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  目前解釋黑死病成因的主要理論是鼠疫論。鼠疫桿菌是1894年由巴斯德研究所(Pasteur Institute)的法國醫生和細菌學家亞歷山大·耶爾辛在香港鼠疫大流行時發現的,當時傳染至印度的瘟疫病因。腺鼠疫(Bubonic plague)與敗血性鼠疫(septicaemic plague)會經由與跳蚤的直接接觸而傳染,其中最主要的一類跳蚤是鼠類身上的印度鼠蚤。許多細菌生活在這些跳蚤的身體中,阻塞跳蚤的胃部並使其變得飢餓。由於無法得到飽足導致跳蚤不斷地叮咬宿主。在叮咬與進食的期間,跳蚤胃裡的細菌便經由血液流動到開放的傷口中,使得細菌散佈到新的宿主身上。此外被感染的跳蚤最後會死於飢餓。然而中世紀時代的黑死病真實菌種與成因已經不可考。  人類的肺炎性鼠疫(pneumonic plague)有不同的傳染方式。這類鼠疫是經由血液或肺部受到感染者所咳出的唾液來散佈,而這些部位的感染,可能是始於淋巴腺型別鼠疫。以空氣為傳播方式的細菌,可能被附近的人吸入,造成肺部與喉嚨的直接感染,而不需經過淋巴腺。  鼠疫桿菌生活在泥土中,以皮外寄生(ectoparasites)的方式生存於齧齒類與人類身上。Michel Drancourt將這些細菌的生態整理出散佈模型。對於草原土撥鼠所做的動物鼠疫(epizootic plague)觀察顯示,被細菌感染的動物屍體,可能比跳蚤更適合用來解釋疾病的傳染方式。  關於歐洲地區鼠疫的出現、散佈與消失有一種假設:帶有跳蚤並受到感染的齧齒類,能夠將疾病傳給不同物種。最早因貿易活動而經由黑鼠("Rattus rattus")自亞洲傳入歐洲;但是到了歐洲之後,又經由褐鼠("Rattus norvegicus")進行更進一步的擴散。棕色的老鼠似乎沒有傳染性的功能,也沒有能力將跳蚤病傳染至人類身上而將其致死。老鼠的生態學中有很多錯綜複雜的事物,例如:老鼠的儲液囊竟能和人類的互相影響。所以說起間接性的傳染,或者非跳蚤的傳染病,儲液囊就能分析出病毒的暴發與散播,而導致幾個世紀的鼠疫。

  根據歷史學家巴尼·斯隆(Barney Sloane)的說法,黑死病的致病源頭並非一般所認為的鼠疫耶爾森氏菌("Yersinia pestis"),他舉出幾個例子以支援他的說法:

  中世紀的人們稱14世紀的災難為“大瘟疫”。丹麥的年鑑第一次用“黑色的”來描述這一事件,不只是因為患者晚期的面板會因皮下出血變黑,更確切的是指此事件給人帶來灰暗可怕的黑色恐怖陰霾。

  “鳥嘴醫生”是黑死病肆虐時期,歐洲各地專門醫治患者的醫師。他們會戴著具有防傳染功能的鳥喙狀面具來治療病患,因此被稱為“鳥嘴醫生”。這些瘟疫醫師往往沒受過多少醫學訓練,也缺乏臨床診斷能力;然而由於當時歐洲人手奇缺,因此這些醫生是各個城鎮相當珍貴的資產。  “鳥嘴醫生”身穿長袍,會使用一種木製的柺杖碰觸病人治病。也用於鞭打病人以赦免他們的罪,因為當時的人們相信罹患黑死病是不受上帝庇祐的惡人,而唯有透過鞭笞,病人才能從上天的懲罰中獲得救贖。
黑死病(英語:Black Death)是人類歷史上極嚴重的瘟疫之一。一般認為起源於亞洲,一說起源於中亞, 一說起源於喜馬拉雅山區,一說起源於黑海城市卡法,約在14世紀40年代散佈到整個歐洲,而「黑死病」之名是當時歐洲的稱呼。這場瘟疫在全世界造成了大約7500萬人死亡,根據估計,瘟疫爆發期間的中世紀歐洲約有占人口總數30%-60%的人死於黑死病。