Les ressources affectées à ce fonds sont fixées chaque année par la loi de finances. Les modalités de fonctionnement du fonds sont fixées par un décret qui tient compte, notamment, s'agissant de l'aide à la continuité territoriale, de l'éloignement de chacune des collectivités mentionnées à l'article L. 1803-2 avec la métropole.