Superhjälten hade utsetts till hedersambassadör för att främja budskap om kvinnors egenmakt och könsbaserat våld.
Karaktärens "sexualiserade" utseende var ett element som kritikerna tog sig an för att anse valet olämpligt.
En petition mot urvalet samlade nästan 45.000 underskrifter.
FN förklarade inte varför projektet med Wonder Woman, som tillkännagavs i oktober, skulle avslutas på fredag.
Men talesman Jeffrey Brez sade kampanjer med hjälp av fiktiva tecken ofta varade inte längre än några månader, Reuters nyhetsbyrå rapporterade.
DC Entertainment, som publicerar DC Comics, sade att det var nöjd med exponeringen Wonder Woman hade fört till orsaken.
Warner Bros och DC Entertainment stödjer en årslång kampanj av FN och dess barnbyrå, Unicef, för jämställdhet och kvinnors egenmakt.
I petitionen mot karaktärens utnämning sade motståndarna att den bild hon projicerade var "inte kulturellt omslutande eller känslig".
"Det är alarmerande att FN skulle överväga att använda en karaktär med en öppet sexualiserad bild i en tid då huvudnyheterna i USA och världen är objektifieringen av kvinnor och flickor," sade det.
Wonder Woman - en amasonian från det all-kvinnliga paradiset Themyscira - maskerader som Diana Prince, vars yrken inkluderar en armésjuksköterska, tills hennes tjänster kallas på av ett samhälle i fara.
Hon kom först till allmänhetens uppmärksamhet i oktober 1941, och spelades mest känd av skådespelerskan Lynda Carter i den hit amerikanska TV-serien som gick 1975-79.
Tillkännagivandet kom som FN själv var under kritik för att ha en brist på jämställdhet i ledande roller.
Trots kampanjer har det aldrig funnits en kvinnlig generalsekreterare och en analys visade att under 2015 nio av 10 ledande befattningar gick till män.
FN har avslutat sin kampanj med serietidning hjältinnan Wonder Woman, säger en talesman, mindre än två månader efter hennes utnämning väckte upprördhet.