Shiv Kumar Yadav har också anklagats för "kriminella hotelser" av den 26-åriga kvinnan, rapporter sade.
Offret hade använt Uber smartphone app för att boka en taxi hem men sade att hon fördes till ett avskilt område och våldtogs.
Delhi förbjöd senare Uber och flera andra webbaserade taxibolag för att de inte utförde tillräckliga förarkontroller.
Även om föraren ännu inte har gjort ett uttalande offentligt, polisen säger att han har erkänt brottet. De säger att han också har identifierats av offret.
Våldtäkt och frågan om sexuellt våld mot indiska kvinnor har varit i fokus under de senaste åren ända sedan en 23-årig fysioterapistudent våldtogs och mördades i Delhi i december 2012.
Brottet orsakade global upprördhet och skärpta lagar om sexuellt våld, men korrespondenterna säger att de inte har agerat avskräckande.
Tidigare denna månad arresterades fem män i Calcutta för kidnappning och våldtog upprepade gånger en japansk student.
Och i delstaten Uttar Pradesh i norra Indien greps två poliser för att ha kidnappat och våldtagit en tonåring.
En domstol i den indiska huvudstaden har formellt anklagat en förare av Uber webbaserade taxifirman för våldtäkt och kidnappning av en passagerare förra månaden.