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  在1570年第三次法國宗教戰爭後,出現過和平的可能。天主教主戰鷹派代表吉斯家族在宮廷裡失寵,取而代之的是主張以和平方式解決問題的溫和派天主教徒。由於1570年8月簽訂的聖日耳曼和平敕令,結盟宗新教勢力獲得了強大的軍事優勢。他們控制加固的城鎮拉羅歇爾、拉夏裡泰、科尼亞克和蒙託邦。凱瑟琳太后希望通過策略婚姻取得和平,曾提議她的兒子安茹公爵(即後來的國王亨利三世)和英格蘭女王伊麗莎白一世聯姻。  但是和平的希望終於1571年被粉碎。魯昂三月的一個星期天,在天主教徒遊行期間,40個結盟宗信徒因為拒絕向聖體下跪而被當成異端殺害。由此結盟宗信徒和天主教徒的關係惡化。  吉斯派系被排斥出宮廷。而結盟宗領袖科利尼提督在1571年9月被參議院重新接納。除了因新舊教鬥爭外,吉斯家族對科利尼亦因家族血債私仇而恨之入骨—後者被認為有份參與於1563年對第二代吉斯公爵弗朗索瓦·德·洛林的暗殺。  天主教徒於哈布斯堡皇朝一代名將奧地利的唐胡安統領之下,於1571年勒班陀戰役中全殲鄂圖曼帝國海軍,同時亦向基督教世界展示哈布斯堡皇帝腓力二世領導天主教崛起稱霸的決心。同時,在低地戰線的八十年戰爭中,尼德蘭叛軍海上乞丐連連報捷,於1562年4月控制布里勒(靠近鹿特丹的小鎮),進而趨向控制整個尼德蘭。這亦在新舊教分裂的法國國內構成壓力,天主教勢力視尼德蘭為大逆不道的叛軍反賊,主張與西班牙聯手鎮壓或袖手旁觀西班牙剿滅叛軍;而新教勢力卻視尼德蘭為反抗哈布斯堡天主教霸權壓迫的友邦義士,主張法國增援尼德蘭義軍以對抗西班牙。作為新教徒領袖的科利尼提督,自然支援出兵支援尼德蘭,而這亦有可能令法國對西歐天主教友邦西班牙兵戎相見。  為減輕新教徒和天主教徒的敵意(其代表分別為波旁家族和吉斯家族),凱瑟琳太后安排波旁家族的繼承人亨利·波旁(結盟宗的領袖)與其幼女、法國國王查理九世之妹瑪格麗特公主共偕連理。婚禮給予了將結盟宗最重要的人聚集在一個地方的機會。  凱瑟琳王太后作為出身天主教名門美第奇家族的虔誠教徒,眼見其子查理九世即將聽從科利尼提督諫言,出兵援助尼德蘭對抗西班牙,自然對與天主教盟主西班牙開戰極度反感,加上其認為與西班牙此等強國開戰是拿法國的國運冒險,決心誅除科利尼和準備參戰的胡格諾教徒。  凱瑟琳在執行屠殺前必須說服王兒查理九世,但這並非易事,因德科利尼本人為法王的密友。查理九世在漫長的爭論中激動到掌摑他的母親,但他最終還是決定執行屠殺,而且因憂慮報復的緣故下令斬草除根,以免除後患。

  1572年,在亨利·波旁和瑪格麗特·德·瓦盧瓦的婚禮後發生一系列有內在關聯的事件。8月22日凱瑟琳·德·美第奇指使天主教徒刺殺巴黎結盟宗的領袖,海軍將軍科利尼。但是僅僅使他受了傷。這次行動激怒了結盟宗。在8月24日聖巴託羅繆日黎明前的幾個小時,科利尼和其他的12個結盟宗領袖在巴黎被暗殺,這一系列的暗殺只可能是由高層策劃的,同時這也是普遍屠殺的訊號。8月24日到9月17日,巴黎的暴徒自發的掀起了屠殺結盟宗信徒的浪潮。  從8月到10月,屠殺結盟宗信徒的行動擴散到其他的城鎮。圖盧茲、波爾多、里昂、布林日、魯昂、和奧爾良都被波及。在安茹,屠殺在蒙索羅男爵的主持下展開,很快借索米爾擴散到整片區域。現在估計死傷者在五千人至三萬人之間。  教皇額我略十三世當選教皇的過程依賴西班牙相助,對此非常高興。教皇委託藝術家喬爾喬·瓦薩里在薩拉雷吉亞畫三幅壁畫,描繪了科利尼的死亡。大屠殺被解釋為神聖報復的行為;科利尼被認為是對基督教世界的威脅。隨著事件性質逐漸為人所知,教皇的疑慮也隨之增加。教皇譴責了這次屠殺行徑,並且拒絕接見凶手。  1997年8月23日,屠殺紀念日前夕,教宗若望保祿二世發表簡短的道歉啟示,承認“基督徒作的事,福音在審判”。

  大仲馬在1845年根據這段歷史並結合了浪漫和冒險的元素寫了《瑪歌王后》(法文:"La Reine Margot")。1994年上映的同名電影取得商業上的成功。  好萊塢早期著名導演大衛·格里菲斯的史詩鉅作《黨同伐異》(1916年)也描述了這次屠殺。
聖巴多羅買大屠殺(),又稱聖巴多羅買之夜、聖巴託羅繆節大屠殺,發生於1572年法國宗教戰爭期間,由宮廷內部針對新教結盟宗新教徒(又稱雨格諾派、胡格諾派,屬於法國加爾文歸正主義)領袖的刺殺行動引發,之後發生天主教徒針對結盟宗新教徒的暴動。傳統上認為此事件是由查理九世的母后凱瑟琳·德·美第奇煽動。屠殺發生於國王的妹妹瑪格麗特·德·瓦盧瓦與新教徒亨利·波旁(未來的亨利四世)婚禮的五天之後。這場婚姻導致了絕大部分眾多最有權勢、最富有的結盟宗人物在以天主教徒為主的巴黎聚集,成為了天主教徒將其集體清洗的契機。