Ett brev skickat av partiaktivister i norra Wales hävdade Michelle Brown har varit "ohövlig och ohövlig" till dem.
Den sändes till UKIP:s nationella verkställande kommitté (NEC) före en rad om rasistiska slurs om en Labour MP, som Brown bad om ursäkt för.
Men UKIP:s ordförande Paul Oakden sade att brevet inte följde rätt process.
En talesman för UKIP:s församlingsgrupp sade att brevet skrevs av en grupp med "långvarig agg" mot efterlysningen.
Det styrande NEC-organet diskuterade frågan vid ett möte på fredag, där de också beslutade att tillåta en kontroversiell anti-islam-kampanjör att ställa upp i UKIP:s ledning.
Oakden sade: "En medlem av NEC hade kontaktat den person som lägger fram detta och sade till dem att de måste följa den rätta processen att fylla i de nödvändiga formulären och överlämna dem till NEC.
"Medlemmar som helt enkelt mejlar NEC som säger att vi vill att du ska göra detta är inte den korrekta disciplinära processen för partiet, genom någon sträcka av fantasin.
"En medlem av NEC har gått tillbaka och gett råd om vad de behöver göra."
Shaun Owen, sekreterare vid UKIP:s avdelning Delyn, skrev till NEC och sade: "Under en tid har vi blivit bestörta över det slipande och ohövliga sätt som Brown har visat gentemot UKIP lokalt.
"Hennes bristande ansträngningar för att uppnå partiets mål både lokalt och nationellt är av intresse för medlemmarna i hela regionen."
Owen tillade att han ansåg att ledamöterna skulle sluta att stödja UKIP om Brown fortsatte att spela rollen.
Men en talesman för partiets församlingsgrupp avfärdade brevet som skrivet av en "liten och obetydlig grupp".
I februari avvisade fru Brown ett påstående om att hon rökte droger på ett hotellrum.
Senare den månaden sade hon att hon hade agerat "med anständighet" efter det att det avslöjades att hon hade diskuterat hur en annons för ett arbete i hennes församling kontor kunde ändras för att hjälpa sin bror att få en intervju för posten.
Under tiden, UKIP: s NEC bekräftade att 11 hoppfulla i tävlingen att efterträda Paul Nuttall som ledare kommer att kunna köra som kandidater.
I listan ingår Anne Marie Waters, grundaren av Sharia Watch-tryckgruppen, som har beskrivit islam som ond.
UKIP AM David Rowlands hade sagt att ms Waters förmodligen är "för extrem" för att få stå men hon hävdade att partiet försökte "ostracisera" henne.
Andra kandidater som också har godkänt NEC:s granskningsprocess och går vidare till en omröstning om medlemskapet är bland annat walesiska aktivisten John Rees-Evans, ledamot av Londonförsamlingen Peter Whittle och skotsk parlamentsledamot David Coburn.
Nuttall avgick efter det allmänna valet i juni när partiet inte vann några platser och dess röst föll.
En uppmaning att avsätta en UKIP-medlem i den walesiska församlingen har avvisats av partiets styrande organ.