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  故事主要描繪了5名美國人在南太平洋荒島上的冒險。時間設在南北戰爭里士滿圍城戰,主角通過偷走氣球逃亡。  逃亡者有賽勒斯·史密斯(Cyrus Smith),是聯邦方面的鐵路工程師;他的前奴隸,忠心耿耿的納布(Nebuchadnezzar);水手潘克洛夫(Bonadventure Pencroff);他的徒弟、養子赫伯特·布朗(Harbert Brown);記者吉丁·史佩萊(Gedéon Spilett)。最後,還有一條狗託普(Top)。  在暴風中飛了數天後,他們降落在一個佈滿懸崖峭壁的火山無人島,大概位置,約紐西蘭以東。為了紀念亞伯拉罕·林肯總統,他們將其命名為“林肯島”。由於工程師史密斯智慧傑出,5人能夠自給自足,生火、做陶器、做磚塊、煉硝化甘油、鍊鐵、做了簡單的電報機,又在峭壁旁蓋了屋子花崗石宮(Granite House),做了條小船,叫“乘風破浪號”(Bonadventure,以發起人潘克洛夫名字命名)。他們也分析出自己所在的位置。  在島上時,一行人克服惡劣天氣,馴養了猩猩朱普(Jupiter)。島上出現了神祕的"天外救星",幫助史密斯從氣球上逃生,協助託普逃離儒艮,發現工具箱(槍支彈藥和工具等)以及其它無法解釋的事件。  一行人發現了一個漂流瓶在附近的達抱島遇見了被遺棄的湯姆·艾爾通(Tom Ayrton,即《格蘭特船長的兒女》中被流放的罪犯)。在回來的路上,他們因暴風雨迷路,但得到神祕的篝火引領平安返回。  艾爾通之前的共犯到訪林肯島,準備將其當做自己的老巢。雙方交火,海盜船神祕爆炸。其中6人倖存,俘虜艾爾通。一行人去看時,赫伯特中槍,差點送命。大家起先認為艾爾通已死,但後來發現反對證據,說明他下落不明。當他們趕回花崗石宮時,發現赫伯特感染瘧疾,但桌子上神祕出現奎寧,救了他一命。赫伯特痊癒後,一行人趕去救艾爾通,但發現艾爾通在羊圈,海盜已死,沒有明顯傷痕。  神祕的小島原來是尼莫船長(Captain Nemo)停靠鸚鵡螺號潛艇的港灣。鸚鵡螺號逃出了《海底兩萬裡》的大漩渦,停靠在林肯島。尼莫船長就是大夥神祕的救兵,提供了工具箱,為艾爾通髮漂流瓶,埋炸彈炸掉了海盜船,用“電子槍”打死了海盜。在彌留之際,尼莫船長透露出他的真實身份是印度達卡王子,本德爾坎德獨立地區拉者的兒子,英雄蒂普蘇丹的侄兒。在印度民族起義失敗後,達卡王子與20人逃到了荒島上,建起了鸚鵡螺號,改稱尼莫船長。尼莫將他一生告訴史密斯和他的朋友。去世前,將一盒鑽石和珍珠相贈。去世時,他疾呼“上帝和我的祖國!”(原版為“獨立!”)鸚鵡螺號沉沒,成為尼莫的棺材。  隨後,小島中央的火山口噴發。朱普掉進裂痕。受到尼莫警告,大家站在最後的平地上得以平安。鄧肯號前來找艾爾通,但得到尼莫訊息跑到這裡。回到美國後,他們用尼莫的禮物在愛荷華州建立新殖民地,歡度餘生。  Stephen W. White translation (1876)

  W. H. G.Kingston (Mrs. Agnes Kinloch Kingston) translation (1875)
《神祕島》()是法國作家儒勒·凡爾納的一部科幻小說,1874年出版。最初的版本由皮埃爾-儒勒·赫澤爾(Pierre-Jules Hetzel)出版,儒勒·費哈特(Jules Férat)插圖。小說是跨界續集,為《格蘭特船長的兒女》、《海底兩萬裡》和《神祕島》三部曲中的最後一部,但主題與前者大相徑庭。最初的草稿為《海難家庭:與魯濱遜叔叔受困》("Shipwrecked Family: Marooned With Uncle Robinson"),深受《魯濱遜漂流記》和《海角一樂園》的影響,被出版商拒絕,隨後重寫。凡爾納也日後小說中構架類似的主題,如《魯濱遜學校》("L'École des Robinsons",1882年)。