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  該城第一座清真寺的具體始建時間已難以考證,但一般認為是在1200年到1330年這個時間段內。文獻上的最早記載出自al-Sadi所寫的《Tarikh al-Sudan》一書。該地的清真寺在成書時的17世紀中葉時已經存在,而書中記錄了該地清真寺的更早的一段歷史,但據推測僅有可能只是根據一些口述資料整理而得。《tarikh》中敘述說蘇丹Kunburu成為穆斯林後,推平了自己的宮殿,另建一座清真寺,而他自己則在清真寺的東面新蓋了一座宮殿。他的繼任者為清真寺建造了高塔,而其他後輩繼任者則構建了圍牆。  在法國探險家荷尼·凱利(René Caillié)1828年達到傑內城以前,再無其它能找到的對於大清真寺的有效文獻記載。荷尼寫道:“在傑內城中有一座用泥土建造的清真寺,立有2座巨大但並不算高的塔樓;建造得並不精緻,雖然規模很大。人們任由千百隻燕子在清真寺上安家。這產生了一股很不好聞的氣味。人們為了遠離這種令人不愉快的氣味,一般都會跑到外部的小庭院那邊去做禱告。”

  在荷尼到達的10年前,富拉尼人領袖塞庫·阿瑪杜(也即阿赫馬杜·洛博)建立了他自己的吉哈德,並佔領了這座城市。塞庫似乎對當時的清真寺並不滿意,一直廢棄對該清真寺的修繕工作。那座清真寺可能就是凱利所看到的那座。塞庫還把附近的其它幾座小清真寺都關閉了。 1834年到1836年間,塞庫在清真寺的東側,也就是恰在原宮殿的舊址上,又新建了一座清真寺。新寺廟規模很大,但沒有建造塔樓,也沒有任何裝潢。  1893年4月,路易斯·阿希納(Louis Archinard)率領法軍佔領了這座城市。不久,法國記者菲力·杜布瓦(Félix Dubois)來到此地,並描述了舊清真寺的殘跡。在他來訪時,受損的舊清真寺的內部正被當做墓地使用。杜布瓦在《Timbuctoo: the mysterious》一書中給出了一個平面圖以及草圖,用以描述損毀前的舊清真寺在他的想象中是個什麼樣子。

  1906年,管轄城鎮的法國當局重建了舊清真寺,而在塞庫的新清真寺改建為學校。重建工程由城內的泥瓦匠行會長Ismaila Traoré指揮,使用了許多被強迫參與的勞工,於1907年完工。從那時拍攝的照片可以看出,至少有一部分新的外牆與舊牆在位置上是重合的,但是尚不能肯定支撐穹頂的立柱的佈局是否有所變化。所謂"qibla"牆內的3座大塔的對稱式佈局是清真寺重建後最顯眼的新特點。關於重建後清真寺的風格在多大程度上受到了法式建築影響的問題,還引起過長期的討論。1910年杜布瓦重遊傑內城時,被這座面貌大不相同的建築所震驚了。他認為這是法國殖民政府弄巧成拙幹出來的“好事”,並寫道它的外形就像是介於刺蝟和教堂管風琴(church organ)之間的不倫不類的過渡品。他認為錐形頂的存在使得整個建築看起來像極了一座祭拜栓劑(suppositories)之神的巴洛克風格的寺廟。與之相反,作家簡-路易·布吉瓦(Jean-Louis Bourgeois)則爭辯說,除了裡面的一些拱門外,法式風格對建築的影響很小,而且整體設計算是“基本符合非洲風格的”。  東側牆的正前面有2塊墓地。靠南的大墓地裡埋葬有Almany Ismaïla的遺體,他是18世紀的一位重要的伊瑪目。在法國殖民早期,為創造一片可以走人的開闊地帶,清真寺東側的一個池塘被泥土填平。這裡現在成了每週辦一次的集市所在地。  馬裡的許多清真寺內都加設了電線和管道。有時,建築物的原始表面由於鋪管道的需要而所有修整,從而也破壞了其原本的歷史外貌,有時還會破壞建築結構的整體性。但是大清真寺裝備了一套揚聲器系統,城內居民為保護建築的整體性而抵制各種現代化修整。歷史遺蹟保護專家讚揚當地社群對於文化保全所作的努力,並從90年代起開始關注居民們對清真寺的保護。  1996年,《時尚》雜誌在清真寺內辦了一場時裝表演。《時尚》雜誌拍攝了不少衣著暴露的女性模特照片,這超出了當地居民價值觀念的接受程度,因此,非穆斯林人從此不再被允許進入該清真寺。  該清真寺也見於2005年電影《撒哈拉》中。

