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  各種生物的Hox基因之表現方式類似,靠近3'端的基因會表現於動物的身體前部,靠近5'端則表現於身體的後部。除了這種規律之外,Hox基因又會因為一些原因,而在不同狀態下有不同的表現。  當Hox基因下游調控的基因改變時,會使個體產生變異,例如果蠅的平衡杆(halteres)與蝴蝶後翅的差別,就是源於兩者的Ubx基因受到的不同調控而產生。在演化的過程中,蜻蜓的Ubx下游基因調控階層(regulatory hierachy)與原始祖先較為相似,而鱗翅目(如蝴蝶)與雙翅目(如果蠅),則改變了一些對下游基因的調控方式。蜻蜓、蝴蝶與果蠅的調控階層比較如下表,紅色字表示受到活化的基因,灰色字表示此類昆蟲並不活化此基因:  除了調控方式的差異之外,當Hox基因本身改變,個體發育也會受到影響,例如Ubx基因發生變化時,會影響自身性質,進而影響與其他基因的互動作用,使動物產生不同外型。若是改變Hox基因在某一區域的表現狀況,則會使得此區域的發育產生變化,例如當Ubx與Abd-A所表現的蛋白質沒有作用時,會使Dll誘導前肢發育。不同區域的Hox基因表現變化,也會導致不同區域發展出不同的構造,例如Ubx與Abd-A在不同部位的互動作用方式差異,是造成不同附肢形成的原因。此外,基因的表現量也會影響發育,例如Hox基因數目不同的昆蟲與脊椎動物之間的差異。

  

  果蠅(這裡指黑腹果蠅)的Hox基因皆位在其3號染色體右臂上,可分為兩個群集。一群稱作雙胸複合群(Bithorax complex,BX-C),此群集中的"Ubx"基因若突變,會使第3胸節(T3)變成第2胸節(T2),而且由於正常狀態下的翅膀是長在T2之上,因此這樣的突變同時會使果蠅長出兩對翅膀,並使原本長在T3上的平衡棒(haltere;雙翅目昆蟲特有的構造,源自其中一對翅膀)消失。此突變最早是卡耳文·布里吉斯(Calvin Bridges)於1915年發現。  另一群基因則稱為觸足複合群(Antennapedia complex,ANT-C),此基因群集中的"Antp"基因發生突變時,會使長在頭上的觸角替換成第二對腿。另外"pb"基因的突變,則是會使頭上的口器變成腿。  兩群基因一開始的研究成果,皆是由觀察它們對成蟲的影響而得。較晚的研究則發現,對果蠅的幼蟲(蛆)來說,BX-C影響了T3到A8部分的發育(果蠅分節:頭、T1~T3、A1~A8、性器),其中主要的影響位置是T3到A1。ANT-C則是影響頭部以及T1到T2部分。

  人類的Hox基因可分成4個基因群集,分別位在不同的染色體上,這些染色體分別是7號、17號、12號與2號。人類的Hox基因在書寫時以全大寫表達,例如HOXA、HOXB、HOXC與HOXD。此外,這些基因可分成13個平行同源家族(paralogous family),以數字表示,例如HOXA4,HOXB4,HOXC4與HOXD4。這些家族成員的DNA序列與轉錄出來的蛋白質序列類似。  其中HOXD13的突變會造成多指症(synpolydactyly);而HOXA13的突變則會導致手腳生殖器症(hand-foot-genital syndrome,HGFS)。另外HOXB群集中的8個成員會影響紅血球的發育,其中HOXB4與HOXB7又會影響T細胞與B細胞。

  老鼠的Hox基因特性與人類相似,分別位在6號、11號、15號與2號染色體上,書寫時只有首字母大寫,例如Hoxa-11與Hoxd-11。  第3平行同源家族,也就是Hoxa-3、Hoxb-3與Hoxd-3基因,主要作用是產生頸部的脊椎骨。另外Hoxa-11或是Hoxd-11其中一的基因發生突變時,會使橈骨(radius)或尺骨(ulna)產生輕微缺陷。若是兩個基因同時突變,則會使兩塊骨頭皆退化。
同源異形基因(英語:Hox genes)是生物體中一類專門調控生物形體的基因,一旦這些基因發生突變,就會使身體的一部分變形。其作用機制,主要是調控其他有關於細胞分裂、紡錘體方向,以及硬毛、附肢等部位發育的基因。Hox基因屬於同源框家族的其中一員,在大多數Hox基因中,會含有一段約180個核苷酸的同源異型盒,可以轉錄出含有約60個氨基酸序列,稱為同源異形域。