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  法蘭西斯科出生後5天即在本城主教座堂由總主教施洗,前神聖羅馬帝國皇帝、奧地利皇帝弗朗茨一世是他的教父,但由法蘭西斯科的叔父斐迪南代理。  1824年1月10日,法蘭西斯科的外祖父撒丁尼亞前國王維托裡奧·埃馬努埃萊一世去世,瑪麗亞·碧翠絲繼承了他對不列顛的權利,被詹姆斯黨人奉為王,法蘭西斯科也因而被他們稱為“英格蘭、蘇格蘭、法蘭西和愛爾蘭的弗朗西斯王子,康沃爾和羅撒西公爵,卡里克伯爵,倫弗魯男爵,列島領主,蘇格蘭親王和上議院特別刑事審判長”。  1826年,法蘭西斯科四世任克萊門特·科羅尼尼伯爵為兒子的教師,由後來成為卡皮和雷焦艾米利亞主教的唐·皮耶特羅·拉菲利輔助。1829年,厄內斯特·格蘭男爵成為小法蘭西斯科的新教師。  1836年9月15日,法蘭西斯科成為奧地利金羊毛騎士團的一員,1839年獲得尼德蘭之獅勳位的大綬勳章。  1840年法蘭西斯科的母親去世後,法蘭西斯科被詹姆斯黨認為是英格蘭、蘇格蘭和愛爾蘭的王位繼承人“弗朗西斯一世”。他死後,弟弟的女兒奧地利-埃斯特的瑪麗亞·特雷西亞成為了詹姆斯黨繼承人。  1841年,法蘭西斯科又獲得薩伏伊至聖報喜勳位大鏈章。  1842年3月30日,法蘭西斯科在慕尼黑王宮娶巴伐利亞國王路德維希一世和薩克森-希爾德堡豪森的特麗莎公主夫婦的第三女阿德爾岡德為妻。慕尼黑-弗萊興總主教主持了他們的婚配聖事。他們只有一個孩子安妮·碧翠絲公主(1848年10月19日生於博爾察諾的格里斯 - 1849年7月8日卒於摩德納)。  1846年1月21日,法蘭西斯科四世去世,法蘭西斯科繼承了他,成為摩德納公爵。作為哈布斯堡-洛林王朝的幼支後裔,他從出生起就擁有奧地利大公、匈牙利和波希米亞王室親王的頭銜,還從父親處繼承了雷焦艾米利亞公爵、米蘭多拉公爵、馬薩公爵、卡拉拉和盧尼吉亞納親王的頭銜。  1847年12月18日,和法蘭西斯科同一個曾祖父的法國皇后瑪麗·路易莎去世,法蘭西斯科又繼承了她成為瓜斯塔拉公爵。  在1848年的革命浪潮中,法蘭西斯科雖然召來奧地利軍隊保護自己,但仍然為起事者所迫逃離摩德納,次年被奧地利軍隊復立。他起初表現得寬容,但當有人刺殺他後,他又恢復了暴政。  1855年,法蘭西斯科創立了埃斯特之鷹勳章,自封為首領。  1859年,法軍和皮德蒙特軍隊入侵摩德納公國。在馬真塔戰役中,奧地利戰敗,被奧地利保護的法蘭西斯科也於6月14日撤離摩德納。1860年3月18日,在撒丁尼亞國王維托裡奧·埃馬努埃萊二世敕令下,摩德納併入新成立的義大利王國。3月22日,法蘭西斯科對此表示抗議。  1860年後,法蘭西斯科在維也納退隱,住在摩德納宮。他在巴伐利亞的威爾登瓦爾特城堡也保有一處夏季定居點。他大部分時間在奧地利度過,偶爾旅行,1864年到過中東地區。  1861年3月7日,英國事實上的財政大臣威廉·格萊斯頓在下院言語攻擊法蘭西斯科。德比勳爵和諾曼比侯爵康斯坦丁·菲普斯證明對法蘭西斯科的攻擊是完全錯誤的。  1875年11月20日,法蘭西斯科在維也納去世,他的龐大產業大多留給了他的本家侄孫、後來的奧地利-埃斯特大公弗朗茨·斐迪南。他的遺體葬於維也納嘉布遣會教堂。摩德納公爵的頭銜自此以後被兩個家族持有,一是奧地利-埃斯特家族,二是法蘭西斯科五世的姪女婿巴伐利亞國王路德維希三世及其後代。

  根據一份罕見的筆記,法蘭西斯科和祖父也是曾外祖父奧地利-埃斯特的斐迪南同一天生日。
摩德納、雷焦和瓜斯塔拉公爵法蘭西斯科五世,奧地利-埃斯特大公、匈牙利和波希米亞王室親王、摩德納、雷焦和米蘭多拉公爵、瓜斯塔拉公爵、馬薩公爵、卡拉拉親王,法蘭西斯科·費迪南多·傑米尼亞諾·馮·哈布斯堡-洛林(1819年-6月1日-1875年-11月20日),是一位執政親王。自1847年起是摩德納、雷焦和米蘭多拉公爵、瓜斯塔拉公爵,1846年至1859年間是馬薩公爵和卡拉拉親王。他的父母是摩德納公爵法蘭西斯科四世和薩伏伊公主瑪麗亞·碧翠絲。他是摩德納公國被併入義大利王國前最後的在任公爵。