Le président de l'institut, choisi parmi les personnalités ayant une compétence reconnue dans le domaine scientifique et technique, est nommé pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois, par décret pris sur proposition des ministres chargés de la recherche et de l'agriculture. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures établi sous forme d'avis par le ministre chargé de la recherche, publié au Journal officiel, et l'examen de ces candidatures par la commission prévue à l'article R. 831-3-2.