Den 42-årige hade återfått ledningen från fransmannen Armel Le Cléac'h, men var tvåa när han passerade halvvägs märket strax utanför Nya Zeelands södra ö.
Thomsons nästa milstolpe är att svänga norrut vid Cape Horn när han beger sig mot Les Sables d'Olonnes sluthamn.
Gosport-baserade Thomson syftar till att vara den första Briton att vinna loppet.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Det finns några hektiska dagar kvar och jag kommer säkert att närma mig dem med försiktighet för att se till att jag håller Hugo Boss (Thomsons båt) i ett stycke", sade han.
"Det är över 1000 mil bakom mig till tredje plats, så jag har åtminstone lite andrum bakom mig så jag kan oroa mig för att se framåt, vilket jag tycker är väldigt viktigt."
Den walesiske sjömannen Alex Thomson har passerat halva punkten av solots round-the-world race, Vendee Globe.