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  在X檔案大結局之後六年,前FBI特工黛娜·史考莉在一間天主教教會醫院工作,她在治療一位患腦部疾病晚期的男孩,該男孩的病是一種罕見的腦部疾病,病情隨時間逐漸加重腦部損壞。  同一時間,FBI特工德拉米找到了史考莉,希望通過她,能找到福克斯·穆德,並且聲稱如果沒有找到已經躲藏起來的前X檔案負責人,就要發出通緝令。這次的案情是有關多起婦女失蹤案件,其中包括FBI特工莫妮卡·班娜。  兩人到了華盛頓,特工科塔·惠妮想讓穆德藉助其在靈異現象方面的經驗,並且配合上克斯曼神父提供的線索。  惠妮和德拉米將克斯曼神父以及穆德帶到了被綁架的探員班娜家中,克斯曼神父不顧他人對他的質疑,在雪地中跪下並且眼流鮮血。  晚上,史考莉對穆德提起了FBI發現的被截肢的手臂留有一種只在動物身上使用的鎮靜劑。這一次克斯曼神父也被重新找來參與破解第二次綁架案。就在所有人員都已經精疲力盡,準備撤走時,克斯曼神父和穆德的堅持,使大家在大雪夜中重回崗位,最終發現一堆深埋在地下的人體四肢。  通過調查警察找到了Dacyshyn,受僱於器官捐獻機構,專門蒐集人體器官,也是當年的遭受克斯曼神父侵犯的小孩之一。當FBI在搜查Dacyshyn所在的器官捐獻機構的時候,被Dacyshyn察覺,並且逃跑,穆德和惠妮追蹤他到了一個工地,在一陣尋找後,兩人以為追捕失敗。豈知Dacyshyn藏在暗處,將惠妮推下高樓,致死。  穆德後來追蹤到一個小鎮上的一個藥店,追問是否有人購買鎮靜劑,誰知和疑犯正好錯過。下雪天,穆德駕車被後來追上的疑犯撞下懸崖。大難不死的穆德爬上懸崖,看到了被拋棄的鏟雪車,拿上一個隨手工具當做武器,穆德找到了罪犯藏身的基地,是一個偏遠的小屋,裡面放滿了人的肢體,並且還有被關押的特工,以及無數的狗。Dacyshyn聽到狗吠來到屋外檢視,穆德趁機潛入,不幸被屋內的人所制服。  此時。史考莉無法找到穆德,手機無人接聽,還好有老上司斯金納幫忙,找到了手機位置,以及出事的車輛。沿著公路往前開,直覺讓史考莉下車,找到了克斯曼神父所說的帶有《聖經》章節號碼252的郵箱。  一切恢復平靜之後,在穆德的小屋中,史考莉給他帶來了克斯曼神父去世的訊息,當時穆德正在看報紙上有關克斯曼神父是同犯的報道。穆德認為很氣憤,他認為所有證據可以說明克斯曼神父不是共犯,而是一個真正擁有通靈功能的人。史考莉也感到很惋惜,這倒是讓穆德感到奇怪,和以前她對克斯曼神父的態度截然相反。後來才知道原來神父對她所說的話確實應驗。
《X檔案:我要相信》(英語:The X-Files: I Want to Believe)是一部2008年懸疑片(Mystery film)、科幻片,為1998年電影《X檔案:征服未來》(The X-Files)的續集,由克里斯·卡特執導,大衛·杜考夫尼、姬蓮·安德森、米徹·佩勒吉和阿曼達·皮特(Amanda Peet)主演。臺灣於2008年8月1日上映,香港則2008年8月4日上映。