Outre le directeur, le BEA-TT, le BEA mer et le BEA de l'aviation civile comprennent un secrétaire général. Le BEA-TT et le BEA mer comprennent également des enquêteurs techniques, désignés parmi les agents de l'Etat de catégorie A ou de niveau équivalent. Le BEA de l'aviation civile comprend des enquêteurs de sécurité. Ceux-ci sont désignés par le directeur du BEA parmi les fonctionnaires des corps techniques de l'aviation civile et les autres agents de l'Etat de catégorie A ou de niveau équivalent. La désignation des enquêteurs vaut commissionnement de ces derniers. Le directeur du BEA de l'aviation civile agrée les enquêteurs de première information mentionnés à l'article L. 1621-6 parmi les agents de l'Etat en fonction à la direction générale de l'aviation civile ou parmi les personnes attestant d'une expérience professionnelle d'au moins dix ans dans le domaine de la sécurité aérienne. Ces agents et ces personnes suivent un stage de formation organisé par le BEA préalablement à leur agrément. Ce dernier peut leur être retiré par le directeur, après qu'ils ont été en mesure de présenter leurs observations, en cas de manquement à leurs obligations déontologiques ou de faute dans l'exercice de leur fonction.