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  巴達霍斯地區從史前時期開始就有人居住。該地區出土的巨石墓的歷史可以追溯到公元前4000年,一些石碑可追溯到青銅時代晚期。其他發現包括舊石器時代晚期的斧頭和劍等武器,以及日常用品、手鐲等首飾。  在羅馬共和國時期,巴達霍斯地區附近的埃斯特雷馬杜拉屬遠西班牙行省管轄。雖然在之後的羅馬帝國曆史文獻上沒有提到該地附近的定居點,但是考古學家也在該地區發現了羅馬風格建築,以及西哥特王國建築遺蹟。

  巴達霍斯地區在中世紀摩爾人統治時期具有重要的城市地位。主要的統治者有倭馬亞王朝和卡斯蒂利亞王國。  從公元8世紀開始直到11世紀初,倭馬亞王朝一直控制著該地區。根據官方資料,巴達霍斯城是由一名被驅逐流放出梅里達的穆拉迪貴族伊本·馬爾萬,在約公元875年左右創立的。在伊本·馬爾萬的統治之下,巴達霍斯地區成為了倭馬亞王朝叛亂分子的活動據點,直到公元10世紀才消停。公元1021年(一說1031年),巴達霍斯成為了一個小型穆斯林王國——巴達霍斯王國的首都,當時人口約有25,000人。在穆斯林統治期間,該城市被稱為"Baṭalyaws"()。基督教統治者阿方索六世在1086年入侵巴達霍斯,並推翻了摩爾人的統治。除了1067年西非摩洛哥的穆拉位元王朝入侵佔領之外,巴達霍斯後來又於1147年遭到了伊斯蘭穆瓦希德王朝的軍隊入侵。  巴達霍斯於1230年3月19日被萊昂的阿方索九世佔領。不久,阿方索十世在巴達霍斯建立了主教座。公元1336年,在阿方索十一世即位時期,葡萄牙王國阿方索四世的軍隊佔領了巴達霍斯。然而不久之後,包括桑盧卡爾-德巴拉梅達第二領主胡安·阿朗索·佩雷茲在內的卡斯蒂利亞-萊昂軍隊從阿方索四世手下收回了巴達霍斯。  1369年,恩裡克二世國王授予巴達霍斯領土於巴爾卡羅塔的領主桑切斯-巴達霍斯家族。1485年,主教弗雷·貝多(Fray Pedro de Silva)在巴達霍斯建立了第一所醫院。它治療了許多感染瘟疫的居民。在15世紀,這座城又歷經了文藝復興。1524年,西班牙王國和葡萄牙王國的談判代表齊聚巴達霍斯舊市政廳,重新討論各自領土範圍的界定問題。參與的代表包括航海家塞巴斯蒂安·卡伯特和胡安·塞巴斯蒂安·埃爾卡諾等。為了向葡萄牙王國展示對巴達霍斯的主權,西班牙國王腓力二世在1580年8月將精簡的皇宮設施遷至巴達霍斯。然而短短的2個月後,安妮王后在這裡離世,腓力二世也於12月痛苦地離開了巴達霍斯。之後的幾百年,這裡一直平安無事。直到1640年的葡萄牙王政復古戰爭,將戰火蔓延至巴達霍斯。

  從1660年開始,葡萄牙人對巴達霍斯及其堡壘的攻擊沒有消停過。1700年,西班牙哈布斯堡王朝國王卡洛斯二世去世,西班牙王位繼承戰爭隨即爆發。1705年,它被法蘭西王國路易十四的孫子費利佩五世接管。  西班牙獨立戰爭期間,巴達霍斯曾在1808年和1809年被法國軍隊攻擊。西班牙內戰期間,巴達霍斯也發生過交戰,最終弗朗哥軍隊戰勝。

  巴達霍斯歷史人口變化圖
巴達霍斯(,)是西班牙的城市。巴達霍斯是巴達霍斯省的省會。屬埃斯特雷馬杜拉自治區。摩爾人曾在此建立過要塞。巴達霍斯緊鄰葡萄牙。從馬德里開往里斯本的鐵路也途徑這裡。