Въпреки това предложението на Комисията има определени недостатъци, например липсва оценка за въздействието на предлаганите мерки, сроковете за усвояване, спорното широко използване на резервите на ЕС или продължаващият проблем с недостатъчното финансиране на функция 4, които Комисията правилно посочи в доклада си за оценка на функционирането на междуинституционалното споразумение.
Nicméně návrh Komise vykazuje určité nedostatky jako je absence analýzy dopadů navrhovaných opatření, otázka časování čerpání prostředků, diskutabilní rozsáhlé využívání rezerv Unie či neustálý problém nedostatečného financování okruhu 4, na který správně upozornila Komise ve své hodnotící zprávě o fungování interinstitucionální dohody.