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  穆罕默德·阿里生於希臘卡瓦拉市的一個阿爾巴尼亞人家庭。父親易卜拉欣阿迦(敬稱,約等於「長官」)是位菸草商,。母親宰納布出身自阿爾巴尼亞的科爾察市,舅舅為「卡瓦拉的阿顏」侯賽因.阿迦。由於穆罕默德·阿里父親早逝,他被舅舅扶養長大。  早年的穆罕默德·阿里靠買賣菸草維生,並替舅舅擔任收稅的工作。1787年,他娶了表妹阿米娜.哈寧姆為妻,阿米娜此前曾有過一段婚約,然而在正式結婚前丈夫即告病逝,她也因此繼承了一筆財產。

  1798年,拿破崙·波拿巴入侵奧斯曼帝國的埃及省,並在金字塔戰役中摧毀了馬穆魯克貴族的軍隊。即使在尼羅河海戰戰敗後,仍有相當數量的法軍駐紮在當地與英國-奧斯曼聯軍對峙。卡瓦拉市派出了300名志願軍,工作勤勉的穆罕默德·阿里被舅舅授予了“伯魯克巴希”的軍銜(相當於上尉),以志願軍副司令的身份前往埃及作戰。  1801年,法軍敗退離開了埃及,此時戰功卓越的穆罕默德·阿里升任為阿爾巴尼亞志願軍副司令,協助總司令塔爾帕夏管理約6000人的部隊。以往掌握政壇的馬穆魯克貴族們戰損甚大,內部又分裂為親英及反英派,使埃及出現了權力真空期。當時的總督胡爾希德帕夏在戰後繼續僱傭阿爾巴尼亞傭兵團,以期他們能制衡馬穆魯克。  1803年,英軍撤出埃及,以埃及總督為首的土耳其中央軍、分裂的馬穆魯克貴族、以及阿爾巴尼亞僱傭兵此時為爭權陷入了三方衝突。在總司令塔爾帕夏被人暗殺身亡後,穆罕默德·阿里繼任為總司令。為對抗總督,他選擇和在地政治領袖歐瑪爾·馬克拉姆以及伊瑪目們結盟,並暗中與馬穆魯克貴族們保持聯絡。  1805年,開羅的民眾起義廢黜胡爾希德帕夏,並推舉穆罕默德·阿里為埃及新任總督。時任蘇丹的塞利姆三世最終不得不認可事態發展,追認其統治的合法性。穆罕默德·阿里上任後建立了一個由當地的村長、伊斯蘭神職人員和開羅的富商組成的團體,以填補當時的權力真空。最初幾年,穆罕默德·阿里主要將精力花在對抗各種政變,將統治權擴張到全埃及。過程中,他流放反對外邦人干政的老盟友歐瑪爾,並設法分裂、擊敗了許多馬穆魯克的舊部。  1811年3月1日,穆罕默德·阿里設局殺死了約400名的馬穆魯克貴族。他先是邀請馬穆魯克的埃米爾參加宴會,名義上是為了慶祝他兒子被派任為前往阿拉伯半島鎮壓瓦哈比派的軍隊長。在馬穆魯克的首領們進入要塞的甕城後,穆罕默德·阿里下令關閉大門、將所有的馬木魯克首領們鎖在城內,埋伏在城牆上計程車兵對城內開槍,持刀斧的部隊衝入大廳,殺死了所有赴宴的首領。此後數天裡穆罕默德·阿里下令他計程車兵殺死所有他們能夠抓到的馬穆魯克士兵,洗劫其家產、強姦女眷。此次事變後馬穆魯克再也無法進行有組織的對抗,其殘部散逃在埃及各處。

