Omkring 2.000 anläggningar hittades bakom den tidigare Blockbuster lokalen i Kirkgate efter ett telefonsamtal till polisen om misstänkt aktivitet i området.
Inne i byggnaderna fanns flera grödor av cannabis i olika stadier av tillväxt, sade polisen.
Insp Ian Williams sa: "Det kommer att ta oss den bästa delen av två dagar att ta bort det som finns där."
Poliserna ber om information om att skåpbilar lastas eller lastas av runt om i lokalen.
En "stor cannabisfarm" har hittats i nedlagda byggnader i Wakefield centrum, sade West Yorkshire polisen.