Martin, 28, har gjort sju mål i 17 framträdanden för Fulham i mästerskapet denna termin.
Han "gjorde sig otillgänglig" för fredagens övergivna match på Reading, men Jokanovic insisterade på att han skulle stanna.
"Jag tänker inte skicka honom tillbaka till Derby - han kommer att stanna hos oss och respektera kontraktet," sade Jokanovic.
"Han slutade träna, men jag har information från den medicinska personalen att han är tillgänglig att spela. Han bestämde sig för att ta ledigt en dag."
Han fortsatte till BBC Radio London: "Vi är inte en tågstation, du kan inte komma in och ut när du vill. Vi måste respektera oss själva, vi är den äldsta Londonklubben.
"Jag vet inte om han kommer att spela för Fulham, men jag är säker på att han inte kommer att spela för Derby."
Tidigare denna månad sa Derby manager Steve McClaren att han var förvånad att Martin fick lämna klubben under tidigare chef Nigel Pearson.
Fulham manager Slavisa Jokanovic har avfärdat rapporter om att anfallaren Chris Martin kunde återvända tidigt till Derby från sitt säsongslånga lån på Craven Cottage.