L'autorité est dotée d'un agent comptable nommé par arrêté du ministre chargé du budget. L'agent comptable est chargé de la tenue des comptabilités de l'Autorité, du recouvrement des rémunérations pour service rendu mentionnées à l'article L. 1261-19 , du paiement des dépenses et du maniement des fonds et des mouvements de comptes de disponibilités. L'ordonnateur est chargé, le cas échéant, de la comptabilité analytique. Il peut en confier la tenue à l'agent comptable. L'agent comptable peut nommer des mandataires qui sont agréés par le président de l'autorité.