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  1973年阿富汗共和國成立後,蘇聯大力支援阿富汗人民民主黨等激進政黨,力圖使阿富汗在經濟上更加依賴蘇聯,令其反對同中華人民共和國有密切關係的巴基斯坦。因此,雖然歷屆阿富汗政府都曾嘗試改革,但均以失敗告終。1978年四月革命中,人民民主黨激進分子推翻阿富汗政府,暗殺了其第一任領導人,組織新政府並由黨總書記努爾·穆罕默德·塔拉基出任國家元首(革命委員會主席)。新政府的無神論立場及其推行的變革引起民間反對者組織的武裝反抗。塔拉基在1979年9月被其副手部長會議主席(總理)哈菲佐拉·阿明在政變中取而代之,哈菲佐拉強調國家自主性、外交獨立等,顯然並不是勃列日涅夫政府所中意的人選。  在蘇方警告無效後,同年12月27日阿明與家眷等遭蘇軍特種部隊殺害,蘇聯支援的另一名左翼分子巴布拉克·卡爾邁勒上臺並出任阿富汗人民民主黨總書記。人民民主黨政府的內部鬥爭導致權威大減,反政府武裝日益壯大。卡爾邁勒隨即要求並接受蘇聯增加援助鎮壓反政府武裝,準備已久的蘇聯軍隊大舉入侵阿富汗開始戰爭。最終在9年持續不斷的游擊戰,以及美國、中國的援助下,阿富汗個別武裝組織擊退蘇聯而告終,然而富裕的城市與學校成為廢墟,大批學者與菁英移民,阿富汗的未來幾乎被蘇聯摧毀殆盡,也因為戰後殘破不堪,很快再度陷入了內戰之中,並造成宗教極端組織壯大。

  1979年12月7日,蘇聯軍事顧問要求阿富汗武裝部隊的坦克和其他關鍵裝置進行拆卸維修。與此同時,首都喀布林同外地區的通訊聯絡被切斷。12月25日大批蘇聯空降軍部隊和地面部隊開始駐紮在喀布林。與此同時,人民民主黨總書記哈菲佐拉·阿明將辦公室搬到西南郊的達魯拉曼宮內,因為他相信這個位置十分安全。12月27日,700名包括了蘇聯國家安全委員會和總參謀部的特種部隊及阿爾法小組在內的蘇聯部隊穿著阿富汗武裝部隊制服,佔領了政府機關、軍隊和媒體的大樓。他們下一個目標是達魯拉曼宮。進攻在晚上7點15分開始。經過短促的激戰,蘇聯部隊很快制伏了宮門口防守的阿明衛隊,攻佔了王宮,將阿明及其全家集中趕到阿明的辦公室。隨後一陣激烈的槍聲過後,阿明及其4個妻子、24個子女都靜靜地躺在了血泊中。蘇聯部隊指揮官在烏茲別克蘇維埃社會主義共和國的廣播電臺宣佈,阿富汗已經從阿明的統治中被“解放”。同時人民民主黨中央政治局任命前部長會議副主席巴布拉克·卡爾邁勒出任中央委員會總書記(最高領導人),國家革命委員會主席團主席(國家元首)兼部長會議主席(政府總理)。巴布拉克·卡爾邁勒要求蘇聯提供軍事援助。12月28日在距喀布林以北約500公里之遙的蘇阿邊界上,裝備精良的蘇聯部隊開始越過邊界,向阿富汗境內開來。

  第一階段戰鬥開始,蘇聯部隊首先打擊的是阿富汗境內的各種反對派團體。蘇聯部隊沿著三條線路,迅速控制了主要的城市、軍事基地和戰略設施。但是阿富汗全國的叛亂現象開始越來越多和更激烈。蘇聯第40軍被調派負責對付叛亂者。就此,蘇聯軍隊陷入游擊戰之中。

