Han sade att han ville agera "i det bästas intresse" av universitetet där han studerade som en grundexamen.
Avgången kommer efter att flera av hans Bill Cosby-shower har blivit yxade i USA.
Den 77-årige underhållaren har anklagats för sexuellt våld mot mer än ett dussin kvinnor.
Komikern har inte direkt riktat anklagelserna, men hans advokater har beskrivit dem som "dekrediterade" och "förtalade".
Mr Cosby sade i ett uttalande i måndags att han "alltid hade varit stolt" över sitt samarbete med Temple University, där han hade varit förvaltare i över 30 år.
"Styrelsen accepterar Dr Cosbys avgång från styrelsen och tackar honom för hans service till universitetet", sade universitetet i ett uttalande.
Mer än ett dussin kvinnor, däribland den före detta supermodellen Janice Dickinson, har trätt fram och hävdat att Mr Cosby drogade och våldtog dem.
Några av anklagelserna går tillbaka till 2005 och 2006.
En kvinna från Florida har också anklagat mr Cosby för att ha våldtagit henne på en show i Las Vegas 1976.
Mr Cosby har inte åtalats i samband med några av anklagelserna.
Flera programföretag har beslutat att inte fortsätta projekt med Cosby, inklusive NBC och Netflix.
Den amerikanske komikern Bill Cosby har avgått från styrelsen för Temple University i Philadelphia bland pågående anklagelser om sexuella övergrepp.