Kevin Hurley, polis- och kriminalpolischef i Surrey, sade att han hade övervägt att söka avsked innan hon tog över den nationella polisrollen.
Oron över det offentliga skyddet och skyddet av barn i Surrey var nere i ett "misslyckande av ledarskap", sade han.
Owens sa att hon genomgick en "lång och grundlig" intervjuprocess.
Inrikesdepartementet sa att hon var en "exceptionell" polisledare.
I november förra året såg fru Owens, 47 år, en stark konkurrens för att utses till generaldirektör för det nationella brottsverket - en av de mest prestigefyllda och högt betalda rollerna inom polisväsendet.
Den nationella konkurrensmyndigheten har ansvar för Barnexploatering och Online Protection Centre - känd som CEOP.
Men under de månader som ledde fram till hennes utnämning hade Owens protokoll om skydd av barn ifrågasatts av Hurley.
Mycket kritiska inspektionsrapporter från styrkan hade fått Hurley att förklara att han hade förlorat förtroendet för Owens och övervägde att inleda den formella process - känd som avsnitt 38 - som kunde ha lett till hennes avskedande.
Kritikerna omfattade Independent Police Complaints Commission (IPCC) som fann brister i det sätt på vilket Surrey-styrkan hade hanterat fallet med 14-åriga Breck Bednar, som putsades på nätet innan han mördades.
Herr Hurley hade tidigare varit en anhängare av sin chefskonstapel, förlängde sitt kontrakt 2012 och skrev till inrikesminister Theresa maj 2014 för att säga att hon hade haft ett "utstående år".
Men under de 12 månaderna fram till november 2015 hade allt förändrats.
E-post och dokument som lämnats ut till BBC News i enlighet med lagen om informationsfrihet visar att herr Hurley under denna period har förtroende för chefens förmåga att ta itu med de problem som ebbade bort.
Protokollet från ett offentligt granskningsmöte den 3 september avslöjar PCC:s oro över polisens hantering av våldtäkter, misshandel i hemmet och fall av kvinnlig könsstympning - samt skyddet av barn.
I september skrev Hurley ett stingande 10-sidigt brev till Owens där han sade att han höll henne "personligt ansvarig".
Han anklagade henne för att anklaga andra för "litany of fiaskos", hävdar att det var "ett exempel på moralisk feghet".
Han skrev: "Ni har inte agerat beslutsamt eller snabbt för att ta itu med många problemområden när det gäller det offentliga skyddet."
Owens har sagt till BBC att dessa kommentarer var "oövervägda och felaktiga".
Hurley överlämnade brevet till Owens vid ett möte, där hon förklarade att hon ansökte om att få anställning som nationell konkurrensmyndighet.
Vid samma möte avslöjade Hurley att han hade övervägt att inleda den formella process som skulle kunna leda till att Owens avskedades eller avgick från polisen.
Herr Hurley skrev sedan till sir Tom Winsor, chefsinspektör för Constabulary för England och Wales, och uttryckte oro över att Surrey-polisen "smällde utsatta barn, våldtäkter och våldsoffer i hemmet" och bad om hjälp.
Owens utfärdade en detaljerad 19-sidig motbevisning av PCC:s anklagelser och sade att hennes 26-åriga polisregister var "oblekt" och att hon hade vidtagit "omedelbara och muskulösa" åtgärder som svar på frågor om skydd av barn.
Men i oktober skrev herr Hurley igen till sir Tom och sade: "Jag har förlorat förtroendet för chefens förmåga att leda de nödvändiga kulturella förändringarna och kan inte vara säker på att hoten, riskerna och skadorna med frågor som rör allmänhetens skydd kommer att hanteras på rätt sätt."
Hurley har sagt att hon inte blev tillfrågad om Owens lämplighet för den nationella konkurrensmyndighetens ställning, och hon fick bara reda på sitt nya jobb genom ett meddelande från en journalist på sociala medier.
Han sade att om Owens inte hade utsetts skulle han ha inlett det formella uppsägningsförfarandet.
Han berättade för BBC Radio 4's Today-programmet: "Det är ett misslyckande i ledarskapet. Chefskonstapeln är ledaren. Hon har svikit konstapeln och sergeanterna, men ännu viktigare är att hon har svikit våra mest sårbara offer i hela länet."
Inspektoratet för Constabulary sade att det hade informerat högre tjänstemän vid inrikesministeriet om inspektionsarbetet i Surrey, "naturen av korrespondensen" från Hurley och diskuterade den nationella konkurrensmyndighetens utnämning med dem.
Det är dock underförstått att en annan inspektionsrapport, som kommer att offentliggöras under de kommande veckorna, förväntas dra slutsatsen att styrkan saknar förståelse för allvarliga och organiserade brottsgrupper i Surrey och "kräver förbättringar" i sitt sätt att hantera problemet.
Owens sade: "Jag valdes till min nuvarande roll av inrikesministern efter en lång och grundlig process och är nu inriktad på att leda den nationella brottsmyndigheten i dess kamp för att minska den allvarliga och organiserade brottsligheten."
Inrikesdepartementet sa att Owens var "en av hennes generations enastående polisledare".
Tjänstemän påpekade att hon gick igenom en rigorös rekryterings- och urvalsprocess som inkluderade en "testnings" panelintervju. Det sades att yrkesreferenser och kontroller av tillbörlig aktsamhet också genomfördes.
New National Crime Agency chef Lynne Owens utsågs mitt i oro över hennes prestation som chefskonstapel i Surrey Police, har BBC lärt sig.