Stenhousemuirs nederlag förde Stranraer till bordet på lördag.
Stair Park klubben tar på Aberdeen på Pittodrie i lördagens skotska Cup fjärde-rundan slips.
Reid, 46, vann två gånger befordran till den andra nivån via play-offs med Ayr United mellan 2007 och 2012.
Men efter att ha lett Stranraer till förra säsongens Championship play-offs, kunde han inte få sidan främjas som Ayr flyttade upp en division.
En försvarare som spelare, Reid spelade för Greenock Morton, Rangers, Burnley och Queen of the South bland annat innan du flyttar in i ledningen.
Efter att ha lämnat Ayr - en klubb han också spelade för - Reid arbetade i Filippinerna som chef för Global FC och sedan hade en kort trollformel som ansvarade för Nuneaton Town innan han tog Stranraer jobbet 2015.
"Efter ett möte och diskussion i kväll, Stranraer FC kan meddela att manager Brian Reid har lämnat klubben genom ömsesidigt samtycke," sade Stranraer på sin webbplats.
"Klubben vill tacka Brian för alla hans ansträngningar under de senaste 20 månaderna och önskar honom lycka till i framtiden. Brian uttryckte sin tacksamhet till klubben för möjligheten att ta chefens jobb och var besviken över att laget inte kunde bygga på förra säsongens körning till play-off finalen och önskade Stranraer FC alla framgångar i framtiden."
Chef Brian Reid har lämnat Stranraer med ömsesidigt samtycke, Scottish League One klubben har meddelat.