Men rådet ska inrätta en grupp för att "upplösa kvarstående designfrågor".
Den föreslagna cykelvägen kommer att länka Leith Walk i öster om staden till Roseburn i väster, via stadens centrum och Haymarket.
I planerna ingår att minska fyra körfält från Roseburn till Haymarket till två, och att använda en halv körbana och en bussbana för cyklister.
De som stödde stigen sade att det var viktigt för att minska trängsel och skulle ge en säker väg över staden. De sade att det också skulle uppmuntra till mer aktiva resor.
Men invånare och butiksägare i Roseburn området sade att minska lastning vikar för att göra plats för cyklar skulle ha en enorm inverkan på passera handel, och att minska trafikleder kan öka trängseln vid Roseburn.
Rådet sade att den nya arbetsgruppen skulle inrättas för att hjälpa till att lösa kvarstående designfrågor med planerna.
Det sades att arbetet skulle inledas omedelbart för att säkra ytterligare finansiering och "förbereda sig på att inleda de nödvändiga lagstadgade förfarandena för systemet".
Ett slutligt beslut kommer att fattas efter arbetsgruppens diskussioner.
Rådsledamot Lesley Hinds sade att rådet fortfarande var "100 % engagerat" i projektet men erkände att det hade delade åsikter.
Hon sade att en ny grupp skulle bildas för att försöka komma fram till en slutsats om den slutliga rutten "som majoriteten är nöjda med".
Hinds tillade: "Med tanke på den starka känslan för vissa aspekter av planerna finns det uppenbarligen fortfarande arbete kvar att göra innan man kommer överens om den slutliga ruttutformningen."
Stadsfullmäktige har i princip kommit överens om planer för en kontroversiell cykelväg genom Edinburgh.