Institutionen för utbildning (DfE) stod för kostnaderna från sin totala budget, säger Riksrevisionens rapport.
"Institutionen var oförberedd på de ekonomiska konsekvenserna av en snabb expansion", säger författarna.
Regeringen sade att den inte gjorde "någon ursäkt för att spendera pengar på ett program som är bevisat att driva upp standarder".
I maj 2010 fanns det 203 akademier, som är offentligt finansierade oberoende statliga skolor som är direkt ansvariga inför DfE och utanför lokal myndighetskontroll. Programmet startades av Labourregeringen som ett sätt att omvandla kämpande skolor.
Efter valet tillkännagav utbildningsministern, Michael Gove, planer på att låta alla skolor i England konvertera till akademistatus. I september 2012 hade omkring 2 309 skolor konverterat, vilket motsvarar en tillväxt på 1.307 %, och 48 % av gymnasieeleverna gick på akademier.
Amyas Morse, chef för National Audit Office (NAO), sade att ökningen var "en betydande prestation - men avdelningen för utbildning var inte tillräckligt förberedd för de ekonomiska konsekvenserna av en sådan snabb expansion, eller för utmaningen att övervaka och övervaka ett så stort antal nya akademier".
Enligt rapporten hade avdelningen budgeterat 7,3 miljarder pund för att inrätta och driva akademier under de två åren från april 2010 till mars 2012.
Det sägs att tjänstemän förväntade sig några extra utgifter, för att täcka faktorer som ytterligare försäkring, men var oförberedda på antalet akademier som ville konvertera. De totala utgifterna för akademierna uppgick i själva verket till 8,3 miljarder pund - 1 miljard pund över budgeten.
I 1 miljard pund ingår 350 miljoner pund som betalas till lokala myndigheter för tillfällig fortsatt finansiering av platser vid skolor som inte är akademier, vilket i praktiken innebär dubbla finansieringsplatser medan akademier håller på att inrättas.
Rapporten säger att för att finansiera expansionen och hålla sig inom de totala utgiftsgränserna var DfE tvungen att hitta pengar från andra budgetar, inklusive den huvudsakliga skoluppgörelsen.
En talesman för utbildningsdepartementet sade: " Vi ber inte om ursäkt för att fler skolor än vi trodde har valt att konvertera, och ingen ursäkt för att spendera pengar på ett program som är bevisat att driva upp standarder och göra långsiktiga skolförbättringar.
– Vi vill att så många skolor som möjligt ska dra nytta av den betydande nytta akademins status ger eftersom det innebär fler skolor som drivs av stora ledare och lärare, inte lokala myndigheter eller Whitehall byråkrater, och fler barn som får en förstklassig utbildning.
– Utbildningsavdelningen har gjort betydande besparingar under de senaste två och ett halvt åren och har också avsatt betydande oförutsedda händelser som har satts mot tillväxten i akademierna.
"Dessutom har kostnaderna för ombyggnad av akademier redan minskat med 53 % per akademi. Vi förväntar oss ytterligare förändringar som vi gör kommer att minska kostnaderna radikalt under 2013-14 och därefter."
Margaret Hodge MP, ordförande för Commons public accounts Committee, sade: "Beslutet att i grunden ändra karaktären av programmet från en enbart inriktad på kämpande skolor är upp till regeringen, men skattebetalarna har rätt att förvänta sig en mer genomtänkt och kontrollerad inställning till offentliga utgifter än vad avdelningen hittills har visat."
Shadow Education sekreterare Stephen Twigg efterlyste större granskning, tillsyn och lokal ansvarsskyldighet "för att se till att skolans standarder förbättras och skattebetalarna får valuta för pengarna".
Siffrorna hämtade också kritik från lärarförbund med Mary Bousted, av föreningen och lärare och lärare, och sade att de visade "endast alltför tydligt att expansionen av akademier drivs av politisk ideologi och inte av vad som är bäst för barns utbildning".
Christine Blower, som är medlem i National Union of Teachers, sade: " Det är absurt att regeringen på två år rättfärdigar att man lägger ut 8,3 miljarder pund på akademikonverteringar, samtidigt som man varnar för en svår ekonomisk situation. Samtidigt får många bra statliga skolor höra att det inte finns några pengar som de står i ett tillstånd av förfall med ständigt minskande stödtjänster."
En tiofaldig ökning av antalet engelska skolor som konverterar till akademier har inneburit 1 miljard pund i extra kostnader, säger regeringens utgiftsvakthund.