Conlan och Donnelly har sedan dess blivit professionella och påverkas inte av sanktioner som innefattar en skyldighet att följa integritetsutbildningsprogram.
De tre boxarna försökte inte manipulera en händelse vid Rio Games.
Olympiska rådet i Irland och British Olympic Association sanktionerades också med en reprimand.
Deltagarna får inte satsa på olympiska evenemang och trion bröt mot Rio 2016-reglerna om förebyggande av manipulering av tävlingar.
London 2012 bronsmedaljör Conlan, som drabbades av en kontroversiell bantamvikt kvartsfinal nederlag i Rio, placerade satsningar på boxning tävlingar den 8 och 9 augusti.
Båda satsningarna, i hans vikt division men inte på hans två bouts, förlorades.
Donnelly satsade på sig själv för att förlora sin Welterweight kamp mot Tuvshinbat Byamba den 11 augusti - Ballymena mannen vann på poäng.
Hans förklaring till IOC var att han hade "satsa utan att ha för avsikt att fuska genom att förlora sin match för att vinna sina satsningar, snarare, att vinna satsningar skulle vara någon kompensation i händelse av att han förlorade sin match".
Donnelly förlorade i kvartsfinalen medan mellanvikten Fowler, som också satsade på boxningsevenemang, blev slagen i sin öppningsmatch.
IOC sade trion måste framgångsrikt följa IOC utbildningsprogram för att vara berättigade till Toyko.
De är också skyldiga att genom aktivt deltagande stödja utbildningsprogram som anordnas av antingen AIBA, IOC eller deras olympiska sammanslutning.
Det olympiska rådet i Irland och det brittiska olympiska förbundet blev "sanktionerade med en reprimand för att de inte på ett korrekt sätt hade informerat sina idrottsmän om innehållet i de olika regler som gällde för dem i samband med de olympiska spelen i Rio, samt om innehållet i det avtal som undertecknades med dem".
De uppmanas båda att se till att lagförberedelserna för de olympiska spelen (vinter och sommar) omfattar fullständig utbildning om förebyggande av manipulering av tävlingar och vadslagning på de olympiska spelen.
Under tiden. Det rekommenderas att AIBA inrättar "utbildningsprogram för att förebygga manipulering av tävlingar och vadslagning i de olympiska spelen".
Irländska paret Michael Conlan och Steven Donnelly har fått "svåra reprimands" tillsammans med Storbritanniens Antony Fowler för vadslagning på olympiska evenemang.