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  茅子元是天台宗門下的弟子,崇慕慧遠白蓮社之遺風,又受天台宗派觀念的影響,因而改造了興於民間,成員關係鬆散的在家佛教“蓮社”,在庶民中組織起一有師承、有教義,倡導唸佛往生的社團。這個團體不但有出家弘法的僧人,也有在家信徒;並且,為使教法更普及於大眾,白蓮宗允許在家弟子從事吸納門徒、宣傳教法、化緣建佛堂等,按佛教傳統只能由僧人進行的活動,這樣便形成了僧、俗兩個傳法系統。這一組織架構是白蓮宗最大的特色,但也與佛教的傳統相對立,在實踐中產生了種種弊端,因此被佛教界所非議。  白蓮宗不殺生、不飲酒,禁食蔥乳,嚴守護生之戒,因此宗徒號稱「白蓮菜」,又稱「茹茅<unk>梨菜」。外人則稱之為「吃菜事魔」。茅子元去世後,有小茅<unk>梨繼承茅子元之教,使之盛行南方,由於出家僧眾對在家俗眾並無強制約束力,對冒稱白蓮道人觸犯刑法者,亦無從管制,又混雜民間信仰,因而日久漸生風俗壞亂之弊,“庶俗僭稱活佛如來,婦人擅號佛母大士”,妄談般若,亂說災祥。因此常被取締。也因此流傳不廣,故影響不大。  而後,在教義上,白蓮宗受到彌勒教影響,從崇奉極樂世界的阿彌陀佛改信奉兜率內院的「當來下生娑婆世界」的彌勒佛,以淨土宗的譬喻「火中生白蓮」為象徵,並混合了明教的內容。

  白蓮宗以彌勒佛將會來救世的傳說,作為號召,動輒宣稱彌勒佛下生,起兵造反,自然也開始反抗元朝統治。元世祖至元十七年(1280年)春,江西都昌縣杜萬一(又名杜可用)號稱“杜聖人”,以白蓮宗組織發動起事,後自稱「天王」,改元「萬乘」。這是白蓮宗誕生後策動的第一次民變;但因為白蓮宗與白蓮教在歷史上界定區分並不明確,因此也被認為是白蓮教第一次民變。  元武宗至大元年(1308年),因皇帝認為此等人物「有妻子,身已不清淨」,勅禁白蓮社。時有廬山東林寺普度(?—1330年),自承慧遠留下的千年正教,致力於復教運動,撰寫《廬山蓮宗寶鑑》10卷,闡明瞭子元所倡白蓮宗的真義,上奏朝廷。於是白蓮宗於元仁宗皇慶元年(1312年)得以復教。普度受命為教主,世稱優曇宗主。在宗教政策寬鬆白蓮教可以公開傳播時期,白蓮教宣揚“彌勒佛下生”、“明王出世”,其勢力滲透到河南、江淮和長江流域地區。但是,宗門的情弊仍未改善,復有社會反對分子潛入,故元英宗至治二年(1322年)後又遭禁斷。  此後該教的僧人漸漸遠離“白蓮宗”的名號,迴歸到正統佛教當中,而民間仍在繼續流傳,並進一步與彌勒教、白雲教、明教等相混合,稱為白蓮教,成為民間祕密宗教。泰定二年(1325年),河南息州白蓮教趙醜廝、郭菩薩宣傳「彌勒佛當有天下」,聚眾起事。元順帝至元三年(1337年),河南陳州白蓮教胡閏兒(棒胡)稱彌勒佛已經降生,聚眾燒香起事。順帝至元四年(1338年),江西袁州彭瑩玉、周子旺組織白蓮教起事。  順帝至正十一年(1351年),元朝政府強徵民夫堵塞黃河缺口,引發了全國規模的紅巾軍大起義,紅巾軍即與白蓮教有密切的關係,元末朱元璋依附“明教”起義,宣稱“黑暗即將過去,光明將要到來”,其實也受到白蓮教影響。至此,彌勒教正式融入白蓮教。

