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  扎莫厄斯基在巴黎大學與帕多瓦大學就讀,在那裡他從歸正宗昄依為羅馬天主教。在上學時,他就對政治產生了濃厚的興趣。回到波蘭後,他被任命為國王齊格蒙特二世的書記官。1563年,他寫了對古羅馬政府的說明"De senatu Romano",在這本書中他希望在波蘭立陶宛聯邦採用羅馬共和國的憲政原則。  1572年雅蓋隆王朝斷絕後,在選舉瑟姆(波蘭語:"sejm elekcyjny"),他利用它的影響力推行"victrom election procedure"(讓所有貴族都有權利選舉國王的政策)與過半數規則。在那時,他寫了說明"Modus electionis"。他是米克瓦伊·謝尼茨基和謝羅尼姆·奧索靈斯基的朋友,他隨後成為了聯邦下層與中層貴族(施拉赫塔)的最重要領導人,下層與中層貴族的目標是在全國範圍內推行改革,建立執行政府(或稱執行者政府,波蘭語:"egzekucja praw"、"egzekucja dóbr"、"popularysci"、"ruch egzekucyjny")—保衛波蘭獨一無二的憲政與議會制政府,以及低層貴族的統治權(貴族民主制)。他的影響力讓這一團體隨後被稱為“扎莫厄斯基的支持者”("zamojczycy",波蘭語中“扎莫厄斯基”的形容詞形式)。  扎莫厄斯基反對權貴派系,這一派系希望將王位交給哈布斯堡王朝成員。在1573年選舉中,他支援亨利三世,在1575年選舉中,他支援反哈布斯堡王朝的斯特凡·巴托裡。在那時他是該國最有權力的人,既獲得了大指揮官(海陸兩軍的總指揮)的,也獲得了大臣的權力,隨後成為波蘭最富有的權貴之一。他支援巴托裡的政策,這政策遭到哈布斯堡王朝與奧斯曼帝國的反對。扎莫厄斯基也支援巴托裡鞏固王權的嘗試。他參與了在1579年至1581年之間針對莫斯科公國的戰爭與之前的準備,攻佔了維利澤和扎沃洛茨。

  在巴托裡於1586年去世後,扎莫厄斯基支援齊格蒙特三世獲得波蘭王位,參與了與支援哈布斯堡王朝大公馬克西米連三世的支持者(許多為扎莫厄斯基的家人)之間爆發的短暫內戰,並在1588年的貝奇納戰役(此戰被稱為「扎莫厄斯基生涯中最重要的戰役」)中領軍挫敗他們,這時馬克西米連與他的權貴支持者試圖攻佔當時的波蘭首都克拉科夫。戰後馬克西米連被俘虜,1589年在和約中被迫放棄對王位的要求。那一年(1589年)稍晚,扎莫厄斯基提出了波蘭王位選舉的改革方案,但未能在瑟姆(議會)中通過。  從1589年開始,扎莫厄斯基以他兼任蓋特曼(大指揮官)的身份,試圖強化東南邊境對克里米亞汗國的防禦,可惜成果不多,於是他制定了一個緩衝區方案,將摩爾多瓦設為聯邦與鄂圖曼土耳其的中間緩衝區,以保障東南區域的軍事安全,結果導致長期的摩爾多瓦權貴戰爭。  但在齊格蒙特三世統治時期之始,扎莫厄斯基這曾經的聯邦國王的支持者,加入了反對國王將聯邦政體轉為絕對君主制的行列。齊格蒙特很快與哈布斯堡王朝和其他反宗教改革勢力聯盟,以獲得他們的支援來奪得瑞典王位。新國王恐懼國政大臣(聯邦共有四個國政大臣)的權力,但聯邦憲法規定他無法撤銷扎莫厄斯基作為國政大臣的終身職位。