De flesta flygningar som kom ut från eller landade på Chiles huvudflygplatser ställdes in eller försenades.
Strejken drabbade Chile i den hektiska upptakten till julhelgen, vilket gjorde tusentals människor strandsatta.
Flygfältsarbetarfacket kallade strejken efter att regeringen avslog deras begäran om att ansluta sig till den mer generösa chilenska militärpensionsplanen.
Omkring 3.000 bagagehanterare, flygplatssäkerhet och väderprognoser vid 12 chilenska flygplatser anslöt sig till strejken.
Flygplatsarbetarna hade strejkat i 24 timmar i september över samma fråga.
Den här gången var det meningen att stoppet skulle pågå i 48 timmar, men det tog fyra dagar för båda sidor att nå en överenskommelse.
Deras meningsskiljaktigheter har inte lösts, men de anställda har gått med på att återuppta samtalen.
Chiles försvarsminister Jose Antonio Gomez bad om ursäkt för avbrottet och sade att flygplatspersonalen skulle göra extra ansträngningar för att försöka återställa situationen så snabbt som möjligt.
"Vi kommer att gå den extra milen tillsammans med flygbolagen, med all vår personal och även med arbetstagare från den civila luftfartsmyndigheten för att vända denna situation", sade Gomez.
Chiles flaggskeppsfartyg LAN, som är en del av LATAM Airlines, sade att det skulle lägga till 16 inrikesflyg till sitt dagliga schema under de närmaste dagarna.
Men flygbolagen kommer det att ta dagar att ta alla till sina destinationer, eftersom flygningarna redan var bokade innan strejken började på torsdag.
Flygplatsarbetarna i Chile har gått med på att avsluta en fyradagarsstrejk som ledde till stora störningar.