La commission délibère à la majorité des membres présents. Le président ne prend part au vote qu'en cas de partage égal des voix. Les délibérations de la commission ont lieu hors la présence de la personne mise en cause et de son représentant ou défenseur. Les délibérations sont secrètes. Chaque délibération donne lieu à la rédaction d'un avis. Les avis sont transmis par le président de la commission au ministre chargé de l'aviation civile.