Bell framförde anklagelsen medan han talade under parlamentariskt privilegium.
Rådgivarna som heter Bell, Timothy Johnston och John Robinson, har förnekat anspråken.
DUP sa att påståendena var "överraskande".
MLA diskuterade RHI-systemet i Stormont.
Ett förslag om att skjuta upp debatten med en vecka, i kölvattnet av utrikesminister James Brokenshires tillkännagivande om val, avbröts när Bell gjorde dramatiska påståenden om DUP.
Bell sade när han var företagsminister till sin särskilde rådgivare Timothy Cairns: "Han kommer inte att tillåtas sänka tullarna på systemet (RHI)" på grund av Johnston och Robinsons "extensiva intressen inom fjäderfäindustrin".
Han tillade att han "höll skivorna i många, många format" och att han hade blivit avstängd från partiet för att ha "berättat sanningen".
Han hävdade också att Robinson och dr Andrew Crawford, rådgivare för DUP-partiet, hade gett instruktioner om att "försöka att inte få Arlene kallad till Public Accounts Committee (PAC)" och "under inga omständigheter låta Jonathan Bell kallas" över sina roller i RHI-systemet.
DUP sa att påståendena var "överraskande, osanna och ogrundade" och "inget annat än gyttjesling".
De sade att varken Johnston eller Robinson har intressen inom fjäderfäindustrin och tillade att Robinsons "familjehemsgård har hönshus men inte ingår i RHI-systemet och aldrig har varit mottagare eller sökande".
Johnston, den särskilde rådgivaren till Arlene Foster när hon var förste minister, sade: "Jag har inga familjekontakter med fjäderfäindustrin och jag har ingen koppling till RHI-systemet.
"Det här är ogrundade anklagelser. Jag har två svåger inom fjäderfäindustrin. De har ingen koppling till RHI."
Robinson, särskild rådgivare åt ekonomiministern Simon Hamilton, sade: " Jag har inget personligt intresse för fjäderfäindustrin. Två av mina bröder är fjäderfäuppfödare men de har inga kopplingar till RHI."
Dr Crawford, tidigare särskild rådgivare till finansministeriet, berättade för BBC förra månaden att hans bror är direktör för ett företag som framgångsrikt ansökte om RHI-systemet.
Han sade: "Jag försökte aldrig hålla RHI-systemet öppet i den ursprungliga högre tariffen mot ministerns vilja."
Mr Bell bröt leden med sitt parti och gjorde allvarliga anklagelser mot DUP om systemets verksamhet i en BBC-intervju i december.
Han hävdade att DUP-rådgivare hade försökt ta bort Fosters namn från dokument kopplade till RHI.
Mr Bell blev senare avstängd från DUP.
RHI-systemet inrättades av den tidigare förste ministern Arlene Foster 2012 när hon var företagsminister.
Syftet var att öka förbrukningen av värme från förnybara källor.
Företagen fick dock mer i subventioner än de betalade för bränsle, och systemet blev kraftigt övertecknat.
Det kan leda till ett överskott på 490 miljoner pund under de kommande 20 åren.
MLA Jonathan Bell har hävdat att han fick veta att han inte skulle kunna ifrågasätta systemet för förnybar värmeincentive (RHI) eftersom två särskilda rådgivare inom DUP "har omfattande intressen inom fjäderfäindustrin".