Köksexperten och författaren ska ersättas av Saturday Kitchen regelbundet Andi Oliver på nästa års show.
Leith gjorde sitt sista framträdande under serien finale sänds på fredag kväll, säger att vara i showen hade gett henne "lugn njutning" men att det var "tid för en förändring".
Ordinarie domare Matthew Fort och Oliver Peyton återvänder till 12:e serien.
Leith, som också är författare, sa att hon hade njutit av att "äta och döma det allra bästa i modern brittisk matlagning".
Hon sa: "Från den första stora brittiska menyn för drottningens 80-årsdag till att hedra dem som kämpade på D-dagen har jag gång på gång blivit förvånad över kockarnas uppfinningsrikedom och skicklighet.
"Jag är väldigt stolt över banketterna vi har satt ihop. Men med 11 banketter under bältet på mer än ett sätt tycker jag att det är dags för en förändring och med stor tvekan har jag bestämt mig för att lämna min plats i domarkammaren."
Hon sa att den nya domaren skulle vara "terrific", tillade: "Jag hoppas att hon kommer att fortsätta mitt goda arbete med att hålla Matthew och Oliver under någon form av kontroll."
Andi Oliver, som också är en panellista på BBC Radio 4s Köksskåpet, sa att hon var "trillad" att vara med i showen.
Hon sade: " Det är ett sådant ikoniskt program, och jag har sett det religiöst ända från början.
"Jag älskar att det firar de extraordinära nivåer av kulinariska excellens i detta land, så att vara en del av det och ha chansen att smaka några verkligt otrolig mat från de bästa kockarna i landet är enormt spännande."
Hon dök först upp på TV i bandet Rip, Rig och Panic med Neneh Cherry, och har också presenterat från Brit Awards och Glastonbury Festival. Hennes dotter är tv-föreläsaren Miquita Oliver.
Peyton sa att det var en "massiv chock" att lära sig att Leith skulle ge sig av och beskriva henne som "en legend".
"Jag kommer verkligen att sakna Prue men jag är ett stort fan av Andi och kan inte vänta tills hon kommer," sade han.
Fort sa att han skulle missa Leiths "eleganta närvaro, bra humor, praktiska kulinariska sensibilitet och enstaka verbala klipp runt öronen".
Han beskrev hennes ersättare som "charming, rolig och välsignad med en välgrundad gastronomisk bedömning".
Chefer att ha deltagit i serien under de senaste 11 serierna inkluderar Angela Hartnett, Simon Rogan, Marcus Wareing, Lisa Allen och Jason Atherton.
Fredagens final såg Mark Abbott, Tommy Banks, Mark Froydenlund och Adam Reid - som har fem Michelinstjärnor mellan sig - servera sina rätter på en bankett för människor som har hedrats av drottningen, i ett evenemang för att markera hennes 90-årsdag.
Den första episoden i 2017 års serie kommer att vara den 500:e sedan showen började.
Följ oss på Twitter @BBCNewsEnts, på Instagram på bbcnewsents, eller om du har ett storyförslag e-postunderhållning.news@bbc.co.uk.
Prue Leith lämnar BBC Två matlagning tävling The Great British Menu efter 11 år som domare.