Le budget d'Ile-de-France Mobilités est établi en section de fonctionnement et en section d'investissement, tant en recettes qu'en dépenses. Il est divisé en chapitres et articles dans les conditions qui sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé des collectivités territoriales et du ministre chargé du budget. Les crédits sont votés par chapitres et, si le conseil d'Ile-de-France Mobilités en décide ainsi, par articles. Toutefois, hors le cas où le conseil d'Ile-de-France Mobilités a décidé que les crédits sont spécialisés par articles, le directeur général peut effectuer des virements d'article à article à l'intérieur du même chapitre. De même, le budget d'Ile-de-France Mobilités est assorti d'annexes relatives à la situation financière et aux engagements financiers d'Ile-de-France Mobilités définis par arrêté conjoint du ministre chargé des collectivités territoriales et du ministre chargé du budget.