Det sociala nätverkets chefsofficer Sheryl Sandberg bekräftade beslutet att behålla Peter Thiel under sitt framträdande vid kodkonferensen.
Thiel har sagt att han vill utmana Gawkers "mobbning" beteende.
Men han har kritiserats för att han använder sin rikedom för att försöka tysta en del av medierna.
Det utgör en potentiell fråga för Facebook vid en tidpunkt när det försöker övertyga delar av branschen att vara värd artiklar på sin plattform, ge det med exklusiva videoinnehåll och låta teknikföretaget att sälja reklam för deras räkning.
"Peter gjorde vad han gjorde på egen hand, inte som en Facebook styrelsemedlem," Ms Sandberg berättade deltagare på Kalifornien händelsen.
"Vi har mycket oberoende styrelseledamöter med mycket oberoende tankar som de delar offentligt. Dessa starka människor gör riktigt bra styrelsemedlemmar eftersom de har starka åsikter och de är inte rädda för att tänka annorlunda än andra människor, som har tjänat Facebook väl."
Men en expert ifrågasatte om beslutet att behålla Thiel - som var en av Facebooks tidiga investerare - var hållbart på lång sikt.
"Facebook har alltid i grunden sett sig själv som ett teknikföretag, men nu måste ta itu med den offentliga positionen - och även etiken och ansvaret - att vara förläggare," mediakonsult Steve Hewlett berättade BBC.
"Tänk dig att denna person satt i styrelsen för The Times eller BBC - som skulle se ut som en uppenbar intressekonflikt. Du kan inte ha en miljardär som sitter i en förlagsstyrelse som stämmer andra människor för att publicera saker.
"Så, om du tänker på Facebook som en utgivare, detta är helt enkelt problematiskt."
Konflikten mellan Gawker och Thiel går tillbaka till 2007, då mediebyrån publicerade en artikel med rubriken "Peter Thiel är totalt homosexuella".
Förra veckan avslöjade riskkapitalisten för New York Times att han senare hade finansierat ett lag av advokater för att hitta och hjälpa "offer" av andra Gawker artiklar stämma företaget - en handling som han beskrev som "filantropisk".
Ett fall resulterade i en jury som beordrade Gawker att betala Hulk Hogan $140m (Â€97m) efter det beslutade publiceringen av ett sexband med den ex-professionella brottaren innebar en kränkning av privatlivet.
Gawker vädjar mot domen, som hotar dess framtid.
Förlaget har också ifrågasatt Thiels engagemang och ifrågasatt hans fortsatta roll i det sociala nätverket.
"Som medlem i Facebooks styrelse, hur har din egen syn på politik och nyheter påverkat ditt bidrag till företagets beslut?" frågade Gawkers grundare Nick Denton i ett öppet brev.
Jeff Bezos, chef för Amazon och ägare av Washington Post tidningen, var kritisk mot Thiel tidigare i veckan under sitt eget framträdande vid Code Conference.
"Jag tror inte en miljardär ska kunna finansiera en stämning för att döda Gawker", sade han.
"Sök hämnd och du gräver två gravar. En för dig själv."
Facebooks verkställande direktör Mark Zuckerberg tillrättavisade en av sina andra regissörer, Marc Andreessen, tidigare under året för att ha kritiserat Indiens agerande mot byråns Free Basics-plan.
Men Sandberg sade att omständigheterna kring Thiel var annorlunda.
"[I det tidigare fallet] kändes det nästan som om han talade för Facebook", förklarade hon.
Trots detta föreslog en företagsövervakare att Sandbergs kommentarer sannolikt inte skulle leda till att ärendet avslutades.
"Mediekritiker ser tydligt Thiels handlingar som ett hot mot yttrandefriheten, om inte hela nyhetsbranschen", säger Graham Lovelace från Lovelace Consulting.
"En del försöker föra Facebook in i det, på grund av dess rekord i att kämpa för yttrandefrihet.
"Det belyser debatten om Facebooks identitet när den fortsätter att växa."
Aktieägarna i det sociala nätverket har möjlighet att ifrågasätta sitt beslut vid sitt årsstämma den 20 juni.
Facebook har valt att hålla miljardären som hjälpte till att finansiera en sexvideo rättsfall mot Gawker Media i sin styrelse.