Tjänstemän säger att fotot av Ms Badu i tidningen The Star var "en förolämpning mot islam". Tidningen har bett om ursäkt.
Grammy-award vinnaren skulle uppträda på onsdag i Kuala Lumpur och sägs vara bestört på nyheterna.
Muslim-majoritet Malaysia har tidigare varnat andra internationella konstnärer att klä sig blygsamt för sina konserter.
Tatueringar är förbjudna i Islam och använder ordet "Allah" på ett sätt som anses respektlöst förolämpar många muslimer.
Bilden av Ms Badu med flera ord på arabiska och hebreiska skrivna på hennes kropp har framträdande på hennes officiella fan webbplats. Det är oklart om Badus kroppskonst är permanent.
Kultur-, konst- och kulturarvsministeriet säger att det inte var känt om tatueringarna när det först godkände konserten, BBC:s Jennifer Pak i Kuala Lumpur rapporterar. Några muslimer började protestera efter att The Star publicerat fotot.
Nu säger kulturministeriet att det är motiverat att förbjuda Ms Badus konsert eftersom den bryter mot religiösa känslor och kulturella värderingar.
Informationsminister Rais Yatim sade att en regeringskommitté hade beslutat att avbryta showen eftersom Ms Badus kroppskonst var "en förolämpning mot islam och ett mycket allvarligt brott".
Enligt uttalandet "utlöste kroppskonsten offentlig kritik som skulle kunna äventyra den nationella säkerheten och få en negativ inverkan på regeringens image".
Konsertarrangörer är i kontakt med tjänstemän och hoppas att avbokningen kommer att vändas, Associated Press nyhetsbyrå rapporter.
Ms Badu, 41 år, hade redan anlänt till Malaysia. Hon är "önskad och bestört" över händelsen, enligt konsertarrangören.
Hemministeriet har bett The Star förklara varför den publicerade fotot. Stjärnan har redan bett om ursäkt, säger att dess införande i måndags upplaga var "oavsiktlig".
"Vi beklagar djupt alla brott som orsakas muslimer och uppriktigt be om ursäkt för tillsynen," tidningen sade på tisdag.
Malaysia har ställt in en konsert av den amerikanske sångaren Erykah Badu efter ett reklamfoto som visade henne med det arabiska ordet för "Allah" tatuerat på hennes överkropp.