Minst 100 andra skadades i strejken, som enligt uppgift slog till mot ett lager som innehöll vapen.
Kommandoförbandet är allierat med Houthi-rebeller vars militära kapacitet koalitionen har försökt förstöra.
Dödsfall rapporterades också efter flyganfall i norra provinsen Hajja, nära den saudiska gränsen.
Invånarna i området kring Bakeel al-Meer berättade för nyhetsbyrån Reuters att minst 40 personer hade dödats, mestadels civila.
"Houthi beväpnade män attackerade saudiska gränspositioner från detta område men koalitionens plan misslyckades med att träffa fighters och bombade civila [i stället]," en bosatt påstås.
Timmar efter flyganfallen i Hajjah riktade sig koalitionskrigsflygplanen mot högkvarteret för de särskilda säkerhetsstyrkorna i södra Sabaain-distriktet i Sanaa.
Tjänstemän från det rebellkontrollerade hälsovårdsdepartementet sa att 36 soldater och officerare hade dödats. Men en kommandosoldat som överlevde attacken antydde att civila också kan ha varit bland offren.
"Det fanns många människor vid ingången till lagret, få sina vapen, bönder, kockar [och även soldater]; dessa fattiga människor stod vid ingången till lagret," sade han till Reuters.
Andra flyganfall på onsdag allvarligt skadade en rebellkontrollerad flottbas i den västra provinsen Hudaydah, på Jemens Röda havets kust.
En militärbas utanför Dhalea träffades också, en dag efter det att milissoldater som var allierade med den landsflyktiga regeringen hade rapporterats ha tagit kontroll över den södra staden.
Världshälsoorganisationens generaldirektör, dr Margaret Chan, sade i onsdags att två månaders flyganfall och strider på marken hade lämnat upp till 2.000 människor döda och 8.000 sårade, däribland hundratals kvinnor och barn.
Nästan 7,5 miljoner människor är i akut behov av medicinsk hjälp.
"Hospitaler runt om i landet stänger sina akutmottagningar och intensivvårdsenheter på grund av brist på personal och bränsle för generatorer," Dr Chan varnade. "Miljontals människors hälsa och liv är i fara."
FN har försökt att omplanera fredsförhandlingar i Genève som planerats till denna vecka, men regeringen har insisterat på att Houthis erkänner sin auktoritet, drar sig tillbaka från städer som de kontrollerar och avväpnar innan de tillåts delta.
Saudi-ledda koalitionskrigsplan har bombat ett specialläger i Jemens huvudstad Sanaa, och dödat minst 36 personer, tjänstemän och vittnen säger.