Този важен подход обаче в много случаи има вероятност да бъде затруднен от значителната автономия и силната конкуренция, които съществуват между различни органи, отговарящи за управлението на всяка еднофондова програма.
Tento důležitý přístup však v mnoha případech může být narušován značnou autonomií a silnou soutěží mezi jednotlivými orgány, které odpovídají za správu každého programu spojeného s jediným fondem.