Kontoret för järnvägar och vägar (ORR) sade att det hade säkerhetsproblem över West Coast Railway Company (WCRC).
Det följer en incident i mars förra året då ett lokomotiv stannade över en trafikerad järnvägsknutpunkt nära Royal Wootton Bassett.
WCRC verkställande direktör Patricia Marshall sade att hon var "nedslagen" med förbudet.
Hon tillade: "West Coast Railways kommer att fortsätta att arbeta nära ORR för att visa att det kan fortsätta sin verksamhet på det nationella nätverket på ett säkert och korrekt sätt."
WCRC och en förare står inför straffrättsliga förfaranden efter påstådd överträdelse av hälso- och säkerhetslagstiftningen.
I mars förra året gick man förbi säkerhetsutrustningen på Tangmere-loket, vilket fick den att passera en signal i fara.
Ett höghastighetståg hade passerat över korsningen mindre än en minut tidigare.
ORR sade att ett antal incidenter som ledde till säkerhetsproblem hade inträffat sedan incidenten, trots att företaget varnades för att förbättra säkerheten.
Den har utfärdat ett förbudsmeddelande, som hindrar WCRC - baserat i Carnforth i Lancashire - från att trafikera tåg.
Ian Prosser, HM Chief Inspector of Railways på ORR, sade beslutet att återkalla företagets säkerhetsintyg hade "inte tagits lätt".
"Min oro över West Coast Railway Companys brist på uppskattning av allvaret i en kollektiv rad incidenter under det senaste året, tillsammans med ORR:s oro över företagets styrning, gör tyvärr detta förbud nödvändigt.
"Dessa brister skapar en betydande risk för verksamheten på huvudnätet.
"Vi vill uppmuntra till framgångsrik affärsverksamhet på våra järnvägar och hoppas att WCRC kommer att kunna vidta åtgärder för att säkerställa en ändamålsenlig och korrekt säkerhetsledning i syfte att återuppta verksamheten.
"Våra inspektörer står redo att arbeta med företaget för att stödja och ge råd eftersom det stärker sin inställning till säkerhet."
En ångloksoperatör har förbjudits att bedriva sin järnvägstrafik på Storbritanniens huvudlinjejärnväg.