Un commissaire du Gouvernement, désigné par arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer, est placé auprès de l'établissement. Il peut se faire communiquer toutes pièces, documents ou archives et procéder ou faire procéder à toutes vérifications. En cas d'empêchement, il peut se faire représenter aux séances du conseil d'administration par un fonctionnaire placé sous son autorité et nommément désigné.