England vann med sex wickets efter en Pakistan fladdermöss kollaps med tre uthopp i Sharjah på tisdag.
The Daily Mail rapporterade att matchen var föremål för en undersökning av misstänkta vadslagningsmönster.
"Det var inget fel på det spelet. Jag har inga tvivel om mina pojkar", sade före detta bowlaren Waqar.
ICC vägrade att bekräfta eller förneka att det var undersöka spelet.
Pakistan kollapsade från 132-2 till 208 alla ut innan England triumferade med nio overs till reserv.
Waqar sa: "Ja, vi förlorade matchen. Man förlorar och vinner matcher, och det är olyckligt hur det hela hände. "
ICC chef David Richardson berättade BBC Test Match Special: "Jag skulle inte vara misstänksam mot det spelet."
Han sa att Pakistan hade rapporterat inflygningar från bookmakers på senare tid.
Pakistan tränare Waqar Younis har avfärdat misstankar över hans sidas uppträdande i den tredje en dag internationella mot England.