Den Uruguay, 25, undertecknades från Nacional för två år sedan men gjorde bara sex liga framträdanden för Boro, tre av dem som ersättning.
Han slutade förra säsongen på lån på spanska second-tier sida Real Oviedo, där han spelade sju gånger och gjorde mål en gång.
Boro säger att de har beslutat att avsluta hans kontrakt för att hjälpa honom att hitta en ny klubb.
Winger Carlos de Pena har lämnat Middlesbrough efter att hans kontrakt avslutades med ömsesidigt samtycke.