Iran internationella Ghoochannejhad, 28, gjorde fem mål i 42 framträdanden efter att ha anslutit sig till Addicks 2014.
Före detta Juventus försvarare Motta, 30 år, presenterade 12 gånger efter sin flytt till The Valley i februari.
Marko Dmitrovic, Alou Diarra och Callum Harriott har utlöst ett års förlängningar till sina nuvarande erbjudanden.
Under tiden har den sydöstra Londonklubben erbjudit ett nytt kontrakt till 20-årige målvakten Dillon Phillips.
Utveckling trupp spelare Zak Ansah, Alex Kelly, Ayo Obileye, Josh Staunton och Joe Pigott kommer också att lämna Charlton, som slutade 22 i mästerskapet denna säsong och föll tillbaka till League One efter fyra år i den andra nivån.
Jose Riga lämnade sin position som huvudtränare efter säsongens sista match och Addicks har ännu inte utsett en ny chef.
Northamptons Chris Wilder kontaktades för att efterträda belgaren men tackade nej till jobbet och gick med i Sheffield United istället.
Framåt Reza Ghoochannejhad och full-back Marco Motta kommer att lämna delegerade Charlton Athletic när deras kontrakt löper ut i sommar.