Mageeans tränare Jerry Kiernan berättade för BBC Sport NI att både han och länet Down kvinna hade informerats för sent om erbjudandet om en plats i laget.
Mötet äger rum i Vasa, Finland från och med den 23-25 juni.
"Ciara har redan åtagit sig att köra en 800m i Sligo nästa onsdag (21 juni)," sade Kiernan.
"Hon körde en 1500m i Rom på torsdag och en 800m på Nordirland Championships på lördag och har andra tävlingar planeras under den kommande perioden.
"Hon har ett racingprogram utstakat och behöver också tid att göra den nödvändiga utbildningen.
"När hon sprang i Belfast förra helgen, var hon helt omedveten om European Team händelsen och det var också fallet med mig fram till 48 timmar sedan."
Mageean drev den näst snabbaste 1500m av sin karriär i Rom när hon klockade en VM-kvalificeringsstandard på 4:04.49.
Med Mageean otillgänglig, Claire Tarplee kör 1500m i Finland med Naas atlet Claire Mooney plockas för 800m.
Medan Mageean kommer att vara frånvarande, har ett antal nordirländska idrottare valts ut.
Rio Olympian Kerry O'Flaherty plockas i 3.000m brantlechase trots att oroas av en kalvskada under de senaste veckorna.
Emma Mitchells fina senaste form tjänar sitt urval på 3000m medan Finn Valleys höga hoppare Sommer Lecky också plockas efter att ha jämställt den irländska juniorskivan nyligen med ett språng på 1,85m.
Amy Foster väljs för 100m och 4x100m medan Christine McMahon (400H), Ben Reynolds (110H), Adam McMullen (långt hopp), Dempsey McGuigan (hammer), Christian Robinson (4x100m) och Andrew Mellon (4x400m) också väljs.
Dessutom, Donegal-baserade idrottare Mark Engelska (800m) och Ann Marie McGlynn (5 000m) plockas.
Ciara Mageean är en anmärkningsvärd frånvarande från Irland truppen för EM-mötet i Finland senare denna månad.