Le fonctionnement de la commission territoriale de l'agriculture et de l'aquaculture de Saint-Pierre-et-Miquelon est régi par les dispositions des articles 8 et 9 du décret n° 2006-665 du 7 juin 2006 relatif à la réduction du nombre et à la simplification de la composition de diverses commissions administratives et par celles des articles R. 133-3 à R. * 133-15 du code des relations entre le public et l'administration. La commission élabore son règlement intérieur. Le secrétariat de la commission est assuré par le direction des territoires, de l'alimentation et de la mer.