Ägaren tvingades öppna krokodilfarmens portar på söndagen för att förhindra en stormvåg, säger den lokala tidningen Beeld.
Många av krokodilerna har återtagits, men mer än hälften är fortfarande på fri fot, sägs det.
Översvämningarna har dödat minst tio personer i Limpopoprovinsen.
Krokodilerna flydde från Rakwena Crocodile Farm, en turistort omkring 15 kilometer från den lilla staden Pontdrif, som gränsar till Botswana.
Zane Langman, svärson till gårdens ägare, berättade för tidningen att många av krokodilerna hade rymt in i tät buske och Limpopopofloden, den näst största i Sydafrika.
"Det fanns bara ett fåtal krokodiler i Limpopofloden. Nu är det mycket. Vi går för att fånga dem så snart jordbrukarna ringer oss för att informera oss om krokodiler, säger Langman.
"Jag hörde att det fanns krokodiler i Musina [ca 120 km bort] på skolans rugbyfält."
Mr Langman sa att han gick för att rädda vänner i ett översvämmat hus i området med båt på söndag.
"När vi kom fram till dem, simmade krokodilerna runt dem. Prisa Herren, de var alla levande, "han citeras som säger.
Det sydafrikanska flygvapnet används för att rädda människor som drabbats av översvämningarna i avlägsna bosättningar, av vilka en del är avskurna från omvärlden.
Översvämningarna har också drabbat grannlandet Moçambique, där tiotusentals människor har evakuerats från sina hem.
Omkring 15 000 krokodiler har enligt uppgift rymt från en gård i Sydafrikas norra del under kraftiga regn och översvämningar.