Klubbar är skyldiga att ge exakta uppgifter om träningspass och spelare var de befinner sig, så de är tillgängliga för testning hela tiden.
Staden misslyckades med att se till att deras information var korrekt vid tre tillfällen.
Det är underförstått att informationen inte uppdaterades efter en förändring av träningsrutiner.
Straffet utdömdes efter en oberoende regulatorisk kommission utfrågning, med klubben varnade också för framtida beteende.
Manchester City har bötfällts 35.000 pund efter att ha erkänt ett brott mot fotbollsförbundets regler mot dopning, har det styrande organet sagt.