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  即位時因年幼而未親政,由貴族姻親鮑里斯·莫羅佐夫攝政。  由於莫羅佐夫的政策是加強國家的財政壓榨,1648年莫斯科爆發了反對徵收高額鹽稅的市民起義。1649年召開的全俄縉紳會議批准了新的法典(《會議法典》)。根據這部法典,追捕逃亡農奴的期限為無限期。貴族和修道院所有的享有免稅待遇的村落也被徵收賦稅。在這種情況下,1650年發生了普斯科夫和諾夫哥羅德的起義。  阿列克謝·米哈伊洛維奇時期的經濟政策,一般是維護商人的利益,振興工業活動。可是對農民的剝奪日益強化,財政搜刮也加強了。1662年莫斯科發生銅幣起義,1670—1671年發生了斯捷潘·拉辛的農民起義。1654年起全俄羅斯東正教大牧首尼孔開始宗教改革,反對宗教改革的舊禮儀派(分離派)遭到主流派的清除。  對外方面,1654年獲得左岸烏克蘭,由此爆發與波蘭的戰爭。最終確立了對東烏克蘭的宗主權和影響力。但是與此同時對波羅的海方向的擴張則沒有獲得成功。  阿列克謝·米哈伊洛維奇虔信宗教,但是前後兩個妻子所生的兒女並不和睦。
阿列克謝·米哈伊洛維奇(Алексей Михайлович Тишайший;1629年-3月19日-1676年-1月29日,1645年-1676年在位),是俄國沙皇米哈伊爾一世的長子。