Det senaste påståendet kom som en kvinnlig elev, som påstod att hon våldtogs av en lärare 1990 medan du gick på dess tidigare juniorskola, talade till BBC.
Kate, som vi inte identifierar, berättade sin historia för polisen för två år sedan men fallet kollapsade.
Gordonstoun sa att det var förpliktigat att hjälpa polisen.
BBC Scotland talade med Kate, som hävdade att hon blev våldtagen av en lärare på en campingresa 1990 när hon var en 12-årig elev på Gordonstouns förberedande skola, Aberlour House.
Hon berättade så småningom sin historia för polisen, men fallet kollapsade efter att ett annat vittne drog tillbaka sitt uttalande i sista minuten.
Kate, som nu bor i England, har nu gått med i en grupp tidigare elever som kräver en förändring av Skottlands bekräftande lagar och ber skolan att ta itu med de många påståendena om mobbning och övergrepp.
Hon sade: " Jag kommer ihåg att jag kände mig mycket isolerad, eftersom det var första kvällen av resan det hände. Jag hade ingen aning om vad som precis hade hänt mig.
"Jag håller skolan i högaktning men uppenbarligen fanns det brister på den tiden.
"En ursäkt är alltid en trevlig sak att höra. Jag vet att det är en annan era men det skulle vara trevligt att höra en ursäkt."
Polisen i Skottland bekräftade att den har kontaktats av en annan före detta elev de senaste dagarna när det gäller vad den kallar en historisk fråga i Gordonstoun.
I ett uttalande sade Gordonstoun: " Vi blev chockade och bedrövade över Kates berättelse om hennes erfarenhet i Aberlour House.
– Fall av detta slag måste vara ofattbart smärtsamma för offren och vi är fast beslutna att hantera alla fall av historiska övergrepp så öppet som möjligt, hjälpa polisen med alla undersökningar och framför allt stödja offren på alla sätt vi kan.
"Vi har gett polisen obegränsad tillgång till arkiven vi har för Aberlour House.
"Vi blev förvånade och besvikna över att hennes fall inte gick till domstol och fortfarande finns tillgängligt för att hjälpa framtida utredningar."
En annan före detta elev vid Gordonstoun offentliga skola i Moray har kontaktat polisen för påståenden om historiska sexuella övergrepp, har det dykt upp.