Men Ofsted chef Sir Michael Wilshaw säger att processen att stänga sådana skolor är "otillräcklig".
Där det finns en sådan "olaglig verksamhet", säger han, bör "lagens fulla kraft" sättas på prov.
Sir Michael har skrivit till utbildningssekreteraren att 15 sådana skolor har hittats och de bör vara "registrerade eller stängda".
Han säger att det finns "allvarlig oro" över säkerheten för barn som undervisas i dessa "så kallade skolor".
Som svar säger utbildningsminister Nicky Morgan att regeringen har vidtagit "robust åtgärder för att ta itu med oregistrerade skolor och förbättra skyddet".
"Men vi håller med Sir Michael om att mer behöver göras."
Som Morgan säger finns det planer på "ytterligare befogenheter att reglera miljöer som lär barn intensivt och att ingripa och införa sanktioner där det finns säkerhets- eller välfärdsproblem. Vi kommer inom kort att samråda om dessa förslag."
Den Ofsted chefen säger att inspektörer besökte 28 institutioner där det fanns oro och hittade 15 oregistrerade skolor.
De skolor som fortfarande är verksamma har inte identifierats, även om vissa tros befinna sig i Birmingham och London. Bland dem finns några som är knutna till trosgrupper.
Det rör sig om skolor som tillhandahåller minst 20 timmar i veckan av lektioner, som är verksamma utanför undervisningsavdelningens, lokala myndigheters eller Ofsted-inspektioners tillsyn.
Ofsted anklagar operatörerna av vissa av dessa institutioner för att "använda de friheter som ges till äkta hempedagoger som en täckmantel för sin verksamhet".
Men Sir Michael uppmanar utbildningssekreteraren att snarast stänga oregistrerade skolor och i svaren från råden och utbildningsdepartementet.
Och han varnar för att "byråkrati, lagstiftning eller brist på resurser" används som "skäl till passivitet".
I ett "djupt oroande fall", säger Ofsted att inspektörerna var tvungna att återvända för ett femte besök i Bordesleys oberoende skola i Birmingham, som inspektörerna nu tror har stängt.
Sir Michael säger att inspektörerna hade blivit försenade från att komma in, men en gång inombords hade funnit "kvalificerade förhållanden, inklusive tre enkelmadrasser täckta med smutsiga lakan i ett rum och inget rinnande vatten i toalettutrymmena".
Det fanns också "tydliga bevis för segregation, med separata klassrum för pojkar och flickor" och "inga bevis för att lämpliga kontroller av personalen utförts".
Inspektörerna varnade också för att "eleverna fick lära sig en snäv läroplan som inte förberedde dem för livet i det moderna Storbritannien".
Sir Michaels brev säger att det fanns efterföljande frågor om tillträdesrätt för den lokala myndigheten - och som sådan "Jag ordnade så att poliser från West Midlands-styrkan skulle följa med inspektörerna för att underlätta inträdet i lokalerna".
Morgan sade: "Vi förstår att Bordesley nu har stängt och håller nära kontakt med Birminghams lokala myndigheter, eftersom de arbetar för att se till att barnen är säkra och får lämplig utbildning."
Den överordnade chefen har sagt till utbildningssekreteraren: " Arrangemangen för att stänga oregistrerade skolor är otillräckliga.
"För många barn löper fortfarande stor risk att skadas. Jag kommer att fortsätta att göra allt jag kan för att identifiera och inspektera oregistrerade skolor."
Labours sekreterare för skuggutbildning, Lucy Powell, sade: " Det är svårt att förstå varför arrangemangen för att stänga oregistrerade skolor fortfarande är otillräckliga och snabba åtgärder i denna fråga har inte vidtagits.
"Med barn som riskerar att utsättas för skada, exploatering eller otillbörlig påverkan, är mer tröghet från denna regering helt enkelt inte tillräckligt bra."
Powell varnade för ett "farligt tomrum" i den lokala tillsynen över skolorna.
Ofsted varnar för att elever undervisas i "kvalitativa" skolor som är oregistrerade och oövervakade.