TrueTube, en utbildningsplattform, har utsetts till utmanare för tre priser totalt, inklusive bästa drama och sekundärt lärande.
Hemsk historia fick också tre nomineringar, allt för sin speciella episod som firade 400-årsjubileet av Shakespeares död.
Priserna kommer att hållas på Roundhouse i London den 20 november.
TrueTubes framgång "visar förändringen i hur unga tittare konsumerar media", sade Bafta.
Webbplatsens drama nominering är för Flykting, en 12-minuters film efter en brittisk flicka och hennes familj som har flytt sitt hem, medan Katie, om en homosexuell, katolsk sjuksköterska på en barnavdelning, är upp för lärande priset.
TrueTube, den äldre utbildningsproducenten Bob Ayres, sade: " Vi är över månen. Vi är en liten välgörenhetsfinansierad online-kanal och att bli nominerade tillsammans med sådana jättar känns som en attack av svindel.
"Vi är mycket, mycket stolta över de filmer vi gör för unga människor och skolor har fått ett sådant erkännande, och oerhört glada att de nu kommer att nå en bredare publik."
Shakespeare-specialen från den ohyggligt underhållande skräckhistorierna är upplagd för komedi och skrivande troféer och skådespelaren Tom Stourton kommer att tävla om den bästa artisten äran för att spela rollen som Bard.
På andra håll fick ett antal program två nomineringar. Cartoon Network är The Amazing World of Gumball är upp för animation och författare utmärkelser.
CBBC's Hetty Feather och The Dog Ate mitt hemarbete är bland de andra dubbel nominerade.
De årliga Bafta Children's Awards känner också igen filmer som har varit på allmän release i brittiska biografer.  I år har akademin valt Zootropolis, The Good Dinosaur, The Jungle Book och Star Wars: The Force Awakens för sitt filmpris.
Star Wars är också i gång för två andra utmärkelser - bästa spelet för Lego Star Wars: The Force Awakens och anpassade interaktiva priset för Star Wars Arcade.
Den fullständiga listan över kategorier och nominerade finns på Baftas webbplats, där omröstningen avslutas den 18 november.
Följ oss på Twitter @BBCNewsEnts, på Instagram, eller om du har ett storyförslag e-postunderhållning.news@bbc.co.uk.
Bafta Children's Awards har för första gången nominerat en online-tjänst för årets kanal.