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  隨著中世紀晚期日耳曼人開設大學的第二波潮流,弗萊堡大學立校,與巴塞爾大學和蒂賓根大學同屬一個時期。1455年4月20日,教宗加里斯都三世迴應奧地利大公阿爾布雷希特六世,同意在康斯坦茨教區設立學校。大學奉教宗詔書而建,以教會作為實體並屬於羅馬天主教會及其高階僧侶。巴塞爾主教兼任教務長,康斯坦茨主教作為守護者,實際資助人為奧地利大公阿爾布雷希特六世。阿爾布雷希特為大學提供了土地和資金支援外,還給予其獨立的司法權,故大學因其冠名(德語拉丁文轉作)。1460年4月26日,大學正式開始教學。時為阿爾布雷希特領土內的“國家大學”()。

  1490年弗萊堡大學轉交給哈布斯堡王室成員管轄,成為奧地利繼維也納大學後的第二所大學。像中世紀的其他大學一樣,弗萊堡大學初設四大科系:神學、哲學、醫學和法學。首屆學生人數為140人。當時的哲學教育包括所謂“自由七藝”(文法、修辭、邏輯、算術、幾何、音樂和天文),為所有學生必修科目。在哲學系拿到文學學士,是學生在其他三個科系進修的先決條件。當時約翰·羅伊希林、法學家烏爾裡希·查修斯(Ulrich Zasius)等人在弗萊堡大學執教。弗萊堡大學的課程收錄于格雷戈爾·賴施(Gregor Reisch)1503年出版的《哲學珠璣》一書中。

  建校伊始,弗萊堡大學就開始在爭取歡迎宗教改革,因此許多教授也明確地對馬丁·路德的言論表示支援。然而弗萊堡作為一個傳統的天主教城市,市議會發起了查抄,並將兩千餘本新教書籍在大教堂廣場焚燬。在斐迪南大公1524年5月13日訪問學校時,則明確建議驅逐新教學生房客。與此同期的1529年,巴塞爾的新教改革運動隨著毀壞聖像達到了頂峰,伊拉斯謨和巴塞爾大學的許多天主教教授都來到了弗萊堡。

  1679年弗萊堡成為法國城市。法王路易十四不喜歡奧地利制大學,將建設大學的資金和責任一同委託給天主教耶穌會。1684年11月6日,改名為高盧學院()的弗萊堡大學開始設立雙語專案。1686年,教職員工逃亡至康斯坦茨。1698年隨著大同盟戰爭結束,弗萊堡根據萊斯維克條約交還予哈布斯堡王朝。大學也隨之回到了弗萊堡市。

  1698年,奧地利重新佔領前奧地利地區,弗萊堡作為前奧地利首府。弗萊堡大學建校初期為天主教信仰的一個堡壘。這在開始時引發了人文主義思潮的興起,但因新興學科的出現,僅允許天主教徒入校便成為了科學研究的障礙。1620年,羅馬天主教會因為推動反宗教改革,不確定弗萊堡大學的信仰問題,而將兩個院系的行政權收歸由教廷直轄。奧地利大公瑪麗亞·特蕾西亞則著手對境內教育進行改革。1767年大學入學條件在宗教信仰上明確走向自由化,並要求增加自然科學和公共行政學科系。同年,不顧宗教界的抗議,弗萊堡大學收歸國有。在1773年,隨著教宗克雷芒十四世下達敕令鎮壓耶穌會,天主教思想在學校的主導地位開始減弱。約翰·喬治·雅格比(Johann Georg Jacobi)在1784年成為了弗萊堡大學的第一位新教徒教授。  當拿破崙在1805年攻破神聖羅馬帝國得到前奧地利之後,弗萊堡在次年成為了新成立的巴登大公國的領土。因相對較小的巴登擁有一所歷史更為悠久的大學——始於1386年的海德堡大學,弗萊堡大學的存在也開始受到了威脅。卡爾·弗里德里希和卡爾兩位大公因資金緊張問題先後考慮關閉弗萊堡大學。

  弗萊堡大學依靠著資助和之前的收入來維持著運作,直至1818年巴登繼任大公路德維希一世執政。新的大公認為:兩種宗教(天主教與新教)在巴登應各有一所大學來代表,其中海德堡大學深受新教的影響,而弗萊堡大學則有存在的必要。他每年開始向弗萊堡大學提供穩定的經費,並於1820年將此以手諭的形式確立下來。為此,大學遂更名為“阿爾伯特-路德維希大學”,以示謝意。

  1832年3月1日,巴登促進出版自由的新聞法生效。因此弗萊堡出現了一份報紙《自由報》(Der Freisinnige)。報紙主編Carl von Rotteck 和Carl Theodor Welcker教授違反了卡爾斯堡決議(Karlsbader Beschlüsse),提出了德意志自由與統一的主張。在法蘭克福議會的壓力下,大公國政府決定在5月19日將報紙取締。然而隨之而來的學生抗議示威持續不斷。直至9月12日,政府決定關閉學校,並讓兩位教授在10月26日退休。大學在妥協後重新開放。

