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  在清順治二年(1645年),俄國向西伯利亞擴張,並且進軍黑龍江流域,幾次被清軍擊敗,然而滿洲地區人煙稀少,一旦清軍回撤,俄人又再捲土重來,在黑龍江流域建城尼布楚(現俄羅斯聯邦涅爾琴斯克)和雅克薩(現俄羅斯聯邦阿爾巴津)。

  康熙年間還在不斷侵擾黑龍江流域,並且鼓動當地約幹索倫部酋長叛附,康熙帝震怒。幾次交涉未果後,康熙帝於1685年(康熙二十四年)派遣彭春率領清軍3,000人圍攻雅克薩,於5月25日發動總攻,又準備焚燬木城,俄軍於是投降,雅克薩督軍托爾布津在受降儀式上發誓不再返回雅克薩。清軍把俘獲的700餘個俄國人遣送回國,另有40多人不願回國,被編為康熙俄裔近衛軍。

  清軍回防後,托爾布津撕毀誓言,率領俄軍在七,八月間分批重返雅克薩,並全力構築城堡工事,做了長期固守的準備,此時距其投降不過兩月有餘。1686年夏,黑龍江將軍薩布素率領清軍重新攻打雅克薩,城內有俄軍826人及12門大炮。6月4日清軍攻城未果,於是掘塹築壘,圍困雅克薩城長達10個月。城中俄軍接近彈盡糧絕,除戰死病死外僅剩下150餘人。此時索菲亞派特使在 尼布楚和中國議和,康熙帝命令薩布素撤兵。  1689年,中俄雙方達成和議,簽定中俄《尼布楚條約》,俄軍撤出雅克薩,毀掉雅克薩城,劃定中俄邊界,整個外滿洲(外東北)歸中國所有。  此前在1650年代,朝鮮兩度支援清朝抗擊俄國,朝鮮稱之為羅禪征伐。

  復旦大學歷史地理研究所教授侯楊方指出,當時在尼布楚地區遊牧的蒙古布里亞特部落並不屬於清朝,清朝也從未對當地實行過有效統治,因而談不上清朝割讓了領土給俄羅斯,而且條約簽訂時,喀爾喀蒙古也不屬於清朝。  清史學者戴逸認為:“《尼布楚條約》保障了中國東北邊境一百多年的安定和平,為清王朝後來平定西北、西南地區的叛亂提供了穩定富饒的大後方,對於清朝的發展和繁榮、康乾盛世局面的出現,具有非常關鍵的作用和非常重要的歷史意義。”  俄方認為,俄羅斯以失去大片領土的代價與清代中國達成了和解,由於簽署了《尼布楚條約》,導致從來不屬於中國的黑龍江左岸和額爾古納河左岸大片俄羅斯的土地被劃歸中國。俄羅斯遠東考察家涅維爾斯科伊認為,被迫簽署《尼布楚條約》對俄國人而言是悲慘的結局。
雅克薩戰役,是17世紀中後期清朝和俄國之間因邊境衝突而爆發的一場戰爭,俄方及西方稱之為俄清邊境衝突(俄文:Русско-цинский пограничный конфликт, 1652—1689)。