St Botolphs kyrka, känd som Boston Stump, skadades svårt efter en tidvattenvåg 2013 som drabbade Lincolnshire staden Boston.
Strålkastarna byttes ut, men strömbrytaren ifrågasattes när två lampor stals.
Pastor Alyson Buxton sa att det var "fantastiskt" att se kyrkan lysa upp.
"Vi har alla varit så glada för detta ögonblick", sade hon.
"Det är underbart att se så många människor här som har haft en underbar service inuti. Det är minst 400 personer här så det är helt fantastiskt."
Lamporna tändes av BBC Radio Lincolnshire presentatörerna Carla George och Scott Dalton.
Peter Sherlock, som gav kyrkan 2000 pund för att installera om de stulna lamporna, var bland de närvarande och sade att gudstjänsten var "mycket rörande".
Han erbjuder fortfarande en belöning på 2000 pund för information om vem som stal lamporna.
Matt Warman, Boston och Skegness MP, var också där.
"En hel del av Bostons arv handlar om denna byggnad och det är enormt viktigt för alla", sade han.
"Det är länge sedan översvämningarna som släckte dessa lampor och jag tror att folk nu äntligen börjar se att vi kan komma förbi det och visa folk att Boston är osläckbart."
Utsidan av en kyrka känd för sitt höga torn har lysts upp för första gången på två år efter det att den översvämmats.