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  電影由盧浮宮館長雅克·索尼埃(Jacques Saunière)在館內被一名身穿修道服的持槍男子塞拉斯(Silas)追殺展開,塞拉斯逼問索尼埃拱心石(Priory's clef de voûte,英文為Keystone)的下落,索尼埃與其他三位“守護者”一樣在臨死前撒了同樣的謊,說拱心石在巴黎聖蘇比教堂(Church of Saint-Sulpice)裡的玫瑰經線(Rose Line)下,塞拉斯信以為真,開槍射中索尼埃的腹部之後離開。與此同時,美國宗教符號學教授羅伯特·蘭登(Robert Langdon,湯姆·漢克斯飾)作為客座講師正在巴黎進行一場關於符號學和女性崇拜(sacred feminine)的演講。法國警方找到了他並將其帶到盧浮宮的案發現場。索尼埃在臨死前用隱寫筆和自己的血寫下了一些訊息,並將自己的身軀擺成了達·芬奇著名的畫《維特魯威人》的樣子。警察長官伯居·法舍(Bezu Fache,尚·雷諾飾)由此詢問蘭登對這個迷局的解釋看法。  此時法國警方密碼破譯員索菲·納佛(Sophie Neveu,奧黛莉·朵杜飾)趕來現場,通過電話留言通知蘭登他已身處危險,必須儘快祕密離開。疑惑的蘭登託辭洗臉來到衛生間見到了索菲,索菲告訴蘭登索尼埃死前在地上寫下蘭登的名字,因此警方已經認定他為凶手,並協助蘭登將身上的跟蹤裝置扔到了窗外疾駛的卡車上,引開了警方。索菲揭示了自己索尼埃孫女的身份,相信索尼埃要蘭登幫助解開疑團,傳達密信給她。正在警方追逐那輛放著跟蹤器的卡車時,索菲和蘭登回到案發現場。蘭登驚人的發現索尼埃死後留下的句子是字母前後顛倒的謎語,並據此來到達·芬奇的畫作《蒙娜麗莎》前,接著由上面的另一串字謎找到了在名畫《巖間聖母》背後的一串有百合花飾(fleur de lis)裝飾的鑰匙。警方隨後發現被騙,迅速趕回盧浮宮。索菲兩人逃出來後前往美國大使館受阻,於是躲到巴黎市中心的一個公園。蘭登發現鑰匙上有一串地址,兩人跟隨地址來到蘇黎世存託銀行巴黎分行。銀行警衛發現兩人是警方通緝犯後通知警方。與此同時索菲和蘭登兩人利用索尼埃死後留下的訊息和鑰匙拿到了封存已久的保險箱。箱子裡是一個藏密筒(Cryptex),要開啟必須要輸入正確的5個字母的密碼,如果藏密筒損壞,裡面的莎草紙就會被流出的醋液腐蝕消失。  影片轉到殺人者塞拉斯,他在得到自己以為正確的訊息之後打電話告訴自己的主教曼紐爾·阿林加洛沙主教(Bishop Manuel Aringarosa)。塞拉斯是個得了白化病的主業會獻身者,年輕時因為殺了暴力的父親而進入監獄,後來被阿林加洛沙主教挽救,從此信奉主業會並嚴格遵守肉體苦修的修行戒律。主教和塞拉斯受一個自稱“導師”的人指使,決定搶到並摧毀傳說中的“聖盃”(Holy Grail),以保護自己的宗教。  而蘇菲與蘭登於逃亡過程中,警方很快趕到蘇黎世存託銀行,銀行經理扮作保險櫃運輸司機協助兩人逃出了銀行。索菲在車廂內告訴蘭登,她小時候祖父一直啟發她進行各種猜謎活動,還做過一個簡單的藏密筒給她。索菲的父母和哥哥小時候因為一場車禍而死,祖父索尼埃從此把他撫養成人,但後來爺孫兩人關係惡化很少來往。此時車停在了叢林裡,銀行經理開啟後備箱,逼兩人交出藏密筒,但經過一番搏鬥後蘭登和索菲兩人搶到藏密筒開著卡車逃離。警方此時已根據車上的引導裝置監視到兩人的行蹤。