Yngre människor tar religionen på allvar "när de har chansen att lära sig om det", sade han.
Kardinal Keith O'Brien, ledare för den romersk - katolska kyrkan i Skottland, uppmanade de kristna att bära ett kors för att symbolisera sin tro.
Det kommer mitt i en växande debatt om sekularisering i det brittiska samhället.
Drottningen och hertigen av Edinburgh har under tiden deltagit i den traditionella påsksöndagens gudstjänst på Windsors slott.
Under gudstjänsten i Canterbury Cathedral, Dr Williams sade att det var fel tid att "nedgradera status och professionell excellens" av religiös utbildning i skolor.
RE är inte ett av de ämnen som räknas mot den engelska Baccalaureate, standarden för rankning skolor som införts av koalitionsregeringen.
Den engelska Baccalaureate rankar gymnasier i England efter antalet elever som får bra GCSEs i engelska, matematik, vetenskap, ett annat språk och en humaniora ämne - antingen geografi eller historia.
De som stöder religiös utbildning vill att den ska ingå i humanitetskategorin.
Av Robert PigottReligiösa angelägenheter korrespondent, BBC News
Under sitt årtionde som ledare för engelska kyrkan har dr Williams upprepade gånger klagat över att kristendomen marginaliseras i det brittiska offentliga livet.
I dag välkomnade han det han sade var en minskning av aktiv fientlighet mot religionen, men utfärdade en ny varning.
Det var så att "allvarliga och liberala kommentatorer" omfattade religionen som ett socialt användbart verktyg - till exempel för att ompröva våra "destruktiva ekonomiska vanor" - men ville "välja ut de bästa delarna av religionen utan alla de pinsamma uppfattningar som följer med den".
Ärkebiskopen insisterade på att det var just dessa besvärliga trosuppfattningar - som Jesu verkliga uppståndelse - som betydde något inom kristendomen, och att utan dem skulle det upphöra att vara meningsfullt.
Hans rädsla är att kristendomen kan överleva den aktiva fientligheten hos ateister, bara för att duka under för en typ av tillgång stripping som reducerade den till en uppsättning välmenande principer utan att egentligen säga något om Gud.
Men regeringen säger att det redan är ett obligatoriskt nationellt läroämne och det engelska Baccalaureate är att uppmuntra fler studenter att ta upp geografi och historia förutom RE - inte i stället för det.
I sin predikan sade dr Williams: " Det finns mycket som tyder på att yngre människor, även om de statistiskt sett fortfarande är mycket osannolika att vara kyrkobesökare, inte har den fientlighet mot tron som man kan förvänta sig, utan åtminstone delar en del... känsla av att det finns något här att ta på allvar - när de har en chans att lära sig om det.
"Det är det värsta tänkbara tillfället att nedvärdera status och professionell excellens av religiös utbildning i gymnasier."
Doktor Williams sade att en fientlighet mot tro och religion i det offentliga livet kan ha dämpats av en nyligen genomförd uppskattning av religionens sociala värde.
Men han sade att kristendomens yttersta prövning inte var om den var nyttig för människosläktet, utan om Jesu Kristi uppståndelse verkligen inträffade.
Han sade att för de kristna finns en syn av försonad kärlek mellan människor "bara därför att Gud uppväckte Jesus" och att svaret inte fanns i vetenskapliga bevis, utan på det sätt som troende levde med och i sin tro.
Den senaste debatten om tron på Storbritannien utlöstes efter att den konservativa medordföranden baronessan Warsi varnade för att nationen var hotad av en stigande flod av "militantisk sekularisering".
Den muslimska kamraten sade i februari att Europa behövde bli "mer självsäkert och bekvämare i sin kristendom".
Forskning som utfördes under samma månad av en sekularistisk stiftelse föreslog tre fjärdedelar av människor som beskriver sig själva som kristna i Storbritannien visade bara en låg nivå av tro och utövande av religionen.
Ipsos Mori-undersökningen, för Richard Dawkins Foundation for Reason and Science, var bortkastad av kyrkan, med pastor Giles Fraser, tidigare Canon Kansler St Paul's, säger att det inte var rättvist att överlista människors "självidentifiering" som kristna.
I sin predikan påsksöndagen uppmanade kardinal O'Brien dem som dyrkade att "ha en stolt symbol för Kristi kors" varje dag i sitt liv.
Han uttryckte också oro över religionens växande "marginalisering".
Dr Williams framförde också en uppmaning till fred i den israelisk-palestinska konflikten i Mellanöstern.
Han sade: " Ett besök i Yad Vashem, Förintelsemuseet i Jerusalem, kommer att övertyga er om varför staten Israel existerar och måste fortsätta att existera.
"Ett besök vid någon gränskontrollstation kommer att övertyga dig om att dagliga trakasserier och förödmjukelser av palestinier i alla åldrar och bakgrunder inte kan vara ett försvarbart eller ens hållbart pris att betala för säkerheten."
Han sade: " Vi måste prod och tjata och uppmuntra det religiösa ledarskapet i det heliga landet på alla sidor att tala som om de trodde på en Gud som handlar, inte bara en Gud som stöder deras version av verkligheten.
"Vi måste be, att be om visdom och styrka och uthållighet för alla som är hungriga på fred och rättvisa, be att människor kommer att fortsätta leta efter en verkligt delad framtid."
I mars meddelade dr Williams att han skulle avgå som ärkebiskop av Canterbury - chefen för engelska kyrkan - i december, efter 10 år i rollen.
Rowan Williams har varnat för att "nedgradera" religiös utbildning i gymnasierna i sin sista påskpredikan som ärkebiskop av Canterbury.