En Wallabies seger kommer att knocka England ur VM och skicka Wales, som slog Fiji 23-13 på torsdag, till kvartsfinalen.
Nyzeeländaren Gatland sade: " Om vi var själviska om vårt eget öde, kan Australien göra oss en stor tjänst.
"Men det är lite svårt för en Kiwi att heja Aussies, så jag tror att jag kommer att vara ganska neutral i helgen."
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Wales seger över Fiji såg dem flytta till toppen av Pool A på 13 poäng - fyra före Australien och sju framför England.
Wales, England och Australien kan alla fortfarande kvalificera sig för kvartsfinalen men bara de två bästa i Pool A kommer att gå igenom.
Med fyra poäng för en vinst, en bonuspoäng för ett lag som gör fyra eller fler försök i en match, och en poäng om du förlorar med sju poäng eller färre, permutationer är många.
Om England slår Australien, då turneringsvärdarna kommer att vara favoriter som deras sista match den 10 oktober är mot Minnows Uruguay - både Wales och Wallabies inspelade bonus-punkt segrar över den sydamerikanska sidan.
En bonuspoängsvinst för England skulle innebära att matchen mellan Australien och Wales, tidigare samma dag på Twickenham, skulle bestämma den andra kvalet från den så kallade dödspoolen.
Det finns ett scenario som skulle kunna se Wales och England avsluta på samma punkter. Om det skulle hända, Wales skulle gå igenom eftersom de vann förra lördagens pool match.
Om Australien förlorar till England och sedan slå Wales finns det också möjlighet att alla tre lag slutar på samma punkter och sedan poäng skillnad kommer in i spelet.
Welsh har förlorat sina senaste 10 möten med Australien, men kapten Sam Warburton tror att det har varit lite mellan lagen.
De senaste fem mötena mellan sidorna har sett Wallabies vinna med fem poäng eller färre.
"Vi tar en hel del förtroende från dessa nederlag eftersom det har varit ett straffbeslut, eller en kille som kommer utanför linjen i sista minuten - verkligen de finaste marginaler du förmodligen kan få i Test rugby," sade Warburton.
"Så vi vet att vi har gjort för att få en seger mot Australien, men jag har sett några av deras spel nyligen och de ser särskilt bra.
"Det kommer att bli ännu en stor strid mellan England och Australien och sedan mellan oss och Australien - det kommer att bli en spännande vecka."
Wales tränare Warren Gatland medgav att han kommer att ha svårt att stödja Australien när de spelar England på lördag.