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  1265年高麗人趙彝建議元廷出使日本,1266年(文永三年・至元三年)八月,蒙古兵部侍郎黑的持虎符、充國信使;禮部侍郎殷弘持金符、充國信副使、持國書出使日本。他們率使節團準備到日本遞交國書《大蒙古國皇帝奉書》,十一月二十五日(癸丑),使節團抵達高麗,二十八日(丙辰)高麗元宗命樞密院副使宋君斐、侍御史金贊等陪黑的等往日本。高麗害怕蒙古索要軍費,次年正月,宋君斐、金贊與蒙古使團到至巨濟島鬆邊浦,宣揚風濤之險,高麗元宗讓宋君斐隨黑的回蒙古,宣揚『大洋萬里風濤蹴天』、『彼俗頑獷無禮義』,不要去的好。但是忽必烈要求必須去。最終高麗派遣起居舍人潘阜到日本,居住六個月,但未取得任何收穫。  1268年,忽必烈又要求高麗派遣第二批使者,正月,高麗使節團到大宰府,同樣是空手而回。使節團參見了少貳資能,使節團代表潘阜向其遞交大蒙古國皇帝奉書(日本稱作蒙古國牒狀)與高麗國王書狀,由其傳達鎌倉幕府的徵夷大將軍及在京都的天皇。三月,北條時宗上臺。當時主管外交的是日本朝廷,因此幕府要將這一事件報告朝廷。朝廷與幕府的中介、任職關東申次的西園寺實氏接受了國書,命名為「異國書」,轉交院政後嵯峨上皇。隨後朝廷連日開會討論。幕府認為蒙古人有凶心,派遣牒使是蒙古軍襲來的前奏,傳達御家人做好準備。鎌倉的建長寺,來了位南宋禪僧,僧侶告訴日本人,在大陸蒙古帝國種種暴行。潘阜因得不到答覆,率團回國報告。五月,忽必烈命令高麗造可載米三四千石的戰艦一千艘,備戰。高麗崔東秀向蒙古報告高麗備兵一萬,造船一千隻,十月庚寅(十三日)蒙古派明威將軍都統領脫朶兒、武徳將軍統領王國昌、武略將軍副統領劉傑等十四人到高麗,整閱軍隊、視察舟艦,表示隨時進攻南宋、日本。並視察黑山島赴日本道路。高麗官員陪同。  1269年二月,蒙古正使黑的、副使殷弘率使節團在高麗起居舍人潘阜等人陪同下,共計75名在日本對馬島上陸,因日本抗拒外交,蒙古人抓走日本平民塔二郎、彌二郎。塔二郎、彌二郎到大都,忽必烈以為他們是日本使節,接見了他們。認為日本忠節可嘉、厚賜匹帛,又說:“爾國朝覲中國、其來尚矣、今朕欲爾國之來朝、非以逼汝也、但欲垂名於後耳。”讓塔二郎、彌二郎觀覽宮殿,塔二郎、彌二郎表示這是天堂佛剎,忽必烈大喜,又讓塔二郎、彌二郎瀏覽燕京萬壽山玉殿與諸城闕。九月,被捕的對馬島人塔二郎與彌二郎從大都回國,同行的是高麗人金有成、高柔率領的使節團,使節團有蒙古帝國官人三人,同從人五人、高麗人六十七名,乘坐四艘船到對馬島豐岐浦登陸,到大宰府守護所。使節攜帶忽必烈本人的國書、大蒙古國中央機關中書省的國書與高麗國書。  此後,忽必烈或通過高麗,或自遣使者,又繼續傳送了一系列的信件,並以戰爭相威脅。幕府時值鎌倉時代中期,幕府將軍惟康親王並無實權,實權掌握在權臣北條氏手中。當時的「執權」北條時宗認為書狀無禮決定不投降,並立刻著手加強日本最靠近高麗的領土,因此也是最有可能被首先侵略的地方——九州的防禦。首先,幕府命令分封在九州的大名回到自己的駐地,並將在九州的軍隊西移,以進一步增固可能的登陸點的防禦。另外,幕府還組織了大規模的宗教祈禱活動,以心理戰來應對這場危機,其他大多數公家活動亦被推遲。  忽必烈早在1268年就想發動戰爭,但卻發現朝鮮半島當時沒有足夠的財力提供充足的兵力;1273年他派了一支部隊去高麗做為先鋒,結果這支部隊卻無法在高麗的國土上自給自足,最終被迫返回中國以資補給。因為元軍騎兵所需的馬匹,以及所需的養馬草場,都嚴重限制了部隊的運動,以致於元軍無法在幾乎寸草不生的地方活動。

