Les demandes de remboursement ou d'indemnisation sont gérées par l'Agence de services et de paiement, avec laquelle le ministère en charge du travail conclut une convention. Leur bénéfice est conditionné par la réception à l'Agence de services et de paiement du formulaire et des pièces permettant son instruction et sa mise en paiement dont la liste est fixée par arrêté conjoint des ministres chargés du budget et du travail. L'ordonnateur et le comptable assignataire de la dépense sont respectivement le président-directeur général et l'agent comptable de l'Agence de services et de paiement.