L'agrément peut être retiré à tout moment lorsque l'opérateur cesse de remplir une des conditions sur le fondement desquelles cet agrément lui a été accordé. Le retrait d'agrément est prononcé par une décision motivée du directeur général de l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer), après que l'opérateur a été mis à même de produire ses observations, conformément aux dispositions des articles L. 121-1, L. 121-2 et L. 122-1 du code des relations entre le public et l'administration.