  成為埃及總督的穆罕默德·阿里認識到他手下的阿爾巴尼亞志願軍就長遠來看不夠可靠。奧斯曼帝國內漫長的民族和階層衝突,已經使得這類外地民族組成的遠征軍效率低落。假如軍費不能及時發出的話,這類軍隊很可能叛逃,甚至淪為強盜滋事。早年與法軍作戰的經驗使他發現紀律嚴明、訓練有素、步炮騎結合的軍隊,在對抗沒有紀律、浮躁的馬木魯克軍時,可說是銳不可當。此前稍早塞利姆三世也曾學習歐洲軍隊的組織方式建立“新軍”,然而觸動禁軍利益而被政變下臺。  1823年,穆罕默德·阿里從上埃及徵募農民,並讓一名法國軍官按照的拿破崙的軍制來訓練他們。有別於傭兵團,這批部隊採取軍營式集中管理,如以編號取代姓名、明顯的軍階制度、嚴格的軍規、每日數次點名等等。該部隊訓練成效良好,多次在與地方起義的交戰中嶄露頭角。滿意的穆罕默德·阿里解散了所有他的老式阿爾巴尼亞和馬木魯克軍隊,並要求他所有的軍隊全部仿照“新軍”的模式進行訓練。為了使得他的軍隊有足夠計程車兵,他在轄區確立了徵兵制,此舉引發廣泛農民的反彈。不願服兵役的人逃出他們的村莊,當中有人一路逃到敘利亞。甚至有些農民透過自殘來避免被徵召,最常見的手段有使用毒藥自己弄瞎一隻眼睛、或割斷右手用來鉤扳機的手指。  1827年穆罕默德·阿里派他的兒子易卜拉欣帶領他的新軍幫助蘇丹馬哈茂德二世在希臘獨立戰爭中對付希臘。他還花巨資建立了一支海軍,但這支海軍也導致了他與馬哈茂德二世之間的決裂。當時英國、法國和俄羅斯均支援希臘獨立。它們向希臘派駐了一支強大的聯合艦隊部署在諾瓦里諾灣等候奧斯曼帝國的艦隊。阿里認識到他的海軍力量無法戰勝這支聯合歐洲艦隊,因此請求蘇丹在奧地利的調和下承認希臘的獨立,簽署和平條約。但是馬哈茂德二世不肯放棄這麼多的領土,他堅持歐洲聯合艦隊只不過是騙人的。阿里非常勉強地下令他的艦隊與歐洲艦隊交戰。在1827年10月20日的諾瓦里諾海戰中阿里的艦隊在數小時內就被摧毀。這是穆罕默德·阿里最後一次大規模地為蘇丹派兵效力。  在希臘獨立戰爭中穆罕默德·阿里可以在實戰中看到他的軍隊的長處和短處。他的陸軍的戰績良好,但是許多奧斯曼帝國的軍隊不適合在戰場上指揮這樣的新式的步兵。此外他的“新軍”缺乏海軍,因此他在戰爭中不得不依賴不那麼有紀律的老式海軍。  在處理這些問題時穆罕默德·阿里非常務實。為了解決軍官訓練的問題他設立了一所軍官學院,聘請法國軍官來向奧斯曼帝國的人員教授最先進的軍事科學。

  為了滿足他的軍事改革的巨大支出阿里將海島棉引入埃及作為經濟作物,並將埃及的農業經濟重定向向棉花。由於英國紡織業願意出錢來買這樣的棉花,阿里下令大多數埃及農民必須種植棉花,不許種其它作物。在收穫時期阿里本人將所有的收成都買下,賣給紡織廠。這樣他將整個埃及的棉花收穫變成他自己的壟斷。他還試驗自己建立紡織廠在埃及將棉花加工為布料,但這個試驗不很成功。  軍事需要可能也是其它現代化專案如國家教育機構、教學醫院、道路和運河、生產軍裝和彈藥的工廠、一所位於亞歷山大港的造船廠(儘管所有造船廠所需要的木頭必須從外國進口)等的動力。使用同樣的要求農民服兵役的手段穆罕默德·阿里還經常要求農民在他的工廠和工業專案中服徭役。

  阿里將今天的蘇丹看作是水、土和資源(主要是金和奴隸)的擴張。1820年他下令征服和佔領蘇丹。1821年他的軍隊進入蘇丹並遭到強烈抵抗。但是埃及軍隊及其裝備的精良保證了阿里對蘇丹的征服。這樣一來阿里有一個可以使得他一直擴張到尼羅河源頭的衣索比亞和烏干達的前線。他的官員從努巴山脈和蘇丹的西部和南部俘獲奴隸,將他們編制入一個步兵團。阿里及其後代在蘇丹的統治是在蘇丹歷史上以其殘暴和沉重著名的。  諾瓦里諾海戰後阿里向奧斯曼帝國政府要求敘利亞作為他在這場海戰中的損失的補償。奧斯曼帝國對這個要求冷漠。假如將敘利亞交給阿里,而以後阿里被撤職的話會怎樣?他不會利用敘利亞來進攻沒有防禦的埃及嗎?但是阿里此時已經不願容忍奧斯曼帝國的冷漠了。為了補償他和埃及的損失,進攻敘利亞的車輪已經啟動了。  與他之前的埃及統治者一樣,阿里想要控制大敘利亞,這個願望出於大敘利亞的戰略價值和其富饒的自然資源,而且累範特還擁有一個旺盛的國際商業群體,其發展良好的市場到處均存在。這個願望不是一個突然的決定。早在阿里還是埃及的非官方統治者時這就已經是他的目標了。此外敘利亞還可以成為埃及產品的一個市場。最重要的是敘利亞可以成為埃及與奧斯曼帝國蘇丹之間的一個緩衝區。  阿里建立了一支新的艦隊和一支新的軍隊。1831年10月31日在他的長子易卜拉欣的帶領下,埃及軍隊對敘利亞的入侵開始了。為了避免國際的反對,對於阿里來說,入侵需要一個藉口。最後他以與阿卡的統治者之間的爭吵為藉口。阿里指責6000名農民逃往阿卡來避免兵役、徭役和稅務,他要求阿卡將這些人遣送回埃及。  埃及軍隊在敘利亞長驅直入,遇到了很少的抵抗。在圍攻六個月(從1831年11月3日至1832年5月27日)後阿卡被佔領。埃及軍隊進入安那託利亞。1832年12月21日在孔亞戰役中易卜拉欣擊敗了奧斯曼帝國大丞相親自帶領的軍隊。在易卜拉欣的軍隊與君士坦丁堡之間沒有任何軍事障礙了。  雖然如此,阿里和他的兒子易卜拉欣都沒有想過要推翻奧斯曼王朝取而代之。阿里的目標是一個獨立的埃及,易卜拉欣則從內心對奧斯曼反感。他們的目標在於廢黜當時的蘇丹馬哈茂德二世,讓他的兒子,當時還是嬰兒的阿卜杜勒·邁吉德來取代他。  這個可能性使得馬哈茂德非常害怕,他接受了俄羅斯提供的軍事幫助,這使得英國和法國政府很不高興。1833年在俄羅斯的調停下雙方達成和議:阿里從安那託利亞撤軍,作為補償他獲得克里特和漢志。易卜拉欣被授命為敘利亞的總督。  1839年由於穆罕默德·阿里對敘利亞獲得的部分自主權不滿,因此又開始對奧斯曼帝國蘇丹動兵。當馬哈茂德二世的軍隊到達敘利亞邊境時易卜拉欣於6月24日在尚利烏爾法附近的尼西比斯對奧斯曼軍隊進攻並再次擊敗奧斯曼軍隊。君士坦丁堡又一次處於易卜拉欣軍隊的直接威脅之下。馬哈茂德二世幾乎在戰役後就死了,他16歲的兒子阿卜杜勒·邁吉德繼位。此時阿里與他的兒子易卜拉欣之間產生了意見分歧。易卜拉欣建議進攻君士坦丁堡,自稱蘇丹。阿里則只提出眾多領土要求,以及他自己和他的家庭的政治自主權。1840年7月15日英國、奧地利、俄羅斯和普魯士達成倫敦協議,保障阿里對埃及的世襲統治,以及他終身對阿卡的管理,但是要求他的軍隊從敘利亞的後方和黎巴嫩山的海岸地區撤出。阿里拒絕這些要求。儘管法國反對,歐洲列強在數星期後組織了一支軍事遠征軍。  英國海軍和奧地利海軍封鎖尼羅河三角洲的海岸,1840年9月11日炮轟貝魯特,1840年11月3日阿卡投降後阿里表示同意倫敦協議的條款,放棄了對克里特和漢志的統治,縮小海軍,將陸軍縮小到1.8萬人,作為代價他的後代在埃及享受世襲統治權。這是奧斯曼帝國的總督前所未有的特權。

