Listan toppad av den skotske förste ministern Nicola Sturgeon identifierar kvinnor som har haft en "exceptionellt stor inverkan".
Att hålla jämna steg med Kardashians stjärna Jenner, tidigare känd som Bruce, är på nummer sju.
Hon avslöjade sin övergång till Caitlyn på omslaget till Vanity Fair förra månaden.
Den tidigare Olympian, vars berömda barn inkluderar styvdotter Kim Kardashian och dotter Kendall Jenner, hedras för att ha fört upplevelsen av att vara transkvinna till en global publik.
Både Vanity Fair fotoshoot och den efterföljande #CallMeCaitlyn hashtag antogs av många fans på Twitter genererade stor publicitet.
Skådespelerska, regissör och humanitär kampanjledare Jolie gjorde nummer tre på listan, som avslöjades på BBC Radio 4, för "att använda sin kändis till imponerande ändar" och "Angelina-effekten".
Termen myntades efter att skådespelerskan avslöjade sin genetiska benägenhet för bröst - och äggstockscancer, vilket fick andra kvinnor att söka sig till tester.
Jolie har talat öppet om sin dubbla mastektomi och fått äggstockarna och äggledarna borttagna för att förhindra cancer.
Guardians första kvinnliga redaktör Katherine Viner var på nummer fyra på listan, bara veckor efter att han började jobba, medan Wintour, chefredaktör för American Vogue, var på nummer två.
Visselblåsare Jane Shepherdson, som satt i juryn, sade att redaktören " påverkar världen i vad man ska ha på sig, hur man ser ut och vem man ska fira.
"Som kaptenen för nästan vilken annan bransch som helst, är Wintours ord nästan lag."
Listan räknades ner under en speciell Woman's Hour show från BBC Radio Theatre, värd av presentatörer Jane Garvey och Jenni Murray.
Juryn, som leddes av journalisten och programföretaget Emma Barnett, inklusive människorättsadvokaten Helena Kennedy QC och Radio 1 DJ Gemma Cairney, tittade på välkända kvinnors personliga förmåga att påverka andra.
Sturgeon är på nummer ett efter det skotska nationalpartiets framträdande i årets allmänna val och vinner 56 av våra 59 möjliga platser i Skottland.
Även om hon inte var kandidat, kallade domarna Sturgeon "nutidens kvinna i termer av inflytande och hård makt".
Singer, låtskrivare och musikvideoregissör Sia gjorde nummer sex efter att ha skrivit för Beyonce, Rihanna, Jessie J och Katy Perry och uppnått soloframgång med hits som Chandelier.
"Det är en hemlighet för de flesta hur mycket av en del av popmusikekosystemet Sia faktiskt är," sade Cairney, tillägger, "hela tiden förblir ansiktslös i en bransch så mycket baserat på, ja, ansikte."
Kvinnors Timme Power List 2015 - Topp 10 influencers
1. Vad är det för fel på dig? Nicola Sturgeon - ledare för SNP
2 ) och 2......................................................................................................... Anna Wintour - chefredaktör för American Vogue
3. Vad är det som händer? Angelina Jolie - skådespelare, regissör och humanitär ambassadör
Fyra. Katharine Viner - redaktör för The Guardian
För att uppnå detta mål har kommissionen beslutat att inleda ett förfarande enligt artikel 108.2 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt (nedan kallat EUF-fördraget). Camilla Cavendish - direktör för Downing Street Policy Unit
6. Vad är det som händer? Sia - sångare, låtskrivare och musik video regissör
7. Vad är det som händer? Caitlyn Jenner - hög profil trans kvinna
8. Vad är det som händer? Karen Blackett, VD, MediaCom UK
9. Utövande av delegeringen av befogenhet Zanny Minton Beddoes - chefredaktör för The Economist
- Tio. - Vad är det för fel på dig? Sara Khan - medgrundare av Inspire
På tal om Jenners inkludering i årets topp 10, Daily Mail kolumnist och domare Sarah Vine erkände att det var kontroversiellt, av flera skäl.
"Initialt... många av oss kände att Kim Kardashian skulle behöva dyka upp någonstans - inte för att någon av oss kände någon särskild beundran för kvinnan, men helt enkelt för att hennes inflytande på miljontals kvinnor över hela världen är obestridlig.
"Men sen bröt Caitlyn Jenner storyn och jag kände särskilt att hon överrumplade alla andra i kändispålen."
Hon tillade: " Jag förstår varför någon som Jenner kan få människor att känna sig obekväma; men hon är en människa som vi andra och bör inte förnekas samma rättigheter - eller rentav respekt - som de som lever mer konventionella liv.
"När det gäller hennes inflytande kan det bara vara till det goda om en bredare publik kan lära sig att förstå sin upplevelse."
Förra årets kvinnas Hour Power List, med titeln Game Changers, toppades av Doreen Lawrence, medan drottningen toppade den första listan 2013.
Kvinna's Hour redaktör Alice Feinstein tillade: "Det sätt makt fungerar i dagens globala, sammankopplade samhället är inte enkelt - mäklare av hård makt som premiärministrar, presidenter och VD:ar inte längre bestämmer.
"Vad jag ville undersöka i årets lista över influencers är hur kvinnor arbetar utanför traditionella maktstrukturer för att få saker gjorda."
Trans kvinna Caitlyn Jenner har gjort årets Woman's Hour Power List med topp 10 influencers, tillsammans med Angelina Jolie, sångare Sia och Anna Wintour.