Från och med den 21 juni kommer EDF:s kunder att se att elpriserna stiger med 9 % och gaspriserna stiger med 5,5 %.
Leverantören höjde tidigare elpriserna med 8,4 % den 1 mars, men sänkte gaspriserna i januari.
Ökningen kritiserades omedelbart av energitillsynsmyndigheten, Ofgem, som sade att det var svårt att rättfärdiga.
Den genomsnittliga dubbelbränslekunden kommer att betala en extra £ 78 per år, vilket innebär att den årliga räkningen till £ 1,160, EDF sade.
Genom att kombinera båda ökningarna kommer 1,5 miljoner EDF-kunder att betala 18,1 % mer för sin el i år.
Med hänsyn till den tidigare sänkningen kommer dock gaspriserna att förbli fasta, sade företaget.
De flesta av dess kunder - 1,8 miljoner - är nu på fasta priser, så kommer inte att påverkas.
Ofgem var mycket kritisk till ökningen.
Dermot Nolan, dess verkställande direktör, sade: "EDF:s andra prisökning på fyra månader, när det inte har skett någon dramatisk ökning av grossistpriserna på energi sedan den senast satte upp priserna, är svår att motivera och är ytterligare bevis för att energimarknaden inte fungerar i alla konsumenters intresse."
Kommentarer sade EDF kunder på standardtariffer kunde spara mer än 300 pund per år genom att byta till den bästa fasta pris affär.
"EDF har slagit miljoner med en andra chock prishöjning", sade Archna Luthra, chef för energi på MoneySavingExpert.
"Om du inte har jämfört och bytt redan, se detta som en sista röd larmklocka för att vidta åtgärder - vad väntar du på?"
EDF sade att det skulle kontakta alla kunder på standard variabla tariffer för att se över deras situation.
Företaget inför också ett nytt treårigt fast avtal.
"Jag vet att prishöjningar aldrig är välkomna, men industrin står inför betydande kostnadsökningar", säger EDF: s verkställande direktör, Vincent de Rivaz.
"För att vara en hållbar och ansvarsfull verksamhet strävar vi efter att skapa en rättvis marginal för att leverera kunder. Denna rättvisa marginal gör det möjligt för oss att investera långsiktigt, särskilt i god service, innovation och smart mätning."
Fem av de sex stora leverantörerna har meddelat prishöjningar i år:
Energiföretaget EDF höjer elpriset för andra gången i år för kunder med standardtariffer.