Den 35-årige före detta West Ham och Derby mannen närmade sig slutet på sitt kontrakt på klubben.
Bywater, vars tidigare klubbar inkluderar Millwall och Sheffield onsdag, har inte spelat för Brewers sedan undertecknandet på en fri överföring från Doncaster i januari.
Men han kommer att fortsätta att fungera som täckmantel för den första valvakten Jon McLaughlin.
"Det är bra nyheter att Stephen stannar," Burton manager Nigel Clough berättade klubbens hemsida.
"Han arbetar mycket bra med Jon McLaughlin, vilket ger oss en erfaren täckmantel, och har varit en mycket positiv närvaro runt klubben sedan han gick med."
Veteranens målvakt Stephen Bywater har tecknat ett nytt ettårigt avtal på mästerskapssidan Burton Albion.