Den domare som var ansvarig för ärendet avslog åklagarens begäran om att lägga ned åtalet mot den strejkande.
Messi och hans far Jorge anklagas för att bedra Spanien på mer än 4 miljoner euro (3,1 miljoner pund, 5 miljoner euro). De förnekar varje orätt handlingssätt.
Advokater som agerade för skattemyndigheternas räkning krävde 22 månaders fängelsestraff för båda svarande.
Åklagare hävdar att Jorge undvek att betala skatt på sin sons inkomster genom att använda offshorebolag i Belize och Uruguay under 2007-09.
Messis advokater hade hävdat att spelaren "aldrig ägnat en minut av sitt liv åt att läsa, studera eller analysera" kontrakten, rapporterade El Pais tidningen tidigare.
"Det finns rationella tecken på att kriminaliteten begicks av båda anklagade parter", skrev domaren i en domstol ansökan, enligt AFP nyhetsbyrån.
Inget datum har fastställts för rättegången mot den 28-årige fotbollsspelaren - den fyrafaldiga World Player of the Year och en av de rikaste idrottarna i världen.
I juni beslutade högsta domstolen i Barcelona att Messi inte skulle beviljas immunitet för att han inte visste vad som hände med hans ekonomi, som delvis sköttes av hans far.
Intäkterna hänförde sig till Messis imagerättigheter, inklusive avtal med Banco Sabadell, Danone, Adidas, Pepsi-Cola, Procter och Gamble, och Kuwait Food Company.
Messi och hans far gjorde en frivillig "korrigerande betalning" på 5 miljoner euro - motsvarande den påstådda obetald skatt plus ränta - i augusti 2013.
Argentina och Barcelona fotbollsspelare Lionel Messi och hans far bör ställas inför rätta för skattebedrägeri, en domstol i Spanien har beslutat.