Le conseil permanent est composé d'un président, de membres des comités nationaux et du conseil des agréments et contrôles, de représentants de l'administration, nommés par arrêté conjoint des ministres chargés de la consommation et de l'agriculture ainsi que de deux représentants du personnel de l'institut. Les membres appartenant aux comités nationaux et au conseil des agréments et contrôles sont au nombre de vingt-six et comprennent les présidents de ces comités et de ce conseil. Ils sont nommés pour la durée de leur mandat au comité national ou conseil auxquels ils appartiennent. Les représentants de l'administration représentent au plus le tiers des membres du conseil permanent. Les représentants du personnel de l'institut sont désignés par chacune des deux organisations syndicales ayant obtenu le plus de suffrages lors des élections au comité technique de l'établissement.