Femtion personer hade dött fram till och med torsdagen, och 617 andra hade smittats, vilket ledde till att det totala antalet drabbade till 7.359. Ministeriet tillade.
Nyheten kom när de lokala myndigheterna och hjälpmyndigheterna försökte få rent dricksvatten till de områden som drabbades värst av orkanen Tomas.
Stormen orsakade översvämningar och lämnade åtta människor döda i västra Haiti.
Välgörenhet, Rädda Barnen, sade att i Leogane hade gatorna förvandlats till "älvor" och omkring 35.000 människor hade påverkats.
Av Laura TrevelyanBBC News, Leogane
FN beräknar att 15 000 människor i Leogane har drabbats av översvämningarna.
Amercie förlorade sitt hem när januaris jordbävning tillintetgjorde denna lilla stad väster om Port Au Prince. Och nu har hennes tält översvämmats för att floden sprack.
Trebarnsmamman sitter mitt emot Leoganes kyrkogård, där familjegravar ligger på deras sidor, spruckna i två av jordbävningen, nu omgivna av vatten.
Amercie är orolig att kombinationen av döda kroppar och stillastående vatten från översvämningarna kan sprida kolerautbrottet hit, där hittills inga fall har rapporterats.
Bredvid Amercie säger Jean Pierre, en jordbrukare som just planterade vad han hoppades skulle bli en ny skörd av bananträd och jams, att översvämningen har sköljt bort hans plantage.
Hans barndomshem kollapsade i januaris jordbävning; det hus han byggde efteråt har just översvämmats. Ingen hjälper, säger han ilsket.
När vi ger oss av, har solen gått ut och flodvattnet drar sig tillbaka. Marknaden är öppen, och köpmännen säljer frukt och grönsaker och försöker försörja sig så gott de kan.
BBC: s Laura Trevelyan i staden sade vattnet nådde hennes knän, och att människor var rädda för risken för sjukdom.
Det var också översvämningar i Les Cayes, Jacmel och Gonaives, medan många bergsstäder har blivit avskurna av översvämmade vägar och jordskred.
Det var omfattande lättnad på fredag efter orkanen Tomas passerade utan att förstöra de tältade läger i och runt huvudstaden, Port-au-Prince, bostäder cirka 1,3 miljoner överlevande från januari jordbävning.
Men snart vände man sig till att förhindra att kolera sprids, vilket orsakas av bakterier som överförs genom förorenat vatten eller förorenad föda, under de ohygieniska förhållandena.
Kolera orsakar diarré och kräkningar, vilket leder till svår uttorkning, men kan döda snabbt. Det behandlas lätt genom rehydrering och antibiotika.
En talesman för Pan-American Health Organisation, Christian Lindmeier, sade till nyhetsbyrån Reuters: "Cholera är en vattenburen sjukdom och därför innebär ytterligare vatten ytterligare risk."
"Vi förväntar oss infektionsfrekvensen att hoppa upp på grund av översvämningar och dåliga sanitära förhållanden i många områden," sade han.
I staden Saint Marc, i den norra regionen där utbrottet började för tre veckor sedan, sade en kubansk läkare med ansvar för det lokala sjukhuset att det hade förekommit fler fall av kolera sedan orkanen.
BBC Hälsa: Kolera
Kolera "svårt att förutsäga"
"Situationen här - efter stormen - har förvärrats," Dr Buenaventura Sanchez berättade Associated Press.
"Vi ser högre antal [fall] än dagarna innan, och vi ser också fall av kolera med tyfus feber på samma gång."
Liksom kolera fångas tyfus genom att man konsumerar förorenad mat eller dryck som har hanterats av en smittad person, eller om förorenat avloppsvatten hamnar i vatten som används för att dricka eller tvätta mat. Det kan också vara dödligt om det inte behandlas.
Gary Shaye, landschef för Rädda barnen, sade att tusentals barn i Leogane nu löper ökad risk för diarrésjukdomar.
På fredagen vädjade Haitis regering och Förenta nationerna till givare för nästan 19 miljoner dollar för att täcka akuta humanitära behov.
Dödssiffran från den nuvarande koleraepidemin i Haiti har överstigit 500, har landets hälsovårdsdepartement sagt.