Polisen sa att raketerna hade landat i öppna områden, utan att orsaka skada eller skada. Den israeliska militären sa att de avfyrades från Sinai i Egypten.
Varning sirenerna gick av precis innan raketerna slog till. Stadens flygplats har stängts och säkerheten har skärpts.
Eilat, ett populärt turistmål vid Röda havet, har tidigare drabbats av raketer som avfyrats av militanter i grannlandet Egypten och Jordanien.
Den egyptiska militären sa att den utredde händelsen.
Timmar efter attacken, en liten militant Salafi grupp, Mujahedeen Shura rådet, sade att det hade avfyrat två Grad raketer på "ockuperade Eilat", i ett uttalande som bars på jihadistiska webbplatser.
Omkring 50.000 människor bor i Eilat, och tiotusentals semesterfirare besöker dem varje år.
Den israeliska militären sade en Iron Dome anti-rocket batteri - utformad för att avlyssna kortdistansmissiler - som placerades nära Eilat tidigare denna månad var inte utplacerad i den senaste attacken.
Det var flera raketattacker mot staden förra året, men inga skador orsakades.
De flesta raketerna avfyrades från Sinai, vilket har blivit alltmer laglöst sedan den revolution som störtade den tidigare egyptiske presidenten Hosni Mubarak 2011.
Islamiska militanta grupper har vuxit i styrka där och har använt det som en bas för att rikta Israel över den långa gemensamma gränsen.
Minst två raketer har träffat den södra israeliska staden Eilat.