Les instituts comprennent un conseil scientifique dont les attributions et la composition sont fixées par l'article R. 322-19 . S'ils sont investis d'une ou plusieurs missions nationales, les instituts comprennent un conseil d'orientation qui assure la représentation des différents opérateurs concernés. Les attributions et la composition du conseil d'orientation sont fixées par arrêté du ministre chargé de la recherche.