Fartyget tog skydd nära Mounts Bay efter en inledande räddning klockan 22:00 BST på söndag misslyckades på grund av dåliga väderförhållanden, sade kustbevakningen.
Männen flögs till Royal Cornwalls sjukhus.
Det panamanska registrerade fartyget Bochem Oslo hade den mycket frätande syran ombord av underhållsskäl. Ingen last fanns ombord.
Kommendörkapten Scott Armstrong, som flög en helikopter från RNAS Culdrose, sade att svallvågorna 32 kilometer utanför St Ives var ett problem.
"Vi uppskattade att det fanns en 40ft rörelse på fartyget, det var bara för mycket, det rörde sig för snabbt", sade han.
Det är underförstått att tankfartyget var på väg till Tyskland för att hämta last.
Tre män har fått brännskador av salpetersyra medan de är ombord på ett skepp utanför Cornwall.