På lördagen blev James Brokenshire den första utrikesministern som deltog i en gaelisk fotbollsmatch i Nordirland.
Man förstår att han var i arenans kontrollrum när hymnen spelades.
Nordirlands kontor sade att han deltog "i en anda av vänskap".
Men parlamentsledamoten från länet Armagh Labour sade att Brokenshire hade "knäppt" hymnen.
"Jag tycker att det är ett ganska regressivt steg," Conor McGinn berättade BBC: s Good Morning Ulster program.
"Jag är förvirrad och förlöjligad av det och jag har bett honom att klargöra varför han gjorde det."
Mr McGinn sade att han förstod Mr Brokenshire arrangerade det så "han skulle inte vara närvarande för att ta sin plats" när hymnen spelades före McKenna Cup finalen.
"För fyra år sedan besökte Hennes Majestät Drottningen Dublin och Croke Park, vi har sedan dess haft ett ömsesidigt besök från den irländska presidenten där båda hymnen spelades med ömsesidig respekt, besöktes av taoiseach (irländska premiärministern), premiärministern, andra ministrar.
"Så vad jag vill ta reda på är: Är detta en ändring av protokollet och varför Mr Brokenshire inte följde de normala artigheterna och protokollen kring spelandet av nationalsången?"
Under 2012, då första minister och DUP ledare Peter Robinson deltog i McKenna Cup finalen, sin första GAA match.
Robinson satte sig också precis innan matchen började efter att hymnen spelades.
År 2011 blev idrottsminister Carál Ní Chuilín den första seniora Sinn Féin-medlemmen som deltog i en internationell fotbollsmatch i Nordirland. Hon tog inte heller sin plats förrän efter God Save the Queen spelades.
McGinn sade att han var "inte naiv" när det gäller unionistiska eller nationalistiska politikers känslor, men att Brokenshire är en "brittisk regeringsminister".
"James Brokenshire bör vara där som utrikesminister för Nordirland, medborgerlig i (fredag)avtalet och någon som står över striden, på sätt och vis.
"Han bör iaktta tillbörlig respekt och protokoll för den irländska nationalsången, på det sätt som jag förväntar mig att den irländska utrikesministern följer protokollen från den brittiska nationalsången."
En talesman för Nordirlands kontor (NIO) sade att Brokenshire var "glad" att delta i matchen och han "gjorde det i en anda av vänskap".
"Lördag kväll handlade om idrott, inte politik", tillade talespersonen.
På tal om matchen på lördagen sa Mr Brokenshire att han hade fått ett "absolut otroligt" välkomnande.
Ministern har kritiserats efter det att han fått sin plats i ett GAA-spel efter det att den irländska nationalsången spelats.