Detta trots att All Wales Medicines Strategy Group (AWMSG) råder den walesiska regeringen att inte finansiera Prep på grund av kostnadseffektivitet.
Hälsominister Vaughan Gething har meddelat att under forskningsperioden "de som läkemedlet är kliniskt lämpligt för kan få tillgång till det".
Rättegången börjar i sommar.
En oberoende hivexpertgrupp hade redan kallat läkemedlet, som har fått klartecken i Skottland, "mycket effektivt" när det används med rätt grupper och i rätt doser.
AWMSG hade sagt att det fanns "flera osäkerheter och begränsningar" i den ekonomiska modell som tillhandahålls av läkemedelsföretaget.
Terrence Higgins Trust i Wales hade kallat AWMSG rekommendation tidigare i veckan "kortsynt", säger Prep kunde spara NHS pengar på lång sikt.
Georges Gething sade att Prep - eller Truvada - minskade antalet hiv-infektioner när de togs på rätt sätt och stöddes av bredare, förebyggande sexuella hälsovårdstjänster.
– Studien kommer att hjälpa oss att lära oss hur man bäst kan tillhandahålla förebyggande behandling för att minska risken för HIV-överföring i Wales och svara på några av de frågor som AWMSG ställer kring incidensfrekvenser, sade han.
"AWMSG är en högt ansedd, oberoende expertgrupp. Jag erkänner deras råd att det finns osäkerheter om kostnadseffektivitet och att de inte har rekommenderat drogen för rutinmässig användning inom NHS Wales vid denna tidpunkt."
Omkring 150 nya människor får diagnosen HIV i Wales varje år, nästan hälften från sexuellt överförbara infektioner mellan män.
En daglig dos av p-piller föreslås för personer med hög risk som kanske inte har säkert sex. En uppskattning är att det kan kosta 2,5 miljoner pund per år i Wales.
Det används för närvarande i USA, Kanada, Australien och Frankrike, och tas dagligen, har det visat sig minska risken för infektion med 86%.
Stonewall Cymru, den lesbiska, homosexuella, bisexuella och trans jämställdhet välgörenhet, har varit kampanj för Prep att göras tillgänglig på NHS.
Den välgörenhetsorganisation Wales direktör, Andrew White sade: "Denna rättegång kommer att tillåta Wales att skydda de mest utsatta och med tanke på att det kostar mycket mer att behandla än att förebygga hiv, på lång sikt kommer detta också att spara NHS Wales pengar."
"Prep är naturligtvis inte det enda svaret på hiv-överföringen. Denna förebyggande åtgärd bör åtföljas av högkvalitativ sexual- och relationsutbildning, tillägger han.
Stonewall Cymru sade att det nu kommer att pressa den walesiska regeringen att göra drogen tillgänglig på längre sikt.
Det är inte första gången en walesiska hälsovårdsminister har gått emot råd om kostnaden för en drog.
För fyra år sedan godkände hälsominister Mark Drakeford användningen av cystisk fibros drog Kalydeco som uppskattades kosta NHS Wales upp till 180 000 pund per patient och år.
Neath AM Jeremy Miles, beskyddare av HBTQ Labour Wales, sade: "Vi måste vidta alla lämpliga åtgärder mot förebyggande hiv-överföring och den walesiska regeringen lyssnar på kliniska experter som vet vilken positiv effekt Prep kan ha tillsammans med andra åtgärder för att främja säkrare sex."
En "spelförändrande" drog som dramatiskt minskar risken för hiv-infektion kommer att tillhandahållas i Wales som en del av en treårig studie.