Socialstyrelsen vägrar att säga varför Tony Rucinski blev avstängd.
E-post visar att dr Rucinski före sin avstängning uttryckte oro över styrelsens ordförande Mutale Merrill kan ha påverkats av en regeringsminister för att hindra honom från att göra medieintervjuer.
Merill sa att hon inte accepterar e-postens innehåll "faktiskt korrekt".
Dr Rucinski sa att han har blivit "uppmanad att inte kommentera".
Organisationen beskriver sig själv som "oberoende patientröst" i Wales.
Den och de sju CHCs som den övervakar hade en årlig budget 2015-16 på 3,8 miljoner pund.
Dr Rucinski utsågs till verkställande direktör för gemenskapens hälsoråd i en nyskapad roll i juli 2015.
Vid den tiden berättade han för BBC Wales att han hade "satt sig på plats för att få saker och ting att hända".
Han sade att han ville att CHCs skulle bli en "mycket mer proaktiv och effektiv patientröst".
Fyra månader senare utnämnde den walesiska regeringen Merrill till styrelsens nya ordförande.
Dr Rucinski avbröts sedan i februari 2016.
Flera källor har sagt till BBC Wales att det fanns spänningar mellan Rucinski och Merrill innan han blev avstängd.
I e-post till Merrill innan han avstängdes, som BBC Wales erhållit, väcker Rucinski oro över att bli stoppad från att göra intervjuer om ett walesiska regeringens digitala hälsoinitiativ i december 2015 och om en rapport från OECD:s tankesmedja som jämför Storbritanniens hälsovårdstjänster i februari 2016.
I e-posten uppgav dr Rucinski att hans arbetsbeskrivning var att göra intervjuer med media och föreslog att han kände att Merills instruktioner till honom att inte göra intervjuer kan ha påverkats av ett möte med en walesisk regeringsminister.
Han skrev: "Jag är verkligen bekymrad över de kommentarer ni har framfört från ert möte med ministern."
Efter avstängningen hölls ett styrelsemöte där Merrill tycks försöka förklara oenigheten om mediebevakningen mellan henne och den verkställande direktören.
I protokollet står det att Merrill sade att ett "mediaembargo" endast hade införts mot den verkställande direktören när det gäller denna enda nyhet [OECD:s berättelse] och "det noterades att det fanns något sammanhang bakom detta beslut som inte kunde delas, men styrelseordföranden hade krävt att den verkställande direktören skulle ge en genomgång innan kommentarerna i någon fråga för att besluta om det bästa tillvägagångssättet och förmedla budskapet till medierna".
"Ett samtal om ett behov av ett medieprotokoll hade diskuterats med den verkställande direktören," protokollet sade.
I dokumentet sades också att den verkställande direktören hade delat ett textmeddelande från Merrill med personalen "utan hennes vetskap och utan sammanhang av tidigare diskussioner".
Efter hans avstängning hävdade Dr Rucinski i ett e-postmeddelande till Wales Audit Office i april 2016 att Merrill "informerade mig muntligt att ministern hade instruerat henne att inte låta mig göra några ytterligare media engagemang eller offentliga framträdanden".
I det e-postmeddelandet sade han också att han trodde att "den oberoende rösten hos patienter och allmänheten i Wales har fått spel under en avgörande tid för hälso- och sjukvårdsdebatt nationellt".
Alyson Thomas och Clare Jenkins har "verksamma chefsroller".
Dr Rucinski var tidigare verkställande direktör för Macular Society från mars till november 2014.
Merill sade: "Jag kan bekräfta för styrelsen för gemenskapens hälsoråd i Wales att det pågår personalprocesser med anknytning till den verkställande direktören och att vederbörliga förfaranden följs i dessa frågor."
Merill tillade att hon inte godtog att Rucinskis påståenden i e-posten var korrekta och att hon inte kunde lämna några ytterligare kommentarer i detta skede medan interna processer pågår.
Dr Ruckinski sa: "Jag har blivit instruerad att inte kommentera."
BBC Wales förstår den walesiska regeringen gjordes medveten om avstängningen.
En talesman för walesiska ministrar sade: " Avstängningen av Rucinski är helt och hållet en intern fråga för CHC:s styrelse.
"Det är inte lämpligt för oss att kommentera ytterligare."
En taleskvinna för offentliga utgifter vakthund Wales Audit Office sade: "Vi har fått korrespondens i denna fråga, men efter noggrant övervägande har vi dragit slutsatsen att det verkar falla utanför revisorns ansvarsområde, även om vi naturligtvis kommer att hålla ett vakande öga på all utveckling."
Chefen för patienternas vakthund har varit avstängd på full lön sedan februari 2016, BBC Wales förstår.