Many of the protease amino acid substitutions reported to be associated with resistance to ritonavir and saquinavir were also associated with resistance to indinavir.
Monet sellaiset proteaasin aminohapposubstituutiot, joiden on raportoitu liittyvän ritonaviiri - ja sakinaviiriresistenssiin, todettiin myös indinaviiriresistenssin yhteydessä.