兩人駕車來到蘭登的朋友,研究聖盃的專家利·提賓爵士(Sir Leigh Teabing)的私人城堡。法希警長得知該情況,祕密緻電阿林加洛沙主教告訴了他情況,因此塞拉斯也動身前往城堡。  提賓給兩人講述了關於聖盃和郇山隱修會(Priory of Sion)的祕密。兩千年來郇山隱修會一直致力於保護聖盃,即耶穌的妻子抹大拉的瑪麗亞及她和耶穌的後代。其核心團隊有四個人,蘭登確定死去的四個人就是郇山隱修會當代的核心團隊,而蘇菲的祖父索尼埃正是其首領。由於耶穌有後代的事實會威脅到耶穌的神性以及整個天主教和基督教的根基,所以羅馬教廷一直設法尋找並消滅聖盃。蘭登表示索菲就是現在唯一的聖盃守護者,並且手中的藏密筒就是所謂的“拱心石”。提賓非常興奮,告訴他們拱心石裡面就是找到聖盃的線索地圖。此時塞拉斯突然闖了進來,試圖搶走拱心石。一番搏鬥之後塞拉斯被打暈,三人帶著塞拉斯逃走。警察跟蹤他們但隨後卻跟丟了。  提賓安排私人飛機前往蘇黎世(在瑞士不會被引渡受審),飛機上蘭登在藏密筒的盒子上發現了一個密信。三人斷定密信所說的地點是倫敦的聖殿騎士教堂,飛機隨後轉往倫敦。到達倫敦機場後,三人智鬥倫敦警方,巧妙逃脫。當他們來到聖殿騎士教堂後發現這裡並沒有密信裡所說的圓球狀墳墓,正當三人疑惑時,塞拉斯又闖了進來,抓住索菲作為人質,提賓的管家雷米(Rémy)也進來,結果雷米竟然用槍逼著蘭登交出了藏密筒,並打暈了主人提賓。蘭登和索菲隨後逃了出來,在公車上利用手機上網查到了正確的教堂和墳墓,即位於倫敦西敏寺的牛頓墓。此時管家雷米完成任務後被主人提賓毒死,原來提賓是整個事件的主謀,即所謂的“導師”。提賓隨後報警,警方來到主業會在倫敦的居所,將本以為趕到這裡跟“導師”交易的阿林加洛沙主教抓獲,並擊斃了回到這裡等待獎勵的塞拉斯。兩人臨死前才知道自己被出賣了。  蘭登和索菲趕到西敏寺的牛頓墓前,正在思考時,提賓來到了身邊。他告訴兩人正是他欺騙主業會企圖拿到聖盃,從而解開兩千年以來的祕密,但提賓仍然需要兩人的幫助開啟藏密筒。他用槍脅迫兩人告訴他開啟藏密筒的密碼,蘭登在一旁拿著藏密筒良久,最終告訴提賓自己無法解開謎團,並把藏密筒扔向空中,提賓為了保住藏密筒放棄了人質索菲,但最終藏密筒還是摔在地上遭到損毀。此時倫敦警方趕到,帶走了提賓。此時蘭登告訴索菲其實自己當時已經解開謎團並拿到了當中的紙條。紙條上標明聖盃在蘇格蘭的羅斯林教堂。  於是蘭登和索菲來到羅斯林教堂。在地下的祕室發現了抹大拉的瑪麗亞的石墓已經被移走,但兩人隨後發現索菲其實正是耶穌的後人,即聖盃。“守護者”的首領索尼埃在車禍後將這個耶穌後裔當親生孫女一樣撫養。索菲由於偶然看到索尼埃和同伴進行的宗教的性儀式才與索尼埃斷絕了來往。兩人出來密室,發現教堂裡已經站滿了人。一個老太太告訴索菲,他們都是聖盃的守護者,她本人正是索菲的祖母。真相大白之後,索菲回到祖母身邊,而蘭登則回到巴黎。  偶然的一次剃鬚中,蘭登猛然想到密信的內容,他跑出來沿著巴黎市內地下的羅斯經線一路走,最終來到了盧浮宮門前的倒金字塔下,原來抹大拉瑪麗亞的石棺就在這玻璃金字塔下方的地板內。此時蘭登半跪在金字塔前,和當年無數保衛聖盃的聖殿騎士一樣。

  "注意:以下的比較均基於小說的最初版本,其新版本已經根據電影做過部分修改。參見:達芬奇密碼"
,改編自美國作家丹·布朗2003年出版的一本同名暢銷小說《達芬奇密碼》,是丹·布朗的小說中首部改編成電影的作品,是主角羅柏·蘭登第二次登場的故事。