Den man som heter Abdalfatah HA misstänks vara en del av en enhet med al-Qaida-anknuten grupp, tidigare känd som al-Nusra Front, som dödade 36 syriska statsanställda 2013.
Åklagarämbetet sa att mannen som greps i Düsseldorf hade dömts till döden.
En annan misstänkt al-Nusra-kämpe greps i staden Giessen.
Abdulrahman AA anklagas för att ha brutit mot internationella vapenlagar.
Båda tros ha varit en del av samma stridsenhet för al-Nusra, som då var al-Qaidas partner i Syrien.
Gruppen bröt formellt sina band till det globala jihadistiska nätverket förra året och namngav sig själv Jabhat Fateh al-Sham.
I januari slogs JFS samman med fyra mindre grupper för att bilda Hayat Tahrir al-Sham.
Tyska åklagare hävdar Abdulrahman AA, 26, och Abdalfatah HA, 35, deltog i en väpnad strid mot syriska regeringstrupper inklusive att ta över en stor vapendepå nära Mahin, centrala Syrien, i november 2013, åtta månader efter morden på regeringsanställda.
Vissa lokala rapporter har hävdat att en av männen var asylsökande, men en talesman för åklagarmyndigheten vägrade att bekräfta detta.
En syrisk medborgare har arresterats i Tyskland anklagad för krigsförbrytelser som inbegriper mord på dussintals statstjänstemän.