En första enhet kastades från läktarna efter Gauthier Hein hade gett Metz en 28-minuters ledning.
Portugal internationella Lopes, 26, fick behandling och låg på marken när en annan smällare exploderade bredvid honom.
Efter en 45-minuters paus i spelet spelet övergavs med Metz ledande 1-0.
Lyon sa att Lopes hade förts till sjukhus för undersökning och klubbens ägare Jean-Michel Aulas beskrev händelsen som "mycket allvarlig".
Spelare från båda sidor krävde lugn från publiken efter den andra smällaren hade landat nära Lopes.
Ligue de Football Professionnel (LFP), som förvaltar ligan fotboll i Frankrike, sade att dess disciplinära kommitté granskade händelsen.
Polen strejkare Robert Lewandowski var inblandad i en liknande incident förra månaden i en VM-kvalificerare i Rumänien.
Den Bayern München spelare verkade skakad men oskadd efter en smällare exploderade nära honom i 3-0 seger för Polen.
Match övergiven på grund av Metz 1, Lyon 0.
Första halvlek, Metz 1, Lyon 0.
Mål!  Metz 1, Lyon 0. Gauthier Hein (Metz) vänster fotade skott från utsidan av lådan till nedre vänstra hörnet. Hjälpt av Georges Mandjeck.
Försöket räddades. Rachid Ghezzal (Lyon) höger fotade skott från höger sida av lådan sparas i mitten av målet. Hjälpt av Jérémy Morel med ett kors.
Foul av Maxwel Cornet (Lyon).
Milan Bisevac (Metz) vinner en frispark i defensiva halvan.
Hörnet, Lyon. Förföljd av Renaud Cohade.
Hörnet, Lyon. Förföljd av Jonathan Rivierez.
Hörnet, Lyon. Förföljd av Thomas Didillon.
Försöket räddades. Mouctar Diakhaby (Lyon) vänster fotade skott från höger sida av sex yard box sparas i nedre högra hörnet. Hjälpt av Rachid Ghezzal med ett kors.
Hörnet, Lyon. Förföljd av Franck Signorino.
Rachid Ghezzal (Lyon) vinner en frispark på höger vinge.
Foul av Georges Mandjeck (Metz).
Försöket räddades. Georges Mandjeck (Metz) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i mitten av målet.
Foul av Maxime Gonalons (Lyon).
Renaud Cohade (Metz) vinner en frispark på högerkanten.
Rafael (Lyon) vinner en frispark på höger vinge.
Foul av Renaud Cohade (Metz).
Försök blockerat. Maxwel Cornet (Lyon) vänster fotade skott från vänster sida av lådan är blockerad. Hjälpt av Jordan Ferri.
Rafael (Lyon) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Gauthier Hein (Metz).
Försöket räddades. Habib Diallo (Metz) huvud från mitten av rutan sparas i toppen av målet. Hjälpt av Renaud Cohade med ett kors.
Försök blockerat. Opa Nguette (Metz) rubrik från vänster sida av rutan är blockerad. Hjälpt av Jonathan Rivierez med ett kors.
Offside, Metz. Renaud Cohade försöker en genom boll, men Habib Diallo fångas offside.
Hörnet, Lyon. Förföljd av Jonathan Rivierez.
Försök blockerat. Maxwel Cornet (Lyon) vänster fotade skott från vänster sida av lådan är blockerad. Hjälpt av Rachid Ghezzal.
Försök missade. Opa Nguette (Metz) höger fotade skott utanför lådan missar till vänster. Hjälpt av Renaud Cohade.
Försök missade. Renaud Cohade (Metz) höger fotade skott från mitten av lådan är för hög. Hjälpt av Gauthier Hein.
Hörnet, Lyon. Förföljd av Thomas Didillon.
Försöket räddades. Rachid Ghezzal (Lyon) vänster fotade skott från lång räckvidd till vänster sparas i nedre vänstra hörnet.
Maxwel Cornet (Lyon) vinner en frispark på vänster vinge.
Foul av Georges Mandjeck (Metz).
Maxime Gonalons (Lyon) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Habib Diallo (Metz).
Första halvan börjar.
Lineups tillkännages och spelarna värms upp.
Lördagens Ligue 1 match på Metz övergavs efter att smällare kastades mot Lyonvakten Anthony Lopes.