Den 24-åriga spanjoren var med East Fife förra säsongen och imponerade under en kort rättegång på Dens Park.
Etxabeguren tillbringade fem år med Real Sociedad och ingick i deras Champions League trupp för säsongen 2013-14.
Efter sin övergång till Scottish League Two i januari, gjorde han 15 framträdanden för New Bayview klubben.
Dundee har undertecknat ett treårigt avtal med försvararen Julen Etxabeguren Leanizbarrutia.