L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre de l'agriculture après information de la collectivité de rattachement par le préfet de région. Il prête serment conformément aux dispositions de l'article 14-1 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.