Han sade att betalningar till dem för deras image rättigheter var "den största risken i fotboll" som HMRC står inför.
Vissa fotbollsspelare och underhållare har inkomster från bildrättigheter som betalas till offshore-konton utan avdrag för skatt.
HMRC sade dussintals fotbollsspelare är under utredning för potentiella oegentligheter i sina skatteärenden.
Thompson sade till parlamentsledamöterna att när det gäller bildrättigheter: " Jag tror att om det var jag, skulle jag vilja se över detta.... Det är ganska svårt att förklara för en fotbollsfan att det är lagen."
HMRC: s chef för tillsyn, Jennie Grainger, sade att 43 spelare, åtta agenter och 12 fotbollsklubbar var under utredning.
Granger sade att HMRC har ett engagerat team som tittar på bildrättigheter, fotboll, andra sporter och underhållningsindustrin.
Hon berättade för Commons Public Accounts Committee (PAC): "Bara på fotboll själv, under de senaste två åren, har det laget, och bredare över hela HMRC, fört in £ 168m i avkastning."
Granger sade att HMRC undersöker om vissa påståenden om att skilja image rights vinst från vinst som spelare är äkta.
"Har den blivit ordentligt överförd? Har den överförts till verkligt värde? Bör det finnas inkomster som kommer tillbaka till Storbritannien beroende på deras hemvist status? Alla dessa frågor kan vara en del av detta, sade hon.
Tjänstemännen berättade också för PAC att HMRC hade sju brottsutredningar på gång och hade gjort arresteringar efter offentliggörandet av Panama Papers, som gav en enorm mängd information om skatteärenden för rika individer.
Åtgärden följer på inrättandet av en arbetsgrupp mellan byråer för sex månader sedan, inklusive HMRC, FCA, den allvarliga bedrägeribyrån och den nationella brottsbyrån.
I helgen, PAC: s ordförande, Meg Hillier, sade skatteärenden fotboll manager Jose Mourinho bör undersökas av brittiska tjänstemän, efter påståenden om att han använde offshore företag för att minska sin skattelag.
Mourinho anklagas för att ha flyttat miljontals pund av inkomster till Brittiska Jungfruöarna för att undvika att betala skatt.
Enligt rapporter i Sunday Times placerade portugisiskfödde Mourinho, 53, 10 miljoner pund (12 miljoner euro) på ett schweiziskt konto som ägs av ett brittiskt Jungfruöarnas (BVI) företag, vilket kommissionen föreslår inte har några anställda.
Tidningen hävdar också att Real Madrid-stjärnan Cristiano Ronaldo använde bankkonton och företag i Irland, Schweiz och Nya Zeeland för att bearbeta betydande vinster för sina imagerättigheter.
Jorge Mendes - agent för både Mourinho och före detta Manchester United-spelaren Ronaldo - förnekar dock båda påståendena.
Han säger att båda männen var helt förenliga med brittiska och spanska skatteregler.
Uttalandet tillade att anklagelserna härrörde från en it-attack tidigare i år på vissa idrottsagenter, vars detaljer förbjöds av en spansk domstol från att publiceras.
HMRC sade att det inte skulle kommentera namngivna individer, utan tog "alla anklagelser om skatteflykt på största allvar" och "alltid undersöker anklagelser om bedrägeri tillsammans med eventuella underrättelser".
Chefen för HMRC kommer att infinna sig i Hilliers utskott - som ansvarar för övervakningen av de offentliga utgifterna - på fredag.
Manchester United sade anklagelserna relaterade till händelser innan Mourinho ankomst till klubben och så det skulle inte kommentera.
Chefen för HM Revenue and Customs, Jon Thompson, har sagt till parlamentsledamöter att han skulle vilja se en översyn av hur fotbollsspelare kan minska sina skatteräkningar.