Le contrôle de légalité et le contrôle budgétaire des actes d'Ile-de-France Mobilités sont exercés par le représentant de l'Etat dans la région Ile-de-France. Ile-de-France Mobilités est soumis à la première partie du livre II du code des juridictions financières. Le comptable d'Ile-de-France Mobilités est un comptable public nommé par l'autorité administrative compétente de l'Etat.