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  2017年4月3日,一枚裝有重約1公斤的爆炸物的裝置在一輛列車途徑乾草廣場站到科技學院站之間隧道時引爆。爆炸訊息傳出後,聖彼得堡所有地鐵站立即關閉。至深夜,地鐵3、4、5號線的恢復運營。  據國際文傳電訊社報道,事件疑似由一名中亞的伊斯蘭極端主義自殺式襲擊者策劃。  第二枚爆炸裝置在起義廣場站的列車中尋獲,隨後被拆除。據報裝備採用滾珠軸承、螺絲和碎片,藏匿於滅火器中,裝有一公斤TNT。

  事發後安保升級,金屬探測器重新投入使用。七年前曾發生連環爆炸襲擊的莫斯科地鐵亦加強戒備,謹防襲擊再次發生風險。莫斯科表示準備好協助聖彼得堡地鐵。當地媒體報道稱警方還在三個莫斯科地鐵車站中找到可疑包裹,並疏散地區。據未經證實的報道,地鐵監控攝像頭曾拍到疑犯。俄羅斯聯邦偵查委員會表示事發時列車司機決定不剎停列車,避免造成更大的傷亡。  目前尚無負責襲擊的宣告。聯邦偵查委員會將事件定性為“恐怖襲擊”。襲擊據信是自殺式炸彈襲擊。

  俄羅斯聯邦衛生部通報,約有50人傷亡,其中11人確認死亡。39人需送往醫院,其中6人傷勢嚴重。傷者包括兒童。

  調查人員認為襲擊是自殺性爆炸事件,並認定嫌犯是中亞人。有報道稱,嫌犯是22歲的哈薩克移民馬克西姆·阿里謝夫(英語:Maxim Arishev),另有報道指嫌犯是23歲的來自吉爾吉斯斯坦的烏茲別克族俄羅斯公民,與國際武裝組織有關係。執法機關後來表示,儘管在爆炸中心找到一名中亞人的遺體,但是把他喚作嫌犯為時過早。警方最初公佈兩名涉嫌參與襲擊嫌犯各自的圖片,當中一人立即主動聯絡警察,後被宣佈無罪。國際文傳電訊社後來改成只有一人犯案。

  俄羅斯總統弗拉基米爾·普京事發時在聖彼得堡市內,他承諾會徹查事件。在與白俄羅斯總統亞歷山大·格里戈裡耶維奇·盧卡申科會談時,普京表示“考慮所有可能的成因,包括恐襲”。他後來前往以安全為由被聯邦警衛局封鎖的事發區域。俄羅斯亦已將事件列為恐怖襲擊。  莫斯科市長及市政府新聞祕書古爾納拉·彭科娃(英語:Gulnara Penkova)表示,莫斯科市長謝爾蓋·謝苗諾維奇·蘇比雅寧向襲擊遇難者表示哀悼,下令加強全市交通基礎設施的安保。衛生部長維羅妮卡·斯科沃爾佐娃指示聯邦醫生幫助聖彼得堡醫生協助遇害者。全俄保險人聯盟(英語:The All-Russian Union of Insurers)表示遇難者家屬將獲賠20.25億盧布。  車臣共和國首腦拉姆贊·卡德羅夫表示地鐵爆炸案是“恐怖主義行為”,呼籲查明並懲罰嫌犯。  臨時紀念活動在事發後舉行。聖彼得堡當局宣佈哀悼三天,市長格列治·波茨瓦琴科(英語:Georgi Poltavchenko)、列寧格勒州州長亞歷山大·德羅茲登科(英語:Alexander Drozdenko)也抵達事發地向遇難者獻花。

  丹麥、中國、法國、喬治亞、印度、印度尼西亞、伊朗、以色列、馬來西亞、巴基斯坦、波蘭、葡萄牙、瑞士、烏克蘭、英國、美國、北約和歐盟等國家和國際機構代表表示譴責和慰問。  伊斯蘭國威脅稱要對俄羅斯發動襲擊。儘管未宣稱對襲擊負責,但伊斯蘭國支持者分享爆炸遇難者遺體照片慶祝事件。  以色列特拉維夫市政廳被俄羅斯國旗色燈光照亮。在布魯塞爾,與一年前的做法相似,ING集團大樓也打出俄羅斯國旗飄揚的動畫。而一些歐洲地標建築如埃菲爾鐵塔和勃蘭登堡門等,並未如往常其他地方(主要是西方國家)遭受襲擊之後一樣,點亮俄羅斯國旗顏色的燈光,引發了一些人士的不滿,被指“雙重標準”。
2017年4月3日,聖彼得堡地鐵乾草廣場站到科技學院站間發生爆炸,共造成14人死亡,另外至少有45人受傷。爆炸裝備裝在公文包中。第二枚爆炸裝置在起義廣場站的列車中尋獲,並已拆除。