McManus nettade från nära håll på kvartstimmen för att öppna poängsättningen och Ross Forbes avböjda strejk fördubblade snabbt Mortons ledning.
Ett skott av Kyle McAusland drog Alloa tillbaka in i spelet innan halvtid.
Men ännu en McManus finish och en av Denny Johnstone sent såg till att en bekväm seger för värdarna.
Declan McManus gjorde två poäng som Greenock Morton slog Scottish Championship nedre sidan Alloa Athletic, som förblir 10 poäng på drift.