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  大報恩寺是明太宗為紀念其母親孝慈高皇后馬氏而興建。在1412年到1431年期間興建的一組規模龐大,有如宮殿般金碧輝煌的建築群。大報恩寺施工極其考究,完全按照皇宮的標準來營建。地基上先釘入粗大木樁,然後縱火焚燒,使之變成木炭,再用鐵輪滾石碾壓夯實,木炭上加鋪一層硃砂,以防潮、殺蟲。寺內有殿閣20多座,畫廊118處,經房38間。歷時19年,耗銀250萬兩,徵調工役10多萬人。 位於大殿後的大報恩寺琉璃塔建造於永樂十年(1412年),宣德三年(1428年)竣工,九層八面,高達78.2米,甚至數十里外長江上也可望見。塔身白瓷貼面,拱門琉璃門券。門框飾有獅子、白象、飛羊等佛教題材的五色琉璃磚。剎頂鑲嵌金銀珠寶。角樑下懸掛風鈴152個,日夜作響,聲聞數裡。自建成之日起就點燃長明塔燈140盞,每天耗油64斤,金碧輝煌,晝夜通明。塔內壁佈滿佛龕。該塔是金陵四十八景之一。明清時代,一些歐州商人、遊客和傳教士來到南京,稱之為「南京瓷塔」,將它與羅馬鬥獸場、亞歷山大地下陵墓、比薩斜塔相媲美,稱之為中古世界七大奇觀之一,也是南京的象徵。  1856年,太平天國發生天京之變,北王韋昌輝由於擔心翼王石達開部隊佔據制高點向城內發炮,大報恩寺被北王韋昌輝下令炸燬,僅存一青銅色塔剎(1930年代後失蹤)和8米高的石碑。相傳建造親該塔時曾一式燒製三份琉璃構件,一份用來建塔,兩份埋入地下用於替換。1958年在眼香廟、芙蓉山、窯崗村一帶出土的大批琉璃構件上多帶有墨書的字號標記。構件現分藏於中國國家博物館、南京博物院和南京市博物館。2004年後南京市政府開始籌劃復建事宜,2007年,大報恩寺遺址公園正式啟動建設。2008年8月7日,在南京大報恩寺遺址出土的鐵函中發現了七寶阿育王塔,內藏“佛頂真骨”。被評為2010年度全國十大考古新發現。  大報恩寺重建工程是南京市2010年城市建設“十六個重大專案”之一,萬達集團董事長王健林向該工程捐贈10億元人民幣。2015年12月16日,大報恩寺遺址公園開園並於次日正式開放。
大報恩寺位於江蘇省南京市秦淮區中華門外雨花路東側秦淮河畔長幹裡,原址為南朝時期著名的長幹寺。大報恩寺中著名的琉璃塔修建於明朝永樂至宣德年間。