Guvernör Rick Scott utfärdade den verkställande ordern i fyra län efter prover tagna från St Lucie River testade positivt för gifter.
Det gröna slemmet visade sig när förorenat vatten släpptes ut från sjön Okeechobee för att förhindra översvämningar.
De giftiga algerna kan vara skadliga för växter, djur och människor.
Den amerikanska armékåren av ingenjörer började släppa ut sötvatten från sjön för mer än två veckor sedan.
Okeechobeesjön, den största sötvattensförekomsten i delstaten, är förorenad med avrinning som omfattar mänskligt avfall, djurfoder och gödningsmedel.
Processen skickade miljontals liter av det näringstunga vattnet in i floden och utlöste tillväxten av blågröna alger på några av Floridas södra floder och stränder.
Prov tagna i floden nära Palm City och Stuart testades positivt för farliga halter av gifter.
Vid förtäring kan de giftiga algerna orsaka illamående och kräkningar samt utslag eller hösnuva vid beröring eller inandning.
Stränder längs Floridas Treasure Coast stängdes förra veckan som svar på utbyggnaden av det gröna slammet.
Även om många av stränderna har öppnats på nytt, rekommenderar myndigheterna att människor håller sig borta från de farliga vattenvägarna.
Guvernör Scott skyllde det förorenade vattnet på vattenlagerbegränsningar och den federala regeringen.
"Floridas vattenvägar, vilda djur och familjer har drabbats hårt av passivitet och vårdslöshet av den federala regeringen inte göra de nödvändiga reparationerna till Herbert Hoover Dike och Florida har inte längre råd att vänta," Scott sade.
Florida Senator Marco Rubio på fredag uppmanade president Barack Obama att förklara en federal undantagstillstånd och att frigöra medel för att hjälpa företag som drabbats av algerna.
Rubio och senator Bill Nelson har också uppmanat USA:s armékår av ingenjörer att stoppa vattenflödet mellan floden och sjön Okeechobee.
Armékåren började minska flödet på fredag, med fokus på Caloosahatchee Estuary och St Lucie Estuary.
Svavel av tjocka algblomningar har plågat miltals längs Floridas kust, vilket har fått guvernören att förklara ett undantagstillstånd.