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  1181年初,源賴朝的政敵平清盛去世,賴朝堂親源義仲於1182年7月入洛(進駐京都),後白河法皇倚重賴朝,引起義仲不滿,賴朝派其弟源義經討伐義仲。  1184年,義仲戰死,賴朝入洛,並消滅平氏一族於瀨戶內海。  1185年10月,後白河法皇命令源義經討伐源賴朝,事情被賴朝察覺,經過交戰義經兵敗逃亡至奧州,並於1189年自盡。1192年3月,後白河法皇去世,貴族勢力衰落,親賴朝的九條兼實控制朝廷,7月,後鳥羽天皇正式冊封賴朝為“徵夷大將軍”。

  1199年正月,源賴朝去世,其子賴家即將軍位。由於源賴家缺乏統治御家人的能力,又依靠外戚比企氏,引起有力御家人北條氏的不滿。1203年,北條政子與北條時政共同廢黜了賴家,擁立實朝為將軍,北條氏自稱“執權”。1219年,北條義時唆使賴家遺子公曉暗殺實朝,隨後藉此殺害公曉,源氏家族絕嗣,北條政子成為最高統治者,並擁立與源氏有血緣關係的藤原賴經為將軍。  1221年,朝廷集結武士和畿內寺院僧兵,討伐北條氏,史稱承久之亂,但以失敗告終,後鳥羽上皇院政被廢止,後鳥羽、土御門、順德三位上皇被流放。承久之亂後,公家政權開始衰落,武士階層得到了前所未有的發展。北條時政去世後,政權逐步集中到北條泰時一人手中。1232年,北條氏制定了一部武士重要的法規《御成敗式目》,作為武士裁判的準則。

  文永十一年(1274年),忽必烈派蒙古軍、高麗聯軍3.3萬餘人,由朝鮮半島進攻日本,元日戰爭正式爆發,史稱“文永之役”,不料遭遇暴風雨天氣,蒙古軍死傷慘重,罷兵回國。弘安四年(1281年),忽必烈發動第二次侵日戰爭,史稱“弘安之役”,不料再次遇到暴風雨。蒙古的侵略,使鎌倉幕府背上了沉重的財政包袱,無力給予御家人土地和金錢上的賞賜,幕府與武士之間的關係日漸鬆懈,反抗幕府統治的實力逐漸形成。北條時賴執政時期,專制加強,家臣的“御內人”和被稱為“外樣”的一般御家人矛盾凸顯,北條時宗去世後,御內人代表平賴綱與外樣代表安達泰盛產生衝突,安達泰盛一族被全殲,史稱“霜月騷動”。此後,鎌倉幕府統治基礎御家人制度逐步瓦解,鎌倉幕府統治面臨崩潰。

  1318年,後醍醐天皇即位,決心恢復皇室權威,廢黜院政,開始親征。正中元年(1324年),後醍醐天皇密謀倒幕,但計劃被幕府得知,主要大臣遭到流放,第一次倒幕運動失敗,史稱「正中之變」。1331年,後醍醐天皇再次密謀倒幕,倒幕軍被幕府軍打敗,史稱「元弘之亂」,後醍醐天皇被流放,第二次倒幕運動失敗。  元弘之亂後,近畿、東國為首的各地武士和農民的倒幕運動此起彼伏。1333年,各地豪族都開始倒幕,幕府派足利高氏前去平亂,足利高氏早已不滿北條氏專制政權,途中倒戈,攻下了鎌倉,最後一代執權北條高時自殺,鎌倉幕府滅亡。

  鎌倉時代是以鎌倉為全國政治中心的武家政權時代。  幕府最初實行將軍獨裁統治,三代以後權力轉歸北條氏之手。承久之亂後,北條氏的合議制執權政治達於全盛。1232年(貞永元年),北條泰時制訂法典《御成敗式目》──最初僅適用於武家內部,後來適用於全國。鎌倉政權(幕府)與京都政權(朝廷)並存,實行二元統治。幕府通過守護、地頭掌握全國軍、警權;朝廷(院)通過國司掌握全國一般行政權。起初勢均力敵。承久之亂後朝廷被置於幕府經常嚴密監視之下,院政有名無實,二元統治實質走向一元化。  1274年(文永十一年)、1281年(弘安四年)在幕府執權北條時宗的領導下取得兩次反元侵略戰爭的勝利,而戰後受貨幣經濟影響,無法恩賞抗元官兵,導致御家人的貧困與御家人制度的解體。北條氏實行一族獨裁,加深御家人和非御家人武士的反感。地方武士和農民的聯合武裝團體到處進行反幕活動。幕府由盛轉衰。後醍醐天皇乘機發動正中之變與元弘之變。倒幕號召得到各地武士響應。1333年5月新田義貞攻陷鎌倉,幕府滅亡。  鎌倉時代被認為是日本封建時代的開始階段,也有人認為它是日本封建制度從貴族領主制形態向武士領主制形態演變的第一階段。

  在北條時宗在位的時候,元世祖忽必烈曾兩次侵日未果。
鎌倉時代(1192年-1333年),是日本歷史中以鎌倉為全國政治中心的武家政權時代。始於1192年(建久三年)鎌倉幕府成立,終於1333年(正慶二年,元弘三年)幕府滅亡,經歷141年。