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  自從索馬利亞原政府在1991年被推翻後,一些奉行沙里亞法規的伊斯蘭法庭逐漸成為當地主要的司法系統。後來這些法庭開始提供其它服務,例如教育及醫療。它們也擔當地方警察,經費來自當地商人的繳費。伊斯蘭法庭除了負責制止劫案及打擊毒品交易外,也禁止當地電影院播放被它們認為是色情的電影。索馬利亞人口幾乎全是穆斯林,這些措施為伊斯蘭法庭取得不少民眾的支援。有些伊斯蘭法庭開始尋求互相合作,逐漸發展為民兵組織「聯合伊斯蘭法庭」。

  經過數星期戰鬥後,該組織於2006年6月擊敗美國支援的軍閥聯盟,攻佔了首都摩加迪沙,到9月已控制了索馬利亞中部及南部大部分地區。  有報道稱該組織得到沙烏地阿拉伯的暗中支援。  2006年12月,衣索比亞開始大規模介入索馬利亞內戰,派出大批士兵進入索馬利亞境內,並出動空軍助戰,支援索馬利亞過渡政府反擊聯合伊斯蘭法庭,後者節節敗退,在12月28日放棄摩加迪沙,在2007年1月初基本上已失去全部佔領區,然而外界相信聯合伊斯蘭法庭沒有完全被瓦解,只是化整為零。  該組織被指與恐怖份子有關,美國海軍曾利用巡航導彈襲擊他們的據點。

  失去佔領區後,ICU發生分裂,強硬派繼續堅持武裝鬥爭,成立了諸如伊斯蘭青年黨(Al-Shabaab)和伊斯蘭黨(Hizbul Islam)等組織,在索馬利亞南部和西部繼續作戰,逐漸恢復戰力,並在2009年重新攻入摩加迪沙。  同時,較為溫和的部分ICU人員在謝赫·謝里夫·謝赫·艾哈邁德等人的領導下,在鄰國厄利垂亞成立索馬利亞再解放聯盟。2008年,謝赫·謝里夫·謝赫·艾哈邁德決定與索馬利亞臨時政府展開和談,遭到索馬利亞再次解放聯盟中部分強硬派的反對,被開除出黨。2009年初,謝赫·謝里夫·謝赫·艾哈邁德當選索馬利亞臨時總統。
伊斯蘭法庭聯盟(,,英語:Islamic Courts Union,縮寫:ICU),或譯聯合伊斯蘭法庭、伊斯蘭法院聯盟,是東非國家索馬利亞的一個泛部族武裝組織,與當時得到國際普遍承認的索馬利亞過渡政府對立。