Belgiens Gianni Meersman sprungit till seger, medan Darwin Atapuma behöll sin övergripande ledning trots att han var en av de ryttare som fångades bakom kollisionen.
Colombianska Atapuma förlorade mer än en minut, men organisatörerna tillämpade 3 km-regeln för att bestämma sluttiderna.
Froome och second-placed Alejandro Valverde var en del av gänget sprint har varit före kraschen.
Olyckan splittrade flocken i slutskedet och avslutade loppet av den holländska ryttaren Steven Kruijswijk, som fick ett misstänkt brutet nyckelben.
Det var en andra seger i årets Vuelta för Meersman, som höll av utmaningen av Italiens Fabio Felline och Kevin Reza av Frankrike.
Team Sky's Froome siktar på att bli den första mannen på 38 år för att vinna Vuelta och Tour de France under samma säsong.
1. Vad är det för fel på dig? Gianni Meersman (Bel/Etixx-Quick-Step) 4hrs 16mins 41seks
2 ) och 2......................................................................................................... Laurent Didier (Lux/Trek) samtidigt
3. Vad är det som händer? Kevin Reza (Fra/FDJ)
Fyra. Luis Leon Sanchez (Spa/Astana)
För att uppnå detta mål har kommissionen beslutat att inleda ett förfarande enligt artikel 108.2 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt (nedan kallat EUF-fördraget). Zico Waeytens (Bel/Giant)
6. Vad är det som händer? Alejandro Valverde (Spa/Movistar)
7. Vad är det som händer? Romain Hardy (Fra/Cofidis)
8. Vad är det som händer? Jempy Druecker (Lux/BMC Racing)
9. Utövande av delegeringen av befogenhet Kenneth Vanbilsen (Bel/Cofidis)
- Tio. - Vad är det för fel på dig? Jose Goncalves (Por/Caja Rural)
1. Vad är det för fel på dig? Darwin Atapuma (Kol/BMC) 17hrs 39mins 52seks
2 ) och 2......................................................................................................... Alejandro Valverde (Spa/Movistar) +28seks
3 Chris Froome (GB/Team Sky) +32seks
Fyra. Nairo Quintana (Kol/Movistar) +38seks
För att uppnå detta mål har kommissionen beslutat att inleda ett förfarande enligt artikel 108.2 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt (nedan kallat EUF-fördraget). Esteban Chaves (Kol/Orica) samtidigt
6. Vad är det som händer? Gonzalez Sanchez (Spa/BMC) +1min 7seks
7. Vad är det som händer? Andujar Fernandez (Spa/Movistar) +1min 10seks
8. Vad är det som händer? Leopold Konig (Tje/Team Sky) +1min 12seks
9. Utövande av delegeringen av befogenhet Peter Kennaugh (GB/Team Sky) +1min 14seks
- Tio. - Vad är det för fel på dig? Gianluca Brambilla (Ita/Etixx-Quick-Step) 1min 22seks
Storbritanniens Chris Froome är fortfarande trea i Vuelta a Espana efter en sen krasch orsakade kaos på onsdagens scen fem.