Den sista sträckan av rörledningen på 3,8 miljarder dollar (3 miljarder pund) byggs under en North Dakota-reservoar.
Stavar Rock Sioux och Cheyenne River Sioux stammar har lämnat in en stämning mot rörledningen, säger att det äventyrar deras dricksvatten.
De säger också att rörledningen kommer att skada heliga begravningsplatser.
När rörledningen är klar förväntas den transportera omkring 470 000 fat råolja per dag från norra Dakota till en terminal i Illinois, där den kan transporteras till raffinaderier.
Utvecklaren, Energy Transfer Partners (ETP) har slutfört större delen av rörledningen, och började arbeta på den sista delen efter att armén gav den tillstånd att fortsätta på onsdag.
Stavar Rock och Cheyenne River-stammarna bad om ett tillfälligt förbud mot byggande, i väntan på en stämning mot rörledningen.
De hävdade att rörledningen skulle skada deras vattenförsörjning och hindra dem från att utöva religiösa ceremonier vid sjön.
Utvecklare ETP och armén argumenterade dock mot ett brådskande föreläggande, säger att det fanns tid för stämningen att höras innan olja började flöda genom rörledningen.
Byggandet av rörledningen hade stannat i månader på grund av motstånd från demonstranter.
Tusentals huvudsakligen indianska demonstranter har demonstrerat mot rörledningens konstruktion och satt upp läger längs den sista sträckan.
Nästan 700 personer har arresterats sedan protesterna började förra året, enligt brottsbekämpande myndigheter.
Obama-administrationen meddelade i september att det inte skulle tillåta projektet att fortsätta, men Donald Trump kullkastade beslutet i en av sina första akter som USA: s president.
En amerikansk domare har avvisat en begäran från två indianstammar om att stoppa byggandet av den kontroversiella oljeledningen Dakota Access.