Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
Nicméně v hodnocení jednotlivých institucí, zejména evropských agentur, se neustále vyskytují nedostatky, např. v procesu přijímání zaměstnanců, při zadávání veřejných zakázek, problémy s transparentností nebo problémy s interní kontrolou.