En period av osäkerhet om det politiska ledarskapet efter tillkännagivandet att David Cameron skulle sluta har inte gjort mandarinernas liv lättare. En välbekant och viktig fråga har bubblat upp till ytan igen - NHS ekonomi.
Den stora uppgiften att slutföra hälsovårdsministeriets räkenskaper för det senaste budgetåret är nära att slutföras. Källor tyder på att det är beröring och gå till om avdelningen höll sig till den utgiftsgräns som parlamentet kommit överens om för hälso-och sjukvården i England.
Ett överskjutande skulle vara ett allvarligt brott mot Whitehalls protokoll och leda till att högre tjänstemän dras över kolet av Riksrevisionen.
Ministrarna och ledningen för NHS i England är fast beslutna att visa att de har ett grepp om ekonomin. I detta syfte planeras ett stort initiativ som omfattar åtaganden från alla truster i England för att hålla sig till överenskomna utgiftsgränser.
Regulatorn, NHS Förbättring, under påtryckningar från regeringen, anstränger varje senor för att få ner det totala underskottet på 2,4 miljarder pund som plågas upp av truster under det senaste räkenskapsåret. Att sätta finansdirektörernas fötter i branden och ta ut löften om att stanna kvar på budgeten har varit prioritet under de senaste veckorna.
Den NHS finansiella tillkännagivande är sannolikt nästa vecka och kan mycket väl komma på samma dag som publiceringen av Department of Health konton. Regeringens linje kommer att vara att det inte längre kommer att vara acceptabelt att ta upp oplanerade underskott och riskera brott mot de gränser som parlamentet fastställt.
Vid en konferens anordnad av Reform tankesmedjan talade hälsoministern Jeremy Hunt om behovet av att "återställa finansiell disciplin".
Han sade att truster inte bör anta att det fanns ett val mellan att upprätthålla patientvårdsstandarder och kontrollera deras ekonomi och att de två inte var oförenliga. Hunt hävdade att sjukhusen som hade de bästa betygen av Care Quality Commission tenderade att vara de med de lägsta underskotten.
Men att tillkännage åtaganden om försiktiga utgifter är en sak, att leverera dem är en annan.  När vintern och andra halvan av räkenskapsåret kommer, kommer trycket att öka.
Det är svårt att se vilka sanktioner som kan tillämpas på förtroende chefer som känner att de måste gå igenom sina överenskomna budgetar för att möta obevekligt ökande efterfrågan på patientvård.
Vid vissa sjukhus truster kommer den oundvikliga följden av att hålla sig till överenskomna utgiftssummor att bli längre väntelistor.
På längre sikt har folkomröstningen väckt fler frågor om hållbarheten i NHS ekonomi.
Chefen för NHS England, Simon Stevens, har uppmanat politiker från båda sidor av folkomröstningskampanjen att se till att löften om en bättre finansierad NHS som gjorts under kampanjen infrias. Men det blir svårare att hålla ut tiggeriskålen till statskassan.
Hälsofondens tankesmedja har påpekat att de offentliga finanserna kommer att utsättas för ännu större press genom att ekonomer reviderar ner konjunkturprognoserna efter Brexit-omröstningen.
Anita Charlesworth vid stiftelsen påpekade att när ekonomin nyser blir NHS kallt och att tjänstens finanser redan var "i ett verkligt hemskt tillstånd".
Ministrarna hävdar att regeringen redan har gjort ett betydande åtagande om finansiering över inflationstakten för NHS vid en tidpunkt då andra delar av Whitehall pressas hårt.
De säger att ett bättre resursutnyttjande, genom större effektivitet, ligger inom de flesta trusters förmåga. Men när NHS firar sin 68:e födelsedag är frågan om finansiell hållbarhet kanske lika stor som de någonsin har varit.
Hur saker och ting kommer att se ut när gudstjänsten firar sitt landmärke 70-års jubileum är någons gissning.
Efter en utdragen debatt under folkomröstningen har Whitehall varit upptagen sedan valdagen med att försöka reda ut konsekvenserna av Brexit - inklusive hur NHS kan påverkas.