Rapporten, som avslöjades i The Guardian, beordrades av regeringen efter påståenden några muslimska grupper försökte ta kontroll i vissa skolor.
Utbildningsdepartementet har sagt att det inte kommer att kommentera läckorna.
Birmingham Council har släppt sin egen rapport, motsätter sig Mr Clarke.
Vi måste i dag erkänna att Ian Kershaws betänkande visar att vi har allvarliga förvaltningsproblem i ett litet antal skolor i östra Birmingham på grund av allvarliga oegentligheter från medlemmar av styrande organ. Detta har förvärrats av att rektorer och andra guvernörer inte har kunnat bemöta detta beteende och av att kommunfullmäktige inte har kunnat ingripa för att få till stånd ett korrekt styre.
Rådets svar i sin helhet
Tidslinje för trojanska "plogskolor" för hästar
Reaktioner på Trojan Horse-rapporterna
Regeringens rapport sammanställdes av pensionerad polisman Peter Clarke, tidigare chef för Metpolisens antiterroristenhet. Den kommer att publiceras nästa vecka.
Det står att han fann bevis för "hållen och samordnad agenda att påtvinga barn i ett antal Birmingham skolor segregationistiska attityder och sedvänjor av en hård linje och politiserad stam av Sunni Islam".
Han fann också bevis för en "samordnad, medveten och ihållande handling för att introducera en intolerant och aggressiv islamistisk etik i några skolor i staden".
Agendan skulle ha begränsat "skolbarn inom en intolerant, inåtvänd monokultur som allvarligt skulle hämma deras deltagande i det moderna Storbritanniens liv", säger den läckta rapporten.
En talesman för DfE sade: "De anklagelser som gjorts i samband med vissa skolor i Birmingham är mycket allvarliga och vi undersöker alla bevis som lagts fram för oss i samarbete med Ofsted och Birmingham City Council."
Russell Hobby, generalsekreterare i National Association of Head Teachers, sade att hans förening var störd av Clarke granskningsresultat men inte förvånad.
De återspeglade den oro som väcktes i maj när det gällde felaktig förvaltning och bemanning och "minskad rätt för barn", sade han.
"Vi behöver ingen överreaktion. Detta är inte en kritik av den islamiska tron, utan av en smal ström inom den," sade han.
Birminghams rapport, som sammanställts av tidigare rektor Ian Kershaw, skilde sig åt i sina slutsatser.
Det sades att det inte fanns "några bevis på en konspiration för att främja en antibrittisk agenda, våldsam extremism eller radikalisering i skolorna" i den östra delen av staden.
Kershaw fann "nyckelpersoner" som främjade islamiska principer i skolorna och "ansåg ett mönster av dessa individer som rörde sig mellan skolorna".
Han drog inte slutsatsen att det ursprungliga brevet "Trojan Horse" var en bluff, som man har hävdat.
En ohjälplig epitaph för Gove'Islam komplott: Kommer vi någonsin att lära känna sanningen?
Men han fann bevis för att de "fem steg" som beskrevs i det ursprungliga brevet som ett sätt att destabilisera skolledningen var "närvarande i ett stort antal av de skolor som betraktades som en del av utredningen".
Hans rapport sade bevis pekade på en grupp av "brittiska manliga guvernörer och lärare, främst av pakistanskt arv", som har bildats för att ta itu med upplevda brister i vissa skolor.
Kershaw sade att den taktik som dessa grupper använde ofta var "orättfärdig" och att deras beteende var "mönster" men att det inte räckte till för en omfattande sammansvärjning.
Han sa att deras motivation verkade vara ett försök att "höja standarder" baserat på en "äkta och förståelig önskan... att förbättra utbildning och möjligheter för muslimska elever.
" Bevisen är inte tillräckligt för att få mig att tro att beteendet att vara en samordnad plan för att otillbörligt påverka ledningen av skolor som tjänar elever av övervägande islamisk tro eller bakgrund", sade han.
Kershaw säger också att Birminghams kommunfullmäktige var "slow to response" på anklagelser i brevet och anklagade utbildningsledare i staden för "dålig tillsyn".
Han identifierar en "kultur inom [rådet] att inte vilja ta itu med svåra frågor och problem med skolförvaltning" för att riskera att föra anklagelser om rasism eller islamofobi.
Vid en presskonferens tidigare erkände rådsledaren Sir Albert Bore att rådet inte agerade av rädsla för att ses som rasistisk eller islamofobisk.
Förra månaden publicerade Ofsted och Education Funding Agency sina rapporter och fem skolor placerades i särskilda åtgärder som ett resultat av detta.
De berörda skolorna har alltid förnekat något orätt handlingssätt.
På tisdagen avgick styrelsen vid Park View Education Trust, som har stått i centrum för anspråken, och uppgav att de hade fallit offer för en "koordinerad och ond" attack.
Tilliten har varit fokus för påståenden som gjorts i den anonyma Trojan Horse brev som hävdar förekomsten av en klick av hårda muslimer försöker ta kontroll över Birmingham skolor.  Ursprunget till brevet och avsikterna bakom det har aldrig fastställts.
En läckande rapport in i den så kallade "Trojan Horse" komplotten har funnit bevis för att det fanns en agenda för att introducera "en intolerant och aggressiv islamistisk etos" i några Birmingham skolor.