И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Nicméně toto nařízení se již od prvního čtení vyznačovalo spoustou neshod mezi Radou a Parlamentem v následujících aspektech: snímání otisků prstů dětí do věku šesti let s rizikem přehlédnutí podrobností o nákladech a nepohodlí, kterému by byli vystaveni rodiče pokaždé, když se otisky prstů jejich dětí změní; nové výzvy ve způsobu organizace shromažďování biometrických údajů; a v neposlední řadě nedostatek zkušeností členských států, pokud jde o správu uchovávání osobních údajů a technické chyby.