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  尼古拉二世生於俄國聖彼得堡,是俄羅斯皇帝亞歷山大三世與皇后瑪利亞(丹麥公主達格瑪)的長子。  青少年時期的尼古拉因為身體虛弱,患有難止血的血友病,並沒有受到父親亞歷山大三世的喜愛。但作為皇室成員,他依然得到了嚴格的教育,會說流利的德語,法語和英語。  1881年3月13日,他的祖父亞歷山大二世在聖彼得堡死於民意黨的刺殺後,他的父親亞歷山大三世繼位為皇帝,他也進位為皇太子。  皇太子時期,為西伯利亞鐵路建設委員會主席。1891年,前往海參崴主持出席西伯利亞鐵路開工儀式時,順路訪問日本,於大津遇襲,史稱“大津事件”。

  從19世紀末起,以重工業為中心的俄羅斯工業體系得到完善。高速成長的資本主義經濟與落後的第一產業之間產生了不可克服的矛盾。1895年與德皇威廉二世和法國總統盧貝干涉日本歸還遼東半島給大清,因俄國在東亞令日本就範的行為令朝鮮出現了親俄派,朝鮮皇室企圖利用俄國的影響力反對親日勢力,導致了乙未事變。  1896年5月26日,俄皇尼古拉二世加冕,清廷命李鴻章為專使,王之春為副使,贈俄皇頭等第一品御賜雙龍寶星。之後,清與俄訂新約,此時李鴻章尚未回國,俄駐華大使喀希呢以密約方式請求總署奏請,獲得批准。約成,俄派遣貴族鄔多穆斯契以報謝加冕使的名義來北京,提議成立華俄銀行,清廷命許景澄與俄結華俄道勝銀行契約,清廷出股本銀五百萬兩,與俄合辦。又成立中國東三省鐵路公司,立條例九章,其第二章銀行業務之第十項,規定對於中國之業務:一,領收中國內之諸稅;二,經營地方及國庫有關係之事業;三,鑄造中國政府允許之貨幣;四,代還中國政府募集公債之利息;五,佈設中國內之鐵道電線,並訂結東清鐵道會社條約,以建造鐵路與經理事宜悉委銀行。  1899年,俄皇尼古拉斯二世命令興辦聖彼得堡工藝學院(今聖彼得堡國立技術大學)。  1900年,鎮壓義和團之後,尼古拉二世派軍參與八國聯軍,入侵大清順天府,佔領滿洲,並在朝鮮半島和滿洲與日本爭奪權益,導致1904年的日俄戰爭。1905年,旅順被日本攻克之後,聖彼得堡發生“血腥星期日”事件,1905年革命就此爆發。之後雖因斯托雷平改革而暫時度過難關,但是又陷入更復雜的巴爾幹半島問題。

  1898年,尼古拉二世提議並呼籲制定了著名的荷蘭海牙國際法公約(1899和1907年)。因此,1901年尼古拉二世獲得了諾貝爾和平獎的提名。

  1914年,尼古拉二世帶領俄國加入第一次世界大戰,由於戰況不利,德國及奧匈帝國很快反攻佔領俄屬波蘭至1917年德軍已攻至白俄中部及波羅的海地區,以及糧食困難等原因,激起人民的不滿。當時,因皇太子阿列克謝患有血友病,尼古拉二世的多數時間隱居在聖彼得堡的沙皇村和黑海,與家人待在一起。由於皇后寵信“顛僧”拉斯普京,有穢亂後宮之嫌,引起年輕貴族和軍官團的不滿,尼古拉二世失去了軍人、官僚和資本家的支援。拉斯普京在1916年末被俄羅斯貴族合謀刺死。  1917年,德皇威廉二世私底下協助列寧從瑞士穿過德國領土,經芬蘭回國,讓其發動革命,以使俄國退出戰爭。3月,聖彼得堡市民發動反飢餓遊行,引發二月革命。

  二月革命爆發,尼古拉二世在3月15日(儒略曆3月2日)退位,越過其子阿列克謝皇儲,傳位給弟弟米哈伊爾·亞歷山德羅維奇大公,但大公並未立即接受皇位。而隨著俄國臨時政府接管俄羅斯帝國,建立俄羅斯共和國,羅曼諾夫王朝實質滅亡。  尼古拉二世退位後,英國國王喬治五世拒絕接受其家族前往英國避難,於是尼古拉二世家族被亞歷山大·克倫斯基領導的臨時政府安置在西伯利亞的託博爾斯克。11月7日,俄國爆發十月革命,尼古拉二世家族被布林什維克軍隊逮捕,囚禁於葉卡捷琳堡伊帕切夫別墅。1918年7月16日深夜或7月17日凌晨,尼古拉二世家族包括和他們在一起的僕人近10人被領至一廢棄教室內,士兵架起機關槍瞄他們全家集體處決。事後他們的屍體被澆上硫酸和汽油銷燬,殘餘骨渣被埋藏在葉卡捷琳堡地區的一個廢棄洞穴中。  伊帕切夫別墅於1977年7月時被時任蘇共斯維爾德洛夫斯克州黨委第一書記的鮑里斯·尼古拉耶維奇·葉利欽奉命拆除,後來他在自己於1990年出版的回憶錄中表示對此感到羞愧。

