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  海軍本部(,忠清南道雞龍市),由海軍參謀總長指揮。

  韓國海軍最高指揮單位為海軍本部,其下的海軍作戰司令部轄有艦隊司令部(;英語:CINCROKFLT)、海軍陸戰隊司令部和第6航空戰團司令部,海軍總部設在忠清南道雞龍市,主要基地除釜山海軍作戰基地和鎮海海軍基地外,尚有東海、仁川、金山、木浦、蔚山、浦項以及濟州等基地。艦隊司令部設在鎮海基地,管轄三大艦隊,在和平時期同時為韓美聯合軍司令部下的「海軍構成軍司令部」(;英語:Commander Naval Component Command,英語:CNCC),戰爭時期則是「韓美聯合海軍構成軍副司令部」(英語:Deputy Commander Combined Naval Component Command,英語:DCCNCC)。

  駐江原道東海市,負擔東部海域-東海(即日本海)作戰警備區的巡邏警戒和防禦作戰任務,在鎮海、濟州、新村設有前進基地,集中部署有韓國海軍大部分P-3C反潛機飛機。第1艦隊的責任海區地處前沿,作戰任務較重。

  駐京畿道平澤市,負責西部海域-西海(即黃海)作戰警備區的巡邏警戒和防禦作戰任務。由於守衛首都重要門戶,作戰任務最重。

  駐全羅南道木浦市。負責南部海域-朝鮮海峽(即對馬海峽)作戰警備區的巡邏警戒和防禦作戰任務。艦隊除防止朝鮮滲透的任務外,還要對前方海域作戰集結與機動提供支援,以及進行近海防禦。

  駐鎮海。直屬海軍作戰司令部指揮,主要是協助第3艦隊負責南海海區作戰警戒任務,同時負責對3大艦隊及沿海島嶼實施支援、補給運輸、並對東、西海域進行戰時機動支援。類似於日本主力艦隊的機動艦隊。

  駐浦項,直屬海軍作戰司令部,是韓國的海軍航空部隊。主要任務是反潛、對艦、海上反滲透作戰。下轄2個飛行戰隊,整備戰隊、基地戰隊、訓練戰隊各1個,擁有浦項(K-3)、鎮海(K-10)及木浦(K-15)三處海軍航空基地。裝備P-3C反潛機8架,超級大山貓反潛直升機30架,ALT-3雲雀反潛直升機6架,500MD型反潛直升機25架。

  駐濟州特別自治道西歸浦市,成立於2010年2月1日,是一支具備外海作戰能力,並可承擔海外派遣或海上航路防衛等任務的機動艦隊,基本編制包括韓國3艘7600噸級神盾驅逐艦世宗大王號、慄谷李珥號、西厓柳成龍號、6艘KDX-2多用途驅逐艦,未來可依實際狀況編入獨島號兩棲攻擊艦、FFX護衛艦、孫元一級AIP潛艇、P-3C反潛機及直升機等,戰力可匹敵日本海上自衛隊的新八八艦隊。

  駐鎮海。1999年升格之前為第5混成戰團下的第57潛艇戰隊。下轄潛水艇戰隊、小型潛艇戰隊各1個。張保皋級常規潛艇9艘。小型潛艇3艘。未來還要採購214AIP型潛艇。

  教育司令部位於慶尚南道昌原市,是韓國海軍的兩大岸上司令單位之一,主要任務是負責韓國海軍入伍新兵及韓國海洋警察廳的新進人員基礎訓練,於大田設有海軍大學。

  軍需司令部是韓國海軍另一個主要的岸上司令單位,負責海上單位的軍需、後勤事務,並管理鎮海基地內的船隻整備廠。

  大韓民國海軍官校位於鎮海基地內,為一四年制學校,專門培育海軍軍官(韓語中稱軍官為「士官」),創校於1946年,官校畢業生授階為海軍少尉或海軍陸戰隊少尉。海軍官校並負責舉辦,開放一般大學畢業生或已服役的大學生入學受訓,成為海軍軍官。

  

  海軍第6航空戰團擁有的70架航空飛行器中,定翼機約20架,自轉旋翼機約50架(2011年)。
韓國海軍(;英語:Republic of Korea Navy),是韓國國軍的海上武裝部隊,由國防部指揮,主要任務是執行海上作戰及兩棲作戰,同時也是韓國三軍中最早誕生的軍種,於1948年改編自駐朝鮮美軍政廳時期的,已於2015年建軍滿70週年。在體制上,尚包含了作為半獨立軍種的韓國海軍陸戰隊。