Partiets NEC sade att det hade röstat med en "klar majoritet" för att utesluta Woolfe - tidigare betraktad som föregångare.
Parlamentsledamöterna sade att han var "extremt besviken" över beslutet, och tre NEC-medlemmar har slutat protestera.
Jonathan Arnott, Bill Etheridge, Diane James, Lisa Duffy, Phillip Broughton och Elizabeth Jones är på omröstning.
När det gäller BBC sade Woolfe att han ansåg att NEC hade "sin egen anledning" att utesluta honom från omröstningen, men antydde att det kunde ha kopplats till det faktum att han åtog sig att avskaffa den verkställande makten.
Woolfe frågade om han skulle överväga att vidta rättsliga åtgärder, eller kräva en misstroendeförklaring mot NEC, och sade att det var en fråga för partimedlemskapet, men han ansåg att tävlingen skulle fortsätta utan honom.
Att tillkännage sina avgångar från NEC, Victoria Ayling, Raymond Finch och Michael McGough sade i ett gemensamt uttalande att partiets styrande organ "inte längre är lämpligt för ändamål" och krävde en omröstning utan förtroende för NEC.
De anklagade den för att "delibert hindra" Woolfe och några av dess medlemmar för att sätta personliga ambitioner framför partiets intressen - som röstade mer än fyra miljoner röster vid det senaste allmänna valet och fick 12 procent av rösterna.
"Steven Woolfe är en populär kandidat bland UKIP: s medlemmar och bör tillåtas att representera dem som vill rösta på honom", skrev de.
"Att avsiktligt tråla för teknikaliteter som ligger till grund för ett beslut att neka honom tillträde ligger inte i medlemskapets bästa intresse och skadar verkligen UKIP."
Vinnaren av ledarskapstävlingen - som startades av Farages beslut att dra sig tillbaka efter det att Storbritannien röstade för att lämna EU - är planerad att tillkännages den 15 september.
I ett uttalande där den slutliga uppställningen tillkännagavs sade partiet: "Med en klar majoritet av NEC:s ledamöter ansågs Steven Woolfes ansökan inte vara berättigad till stöd till följd av en sen inlämning och som sådan uppfyllde han inte kriterierna för stödberättigande."
Woolfe, partiets talesman för invandringen, lämnade in sina nomineringsdokument 17 minuter sent på söndagen och skyllde förseningen på tekniska frågor med registreringsplatsen.
Han lämnade in sin ansökan kl 11:35 BST - före lunchtid - men det gick inte igenom förrän 12:17 BST.
Han sade att han hade varit i kontakt med partitjänstemän innan tidsfristen gick ut för att varna dem för problemen, och att han på begäran hade skickat bilder för att bevisa det.
Partiets ordförande, Paul Oakden, sade att Woolfes uteslutning var "regrettable" men reglerna för blivande kandidater, liksom för alla val, var "mycket tydliga".
Han berättade för BBC Radio 4's World at One att NEC sattes i positionen att ha "att böja och flexa reglerna" för att rymma en enda kandidat och "Jag tror att de inte kände sig bekväma med att göra det".
Woolfe sade att han var "extremt besviken" över att inte delta i slutomröstningen eftersom han hade velat "kasta in mina idéer, planer och passion i partiet".
Och han kritiserade NEC som "inte lämpligt för ändamål" och sade att dess beteende under ledningsvalet hade "bekräftat många medlemmars rädsla för att det varken är effektivt eller professionellt på det sätt som det styr partiet".
"De har misslyckats med att acceptera att det fanns allvarliga problem med ansökningssystemet trots att de lade fram bevis för att försök till inlämning gjordes före tidsfristens utgång. NEC förnekar att detta är UKIP-systemets fel.
"Dessutom, mycket konfidentiell information om mig som hålls i partidokument har läckt till pressen och NEC har inte försökt undersöka denna grova brott mot privatlivet," tillade han.
McGough - som har avgått från NEC - sade att Woolfes uteslutning från tävlingen var "orättvis" och ställde frågan om partiets framtid.
Om inte partiet valde en "kompetent ledare som var bekväm med media, var det klart", berättade han för World at One. "Detta är en kamp för överlevnad. Det är liv eller död."
BBC:s politiska korrespondent Tom Bateman sade att NEC:s beslut "öppnar upp en helt ny schism i UKIP" och han förstod att Farage kunde kalla till ett krismöte för partimedlemskapet för att sätta press på organet att ompröva.
Oakden, som bara tog över som partiordförande den här veckan, sade att partiet hade full rätt att kalla en extra bolagsstämma om 25 procent av dess filialer stödde flytten men sade att det var överdrivet att tala om en potentiell splittring och att de återstående utmanarna var en mångfaldig och spännande grupp.
Europaparlamentsledamot Anne-Marie James - som nu betraktas som favoriten i tävlingen - har lanserat sin egen kampanjwebbplats medan Arnott, ledamot av Europaparlamentet för nordöstra England, har sagt att han vann stöd av partiets vice ledare Paul Nuttall.
Av de övriga kandidaterna är Etheridge också ledamot av Europaparlamentet medan Lisa Duffy är ledamot i Cambridgeshire. Både Jones och Jean-Pierre Browington har varit kandidater i de senaste parlamentsvalen.
UKIP ledarskap hoppfull Steven Woolfe har styrts "oberättigade" att stå i tävlingen för att ersätta Nigel Farage - efter att han lämnat in sina papper sent.