Cheshire East Council sa att avstängningen av verkställande direktör Mike Suarez efter ett disciplinnämndsmöte på måndag var en "neutral handling".
Den konservativa myndigheten kommer inte att avslöja detaljer om anklagelserna.
Rådsledamot Howard Murray sade att avstängningen var "en neutral handling som vidtas i både rådets och verkställande direktörens intresse".
Ordföranden för utrednings- och disciplinkommittén tillade: "Det är viktigt att denna undersökning genomförs objektivt och därför vore det olämpligt att göra några ytterligare kommentarer i detta skede."
En fullmäktigechef har blivit avstängd medan en oberoende utredning av hans uppförande äger rum.