L'agence est dotée d'un agent comptable nommé par arrêté des ministres chargés du budget et des sports. Il est chargé de la tenue des comptabilités de l'agence, du recouvrement des droits et contributions mentionnés à l'article R. 232-27 et de toutes les autres recettes de l'agence, du paiement des dépenses et du maniement des fonds ainsi que des mouvements de comptes de disponibilités. Avec l'accord du président de l'agence, l'agent comptable peut, sous son contrôle, confier la comptabilité analytique et la comptabilité matière aux services de l'agence.