Vägen mellan Edinburgh och Tweedbank hade drabbats av förseningar och inställda flygningar.
ScotRail bad om ursäkt för problemen och sade att bussar hade organiserats för att komplettera de tåg som kunde köras.
Mer mindre störningar på rutten mellan Gränserna och Edinburgh rensades omkring kl. 16.00.
Tjänsterna vid gränserna Järnvägen "löper som vanligt" efter allvarliga störningar på grund av signalproblem.