Hamburgs kommissionär för dataskydd och informationsfrihet sade att det sociala nätverket inte hade fått ett effektivt godkännande från WhatsApps 35 miljoner tyska användare.
Facebook köpte WhatsApp för $19bn (Â £14.6bn) under 2014 som ett sätt att nå ut till en yngre publik.
Det är att överklaga beslutet.
"Vi kommer att arbeta med Hamburg DPA i ett försök att ta itu med sina frågor och lösa eventuella problem", sade det i ett uttalande.
Data watchdog sade att Facebook och WhatsApp var oberoende företag och bör behandla sina användares data som sådana.
"Efter förvärvet av WhatsApp av Facebook för två år sedan, båda parter har offentligt försäkrat [användare] att data inte kommer att delas mellan dem," sade kommissionär Johannes Caspar i ett uttalande.
WhatsApp orsakade kontroverser i augusti när den meddelade att den ändrade sin sekretesspolicy för att låta sina uppgifter delas med sitt moderbolag.
Det sade att bättre samordning med Facebook skulle hjälpa det att bekämpa skräppost samt tillåta Facebook att erbjuda "bättre vänner förslag och visa dig mer relevanta annonser om du har ett konto med dem".
Det kommer att dela telefonnummer och detaljer om den senaste gången som användare loggade på WhatsApp.
EU:s och USA:s tillsynsmyndigheter reagerade med försiktighet och sade att uppdateringen behövde undersökas. Den brittiske kommissionsledamoten med ansvar för information undersöker också förändringarna.
Facebook har beställts av en tysk integritet regulator att sluta samla in och lagra data från tyska användare av sin meddelande app WhatsApp.