Två separata förfaranden, en av en partiöverskridande grupp av MLA och en annan från offrens kampanjledare Raymond McCord, hördes tidigare denna månad.
En domare fastslog att det inte fanns någonting i fredsavtalet från 1998 på långfredagen för att förhindra att regeringen utlöser artikel 50, den formella rättsliga processen för att lämna EU.
Den brittiska regeringen välkomnade utslaget.
McCord sade att han "utan tvekan" skulle föra sitt fall till högsta domstolen.
"Domaren har lämnat dörren öppen", sa han.
"Vi har rätt i vad vi gör för folket i det här landet."
Utmaningen från politikerna från Sinn FÃ©in, Socialdemokraterna och Labourpartiet (SDLP), Allianspartiet och Gröna partiet föreslog att den brittiska regeringen inte skulle kunna utlösa artikel 50 utan en parlamentarisk omröstning.
De sade att Brexit-beslutet borde granskas och röstas om av parlamentet eller, om så inte är fallet, av Nordirlands församling.
Tidigare denna månad hörde High Court i London att behovet av att parlamentet ger sitt godkännande innan Brexitprocessen inleds är av enorm "konstitutionell betydelse".
McCord, vars son mördades av lojala paramilitärer och som nu kampanjer för offer för våld under Nordirlands svårigheter, kom med fredagens andra rättsliga bud.
Hans utmaning kom mitt i oron över att Brexit-omröstningen skulle kunna innebära ett slut på EU:s finansiering av fredsprojekt som hjälper offren i svårigheter.
Hans advokat hävdade att långfredagsavtalet innebar att Westminster hade gett sitt folk suveränitet över Nordirland och att det skulle ha en "katastrofal effekt" för fredsprocessen om han lämnade EU.
Stora konstitutionella förändringar som att lämna EU kunde därför inte påtvingas av en regering i Westminster, sade McCords advokat.
Men domaren slog fast att prerogativ makt fortfarande kan användas, och hävdade att utlösandet av artikel 50 bara är början på en lagstiftningsprocess där parlamentets handlingar kommer att vara nödvändiga.
"Även om vinden av förändring kan vara på väg att blåsa, exakt i vilken riktning det kommer att blåsa inte kan fastställas", sade han.
Han drog slutsatsen att det inte var lämpligt med en domstolsprövning att diskutera användningen av prerogativ makt för att genomföra EU:s folkomröstningsresultat.
Det hade också hävdats att långfredagsavtalet gav suveräniteten åt Nordirlands folk och att Westminsterregeringen därför inte kunde få regionen att lämna EU.
Men domaren avvisade även detta argument och sade att han inte kunde se något i avtalet eller den relevanta lagstiftningen som bekräftade denna uppfattning.
Alla de frågor som sökandena tog upp avvisades av domstolen.
Pound föll i kölvattnet av domen, med analytiker spekulerar att det hade vägt på valutan.
Sinn FÃ©ins John O'Down sade Återstående stödjande politiker skulle "fortsätta att utforska alla rättsliga och politiska alternativ som står öppna för oss" för att se till att medborgarnas rättigheter "skyddas och upprätthålls".
SDLP-ledaren Colum Eastwood erkände att kostnaden för att föra ärendet till Högsta domstolen kunde vara en fråga.
Men han tillade: "Vi tror mycket, mycket starkt att Brexit skulle ha en enormt skadlig effekt på människor här," sade han.
"Det skulle vara en enorm konstitutionell chock för människor och för den politiska processen här."
Att stanna kvar inom EU skulle ge offren för Problem en bättre chans att få rättvisa, sade McCord.
"Den brittiska regeringen har inget intresse av offer", tillade han.
McCords advokat Ciaran O'Hare sade att domen var "ingen överraskning" och de välkomnade domen.
"Det är ett mycket viktigt konstitutionellt fall och det kommer att behöva behandlas i Högsta domstolen", sade han.
En talesman för regeringen välkomnade utslaget och sade: "Som vi alltid har klargjort, står vi fast vid våra åtaganden enligt Belfastavtalet och resultatet av EU:s folkomröstning ändrar inte detta."
Westminster har noga bevakat fallet, särskilt som liknande utfrågningar kommer att äga rum inom en snar framtid.
En viktig rättslig utmaning mot Brexit har avvisats vid High Court i Belfast.