  戰爭現已發展成為一個新的格局:蘇聯佔領主要的城市和通訊系統,而聖戰者發動游擊戰爭幾乎控制了80%的國土。蘇聯部隊的戰略領域在東北部地區,特別是控制著從泰爾梅茲到喀布林的公路。蘇聯部隊會定期向聖戰者控制的地區發動攻擊。1981年4月蘇聯部隊與聖戰者在坎大哈展開激烈戰鬥。為了確保喀布林的安全,從1980年到1985年,蘇聯部隊向戰略要地潘傑希爾谷地發動了9次攻勢,但政府控制區的治安沒有改善。激烈的戰鬥也發生在靠近巴基斯坦邊境的幾個省份。蘇聯部隊對這些無所不在的游擊隊開始感到有點力不從心。1985年3月,新任蘇聯共產黨中央委員會總書記的米哈伊爾·謝爾蓋耶維奇·戈爾巴喬夫對阿富汗戰局感到不耐煩。他要求在一年內必須解決阿富汗戰局中的問題。因此,蘇聯向阿富汗增派了10.8萬名軍人。在1985年4月以來的日子裡,阿富汗的民航飛機幾乎全部被迫改變航班時間,全國的機場每天只有四個小時對民航飛機開放,而且還往往是臨時指定為某個機場,其餘時間都被運兵的蘇聯運輸機佔據,新增加進來的蘇聯兵力大部分是作戰力更強的特種部隊。此外,蘇軍進一步增加了先進的武器,其中包括Su-25攻擊機和BMP-2步兵戰車。蘇聯部隊的重點進攻方向在東南方的庫納爾省和帕克蒂亞省。1985年成了阿富汗戰爭中最血腥的一年。

  蘇聯開始將打擊聖戰者的任務交給阿富汗政府軍,蘇聯僅限於提供砲兵、防空支援和技術援助。但一些大規模行動仍有蘇聯部隊來執行。在蘇聯的指導下,阿富汗政府軍總兵力在1986年擴充到30萬人。其中國民軍的兵力為13.2萬人,內務部的兵力為7萬人,國家情報局的工作人員人數為8萬。儘管人數眾多,但阿富汗政府軍記憶體在嚴重逃兵現象。在南部重鎮坎大哈,聖戰者頻頻向蘇聯部隊發動攻擊,使蘇聯部隊疲於奔命。1986年5月,阿富汗政府改組。國家情報局負責人穆罕默德·納吉布拉接替卡爾邁勒出任人民民主黨總書記。1987年起,阿富汗政府軍單獨向聖戰者控制區發起攻擊,儘管傷亡慘重,但仍沒有奪下聖戰者控制區。僅奪回帕克蒂亞省,阿富汗政府軍獲得了短暫的慘勝。

  在戰爭最後階段,蘇聯軍隊準備撤出阿富汗。1987年1月1日,阿富汗政府軍宣佈單方面停火6個月,與聖戰者舉行談判。但因雙方分歧太大,雙方再度爆發激戰。蘇聯空軍多次越境轟炸巴基斯坦村莊。在1988年,蘇聯部隊和阿富汗政府軍成功奪取了從加德茲至霍斯特公路的主動權。同年第一批蘇聯部隊在5月15日開始撤離阿富汗。撤離工作基本上是和平的。為了確保安全通過,蘇聯與聖戰者達成停火協定,蘇聯軍隊於1991年全數離開阿富汗。

  蘇聯於1979年12月16日在塔什干組建了蘇聯陸軍第40集團軍,隸屬於突厥斯坦軍區(但在官方通訊中稱為有限地面部隊)。1989年2月15日撤編。下轄:  第40集團軍歷任司令員:

