Chaudhry Muhammad Shakeel anklagas för att mörda den skönhetsbegåvade, medan hennes far Chaudhry Muhammad Shahid hålls som en medbrottsling till mord.
Männens advokater säger dock att de kommer att ansöka om att få ärendet avsagt på grund av "fullständig brist på bevis".
Ms Shahid, 28 år, från Bradford, dog i juli i Pakistan.
Live-uppdateringar och mer från hela West Yorkshire
Efter en domstolsförhandling i Jhelum, i delstaten Punjab, häktades båda männen inför deras nästa framträdande den 20 oktober.
Domaren beordrade att Shahids andre man Syed Mukhtar Kazim också skulle infinna sig på detta datum.
Mr Kazim, som gifte sig med Shahid i Leeds 2014 innan paret flyttade till Dubai 2015, hävdar att hans fru mördades på grund av att hennes familj ogillade deras äktenskap.
Man tror att Shahid hade rest till Pakistan för att besöka familjen i byn Pandori efter att ha fått veta att hennes far var sjuk.
Hennes släktingar i Pakistan sade inledningsvis att hon hade drabbats av en hjärtattack men en obduktion bekräftade att hon dog som ett resultat av strypning.
Advokater som representerar den första maken och fadern till påstått "hederligt dödande" offer Samia Shahid säger att de kommer att försöka få fallet kastat ut.