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  早自明朝時,就有人提出施耐庵就是元末明初南曲著名戲劇家之一的施惠。此說最早見於明人徐復祚《三家村老委談》:“即君美之傳水滸,意欲供人說唱,聳人觀聽也,原非欲傳信作也。”  孫楷第《中國通俗小說書目》中認為“耐庵即施惠號”。曲學大師吳梅也持此觀點。  王利器認為《水滸傳》中有江浙方言,並發現施惠的《幽閣記》中有一些描寫和《水滸傳》相似,以次推斷二書皆出自同一人之手,施惠也就是施耐庵。  此外,戴不凡認為“疑施耐庵即郭勳”。他認為郭勳刻水滸後才開始使用筆名「施耐庵」。

  關於施耐庵的籍貫一直多有爭議。自從在江蘇省大豐市(今屬江蘇省鹽城市)、興化市(今屬江蘇省泰州市)一帶發現了施耐庵的一些史料文物後,經過學者研究,基本上認為祖籍是泰州海陵縣(今江蘇省泰州市),鼻祖世居興化,後遷蘇州。施耐庵晚年為避戰亂,又遷回興化,旋即徙居白駒場(現屬鹽城市)。但有一種觀點認為,水滸傳中對杭州地理的準確描述以及明顯的杭州方言痕跡證明施耐庵是杭州人。  施耐庵為孔子七十二弟子之一的施之常後裔。父親施元德依靠撐船維持家計,母親姓卞。有兄弟三人。

  由於關於施耐庵生平的文字資料缺乏,研究者多采集許多施耐庵家鄉的口頭相傳資料及後裔的口述和野史,來大致勾畫出施耐庵的一生。而一度被認為是信史的王道生《施耐庵墓誌》和袁吉人《耐庵小史》則被認為是偽作。

  元成宗元貞二年(1296年),施耐庵出生於平江路吳縣(今江蘇省蘇州市)閶門外懷胥橋北施家巷。由於家貧,無法上學。7歲開始,他只好通過自學學習。13歲後在滸墅關的一傢俬塾唸書。  19歲時,他考中了秀才。並且同私塾教書先生的女兒季氏結婚。25歲時被蘇州官吏薦為“孝行信義”,29歲考中舉人。元文宗至順二年(1331年),36歲的施耐庵中辛未榜進士,並結識了同榜的進士,也就是日後明朝的開國功臣之一的劉伯溫。  得中進士後,施耐庵獲朝廷委以錢塘縣尹之職。但是當時由於做事情需要得到元人擔任的達魯花赤批准,施耐庵十分不得志。做了兩年縣尹,由於觸怒元人,憤然辭官。在蘇州施家橋辦學授徒。在這裡,他收下了一個商人的兒子羅貫中(也就是日後《三國演義》的作者)為徒。其間施耐庵父親和妻子相繼逝世,隨後續娶了申氏。此時他已經開始著手撰寫《水滸傳》。  元惠宗至正十三年(1353年),販賣私鹽的張士誠起兵反元,其屬下卞元亨是施耐庵的表弟,於是在卞元亨的邀請下,施耐庵成為了張士誠的軍師。在施耐庵地幫助下,張士誠從興化一路打到蘇州。之後由於意見不合,施耐庵辭別張士誠,帶著門人羅貫中四處遊學。

  開始施耐庵在常熟河陽山隱居,為當地一家姓徐的人家當教書先生。三年後,劉伯溫向朱元璋推舉施耐庵,但是他堅辭不就,只好離開河陽山,回到蘇州施家橋。《水滸傳》大體也是在此時寫成。  元惠宗至正二十六年(1366年),朱元璋包圍蘇州攻打張士誠。為了躲避戰亂,在好友的幫助下,施耐庵舉家遷回興化白駒場故居。  《水滸傳》成書後,很快民間傳抄開來。根據民間傳說,劉伯溫奉皇帝之命尋訪施耐庵時,發現了施耐庵寫的《水滸傳》,並帶給了皇帝。朱元璋看過後,認為 “此倡亂之書也,是人胸中定有逆謀,不除之必貽大患。”密令當地官吏逮捕施耐庵。  施耐庵被關押一年多後被釋放,但是身體已經不行。雖然有羅貫中的幫助,但是返家途中又染病不起,只好在淮安養病。第二年,即1372年客死於淮安。

  民間傳說,施耐庵墓地有兩處。河陽山永慶寺西側墓地是假的。據說是施耐庵在這裡居住時結識的朋友陳聚、陳基兄弟所修。真墓則位於施家橋。  根據1962年出土的其子施讓墓的“施讓地券”記載,位於施家橋的施耐庵墓地是其孫施文昱在景泰四年從淮安遷葬與此。墓地西面有蘆葦蕩,相傳“水泊梁山”的描寫,多取材於此。其後人每年三月初一(忌日)和十月初二(生日)都會來此掃墓。一直延續到1937年抗日戰爭爆發。  此外,興化縣縣長蔡公傑於1943年據《興化縣續志》所記,於縣東施家橋修施耐庵墓,立碑書“大文學家施耐庵先生之墓”。《興化縣續志》關於施耐庵記載,源自胡瑞亭“施耐庵世籍考”,而該文所引內容被認為是近人偽作。

  施耐庵棄官後,深感朝政腐敗,民不聊生。當時有張士誠在蘇州起兵稱王,施耐庵教書之餘決心立志著書濟民勸世。施耐庵又懼於文字獄,於是便以民間流傳的宋江起義的故事曲筆為書。羅貫中幫助整理書稿。他們在書肆中翻找各種有關宋江起義的記載,逐漸寫成此書。  施耐庵開始在河陽山隱居寫書,後搬到白駒場。書中許多的景物描述,多取材自他隱居地周圍的自然景色,其中梁山泊的描寫被認為是以張士誠起義地的得勝湖、小陽山為背景。而書中的好漢的人物原型則許多來自張士誠的部下。  幫助他寫書的不僅有親戚和門人羅貫中,還有好友魯淵、劉亮、陸謙等人。  施耐庵被朱元璋關進獄中後,關於他出獄的原因有不同的傳說。民間傳說是他又寫了一部《封神演義》,朱元璋看過後覺得這根本怪力亂神,胡言亂語,認為施耐庵只是一個浮誇荒誕的瘋子,因此釋放了他。另一種說法是他又在獄中續寫《水滸傳》後五十回受招安的內容,朱元璋看後覺得他不是在歌頌農民起義,於是釋放。但是《水滸傳》還是被查禁。  施耐庵去世後,羅貫中將書稿整理後準備去當時刻書中心福建建陽刻印。但是當地無人敢印這本書。羅貫中無奈,只好留在當地等待時機,並且又對《水滸傳》重新進行了整理。不久後,他也染病去世。直到嘉靖年間,由朝廷派去抵禦倭寇的宗臣得到羅貫中後人進呈,付諸刻印。

  施耐庵元配季氏,後續娶申氏。有一子名施讓,字以謙。  施耐庵非常博學,也很有才氣,“舉凡群經諸子,詞章詩歌,天文地理,醫卜星相,一切技術無不精。”  亦有傳說指施耐庵精通武術。
施耐庵(1296年-1372年),名子安,字肇瑞,譜名彥端,齋號耐庵,一般被認為是元末明初小說家,中國四大小說名著之一《水滸傳》的作者。關於其籍貫,有興化說、蘇州說、杭州說。其生平因缺乏史料而眾說紛紜,甚至對有無此人都有爭議。《三國演義》作者羅貫中為其門人。