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  殲滅麻雀的結果使農田當中的害蟲幾乎沒有天敵,而讓次年的糧食嚴重欠收,發生極為嚴重的饑荒問題。不久後,包括鄭作新在內的很多鳥類學者通過野外研究,證實了在麻雀的食譜中,人工種植的穀物僅佔不到50%的比重,他們的研究成果甚至發表在中共中央的機關報《人民日報》上,這是絕無前例的研究。1959年11月27日,中國科學院黨組書記張勁夫,綜合生物學界的意見,寫了一份“關於麻雀問題向主席的報告”。隨即在1960年3月16日,毛澤東在為中央起草的關於衛生工作的指示中改變了消滅麻雀的決定,提出麻雀不打了,代之的是打臭蟲,4月19日,這一包含修正後“除四害”的《農業發展綱》四十條,正式提請第二屆全國人民代表大會第二次會議討論通過,向全國公佈。從“承受不起麻雀造成的糧食損失而轟麻雀”到“全面權衡利弊、寧可遭受糧食損失也要容忍麻雀”,最後還是肯定了麻雀的作用,改變了“轟麻雀”的做法。

  在數年後開始的“文革”中,這些反對打麻雀運動的科學家被扣上“利用麻雀做文章”來反對毛主席、反對“大躍進”、反對“最高指示”等種種“罪名”,受到殘酷迫害。朱洗在1962年就已病逝,但此時仍被扣上把毛主席同腓特烈大帝相提並論、公開反對毛主席的罪狀,因此受到紅衛兵砸碑掘墳、曝其屍骨。

  1998年6月19日,位於重慶的西南農業大學通過海報發起了“除四害”活動,95%的家庭被要求消滅這些害蟲。在此時的四害列表中,蟑螂取代了麻雀。1998年春天,北京也發起了同樣的“除四害”活動,但反應平淡。
除四害運動是大躍進時期的第一場運動,在運動最開始四害的定義為:老鼠、麻雀、蒼蠅以及蚊子,此後遭到動物學家一致反對後,1960年四害被重新定義為:老鼠、蟑螂、蒼蠅以及蚊子。