En koloni har rest i St Hildas kyrka i Ellerburn, nära morerna i norra York.
Men trots kyrkans bästa ansträngningar rör sig fladdermössen inte och smutsar ner altaret och kyrkans möbler, och lämnar kyrkan med en "appellerande lukt".
Varelserna skyddas av lagen och kan inte avsiktligt störas.
Frivilliga i kyrkan har arbetat under det senaste årtiondet för att hålla altaret, stenverket och träarbetet rena.
Men fladdermössen, som tuppar i de högre delarna av kyrkan, smutsar hela tiden ner byggnadens inre med urin och avföring.
Kyrkodirektören Liz Cowley sa att det var svårt att hålla 11th Century-byggnaden i gott skick.
Hon sade: " Du kan se urinmärkena (på altaret), de kommer inte att försvinna.
"Om folk kom hit och skadade en gammal byggnad som den här, skulle man säga att det var brottslig skada.
"Stanken är förfärlig, det är en kombination av ammoniak från urinen och en mustig lukt från spillningen som fångar på baksidan av halsen."
Medlemmar av kyrkan hade spenderat 10 000 pund för att försöka få fladdermöss att flytta och hade betalat för specialbyggda loft i närheten.
The Rev Paul Morsdale, rektor för St Hilda's Church, sade en hel del pengar hade investerats i att försöka övertala fladdermössen att flytta ut ur kyrkan.
The Rev Morsdale sade: " Vi har försökt göra allt som den engelska naturen, eller Natural England, har velat att vi ska göra.
"Pengar har spenderats, inte bara av församlingen, inte bara ur kyrkans medel, utan lokalbefolkningen har stuckit in och hjälpt till.
"Och ändå är vi inte längre framåt, vi är fortfarande som vi var för 10 år sedan."
Lucy Bellini, från Natural England, sade att fladdermössen måste övervakas noggrant.
Bellini sade: "Det är en verkligt regionalt viktig tupp.
"På grund av det måste vi vara säkra på att det finns ersättningstuppar som är lämpliga och att fladdermössen har hittat och är medvetna om och kan flytta till innan vi tillåter kyrkan att försegla ingångar och flytta fladdermöss ut ur kyrkan."
En församling i North Yorkshire har lagt ner tusentals kilo på att bygga uppvärmda fladdermöss i ett försök att locka ut varelserna ur deras kyrka.