  第一次世界大戰後期,一些歐洲國家不滿於俄國單方面退出戰爭,並希望能夠控制革命後的俄國,對當時的蘇俄進行了大規模的武裝干涉。同時國內殘存忠於皇帝的勢力組織白軍發起了反對蘇維埃政權的戰爭。儘管國內殘存忠於皇帝的勢力基本上只是利用皇帝的名義,內憂外患下的紅軍領導人也很容易將一些事實與尼古拉二世扯上關係。並無證據表明這一行動是否出於蘇俄領導階層的授意。  關於俄國末代皇帝尼古拉二世具體的死因,一些證據指向當時的全俄肅清反革命及怠工非常委員會“契卡”(由捷爾任斯基在列寧支援下主持成立於1917年12月20日,並由人民代表大會宣佈正式建立)。關於這一組織的宗旨,其領袖捷爾任斯基稱:“我們代表的就是自我組織的恐怖主義——這話要先說清楚。”“紅色恐怖包括了實施恐怖政治,逮捕和消滅階級敵人,消滅他們的階級聯盟,消滅他們在革命前所的扮演的角色。”並在成立後不久即開始組建自己的安全部隊。由於這一組織擁有紅軍領導階層賦予的近乎完全自主的恐怖權力,因此在當時除遜位的皇帝外還有成千上萬的人未經任何司法審判即被處決。蘇俄給人的恐怖主義統治風格印象亦要歸咎於這一組織。  1990年代,尼古拉二世家族的遺體被重新找到,並經DNA檢測得到確認。只有阿列克謝和一位公主(身份不詳,有一說是三公主瑪莉亞女大公)的遺體未被發現。1998年,根據俄羅斯總統葉利欽的命令,尼古拉二世家族的遺體被隆重安葬在聖彼得堡的彼得保羅大教堂中。2000年,尼古拉二世家族被俄羅斯正教會追封為殉教聖徒。  2007年11月25日《紐約時報》報導,蘇聯時期的檔案中,有行刑者回憶處決過程的祕密報告。一群業餘人士分析報告後發現,線索就在行刑隊帶頭者雅可夫·尤洛夫斯基的證詞中。尤洛夫斯基表示,其他王室成員或支持者未來尋找尼古拉二世一家遺骸時,會將目標設定為11具遺體;他們為了混淆視聽,故意將其中兩具屍體焚燬,並埋在另一個地點。這群業餘人士根據線索,在距離當初發現九具遺體地點約60米的樹林裡,發現大抵燒得焦黑的兩具骨骸,裡面還夾雜子彈和盛裝強酸罐子的碎片,強酸應是用來毀屍滅跡。這些殘骸發現時的樣子和最早發現的九具屍體類似。 2008年4月,負責領導DNA鑑定團隊的莫斯科國立大學教授伊格列·羅革耶夫(Evgeny Rogaev)接受採訪時,根據去年的DNA鑑定研究得知,尼古拉二世全部的孩子,連之前都傳說逃過一劫的安娜斯塔西亞,幾乎都能夠被證實被殺,一個都沒有留下來。  2008年7月,俄國總檢察長辦公室發表宣告說:「使用三種遺傳檢驗完整進行的DNA研究結果證實了一種假設,即第二座墓穴埋葬了瑪利亞女大公和阿列克謝皇太子的遺體。」在這項宣佈作出之後數小時,俄羅斯東正教徒將舉行儀式,以哀悼尼古拉二世與家人1918年7月17日凌晨遭處決90週年。  2008年10月1日,俄羅斯最高法院正式為尼古拉二世平反,宣佈他的家族是蘇聯鎮壓下的受害者。俄國當局正式推翻有關羅曼諾夫皇族罪有應得的觀念,而此一皇族所遭指控的罪名正是90年前布林什維克革命以及將尼古拉二世一家處死的重要正當性依據。最高法院發言人奧金佐夫說:「本院主席團宣佈,對尼古拉二世及其家人的鎮壓毫無理由,並恢復他們的名譽。」  2009年3月,DNA鑑定結果公佈,確定阿列克謝皇儲與瑪莉亞女大公遭到殺害。

  1894年11月26日在聖彼得堡冬宮娶黑森和萊茵大公國的維多利亞·愛麗絲·海倫娜·路易絲·比阿特麗絲郡主(Victoria Alice Helena Louise Beatrice),俄羅斯名為亞歷山德拉·費奧多羅芙娜。二人於一個婚禮上彼此一見鍾情,但由於亞歷克斯信奉路德宗,不願改信俄羅斯東正教,加上尼古拉二世父母不喜歡亞歷克斯的內向性格,二人一直未能成婚。直到後來亞歷山大三世身體每況愈下,他希望尼古拉儘快有子嗣,最終同意二人婚事。  尼古拉二世與亞歷山德拉皇后育有五名子女:
尼古拉·亞歷山德羅維奇·羅曼諾夫即尼古拉二世(,1868年-5月18日-1918年-7月17日,儒略曆1868年5月6日-1918年7月4日),俄羅斯帝國末代皇帝和芬蘭大公,在位時間1894年—1917年。