Huvudläraren vid Sandown Bay Academy avgick och styrelsen ersattes tidigare i år.
Academies Enterprise Trust (AET) sade att det var tänkt att slå samman det med Ryde Academy för att göra "en bra skola".
Det sades att antalet minskade och att konsekvenserna för ekonomin hade föranlett beslutet.
Sandown Bay Academy kom från speciella åtgärder för två år sedan, men ses fortfarande som underpresterande.
Antalet elever har sjunkit till färre än 1.000 från 1.252 år 2012.
I ett uttalande sade AET, den största akademikedjan i England: " Det har blivit allt svårare för skolan att finansiera lärarna och de utbildningsresurser som behövs för att tillhandahålla den utbildning som vi alla skulle vilja ha för eleverna.
"Vi tror att sammanslagningen erbjuder det bästa alternativet runt om, och att ur dessa två skolor kan vi skapa en riktigt bra en."
Om det godkänns kommer rektorn för Ryde Academy, Joy Ballard, att övervaka övergången mellan de två skolorna.
En talesman sade att det inte hade fattats något beslut om huruvida man skulle driva två campus eller om några jobbnedskärningar.
Ett offentligt samråd ska hållas om planerna, med regeringens slutliga beslut efter det allmänna valet.
En orolig Isle of Wight-akademi kommer att slås samman med en annan skola, har dess sponsor meddelat.