Imani Wiltshire upptäcktes på nedre däck på bussen i Stratford i östra London den 28 september.
Hon fördes till sjukhus där hon dödförklarades. En obduktion visade att hon dog av huvudskador.
Rosalin Baker, 25, och Jeffrey Wiltshire, 52, av Manor Park, erkände sig inte skyldig till mord på Old Bailey.
De förnekade också anklagelser om att orsaka eller tillåta sitt barns död.
Ett rättegångsdatum har fastställts till den 13 mars vid samma domstol.
Föräldrarna till ett tre månader gammalt barn som blev allvarligt skadat på en buss har nekat till mord.