Med hjälp av dansare, konfettikanoner och en man i spegelvänd kostym återupplivade det kanadensiska bandet revellers' andar med en serie vapen-alft-sånger.
"I en livstid av ganska mycket omöjliga saker som har hänt vårt band, detta är höjdpunkten", sade frontman Win Butler.
Tidigare, varje steg vid händelsen stängdes efter blixtnedslag marken.
Dansakt Rudimental eskorterades från huvudscenen mitt i scenen, och var tvungen att överge sitt planerade extranummer - Feel The Love, med gästsångaren John Newman.
"Vi är ganska upprörda," musiker Amir Amor berättade för BBC, "men vi hade en bra tid ändå".
Metallicas Lars Ulrich flög in i området med helikopter när stormen sjönk.
"Det var ganska skrämmande", sade han.
"När vi landade, alla som plockade upp oss var på väg, 'vi trodde inte att du skulle flyga i detta väder'.
"Men piloten sa inget om det. Vi såg blixten där uppe. Jag trodde det var pyroteknik för Arcade Fire."
Åskväderen förebådade ett kortvarigt men skyfall, och strömavbrottet tog bort BBC:s täckning från luften.
Musiken återupptogs på huvudscenen klockan 19:00 BST med Lily Allen, som tillägnade FIFA:s president Sepp Blatter en expletive-laden låt.
Andra artister på fredagen inkluderade Blondie, som visade sig så populär det blev omöjligt att komma in eller lämna den andra scenen vid lunchtid, och Paolo Nutini, vars själfulla ballader var en passande soundtrack som skymning föll över Somerset.
Sophie Ellis-Bextor smög in något disco i hennes scen på den till stor del akustiska Avalonscenen, medan den pulserande synthpopen av Glaswegian bandet Chvrches gjorde för en ångig atmosfär i John Peel tält som fans dansade bort regnet.
Arcade Fire tog till scenen strax efter 22:00 BST, deras ankomst förebådas av en man klädd från topp till tå i en spegelvänd kostym.
Modigt, med tanke på väderförhållandena, 12-delade bandet var till stor del klädd i vitt, men om de var oroliga för tvätt räkningar, det visade inte.
De kastade sig runt scenen, bultade och snurrade som om de plågades av en svärm av osynliga bin, och varje medlem bytte instrument mellan – och ofta under – sångerna.
Förutom gitarrer spelade de trummor, xylofoner och till och med en urdyllisk gurdy.
Frontman Win Butler gjorde ofta utflykter i publiken och under låten Flashbulb Eyes plockade en kamera från en pressfotograf och bar den på scenen för att fånga bandets föreställning.
Setlistan var jämnt spridd över deras fyra album, med höjdpunkter som No Cars Go, Neighborhood #1 (Tunnels) och Rebellion (Lies).
Gruppens återkommande frågor om förortsförtvivlan och alienation kan ha verkat som en udda passform för Glastonburys freds- och kärleksethos, men det finns en optimism och tro på mänskligheten i kärnan av deras musik.
Dessutom har de riktigt klatschiga refränger.
Bandets vilja att omfamna alla samhällsskikt visades på fredag kväll under låten We Exist - om en tonåring vars far kämpar för att acceptera sin sexualitet.
När öppningsackorden ringde ut, anslöt sig en grupp transgender- och cross-dressingdansare till bandet på scenen.
"Var och en av oss föds speciell och unik", sade Butler. "Hur du än är och hur du än föddes, så är du perfekt."
Den feel-good stämningen fortsatte under hela den två timmar långa uppsättningen - som slutade med en masssång till bandets signatursång, Wake Up.
När vi talade med BBC tidigare på dagen, sa bandets gitarrist Richard Reed-Parry att de hade njutit av att blötlägga Glastonbury-atmosfären på fredag.
"Det finns en härlig känsla kommer in", sade han.
"Det är en fin vibb. Det finns många familjer.
"Det handlar inte bara om massiva huvudbonader. Och det kommer inte att bli ett träsk med ölsmedare.
"Det regnar och det är lera men det är nytt och det luktar inte illa ännu. Det är som, "Åh, den här leran luktar gräs! Det är vår!'"
Musiken fortsätter på lördag med Jake Bugg, Pixies, Clean Bandit och Manic Street Preachers på räkningen.
Bland dem som tittar på handlingen kommer Hollywood stjärnan Bradley Cooper, som sa till BBC: "Jag är glad att se Metallica och jag vill se Jack White och Lana Del Rey."
Hangoverstjärnan frågade om han blev uppskjuten av vädret och svarade: " Jag älskar det. Det gör jag! Men jag är en dum amerikan - du förväntar dig det."
Tillkännagivande om inledande av ett antidumpningsförfarande beträffande import av linor och kablar av järn eller stål med ursprung i Folkrepubliken Kina (EUT C 338, 15.12.2009, s. 1).
Arcade Fire förde en feststämning till Glastonbury på fredag, timmar efter en elektrisk storm stoppade festivalen.