Christian Englander kommer nu att ställas inför rätta, med juryurvalet planerat till den 23 september, biträdande distriktsåklagare Anastasia Martin sade.
Varje åtal medför en maximal fängelsetid på sex månader och en möjlig 500 dollar böter.
Polisen sa att Englander hade erkänt att han hade kastat skalet efter att ha förolämpats av skämt Chappelle gjort om en vän.
"Om jag kan, skulle jag vilja undvika en rättegång," Englander sade på måndag, efter en kort förhandling inför domare Donita Sena i domarnas domstol.
"Jag är inte rädd för slutresultatet, men det är slöseri med mänskliga resurser."
Det finns " verkliga brottslingar där ute som de kan försöka. Om det finns ett erbjudande tar jag det", tillade Englander.
Fallet har väckt uppmärksamhet efter att Chapelle sa att kasta ett bananskal var en rasistisk handling.
På måndagen sade Englander, som är vit, att efter att polisen hade gripit honom den 30 mars kom Chapelle till polisstationen för att tala med honom.
Enligt Englander frågade Chapelle honom: "Vet du inte att bananer är rasistiska?"
Englander sa att han sa till Chappelle, 41, att han inte höll med.
Löjtnant Andrea Dobyns vid Santa Fe-polisen bekräftade att Chapelle besökte polisstationen den kvällen för att tala med Englander.
Mannen som anklagades för att kasta ett bananskal på komikern Dave Chappelle under en New Mexico show har anklagats för att störa freden och batteriet.