De brittiska och skotska regeringarna och Dundee stadsfullmäktige har kommit överens om ett public service-avtal (PSO) värt nästan 3,7 miljoner pund.
Loganair fortsätter att trafikera rutten från och med den 26 mars.
Tjänsten kommer att se två returflyg varje vardag och en returflyg på en söndag.
Den brittiska regeringen kommer att bidra med 50 % av de totala medlen, och den skotska regeringen lägger in 1,4 miljoner pund och Dundee stadsfullmäktige ger 400 000 pund i finansiering.
Förenade kungarikets luftfartsminister Lord Ahmad av Wimbledon sade: " Det gläder mig att Loganair kommer att fortsätta att driva denna direkta flygtjänst mellan Dundee och London Stansted i ytterligare två år.
"Passagerare och företag kommer att fortsätta att dra nytta av den konnektivitet denna rutt erbjuder. Det kommer att ytterligare öka handeln och turistmöjligheterna kommer att fortsätta att blomstra i Skottland."
Skottlands transportminister Humza Yousaf sade: " Tilldelningen av detta kontrakt till Loganair är välkomna nyheter som ger kontinuitet i tjänsten på denna viktiga rutt.
"Denna flygning ger inte bara en direkt förbindelse till London, men erbjuder också passagerare ett stort antal vidare anslutande destinationer från Stansted. Detta kommer att fortsätta att gynna både affärs- och fritidsresenärer."
Dundee stadsfullmäktiges ledare Ken Guild tillade: "Att säkra rutten i ytterligare två år genom denna senaste PSO ger rådet och dess partner en möjlighet att bygga vidare på tjänsten och locka andra rutter."
Den brittiska regeringens finansiering sker genom den regionala Air Connectivity Fund, som syftar till att upprätthålla förbindelser mellan London och mindre regionala flygplatser, där linjer riskerar att dras tillbaka.
Ett nytt avtal för att säkra flygförbindelsen mellan Dundee City Airport och London Stansted i ytterligare två år har tillkännagetts.