Polisen sade inledningsvis att affärs rivalitet var ett troligare motiv för attacken på Movida barrestaurang utanför Kuala Lumpur den 28 juni.
De tillade att två män som misstänktes vara inblandade hade gripits.
Myndigheterna är alltmer oroade över IS-relaterade attacker eftersom ett antal malayser har slagits i Syrien.
"Det fanns delar av IS inblandning i attacken," nationella polischefen Khalid Abu Bakar berättade reportrar.
"Vi fick veta att de två fick instruktioner från en av våra egna medborgare i Syrien... att genomföra attacker i Malaysia."
Det har förekommit dussintals extremismrelaterade arresteringar under de senaste åren, däribland 13 malaysiska internerade efter den senaste attacken men som polisen sade inte var direkt kopplade till den.
Regeringarna i hela regionen har varnat för ett ökat hot från gruppen.
Malaysisk polis har sagt en explosion på en bar förra veckan, som skadade åtta, var den första attacken av den så kallade islamiska statsgruppen i landet.