År 2013/14 gick 99.293 studerande till högre läroanstalter, men det sjönk till 82.818 år 2015/16.
Siffrorna har publicerats av avdelningen för ekonomi (DfE).
Antalet inskrivna vid FE-högskolor minskade med 15 % under samma period, eftersom vissa studenter kan bli inskrivna på mer än en kurs.
Enligt avdelningen var det 180,825 inskrivna vid FE-högskolor 2013/14, men 2015/16 hade siffran sjunkit till 153.817.
En av de sex FE-högskolorna, Belfast Metropolitan College (BMC), hade en särskilt kraftig nedgång i sin registrering på bara ett år.
Enbart antalet anmälningar vid BMC minskade från 36,685 under 2014/15 till 28,514 under 2015/16 – en minskning med 22,3 %.
När de kontaktades för att förklara varför så var fallet, avböjde de att lämna synpunkter.
Nus-USI-president Fergal McFerran uttryckte oro över den "överfallande nedgången" och uppmanade den verkställande direktören att göra en "betydande ökning av anslaget för högre utbildning och studiestöd i den nya budgeten".
Kollegiet med den lägsta nedgången var South Eastern Regional College där inskrivningen minskade med 8,3% - från 35,832 under 2013/14 till 32,858 under 2015/16.
FE-högskolor erbjuder en rad kurser för en rad elever, bland annat:
Källor som arbetar inom FE-sektorn berättade för BBC att minskningen av antalet anmälningar kan bero på en rad faktorer, bland annat budgetbegränsningar som leder till nedskärningar av kurser och personal.
Under 2015/16 erbjöds över 400 anställda inom FE-sektorn frivillig uppsägning.
Några sade också att fritids-, fritids- och hobbykurser - eller icke-reglerade kurser - hade minskat under de senaste åren, vilket ledde till en minskning av antalet inskrivna från livslånga inlärare.
DfE-siffrorna visar att antalet anmälningar till icke-reglerade kurser har minskat under de tre åren.
Under 2013/14 var det omkring 39 000 inskrivna på fritidskurser jämfört med omkring 24500 under 2015/16.
Detta var ett resultat av DfE:s strategi "Ytterligare utbildningsmedel företag", som syftade till att minska antalet fritidskurser för att uppmuntra mer "ekonomiskt fokuserad tillhandahållande".
Chefen för Colleges NI, Gerry Campbell, sade att ytterligare utbildning var avgörande för Nordirlands ekonomis framtid.
"Även om det har skett en nedgång i förhållande till boende och fritids typ kurser, på många sätt under de senaste två eller tre åren har det varit en ökande fokus från högskolor och FE sektorn som helhet för att engagera sig mer i tillhandahållandet av ekonomiskt relevanta kurser," sade han.
I ett uttalande bekräftade ekonomidepartementet att FE-kollegiernas budget hade minskats med 10 miljoner pund under 2015/16.
De sade dock att inskrivningsstatistiken var "mycket positiv" och visade att en allt större andel studenter lämnade vidareutbildning med en examen som motsvarade ekonomins behov.
Antalet studenter som går på vidareutbildningsskolor i Nordirland har minskat med 16 procent under de senaste tre åren.