Landet har nu sett två på varandra följande fjärdedelar av den minskande tillväxten, den vanliga definitionen av recession.
Dess livsviktiga oljeindustri har drabbats av svagare globala priser, enligt den nigerianska statistikbyrån (NBS).
Men regeringen säger att det har skett en stark tillväxt inom andra sektorer.
Försäljningen av råolja står för 70 % av statens inkomster.
Priset på olja har sjunkit från toppar på cirka $112 per fat 2014 till under $50 för tillfället.
Utanför oljeindustrin visar siffrorna att nedgången i den nigerianska valutan, nairan, har skadat ekonomin. Det tilläts flyta fritt i juni för att hjälpa till att få fart på ekonomin, men kritiker hävdade att det borde ha gjorts tidigare.
Regeringen har dock funnit några positiva nyheter i siffrorna.
"Det fanns tillväxt i jordbruket och fasta mineraler sektorer... de områden där den federala regeringen har satt särskild prioritet," sade president ekonomisk rådgivare Adeyemi Dipeolu.
Nigeria, som tillsammans med Sydafrika arbetar för Afrikas största ekonomi, kämpar också mot en inflationstakt på 11 års höjd på 17,1 procent i juli.
"En hel del av Nigerias nuvarande situation kunde ha undvikits", sade Kevin Daly från Aberdeen Asset Management.
"Landet är så beroende av olja just därför att dess ledare inte har diversifierat ekonomin.
"På senare tid har de försökt och misslyckats med att stödja nairan, som har haft en förödande effekt på landets valutareserver och det rykte den kan ha haft om att vara finanspolitiskt ansvarig."
Denna ekonomiska recession kommer inte som någon överraskning för miljontals nigerianer. Många säger att de aldrig känt till det så hårt.
Nedgången i de globala oljepriserna har drabbat Nigeria hårt. Regeringen är beroende av oljeförsäljningen för cirka 70 % av sina intäkter.
Men kritiker säger att regeringens politik gjorde en dålig situation ännu värre. Beslutet att skjuta upp devalveringen av Nigerias valuta innebar att många företag kämpade för att få utländsk valuta att betala för import, vilket hade en kylande effekt på hela ekonomin.
Efter ett enormt tryck ändrade regeringen takten i sommar, så att nairan kunde flyta.
Det har lett till en ökning av inflationen, men förhoppningen är att det kommer att locka utländska investerare. Regeringen säger också att landet behöver importera mindre: det vill se fler produkter tillverkade i Nigeria.
Nigeria har hamnat i recession, med de senaste tillväxtsiffrorna som visar ekonomin minskade med 2,06 % mellan april och juni.