Ben, från Sheffield, var 21 månader gammal när han försvann från en bondgård i Iraklis den 24 juli 1991.
Platsen, som är 750m från där han senast sågs, ligger nära där officerare började gräva förra månaden.
De höll på att röja ett område där man tror att en grävlingsförare av misstag kan ha kört över Ben samma dag som han försvann.
Officerare arbetar med teorin att Konstantinos Barkas, som dog i cancer 2015, kan vara ansvarig för Bens död.
Läs mer om denna berättelse och andra från hela Sheffield och South Yorkshire
Det Insp Jon Cousins sade sökningen på den andra platsen var av "stor betydelse" och skulle ta fyra dagar.
"Det är på en annan plats än gården men jag förstår av vad andra människor säger mig... att vissa material tros ha flyttats från det området och kunde mycket väl vara här," sade han.
Cousins sade att sökningarna, som nu har ägt rum i nästan två veckor, skulle fortsätta i området runt gården.
"Det finns fortfarande primära platser här [vid gården] som jag måste se till att vi går igenom. Men jag tycker att det är viktigt att börja jobba på den andra sidan också."
På onsdag tillbringade Bens farfar Eddie Needham ungefär två timmar med polisen som turnerade i området när barnet sågs senast.
Needham renoverade gården när hans sonson försvann och polisen hoppades att han skulle kunna förklara hur platsen såg på tiden.
En utbyggnad av byggnaden, tillagd sedan Ben försvann, revs på onsdag.
En grupp på 19 poliser i South Yorkshire, rättsmedicinska specialister och en arkeolog har grävt ut området till följd av en TV-appell tidigare i år som gjorde att teorin om Barkas uppmärksammades på styrkan.
Polisen som söker efter det saknade barnet Ben Needham på den grekiska ön Kos har börjat gräva på en andra plats.