Stormonts tjänstemän har vägrat att lämna några uppgifter om sekretess.
Bostadsägare kommer inte att stå inför räkningar förrän åtminstone mars 2017, efter MLAs beslutat att skjuta upp avgifter.
Istället betalar den verkställande direktören kostnaden för 280 miljoner pund om året till NI Water. Ytterligare lagstiftning förväntas utvidga politiken.
Beslutet kan dock innebära att myndigheterna inte följer EU:s regler om vattenkvalitet.
Enligt EU:s vattenramdirektiv ska användarna betala för sitt vatten för att främja bevarandet.
Tjänstemän i Nordirland hävdar att människor gör det genom sin regionala andel.
Nordirland är den enda delen av Storbritannien som inte tar ut en avgift på bostäder, även om företagen betalar avgifter.
Detta har lett till en debatt med uppmaningar om att införa en avgift för bostäder för att betala för förbättringar av infrastrukturen.
Nu har Europeiska kommissionen inlett ett så kallat "pilotfall" för att undersöka frågan.
I grund och botten är detta ett sätt för kommissionen att fastställa om EU:s regler tillämpas korrekt.
Det gör det möjligt för kommissionen och medlemsstaterna att lösa eventuella konflikter utan att tillgripa överträdelseförfaranden.
Department of Agriculture Environment and Rural Affairs (DAERA) sade att det inte kunde kommentera detaljerna i fallet.
"Det är föremål för en konfidentiell dialog med kommissionen och frigörandet av ytterligare detaljer skulle kunna påverka resultatet av dessa diskussioner," sade avdelningen.
De två sidorna får ungefär 20 veckor på sig att försöka reda ut sina skillnader.
Många fall är lösta utan att gå till en formell förhandling.
Europeiska kommissionen har ställt frågor om den nordirländska regeringens beslut att inte debitera husägare för vatten.