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  紅巾軍的背景,起於元順帝在位期間朝綱敗壞、稅賦沉重,加上天災不斷。紅巾軍最初起於北方,以韓山童、劉福通等為首領,宣傳「彌勒佛下生,明王出世」等教義,預備造反。

  至正十一年(1351年)五月,元順帝命工部尚書賈魯治黃河,動用大量民夫,造成不滿。白蓮教主韓山童與地主劉福通、離職官僚杜遵道等人決定在潁上(今屬安徽)發動起義,但事洩,韓山童被捕殺。劉福通、杜遵道帶韓山童之子韓林兒殺出重圍,韓林兒隨母親楊氏逃往武安,劉福通等佔領潁州(今安徽阜陽),許多人民紛紛加入,在安徽、河南一帶勢盛,而北方其他起事如徐州的芝麻李、彭大、濠州(今安徽鳳陽)的郭子興等,均稱紅巾起義,或稱紅巾之亂。  北方紅軍興起之後,南方長江流域也紛紛打著紅軍的旗號起事。如彭瑩玉、徐壽輝等在湖北起事,徐壽輝稱帝,國號天完。此外,王權在南陽地區的「北瑣紅軍」、孟海滿在荊州襄陽一帶的「南瑣紅軍」等。  元朝對於紅軍起事隨即展開鎮壓,由也先帖木兒率兵攻劉福通紅軍,獲得數次勝利,贊宰相脫脫督戰攻徐州,殺芝麻李,並由賈魯攻濠州,並由答失八都魯攻滅南北瑣紅軍,南方元軍與徐壽輝軍隊互有勝負。  至正十五年(1355年)戰局有所轉變,杜遵道、劉福通先立韓林兒為帝,號小明王,國號宋,都亳州,改元龍鳳,杜遵道為丞相,後被劉福通所殺。其後數戰後,擊敗答失八都魯的軍隊,並展開反攻,甚至逼近元大都(今北京)。關鐸率領的部隊進入高麗並一度攻陷其都城開城。南方紅軍則在湖廣獲得勝利,朱元璋則繼承了病逝的郭子興的地位,渡過長江,佔領集慶(今江蘇南京)。  至正十七年(1357年)前後,在北方以察罕帖木兒(李察罕)、孛羅帖木兒、李思齊等為首的元軍將領,開始對北方紅軍展開反攻。但李思齊等人當時實際上已不聽中央統一號令,常常各自為政。與此同時,紅軍內部也發生爭執分裂,勢力漸弱。至正二十三年(1363年),北方紅軍在安豐之役中敗給新興並降元的張士誠,劉福通戰死,韓林兒投奔朱元璋,隨後溺斃於長江。南方紅軍將領陳友諒則於1360年,殺徐壽輝自代。  此後群雄稱王,各路諸侯相戰,已漸失去原本紅巾軍的性質。
紅巾軍,又稱作紅軍、紅巾賊,是中國元朝末年反抗元朝的主要起事力量,因樹立紅旗,頭綁紅巾,故稱作「紅巾」或「紅軍」,又因焚香聚眾,又稱作香軍。