Flytten, om den antas, skulle göra dem till de första brittiska bankerna att införa negativa räntor, i själva verket tar ut för att sätta in pengar.
"Globala räntor är fortfarande på mycket låga nivåer... detta kan resultera i att vi tar ränta på kreditsaldon," det skrev i ett brev till kunder.
Personliga kunder påverkas inte.
Men välgörenhetsorganisationer och samhällsgrupper räknas som affärskunder och skulle därmed påverkas av förändringarna, sade bankerna.
En talesman för Royal Bank of Scotland, som äger NatWest, berättade för BBC att brevet skickades till knappt 1,3 miljoner av de två bankernas kombinerade affärs- och affärskunder.
"Vi kommer att överväga alla nödvändiga åtgärder i händelse av Bank of England basränta faller under noll, men kommer att göra vårt yttersta för att skydda våra kunder från eventuella effekter," sade de.
Jack: Den konstiga världen av negativa räntor
Federation of Small Businesss, som har 170 000 medlemmar, uppmanade andra banker att uppdatera sina kunder om eventuella förändringar av deras löpande affärskonto (BCA) "under denna osäkra ekonomiska period".
Mike Cherry, nationell ordförande vid Federation of Small Businesss (FSB), sade varningen från Natwest och RBS "kommer att vara djupt oroande för små företag".
FSB uppmanade också Bank of England att överväga vilken inverkan sänkningen av räntorna skulle få för mindre företag.
Mike Amey, en verkställande direktör på investmentbolaget Pimco, sade att de två bankerna "ger sig själva vicka utrymme i den mycket osannolika händelse" att banken vänder den officiella räntan negativ.
"Bank of England sätter räntan nästa vecka, så det faktum att de lade fram detta denna vecka... är kanske lite av en påminnelse till Bank of England det finns negativa konsekvenser," sade han BBC.
Förenade kungarikets räntor har varit oförändrade sedan Bank of England sänkte dem till en rekordlåg nivå på 0,5 % i mars 2009 när finanskrisen var som värst.
Banken höll kvar dem tidigare denna månad, trots spekulationer skulle den sänka räntorna ytterligare.
Men Bankguvernören Mark Carney har sagt att det sannolikt kommer att krävas "en viss lättnad i penningpolitiken" för att öka den brittiska ekonomin som svar på Brexit-omröstningen.
Han har dock sagt att han inte förespråkar lägre skattesatser än 0,25 procent.
Vissa ekonomer anser dock att skattesatserna fortfarande kan sänkas till noll eller lägre senare i år.
När räntan går under noll vänds det normala förhållandet mellan banker och kunder. I stället för att långivaren får betala ränta av banken för att den tillåter den att använda sina pengar, måste långivaren betala banken för att hålla sina pengar.
Den underliggande idén är ungefär densamma som att sänka räntorna i mer normala tider. Syftet är att uppmuntra företagen att låna och spendera mer och att spara mindre.
Under 2014 var Europeiska centralbanken den första stora centralbanken som införde negativa räntor i syfte att uppmuntra banker att låna ut pengar till företag i stället för att behålla dem.
NatWest och Royal Bank of Scotland (RBS) har varnat företag som de kan behöva ta betalt för att ta emot insättningar på grund av låga räntor.