La procédure d'instruction des recours est contradictoire. La décision de la commission des recours ne peut intervenir qu'après que l'exploitant sanctionné et le préfet de région  auteur de la décision ont été mis à même de présenter leurs observations écrites. Ceux-ci sont informés qu'ils seront entendus par la commission des recours s'ils en font la demande. Ils peuvent se faire assister ou représenter. La commission des recours peut demander à l'administration ou à l'auteur du recours de lui communiquer tous documents utiles à l'instruction du dossier. Elle peut aussi convoquer les personnes de son choix.