Moskén och Imams National Advisory Board (MINAB) erkänner problemet med missbruk i efterskoleklasserna.
Ahmed Beg, från styrelsen, sa: "Vi arbetar för att höja standarden och vill att lärarna ska vara kvalificerade."
Irfan Patel, 33 år, befanns på fredagen skyldig till grymhet mot barn i en moské i Lancashire.
En mor i Lancashire, som ville förbli anonym, blev förskräckt när hon upptäckte att hennes sons madrassalärare hade slagit och misshandlat honom.
"Jag skickade honom aldrig för att bli slagen - jag skickade honom att lära sig Koranen", sade hon.
Han var inte den ende som fick lida för en lärare vid en madrassa, en klass efter skolan där barnen fick lära sig om sin tro.
Under det senaste året har tre lärare från Madrassas i Lancashire dömts för misshandel av barn, det senaste fallet med Patel.
I augusti befanns Kurram Hussain, även från Blackburn, skyldig till vad domare kallade "grattiös förnedring" när de slog två pojkar i åldern 10 och 11 år.
Detta följde Ibrahim Yusufs övertygelse medan han undervisade i en Accrington madrassa 2011.
Mamman sa att polisen hade sagt till henne att hennes sons lärare hade slagit honom i magen och "slog hans ansikte, och slog hans händer med en penna".
"Och han fick honom att stå som en kyckling. Om han föll ner, efter fem minuter sade min pojke att han fick honom att göra ytterligare fem minuter."
Stresspositionen hennes son tvingades inta är en tortyrtaktik som används i krigsområden.
Korpralstraff har förbjudits i vanliga skolor sedan 1980-talet.
Madrassas klassas dock som kompletterande skolor där det fortfarande är lagligt i religiösa sammanhang så länge det inte överstiger "rimligt straff".
Skolorna är oreglerade och lärarna saknar ofta utbildning.
Nazir Afzal, chefsåklagare i nordvästra England, skötte alla tre åtalen. Han tror att övergrepp är mycket vanligare.
"När vi talar om tre framgångsrika åtal under det senaste året i nordväst och förmodligen ett dussin nationellt, vi talar bokstavligen toppen av isberget," sade han.
"För att möta efterfrågan håller man på att inrätta skolor till höger och centrum.
"Det finns ingen Ofsted, ingen inspektionsregim, de är helt beroende av en särskild kommitté som tillämpar standarder, se till att disciplinen upprätthålls korrekt.
"Och om de inte klarar av jobbet, finns det inget som hindrar barn från att skadas nästan dagligen."
En skola som leder vägen i reformen är Jamia Ghosia Academy i Blackburn.
Det har blivit mer som vanliga skolor och ses som en modell för god praxis av lärare på madrassas i andra delar av landet.
Klasserna är små och interaktiva, personalen kontrolleras för kriminalregister, CCTV är på plats för att skydda elever och kroppsstraff är förbjudet.
Huvudlärare Ustad Muhammed sade: "När det gäller kroppsstraff, jag kommer inte att acceptera det i någon form eller på något sätt eftersom inget barn lär sig med det.
"Du måste ha tålamod. Barn kan vara bråkiga, kan skrika, kan göra vissa saker men det är hela tanken på att ha lärarutbildning och lära sig vissa typer av färdigheter."
En islamisk vakthund kräver en reform av Madrassas efter den senaste övertygelsen av en lärare för barnplågeri.