Craig Peacock sköt värdarna i en nionde minut ledning men Manchester slog tillbaka tre minuter senare tack vare Vinny Scarsella s utbrytning mål.
Stormen rörde sig i främre sex sekunder innan slutet av den andra perioden med Luke Salazar avsluta ett utmärkt drag.
Ett korthänt tomt nettomål från Matthew Davies i sista minuten förseglade segern.
Belfast Giants led ett 3-1 nederlag av Manchester Storm i söndagens Elite League sammandrabbning på SSE Arena.