Spaniard Garcia, spelar sin första händelse i Europa sedan vinna Masters, sköt en två-under 70 på fredag, vilket lämnar honom åtta under par totalt.
Sveriges vinnare Stenson, 2016 års vinnare, fick en tre-under 69 i sin andra omgång då han fortsatte förberedelserna för ett försvar av sin Open-titel i juli.
Paret är ett skott bakom svensken Joakim Lagergren och Frankrikes Joel Stalter.
Englands Tommy Fleetwood, som slutade fjärde på US Open på söndagen, är bunden för 11: e, tre slag på drift av ledarna i München.
Men landsman Richard Bland flyttade nivå med Garcia och Stenson med en andra rond 69.
Fellow Englishman Matthew Southgate var ett skott längre tillbaka på sju under par totalt.
"Jag är inte på toppen av mitt spel på något sätt men jag tycker att det var en bra typ av professionell fighting display," Stenson sade.
"Vi höll det ganska snyggt, i alla fall, och gjorde ett par birdies när vi hade chanserna och inte släppa för många. Du behöver inte skämmas för tre under antar jag här. "
Sergio Garcia och Henrik Stenson är ett skott ur farten efter den andra omgången av BMW International.