Procedurerna i London kommer att vara "första gången under täckmantel polisen har utsatts för sträng offentlig undersökning", berättade han för en domstol.
Helen Steel, som hade ett förhållande med en undercoversofficer, sade att polisen begick "brott mot de mänskliga rättigheterna".
Men polisen sa att under täckmantel kan spela en viktig roll.
Advokater som utreder anklagelser för inrikesministeriet säger att de har avslöjat över 80 möjliga justitiemord som rör under täckmantel.
Undersökningar visade att officerare också hade haft relationer med kvinnor under täckmantel, och de hade använt namnen på döda barn.
Undercover: De påståenden som gjorts hittills
Lord Justice Pitchford, som inledde ett förfarande vid Royal Courts of Justice, sade: " Det verkar troligt att undersökningen kommer att avslöja både hedervärt och misskrediterat uppförande, praxis och ledning.
"När utredningen är avslutad kommer utredningen att rapportera till hemsekreteraren och ge rekommendationer om utplaceringen av under täckmantel poliser i framtiden."
"Jacqui", som hade en son med en man hon trodde var en annan djurrättsaktivist, upptäckte inte att han var en hemlig polis förrän 25 år efter att han försvann från sitt liv.
Hon berättade för BBC upptäckten var "som en jordbävning".
"Jag vill att den här utredningen verkligen ska komma fram till sanningen... och komma till någon slutsats om huruvida dessa pengar och den mänskliga misären var värt det."
Hon vill att officerarna själva ska få chansen att ge bevis, kanske anonymt, "och inte behöva oroa sig för den officiella hemlighetslagen eller vad som kommer att hända med dem".
Hon hoppas att det som hände andra kvinnor aldrig ska hända igen.
"Det finns ingen omständighet där ha sexuella relationer för att få information om en grupp, vad gruppen än är, någonsin rättfärdigas."
Hemsekreteraren beordrade omprövningen efter att polisen spionerat på Stephen Lawrences familj.
Neville Lawrence, Stephens far, sade att mer än en domare borde övervaka fallet, eller dess slutsatser bör lämnas till en jury.
"Du har ett gammalt talesätt - två huvuden är bättre än ett", sade han. "Ibland kan en person missa något och den andra kan föra dem tillbaka till där de ska vara."
Och Steel sade: "Dessa under täckmantel polisenheter har begått allvarliga kränkningar av de mänskliga rättigheterna som är fullständigt chockerande i ett förment demokratiskt samhälle. Vi vill se till att de inte händer någon annan igen, och för att det ska hända behöver vi den fulla sanningen för att komma fram."
Fallstudie
"Alison" var medlem i en oberoende politisk grupp i London på 1990-talet när hon bildade en relation med en man som hon kände som Mark Cassidy. De var tillsammans i fem år och bodde tillsammans i fyra år.
Men Mark försvann plötsligt och sa att han hade grälat med sin mor och var deprimerad.
"Hans försvinnande fem år efter att vi träffats var mycket plötsligt och oväntat och gick inte ihop. Jag spenderade en lång tid med att försöka ta reda på var han var och varför han hade gått," Alison berättade Radio 4's Today program.
Hon tror att påståenden om depression var en del av en "exitstrategi" som används av officerare.
"Jag visste att jag var tvungen att gå vidare med mitt liv och jag gjorde det, men fortsatte ändå att leta och söka när jag kunde", tillade hon.
Hon fick senare reda på att Mark hade fru och barn.
"Jag har fortsatt med mitt liv, jag har träffat någon annan som jag växte upp med som barn vilket var den enda anledningen till att jag kunde lita på dem eftersom jag visste att de var de de sa att de var.
"Och jag har haft turen att ha en familj, men många av kvinnorna som detta har hänt har inte varit så lyckligt lottade."
Lord Justice Pitchfords utredning vid Royal Courts of Justice kommer att undersöka polisens infiltration av politiska och sociala rättvisa grupper i England och Wales sedan 1968.
Utredningen förväntas delas upp i tre delar: fastställande av vad som hände, granskning av de förfaranden som vidtagits av polisen för att förhindra oegentligheter, och rekommendationer för framtiden.
Preliminära utfrågningar kommer att inledas i höst och undersökningen kommer att pågå i tre år.
Enkäten innehåller bl.a. följande uppgifter:
Anklagelserna rapporterades först i stor skala 2011 när en tidigare under täckmantel officer, Mark Kennedy, erbjöd sig att hjälpa till att försvara, i domstol, sex miljökampanjer som han hade infiltrerat.
Rättegången kollapsade - och senare samma år fanns det ytterligare avslöjanden om hemliga relationer, av vilka en ledde till ett barn.
Från Dominic Casciani, korrespondent för inrikes frågor i BBC
Anklagelserna om oegentligheter av under täckmantel poliser som har dykt upp sedan 2011 har varit extraordinära.
Denna stadiga ström av berättelser har lett till att en stor offentlig undersökning av deras verksamhet har inletts.
Bredden och arten av vad som påstås är nästan för stor för att förstå, men det handlar i grunden om en enkel fråga om huruvida polisens element var utom kontroll.
Sju nyckelfrågor som utredningen kommer att behandla.
Metropolitan Polischef Sir Bernard Hogan-Howe sade under täckmantel polisarbete var en viktig taktik, men måste göras lagligt.
Han sade till BBC London: " Vi, för polisen, kommer att hävda att våra under täckmantel officerare är otroligt modiga och de har att göra med några mycket farliga människor.
"Vi tycker att detta är en viktig del av vår verktygsuppsättning och om vi inte har det då vi inte lider, men allmänheten kanske.
Den offentliga utredningen av under täckmantel polisen kan "exponera både hedervärt och misskrediterande uppförande", ordförande Lord Justice Pitchford har varnat.