He was enrolled in the Tricoronatum, the Jesuit college at Cologne, at the age of 13; he became a novice in 1562 but was called back to Brabant by his father to study at Louvain university (classics and law).
Justus Lipsius aloitti 13-vuotiaana Kölnin jesuiittakoulun, Tricoronatumin, ja hänestä tuli noviisi vuonna 1562, mutta isänsä käskystä hän palasi Brabantiin ja kirjoittautui Leuvenin yliopistoon lukemaan klassisia kieliä ja oikeustiedettä.