Den sjätte blanketten på Halewood Academy i Knowsley kommer att stängas i augusti 2017 efter att institutionen för utbildning kommit överens om att det kan sluta tillhandahålla A-nivåer.
Rektor Gary Evans sa att det var "sad" men lämnade akademin i en starkare finansiell ställning.
Utbildningscheferna lovade att få en ny A-nivåplan på plats 2017.
Evans sade: "Vi kommer att fortsätta att arbeta i stor utsträckning med andra post-16-leverantörer för att se till att alla våra studenter stannar kvar i utbildning när de lämnar akademin.
"Diskussioner äger också rum för en framtida potentiell post-16 joint venture över Knowsley," sade han.
Knowsley har den lägsta andelen studenter som tar A-nivåer i England på 2 % och har bland de lägsta universitetsavgifterna i England.
Ett brev till skolan från statssekreteraren för skolor, Lord Nash, skisserade planen.
Han sade efter att ha övervägt kvaliteten på utbudet, effekterna på befintliga studenter och tillgången till utbildning efter 16 i området "Jag har kommit överens om deras begäran om att stänga den sjätte blanketten".
Knowsley kommunråd Gary See sa att den lokala myndigheten var "naturligt besviken på detta resultat" men glad att det fanns "en viss klarhet för akademin och dess studenter".
Han sade på grund av skolans akademiska status hade rådet "inga befogenheter att ingripa" men hade åtagit sig att arbeta med regeringen för att upprätta "ny sjätte form bestämmelse från september 2017".
Föräldrarna på skolan hade protesterat mot nedläggningen och argumenterat för att den "sviker barnen i detta samhälle" och kunde blockera deras ambitioner.
Studenter som är på deltid genom sina studier kommer att kunna fortsätta på den sjätte formen.
En stadsdel på Merseyside kommer inte att ha någon A-nivå efter det att regeringen godkänt stängningen av områdets enda sjätte formulär som erbjuder kvalificering.