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  13號線西段、北段以及東北端沿國鐵京包鐵路、東北環線修築;東段柳芳以北由國鐵望和支線改造,並沿京承高速修建。在1998年之後的北京地圖上望和支線與和平里站消失;13號線修築完成後望京火車站上行只與星火站相連。  運營初期13號線各站站臺均未設遮蔽門;2012年8月開始以北苑站為試點站率先安裝遮蔽門;2013年開始全線安裝遮蔽門;2015年6月地鐵13號線全線遮蔽門投入使用。  2014年7月6日晚,西直門站至大鐘寺站區間高架橋下倉庫起火引燃聲屏障,導致西直門、大鐘寺站停運逾2小時。為修復受損的橋體及聲屏障,西直門、大鐘寺站於2014年8月23日至24日停運施工。  2016年10月1日至7日,為配合北苑路北延道路下穿13號線工程頂進施工,東直門站至立水橋站停止運營,施工單位為中鐵六局。  2019年2月10日至16日,為配合京張城際鐵路新增清河站撥線工程,13號線西直門站至回龍觀站(不含)停止運營7天,施工單位為中鐵六局。  2020年1月22日至1月29日,13號線西直門站至霍營站區間停運8天,以配合林萃路下穿13號線箱涵的頂進施工,施工單位為中鐵六局。

  全線一共有17座車站,據報道預留有6個車站。清河站(不是上述6個預留車站之一)2018年同清河火車站開始建設,2019年12月30日開通;媒體曾報道清華東路西口站將於2018年年內開建,但由於地鐵方面計劃對13號線整體重新規劃,故並未開建。

  霍營站首班車時間5時00分,西直門站首班車時間5時35分,東直門站首班車時間5時35分。西直門站開往東直門站方向末班車時間為22時42分,西直門站至霍營站區間末班車時間為23時45分,東直門站開往西直門站方向末班車時間為22時42分,東直門站至回龍觀站區間末班車時間為23時45分。

  2018年10月23日,中鐵六局在其招標網釋出招標13號線拆分工程招標檔案。當晚在部分媒體報道後,拆分招標檔案隨即被其撤下。之後報道過此訊息的北京青年報也做了撤稿處理。  儘管有關報道和招標檔案被撤下,但其內容和網友推測實施方案已經在網路上廣泛流傳,傳聞的“龍澤站將取消”的訊息引起了既有龍澤站周邊業主的強烈反對,他們在2018年10月24日至30日期間不斷在北京市規劃和國土資源管理委員會網站政民互動板塊發表意見進行抗議,與此同時支援13號線拆分的市民也在2018年11月1日至11日期間也在同一板塊進行了支援的表態。規劃部門回覆將參考群眾建議,並於近期公佈規劃草案並向公眾徵求意見。  2018年11月22日,北京市規劃和自然資源委員會對13號線拆分為A/B線的工程規劃方案開始進行30日的公示。該方案對既有龍澤站做移位處理,滿足了周邊業主的出行需求。  根據拆分方案,既有的13號線將在西二旗站至回龍觀站間拆分,形成兩條位於城市北部的交叉的“X”型線路:13A線和13B線(暫定名)。兩條線路將在京藏高速以西地區新設站進行換乘。線路拆分將解決受制於西直門終點站列車折返條件差導致發車間隔無法縮短的問題,加強回龍觀、天通苑等北部大型居住組團與上地軟體園、中關村等就業集中區域的聯絡,大幅縮短區域間的出行時間,提升沿線市民出行效率,提升軌道交通可達性。  2019年12月,北京地鐵13號線拆分方案正式獲得國家發改委批覆。

  13A線起點為車公莊站,終點至在建的天通苑東地區。既有13號線大鐘寺站以南為新建線路,經新建西直門站至車公莊站,與6號線、換乘;中段則利用既有13號線大鐘寺站至西二旗站段線路,並對相關車站進行相應改造;北段由西二旗站向東為新建線路,經回龍觀地區、天通苑地區,與、、在建換乘。  13A線路全長約30公里,共設18座車站,其中新建線路約19公里,新建車站13座,將採用8B編組,運輸能力可提高75%左右,運能達到5.75萬/h,線路在回龍觀東新增停車場1座。

  13B線起點為既有13號線東直門站,終點至馬連窪站。其中東直門站至回龍觀站段為利用既有13號線,回龍觀站以西經上地軟體園地區至馬連窪站線路為新建線路。 13B線路全長約32公里,共設15座車站,其中新建線路約9公里,新建車站6座,線路繼續採用6B編組列車,運輸能力可提高30%左右,運能達到4.28萬/h,利用原13號線回龍觀車輛段。
北京地鐵13號線,又稱北京城市鐵路,簡稱“城鐵”,又常被誤稱為“輕軌”,西起西直門,東至東直門,全路線呈倒U字形,於1999年12月開工,2002年9月28日,西段線路(西直門至霍營)開通試運營,2003年1月28日全線通車試運營。線路全長40.85公里,共設車站16座(2019年清河站開通後為17座),工程總投資65.7億元。全線除西二旗到龍澤、柳芳到東直門部分割槽間(共計約3公里)為地下鐵道外,其餘均為地面或高架鐵道。代表顏色是黃色。1990年代,北京已規劃12條地鐵線路,此線與該12條線走勢不符,故定名為13號線。