Celia Castedo berättade för bolivianska media att hon hade varnat för att planet knappt hade tillräckligt med bränsle för att nå destinationen i Colombia.
Castedo är i Brasilien där hon söker asyl.
Kraschen dödade 71 personer, inklusive de flesta i Chapecoense fotbollslag.
Planet var att ta laget till Colombia för finalen av en regional turnering när det tog slut på bränsle, störtar in i en bergssluttning nära staden Medellin.
I ett läckt band kan piloten, Miguel Quiroga, höras en varning om "totalt elektriskt fel" och "brist på bränsle".
I sitt brev (på spanska) som publicerades i Bolivias media sade Castedo, som arbetade med flygledning, att hon inte hade någon befogenhet att stoppa den dödsdömda flygningen och sade att det var med Bolivias civila luftfartsbyrå.
Hon sa att hon i stället för att tillåta flygningen hade försökt stoppa den och anklagat namnlösa överordnade för en mörkläggning.
"Jag utsattes för trakasserier och påtryckningar från mina överordnade... som beordrade mig att ändra innehållet i rapporten vilka timmar tidigare [före flygningen] jag hade presenterat", skrev hon.
"Baserat på en noggrann undersökning, hade jag gjort fem observationer, en av de viktigaste som hänvisade till bränsleekonomin av flygningen, som råkade vara lika med flygtiden."
Bolivias minister för offentliga arbeten, Milton Claros, avfärdade Castedos påståenden.
"Det gjordes inga observationer av färdplanen," Associated Press citerade honom som säger, med minister anklagar Castedo för att fabricera dokumentet efter kraschen för att dölja sina egna fel.
Andra bolivianska tjänstemän har uppmanat de brasilianska myndigheterna att återlämna henne, och en av dem säger att Castedo försökte fly från rättvisan.
Chefen för flygningens operatör, Gustavo Vargas, har arresterats för kraschen.
Bara sex personer överlevde. En av dem, besättningsmedlem Erwin Tumuri, sade ett första stopp för tankning i norra Bolivia staden Cobija hade släppts av piloten.
Det fanns ingen varning för besättningen eller passagerarna att planet stod inför el- eller bränsleproblem, berättade Tumuri Brasiliens Globo TV.
En boliviansk flygtjänsteman säger att hon pressades av sina chefer att ändra en flygrapport hon gjorde för planet som kraschade förra veckan med brasilianskt team Chapocoense ombord.