Ett sent första-halv-mål från Quinn Saunders hjälpte St Peter's in i en 1-8 till 0-5 intervall bly på Inniskeen.
The Derry skolan fick ett tidigt andra halv mål av Kevin Small men Rory O'Connor nettade för att göra det 2-9 till 1-6 till St Peters efter 40 minuter.
Ett sent rally av St Mary's gav 1-3 utan svar, Cormac Murphy poäng målet, men det var inte tillräckligt.
Wexford skolan, som kommer att tävla Hogan beslut för första gången i sin historia, leds av sju poäng, 2-10 till 1-6, med åtta minuter kvar.
De kommer att ta på regerande mästare St Brendan's of Cill Airne i finalen på lördag 1 april.
St Peter's var sist i aktion i slutet av januari när de avslutade en 25-års väntan på en Leinster senior krona, medan St Mary's hävdade sin första MacRory Cup titel genom att besegra 19-gångs vinnare St Colman's Newry på St Patrick's Day.
Halvfinalen byttes från Drogheda till Monaghan.
St Marys Magherafelt förlorade 2-10 till 2-9 till St Peters Wexford i semifinalen av Hogan Cup på onsdag.