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  1979年4月2日,歐盟通過《棲息地指令》(79/409/EEC),要求成員國採取必要措施,保護各自領土範圍內的野生鳥類(格陵蘭島除外)。  1992年5月21日,歐盟通過《鳥類指令》(92/43/EEC),正式建立Natura 2000自然棲息地和野生動植物群保護網路,並要求各成員國指定各自國家的特別保護區。  歐盟原計劃讓各成員國在2004年6月完成並提交保護區名單,然而隨著一些歐盟新成員國的加入,保護區的認定和管理工作變得更加繁重,驗收時間也一再推遲;而波蘭等國甚至不嚴格遵守規定,受到了歐盟委員會的嚴重警告。  2011年,為方便各成員國對保護區的進一步管理,歐盟啟動了Natura 2000生物地理計劃。它將歐盟領土範圍劃分為9個生物地理學區域。

  Natura 2000保護區網路在歐盟公民中的知名度不高。根據2013年的調查,只有11%的人知道有這回事。為了提高公眾對該網路和生物多樣性的認識,歐盟將每年的5月21日指定為Natura 2000日。其倡議來自西班牙鳥類學會,日期剛好設在5月22日“國際生物多樣性日”之前。  首屆節日活動在2013年5月21日開展,之後每年的5月21日及之前的幾周,歐洲各地都會開展各種活動。在2014年,歐盟鼓勵各地的孩子們和政治家做出蝴蝶手勢,並在釋出在社交媒體上,以提高公眾對Natura 2000網路的認識。  2013年,歐盟還設立了The Natura 2000獎,以表彰成員國中對保護區建設管理、國際交流以及社會經濟做出突出貢獻的團體。

  保護區的認定工作並非進行得一帆風順,而許多已經認定的保護區也仍缺乏相應的管理計劃。與此同時,它也受到了來自商人、農民及政客等多方人士的批評,他們擔心棲息地保護計劃會阻礙經濟發展。  在西班牙,為了保護卡塞雷斯省西北部的沼澤,巴爾德卡尼亞斯新建的度假設施被宣佈非法;為了保護海藻,加那利群島高階法院無限期停止了格拉納迪利亞港口的建設工程。2017年,在保加利亞黑海沿岸地區,由於缺乏事前溝通,一些正在建設的風力發動機和高爾夫球場的土地所有者收到了來自歐盟的土地禁用警告和罰金要求。當地人民隨即舉行了對歐盟的抗議示威活動。  Natura 2000保護區的範圍和性質也飽受爭議。大部分的保護區為森林,有的甚至設在城市地區。2009年,有歐洲議會議員呼籲應該更加註重歐洲荒野地區的保護,歐盟委員會在之後對相關政策進行了調整。

  底,Natura 2000覆蓋的範圍已達到歐盟各成員國海陸總面積的18.2%,其中共有鳥類特殊保護地5616個,總面積756,142平方公里;特別保護區24127個,總面積1,049,871平方公里。
Natura 2000,是歐洲聯盟提出並建立的自然保護區網路。該保護區網路主要由“特別保護區”(SACs)和“特殊保護地”(SPAs)兩部分組成。其中“特別保護區”是《棲息地指令》中由成員國共同認定的保護區,而“特殊保護地”則是《鳥類指令》中被認定的保護地。