Pour l'exercice de ses compétences, l'établissement est doté de sept conseils spécialisés : 1° Le conseil spécialisé “grandes cultures” concernant notamment les productions de céréales, oléagineux, protéagineux, fourrages séchés, plantes textiles, betteraves et les produits issus de la transformation de ces produits notamment le sucre et l'alcool éthylique d'origine agricole ; 2° Le conseil spécialisé “viandes blanches” concernant notamment les animaux non ruminants domestiques terrestres, à l'exclusion des animaux de compagnie, les productions et viandes des animaux non ruminants domestiques terrestres, les œufs et les produits issus de la transformation de ces produits ; 3° Le conseil spécialisé “fruits et légumes” concernant notamment les productions de fruits, de légumes, y compris de champignons, de pommes de terre et les produits issus de la transformation de ces produits ; 4° Le conseil spécialisé “productions végétales spéciales” concernant notamment les productions issues de l'horticulture florale et ornementale, pépinières et les productions de plantes, plantes de service, plantes à parfum, aromatiques et médicinales et les produits issus de la transformation de ces produits ; 5° Le conseil spécialisé “ruminants” concernant notamment les animaux ruminants, à l'exclusion des animaux de compagnie, les productions de lait et de viande des animaux ruminants et équidés et les produits issus de la transformation de ces produits ; 6° Le conseil spécialisé “produits de la pêche et aquaculture” concernant notamment les produits de la pêche professionnelle maritime, en eau douce et de l'aquaculture et les produits issus de la transformation de ces produits ; 7° Le conseil spécialisé “vin et cidre” concernant notamment les productions de vins et produits issus de la vigne, vinaigres, verger cidricole et produits frais et transformés issus de ce verger.