Den 26-årige skickades iväg för en foul på Gaston Ramirez under 1-1 dra mot Middlesbrough på lördag.
FA avvisade ett påstående om olovligt avskedande och överdrivet straff.
Han kommer att sakna båda benen av semifinalen mot Sheffield onsdag och, om Seagulls framsteg, Championship play-off final den 28 maj.
Brighton reser till Hillsborough för första benet på fredag, med återkomsten på Amex Stadium den 16 maj.
Om Chris Hughton sida misslyckas med att övervinna Owls och nå Wembley, kommer Stephens missa öppningsmatchen för 2016-17 säsongen istället.
Den tidigare Charlton spelaren har bara missat en liga spel för Brighton den här säsongen, poäng sju mål i 45 framträdanden.
Brighton kommer att vara utan Dale Stephens för deras play-off kampanj efter mittfältarens tre-match förbud upprätthölls av Football Association.