Listan är en nedräkning av årets mest populära låtar som röstades på av lyssnarna på den alternativa musikstationen.
Triple J sa att det fanns "en hel rad skäl" bakom beslutet.
Den viktigaste är en kampanj för sociala medier, ursprungligen initierad av Buzzfeed Australiens Mark Di Stefano, för att få Shake It Off på listan.
Läsarna uppmuntrades att twittra #Tay4Hottest100 för att få låten att synas på nedräkningen, vilket ansågs vara för mycket av ett inflytande.
En del tyckte att Swifts låt var för kommersiell för den alternativa musikstationen, medan andra sade att ett förbud mot sången skulle ses som elitism.
Listan toppades av Chet Fakers Talk är billiga, med Peking Duks High och Cosby Sweater av Hilltop Hoods slutföra de tre bästa.
Mark Ronson's Uptown Funk slutade sexa på undersökningen, medan alt-J har tre låtar i topp 30.
Triple J påpekade att Taylor Swift inte spelades alls på stationen 2014 men skulle ha slutat före alla alt-J spår om det inte diskvalificerats.
Vance Joy's Rippide vann 2013 års opinionsundersökning, som såg en mer kommersiell topp tre inkluderar Lordes Royals och Get Lucky by Daft Punk.
Triple J presenter Lewis McKirdy, som gjorde tillkännagivandet att Taylor Swift spår inte skulle tillåtas i listan, riktade lyssnare till en Buzzfeed parodi med titeln 8 Hilarious Men totalt sanna skäl Du hörde inte Shake It Off i Hottest 100, för mer information om beslutet.
Följ @BBCNewsbeat på Twitter, BBCNewsbeat på Instagram och Radio1Newsbeat på YouTube
Triple J har bekräftat att Taylor Swift diskvalificerades från årets Hottest 100.