Morgan har inlett ett samråd för att ersätta ett system som hon säger är "utdaterat, ineffektivt och orättvist".
Finansieringen kommer också att ta bort lokala myndigheter från processen, med kontanter som går direkt till huvudet.
Labour har anklagat regeringen för att "undvika svåra frågor" om vem som kommer att förlora finansieringen i förändringarna.
Morgan säger att skolor behöver finansiering som "verkligen motsvarar deras behov".
Hon säger att planerna kommer att se till att pengarna går "straight till frontlinjen", men det kommer att markera en ytterligare minskning av kopplingen mellan lokala myndigheter och skolor.
På måndagen har utbildningssekreteraren tagit nästa steg mot att införa en ny skolfinansieringsformel 2017-18, efter klagomål om lokala avvikelser och utgiftsskillnader.
Till exempel får elever i Rotherham varje år 500 pund mer i finansiering än de i Plymouth, även om de har liknande nackdelar.
I december presenterade parlamentsledamöter som leddes av tidigare ordförande i utbildningskommittén Graham Stuart en petition som krävde förändring, enligt vilken de bäst finansierade områdena fick upp till 6 300 pund per elev och år, medan de sämst finansierade fick 4 200 pund.
Regeringen har ett manifest för att skapa ett mer konsekvent sätt att fördela mer än 40 miljarder pund per år av kärnskolornas budget - och säger att den vill avsluta finansieringsnivåerna baserade på "historiens oddheter".
Ytterligare detaljer tillkännagavs i kanslerns höstanförande, med löfte om en nationell kurs för varje elev, med extra finansiering för de med ytterligare behov.
Russell Hobby, ledare för National Association of Head Teachers, stödde principen om en rättvisare omfördelning av medel.
Han stödde också ett "stort skifte" i mer pengar som går direkt till skolor.
Men han varnade för att det skulle finnas både "vinnare och förlorare" under ett nytt finansieringssystem och att det fortfarande fanns "skaliga detaljer" om hur detta skulle beslutas.
Det har förekommit varningar om att vissa skolor kommer att förlora, särskilt i det inre London.
Christine Blower, ledare för National Union of Teachers, sade att förslagen skulle " innebära enorma nedskärningar i finansieringen av många skolor om inte ytterligare medel ställs till förfogande. Skolorna har redan drabbats av verkliga nedskärningar per elevfinansiering."
Malcolm Trobe, tillförordnad generalsekreterare i ASCL:s lärarförbund, stödde principen om en ändring av finansieringsarrangemangen.
"Men att helt enkelt omfördela den nuvarande potten med pengar är inte tillräckligt för att ta itu med de betydande realterm nedskärningar som för närvarande drabbar skolans budgetar. Det krävs större investeringar", sade Trobe.
Utbildningsavdelningen säger att det nuvarande systemet är föråldrat och inte längre återspeglar behoven.
Det står att under de senaste tio åren har andelen elever som är berättigade till gratis skolmåltider fördubblats i Lincolnshire och nästan halverats i Southwark.
Utbildningsavdelningen säger att för den nya finansieringsformeln kommer det att finnas en grundnivå per elevfinansiering, med extra stöd fördelat beroende på behov, såsom höga nivåer av fattigdom eller för skolor i högkostnadsområden.
För kommunala skolor, inklusive majoriteten av grundskolorna, kommer det att finnas en övergångsperiod på två år, under vilken finansieringen kommer att upphöra att fördelas genom råd.
Råden kommer att ha en finansieringsroll inom områden med "särskilda utbildningsbehov på hög nivå", men kommer inte längre att delta som en kanal för grundläggande finansiering av skolor.
Roy Perry, ordförande för kommunförbundets barn- och ungdomsstyrelse, sade: " Råden känner sina områden bäst, och arbetar för närvarande i partnerskap med rektorer och rektorer för att fastställa lokala finansieringsformer som gör det möjligt att ta itu med lokala behov och prioriteringar.
"Vi skulle vilja se detta lokala samtal fortsätta, snarare än att ha alla skolbudgetar i Whitehall."
Akademiska skolor och truster får redan finansiering via regeringens utbildningsfinansieringsbyrå.
Labours skuggutbildningssekreterare Lucy Powell säger att för en nationell finansieringsformel "kommer djävulen att vara i detalj" och hävdade att regeringen höll på att avslöja var skolor skulle ha minskat finansieringsnivåer.
Hon varnade också för att man i den allmänna skolbudgeten skulle minska utgifterna i reala termer, vilket skulle få en "hög effekt".
Men Morgan sade att förändringarna skulle ge en rättvisare fördelning av resurser.
"Vi vill att varje skola i England ska få den finansiering den förtjänar, så att alla barn - oavsett bakgrund och var de bor i landet - får en bra utbildning."
Utbildningssekreterare Nicky Morgan arbetar vidare med en "nationell finansieringsformel" för skolor, för att ta itu med ojämna finansieringsnivåer i hela England.