Tvååriga Lane Thomas Graves hade lekt i sanden nära resortens Seven Seas Lagoon när han släpades under vattnet av varelsen.
Hans föräldrar och äldre syster hade besökt Grand Floridian resort i juni 2016 från delstaten Nebraska.
Fyren har installerats nära platsen där attacken inträffade.
Vilddjurstjänstemän klassificerade mordet som en rovdjursattack och sa att pojken inte gjorde något för att provocera alligatorn.
"Han var i vattnet inte mer än ankeln djupt," Florida Fisk och Wildlife Conservation Commission sade i en rapport, beskriver hur pojken hade samlat vatten för en sandslott.
Hans far, Matt Graves, hoppade i vattnet för att försöka bända upp varelsens mun, men "alligatorn slog sönder och bröt Matts grepp och gick under vattnet", enligt rapporten.
En Disney talesperson sade att de hoppades att monumentet skulle sprida medvetenhet för Lane Thomas Foundation, som också använder fyren som sin logotyp.
Vem är ansvarig för Alligator pojkens död?
"Fyrskulpturen har installerats för att hjälpa till att sprida medvetenheten om Lane Thomas Foundation, som inrättades för att ge hjälp och stöd till familjer vars barn behöver organtransplantationer," Walt Disney World sade i ett uttalande.
Efter döden kritiserades Disney för att inte ha lagt upp skyltar som varnade för faran längs den människogjorda lagunen, som gränsar till Magic Kingdom.
Public Notices har nu lagts till området, Florida media rapport.
Familjen Lane meddelade en månad efter pojkens död att de inte skulle stämma Disney, och istället skulle "enbart fokuseras på vår familjs framtida hälsa".
Walt Disney World har avtäckt ett fyrminnesmärke för en ung pojke som dödades av en alligator medan han var på semester i Floridas temapark.