Vikki Thompson, 21 år, dog i HMP Leeds den 13 november. Hon hade väntat på straff för rån.
Hennes partner Bob Steele sa att brevet borde ha varnat tjänstemän för hennes skenbara nöd, och tillade att han hade "knäppts av mitt livs kärlek".
En talesman för fångvården sa att en utredning om hennes död pågår.
I brevet, sett av BBC Look North, sa ms Thompson: "Jag känner bara att jag inte vill vara här längre."
Hon skrev under brevet och sa: "Jag går nu för att jag inte kan sluta gråta."
En obduktionsundersökning visade att orsaken till miss Thompsons död var hängd.
När en utredning inleddes om hennes död visade det sig att Thompson ansågs vara "i riskzonen för självskador" och att hon övervakades regelbundet.
Mr Steele sa: "Hon tyckte inte om att vara där. Hon hatade det, folk som sa saker till henne.
"Hon flyttades in i en flygel med personer som var sexförbrytare, och hon hade blivit utnyttjad som barn.
"Hon har skrivit detta brev och många andra brev som antyder att hon kommer att skada sig själv.  Hon har sagt att hon ska skada sig själv. Varför lät de det hända?
"Jag tror att fängelset har berövat mig mitt livs kärlek."
Efter Thompsons död sade fängelseminister Andrew Selous att en översyn av politiken för vård av transpersonella fångar hade inletts tidigare i år.
En talesman för fångvården sade: " Det pågår en utredning av den oberoende fängelse- och prövoombudsmannen samt en utredning om hennes död.
"Det skulle vara olämpligt att kommentera ytterligare medan dessa pågår."
En transsexuell kvinna som hittades död i ett mansfängelse skrev till sin partner bara några dagar före sin död: "Jag tror inte att jag klarar mig så länge här".