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  他的父親是德意志國王和神聖羅馬帝國皇帝亨利六世,母親是西西里女王康斯坦絲,生下他時已經40歲。薄伽丘在《名女傳》裡記載關於他的母親康斯坦絲皇后的傳說。康斯坦絲是西西里公主,是國王古列爾莫二世的姑母,有預言稱她的婚姻將毀滅西西里,這使得她尚在童年就被囚禁在修道院為修女,直至30歲時才與後來的亨利六世訂婚並在2年後成婚。  腓特烈二世3歲時,父親去世,隨母到西西里島逃避戰火,一年後母親去世,教皇英諾森三世成為他的監護人。他從小在西西里長大,後來也一直熱愛西西里。  康斯坦絲皇后在婚後一直沒有孩子,直到40歲才懷孩子,有些不懷好意的人宣稱一個屠夫的兒子將被調換成皇子,這對靠血緣世襲的西西里王室而言是十分危險的流言。1194年12月26日,皇后在趕往西西里(皇帝已經於聖誕節加冕成為西西里國王)途中感到分娩的陣痛,她在耶西的市集上搭起帳篷,為維護孩子正統的繼承權力,她允許鎮上的女公民觀看皇后的分娩,並把赤裸的正滴著乳汁的胸脯給眾人看。  在與父親亨利六世唯一一次見面——施洗中,被賦予FEDERICO RUGGERO的名稱:意寓將繼承祖父紅鬍子(FEDERICO I)和外公羅傑二世(RUGGERO)的名字以及他們的豐功偉績,成為西西里與日爾曼兩地之王。 1196年12月,父親亨利六世讓諸侯選舉年幼的腓特烈為羅馬人民的國王,但同時皇帝企圖實現的王位世襲制度卻因教廷的強烈反對而失敗。但當亨利六世患瘧疾突然去世時,腓特烈二世還是個孩子,皇帝的遺囑(有可能是偽造的)為他規劃“理想的未來”。以帝國對教廷的讓步保證腓特烈二世得到巨大的帝國。然而皇帝一死,託孤大臣安魏勒的馬克瓦爾特 (Markward of Annweiler)就被康斯坦絲皇太后趕出西西里,年幼的腓特烈二世放棄德國的王位。  在康斯坦絲皇太后授意下,腓特烈二世於1198年5月17日加冕為西西里國王。在丈夫去世一年後,44歲的康斯坦絲太后也走到生命的盡頭,她於1198年11月28日去世,她在去世前請求強大的教皇英諾森三世保護這個年幼的國王。因而這位年輕的國王是在教皇的監護下成長起來的,被稱做“神父哺育的國王”,德國人則喜歡稱他為“阿普利亞的孩子”。  這個兒童雖然戴著王冠,其實卻是個時時被監視的囚徒。幼年的腓特烈二世是在不受重視甚至是歧視和虐待中度過的,他在西西里的首府巴勒莫度過了整個童年,有傳說6歲的他穿著國王的華服用尖利的手指甲不停地劃破綢衣和自己幼嫩的面板,有時候連吃飯都成為問題,在巴勒莫的街頭流浪,依靠富有愛心支援皇帝的家庭的接濟。但正是這樣悲慘坎坷的童年經歷影響腓特烈二世一生,他待人平等,可以同馬伕平等交談問題,他只相信自己,極端地自我,相當地世故。他見多識廣,對知識孜孜不倦也是從他童年在市井間的生活開始的。  在他15歲的時候,他的監護人英諾森三世終於做一件重大的事情,讓他結婚。為他選一位新娘,比年輕的國王至少大10歲還是個寡婦,阿拉貢的公主。  1211年,因為奧托四世的不受控制,英諾森三世提議腓特烈為日爾曼國王,而他的嬰兒長子亨利加冕為西西里國王,妻子為王國攝政。於是乎腓特烈踏上前往日爾曼的道路。3月,自巴勒莫出發,於復活節夕到達羅馬,與英諾森三世會面——這也是兩者唯一的一次會面。腓特烈宣誓效忠教宗。隨後經過熱那亞,於7月到達康斯坦茨,並在之後3個月與法國不久後的國王路易八世簽訂共同對抗奧托四世。1213年7月12日,在教宗的黃金訓令中,承託神聖羅馬帝國與西西里王國的分離,放棄日爾曼在義大利半島的一切權力,並承諾進行第五次十字軍東征。教皇滿意認為,他已經完全控制腓特烈二世。1214年,奧托四世在布汶戰役中慘敗,這使得腓特烈二世確保神聖羅馬帝國的皇位。

