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  日本全國劃分為都、道、府以及縣,其下再設立市、町、村以及特別區,均為地方公共團體(地方自治團體),具備施行地方自治的公法人身份。都道府縣與町村之間尚有「郡」,在1920年代開始虛級化,雖然目前仍具備地址表記、廣域行政圈範圍、都道府縣議會選舉劃分等功能,但已不具備地方公共團體的功能。  另外,部分偏遠地區、離島地區還會設立都道府縣的行政派出機關「支廳」,但在平成大合併後多改制並更名為「縣民局」、「振興局」等。  在都道府縣的數量上,目前都、道各只有1個(東京都與北海道),「府」則有大阪、京都等2個,縣則有43個。  在市制度的演變方面,為因應大都市的產生,1956年創設政令指定都市制度(簡稱「政令市」),將一些原屬都道府縣的事務移讓給政令市。政令市之下劃設「」(非地方公共團體),地址表記可省略縣名。截至2012年,日本全國總共有20個政令市。另外,也設定標準較低、不設「區」、但仍有較多自治權的中核市;在2000年至2015年,還設有自治權介於中核市與普通市之間的特例市。  在更低層級,則有不屬於地方公共團體的兩個行政區劃等級。三級為和大字,此町跟二級區劃市町村的町在法律上地位不同,並與大字合稱,為日本三級區劃的統稱。四級則有丁目、小字;大字小字通常設在較鄉村的地區。

  日本行政區劃的分級如下。其中加粗的為地方公共團體,具有地方自治的公法人身份。
日本行政區劃大致分為都道府縣(廣域型地方公共團體)以及市區町村(基礎型地方公共團體)兩大層級。現行制度是隨著明治新政府於1871年實施廢藩置縣政策而建立的,法源依據則是1947年施行的《》。現今日本全國分為47個一級行政區(即都道府縣),其下劃設1741個二級行政區(即市區町村),包含市町村(主要依人口而定其為市、町或村)及特別區。