Förslagen, som är föremål för parlamentets godkännande, gör det möjligt för jordbrukarna att rensa diken och vattendrag utan att be om tillstånd.
Jordbrukarna hade klagat över att miljöbyrån hade en mikrostyrd kontroll av översvämningarna.
Men akademiker berättade för BBC News att avledning av vatten från jordbruksmark skulle kunna öka översvämningarna där människor bor.
Den politiska förändringen tillkännagavs miljöminister Liz Truss vid Oxford Farming Conference efter vad ministeriet för miljö, livsmedel och landsbygdsfrågor (Defra) sade var två framgångsrika pilotprojekt.
Hon sade: "Vi kommer att tillåta bönder över hela landet att behålla sina egna diken upp till 1,5 km långa från april, så att de kan rensa skräp och förvalta marken."
Beslutet välkomnades av den nationella jordbruksunionen (NFU).
Dess ordförande, Meurig Raymond, sade: "NFU har pressat Defra och miljöbyrån för att göra det möjligt för jordbrukare att utföra mindre arbeten under många år."
Men professor Alan Jenkins från Centrum för ekologi och hydrologi sa att han fruktade att politiken kunde slå tillbaka.
"Vattenloggade fält är ingen nytta för jordbrukare", sade han. "De kan inte behålla sin produktivitet på vattenfylld jord så det är vettigt för dem att hantera sina fält därefter.
"Det finns dock en potentiell nackdel, eftersom om vi ökar dräneringen i fält under kraftiga regn det är möjligt att det kommer att öka och snabbare överföring av vatten i flodsystemet med en möjlig ökning av översvämningsrisken nedströms."
Katherine Pygott från konsultfirman Peter Brett gick med på det.
"Om du är en markägare kanske du vill maximera produktiviteten på en grouse heat genom att göra det torrare - men om du försöker skydda en stad du vill hålla vatten tillbaka på höglandet.
"Det beror väldigt mycket på lokala förhållanden - ibland skulle det vara ohjälpligt att snabbt dränera, ibland skulle det inte.
"Det finns en risk att göra en fri-för-all på dränering. Det skulle vara klokare att få det befintliga systemet att fungera."
En talesman för regeringen sade att över en miljon tunnland av primär jordbruksmark skulle skyddas bättre genom statliga investeringar i översvämningsförsvar under de 10 åren fram till 2021.
Experter varnar för att planer på att tillåta jordbrukare att rensa vattendrag på sin mark skulle kunna förvärra översvämningarna i städerna.