FA sade att det påstås att Ferdinand "använde kränkande och/eller förolämpande ord och / eller beteende mot en match tjänsteman i eller runt tunnelområdet."
QPR hade två starka straffanspråk av domaren Craig Pawson.
Före detta Hoops-strejkaren har fram till 18:00 GMT den 13 mars att svara.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
QPR förblir utan vinst hemma under huvudtränare Chris Ramsey, som utsågs att ersätta Harry Redknapp den 13 februari.
QPR chefen sade han var "mycket besviken" med nederlaget av Spurs som höll sin sida tre punkter på drift av säkerhet.
Efter matchen Ramsey klagade om två straff överklaganden - varav en var när Mauricio Isla gick ner under en utmaning från Tottenham målvakt Hugo Lloris, och i en separat incident Spurs midfielder Nabil Bentaleb verkade blockera Charlie Austin skott på mål med händerna.
Ramsey berättade för BBC: s Match of the Day: "Vi tyckte att vi förtjänade åtminstone en punkt från spelet, [det fanns] två kontroversiella incidenter som vi behöver klargöra på.
"Vi kommer att behöva ta en titt på dessa och vi hoppas att de inte kostar oss i slutet av säsongen. Vi inser att domarna har ett svårt jobb och ibland går de emot dig."
QPR chef för fotboll Les Ferdinand har åtalats av Football Association efter påstådd missbruk av en match tjänsteman efter hans sida 2-1 hem nederlag till Tottenham.