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  20世紀初,“賢者”(Philosophers)組織成立,後籌集了一筆數額龐大的資金,“賢者的遺產”(Philosophers' Legacy)。  1942年8月,美國陸軍技術總部曼哈頓計劃開始,宅代(Otacon)的祖父被安排參與此計劃,實驗卻使得自己的兒子也就是宅代的父親休伊(Huey)雙腿殘廢。同年傳說中的戰士「The Boss」成立眼鏡蛇(Cobra)部隊,1947年該部隊解散。  1950年,約翰(John)也就是後來的「Big Boss」成為「The Boss」的學生。  1960年,索可洛夫博士在OKB-754研究所開始進行代號為“Shagohod”的研究。  1962年,古巴導彈危機發生。The Boss在Tselinoyarsk的任務中被迫殺死他過去的情人The Sorrow。  1963年,電影《第三集中營》上映(該片與《合金裝備3》劇情有關)。

  CIA為應付冷戰時期的形勢需要,組建一支以單獨潛入手段完成特殊任務的作戰部隊,該部隊命名為FOX小隊。表面上作為該部隊的實戰試驗,FOX參與貞潔任務。  1964年8月24日貞潔任務開始。作為FOX小隊的一員,化名為裸蛇(Naked Snake)的John(CIA時改稱Jack)在湯姆上校(Major Tom)指揮下潛入Tselinoyarsk救援索可洛夫(Sokolov)。索可洛夫是蘇聯的科學家,研發了名為Shagohod的祕密武器卻害怕它的力量,打算轉投美國。裸蛇在行動中初次認識奧塞羅特(Ocelot)。裸蛇救出了索可洛夫,撤退途中索可洛夫卻被The Boss搶去,裸蛇不敵被推下懸崖。眼鏡蛇(Cobra)小隊成員重聚,作為移動的導彈發射裝置開發出來的Shagohod被沃爾金上校(Volgin)用直升機運走,沃爾金卻以The Boss送來的無後座力核彈發射裝置發射了一枚美國製核彈以致事態變得嚴重。  8月30日食蛇者作戰(Operation Snake Eater)開始,湯姆上校代號改為瑟羅(Zero)。史內克再次潛入Tselinoyarsk,任務是救援索可洛夫,摧毀Shagohod,並消滅眼鏡蛇小隊、沃爾金上校和The Boss。蛇結識了中國派來的特務EVA,以及後來登場的Metal Gear的發明者葛拉寧(Granin)。裸蛇從事件中瞭解到“賢者的遺產”的存在,沃爾金想要拿到這筆錢。經過一番波折,史內克打敗了眼鏡蛇小隊,消滅了Shagohod和沃爾金,並在最後決戰中殺死了恩師The Boss。任務結束後,EVA離開了他,留下的信件告訴他整個事件其實是“賢者”在幕後操縱,The Boss不過是任務中發生意外,美國和蘇聯方面雙方談判決定犧牲她以證明美國清白。最後裸蛇受到政府嘉獎獲得「Big Boss」稱號,卻決定退隱離開FOX小隊。  Sokolov被FOX小隊的Gene救回美國,同時帶上了Granin的Metal Gear設計圖。Gene獲得了部分“賢者的遺產”。CIA獲得Metal Gear設計圖後命令Sokolov開發新型武器,命名為Metal Gear。1970年代,蘇聯和美國的冷戰軍備競爭導致雙方軍費大增,雙方簽署和平協議並開始裁減軍備。CIA害怕蘇聯裁減軍備後軍力削弱會加快冷戰結束而導致自己地位下降,打算將Metal Gear送給蘇聯以維護軍事均衡。另一方面五角大樓由於CIA的地位鞏固以及戰略上的一些小動作感到不滿,希望削弱CIA,便設計引發事端。  