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  英國的勢力在1785年開始進入馬來半島,其東印度公司亦向吉打蘇丹租借檳城。不久,英國計奪檳城。1819年又從柔佛奪取新加坡管理權,與荷蘭比拼。  1824年,英國與荷蘭簽定了1824年英荷條約,最終確定英國對馬來亞的統治,荷蘭被迫撤出馬六甲並放棄所有在馬來亞的利益,但英國亦要承認荷蘭對荷屬東印度(今天的印尼)的利益。因此柔佛王朝被一分為二,新加坡以南的廖內被劃於荷蘭勢力範圍,成為廖內王朝。  1826年,英國殖民者將馬六甲、檳城、新加坡與納閩聯合組成海峽殖民地。

  19世紀初期,英國人對馬來半島上林立的多個馬來王朝內政採取“不干預政策”,只發展貿易活動。直到各個馬來王朝內部土侯之間多次爆發內戰,而海山公司、義興公司等華人私會黨又為錫礦利益爆發多次武鬥,影響英國錫米來源穩定,終使英國人於1873年從“不干預”轉為“積極干預”。  1874年1月通過定立《邦咯條約》使霹靂蘇丹接受一名英藉參政司,讓其治理內政,成為英國保護國,並將這一模式逐步向其他馬來王朝推廣;於是,森美蘭於1874年、雪蘭莪於1875年及彭亨於1888年先後成為英國的保護國。1896年,英國將這四國聯合組成馬來聯邦,聯邦的實際權力落在了英籍總參政司手中。  1904年,一直保持相對獨立的柔佛王朝也接受了英國保護。1909年,暹羅與英國簽署《曼谷條約》,將暹羅南部的四個馬來藩屬國——吉打、吉蘭丹、登嘉樓及玻璃市宗主權割讓給英國。無論如何,這五個馬來屬邦並未參與馬來聯邦。  至此,除了北大年等北部地區還臣屬於暹羅之外,幾乎整個馬來半島都成了英國的殖民地。

  在二戰中,日軍佔據馬來亞,大眾對獨立的喊聲亦逐漸熾熱。戰後英國設定了一個建立馬來亞聯邦的計劃,將馬來聯邦、馬來屬邦的蘇丹國、馬六甲和檳城組成一個以英國國王為元首的英國海外領地——馬來亞聯邦,並在幾年後予以獨立。馬來亞聯邦在1946年建立,這個計劃遭到多數馬來人反對,因為它削弱了馬來統治者(即各州君主)的象徵地位,並且將公民權賦予大量的新移民——華人與印度人,使許多馬來人憂慮自己的族群會被邊緣化。  後來,隨著中國國共內戰的影響,英國與馬來亞共產黨的關係也日益惡化,馬共的反殖民活動使英國對華人社會的戒心與日俱增,終於使英國在1948年取消馬來亞聯邦,以馬來亞聯合邦取代前者。  馬來亞聯合邦在1948建立後,馬來亞繼續成為英國的保護國,同時恢復了馬來統治者原有的象徵地位,並收緊公民權。這時,英殖民政府宣佈馬共為非法組織,馬共與英殖民政府的關係徹底決裂,轉而展開武裝鬥爭,期望強迫英國撤離馬來亞。英殖民政府宣佈全國進入緊急狀態。為了對抗馬共的游擊戰,英殖民者實施了“堅壁清野”政策,將原本散居在郊區的華人遷移到戒備深嚴的指定地點,形成了後來的華人新村。緊急狀態從1948年一直持續到1960年,期間有英聯邦軍隊駐在馬來亞,進行反遊擊活動。

  1957年8月31日,馬來亞正式脫離英國獨立。1963年,馬來亞連同英國海外領地的沙巴、砂拉越與新加坡合組馬來西亞,是一個多元民族共同建立的國家。馬來西亞原定於1963年8月31日成立。然而,印尼總統蘇卡諾的反對加上砂拉越人民聯合黨發動了多次抗爭行動導致延遲了馬來西亞的建立。最後,馬來西亞終於在1963年9月16日正式建立。馬來亞成為馬來西亞的一部分。
英屬馬來亞是大英帝國殖民地之一,包含了海峽殖民地(1826年成立)、馬來聯邦(1895年成立)及五個馬來屬邦(1904年至1909年間取得宗主權),戰後,先後改組成馬來亞聯邦及馬來亞聯合邦,直至1957年獨立。