Les commissions sont présidées par le directeur général de l'agence régionale de santé, ou son représentant. Elles se réunissent sur convocation de leur président, qui fixe l'ordre du jour, ou à la demande d'un tiers de leurs membres. Chaque commission se réunit au moins une fois par an. Les commissions peuvent entendre toute personne extérieure dont l'avis est de nature à éclairer ses travaux. Elles peuvent constituer en leur sein les comités techniques de leur choix.