1970年11月2日,Big Boss被叛變的FOX小隊抓獲並囚禁在San Hieronymo Peninsula(實際上是五角大樓的計劃),結識Roy Campbell。得知FOX小隊被指派到此執行任務,卻叛變並獲得了政府的祕密武器Metal Gear。其首領Gene是所謂的“Successor”(繼承者)計劃的產物,目的在於培養The Boss的繼承者領導士兵。Big Boss俘虜美國及蘇聯士兵,組建自己的部隊。行動中認識了Elisa,NULL(也就是後來的Gray Fox)等人。Elisa是貞潔任務中核彈爆炸的受害者,因此十分憎恨核彈,但同時又是一個雙重性格的人,並有預知未來的能力。Elisa的另一人格駕駛Metal Gear RAXA攻擊Big Boss,被Big Boss擊毀。Gene卻說這不過是試驗品,引發士兵自殘後逃去。Big Boss潛入導彈井,從敵人口中得知這次事件是CIA以及他們背後的“賢者”策劃的。在最後的控制室裡,Gene打算啟動Metal Gear(ICBMG)時被之前被認為已經死去了的Elisa阻止,Gene殺了她然後用備用開關啟動了Metal Gear。最終Big Boss打敗了Gene,Gene把用於建立“Army Heaven”的財產的膠捲交給了Big Boss,相信他日後會用到(後用於建設世外桃源(Outer Heaven))。但是ICBMG的啟動無法停止,Big Boss與士兵一起攻擊火箭,令火箭發生故障偏離航道,ICBMG在大氣層中銷燬。Big Boss回國,瑟羅也解散了FOX。  1971年,基於FOX特種部隊的行動特點,Big Boss成立FOXHOUND部隊。同年,Big Boss在越南河內救出EVA。  瑟羅和奧塞羅特剷除了美國方面的“賢者”勢力,利用部分“賢者的遺產”成立了“愛國者們”(The Patriots)組織,以實踐The Boss的理念。在奧塞羅特的極力推薦下Big Boss被引薦進入愛國者們,其餘的成員還有EVA、SIGINT、PARA-MEDIC。但Big Boss的理念和瑟羅日漸產生分歧。1972年,瑟羅執行「恐怖之子計劃(/Les Enfants Terribles)」,目的是製造一個Big Boss的代替品,固蛇(Solid Snake)和液蛇(Liquid Snake)即是這個計劃的產物(但是Big Boss的完美克隆體中Solidus Snake卻並不是這個計劃的產物),固蛇和液蛇的母親是EVA。“恐怖之子計劃”加深了Big Boss和瑟羅的矛盾,Big Boss脫離“愛國者們”,以他所理解的“The Boss的理念”建立起“無國界軍隊”。瑟羅在Big Boss離開後,變得對一切都感到懷疑,不再相信別人。  1974年,冷戰因美蘇兩國的力量平衡而暫時平靜下來。帶領其組建的“無國界軍隊”駐紮在哥倫比亞的Big Boss和和平·米勒(Kazuhira Miller),迎來了兩位客人:自稱是哥斯大黎加國聯和平大學教授,代表政府前來談判的賈維茲(Ramón Gálvez Mena),以及名為帕茲(Paz)的學生。賈維茲以類似"The Boss"聲音的錄音為引誘,讓Big Boss答應幫助他驅逐駐紮在哥斯大黎加的CIA資助的部隊。  史內克從FSLN的亞曼達(Amanda)和齊可(Chico)口中得知敵人基地的位置及其中的“守護神”。潛入基地的史內克遇上名為寇曼(Coldman)的CIA長官,以及二足步行兵器的開發者休伊(Huey)博士。休伊告訴史內克他開發的「和平行者」(Peace Walker)是由AI控制的可移動核威脅力量,最大特點是可移動性以及完全理性的判斷。但是「和平行者」還有AI部分未完成。