Den 31-årige Indomitable Lion har valt att gå med i 2016/17 turkiska toppflygning löpare upp efter att ha nått slutet av sitt kontrakt med stadens rivaler Galatasaray.
Chedjou, som har 50 internationella framträdanden för Kamerun och spelade på 2010 och 2014 Fifa VM, flyttade till Turkiet 2013 från franska klubben Lille.
Den center-back gjorde 119 framträdanden och gjorde 12 mål för Galatasaray under en fyra år Stint som såg honom vinna ligan titeln 2015.
Han vann också en oöverträffad tre raka turkiska FA Cup-titlar 2014, 2015 och 2016 samt tre turkiska Super Cup 2013, 2015 och 2016.
Istanbul Basaksehir chockade turkisk fotboll genom att avsluta andra bakom Besiktas i ligan och framväxande löpare upp i Cup-finalen förra veckan.
De kommer att tävla i den tredje kvalomgången i Uefa Champions League, medan deras mer lysande stadsrubeller och turkiska fotbollsjättar Fenerbahce och Galatasaray spelar i andra klass Europa League.
Istanbul Basaksehir har meddelat att Kameruns försvarare Aurelien Chedjou har undertecknat ett treårigt avtal.