Scott, vars segerchanser drabbades av ett mekaniskt misslyckande i det andra loppet på fredag, kom fjärde i medaljracet för att göra anspråk på silver totalt.
Tom Squires vann RS:X windsurfing guld efter att ha kommit tvåa i sista loppet.
OS silvermedaljör Luke Patience slutade fjärde i männens 470 med ny besättning Chris Gruber.
Tålamod, som vann silver i London 2012 med Stuart Bithell, måste omkvalificeras till sommarens olympiska spel i Rio de Janeiro efter första valet partner Elliot Willis tvingades dra sig ur gruppen för att genomgå behandling för tarmcancer.
Nya Zeelands Josh Junior hävdade Finn guld efter att ha försvarat mästare Scott, 28, som vann öppningsloppet i Palma, föll ur strid efter sitt roder fastna på första varvet av den andra loppet.
Trefaldig världsmästare Giles Scott vann silver i Finnklassen den sista dagen av Trofeo Prinsessan Sofia i Palma de Mallorca.