Regeringen sade att den nu har vänt tillbaka 633 asylsökande som försökte nå Australien med båt.
I juli upptäcktes en liten träbåt, det första "olagliga" fartyget in i Australien sedan juni 2014, utanför nordvästra kusten.
Det sågs inte igen och regeringen vägrade att säga var det var.
Regeringen vägrar vanligtvis att kommentera båtturn-backs men invandringsminister Peter Dutton på torsdag berättade lokala medier: "Det fanns 46 personer på en nyligen satsning som kom från Vietnam; vi har förhandlat om deras återkomst till Vietnam."
"Den båt som de kom på har skurits och vi har kunnat stirra ner den satsningen", sade han, tillade att regeringens politik var att inte tillåta människor som anländer "illeligen" med båt att bosätta sig i Australien.
Australien har skickat migrantbåtar tillbaka dit de kom från sedan december 2013.
Flyktinghjälpsgruppen VOICE sade att tre av de vietnamesiska flyktingarna nu befann sig i polisens förvar i Vietnam.
Talesman Trug Doan berättade för Australian Broadcasting Corp att de hölls "på obestämd tid för förhör".
De gröna har sagt att bakslag är ett brott mot FN:s flyktingkonvention.
De gröna senator Sarah Hanson-Young sade förra månaden att det skulle vara att återförvisa den vietnamesiska gruppen till Vietnam - utvisning av personer som har rätt att ansöka om flyktingstatus.
Australien har bekräftat att det skickade 46 asylsökande tillbaka till Vietnam efter att ha fångat sin båt utanför västra Australiens kust förra månaden.