University of Wisconsin hävdade framgångsrikt att Apple använde sin microchip-teknik utan tillstånd i vissa iPhones och iPads.
Patentet, som lämnades in 1998, sägs förbättra mikrochipsens effekteffektivitet.
Fallet gäller användning av tekniken i iPhone 5s, 6 och 6 Plus - men en ytterligare stämning som gör samma anspråk mot Apples nyaste modeller, 6S och 6S Plus, har också lämnats in.
University of Wisconsin stämde Intel över samma patent 2008. Fallet avgjordes utanför domstol för en oavslöjad summa.
I domstolshandlingar hävdade universitetet Apple ignorerade sina erbjudanden att licensiera patentet, vilket skulle innebära att betala en avgift för dess fortsatta användning.
Därför sade universitetet att Apple avsiktligt bröt mot patentet, något som, om domstolen samtycker, kunde bära en tyngre böter.
Det exakta beloppet som Apple kan bli tvunget att betala kommer att fastställas i ett senare skede av domstolsförfarandet.
Trots den senaste tidens välpublicerade vapenvila mellan några stora teknikföretag utkämpas fortfarande våldsamma patentstrider i domstolar globalt.
Förra veckan kastade en domare ut påståenden av grafikkort specialist Nvidia att Samsung och andra hade brutit tre av sina patent.
Följ Dave Lee på Twitter @DaveLeeBBC
Apple står inför en räkning på $ 862m (Â £ 565m) efter att ha förlorat en patenträttegång.