Angreppen på måndag och tisdag ägde rum i byarna Debiro Hawul och Debiro Bi i Borno-staten.
Invånarna säger att militanterna körde in i städerna och började skjuta, plundra och bränna hus.
Vid en separat attack uppges en ung kvinnlig självmordsbombare ha dödat minst tio personer i grannstaten Yobe.
Ett vittne sade att flickan, som detonerade sprängämnen i staden Gujba på tisdagen, var omkring 12 år gammal.
Islamistgruppen har inte kommenterat attacken, men den är känd för att utföra sådana bombningar.
Tidigare i år grep den nigerianska armén Gujba från den militanta gruppen Boko Haram.
Omkring 18.000 människor har dödats i Nigeria sedan gruppen inledde en våldskampanj 2009.
En invånare som flydde från Debiro Hawul sade att attacken hade överraskat byn.
"Det slog oss aldrig att vi skulle bli nästa mål", berättade Umaru Markus för nyhetsbyrån AFP.
"Skjutarna slaktade 22 personer som inte var tillräckligt snabba i att fly och gick omkring och plundrade hem, kornsilor och knarkaffärer", tillade han.
Tisdagens attack i Gujba inträffade vid cirka 11:00 lokal tid (10:00 GMT).
"Det var en självmordsattack av en flicka på omkring 12 år", sade vittne Hussaini Aisami.
"Hon gick ut på marknaden och gick direkt till spannmålssektionen. Hon detonerade sina sprängämnen mitt bland handlare och kunder."
Den attacken kom en dag efter att två kvinnliga självmordsbombare attackerade den nordöstra staden Maiduguri och dödade minst 20 personer.
Och i januari dödades minst 19 personer av en bomb fastspänd vid en flicka som var omkring 10 år gammal i Maiduguri.
Maiduguri är där Boko Haram först dök upp, och den nigerianska militären har nyligen börjat flytta sitt högkvarter från huvudstaden Abuja till staden.
Afrikanska nyhetsuppdateringar
Nigerias kvinnliga bombplan
Boko Harams militanter har dödat minst 40 personer i nordöstra Nigeria, enligt vittnen.