  1843年以後,幾乎就在敘利亞災難和埃及被迫放棄進口稅和政府的壟斷後穆罕默德·阿里的神志越來越糊塗。不僅他的思想和行動混亂,而且他越來越多疑。  比如1844年他獲悉了埃及的債務達到8000萬法郎的訊息後狂怒了整整六天。  一年後伊卜拉欣因風溼性疼痛和肺結核(他開始咳血)被送到義大利療養。1846年穆罕默德·阿里赴君士坦丁堡與蘇丹和好。他對蘇丹說:“(我兒子)伊卜拉欣已經老了而且病了,(我孫子)阿拔斯還是個小孩子。到時候小孩子就要統治埃及了。他們怎麼能保住埃及呢?”他獲得蘇丹的保證,讓他的家庭世襲埃及後回到埃及,在這裡他統治到1848年,此後他的神志不清,已經無法統治了。  他的兒子和繼承人、自己已經病入膏肓的伊卜拉欣不得不離開義大利赴君士坦丁堡,被蘇丹封為埃及統治者。在回埃及的路上伊卜拉欣發燒、甚至有幻覺。他雖然沒有死在路上,但是六個月後去世。他的二弟的兒子阿拔斯登基。  此時穆罕默德·阿里已經神志不明到別人無法告訴他伊卜拉欣之死的程度。數月後他自己也去世。他被葬在他建造的大清真寺內,然而其葬禮卻簡單得很,並不符合他的地位。

  穆罕默德·阿里妻妾眾多,至少有15位妻子,她們共為其生下了18子13女。

  穆罕默德·阿里生時在奧斯曼帝國內宗教屬性是區分人最重要的標誌。奧斯曼帝國內要明確區分民族,尤其是在多民族生活的城市裡非常困難。歷史紀錄表明穆罕默德·阿里可能是阿爾巴尼亞人,但他可能也有馬其頓、土耳其或者庫德人前輩。但是他的確實民族屬性很難無疑地確定。而且埃及對穆罕默德·阿里的歷史紀錄裡有的稱他為土耳其人,有的稱他為阿爾巴尼亞人不等。
穆罕默德·阿里帕夏(阿拉伯語:,1760年-1849年-8月2日),為奧斯曼帝國的埃及帕夏(總督)、穆罕默德·阿里王朝的創立者。穆罕默德·阿里常被視為現代埃及的奠基人,他在蘇丹的授意下攻滅馬木魯克殘部、鎮壓了阿拉伯瓦哈比主義者的叛亂,確保了自身在埃及統治的穩固性。執政後期,穆罕默德·阿里出兵沙姆地區(今敘利亞),迫使宗主國奧斯曼帝國承認他的子孫在埃及地區的永久統治權。