Det kommer att bli robotens första försprång till sjukvård efter tidigare driftsättningar i köpcentrum, banker och tågstationer.
Ett sjukhus planerar att sätta in fler robotar under de kommande tio åren.
Vissa experter har ifrågasatt nyttan av sociala robotar som Pepper.
Softbank, företaget bakom Pepper, och partner franska robotföretaget Aldebaran har sett stora framgångar med skapandet, med varje sats av 1000 sälja ut snabbt i Japan.
De sjukhusbaserade robotarna kommer att bli betydligt dyrare än $1,850 basmodellen med en $34,000 (Â £24,000) prislapp.
Detta kommer att omfatta specialdesignad programvara från det belgiska företaget Zora Bots, samt tillgång till helpdesk om problem uppstår när Pepper är i tjänst.
Den 1,2 meter höga roboten kan känna igen den mänskliga rösten på 20 språk och upptäcka om den talar med en man, kvinna eller barn.
På CHR Citadelle sjukhus i Liege kommer Pepper att stanna kvar i receptionen, men på AZ Damiaan sjukhus i Ostend kommer det att följa med besökare till rätt avdelning.
Liegesjukhuset vill bli ett av världens mest futuristiska under de kommande 10 åren.
"Det handlar om arkitektur, framtida rum och robotar, de vi redan har och de vi kommer att få", säger CHR Citadelles kommunikationschef Nathalie Evrard.
Båda sjukhusen använder redan de mindre Nao-robotarna, som också tillverkas av Softbank, både på sina barn- och äldreavdelningar.
De små robotarna hjälper till med övningarna och hjälper barnen att övervinna sin rädsla för kirurgi, och ibland går de till teatern tillsammans med dem.
Vissa är skeptiska till hur användbar Pepper kan vara i både hem och kommersiella miljöer, med robotik expert Prof Noel Sharkey tidigare berätta för BBC: "Det är bra på att förmedla mänskliga-liknande gester men det sätt på vilket den upptäcker mänskliga känslor kan vara överhydda."
Pepper, den humanoida roboten programmerad att "förstå" mänskliga känslor, är att ta ett nytt jobb - som receptionist på två belgiska sjukhus.