Gurpal Virdi, 56 år, från Hounslow i västra London, frikändes av juryn vid Southwark Crown Court.
Mr Virdi hade förnekat oanständigt angrepp på en manlig fånge och tjänstefel.
Åtalet är daterat till den 7 november 1986 eller före den 7 november 1986.
Under rättegången anklagade Mr Virdi Metropolitan Police för att ha väckt åtal mot honom som en del av en 17-årig kampanj för att "jaga" honom ur polisen.
Den pensionerade detektiven hävdade att polisen hade försökt misskreditera honom efter att han lämnat bevis till Stephen Lawrence-utredningen om rasism inom polisen.
Han sade till jurymedlemmarna: " Detta är en typisk reaktion från en avdelning som har jagat mig sedan 1998 och undersökt mig och följt mig runt och buggat min telefon.
Mr Virdi drog sig tillbaka från Metropolitan Police 2012 efter 30 års tjänst.
En före detta polisman i Metropolitan har befunnits inte skyldig till sexuellt våld mot en tonårspojke i baksätet på en polisbil för nästan 30 år sedan.