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  國旗以兩條豎條組成,旗杆側是金色或黃色,另一側是白色,白色中央有呈交叉狀的聖彼得的天國之鑰與三重冕。交叉的鑰匙是由金色與銀色的鑰匙組成,銀色鑰匙以右上至左下的方式斜放。此國旗是世界上唯二的正方形國旗,另一面為瑞士國旗。  白色部分上的梵蒂岡國徽的組成有:  國旗的黃色與白色也是參考鑰匙的顏色——在紋章學術語中,黃色與金色,銀色與白色是沒有區別的。

  國旗在世界各地的羅馬天主教教會與機構都有使用,通常是在教會或機構所在地之國旗旁。

  教宗國傳統上使用黃色與紅色的帽徽,這是羅馬元老院與羅馬人民的傳統代表色。然而,這些顏色沒有使用在國旗上。1808年,教宗庇護七世下令梵蒂岡貴族衛隊及其他部隊把紅色換成白色,以區分其他已被併入拿破崙軍隊的部隊。  1803年教宗國開始使用以白色為底,中央有教宗國徽的商用旗。這種旗幟在1815年6月7日成為正式。在1825年9月17日,被黃白旗取代,黃色取自金鑰匙,白色取自銀鑰匙。這些顏色可能是來自1808年的禁衛兵旗的顏色。這是教宗國使用的第一面雙色旗,也是現代梵蒂岡國旗的始祖。商用旗也是在陸地上的國旗。  1831年開始,教宗國步兵開始使用黃白的正方形旗幟。一開始是對角線劃分,但自1849年開始改成垂直劃分,如同商旗一樣。最終的步兵旗幟,於1862年採用,就是簡單的黃白方形旗。  1849年2月8日,當教宗庇護九世在加埃塔逃亡中時,羅馬共和國宣告成立。新政府的國旗是義大利三色旗並在中央條紋加上格言「Dio e Popolo」。教宗國政府以及旗幟在1849年7月2日復辟。1870年9月20日教宗國被義大利佔領,而黃白旗也不再做為正式使用。  在1929年《拉特朗條約》簽訂後,教宗當局決定使用1825年的商用旗作為即將獨立的梵蒂岡城國的國旗。然而,在憲法中使用的正式圖樣卻採用了1862年的步兵旗作為樣本。條約在1929年6月7日生效,新的梵蒂岡方形旗也隨之生效。
梵蒂岡國旗由兩個面積相等的豎長方形組成,靠旗杆側為黃色,另一側則為白色。白色上還繪有教宗的牧徽:兩把交叉的聖伯多祿的鑰匙和一頂教宗的三重冕。黃白兩色是耶穌十二宗徒之長聖伯多祿的兩把鑰匙的顏色,代表了兩種最珍貴的金屬:金與銀。教宗的牧徽則是至高無上地位的象徵。