  等到腓特烈二世成年,他就顯示出一種截然非英諾森三世所想的態度。英諾森三世的繼任霍諾留斯三世是一個優柔寡斷之人,他使得腓特烈二世能夠放手把西西里作為他的政治基地。1220年帝國會議選舉腓特烈二世為羅馬人民的國王。於是皇帝的地盤把教皇國包圍了起來,而這正是歷代教皇所極力反對的。總的來說,腓特烈二世對德國的事務反倒不甚關心,他統治的中心是西西里。義大利的城市剛剛依靠倫巴第同盟擊退了腓特烈二世的祖父紅鬍子腓特烈一世,現在他們發現自己正面對一位更恐怖的腓特烈。  1226年,腓特烈二世發給條頓騎士團大團長赫爾曼·馮·薩爾扎一個特許狀,准許其征服普魯士。薩爾扎是腓特烈二世一生中最信賴的顧問之一。  1227年性格倔強的格列高利九世當選為教皇,他的後半生都在與腓特烈二世爭鬥。他命令腓特烈二世立即率領十字軍東征。但是腓特烈二世的十字軍遇到了瘟疫,以至很快折返。格列高利九世不相信這是事實,他對腓特烈二世處以絕罰。腓特烈二世只好再次出征耶路撒冷。  腓特烈二世領導的十字軍是十字軍東征史上絕無僅有的一次。他的行動令東方和西方都大吃一驚,然而卻得到了最好的效果。實際上,腓特烈二世避免任何戰場上的交鋒,他通過談判手段換回了耶路撒冷。埃及蘇丹阿卡邁爾(Al-Kamil)稱讚他為最好的歐洲君主。根據和約,腓特烈二世重建了耶路撒冷王國並自任國王,同時與原國王的女兒布里昂的約蘭德結婚。他的這些史無前例的活動成了格列高利九世反對他的藉口。格列高利九世譴責腓特烈公然與異教徒簽約,並派軍隊進攻西西里(教宗國在羅馬一帶擁有自己的領地和軍隊)。然而,教皇大大低估了腓特烈二世的力量。腓特烈二世迅即班師回義大利擊潰教皇軍隊。雙方於1230年休戰,格列高利九世解除了對腓特烈的絕罰。

  腓特烈二世與教皇國的矛盾已經根深柢固。1234年,教皇支援腓特烈二世的兒子羅馬人民的國王亨利七世反對自己的父親。腓特烈二世很快撲滅了叛亂,他廢除了兒子的王位,並把他終身監禁在義大利的監獄裡(1235年)。他在義大利有一個有力的支持者:維羅納長官埃澤利諾三世·達·羅馬諾。在後者支援下,他對義大利南方的反皇帝城市聯盟進行征討(1236年)。1237年,腓特烈二世在科爾泰努瓦大敗聖澤諾內聯盟。1241年他襲擊了熱那亞的艦隊,俘虜了兩名正準備參加教皇召開的,譴責腓特烈二世的會議的紅衣主教。  新任教皇英諾森四世表現出一種比格列高利九世還要嚴厲的態度。1245年,他在法國的里昂對腓特烈二世處以破門律(他選擇里昂是為了避開皇帝的直接軍事威脅)。腓特烈二世面臨著嚴峻的形勢:教皇的制裁損害了他的聲望,在那個人民篤信羅馬公教的時代,君主被開除教籍是極其危險的,以前就有不少這方面的例子。更嚴重的是,德意志諸侯開始與義大利城市聯合反對他,這些諸侯一直是困擾每一代皇帝的威脅力量。1246年,圖林根公爵亨利在教皇與諸侯支援下當選為敵對國王。在種種困難之下,腓特烈二世在弗薩爾塔戰役中被義大利同盟打敗,他的兒子被俘。

