Detaljerna avslöjades efter att en femårig pojke från Nottinghamshire nyligen återvänt till klassrummet som flicka.
Könsidentitetsutvecklingstjänsten (GIDS) sade 969 under 18s har hänvisats i Storbritannien i 2015-16, inklusive nästan 200 år 12 eller under.
Detta kan jämföras med bara 94 under 2009–2010.
*2015-16 siffror, endast tillgängliga för april-dec
Statistiken visade också en treåring och tre fyraåringar hänvisades till GIDS sedan april förra året.
I målet Nottinghamshire skickades brev till klasskamrater och föräldrar i början av den nuvarande termen som förklarar femåringens önskan att bli behandlad som en flicka.
Hennes familj berättade för Nottingham Post att beslutet inte togs lättvindigt och att de hade fått stöd.
Nottinghamshire County Council medgav transgender frågor var ett nytt område för många skolor men sade att det "stödd huvudlärare i en rad jämställdhetsfrågor".
Colin Pettigrew, myndighetens chef för barn, familjer och kulturtjänster, sade: "Transgender är en egenskap som skyddas av lag och därför leder lärare över hela England fortsätter att, och är skyldiga att, komma överens om en tydlig plan för att stödja behoven hos transsexuella barn och ungdomar."
Uppdateringar om denna berättelse och mer från Nottinghamshire
GIDS, som är baserat i norra London, är NHS:s dedikerade jämställdhetsutvecklingstjänst för barn och tar remisser från allmänläkare, barnläkare, mentalvårdstjänster och skolor över hela landet.
Dess regissör, Polly Carmichael, sade under de senaste åren att fler yngre barn gjorde könsövergångar och det fanns ingen "rätt eller fel strategi", med många familjer rapporterar att deras barn var lyckligare att leva i ett annat kön.
Hon sade dock att forskning som publicerats i Nederländerna tyder på att "för vissa ungdomar som gör en tidig social övergång kan det vara svårt att detransitionera om deras könsidentitet utvecklas i en annan riktning".
När det gäller den allmänna ökningen av hänskjutanden sade GIDS att det kunde finnas ett antal skäl, men ökad medvetenhet och acceptans av jämställdhetsfrågor - särskilt via medier och sociala nätverk - var en sannolik faktor.
Oavsett vilken ålder ett barn åsyftas, kan inga fysiska förändringar göras förrän den unga personen är i puberteten, sägs det.
Bernard Reed från Genus Identity Research and Education Society (Gires) - en välgörenhet som arbetar för att förbättra livet för icke-överensstämmande människor - sade att många ungdomar fortfarande inte kände sig säkra på att tala om genusfrågor.
"Det finns flera hundra fall varje år och de är ganska ofta hänvisas för medicinsk hjälp", sade han.
"Men eftersom samhället ofta inte stöder i sådana fall, brukar dessa ungdomar inte söka publicitet."
Antalet barn som hänvisas till NHS med könsidentitetsfrågor har ökat betydligt under de senaste åren, enligt siffror som erhållits av BBC.