Nya siffror visar att det totala antalet lärare i hela Skottland har ökat, men tolv rådsområden minskade.
Swinney sade att statistiken var "goda nyheter" mot bakgrund av rekryteringen av "utmaningar" inom vissa områden.
Oppositionspartierna sade att antalet fortfarande var nere på lång sikt.
Och de sade att föräldrar "har rätt att vara mycket arga" över skillnaden mellan elever med bättre och sämre bakgrund.
De senaste siffrorna visade att antalet lärare ökade för första gången på flera år, med 51 000 anställda i statliga skolor år 2016.
Men i 12 lokala myndigheter minskade antalet, med den största procentuella minskningen i Moray, vilket har belyst rekryteringsproblem tidigare.
Siffrorna var bland en ny uppsättning viktig statistik som publicerades om tillståndet i det skotska utbildningssystemet.
Andelen elever i förhållande till lärare upprätthölls i hela Skottland, men den genomsnittliga storleken på en klass smög sig upp något till 23,5 elever.
Antalet lärare minskade nationellt mellan 2010 och 2014 och stabiliserades sedan.
Antalet lärare minskade i 12 fullmäktigeområden, bland annat i Highland och Dumfries och Galloway, även om andelen elever i båda dessa regioner bibehölls på samma nivå.
På 12 fullmäktigeområden blev förhållandet mellan elever och lärare sämre under 2016, bland annat i Edinburgh och Fife där antalet lärare hade ökat. Dessa var följande:
Regeringen förväntar sig att förhållandet mellan elever och lärare bibehålls, även om BBC Skottland förstår att råden inte kommer att drabbas av några ekonomiska sanktioner.
Många råd har sagt till BBC Scotland att de har svårt att fylla vissa lediga platser.
Nyligen presenterade den skotska regeringen ett antal initiativ för att försöka uppmuntra fler människor att undervisa, och vissa lokala myndigheter har också lanserat sina egna initiativ.
Den senaste statistiken visade också:
Separata siffror, publicerade på tisdagen, tittade på det antal barn som lärare anser att de utför på den nivå som krävs för deras ålder i Curriculum for Excellence.
Uppgifterna visade att mellan 65 % och 85 % av eleverna i grundskolan uppnådde den relevanta nivån i fråga om läs- och skrivkunnighet och räknekunnighet. Andelen elever som uppnådde den relevanta nivån för sitt stadium minskade dock under de första stadierna.
Swinney uppdaterade siffrorna för fysisk planering: "Jag välkomnar verkligen ökningen av antalet lärare jämfört med förra året, det faktum att klassstorlekarna i stort sett är stabila och att förhållandet mellan elev och lärare har bibehållits.
– Allt detta är goda nyheter, särskilt när man tänker på de utmaningar som lärarrekryteringen innebär inom vissa områden.
– Uppgifterna visar att det krävs betydande förbättringar i vissa lokala myndigheter, och det finns verkliga utmaningar när det gäller att uppnå de framsteg i läs- och skrivkunnighet och räknekunnighet som vi söker.
"Det finns mycket att vara stolt över i skotsk utbildning; vi måste fortsätta att fokusera på och engagera oss i läroplanen för Excellence och vi måste fortsätta att genomföra de reformer som vi genomför."
Skottlands största lärarförbund, EIS, välkomnade ökningen av antalet lärare men sade att vissa "betydande utmaningar" fortsatte att möta skolor.
Generalsekreteraren Larry Flanagan sade: " Antalet lärare som är anställda i hela Skottland har hållit sig stadigt, och visar faktiskt en liten ökning totalt sett, vilket tyder på att de lokala myndigheterna har hållit fast vid ett åtagande mellan EIS och lokala och nationella myndigheter att upprätthålla lärarantalet under året.
"Detta är mycket välkommet, och bidrar till att förbättra sysselsättningsmöjligheterna för kvalificerade lärare och se till att ungdomar har en konsekvent nivå på utbudet i skolor i hela Skottland.
"EIS skulle säkert förvänta sig att den skotska regeringen fortsätter sitt åtagande att upprätthålla lärarantalet, och vi hoppas att snart få en bekräftelse från finansministern i hans kommande redovisning."
Han tillade: "Med tanke på det välkomna skotska regeringens åtagande att ta itu med bristen på resultat är trenden med stigande klassstorlekar en fråga som måste hanteras genom större investeringar i ett större antal kvalificerade lärare."
De skotska konservativa sade att lärarantalet fortfarande var tusentals under de nivåer de var på 2007.
Partiets utbildningstaleskvinna Liz Smith sade: "Med lärarsiffror som sjunkit från de nivåer de var på för ett decennium sedan, ifrågasätter det återigen om CfE kan levereras på rätt sätt.
"Det finns ett antal berättigade farhågor om läroplanen, och denna statistik är ytterligare bevis för att vi behöver ha en ordentlig oberoende granskning av hur den genomförs."
Smith sade också till Swinney att föräldrar "har rätt att vara mycket arga" över klyftan mellan elever från olika ekonomiska omständigheter.
De skotska grönas utbildningstaleman Ross Greer ifrågasatte regeringens beslut att publicera statistik om hur väl skolelever gjorde inom vissa områden av läroplanen för spetskompetens.
Han sade: " Dagens siffror visar de ytterst bisarra utbildningsprioriteringar som den skotska regeringen har. Vi ser att klassstorlekar fortsätter att krypa upp, vilket gör dem till de högsta de har varit sedan SNP bildade regeringen och nio år efter att de lovat att minska dem till 18.
"Fler lärare och mindre klasser är viktiga om vi ska kunna förbättra utbildningens kvalitet."
Samtidigt anklagade den skotske labourledaren Kezia Dugdale SNP för att "slå" utgifterna för Skottlands skolelever med mer än 8 %.
Hon betonade analysen av det skotska parlamentets informationscentrum (SPICe) som hon sade visade att realtermernas utgifter för utbildning minskade från 6 6 692 pund per elev under 2010/11 till 6 152 pund under 2014-15.
Hon sade: " Nicola Sturgeon lovade att göra utbildning till sin högsta prioritet, men Skottland har störtat ner de internationella ligaborden på sin vakt.
"De årliga nedskärningarna av skolbudgetarna, lärarantalet och stödpersonalen skadar Skottlands barns livschanser."
Scottish Liberal Democrat education talesperson Tavish Scott MSP sade: "Dagens siffror visar att SNP efter ett decennium vid makten har misslyckats med att uppfylla sitt åtagande om mindre klassstorlekar för våra yngsta elever."
De senaste siffrorna en vecka efter det att det visade sig att Skottlands skolor hade noterat sina sämsta resultat någonsin i en internationell undersökning av elever.
Landets poäng för matematik, läsning och vetenskap alla minskade i den senaste uppsättningen program för internationell studentbedömning (Pisa) siffror.
Det var första gången sedan testerna inleddes 2000 som Skottlands prestationer inom alla tre ämnesområdena klassades som "genomsnitt", utan "över genomsnittet", bland de 72 länder som deltog.
Curriculum for Excellence har införts i skotska skolor under de senaste åren, och landets kvalifikationssystem har också setts över.
Dock har lärarfacken klagat över "överdriven och ohållbar" arbetsbörda till följd av vissa av förändringarna.
Utbildningsminister John Swinney har välkomnat en övergripande ökning av antalet lärare i Skottland - även om han sade att "betydande förbättringar" behövdes på vissa områden.