Outre l'assemblée générale des membres fondateurs du groupement d'intérêt public, le président et le directeur général, les instances de l'Agence nationale du développement professionnel continu sont : 1° Le Haut Conseil du développement professionnel continu des professions de santé ; 2° Le comité d'éthique ; 3° Des commissions scientifiques indépendantes ; 4° Le conseil de gestion ; 5° Des sections professionnelles.