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  目前的教堂已經是第三次修建的聖奧斯定堂。聖奧斯定堂是西班牙人在呂宋島修建的第一座宗教建築,第一次修建聖奧古斯丁教堂是1571年由西班牙人用竹子和蘆葦建成,但是在1574年12月中國海盜林鳳逃亡到菲律賓時,進攻馬尼拉並以大火毀壞聖奧古斯丁教堂。第二次修建教堂用木頭建造,於1583年2月被毀,起火原因是在西班牙總督Gonzalo Ronquillo de Peñalosa的葬禮上,蠟燭點燃了棺材布。  第三次修建奧古斯丁教堂時,受奧斯定會位於當時同樣被西班牙殖民的墨西哥普埃布拉大教堂建築設計影響,胡安·馬西亞斯(Juan Macias)決定用石料重建教堂以及毗鄰的修道院。工程開始於1586年,由於缺乏資金、材料以及石匠,工程進度緩慢, 到1604年修道院完成,1607年1月19日聖奧古斯丁教堂正式宣佈完成,命名為馬尼拉聖保祿堂。 胡安·馬西亞斯(Juan Macias)在教堂完成之前去世。  1762年,在七年戰爭期間,佔領馬尼拉的英國軍隊洗劫了聖奧斯定堂。1854年,由建築師 Luciano Oliver修復了教堂。九年後,1863年6月3日,一場大地震毀滅了馬尼拉,聖奧斯定堂為該市唯一倖存的公共建築。1880年馬尼拉再次遭受一系列大地震的襲擊 - 從7月18日到20日。這一次,地震使教堂的鐘樓出現裂紋,後經修復。此前該教堂還經受住了其他地震的襲擊:1645年,1699年,1754年,1796年,1825年和1852年。  1898年8月18日,美西戰爭後,西班牙總督Fermin Jaudenes 在這座教堂準備馬尼拉向美國投降的條款。在第二次世界大戰期間,日本佔領了菲律賓,聖奧斯定堂被改為關押囚犯的集中營。在馬尼拉戰役的後期,數百名王城區居民和神職人員作為人質被日本軍隊關押紮起這座教堂,其中許多人在長達三週的戰役中遭到殺害。這座教堂本身在美國和菲律賓軍隊的轟擊中倖存了下來,只有屋頂受損,成為城牆內七座教堂中唯一倖存的一座,但是毗鄰的修道院被完全摧毀,於20世紀70年代改建為博物館。

  聖奧斯定堂長67.15米,寬24.93米。它的橢圓形的基礎使它能夠承受那些摧毀馬尼拉其他許多教堂的眾多地震。有人說,設計是源自於墨西哥的奧斯定會教堂。其立面其貌不揚,甚至被批評為“缺乏風度和魅力”,但是擁有華麗的木門雕刻。教堂的庭院有幾隻花崗岩雕刻的獅子,是加入天主教的華人贈送。  教堂平面為拉丁十字,內部有14個小堂,精美的天花板畫是1875年義大利藝術家 Cesare Alberoni 和 Giovanni Dibella的作品。  1965年教堂為了紀念天主教在菲律賓傳教400年,展出16世紀到19世紀期間百座天主教堂照片後,開始走向收藏菲律賓與西班牙珍貴歷史與藝術精品的博物館,也因此在1976年被政府定為國家歷史名勝(英語:National Historical Landmark)。
聖奧斯定堂、聖奧古斯丁教堂(英語:San Agustin Church)位於馬尼拉王城區的古城牆內,是1607年落成的羅馬天主教奧斯定會教堂,教堂建築本身是菲律賓最古老的建築物。