Fem oberoende kommissionsledamöter kommer att ge rekommendationer för att hantera våld mot landets inhemska kvinnor.
Inhemsk minister Carolyn Bennett tillkännagav undersökningen vid en känslomässig ceremoni i Gatineau i Quebec.
Undersökningen kommer att pågå i minst två år och kosta upp till 53,8 miljoner pund.
Även om den federala regeringen har lanserat kommissionen, har varje provins gått med på att tillåta kommissionsledamöterna att titta på alla jurisdiktioner, inklusive om lokala brottsbekämpning eller regeringar spelade en roll.
Kommissionen kommer också att ha befogenhet att kalla vittnen att vittna.
Utredningen förväntas fokusera på de systemiska orsakerna till våld mot inhemska kvinnor samt rekommendationer om förebyggande.
En FN-rapport 2015 avslöjade att unga inhemska kvinnor i Kanada var fem gånger mer benägna att dö under våldsamma omständigheter än icke-ursprungliga kvinnor.
Offrets familjer har hävdat att polisen inte undersöker försvunna inhemska kvinnor med samma granskning i fall där vita kvinnor är inblandade.
De fem kommissionärerna är Marion Buller, British Columbias första kvinnliga domare i Första Nations; Michele Audette, tidigare ordförande i Native Women's Association of Canada; Qajaq Robinson, en Nunavut-född advokat som fokuserar på aboriginalrätt; Marilyn Poitras, professor i juridik vid University of Saskatchewan; och Brian Eyolfson, en första Nations advokat som tjänstgjorde i Human Rights Tribunal of Ontario.
Utredningen inleds i september och pågår till och med den 31 december 2018.
BBC reporter Joanna Jolly gick på spåret efter de mördade och saknade för att ta reda på varför så många av Winnipegs Aboriginal kvinnor och flickor har dödats. Läs hela artikeln
Kanada har inlett en utredning om försvunna och mördade inhemska kvinnor som kommer att kosta nästan 14 miljoner kronor (8 miljoner pund) mer än väntat.