Men Mikel, 25 år, har anklagats av FA för tjänstefel efter hans inblandning i händelsen.
Blues hade hävdat Clattenburg riktade rasspråk mot Mikel i deras hem nederlag av Manchester United.
"FA:s dom av inget fall att besvara mot domare Mark Clattenburg var knappast en överraskning.
"Ever sedan det dök upp det påstådda offret John Obi Mikel hade inte ens hört kommentaren men förlitade sig på begagnade bevis från brasiliansk lagkamrat Ramires, Chelseas fall såg lika tunn som deras chefskontrakt.
"Med tanke på hur höga insatserna var har FA tagit sig tid att vara säker.
"Och även om deras motvilja mot att kritisera Chelsea för att föra fallet är utformad för att undvika andra spelare från att klibba upp om de tror att de har blivit rasistiskt misshandlade, är detta ännu ett skadligt slag för en klubb som verkar en magnet för problem."
Clattenburg sade att det var "helt skrämmande" att ha inför utsikten att hans karriär kan vara över.
Efter matchen på Stamford Bridge den 28 oktober intervjuade FA Clattenburg, Mikel och flera andra Blues spelare innan han kom fram till sitt beslut att rensa tjänstemannen och åtala den nigerianska.
"Det påstås att Mikel i eller runt matchtjänstemännen omklädningsrum i slutet av fixturen använde hotande och/eller kränkande och/eller förolämpande ord och / eller beteende," en FA uttalande läsa.
Mikel har till fredagen den 30 november på sig att svara. Chelsea har antytt att han inte kommer att neka åtalet men kommer att begära ett förhör för att "förklara de förmildrande omständigheterna".
Bevisen för Chelseas påstående mot Clattenburg kom från deras mellanfältare Ramires som, när han intervjuades, förklarade att hans instinktiva reaktion var att söka bekräftelse från Mikel på vad domaren sade.
Mikel, som blev tilltalad av Clattenburg, var mycket närmare än Ramires och hörde inte vad det föreslogs sades till honom.
De två biträdande domarna och den fjärde tjänstemannen avslöjade att de inte hörde någon av kommentarerna Clattenburg anklagades för att göra, trots att de var kopplade till domaren via mikrofoner.
I ett FA-uttalande sades det också att Mikels lagkamrat Ramires klagade "gjordes i god tro".
Clattenburg, 37, har alltid upprätthållit sin oskuld och Metropolitan Police lade ner sin egen utredning tidigare denna månad.
Han missade fyra helger av Premier League matcher medan FA undersökte Chelseas klagomål.
"Jag ser fram emot att lägga detta bakom mig och koncentrera sig på domare i Premier League och andra tävlingar," sade Clattenburg.
"De meddelanden av uppmuntran från de inom och utanför spelet har hjälpt mig genom den mest stressiga tiden i mitt yrkesliv.
"Att veta att du var oskyldig men det fanns möjlighet för det att förstöra din karriär var verkligen skrämmande.
"Racism har ingen plats i fotboll och denna erfarenhet bör inte avskräcka dem att tala ut om de verkligen tror att de är offer för övergrepp.
"Det finns dock processer som bör följas för att varje undersökning ska kunna genomföras på ett sätt som är rättvist för alla berörda parter.
"Jag känner först och främst till följderna av att anklagelser av detta slag läggs ut på det offentliga området inför en formell process och utredning. Jag hoppas att ingen domare behöver gå igenom detta i framtiden."
Vad som har hänt under de senaste veckorna bör inte överskugga det faktum att on-pitch förhållandet mellan match tjänstemän, spelare och chefer är det bästa vi någonsin känt det
Som svar på tillkännagivandet sade Chelsea i ett uttalande: "Chelsea Football Club accepterar fotbollsförbundets beslut om Mark Clattenburg och välkomnar att FA erkänner klubben och spelarna hade rätt i att rapportera om saken.
"Klubben accepterar att fallet nu är avslutat och noterar FA uppger att påståendet gjordes i god tro.
"Chelsea FC har en omsorgsplikt, liksom alla arbetsgivare, att agera ansvarsfullt när sådana påståenden rapporteras av anställda.
"Vi tog inte beslutet att lämna in ett formellt klagomål till FA lätt och följde de korrekta processerna och protokollen hela tiden."
Domarens fackliga prospekt, på Clattenburgs vägnar, ber Chelsea om en fullständig ursäkt och kompensation.
Polisen släppte en utredning om de påstådda kommentarerna mot Chelseas Mikel och Juan Mata i Premier League match på Stamford Bridge förra månaden.
Chelsea föreslog inledningsvis spanska midfielder Mata hade också verbalt missbrukats av Clattenburg, innan beslut om att det fanns otillräckliga bevis för att stödja dessa påståenden.
Football Association har godkänt domare Mark Clattenburg att använda "olämpligt språk" mot Chelsea mittfälter John Mikel Obi.