Un conseil d'orientation et de coordination est chargé de la mise en œuvre des objectifs du complexe. Il est composé : 1° Des directeurs ou responsables des établissements membres actifs ; 2° De personnes qualifiées au regard des objectifs du complexe ; 3° D'un représentant du ministre chargé de l'agriculture. Le ministre chargé de l'agriculture fixe par arrêté la composition du conseil et nomme le président du complexe après consultation des membres actifs. Les décisions du conseil sont prises à la majorité des membres présents ou représentés, la voix du président étant prépondérante. La présence de la moitié des membres du conseil est nécessaire pour la validité des délibérations, chaque membre ne pouvant disposer que d'un pouvoir supplémentaire.