Avgiften följer mas fracas i 95: e minuten av spelet på Etihad Stadium, som Chelsea vann 3-1.
Staden hade framåt Sergio Aguero och mittfälter Fernandinho skickade iväg, men Chelsea mittfälter Cesc Fabregas kommer inte att möta några ytterligare åtgärder.
Stadsdirektör Pep Guardiola bad om ursäkt för sitt teams roll i incidenten.
Aguero, 28, fick ett fyra-match förbud för vad som var hans andra uppsägning för våldsamt beteende denna säsong, efter en hög och sen utmaning på Chelsea försvarare David Luiz.
Fernandinho kom i konflikt med Fabregas i det bråk som följde Aguero utmaning, och Brasilien midfielder kommer att tjäna en tre-match förbud.
Båda klubbarna har fram till 18:00 GMT den 8 december att svara på avgiften.
Manchester City och Chelsea har åtalats av fotbollsföreningen för att ha misslyckats med att kontrollera sina spelare under Premier League-matchen på lördag.