Euro 2016 vinnare Portugal kommer nu att möta Chile under de senaste fyra på onsdag (19:00 BST).
Australien gick vidare genom ytter James Troisi, innan ersätta Martin Rodriguez jämnas från nära håll.
Världsmästare Tyskland flyttade över Chile med en 3-1 seger över Kamerun och kommer att spela Mexiko på torsdag (19:00).
RB Leipzig framåt Timo Werner gjorde mål två gånger, med Hoffenheim mittfälter Kerem Demirbay också på mål för den experimentella tyska truppen tävlar i Ryssland.
Porto framåt Vincent Aboubakar netted för Kamerun, som avslutade botten av gruppen, med en dragning från deras match mot Australien deras enda punkt.
Grupp A:
Försäkringstekniska avsättningar – försäkringstekniska avsättningar beräknade som helhet – försäkringstekniska avsättningar beräknade som helhet netto (efter återförsäkring/specialföretag) – Bästa skattning och försäkringstekniska avsättningar beräknade som helhet (efter återförsäkring/specialföretag) – Bästa skattning och försäkringstekniska avsättningar beräknade som helhet (efter återförsäkring/specialföretag)
Chile kvalificerade sig bakom Tyskland från grupp B för att nå Confederations Cup semifinal efter att ha dragit 1-1 med Australien i sitt sista gruppspel.