Den Dons chefen har guidat sitt lag till på varandra följande andra plats slutar i skotska Premiership, och lyfte 2014 League Cup.
Går in i söndagens match mot Rangers, Aberdeen är 12 poäng fri från Ibrox sida på andra plats.
"Derek gör allt han kan, extraherar varje uns från klubben," Thompson berättade BBC Skottland.
"Jag tänkte förra sommaren, kunde de uppnå mer än de hade gjort, var det kanske rätt tid för Derek att gå, vad mer kunde han göra med detta Aberdeen laget?
"Han har kommit upp trummor igen. De har varit bättre än förra säsongen. Med Rangers i ligan, med ett starkare Hearts-lag, har de fortfarande varit det näst bästa laget i Skottland och jag tycker att Derek och hans spelare förtjänar en enorm kredit för det.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Även om Rangers skulle vinna (på söndag), jag tror inte att de kommer att avsluta andra. Aberdeen har varit så konsekvent, särskilt hemma, så jag förväntar mig helt Rangers att förlora."
The Dons har gjort Pittodrie en fästning den här säsongen, ger sig ut på en 10-spel vinnande strimma på deras hem patch.
De kan ha lättats åt sidan av all-övervinnande Celtic i November League Cup final, men har chansen att nå en annan nationell showpiece när de möter Hibernian i skotska Cup sista fyra den 22 April.
"Derek kan inte vinna ligan, inte mot denna keltiska sida," Thompson tillade. – Framgång kan mätas på andra sätt. Att nå båda cupfinalerna skulle vara framgång i sig, att avsluta andra, att få europeisk fotboll igen, att slå rekord - jag är inte säker på vad mer han kan göra.
"Konsistensen de har visat under de senaste två säsongerna har varit fenomenal. Jag tycker bara att det inte finns tillräckligt med tacksägelser där ute för Derek McInnes och arbetet han har gjort."
Under tiden, tidigare Rangers spelare Thompson medger att han har förbryllats av åtgärder av nya Ibrox boss, Pedro Caixinha.
Portugiserna tog det ovanliga steget att avslöja sitt lag line-up en dag innan onsdagens mållösa dragning med Kilmarnock, och två dagar före deras showdown med Dons förutspådde start XI McInnes skulle välja.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"För mig är det meningslöst att ge oppositionen ditt team", sa Thompson. "Det ger dem extra tid att förbereda sig, och insikt i hur de kommer att gå till väga för att slå din sida.
"Jag har aldrig arbetat under en chef som skulle överväga att ge bort sina laglinjer, än mindre en dag innan som han gjorde. Jag hittade det förbryllande.
"Kanske ännu mer förbryllande var att namnge Aberdeen laget. Jag tror att han försöker visa att han har gjort sin läxa, men man kan namnge Aberdeen laget eftersom det inte förändras alltför ofta.
"Om jag var Derek McInnes, vad skulle jag tro om det? Är det tankespel? Det är inte särskilt bra tankespel, om du frågar mig. "
Thompson, som gjorde över 60 framträdanden för Rangers, säger Caixinhas bekymmerslösa stil sitter i skarp kontrast till styvheten och strukturen hos hans föregångare, Mark Warburton.
Den 46-årige ledde Gers till en dumpande seger över Hamilton Academical i hans första spel som ledare, men har sedan tappade poäng med successiva dragningar mot Morwell och Kilmarnock.
"Det är alldeles för tidigt att göra bedömningar", hävdade Thompson. "Ingen av dessa spelare är Caixinhas spelare. Jag misstänker att du på sommaren kommer att få se en omfattande rekryteringskampanj.
"En sak som slog mig är att han inte är rädd för att göra något radikalt. Jag vet att han hade skadeproblem, men han tog av sig tre av sina fyra ryggar, ändrade helt sin form mot Morwell. Det höjde några ögonbryn, även om de kom tillbaka in i spelet.
"Caixinha verkar börja ta risker. Med det, måste du se till att du får resultat också. Det kommer inte att hända denna säsong, men om han fortsätter att ta risker som han gör och han inte får resultat nästa säsong, kommer det inte att dröja länge innan han får kritik. "
Derek McInnes förtjänar mer beröm för sina prestationer på Aberdeen, säger f.d. Scotland-strejkaren Steven Thompson.