Seonaid, 21, vann 50m geväret tre positioner händelse med en ackumulerad poäng på 458,5.
Äldstesyster Jennifer, 26 år, vann guld på 50-metersgevärsfesten på måndag.
Hon deltog också i torsdagens tre positioner händelse, som Storbritannien tog övergripande lag guld.
Jennifer avslutade femte i evenemanget när McIntosh systrarna, tillsammans med skytten Katie Gleeson, slutade på första plats med sina kombinerade poäng.
Ukraina var tvåa och Frankrike trea.
Scotland's Seonaid McIntosh har vunnit guld vid EM i Baku, Azerbajdzjan, tre dagar efter att hennes syster Jennifer uppnått samma bedrift.