Mr Pistorius säger att han av misstag sköt sin flickvän Reeva Steenkamp genom dörren, tror att hon var en inbrottstjuv, sedan bröt ner den med slagträet.
Åklagaren sa att han försökte slå ner dörren och avfyrade vapnet.
Pistorius förnekar att Steenkamp avsiktligt dödats i februari 2013.
Forensisk expert Polis överste Johan Vermeulen sade också att han trodde att Mr Pistorius hade träffat dörren med fladdermus från en låg vinkel, vilket tyder på att han inte bar sina protesben på den tiden.
Genom Pumza FihlaniBBC News, Pretoria
En stor dag i mordet på Oscar Pistorius. Försvaret arbetade outtröttligt med att motbevisa ett fynd av överste Johan Vermeulen, en dekorerad rättsmedicinsk expert inom den sydafrikanska polisen (SAPS).
Oscar Pistorius toalettdörr stod påträngande i rättssalen, som hölls upp av en vit ram, bakom den en toalettbås. Överste Vermeulen, ett statligt vittne, berättade för domstolen att baserat på märkena på dörren och deras nivå Mr Pistorius var på sina stubbar när han slog dörren med en cricket fladdermus.
Försvaret utmanade starkt hans version och tillade att de kommer att presentera sina egna expertvittnen som kommer att bevisa att Mr Pistorius faktiskt bar sina proteser. Försvarsadvokat Barry Roux presenterade också en annan dimension i fallet, vilket tyder på att polisen vårdslöst hanterade brottsplatsen - han pekade på polisen skoavtryck på dörren. Teknikerna från brottsplatsen är ett märke eller ett genombrott för båda sidor.
Roux plan verkar inbegripa att misskreditera processen för insamling av bevis. Han har redan antytt om den möjliga föroreningen av brottsplatsen, vilket placerar SAPS under en ganska pinsam spotlight.
Detta motsäger idrottsmannens påstående att han hade burit sina konstgjorda lemmar.
Korrespondenter säger om idrottaren var på hans protes lemmar är viktigt eftersom det kan matcha delar av hans berättelse att han av misstag sköt Ms Steenkamp, eller avslöja inkonsekvenser i det.
Den skadade toalettdörren, med fyra kulhål, undersöktes i rättssalen tillsammans med en kopia av toalettbåset.
Rättsmedicinska bevis på var skotten avfyrades, hur de grupperades och deras bana presenterades för domstolen på onsdag.
I korsförhör bad Pistorius försvarsteam kriminaltekniska expert Col Vermeulen att knäböja och lyfta fötterna, vilket fick honom att vackla.
Försvarsgruppen hävdade att Pistorius därför inte skulle ha kunnat balansera på sina stubbar och bryta ner dörren med hjälp av en cricketfladdermus.
Försvarsadvokat Barry Roux påstod också att polisen hade förorenat brottsplatsen genom att kliva på dörren.
Överste Vermeulen hävdade att om Pistorius var tillräckligt balanserad för att avfyra ett vapen, kunde han också bryta ner en dörr med ett slagträ.
Den rättsmedicinska experten hävdade att vinkeln och placeringen av märkena på dörren antydde att de hade orsakats av någon mycket kortare än han.
Försvarsgruppen hävdade att ett märke på dörrens botten visade var Pistorius hade försökt sparka upp dörren med hjälp av sina protesben. Överste Vermeulen höll med om att detta var möjligt.
"Markeringarna på dörren stämmer faktiskt med att han inte har sina ben på och jag misstänker att de måste vara liknande den höjd som han var när han sköt skotten," sade han till domstolen.
Åklagaren hävdar att Mr Pistorius slog dörren med cricket slagträ innan skotten avfyrades, men försvaret hävdar att det var tvärtom.
Rättegången är nu halvvägs igenom sin andra vecka.
Tidigare på onsdagen hävdade en vän till Pistorius att stjärnan hade kört i 200 km/h (124 mph) och att han hade tagit en bild av hastighetsmätaren för att bevisa det.
Försvarsgruppen hävdade att Darren Fresco själv körde på den tiden och därför hade fabricerat bevis.
På tisdagen ifrågasatte Pistorius försvarsteam en patologs upptäckt att hans flickvän hade ätit mindre än två timmar innan han dödade henne.
Detta motsäger idrottsmannens berättelse att paret hade legat i sängen i flera timmar före skottlossningen.
Staten försöker övertyga domstolen om att Mr Pistorius och Ms Steenkamp, en 29-årig modell, och reality TV-stjärna, hade ett argument innan idrottaren sköt skotten som dödade henne.
Det finns inga juryer vid rättegångar i Sydafrika, och hans öde kommer i slutändan att avgöras av domaren, biträdd av två bedömare.
Om den 27-årige, en nationell idrottshjälte dubbade "bladelöparen", kan ställas inför livstids fängelse.
En rättsmedicinsk expert har svängt ett cricketträ vid en toalettdörr som rests i rättssalen vid Oscar Pistorius mordrättegång i Sydafrika för att visa viktiga bevis.