Iain Duncan Smith sade att en rad förändringar skulle spara skattebetalarna 50 miljarder pund i slutet av detta parlament.
Han sade att reformerna - inklusive hårdare kriterier för personer som ansöker om invaliditetsersättning - skulle "hjälpa och gynna" dem som ville återgå till arbetet.
Disability Trust välgörenhet sade att reformerna var en del av en "triple whammy" av faktorer som drabbar funktionshindrade människor.
På BBC One's Andrew Marr Show sade Mr Duncan Smith: "Jag tror att arbetsprogrammet nu för första gången någonsin arbetar med människor, som en gång var sjuka förmåner och som nu inte, gå tillbaka till arbetet."
Han sade att den nya ordningen skulle innebära att de som ansöker om invaliditetsförmåner regelbundet skulle bedömas för att avgöra om de behöver mer stöd med sina krämpor eller hjälp för att få arbete.
"Det fanns över en miljon [människor] inte tittat på över 10 år," Mr Duncan Smith sade.
"Dessa regelbundna recensioner, tror jag, kommer att hjälpa dem och gynna dem. Vi har inte introducerat det här för att skada eller skada funktionshindrade. Syftet är att försöka stödja funktionshindrade."
Han tillade: " Tanken är att få folk bedömda så att vi kan ta reda på vilka vars förutsättningar har förbättrats sedan kan söka arbete, och många går tillbaka till arbetet nu, och de som behöver fullt stöd får det fulla stödet."
Regeringen har gradvis rullat ut den nya personliga Independence Payment (Pip) för att ersätta Disability Living Dispens (DLA).
Enligt det gamla handikappsystemet måste de sökande bevisa att de inte kunde gå längre än 50 meter utan stöd för att få den högsta delen av bidraget.
Nu måste de bevisa att de inte klarar mer än 20m för att dra nytta av den högsta betalningen.
Duncan Smith insisterade på att detta inte var en direkt förändring, och att människor skulle bedömas i två steg - om hur stora svårigheter de har med att nå 20 miljoner först, och sedan 50 miljoner.
"Vad vi försöker göra med dessa reformer är att få dem att vara rättvisa så att de människor som behöver dem får bättre betalningar, och de som inte behöver de högre nivåerna inte tar de högre nivåerna," Mr Duncan Smith sade.
Enligt DLA systemet, sade han, 70% av människor som gjorde ett anspråk fick utmärkelser "för livet".
Det nya systemet kommer att omfatta regelbundna kontroller ansikte mot ansikte för att fastställa omfattningen av de sökandes sjukdomar.
Han sa att avdelningen för arbete och pensioner (DWP) förväntar sig nästan hälften av de 50 miljarder pund i besparingar som kommer under de kommande 12 månaderna.
Välfärdsreformerna, som infördes för ett år sedan, inkluderade också vad regeringen kallar avlägsnandet av "spare room subvention", men kritiker kallar "sovrumsskatten".
Duncan Smith, som försvarade den, sade att det inte var en skatt utan snarare en "balanserad och rättvis" politik för skattebetalarna.
Men Sarah Clifford, chef för kommunikation för Disabilities Trust, sade att reformerna var en del av en "triple whammy" av faktorer som påverkar funktionshindrade människor.
Hon sade att förändringarna måste ses parallellt med nedskärningar från lokala myndigheters sida och förändringar i bostadsbidragen i England, Skottland och Wales.
Bostadsbidragen ändras - dubbade "sovrumsskatten" av kritiker men beskrevs av ministrarna som avlägsnandet av ett "spararumssubventioner" - infördes i april förra året.  En parlamentsutskott varnade förra veckan för att åtgärderna skapade "ekonomiska svårigheter och svårigheter" för funktionshindrade.
Clifford sade: "Vi hoppas bara att Duncan Smith kan hålla löftet att detta kommer att vara ett rättvist system och inte vara orättvist eller orättvist mot människor med funktionshinder."
Under tiden sade arbets- och pensionssekreteraren att regeringen hade försökt avsluta ett avtal med företaget Atos, som hade till uppgift att bedöma om bidragssökande var i stånd att arbeta.
Mr Duncan Smith förnekade rapporter om att det var Atos som hade avslutat uppgörelsen och sade att skattebetalaren inte skulle betala något för det tidiga avbrottet i avtalet.
Arbets- och pensionssekreteraren har försvarat förändringar i välfärdssystemet, inklusive reformer av invaliditetsförmånerna.