Bailey dog efter incidenten på Cults Academy den 28 oktober.
Den 16-årige åtalad - som inte kan namnges av juridiska skäl - dök upp privat vid Aberdeen Sheriff Court.
Pojken är också anklagad för att ha ett blad eller en punkt i skolans lokaler. Han vädjade inte, begicks helt och hållet och häktades.
Särskilda sammankomster hölls på måndagen när eleverna återvände till lektionerna för första gången sedan händelsen inträffade.
Baileys familj framförde ett tack för det stöd de fått.
En tonårspojke har varit i rätten för andra gången anklagad för mord på 16-årige Bailey Gwynne, som knivhöggs vid sin Aberdeen skola.