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  嘉靖四十一年(1562年)會元,殿試申時行榜第二名(榜眼),授翰林院編修。歷官國子監祭酒、侍講學士、禮部右侍郎等職。  萬曆五年(1577年)張居正不願守孝,自稱奪情,錫爵大力反對。次年,張居正回京辦公,錫爵故意請假,以示鄙夷。  萬曆十年(1582年)張居正死後,經孫繼先舉薦,恢復官職。張居正一死,眾臣奮起彈劾之,多年為敵的王錫爵,卻說張居正有其貢獻,不可一味抹煞。  萬曆十二年(1584年)拜禮部尚書兼文淵閣大學士,與時首輔申時行關係不錯,政府相得甚,曾疏請“禁謠諛、抑奔競、戒虛浮、節侈靡,闢橫議,簡工作”等六議,為帝所納。 萬曆二十一年(1593年)春入閣為首輔,在國本之爭中,大臣欲立皇長子朱常洛為太子,但神宗意圖立鄭貴妃之子朱常洵為太子,故對錫爵說,自己無嫡子,故要將皇長子朱常洛、皇三子朱常洵和皇五子朱常浩一併封王,是為「三王並封」。王錫爵既怕得罪皇帝,又怕被朝臣攻訐,於是同意,但希望請由長子向皇后拜為母親,如此長子就是嫡子。然而神宗只將錫爵同意的「三王並封諭」告示朝臣,等於明指朱常洛還需要補辦手續,才有機會成為太子,但朱常洛本來就應該是太子,因此大臣郎中趙南星、侍郎趙用賢等彈劾,指責王錫爵諛帝邀寵,王錫爵無奈,自劾請辭,不久趙南星被放歸,廷臣皆以為錫爵所為,朝中非議眾多,錫爵憤而稱病請去,“帝不欲其去,為出內帑錢建醮祈愈”。  萬曆二十二年(1594年)五月,連上八疏,終得辭退。  萬曆三十五年,內閣需要閣臣。帝既用于慎行、葉向高、李廷機,還懷念錫爵,加贈太子太保,改吏部尚書、建極殿大學士。遺官召之,錫爵再三辭退,帝不允,賜額「大學士第」。當其時朝廷上言官方厲鋒氣,抨擊輔臣,錫爵進密揭力詆,中有「上於章奏一概留中,特鄙夷之如禽鳥之音」,言官譁然,交章彈劾,於是錫爵闔門養重,堅辭不赴職。後三年病卒,享年七十七歲,贈太保,諡文肅,賜葬,敕建專祠。  王錫爵在閣時,曾經請明神宗罷江南織造,停江西陶器,減雲南貢金,出內帑振河南飢,神宗皆沒有反對,眷禮超過了前後諸輔臣。其救李沂,力爭不宜用廷杖,尤為世所稱。但是在三王並封事上遭物議抨擊,且郎中趙南星被罷,侍郎趙用賢放歸,論救者鹹遭譴謫,眾指控是錫爵為之,雖然錫爵連章自明,且申救,人們最終都沒有原諒他,益失時望。

  有子王衡,王錫爵為避浮議,在萬曆二十二年退休前不讓王衡參加進士考試,王衡於萬曆二十九年(1601年)才考取榜眼。孫王時敏,工書畫。曾孫王掞,清康熙年間官至大學士。  弟王鼎爵亦為進士。

  有《左傳釋義評苑》20卷、《召見紀事》1卷,《詩文集》32卷,《王文肅奏草》23卷,《王文肅集》56卷等。
王錫爵(1534年-1614年),字元馭,號荊石。直隸太倉州人,明朝政治人物。嘉靖壬戌進士。萬曆間官至吏部尚書,建極殿大學士,成為內閣首輔。卒諡文肅。