Den 54-årige hade behövt köra ett dubbel maraton på söndagen, avslutar under en gigantisk staty av Nelson Mandela i Johannesburg.
Izzard försökte sig på en liknande bedrift i Sydafrika 2012 men var tvungen att dra sig ur av hälsoskäl.
Det har bekräftats komikerns uthållighet bedrift hade höjt mer än £ 1,35m för välgörenhet appeal.
"Det var mycket, mycket tufft", sa han till reportrar när han skar av en firande flaska mousserande vitt vin.
De 27 maratontågen var avsedda att återspegla de 27 år som Mandela hade tillbringat i fängelse innan han blev Sydafrikas första svarta president.
"Det har varit det svåraste jag någonsin gjort", sa en "mycket trött" Izzard. "Tack till alla som har donerat [och] gör inte detta hemma."
Gary Lineker, maratonlöpare Paula Radcliffe och DJ Chris Moyles är bland dem som har twittrat sina gratulationer.
Komikern Eddie Izzard har avslutat sin utmaning i Sydafrika att springa 27 maraton på 27 dagar för Sport Relief.