Arlene, som var 15 år och från Castlederg i County Tyrone, försvann efter en natt ute i County Donegal 1994.
Den huvudmisstänkte Robert Howard dog i fängelset förra året.
Kathleen Arkinson sa att hon kände att polisen hade missat tillfällen att förhöra några vittnen.
Hon klagade till polisombudsmannen 2006 om polisutredningen, och förhöret hördes.
Hon sa att polisen sökte igenom hennes hus, bröt ner hennes dörr med en slägga, grävde i hennes trädgård, och arresterade hennes partner, och tillfogade "olycksfall till skada som redan orsakats av bristen på utredning".
Fru Arkinson ansåg också att Howards rättegång 2005 för mordet på Arlene var felbehandlad eftersom juryn inte kände till hans många domar.
Hon tillade att när Arlene försvann, blev falska rykten värre.
" Ryktena var att jag dödade Arlene", sa hon.
"Hela världen pratade om det."
Senare förhördes Ursula Arkinson av ett ombud för Nordirlands polismyndighet, som frågade om det var tjänstens "skyldighet att undersöka varje tillfälle att ta reda på vad som hände".
"Det borde ha varit", svarade hon, "men de gjorde det inte."
Arlene Arkinson sade också att hon blev mer beskyddande för Arlene efter en incident när Arlene misshandlades av en man 1993.
Han sattes i fängelse för överfallet.
Deras mor hade dött tre år tidigare.
Fru Arkinson berättade om sista gången hon såg Arlene när hon åkte till ett disco i Bundoran, och hur hon hade gett henne pengar för att köpa marker på vägen hem.
Hon såg aldrig sin syster igen.
Hon beskrev inför Howard och en familj, Quinns, som hon trodde hade tagit Arlene till Bundoran, och att hon hade blivit övertygad om att de ljög om hennes försvinnande.
Mamman till en av Arlenes vänner berättade tidigare att hon blev rädd för Robert Howard efter att han hade sagt att han hade dödat en sexårig flicka.
Bernadette Timoney, som gav bevis via videolänk, sa under åren innan Arlene försvann hon trodde Howard var "en ond man med dricka i honom".
"Jag gillade inte hans utseende", sade hon senare.
"Jag ville inte vara i hans sällskap - han var väldigt skrämmande."
Hon tillade att hon hade egna döttrar och ville skydda dem.
Hon sade också att två månader innan hon försvann hade Arlene sagt till henne att hon ville 200 pund för att åka till England för en abort och insisterade på att hennes familj inte borde veta.
Hon sa att Arlene blev hysterisk när hon frågade henne om hon hade gått för att få pengarna från en bankmaskin med Howard, eller om Howard hade gjort något mot henne.
Timoney sade att hon inte hade berättat för socialtjänsten eller polisen om händelsen eftersom hon inte ville engagera sig.
En syster till Arlene Arkinson har berättat att utredningen i hennes död polisen inte behandlade hennes försvinnande med den "seriösa och förtroende" det förtjänade.