Seger över hennes tjeckiska motståndare skulle ha satt Konta i med en chans att bryta sig in i de 20 bästa i världen ranking för första gången.
Novak Djokovic nådde de sista 16 av herrsångerna med en 7-5 7-5 seger över tyska Phillipe Kohlschreiber.
Rafael Nadal slog spanjor Fernando Verdasco 6-0 7-6 (11-9).
Tvåfaldig mästare Serena Williams besegrade Kateryna Bondarenko 6-2 6-2 för att tjäna en kvartsfinal med Simona Halep.
Brittiskt nummer ett Johanna Konta är ute ur BNP Paribas Open i Indian Wells efter ett 7-6 (7-2) 3-6 6-3 nederlag av världsnummer 19 Karolina Pliskova.