1. 피고가 1997. 5. 15. 원고에 대하여 한 농어촌특별세 금 3,975,420원의 부과처분 중 금 3,911,370원을 초과하는 부분을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 1997. 8. 1.자 양도소득세 금 51,138,370원의 부과처분과 1997. 5. 15.자 농어촌특별세 금 3,975,420의 부과처분을 모두 취소한다. 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2, 3호증의 각 1, 2, 갑 제4, 5, 6호증, 을 제1호증의 1 내지 11, 을 제2호증의 1 내지 8, 을 제3호증의 1, 2, 4 내지 9, 을 제5, 6호증, 을 제13호증의 1, 2, 4, 을 제14호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 모아 보면 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다. 가. 원고는 1991. 4. 27. 소외 이동윤으로부터 포항시 북구 우현동 171의 1 답 1,941㎡를 매수하고, 그 달 30. 그 소유권이전등기를 마침으로써 이를 취득하였다. 나. 원고는 1996. 1. 3. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설업자인 소외 신동아건설 주식회사(이하 소외 회사라 한다)에게 위 우현동 171의 1 답 1,941㎡를 조세감면규제법(이하 조감법이라 한다) 제66조 제1항 소정의 국민주택건설용지로 금 792,450,000원에 매도하고, 그 해 5. 15. 이를 같은 동 171의 1 답 32㎡와 같은 동 171의 16 답 1,909㎡(이하 위 각 토지를 개별적으로 지칭할 때에는 순서에 따라 이 사건 제1 또는 2토지라 하고, 통칭할 때에는 이 사건 각 토지라 한다)로 분필한 다음, 그 해 10. 23. 그 매매대금을 모두 지급받자 그 해 11. 27. 이 사건 각 토지에 관하여 소외 회사 앞으로 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다(이하 위 매도를 이 사건 양도라 한다). 다. 이 사건 제2토지는 우현 2지구 토지구획정리사업지구에 편입되어 그 해 10. 16. 그 환지예정지로 같은 동 16블록 1로트 959.4㎡, 14블록 2로트 27.22㎡, 6블록 3로트 16.36㎡ 및 6블록 4로트 11.22㎡ 합계 1,014.2㎡(이하 이 사건 환지예정지라 한다)가 지정되었다. 라. 원고는 1996. 12. 21. 구 소득세법(1996. 12. 30. 법률 제5191호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다) 제105조, 제106조, 제107조의 각 규정에 따라 이 사건 양도에 관한 자산양도차익의 예정신고를 함에 있어 기준시가(개별공시지가)에 의하여 이 사건 각 토지의 양도가액을 금 192,500,800원으로, 그 취득가액을 금 120,342,000원으로 각 산정한 다음, 별지 세액계산서의 신고란 기재와 같이 산출한 양도소득세 금 17,767,850원을 자진 납부하였다{다만, 원고는 이 사건 각 토지의 양도가액을 산정함에 있어 제1토지의 양도가액은 그 면적 32㎡에 1996년 개별공시지가 ㎡당 금 184,000원을 곱한 금 5,888,000원(32㎡×금 184,000원/㎡)으로, 제2토지의 양도가액은 그 환지예정지의 면적 1,014.2㎡에 종전 토지의 1996년 개별공시지가 ㎡당 금 184,000원을 곱한 금 186,612,800원(1,014.2㎡×금 184,000원/㎡)으로 각 산정하였다.}. 마. 그런데 피고는, "이 사건 제2토지의 양도가액은 양도일(매매대금청산일인 1996. 10. 23.) 당시 환지예정지가 지정되어 있어서 환지예정지의 면적과 기준시가를 기준으로 산정하여야 하는데, 이 사건 제2토지는 미개발 상태의 전·답인 반면 이 사건 환지예정지는 토지구획정리사업에 의한 개발이익이 부가된 사실상의 대지로서 종전 토지인 이 사건 제2토지와는 위치, 형상, 도로 및 교통 조건 등이 현저히 향상되었기 때문에 원고의 위 신고에서와 같이 이 사건 환지예정지의 기준시가를 산정함에 있어 종전 토지의 개별공시지가를 그대로 적용할 수 없다."