ਟੋਕੁਗਾਵਾ ਸ਼ੋਗਨਾਂ ਦੁਆਰਾ ਈਸਾਈ ਧਰਮ ਨੂੰ ਗੈਰ-ਕਾਨੂੰਨੀ ਠਹਿਰਾਉਣ ਅਤੇ ਨਾਗਰਿਕਾਂ ਨੂੰ ਬੋਧੀ ਵਜੋਂ ਰਜਿਸਟਰ ਕਰਨ ਦਾ ਆਦੇਸ਼ ਦੇਣ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਕੋਫੂਕੁਜੀ ਮੰਦਰ ਚੀਨੀਆਂ ਦੁਆਰਾ ਬਣਾਇਆ ਗਿਆ ਜ਼ੇਨ ਬੋਧੀ ਮੰਦਰਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਪਹਿਲਾ ਸੀ (1620)।
ਕੋਫੂਕੁਜੀ ਮੰਦਿਰ ਦਾ ਨਿਰਮਾਣ ਚੀਨੀਆਂ ਦੁਆਰਾ 1500 ਦੇ ਅਖੀਰ ਵਿੱਚ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।