Den skarpa förutsägelsen ingår i ett informationsdokument som utarbetats av universitetet och erhållits av BBC.
I dokumentet varnar man också för effekterna av en "hårdare" gräns för personal som arbetar på universitetets campus i Londonderry.
"Om gränskontrollstationer återupprättas, skulle detta ha en negativ inverkan på personalens rörlighet", sades det.
Två tredjedelar av UU:s personal från Republiken Irland arbetar på Magee campus i Derry.
"Det finns också en viss oro för att omröstningen om att lämna EU skulle kunna leda till att blivande EU-studenter drar tillbaka sina ansökningar", fortsatte dokumentet.
UU hade 1 332 EU-studenter under 2015/16 - varav 1 206 från Irland - som betalade totalt 3,3 miljoner pund i undervisningsavgifter.
UU uppmanar regeringen att försäkra sig om EU-studenters invandringsstatus och klargöra deras studieavgifter och tillgång till studielån.
EU-studenter betalar för närvarande 3,925 pund per år i studieavgifter - samma som nordirländska studenter.
EU-medborgare som studerar nu kommer att fortsätta att få löpande lån och bidrag tills de har avslutat sin kurs.
I dokumentet sades det dock: "Vi väntar för närvarande på bekräftelse på de pågående arrangemangen för EU-studenter i Nordirland när Storbritannien lämnar EU."
Den uppskattade också att UU:s framtida andel av EU:s forskningsfinansiering skulle vara värd 17 miljoner euro varje år.
Till exempel har universitetet fått nästan 10 miljoner euro sedan 2014 från Horisont 2020, en EU-forskningsfond.
I dokumentet sades det att ytterligare finansiering på 10,5 miljoner euro för 2016/17 från det programmet för närvarande är under förhandling.
Horisont 2020 är värt 80 miljarder euro och ger finansiering till forskning och innovation.
Det är öppet för brittiska institutioner medan landet fortfarande är medlem i EU.
I dokumentet efterlystes förtydliganden "om brittiska universitet kan delta i EU:s forskningssamarbete och finansieringsprogram efter det att Storbritannien formellt lämnat Europeiska unionen".
"I ett sammanhang där vi planerade att fördubbla vår externa EU-bidragsinkomst är detta av stor betydelse för universitetet", sades det.
Statskansler Philip Hammond sade tidigare att EU-finansierade projekt som undertecknades före höstens uttalande senare i år skulle garanteras av statskassan efter det att Storbritannien lämnat EU.
UU-dokumentet varnade dock: "Det finns redan betydande anekdotiska bevis för att brittiska institutioner (inklusive Ulster University) uppmanas att lämna konsortier som ansöker om EU-finansiering."
Ulster University riskerar att förlora omkring 20 miljoner euro (17,5 miljoner pund) i EU-finansiering och studieavgifter till följd av Brexit-omröstningen, varnar ett betänkande.