Fergus Ewing sade att det innebar 16,521 jordbrukare hade nu fått sina utbetalningar inom ramen för den gemensamma jordbrukspolitiken.
Regeringen har utsatts för påtryckningar att hantera "misslyckanden" i systemet för subventionering.
I fredags framkom det att eventuella böter kan upphävas och att en förlängning av tidsfristen inte längre krävs om ett 90-procentigt mål uppnås.
Ewing sade: "När affärerna är avslutade i går kväll, och med förbehåll för den slutliga bekräftelsen, har vi betalat BPS, Greener och Young Farmer till 16,521 jordbrukare och torpare, värderade till 343 miljoner pund. Detta motsvarar cirka 90,4 % av de förväntade totala betalningarna för dessa system.
"Vi väntar på en slutlig beslutsamhet från Europeiska kommissionen när det gäller en förlängning av betalningsfristen till den 15 oktober, om så krävs, på grund av de akuta problem med leverans och genomförande som vi står inför i Skottland.
"Våra betalningar hittills, tillsammans med det nationella lånesystemet, innebär att de flesta jordbrukare och torpare har fått sina pengar."
Han tillade: "Under de kommande veckorna kommer vi att arbeta hårt för att se till att vi slutför de återstående betalningarna på grund av jordbrukare och torpare så snabbt som möjligt."
Regeringen har under de senaste veckorna påskyndat utbetalningarna under politiska påtryckningar från oppositionspartier, och förste minister Nicola Sturgeon har bett jordbrukarna om ursäkt för "misslyckanden" med systemet.
En förlängning beviljades 2016, efter problem uppstod med ett nytt IT-system på 178 miljoner pund för att leverera betalningarna.
Revision Skottland har uppskattat att böterna för att ha missat tidsfristerna kan löpa till 60 miljoner pund, och har varnat för att det fortfarande finns "betydande kostnader och risker för den skotska regeringen" över IT-problemen.
Den senaste deadlinepressen har utlöst en politisk rad i Holyrood, där den skotske konservativa ledaren Ruth Davidson anklagar Ewing och Sturgeon för att "inte vara raka" med MSP och jordbrukare.
Den första ministern sade att "snabba dagliga framsteg" gjordes för att få betalningar igenom, och insisterade på att hon och hennes ministrar hade varit tydliga med parlamentet. Ewing beskrev kritiken som "fantlig".
Skottlands sekreterare för landsbygdsfrågor har sagt att 90,4 % av EU:s jordbruksstöd gjordes före midnattsfristen.