Den dubbla olympiska mästare, 23, spetsade Katie Archibald i en upprepning av fredagens en-två i den individuella jakten.
Archibald hjälpte Pearl Izumi till guld i kvinnolagets jakt, medan Katy Marchant vann kvinnornas keirin.
Jason Kenny (1 km tid rättegång), Lewis Oliva (sprint) och Oliver Wood (poäng) vann sina respektive finaler.
I lagjakten förenade sig OS-mästaren Joanna Rowsell Shand, Ciara Horne och Dame Sarah Storey med Archibald för att säkra segern.
På andra håll, dubbel världsmästareSophie Thornhill och hennes pilot Helen Scott tog sin andra guldmedalj med seger i Para-cykling BVI 200m tid rättegång.
Duon hade vunnit den stående starttiden rättegången på fredag.
Försvarsmästare Lora Turnham och Corrine Hall behöll sin blandade BVI jakttitel, medan Jon Gildea gjorde likadant i den blandade C1-5-jakten.
Cambridge sprinter Jody Cundy hävdade guld i C1-C5 200m flygande start tid rättegång.
Trott och Scot Archibald var i en klass av sina egna i kvinnors repa, två gånger slår fältet innan den engelska ryttaren drivs framåt i sprinten för linjen.
Tre gånger OS-mästare Kenny, under tiden, klockade 62.042 sekunder för att vinna sitt lopp, med mäns keirin vinnare Matt Crampton andra och Steve Burke tredje.
Welshman Oliva gick en bättre än silvret han tjänade i fredags keirin med en dominant performance i herrsprinten, slår Boltons Matt Rotherham.
Yorkshire ryttare Wood gjorde 66 poäng för att vinna sin tävling före 2014 mästare Mark Stewart (63) och Chris Latham (47).
I slutet av kvällen, Manchester-baserade Marchant lagt till sitt guld i enskilda sprint på fredag med en annan titel i keirin.
Hon kom från baksidan och höll Becky James borta, med Jess Varnish som tog brons framför Trott.
Mästerskapet avslutas på söndagen med mäns rep, lagjakt och lagsprint, och kvinnors poäng och lag sprint.
Laura Trott behöll kvinnornas skraplott för att vinna sin andra guldmedalj på National Track Championships i Manchester.