Tjänstemannen bröt mot Internationella paralympiska kommitténs (IPC) förbud mot politiska gester.
Vitrysslands grannar Ryssland är förbjudna från spelen efter statssponsrad dopning.
"En hjälte har dykt upp bland oss", sa Maria Zacharova, taleskvinna för Rysslands utrikesministerium.
"Detta är den person som visade solidaritet med människor som skamligt behandlades på ett omänskligt sätt genom att inte tillåtas konkurrera på Paralympics," Zakarova berättade Interfax nyhetsbyrå.
Tjänstemannen, som av ryska medier identifieras som Andrei Fomochkin, har fått sin ackreditering för Rio inställd av IPC.
IPC chef för media Craig Spence sade: "Jag skulle vilja tacka media för att se till att det fanns en bild av individen på Twitter ganska snabbt. Vi lyckades lokalisera den enskilda personen och konfiskera flaggan ganska mycket inom 20 minuter från den flagga som visas.
"Det ses som en politisk protest eftersom han bar en rysk flagga när han är i Vitryssland delegationen, och när du har ordföranden i Vitryssland National Paralympic Committee är så högljudd i media innan dessa spel säger han var emot vårt beslut, då är det en ganska lätt slutsats att det var en politisk protest.
"Vi kollar alla lag innan de går ut på stadion på varje spel, så flaggan var ganska väl gömd på den personen eftersom hela Vitryssland laget söktes innan de gick ut och flaggan var någonstans på personen som vi inte märkte."
Fomochkin har fått stöd från Vitryssland för sin gest.
"Detta var det rätta", berättade Dmitri Mironchik, pressekreterare för Vitrysslands utrikesministerium, RIA Novosti. "Om vi behöver stå till svars för dessa gester, då kommer vi att svara."
En tjänsteman från Vitryssland som förde in en rysk flagga i invigningen av Paralympiska spelen har förbjudits från tävlingen.