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  2011年5月25日愛沙尼亞司法長官要求司法部推出一條民事伴侶關係法。他裁決到對同性伴侶關係的不認可是違背愛沙尼亞憲法的。之後,伴侶關係的承認再次成為愛沙尼亞的熱點政治議題。  愛沙尼亞改革黨和社會民主黨支援推出一條伴侶關係法,而保守的祖國與共和國聯盟則反對。愛沙尼亞中間黨則支援就這個議題進行討論。法律草案由司法部在2012年8月擬定,並在2012年10月1日之前向社會各界徵求意見。2014年3月,議會中的一個小組開始擬定法律草案來規範同居伴侶的法律地位。該草案在2014年4月17日提交至議會。5月22日該草案得到行政內閣的支援。2014年6月19日議會在一讀中以32對45票的結果否決了一項旨在取消該草案的動議。10月8日舉行了二讀,一個旨在就該草案進行全民公決的動議以35對42票的結果被否決,另外一個旨在取消該草案的動議以41對33票的結果被否決。該草案最終在10月9日以40對38票的結果通過。總統托馬斯·亨德里克·伊爾韋斯在當天簽署了該法律,該法在2016年1月1日正式生效。
自2016年1月1日起,愛沙尼亞允許同性伴侶簽署同居協約()而承認同性結合。目前是從蘇聯獨立的15個共和國當中,唯一一個制定同性伴侶法的國家。