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  該清真寺由伊斯蘭教聖人穆罕默德外孫侯賽因得名。其中有一間侯賽因墓室。  在第四任伊斯蘭正統哈里發遇刺身亡後,敘利亞總督穆阿維葉起義,建立倭瑪亞王朝。以哈里發的兩個兒子哈桑、侯賽因為首的勢力與倭瑪亞王朝政府軍展開戰爭。公元680年,在與倭瑪亞王朝的戰爭中,侯賽因戰死在伊拉克的卡爾貝拉。  法蒂瑪王朝當局和現今遜尼派穆斯林認為,1153年,他的頭骨被運至法蒂瑪王朝的都城開羅(身體部分仍留在伊拉克),頭骨就安放在這座清真寺裡。而什葉派穆斯林認為當時法蒂瑪王朝當局並未運出侯賽因頭骨,其頭骨與屍身仍埋葬於伊拉克卡爾貝拉的侯賽因清真寺。  自薩拉丁·阿尤布滅亡法蒂瑪王朝,奪取埃及政權之後,將埃及境內所有什葉派清真寺悉數改為遜尼派,該清真寺自此改為遜尼派清真寺。現今該清真寺宣禮、禮拜儀式均與遜尼派一致,與什葉派不符。  伊瑪目侯賽因的墓室,每天會有大量什葉派穆斯林前來參觀、瞻仰。
伊瑪目侯賽因清真寺(阿拉伯語:مسجد الإمام الحسين,埃及阿拉伯語:جامع سيدنا الحسين,英語:Al-Hussein Mosque),位於埃及開羅愛資哈爾清真寺對面的一座清真寺,始建於公元1154年。後被毀,現存主體建築為19世紀重修。該清真寺以穆罕默德的外孫侯賽因·伊本·阿里命名,法蒂瑪什葉派及一部分遜尼派穆斯林認為他的頭埋葬在寺裡;然而許多什葉派穆斯林相信侯賽因·伊本·阿里的頭與身體都一起存放在伊拉克卡爾巴拉的伊瑪目薩達姆聖陵。