Projektet kommer att testa effekterna av båda typerna av cigaretter på frivilligas blodkärlsfunktion, en viktig hälsoindikator.
Den kommer att rekrytera 135 vuxna frivilliga som har rökt 15 cigaretter per dag i minst två år.
Studien finansieras av British Heart Foundation.
Deltagarna kommer att delas upp i tre grupper, varav en kommer att fortsätta att röka tobakscigaretter.
De andra kommer att övergå till elektroniska cigaretter som innehåller nikotin plus smak, eller byta till elektroniska cigaretter som enbart innehåller smak.
Doktor Jacob George, från universitetets läkarskola, sade: " E-cigaretter säljs enligt principen att de är ett mycket säkrare alternativ till traditionella cigaretter eftersom de inte innehåller skadliga ämnen som tobak och tjära.
"Många e-cigaretter innehåller dock nikotin, vilket kan vara skadligt för blodkärlen i sig.
– Vi vill se om e-cigaretterna är bättre för blodkärlsfunktionen jämfört med traditionella cigaretter.
"Många människor verkar tro att så är fallet, men ännu finns det inga vetenskapliga bevis för att bevisa detta."
Personer med kardiovaskulär sjukdom i anamnesen, kvinnor som är gravida eller ammar och alla som har nötallergi kan inte delta i studien.
Alla som är intresserade av att delta i studien eller ta reda på mer bör kontakta vesuvius@dundee.ac.uk
En studie som jämför effekten av e-cigaretter och tobakscigaretter på rökarnas hälsa inleds av Dundee University.