Inlärning Partnership West driver jobbklubbar, ger mentorskap och stöd och förvaltar äventyrslekplatser i ett 3m kontrakt från Bristol City Council.
Ett dussin visselblåsare tog upp frågor som bland annat gällde Nicola Burchams ledarskap och skapade en "skräckkultur".
Den tidigare VD:n, som slutade i maj 2015, sade att hon hade lämnat "för länge sedan" och vägrade att kommentera ytterligare.
Hon lade till BBC: s strategi för en kommentar var "löjlig".
Burcham gick nästan en månad efter det att visselblåsarna kontaktade rådet med oro över hennes ledarskap och beslutsfattande.
BBC har talat med ett betydande antal tidigare anställda, på villkor att anonymitet.
En av dem sade: "Hon myntade termen 'frys och kläm'. Det skulle börja med att helt ignorera någon. Sedan överdriven prestanda management och slutligen personen skulle hanteras ut.
"Appointments gjordes ofta med en tung partiskhet mot svarta och minoriteter etniska - särskilt unga svarta män."
En annan visselblåsare sade: " Hon hade sina favoriter. Du gick in och ut snabbt. Hon var chef. Hon kunde göra vad hon ville. Du kunde inte utmana henne."
Medan en annan sade till BBC: "När hon utsågs till VD, förändrades saker och ting. Det fanns en kultur av rädsla och mobbning från henne. Hon hade sina favoriter.
"Ingen hade en bra erfarenhet av hur de behandlades av henne. Hon var ingen omtyckt kvinna. Hon var en mycket obehaglig kvinna att arbeta för."
Rådet undersökte några av deras påståenden och sade att företaget inte alltid agerade för sina kunders bästa - unga människor i nöd.
De hittade klienter från oroliga bakgrunder som blev lurade till institutioner som drivs av Learning Partnership West.
Personalen vid företaget uppmanades att inte överväga andra bestämmelser.
Det påstods också att Burcham mobbade personal, och rekryteringsprocesserna på företaget var olämpliga - vilket ledde till ett orättvist urval.
Företagets ordförande beställde en oberoende undersökning av dessa påståenden, men avböjde att dela med sig av slutrapporten.
Han sa att inget olagligt hittades. BBC förstår tillräckligt många människor kände sig mobbade att något måste göras.
Netta Meadows, tjänstedirektör för strategisk idrifttagning vid folkdirektoratet i Bristol City Council, sade: " Förra året fick vi kännedom om några klagomål som gällde ledningen av tjänsten och rådet har gett stöd för att undersöka dessa påståenden.
"Rådet är övertygat om att Learning Partnership West har svarat på frågorna."
En rapport från BBC avslutade med att företaget "vände ett hörn" under nytt ledarskap.
Chefen för en ungdomsfirma lämnade sitt jobb bland anklagelser om mobbning, har BBC lärt sig.