Spelare talade inte med media före och efter fredagens 2-0 vänliga seger över Rumänien i Falkirk.
Deras hållning kommer när Anna Signeuls trupp förbereder sig för nästa månads Euro 2017 finaler i Nederländerna.
Den skotska FA sade i ett uttalande att det var "uppsagda de har valt att inte ta sitt mediaansvar".
Men den styrande kretsen hoppas kunna lösa frågan före tisdagens vänskap mot Sverige i Vaxjo.
"Vi kan bekräfta att vi är i diskussioner med Skottland Kvinnors nationella lagspelare om villkor och villkor inför kvinnors euro i Nederländerna nästa månad," sade det.
"Vi kommer att sträva efter att lösa denna fråga så snart som möjligt genom diskussioner med deras rådgivare."
Skottlands hemmabaserade spelare finansieras för att gå på heltid när de förbereder sig för finalen, där Skottland möter England, Portugal och Spanien.
Ett paket som överenskommits mellan Scottish Football Partnership, Sport Skottland och energiföretaget SSE kommer att tillhandahålla finansiering tills turneringen är över.
Omkring hälften av gruppen förväntas dra nytta av systemet.
Huvudtränaren Signeul tog avstånd från dispyten och säger att hon tycker att tränare inte ska vara inblandade eftersom det är mellan spelarna och SFA.
"Jag är inte alls inblandad i den processen", sade Signeul, som föreslog att det var samma sak för mäns huvudtränare Gordon Strachan.
"De gör detta på männens sida också, de förhandlar kontrakt.
"Det är mellan SFA och spelarna och jag tror inte Gordon har något att göra med detta heller, det är inget att göra med oss tränare."
Signeul kommer att namnge sin trupp för Euro 2017 den 20 juni.
Skottlands kvinnor vägrar att bedriva någon media- eller kommersiell verksamhet på grund av en tvist med skotska FA.