Ägare British Racing Drivers Club säger att det inte har råd att vara värd för tävlingen efter 2019 om inte en ny affär är överenskommen.
Horner säger att beslutet att utöva sin pausklausul riskerar att rasen flyttas till Londons gatubana.
"De skrev på ett kontrakt. De visste vad de gick in i och de har nu insett att de inte har råd med det, trots att de har ett fullt hus varje år."
Han tillade: "De borde antingen inte ha undertecknat det från början eller så fick de sina matematiker fel."
BRDC hade ett kontrakt fram till 2027 men det innehöll en pausklausul för att avsluta affären efter 2019 som måste aktiveras innan årets lopp i helgen.
Silverstone försökte nå en kompromiss med F1:s nya ägare Liberty Media men dessa samtal misslyckades.
Liberty erbjöd en rad alternativ för att försöka hjälpa Silverstone men banan ansåg att dessa inte var tillfredsställande.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
F1 är värd för ett evenemang i London på onsdag, med alla lag och många förare som deltar i en demonstration på Trafalgar Square.
Horner är medlem i BRDC men sade att han inte engagerade sig i några klubbbeslut.
Han tillade: "Liberty har gjort ett åtagande om att det kommer att bli en brittisk Grand Prix men med denna London händelse händer, om det var en framgång - vilket förhoppningsvis borde vara - med de senaste lagändringarna som det har varit i London, kan du föreställa dig en London Grand Prix är ganska attraktiv för Liberty killarna.
"Så Silverstone måste vara lite försiktig med hur de hanterar sig själva och förhandlar, att de inte upptäcker att de förlorar ut. Jag är förvånad över att de har utlöst sin pausklausul."
John Grant, BRDC:s ordförande, avfärdade tanken på ett gatulopp i London.
"De flesta informerade observatörer skulle säga att en London händelse är helt enkelt inte genomförbart - politiskt, miljömässigt eller kommersiellt", sade han.
Horner tillade: " Ur Libertys perspektiv är detta ett historiskt problem snarare än något nytt. Silverstone får ändå förmånliga priser. Det är svårt att föreställa sig att de förlorar pengar med 120.000 människor där, plus alla företag och allt annat under helgen.
"Jag skulle ifrågasätta hur det har hanterats och förhandlingarna de hade i första hand."
Grant sa att Silverstone hade "hållit förluster på 2,8 miljoner pund 2015 och 4,8 miljoner pund 2016, och vi förväntar oss att förlora ett liknande belopp i år".
Det nuvarande kontraktet förhandlades fram av en tidigare ledningsgrupp, som lämnade banan under ett moln för några år sedan.
Det började på £12m 2010, men kostar £16.9m i år och skulle ha varit £27.5m 2027 hade Silverstone inte utövat sin get-out klausul.
Kontraktet baserades på uppdateringar av banan, inklusive en ny grop och paddock komplex, men Horner sade att dessa hade dåligt verkställts.
"De spenderade en förmögenhet på groparna och sätta dem på fel plats", sade han.
"De har skapat en paddock som har noll atmosfär på en av de mest historiska kapplöpningsbanor i Storbritannien så det fanns några allvarliga felbedömning och ledning, skulle man säga.
"Men det är den brittiska Grand Prix och Storbritannien bör absolut ha en Grand Prix. Men det har förekommit vissa tvivelaktiga samtal.
"Det skulle vara chockerande att förlora Silverstone från kalendern och ännu mer chockerande att förlora en brittisk Grand Prix när du anser 80% av lagen är baserade i Storbritannien och hur mycket Storbritannien bidrar till F1 ur en historisk synvinkel."
Red Bull team chef Christian Horner säger att han är "amazed" Silverstone har avslutat sin brittiska Grand Prix kontrakt.