"Det var en känslosam tid", säger han. "Ofta skulle vi be libanesiska folket i den bombade södern att också ta sina hundar av sina händer" € och de skulle vara överens endast på villkor att vi tog ett barn också."
Som fängelsedirektör för den brittiska ambassaden i Beirut verkade han sedan ha funnit nya hem för över 300 hundar och katter som hade lämnat efter sig genom att fly från brittiska expater.
Anmärkningsvärt nog lyckades han tillsammans med en amerikansk djurorganisation hitta finansiering för att hyra ett 747 flygplan för att få dem till Amerika, där de togs in av nya ägare.
Det var början på vad som så småningom skulle bli en frivillig organisation kallad Beta (Beirut for the Ethical Treatment of Animals).
Men nu, tio år senare, står organisationen inför sin egen avgrund och kämpar för att rymma 500 hundar och över 150 katter.
Under de senaste två åren har traditionella supportrar - främst från USA och Kanada - slutat att skicka pengar, vilket resulterat i att Beta riskerar att stängas på grund av ökande skulder från livsmedelsleverantörer.
Nyligen har en kampanj samlat in över $ 50,000 (40.000 pund), främst från libanesiska sponsorer, men Barrett vet inte om Beta kan fortsätta, eftersom dess löpande kostnader är runt $ 10.000 per månad.
Han anser att Syrienkriget främst bär skulden för en minskning av den individuella finansieringen från USA, eftersom människor prioriterar att skicka pengar till grupper som stöder syriska flyktingar.
De ekonomiska kostnaderna för tillströmningen av nästan två miljoner flyktingar har också indirekt ökat antalet övergivna hundar.
Oreglerad hundförsäljning - ett snabbköpsföretag - har lett till en tillväxt i uppfödningsanläggningarna, och hundfäktningsringarna har också ökat - blomstrande satsningar i en tid av ekonomisk osäkerhet.
"Det är bara affärer", säger Mr Barrett, med en våg av hans hand.
Han är särskilt föraktfull mot oansvariga djurägare, med hänvisning till fall av hundar som köps för ett barn men blir en börda, med nya ägare även ovetande om behovet av att toalettutbilda valpar eller ta hundar på dagliga promenader.
Resultatet blir ett stort antal hundar - omkring 40 000, enligt Beta - på gatorna i detta lilla land.
"De flesta vill ha renrasiga hundar, det är "show-off"-faktorn. Ett stort problem här, säger han.
"Impulsköp är ett verkligt problem och libaneserna påverkas verkligen av Paris Hilton och andra kändisar som de gillar att kopiera stjärnorna. Alla jag känner som har hundar säger att de har köpt från Sydafrika eller Ryssland. Att skryta är en stor del av det."
Problemet är med en del av det libanesiska samhället - som det belopp som donerats till Betas senaste kampanj visar, många libanesiska omsorger som djuren är väl omhändertagna.
Betas hundpound var tidigare en grisfarm i Beit Meri i bergen med utsikt över Beirut.
Det ser illavarslande ut och är likt många av dess invånare övergivet och oälskat.
Helena Hesayne, en arkitekt som ger större delen av sin tid till att arbeta för Beta, hälsas entusiastiskt av många av hundarna, som hon känner vid namn.
"Vi räddade just en hund som användes som 'bait' för att slåss hundar i Saida, som förmodligen kommer att förlora benet", berättar hon. "Han är för smal för tillfället för att operera."
– Nyligen sköt en vuxen man en hund inför barn, även om det ofta är så att män i Libanon tvingar barn att begå grymheter mot djur som ett sätt att skärpa dem, förklarar hon.
Ett fall, i vilket ett videoklipp visade ett barn som var goaded att skjuta en kattunge från en tak-top, var varmt debatteras på ett lokalt TV-program.
Många av de hundar som räddas skickas till USA, där det finns större chans att de hittar nya hem, säger Hesayne - särskilt hundar med tre ben.
Den dagen vi träffas förbereder hon sig för att ta sex på ett flyg från Frankrike till ett nytt liv i USA.
När vi går genom pennan minns hon flera av hundarnas hjärtskärande prövningar.
"Den här har ett ben som saknas, den där torterades, den här blev skjuten. I själva verket har vi ett antal hundar som har skottskador från pistoler, tillägger hon lugnt.
"Den senaste fonddriften hjälpte oss att betala ungefär en tredjedel av vår maträkning, som uppgick till cirka 120.000 dollar", säger hon. "Men vi behöver fler adopters och mer regelbundna sponsorer. Problemet är att folk tror att vi är rika bara för att vi har 500 hundar och 150 katter, men så är det inte alls."
Martin Jay är journalist baserad i Beirut och rapporterar för ett antal brittiska tidningar och Deutsche Welle TV. Följ honom @MartinRJay
Medan israeliska jetplan slog Libanon sommaren 2006 i sitt korta krig mot Hizbollah bröt sig John Barrett in i övergivna djuraffärer för att rädda svältande djur i burar.