在帕茲的朋友瑟西爾(Cécile Cosina Caminades)的指引下,史內克找到了AI的開發者奇愛博士(Dr.Strangelove)以及“The Boss”---由奇愛博士開發,參照The Boss的人格思考製造出的AI。一番惡鬥後AI再次逃脫,Big Boss追蹤AI至和平行者的工場被抓住。後來他逃出來卻發現和平行者已經完成,未能擊敗和平行者並讓寇曼帶著人質帕茲和和平行者逃跑出國。  Big Boss為阻止核彈發射來到尼加拉瓜的美軍基地,發現這裡被蘇聯軍隊控制著。站在他面前的寇曼聲稱將會給和平行者輸入假資料,讓它誤以為蘇聯發射核彈然後對蘇聯展開“反擊”。賈維茲這時候突然出現,原來他實際的名字是Vladimir Alexandrovich Zadornov,是KGB的間諜;他假意投降CIA,利用美國的技術開發和平行者然後據為己有。賈維茲命令帕茲射死寇曼,但帕茲並不願意這樣做。賈維茲打傷寇曼,打算利用寇曼輸入指令,將目標改為古巴,讓全世界以為美國主動攻擊共產主義國家並藉機控制中美洲。FSLN和無國界軍隊及時趕到將敵人一網打盡。被俘虜的寇曼臨死前啟動了和平行者,將假資料傳送到美軍司令部讓美國誤以為蘇聯發射核彈,然後讓忠於任務的和平行者發動反攻。Big Boss擊敗了和平行者卻無法阻止其資料傳送。這時模擬The Boss的AI作出了自殺的決定,控制和平行者走向大海以阻止訊號傳送。  回到無國界軍隊基地的史內克,多次出動將逃亡的賈維茲抓回,最後發現原來這是為了讓帕茲將Metal Gear Zeke改造成可以手動駕駛所製造的空檔;而後帕茲駕駛Metal Gear Zeke想要毀滅無國境軍隊,說出自己其實是「CIPHER」派來的間諜,姓名、身份通通是偽造的;之後與史內克展開了戰鬥,最後帕茲戰敗墜海。另一方面,瑟羅利用奇愛博士的AI技術開發出“愛國者們”的AI系統,並逐漸滲透控制世界經濟、政治、軍事等領域。  1975年,墜海的帕茲以及無國界軍隊的齊可被神祕部隊“XOF”抓獲,帕茲被虐待後,體內裝上了追蹤器和炸彈。同時,聯合國檢查人員到達無國界軍隊基地檢查。為免Zeke的事情敗露,Big Boss潛入XOF基地救出二人,回到自己的基地後發現自己的基地受到襲擊,無國界軍隊幾乎全滅。救出米勒的Big Boss勉強撤退,帕茲表示自己體內還有炸彈後,在炸彈爆炸前跳海。而他們的直升飛機發生空難。BIG BOSS陷入昏迷。  1976年,“恐怖之子計劃”被遺棄。  1980年,休伊和奇愛的兒子哈爾(Hal)出生。  1984年,BIG BOSS的替身毒蛇(Venom Snake)從昏迷中甦醒,在奧塞羅特的幫助下從醫院逃離了追殺。與米勒和奧塞羅特一起建立鑽石犬(Diamond Dog)部隊,向XOF復仇;BIG BOSS則回到了美國,當上了FOXHOUND的主管並暗中策劃世外桃源(Outer Heaven)。

  某年,Grey Fox收養了一個在戰爭中失去親人的小女孩,也就是後來的Naomi Hunter。  1990年,為SAS工作的液蛇(Liquid Snake)在伊拉克執行摧毀移動的飛毛腿導彈發射器的任務,後宣稱在任務中失蹤。  1994年,液蛇返回美國。  1995年,傭兵團建立的軍事組織“世外桃源”(Outer Heaven)逐漸浮出水面,美國方面收到情報,“世外桃源”正在生產一種能改變世界戰局的武器。FOXHOUND負責潛入任務的特工Grey Fox在探索任務中失去聯絡,在Big Boss指揮下FOXHOUND成員固蛇(Solid Snake)負責繼續追查該事件,在基地中發現代號為Metal Gear TX-55的武器並發現幕後主腦正是Big Boss(實際上是毒蛇,Big Boss的幻影)。