Den 23-årige behövde 6 200 poäng för OS-kvalificering och uppnådde det med lätthet i Österrike.
Världssilvermedaljör Brianne Theisen-Eaton försvarade sin titel och satte en världsledande 6.765-poäng totalt.
Lettlands Laura Ikauniece-Admidina var tvåa, med Tysklands Carolin Schafer tredje.
Johnson-Thompson, 2014 års mästare, var tvåa totalt efter att ha satt tre personliga bästan på en lovande öppningsdag, men föll efter på dag två efter att ha misslyckats med att lysa i det långa hoppet och spjutet.
Liverpudliern spelade in två lagliga hopp i det långa hoppet, varav den längsta var 6,17m - den sjätte bästa av fältet och något avstånd under hennes livstid bäst av 6,92m.
Men medan hennes prestation i en av hennes gynnade händelser minskade hennes chanser att utmana regerande mästare Theisen-Eaton för titeln, var det tillräckligt för att hålla henne på kurs för OS-kvalificering - och ett steg mot att utrota demonerna från förra årets VM i Peking.
Det var det långa hoppet, hennes katastrofala tre fouls, som förstörde hennes chanser att vinna en medalj förra sommaren och Briton hade medgett att hon skulle vara nervös på banan i Österrike.
När hon tillfrågades om hon var orolig för det långa hoppet i Rio, svarade hon: "Ja, jag tänker inte ljuga, det kommer att finnas, men jag vet att jag kan ta mig igenom det. Det handlar bara om att få tillbaka mitt självförtroende.
"Jag vet att jag har ett stort hopp i mig. Skottet är definitivt ett större bekymmer för mig."
Detta var hennes första stora tävling efter att ha genomgått en knäoperation förra hösten och hon hade upprepade gånger sagt att hennes främsta mål var att få de poäng som behövdes för Rio, där hon förväntas tävla om guld med regerande OS-mästare Jessica Ennis-Hill och Theisen-Eaton.
Behöver 35m eller mer för att hålla henne på kurs mot Rio, Johnson-Thompson kastade 36,66m i spjutet - den näst sämsta i fältet - som lämnade henne kräver en tid på 2:24,50 eller bättre på 800m.
Med ett personligt bäst över två varv av 2:07.64 fanns det lite att oroa sig för, även om bandet på hennes vänstra ben kanske förklarade varför hon tog det lugnt i loppet, klocka 2:16.81 för 11: e snabbaste tiden totalt.
"Jag ville inte pressa och skada mig själv så jag tog det bara som en lätt dag. Känslan av lättnad är mer än något annat, sa hon.
"Mitt mål är definitivt en guldmedalj fortfarande i Rio. Jag har mycket att jobba på mellan då och då men det här är min första gång tillbaka efter operationen, så jag vet exakt vad jag behöver arbeta med."
Den brittiska tonåringen Morgan Lake drog sig tillbaka från tävlingen efter en nedslående öppningsdag i Österrike som lämnade sin 29: e övergripande och osannolikt att uppnå det totala behov som krävs för Rio.
Hennes tränare och far, Eldon Lake, avslöjade att 19-åringen hade lidit av en adduktörsskada och saknade ett antal veckors utbildning som ledde fram till tävlingen.
"Det var alltid en chansning försöker konkurrera samtidigt hantera en skada och, vid detta tillfälle, det inte löna sig," sade han BBC Sport.
Lake, som kommer att ha andra möjligheter att kvalificera sig för Rio, sade på Twitter: "Besviken kommer inte nära hur jag känner just nu, men det har gjort mig ännu mer fast besluten att få kvalet och kämpa för min plats i Rio."
Den 6,200-poäng totalt är mer än vad som behövdes för London 2012, samtidigt uppnå att märket skulle kräva Lake att bryta sitt personliga bästa av 6148, som sattes i Eugene 2014 när hon blev världs junior mästare.
I dekadlonen föll Ashley Bryant i Storbritannien 44 poäng under den olympiska kvalificeringsstandarden på 8100.
25-åringen, som var tvungen att låna valvstavar efter att Swiss Air hade förlorat dem, kunde bara klara 4,40m - 30cm under sitt personliga bästa.
Copatriot John Lane, tävlande för första gången sedan skadan, drog sig tillbaka efter den första dagen som hans poler också misslyckades att anlända.
Han tweetade: " Vissa saker är hanterbara... och försöker slå valv i Österrike när dina stavar är i Birmingham är det inte. Skål @FlySWISS."
Heptathlete Katarina Johnson-Thompson kvalificerade sig för OS i Rio, och avslutade med 6 304 poäng för att komma sjätte vid Hypo-Meeting i Gotzis.