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  這座博物館起源於18世紀霍亨索倫王朝普魯士國王們的皇室藝術收藏。亞歷山大·馮·洪堡建議建一個埃及部門,在腓特烈·威廉三世國王命令下,1828年時將第一批物品帶到柏林。這個部門最初建在蒙比歐宮,由的裡雅斯特商人帕薩拉誇負責管理,他廣泛的收藏品成為了藏品基礎。1842年至1845年,卡爾·理查德·萊普修斯率領普魯士軍隊遠征埃及和努比亞,給柏林帶來了更多的藏品。  1850年,藏品搬到了現今的藏處,弗里德里希·奧古斯特·施蒂勒設計的新博物館。波爾哈特在阿瑪納發掘發現的娜芙蒂蒂胸像,1920年企業家亨利·詹姆斯·西蒙將其捐入博物館,它很快就成為了該館最著名的展覽品。二戰期間,新博物館受到戰略轟炸的嚴重損壞,藏品被分藏於東柏林和西柏林。主要部分留在了東柏林,在博德博物館展示;而撤到西德的那些藏品,包括娜芙蒂蒂胸像,則回到了西柏林。1967到2005年,藏品安放在夏洛滕堡宮。隨著兩德統一,這些藏品也重新收藏在一起,收藏於柏林博物館島。

  博物館收藏了從公元前4000年(前王朝時期)到羅馬統治時期的文物,不過大部分都是阿肯那頓統治時期的(約公元前1340年)。最著名的展覽品,是儲存完好、栩栩如生、色彩鮮豔的娜芙蒂蒂女王半身像。2005年,它從夏洛滕堡宮移入柏林舊博物館,2009年10月又搬到了柏林博物館島上新重建的新博物館內。
柏林埃及博物館()是世界上最重要的古埃及文物收藏中心,藏有最具代表性的娜芙蒂蒂胸像。自2009年起,其收藏成為柏林博物館島重新開業的柏林新博物館的一部分。