最後他擊敗Big Boss,炸燬了Metal Gear TX-55並逃出“FOXHOUND”。  1997年,中東發生軍事叛亂,贊給巴爾(Zanzibar)立國  1999年,Kio Marv博士發明了煉製高度純淨的天然石油的微生物“OILIX”,卻被贊給巴爾綁架。固蛇在FOXHOUND指揮官Roy Campbell的指揮下潛入贊給巴爾,卻發現贊給巴爾的領導者竟然是失蹤了的Grey Fox。最後他打敗了Grey Fox,Metal Gear D和曾被認為在前次事件中被擊敗的Big Boss。任務結束後固蛇退休居住在阿拉斯加。Big Boss成為植物人,被瑟羅“保管”起來。Gray Fox則被救回,身體被改造為忍者。  2000年,液蛇加入FOXHOUND,成為地面作戰分隊的首領。Naomi Hunter加入FOXHOUND的醫療小組,並開始了在士兵身上的DNA理論研究和實驗。  2002年,關塔納摩灣建立起一個專門關押敵人的“X光基地”。  2002年,開發中的Metal Gear Gander,於南美進行演習時被由叛亂將軍Augustine Eguabon指揮的Gindra Liberation Front(簡稱Gilif)搶走,開發人員被綁架並帶回Gindra,也就是以前的世外桃源(Outer Heaven)。在Roy Campbell指揮下,固蛇潛入該基地,途中從倖存的Delta Force隊員姬絲·珍納(Chris Jenners)得知潛入部隊已全部死亡,而叛亂的美軍特種部隊Black Chambers也在基地,首領是Viper。固蛇救出開發者Jimmy Wizard,得知Metal Gear已經裝上了核彈。Viper威脅美國政府如果不放棄進攻就會用核彈攻擊美國的任一城市。固蛇炸燬發電站打算阻止軌道炮發射,卻被告知核彈依然可以發射,Jimmy Wizard也被炸死。固蛇潛入地下一百層,終於找到Metal Gear。這時Viper現身,告訴固蛇:Black Chambers叛亂的原因是不想一直做FOXHOUND的影子,希望能夠幫CIA奪回Metal Gear爭回面子。打敗Viper後固蛇救回姬絲,姬絲告訴他她是陸軍參謀長柏加下命令來的,目的是殺死將軍和抹去一切和“Project Babel”相關的人和物。這時將軍駕駛Metal Gear Gander出現,告訴他們一切都是自己的安排。固蛇打敗將軍,將軍臨死前告訴他真相:世外桃源是美國政府暗中援助的要塞國家,非正式地提供反美軍事力量。當年Big Boss失控,美國將世外桃源推翻。後來世外桃源成了Gilif,美國想要讓非洲出現反美勢力,借戰爭派遣部隊進駐,以維持冷戰後美國的全球佈局。這就是Project Bable。將軍和陸軍參謀長都是負責人。這時Viper再次出現並打算髮射核彈,原來Metal Gear還是太空中裝有核彈的衛星的指揮站。幕後的間諜Brian也被查出。最終固蛇擊敗Viper,阻止了核彈的發射。  2003年,克拉克博士(Dr.Clark、即PARA-MEDIC,FOXHOUND的醫療組長)死於想要逃跑的Gray Fox製造的實驗室爆炸中。Naomi Hunter掩蓋了事實並接手克拉克博士的工作。  2005年2月底,暗影摩西島(Shadow Moses)上做演習的Metal Gear被叛亂的FOXHOUND隊員奪走,藉以勒索美國政府。固蛇再次被召回執行任務。史內克潛入基地,認識了Otacon和Campbell的侄女(實際上是女兒)Meryl。