Eurocontrol est chargé du recouvrement de la redevance de route, conformément aux dispositions de l'Accord multilatéral relatif aux redevances de route, fait à Bruxelles le 12 février 1981. Toutefois, en cas de défaut de paiement ou de paiement partiel, cet organisme peut demander au ministre chargé de l'aviation civile d'émettre un état exécutoire pour le montant restant dû, augmenté des éléments accessoires déterminés par les instances internationales compétentes. Le comptable du budget annexe « Contrôle et exploitation aériens » exerce alors toutes les actions en recouvrement applicables en matière de créances étrangères à l'impôt, dans les conditions prévues par le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 modifié relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.