I en tweet, Eastleigh kandidat Patricia Culligan hävdade en liberal demokrat står i en annan plats "deliberat blev hiv positiva men gratis NHS vård v kostsam".
Hon syftade på Paul Childs som står i Liverpool Riverside. Han visade att han var hiv-positiv förra veckan.
När hon verkade ifrågasätta kostnaden för att behandla brittiska patienter gick Culligan längre än Nigel Farage, som kontroversiellt sagt att utlänningar med hiv inte bör behandlas gratis av NHS.
UKIP-ledarens kommentarer under förra veckans TV-debatt hälsades med stor kritik från några av de andra ledarna. Han insisterade på att det var rätt att "sätta vårt eget folk först".
Patricia Culligan tog bort sin tweet och bad om ursäkt efter UKIP kontaktades av BBC på torsdag kväll.
I ett uttalande sade partiet: "Vi stöder helhjärtat NHS att vara fria på plats för tillgång och höll offentligt finansierade.
"Vi har talat med Culligan och rådde henne att dra tillbaka den kommentar som verkar sammanfatta två mycket separata frågor."
I en uppföljande tweet sade hon "hemskt" be om ursäkt för "alla helt oavsiktliga brott", säger hon hade fel läst en Mail Online artikel om Mr Childs.
Hon tillade: "Jag har inget annat än sympati för de drabbade."
Det är dock inte klart om hon anser att NHS bör ransonera eller minska behandlingen av brittiska hiv-sjuka.
UKIP vann nästan Hampshires säte i Eastleigh i ett urval 2013.
Culligan valdes ut i september förra året för att kämpa för UKIP.
Liberaldemokraterna sade att hennes kommentar var "avskyvärt och djupt kränkande".
En partitaleskvinna sade: "De liberala demokraterna kommer alltid att stå upp för de liberala brittiska värderingarna tolerans, generositet och anständighet."
För en fullständig lista över kandidaterna i Eastleigh klicka här.
För motsvarande lista i Liverpool Riverside klicka här.
UKIP:s kandidat i en viktig allmän valplats har tvingats be om ursäkt efter att hon verkade ifrågasätta kostnaden för NHS för att behandla brittiska människor som är hiv-positiva.