Sanchez, 40, undertecknade i januari en förlängning av avtalet för att fortsätta att vara ansvarig till slutet av nästa säsong.
Men Deportivo vann bara två av sina sista 22 ligamatcher och slogs 8-0 hemma av Barcelona den 20 april när de slutade 15.
Tidigare Spanien och Real Madrid midfielder Sanchez var ansvarig för Deportivo i 13 månader.
Deportivo La Coruna har sparkat chefen Victor Sanchez efter ett nedslående slut på säsongen i La Liga.