WRU:s ordförande Gareth Davies bekräftade att flytten gjordes efter det att regionerna hade "uppnupt ante" över Wales internationella kontrakt.
Åtminstone en annan walesiska region har visat intresse för Williams, vars nuvarande kontrakt upphör nästa sommar.
"Det är över till regionerna verkligen att försöka och förhoppningsvis hålla Scott Williams," Davies berättade Radio Wales Sport.
"Det centrala kontraktet från facket har dragits tillbaka efter att några av regionerna så att säga börjat höja insatsen."
Fackföreningens erbjudande skulle ha hållit spelaren på Scarlets.
Dubbla kontrakt finansieras 60 % av WRU och 40 % av regionen, och Davies kommentarer tyder på att regionerna erbjuder större affärer än de som de lägger på bordet.
Det antyder också att WRU inte är beredda att engagera sig i en auktion av stigande bud.
Det verkar dock som om spelaren kommer att stanna i Wales, men med en region betala sitt kontrakt i sin helhet.
Denna situation skulle inte störa det styrande organet, som inrättade de dubbla kontrakten för att stoppa spelare som flyttar utomlands.
"Det är svårt eftersom vi inte kan centralt kontrakt alla på grund av finansiering frågor - vissa spelare kommer att vara, några kommer inte att vara," tillade Davies.
"Men det viktiga är att mellan facket och de regioner som vi arbetar tillsammans för att se till att vi kan behålla så många av toppstjärnorna som möjligt, och de ungdomar som kommer igenom också."
Welsh Rugby Union har dragit tillbaka ett erbjudande om ett dubbelt kontrakt för Scarlets center Scott Williams.