ਮਹਾਨ ਨੇਵੀਗੇਟਰ ਦੀਆਂ ਅਵਸ਼ੇਸ਼ਾਂ ਨੂੰ 1538 ਵਿੱਚ ਪੁਰਤਗਾਲ ਵਿੱਚ ਵਾਪਸ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਪਰ ਉਸਦੇ ਮਕਬਰੇ ਦਾ ਪੱਥਰ ਅਜੇ ਵੀ ਚਰਚ ਦੇ ਦੱਖਣ ਵਾਲੇ ਪਾਸੇ ਦੇਖਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਇੱਕ ਪਿੱਤਲ ਦੀ ਰੇਲ ਨਾਲ ਫਰਸ਼ ਵਿੱਚ ਸਥਾਪਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ।
ਕਬਰ ਹੁਣ ਨੇਵੀਗੇਟਰ ਦੇ ਅਵਸ਼ੇਸ਼ਾਂ ਨੂੰ ਨਹੀਂ ਰੱਖਦੀ, ਪਰ ਉਸਦਾ ਮਕਬਰਾ ਅਜੇ ਵੀ ਖੜ੍ਹਾ ਹੈ।