Govia Thameslink (GTR), moderbolag i södra järnvägen, betalade £2 233,000 i 2015-16, som det sade var cirka 50% mer än under 2014-15.
Företaget fortsatte att möta ytterligare störningar i år, med månader av strejker i rad över vakternas roller och höga sjuknivåer på södra.
Ersättningssiffror för 2016-17 har ännu inte offentliggjorts.
I december förra året, vilken konsumentgrupp? Ett "superklagomål" mellan påståendena om att systemet för att erhålla ersättning för försenade resor var alltför komplicerat.
Järnvägsregulatorn, byrån för järnvägar och vägar (ORR), utfärdade också ett antal rekommendationer till industrin - som att öka medvetenheten om vilken ersättning som fanns tillgänglig och göra ansökningsformulären lättare att förstå.
Oberoende watchdog Transport Focus har hittat andelen människor som begär ersättning har nästan tredubblats under tre år, från 12% i 2013 till 35% i år.
ORR: s vice chef för konsumenter, Stephanie Tobyn, krävde fortsatta framsteg och sade: "Mer behöver göras."
Järnvägsministern Paul Maynard sade: " Passengers behöver veta att de kommer att kompenseras rättvist.
"Vi har arbetat med partners inom järnvägsindustrin för att säkerställa att passagerarna är medvetna om sin rätt att kompensera för störningar och samtidigt gör vi ansökningsprocessen enklare och snabbare så att det blir lättare och mer attraktivt att ansöka."
Data som släpptes av regeringen och Network Rail visade också GTR fick mer än £ 22m från Network Rail som ersättning för avbrott, men GTR sade att dessa betalningar hade gått till regeringen.
Järnvägsleveransgruppen, som representerar tågoperatörer, sade Network Rail betalningar var "helt separerade" från dem som gjorts till passagerare.
Den nettobetalning som järnvägsföretaget erhöll från Network Rail uppgick till 22 444 616 71 £.
Ett problemat järnvägsbolag betalade mer än 2 miljoner pund i ersättning förra året för störningar till passagerare, siffror har visat.