Anklagelserna gjordes av Russell Davy i en intervju med Sunday Mirror.
Mr Davy sa att han informerat fotbollsförbundet om att han hade misshandlats 1986 av scouten Eddie Heath, som nu är död.
Han sa att Heath började jobba på Charlton efter att ha arbetat för Chelsea.
Charlton sade i ett uttalande: " Sedan Charlton Athletic i början av 1980-talet blivit medveten om en anklagelse om historiska övergrepp, har han omedelbart aktiverat en intern undersökning av saken. Vi tar naturligtvis den fråga som Russell Davy tog upp på allvar.
"Charlton Athletic är helt engagerad i att arbeta tillsammans med polisen och tillsynsmyndigheterna för att utreda alla sådana historiska anklagelser om övergrepp på klubben.
– Klubben har ett nära samarbete med den engelska fotbollens styrande organ och har varit i kontakt med EFL för att göra dem medvetna om denna utredning.
"Dessutom skulle vi starkt uppmuntra alla med en anklagelse om, eller information om, historiska barnmisshandel att rapportera det till NSPCC / FA Helpline på 0800 023 2642 och till polisen, där specialutbildad personal kommer att kunna ge råd och vägledning."
NSPCC barn välgörenhet har sagt mer än 860 människor har kallat sin dedikerade fotbolls hotline, inrättas för en vecka sedan efter flera tidigare spelare påstås tidigare missbruk av tränare.
På lördagen bad Chelsea FC "svärst" till Gary Johnson om ursäkt för sexuella övergrepp han led som ungdomslagsspelare på 1970-talet.
John Johnson undertecknade ett sekretessavtal 2015 och tog emot 50.000 pund från klubben, men Chelsea tog inte på sig ansvaret.
I ett uttalande sade klubben att John Johnson hade "lidit på ett oacceptabelt sätt".
Charlton Athletic har inlett en utredning av påståenden om att en ungdomsspelare blev sexuellt utnyttjad på klubben på 1980-talet.