De första tecknen tydde på att Andrej Malanin, 55, dog av naturliga orsaker, men polisen sa att de utredde dödsfallet.
De grekiska medierna sade att Malanin hade underlåtit att rapportera för arbete i måndags och inte svarade i sin telefon. Han bodde ensam på en tungt bevakad gata.
Ryska ämbetsmän bekräftade konsulns död.
På Proto Tema hemsida sade kollegor tillsammans med polisen gick runt till lägenheten för att kolla Mr Malanin men hittade dörren låst från insidan.
Han hittades på sitt sovrumsgolv. Polisen sa att kroppen inte hade några synliga skador och att det inte hade skett något uppenbart inbrott.
Moskvas ambassadör i grannlandet Turkiet, Andrej Karlov, mördades i december, tydligen i protest mot rysk inblandning i bombardemanget av den syriska staden Aleppo.
Chefen för konsulatet vid Rysslands ambassad i Grekland har hittats död i sin lägenhet i Aten, säger polisen.