Den 28-årige tidigare Manchester City försvararen gick med i klubben, initialt på lån, från Brentford i januari 2014.
Och han har varit regelbunden i Derek McInnes sida under de senaste två och en halv säsongerna.
"Jag var alltid säker på att vi kunde försöka komma dit och få ett avtal gjort," McInnes berättade Aberdeen webbplats. "Det är helt lysande nyheter."
Defender Shay Logan har tecknat ett nytt tvåårigt avtal med Aberdeen, som behåller honom på Pittodrie fram till 2018.