L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement contribue à l'amélioration et à la gestion des ressources zoogénétiques par ses recherches dans les domaines de la connaissance des génomes, de la variabilité génétique des caractères et des méthodes de gestion des populations. Il est consulté sur la pertinence des objectifs de sélection et des informations phénotypiques ou moléculaires. Il propose au ministre chargé de l'agriculture des méthodes et protocoles d'évaluation génétique des reproducteurs et de gestion des populations animales, en particulier pour les espèces bovine, ovine, caprine, porcine et équine. Ces méthodes et protocoles peuvent être rendus obligatoires par les décrets prévus à l'article L. 653-2 . Pour l'espèce porcine, il peut participer à la réalisation de ces protocoles. Il propose également des méthodes de gestion des populations animales en vue de leur amélioration et du maintien à long terme de la diversité génétique. Conformément à l'article L. 653-11 , il effectue l'évaluation génétique des reproducteurs des populations animales sélectionnées désignées par décret.