Les organismes certificateurs évaluent et contrôlent le respect du référentiel de l'écolabel des produits de la pêche maritime au niveau de l'unité de production sur la base des modalités d'évaluation des critères définies dans une grille de contrôle élaborée en collaboration avec l'unité de production et conforme au plan de contrôle cadre. Ils évaluent notamment la fréquence et la qualité des contrôles internes réalisés par l'unité de production, et, le cas échéant, des autocontrôles réalisés par les producteurs. Les organismes certificateurs transmettent la grille de contrôle au secrétariat de la commission de l'écolabel des produits de la pêche.