Stuart Campbell greps i västra England på fredag efter ett klagomål från en kvinna i södra London.
Hon hade gjort anklagelser om trakasserier som ägde rum under en tvåårsperiod.
Campbell, som släpptes mot borgen, sade att det gällde vissa tweets och insisterade på att de inte var hotfulla.  Han anklagade medierna för "innuendo" som syftar till att uppmuntra "spekulationer".
Bloggaren, en före detta dataspelsrecensent som föddes i Stirling men bor i Bath, har varit en röstkampanjör för skotsk självständighet och lanserade Wings Over Scotland bloggen 2011.
På fredag tweetade han att han skulle posta mindre ofta än vanligt på grund av "skäl helt utanför min kontroll (fråga inte)".
Slut på Twitter inlägg av @WingsScotland
En talesman för Metropolitan Police sade: " Polisen undersöker en anklagelse om trakasserier på nätet.
"Anklagelsen gjordes efter att en kvinna i 30-årsåldern besökte en polisstation i södra London. Trakasserierna sägs ha ägt rum under de senaste två åren."
Campbell har i väntan på ytterligare undersökningar friställts till ett datum i mitten av september.
I ett uttalande på webbplatsen Wings Over Scotland svarade Campbell på en rapport om gripandet som publicerades i tidningen The Herald.
Han sade att stycket "har skrivits för maximal innuendo för att tillåta de vildaste spekulationer på sociala medier - som naturligtvis är vederbörligen äger rum - men de påstådda händelserna avser helt och hållet vissa tweets från vårt Twitter-konto, som ingen har tagits bort och som alla fortfarande är allmänt synliga.
"Ingenting mer ondskefullt eller allvarligt än vissa tweets har inträffat eller påstås ha inträffat. Ingen av de tweets som är inblandade är på något sätt hotande, inte ens på skämt. Det är allt vi kommer att säga i ämnet vid denna tid. "
Den pro-oberoende bloggaren bakom Wings Over Scotland webbplats har arresterats för påstådda online trakasserier.