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  拉斐爾成立於1948年,當時被稱為科學兵團(, 簡稱HEMED, ),由什洛莫·古爾領導。它在1952年被重新命名為研究和設計理事會。1952年,以色列總理大衛·本·古裡安決定將HEMED的活動分為兩個機構。純科學研究仍由HEMED負責,而武器的研發則由新成立的EMET機構負責。  1954年,本·古裡安決定將EMET的名字改為拉斐爾。1958年正式改名為拉斐爾。  1995年,以色列總理伊扎克·拉賓請阿莫斯·霍雷夫擔任拉斐爾的董事會主席,在此之前,霍雷夫多年來一直擔任拉斐爾的諮詢委員會主席。霍雷夫擔任主席直到2001年1月。

  20世紀90年代初,拉斐爾的業務處於虧損狀態(1995年達到頂峰,營業額4.6億美元,虧損1.2億美元)。因此,決定改組該組織,並開始作為一個公司經營拉斐爾。最初,新公司有三個獨立的部門,每個部門都作為利潤中心運營,並向新成立的管理委員會提交了一份獨立的資產負債表。  重組完成於2002年,拉斐爾正式成立為一家有限公司(儘管仍然是一家政府所有的公司),同時通過在研發專案上投資約10%的營業額來保持其技術能力。拉斐爾成立有限公司的第一年,銷售額為8.3億美元,盈利3,700萬美元。2016年,拉斐爾公佈年度淨利潤為4.73億新謝克爾(約合1.3億美元),比2015年的4.59億新謝克爾增長了3%。2016年新訂單總額為107億新謝克爾,銷售額為83.2億新謝克爾,比2015年增長6%。截至2016年底,該公司的訂單積壓量為217.2億新謝克爾,比2015年底增加了12%。  2007年10月14日,該公司將其名稱從拉斐爾武器發展管理有限公司改為拉斐爾先進防禦系統有限公司。
拉斐爾先進防禦系統有限公司()是一家以色列國防技術公司。它是作為以色列國防部內的武器和軍事技術發展的國家研發國防實驗室而建立的;2002年,公司成立為有限公司。