Siffrorna för England från tillsynsmyndigheten, NHS Improvement, täcker 2015-16 år, som avslutades i mars.
I december - den tre fjärdedels mark - sjukhus, ambulans och mental hälsa truster var redan 2,2 miljarder pund i rött, med siffran förväntas ha ökat.
Det har lyfts fram att det är ett stort problem att lägga ned personal på bemanningsföretagen och att efterfrågan på tjänster ökar.
Experter varnar för den press som överutnyttjandet sätter sjukhusen under har en inverkan på vården.
Analys: Är det tillräckligt att spenderas av NHS?
Analys: Tänk NHS finansiella svart hål
Finansiella problem "endemiska i NHS"
Siffrorna står för ungefär två tredjedelar av hela hälsobudgeten på 116 miljarder pund - de täcker inte allmänläkare, utbildningsbudgetar, offentliga hälsobudgetar som innehas av råd eller oanvända pengar som innehas av lokala hälsochefer.
Det betyder att hälsodepartementet fortfarande kan balansera böckerna när de totala räkenskaperna släpps senare på sommaren.
Men det förväntade överutnyttjandet har fortfarande potential att påverka tjänsterna.
I år får NHS 3,8 miljarder pund extra som en del av utgiftsöversynen.
Ungefär 1,8 miljarder pund har redan avsatts för sjukhus för att täcka deras underskott, men allt som överstiger detta kommer att innebära att de kommer att utsättas för större påtryckningar för att göra besparingar allteftersom året går.
Ett sjukhus förtroende finansiell direktör, som vill förbli anonym, föreslog Institutionen för hälsa var "koka upp redovisning alkemi" genom att "vända sjukhus mycket stora aggregerade underskott till en mycket lägre siffra för att se NHS uppfyller den utgiftsgräns som fastställts av HM Treasury".
Han berättade för BBC att exempel inkluderade att flytta registreringen av investeringsutgifter till dagliga löpande kostnader.
Han sade: "Det så kallade kapitalet till inkomstöverföring kan mycket väl vara en legitim justering av räkenskaperna vid marginalerna i NHS-räkenskaperna.
"Men jag har allvarliga farhågor om att det används på en skala av hundratals miljoner pund i mer än 80 truster. Kontanterna tvättas genom sjukhusens konton som "inkomst" bara för att förbättra slutresultatet."
En talesman för hälsovårdsdepartementet sade: "Vi är engagerade i NHS och investerar 10 miljarder pund i sin egen plan för framtiden - men det är viktigt att pengar redovisas konsekvent.
"Övergången från kapital till intäkter spelar ingen roll för den allmänna bilden av departementen, eftersom parlamentet har röstat för att godkänna den - för att säga något annat är vilseledande."
Han påpekade också att de slutliga räkenskaperna kommer att granskas av Riksrevisionen.
"Vi känner igen att delar av NHS är under press när efterfrågan ökar på grund av vår åldrande befolkning, men vi ger intensivt stöd för att förbättra prestanda, öka effektiviteten och minska användningen av dyr bemanningsföretag personal."
Chris Hopson, verkställande direktör för NHS Providers, som representerar NHS truster, sade oro över redovisning praxis var ett symptom på aldrig tidigare skådad efterfrågan på NHS.
Han berättade för BBC Radio 4's Today program: "Det råder ingen tvekan om att trycket i år är mycket större än det någonsin har varit, och att därför varje enskild finansdirektör och varje enskild styrelse måste fatta ett beslut om vad de anser är lämpligt."
Men han tillade att övningarna var "en helt vanlig sak att göra".
David Bennett, en före detta chef för Monitor, regulator för NHS i England som nu är en del av NHS förbättring, sade Department of Health måste hitta ett sätt att finansiera underskottet.
"Förvisso kommer de att klampa runt och försöka hitta varje liten budget någon annanstans som har underutnyttjats för att försöka se till att siffrorna alla lägger ihop".
Sjukhus och andra hälsovårdstjänster är inte som företag. De kommer inte bara att gå i konkurs, som regeringen alltid kan kliva in.
Men de ekonomiska problemen har betydelse. Bristerna är enorma. Man måste förmodligen gå tillbaka till en helt annan era - i början av 1950-talet - för att hitta en liknande skala av överutnyttjande, och det ledde till att man tog in avgifter för glasögon, tandvård och recept.
Den här gången kommer effekten sannolikt att kännas i termer av vad som inte händer. Hälsodepartementet har klargjort att överutnyttjandet inte bara kommer att skrivas av. Istället kommer sjukhusen (de flesta av de överskjutande utgifterna är koncentrerade bland dem) att behöva använda de extra pengar de har i år för att betala av sina skulder.
Om det händer i stor skala, sätter det NHS på en bakfot. Rekryteringsstopp införs, byggprojekt stoppas eller försenas och tjänster skalas tillbaka. Dessa åtgärder vidtas redan, men fler av dem kommer bara att göra det svårare för den nationella hälso- och sjukvården att uppfylla sina väntetidsmål och ge högkvalitativ vård.
Läs mer från Nick
Följ Nick på Twitter
Anita Charlesworth, av Health Foundation tankesmedjan, sade stämningen i NHS "kan inte vara dyster".
"Underskottsnivån i fråga om omfattning och hur många sjukhus som har underskott är aldrig tidigare skådad. Det sätter organisationerna under press, vilket gör dem sköra och riskfyllda.
– Det finns ett tryck på rekryteringen, på ledningen och det påverkar servicen. Vi ser redan att mål för väntetiden har brutits."
Hon sade också att kapitalbudgetar - pengar som har avsatts för byggprojekt och underhåll - har plundrats.
När siffrorna för trekvartsåret publicerades hade bara sju av de 138 sjukhusförvaltningarna ett överskott.
Förra året slutade NHS truster över £ 800m i rött - med hälso-och sjukvården som helhet balansera böckerna först efter en kontant injektion från statskassan och genom att plundra kapitalbudgeten.
Resten av Storbritannien släpper inte motsvarande siffror eftersom sjukhusen inte drivs lika självständiga organisationer som de är i England.
Räkenskaperna omfattar ett bredare utbud av tjänster och kan därför ta hänsyn till överskott på andra områden inom hälso- och sjukvården.
Siffrorna i Skottland har ännu inte offentliggjorts.
Under tiden har ministrarna i Wales förutspått att NHS kommer att gå jämnt tillväga. Inga uppgifter finns tillgängliga för Nordirland.
Ett oöverskådligt överutnyttjande av sjukhus och andra NHS truster förväntas tillkännages senare av hälsochefer.