Den misstänkta gröna mamban hittades på ett skepp som hade dockat i Aberdeen från Västafrika förra månaden.
Ormen dog efter att den hade placerats i frysen av djurens välgörenhet efter försök att återinsätta den hos specialiserade reptilskötare misslyckades.
Ormen identifierades senare som en ofarlig grön trädorm.
Polisen i Skottland sa att ett klagomål var under övervägande.
Scottish SPCA Ch Supt Mike Flynn sade: " Vi kallades ut efter en grön orm anlände till Aberdeen på en båt från Afrika.
Ormen ansågs vara en grön mamba, en av de dödligaste ormarna i världen. Ormen fördes med poliseskort till Aberdeenshires djurräddningscentrum.
"Sadly ormen, som personalen verkligen trodde var en grön mamba, var tvungen att läggas till sömns efter våra försök att återföra den till specialiserade reptilväktare misslyckades."
Han tillade: " Vi kunde inte hålla ormen i vårt centrum på grund av allvarliga hälso- och säkerhetsproblem, eftersom det närmaste anti-venom hålls i Bedford. Gröna mambas kräver också en farlig vilddjurslicens som samhället inte har.
"Vår personals och allmänhetens säkerhet är av största vikt och som sådan placerades ormen i en frys där den gick bort.
"Den skotska SPCA är stolt över sin politik inte sätta friska djur att sova. Djur får bara sova på veterinärråd om de är för sjuka eller för aggressiva för att kunna bo på nytt, eller där vi enligt lag är skyldiga att göra det.
Beslutet att avliva ormen togs inte lättvindigt. Tyvärr har ormen sedan dess identifierats som en ofarlig grön trädorm. Detta har varit ett ärligt misstag från samhällets sida eftersom vi verkligen trodde att detta var en extremt dödlig orm."
Den västra gröna mamba livnär sig på små djur och gnagare och finns främst i den tropiska regnskogen längs kusten i västra Afrika.
Experter säger att dess bett kan vara dödligt på så kort tid som 30 minuter.
Ett klagomål om den skotska SPCA sätta vad som ansågs vara en av världens mest dödliga ormar att sova undersöks av polisen.