Le fonds est soumis au contrôle de la Cour des comptes, de l'inspection générale des affaires sociales et de l'inspection générale des finances. Les rapports des corps d'inspection et de contrôle et les rapports particuliers de la Cour des comptes relatifs au fonds sont transmis au conseil de surveillance. Le conseil de surveillance peut également entendre tout membre du corps d'inspection et de contrôle ayant effectué une mission sur la gestion du fonds.