Den röda draken upptäcktes av en medlem av allmänheten i Daintry Wood nära Toddington.
En röntgenbild visade att den hade 10 blybitar instoppade i kroppen.
RSPB sade: "Detta var helt klart ingen olycka och det är särskilt sorgligt med tanke på de längder som har tagits för att återinföra dessa fantastiska fåglar till England."
RSPB inspektör Jenny Shelton sade: " Fågeln kommer sannolikt att ha skjutits på nära håll för att ådra sig denna skadenivå.
"Röda drakar livnär sig huvudsakligen på karrion, så det finns ingen logisk anledning för dessa fåglar att bli måltavlor."
Bedfordshirepolisen har vädjat om information om skottlossningen.
Insp Mark Farrant sade: " Detta är en särskilt oroande händelse mot en fågel som är fullt skyddad enligt lagen om vilda djur och växter.
"Jag skulle be alla med information om denna eller liknande incidenter att ringa Bedfordshire polisen."
Enligt RSPB är skjutningen av rovfåglar ett utbrett problem i Storbritannien.
Organisationens senaste fågelbrottsrapport säger att det fanns 196 rapporter om skytte, fångst och förstörelse av rovfåglar 2015, inklusive röda drakar.
Arten är skyddad enligt schema 1 i Wildlife and Countryside Act 1981 och straffet för att döda en är upp till sex månader i fängelse och / eller böter på upp till 5 000 pund.
Röda drakar dog ut i England år 1871, med bara en handfull par kvar i avlägsna delar av centrala Wales.
RSPB hjälpte till att återinföra dem 1989 och det finns nu cirka 1000 röda drakar i England.
En skyddad rovfågel har hittats död i Bedfordshire och hade troligen skjutits "på nära håll".