Le traitement Cassiopée est placé sous le contrôle d'un magistrat du parquet hors hiérarchie, nommé pour trois ans par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, et assisté par un comité composé de trois membres nommés dans les mêmes conditions. Ce magistrat et, à sa demande, les membres du comité disposent d'un accès permanent au traitement et au lieu où se trouve celui-ci. Ce magistrat peut ordonner toutes mesures nécessaires à l'exercice de son contrôle, telles que saisies ou copies d'informations, ainsi que l'effacement d'enregistrements illicites. L'autorité gestionnaire du traitement lui adresse un rapport annuel d'activité ainsi que, sur sa demande, toutes informations relatives au traitement.