L'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Conformément aux dispositions de l' article 175 du même décret, l'institut peut mettre en place des budgets annexes. Des comptables secondaires peuvent être nommés par le président de l'institut sur proposition de l'agent comptable. Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément au décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.