Vissa fans och politiker var arga över att poppis inte bars av spelare.
I ett uttalande, Ulster Rugby sade flera andra Pro12 klubbar hade inte burit en vallmo under matcher på helgen.
Det sade sina spelare hade observerat en minuts tystnad och det skulle hålla en minnesstund på tisdag.
Belfast Telegraph rapporterade att vissa fans hade beskrivit frånvaron som "skamfull".
Robert McCartney, en före detta soldat som driver bortom Battlefield välgörenhet, berättade BBC Radio Ulsters Talkback program det var "en förolämpning".
"Jag tror ärligt talat att de orsakade en förolämpning igår", sade han.
"Det är ett tecken på respekt, anledningen till att de kan spela själva sporten är på grund av den frihet dessa män gav dem och om de inte kan sätta vallmo på sin skjorta för en dag och visa denna respekt, då de verkligen vanärade sig själva igår.
"Vi förlorade en hel del människor i krigen och förmodligen medlemmar av deras familj också och för dem att inte bära det var en fullständig förolämpning mot landet."
Doug Beattie, ulsterfackets fullmäktigeledamot och före detta armékapten, sade att han trodde att minnet var en "personlig sak".
" Ulster Rugby laget hade en minnesstund den dagen, de hade en minuts tystnad innan matchen och alla klagar på symboliken att bära en vallmo, ja jag bara inte får det," tillade han.
"Jag gillar inte ordet vallmofascism eller vallmo stalinism, det finns människor som brinner för vallmo och minne och jag och Robert har fått mer gemensamt än vi inte, men i den här frågan tycker jag att folk ska bära vallmo om de vill ha vallmo om de inte vill det.
"Jag skulle hellre stå bredvid någon som bär den av en anledning än någon som bär den eftersom någon har sagt till dem om du inte är opatriotisk."
Ulster Rugby uttalande sade "spelare och supportrar respekterade respektfullt en minuts tystnad innan fixturen mot Newport Gwent Dragons på söndag".
"Kingspan Stadium har en permanent War Memorial Arch, som betalar respekt för de som fallit under WW1 och WW2," tillade den.
"Varje år respekterar Ulster Rugby på sitt vanliga och traditionella sätt med en minnesgudstjänst vid valvet, under vilken Ulster Rugbys president lägger en krans."
Uttalandet tillade att Newport Gwent Dragons och Cardiff Blues var de enda Pro12 klubbar som bar en vallmo på sina ärmar på helgen.
Ulster Rugby har svarat på kritik efter vallmo var frånvarande från spelarnas tröjor under deras Pro12 match mot Newport Gwent Dragons på Remembrance söndag.