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  國民政府規劃的米軌敘昆鐵路(敘府/宜賓至昆明)於1939年開工建設,但工程受到戰爭影響於1942年停工,僅完成從昆明到沾益156公里的鋪軌。1949年後,滇黔線和內昆線的建設被納入國民經濟建設第二個五年計劃,和車站一起於1958年開工。其中,昆明至沾益段利用原敘昆鐵路路基,但在施工過程中改為準軌。1962年原滇黔線和內昆線的貴陽-樹舍-昆明段合併為貴昆鐵路。貴昆鐵路全線於1966年3月建成,昆明火車站隨即投入使用,為通過式車站。車站設有一座面積6420平方米的磚混結構站房,內設3個旅客候車室共1415平方米。車站站場三臺八線,其中客車到發線5股、貨車到發線及正線共2股、機走線1股。  1971年7月1日,成昆鐵路開通運營。當日從昆明站開行始發列車,在西昌站與成都發來的列車相遇。至1980年代初,昆明站每日開行6對列車,主要發往北京、上海、貴陽、攀枝花、中誼村、金馬村方向。1997年11月30日南昆鐵路建成通車。  2003年7月,昆明鐵路客站開始改擴建工程,工程包括新建站房和站臺改造。在車站進行改擴建工程期間,旅客使用臨時候車室進出站。工程於2004年12月28日竣工,並於2005年春節前投入使用。2007年初:昆明站南站房建成,成為中國西南部首個雙面火車站。但由於配套問題,南站房從未啟用。  2017年9月4日南昆客運專線昆明南至昆明段開通運營,昆明站首次開行動車組列車。同時站內開啟快速換乘通道,站內換乘不需再安檢。昆明站在2018年昆楚大鐵路開通前夕對候車室進行了重新裝修。

  

  昆明站由主站房、站前廣場和高架平臺、跨線式高架候車室、地下停車場等組成。昆明站北站房(主站房)於2005年投入使用,總面積二萬七千多平方米。進站大廳屋簷為“人”字形的玻璃牆,為傣族建築風格,並獲得2005年魯班獎。昆明站南站房於2006年完工,高4層,建築面積11502平方米。但截至2018年南站房從未被使用。  站房設有4個普通候車室、3個貴賓候車室、1個母嬰候車室和1個軍人候車室,中央為候車通道。站房二層設有4個候車廳入口,通道東側為第二候車廳,設有八九百個座位,為茶室;西側可到殘疾人、母子候車廳。高架候車區橫跨站場,設有3A-5A、3B-5B檢票口(原第三-第五候車廳),每個設有1000多個座位。第五候車室原為“農民工候車室”,後因該名稱含有歧視意味,遂恢復原名。第三與第五候車廳間的中央通道兩側原共植有6棵高大的棕櫚樹,棕櫚樹下還種植多種綠色植物和鮮花,後改為民族風情購物長廊。昆明站南站房竣工後新增第四候車室(原第五、第六候車室)。2017年9月昆明站開行動車組列車後,候車室內的部分割槽域被用作動車組列車專用候車區,內設6A-7A、6B-7B檢票口,位於長廊末端。候車室最高聚集人數為七千人,日乘降旅客可達十一萬人。  昆明站候車室每天23:45關閉,不允許進站候車、購票取票,次日早晨4:30才會開放。昆明站原在站房進站口設有一道安檢,2014年昆明火車站暴力恐怖襲擊事件後在站前廣場增設一道安檢。2017年位於站房候車廳的安檢被撤除。站前廣場設有第二售票區。

  昆明站建有6座候車站臺,共有13條股道。站房上方採用弧形無柱風雨棚,該雨棚工程榮獲中國建築鋼結構金獎。

  

  昆明地鐵昆明火車站站位於昆明站南廣場,目前有昆明地鐵1號線經過,2號線雖然經過本站但暫緩開通。由於昆明站南廣場從未實際啟用,因此地鐵出站後需經過城市道路步行且步行時間超過25分鐘,導致地鐵出口有不少黑車司機拉客。環城南路站至昆明站北廣場步行約有850米的距離,步行時間僅需13分鐘。

  

  1978年12月28日,昆明的知青們為爭取返城,在昆明站以東的羊方凹集體臥軌示威,導致數十對客運和貨運列車受阻。請願團與政府僵持三天之後,黨中央國務院於12月31日同意知青請願團赴京反映情況,但請願團人數需在30人以內。

  2014年3月1日晚21時12分,五名新疆籍恐怖分子持刀衝入昆明站砍殺路人。隨後大批民警趕至現場,火車站內傳出槍聲,當場4名暴徒被擊斃,而其餘一名暴徒被擊傷,事件發生於21時12分,但直到23時還有人求救,警方起初沒有估計到事件的嚴重性,未能及時安排警力以反恐處理事件。這次事件發生後已造成31人死亡,142人受傷。“3.01”事件定性為嚴重暴力恐怖事件。
昆明站位於中國雲南省昆明市官渡區北京路南端,於1966年啟用,為昆明鐵路局管轄的一等站,是滬昆鐵路、成昆鐵路、南昆鐵路以及南昆客運專線的終點。昆明站北距成都站1100公里,東距上海站2690公里,東南距南寧站828公里。