Sous l'autorité technique du directeur central du service de santé des armées, le médecin-chef des services médicaux est responsable du fonctionnement du service du contrôle médical. Il est le conseiller technique du conseil d'administration de la caisse et du directeur, notamment en matière sanitaire et sociale. Le médecin-chef adjoint assiste le chef des services médicaux dans l'exercice de ses fonctions et le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.