Från och med torsdagen kommer utbetalningarna för vissa förmåner att begränsas till de två första barnen i en familj.
Barnfattigdomsgruppen och Institute for Public Policy Research säger att vissa familjer kommer att bli nästan 3 000 pund per år sämre enligt de nya reglerna.
Ministrarna säger att de är fast beslutna att ta itu med de grundläggande orsakerna till nackdelarna och få arbete att löna sig.
Förändringarna påverkar familjer som kräver skatteavdrag och Universal Credit - som håller på att rullas ut och kommer att ersätta skatteavdrag helt och hållet fram till 2022.
De nya reglerna innebär att barn födda efter torsdagen den 6 april i familjer där det redan finns två eller flera barn inte längre kommer att räknas i bidragsutbetalningar till sina föräldrar, vare sig skatteavdrag eller Universal Credit.
Och från och med hösten 2018 kommer familjer som gör nya anspråk inom ramen för Universal Credit endast att få ersättning för sina två första barn, även om de är födda före torsdag.
Men barn som redan får Universal Credit eller skattekreditbetalningar kommer inte att förlora dem så länge deras familjs nuvarande anspråk fortsätter.
Och barnbidrag, som är separat, kommer inte att påverkas.
De senaste officiella siffrorna visar att 872000 familjer med fler än två barn krävde skatteavdrag 2014-15.
Och ett liknande antal familjer kommer sannolikt att förlora på grund av förändringarna, menar forskarna.
Under 2014-15 var två tredjedelar (65 %) arbetande familjer och 68 % hade inte mer än tre barn, säger forskarna.
På grundval av dessa siffror beräknar forskarna att när den nya politiken väl har genomförts fullt ut kan ytterligare 100 000 vuxna och 200 000 barn drabbas av fattigdom.
Bland de drabbade kommer familjer med mer än två barn som för närvarande inte är berättigade till förmåner men som kan behöva göra anspråk i framtiden på grund av oförutsedd redundans, sjukdom, separation eller död, varnar forskarna.
De föreslår också att politiken kan
– Det kan också leda till att kvinnor som blir gravida med ett tredje barn, till exempel genom preventivmedelsfel, får svårt att välja mellan att flytta in i fattigdom och att göra abort, tillägger de.
Forskarna kritiserar också en brist på publicitet om förändringen på den huvudsakliga Universal Credit-webbplatsen, särskilt om policyn var avsedd "att informera föräldrars val om att skaffa barn".
Barnfattigdomsgruppens verkställande direktör Alison Garnham kallade det en "särskilt fördärvlig nedskärning eftersom det tyder på att vissa barn betyder mer än andra".
"Det är också ologiskt eftersom ingen förälder har en kristallkula", tillade hon.
"Familjer som bekvämt kan stödja ett tredje barn idag kan kämpa i morgon och måste göra anspråk på Universal Credit eftersom, tyvärr, hälsa, jobb och relationer kan misslyckas.
"Förvisso bör barn inte få sina livschanser skadade på grund av det antal syskon de har."
En taleskvinna vid avdelningen för arbete och pensioner kallade den nuvarande bidragsstrukturen "ohållbar och inte rättvis för skattebetalaren och familjer som enbart försörjer sig genom arbete".
"Arbete är den bästa vägen ut ur fattigdom, vilket är anledningen till att våra välfärdsreformer är utformade för att stödja människor i sysselsättning", sade taleskvinnan.
Ändringar av bidragsregler som träder i kraft den här veckan skulle kunna få 200 000 fler barn att hamna i fattigdom, säger kampanjledare.