Forskare från Trend Micro hittade bloggar på webbplatsen hade ändrats för att installera skadlig kod som kallas Cryptesla på läsarnas enheter.
malware håller filer på värddatorn till lösensumma och kräver en betalning för att återställa dem.
The Independent sade att den hade tagit bort alla annonser på webbplatsen medan den undersökte.
"Det verkar som om en annons som visas på den bloggsajten kan ha inkluderat malware," sade en talesman för tidningen.
"Det finns inga förslag eller bevis på att någon av våra användare har påverkats av detta."
Talaren sade att platsen påverkas var ett gammalt eller "legacy" system som nu sällan besöktes.
Enligt Trend Micro, ransomware har funnits på oberoende bloggar webbplats sedan minst 21 November.
"Vi rapporterade det till dem på tisdag - men, från och med idag, är det fortfarande händer," sade Raimund Genes, chef teknisk officer på Trend Micro.
"Nu måste vi offentliggöra för att varna människor som inte använder säkerhetsprogramvara som vår."
malware utnyttjar ett säkerhetshål i Adobe Flash Player för att installera sig på offrets dator.
När den väl laddats ner, ställer den in om kryptering av dokument, vilket gör dem värdelösa utan nyckeln för att dekryptera dem, för vilket den kräver en lösensumma.
Den sårbarhet i Flash har sedan dess lappats, men alla som använder en gammal version av webbläsaren plug-in kan fortfarande vara i riskzonen.
"För ett tag på tisdag, den malware inte utlösas. Men det var inte Independent lösa det, det var angriparna uppdatera malware med en ny version, "sade Mr Genes.
"Mitt råd är att uppdatera din Flash Player. Alltid göra det omedelbart när det står att en uppdatering är tillgänglig, eftersom Flash fortfarande en av de viktigaste sätt angripare kan äventyra ett system. "
Talespersonen tillade att mediegruppen nu undersökte händelsen.
"Vi undersöker för närvarande tredje part reklam leverantörer som används av vår externt värd blogg plattform Oberoende bloggar, som är en separat enhet för oberoende.co.uk," sade de.
"Mindre än 0,2% av den oberoende digitala publiken besökte denna separata, äldre bloggsajt under hela november månad", tillade talesmannen.
Fler och fler cyberbrottslingar försöker subvertera annonser i ett försök att fånga ut besökare till populära webbplatser.
Denna så kallade malvertising har påträffats på många andra platser. Andra tidningar samt streaming webbplatser och porr värdar har alla kort värd bröstskyddad annonser.
Den oberoende tidningens bloggplattform har kort äventyrats med skadlig kod som infekterar läsarnas datorer, säkerhetsexperter har sagt.