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  該寺由倭馬亞王朝第5代哈里發阿布杜勒·馬利克及其子在公元705年至709年間建造在原聖殿教堂的殘基之上。780年毀於地震,932年由阿巴斯王朝第19任哈里發重建。11世紀加蓋了圓頂,改建後的清真寺高至88米。1099年,該寺在第一次十字軍東征中被入侵的十字軍改造成教堂、兵器庫和兵營。1187年耶路撒冷被薩拉丁易主後又進行了修復。  2017年7月14日,3名以色列警察在聖殿山外遭以色列籍阿拉伯人槍擊,其中2人身亡,襲擊者隨後逃到聖殿山。以色列警方在事發後封鎖了聖殿山上的阿克薩清真寺,當天正是週五主麻日,這是半世紀來穆斯林第一次不被允許週五在阿克薩清真寺禱告。2017年7月16日下午,以色列警方重開耶路撒冷老城內之前遭關閉的商鋪及被封鎖的交通,並重開阿克薩清真寺,但在阿克薩清真寺入口處新設的金屬探測器及安全攝像頭遭穆斯林抵制。2017年7月18日,據“阿拉伯新聞報”網站援引阿拉伯語媒體Elaph的報道稱,沙烏地阿拉伯國王薩勒曼經私人途徑通過美國高階別官員斡旋獲得了以色列總理內塔尼亞胡“重開阿克薩清真寺”的承諾。但2017年7月19日晚,以色列警方再度關閉阿克薩清真寺。正在中國進行國事訪問的巴勒斯坦國總統阿巴斯決定提前結束訪問回國。

  禮拜大殿長90米,高8米,寬36米,內有53根大理石圓柱和49根方柱。
阿克薩清真寺(阿拉伯語:,,,英語:英語:al-Aqsa mosque),位於耶路撒冷舊城聖殿山。“阿克薩”在阿拉伯語中意為“遙遠”,故本寺又名遠寺。雖然《古蘭經》第17章第7節指禁寺上有猶太人的聖殿(我說:『如果你們行善,那末,你們是為自己而行善,如果你們作惡,那麼,你們是為自己而作惡。』當第二次作亂的約期來臨的時候,(我又派遣他們),以便他們使你們變成為愁眉苦臉的,以便他們像頭一次那樣再入禁寺,以便他們把自己所佔領的地方加以摧毀。) 阿克薩緊鄰著名的圓頂清真寺(又稱:金頂清真寺、岩石清真寺、登霄石清真寺)相傳為穆罕默德夜行登霄之處。