他發現軍方祕密開發的是Metal Gear的最新型號REX。作為叛亂的主腦,液蛇打算利用Metal Gear威脅政府交出贖金和Big Boss以研究解決自己DNA缺陷的方法。史內克途中遇上成了改造忍者的Grey Fox,Meryl則在戰鬥中被敵人俘虜。史內克後來也被俘獲,後被Grey Fox救出。史內克潛入地下基地,Grey Fox犧牲自己幫助史內克擊敗REX,液蛇也被史內克打敗(這裡有兩種結局,救出Otacon或者救出Meryl)。液蛇在最後的追擊戰中死於Fox-die,其手臂後來被移植到奧塞羅特的斷臂上。而FOXHOUND也被遣散。  2005年3月:George Sears(Solidus)辭去了美國總統的職務,他被James Johnson取代(實情是他被迫辭職,身體被改造)。  2006年,固蛇和Otacon組成了NGO“Philanthropy”,目的是阻止Metal Gear的生產及發展。  2007年4月30日:Jack(Raiden)和Rose第一次見面。8月8日,U.S.S. Discovery事件(曼哈頓外海油輪沉沒事件、Manhattan Tanker Incident)發生。當時史內克打算潛入油輪獲得新的Metal Gear Ray的情報並公之於世,但途中蘇聯傭兵團進入油輪打算搶回Ray,愛國者們派來的奧塞羅特趁機開槍打死傭兵團團長並奪走了Ray,並將事件責任嫁禍給史內克。油輪在戰鬥中沉沒,對外公開訊息指史內克已死。  2008年4月,特種部隊DeadCell的成員Chinaman和Old Boy在意外中身亡("根據訪談,這兩個角色原本設定為遊戲合金裝備2中出現,後戲份被刪,其技能也延續到其他角色如Vamp身上")。  2009年:在名義上負責清理曼哈頓外海上沉沒的油輪造成的油汙而建成的Big Shell工場裡,總統James Johnson被恐怖分子,也就是原來的特殊部隊DeadCell成員挾持,Raiden作為“FOXHOUND”的成員前去營救總統,再遇被認為在2年前已經死去的史內克。在任務中他發現恐怖分子的目的並不在於贖金,而是工場下面的超級武器“Asenal Gear”。在總統James Johnson的“強迫”下死於Raiden槍下。Otacon隨同史內克營救他的妹妹Emma,一方面是因為她有阻止Asenal Gear的電腦病毒,另一方面是出於個人感情。Raiden途中遇到恐怖分子首領Solidus,他自稱自己的計劃叫“自由之子”。後來Emma被殺,史內克通過“俘虜”Raiden得以潛入Asenal Gear,並和Raiden一起殺出一條血路。Raiden擊敗了數臺Metal Gear Ray,最終不敵。這時候Emma的病毒生效,Asenal Gear停止運作。在場人員被奧塞羅特告知所有一切都不過是“愛國者們”背後操縱的一場演習。Asenal Gear撞向紐約,Raiden在華盛頓紀念堂屋頂上打敗Solidus。  之後Raiden從“愛國者們”手上救出Olga的女兒Sunny,交由史內克和Otacon收養。Rose被釋放,和Raiden一起生活,但Raiden得知自己的兒子流產了(實際上是Rose故意隱瞞)後整日酗酒,Rose離開Raiden改嫁Roy,由他幫忙保護Raiden的兒子。  20XX年(據考證可能是2014年):戰爭已經轉由專業的PMC(私人僱傭兵)參與,PMC全部安裝以Nano machine組成“SOP系統”(Sons of the Patriots,以Big Shell事件收集的資料構建的系統),以降低戰爭成本及控制士兵情感。Liquid Ocelot組建了最大的僱傭兵組織,並策劃完全控制“愛國者們”AI系統。