는 이유로, 1997. 5. 15. 이 사건 환지예정지의 기준시가를, 종전 토지의 면적 1,909㎡에 그의 1996년 개별공시지가 ㎡당 금 184,000원을 곱한 다음 그 금액을 다시 환지예정지의 면적 1,014.2㎡로 나눈 ㎡당 금 346,338원{(1,909㎡×금 184,000원/㎡)÷1,014.2㎡}으로 산정하고, 이 사건 각 토지의 양도가액을 금 357,144,000원{(32㎡×금 184,000원/㎡, 제1토지)＋(1,014.2㎡×금 346,338원/㎡, 제2토지)}으로 산정한 다음 원고에게 위 세액계산서의 당초 처분란의 기재와 같이 산출한 양도소득세 금 30,545,990원과 농어촌특별세(이하 농특세라 한다) 금 7,822,570원을 부과하기로 하는 결정(이하 당초 처분이라 한다)을 하고, 그 무렵 원고에게 이를 고지하였다. 바. 피고는, "조감법 제66조 제1항, 그 시행령 제63조, 그 시행규칙 제31조의 각 규정에 의하면 이 사건 양도에 관한 감면세액이 금 19,556,888원에 불과함에도 당초 처분에서는 이보다 금 19,556,000원이 많은 금 39,112,888원을 감면하였다."는 이유로, 1997. 8. 1. 위 세액계산서의 경정처분란의 기재와 같이 이 사건 양도소득세를 당초 처분의 금 30,545,990원에서 금 52,057,590원으로 증액하고, 농특세를 당초의 금 7,822,570원에서 금 4,302,510원으로 감액하는 경정처분을 하였다. 사. 원고가 1997. 6. 30. 당초 처분에 관하여 국세청장에게 심사청구를 하자, 국세청장은 그 해 8. 22. "당초 처분이 이 사건 환지예정지의 기준시가를 산정함에 있어 법 제99조 제1항 제1호 (가)목 단서, 그 시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15191호로 개정되기 전의 것, 이하 영이라 한다) 제164조 제1항의 각 규정(개별공시지가가 없는 토지의 기준시가산정에 관한 규정)을 어긴 위법이 있다."는 이유로 이 사건 환지예정지의 기준시가를 위 각 규정에 따라 산정하라는 내용의 결정(이하 심사결정이라 한다)을 하였다. 한편, 원고는 1997. 10. 23. 심사결정에도 불복하여 국세심판소장에게 심판청구를 하였다가 그 해 12. 29. 심판청구기각결정을 받았다. 아. 피고는 1998. 4. 23. 심사결정의 취지에 따라 이 사건 환지예정지의 기준시가를 산정함에 있어 같은 동 70의 1 대 2,539㎡를 비교할 토지(이하 비교표준지라 한다)로 선정하고, 지목, 공적 규제, 토지이용상황, 지형지세, 도로접면, 편의시설 및 유해시설 접근성 등에 관한 특성비교를 한 결과, 이 사건 환지예정지 중 같은 동 16블록 1로트 959.4㎡는 ㎡당 금 349,600원, 14블록 2로트 27.22㎡와 6블록 3로트 16.36㎡는 각 ㎡당 금 368,000원, 6블록 4로트 11.22㎡는 ㎡당 금 342,240원으로 각 산정하고, 이에 따라 이 사건 각 토지의 양도가액을 금 360,590,280원으로 재산출한 다음 위 세액계산서의 재경정처분란의 기재와 같이 이 사건 양도소득세를 경정처분의 금 52,057,590원에서 금 51,138,370원으로, 농특세를 경정처분의 금 4,302,510원에서 금 3,975,420원으로 각 감액하는 재경정처분을 하였다(이하 경정처분의 양도소득세 부분 중 재경정처분에 의하여 감액된 나머지 부분과 당초 처분의 농특세 부분 중 경정처분과 재경정처분에 의하여 각 감액된 나머지 부분을 이 사건 각 과세처분이라 한다). 