F.d. Manchester City och Liverpoolstrejkaren Balotelli, 26, protesterade mot hans behandling i ett inlägg i sociala medier.
Plea sa: "Vi hörde apa ljud i uppvärmningen och under spelet. Några anhängare förolämpade honom hela matchen. Balotelli var mycket, mycket upprörd."
Bastia släppte ett uttalande i lördags där han uttryckte sin förvåning över anklagelserna.
"Efter att varken ha märkt eller informerats, antingen av domarna, delegaterna eller någon medlem av Nice om någon händelse av denna typ, är det med förvåning som vår klubb upptäckte dessa anklagelser, som medför betydande skada för bilden av vår klubb som helhet," Bastia uttalande sade.
Den franska regeringen Ligue de Football Professionnel (LFP) har tillkännagett en undersökning av Balotellis påståenden.
Bastias uttalande tillade: "Med beaktande av LFP:s tillkännagivande av en undersökning står vår klubb nu till myndigheternas förfogande så att allt ljus spills över denna typ av beteende, som till sin natur är dumt och oacceptabelt."
Balotelli har gjort 10 mål i 15 matcher för Nice sedan gå på en gratis överföring från Liverpool i augusti, två år efter en £16m flytta till Anfield.
2013 drabbades han av övergrepp från romska fans när han spelade för AC Milan och hotade att gå av planen om han utsattes för det igen.
Trevlig midfielder Alassane Plea har bekräftat att han hörde rasistiska övergrepp riktade mot lagkamrat Mario Balotelli under fredagens 1-1 dragning på Bastia.