Howard drabbades av skadan i en kollision med Posh anfallare Shaquile Coulthirst i söndagens 1-0 nederlag.
30-åringen gick Bolton på sommaren från Sheffield United och hade startat varje ligaspel hittills.
"Att förlora någon av hans kvalitet är ett slag för oss," chefen Phil Parkinson berättade klubbens webbplats.
"Men det är också en möjlighet för Ben Alnwick att satsa sitt anspråk på en plats i laget."
Bolton Wanderers målvakt Mark Howard kunde vara ute i 12 veckor med en bruten tumme och ligament skada lidit i deras League One förlust på Peterborough.