Det var långt ifrån en bekväm eftermiddag för högt flygande Rovers mot en sida som hade misslyckats med att vinna i sina tidigare fem matcher.
Men Rowe gjorde i de sista sekunderna av den första halvan att ge Doncaster något att arbeta med efter pausen. Mittfältaren fastlåst på bollen efter en fin docka från John Marquis och klippte ett skott över Colchester målvakt Sam Walker.
Besökarna hade gjort ett utmärkt jobb för att kväva Doncasters förbipasserande spel med hög intensitet pressande i mittfältet.
Och Colchester hade nog de farligaste chanserna. Chris Porter steg omärkt men gick rakt mot Marko Marosi några sekunder innan Doncaster tog ledningen.
Marquis borde ha fördubblat fördelen under andra halvan. Oförklarligt nog lämnade omärkt stå precis innanför sin egen hälft, strejkaren fastnade på en lång bana och försökte runda Walker men såg hans skott rensas från linjen av Richard Brindley.
Colchester staplade på trycket i de senare stadierna men Doncaster höll fast.
Rapport från Pressföreningen.
Matchen slutar, Doncaster Rovers 1, Colchester United 0.
Andra halvlek, Doncaster Rovers 1, Colchester United 0.
Försök missade. Sammie Szmodics (Colchester United) vänster fotade skott från vänster sida av lådan är bara lite för hög.
Foul av Mathieu Baudry (Doncaster Rovers).
Luke Prosser (Colchester United) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Mathieu Baudry (Doncaster Rovers) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Luke Prosser (Colchester United).
Försök missade. Denny Johnstone (Colchester United) huvudet från mitten av lådan är nära, men missar till vänster.
Försök missade. Macauley Bonne (Colchester United) höger fotade skott från mitten av lådan är för hög.
Försöket räddades. John Marquis (Doncaster Rovers) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i mitten av målet.
Försök missade. John Marquis (Doncaster Rovers) vänster fotade skott utanför lådan är nära, men missar till höger.
Försöket räddades. Macauley Bonne (Colchester United) höger fotade skott från vänster sida av rutan sparas i nedre vänstra hörnet.
Försök blockerat. John Marquis (Doncaster Rovers) höger fotade skott från mitten av lådan är blockerad.
Foul av Riccardo Calder (Doncaster Rovers).
Drey Wright (Colchester United) vinner en frispark på högerkanten.
Ersättning, Doncaster Rovers. Harry Middleton ersätter Liam Mandeville.
Ersättning, Doncaster Rovers. Mathieu Baudry ersätter Joe Wright.
Försök missade. Richard Brindley (Colchester United) huvudet från mitten av lådan är för högt.
Handboll av Riccardo Calder (Doncaster Rovers).
Foul av Macauley Bonne (Colchester United).
Joe Wright (Doncaster Rovers) vinner en frispark i anfallshalvan.
Substitution, Colchester United. Macauley Bonne ersätter Kurtis Guthrie.
Försök missade. Richard Brindley (Colchester United) höger fotade skott utanför lådan är bara lite för hög.
Substitution, Colchester United. Denny Johnstone ersätter Chris Porter.
Jordan Houghton (Doncaster Rovers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Drey Wright (Colchester United).
Foul av Drey Wright (Colchester United).
Jordan Houghton (Doncaster Rovers) vinner en frispark i anfallshalvan.
Hörnet, Colchester United. Förföljd av Niall Mason.
Försöket räddades. Kurtis Guthrie (Colchester United) huvud från mitten av rutan sparas i nedre högra hörnet.
Ersättning, Doncaster Rovers. Riccardo Calder ersätter Tommy Rowe på grund av en skada.
Försök missade. Kurtis Guthrie (Colchester United) huvud från mitten av lådan är för högt.
Substitution, Colchester United. Dion Sembie-Ferris ersätter Kane Vincent-Young.
Chris Porter (Colchester United) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Andy Butler (Doncaster Rovers).
Craig Slater (Colchester United) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Craig Slater (Colchester United).
James Coppinger (Doncaster Rovers) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Försök missade. John Marquis (Doncaster Rovers) höger fotade skott från mitten av lådan är nära, men missar till höger.
Matty Blair (Doncaster Rovers) visas det gula kortet för en dålig foul.
Tommy Rowe slog i första hälften skada-tid som promotion-chasing Doncaster kantade förbi Colchester 1-0 för att säkra en tredje på varandra följande League Two seger.