Greg Dyke har bjudit Astles änka Laraine och hans döttrar Claire och Dawn till Wembley Stadium den 10 augusti.
Ex-West Bromwich Albion och England framåt dog 2002.
En neurokirurg sade förra månaden att han dog av ett hjärntillstånd kopplat till boxare snarare än Alzheimers sjukdom som tidigare trott.
Dawn Astle sade: " Vi vill betona det omedelbara budskapet när det gäller att hantera huvudskador och hjärnskakningar, att diskutera FA:s medicinska riktlinjer om detta och att arbeta med spelarutbildning.
"[Frågan] måste tas på allvar eftersom det handlar om liv.
"Det är inte som en rygg- eller knäskada, för när hjärnan är skadad reparerar den inte sig själv och pappa är bevis på det."
Astle sade att dr Willie Stewart, som genomförde en ny undersökning av Astles hjärna, också skulle närvara vid mötet.
Astles familj har kämpat för att FA ska bedriva forskning om riskerna med att leda fotbollar och spelare som lider av hjärnskakning.
Justice for Jeff gruppen har också hållit protester på West Brom spel.
FA bad tidigare familjen om ursäkt för att inte hålla dem informerade om sitt arbete och sade att dess regler om hjärnskakning skulle ändras före säsongen 2014/15.
En talesman för FA sade Dyke "hade länge velat träffa familjen Astle" för att höra deras oro.
Man trodde till en början att Astle dog av Alzheimers sjukdom, men rättsläkaren vid hans undersökning styrde hans hjärna hade skadats genom att leda tunga läderbollar.
Han spelade för West Bromwich Albion från 1964-1974 poäng 137 mål i 292 liga framträdanden.
Familjen till den före detta fotbollsspelaren Jeff Astle är att träffa FA: s ordförande nästa månad för att diskutera huvudskador i spelet, som en del av deras kampanj.