  整個傑內市社群的人們都會積極參與到對大清真寺的修繕工作中來,而且還會把整個修繕工作當做某種特殊的年度節日一樣來過。既然算是一個節日,這其中當然包括人們聚在一起分享音樂和食物,但主要目標還是修繕清真寺在過去一年內暴露出的一些損毀問題(牆體最常見的問題是由陰雨導致的侵蝕和由氣溫及溼度變化而引起的乾裂)。在節日來臨的前幾日,灰泥會被提前放入溝渠裡備用。原料的成熟過程需要花上好幾天時間,還需要每隔一段時間對其進行一次攪拌。攪拌工作常交給愛捏泥巴的孩子們去完成。男人們可藉助清真寺內內建的腳手架和由嵌入牆體的棕櫚木排成的樓梯爬上清真寺的高處,將灰泥塗抹到出現問題的清真寺牆體表面。  另外一組男人則負責把溝渠處存放好的灰泥運送給清真寺內的修繕員們。在節日的頭一天還會舉行賽跑,以決出誰是第一個把灰泥運送到清真寺的人。婦女和女孩們在節日前夕把水送到溝渠,在節日期間則負責把水送給修繕員們。傑內泥瓦匠行會的成員負責指導工作,社群中已參加過多次節日勞動的年長者則以榮譽者的身份坐在集市廣場上觀看這個修繕過程的進行。  在中世紀,舊的大清真寺曾是非洲最重要的伊斯蘭文化學習中心之一。數以千計的學子曾慕名來到傑內的伊斯蘭學校學習《古蘭經》。含大清真寺的傑內舊城區在1988年被聯合國教科文組織列入世界文化遺產名錄。雖然當地的很多小清真寺比大清真寺的翻新時間更久一些,但大清真寺仍是傑內城和馬裡國的最重要標誌物。  2006年1月20日,因有人目擊到一隊人在清真寺頂似乎有用力踢踏磚牆的行為,城內引起了一場暴力事件。當時那一隊人只是在檢查房頂,這是由阿迦汗文化信仰基金會所資助的修繕計劃的一部分。那隊人發現情況失控後很快溜之大吉,以免遭私刑處死。清真寺內的暴民搗毀了伊拉克戰爭期間由美國贈送的通風扇,還在城內掀起了一股暴亂風潮。人群劫掠了文化部門(Cultural Mission)和市長的家,毀壞了伊曼(iman)弟弟的汽車,還毀壞了屬於伊曼本人的3輛汽車。本地警方無法控制局面,不得不從莫普提區請來了援軍。混亂造成1人死亡。  2009年11月5日星期四,因連續下來了一整天總降水量達75mm的暴雨,"qibla"牆南塔的上部出現坍塌。阿迦汗文化信仰基金會資助了塔樓的重修工作。
傑內大清真寺(,英語:Great Mosque of Djenné)是一座聞名於世的蘇丹-薩赫勒式建築巨型土坯建築。該清真寺位於馬裡傑內市巴尼河的河漫灘上。該地的首座清真寺始建於13世紀左右,但現今的這座建築只可追溯到1907年。該建築是傑內市的城區中心建築,也是非洲最著名的地標性建築物之一。1988年,這座清真寺與同城的傑內古塔一同被聯合國教科文組織列入世界文化遺產名錄。