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  出生於杜塞爾多夫本拉特宮。父親是普法爾茨選帝候,諾伊堡的普法爾茨伯爵和於利希-貝爾格公爵菲利普-威廉,母親是黑森-達姆施塔特的伊麗莎白·阿瑪莉。她的童年在諾伊堡度過。她最大的姐姐艾莉奧諾拉·瑪格達倫納是利奧波德一世的第三任妻子。  1685年5月,路易十四要求由奧爾良公爵繼承普法爾茨的領土,遭到了普法爾茨選帝候菲利普-威廉的拒絕。法軍於1688年揮兵進攻海德堡,挑起了普法爾茨繼承人戰爭,在1689年撤軍之前,摧毀了海德堡的大部分地區,以及另外20個城鎮和眾多村莊。法軍在1693年還入侵了萊茵蘭的大部分地區。這使瑪麗亞·安娜產生了厭法和親奧的情緒,是爾後被選為西班牙卡洛斯二世配偶的重要因素之一。

  卡洛斯二世的第一任妻子瑪麗·路易絲於1689年2月12日早逝,沒有留下子嗣。此時卡洛斯也變得更加病態。他需要再婚,否則哈布斯堡王朝將無人繼承。他的母親兼攝政王奧地利的瑪麗亞·安娜為他選擇了配偶——諾伊堡的瑪麗亞·安娜。1689年8月,他們通過代理人舉辦了代行婚禮,1690年5月在巴利亞多利德舉行了正式婚禮。  可以說,諾伊堡的瑪麗亞·安娜的大部分權力將源自作為未來君主母親的地位。然而,她最不願看到的事情還是發生了。由於哈布斯堡王朝近親結婚的緣故,卡洛斯二世身患多種遺傳病以及智障和癲癇。因此他的第二次婚姻也沒有留下孩子。最後的屍檢報告也證明,他只有萎縮的睪丸,毫無效能力。  當時的西班牙政治勢力分為親奧地利和親法國派系。其中,親法國派系由托萊多紅衣大主教路易斯·費爾南德斯·波託卡雷羅領導,而親奧派系則由攝政王奧地利的瑪麗亞·安娜領導,並實際控制著國家。1690年,西班牙加入了反法的奧格斯堡同盟,參與了九年戰爭,但這實際上是一個錯誤的決定:西班牙於1692年宣佈破產,而法國卻佔領了加泰羅尼亞的大部分地區。議會內部開始反對親奧政黨,卡洛斯也驅逐了瑪麗亞·安娜來自奧地利的隨從。  1696年,攝政王奧地利的瑪麗亞·安娜去世;1698年,卡洛斯二世病倒,他的死也就是遲早的事。10月11日,英國、法國和荷蘭簽署了“海牙條約”,又稱“第一次分割槽條約”,試圖解決西班牙和奧地利哈布斯堡王朝的繼承問題。承認巴伐利亞的約瑟夫·斐迪南親王為西班牙王位和除義大利以外西班牙領土的繼承人;法國得到西西里和那不勒斯,奧地利得到米蘭。約瑟夫·斐迪南是卡洛斯二世侄女奧地利的瑪麗亞·安東尼婭和丈夫馬克西米利安二世·埃曼努埃爾唯一的兒子。對於諾伊堡的瑪麗亞·安娜來說,這是一個可以接受的折衷方案。他和埃曼努埃爾都屬於維特爾斯巴赫王朝。西班牙皇室當然不想看到帝國分裂的那一天。1698年11月14日,卡洛斯二世公開了遺囑,將西班牙所有的完整領土全部留給巴伐利亞的約瑟夫·斐迪南。  1699年2月,斐迪南突然死亡,年僅6歲。1700年3月,法國,英國和荷蘭於簽訂了“倫敦條約”,又稱“第二次分割區條約”。承認卡爾大公為西班牙王位和除義大利以外西班牙領土的繼承人;法國得到西班牙在義大利的領土。卡洛斯二世在臨死前宣佈了最後的遺囑,指定安茹公爵腓力為繼承人,再次強調了西班牙殖民帝國不可分割的完整性。  1700年11月,卡洛斯二世去世,安茹公爵腓力於1700年11月16日成為西班牙國王。

  在腓力成為國王后,她被流放到托萊多,一直居住在托萊多城堡。1706年,卡爾大公重新佔領了托萊多。她熱情地歡迎了卡爾軍隊的到來,激怒了腓力五世。她又被流放到北巴斯克的巴約訥。在那裡,她有100多個隨從,每年的退休金約為5萬達克特,過著幾乎被人遺忘的生活。1739年才被允許返回西班牙,之後來到瓜達拉哈拉的因凡塔多宮。1740年7月16日在那裡去世,後來被埋葬在埃斯科里亞爾修道院。
諾伊堡的瑪麗亞·安娜(,,1667年-10月28日-1740年-7月16日)是西班牙哈布斯堡王朝的最後一位君主卡洛斯二世的第二任妻子,1689年至1700年的西班牙王后。