Amina Ali Nkeki, 19 år, hittades med ett barn av en arméstödd medborgargardistgrupp på tisdagen i den enorma Sambisaskogen, nära gränsen till Kamerun.
Hon var en av 219 elever som saknades sedan de fördes bort från en gymnasie i östra Chibok i april 2014.
De togs av den islamistiska militanta gruppen Boko Haram.
Amina uppges ha erkänts av en civil kämpe från den civila gemensamma arbetsgruppen (JTF), en medborgargardistgrupp som inrättats för att hjälpa till att bekämpa Boko Haram.
Hon var med en misstänkt Boko Haram-kämpe som nu sitter i den nigerianska militärens förvar. Han hette Mohammed Hayatu och sa att han var Aminas make.
Aboku Gaji, ledare för JTF i Chibok:
"I samma ögonblick som den här flickan upptäcktes av våra hämnare, fördes hon hem till mig. Jag kände genast igen henne och insisterade på att vi skulle ta henne till hennes föräldrar.
"När vi kom till huset... Jag bad mamman att komma och identifiera någon. Så fort hon såg henne ropade hon: "Amina, Amina!" Hon gav henne den största kramen någonsin, som om de skulle rulla på marken, vi var tvungna att stabilisera dem.
"Modern riktade uppmärksamheten på andra relationer för att komma ut och se vad som händer. Flickan började trösta mamman och sade: "Snälla mamma, ta det lugnt, slappna av. Jag trodde aldrig att jag skulle få se dig igen, torka dina tårar. Gud har gjort det möjligt för oss att träffas igen."
"Efteråt var vi tvungna att få dem att förstå att flickan inte skulle lämnas i deras vård. Hon måste överlämnas till myndigheten."
Intervju med BBC Hausa-tjänsten
Amina och hennes barn har förts till den regionala huvudstaden Maiduguri för läkarvård, sade militären.
En talesman för Nigerias president Muhammedu Buhari sade att den räddade unga kvinnan skulle föras för att möta statsöverhuvudet, innan han fick hjälp att återintegreras i samhället.
Chibok räddning återupplivar Twitter kampanj
Inuti Mbalala, staden som förlorade sina flickor
Chibok bortföranden: Vad vi vet
Hosea Abana Tsambido, ordförande för Chibok samhället i huvudstaden, Abuja, berättade BBC att Amina hade hittats efter att ha ventilerat in i skogen för att söka efter ved.
"Hon sa att alla Chibok-flickorna är kvar i Sambisa utom sex av dem som redan har dött."
Av Will Ross, BBC News
Amina hittades av en lokal medborgargardistgrupp ute på en rutinpatrull.
Dessa grupper, som har spelat en viktig roll i kampen mot Boko Haram, uppstod 2013 i huvudstaden nordöstra Nigeria, Maiduguri.
Det var en desperat åtgärd vid en fruktansvärd tidpunkt då jihadisterna vann kriget och beslagtog revir medan det var vanligt med rapporter om soldater som flydde i stället för att slåss.
Fler hämnare grupper sprang sedan upp över nordöst och, med lokal kunskap om terrängen, de hade viss framgång stoppa sina hem från att tas över - även om de var beväpnade med bara rudimentära vapen.
När den nigerianska militären började få sin handling tillsammans i början av 2015, med hjälp utifrån, började den återta territorium och i vissa områden arbetade effektivt med medborgargarden.
Det finns dock stor oro för att när freden återvänder utgör hämnarna - som har smakat makt - själva en fara.
Under attacken i april 2014 anlände Boko Haram gunmen i Chibok sent på kvällen, sedan plundrade skolan sovsalar och laddade 276 flickor på lastbilar.
Mer än 50 lyckades fly inom några timmar, främst genom att hoppa av lastbilarna och springa iväg i vägbussar.
En videosändning av CNN i april i år verkade visa några av de kidnappade skolflickorna levande.
Femton flickor i svarta dräkter avbildades. De sa att de behandlades väl men ville vara med sina familjer.
Videon sägs ha filmats på juldagen 2015 och några av flickorna identifierades av sina föräldrar.
Chiboks skolflickor, av vilka många är kristna, hade tidigare inte setts sedan maj 2014, då Boko Haram släppte en video på omkring 130 av dem samlades för att recitera Koranen.
Bortförandet ledde till #BringBackOurGirls kampanj, som stöddes av US First Lady Michelle Obama och Pakistansk aktivist Malala Yousafzai.
"Boko Haram tog mina barn"
Stad delad av Boko Haram arv
På patrull mot Boko Haram
Vilka är Boko Haram?
Den första av de saknade nigerianska skolflickorna som har räddats sedan hon tillfångatogs för två år sedan har haft en känslomässig återförening med sin mor.