Den tidigare Tory MP, 67, besegrade UKIP Wales ledare Nathan Gill att leda partiets sju-starka mötesgrupp.
Farage sade att han var "inte särskilt positiv till Hamiltons återkomst till frontlinjen, närmare 70 år".
Mr Hamilton svarade: "Om Attenborough fortfarande kan överleva i en djungel av vilda djur och rovdjur vid 90, är jag säker på att jag kommer att klara mig bra i församlingen."
Farage, som är 15 år yngre än Hamilton, hade beskrivit behandlingen av Gill som "en handling av djup otacksamhet" efter att UKIP vann sina första platser i församlingen.
Herr Farage talade om Hamilton på LBC-radion på fredag och sade: "Jag tycker att det är svårt att återgå till frontpolitiken efter en 20-års lucka när man kommer på lite på flera år.
"Men där är du, han kanske överraskar mig."
Han tillade: "En sak vill jag säga, han är fullständigt engagerad i denna EU-fråga, och han har varit det sedan 1960", med hänvisning till Hamiltons motstånd mot Storbritanniens medlemskap i Europeiska unionen.
Som svar sade Hamilton: "Den genomsnittlige UKIP-medlemmen kommer att bli mycket besviken över Nigels ålderistiska kommentar.
"UKIP har tusentals aktiva och kraftfulla seniorer.
"Det verkar särskilt konstigt att slå på ålderdomen just nu firar vi 90-årsdagen av två ikoner för brittiskhet - Hennes Majestät Drottningen och Sir David Attenborough.
"Om Attenborough fortfarande kan överleva i en djungel av vilda djur och rovdjur vid 90, är jag säker på att jag kommer att klara mig bra i sammankomsten.
"Clement Atlee var 65 år när han som premiärminister presenterade NHS.
"Churchill var 72 när han ledde oss till seger mot nazisterna.
"Ronald Reagan var 77 när han fick Sovjetunionen att kollapsa och avslutade det kalla kriget.
Antyder Nigel att han kunde ha gjort ett bättre jobb än någon av dem, eftersom han är 15 år yngre än mig?
Bland dem som stödde Nathan Gill i ledarskapsomröstningen förra veckan var Mark Reckless, en före detta konservativ parlamentsledamot och nu en AM för South Wales East.
Mr Reckless frågade hur förhållandet mellan Hamilton och Gill var: "Inte bra."
"Jag hoppas med tiden sår kommer att läka och vi kommer att vilja göra det bästa för de människor som röstade på oss och Wales som helhet," sade han BBC Wales på torsdag.
Reckless sade att han hade stött Gill i ledarskapsutmaningen, men tillade: "Jag accepterar resultatet."
Om Hamiltons försök att bli ledare sade Reckless: " Det är inte vad jag skulle ha gjort, men vi är där vi är.
"Jag vill inte säga något kritiskt om Neil om det."
Neil Hamilton har avvisat förslag av UKIP ledare Nigel Farage att han är för gammal för frontline politik.