Juryn lovordade Ahmed Mansoor för att han regelbundet uttryckte oro över godtyckliga frihetsberövanden, tortyr och förnedrande behandling i Gulfstaterna.
Som ett resultat av detta sades det att han hade ställts inför upprepade hotelser, trakasserier och dödshot från Förenade Arabemiratens myndigheter och deras anhängare.
Mansoor kunde inte få utmärkelsen i Genève på grund av ett reseförbud.
Martin Ennals Award är uppkallad efter den framlidne brittiske advokaten som blev den första chefen för organisationen för mänskliga rättigheter, Amnesty International.
Mansoor utsågs till en av de människorättsförsvarare som nominerades till priset av en jury bestående av tio globala människorättsorganisationer. Övriga nominerade var Asmaou Diallo av Guinea och Robert Sann Aung av Myanmar.
Före tisdagens prisutdelning hade juryn sagt att Mansoors frånvaro skulle "märka en mycket nedslående position för Förenade Arabemiraten, som är ett land som är stolt över sig själv som ett av naven i internationella affärer och turism i Mellanöstern, liksom en säker fristad i regionen".
"Som medlem av FN:s råd för mänskliga rättigheter, som löper för en andra mandatperiod, förväntar vi oss att UAE myndigheter att uppfylla sina skyldigheter att upprätthålla mänskliga rättigheter och skydda människorättsförsvarare," ett uttalande sade.
Mansoor och fyra andra aktivister som krävde demokratiska rättigheter i Förenade Arabemiraten arresterades och fängslades 2011 på uppdrag av "anklagande tjänstemän".
Trots att han benådades och släpptes senare samma år, förbjöds han att resa och fick sitt pass konfiskerat.
I ett videomeddelande inspelat inför ceremonin sade Mansoor: "Jag hoppas att min närvaro som finalist kan visa människor att vi har djupa människorättsfrågor som PR-företag och ett komplext nätverk av intressen försöker avfärda, eller åtminstone närvarande som motsatsen till verkligheten."
Förenade Arabemiraten har inte visat någon större tolerans mot oliktänkande sedan 2011 års arabiska vår. Dussintals människor har fängslats och de flesta har åtalats och dömts för att ha planerat att störta regeringen.
En aktivist från Förenade Arabemiraten har vunnit Martin Ennals Award för människorättsförsvarare.