Le comité de pilotage scientifique est l'instance de réflexion de l'agence pour l'élaboration et la mise en œuvre de son plan d'action annuel. Il assiste le président de l'agence qui le consulte sur : 1° La préparation du plan d'action annuel ; 2° La mise en œuvre des travaux d'évaluation de l'offre de recherche et de mesure de l'impact, sur la production scientifique nationale, des financements alloués par l'agence ; 3° Le rapport d'exécution du plan d'action; 4° La création ou la suppression des départements scientifiques, leur dénomination et leur périmètre ; 5° La nomination des responsables des départements scientifiques et le renouvellement de leurs fonctions. Le comité peut en outre être consulté par le conseil d'administration ou le président de l'agence sur toute question relevant de la compétence de l'établissement.