Raden har avslöjat djupa splittringar inom hans styrande socialistiska parti (PS), många av vars medlemmar tror att presidenten har vördat farligt till höger i sin reaktion på Paris grymheter.
Med bara ett år tills kampanjen börjar inför presidentvalet 2017 visar det den uppförsbacke uppgift som Hollande står inför när han försöker skapa ett enat vänsterblock som kan återföra honom till Elysee.
Problemet kan förefalla abstruse - och med liten faktisk inverkan i kampen mot jihadistiska extremister.
Men i Frankrike - och särskilt bland de franska vänstersymbolerna - räknas symbolerna.
Och rätten att bära titeln Medborgare i en fransk republik är en fråga som människor har kämpat och dött över.
Problemet härrörde från ett löfte från Hollande - som han gav i sitt tal till parlamentets enhetshus efter attackerna - om att beröva dem deras franska nationalitet dömda terrorister som är "bi-medborgare", med andra ord som har en andra nationalitet.
I detalj: Parisattacker
De obesvarade frågorna
Vilka var angriparna?
Han sade att detta borde gälla för bi-medborgare "som är födda franska" - och inte bara för personer som har förvärvat en andra fransk nationalitet genom bosättning eller äktenskap.  (Under vissa omständigheter kan denna kategori redan strykas från nationaliteten).
Presidenten - som stöddes av premiärminister Manuel Valls - beslutade att det var den typ av kraftfullt gensvar som det franska folket förväntade sig.
Undersökningar som stöder åtgärden med 80–85 % tyder på att han har rätt.
Vid den tiden tillkännagav han det - med chocken av de 130 döda som fortfarande genljuder - föga gjordes av idén.
Men i dag ökar de motsatta rösterna i crescendo, och det är tydligt att många till vänster betraktar presidentens förslag som ett groteskt svek.
För kritiker är tanken på att strippa "franskfödda bi-medborgare" av sitt franska medborgarskap i grund och botten fel eftersom det skapar två klasser av fransk medborgare.
Det betyder att om du är en fransk jihadist med bara en nationalitet, så är ditt franska medborgarskap säkert. Men om du är en fransk jihadist som har två nationaliteter (t.ex. franska och algeriska), då kan ditt franska medborgarskap tas bort.
Åtgärden undanröjer det franska medborgarskapets universella karaktär och diskriminerar därmed de uppskattningsvis tre miljoner människor (främst av nordafrikanskt ursprung) som har två pass. Så är det med argumentet.
Den tidigare socialistiska ministern Benoit Hamon sade: "Detta beslut kommer att skapa en schism bland folket i vänstern, men lika i nationen som helhet.
"Jag är fullt medveten om att det är politiska frågor som står på spel här.
"Men syften kan inte rättfärdiga medlen.
"Det är en fråga om samvete och värderingar."
Samtidigt, ständigt provocerande Vänsterfront ledare Jean-Luc Melenchon sade att hans känsla var "mindre en av indignation eller avsky, mer en av totalt illamående".
"Förbanna dem för denna oöverträffade skam," tillade han.
Medborgarskapsfrågan håller snabbt på att bli en av de abstrakta principiella punkter på vilka den franska vänstern älskar att slita sig i stycken.
Å ena sidan är de med presidenten, som säger att det skulle vara galet att ignorera väljarnas ilska.
De påpekar att många andra EU-länder - däribland Storbritannien - har gett sig själva rätten att ta bort nationalitet från terrorister.
Å andra sidan är det de som anklagar Hollande för att ha drivit skamlöst efter högern, och som skräpar ner sedan länge ursinniga värderingar i processen.
Det hjälper inte presidenten att den icke-franska-nationalitet-för-terrorister sak har länge varit bevarad av sina fiender.
Front National långt till höger tackade till och med Hollande för att han antagit en åtgärd som ingår i hans eget manifest.
När det gäller Nicolas Sarkozys republikaner påpekar de att när Nicolas Sarkozy under 2010 genomförde en liknande åtgärd för att straffa tvånationaler som attackerade poliser, anklagades han för att ha retat upp främlingsfientligheten av inga mindre personer än Hollande och Valls själva.
Vissa socialister har föreslagit en utväg, eftersom de inser att de befinner sig i en pinsam röra i frågan.
För att undvika att skapa ett tvåfaldigt medborgarskapssystem (med två-medborgare som skiljer sig från en-medborgare), varför inte göra det möjligt för alla medborgare att få sitt medborgarskap avlägsnat om de döms för handlingar mot staten?
Problemet där är att de stöter på en annan princip.
Om du strippar en ennational av hans nationalitet, då han eller hon blir nationslös.  Och det skulle strida mot FN:s deklaration om de mänskliga rättigheterna, där det står att varje individ har en "rätt till medborgarskap".
Antogs av rådet (allmänna frågor) den 10 december 1948 efter en omröstning där 48 nationer röstade för, inga mot och åtta avstod från att rösta (Sovjetunionen, Sovjetrepublikerna Ukraina och Vitryssland, Jugoslavien, Polen, Sydafrika, Tjeckoslovakien och Saudiarabien).
Innehåller 30 artiklar avsedda att fungera som "en gemensam standard för alla folk och alla nationer"
Denna förordning träder i kraft den tjugonde dagen efter det att den har offentliggjorts i Europeiska unionens officiella tidning.
(1) Envar har rätt till medborgarskap
2. Ingen får godtyckligt berövas sitt medborgarskap eller förvägras rätten att ändra sitt medborgarskap
Det absurda problemet kan lätt uppstå om en dömd terrorist berövas sin nationalitet men måste förbli bosatt i Frankrike - för inget annat land skulle någonsin acceptera honom.
För att säkra sitt förslag vill president Hollande ha det i ett paket med konstitutionella reformer som ska röstas igenom av parlamentets gemensamma hus någon gång under de kommande två månaderna.
Men för att klara det krävs tre femtedelars majoritet av 925 vicesheriffer och senatorer.
Om ett stort vänsterblock röstar emot kan han behöva förlita sig på stöd från Nicolas Sarkozys opposition.
Det skulle vara mycket pinsamt, och göra lite för presidentens ställning både i sitt parti och i vänstern som helhet.
Men att sedan lägga ned förslaget skulle vara ett tecken på svaghet vid en tidpunkt då Hollande anser att det är nödvändigt att stå fast.
Han är verkligen i knipa.
Frankrikes president Francois Hollande, som är fast besluten att agera hårt efter attackerna i november, befinner sig fast i en skadlig ideologisk fix över fransk nationalitet och om vissa dömda terrorister kan tvingas att ge upp.