Den 42m MV Loch Seaforth gjorde sin första passagerare segling förra månaden men är fortfarande i en "testperiod" och inte helt i drift.
Torsdagens fel tog fem timmar att fixa och färjan blev klar igen för segling.
En annan färja, Isle of Lewis, tog passagerarna inblandade.
Dåligt väder har lett till inställda fredagsseglingar på Stornoway-Ullapool-rutten och andra tjänster på Skottlands västkust.
Färjeoperatör Caledonian MacBrayne sade att dra tillbaka Loch Seaforth hade varit ett operativt beslut och felet skulle inte ha hindrat fartyget från att segla.
En talesman sade: " I går kväll uppstod ett problem med en ventilationsfläkt i motorrummet som krävde uppmärksamhet och ett operativt beslut fattades om att ta bort henne från rutten medan den var lagad.
"Medan passagerarna blev försenade, och vi beklagar alla olägenheter för dem, var ingen strandsatt."
En talesman tillade: "Detta var inte en stor fråga men det krävde cirka fem timmars arbete eftersom fläkten var på en svår att nå plats."
En ny färja byggd för sträckan Stornoway till Ullapool togs tillfälligt ur passagerartjänsten på grund av en felaktig ventilationsfläkt.