L'Institut de recherche pour le développement est administré par un conseil d'administration présidé par le président de l'institut. Le président assure la direction générale de l'établissement. Il est assisté d'un ou de plusieurs directeurs généraux délégués qu'il nomme. L'institut comprend un conseil scientifique, un conseil d'orientation et des commissions scientifiques sectorielles ainsi qu'une ou plusieurs commissions de gestion de la recherche et de ses applications.