Tortoisen, känd som Speed, hade varit i geriatrisk nedgång under en tid.
Väktare på San Diego Zoo hade använt akupunktur och hydroterapi för att behandla hans artrit och andra sjukdomar.
År 1933 fördes hastighet till Kalifornien som en del av ett program för att bevara de utrotningshotade arterna från ön Volcan Cerro Azul i Galapagos utanför Ecuador.
Tretton Galapagos sköldpaddor finns kvar i djurparken.
Gruppen har producerat mer än 90 avkommor som finns i många andra djurparker.
Många av dem har blivit skjutna av Speed.
En jättestor Galapagos sköldpadda som är mer än 150 år gammal har avlivats på ett zoo i Kalifornien.