Den Bluefin-21 nedsänkbara roboten hade avslutat sin sökning i området och hittade ingenting, sade de.
Insatserna skulle nu inriktas på att granska sökdata, kartlägga havsbottnen och ta med specialutrustning.
Flight MH370 försvann den 8 mars då den flög från Kuala Lumpur till Peking.
Med hjälp av satellitdata har tjänstemännen kommit fram till att flygbolaget, som hade 239 personer ombord, avslutade sin resa i Indiska oceanen, nordväst om den australiska staden Perth.
Inga spår av planet har hittats och det finns ingen förklaring till dess försvinnande.
Fyra pings som tjänstemän trodde kunde vara från det saknade planets "svarta lådan" färdskrivare hördes av sökteam med hjälp av en bogserad pinger lokalisering enhet.
Dessa pings användes för att definiera området för havsbotten sökning, som genomfördes av Bluefin-21. Den hade genomsökt över 850 kvadratkilometer av havsbottnen, sade JACC.
"Igår eftermiddag, Bluefin-21 avslutade sitt sista uppdrag söker de återstående områdena i närheten av de akustiska signaler som upptäcktes i början av april av bogserade pinger lokaliserare," ett uttalande från gemensamma byrån samordningscenter (JACC) sade.
"De uppgifter som samlats in om gårdagens uppdrag har analyserats. Till följd av detta kan JACC meddela att inga tecken på flygplansskrot har hittats av det autonoma undervattensfordonet sedan det anslöt sig till sökinsatsen.
"Australiska Transport Safety Bureau (ATSB) har meddelat att sökningen i närheten av akustiska upptäckter nu kan anses vara komplett och i sin professionella bedömning, området kan nu diskonteras som den sista viloplatsen för MH370."
Australiens vice premiärminister Warren Truss sade att sökningen hade baserats på "den bästa information som fanns tillgänglig på den tiden".
Uttalandet kom timmar efter en amerikansk marintjänsteman berättade CNN att de akustiska signalerna förmodligen kom från någon annan konstgjord källa.
Misslyckandet med den autonoma sub Bluefin-21 att hitta alla vrak i ping sökzonen är ett hammare slag mot familjerna. Det är också en skarp påminnelse till alla om hur svårt hela denna övning kommer att bli.
Var pingstarna verkliga eller var de helt enkelt falska, en feltolkning av ljud i vad som redan är en mycket bullrig miljö? De utredande grupperna kommer att se över alla sina uppgifter igen. De kommer inte att dra några omedelbara slutsatser. Vattenpelaren kan göra märkliga saker med ljud och skicka det i oväntade riktningar. Lagen kommer också att vara medvetna om att Bluefin-21 ibland opererade bortom sina kvalificerade gränser.
Myndigheterna har nu insett behovet av att göra en ordentlig batymetrisk (djup) undersökning av den bredare sökzonen - omkring 60.000 kvadratkilometer i området.
Det kommer att ta minst tre månader, men när de väl vet exakt form och djup av havsbottnen kan de då bättre välja de lämpligaste fordonen för att fortsätta undervattenssopningen. Vraket kan vara i en ravin, täckt av förskjutet sediment.  Utan rätt verktyg kommer arbetet med att hitta MH370 att bli så mycket svårare.
"Vår bästa teori vid denna tidpunkt är att [pings var] sannolikt något ljud som produceras av fartyget... eller inom elektroniken av bogserade pinger lokator," Michael Dean, den amerikanska flottans vice chef för oceanteknik, berättade det amerikanska programföretaget.
"Alltid din rädsla när du sätter elektronisk utrustning i vattnet är att om något vatten kommer in och mark eller shorts något ut, att du kan börja producera ljud," Mr Dean sade.
En amerikansk talesman från flottan beskrev senare hans kommentarer som "spekulativa och förhastade".
I sitt uttalande sade JACC att en expertgrupp skulle fortsätta att granska och förfina befintliga data för att bättre definiera ett sökområde för det saknade planet.
Ett kinesiskt fartyg hade redan börjat kartlägga ett område på havsbottnen i en undersökningsprocess som förväntades ta tre månader.
Under tiden skulle ATSB snart söka anbud från kommersiella entreprenörer för den specialutrustning som behövs för undervattenssökningen - en process som förväntas börja i augusti, sade JACC.
Det område där akustiska signaler troddes kopplade till den saknade malaysiska planet upptäcktes kan nu uteslutas som den slutliga viloplatsen för flygning MH370, Australiska tjänstemän säger.