Det skulle krävas fantasifulla tankar för att garantera att handeln mellan Nordirland och Irland inte påverkades, sade Ahern.
Men han trodde att tullkontroller var oundvikliga.
Ahern tillade att det nu inte var rätt tidpunkt för en gränsundersökning.
Han talade till BBC's Today Programme och sade: "Det måste finnas mycket mer samförstånd, det finns fortfarande ett splittrat samhälle, institutionerna är inte operativa.
"Den stora frågan, tror jag, för den irländska och den brittiska regeringen är på den andra sidan av den 8 juni är att försöka hjälpa mäklare en affär för att få institutionerna tillbaka igång och säkert att ha en gränsundersökning inom överskådlig framtid inte kommer att hjälpa den processen."
I mars berättade Ahern för BBC:s Newsnight-program att oliktänkande republikaner kan använda återinförandet av gränsstationer i Nordirland för att rättfärdiga sin våldskampanj.
Han sade att en hård gräns för tullkontroller måste återinföras på grund av Förenade kungarikets beslut att lämna större delen av tullunionen under Brexit.
Ahern jämförde med IRA:s så kallade gränskampanj på 1950-talet.
Men han sade att han inte förväntade sig en återgång till storskaligt våld.
Den brittiska regeringen har lovat att se till att det inte kommer att bli någon återgång till den "hårda gränsen" från det förflutna.
Tidigare premiärminister Bertie Ahern har varnat för att det inte finns någon enkel lösning på den irländska gränsfrågan innan Storbritannien lämnar EU.