L'Institut national de la santé et de la recherche médicale est administré par un conseil d'administration présidé par le président de l'institut. Le président de l'institut assure la direction générale de l'établissement. Il est assisté d'un ou de plusieurs directeurs généraux délégués. L'institut comprend un conseil scientifique et des commissions scientifiques spécialisées. Il est doté de personnels de recherche propres.