Duffys dokument stöder också uppmaningar om att All-Ireland Senior Football and Hurling Finals ska flyttas framåt två veckor som en del av en kalender översyn.
Monaghan man också anser att intercounty mindre grad bör ändras från U18 till U17.
Duffy säger också att klubbmästerskapet ska spelas under kalenderåret.
För närvarande äger All-Ireland Club Championship serien rum på våren med seniorhurling och fotbollsfinaler iscensatt på Croke Park på St Patricks dag.
I generaldirektörens diskussionsunderlag påpekas att åtta tidigare officiella rapporter sedan 2004 har försökt ta itu med de dubbla frågorna om spelares utbrändhet och bristen på vanliga klubbspel på grund av överbelastning av fixturen.
– Att vi inte har gjort tillräckliga framsteg tidigare beror på en kombination av faktorer - särskilt ett misslyckande med att genomföra beslut som fattats, säger Duffy.
"Om vi bryr oss om våra spelares välfärd, som vi påstår att vi gör.... då kan vi inte bara tala om att ta itu med dessa frågor. Det är dags att vidta beslutsamma åtgärder."
Duffy tror att avskaffandet av den inter-county U21 Football mästerskap, vann i år av Tyrone, skulle bidra till att lätta kraven på tredje nivån spelare under en period när National Football League också äger rum.
Generaldirektören säger att fotbollsserien U21 ska upphöra efter 2017 års tävling.
Diskussionspapperet kräver också att extratid spelas i alla provinsiella och All-Ireland mästerskap och för avskaffandet av både All-Ireland Junior Football och All-Ireland Intermediate Hurling mästerskap.
Att gå framåt både All-Ireland Senior Hurling och Fotboll finalen två veckor skulle se den förra spelas på den tredje söndagen i augusti och den senare äger rum den första söndagen i september.
Andra förslag inkluderar en ökning av antalet tvåkodshelger under National Leagues och avslutandet av division 1 Football League semifinaler från 2017.
Duffy tillägger:"Ska vi träna det vi predikar genom att ta våra unga elitspelares välfärd på allvar och genom att förse de allra flesta av våra spelare med ett rättvist och regelbundet schema över fixturer?
– Bevisen för att vi misslyckas på båda punkterna är obestridliga, så låt oss inte smita från vårt ansvar genom att låtsas att dessa problem inte existerar.
"Vi har nått ett stadium i våra tävlingars strukturer där något måste ge.
"Jag anser att tradition och företräde är otillräckliga argument för att stå emot förändringar inför den utmaning som våra värderingar innebär genom frågorna om spelarnas välfärd och förnekandet av rättvis konkurrensverksamhet för majoriteten av våra spelare.
"Vi bör vara fullt medvetna om att GAA kommer att fortsätta att förlora klubbspelare som inte erbjuds en regelbunden, planerad och sammanhängande uppsättning av konkurrenskraftiga matcher."
GAA:s generaldirektör Paraic Duffy har efterlyst avskaffandet av fotbollsmästerskapet U21 i en diskussion om utbränd spelare.