Seminarierna kommer att ledas av föreningen för skol- och universitetsledare (ASCL) i större engelska städer.
Ny lagstiftning som antogs i år innebär en lagstadgad skyldighet för skolor och högskolor att motverka radikalisering.
Seminarierna leds av Kamal Hanif, chef för Birminghams Waverley School och expert på islam och medborgarskap.
Fackföreningen säger att syftet är att erbjuda stöd och vägledning till gymnasieledare i kölvattnet av uppmärksammade fall som de tre skolflickorna i London som reste till Syrien i februari och tros befinna sig i staden Raqqa, ett fäste för Islamiska staten.
Deras familjer klagade senare över att polisen, skolan och den lokala myndigheten hade misslyckats med att förmedla information som de sade kunde ha hindrat flickorna från att lämna landet.
Enligt 2015 års lag om kampen mot terrorism och säkerhet ska utbildningsanstalter förhindra att ungdomar dras in i terrorism.
Seminarierna i juni och juli kommer att hjälpa skol- och högskoleledarna att förstå dessa uppgifter och ge dem praktisk hjälp och råd.
Syftet är att bevara en atmosfär av jämlikhet och mångfald i skolorna men också att hjälpa lärarna att förstå hur sociala medier kan användas "för att få unga människor att bli extremistiska ideologier", säger facket.
– Det handlar om att ha större förståelse för radikaliserings- och extremismfrågorna, säger Hanif.
Han sade att seminarierna skulle hjälpa rektorerna att "identifiera situationer" och "behandla dem på ett lämpligt sätt, utan att överreagera och vara alarmerande.
"Unga människor tillbringar mycket av sin tid på webben och sociala medier och de kan lätt dras in i extremistiska idéer utan tillgång till ett motberättande.
"Dessa seminarier kommer att hjälpa skolor och i sin tur föräldrar, som ofta inte har någon aning om att deras barn har tillgång till denna typ av information, att plocka upp skyltarna och använda lämpliga kanaler för att hantera dessa problem.
"De kommer att hjälpa till att utrusta huvudena med motberättarna till några av de falska påståenden som extremisterna utsätter dem för."
Hanif kommer att anslutas till kampanjen mot extremism, Sara Khan, medgrundare av kontraextremismen och kvinnorättsorganisationen Inspire och ASCL:s parlamentariska specialist Anna Cole.
Khan sade att seminarierna skulle klargöra vad skolorna förväntades göra.
"Tyvärr har det förekommit en hel del myter om vad de lagstadgade kraven innebär för både skolor och elever."
Cole sade att syftet var att undvika att kriminalisera ungdomar genom att hjälpa skolorna att ingripa "på rätt sätt i ett tidigt skede".
– Det viktigaste är att genomföra ordentliga riskbedömningar och ha en öppen kultur där olika åsikter och idéer kan diskuteras på ett öppet sätt.
"Vi vill försäkra skolorna om att dessa åtgärder kommer att hjälpa dem att uppfylla de lagstadgade kraven och skydda ungdomar."
Seminarierna i Bristol, Birmingham, Cambridge, London, Manchester, Leeds och Durham kommer att vara öppna för ASCL-medlemmar och icke-medlemmar.
Huvudlärare som oroar sig för att skydda studenter från att bli radikaliserade erbjuds seminarier av en fackförening.