Steven Maclean kom hem med öppningen fem minuter före halvtid.
Värdarna, slacker efter pausen, hade belägrade anfallare Larnell Cole skickade iväg efter att han konfronterat domaren.
Liam Craig förseglade vinsten från straffplatsen med två minuter att spela, innan Graham Cummins avslutade en överdådig stoppage-time flytta.
Och det blev ännu värre för Caley Thistle efter matchen, med kapten Gary Warren visade ett rött kort i tunneln.
Saints förblir fem poäng fria från Hearts på fjärde plats, och stängde gapet på tredje-placerade Rangers, som spelar Aberdeen på söndag, till tre poäng.
Med spelet efter spelet tickar förbi, Inverness position ser allt farligare. Nästa helgs resa till Morwell, andra-bottom på målskillnad, är nu seismisk.
Denna tävling blev mardrömslik för värdarna efter en ljus öppning, men sanningen är, med tanke på deras situation, Caley Thistle inte hotat St Johnstone mål nog.
Billy Mckay skickade ett skott från nära håll. Alex Fisher nickade ett dykhuvud brett. Carl Tremarco misstog en volley.
Greg Tansey gjorde en räddning från Alan Mannus när han rasade i ett försök från utanför lådan, men Richie Forans sida såg aldrig sannolikt att hitta nätet.
Deras bästa tillfälle kom direkt efter att Saints gick vidare, när Tansey matade Cole, som verkade panik i en fantastisk position och sköt rakt mot Mannus.
Coles avskedande avslutade tävlingen när han verkade vara varnad två gånger för att ha utmanat domare Stephen Finnies beslut att inte utdela en foul.
Johannessten var skoningslös och kunde ha fått mer.
Med bara en vinst från deras senaste 21 ligan spel, Inverness ser djupt i trubbel.
Tommy Wrights sida förtjänar så mycket beröm. Saints var taktiskt lysande, så starka defensivt och hänsynslöst kapitaliserade på sin mänskliga fördel.
De tog en av sina få första halvchanser när Michael Coulson bröt ner vänstern och skickade en farlig boll över sexyardslådan.
Owain Fon Williams kunde bara parera in i riskområdet, Cummins skott blockerades men Maclean följde upp för att tvinga hem det.
De borde ha haft en annan när Craigs fantastiska curlinghörna flög hela vägen till bakstolpen där Cummins halkade in och på något sätt välte den från två meter.
Craig, i sitt 300:e framträdande för klubben, konverterade kyligt en spot-kick efter att Cummins snubblade för att försegla poängen.
Cummins slog sedan hem efter Miller dansade runt området för att omringa honom, innan Craig knäckte baren mitt i den sena flurry.
Med en tendens att avsluta säsongen starkt, och bara en trepunkts gap till Rangers, Perth sidan ser kapabel till något speciellt denna term.
Inverness CT manager Richie Foran: "Det är en tuff tid för säsongen att sitta längst ner, och jag behöver riktiga män för att stå upp mot det, men inte tillräckligt av dem gjorde det idag.
"Det är ren tur att vi fortfarande är i det och det är bara fyra punkter. Jag låter som en trasig skiva men en seger förändrar den - det är sanningen. Men jag behöver modigare spelare med mer passion och lust. Vi kontrollerade aspekter av spelet utan att ha den hänsynslösa kant till det. Jag tror inte att vi trodde idag.
"Den viktigaste person som inte är bra nog är jag. Jag gör uppenbarligen inte mitt jobb rätt och ber om ursäkt till supportrarna. Jag tror att vi svek dem idag.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Det duger inte. Jag väljer laget, jag väljer formen, jag kommer att ta 90% av skulden för det men spelarna måste stå upp också. "
St Johnstone manager Tommy Wright: "Vi gick i 1-0 på halvtid utan att spela särskilt bra men såg ut som ett hot. Vi såg bekväma ut och efter utskicket var vi hänsynslösa. Vi gjorde två och kanske kunde ha gjort två eller tre till.
