Gatwick hävdar att Sir Howard Davies beslut att inte backa upp en andra landningsbana på flygplatsen i West Sussex var bristfälligt.
Sir Howard har skrivit till regeringen och insisterat på att frågor som Gatwick tog upp noggrant övervägdes innan rapporten skrevs.
Regeringen ska bestämma vilken flygplats som ska expandera till jul.
Flygplatskommissionen tillbringade tre år med att höra inlagor, bland annat från Gatwick och Heathrow, om hur man bäst skulle kunna utöka flygplatskapaciteten i sydöstra Europa.
Dess rapport, den 1 juli, sade att det skulle finnas en tredje landningsbana vid Heathrow.
Gatwick hade argumenterat starkt för att det skulle tillåtas expandera i stället.
Det har sagt det ekonomiska argumentet för att utöka Heathrow är bristfälligt och Sir Howard använde passagerarnummer som var "10 år ut".
Sir Howard förutspår Gatwick på 40 miljoner passagerare till 2024 men flygplatsen säger att det kommer att slå det numret i år.
I ett brev till transportminister Patrick McLoughlin säger Sir Howard att flygplatskommissionen starkt anser att dess arbete är robust.
"De flesta av de punkter som Gatwick Airport Ltd gjorde också till kommissionen under sitt arbete och vi övervägde dem noggrant innan vi nådde våra slutsatser", sade han.
Crispin Blunt MP för Reigate, som är ordförande för en grupp lokala parlamentsledamöter som motsätter sig expansion på Gatwick slog ut på flygplatsen för att fortsätta att kampanj för expansion.
"Sir Howard Davies har rivit Gatwicks argument, vilket innebär en svag PR-insats för att undergräva trovärdigheten i flygplatskommissionens arbete och rekommendationer," sade han.
Gatwick sa att det stod fast vid sin åsikt att Sir Howards rapport var bristfällig.
"Om backas upp av regeringen kommer det oundvikligen att leda till "Heathrow Groundhog Day" med ingenting händer igen," sade verkställande direktör Stewart Wingate.
Flygplatskommissionens ordförande har avvisat Gatwicks kritik mot dess rapport som rekommenderar expansion på Heathrow.