Läckan inträffade på Worty Farm i Somerset i juni 2014 och skadade vattenkvaliteten och dödade fisk.
Grundaren Michael Eavis, som var på Yeovil Magistrates' Court, sa att avloppsvattnet låg i en 100 000 pundig slamtank.
Glastonbury Festival är en av Storbritanniens största musikevenemang, med omkring 175 000 besökare varje år.
Under förhandlingen fick domaren veta att 42 fiskar dödades av avloppsvattnet efter en "stor mängd" avloppsvatten filtrerat i Whitelake River.
Sensorerna i strömmen varnade miljöbyrån för ökade ammoniaknivåer.
Domstolen fick höra att fisk - inklusive skyddad öring - dog till följd av detta.
Glastonbury Festival 2014 erkände den enda anklagelsen mot den.
I en rättegång sade Kieran Martyn: " Inverkan var omfattande.... Det förlängdes med minst 4 km nedströms."
Representerar festivalen, Kerry Gwyther, sade läckan i tanken var en "freak incident" och inte så allvarlig som görs ut.
"Vi accepterar inte att det var en stor incident som beskrivs av byrån", sade han.
"Läckan var åtta timmar. Vi accepterar att det fanns en betydande effekt på vattenkvaliteten och fiskens hälsa.
"Betydande kostnader uppstod inte i form av en sanering."
Ärendet har nu avbrutits medan båda parter sammanställt mer detaljerade bakgrundsrapporter.
Utanför hovet sade Michael Eavis: " Naturligtvis är jag oerhört ledsen för vad som har hänt.
"Vi hade uppenbarligen ett problem - det fanns 200 000 människor och vi lagrade flytgödsel.
"Det var en tank för att hålla stallgödsel, men vid detta tillfälle använde vi den för festivalens avloppsvatten och den började läcka.
"Det var en helt ny byggnad, det kostade mig 100 000 pund, så det är mitt försvar."
En annan fråga som återstår att avgöra är hur allvarlig överträdelsen är.
Om det är ett brott i kategori ett, skulle festivalen stå i kö för böter på mellan 55 000 och 300.000 pund eller, om det anses vara en kategori två skulle böterna vara 20 000 pund.
Försvaret sa till domstolen att eventuella böter borde vara i linje med företagets ekonomi. De sa att festivalens nettovinst var 84.000 pund per år före skatt. Men åklagaren sa att omsättningen var omkring 37 miljoner pund.
Mr Gwyther sade platsen donerade £ 2m 2015 till ett antal välgörenhetsorganisationer, inklusive Somerset Wildlife Trust och WaterAid.
Distriktsdomare David Taylor sade att det fanns "betydande skillnader mellan ett konto och ett annat" och sade att det skulle bli en fyradagars utfrågning för att avgöra fakta innan domen.
Kasabian, Dolly Parton och Metallica var huvudrubriker på festivalen 2014.
Arrangörerna av Glastonbury Festival har medgett att mänskligt avloppsvatten kan läcka från en tank och förorena en bäck.