Omkring 65.000 Rohingya flydde till Bangladesh, när militären sökte efter dem som låg bakom attackerna mot polisposterna vid gränsen.
Många av dem som flydde beskrev våldtäkter, mord och andra övergrepp från arméns sida.
Men militären sade sin egen undersökning fann påståendena var "falska och fabricerade".
"Av 18 anklagelser som ingår i [FN:s organ för mänskliga rättigheter] OHCHR rapporten, 12 befanns vara felaktiga, med [de] återstående sex anklagelser som befunnits vara falska och påhittade anklagelser baserade på lögner och påhittade uttalanden," Myanmars statliga media citerade en rapport från militären som säger.
Militären sade att den intervjuade 3.000 bybor och 184 militärofficerare och trupper.
Soldater var disciplinerade över två fall, för att stjäla en motorcykel och slå bybor med käppar för att inte släcka en brand, sade militären.
Tillslaget började efter det att upprorsmän dödat nio poliser i attacker mot gränsstationer mellan Myanmar, tidigare känt som Burma, och Bangladesh i Rakhine-staten. Sedan framkom det att militären siktade urskillningslöst på Rohingya.
FN:s rapport i februari - sammanställd efter intervjuer med dem som flydde från våldet - anklagade militären för övergrepp, däribland våld mot gäng, brutal misshandel och mord.
Den beskrev händelser där barn dödades när deras mödrar våldtogs av grupper av soldater, familjer - däribland gravida kvinnor och äldre - misshandlades och hus tände eld när människor gömde sig inne.
"Attackerna mot Rohingya befolkningen i området... verkar ha varit utbredd såväl som systematisk, vilket tyder på mycket sannolikt brott mot mänskligheten," OHCHR rapporten sade.
Ingen annan än de mest dödsdömda anhängare av den burmesiska militären kommer att ta detta betänkande på allvar.
Bevisen för vad FN:s tjänstemän kallar "brott mot mänskligheten" är överväldigande. Vittnesbörd från hundratals Rohingya, satellitbilder av brända byar och video av förkolnade kroppar för att bara nämna några få.
Och sedan är det den lilla frågan om att förklara varför mer än 65 000 Rohingya bestämde sig för att fly sina hem och riskera sina liv över floden Naf till Bangladesh. Några av männen har skottskador, många kvinnor har sökt behandling för sexuellt våld.
En smart armé reaktion skulle ha erkänt vissa brister och lovat att ta itu med dem. Istället förnekar den burmesiska militären allt.
Hur de kom fram till den slutsatsen är oklart.  Arméns utredare säger att de talade med mer än 3.000 människor men de reste inte till Bangladesh, så de har inte hört av någon av dem som flydde och berättade grafiska skräckhistorier för FN.
Efter en period av relativt lugn när det gäller Rakhine sätter detta betänkande återigen Aung San Suu Kyi i en svår situation.
I veckor har hon sagt till världen att Myanmar inte behöver ett FN-uppdrag och att burmeserna kan undersöka sig själva.  I detta betänkande föreslås raka motsatsen.
Spänningar mellan Rohingyamuslimer och Myanmars buddhistiska majoritet har rasat i åratal.
Rohingya nekas medborgarskap i Myanmar, som betraktar dem som olagliga invandrare från Bangladesh. De utsätts för rutinmässig officiell och offentlig diskriminering.
Tiotusentals Rohingya lever i provisoriska flyktingläger efter att ha fördrivits av kommunalt våld 2012.
I mars inledde FN:s råd för mänskliga rättigheter en undersökning av påstådda brott mot de mänskliga rättigheterna mot Rohingya i Myanmar. Den kommer att avlägga rapport om ett år.
Men i april förnekade Myanmars de facto-ledare Aung San Suu Kyi att etnisk rensning pågick och sade att användningen av termen var "för stark".
Hon har utsatts för internationell kritik över sin uppfattade tystnad i Rohingyafrågan.
Myanmars militär har förkastat påståenden från Förenta nationerna om att det begick grymheter under sitt ingripande mot Rohingya Muslims förra året.