Kapten David Seath, 31 år, var brandförsvarsbefälhavare i 29 Commandoregementet Royal Artillery.
Han fick ett misstänkt hjärtstillestånd när han körde kursen och dog senare på sjukhus.
Han lades till vila efter en begravning i St Margarets RC Memorial Church i Dunfermline.
Hundratals sörjande samlades i kyrkan för gudstjänsten, som leddes av församlingsprästen Fader Chris Heenan.
Kapten Seath kom ursprungligen från Cowdenbeath i Fife.
Maj Jim McCaffery, 7 (Sfinx) Commando Battery, som är baserat i Arbroath, sade till tjänsten: " Det är med stor sorg som var här i dag för att ta farväl av kapten David Seath.
"David var en inspiration för oss alla. Jag kunde verkligen inte ha önskat mig en bättre officer.
"Han kommer att bli mycket saknad och våra tankar och böner är med hans familj."
Under gudstjänsten läste kapten James Walker-McClimens en hyllning å kapten Seaths bror Garys vägnar.
Han sade till de sörjande: " David var min hjälte och min inspiration. Jag var så stolt över att säga att han var kapten i 29 Commando regemente Royal Artillery och att han tjänade sitt land med åtskillnad i Afghanistan och Mellanöstern.
"Words kan inte uttrycka hur stolt jag lyssnade på honom när han beskrev sina turer i Afghanistan och Mellanöstern.
"Jag lärde mig så mycket om Davids tjänsteresor, det starka kamratskap han hade funnit i armén och de många planer han hade för framtiden.
"Det finns inga ord att uttrycka hur förkrossad jag är över att den här historien så tragiskt har slutat, med så många kapitel kvar oskrivna."
Ett familjemeddelande som publicerades i Dunfermline Press sade att tjänsten skulle vara en "firande av Davids liv" och uppmanade sörjande att bära ljusa färger.
Kapten Seath blev sjuk när han deltog i loppet.
Efter sin död lovade kapten Seaths vänner och kollegor att fortsätta samla in pengar till hjälp för hjältar och gå de sista tre kilometerna av maratonbanan.
Mer än 100 000 pund har donerats till en JustGiving sida i hans minne medan ungefär 80 000 pund har höjts för välgörenhet på hans egen sida.
Begravningen av en veteran från Afghanistan och Green Beret som dog efter att ha kollapsat under London Marathon har hållits i Dunfermline, Fife.