Ross McEwan, som talade i en intervju med BBC Newsnight, sade att den osäkerhet som orsakades av EU-omröstningen skulle kunna "slowdown banking".
Han sade att han skulle vilja att folkomröstningen hölls så tidigt som möjligt, helst i juni.
McEwan tillade att han inte förväntar sig någon räntehöjning före 2017.
Förenade kungariket ska hålla en folkomröstning om huruvida man ska stanna i EU eller inte före utgången av 2017.
I en intervju med Newsnights Kirsty Wark Mr McEwan sa han att han inte hade sett några "ekonomiska data som tyder på att vi skulle ha det bättre på kort till medellång sikt".
Han sade att oförutsägbarhet kring folkomröstningen orsakade problem för de brittiska bankerna.
"Den fråga vi har är osäkerheten som saktar ner företagen, vilket med tiden kommer att sakta ner bankerna så det är... riktigt bra att regeringen försöker få omröstningen mycket snabbt."
När det gäller räntorna sade McEwan att han inte ser några utsikter till någon uppgång från Bank of England inom den närmaste framtiden.
"Vi kommer att ha lägre räntor under mycket längre tid än väntat... Jag tror inte [vi kommer att ha räntehöjningar] för hela detta år och kanske hela 2017 också.
"Vi behöver bara vänja oss vid en miljö där vi har låga räntor under lång tid."
McEwan föreslog att RBS hade vänt ett hörn under hans ledning, men att det var troligt att företaget skulle lägga ut sina åttonde år i följd av förluster senare denna månad.
Banken har avsatt avsevärda belopp för att betala böter i USA för felaktig försäljning av värdepapper med bakomliggande tillgångar och betalningar i form av betalningsskyddsförsäkring (PPI).
I linje med andra banker har aktiekursen för RBS sjunkit med nästan 45 % per år. Företaget är fortfarande till stor del i offentliga händer, med den brittiska regeringen äger en andel på 73 %, efter en räddningsaktion på 45 miljarder pund (65 miljarder dollar) 2008.
Kansler George Osborne sålde 5 procent av sin andel i augusti förra året, vilket gjorde en förlust. Aktiekursen har sjunkit ytterligare sedan dess.
McEwan frågade om den brittiska skattebetalaren sannolikt kommer att få tillbaka sina 45 miljarder pund, och han sade: " I den här takten nej... Vi skulle älska att få tillbaka pengarna till allmänheten eftersom det är allmänhetens pengar.
"Men på den tiden, om de inte hade sparat RBS då en hel del av de finansiella tjänsterna i Storbritannien skulle förmodligen ha kollapsat."
Den fullständiga intervjun med verkställande direktören för Royal Bank of Scotland Ross McEwan kommer att sändas på BBC Newsnight kl 22:30 GMT fredagen 12 februari. Du kan också komma ikapp iPlayer (endast Storbritannien)
Den verkställande direktören för Royal Bank of Scotland säger att han anser att den brittiska finanssektorn skulle ha det bättre inom Europeiska unionen.