Entreprenören, Smartty's Management Limited, har blivit ombedd att returnera den överskjutande betalningen, sade regeringen.
På onsdagen avgick transportminister Dzifa Attivor till följd av ett offentligt skrik över affären.
Ghana kämpar med ett stort budgetunderskott och en växande statsskuld.
Varumärket innebar att de 116 importerade passagerarbussarna omspisades och porträtterade den nuvarande presidenten John Mahama, hans tre närmaste föregångare och Ghanas första statschef Kwame Nkrumah.
En korrekt upphandlingsmetod var "inte följt och kontraktet inte garantera valuta för pengarna", sade regeringen efter en granskning av justitieminister Marietta Brew Appiah-Opong.
Oppositions- och antikorruptionskampanjer har väckt oro över det belopp som spenderats, vilket de sade var alldeles för mycket, vilket tvingar ordförandeskapet att inleda en utredning.
BBC: s Sammy Darko i huvudstaden, Accra, säger att många människor tycker att regeringen inte gör tillräckligt för att ta itu med budget misskötsel.
De vill se människor åtalas för att ha åsamkat staten ekonomiska förluster, tillägger han.
Attivors avgång är den första av en ghanansk minister på mer än ett decennium och kommer mitt i regeringens ansträngningar att minska utgifterna när den genomför en treårig internationell valutafondsplan för att återställa den finanspolitiska stabiliteten.
Tidigare i veckan förbjöd Mahama offentliga tjänstemän, inklusive ministrar, från första klassens flygresor och han avbröt icke-nödvändiga resor.
Ghana har krävt en återbetalning på 500.000 pund (350000 pund) efter det att transportministeriet lagt ner 1 miljon dollar på att måla mer än 100 bussar med porträtt av landets ledare nyligen.