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  動質體目動物,如引起非洲昏睡症,那加那病和Chagas病的病原體,特別是布氏布氏錐蟲("Trypanosoma brucei brucei"),狹義上是反式剪接的經典模型生物。這些生物在轉錄過程中,和細菌一樣從單一一個基因中產生一個多順反子的抄本,之後經過反式剪接加工等步驟被釋放。這步反應發生在剪接體上,U1-snRNA會被所謂的反式剪接引導序列“Spliced-Leader” (SL) snRNA替換。和U1 snRNA不同,SL RNA會在剪接過程中被消耗,其5'端有一迷你外顯子,它會和一段多順反子的抄本中的外顯子組成成熟mRNA,(見旁邊的插圖)。SL RNA的迷你外顯子含有ATG-啟動子,它是完整mRNA擁有正確的開放閱讀框(open reading frame)的前提。 錐蟲中,除了反式剪接外,還有一經典的順式剪接,它發生於為多聚A多聚酶編碼的基因上。錐蟲也有U1-snRNA,只是為數極少,(最近其序列已被分析)。  狹義上,反式剪接線上蟲上也會發生,但其它生物都沒見有反式剪接的存在。

  在人體中也有反式剪接被發現的報道。但與錐蟲不同,在人類的反式剪接中不存在SL-snRNA,也就是並非狹義上的反式剪接。這些報道中指的情況,是同一基因轉錄得出的兩條序列相同的前體mRNA交錯加工(也屬於反式剪接,因為根據概念,兩條獨立的RNA被交錯剪接)。這造成後來成熟RNA中一個外顯子的重複出現。但這種人類反式剪接極罕見(目前有兩例),但卻引起了熱烈的評論,可不可以用這種方法對遺傳病做出治療(科學家已經嘗試對tau蛋白編碼基因使用該方法,tau蛋白是痴呆如阿茲海默症中扮演重要角色)。  藍藻中也見反式剪接。
反式剪接指的是兩條不同的mRNA的外顯子連線到一起。與正常的順式剪接不同,這裡的兩段外顯子是來自不同的RNA的,但卻可能來自同一基因。“經典”反式剪接見於錐蟲和線蟲,近期在人類身上也發現了反式剪接。