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  作為一位狂熱的羅馬天主教會擁護者,1560年代,腓力二世基於宗教與利益因素,決議侵擾帶有新教色彩的英國皇室政權。天主教會拒絕承認信奉新教的伊麗莎白一世為合法的英國君權,而伊麗莎白也以出席英國國教會宗教儀式作為對天主教會的反擊,並下令禁止進行彌撒或誦其經文。英國同時著手於扶持新教在荷蘭的勢力,此舉更使西班牙政權對英的敵意日益高漲。  於是,伊麗莎白的表侄女蘇格蘭女王瑪麗一世因信仰天主教,而被腓力二世與天主教會認定是正統英國女王。1567年,瑪麗因貴族叛變而遭到囚禁,並被迫將蘇格蘭王位讓給她的幼子詹姆斯。驚險逃脫後,她迅速逃往英格蘭,卻又被伊麗莎白囚禁。此後直至瑪麗過世的二十年間,伊麗莎白與詹姆斯的敵對者仍然不停地籌計將瑪麗推上英蘇二國的寶座。  英國在西班牙大陸美洲及大西洋的私掠行為(西班牙視其為海盜)嚴重影響西班牙的王室收入。英國的跨大西洋奴隸貿易——由約翰·霍金斯爵士於1562年發起——獲得伊麗莎白的支援,無視於西班牙政府的控訴,指霍金斯在加勒比地區西屬殖民地的貿易實已構成走私。  1568年9月,一支由霍金斯與法蘭西斯·德瑞克爵士領導的奴隸買賣遠征隊遭到西班牙突擊,造成數艘船艦於墨西哥韋拉克魯斯沉船,即聖胡安戰役。這場交戰使英西二國關係迅速惡化,翌年英國便扣押了數艘西班牙派遣至荷蘭支援軍隊的珍寶艦隊。德瑞克與霍金斯則加強私掠以突破西班牙在大西洋貿易的壟斷。  為達成宣揚新教的人生宗旨,伊麗莎白提供法國宗教戰爭與荷蘭革命的新教勢力援助、對抗西班牙政權。與此同時,腓力二世大力壓制新教的傳播,資助法國戰爭的天主教聯盟、支援愛爾蘭的第二次德斯蒙德戰爭(1579年-1583年),擁護愛爾蘭天主教徒反抗伊麗莎白。  1585年,伊麗莎白與荷蘭簽訂楠薩奇條約,同意供予人力、馬匹與津貼。腓力二世將此視為伊麗莎白對西班牙政府宣戰。

  戰爭於1585年爆發。德瑞克駛往西印度群島,在聖多明哥、卡塔赫納、佛羅里達州的聖奧古斯丁進行劫掠。英國投入八十年戰爭,站在早先宣佈脫離西班牙統治而獨立的荷蘭新教聯邦(即尼德蘭聯邦)一方。腓力二世決議入侵英國,但1587年4月德瑞克炸燬37艘在加的斯港口的西班牙船艦後計劃受阻。同年,2月8日處決蘇格蘭女王瑪麗一世觸怒了歐洲的天主教徒,她的英國王權則(出於瑪麗個人意願)傳交予腓力二世。7月29日,腓力二世獲得教皇認同推翻伊麗莎白;庇護五世將伊麗莎白逐出教會,並安排任意人選接掌英國王權。
英西戰爭(英語:Anglo-Spanish War,)(1585年–1604年)是西班牙王國與英格蘭王國之間未經正式宣戰的斷續性衝突。英西戰爭系由多場大範圍戰役組成,起於1585年英格蘭在萊斯特伯爵指揮下遠征荷蘭、擁護荷蘭議會抵抗哈布斯堡王朝的統治。