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  共和國的建立正值菲律賓革命,是菲律賓人反抗西班牙殖民統治的高潮。1898年6月12日,在埃米利奧·阿奎納多的故鄉甲米地省,革命者發表了西班牙文的《菲律賓獨立宣言》,宣佈菲律賓獨立。 9月15日,革命者在馬洛洛斯召開大會,會議公佈了《共和國憲法》,史稱《馬洛洛斯憲法》,該憲法於1899年1月正式通過,標誌著菲律賓第一共和國的建立,埃米利奧·阿奎納多任總統。共和國執行《馬洛洛斯憲法》,代替了原埃米利奧·阿奎納多建立的革命臨時政府。憲法規定菲律賓共和國的立法權屬於由一院制選舉產生的國民議會,行政權屬於議會選出的總統,司法權屬於首都的高階法院以及依法建立的各級地方法院。憲法宣佈保護私有財產,規定政教分離,國民享有基本人權。  根據1898年6月18日和20日通過的法令,處於菲律賓第一共和國實際管轄範圍內的地方政府很快被重組。馬洛洛斯的國會通過的一項重要法令之一是通過提供國家貸款來平衡菲律賓共和國的大額開支。  在1898年6月12日《菲律賓獨立宣言》發表後,菲律賓革命軍更名為菲律賓共和軍。隨後,1898年9月28日,阿奎納多任命安東尼奧·盧納為作戰助理。與此同時,革命者在馬洛洛斯設立了菲律賓的第一所軍事學校。共和國在內政方面著手於建立各級地方政權,將教會土地收歸國有,租給農民耕種;外交上爭取各國的外交承認,採購軍火。由於美西和約規定菲律賓被割讓給美國,菲律賓共和國政府亦積極反對美國參議院批准和約,派特使遊說。  時旅居日本的孫文曾支援菲律賓革命,幫助共和國政府採購軍火,他計劃分兩艘船將軍火運送至菲,不料第一艘船遇風暴沉沒,而第二批軍火運達前共和政府已經失敗。

  1898年12月10日,美西戰爭結束,美國和西班牙籤署《巴黎條約》,該條約規定將西班牙殖民地菲律賓割讓給美國,造成領土爭議。美國當即出兵菲律賓,進入馬尼拉,與菲律賓共和軍發生衝突。當日,總統埃米利奧·阿奎納多宣佈“菲律賓與美國的友好關係已經破裂,美國將成為戰爭法規定範圍內的敵人”。衝突迅速升級,爆發第二次馬尼拉衝突,菲律賓共和軍被趕出城市。3月31日,美軍佔領馬洛洛斯——菲律賓第一共和國最初的首都,但馬洛洛斯城當時已被撤退的共和軍燒成廢墟。 埃米利奧·阿奎納多和共和國政府的核心成員搬到了聖伊西德羅 (新怡詩夏省)。  在1899年4月至5月的和平談判失敗後,美軍進佔了聖伊西德羅 (新怡詩夏省),菲律賓共和國政府又先後搬到了邦班和塔拉克。此外,在5月7日,菲律賓共和國內的主戰派成員皆被解職,由多名主和派官員替代。11月13日,美軍佔領塔拉克,此時阿奎納多等人已經出逃。 當日,在巴顏邦的會議中,阿奎納多決定重組部隊,進行游擊戰,但阿奎納多逐漸失去軍隊掌控權,無法再發動大型的軍事行動,他意識到他東逃的道路已被美軍封鎖,11月15日,阿奎納多等人擺脫了美軍的追兵,轉而穿越北方和西方的山脈。  1901年3月23日,阿奎納多在巴拉南被美軍俘獲。4月1日,他宣佈效忠美國政府,廢除第一共和國,並承認了美國在菲律賓的主權。隨後,美軍根據《巴黎條約》佔領菲律賓群島全境,菲律賓第一共和國瓦解。美軍佔領菲律賓直到1946年《馬尼拉條約》的簽署,菲律賓得以建立新的共和國,即今日的菲律賓。
菲律賓共和國(;),史稱菲律賓第一共和國、馬洛洛斯共和國,是在菲律賓革命期間建立的一個短命政權。1898年菲律賓革命爆發,革命者在布拉幹省的馬洛洛斯宣佈成立菲律賓共和國,並通過了菲律賓共和國憲法。1899年2月,美國發動美菲戰爭入侵菲律賓,菲律賓共和國隨之瓦解。