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  醫療上應用它的幾種鹽類,作為解熱與及防治各種瘧疾,但愈後容易復發。副作用不少,主要為耳鳴、重聽、頭昏、噁心、嘔吐等,統稱金雞納反應。  硫酸奎寧和鹽酸奎寧均是味道極苦的白色結晶,前者微溶於水,供口服,後者易溶於水,供注射用。優奎寧(Euquininum)是奎寧的乙基碳酸酯,幾乎無味的白色晶體,可供兒童口服用。奎寧也是通寧水的原料。  關於奎寧有一則流傳很廣的故事說,1638年當時祕魯總督的夫人金瓊(Condessa de Chinchon)染上間日瘧,由統治安地斯地區的西班牙省長帶來了一些金雞納樹樹皮磨成的粉。據當地的原住民告訴省長,這種樹皮可以退燒,結果真的有效。後來女伯爵把這帖藥帶回故鄉西班牙,當時瘧疾在歐洲大陸肆虐,這種樹皮粉就成為歐洲人首次能有效治療瘧疾的藥品。但經歷史研究發現,可能根本無此事,總督夫人沒得過瘧疾。奎寧治療瘧疾的最有效的形式被發現於1737年,1820年二位法國化學家佩爾蒂埃(Pelletier)與卡芳杜(Caventou),從規那(quina)的樹皮中單離出來,將之稱為奎寧或金雞納霜(quinine),名稱來自印加土語的樹名quina-quina。1850年左右開始大規模使用。  1693年,法國傳教士洪若翰曾用金雞納霜治癒康熙帝的瘧疾。後來,曹雪芹的祖父金陵織造曹寅因患瘧,曾向康熙帝索要金雞納霜。蘇州織造李煦上奏雲:“寅向臣言,醫生用藥,不能見效,必得主子聖藥救我。”康熙知道後特地“賜驛馬星夜趕去”,還一再吩咐“若不是瘧疾,此藥用不得,須要認真,萬囑萬囑。”在藥物趕到之前,曹寅去世。  二戰期間美國的Sterling Winthrop公司以此為引導,合成了氯奎寧(chloroquine),藥效良好。氯奎寧在戰後成為抗瘧最重要的藥物。  通寧水含有微量奎寧,約是藥用量之百分之一。

  因新型冠狀病毒肆虐全球,除了南極洲以外的各大陸無一倖免。因為幾乎各種藥方都無效,於是醫學界除了努力開發疫苗與研製新藥瑞德西韋之外,在美國的華盛頓州有某醫院使用奎寧和抗艾滋病轉錄藥物AZP來治療輕中症患者,意外得到不錯的效果,於是各國的醫院紛紛舊藥新用,意外的讓奎寧再度熱門起來。此外,中國和法國小規模臨床實驗中,發現對治療2019冠狀病毒疾病似乎有效,但這個試驗,非隨機分派,且因有明顯的選擇偏差,如:使用奎寧組,最終分析時排除的6人中,3人變成重症需使用呼吸器,1人死亡,反觀未使用奎寧組,沒人重症,沒人死亡,因以上研究的偏差,本研究已被撤稿。此外,為達到足夠的抗病毒效果,需使用高劑量的奎寧(約為常規使用劑量的1.5倍或更高),會使心律傳匯出現異常使QT段延長併發生長QT症,進而發生心律不整,甚至死亡;但這類副作用在類風溼關節炎及紅斑性狼瘡的治療時,因劑量較低並不常見。

  奎寧抗瘧藥理不明。在瘧疾早期和中期往往無效,而在晚期(久瘧)效果較好。對瘧原蟲的紅細胞前期、紅細胞外期(紅外期)及(惡性瘧的)配子體期無作用(故不能中斷傳播鏈),對瘧疾的傳播、復發、病因性預防無效。不能根治良性虐(非惡性瘧),長療程可根治惡性瘧。廣泛接受的假說認為類似於氯喹的藥理模型,涉及血基質解毒路徑(Heme Detoxification pathway)的瘧原蟲色素生物結晶的抑制,其中利用了細胞毒性血基質的聚集在瘧原蟲上導致其死亡。
奎寧(),又稱金雞納霜,化學上稱為金雞納鹼,分子式CHNO,是一種用於治療與預防瘧疾且可治療焦蟲症()的藥物。在治療惡性瘧原蟲時,如果病原體對於氯喹和青蒿素皆產生抗藥性時,即會使用奎寧治療,不過不建議用來治療睡眠腳動症。可以用口服或是靜脈注射來給藥。世界上有些地區已出現對奎寧有抗藥性的瘧疾。 常見的副作用包括有頭痛、耳鳴、視覺障礙以及盜汗。更嚴重的可能會有失聰、血小板過少還有心律不整。奎寧或許會讓使用者更容易有晒傷的情形。目前對於懷孕中的婦女使用奎寧,對胎兒是否會造成有害的影響還不確定,但十分推薦用於治療患瘧疾的孕婦。然而,其作用機轉尚未完全明朗。 1632年以前,人們就已經知道樹皮的萃取物可以治療瘧疾。1820年時,佩爾蒂埃()和卡芳杜()首次從金雞納樹的樹皮中萃取出奎寧。奎寧作為世界衛生組織基本藥物標準清單上的藥物,也是基礎醫療中極重要的藥品。每一次的治療,它的量販價格大約介於1.7美元到3.4美元中間。在美國,單次療程的花費大約是250美元。