Rapporter på onsdag föreslog att mer än en leguan faktiskt filmades, med scener sedan syddes ihop.
Men BBC har sagt att bara ett djur jagades av ormarna - med andra leguaner bara filmade för närbilder.
Scenen blev snabbt viral när den sändes förra året och senare vann en Bafta för måste-se ögonblick.
Iguanakläckningen, som filmades i Galapagos, kom så småningom undan - mycket till tittarnas lättnad.
The Daily Mail hävdade att episoden var broderad i en "fakery rad" efter producenten Elizabeth White berättade Media Production Show: "Det var inte samma leguana, nej, och ofta måste vi utöka det med andra klipp.
"Olyckligtvis är ödlor, ormar och leguaner inte bra på "tag".
Men BBC försvarade Sir David Attenborough-fronted-programmet, med en taleskvinna som säger: "BBC motbevisar starkt varje antydan om att den prisbelönta leguana v ormar sekvensen var "falskad".
"Den sista leguanjakten där en leguan undkommer ormarna var - ovanligt för naturlig historia filmning - skott med hjälp av två kameror, så att vi kan följa både enskilda leguan och ormarnas synvinkel.
"Det som fångades på fältet var ett ovanligt djurbeteende som aldrig tidigare setts eller filmats."
Hon tillade: "Som vanligt i naturhistorisk filmtillverkning filmades pick-up-bilder separat - till exempel närbilder av leguanögon - för att göra historien om sekvensen så tydlig som möjligt för publiken.
"Detta är helt i linje med normerna för naturhistoria film-making - och absolut i linje med BBC: s redaktionella politiska riktlinjer, och var en sann representation av djurens beteende."
Andra BBC naturdokumentärer har tidigare anklagats för att fejka bilder. Frozen Planet, även framförd av Sir David, visade bilder på nyfödda isbjörnungar i ett hål med sin mor 2011 - men det filmades i en djurpark, snarare än i vilt tillstånd.
BBC förnekade vilseledande tittare, med Sir David säger att det skulle ha förstört atmosfären att påpeka var inspelningen hade ägt rum och tillägger: "Det är inte en lögn och vi håller det inte hemligt heller".
Sen filmades Blue Planet i en hummertank, men BBC sa att det var för att skydda miljön.
Följ oss på Facebook, på Twitter @BBCNewsEnts, eller på Instagram på bbcnewsents. Om du har en berättelse förslag e-post underhållning.news@bbc.co.uk.
BBC har förnekat påståenden prisbelönta serien Planet Earth II fejkade en nagelbitande scen visar en baby leguana som jagas av racer ormar.