Avec l'accord du ministre chargé du budget, le directeur général peut autoriser l'agent comptable à payer, sans son intervention préalable et dans la limite des crédits approuvés, certaines menues dépenses. Ces dépenses sont payées, soit directement par l'agent comptable, soit sous sa responsabilité, par certains agents de Voies navigables de France désignés, avec son accord, par le directeur général. L'agent comptable est tenu de justifier, chaque mois, des dépenses effectuées. Au vu des justifications produites, le directeur général émet un titre de régularisation au nom de l'agent comptable.