"Situationen att gå och sparka på och se till att vi fick det andra målet, att se till att vi inte hade några problem under de senaste minuterna, var utmärkt.
"Det har varit en vecka som inte började så bra som har slutat helt magnifikt för oss. Vi gillar att försvara oss. Vi får inte panik när vi är pressade. Vi är en bra sida som kan göra båda sidor av spelet.
"Det finns en bättre chans ikväll (av att avsluta tredje) men vi kommer inte att ryckas med. Vi fortsätter jobba bort. Det håller oss fem före Hearts. Det var ett viktigt resultat."
Matchen slutar, Inverness CT 0, St Johnstone 3.
Andra halvlek, Inverness CT 0, St Johnstone 3.
Försök missade. Graham Cummins (St. Johnstone) höger fotade skott från höger sida av lådan missar till vänster.
Liam Craig (St Johnstone) träffar baren med en vänster fotad skott från utanför lådan.
Mål!  Inverness CT 0, St Johnstone 3. Graham Cummins (St Johnstone) höger fotade skott från mitten av lådan till övre vänstra hörnet. Hjälpt av Chris Millar.
Mål!  Inverness CT 0, St. Johnstone 2. Liam Craig (St Johnstone) konverterar straffet med en vänster fotad skott till nedre vänstra hörnet.
Straff som medgivits av Carl Tremarco (Inverness CT) efter ett brott i straffområdet.
Straffet St. Johnstone. Graham Cummins drar ett brott i straffområdet.
Försök blockerat. Chris Millar (St Johnstone) höger fotade skott från mitten av lådan är blockerad.
Försök missade. Graham Cummins (St Johnstone) höger fotade skott från höger sida av lådan är nära, men missar till höger efter en snabb paus.
Scott Boden ersätter Jamie McCart.
Ersättning, St. Johnstone. Craig Thomson ersätter Blair Alston.
Andra gula kortet till Larnell Cole (Inverness CT).
Larnell Cole (Inverness CT) visas det gula kortet.
Handboll av Liam Polworth (Inverness CT).
Ersättning, St. Johnstone. Chris Millar ersätter Steven MacLean.
Försöket räddades. Carl Tremarco (Inverness CT) vänster fotade skott från mitten av lådan sparas i toppen av målet.
Gary Warren (Inverness CT) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Graham Cummins (St. Johnstone).
Försök missade. Billy King (Inverness CT) vänster fotade skott från mitten av lådan missar till höger.
Försöket räddades. Larnell Cole (Inverness CT) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i toppen av målet.
Foul av Liam Polworth (Inverness CT).
Tam Scobbie (St Johnstone) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Gary Warren (Inverness CT).
Graham Cummins (St Johnstone) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Ersättning, St. Johnstone. David Wotherspoon ersätter Michael Coulson.
Försök missade. Michael Coulson (St Johnstone) höger fotade skott från utsidan boxen är för hög från en direkt frispark.
Foul av Jamie McCart (Inverness CT).
Steven MacLean (St Johnstone) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försöket räddades. Greg Tansey (Inverness CT) höger fotade skott från utsidan rutan sparas i nedre vänstra hörnet.
Blair Alston (St Johnstone) visas det gula kortet för en dålig foul.
Liam Polworth (Inverness CT) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Blair Alston (St. Johnstone).
Larnell Cole (Inverness CT) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Michael Coulson (St. Johnstone).
Försök missade. Billy King (Inverness CT) vänster fotade skott utanför lådan missar till vänster.
Försök blockerat. Billy McKay (Inverness CT) höger fotade skott från mitten av lådan är blockerad.
Foul av Louis Laing (Inverness CT).
Michael Coulson (St Johnstone) vinner en frispark på högerkanten.
Liam Polworth (Inverness CT) vinner en frispark i anfallshalvan.
Tioman Inverness Caledonian Thistle föll fyra poäng på drift vid foten av den skotska premiärministern med nederlag av St Johnstone.