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  國際奧委會選定43名符合條件的運動員參與代表團的選拔,這些運動員大多來自中非和西非地區,也有部分來自敘利亞、伊拉克和伊朗等國家。國際奧委會將根據各選手的競技能力、個人狀況以及聯合國認證的難民身份來確定最終的代表團名單。同時奧委會也拿出200萬美元資助金以改善這些運動員的訓練條件,並要求相關國家奧林匹克委員會確認該國是否有符合參賽資格的運動員因為要代表難民參加奧運而被移出代表團名單。  截至2016年年初,已有三名運動員預先獲得代表難民隊參加奧運會的資格;17歲的敘利亞游泳運動員尤絲拉·馬爾迪尼(英語:Yusra Mardini)是其中之一,馬迪尼和她的家人乘橡皮艇從土耳其出發,然而途中橡皮艇出現問題,之後她和姐姐只好跳入水中推著船向前進,經歷三個半小時後,她和船上的人抵達希臘,後來她又乘坐火車到達德國並在那裡居住及訓練;另外兩名選手分別是伊朗跆拳道運動員拉希莉·阿塞馬尼(英語:Raheleh Asemani)和剛果民主共和國柔道運動員波波勒·米森加(英語:Popole Misenga),阿塞馬尼曾獲得2010年亞洲運動會跆拳道62公斤以下級專案的銀牌,後來因為政治原因逃往比利時;米森加則是因為家鄉的長期動亂而隻身逃往巴西。後來,阿塞馬尼於2016年4月獲得了比利時國籍,得以代表比利時隊參加奧運,她的名字也不再出現在難民代表團的名單上。  另外,有三名來自敘利亞的運動員以及23名居住在肯亞卡庫馬難民營的運動員也參與到了難民代表團的選拔當中。2016年6月3日,國際奧委會公佈了代表難民參賽的運動員名單,名單如下:

  

  國際奧委會挑選出的難民運動員當中有六名是田徑運動員,其中四名男運動員,兩名女運動員,他們當中有五名選手來自南蘇丹,一名選手來自衣索比亞。

  代表難民參加奧運的兩名柔道運動員波波勒·米森加和尤蘭蒂·馬畢卡都來自剛果民主共和國並且都在巴西居住及訓練。

  難民代表團中有兩人蔘加游泳比賽,他們都來自敘利亞,其中一個居住在比利時,另一個居住在德國。
2016年夏季奧林匹克運動會難民代表團參加於2016年8月5日至8月21日在巴西里約熱內盧舉辦的2016年夏季奧林匹克運動會。