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  1504年卡斯蒂利亞女王伊莎貝拉一世病逝。由於她與阿拉貢國王斐迪南二世所生的兒子都夭折,在伊莎貝拉身故以後,其女胡安娜(即“瘋女胡安娜”)繼承卡斯蒂利亞王位。神聖羅馬帝國皇帝馬克西米連一世的兒子腓力(即卡斯蒂利亞的腓力一世以胡安娜的王夫的身份,和岳父斐迪南一起監國。  1516年,斐迪南病逝後,胡安娜和腓力的兒子,西班牙王子兼奧地利大公卡爾(西班牙文名:卡洛斯,"英譯查理")以特拉斯塔馬拉家族的外孫資格繼承西班牙(卡斯蒂利亞和阿拉貢)王位,稱卡洛斯一世。上任後贊助了麥哲倫的環球旅行。1519年查理當選為神聖羅馬帝國皇帝,稱查理五世。查理五世在1525年俘虜法王的帕維亞之戰、1527年擒獲教宗的羅馬之劫,確立西班牙在西歐與南歐的霸權地位。1535年,查理佔領突尼西亞等地。西班牙的統治地區包括德意志、尼德蘭、義大利南部、突尼西亞和美洲殖民地。16世紀時的西班牙成為了西歐第一強國,擁有基督歐洲最強大的海軍和艦隊(1571年前海軍與國力不如歐洲第一強的奧斯曼帝國;1571年勒班陀戰役之後才勝過土耳其)。  其後於1556年查理將西班牙王位讓與其子腓力,並廢除了腓力及其後裔繼承奧地利爵位的權利,正式揭開了西班牙哈布斯堡王朝的序頁。

  1571年10月,西班牙打敗奧斯曼帝國的艦隊,取得地中海的軍事優勢。西班牙在美洲的殖民地包括4個總督區:  總督由西班牙國王任命。每年有兩支艦隊從美洲運送各種貨物回西班牙,壟斷了世界可可豆市場長達1個世紀。16世紀中葉,每年從美洲運回的黃金達5500公斤,白銀24.6萬公斤,世界貴金屬開採量的83%歸西班牙所有。

  在西班牙統一後,哈布斯堡王室漸漸向葡萄牙滲透。通過互相通婚,使哈布斯堡的血統混入葡萄牙的阿維士王室。  腓力二世繼西班牙王位後,葡萄牙出現王位繼承危機。1578年,腓力的表弟,葡萄牙王斯巴斯蒂安發動對北非穆斯林的聖戰,但不幸戰敗被俘後處決(葡國民的說法是失蹤)。已成為紅衣主教的王叔恩裡克企圖還俗繼承王位,但遭教宗國瑞十三世/格高裡十三世拒絕,最後於1580年無嗣而亡,由另一位姪子安東尼奧暫繼王位。但安東尼奧的繼承並不獲教宗承認,教宗反而傾向由恩裡克的外甥,西班牙國王腓力承繼葡萄牙王位。  同年11月,腓力二世派艾爾巴公爵帶領軍隊開進葡萄牙,很快攻陷里斯本,安東尼奧被迫流亡巴黎和葡萄牙若干個外島。  葡萄牙樞密院迫於軍事和教宗的壓力,容許菲利浦有條件地繼承葡萄牙王位,成為葡萄牙王費利佩一世。而條件便是:  在西班牙吞併葡萄牙的同時繼承了葡萄牙的海外殖民地,使西班牙成為當時世界上最強大的國家。  但是哈布斯堡王朝在葡萄牙的名聲一向不好,而且無敵艦隊和三十年戰爭的戰敗,更令西班牙哈布斯堡王室瀕臨破產邊緣,如腓力二世在去世前兩年的1596年宣佈破產。1609年尼德蘭也發生革命從西班牙獨立出去。在三十年戰爭期間歐洲一片反哈布斯堡的浪潮中,西班牙面臨不斷的挫敗,讓首相奧利瓦雷斯公爵的雄心壯志灰飛煙滅;葡萄牙終於在1640年發動恢復獨立活動。同年12月1日,葡萄牙樞密院立先王曼努埃爾一世的玄孫,布拉幹薩公爵約翰為葡萄牙王若昂四世。葡萄牙恢復獨立,哈布斯堡王室也結束了對葡萄牙達60年,歷3代君主的管治。

