Valkommissionen kommer att besluta om huruvida man ska välja omröstningsledighet, som Johnson stöder eller Grassroots Out, som har godkänts av UKIP:s Nigel Farage, som den officiella huvudkampanjen.
Vinnaren kommer att kunna spendera upp till 7 miljoner pund på TV-sändningar och reklam.
Londons borgmästare föreslog att de två grupperna skulle enas efter beslutet.
Förhållandet mellan de två grupperna har varit ansträngt bland argumenten om kampanjstrategier och personligheter.
Han frågade om en sammanslagning nu fanns på korten och sade till LBC Radio att det "grundläggande målet" borde vara att ha en enda kampanj och de rivaliserande grupperna var "enade av rättigheten i sina argument".
Röstledigheten har fått stöd av Johnson och de fem konservativa ministrar som vill lämna EU. Den stöds också av ett antal euroskeptiker från Labour, däribland Gisela Stuart, och affärspersoner.
Grassroots Out, som bildades i januari, stöds av högre UKIP-siffror samt konservativa och labourbackbenchers som Peter Bone och Kate Hoey.
John Johnson, som talade om sin månatliga telefoni i LBC, avvisade förslag om att två separata grupper höll tillbaka kampanjen "Leave" och utnyttjades av sina motståndare.
"Jag har inte märkt att den andra sidan gör så mycket av detta. Låt oss hålla vår eld och inte bli insvept i små frågor om vem som gör vad på Leave kampanjen. Det viktiga för mig är att få ut argumenten."
John Johnson sade att han hade talat med UKIP-ledaren under de senaste veckorna, men hans fokus var på att föra ärendet vidare till det brittiska folket.
Han tillade: " Valkommissionen måste ta reda på vilken av de olika grupperingarna som skall föra Storbritanniens flagga för att ta tillbaka kontrollen över dess gränser, ta tillbaka kontrollen över en enorm summa pengar och skapa nya handelsförbindelser runt om i världen.
"Jag tror att det inte spelar någon roll vem som kommer ut på toppen i den här förutsatt att vi alla träffas och arbetar för det."
Han frågade om beslutet skulle vara ett enande ögonblick för dem som stöder EU:s utresa och svarade: "Det kommer det naturligtvis att göra".
Valvakten förväntas fatta sitt beslut om vilken grupp som kommer att leda kampanjen för ledighet i mitten av april. Den kommer att bedöma varje sökandes meriter på grundval av en rad olika kriterier, såsom nivån på partiövergripande stöd, kampanjtaktik och organisatorisk kapacitet.
Den som vinner kommer att få tillgång till ett bidrag på upp till 600 000 pund och en total utgiftsgräns på 7 miljoner pund för media, postbilder och kampanjorganisation.
Konservativ ledamot Tom Pursglove, en av grundarna av Grassroots Out, sade att beteckningen skulle vara en "vattendelare ögonblick", varefter alla Lämna kampanjdeltagare bör "lägga undan sina skillnader, ro i tillsammans och kampanj som en".
Han sade att han förväntade sig att det skulle finnas en dialog mellan de två grupperna inför det officiella beslutet och Boris Johnson var "spot on" för att hävda att frågan inte kunde tillåtas bli en distraktion.
"Det finns helt enkelt inte tid att slösa på att tjafsa om beteckningen. Vi bör enbart inrikta oss på att lämna och vinna denna folkomröstning."
Under telefonsamtalet liknade Johnson de övrigas varningar om riskerna för EU:s utträde från ödesdigra förutsägelser om Millennium Bug år 2000, när han sade att "bankkonton utplånas" och att "flygplan som faller från himlen" då hade visat sig vara grundlösa.
Men han utmanades av labourpartiets parlamentsledamot Chuka Uvanna, som anklagade honom för att använda kampanjen för sina egna politiska syften och "inbjuda en mediecirkus" till sitt hus förra månaden för att tillkännage att han stödde EU:s utträde.
"Vad du behöver förstå är att detta inte handlar om dig", sade Uvanna, som stöder EU-medlemskapet. "Det handlar om vår stad och vårt land... Om någon har talat i vårt land, det är du. Ni nedvärderar vårt inflytande inom EU."
John Johnson sade att det som gjorde människor skeptiska till EU var att lyssna på politiker som Unnanna "droska på" om de ekonomiska fördelarna med EU-medlemskap. "Detta handlar om det brittiska folkets framtidsutsikter och deras demokrati", insisterade han.
Boris Johnson har sagt att det egentligen inte spelar någon roll vilken lobbygrupp som väljs för att "bära flaggan" för EU:s utträde i folkomröstningskampanjen.