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  2000年總統大選,民主進步黨取得執政權,長期執政的中國國民黨首度在野,在大批國民黨支持者的抗議下,李登輝辭去黨主席職務並離開國民黨核心。中華民國首次政黨輪替後,當年十月初民進黨政府宣佈核四停工一事激起朝野嚴重對立,國民黨、親民黨、新黨組成在野聯盟,提出總統罷免案。另外國民黨提出兩週八十四小時的工時案也引起中小企業主的不滿,政局動亂國政大受影響。本已退休的前總統李登輝透過全國工業區廠商聯合會理事長黃宗源與新光集團吳東昇等子弟兵籌組新政黨,希望能借此協助執政黨穩定政局。黃宗源曾表示,自己的黨證編號是三號,一號和二號則是分別預留給李登輝以及蕭萬長。  創黨初期因為李登輝的本土色彩,號召若干國民黨內的本土派出走,以及吸引部分偏綠人士組成新政黨。臺灣團結聯盟在2001年8月12日正式成立,首任黨主席為李登輝政府時代的內政部長黃主文。

  

  臺聯創黨初期,因為卸任的李登輝總統仍受媒體關注,全臺吹起李登輝旋風。三個半月的時間臺聯便在2001年的第五屆立法院改選中一舉斬獲十三席立委取代新黨成為臺灣第四大黨。  因當時民進黨政府主張新中間路線,臺聯便與本土社團發起臺灣正名運動。由前總統李登輝出任總召集人,於2002年5月11日發起大遊行,訴求國家正常化爭取深綠支持者的選票。  2004年中華民國總統選舉中,李登輝擔任召集人發起228百萬人手牽手護臺灣活動,盡全力輔選民進黨陳呂配連任。2004年立法委員選舉,臺聯黨當選12席。然而,在選舉過程中,當時臺聯黨主席黃主文一再遭批評利用全黨資源為其子黃適卓輔選,引發臺聯內部反彈,加上因提名策略錯誤造成多達七位臺聯黨的候選人成為「落選頭」高票落選,選舉結果不如預期,黃主文最後辭去黨主席一職,改由臺聯首任祕書長蘇進強接任。

  2005年4月4日蘇進強前往日本進行訪問並參拜靖國神社,參拜一事引起高金素梅與新黨、愛國同心會等統派人士的叫罵與抨擊,對此蘇進強強調,到靖國神社不是要對哪一個特定的陣亡者參拜,而是要對在神社中三萬名臺灣英魂的「忠義精神」致敬,與軍國主義、戰爭主義毫不相干,蘇進強是臺灣第一位正式參拜靖國神社的政黨領袖。  在蘇進強的帶領下,2005年中華民國任務型國代選舉中,席次超越親民黨成為臺灣的第三大黨,臺聯黨趁勢要求民進黨在2005年中華民國地方公職人員選舉中釋出提名空間,試圖派出劉一德在嘉義市參選嘉義市長,以圍魏救趙的策略,在基隆市成功整合換得陳建銘代表泛綠參選市長,不過臺南市的部分整合失敗臺聯提名錢林慧君參選。  2006年陳水扁爆發國務機要費案,施明德帶領紅衫軍發起百萬人民倒扁運動,藍營分別在六月與十月於立法院兩度提出罷免總統案,臺聯當時選擇「停、看、聽」不表態,黨籍立委集體進場投下「廢票」。  11月3日,國務機要費案遭起訴後,李登輝指示蘇進強走「清廉本土路線」臺聯明確表態將要支援發動第三次罷免,但時任立院黨團要職的廖本煙與黃適卓、黃宗源等挺扁派立委進府會見陳水扁後在立法院黨團會議上達成共識相信陳水扁;臺聯不分割槽立委賴幸媛則提出質疑「陳總統的話能信嗎?」要求黨中央支援三罷形成兩派意見,但最後中執會還是通過「不支援三罷」的決議。  2006年中華民國直轄市市長暨市議員選舉中,臺聯第一次提名直轄市市長候選人分別讓周玉蔻參選臺北市長、羅志明參選高雄市長,選舉主籌訂調「刺客兵團」希望能以母雞帶小雞的方式順利讓直轄市議員上壘。  只是選戰中周玉蔻不斷地攻擊民進黨的臺北市長候選人謝長廷,並公開支援三罷強調李登輝跟她站在同一陣線;民進黨立委要求開除周玉蔻,最後蘇進強宣佈開除周玉蔻的黨籍並停止對其輔選。最後開票結果臺北市選情亮眼,提前停止與周玉蔻合作關係的陳建銘、簡余晏讓臺聯第一次在臺北市議會奪得席次;但高雄市的部分卻因為臺聯提名羅志明參選市長,造成支持者的不諒解而衝擊選情,議員從五席滑落至一席,陳菊也差點因為羅志明落選。  蘇進強請辭為敗選負責,但他強調敗選不是路線問題而是選舉策略問題,黨的未來路線不會改變。

