Un règlement intérieur, approuvé par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, fixe les modalités de fonctionnement du conseil du Comité national de la conchyliculture. Ce règlement peut prévoir la création de commissions de travail destinées à préparer les délibérations sur des questions particulières. Ces commissions sont constituées majoritairement de membres titulaires ou suppléants du conseil.