30-åringen, som uteslutits från VM av USA Simning efter en drink-drive övertygelse, vann på en minut 54.75 sekunder i Texas.
Phelps, en 18-faldig olympisk mästare, spelade också in årets snabbaste tider för att vinna 100m och 200m fjäril.
Ryan Lochte vann världen 200m enskilda medley guld i 1:55.81 på torsdag.
American Lochte, 31, innehar också världsrekordet för händelsen 1:54.00, som han simmade 2011.
"Ryan och jag har varit ganska dominanta i det loppet sedan vi började tävla 2004", säger Phelps.
"Jag ser fram emot att komma tillbaka in och tävla med honom.
"Jag har varit borta från sporten ett tag och det känns som om jag är tillbaka där jag brukade vara. Det är skönt att vara här."
På lördagen vann Phelps 100m fjärilen på 50.45 sekunder, snabbare än 50.56 South African Chad Le Clos simmade för att vinna världsguld på samma dag.
En dag tidigare, Phelps vann den amerikanska 200m fjärilstiteln på en minut 52.94 sekunder i San Antonio - 0.54seks snabbare än Ungerns Laszlo Cseh simmade i att vinna världstiteln i Kazan, Ryssland.
Phelps, som dömdes för rattfylleri i december och avtjänade sex månaders konkurrensförbud, har nu ett rekordnummer på 55 nationella titlar.
Olympic stora Michael Phelps simmade en tredje 2015 världsbästa tid i så många dagar i 200m enskilda medley på USA National Championships.