Sedan den 28 januari hade mer än 260 barn lämnats kvar i välfärdshemmet i Guangzhou, tillade direktör Xu Jiu.
Personalen kommer att fortsätta att ta hand om barn som redan finns i välfärdshemmet och som alla lider av sjukdomar, sade Xu.
Kina införde centra så att föräldrar kunde överge spädbarn säkert i stället för att lämna dem på gatorna.
Stödpersoner säger att barnkläckningarna räddar liv, men kritiker säger att de uppmuntrar föräldrar att överge sina barn.
Xu tillkännagav avstängningen på söndagen och sade att 262 barn hade lämnats kvar i centret sedan programmet inleddes i januari.
"Jag hoppas att alla förstår de svårigheter som välfärdscentret står inför", berättade Xu för Xinhua nyhetsbyrå.
"Vi stänger tillfälligt centret [för nya barn] så att vi kan ta hand om de spädbarn som redan finns i centret på rätt sätt."
Centret, som också tar hand om föräldralösa barn, har 1000 bäddar.
Men för närvarande finns det 1.121 spädbarn och ungdomar, med ytterligare 1.274 i vården av fosterfamiljer, Guangzhou kommunala civilfrågor byrån sade.
Alla övergivna spädbarn hade sjukdomar, till exempel cerebral pares, Downs syndrom och medfödd hjärtsjukdom, tillade byrån.
Man tror att många föräldrar överger sjuka barn därför att de fruktar att de inte har råd med den vård de behöver.
Att överge barn är olagligt i Kina. Men myndigheterna anser att luckorna ger barnen större chans att överleva än om de lämnades kvar på gatan.
Totalt 25 babyluckor har upprättats i tio provinsregioner i Kina, rapporterar Xinhua.
Enligt Kinas strikta politik för befolkningskontroll har de flesta par bara tillåtits ha ett barn och det finns en stark preferens för friska pojkar.
I december antog Kinas högsta lagstiftande församling formellt en resolution som lättade på enbarnspolitiken och gjorde det möjligt för par att få två barn om endera föräldern är ett enda barn.
Provinserna bestämmer nu när de ska lätta på sina restriktioner på lokal nivå, och vissa agerar redan.
En barnlucka i södra Kina har tvingats stänga av arbetet efter det att hundratals spädbarn övergavs, överväldigade centret, säger chefen.