Le taux minimum annuel de contrôle sur place est d'au moins 5 % des bénéficiaires, ou du nombre d'opérations financées, ou des montants contrôlables par aide ou groupe d'aides. Il peut être fixé à un niveau supérieur ou inférieur à 5 %, par décision de l'organisme payeur, en fonction du nombre et de la gravité des non-conformités ayant une incidence financière relevées par les contrôles, sans pouvoir être inférieur à 1 %. L'organisme payeur ou son délégataire sélectionne l'échantillon des opérations contrôlées. Il définit les catégories de demandeurs contrôlables, ainsi que la ou les périodes les plus appropriées pour procéder à cette sélection. La sélection de l'échantillon est réalisée sur la base d'une analyse de risque, à l'exception d'une part aléatoire qui représente 20 % à 25 % de l'échantillon. La sélection peut être réalisée intégralement par analyse de risque lorsque l'échantillon retenu porte sur moins de 50 contrôles. Le ministre chargé de l'agriculture peut, par arrêté, reconnaître des circonstances exceptionnelles obérant les possibilités de réalisation des contrôles sur le terrain et autoriser l'organisme payeur à abaisser le taux de contrôle sur place. Les contrôles sur place peuvent être précédés d'un préavis, à la condition que celui-ci ne compromette pas leur objectif ou leur efficacité. Le préavis est strictement limité à la durée minimale nécessaire et, sauf disposition applicable à une aide ou un groupe d'aides déterminé prévoyant un délai plus court, ne peut dépasser 14 jours calendaires. Le contrôleur réalisant le contrôle administratif systématique ne prend pas part au contrôle sur place réalisé au titre de la même opération. Dans le cas contraire, une supervision renforcée est mise en place. Le contrôle sur place fait l'objet d'un rapport qui rend compte des vérifications effectuées lors du contrôle, et le cas échéant des non-conformités constatées.