Det amerikanska bandet skulle uppträda i Bellahouston Park på tisdag.
Men promoters PCL sa att showen hade ställts in eftersom "förväntade väderförhållanden" innebar att det var "inte längre säkert" för banden att utföra.
I ett uttalande på deras hemsida Green Day sa de att de var "mycket upprörd".
De sa att scenen ansågs "osäker för fansen och alla inblandade".
Bandet tillade: "Vi är mycket upprörda över detta eftersom vi är i Glasgow nu och var väldigt mycket ser fram emot denna show som en höjdpunkter av vår turné.
"Vi har spelat i extrema väderförhållanden under hela denna europeiska turné, och det sista vi vill göra är att se en show inställd.
"Vi älskar våra skotska fans och vi bryr oss inte om det regnar... i sidled, även om säkerheten för våra fans och vår besättning alltid är vår högsta prioritet.
"Vi älskar dig Skottland, vi älskar staden Glasgow och det säger sig självt att vi kommer tillbaka."
I ett starkt formulerat inlägg på Instagram skrev bandets basist Mike Dirnt en video av sig själv bredvid en Saltire.
Han sade: " Vi är förkrossade, och det... suger att showen i dag har ställts in på grund av säkerhetsfrågor.
"Jag vet att dagens show skulle ha varit galen! Jag är så besviken just nu, men vi kommer tillbaka så fort som möjligt! Rage & Love."
Besviken fans har också uttryckt sin ilska vid sista minuten tillkännagivande.
Charlotte Durcan, från Lincolnshire, sade att hon och hennes familj hade rest nästan fyra timmar för att delta i konserten.
"Vi kom fram säkert, betalade för parkering, betalade för vårt hotell, och klockan 13:45 fick ett e-postmeddelande för att säga att konserten har ställts in", sade hon.
"Vi kunde ha sparat våra pengar", tillade hon.
"Hotellet kommer inte att ersätta oss eftersom det finns en 72-timmars uppsägningstid. Vi kommer att stanna där en natt bara när vi just kom för konserten. Vi vet inte hur vi ska fördriva tiden nu.
"Det är min första gång i Glasgow och det har förstört min Glasgow-upplevelse."
Många biljettinnehavare tog sig till sociala medier för att uttrycka sin besvikelse.
En sa att hon var "absolut förkrossad" av beslutet, efter att ha väntat sju år på att se bandet uppträda i Skottland.
Andra ställde frågor om väderförhållandena och hävdade att T i parken och Glastonbury ofta går vidare i kraftigt regn.
Det ledde också till frågor om hur väl förberedda arrangörerna var för den utsålda konserten.
Glasgow City Council, som driver Bellahouston Park, sade att de inte sade till promotors att ställa in spelningen.
De sade att beslutet fattades av initiativtagarna och bandets ledning, som informerade rådet om flytten.
Initiativtagarna tillkännagav avbokningen på Twitter strax före 13:30. Portarna skulle öppnas kl. 14.00. De sa att fans skulle få återbetalningar.
I ett uttalande sade de: "Vattenförhållanden över natten och under hela morgonen, under bandets planerade belastning, ledde till problem på scenen.
"Ett möte mellan arbetsmiljön, evenemangshanteringen, konstnärernas representanter och initiativtagare kom fram till att det skulle vara osäkert i tid att gå vidare med evenemanget."
Polisen i Skottland sa att de hade officerare i parken som rådde fans att spelningen ställdes in och såg till att de kom hem säkert.
Green Day skulle få stöd av Rancid, Slavar och Skids.
Slavar arrangerade hastigt en ersättningsgig och tillkännagav på Twitter att "det goda folket i Glasgow fortfarande behöver en spelning". Det blev snabbt utsålt.
Arrangörer har skyllt dåligt väder på beslutet att ställa in en konsert av Green Day i Glasgow, bara timmar innan den skulle börja.