Marco Goncalves, 34, överföll domaren efter att ha skickats iväg i förra månadens match mot Rio Tinto, och eskorterades av polisen.
Bilderna av attacken blev virala, och domaren fick en bruten näsa.
Goncalves spelar för Canelas, en klubb som består av FC Porto ultras som har märkts "thugs" för sin aggressiva stil av spel.
Tre medlemmar av deras trupp, inklusive kaptenen, kommer från ultrasuper Dragons, en välkänd fangrupp i Porto.
Andra klubbar i fjärde-tier amatörligan skulle hellre betala 750-euro böter och förlora matchen än spela Canelas.
Som ett resultat, de är överst i ligan efter en sträng av standardvinster, men inga officiella klagomål har ännu lämnats in mot klubben.
En talesman för den regionala ligan i Porto berättade att AFP Gonclaves har förbjudits i fyra år för attacken mot domaren, tre månader för att ha överfallit en oppositionsspelare och två månader för "insekter".
En amatörfotbollsspelare i Portugal har varit förbjuden i mer än fyra år efter att ha knäckt en domare i ansiktet.