Oro hade väckts av Pakistan Cricket Board över hot från Hindu extremister, som attackerade kontor indiska cricket styrande organ förra året.
Men PCB ordförande Shaharyar Khan sade på torsdag att laget hade rensats för att spela i mars och april.
"Jag är glad att vår regering har gett sitt samtycke", säger Shaharyar.
"Som en plikt av omsorg, har vi bett [värld cricket styrande organ] ICC att införa särskilda arrangemang för Pakistan cricket laget medan i Indien."
Indien och Pakistan har inte spelat en testserie sedan 2007 på grund av nedfallet från terroristattackerna mot Mumbai 2008, skyllde på militanter baserade över gränsen.
Sedan 2009 har Pakistan spelat sin "hemliga" testserie i Förenade Arabemiraten efter en terroristattack mot det besökande Sri Lankas lag ledde till en bojkott på turnéer till landet.
World T20 löper från 8 mars till 3 april.
Pakistan är planerade att spela en kval laget på 16 Mars i Kolkata, sedan värd Indien den 19 Mars i Dharamsala.
Pakistan kommer att spela i World Twenty20 efter att regeringen godkänt deras deltagande i Indien.