Under tiden har mer än 30.000 människor i den östra staden Halle blivit tillsagda att lämna sina hem efter att floderna nått sin högsta nivå på 400 år.
Flodvatten hotar också delar av Österrike och Tjeckien.
Minst 13 personer har dött och två saknas till följd av översvämningarna.
Stigande vatten har utlösts av kraftigt regn efter en våt källa.
Åtta dödsfall registrerades i Tjeckien och tre i Tyskland, medan två personer rapporterades döda och två saknades i Österrike, enligt en uppdatering från Europeiska kommissionen på tisdag kväll.
Vissa delar av Tyskland har inte upplevt så svåra översvämningar på århundraden. I Tjeckien har dock vattennivån stabiliserats i huvudstaden Prag, där det fanns farhågor för en upprepning av katastrofer under 2002 och 1997.
Helikoptrar började flytta invånare från sina hem i Deggendorf på onsdag efter två vallar längs Donau och Isar floder bröt.
Brandman Alois Schraufstetter sade översvämningsvattnet i den bayerska staden var 3m (9.8ft) hög. "Detta är en livshotande situation", citerades han som säger av Tysklands DPA nyhetsbyrå.
Fyra bönder räddades i sista minuten av en helikopter innan deras traktor var nedsänkt, tillade han.
Tyska tidningar sade att vattennivåerna i den östra staden Halle var som högst i fyra hundra år.
Myndigheterna sade att staden var i akut fara efter att översvämningsvatten från floden Saale skadade en del av flatorna.
Nivån på floden Elbe i den historiska tyska staden Dresden, där minst 600 människor evakuerades, förväntas inte nå sin topp förrän på torsdag morgon.
Det sägs att tränare förde människor ut ur staden Muhlberg, omkring 40 kilometer nordväst om Dresden, när tusentals blev tillsagda att ge sig av på onsdagseftermiddagen.
Kemiska växter bredvid de svullna floderna har stängts ner och deras kemikalier har avlägsnats över säkerhetsproblem, rapporterar Associated Press.
Under tiden drog sig översvämningarna tillbaka i den sydtyska staden Passau. Folk kunde ses sopa upp muck från sina gator.
I den österrikiska staden Krems har räddningsarbetare stannat upp en vall som hotas av den svullna Donau.
Tusentals människor lämnade sina hem i Tjeckien under de senaste dagarna, då översvämningsvattnet hotade att överväldiga översvämningsbarriärer.
I den låglänta industristaden Usti nad Labem spillde floden Elbe över de 10m höga (33ft-höga) metallfördämningarna.
Den viktigaste järnvägsförbindelsen som förbinder Prag och Berlin i Tyskland har varit under vatten, och tågen avleds.
Det har rapporterats att barriärer mot översvämningar har gått upp för att skydda den tjeckiska huvudstadens djurpark efter att den hade drabbats hårt, vilket har fått djur att evakueras.
Räddningsmän använde helikoptrar för att plocka familjer från hustak i den södra tyska staden Deggendorf på onsdagen när översvämningskrisen med Donau fortsätter.