Mukherjee's The Lives Of Others, en svepande berättelse om livet på 1960-talet Calcutta, är 5/2 favorit att vinna med bookmakers William Hill.
Det är första året som priset är öppet för alla författare som skriver på engelska, oavsett nationalitet.
Vinnaren kommer att tillkännages i Londons Guildhall på tisdag kväll.
Före detta Bookervinnare Howard Jacobson är en av tre brittiska författare, två amerikaner och en australiensare på årets kortlista.
Även på listan är Ali Smith, Joshua Ferris, Karen Joy Fowler och Richard Flanagan, som är nästa i satsningen på 3/1.
Jacobson, som vann 2010 för sin serieroman The Finkler Question, är nominerad till sin futuristiska kärlekshistoria J.
Den har två huvudpersoner som lever i en värld där det förflutna inte talas om och är omgärdad av misstänksamhet, kallad "Vad som hände, om det hände".
Mukherjee's The Lives of Others börjar i Calcutta 1967, som fokuserar på hemligheter och rivaliteter inom en familj mot en bakgrund av politisk aktivism.
Inverness-födde Smith's How To Be Both berättar två sammanflätande historier, en om en renässanskonstnär i 15th Century Italien, den andra om ett barn på 1960-talet - och läsaren kan bestämma vilken halva att läsa först.
Hon har blivit nominerad två gånger tidigare, med 2005 års The Occidental and Hotel World 2001.
American Ferris tredje roman, To Rise Again at a Decent Hour, tittar på ateism genom ögonen på en New York tandläkare, som är förbryllad när någon sätter upp en online Facebook och Twitter-konto i hans namn.
Den andra amerikanen är Fowler, som är nominerad till Vi är alla helt Beside själva. Boken, som berättas av en collegestudent Rosemary, berättar historien om hennes familj: två föräldrar och tre barn - varav en visar sig vara förvånansvärt speciell.
Australiens Flanagan är den enda icke-brittiska företrädaren för Samväldet på kortlistan. Han är nominerad till The Smal Road to the Deep North, en kärlekshistoria mot byggandet av Thailand-Burma Death Railway i andra världskriget.
Av alla de kortlistade romanerna är Fowler's We Are All Completely Beside själva den överlägset mest sålda. Sedan den publicerades i mars har den sålt mer än 55.000 exemplar, enligt siffror från Nielsen.
Nästa närmaste är Ferris To Rise Again vid en anständig timme med drygt 6000 försäljningar sedan den publicerades i slutet av maj.
Tillkännagivandet av de sista sex den 9 september orsakade en försäljningstapp för alla böcker på kortlistan.  Mukherjee's The Lives of Others, som sålde 97 exemplar veckan innan tillkännagivandet såg försäljningen stiga till 507 en vecka senare.
"Det är en svag lista som är mer anmärkningsvärd för de romaner den har utelämnat än för dem som har gjort snittet", säger David Brauner, professor i samtida litteratur vid University of Reading.
"Den starkaste boken på listan är Howard Jacobsons J, men jag är rädd att det kan finnas en viss motvilja mot att göra honom till en tvåfaldig vinnare så snart efter Hilary Mantels dubbelvinst (med Wolf Hall och Ta upp kropparna).
"John Sutherlands busiga (eller kanske illvilliga) nominering av J högst upp på hans lista över The Top 10 Unfinishable Novels i The Guardian förra veckan kommer inte heller att ha hjälpt sina chanser.
"Det återupplivar den fleråriga debatten om huruvida priset ska delas ut enbart på litterära meriter eller om det bara ska belöna vad Stella Rimington kallade "läsbara" böcker."
I år är det 46:e året av Bookerpriset. Juryn, som leds av AC Grayling, består av Sarah Churchwell, Jonathan Bate, Daniel Glaser, Alastair Niven och Erica Wagner.
Förra året vanns boken av Nya Zeelands Eleanor Catton för Luminaries. Vid 28 var hon den yngsta vinnaren någonsin.
De nominerade författarna får vardera 2 500 pund och en speciellt bunden utgåva av sin bok.
Täckning från årets ceremoni, där priset kommer att delas ut av Hertiginnan av Cornwall. kommer att vara på BBC News Channel från 2130 BST och på BBC Arts.
Vinnaren av Man Booker-priset tillkännages senare med den brittiske författaren Neel Mukherjee som bookmakers favorit för att ta priset på 50 000 pund.