28-åringen testade positivt för ett förbjudet ämne bara några dagar innan han begav sig till de olympiska spelen i Rio.
Han hävdade att resultatet var iscensatt för att hindra honom från att tala ut om politik i indiska sporter och säga: "Deras avsikt är att tysta mig."
Navin Agarwal, generaldirektör för Indiens antidopningsbyrå, nekade prover kunde ha manipulerats.
Singh sa att han förnekade "alla anklagelser om doping som jag anklagas för".
"Jag blir måltavla och det är ett tydligt fall av konspiration mot mig", sade han. "Mitt prov har blivit manipulerat"
"Jag har talat ut mot politiken inom idrotten i Indien och hur illa idrottare behandlas och deras dåliga träningsanläggningar, och detta har retat många mäktiga människor i landet."
Singh är den andra Rio-bundna indiska idrottaren att misslyckas ett doping test efter brottare Narsingh Yadav, 26, förra veckan testades positivt för en förbjuden steroid.
Yadav har också förnekat ett orätt handlingssätt och hävdat att hans kosttillskott var spetsade.
"Jag tror att det finns brott inblandade i hela detta avsnitt," berättade han Indiens NDTV station.
Inga sanktioner för paret har meddelats, och Singh har blivit tillfrågad om han vill ha ett andra prov testat.
Indisk skott sätta mästare Inderjeet Singh tror att han misslyckades ett drogtest på grund av en "konspiration" mot honom.