Les commissions scientifiques sectorielles sont créées par le conseil d'administration, sur proposition du président de l'institut, après avis du conseil scientifique. Les commissions scientifiques sectorielles sont composées, en nombre égal, de membres nommés par le président de l'institut et de membres élus par les personnels de l'institut et par les personnels associés à ses activités. Elles comprennent au moins 50 % de membres extérieurs à l'établissement. Elles peuvent comprendre des personnalités étrangères. Elles élisent leur président en leur sein. Le mandat de membre d'une commissions scientifique sectorielle est d'une durée de quatre ans, non renouvelable dans l'une quelconque des commissions au titre de la mandature suivante. Un arrêté conjoint des ministres chargés de la recherche et du développement international fixe la composition et les règles de fonctionnement des commissions scientifiques sectorielles ainsi que les modalités de désignation de leur président et de leurs membres.