  1980年代中期,對阿富汗抵抗運動提供援助的國家有巴基斯坦、沙烏地阿拉伯、美國、中國和英國等其他國家,美國認為阿富汗的衝突,是冷戰時期中對抗蘇聯的重要鬥爭之一。中央情報局在1979年執行旋風行動,透過巴基斯坦三軍情報局作為中介,向聖戰者提供武器彈藥及資金,其中包括了著名的FIM-92「刺針」導彈,造成蘇聯空軍的作戰飛機大量損失。  巴基斯坦三軍情報局從1979年到1992年,訓練了10萬名聖戰者游擊隊。在一些穆斯林國家中,一些組織開始號召志願者到阿富汗,參與打擊蘇聯部隊的作戰。其中特別值得注意的,是一個年輕沙烏地阿拉伯男子奧薩瑪·本拉登的組織,最後演變成恐怖組織基地組織。  中國派出軍隊顧問到阿,協助訓練聖戰者,同時也在本國內開設訓練營,大批的中國產武器被轉交給聖戰組織。  聖戰組織領導人高度重視破壞行動,常見的型別包括破壞電線、油管、廣播電臺、政府辦公大樓、機場、酒店、戲院等等。從1985年至1987年,平均一年這類破壞行動發生超過600件。在靠近巴基斯坦邊境的地區,聖戰者每天發射800枚火箭彈。1985年4月到1987年1月,聖戰者發動了超過2萬3000起針對政府機關的攻擊事件。聖戰者的陣地多是在鄉村內,這些鄉村則會遭到蘇聯部隊的殘酷報復。聖戰者擅長使用地雷,這些地雷大多被埋在橋上和路旁來攻擊車隊。在1982年3月一枚炸彈在教育部爆炸,同時波及到周圍數座建築物。1985年9月4日聖戰者游擊隊攻擊在坎大哈機場起飛的巴赫塔航空公司客機,造成52人死亡。  1985年5月由7個主要的反叛組織成立了七黨聖戰者聯盟以協調他們的軍事行動。該集團活躍於喀布林周圍發動火箭襲擊,並進行軍事行動、打擊阿富汗民主共和國政府。

  10多萬裝備精良的蘇軍也未能擊敗阿富汗聖戰者,一些人稱阿富汗為「蘇聯的越南」。阿富汗政府軍士兵大批叛逃,喀布林政權不得不於1984年強迫14歲的少年應徵(而蘇軍的中亞士兵戰後沒多久也大批脫隊,蘇聯政府被迫徵用俄羅斯人和烏克蘭人,後期以俄軍為主並展開了堅決的攻擊)。而雖然擊敗了蘇聯,曾經富裕的阿富汗城市因為連年戰事而殘破,教育出來的大批菁英外逃,貧困的民眾只能賣毒維生,阿富汗鄉村成為了世界最落後且未開發的地區之一。  另一方面,由於古老部落之間的敵對情緒和語言障礙,阿富汗各游擊隊難以形成擊敗蘇軍和阿富汗政府軍的統一戰略。這種狀況一直維持到1988年5月蘇軍開始從阿富汗撤軍,1989年2月蘇聯軍隊完全撤出阿富汗都是如此。聖戰者們普遍相信是自己導致了蘇聯垮臺,本拉登曾宣告說“蘇聯的解體......歸因於真主阿拉的意志和阿富汗的聖戰者”。  除了死亡1萬4千人和傷殘5萬3千人外,蘇聯還損失裝備:

  阿富汗第二大城坎大哈的人口由於蘇軍和阿政府軍的地毯轟炸與推土機碾壓,從戰前20萬變成了1987年的25000。地雷導致25000名阿平民死亡,至今還有1500萬顆地雷留在阿境內。戰爭造成的阿富汗死亡人數估計從67萬到200萬。2007年阿富汗發現了又一個幾百具被蘇軍活埋者的亂葬坑。
蘇阿戰爭是指1979年12月末蘇聯入侵阿富汗,導致長達九年的戰爭。蘇聯原預計在3個月內結束。此次入侵被認為是其對外政策的重大失敗,使蘇聯由盛轉衰以致解體的原因之一。