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  古神翼龍科包含兩個亞科:古神翼龍亞科、掠海翼龍亞科。古神翼龍亞科包含:華夏翼龍、中國翼龍、沃氏古神翼龍、"T. navigans"、雷神翼龍;掠海翼龍亞科包含:掠海翼龍、妖精翼龍。在2008年,呂君昌等人提出掠海翼龍亞科較接近神龍翼龍科,而離古神翼龍科較遠,因此建立為掠海翼龍科,但是掠海翼龍亞科的命名較早。

  古神翼龍科與其他翼龍類的關係,以及在神龍翼龍超科的演化位置,長期以來處在爭論中,已有許多研究提出不同的演化樹。古神翼龍科的成員也有爭議,某些研究人員主張掠海翼龍亞科屬於古神翼龍科,而其他研究人員認為掠海翼龍亞科較接近新神龍翼龍類的神龍翼龍科。某些研究指出,古神翼龍科可能是個並系群,並非天然生物群,部分物種演化成新神龍翼龍類。以下兩個演化樹是由David M. Martill、Martill與德恩·奈許(Darren Naish)在2006年提出,第一個是單系群版本,第二個是並系群版本。
古神翼龍科(學名:)屬於翼龍目翼手龍亞目,生存於早白堊紀。古神翼龍科的成員發現於巴西與中國,目前最原始的屬發現於中國,顯示古神翼龍科起源於亞洲。