Les ressources de l'agence comprennent : 1° Des subventions de l'Union européenne ou d'organisations internationales ; 2° Une dotation des régimes obligatoires d'assurance maladie versée et répartie dans des conditions fixées par décret ; 3° Des taxes et redevances créées à son bénéfice ; 4° Des produits divers, dons et legs ; 5° Des emprunts.