L'agent comptable de l'assemblée est nommé par décret pris sur la proposition du ministre de l'agriculture et du ministre chargé du budget. Sa rémunération est fixée dans les mêmes conditions. Il est soumis aux vérifications du directeur régional des finances publiques d'Ile-de-France et du département de Paris, de l'inspection générale des finances et de la mission permanente d'inspection générale et d'audit du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux.