Johnston har varit på klubben i 15 år och varit ordförande i 10 år.
Nyligen har han utsatts för påtryckningar att kliva ner helt och hållet från fans som ansåg att hans närvaro var ett hinder för att locka potentiella klubbinvesterare.
"Det har varit en ära att tjäna Kilmarnock FC i olika kapaciteter under de senaste 15 åren," Johnston sade.
Under tiden har BBC Scotland lärt sig att förhandlingar fortsätter mellan klubben och Lee McCulloch och hans representant, som Killie ser ut att göra honom till sin permanenta chef.
McCulloch har varit i mellanled i Rugby Park sedan Lee Clarks avresa till Bury i februari, och framgångsrikt hållit Kilmarnock i skotska Premiership.
Johnston står också ned från styrelsen för Kilmarnock Community Sports Trust (KCST) där han representerade klubben.
I ett uttalande sade Kilmarnock: " När Michael tog över som ordförande och majoritetsägare hade klubben omkring £13 miljoner i skulder.
"Med stöd av ett antal höga värdeöverföringsavgifter som han personligen förhandlade, Michael gradvis minskat detta samtidigt som klubbens konkurrensposition i den högsta nivån av skotska ligan fotboll.
"I mars 2014 slutförde Michael en transformationell omstrukturering av klubbens ekonomi som levererade den armlängdsförsäljning av Park Hotel för fullt marknadsvärde, med intäkterna går till att minska klubbens bankskuld på £ 9m.
"Billy Bowie förvärvade saldot av bankens skuld och omvandlade detta till eget kapital i klubben, kombinerat med den permanenta avskrivningen av den tidigare ordföranden Jamie Moffat av saldot av sina lån till klubben, som ursprungligen uppgick till 1,8 miljoner pund.
"Utgången blev att nästan £11 miljoner pund av skulder togs bort från klubbens balansräkning.
"I kölvattnet av detta introducerade Michael en ny styrelse och avstod som ordförande 2015. Han bildade också KCST, en registrerad välgörenhetsorganisation, för att driva klubbens samhällsavdelning på ett mer ekonomiskt effektivt sätt."
Troon-födde Johnston sa att hans fru Joannes död i mars påskyndade hans beslut att ge upp sina positioner på klubben.
"Jag har haft turen att träffa så många intressanta människor genom fotboll och tyckte mycket om att tjäna i rådet skotska FA i över 10 år och styrelsen för skotska Premier League under den historiska sammanslagningen med skotska fotbollsförbundet 2013," sade han.
"Det har funnits många utmaningar att ta itu med längs vägen och dessa har tagit ut sin tribut inte bara av mig utan också av min familj, som jag uppriktigt tackar för deras oreserverade stöd.
"Den senaste förlusten av min fru Joanne, som var min största källa till inspiration och uppmuntran vid alla tillfällen, har lett mitt beslut att dra sig tillbaka från alla aktiva uppgifter på klubben och jag ser fram emot att delta Rugby Park som en engagerad supporter i framtiden, obelastad av oron i det förflutna.
"Jag önskar Billy Bowie och John Kiltie lycka till och gott omdöme i att driva klubben, väl understött av klubbsekreterare Kirsten Callaghan, som var en nyckelperson i personalen under min tid som ordförande.
"Jag vill också spela in mitt tack till alla medarbetare, tidigare och nuvarande, aktieägarna och supportrarna som har stöttat mig och klubben så entusiastiskt genom åren.
"Klubben är nu i en sund position att avancera i skotsk fotboll och registrera ännu större framgång."
Tidigare ordförande Michael Johnston har avgått från sina befattningar som direktör och företagssekreterare i Kilmarnock.