Fas ett av projektet kommer att ta 10 veckor att slutföra och kommer att se rivning av den bakre funktionsrummet av fartyget och Anchor puben.
En gammal biblioteksbyggnad kommer också att rivas och en ny parkeringsplats byggas.
Pembrokeshire Council vill också skapa ett enkelriktat system, gångar och ett kollektivtrafiknav, med arbete som börjar senare i år.
Huvudplanen omfattar en ny länkväg, detaljhandelsenheter och rivning av byggnader, inklusive den förfallna Fishguard Junior School, på 1,5 hektar (3,7 hektar) mark.
Rådsledamöter hoppas att det kan uppmuntra ytterligare investeringar i staden.
Arbetet har inletts med planer för att minska trafikstockningarna och återskapa Fishguard centrum i Pembrokeshire.