Tillkännagivandet kommer när RAF-stationer i Lincolnshire firar sitt 100-årsjubileum.
Det har varit en viss osäkerhet under de senaste åren om laget, baserat på RAF Scampton, skulle behållas.
Sir Michael sa: "De är en viktig del av vårt försvar engagemang..., och jag tror inte allmänheten skulle låta oss förlora Red Arrows."
Det har förekommit spekulationer i medierna under de senaste åren om att Red Arrows skulle kunna yxas som en del av försvarsnedskärningarna i Storbritannien.
2014 rapporterade The Express att drottningen var orolig för lagets framtid.
Politiker, inklusive Labours Vernon Coaker, har också tidigare sagt att det inte kan finnas några garantier.
När vi talade med BBC Look North sade Sir Michael: "Till slut måste vi ersätta flygplanet, och vi kommer att börja tänka på det under nästa år eller två."
Han sa att alla försök att yxa laget är "inte en kamp jag skulle ha".
Red Arrows deltar för närvarande i en 60-dagars världsturné som syftar till att främja "det bästa av brittiska", vilket inkluderar dess första någonsin visas i Kina.
RAF Waddington, Cranwell och Scampton håller alla evenemang som markerar 100 år i länet.
Sir Michael tillade att "Lincolnshire är centralt i RAF:s historia och har en stolt historia".
Han nämnde Dambusters roll i andra världskriget, vulcanernas inblandning i Falklandskonflikten och det arbete som görs i dag för att bekämpa terrorismen i Mellanöstern.
RAF Cranwell är också hem för RAF:s Central Flying School, som under ledning av Robert Smith-Barry revolutionerade flygträningen för nya piloter.
Ändring: Denna berättelse ändrades den 1 november för att återspegla försvarssekreterarens kommentarer om att Red Arrows flotta skulle ses över snarare än snart ersättas.
Red Arrows aerobatiska team kommer att vara "runt ett tag ännu", Försvarsminister Sir Michael Fallon har sagt.