Le conseil de surveillance constitue en son sein un comité d'audit. Ce comité comprend au moins un représentant de la région. Pour le grand port fluvio-maritime, le comité d'audit comprend au moins un représentant de chaque région dans lesquelles l'établissement public a sa circonscription. Le commissaire du Gouvernement auprès du grand port maritime et l'autorité chargée du contrôle économique et financier assistent aux séances de ce comité avec voix consultative. Le président du conseil de surveillance ne fait pas partie du comité d'audit. Le comité d'audit assiste le conseil de surveillance dans sa fonction de garant de la qualité du contrôle interne et de la fiabilité des informations fournies à l'Etat. Le conseil de surveillance définit les affaires qui relèvent de la compétence du comité d'audit. Celles-ci comprennent notamment le contrôle de l'efficacité des systèmes de contrôle interne, la supervision du contrôle légal des comptes annuels et des comptes consolidés, l'évaluation des risques d'engagement hors bilan significatifs ainsi que l'examen et le suivi de l'indépendance des commissaires aux comptes.