Demonstranter marscherade utanför Irans ambassad och anklagade Teheran för att blanda sig i Afghanistans angelägenheter.
De stigande bränslepriserna har förargat många afghaner i en tid av hög efterfrågan under vintern.
Afghanska tjänstemän säger att 2500 tankbilar är strandsatta vid gränsen. Iran vägrar att blockera bränsleexporten till Afghanistan.
Man tror att den iranska regeringen fruktar att bränslet kan användas av utländska styrkor, men afghanska tjänstemän säger att dessa farhågor är ogrundade.
Tidigare i veckan avfärdade Irans ambassadör i Kabul, Fadahoseyn Malaki, rapporter om att Iran hade förbjudit bränsleexport till Afghanistan.
"Vi ger bränsle till den afghanska nationen," sa han till en nyhetskonferens, även om han tillade sin regering fortfarande hade problem som "bör åtgärdas".
Fredagens demonstration leddes av den afghanska parlamentsledamoten Najib Kabuli, som tidigare har organiserat liknande protester mot Iran.
Hundratals demonstranter i Kabul har anklagat Iran för att stoppa tankbilar från att passera gränsen till Afghanistan.