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  長吉城際鐵路由長春站始發,終點站為吉林站,大部分車次停靠位於龍嘉國際機場航站樓地下的龍嘉站,正線全長111公里,總投資96億元人民幣,其中約36.2%、總長39.9公里的路段為橋隧,設長春、龍嘉、九臺南、雙吉、吉林等五座車站,並預留空港、新樺皮廠等兩站。  線路跨既有長圖鐵路、長雙煙鐵路和長春市環城高速後,經龍嘉機場、西營城子、加工河、前鴨山後,並行於既有長圖鐵路右側至樺皮廠站,出站後線路繼續並行既有長圖線,在九站處沿九站特大橋上跨吉林市繞城高速後進入吉林市區。  工程於2007年5月13日開工建設,2010年12月30日正式通車,2011年1月11日起正式對外運營。  長吉城際鐵路的建成,使直達時間由原來經既有長圖鐵路執行列車的88分鐘縮短至29分鐘。

  

  2005年9月18日,時任省長王珉與時任鐵道部部長劉志軍,分別代表吉林省人民政府和鐵道部簽署了“十一五”期間的部省合資合作鐵路建設專案協議,共18條鐵路專案,總投資約530億元。據此,吉林省政府授權經過改制後的吉林省交通投資開發公司作為出資人和融資平臺,鐵道部授權瀋陽鐵路局為出資人,雙方合作組建了長吉城際鐵路有限責任公司,負責長吉城際鐵路的投資、建設和運營。  2005年10月,成立長吉城際高速鐵路建設領導小組,2006年,變更為長春至吉林城際鐵路前期工作協調小組。  2006年9月4日,吉林省政府與中國建築工程總公司簽訂《關於投資建設長春至吉林城際鐵路專案合作框架協議書》,10月30日,時任省長王珉會見了中國建築工程總公司總經理孫文傑一行,就長春市至吉林市城際鐵路建設合作事宜進行洽談。會談確定,工程將在2007年4月動工。  2007年4月28日,國土資源部批覆《關於長春至吉林城際鐵路專案建設用地預審意見的覆函》。

  2007年5月13日,工程奠基,預計工期為4年。時任省委書記王珉、省長韓長賦參加了奠基儀式。  2008年4月1日,工程全線開工。2009年6月27日,吉林站東站房配套工程吉林市換乘中心建設專案環境影響報告書編制完成,並進行環評公示。2009年8月3日,吉林站新站房6個設計備選方案確定。  2009年9月1日,吉林站開始封站改造,啟用吉林西站、江北站兩站作為臨時客站。2010年5月17日,長春站部分封站,啟用長白路臨時候車室。  2010年6月9日,工程進入鋪軌階段。2010年9月27日,全線貫通。2010年10月25日,開始聯調聯試。  2010年12月6日,龍嘉站突發火災,據現場工人稱,火災系電焊工作業施工時,電焊火花引燃防護網和帆布造成的。所幸機場方面出動了消防車,5分鐘即將火災撲滅。

  2010年12月30日,長吉城際鐵路正式通車,但不對外售票。省委書記孫政才出席通車儀式並宣佈長吉城際鐵路開通,省長王儒林亦參加了儀式。2011年1月6日,正式對外發售兩地間動車組列車車票。  2011年1月11日,正式對外商業化運營。  2011年1月30日,時任鐵道部部長劉志軍往返添乘檢查長吉城際高速鐵路,強調“長吉城際作為東北地區首個時速250公里高速鐵路,要更加強化對於裝置的檢測監測,確保裝置質量安全可靠”。  2011年12月30日,長吉城際鐵路開通運營一週年,共傳送旅客近900萬人次,日均傳送2.4萬人次,佔據了長春吉林之間客運市場份額的80%。  2012年12月1日,哈大高速鐵路開通試執行,長吉城際鐵路通過長西聯絡線接入哈大高鐵,乘坐長吉城際鐵路跨線列車可直接通達大連、瀋陽、哈爾濱等站。  2013年4月21日,哈大高速鐵路實行夏季執行圖,長吉城際鐵路首次開行跨線G字頭高速動車組列車。  2014年3月20日,九臺南站開始正式辦理客運業務(但不辦理行包業務)。開通後,辦理10趟動車組列車客運業務,可通達大連、瀋陽北、哈爾濱、長春、龍嘉、吉林等站。  2014年6月16日,長吉城際鐵路吉林、九臺南、龍嘉站開通持二代居民身份證直接檢票進出站功能。在中國鐵路客戶服務中心網站使用二代居民身份證購買G、D、C字頭列車車票,乘車站和下車站均具備二代居民身份證檢票條件時,未換取紙質車票(學生票、殘疾軍人票除外)的旅客可憑購票時所使用的二代居民身份證原件,直接通過車站自動檢票機(閘機)辦理進、出站檢票手續。  2011年9月30日起,旅客可通過中國鐵路客戶服務中心網站(www.12306.cn)進行網上購票。旅客網上購票後可使用中國工商銀行、中國農業銀行、中國銀行、招商銀行的銀行卡(含借記卡和信用卡)或通過中國銀聯線上支付系統支付票款,並可進行後續改簽、退票操作。  2014年9月4日起,中鐵銀通卡在長吉城際鐵路上開始發行。9月10日,吉林站開通中鐵銀通卡直接檢票進站功能。旅客可使用中鐵銀通卡電子現金功能直接進出站。中鐵銀通卡僅限乘坐長吉城際本線動車組列車(D50XX次),02車型1-4排為預留席位,刷卡進站時閘機螢幕將顯示旅客席位號。  2014年12月18日,長吉城際列車對中鐵銀通卡旅客實行取號乘車制。旅客進站前需在取號機列印席位號後,憑席位號憑條、中鐵銀通卡方可進站乘車。 2016年10月21日,雙吉站開始辦理客運業務。

