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  催化乙醛酸途徑的酶,既存在於線粒體,又存在於一種植物膜特有的亞細胞結構乙醛酸迴圈體,特別包括只存在乙醛酸迴圈體的兩種酶,即異檸檬酸裂合酶和蘋果酸合酶。

  乙醛酸途徑開始於草醯乙酸與乙醯輔酶A的縮合。但線粒體中的草醯乙酸不能透過線粒體膜,必須在天冬氨酸氨基轉移酶作用下接受穀氨酸分子的α-氨基形成天冬氨酸,才能跨越線粒體膜並進入乙醛酸迴圈體。在乙醛酸迴圈體內,天冬氨酸再經天冬氨酸氨基轉移酶的作用將氨基轉移到α-酮戊二酸分子上,本身形成草醯乙酸後,才能與乙醯-CoA結合形成檸檬酸。檸檬酸異構化形成異檸檬酸,與檸檬酸迴圈不同的是異檸檬酸不進行脫羧,而是經異檸檬酸裂合酶裂解成為琥珀酸和乙醛酸。乙醛酸與另一分子乙醯CoA在蘋果酸合酶催化縮合形成蘋果酸,蘋果酸穿過乙醛酸迴圈體膜進入細胞溶膠,由蘋果酸脫氫酶將其氧化為草醯乙酸。  細胞溶膠中的草醯乙酸可經糖異生轉變為葡萄糖。異檸檬酸裂解產生的琥珀酸又可跨膜進入線粒體,通過與檸檬酸相同的途徑形成草醯乙酸,同時將2分子NAD和一分子的FAD還原。  其總反應式為:

  乙醛酸迴圈在植物種子中有特別意義。它使萌發的種子將貯存的三醯甘油通過乙醯-CoA轉變為葡萄糖。
乙醛酸迴圈(英語:Glyoxylate cycle)又稱乙醛酸途徑、乙醛酸旁路,其名稱來自於此路徑經由產生乙醛酸來節省檸檬酸迴圈所會損失的兩個二氧化碳。此路徑只存在於植物和微生物中。其與檸檬酸迴圈的差異在於以透過乙醛酸途徑使異檸檬酸轉為琥珀酸與乙醛酸,後者再與乙醯-CoA借酶轉為蘋果酸,從而回到檸檬酸迴圈。