Den före detta Manchester United kaptenen vill bygga den futuristiska fyra sovrum egendom på Greenbelt heatland mellan Bolton och Bury.
Det delvis underjordiska huset var märkt en "Teletubbies" hem på grund av sin kronformade design.
Planeringskommittén godkände utvecklingen med 12 röster mot 9 röster.
Ansökan kommer nu att hänvisas till regeringskansliet för nordvästra delen för övervägande.
Den 36-årige planerar att ha köket i blommans stigma, med sina kronblad är sovrum, badrum, ett garage, en lekplats och en pool.
Planeringsansökan avslogs när den gick till planeringskommittén i juni förra året.
Officerare från Boltons råd rekommenderade dess godkännande på grund av "den exceptionellt höga designkvaliteten" och "känsliga relationer med det omgivande landskapet".
Men utskottets ledamöter struntade i rekommendationerna i betänkandet och röstade 14-6 för att avslå ansökan.
Ansökan lämnades in på nytt med höjden på en vindturbin sänkt.
En talesman för rådet sade: " Kommittén har godkänt planerna och ansökan kommer nu att hänvisas till Regeringskansliet för nordvästra befälsområdet (GONW) för övervägande.
"Om GONW anser att det rättfärdigar statssekreteraren för gemenskaper och lokala myndigheter har befogenhet att ingripa, och uppmana honom att överväga.
"Om systemet emellertid godkänns av GONW och systemet inte kallas in för omprövning, kommer ansökan att återförvisas till rådet. Direktören för utveckling och förnyelse kommer därefter att ratificera beslutet med delegerade befogenheter."
Fotbollsspelaren Gary Nevilles kontroversiella planer för ett miljövänligt "Teletubbies" hus har fått klartecken av Bolton Council.