David Mackintosh, konservativ parlamentsledamot för Northampton South, meddelade sitt beslut inför ett lokalt partimöte där hans kandidatur förväntades vara emot.
BBC rapporterade miljontals pounds av offentliga pengar utlånade till Northampton Town FC verkade ha försvunnit.
MP har förnekat något orätt.
Mackintosh kritiserades för lånet till Northampton Town Football Club från kommunen - när han var ledare - för att återuppbygga Sixfields stadion och utveckla närliggande mark.
Omkring 10.25 miljoner pund av dessa pengar saknas nu och lånet är föremål för en polisutredning om "uppenbarade ekonomiska oegentligheter".
Fotbollsställningen är fortfarande halvbyggd.
När han kontaktades av BBC förra veckan sa en majoritet av hans partis lokala styrelse att de skulle rösta för att avsätta honom.
Mackintosh hade tidigare sagt att han hade för avsikt att ställa upp för omval.
Men i ett uttalande sade han: "Det har varit en stor ära att vara ledamot av parlamentet sedan 2015, men jag anser nu att det är rätt tid för mina väljare att få en ny representant."
En parlamentsledamot som ställs inför avval efter att ha kritiserats för sin roll i ett lån till en fotbollsklubb kommer inte att stå för omval.