Основната цел на новия протокол е да се определят възможностите за риболов, предлагани на кораби от ЕС, по отношение на права на достъп и подкрепа за сектора и да се продължи сътрудничеството между ЕС и Съюза Коморски острови, като се разшири рамката за партньорство, в която да се развива политика на устойчиво рибарство и отговорно използване на рибните ресурси в риболовната зона на Коморските острови в интерес и на двете страни.
Hlavním cílem nového protokolu je vymezit rybolovná práva nabízená plavidlům Evropské unie za přístupová práva a za podporu odvětví, dále pokračovat ve spolupráci mezi Evropskou unií a Komorským svazem a vybudovat tak rámec pro partnerství, jehož cílem je rozvíjet politiku udržitelného rybolovu a zodpovědně využívat rybolovné zdroje v rybolovné oblasti Komorského svazu, a to v zájmu obou stran.