Mazembe såg till att segern hade hållit sina motståndare till en 1-1 dragning i Algeriet i första delen av finalen förra helgen.
De vann finalen 5-2 på sammanlagt, att lägga till Confederation Cup till sin lista över utmärkelser efter att ha vunnit African Champions League 2015.
På söndagen gick Mazembe vidare i Lubumbashi efter bara sju minuter genom Merveille Bope som reagerade snabbast på en Jean Kasusula fri-spark som träffade träarbetet.
Zambia internationella Kalaba (bilden) slog hem en volley på halvtid för att göra det 2-0 och gjorde igen strax efter timme märket för att sätta resultatet bortom algerierna, som visas i sin första kontinental kopp final.
Bejaia gjorde ett tröst mål i 75: e minuten från Sofiane Khadir men tre-mål fördel återställdes inom 60 sekunder av Jonathan Bolingi.
Mazembe eliminerades tidigt i försvaret av sin afrikanska Champions League trofé i år och föll ner till kontinentens andra nivå klubbtävling.
De kommer att få $ 660 000 efter deras Confederation Cup triumf med Bejaia får löpare-up pris på $ 462.000.
Mazembe kommer nu att spela årets afrikanska Champions League vinnare, Mamelodi Sundowns i Sydafrika, i 2017 African Super Cup på helgen 17-19 februari.
Zambia internationella Rainford Kalaba gjorde dubbelt som TP Mazembe i Demokratiska republiken Kongo slog Algeriets Mouloudia Bejaia 4-1 hemma på söndagen för att vinna Afrikanska konfederationen Cup för första gången.