Polisen sade Alexander Protopopov, tillförordnad biträdande chef för Rysslands fängelsetjänst, övervakade nedmonteringen av vägen i den avlägsna norra Komi regionen.
Han sålde sedan av sina 7.000 armerade betongplattor för egen vinning, tillade de.
Tjänstemän tror att programmet kostar regeringen mer än 6m rubel ($79,000; Â £54,000).
Vägen var "demantled och driven bort" under perioden på mer än ett år, mellan 2014 och 2015, undersökningskommittén sade i ett uttalande citerat av AFP nyhetsbyrån.
Betongplattorna användes sedan av ett kommersiellt företag som också sålde dem för vinst, tillade företaget.
Thomas Protopopov var chef för fängelsetjänsten i regionen Komi 2010–2015 och vann utmärkelser som t.ex. en medalj för att skapa "andlig enhet", rapporterar AFP.
Han greps på onsdag och åtalas för förskingring av statlig egendom medan han använder sin officiella ställning, vilket kan leda till 10 år i fängelse, tillägger byrån.
En annan fängelsetjänsteman, chefen för en straffkoloni och en affärsman är också under utredning.
Komi Republic är en stor region i Rysslands norra del, mycket skogbevuxen. Den har betydande naturresurser, bland annat olja, gas och timmer.
Vägbyggen är en av de mest korrupta sektorerna i Ryssland, med kostnader som är mycket högre än för jämförbara projekt i andra länder, rapporterar AFP.
Bygget av en bergsväg för Sotji Winter Olympic Games kostar cirka $ 8 miljarder (Â £ 5,6 miljarder), med ryska medier hävdar att det skulle kosta samma att slå 48 km vägen med svart kaviar.
En överordnad fängelsetjänsteman har häktats i Ryssland anklagad för att ha stulit en vägsträcka på 50 kilometer.