Nintendo sade att sådana pixlar var "normala och bör inte betraktas som en defekt".
Men en analytiker sade om problemen var så illa som online bilder föreslog, det var "otroligt" Nintendo hade låtit dem lämna fabriken.
Den 280 handhållna konsolen gick till försäljning på fredag.
Försäljningssiffror tyder på att det har blivit den snabbast säljande spelkonsolen i det japanska företagets historia, med rapporter om att vissa butiker redan har sålt ut.
I Storbritannien har företaget sålt uppskattningsvis 80.000 enheter.
Switchen kan spelas både på tv-apparater och som en fristående enhet.
Det lanserades med en handfull spel, med vissa kritiker säger att det var för få.
Och nu har tusentals kunder rapporterat att deras nya enheter kom med ett skärmproblem.
På en Reddit diskussionstråd sa en användare: "Jag förstår att de är tydligen vanliga i enheter, men i ett handhållet system är det en tillräckligt stor irritation för mig att jag inte skulle köpa en enhet med en."
Han sa att han hade ett liknande problem med sin Sony Playstation Portable.
"Min första hade döda pixlar i mitten av skärmen, och jag tog med den tillbaka till butiken jag köpte den i," sade han.
"Lyckligtvis var det en stor nyhet så de lät dig öppna nya lådor i butikerna och sätta på enheten.
"Jag gick igenom tre och den fjärde fick en utan synliga döda pixlar."
Nintendo svarade på sin supportsida och sade: "Små antal fasta eller döda pixlar är karakteristiska för LCD-skärmar."
En liknande pixelfråga påverkade även Nintendos DS, och det japanska spelbolaget tillät slutligen köpare att byta ut enheter.
Paul Gray, en analytiker på forskningsföretaget IHS, sade att sådana frågor inte längre bör vara vanliga.
"I början av tiden av LCD-skärmar det fanns massor av defekter, men i dessa dagar ser du allt färre av dem," sade han.
"Några av de foton jag har sett postade på nätet, Jag kan inte tro att Nintendo skulle ha medvetet låtit dem lämna fabriken så där.
"Något låter inte riktigt sant", sade han, tyder på att några av bilderna kan ha blivit manipulerade.
Mr Gray rådde alla som hade en defekt apparat att lämna tillbaka den till affären de köpte den av.
"Om du är en konsument och du tycker att det irriterande, du bör gå tillbaka till återförsäljaren och säga att du inte är glad," sade han.
Tusentals ägare av Nintendos nya konsol, Switch, har klagat över döda eller fast bildpunkter skapar distraherande och irriterande mörka rutor på sina skärmar.