Den 27-årige polske mannen hittades på en fastighet i Brothertoft Road i Boston på lördag.
Tre män, som greps på lördagen i Larkspur Croft, där ett skjutvapen återfanns, frigavs på måndagen.
Chf Insp Paul Timmins från Lincolnshire-polisen sa att skottlossningen kan ha planerats.
– Utredningen är i ett tidigt skede, men incidenten verkar inte ha varit ett slumpmässigt brott och jag kan nu bekräfta att två framstående misstänkta har hittats och gripits, sade han.
Mannen har blivit behandlad på Queen's Medical Centre, Nottingham.
Ytterligare två gripanden har gjorts efter att en man hittades med skottskador i Lincolnshire.