Onsdagens vänliga mot Kanada på Påskvägen var glest närvarande och publiken för söndag förväntas vara långt ifrån Hampdens kapacitet.
"Jag skulle bara bönfalla supportrar att, i värsta fall, komma med och om vi är skräp, bua oss", sade biträdande chef.
"Du vet aldrig, vi kanske är anständiga och de kanske har något att heja på."
Skottland sitter femte i Grupp F efter fyra matcher, med manager Gordon Strachan erkänna att tre punkter är ett måste hemma för oslagbara slovener, som är tvåa bakom England.
Back-to-back 3-0 bort nederlag till Slovakien och England har gjort utsikten att nå en första större turnering sedan 1998 fjärrkontroll.
"Jag kan bara säga till fans jag vet att det finns en grupp av spelare som går in i detta spel enormt beslutsamma och positiva oavsett tidigare resultat eftersom de spelar bra i bra situationer på sina klubbar," tillade McGhee.
"Så vi förväntar oss att se en positiv reaktion som supportrarna kunde njuta av."
Och McGhee säger att ingen ska läsa in för mycket i en nedslående 1-1 vänlig dragning mot Kanada.
"Laget kommer att förändras", betonade den tidigare Morwell chefen.
"Om vi satt här och sa att laget som vi hade igår kväll är samma lag som kommer att spela på söndag, och därför chefen måste komma på någon historia för att övertyga dem om att de kommer att göra bättre på söndag än de gjorde igår kväll, då skulle jag vara orolig.
"Men så är inte fallet. Igår kväll hade inte mycket relation till söndagen.
"Det var en övning i något annat: en eller två personer får spel; Tom (Cairney) få en start och presentera honom för människor.
"Så jag känner inte riktigt att det var mycket som jag såg som är relativt till söndag.
"Vi har vetat hela tiden vikten av söndag kväll och har ett helt annat sätt att tänka på söndag än vi gjorde igår kväll."
Mark McGhee har uppmanat fans att dyka upp för Skottlands VM-kvalificerare mot Slovenien - men säger att de kommer att ha rätt att bua en dålig prestation.