L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 185, 204 à 208 et 220 à 228 ainsi qu'au contrôle économique et financier de l'Etat tel que défini par le décret n° 53-707 du 9 août 1953 modifié relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique ou social et le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 modifié relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Les attributions de l'autorité chargée du contrôle économique et financier de l'Etat et les modalités d'exercice de son contrôle sont précisées en tant que de besoin par arrêté conjoint du ministre chargé du tourisme et du ministre chargé du budget. Cette autorité dispose des mêmes pouvoirs dans les sociétés dont l'agence acquiert le contrôle. L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget.