Den extra finansieringen kommer att betalas direkt till walesiska råd efter att de sagt att mer pengar behövdes för saneringen.
Naturresursminister Alun Davies hade redan lovat £ 3m att betala för nödreparationer.
Större delen av finansieringen kommer att användas i Conwy, Denbighshire, Ceredigion och Pembrokeshire.
Chris Davies sade: "Vi vet att vädret under de senaste månaderna har varit extremt och att kustmyndigheterna särskilt har arbetat hårt för att reparera skadorna och se till att översvämningsskydden i deras samhällen är sunda.
"Dessa ytterligare 4,2 miljoner pund är svar på ansökningar från lokala myndigheter där de har fastställt sina beräknade kostnader för översvämningsreparationer.
"Det är särskilt för en snabb reparation av översvämningsskydd och för att bidra till säkerheten för människor, hem och företag i riskområden.
"Den senaste översynen av stormarna visade att vårt översvämningsskydd höll upp väl... och att över 99% av riskhem var skyddade, vilket förhindrade nästan £ 3 miljarder i skador på egendom samt rädda liv.
"Men vi vet att vi aldrig kan vara självbelåtna om de potentiella effekterna av översvämningar på våra samhällen."
En stor del av den walesiska kusten kände stormarnas fulla kraft under vintern.
I Rhyl i Denbighshire trängdes omkring 150 hus av vågor när havsförsvaret gav vika i början av december.
Många av de drabbade förväntar sig inte att återvända till sina fastigheter förrän i höst.
Och människor som bodde på stranden vid Aberystwyth evakuerades vid mer än ett tillfälle på grund av hotet från höga tidvatten och våg sväller.
Vind och vågor slog ner strandpromenaden och lämnade sand och skräp som täckte vägen.
Det var en liknande bild på andra håll med många mindre resorter också skadades, bland annat Newgale i Pembrokeshire där en buss blev påkörd av en våg och knackade av vägen.
Omkring 60.000 ton stenar måste återlämnas till Llandudno's North Shore efter stormarna, enligt Mike Priestley, Conwy kabinettsmedlem för miljö, motorvägar och hållbarhet.
Ett annat projekt kommer att äga rum i Kinmel Bay för att skydda 6000 fastigheter och importera 25 000 ton material till den närliggande stranden.
Han sade att arbetet inte skulle ha gått vidare utan de 3,8 miljoner pund som utlovats, den största delen av de pengar som kommer från den walesiska regeringen.
Råd har lämnats att räkna kostnaden med totala räkningar som uppgår till miljontals pund.
Totalt kommer 6,2 miljoner pund att spenderas av Wales 22 lokala myndigheter med 1 miljon pund till Natural Resources Wales.
Under tiden har den översvämningsdrabbade turistnäringen i norra Wales fått 720 000 pund i uppsving från en stödfond från den walesiska regeringen.
Och en separat fond har avsatts för att fiskarna skall kunna reparera eller ersätta redskap som skadats av vädret.
Industrin sysselsätter 1.900 personer och är värd 20 miljoner pund per år för den walesiska ekonomin.
Översvämningsförsvar som misshandlas av vinterstormar runt Wales utlovas en extra £ 4,2m för "snabb reparation" av den walesiska regeringen.