Produkten kommer att erbjuda lärare nya sätt att använda det världsbyggande tv-spelet i en rad olika ämnen.
Microsoft betalade $2,5 miljarder (Â £1.8 miljarder) för Mojang, Minecrafts svenska skapare, 2014. Och i slutet av förra året köpte den fyraåriga MinecraftEdu-versionen av spelet från Finland-baserade oberoende utvecklare TeacherGaming.
Det är nu lovande att lägga till funktioner, men skolorna kan drabbas av extra kostnader.
Det står att mer än 7.000 klassrum runt om i världen redan använder Minecraft i någon form.
"Lärare använder Minecraft för att göra så många saker, inklusive att undervisa matematik, vetenskap, religion och poesi," Anthony Salcito, Microsofts vice ordförande för världsomfattande utbildning, berättade BBC.
"När vi gör verktygen lättare för skolor att få tillgång till och anställa, tror jag att du kommer att se att antalet [av klassrum] växer ganska snabbt."
MinecraftEdu tillåter redan lärare att ändra innehåll i spelet och använda ett gemensamt bibliotek av utbildningstema tillgångar.
Microsoft lovar att förbättra upplevelsen genom att:
För att få tillgång till tjänsten behöver barn och lärare var och en sitt eget Office 365 ID, som också kan användas för att ge tillgång till Microsofts molnbaserade produktivitetsprogram.
Microsoft säger att detta kommer att hjälpa lärare minimera antalet online-konton de behöver för att hantera.
Men det kan också hjälpa företaget att främja sin ordbehandling, e-post och fildelning apps över konkurrerande tjänster från Google och andra.
Microsoft avser att ta ut en årlig avgift på $5 (Â £3.50) för varje lärare och barn.
Det kan visa sig vara dyrare än den nuvarande grundläggande uppsättningen, där skolor betalar en engångsavgift på $ 14 multiplicerat med det maximala antalet personer de vill kunna logga in på en gång, plus en ytterligare $ 41 för serverprogram.
"Vi tror att vi tillför mervärde", säger Deirdre Quarnstrom, chef för Minecraft utbildning.
"På toppen av att ha en ihållande identitet, kommer de också att ha tillgång till den mest aktuella versionen av spelet.
"MinecraftEdu, tillsammans med andra Minecraft mods, var en till två släpp bakom av naturen av utvecklingsprocessen.
"Vi ersätter också behovet av att skolorna har och underhåller separat serverhårdvara."
De nya inslagen välkomnades av Leigh Wolmarans, rektor för Lings Primary School i Northampton.
Hans skola använder redan MinecraftEdu för att undervisa elever om en midsommarnattsdröm genom att be dem att skapa en föreställning av Shakespeares pjäs i spelet.
Han sade dock att andra lärare borde vara medvetna om att programvaran hade sina begränsningar.
"Teknik kan leda till exceptionell inlärning, men det måste användas tillsammans med andra verktyg", sade han.
"Om allt du gör är att sitta ner dem och lämna dem för att uppleva Shakespeare genom Minecraft, skulle du göra något fel.
Dans, konst, drama och musik är fortfarande de bästa sätten att undervisa barn.
"Men teknik kan lägga till det som ett extra verktyg."
Microsoft sade att det skulle tillåta lärare att börja "beta-testa" Minecraft utbildning utgåva någon gång "på sommaren" utan kostnad, inför dess formella utbyggnad.
En "utbildningsutgåva" av Minecraft ska lanseras av Microsoft.