Domare Carlos Castro Martins återkallade den order han hade utfärdat i september, som hade hindrat allt arbete på Belo Montedammen som störde det naturliga flödet av floden Xingu.
Han sade att företaget bakom projektet senare hade visat sitt arbete skulle inte skada lokalt fiske.
Projektet har kritiserats hårt av miljöaktivister.
Domare Martins hade ursprungligen uttalat sig för en fiskerigrupp som hävdade att dammen skulle påverka lokala fiskbestånd och skulle kunna skada ursprungsfamiljer som lever på fisket.
Han hade spärrat Norte Energia-företaget bakom projektet från allt arbete som kunde störa det naturliga flödet av floden Xingu, inklusive att bygga en hamn, använda sprängämnen, installera vallar och bygga kanaler.
Rättsligt krångel
Norte Energia överklagade beslutet och domare Martins beslutade på fredag att byggnadsarbetet på dammen kunde fortsätta eftersom företaget hade visat att lokala fiskebåtar inte skulle blockeras eller hindras i sitt arbete.
"Eftersom vattnets gång inte kommer att förändras, och det inte kommer att finnas någon större variation i hastigheten på dess flöde, (projektet) kommer inte att ha någon större inverkan på livsmiljön för prydnadsfiskar som används för fiske," sade han.
Domare Martins sade dock att projektets mer omfattande miljöpåverkan "bara kunde kännas och analyseras när arbetet var avslutat, eftersom studierna av dess effekter endast var prognoser om vad som kunde hända".
Han sade också att allt arbete måste följa de regler som fastställts av Brasiliens indiska avdelning (Funai) och National Environment Agency, Ibama.
Norte Energia sade att det tillfälliga stoppet på byggnadsarbetet inte hade påverkat projektet, eftersom det ännu inte hade nått det stadium där företaget behövde göra något av den specifika typ av arbete som hade fallit under förbudet.
Om det fortsätter kommer 11 000 megawattdammen att bli den tredje största i världen - efter de tre gorgerna i Kina och Itaipu, som drivs gemensamt av Brasilien och Paraguay.
Regeringen säger att det är avgörande att möta växande energibehov, men miljöaktivister och de som kämpar för inhemska rättigheter har varit högljudda i sin opposition.
En domare i Brasilien har återkallat ett beslut som hade stoppat arbetet med Belo Montedammen i Amazonasregionen.