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  在清初崇德元年(1636年),皇太極創立理藩院的前身“蒙古衙門”(),因蒙古部落歸附清朝日多,故設立衙門,專管外藩事務負責處理對蒙古的事務。在三年後,將蒙古衙門改為理藩院。隨著帝國疆土日漸擴張,理藩院成為管理蒙古、西藏、青海、新疆以及西南土司等各個少數民族事務的行政機關,併兼理對俄羅斯帝國的事務。在順治元年(1644年),順治將藩院長官「承政」改名為「尚書」,副長官「參政」易名為「侍郎」,助理「副理事官」為「員外郎,並在隨後的順治十六年(1659年),讓理藩院尚書、侍郎兼任禮部的官銜,將「理藩院尚書」定為「禮部尚書銜掌理藩院事」,將「參政」改名作「禮部侍郎銜協理理藩院事」。在順治十八年(1661年),執政的四輔臣認為理藩院管理整個外藩事務,責任重大,附屬於禮部不合適,便下諭此後理藩院官員不用兼禮部官銜,理藩院各長官又複稱理藩院尚書和理藩院侍郎,同時也規定理藩院官制與六部看齊,並授權理藩院尚書可參與中樞議政。

  崇德三年(1638)六月,皇太極將蒙古衙門更名為理藩院,並且整頓了由理藩院、都察院及六部組成的八衙門體系。  「理藩院」為漢文名稱,滿語名稱為tulergi golo be dasara jurgan,即管理「tulergi golo(外部區域,外路)」的衙門,蒙語名稱為「γadaγadu mongγul-un törü-yi jasaqci yabudal-un yamun」,意指處理外蒙古政務的衙門。這反映了皇太極的後金對蒙影響力與以前相比得到強化的自信感以及意欲更加直接地管轄蒙古各部的意志。表示外蒙古的蒙古語「γadaγadu mongγul」、表示外路(或外部區域)的滿洲語「tulergi golo」與漢文詞語「外藩」是對應關係。  乾隆時期,理藩院習慣上被稱為「monggo jurgan」,或者被蒙古王公稱為表示大衙門(amba jurgan)之意的蒙語名「yeke yamun」,然而更名後的新名作為正式名稱一直沿用到清朝末期。理藩院的滿語、蒙語、漢語名稱的含義並非完全一致。

  理藩院的首長為尚書,名額一人,由滿人出任,官階從一品,統理院內一切事務;副首長是侍郎三人,其中左右侍郎二人由滿人出任,蒙古侍郎一人由蒙古貝勒之中選賢出任,官階從二品;郎中十二人,由宗室一人、滿族三人、蒙古八人所組成,官階正五品,分掌院內各司事務,是處理各項庶務的中級官員;員外郎三十六人,由宗室一人,滿族十人、蒙古族廿五人組成,官階從五品,一般為閒職;堂主事六人,由滿族二人、蒙古三人,漢族一人;校正漢文官二人,皆由漢人出任,作翻譯工作;司務兩人,滿族蒙古族各一人;各司主事十人,分別由兩個滿族官及八個蒙古族官組成;銀庫司官、司庫、司使合共五人,全由滿員出任;筆帖式九十五人,分別為滿族官三十四個、蒙古官五十五人、漢族官六人,負責翻譯奏章、文書抄寫、檢查奏章滿漢蒙三文之間的校注。全院共設官一百七十二人,另有吏一百四十七人協助院務。  理藩院分司六個,分掌不同事項,四個司分掌外蒙古、新疆蒙古族、青海暨西藏(即所謂『外扎薩克』)及內蒙古(即所謂『內扎薩克』)的內部行政及對朝廷關係事務、一個掌管新疆回部及西南土司各部、最後一個司主理各外藩司法事宜。  理藩院尚管轄內館、外館、蒙古學、唐古特(西藏)學、託忒文學、俄羅斯學、木蘭圍場(清代皇家獵苑)、總管駐京喇嘛印務處(負責管理北京,東、西陵,熱河,五臺山等各喇嘛寺院的工作)、則例館(處理部門內的法律條文、定例、辦事程式、文案)等機構,以及派出司員,筆帖式作為中央朝廷在外藩的駐官,處理外藩事務,定期輪換。

  在咸豐十年十二月(1861年1月)成立總理各國事務衙門以後,兼辦對俄外交事務的作用被總理衙門接管。在光緒三十三年(1907年)九月,清末新政實行行政改革期間,改名為理藩部,由壽耆出任尚書。清亡後,中古式的外藩概念及封貢體系己不合時宜,在五族共和的理念下,各外藩變成了現代民族國家中華民國的一部分,理藩部再無存在的必要,遂廢。
理藩院(,)是清朝時處理外藩事務的部門,始創於清朝皇太極年間,在順治年間由附屬於禮部改為獨立部門,並在清初至總理各國事務衙門成立前兼領對俄羅斯事務。在光緒三十二年(1906年)的清末新政中因改革官制,理藩院改為理藩部。在清亡後,再無藩屬的概念,理藩部被撤銷。