Förra veckan avbröt Seoul sin verksamhet i Kaesong efter de senaste raket- och kärnvapenproven för att stänga av penningmängden.
Nord har kallat avstängningen "en krigsförklaring".
Kaesong var en av de sista samarbetspunkterna mellan de två Korealänderna.
Nordländerna reagerade på stängningen genom att utesluta alla sydkoreaner från komplexet och frysa de sydkoreanska företagens tillgångar. Den har också lovat att skära av viktiga kommunikationsjourer med södern.
Den privatägda tillverkningszonen såg tusentals nordkoreaner arbeta för sydkoreanska företag, tillverka kläder, textilier, bildelar och halvledare.
På söndagen sade Söderns enandeministerium i ett uttalande att lönerna i amerikanska dollar hade betalats till regeringen i stället för direkt till arbetarna.
"Varje utländsk valuta som intjänas i Nordkorea överförs till Arbetarpartiet, där pengarna används för att utveckla kärnvapen eller missiler, eller för att köpa lyxvaror", sade Hong Yong-pyo, enande ministern, i en TV-intervju, hänvisar till Pyongyangs styrande kommunistparti.
Han tillade att 70 procent av pengarna behölls av Pyongyang medan arbetare fick biljetter för att köpa mat och viktiga saker, och lokal valuta. Regeringen angav "flera kanaler" som sina källor för dessa påståenden, men avslöjade inte hur den hade kommit fram till procentsatsen.
De södra uppskattningarna om 616 miljarder koreanska vann (Â £ 350m, $ 508m) hade betalats till norr under åren.
Hong citerades av Yonhap nyhetsbyrå som sade att syd inte avbröt sin verksamhet tidigare i Kaesong eftersom "det internationella samfundet erkände dess betydelse", och den stängde ner den denna gång eftersom "Nord Korea bara skulle intensifiera sin vapenutveckling, och vi behövde göra ett beslutsamt drag för att lindra vårt folks säkerhetsproblem".
Den 7 februari genomförde Nordkorea en långdistansraketuppskjutning. Det kom efter landets fjärde kärnvapenprov i januari.
Vad är Kaesong Industrial Complex
Varför avfyrade North en långdistansraket?
Hur avancerat är Nords kärnkraftsprogram?
Sydkorea har hävdat att Norden har använt 70 % av de löner som arbetarna tjänar på ett gemensamt industrikomplex för sitt vapenprogram och sina lyxvaror för eliten.