24-åringen från Runcorn blev Storbritanniens första mästare i evenemangets 17-åriga historia 2016.
Efter att ha vunnit guld i säsongen öppnare i Schweiz tidigare i april, slutade hon bakom 18-årige Janja Garnbret i Chongqing, Kina.
Coxsey leder fortfarande Sloveniens Garnbret i den övergripande rankingen, med ytterligare fem evenemang som ska äga rum före augusti.
Japans Akiyo Noguchi, 27, plockade upp brons med tredje plats.
"Det var en het och svettig final", skrev Coxsey på Twitter. "Jag är mycket glad att avsluta på andra plats. Stort grattis till Janja!"
Sportklättring - som inkluderar bouldering - är en av fem nya sporter som bekräftats för 2020 Tokyo Olympics.
Detta innehåll fungerar inte på din enhet, kontrollera Javascript och cookies är aktiverade eller uppdatera din webbläsare
WATCH: Hur Shauna Coxsey blev Storbritanniens första stenhårda världsmästare
Shauna Coxsey tog silver i årets andra VM-event då hon fortsatte sitt titelförsvar.