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  任何聚合酶的轉錄過程都會涉及三個主要階段:

  起始:啟動子上聚合酶複合物的構建。Pol III與Pol II不同,通常不依賴控制序列上游的基因,而是依賴位於被轉錄基因內的內部控制序列。然而上游序列是偶有發現的,例如U6核內小rna基因和Pol II的啟動子一樣有一個上游TATA盒。  Pol III的起始分為三類,分別對應於5S rRNA、tRNA和U6 snRNA的起始。在所有情況下,這個過程開始於轉錄因子與控制序列結合,結束於TFIIIB(RNA聚合酶III的轉錄因子B,Transcription Factor for polymerase III B)被招募到正在裝配的Pol III複合物。TFIIIB由三個亞基組成:TATA結合蛋白(TBP)、TFIIB相關因子(BRF1或BRF2,用於轉錄脊椎動物Pol iii轉錄基因的一個子集)和B-double-prime (BDP1)單元。Pol III啟動過程的整體結構與Pol II相似。

  型別一通常在編碼 5rRNA 的基因被轉錄時啟動:

  型別二通常在編碼tRNA的基因被轉錄時啟動:

  型別三通常在編碼 U6snRNA 的基因被轉錄時啟動,這種起始方式只在脊椎動物有記錄:

  不像細菌σ因子和Pol II的大部分基礎轉錄因子那樣,在Pol III起始轉錄後TFIIIB仍然結合到DNA上。因此Pol III所轉錄基因的轉錄重新啟動率很高。

  RNA聚合酶III在小polyTs結構域(5-6)(small polyTs stretch (5-6))處終止轉錄。RNA聚合酶III的終止與細菌的內源性終止極為相似。有研究表明,多個胸腺嘧啶的終止訊號引起RNA聚合酶III的失活,從而使延伸終止並將酶轉運至最近的RNA二級結構,進而促進酶的釋放。

  從RNA聚合酶III轉錄的RNA包括:
RNA聚合酶III(又稱Pol III)是真核細胞中通過轉錄DNA來合成核糖體5S rRNA、tRNA等小RNA的酶。