Europeiska kommissionen säger att det är Europas hittills mest omfattande studie av bikolonidödsfall.
Vinterdödligheten var särskilt hög för bin i Belgien (33,6 %) och Storbritannien (29 %) under 2012–13. Men våren 2013 var Frankrike högst med 13,6%.
Bumblebees och andra vilda bin undersöktes inte och inte heller bekämpningsmedelspåverkan.
Studien, som kallas Epilobee, beskrev 10 procent som en godtagbar tröskel för bikolonidödlighet - och Grekland, Italien och Spanien var bland de länder som låg under denna tröskel.
Dödlighetsprocenten är nationella uppskattningar baserade på representativa urval. Alla 17 länder tillämpade samma normer för datainsamling, säger rapporten.
Undersökningen omfattade nästan 32.000 bikolonier.
Men det finns också stor oro för dödligheten bland vilda bin, som också är viktiga pollinatorer.
Förra året införde EU ett förbud mot fyra kemikalier som kallas neonikotinoider och som används i bekämpningsmedel.
De tros vara kopplade till bikoloniernas kollaps i Europa, även om det finns en hetsig vetenskaplig debatt om kemikaliernas påverkan och många experter säger att det behövs ytterligare studier.
Kommissionen ville att effekterna av bekämpningsmedel skulle tas med i Epilobee-studien, men den förkastades av medlemsstaternas regeringar.
En ny undersökning som omfattar 17 EU-länder visar att mycket fler honungsbin dör i Storbritannien och andra delar av norra Europa än i Medelhavsländerna.