Händelsen sades ha inträffat när Mr Galloway höll ett föredrag i universitetets nya kungsbyggnad.
Han twittrade att han hade en "okänd substans i mina ögon och lungor" men tillade senare att han var "känner sig bättre... behövde bara en bra dusch".
Polisen bekräftade att de hade kallats till en störning kl. 19.45.
Galloway, som är från Dundee, twittrade också: "Någon kallar sig "Trans" och en "anarkist" ledde en fem personer attack på mig på plattformen vid Aberdeen University. Jag fortsatte."
Han sa också på Twitter att hans gravida fru hade hoppat fram för att försvara honom.
En talesman för polisen i Skottland sade att officerare hade besökt High Street i gamla Aberdeen efter rapporter om en störning.
"Förfrågningar är på ett tidigt stadium och inga ytterligare detaljer är tillgängliga vid denna tid," sade han.
Polisen kallades till universitetet i Aberdeen efter rapporter om att en grupp demonstranter hade kastat glitter över före detta parlamentsledamot George Galloway.