В резултат на това на практика защита често се търси само в определена част от територията на ЕС, като с това се създават сериозни проблеми от гледна точка на свободното движение на стоки, които са защитени с патент в някои юрисдикции, но могат да бъдат произвеждани безпрепятствено в други.
Prakticky to znamená, že ochrana je často vyžádána jen na určité části území EU, čímž se vytvářejí závažné problémy v oblasti volného pohybu zboží, které je v některých jurisdikcích patentově chráněno, ale v jiných jej lze vyrábět volně.