ਵਧੇ ਹੋਏ ਖੇਤਰ ਨੂੰ ਗਲੇ ਲਗਾਉਣ ਲਈ, ਫੈਡਰੇਸ਼ਨ ਨੇ ਸਤੰਬਰ 1963 ਵਿੱਚ ਮਲੇਸ਼ੀਆ ਦਾ ਨਵਾਂ ਨਾਮ ਲੈ ਲਿਆ, ਪਰ ਸਿੰਗਾਪੁਰ ਛੇਤੀ ਹੀ ਮਲੇਸ਼ੀਆ ਦੇ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਅਧਿਕਾਰਾਂ ਨੂੰ ਲੈ ਕੇ ਕੁਆਲਾਲੰਪੁਰ ਨਾਲ ਟਕਰਾ ਗਿਆ ਜਿਸ ਨੂੰ ਸਿੰਗਾਪੁਰ ਨੇ ਆਪਣੀਆਂ ਬਹੁ-ਜਾਤੀ ਨੀਤੀਆਂ ਨਾਲ ਖਤਮ ਕਰਨ ਦੀ ਕੋਸ਼ਿਸ਼ ਕੀਤੀ।
ਮਲੇਸ਼ੀਆ ਦੀ ਸਥਾਪਨਾ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਮਲੇਸ਼ੀਆ ਅਤੇ ਸਿੰਗਾਪੁਰ ਨਜ਼ਦੀਕੀ ਸਹਿਯੋਗੀ ਰਹੇ ਹਨ।