En faktura för £170 skickades till prenumeranter till Scotland Supporters Clubs sändlista strax efter 09:00.
E-posten - adresserad "Kära kund" - gav en länk för betalning, som var en förklädd webbplats adress.
SFA sade en tredje part e-post databas hade äventyrats och uppmanade mottagarna att ta bort e-post.
Dess uttalande sade: "Vi skulle vilja be om ursäkt till dem som har fått ett spoof e-postmeddelande i morse som påstås vara från skotska FA."
Den rekommenderade att alla som kan ha öppnat den kör en säkerhetskontroll på sin dator för att säkerställa att ingen malware hade installerats.
Den sade: " Vi skulle vilja försäkra alla anhängare om att inga bank - eller kreditkortsuppgifter har delats.
"Vi har flyttat för att radera detta konto och frågan har tagits upp med våra leverantörer.
"Vi kommer att ge en uppdatering i början av kursen."
Fans på diskussionstavlor föreslog att klicka på länken i bedrägeri e-post kunde infektera datorer med ett virus och lämna dem ur fickan.
E-postmeddelandet innehöll länkar som var identiska med dem som skickades på officiell kommunikation till supportrar och skrevs av som från "Kontoavdelningen" i Scotland Supporters Club.
Gruppen - som ger medlemmar tillgång till bort biljetter för Skottland matcher - för närvarande har 29,231 medlemmar.
Tusentals fotbollsfans skickades ett bedrägerimejl och bad dem betala en räkning efter att en skotsk fotbollsförenings databas tydligen hackats.