  元朝末年紅巾軍領袖,韓山童父子便是以家傳白蓮教聚眾起事,宣傳口號為“彌勒降生”、“明王出世”。後朱元璋亦以“明”為國號。朱元璋成為皇帝之後,知道白蓮教會對其帝國構成威脅,納李善長之議,多次取締白蓮教,《大明律》規定“為首者絞,從者各杖一百,流三千里。”明成祖永樂十八年二月(1420年)山東白蓮教女教首唐賽兒發動起義,旋即失敗。  成化十八年(1482年),山東即墨軍人羅思孚在北直隸創立了羅教,提倡「真空家鄉,無生父母」的教義,認為人終究必須回到「無生父母」的身邊,而「無生父母」成為最高階的主神。「無生父母」此一概念,演變為惟一的神「無生老母」,無生老母為白蓮教等等教派所接受,幾乎皆以「無生老母」為主神,並有三教合流的姿態,宣揚「無生老母」將派遣彌勒佛下凡拯救世人。  萬曆年間,有所謂的聞香教,“薊州人王森得妖狐異香,倡白蓮教,自稱聞香教主。其徒有大小傳頭及會主諸號,蔓延畿輔、山東、山西、河南、陝西、四川。森居灤州石佛座,徒黨輸金錢稱朝貢,飛竹籌報機事,一日數千裡。......四十二年,森復為有司所攝。越五歲,斃於獄。” 王森伏誅後,信徒山東鉅野的徐鴻儒、北直武邑的於弘志分別發動武裝叛亂,均遭明朝鎮壓。  萬曆十五年(1587年),都察院左都御史辛自修奏:“白蓮教、無為教、羅教,蔓引株連,流傳愈廣,蹤跡詭祕。北直隸、山東、河南頗眾。”,萬曆二十五年刑部侍郎呂坤奏稱:“白蓮結社,遍及四方,教主傳頭,所在成聚。倘有招呼之首,此其歸附之人。” 萬曆四十三年,白蓮教發展至高峰,“近日妖僧流道聚眾談經,醵錢輪會。一名涅槃教,一名紅封教,一名老子教。又有羅祖教、南無教、淨空教、悟明教、大成無為教,皆諱白蓮之名”。

  清兵入關統一中國後,白蓮教又與許多民間宗教融合,如老官齋、八卦教,其名目繁多,加上舊有支派,竟高達百餘種,教義更加蕪雜。清朝的白蓮教徒以反抗為己任,倡言“日月復來”,舉起反清復明的旗幟,從而遭到清朝鎮壓。  清順治、康熙、雍正、乾隆時期,白蓮教活動頻繁。到了乾隆後期,清朝國力開始下降,是白蓮教鼎盛時期,在東北和南方各省廣泛流行,其中又以大乘教流行最廣。乾隆三十九年(1774年)清水教徒王倫聚眾起義。  嘉慶年間白蓮教與地方人民結合,引發川楚教亂頗傷清朝國力,之後在嘉慶十八年 (1813年) 發生的天理教之亂是最後一次白蓮教名義的叛亂,之後逐漸消失於歷史。  光緒二十四年(1898年),山東義和團之扶清滅洋運動的主要團隊、有部分追溯起源於白蓮教的分支派八卦教。
白蓮教,是跨越多箇中國史上朝代的一個祕密民間宗教組織,發展過程中融入了包括彌勒教在內的其他組織的內容,但一般認為主源是源於宋高宗紹興三年(1133年),由茅子元創立的佛教淨土宗分支白蓮宗。因其教徒禁食蔥乳,受持五戒,不殺生不飲酒,其派神職人員不出家,多娶妻生子,常被視為附佛外道和邪教而遭朝廷查禁。白蓮教作為一個祕密民間宗教組織,在歷史上發動多次民變,屢次受到鎮壓。