Den olympiska mästaren, 29, var trea totalt i slutet av en lovande första dag - traditionellt hennes starkaste - med en poäng på 3928 poäng.
På söndagen hoppade hon en respektabel 6,16m i det långa hoppet men kastade en besvikelse 42,60m i spjutet.
Med 800m kvar har hon 5,544 poäng, fortfarande på kurs för de 6 200 som behövs för att kvalificera sig för Rio-OS.
Ennis-Hill tävlar i sin första heptathlon sedan hon vann guld i London 2012.
En topp-12 finish och poäng på 6,075 poäng skulle också säkra kvalificering för sommarens VM.
Kanadas samvälde mästare och världssilvermedaljör Brianne Theisen-Eaton leder före den slutliga händelsen, anmärkningsvärt uppnå tre personliga bästa på väg till en 5,834 poäng.
Följ senaste uppdateringar och rapporter på andra dagen av Gotzis Hypo-Meeting på BBC Sport hemsida söndagen den 31 maj.
Jessica Ennis-Hill har fallit från fjärde till åttonde plats efter sex händelser på Hypo-Meeting i Gotzis.