Skolpersonal bör också titta efter tecken på FGM, såsom frekventa toalettbesök och flickor i smärta.
Föreningen för lärare och lärare (ATL) säger att lärare behöver mer utbildning för att hjälpa dem identitet och skydda flickor i riskzonen.
Minst 66 000 flickor och kvinnor i Storbritannien tros vara offer för kvinnlig könsstympning.
Kampanjare säger att flickor löper störst risk att genomgå ingreppet under de långa sommarloven.
ATL antog vid sin årliga konferens i Manchester en resolution om att lobbypolitikerna skulle ta bort denna praxis och utveckla resurser för att ge lärare råd och stödja personal om hur problemet ska hanteras.
Helen Porter, från Berkshire, föreslog att skolpersonalen öppet skulle diskutera frågan med föräldrarna.
"Skolor och utbildningspersonal kan hjälpa till genom att inleda diskussioner med föräldrar, och granska semesterförfrågningar och sommarsemesterplaner från medlemmar i samhällen som utövar kvinnlig könsstympning.
"De bör vara vaksamma för tecken på FGM såsom frekventa toalettbesök och smärta när de sitter ner. Skolorna bör offentliggöra NSPCC:s FGM-hjälptelefon för elever, föräldrar och personal.
"Vi måste sträva efter att stärka flickor genom diskussioner i åldersanpassade PSHE-lektioner (personliga, sociala och hälsorelaterade) som ges av utbildade lärare.
"Vi måste också ge pojkar möjlighet att utmana denna praxis. Vill de ha detta för sina systrar, döttrar, flickvänner eller fruar?"
Porter sade att kvinnlig omskärelse aldrig får beskrivas som kvinnlig omskärelse, eftersom det inte finns någon medicinsk nytta och sällan någon bedövning används.
Hon sa att termen kvinnlig omskärelse var "motsvarande att beskriva avskogning som regnskogens topiary".
Porter sade: "FGM är barnmisshandel. Det är en kränkning av ett barns mänskliga rättigheter, och enligt FN är det en grym, omänsklig och förnedrande tortyr som bör elimineras."
Tendai Mashapure, från Cambridgeshire, sade: " Vi måste engagera oss i skapandet av en gynnsam miljö där individer har befogenhet att fatta beslut som är grundade på barnens bästa intresse.
"FGM kommer inte bara att sluta genom att rikta in sig på dem som utövar FGM, utan snarare genom att samarbeta med alla familjer, fokusera på ungdomar som kommer att bli framtida föräldrar och rikta in sig på de ledare som har inflytande över samhällsmedlemmar.
"Med andra ord, genom att minska efterfrågan på praktiken, kommer den så småningom att bli föråldrad."
ATL:s generalsekreterare dr Mary Bousted sade: " Lärarna har placerats i en ställning med stort ansvar. Vad de nu behöver är tydlig vägledning om hur de ska fullgöra sina skyldigheter.
"De behöver ett tydligt system för att rapportera sin oro."
Dr Bousted välkomnade det brev som utbildningsminister Michael Gove skickade till skolorna förra terminen och uppmanade dem att skydda flickor i riskzonen från vad han beskrev som "den här mycket allvarliga formen av barnmisshandel".
FGM omfattar förfaranden som avlägsnar eller skadar kvinnliga könsorgan av icke-medicinska skäl.
Faror inkluderar svåra blödningar, urineringsproblem, infektioner, infertilitet, psykiska hälsoproblem, komplikationer vid förlossning och ökad risk för dödsfall för nyfödda.
Två män åtalades förra månaden, i samband med utförande av kvinnlig könsstympning, enligt lagen om kvinnlig könsstympning 2003. De var de första i Storbritannien som fick utstå sådana anklagelser.
NSPCC barn välgörenhet inrätta en 24-timmars FGM hjälptelefon förra året.
Lärare bör granska semesterplaner för familjer från samhällen som utövar kvinnlig könsstympning, en konferens har hört.