Les opérations financières et comptables des échelons régionaux du contrôle médical sont exécutées par le médecin conseil régional, ordonnateur secondaire, et l'agent comptable de la caisse d'assurance retraite et de la santé au travail  qui agit alors pour le compte et sous l'autorité de l'agent comptable de la caisse nationale de l'assurance maladie.