Miljöavdelningen sa att alla som skadar, dödar eller stör Arctic Terns kan ställas inför rätta.
En talesman sa att tre vandrare med hundar sågs attackera fåglarna med pinnar och stenar förra helgen.
Dr Richard Selman sa: "Arktiska tärnor försvarar sina bon och det kan vara smärtsamt."
Han tillade: " Tyvärr överger tärnorna sina bon när trycket från människor eller rovdjur blir för stort.
"De häckar i ett begränsat område och jag hoppas att folk kommer att respektera de kontroller som tillhandahålls för att ge dem bästa möjliga chans att uppfostra sina unga."
De arktiska tärnorna, som har det vetenskapliga namnet Sterna paradisea, har en genomsnittlig vingbredd på 75-85cm.
Fåglarna, som parar sig för livet, lägger ett eller två ägg i ett litet område av marken.
Ett angrepp på häckande fåglar i en avelskoloni i norra delen av Isle of Man har föranlett en varning från vilttjänstemän.