Sporten har beseted av interna käbbel under de senaste åren som inkluderade avgång nationella tränare Billy Walsh.
De senaste radcentren på urval för nästa månads EM.
Två boxare som valts ut av den nye chef Bernard Dunne var inte gummistämplade.
Istället den irländska Athletic Boxing Association central Council beslutade att Dunnes super-tunga vikt plocka Dean Gardiner bör kämpa nationell mästare Martin Keenan i en box-off för att tjäna en plats i Ukraina.
Det finns också en meningsskiljaktighet mellan Dunne och Centralrådet om huruvida nationalmästaren Dean Walsh eller Ballymenas Rio Olympian Steven Donnelly bör vara valet vid welterweight.
Sport Irlands verkställande direktör Treacy säger att Central Councils beslut har undergrävt f.d. världsmästare i superbantamweight Dunne i hans nya roll.
Dunne utsågs förra månaden efter en översyn av det mycket uttröttade irländska lagets misslyckande med att vinna medaljer vid förra årets olympiska spel i Rio.
Treacy träffade IABA:s president Pat Ryan och Irlands minister för idrott Patrick O'Donovan på onsdag morgon för att diskutera den senaste raden.
Chefen för Sport Ireland berättade för Irish Broadcaster RTE att han har "stora bekymmer" över hur sporten drivs.
Treacy hänvisade till en uppenbar splittring över vem innehar ordförandeskapet för IABA.
Joe Christle erkänns av Sport Ireland som organisationens ordförande, men fem styrelseledamöter godkände David O'Brien som alternativ ordförande.
"Gruppvalet är ett symptom på problemet", säger Treacy.
– Det här är uppenbarligen en djupt splittrad styrelse vi träffade i morse, med olika fraktioner inom organisationen.
"Det var lite klarhet fört till att i morse i att alla accepterade Joe Christle var ordförande i styrelsen men det är frågor som fortsätter att växa fram och undergräver det arbete som utförs av IABA."
Treacy insisterade på att Dunne måste tillåtas att utföra sin höga prestanda roll och har gett IABA tjänstemän en månad deadline för att uppdatera sin regelbok.
"Bernard Dunne är en person av högsta kvalitet och en mycket bra prestationsriktning och han måste låta fortsätta med sin verksamhet," tillade Treacy.
"Vi kommer att diskutera allt detta med styrelsen för Sport Irland inom de närmaste dagarna. Jag skulle säga att det (finansiering) är i riskzonen men det är en fråga från styrelsen för Sport Irland.
"Jag skrev till IABA på måndag och frågade dem att regelboken ändras senast den 30 juni."
Sport Irland chef John Treacy har varnat irländska amatörboxnings chefer att deras finansiering är i riskzonen efter den senaste raden inom sporten.