Spanjoren, 23 år, började på stolpe men halkade till femte plats efter en tidig teknisk fråga.
Han återhämtade sig och övertog Valentino Rossi med 12 varv att gå, säkra sin fjärde seger för säsongen och ta hans mästerskap totalt till 248 poäng.
Rossi kämpade för att stänga Marquez ledning och föll efter försvarare Jorge Lorenzo att avsluta i tredje.
Seger - den 28:e av hans karriär i toppklassen - ger Marquez en tydlig ledning över andra plats Rossi, med fyra lopp kvar.
Tidigare, Brad Binder blev den första sydafrikanska motorcykel Grand Prix världsmästare sedan 1980 som han vann Moto3 titel.
1. Vad är det för fel på dig? Marc Marquez (Spa) Honda - 41 minuter 57.678 sekunder
2 ) och 2.........................................................................................................  Jorge Lorenzo (Spa) Yamaha - 42:00.418
3. Vad är det som händer?  Valentino Rossi (Ita) Yamaha - 42:03.661
Fyra.  Maverick Vinales (Spa) Suzuki - 42:05.916
För att uppnå detta mål har kommissionen beslutat att inleda ett förfarande enligt artikel 108.2 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt (nedan kallat EUF-fördraget).  Cal Crutchlow (GB) Honda - 42:10.899
6. Vad är det som händer?  Dani Pedrosa (Spa) Honda - 42:14,750
7. Vad är det som händer?  Aleix Espargaro (Spa) Suzuki - 42:16.200
8. Vad är det som händer?  Pol Espargaro (Spa) Yamaha - 42:17.110
9. Utövande av delegeringen av befogenhet  Alvaro Bautista (Spa) Aprilia - 42:20.749
- Tio. - Vad är det för fel på dig? Stefan Bradl (Ger) Aprilia - 42:25.576
1. Vad är det för fel på dig? Marc Marquez (Spa) Honda - 248 Poäng
2 ) och 2......................................................................................................... Valentino Rossi (Ita) Yamaha - 196
3. Vad är det som händer? Jorge Lorenzo (Spa) Yamaha - 182
Fyra. Dani Pedrosa (Spa) Honda - 155
För att uppnå detta mål har kommissionen beslutat att inleda ett förfarande enligt artikel 108.2 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt (nedan kallat EUF-fördraget). Maverick Vinales (Spa) Suzuki - 149
6. Vad är det som händer? Cal Crutchlow (GB) Honda - 105
7. Vad är det som händer? Andrea Dovizioso (Ita) Ducati - 104
8. Vad är det som händer? Andrea Iannone (Ita) Ducati - 96
8. Vad är det som händer? Pol Espargaro (Spa) Yamaha - 96
- Tio. - Vad är det för fel på dig? Hector Barbera (Spa) Ducati - 84
MotoGP mästerskapsledare Marc Marquez flyttade 52 poäng klart i titeln loppet med seger vid Aragonien Grand Prix.