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  科隆在羅馬帝國時期稱作"「克勞蒂亞·阿格里皮娜的殖民地」"("Colonia Claudia Ara Agrippinensium"),名稱源自於小阿格里皮娜。自羅馬時代就成立了教區,953年成為總教區,首任科隆總主教布魯諾一世是神聖羅馬帝國首任皇帝-奧圖一世的弟弟;同時科隆總主教也獲得了世俗領土的治理權,成為一方采邑總主教,此為科隆采邑總主教區之伊始。其涵蓋了總主教區的世俗領土,包含位於萊茵河西岸的一整個狹長地區,其西濱臨於利西公國;在萊茵河的另一側則有西發里亞公國、伯格和馬克等領地。  13世紀,選帝侯制度誕生,並因1356年的金璽詔書而確立,共有四個世俗諸侯和三個教會諸侯擔任此職,其中包含了科隆總主教,此外科隆總主教也獲得義大利大書記官(Archchancellor)的頭銜。爾後科隆采邑總主教區就被稱為科隆選侯國(Erzstift und Kurfürstentum Köln)。  1288年瓦林根之戰後科隆從選侯國中獨立為自由城市,因此科隆總主教被迫遷出科隆,改以波恩為選侯國首都。 自此科隆總主教只有科隆總教區的教會地位,而不再是科隆的政治領袖。不過選侯國依然保有科隆以外的領地。  在16世紀其間,有兩個科隆總主教改宗新教,一個是赫爾曼·馮·威德,他改宗後就選擇辭退總主教職位;另一個則是格布哈特·特魯赫澤斯·馮·瓦爾德堡,然而蓋布哈爾德於1582改宗加爾文派後,不打算放棄自己的領地,試圖將科隆選侯國世俗化。這導致了科隆戰爭,教廷僱用了西班牙和義大利的傭兵,還有巴伐利亞也派出軍隊,以對抗為了保有新教選侯國的荷蘭。1583年12月11月,科隆戰爭結束,新教的主教繼承者放棄教區,並退休移居到斯特拉斯堡。這是一次成功的反宗教改革。最後由出自巴伐利亞公家族的繼任了科隆總主教之位。從此之後到18世紀中葉,科隆總主教一席經常由維特爾斯巴赫王朝的巴伐利亞系成員擔任。由於這段期間的科隆總主教也通常身兼明斯特和列日的采邑主教,因此科隆總主教成為了德國西北的重要領袖之一。  1795年,選侯國在萊茵河左岸的領土被法國佔領,並於1801年被正式割讓。隨著1803年的而世俗化,采邑總主教區解散,西發里亞公國被分給黑森-達姆施塔特伯國。1824年,科隆再度成立總教區,只是總主教不再握有世俗政治權力,而是單純的宗教領袖。現今主教座堂為知名的科隆大教堂。
科隆選侯國(),是神聖羅馬帝國的一個存在於10世紀到19世紀初的采邑主教領國,由科隆總主教統治。在13世紀科隆總主教被封為選帝侯前被稱為科隆采邑總主教區,是最早的七個選侯國之一,她包含有天主教科隆教區以及其他教會領地。1288年時因為和試圖使科隆成為自由城市的市民團體衝突,因此科隆總主教將首都從科隆搬到波恩。1794年被法國軍隊入侵,最後在1803年世俗化。直到1824年才重新成立天主教科隆總教區。