Han utsågs av Nigel Farage 2014.
Trots detta anser han fortfarande att han har stöd av majoriteten av UKIP-medlemmarna.
Nu måste han övertyga partimedlemmarna i norra Wales att sätta honom på listan över kandidater till maj månads val.
I var och en av församlingens fem regioner kommer UKIP:s kandidater att rangordnas i en omröstning med partimedlemmar.
Gill säger att han kämpade för denna omröstning i partiets nationella exekutivkommitté (NEC).
Några oroade sig över kandidater som påtvingats dem från länder utanför Wales - kandidater som tidigare Tory parlamentsledamöter Mark Reckless och Neil Hamilton.
Mr Gill dras inte till individer. Det är upp till medlemmarna att bestämma, säger han.
Men vissa säger att Mr Gill inte gjorde tillräckligt - att hela urvalsprocessen borde ha hanterats i Wales och att Mr Gill borde dra sig tillbaka
"Jag har arbetat i Wales för UKIP i 11 år. Jag känner de allra flesta medlemmar. Jag har letat med människor över hela Wales i varje område, säger han.
"Jag känner till kvaliteten på de människor vi har, det passionerade medlemskapet, den förmåga vi har. Och jag har stått upp för dem.
"Och kanske några av medlemmarna inte har sett det eftersom det har hänt bakom stängda dörrar. Men jag har stått upp för Wales."
Kritiker i andra parter, som avfärdar UKIP som anti-Welsh, kommer att höja ett ögonbryn vid detta uttalande.
Men kritikerna i hans eget parti är det största problemet.
Och eftersom besluten om hur kandidaterna väljs ut fattades vid tre privata NEC-möten, om inte dessa kritiker var i rummet de måste ta Mr Gill på hans ord.
"Det finns människor som uppenbarligen inte gillar mig. Det finns folk som gillar mig. Men jag tror att de som stöder mig överväger dem som inte gör det."
Några av dem som uttalar sig är motiverade av "personliga skäl", tänker han, efter att ha ändrat sig om att stå som kandidater. Och de som säger att han underlåter att representera rank-och-fil talar "nonsens".
Jämfört med övriga parter har UKIP:s urvalsförfarande varit rörigt. Men UKIP säljer sig själv som motgift till andra parter.
Trots att Gill är ledamot av Europaparlamentet ser han inte sig själv som en del av en politisk klass.
Kanske är det inte förvånande i ett klimat där politiker rutinmässigt traduceras. Vem skulle identifiera sig som medlemmar av den politiska klassen?
Jag träffade honom i hans hem - ett familjeägt bed and breakfast på Anglesey där han och hans fru Jana uppfostrar sina fem barn.
Tror en del av honom att han klarar sig utan flacken från dem som vill att han ska sluta?
"En del av mig tror förstås att jag är människa. Jag har en vacker familj. Jag har ett liv utanför politiken."
Så varför fortsätta?
"Eftersom vi har det viktigaste valet i Wales för oss på fem år. Vi måste få UKIP-representation i den församlingen.
"Och även, mycket sannolikt om fem eller sex månader kommer vi att ha hela raison d'etre UKIP.
"Hela anledningen till att jag gick med i UKIP är att folkomröstningen om Storbritannien borde vara medlem i Europeiska unionen eller inte.
"Om vi ska styras av Bryssel eller om vi anser att vi är tillräckligt stora för att stifta våra egna lagar.
"Det var därför jag gick med i partiet. Jag kan inte ge upp vid sista hindret."
Till skillnad från de andra fyra huvudpartiledarna i Wales, blev Nathan Gill inte vald av sina partimedlemmar.