Det följer förslag tredje part programvara hade använts för att stjäla intima bilder av kändisar - postade online förra månaden - från iCloud.
Åtgärden bör hindra verktyget från att kunna infiltrera Apples internetlagringstjänst om säkerhetsåtgärden genomförs.
Säkerhetsanläggningen är dock fortfarande ett opt-in-val.
En expert föreslog att Apple istället skulle göra det till standardalternativet.
Processen fungerar genom att införa ett extra steg efter att en kontoinnehavare har skrivit in sitt användarnamn och lösenord i en enhet som de inte har använt tidigare.
De är också skyldiga att ange en fyrsiffrig kod som antingen är textad till ett pålitligt mobiltelefonnummer eller skickas via Apples Sök Min iPhone app.
Om personen inte anger koden nekas de tillgång till iCloud och hindras från att göra ett köp av iTunes, iBooks eller App Store.
De kan dock använda en 14-teckens återställningsnyckel för att återfå åtkomsten till kontot om deras betrodda enhet skulle förloras eller stjälas. De uppmanas att hålla detta på ett säkert ställe för att undvika att bli utestängda.
Medan Apple hade erbjudit tvåstegsverifieringssystemet i det förflutna, fram till nu hade det inte kommit in i spelet när enhetsägare använde företagets backup service.
Det innebar att även om människor hade slagit på två-steg-funktionen för att förhindra cyber-thieves loggar in på sina konton med ett stulet eller gissat lösenord, angriparna kunde fortfarande ladda ner en komplett säkerhetskopiering av sina data genom att använda Elcomsofts Phone Password Breaker.
Flera hackare forum innehåller diskussioner om att använda piratkopierade kopior av Elcomsofts "forensiska" programvara, som marknadsförs som ett verktyg för brottsbekämpande myndigheter för att få tillgång till iCloud innehåll utan att behöva vara i besittning av en misstänkts iPhone eller iPad.
ElmcomSofts Moskva-baserade ägare berättade för BBC tidigare denna månad att han trodde att hans programvara hade använts i de senaste hacks, eftersom det var "den enda som kunde göra det".
Han har nu erkänt att Apples förändringar vaktar mot den teknik han hade använt.
"Jag tror att genomförandet är säkert, och så det finns ingen lösning," Vladimir Katalov berättade BBC, lägga till att hans program inte längre kunde ens få en lista över enheter och backups kopplade till en användares konto.
"Den andra säkerhetsförbättringen, som jag gillar, är att nu ägaren av Apple-kontot får en avisering via e-post omedelbart när en backup börjar ladda ner - om två-faktor autentisering är aktiverat eller inte."
Men han tillade att han fortfarande hade oro över Apples säkerhetssystem.
"Återhämtningsnyckeln är svår att komma ihåg. Och så långt som du inte kommer att använda det ofta - det behövs inte alls medan du har den betrodda enheten praktiskt - det finns en god chans att du förlorar den," sade han.
"Och om du förlorar din enhet också, kommer det inte att finnas något sätt att få tillbaka dina data.
"För det andra kan återvinningsnyckeln bli stulen. Och någon som lyckats få ditt Apple-ID lösenord och din säkerhetsnyckel kan göra en hel del problem för dig, inte bara ladda ner dina selfies."
Men en annan säkerhetsexpert spelade ner risken för förlorad återhämtning nycklar, och sade att Apple bör göra mer än bara rekommendera människor slå på två-faktor testet.
"Vi har sett så mycket på senare tid att enstegsverifiering - dvs lösenord - är sårbar, vi är på scenen att två-faktor autentisering bör vara standard," sade Prof Alan Woodward, från University of Surrey.
"Det är ett fall av slå på det som standard, och låt folk stänga av det om de verkligen inte vill ha det.
"Och det gäller inte bara Apple, men företag som Microsoft och Google också."
Apple har sagt till Wall Street Journal att det "planerar att mer aggressivt uppmuntra människor" att slå två faktorer autentisering på och använda starkare lösenord.
"När jag kliver tillbaka från detta fruktansvärda scenario som hände och säger vad mer kunde vi ha gjort, tänker jag på upplysningsartikeln," chefsdirektör Tim Cook berättade för tidningen.
"Jag tror att vi har ett ansvar att skruva upp det. Det är egentligen ingen ingenjörsgrej."
Apple har utökat sin användning av "tvåstegsverifiering" kontroller för att skydda data som lagras online av sina kunder.