Gubbins (109) nådde 15 gränser då han åtnjöt ett 198-ägt samarbete med öppnaren Sam Robson (99).
Robson föll en run kort av en fjärde ton av säsongen, som bowlades av Joe Leach (4-64) för 99 som Somerset bowlare förblev korrekt.
Trots en medel-ordning wobble, Paul Stirling (85) spelade fast när Middlesex nådde 407-9 vid stubbar.
Robson och Gubbins fortsatte sitt utmärkta öppningspartnerskap innan Robson blev avskedad.
Gubbins tog upp sitt århundrade från 208 bollar innan han stal Jim Allenby (3-51) till Marcus Trescothick på slip.
Det fanns lite hopp för Somerset som Middlesex förlorade fyra wickets för 39 körningar, men Stirling stabiliserade innings.
Han föll till Leach fem overs innan stubbar efter att ha knuffat Middlesex i en bly, men en dragning fortfarande ser mest sannolikt resultat.
Nick Gubbins gjorde sitt första Middlesex sekel som deras fladdermöss stängde ner Somersets kommando totalt på Lord's.