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  根據考古發現,九千年前奈及利亞已經有人類活動。歷史上,約魯巴人曾經在尼日爾河西岸佔主導。與他們最近的語族是伊加拉人(Igala)。他們居住在貝努埃河的尼日爾邊對面。從這個可以認為自2000年前他們被分開。  8世紀,查德湖畔的札加瓦人(Zaghawa)建立卡奈姆-博爾努帝國(Kanem-Bornu)。

  由尼日王國建立的伊博文化大約從9世紀開始。尼日城被認為是伊博文化的根據地。伊博神話的起源地-尼日和阿古勒日是尤美利部落的領土。考古證據顯示伊博蘭的尼日霸權最遠可以追溯到9世紀。在約1400年至1600年,尼日王國開始衰落。

  在尼日利亞北部,據有記載的歷史,卡諾市和卡齊納可以追溯到大約公元999年。11世紀,一些豪薩城邦已經進入相當的文明階段。14世紀至16世紀,桑海帝國統治著今尼日利亞地區。15世紀中期,在今貝南城建立貝南王國。1472年,受到葡萄牙的侵略。後荷蘭、法國、英國等國殖民者相繼侵入,販賣奴隸。1786年,易付立克人建立了卡拉巴爾。

  19世紀,富拉尼人建立了中央集權化的富拉尼帝國,直到1903年瓦解。  在拿破崙戰爭期間,英國擴大了在今尼日利亞的貿易活動。1861年英國在拉各斯建立據點後,不斷向內陸擴張。1885年,英國宣稱佔有西非的海岸得到了國際認可。1900年,南、北尼日尼亞均淪為英國“保護國”。1914年合併成為英國殖民地“尼日利亞殖民地和保護國”。

  1947年,英國批准其憲法,聯邦政府成立。1954年,取得內部自治權。1960年10月1日,宣佈獨立,但仍是英聯邦成員國。1963年10月1日,改為尼日利亞聯邦共和國。1961年10月15日,一群軍人發動政變。其後尼日利亞軍事政變多次發生,軍人長期掌權。1967年5月30日,伊博族人奧朱古宣佈退出尼日利亞聯邦,成立比夫拉共和國;同年7月,以戈翁為首的聯邦政府出兵鎮壓,內戰爆發;至1970年1月,比夫拉軍隊戰敗。  1998年6月8日,軍政府首腦阿巴查猝死,接任者阿布巴卡爾決定交權給民選政府。1999年2月的總統選舉中,奧盧塞貢·奧巴桑喬當選。2007年4月21日,舉行總統和國民議會選舉。奧馬魯·亞拉杜瓦當選總統。2010年5月5日奧馬魯·亞拉杜瓦病逝,副總統古德勒克·喬納森繼任總統。2011年4月16日,古德勒克·喬納森在總統選舉中獲勝,5月29日,在首都阿布賈雄鷹廣場宣誓就職。大選結束後動亂,造成200多人死亡,400多人受傷,幾百人遭逮捕,近4萬人無家可歸。
在今尼日利亞的各個地區擁著許多古代王國。19世紀後期開始淪為英國殖民地。1960年尼日利亞獲得獨立。