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  1735年,林奈在寓居荷蘭期間初版了第一部《自然系統》。按照當時科學文獻出版慣例,這本書以拉丁文寫成。在書中,林奈闡述了自己的自然界等級劃分原則,即將自然界分成動物界()、植物界()和礦物界()。  這一版的《自然系統》中列出了約一萬種有機體,其中包括約六千種植物和四千二百三十六種動物。根據威廉·T·斯特恩所說:“即便在1753年他(林奈)認為全球所有植物很有可能超不過10,000種,他一生中光開花植物就命名了7,700種。”  林奈並不認為自己的植物界分類很自然,也不認為這能反映出上帝造物的神祕邏輯。他將有同樣數目的雄蕊的物種分在一起,但儘管便捷,他自己卻覺得太過武斷。林奈相信上帝造物說,人們常說林奈曾說過“上帝創造,林奈管理”。  因為作品頗受歡迎,林奈繼續創作並最終將只有11大頁的第1版(1735年)擴寫到了有2,400頁的第12版(1766–1768)。同時其理念也在不斷進步,例如第1版中鯨被當做魚,而在第10版中被移到了哺乳綱下。而在這一版中,仿照1753年出版的《植物種志》,他將使用兩部分名字的方法引入了動物命名中,而這便是二名法的前身。

  除了將自然界系統地分為動物界、植物界和礦物界外,《自然系統》還為二名法的創立奠定了基礎,而二名法現被用於學名命名。他1753年出版的《植物種志》和1758年出版的《自然系統》第10版被認為是命名法的發端。作為命名動植物的先驅,他提供的學名後來都優先採用。唯一的例外是1757年卡爾·亞歷山大·克萊克出版的《瑞典蜘蛛》,該書中的命名優先於林奈的命名。他的天才吸引了許多年輕學生慕名而來,林奈將他們送往國外幫助自己收集植物,這使得他的著作比同輩人更加有影響力。

  林奈做出的種屬以上的命名至今只有在動物界可以找到一些痕跡,其中一些沿用至今,但其用法與林奈時已然不同。按照林奈的說法,動物界應該分為六個綱。在《自然系統》第10版中,它們是:

  根據他的《性別系統》(),林奈的植物綱、目從沒想要代表自然的分類(這與他在《植物哲學》中的觀點相牴觸),而是隻用來區別不同生物。這種方法直到19世紀還被稱道。這些分類也書寫在《自然分類》上,它們是:

  林奈的礦物分類法很早就已經不使用了,在第10版的自然系統中,林奈將礦物界分為:
《自然系統》(,亦作:)是瑞典植物學及動物學學家、醫生卡爾·林奈(,1707-1778)的主要作品之一,這本書在植物及動物學兩界引入了基於博安家的加斯帕爾和約翰而來的林奈分類法,即後來的二名法。第1版的《自然系統》在1735年出版,這本書林奈一共出了12版,其中以第10版最為重要。此書全稱為“”,意為“基於綱目屬種的、包含特徵、差異、異名、地點的、含蓋自然界三界的自然系統”。