ਹਾਲਾਂਕਿ ਜ਼ੇਨ 12ਵੀਂ ਸਦੀ ਤੋਂ ਜਾਪਾਨ ਵਿੱਚ ਮੌਜੂਦ ਸੀ, ਪਰ ਇਸਦੀ ਚੜ੍ਹਤ ਕਾਮਾਕੁਰਾ ਸ਼ਾਸਨ ਦੇ ਅਧੀਨ ਸ਼ੁਰੂ ਹੋਈ, ਜਿਸ ਨੇ ਰਹੱਸਵਾਦੀ ਚੀਨੀ ਦਰਸ਼ਨ ਨੂੰ ਜਾਪਾਨੀ ਸੰਵੇਦਨਸ਼ੀਲਤਾ, ਪ੍ਰਭਾਵਵਾਦ, ਅਤੇ ਰੂਪ ਅਤੇ ਰੀਤੀ-ਰਿਵਾਜ ਦੇ ਪਿਆਰ ਲਈ ਪ੍ਰਸ਼ੰਸਾਯੋਗ ਤੌਰ 'ਤੇ ਢੁਕਵਾਂ ਪਾਇਆ।
ਹਾਲਾਂਕਿ ਜ਼ੇਨ ਜਪਾਨ ਵਿੱਚ ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ ਸਮੇਂ ਵਿੱਚ ਮੌਜੂਦ ਸੀ, ਇਸ ਨੂੰ ਬੋਧੀਆਂ ਦੁਆਰਾ ਛੇਤੀ ਹੀ ਖ਼ਤਮ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਜੋ ਇਸਦਾ ਅਭਿਆਸ ਕਰਨ ਵਾਲਿਆਂ ਨੂੰ ਤਬਾਹ ਕਰਨ ਦੀ ਕੋਸ਼ਿਸ਼ ਕਰਦੇ ਸਨ।