Det är mer allvarligt och mörkare, lite som Doctor Who i sin senaste serie.
Alla var inte nöjda med den förändringen, men teamet bakom Atlantis säger att de är beredda på all kritik.
– Showen är gjord för att arbeta för vattendelare, säger den verkställande producenten och medskaparen till Atlantis Johnny Capps.
"Jag tycker att publiken nu är mycket mer sofistikerad än tidigare.
"Barn utsätts för mycket mörkare och intressantare material än de brukade vara.
"Så jag tror att du måste reflektera det i det faktum att din publik är mer sofistikerad."
Han säger att tack vare deras senare tid kl. 20.30 hoppas de kunna fånga vuxna och barn.
Och att göra programmet mörkare är inte nödvändigtvis en dålig sak.
– Jag tycker att det är bra eftersom du visar livets komplexitet och känslomässiga berättelser, säger han.
"Så jag tycker att de är rikare och jag tror att en familjepublik kommer att lära sig mer om livet, eftersom showerna är mörkare.
"Så de visar den ljusa sidan och den mörka sidan. De visar konsekvenserna av känslomässiga berättelser."
Jason, som spelas av Jack Donnelly, säger att han var orolig för förändringarna och hur de skulle tas emot av publiken.
"Det är inte alls som serie ett", säger han till Newsbeat.
"Jag pratade med Mark (Addy) och Rob (Emms) om det häromdagen, och det är inte ens riktigt en uppföljning.
"De har startat om hela serien.
"Det är mycket mörkare, mycket allvarligare, alla avsnitt är serialiserade, en leder in i den andra, leder in i den andra. [De är] inte fristående historier längre."
Men är teamet redo för motreaktionen?
"Något ja", medger Jack.
"Jag ska vara ärlig, Mark, Rob och jag själv, vi var oroliga i början eftersom vi skulle typ bygga upp en rytm med varandra förra året.
"Vi visste vad vi gjorde, och det fanns en humor som underskred alla allvarliga ögonblick.
"Och vi har på sätt och vis varit tvungna att gå bort från det, under producenten säger, "Du vet att detta är en ny riktning vi går i."
"Och efter att ha sett några av episoderna, bara grova nedskärningar, skulle jag säga att det kanske inte är lämpligt för alla yngre medlemmar av publiken [som] det var förra året.
"Men jag tror att showen generellt sett har förbättrats.
"Jag tycker att det är positivt, där de har tagit det. Och det gör det bara mer intressant.
"Så för alla vi förlorar hoppas jag att vi ska få någon annan."
Atlantis är på BBC One på lördagar från 20:30 GMT
Följ @BBCNewsbeat på Twitter och Radio1Newsbeat på YouTube
Den nya serien av BBC Ones drama Atlantis börjar på lördag kväll, men fansen blir varnade för att rusta sig för en helt annan show.