Utredningarna avbröts 2011 efter en kritisk rapport om driften av kontoret.
I rapporten konstaterades att kontorets oberoende hade äventyrats.
Många av fallen innefattar anklagelser om säkerhetsstyrkas samverkan.
Vid den tiden var ombudsmannen Al Hutchinson.
Den kritiska rapporten till hans kansli utfördes av den dåvarande kriminalinspektören Michael Maguire, som ersatte Hutchinson som polisombudsman i juli 2012.
I rapporten sades att det hade skett en minskning av det operativa oberoendet mellan ombudsmannen och polisen, och att undersökningar av historiska händelser borde avbrytas.
Kritiken bidrog till Hutchinsons förtidspensionering.
I en uppföljningsrapport som offentliggjordes på onsdagen drogs slutsatsen att det har gjorts tillräckliga förbättringar för att de historiska undersökningarna ska kunna återupptas.
Dr Maguire sade att hans tidigare roll hade gett honom en "förståelse för de frågor som behövde tas upp".
"Kontoret har arbetat mycket hårt under det senaste året för att sätta några av dessa frågor på ett sätt som omplacerar kontoret för att kunna återuppta dessa undersökningar igen," sade han.
"Jag välkomnar CJI (Criminal Justice Inspection) rapporten eftersom jag tror att det är det första steget i att återuppbygga förtroendet för kontoret och det arbete som det gör."
Han sade att det hade gjorts ett arbete för att göra förbättringar inom en rad områden.
"Vi har rekryterat ett betydande antal nya medarbetare som har direkt erfarenhet av större utredningar, ändrat hur vi prioriterar ärenden, infört grundlig utredningsprocess som är föremål för pågående och systematisk översyn och vi har utvecklat en konsekvent strategi för kommunikation för familjerna," sade han.
Ombudsmannens kansli har fått 12 miljoner pund för att slutföra mer än 150 historiska fall under de kommande sex åren.
Dr Maguire medgav att antalet fall att undersöka var "ambitiöst".
"I början av övningen kommer vi att göra en hel del granskningsarbete som samlar undersökande material," sade han.
– Många av dessa fall, i vissa fall 20 eller 30 klagomål, kan samlas kring en viss kärnfråga och behandlas löpande.
"Jag tror att med tanke på dessa två skäl är vi på en mycket bättre plats att kunna titta på dessa fall inom en kortare tidsram än tidigare."
DUP:s Paul Givan uttryckte dock oro över att de historiska undersökningarna skulle återupptas.
Han sade att det hade "potentialen att än en gång skada förtroendet för ombudsmannen".
"DUP har konsekvent argumenterat polisombudsmannen bör enbart fokusera på att hantera dagens klagomål till PSNI och koppla bort den från historiska utredningar som har skadat detta kontor i strid från början," sade han.
"Som ett resultat av detta beslut kommer ombudsmannaämbetet att bli föremål för intensiv politisk granskning och debatt som bara kommer att tjäna till att distrahera från den viktiga tillsynsroll det har för att effektivt ta itu med moderna polisfrågor."
NI:s polisombudsman ska återuppta utredningar av mer än 150 historiska händelser där tidigare RUC-tjänstemän anklagas för brottslig verksamhet och tjänstefel.