En serie kränkande Twitter kommentarer postades på ett konto på tisdagen, riktad till Flower, som skickades iväg i lördagens Super League Grand Final.
Flower fick sex månaders förbud mot att slå till mot St Helens stand-off Lance Hohaia.
En kommentar på det enda kontot sa Flowers "de sista dagarna närmar sig".
Andra Twitter meddelanden sade att Blomman "förtjänar att skjutas", tillägger att han är en "död man".
Större polisen i Manchester (GMP) twittrade: " Vi har blivit medvetna om kränkande sociala medier verksamhet om rugby League Grand Final. Var snälla och försäkra er om att vi undersöker detta."
Mer än 70.000 fans på Old Trafford och miljontals TV-tittare såg spelaren träffa Hohaia, som låg orörlig på marken bara två minuter in i matchen.
St Helens ordförande Eamonn McManus sade efter förbudet: " Vi måste hjälpa [Flower] på alla sätt som vi kan och accepterar honom tillbaka in i sporten. Det finns en person bakom spelaren, och jag är tillförlitligt informerad av allt att det är en bra en. "
McManus sade också om slagolyckan: "Dessa frågor måste hanteras av rätt organ inom spelet och det har det varit."
En talesman för GMP sade att varje beslut att vidta åtgärder mot Flower skulle bero på samtal den hade med St Helens.
Dödshot mot Wigan rugbyligan Ben Flower, som slog en motståndare när han låg på marken, utreds av polisen.