Sjuåriga Yamato Tanooka hittades på en militär utbildningsbas nära Shikabe i Hokkaido, bara några kilometer från där han blev kvar.
Hans föräldrar sade till en början att han hade gått vilse, men medgav så småningom att han helt kort övergav honom för att han var stygg.
Hans far har bett om ursäkt till sin son och räddare och sagt "vi gick för långt".
Hur överlevde Yamato?
Den förlorade pojken och Japan € TM s föräldradebatt
Världsmedia drar lärdomar
"Min överdrivna handling tvingade min son att ha en smärtsam tid," Takayuki Tanooka sade i en känslomässig nyhetsbriefing utanför Hakodate sjukhus, 30 km (19 miles) söderut, där pojken togs för kontroll.
"Jag ber djupt om ursäkt till folk på hans skola, människor i räddningsoperationen, och alla för att orsaka dem problem," sade han.
"Jag har utgjutit all min kärlek i min son, men från och med nu skulle jag vilja göra mer, tillsammans med honom. Jag vill skydda honom när han växer upp. Tack så mycket."
Sökteam inklusive Självförsvarsstyrkorna (SDF) har genomsökt det avlägsna området, hem till brunbjörnar, i nästan en vecka.
De hade inte hittat några spår av Yamato och förhoppningarna bleknade.
Men strax före 08:00 på fredag morgon (23:00 GMT på torsdag) hittades han inne i en byggnad vid SDF basen ungefär 4 km (2,5 miles) från där han var kvar.
"En av våra soldater förberedde sig för övningar i morse och öppnade dörren till en byggnad på basen, och där var han," en SDF medlem berättade NHK.
"När han frågade "är du Yamato?" sade pojken: "Ja." Sedan sade han att han var hungrig, så soldaten gav honom lite vatten, bröd och ris bollar."
Det verkar som om räddningsarbetarna var nära att hitta honom för fyra dagar sen. SDF sa att basen hade blivit genomsökt på måndagen men inga spår sågs av pojken, som säger att han nådde hyddan på lördag.
Soldaten som hittade honom ingick inte i sökteamet.
NHK sa att Yamato hade sagt att han "vandrade genom bergen" tills han hittade skyddsrummet.
Han fördes till sjukhus av en medicinsk helikopter. En läkare sade senare att han var i mycket gott skick, trots att han bara hade haft vatten under sin sex-dagars pärs.
Vid Yamatos skola i Hokuto, nära Hakodate, skrek hans skolkamrater av glädje, när det vid sammankomsten tillkännagavs att han var säker, rapporterar Japan Times.
Yamatos föräldrar sa till en början att han gick vilse när de letade efter grönsaker, tillsammans med deras dotter.  Men de medgav senare att de hade kört iväg och helt kort lämnat honom ensam på en bergsväg som ett straff för att ha kastat stenar tidigare. När de kom tillbaka för att hämta honom kort därefter, hade han försvunnit, sade de.
Han bar jeans och en t-shirt då, rapporterade Reuters nyhetsbyrå.
Polisen har sagt att föräldrarna kan åtalas för vårdslöshet.
Fallet har gripit Japan och gett upphov till diskussioner om godtagbara nivåer av tuktan för barn.
En pojke som försvunnit i avlägsna skogar i Japan sedan lördagen efter att ha lämnats ensam av sina föräldrar som straff har hittats levande och väl.