Men de spanska mästarna insisterade på att de inte hade begått något brott.
"Syftet är att täcka eventuella tolkningar som skulle kunna ges till de kontrakt som upprättas i transaktionen för att underteckna Neymar," en klubb uttalande läst.
Barca betalade 48,6 miljoner pund för Santos-strejkaren Neymar, 22 år, på sommaren, och hans föräldrar fick 34 miljoner pund av avgiften.
Mellan den första avgiften som betalades under sommaren, signeringsavgift, löner under hans femåriga affär, agentavgifter och denna senaste skattebetalning, Neymar kommer att ha kostat klubben £ 106,8m
Förra månaden avgick Sandro Rosell som Barcelonas president efter anklagelser om att han förskingrat pengar.
Han utreds också, men han förnekar varje orätt handlingssätt.
Vid tidpunkten för flytten sade Barcelona att de hade betalat 57 miljoner euro (48.6 miljoner pund) för Neymar, men det har hävdats att om andra kontrakt beaktas, var den faktiska kostnaden för spelaren mycket större.
Och förra veckan fastslog en domare i Spanien att det fanns tillräckliga bevis mot Barcelona för att fortsätta utredningen av överföringen.
Klubben tillade: "Styrelsen förnekar förekomsten av något skatterelaterat brott i förhållande till de skattemässiga skyldigheter som följer av undertecknandet av spelaren.
"Med tanke på att det finns en möjlig divergerande tolkning av det exakta skatteansvar som följer av undertecknandet och för att försvara klubbens rykte och goda namn, har FC Barcelona i morse gjort en kompletterande skattedeklaration på totalt 13,550,830,56 euro [...] även om vi fortfarande är övertygade om att den ursprungliga skattebetalningen var i linje med våra skattemässiga skyldigheter."
Det har ännu inte bekräftats om ärendet kommer att läggas ned efter Barcelonas betalning.
Neymar har gjort sju mål i 18 liga framträdanden för Barcelona den här säsongen, samt nettning tre i sju Champions League matcher.
Barcelona har betalat 1,2 miljoner pund (13,5 miljoner euro) till de spanska myndigheterna efter att ha åtalats för skattebedrägeri vid undertecknandet av Neymar.