Le conseil de discipline des marins est composé de deux sections, une section “pêche maritime et cultures marines”, compétente pour les marins travaillant à bord de navires armés à la pêche maritime ou aux cultures marines, et une section “navigation maritime commerciale”, compétente pour l'ensemble des marins autres que pilotes. La direction générale des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture assure le secrétariat de la section “pêche maritime et cultures marines” et de la section “navigation maritime commerciale” du conseil de discipline. Les agents chargés du secrétariat du conseil de discipline assistent aux travaux du conseil de discipline.