Välgörenheten sade att detta var oproportionerligt i förhållande till sektorns storlek, vilket är 13 procent av bostäderna i Skottland.
Hemlösa ansökningar har minskat med en tredjedel under de senaste fem åren, men Shelter sade att statistiken inte berätta hela historien.
Det sades att det var viktigt att utsatta hushåll fick stöd innan de hamnade i kris.
Enligt den senaste skotska regeringen ökade andelen hemlösa som kommer från de privata hyresgästerna från 13% 2008-09 till 18% 2013-14.
Den totala hemlösheten i Skottland minskade dock med 34 % under samma period, visade den officiella statistiken.
Graeme Brown, chef för Shelter Scotland, sade: " Helt klart visar huvudsiffrorna att hemlöshetsansökningarna har minskat med en tredjedel under de senaste fem åren, vilket är välkommet, vår analys visar att det inte är alla goda nyheter för hemlösa människor i Skottland.
"De 36 457 hushåll som gör hemlösa ansökningar, en ungdomshemlöshet på 13,7 per 1 000 och en ökande andel hemlösa ansökningar från den privata hyrda sektorn signalerar att det, även om det finns rörelser i rätt riktning, fortfarande finns en lång väg kvar att gå."
"Med den betydande försvagningen av välfärdsstaten under de senaste åren är det viktigare än någonsin att se till att utsatta hushåll erbjuds stöd innan de hamnar i kris."
Rapporten "Hemlöshet i Skottland 2014: Att komma bakom statistiken" har släppts inför Shelter Scotland årliga konferens senare denna månad.
Bostadsminister Margaret Burgess sade: "Hemlösheten i Skottland minskar och antalet hemlösa ansökningar från den privata hyressektorn har faktiskt minskat med 21 % sedan 2008/09.
"Den skotska regeringen samarbetar nära med lokala myndigheter och deras partner, och med Shelter, för att förhindra hemlöshet, öka antalet prisvärda bostäder och ta itu med frågan om tomma bostäder. Där människor blir hemlösa fokuserar vi på att hitta de bästa resultaten."
Nästan en femtedel av de hemlösa ansökningarna kommer nu från den privata hyrda sektorn, enligt Shelter Scotland.