Världsmästarna drog Wales 46-6 i lördagens finaltest, Wales största förlust i nio år och deras 29:e i rad mot All Blacks.
Gatlands sida medgav 16 försök i de tre testerna, poäng fem, men han säger att de också har gynnats.
"Vi kommer att ta en hel del lärdomar från vad vi har lärt," sade han.
"Vi måste se till att vi tillämpar det på nästa gång vi är tillsammans igen.
"Det är ganska tråkigt. Vi trodde att det fanns en hel del positiva av de två första testerna... men i rättvisans namn tyckte jag att de var helt enastående."
Wales, utan seger över Nya Zeeland sedan 1953, slogs 39-21 i det första testet i Eden Park, innan ett 36-22 nederlag i Wellington.
Steve Hansens sida blåste Wales bort i scintillating trollformler i dessa spel, korsar för fem försök i varje.
Gatlands lag led också ett pinsamt 40-7 nederlag mot Super Rugby sida Chiefs, som saknade alla åtta av deras nuvarande All Blacks.
I Dunedin, Wales kunde bara uppbåda två första hälften Dan Biggar straff som All Blacks sprang i sex försök utan svar.
Det var Wales största nederlag sedan en 62-5 thrashing av England 2007.
Men frågade om hans spelare skulle vara bättre för upplevelsen, Gatland sade: "Ja, absolut.
"Tydligen är de besvikna, de är ganska utslitna.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Vi måste lära oss av dessa erfarenheter, se till att när vi går tillbaka att vi tillämpar dessa lärdomar tillbaka i sina regioner och tillbaka när vi är tillsammans nästa gång.
"Deras rygg tre orsakade oss en hel del problem i form av deras takt och deras motangrepp, så det kommer att bli ett stort arbete för oss.
"Det stora är att kollisionsdominans vid sammanbrottet, bara i termer av den accelerationen in i kontaktområdet och att för oss är ett stort arbete på att vi måste fortsätta att förbättra på eftersom det skapar den snabba bollen.
"Det var definitivt en skillnad mellan de två sidorna ikväll och vi måste lära oss av det.
"Du kan komma undan med det ibland på norra halvklotet eftersom de inte är lika aggressiva där vid sammanbrottet, och All Blacks var kliniska i det området."
Gatlands sida har medgett 21 försök i sina senaste fyra tester, inklusive 27-13 nederlaget av England i maj.
Men Hansen säger Wales bör inte bedömas på deras prestanda i Dunedin, tyder på att kanske några walesiska spelare redan funderar på att återvända hem som deras långa säsong kom till ett slut.
"De åker hem i morgon, så kanske några av dem var på planet, jag vet inte", sade han.
"De kommer att omgruppera, de är ett bra team och de är bättre än så.
"De får en anständig försäsong förhoppningsvis och kommer tillbaka och vara en kraft i Six Nations.
"Det är alltid en svår tid för testlag att spela i slutet av säsongen, särskilt i VM-året när de inte får en paus och de bara spelar rakt igenom."
Wales kommer att bli bättre för upplevelsen av deras Nya Zeeland turné trots att lida en 3-0 serie vitkalk, säger coach Warren Gatland.