Siffrorna för England, Wales och Nordirland visade att mer än en fjärdedel av fallen inte togs upp inom de 24 timmar som krävdes efter födseln.
Hälsokampanjer säger att problemet kan påverka viktiga tidiga dagar av vänskap.
En kluven gommen är en lucka i taket av munnen som leder till svårigheter att suga tillräckligt och problem med matning.
Tillståndet kan också leda till hörsel- och talsvårigheter, och kan tyda på andra problem med hjärtat eller nervsystemet.
Till skillnad från en kluven läpp, en kluven i gommen är svårt att identifiera i en scan under graviditeten. Nationella riktlinjer säger att problemet, som påverkar cirka 500 spädbarn varje år i Storbritannien, bör diagnostiseras inom 24 timmar efter födseln.
Detta möjliggör snabb remittering till ett team av experter, inklusive kirurger, sjuksköterskor, ortodontister och tal- och språkterapeuter.
Men siffror som publiceras av Royal College of Surgeons visar ofta att en gomspalt saknas vid födseln.
De kommer från Crane Database, som är ett nationellt register över information om dem som är födda med kluven läpp eller gom i England, Wales och Nordirland.
Enligt Cranes årsrapport fick 28 % av barnen med kluven gom ingen diagnos inom 24 timmar. Och 5 % av fallen hade inte tagits upp efter en månad.
Den kliniska ledningen av databasen, Scott Deacon, säger att det finns ett behov av starkare riktlinjer.
Han säger att hälso- och sjukvårdspersonal tidigare har utbildats för att använda ett finger för att känna för defekten, men han insisterar på att en grundlig visuell kontroll behövs.
"Vad vi ber om är att folk synligt undersöker munnen med hjälp av en fackla och en spatel för att få tungan ur vägen. Eftersom uppenbarligen ett barn är liten och det är inte det enklaste att se om du inte får tungan deprimerad och ur vägen."
När Tomas Lewis kämpade för att föda, fick hans mor Elizabeth veta att han kanske bara var sömnig till följd av hennes epidurala under arbetet.
Det var bara fyra dagar senare, hemma såg Tomas farbror ett hål i munnen när han gäspade.
Familjen gjorde en internetsökning och gjorde sin egen diagnos av en kluven gommen - vilket bekräftades av en hälso-och sjukvårdspersonal följande dag. Lewis säger att de första dagarna, när Tomas gick ner i vikt, var "hemska".
Men de fick då stöd av ett specialistteam, och när han var sju månader gammal hade Tomas en korrigerande operation.
Hans mamma säger från det ögonblicket att han var "en annorlunda liten pojke".
Herr Deacon säger att ett misslyckande med att diagnostisera problemet kan orsaka föräldrar stor oro och ångest.
Det var vad Elizabeth Lewis upplevde för 16 månader sedan efter sin son Tomas födelse. Han kämpade för att mata och gå ner i vikt, men det tog fyra dagar tills hans gom av kluven var identifierad.
"Jag kunde bara inte mata honom och ge honom den viktiga näring han behövde. Och det är väldigt svårt. Om du skyller på dig själv och tror att jag gör nåt fel, så är det nåt fel på mitt barn.
"Det är hemskt och jag skulle inte önska det på någon", sade hon.
Tomas har genomgått en korrigerande operation på klyftan, men kommer att kräva ytterligare kontroll av hans tal och hörsel.
Rosanna Preston från Cleft Lip and Palate Association gav sitt stöd åt uppmaningen till en bättre tidig diagnos: " För alla föräldrar är det fruktansvärt oroande att lägga märke till att ditt barn inte äter, äter ordentligt eller går upp i vikt.
"Många föräldrar kommer till en början att skylla på sig själva tills orsaken hittas och oro över sitt barns hälsa kan påverka de avgörande tidiga dagarna att knyta band; ju snabbare de kan få stöd desto bättre."
En talesman för Hälsodepartementet sa att nyfödda barn inte förtjänade något mindre än bästa möjliga vård.
"Vi förväntar oss att NHS organisationer kommer att vilja följa NICE [National Institute for Health and Clinical Excellence] riktlinjer för postnatal vård, så att mödrar och nya barn får det viktiga stöd de behöver."
Alltför många barn som föds med en kluven gommen diagnostiseras sent, orsakar onödiga bekymmer, säger Royal College of Surgeons.