Kritiker säger att det nya kontraktet innebär lönesänkningar på upp till 30%, med "normala timmar" förlängd till att omfatta 7 am till 10 pm varje dag utom söndag.
Brittiska läkarförbundet sa att omröstningen återspeglade läkarnas ilska.
Men regeringen beskrev de nuvarande kontrakten som "föråldrade" och "orättvisa".
BMA sade att stickpunkten var över NHS arbetsgivares vägran att lägga sig i klassificeringen lördagsskift på samma sätt som veckodag ett.
Junior läkare får extra betalningar för arbete utanför "normala timmar" - som för närvarande klassificeras som 07:00 till 19:00, måndag till fredag.
Ordförande för BMA:s brittiska juniordoktorskommitté, Dr Johann Malawana, sade att man ville ha ett kontrakt som skyddade patientsäkerheten och var "rättvist för både juniordoktorer och hälso- och sjukvården som helhet".
– Vi kan bara göra detta om regeringen är beredd att samarbeta i en verklig förhandling. Tyvärr har de valt att rida över oron hos läkare med deras hot om påläggande."
En talesman för hälsodepartementet sa: "Vi värdesätter verkligen yngre läkares arbete och engagemang, men deras nuvarande kontrakt är förlegat och orättvist - det bästa sättet att ändra det är förhandlingar."
Danny Mortimer, VD, NHS Arbetsgivare sade: "Att skriva ett kontrakt är inte den lösning som någon part föredrar - dörren är fortfarande öppen för BMA att komma tillbaka till förhandlingsbordet och vi uppmanar dem att göra det."
Analys: Hugh Pym, BBC hälsoredigerare
År 2012 krävde hälsodepartementet ändringar i ett avtal med yngre läkare som gick tillbaka till slutet av 1990-talet.
BMA gick med på att diskutera villkoren för sina medlemmar.
Efter två års samtal bröt förhandlingarna ihop. I augusti i år vägrade BMA att gå tillbaka till förhandlingsbordet och anklagade regeringen för en "tunghänt" strategi, och ministrarna sade sedan att ett nytt kontrakt skulle införas.
De skotska och walesiska förvaltningarna har dock sagt att de kommer att fortsätta med de nuvarande arrangemangen.
När det gäller avtalsreformen finns det uppenbara inkonsekvenser i det som beskrivs som ett mycket komplext system som kan leda till varierande arbetstider i olika truster.
Ett mer öppet system och med betalning kopplad till ansvar är vad arbetsgivarna påstår sig söka.
Detta skulle innebära högre grundlöner än nu, vilket skulle innebära högre pensionsrättigheter.
Medan NHS arbetsgivare erkänner att vissa läkare skulle förlora, hävdar de att vissa skulle vinna.
Rättning 9 Oktober 2015: Denna rapport har ändrats för att klargöra att i stället för övertid som skrotas, läkares "normala timmar" förlängs.
Juniordoktorer i England kommer att röstas om industriella åtgärder om regeringen planerar att införa ett nytt kontrakt från augusti 2016.