Le budget de l'année est soumis au vote du conseil d'administration avant le 25 novembre de l'année précédente. Dans le cas où le budget n'est pas arrêté par le conseil d'administration avant le début de l'année, les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées sur la base des prévisions de l'exercice précédent. Toutefois, en cas de nécessité et après accord du contrôleur budgétaire, ces opérations peuvent être effectuées dans la limite du projet non encore approuvé, si elles résultent de l'application des mesures arrêtées pour le budget de l'Etat au titre des subventions allouées par celui-ci et qui en a confié la gestion à l'agence, ou concernent des crédits communautaires ou d'autres partenaires. Les dépenses de personnel, de fonctionnement et d'investissement sont effectuées, jusqu'à l'approbation de l'état prévisionnel des recettes et des dépenses, par le président-directeur général après accord de l'autorité chargée du contrôle économique et financier, sur la base du dernier budget approuvé pour l'exercice précédent, déduction faite, le cas échéant, des crédits qui avaient été affectés à des dépenses non renouvelables.