Shankaracharya Swaroopanands kommentarer kom två dagar efter Shani Shingnapur templet i Maharashtra staten släppte in kvinnor i den inre helgedomen.
I århundraden hade templet varit öppet endast för människor.
Förra månaden bekräftade högsta domstolen i Mumbai kvinnornas rätt att komma in och be i alla tempel.
Kvinnornas aktivister hade lett protester som krävde inträde specifikt till lord Shani helgedomen.
"Kvinnor gick in i Shani templets inre helgedom," nyhetsbyrån ANI citerade 94-åringen som säger på måndag.
Kvinnorna dyrkar Shani i templet. Genom att göra det skulle Shanis ögon falla på kvinnor och detta skulle resultera i en ökning av våldtäkter."
Kvinnor hölls utanför Shani Shingnapur templet i nästan 400 år och tempeltjänstemän, i det förflutna, hade hävdat att förbudet var faktiskt "att skydda kvinnor eftersom Shani avger strålning som kan skada dem och orsaka deformitet i ett foster om en gravid kvinna kommer in i templet".
Förra året utförde tempelprästerna en utstuderad rituell rening efter det att en kvinna lyckats komma in i huset och frambära böner.
Templemyndigheterna relened efter förra månadens Mumbai högsta domstol dom att kvinnor hade en grundläggande rätt att komma in i tempel, och sade de som försöker förhindra dem skulle lämnas en sex månaders fängelseperiod.
Flera tempel i Indien bevarar traditionen att hindra inträde för kvinnor och under de senaste månaderna, domstolar har övervägt rättsliga utmaningar för politiken.
Shankaracharya Swaroopanands uttalande har orsakat upprördhet i Indien med många tar till sociala medier för att kritisera honom:
Det fanns också några meddelanden om stöd:
En hinduisk religiös ledares kommentar att tillåta kvinnor in i en helgedom tillägnad Lord Shani (Saturn) kommer att öka våldtäkter har dragit kritik.