Hon har också beslutat att utse ett antal tjänstemän i organisationens styrelse.
I själva verket är armlängdskroppen nu under hand-på kontroll av Institutionen för kultur, konst och fritid (DCAL) efter en orolig några månader.
Ni Chuilín träffade Sport NI:s styrelse på onsdag och sade att anklagelserna om dess ledarskap var "djupt oroande".
Nio av organisationens 14 styrelseledamöter avgick på måndagen, men de har ännu inte förklarat varför de avstod.
Man har uttryckt oro över arbetsmetoderna inom Sport NI, och minst 10 anställda har lämnat in klagomål.
Ministern sade att det hade varit viktigt att " agera snabbt och beslutsamt" efter att ha uppmärksammats på frågorna förra veckan.
Hon tillade att hon införde åtgärder för att "ta itu med de farhågor som framförts och för att försäkra mig" om att organisationen är ändamålsenlig.
Ordföranden i Sport NI:s styrelse välkomnade ministerns inlägg.
Brian Henning sade att styrelsen behövde hjälp, och han kände inte att utnämningen av högre tjänstemän till topppositioner undergrävde styrelsen.
Henning kommer att kvarstå som styrelseordförande.
En tillfällig ledningsgrupp har utsetts för att ta över den dagliga driften av Sport NI.
Den kommer att ledas av högre tjänsteman Arthur Scott, för närvarande kulturchef vid DCAL, som kommer att fungera som en tillfällig verkställande direktör.
En internrevisionsundersökning belyser frågor som rör ledningen för Sport NI.
Ni Chuilín har instruerat de tjänstemän som hon har skickat in att genomföra rekommendationerna.
De omfattar bland annat att genomföra en konfidentiell medarbetarundersökning och en fullständig granskning av Sport NI:s arbetskultur för att avgöra om påståendena har en grund.
Den kommer också att inleda en fullständig granskning av klagomål och överklaganden som för närvarande pågår.
Ministern sade: "Alla dessa åtgärder är nödvändiga för att stödja Sport NI genom en utmanande period av förändring och för att ge all personal den försäkran om att vi har tagit deras åsikter och oro på allvar."
Idrottsminister Carál Ni Chuilín har beslutat att skicka tre tjänstemän för att ta kontroll över Sport NI.