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  1669年9月23日神聖羅馬帝國皇帝,國王,哈布斯堡王朝的利奧波德一世簽署法令批准在皇家自治城市薩格勒布建立一個耶穌會學院。  學院由耶穌會管理直至1773年。  1776年,女大公兼女王瑪麗亞·特蕾西亞簽署法令成立皇家科學學會(),該學會在薩格勒布一直運作到1874年。

  1861年,Josip Juraj Strossmayer主教向克羅埃西亞議會提議在薩格勒布建立一所大學,1869年弗朗茨·約瑟夫一世簽署法令建立薩格勒布大學,1874年議會通過建校法案並由皇帝於同年1月15日批准。1874年10月19日舉行創校儀式,令薩格勒布大學成為奧匈帝國外萊塔尼亞地區內的第三所大學。  在克羅埃西亞獨立國時期 (1941–1945), 學校被稱為克羅埃西亞大學(Hrvatsko sveučilište)。

  自1874年以來,薩格勒布大學共計培養超過20萬名本科生,1萬8千名碩士和8千名博士。
薩格勒布大學(, )是克羅埃西亞最大的大學,同時也是維也納以南的中歐地區及東南歐持續辦學時間最長的大學。該國的國家圖書館薩格勒布國家和大學圖書館同時也是該大學的中央圖書館。2011年,該校位列上海交通大學世界大學學術排名500強之列 。