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  1872年(明治5年)2月,海軍省根據太政官第62號公告從兵部省獨立出來。當時軍政與軍令並未明確分開。大日本帝國憲法實行後,軍令由作為大日本帝國陸海軍大元帥的天皇通過直屬機構主管,海軍省內主管軍令的部分被參謀本部吸收,1893年(明治26年),設定了海軍軍令部作為海軍的最高軍令機關。海軍省成為主管海軍政策、軍備、人事、教育等事務的機關,以為中心。  海軍省是日本內閣中的一個省,首長為由天皇任命的海軍大臣。海軍大臣的職責是海軍的軍政管理,不具有軍令權,由現役的海軍大將或中將擔任。當逢海軍裁軍會議等事務,海軍大臣需要長期離開國內時,設定由內閣總理大臣兼任的臨時海軍大臣。  1945年(昭和20年)11月30日,海軍省根據第680號敕令而廢除,改為。第二復員省於1946年(昭和21年)6月被廢除,原海軍省的財產全部被大藏省(現在的財務省)處理。海軍省資料的一部分被防衛省和厚生勞動省繼承。  海軍省的建築物在東京都千代田區霞關。由英國建築師約西亞·康德爾設計,於1894年完成。在二戰中受到損壞。戰後,至1985年完全被拆除。原址上現在為農林水產省本部辦公樓(中央聯合辦公樓第1號館)。

  

  直接隸屬於海軍大臣的機構。
海軍省是1872年至1945年間主管大日本帝國海軍事務的內閣部門,相當於各國海軍部。