Mills gjorde 102 mål för Whitehawk efter att ha gått med i klubben 2012, efter att tidigare ha haft trollformler med klubbar inklusive Peterborough och Torquay.
Uppgifter om längden på den 26-åriges kontrakt på Stonebridge Road har inte lämnats ut.
Mills är Ebbsfleet första signering sedan vinna kampanj från National League South i maj.
Newly-promoted National League sida Ebbsfleet United har undertecknat tidigare Whitehawk anfallare Danny Mills.