  自19世紀80年代起,學生數量與院系規模均得到快速發展。學校的科研聲望吸引了經濟學家阿道夫·華格納、史學家格奧爾格·馮·貝洛(Georg von Below)、弗里德里希·梅尼克、法學家卡爾·馮·阿米拉(Karl von Amira)等人前來執教。  19世紀末,因巴登州法律,弗萊堡大學同海德堡大學一同成為德國歷史上第一所可以接收女學生的大學。弗萊堡大學也因此誕生了德國的第一位女性醫學博士。至一戰前,大學已有3000名學生。20世紀初大學建造了大量新建築以適應現代大學發展。於是弗萊堡老城及周邊地區均成為大學建築的所在地。例如第一教學樓、主樓、哲學樓建築即是巴符州最重要的德國青春藝術風格的建築,修建於1907-1911年。其紅色的磚牆及原用作“禁閉室”(Karzer)的塔樓迄今仍是弗萊堡的標誌性建築。入口兩側為荷馬與亞里士多德的塑像,1915年完工。在大堂的西面,則鐫刻著學校的格言“真理必叫你們得以自由”。  一戰後,哲學家埃德蒙德·胡塞爾及其門生馬丁·海德格爾先後來到此校任教。瓦爾特·歐肯也在此萌生了“秩序自由主義”(Ordoliberalismus)的經濟理念,現在已經將這一套體系稱為“弗萊堡學派”了。

  同其他德國學校一樣,隨著“政治一致”()的推進,納粹時期猶太師生遭到迫害。 這一時期的校長為Wilhelm von Möllendorff (1933年4月15日-20日)、馬丁·海德格爾 (1933年4月21日—1934年4月27日)、Eduard Kern(1934年)、Friedrich Metz(1936年)、Otto Mangold(1938年)和Wilhelm Süss(1940年起)。1933年根據校長馬丁·海德格爾的“再提專業公共服務法令”,校內猶太籍師生正式遭到驅逐。這一法令通常也被視為對納粹政權的公開支援。在主樓的入口上方,也鐫刻了新的文字——“致永恆的德意志”。

  經過戰時關閉,二戰結束後大學重開。遭受戰爭重創的大學在艱難的條件下進行了重建。為自然科學所新建造的樓宇也在“學院角”()豎立。  經濟系則在早期弗萊堡學派學者瓦爾特·歐肯、、、等人的基礎上,發展了秩序自由主義。社會市場經濟體系即因此思想而誕生,併成為了德國的戰後經濟迅速復甦()的理論基礎。弗里德里希·哈耶克當時雖已離校,但指導了“瓦爾特·歐肯學院”的建立。該學院作為弗萊堡城市發展的智庫。政治學方面,阿諾德·貝格施特雷瑟(Arnold Bergsträsser)作為德國戰後政治重建的三駕馬車之一,他的研究組現在成為了大學的社會文化研究學院——阿諾德·貝格施特雷瑟學院。  在20世紀後期,學校快速壯大。在1960年時大學有1萬名學生,而到1980年時則達到2萬。

  黃金大米是由弗萊堡大學的彼得·拜耳教授(Peter Beyer)與蘇黎世高工的英戈·珀特里庫斯(Ingo Potrykus)教授自1992年至2000年研究出的成果。黃金大米是生物技術的一個突破,通過基因工程改良後的大米富含維生素A,可以用來提供給營養缺乏者。 2003年大學新建了一個紀念館以及一系列雕塑,旨在紀念因納粹主義而遭受苦難和迫害的學生及教職員工。  2006年,弗萊堡大學加入了歐洲研究型大學聯盟(LERU)。2007年,弗萊堡大學成為了聯邦政府資助的九所精英大學之一,然而它並沒有受到2012年的新一輪贊助。2012年弗萊堡大學學院(英語:University-College-Freiburg)建立,作為一個招收國際學生的文理學院,大學學院採用英語授課並授予英美體系的本科學士學位。

  1970年代時,學校被分為14個院系;1994年,大學新加入了第15個系——工程系。2002年,隨著調整,院系數量減少為11個。如今學校有430位教授,3695名學術人員和8644名非學術性職工。  目前大學分為11個系:

  弗萊堡大學自1911年起即為外國留學生提供德語課程服務。授課地點為大學語言教學中心()。非密集課程通常為夜校,而密集的語言課程還會伴隨著德國文化、政治以及哲學、藝術等課程一同教授。課餘還會遠足至黑森林、巴塞爾或是法國阿爾薩斯。專業德語課程,如商務德語,也可供選擇。每年寒暑期會吸引50餘個國家的學生前來學習語言。負責漢語教學的弗萊堡大學孔子學院中國共建方為南京大學。

