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  公元533年,貝利撒留指揮的拜占庭軍隊在汪達爾戰爭中光復了北非、撒丁島、科西嘉島、巴利阿里群島等地。查士丁尼一世皇帝將收復的領土劃為阿非利加近衛大區,包括了阿非利加、拜扎凱納、的黎波里塔尼亞、努米底亞、凱撒茅利塔尼亞和斯蒂芬茅利塔尼亞等行省,統治中心在迦太基 。 在6世紀60年代,拜占庭軍隊又成功奪回了西班牙南部的部分地區,這些地區被劃為西班尼亞行省。  查士丁尼一世於565年去世後,拜占庭帝國受到來自各個方向的攻擊,皇帝經常將邊境的行省劃為自己統轄,以應付長期的軍事壓力。不過也有一些將軍繼續在東部省份與非洲之間輪換任職,如老赫拉克略(約598-610擔任阿非利加總督),到7世紀中期,美索不達米亞行省已被穆斯林攻佔,薩珊帝國也於651年滅亡。 拜占庭因此也不能再任用在與波斯不斷的邊境衝突中磨鍊的老練軍官。赫拉克略王朝時期(610-711),帝國繼續任命一些東部官員出任阿非利加職位,如擔任的黎波里總督的亞美尼亞人納爾塞赫、提吉西斯公爵約翰 。但在阿拉伯征服後,來自東部的軍官比起以前對付波斯人的制勝戰略,更習慣於如雅爾穆克戰役一樣的失敗,新的戰術和戰略發展緩慢。

  戴克裡先建立的晚期羅馬帝國的行政體系明確區分了行政部門和軍事部門,主要是為了減少權勢強大的總督叛亂的可能。在查士丁尼一世時期,對於那些內部混亂或是防禦脆弱的省份,民事與軍事分離的趨勢被部分逆轉。而莫里斯皇帝在此基礎上更進一步,在585-590間的某個時候設立總督機構。這個機構結合了近衛長官的最高民事權力和步兵統領的軍事權力,並享有相當大的自主權。兩個總督區被設立,一個是義大利的拉文納總督區,另一個就是駐迦太基的阿非利加總督區。第一任阿非利加總督是根納裡烏斯“貴族”。  在之後的行省調整中,的黎波里塔尼亞脫離阿非利加總督區,被置於埃及的統治之下, 凱撒茅利塔尼亞和斯蒂芬茅利塔尼亞合併,組成新的“第一茅利塔尼亞”行省,而廷吉塔納·茅利塔尼亞則與西班尼亞行省、巴利阿里群島合併,以塞普圖姆(今休達)為中心,組成了“ 第二茅利塔尼亞”行省。  西哥特王國是總督區的一個持續的威脅。阿非利加總督區的第二茅利塔尼亞行省轄有西班牙沿海地區,衝突一直持續,直到西哥特人於624奪取了拜占庭帝國的所有西班牙領地。帝國只保留了直布羅陀海峽南岸的塞普圖姆堡壘(今休達)。  608年,阿非利加總督老赫拉克略和他的同名兒子發動一次成功的叛亂,小赫拉克略率艦隊從迦太基駛向君士坦丁堡,擊敗了福卡斯皇帝,建立了赫拉克略王朝。

  最早進攻總督區的穆斯林將軍是埃及的征服者阿慕爾·伊本·艾斯和他的侄子烏克巴·伊本·納菲領導下的埃及軍隊。他們察覺到拜占庭統治的軟弱,他們於642-643年征服了昔蘭尼加的巴爾卡,之後攻打的黎波里塔尼亞,在那裡他們遭到了抵抗。  由於異端基督一志論和基督一能論所引起的宗教紛爭等原因,阿非利加總督格列高利“貴族”(通過皇帝的堂兄尼克塔斯與血統與皇室有聯絡)在647年宣佈獨立。而來自埃及,巴勒斯坦和敘利亞的難民氾濫,加劇了迦太基的宗教緊張局勢,並進一步向格列高利警告了即將到來的阿拉伯威脅。  格列高利聚集了他的盟友並與穆斯林對峙,但由於害怕來自拜占庭的海上攻擊,他被迫移軍內陸,在蘇費圖拉戰役中被阿拉伯軍隊擊敗,自己陣亡。  此後,阿非利加總督區成為新總督根納迪烏斯主宰的半獨立國家。他同時向拜占庭帝國和伍麥葉王朝進貢以求自保,但這又使總督區內物資緊張,民眾發起了動亂,665年,他被推翻,小厄勒烏忒裡俄斯上臺。  在柏柏爾首領庫薩伊拉的協助下,總督區在682年的維斯克拉戰役中擊敗並殺死了阿拉伯帝國的將領烏克巴·伊本·納菲。這次勝利迫使穆斯林軍隊撤退到埃及,給了總督區十年的喘息時間。但持續的戰爭也使總督區的實力日益減少而且分散。  698年,穆斯林將領哈桑·伊本·努曼率40,000名士兵攻打迦太基。守衛者中,很多都是西哥特王國的部隊,他們也擔心穆斯林的擴張。許多西哥特人都戰死了。最終,像幾個世紀前羅馬人所做的那樣,迦太基再次成為廢墟,總督區也不復存在。  失去阿非利加沉重打擊了西地中海的拜占庭勢力,也使帝國喪失了重要的糧食產地,拜占庭人再也沒能收復它。
阿非利加總督區(Exarchate of Africa)是拜占庭帝國的一個行政、軍事區劃,總督駐地在迦太基,轄北非沿海、薩丁和科西嘉、西班牙南部沿海等地。它由總督統治,由莫里斯皇帝在6世紀80年代後期建立,一直持續到698年被阿拉伯人征服。阿非利加總督區和拉文納總督區是查士丁尼一世重新徵服西部的成果,帝國設立總督區是為了更有效地管理新徵服的領地。