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  國家自然歷史博物館正式建立於1793年6月10日,為法國大革命期間。其起源於路易十三於1635年建立的皇家藥用植物園(Jardin royal des plantes médicinales),當時由皇家醫師管理。1718年3月31日,路易十五宣佈取消其藥用的功能,使其成為了單純的皇家公園(Jardin du Roi'),並專注於自然史。  18世紀的大部分時期,皇家公園都由布豐管理,他為博物學的先驅。法國大革命後,皇家機構非常幸運的保留了下來,皇家公園被12位教授改建為國家自然歷史博物館。其中包括瞭解剖學家喬治·居維葉、進化論先驅讓-巴蒂斯特·拉馬克和艾蒂安·若弗魯瓦·聖伊萊爾。  該博物館的目的是為了傳授知識,收集藏品並進行科學研究。其在19世紀蓬勃發展,特別是在化學家米歇爾·尤金·謝弗勒爾(Michel Eugène Chevreul)管理期間,其與巴黎大學在科研領域旗鼓相當。例如,亨利·貝可勒爾在任博物館應用物理主席期間(1892年至1908年)發現了鈾的放射性。  1891年12月12日的一道法令結束了這一階段,使國家自然歷史博物館重新關注自然史。在1907年獲得財政自主權後,它開始了新的發展。20世紀末至今,它專注於人類開發對環境影響的研究和教育工作。在法國公共管理領域,博物館被歸類於高等教育機構。

  國家自然歷史博物館具有研究(基礎和應用)和傳授知識的使命。

  國家自然歷史博物館還提供高等教育,提供一個碩士學位點。

  國家自然歷史博物館的分部遍佈法國,包括最開始的皇家植物園。其位於巴黎五區,其內包括礦物學與地質學館()、古生物學與比較解剖學館()和著名的進化館()。博物館動物園也坐落於此。  博物館植物標本館代號為P,其中儲存了大量重要的植物標本,約有8百萬份。納入植物標本館收藏的標本都以P字頭編號,包括讓-巴蒂斯特·拉馬克(P-LA)、勒內·盧伊什·德方丹(P-Desf.)、圖內福爾和布魯彌耶(P-TRF)。瀕危物種貿易公約指定其為FR 75A。其出版了植物學期刊《猴麵包樹屬》(),其關於新喀里多尼亞、馬達加斯加和葛摩、柬埔寨、寮國和越南、喀麥隆及加彭的植物。  人類博物館位於巴黎十六區。其展品關於人種學和體質人類學,包括文物、化石等。  巴黎十二區文森森林的萬塞訥動物園()和濱海塞納省克萊爾動物園(),都為博物館的一部分。

  在將皇家公園改建為國家自然歷史博物館的過程中設立了12位主席職位。隨後的幾年,主席的數量和他們的研究領域不斷髮展,部分被分為兩個職位。國家自然歷史博物館的主席名單中包含了許多自然科學史上重要人物。早期由讓-巴蒂斯特·拉馬克、勒內·盧伊什·德方丹和喬治·居維葉領導,後期由保羅·裡韋特和萊昂·瓦蘭特等人領導。

  古生物學與比較解剖學館和巴黎植物園的其他分別都是法國小說家雅克·塔爾迪的靈感源泉。1976年出版的《"Adèle et la bête"》的第一頁及隨後的幾頁中都出現了這些展館。故事開始於一個1.36億年的翼龍蛋孵化出了一隻翼龍,它通過博物館的玻璃屋頂逃脫,在巴黎四處殺戮。

  任期一年:  任期兩年:  任期5年:
國家自然歷史博物館()位於法國巴黎。其前身為皇家藥用植物園。19世紀其在科學領域的地位舉足輕重。