Les fonds du centre sont déposés chez un comptable de la direction générale des finances publiques. Lorsque les fonds du centre proviennent d'excédents d'exercices antérieurs, de libéralités, du produit de l'aliénation d'un élément du patrimoine ou d'annuités d'amortissement momentanément inutilisés, ils peuvent être placés en valeurs du Trésor ou en valeurs garanties par l'Etat. Ces placements font l'objet de prévisions ou d'autorisations budgétaires. Toutefois, les placements en valeurs du Trésor à court terme peuvent être autorisés par décision de l'ordonnateur visée par le directeur régional des finances publiques territorialement compétent.