Den tidigare dubbel världsmästare, 23, missade 2014 Samväldesspelen på grund av återkommande problem i hennes vänstra knä.
Hon opererades också på ett långvarigt axelproblem men Sutton sa att knäskadan fortfarande var en anledning till oro.
"Becky har haft några bakslag under den senaste veckan eller så", sade han.
"Vi såg ut att få tillbaka henne på våren men det har varit en eller två små komplikationer.
"Jag har ingen detaljerad rapport. Det hålls mellan läkarna, läkarteamet och hennes rehab-team.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"De gör ett bra jobb och hon får bästa möjliga behandling."
James förvärrade knäskadan när hon återvände till träningen efter en viloperiod efter ett mindre medicinskt ingrepp.
Den Abergavenny-födde spårcyklisten vann silver och brons för Wales vid Samväldesspelen 2010, men kom till internationell bemärkthet vid 2013 Track World Championships.
Hon vann guld i keirin och sprint och plockade också upp bronsmedaljer i laget sprint och 500m tid rättegång i Minsk.
James missade OS i London 2012 efter en säsong förstörd av skador och sjukdom, men Australian Sutton har ingen tvekan om att framgång i Rio 2016 fortfarande är realistisk.
"Jag är helt säker på att vi kommer att få henne rätt för Rio," Sutton tillade.
"En till fyra eller fem veckor kommer verkligen inte att spela någon roll. Hon har förlorat mycket tid men ge oss 12 månader och en ren hälsa, då Becky kommer att slå dem i Rio.
"Vi pratar om en tjej som är en av de bästa på världsscenen.
"Om någon kommer att överleva detta och klara sig mentalt, kommer det att vara Becky."
Becky James har drabbats av ett bakslag i hennes tillfrisknande från en allvarlig knäskada, säger den brittiske cykelchefen Shane Sutton.