Lejonen, som vann semifinalen första benet 3-1, såg ut att ha lagt slipsen till sängs när Lee Gregory slitsade hem.
Men Jamie Proctors strejk strax före halvtid, efter att Jordan Archer blockerat sitt första försök, gav staden hopp.
Proctor slösade sedan ytterligare en chans ögonblick senare, och det visade sig dyrt som Millwall höll på att sätta upp en showdown med Barnsley den 29 maj.
Neil Harris sida var sällan besvärad efter Proctor två gånger avvisat möjligheten att skjuta när utmärkt placerade - och, om något, de såg mer sannolikt att göra mål igen efter pausen.
Centre-halva Byron Webster kom närmast, skicka en rubrik smalt bred av Ben Williams "post, som det andra benet peted ut framför en rasande folkmassa vid Den.
Millwalls framgång mot Bradford innebär att alla fem lag som vann första delen av sin semifinal gick vidare till Wembley.
Majoriteten av skadorna gjordes redan före halvtid på Valley Parade, där mål från Gregory, Steve Morison och Joe Martin hade satt Lions i full kontroll mot Bradford.
Bantams har två gånger tidigare kommit tillbaka från ett första-ben underskott för att gå vidare till finalen och vinna befordran, men Gregory lugna, sidfotade finish säkerställt att det inte skulle bli någon upprepning i sydöstra London.
Millwall måste nu slå Barnsley, som slog Walsall 6-1 över två ben i den andra semifinalen, om de ska säkra en omedelbar återgång till mästerskapet.
Millwall manager Neil Harris:
"Jag är glad för spelarna, De förtjänade det över de två benen.
"Vi var tvungna att kämpa, både ikväll och förra söndagen. Det var tufft, men vi har förtjänat vår plats på Wembley.
"Barnsley kommer att vara riktigt tuffa motståndare. De har gjort lysande hela säsongen och särskilt mot Walsall."
Matchen slutar, Millwall 1, Bradford City 1.
Andra halvlek, Millwall 1, Bradford City 1.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Försening i match (Bradford City).
Foul av Rory McArdle (Bradford City).
Steve Morison (Millwall) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Substitution, Millwall. Tony Craig ersätter Byron Webster på grund av en skada.
Hörnet, Bradford City. Förföljd av Steve Morison.
Hörnet, Bradford City. Förföljd av Shaun Williams.
Substitution, Millwall. Shaun Williams ersätter Lee Gregory.
Kyel Reid (Bradford City) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Kyel Reid (Bradford City).
Ben Thompson (Millwall) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Shane Ferguson (Millwall) visas det gula kortet.
Lee Evans (Bradford City) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Shane Ferguson (Millwall).
Försök blockerat. Lee Evans (Bradford City) höger fotade skott från mer än 35 meter är blockerad.
Chris Taylor (Millwall) visas det gula kortet.
Billy Clarke (Bradford City) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Ben Thompson (Millwall).
Rory McArdle (Bradford City) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Rory McArdle (Bradford City).
Steve Morison (Millwall) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Lee Evans (Bradford City) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Lee Gregory (Millwall).
Hörnet, Bradford City. Förföljd av Shane Ferguson.
Paul Anderson (Bradford City) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Joe Martin (Millwall).
Lee Evans (Bradford City) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Lee Evans (Bradford City).
Ben Thompson (Millwall) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Försök missade. Chris Taylor (Millwall) höger fotade skott från mitten av lådan är för hög efter ett hörn.
Hörnet, Millwall. Förföljd av Rory McArdle.
Foul av Rory McArdle (Bradford City).
Lee Gregory (Millwall) vinner en frispark i anfallshalvan.
Substitution, Bradford City. Steve Davies ersätter Nathan Clarke.
Tom Thorpe (Bradford City) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Steve Morison (Millwall).
Substitution, Bradford City. Paul Anderson ersätter Tony McMahon.
Bortåt, Millwall. Chris Taylor försöker en genom boll, men Lee Gregory fångas offside.
Millwall drog hemma till Bradford för att försegla en 4-2 aggregatvinst och nå League One play-off finalen på Wembley.