Shyamal Kanti Bhakta, som är hindu, fick hålla i öronen medan han utförde knäböjningar, innan han blev slagen.
Många Bangladeshis blev förargade över hans behandling och lade ut bilder på sig själva som höll sina öron i solidaritet.
Regeringen sa att avskedandet var olagligt och avskedade skolstyrelsen. Bhakta förnekar kränkande islam.
"Huvudläraren var ett offer för orättvisor. Detta var en avskyvärd handling, "Utbildningsminister Nurul Islam Nahid sade.
Men han nämnde inte den lokala MP AKM Selim Osman som var närvarande vid lärarens rituella förödmjukelse i Narayaganj District nära Dhaka i fredags.
MP har vägrat att be om ursäkt för vad som hände, Daily Star rapporterar.
I bilder av fredagens händelse, kan en publik höras jublar som Mr Bhakta gjordes att knäböja upprepade gånger och viker sina händer - en handling i samband med skam och ursäkt och vanligtvis reserverad för barn.
Video och fotografier som visar Mr Bhaktas behandling blev snart viral på sociala medier.
Bhakta har berättat för BBC att hans behandling berodde på personliga agg mot honom.
Det kommer i kölvattnet av en rad attacker mot världsliga författare och bloggare, professorer och medlemmar av religiösa minoriteter i landet.
Bangladeshs regering har återinsatt en rektor som avskedades efter att ha blivit offentligt förödmjukad över anklagelser om att han förolämpade islam.