Webster, 21, gjorde 81 framträdanden för Pompey, efter att ha gjort sin debut 2012 mot West Ham i mästerskapet.
Avgiften är ett rekord för en spelare under Town boss Mick McCarthy och Webster har tecknat ett treårigt kontrakt.
Clarke, 19, spenderade förra säsongen på lån på Fratton Park och har nu kommit överens om ett treårigt avtal.
Hitta alla de senaste fotbollsöverföringarna på vår dedikerade sida.
Ipswich har undertecknat Portsmouth försvarare Adam Webster för en avgift som tros vara cirka £ 7500,000, med försvarare Matt Clarke går åt andra hållet.