Soldater och upploppspoliser bemannar ingången till byggnaden.
Det följer av förra veckans domstolsbeslut att NFF:s president Amaju Pinnick förlorade sin post till Chris Giwa i valet i september 2014.
Giwa och hans team hade sagt att de skulle ockupera och ta över NFF kontor för att börja arbeta på måndag.
NFF har överklagat domstolsbeslutet och insisterat på att Pinnick fortfarande är chef för förbundet.
Och personal vid Fifa-erkända NFF, inklusive generalsekreteraren Mohammed Sanusi, arbetar för närvarande i byggnaden.
Giwas fraktion och all annan icke-NFF-personal har nekats tillträde till fotbollshuset av polisen, som har varit närvarande sedan söndagen.
"Vi kom hit i morse och polisen begärde våra identitetskort, sedan vi släpptes in på våra kontor," en NFF anställd berättade BBC Sport.
"Bara de som saknar bevis på NFF-identifiering hindras från att komma till byggnaden."
Den pågående maktkampen innebär att Nigeria står inför utsikten till ett fifa-förbud, som skulle kunna äventyra deras VM-kvalificering.
Säkerhetsstyrkorna kontrollerar vilka som går in i huvudkontoret för den krisdrabbade nigerianska fotbollsfederationen i huvudstaden Abjua, har BBC Sport lärt sig.