1561 ਵਿੱਚ 18-ਸਾਲਾ ਮੈਰੀ ਸੁਧਾਰ ਦੀ ਪਕੜ ਵਿੱਚ ਸਕਾਟਲੈਂਡ ਵਾਪਸ ਪਰਤ ਆਈ, ਕਿਉਂਕਿ ਪ੍ਰੋਟੈਸਟੈਂਟ ਨੇਤਾਵਾਂ ਨੇ ਸਕਾਟਿਸ਼ ਪਾਰਲੀਮੈਂਟ ਉੱਤੇ ਕਬਜ਼ਾ ਕਰ ਲਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਪੋਪ ਦੇ ਅਧਿਕਾਰ ਨੂੰ ਖਤਮ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਸੀ।
ਮਈ 1561 ਵਿਚ ਮੈਰੀ ਸਕਾਟਲੈਂਡ ਵਾਪਸ ਆ ਗਈ।