Chefen för Queen's, Prof Patrick Johnston, berättade BBC: s Inside Business-program en höjning av studieavgifter, eller en återgång till offentliga medel, krävdes för att överbrygga en 100m gap.
"Vi har några mycket kritiska beslut som ett samhälle att ta mycket, mycket snabbt, eftersom vi redan har problem", sade han.
"Vi tar in bolagsskatt 2018, vi faktiskt idag inte har de utexaminerade för att fylla dessa jobb.
"Vi måste antingen komma med ett antal lösningar, varav en kan vara den offentliga plånboken börjar finansiera hela den investering i högre utbildning som behövs, antingen avgifter eller så måste vi återgå till offentlig finansiering."
Inside Business är på BBC Radio Ulster och Radio Foyle på 13:30 BST på söndag.
Vice rektorerna vid Queen's University och Ulster University har sagt att allvarliga beslut måste fattas om den framtida finansieringen av högre utbildning i Nordirland.