Det står att officerare som lämnar in klagomål är märkta som "troublesmakers" och pressade att lämna polisen.
En separat, opublicerad polisrapport har sagt att ett oproportionerligt stort antal minoritetsofficerare i vissa styrkor hamnar i det disciplinära systemet.
Föreningen av Chief Police Officers säger att uppgifterna är "oroande".
Jag pratar med Radio 4's.  
          Ärende 4
 Program, ordförande för NBPA Charles Critchlow sade:
"Jag tror att den värsta aspekten är att även högre officerare är beredda att använda instrument inom tjänsten, till exempel disciplinprocessen, för att sätta press på dessa officerare och i slutändan tvinga ut dem ur organisationen och det är något som vi är mycket, mycket oroade över."
Han tillade: "Jag tror att det fortfarande finns ett beteendemönster inom polisen där officerare, särskilt underofficerare, som framför ett klagomål eller utmanar olämpligt beteende - särskilt om det har något att göra med ras - verkar vara märkta som bråkmakare."
Critchlow betonade dock också: "Det betyder inte att alla officerare är rasister eller diskriminerar människor, men det verkar finnas ett problem inom polisen när det gäller att hantera rasfrågor."
BBC har också sett ett internt utkast till rapport som visar att polisens disciplinära förfaranden används oproportionerligt mot svarta och asiatiska officerare i vissa styrkor.
Rapporten sammanställdes av akademiska forskare på uppdrag av Greater Manchester Police och innehåller uppgifter från West Midlands Police och British Transport Police.
Det erkänner oron från minoritetstjänstemännen över orättvis behandling och bekräftar att tjänstemän med etnisk bakgrund (BME) i West Midlands nästan dubbelt så sannolikt kommer att bli föremål för en utredning som vita tjänstemän.
Resultaten för den brittiska transportpolisen är i stort sett likartade.
Forskningen tittar också på officerare som hålls under övervakning i interna korruptionsutredningar och fann att i Greater Manchester är andelen minoritetsofficerare som utreds tre gånger högre än andelen vita officerare.
Lyssna på hela rapporten om fil på 4 på BBC Radio 4 tisdagen den 5 juni kl 20:00 BST och söndagen den 10 juni kl 17:00 BST
Lyssna via Radio 4 hemsida
Ladda ner filen vid 4 podcast
Har du en historia? Kontakta filen på 4 team
I West Midlands är antalet anklagelser om korruption mot BME-tjänstemän mer än fem gånger högre än antalet anklagelser mot vita officerare.
Författarna till rapporten efterlyser ytterligare forskning och säger att deras resultat tyder på att de problem som identifierats inte är begränsade till de tre krafter som ingår i forskningen.
Chefskonstapel i Bedfordshire Polisen Alfred Hitchcock, som är föreningen av Chief Police Officers leder på jämställdhet, mångfald och mänskliga rättigheter, säger att han ännu inte har sett den interna rapporten men säger att uppgifterna är "orolig".
Han berättade för BBC att han skulle tala med andra chefstjänstemän om frågan, men försvarade hur interna klagomål behandlas.
"Om det finns frågor som rör rasistiskt eller otillbörligt beteende, så undersöks dessa och människor som är offer behandlas som offer.
"Tjänsten är mycket angelägen om att se till att vi hanterar ordentligt och lämpligt med all personal och genom att göra det skulle vi hoppas att folk ser oss som rättvisa mot alla, och det är målet", sade han.
Ärendet om fyra undersökningar avslöjade också oron över de långsamma framsteg som gjorts när det gäller att rekrytera och främja BME-officerare.
Tretton år efter Stephen Lawrence undersökning rekommenderade ett ökat antal svarta och etniska minoriteter officerare, de senaste Home Office siffror visar fler BME officerare lämnar polisen än att gå med.
2010-11 rekryterades 165 BME-officerare, men 204 lämnade avdelningen.
Hitchcock skyller regeringens nedskärningar på polisens finansiering, vilket har lett till en frysning av rekryteringen och därefter en minskning av antalet, men erkänner att polisledningen måste göra mer:
"Om vissa människor tror att vi har fått detta sorterat jag tror att de lever i en drömvärld. Jag tror att det finns en hel del arbete kvar att göra.
"Det finns en risk att vi sätter en övernegativ snurr på där vi har kommit under det senaste årtiondet eftersom vi faktiskt har gjort fantastiska framsteg. Men det betyder inte att vi slutar, det betyder att vi faktiskt behöver förnya och blåsa nytt liv."
Lyssna på hela rapporten om fil på 4 på BBC Radio 4 tisdagen den 5 juni kl 20:00 BST och söndag 10 juni kl 17:00 BST.
Lyssna igen via Radio 4 webbplats eller ladda ner filen på 4 podcast.
Polisen tuktar orättvist svarta och asiatiska officerare som klagar på rasism, säger National Black Police Association.