I ett uttalande i den officiella tidningen Granma beskrev regeringen projektet som "ett allvarligt fel".
"Revolutionens symboler är och kommer alltid att vara heliga", läser den.
Colognes - Ernesto och Hugo - presenterades på torsdag av ett statligt laboratorium i huvudstaden, Havanna.
Labiofam sade Ernesto, cologne uppkallad efter den argentinska revolutionerande som hjälpte Fidel Castro att ta över Kuba 1959, skulle vara en träig och uppfriskande citrondoft med noter av talkpuder.
Hugo, uppkallad efter Venezuelas framlidne president, skulle erbjuda en mjukare, fruktigare doft med inslag av mango och papaya.
"De kommer att bli mycket attraktiva parfymer, men namnen betyder också mycket för oss", säger Isabel Gonzalez, vice ordförande för forskning och utveckling för Labiofam under lanseringen.
Men projektet hånades i de sociala nätverken och kritiserades av anhängare av den kubanska revolutionen, som ansåg det respektlöst.
Labiofam hade varit i färd med att utveckla stiliserade flaskor och etiketter för produkterna innan de såldes på Kuba och utomlands.
"Vi ville inte skapa propaganda, utan snarare hylla dem och hjälpa deras namn att hålla ut", säger den kubanska biokemisten Mario Valdes, som ledde teamet för doftdesign på torsdag.
Företaget sade att det hade fått samtycke av familjerna Che Guevara och Hugo Chavez att använda sina namn i colognes. Men det har nu förnekats av den kubanska regeringen.
"Detaljerna av denna oansvariga åtgärd diskuterades i detalj i fredags med företagets direktör och de anställda som presenterade produkterna, som fortfarande höll på att utvecklas", läste uttalandet från den verkställande kommittén i ministerrådet, under ledning av den kubanska presidenten Raul Castro.
"Det kommer att vidtas lämpliga åtgärder för att ta itu med detta allvarliga fel.
"Sådana initiativ kommer aldrig att accepteras vare sig av vårt folk eller av den revolutionära regeringen."
Den kubanska regeringen har sagt att den kommer att vidta disciplinära åtgärder mot ett statligt läkemedelsföretag som skapade parfymer som heter Ernesto Che Guevara och Hugo Chavez.