Dans un grand port fluvio-maritime, un conseil d'orientation veille à la cohérence des actions de l'établissement sur l'ensemble de l'axe fluvial. A ce titre, il est consulté sur le projet stratégique et son rapport annuel d'exécution. Il peut se saisir de tout sujet qu'il souhaite porter à l'attention du conseil de surveillance et du directoire. Il est composé de représentants de l'Etat, y compris de ses services techniques, de collectivités territoriales et de leurs groupements, ainsi que de personnalités qualifiées, de représentants des gestionnaires d'infrastructures de transport fluvial et terrestre, de représentants des milieux associatifs, et de représentants des personnels. La composition du conseil d'orientation, les modalités de désignation de ses membres, ses règles de fonctionnement sont déterminées par décret.