Två andra före detta chefer, såväl som kamerafirman själv, lämnade in en fällande dom i Tokyos tingsrätt.
De står inför upp till 10 års fängelse.
De tre medgav att de dolde förluster från 1990-talet, vilka avslöjades av en före detta verkställande direktör, Michael Woodford.
"Entreprenadansvar"
Kikukawa beklagade att han inte tidigare hade avslöjat oegentligheterna i bokföringen.
"Det är inget misstag. Hela ansvaret ligger hos mig", sade Kikukawa i domstolen på tisdag.
Han bad också om ursäkt för de problem som investerarna, kunderna, de anställda och allmänheten utsattes för.
Skandalen avslöjades när Woodford, den brittiska verkställande direktören, avskedades från sin post efter att han utmanade Kikukawa och styrelsen över misstänkt stora betalningar relaterade till förvärv.
En undersökning inleddes som avslöjade en mörkläggning av förluster.
Kikukawa, tidigare vice ordförande Hisashi Mori och tidigare revisor Hideo Yamada greps i februari och åtalades senare för misstänkt överträdelse av lagen om finansiella instrument och utbyte.
Tidigare Olympus ordförande Tsuyoshi Kikukawa har erkänt sig skyldig till anklagelser om förfalskning av konton, som täcker upp förluster på 1,7 miljarder dollar (1,1 miljarder pund) vid inledandet av hans rättegång.