Den 18-årige mannen ligger fortfarande på sjukhus efter incidenten på Leicester's West Gate School den 27 januari.
Skolan avstängde därefter tre kvinnliga anställda.
Polisen bekräftade att kvinnorna greps i samband med anklagelser om försummelser och sedan stack i väntan på ytterligare undersökningar.
Guvernörsordföranden, pastor Canon Peter Taylor, sade: " Ett antal undersökningar görs om omständigheterna kring denna tragiska händelse.
"Tre anställda har blivit avstängda medan dessa äger rum."
En talesman för Leicestershirepolisen sa att eleven "upprätthöll skador till följd av svårigheter i en swimmingpool i Glenfield Road."
Hon tillade att kvinnorna " 49, 61 och 62 år har gripits i samband med incidenten med försummelser".
Leicester stadsfullmäktige och hälso- och säkerhetsstyrelsen (HSE) undersöker också.
Skolan - som tillgodoser elever i åldern fyra till 19 år med inlärningssvårigheter och funktionshinder - öppnades officiellt av prins Edward förra året.
Tre elever i specialskolan arresterades efter det att en tonårselev hade skadats allvarligt i en simbassäng.