Från och med april 2016 måste de i England och Wales betala en avgift på 3 % för varje stämpelskatteband.
George Osborne sa att den nya avgiften skulle öka med 1 miljard pund till finansdepartementet 2021.
Hyresvärden reagerade ilsket på förändringen och sade att det skulle "knacka av" investeringar i hyresfastigheter.
Andra förändringar som tillkännagavs av kanslern inkluderade en utökad Hjälp att köpa system i London, och mer pengar till Starter Homes-programmet.
Stämpelavgiftstillägget kommer att lyfta varje band med 3%. Det innebär att för fastigheter som är värda mellan 125.000 och 250.000 pund, där stämpelskatten är 2%, kommer köp-to-let hyresvärdar att betala 5%.
För det genomsnittliga köpe-to-let-köpet på 184 000 pund innebär det att de kommer att betala ytterligare 5,520 pund från och med april 2016.
Kommersiella fastighetsinvesterare med mer än 15 fastigheter förväntas undantas från de nya avgifterna.
Köp-till-let hyresvärdar kommer också att drabbas av en förändring av reglerna för kapitalvinstskatt (CGT).
Från och med april 2019 måste de betala alla CGT som förfaller inom 30 dagar efter försäljningen av en fastighet, snarare än att vänta till slutet av beskattningsåret, som för närvarande.
Hyresvärden är redan på väg att få en lägre skattesats på amorteringar.
I sin sommarbudget sade kanslern att hyresvärdar bara skulle få den grundläggande skattesatsen - 20 procent - för hypotekslån, en förändring som fasas in från 2017.
Som svar på de senaste förändringarna sade Richard Lambert, chef för National Landlords Association: " Kanslerns politiska avsikt är kristallklar; han vill kväva framtida investeringar i privata fastigheter för att hyra.
"Om det är kanslerns avsikt att helt utrota inköp i Storbritannien så är det ett mysterium för oss varför han inte bara kommer ut och säger det."
Upp till 60 miljoner pund av de pengar som hämtas från frimärkstillägget kommer att gå för att hjälpa husköpare i England på platser där semesterhus har tvingat upp lokala priser.
Stödordningen för att köpa (aktielån) i England kommer också att förlängas till 2021, ett år längre än planerat.
En förlängning av systemet i London kommer att se köpare som kan hitta en 5 % insättning ges ett lån värt upp till 40 % av fastigheten.
Lånet kommer att vara räntefritt i fem år.
På andra ställen är det befintliga maximala lånet 20 % av fastighetens värde.
Totalt kommer regeringen att lägga ytterligare 6,9 miljarder pund i bostäder.
Detta inkluderar en extra £ 2,3 miljarder i lån till regeringens program för starthem och £ 4 miljarder lånas ut till bostadsföreningar och lokala myndigheter för att bygga fler bostäder för delat ägande.
Ytterligare £ 200m kommer att användas för att bygga bostäder för uthyrning, vilket kommer att göra det möjligt för hyresgäster att spara för en deposition.
Det kommer också att finnas ett pilotprojekt för att pröva regeringens inköpsrättsprogram för bostadsföreningars hyresgäster.
Fem bostadsföreningar kommer att delta, för att hjälpa till att utforma det slutliga systemet.
I utgiftsöversynen, som presenteras av förbundskansler George Osborne, fastställs vilka statliga utgifter som kommer att vara under de kommande fyra åren, medan höstförklaringen är en årlig uppdatering av regeringens planer för ekonomin.
Särskild rapport: Fullständig djuptäckning av utgiftsöversynen och höstförklaringen
Dokument: Länk till fullständiga höstredovisningar och utgiftsgranskningsdokument via HM Treasury
Vad det betyder för dig: Hur höstförklaringen och Spending Review kommer att påverka din ekonomi
Titta: BBC: s TV-täckning börjar på BBC Two och BBC News Channel på 11:30 GMT, med BBC Radio 5 Live-täckning från 11:55 GMT
Köp-till-let hyresvärdar och människor som köper andra hem kommer snart att behöva betala mer i stämpel tjänst, har kanslern meddelat.