  全線設7個車站,包含2個預留站。

  

  長吉城際鐵路的主力車型為CRH5型動車組列車,每列列車為8節編組,定員586人。  2012年12月1日起,伴隨著哈大客運專線的運營,部分吉林往返瀋陽、大連、哈爾濱的跨線直通列車由CRH380B型高寒動車組列車擔當。  另外,2016年8月初時,復興號電力動車組列車曾經在長琿城際鐵路進行試車。隨著復興號各型號的上線,本線列車預期將逐步汰換為CR400BF-C型和CR300BF高寒型動車組列車。  只擔當本線運營的列車檢修和整備在長春西動車運用所進行。

  在長吉城際鐵路沿線各站點(包括長春站、龍嘉站、吉林站)均設定有人工售票視窗和自動售票機,同時,長吉城際車票也全國聯網發售。自動售票機目前接受現金、銀行卡支付方式購買車票。現金只能識別中國人民銀行發行的第四版和第五版5元、10元、20元、50元和100元紙幣(不接受硬幣)。  旅客可通過中國鐵路客戶服務中心網站(www.12306.cn)進行網上購票。旅客網上購票後可使用中國工商銀行、中國農業銀行、中國銀行、招商銀行的銀行卡(含借記卡和信用卡)或通過中國銀聯線上支付系統支付票款,並可進行後續改簽、退票操作。也可使用在進站前利用中鐵銀通卡在取號機列印席位號後,憑席位號憑條、進站乘車。。中鐵銀通卡僅限乘坐本線C字頭列車。

  7.23甬溫線動車追尾事故發生後,“為貫徹落實國務院常務會議精神”,鐵道部運輸局開始制訂新的列車執行圖,目的是調整列車開行方案,並適當降低新建高鐵運營初期的速度,同時各席別票價在現行票價水平基礎上下浮5%左右。此次調圖將分為兩個階段實施,長吉城際鐵路的運營方案在第二階段內進行調整,自2011年8月28日起,其最高運營速度時速將由250公里調整到200公里。受此次降速影響,長吉城際列車在長春至吉林間的執行時間將由34/39分鐘延長至42/47分鐘,一、二等座票價分別下調2元,同時,由於延時所帶來的套跑順序變化,圖定運營的動車數量減少到29.5對(上行29,下行30)。  2012年12月1日,長吉城際鐵路執行圖再次調整。長春至吉林間的執行時間調整為40/45分鐘,圖定列車增加至下行37列,上行40列。部分本線列車延長至長春西站始發終到。
長吉城際鐵路是中國一條連線長春市和吉林市的城際客運專線,也是中國《中長期鐵路網規劃》中東北地區城際軌道交通網的重要組成部分。該線是東北地區第一個開通運營的城際客運系統,並且,長吉城際鐵路在地下穿過兩市共享的龍嘉機場,成為國內繼滬寧城際高速鐵路(上海虹橋機場)之後又一條實現和航空零距離換乘的國鐵。2015年7月30日,長吉城際鐵路與吉琿客運專線合併,命名為長琿城際鐵路。