Le centre régional en antibiothérapie est implanté dans un établissement de santé et peut comporter plusieurs unités hébergées dans d'autres établissements de santé de la région. Il est désigné par le directeur général de l'agence régionale de santé, après avis du directeur général de l'Agence nationale de santé publique, pour une durée de cinq ans renouvelable, après appel à candidatures sur la base d'un cahier des charges défini par arrêté du ministre chargé de la santé. Ce cahier des charges précise notamment la nature des travaux des centres et leur organisation. Le responsable du centre est un médecin qualifié spécialiste en maladies infectieuses et tropicales.