44-åringen kommer att arbeta tillsammans med Andy Hessenthaler, som utsågs till Orientchef förra veckan.
Tidigare Southend, Birmingham och Peterborough försvarare Edwards gick med i östra London outfit 2009 och har varit coaching i klubbens akademi.
Han assisterade med första-team affärer i slutet av förra säsongen medan Hessenthaler var i vårdare laddning.
Leyton Orient har utsett Andy Edwards till biträdande chef.