Brittiska och irländska Lion North, 23, har tecknat ett nytt kontrakt med Northampton Saints i Englands Premiership.
23-åringens tidigare avtal skulle löpa ut nästa sommar och han hade kopplats samman med en återkomst till Wales.
"Vi skulle alla vilja se våra bästa spelare spela i Wales," Davies sade. "Varför skulle vi vilja ha det annorlunda?"
Davies var Scarlets verkställande direktör när North lämnade dem för Saints 2013, och flyttade till Pro Rugby Wales roll i september 2014.
Han skulle vilja se spelare som North tillbaka i Wales att erbjuda en "avkastning på investeringar till de regioner som har utvecklat dem" samt att belöna fans och inspirera yngre spelare.
Davies tillade: " Ur den nationella gruppens synvinkel är tränarna mycket tydliga med att de i grunden tror att det är en bättre miljö när det gäller spelarhantering för spelarna att spela i Wales.
"De kan hantera dem bättre i samarbete med regionerna."
Nord, som är 55 gånger större än Wales och även 2013 års Lions-turist i Australien, har dykt upp 42 gånger för Saints.
Det fanns spekulationer han kunde emulera Wales lagkamrat och tidigare regional kollega Jonathan Davies, som kommer att återvända till Scarlets från Clermont Auvergne på en walesisk rugby Union dubbla kontrakt nästa säsong.
Tidigare Wales centrum Tom Shanklin är också besviken North kommer att förbli i England.
"Det är förmodligen bra för honom personligen eftersom han är på en mycket bra klubb och i en mycket bra liga," Shanklin berättade Scrum V Radio.
"Men jag vill se alla walesare tillbaka. Det kommer att stärka vår liga och vår produkt på fältet.
"Vi hade några bra nyheter Jon Davies kommer tillbaka så det är lite av en skam."
Wales flygel George Norths beslut att inte återvända till en walesiska region är en besvikelse, säger Rugby Wales verkställande direktör Mark Davies.