이에 대하여 원고는, 이 사건 제2토지의 양도가액을 산정함에 있어 환지예정지의 면적 등을 기준으로 하여야 한다는 점을 전제로 한 다음, "(1) 법 제99조 제1항 제1호 (가)목의 규정에 의하면 토지의 기준시가는 개별공시지가이고, 영 제164조 제9항의 규정에 의하면 법 제99조 제1항 제1호 (가)목의 규정을 적용함에 있어 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의하여야 하는바, 그렇다면 이 사건 환지예정지는 종전 토지의 1996년 개별공시지가가 공시되어 있는 이상 법 제99조 제1항 제1호 (가)목 단서 소정의 개별공시지가가 없는 토지에 해당하지 아니함에도, 이 사건 양도일 이후에 시행된 국세청지침에 의하여 개별공시지가가 없는 토지로 보아 법 제99조 제1항 제1호 (가)목 단서, 영 제164조 제1항의 각 규정에 따라 그 기준시가를 산정한 이 사건 각 과세처분은 공공사업인 토지구획정리사업을 지원하는 법령의 취지 및 소급과세금지의 원칙에 반하고, (2) 이 사건 제2토지에 관하여 토지구획정리사업이 시행되어 환지예정지가 지정됨으로써 환지예정지의 지가가 종전 토지보다 다소 상승하였다고 하더라도 그 지가상승분은 종전 토지의 일부를 체비지로 충당한 대가일 뿐만 아니라 법 제88조 제2항의 규정에 의하면 토지구획정리사업에 따라 체비지로 충당되는 경우는 양도로 보지 아니하므로, 위 지가상승분은 양도소득으로 볼 수 없음에도 이 사건 각 과세처분은 이를 양도소득에 포함시킨 위법이 있으며, (3) 법시행규칙(1996. 12. 20. 총리령 제597호로 개정되기 전의 것, 이하 규칙이라 한다) 제77조 제1항에서 환지예정지의 양도가액 및 취득가액의 계산식을 명시하면서도 환지예정지의 기준시가 산정방법을 명시하지 아니한 것은 당연히 종전 토지의 개별공시지가를 적용하라는 취지로 해석됨에도, 피고가 아무런 사전 고시도 없이 일방적으로 이 사건 환지예정지의 기준시가를 산정하고 이를 기초로 이 사건 각 과세처분을 한 것은 원고로 하여금 양도 전에 부담세액을 예측할 수 없게 할 뿐만 아니라 자산양도차익 예정신고 및 그 자진납부( 법 제105조, 제106조 참조)를 할 수 없게 함으로써 결과적으로 자산양도차익 예정신고납부공제( 법 제108조 참조)를 받을 수 없게 한 위법이 있고, (4) 법 제99조 제1항 제1호 (가)목 단서, 영 제164조 제1항의 각 규정에 따라 이 사건 환지예정지의 기준시가를 산정함에 있어서도 이 사건 환지예정지가 공부상 지목이 답일 뿐만 아니라 이 사건 양도 당시 토지구획정리사업의 진척도가 초기단계에 불과하여 실제이용상황도 답임에도 이 사건 각 과세처분은 공부상 지목 및 실제이용상황이 모두 대(垈)인 같은 동 70의 1 대 2,539㎡를 이 사건 환지예정지의 비교표준지로 선정한 위법이 있다."고 주장한다. 법 제99조 제1항 제1호 (가)목은 "토지의 기준시가는 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(이하 개별공시지가라 한다)로 하되, 다만 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 ……한다."고 규정하고 있고, 영 제164조는 제1항에서 "……'대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액'이라 함은 당해 토지와 지목·이용상황 등 지가 형성 요인이 유사한 인근토지의 개별공시지가를 기준으로 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 말하되, 이 경우 비교표를 적용함에 있어서는 당해 인근토지를 표준지로 본다."고, 제9항에서 "법 제99조 제1항 제1호 (가)목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다."고 각 규정하고 있으며, 규칙 제77조 제1항 제1호는 "양도 또는 취득 가액을 기준시가에 의하는 경우……종전 토지의 소유자가 토지구획정리사업법……등에 의한 환지예정지구 내의 토지 또는 환지처분된 토지를 양도한 때에는 그 토지의 양도가액은 '환지예정(교부)면적×양도 당시의 단위당 기준시가'의, 그 취득가액은 '종전 토지의 면적×취득 당시의 단위당 기준시가'의 각 산식에 의한다."