En konferens för lärare har hört påståenden om hot som döda djur som lämnas kvar i skolan lekplatser.
"Trojan Horse har inte försvunnit", sade Sarah Hewitt-Clarkson, chef för Anderton Park School i Birmingham.
Som svar på påståendena sade utbildningsminister Nicky Morgan: "Det finns ingen plats för extremism i våra skolor."
National Association of Head Teachers årliga konferens i Liverpool fick höra varningar om att problem med extremism fortfarande är olösta och att skolor fortfarande kan utsättas för påtryckningar på frågor som att ta itu med homofobi.
De så kallade Trojan Horse undersökningarna följde anklagelser om att det fanns organiserade försök av hårda muslimska grupper att underminera huvudlärare och ta över skolor i Birmingham.
Huvudlärare vid konferensen klagade över att inga guvernörer hade utestängts till följd av undersökningarna och de efterlyste en databas som skulle identifiera personer som avlägsnats från styrande organ.
Hewitt-Clarkson berättade för rektorskonferensen: "Trojan Horse har inte försvunnit. De av oss som var inblandade, vi visste att det var toppen av isberget.
"Vi har fortfarande döda djur hängande på portarna till skolor, styckade katter på lekplatser. Vi har framställningar utanför skolan, motsätter oss lärare som undervisar mot homofobi."
Det fanns hot på sociala medier, sade hon, som "Varje rektor som lär mina barn det är okej att vara gay kommer att vara i slutet av mitt hagelgevär."
Hewitt-Clarkson sa att hon kände till en skola som hade hittat en styckad katt på lekplatsen, medan en annan hade en hund hängande från räckena.
Huvudlärarna varnade för att reaktionen hade varit otillräcklig, trots de uppmärksammade rapporterna efter trojanska hästarnas påståenden.
Alison Marshall berättade för konferensen: "Trots alla bevis vi har står vi inför en situation där inte en enda guvernör inblandad i den Trojanska hästskandalen har undersökts eller till och med förbjudits. Var är rättvisan i det?"
Och Hewitt-Clarkson varnade för att de problem som ligger till grund för Trojan Horses påståenden kan "starta upp igen".
"Alla beteenden och saker vi sett förut finns fortfarande kvar. Så har också löften som har brutits," berättade hon för NAHT konferensen.
Det fanns särskild oro över bristen på insyn i guvernörernas roll, vilket framhävdes av den trojanska hästutredningen.
Tim Gallagher berättade delegater bristen på reglering innebar att det var "blindande uppenbart" att det skulle finnas problem med styrande organ.
"Många, många av våra medlemmar har lidit mycket av oseriösa guvernörer", sade han.
Konferensen innehöll ett förslag om att kräva ett nationellt register över centralbankschefer som har avlägsnats eller spärrats så att skolor och lokala myndigheter kan kontrollera guvernörernas lämplighet.
BBC avslöjade tidigare i år att det inte finns några centrala uppgifter om guvernörer som innehas av ministeriet för utbildning, som också skulle visa människor som tjänar som guvernörer i flera skolor, en av de farhågor som väckts i Trojan Horse undersökningar.
Morgan svarade på huvudenas varningar och sade: "Det finns ingen plats för extremism i våra skolor och vi fortsätter absolut att arbeta för att eliminera alla former av extremism."
Men den konservativa utbildningssekreteraren sade: " Detta är en påminnelse om att detta är en allvarlig fråga och något som inte kommer att lösas över en natt.
"Vi har vidtagit åtgärder för att ta bort och fortsätta att vidta åtgärder för att avlägsna människor från att vara i skolor som inte följer brittiska värderingar."
Huvudlärare har varnat för att hot fortfarande fortsätter efter utredningarna om den så kallade Trojan Horse-skandalen.