En affisch för konferenssamtalsfirman Powwownow visar en man på ett underjordiskt tåg omgiven av zombieliknande karaktärer i masker.
Changing Faces säger att annonserna är "okänsliga" på grund av likheten med masker som bärs av människor som återhämtar sig från brännskador.
Powwownow säger att bilderna inte riktar in sig på de med ansiktsmissbildningar utan istället visar karaktärer från "fantasy fasa".
I en annons visas en kvinna mitt i en grupp människor som bär masker liknande Jasons, huvudpersonen i fredags Den 13:e filmserien.
I ett blogginlägg, Changing Faces Chief Executive, James Partridge, sade tagline av kampanjen - Undvik skräck - var "störande".
Han skrev: "Det förstärker den skadliga associationen att människor som bär masker som en del av sin behandling och som har brännskador, ska fruktas och undvikas."
Ändrade ansikten säger att Powwownow ursprungligen gick med på att ta ner annonserna.
I ett uttalande till Newsbeat sade en talesman från konferenstjänsten: " När vi fick ett klagomål från Changing Faces, drog vi reklamen som ett tecken på respekt för välgörenhetens perspektiv och gjorde en översyn av reklamstrategin.
"Efter denna robusta recension återinförde vi annonsen som en återspegling av vår tro på det kreativa konceptet, dess tydliga hänvisning till fantasiskräckgenren och det faktum att vi inte på något sätt riktar oss mot eller diskriminerar människor med ansiktsmissbildning, eller faktiskt någon person.
"Annonserna fokuserar enbart på den fasansfulla pendlingsupplevelsen och riktar sig inte på något sätt till några individer."
Catrin Pugh från Wrexham fick brännskador i ansiktet och kroppen när tränaren hon reste i kraschade i Frankrike 2013.
Hon har varit under behandling sedan dess.
Hon talade med Newsbeat och sade: "Det är därför mitt ansikte ser 'normalt' ut och var en av de viktigaste delarna av min behandling.
"Den här annonsen, som antyder att människor i masker är "horrors" gör mig så arg."
"Jag minns när jag först gick ut till allmänheten i min mask, och på grund av min syn kunde jag inte se det, men min syster sade att nästan alla vände sig och gungade.
"Om det sedan förknippas med att vara som en skräck, som annonsen antyder, det kunde ha varit mycket värre, med sårande reaktioner, snarare än nyfikna reaktioner som är vad jag fick."
Powwownow hävdar att karaktärerna i dess kampanj är " vanliga i världen av dataspel, TV, underhållning och film.
"Vi vill upprepa att det absolut inte finns någon avsikt att förolämpa någon alls."
Följ @BBCNewsbeat på Twitter, BBCNewsbeat på Instagram och Radio1Newsbeat på YouTube
En välgörenhetsorganisation har kritiserat en rad annonser som den hävdar är kränkande för människor med ansiktsskador.