Edwina Hart anklagade brittiska tjänstemän för "onorance" bland förslag passagerare kunde behöva byta tåg på vissa tjänster mellan Wales och England.
Ansvaret för Wales och Border-nätverket kommer att delegeras under 2017.
En talesman för transportministeriet sade att inga beslut skulle fattas utan att man tog hänsyn till lokala åsikter.
Tjänster från Aberystwyth till Birmingham och Milford Haven till Manchester via Cardiff hör till de rutter som skulle kunna påverkas.
I förra årets St David's Day-avtal skrev den brittiska regeringen: "För att statssekreteraren för transport ska kunna säkerställa ett ordentligt ansvar, är det troligt att tjänster som främst betjänar engelska marknader kommer att placeras i andra franchisekontrakt för vilka statssekreteraren för transport är franchising myndighet".
Som svar på förslag som vissa passagerare kan behöva byta tåg på gränsöverskridande rutter sade Hart några Whitehall tjänstemän "inte riktigt förstå hur saker och ting fungerar och vad som är viktigt".
"Jag grundar några av deras kommentarer på okunnighet snarare än en konspirationsteori", sade hon.
"Vi vill se till att dessa tjänster förblir inom franchise."
John Rogers från kampanjgruppen Railfutures Wales sa: "Det är löjligt, det är opraktiskt, det görs bakom kulisserna med mycket sekretess inledningsvis och vi är fast beslutna att bekämpa det".
"Det ligger inte i passagerarnas intresse.  Människor hatar att byta tåg, det är en avskräckande och det skulle påverka turistindustrin, "tillade han.
En talesman för transportministeriet sade: "Vi har ett nära samarbete med den walesiska regeringen för att utveckla planer för gränsöverskridande rutter och stationer när vi går mot att deformera nästa Wales- och Border franchise".
Påståenden om direkt gränsöverskridande järnvägstrafik kan hotas på grund av delegering har avfärdats av Wales transportminister.