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  對一般的日本人來說,「宗教」或「信仰」,指的是參加宗教組織,(如教會、唸佛社等),因此當日本人被問及「你屬於那個宗教信仰?」根據日本放送協會(NHK)的研究,大部分日本人會表示「無宗教,無信仰,或神道與民間信仰」,只是指他不屬於任何宗教組織,但其實一般日本人同時採用神道與佛教習俗且時常參拜神社與寺院。1996年,阿滿利麿(Ama Toshimaru)在《日本人為什麼無宗教信仰》中解釋,多數日本人不參加宗教組織,但會經常祈求和祭祖、祭拜神靈,如果依照文化上的定義,這些日本人屬於神道與佛教的信徒。雖然官方稱絕大部分日本人信仰神道教,實際上現代日本人對宗教多表現出不關心或者“抱佛腳”的功利心態度。年輕人對於信仰的缺失,也是現代社會需要關注的話題。

  

  在明治維新後,神道教曾被定為日本的國教。在日本二戰投降後新的日本國憲法中保障宗教自由,神道教不再視為國教,但神道習俗也在日本人的生活中融入。 神道教是在日本本土所發展出來的宗教,祭神的場所是神社,神道教認為自然界萬物皆有神。也有奉祀先烈先賢、名人武士、諸侯大名、公家卿相甚至是幕府將軍與天皇者,如明治神宮、日光東照宮、靖國神社等。

  在《日本書紀》中,佛教於552年(公元6世紀)由朝鮮半島百濟國傳入日本,7世紀初,聖德太子興建法隆寺,致力推廣並普及佛教。根據2010年東本願寺僧侶的調查,淨土宗系(含淨土真宗)宗派佔大多數,約佔47%;日蓮宗系(含創價學會)的宗派約佔21%;禪宗系的宗派約16%;密教系(含臺密與東密)約12%,其餘4%。

  

  1549年,基督宗教中的羅馬天主教傳教士進入日本,至17世紀初,教徒大約有75萬人,而後德川幕府為了鞏固統治,實行禁教政策,規定日本人必須要皈依佛教宗派,此刻日本人自認是佛教信徒,無論是實際上或是名義上。  基督宗教教派直到19世紀後期,美軍強制日本的江戶幕府開放貿易與外交的黑船來航事件以後,傳教活動才再次興盛於日本,現在日本正式的基督徒不超過總日本人口的1%。

  日本伊斯蘭教穆斯林主要是來自亞洲其他國家的小型移民社群。根據估計,2008年日本80-90%的穆斯林是來自印度尼西亞、巴基斯坦、孟加拉國和伊朗的外國僑民。日本穆斯林總人口為70,000-100,000人,而“日本人穆斯林的估計數範圍從幾千到幾萬”。

  日本的猶太教主要由居住在日本的猶太人信奉。

  日本的印度教信徒主要為居住在日本的南亞僑民。

  日本的錫克教信徒主要為居住在日本的印度僑民。

  日本的耆那教信徒主要為居住在日本的印度僑民。截至2009年,日本全國共有三座耆那教廟宇。

  阿伊努人主要分佈在北海道和部分俄羅斯遠東地區。阿依努傳統信仰為萬物有靈的信仰,神威(阿伊努語:kamuy),又稱神居,是阿伊努語中對高等神祇的稱呼。

  大多數日本華人信奉融合中國民間信仰的大乘佛教,與日本人相似。

  道教於公元七世紀到八世紀從中國傳入,不同程度地影響了日本的本土信仰。道教的法術被神道信仰所吸收,併成為陰陽道、修驗道和庚申信仰的宗教來源。

  儒家理學思想在江戶時代從朝鮮國引進,並發展成一個思想,對日本整體的社會結構產生深遠的影響。

  除上述傳統宗教外,日本還有為數眾多的新興宗教,如創價學會、幸福科學、大本教等。一些新興宗教對日本社會產生較大影響,如公明黨便是創價學會的關聯政黨,與自民黨同為日本執政黨。另外,有些新興宗教團體因本教派的行為招致日本公眾普遍反感,如曾製造東京地鐵沙林毒氣事件的奧姆真理教就被日本人普遍視為邪教。

  一些日本人由於日本歷史的原因,或是科學的發展,而反對宗教,認為是迷信;另有些日本人則對宗教持中立態度,一生中也信奉過多種宗教。
日本宗教呈現多元性,現在的日本國憲法保障國民的宗教自由,不立國教。基於歷史因素,神道教與日本佛教是日本的主要宗教,文化上,多數日本人同時崇奉神道與佛教,這兩個宗教的儀式已與日本人生活融為一體,如婚禮和葬禮。根據美國中央情報局(CIA)於2015年的調查,日本神道教約佔日本人口比率70.4%,佛教徒約佔人口的69.8%,且兩教信徒組成大量重疊。許多的日本人不參與任何宗教組織,只參與婚喪喜慶與祭祀等傳統上的宗教儀式,還有不少年輕人就算參加宗教儀式,但卻自認為不可知論者,甚至是無神論者。而據日本NHK於2018年的調查,整體日本人中有62%人口自認沒有宗教信仰。