Tunisien hade ställts inför utvisning från 2017 års Afrika Cup of Nations tills be om ursäkt till Caf för klagomål den lämnat in mot organisationen under årets Nations Cup.
Marocko, under tiden, kunde endast delta i 2017 Nations Cup kvalificeringsdragning efter domstolen av Skiljedom för Sport (Cas) omintetgjorde ett förbud mot dess deltagande.
Vi förbereder oss för en framtid full av goda saker för både Afrika och Marocko
"Vi förbereder oss för en framtid full av bra saker för både Afrika och Marocko", säger Marockanska FA chef Fouzi Lekjaa.
"Vi är tillbaka efter ett litet uppehåll på några månader, men det har inte haft någon stor inverkan. Inverkan var minimal och vi kunde, tillsammans med våra Caf-kolleger, få det att gå över."
Marocko straffades i februari efter att ha ersatts som 2015 Nations Cup värdar i november, bara två månader innan tävlingen började.
De nordafrikaner vägrade att iscensätta turneringen i januari 2015, med hänvisning till rädsla för att importera Ebola virus, och bad om en senareläggning av antingen sex eller tolv månader i stället.
Tidigare denna månad upphävde Cas Cafs dom och sänkte böterna för Marockos FA från 1 miljon pund (675 000 pund) till 50.000 kronor (34.000 pund).
Ekvatorialguinea steg in för att iscensätta 2015 års final, trots att man bara hade 64 dagar på sig att förbereda sig.
Värdlandet stod också i centrum för den händelse som ledde till Tunisiens rad med Caf, som den lokala federationen (FTF) säger nu är över.
"Jag är övertygad om att sidan har vänts och att det inte längre kommer att finnas några problem," FTF vice ordförande Maher Snoussi berättade BBC Sport.
Söker sin första Nations Cup triumf sedan 2004 tunisierna ledde 1-0 i 90: e minuten av sin kvartsfinal mot värdarna när de tilldelades en mycket omtvistade straff.
Den spot-kick konverterades och Ekvatorialguinea fortsatte att vinna 2-1 i extratid, eftersom de tunisiska spelarna och bänken till stor del förlorade sina huvuden som temperament blossade.
Tunisierna skrev ett rasande brev till Caf som svar, vilket fick den afrikanska fotbollens styrande organ att begära en ursäkt senast den 31 mars 2015 eller ställas inför diskvalificering från nästa Nations Cup.
Tvärtemot mediarapporter insisterar Tunisiens fotbollsförbund på att det aldrig anklagade Caf eller Mauritiansk domare Rajindraparsad Seechurn för korruption.
"Vi talade aldrig om korruption eftersom vi inte hade några bevis", sade Snoussi.
"Men vi var starkt övertygade om att domaren sökte ett oförsvarligt straff, och att han kanske påverkades av atmosfären inne i stadion."
"Men vi anklagade aldrig vare sig honom eller någon Caf medlem av korruption. "Vi sade helt enkelt att domaren var mycket dåligt vald och vi ifrågasatte att en 45-åring, som kommer mot slutet av sin internationella karriär, borde ha valts.
"I vårt berömda brev sade vi att den kommission som ansvarar för att utse domare måste ta ansvar för att utse en domare som inte klarar av att hantera matchen."
Tunisiens deltagande 2017 verkade ifrågasättas tills ett möte med Cafs president Issa Hayatou och andra i Senegal i mitten av mars ledde till ett närmande.
"Lyckligtvis, med den starka pressen av Issa Hayatou, som jag hade ett möte i Dakar där vi diskuterade vår skillnad, vi har lyckats vända sidan," sade Snoussi.
"Vi är mycket glada över att spela (2017) Nations Cup och jag känner att denna skillnad har nu blivit helt utraderad."
Efter förra veckans dragning i Kairo, Tunisien kommer att möta Togo, Liberia och Djibouti i grupp A medan Marocko kommer Kap Verde, Libyen och Sao Tome i grupp F.
Om tunisierna når 2017 års final i Gabon kommer de att nå sin trettonde raka Nations Cup - vilket skulle vara rekord.
Tunisien och Marockos skillnader med Federation of African Football (Caf) är i det förflutna, säger båda nordafrikanska nationer.