FN:s kommitté för barnets rättigheter sade att alla barn borde få en "helt inkluderande utbildning".
Kommittén består av 18 medlemmar från länder som Bahrain, Spanien, Italien och Etiopien.
Deras senaste rapport undersöker hur Storbritannien genomför FN:s stadga om barnets rättigheter.
Den innehåller dock ett antal rekommendationer som är specifika för Nordirland.
Den säger att i Nordirland fortsätter "segregering genom religion" och uppmanar den verkställande makten att "aktivt främja ett fullständigt integrerat utbildningssystem och noggrant övervaka tillhandahållandet av gemensam utbildning".
Rapporten fortsätter med att säga att abort bör avkriminaliseras i Nordirland "under alla omständigheter" och att den verkställande myndigheten bör "granska sin lagstiftning i syfte att säkerställa flickors tillgång till säker abort och vård efter abort".
Den rekommenderar också att barnen själva skall kunna besluta att inte vara med vid religiös tillbedjan i skolorna, i stället för att behöva dras tillbaka av sina föräldrar.
Religiös utbildning och kollektiv gudsdyrkan är för närvarande obligatorisk i Nordirlands skolor.
Föräldrar har verkligen möjlighet att dra tillbaka sitt barn från dessa på grund av samvetet.
Verkställande direktören för Integrated Education Fund (IEF), Tina Merron, välkomnade kommitténs stöd för integrerad utbildning.
"Detta är ett mycket välkommet stöd för målen för den integrerade utbildningsrörelsen och representerar ett erkännande på högsta nivå av att ungdomar i Nordirland till stor del växer upp i ett sammanhang av splittring och separation enligt religiös tradition", sade hon.
"Jag är mycket glad över att se ett så tydligt uttryck för stöd till utbildningsreformer och hoppas att det nu blir centralt i det nya verkställande mandatet."
Rädda barn NI sade en annan av rapportens resultat belyste höga nivåer av barnfattigdom här.
"Vi hoppas att NI Executive kommer att ta FN-kommitténs rekommendationer på allvar och genomföra dem genom det nya regeringsprogrammet", sade de.
Utskottets fullständiga rapport innehåller nästan 100 iakttagelser eller rekommendationer inom ett antal områden, bland annat utbildning, medborgerliga rättigheter, vård och mental hälsa.
Utskottet kan dock inte tvinga de brittiska regeringarna att ändra lagstiftningen.
Oreglerade överföringstester i Nordirland bör avskaffas, har en FN-kommitté sagt.