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  2007年,深圳市政府決定開始籌建南方科技大學,同時設立南方科技大學籌建工作辦公室,聘請包括香港科技大學教授在內的6人作為工作人員。  2008年,南科大籌建工作辦公室與深圳市建築工程署合辦南科大校園設計競賽,其中香港著名建築師嚴迅奇亦有提交設計方案(但嚴氏方案最後不獲任何名次)。  2009年,南方科技大學在全球遴選後通過深圳市政府將中國科學院院士朱清時教授聘為首任校長,任期5年。同時朱清時計劃參照香港科技大學及加州理工學院的辦學和發展模式規劃南科大。同年,南開大學深圳金融工程學院因南開大學與深圳市政府理念不合而終止合作並撤銷,校址和2006年投用的校舍移交給南方科技大學籌備辦公室,作為南方科技大學啟動校區。  2011年,1月,教育部正式批准南方科技大學籌建。同時,南方科技大學在沒有獲得中華人民共和國教育部招生許可的情況下宣佈將避開高考進行真正意義上的自主招生和自授文憑。通過這種方式招收第一屆,即同時被稱為‘教改實驗班’的學生的過程被視為南科大對跳出中國當時亟需改革的教育制度的重大探索,引起了國際社會的高度關注。在教改實驗班入學後,教育部向廣東省人民政府發文批准籌建南科大,同時允許其試辦本科教育。5月,深圳市政府通過《南方科技大學暫行管理辦法》。年中,參與籌建的核心團隊,來自香港科技大學的團隊退出南方科技大學,引發了對大學前途的擔憂。不久,一名學生退學並在網上發表宣告,引起公眾對學校管理制度的熱議。被譽為神童的科大學生蘇劉溢亦於同一時期休學(實為退學,離校後再無返校)。  2011年,9月,致仁書院舉行揭牌儀式,南方科技大學第一個書院成立。  2012年,中華人民共和國教育部發布通知,同意建立“南方科技大學”。南科大就此獲得教育部的承認,並頒發由教育部認可的文憑。但同時亦引發接受教育部管理對南方科技大學教育改革可能存在不利影響的議論。

  2013年,南科大新校區建設完畢,南科大整體遷入新校區,啟動校區歸還深圳大學。  2014年,年初,原深圳公安局長李銘被深圳市委任命為南方科技大學黨委書記,朱清時不再擔任這一職務。一度引發南科大‘去行政化’改革失敗的議論;9月,朱清時教授工作年限已滿,卸任校長職位;12月,南科大獎學金政策發生變動,因其程式並不符合規定等諸多原因引起大部分的學生不滿。  2015年初,南科大教改實驗班符合畢業條件的28名學生畢業,獲得了由南科大自行授予的學位;同年,原北京大學副校長陳十一教授就任南科大校長,調整發展規劃,計劃參照斯坦福大學發展;同時進行院系調整,籌建理學院、工學院、生命與健康學院、經管與人文學院;3月中旬,理事會召開會議,聘陳十一教授為校長,審議《南方科技大學章程》,擬更改學校的英文簡稱為SUSTech(原名為SUSTC),在學生家長中引發熱議;5月,《南方科技大學章程》在理事會獲得原則性通過;9月,致誠書院與樹德書院成立。  2016年,6月,南科大第一屆有教育部合法學歷的本科生畢業;同月,原深圳市教育局局長郭雨蓉任南方科技大學黨委書記;9月,致新書院與樹禮書院成立。  2017年,8月,南科大入選2017年新增研究生推免高校名單;11月,南科大副校長湯濤教授當選中國科學院院士,成為深圳本土培養的首位中國科學院院士;12月,南山區人民政府與南科大合作建設大學附屬醫院。  2018年,3月,南科大入選博士學位授權單位及碩士學位授權單位;7月,南科大的化學、材料科學兩個學科首次進入ESI全球前1%;10月,深圳市人民醫院、深圳市第三人民醫院成為南科大直屬附屬醫院;11月,整體進入廣東省高水平大學重點建設高校行列,6門學科進入重點建設學科行列。  2019年,10月,南科大獲批數學、物理學、生物學、力學共計4個博士後科研流動站。  2020年,2月,深圳創新創意設計學院籌建辦公室成立,南方科技大學負責籌建深圳創新創意設計學院。

  

