Akpan, 25 år, hade ett mål otillåtet för handboll i tisdags förlust på Sheffield onsdag, innan han visades ett rött kort av Scott Duncan för sina protester.
Blackburn har också anklagats för att misslyckas med att se till att spelarna uppförde sig på ett ordnat sätt.
Akpan och Rover har fram till den 20 respektive den 21 februari att svara.
Ett förbud mot tre matcher är standardstraffet för ett rött kort för våldsamt beteende.
Det påstås emellertid att Akpans beteende utgjorde ett våldsamt beteende under omständigheter där det standardstraff som annars skulle tillämpas uppenbarligen var otillräckligt.
Han är för närvarande förbjuden för tre matcher, inklusive söndagens FA Cup slips med Manchester United.
1998, då-Sheffield onsdag strejker Paolo di Canio förbjöds för 11 matcher för att driva domaren Paul Alcock till marken.
Sju år senare blev Southampton mittfältare David Prutton avstängd för 10 matcher efter att ha erkänt två anklagelser om otillbörligt uppförande, efter att ha drivit domaren Alan Wiley och försökt konfrontera en annan tjänsteman.
Fotbollsföreningen har anklagat Blackburn Midfielder Hope Akpan för våldsamt beteende efter att han skickades iväg för att ha knuffat en domare.