Netanyahus uttalanden förargade Vita huset, trots att han sedan dess har försökt mjuka upp sin anmärkning.
Spänningar mellan USA och Israel har ökat i takt med att ledarna har tvistat om ett antal frågor.
Men Mr Obama beskrev sitt förhållande med Mr Netanyahu som "business liknande".
"Jag har träffat honom mer än någon annan världsledare", sade presidenten hävdar att deras personliga relation var inte en viktig faktor i tvisten. "Han företräder sitt lands intressen på det sätt han tror att han behöver, och jag gör detsamma."
"Så frågan är inte en fråga om relationer mellan ledare; frågan är en mycket tydlig, materiell utmaning", sade han. "Detta kan inte reduceras till en fråga om på något sätt låt oss hålla varandra i handen och sjunga 'Kumbaya'."
Tidigare på tisdagen förnekade israeliska tjänstemän rapporter om att Israel spionerade på de USA-ledda samtalen.
Netanyahu har tagit ställning till Förenta staternas roll i kärnvapenförhandlingarna, vilket han hävdar skulle skapa säkerhetsrisker för Israel.
Samtidigt har Barack Obama kritiserat sin motparts uttalanden före valet om att avvisa bildandet av en palestinsk stat.
President Obama svarade på reportrars frågor på tisdagen under en nyhetskonferens som ursprungligen var avsedd att informera pressen om situationen i Afghanistan och vägrade att kommentera spionanspråken som först rapporterades i Wall Street Journal.
Han försäkrade dock att Israel och andra regionala partner har informerats om förhandlingarnas framsteg.
Barack Obama tog sig också tid att säga att Netanyahus försök att kvalificera sina uttalanden inför valet inte var effektiva när det gällde att främja en tvåstatslösning.
"Jag tror att det är svårt att föreställa sig hur det sker baserat på premiärministerns uttalanden", sade han.
"Jag har sagt tidigare och jag ska bara upprepa: premiärminister Netanyahu, i valupptakten, förklarade att en palestinsk stat inte skulle uppstå när han var premiärminister.  Och jag tog honom på hans ord att det var vad han menade", sade presidenten.
I en amerikansk TV-intervju sade Netanyahu att han ville ha en tvåstatslösning, men sade att "omständigheterna måste förändras".
Barack Obama erkände att Netanyahu inte sade att en palestinsk stat aldrig skulle skapas.
USA:s president Barack Obama säger att utsikterna för en tvåstatslösning i Mellanöstern är "dim" efter att den israeliska premiärministern lovat att motsätta sig en palestinsk stat.