Bafana Bafana är utan vinst i fyra matcher i Grupp M och ritade sina senaste matcher mot Kamerun 2-2 och 0-0.
De är fem poäng av ledare Kamerun med två matcher kvar, vilket ger dem en liten chans att spela i Gabon.
"Det är mest olyckligt att när laget inte vinner, skulden kommer till laget," sade Mashaba.
"Problemet med att inte göra mål börjar inte här. Alla tränare i PSL (Sydafrikas Premier Soccer League), när de inte vinner, hör du dem prata om problemet med att inte göra mål.
"Det är sånt man inte kan prata om i landslaget. Du har bara fått tre dagar som mest (för att förbereda). Den måste fästas på gräsrotsnivå. Att där människor lär sig att spela."
65-åringen tror att Sydafrika fortfarande har en chans att ta sig till nästa års final, trots att oddsen är starkt staplade mot dem.
"Om vi vinner sedan nästa spel kan vi sitta på nio poäng och hoppas att vi kan få en av de två slots för de näst bästa lagen. Vi ska inte kasta in handduken, sa han.
"Allt är möjligt i fotboll. När vi åkte till Cameron gav ingen oss en chans. Alla sa "du kommer att bli slagen".
"Vi fluffade det i våra två första matcher (mot Gambia och Mauretanien). Möjligen var det på grund av dålig förberedelse eller något. De spelen svek oss. Dessa två matcher vi spelade mot Kamerun, hade vi vunnit en och dragit en annan, vi skulle prata en annan historia. "
Sydafrika tränare Efraim Mashaba har insisterat laget är inte ansvarig för de dåliga resultaten i deras 2017 Africa Cup of Nations grupp kval.