Poots kommenterade BBC:s Nolan Live på onsdag kväll.
Poots talade med Sinn Féins Alex Maskey och sade: "Vi gör affärer med er eftersom det ligger i Nordirlands intresse.
"Vi har fred i Nordirland, så vi håller oss till er och gör affärer med er."
Han tillade: " Jag tycker inte om att göra affärer med Sinn Féin. Jag håller min näsa om vad som har hänt i det förflutna, om IRA:s verksamhet under 25 år, om morden som ägde rum och det finns en stank som fortfarande stiger från det i många hem över hela Nordirland."
Bernd Maskey sade att inläggen hade visat Poots i hans "sanna färger"
Men när Poots talade om BBC:s God morgon Ulster på torsdag sade han att "många människor över hela Nordirland tycker att det är skrämmande att Sinn Féin sitter i regeringen".
"De har en koppling till IRA, som begick över 2.000 mord i Nordirland, och det är något som är mycket svårt för oss alla att acceptera, men vi gör det eftersom vi vill se till att det inte finns tusentals fler människor förlorar sina liv som en följd av problem i Nordirland under de kommande åren," sade han.
"När jag tittar över bänkarna på Stormont ser jag människor som har åtalats och dömts och avtjänat långa fängelsestraff för de mest avskyvärda brott, och det är inte fallet för republikaner.
"Jag arbetar med dessa människor eftersom de har ett mandat, men det betyder inte att jag måste gilla det."
På Nolan Show sade DUP Simon Hamilton att han "förstod helt" vad Poots menade.
"Jag tror att min generation kanske inte led lika mycket som andra gjorde under problemen i Nordirland, men det betyder inte att jag inte glömmer vad IRA gjorde", sade han.
"Men jag har en egen familj nu och jag vill inte att de ska växa upp till den typ av Nordirland som många människor var tvungna att leva igenom på 70- och 80-talet och på grund av det är jag beredd att arbeta med, och mitt parti är redo att arbeta med Sinn Féin som har ett mandat från väljarna.
"Jag vet vad Edwin menade när han pratade om en stank och det är att arvet av våld, IRA-våld, ner genom 70- och 80-talen och in i 90-talet som lämnade många döda, lämnade många skadade."
Hamilton, hälsoministern, har nyligen kritiserats för DUP:s politik att hålla sina ministrar i tjänst bara några timmar i veckan, medan samtalen fortsätter att lösa den nuvarande Stormontkrisen.
Han frågade om sin ställning och sade att han skulle återuppta sina plikter en dag nästa vecka.
DUP: s Edwin Poots har försvarat kommentarer han gjort att partimedlemmar måste hålla sig i nosen när de gör affärer med Sinn Féin.