Den 60-årige mannen var dykning på Agincourt Reef i Far North Queensland när han sågs vara i trubbel, researrangören Quicksilver sade.
Turisten, en certifierad dykare, fick hjälp till ytan men kunde inte återupplivas.
Det kommer efter två franska turister dog medan snorkling på revet vid Michaelmas Cay på onsdag.
Båda tros ha drabbats av hjärtstillestånd.
Sjukvårdare var larmade om den senaste tragedin strax efter 12.30 lokal tid (01:30 GMT) på fredag.
"CPR utfördes på en manlig patient i sextioårsåldern av en sjuksköterska ombord på ett fartyg och därefter av en läkare", sade en talesman för Queensland Ambulance.
Association of Marine Park Tourism Operators (AMPTO) sade larmet höjdes när dykaren sågs utan en regulator i munnen 15m (49ft) under havsnivån på havsbottnen.
"Vi är inte säkra på vad som har hänt i detta skede," sade en Quicksilver taleskvinna.
Mannen reste med sin fru. Det var hans andra dyk på dagen från en båt som hette Silver Sonic.
AMPTO verkställande direktör Col McKenzie sade båten var bär syre och defibrillering utrustning och hade fungerat i 11 år utan allvarliga incidenter.
"Invånare som denna är en tragedi för de överlevande familjemedlemmar, besättningen och passagerarna", sade han.
Agincourt Reef ligger omkring 100 kilometer norr om staden Cairns och omkring 60 kilometer norr om Michaelmas Cay.
En brittisk turist har blivit den tredje personen denna vecka att dö på Australiens Stora Barriärrev.