Основната цел на новия протокол е да се определят възможностите за риболов, предлагани на кораби от ЕС, по отношение на права на достъп и подкрепа за сектора и да се продължи сътрудничеството между Европейския съюз и Съюза Коморски острови, като се насърчи създаването на рамка за партньорство, в която да се развива политика на устойчиво рибарство и отговорно използване на рибните ресурси в риболовната зона на Коморските острови.
Hlavním cílem nového Protokolu k Dohodě je vymezit rybolovná práva nabízená plavidlům Evropské unie za přístupová práva a za podporu odvětví, pokračovat ve spolupráci mezi Evropskou unií a Komorským svazem a vybudovat tak rámec pro partnerství, jehož smyslem je rozvíjet politiku udržitelného rybolovu a zodpovědně využívat rybolovné zdroje v rybolovné oblasti Komorského svazu.