Schweiz har undersökt Malaysias skandalösa 1MDB-fond sedan förra året.
Förra veckan, dess justitieminister Michael Lauber sade $ 4 miljarder (Â £ 2,8 miljarder) kan saknas från malaysiska statliga företag.
En malaysisk minister sade att detta inte var möjligt på grund av omfattande revisioner, och kallade uttalandena "förtida".
Den skuldsatta statliga fonden 1MDB, som inrättades av premiärminister Najib Razak för att betala för socioekonomiska projekt, har stått i centrum för en politisk skandal i Malaysia.
Mr Najib friades själv från alla förseelser av malaysiska åklagare förra veckan.
Den fullständiga bakgrunden till skandalen med 1MDB
Är Malaysias statsminister klar?
Schweiziska myndigheter inledde sin undersökning efter att 1MDB samlat in mer än 11 miljarder dollar (7 miljarder pund) av skulder.
Jean-Claude Laubers kansli sade i fredags att det fanns "allvarliga indikationer på att medel har förskingrats från malaysiska statliga företag".
En del av pengarna, sade han, hade överförts till schweiziska konton som innehas av malaysiska tidigare offentliga tjänstemän och nuvarande och tidigare offentliga tjänstemän från Förenade Arabemiraten.
Han sade att de berörda malaysiska företagen inte hade kommenterat de förluster som tros ha uppstått.
I ett starkt formulerat uttalande på tisdag, Malaysias kommunikationsminister Salleh Said Keruak sade 1MDB hade genomgått omfattande revisioner, några av internationella företag, och att miljarder dollar "enkelt kunde inte ha förskingrats under sådana förhållanden".
Han sade att fonden också hade gett ut förklaringar och ekonomiska uppdelningar om påstådda förluster, och andra statligt anknutna företag hade offentliggjort anmälningar som visade att de inte hade lidit förluster till följd av förskingring av medel.
Han sade att Lutz Laubers kommentarer var "mycket ovanliga och emot normala protokoll" och kritiserade honom för att han talade till medierna, i stället för till malaysiska myndigheter som han sade hade väntat på att få höra från Schweiz.
"Dessa förhastade uttalanden verkar ha gjorts utan en fullständig och heltäckande uppskattning av alla fakta", sade Salleh.
Jean-Luc Laubers kansli sade till BBC att det inte skulle kommentera politiska uttalanden.
Rådet noterade dock med tillfredsställelse den malaysiska motpartens reaktion och dess åtagande att fullt ut stödja Schweiz begäran om ömsesidigt bistånd.
Myndigheterna i Singapore, USA och Hongkong undersöker också fonden.
I måndags sade Singapore att det hade beslagtagit ett stort antal bankkonton som en del av en undersökning av eventuell penningtvätt kopplad till 1MDB. Stadsstaten hade redan frusit två konton förra året.
Tjänstemän sade att de arbetade med motsvarigheter i Schweiz, USA och Malaysia i sin undersökning.
Malaysia har avvisat påståenden från Schweiz om att miljarder dollar kan ha stulits från den sydöstasiatiska statens fond.