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  乃瓊寺的名字中,“乃”即漢語“地方”,“瓊”即漢語“小”。故乃瓊寺指哲蚌寺所屬的“小地方”。  此寺供奉有三頭六臂的白哈爾,是格魯派所奉世間護法的主神。寺中有喇嘛擔任乃瓊護法,讓白哈爾附身來做出神諭。  關於該寺的來歷,在藏文文獻中有不同的說法。其一稱,白哈爾是烏仗那地方神,後移居至裕固境內巴達霍爾的寺廟,成為霍爾部落的保護神。桑耶寺落成後,蓮花生在念欽山神的建議下,自霍爾迎請白哈爾做了桑耶寺的保護神,居白嘎嶺。700年後,白哈爾遷至拉薩河南岸的噶舉派的貢塘寺,後與該寺住持喇嘛祥蔡巴不和,祥喇嘛就在建寺時不讓畫工在寺內壁畫上畫白哈爾。白哈爾設計將寺廟付之一炬。憤怒的祥喇嘛設計捕獲白哈爾,將其裝進木箱拋入拉薩河,木箱流經哲蚌寺時被該寺一名喇嘛撈出並開啟,白哈爾趁機變為白鴿,飛到一棵樺樹上便消失了。後人繞樹建立了如今的“乃瓊寺”。自此白哈爾一直住在乃瓊寺,有自己的代言神巫即乃瓊護法,後者後來被五世達賴(1617-1682)指派為噶廈的宣諭神。  其二稱,五世達賴在哲蚌寺見裝著白哈爾的木箱漂在拉薩河上,便令哲蚌寺德陽經院的堪布撈出木箱,但不准他開啟木箱。堪布因好奇,違反達賴的要求,開啟了木箱,從箱中飛出一隻鴿子落到一棵古樹上。達賴得知此事後,斥責這位堪布,後又下令繞樹建寺,取名“乃瓊寺”。  其三稱,白哈爾為履行對宗喀巴大弟子絳央卻吉扎西(1379-1449)的諾言而來到哲蚌寺。乃瓊寺因此而修建。  其四稱,從桑耶寺遷到貢塘寺的不是白哈爾本神,而是其化身“主臣”金剛稱護法。金剛稱護法為了成為貢塘寺最顯赫的神祇,在僧眾面前顯示各種幻像,令僧眾不悅,被僧眾以禳邪之法關入木箱內拋進拉薩河。木箱被一喇嘛撈出揹回哲蚌寺。金剛稱護法稱開箱之機飛到一棵古樹上消失了,後繞樹建寺稱“乃瓊寺”。不久,白哈爾應現於乃瓊寺。  其五稱,拉薩東部蔡公堂的某位居民如同死人一般被裝進木箱投入拉薩河,木箱被哲蚌寺喇嘛撈出。開箱後,一道火焰衝出,消失在附近一棵古樹上,躺在箱裡的居民也恢復了知覺。後繞樹建寺稱“乃瓊寺”,這位居民也成了乃瓊寺的首位乃瓊護法。 據藏文史書記載:白哈爾亦被稱為“戰神大王乃瓊”,乃是王系魔神的首領。苯教稱之為“象雄護法神”。藏文文獻記述白哈爾的容貌如下:“協鬆多吉米沃且(白哈爾)三頭六臂,各有白、天藍和紅色的面孔一個,三隻右手持鐵鉤、箭和劍;三隻左手持刀、弓和杖。身穿白絲上衣,用人皮、虎皮做圍腰。頭戴類似於草帽的藤帽;騎白獅,由門普布查牽引。陪伴之神是阿曲瑪,派遣寒鴉做他的使臣。”  1959年,乃瓊護法隨達賴出亡至印度達蘭薩拉,此後未曾回到此寺。現在在達蘭薩拉有一座新建的乃瓊寺。  乃瓊寺在文化大革命期間受到了嚴重破壞。文化大革命結束後,該寺得到修復。現在該寺大殿西北角的白哈爾殿內供奉有白哈爾、蓮花生等像,白哈爾殿內還有當年白哈爾消失的樹。  該寺規模中等,20世紀初該寺有100名左右的喇嘛。

  此寺現存主要建築有:

  乃瓊寺的壁畫是古格王朝壁畫、白居寺壁畫之外的又一經典古典壁畫傑作,繪於17世紀中葉。壁畫主要描繪了白哈爾和他的化身及其伴神,還描繪了眾生因前世惡業而在地獄受罰。乃瓊寺壁畫吸收了漢族文化、印度、尼泊爾、克什米爾等地文化的元素,是不可多得的藝術珍寶。
乃瓊寺,全稱“乃瓊多傑扎央林”,簡稱“乃瓊貢巴”(),藏族民間俗稱乃瓊角,()一譯乃窮寺、 舊譯涅衝寺。藏傳佛教寧瑪派寺院,位於中華人民共和國西藏自治區拉薩市,是格魯派哲蚌寺的屬寺,也是乃瓊護法的所在。該寺位於根培烏孜山南麓,距哲蚌寺約1公里。