Tidskriften Grocer rapporterade att företaget tar ut 2,64 pund för en 250g burk.
Det är det första snabbköpet som höjer priset på Marmite sedan den senaste tidens tvist mellan Tesco och tillverkaren Unilever om effekterna av det fallande pundet på produktionskostnaderna.
En talesman för Morrisons sade: "Ibland måste vi höja priserna till följd av att kostnaderna stiger."
Unilever har höjt grossistpriset på många hushållsprodukter, inklusive PG Tips te och Pot Nudlar, eftersom faller i värdet av sterling har ökat kostnaden för produkter som tillverkas utanför Storbritannien.
Det brittiska pundet har förlorat nästan en femtedel av sitt värde sedan Storbritannien röstade för att lämna EU i en folkomröstning i juni. Det är världens sämsta valuta på de globala penningmarknaderna i år.
Detta gör importerade varor dyrare eftersom de fortsätter att kosta samma i dollar eller euro, men priset är högre när de omvandlas till sterling.
Morrisons sa att det gjorde sitt bästa för att undvika att sätta upp priserna. Det tillade: "Mer ofta än inte har vi sänkt priserna och mer än 3.000 produkter är för närvarande billigare i våra stormarknader än de var förra året."
Tescos rad med Unilever bröt ut tidigare denna månad och har sedan dess lösts, enligt båda sidor.
Grocern rapporterade dock att både Tesco och Asda har höjt priserna på ett antal Unilever-produkter, och Morrisons har också ökat priserna på andra produkter som företaget tillverkar.
Enligt stormarknad webbplatser kostar en 250g pott Marmite £ 2,64 i Morrisons, £ 2,50 i Sainsbury's, £ 2,35 i både Waitrose och Tesco och är på special i Asda för £ 2.
Supermarket kedja Morrisons har ökat kostnaden för en burk Marmite med 12,5%, säger detaljhandeln experter.