Fyra av dem ombord, tre soldater och en flygman, var stationerade vid RAF Odiham i Hampshire. Den femte, en arméreservist, var baserad i London.
Försvarsministeriet sa att kraschen nära Kandahars flygbas verkade ha varit en "tragisk olycka".
Den representerar den tredje största förlusten av brittiska trupper i Afghanistan sedan konflikten inleddes.
Alla fem tjänstefolkets familjer har fått veta det.
Tre av soldaterna ombord på helikoptern var från arméns flygkår, baserad på RAF Odiham i Hampshire, MoD sade sent på lördag.
En fjärde medlem av besättningen tjänstgjorde med Royal Air Force och var också baserad i Odiham, medan den femte mannen var en arméreservator från 3 militära underrättelsebataljon, i London.
Maj Gen Richard Felton, befälhavare för Joint Helikopter Command, sade: " Det är med stor sorg som vi måste bekräfta att fem brittiska servicepersonal har dödats i denna incident som i detta tidiga skede skulle ha förefallit vara en tragisk olycka.
"Såna här händelser påminner oss barmhärtigt nog om de risker som vår personal står inför i sitt arbete i Afghanistan när vi närmar oss slutet av stridsuppdraget senare i år.
"Våra tankar är hos familjerna och nära och kära hos dem som har förlorat sina liv."
Premiärminister David Cameron sade att hans "hjärta går ut till familjer och vänner till dem som dödades i denna fruktansvärda tragedi".
Labourledaren Ed Miliband sade att det var "tragiska och gripande påminnelser om de uppoffringar som våra väpnade styrkor gjorde för att tjäna vårt land med mod och åtskillnad".
Det är den första dödsolyckan med en brittisk militärhelikopter i Afghanistan sedan konflikten inleddes 2001.
BBC:s försvarskorrespondent Caroline Wyatt sade att källor hade antytt att orsaken till kraschen kan ha varit "tekniska problem" ombord på helikoptern, trots att talibanerna hävdade att dess soldater hade skjutit ner den.
Hon sade att platsen för kraschen - nära gränsen till Pakistan - också har lett till spekulationer om att helikoptern kunde ha deltagit i ett specialstyrkor uppdrag.
Helikoptern var tydligen en Westland Lynx Mk 9.
En talesman för försvarsministeriet sade: " Vi kan bekräfta att en brittisk helikopter kraschade i södra Afghanistan i dag.
"Händelsen är under utredning och det skulle vara olämpligt att kommentera ytterligare tills familjer har blivit underrättade."
Kraschen är förstådd för att ha hänt omkring 30 miles från Pakistan gränsen, nära Kandahar flygbas i Takhta Pul distriktet.
Dödsfallen gör att antalet brittiska styrkor som dödades i konflikten i Afghanistan uppgår till 453.
Den ödesdigra kraschen kommer efter att ett Nimrod-övervakningsflygplan exploderade mitt i luften medan det stödde Natos markoperationer nära Kandahar och dödade alla 14 servicemän ombord i september 2006.
Denna händelse är fortfarande den största enskilda förlusten av brittiskt liv en gång i tiden i Afghanistan.
År 2012 dödades sex brittiska soldater när en stridsvagn i Kandahar-provinsen träffades av en explosion.
International Security Assistance Force (ISAF) koalition av internationella styrkor sade att det fortfarande var i färd med att se över omständigheterna vid lördagens helikopterkrasch.
"Våra tankar och böner går ut till den familj och vänner som drabbats av denna tragiska händelse", sade det i ett uttalande.
Försvarsanalytikern Paul Beaver sa att kraschen gällde en Lynx-helikopter, som han sa har ett "exceptionellt rekord".
Han sade att den lätta allmännyttiga helikoptern sannolikt har varit i drift i "rätt bergiga områden", eller i "utmanande" terräng.
"Nyckeln nu kommer att titta på vädret," Mr Beaver berättade BBC.
"Om fiendens agerande inte misstänks, vilket är vad MoD säger, då måste du titta på om detta mycket väl kan vara väderrelaterade."
Kraschen för det totala antalet internationella trupper som dödades i Afghanistan i april till sju.
Det kommer efter den senaste helikopterkraschen i december förra året, då sju amerikaner och fyra afghaner dog.
I augusti 2011 sköt talibanerna ner en amerikansk Chinook nära Kabul och dödade 30 amerikaner och åtta afghaner i den dödligaste enskilda incidenten för amerikanska trupper sedan kriget började.
Bekymrade familjemedlemmar kan ta kontakt med centrumet för gemensamma olyckor och medkänsla den 08457 800 900.
Fem brittiska servicepersonal har dödats i en helikopterolycka i södra Afghanistan i Storbritannien.