Den dagliga Yeni Safak sade att dess kontor och de av Yeni Akit blev attackerade. Inga förluster rapporterades.
Det stod att fyra maskerade angripare attackerade Yeni Safak-byggnaden. Brandmän släckte snabbt branden.
Polisen har spärrat av området runt byggnaden.
De två dokumenten stöder president Recep Tayyip Erdogans styrande AK-parti.
Yeni Akit kontor ligger 20 km (12 miles) från Yeni Safak byggnaden, och nattliga attacker hände nästan samtidigt, tidigt på torsdag.
Fönstren i båda byggnaderna krossades av skottlossningen, sade Istanbulpolisen.
"Många utbrända patronhylsor hittades också på båda scenerna", tillade polisen. De jagar nu angriparna.
Hittills har ingen grupp hävdat att den låg bakom attackerna.
I september förra året attackerade regeringsvänliga demonstranter dagligen Hurriyets kontor och anklagade tidningen för att ha felciterat president Erdogan.
Oidentifierade angripare har slungat bensinbomber och avfyrat skott på Istanbulkontoren av två orubbligt proregeringsvänliga turkiska tidningar, tidningarna och polisen säger.