В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
Zároveň je sporné, jak je možné harmonizovat někdy protichůdné cíle stanovené ve strategii pro Podunají, jako je kvalita vody, zlepšování stavu životního prostředí, splavnost, využívání energie nebo ekoturistika.