Min bror är en superhjälte som fokuserar på Lukas - uppkallad efter Salomos egen son - vars bror Zack får särskilda krafter för att hjälpa till att rädda två universer.
Att vinna Solomons 5000 pund, ser boken Luke missa på krafterna eftersom han gick på toaletten vid fel tidpunkt.
Solomons har tidigare anpassat E Nesbit's Five Children and It till 2004 års film.
Både Eddie Izzard och Kenneth Branagh dök upp i den stora skärmversionen.
Vinnarna av de bästa illustrerade böckerna och de bästa äldre fiktionskategorierna var också förstagångsförfattare.
David Litchfields Björn och piano utsågs till den bästa illustrerade boken, medan författaren och skådespelerskan Lisa Williamsons The Art of Being Normal vann i den bästa äldre fiktionskategorin.
Solomons hade utsetts till vinnare av den bästa yngre fiktionsboken innan han utsågs till den största vinnaren av priset, som röstades för av bokhandlare, vid en ceremoni i Waterstones Piccadilly bokhandel i London.
Vattenstenar barns köpare Florentyna Martin sade: "Min bror är en superhjälte är den sällsynta sak - en enormt rolig bok för unga läsare som också är rip-roaring spännande.
"Det är ingjutet i en anda av större hjältar än livet och färgstarka serietidningstrivia som entrals yngre läsare och glädje superhjälte fans i alla åldrar, men i sitt hjärta är en rörande relation mellan syskon.
"Med författarens bakgrund är det ingen överraskning att det är enormt filmiskt, men det är också fullt av underbart skrivande och så briljant ritat att man aldrig vet vad man kan förvänta sig härnäst."
Bokkedjans verkställande direktör James Daunt tillade: " Kvaliteten på böckerna på kortlistorna i år var exceptionell och återspeglade den livliga hälsan på bokmarknaden för barn.
"Att våra vinnare alla var första böcker, och var och en från en blomstrande oberoende förläggare, speglar hur välsignade vi för närvarande är av bredden av kreativa talanger i detta land."
Litchfields bok handlar om en björn som lär sig spela piano, medan Williamsons fokuserar på hbtq-frågor och berättar om två tonåringar och deras kamp mot identiteten.
Manusförfattaren David Solomons har vunnit Waterstones Barnbokspris med sin debut om en 11-årig pojke besatt av serier.