  校徽上的耶穌端坐於耶路撒冷聖殿的後哥特式王座上,手持摩西五經。猶太學生圍坐在下方,書記員位於上方。環繞裝飾用的三個盾徽分別是:右方為奧地利大公紋飾,左邊是哈布斯堡家族紋章,下端是弗萊堡市盾徽。外圍是拉丁文的“布賴施高弗萊堡大學之印”()。弗萊堡大學自1462年啟用的校徽,除1913年進行過微調之外,未做過更改。

  學校在2007年通過了德國大學卓越計劃的稽核,獲得了“德國精英大學”的稱號,並在三個方向下收到收到1.3億歐元的資助。第一個方向是一個新的研究生院,斯伯曼生物與醫學研究生院;第二個是生物訊號研究中心;第三個則是學術戰略。卓越計劃將弗萊堡大學的戰略方向定位“研究的視窗”,旨在提高跨學科領域水平和吸引世界各國科學家。為此,弗萊堡大學斥資建立了新學院——弗萊堡高等研究院(英語:Freiburg Institute for Advanced Studies, FRIAS),並獲得了“精英大學”的頭銜。  2007年弗萊堡市也因弗萊堡大學,同亞琛市(亞琛工業大學)和布倫瑞克(布倫瑞克工業大學)被德國科學基金會()評定為“德國科學城市”。2009年,弗萊堡大學從百餘所高校中脫穎而出,被同一組織授予了“十大教學優秀大學”的頭銜。  2012年,大學卓越計劃評審委員會延續了對斯伯曼生物與醫學研究生院的贊助。然而評委會決定不再給予弗萊堡大學高等研究院(FRIAS)資助,原因為該學院與大學整體架構整合較差,表明大學管理存在問題。弗萊堡大學也因此丟掉了“德國精英大學”的頭銜。

  自15世紀以來,學校與城市的發展便交織在了一起。學校建築也分散坐落在弗萊堡市內各處。弗萊堡大學可以大致分為三個校區:緊挨著老城中心的校本部,市區的學院角以及靠近機場的工科校區。  在老城的主校區有著如畫的青春藝術風格的一號教學樓,由赫爾曼·比靈(Hermann Billing)設計並建於1911年;還有復古的哥特式老圖書館。新圖書館也在不遠處,是一個1970年代建立的紀念碑式建築,在2008年已重新修葺。它是德國最大的圖書館之一,在2007年德國國家大學圖書館排行上名列第四。  在二號教學樓旁的大學教堂,則是1683年奉耶穌會之命建造的。在1773年耶穌會遭鎮壓後,教堂及耶穌學院一同轉交給大學管理。教堂在1944年11月27日因空襲被摧毀,重建於1956年。  學院角是自然科學學院的所在地。這一校區在1944年的轟炸中幾乎徹底被毀。二戰後則重建成今日規模。有物理樓,化學樓,有“赫爾曼-施陶丁格之家”高分子化學樓,和醫學系大樓。  工科校園在弗萊堡西北的機場旁邊,在醫學中心附近。校園是微系統工程系和電腦科學系的所在地。  弗萊堡大學醫學中心是德國最大的醫學中心之一。1600張床位、一年55000住院患者和357000流動患者的治療量使得大學醫學中心引以為傲。它包括13個專科、5個臨床學院以及5個醫學中心(如移植醫學中心)。  新世紀後弗萊堡大學在Herdern區購置了一幢新房,將作為大學高等研究院的文學、語言以及歷史系使用。

  弗萊堡大學在11個院系內提供150個領域的本科生、研究生以及博士後專案。包括本科生和研究生在內,大學約有21600名學生。約16%的學生為外國人,來自120餘個不同的國家。根據2010年秋季的資料,26000名弗萊堡大學申請者中約會有4000人被錄取。

  大學學生俱樂部與社團組織眾多,還包括廣播電臺和電視臺。學校現存最古老的學生團體是1812年由基金資助建立的Corps Rhenania Freiburg。大學在附近的紹因斯蘭山(Schauinsland)上擁有一個青年旅社,且校址臨近法國阿爾薩斯、瑞士和黑森林,學生休閒和戶外活動有著優越的條件。  大學為學生提供各種宿舍,由學生工作處管理。除此之外,還有其它組織管理的宿舍,如弗萊堡大主教管區和福音派教會。因為易於承擔的租金和良好的地段,宿舍非常搶手。然而由於市內學生數量較大,在弗萊堡尋找私人房源同樣非常耗時。  學校擁有職業規劃中心,創業者聯盟將其評為德國最好的幾家之一。
弗萊堡大學(),全稱為阿爾伯特-路德維希-弗萊堡大學(),是位於德國巴登-符騰堡州的弗萊堡市的一所公立研究型大學。該校建校於1457年,是奧地利哈布斯堡王朝的第二所大學,也是德國最為古老的大學之一。學校由11個院系組成,有著教授人文、社會科學和自然科學的傳統。