Kontrollstyrelsen för Cricket i Indien (BCCI) missade en deadline för att namnge en trupp för turneringen efter International Cricket Council (ICC) ändrade sin intäktsdelning modell.
Men ett BCCI uttalande sade det "enhälligt beslutat att den indiska cricket laget kommer att delta".
Ett möte för att välja laget kommer nu att äga rum måndagen den 8 maj.
Den första tidsfristen för att namnge en Champions Trophy trupp var 25 April men Indien kommer inte att få en sanktion för att inte göra det.
Vid ett nyligen ICC-möte, BCCI röstades ut 13-1 i ett försök att stoppa den reviderade affären som avsevärt minskar Indiens andel från globala händelser i 2015-2023 cykeln.
Tillförordnad BCCI-sekreterare Amitabh Choudhary kommer nu att fortsätta att förhandla med världens styrande organ om frågan.
BCCI:s uttalande tillade: "Styrelsen godkände enhälligt den tillförordnade hederssekreteraren för BCCI att fortsätta förhandlingarna med ICC i BCCI:s bästa intresse, samtidigt som dess lagliga alternativ hålls öppna."
Indien har bekräftat att de kommer att tävla i Champions Trophy hålls i England och Wales från 1-18 juni.