Levada Centre undersöker den politiska opinionen bland det ryska folket.
Dess direktör, Lev Gudkov, sade flytten, som kommer två veckor före parlamentsvalet, innebar "politisk censur".
Lagar kräver att alla icke-statliga organisationer som får medel från utlandet registrerar sig som utländska agenter och därmed ställs inför restriktioner.
Levadacentrumet kan nu inte utföra något arbete i samband med valkampanjen.
Mr Gudkov sade till Agence France-Presse nyhetsbyrå: " Konsekvenserna av ett sådant beslut för oss är förödande - med en sådan etikett kommer vi inte att kunna arbeta.
– Detta innebär praktiskt taget att det införs politisk censur och att oberoende opinionsundersökningar är omöjliga att genomföra. Det är den här repressiva regimens typiska beteende."
De andra huvudsökarna är statskontrollerade.
Justitieministeriet sade Levada hade "införts i ett register över icke-kommersiella organisationer som fyller en utländsk agents funktioner" efter en oanmäld dokumentkontroll.
Lagstiftning som antogs 2012 har utsett ett antal rättighetsgrupper, bland annat Memorial, och den oberoende valövervakningsgruppen Golos.
Moskva Times sade att det senaste draget följde på ett klagomål från den pro-Kremlin anti-Maidanska rörelsen om påstådd amerikansk finansiering av Levada.
I maj 2013 hade Levada sagt att det var riktat för branding som en utländsk agent och hade dragit in utländsk finansiering.
De ryska myndigheterna säger att lagen behövs för att skydda Ryssland från yttre försök att påverka den interna politiken.
Men kritiker säger att det skulle kunna användas för att förhindra att icke-statliga organisationer fördömer omröstningar och andra övergrepp.
Rysslands ledande oberoende valbyrå har märkts som "utländsk agent" av justitieministeriet och säger att det inte kan fungera nu.