Transportminister Humza Yousaf sa att ett nytt charteravtal skulle göra slut på den långa raden om sjömännens lön.
RMT-facket hade hävdat att några arbetare ombord på två fraktbåtar fick mindre än 4 pund i timmen.
Stadgeändringen kommer att se kontrakterade tjänster återgå till operatören Serco Northlink från nästa månad.
Godsfartygen Hellier och Hildasay har trafikerats av Seatruck, som har kontrakt med Serco Northlink.
Seatruck hävdade att den nationella minimilönen inte var tillämplig på besättningen, av vilka många är bosatta utanför Storbritannien.
Serco Northlink sade att det hade upprepade gånger erbjudit sig att överbrygga lönegapet och tillbakadatera det, men Seatruck vägrade att acceptera.
Yousaf sade att de nya bestämmelserna skulle träda i kraft i början av nästa månad, med förbehåll för att vissa finansiella och regleringsmässiga detaljer slutförs.
Han sade: " Jag är mycket glad över att se en principöverenskommelse nu på plats för att få ett slut på denna långvariga fråga kring de fraktfartyg som betjänar de norra öarna.
"Den nya stadgan kommer att göra det möjligt att lösa lönefrågan. I fortsättningen kan jag bekräfta att alla besättningsmedlemmar kommer att få åtminstone minimilönen."
Serco Northlink tilldelades det sexåriga kontraktet för norra öarna på 243 miljoner pund 2012.
Den driver tre färjor och två lastbåtar till norra öarna på en rutt som är kraftigt subventionerad av den skotska regeringen.
En överenskommelse har nåtts om att se till att utländska arbetstagare på fraktbåtar som betjänar Orkney och Shetland får åtminstone minimilönen.