Eleverna sade att felet innebar att det fanns två möjliga korrekta svar på de flervalsfrågor.
Tjänstemännen har sagt att de kommer att godta två svar som korrekta i varje enskilt fall, och chefen för den nationella examensnämnden har erbjudit sig att avgå.
Det årliga provet avgör gymnasieelevernas akademiska framtid.
Sydkoreanska media sa att misstaget skulle påverka testpoängen på cirka 3 600-4 000 studenter.
"Jag uttrycker djup ånger och inser ett brådskande behov av att förbättra frågeprocessen," Utbildningsminister Hwang Woo-Yea sade i ett uttalande som sänds på TV.
"Vi kommer att undersöka orsaken till problemet", sade Hwang.
Om 640 000 studenter satt nio timmar standardiserade testet, kallas College Scholastic Adability Test, den 13 november på 1 216 testplatser över hela landet, Sydkoreas Yonhap nyhetsbyrå sade.
Många studenter engagerar sig i intensiva studier i åratal för att förbereda sig för examen, ofta med föräldrarnas medverkan i vad som är en extremt konkurrenskraftig akademisk miljö.
En bra poäng skulle innebära en plats i ett av Sydkoreas främsta universitet.
De misstänkta flervalsfrågorna, en i biologiprovet och en i den engelska språktidningen, väckte ett uppror med föräldrar och studenter som klagade på hemsidan för Korea Institute for Curriculum and Evaluation (KICE) som administrerar examen.
Förra årets examen var också kontroversiell på grund av ett misstag i en av frågorna i världen geologi sektionen.
Efter ett år av juridisk strid, Seoul High Court fällde till förmån för fyra studenter som sade att frågan var bristfällig.
"Vi gjorde vårt bästa i år för att förhindra felaktiga frågor... men återigen fanns det felaktiga frågor, orsakar kaos och olägenhet bland examenstagare, deras föräldrar och lärare," säger Kim Sung-Hoon, chef för KICE.
Sydkoreas utbildningsminister har bett om ursäkt efter två felaktiga frågor i den nationella collegeinträdesprovet som gjorde tusentals studenter förvirrade.