På torsdag erkände byrån att den läst den anonyma bloggarens e-post för att identifiera en anställd som den misstänkte läckt information.
Microsoft äger Hotmail, en gratis e-posttjänst som nu kallas Outlook.com.
John Frank, biträdande chefsjurist för Microsoft, sade att det krävdes "extraordinära åtgärder i detta fall".
Medan sökningen var tekniskt lagligt, tillade han Microsoft skulle rådfråga utomstående rådgivare i framtiden.
Microsofts åtgärder kom fram denna vecka som en del av ett rättsfall av amerikanska åklagare mot en ex-Microsoft anställd, Alex Kibalko, som var en rysk inföding baserad i företagets Libanon kontor.
Under 2012 hade Microsoft uppmärksammats på det faktum att bloggaren, vars identitet hölls anonym i domstol papper, hade fått några stulna rader av kod från den ännu inte släppt Windows 8 operativsystem.
bloggaren sedan postade skärmdumpar av den osläppta Windows-operativsystemet till sin blogg.
För att ta reda på källan till läckan, Microsoft började en undersökning och, som en del av den sökningen, tittade på bloggarens konton för att ta reda på namnet på den anställde.
Sökandet var lagligt eftersom det föll inom Microsofts användarvillkor som anger att företaget kan få tillgång till information på konton som lagras på dess "Kommunikationstjänster", som inkluderar e-post, chattområden, forum och andra kommunikationsfaciliteter.
Tjänstevillkoren tillägger: "Microsoft förbehåller sig rätten att granska material som postats till kommunikationstjänsterna och att ta bort allt material efter eget gottfinnande."
Trots detta har avslöjanden av sökningen lett till förnyad fokusering på integritetsbrott mot teknikföretag.
Det har också lämnat Microsoft i en svår position, eftersom företaget har ofta kritiserat rivaliserande Google för sin automatiska skanning av användarnas e-post för att tjäna dem med reklam.
Microsoft fångas upp i en integritetsstorm efter att det medgav att det läste Hotmail inkorg av en bloggare samtidigt driva en mjukvaruläckage undersökning.