Hans-Gert Musk twittrade att explosionen av Falcon 9 under en rutinmässig fyllningsoperation var den mest komplicerade i rymdresebyråns historia.
Han sa att motorerna inte var på och att det inte fanns någon skenbar värmekälla.
Raketens nyttolast, en satellit där Facebook hade hyrt kapacitet, förstördes i explosionen förra veckan.
"Fortfarande arbetar med Falcon Fireball-utredningen. Det visar sig vara det svåraste och mest komplicerade misslyckandet vi någonsin haft på 14 år," tweetade herr Musk.
Facebook, med Eutelsat Communications, hade varit tänkt att använda Amos-6 satellit för bredbands internet täckning för delar av Afrika söder om Sahara som en del av Facebooks Internet.org initiativ.
Kraften från explosionen vid Cape Canaveral skakade byggnader flera kilometer bort.
Hans-Gert Musk twittrade att stödet för SpaceX-utredningen av Nasa, USA:s federala luftfartsmyndighet och USA:s flygvapen var "mycket uppskattat".
Teknikentreprenören äger och leder SpaceX. Mr Musk är också verkställande direktör för elbilsföretaget Tesla Motors och ordförande för solenergiföretaget SolarCity.
En undersökning om hur en SpaceX raket exploderade är att avslöja ett "svårt och komplext misslyckande", företagets grundare Elon Musk har sagt.