AAH Pharmaceuticals bröts in till under de tidiga timmarna på måndag morgon.
Ett litet antal tabletter, som tros vara kopplade till inbrottet, hittades senare i närbelägna Orby Close.
Polisen har gett allmänheten rådet att endast använda medicin från sjukvårdspersonal.
The Health and Social Care Board (HSCB) sade "det finns alltid potential för att droger som benzodiazepiner missbrukas eller missbrukas".
Det Sgt Michael Hawthorne sade: " Jag vill också uppmana allmänheten att vara vaksam och se till att de inte riskerar sin hälsa genom att köpa läkemedel från en olaglig källa.
"Människor bör endast ta läkemedel i samråd med sin sjukvårdspersonal som har tillgång till patientjournaler, som är kvalificerade att bedöma sina medicinska behov och kan ta hänsyn till de risker och fördelar som är förknippade med varje läkemedel."
Han tillade: "Jag skulle också fråga allmänheten om de erbjuds några läkemedel från en oreglerad källa för att anmäla det till polisen på icke-nödläge nummer 101."
Kathryn Turner, apoteksledare vid HSCB sa:
– Vissa patienter kan få dessa läkemedel olagligt och ta dem för effekter som minnesförlust eller för att förlora hämningar. De tar dem ofta tillsammans med andra läkemedel, däribland alkohol, och i mycket höga doser. Detta är mycket farligt och kan orsaka medvetslöshet, andning att sluta och kan även leda till döden.
– Vi är också medvetna om de olika sätt på vilka receptbelagda läkemedel avleds från de lagligt föreskrivna och tillhandahållna rutterna och arbetar nära tillsynsmyndigheterna och polisen för att vidta åtgärder där det finns tecken på avledning.
"Vi rekommenderar att sådana läkemedel endast tas enligt läkares anvisningar och när de kommer från den legitima leveranskedjan.  All misstänkt aktivitet i fråga om tillhandahållande av sådana läkemedel bör anmälas till polisen."
En stor mängd Diazepam tabletter har stulits från ett läkemedelsföretag på Prince Regent Road i östra Belfast.