Ytterligare 24 butiker har lagts ned helt och hållet, medan polisen också har arresterat 186 påstådda brottslingar.
Inrikesdepartementet sade att det var "uppmuntrat" att så många återförsäljare hade "förnekats chansen att dra nytta av denna hänsynslösa handel".
Men välgörenhet DrugWise sade att förbudet hade drivit marknaden under jorden.
Lagliga toppar blev populära på drogscenen runt 2008. De innehåller ämnen som efterliknar effekterna av olagliga droger som kokain, cannabis och ecstasy och går under namnen Spice och Black Mamba.
Vad är legala toppar?
"Rättsliga höjder fick mig att slå mitt eget ansikte"
Lagar som kriminaliserar produktion, distribution, försäljning och tillhandahållande av läkemedel - känd som lagen om psykoaktiva ämnen - trädde i kraft i slutet av maj.
Kommendörkapten Simon Bray, från National Police Chiefs Council, sade Londons Metropolitan Police hade också beslagtagit nästan 14.000 kväveoxid eller skrattande gasbehållare sedan förändringen.
Bray sade, även om det var svårt att dra bestämda slutsatser om effekterna på användningen av narkotika, att "intuitivt anser jag att det måste ha haft en effekt".
"Det kommer säkert att göra det mindre lätt för den avslappnade förstagångsanvändaren att engagera sig i denna typ av saker", sade han tillade att han trodde att många människor var "lutade att köpa dessa saker" tror att de var lagliga och därför säkra.
Angelus Foundation, som utbildar människor om riskerna med juridiska toppar, sade att det trodde att många online handlare hade också stängt.
Jeremy Sare, chef för kommunikation på välgörenhet, sade till BBC: "Jag tror att förbudet har gjort en stor skillnad och vi stöder lagstiftningen.
"Vad vi är förvånade över är att online-tillgången inte har ökat. Handlare verkar ha slutat sälja. Det är fortfarande tidiga dagar och vi kan se tillbaka på 12 månader och se mer online handel men många ser att ha stängt.
"Många var verksamma inom lagen men nu har lagen gått emot dem så de har inte fortsatt."
Han sade att de två största grupperna som fortfarande använde drogerna var hemlösa och fångar.
Greg, ursprungligen från Essex och nu bosatt i västra Wales, berättade BBC Radio 5 live om sin erfarenhet av en juridisk hög känd som Holy Smoke.
"Jag hade bara lite... mitt huvud började snurra och jag hade en paranoid känsla. Jag ville bara gå hem och gömma mig, men jag kunde inte gå ordentligt. Jag trodde ärligt talat att jag skulle dö.
"Från vad jag har hört är det fortfarande ganska regelbundet tillgängligt. Jag tror att de flesta fortfarande tycker att det är lagligt."
"Alison" en återhämtande droganvändare, har också använt lagliga toppar. "De har namn som tåg Wreck, Black Cobra och Pandoras Box", sade hon. "Det är fortfarande väldigt lätt att få tag på. Du kan få tre paket för ungefär 25 pund.
"Inga priser har förändrats. Inget har förändrats alls. Folk går fortfarande omkring med den och säljer den hemifrån. Jag tror inte att det [förbudet] har gjort någon skillnad."
Harry Shapiro, chef för DrugWise, sade dock att även om förbudet kan ha skjutit upp "kasuella och nyfikna" missbrukare, hade det inte avskräckt dem med ett allvarligt drogproblem och hade drivit marknaden under jorden.
"Den har flyttats från affärerna till gatan", sade han.
Narkotikan har varit kopplad till 444 dödsfall sedan 2010, inklusive två bröder från Skottland.
William McGough, 30 år, hade ett drogberoende när han drunknade i en flod i Wick i Skottland 2013.
Sedan, i maj, hittades hans bror Simons kropp, 37, bredvid ett paket av de psykoaktiva substanserna.
Deras syster, Melanie Downie, 40, talade offentligt om sina dödsfall för att belysa drogernas "beroendeframkallande och destruktiva" natur.
Sarah Newton regeringens skyddsminister, sade drogerna "har redan kostat alldeles för många liv".
"Jag är uppmuntrad att se att - tre månader in - polisen använder sina nya befogenheter för att ta återförsäljare från våra gator och att så många återförsäljare har förnekats chansen att dra nytta av denna hänsynslösa handel."
"Dessa droger är inte lagliga, de är inte säkra och vi kommer inte att tillåta att de säljs i detta land", tillade hon.
Mer än 300 brittiska återförsäljare säljer inte längre så kallade legal highs, tre månader efter att ett förbud infördes, har Home Office sagt.