Polisen i Madhya Pradesh sa till journalisterna att uppviglingen var svår att bevisa.
Männen har istället anklagats för "störande kollektiv harmoni".
De arresterades efter sina hinduiska grannar klagade de hade spruckna smällare under spelet, som såg Pakistan slå Indien med 180 körningar.
Överofficer RR Parihar sade att en ytterligare anklagelse för konspiration mot männen också skulle finnas kvar.
"Det är svårt att bevisa uppviglingsanklagelsen. Dessutom har ingen av dem en kriminell bakgrund, sa han till reportrar.
De anklagade skickades i fängelse i staden Khandwa på tisdag.
Samtidigt har Amnesty International krävt att männen omedelbart friges och kallar arresteringarna "patentmässigt absurda".
Uppvigling är en av de allvarligaste anklagelserna under den indiska strafflagen.
Människor som anklagas för uppvigling måste ge upp sina pass, är inte berättigade till statligt arbete, måste infinna sig i domstol när och när så krävs, och spendera pengar på juridiska avgifter.
Om de befinns skyldiga, kan de hamna i fängelse på livstid.
The India Today website citerade polisen som säger att männen åtalades på grund av anti-Indien slogans och inte för att de hejade på Pakistan.
De anklagades familjemedlemmar har dock nekat till anklagelserna mot dem.
"Vi vet inte vem spricker kex till stöd för Pakistan. Alla dessa anklagelser mot min son är påhittade," Gulzar Tadwi, far till en av de arresterade, berättade BBC Hindi.
Sikhander, som använder ett namn, sade att polisen hade kommit på natten och tagit hans söner utan att ens tala om för dem varför. Han förnekade också att någon i hans hus hade jublade för Pakistan.
Detta är inte första gången indiska muslimer har fått problem för att heja för Pakistan cricket laget.
Under 2014 sparkades 66 muslimska studenter från indisk-administrerade Kashmir ut från sitt universitet i den norra staten Uttar Pradesh och anklagades för störande kollektiv harmoni.
Och 2016 skickades polisen till ett universitet i Indien-administrerat Kashmir efter sammandrabbningar mellan studenter från staten, den enda muslimska majoriteten en i Indien, och andra delar av landet.
Indiska polisen har släppt uppvigling anklagelser mot 15 muslimska män arresterade för påstådd skrika "anti-Indien och pro-Pakistan" slogans under Champions Trophy cricket final.