Systemen, på Kentucky Methodist Hospital, Chino Valley Medical Center och Desert Valley Hospital i Kalifornien, kör nu normalt igen.
Inget av sjukhusen tros ha betalat lösensumman.
Och fallen undersöks nu av FBI.
Kentucky Methodist Hospital var tvunget att stänga av alla sina stationära datorer och aktivera ett reservsystem.
Ett meddelande på sin hemsida sade: "Metodistsjukhuset arbetar för närvarande i ett internt nödläge på grund av ett datorvirus som har begränsat vår användning av elektroniska webbaserade tjänster.
"Vi arbetar för närvarande med att lösa denna fråga, fram till dess kommer vi att ha begränsad tillgång till webbaserade tjänster och elektronisk kommunikation."
Det sades senare att inga patientdata eller vård hade påverkats.
Fred Ortega, talesman för Prime Healthcare Services, som äger Chino Valley Medical Center och Desert Valley Hospital, sade: " Det orsakade betydande störningar i våra IT-system.
"De flesta av systemen och den kritiska infrastrukturen har dock tagits tillbaka online."
Angreppet kommer veckor efter att det avslöjades Hollywood Presbyterian Medical Centre i Los Angeles hade attackerats av ransomware.
I så fall betalade den 17.000 dollar för att få tillgång till filer tillbaka.
Kentucky Methodist Hospital informationssystem regissör Jamie Reid namngav malware inblandade som Locky, en ny bugg som krypterar filer, dokument och bilder och byter namn på dem med förlängningen.locky.
Det vanligaste sättet Locky får sig själv på maskiner är via en spam e-post med ett bifogat dokument som ser ut som nonsens och råder läsarna att aktivera makron "om datakodningen är felaktig".
När malware laddas ner, skickar det ett meddelande till stationära datorer med instruktioner om hur användare kan betala för att få filer olåsta.
I november, en rapport från Intels McAfee labb sade antalet ransomware attacker förväntades öka under 2016.
Säkerhetsexperten Brian Krebs sade: " Det är en rättvis satsning att som ransomware attacker och angripare mogna, dessa planer kommer långsamt att bli mer riktade.
"Jag oroar mig också för att dessa mer medvetna angripare kommer att ta lite mer tid att urskilja hur mycket data de har krypterat är verkligen värt, och exakt hur mycket offret kan vara villig att betala för att få tillbaka den."
IT-systemen i tre amerikanska sjukhus har infekterats med ransomware, som krypterar viktiga filer och kräver pengar för att låsa upp dem.