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  德國生物學家格奧爾格·奧古斯特·戈德弗斯在1830年第一次將原生生物與其它生物區分開來,他使用“protozoa”(原生動物)一詞來指代例如纖毛蟲和珊瑚等生物。這一生物分類在1845年被擴充套件到包含所有單細胞動物,例如有孔蟲門和變形蟲等。19世紀60年代英國生物學家約翰·霍格第一次提出了"Protoctista"這一正式的生物分類學,他認為原生生物應該包括在他看來原始的單細胞動物和植物。霍格將原生生物定義為“自然界的第四界”,其它三界分別為植物界、動物界和礦物質界。在1866年,德國生物學家恩斯特·海克爾將礦物質界移出了生物分類學,並將原生生物命名為“protists”,使當時的生物分類為植物界、動物界和代表“原始生命界”的原生生物界。那時原生生物依據其與"更高一級"的界的生物的相似性而被分為多個類別:「類似動物」的原生動物(Protozoa)、「類似植物」的葉狀植物(Thallophyte,主要是指單細胞藻類)、「類似真菌」的黏菌(slime molds)或水黴(water molds)或原生菌類。這種基於共同點,缺乏深度的分類方式被基於系統發生學(演化過程中生物的相關性)的分類方式所取代。但是這類術語至今仍然被用於描述這些生物的形態學和生態學特徵。  一個世紀後,美國生物學家赫伯特·克普蘭恢復了霍格的命名方法,他認為“Protoctista”字面意思為“最先建立的生命”,同時他還抱怨稱海克爾的命名“protista ”還包括瞭如細菌在內的無核微生物,而他自己的“Protoctista”命名不包括這類生物。克普蘭的命名指代了含有細胞核的真核生物,例如矽藻、綠藻和真菌。基於這一理論美國生物學家羅伯特·惠特克建立了包含了真菌界、動物界、植物界和原生生物界的四界分類系統。此後為了與原核生物進行區分,原生生物界只代表真核微生物,而原核生物則被分入原核生物界,這形成了五界分類系統。這一分類系統一直被廣為接受,直到20世紀末。那時分子系統發生學開始得到發展,人們開始意識到原核生物和原生生物兩者均不是一類具有相關性生物的集合(他們不是單系群)。

  目前“protist”這一術語被用來指代一系列的單細胞真核生物,這些生物可能以單獨細胞的形態或者以群落的形式存在,並且沒有分化出特別的組織。而“protozoa”則被用來指代原生生物中不形成絲狀結構的異營生物。這兩個屬於已經不再在現代生物分類學中使用,而僅僅是用來非正式指代其所代表的生物。  生物分類學中對原生生物的分類依舊在發生變化,較新的分類嘗試基於超微結構、生物化學和基因學層面使其指代單系群的生物。由於原生生物整體來看是並系群,因此如上所述的分類方法會使現有的界分類分裂或者被棄用,而不能將原生生物作為真核生物裡的一個單獨的支線。由Adl "et al." (2005)最近提出的一個方案既不會干擾生物分類學的正式分類,又可以將生物體編入一個分級編目中,這使得生物分類在相當長的一段時間內可以變得更穩定並易於更新。原生生物分類中有一些被認為是門分類的已經在本文右側的資訊框中列出,其中有很多被認為是單系群,但是目前仍缺乏證實。例如古蟲界生物可能不是單系群的,又例如只有當定鞭藻門和隱藻門被排除在外時,囊泡藻界生物才能說是單系群的。

  常見的原生生物包括纖毛蟲(ciliates)、變形蟲、瘧原蟲、粘菌、浮游生物、海藻,也有光自營的單細胞遊動微生物,如眼蟲等。

  單細胞原生生物雖沒有細胞分化,為了執行各種生物學功能,結構更為複雜。結構複雜、變異多樣的始祖原生差異巨大,逐漸發展為現今的植物、真菌和動物。

  幾乎所有的原生生物都進行有氧呼吸。他們的營養方式也是真核生物中變異最大的,有些為自營,有些為異營,還有些為混合營養的,可行光合作用和異養。  也可以根據類似的分類進行分類:

  真核生物除動物、植物、真菌三界之外統稱原生生物,為並系群。  注:以上真核生物列表不完全,尚包括有其他一些未歸類原生生物。
原生生物(學名:,)統稱真核生物域中,不屬於植物、動物和真菌,一般個體微小、多數為單細胞、有細胞核和原生質膜包圍的細胞器真核生物。原生生物譜系是一個並系群而非單系群,因為它們並不是一個自然類群,各個大類群之間差異很大且不知道他們的派生關係,過去單純為了研究方便,將這些細胞結構、繁殖和生活史等方面表現出很大的差異的生物暫時歸為一類。