Malaysias justitieminister godkände Mr Najibs anklagelser om korruption på tisdagen efter att ha beslutat att pengarna var en donation från den saudiska kungafamiljen.
Mr Najib hade förnekat att pengarna kom från den statliga investeringsfonden 1MDB.
Den saudiska källan sade att donationen gjordes mitt i oro i Riyadh om inflytandet av Muslimska brödraskapet.
Vid den tidpunkten omfattade Malaysias oppositionsallians Pan-Malaysian Islamic Party (PAS). Dess grundare inspirerades av Brödraskapet, även om det finns få bevis för att Brödraskapet faktiskt har mycket stöd i Malaysia.
Najibs koalition fortsatte att vinna valet, men med en av sina fattigaste uppvisningar på mer än 50 år vid makten.
Malaysiska'mystiska miljoner' - fallet löst?
1MDB: Fallet som nitar Malaysia
Typ: Najib Razak
Den hemliga donationen till Najib påstods ha betalats över i flera överföringar mellan slutet av mars 2013 och början av april 2013, strax före valet den 5 maj.
Den välplacerade saudiska källan, som har bett om att inte namnges, berättade för BBC att betalningen var tillåten från allra högst upp - från Saudiarabiens framlidne kung Abdullah - med medel från både hans personliga ekonomi och statliga medel.
Prins Turki bin Abdullah, en av kungens söner, uppges ha haft omfattande affärer i Malaysia.
Syftet med donationen var enkelt, sade den saudiska källan - det var att hjälpa Najib och hans koalition att vinna valet, anställa ett strategiskt kommunikationsteam med internationell erfarenhet, fokusera på provinsen Sarawak, och finansiera sociala program genom partikampanjer.
Men varför skulle saudierna bry sig om ett val i ett icke arabiskt land mer än 6.000 km bort? Svaret, sade källan, låg i deras oro över det muslimska brödraskapets ökande makt, som de betraktar som en terroristorganisation.
Saudierna var redan upprörda över händelserna i Egypten, där president Mohammed Morsi var upptagen med att befästa Brödraskapets grepp om landet.
Det skulle dröja ytterligare tre månader innan Morsi skulle avsättas av armén, och saudierna var övertygade om att oppositionen stöddes av Brödraskapet och Qatar, som stödde Brödraskapet och andra islamistiska grupper i Mellanöstern.
Så hur ovanligt är det inte att den saudiska kungafamiljen lämnar över denna summa pengar i en personlig donation? Inte alls, sade den saudiska insider, tillägger att Jordanien, Marocko, Egypten och Sudan har alla varit mottagare av flera $ 100 miljoner donationer från den saudiska kungliga handväskan.
"Det är inget ovanligt med denna donation till Malaysia", sade han. "Det är mycket likt hur saudierna verkar i ett antal länder."
Saudiarabien var snabbt med att stödja störtandet av Morsi i Egypten och förse den militärstödda regeringen med miljarder dollar i bistånd och lån.
Jordanien har varit mottagare av mer än 1 miljard dollar i saudisk utvecklingsfinansiering, medan Riyadh har deponerat mer än 1 miljard dollar i Sudans centralbank och undertecknat avtal för att finansiera dammar på Nilen. Marocko har fått olja, finansiering, investeringar och arbetstillfällen under de senaste åren.
Man ställer dock fortfarande frågor om penningöverföringens hemlighetsfulla och invecklade karaktär, och det faktum att Malaysias premiärminister lämnade tillbaka 91 procent av pengarna bara fyra månader senare. De återstående $61m har inte redovisats.
En brittisk företagsutredare med omfattande erfarenhet av Mellanöstern berättade för BBC att $681m betalades genom Singapore grenen av en schweizisk bank som ägs av härskarna i Abu Dhabi.
"Det är väldigt skumt", sa han. "Detta fall kommer aldrig att vara helt klar förrän saudierna och malayserna släpper alla transaktionsdata, och det har inte hänt."
Vissa kretsar i Malaysia har blivit alltmer upprörda över att generalåklagaren har avslutat ärendet och godkänt premiärministern för alla brott.
Clare Rewcastle Brown, som har rapporterat utförligt om frågan om Sarawakrapporten, sade att betalningen till Najib var en saudisk kunglig donation av politiska skäl som behövde behandlas "med stor försiktighet".
Hon berättade för BBC att $681m var mycket mer sannolikt att vara ansluten till pengar som samlats in av 1MDB, varav mycket rapporteras ha försvunnit.
De $681m (479m) deponeras på bankkonto Malaysias PM Najib Razak av Saudiarabien var att hjälpa honom att vinna 2013 års val, säger en saudisk källa.