Le président de l'Agence du service civique préside le conseil d'administration et le comité stratégique. Le président de l'Agence peut percevoir une rémunération dont le montant est fixé par décision des ministres chargés du budget et de la jeunesse. Il est assisté de deux vice-présidents désignés par arrêté du ministre chargé de la jeunesse parmi les membres du conseil d'administration. En cas de vacance, il est remplacé par le directeur chargé de la jeunesse et de la vie associative.