Byrån meddelade att den hade kommit överens om ett avtal med styrelsen för Kalifornien-baserade Anacor Pharmaceuticals.
Anacors flaggskeppsprodukt är crisaborole, en kräm för eksem som väntar på godkännande av amerikanska tillsynsmyndigheter.
Affären kommer bara veckor efter att Pfizer skrotade en planerad fusion på 160 miljarder dollar med den irländska drogtillverkaren Allergan av skatteskäl.
"Vi anser att förvärvet av Anacor utgör en attraktiv möjlighet att ta itu med ett betydande ouppnåeligt medicinskt behov för en stor patientpopulation", säger Albert Bourla, chef för Pfizers globala innovativa läkemedelsenhet.
Crisaborole kan uppnå $2 miljarder (~1.4 miljarder pund) i årlig försäljning om den godkänts av den amerikanska Food and Drug Administration, enligt Pfizer.
Omkring 18 till 25 miljoner människor lider av eksem i USA, men för närvarande finns det få säkra lämpliga behandlingar, sade Pfizer.
Anacor aktier hoppade 57%, stiger över $99,25 en aktie överenskommen med Pfizer.
Amerikanska droger jätte Pfizer kommer att förvärva tillverkaren av en ny eksem behandling i en affär värd $5,2 miljarder pund (3,6 miljarder pund).