I en rapport från organisationen föreslås att män, kvinnor och barn missbrukas "för att eliminera offentliga protester".
Många utsätts för oskuldstester, våldtäkter och gängvåldtäkter efter gripandet.
Egyptens inrikesministeriet sade att den inte skulle kommentera förrän den hade studerat rapporten.
Studien noterar en ökning av sexuellt våld efter det egyptiska militära övertagandet i juli 2013.
Förövarna ställs sällan till svars och straffriheten pekar på en "cynisk politisk strategi som syftar till att tysta ner all opposition".
Enligt rapporten är polis, underrättelseofficerare och medlemmar av militären skyldiga till att ha riktat in sig på manliga och kvinnliga fångar.
Bland offren finns studentdemonstrationer, människorättsaktivister, homosexuella och barn.
Studentens prövning
Jag såg en officer som grep en ung kvinna vid brösten och jag sade till honom: "Om du vill arrestera henne, så arrestera henne, men du har ingen rätt att röra hennes bröst."
Han tog tag i mig precis som han hade henne, innan han ringde två andra poliser för att komma och hålla om mig. De slog mig, förolämpade mig.
I skåpbilen förolämpade de mig och slog mig så mycket att jag inte längre kunde stå upp. Två soldater började överfalla mig sexuellt.
Officeren kom in i bilen och sa: "Kom hit, jag ska visa dig om jag är en man." Han våldtog mig sexuellt, soldaterna skrattade och sen våldtog han mig fullständigt. Jag blev förlamad, jag började kräkas blod.
Mitt liv är förstört. Jag är rädd för min son, min man och till och med min far.
Författarna sade att de inte hade bevis för att befälhavare gav order, men våldets omfattning - och straffriheten - tydde på att det fanns en politisk strategi.
De hävdar att offer som lämnar in klagomål systematiskt hindras av rättsväsendet och utsätts för hot och repressalier från poliser och fängelsevakter.
Sexuellt våld har länge varit ett problem inom den allmänna befolkningen i Egypten, och övergreppen har ökat dramatiskt under åren sedan Hosni Mubarak togs bort från makten.
Förra året beordrade president Abdul Fattah al-Sisi polisen att slå till mot den växande allmänna ilskan.
Han sade att sexuella övergrepp, var "en oacceptabel form av uppförande" och uppmanade medborgarna att "återinsätta moraliska värderingar i samhället".
Egyptiska säkerhetsstyrkor använder sexuellt våld mot fångar i stor skala, enligt Internationella federationen för mänskliga rättigheter.