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  一般認為氯己定殺菌原理,主要是破壞細菌胞漿膜上的滲透屏障(而非以前的假設,ATP酶失去活性而達致殺菌效果),低濃度可導致部分胞漿滲漏,高濃度則可致胞漿凝聚變性,從而殺菌。其優點為刺激性較其他外用抗菌劑為低、很少出現過敏性反應,但濃溶液仍可刺激黏膜,使用濃溶液有時會出現面板過敏,如不慎被濃溶液濺進眼睛,會導致角膜潰瘍,流入內耳則會有失聰之虞,而不慎吞食則會灼傷食道。此外不能與肥皂等陰離子表面活性劑混合使用。

  由於氯己定難溶於水,故一般與酸反應,製成可溶的鹽以增加在水的溶解度。常用的鹽類有:醋酸鹽(醋酸氯己定)、鹽酸鹽(鹽酸氯己定)、檸檬酸鹽(檸檬酸氯己定)、葡萄糖酸鹽(葡萄糖酸氯己定)。醋酸氯己定可用於手術前洗手,手術部分術前準備。葡萄糖酸氯己定則可用於漱口。
氯己定(或稱洗必泰)為外用抗菌劑及陽離子表面活性劑,對多數革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌具殺滅作用(雖然對革蘭氏陰性菌作用較弱)。除可抑菌外,也可殺滅一般細菌。