Den 24-årige, som tackade nej till erbjudandet om en ny Crewe deal, blir Walsalls andra sommarsignering, efter ankomsten av den 24-årige Luke Leahy från Falkirk.
"Jon har fått mycket erfarenhet av League One från sin tid med Crewe", säger Walsall manager Jon Whitney.
"Vi kommer att få Jon i ett bra skede av hans karriär."
Hitta alla de senaste fotbollsöverföringarna på vår dedikerade sida.
League One-klubben Walsall har undertecknat Crewe Alexandra-försvararen Jon Guthrie på ett tvåårigt kontrakt.