  2007年1月,由群策會祕書長黃昆輝出任第三屆黨主席。在就職典禮上宣示了臺聯黨定位及新方向,「臺聯是唯一以臺灣為主體的在野黨,同時為伸張社會正義,要擴大照顧中產階級及弱勢族群。因此,未來除了秉持原本臺灣主體的立場,監督執政黨是否走臺灣主體路線,更將在政策主張上發揮關懷社會正義、弱勢族群的精神,為中產、工農及基層民眾爭取權益。」  臺聯黨進一步在四月的「新黨綱、新黨章」宣示大會上,提出五項基本主張,包括:堅持主權在民,確立臺灣是主權國家的定位,維護臺海現狀,建構以臺灣為主體的國家發展戰略;以民主、自由、人權普世價值的「新時代臺灣人」團結臺灣;在確保社會正義下,促進公平競爭;根除金權勾結、建立廉能政府。  黃昆輝就職後開始貫徹李登輝的理念「清黨」;2007年10月29日臺聯中執會以違背黨的核心價值、不服黨的領導為由開除親近民進黨的廖本煙與黃宗源黨籍,隨後爆發「新舊臺聯路線之爭」。黨職立委黃適卓、尹伶瑛馬上跳出來聲援並質疑黨中央有紅衫軍涉入,要求開除賴幸媛等人,何敏豪也跟隨出走希望能爭取民進黨立委提名,但2008年立委選舉時這些人都並未當選。  11月起,臺聯部分黨籍縣市議員自認走「舊臺聯路線」紛紛退黨加入民進黨黨團運作。  清黨之後臺聯黨與陳水扁主導的民進黨決裂,新臺聯黨在單一選區兩票制的新選制壓力下也逐漸轉型為「非藍非綠、中間偏左」的政黨,希望能借此與民進黨、國民黨切割成為第三勢力政黨。但包括立院總召等核心黨公職人員仍以「綠營」號召選民支援,因此媒體與公眾也仍以綠營視之。2008年立委選舉,臺聯未能在單一選區兩票制下跨過5%門檻無法取得立委席次。  對此臺聯黨主席黃昆輝表示,新臺聯的轉型是一個相當艱辛的過程,在這過程中不斷遭受兩黨的夾殺與阻礙,他坦言臺聯的起步太慢、轉型太慢,儘管臺聯的政策理念確確實實是臺灣人民所需、臺灣未來所需,但是選民來不及深入瞭解臺聯,加上單一選區兩票制首度實施,是第一次有政黨票的選舉,他說,中選會沒有善盡宣導的責任,很多選民對於政黨票的意義並不瞭解,以為政黨票必須和選區域立委的票同一個政黨,導致臺聯以及其他小黨的表現都不如預期。  面對臺聯泡沫化的處境,黃昆輝認為,雖然選舉結果不如預期,但他們倡導迴歸經濟民生、照顧弱勢、重視社會公義等議題,已引領風潮,成為各政黨跟進的訴求,證明這條轉型路正確,也是未來繼續奮鬥的基礎,即使不能在立法院扮演這種角色,仍會在各地為終結亂象而努力。  2008年總統選舉,李登輝一直沒有表態支援哪一組候選人,因為精神領袖的語帶保留,中執會雖然做出支援長昌配的決議,但臺聯並未像2004年總統選舉時全黨皆支援陳呂配;臺聯南部要角包括前祕書長錢橙山、前立委錢林慧君、前立委羅志明、臺南市黨部主委褚顯明更在選前公開支援馬英九。  總統選舉前兩天,李登輝才表態支援民進黨總統候選人謝長廷。李登輝說他推動民主化就是希望臺灣人民當家作主,他關心並非藍綠的問題,而是臺灣要如何走出去,以及深化臺灣民主。他的一票將投給謝長廷,至於選舉結果如何,他尊重臺灣人民的選擇。  開票結果國民黨馬蕭配在臺南市的得票小贏6,219票,就連在謝長廷曾經主政的高雄市都贏了28,885票。選後支援馬蕭配的臺聯黨要角都紛紛被登出黨籍;傳南市黨部主委褚顯明因寫悔過書表明歉意遭口頭警告,然而褚顯明則否認悔過書之事,而褚在2010年中華民國直轄市長暨市議員選舉中支援國民黨提名的郭添財而離開臺聯。  2008年4月23日,臺聯舉行黨部喬遷茶會,會中臺聯表示將解散原有中執會,並將進行黨員重新登記;未來將定位為柔性政黨,廣招「臺聯之友」監督政策,臺聯表示要從3.5%開始,重新出發,在完成黨內重組改革相關程式後,甚至不惜更改黨名,以吸納更多在野的進步力量,以全新的姿態和作為,完全轉型成以理性對話與進步國家為核心價值的平民化、優質政黨。  2008年總統選舉後,馬英九拜訪李登輝與黃昆輝希望能向臺聯借將讓賴幸媛去當兩岸政策的「剎車皮」,馬英九與黃昆輝密談七十分鐘後在「維護國家尊嚴、照顧全民利益、彰顯臺灣主體性」等三大前提原則之下,黃昆輝與馬英九達成共識讓賴幸媛加入劉兆玄內閣,5月20日就任行政院大陸委員會任委員主掌兩岸事務,同日臺聯撤銷賴幸媛中執委身份與停止其黨務參與。李登輝曾言,他並不贊成賴前往擔任該主委因為欠缺團隊,但木已成舟,她是已答應任職後才去向他回報。  賴幸媛就任不久就因太常提及九二共識引來臺聯黨關切,2008年6月9日臺聯黨主席黃昆輝拜會陸委會,黃昆輝當面提及:「沒有九二共識,若要提九二共識就別忘了一中各表。」  2008年10月14日,因臺聯黨無法認同馬英九的兩岸政策,並認為海峽兩岸經濟合作架構協議應該付諸公民投票。中執會做出決議希望賴幸媛在三天內辭去陸委會主委職務否則將開除黨籍,三個小時後賴幸媛主動退出臺灣團結聯盟。對此,臺聯黨主席黃昆輝表達失望,並重申臺聯仍會將賴幸媛移送中執會開除。三天後,賴幸媛正式被臺聯開除黨籍。  2010年,臺聯開始推動海峽兩岸經濟合作架構協議(ECFA)公投連署;2010年6月3日,臺聯將連署書送赴行政院公投審議委員會開會審查,最後以4比12的票數認為此案「不合規定」為由駁回。2010年8月12日,再以2比10的票數以「非重大政策複決」再次駁回。2010年11月22日,第三次將連署書送往中選會;2011年1月5日三度被駁回。馬英九政府稱ECFA包含「租稅」及「投資」事項,不得作為公投的提案,但臺聯質疑為何同樣涉及「租稅」及「投資」的2009年澎湖縣博弈公民投票就可以成案。 2010年中華民國直轄市長暨市議員選舉臺聯黨共提名十五席市議員以反對ECFA為選舉主軸。在選舉過程中臺聯與蔡英文主導的民進黨採取競合關係,李登輝為民進黨五都市長候選人站臺;蔡英文、陳菊、賴清德等五都候選人也分別為臺聯市議員候選人站臺。  2010年11月27日,選舉結果顯示臺聯敗選,只連任臺北市的陳建銘、臺中市的高基贊兩席,其他現任四席議員高票落選,而所提名的新人都未能進入議會。對此黃昆輝呼籲臺灣應該修改選制,鼓勵小黨發展,否則人民將永遠被兩大黨綁架,藍綠對峙永遠無法打破。

