Zoe Gregory, 26 år, anklagas för att ha skickat ett meddelande om att ett sprängämne hade lämnats kvar vid Ormiston Victory Academy i Costessey i Norfolk den 9 februari.
Den 16-åriga flickans hem plundrades och hon förhördes om hotet av polisen.
Gregory har friställts för att inställa sig inför Norwich-domarna den 14 april.
Hon har åtalats för att ha kommunicerat falsk information och otillåten datoråtkomst.
Gregory, från Blackhill Wood Lane, Costessey, har blivit avskedad från sin roll, sade en talesman i skolan.
En lärarassistent har anklagats för att använda en elevs e-postkonto för att göra ett bombhot mot skolan där hon arbetade.