Om hon befunnits skyldig på grund av vårdslöshet, kan hon sättas i fängelse i upp till 10 år.
Antikorruptionsbyrån har också krävt att hon ska vara personligen ansvarig för förluster i statskassorna.
Ms Yingluck avsattes av en domstol i maj 2014, strax innan militären avskrev hennes valda regering.
Hon blev senare åtalad för rissubventionssystemet och bannlyst från politiken i fem år. Thailand, under tiden, förblir under undantagstillstånd i kuppens kupp.
Ms Yingluck var inte i Bangkoks högsta domstol för att höra åtalet.
Men BBC: s Jonathan Head i Bangkok säger att dagens domstol ansökan kommer att tyckas för hennes anhängare som ännu ett försök av militären att krossa henne politiskt för när Thailand återvänder till demokratiskt styre.
Inom ramen för rissubventionssystemet köpte Yinglucks Pheu Thai-ledda regering ris från thailändska jordbrukare till en högre nivå än marknadsräntan, vilket kostade regeringen miljarder dollar.
Kritiker anklagade Yingluck för att ha lurat sina anhängare. Hon sade att politiken syftade till att hjälpa jordbrukarna och förnekade varje dag att delta i genomförandet av programmet.
Högsta domstolen kommer den 19 mars att besluta om huruvida brottmålet ska fullföljas.
Dessutom sade finansminister Sommai Phasee på onsdagen att ministeriet hade fått ett brev från den nationella korruption watchdog uppmana den att driva civilrätt mot Ms Yingluck för att återvinna förluster på 600 miljarder baht ($ 18,4 miljarder; Â £ 11,9 miljarder) relaterade till systemet.
"Finansdepartementet övervakar skador på staten och är redo att vidta åtgärder", sade han.
Militären grep makten i maj 2014 i vad den sa var ett försök att återställa allmän ordning efter månader av ibland våldsamma gatuprotester mot Ms Yinglucks regering.
Men Thailand har invecklats i en cirkel av politisk instabilitet sedan militären drev bort Ms Yinglucks bror, miljardär Thaksin Shinawatra, som premiärminister 2006.
Familjen Shinawatra är enormt populär bland Thailands landsbygdsbefolkning men hatas av den urbana medelklassen och eliten som anklagar dem för korruption.
Thaksin-kopplade partier, under olika namn, har vunnit varje val sedan 2001.
Thailands generalåklagare har väckt åtal mot f.d. premiärminister Yingluck Shinawatra för ett kontroversiellt rissubventionssystem.