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  最晚在六萬七千年前的舊石器時代中晚期,已經有人類在菲律賓群島聚居。科學家於2007年、2011年和2015年在呂宋島北部的卡亞俄洞穴發現了一系列古人類化石,其中最早的樣品的年代為6.7萬年前。學者認為,這些化石屬於一個古人類物種呂宋人。  尼格利陀人是早期的定居者,但是他們在菲律賓出現的時間還沒有確切定論。  至約公元前1000年,菲律賓定居者可以分為四個較為明顯的種族。  中國史籍中所提及的呂宋、蘇祿、麻逸、古麻剌朗等國皆於今日菲律賓國內。在菲律賓當地,考古發掘甚至發現有日期在3世紀的中國瓷器。 226年(東吳黃武五年),東吳官員宣化從事朱應、中郎康泰浮海巡撫,也曾到過今天菲律賓境內的臣延、耽蘭和杜薄。康泰著有《吳時外國記》(《扶南傳》)。裴松之注《三國志》與《晉書》中也有提及。

  在南印度帕拉瓦王朝以及北印度笈多王朝時期,印度文化傳至東南亞以及菲律賓群島。印度化王國建立。  湯都王國,中國古代又稱東都,是菲律賓在西班牙人殖民前呂宋島最主要的政體,位於巴石河三角洲,靠近馬尼拉灣。王國成立於約公元900年,由一些巴朗蓋組成,由世襲的拉肯和達圖統治。這王國位於海上絲綢之路路線最北端,依靠與中國貿易帶來財富,並把中國商品轉手整個群島的其餘地區。在與汶萊帝國蘇丹博基爾亞的聯盟期間,湯都王國進一步達到頂峰。大約在1500年左右,這個王國達到群島最北部。  中國唐時期,漢族商人就與菲律賓各地有貿易往來。宋時期,漢族、真臘、安南、泰國、馬六甲、印度、阿拉伯商船等開始在此海域航行。元時期,阿拉伯商船往來於中國途中,經過此地,達到頂峰。  13世紀來自蘇門答臘的米南加保人逐漸移民到菲律賓,1390年他們建立了蘇祿蘇丹國。 1405年(明永樂三年),鄭和下西洋,巡蒞菲律賓群島(南琉球群島),奉明成祖詔書封許柴佬(今福建晉江深滬運夥人)為呂宋總督,統攬該國軍、政、財、文大權。任職直到永樂二十二年(1424年),達20年之久。 中國明朝永樂十五年(1417年),蘇祿王朝貢,回程路上病死於山東德州,明王朝敕建蘇祿王墓。  1450年,出生在馬來西亞柔佛的阿拉伯商人賽義德·艾布伯克爾在菲律賓建立了伊斯蘭政權。穆斯林阿訇們以此為基地,開始向周圍傳播伊斯蘭教,在其鼎盛時期,影響力一直延伸到巴西蘭島、巴拉望島、三寶顏的南部海岸地區和婆羅洲,並向棉蘭老島延伸。  阿拉伯人在此生活了兩三百年以後,菲律賓迎來了荷蘭人。殖民者們用西方的眼光給他們看到的一切重新定義,西班牙人不知道他們是阿拉伯人,不明白為什麼在典型的馬來人種地區會有這些高鼻深目體形高大的人,就用雅典時代的蠻族摩爾人給他們命名,他們生活的地方,也逐漸的變成現在的發音:摩洛,意思是摩爾人的土地。  在1485至1521年蘇丹博爾基亞統治時間,伊斯蘭化的汶萊帝國決定切斷湯都王國壟斷對中國的貿易。他們攻擊湯都王國並且擊敗Datu Gambang。渤泥帝國的衛星國建立。

