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  在微生物學發展之前,微生物約在許多世紀前就己被人類所察覺。古羅馬學者馬庫斯·瓦羅在他論述農業的書中提到的第一原則,他警告說不應在沼澤附近建立牧場或宅第,因為在空氣中存在肉眼看不到的漂浮物,一旦經由口或鼻進入體內將會產生疾病。  公元1546年,吉羅拉莫·弗拉卡斯托羅提出,傳染病是由可藉由直接、間接接觸或傳播媒介傳播的種子體(seedlike entities)所引起。

  微生物學的發展,隨著顯微鏡的發明而開啟,1665年英國人羅伯特·胡克(Robert Hooke)發明顯微鏡,並觀察到細胞輪廓(真菌細胞壁,但當時被認為是簡單植物,直到二十世紀中才被證實是真菌),1673年荷蘭人雷文霍克(Antoni van Leeuwenhoek)使用自己改進的顯微鏡觀察到真正的細胞,隨著紀錄多種微生物的形態。  20世紀的40年代後,微生物學的研究成果,被應用於醫學、工業、農業等方面。生物研究方面,分子生物學、生物化學、細胞學、遺傳學等學科,也常利用微生物作為研究的材料。

  

  細菌可以格蘭氏染色(Gram stain)做初步鑑定。以格蘭氏染色後細菌依顏色不同可分為:格蘭氏陽性(Gram positive)及陰性(Gram negative)又因為細菌有球菌及桿菌,故以顯微鏡觀察可分類下列4項:1.GPC(格蘭氏陽性球菌)2.GNC(格蘭氏陰性球菌)3.GPB(格蘭氏陽性桿菌)4.GNB(格蘭氏陰性桿菌)

  微生物具有的一些特性使它們成為科學研究中理想的模式生物:

  微生物學的分支可以分為純科學和應用科學。微生物學依研究的材料不同,可分為細菌學、病毒學等,依研究方向分有醫用微生物學、環境微生物學、應用微生物學等。  微生物學的分類學,主要針對某一群微生物,對它們的形態、生理、分佈、變異、遺傳、演化加以觀察。 寄生蟲學
微生物學是研究微生物的一門學科。微生物包括病毒、原核生物和簡單的真核生物。目前,微生物學的最主要工作是用生物化學和遺傳學方法完成的。由於很多病原(像是造成植物病害的四大病原:病毒、真菌、線蟲、細菌)都可以算是廣義的微生物,微生物學也和病理學、免疫學和流行病學密切相關。微生物學家對生物學和醫學做出過基礎性貢獻,尤其在生物化學、遺傳學和細胞生物學領域。