Skandalen, känd som "uraniumporten", är ett resultat av en transaktion 2011 mellan den franska kärnkraftsjätten Areva och företag både i Niger och utomlands.
Det finns också en fransk undersökning av några av Arevas affärer, med aspekter som rör detta avtal.
Areva har inte kommenterat rättsfallet i Niger, men säger att det samarbetar i den franska undersökningen.
Niger är en av de största uranproducenterna i världen och metallen är landets största export.
Många människor dök upp på fredag morgon utanför domstolen i huvudstaden, Niamey, som företrädare för det civila samhällets rörelser kom för att registrera domstol talan, BBC: s Himadou Hamadou sade.
Deras klagomål påtalar förskingring av offentliga medel, penningtvätt, förfalskning och konspiration till bedrägeri.
De rättsliga åtgärderna är inriktade på påståendet att Areva 2011 köpte ett lager uran från Niger till ett rabatterat pris.
Niger har två betydande urangruvor som står för 7,5 % av världens gruvproduktion från Afrikas uranmalm av högsta kvalitet, enligt World Nuclear Association, den internationella organisation som representerar den globala kärnkraftsindustrin.
Nigers första kommersiella urangruva började sin verksamhet 1971, med ett starkt statligt stöd för att utvidga uranbrytningen.
Aktivister i Niger har inlett rättsliga åtgärder i en uranaffär där landet sägs ha förlorat 3,25 miljoner dollar.