L'Institution nationale des invalides est soumise au contrôle administratif et budgétaire de l'Etat, ainsi qu'au contrôle de l'inspection générale des affaires sociales, de l'inspection générale des finances, du contrôle général des armées et de la Cour des comptes. Sur demande du ministre de tutelle ou du conseil d'administration, l'établissement est également soumis au contrôle des inspections du service de santé des armées pour toutes les questions relevant de leur compétence.