Distriktsdomstolen i Fukui hävde ett föreläggande som hade blockerat öppnandet av två reaktorer som drevs av Kansai Electric Power i den västra staden Takahama.
Förbudet utfärdades efter det att lokalbefolkningen hävdat att reaktorerna inte kunde stå emot en kraftig jordbävning.
Japan stängde alla sina kärnreaktorer efter Fukushima-katastrofen 2011.
Takahama-anläggningarna hade redan fått godkännande av landets kärnvapenhund.
"Dagens två domar visar ett erkännande att säkerheten har säkerställts på Talahama kärnkraftverk," Kansai sade.
Det syftar till att starta om reaktorerna nästa månad.
Den stora majoriteten av Japans kärnreaktorer är fortfarande stängda - enligt Nuclear Energy Institute är landets kärnkraftskapacitet mindre än 5 % av dess fulla potential.
Regeringen är angelägen om att starta om fler reaktorer, som innan Fukushima katastrofen levererade cirka 30% av landets makt.
Japan har tvingats importera fossila bränslen för att kompensera underskottet.
En japansk domstol har banat väg för ytterligare två av landets kärnreaktorer att starta om.