll och körde på två fordon. En kvinna i trakten hade ett sprucket bröstben.
Hennes alkoholnivåer var ungefär sex gånger så höga som den tillåtna nivån, rapporterade Japans NHK-nätverk.
Enligt den amerikanska flottans order kommer personal inte att tillåtas dricka alls, på eller utanför basen, och kan inte lämna basområdet, med undantag för pendling och nödvändiga ärenden som att plocka upp sina barn eller livsmedel.
Flottan sade att "frihetsbegränsningen" skulle förbli på plats tills all personal hade genomgått extra utbildning, medan alkohol förbjöds direkt tills tjänstemän "är bekväma att all personal förstår effekterna av ansvarsfullt beteende".
"Dessa åtgärder tas inte lätt," Rear Adm Matthew Carter, befälhavare för flottans styrkor Japan, sade i ett uttalande.
"I årtionden har vi haft ett starkt förhållande till det japanska folket. Det är absolut nödvändigt att varje Sailor förstår hur våra handlingar påverkar den relationen, och US-Japan Alliance som helhet. "
Den amerikanska militären sade tidigare att den samarbetade med den japanska utredningen av det påstådda rattfyllerifallet och uttryckte sympatier för de skadade.
Okinawa är hem för mer än hälften av den 50000 amerikanska militärpersonal som är baserad i Japan. Motståndet mot deras närvaro har rasat i åratal, och varje gång en militär medlem är inblandad i ett brott har ilskan ökat.
Amerikansk personal var redan utegångsförbud och observerade en 30-dagars sorgeperiod efter att en civil militär anställd arresterades på misstanke om att dumpa en lokal kvinnas kropp förra månaden.
Premiärminister Shinzo Abe har uttryckt upprördhet över händelsen och tog upp frågan med USA:s president Barack Obama vid G7-toppmötet i Japan.
Den amerikanska flottan har förbjudit all sin personal i Japan att dricka alkohol och har begränsat verksamheten utanför basen efter att en sjöman greps misstänkt för rattfylleri.