Statyn vid University of Cape Town hade attackerats som en överlevande symbol för vita minoriteters styre.
Universitetets rektor har backat upp samtal för att flytta statyn och säger att ett slutligt beslut kommer att läggas fram till ett särskilt möte nästa vecka.
Studentledare har hyllat en "seger" för sin Rhodos Must Fall-kampanj.
Vice-chancellor Max Price har sagt att universitetets senaten accepterade samtal för att statyn ska tas bort permanent från campus och att den bör bordas upp tills ett slutligt beslut nåddes.
Med mer än 180 röster i senaten röstade bara en emot statyns avlägsnande och tre nedlagda röster.
Ett möte i universitetets råd för att avgöra statyns öde förs fram till nästa vecka, sade ett uttalande från Dr Price - och det kommer att behövas samråd med lokala kulturarvsmyndigheter.
Statyn av Cecil Rhodes har blivit en del av en symbolisk kamp vid University of Cape Town, ett av de högsta universiteten i Afrika i internationella ligabord.
Rhodos, en brittisk politiker och affärsmagnat som dog 1902, var en mäktig figur i det koloniala Sydafrika, och hans staty har stannat kvar på campus för detta uppmärksammade universitet.
Men tidigare denna månad anfölls statyn av en demonstranter som tipsade en hink mänsklig exkrement om Rhodos.
Det började flera veckor av protester av studenter som såg statyn som representerar bristen på möjligheter fortfarande inför den svarta majoriteten två decennier efter slutet av apartheid.
Det gav upphov till argument om hur det moderna Sydafrika bör representera arvet från sitt koloniala och apartheid-era förflutna.
Det har också förekommit debatter om tillgång för svarta studenter till toppuniversitet.
Statyn hade lindats in i svart plast för att skydda den, men den har nu blivit helt bordad.
"Det är verkligen en seger för oss", sade Ramabina Mahapa, ordförande för studentrepresentationsrådet.
En kolonial-era staty av Cecil Rhodes på ett sydafrikanskt universitet campus har bordats upp efter student demonstranter krävde dess avlägsnande.