Les opérations de dépenses et de recettes du complexe sont retracées dans une annexe au budget de l'établissement support. Préparée par le conseil d'orientation et de coordination, elle est soumise au conseil d'administration de l'établissement support. L'ordonnateur de l'établissement support est de droit l'ordonnateur du complexe. Il peut désigner un ordonnateur délégué pour les opérations liées au complexe, en accord avec le président.