Fyrtionio barn dog och mer än 70 skadades allvarligt när lågorna spred sig genom ABC:s barnkammare, som inte hade någon nödutgång.
Släktingar till offren har länge krävt rättvisa och sagt att barnkammaren inte följde säkerhetsbestämmelserna.
Men en advokat för släktingarna sa att häktningsordern riktade sig mot fel personer.
Åklagare bad en domare att utfärda arresteringsordern för plantskolans direktör och en del av dess ledning och lärare.
Gabriel Alvarado, advokat för de anhörigas grupp Hands United for Our Children, kallade flytten "arronous" och hävdade att den inte riktade sig till de tjänstemän som var ansvariga för tragedin.
Han sade att det kunde straffa dem som hade riskerat sina egna liv, och i vissa fall hade lidit skador, försöker rädda barnen.
Alvarado tillade att en av lärarna som skulle kunna gripas har en dotter som har drabbats av brännskador till 95 procent av sin kropp i branden.
"Den här flickan kunde nu se sin egen mor hamna i fängelse", sade han.
Branden började vid ett lager i staden Hermosillo den 5 juni 2009.
Lågorna spred sig snabbt över ett tak till den angränsande barnkammaren, där barnen fick sin eftermiddagssiesta.
Barnkammaren hade inget sprinklersystem eller några brandsläckare.
Röklarmet var bristfälligt och personalen var dåligt utbildad.
Offrens släktingar hävdar att tragedin kunde ha förhindrats om rätt säkerhetsåtgärder hade vidtagits.
De påpekar också att en plantskola inte borde ha inrymts i en byggnad i anslutning till ett förråd av däck och brännbara material.
De är arga över att medan dussintals tjänstemän ställdes inför rätta, har bara regeringstjänstemannen som utförde plantskolans sista säkerhetsinspektion tillbringat någon tid i fängelse.
Deras ilska förvärras ytterligare av en medierapport som publicerades förra året och som hävdar att branden i lagret kan ha orsakats avsiktligt för att göra sig av med komprometterande lokala myndighetsdokument som förvarats där.
I den officiella rapporten drogs slutsatsen att den hade utlösts av en kortslutning.
En domare i den nordvästra mexikanska staten Sonora har beordrat gripande av 22 personer i samband med en dödlig brand i en barnkammare 2009.