Termiska kameror upptäckte högre temperaturer i tre intilliggande stenar på botten av den stora pyramiden.
Tjänstemän sade möjliga orsaker inkluderar förekomsten av tomma områden inne i pyramiden, inre luftströmmar, eller användningen av olika byggnadsmaterial.
Det kommer som experter söker efter dolda kammare inom pyramiderna.
Faraos Khufus gravar (Kheops), Khafre (Khephren) och Menkaure (Mycerinus) byggdes i den fjärde dynastin, omkring 2613-2494BC.
Ett team av arkitekter och vetenskapsmän från Egypten, Frankrike, Kanada och Japan använde infraröd termografi för att kartlägga pyramiderna under soluppgången, när solen värmer kalkstensstrukturerna från utsidan, liksom vid solnedgången när de svalnar.
I ett uttalande, den egyptiska antikviteter ministeriet sade experterna hade "slutfört förekomsten av flera termiska anomalier som observerades på alla monument under uppvärmning eller nedkylning faser".
"För att förklara sådana anomalier, en hel del hypoteser och möjligheter kunde utarbetas: förekomsten av tomrum bakom ytan, inre luftströmmar," tillade den.
En "särskilt imponerande" anomali hittades på marknivå på den östra sidan av den stora pyramiden, även känd som pyramiden av Khufu, uttalandet sade.
"Den första raden av pyramidens stenar är alla enhetliga, sedan kommer vi hit och finner att det finns en skillnad i bildandet," Antiquities Minister Mamdouh al-Damati sade när han visade reportrar de tre stenar som visar högre temperaturer.
Andra termiska anomalier upptäcktes i den övre halvan av den stora pyramiden.
Strukturen kommer att undersökas ytterligare under projektet Operation Scan Pyramids, som inleddes den 25 oktober och förväntas pågå till slutet av 2016.
Ett internationellt team av arkitekter och vetenskapsmän har observerat "termiska anomalier" i pyramiderna i Giza, egyptiska antikviteter tjänstemän säger.