  腓特烈二世一直未能找到反對英諾森四世的可靠同盟。1250年12月,他在一次行獵中突然中風。也有人說是被自己的兒子曼弗雷德殺死。1250年12月13日,在痢疾的折磨下,腓特烈二世死在了弗奧倫蒂諾城堡(現今義大利福賈省聖塞韋羅地區),享年56歲。死去時,他穿著熙篤會修士的白色法衣。  在他死後,遵照遺囑他的頭銜被如下劃分:合法繼承人康拉德四世獲得羅馬人民的國王和西西里國王稱號;曼弗雷德受封塔蘭託,並攝政王國事務;亨利七世雖然因為叛亂而被剝奪了繼承權,但他的子嗣繼承了奧地利公爵和施蒂利亞公爵。腓特烈二世的遺願是,在不影響國家威望的前提下,將所有從教皇手裡奪取的土地歸還教皇,同時大赦天下,減少賦稅。然而,康拉德四世在繼位後四年就去世,王朝地位岌岌可危。腓特烈二世的這一遺願最終也未能實現。 在腓特烈二世去世之後,軍隊中的伊斯蘭教穆斯林們將他收殮,並帶到了巴勒莫。最終安放他遺體的石棺被放置在巴勒莫主教座堂的禮拜堂內,與他的父親亨利六世和西西里國王羅傑二世放在一起。  19世紀時,當時的歷史學家們對腓特烈二世的遺體進行了學術調查。石棺中他的屍體穿著伊斯蘭風格的服裝,外衣的衣袖上用阿拉伯語繡著“朋友,寬巨集大量的人,誠實的人,富有知識的人,勝利者”。

  腓特烈二世給人留下深刻的印象,彷彿他不是個君主而是位學者。他本人掌握了七種語言:德語,義大利語,法語,拉丁語,希臘語,希伯來語和阿拉伯語。這在教育比較落後的中世紀是非常令人驚奇的。  由於具有一些新穎的觀念,他在發展工商業方面很有成就。腓特烈二世重視教育,他創辦了那不勒斯大學(1224年),在西西里辦了一個詩歌學校。皇帝本人還寫有一部詩集“獵鳥的藝術”。腓特烈二世把西西里的法律編成法令集。在自然科學方面,腓特烈二世非常重視伊斯蘭學者掌握的知識,當時伊斯蘭世界的文化水平遠遠超過了歐洲。他有時會做一些實驗,不過這些實驗據說變成了暴行(將囚徒在酒桶裡慢慢淹死以觀察靈魂是否存在,將嬰兒由聾啞人撫養以觀察語言如何起源),當然這也可能是教皇對他的誹謗。

  腓特烈二世是個有強烈感官刺激慾望的男人,換而言之他有很強烈的性慾。他對女色的追求可能來自於過早地喪失母愛,童年生活在一個完全沒有關心和愛的環境中有關。  他愛女人,愛過許多許多女人併為她們寫出許多情真意切,感情熱烈奔放,甚至相當肉麻的情詩。傳說他在年少流浪時便和妓女們打成一片,15歲時便和一位比他至少大十歲的美麗寡婦,前匈牙利的王后阿拉貢的康斯坦絲結婚了。17歲就有了嫡出的長子,未來的共同統治者德意志的亨利。在他喜愛的髮妻死後,他又結了兩次婚,這兩位夫人為他生了許多孩子後也都去世了。在他最愛的情人臨死的時候他在她的靈床邊和她舉行了婚禮的儀式。他還有一個奇特的愛好,就和以前的西西里君王一樣,喜愛阿拉伯的美麗宮妃,他經常帶著一些阿拉伯女奴和珍禽異獸出遊。

  腓特烈二世有很多合法子女及私生子女。  合法子女:  與第一任妻子阿拉貢國王阿方索二世的女兒阿拉貢的康斯坦絲(1179年—1222年6月23日),於1209年8月15日在西西里墨西拿舉行婚禮  與第二任妻子耶路撒冷國王布里昂的約翰之女布里昂的約蘭德(1212年—1228年4月25日),於1225年11月9日在普利亞布林迪西舉行婚禮  與第三任妻子英格蘭國王約翰的女兒英格蘭的伊莎貝爾 (1214年—1241年12月1日),於1235年7月15日在德意志的沃爾姆斯舉行婚禮  與義大利貴婦比安卡·蘭恰 (約1200/10-1230/46),大概於1225年開始關係。其中一個來源闡述他們的關係維持了20年。有記載在比安卡臨死前兩人曾結婚,但是不被教會承認。比安卡與腓特烈二世有三名子女,腓特烈二世將他們兩人的子當成合法子女看待:女兒康斯坦絲嫁給尼西亞皇帝成為皇后及在他的遺囑中委任曼弗雷德為塔蘭託親王及西西里國攝政。
腓特烈二世(Friedrich II,1194年-12月26日-1250年-12月13日),霍亨斯陶芬王朝的羅馬人民的國王(1211年—1250年在位)和神聖羅馬帝國皇帝(1220年加冕)。他也是西西里國王(稱腓特烈一世,1198年起),耶路撒冷國王(1225年—1228年),義大利國王和勃艮第領主。