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  現在的研究所始建於1956年,時稱中國科學院武漢微生物研究室。  1956年6月5日,中國科學院決定同武漢大學、華中農學院合作在武漢建立一個微生物研究室。該研究室的籌備工作由武漢大學教務長、微生物教研組主任高尚蔭主持。研究室分下列四個組進行研究工作: 1961年11月更名為中國科學院中南微生物研究所。1962年10月更名為武漢微生物研究所。1966年中國科學院的地方分院撤消後歸屬湖北省科委領導,更名為湖北微生物研究所。1978年科技大會前回歸中國科學院,更名為中國科學院武漢病毒所。

  

  2020年4月,諾貝爾醫學獎得主、艾滋病病毒發現者呂克·蒙塔尼耶接受法國醫學媒體採訪時表示,他們用數學模式對病毒基因研究得出的結果,確認了印度學者提出的新冠病毒帶有艾滋病基因的發現。他認為該病毒上所具有的艾滋病病毒基因只有可能是在實驗室實現,其傳播是中國武漢病毒研究所在開發艾滋病疫苗時意外洩露所導致。 然而,BBC新聞反駁此說,認為並無根據。
中國科學院武漢病毒研究所建於1956年,是從事病毒學基礎研究及相關技術創新的綜合性研究機構。同時擁有P4生物實驗室。截止2016年12月,研究所共有在職職工266人(科研崗位189人);在讀研究生253人(博士生124人,碩士生129人);擁有博士後流動站1個、二級學科博士點2個、二級學科碩士點2個、專業碩士點1個。