Les établissements sont administrés par un conseil d'administration. Ils comportent un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante qui exercent des attributions consultatives. Les établissements sont dirigés par un directeur assisté par un secrétaire général et, le cas échéant, soit par un directeur adjoint, soit par un ou plusieurs directeurs délégués. Ils sont organisés en départements, unités de recherche et services. Un comité technique et un comité d'hygiène de sécurité et des conditions de travail sont institués dans chaque établissement.