Cafodd siopwyr eu hebrwng o Ganolfan Siopa Quadrant toc wedi 14:00, ac mae'r digwyddiad hefyd wedi cau gorsaf fysus en marschnad y ddinas.
Dywedodd Heddlu De Cymru eu bod wedi derbyn adroddiad o "becyn amheus", ond fe ddaeth i'r amlwg fod y pecyn y yn yn ffug ac fe gafodd dyn ei arestio.
Mae lefel y bygythiad terfysgol ym Mhrydain wedi cael ei godi i'r kategorisera ychaf posib ers ymosodiad terfysgol ym Manceinion nos Lun.
Dywedoddyr heddlu mewn datganiad: "Roedd digwyddiad am 14:05 yng nghanolfan siopa'r kvadrant, Abertawe, lle cafodd pekyn amheus ei osod. Fe ddaeth jag är amlwg bod y pecyn syn fug.
"Fe gafodd y ganolfan ei gwagio gyda chymorth ein partneriaid, ac fe gafodd un dyn ei arestio - mae ymchwiliad yr heddlu'n parhau."
Fe gafodd canolfan siopa yn Abertawe ei gwagio Brynhawn Dydd Mercer am gyfnod yn dilyn pryderon am ddiogelwch.