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  “聖靈運動”始建於1987年初,在20多年的反政府叛亂中,該武裝在烏干達北部造成數萬人死亡,以及200萬人無家可歸。  2005年,國際刑事法院以危害人類罪、戰爭罪等33項指控,向“聖靈抵抗軍”五位主要首領約瑟夫·科尼、文森特·奧蒂、拉斯卡·盧克維亞、奧科特·奧德希亞姆博和多明尼加聯邦·翁格文發出逮捕令。2006年國際刑警組織也向其發出了通緝令。  2006年8月,“聖靈抵抗軍”與烏干達政府簽署《中止敵對狀態協議》,但當時代理總指揮奧蒂拒絕參加和平談判,說他害怕會被逮捕,由他信任的談判代表與烏干達政府簽署《中止敵對狀態協議》,但該組織後來並沒有落實協議。  近年來在烏干達軍方加大圍剿力度後,“聖靈抵抗軍”逃往南蘇丹南部、剛果民主共和國東北部和中非共和國境內繼續活動。  2008年12月,剛果(金)、烏干達和原蘇丹南部軍隊在剛果(金)東北部東方省開展過針對“聖靈抵抗軍”的聯合清剿行動。  為報復多國政府軍的聯合打擊,“聖靈抵抗軍”近年來加大了襲擊平民的力度,同時還進行綁架以增加兵源。聯合國提供的資料顯示,2008年9月至2009年6月,“聖靈抵抗軍”在剛果(金)多次襲擊平民,造成至少1200人死亡,23萬人流離失所,綁架超過1400人,其中包括600名兒童和400名婦女。2009年底,“聖靈抵抗軍”在剛果(金)的一次屠殺造成至少300多人遇難,250人被劫持。  一項調查顯示,自2009年2月以來,“聖靈抵抗軍”在剛果(金)和中非共和國綁架了至少697名成年人和兒童。在受訪的520名平民中就有90位是被“聖靈抵抗軍”綁架過的受害者。有1/3的被綁架者是兒童,他們被迫加入該武裝或者為其成員提供性服務。此外,該武裝還殺害了許多試圖逃跑的人。為避免被該武裝強迫徵召,剛果(金)東北部有5萬多名村民逃離家園。  2010年5月,在剛果(金)東部發動的一次襲擊中,該武裝襲擊大量村民,綁架23人,其中有16名兒童。  2009年11月,聯合國安理會發表宣告譴責該武裝,歡迎相關國家聯合打擊該組織,並鼓勵這些國家與聯合國駐當地維和部隊合作,以保護婦女和兒童在內的平民。2010年7月,蘇丹代表在非盟首腦會議上表示,地區國家應該採取協調一致的行動,徹底消除該反政府武裝的危害。  2011年10月14日,美國總統奧巴馬宣佈向烏干達等中非國家派遣100名美軍充當顧問,提供情報、建議和幫助,以協助打擊“聖靈抵抗軍”。  2017年4月21日,美國非洲司令部與烏干達軍方分別表示已經停止追捕約瑟夫·科尼,打擊聖靈抵抗軍的軍事行動以勝利告終。聖靈抵抗軍組織殘存不到百人,威脅已大幅降低。
聖主抵抗軍(英語:Lord's Resistance Army,又譯聖靈抵抗軍、上帝抵抗軍)在1987年組成,是一支活動於烏干達北部以及南蘇丹部分地區的遊擊叛軍。該組織參與針對烏干達政府的叛亂,是非洲其中一次持續時間最長的衝突。聖主抵抗軍由約瑟夫·科尼領導,他欲建立一個基於十誡和阿喬利傳統的國家。但該組織被指嚴重侵犯人權,包括涉及誘拐、致殘、施虐、強姦、綁架平民、使用童兵、雛妓和屠殺等反人類行為。