Den serbiska FA har anklagats för påstådda rasistiska mässa av fans och båda föreningar om beteendet hos spelare i slutet av spelet.
Våldsamma scener bröt ut kort efter Connor Wickham gjorde i 90: e minuten för att ge England en 1-0 seger.
Ärendena kommer att diskuteras vid nästa ordinarie utfrågning i Uefa Control and Disciplinary Body den 22 november.
En Uefa uttalande lyder: "Uefa har inlett disciplinära förfaranden mot både Fotboll Association of Serbia (FSS) och Englands Football Association (FA) efter ett antal incidenter under och efter Englands 1-0 seger över Serbien i 2013 Uefa European Under-21 Championship play-off andra benet på Mladost stadion i Krusevac tisdagen den 16 oktober 2012.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"När det gäller påstådd rasistisk mässa kommer Uefa att inleda ett förfarande mot FSS om deras anhängares tjänstefel under och i slutet av matchen. Förfaranden kommer också att inledas mot FSS för otillbörligt beteende av Serbiens spelare i slutet av matchen.
"Uefa kommer också att inleda ett förfarande mot FA för det felaktiga uppförandet av Englands spelare i slutet av matchen."
Ögonblick efter Wickhams strejk, som såg till att Stuart Pearces sida kvalificerade sig för Euro 2013, bröt en serie bråk mellan spelare och personal på båda sidor ut som missiler kastades på fältet.
Sunderlands Danny Rose skickades iväg efter sista visselpipan för att ha sparkat bort bollen som reaktion på övergreppet han fick. Han påstod senare att övergreppet var rasistiskt.
Men den serbiska FA släppte ett uttalande på onsdag som säger en koppling mellan on-pitch scuffles och rasism hade "absolut ingen grund" och även skyllde Rose för sammandrabbningarna på grund av "olämpligt, osportsligt och vulgärt" beteende.
FA förkastar denna version av händelserna och uppmanade Uefa att vidta "starkaste möjliga åtgärder" mot alla som befunnits skyldiga till rasism.
FA:s generalsekreterare Alex Horne sade: " Våra spelare och vår personal utsattes för rasövergrepp, våld och missiler kastades på dem under hela matchen.
"Det som hände är oförlåtligt och oacceptabelt. Vi gör ett formellt klagomål till Uefa i dag.
"Vi uppmanar Uefa att vidta kraftfullast möjliga åtgärder mot den serbiska FA, deras anhängare och alla som befunnits skyldiga till att vara inblandade i de många fallen av våld och övergrepp."
Uefa har åtalat fotbollsförbunden i England och Serbien efter tisdagens match under 21.