Han sattes på ett flyg från Paris till Moskva på tisdag kväll, sade den franska inrikesministern.
Mr Shprygin hade tidigare blivit relegerad på lördag, en vecka efter fanvåld förstörde Rysslands Euro 2016 match med England.
Men han återvände över landet via Spanien, och arresterades vid Ryssland-Wales match i Toulouse på måndag.
Han uppges ha rättframma åsikter och hans Allryska stödorganisation stöds av Kreml.
Shprygin sade att fyra andra ryssar bland dem som uteslutits på lördagen också hade lyckats komma tillbaka till Frankrike för matchen mot Wales.
Utredare tror att han flög till Barcelona och korsade gränsen med bil för att resa till den franska staden Toulouse, där Ryssland förlorade 3-0 till Wales.
Det ryska fotbollslaget är också på väg hem, efter att ha misslyckats med att gå igenom kvartsfinalen med bara en punkt i gruppstadiet.
De franska myndigheterna har relegerat den kontroversiella fanledaren Alexander Shprygin för andra gången.