ਈਸਾਈ ਧਰਮ ਵਿੱਚ ਆਪਣੀ ਕੇਂਦਰੀ ਅਥਾਰਟੀ ਲਈ ਖਤਰਾ ਦੇਖਦਿਆਂ, ਹਿਦੇਯੋਸ਼ੀ ਨੇ ਯੋਜਨਾਬੱਧ ਤਰੀਕੇ ਨਾਲ ਈਸਾਈ ਗਤੀਵਿਧੀਆਂ ਨੂੰ ਦਬਾ ਦਿੱਤਾ; 1597 ਵਿੱਚ ਨਾਗਾਸਾਕੀ ਵਿਖੇ ਛੇ ਮਿਸ਼ਨਰੀਆਂ ਅਤੇ 20 ਜਾਪਾਨੀ ਧਰਮ ਪਰਿਵਰਤਨਾਂ ਨੂੰ ਸਲੀਬ ਦਿੱਤੀ ਗਈ ਸੀ।
ਹਿਦੇਯੋਸ਼ੀ ਨੇ ਈਸਾਈ ਧਰਮ ਨੂੰ ਉਤਸ਼ਾਹ ਨਾਲ ਅਪਣਾ ਲਿਆ ਅਤੇ ਇਸਨੂੰ ਆਪਣੀ ਸ਼ਕਤੀ ਨੂੰ ਮਜ਼ਬੂਤ ਕਰਨ ਦੇ ਤਰੀਕੇ ਵਜੋਂ ਦੇਖਿਆ।