Elizabeth Passmores slutrapport före pensioneringen klagar på att antagningarna är alltför ofta "onödigt komplexa", "orättvisa" eller oklara.
Skolor som är deras egna antagningsmyndigheter, som akademier eller trosskolor, är mer benägna att vara fel, sägs det i rapporten.
Regeringen sade att den skulle se över resultaten och vidta åtgärder vid behov.
Englands skola antagningskod kräver platser att erbjudas på ett rättvist och öppet sätt, med arrangemang som anges så att föräldrar kan "förstå enkelt hur platser för den skolan kommer att fördelas".
Inträdesarrangemang som drivs av lokala myndigheter för kommunala och frivilliga skolor "är nästan alltid tydliga och okomplicerade så det är lätt för föräldrar och andra att förstå hur platser kommer att fördelas", säger rapporten, som publicerades i slutet av förra året.
Men "invecklingen i vissa skolors antagningsarrangemang fortsätter att vara ett bekymmer", skriver dr Passmore.
"De arrangemang som har fastställts av någon egen myndighet har så många prioritetsnivåer att det ofta är oklart hur arrangemangen faktiskt skulle kunna tillämpas."
Dessa komplexa arrangemang kan omfatta många överteckningskriterier, olika underkategorier av platser, mer än ett upptagningsområde, feederskolor, bandningstest och lämplighetsbedömningar, säger rapporten.
"En del skolors komplexa arrangemang är inte bra för de lokala barnen", tillägger dr Passmore.
Alltför ofta, säger rapporten, är det svårt att hitta antagningsarrangemang på skolans webbplatser eller inte publiceras alls, medan vissa trosskolor ber föräldrar att fylla i kompletterande blanketter och ber om information som är förbjuden enligt koden.
Dr Passmore säger att bandning tester visar sig vara ett särskilt problem.
Skolor säger att de använder dem för att säkerställa ett omfattande intag, men rapporten tyder på att de kan användas för att öka antalet elever med högre kompetens.
– Barn som bor i närheten av skolan, men som är placerade i ett band med många liknande barn, kanske inte får någon plats, säger rapporten.
"Det första hindret för att få en plats är att göra testet."
Dessa tester är också dyra, upp till 500 pund per barn att administrera, och rapporten ifrågasätter effekterna av bandning på barn, dess syfte och kostnader.
Dr Passmore sade också att hon var "överraskad och oroad" av en ökning av skolor som fungerar som egna antagningsmyndigheter anställa advokater när de får invändningar mot de kriterier de använder för att ta emot barn.
"Skolorna ska kunna bygga upp lagliga argument för sina arrangemang utan att anlita juridisk rådgivning", skriver hon.
I rapporten konstateras att domaren behandlade 218 antagningsärenden under 2014–15, en minskning från 274 föregående år, men att antalet godkända eller delvis bekräftade fall steg till 159, från 99 under 2013–14.
Och de lokala myndigheterna drog tillbaka 284 erbjudanden om skolplatser på grund av bedrägeri, från 186 föregående år.
Margaret Tulloch från kampanjgruppen Comprehensive Futures beskrev rapporten som "mycket störande" och efterlyste en "fullständig genomgång av antagningen till skolan".
"Hon gör rätt i att väcka farhågor om att skolor med egen auktorisation inte uppfyller kraven i koden och om så kallad rättvis bandning.
"Dessa problem kommer bara att öka när fler skolor blir akademier."
En talesman för utbildningsdepartementet sade att regeringen ville att varje barn skulle få möjlighet att gå i en bra lokal skola.
"Huvuddomarens årsrapport hjälper oss att identifiera hur vi kan fortsätta att förbättra antagningsramen för att säkerställa rättvis tillgång för alla barn.
"Vi kommer att granska hennes resultat och vidta åtgärder där så är lämpligt." sade talesmannen.
Alltför många skolor i England bryter mot reglerna om antagningsarrangemang, säger den avgående chefsskolans domare.