Enligt förslagen kommer ytterligare 120 000 asylsökande att fördelas mellan EU-länderna, med bindande kvoter.
Det kommer efter en våg av tusentals främst syriska migranter som drivits norrut genom Europa under de senaste dagarna.
Jean-Claude Juncker sade till Europaparlamentet att det inte var "en tid att vara rädd".
Tyskland, som är den främsta destinationen för många invandrare, stöder kvoter, men vissa EU-länder motsätter sig ett obligatoriskt system.
Jean-Claude Junckers planer lades fram i ett årligt anförande där han redogjorde för Europeiska kommissionens prioriteringar.
Han inledde sitt anförande med att erkänna att Europeiska unionen "inte befann sig i en bra situation. Det finns en brist på Europa i denna union och en brist på union i denna union".
Han sade att kampen mot krisen är "en fråga om mänsklighet och mänsklig värdighet. Det är sant att Europa inte kan inhysa all misär i världen. Men vi måste sätta det i perspektiv.
"Detta utgör fortfarande bara 0,11 % av EU:s befolkning. I Libanon utgör flyktingarna 25 % av befolkningen."
Massinvandringen har sett dem som söker ett slut på förföljelse, konflikter och svårigheter resa från Turkiet över havet till Grekland, genom Makedonien och Serbien, och sedan till Ungern från där de syftar till att nå Österrike, Tyskland och Sverige.
På onsdagen stängde Danmark av alla järnvägsförbindelser med Tyskland och stängde en del av motorvägen efter att migranterna korsat gränsen och började gå norrut, tydligen för att försöka nå Sverige.
I södra Ungern bröt sig migranter vid gränsen till Serbien igenom polislinjer vid Roszkelägret och tvingade till stängningen av motorvägen M5.
Bland Jean-Claude Junckers förslag finns följande:
"Det är totalt 160.000 flyktingar som européerna måste ta till sig och jag hoppas verkligen att alla kommer att vara med den här gången - ingen retorik, åtgärder är vad som behövs", sade han till parlamentsledamöterna.
De nya planerna skulle flytta 60 % av dem som nu finns i Italien, Grekland och Ungern till Tyskland, Frankrike och Spanien.
De siffror som tilldelas varje land beror på BNP, befolkning, arbetslöshet och asylansökningar som redan behandlats.
Länder som vägrar att ta emot invandrare kan drabbas av ekonomiska påföljder.
14 september: EU:s inrikesministrars särskilda möte om flyktingkrisen, med förslag från Juncker på dagordningen
15-16 okt: Toppmötet mellan EU:s ledare, med flyktingkrisen högt på dagordningen. Europaparlamentet beslutar sedan om nya asylåtgärder tillsammans med EU:s regeringar
I början av 2016: EU:s förslag om bättre hantering av laglig migration till EU
Vad händer nu med de asylsökande i Tyskland?
Peston: Varför Tyskland behöver invandrare mer än Storbritannien
Vad kan EU göra för att lösa krisen?
Nio viktiga ögonblick i krisen
Den andra utvandringen till Tyskland - människor från Balkan
Migrerande kris i bilder
Är du påverkad av krisen?
Spanien sade på onsdag att landet skulle acceptera en kvot på nästan 15 000 extra migranter som fastställts av EU.
Jean-Claude Junckers förslag kritiserades emellertid av både Tjeckien och Slovakien.
Tjeckiens premiärminister Bohuslav Sobotka sade att obligatoriska kvoter var "inte en bra lösning", medan hans slovakiska motsvarighet kallade dem "irrationella".
Polen och Rumänien har också motsatt sig idén, även om Polen har gått med på att ta in fler migranter.
Frankrike välkomnade den första av 1 000 migranter som landet har lovat att ta från Tyskland och som har åtagit sig att ta emot 24 000 migranter under två år.
I en separat utveckling Australien har meddelat planer på att ta in 12.000 syriska flyktingar.
Tyskland har välkomnat syriska migranter och avstått från EU:s regler och säger att man förväntar sig att enbart ta itu med 800 000 asylsökande i år - även om inte alla kommer att betraktas som flyktingar och vissa kommer att skickas tillbaka.
Den tyske förbundskanslern Angela Merkel sade i onsdags att Tyskland behövde lära sig av sina misstag när det gällde att märka inkomsttagare under efterkrigstiden som "Gastarbeiter" eller "gästarbetare" - med innebörden att de inte var permanent bosatta.
Många av de flyktingar man förväntar sig i framtiden "kommer att bli nya medborgare i vårt land", sade hon.
En anmärkning om terminologi: BBC använder termen migrant för att hänvisa till alla personer på resande fot som ännu inte har avslutat den rättsliga processen för att ansöka om asyl. Denna grupp omfattar människor som flyr krigshärjade länder som Syrien, som sannolikt kommer att beviljas flyktingstatus, liksom människor som söker jobb och bättre liv, som regeringar sannolikt kommer att härska över är ekonomiska invandrare.
Europeiska kommissionens ordförande Jean-Claude Juncker har meddelat att han planerar att erbjuda en snabb, beslutsam och heltäckande reaktion på EU:s migrationskris.