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  傑森·包恩六星期前消失於莫斯科,而在此期間,一名叫亞倫·克洛斯的政府特工,被美國國防部所研發的一個黑色行動計劃「成果計劃」授權,在美國阿拉斯加野外森林中進行生存訓練。亞倫每一天都必須按時完成各項訓練,還得面對極度惡劣的天氣與環境,每天必須服用提高體能的綠色藥丸和提高智慧的藍色藥丸。當他完成所有任務來到同計劃的三號成員的移動型林中小屋時,三號告訴亞倫已經打破了早兩天的最高紀錄。  「黑薔薇計劃」和「絆腳石計劃」當時遭到倫敦《衛報》記者賽門·羅斯的調查,而他剛好也在滑鐵盧車站與傑森·包恩接觸時遭到暗殺;後來因為包恩回到紐約的一系列行為而導致所有計劃被公開。中情局局長艾茲拉·克萊蒙先去找了前美國海軍上將馬克·圖索、也是「國家研究試驗小組」的創辦人;圖索也找來了前任空軍上校瑞克·拜爾,讓他監管所有中情局和國防部所祕密進行的增強研究計劃。然而,瑞克在視訊網站上無意間找到關於絆腳石計劃的醫學主管艾伯特·赫旭,與成果計劃的醫學主管丹·席爾科特聚會時所拍攝的視訊錄影,錄影中甚至公開了他們兩個的私人交情。為了防止包恩所帶來的麻煩牽連他們,瑞克下令將所有成果計劃的潛伏特工一併去除,認為為了保護試驗小組的所有“次世代”第二階段專案只能出此下策。  命令一下達,位於世界各地潛伏的臥底特工們集體被下毒殺死,只剩下亞倫與三號還留在阿拉斯加的小屋裡。瑞克派遣了一架從美國維吉尼亞州空軍空戰司令部起飛的無人機前去解決他們,而亞倫一出小屋,MQ-1掠奪者無人攻擊機發射導彈將小屋與三號一起轟毀。亞倫搶先回到炸碎的小屋去拿藥丸存貨,卻發現藥丸已全部被炸燬。亞倫隨後將自己體內的追蹤器拿出,也將追蹤器放進抓到的狼體內,讓MQ-1掠奪者無人攻擊機追蹤到狼體內的追蹤器而毀滅目標。亞倫因此逃過一劫,隨後偷了一架飛機逃離阿拉斯加,決定去找藥丸的製作公司去拿存貨。但在美國,艾伯特·赫旭在出庭作證前卻因為不明原因而死在了酒店裡;而負責研發成果計劃藥物的『斯特森·莫蘭塔製藥公司』裡,瑞克所安排的研究員唐納德·福伊特,遭受神經學操控後開槍射殺計劃中所有的研究員、包括丹·席爾科特,最後在保安趕到後吞槍自殺身亡。  槍擊案唯獨漏掉一個負責檢測特工身體狀況的生化學家瑪塔·雪林,而瑪塔得救後決定搬離城市,但四個假冒政府探員的殺手來到她的郊區住宅企圖暗殺她。突然間,亞倫的突然出現殺死了所有殺手,立刻帶著驚嚇過度的瑪塔解釋了情況、燒燬了整座房子後從森林逃跑。亞倫隨後開始向問出藥丸的來源,而瑪塔卻一問三不知、說自己只是計劃中負責除錯藥方的的研究員,而所有的藥丸製作全部在菲律賓馬尼拉的病毒實驗工廠裡。亞倫一陣絕望,但瑪塔提示他在八個月前就已經不用再繼續吃綠色藥丸,因此亞倫決定首先將藍色藥丸戒掉,與瑪塔一起去馬尼拉的病毒實驗工廠拿病毒配方。  瑞克等人發現派過去的小隊任務失敗後開始恐慌,開始是開始追查瑪塔·雪林。夜晚,亞倫與瑪塔在汽車旅館度過一晚,亞倫將自己的真實身份告訴了她:本名肯尼斯·吉德森,曾經是進行護送任務時被宣告陣亡的美國陸軍第34裝甲團一等兵,初時在徵召入伍時,智力測驗不合格,但因兵力尚缺,測驗官幫他加了12分才達到測驗最低標準,所以其實亞倫本身患有智力低下及反應遲鈍,如果不依靠藥丸提升智力,將沒有任何機會逃跑,因此瑪塔決定幫助他。第二天,亞倫與瑪塔開始利用假身份坐飛機前往馬尼拉,兩人也成功通過安檢處。當瑪塔上飛機時,瑞克的小組探測到瑪塔在逃出別墅後被人接走,也發現瑪塔做了假護照進入機場,查到飛機後突然發現已死的亞倫也在飛機上,也發現他們前往馬尼拉是為了注射活體病毒。  幾小時後,飛機到達菲律賓馬尼拉,兩人下飛機後直接前往病毒實驗工廠,也利用假證件進入病毒原料存放庫,瑪塔將合成的病毒注入亞倫的身體。瑞克決定佈下天羅地網,決定放出一個為超級士兵所創辦的“拉克斯計劃”的三號刺客去刺殺他們。夜晚,亞倫與瑪塔在貧民窟裡度過,亞倫因為病毒而虛弱發燒。第二天,瑪塔為了救亞倫而冒險出去買藥,但拉克斯三號與菲律賓馬尼拉警察局特種武器和戰術部隊已到達亞倫的房間外面,瑪塔大聲對亞倫喊快跑,而亞倫與瑪塔相遇後開始騎摩托車逃亡,拉克斯三號也騎摩托車緊追不捨。亞倫騎到碼頭時因為中槍而開始暈倒,瑪塔也在拉克斯三號追來時向他的摩托車龍頭踢了一腳而導致其失控撞到柱子摔死。兩人在碼頭遇到一對開船父子,被父子好心收留而遠渡重洋、逃出了生天。當瑞克派了一個小隊去搜查亞倫與瑪塔呆過的房間時,發現亞倫在房間裡寫了一句:到此為止!同時,諾亞·瓦森參加出庭應訊時對委員會撒了謊,謊稱潘蜜拉將沒有許可權檢視的資料以及與國家通緝犯(包恩)私下合作,讓她遭受了叛國罪的指控。

