Inrikesdepartementet bekräftade hans ersättare som Abdul Rahman Rahimi, tidigare polischef i Balkhprovinsen.
General Zahir avgick förra veckan efter att ha presiderat för en dramatisk ökning av militanta attacker under de senaste månaderna.
Hans talesman väckte förvirring flera dagar senare genom att hävda att hans avgång hade avslagits.
Inrikesministeriets talesman Sidiq Sidiqi sade: " Abdul Rahman Rahimi, Balkhs tidigare polischef, utses till polischef i Kabul, och general Zahir utses till chef för brottsroteln.
"Än så länge är ingen utsedd till polischef i Balkh och snart kommer en annan general att utnämnas där."
General Zahir gav inget skäl till sin avgång, men han hade ställts inför ökande påtryckningar, med rebeller som utförde nio dödliga attacker i Kabul under de senaste två veckorna.
Det senaste i en rad attacker riktade sig mot en förening som användes av en amerikansk välgörenhetsorganisation på lördag och dödade tre sydafrikaner.
Förra veckan dödades två amerikanska soldater och två brittiska ambassadarbetare i separata attacker, och dussintals afghaner dödades och skadades också.
Gen Zahir var själv måltavla för en attack i början av november, när en självmordsbombare infiltrerade hans kontor och dödade hans vicesheriff.
De afghanska trupperna förbereder sig för att ta över den nationella säkerheten innan de utländska stridstrupperna dras tillbaka i slutet av månaden.
Under de senaste månaderna har talibanerna trappat upp attackerna mot utländska medborgare, civila och afghanska soldater och uttryckt oro över den afghanska arméns förmåga att skydda landet mot rebeller.
President Ashraf Ghani, som tog makten i september, har lovat att skapa fred efter årtionden av konflikter.
På söndagen ratificerade han säkerhetsöverenskommelser som gjorde det möjligt för omkring 12.000 Natosoldater att stanna kvar för utbildning och rådgivning, efter det att utländska stridstrupper dragits tillbaka den 31 december.
En separat USA-ledd styrka kommer att bistå afghanska trupper i vissa operationer mot talibanerna.
En ny polischef har installerats i den afghanska huvudstaden Kabul, som avslutar dagar av förvirring över den sittande general Zahir Zahirs öde.