Det följer på gripandet av en före detta ombudsmannautredare för en påstådd stöld av känsliga säkerhetsdokument.
Det är underförstått att dokumenten innehöll information som polisen och säkerhetstjänsten MI5 tror kan sätta livet på individer i fara.
PFNI sade att det var en "förbluffande och mycket oroande situation".
En 69-årig man greps i Dartford i Kent på söndagen efter detektiver från PSNI:s avdelning för grov brottslighet gjorde en gemensam sökning med lokalpolisen.
Man har förstått att han gick i pension från ombudsmannens kansli för ett antal år sedan och att handlingarna inte hänvisar till något fall som för närvarande undersöks av ombudsmannen.
Mark Lindsay, ordförande i förbundet, sa att det måste finnas ett element av rättvisa för poliser som är under utredning.
"De behöver samma skydd som en normal medlem av samhället skulle ha och som inte existerar för tillfället med ombudsmannens kontor", berättade han BBC: s Good Morning Ulster program.
"Det finns en verklig roll för polisombudsmannens kontor, men det kontoret måste hålla polisens förtroende."
Polisen har inlett en brottsutredning i frågan och har också avbrutit frisläppandet av ytterligare känsligt material till ombudsmannens kontor tills en översyn av säkerhetsprotokollen har genomförts.
Ulster Unionist parlamentsledamot Tom Elliott sa att ombudsmannens kontor hade allvarliga frågor att svara på.
"När det finns påstådda fel, PSNI bör kallas in i ett tidigare skede för att undersöka dessa frågor så att de kan undersökas självständigt," Mr Elliott berättade för BBC.
"Det finns ett misslyckande och en lucka där som måste lösas."
I ett uttalande till BBC bekräftade en talesman för ombudsmannen att han larmades av polisen förra veckan om stöld av känsligt material från kontoret.
Polisombudsmannens kontor sa att det förväntades att detta avbrytande av fördelningen av känsligt material "kommer att vara tillfälligt".
Nordirlands polisförbund (PFNI) har efterlyst en "fullständig undersökning" av polisombudsmannens verksamhet.