  1700年,西班牙國王卡洛斯二世的去世,結束了哈布斯堡家族對西班牙歷5代的統治。礙於卡洛斯一世的遺詔,卡洛斯二世把王位傳給了他的外甥,來自波旁王室的法王路易十四之孫安茹公爵腓力,而非他的奧地利表親。由於與奧地利王室的近親關係,西班牙的外交政策一般是親奧地利的,而路易十四決心在西班牙建立一個親法的政權。他為了他的孫子得以繼承西班牙王位,他執意廢除與英國,荷蘭和奧地利簽定的《1700倫敦條約》。神聖羅馬皇帝,卡洛斯的表親利奧波德一世為支援其子卡爾大公競爭西班牙王位,便以路易十四毀約為由,於1702年對法國發動西班牙王位繼承戰爭。  法國的宿敵英國和荷蘭,初期曾一度承認腓力五世的繼位,但腓力五世宣佈切斷西班牙和英荷兩國的貿易關係,將兩國推向奧地利的一邊,再加上1701年路易十四支援被廢英王詹姆斯二世的兒子,信奉天主教的詹姆斯王子奪回他姐夫——英王兼荷蘭執政威廉三世的王位,並且否定其姐安妮女王的王位繼承權,這使得英國的反法立場更為堅定。英國、荷蘭聯同大部分德意志城邦如漢諾威和普魯士,都站在奧地利哈布斯堡王室的一邊。巴伐利亞和科隆選帝侯以及葡萄牙王國和薩伏依公國就站在法國波旁王室的一邊(葡、薩不久即倒戈)。而西班牙本土,也出現了反波旁的武裝,而阿拉貢、巴倫西亞和加泰羅尼亞地區更宣佈效忠哈布斯堡王朝。  奧地利軍元帥,薩伏依的歐根親王帶領奧軍於1702年進佔法國勢力範圍米蘭公國,揭開了戰爭的序幕。而英軍統帥,前首相丘吉爾的祖先--馬爾巴羅公爵亦帶領英軍,進入西屬尼德蘭,支援荷蘭。而奧地利軍隊也在阿拉貢、巴倫西亞和加泰羅尼亞等西班牙領土站穩了腳跟,英軍更乘機佔領了直布羅陀。西班牙本土、尼德蘭低地和北美洲成為此戰的主要戰場。這場戰爭爆發時,英王威廉三世剛駕崩不久,因此戰爭主要戰事都發生在安妮女王在位時,因此在北美又稱為安妮女王之役。  1711年,經過多年交戰,歐洲各國的緊張關係因為各種因素緩和下來。在英國,反戰的託利黨獲得政權,而波旁王朝也願意為英荷兩國商人提供貿易優惠和保障。因此三國於1713年簽定烏得勒支和約。而1714年,哈布斯堡王軍在西班牙最後一個據點巴塞羅那的陷落,促成了奧法拉施塔特和約和巴登和約。而奧西之間的領土紛爭直至1720年,四國同盟之役後的議和才得以最終解決。
西班牙哈布斯堡王朝(),是指西班牙在1506年至1700年間由哈布斯堡家族統治的時期,在西班牙當地又稱為奧地利王朝()。其與奧地利哈布斯堡王朝同宗,而其母系祖先分別為卡斯蒂利亞女王伊莎貝拉一世和阿拉貢國王斐迪南二世,他們都是的成員。除了統治西班牙及其廣大的殖民地之外,還同時統治西屬尼德蘭與義大利部分公國,以及在1580年至1640年間統治葡萄牙。該王朝在1700年卡洛斯二世去世後絕嗣,由波旁家族繼承西班牙王位。