Tvåhundrasextio personer har redan dömts.
Officeren med ansvar för Operation Titan, Det Supt Sean Wright, vädjade om att alla som deltog i planerade protester senare denna månad skulle göra det lagligt och fredligt.
Operation Titan inrättades för att undersöka incidenter med allmän ordning sedan den 12 juli.
Polisen släppte siffrorna vid en presskonferens på PSNI:s huvudkontor i Belfast på måndagen.
ACC Will Kerr sade att 2013 hade varit ett utmanande år för polisen.
Han sade att de senaste fyra åren hade sett ett allvarligt oliktänkande republikanskt hot, men nyligen hade det skett ett uppsving i verksamheten.
När det gäller den lojala paramilitära gruppen sade UVF, ACC Kerr att delar av gruppen, särskilt i östra Belfast, hade varit inblandade i en rad brottsliga aktiviteter, men frågan om om specificering var ett politiskt beslut.
Polisen har sagt att 560 personer har åtalats eller rapporterats i samband med flaggdemonstrationer i Nordirland.