Det sades att en detaljerad, tidsbunden plan för genomförandet bör utarbetas, eftersom denna åtgärd skulle kunna förbättra säkerheten och effektiviteten.
En plan för systemet har funnits sedan 2007 men förskrivningen är fortfarande pappersbaserad på walesiska sjukhus.
Systemet måste vara på plats till 2023, men WAO vill ha det tidigare.
WAO direktör David Thomas sade ett antal av NHS personal revisorer talade med citerade "frustration" att det tog så lång tid att införa ett elektroniskt förskrivningssystem i Wales.
Han sade att genomförandet av ett sådant system skulle resultera i ett "mycket effektivare och effektivare system inom sjukhusen".
I rapporten tittade man också på andra förskrivningsområden och fann att det fanns säkerhetsproblem som orsakades av ofullständig medicinsk information på journaler över pappersläkemedel, däribland några som inte hade information om patienternas läkemedelsallergier.
Det fanns också några fall där det var oklart om patienterna hade fått de doser de skulle ha fått.
I rapporten undersöktes också hur nya läkemedel valdes ut, och även om det finns en nationell process för bedömning av nya läkemedel fann man att det fanns tre fall där beslut hade fattats utanför denna process.
WAO skulle inte ge detaljer om fallen, men Thomas sade att där nya droger ges där måste det finnas mycket tydliga skäl för detta.
I rapporten konstaterades också att medan NHS Wales vidtog åtgärder för att förbättra förskrivningen i samhället fanns det utrymme för ytterligare förbättring av kvalitet och kostnader.
Det sades att hälso- och sjukvårdsorganen arbetade bra tillsammans för att förbättra det sätt på vilket läkemedel förskrivs och hanteras, och på sjukhus var apotekstjänsterna högt värderade av personalen.
Revisorerna lyfte dock fram problem med läkemedelslagring och luckor i informationen om läkemedel.
En talesman för den walesiska regeringen sade att det var glädjande att man i betänkandet erkände att det fanns många goda aspekter av läkemedelshanteringen i Wales.
Den tillade att den sedan förra året har gjort goda framsteg med ett antal tidigare rekommendationer från generalrevisorn, och den skulle svara på de senaste råden inom kort.
Som svar på rapporten sade Nick Ramsay, ordförande i församlingens kommitté för offentliga räkenskaper, att det fanns "fortfarande mycket att göra för att garantera en säker och kostnadseffektiv användning av läkemedel i Wales".
NHS i Wales måste påskynda planerna på att införa ett elektroniskt system för förskrivning av läkemedel, har en rapport från Wales Audit Office sagt.