Finansministrarna har gett sitt stöd till flytten, som kommer att vara avslutad i slutet av sommaren.
Europeiska kommissionen säger att nationer på den svarta listan över skatter bör straffas om vädjanden om förändring inte följs.
Läckan av miljontals filer från Panama advokatbyrå Mossack Fonseca avslöjade hur rika och kraftfulla använda skatteparadis för att dölja sin rikedom.
Fullständig täckning: Panama Papers
Planer för en enda EU-förteckning över "icke samarbetsvilliga jurisdiktioner" har tidigare blockerats av motstridiga nationella intressen.
För närvarande har de 28 EU-länderna olika nationella förteckningar över skatteparadis och kan själva besluta om restriktiva åtgärder ska införas.
Förhandlingarna om den nya gemensamma förteckningen förväntas bli komplicerade och antalet jurisdiktioner som ska inkluderas är fortfarande oklart.
Ministrarna har också enats om att utbyta information om företagens verkliga ägare och EU planerar att slå till mot banker och skatterådgivare som hjälper kunder att gömma pengar utomlands.
EU-länderna har gått med på att upprätta en svart lista över skatteparadis i kölvattnet efter Panama Papers läckor.