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  PSII的核心由兩個同源蛋白D1和D2的假對稱異二聚體組成。 與所有其他光系統的反應中心不同,其中位於葉綠素二聚體上的最開始的光誘導分離的正電荷由兩種單體平均分配,在完整的PSII中,電荷主要位於一個葉綠素中心(70-80%)。 因此,P680具有高度氧化性,可以參與水的分解。  光系統II( 藍細菌和綠色植物)由大約20個亞基(取決於生物體)以及其他附屬的光捕獲蛋白組成。 每個光系統II含有至少99個輔因子:每個單體35個葉綠素a,12個β-胡蘿蔔素,兩個脫鎂葉綠素,兩個質體醌,兩個血紅素,一個碳酸氫鹽,20個脂質, 簇(包括兩個氯離子),一個非血紅素 和兩個推定的 離子。 光系統II有幾種晶體結構。 在PDB中此蛋白的登入碼是,, (3BZ1和3BZ2是光系統II二聚體的單體結構),,,,,, 。

  放氧複合物是水氧化的部位。它是一種金屬-氧代簇,包含四個錳離子(氧化態為+2至+4) 和一個二價鈣離子。當它氧化水,產生氧氣和質子時,它依次將四個電子從水中輸送到酪氨酸(D1-Y161)側鏈,然後輸送到P680本身。放氧複合物的第一個結構模型是用冷凍蛋白質晶體的X射線晶體學研究解決的,2001年的解析度為3.8埃 。 在接下來的幾年中,模型的解析度逐漸增加到2.9Å 。 雖然獲得這些結構本身就是一項偉大的壯舉,但他們沒有詳細展示放氧複合物。 2011年,PSII的OEC被解析至1.9Å,顯示出五個氧原子作為連線五個金屬原子和四個與MnCaO簇結合的水分子的氧橋。在每個光系統II單體中發現了超過1,300個水分子,一些形成了廣泛的氫鍵網路,可以作為質子,水或氧分子的通道。 在這個階段,有人提出通過X射線晶體學獲得的結構是有偏差的,因為有證據表明錳原子被所用的高強度X射線還原,改變了觀察到的OEC結構。這激勵研究人員將他們的晶體帶到不同的X射線裝置,稱為X射線自由電子鐳射器,如美國的SLAC。 2014年,確認了2011年觀察到的結構。 瞭解光系統 II的結構並不足以揭示它是如何工作的。所以現在已經開始解析在機械迴圈的不同階段的光系統 II的結構的競賽(討論如下)。 目前,S1狀態和S3狀態的結構幾乎同時從兩個不同的組中公佈,顯示在Mn1和Mn4之間新增了一個氧分子O6, 表明這可能是放氧複合物上的位置產生氧氣。

  光合水分解(或氧氣釋放)是地球上最重要的反應之一,因為它是幾乎所有大氣氧氣的來源。 此外,人工光合水分解可有助於有效利用太陽光作為替代能源。  水氧化的機理尚未完全闡明,但我們知道有關這一過程的許多細節。 水氧化成分子氧需要從兩個水分子中提取四個電子和四個質子。Pierre Joliot等人提供了通過放氧複合物(OEC)在一個PSII內迴圈反應釋放氧氣的實驗證據。 他們已經證明,如果適應黑暗的光合物質(高等植物,藻類和藍細菌)暴露於一系列單獨閃光,用典型週期四阻尼振盪檢測氧氣釋放,在第三次和第七次閃光時具有最大值,在第一次和第五次閃光時有最小值(詳情 )。 基於這個實驗,Bessel Kok和同事們引入了一個由所謂的S態引起的五次閃光誘導轉變的迴圈,描述了OEC的四種氧化還原狀態:當儲存了四種氧化當量時(在S狀態),OEC返回其基本的S狀態。在沒有光線的情況下,OEC將“放鬆”到S狀態; S狀態通常被描述為“暗穩定”。 S狀態主要被認為是由具有Mn、Mn 、Mn 、Mn 氧化態的錳離子組成。 最後,Jablonsky和Lazar提出了中間S-狀態 作為調節機制和S-狀態與酪氨酸Z之間的聯絡。  2012年,Renger表述了在水分解過程中水分子內部變化為不同S態的典型氧化物的意見。 2017年,Dolai通過S態的結構分析和水分子產生的氧化物,展示了幾乎完整的水分解概念。  Dolai的S狀態圖(Dolai的機制): Dolai的圖是在光合作用過程中水分裂中不同S態的影象。 這些圖表可以表示中間S-狀態的估計數字以及典型氧化物(一氧化物(2H2O)、氫氧化物(OH·)、過氧化物( ),超氧化物( )和氧2( ))的產生;這是由於S狀態的水分子交換而形成的。氫鍵的排列是圖的主要標準。光子(hv),電子發射(e)和水分子產生氫離子(H +)的影響可以通過圖表以更具體的實驗檢測方式顯示。這些圖幾乎完全分析了光合作用中水分解的途徑。
光系統II (或水 - 質體醌氧化還原酶 )是氧光合作用的光依賴性反應中的第一個蛋白質複合物。它位於植物、藻類和藍細菌的類囊體膜中。 在光系統中,酶捕獲光的光子以激發電子,然後通過各種輔酶和輔因子轉移電子以將質體醌還原為質體醌。 激發的電子氧化水而被取代,形成氫離子和分子氧。