Efter översvämningar i Brunton Park har Carlisle tre "hem" armaturer på neutral mark och slog Notts County på Preston's Deepdale på lördag.
Stanleys två sista hemmamatcher sköts upp på grund av vattenloggning.
"Jag är verkligen upprörd över hur ligan har hanterat Carlisle affären," Coleman berättade BBC Radio Lancashire.
"Vi är nu spel bakom Carlisle. Vi har fått två uppskjutningar och de har fått spela någon annanstans och jag tycker inte att det är rätt eller rättvist.
"Jag tycker inte det är rättvist för resten av de 23 lag som måste gå till Carlisle när vissa lag inte behöver gå dit.
"Jag tror bara inte att det är i närheten av någon form eller form rättvis.
"Jag har inget emot Carlisle, jag önskar dem allt gott i deras satsningar och vad de gör, men det ändrar reglerna.
"Jag har all sympati för de människor som har förlorat tillhörigheter och hem, jag inte kritiserar något av det - jag säger bara strikt från en fotbolls synvinkel det är en orättvis fördel att spela på en annan mark."
Cumbrians kommer också att spela kommande matcher på Blackburn's Ewood Park och Blackpool's Bloomfield Road.
Accrington Stanley manager John Coleman har kritiserat Football League för att låta Carlisle United flytta sina hemmamatcher på grund av översvämningar.