Arbetsministeriet sade att antalet personer som ansökte om arbetslöshetsförmåner minskade med 98,853 eller 2,1 % jämfört med föregående månad.
Juni är i allmänhet en bra månad för sysselsättning eftersom det markerar början av turistsäsongen.
Trots nedgången är arbetslösheten i Spanien fortfarande den högsta i euroområdet.
Enligt EU:s siffror som publicerades i måndags är en av fyra av de spanska arbetstagarna arbetslös, jämfört med en total arbetslöshetsgrad för 17-medlemsblocket på 11,1 %.
"juni är traditionellt bra för arbetslöshetskön men vi har aldrig nått en nedgång på nästan 100 000 personer", sade Spaniens statssekreterare för arbete, Engracia Hidalgo.
"Vi måste följa utvecklingen av arbetslöshetssiffrorna efter denna goda statistik för juni för att kontrollera om vi går mot en positiv trend."
Juni är den tredje månaden i rad som antalet arbetslösa har minskat i Spanien. I mars uppgick antalet arbetssökande till rekordhögt 4,75 miljoner.
Den spanska regeringen genomför ett antal arbetsmarknadsreformer för att försöka minska arbetslösheten, bland annat minska avgångsvederlag och begränsa inflationsrelaterade löneökningar. Dessa har visat sig mycket impopulära med fackföreningar och arbetare.
Den har dock tvingats godkänna miljarder euro i nedskärningar av utgifterna och skattehöjningar i ett försök att minska skuldnivåerna, vilket har haft en negativ inverkan på sysselsättningen inom ekonomin.
Antalet personer som sökte arbete i Spanien minskade nästan 100.000 i juni, ett rekord för månaden, till 4,62 miljoner.