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  馬爾堡大學成立於1527年,創辦者是當時年僅23歲的黑森-卡塞爾伯爵菲利普一世。7月1日開課時,學校共有11名教授和84名學生,以市內修道院的舊址為校舍。其後300年間,馬爾堡大學歷經各種變化,學生數一直在30人到300人之間波動。1866年普奧戰爭後,黑森被普魯士兼併,之後的20年內,馬爾堡大學學生數增長了四倍,校區規模也得到擴大。1887年註冊學生數超過1000人,1909年突破2000人,第一次世界大戰結束後已達3000人。1960年之後,馬爾堡大學迎來又一個快速發展時期,師生數量均大幅增長,許多新的建築也在這一時期建成。

  馬爾堡大學由16個系組成,分別為法律系、工商管理與經濟系、社會科學與哲學系、心理學系、新教神學系、歷史與文化研究系、德語研究與藝術史系、外國語言與文化系、數學與電腦科學系、物理系、化學系、藥學系、生物系、地理系、醫學系、教育系。  馬爾堡大學還設有性別研究中心、近東與中東研究中心等16個不同學科的研究中心。馬克斯-普朗克陸地微生物學研究所也設在馬爾堡大學。  馬爾堡大學有新舊兩座植物園,以及宗教收藏館和民族收藏館,還擁有四個博物館:影象藝術博物館、文化歷史博物館、解剖學博物館和礦物博物館。

  上海交通大學2008年世界大學學術排名將馬爾堡大學排在德國第15-24位、歐洲第80-124位和世界第201-302位。英國《泰晤士高等教育》與QS公司聯合釋出的2008年世界大學排名將馬爾堡大學排在世界第368位。

  建校幾百年來,曾有許多著名學者在馬爾堡大學工作,也有許多知名人物從這裡畢業。其中自然科學領域的知名人物有:  馬爾堡大學一向重視人文學科,尤其是神學與哲學。曾在這裡工作或學習的神學家有魯道夫·布林特曼、威爾漢·赫爾曼、保羅·田立克、卡爾·巴特等,哲學家有恩斯特·卡西爾、漢斯-格奧爾格·伽達默爾、馬丁·海德格爾、漢斯·約納斯、漢娜·阿倫特、何塞·奧特嘉·伊·加塞特、列奧·施特勞斯等。  其它領域的知名校友還有:
馬爾堡大學,全稱馬爾堡菲利普大學(),是一所位於德國黑森州馬爾堡的大學,1527年由黑森-卡塞爾伯爵菲利普一世創辦,是世界上第二所新教大學。