Mohammad Thneibat sade att länder som Jordanien stod inför ett "allvarligt problem" när det gällde att hantera så många unga flyktingar.
Han efterlyste mer internationellt ekonomiskt stöd för att hjälpa till att bygga skolor och utbilda lärare.
"Alternaterna är mycket dåliga", sade Thneibat.
"Det internationella samfundet kommer att betala ett högt pris om vi inte står tillsammans för att möta detta allvarliga problem," sade han Global Education and Skills Forum.
Thneibat sade att Jordanien redan hade palestinska och irakiska flyktingar och att det nu fanns 1,3 miljoner syrier som hade flytt över landets gränser.
"Vi försöker göra allt för att utbilda dessa ungdomar för fred, introducera idéer om tolerans och samexistens," Mr Thneibat, som också är Jordans utbildningsminister, berättade den internationella konferensen i Dubai.
Men han varnade för att Syriens grannar inte hade kapacitet att hantera en sådan tillströmning av familjer utan mer internationellt bistånd.
Han sade att Jordanien utbildar tusentals fler lärare och bygger nya skolor, som skulle arbeta i dubbla skift för att försöka rymma 145.000 flyktingbarn i sitt statliga skolsystem.
Men det var ännu fler barn som kom än vad som kunde läras ut, varnade han.
Det internationella samfundet hade gett ekonomiskt stöd - och mer hade utlovats, sade Thneibat - men nästan två tredjedelar av kostnaden för varje extra flyktingelev togs från Jordaniens egen utbildningsbudget, sade han.
Detta var förutom extra kostnader för hälsa, bostäder och infrastruktur.
Utan tillgång till utbildning sade han att sådana ungdomar skulle kunna bli en del av en annan konfliktcykel.
"Om vi lämnar dessa elever, tror vi att de kan bli extremister."
Tom Fletcher, brittisk ambassadör i Libanon fram till förra året, sade att antalet flyktingar nu var "övertalade".
Fletcher arbetar nu för en koalition som försöker få företagsstöd för att ta itu med flyktingkrisen.
Han sade att konventionella humanitära krisstrategier inte fungerade i denna omfattning och att andra grupper, däribland näringslivet, borde bidra.
George Papendreou, tidigare premiärminister i Grekland, berättade för konferensen att han hade varit flykting när hans familj var i politisk exil.
Han sade att europeiska länder bör försöka se flyktingar som potentiella fördelar för sina samhällen i stället för att reagera med rädsla och okunnighet.
Ett misslyckande med att tillhandahålla utbildning för flyktingar som flyr från konflikten i Syrien riskerar att skapa en framtida generation extremister, har Jordaniens biträdande premiärminister varnat.