  1521年,麥哲倫探險隊曾經到達這裡。1565年,西班牙入侵呂宋,攻佔宿務島。1571年,西班牙侵佔呂宋島,建馬尼拉城。菲律賓這個名字,就是從西班牙國王菲利普二世而來。西班牙人來到後,在當地實施類似封建制度的政策,征服者,修士和本地貴族被授予莊園,以換取他們對國王的服務和忠誠,他們被賦予的特權從它的居民收取貢品。作為回報也有人獲得賜封,被稱為受封君,受命提供居民司法和治理軍事保護。在戰爭時期,在受封君要為王提供計程車兵,特別是如荷蘭,英國對殖民地的侵略。賜封系統因被濫用,在1700年代被行政省份取代。國家層面上,西班牙國王,通過他的印度議會,通過他在菲律賓代表菲律賓總督管轄,總督被賦予幾個職務:最高法院皇家馬尼拉審問院首長,陸軍和海軍指揮官總司令,以及負責該國的經濟規劃。並監督教會任命的權力。他的年薪是40000比索。總督通常是一個西班牙出身的半島人,以確保對王室忠誠度。  在19世紀,西班牙在教育上加大投資。通過在1863年12月20日的教育法令,西班牙女王伊莎貝拉二世下令建立免費的公共教育系統。西班牙語作為傳授語言。這使得受過教育的菲律賓人數量增加。此外,1869年蘇伊士運河的開通縮短了行駛至西班牙的時間。這使得在西班牙和歐洲學習並且擴寬視野的菲律賓人增加。  1896年8月,滂尼發秀領導的卡蒂普南(Katipunan)在馬尼拉近郊的馬林塔瓦克山發動起義,各地響應,進攻西班牙殖民軍。次年陣營內部發生分裂,阿吉納多(Emilio Aguinaldo)篡奪領導權,殺害滂尼發秀,並與西班牙殖民者妥協。但起義者堅持鬥爭,後起義者幾乎佔領全國。阿吉納多於5月17日乘美艦麥克科洛濟(Mc culloch)號返菲活動。1898年6月12日菲律賓宣告獨立,成立菲律賓共和國,史稱菲律賓第一共和國。

  1898年爆發美西戰爭,12月10日,西班牙被美國打敗,簽署《巴黎和約》,美國政府給西班牙2,000萬美元購買菲律賓主權,美國統治時期開始。  菲律賓人最初認為他們與美國的關係是兩個國家共同與西班牙戰鬥。然後之後,美國與菲律賓起義者保持了距離。美國並沒有履行支援菲律賓獨立,埃米利奧·阿奎納多很不高興見到此。 由於非常明顯美國人仍然待在島上,雙方關係惡化,緊張局勢升級。  在1899年2月4日馬尼拉市郊聖胡安,兩名美國士兵殺害三名菲律賓士兵之後,雙方發生對抗。 這個事件導致了美菲戰爭爆發,這場戰爭遠比美西戰爭消耗金錢以及戰士生命。  1935年建立菲律賓自治邦。第二次世界大戰期間被大日本帝國佔領。

  1946年4月,菲律賓舉行了大選。曼努埃爾·羅哈斯成為第一任菲律賓總統。1946年7月4日,美國將菲律賓主權轉交與菲律賓,菲律賓獲得完全獨立。

  1965年以後,斐南迪·馬科斯獨裁統治。1983年,反對派領導人小貝尼格諾·阿基諾在長時間流亡返回菲律賓之時,於菲律賓國際機場被暗殺。這個讓對馬科斯不滿的勢力合流。隨後又發生了一系列事件,包括來自美國的壓力。最後於1986年2月提前舉行總統大選。反對派聯合在阿基諾的夫人,柯拉蓉·艾奎諾。柯拉蓉競選勝利後領導人民力量革命,馬科斯流亡美國。

  1998年5月,埃斯特拉達當選菲國總統。2001年1月,埃斯特拉達因受賄醜聞被迫下臺,副總統阿羅約夫人繼任。2010年6月30日,貝尼格諾·阿基諾三世就任菲國總統。
菲律賓歷史開始於6萬7千年前人類使用木筏和原始船隻抵達這裡。