Men målvakt Vincent Enyeama avböjde chansen att visa sig svara på frågor om kommentarer han gjort om att spela en internationell match i Kaduna.
NFF:s styrelse kommer att ha sista ordet om alla straff, på ett datum som ännu inte har beslutats.
Keshi, som undertecknade ett nytt tvåårigt avtal med NFF i april, fanns med på en förteckning över 59 sökande som nyligen publicerats av Ivorianska federationen (FIF) för att ta över från fransmannen Herve Renard.
Under tiden, Super Eagles kapten Enyeama gjorde "okomplimentära kommentarer" om säkerhet och säkerhet i Kaduna för en 2017 Afrika Cup of Nations kval mot Tchad.
Enyeama, som spelar för franska klubben Lille och är Super Eagles mest begränsade spelare med 101 framträdanden, misslyckades med att svara på meddelanden från NFF söker en förklaring till sina kommentarer.
Den 32-årige kunde möta ett långt förbud för sina kommentarer som NFF känner bröt sin senaste uppförandekod som undertecknats av spelarna samt hans underlåtenhet att delta i tisdagens utfrågning.
Coach Stephen Keshi träffade Nigeria Football Federations (NFF) disciplinnämnd på tisdag för att svara på frågor om varför hans namn dök upp på en lista över kandidater för att hantera Elfenbenskusten.