La garde et le maniement des fonds et valeurs de Voies navigables de France incombent à l'agent comptable qui assure la gestion de la trésorerie et du portefeuille sous l'autorité du conseil d'administration et du directeur. Les fonds disponibles sont déposés au Trésor public. Un compte peut également être ouvert à la Banque de France, au nom de l'agent comptable, pour permettre l'exécution des opérations en devises. Les comptes de disponibilités fonctionnent sous la seule signature de l'agent comptable.