Les médecins-conseils, les chirurgiens-dentistes-conseils, les médecins-conseils chefs de service et les médecins coordonnateurs régionaux bénéficient d'une formation initiale obligatoire. Ils doivent suivre des actions de formation tout au long de leur carrière professionnelle. Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture pris sur proposition du médecin-conseil national adjoint précise les modalités de ces formations.