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  在2005年,汪筱林、亞歷山大·克爾納(Alexander Kellner)等人將這些化石敘述、命名。模式種是布氏努爾哈赤翼龍("N. ignaciobritoi"),屬名是以後金開國者努爾哈赤為名,他的崛起處接近遼寧省朝陽市。種名則是以已逝世的巴西古生物學家Ignácio Aureliano Machado Brito為名。  努爾哈赤翼龍的正模標本(標號IVPP V-13288)是一個部分頭顱骨與骨骸。頭顱骨相當延長,長31.5公分,估計生前的完整長度約33公分。鼻眶前孔(Nasoantorbital fenestra)非常大,大約佔了頭顱骨長度的58%。下頜長度為29.1公分。牠們的頭顱骨非常類似帆翼龍的頭顱骨,尤其是側向扁平的牙齒、長的鼻眶前孔;帆翼龍生存於約同一時代的英格蘭。努爾哈赤翼龍與帆翼龍的差異在於數個細部特徵,包含:較低矮的頭顱骨、不同形狀的顴骨、牙齒緊密地排列、下頜的上緣稍為彎曲。努爾哈赤翼龍的每顆牙齒大幅向後彎曲、有三個齒根、牙齒粗壯。牙齒僅限於嘴部前段,上頜有28顆牙齒、下頜有26顆牙齒,總共有54顆牙齒。努爾哈赤翼龍的翼展估計為2.4到2.5米。目前已發現身體骨骼的大部分部位,除了部分頸椎、肋骨、尾巴、兩個手指還沒有被發現。

  在2005年的命名研究中,研究人員提出努爾哈赤翼龍有許多翼手龍亞目的特徵(汪筱林等人使用定義:包含無齒翼龍、帆翼龍、古魔翼龍科在內的最小演化支)。努爾哈赤翼龍的肱骨三角嵴(Deltopectoral crest)形狀扭曲,是帆翼龍、古魔翼龍科所獨有的特徵。根據汪筱林等人的親緣分支分類法分析,努爾哈赤翼龍屬於準噶爾翼龍超科的帆翼龍科。  努爾哈赤翼龍的分類位置非常接近帆翼龍,呂君昌的2006年研究也支援這個論點。在2008年,呂君昌提出努爾哈赤翼龍是遼寧翼龍的次異名。
努爾哈赤翼龍屬(屬名:,意為「努爾哈赤的」)屬於翼龍目翼手龍亞目,化石發現於中國遼寧省朝陽市的義縣組,年代為下白堊紀的巴列姆階到阿普第階。