  2012年立委選舉,臺聯推出十位不分割槽立法委員,並提名反對ECFA的國立成功大學教授許忠信為第一名,競選主軸為「終止ECFA、棄馬保臺、國家正常化」。臺聯在全國各鄉鎮舉辦超過一百場「棄馬保臺」巡迴演講會,並得到一些臺獨基本教義派選民的支援,而臺灣基督長老教會也決議在政黨票支援臺聯。另外,包括2008年總統選舉支援馬英九的藝人郭美珠、前國策顧問黃天麟、前國策顧問吳樹民、黃越綏、前新聞局長謝志偉、考試院院長姚嘉文、國立臺北教育大學教授李筱峰、臺灣教授協會前會長蔡丁貴、陳儀深、前臺南市市長張燦鍙、媒體人汪笨湖,與選前驟逝的臺獨聯盟主席黃昭堂等人都公開表示這次政黨票會投給臺聯,顯示臺聯得到了部分獨派與本土派的支援。  臺聯主席黃昆輝並向選民宣傳,立法院要有兩個本土黨團,如果只有民進黨一個黨團,在政黨協商將難以與泛藍陣營對抗。其主張總統投民進黨蔡英文,區域立法委員投民進黨,政黨票則投給臺聯黨,讓立委得票率能夠突破5%,甚至超過7.5%奪得三席成立黨團。  2012年立委選舉,臺聯獲得1,178,896票,得票數在「臺灣女總統,本土顧兩黨(臺語)」、「一戶分一票,臺聯不能倒」等競選主軸,以及「生死存亡、最後一戰」的臺聯解散告急效應之下,最終激發不少具臺灣主體意識選民的熱情與危機感,家戶自動配票,得票率達到8.9566%、第二階段不分割槽立委得票率更高達9.5683%,較上屆成長約三倍,總共贏得三席不分割槽立委,也讓立法院成功保有兩個「本土」政黨。臺聯重回國會,並可在立法院組成一個「黨團」(至少三席)運作議事。臺聯穩居為臺灣第三大政黨(依全國得票率排名),高於親民黨及綠黨、新黨等主要政黨。  另外,臺聯曾於選前便承諾,若該黨當選不分割槽立委,採「一個立委席次、兩人輪替服務」的方式,個別立委任期僅兩年,兩年一到即辭任,由不分割槽名單成員依序遞補,藉此培養黨內老將新秀、發揮最大效益,讓更多人至立法院為民發聲,並鼓勵個別立委四年要做的事,用兩年戮力完成。2014年2月7日臺聯兌現承諾,成功複製德國綠黨的經驗,完成三席不分割槽立委席次,兩年一任先後共有六位來至各領域的成員依序遞補立委,創臺灣政治史先例。

