En mässa för Eoghan Chada, 10, och hans bror RuairÃ på 5, sades i St Lazerians kyrka, Ballinkillen, i County Carlow.
Parisprästen Fader Declan Foley sa att pojkarnas död var "bortom fattningsförmåga".
Han sade när deras kroppar upptäcktes, det var som "om jorden hade kvävts och huset hade skakat".
Parisprästen Fader Declan Foley sa att paret hade skänkt glädje och lycka till sin familj och samhället i Ballinkillen.
Han tänkte på att pojkarna i söndags hade varit i kyrkan med sin mormor och hjälpt henne städa upp efter mässan.
I fredags begravdes pojkarna på den angränsande kyrkogården till kyrkan.
Tjänsten inbegrep pojkens favoritberättelse i Bibeln, Noas ark, och en återspegling av fader George Augustine, en indisk präst från Portlaoise.
"Deras dödsfall har bedövat hela samhället men särskilt föräldrarna till sina klasskamrater, och deras stora oro var hur de skulle berätta för sina egna barn denna sorgliga nyheter," Fr Foley sade.
I fredags beordrade en domare att pojkarnas far, som åtalas för mordet, skulle genomgå medicinsk behandling.
Sanjeev Chada, 43 år, från Ballinkillen, County Carlow, häktades ytterligare när han infann sig vid en tingsrätt i County Roscommon.
Kropparna av Eoghan och RuairÃ på Chada upptäcktes i ett fordon som kördes av deras far i County Mayo på måndagen.
Deras far åtalades för morden på torsdag kväll.
Hundratals människor har varit med vid begravningen av två unga pojkar som hittats döda i kängan på en bil i County Mayo.