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  藤原氏透過攝關政治掌權下,天皇大權旁落,引起地方豪族與武士的不滿。到了後三條天皇,因其非藤原氏所生,親政後極力奪回政權。藤原氏的外戚集團引起了整個朝廷的矛盾,攝關政治主要透過外戚的身份來干政。後三條天皇不願當攝關家的傀儡皇帝,結合了反對藤原氏的各種勢力,整理莊園、整頓朝政、積極恢復皇權。  後三條天皇引入了自己的親信村上源氏的源師房,並在1069年釋出了莊園整理令,整頓藤原氏所屬的莊園。地方反對藤原氏的「受領階級」也參與了反對藤原氏的運動。藤原氏大量的莊園被劃歸為上皇直屬的「院領」。1073年1月,後三條天皇讓位予白河天皇,卻開設「院廳」,意圖以上皇之姿重新掌控朝政;卻在1073年6月病死。院政的確立,從白河天皇才真正開始。

  白河天皇為對抗攝關政治,退位為太上天皇,居住在白河院,依靠中下層武士招募軍隊、建立朝廷百官,頻頻頒佈院宣,成為政務的仲裁者;最後出家為太上法皇,仍掌握大權。以後天皇多遵循此例。白河天皇在白河院中設定了各種官職,並組織北面武士作為親衛武裝力量。白河院的官員多為上皇的近臣,多是中下級官僚。代表了皇權與貴族的分立。  上皇頒佈的院宣,其權威高於天皇的詔令。而原屬太政大臣的職權,雖然經過公卿會議決議,最終的裁定卻在上皇手上。朝政的一切都掌控在上皇中。這百餘年皆由上皇實行院政。而過去攝關政治的權力來源仍是天皇,所以要以天皇的權威作為根基。院政的權威卻直接來自於上皇,透過父親尊親屬的關係控制朝政。  院政的形成,與其說是皇室與外戚的矛盾,不如說是中下官僚與大貴族的鬥爭。後三條天皇得以整頓莊園,就是因為中下官僚的支援。

  攝關政治的基礎,是藤原氏掌控的大量莊園;而院政是行國制,是將一個國(行政區)的行政、徵稅權在一定時間賦予特定個人,以換取對上皇的支援。這樣反而使中央集權制度加速瓦解。院政接收了藤原氏與豪族的莊園,而積極整頓莊園引起了領主的不安。為了避免遭到清算,許多領主自動向上皇靠攏;上皇為了報答領主的支援,給予了豁免租稅的優待,反而使莊園的獨立性更強。  由於許多上皇篤信佛教,更遁入空門成為法皇,使佛教勢力擴張。神社寺院有自己的僧兵,屢次與地方國司相爭。朝廷面對僧兵的鬥爭,反而束手無策。畏懼神佛的貴族無法反抗僧兵,只能倚靠不畏懼神佛的武士來相抗衡。間接造成了武士的抬頭。

  院政的是為了對抗攝關政治而形成的畸形政治制度,雖然成功把藤原氏的的勢力逐出朝廷,但上皇與攝關一樣好大喜功,上皇更因深信佛教而大興土木興建佛寺、舉辦大規模法會而耗費財政;為了彌補財政空洞,反而加深賣官的情況。院政導致朝政的腐敗,更釀成日後的保元之亂、賓士之亂。
院政指日本政權由攝關政治轉移到幕府的過渡時期的政治體制。天皇禪位予子侄,而自稱上皇,在「院」中訓政的政治形態。是皇權為了抵抗攝關政治而發展出來的政治制度。