Atlantico förlorade tisdagens kvartsfinal första ben 2-1, med målgörare Fernando Torres skickade iväg när de ledde 1-0.
Luis Suarez gjorde båda hemmamål, men tidigare verkade sparka Juanfran.
"Jag vet inte vad Barca spelare måste göra för att få skickas iväg precis som vi", sade Brasilien vänster-back Luis.
Holders Barcelona, syftar till att bli det första laget att vinna back-to-back Champions Leagues, ta en smal fördel i det andra benet på Vicente Calderon nästa onsdag.
Atletico gjorde ett potentiellt värdefullt bort mål genom Torres, men spelet vände när Spanien strejkaren skickades iväg för två onödiga bokningar inom sju minuter.
Atletico manager Diego Simeone var upprörd över beslutet av den tyska domaren Felix Brych, som också till synes missade Suarez surra ut vid Atletico höger-back Juanfran nära byeline.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Vi borde inte ha fått det röda kortet, det var helt orättvist", sade före detta Chelsea försvarare Luis.
"Det är inte lätt att spela mot Barcelona i Champions League. Vi vet att det är riktigt farligt om de går ut i kvartsfinalen. Vi måste spela mot allt och alla.
"Du kan se att det finns rädsla för att Barca ska elimineras."
Luis erkände att Atletico stod inför en "verkligen svår" uppgift att nå semifinalen men tillade: "Vi lever fortfarande. Det är möjligt."
Simeone sade att han inte var "angripen" med Torres, även om den 32-årige före detta Chelsea och Liverpool senare bad om ursäkt och tog ansvar för sin uppsägning.
Atletico Madrid försvarare Filipe Luis tror "det finns rädsla för att Barcelona kommer att elimineras" från Champions League, och hävdar att hans sida behandlades orättvist på Nou Camp.