Suu Kyi lyckades inte övertala militären att låta en klausul som utestängde henne från ordförandeskapet strykas.
Enligt klausulen kan hon inte vara ledare eftersom hennes söner är brittiska, inte burmesiska.
Men hon har lovat att leda från sidolinjerna istället. Kandidaten trodde att han troligen skulle bli president, Htin Kyaw, är en nära anhörig.
NLD, som vann en jordskred i november, har uppgett Htin Kyaw som sin lägre hus kandidat till vice president, och Henry Van Thio, en parlamentsledamot från Chin etniska minoritet, som sin övre hus kandidat.
Båda husen kommer att välja mellan NLD: s kandidater och de från andra partier, men eftersom NLD har en majoritet i båda husen, är det troligt att dess kandidater kommer att väljas.
Vinnaren från varje hus kommer sedan att delta i en andra omröstning för att besluta landets president. En militär nominerad kandidat kommer också att tävla i denna omröstning.
De två förlorande kandidaterna blir vice ordförande. Det är oklart när omröstningarna kommer att äga rum.
Korrespondenterna säger att Htin Kyaw är nästan säker på att bli vald till president av det NLD-kontrollerade parlamentet.
Läs mer: Aung San Suu Kyi - Makt inte presidentskap i Myanmar
Hon försökte ända till sista. Men det var inget avtal. Trots en enorm seger i valet lyckades Aung San Suu Kyi inte övertyga armén om att hennes öde var presidentskapet.
Klausul 59F i konstitutionen som blockerar henne eftersom hennes söner har brittiska inte burmesiska pass kvar, och hon har nu valt någon annan.
Det är Htin Kyaw, som hon känt hela sitt liv. Han är en engagerad medlem av partiet och var vid hennes sida när Suu Kyi släpptes ur husarrest 2010.
Hans viktigaste egenskap kan vara förmågan att ta order. Aung San Suu Kyi har klargjort att även om hon inte har titeln kommer hon fortfarande att ha ansvaret.
NLD vann majoriteten av de icke-militära mandat som fanns tillgängliga i parlamentet i förra årets historiska allmänna val, även om armén - som fortfarande kontrollerar en fjärdedel av alla parlamentssäten och viktiga säkerhetsministerier - fortfarande är en betydande kraft i den burmesiska politiken.
Den nya regeringen kommer att ta makten den 1 april - den första fritt valda regeringen efter mer än 50 år av militärt styre och sedan fem år av militärstödd civil regering.
Myanmars National League for Democracy (NLD) har utsett sina kandidater till president och bekräftat att dess ledare Aung San Suu Kyi inte är en utmanare.