Denna gång genomfördes undersökningen enligt en ny konstitution, avsedd att förhindra en upprepning av detta våld när mer än 1.000 människor dog när anhängare av rivaliserande kandidater sammandrabbade.
De har valt en president, riksdagsledamöter och senatorer, de nya posterna för landshövdingar och medlemmar av länsförsamlingar. Presidenttävlingen ses som ett tvåhästlopp mellan premiärminister Raila Odinga mot vice premiärminister Uhuru Kenyatta.
BBC-korrespondenter runt om i landet sammanfattar hur omröstningen gick.
På vissa platser sträckte sig köerna mer än en kilometer, eftersom väljarna i Kibera stod tålmodigt i kö.
Området är en av Nairobis största slumområden. Det är valkretsen för Raila Odinga, en av favoriterna för presidenttävlingen och scenen för några av de värsta våldet efter det senaste valet 2007.
I dag hade många kommit före gryningen, och de hade tålmodigt väntat i kö, ibland i timmar.
Väljarna kastade sina röster i färgkodade lådor - sex var - för en mängd olika representanter, lokala och nationella.
Minnena från fem år sedan är fortfarande färska och, som kampanjen drog mot sitt slut, en känsla av rädsla var påtaglig.
Polisen talade om konspirationer för att skapa kaos och varnade för att våld skulle mötas in kind.
Men åtminstone i Kibera, när solen blev varmare och paraplyerna kom ut, var stämningen uppe.
"Fred, fred", skrek en folkskara som en lastbil av paramilitära polisen snubblade förbi.
Vi stötte på en man med dreadlocks och en gryta med vit färg. Hans budskap, "Fred ville leva", kan ses ruvade på murar och vägar runt om i grannskapet.
Men det verkliga fredstestet kommer sannolikt att komma när alla omröstningar har avlagts, och resultaten börjar komma in.
När solen börjar gå ner, avtar värmen och vissa vallokaler är fortfarande öppna efter den officiella stängningstiden på 17:00, med köer av människor som är fast beslutna att avlägga sin röst.
Spänningarna har varit höga i denna osäkra och torra region nära Somalias gräns och det har varit en stor säkerhetsnärvaro vid vallokalerna - med mellan fem och tio beväpnade poliser under bevakning.
På söndagskvällen dog en person i en explosion och en annan person sköts till döds i det som tros vara valrelaterat våld.
En del människor började köa klockan 05.00 - en timme innan vallokalerna öppnades.
Men det har varit frustration i de långa köerna, med en del som köper vatten för att hälla över huvudet för att kyla ner sig och andra som sitter under paraplyer.
De biometriska röstidentifieringssystemen har inte fungerat på vallokalerna i denna nordöstra stad, så valtjänstemännen har varit tvungna att ta till de manuella röstlängderna. Det datoriserade fingeravtrycket och ansiktsidentifieringen infördes efter det senaste valet för att förhindra bedrägeri.
Detta fördröjde hela processen, liksom det faktum att omkring 60 procent av väljarna har behövt hjälp med att rösta eftersom de är analfabeter.
En kvinna med ett barn på ryggen berättade för mig att efter att ha väntat tills hon kom fram till framsidan av kön, fann hon att hennes namn inte fanns på rullen, trots att hon hade ett röstregistreringskort.
Hundratals människor gav upp.
En man som inte kunde hitta sitt namn efter att ha köat i tre köer över 12 timmar berättade att han skulle hem utan att rösta.
I centrum av Mombasa ställde sig många människor upp från 05:00 för att säkerställa sin plats i kön och undvika de svetsande temperaturer som kännetecknar kusten.
En grupp vita lusthus skyddade de tidiga väljarna från solen och de sex färgkodade valurnorna.
Nästan en halv miljon väljare är registrerade i Kenyas andra stad, och ytterligare en halv miljon av dem utgör de omgivande länen.
Detta är historiskt "oppositions"-territorium, men under den komplicerade aritmetiken av presidentomröstningen har kandidaterna inte råd att ignorera denna del av landet.
Många väljare köar tålmodigt beskriver det som en "historisk dag" - första gången kenyaner röstar under en ny konstitution.
Men längre ut längs kusten fördärvades valdagen av tekniska fästingar och sporadiskt våld i en handfull flashpoints.
Misslyckade biometriska röstsedlar orsakade förseningar i Mombasa West.