  

  爛番茄新鮮度為56%,Metacritic上的平均得分為61,IMDB上得6.7分,評價普遍不及前作,但動作方面獲得好評。《好萊塢報道》的評論家託德·麥卡錫談到「該系列的第四部頗具實力,但故事情節缺乏創意」。

  美國首週末收穫4026萬美元,名列第一位,超過原本3500萬美元的期望。第一週過後電影賺進約40萬,比該系列的第一部電影《神鬼認證》的初周還高。工作室的研究報告指出,觀眾均勻地混合兩性之間。  電影在北美的票房為1億1320萬3870美元,國外則為1億6294萬0880美元,而全球總數達到2億7614萬4750美元。

  儘管本片獲得褒貶不一的評價,但環球影業仍會繼續推出「神鬼認證系列電影」。2014年5月9日,安德魯·鮑德溫加入撰寫電影劇本的行列。2014年6月,執行製片人法蘭克·馬歇爾說,麥特·戴蒙仍不會在下部電影中迴歸傑森·包恩一角。2014年6月18日,該工作室已將電影的釋出日期從原來的2015年8月14日延遲到2016年7月15日。  2014年11月,戴蒙證實他和保羅·葛林葛瑞斯都將回歸。2015年1月6日,宣佈上映日為2016年7月29日。而傑瑞米·雷納和麥特·戴蒙兩人則不會同時出現於第五集中,因此第五集則由戴蒙主演。
《神鬼認證4》(英語:"The Bourne Legacy")是一部於2012年上映的美國動作驚悚電影,改編自勞勃·勒德倫的著名小說。東尼·格萊執導,並繼續由東尼·格萊編劇。本片雖是「神鬼認證系列電影」的第四部,但故事時間線與第三部《神鬼認證:最後通牒》相同。由麥特·戴蒙飾演的系列主角傑森·包恩在此集並未登場(但名字在片中仍多次被提到),本片講述的是另外的計劃與特工的故事,以傑瑞米·雷納飾演的亞倫·克羅斯作為主角。