Les centres de ressources, d'expertise et de performance sportive sont dirigés par un directeur. Le directeur et ses adjoints sont nommés par arrêté du ministre chargé des sports. La nomination du directeur est soumise pour avis préalable au président de la région concernée. Le directeur représente l'Etat au sein de l'établissement. En cas de difficultés graves dans le fonctionnement du centre de ressources, d'expertise et de performance sportive, le directeur peut prendre toutes dispositions nécessaires pour assurer le bon fonctionnement du service public. Le directeur expose, dans les meilleurs délais, au conseil d'administration les décisions prises et en rend compte au ministre chargé des sports et au président du conseil régional.