Navalny hade förnekat anklagelserna och sagt att rättegången var politiskt motiverad.
37-åringen hade varit en ledande kampanjledare mot president Putins United Russia-parti, och bloggade regelbundet om korruptionsanklagelser.
EU sade att domen ställde "allvarliga frågor" om det ryska rättsläget. USA sa att det var "djupt besviken".
Innan han blev handfängslad och förd bort uppmanade Navalny sina anhängare att fortsätta sin antikorruptionskamp och twittra: "Sätt dig inte och gör ingenting."
Navalny har tidigare sagt att han vill ställa upp som president en dag.
Han hade nyligen registrerat sin kandidatur för nästa borgmästare i Moskva, men hans kampanjteam sade att efter domen han drog sig ur loppet, och uppmanade sina anhängare att bojkotta omröstningen.
Av Oleg BoldyrevBBC News, Kirov
Protokoll efter det att domare Blinov började läsa ur den stora pappershögen, blev det uppenbart att de två svarande, Alexei Navalny och Pyotr Ofitserov, skulle befinnas skyldiga.
Utsmyckade iakttagare av den här rättegången var nästan i stånd att ta upp domarens ord. Andra blev förbryllade av den hum-liknande läsningen.
Att gå in i rättssalen precis innan domsläsningen började, var de båda svarande långt ifrån dystra. "Varför sorgliga ansikten?" Jag kvävde Navalny, gick förbi dussintals journalister och en rad kameror.
Navalny har länge förvärvat förmågan att twittra och blogga medan oändliga finansiella dokument lästes av åtal, försvar och nu domare.
Utgivning av hans eldiga kommentarer om politik, korruption och behovet av att förena sig i opposition mot Vladimir Putins regim - det är en av de många saker han inte kommer att kunna göra från bakom galler, i väntan på att domen ska överklagas.
"Explosion av ilska"
BBC:s Moskvakorrespondent Daniel Sandford säger att när domen avkunnades fanns det tårar från Navalnys anhängare och en explosion av ilska på de sociala nätverkssajter som han har använt så effektivt.
Anti-Putin aktivist och tidigare kabinettsminister Boris Nemtsov berättade för reportrar rättegången var "fullständigt fabricerad från början till slut, och inte ens domaren kunde säga vad orsaken till brottet var".
Andra länder har också uttryckt sin oro över domen. Den amerikanske ambassadören i Moskva, Michael McFaul, sade: "Vi är djupt besvikna över övertygelsen om Navalny och de uppenbara politiska motiven i denna rättegång."
En talesman för EU:s högste utrikesminister Catherine Ashton sade att förskingringsanklagelserna var ogrundade och att Navalnys fängslande ställde "allvarliga frågor om rättsstatsprincipen i Ryssland".
Den franske utrikesministerns talesman Philippe Lalliot lade till sin oro, men sade: "Vi noterar att inte alla rättsmedel har uttömts och att domen kan omprövas vid överklagande."
Navalnys anhängare i Moskva har lovat att iscensätta protester mot domen senare på torsdag.
"Nästan oundvikligt"
Navalny anlände till rättssalen i Kirov för att höra domen efter en 12-timmars tågresa från Moskva.
Vår korrespondent sade att Navalny log på ett avgående sätt när den nästan oundvikliga fällande domen kom.
Hans fru, Yulia Navalnaya, sa att hennes man visste att han skulle få ett icke-suspenderat straff och var mentalt beredd att hamna i fängelse.
Navalny befanns skyldig till att leda en grupp som förskingrade trä till ett värde av 16 miljoner rubel ($500 000; £330,000) från Kirovles statliga timmerföretag medan han arbetade som rådgivare åt Kirovs guvernör Nikita Belykh.
Åklagaren hade bett om ett sexårigt fängelsestraff, men domaren Sergej Blinov beslutade om fem år, och sade att det inte fanns några förmildrande omständigheter som skulle motivera att Navalny hölls borta från fängelset.
Navalnys medanmälda, Pyotr Ofitserov, befanns också skyldig och dömdes till fyra års fängelse.
"Navalny... begick ett allvarligt brott", sa domare Blinov när han avkunnade domen.
Den statliga televisionen har bara visat begränsat intresse för processen trots Navalnys framträdande ställning, men på nätet har rättegången följts i stor utsträckning.
Navalny uppmärksammades offentligt när han inspirerade till massprotester mot Kreml och president Vladimir Putin i december 2011.
Typ: Alexei Navalny
En tagg i Putins sida
Domare Blinov sade att han ansåg att vittnesmålet från huvudvittnet, Vyacheslav Opalev, var "tillförlitligt och konsekvent".
Navalny insisterar på att Opalev talade emot honom av hämnd, eftersom Navalny hade rekommenderat att han skulle avskedas och hans företag utredas för korruption.
Efter domen twittrade Navalny: "Så det var allt. Bli inte uttråkad utan mig. Och viktigast av allt, sitt inte och gör ingenting. Paddan kommer inte av oljeröret av sig själv."
I sin LiveJournal blogg på onsdag Navalny sa: "De nuvarande myndigheterna är inte en stor, frisk fisk, utan snarare en uppsvälld fisk eller latinamerikansk padda, som puffar upp sig när den ser fara, med hjälp av TV."
I ett ovanligt steg tillät domstolen att hela rättegången sändes direkt på nätet.
Han är nu en av oppositionens nyckelpersoner - en tagg i sidan av det politiska etablissemanget, som kämpar mot den endemiska korruptionen, säger vår korrespondent.
Navalny har också myntat en fras för att beskriva det härskande partiet United Russia som har fastnat i allas sinnen - "det parti av skurkar och tjuvar".
Den ryske protestledaren Alexei Navalny har fängslats i fem år för förskingring från en träfirma.