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  天主教自1549年由耶穌會教士方濟各·沙勿略首次傳入日本後,教徒人數激增,特別是在九州、京都和江戶地區。位於九州西部的島原在信奉基督宗教的大名小西行長影響下,傳教活動旺盛。  天主教的擴張引起傳統的佛教和神道教反對;1587年,豐臣秀吉正式驅逐傳教士,宣佈基督宗教是邪教。然而教徒數量卻持續增加,。此時正值德川幕府準備統一日本,信奉天主教的地方諸侯成為政府特別征討的物件,1614年幕府領令所有人必須棄教。

  德川幕府第三代將軍德川家光力主閉關鎖國政策,1616年下令禁止除長崎和平戶兩港口外的對外貿易。大名們失去貿易收入,轉向對領地民眾增加稅收來維持收入。島原藩主鬆倉重政於1621年開始建築島原城,並鎮壓當地的天主教徒,其子鬆倉勝家更是以殘暴聞名。1634年起,島原和天草地區連續發生天災,更加重了民眾的負擔。

  1637年10月,島原的一名農民交不起農租,妻子被領主鬆倉勝家的家臣田中宗夫帶人抓走,數百名憤怒的村民放火燒燬了田中的家宅,16歲的天草四郎時貞(教名Jerome)被推舉為領袖。10月15日,島原有馬村藩吏林兵右衛門探悉有村民供奉天主像,破門而入卻被在場的村民殺死。隨後當地民眾開始誅殺藩吏、焚燒寺廟,最終使領內的民眾響應了這次一揆之亂。  起義軍擊敗了前來鎮壓的3000人武士軍隊,幷包圍了藩吏躲藏的富岡城。後聽說幕府軍隊正在前來,遂退守島原南部原有馬氏所領的原城。幕府特使板倉重昌三次發動進攻都不成功,最後板倉本人戰死。幕府又派宰臣鬆平信綱來九州組織藩軍,這次改為圍城,等待起義軍彈盡糧絕,同時請求荷蘭軍隊砲轟支援。  堅守原城的起義軍和幕府軍隊都傷亡慘重,起義軍於4月4日突圍未遂,幕府軍隊從俘虜口中得知城內糧食已罄。4月12日,幕府軍連同九州眾大名,合共12萬5800多兵力開始攻打原城,克服守軍的拼死抵抗,於15日攻克原城。幕府約一萬人戰死,包括天草時貞在內約3萬7千名起義者和援助者被斬首,生還者中只有負責內應的山田右衛門作一個(不過由於幕府軍在圍城期間積極宣傳受脅迫參加的民眾可獲寬大處置,因此也有約1萬名起義者先後逃亡、投降的說法)。天草的首級被送往長崎,原城城堡被毀。

  幕府懷疑西方傳教士與起義有關,於是驅逐葡萄牙商人,並嚴格禁絕天主教及其他基督宗教,倖存的教徒被迫成為地下信徒。此後到19世紀中期,日本本土再沒有發生大規模的戰爭。對基督宗教的禁絕直到明治維新時期才取消。  事後幕府調查時,調查者在鬆倉勝家住宅的桶中發現農民的屍體,因為此事而被幕府沒收領地並被斬首(通常幕府對大名的處斷是較為名譽的切腹,鬆倉勝家是德川幕府歷史中唯一被下令斬首的大名);此外,當初對天草地區檢地時給予過大石數判定而導致居民生活困苦的唐津藩主寺澤廣高已死,但其子次任藩主寺澤堅高同樣被問罪而被沒收天草領地,之後精神異常而自殺。  1647年,天草成為幕府的直轄領(天領)。被任命為天草代官的鈴木重成一方面勸誡居民改信佛教,一方面致力於復興當地。但鈴木統治天草時,開始懷疑當年寺澤廣高檢定的石數(農田收入三萬七千石,桑、茶、漁業與鹽業的摺合收入五千石,合計四萬二千石)過高而決定再次檢地,並且多次向幕府提出將天草的石數減半為二萬一千石的要求;在多次被幕府以沒有先例的理由拒絕後,鈴木在1653年於江戶自宅留下年貢減半的請求書後切腹自殺。幕府震驚之下才開始檢討石數減半的決策,繼任天草代官的重成養子鈴木重辰同樣多次請求石數減半,最後在1659年天草地區的石數終於得以減半,鈴木重成、重辰等人也在天草當地受到長久的奉祀。
島原之亂(1637年—1638年 寛永14年10月25日)是江戶時代初期發生的日本史上最大規模的一揆(人民起義),也是幕府時代結束前的最後一場內戰,亦可稱為島原天草之亂、島原天草一揆,始於寬永14年(公元1637年)10月25日,終於寬永15年(公元1638年)2月18日。內亂的成因是高壓政治、重稅等。