Det var en dom i ett fall som togs av två kvinnor som ville bära niqab slöjan, som täcker alla utom ögonen.
Belgien förbjöd under 2011 att man bar partiella eller fullständiga ansiktsslöjor offentligt.
Domstolen enades om att förbudet syftade till att garantera begreppet "samlevnad" och "skydd av andras rättigheter och friheter".
Domstolen kom till en liknande dom i tisdags i fallet med en belgisk kvinna som ifrågasatte en lag som införts av tre belgiska kommuner 2008 och som också förbjöd ansiktsslöjor.
Europeiska domstolen för de mänskliga rättigheterna är en internationell domstol som inrättades 1959, och regler för enskilda eller statliga ansökningar om brott mot de medborgerliga och politiska rättigheter som fastställs i Europeiska konventionen om skydd för de mänskliga rättigheterna och de grundläggande friheterna.
Belgiska parlamentsledamöter godkände förbudet 2011 av säkerhetsskäl för att göra det möjligt för polisen att identifiera människor, även om vissa också hävdade att slöjan var en symbol för kvinnoförtrycket.
Det senaste fallet mot Belgien väcktes av belgiska samia Belcacemi, som bor i Schaerbeek, och marockanska medborgaren Yamina Oussar, som bor i LiÃ  ochge.
Ms Belcacemi tog av sig slöjan och fruktade att hon skulle få böter eller fängelse, medan Ms Oussar valde att stanna hemma och begränsa sitt sociala liv, konstaterade domstolen.
I sitt beslut tog domstolen hänsyn till ett tidigare beslut som den hade fattat i ett liknande mål mot Frankrike om förbud mot slöja.
Domstolen konstaterade följande: "Domstolen fann att strävan efter att säkerställa respekten för minimigarantierna för livet i samhället kunde betraktas som en del av "skyddet av andras fri- och rättigheter" och att förbudet i princip var berättigat, endast i den utsträckning som det syftade till att garantera villkoren för "att leva tillsammans".
I det andra målet avgjorde domstolen en liknande dom mot den belgiska nationella Fouzia Dakirs ansökan mot det förbud som införts av kommunerna Pepinster, Dison och Verviers 2008.
Ett överklagande av avgörandena kan lämnas in till domstolens stora avdelning inom tre månader.
I mars slog EU:s högsta domstol, EG-domstolen (EGJ), fast att förbud på arbetsplatsen mot att bära " politiska, filosofiska eller religiösa tecken" som huvuddukar inte behöver utgöra direkt diskriminering.
Det sades dock att sådana förbud måste baseras på interna företagsregler som kräver att alla anställda "håller sig neutrala".
Europeiska domstolen för de mänskliga rättigheterna har fastställt att Belgiens förbud mot ansiktsslöjor inte strider mot Europeiska konventionen om skydd för de mänskliga rättigheterna.