John "Jack" Zawadski, 82, och hans brorson lämnade in stämningsansökan efter att ha fått höra att begravningssalongen inte "handlade med deras sort".
Deras juridiska team argumenterar svaret från personalen på Picayune bårhuset ödelade Mr Zawadski och hans familj.
Men medägaren till begravningsbyrån har gråtsamt förnekat anklagelserna.
"Vi gjorde inte det", sa en gråtande Henrietta Brewer till Mississippi idag.
Brewer sade att hennes bårhus hade skött begravningarna av "väl över ett dussin" homosexuella sedan hon och hennes man öppnade den 2006.
Hon sa att en homosexuell man till och med hade begravts på begravningsbyråns privatägda kyrkogård.
"Det är vi som behandlar alla bra", sa Brewer och hävdade att ingen av hennes personal var homofobisk.
"Bob var mitt liv"
Mr Zawadski och hans brorson, John Gaspari, söker ospecificerad kontant ersättning från Brewer Funeral Home för "brott mot kontrakt, försumlig förvrängning och avsiktlig och försumlig tillfogande av känslomässig nöd", Lambda Legal sade i ett pressmeddelande.
Rättegången säger att Mr Gaspari hade avslutat alla arrangemang för begravningen av hans farbror, Robert Huskey, som dog i ett hospice kort efter att ha firat sin 86-årsdag.
De hävdar att begravningsbyrån plötsligt avböjde användningen av deras anläggningar - inklusive lagring och transport av herr Huskeys kropp - efter att de fått reda på att han var gift med en man.
Mr Zawadski sade att begravningsbyråns påstådda agerande fick honom att känna sig som "om luften hade slagits ut" ur honom.
"Bob var mitt liv, och vi hade alltid känt oss så välkomna i det här samhället. Och sedan, i ett ögonblick av sådan personlig smärta och förlust, att få någon att göra vad de gjorde mot mig, mot oss, mot Bob, jag kunde helt enkelt inte tro det. Ingen ska utsättas för det vi utsattes för."
Lambdas juridiska rådgivare Beth Littrell sade att det som hade hänt dem var chockerande.
"Nästan omedelbart efter att ha förlorat sin man och partner i mer än 50 år, Jack Zawadski sorg förvärrades av orättvisa och kallsinnig behandling från just den plats som borde ha hjälpt till att lindra hans lidande", sade hon.
Zawadski och Huskey flyttade till Picayune för att gå i pension och gifte sig där när det blev lagligt acceptabelt för dem att göra det 2015.
En bårhus i Mississippi stäms av en homosexuell mans make för att han vägrade att kremera honom på grund av sin sexualitet.