After a fierce battle, the alien "Brain" creature that had apparently been guiding the entire invasion is located and killed. UFO activity declines to zero, and the remaining pockets of alien resistance prove to be disorganized and easy to defeat without the leadership of the " Brain".
Los soldados de X-COM llegan a la base en Cydonia. Tras una fiera batalla, el "Cerebro" alienígena, que, aparentemente, había estado dirigiendo la invasión, es encontrado y eliminado. La actividad OVNI desciende a cero y las células alienígenas restantes están desorganizadas, con lo que son derrotadas fácilmente.