L'organisme certificateur attribue à l'unité de production ainsi qu'à tout opérateur un certificat permettant l'utilisation de l'écolabel pour les produits de la pêche maritime issus de l'unité de production ou de la chaîne de commercialisation. La certification est délivrée respectivement pour une durée de cinq ans pour l'unité de production et pour une durée de trois ans pour l'opérateur ou le groupement d'opérateurs. Une décision du directeur général de l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer), prise après avis de la commission de l'écolabel des produits de la pêche maritime, précise les conditions de révision du certificat délivré en cas de modification de l'unité de production ou en cas de changements intervenus sur les produits certifiés ou sur l'opérateur.