Konservativ MP Fiona Bruce, som gick i spetsen för flytten, sade lagen var "tolkas på olika sätt".
Men hennes förslag besegrades med 292 till 201. Man enades om en översyn av omfattningen av könsselektiv abort.
Regeringen sade att det hade varit konsekvent klart att könsselektiv abort var "redan olagligt".
Hälso- och sjukvårdsminister Jane Ellison hade fått ny vägledning från hälsodepartementet i maj förra året, vilket oberoende sektorer måste följa.
Bruce hade fått stöd av mer än 100 parlamentsledamöter före debatten.
Hennes ändringsförslag skulle inte ha ändrat lagen, utan syftade till att uppdatera 1967 års lagstiftning som utarbetades innan det var möjligt att identifiera ett fosters kön.
Ett alternativt ändringsförslag, som föreskriver en översyn av omfattningen av könsurvalets aborter i England, Wales och Nordirland, stöddes av 491–2.
Congletons parlamentsledamot gjorde anspråk på förändringen och sade att hennes ändringsförslag skulle "tydliggöra bortom allt tvivel i stadgan att könsselektiv abort är olagligt i brittisk lag".
Och det skulle ge regeringen en möjlighet att ta itu med "problemet", till exempel genom att lägga fram bästa praxis regler och vägledning, tillade hon.
"Varför behövs denna nya klausul? Det är nödvändigt eftersom det inte finns något uttryckligt uttalande om könsspecifika aborter i brittisk lagstiftning.
"Lagen tolkas på olika sätt eftersom när 1967 Abort Act antogs, skannar för att fastställa könet hos fostret var inte tillgängliga," berättade hon MPs.
Bruce insisterade på att det inte skulle kriminalisera några gravida kvinnor, eftersom det endast gällde läkare som godkände abort.
Och hon avvisade som "helt felaktig" påståendet att hennes förslag skulle blockera aborter baserade på ett könsrelaterat funktionshinder.
Delegat David Burrowes gav sitt stöd till ändringsförslaget och sade till parlamentsledamöterna att lagen "inte uttryckligen förbjuder könsselektiva aborter".
Och DUP: s Jim Shannon, MP för Strangford, stödde också flytten, avvisar alla påståenden det skulle kriminalisera kvinnor. Det skulle vara läkare som stod till svars, sade han.
Men Sarah Wollaston, ordförande för hälsokommittén, motsatte sig förslaget och sade att ändringsförslaget var "onödigt" och kunde få "oavsiktliga konsekvenser".
Det skulle kunna förhindra att kvinnor anförtror sig åt sin läkare att de "känner sig pressade" att avbryta sitt barn på grund av dess kön, eftersom de kan vara rädda för att bli kriminaliserade, berättade hon för parlamentsledamöterna.
Wollaston sade att det inte fanns några bevis för en "systematisk praxis" för könsselektiv abort i Förenade kungariket, och varnade för att stigmatisera samhällen genom att antyda att det var en utbredd praxis.
Och parlamentsledamoten varnade för att ordalydelsen i den föreslagna klausulen skulle få konsekvenser för befintliga abortlagar, eftersom den skulle "förväxla personlighet med fostret".
Detta upprepades av arbetsmarknadsminister Luciana Berger, som sade att Bruces förslag inte skulle ta upp orsakerna till könsselektiv abort.
Hon stödde i stället ett separat ändringsförslag för att kräva en översyn av bevisen för abort på grund av kön i England, Wales och Nordirland.
För regeringen sa hälsominister Jane Ellison att könsbaserad abort var "ohygglig" men betonade att det redan var olagligt i Storbritannien.
– Regeringen har konsekvent varit tydlig med att abort enbart på grund av kön redan är olagligt.
"Department of Health upprepade detta i vägledning som utfärdades i maj 2014 och det är viktigt att betona att alla oberoende sektor leverantörer har gått med på att följa och driva på institutionens vägledning och måste göra det som en del av deras licensvillkor," sade hon.
Parlamentsledamöter har besegrat ett partiöverskridande försök att i lag klargöra att abort enbart på grund av kön är olagligt i Storbritannien.