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  1902年畢業於日本陸軍士官學校,被授予少尉軍銜,任第三騎兵聯隊小隊長。1904年,參加日俄戰爭。  1912年,山田乙三從日本陸軍大學畢業後,歷任第二十六騎兵團團長、陸軍大學教官、陸軍騎兵學校教務部長、騎兵第四旅團旅團長、陸軍交通學校校長、陸軍士官學校校長、關東軍第十二師團師團長、關東軍第3軍司令官......1930年晉升少將,1934年晉升中將,1938年晉升陸軍大將。

  山田十分贊同“日本沒有充分的五金礦藏及其他製造武器所必需的原料,所以日本務必尋求新式武器,而細菌武器便是其中的一種”的主張,十分重視細菌武器的生產,專門聽取了第七三一細菌部隊頭目之一關東軍醫務處處長冢隆二和第一〇〇細菌部隊頭目之一高橋隆篤關於細菌戰的彙報,並親自視察七三一部隊的各個部門。視察後誇獎該部隊細菌研究工作及製造細菌武器的能力:“我相信第七三一部隊的生產能力足以供應在大規模戰爭中使用細菌武器。”  蘇軍攻入東北後,山田命令七三一部隊和一〇〇部隊將貴重儀器和機密資料全部轉移到朝鮮南部,銷燬所有可能暴露關東軍準備細菌戰的罪證。

  1945年,日軍在各個戰場節節敗退,處境岌岌可危。1945年6月4日,日軍參謀總長梅津美治郎在大連召開軍事會議傳達日軍大本營“關於大陸作戰命令”,山田乙三和岡村寧次作了軍情彙報,會上具體籌備對蘇防禦作戰。6月14日,山田乙三在新京(長春)召集下屬軍官的軍事會議制訂“關東軍對蘇聯作戰計劃”。6月釋出《關東軍戰鬥教令》。山田打算經過周密部署和作戰準備,對蘇持久作戰,保住滿洲國的殖民成果。可是當蘇聯紅軍1945年8月9日凌晨零時發起圍殲關東軍的戰役後,山田乙三所精心部署的防禦卻傾刻之間全面崩潰,整個部署被打亂,部隊被割裂,失去統一指揮。  19日起,關東軍繳械投降,山田所率領的昔日號稱“皇軍之花”的關東軍向蘇軍投降的有:將領148人,校以下軍官和士兵59.4萬人。關東軍司令官山田乙三投降後,被押往西伯利亞赤塔市郊的莫洛闊夫卡,後轉移到伯力特別收容所。

  1949年12月6日,蘇聯濱海軍區特別軍事法庭審判山田乙三等12名日本細菌戰戰犯,12月16日,簽署起訴書:建立731部隊和100部隊;在活人身上進行細菌試驗;在侵華戰爭中使用細菌武器;加緊準備對蘇的細菌戰。1949年12月25日上午,蘇聯濱海軍區軍事法庭在遠東伯力公審山田乙三等12名細菌戰戰犯,檢查官斯米爾諾夫宣讀《起訴書》:  山田乙三對這些罪行供認不諱:“我承認應對各部隊在我任關東軍總司令一職時期......為準備細菌戰而犯下的一切罪行負責任。”12月30日下午法庭判處山田乙三25年徒刑,拘留勞動感化營。1956年12月,蘇日恢復邦交後,蘇聯政府釋放他回日本。  山田乙三1965年7月18日在日本病逝,享年84歲。
山田乙三(,1881年-11月6日-1965年-7月18日),生於日本長野縣的武士家庭,日本帝國時代的陸軍大將,關東軍的最後一位司令官兼日本駐滿洲國特命全權大使。