Les sept membres titulaires et les sept suppléants du comité médical du contrôle de la navigation aérienne sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile pour un mandat d'une durée de trois ans renouvelable. Le secrétaire du comité est nommé par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile. Un des membres titulaires et son suppléant sont nommés sur proposition du ministre de la défense. Au début de chaque mandat, les membres titulaires du comité médical du contrôle de la navigation aérienne élisent parmi eux, pour la durée du mandat, un président et un vice-président à la majorité absolue. Le vice-président exerce toutes les compétences du président en cas d'absence ou d'empêchement de ce dernier.