Alun Davies berättade för AMs att de hade fått 7.000 svar på ett samråd med "starkt hållna" åsikter.
Han sade att han nu skulle titta på de 125 befintliga marina skyddade områdena för att se om ytterligare förbättringar kunde göras.
Marine Conservation Society (MCS) beskrev det som en "inträngande U-sväng" för den walesiska regeringen, och har krävt bättre skydd av haven.
Att skapa zonerna skulle innebära ett förbud mot fiske och ankring i vissa områden och hade fört med sig motstånd.
De walesiska fiskarnas förening sade tidigare att befintliga bevarandenätverk för walesiska vatten är tillräckliga.
Den walesiska regeringen föreslog zonerna förra året med stöd av Wales Countryside Council och Marine Conservation Society.
Ministern för naturresurser sade att beslutet hade fattats efter de tusentals svaren på samrådet gav "divergenta och starkt hållna åsikter".
Chris Davies sade att "undvika all fortsatt osäkerhet om de alternativ som lades fram under samrådet 2012 och jag drar också tillbaka alla föreslagna webbplatser".
Hans kommentarer kommer efter att resultaten publicerades av en uppgift och avsluta team som granskat feedback.
Nu kommer han att koncentrera sig på de befintliga 125 marina skyddade områdena som täcker 36 % av de walesiska haven för att se om några förändringar kan göras snarare än att skapa ytterligare zoner.
"Vi är nu i en starkare position för att bedöma vårt nuvarande bidrag till nätverkets ekologiska sammanhållning", sade han.
"Jag har därför beställt en bedömning av våra nuvarande MPA för att identifiera om det finns några luckor och vilka alternativ som kan vara att fylla dessa luckor.
"Om det krävs några åtgärder anser jag att de bör vara enkla, proportionerliga och ändamålsenliga."
Peter Richardson, programansvarig för MCS för biologisk mångfald, sade att den walesiska regeringen "använde mycket tid och pengar och uppmuntrade andra människor att anstränga sig för detta samrådssvar".
Han sade: "70% av svaren på samrådet var för att utse dessa webbplatser och ändå har ministern idag meddelat att han skrotar hela saken... lite av en pinsam U-sväng för regeringen jag tycker."
Han tillade: "Jag tror att det finns gott om människor i fiskeindustrin... som förstår att för att få bästa möjliga avkastning från de marina livsmiljöer som de är beroende av, måste de hanteras på rätt sätt."
Kontroversiella planer för tio marina bevarandezoner har dragits tillbaka av en walesisk regeringsminister.