Стратегията на една агенция обикновено се определя от директора в съгласие с управителния съвет, като стратегиите ежегодно се представят пред Парламента и са отразени в годишната работна програма.
Strategii agentury obvykle stanoví ředitel po dohodě se správní radou a tyto strategie jsou každým rokem předkládány Evropskému parlamentu a odrážejí se v ročním pracovním programu.