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  南竿島最早歷史可上推至新石器時代,考古學者在本島福澳村發現史前文化遺址,考查出土文物證實與福建省閩侯縣甘蔗鎮曇石村的「曇石山文化遺址」同屬新石器時代文化層。  南竿島昔稱「下竿塘」,與北竿島合稱「上下竿塘」、「竿塘山」。在北宋中期,福建長樂、連江等縣沿海居民,已涉海移居南北竿,以農、漁為業。南宋樑克家的《三山志》中曾記述到:「上下竿塘、大小亭山、桑崳、關嶺、蛤沙、北茭鎮,俱在現東北海中」,系最早的書面文獻。  本島仁愛村大王宮石碑鐫刻「林酉才喜舍中統鈔二十貫」,推證在元朝時期各聚落已然成形,且頗為繁盛。  明朝初年實行海禁及「遷民墟地」政策,南、北竿塘居民盡徙內地,當地成為荒島,倭寇、海盜因而經常出沒。明朝中葉開放海禁,福建沿海貧民又陸續遷來,極力開拓,至明末時,人煙已經稠密如昔。清初實行更為嚴厲的海禁和「遷界移民」政策,迫遷海島居民,並將房舍焚燬,再度使竿塘成為禁地。康熙後期開始,陸續有人遷入。嘉慶16年,肅清蔡牽等海盜之後,長樂、連江等縣沿海貧民更大舉遷居島上謀生。 清朝李鼎元的《使琉球記》記載,福建興化軍孝女林默娘,人稱「媽祖」,因父兄駕船於閩江口海域遭遇船難,林默娘跳入海中以救父兄,卻因而罹難,遺體當年隨海漂流至閩江口附近的小島(即今日南竿),被漁民打撈上岸,並將她葬在海岸邊。湄洲的鄉親一度以為媽祖已羽化昇天成仙,且為感念其孝心,遂蓋廟紀念她的孝行。但是馬祖人認為,媽祖葬於現今馬祖南竿馬港天后宮宮內的靈穴石棺中,且興廟供奉媽祖,世代至今。這個島因而被稱為媽祖島,爾後又改為馬祖。馬祖地名因此而來,媽祖也成為馬祖居民最重要的信仰。  1919年(民國8年)夏季,颱風及海水倒灌重創長樂縣沿海地區,災民多達5、6萬人。其後數年因土地過鹹無法種植稻穀,加上災後瘟疫橫行,難民紛紛出走,其中移入竿塘地區者頗多。  1955年南竿鄉的金沙、牛角、山隴、鐵板、西尾五村,分別改名為津沙、復興、介壽、仁愛、四維村。1988年福澳村改名為經澤村,1992年改回原名(作「福沃」)。  2000年(民國89年)「小三通」啟動以後,福澳港成為馬祖地區與福州馬尾往來的港口。2003年1月南竿機場的啟用,使得南竿成為馬祖地區的交通樞紐。

  南竿島自古屬連江縣,唐宋歸永福鄉崇德里,至元清屬二十六都。清未曾劃歸閩縣(今閩侯縣),後又歸連江縣黃岐鎮。  1935年,初設竿(塘)西(洋)聯保。後將竿塘、西洋分設兩保。  1940年初,國民政府實行「新縣制」,改聯保辦公處為鄉鎮公所、保長辦公處為保辦公處,「竿塘聯保辦公處」改稱竿塘鄉。  1950年初,馬祖守備區指揮部設立馬祖區公所于山隴,轄南、北竿兩鄉,竿塘鄉正式廢止。  1950年12月,「馬祖行政公署」成立於南竿,將原設區公所、鄉公所廢止,行政區域以島為單位,設立南竿、北竿等八區。  1953年,「馬祖行政公署」改製為「閩東北行署」,設連江縣政府於南竿,下轄南竿、北竿二鄉。  1956年7月,馬祖戰地政務委員會成立,接管福建省政府第一區行政公署業務,自此開始三十六年之戰地政務時期,至1992年解除。

