Fans kastade bloss och rev upp delar av Mohammed V-stadion efter Rajas 2-1 seger över Chabab Rif Al Hoceima.
Landets DGSN säkerhetstjänst sade i ett uttalande att 31 personer arresterades för "handling av vandalism".
FMRFF har förbjudit fans från de kommande fem Raja hem matcher och bötfällt klubben 100.000 dirhams (7 170 pund).
Footage på marockanska medier visade fansen, klädda i klubbens gröna färger, när de laddade på varandra. Det var oklart hur sammandrabbningarna hade brutit ut.
DGSN avslöjade att tio personer hade gripits före matchen.
Åklagarna har inlett en utredning om fanproblemen.
Två personer dödades i strider bland fans av Raja de Casablanca på lördag, den marockanska fotbollsförbundet (FMRFF) har bekräftat.