  1274年(日本後宇多天皇文永十一年,元至元十一年)農曆六月,忽必烈委託高麗造大小艦900艘;八月,任命忻都為徵東都元帥、洪茶丘為右副帥、劉復亨為左副帥,統帥蒙古人及女真士兵15,000人(元代所謂漢人即指金朝轄下契丹、女真、及北方漢人,惟軍人以遼金為主),高麗將軍金方慶統高麗軍5,600人,加上高麗水手6,700人,組成共計超過3萬人的大軍,遠征日本。 同年農曆十月三日,元軍從高麗合浦(今大韓民國鎮海灣馬山浦附近)出發,六日成功登陸對馬島,守護代宗助國父子率領80騎攔阻,被全殲。十四日,元軍登陸壹岐島,守護代左衛門尉平經高(平內左衛門景隆)率百餘騎與元軍激戰,元軍採用密集戰術,與「鐵砲」()等武器,日軍不敵,退守城內,次日城破,平景隆自殺。元軍在逼近肥前國沿海島嶼時,遭到肥前守護松浦一族()的強烈抗擊,雙方有一番激戰,松浦黨死傷慘重。 十一月十九日,元軍在筑前國的博多港(位於今福岡縣福岡市),進逼今津,次日即發生了博多港之戰。雖然元軍在兵器和戰術上佔優,但他們的人數遠遠少於準備了很久的日本武士,而且這些武士在得知對馬、壹岐失陷後得到了增援。此外,元軍登陸地點地形不利於大部隊展開,且距當時的九州首府大宰府尚有一日行程,於是在堅持了一整天之後,元軍於當晚撤回船上,準備次日清晨重新登陸發動進攻。  二十日晨(11月26日),元軍分二路在博多登陸。幕府聚集了由少貳景資、、菊池武房、、竹崎季長等統率的九州諸國部隊總數約1萬人迎戰。元軍西路軍在百道原登陸,藤原經資率500騎前來迎戰元軍,元軍東路軍在博多灣東部的博多箱崎郡成功登陸,擊敗守軍,佔領岸邊松林,從背後突襲在百道原同元軍作戰的日軍。日軍腹背受敵,死傷慘重,餘部向太宰府水城(日本於白江口之役戰敗後修築的一座水壩兼防禦工事)方向撤退。此時天色已晚,副帥劉復亨中箭受傷,元軍停止進攻。當晚,元軍召開軍議,由於後援不足,多數將領主張撤退(金方慶反對)。於是忻都下令撤退,撤退當晚竟遭到颱風侵襲,「會夜大風雨,戰艦觸巖崖多敗」,二十一日晨海面上只剩下一些破碎的木片,元軍損失1.3萬餘人,大多死於這場風暴。最後輾轉回到中國的只剩下1萬3千500人。而忻都則虜了兩百名日本人,獻給高麗王。  文永之役後,鎌倉幕府為防元軍再犯,沿博多灣海岸西從今津東至香椎,修造了約20公里的石壘,以阻止元軍登陸,即所謂元寇防壘。

