Hon blev Kenyas första high-profil idrottsman att misslyckas ett test, när hon testade positivt för prestationshöjande droger i september.
Jeptoo, 33, säger att hon kan ha blivit ordinerad några förbjudna ämnen på ett lokalt sjukhus efter en trafikolycka.
Hon har blivit den 45:e kenyanska idrottsmannen som har misslyckats med ett dopingtest.
David Rudisha, OS 800 meters mästare, sa att han var rädd för Kenyas dåliga rykte efter upprepade anklagelser om dopning.
"Athletics Kenya följde vederbörlig process i hennes ärende och det var lämpligt att hon tjänar ett tvåårigt förbud," sade den styrande kretsens verkställande direktör Isaac Kamande.
Förbudet kommer bara några dagar efter att Athletics Kenya meddelade att ytterligare åtta kenyanska idrottare har blivit avstängda i mellan ett och fyra år för att ha tagit prestationshöjande läkemedel.
Under de senaste två åren har Kenya varit i rampljuset efter att ett tyskt TV-program hävdade att många kenyanska idrottare dopar.
Jeptoo, en av de mest framgångsrika löpare i Kenyas historia, skulle krönas världen Marathon Major Champion för år 2014 men ceremonin avbröts strax efter nyheten om hennes misslyckade test.
Hon har vunnit de tre föregående Boston och två Chicago maraton och även tidigare vunnit Stockholms, Paris, Milano och Lissabon maraton.
Kenyas Rita Jeptoo, vinnare av Boston och Chicago maraton, har förbjudits i två år efter att ha misslyckats med ett drogtest.