L'agence conclut avec l'Etat, l'assemblée des départements de France et l'association des maires de France et des présidents d'intercommunalité, un contrat d'objectifs et de performance qui définit pour les trois ans à venir ses objectifs et ses orientations générales. Elle rend compte, chaque année, de la mise en œuvre de ce contrat. Le premier contrat d'objectifs est conclu au plus tard un an après la création de l'agence.