Mediterranean mås och svarthåriga måsägg skördades olagligt från öarna i Poole Harbour i Dorset.
Stölden har märkts som "sickening" av fågelkärleken Birds of Poole Harbour.
Gruppen sade att vissa ägg - som ibland äts som delikatess - inte godkändes som livsmedel.
Dorset Police och Natural England har inlett en utredning.
Natural England uppmanar alla restauranger eller pubar att be om en giltig licens innan de köper ägg för att laga mat.
Fåglar i Poole Harbour hade kartlagt en grupp öar i hamnen när stölden upptäcktes.
Mediterrana måsar klassificeras som en lista Ett art, vilket innebär att alla som stör deras bon måste ha en särskild licens.
Paul Morton, som driver välgörenhet, sade Medelhavs mås ägg var inte godkända för mänsklig konsumtion, och kunde vara en "hälsofråga".
"Jag är verkligen upprörd. Att se hur hundratals ägg tas från en viktig koloni är ganska vidrigt, sade han.
Moreton sade att det under de senaste tio eller femton åren har förekommit tidigare fällande domar för tjuvjakt på ägg.
Han sade att fortsatt övervakning var nödvändig för att förstå effekten på måspopulationen i hamnen, som han sade hade minskat med 70 % sedan 2008.
Hundratals ägg som tillhör en skyddad fågelart har stulits från en viktig häckningsplats, med farhågor om att de skulle kunna säljas till restaurangindustrin.