Takayuki Tanooka, 44 år, och hans hustru lämnade kort Yamato Tanooka vid sidan av vägen på den norra ön Hokkaido den 28 maj som straff.
När de kom tillbaka var han borta. Ett stort sökande inleddes och pojken hittades på en militärbas på fredag.
Yamato fördes till sjukhus men skrevs ut på tisdag.
Fallet gav upphov till en debatt i Japan om föräldraskap.
Tanooka sade till programföretaget TBS i en intervju som sändes på måndagen: "Jag sade till honom: 'Pappa fick dig att gå om en så svår tid. Jag är ledsen."
"Och sen sa min son: "Du är en bra pappa. Jag förlåter dig."
Pojken hittades på fredagsmorgonen i en hydda på ett militärt borrfält, omkring 5,5 kilometer från där han lämnades som ett straff för att ha kastat stenar på människor och bilar.
Han sade att han hade förlorat sin känsla för riktning från gråt och gick i omkring fem timmar innan han anlände till byggnaden där han hittades, enligt tidningen The Mainichi.
Han sov mellan två madrasser och "träffade ingen".
Han sa att han drack vatten från en kran vid anläggningen men åt ingenting på sex dagar, sade tidningen.
När Yamato upptäcktes var han lätt uttorkad, undernärd och hade skrapat på armar och ben, men sades annars vara vid god hälsa.
Polisen har sagt att de inte kommer att anmäla föräldrarna, rapporterade lokala medier.
Fadern till en sjuårig japansk pojke som hittades levande efter sex nätter ensam i en tät skog säger att hans son har förlåtit honom.