Vonn avslutade 0,70 sekunder från Schweiz Lara Gut, med österrikiska Cornelia Huetter ytterligare 0,55 sekunder tillbaka i Altenmarkt Zauchensee.
Amerikanen vann även lördagens nedförsbacke.
Det motsvarade Annemarie Moser-Proll rekordtal av 36 VM nedförsbacke vinner.
31-åringen har nu 73 totala VM-vinster - 13 kort av Ingemar Stenmarks rekord.
Vonn leder VM super-G ställningar med 80 poäng över Hutter, och är nu inom 38 poäng Lara Gut i den totala ställningen.
"Det är en perfekt start på det nya året", sade hon. "Förhoppningsvis kan jag fortsätta i den här riktningen och fortsätta vinna."
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Lindsey Vonn gjorde anspråk på sin andra seger på två dagar vid Alpine Skiing World Cup-evenemanget i Österrike med seger i super-G-evenemanget.