Gruvfirman OM Manganese befanns skyldig på fredag - första gången ett företag har framgångsrikt åtalats i Australien för skändning av en helig plats.
Platsen är känd som Two Women Sitter ner och ligger vid Bootu Creek, norr om Tennant Creek.
OM Manganese ålades böter på 150 000 dollar.
Peter Toth, VD för OM Holdings, som äger OM Manganese, sade: "Företaget avsåg aldrig att skada, skada eller vanvörda den heliga platsen."
"Vi beklagar uppriktigt den skada och skada som orsakats och jag ber förbehållslöst om ursäkt till webbplatsens väktare och traditionella ägare," sade han.
Två kvinnor sitter ner är associerad med Australiens Kunapa folk.
OM Manganese anklagades för att ha orsakat kollapsen av en del av platsen, bland annat en distinkt klipputsprång känd som Hästhuvudet, i juli 2011.
Åklagare berättade för Darwin Magistrates Court att företaget utförde sprängning nära platsen för att bryta marken, Australian Broadcaster ABC rapporterade.
Företaget tilläts att bryta i området, men råddes att hålla sig borta från heliga platser, och varnades i början av 2011 att sprickor dök upp i stenar vid Bootu Creek plats, TV-bolaget sade.
Doktor Ben Scambary, chef för Aboriginal Areas Protection Authority, sade att platsen var av stor betydelse för Australiens ursprungsbefolkning.
"Den här sajten... relaterar till en drömhistoria om en marsupial råtta och en bandicoot som hade en kamp om bush Tucker [nativ australiensisk bush mat]," sade han.
"När skapelsens förfäder kämpade, spillde deras blod ut och förvandlade klippan till en mörkröd färg som nu förknippas med mangan."
Kunapas representant Gina Smith sade: " Det kommer alltid att förbli en helig plats för oss, men det har förstörts och vi vet inte vad vi ska göra, eftersom detta aldrig har hänt med det gamla folket.
"Den har funnits där i tusentals år som en del av vår kultur och vår historia."
Inhemska australiensare tror att landet är skapelsens moder, och är en levande, andas massa full av hemligheter och visdom, BBC: s Phil Mercer i Sydney rapporterar.
Ett gruvbolag har dömts för att ha vanhelgat en aboriginanläggning i norra Australien.