Prof Simon Wessely, sa att han var "äkta förvånad och otroligt hedrad" av priset.
Han leder nu institutionen för psykologisk medicin vid Institute of Psychiatry, King's College, London.
Han blev intresserad av "medicinskt oförklarliga symtom och syndrom" tidigt i sin karriär, och studerade kroniskt trötthetssyndrom (CFS) - eller ME.
År 1991 var han inblandad i att inrätta en av de första NHS-klinikerna för personer med CFS-symtom och i mitten av 1990-talet började han undersöka Gulfkrigssyndromet.
Detta omtvistade villkor hade varit kopplat till personal som tjänstgjorde i den första Gulfkonflikten 1990-91.
De rapporterade symtomen varierade från kronisk trötthet, huvudvärk och sömnstörningar till ledvärk, irriterad tarm, mag- och andningsbesvär och psykologiska problem.
Professor Wessely har sagt att det kanske inte finns någon särskild sjukdom.
Han sade: "Gulf War Syndrome är en felsägare", sade han. "Oavsett om det är en sjukdom eller hälsoeffekt.
"Vi konstaterade att något hände, men vi fann ingen specifik orsak.
"Det fascinerande är att det inte hände igen i Irak, och orsaken till det är fortfarande gåtfull."
Professor Wessely fortsätter att studera de långsiktiga effekterna på dem som nu tjänar i Irak och Afghanistan.
Men han sade att det hade skett förbättringar i den mentala hälsovården för militär personal och dem som stod dem nära.
"Det finns nu förbättrat psykologiskt stöd, särskilt för reservister och familjer."
Han var bland ett stort antal forskare, välgörenhetsarbetare och NHS-personal för att ta emot utmärkelser.
Andra hälsoexperter som erkändes var Stephen O'Brien, ordförande i Barts och London NHS Trust, som också får ett riddarskap.
Andningsexperten professor John Britton och Caroline Shaw, chef för Manchesters specialiserade cancersjukhus, The Christie är bland dem som tillverkar CBEs.
En av dem är Caroline Shaw, som utses till CBE för sitt arbete som chef för cancersjukhuset Christie i Manchester.
En före detta barnmorska, Ms Shaw, var en av de yngsta kvinnliga NHS-cheferna när hon tog över på Christie 2005.
Hon sade: " Jag är oerhört stolt.... Det är en så stor ära att bli erkänd på detta sätt för mitt arbete i en bransch jag tror på och bryr mig passionerat om."
En ledande forskare inom militär personals mentala hälsa har ridts i nyårshögtid.