Le conseil du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins comprend quarante membres répartis en quatre collèges : 1° Douze représentants des comités régionaux des pêches maritimes et des élevages marins, désignés parmi les membres du conseil de chaque comité régional ; 2° Treize représentants des chefs d'entreprise de pêche maritime et un représentant des chefs d'entreprise d'élevage marin ; 3° Trois représentants des coopératives maritimes ; 4° Onze représentants des organisations de producteurs. Nul ne peut occuper plus d'un siège au conseil. En outre, participent aux travaux du conseil, avec voix consultative, deux représentants des entreprises de premier achat et de transformation de la filière des pêches maritimes et des élevages marins.