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  孔雀石綠是帶有金屬光澤的綠色晶體,可用作治理魚類或魚卵的寄生蟲、真菌或細菌感染,如魚場的魚卵容易感染的真菌"Saprolegnia"。孔雀石綠也常用作處理受寄生蟲影響的淡水水產。但對於脂鯉和鯰魚等海產,孔雀石綠有高度毒性、高殘留等副作用,故使用時,通常只下一半分量。  加拿大在1992年發現人類若進食含孔雀石綠的魚類,會對健康構成重大影響,主要是孔雀石綠中的三苯甲烷基團可引致肝癌。因此,孔雀石綠被列為第二類危險物品,很多國家已經禁用。不過,基於孔雀石綠低廉的生產成本及容易使用,不少監管較弱的國家依然在使用中,有漁民在防治魚類感染真菌時使用,也有運輸商用作消毒,以延長魚類在長途販運中的存活時間。  雖然2002年5月中國農業部已將孔雀石綠列入《食品動物禁用的獸藥及其化合物清單》,但於2005年8月,福建、江西及安徽等地出口的鰻魚產品,仍被驗出含有孔雀石綠,中國國家質檢總局首次下令全面回收,數日後香港發現多種淡水魚含有孔雀石綠,中國大陸因此禁止所有淡水魚出口到香港。 同年9月1日香港於來自臺灣的青斑海魚樣本中驗出孔雀石綠,中華民國漁業署表示會作出針對性檢驗。

  孔雀石綠可用作生物染色劑,把細胞或細胞組織染成藍綠色,方便在顯微鏡下研究。孔雀石綠也用作絲綢、皮革和紙張的染料。要製造孔雀石綠染料,首先將其溶於熱草酸溶液,冷卻後得草酸鹽的結晶,或用鹽酸中和後,加定量的氯化鋅結晶出氯化鋅複鹽,成為綠色鹼性染料。
孔雀石綠(Malachite green,又名aniline green、basic green 4、diamond green B或victoria green B,IUPAC名稱4-[(4-dimethylaminophenyl)-phenyl-methyl]-N,N-dimethyl-aniline)是一種有毒的三苯甲烷類人工合成有機化合物,既是染料,也是消毒劑,可致癌。其製成可由1摩爾(mol)的苯甲醛和2摩爾的二甲苯胺在濃鹽酸混和下,加熱縮合成隱色素鹼,在酸性下加過氧化鉛使其氧化,並在溶液中沉澱出色素鹼。