Det tros ha blivit upptäckt av en medlem av allmänheten vid 09:30 på lördag.
Man har letat i floden sedan den 41-årige Bryan Cowie sågs i vattnet nära Dumfries centrum på söndagen.
Återhämtningen genomfördes med hjälp av medlemmar av Nith Inshore Rescue.
En talesman för polisen sade: " Vi fick en rapport om en manskropp som låg i Nithfloden nära Kingholm Quay, Dumfries omkring kl. 9.30 i morse.
"Med hjälp av Nith Inshore Rescue har kroppen återfunnits och transporterats till Dumfries och Galloway Royal Inservary.
"Inga fler detaljer kan släppas just nu."
En talesman vid Belfast Coastguards tillade: " Vi blev ombedda att hjälpa polisen med att rädda kroppen.
"Vi har ingen information om hans identitet eller den här gången."
Polisen har hittat ett lik från floden Nith vid Kingholm Quay, 3 km söder om Dumfries.