Den 28-årige var en regelbunden för managerless Latics förra säsongen, men var en av sju spelare som skulle släppas av League One klubben i maj.
"Mike är någon vi var intresserade av redan i januari", säger Carlisle rekryteringschef Lee Dykes.
"Vi vet vad vi får, han kan spelet och han vet hur man vinner matcher."
Jones spelade tidigare för Tranmere, Bury, Sheffield onsdag och Crawley.
Hitta alla de senaste fotbollsöverföringarna på vår dedikerade sida.
Carlisle United har undertecknat ett tvåårigt avtal med Mike Jones efter att han släpptes av Oldham Athletic.