Le conseil scientifique formule des recommandations sur les orientations et activités scientifiques du commissariat. Il émet des avis sur la pertinence des activités scientifiques et des investissements de l'établissement au regard de sa mission. Il est tenu informé de l'exécution de ses programmes et en évalue les résultats. Les avis, recommandations et rapports du conseil scientifique sont communiqués au conseil d'administration, au Comité de l'énergie atomique et aux ministres chargés de la tutelle du commissariat. Le conseil scientifique est composé pour un tiers de membres nommés par l'administrateur général sur proposition du haut-commissaire, pour un tiers de membres nommés par les ministres chargés de la tutelle de l'établissement et pour un tiers de membres représentant le personnel, nommés après consultation des organisations syndicales représentatives. Les modalités de nomination des membres ainsi que la composition et les règles de fonctionnement du conseil scientifique sont fixées par arrêté des ministres chargés de la recherche et de l'énergie. Le mandat des membres du conseil scientifique est d'une durée de quatre ans, renouvelable une fois. Le conseil scientifique se réunit à la demande du haut-commissaire et au moins une fois par an.