Den 16-gångs TT vinnaren, som kom av sin Tyco BMW på 27th Milestone, rapporterades vara medveten innan flygas till sjukhus med helikopter.
Hutchinson, 37, kämpade för ledningen när loppet var rödflaggat på grund av incidenten.
Han vann Superbike och Superstock tävlingar tidigare i veckan.
Han har nu överförts till Liverpool för ytterligare behandling. Tävlingen startades på nytt och vanns av Michael Dunlop.
Bingley ryttaren, som drabbades av en bruten lårben, är den tredje mest framgångsrika ryttaren i historien om händelsen.
Han uthärdade mer än 30 operationer på vänster ben efter en olycka 2010 och efter en fem års frånvaro från toppen steg återvände för att vinna åtta TT under de senaste tre åren.
Hutchinson är den enda mannen att vinna fem TT på en vecka, en bedrift han uppnått för sju år sedan, och följde upp det med trebles på 2015 och 2016 möten.
Ian Hutchinson har förts till sjukhus med ett brutet ben efter att ha kraschat på andra varvet av fredagens Senior TT på Isle of Man.