Landsbygdsminister Richard Lochhead tillkännagav flytten tidigare denna månad.
Nästan 30 organisationer har undertecknat ett öppet brev där de vill ha ett brådskande möte med honom för att diskutera deras problem.
Joachim Lochhead sade att förändringarna inte skulle påverka forskningen.
Enligt EU:s regler måste genetiskt modifierade grödor godkännas formellt innan de kan odlas.
Ett ändringsförslag trädde i kraft tidigare i år och gjorde det möjligt för medlemsstater och decentraliserade förvaltningar att begränsa eller förbjuda odling av genetiskt modifierade organismer inom deras territorium.
Joachim Lochhead meddelade att han skulle använda ändringsförslaget för att begära att Skottland undantas från EU:s medgivanden för odling av genetiskt modifierade grödor.
Brevet - vars undertecknare inkluderar National Farmers' Union, Royal Society of Edinburgh, Roslin Institute och European Academies Science Advisory Council - sade att de var "extremt oroade" över den "negativa inverkan" ett förbud skulle kunna ha.
Den hävdade att beslutet var "politiskt och inte grundat på någon välgrundad vetenskaplig riskbedömning".
Forskare och akademiker sade förbjuda odling av genetiskt modifierade grödor "risker som begränsar Skottlands bidrag till forskning och lämnar Skottland utan tillgång till jordbruksinnovationer som gör jordbruket mer hållbart någon annanstans i världen."
I skrivelsen nämns exempel där "en GM-metod har ett bidrag att ge".
I rapporten betonades den pågående forskningen om sådant som "kan gynna Skottlands jordbrukare, konsumenter och miljö", inklusive potatis som kan minska användningen av fungicider och omega-3-berikade oljeväxter som kan erbjuda en mer hållbar foderkälla för laxodling.
Som svar på skrivelsen sade Lochhead att han respekterade synpunkterna från forskarna och att han gärna skulle möta dem.
Han sade att han skulle "säkra dem att dessa förändringar inte kommer att påverka forskningen som den för närvarande utförs i Skottland, där innesluten användning av genetiskt modifierade växter är tillåten för vetenskapliga ändamål, t.ex. i laboratorier eller slutna växthusanläggningar".
Han tillade: " Men bara för att genetiskt modifierade grödor kan odlas i Skottland betyder det inte att de bör vara det.
"Skottlandets livsmedelssektor på 14 miljarder pund har rykte om sig att ha en ren och grön image över hela världen och att tillåta odling av genmodifierade grödor skulle kunna skada den unika försäljningspunkten."
Förra veckan varnade en före detta vetenskaplig chefsrådgivare till den skotska regeringen för att förbjuda genetiskt modifierade grödor kan få "apokalyptiska" konsekvenser och hota landets livsmedels- och dryckesindustri.
Prof Muffy Calder, som avstod från rollen i december och ännu inte har ersatts, sade att hon var "nedslagen och arg" och uppmanade ministrarna att publicera den vetenskapliga grunden för sitt beslut.
Professor Neva Haites, vice ordförande för biovetenskap vid The Royal Society of Edinburgh, sade till BBC Scotland: " De flesta regeringar försöker få bästa möjliga råd innan de fattar dessa beslut.
– Tidigare har vi haft vetenskapliga rådgivare som Dame Anne Glover och Prof Calder, som var där för att ge råd om sådana ämnen.
– Vi har inte längre en sådan rådgivare i regeringen just nu och det vetenskapliga organ som vanligtvis ger råd har inte träffats på ett tag.
"Så vi föreslår att det är dags att de faktiskt tittade igen och sökte några mycket högt uppsatta råd i detta ämne."
Ett förbud mot odling av genetiskt modifierade grödor i Skottland skulle kunna hota landets bidrag till vetenskaplig forskning, enligt vetenskapsmän, universitet och jordbruksledare.