Putin försvarade mötet - en statskupp för Le Pen - och sade att han inte ville påverka valet av Frankrike.
Le Pen har fått ett brett stöd hemma, men hennes extrema åsikter har avskräckt de flesta utländska ledare.
Ryssland anklagades för att blanda sig i det amerikanska valet till stöd för Donald Trump.
"Självklart vet jag att valkampanjen i Frankrike utvecklas aktivt", sade Vladimir Putin.
"Vi vill inte påverka händelserna på något sätt, men vi förbehåller oss rätten att tala med företrädare för alla landets politiska krafter", tillade han.
Le Pen, ledare för Frankrikes nationella frontparti (FN), uppmanade under sitt besök i Moskva att häva EU:s sanktioner mot Ryssland och hävdade att de var "kontraproduktiva".
När Ryssland annekterade Krim från Ukraina i mars 2014 införde USA och EU reseförbud och frysning av tillgångar för personer och företag kopplade till Rysslands styrande elit.
"Jag tror att det är ett brott mot de demokratiska rättigheterna att hindra parlamentarikerna från att tala med varandra," citerade Interfax Le Pen.
När hon talade vid Rysslands lägre parlament, duman, lovade hon att driva på för att de så kallade svarta listorna över riktade individer skulle avskaffas.
Le Pen har tidigare uttryckt sitt godkännande av Rysslands annektering av Krim.
Hon sade också att Ryssland och Frankrike bör samarbeta för att rädda världen från globalism och islamisk fundamentalism.
Moskva gillar vad Marine Le Pen har att säga. Det gläder sig åt hennes krav på att EU-sanktioner mot Ryssland ska skrotas. Den gillar hennes påstående att "Krimea alltid har varit rysk" och att "det inte förekom någon rysk invasion av Krim". Det gillar hennes engagemang för att skapa ett starkt partnerskap med Moskva. Vilket förklarar varför Kremls ledare tog beslutet att möta henne i Moskva.
Det är ovanligt att Vladimir Putin tar emot en presidentkandidat från utlandet. Jag frågade president Putins talesman Dmitry Peskov om några ryska banker eller finansinstitut har för avsikt att finansiera Le Pens kampanj. "Jag har inte den informationen", svarade han.
Täckningen av henne i de ryska statsmedierna har varit gynnsam. Det råder inget tvivel om att Ryssland gärna skulle ta itu med en president Le Pen.
I dag var dock den franska presidentkandidaten längst till höger mindre än glad över att kunna ta itu med medierna. Journalister trängde in i underhuset i parlamentet, Duman, för en pressbriefing i Le Pen. Hon dök aldrig upp.
FN Treassurer Wallerand de Saint-Just har sagt att Le Pens besök inte är någon kontantinsamling, även om partimedlemmarna har sagt att de söker miljoner för att finansiera presidenten och senare parlamentsvalkampanjerna, rapporterar nyhetsbyrån Associated Press.
Nyligen genomförda opinionsundersökningar i Frankrike satte Le Pen hals och hals i den första omgången med centristisk kandidat Emmanuel Macron, med Macron tänkt att vinna avrinningen.
Rysslands president Vladimir Putin har träffat Frankrikes vida högra presidentkandidat Marine Le Pen i Moskva och säger att hon representerar ett "snabbt växande inslag" i EU:s politik.