Les membres du conseil médical de l'aéronautique civile sont, après dépôt d'une déclaration d'intérêts, nommés par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile pour un mandat de trois ans renouvelable. Cet arrêté porte nomination du président et du vice-président, celui-ci assurant la suppléance du président en cas d'absence ou d'empêchement.