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  克林黴素或頭孢菌素類藥物或阿莫西林等抗生素的使用改變了在腸道內原本的菌叢生態。具體來說,由於抗生素殺滅了腸道內的某些細菌,令另一些細菌比原來的腸道環境內更容易滋長。其中尤以梭狀芽孢桿菌()最為明顯。梭狀芽孢桿菌感染症狀之一即是偽膜性結腸炎。

  在香港,一般會處方甲硝唑(Metronidazole),或口服或靜脈注射,以消滅腸道中的致病桿菌。 事實上,甲硝唑亦是輕微至中度梭狀芽孢桿菌感染的第一度防線。 另外,亦有建議病人應該積極培養腸道中的益菌(例如:EC12),以平衡腸道內的生態,避免過度依賴抗生素。

  偽膜性結腸炎與缺血性結腸炎的發生均涉及血流與組織中氧合作用受阻,血管內皮因缺血而受損傷。因此,兩者在內鏡與組織學上有相似之處,甚至重疊表現。兩者的組織學型別的不同點主要在於損傷程度與病因不同而已。在缺血早期,組織學與內鏡表現相同,但內鏡下見到瀰漫分佈的點狀偽膜時則傾向於難辨(育)梭狀芽胞桿菌感染。在恢復期,組織學改變很輕微。活檢標本可能僅見到個別的擴張隱窩,其內襯有細長的變性或再生上皮細胞,隱窩腔內含有少數中性白細胞。
偽膜性結腸炎(pseudomembrane colitis)是發生於結腸的感染,通常是因為艱難梭菌("Clostridium difficile") 感染所造成。疾病症狀有伴隨惡臭的腹瀉,發燒與腹痛。偽膜性結腸炎嚴重時可導致毒性巨結腸症甚至有致命的危險。