Men Ahmet Davutoglu sa att flyganfall på IS positioner nära gränsen mellan Syrien och Turkiet och på kurdiska PKK separatister i Irak kunde "ändra spelet".
Turkiets agerande är ett svar på våldsamma attacker i förra veckan i Turkiet, däribland 32 aktivisters död i en bombning i Suruc.
Nato ska hålla ett krismöte på tisdag för att diskutera situationen.
De kurdiska folkskyddsenheterna (YPG), den väpnade flygeln i det främsta syriska kurdiska partiet, uppmanade i måndags Turkiet att upphöra med sina attacker mot kurdiska enheter i Syrien.
Jean-Paul Davutoglu berättade för ett möte med turkiska tidningsredaktörer att det efter Turkiets militära aktion nu fanns "nya villkor" i den regionala konflikten.
"Närvaron av ett Turkiet som kan använda sin kraft effektivt kan leda till konsekvenser som kan förändra spelet i Syrien, Irak och hela regionen; alla bör se det," Hurriyet Daily News citerade honom som säger.
Turkiet - en Natomedlem - har begärt tisdagens möte på grundval av artikel 4 i organisationens grundfördrag, vilket gör det möjligt för medlemmarna att begära ett sådant möte om deras territoriella integritet eller säkerhet hotas.
"När Turkiet begär ett sådant möte tycker jag att det är mycket rätt och mycket lägligt att ha ett möte där vi tar itu med den turbulens och instabilitet vi ser i Syrien, Irak och omgivande och nära Nato gränser Turkiet," Nato generalsekreterare Jens Stoltenberg berättade BBC.
Jean-Paul Davutoglu sade att Turkiet var berett att samarbeta med den syriska kurdiska PYD-gruppen - som har kopplingar till PKK (Kurdistans arbetarparti) - under förutsättning att den inte utgjorde ett hot mot Turkiet och bröt förbindelserna med Syriens president Bashar al-Assad.
Men räderna mot PKK i norra Irak ledde i praktiken till ett tvåårigt eldupphör.
Turkiets farliga spel
Vilka är PKK?
Turkisk pressvarning om flyganfall
Under de senaste dagarna har Turkiet också arresterat hundratals personer som misstänks stödja IS eller PKK.
Polisräder mot misstänkta IS- och PKK-medlemmar i Istanbul utlöste tre dagars upplopp i Gazi-distriktet. Åtminstone en aktivist och en polis har dödats.
USA har uppmanat både Turkiet och PKK att undvika våld, men sade att Turkiet hade rätt att försvara sig mot attacker från kurdiska rebeller.
I ett uttalande på måndag, YPG sade turkiska stridsvagnar hade sprängt den kurdiska byn Zormichar inne i Syrien sent på söndag kväll och en timme senare ett av sina fordon "kom under tung eld från den turkiska militären öster om Kobane i byn Til Findire".
Det sades: "I stället för att rikta in sig på IS-terroristers ockuperade positioner angriper de turkiska styrkorna våra försvarares ståndpunkter. Detta är inte rätt inställning.
– Vi uppmanar det turkiska ledarskapet att stoppa denna aggression och följa internationella riktlinjer. Vi säger till den turkiska armén att sluta skjuta på våra soldater och deras positioner."
Turkiet sade att man undersökte rapporterna.
En regeringstjänsteman sade att YPG:s politiska flygel var "utanför den nuvarande militära insatsens räckvidd", som syftade till att rikta in sig på IS och PKK.
Turkiet har inga planer på att skicka marktrupper till Syrien för att bekämpa den islamiska statsgruppen, säger premiärministern.