De två sidorna har varit utan bindande avtal sedan den föregående löpte ut i juni.
Wales och brittiska och irländska Lions lås Jones hoppas att spelarna nu kan koncentrera sig på den nya säsongen.
"Ultimat som spelare har vi förberett som om det är en normal säsong och allt är rosig," Jones sade.
"Jag betonar att det inte har varit idealiskt och det är inte en distraktion, men ändå kommer det att vara trevligt att ha det gjort eftersom vi har hört under de senaste 18 månaderna, potentiellt två år, att detta kommer att sorteras.
"Jag berömmer båda sidor för att göra det, men det är bara en besvikelse att det tagit så lång tid."
Vi måste gå vidare med spelarna som vi har och det är vad vi tänker göra
Ett nytt avtal mellan WRU och Cardiff Blues, Newport Gwent Dragons, Scarlets och Jones egna Ospreys förväntas undertecknas denna vecka och 28-åringen tillade skämtsamt: "Uppenbarligen kom det vit rök från toppen av Millennium Stadium, som bådar gott!"
Jones, som har vunnit 80 caps för Wales och sex för Lions, är en av nio spelare tipsade att bli dual-contracted under den föreslagna nya affären.
Ospreys börjar sin säsong på fredag, 5 September hemma till Treviso i Guinness Pro12, medan de kommer också möta italienarna i Champions Cup i oktober i en pool inklusive Northampton och Racing Metro.
Den walesiska sidan har sett högre spelare av kaliber av Richard Hibbard, Ian Evans och Ryan Jones - alla Lions - lämna för andra klubbar i lågsäsong.
Jones hoppas att spelarna kommer fram inifrån Ospreys för att öka leden.
"[Det är] ett ganska stort [hål], särskilt i flocken. Du tittar också på [fluga-halv] Matthew Morgan gå som var en av våra lysande ljus som kommer igenom," Jones sade.
"Tydligen flyttade han av förmodligen olika skäl som några av de andra killarna gjorde, men de har alla gått vidare och en hel del har sagts om kommanden och händelser.
"Som region, en grupp spelare och personligen vi önskar dem det bästa, men vi måste gå vidare med de spelare som vi har och det är vad vi tänker göra.
"Såna som Lloyd Peers, Tyler Ardron... Det här är killar som sätter upp händerna i truppen.
"Folk som jag, Duncan [Jones] och andra killar, Biggs [Dan Biggar], kommer att försöka ta några i nacken och ta dem med oss."
Ospreys kapten Alun Wyn Jones har välkomnat nyheten att Welsh Rugby Union och dess fyra regioner kommer att underteckna ett nytt avtal om deltagande.