Han sade att Clinton skulle ställa liberala domar inför högsta domstolen om hon vann ordförandeskapet i november och hotade vapenägandet.
När mr Trump talade vid ett möte i North Carolina, antydde han att vapenrättsförespråkare kunde stoppa henne från att ta makten.
Det gav upphov till en motreaktion på nätet, och många anklagade honom för att ha framkallat våld.
Han svarade att han bara uppmanade vapenrättssupportrar att rösta i stort antal.
Anförandena som utlöste eldstormen gjordes vid ett möte i Wilmington på tisdagseftermiddagen.
Den republikanska presidentkandidaten sade om sin demokratiska motståndare: "Hillary vill avskaffa, i huvudsak avskaffa det andra tillägget. Förresten, och om hon får välja sina domare, inget ni kan göra, gott folk.
"Men andra tillägget människor, kanske det finns, jag vet inte."
I det andra ändringsförslaget fastställs rätten att bära vapen i den amerikanska konstitutionen.
En man som satt bakom Mr Trump när han gjorde kommentarerna antog ett utseende av misstro som han hörde dem.
Återigen, Donald Trump är off-the-cuff stil att tala under hans möten har satt presidentkampanjen i brand.
Den republikanska kandidaten sade att förespråkare för vapenrättigheter kunde göra något åt Clinton när hon blev vald och försökte utse domare. Vad kan det vara? Hans kampanj förklaring att de skulle organisera och rösta helt enkelt inte spårar.
I en politisk miljö där Trump supportrar skanderar "låsa upp henne", säger Clinton bör möta en exekutionspluton eller värre, den republikanska kandidatens öppna-to-tolkning anmärkningar förmodligen kasta bensin på en glödande brand.
Amerikanerna klagar ofta över sina politikers programmerade karaktär. Trumps trogna, i synnerhet, hånar polerade kandidater med sina genomtänkta svar.
Det finns en anledning till att de som söker presidentposten är ytterst försiktiga med vad de säger. Varje ord är nära tolkat, både i USA och runt om i världen. Ett muntligt felsteg kan vara förödande.
Mr Trump ignorerar dessa regler. Och när hans opinionssiffror sjunker, tar han och hans kampanj på sig en bunkermentalitet. Medierna är partiska, valen skulle kunna riggas, opinionsundersökningarna är skeva och Clinton är ett instabilt hot. Det är Trump v världen.
Och det är bara augusti.
Twitter-användare var snabba att svara på Trumps kommentarer och kritisera den republikanska nominerade för att verka uppmuntra vapen våld.
Senator Chris Murphy sa att "instabila människor" som hatar Mrs Clinton kunde svara.
Robby Mook, Clintons kampanjchef, sa "det Trump säger är farligt".
Men Trump var snabb att svara, tweeting att han syftade på den politiska makt vapen rättigheter förespråkare.
Hans kampanj sade: "Andra tillägget människor har fantastisk anda och är oerhört enade, vilket ger dem stor politisk makt."
"Och i år, kommer de att rösta i rekordnummer, och det kommer inte att vara för Hillary Clinton, det kommer att vara för Donald Trump."
Och före detta New York stadsborgmästare Rudy Giuliani stödde Mr Trump, säger att det uppenbarligen inte var ett hot men pressen var inblandad i en "konspiration att välja Hillary Clinton".
Vissa Trump supportrar lämnar rallyt i Wilmington berättade CNN att de inte var berörda av kommentarerna eftersom de var tydligt ett skämt och de gillade det faktum att han talade off-the-cuff.
National Rifle Association stödde också Trump och varnade Clinton för att välja domare som inte skulle stödja det andra ändringsförslaget.
Clinton har gjort en skärpning av vissa vapenlagar till en del av sin kampanj, men det finns inga bevis för att hon vill avskaffa rätten att bära vapen.
En talesman för Secret Service sa att byrån var medveten om Mr Trumps kommentarer men vägrade att svara på ytterligare frågor.
Trumps kommentarer kommer efter åtta dagars negativa rubriker, kontroversiella kommentarer och några ledande republikaner som säger att de inte kan rösta på honom i novembers presidentval.
Trump kampanj teeters på randen
50 Trump supportrar förklara varför de älskar honom
30 saker som Donald Trump tror
Under huden av Trump land
Trump mot Clinton: Jämför ekonomiska planer
Republikanska Donald Trump har väckt ilska genom att verka antyda hans anhängare kan stoppa hans rival Hillary Clinton genom att utöva sina vapen rättigheter.