En cours d'exercice, le directeur propose les modifications éventuelles à apporter au budget : celles-ci donnent lieu à des budgets modificatifs. Les budgets modificatifs sont adoptés et deviennent exécutoires conformément aux dispositions de l'article L. 421-12 du code de l'éducation . Des virements d'article à article au sein d'un même chapitre peuvent être effectués par le directeur ordonnateur qui en rend compte au conseil d'administration.