Den 46-årige efterträder Ronnie Moore, som delade sällskap med klubben genom ömsesidigt samtycke tidigare på onsdagen.
Detta är en första ledarroll för Hignett, som hade en trollformel som Hartlepool biträdande chef under Colin Cooper 2013-14.
Hartlepool är en plats ovanför nedflyttningszonen som har förlorat tre av sina senaste fyra ligamatcher.
Hignett, vars 19-åriga spelkarriär började på Crewe och slutade på Hartlepool, kommer att ta ansvar för laget för första gången när Pools värd Yeovil på lördag.
"Vi identifierade omedelbart Craig som vårt främsta mål och vi tror att han har alla de rätta egenskaperna för att hjälpa ingjuta förtroende tillbaka till spelarna och hjälpa oss att flytta upp bordet," sade ordförande Gary Coxall.
"Han har en rik erfarenhet av fotboll och har letat efter en möjlighet att flytta in i ledningen så vi är glada att ge honom den chansen här på Victoria Park."
Sam Collins, som arbetade tillsammans med Moore, kommer att stanna kvar på klubben men i en ny roll med fokus på klubbens under-21 spelare.
Tidigare Middlesbrough spelare Craig Hignet har utsetts till ny chef för League Two sida Hartlepool.