  依據,南科大在建立時設有理事會、校務委員會和學術委員會。2013年,根據設立黨委會。南科大還設有管理部門協調工作,其下設有黨政辦公室、人力資源部(組織統戰部)、宣傳與公共關係部、學生工作部(團委)、紀檢監察室、規劃發展部、教學工作部、科研部、研究生院、招生辦公室、國際合作部、財務部、總務與空間辦公室、基建辦公室、安全、健康與環境辦公室、網路資訊中心、實驗室與裝置管理部、技術轉移中心、招標辦公室、圖書館、教育發展基金會、校友會及各學科部門。

  

  校徽的核心部分是一把火炬。火炬實際上是由南方科大的英語字頭組成的,就是兩個S,一個S是South(南方),一個S是Science(科學),火炬的U就是University(大學),有一個T就是Technology(技術),象徵南方科技大學的使命:為高等教育改革探索出一條新路。校徽背景為漸變的天青色,映襯火炬的照亮效果;此處的天青背景取自汝窯瓷釉,是中國傳統審美文化崇尚的色彩。  南科大的校名題寫有兩個版本。最初的版本為著名物理學家、諾貝爾獎獲得者李政道教授所題寫。但現今廣泛使用的並不是由李政道題寫的版本,而是由著名書法家劉正成所題寫的版本。  南科大的校名英文縮寫原為「SUSTC」,後改為「SUSTech」,但之前學生仍更傾向於「SUSTC」。新英文名縮寫因其字首SUST與英語單詞sustainability一致,所以被認為是符合可持續發展的理念的。  南科大致仁書院的院名取自“格物致知,格心致仁”,致仁書院的院名為朱清時題寫。

  南方科技大學暫無校訓。“敢闖敢試、求真務實、改革創新、追求卓越”為其創校精神,“創知、創新、創業”(Research, Innovation and Entrepreneurship)為其辦學特色。其下致仁書院有院訓“格物致知,格心致仁”,樹仁書院有院訓“居高懷仁 止於至善”,致新書院有院訓“慎思篤行,推陳出新”,樹禮書院有院訓“修身 博識 慎思 致遠”,樹德書院有院訓“芝蘭玉樹,立德弘毅”。

  

  南科大借鑑世界一流理工科大學的學科設定和辦學模式,以理、工、醫為主,兼具特色人文社會學科,在本科、碩士、博士層次辦學。截至2020年3月,南方科技大學設定數學系、物理系、化學系、生物系、電子與電氣工程系、材料科學與工程系、金融系、環境科學與工程學院、海洋科學與工程系、力學與航空航天工程系、機械與能源工程系、電腦科學與工程系、生物醫學工程系、地球與空間科學系、統計與資料科學系等18個院系中心,開設金融數學、物理學、化學、生物科學、生物醫學工程等31個本科專業。  2018年,南科大入選博士學位授權單位及碩士學位授權單位,獲批數學、物理學、化學、生物學、力學、電子科學與技術等6個碩士學位授權一級學科及工程碩士專業學位授權點,獲批數學、物理學、生物學、力學4個博士學位授權點,化學、材料科學、工程學等3個學科進入ESI全球前1%。

  

  2020年4月,南方科技大學已簽約引進教師970人,在483名教學科研序列教師中,包括院士38人(全職院士13人),國際會士35人, 教育部特聘專家28人,“國家特支計劃”專家11人、“國家自然科學基金傑出青年基金”獲得者29人、“國家自然科學基金優秀青年基金”獲得者10人。教學科研系列教師90%以上具有海外工作經驗,60%以上具有在世界排名前100名大學工作或學習的經歷,師資隊伍中高層次人才佔比超過40%。

  2019年9月,南方科技大學共獲批建設各級各類科研平臺36個,包括省部級科研平臺9個,市級科研平臺27個。在建科研機構4個,其中格拉布斯研究院為深圳市批覆建設的第一個諾貝爾獎科學家實驗室,量子科學與工程研究院為深圳市批覆建設的十大基礎研究機構之一。  參見:省部級科研平臺、市級科研平臺、科研機構

  

  南方科技大學為了達到通識和全人教育的目標,參照香港及英國的舍堂和書院制度,設立了書院來對學生進行管理。各書院有自己的名字、文化、傳統、活動和非正式的教育課程、輔導諮詢、興趣社團。學生入學後,書院將為每位學生分配一位導師,該導師為南科大全職教授,為學生的大學學習、生活提供諮詢意見。書院實行院長負責制,每個書院邀請知名教授擔任院長,下設書院辦公室負責日常事務。目前已建設有“致仁書院”、“樹仁書院”、“致誠書院”、“樹德書院”、“致新書院”和“樹禮書院”等六個書院。

