Den slovenska klubben har slagit Hibernian, Rangers och Celtic ut ur Europa under de senaste säsongerna.
Ändå är McInnes orubblig att hans spelare inte är rädda för kvaliteten på oppositionen eller deras rekord.
"Vi är inte rädda för det", sade McInnes. "Vi är övertygade om vår förmåga att få rätt resultat."
Aberdeens manager har sagt till fansen att förvänta sig en självsäker första-ben-visning på torsdag och uppmanade dem att stödja laget.
"Vi har under de senaste säsongerna lärt oss att hantera europeisk fotboll," McInnes fortsatte.
"Jag gillar den tekniska och taktiska delen av det. Våra anhängare bör förvänta sig att få se ett säkert Aberdeen-team.
"De är favoriter, vi är underhundar, men vi var underhundar mot Riejka [sista säsongen], vi var underhundar mot Groningen [år 2014].
"De kommer att ta förtroende från sin senaste historia, och inte bara mot skotska lag.
"Vi vill representera oss själva först och främst, få rykte om vår klubb i förgrunden av människors sinnen, och hjälpa skotsk fotboll på samma gång.
"De första två rundorna har alltid trepidation om dem, eftersom spelarna inte är helt i farten, de spelar mot lag som är relativt okända och det finns tryck i det.
"Vi har nu kommit ut den andra sidan av dessa band och vi är nu underdogs går in i detta spel. Jag är glad att ta itu med favorit taggen och gärna ta itu med underdogs taggen."
McInnes varnar för att Maribor kommer att uppnås och farliga motståndare i det första benet av den tredje kvalrundan slips på torsdag på Pittodrie.
Han kommer att skicka ut sin sida på jakt efter en seger, men också med medvetenheten om att tävlingen kan vinnas i Slovenien på bort mål, så att hålla ett rent blad är viktigt.
"Vad berättade från [Maribors seger över Levski Sofia i den sista omgången] var deras mognad och lugn, även när de gick bakom de fortsatte att spela sitt spel," McInnes sade.
"Det kommer från att spela europeisk fotboll och de ser ut som ett lag självsäkert i sin form. De har ett sätt att spela, mycket välorganiserat, och vägran att panik när de gick bakom har fått dem igenom i denna slips.
"De spelar 4-4-1-1, de kan spela lite djupare och de motattack snabbt. Vi måste vara medvetna om detta och erkänna de områden där vi vill spela och se efter bollen, särskilt mot ett lag som är snabbt att komma framåt.
"Vi vill vinna matchen hemma, men det är viktigt att vi fortfarande har ett resultat som går över till Maribor.
"I själva verket vill vi tvinga oss själva och få den balansen mellan att attackera och försvara rätt, men vi vill inte ge oss själva ett berg att klättra genom att förlora mål på Pittodrie."
Derek McInnes tror att Aberdeen har förtroende och erfarenhet att övervinna att vara underdogs mot Maribor i Europa League.