Tillfälliga stängningsmeddelanden placerades på skaldjursbäddarna efter höga avläsningar av E.coli-bakterier förra veckan.
De senaste testerna har visat tillfredsställande vattenkvalitetsnivåer, säger FSA.
Stängningar finns kvar i Devon i Slapton, Taw och Torridge och i Jersey.
En talesman för FSA sade: " Nya tester har visat höga nivåer av E.coli förorening i 30 skaldjursbäddar i Cornwall och Devon.
"Ett antal faktorer har dock lett till att vi ifrågasätter omständigheter som kan ha lett till dessa ovanliga resultat, däribland resultatens aldrig tidigare skådade karaktär, bristen på en tydlig orsak och det faktum att andra tester inte stöder uppfattningen att det finns en uppenbar risk för folkhälsan.
"På grund av detta, FSA kommer inte att följa sitt normala protokoll och i detta fall kommer att tillåta de stängda skaldjursbäddar att öppna igen så länge det finns ytterligare ett test som visar att sängen har E coli inom accepterade toleransnivåer."
Snäckfiskodlingar vid Helfordfloden och Camel Estuary i Cornwall har åter öppnats efter det att Food Standards Agency (FSA) hävt anmälan om nedläggning av föroreningar.