Vänner och familj till Yassar Yaqub, 28, från Huddersfield, lade blommor och visade upp en fana i hans minne.
Han blev skjuten när polisen stoppade en bil nära korsning 24 av M62 på måndag kväll.
Trafiken på motorvägen avtog då omkring 100 personer, däribland den dödes föräldrar, samlades nära platsen för att lägga blommor och ljus.
Mohammed Yaqub, Yassars far sa att han kände att hans son "dödades olagligt".
Han sade: " Han har inget dåligt förflutet, eftersom han aldrig har dömts för någonting.
"Han har aldrig varit anklagad för honom alls. Vi hade ett bilföretag, förresten, så alla typer av bilar kommer och går."
"Jag vill ha svar, fullständiga svar, inget annat än sanningen.
"Hur kan du döda någon så här, vid en tidpunkt som denna, utan att ge honom en chans att komma ut eller något? Vi är inte i Amerika, vi är inte i länder i tredje världen.
"Vi skulle vilja bli lämnade att sörja."
Ballonger släpptes ut i natthimlen och samlingen var "mycket fredlig och respektfull" sade BBC reporter Ian White, som var på plats.
Polisinsatsen utreds av Independent Police Complaints Commission (IPCC).
År 2010 friades Yaqub från mordförsök och vapenbrott efter det att det påstods att han öppnade eld mot en bil i Birkby Hall Road i Huddersfield.
Tidigare vädjade Bradford West Labour MP Naz Shah om lugn efter att skottlossningen utlöste en protest.
På tisdag kväll stoppade demonstranter som hade banderoller och läste "stoppa morden" trafiken i Leeds Road, Bradford.
På Facebook skrev Shah: "Jag uppmanar vårt samhälle att förbli lugnt och respektera familjens önskemål som har förlorat sin älskade och har vädjat om lugn och avskildhet under denna mycket svåra tid."
Två män som greps som en del av polisoperationen på måndagen har släppts mot borgen, medan ytterligare tre är kvar i häktet.
En talesman för en oberoende polisklagomålskommission (IPCC) sade vad som tycktes vara ett "icke-polisvapen" upptäcktes i det fordon där Yaqub reste.
West Yorkshire Polisen sade officerare deltog Leeds Road vid omkring 19:15 GMT för att "underlätta en fredlig protest och för att ge offentlig trygghet".
En talesman för en styrka sade: "Polisen sympatiserar med de ökade spänningarna och engagerar sig med demonstranter för att vädja om lugn."
En talesman för Yaqubs familj sa att de var "i chock och upprörda" av hans död.
Nadeem Murtuja, ordförande för kampanjgruppen Just Yorkshire, sade: " Det finns en hel del oro i samhället om Yaqubs död.
"Det är viktigt att både hans familj och Huddersfield samhället hålls informerade om genomförandet av utredningen och de händelser som ledde till dödsskjutningen."
Fem män greps på grund av misstanke om innehav av skjutvapen i avsikt att orsaka rädsla under polisoperationen, däribland tre efter M62-operationen och två efter ett fordonsstopp i Chain Bar-området i Bradford.
En talesman för polisen sa att tre av männen är kvar i polisens förvar medan två män, 26 och 30 år, har frigivits mot borgen i väntan på ytterligare utredningar.
Under tiden har officerare plundrat "ett antal platser" kopplade till operationen, inklusive en lägenhet vid Park Wood Mills i Longwood, Huddersfield.
Polisen sa att sökningarna är en del av en mer omfattande utredning.
Dussintals människor har varit med vid en vaka på den plats där en man sköts ihjäl i en polisoperation.