L'organisation financière du lycée Comte de Foix est la même que celle fixée conformément aux articles D. 422-45 à D. 422-53 sous réserve des stipulations de l'article 8 de la convention entre le Gouvernement de la République française et le Gouvernement de la Principauté d'Andorre dans le domaine de l'enseignement, signée à Andorre-la-Vieille le 24 septembre 2003.