  2014年11月29日,中華民國地方公職人員選舉揭曉,臺聯在直轄市及縣市議員共當選9席、拿下224,904票、得票率1.85%;席次較上屆成長約一倍,維持全國第三大黨地位。

  立法委員選舉,臺聯因時代力量崛起、民進黨強力宣傳政黨票不要分票策略奏效,雖然與基進側翼合作,但政黨票僅得票30餘萬票、得票率2.51%,而未能突破5%門檻,區域立委部分,派出蕭亞譚及劉國隆競選臺北及臺中,但最後都競選失利,蕭亞譚輸了七萬票,劉國隆輸了兩萬票。因此,黃昆輝正式請辭黨主席。2016年1月20日,臺聯宣佈1月31日資遣所有員工。

  2016年4月16日,臺聯首度以選舉方式產生新主席,經由合格黨員票選,由前首席副祕書長劉一德出任第四任黨主席,6月18日正式上任。  2018年3月23日,臺聯舉行募款餐會暨記者會,黨主席劉一德宣佈,臺聯目前共有6席縣市議員,分別是臺北市議員陳建銘(士林、北投)、雲林縣議員王士壬(虎尾、土庫、褒忠、元長)、嘉義市議員蔡永泉(東區)、臺南市議員楊中成(永康、新市)、高雄市議員黃淑美(三民)及屏東縣議員潘長成(潮州、竹田、新埤、枋寮、內埔、萬巒),都將繼續爭取連任。臺聯也宣佈今年將提名年僅25歲的臺聯青年軍團長許亞齊參選嘉義市議員(西區)、臺南市黨部主委陳昌輝參選臺南市議員(東區),年底選舉市議員預計共提名15人蔘選議員,將陸續公佈提名人選。黨主席劉一德強調,臺灣內部需要一個有guts、敢嗆聲中國的政黨,堅持維護臺灣主權,並稱原本大家期待時代力量能做到這樣的角色,但從一例一休到同婚等議題,時力只是為了跟民進黨搶席次,所以「顧臺灣」這一塊,只有臺聯才做得到。

  2005年,時任臺聯黨主席蘇進強等一行人到日本參拜備受爭議的靖國神社。

  

  注:
臺灣團結聯盟,簡稱臺聯或臺聯黨,是一個臺灣政黨,成立於2001年8月12日,創黨時主要以原中國國民黨內本土派的黨員及民進黨內獨立派的黨員組成,其創黨的四大宗旨為「穩定政局、振興經濟、鞏固民主、壯大臺灣」。由於偏向臺灣本土化及臺灣國家正常化的政治訴求,普遍被歸屬為泛綠陣營的政黨之一。前總統李登輝雖然並非該黨黨員,但為該黨之精神領袖。