Det banar väg för laget att göra sin debut framträdande turneringen, som kommer att hållas i Gabon från 14 januari till 5 februari.
Efter det att nyheterna hade kommit kundetade tusentals gator i huvudstaden, Bissau, för att se truppparaden på tisdagen.
Guinea-Bissau spela grupp A rivaler och värd Gabon i lördagens öppnare.
De kommer också att möta Burkina Faso och Kamerun i gruppstadiet efter att ha uppnått en saga kvalificering - en av de största chockerna i Nations Cup historia.
Ändå de bonusar som hade lovats dem för kvalificering förblev obetald, vilket ledde till att spelarna går på strejk i helgen.
Det bestämdes först efter en delegation av tre spelare gick för att se landets president, Jose Mario Vaz, portugisiska nyhetsbyrån Lusa rapporterade.
De har sedan alla fått mellan 10 000 och 23 000 euro i utestående avgifter, Lusa lagt till.
"I början av söndagen, spelarna fick allt de behövde ta emot," en talesman för regeringen berättade byrån.
Ett charterplan, lånat från Kongo-Brazzaville, skulle flyga laget till Libreville på onsdag.
Den tidigare portugisiska koloni som ofta ansatts av statskupper, eliminerade tidigare mästare Kongo och Zambia i kval förra året.
De var en Leicester-liknande långskott när kvalet började, efter att tidigare bara ha vunnit fyra matcher i Nations Cup och VM-kvalificering kombinerat sedan första in i internationell tävling för bara 22 år sedan.
Guinea-Bissaus spelare har avslutat sin strejk efter att ha betalats utestående löner, fyra dagar innan starten av Afrika Cup of Nations.