En kraftig dusch på fredag eftermiddag tog fram brunnar, ponchos och paraplyer och skapade pölar på plats.
Fredagens skådespel inkluderar Florens och Maskinen, Motorhead, Mark Ronson och ett obekräftat band, ryktas vara The Libertines, på Pyramidscenen.
Men professor Stephen Hawking kommer knappast att närvara vid evenemanget för ett framträdande i Kidz Field.
En talesman för fysikern berättade för The Telegraph att han hade dragit ut "av personliga skäl".
I andra Glastonbury nyheter:
Arrangörer har inte bekräftat identiteten på den handling som kommer att fylla Pyramid Stage slot på fredag som lämnades ledig när Florence Welch befordrades till rubriken slot.
Rykten om Pete Doherty och Carl Barats band The Libertines cirkulerade efter att namnet "Albion" avbildats på en backstage löpande order. Libertinerna har använt ordet Albion ofta under sin karriär.
Florence har ersatt Foo Fighters, som drog ut när frontman Dave Grohl bröt benet.
Beslutet att befordra Florens och Maskinen till huvudstatus kritiserades av vissa fans, men arrangören Emily Eavis sa att hon tog beslutet "rakt bort".
"Det här är hennes stund", sa Eavis. "Hon har haft ett rekord i Amerika, ett rekord här, och hon brinner."
"Upprorets kultur"
Samtidigt gjorde feministiskt punkband Pussy Riot ett framträdande framför Park Stage, med hjälp av en teatralisk protest för att förmedla sitt anti-regeringsbudskap.
Utseendet började med att en skådespelare poserade som en rysk soldat stående ovanpå en militär skåpbil och förklarade Glastonbury som en pro-rysk republik.
Pussy Riot's Nadezhda Tolokonnikova och Maria Alyokhina, som satt fängslade i Ryssland i nästan två år för sina protester, klättrade sedan upp, band honom och satte en av deras varumärke mångfärgade balaklaver på honom.
Tolokonnikova sa till publiken att "utveckla en kultur av uppror" och i en kommentar möjligen riktade mot andra band, sade de inte bara "sitta på en bekväm tränare och dricka lite öl".
De intervjuades sedan ovanpå skåpbilen av sångerskan Charlotte Church, som beskrev dem som "en av de viktigaste rörelserna detta århundrade".
Totalt 177.000 personer ska födas på plats. Vädret förväntas lysa upp senare, med lördag förväntas vara solig men mer regn sannolikt på söndag.
Regn har fallit på Glastonbury Festival då fansen njöt av den första dagen av musik på huvudscenerna.