Vädret kommer att förvärra torkan i vissa områden och samtidigt öka översvämningarna i andra områden.
Några av de värsta effekterna är sannolikt i Afrika, där livsmedelsbristen förväntas nå sin kulmen i februari.
Regioner som Västindien, Central- och Sydamerika kommer också att drabbas under de kommande sex månaderna.
Denna periodiska väderhändelse, som tenderar att driva upp globala temperaturer och störa vädermönster, har bidragit till att driva in 2015 i rekordböckerna som världens varmaste år.
"Genom vissa åtgärder har detta redan varit den starkaste El Nino på rekordet. Det beror på exakt hur man mäter det, säger Nick Klingaman från University of Reading.
"I många tropiska länder ser vi stora minskningar av nederbörden i storleksordningen 20-30 %. Indonesien har drabbats av en svår torka, den indiska monsunen var ungefär 15 % under det normala, och prognoserna för Brasilien och Australien är för minskade monsuner."
Eftersom både torkan och översvämningarna fortsätter är omfattningen av de potentiella effekterna oroande för biståndsorganen. Omkring 31 miljoner människor sägs stå inför livsmedelstrygghet i Afrika, en betydande ökning under det senaste året.
Ungefär en tredjedel av dessa människor bor i Etiopien där 10,2 miljoner beräknas behöva humanitärt bistånd 2016.
Kan Etiopien klara av torkan?
Sydafrika brottas med värsta torkan på 30 år
El Nino är en naturligt förekommande väderhändelse som ser de varma vattnen i centrala Stilla havet expandera österut mot Nord- och Sydamerika.
Det erkändes ursprungligen av fiskare utanför Sydamerikas kust på 1600-talet med uppkomsten av ovanligt varmt vatten i Stilla havet. El Nino översätts till "Lille pojke" eller "Kristus barn".
Fenomenet, som inträffar vartannat till vart sjunde år, når vanligtvis sin höjdpunkt sent på kalenderåret, även om effekterna kan kvarstå långt in i nästa vår och på upp till 12 månader.
El Nino är en del av det som kallas El Nino-Southern Oscillation (ENSO) cykel - den motsatta fasen av cykeln kallas La Nina. La Nina kallas ibland den kalla fasen och El Nino den varma fasen
Den nuvarande El Nino episoden är den starkaste händelsen sedan 1998 och förväntas vara bland de tre mest kraftfulla någonsin inspelade. Enligt WMO förväntas den högsta genomsnittliga vattenytan i tropiska Stilla havet under tre månader överstiga 2 °C över det normala.
Starkaste El Nino sedan 1950 på väg
Matt McGrath: "Höga effekter" från globalt starkare El Nino
Det brittiska ministeriet för internationell utveckling säger (DfID) att det ger akut stöd till 2,6 miljoner människor och 120.000 undernärda barn. Det säger att det kommer att ge 8 miljoner människor mat eller kontant stöd från januari 2016.
"Om vi misslyckas med att agera nu mot denna särskilt kraftfulla El Nino, vi kommer att misslyckas sårbara människor över hela världen," UK International Development Minister Nick Hurd sade i ett uttalande.
"Att garantera säkerheten för dem som drabbats av El Nino är viktigt för deras länder men också i Storbritanniens nationella intresse. Endast genom att skydda och stabilisera sårbara länder kan vi se till att människor inte tvingas lämna sina hem för att söka efter mat eller en ny försörjning."
Enligt FN har omkring 60 miljoner människor tvingats lämna sina hem på grund av konflikter.
Hjälporgan som Oxfam är oroliga för att effekterna av den fortsatta El Nino 2016 kommer att öka den befintliga stressen, såsom krigen i Syrien, Sydsudan och Jemen.
De säger att livsmedelsbristen sannolikt kommer att nå sin topp i södra Afrika i februari, då Malawi beräknar att nästan tre miljoner människor kommer att behöva humanitärt bistånd före mars.
Torka och nyckfulla regn har drabbat två miljoner människor i Guatemala, Honduras, El Salvador och Nicaragua. Fler översvämningar väntas i Centralamerika i januari.
"Miljontals människor på platser som Etiopien, Haiti och Papua Nya Guinea redan känner effekterna av torka och grödor misslyckande", sade Jane Cocking, från Oxfam.
– Vi behöver omgående hjälp till dessa områden för att se till att människor har tillräckligt med mat och vatten.
"Vi har inte råd att tillåta andra storskaliga nödsituationer att utvecklas på annat håll. Om världen väntar på att reagera på framväxande kriser i södra Afrika och Latinamerika, kommer vi inte att kunna hantera, sade hon.
Medan många delar av utvecklingsländerna mer direkt kommer att känna de pågående effekterna av El Nino, kommer den utvecklade världen att se effekter på livsmedelspriserna.
"Det tar lite tid för effekterna av El Nino att mata igenom till sociala och ekonomiska system", säger Dr Klingaman.
"Historiskt sett har livsmedelspriserna stigit med 5%-10% för stapelvaror. Grödor som kaffe och ris och kakao och socker tenderar att påverkas särskilt."
El Nino-evenemanget kommer sannolikt att ta slut på våren - men det kanske inte heller är goda nyheter.
El Ninos följs ofta av La Nina händelser, som kan ha motsatta men lika skadliga effekter. Forskare säger under en El Nino det finns en enorm överföring av värme från havet till atmosfären. Normalt, som i 1997/98, denna värmeöverföring tenderar att följas av en kylning av havet, en La Nina händelse,
"Det är möjligt men långt ifrån säkert att denna gång nästa år kan vi prata om motsatsen till många av dessa effekter", säger Dr Klingaman.
"På platser där vi ser torka från El Nino, kan vi se översvämningar från La Nina nästa år.
"Det är lika störande, det är bara tvärtom."
Följ Matt på Twitter @mattmcgrathbbc.
Den starkaste El Nino vädercykeln på rekord kommer sannolikt att öka hotet om hunger och sjukdom för miljontals människor 2016, hjälporgan säger.