La Commission nationale de contrôle vérifie, après la fermeture du scrutin et avant le dépouillement, le scellement du système. La commission actionne le processus de déverrouillage des urnes puis de dépouillement afin de permettre le décompte des voix des candidats au niveau de chaque caisse de mutualité sociale agricole. Le système de vote électronique est scellé après la clôture du dépouillement.