28-åringens nioåriga dotter hotades också av en medlem i gänget, som hade en kniv.
Inbrottet hände i deras hem i Turf Hill området vid 05:30 BST på onsdag, säger Greater Manchester Polisen.
De tre balaklava-klädda männen stal kontanter, smycken och en mobiltelefon innan de flydde.
Den som bar pistolen, som sades vara en liten silvermetallpistol, beskrevs som asiatisk, smal och mellan 20 och 30 år gammal.
Mannen med kniven var svart, mellan 30 och 40, av ett medium bygga och med blodsprängda ögon.
Man tror att de möttes av tre andra män utanför egendomen.
Polisen ber nu alla som har information att kontakta dem.
Det Con Rich Shelton sade: " Detta gäng riktade sig mot en mamma och hennes unga dotter och till och med lutade sig så lågt att de höll en pistol mot huvudet på en kvinna som uppenbarligen var kraftigt gravid och fullständigt skräckslagen.
"Tack och lov blev de inte fysiskt skadade och det ofödda barnet inte skadats, men det känslomässiga trauma de har drabbats av är omätligt."
En mycket gravid kvinna hade en pistol mot huvudet när maskerade inbrottstjuvar bröt sig in i hennes Rochdale hem.