Jason Van Dyke häcklades när han kom till domstolen där han nekade sex åtalspunkter för mord.
Video som släpptes tidigare i år och som visade inspelningen av Laquan McDonald väckte ett skrik och polischefens avgång.
En federal utredning av stadens polis pågår mitt i en nationell debatt om polisens användning av våld.
Utredningen kommer att undersöka om rasen spelar en roll i polisens användning av våld och om officerare hålls ansvariga på rätt sätt.
McDonald, som då var 17 år, var beväpnad med en kniv när han stoppades av polisen.
Men videofilmen visade att han rörde sig bort från polisen när mr Van Dyke öppnade eld.
Steg-för-steg guide till vad som hände
Hur en visselblåsare störtade polischefen
Dagar av protester följde lanseringen av videon, som president Barack Obama sade var "störande".
Man bad Chicagos borgmästare Rahm Emanuel att avgå och polisintendent Garry McCarthy sa upp sig.
På lördagen sa Emanuel att staden "förtjänta svar" efter att en polis av misstag skjutit och dödat en 55-årig kvinna när han reagerade på en störning i hemmet.
Enligt Washington Post var Bettie Jones också känd som en samhällsaktivist som talade ut om frågor som polisbrutalitet.
En vit polis i Chicago har nekat till mord för en svart tonårings död som sköts 16 gånger 2014.