Sredojevic, som på söndagen ledde Cranes till deras första Afrika Cup of Nations finaler sedan 1978, klagade på sociala medier om att inte få betalt.
Fufa erkänner att han är skyldig tränaren och säger att det är en prioritet att betala honom.
Föreningen tillade att det är möte med tränaren för att lösa frågorna.
Fufa förklarade också att en stor del av den senaste inkomsten hade använts för att säkerställa "lagets framgång" i deras slutliga måste-vinn Nations Cup kval mot Komorerna.
Uttalandet fortsatte: "Fufa har åtagit sig att se till att alla hans löneförfallna skulder är klara och vi är övertygade om att detta kommer att hanteras."
Tränaren har också sagt att han är beredd att ta saken till fotbollsvärldens styrande organ Fifa om det behövs.
Federation of Uganda Football Associations (Fufa) har sagt att det arbetar på att rensa ut den lön som är skyldig den nationella lagtränaren Milutin "Micho" Sredojevic.