Tidiga mål från Kazenga LuaLua och Tomer Hemed gav Albion en 2-0 ledning på halvtid men hemmasidan kämpade tillbaka efter pausen.
Freddie Sears knackade in för att dra en tillbaka och ersätta David McGoldrick utjämnade från platsen efter Bruno fouled Ryan Fraser.
Men Hemed nickade två minuter senare för att ge Seagulls seger.
Brighton bar svarta armband för att hylla Matt Grimstone och Jacob Schilt, två offer för flygolyckan i Shoreham, medan Albion målvakt David Stockdale bar en speciell skjorta i uppvärmningen och personliga handskar med duon namn.
Ipswich och Brighton hade båda gjort unbeaten börjar ligan kampanjen, var och en tar 10 poäng från fyra matcher, men besökarna bedövade Portman Road med två snabba första-halva mål.
Först fastnade LuaLua på en boll framåt från Gaetan Bong och körde en låg vänsterfotad skott över Dean Gerken, och sedan fick Hemed en svag touch på Dale Stephens frikick.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Sears gick två gånger nära för Ipswich strax före pausen, medan Albion försvarare Uwe Hunemeier hade tur att inte få ett andra gult kort för en hög fot.
Town boss Mick McCarthy gjorde en dubbel substitution på halvtid och, efter Stephens körde ett skott mot upprätt för Brighton, han belönades när Sears kastade att göra mål efter Brett Pitman hade slagit inlägget.
Hemsidan var plan på 65 minuter när McGoldrick höll sin nerv från platsen men några ögonblick senare fick Hem sin andra från LuaLuas avböjda kors för att återställa Brightons ledning.
Bobby Zamora kom på som ett sent substitut för sitt första framträdande sedan åter gå Brighton i sommar, och den tidigare England strejkaren hjälpte Seagulls att stänga ut spelet.
Sussex klubben är nu tre poäng klar på toppen av Championship bordet på väg in i den internationella pausen.
Ipswich manager Mick McCarthy: "Jag tycker Brighton är en mycket bra sida, de började bra och var det bättre laget.
"Under första halvan var de utmärkta - du måste ge dem beröm. Men jag tyckte att vårt svar under andra halvan var bra.
"Sedan kom deras tredje mål av ett avböjt kors som felfotade mina försvarare, men vi gjorde också några små misstag som ledde fram till det.
"Nu vet vi hur alla andra (i ligan) känner sig."
Brighton boss Chris Hughton: "Det var ett superspel och ett mycket bra skådespel för mästerskapet.
"Vi var det bättre laget på 2-0, men den enda besvikelsen för mig var att vi tillät dem att komma tillbaka till 2-2, vilket jag inte tyckte var en rättvis reflektion av spelet.
"Men vi visade bra karaktär att gå vidare och vinna spelet och totalt sett trodde jag att vi hade rätt balans mellan att försvara bra och bryta snabbt."
Brighton slog Ipswich Town i en fem-måls thriller för att hoppa på Traktor Boys och gå toppen av mästerskapet.