Domstolen vägrade att ge Salvatore Girone tillåtelse att resa till Italien i jul.
Kommissionen avslog också Massimiliano Latorres begäran om att förlänga hans vistelse i Italien med ytterligare två månader. Han fick åka hem i september i fyra månader för medicinsk behandling.
Marinsoldaterna står i borgen i väntan på rättegång.
På tisdagen sade domstolen att rättegången redan hade blivit mycket försenad och att rättsliga förfaranden snart måste återupptas.
Marinsoldaterna vaktade ett italienskt oljetankfartyg när de öppnade eld och dödade två män utanför Keralakusten. Marinsoldaterna sa att de misstog fiskarna för pirater.
Indien har uteslutit möjligheten till dödsstraff och åberopat antipiratlagen för att pröva marinsoldaterna.
Italien har alltid insisterat på att männen skall ställas inför rätta i Italien när skottlossningen har ägt rum på internationellt vatten.
Förra året var Delhi och Rom inblandade i en bitter diplomatisk rad efter att Italien vägrade att skicka tillbaka marinsoldaterna när de fick åka hem för att rösta i valet i februari 2013.
Marinsoldaterna återvände så småningom till Delhi en månad senare och domstolen drog tillbaka sin kontroversiella order.
Indiens högsta domstol har avvisat reseöverklaganden från de två italienska marinsoldater som anklagades för att ha dödat två indiska fiskare 2012.