Jeremy Zeid, som stod i Hendon, sade att president Obama borde "låsas" av israelerna för att "läcka statshemligheter".
Han syftade på att avklassificera dokument om Israels hemliga kärnvapenprogram.
UKIP sade att Zeid avgick förra veckan på grund av hälsofrågor.
Det står inte klart exakt när han avgick, men han gjorde tjänsterna förra onsdagen och torsdagen.
Raymond Shamash, kirurg ursprungligen från nordvästra London, avslöjades som Mr Zeids ersättare efter nyheten om Facebook-inläggen.
Zeid sade också att Israel skulle "göra en Eichmann" mot president Obama.
Adolf Eichmann var en nazistisk krigsförbrytare som kidnappades av israeliska agenter 1960 och hängdes senare för sin roll i morden på miljontals judar under andra världskriget.
Hendon är en av de mest marginella platserna i landet med de konservativa som försvarar en majoritet på 106.
En kandidat till UKIP-parlamentet som sa i ett Facebook-inlägg att Israel borde "kidnap" USA:s president Barack Obama har ersatts av sitt parti.