Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Den 30-årige London 2012 guldmedaljören spelade in 8.18m i sitt sista hopp för att vinna framför Uruguays Emiliano Lasa (7.96m).
Holly Bradshaw satte ett nytt brittiskt valv på 4,80 meter.
Det var en tyst minut innan händelsen för offren för måndagens attack i staden.
Tjugotvå personer dödades och ytterligare 116 skadades av en självmordsbombare när publiken lämnade en föreställning av den amerikanska sångaren Ariana Grande på Manchester Arena.
Storstadsspelen, som arrangeras i stadens centrum, fick klartecken av rådet och polisen på tisdagen.
Den stora Manchester Run kommer också att gå vidare denna söndag och kommer att omfattas på BBC One från 12:30-14:30 BST.
Fredagens tävling var den första stora händelsen i Manchester sedan attacken och drog tusentals till en solig Deansgate och Albert Square.
Den senare, som för tre dagar sedan var värd för en vaka för dem som förlorade livet i attacken, var scenen för en stjärnvisning från Rutherford.
Hans hopp på 8.08m i hans andra försök hade redan säkerställt seger innan hans sista ansträngning, som såg honom förlänga hans ledning ytterligare.
"Det har varit helt fantastiskt att få ut er alla hit till stöd för oss", sade Rutherford efteråt. "Det har varit en otroligt svår vecka för alla och jag är så glad att vi kan komma hit och ge dig något att le åt och njuta av.
"Manchester är en av mina favoritstäder i världen att gå till. Jag älskar det för fotbollen och jag älskar det för alla ni killar kommer bakom oss i sport.
"Det är verkligen en speciell plats."
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Det var en fantastisk kväll för Bradshaw, som slog sitt eget personliga bästa innan hon gick vidare och överträffade sin egen brittiska skiva i valvet.
Med början på 4.50m, den 25-årige från Preston klar vid tredje försöket att säkerställa seger över hennes rivaler, med andra Britons Rachel Gibbons och Sally Peake och Belgiens Chloe Henry alla misslyckas med att gå högre än 4m.
Hon gick sedan vidare till att överträffa märket på 4,71m hon satte 2012 innan också clearing 4.80m vid första försöket.
"Det var lite nervöst i början," Bradshaw, som var sjätte i London 2012 och femte fyra år senare i Rio, berättade BBC Sport.
"Men det fanns stora förhållanden. När jag kom in i zonen, för att hoppa 4.72 och sedan 4.80 jag är verkligen chuffed.
"Träning har gått bra. Jag är i den bästa form jag någonsin varit i. Jag behöver bara hålla mig frisk, vara skärpt och bygga upp farten i huvudämnet."
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Jonnie Peacock lättade till seger i T44 mäns 100m på 10.92 sekunder, accelererar för att dra väl före sina tre utmanare.
Sydafrikas Arnu Fourie var andra (11.25seks), med Michail Seitis tredje (11.39) och Italiens Emanuele di Marino fjärde (12.18).
"Vi hade ett enormt skifte på tekniska aspekter förra året och hade bara sex månader att få dem precis innan OS men vi förbättrade en hel del," Peacock berättade BBC Sport. "Jag har fortfarande mycket att förbättra. Mina första fem meter idag var fruktansvärda."
Sophie Kamlish gjorde det till en brittisk dubbel i händelse med seger i T44 kvinnors 100m, slå holländska tre gånger paralympisk guldmedaljör Marlou van Rhijn med 0,02seks i en tid av 13.24.
På specialspåret på Deansgate pippade Asha Philip australiensisk Sally Pearson till att vinna kvinnornas 100m i en tid av 11,48seks.
Pearson kompenserade den besvikelsen genom att vinna kvällens sista lopp - 100 meters hinder - i 12.81seks.
En annan Briton, James Dasaolu, klockade 10.25 för att ta männens 100m efter 41-årige Kim Collins, som hävdade guld vid 2002 Samväldes spelen i Manchester, drog upp med kramp.
Amerikanska Johnny Dutch, som blev utburen från pensionen förra året, imponerade på männens 200 meter långa hinder med en tid av 22.48 sek, bekvämt slå en brittisk trio ledd av Sebastian Rodger (22.89).
Det blev ett överraskande resultat i männens 150m som Greklands Lykourgos-Stefanos Tsakonas hävdade en personlig bäst av 15.04seks för att se bort utmaningen av Storbritanniens Harry Aikines-Aryeetey, som också körde en PB på 15.22.
Fellow Briton Richard Kilty var tredje i 15.43.
Britanniens Greg Rutherford hävdade en rungande lång jump seger vid Great City Games framför en stor publik på Manchesters Albert Square.