Klubbar är skyldiga att ge exakta uppgifter om träningspass och spelare var de befinner sig så att de är tillgängliga för testning hela tiden.
Staden har påståtts ha misslyckats med att säkerställa att dess information var korrekt vid tre tillfällen.
FA har en policy för "tre strejker" och det mest sannolika straffet är böter.
Det är underförstått att informationen inte uppdaterades efter en förändring av träningsrutiner.
BBC Sports Simon Stone
Det faktum att staden har accepterat anklagelsen är inte en överraskning.
Doping är ett ord som lockar stora rubriker och de är ännu större när det är fäst vid en av världens ledande fotbollsklubbar.
Men som jag förstår det var de tre överträdelserna av regeln om vistelseort relativt låga.
Klubbar är ansvariga för ett antal lag - äldre, kvinnor, under 23 - och en överträdelse av var och en skulle vara tillräckligt för att utlösa en anklagelse.
Ändå är det lite pinsamt för Blues, som sannolikt kommer att få något slags böter.
Manchester City har accepterat en antidopningsavgift från Football Association efter att ha underlåtit att anmäla var spelare befinner sig för drogtester.