Ofsted säger att den har funnit bevis för att barn undervisas under eländiga förhållanden på tre platser i Birmingham som nu har stängt.
Den som driver illegala skolor kan ställas inför en fängelseperiod på upp till 51 veckor.
Ministrarna samråder också om planer för mer reglering av undervisningsplatser för mer än 6 till 8 timmar i veckan.
Sir Michael Wilshaw, Chief Inspector of Schools in England, berättade för BBC denna vecka att hans inspektörer var synbart chockade av de förhållanden de fann.
Man har förstått att sammanlagt 18 oreglerade skolor, främst i muslimska samhällen i Midlands, har besökts som en del av en undersökning under de senaste månaderna.
Tre platser i Birmingham har stängts och ägarna utreds misstänkt för att ha drivit en olaglig skola.
Sir Michael sade att de fall som upptäcktes sannolikt skulle vara "toppen av isberget" och han var allvarligt oroad över att barn var i riskzonen för att bli misshandlade eller radikaliserade.
Varje plats där barn undervisas mer än 20 timmar i veckan måste registrera sig som skola.
Vissa platser som beskriver sig själva som deltidsskolor eller "flexiskolor" är verksamma inom lagen och ger stöd till hemutbildade barn.
Men Ofsted och ministrarna är oroade över att somliga utnyttjar den lagliga rätten till hemundervisning för att bedriva verksamhet som i själva verket är olagliga skolor.
I ett brev till utbildningssekreteraren på fredag föreslog sir Michael att tjänstemän hade varit långsamma med att vidta beslutsamma åtgärder på de tre platser som Ofsted hade stängt med hjälp av kommunen.
"Detta uppnåddes trots att era tjänstemän tillhandahöll, vad jag anser vara, förvirrande och ohjälpliga råd till ägarna att de nu kunde ansöka om att registrera sin tillhandahållande."
Regeringen har finansierat en grupp på sex inspektörer vars uppgift kommer att vara att utreda illegala skolor.
Medan de flesta av de platser som besöks av Ofsted hittills har varit i muslimska samhällen, inspektörer kan också vända sin uppmärksamhet till liknande oregistrerade undervisningscenter drivs av andra grupper.
"Det kommer att gälla över hela linjen, för alla religiösa grupper vare sig Muselman grupp, Judisk grupp, eller Kristna grupp som vill driva denna typ av åtgärder i osäkra bostäder, i ohygieniska och smutsiga boende.
"Det kommer att gälla alla religiösa grupper, Jag vill göra det helt klart," Sir Michael berättade BBC.
Utbildningssekreteraren har nu sagt att hon tänker gå längre.
"Jag har nu bett Ofsted att förbereda åtal mot oregistrerade skolor som den har identifierat. För ett barn att tillbringa en enda dag i en av dessa skolor är oacceptabelt. "
För att kunna väcka åtal mot en oregistrerad skola måste utbildningssekreteraren ge sitt samtycke.
Regeringens samråd om ytterligare reglering pågår till mitten av januari.
Utbildningsminister Nicky Morgan säger att alla som kör en illegal backstreet skola i England kommer att få böter eller fängelse.