Le Conseil national de la recherche archéologique comprend une commission des opérations sous-marines, présidée par le vice-président du Conseil national de la recherche archéologique. Elle comprend en outre : 1° Le   directeur général des patrimoines et de l'architecture au ministère chargé de la culture ; 2° Deux membres choisis parmi les personnalités qualifiées mentionnées au 2° de l'article R. 545-4 et deux personnalités qualifiées choisies en raison de leurs compétences en matière d'archéologie sous-marine, désignés par le ministre chargé de la culture ; 3° Cinq représentants élus par les commissions territoriales de la recherche archéologique de l'Ouest, du Sud-Ouest, du Sud-Est, du Centre-Nord et de l'outre-mer, à raison d'un représentant par commission.