Den amerikanska staden, knuten till sportkläder firma Nike, fick händelsen av IAAF utan ett anbudsförfarande, ett beslut som undersöks i Frankrike.
Göteborg, som missade, beskrev processen som "dålig etik".
Men Eugene sade att det "upprättades till alla etiska och rättsliga normer för att organisera, presentera och förespråka för vårt bud, enligt IAAF:s regler".
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
IAAF:s president och f.d. vicepresident Lord Coe bröt sina kontakter med Nike efter frågor om hans roll i beslutet.
Men i ett uttalande Eugene sade att det hade lämnat identiska bud för 2019 och 2021 VM, förlorar till Doha 2019.
Det tillade: "Beslutet att tilldela VM 2021 till Eugene gjordes av IAAF rådet i en omröstning på 23-1."
Franska tjänstemän undersöker redan korruptions anklagelser som involverar tidigare IAAF president Lamine Diack, med Coe sluta Nike lönesumman två dagar efter en BBC berättelse föreslog att han hade haft samtal med Diack och Nike om tilldelningen av 2021 händelsen.
Coe, som enligt uppgift betalades 100 000 pund per år av Nike, sade då att han "inte lobbyerade någon" över Eugenes bud, utan helt enkelt "uppmuntrade dem att åter gå in i en annan budcykel eftersom de hade ett starkt bud".
Göteborgs budchef Björn Erikkson sade att tilldelningen av VM till Eugene hade gjort honom "verkligen upprörd och av mycket goda skäl".
Han sade till BBC World Service: "Det som hände är åtminstone dålig etik och definitivt inte professionell.
"I värsta fall är det kanske också kriminellt, om någon var där och påverkade processen, och det är en fråga som jag verkligen vill ha ett bra svar på."
Den tidigare polismannen sade också att han inte var säker på om Göteborg skulle återinträda i budgivningsprocessen, om den skulle öppnas på nytt.
"Det är upp till Göteborgsborna, de vill inte svara på den frågan förrän de vet varför den sista proceduren var så oacceptabel", sa han till BBC World Service.
"Om du ska göra affärer med dessa människor du vill veta om de är professionella, ärliga och seriösa, annars kanske du inte vill göra affärer alls."
Coe sade att tilldela en VM utan en budgivningsprocess "var inte utan företräde" - 2007 VM i Osaka var ett sådant tillfälle.
Men Erikkson beskrev det som "nonsens".
Han tillade: " Om du uppför dig idiotiskt och oacceptabelt, är det bättre om du gör det två gånger i stället för en gång? För det andra finns det inga argument för att göra detta, eftersom vi som är engagerade i idrotten ville ha en öppen process, att göra det i förklädnad är inte acceptabelt."
Eugene har försvarat sin roll i att vinna rätten att vara värd för VM 2021.