Scottish Natural Heritage (SNH), som har gett råd, hade tidigare hört klagomål om "betydande problem" med oansvariga ägare.
Jordbrukarna sade att somliga inte kunde kontrollera sina hundar runt boskapen och låta husdjuren springa genom grödorna.
Råden omfattar att öppna upp mindre känsliga områden för hundvandrare snarare än att försöka förbjuda dem helt.
Med utgångspunkt i jordbrukarnas och godsägarnas erfarenheter uppmuntrar vägledningen också markägarna att förklara varför vissa platser bör undvikas.
Skälen är bland annat marklevande fåglar som använder marken och områden som används för uppfödning av unga lamm eller kalvar.
NFU Scotland, Scottish Land and Estates, The Kennel Club och The Scottish Kennel Club rådfrågades av SNH.
Bridget Finton, SNH rekreation och access officer, sade att nästan fyra miljoner vuxna besökte Skottland utomhus varje år och cirka 48% av dessa människor tog en hund med sig.
Hon sade: " Dessa höga siffror visar hur hundvandring hjälper många människor att få hälsosam utomhusaktivitet, men det är verkligen viktigt att minimera antalet tillfällen då hundar orsakar markskötare oro.
"Denna vägledning syftar till att påverka beteendet hos den minoritet av hundvandrare som agerar oansvarigt - åtgärder som kan ha en stor inverkan på boskap och vilda djur, liksom de som försöker njuta av utomhus utan att få hund smuts på sina skor."
Gemma Thomson, från NFUS, sade: " NFUS har varit medveten om allt fler problem som medlemmarna upplevt som ett resultat av hundtillgång.
"Det har funnits ett antal hög profil fall som har inträffat nyligen.
"NFUS stöder gärna vägledningen, som bör hjälpa vissa markförvaltare att se till att de är tydliga i fråga om tillträdesrätt, och även hjälpa dem att hitta innovativa sätt att ta itu med frågor där de uppstår."
Anne Gray, officer med skotska marker och ständer, sade att en mängd olika problem relaterade till hundvandring rapporterades till henne varje år.
Hon sade: "Dessa frågor sträcker sig från människor som inte plocka upp efter att deras hund har gått på toaletten till hundar störande boskap, fågelvilt eller vilda djur.
"Vi hoppas att denna vägledning kommer att ge markägare, jordbrukare och andra markförvaltare hjälpsamma tips om hur man hanterar hundgång på sin mark på ett positivt och effektivt sätt.
"Vi vill att alla ska ha en bra upplevelse av att vara ute och vara ute på landsbygden."
Ny vägledning har erbjudits markägare för att hjälpa dem att undvika sammandrabbningar med hundägare.