Ytterligare tretton elever vid den avgiftsbetalande skolan har blivit avstängda för användning av e-cigaretter.
En annan elev har blivit avstängd och fått en sista varning efter upptäckten av drogen klass B.
I ett brev till föräldrar sa dr John Halliday att polisen utreder händelsen.
Doktor Halliday skrev: " Efter upptäckten av en liten mängd cannabis på skolegendomen har nu tre elever i F3 lämnat skolan för att de varit inblandade i denna händelse.
"Som jag antydde förra veckan, skolan omedelbart meddelade polisen, som genomför sin egen utredning.
"Vi kan naturligtvis inte kommentera deras utredning men jag kan försäkra er om att ingen elev i skolan är under utredning av polisen."
Dr Halliday sa att de 13 eleverna som blev avstängda efter E-cigarettanvändning fick "tydliga varningar" och vägledning.
Han sade att skolan hade strikta anti-droger och anti-rökare politik.
Han skrev: " Brott mot denna politik behandlas med största allvar, och de disciplinära beslut som blir följden fattas efter en fullständig och grundlig genomgång av fakta och omständigheter.
"Jag och mina seniorkolleger har behandlat dessa händelser direkt och anser att vi har vidtagit lämpliga åtgärder för att stödja skolans ståndpunkt att ett sådant beteende inte kan tolereras."
Tre elever vid High School of Dundee har blivit relegerade efter upptäckten av cannabis på skolans egendom.