Ricky Miller avslutade en körning av två matcher utan ett mål med ett straff i 26: e minuten, skicka Liam Roberts på fel sätt efter sitt eget trick i lådan drog foul från Chester Matthew Waters.
James Alabi var ett ständigt hot för Chester och han visade stor styrka med ryggen mot målet att snurra och surra hem en utjämnare på halvtimmen märket.
Miller tävlade sedan bort från besökarnas backline och avslutade sin 29: e mål för säsongen efter 49 minuter, innan Joe Healy avslutade poäng med en fantastisk volley från kanten av lådan nio minuter senare.
Rapport från Pressföreningen.
Matchen slutar, Dover Athletic 3, Chester FC 1.
Andra halvlek, Dover Athletic 3, Chester FC 1.
Substitution, Dover Athletic. Tyrone Sterling ersätter Ricky Modeste.
Substitution, Dover Athletic. Chris Kinnear ersätter Joe Healy.
Evan Horwood (Chester FC) visas det gula kortet.
Ersättning, Chester FC. Evan Horwood ersätter Johnny Hunt.
Ersättning, Chester FC. Craig Mahon ersätter Kane Richards.
Substitution, Dover Athletic. Moses Emmanuel ersätter Ricky Miller.
Elliott Durrell (Chester FC) visas det gula kortet.
Mål!  Dover Athletic 3, Chester FC 1. Joe Healy (Dover Athletic).
Ersättning, Chester FC. Wade Joyce ersätter Matty Waters.
Mål!  Dover Athletic 2, Chester FC 1. Ricky Miller (Dover Athletic).
Andra halvan börjar Dover Athletic 1, Chester FC 1.
Första halvlek, Dover Athletic 1, Chester FC 1.
Ricky Modeste (Dover Athletic) visas det gula kortet.
Ricky Miller (Dover Athletic) visas det gula kortet.
Mål!  Dover Athletic 1, Chester FC 1. James Alabi (Chester FC).
Mål!  Dover Athletic 1, Chester FC 0. Ricky Miller (Dover Athletic) omvandlar straffet med en.
Första halvan börjar.
Lineups tillkännages och spelarna värms upp.
Dover avslutade en segerlös trematch med en eftertrycklig seger över Chester på Crabble.