Han gjorde kommentarerna efter att han fått veta att han inte skulle få någon ny församling när han lämnade sin befintliga församling i London.
Pastorn Andrew Foreshew-Cain lämnar sin församling i West Hampstead när han flyttar till Peak District med sin man.
Han sa att han kände sig under ständig press som en homosexuell man som arbetade i kyrkan.
När han talade till BBC Radio 5 lives Stephen Nolan, sade han: " Folket i Engelska kyrkan, de dyrkande församlingarna upp och ner i landet är fantastiska människor som dyrkar och tjänar sina lokala samhällen och gör enorma mängder gott på många platser och för det mesta välkomnar och accepterar de hbtq-samhället.
"Problemet är med kyrkans ledarskap som upprätthåller och främjar politik och praxis som är diskriminerande mot hbtq-personer."
Han tillade: "Det finns ett ständigt tryck på att vara en homosexuell man som arbetar för engelska kyrkan, på en institution som är institutionellt homofobisk och har politik och attityder gentemot hbtq-samhället som är skadliga."
Fader Foreshew-Cain har varit kyrkoherde i 27 år och är kyrkoherde i St Mary med All Souls, Kilburn och St James i West Hampstead.
Han har sagt till sin församling att han planerar att ge sig av i juli, eftersom hans man nu arbetar 200 kilometer bort.
Han sade efter att han gifte sig 2014, fick han ett brev från sin biskop som sade att han inte skulle få arbeta i ett annat arbete inom kyrkan.
"Det är diskriminering och i alla andra delar av världen som skulle vara olagligt", sade han.
En talesman för Londons stift sade: "Andrew Foreshew-Cain är för närvarande medlem av prästerskapet i Londons stift.
"Vi förstår att han har planer på att flytta till Manchester av personliga skäl men stiftet har inte fått sin avskedsansökan just nu."
Den första engelska kyrkoherden som gifter sig med en samkönad partner har anklagat kyrkan för att vara "institutionellt homofobisk".