På tisdagen ställde Obama in planerade samtal efter brandmärket Mr Duterte kallade honom "son till en hora".
Onsdagens informella möte ägde rum före en asiatiskt toppmötesgalamiddag.
Medan en filippinsk talesman sade att han var "mycket glad" det hände, den amerikanska sidan sade att de hade en "brief diskussion" i en före måltid "hålla utrymme" för ledare.
Barack Obama och Duterte sägs ha gått in på middagsplatsen separat vid toppmötet i Laos och inte interagerat med varandra under evenemanget, som varade en timme och 20 minuter.
"De var de sista som lämnade förvaringsrummet. Jag kan inte säga hur länge de träffades," Philippine utrikesminister Perfecto Yasay, resa med Mr Duterte, berättade reportrar kort därefter.
"Jag är väldigt glad att det hände."
En representant för Vita huset sa att paret utbytte "pleasantries" i en "briefingdiskussion" före middagen.
Krig mot narkotika
Dutertes utbrott kom efter vid en presskonferens där han sade till reportrar att han inte skulle acceptera att Barack Obama uttryckte någon oro över kriget mot narkotika i Filippinerna.
"Du måste vara respektfull. Kasta inte bara bort frågor och uttalanden. Son till en hora, Jag kommer att förbanna dig i det forumet," Mr Duterte sade, tydligen i samband med USA: s president.
Vad mer har den kontroversielle filippinska presidenten sagt?
Toppdiplomati, dutertestil
Världens ledares kränkande förolämpningar: Vem är bäst?
Vem är Rodrigo Duterte?
Den filippinska ledaren beklagade senare kommentarerna, men inte förrän Barack Obama hade ställt in ett planerat möte.
Daniel Duterte vann ordförandeskapet med sin hårda linjepolitik för att utrota narkotika och omkring 2 400 personer har dött i antidrogoperationer sedan han tillträdde i juni.
Han hade tidigare uppmanat medborgarna att skjuta för att döda knarklangare som motsatte sig gripandet och hotade att "skilja sig" från FN efter att ha kallat sitt krig mot narkotika ett brott enligt internationell rätt.
President Duterte, känd för sina kontroversiella kommentarer, hade tidigare kallat USA:s utrikesminister John Kerry "galen" och hänvisade till påven Francis som "son till en hora".
Men presidenten har också ett starkt stöd hemma för sin hårda hållning när det gäller droger.
USA:s president Barack Obama och den filippinska ledaren Rodrigo Duterte hade ett kort möte, dagar efter ett mycket offentligt spott.