Förste minister Alex Salmond bekräftade att projektet kommer att få en utmärkelse på 2,2 miljoner pund.
Regeringen har ett mål om att 100 % av Skottlands elförbrukning ska komma från förnybara källor senast 2020.
Miljö välgörenhet WWF Skottland välkomnade nyheten att det skulle ge extra jobb samt billigare energi.
Finansieringen kommer att gå till programmet The Carbon Trust's Offshore Wind Accelerator (OWA), ett gemensamt industri- och regeringsprogram, som sammanför nio offshore-vindutvecklare med över 72 % (31GW) av Storbritanniens licensierade kapacitet.
OWA får 200 000 pund 2014/15 och 2 miljoner pund 2015/16.
Finansiering kommer att användas för att uppmuntra vindkraftsutvecklare att samarbeta för att försöka uppnå kostnadsminskningsmål och även för att kommersialisera havsbaserade vindkraftverk för skotska vatten.
Den första ministern sade att förnybar energi var "extremt värdefull" för den skotska ekonomin och investeringar i förnybar energi skulle se till att landet kunde bekvämt möta sina energikrav.
Han tillade: "Skottlandet är beundrat runt om i världen för vårt arbete med förnybar energi och 2013 sätter vi ett nytt rekord för förnybar energigenerering, med betoning på vårt engagemang.
"Den skotska regeringens mål är att producera motsvarande 100 % av Skottlands årliga bruttoelförbrukning från förnybara energikällor senast 2020, som en del av en bredare, balanserad energimix, och vi är redan nästan halvvägs dit.
"Förnybar energi är oerhört värdefullt för Skottlands ekonomi, för att minska våra koldioxidutsläpp och för att tillhandahålla låga koldioxidutsläpp samt arbetstillfällen och långsiktiga investeringar."
Carbon Trusts VD Tom Delay tillade: "Vi är glada över att få samarbeta med den skotska regeringen för att driva på ytterligare kostnadsminskningar inom offshore-vindindustrin.
– Sektorn har en enorm potential att generera kraft med låga koldioxidutsläpp och skapa ekonomiskt värde. Nyckeln till denna framgång kommer att vara att driva ner kostnaderna genom innovation och göra detta snabbt.
"OWA och denna nya finansieringsinjektion kommer att vara avgörande för att möta denna kostnadsminskningsutmaning."
Nyheter om finansieringen välkomnades också av miljövårdsorganisationen WWF Skottland. Gruppens klimat- och energipolitik officer Gina Hanrahan sade: "Det är bra att se den skotska regeringen stödja projekt för att hjälpa till att sänka kostnaderna för havsbaserad vindkraft.
"Undersökningar uppskattar att Skottlands havsbaserade vindkraftsindustri skulle kunna skapa 28 000 arbetstillfällen till 2020 och bidra med över 7 miljarder pund i investeringar till ekonomin.
Hon avslutade: "Genom att driva innovation och främja samarbete kommer initiativ som Accelerator-programmet att bidra till att vi utnyttjar de ekonomiska och miljömässiga fördelarna med havsbaserad vindkraft."
Den skotska regeringen har aviserat finansiering för ett initiativ för att minska kostnaderna för vindkraft till havs.