40-åringen tog över 2012 och har guidat Leigh till mästerskapstiteln under vart och ett av de senaste två åren.
De vann bara ett spel i The Qualifiers 2015 som de missade på en plats i Super League.
"Det är med ett tungt hjärta jag har beslutat att avgå som tränare," sade Rowley i ett uttalande.
"Mina skäl för att lämna är personliga och jag kommer inte att kommentera ytterligare offentligt eller privat."
Paul Rowley har avgått som Leigh Centurions huvudtränare 10 dagar innan starten av 2016 års mästerskapssäsong.