Onsdagens matiné begränsades innan kvällens show avbröts helt.
Biljettinnehavare för båda showerna kommer att erbjudas återbetalningar, en show representant har bekräftat.
Torsdagens föreställning kommer att fortsätta som planerat på Londons Cambridge Theatre, det har sedan tillkännages.
En audiensmedlem på onsdagens matinee berättade BBC showen stoppades efter cirka 30 minuter.
En representant för teatern kom sedan upp på scenen och sa att skådespelerskan som spelade Matilda inte kunde sjunga resten av låtarna, så skulle tala texterna istället.
Programmets intervall förlängdes sedan med cirka 15 minuter.
I slutet av pausen återvände teaterrepresentanten och sade att skådespelerskans röst hade försämrats ytterligare och att föreställningen skulle förkortas.
Resten av ensemblen framförde sedan tre låtar från andra halvan av showen medan en medlem av produktionsteamet berättade historien.
En audiensmedlem som var på onsdagens matinee sade att eftermiddagen hade lämnat henne "äkta urtagen".
Hon fortsatte: "75 pund en biljett är inte billigt, och att inte ha en hälsosam understudie för det priset är oacceptabelt."
"Tydligen var vi besvikna över att inte se hela showen", twittrade Debbie Stoddart, en annan medlem av publiken.
"Men det var tydligt från den första låten att Matilda inte var bra så det var rätt sak att stoppa showen.
"Det viktigaste är ensemblens välbefinnande, särskilt de yngre."
Royal Shakespeare Companys produktion är baserad på Roald Dahls populära barnroman.
Den anpassades till scenen av dramatikern Dennis Kelly, med musik och texter av Tim Minchin.
Showen blev en stor succé när den öppnade i Londons West End 2011.
Året därpå vann produktionen sju Oliviers, ett rekord vid den tiden. Den flyttades senare till Broadway.
Följ oss på Facebook, på Twitter @BBCNewsEnts, eller på Instagram på bbcnewsents. Om du har en berättelse förslag e-post underhållning.news@bbc.co.uk.
En föreställning av West End musikal Matilda ställdes in och en annan kortklippt efter flera medlemmar av dess ensemble och deras understudier blev sjuk.