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  教宗瑪爾定五世宣告成立一個宗座祕書處,設祕書數人管理外交檔案和接待各國使節之事務。一開始人數並無規定,之後教宗嘉禮三世將人數訂為六人;之後在1487年12月31日,教宗諾森八世釋出了宗座憲章《Non Debet Reprehensibile》將祕書人數增至二十四人,並在其中選擇一人任命為宮廷祕書(Secretarius Domesticus),專門管理重要檔案和處理重大案件。  爾後教宗良十世又另行設立了一個職位「Secretarius Intimus」,任命一位樞機擔當,專門管理教宗國內事務以及外部信件,與宗座大使在一段時間內往往是教宗的親信(如姪子外甥),授予樞機職後接任此職。到了宗教改革時代,受到此風影響,教宗諾森十二世於1692年6月22日正式廢除「Secretarius Intimus」。由於在此之前教宗諾森十世在1678年對宗座祕書處進行過改組,因此該職位被廢除後期職責就正式移交給了聖座國務院。  1814年7月19日,教宗庇護七世成立了非常教務部(Sacred Congregation for the Extraordinary Ecclesiastical Affairs)專門管理非常教務。爾後教宗庇護十世將國務院分為三個部分,非常教務部就形成其中的第一個部分,另外兩個部門分別是普通教務部和文書處。1967年聖座組織法修改,非常教務部改組到國務院之外成為教會公共事務委員會。  1988年6月28日,教宗若望保祿二世頒佈宗座憲章《善牧 (宗座憲章)》,改革了聖座的組織規劃。1989年3月1日實施後,國務院的組織結構形成一般事務及對外事務兩個部門至今。

  教宗若望保祿二世釋出《善牧 (宗座憲章)》憲章改革聖座組織後,國務院被設立為下分兩個部門:一般事務處和各國關係部門。

  聖座國務院的首長為國務樞機卿負責管理聖座對外的外交關係及國內事務,是教宗的首席副手,他某些時候也是教宗的代表。此外也有一位副國務卿及一位祕書長分別協助管理兩個部門。

  一般事務處的主管職稱為副國務卿。現任副國務卿為埃德加·佩納-帕拉,處長為。  一般事務處負責處理聖座的一般事務,包括籌措羅馬教廷所舉辦的活動、釋出官方通告、管理教宗的檔案、和外國駐聖座大使館接洽,並管理密函和教宗的漁人權戒,管理官方媒體《羅馬觀察報》、梵蒂岡廣播電臺、梵蒂岡電視中心(),統計資料等業務。

  各國關係部門會由一位祕書長擔任主管,由於各國關係部門的職責為和各國政府往來,因此祕書長也常被視為聖座的外交部長。現任祕書長為保祿·加拉格爾 (主教),副祕書長(雙邊外交事務)為,副祕書長(多邊關係事務)為女士。  該部門職責大多是外交事務,如和各國建立邦交關係、在各國際組織(如聯合國)派任觀察員等。
國務院(,原意為「國務祕書處」)是聖座的行政機構——羅馬教廷內歷史最悠久的羅馬教廷部門,創始於15世紀,主要功能為處理聖座和梵蒂岡城國的內部行政及外交之事務。其首長為國務樞機卿。