Byrån för järnvägsbestämmelser (ORR) har tittat på Network Rails resultat mellan april och oktober i år, och fann att den vill ha på viktiga områden.
Underhållsarbetet är redan 40 miljoner pund över budgeten, och ökar.
Punktlighet ligger 0,7 % under målet.
Och ORR har återigen kastat tvivel på de data som Network Rail använder för att fatta viktiga beslut om vilka delar av nätverket som ska lagas eller förnyas, och när. Dåliga uppgifter innebär fler förseningar för passagerarna och högre kostnader för skattebetalarna.
För att ge dig ett exempel visar underhållspersonal över hela Storbritannien vad de gör på olika sätt.
Network Rail berättade för mig att i vissa delar av landet de använder miles, i andra delar de använder kilometer, så när två lag registrerar det faktum att de har fixat "tre enheter" av linjen, vissa betyder tre miles, andra betyder tre kilometer. Jag behöver inte förklara vilken röra det är.
Och det slutar inte där. Vissa fyller i blanketter, andra använder elektronisk utrustning. Om du kommer ihåg att under de sex månader som omfattas av denna hälsokontroll, omkring 35 miljoner arbetsorder genererades av underhållspersonal, kan du föreställa dig hur förvirrande allt blir.
Regulatorn har försökt att knäcka piska på tillförlitligheten av denna data för en tid nu. Men det finns ett arv av byråkrati på järnvägarna, och det kommer inte att vara billigt att reda ut.
Richard Price på ORR säger: "Utan aktuell kunskap kommer Network Rail inte att ha tillräcklig förståelse för hur och varför dess tillgångar misslyckas och dess underhållsstrategi kommer att förbli reaktiv - vilket leder till ineffektivitet och hindrar dess insatser för att förbättra punktligheten.
Han tillägger: "Den nya ledningen på företaget har klargjort att den delar vår oro och har åtagit sig att ta itu med dessa frågor."
Det nuvarande överutnyttjandet är också ett bekymmer. Network Rail har en budget på 38 miljarder pund för de kommande fem åren, så hur kommer det sig att det redan nu är 40 miljoner pund över budgeten, och att det är en budget på 122 miljoner pund under hela året?
Det är främst två extra projekt.
Den relativt nya chefen, Mark Carne, har beställt en sanering av linjerna. Alla de där gamla spåren du ser ligga om, de gamla madrasserna, Buddleia - han vill att allt ska försvinna.
Det andra projektet går tillbaka till byråkrati igen. Mark Carne vill ha en mycket smalare, mer fokuserad säkerhetsbok för underhållspersonal. Återigen, det finns ett arv av tusentals regler som han vill klippa, så att folk förstår vad man ska fokusera på.
Mark Carne kommer från oljeindustrin, glöm inte, och i vår senaste intervju pratade han mycket om säkerhetskultur.
Hans svar på dagens rapport?
– Järnvägen fortsätter att se en stark ökning av passagerarantalet, men vi vet att det är för många passagerare som inte får den tillförlitlighet de har rätt att förvänta sig och att detta har en verklig inverkan på deras dagliga liv.
"Att öka kapaciteten i ett komplext nätverk, samtidigt som det hålls igång varje dag, är den utmaning vi står inför. Vi har tydliga strategier för att leverera de förbättringar som krävs."
Det finns en positiv höjdpunkt från tillsynsmyndigheten. Network Rail har gjort goda framsteg när det gäller säkerheten vid plankorsningar, främst genom ny teknik eller genom att stänga ner dem.
Företaget som kör Storbritanniens spår, signaler och tågstationer har överutnyttjat, och kan använda flagnande siffror för att planera sitt underhållsarbete, enligt järnvägsregulatorn.