Tågföretaget sade att det skulle återbetala skillnaden i kostnad mellan huvudlinje och höghastighetståg - för att kompensera för förlusten av direkta höghastighetståg.
Sydöstra kommer också att ge säsongsbiljettinnehavare från fem stationer en bakåtdaterad 20% återbetalning på huvudlinjen priser.
Dover MP Charlie Elphicke, sade linjen fortfarande behövde repareras snabbt.
Han sade att det hade varit en svår tid för järnvägsanvändare och att det var rätt passagerare som skulle kompenseras efter det att problemen uppstod när sprickorna dök upp i havsmuren.
Elphicke sade att en höghastighetstågtjänst i rusningstid mellan Dover och St Pancras för att hjälpa pendlare hade gjort skillnad.
"Vi behöver nu Network Rail för att bekräfta hur lång tid det kommer att ta att reparera havsmuren", sade han.
Steve Kilby, från Network Rail, sa att teamet arbetade hårt för att få en slutlig design på plats för reparationer.
Men, sade han: "Den här veckan har varit mycket stormig på stranden och våra killar har arbetat genom tuffa förhållanden."
Han sade att 15 000 ton sten hade placerats på bältros för att skydda järnvägen från tunga hav och att så småningom mer än 70.000 ton skulle finnas på plats.
De stationer där passagerarna kommer att kompenseras är Sandwich, Deal, Walmer, Martin Mill och Dover Priory.
Ersättningsblanketter finns tillgängliga för personer på stationen.
Passagerare som påverkas av kollapsen av en järnvägslinje under stormar i Dover ska kompenseras, järnvägsoperatören Southeast har sagt.