Den tvåfaldiga mästare mästare, 38, kortade en sex-under-par 66, som inkluderade en örn och fem fåglar, innan spelet avbröts.
Fem spelare är ett skott bakom Watson i Kina.
Englands Tommy Fleetwood är tre skott tillbaka efter en tre-under-par 69.
De 56 spelare som fortfarande måste avsluta sina öppningsrundor kommer att göra det tidigt på fredag innan den andra omgången äger rum.
Shenzhen International leaderboard
American Bubba Watson har en en-shot klubbhus ledning på stormen avbröt Shenzhen International, med 56 spelare inställda på att avsluta sina första rundor tidigt på fredag.