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  人體感染後的潛伏期為5-14天。之後衣原體在角膜和結膜處生長,造成雙眼結膜充血、結膜乳頭增生、流淚、怕光、疼癢或異物感,眼部分泌物增多等類似細菌性結膜炎的症狀,多見於上眼瞼。患者瞼結膜上皮組織的淋巴細胞聚集,形成突出的增生,此為外觀可見的沙樣顆粒。持續感染造成睫毛倒生、結膜結疤,角膜渾濁、眼瞼內翻等症狀,在有些患者身上可導致視力減退甚至失明。感染可以重複進行,最終各病態增生組織被瘢痕代替。  慢性沙眼:可因反覆感染,病程遷延數年至十多年。充血程度雖減輕,但與皮下組織有瀰漫性細胞浸潤,結膜顯汙穢肥厚,同時有乳頭增生及濾泡形成,濾泡大小不等,可顯膠樣,病變以上穹隆及瞼板上緣結膜顯著。同樣病變亦見於下瞼結膜及下穹隆結膜,嚴重者甚至可侵及半月皺壁。角膜血管翳:它是由角膜緣外正常的毛細血管網,越過角膜緣進入透明角膜,影響視力,並逐漸向瞳孔區發展,伴有細胞浸潤及發展為淺的小潰瘍,痊癒後可形成角膜小面。細胞浸潤嚴重時可形成肥厚的肉樣血管翳)。

  砂眼的預防主要是以清洗用品、消滅蒼蠅等方法來改善衛生,切斷傳播渠道。一些抗生素也可以用來預防傳染。  以區域性用藥為主,常用利福平、金黴素、紅黴素、四環素或磺胺滴眼液,需連續用藥1～3個月。急性或嚴重沙眼,除區域性用藥外可口服四環素或磺胺,7～10天為一療程,停藥一週後再服用,一般需2～4個療程。若乳頭、濾泡嚴重時,可行沙眼濾泡擠壓術。沙眼為接觸性傳染,故除治療外應做好預防工作,如加強衛生宣傳,改善環境衛生,培養良好的衛生習慣等。
砂眼(英語:Trachoma),又稱顆粒性結膜炎(英語:Granular conjunctivitis)、埃及眼炎(英語:Egyptian ophthalmia)和致盲性砂眼(英語:blinding trachoma)是由砂眼披衣菌感染導致的傳染病。感染砂眼會造成眼瞼內側肉芽組織,可能導致眼睛痛、角膜表層受損或失明。未治療而反覆感染砂眼可能造成眼瞼內翻而失明。 導致砂眼的病原體可因為直接以及間接接觸到患者的眼睛或鼻子而傳播。直接接觸包括藉由碰觸衣物或蒼蠅,而這些物體都曾和已感染病患的眼睛或鼻子觸碰過。許多感染可能要長達幾年的時間,才會讓眼瞼疤痕腫大到讓睫毛開始摩擦眼睛的程度。孩童散播砂眼的機率高於成人。衛生條件不良、居住環境擁擠,以及缺乏乾淨水源和廁所等,都可能助長砂眼的傳播。 預防的方法包括提升清水的獲得及利用抗生素作治療,包括一次治療整個砂眼感染常見的族群。自行清洗不足以預防砂眼,但若配合其他措施,可能是有效的方法 。藥物治療包含口服阿奇黴素,及塗抹四環黴素。通常較偏好使用阿奇黴素,因為只需一次給藥。如眼瞼上已產生疤痕,可能必須進行手術矯正睫毛的位置,以預防失明。 全球統計,約有8,000萬人有主動侵染的情形。在部分地區,幼童的感染率高達60-90%,且女性的發病率較男性高,推測可能和幼童頻繁接觸有關。砂眼是導致220萬人視力衰退的原因,當中有120萬人甚至已全盲。在非洲53個國家、亞洲、中南美洲約有2.3億人暴露在得病的高危險中。每年可造成80億美元的經濟損失。砂眼被歸類於「被忽視熱帶病」之一。