Le conseil scientifique institué auprès du président du conseil d'administration est l'instance de réflexion et de proposition de l'institut en matière de politique scientifique. Il donne notamment son avis au conseil d'administration sur les grandes orientations de la politique scientifique de l'institut, les programmes de recherche et le rapport annuel d'activité. Il est consulté par le président de l'institut sur la création et la suppression des centres de recherche, ainsi que sur la nomination de leur directeur, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin. Le conseil scientifique se réunit sur convocation de son président. Il délibère sur un ordre du jour arrêté par le président de l'institut. En cas d'empêchement du président, le conseil scientifique désigne un président de séance.