Den unga pajkakan hittades på torsdag i Braceby, nära Grantham, med ett bakben fyllt av maskar.
Inspektör Ian Callingham sa att ponnyn uppenbarligen hade dumpats och lämnats att dö, och hade lidit fruktansvärt. Djuret avlivades.
RSPCA vill höra av alla som såg nåt.
Callingham, som har varit med RSPCA i 25 år, sade: "Platsen var extremt avlägsen; det finns inga hem, gårdar eller ridcenter i närheten, så det är tydligt att denna ponny avsiktligt lämnades utan avsikt att återvända.
"Hennes vänstra bakben var kraftigt svullet till dubbelt så stort, och tre stora djupa hål som blödde och täcktes av maskar var tydligt synliga.
"Det var hemskt att se denna unga ponny tydligt i en enorm mängd smärta."
Han tillade: " Såren hade sprejats med en lila antiseptisk spray, vilket tyder på att ägaren var medveten om skadan, men uppenbarligen inte sökte lämpliga veterinärråd.
"Hon hade ett bra kroppstillstånd och putsade hovar, så det är troligt att ägaren var överväldigad av skadan och ovillig att söka ytterligare behandling, av någon anledning."
På veterinärens råd sattes ponnyn ner för att få slut på hennes svåra smärta och lidande.
Välgörenhet sade ett lågt marknadspris har lett till oansvariga ägare överge hästar.
En långvarig RSPCA inspektör säger att en övergiven ponny som hittades på en avlägsen lantlig bana hade drabbats av en del av den värsta försummelse han någonsin sett.