25 oktober 2015 Senast uppdaterad 15:02 GMT
Tidigare i veckan vädjade Lord Advocate om lugn efter en rad mellan Mr Mathesons föregångare Kenny MacAskill och Aamer Anwar, advokaten som företräder Mr Bayohs familj.
MacAskill, som skrev i en polistidskrift, sade att han trodde att resultatet av fallet skulle bli en "tragisk olycka".
Synpunkterna förargade Bayohs familj, eftersom polisutredningen av hans död fortsätter.
Matheson berättade för BBC:s program Sunday Politics Scotland: "Det pågår en kraftfull utredning genom polisutredningen och översynskommissionären och den leds också av kronkontoret.
"Som Lord Advocate har klargjort denna vecka, är det bättre om alla parter avstår från att kommentera under utredningens gång.
"Jag tror inte att det är till hjälp om folk ger en löpande kommentar om frågor kring denna utredning medan det genomförs."
Justitieminister Michael Matheson har sagt att det inte är till någon hjälp om folk ger en "löpande kommentar" om Sheku Bayohs död i polisförvar.