  南竿鄉全鄉總面積10.64平方公里,其中南竿島獨佔10.44平方公里,其他無人島礁除黃官嶼稍大外,其餘皆甚小。  南竿島不僅為南竿鄉最大島,也是馬祖列島的第一大島,舊稱「南竿塘」、「馬祖島」,實際居住島上的居民約四千人。南竿島地形狀似一頭犀牛,頭部在東邊,當地稱為牛角村(今復興村);尾部在西邊,稱為西尾村(今四維村)。地形多山,雲臺山為主脈,牛角嶺、牛背嶺等群嶺呈輻射狀分佈,區隔出無數個三面環山、一面臨海的澳口聚落。其中以介壽村人口最多,也是縣治所在地。福沃村的福澳港是臺馬輪和離島快輪的靠泊碼頭,是馬祖的海運中心。  南竿鄉最高峰的雲臺山,海拔248米,為馬祖列島第二高峰(最高為北竿鄉壁山)。  黃官嶼別名「外官嶼」,為南竿鄉第二大島,位於南竿島東北端南竿機場外海約300米處,行政區屬於復興村。鞋礁位於南竿島東南東方約1200米處。北泉礁位於南竿島東南方約4.4公里處。劉泉礁又名瀏泉礁,位於南竿島南南東方約6.6公里處,行政區屬於仁愛村。  南竿鄉四面環海,屬於亞熱帶海洋氣候區,四季分明,近三年平均溫度約攝氏19度。全年以7、8月最熱,絕對最高溫曾達攝氏35度;最冷的月份為1、2月,曾出現1.5度之低溫。春季多雨潮溼,3至5月多霧。雨量稀少且季節分佈不均,秋冬多幹旱,枯水期長達半年,嚴重時需由臺灣本島運水應急。4至6月梅雨季節及7至9月常有颱風挾帶豪雨,年雨量約在1千毫米左右。  由於季風影響,風向隨季節變化頗為規律。夏季常吹南南西風及西南風,秋冬後幾全為北北東風或東北風。入冬後季風常伴隨冷氣團南下,風勢強勁而寒冷。

  在空中交通方面,目前僅有國內航班,立榮航空每日從臺北松山機場往返馬祖南竿機場八個班次,多於往返馬祖北竿機場的三個班次,航行時間均約50分鐘。另外,立榮班機每天往返臺中國際機場與南竿機場一個班次,航行時間約70分鐘。如果因為天候不佳,則實施「南機北降」,旅客由北竿機場下機後搭車前往白沙碼頭,轉乘每小時一班的南、北竿交通船前往南竿福澳碼頭,航程約12分鐘。  除了空運以外,從基隆港搭乘每星期六個航次的臺馬輪往返南竿也是另一種選擇,航程約114海哩。由於臺馬輪需靠泊東引與南竿,因此航班的安排為單日先開往南竿,再到東引;雙日則先開往東引,再到南竿。  南竿鄉與縣內其他行政區的交通往來亦以海運為主,南、北竿兩島之間交通船每天開航十一班次,從福澳碼頭白沙碼頭,航程約12分鐘。南竿每天往返莒光鄉東、西莒每天三班交通船,單月先開往西莒,再到東莒;雙月則是先開往東莒,再到西莒,航程約50分鐘。  南竿鄉福澳港亦為與中國大陸福州市馬尾區小三通之交通碼頭。  南竿島內公路密佈,陸上交通工具除公共汽車、計程車外,尚有巴士、九人座廂型車、機車、自行車等多種計程車輛以供選擇。

  南竿鄉地形多花崗岩丘陵,可供墾植的農田極為有限,因此漁業為最重要的經濟命脈。1949年兩岸分立分治以後,馬祖地區因位居重要戰略位置,被軍方列管,並派駐大量軍人。南竿鄉與縣內其他行政區一樣,提供駐軍消費的商業、服務業變成當地居民的主要收入來源。  1992年解除戰地政務後,昔日「兵多於民」的景象不再,馬祖的經濟曾經一度衰退。1999年底,馬祖國家風景區成立,南竿鄉及縣內各地以其具有傳統特色的聚落建築,以及珍貴的戰地政務歷史資源,成功轉型成為觀光島嶼。
南竿鄉(福州語平話字:)位於閩江口外東海中,為中華民國福建省連江縣所屬面積最大、人口最多的行政區,也是連江縣政府所在地,自從馬祖南竿機場興建完成後,南竿已成為馬祖地區交通、政治、經濟、教育及文化中心,因此當地人皆稱南竿為「本島」。 南竿鄉轄區包括人口聚居的主要島嶼南竿島,及黃官嶼、鞋礁、北泉礁、劉泉礁等無人島礁,均屬於馬祖列島的一部分。