Le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour après avis du président du centre. Le président du centre assiste aux séances du conseil scientifique. Les directeurs d'institut peuvent être entendus en tant que de besoin par le conseil scientifique Le président peut appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile. Un arrêté du ministre chargé de la recherche fixe le mode d'élection et les règles de fonctionnement du conseil scientifique. Le conseil scientifique définit son organisation interne.