고 규정하고 있다. (1) 살피건대, 전항에서 본 관련 법령의 각 규정을 종합하여 보면, 어떤 토지에 대하여 환지예정지가 지정된 상태에서 그 토지를 매매의 목적물로 삼을 때에는 일반적으로 종전 토지의 위치와 평수는 고려의 대상이 되지 아니하고 환지예정지의 위치와 평수에 의하여 그 매매가격이 결정되는 것이 보통인 만큼 양도차익산출을 위하여 그 취득가액 또는 양도가액을 산정함에 있어서도 종전 토지의 면적과 기준시가를 기준으로 할 것이 아니라 환지예정지의 면적과 기준시가를 기준으로 하여야 할 것이지만, 이와는 반대로 환지예정지가 지정되기 전의 종전 토지를 매매의 목적물로 삼을 때에는 일반적으로 환지예정지가 아닌 종전 토지의 위치와 평수에 의하여 그 매매가격이 결정되는 것이 경험칙상 보통의 경우라 할 것이므로, 설사 그 후 법 제98조, 영 제162조 소정의 양도시기 또는 취득시기(매매대금 청산일 등) 이전에 환지예정지가 지정되었다고 하더라도 양도차익산출을 위하여 그 취득가액 또는 양도가액을 산정함에 있어서는 매매 당시 토지의 면적과 기준시가 즉 종전 토지의 면적과 기준시가를 기준으로 하여야 할 것이지 환지예정지의 면적과 기준시가를 기준으로 할 것은 아니라고 할 것이다( 대법원 1995. 9. 15. 선고 94누7652 판결 및 1997. 6. 24. 선고 96누8734 판결 참조). (2) 그런데 갑 제6호증, 을 제1호증의 11, 을 제3호증의 6 내지 9, 을 제13호증의 4의 각 기재에 변론의 전취지를 모아 보면, 원고는 앞에서 본 바와 같이 1996. 1. 3. 소외 회사에게 이 사건 각 토지를 금 792,450,000원에 매도하고, 그 해 10. 23. 그 매매대금을 모두 지급받은 다음, 그 해 11. 27. 이 사건 각 토지에 관하여 소외 회사 앞으로 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 사실, 이 사건 각 토지 중 제2토지는 우현 2지구 토지구획정리사업지구에 편입되어 그 해 3. 23. 토지구획정리사업이 착공되고, 그 해 10. 16. 앞에서 본 바와 같이 환지예정지가 지정된 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없는바, 위 인정 사실에 의하면, 원고와 소외 회사는 이 사건 제2토지에 대한 환지예정지가 지정되기 훨씬 전에 위 토지를 포함한 이 사건 각 토지를 매매의 목적물로 삼아 매매계약을 체결하고, 그 매매가격도 이 사건 환지예정지가 아닌 종전 토지의 위치와 평수를 기준으로 결정하였다고 할 것이어서 이 사건 제2토지의 양도가액을 산정에 있어서 종전 토지의 면적과 기준시가를 기준으로 하여야 할 것이므로, 이 사건 환지예정지의 면적과 기준시가를 기준으로 하여 그 양도가액을 산정한 이 사건 각 과세처분은 위법하다. (3) 한편 원고의 위 각 주장 중 이 사건 제2토지의 양도가액을 산정함에 있어 종전 토지의 양도 당시 기준시가(1996년 개별공시지가)를 기준으로 하여야 한다는 취지의 주장을 제외한 나머지 부분은 모두 환지예정지의 면적 등을 기준으로 하여 그 양도가액을 산정하여야 함을 전제로 한 것이어서 전항에서 본 바와 같이 이 사건 제2토지의 양도가액을 종전 토지의 면적과 기준시가에 의하여 산정하여야 하는 이상 그 나머지 점에 관하여 더 나아가 판단할 것도 없이 이유가 없다. 위에서 본 여러 사정을 토대로 하여 이 사건 각 토지의 양도 가액을 산출하면 금 357,144,000원{(32㎡×금 184,000원/㎡, 제1토지)＋(1,909㎡×금 184,000원 /㎡, 제2토지), 단, 이 사건 각 토지의 1996년 개별공시지가가 ㎡당 금 184,000원인 점은 다툼이 없음}이 되고, 한편 그 취득가액 금 120,342,000원과 기타 필요경비 금 2,329,200원에 관하여 원·피고간에 다툼이 없으므로, 이 사건 양도에 따른 양도소득세와 농특세의 정당한 세액을 산출하면 별지 세액계산서의 당원 인정란의 기재와 같이 양도소득세 금 52,057,590원과 농특세 금 3,911,370원이 된다. 따라서 이 사건 각 과세처분 중 양도소득세 부분은 정당한 세액(금 52,057,590원)이 고지세액(금 51,138,370원)을 초과하여 결과적으로 적법하고, 농특세 중 금 3,911,370원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 하며, 그 나머지 부분은 적법하다.