Shyam Acharya anklagas för att ha stulit en läkares namn och kvalifikationer i Indien innan han flyttar till Australien.
Han använde referenser för att arbeta på lokala sjukhus mellan 2003 och 2014, New South Wales (NSW) Health sade. Han blev också australiensisk medborgare.
Acharya var aldrig personligen föremål för ett klagomål.
Han står inför böter på upp till 30 000 dollar (18 600 pund; 17 700 dollar) men kommer sannolikt att ha lämnat Australien, sade NSW hälsominister Brad Hazzard på onsdag.
"Det är ganska oroande att en utländsk medborgare kunde ta sig igenom vårt gränsskydd med ett falskt pass och ID baserat på en indisk medborgare som hade utbildat sig som läkare," Mr Hazzard sade i ett uttalande.
Lokala medier rapporterade att den falska identiteten var Sarang Chitales, en läkare som tidigare hade arbetat i Indien.
Australian Health Practitioner Regulation Agency (AHpra) meddelade NSW Health att den undersökte Acharya i november förra året.
Han arbetade på fyra offentliga sjukhus i New South Wales (NSW) - två i Sydney och två på statens centralkust - innan hans anställning upphörde 2014.
NSW Health biträdande sekreterare Karen Crawshaw sade att han var klassificerad som en junior doktor, vilket innebär att han var övervakad av andra utövare.
Även om Acharya aldrig var det enda målet för ett klagomål, ingick han i ett kliniskt team som utreddes över behandlingen av en patient.
Hazard sa att han skulle erbjuda sig att träffa patienten, som hade fått höra om det påstådda bedrägeriet.
Australiska polis- och immigrationstjänstemän undersöker hur Acharya fick medborgarskap.
"Troligen är att han faktiskt tränade i en medicinsk kurs, möjligen i Indien," Mr Hazzard berättade Australian Broadcasting Corp.
"Oavsett om han faktiskt fullföljde den där kvalificeringen är en poäng."
NSW Health sade att registreringsprocessen för läkare hade genomgått betydande förändringar sedan 2003.
Hazard sade att han skulle undersöka "varje aspekt av registreringen" för att förhindra eventuella framtida överträdelser.
En man som påstås ha maskerat sig till läkare på australiska sjukhus i över ett decennium tros ha lämnat landet, har myndigheterna sagt.