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  由於國際殘疾人奧林匹克委員會於2001年6月19日和國際奧林匹克委員會簽署協議,授權由國際奧林匹克委員會決定主辦權誰屬;另一方面,一旦獲選為奧林匹克運動會主辦城市必須兼辦殘疾人奧林匹克運動會,即同時獲得奧林匹克運動會及殘疾人奧林匹克運動會兩個運動會之主辦權。因此2009年10月2日在丹麥哥本哈根舉行的第121屆國際奧委會全體會議上決定2016年夏季奧林匹克運動會由巴西里約熱內盧主辦,因而里約熱內盧也自動獲得這個運動會的主辦權。

  本屆殘奧會俄羅斯原本有參賽資格但因為該國的禁藥醜聞而被禁賽,另有2名難民組成的代表隊參賽,開幕式持殘疾人奧林匹克旗幟入場。  2016年7月18日,世界反禁藥組織委託律師Richard McLaren報告提出,俄羅斯在2011年至2015年8月間至少643個禁藥陽性但未查出的案例中有35起是在殘奧會會專案(當年奧運會專案則為499起)

  ,幷包括到上屆殘奧及2014年冬季殘奧會(當時俄羅斯獲得30面金牌,37%獎牌由俄羅斯獲得),上屆殘奧會的獎牌榜成績為第二名(2008年夏季殘疾人奧林匹克運動會為第8名)。同時還有調包樣本等「使陽性檢體消失的方法」(disappearing positive [test] methodology (DPM) )世界反禁藥組織還就此呼籲國際奧委會全面禁止俄羅斯參加當年奧運會及這屆殘奧會。  但是7月24日國際奧委會在電話會議中決定,將不對俄羅斯代表團實施全體禁賽,資格交由各單項體育聯合會決定,最終代表團數目從389人降至291人,其中舉重被全面禁賽,划船、田徑被大部分禁賽,14專案全部的參賽者都可參與當屆奧運。  2016年8月7日,國際殘疾人奧林匹克委員會宣佈因俄羅斯代表團在國家支援下服用禁藥,決定對本屆殘奧會全部俄羅斯運動員給予禁賽處罰。國際殘疾人奧林匹克委員會主席還稱俄羅斯「只重獎牌罔顧道德的心態令人作嘔」,俄羅斯禁藥醜聞是體育史上最黑暗一頁。  而原要派出的267人的俄羅斯則在次日上訴,但是在同年8月23日被駁回,對此俄羅斯認為國際殘奧會的決定是「政治操作」。但俄羅斯並未因此放棄,8月27日上訴到瑞士聯邦最高法院,但仍在9月1日時再遭駁回,國際殘奧會也同時拒絕俄羅斯175名選手的個人申請,俄羅斯選手確定無緣本屆殘奧會。同時18個月以後的平昌殘奧也被拒於殘奧門外。  2016年8月5日,國際殘疾人奧林匹克委員會宣佈將有難民參賽,程式碼IPA,開幕式持殘疾人奧林匹克旗幟入場。8月26日宣佈2名分別來自敘利亞及伊朗的難民獲得參賽資格。並在開幕式進場時以第1個出場。此前奧運則派10名難民,代號ROT。  (Ibrahim Al Hussein,敘利亞,希臘,游泳S10)、(Shahrad Nasajpour,伊朗,美國,田徑F37)

  本屆殘疾人奧林匹克運動會將會進行22個大項,其中獨木舟及三項鐵人為新增專案:

  是屆殘疾人奧林匹克運動會將於奧林匹克游泳運動場、奧林匹克曲棍球運動場、奧林匹克網球運動場、奧林匹克培訓中心、里約中心、里約奧林匹克競技場、國家射擊中心、劍擊競技場、國家馬術中心、馬拉簡拿運動場、阿維蘭熱奧林匹克體育場、弗拉門戈公園等場地進行。

  

  里約殘奧會開幕式前,國際殘奧委會新聞局表示“任何人都不能攜帶俄羅斯國旗參加開幕式”。而在開幕式上,白俄羅斯體育部官員安德烈·福摩車琴(Andrei Fomochkin)在入場時手舉俄羅斯國旗,之後俄羅斯國旗被沒收,他同時也被取消貴賓證隨後回國。

  本屆殘奧會所面臨問題包括因為門票收入不佳、贊助商沒有興趣贊助而產生的財政問題,造成志工人數減少,同時也造成部分場館關閉,此情形為2016年夏季奧運會的延續。

  伊朗自行車選手巴赫曼·戈爾巴尼扎德在公路自行車下山路段摔車,最終送醫不治,為繼1960年夏季奧運會以來、首次殘奧會會的賽中死亡事故。
2016年夏季殘疾人奧林匹克運動會(巴西葡萄牙語:"Jogos Paralímpicos de Verão de 2016")是第十五屆夏季殘疾人奧林匹克運動會;將於2016年9月7日至9月18日在巴西里約熱內盧舉辦,是第一次在南美洲舉行的殘疾人奧林匹克運動會。本屆殘奧會於2009年10月2日在丹麥哥本哈根舉行的第121屆國際奧委會全體會議上選出。