Le directeur général de l'Agence nationale du développement professionnel continu est désigné, pour une durée de trois ans renouvelable, par arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale. Le directeur général règle les affaires de l'agence, à l'exception de celles réservées aux autres instances. Il prépare les délibérations de l'assemblée générale des membres fondateurs du groupement d'intérêt public et du conseil de gestion et en assure l'exécution. Il nomme et dirige les personnels de l'agence. Il est ordonnateur des dépenses et des recettes de l'agence. Il désigne un ordonnateur délégué. Il représente l'agence en justice et dans tous les actes de la vie civile. Les missions du directeur général de l'agence sont précisées, en tant que de besoin, par la convention constitutive du groupement.