Novak avledde kollega substitut Kevin Foley pass hem i 87: e minuten och målet hindrade Fleetwood från att klättra över Bradford till andra plats i League One bordet.
Fleetwoods på-lån Burnley strejker Chris Long nettade sitt tredje mål i så många liga matcher i fjärde minuten som han sköt bollen förbi Declan Rudd på avstånd.
Det var hela Fleetwood tills Charlton äntligen tände in i livet strax efter halvtimme-stämpeln som Josh Magennis nickade i Ricky Holmes "kors i 32: a minuten.
David Ball återställde Fleetwoods ledning, plockade upp en lös boll på kanten av lådan och sublimt böjde bollen i övre hörnet i 44: e minuten.
Den andra halvan var en match av attrtion tills matchen exploderade tillbaka in i livet i de sista 15 minuterna med Townkeeper Chris Neal två gånger gör fingertopp sparar att omintetgöra Holmes och Novak innan strejkaren dök upp med den sena leveler.
Rapporter från Pressföreningen.
Matchändar, Fleetwood Town 2, Charlton Athletic 2.
Andra halvlek, Fleetwood Town 2, Charlton Athletic 2.
Försök missade. Nathan Pond (Fleetwood Town) huvudet från mitten av lådan är bara lite för hög.
Hörnet, Fleetwood Town. Förföljd av Ezri Konsa Ngoyo.
Lee Novak (Charlton Athletic) visas det gula kortet.
Hörnet, Fleetwood Town. Förföljd av Jordan Botaka.
Mål!  Fleetwood Town 2, Charlton Athletic 2. Lee Novak (Charlton Athletic) höger fotade skott från mycket nära håll till mitten av målet. Assisterad av Jordan Botaka.
Nathan Pond (Fleetwood Town) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Josh Magennis (Charlton Athletic).
Ashley Hunter (Fleetwood Town) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Jason Pearce (Charlton Athletic).
Ersättning, Charlton Athletic. Kevin Foley ersätter Fredrik Ulvestad.
Ersättning, Charlton Athletic. Jordan Botaka ersätter Ricky Holmes.
Hörnet, Charlton Athletic. Förföljd av Chris Neal.
Försöket räddades. Lee Novak (Charlton Athletic) höger fotade skott från en svår vinkel till vänster sparas i det övre högra hörnet.
Ersättning, Fleetwood Town. Martyn Woolford ersätter Bobby Grant.
Försök missade. Bobby Grant (Fleetwood Town) vänster fotade skott från utsidan av lådan är bara lite för hög från en direkt frispark.
Ezri Konsa Ngoyo (Charlton Athletic) visas det gula kortet för en dålig foul.
Ashley Hunter (Fleetwood Town) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Ezri Konsa Ngoyo (Charlton Athletic).
Hörnet, Charlton Athletic. Förföljd av Chris Neal.
Försöket räddades. Fredrik Ulvestad (Charlton Athletic) höger fotade skott från höger sida av lådan sparas i övre högra hörnet.
Nathan Pond (Fleetwood Town) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Lee Novak (Charlton Athletic).
Ashley Hunter (Fleetwood Town) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Morgan Fox (Charlton Athletic).
Ersättning, Fleetwood Town. Ashley Hunter ersätter Devante Cole.
Försök missade. Ricky Holmes (Charlton Athletic) höger fotade skott från vänster sida av lådan är nära, men missar övre högra hörnet.
Amari'i Bell (Fleetwood Town) vinner en frispark på högerkanten.
Foul av Lee Novak (Charlton Athletic).
Ersättning, Charlton Athletic. Lee Novak ersätter Nicky Ajose.
Försök missade. Kyle Dempsey (Fleetwood Town) höger fotade skott utanför lådan är nära, men missar till höger.
Försök blockerat. Ademola Lookman (Charlton Athletic) vänster fotade skott från mitten av lådan är blockerad.
Foul av Conor McLaughlin (Fleetwood Town).
Morgan Fox (Charlton Athletic) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Försök missade. Devante Cole (Fleetwood Town) vänster fotade skott utanför lådan är bara lite för hög.
Conor McLaughlin (Fleetwood Town) vinner en frispark på vänsterkanten.
Foul av Ademola Lookman (Charlton Athletic).
Hörnet, Charlton Athletic. Förföljd av Conor McLaughlin.
Försök missade. Ricky Holmes (Charlton Athletic) vänster fotade skott från vänster sida av sex yard boxen är nära, men missar till vänster.
Super-sub Lee Novak buntad i en sen equalizer som Charlton kämpade tillbaka för att dra och stoppa Uwe Roslers Fleetwood från att flytta in i de två översta.