I Changamwe, en halvtimmes körning från staden, hackades fyra poliser till döds med machetes av ett gäng, som myndigheterna hävdar var medlemmar av separatisten Mombasa Revolutionary Council (MRC).
Gruppen hade uppmanat väljarna att bojkotta opinionsundersökningarna i protest mot vad de ser som marginalisering av Mombasa, men få tycktes lyssna till denna uppmaning.
Folkmassorna utanför Changamwes vallokal hade svällt till flera hundra vid mitten av eftermiddagen: Kvinnor med sina barn fastspända på ryggarna och män med svettpärlor i pannan, till synes oavskräckta av den attack som ägde rum strax innan opinionsundersökningarna öppnades.
Många människor i folkmassan utanför Changamwe Social Hall som förvandlades till den lokala vallokalen verkade inte övertygade om att gruppen var skyldig.
Kenya har haft en lång historia av våldsamma val och områden som anses vara oppositionsfästen som denna, används till vad folk beskriver som "maktfulla krafter" som försöker skrämma bort människor från opinionsundersökningarna. Men den här gången finns det en påtaglig beslutsamhet att bevisa för världen att Kenya är på en ny demokratisk väg.
En visselpipa av den nya polisinspektören till "brottsscenen" bidrog till att ge trygghet i vad som annars har varit en fredlig undersökning.
För upptagen med att twittra för att rösta?
Q&A: valet till Kenya 2013
På bild: Kenyanska val
Det förekom också oroligheter i staden Kilifi, där två civila var bland sex skjutna.
Även om våldet som blossade upp var i isolerade områden, det fick Khalef Kalifa från Muslims for Human Rights orolig.Som en valobservatör sade han polisen verkade "ill prepared" för eventuella sammandrabbningar och att i vissa valstationer datorer inte fungerade och "i en valstation en väljare var tvungen att komma och visa presiding erbjudande hur man använder datorn".
Men valtjänstemän lovade väljarna att de skulle hålla vallokalerna öppna för att kompensera för tidigare förseningar.
När kvällsbesöket till bön kunde bära hördes ekon från moskéerna i Mombasa, Festus Mwanzia var nummer 27 i kön.  Han hade tålmodigt väntat i nästan 12 timmar.
"Jag kommer hem klockan tio", kvittrade han självsäkert. "Precis i tid för att se resultaten på TV."
Många här vet att det största testet ännu inte har kommit när räkningen kommit igång.
I den västra staden Eldoret, provinshuvudstaden i Riftdalen där mycket av våldet efter valet inträffade efter valet i december 2007, började omröstningen tidigt på morgonen med entusiastiska väljare som anlände så tidigt som 05:00.
Det var långa köer, en del sträckte sig en kilometer.
Vid MV Patels valstation, som har flest registrerade väljare i regionen, klagade man över att processen var för långsam.
I Shinyalu, på landsbygden Kakamega - mellan Eldoret och Kisumu - blev områdets tidigare riksdagsledamot, Justus Kizito, överfallen tidigt på morgonen och hans Range Rover brändes i aska.
Han säger att attacken var politisk och tvingades fly av rädsla för sitt liv innan pöbeln satte eld på fordonet.
Vid Kosachei Primary School nära Eldoret, William Ruto, en misstänkt vid Internationella brottmålsdomstolen från Kalenjin samhället och kör partner till presidentkandidat och kollega åtala Uhuru Kenyatta, en Kikuyu, röstade vid 07:30.
Efteråt berättade han för mig att om deras jubileumskoalition skulle vinna, skulle de samarbeta med ICC i hopp om att rentvå sina namn. De två, som var rivaler under den senaste undersökningen, förnekar båda anklagelserna om att iscensätta våldet efter 2007 års omröstning.
Vid vallokalerna i Kiambaa - bara ett stenkast från den illa lottade kyrkan där mer än 40 Kikuyu-människor som hade sökt skydd brändes levande den 1 januari 2008, då det sattes i brand av en grupp beväpnade Kalenjinungar - var de flesta väljare glada över att ha röstat i fred.
Paty Chelegat, en Kalenjin mor till två, sade till BBC: "Det finns fred i Kiambaa området och faktiskt hela Uasin Gishu län och min glädje är att jag har röstat fredligt och [jag] hoppas att allt kommer att bli bra även efter att resultaten tillkännages."
