Vissa har sett en ökning på så mycket som 900 % efter en ny omvärdering och situationen har kallats "löjlig".
Det betyder att praktiskt taget alla deras vinster överlämnas till råd, med vissa energiprogram nu gör en förlust, har BBC Wales hört.
Den walesiska regeringen sade att den var medveten om och övervägde behovet av särskilt bistånd.
British Hydropower Association anklagade ministrarna för att "sitta på sina händer" medan Community Energy Wales sade att det var "slita modet" ur projekt.
Gemenskapens energiprogram är ofta små företag som drivs av frivilliga och som är utformade för att generera inkomster för sitt område.
Men det sätt på vilket företagens priser beräknas innebär att vattenkraftsystem drabbas hårt:
Affärsräntorna i England och Wales beräknas av ett oberoende organ - Värderingsbyrån - men den walesiska regeringen ansvarar för hur de tas upp här.
British Hydropower Association har skrivit till finansminister Mark Drakeford för att be om stöd.
Verkställande direktör Simon Hamlyn sa: "Gemenskapens vattensystem lider och dessa företag kommer att säga att vi inte har råd att betala dessa priser och de kommer att överge dessa system och det är det sista vi vill ha."
Keith Jones, chef för Community Energy Wales, sade att den genomsnittliga ökningen var 300%.
"Ingen kunde förutse detta, vi lade inte ens ner det som en risk i våra affärsplaner att ett sådant trubbigt instrument skulle användas för att få mer pengar ur oss."
Jones sade att den skotska regeringen hade förlängt skattelättnaden till 100 % för energiprojekt inom gemenskapen, medan de i England höll på att minska ökningen med 600 pund.
Gavin Gatehouse hjälper till att driva Ynni Anafon hydro-systemet i Abergwyngregyn, Gwynedd, som har sett sin månatliga hastighet stiga från omkring £ 900 till mer än £ 2.000.
Det tog fem år att inrätta och skulle kunna generera upp till 40 000 pund av den disponibla inkomsten per år för projekt i området.
En välgörenhet har bildats så att grupper och individer kan ansöka om bidrag, men denna ökning innebär att det kommer att finnas mindre pengar att dela ut.
Samhällets vattenkraft på Bethesda förutspår att den nu kommer att göra en förlust.
"Det är mycket frustrerande och jag är mycket arg över det", sade Mr Gatehouse.
"Vi kommer att få se en enorm del av vår vinst ätas bort för att ersätta bristen på statliga bidrag till lokala myndigheter."
Drakeford har sagt att mer än 210 miljoner pund av avgiftslättnad gavs för 2017-18 till företag, inklusive energiprojekt inom gemenskapen.
"Vi ska förbereda ett nytt system för avgiftslättnad för småföretag från och med 2018.  Jag är glad över att som en del av detta överväga behovet av särskilt stöd och stöd till vissa projekt, bland annat energiprojekt inom gemenskapen och vattenkraftsprojekt inom gemenskapen."
Det gröna partiet sade att det skulle ta bort subventioner till fossila bränslen och skrota "regressiva skatter" på gemenskapens energisektor.
Welsh Liberal Democrats åtog sig att se över undantagen från rörelseskattesatserna och göra en presumtion till förmån för projekt för förnybar energi "i eller på lämpliga offentligt ägda byggnader och mark".
Plaid Cymru s skuggskåp sekreterare för energi, Simon Thomas, sade att hans parti skulle införa en avgift lättnad paket och lån för förplanering ansökningskostnader, som skulle återbetalas endast om planering samtycke gavs.
Framtiden för många gemensamma vattenkraftssystem är i fara på grund av en kraftig ökning av företagens priser, säger operatörerna.