Сметната палата обаче неизменно констатира някои слабости, и по-конкретно: (i) висок процент на преноси и освобождаване на бюджетни кредити (49% от наличните бюджетни кредити за 2008 г. не са били усвоени през финансовата година, близо 69% - за 2007 г. и 55% - за 2006 г.); (ii) поети правни задължения преди съответните бюджетни задължения; и (iii) процедури по подбор на персонал, които не са съобразени с правилата, и по-специално по отношение на принципите на прозрачност и недискриминация при прилагането на посочените процедури.
Účetní dvůr však již několik let za sebou shledává některé nedostatky, zejména: i) vysokou míru přenesených a zrušených prostředků (49 %, téměř 69 % a 55 % prostředků, které byly v letech 2008, 2007 a 2006 k dispozici, se nepoužilo); ii) skutečnost, že právní závazky byly uzavřeny před přijetím rozpočtových závazků; iii) skutečnost, že podle Účetního dvora se agentura při postupech přijímání zaměstnanců nedrží příslušných pravidel, zejména pokud jde o transparentnost a nediskriminační povahu těchto postupů.