Nödteam letar efter ytterligare 15 personer som saknas.
Floder spränger sina stränder, förstör byggnader och vägar efter mer än 50 cm (20in) regn föll under en 12-timmars period på delar av den sydvästra ön Kyushu på onsdag.
Räddare arbetar genom tjock lera för att försöka nå strandsatta överlevande. Hundratals har redan evakuerats.
De värsta områdena är i Fukuoka prefektur.
Chefskansler Yoshihide Suga, som tillkännagav den reviderade dödssiffran, sade att regionen förväntades få se ytterligare kraftigt regn på lördagen.
Omkring 12.000 poliser, militärer, brandmän och kustbevakningspersonal har deltagit i räddningsinsatsen.
Dödssiffran på grund av översvämningar som orsakats av kraftigt regn i södra Japan har ökat till minst 15, säger ämbetsmän.