Internationella paralympiska kommittén (IPC) avbröt Ryssland från Rio Games från och med den 7 september på grund av statssponsrad dopning.
Putin sade att utslaget var "cyniskt" och "dämpar de som fattar sådana beslut".
Endast ryska ban- och fältidrottare förbjöds från OS.
Putin, som talade vid en prisutdelning för ryska olympier på Kreml, sade att landet skulle hålla särskilda tävlingar för förbjudna paralympiska idrottare, med vinnarna tilldelades samma priser som i Rio.
Utrikesdepartementets taleskvinna Maria Zacharova sa att ryska paralympier hade tagit "kollektivt ansvar för ett obeprövat brott".
Rysslands president Vladimir Putin säger att landets paralympiska förbud är "utanför lagens, moralens och mänsklighetens gränser".