Carter har lidit med villkoret i åratal och kämpade under 6-2 nederlag av tre-tiden mästare på York Barbican.
Carter, 36 år, sade till BBC Sport: " Jag har ett sådant handikapp som lever med denna Crohns sjukdom.
"När du har konstant buksmärtor kan du inte lugna dig."
Carter, som har återhämtat sig från en livshotande cancertumör på lungan, fick en flytande 89 i öppningsramen.
Men Higgins levde upp till sin fakturering som en pre-turnement favorit, knappt missa en boll därefter.
Han kapitaliserade på ett par Carter missar att nypa de nästa två ramar och skramlade av fem ramar i följd innan stängning seger.
Tvåfaldig VM-finalist och världsnummer 28, Carter, tillade: "Jag missade ett par bollar och är 3-1 nere.
"Det är så svårt att tävla på toppnivå ändå och när man har något sådant gör det det väldigt svårt.
"Jag vill inte fortsätta tjata om det och jag känner inte att mitt spel är en miljon miles bort. Men det är ett så stort handikapp Om du inte har 100% rätt att tävla på den här nivån."
"Det är ett under att jag kan tävla alls. Det är ingen ursäkt, det är ett handikapp. Men i det större perspektivet har jag tur som lever, antar jag."
Ali Carter sade sin kamp med Crohns sjukdom satte honom i en enorm nackdel under hans tredje omgången brittiska Championship förlust mot John Higgins.