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  由於第四次大公會議(即迦克墩公會議)的決議激起了「基督一性論」派的強烈反應,後來更引發暴動,公開反對正統教會。到公元543年,拜占庭皇帝查士丁尼一世在君士坦丁堡地區會議上更發表了十點反對教父俄利根的非正統見解,引發了與「基督一性論」的爭論。查士丁尼一世試圖調和矛盾,但卻因具體措施上猶豫不決而不成功。「基督一性論」派指出教會沒有指責觀點與涅斯多留相同的著名教會文章「三章案」。埃及和敘利亞的地方教會因支援「基督一性論」,從大公教會中分離了出去。為了解決分歧和試圖挽回分裂,查士丁尼一世決號召舉此大公會議。  是次會議審查「三章案」。結果提出譴責「三章案」,並制定了十四項絕罰條文。「基督一性論」的討論被禁止;「否定復活論」被定為異端。而此會議卻承認天使有等級的觀念,分為三大等級。可惜,此會議未能平息分歧。  此外,大公會議更決議譴責教宗維吉呂散播異端思想,並要求教宗收回相關文獻。維吉呂后更被主持會議的查士丁尼一世驅逐。繼任的教宗柏拉奇一世最後亦正式接受此譴責宣告。
第二次君士坦丁堡公會議是於公元553年在君士坦丁堡舉行的第五次基督教大公會議。是次大公會議將「基督一性論」視為異端。教宗拒絕參加此會議,卻在其後核准了此次會議的結果。