Resultatet innebär att senegalesiska ansluter sig till Zambia som den enda afrikanska sidan i omgången av 16.
Sydafrika och Guinea är redan på väg hem efter att ha eliminerats från turneringen.
Senegal satte bollen i baksidan av nätet efter 54 minuter men videoassistenten domaren slog fast att Aliou Badjis ansträngningar var olagliga eftersom framåt hade fouled Ecuador målvakt Jose Cevallos.
Senegal avslutade matchen med 10 man efter att Cavin Diagne skickats iväg efter ett andra bokförbart brott.
Andelen poäng i Jeonju innebär att Senegal avslutar som Grupp F löpare upp till USA som drog 1-1 med Saudiarabien i gruppens andra match.
Nästa upp för Senegal är Mexiko medan Zambia kommer att möta Tyskland.
Senegal är klar till den andra omgången av VM under 20 i Sydkorea efter en mållös dragning med Ecuador.