Morden tros ha ägt rum förra året på en ranch i delstaten Michoacan förra året.
President Enrique Pena Nieto sade att han hade avfärdat Galindo för att möjliggöra en öppen undersökning.
Tidigare denna månad anklagade Mexikos nationella kommission för mänskliga rättigheter polisen för att ha mixtrat med bevis.
Michoacan: Mexikos misslyckade stat?
En polis och 42 misstänkta dödades i räden på en ranch i Tanhuato i maj förra året.
Poliserna sa att de hade återbördat eld i självförsvar men den höga dödssiffran väckte misstankar.
I människorättskommissionens rapport anklagades polisen för att ha planterat vapen på några misstänkta och rörliga kroppar för att stärka den officiella versionen att alla dödsfall inträffade under en vapenstrid.
Galindo och den nationella säkerhetskommissionären Renato Sales har förnekat att någon har dödats på ett summariskt sätt och insisterat på att officerare använde nödvändig styrka mot högt beväpnade brottslingar.
Polisen använde en Black Hawk helikopter under operationen, enligt uppgift avfyrar omkring 4.000 skott in i ranchen, känd som Rancho del Sol, under det första angreppet.
Helikoptern blev träffad av skottlossning, utredare hittade den.
I sin rapport (på spanska; varning: innehåller grafiska bilder) hävdar CNDH att:
Michoacan har blivit en av Mexikos mest våldsamma stater på grund av rivaliteten mellan karteller.
Mexikos federala polischef, Enrique Galindo, har avskedats efter anklagelser om att polisen dödat minst 22 misstänkta personer i en narkotikakartell.