Omkring 200 människor är rädda för att ha drunknat när de försökte ta sig över från Zuwara väster om Tripoli till Italien.
Polisen i Italien har arresterat tio misstänkta människohandlare efter att 52 personer på onsdag påträffats döda i ett fartyg utanför Libyens kust.
President Obamas talesman sade att invandrarkrisen visade att oroligheter i Mellanöstern hade en global inverkan.
Josh Earnest sa att Europa borde bli tuffare mot människohandlare som utnyttjade migranter.
I fredags utförde arbetare från den libyska röda halvmånen den dystra uppgiften att återvinna migranters kroppar som hade spolats upp vid kusten.
"Vi, den röda halvmånen, arbetar med ingenting. Vissa fiskare hjälper oss med en båt," Ibrahim al-Attoushi från Red Crescent i Zuwara berättade Reuters.
"Vi har bara en ambulansbil."
Omkring 100 organ har redan hittats, och FN:s flyktingorgan (UNHCR) sade ytterligare 100 personer är oredovisade.
Några av dem som dog var fångade i skrovet på en av båtarna.
Den libyska kustbevakningen hade arbetat över natten på torsdag och sökte efter överlevande från de två båtarna.
Minst 150 överlevande från förlisningarna har förts till ett flyktingcenter och ett fångläger i Libyen.
Ayman Talaal, en syrisk överlevande, sade att han och hans familj hade "tvingats in i denna väg".
"Det kallas dödens väg. Det kallas nu Medelhavets grav", sade han.
Medan de flesta av offren för torsdagens kapsejsar tros vara från Syrien och afrikanska länder, berättade en Bangladeshi diplomat för BBC att minst fem Bangladeshiska medborgare, inklusive ett sex månader gammalt barn, var bland de döda.
En del överlevande räddades efter att ha tillbringat natten i vattnet och klängt sig fast vid flytvästar.
Samtidigt tjänstemän i Palermo som utreder dödsfallen av 52 migranter som hittats döda i en båts grepp på onsdag har kvarhållit 10 av de 571 överlevande förde i land, misstänkt för mord, Rai TV rapporter.
Åklagare Maurizio Scalia berättade för AP att de fängslade var sju marockaner, två syrier och en libysk.
Ett svenskt kustbevakningsfartyg, Poseidon, som samarbetar med EU:s gränsmyndighet Frontex, förde de överlevande och kropparna till den sicilianska hamnen.
Tusentals människor ger sig av från det laglösa Libyen varje kväll, packade i båtar och försökte nå säkerhet i Europa.
Många av fartygen är inte sjödugliga och är överfulla.
Sedan överste Muammar Gaddafi störtades 2011 har Libyen hamnat i kaos, där olika miliser kämpar för makten.
Den internationellt erkända regeringen har tvingats lämna Tripoli och kontrollerar inte landets västra kust, varifrån de flesta invandrarbåtar avgår, med sikte på Italien.
UNHCR säger att mer än 2 500 människor har dött när de försökt nå Europa hittills under 2015, med undantag för torsdagens dödsfall.
Under tiden har den österrikiska polisen bekräftat att 71 personer dog i en kylbil som hittades övergiven på en motorväg nära den ungerska gränsen. De tror att åtminstone några av de döda var från Syrien.
"Om vi hade en ordnad säker väg för människor att komma till Europa skulle vi undvika dessa tragedier", berättade UNHCR:s William Spindler BBC.
"Vi skulle också ha mindre incitament för olaglig invandring eftersom vi skulle ha lagliga vägar att komma, så att människor inte skulle behöva riskera sina liv på detta sätt."
Libyska arbetstagare fortsätter att söka efter kroppar till sjöss och på land efter två flyttfartyg som kapsejsar på torsdag.