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  依分子資料的分類,胡椒目屬於木蘭類植物,和白樟目的親緣關係最近,兩者與樟目及木蘭目共同組成木蘭類植物。  2003年APG II及2009年APG III分類法中的胡椒目包含五科,2016年的APG IV分類法中本目則只包含三科:

  胡椒目內部各科關係如下:

  1935年韋特斯坦分類系統(Wettstein system)將本目置於雙子葉植物(Dicotyledones)離瓣花被亞綱(Choripetalae)單瓣花區(Monochlamydeae),僅包含胡椒科一科。  1964年修定的恩格勒植物分類系統(Engler system)則將本目歸類於雙子葉植物綱(Dicotyledoneae)原始花被亞綱(Archichlamydeae)之下,包含金粟蘭科(Chloranthaceae)、囊粉花科、胡椒科與三白草科四科。  1981年克朗奎斯特分類系統將本目放在木蘭綱(Magnoliopsida,=雙子葉植物)木蘭亞綱(Magnoliidae,大略相當於木蘭類植物)之下,包含金粟蘭科、胡椒科與三白草科三科。  1998年,APG分類法依據基因分子資料分類,將本目列入被子植物之下的木蘭類植物分支之中,包含了胡椒科、三白草科、囊粉花科及馬兜鈴科四科,其中的馬兜鈴科是APG分類系統新設立的科,而曾被歸類於本目的金粟蘭科則被移出,成為當時地位未定的一科。  2003年APG II開始將鞭寄生科列入本目,此科早前曾被克朗奎斯特系統歸類於大花草目,但基因分析強烈支援此科應屬於本目。此外,自1999年起,幾份基因分析的研究傾向將囊粉花科合併到馬兜鈴科之中,但由於其關係不強(小於66%),且形態學分析傾向將兩者分開,於是2003年的APG II及2009年的APG III都未將兩者合併。  另外,APG III也將曾被歸類於本目的金粟蘭科單列一目,成為木蘭類植物的旁系群。  2016年APG IV將鞭寄生科和囊粉花科併入馬兜鈴科。
胡椒目(Piperales)在生物分類學上是被子植物中的一個目。草本或木本,葉子有油細胞,常有辛辣味,其中胡椒是主要的調味品。