Windsor, Slough, Eton och Hounslow Athletics Club brukar använda parkens berömda Long Walk för vinterträning.
Crown Estate sa nu att parkens markförhållanden inte är lämpliga för klubbens träningspass.
Coach John Higgins sade: "Mo Farah brukade träna med klubben, och han brukade träna exakt på denna plats".
"Det är verkligen sorgligt."
Higgins sade att även om klubben använde en atletisk bana för sommarträning, på vintern behövde det en utomhusplats för idrottare att träna på gräs för längdland fixturer.
Klubben används av barn mellan åtta och 18 år för att träna, och har varit igång sedan 1880-talet, med Prins Philip som sin nuvarande beskyddare.
"Vi behöver någonstans upplyst och det är därför Long Walk är så perfekt".
"Det är en härlig plats och vi är mycket noga med att inte skräpa, eftersom vi respekterar platsen," sade han.
Russell Young, som är far till två barn på klubben, sade: " Vi är oerhört besvikna, vi skär egentligen inte upp gräset.
"Vi trodde att de skulle bli glada över att ha barn som tränar på den."
De närliggande spelfälten i Eton, där Themse Valley Athletics Centre är baserat, är inte upplysta och har cricketplatser som kan skadas av löpare, medan Upton Park i Slough är inte säkert för klubben att använda för närvarande eftersom gångkorsningen är ur funktion efter en kollision med en lastbil.
En talesman för Windsor Great Park sa att diskussionerna fortsatte med klubben för att hitta vilka andra alternativ som kan finnas tillgängliga för nästa säsong.
Unga löpare på Olympian Mo Farahs före detta idrottsklubb har förbjudits att träna på Windsor Great Park som förberedelse för cross country races.