Once again it didn't bring him good results. "Too many COMPETITION DAYS (races AF) before the Giro and some bad weather, made me start off the Giro tired and lacking in punch. When I saw that I wasn't in good enough form to compete well, all my ambition went and my mind turned to the Tour". Banesto decided to restructure the team and after Induráin's good performance the year before, there would be two leaders for this year's Tour, Pedro and the rider from Navarre.
Con la cabeza puesta más que nunca en el Tour de Francia comienza esta nueva temporada, decide como en el '88 ausentarse de la Vuelta a España y tomar la salida en el Giro de Italia. Una prueba que como en la vez anterior no logra un buen resultado, "muchos días seguidos de competición antes del Giro y el mal tiempo, me hizo llegar cansado y sin chispa a esta carrera y cuando vi que no tenía capacidad de realizar una buena carrera, la ambición desapareció también y mi mente comenzó a estar más en el Tour" .