Kvinnorna hade varit lagligt gifta några månader efter att en av dem passerade som en man framför en islamisk präst som ledde deras bröllop.
Men misstänkta grannar konfronterade paret och anmälde dem till polisen.
De två kvinnorna är nu tillbaka med sina familjer, med våld separerade och under övervakning av den islamiska polisen.
Den lokala Sharia polischefen berättade för dem Islam sade att de måste halshuggas och brännas för vad de hade gjort.
Men Aceh, den enda provinsen i Indonesien som tillåts genomföra sharialagen, har ännu inte antagit några bestämmelser om homosexuella och lesbiska människor.
Det provinsiella parlamentet antog islamiska lagar som tillåter stening till döden av äktenskapsbrytare och konservering av homosexuella i 2009, men guvernören har vägrat att underteckna det.
Homosexualiteten ogillas men är laglig i Indonesien.
Aktivister har anklagat Acehs sharialagar för att uppmuntra vaksamhet och intolerans, och säger att de bryter mot den indonesiska konstitutionen.
Islamisk polis i den indonesiska provinsen Aceh har tvingat två kvinnor att få sitt äktenskap ogiltigförklarat och underteckna ett avtal om att separera.