Hammers anklagades förra veckan för könsdiskriminering av Stephen Hunt, ordförande för damklubben.
West Ham sa att de nu kommer att arbeta i samförstånd med damernas lag för att se till att viktiga förbättringar görs.
Vice ordförande Karren Brady sa att Premier League klubben är "passionerat engagerad i jämställdhet".
Hon lade till kvinnors fotboll var en "hög prioritet på vår agenda".
Hunt hade sagt till BBC Sport West Ham att "börja agera som en 21: a århundradet klubb" och hävdade att de hade stoppat hans team från att hitta sponsorer, lägga damerna var ont om pengar eftersom de var tvungna att köpa sina egna kit.
Som svar på detta hävdade West Ham att Hunt hade "vägrat att anpassa sig" till sina principer.
Damernas lag, som den här säsongen firar sin 25-årsjubileum, spelar i FA Women's Premier League Southern Division.
Brady tillade: " Tillsatsen av damerna i familjen West Ham är lösningen min styrelse och jag har länge sökt.
"Inte bara säkrar det den långsiktiga framtiden för damer sida, men också garanterar nuvarande och framtida supportrar, spelare och personal i damer laget kommer att utgöra en integrerad del av klubbens ljusa framtid när vi går framåt."
Som en del av avtalet kommer West Ham Ladies' Academy också att ledas av Premier League Club.
West Ham United har tagit över ledningen av damernas klubb och säger att de är "glada" att föra in det i "West Ham familjen".