Modedesignern hade berättat för Yahoo att rollsättarna klädde Hadid i en poncho för en modevisning eftersom hon inte var lika tunn som de andra modellerna.
Men han har nu förtydligat sina kommentarer och sagt att berättelsen var vilseledande.
Hilfiger sade: " Förslaget att jag inte trodde att [Hadid] var tillräckligt smal gör mig inte till något slut. Gigi är fulländningens uppenbarelse."
I Yahoo-intervjun hänvisade Hilfiger till en modevisning 2015 där Hadid bar en poncho som täckte större delen av hennes kropp.
Hilfiger sa att han ville att Hadid skulle vara klädd i något som bättre visade upp sin figur, men medlemmar i hans kreativa team var oense.
"Vår rollsättare sa, "Hon passar inte riktigt eftersom du vet att hon inte är riktigt lika lång som de andra flickorna, hon är inte riktigt lika tunn," Hilfiger ursprungligen sade.
"Så de satte en röd, vit och blå poncho på henne. Det täckte en hel del av hennes kropp tyvärr, men det fick miljontals träffar. "
Hadids utseende i ponchon visade sig vara enormt populärt, och hon fortsatte senare att samarbeta med Hilfiger och lanserade sin egen klädserie för varumärket tidigare i år.
Efter Hilfigers kommentarer väckte kritik, kritiserade formgivaren den ursprungliga berättelsens rubrik som "missledande".
Hilfiger, som talade till Page Six, sade: " Kastarna satte Gigi i ponchon, och jag var inte lycklig.
"Jag sa: "Göm inte hennes kropp." Även om ponchon blev den bästsäljande biten var jag mycket olycklig."
Designern släppte också ett uttalande till Entertainment Ikväll, där han sa att han var "extremt stolt" över att ha Hadid som representant för sitt varumärke.
"Gigi är verkligen definitionen av en "Tommy Girl" - hennes magnetiska personlighet är ljus, säker och alltid optimistisk," sade han.
"Jag har känt henne i många år och är oerhört stolt över att ha henne som ambassadör för mitt varumärke och som medarbetare till våra samlingar.
"Alla påståenden om motsatsen är helt falska. Rubriken från intervjun med Yahoo var vilseledande och har sedan dess korrigerats."
Följ oss på Twitter @BBCNewsEnts, på Instagram, eller om du har ett storyförslag e-postunderhållning.news@bbc.co.uk.
Tommy Hilfiger har sagt förslag han tyckte Gigi Hadid inte var tunn nog att modell är "helt falskt".