另一方面,史內克由於基因缺陷出現早衰,卻決定再次投入阻止Liquid的戰鬥中。史內克在戰場上重遇Naomi、Meryl以及改造成忍者身體的Raiden。通過重重波折,史內克找到了自己的親生母親EVA,得知“愛國者們”的真相,卻親眼看著她死去。Liquid得手控制了“愛國者們”的部分機能。Naomi以出賣史內克等人為代價,在Liquid那裡獲得消滅“愛國者們”的辦法,最終放棄Nano machine的保護死去。史內克潛入Outer Haven,用電腦病毒破壞了“愛國者們”AI系統。最後從Liquid口中得知他其實就是奧塞羅特,只不過是用藥物及心理暗示扮成液蛇。他本來的目的就是打算破壞“愛國者們”建立新的世界體制。史內克與Liquid Ocelot決戰,將其擊敗。史內克在墓園遇見通過手術復生的Big Boss以及還在世的瑟羅上校(Major Zero),兩人與史內克對話後死去。意識到自己不久於人世的史內克決定和Otacon環遊世界。

  1998年潛龍諜影系列於PS平臺上發表新作《Metal Gear Solid》,得益於PS機能相對先前的開發平臺有大幅度躍進,作品首度以3D型態完成並在主流市場獲得了優良的口碑,全球累計銷量超過600萬套,為系列作人氣大幅提高的關鍵。2001年於PS2平臺上的續作《潛龍諜影2 自由之子》更是立下了系列中的最高銷量,全球累計賣出超過700萬套。截至2019年,全系列作的累計銷量已超過5500萬份。  Metal Gear系列發展已超過了30年,其主幹設定可以說是追加拼湊所得。例如初期的作品裡一直沒有提及固蛇自Big Boss的基因繼承,在PS上的MGS才開始闡述。但是小島本人在創作該系列之初並未料想到作品會如此受歡迎並長遠發展,因此設定上的不完整仍然是可以理解的,雖然存在部分讓人感到違和的內容,但小島構建出的世界觀仍然十分具有魅力。

  

  作為知名遊戲的主角,虛擬角色Snake也曾代言多個產品廣告。2004年,Snake曾代言大冢製藥的食品CalorieMate,叢林背景中的Snake手上拿著CalorieMate。2008年6月10日,日本方面開始上市以《合金裝備4》中主角Snake做代言的飲料Regain,廣告中Snake喝過會變年輕。  《合金裝備4》遊戲中曾出現索尼愛立信W62S手機、Triumph摩托車、蘋果iPod等產品,這也作為遊戲代言產品的一個典型範例。  另外,合金裝備也有對別的公司的遊戲協助性地進行宣傳。比如《合金裝備4》中有一種道具可以讓主角看起來像《刺客信條》中的主角,這樣通過自家公司的遊戲推廣別的公司遊戲,合金裝備也可算是特例之一。

  2008年,由專業DIY小組Morpheon Mods製作的《合金裝備4》限定版周邊包,以17100美元的天價在網上拍出。其內容包括改裝過的由遊戲開發者親筆簽名的限定版主機,遊戲中的鴨子鬧鐘,4種Regain 24功能飲料,《合金裝備4》特別版主題T恤;遊戲關鍵角色Otacon的自制刺繡補丁,自制獵狐犬主題貼紙,硬皮版《合金裝備4》官方攻略,主角固蛇板畫,《合金裝備4》世界巡迴活動首發日紀念狗牌。此外還特別贈送小島秀夫在首發活動上的搞笑表情照片。該次拍賣的部分收益捐贈給一個慈善機構Child's Play。
是由日本科樂美公司發行,小島製作的小島秀夫主導開發的動作隱蔽類遊戲系列及相關產物。系列自1987年的首作即由小島長期擔任遊戲製作人,但由於小島在2015年底從科樂美離職,故他所參與的作品也止於同年發行的《潛龍諜影V 幻痛》。截至2019年,全系列作的累計銷量已超過5500萬份。