La commission paritaire spéciale arrête chaque année le montant de ses dépenses de fonctionnement. La couverture de ces dépenses est assurée par une contribution supportée par les employeurs et qui a pour assiette les salaires retenus pour le calcul des cotisations dues à la caisse de compensation des congés payés du port. Le taux de cette contribution est fixé annuellement par la commission paritaire spéciale.