Zanzibar, som officiellt är en del av Tanzania men som har en egen regering, fick enhälligt godkännande vid Confederation of African Footballs generalförsamling i mars.
Skärgården har länge hoppats på att bli medlem i det internationella fotbollssamfundet och fick sin tidigare ansökan avvisad av Fifa 2005.
"Efter inträdet av Zanzibar i CAF har TFF nu formellt lämnat in en ansökan om att Zanzibar ska bli medlem i FIFA. "TFF:s president Malinzi skrev på sitt officiella Twitter-konto på söndagen.
Zanzibar Football Association (ZFA) har redan uppfyllt ett avgörande krav som anger att nationella föreningar måste vara anslutna till kontinentala förbund innan de kan ansluta sig till Fifa.
Om Fifa accepterar Cafs 55:e medlemsförening, då blir det den 212:e medlemsföreningen för världsfotbollens styrande organ.
Det kommer också att ges rösträtt om globala fotbollsfrågor och det nationella laget kommer att kunna delta i VM 2022.
Zanzibar var tidigare associerad medlem på kontinenten, vilket gjorde det möjligt för dess klubbar att spela i Caf tävlingar men dess landslag uteslöts.
Det halvautonoma territoriet förväntas delta i 2021 års Afrika Cup of Nations kvalificering.
Tanzanias fotbollsförbunds (TFF) president Jamal Malinzi har bekräftat Zanzibars nya försök att bli medlem i Fifa.