Kvinnan, som då bara var 14 år, berättade för detektiverna hur hon trodde att Howard försökte våldta henne i sin lägenhet i Castlederg i början av 1990-talet.
Arlene, 15 år, försvann en tid senare, i augusti 1994.
Hennes kropp har aldrig hittats, och Howard, som dog i fängelset förra året, var huvudmisstänkt.
Det har visat sig att kvinnan någon gång efter det påstådda överfallet hade varnat Arlene Arkinson för att inte ha något med Robert Howard att göra.
Kvinnan kan inte namnges av juridiska skäl.
Hon förklarade hur hon hade känt Howard lite, och hur hon alltid hade varit obekväm med hur han såg på henne.
Hon sade till detektiverna: " Han brukade blända på mig. Han fick mig att känna mig väldigt obekväm"
Hon förklarade senare hur besök i Howards lägenhet oftast var fina och händelselösa.
Men ett besök blev en "nattmamma" när Howard kom in i ett rum och överföll henne.
Hon sa till rätten: "Jag trodde att vi lekte ett oskyldigt gömsle och sökte."
Men hon sa att överfallet började istället.
"Jag visste att Bob Howard var gong att ha sex med mig mot min vilja och jag hade så tur att komma undan", sade hon.
Hon sa att hon skrek åt Donna Quinn, dottern till Howards flickvän, som hon sa också var i lägenheten på den tiden.
Hon sa när hon kämpade för att komma bort från Howard: "Jag tänkte att han skulle våldta mig, och jag visste att jag var tvungen att göra något."
Så småningom fick domstolen höra att hon kunde slå Howard med knät och komma undan.
När hon sprang för att hitta sin vän Donna Quinn i ett annat rum sa hon att hon var förvånad över att se henne sitta i en stol där.
Hon förklarade också hur hon omedelbart lämnade lägenheten och aldrig hade något att göra med vare sig Robert Howard eller Donna Quinn igen.
Kvinnan förklarade hur hon i åratal inte hade berättat för någon vad som hade hänt, förrän hon talade med detektiver om det 2002.
Hon sade till en advokat: " Det var en levande mardröm. När det kom in i mitt huvud, var jag tvungen att stänga ut det."
Howard dömdes senare för misshandeln av en annan tonåring och mordet på Hannah Williams i London.
Arlene, som var från Castlederg, försvann efter en natt på ett disco i County Donegal 1994.
Senare sade en socialarbetare till förhöret att Arlene hade utsatts för "en ganska rå hand för liv".
Hon syftade på tonåringens svårigheter efter sin mors död 1990.
Michelle McKernan berättade för polisen att Arlene saknades i augusti 1994. Hon gjorde det med Arlenes familjs samtycke.
Detta hände några dagar efter att Arlene senast sågs - hennes bröder och systrar hade trott att hon skulle bo hos en annan familjemedlem.
Ms McKernan beskrev Arlene som en mjukt talande ung person, med vackert långt hår, och som alltid hade smink när hon träffade henne.
Hon förhördes utförligt av en advokat för PSNI om det datum då hon anmälde Arlene saknad till polisen - hennes fall register över att göra samtalet och polisens register över att ta emot det skiljer sig från varandra med två dagar.
Utredningen om mordet på skolflickan Arlene Arkinson har fått höra en kylig redogörelse om en misshandel av barnamördaren Robert Howard.