Fatwa, som inte är juridiskt bindande men kommer att vara inflytelserik, utfärdades efter en tredagars kongress av kvinnliga präster i landet.
Prästerskapet uppmanade regeringen att höja minimiåldern för kvinnor att gifta sig till 18 från nuvarande 16.
Indonesien är ett muslimskt land och har bland de högsta antalet barnbrudar i världen.
Enligt FN:s barnbyrå Unicef gifter sig en av fyra kvinnor i Indonesien före 18 års ålder.
Fatwas utfärdas regelbundet i Indonesien, men vanligtvis av det indonesiska Ulemarådet - den högsta islamiska myndigheten i landet som nästan helt består av män.
Hundratals kvinnor steg ned på Cirebon, på Java Island, för den indonesiska KUPI Women's Ulema kongressen.
De flesta präster - experter på islamisk helig lag och teologi - var från Indonesien, men talare reste från så långt bort som Kenya, Pakistan och Saudiarabien för att delta i konferensen, sades vara den första stora sammankomsten av kvinnliga muslimska präster.
Kvinnliga präster, eller "ulema", har funnits i Indonesien i hundratals år, men deras roll har spelats ner tidigare. Nuförtiden bidrar de till att stärka sina samhällen och leda utbildningsinstitut, säger organisatörerna.
Man hoppas att kongressen kommer att lyfta fram den viktiga roll som de spelar.
Styrkommitténs ordförande Badriyah Fayumi sade till BBC: "Genom denna konferens vill vi säga att kvinnliga präster existerar och har bevisats bidra, och det är dags att erkänna deras existens, och att ge en uppskattning för... bidraget från det kvinnliga prästerskapet."
Utskottet kommer nu att lägga fram sina rekommendationer för de berörda grupperna - inklusive regeringen - som sedan kommer att besluta om huruvida de ska gå vidare eller inte.
Fatwa kallade minderåriga äktenskap "skadlig" och sade att förhindra det var obligatoriskt.
"Kvinnliga präster vet vilka frågor och hinder kvinnor står inför, vi kan vidta åtgärder och inte bara vänta på regeringen att skydda dessa barn," Ninik Rahayu, konferensarrangören, berättade Reuters.
De kvinnliga präster citerade studier som belyser att många indonesiska barnbrudar inte tillåts fortsätta sin utbildning och hälften av äktenskapen slutar med skilsmässa.
Barnäktenskapet fatwa var en av en serie utgivna under kongressen. Det fanns också påbud mot kvinnor som utsattes för sexuella övergrepp och miljöförstörelse.
Du kan läsa mer om konferensen på BBC:s hemsida för indonesiska språk.
Kvinnliga islamiska präster i Indonesien har utfärdat en aldrig tidigare skådad fatwa mot barnäktenskap.