Les fonds de mutualisation sont administrés par un conseil d'administration. Le conseil élit son président parmi ses membres et désigne le directeur général du fonds. La durée du mandat du président et des administrateurs est fixée par les statuts régissant le fonds de mutualisation et ne peut excéder cinq ans. Les modalités d'organisation des réunions du conseil d'administration des fonds de mutualisation sont fixées dans leurs statuts et règlement intérieur. Les agriculteurs affiliés doivent être consultés chaque année sur le bilan de l'activité de l'organisme gestionnaire du fonds de mutualisation ainsi que sur les grandes orientations de sa politique. Cette consultation peut prendre la forme d'une consultation publique par voie électronique. L'assemblée générale de l'organisme gestionnaire du fonds délibère sur le résultat de cette consultation.