Leela Samson slutade efter att en överklagandenämnd godkänt filmen Budbärare av Gud, regisserad av och med guru Gurmeet Ram Rahim Singh.
Samson-ledda Central Board of Film Certification (CBFC) hade funnit filmen olämplig för allmänheten, enligt uppgift eftersom den främjade vidskepelse.
Hon anklagade också den statligt drivna CBFC för "korruption och tvång".
Samtidigt har organisationer som motsätter sig Gurmeet Ram Rahim Singh hållit protester i Punjab och Haryana efter rapporter om att filmen hade godkänts för release.
Ms Samson tog över i augusti efter det att styrelsens tidigare chef hade gripits på grund av korruption.
Guds budbärare godkändes av appellationsdomstolen för filmcertifiering efter det att Samsons panel avslog den.
Ms Samson sade att filmens skenbara godkännande var "ett hån" mot hennes organisation. "Min avskedsansökan är slutlig", berättade hon för Press Trust of India nyhetsbyrån. På fredag slutade hennes kollega Ira Bhaskar också i frågan.
Indiens junior Information och Broadcasting Minister Rajyavardhan Singh Rathore förnekade någon inblandning, säger regeringen var "absolut hands-away" från alla beslut av censurnämnden.
Men en CBFC-medlem, Nandini Sardesai, sade att hon var orolig att filmen var klar i hast.
Den 47-årige ledaren för Dera Sacha Sauda-sekten klär sig i färgglada kläder, med en rockstjärnasbild.
Han har publicerat ett halvt dussin musikvideor och uppträder regelbundet på rockkonserter, som besöks av tiotusentals följare.
I sin senaste hit nummer Highway Love Charger, som har setts mer än 1,6 miljoner gånger på YouTube, ses guru sjunga och dansa i flerfärgade pyjamas och en topp som är utsmyckad med glittrande paljetter och stenar.
Den officiella trailern av Guds Budbärare visar honom utföra våghalsiga stunts, cykla och ta på skurkar. Den har också sång- och dansrutiner.
Webbplatsen Dera Sacha Sauda hävdar att det är en "social välfärd och andlig organisation som predikar och utövar humanism och osjälviska tjänster till andra".
Sekten påstår sig ha mer än 50 miljoner anhängare runt om i världen och säger att den driver skolor och flera sjukhus för reformer för sexarbetare.
Under de senaste månaderna har Dera-hövdingen varit inblandad i kontroverser, med anklagelser om att han tvingade 400 anhängare att genomgå kastreringar så att de kunde komma "närmare Gud" och också anklagas för våldtäkt och mord - åtalar en talesman för sekten har förnekat.
Han har också motarbetats av vanliga sikhledare, som anklagar honom för att förolämpa och förringa deras tro.
"Vi såg alla filmen. Det var det kollektiva beslutet av åtta av oss att filmen inte var lämplig för offentlig visning, "Mis Sardesai berättade NDTV nyhetskanal.
"Tendensen tar 15-30 dagar att göra klart en film, men det här målet godkändes inom 24 timmar."
Tidningen Mid-Day citerade Sardesai som säger att de hade förkastat filmen eftersom den "främjar vidskepelse och blind tro".
I guruns hemsida nämns Guds Budbärare som en "film som syftar till att sprida social medvetenhet i samhället".
"Även om hela historien skildrar sanningen, men handling, spänning och drama också läggs till för att göra det mer intressant", säger webbplatsen.
Samson sade att hon hade avgått på grund av "inblandning, tvång och korruption" bland de regeringsutnämnda ledamöterna och styrelsetjänstemännen.
I augusti i fjol greps den tidigare ordföranden för styrelsen Rakesh Kumar för att ha begärt en muta från en filmproducent och avlägsnats från tjänsten.
Filmer kan inte visas offentligt i Indien om de inte har certifierats av styrelsen, som är baserad i Mumbai och har nio regionala kontor.
Enligt sin webbplats har styrelsen ett juridiskt bemyndigat uppdrag att "säkerställa hälsosam underhållning, rekreation och utbildning för allmänheten".
Dess godkännandeprocess kan vara långsam och mödosam, med flera omgångar av nedskärningar, ibland krävs innan ett av dess fyra certifikat beviljas.
Indiens Censor styrelsechef har avgått efter rapporter om att en film som avvisats av hennes panel har godkänts för release.