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  水俁病實際為有機水銀中毒,分為急性、亞急性、慢性、潛在性和胎兒性等多種型別。患者手足麻痺,甚至步行困難、運動障礙、失智、聽力及言語障礙;重者例如痙攣、神經錯亂,最後死亡,至今仍無有效的治療法。  發病起三個月內約有半數重症者死亡,孕婦和胎兒亦會受到影響。

  1932年,窒素株式會社(窒素即氮,該公司於2012年改名為「新日本窒素肥料」)於水俁工場生產氯乙烯與醋酸乙烯,其製程中需要使用含汞的催化劑。由於該工廠任意排放廢水,這些含汞的劇毒物質流入成海,被水中生物所食用,並轉成甲基氯汞(化學式CHHgCl)與二甲汞(化學式(CH)Hg)等有機汞化合物。  當人類捕食海中生物後,甲基汞等有機汞化合物通過魚蝦進入人體,被腸胃吸收,侵害腦部和身體其他部分,造成生物累積。

  1950年,有大量的海魚成群在水俁灣海面游泳,任人網捕,海面上常見死魚、海鳥屍體,水俁市的漁獲量開始銳減。1952年,水俁當地許多貓只出現不尋常現象,走路顛顛跌跌,甚至發足狂奔,當地居民稱「貓舞蹈病」,或直接稱為「怪病」。1953年1月有貓發瘋跳海自殺,但當時尚未引起注意,一年內,投海自殺的貓總數達五萬多隻。接著,狗、豬也發生了類似的發瘋情形。1956年4月21日,人類亦被確認發生同樣的症例,來自入江村的小女孩田中靜子成為第一位患病者,被送至窒素公司(,「窒素」是指氮)附屬醫院,病況急速惡化,一個月後雙眼失明,全身性痙攣,不久死亡。死者二歲的妹妹也罹患相同的病症,不久又發現許多村民都有問題。這些人開始只是口齒不清,走路不穩,最後高聲大叫而死。醫師細川一認為事態嚴重,向官方提出正式報告。當中的患者多為漁民家庭出身,1956年8月日本學者發現水俁灣海水中有汙染物質,研究人員偵察的矛頭指向窒素公司。這種怪病被稱為「水俁奇病」。此事造成水俁近海魚貝類市場價值一落千丈,水俁居民由於陷入貧困,反而大量食用有毒的魚貝,使得災情擴大。鎮有4萬居民,先後有1萬人不同程度的患有此種病狀。1957年8月水俁病患者家庭互助會成立。  1959年,熊本大學醫學部水俁病研究班發表研究報告,指出水俁病原因為當地窒素工場所排出的有機水銀,1932至1968年間有數百噸的汞被排入水俁灣。1959年底,漁民開始向窒素公司進行示威抗議。1960年正式將「甲基汞中毒」所引起的工業公害病,定名為「水俁病」。然而,新日本窒素肥料立即否認此說,窒素公司認為:它只用金屬汞,不用甲基汞,因此,不可能是水俁病的來源。工廠對事件處理相當消極,不但沒有停止排放汙水,還企圖掩蓋真相,阻撓相關的調查研究,甚至買通打手,以暴力嚇阻。美國攝影師尤金·史密斯即被日本窒素公司所僱的暴民毆打,以至一目失明。日本政府於1968年左右乃確認兩者之間的關係,但這樣的遲誤已造成災害擴大。  1966年新潟又爆發水俁病,史稱「第二水俁病」,這次的禍首昭和電工仍企圖逃避責任,但新潟市民對昭和公司不負責任的態度極為不滿,展開激烈的示威抗爭。1967年新潟市民正式向法院提出控訴。纏訟數年之後,1971年法院終於做成判決,昭和公司敗訴,要負賠償責任,新潟的受害者又主動與水俁市的苦主聯手向法院控告窒素公司。1973年,法院判決窒素公司必須立即付出相當於3200萬美元的賠償金,被認確為水俁病的患者,可從政府及新日本窒素肥料取得相關醫療費用。兩年內窒素公司一共賠出了八仟萬美元。由於病情認定是由政府處理,也產生是否涉入政治的疑問及批判。  該事件被認為是一起重大的工業災難。1997年10月,由官方所認定的受害者高達12,615人,當中有1,246人已死亡。
水俁病(),為公害病的一種,成因為汞中毒。1956年左右於熊本縣水俁市附近發生,經確認後依地得名。不久,於新潟縣發現的新公害病亦稱為水俁病。其區別為:前者稱熊本水俁病;後者則為第二水俁病或新潟水俁病。