Tjänsterna stoppades nära Woking, Surrey, på torsdag kväll efter ett signalproblem som orsakats av ett möjligt försök att stjäla kabel.
En grupp passagerare, däribland en kraftigt gravid kvinna, sade att de utmanades av polisen vid utgången.
South West Trains har bett om ursäkt för en rad störningar den här veckan.
Enligt Network Rail påverkades 60 tåg från London Waterloo av signalfelet.
Det sades att ytterligare förseningar orsakades när passagerare gick på banan, vilket innebär att kraft till rälsen måste stängas av.
Emma Firth, från Farnham, som är gravid i åtta månader, var bland passagerarna som klev av tåget.
"Jag och en annan man pratade med varandra och sade: "Detta är vår enda chans," sade hon.
"I mitt tillstånd skulle jag inte sova över på ett tåg, jag hade ingen mat eller dryck.
"Så mannen gav mig en gris tillbaka från tåget och hjälpte mig att gå längs banan.
"En vakt, med en fackla, hjälpte oss att gå över banan säkert och var mycket artig men polisen vid grindarna var mycket arg, säger vi hade gjort intrång.
"Jag kom hem runt 2300 BST. Jag kommer inte att använda tåget i morgon, det kommer att bli en mardröm efter detta. Jag ska arbeta hemifrån."
En annan passagerare, som bara bad att få heta Keith, sade att han tog 18.33 South West Trains tjänst från Clapham, som marken till ett stopp nära Woking.
Han sade att passagerarna, som också inkluderade en diabetiker som behöver insulin, bestämde sig för att stiga av tåget efter omkring två timmar.
"Det fanns ständiga meddelanden var femte minut från lokföraren säger att han inte visste när vi skulle flytta.
"Det var ungefär fem av oss och vi bestämde oss för att kliva av. Vi låste upp dörren och hoppade.
"När vi kom till portarna försökte polisen få våra namn, säga att vi gjorde intrång och att South West Trains tar detta beteende på stort allvar.
"De lyckades inte få något av våra namn i slutändan. Jag kom hem vid 23.30.
En passagerare på ett annat tåg, James Bilderbeck, 39, från Basingstoke, berättade för BBC News att tjänsten han var på hade fastnat i mer än fyra timmar.
"Det är en riktigt eländig miljö, fast på väg ingenstans. Det är en plågsam situation för alla."
Företagsdirektören beskrev det som den värsta förseningen han någonsin känt som pendlare.
På tal om 2330 BST, sade han att hans tåg hade äntligen kommit i rörelse igen och att han hoppades att nå Basingstoke snart.
Men han sade att vissa passagerare vars slutdestination var Weymouth kunde förvänta sig att deras resor skulle ta upp till sju timmar.
MP för Mole Valley, Sir Paul Beresford, sade: " Det verkar för mig som om det fanns brist på kommunikation mellan Network Rail och South West Trains, särskilt som evakuering måste göras riktigt noga.
"Någon borde ha berättat för förarna och förarna borde ha berättat för folk.
"Okej, det får dem inte att röra sig snabbare men det ger dem åtminstone en förståelse för vad som går fel."
En talesman för South West Trains bad om ursäkt för störningen, som var den senaste i en serie som drabbade passagerare denna vecka.
"Ett stort signalproblem i Weybridgeområdet på måndagen resulterade i allvarliga störningar", sade han.
"En dödsolycka vid Mortlake, en linjeavstängning på grund av en skadad bro och en sjuk passagerare på ett tåg vid Earlsfield på torsdag morgon resulterade i många förseningar, inställda och omdirigeringar.
– På torsdagskvällen ledde ytterligare signalproblem i Waterloo- och Wokingområdena till betydande förseningar.
"Genom att arbeta med Network Rail har vi strävat efter att minimera effekterna av dessa problem, även om detta är till föga tröst om du har drabbats av en eller flera av dessa händelser."
Tjänsterna gick enligt schemat på fredag morgon, men med ett minskat antal vagnar.
Passagerare har berättat hur de kom ut från tåg som fastnat i timmar på South West Trains tjänster utanför London och gick längs spåren.