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  王氏原為慈寧宮宮女,在張居正主政的萬曆九年(1581年)的某一天,明神宗往慈寧宮向慈聖李太后請安。當時李太后不在,王氏端水讓他洗手,他一時興起,就「臨幸」了王氏,王氏受孕後,太后召問皇帝,皇帝起先不承認是他的作為,太后命人取《內起居注》檢視,至此皇帝方勉強承認,後封王氏為恭妃。當時宮中稱宮女為“都人”,明神宗因此稱朱常洛為「都人子」,不喜歡他,由於李太后出身也是「都人」,太后大怒,罵神宗:「爾亦都人子!」神宗惶恐,跪在地上叩首請罪,不敢起立。  明神宗嬪妃眾多,其中最寵愛鄭氏,萬曆十年(1582年)封為淑妃,次年進為德妃。到萬曆十四年(1586年),鄭氏生子,即朱常洵。明神宗大喜,有意進封為皇貴妃,這對恭妃冷落的態度有鮮明的對比。很快,有流言說明神宗與鄭貴妃曾到高玄殿禱神盟誓,相約立朱常洵為太子,並且將密誓御書封緘在玉匣內,由鄭貴妃保管。

  

  明朝大臣受到流言影響,紛紛建議儘早冊立皇長子朱常洛為太子,以破除流言。萬曆十四年(1586年)鄭氏生子同年,首輔申時行上疏,列舉明英宗兩歲、明孝宗六歲被立皇太子為例,要求冊立皇長子朱常洛為太子,明神宗以長子幼弱為由,等兩三年後再舉行。這加深群臣的不安,戶科給事中姜應麟、吏部員外郎沈璟等人紛紛殊請冊立東宮。其中姜應麟措詞激烈,讓明神宗激怒,將奏摺扔在地上,對身邊宦官說“冊封貴妃,初非為東宮起見,科臣奈何訕朕!”遂降旨:“貴妃敬奉勤勞,特加殊封。立儲自有長幼,姜應麟疑君賣直,可降極邊雜職。”於是貶姜應麟為大同廣昌典史。吏部員外郎沈璟、刑部主事孫如法相繼上言,都被處罰。但自明神宗處罰姜應麟的諭旨也指出立太子一定會依長幼順序冊立。  此後大臣仍然要求冊立皇長子朱常洛為太子,並於萬曆十八年(1590年)集體要求冊立,並且杜門請辭,嚮明神宗施加壓力。明神宗只好推至明年、或皇子十五歲時,之後又推說延至萬曆二十年春舉行。到次年八月工部張有德提議需要動工準備,然而被明神宗以不準奏擾為由罰祿三月。首輔申時行與大臣等人上疏反對,明神宗大怒,然而申時行又暗中表明辯白。此事曝光後申時行名譽掃地,被彈劾後只得辭職返家。眾大臣或被罷黜,或被廷杖。

  萬曆二十一年(1593年)年正月,明神宗加快了改立程序,下手詔給大學士王錫爵,要將皇長子朱常洛、皇三子朱常洵和皇五子朱常浩一併封王,以後再擇其中善者為太子。王錫爵既怕得罪皇帝,又怕被朝臣攻訐,於是上疏請由長子拜皇后為母,如此長子就是嫡子。然而神宗只以「三王並封諭」告示朝臣,繼續準備行三王並封之禮,頓時朝中大譁。因為王錫爵這麼一說,等於明指朱常洛還需要補辦手續,才有機會成為太子,但朱常洛本來就應該是太子。此種作法,質疑了朱常洛做太子的合法性,因此大臣們紛紛指責王錫爵諛帝邀寵,王錫爵無奈,自劾請辭,而神宗也迫於眾議收回了前命。

  明萬曆廿六年(1598年)發生「第一次妖書案」,有人散發傳單,指責鄭貴妃意圖換儲,皇帝大怒,大量貶謫官吏。此立儲事,前後紛爭凡十五年之久,在慈聖皇太后的干預,首輔沈一貫的勸進下,明神宗終於在萬曆二十九年(1601年)讓步,立虛齡已二十的皇長子朱常洛為太子,朱常洵為福王、朱常浩為瑞王、朱常潤為惠王、朱常瀛為桂王。朱常洛出閣讀書時,正值寒冬,太監不給太子生火取暖。朱常洛凍得渾身發抖,講官郭正域怒斥太監,太監們才給他生火。卅一年(1603年)發生「第二次妖書案」,又有人散發傳單指責鄭貴妃,浙黨首輔沈一貫乘機大力鬥爭東林黨人,郭正域差點被殺。此後,福王又不赴封國洛邑,長期逗留京師,窺探儲位,於是大臣們又紛紛開始上書要求其按祖制離京赴藩居住,這其中以大學士葉向高、禮部右侍郎孫慎行最為強勢。萬曆四十三年(1615年),梃擊案發生之後,全國士庶都認為鄭貴妃要刺殺太子,擁立福王朱常洵,在朝臣的壓力下,神宗終於命常洵到洛邑就藩。

  國本之爭是明朝後期萬曆年間的大事,諸多大臣都涉及到此事件中,許多人還被懲罰,明末三大案的爆發,引起的東林黨爭也在這期間開始。而且,此事也使得萬曆帝對政事更加心灰意冷,導致在位最後卅餘年只召見群臣一次,史稱「萬曆怠政」。最後,朱常洛沒有得到父親的關懷,也沒有受到太子該受的教育,這一切都促使明朝滅亡的黨爭明顯起來。
國本之爭,又稱爭國本。是明神宗冊立太子的爭議,由於中國古代有“太子者,國之根本”之說,所以被稱為國本之爭。