Back-row Henderson har en hamstring tår medan vinge Bowe återhämtar sig från en allvarlig knäskada.
Rob Herring (hamstring), Paul Marshall och Alan O'Connor (båda sjukdomarna) finns tillgängliga för att möta Zebre på fredag.
Nick Williams (skuldra), Luke Marshall (ankle) och Ian Humphreys (hip/back) kunde också återvända mot italienarna när Ulsters skade ve börjar lindra.
Trion är tveksam, men Sammy Arnold kommer att vara borta i upp till tre veckor på grund av en "låggradig" hamstringsslitage.
Dan Tuohy ska opereras på en "betydande" fotledsfraktur innan ett datum bestäms för hans återkomst.
Wiehahn Herbst kommer att ha en ytterligare bedömning på en tå skada medan Willie Faloon är inställd på att träffa en specialist för en prognos på en kronisk fotskada.
Irlands internationella återkomst Henderson och Bowe skulle vara ett stort uppsving för en Ulster-sida som sitter på fjärde plats i Pro12-ställningen.
Ulster par Iain Henderson och Tommy Bowe är inställda på att göra en återgång från skada för slutet av säsongen run-in.