Räderna förstörde nio militanta positioner i Tirahdalen i Khyberdistriktet, sade militären.
Strejken kom efter att talibanerna stormade Karachi flygplats, i en attack som dödade minst 30 personer.
Den pakistanska talibanerna sade söndagens angrepp var som hämnd för dödandet av deras ledare förra året.
"Nio terrorist gömställen förstördes av tidig morgon militära flyganfall nära Pakistan-Afghan gränsen," militären sade i ett uttalande på tisdag.
Den Khyber stam regionen, nära Pakistan-Afghan gränsen, tros vara en bas för flera militanta grupper och utländska kämpar.
Det är inte klart när flygstrejkerna ägde rum eller vilken militant grupp som var måltavla, BBC:s Shahzeb Jillani i Islamabad-rapporter.
I slutet av söndagen anföll tio tungt beväpnade talibanstridande ett område på Karachis internationella flygplats Jinnah som huvudsakligen användes för frakt- och privatflygningar.
Säkerhetsstyrkorna fick kontroll tidigt på måndagen.
Flygplatsen öppnade igen sent på måndagen.
Tjänstemän sade att minst 29 personer dödades i de strider som rasade från söndag till måndag, inklusive alla militanter. I tisdags sade tjänstemännen att ytterligare nio kroppar hade återfunnits från flygplatsen.
Antalet omfattade sju kroppar som hittades i flygplatsens kyllager. Tjänstemännen sa att de var förkolnade till oigenkännlighet.
Det rapporterades att kropparna tillhörde en grupp flygplatsanställda som var instängda i anläggningen efter att ha tagit sin tillflykt från attacken.
Pakistan har kämpat mot en islamistisk upprorsbenägenhet i mer än ett decennium, och Pakistans talibaner är den främsta militanta gruppen.
Flygplatsattacken kom mot bakgrund av en stor splittring i talibanerna i Pakistan och hot om vedergällning efter begränsade militära operationer mot utländska militanter i norra Waziristan.
Den fräcka attacken har fört premiärminister Nawaz Sharifs regering under förnyad press för att beordra hårda aktioner mot talibanernas militanter, säger BBC:s Shahzeb Jillani.
Pakistans regering inledde fredsförhandlingar med talibanerna i Pakistan i mars, men få framsteg har gjorts och våldet har fortsatt, med Karachi som ett vanligt mål.
Korrespondenterna säger att med tanke på våldet verkar det tydligt att varje förevändning för en fredsprocess nu är över.
Den pakistanska militären har genomfört flyganfall i stamområden i nordvästra delen av landet och dödat minst 15 militanter, säger tjänstemän.