Svagare råvarupriser och konsumtionsutgifter, tillsammans med en avmattning i dess viktigaste handelspartner, Kina, har skadat tillväxten.
Mot slutet av förra året ökade dock ekonomin med drygt 5 %, vilket förstärktes av de offentliga utgifterna.
President Joko Widodo hade lovat att höja den årliga tillväxten till i genomsnitt 7 procent.
Landet har dock upplevt en genomsnittlig tillväxt på strax under 6 % under det senaste årtiondet och analytiker har sagt att tillväxten sannolikt inte kommer att förbättras under någon tid.
"Det fjärde kvartalet data är en positiv överraskning," ekonomen Tony Nash berättade för BBC.
"Men tyvärr kommer uppsticket troligen att bli kortlivat. Vi förväntar oss en försämring under det första kvartalet och det blir svårt att återfå tillväxten före 2017, tillägger han.
Widodo lovade att öka tillväxten när hans femåriga mandatperiod började 2014, men han har haft problem med att öka de offentliga utgifterna och har sett flera stora infrastrukturprojekt försenas.
Ett höghastighetstågprojekt värt 5,5 miljarder dollar, finansierat av Kina, undertecknades förra året och beräknas vara igång 2019.
Men projektet har ställts inför omfattande invändningar från transportexperter och dess långsiktiga lönsamhet har ifrågasatts.
Widodo har också ställts inför ett internationellt fördömande av landets konstgjorda skogsbränder, som har orsakat allvarliga ekonomiska och miljömässiga skador.
I december sade Världsbanken att Indonesiens skogsbränder förra året sannolikt hade kostat landet mer än dubbelt så mycket som den summa som spenderats på återuppbyggnadsinsatser efter 2004 Aceh tsunamin.
I sin kvartalsrapport sade banken att bränderna hade kostat omkring 221 ton indonesisk rupiah (15,72 miljarder dollar; 10,5 miljarder pund).
Det tillade att de regionala och globala kostnaderna skulle bli mycket högre.
Tillväxten i Sydostasiens största ekonomi, Indonesien, har kommit in på 4,76% för 2015, vilket markerar den femte på varandra följande årliga nedgången.