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  帕木竹巴政權後期,歷經仁蚌巴、辛夏巴專權,藏傳佛教噶舉派權傾朝野,大肆打擊迫害格魯派。藏巴汗取代帕竹政權後,與青海卻圖汗、康巴白利土司和蒙古林丹汗組成反黃教聯盟,欲將格魯派勢力徹底消除。  1634年,格魯派的四世班禪與五世達賴邀請蒙古和碩特部首領圖魯拜琥(即後來的顧實汗)入藏。1641年,顧實汗發兵攻打藏巴汗,包圍了日喀則的藏巴汗府邸。1642年,藏巴汗兵敗被俘,不久遇害。顧實汗繼續西進,降服了後藏地區,並親自駐守日喀則,命其長子達延汗駐守拉薩,分兵控制西藏各地,成為實際統治西藏的汗王和格魯派的護教法王,被清朝順治皇帝封為“遵行文義敏慧顧實汗”。顧實汗將八個兒子留在青海,護衛汗國,史稱八臺吉。  1716年,準噶爾汗國出兵征服西藏,攻打拉薩。1717年,準噶爾軍隊攻入拉薩,殺死了和碩特汗國末任可汗拉藏汗,和碩特汗國滅亡。其後準噶爾軍於1720年被清軍驅除出西藏,西藏遂為清軍控制。
和碩特汗國(),是1642年蒙古和碩特部首領固始汗在青藏高原建立的政權,從此確立了藏傳佛教格魯派(黃教)在西藏的統治。