Apparaten bogserades av ett bombhanteringsteam till en detonationsplats i Solent, där en kontrollerad explosion utfördes kl. 08:45 BST.
En del tåg stoppades och de tidiga färjorna försenades, efter fyndet på fredagseftermiddagen.
Wightlink Ferries sa att tjänsterna nu var tillbaka i tid.
Tåglinjen mellan Portsmouth och Southsea och Portsmouth Harbour har också öppnats på nytt.
En talesman för Portsmouths Queen's Harbour Master sade: "Vi arbetade mycket hårt för att se till att hamnen inte var stängd.
"Det fanns restriktioner för allmän säkerhet och det fanns en viss mängd störningar på fartyg tidigare medan torpeden bogserades ut."
Muddringsarbete pågår i hamnen i Portsmouth för att tillåta flottans nya 65.000 tons hangarfartyg att docka.
Tre miljoner kubikmeter havsbotten tas bort för att fördjupa och bredda en 7 km lång kanal.
HMS Queen Elizabeth ska överlämnas till MoD 2016 innan de tas i bruk 2020.
En torped från andra världskriget har sprängts i havet utanför Isle of Wight efter att ha släpats upp från havsbottnen i Portsmouth Harbour.