Det kommer som irakiska regeringsstyrkor är "på väg" att återta staden - som innehas av IS sedan 2014, den brittiska försvarsministern säger.
En högre RAF-befälhavare säger att IS har avfyrat luftvärnsrobotar mot koalitionsflygplan.
Men hittills har inga flygplan träffats.
Generallöjtnant Carleton-Smith sa att militären hade antagit att IS hade missiler som kunde ta ner ett flygplan men inte hade blivit måltavla av dem förrän nyligen.
Missiler som avfyrats mot koalitionsflygplan har upptäckts när de avfyrades, vilket gör det möjligt för de riktade planen att vidta defensiva åtgärder med hjälp av lysraketer, vilket gör att missilerna exploderar innan de träffar.
Den irakiska regeringen och de kurdiska Peshmergastyrkorna har för avsikt att under de kommande veckorna inleda en offensiv mot IS i Mosul.
Fallon sade till reportrarna: " Efter att ha talat med de inblandade truppernas befälhavare är deras självtro och beslutsamhet mycket tydlig.
"Även om Mosul är en stor och komplex stad, kommer den att falla och falla snart."
Läs elevens hemliga dagbok över livet under IS
Från Jonathan Beale, BBC:s försvarskorrespondent
Under de senaste två åren har brittiska krigsflygplan genomfört mer än tusen flyganfall, där de har släppt mer än 2.000 bomber och missiler på vad de säger är IS-mål i både Syrien och Irak.
De är inte de enda som har letat efter mål.
För första gången, RAF har bekräftat att dess flygplan har avfyrats på också - med IS anti-luftfartyg brand och axel-avfyrad yta till luft missiler - även om de säger att de alltid har hanterat hotet.
Försvarsminister Michael Fallon sa att fokus för flygkampanjen nu vände mot Mosul, den sista stora staden i Irak fortfarande under IS kontroll.
Han sade att offensiven för att befria staden skulle börja inom några veckor, men han medgav att det skulle vara mycket svårare att driva ut IS ur Syrien.
Han tillade att flygvapnet, som siktar in sig på mer än 100 platser i och runt staden, nu opererar "i högsta tempo i en enda teater i över 25 år".
Den USA-ledda koalitionen, som Storbritannien ingår i, har sedan 2014 genomfört nästan 9 600 strejker mot IS i Irak.
Läs mer om kampen mot Islamiska staten i Irak och Syrien
Generallöjtnant Carleton-Smith sade att koalitionsflygen hade förstört nästan 1 miljard dollar (770 miljoner pund) av kontanter som hölls i lager av IS.
Fallon sade också att ryska krigsflygplan "nästan säkert" hade genomfört en attack mot en FN-konvoj som dödade minst 20 personer på måndagen.
Han sade: " I stället för att uppfinna fler och fler otroliga ursäkter är det dags att Ryssland blir rent.
"Om det var ett misstag borde Ryssland be om ursäkt."
RAF trappar upp attacker mot självutnämnda islamiska statsstyrkor i staden Mosul som en del av ett försök att lamslå gruppens sista stora fäste i Irak, säger Michael Fallon.