Sportscotland säger att det ännu inte har att besluta om var nedskärningarna kommer att falla i oro som elitidrottare kan lida.
Nedskärningarna skylls på minskade statliga utgifter och en nedgång i försäljningen av biljetter till nationella lotterier - en viktig bidragande orsak till idrottsstöd.
De styrande organen skyddar sig själva mot eventuella förluster av arbetstillfällen.
Omkring 60 procent av finansieringen utgörs av pengar från den skotska regeringen, och resten utgörs av lotteriförsäljning.
Under året som avslutades 2015 uppgick de totala intäkterna till 65,1 miljoner pund, vilket delas upp och tilldelas 52 sporter.
I slutet av nästa år kommer den siffran att ha sjunkit till 51,8 miljoner pund - en nedskärning till den skotska idrottsbudgeten på 20 procent på bara tre år.
Sportcotland ordförande Mel Young sade: " Det är hjärtskärande för mig eftersom jag vet den ansträngning sport styrande organ och samhället som är runt det; volontärer och mammor och pappor.
"Och att behöva säga att vi måste skära tillbaka lite pengar är, tror jag, inte rätt väg att gå."
Tidigare badminton spelare Susan Egelstaff, en dubbel bronsmedaljör vid Samväldesspelen [2002 och 2006] och en olympier, fruktar nedskärningarna kommer att ha "en enorm inverkan".
"Vad det innebär i framtiden är att Skottland kommer att ständigt spela ifatt", sade hon. "Det är nästan omöjligt att komma ikapp om man faller för långt efter de ledande nationerna."
Den skotska regeringen sade att idrott och fysisk aktivitet spelar en "viktig roll" i ett sunt Skottland och att "betydande" investeringar skulle fortsätta på dessa områden.
"Efter att framgångsrikt ha levererat Commonwealth Games [år 2014] fokuserar vi nu på att skydda eller öka investeringar i områden som syftar till att minska ojämlikhet i hälsa och förbättra livschanser, och den lilla minskningen i idrottsbudgeten gör att vi kan stödja dessa prioriteringar," Minister för Sport Aileen Campbell sade.
"Det pågår stöd för aktiva livsstilar genom kapitalinvesteringar i cykling och promenader, och under de senaste 10 åren har vi investerat 168 miljoner pund i sportinfrastruktur - från gräsrotsnivå till elitprestationer som har ökat möjligheterna och möjligheterna att få människor aktiva och uppnå på världsscenen vid både OS och Samväldesspel."
Idrottsfinansieringen i Skottland har minskat med 20 % under en treårsperiod, en åtgärd som beskrivs som "hjärtkrossande" av det nationella programkontoret.