Markits senaste inköpschefsindex sjönk till 53,6, från 54 i maj, den lägsta avläsningen sedan oktober 2013.
Även om någon läsning över 50 indikerar expansion, analytiker sade att den starka dollarn vägde på fabriksorder.
Under tiden, den amerikanska handelsavdelningen sade byggnadsverksamhet i maj var sin högsta sedan slutet av 2008.
Chris Williamson, chefsekonom på Markit, sade i ett uttalande att PMI-indexet pekade på en bredare ekonomisk nedgång i USA.
"Inköpschefer rapporterar den långsammaste takten i tillverkningsexpansionen under mer än ett och ett halvt år, vilket tyder på att ekonomin avtar igen.
"Avmattningen är till stor del kopplad till en tredje på varandra följande månatliga nedgången i exporten, i sin tur tillskrivs av många företag till den starka dollar undergräver internationell konkurrenskraft," Mr Williamson sade.
Den svagare siffran i juni var trots att delindexet för sysselsättning steg till 55,5 i juni, en ökning från 54,6 i maj och den högsta nivån sedan september 2014.
Under tiden lade USA:s byggnadsutgifter ut en stor vinst i maj, ledd av ett stort hopp i icke-bostadsprojekt.
Handelsdepartementet sade att utgifterna ökade med 0,8% från april, driver den totala aktiviteten till en säsongrensad årlig kurs på $1,04 biljoner, den högsta nivån sedan oktober 2008.
Alla större kategorier visade ökningar i maj, som leddes av en 1,5% ökning av icke-bostadsbyggnad, vilket återspeglade ökade utgifter på hotell, tillverkningsanläggningar och nöjesparker, sade avdelningen.
Utvecklare sade att utgifterna för icke-bofasta projekt hyllade positiva nyheter för arbetsmarknaden.
"Det drivs av känslan av att jobbtillväxten finns där, och hyresgästerna har behov av mer utrymme på grund av nya medarbetare", säger Richard Bezold, ordförande i Akermans fastighet.
Den amerikanska tillverkningstillväxten avtog i juni trots ökad sysselsättning, men det fanns bättre nyheter för byggsektorn, enligt två undersökningar.