청구인은 업종을 운수업(화물)으로 하여 사업자등록을 하고 OO물류 주식회사 또는 OOOO 주식회사(사업자등록번호는 135-81-29340 및 135-81-29355이고, 이하 OO물류 또는 OOOO 라 한다)에 운송의뢰된 수탁화물을 운송하는 사업자로서 이의 수입금액에 대하여 부가가치세를 신고·납부하였다. 중부지방국세청장은 OO물류와 OOOO를 특별조사하여 청구인의 매출누락금액이 31,193,744원(공급가액으로 이하 쟁점매출누락금액 이라 한다)이고, OO물류로부터 수취한 공급가액 13,762,470원의 세금계산서는 사실과 다르다고 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 위 통보자료에 의하여 사실과 다른 세금계산서의 매입세액 1,376,247원을 불공제하여 2003.7.1. 청구인에게 2001년 제1기분 부가가치세 1,999,610원을 경정고지하였다. (1) 청구인은 외형상으로 사업자등록을 한 사업자이나, OO물류가 청구인의 소유 차량에 대한 노선조정과 근태관리 등을 하고 있어 사실상 OO물류에 종속된 근로자라 할 수 있다. 또한 청구인은 부가가치세 신고시 회사에 연료비, 수리비, 타이어 등의 매입자료를 OO물류에 제출하고 OO물류는 매출자료와 납부할 세액을 알려 주어 청구인은 그대로 세무신고를 하였을 뿐 매출자료와 관련된 사항은 알지 못한다. 따라서, 청구인이 부가가치세 신고한 매출자료는 청구인이 모르는 거래처에게 발행된 것임에도, 조사관서가 이에 대한 조사를 미비한 채 쟁점매출누락금액을 신고 누락한 것으로 본 것은 부당하고, 그러하다면 중복과세여부등을 면밀히 재조사하여 과세함이 합당하다. (2) 이 건 매입세금계산서는 OO물류가 화주의 화물운송료 중 15.3%를 수익으로 취하면서 이에 대한 세금계산서를 청구인에게 발행한 것으로 위의 수익은 청구인이 화물을 운반함으로써 발생된 부가가치이다. 그러하다면, 청구인의 매출액 역시 화물운반에 따라 발생한 것이므로 이 건 매입세금계산서의 매입세액을 청구인의 매출에 대한 세액에서 공제하는 것은 잘못이 없다. (1) 국세청전산자료(부가가치세결정결의서기본사항조회)에 의하면, 쟁점매출누락금액에 대한 과세처분이 이루어지지 아니한 것으로 확인되므로 매출누락 여부에 대하여 이 부분 청구는 처분이 없는 부적법한 청구로서 각하결정한다. (2) 중부지방국세청장이 조사하면서 이 건 세금계산서가 가공자료임을 확인한 바 있고, 청구인은 이 건 과세처분에 대한 이의신청결정에 따라 재조사할 당시 이 건 매입세금계산서가 허위인 사실에 대하여 인정한 바 있다. ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (가) 처분청은 중부지방국세청장으로부터 청구인이 쟁점매출누락금액을 신고누락하였다는 과세자료를 통보받았으나 이에 대하여 과세하지 아니한 것으로 결정결의서 등에 의하여 확인된다. (나) 청구인은 당초 부가가치세 신고한 매출세금계산서가 OO물류에 의해 청구인이 모르는 거래처에게 발행된 것으로 쟁점매출누락금액이 당초 신고한 내용과 중복됨으로써 이중과세되는지 등을 면밀히 재조사하여 과세하여야 한다고 주장하나, 처분청이 쟁점매출누락금액에 대한 과세처분을 하지 않았으므로 이 경우 처분이 부존재한 경우에 해당되어 각하함이 타당하다고 판단된다. ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 환급세액 이라 한다)으로 한다. 1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (가) 합동·OO화물주식회사가 운임조정결과를 통보(1996.11.29.)한 내용 등에 의하면, 청구인은 OO물류에 운송의뢰된 화물을 운송하는 대가로 화주로부터 받은 용역대금의 36%를 받고, OO물류 또한 위 화물의 운송과정에서 청구인이 제공한 화물운송용역과는 별개로 하주에게 터미날관리용역을 제공한 대가로 하주로부터 위 용역대금의 15.3%를 받고 있는 사실이 확인되고, 이에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. (나) 청구인은 화주로부터 받은 용역대금 전체를 청구인의 운송용역 제공으로 발생하는 부가가치로 전제한 후, 청구인의 수익과 OO물류의 수익이 청구인의 운송용역 제공에 기인하여 발생된 것이므로 OO물류의 수익에 대한 이 건 세금계산서의 매입세액은 청구인의 수익에 대한 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다고 주장하나, OO물류의 수익은 위 (가)에서 본 바와 같이 OO물류가 화물터미털의 관리용역을 제공한 데 대하여 받는 대가이므로 청구인의 주장은 사실을 오인한 것으로 인정되고, 반면 청구인이 OO물류로부터 터미널 관리용역을 제공받은 사실이 없이 교부받은 이 건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다 할 것이다.