En disciplinnämnd i IFA valde att inte införa någon sanktion efter att ha funnit att Carrick inte korrekt genomfört chefen Gary Haverons peklinjeförbud.
Utskottet sade att det skulle "utöva sitt utrymme för skönsmässig bedömning" i frågan.
Ett uttalande från Warrenpoint Town hävdade att beslutet "motsäger IFA:s skyldighet att tillämpa objektivitet".
"Styrelsen i Warrenpoint Town har läst IFA Disciplinnämnd beslut om brott mot artikel 23.1 i IFA Disciplinär kod av Carrick Rangers FC Manager," uttalandet började.
"Vi är chockade över att IFA har funnit Carrick skyldig misslyckades med att genomföra den förmaning som krävs enligt fastställda regler.
"Styrelsen kommer snart att sammanträda för att diskutera denna fråga ytterligare och det klagomål vi formellt tog upp om behörighet som är i beyance."
Carrick ställdes inför en möjlig trepunktsavdrag och nedflyttning från toppflygningen, plus en eventuell böter på minst 350 pund, om resultatet av utfrågningen inte gick till deras fördel.
I ett uttalande som offentliggjordes på onsdagskvällen angav dock utskottet att "rättvisans intressen bäst tjänades genom att man inte utdömde någon sanktion under alla omständigheter".
Ballinamallard United och Institute väntar på ett datum för den andra etappen av deras promotion-relegation play-off, Mallards har vunnit det första benet 2-1 på Riverside Stadium den 6 maj.
Haveron satt ut en tre-spel förbud delas ut av IFA, men var i utgrävningen för sin klubb match mot Dungannon Swifts den 23 April när han inte borde ha varit.
"Klubben förklarade inte till kommitténs belåtenhet varför startdatumet för avstängningen som anges i den ursprungliga laddningsbrev (18 April 2016) inte uppfylldes och därför utmaningen från Carrick Rangers inte upprätthölls," läsa IFA uttalande släpptes på onsdag kväll.
"Kommittén tog hänsyn till de synpunkter som framförts på klubbens vägnar och beslutade att utöva sitt utrymme för skönsmässig bedömning enligt det övergripande mål som anges i artiklarna 1.6 och 1.7 i disciplinlagen och fann att ingen sanktion bör tillämpas."
"Vid tillämpningen av sitt utrymme för skönsmässig bedömning tog den hänsyn till vad den fann vara klubbens ärliga avsikt att göra en avstängning, till det faktum att tre matcher hade serverats och till att det fanns synpunkter om eventuell förvirring i det sätt på vilket avstängningen skulle genomföras."
Warrenpoint Town säger att de är "chocked" av en IFA-dom som bekräftade deras nedflyttning från Premiership och såg Carrick Rangers stanna i toppflyget.