Tio passagerare ombord på bussen rapporterades ha dödats medan alla fyra besättningsmedlemmarna överlevde.
Lokal TV visade det kraftigt skadade planet Boeing 727 Allied Air som ligger tvärs över en väg nära Kotoka internationella flygplats.
Ghanas flygplatsoperatör sade att planet, som flugit från Lagos i Nigeria, överföll landningsbanan.
Det stod i ett uttalande att de fyra besättningsmedlemmarna fick behandling på en flygplatsklinik.
"Flygplanet kolliderade med en minivan, vilket resulterade i 10 bekräftade dödsfall", tillade uttalandet.
Polisen och trupperna spärrade av platsen efter incidenten strax efter 19:00 GMT på lördag.
Ghanas vicepresident John Dramani Mahama berättade för reportrar på flygplatsen att en grundlig undersökning skulle genomföras.
"Inga tidiga slutsatser bör dras. Vi bör tillåta undersökningar för att komma fram till den verkliga orsaken. Men jag kan försäkra ghananerna att situationen är under kontroll, sade han.
Ghana Airport Company sade att flygningarna fortsätter som vanligt på flygplatsen.
Kofi Kportufe, chef för Ghanas nationella katastrofhanteringsbyrå, berömde räddningstjänsten för deras snabba insatser, som han sade hade "blev ytterligare katastrof".
"Detta är en sorglig dag för Ghana", sade han.
BBC:s korrespondent John James i Västafrika säger att Ghanas flygsäkerhetsrekord har varit bra under de senaste åren.
Ett lastplan har kraschat i Ghanas huvudstad Accra och kört på en buss full av passagerare, säger tjänstemännen.