Världens främsta flygplanstillverkare gjorde en försäljning på 94,6 miljarder dollar, en minskning med 2 % och en nettovinst på 4,9 miljarder dollar, 5 % lägre.
Det sade intäkter var sannolikt att glida ytterligare under 2017, till mellan $90,5 miljarder och $92,5 miljarder.
Men det amerikanska företaget förväntar sig också att leverera mer kommersiella flygplan och att förbättra sitt resultat per aktie.
"Se framåt, vårt team är inriktad på att öka produktiviteten och programgenomförandet", säger ordförande och verkställande Dennis Muilenburg.
Under perioden gjorde Boeing 748 kommersiella flygplansleveranser, från 762 under 2015, och påstod sig ha lett marknaden för "femte året i rad".
Den levererade också färre militära plan - i synnerhet den nya CH-47 Chinook helikoptern och dess F/A-18 stridsflygplan - medan försäljningen i divisionen halkade 7%.
Intäkterna sjönk också inom företagets rymd- och tjänsteavdelningar på grund av en svagare efterfrågan på satelliter och modernisering av flygplan.
Koncernens totala resultat ökade dock med 59% under årets fjärde kvartal i takt med att efterfrågan på bolagets kommersiella plan ökade.
Boeing förutspådde också högre kommersiella leveranser i år på mellan 760 och 765 flygplan.
Bolagets aktier ökade med mer än 2 % i den tidiga handeln i New York.
Försäljningen och vinsten sjönk på Boeing förra året, vilket till stor del drevs av lägre leveranser av dess militära flygplan.