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  1998年,馬裡恩與鉛球運動員兼UNC教練C·J·亨特結婚。由於學校的規定不允許教練兼運動員,亨特被要求辭去他在UNC的職位。亨特在2000年夏季奧林匹克運動會中因苯丙酸諾龍(一種同化激素)呈陽性而被取消比賽。他們於2002年離婚。  2003年6月28日,馬裡恩和男友蒂姆·蒙哥馬利迎來了兒子小蒂姆·蒙哥馬利。蒙哥馬利於2002年打破了男子100米短跑世界紀錄。由於妊娠,瓊斯沒有參加2003年世界錦標賽,她用一年的時間來精心準備2004年夏季奧林匹克運動會。蒙哥馬利後來由於承認使用禁藥而被禁賽,並取消了記錄。  2007年2月24日,她與巴貝多短跑選手奧巴德里·湯普森在北卡羅來納州一鄉村小鎮威爾遜斯米爾(Wilson's Mills)舉行了小型婚禮。湯普森在2000年奧運會獲得100米銅牌。

  高中時代,瓊斯連續四年獲得加利福尼亞州錦標賽100米冠軍。她曾經因服用藥品被控訴,但是在律師約翰尼·柯克倫(Johnnie Cochran)的幫助下勝訴。  她參加了1992年奧運會的選拔,獲得4×100米接力的替補隊員資格,但是她拒絕了邀請。在獲得了更多的州冠軍後,她得到了北卡羅來納大學教堂山分校籃球全額獎學金。第一年,她就協助隊伍獲得了NCAA大學籃球比賽的冠軍。由於傷病,瓊斯沒有參加1996年奧運會,她決定將精力集中在田徑上。  1997年在雅典舉行的世界田徑錦標賽上,她獲得了100米冠軍,還獲得了跳遠的第十名。1999年世錦賽,她原計劃奪得4塊金牌,卻在收穫100米金牌和跳遠銅牌後的200米比賽上受傷而退出比賽。  2000年奧運會,瓊斯的目標是5塊金牌,最終將3塊金牌和2塊銅牌收入囊中,創造了女子田徑運動員在奧運會的最好成績。  接下來的一年,瓊斯的名字一直和禁藥聯絡在一起。她的前夫C·J·亨特作證在悉尼奧運村看到她服用禁藥。2004年,他的教練特雷弗·格拉漢姆(Trevor Graham)也捲入一場嚴重的禁藥醜聞中,其中包括棒球運動員貝瑞·邦茲、田徑運動員蒂姆·蒙哥馬利(瓊斯的前男友)、克萊斯特·加尼斯(Chryste Gaines)等人。其中多人相繼承認他們服用了違禁藥品,但是瓊斯一直予以否認,直到2007年。  2004年奧運會對於瓊斯來說是一場失意的比賽,她僅獲得跳遠第五名,在女子4×100接力中由於決賽的交接棒失誤,美國隊失利。2005年5月,瓊斯宣稱她將獲得2008年奧運會的金牌。  2006年5月,瓊斯的成績為11秒06,落後於牙買加的維羅尼卡·坎貝爾和同胞勞琳·威廉姆斯。2006年7月8日,瓊斯在法國跑出了10秒93的成績,也是她四年來最好成績。三天後,她將成績提高了0.02秒,還是落後於辛普森(Sherone Simpson)的10秒87。

