De uppmanade palestinierna att återvända till området på torsdag för första gången sedan krisen bröt ut för två veckor sedan.
De sista resterna av Israels nyligen installerade säkerhetsapparat togs bort på torsdagsmorgonen.
Palestinierna hade kraftigt motsatt sig de åtgärder som infördes efter mordet på två israeliska poliser.
De hade avstått från att gå in i Old City-komplexet känt för muslimer som Haram al-Sharif och för judar som Temple Mount i protest över vad de såg som ett israeliskt försök att utöva kontroll över den omtvistade platsen.
Förra veckan sade den palestinska myndighetens president Mahmoud Abbas att han höll på att frysa alla kontakter med Israel, inklusive säkerhetssamarbetet, tills Israel upphävde de nya åtgärderna.
Det har gjorts intensiva diplomatiska ansträngningar för att lösa krisen, med USA och Jordanien som är väktare av den heliga platsen och har en stor palestinsk befolkning.
Den israeliska regeringen har ännu inte kommenterat sitt beslut att helt avveckla infrastrukturen. Observatörer säger att det är en klättring av premiärminister Netanyahu som kommer att sätta honom i konflikt med fler högermedlemmar i hans kabinett.
I en separat utveckling anklagade Netanyahu den pan-arabiska TV-kanalen i Qatar för att driva på krisen.
"Al-Jazeera nätverket fortsätter att väcka våld runt Temple Mount," han postade på hebreiska på sin Facebook-sida, lovar att "genomföra den lagstiftning som krävs för att driva ut al-Jazeera från Israel".
Palestinierna sjöng, dansade och släppte av fyrverkerier som räcken och säkerhetskameror togs bort från Lions port ingången nära Temple Mount/Haram al-Sharif i början av torsdagsmorgonen.
"Under 12 dagar ingen har sovit, ingen har gjort något förutom al-Aqsa moskén," åskådaren Firas Abasi berättade AFP nyhetsbyrå.
Han sa att han kände för att gråta över vad han kallade en "seger".
Massbönemöten hade hållits på gatan utanför Gamla stans murar och nästan dagligen sammandrabbningar mellan israeliska säkerhetsstyrkor och demonstranter har ägt rum sedan metalldetektorerna infördes i kölvattnet av morden på poliser nära platsen den 14 juli.
Fyra palestinier dödades och tre israeliska civila knivhöggs till döds av en palestinsk som sade att han hämnades mot Israels handlingar på platsen.
Israel sade att säkerhetsåtgärder var nödvändiga eftersom de vapen som användes för att döda polisen hade smugglats vidare till lägret.
Tidigare i veckan sade den att den skulle stärka sin polisnärvaro runt platsen och införa mindre påträngande säkerhetsåtgärder under de kommande sex månaderna, inklusive ospecificerad "avancerad teknik".
Muslimska ledare har lyft en bojkott av en viktig helig plats i östra Jerusalem efter Israel bort den sista av de säkerhetsåtgärder som hade lett till uppror.