Duffy, 37, har gått med i tredje plats Championship sida på ett ettårigt kontrakt efter att ha lämnat Swinton Lions.
Scotland biträdande tränare kommer att leda Featherstone i sin sista ligan match mot Toulouse på lördag innan den kommande Super 8 kval.
"Han är en fantastisk tränare och vi är mycket glada över att se hur hans regeringstid här utvecklar sig", sade ordförande Mark Campbell.
"Vi anser att han har gjort ett anmärkningsvärt arbete under extremt svåra omständigheter på Swinton och han förtjänar en hel del beröm för sina insatser där."
Duffy, som spelade för Leigh, Widnes och Salford under en 16-årig spelkarriär, har ersatts av hans tidigare assistent Stuart Littler på andra Championship sidan Swinton.
Featherstone Rovers har utsett John Duffy till huvudtränare efter Jon Sharps avgång.