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  魯道夫的父親是馬克西米利安二世,母親是查理五世的女兒瑪麗亞。魯道夫11歲時來到西班牙跟隨他的舅舅腓力二世,在西班牙宮廷中接受嚴格的天主教教育,度過了8年時間。由於受到西班牙宮廷保守思想的約束,魯道夫的性情孤僻,回到宮廷氛圍相對寬鬆的維也納後,令他父親非常擔心,而他來自西班牙的母親卻認為魯道夫的行為端莊得體。魯道夫一生保持著保守、神祕和沉默寡言的性格,他喜歡在家消遣,不喜歡出遊,甚至不願意參加日常的國家事務接待等。魯道夫沉迷於占星術和鍊金術,這在當時的文藝復興時期是社會主流,他的興趣愛好廣泛,包括騎馬、鐘錶、收集珍寶、收藏藝術品等。魯道夫一生都沒有結婚,但有過多個情人,他與一個朝臣的女兒卡塔琳娜·施特拉達(Katharina Strada)育有多個非婚孩子。  2005年6月捷克票選「最偉大的捷克人」("Největší Čech")中,他排名第64。

  在他父親馬克西米利安二世1576年去世後,魯道夫成為了神聖羅馬帝國皇帝,1583年他又將官邸從維也納遷往布拉格,以遠離維也納喧鬧的宮廷生活。魯道夫執政期間幾乎沒有可圈可點的政績,被認為是個庸碌的君主。由於他的碌碌無為,他經常要面對人們的指責,尤其是他的一反慣例不願結婚,因此也沒有合法的繼承人。1590年代開始魯道夫陷入了鬱鬱寡歡的痛苦之中,並且越來越嚴重。雖然是在信奉天主教的西班牙宮廷長大,但魯道夫對待新教和其他宗教包括猶太教相當寬容,受到他父親的影響,他從約1600年開始就放棄了大部分的天主教宗教活動,死前也拒絕接受最後一次聖禮。但他與新教接觸也不多,除了反對教皇對新教的壓迫政策,當教皇發起反宗教改革運動時,魯道夫將教皇派來的代表送了回去,引發了政治動盪,差點引起一場內戰。  由於魯道夫不願向奧斯曼帝國妥協,而且頑固地認為他可以通過一次新十字軍東征統一所有信奉基督教的國家,1593年他開始了一場同土耳其的戰爭,這場戰爭一直持續到1606年,被稱為“漫長的戰爭”(或“奧斯曼戰爭”、“十三年戰爭”),期間的1604年他所統治的匈牙利發生叛亂,1605年魯道夫被他的其他家庭成員迫使,將匈牙利事務的管理權交給了他的弟弟馬蒂亞斯,馬蒂亞斯在1606年艱難地分別同匈牙利叛亂者和土耳其人達成和平協議,魯道夫對此非常生氣,他認為馬蒂亞斯所作出巨大的讓步只是為了維持自己的權力,因此準備重新對土耳其開戰。但馬蒂亞斯爭取到了匈牙利叛亂者的支援,迫使魯道夫放棄了匈牙利、奧地利和摩拉維亞的王位給馬蒂亞斯。  與此同時,波希米亞新教派看準了神聖羅馬帝國最微弱的時機,提出更多宗教自由的要求,魯道夫在1609年簽署檔案(Majestätsbriefe)滿足了他們的要求,賦予信奉新教的波希米亞和西里西亞貴族以宗教信仰自由和特權,這一舉動成為了後來1618年開始的三十年戰爭導火索。雖然波希米亞人的要求被滿足了,但是他們卻得寸進尺地施壓要求更多自由,魯道夫只得派兵鎮壓,波希米亞人轉而向馬蒂亞斯請求幫助,馬蒂亞斯將魯道夫囚禁在布拉格的城堡中,直到1611年魯道夫將波希米亞的王位讓與馬蒂亞斯。  被弟弟奪去所有實權的9個月後,魯道夫於1612年1月20日去世,去世時只剩下神聖羅馬帝國皇帝這個空頭銜,馬蒂亞斯在1612年6月13日繼承了魯道夫的皇位。1618年5月布拉格發生了第二次“擲出窗外事件”,波希米亞新教派為了捍衛先前魯道夫檔案賦予他們的權利,將兩名皇帝的使者扔出窗外,引發了三十年戰爭(1618年—1648年)。

  魯道夫對當時的藝術和科學表現出濃厚的興趣。他同天文學家第谷·布拉赫和約翰內斯·開普勒聯絡密切,先後任命他們為皇家天文學家編制星行表。後來開普勒在第谷·布拉赫觀測資料的基礎上,於1627年發表了可以用來計算太陽、月亮和行星的運動的《魯道夫星行表》。  魯道夫是同時代最大的收藏家之一,他的藝術收藏具有傳奇色彩,維也納藝術史博物館中老彼得·布呂赫爾的畫作大多出自他的收藏,他是風格主義畫作的重要收藏者,還對石刻藝術情有獨鍾,他的石刻收藏在1648年布拉格之役時被瑞典人劫掠,如今散落到了世界各地。魯道夫1602年命人完成的皇室皇冠在1804年成為了奧地利的皇冠。  魯道夫經常邀請畫家作畫,由此形成了“魯道夫繪畫圈”,其中包括漢斯·馮·阿亨(Hans von Aachen)、朱塞佩·阿爾金波爾多(Giuseppe Arcimboldo)、巴託洛莫斯·斯普蘭格(Bartholomäus Spranger)和約瑟夫·海因茨(Joseph Heintz)。他同時也熱衷於雕塑藝術和金匠。  據說伏尼契手稿可能曾被魯道夫買下。
魯道夫二世(Rudolf II.,1552年-7月18日-1612年-1月20日,生於維也納,卒於布拉格)是哈布斯堡王朝的神聖羅馬帝國皇帝(1576年—1612年在位)。他也是匈牙利國王(稱“魯道夫”,1576年—1608年在位)、波希米亞國王(稱“魯道夫二世”,1576年—1611年在位)和奧地利大公(稱“魯道夫五世”,1576年—1608年)。