Han gjorde mer än 40 långfilmer i en karriär som sträcker sig över 60 år.
Många av hans filmer - inklusive Kanal, Man of Marble, Man of Iron och Katyn - inspirerades av Polens turbulenta krigstid och kommunistiska historia.
År 2000 tilldelades Wajda en heders Oscar för sitt bidrag till världsfilmen.
Wajda hade nyligen förts till sjukhus.
Obekräftade rapporter säger att han dog av lungsvikt.
Wajdas sista film Powidoki (Afterimage) berättar livshistorien om avantgardemålaren Wladyslaw Strzeminski, som led under efterkrigstidens stalinistiska regering i Polen.
Direktören sa att han ville "varna mot statligt ingripande i konsten".
Filmen valdes nyligen till Polens officiella inträde till den bästa utländska språkfilmen på 2017 års Oscars.
Fyra av Wajdas tidigare verk hade nominerats till den kategorin. Irons man vann Palme d'Or på Cannes Film Festival 1981.
Wajda sade en gång att "den gode Herren gav regissören två ögon - den ena för att titta in i kameran, den andra för att vara uppmärksam på allt som händer runt omkring honom."
Wajda föddes 1926 i den nordöstra polska staden Suwalki.
Hans far var bland offren för Katyn-massakern av polska officerare av Sovjetunionen 1940.
Wajda försökte följa i sin fars fotspår, men förkastades av en militärakademi, och anslöt sig till det polska motståndet under andra världskriget.
Under andra världskriget anslöt sig Wajda till det polska motståndet. Han studerade senare för att bli målare, innan han började på Lodz Film School.
År 1955 gjorde han sin filmdebut med Generation, som utspelades under den tyska ockupationen av Warszawa i andra världskriget.  Det följdes av Kanal, och Ashes och Diamonds, som bildar en trilogi om livet i krigstid Polen.
En del av hans filmer blev missnöjda med de polska kommunisthärskarna på grund av deras diketerande porträtt av kriget Warszawaupproret och undertryckandet av Solidaritetsrörelsen på 1980-talet.
Det var först efter kommunismens fall 1989 som han kunde göra sin film om Katyn.
"Jag trodde aldrig att jag skulle leva för att se det ögonblick då Polen skulle bli ett fritt land," Wajda sade i en intervju 2007 med Associated Press.
"Jag trodde att jag skulle dö i det systemet. Det var så förvånande och så enastående att jag levde för att se frihet."
Efter Polens första fria val 1990 tjänstgjorde han i två år som senator i det övre parlamentet.
Oscarsvinnande polsk filmregissör Andrzej Wajda har dött i åldern 90 år, den polska filmskaparföreningen har bekräftat.