Sommarrutterna skulle sluta i slutet av september, men på grund av dålig sätesförsäljning stoppar flygbolaget trafiken i slutet av augusti.
Flygbolaget sade att det hade omfördelat sina flygplan till "rutter med större efterfrågan".
Det sade att det skulle erbjuda en "full återbetalning eller alternativa flyg" till kunder som bokades för att flyga i September
"Vi ber uppriktigt om ursäkt för den olägenhet som orsakas", sade en Aer Lingus uttalande.
Aer Lingus har bett kunderna om ursäkt efter att ha ställt in alla sina flygningar i september från Belfast till Mallorca och från Belfast till Alicante, Spanien.