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  硬骨魚被分為輻鰭魚和肉鰭魚,現在輻鰭魚是脊椎動物中最具優勢的種類,有大約有99%的超過30,000種的魚都是輻鰭魚。而曾經一度繁盛的肉鰭魚現在幾乎都已經滅絕了,只剩下8個物種存活。硬骨魚沒有鰭脊,而是以鱗質鰭條取代。它們擁有魚鰾,和魚鰭一起作用控制魚類的上浮和下沉。硬骨魚的鰓蓋保證了它們不用遊動也可以呼吸。

  肉鰭魚的魚鰭中有一箇中軸骨,在前鰭的基部上有明顯的肌肉組織與分開的兩片腹鰭。肉鰭魚和之後兩棲動物和四足類動物的演化有直接的關聯性。  腔棘魚是現存的其中一種肉鰭魚,在4億多年前的泥盆紀早期它就生活在地球上了,是一種活化石。依靠著數量眾多的鰭,腔棘魚可以在水中進行幾乎任何方向的轉向,甚至可以倒立或者腹部向上遊動。

  輻鰭魚的魚鰭向鰭的外緣呈放射狀展開,無明顯肌肉組織,由棘組成,一般只有硬棘或者軟棘,當二者同時出現時,硬棘居前。棘有很多用處,例如很多鯰形目的魚在背鰭及胸鰭都有硬棘,有些更含劇毒,用以保衛自身。

  軟骨魚的骨骼全部由軟骨組成,雄性的腹鰭裡側具有鰭腳,尾鰭為歪尾。鰩總目的胸鰭與頭部相連,並且極其靈活。鯊魚則大部分都是歪尾,像大多數魚一樣,鯊魚的尾鰭可以為它們的遊動提供推力,不同鯊魚之間尾鰭的具體形狀大相徑庭。虎鯊的巨大歪尾為它們提供了緩慢巡遊能力和極強的爆發力。長尾鯊的尾鰭則被用來直接擊暈獵物。

  魚鰭在擺動時可以產生推力,令魚向相反的方向前進。而大多數魚都可以通過擺動鰭來前後移動。在遊動中,尾鰭一般是必須用到的鰭,但有些魚主要靠胸鰭來產生推力。  在流動的水中,短時間內因壓力差而導致的氣泡出現與消失會產生空穴現象。這也是鰭作用的原理之一,海豚和金槍魚在遊動時尾鰭可以產生強大的空穴現象。不過雖然可以遊得很快,空穴現象導致的氣泡破滅會使海豚感到疼痛,從而限制其速度的提升。 雖然金槍魚因為尾鰭沒有神經,不會感到疼痛,但同樣會因為空穴現象導致的一些其他物理現象而減速。金槍魚尾鰭上發現過空穴現象造成的傷痕。  鯖科是技藝高超的游泳者,它們身體後側有小鰭,2000年和2001年的研究指出“在穩定遊動時,小鰭會在區域性流體產生流體動力效應”,最後方的小鰭可以增加鯖遊動時尾鰭的推力。

  一旦魚類開始遊動,遊動的動作就可以使用魚鰭來控制。  岩礁魚類的體型和遠洋性魚迥然不同,後者通常會擁有流線型的身體,以減少在水中游動的阻力,提高速度。岩礁魚類生活在珊瑚礁中相對逼仄且變化更多的環境中,機動性遠比速度重要得多,因此很多岩礁魚類,例如蝴蝶魚科、雀鯛科、蓋刺魚科的胸鰭和腹鰭允許它們進行復雜的變向。四齒魨科、箱魨科的魚靠胸鰭遊動,幾乎不使用尾鰭。

  像其他旗魚一樣,平鰭旗魚擁有巨大的背鰭,在快速遊動時可以縮回體內。  東方豹魴鮄有比身體還大的胸鰭,當受到威脅時可以用來嚇退敵人。儘管又稱“飛龜魚”,但是它們和飛魚並無關係,其鰭也起不到飛魚鰭的作用。  魚鰭有時也可以用作生殖器官,四眼魚科和花鱂科雄魚的臀鰭演化成了生殖足,在交配時會將其插入雌性體內,使卵子在體內直接受精。  慈鯛科的雌性帶紋矛耙麗魚在交配時會展示出它們巨大、吸引注意力的紫色胸鰭。研究者發現雄性帶紋矛耙麗魚更青睞胸鰭大的雌性。

  2009年,芝加哥大學的學者發現“腮、鰭和四肢有相同的遺傳結構”。  肉鰭魚類被認為是所有哺乳動物、爬行動物、鳥類和兩棲動物的祖先。陸生四足類大約在3.75億年前從肉鰭魚類演化到可以登陸,用胸鰭和腹鰭行走,最終發展出四肢。  2011年,蒙納許大學的研究者利用肺魚腹鰭的來追蹤四足類的四肢的演化過程。芝加哥大學的進一步研究表明肺魚已近有了向四足類演化的跡象。

  魚鰭可以產生有效的推進力,一些魚的推進效率超過了90%。因此魚類的加速和機動性比船隻和潛艇都更為有效,噪音也更小。這使得科學家開始研究魚鰭在仿生學上的價值。  1990年代,CIA設計了一條叫做“Charlie”的機械魚,用來採集水下標本。  2005年,倫敦海洋生物水族館展出了三個由艾塞克斯大學電腦科學系設計的機械魚。這些機械魚採用自動化設計,可以像真的魚那樣避開障礙物。  2004年,麻省理工學院的休·赫爾發明了一個帶有執行器的機械魚,她將青蛙腿部肌肉移植到機器人上,並進行通電使其抽搐而令機器人遊動。
魚鰭是魚類最明顯的一個特徵,是大部分魚類用來遊動的器官。在不同部位的魚鰭有不同的作用,例如向上、向下、前進、後退或者保持身體平衡都需要動用或協調不同的鰭。鰭的功能也不只限於協助遊動,飛魚使用胸鰭來進行滑行,躄魚則用胸鰭來爬行。雄性鱂魚用臀鰭來輸送精子,而長尾鯊則會用尾鰭擊暈獵物。