Byrån för kärnkraftsförordningen (ONR) har också varnat för att Devonport i Plymouth kan behöva förbättrad övervakning fram till 2020 om inte förbättringar görs.
Särskilda åtgärder, inklusive månatliga inspektioner, förutsågs pågå i två år när de infördes första gången 2013.
Babcock, som utför omplaceringen för försvarsministeriet, sade säkerhet var dess "högsta prioritet".
ONR sade att dess "ökade regulatoriska uppmärksamhet" innebar en gång i månaden inspektioner av HMNB Devonport hade "mer ansträngning och lednings uppmärksamhet".
Dess senaste årsrapport skyller säkerhetsproblem på "åldrande anläggningar" och "ökade krav" samt "utsträckta resurser" för en oplanerad tankning av HMS Vanguard senare i år.
I december förra året varnades Babcock för rättsliga åtgärder efter att en arbetare fått en dos strålning bland en rad säkerhetsöverträdelser.
ONR - NYCKELRAPPORTSPUNKTER PÅ DEVONPORTDOKYARD
När Devonport först placerades under särskilda åtgärder i 2013, ONR sade basen var "förväntas få ökad lagstiftning uppmärksamhet i cirka två år, eftersom vi förväntar oss att de frågor som ska lösas under den tiden".
Det lades till med "fortsatt engagemang under de kommande tre till fem åren", Devonport "har potential att flytta till en rutinmässig uppmärksamhet position".
Peter Burt vid kärninformationstjänsten sade: " De förbättringar av kärnsäkerheten som krävs i Devonport har inte slutförts inom den förväntade tvåårsperioden, och vi kommer tydligen att behöva vänta flera år till innan situationen förbättras.
"Babcock är helt klart oförmögen att leverera de förbättringar det betalas för att slutföra. Det är dags för MoD att annullera det nuvarande managementkontraktet för varvet och få platsen under kontroll av en ny kompetent ledningsgrupp."
Källa: MoD
Babcock sade i ett uttalande: " Den fortsatta säkerheten i vår verksamhet i Devonport förblir högsta prioritet.
"Vi har tagit fram ett omfattande långsiktigt program för att förbättra säkerheten för att ta itu med de punkter som ONR har tagit upp. Detta arbete går framåt för att planera och har tillsynsmyndigheternas fulla synlighet."
Försvarsministeriet sade: "Säkerhet vid HM Naval Base Devonport, liksom vid alla försvarsministeriets anläggningar, är av största vikt.
"Modelldokumentet stöder Babcocks åtagande att ta itu med de frågor som tas upp i rapporten, och vi fortsätter att arbeta tillsammans för att leverera de nödvändiga investeringarna i Devonport, vilket omfattar ett områdesomfattande kärnsäkerhetsprogram med fortsatt engagemang under de kommande åren."
Förenade kungarikets kärnvapenubåts återhämtningsbas kommer att förbli i särskilda åtgärder bland säkerhetsproblemen.