ਸੈਂਟੋਰੀਨੀ ਲਗਭਗ 1500 ਈਸਾ ਪੂਰਵ ਤੱਕ ਸਾਈਕਲੇਡਜ਼ ਦੇ ਹੋਰ ਬਹੁਤ ਸਾਰੇ ਟਾਪੂਆਂ ਵਾਂਗ ਹੀ ਦਿਖਾਈ ਦਿੰਦਾ ਸੀ, ਜਦੋਂ ਇਸਦੇ ਜਵਾਲਾਮੁਖੀ ਦੇ ਇੱਕ ਵੱਡੇ ਫਟਣ ਨੇ ਟਾਪੂ ਦੇ ਸਾਰੇ ਅੰਦਰੂਨੀ ਹਿੱਸੇ ਨੂੰ ਵਾਯੂਮੰਡਲ ਵਿੱਚ ਉੱਚਾ ਕਰ ਦਿੱਤਾ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਸਾਲਾਂ ਬਾਅਦ ਧਰਤੀ ਦੇ ਮੌਸਮ ਵਿੱਚ ਤਬਦੀਲੀ ਆਈ।
ਸੈਂਟੋਰੀਨੀ ਹਮੇਸ਼ਾ ਬਾਕੀ ਸਾਰੇ ਟਾਪੂਆਂ ਵਾਂਗ ਦਿਖਾਈ ਦਿੰਦਾ ਹੈ, ਪਹਾੜ ਇੱਕ ਜੁਆਲਾਮੁਖੀ ਹੈ ਪਰ ਇਹ ਕਿਰਿਆਸ਼ੀਲ ਨਹੀਂ ਹੈ।