  第一次攻打日本失敗後,高麗國王多次與元朝談判,反對進一步的侵略日本計劃。而元朝也派遣使者至日本,但日本兩次下令將元朝欽差杜世忠等人斬首;忽必烈非常惱火,開始積極籌劃第二次進攻。 1279年元軍攻滅南宋之後,忽必烈於1281年(元至元十八年,日本後宇多天皇弘安四年)春發動了對日本的第二次侵略。元軍的這次侵略規模大於第一次,東路軍由忻都、洪茶丘率領蒙古人及女真、契丹(金朝降軍,見漢人 (元))士兵19,000人,金方慶統高麗軍10,000人,乘戰艦900艘,加上高麗水手17,000人,攜軍糧10萬石,由高麗出發;另由范文虎、李庭等人率領的蠻軍(指南宋降軍)10萬人,乘戰船3千5百艘,從慶元、定海(今浙江省寧波市)出發;兩軍約定於6月會合,東路軍負責作戰,江南軍則在佔領區屯田,生產米糧,以為長久之計。 自1275年起,幕府就開始積極為元軍可能第二次侵略做了準備,除了改進弓箭,使與蒙古強弓不相上下,同時更完備地組織起九州的武士外,幕府還在很多元軍可能登陸的地點修建堡壘和其它防禦工事;北條時宗下令在日本沿岸所有重要地區都建起了“元寇防壘”,這時起了重大防衛作用——元軍的戰艦在到達日本近海時,竟找不到登陸的地點,只得以泊於博多灣中的艦船為陣地長達一個月。這段期間,元軍發動幾次強行登陸作戰均告失敗,並且一直遭到()等人的襲擾(也受海賊草野黨偷襲),直到七月初,南北兩軍在九州外海會合。元軍會師後再度發動登陸作戰,這次遠征軍遇到了更頑強更有效的抵抗,日軍以石牆為掩護,不斷擊退元軍的進攻,許多蒙古軍將領相繼陣亡,戰鬥又持續了一個多月,元軍的損失慘重,依然不能突破石牆。 元軍艦隊因供應和人員登載問題而推遲了起航。高麗軍先行進發,在對馬島慘遭失敗而返。同年夏,元軍聯合高麗軍奪取了壹岐島,向九州進發,並在不同地點登陸。在經歷一些獨立的小戰鬥後,元軍被趕回了船上。此時一場持續兩天的颱風襲擊了元軍艦隊,並摧毀了大部分的船隻。  八月一日(7月30日),元軍再次遭到颱風的襲擊,風暴持續四天,軍艦大部分沉沒,范文虎落水被張禧救起;范文虎乃擅自決定班師。平戶島尚有被救起計程車卒四千餘人無船可乘,張禧將船上的七十五匹戰馬棄於島上,載四千士卒回國。  總計元朝第二次攻打日本的軍隊,只有不到十分之一生還。有3名士兵拼湊小船回中國;通過這3名士兵,忽必烈知道真相後大怒,將范文虎革職。

  一般認為颱風是造成元軍失敗的最大原因。有一種說法認為元軍艦隊之所以被颱風摧毀,是因為使用了錯誤的船型。日本水下考古學家林田憲三的研究團隊研究元朝艦隊的沉船後,認為他們使用的是在運河航行的平底船,採用了當時較為流行的水密隔艙設定,而不是在海洋上航行的海船。

  馬可·波羅書中寫道,蒙古人認為日本到處是黃金和美食,引起忽必烈的貪慾。鄭思肖認為,『元賊聞其豊庶、怒倭主不來臣、竭此土民力、弁舟艦、往攻焉』。

  兩次出師失利,並未使忽必烈放棄征服日本的計劃。1283年(元至元二十年),忽必烈下令重建攻日大軍,建造船隻,蒐集糧草,準備第三次徵日。此舉引起江南人民的強烈反抗,迫使其暫緩造船事宜;同時,元朝在南方對越南陳朝發動的進攻受挫,造成國力匱乏,三度攻日之議因而作罷。直到1294年(元至元三十一年)正月忽必烈逝世,都未再攻打日本。  兩次擊退「元寇」後,幕府繼續加強九州的防務,那裡的許多軍事設施很多年後還有效;然而,為了應對「元寇」而進行的全國範圍動員,使得日本的經濟和軍事都處於重壓之下,資源使用已經到了極限,幕府也無法充分賞賜抗元將士,加劇了國內武士集團間的矛盾,埋下了鎌倉幕府統治體系於14世紀前半葉瓦解的背景。
元日戰爭是元朝皇帝忽必烈與屬國高麗在1274年和1281年兩次派軍侵略日本而引發的戰爭;這兩次侵略在日本合稱「'」或「'」,或依當時的日本年號稱抵禦元軍第一次進攻的戰事為「文永之役」,第二次為「弘安之役」。鎌倉、室町時代呼稱(蒙古襲來、異賊襲來、蒙古合戰、異國合戰),亦有用凶徒稱呼之,江戶時代《大日本史》則稱為元寇。這兩次入侵也以北九州為主要戰場。元朝艦隊是當時世界上最大規模的艦隊。