Le tribunal de l'application des peines est doté d'un greffe. Les fonctions de secrétaire et de greffier de la juridiction sont remplies par un ou plusieurs greffiers des   tribunaux judiciaires du ressort de la cour d'appel où siège le tribunal de l'application des peines, qui peuvent également exercer leurs fonctions auprès des juges de l'application des peines.