相對地,扎莫厄斯基將國王看做被人利用的棋子和愚昧無知的外國人。  在1590-1591年間,扎莫厄斯基一直是齊格蒙特國王的堅定反對者。雙方常發生爭執,但因為兩方都不想打一場兵戎相見的內戰,所以最後常是以扎莫厄斯基對國王公開道歉作結,兩人的緊張關係一直持續到扎莫厄斯基過世為止。扎莫厄斯基與國王在許多意見和立場上相左,他維護宗教寬容政策,反對羅馬天主教會與耶穌會權力增長,並警告國王,聯邦會被牽進與瑞典之間爆發的毫無意義的王室戰爭,尤其還包括奧斯曼帝國連續不斷的威脅。他的政策和行動被視作是波蘭反對專制主義,且最後沒有轉為絕對君主制的原因,這一點與歐洲其他國家區別很大。1591年瑟姆上,國王與扎莫厄斯基之間的公開衝突爆發,扎莫厄斯基發現齊格蒙特試圖將波蘭王位讓給哈布斯堡王室,以博得他們的支援,讓他能夠獲得瑞典王位。扎莫厄斯基未能廢除齊格蒙特,但在摩爾多瓦權貴戰爭中獲得了放手一搏的機會,在1595年他幫助大公耶雷米亞·莫維勒(耶雷米·莫希瓦)奪得王位。1600年,他與瓦拉幾亞大公及新任特蘭西瓦尼亞親王勇敢者米哈伊作戰,勇敢者米哈伊在幾個月前征服了摩爾達維亞。扎莫厄斯基在布科瓦擊敗米哈伊(參見特萊亞任河戰役),並復立耶雷米亞,甚至幫助他的兄弟西蒙·莫維勒,讓他成為短命的瓦拉幾亞國王,因此將聯邦的影響力蔓延至多瑙河中游。  在1600年和1601年,扎莫厄斯基參與了波瑞戰爭,指揮利沃尼亞(因弗蘭提)的聯邦軍隊。1600年他從瑞典人手中奪得一些要塞,隨後佔領沃爾瑪爾和菲林,1602年又佔領比亞韋-卡緬。但是這些戰役已經損害了他的健康,他放棄了指揮權。  在1603年的瑟姆中,針對國王發起的政府改革與強化王權方案,扎莫厄斯基領導反對派進行堅決抵制,他同時也反對齊格蒙特對俄羅斯的侵略戰爭。直到1605年的一月瑟姆中,他仍與國王持續作對,並在同年6月3日因中風而突然病逝,大筆財產由獨生子湯瑪斯·扎莫厄斯基繼承。他死後,國王得以發動對俄戰爭。

  1580年,他建立了扎莫希奇,這座城市由義大利建築師貝爾南多·莫蘭多設計建造為文藝復興時期的“理想城市”("")。扎莫厄斯基積攢了大量的財富——他擁有11座城市和200座村莊(大約17500平方千米),還是112座城市和612座村莊的王室管理者(大約17500平方千米)。1595年他建立了扎莫厄斯基學院。  扎莫厄斯基是揚·馬特伊科所繪的著名畫作《斯卡爾加講道》和《巴托裡在普斯科夫》的角色之一。
揚·扎莫厄斯基(,亦稱Jan Zamojski或Ioannes de Zamość) (1542年-1605年),是波蘭立陶宛聯邦貴族、第一位扎莫希奇公爵(“奧德南特”)。自1576年起擔任王室祕書官、自1576年起擔任王室次席大臣、自1578年起擔任王室總理大臣、自1581年起擔任大指揮官。自1580年至1585年任克拉科夫長老、亦曾擔任貝烏茲、明齊熱切、克熱舒夫、克內申和德爾普斯克長老。扎莫厄斯基是先後兩位國王齊格蒙特二世·奧古斯特與斯特凡·巴托裡的重要顧問,也是巴托裡的王位繼承人齊格蒙特三世的主要反對者之一。他是當時最具才能的外交官和政治家,是他這時候波蘭政治的重要人物。