Tommy Sheldon, från Southampton, dog två veckor efter att ha dragits från inferno av en förbipasserande i Merdon Castle Lane, Hursley, Hampshire, den 11 augusti.
Hans mor Teresa Sheldon, från Kent, har också åtalats för mordförsök på en annan person, som inte kan namnges av juridiska skäl.
Hon blev häktad när hon dök upp vid Winchester Crown Court.
Ms Sheldon, 38, från Leyton Cross Road, Dartford, står också inför ett antal dråp på grund av minskat ansvar och är på väg tillbaka till domstol vid ett datum som ännu inte har fastställts.
Tommy räddades från den brinnande bilen och flögs till sjukhus med svåra brännskador.
Han dog den 25 augusti.
Mamman till en femårig pojke har åtalats för mordet efter att han dog i en bilbrand.