I Manchester Evening News rapporterades det om en fullmäktigeledamot som erkände att han gjorde oanständiga bilder av barn.
Mike Owen och två högre officerare har blivit avstängda efter en extern granskning av fallet, sade en talesman.
Rådsledaren Rishi Shori sa att avstängningarna skulle göra det möjligt för de tre att "fokusera på att svara" på fallet.
Han sa att de var "en neutral handling".
Rådet hade beställt en översyn av barnavårdsexperten Malcolm Newsam efter att ha "mottagit anklagelser om att det förekommit underlåtenhet att agera på lämpligt sätt i enlighet med skyddsrutinerna i ett enskilt fall", tillade han.
Vice verkställande direktör Pat Jones-Greenhalgh kommer att ersätta Mr Owen tills rådets egen utredning är avslutad, myndighetens talesman sade.
Bury Councils verkställande direktör har blivit avstängd på grund av påståenden som han och andra inte har följt vid handläggningen av ett skyddsärende.