Flera stämningar hade krävt Kairos förvaltningsdomstol blockera beslutet att bilda panelen eftersom det inte återspeglade mångfalden i det egyptiska samhället.
De sade att kvinnor, ungdomar och minoriteter var underrepresenterade.
Islamister från Muselman Brotherhood's Freedom and Justice Party och Salafist Nour parti, som dominerar parlamentet, har en nära majoritet.
Liberaler och sekularister fruktar att några av dem skulle vilja ändra konstitutionen så att den följer den islamiska lagens principer mer strikt.
Det nya dokumentet kommer också att fastställa rättigheterna för Egyptens religiösa och etniska minoritetsgrupper och maktbalansen mellan presidenten - tidigare den högsta myndigheten - och parlamentet.
När plenarförsamlingen har utarbetat ett utkast kommer det att bli föremål för en folkomröstning. Man hade hoppats att detta skulle äga rum före presidentvalet i maj.
Förvaltningsdomstolen angav inte skälen för beslutet att upphäva den konstitutionella församlingen, utan angav endast att den hade stoppat "parlamentets talmans genomförande av beslutet" för att bilda det och hade hänskjutit frågan om dess legitimitet till en juridisk rådgivare.
Av Yolande KnellBBC News, Kairo
"Illegitima" var det rop som gick upp från förkämpar som firade utanför Kairos förvaltningsdomstol, efter nyheten kom igenom dess utslag. Domaren sade att han avstängde församlingen från att utarbeta Egyptens nya konstitution och hänvisade frågan om dess legitimitet till en juridisk rådgivare.
"Detta är bra, det är mycket lugnande och jag är mycket glad", säger Hala Gamal på Women and Memory Forum, en medborgarrättsgrupp. "Tillkomsten av den konstitutionella kommittén var olaglig, grundlagsstridig, så det var därför vi vände oss till domstol. Den var helt orepresentativ för det egyptiska samhället, inte bara för kvinnor utan för studenter, arbetare och bönder."
"Det är en historisk dom," tillade Abdul Jalil Mustafa av den egyptiska föreningen för förändring. "De föreslog en kommitté i betydelsen av den islamiska politiska strömmen och ja detta är en del av Egypten, men inte hela."
Muselman Brotherhood's Freedom and Justice Party, som kontrollerar mer än hälften av parlamentssätena, har sagt att det kommer att överklaga domstolens beslut som beskriver det som "politiskt".
Kampanjdeltagarna firade dock utanför domstolen när nyheten kom om domen, som följde på klagomål från politiska grupper och konstitutionella experter om parlamentets beslut att själv välja församlingen och tilldela de sittande parlamentsledamöterna hälften av platserna.
I klagomålen sades att båda åtgärderna stred mot artikel 60 i den konstitutionella förklaringen.
 som antogs i en folkomröstning förra året - där det inte står hur församlingen ska utses - och som också skulle ge islamister ett oöverträffat inflytande över konstitutionsutkastet.
"Den konstituerande församlingen är icke-representativ av Egyptier", sade rådgivande rådet av den styrande Högsta Rådet av de väpnade styrkorna.
"En ny konstitutionell förklaring bör utfärdas som anger hur den konstituerande församlingen bildas. Artikel 60 i den nuvarande förklaringen var så vag att den har lämnat församlingen i händerna på en enda kraft."
Muslimska brödraskapets Frihets- och Justitieparti sade att det skulle överklaga domstolens beslut och beskriva det som "politiskt".
Sekulära och liberala partier har redan dragit sig tillbaka från församlingen i tron att deras närvaro bara gav legitimitet åt den. En del medlemmar planerar att ta fram ett alternativ med alla delar av samhället.
Al-Azhar University, en av Sunni Islams viktigaste institutioner, och den koptiska ortodoxa kyrkan i Egypten har också meddelat en bojkott.
FJP bestrider att islamister, som kontrollerar 70 procent av platserna i parlamentet, dominerar den konstitutionella församlingen. Det står att endast 48 medlemmar är islamister - 36 från parlamentet och 12 andra.
En domstol i Egypten har upphävt den 100-medlemsförsamling som utsågs förra månaden för att utarbeta landets nya konstitution.