Deras sista hemmamatch, en 4-0 seger över Droylsden, lockade 142 supportrar och efter att personal och spelare betalades, Tigers var kvar med £ 21 vinst.
Förra veckan utfärdade klubben en appell för £ 25,000 så att de kunde "stanna i en lösningsmedelsposition" fram till sommaren.
"Det finns fans där ute men om de inte kommer tillbaka då vi inte kommer att ha ett team," sade Hughes.
Klubbens ägare, Eamonn McGurk, har stött klubben ekonomiskt sedan de kämpade för att betala en skatteskuld på mer än £ 80.000 på 1990-talet.
Det uppskattas att hans investering uppgår till mer än 1 miljon pund, utöver att finansiera planeringskostnaderna för en ny mark.
Blue Square Bet North klubb har varit utan ett hem i sex år efter att deras Meadow Park marken förstördes av översvämningar och deras nomad status har spelat en stor roll i deras ekonomiska svårigheter.
De har delat med lokala klubbar Forest Green Rovers, Cirencester och senast Cheltenham Town - där de har varit baserade sedan 2010.
Men Hughes tror att deras flytt från staden, och den historiska rivalitet Tigers har med Cheltenham, har fått fans att överge sin lokala klubb.
"Om jag hade £ 10 för varje gång jag har talat med någon som har sagt "Jag brukade stödja Gloucester men jag kommer inte att komma tillbaka förrän du har återvänt till Gloucester", skulle jag förmodligen kunna upprätthålla klubben," sade han BBC Gloucestershire.
"Det har alltid funnits denna rivalitet över klyftan men Cheltenham är en Football League klubb nu och det är vad vi alltid velat sträva efter.
"Vi har haft tur att Cheltenham tillät oss att ha en markandel - de kunde ha sagt nej."
Gloucester betala £ 40.000 per år för att spela på Whaddon Road, men nyligen hotades med vräkning efter att ha misslyckats med att möta betalningar.
Frågan är nära att lösas och Gloucester hoppas att ha en affär på plats nästa vecka att stanna i Cheltenham för nästa säsong kampanj.
Planer för en ny stadion vid Meadow Park plats lämnades till Gloucester stadsfullmäktige 2011, men har ännu inte godkänts.
"Det har gjort mig så frustrerad", tillade Hughes. "Det har spenderats mycket pengar på rapporter etc [för nya stadion] och det har dränerat.
"Det har varit svårt. Vi är trötta och behöver nåt vi kan hänga hatten på. Vi behöver något som kommer att locka investerare och hålla oss igång."
Gloucester City ordförande Nigel Hughes har uppmanat frånvarande fans att återvända till den kämpande icke-league klubb.