John McIlwaine växte upp i Portadown, County Armagh, men arbetade vid University of Bradford.
Han dog vid 49 års ålder på tisdag kväll.
Han var ansvarig för laget som hittade resterna av Danny McIlhone 2008 och Charlie Armstrong 2010.
Mr Armstrongs dotter Anna McShane erkände sitt engagemang.
"Jag minns honom som en väldigt trevlig man som var så snäll mot vår familj. Han arbetade outtröttligt under de mest fruktansvärda förhållanden för att hitta min far, sade hon.
"Må han vila i frid."
McIlwaine hade tidigare beskrivit det som en "privilegi" för att leda sökandet efter de försvunna och sade att deras framgång hade långt mer omfattande förutsägelser i början av processen.
Geoff Knupfer, chefsvetare inom kriminalteknik och utredare vid den oberoende kommissionen för platsen för offrens kvarlevor (ICLVR), sade: "John började arbeta med ICLVR 2006 och med sin stora kunskap och erfarenhet bidrog han enormt till vårt arbete.
"Att söka efter de försvunna på dystra och ogästvänliga platser kräver ett speciellt slags engagemang och engagemang såväl som stor skicklighet och det är vad Johannes hade i överflöd."
17 personer - 16 män och en kvinna - kidnappades och mördades av republikaner mellan 1972 och 2003.
ICLVR inrättades 1999 för att erhålla information i strikt förtroende som kan leda till att resterna av de försvunna lämnas ut.
Kropparna på tio personer har återfunnits.
Sandra Peake, från Wave Trauma Centre, som har stöttat familjerna till de försvunna sedan 1995, sade: " Johannes hade ett sätt att humanisera vetenskapen som hjälpte familjer att tydligare förstå vad som gjordes för att finna sina nära och kära.
"Det fanns ett band mellan Johannes och familjerna och det återspeglas idag i antalet av dem som har kontaktat Wave för att uttrycka sin chock och sorg."
En talesman för University of Bradford sade att personal och studenter hade lämnats chockerade av tragedin.
"John var en otroligt motiverad, lojal och pålitlig individ", sade han.
"Han inspirerade och stödde hundratals studenter i arkeologiska vetenskaper, han stödde lokalsamhället i West Yorkshire på så många sätt och han uppnådde ett livs ambition att hjälpa till att lindra smärtan och lidandet hos de försvunna familjerna.
"Detta är en mycket sorglig tid för personal och studenter vid University of Bradford, både nu och förr."
Tributer har betalats till en rättsmedicinsk arkeolog som ledde sökandet efter de försvunna - människor som mördades och i hemlighet begravdes av republikaner under problemen i Nordirland.