Barcelona sa att det betalade 57 miljoner euro (SEK 43m) för Neymar 2013 men utredare säger att avgiften var närmare € 83m och Barcelona dold del av affären.
Neymar satt en och en halv timme före domaren.
Han har tidigare förnekat ett orätt handlingssätt i en intervju med brasilianska medier.
Från hovet signerade fotbollsstjärnan autografer för fans.
Barcelona FC säger sina föräldrar, Neymar da Silva Santos och Nadine Goncalves da Silva Santos, fick € 40m och hans tidigare klubb, Santos, betalades € 17m.
Neymars far, som anlände till rätten med honom på tisdag kväll, agerar som hans agent.
Fallet togs upp av den brasilianska investeringsfonden DIS, som ägde 40 % av den brasilianska spelarens sporträttigheter.
DIS hävdar att det var ekonomiskt skadat av överföringen när det fick 6,8 miljoner euro av Santos 17 miljoner euro avgift och hävdar att det berövades sin fulla andel.
Barcelona FC President Josep Maria Bartomeu och hans föregångare, Sandro Rosell, kallades att lämna bevis vid domstolen i Madrid på måndagen, men de vägrade att vittna. De insisterade i stället på den version av händelser som de hade gett vid en tidigare utfrågning.
I ett uttalande i måndags sade klubben: "De är inte oroliga och sade att de har förtroende för rättvisa."
Paret anklagas också i ett separat fall för att ha lurat det spanska skattekontoret på uppskattningsvis 13 miljoner euro. De förnekar anklagelserna.
Neymars flytt till Barcelona FC har varit en stor framgång på planen. Strejken blev en del av en mål-scoring trio med Lionel Messi och Luis Suarez.
Under 2015 hjälpte Neymar klubben vinna fem troféer och kom tredje i Fifa Ballon d'Or tävlingen. Han gjorde också i Uefa Champions League final mot Juventus.
Men 23-åringen har också stött på rättsliga svårigheter i Brasilien, där en domstol har fryst 47 miljoner euro (33 miljoner pund) av sina tillgångar i samband med misstänkt skatteflykt mellan 2011 och 2013.
Den brasilianska fotbollsstjärnan Neymar har dykt upp i rätten i samband med anklagelser om korruption och bedrägeri kring sin överföring till FC Barcelona.