Latics är sju poäng från säkerhet med sex spel kvar inklusive tuffa resor till Brighton och Läsning.
David McGoldrick satte Ipswich framåt halvvägs genom första halvlek, slitit i Myles Kenlock pass, innan Freddie Sears tävlade klart för att dubbla ledningen.
Wigan förbättrades efter pausen, Bartosz Bialkowski sparar strålande från Ryan Colclough och Alex Gilbey, men Sears kastade sent på att göra det 3-0.
Vinsten lättade en del av trycket på stadsbossen Mick McCarthy, efter sju dragningar i sina senaste åtta matcher, och de är nu nio poäng från nedflyttningszonen.
En brist på mål har varit en av Tractor Boys huvudfrågor denna kampanj, med bara Wigan och Rotherham poäng färre, men strejker McGoldrick avslutade en 15-spel torka för att ställa bollen rullande.
Det var Republiken Irlands första mål sedan den 17 december när det gällde att få vinnaren i den omvända fixturen att gå med vinst.
Sears har också kämpat för att göra denna kampanj, men den tidigare West Ham framåt visade utmärkt fattning att skjuta förbi Matt Gilks för hans fjärde mål för säsongen.
Hans andra hade en air av lycka som Gilks räddade sin första ansträngning, som sedan föll vid hans fötter för en enkel tapp-in - men spelet var redan över vid den tidpunkten.
Med i genomsnitt 49 poäng hålla lag i den andra nivån eftersom tre poäng infördes för en seger i början av 1980-talet, Latics, på 34 poäng, kan behöva vinna fem av sina senaste sex matcher för att undvika en omedelbar återgång till League One.
Ipswich manager Mick McCarthy: "Jag är glad över resultatet och föreställningen och också lite lättad över det faktum att vi fick tre poäng och andra resultat gick för oss.
"Jag trodde att David McGoldrick och Freddie Sears symboliserade vår föreställning, men jag tänker inte heller bara sitta här och gala om allt.
"I början av andra halvan verkade det som om vi konspirerade för att ge dem ett mål och vår fantastiska målvakt såg till att det inte var 2-1 - även om jag tycker att vi förtjänade 3-0 seger."
Wigan interim manager Graham Barrow: "Scoreline var rättvis som vi gav dem alla tre mål - men för Matt Gilks i mål, det kunde ha varit mycket värre.
"Jag tänker inte ens låtsas att det var okej. Det var självmordsgrejer, riktig kamikazefotboll och jag känner mig personligen besviken.
"Saker sades i omklädningsrummet, men de kommer att stanna i omklädningsrummet, men klubben, supportrar och personal förtjänar inte den typen av prestation. Vårt försvar har faktiskt varit ganska bra den här säsongen men helt plötsligt gick det upp i rök."
Matchen slutar, Ipswich Town 3, Wigan Athletic 0.
Andra halvlek, Ipswich Town 3, Wigan Athletic 0.
Försök missade. Gabriel Obertan (Wigan Athletic) höger fotade skott utanför lådan missar till vänster.
Substitution, Ipswich Town. Dominic Samuel ersätter David McGoldrick.
Foul av Dan Burn (Wigan Athletic).
David McGoldrick (Ipswich Town) vinner en frispark på högerkanten.
Hörnet, Wigan Athletic. Förföljd av Bartosz Bialkowski.
Försöket räddades. Alex Gilbey (Wigan Athletic) höger fotade skott från utsidan rutan sparas i nedre högra hörnet.
Försök blockerat. David McGoldrick (Ipswich Town) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Försök missade. Max Power (Wigan Athletic) höger fotade skott utanför lådan är bara lite för hög.
Mål!  Ipswich Town 3, Wigan Athletic 0. Freddie Sears (Ipswich Town) höger fotade skott från mycket nära håll till nedre vänstra hörnet.
Försöket räddades. Freddie Sears (Ipswich Town) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i nedre högra hörnet. Hjälpt av Bartosz Bialkowski.
Försöket räddades. Max Power (Wigan Athletic) header från mitten av rutan sparas i mitten av målet. Hjälpt av Alex Gilbey med ett kors.
Hörnet, Wigan Athletic. Förföljd av Bartosz Bialkowski.
Försöket räddades. Alex Gilbey (Wigan Athletic) höger fotade skott från utsidan boxen sparas i mitten av målet.
Försöket räddades. Tommy Smith (Ipswich Town) huvud från mitten av lådan sparas i mitten av målet. Hjälpt av Grant Ward.
Max Power (Wigan Athletic) visas det gula kortet för en dålig foul.
Christophe Berra (Ipswich Town) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Max Power (Wigan Athletic).
Substitution, Wigan Athletic. Gabriel Obertan ersätter Shaun MacDonald.
Substitution, Ipswich Town. Kevin Bru ersätter Emyr Huws.
Försöket räddades. David McGoldrick (Ipswich Town) höger fotade skott från utsidan boxen sparas i mitten av målet.
Substitution, Wigan Athletic. Callum Connolly ersätter Stephen Warnock.
Toumani Diagouraga (Ipswich Town) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Max Power (Wigan Athletic).
Grant Ward (Ipswich Town) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Grant Ward (Ipswich Town).
Jake Buxton (Wigan Athletic) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Försöket räddades. Grant Ward (Ipswich Town) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i nedre vänstra hörnet.
Försöket räddades. Freddie Sears (Ipswich Town) höger fotade skott från höger sida av sex yard box sparas i mitten av målet. Hjälpt av Grant Ward.
Grant Ward (Ipswich Town) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Michael Jacobs (Wigan Athletic).
Foul av Myles Kenlock (Ipswich Town).
Michael Jacobs (Wigan Athletic) vinner en frispark på högerkanten.
Försök blockerat. Max Power (Wigan Athletic) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Hörnet, Wigan Athletic. Förföljd av Myles Kenlock.
Hörnet, Wigan Athletic. Förföljd av Bartosz Bialkowski.
Försöket räddades. Michael Jacobs (Wigan Athletic) vänster fotade skott från utsidan boxen sparas i mitten av målet.
Toumani Diagouraga (Ipswich Town) visas det gula kortet för en dålig foul.
Max Power (Wigan Athletic) vinner en frispark i anfallshalvan.
Wigan's Championship-relegation oro fördjupas med nederlag vid Ipswich.