Le fonctionnement financier et comptable de l'établissement est assuré dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. La comptabilité de l'établissement est distincte de celle de la Caisse des dépôts et consignations. Les fonds de l'établissement sont déposés en compte propre au Trésor.