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  外圍賽共有分為兩輪,包括有淘汰賽及分組賽。首圈有42支球隊參加,兩隊球隊以兩回合主客製作賽。21支勝出球隊晉升第二圈分組賽。第二圈將30支參賽球隊分為5組,每組均為6隊,每組首名可晉身決賽周。

  

  首圈淘汰賽是由42支球隊進行抽籤,兩隊球隊以兩回合主客製作賽。21支勝方與2002年世界盃的5支非洲球隊:塞內加爾、喀麥隆、奈及利亞、突尼西亞以及南非以及根據2003年6月25日前的國際足協世界排名當中4隊最高排名的非洲球隊:埃及、摩洛哥、民主剛果、象牙海岸合計30隊進入分組賽階段  粗體字代表出線球隊

  晉級球隊共有21隊,包括:(2004年11月時世界排名)

  30支進入分組賽階段的球隊會分為五組,每組各有六隊,每隊互相對賽,採取主客雙迴圈賽制,勝出得3 分,和得1分,負則0分。按各隊於分組賽的總得分排列,每組的首名可直接晉身2006年世界盃決賽周。
2006年世界盃-非洲區外圍賽透過淘汰賽及分組賽決定5隊非洲國家隊參加決賽周,賽事由非洲足協(CAF)負責管轄,52個成員國當中只有東非國家吉布提沒有參賽。賽事除了決定參加世界盃決賽周的球隊外,還擔任2006年非洲國家杯外圍賽的角色,各組首3名晉身2006年非洲國家杯決賽周。