Les chambres départementales d'agriculture sont soumises à un contrôle spécifique. Ce contrôle, exercé par l'inspection générale des finances et la mission permanente d'inspection générale et d'audit du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux, a pour objet de constater l'exacte observation des dispositions législatives et réglementaires. Les membres de l'inspection générale des finances et de la mission permanente d'inspection générale et d'audit du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux peuvent exiger communication sur place de tous documents, registres et pièces justificatives qu'ils jugent utiles.