Den 22 000 starka Afrikanska unionens styrka (Amisom) som bekämpar den islamistiska militanta gruppen al-Shabab finansieras av EU.
En källa från Europeiska unionen berättade för BBC att de senaste sex månadernas betalning hölls inne för "redovisningsfrågor".
Chefen för Amisom berättade för BBC rätt papper att redogöra för den sista tranchen hade nu lämnats in.
"Dessa papper är på väg; pengarna är också på väg", sade Francisco Madeira.
EU ger 1 028 dollar (700 pund) för varje amisomsoldat varje månad; deras respektive regeringar drar sedan av omkring 200 dollar för administrativa kostnader vilket innebär att soldaterna förväntas ta hem omkring 800 dollar.
Detta utplaceringsbidrag är mycket mer än de magra löner soldaterna får från sina regeringar.
Medlen frigörs till Amisom av EU först när kontona från den tidigare betalningen är avskrivna.
BBC förstår att det har skett förseningar under de senaste två trancher - och förra årets juni-november betalning har bara kommit.
Så soldater får nu pengar till dem förra året men har inte fått något av dem i år.
Ugandas militärchef, general Katumba Wamala, sade att han inte kunde beskriva omfattningen av sin frustration över de sena betalningarna.
Gen Wamala sade också att Uganda skulle dra sina soldater ut ur Somalia senast i december 2017 på grund av frustrationer med den somaliska armén och militära rådgivare från USA, Storbritannien och Turkiet.
Uganda anslöt sig till Amisom 2007 och är styrkans största bidragsgivare, med mer än 6.000 trupper.
Burundis militärtjänstemän sade också att deras trupper inte hade fått betalt.
Amismos tjänstemän fruktar att de sena betalningarna har en negativ inverkan på truppmoralen.
EU-ambassadör i Somalia Michele Cervone d'Urso sade att han var "orolig om förseningen" i satsen som han sade var "väsentlig för soldaternas motivation".
Under de senaste tolv månaderna har fyra amisombaser bemannade av burundiska, ugandiska, kenyanska och etiopiska trupper angripits av militanterna.
Enligt den somaliske presidenten dödades 180 kenyanska trupper i en enda händelse i januari.
Kenya har aldrig bekräftat hur många soldater det förlorade i attacken och Afrikanska unionen släpper inte ut fullständiga dödssiffror.
Bidragen till afrikanska trupper som bekämpar al-Qaida-kopplade militanter i Somalia har inte betalats ut på minst sex månader, har BBC lärt sig.