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  與其他大部分真核生物不同,纖毛蟲有兩種大小不同的核,一種是二倍體的小核,負責基因重組;另一種是多倍體的大核,負責一般細胞調控。

  食物通過胞吞作用,經過胞口胞嚥進入食物泡,通過溶酶體分解使其顆粒變小,能通過膜擴散入細胞質中,殘留在食物泡中的物質在胞肛處以胞吐作用排出。 大多數纖毛蟲也具有一個或多個突出的收縮泡,收集和排出水以維持細胞內滲透壓,以及維持離子平衡。在某些屬中(如草履蟲),收縮泡有著明顯的星狀造型,每個星芒都是一個收集管。

  纖毛蟲都可以進行無性繁殖和有性繁殖。無性繁殖二分裂方式進行,小核發生有絲分裂,大核伸長並分為兩半,然後該細胞一分為二。兩個新細胞各獲得一個大核和一個小核。 與此相反,有性繁殖涉及兩個不同交配型(類似性別,但也存在兩個以上的交配型)個體之間的結合和遺傳物質的交換,這往往發生在食物短缺的時候。

  “纖毛蟲門”分為兩個亞門:

  "Genus Cryptocaryon"(但WoRMS認為屬於前口綱前管蟲目裸口蟲科,只有 "Cryptocaryon irritans" 一個物種。)
纖毛蟲是纖毛蟲門(學名:)生物的通稱,是一類較複雜的原生動物,主要特點是以纖毛作為運動器,細胞核一般分化出大核(營養)、小核(生殖)、攝食胞器等,無性生殖為橫二分裂,有性生殖為接合生殖,生活在淡水或海水中,也有寄生的。代表生物有草履蟲,小瓜蟲等。