Det japanska företaget postat en 9.9 miljarder yen ($97m; £57m) underskott för April-till-juni månader, jämfört med en 8,6 miljarder yen vinst för samma period ett år tidigare.
Försäljningen var 8% lägre, trots lanseringen av en Mario Kart spel i maj - en av sina mest populära franchise.
Företaget ändrade inte sin förutsägelse om en återgång till helårsvinst.
Det sjönk till en förlust under sitt senaste räkenskapsår.
Nintendo sade att det förväntade lanseringen av nyckeltitlar under de kommande månaderna för att öka efterfrågan innan den kritiska jul shopping säsongen.
Dessa inkluderar nya Super Smash Bros fightingspel för sina Wii U och 3DS-konsoler, samt actiontiteln Hyrule Warriors för vardagsrummet maskin och två Pokemon monster-samlande remakes för handdatorn.
Nintendo vann beröm för de innovativa titlar den visade upp på den senaste E3 videospel expo i Los Angeles, där det presenterade en ny öppen värld Legends of Zelda titel och paintball arena shooter Spotoon, båda ska släppas 2015.
Men en analytiker föreslog att releaserna skulle komma för sent.
"De har en relativt bra spel pipeline, men den stora frågan är om dess hårdvara," sade Ed Barton, en spel branschanalytiker på Ovum konsult.
"Wii U ligger så långt efter nu, och uppfattningen av publiken att det är en relativt underdriven konsol jämfört med PlayStation 4 och Xbox One är nu ganska fast cementerad.
"Med tanke på hur felaktiga några av Nintendos prognoser har gått in i sina resultat i termer av hårdvara och programvara försäljning i det förflutna, Jag är inte optimistisk."
Nintendo ursprungligen förutspådde att det skulle sälja nio miljoner Wii Us under sitt senaste räkenskapsår. I maj avslöjade den att den hade sålt endast omkring 2,7 miljoner enheter trots en prissänkning.
Ytterligare 510 000 Wii Us såldes under det senaste kvartalet, med den totala räkningen sedan lanseringen 2012 till 6,7 miljoner konsoler sålda.
Nintendo var inte värd för ett konferenssamtal efter resultat release, som det normalt gör, vilket innebär att analytiker inte kunde ställa frågor chefer om utvecklingen av tidigare aviserade planer för att upprätta en hälsoavdelning och släppa nya enheter för tillväxtmarknader.
Dess ordförande, Satoru Iwata, hade tidigare ställt in sina framträdanden på E3 och byråns årsstämma efter att läkarna funnit en "tillväxt" i gallgången, vilket krävde att han skulle opereras.
Han skrev ett brev i slutet av förra månaden där han sade att han hade återupptagit arbetet "genom e-post och på andra sätt" men att han ännu inte var redo att återgå till sitt ordinarie schema.
Dokument som publiceras online ger dock ett par andra insikter:
Nyheten släpptes efter stängningen av de japanska marknaderna, men Nintendo-aktierna på Frankfurtbörsen hade sjunkit cirka 6 % från öppningskursen i början av eftermiddagen.
Nintendo har rapporterat en större förlust under första kvartalet än förväntat, vilket får aktiekursen att falla.