Tiotusentals pilgrimer förenade sig med honom på Korsets väg och påminde sig Jesu korsfästelse.
Bland korsbärare var syriska och irakiska flyktingar, och nigerianer som hade undkommit Boko Haram förföljelse.
Tjänsten kom en dag efter att nästan 150 personer dödades i en al-Shabab attack mot ett kenyanskt universitet.
"Vi ser fortfarande våra förföljda bröder, halshuggna och korsfästa för sin tro på dig [Jesus], inför våra ögon och ofta med vår medbrottsliga tystnad", sade påven Francis, presiderar över ceremonin vid Colosseum.
Tidigare fördömde han attacken i Kenya, där kristna utpekades och sköts, som en handling av "sinneslös brutalitet".
I en annan långfredagsceremoni lyssnade påven Francis när Vatikanens officiella predikant Raniero Cantalamessa fördömde "den oroande likgiltigheten hos världens institutioner inför allt detta dödande av kristna".
Han nämnde också Kenyaattacken, liksom att 22 egyptiska koptiska kristna halshöggs av islamska statsmilitarer (IS) i Libyen i februari.
Påven Francis har uttalat sig mot förföljelsen av kristna tidigare och sagt att världen skulle vara berättigad att använda militär styrka för att bekämpa den "orättfärdiga aggressionen" av IS.
Påven Francis har fördömt den "komplicerade tystnaden" om dödandet av kristna under en långfredagstjänst i Rom.