Kropparna hittades på söndag, men inga identiteter har släppts.
Två personer har rapporterats saknad från en sushirestaurang som drabbats av explosionen: Nicholas Figueroa, som var på en dejt där, och en arbetare, Moises Lucion.
Ytterligare 22 personer skadades i explosionen och den efterföljande branden, fyra kritiskt.
Utility inspektörer hade förklarat VVS och gas arbete inne i en av byggnaderna felaktiga bara en timme före explosionen, låsa linjen för att säkerställa att det inte skulle användas och sedan lämna, tjänstemän sade.
Den explosion som följde strax efter vänster högar av tegelstenar och mangled skräp över gatan i Manhattans East Village.
Figueroas datum, som behandlas på sjukhus, kommer ihåg att man bara snubblar ut ur restaurangen innan man förlorar medvetandet.
New Yorks borgmästare Bill de Blasio sade att tjänstemän skulle undersöka om någon felaktigt hade avlyssnat gasförsörjningen före explosionen.
Två kroppar hittades på platsen för en massiv gasexplosion som tillplattade tre byggnader i New York på torsdag.