Problemet föranledde polisens inblandning utanför marken innan våldet bakom ett mål som spelarna värmdes upp.
"Projektiler och fyrverkerier som lanseras från läktarna kräver fans att ta skydd på planen," Lyon tweeted.
Spelet sparkade igång 45 minuter sent med Lyon scoring två gånger i slutet 10 minuter för att vinna 2-1.
Myndigheterna hade kategoriserat fixturen "hög risk", med cirka 500 poliser enligt uppgift stationerade på Parc Olympique Lyonnais - mer än dubbelt så mycket som vanligt.
Båda lagen lämnade planen som fans spillde på på spelytan innan kick-off, med Lyon president Jean Michel Aulas går in i publiken i ett försök att lugna supportrar.
När de franska och turkiska sidorna så småningom dök upp klappade båda spelarna supportrar runt hela stadion, innan de gick igenom korta uppvärmningsövningar inför en 20:50 BST kick-off.
Innan Beskitas fixtur mot den grekiska sidan Olympiakos i föregående omgång, arbetade båda klubbarna med Uefa och fattade beslutet att förbjuda fans i ett försök att undvika publikproblem.
Det är den tredje händelsen på en Uefa tävling denna vecka, efter tisdagens bombattack på Borussia Dortmunds team buss och onsdagens sammandrabbningar mellan Leicester City supportrar och polisen i Madrid.
När matchen kom igång, tidigare Liverpool strejker Ryan Babel satte Besiktas framåt men ögonblick efter Corentin Tolisso equalizer på 83 minuter, Jeremy Morel rånade spanska målvakt Fabri i området för att koppla in i ett tomt nät.
Matchen slutar, Lyon 2, Besiktas 1.
Andra halvlek, Lyon 2, Besiktas 1.
Handboll av Gökhan Inler (Besiktas).
Försök missade. Corentin Tolisso (Lyon) höger fotade skott utanför lådan missar till vänster. Hjälpt av Mathieu Valbuena.
Försök missade. Lucas Tousart (Lyon) huvud från mitten av lådan missar till höger. Hjälpt av Mathieu Valbuena med ett kors.
Hörnet, Lyon. Förföljd av Adriano.
Hörnet, Lyon. Förföljd av Dusko Tosic.
Substitution, Besiktas. Gökhan Inler ersätter Cenk Tosun.
Alexandre Lacazette (Lyon) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Anderson Talisca (Besiktas).
Mål!  Lyon 2, Besiktas 1. Jérémy Morel (Lyon) vänster fotade skott från vänster sida av sex yard box till mitten av målet.
Mål!  Lyon 1, Besiktas 1. Corentin Tolisso (Lyon) höger fotade skott från höger sida av sex yard box till nedre vänstra hörnet efter en set bit situation.
Tolgay Arslan (Besiktas) visas det gula kortet för en dålig foul.
Mathieu Valbuena (Lyon) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Tolgay Arslan (Besiktas).
Hörnet, Lyon. Förföljd av Fabri.
Försöket räddades. Maxwel Cornet (Lyon) höger fotad skott från mitten av lådan sparas i nedre högra hörnet. Hjälpt av Nabil Fekir.
Lucas Tousart (Lyon) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Cenk Tosun (Besiktas).
Mathieu Valbuena (Lyon) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Mathieu Valbuena (Lyon).
Cenk Tosun (Besiktas) vinner en frispark på höger vinge.
Försök missade. Emanuel Mammana (Lyon) höger fotade skott från mitten av lådan är för hög efter ett hörn.
Corentin Tolisso (Lyon) träffar vänster inlägg med en rubrik från vänster sida av sex yard box. Hjälpt av Maxwel Cornet med ett kors efter ett hörn.
Hörnet, Lyon. Förföljd av Adriano.
Mathieu Valbuena (Lyon) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Gökhan Gönül (Besiktas).
Utombords, Lyon. Corentin Tolisso försöker en genom boll, men Mathieu Valbuena fångas offside.
Handboll av Nabil Fekir (Lyon).
Handboll av Dusko Tosic (Besiktas).
Foul av Alexandre Lacazette (Lyon).
Marcelo (Besiktas) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Substitution, Besiktas. Tolgay Arslan ersätter Oguzhan Ozyakup.
Christophe Jallet (Lyon) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul genom Christophe Jallet (Lyon).
Ryan Babel (Besiktas) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Mathieu Valbuena (Lyon) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Cenk Tosun (Besiktas).
Försök missade. Alexandre Lacazette (Lyon) höger fotade skott från höger sida av lådan är nära, men missar till höger.
Corentin Tolisso (Lyon) vinner en frispark i defensiva halvan.
Clashes i läktarna som tvingade några supportrar på planen fördröjde Lyons Europa League kvartsfinal första-ben seger över Besiktas.