L'agence est administrée par un conseil d'administration de vingt-huit membres comprenant : 1° Un représentant du Sénat et un représentant de l'Assemblée nationale désignés par chacune de ces assemblées ; 2° Neuf représentants de l'Etat nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle, soit : a) Deux sur proposition du ministre chargé de l'environnement ; b) Un sur proposition du ministre chargé de l'énergie ; c) Un sur proposition du ministre chargé de la recherche ; d) Un sur proposition du ministre chargé de l'industrie ; e) Un sur proposition du ministre chargé du logement ; f) Un sur proposition du ministre chargé de l'agriculture ; g) Un sur proposition du ministre chargé du budget ; h) Un sur proposition du ministre de l'intérieur ; 2° bis Le délégué interministériel au développement durable ou son représentant ; 2° ter Le directeur général de l'Agence nationale de la cohésion des territoires ou son représentant ; 3° Quatre représentants des collectivités territoriales et des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle après avis du ministre chargé des collectivités territoriales ; 4° Cinq personnalités qualifiées ou représentants d'associations de protection de l'environnement agréées au titre de l'article L. 141-1 ou représentants de groupements professionnels intéressés, dont trois au titre de l'environnement et deux au titre de l'énergie nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle ; 5° Six représentants des salariés élus conformément aux dispositions du décret n° 83-1160 du 26 décembre 1983 portant application de la loi n° 83-675 modifiée relative à la démocratisation du secteur public.