Inspektörer kritiserade Darul Uloom skolan när de såg en "kvinnlig guvernör satt utom synhåll för de manliga guvernörerna i ett angränsande rum".
Men ett uttalande från skolan säger att skolan inte separerade, utan respekterade guvernörens val.
En våg av Ofsted inspektioner fann nio privata trosskolor "otillräckliga".
Ofsted chef Sir Michael Wilshaw hade skrivit på tisdagen till utbildningssekreterare Nicky Morgan med resultaten av inspektioner av 22 privata trosskolor, i städer som Manchester, Coventry, Birmingham och Leicester.
Dessa hade tidigare inspekterats av en oberoende grupp - Bridge Schools Inspectorate - men från och med i höst har Ofsted tagit över ansvaret för att utföra kontroller.
Religiösa studier GCSE "rättsterrorism"
Inspektörerna uttryckte oro över bland annat att några av dessa skolor i privat tro inte "främjade grundläggande brittiska värderingar" och inte uppmuntrade "ömsesidig respekt och tolerans för dem med olika tro och övertygelse".
De betonade särskild oro över Darul Uloom Islamic High School i Birmingham, där inspektörerna konstaterade att "den enda kvinnliga guvernören satt utom synhåll för de manliga guvernörerna i ett angränsande rum till huvudmötet.
"Som ett resultat kunde hon bara bidra till mötet genom en dörröppning. Guvernörerna sa till inspektörerna att detta var deras vanliga arrangemang.
"En senior HMI har påpekat för skolan att denna praxis är oacceptabel eftersom den inte visar tillbörlig respekt för kvinnor."
Som svar säger ett uttalande från skolan att besökare, föräldrar och guvernörer kan "sitta var och hur de vill när de känner sig bekväma, och vi hävdar aldrig några restriktioner på detta".
De privata pojkarnas skolor säger att det har en "öppen dörrpolicy" och har varit värd för möten, bland annat för ett lokalt trosforum och för West Midlands-polisen.
Skolan gjorde ett uttalande från den namnlöse guvernören som sa att "min begäran att få sitta som jag vill" var ett sätt att "demonstramera skolans starka främjande av både islamiska och brittiska värderingar".
"Rätten för en person att välja är ett universellt värde", sade hon. Men hon hävdade att kravet på "brittiska värden" var emot detta.
Darul Ulom, som nu bedömdes som otillräcklig, hade inspekterats av Ofsted-inspektörer sedan 2011. I oktober 2013 bedömde Ofsted det som bra och beskrev rektorn som "framåttänkande".
Ofsted säger att även om de egna inspektörerna utförde ett antal inspektioner under de senaste åren, ansågs skolan ha varit en del av BSI:s inspektionssystem.
Bland de 22 skolor inspekterade 15 var muslimska och sju kristna.
De hade varit en del av en grupp på omkring 50 privata skolor som hade bedömts av Bridge Schools Inspectorate, som nu inte längre är godkänd för att inspektera skolor.
Bland de 22 skolor som inspekterades av Ofsted var en "utstående", fyra "bra", åtta bedömdes som "kräver förbättring" och nio var "otillräckliga".
Sir Michaels brev till utbildningssekreteraren säger att det bör vara en prioritet att inspektera andra före detta Bridge Schools Inspectorate skolor.
Den kvinnliga guvernören på en privat Muselman skola i Birmingham - i centrum av kritik från Ofsted - valde att sitta separat från män, säger skolan.