Minst 60 personer skadades när irakiska trupper drev tillbaka tusentals huvudsakligen shiamuslimer som protesterade mot korruption och säkerhetsbrister.
Soldater avfyrade riktiga kulor och gummikulor mot demonstranterna, liksom tårgas.
Enligt vissa rapporter hade fyra personer dödats och 90 skadades i sammandrabbningarna.
På lördagen drevs två kistor, draperade i flaggor, genom en del av staden, flankerade av sörjande.
Iraks president Fuad Masum uppmanade demonstranter att "avstå från lagen och tillämpa självbehärskning".
I ett uttalande som publicerades på ordförandeskapets webbplats sade Masum att våldsamma möten skulle avleda säkerhetsstyrkor från att förhindra terrorattacker.
Det var andra gången denna månad som demonstranter lyckades bryta sig in i stadens regeringsområde.
Shia Muslimsk präst Moqtada Sadr fördömde polisens användning av våld och uttryckte stöd för demonstranternas "fredliga [och] spontana uppror".
Protestanterna anklagar regeringen för att försumma välbehövliga reformer, eftersom den kämpar med sin kampanj mot den så kallade islamiska statsgruppen (IS) och minskande oljeintäkter.
Sunni jihadistgruppen kontrollerar delar av västra och norra Irak och har legat bakom en våg av attacker som nyligen har lämnat dussintals döda.
Några demonstranter lyckades bryta sig in i premiärministerns kansli och parlament.
I Bagdads gröna zon finns parlamentet, viktiga regeringsbyggnader och många utländska ambassader.
Myndigheterna sade senare att de helt hade återfått kontrollen över området och att demonstranterna hade dragit sig tillbaka.
Shia präst och hans milisgrupp, Mehdi-armén, fick en framträdande plats efter den USA-ledda invasionen av Irak 2003.
Sadrs anhängare sammanföll upprepade gånger med USA:s styrkor, vars tillbakadragande av prästämbetet konsekvent krävde.
År 2004 utfärdades en arresteringsorder för Sadr i samband med mordet på en rivaliserande präst.
Hans milis fick också skulden för tortyren och dödandet av tusentals Sunnis i sekteristiska blodbadet 2006 och 2007. Mr Sadr flydde till Iran under den perioden.
Under 2011 återvände Sadr från sin självpåtagna exil till Irak och intog en mer försonlig ton och krävde Irakisk enighet och fred.
Premiärminister Haider al-Abadi, som kom till makten 2014 har lovat att utrota korruption och lindra sekteristiska spänningar.
Han har drivit på radikala reformer och vill bilda en teknokratregering, men har blockerats av lagstiftare, BBC:s Jim Muir i Bagdadrapporter.
Parlamentet är så djupt splittrat att det inte kan hålla ett möte eftersom ingen sida kan uppnå beslutförhet, tillägger vår korrespondent.
Iraks system för att dela statliga arbetstillfällen har länge kritiserats för att främja okvalificerade kandidater och uppmuntra korruption.
Begravningar har ägt rum i Bagdad för två människor dödades när demonstranter stormade stadens befästa regeringsdistrikt, den gröna zonen på fredag.