Den 32-årige irländaren anklagas för att ha slagit Aidan Connolly i ansiktet med sin armbåge.
Goodwin drogs inte upp för brottet under Uniteds 3-0 seger.
Om han accepterar förbudet, skulle midfielder missa tre matcher från 15 November på grund av en ytterligare avstängning på grund av hans senaste rekord.
Goodwin har fram till onsdag att svara på klagomålet, med en utfrågning inställd på torsdag.
Han förbjöds för två matcher förra säsongen för att armbåga United Midfielder Stuart Armstrong.
Detta kom efter att United släppt sina egna bilder av händelsen i matchen i St Mirren Park.
St Mirren spelare-coach Jim Goodwin har åtalats av skotska FA med våldsamt beteende och erbjöd en två-match avstängning.