Kansler George Osborne sade planen, som kräver att regeringar "i normala tider" att spendera mindre än de får i skatt, representerade "ekonomisk sundhet".
Labour röstade emot de konservativas stadga om budgetansvar, men 21 av deras parlamentsledamöter avstod från att rösta.
Det kom som skuggkansler John McDonnell sade att hans beslut att vända Labours hållning var "inskränkning".
Stadgan, en ändrad version som lades fram i julis budget, antogs med en majoritet på 62, trots att SNP, Lib Dems och majoriteten av Labour parlamentsledamöter motsatte sig den.
Men BBC: s politiska redaktör Laura Kuenssberg sade tidigare skuggministrar Tristram Hunt, Chis Leslie, Shabana Mahmood och Liz Kendall var bland 21 parlamentsledamöter att ha trotsat ledningen genom att avstå medan ytterligare 16 parlamentsledamöter fick tillstånd att vara frånvarande av Labour piskor.
Stadgan skulle rättsligt tvinga de framtida regeringarna att ha ett absolut budgetöverskott - vilket innebär att de lägger mindre pengar än de får i skatteintäkter - när ekonomin växer.
Efter flera dagars kritik av hans hantering av frågan försökte McDonnell förklara sin ståndpunkt och säga att samtidigt som han tog itu med underskottet var "vitalt viktigt", var stadgan ett "prägelpolitiskt stunt" och "ett instrument för att införa åtstramningar på vårt samhälle i onödan".
Efter att tidigare ha sagt att Labour skulle ge sitt stöd informerade McDonnell ett stormigt möte med parlamentsledamöterna i Labour i måndags om att han hade ändrat sig - och uppmanade partiet att motsätta sig det.
För att rättfärdiga sitt beslut i Commons, erkände han att u-svängen var politiskt "plågande" men insisterade på en "lite ödmjukhet bland politiker inte går fel".
Men han insisterade på att han hade ändrat sig om parlamentarisk taktik, inte ekonomisk politik, och att genom att rösta emot ramen skulle labour "avskilja sig" från en plan som han föreslog bara var att täcka för nedskärningar av utgifterna och ett "övergrepp" på välfärdsstaten.
Vad föreslår George Osborne?
"Jag vill bryta strypgreppet som fokus på underskott har haft på den ekonomiska debatten i detta land under de senaste åren," sade han. "Ja, underskottet är oerhört viktigt, men vi behöver ett paradigmskifte för att öppna upp den bredare debatten om vad som gör en hälsoekonomi."
De föreslagna reglerna var inte "ekonomiska instrument utan politiska vapen", sade han och hävdade att Osborne hade behandlat sin befintliga budgetram "med förakt" och att det inte var troligt att han skulle hålla sig till dem.
"När omständigheterna och omdömet förändras, är det bäst att erkänna det och förändras också", sade han, och tillade att han hade påverkats av "professionella råd" han hade fått, en förändring i de ekonomiska utsikterna och den svåra situationen för Redcar stålarbetare.
De 21 parlamentsledamöter från labourpartiet som avstod från att rösta
Men Osborne sade att Storbritannien måste "leva inom sina medel" och hjälpa till att utrusta den brittiska ekonomin för att stå emot framtida ekonomiska chocker, argumenterar att om Storbritannien inte kunde lyckas få kontroll över sitt underskott och skuld till 2019, efter nio år av successiv tillväxt, när skulle det kunna göra detta.
Han anklagade Labour för att vara "utsvävande" och för att vilja "använda pengar som vi inte har och låna för alltid".
"Det är inte en politisk gimmick att ha sunda offentliga finanser", sade han. "Jag säger er vad som är en politisk gimmick - som kommer ut strax före er konferens med en viss politik som antyder att ni stöder det vi gör och två veckor senare dyker upp i underhuset och röstar emot det."
Den tidigare skuggkanslern Chris Leslie, en av de labourparlamentariker som avstod från att rösta, sade till parlamentsledamöterna att partiet "inte borde sätta sitt ansikte mot ett överskott", men sade att förslaget inte skulle ge Osborne tillräckligt manöverutrymme i händelse av en nedgång.
Förenade kungariket har haft ett budgetöverskott på bara 12 år sedan 1948.
Kritiker har avfärdat stadgan som en "gimmick" som antingen kommer att binda händerna på framtida regeringar eller så kan undantag vara meningslös - och Osborne själv beskrev liknande lagstiftning som infördes av f.d. premiärminister Gordon Brown som "vakuum och irrelevant" 2010.
Parlamentsledamöterna har stött regeringens nya utgiftsregler med 320-258 röster efter en hetsig debatt i underhuset.