Felicitas Rohrer, söker â â ¬ 200.000 (Â £ 145,000; $ 220,000) i skador efter den livshotande sjukdomen.
Fallet är det första i sitt slag i Tyskland, Bayers hemland. Byrån har redan ställts inför en rad rättstvister i USA och på andra håll.
Bayer insisterar på att dess p-piller är säkra när de tas på rätt sätt.
Fru Rohrer, 31 år, säger att hon aldrig skulle ha tagit Yasminelle om de ökade riskerna för blodproppar hade förtydligats av Bayer.
Hon inledde sin rättegång 2011 och civilfallet inleds i den sydvästra staden Waldshut-Tiengen på torsdag.
2009 kollapsade hon som en frisk 25-åring och hennes hjärta stannade i 20 minuter.
Läkare fann massiva blodproppar som blockerade huvudartären till lungan och föreslog att p-piller kunde vara att skylla.
Rohrer måste nu ta en antikoagulant, vilket minskar hennes chanser att skaffa barn. Hon studerade för att bli veterinär men arbetar nu som journalist eftersom hon inte kan stå under långa perioder eller lyfta tunga vikter.
Hon anklagar Bayer för att inte tillräckligt varna kvinnor för den ökade risken för trombos med dess Yasmin sortiment av p-piller, som innehåller progestindrospistenon.
Bayer avvisar anklagelserna som den dolde farorna som "omotiverade", enligt AFP nyhetsbyrå.
Företaget har redan betalat ut cirka 1,9 miljarder dollar till tusentals kvinnor i USA över de påstådda biverkningarna.
Källa: NHS-val, MHRA
Är mitt p-piller säkert?
Hur p-piller förändrade Storbritannien
Medicinska anmärkningar: Lungemboli
Ms Rohrer stämmer Bayer för 200 000 â ¬ men sa till AFP: "Pengarna kan inte kompensera för vad jag och andra kvinnor har gått igenom."
Hon sade: "Vad jag verkligen hoppas på är rättvisa", tillägger hon att hon hoppades att se Yasminelle dras tillbaka från marknaden.
Under 2013 förbjöd Frankrike tillfälligt försäljningen av Bayers Diane-35, en oral aknebehandling som ofta användes som preventivmedel, efter fyra dödsfall kopplades till dess användning.
Bayer är också målet för ett växande antal stämningar i USA över p-implantatet Essure, som kvinnor klagar har orsakat dem smärta och allvarlig blödning.
En tysk kvinna stämmer läkemedelsjätten Bayer och hävdar att dess p-piller Yasminelle fick henne att drabbas av lungemboli.