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  1991年11月,隨著蘇聯解體,15個獨立聯邦瓜分了前蘇聯的戰機與機組人員。1991年8月24日,前蘇聯空軍總司令彼得·傑伊涅金上將成為首任俄羅斯空軍總司令。俄羅斯繼承了大多數的現代戰機和65%的人員。一些在哈薩克、白俄羅斯和烏克蘭境內的飛機(如 Tu-160海盜旗戰略轟炸機),在日後被俄羅斯通過債務抵償的方式換回,少部分被拆解。 20世紀90年代,俄羅斯經濟衰退也影響到了空軍。飛行員和其他人員有時可能數月拿不到工資,而不得不採取非常手段:1996年,4架米格-31戰鬥機飛行員在遠東的埃利佐沃絕食抗議,要求發放拖欠數月的工資,當局挪用其他單位的款項解決了問題。削減軍費導致軍事基礎設施老化,1998年40%的軍用機場需要維修。直到普京上臺才加大了軍費預算。 蘇聯防空軍的俄羅斯部分在蘇聯解體之後仍然保持著獨立軍種地位,1998年7月16日,鮑里斯·葉利欽總統下令將防空軍併入空軍,1998年期間,共有580個單位被解散,134個單位被重組,以及超過600個單位被賦予新的司法管轄權。重組的VVS影響到了95%的飛機,98%的直升機,93%的防空導彈系統。轉移了60萬噸的物資,3600架飛機換了機場,軍用運輸機轉移安置了4萬軍人家庭。 空軍的服役人員從先前的318,000人削減到185,000人。取消了123,500個職位,其中包括1000名上校職位。

  編為7個戰役司令部,構成“戰役司令部-空軍基地(旅)-大隊(團)”三級指揮結構。第1空防司令部歸西方軍區指揮,第2空防司令部歸中央軍區指揮,第3空防司令部歸東方軍區指揮,第4空防司令部歸南方軍區指揮。

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俄羅斯空軍(;簡稱)是俄羅斯聯邦軍隊航空太空軍之分支軍種,擁有4000多架飛機。目前正大量換裝新型四代半戰機、現代化升級轟炸機等以汰換蘇聯時期裝備,並積極發展高效能匿蹤作戰飛機。