Marineland, i Niagara Falls, var också anklagad för att misslyckas med att ge tillräcklig mat och vatten för 35 björnar, Ontario Society for the Prevention of Cruelty to Animals (OSPCA) sade.
Tre slutliga avgifter avser underlåtenhet att följa de föreskrivna normerna för vård av påfågel och pärlhöns.
Marineland förnekar anklagelserna.
Företaget berättade BBC anklagelserna gjordes av "en tidigare djurvårdsarbetare som fick sparken för dålig prestanda och olämpligt beteende".
Det sade påfågeln - "en bland tusentals fåglar" - hade ett problem med ögat men var annars frisk. Det skyllde också på OSPCA:s personal för att ha upprört pärlhönsen och sade att oron över björnarnas mat berodde på att några små etiketter lämnades kvar på fruktbitar.
Parkens talesman tillade att man aldrig hade uttryckt oro över björnarnas tillgång till vatten.
OSPCA, som inte har avlägsnat några djur men fortsätter att övervaka situationen, säger dock att ytterligare avgifter sannolikt kommer att följa.
Talesman Alison Cross sade: "Om de döms, kan de ställas inför en CA $ 600.000 ($ 44,300 / £ 35,500) böter, ett livstidsförbud i att äga djur och upp till två år i fängelse."
En kanadensisk viltpark har anklagats för fem fall av djurplågeri - däribland att tillåta en påfågel att vara i nöd.