Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Den olympiska silvermedaljören anklagade organisationen av "ageism" och hade "noll respekt" för hennes välfärd.
Hon är den senaste cyklisten med hög profil efter att Jess Varnish, Nicole Cooke och Emma Pooley kritiserade världsklassprogrammet.
Houvenaghel berättade för BBC att hon kände sig "förrättad" av ett läckt utkast till rapport som beskriver British Cyclings misslyckanden.
I rapporten stod det att British Cycling "sanitiserade" sin egen undersökning av påståenden som tidigare teknisk direktör Shane Sutton använde sexistiskt språk mot Varnish, som offentliggjordes i april förra året om hennes behandling.
Brittiska Cycling medgav senare att det inte gav "tillräcklig omsorg och uppmärksamhet" till välbefinnande för personal och idrottare på bekostnad av vinnande medaljer, en strategi Houvenaghel intygas i sin BBC-intervju.
Både Sutton och föregångaren Sir Dave Brailsford har nu lämnat British Cycling.
Houvenaghel, 42, talade till BBC Sport under sin State of Sport vecka, som på torsdag undersöker frågan om idrottare välfärd kontra en win-at-all-pris kultur.
En regeringskommissionerad översyn, ledd av 11-tiden paralympisk mästare baronessan Grey-Thompson, i säkerhet och välbefinnande i brittisk idrott, kommer att publiceras snart.
Den förväntas rekommendera betydande reformer som syftar till att förbättra det sätt på vilket idrottare behandlas av styrande organ.
Houvenaghel hävdade:
British Cycling sade att det "har erkänt och tar mycket allvarligt på tidigare kulturella och styrande brister i världsklassprogrammet".
Kommissionen har godkänt förslaget till rapport och har redan infört en handlingsplan på 39 punkter för att "systematiskt ta itu med de kulturella och beteendemässiga bristerna".
Uttalandet tillade: "Vår nya ordförande Jonathan Browning har bett om ursäkt för fall där vi har misslyckats i vårt engagemang för idrottare välfärd och har erbjudit sig att träffa alla som kan hjälpa till att förbättra British Cycling."
Vem mer har sagt nåt?
Houvenaghel vann silver i den individuella jakten på OS i Peking 2008, och guld i VM lag jakt 2008, 2009 och 2011.
Hon gick i pension 2014, 39 år, efter att ha dragit sig ur Samväldesspelen i Glasgow med en ryggskada.
Houvenaghel var kritisk mot både Sutton och hennes lagkamrater i efterdyningarna av OS i London 2012, där hon utelämnades från alla tre lagjakter som Dani King, Laura Trott och Joanna Rowsell-Shand vann guld i en världsrekordtid.
På tal om BBC Sport denna vecka, den nordirländska ryttaren sade att upplevelsen var "mycket traumatisk" och hon kände "tortyr" på att ha "ingen förklaring" för hennes sista minuten utelämnande.
Vid den tiden försvarade Brailsford, dåvarande verksamhetsledare, urvalet och sade att de var tvungna att "ta ut det personliga elementet ur det, och titta på uppgifterna och vara professionella".
Han tillade: "Jag tror att när ett lag kliver upp och gör sex världsrekord på traven och en guldmedalj, då tror jag inte att man kan argumentera med det."
British Cycling upprepade denna punkt på torsdag, tillägger att det var "stolt att stödja Wendy i vad som var en underbart framgångsrik cykelkarriär" och hon var "en del av en banbrytande generation ryttare som satte nya standarder för excellens", men tappades i London 2012 "baserat på hennes prestation".
Andra elitcyklister, däribland King och Roswell-Shand, har lovordat ledarskapet vid British Cycling.
Frågade om hon helt enkelt inte var tillräckligt bra för 2012 års lag svarade Houvenaghel: "Det handlade definitivt inte om prestation. Jag tror inte att det snabbaste laget på dagen tilläts tävla.
"Det finns vissa utvalda ryttare i laget som inte kommer att ha upplevt kulturen av rädsla och inte kommer att ha varit på mottagande slutet av det - mobbning, trakasserier, frysas bort från möjligheter.
"Det var hemskt - det var inte den träningsmiljö jag förväntade mig. Det fanns inget val. Om du rockade båten, var du ute. Det fanns inget alternativ.
"Medals till varje pris, det är så det var när jag var där, definitivt under 2012."
Houvenaghel sade att hon också bevittnade den sexism som har lyfts fram av andra kvinnliga ryttare, och även hävdar att hon diskriminerades på grund av sin ålder.
"Jag kan verkligen relatera till mobbning", sade hon. "För mig personligen kände jag att det var mer ålderstänkande - att vara lite äldre än mina lagkamrater, det verkade inte vara något som personalen nödvändigtvis ville för vårt team 2012.
"De brydde sig inte om vad som hände mig efteråt. Jag har aldrig hört nåt mer från dem.
"Efter sex år av konstant medaljering vid VM, VM, medborgare, både på banan och på vägen, de kastade mig på ett mycket ovärdigt sätt från laget, vilket jag inte tycker var rätt."
Fjorton-tid Paralympisk guldmedaljör Dame Sarah Storey berättade BBC Sport att elit nivå sport i Storbritannien är "skära" men det finns "inga ursäkter för att korsa den linjen" till mobbning.
Den 39-årige frågade om balansen mellan seger och idrottsmannavälfärd och svarade: "Det är en riktigt svår fråga eftersom man måste vara människa, man måste tillåta människor att göra misstag. Men valutan är rasvinster, valutan är guldmedaljer.
"Det är inte en ursäkt men du måste ha en tjock hud i sport, du måste kunna ta det tuffa med den släta på grund av den racing som du går igenom.
"Men det finns inga ursäkter för att korsa den gränsen, och om dessa linjer har korsats kommer de att upptäckas och de kommer att hanteras."
En "medalj till varje pris" metod skapade en "kultur av rädsla" på British Cycling, säger före detta ryttare Wendy Houvenaghel.