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  1798年,拿破崙被任命為東方遠征軍總司令,5月出徵埃及,希望藉此切斷英國和印度的紅海生命線,進而擴張向東方的勢力。他避開了強大的英國艦隊,橫渡地中海,以無比的毅力和擾敵戰術,攻得埃及措手不及,並臨時改良作戰方式,以方陣來抵抗埃及騎兵的攻擊,寫下金字塔之戰的勝利,並繼續向敘利亞進攻。此時後方傳來訊息,由於督政府貪汙無能,民怨叢生,國內政局相當不穩,且第二次反法聯盟也已重新組成,再加上開往埃及的支援艦隊在尼羅河之役被英國艦隊消滅,於是拿破崙只好結束遠征,潛行回國。

  在拿破崙的遠征軍中,除了二千門大炮外,還帶了一百七十五名各行業的學者以及成百箱的書籍和研究裝置。在遠征中拿破崙曾下達過一條著名的指令:「讓驢子和學者走在隊伍中間。」  後來在遠征埃及時,法軍探險隊曾深入金字塔內,拿出泥板楔形文字研究,開啟日後考古學對埃及古文明研究起源,文化意義貢獻重大。
埃及-敘利亞戰役指的是1798年至1801年期間法蘭西第一共和國遠征奧斯曼帝國轄下的埃及的軍事行動,後來戰火燒至敘利亞。法國東方遠征軍由拿破崙率領,攻打當時屬於奧斯曼帝國轄下的半獨立政權埃及。法軍佔領埃及之後,受到英國和奧斯曼帝國的聯合進攻,最終不得不放棄埃及。