I sin första trollformel vann han 2013 Afrika Cup of Nations men affären förnyades inte efter 2014 VM.
Han återvände senare på en match-för-match deal, som slutade i november efter misslyckandet att nå 2015 Nations Cup.
"Det är en nystart. Vi behöver stöd av våra fans, media och varje nigerian för att återvända laget till där vi verkligen hör hemma," Keshi berättade BBC Sport.
"Som tränare och före detta spelare blev jag också sårad att vi misslyckades med att kvalificera oss för den senaste Nations Cup.
Jag är övertygad om att vi den här gången kommer att få se en förbättring, en attitydförändring och positiva resultat.
"För att lyckas måste vi alla samlas som en eftersom Nigeria tillhör oss - detta är inte Stephen Keshis team utan vårt landslag."
BBC Sport förstår att Keshi har satt upp flera mål och att hans kontrakt kommer att sägas upp om han inte uppfyller dem.
Den 53-årige var också tvungen att underteckna en uppförandekod och förväntas arbeta med den nigerianska fotbollsförbundet tekniska kommittén.
NFF:s tekniska kommittéchef Felix Anyansi-Agwu sade emellertid: "NFF:s styrelse är övertygad om att Stephen Keshi kan ta Super Eagles till nya höjder.
"Vi vill att nigerianerna ska se detta som en ny början och stödja teamet och NFF."
Keshi, som också vann Nations Cup som en spelare med Nigeria 1994, vägrade att kommentera kontrakt detaljer eller utgången av hans långsiktiga assistent Daniel Amokachi.
Före detta Nigeria-strejkaren Amokachi har lämnat sin roll med omedelbar verkan och ersatts av Salisu Yusuf.
Yusuf, som ledde Kano Pillars till den nigerianska titeln 2008, har tidigare arbetat som assistent till tidigare Nigeria tränare Samson Siasia på både senior och U20 nivåer.
Som vaktmästare tränare, Keshi uthärdade en turbulent 2014, där han sparkades av NFF och bara ominstallerades efter ingripande från Nigerias president Goodluck Jonathan.
Hans två senaste hemmamatcher i Abuja och Akwa Ibom var fördärvade av en negativ reaktion från allmänheten och Keshi har vädjat om att hemmasupportrarna ska vara positiva under 2017 Nations Cup kval.
Super Eagles har ritats i en av de tuffaste grupperna, tillsammans med sjufaldiga mästare Egypten, Tanzania och Tchad.
"Jag förstår att vi fortfarande har några besvikna människor ute men våra engagerade spelare förtjänar vår uppmuntran och stöd," tillade Keshi.
"Det spelar ingen roll var de spelar, de här pojkarna ger alltid allt och vi måste stå vid deras sida och coachteamet.
"Jag är övertygad om att vi den här gången kommer att se en förbättring, förändring i attityd och positiva resultat."
Stephen Keshi har utsetts Nigeria tränare för tredje gången och undertecknat ett tvåårigt kontrakt på tisdag.