Les activités scientifiques sont conduites au sein d'unités de recherche ou d'autres formations de recherche ou d'appui à la recherche. Ces unités de recherche et autres formations de recherche ou d'appui à la recherche peuvent être mixtes, en lien avec d'autres organismes de recherche ainsi qu'avec des établissements d'enseignement supérieur. Ces unités de recherche et autres formations de recherche ou d'appui à la recherche peuvent être regroupées en départements de recherche correspondant à des disciplines scientifiques ou à des enjeux, finalités et objectifs déterminés. La liste des départements est arrêtée par le président de l'institut après avis du conseil scientifique. Chaque département de recherche est placé sous la direction d'un chef de département nommé par le président de l'institut après avis du conseil scientifique. Le chef de département est chargé d'animer la vie scientifique des unités qui composent le département et d'en assurer le bon fonctionnement. Il est assisté par un conseil scientifique de département et un conseil de gestion dont les membres sont désignés et l'organisation est fixée dans les conditions définies par le président de l'institut.