Testet gick mellan Victoria station och Exchange Square genom till Market Street vid cirka 02:00 GMT.
En ny spårvagnshållplats vid Exchange Square för Metrolink's Second City Crossing är på väg att öppnas före jul.
Korsningen skulle innebära extra kapacitet för spårvagnar och kommer att länka St Peters Square med Victoria station. Den beräknas vara färdig till 2017.
Spårvagnar kommer att resa längs Princess Street, Cross Street och Corporation Street för att nå Victoria.
Transport för Greater Manchester (TfGM) sade att systemet var en viktig del av Metrolink expansion.
Peter Cushing, TfGM: s Metrolink direktör, sade: "Vi är i början av en omfattande testning och driftsättning process för att se till att all fysisk infrastruktur är redo för oss att få passagerartjänster i upp till jul."
De första test spårvagnarna har kört på den nya delen av banan för den andra korsningen genom Manchester.