Han anklagas tillsammans med sin son, Bello Abba Mohammed, för att avleda $1,5m (Â£1m) som var avsedd att köpa vapen för soldater som bekämpar islamistiska Boko Haram militanter.
De två männen har erkänt sig icke skyldiga.
President Muhammedu Buhari, som tillträdde i maj, inledde en undersökning av vapenanskaffningen för militären som fann att fantomkontrakt värda 2 miljarder dollar hade tilldelats.
Förra månaden greps före detta nationell säkerhetsrådgivare Sambu Dasuki och åtalades för 19 fall av bedrägeri, penningtvätt och brott mot förtroendet i samband med fallet.
Dasuki, som övervakade kampen mot Boko Haram medan Goodluck Jonathan var president, förnekade anklagelserna.
Bello Haliru Mohammed tjänstgjorde som Jonathans försvarsminister 2011–2012 och innehar fortfarande en högre befattning i oppositionens folkdemokratiska parti (PDP).
Han dök upp vid Abuja High Court på tisdag i rullstol och överfördes till ett sjukhus när fallet ajournerades, ekonomiska och finansiella brott kommissionen (EFCC) sade.
Hans son sattes i fängelse tills en borgensförhandling ägde rum på torsdag.
Boko Haram har dödat tusentals i nordöstra Nigeria i sin sexåriga kampanj för att skapa en islamisk stat.
Soldater hade klagat över att de trots militärens enorma budget var dåligt rustade att slåss.
Soldaterna har rapporterat att de är bättre rustade sedan president Buhari tillträdde, men den tidigare presidentens anhängare säger att detta beror på att dessa vapen beställdes medan Jonathan var vid makten, säger BBC: s Abuja redaktör BBC: s Bashir Sa'ad Abdullahi.
Tidigare nigeriansk försvarsminister Bello Haliru Mohammed har åtalats för penningtvätt.