Rev Margaret McPhee kommenterade vid en julgudstjänst vid St Mary's Church, Stalham i Norfolk för Stalham Academy elever på måndag kväll.
En förälder på Facebook sa att hon hade "förstört julens magi".
Skolan sa att McPhee hade lovat "att hon inte kommer att göra några sådana kommentarer i framtiden".
Under julgudstjänsten frågade kuraten barnen vad de trodde var meningen med julen.
När ett barn svarade "Fader Jul", sa hon att han inte var verklig.
En förälder sade på Facebook att Mrs McPhee hade "få mig att ta mina barn till kyrkan ifall något annat skulle sägas".
Men en annan visade stöd och postade: "Jag slår vad om att denna Upp känner sig fruktansvärd. Ingen förstör julens magi med avsikt för barn."
I ett uttalande, Stalham Academy sa att det hade fått en "officiell ursäkt" från Mrs McPhee..
Ven Jan McFarlane, ärkediakonen i Norwich, sade: " Margaret är en känslig och förståndig präst som lät en kommentar som hon omedelbart ångrade passera.
"Hon bad om ursäkt snabbt och helhjärtat och beklagar alla bekymmer hennes kommentarer kan ha orsakat."
En praktikant präst som berättade för grundskolebarnen att jultomten inte existerar har bett om ursäkt för sin "okänsliga, okänsliga anmärkning".