Pte Manning, tidigare känd som Bradley, dömdes till 35 års fängelse för att ha läckt en massiv trove av hemligstämplade amerikanska dokument.
Efter övertygelsen tillkännagav hon sin önskan att leva som kvinna.
Den amerikanska militären förbjuder emellertid transpersoner att öppet tjänstgöra i militären.
Konteramiral John Kirby, talesman för Pentagon, bekräftade för New York Times att försvarsminister Chuck Hagel hade godkänt en begäran från armén att "utvärdera potentiella behandlingsalternativ för interner som diagnostiserats med könsdysfori".
Associated Press nyhetsbyrå först rapporterade att USA: s militär vägde en potentiell överföring till civila fängelse, med hänvisning till namnlösa Pentagon källor.
Men på onsdag sa Rear Adm Kirby att inget sådant beslut hade fattats än.
"Alla sådana beslut kommer naturligtvis att balansera soldatens medicinska behov ordentligt med vår skyldighet att se till att Pte Manning förblir bakom galler", sade han.
En lokal domare i Leavenworth i Kansas godkände Pte Mannings begäran om byte förra månaden, ett drag militären inte motsatte sig.
Pte Manning har diagnostiserats av militärläkare flera gånger med kön dysfori, känslan av ens kön är i strid med det kön som tilldelats vid födseln.
Men hon har begärt behandling, inklusive hormonterapi, och förmågan att leva som kvinna.
Enligt ett klagomål från Pte Mannings advokat hade en militärläkare vid Fort Leavenworth - där hon hålls - godkänt en behandlingsplan senast i november 2013.
Men det blev försenat när det sändes högre upp i befälsordningen för övervägande.
Den amerikanska militären är skyldig att behandla diagnostiserade störningar av sina soldater, men dess politik tillåter summarisk uppsägning av transpersoner.
Hans-Gert Hagel har sagt att den militära politiken för transpersoner "hela tiden bör ses över".
"Varje kvalificerad amerikan som vill tjäna vårt land bör ha en möjlighet om de passar kvalifikationerna och kan göra det", sade Hagel på måndagen, men han sade inte om han ansåg att det skulle upphävas.
Trots denna politik, en nyligen genomförd studie av ett amerikanskt universitet uppskattade att det fanns cirka 15 000 transpersoner som tjänstgjorde i USA: s väpnade styrkor.
Pte Manning kommer inte att avskedas från militären förrän hon har avtjänat sitt straff. En domare avslog nyligen en begäran om nåd.
Överföringar från militära fängelser till civila federala fängelsebyråer saknar motstycke, men de görs vanligtvis efter det att internen har avskedats från militären.
Pentagon överväger att flytta menige Chelsea Manning till ett civilt fängelse för att behandla hennes könsdysfori, amerikansk mediarapport.