Bostadsägare drabbats av översvämningarna i december kan ansöka om upp till 5 000 pund från regeringens framtida översvämningsförebyggande finansieringsprogram.
Siffror som BBC har sett visar att endast 13 personer har ansökt om pengarna.
Rachael Maskell, Labour MP för York Central, sade att hon hade fått klagomål om att få tillgång till fonden.
– Formulärfyllningen är otroligt komplicerad och det är där folk har kämpat, sa hon.
"Det skjuter mycket på folk."
Hundratals hem och företag översvämmades av floden Foss och Ouse.
Systemet förvaltas av stadsfullmäktige i York och kräver en undersökning av den översvämmade egendomen innan finansiering kan sökas.
Rådet sade att 360 privata bostäder var berättigade till bidraget.
Myndigheten tillade: "Vi välkomnar verkligen ansökningar om bidrag, men vi vet att detta kan ta tid medan människor väntar på offerter och rapporter om förlustjusterare.
"Vi utser en handläggare för att hjälpa boende och företag genom ansökningsprocessen."
Yorkborna skjuts upp att ansöka om översvämningsskyddsbidrag eftersom processen är "otroligt komplicerad", har en lokal riksdagsledamot hävdat.