L'établissement peut être agréé comme organisme payeur au sens du règlement (UE) n° 1306/2013 du Parlement européen et du Conseil, par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget. Il assure la délivrance des certificats d'importation, d'exportation et de préfixation pour les produits agricoles prévus à la partie III du règlement (UE) n° 1308/2013 du Parlement européen et du Conseil du 17 décembre 2013.