  瓊斯多年來在有爭議的教練特雷弗·格拉漢姆的指導下訓練,他所在的位於北卡羅來納州的Sprint Capitol公司正在接受違禁興奮劑藥品的調查,而他本人也正在被聯邦陪審團調查。瓊斯也在加拿大教練查理·弗朗西斯(Charlie Francis)的指導下訓練過一段時間,弗朗西斯已經承認提供興奮劑給加拿大短跑運動員本·約翰遜,約翰遜在1988年漢城奧運會創下了100米跑的世界記錄後的藥檢呈陽性。  2004年12月3日,巴爾科(BALCO)的建立人維克多·孔蒂(Victor Conte)在接受美國廣播公司的採訪時透露,他曾在2000年悉尼奧運會之前、期間和之後個人提供給瓊斯5種不同的興奮劑。在調研中,記者蘭斯·威廉姆斯(Lance Williams )和馬克·費納魯-韋德(Mark Fainaru-Wada)也報導瓊斯從BALCO得到了違禁的藥品,瓊斯的前夫C·J·亨特也作證親眼看到瓊斯自己注射激素類藥品。  在亨特的描述中,瓊斯在悉尼奧運會之前就開始使用興奮劑。開始他告訴調查員,瓊斯從格拉漢姆那裡得到EPO,格拉漢姆從一個墨西哥人那裡取得藥品。後來他又說格拉漢姆拜訪了孔蒂,後者開始給這位教練提供BALCO的藥品,那些藥品被分發到了瓊斯和其它Sprint Capitol運動員手中。再後來,亨特告訴聯邦調查員,瓊斯開始直接從孔蒂那裡獲得違禁藥品。  瓊斯從來沒有在現有的興奮劑檢查系統中查出陽性,並且也沒有足夠的證據表明她服用了其它型別的興奮劑。

  2006年6月23日在印第安納波利斯舉行的美國田徑錦標賽中,馬裡恩·瓊斯的A瓶查出紅細胞生成素(EPO)陽性,這是一種違禁的興奮劑。《華盛頓郵報》報導了該訊息。瓊斯以個人原因為由缺席了在瑞士舉行的田徑會議。她否認使用了興奮劑,並聘請霍華德·雅各布斯(Howard Jacobs)作為她的律師,雅各布斯曾經受理過多件類似的案子,包括蒂姆·蒙哥馬利和自行車運動員弗洛伊德·蘭迪斯。2006年9月6日,瓊斯的律師全部B瓶檢測呈陰性,這樣證明瓊斯是清白的。

  2007年10月5日,瓊斯在美國聯邦法庭上承認自己在2000年奧運會使用了違禁藥品的罪行。她向法官懺悔自己在BALCO案件中做出虛假的供詞。她被要求交出她持有的美國和貝里斯護照,等待1月的審訊結果。儘管最長可能被宣判5年的牢獄,律師在瓊斯的認錯書中提出最多判處6個月的監獄的建議。  在BALCO案件中,她曾經向聯邦調查局否認自己使用了肌肉增強劑(Tetrahydrogestrinone,縮寫THG),她稱自己一直以為兩年在服用特雷弗·格拉漢姆提供的亞麻仔油。在公開信中,瓊斯承認自己在2002年底前在格拉漢姆的擔任教練期間使用激素類藥物。她辯稱在2003年聯邦調查員詢問她時說謊是因為她在他們出示THG的樣品時她驚慌失措。在信中瓊斯為自己欺騙了世界表示道歉。  美國奧林匹克委員會主席彼得·尤伯羅斯(Peter Ueberroth)對瓊斯事件的發表宣告,要求瓊斯立刻歸還她所獲得的奧運會獎牌。尤伯羅斯表示,“她的認罪遲到了很久,內心的羞愧和不誠實罪惡感令她坦承一切。”國際奧委會希望瓊斯在1月的審判之前歸還2000年悉尼奧運會所獲得的3塊金牌和2塊銅牌。  瓊斯承認服用禁藥也將影響以前她獲得的獎牌,其中包括她獲得的眾多的世界錦標賽獎牌。  她因此2008年3月6日德州監獄入獄,於同年9月出獄。

  雖然情況有如之後的藍斯·阿姆斯壯事件,反禁藥組織稱為「最精密、最完美、最成功的禁藥計劃」,但是由於自己承認被禁賽2年,也不影響其他專案的運動。  她在2010重回當初挖角的WNBA,參與土爾沙震動的隊伍,2011年7月21日退役,就此從運動界上退休。
馬裡恩·瓊斯(英語:Marion Jones,1975年-10月12日),全名馬裡恩·瓊斯-湯姆森(英語:Marion Jones-Thompson),出生於美國加州洛杉磯,曾是美國籍的田徑運動員。