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  體長3-5釐米,外表看起來像魚類。身體半透明。同脊椎動物一樣,文昌魚具有一條沿背部下行的神經索,並具有呈條帶狀的肌節。然而,和脊椎動物不同的是,文昌魚的背神經索不是由骨骼所保護,而是由許多柱狀細胞所在組成的具有韌性的膜狀結構所緊密包圍,這種起支撐作用的結構比脊椎簡單得多,又被稱為脊索(notochord)。文昌魚的脊索和脊椎動物的脊椎不同,它一直延伸進入頭部,故文昌魚所屬的亞門被稱作頭索動物亞門(),其中“cephalo-”在拉丁文的意思就是“與頭部相連”。文昌魚於頭部被稱為腦室的神經索部分比較粗大,但並不是腦部。並文昌魚嘴的前端長有口笠觸手(oral cirri),起到感覺器官和過濾進入口中的海水的作用。文昌魚擁有血管系統,但沒有心臟,血液由一部分血管的脈動帶動。

  文昌魚成熟個體平均體長大約5釐米左右,壽命約2年8個月左右。廣泛分佈於各大洋低、中緯度海域的近岸淺水區。它們對地質要求比較嚴格,通常僅在有機質含量較低的粗中砂和中砂中大量出現。幼體運動能力弱,營浮游生活;成體在沙質的淺海中營半穴居生活,身體埋入砂中,僅前端外露,用於進行呼吸和濾食水體中的矽藻。夜間較為活躍,在海水中做短暫的游泳。

  中國青島("Branchiostoma belcheri tsingtauense")、廈門("Branchiostoma belcheri xiameng")是文昌魚的兩個主要棲息地。此外,整個東南亞沿海均有發現文昌魚。在美國加利福尼亞州和佛羅里達州也有分佈。  香港城市大學曾經研究文昌魚,調查發現香港有四種文昌魚,包括:  其中以白氏鰓口文昌魚最多,可見於西貢大浪灣一帶海域,通常在水深十米的近岸海床棲息。

  由於對棲息地的底質及水質的要求較高,人為破壞所造成的棲息地環境改變有可能造成文昌魚種群的消失。例如高集海堤的修建就直接導致了曾經年產60噸文昌魚的劉五店漁場的消失。此外,由於文昌魚具有豐富的營養價值,為東南亞一帶的傳統食物,商業性的捕撈也加速了文昌魚資源的枯竭。文昌魚現為中國的國家二級保護動物。
文昌魚(學名:"")是文昌魚屬的一種生物,它沒有脊椎骨,不屬於魚類。文昌魚是生物演化研究中的模式生物,它揭示了現存脊椎動物的起源。