Както и при други предприятия в началния етап от съществуването си, в SESAR все още не са въведени и не работят изцяло системите за вътрешен контрол и финансова информация.
Stejně jako jiné společnosti na počátku své činnosti, nemá společný podnik SESAR dosud plně zavedeny naprosto funkční systémy vnitřní kontroly a finančního výkaznictví.