De små identitetsmärkena är i grund och botten små ofullkomligheter i materians byggstenar, vilket gör dem praktiskt taget omöjliga att klona.
De skulle kunna användas som grund för ett robust system för autentisering av hårdvara och programvara.
Närmare uppgifter om arbetet finns i tidskriften Scientific Reports.
Forskarna från de brittiska universiteten i Lancaster och Manchester byggde små, skiktade metalliska strukturer i labbet och införlivade "designbrister" som var unika för objektet.
"Vad du gör är att krympa dessa system så långt de kommer att gå", medförfattare Jonathan Roberts från Lancaster berättade BBC News.
"Det intressanta är att man inte kan klona dem. För att klona dem måste man effektivt mäta [avtrycken] atom-för-atom. Du kan bara inte göra det."
Fingeravtrycksstrukturerna visades på nanoskalan där kvantmekanikens lagar tar över från de som dominerar på större skalor.
Men forskarna säger att det är ett principbevis som kan integreras i befintliga chip tillverkningsprocesser.
"Dessa skulle kunna användas för att autentisera all elektronisk utrustning och vara 100% säker", sade Roberts.
"Att ha en av dessa enheter i varje enskild elektronisk utrustning, kan du utmana den elektroniska enheten och se vad den ger för att identifiera den."
"Om du föreställer dig självkörande bilar kommunicera med en falsk server, kan det få dramatiska konsekvenser."
Tekniken kommersialiseras redan genom ett spin-out företag Quantum Base.
Följ Paul på Twitter.
Ett fingeravtryck i atomskala skulle kunna öka säkerheten för uppkopplade enheter, enligt brittiska forskare som har utvecklat det.