Den hade meddelat FN att den hade för avsikt att lämna landet i oktober förra året och sade att Internationella brottmålsdomstolen strävade efter en "regeländring".
Oppositionen Democratic Alliance sedan hävdade i domstol att regeringen var tvungen att först söka parlamentariskt godkännande.
Men det kanske inte är slutet på regeringens försök att lämna Haag-domstolen.
Justitieminister Michael Masutha citerades som sagt efter domstolsutslaget i februari att regeringen skulle överväga sina alternativ.
Under tiden, enligt ett uttalande på FN-fördragens webbplats, har den planerade utdragningen officiellt annullerats.
Sydafrikas ursprungliga beslut att dra sig ur kom efter en tvist om den sudanesiske presidenten Omar al-Bashirs besök i landet 2015.
Myndigheterna vägrade att gripa Mr Bashir trots att han stod inför en arresteringsorder för påstådda krigsförbrytelser.
Bashir deltog i ett AU-toppmöte i Johannesburg, när regeringen ignorerade en ICC-begäran om att arrestera honom.
ICC har anklagats för att vara partisk mot afrikaner.
Internationella brottmålsdomstolen och den globala rättvisan:
I en icke-bindande resolution från Afrikanska unionen, som man enades om i januari, efterlystes ett massivt tillbakadragande av medlemsstaterna från domstolen, och vissa länder anklagade Internationella brottmålsdomstolen för att undergräva deras suveränitet.
ICC förnekar anklagelsen och insisterar på att den ska skipa rättvisa åt offer för krigsförbrytelser i Afrika.
Förra året sade Burundi och Gambia, tillsammans med Sydafrika, också att de skulle lämna domstolen.
Men Gambia, under den nye presidenten Adama Barrow, har ändrat sig.
Sydafrika har återkallat sitt tillbakadragande från Internationella brottmålsdomstolen (ICC) efter att Högsta domstolen sade att flytten var författningsstridig.