L'agence est administrée par un conseil d'administration constitué majoritairement de représentants de l'Etat. Ce conseil comporte également des représentants d'établissements publics de l'Etat ainsi que des représentants d'organisations professionnelles désignés par arrêté conjoint des ministres de tutelle. L'agence est dirigée par un président-directeur général nommé par décret.