Klubben, som ägs av sina fans via Exeter City Supporters Trust, deklarerade en total vinst på £ 1.642m för 2014-15, främst på grund av försäljningen av midfielder Matt Grimes till Swansea City.
Affären i januari 2015 för £ 1,75m, var en skivförsäljning för klubben.
Vinsterna kom samma år som klubben tvingades att få ett nödlån för att betala spelarnas löner.
I juni 2014 kassaflöde problem innebar Professional Footballers' Association steg in för att betala spelarna och tvingade Exeter i ett överföringsembargo som bara hävdes i augusti det året.
Klubbens räkenskaper visar också att Exeter hade ett överskott på aktieägarnas medel på 761000 pund, jämfört med ett underskott på 880.000 pund föregående år och minskade deras kostnadsbas med nästan 5%.
Exeter hoppas på att omutveckla St James Park efter att ha fått planeringstillstånd förra månaden.
"Styrelsen har kommit överens i breda termer om hur intäkterna från överföringen ska användas för att förbättra klubbens infrastrukturstyrka i linje med dess vision och underliggande modell och dessa planer håller nu på att utvecklas i detalj för ytterligare presentation," sade en klubb uttalande.
League Two Exeter City gjorde en vinst på över 1,6 miljoner pund förra året, enligt klubbens senaste konton.