Sångaren berättade för The Sun att han hade spelat 10 konserter i "agony" på sin Europaturné innan han kallade in läkare.
"Jag var en tickande bomb. Jag antar att jag kunde ha dött när som helst, sa han.
Enligt hans hemsida är han på en kurs av "intensiva antibiotika" och förväntas genomgå operation "under de kommande veckorna".
Sir Elton har varit tvungen att skjuta upp en serie av sommarfestivaler bland annat i Italien, Tyskland och Londons Hyde Park denna vecka.
En talesman sade att diagnosen hade gjorts "efter ett antal undersökande skanningar och blodprover med hans medicinska team i Storbritannien".
Han bekräftade att sångaren inte skulle återvända till turnén förrän han helt hade återhämtat sig från både den planerade operationen och eventuella skador orsakade av blindtarmen abscess.
"Elton är otroligt besviken över att skjuta upp dessa turnédatum," sade han.
"Att veta att han gjorde sådana övermänskliga ansträngningar och fortsatte att utföra tusentals genom sin sjukdom bekräftar bara hans engagemang för sina europeiska fans.
"Han är ivrig att vara tillbaka på topp form och återvända för att spela de återstående spelningarna med början i början av september 2013."
Sir Elton skulle uppträda på Collisioni-festivalen i Italien på tisdag, med ytterligare spelningar i Tyskland på torsdag och en rubrikspelning på Londons Hyde Park på fredag.
Brittiska Summer Time festivalen arrangörer AEG Live sade Hyde Park showen skulle fortfarande gå vidare med Elvis Costello och före detta Kinks frontman Ray Davies på räkningen, med befintliga biljettinnehavare får full återbetalning.
Andra juli datum som nu skrotas inkluderar festivaler i Spanien, Frankrike och Monaco.
Sir Elton ska vara tillbaka i Storbritannien i september och uppträda på First Direct Arena i Leeds och på Bestival innan han åker tillbaka till Las Vegas för en månads vistelse på The Colosseum.
Sir Elton John har sagt att han är "lycklig att vara vid liv" efter att ha fått diagnosen blindtarmsinflammation.