Peter Kariuki, fyrabarnsfar, sade att trots att han förlorade sina släktingar i Kiambaakyrkans eld, blir han uppmuntrad av den rådande friden bland de olika samhällen som inte brukade se öga mot öga.
"Jag är mycket glad eftersom denna omröstning är en ny början för invånarna i Kiambaa och Eldoret", sade han.
Jag vaknade i denna stad vid sjön, ett fäste för presidentkandidaten Raila Odinga, kl. 02.15 av folk som blåser vuvuzelas - deras larmsignal för att få ner folk till vallokalerna tidigt.
Klockan 04.00 - två timmar innan opinionsundersökningarna öppnades - köade redan tusentals människor.
Det var lite spänning på en vallokal när den inte öppnade i tid och väljarna tvingade upp porten, men tjänstemännen återställde ordningen och omröstningen började.
Kvinnor med spädbarn eller som var gravida kunde komma till fronten på den slingrande linjen.
På en vallokal stoppade en kvinna en babyfilt under sin klänning så att hon kunde passera för gravid och ges företräde att rösta, men hennes mage knep fungerade inte.
Efter att kvinnor i slummen Kondele ombads att amma sina barn för att bevisa att avkomman är deras för att hoppa kön.
Kondele, där arbetslösheten är hög, har en historia av valvåld med rivaliserande lokala politiker som ofta använder ungdomar för att ställa till problem.
En 56-årig man i Kondele sa att det var första gången han såg ett fredligt val i slummen.
Odinga's Cord Allians har uppmanat folk att inte dricka alkohol och strax före omröstningen stängdes de flesta barer på Kisumu.
Majoriteten av företagen har också stängts i dag och efter att ha röstat följde folk rådet att åka hem i stället för att hänga i grupper för att titta på förhandlingarna.
Det är svårt att tro med tanke på de stora folkmassorna tidigare, men valtjänstemännen i Kondele höll redan på att räkna rösterna bara en timme efter det att opinionsundersökningarna skulle avslutas klockan 17:00.
Efter att ha räknats kommer valsedlarna att föras till en central plats i staden innan de överförs till Nairobi.
Folk kom ut i stora antal för att rösta, några köande på den kyliga morgonen från 03:00.
Det fanns klagomål om den långsamma processen att göra de sex röstsedlarna, men väljarna förblev glada.
"Jag har väntat fem timmar - jag kan vänta 50 till", sa en man till mig.
"Jag går inte förrän jag har röstat, kommit regn, sol, hunger eller sömn."
Nakuru är ett kosmopolitiskt område, även om det efter det senaste valet förvandlades till ett etniskt slagfält mellan två rivaliserande samhällen, Kalenjins och Kikuyus.
"Vi kommer att återlösa bilden av Nakuru, det som hände 2007 kommer inte att hända igen. Vi har lärt oss vår läxa," sa en 29-årig kvinna till mig.
En del människor reste långa sträckor för att rösta, en man på Afraha stadion - där linjen var dubbelt så lång som en fotbollsplan - hade återvänt hem från Uganda där han arbetar.
De biometriska id-systemen fungerade inte på de flesta vallokaler, vilket orsakade förseningar.
En person, som gick med i en kö klockan 03:00 så småningom röstade vid 11:00 eftersom han letade efter sitt namn i papper väljarnas register - det var bara på framsidan av den tredje kön som han så småningom lyckades.
Trots förseningarna fick alla chansen att rösta och vallokaler stängdes som planerat klockan 17:00 lokal tid (14:00 GMT).
De flesta människor har återvänt hem, för att följa räkningsprocessen på TV eller radio.
Den vanligtvis livliga stadskärnan är övergiven, utan bilar eller fotgängare.
Till och med de curiostånd som är populära bland turister som kommer för att se flamingos vid Nakurusjön i närheten är stängda.
Jag hittade bara en restaurang som är öppen.
Lastbilar fulla av poliser kan ses patrullera överallt i denna stad - ett jordbrukscenter i Rift Valley.
Men människor som jag talade med säger att de inte förväntar sig något våld när resultaten väl har kommit ut, eftersom ansträngningarna för att uppnå försoning mellan samhällen som ställdes mot varandra efter valet 2007 har varit framgångsrika.
Kenyaner har röstat i ett nyckelval - den första sedan den omtvistade tävlingen i december 2007 som utlöste veckor av blodsutgjutelse.