Hibs kontrollerade mycket av öppningshalvan, men föll efter till Michael Gardynes mål efter att han bröt sig loss från Mark Oxley och Liam Fontaine.
Fontaine återlöste sig själv och gjorde Hibs 'utjämning strax före halvtid.
Men det var försvararens dåliga behörighet som gjorde det möjligt för Schalk att göra det vinnande målet vid döden.
Jim McIntyre valde att rada upp sin sida i en 3-5-2 form som de inte hade använt innan den här säsongen, men som coaching personalen hade sett andra sidor använda väl mot Hibs den här säsongen.
Pjäsen var frenetisk och brådskande från början. Spelare uppträdde med sitt vett snarare än någon förplanerad strategi, och Jason Cummings påhittighet var nästan talande när han lyfte en 30-yard skott målvakter att Gary Woods var tvungen att flytta smart för att tippa över baren.
En motattack av County såg Schalk försöka spela igenom Gardyne. Passet var felplacerat, men Jackson Irvine återtog innehavet och han hittade Gardyne. Fontaines tackling flyttade bara bollen bort från Oxley och lät Gardyne föra bollen in i det tomma nätet.
Målet var mot loppet av spel, men Hibs inte tillåta det att unnerve dem. Darren McGregor kan ha utjämnats, men på väg över från en bra position på baksidan post. Cummings såg också en krokad skott räddades av Gary Woods i länsmålet.
Ett set-pipe borde ha varit en chans för länet att förlita sig på sin organisation på baksidan, men det fanns en brist på kommando som ett hörn avfyrades in i straffområdet och Fontaine sköt bollen i hörnet av nätet.
Landsbygdsspelarna lämnade fältet i intervallet och såg nedslagen ut. Hibs skulle ha känt att drivkraften var till deras fördel, och Cummings och Anthony Stokes båda hade tidiga chanser att sparka sin sida framför.
Införandet av Brian Graham för den ineffektiva Liam Boyce gav County en större närvaro på framsidan och någon att bygga attacker runt. Den framåt tanke han hade gjort när han out-jumped Oxley att nicka bollen i från nära håll, men han var hårt bedöms ha fouled målvakten.
Ändå i de sista stunderna av spelet, med Schalk och Gardyne har lidit av skador, County hittade medel för att vinna finalen. Den senare bröt ner den vänstra såg Fontaine skicka sitt tillstånd direkt till Schalk, som slutade från nära håll för att säkra den första stora trofén i länets historia.
En 90-minuters Alex Schalk mål levererade Ross County första bit av stora silvergods som de slog Hibernian att lyfta skotska League Cup.