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  君士坦丁堡普世牧首區前身拜占庭主教區相傳是由使徒安得烈創立。  330年君士坦丁大帝把羅馬帝國首都從羅馬至拜占庭,將該地改為君士坦丁堡,君士坦丁堡主教區升格為大主教區。  381年第一次君士坦丁堡公會議承認君士坦丁堡主教與羅馬主教權力平等。  451年卡爾西登會議重新肯定君士坦丁堡主教的領導地位,將巴爾幹半島和小亞細亞大片地區劃歸他的管轄。  7世紀以來,由於穆斯林國家的擴張,被征服的主教轄區的東方牧首紛紛逃亡君士坦丁堡,加強了普世牧首的權力。  在很長時期中,他們的繼任人選都照例要由普世牧首決定,拜占庭正教從君士坦丁堡傳到東歐大部分地區,包括保加利亞、塞爾維亞、羅馬尼亞和俄羅斯。君士坦丁堡牧首成為東正教會的首腦,與自稱普世基督教首腦的羅馬主教分庭抗禮。  1453年君士坦丁堡為奧斯曼帝國攻下,成為其首都,穆罕默德二世承認普世牧首真納迪烏斯二世為信奉東正教臣民的領袖。

  目前,君士坦丁堡牧首和君士坦丁堡會議所管轄的地理範圍在土耳其僅有君士坦丁堡總主教區連同迦克敦、代雷柯伊、阿達拉以及格克切島和博茲賈島等4個近郊教區。  在希臘,名義上歸君士坦丁堡牧首管轄的有聖山隱修區、帕特莫斯島上的福音聖約翰隱修院、北部幾個教區,佐澤卡尼索斯群島4個教區以及克里特島上一個自主教會。  歐洲、美洲、澳大利亞和紐西蘭的希臘正教總主教區、都主教區以及芬蘭自主教會都接受君士坦丁牧首的領導。  君士坦丁牧首在亞洲及大洋洲有多個都主教區,分別為香港及東南亞都主教區、韓國及北亞都主教區、紐西蘭及大洋洲都主教區、新加坡及南亞都主教區。  自從1586年起,牧首座設在伊斯坦布林北區芬內爾的聖喬治座堂。牧首必須是土耳其出生的公民,由各都主教區會議選出。
君士坦丁堡普世牧首區(, "Oikoumenikòn Patriarcheîon Konstantinoupóleos", )也稱新羅馬牧首區(),是東正教自主教會之一,最高領袖為君士坦丁堡普世牧首,現任牧首為巴爾多祿茂一世。是東正教會名義上的首席領導者,但各自主教會間地位平等。