Den lanserade ett system för 500 brittiska tonåringar mitt i den annalkande personalbristen, och Guardian rapporterade att de unga bara skulle få gratis mat.
Men efter online kritik, smörgås kedjan sade att det skulle betala deltagarna och ge dem gratis mat.
Byrån sa att den såg "hur passionerade människor känner för initiativet".
En av 50 Pret sökande är brittiska
Företaget lanserade sin Big Experience Week efter att det sagt att det skulle kämpa för att bemanna sina butiker efter Brexit eftersom bara en av 50 arbetssökande är brittiska.
Dess chef för mänskliga resurser, Andrea Wareham, sade att brittiska arbetssökande inte såg det som en önskvärd arbetsplats.
The Big Experience Week skulle ge deltagarna exponering för aspekter av sin verksamhet, inklusive livsmedelsproduktion, kundservice, "socialt ansvar" - beskrivs som vård för hemlösa - och ekonomisk kontroll, sade Pret.
Efter kritik på sociala medier om att placeringarna skulle vara obetalda tweetade företaget dock ett uttalande där det nu skulle vara betalande deltagare.
Pret VD Clive Schee sade: "Prets arbetserfarenhet vecka handlar inte om att göra smörgåsar gratis.
"Vi satte upp det så att 16-18-åringar kan skugga våra team och få en smak av hur det är att arbeta på Pret.
"Vi har sett hur passionerade människor känner för initiativet, och som svar vill jag bekräfta att vi kommer att betala alla deltagare."
En taleskvinna för företaget tillade att tonåringarna var "inte där för att arbeta sig själva" och istället skulle vara skugggruppsmedlemmar.
Pret En Manger har sagt att det kommer att betala tonåringar på en veckas arbetserfarenhet sin start timtaxa efter rapporter det planerade att "betala dem i smörgåsar".