Det är den första privata kliniken som erbjuder tidiga medicinska aborter till kvinnor i Nordirland under sträng rättslig kontroll.
Anna Purvis, tidigare ledare för Progressive Unionist Party, har varit chef för kliniken sedan den lanserades 2012.
Purvis, som avgår den 24 april, sade att det var dags att gå vidare.
Hon kommer att ta på sig en ny roll i rådgivningsnämnden för kliniken i Nordirland.
I november förra året dömdes motståndaren Bernadette Smyth, som leder gruppen Precious Life, för att ha trakasserat Purvis på Marie Stopes kontor i Belfasts centrum.
John Purvis berättade för BBC att hon inte hade något inflytande på sitt beslut att avgå.
"Jag tror att kliniken är väl etablerad här nu, vi tillhandahåller tjänster mer och mer varje år och jag är glad över att vara kvar i rådgivningsnämnden för kliniken.
"Men jag känner att det är dags att gå vidare och jag tror att det är dags för Marie Stopes att få någon annan att hantera kliniken och ta den till nya platser", sade hon.
– Ibland var det svårt, särskilt förra året med rättsfall och trakasserier, men jag lade det bakom mig och har koncentrerat mig på att tillhandahålla tjänster för kvinnor i Irland både norr och söder.
"Jag tror att jag har uppnått en betydande historisk förändring i uppfattningen om abort i Nordirland från där den vanliga berättelsen var att abort var olagligt i Nordirland till nu en där människor förstår att abort är lagligt under vissa omständigheter.
"Jag tror att vi har utmanat de myter och stereotyper som presenteras av dem som motsätter sig en kvinnas rätt att välja."
Genevieve Edwards, policychef för Marie Stopes UK, sade: "Vi hade så tur att ha Dawn och önskar henne all framgång i vad hon än väljer att göra.
"Stödet till kliniken sedan den öppnade under mycket utmanande omständigheter har varit uppmuntrande och en källa till stor komfort och stolthet för vår personal och volontärer.
"Vi rekryterar nu aktivt Dawns efterträdare för att leda oss in i nästa fas av klinikens resa."
Dawn Purvis avgår som programchef för Marie Stopes klinik i Nordirland.