Det är mer än två gånger det belopp som ursprungligen uppskattades i en undersökning av FN-personal.
Parlamentet misstänker att pengarna gick till FN-assistenter som egentligen inte arbetade för parlamentsledamöter, men som var engagerade i FN-partiets arbete i Frankrike.
De anklagelser som FN förnekade har nu gått till franska utredare.
Le Pen arbetar för den andra omgångens omröstning i presidentvalet den 7 maj. Hennes rival, liberale centrist Emmanuel Macron, ligger före henne i opinionsundersökningar.
De påstådda bedrägerierna - från 2012 och framåt - rör henne och flera andra FN-parlamentariker. FN är mycket kritiskt till EU och förkastar dess liberala, fria marknadsagenda.
Le Pen säger att hon är offer för en politiskt motiverad vendetta.
Vad gör Marine Le Pen längst till höger?
På djupet: Le Pen och uppgång av National Front
Europaparlamentet undanhåller för närvarande hälften av Le Pens lön och utgifter, eftersom det försöker få tillbaka pengar som hon är skyldig.
För närvarande har FN 24 parlamentsledamöter, Frankrikes största kontingent.
Le Pen har vägrat att besvara en kallelse om ärendet i Frankrike och åberopat sin immunitet som parlamentsledamot.
BBC:s Hugh Schofield i Paris säger att de flesta väljare som dras till FN redan är mycket misstänksamma mot EU, och kanske inte ser det påstådda bedrägeriet som en särskilt allvarlig fråga.
I tisdags gick Le Pen åt sidan som FN-ledare och sade att hon måste stå över partipolitiska överväganden i presidentvalet.
FN:s nya tillfälliga ledare är Jean-François Jalkh, och han har omedelbart fångats i en rad över en 2000 intervju, där han citeras som tvivlande nazisternas användning av Zyklon B cyanid gas för att mörda judar och andra offer i dödslägren.
"Jag anser det tekniskt omöjligt - jag upprepar, omöjligt - att använda det... i massmord. Varför? Eftersom du måste vänta flera dagar innan du kan dekontaminera en plats där Zyklon B användes, "Le Monde citerade honom som säger.
När Le Monde frågade honom om kommentaren kallade han det "smutsigt skräp" och sade att han inte hade "inget minne av detta [intervju]".
För ett år sedan bötfälldes FN:s grundare, Jean-Marie Le Pen, för att ha kallat de nazistiska gaskamrarna för en "detalj" av andra världskriget.
Han dömdes för att ha bestridit brott mot mänskligheten. Han fick samma dom 2012 för att han kallade den nazistiska ockupationen av Frankrike "inte särskilt omänsklig".
Marinen, hans dotter, kritiserade starkt den 9 april när hon föreslog att Frankrike inte var ansvarigt för en krigsrunda 1942 på 13.000 judar, som sändes från Frankrike till nazistiska dödsläger.
Den franska presidentkandidaten Marine Le Pens högerextremistiska nationella front kan ha lurat Europaparlamentet på omkring 5 miljoner euro (4 miljoner pund, 5,4 miljoner dollar), säger EU:s källor.