Räddningstjänsten kallades till fastigheten i Sangomore området Durness vid cirka 02:00.
Polisen i Skottland sa att det inte var känt om hon var i huset då. Hennes släktingar har informerats.
Det Insp Richard Baird sa att branden inte var misstänkt, men skadan hade förhindrat inträde till egendomen.
Han sade: " En gemensam utredning med brandkåren kommer att genomföras.
"Förfrågningar är på ett mycket tidigt stadium, men de första förfrågningarna tyder på att det inte finns några misstänkta omständigheter.
"På grund av den omfattande strukturella skadan och osäkerheten i byggnaden kommer det att ta lång tid att få tillgång till fastigheten.
"Strukturingenjörer kommer att råda när det är säkert att komma in i fastigheten."
Polisen försöker spåra en kvinna som är oredovisad efter en brand i sitt hem i högländerna.