Problemet kom bland Sportscotland planer på att minska idrottsfinansieringen i Skottland med 20 procent.
Scottish Athletics, som driver initiativet att uppmuntra icke-klubb löpare att ta motion, sade att det var chockerad av beslutet.
Den skotska regeringen sade att 50.000 pund hade tillhandahållits förra året för att hjälpa JogScotland att bli mer hållbart.
Systemet har funnits sedan 2002 och har utvecklats till ett nätverk av över 300 klubbar med cirka 40 000 medlemmar.
Av dem som gick med i ett JogScotland-program var 68,6% tidigare inaktiva, de flesta var över 40 och 77% var kvinnor.
Varje tisdag kväll har JogScotland's Leven grupp, känd som "Leven Las Vegas" träffats vid den lokala poolen innan de ger sig ut på en social jog, promenad eller springa.
Malcolm MacTavish, 61, som är en av gruppens stammisar, sade för fem år sedan att han vägde 100 kg och var på den maximala dosen av blodtryckstabletter.
Han sa: "En dag stannade jag bara och sa att jag var tvungen att göra något åt det och jag letade efter sätt att förbättra min hälsa och kom över 'Couch till 5K'.
"Inom ett år hade jag förlorat en tredjedel av min kroppsvikt och var helt utan medicin."
I efterdyningarna av de olympiska spelen och samväldesspelen sade skotska friidrottare att initiativet var en nyckelprioritering.
Organisationens VD Mark Munro sa att beslutet att dra in finansieringen inte var deras.
"Vi är helt förkrossade och chockade också", sade han.
"Vi fick 100 000 pund från regeringen under de senaste åren och av en anledning som vi inte känner till har finansieringen skurits ned."
Han sade att mindre än 20% av Scottish Athletics budget spenderades på elitidrottare med majoriteten används för att stödja klubbar, coaching och utvecklingsvägar.
Den skotska regeringen sade att det var "betydande investeringar i idrott och fysisk aktivitet" och att finansieringen av JogScotland aldrig var direkt.
En talesman sade: "År 2016/17 Sportscotland gav Scottish Athletics med $ 65,000 för att skapa ett digitalt pilotsystem för att visa den inverkan som JogScotland-programmet har, och att använda detta för att generera kommersiella inkomster.
"Ytterligare 50 000 pund tillhandahölls av Sportscotland för att ytterligare stödja övergången av JogScotland-programmet till en mer hållbar modell.
"När det gäller budgetanslagen för 2017/18 kommer Scottish Athletics att diskutera med Sportscotland hur de planerar att genomföra sin strategiska plan och sina prioriteringar för det kommande året."
Initiativet är nu i diskussioner med mental hälsa välgörenhet SAMh om möjligheten till ett finansiering partnerskap.
JogScotland Fife gruppledare Ian Shield, sade att han inte brydde sig om var finansieringen kom ifrån så länge som den "viktiga resursen" inte var förlorad.
"Så som jag ser på det, vi får ungefär 40 personer här på en tisdag kväll," sade han.
"Folk ser 40 personer klädda upp för att springa." Jag ser 40 personer som om 20 år inte kommer att ligga i en NHS säng försöker återhämta sig från diabetes eller cirkulationsproblem, hjärtproblem, fetma.
"Det är vad jag ser."
JogScotlands framtid kan riskeras efter det att 100 000 pund av den skotska regeringens finansiering har kommit fram kommer att skäras ned.