Eleverna blev ombedda att spåra den arabiska kalligrafin i en övning som somliga föräldrar sade innebar indoktrinering.
Tjänstemän sade att skolorna var stängda ur en "överflöd av försiktighet" och det fanns inga särskilda säkerhetshot.
Skoladministratörer säger att en annan lektion kommer att användas i framtiden.
För en vecka sedan, elever på Riverheads High School studerade Mellanöstern och ombads att spåra en bit av arabiska kalligrafi som översatts till: "Det finns ingen Gud utom Allah och Muhammed är Allahs budbärare".
En del elever vägrade uppdraget och föräldrarna anklagade läraren för indoktrinering.
Tjänstemän med Augusta County skoldistrikt var snabba att påpeka att studiet av en regions religion och språk ingår i geografilektioner.
Men ilskan växte upp och på onsdagarna hade klagomålen blivit så många att skolans dörrar var låsta och övervakade.
På fredag hade budskapen - som beskrivs som vanhelgade och hatiska - ökat och beslutet fattades att stänga skolorna.
Tjänstemän sade att inga särskilda hot togs emot, men brottsbekämpande tjänstemän och skoldistriktsstyrelsen rekommenderade stängningen eftersom de var försiktiga.
Lärdomen var avsedd att illustrera komplexiteten i det arabiska språket, sade de, och inte avsedd att främja något religiöst system.
Men framtida klasser kommer att använda ett annat, icke-religiöst exempel på arabiska.
Beslutet att stänga skolorna har också väckt kritik.
"Det ser ut som rädsla vinner igen", berättade en invånare för tidningen News Virginian.
På tidningens Facebook-konto har lokalbefolkningen diskuterat stängningen med en man som säger, "våra patriotiska förfäder rullar i sina gravar", och en annan retoriskt inlägg, "hur lämnar dessa skräckslagna människor sina hem varje dag?"
Ett skoldistrikt i den amerikanska staten Virginia har stängt alla skolor på fredag efter en geografi lektion som inkluderade Islam startade våldsamma klagomål från hela landet.