Militären säger att alla utom åtta av de 129 flickorna har rymt, men flickornas föräldrar säger att många fortfarande saknas.
Man tror att den islamistiska militanta gruppen Boko Haram tog flickorna till skogsområden nära Kameruns gräns.
Gruppen för en blodig kampanj för en islamisk stat i norra Nigeria.
Nigerianska elever som lever i rädsla
Vad är Boko Haram i Nigeria?
Även på onsdag, 18 människor dödades i en attack i Gwoza-distriktet i nordöstra Nigeria, berättade lokala tjänstemän AP nyhetsbyrån.
BBC:s korrespondent i Lagos, Will Ross, säger den nigerianska militärens uttalande att de flesta av flickorna hade undkommit sina fångar står i skarp kontrast till annan information som BBC hade tillgång till, däribland påståendena från föräldrar till elever på skolan. De insisterar på att "många" av deras barn fortfarande saknas.
Rädet mot internatskolan är en stor källa till förlägenhet för de nigerianska myndigheterna som säger att deras militära kampanj mot militanterna lyckas, tillägger han.
Timmar innan militären utfärdade sitt uttalande, guvernören i Borno staten Kashim Shettima sade att den stora majoriteten av flickorna fortfarande saknades och erbjöd en belöning på 50m naira ($308.000; £184.000) för information.
Flygvapnet, armén, polisen, lokala försvarsenheter och frivilliga har alla varit inblandade i sökandet efter skolflickorna.
FN:s generalsekreterare Ban Ki-moon fördömde mass bortförandet och krävde att flickorna omedelbart skulle friges.
"Målsättningen för skolor och skolbarn är ett allvarligt brott mot internationell humanitär rätt", sade han i ett uttalande.
"Skolor är, och måste förbli, säkra platser där barn kan lära sig och växa i fred."
BBC: s Hausa Service säger Boko Haram har kidnappat civila i det förflutna - oftast kvinnor att arbeta som sexslavar.
Gunmen uppges ha kommit till skolan i Chibok, ett avlägset område i Borno - staten, sent på tisdagen, och beordrat sina tonårsinvånare på lastbilar.
En lokal politiker sade att omkring 50 soldater hade varit stationerade nära skolan före årsproven, men de var tydligen övermäktiga.
Invånarna rapporterade att de hörde explosioner följt av skottlossning.
"Många flickor kidnappades av de rasande revolvermän som stormade skolan i en konvoj av fordon," lokal utbildning officiella Emmanuel Sam berättade AFP nyhetsbyrån.
En flicka som lyckades fly och inte ville bli namngiven berättade för BBC att hon och andra elever sov när beväpnade män sprack in i deras vandrarhem.
Flickan sade att hon och hennes skolkamrater fördes bort i en konvoj, som var tvungen att sakta ner efter att några av fordonen utvecklade ett fel, då 10 till 15 flickor flydde.
"Vi sprang in i busken och väntade till gryningen innan vi åkte hem", sade hon.
Nigerianska medier rapporterade att två medlemmar av säkerhetsstyrkorna hade dödats, och invånarna sade att 170 hus brändes ner under attacken.
Militanterna känner till terrängen väl och militären har bara haft begränsad framgång i tidigare försök att få bort dem från deras skogsgömmor.
Militanter från Boko Haram - vilket betyder att "västlig utbildning är förbjuden" på det lokala hausaspråket - riktar sig ofta mot läroanstalter.
I år har gruppens soldater dödat mer än 1 500 civila i tre stater i nordöstra Nigeria, som för närvarande omfattas av undantagsregeln.
Regeringen sade nyligen att Boko Harams verksamhet var begränsad till den delen av landet. Men bombningarna skyllde på gruppen dödade mer än 70 personer i huvudstaden Abuja på måndagen.
Mysteriet omger ödet för mer än 100 tonårsflickor som kidnappades från en skola i nordöstra Nigeria.