Colombias justitieminister Eduardo Montealegre sade att kontoret drevs av en kriminell organisation som hade avlyssnat e-post från en Farc rebellförhandlare och regeringen.
Han sade att president Juan Manuel Santos också var "sannolikt" måltavla.
Fredssamtalen inleddes på Kuba 2012 för att försöka få ett slut på fem decenniers konflikt.
"Detta kontor avlyssnade e-post från presschefen för Farc i (den kubanska huvudstaden) Havanna, en institutionell e-post från den nationella regeringen, och två e-postmeddelanden från kubanska journalister som täcker fredsprocessen i Havanna," Mr Montealegre berättade en nyhetskonferens i Bogota.
"Syftet med detta kontor, syftet med de människor som var inblandade i detta kriminella företag, var att sabotera, störa och påverka fredsprocessen i Havanna", sade han.
"Det verkar som om, genom detta kontor av avlyssning, e-post av presidenten av republiken var också förmodligen snappas upp."
En person, Andres Sepulveda, greps för att ha drivit operationen och sålt informationen till tredje man.
Justitieministern sa att de undersökte vem som betalade för att få tillgång till informationen.
Farc, Colombias största gerillagrupp, har varit i samtal med regeringen i Kuba sedan november 2012 för att försöka få ett slut på den mest långvariga interna konflikten i Latinamerika.
Hundratusentals människor har dödats och ytterligare omkring tre miljoner har fördrivits internt sedan de två sidorna började slåss på 1960-talet.
President Santos har sagt att han hoppas underteckna ett fredsavtal med vänsterrebeller i år.
Colombianska myndigheter säger att de har plundrat ett kontor som olagligt spionerade på rebeller och regeringskommunikation för att försöka undergräva fredssamtalen.