Biträdande utbildningsminister Mduduzi Manana dök upp i rätten förra veckan för att åtalas för misshandel.
Han anklagas för att ha slagit kvinnan under ett gräl på platsen.
I lördags sade president Jacob Zumas kansli att han hade accepterat Mananas avgång och tackade honom för "hans bidrag till regeringsarbetet".
Manana har tidigare bett om ursäkt för vad han kallade en "skum händelse". Han hävdade att han var provocerad, men "bör ha utövat återhållsamhet".
Hans politiska parti, Afrikanska nationalkongressen, välkomnade hans avgång och tackade honom också för hans tjänst.
När anklagelserna först kom sade ANC att "ett sådant beteende är oacceptabelt... våld mot kvinnor är vår tids skam".
Anklagelserna orsakade omfattande upprördhet i Sydafrika, där våld mot kvinnor inte är ovanligt.
Under den inledande domstolsförhandlingen fördes han in i rättssalen genom en separat ingång, och journalister tilläts inte komma in.
Men polisminister Fikile Mbalula insisterade på att Manana inte skulle få någon särskild behandling.
"Den biträdande ministern kommer inte att behandlas med speciella barnhandskar utan kommer att möta lagens fulla vrede. Staten stöder helt offret", sade han.
Han släpptes mot borgen på 375 dollar (290 pund) i väntan på ytterligare utredning.
En sydafrikansk minister har avgått bland anklagelser han överföll en kvinna på en nattklubb tidigare denna månad.