Den tidigare Barcelona och Ajax framåt dog av cancer, 68 år gammal, på torsdag.
Hans familj säger att de kommer att hålla en privat begravning för årets trefaldiga fotbollsspelare, medan ett offentligt minnesmärke också kommer att anordnas.
"Det har berört oss djupt att Johan var en sådan inspiration för många av er", sa ex-Manchester United midfielder Jordi i ett uttalande.
"På uppdrag av min mor, systrar och resten av familjen skulle jag vilja säga tack för alla kärlek, vänliga ord och minnen som har delats med oss, sedan igår men också under de senaste månaderna," tillade 42-åringen, som spelade under sin far i Barcelona.
Cruyff, som ledde Barca till sin första europeiska cup 1992 och även ledde Ajax, anses allmänt vara en av världens största spelare någonsin.
Siffror från fotbollsvärlden, nederländska politiker och kungligheter hörde till dem som skulle hyllas på torsdag.
Jordi Cruyff har tackat för hyllningarna till sin far, holländsk fotboll stor Johan Cruyff.