  南方科技大學為了與國際一流大學接軌,在專業教學過程中採用英文原版教材,教學語言為中英雙語或全英文。學校成立語言中心,新生入學即進行分級英語培訓,為適應英文教學做準備。

  作為南科大教學改革的一部分,其本科生將有機會參與教授的研究專案以提升研究興趣與研究能力,期限不定。目前主要以“大學生創新訓練計劃(SITP)管理實施辦法(暫行)”為主要管理條例,同時兼以院系開展的創新訓練類課程作為補充。

  南方科技大學實施“2+2”的本科生培養模式。學生入學後的前兩年不分專業,強化通識教育,打好學科基礎,大三時根據自身興趣和特長自選專業。在“寬口徑、厚基礎”之上,優化專業教育,注重學科交叉。2018年12月,南方科技大學教學工作部下發通知,對於2018級本科生實行“1+3”與“2+2”並行的培養模式。

  南方科技大學舊校區(啟動校區)位於原南開大學深圳金融工程學院校址,由創校之初一直使用至2013年。其新校區選址於深圳市南山區桃源街道(與清華、北大、哈工大三所深圳研究生院以及深圳大學麗湖校區相鄰)。在未來,南方科技大學所屬的深港微電子學院將校舍將建於大學城白石嶺片區,深圳創新創意設計學院將建設於寶安區鳳凰嶺片區。目前校外人士在門衛處登記身份資訊後,可以於8:00-20:00從一號門進入校園部分割槽域,校內人士需出示校園卡後方可入內。

  南方科技大學建有兩棟教學大樓、四棟研究大樓,多棟分散在各區域的實驗樓,以及檢測中心。大部分教學設施及教學實驗室都位於第一教學樓。

  南方科技大學圖書館位於行政樓旁,有天橋與之連線,高三層,建築面積10,000平方米,設有1,100個座位供學生及教員使用,目前僅面向校內人士開放。截止2019年6月,中外文紙質圖書總量達到24萬餘冊(中文18萬餘冊,外文6萬冊)、中文報刊69種、外文報刊32種。各類中外文資料庫123個,包含電子圖書近55萬餘種、電子期刊近7萬種。開放時間為週一至週日8:00-22:00。在2019年底前,學校將增加兩個圖書館,新增面積為10,000平米。

  南方科技大學有有豐富的體育設施供學生及教員使用。

  南科大現設有十餘棟學生宿舍,主要集中在湖畔公寓、荔園、欣園和二期宿舍區域四個區域,其中大部分為4人間,另有部分2人間和3人間,由書院、研究生院和公寓自我管理委員會(各書院學生會)進行管理。二期建設中的本科生永久公寓已於2019年8月完工,在校生將逐年遷入二期宿舍區域居住。

  

  2018年11月26日,在第二屆人類基因組編輯峰會召開前一天,南方科技大學停薪留職的生物系副教授賀建奎宣佈,基因編輯嬰兒露露、娜娜於11月在中國健康誕生。這是首次正常的人類基因被修改,然而由於基因編輯嬰兒是CCR5嵌合體,因此很大可能並不具備賀建奎所說的天生免疫愛滋病毒感染的功能。由於涉及修改人類胚胎基因,此事件備受國際爭議並受到國際主流生物學界的普遍譴責和抵制。

  2019年12月起,南方科技大學疑因政府壓力改變一直以來的封閉校園政策,開始無限制對社會開放。由於決定過於草率,導致校園內出現地產銷售等社會閒雜人員,引起學生不滿。有學生戲仿微信宣傳文章,作《老牌免費玩樂聖地!南科“小羅馬”,行政樓廁所對外開放啦!》一文以示諷刺。
南方科技大學(簡稱:南科大,英語:Southern University of Science and Technology,縮寫:SUSTech)是一所建校於2012年,被確定為國家高等教育綜合改革試驗校,位於中國廣東省深圳市的全日制公立高等院校,致力於成為世界一流研究型大學。其創校之初目的在於提升地區科技水平,探索中國教育改革的道路,建立具有中國特色的現代大學制度,培養創新型人才,適配特區經濟發展。南方科技大學是當代中國大陸第一所自授文憑(僅第一年招生)的大學,同時也是大陸地區最早探索將大學章程寫入法律的高等院校(類似香港法定大學的做法)。