Operatörer som Uber och GrabTaxi måste nu registrera sig hos landets Land Transport Authority.
Enligt reglerna kan de avgifter som bokningsapparna tar ut inte överstiga de som betalas av vanliga taxibolag.
De nya åtgärderna kommer att genomföras från och med andra kvartalet nästa år, sade regeringen på fredag.
"För att säkerställa att taxitjänster förblir lika tillgängliga för alla allmänheten, budgivning och förhands tippning för taxitjänster kommer inte att tillåtas," LTA lagt i ett uttalande.
Rika stadsstaten Singapore är bland de dyraste platserna i världen att äga en bil, med många pendlare förlitar sig på taxi för att komma runt.
Populariteten av taxi bokningstjänster har ökat i staden med nästan 5,4 miljoner människor, särskilt under rusningstid.
Uber har expanderat snabbt i Singapore erbjuder tjänster som high-end UberExec och billigare UberX bilar, tillsammans med en tjänst för att boka vanliga taxibilar.
Företaget sade att de nya reglerna inte skulle påverka dess extra tjänster, eftersom det redan har partnerskap med licensierade limousine och hyrbilsföretag.
"Vi uppskattar att LTA har erkänt fördelarna vår teknik ger, och liksom Uber, sätter intresset och säkerheten för konsumenter och förare först," säger Uber regionala general manager för Sydostasien, Mike Brown, i ett uttalande till Reuters.
Det San Francisco-baserade företaget har mött protester runt om i världen av taxiförare som är emot dess tjänster, vilket gör att människor kan bli olicensierade taxiförare genom att använda sina egna bilar.
Singapore planerar att reglera tredje part taxi bokningsappar såsom Uber genom att kapa avgifter och begränsa dem till att endast använda licensierade fordon och förare.