Le conseil d'administration comprend, outre le président : 1° Sept représentants de l'Etat : a) Le secrétaire général du ministère chargé de la culture ou son représentant ; b) Le   directeur général des patrimoines et de l'architecture au ministère chargé de la culture ou son représentant ; c) Le directeur chargé de la recherche au ministère chargé de la recherche ou son représentant ; d) Le directeur chargé de l'enseignement supérieur au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ; e) Le directeur chargé du budget au ministère chargé du budget ou son représentant ; f) Le directeur général de l'aménagement, du logement et de la nature au ministère chargé de l'urbanisme ou son représentant ; g) Un conservateur régional de l'archéologie désigné par le ministre chargé de la culture ; 2° Deux représentants des organismes de recherche et d'enseignement supérieur : a) Le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ou son représentant ; b) Le président de la conférence des présidents d'université ou un autre membre de cette instance désigné par lui ; 3° Deux représentants des collectivités territoriales, désignés conjointement par le ministre chargé de la culture et le ministre chargé de la recherche ; 4° Deux représentants des personnes publiques et privées concernées par l'archéologie préventive, désignés conjointement par les mêmes ministres ; 5° Quatre membres élus par les personnels de l'établissement et parmi eux ; 6° Quatre personnalités qualifiées dans le domaine de l'archéologie : a) Deux désignées par le ministre chargé de la culture ; b) Deux désignées par le ministre chargé de la recherche. Le directeur général délégué, le directeur chargé des questions scientifiques et techniques, le contrôleur budgétaire, l'agent comptable ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président assistent aux séances avec voix consultative.