Foton på internet visar Diouf på en nattklubb, bara några timmar före matchen på Southampton den 24 mars.
"Jag har gjort några förfrågningar och jag har frågat honom om det och han förnekar att han var där," Saunders berättade Radio Sheffield.
"Det pågår fortfarande och jag vill gå till botten med det. Det är något jag inte kan förstå om det är sant."
Rovers förlorade matchen på St Marys 2-0, med Diouf spela hela spelet, och är för närvarande sex poäng på drift av säkerhet med sex matcher att spela.
Diouf har gjort sex mål i 22 matcher sedan gå med i klubben i oktober.
Doncaster Rovers chef Dean Saunders säger att klubben fortsätter att undersöka påståenden som framåt El-Hadji Diouf bröt klubben disciplin.