En mängd stjärnor anslöt sig till honom för den sista showen, däribland sångaren Bruce Springsteen.
Det fanns också videomeddelanden från USA:s utrikesminister John Kerry och republikansk senator John McCain.
Stewart tog över föreställningen 1999 och etablerade sig som en av de mest inflytelserika satiristerna i USA och den liberala amerikanska rösten.
Han ersätts av den sydafrikanska komikern Trevor Noah.
The Daily Show, som sänds på Comedy Central, har ofta nämnts som en ledande nyhetskälla för ungdomar, med en genomsnittlig publik på en miljon tittare.
I sin sista monolog tackade Stewart kollegor, fans och familj.
"Inget tar slut. Det är bara en fortsättning. Det är en paus i samtalet, sa han.
"Så istället för att säga adjö eller god natt, jag ska bara säga att jag ska gå och ta en drink," sade han.
The Daily Show har också hjälpt till att lansera flera välkända serieartister, bland annat Steve Carell och John Oliver, samt Stephen Colbert som ska bli David Lettermans ersättare på CBS:s Late Show.
Hashtaggen #JonVoyage var trendig på Twitter när Stewart tog farväl av Daily Show, med berömda fans betala hyllning.
För John McCain var det en chans till en mild hämnd. Stewart hade en gång hånat honom med en marionett som liknade den republikanska senatorn.
Komikern Jon Stewart har varit värd för sin sista sändning av det satiriska amerikanska nyhetsprogrammet The Daily Show.