Direktsändningen av Johannes Adams klingoffers död var planerad till den 15 november.
Operan som ska utföras i höst skildrar kapningen av Achille Lauro kryssningsfartyg vid Palestinas befrielsefront 1985.
Den judiske amerikanske passageraren Leon Klinghoffer dödades i attacken
"Jag är övertygad om att operan inte är antisemitisk", skrev Mets General Manager, Peter Gelb, i ett uttalande.
"Men jag har också blivit övertygad om att det finns en genuin oro i det internationella judiska samfundet att direktsändningen av Klinghoffers död skulle vara olämplig i denna tid av ökande antisemitism, särskilt i Europa."
Beslutet fattades efter diskussioner mellan Paul Gelb och Anti-Defamation League, som representerade Klinghoffers barn.
Adams kritiserade beslutet och sade till nyhetsbyrån Associated Press att operan "inte i någon form tolererar eller främjar våld, terrorism eller antisemitism".
Achille Lauro hade seglat i Medelhavet den 7 oktober 1985 när gänget - medlemmar av en splittrad grupp av Yasser Arafats palestinska befrielseorganisation - attackerade.
Under ett dödläge på två dagar krävde gruppen att ett antal palestinska fångar skulle friges och dödade Klinghoffer, 69, innan han kastades överbord.
De palestinska militanterna flydde från början efter att ha låtit Achille Lauro docka i Egypten.
Senare avlyssnade den amerikanska militären ett egyptiskt plan som kaparna använde för att fly och tvingade det att landa på Sicilien, där de fyra kaparna arresterades.
Youssef Magied al-Molqui, ledaren för den grupp som övertog Achille Lauro, släpptes 2009 från ett italienskt fängelse efter att ha avtjänat nästan 24 år.
New Yorks Metropolitan Opera har annullerat planer för en global HD-sändning av en prestanda mitt i rädsla för att det skulle kunna väcka antisemitiska känslor.