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  牙籤的正確歷史至今仍無定論,但考古學家曾在史前人的牙齒中發現類似使用牙籤的凹痕,亦曾在牙縫間發現小竹籤的殘餘。原人茹毛飲血,吃的是生肉,肉屑經常附著在牙齒上,很可能用骨頭、魚刺等剔除肉渣。考古學家曾在公元前3000年美索不達米亞國王墓穴時,發現了金式的牙籤。  1954年,中國洛陽市的一座古墓裡出土了8枚戰國時代的骨質牙籤。《禮記·曲禮上》有云:“毋刺齒”,意思是說“吃飯時剔牙齒,沒禮貌”,這是中國文獻中最早關於剔牙的記載。西晉陸雲在《與兄平原書》信中提到牙籤:“近日復案行曹公器物,取其剔齒殲一個,今送以見兄。”信中提到曹操使用“剔齒殲”即是今日的剔牙用的牙籤;要提醒的一點是中國古代也有“牙籤”一詞,其實是指書籤,如唐朝韓愈《送諸葛亮覺往隨州讀書》雲:“鄴侯家書多,插架三萬軸。一一是牙籤,新若手未觸”。中國的牙籤大都是用竹子作的,特別是柳木,故牙籤又名柳杖,《清朝野史大觀》提到:“席間之柳木牙籤,一錢可購十數枚,......”,何耳的《燕臺竹枝詞》有《柳木牙籤》:“取材堤畔削纖纖,一束將來市肆筵。好待酒闌賓未散,和盤托出眾人拈。”。可知在道光、咸豐年間,已經有專門從事製造與銷售牙籤的行業。過去中國所用的牙籤除竹、木外,有些是金屬甚至是象牙做的。牙籤與牙籤包裝也是某些收藏家的特殊喜好。此外,亞洲使用的牙籤往往比歐美使用的牙籤要來的尖細。

  在美國,第一家提供牙籤的餐廳是在麻州波士頓的海鮮餐廳「聯合牡蠣屋」Union Oyster House,這家餐廳也是美國最老的餐廳之一。牙籤有可能是某些哈佛學生「發明」的,發明牙籤的企業家在當時很明顯的企圖以哈佛學生最為最佳客戶,甚至於付錢讓哈佛學生在該餐廳吃飯,只為了讓他們試用牙籤。  美國的第一臺牙籤製造機專利是1872年2月20日由馬薩諸塞州Granville市發明家Silas Noble和J. P. Cooley所申請成功的。而美國的緬因州自稱為世界牙籤製造之王,宣稱世界上有90%的牙籤都產自緬因州(年產量約五百億根的牙籤,使得緬因州人有綽號為「大吃客(Down-Eaters)」)。此外,牙籤也是美國人食道噎塞的主要物品之一。  今日由於環保意識的提升,牙籤製造商漸漸的不用木頭來製作牙籤,而是使用一些可食用或可分解的材料來製作。如澱粉性塑料等。

  牙籤不能取代刷牙,對牙縫的清潔效果也遠不如使用牙線,而且尖銳的牙籤容易使牙肉受傷,造成出血和發炎,所以牙醫並不建議使用牙籤清潔牙齒。要預防蛀牙及牙周病,應每天早晚刷牙及使用牙線清潔牙齒。
牙籤,中國古代稱為剔牙籤,是一根小木片、細竹棒或細金屬棒,用來在飯後清除牙齒縫中的食物,亦可做為餐叉的替代品刺取食物送入口中之用。