ਈਸਾਈ ਧਰਮ ਵਿੱਚ ਆਪਣੀ ਕੇਂਦਰੀ ਅਥਾਰਟੀ ਲਈ ਖਤਰਾ ਦੇਖਦਿਆਂ, ਹਿਦੇਯੋਸ਼ੀ ਨੇ ਯੋਜਨਾਬੱਧ ਤਰੀਕੇ ਨਾਲ ਈਸਾਈ ਗਤੀਵਿਧੀਆਂ ਨੂੰ ਦਬਾ ਦਿੱਤਾ; 1597 ਵਿੱਚ ਨਾਗਾਸਾਕੀ ਵਿਖੇ ਛੇ ਮਿਸ਼ਨਰੀਆਂ ਅਤੇ 20 ਜਾਪਾਨੀ ਧਰਮ ਪਰਿਵਰਤਨਾਂ ਨੂੰ ਸਲੀਬ ਦਿੱਤੀ ਗਈ ਸੀ।
ਹਿਦੇਯੋਸ਼ੀ ਨੇ ਆਪਣੇ ਅਧਿਕਾਰ ਨੂੰ ਕਾਇਮ ਰੱਖਣ ਲਈ ਈਸਾਈ ਧਰਮ ਨੂੰ ਇੱਕ ਸਮੱਸਿਆ ਸਮਝਿਆ, ਅਤੇ ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੂੰ ਫਾਂਸੀ ਦੇ ਕੇ ਦਬਾਇਆ ਗਿਆ।