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  在早期的分類裡,裸子植物被認為是一個「自然」的群體。但是,一些化石的發現猜測被子植物可能演化自一裸子植物的祖先,這將使得裸子植物形成一個並系群,若將所有滅絕的物種都考慮進來的話。現代的親緣分支分類法只接受單系群的分類,可追溯至一共同的祖先,且包含著此一共同祖先的所有後代。因此,雖然「裸子植物」一詞依然廣泛地被使用來指非被子植物的其他種子植物,但之前一度被視為裸子植物的植物物種一般都被分至五個類群中,以讓植物界內的門都有著相同的階層。  考慮其他已滅絕的裸子植物,現存物種的分子種系發生學已和其對於開花植物是組成一單系群或並系群的形態類別相沖突。而還在爭議上的還有,買麻藤門會是被子植物的旁支,亦或是其他已滅絕的裸子植物之旁支,或同源。
裸子植物(學名:)是指種子植物中,胚珠在一開放的孢子葉上邊緣或葉面的植物,孢子葉通常會排列成圓椎的形狀。裸子植物共有5個門約14科88屬超過一千種,種子植物的另一主要類群為被子植物,而胚珠則是在心皮(一個邊緣相接的胞子葉)內。裸子植物這個名稱源自希臘語「」,意指「裸露的種子」,因為裸子植物的胚珠外圍沒有子房壁保護,故稱做裸子植物。