Stjärnan i Ang Lees prisbelönta Crouching Tiger, Hidden Dragon sa att hon var glad att få priset på den plats där hennes karriär började.
"Jag hoppas att det inte är deras sätt att säga att jag måste gå i pension," Yeoh skämtade.
Den kinesiska melodrama Mystery utsågs till bästa film vid måndagens händelse, som också såg två stjärnor från Filippinerna ta hem de viktigaste skådespelarpriserna.
Nora Aunor, 59, utsågs till bästa skådespelerska för din Womb, medan 87-årige Eddie Garcia utsågs till bästa skådespelare för Bwakaw.
Garcia, som sa att han var "uppfylld och hedrad" för att bli erkänd, fick också priset People's Choice för favorit skådespelare.
Japans Takeshi Kitano utsågs till bästa regissör i sin frånvaro för sin senaste brottsthriller, Outrage Beyond.
När Yeo talade med reportrar före ceremonin, avslöjade hon att hon länge hade hört rykten om en uppföljare av Crouching Tiger men att hon ännu inte hade sett ett manus.
"Mycket privilegierad"
Nya rapporter har fäst kampsport stjärnan Donnie Yen till projektet, och Yeoh sade att hon skulle välkomna möjligheten att arbeta med honom om en uppföljare gjordes.
Yeoh dök upp i 1997 års James Bond-film Tomorrow Never Dies och sågs nyligen spela den burmesiska politikern Aung San Suu Kyi i filmen biopic The Lady.
Skådespelerskan sa att hon studerade prodemokratiledaren och Nobels fredspristagare i fyra år som förberedelse för rollen.
"Jag har arbetat med de bästa regissörerna, inte bara i Asien utan runt om i världen", sa den 49-åriga skådespelerskan.
"Jag tror att ju hårdare du arbetar, desto mer tur får du och jag har varit mycket, mycket privilegierad."
Yeoh välkomnades på scenen av en kvartett asiatiska biografer, som spelade "papper, sax, sten" för äran att presentera henne med sitt pris.
Efter två rundor av den traditionella elimineringen spelet, kampsport stjärna Sammo Hung slutade slå Hong Kong regissör Mabel Cheung och action koreografer Yuen Woo-ping och Corey Yuen.
Michelle Yeoh har fått utmärkelsen Excellence in Asian Cinema vid Asian Film Awards i Hong Kong.