Spotlight: En kvinna ensam med IRA undersökte den republikanska rörelsens hantering av anklagelser om sexuella övergrepp mot en misstänkt IRA-medlem.
Maíria Cahill avstod från sin rätt till anonymitet för att berätta hur den republikanska rörelsen reagerade på hennes anklagelser.
Programmet sändes i oktober förra året.
Ms Cahill hävdade att hon blev våldtagen av en misstänkt IRA-man när hon var tonåring och att IRA senare hjälpte till att dölja det påstådda övergreppet.
BBC Northern Ireland Director Peter Johnston sade: "Detta är en fantastisk seger för vårt Spotlight team - särskilt med en Nordirland berättelse vinna i Storbritannien-omfattande Scoop Of The Year kategori.
"Detta erkännande från Royal Television Society följer Spotlights långa tradition av att göra prisbelönta program och är en återspegling av vårt Spotlight-teams engagemang för att producera högvärdig undersökande journalistik av hög kvalitet."
Jeremy Adams, chef för TV current Affairs, BBC Northern Ireland, sade att det var en "ömsesidig prestation".
– Teamet lade ner mycket tid och engagemang på vad som var en mödosam utredning och även en av de viktigaste och omtalade tv-undersökningarna under det gångna året, sade han.
Andra vinnare vid ceremonin i London Hilton, Park Lane, inkluderade ITV News at Ten for Daily News Programme of the Year, och Sky News for News Channel of the Year.
BBC Northern Irelands aktuella program Spotlight har vunnit Scoop of the Year på Royal Television Society (RTS) journalistikpris.