Han är känd för uppriktighet - somliga skulle hävda brutala - beskrivningar av sexualitet och alienation.
En av Frankrikes mest kända författare internationellt skrev han också böckerna Atomized och Platform.
Houellebecq, 52, vann ett domstolsmål 2002 mot muslimska grupper som anklagade honom för att förolämpa islam.
Han sa att han kände förakt för islam, men han var rensad från uppvigling rashat.
Kartan och territoriet, som först publicerades på franska i september, stillar Paris konstvärld, berättar historien om en misantropisk konstnär som uppnår kritisk och kommersiell framgång genom att fotografera gamla Michelin kartor.
Den innehåller också en dåligt klädd, berusad författare vid namn Michel Houellebecq som blir offer för ett grymt mord.
"Bland alla de människor som kommer att upptäcka mina böcker tack vare detta pris, hoppas jag inte kommer att göra dem besvikna och de kommer att bli glada," författaren berättade franska medier.
Han har två gånger varit nära att vinna Goncourt-priset före 1998 och 2005.
Den kontroversielle författaren Michel Houellebecq har vunnit Frankrikes främsta litterära pris, Goncourtpriset, för sin bok Kartan och territoriet.