Ross Thomson och Graham Simpson fyllde i en stor röstsedel utanför Holyrood för att understryka sitt stöd för kampanjen Voice Leave.
Fellow Tory MSP Margaret Mitchell stöder också Brexit, men partiledaren Ruth Davidson är för att stanna kvar i.
Samtidigt betonade den skotska kampanjen hur mycket forskningsfinansiering universiteten får från EU.
Kampanjer utanför det skotska parlamentet vid sidan av den skotska rösten Ledig direktör och före detta labourledamoten Tom Harris betonade de två nyvalda landstrategidokumenten sitt stöd för Brexit.
Thomas Thomson sade att "Europa går i en riktning som Storbritannien inte kan följa med i utvecklingen mot ytterligare centralisering".
Han sade: "Jag tror att om vi hade ett Europa där det fanns en verklig reform och återigen fokuserade på våra handelsförbindelser, så var det något jag kunde ha stött. Men jag anser bara att färdriktningen i EU just nu handlar om ytterligare politisk centralisering, ytterligare politisk union.
"Jag har alltid varit ganska EU-skeptisk, men när premiärministern sa att han skulle ha en folkomröstning och få ett bättre avtal var det något jag verkligen var angelägen om, och i rättvisans namn gjorde han en herkuleisk insats.
"Men jag är orolig att det inte blir någon fördragsändring. Jag är orolig att statschefer är tillfälliga - om den tyska kanslern förlorar ett val eller inte återlämnas, och samma sak med de andra statscheferna, att förhandlingar vi har uppnått är inte långsiktigt."
Den skotske konservativa ledaren Ruth Davidson har uttryckt sitt stöd för att Storbritannien ska stanna kvar i EU, men Thomas Thomson sade att hon var "verkligen avslappnad" över att hennes fysiska planerings- och utvecklingsprogram har motsatt uppfattning.
Han tillade: "Hon sade: "Jag har fattat ett personligt beslut baserat på min erfarenhet - jag vill stanna kvar men jag respekterar att du och andra kommer att fatta sitt eget personliga beslut."
"Ruth är verkligen avslappnad, säger att vi kommer att ha en vuxen, vuxen debatt om fakta och våra visioner för framtiden, och jag ser fram emot att engagera sig i det ordentligt."
Samtidigt har kampanjen Skottland Starkare i Europa lyft fram EU:s bidrag till finansieringen av universitetsforskningen.
I tidningen Herald skrev Glasgow University rektorn professor Anton Muscatelli att det fanns "ojämlikt" bevis för att "universiteten i Skottland och Storbritannien drar stor nytta av vårt EU-medlemskap".
Han sade: "Skottlands universitet får 88,8 miljoner pund per år från EU:s källor, vilket är cirka 13 procent av vår totala forskningsfinansiering.
"Detta inkluderar forskning för att bekämpa malaria, rymdforskning och livsviktig medicinsk forskning som gynnar oss alla."
Dundee University rektorn Prof Pete Downes har också varnat för en inverkan på finansieringen från Brexit, säger att universitet skulle "försvann" genom en omröstning för att lämna EU.
Skottland Stronger i Europa talesman John Edward sade: "Att vara i EU är helt klart grundläggande för alleuropeiska akademiska samarbeten och framgången för Skottlands universitet, vilket i sin tur bidrar till arbetstillfällen och investeringar."
Två nya konservativa fysisk planeringsorganisationer har anslutit sig till kampanjen för att Storbritannien ska lämna Europeiska unionen.