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  馬皇后本是宿州人,父母名字已失傳,史書僅作馬公、鄭媼。馬公因犯了殺人罪,逃亡至定遠,因與郭子興是莫逆之交,故將女兒馬氏交託郭子興撫養,馬氏於是認郭子興為義父。初,朱元璋因貧窮流離,投奔郭子興帳下,立有功,郭子興便把自己的養女馬氏嫁給他為妻。  馬氏隨朱元璋征戰數十年,夫妻共患難,感情深厚。朱元璋進位為帝的同一天(洪武元年正月初四,1368年1月23日)即冊封結髮之妻馬氏為皇后,也同時封她所生的嫡長子朱標為皇太子。洪武二年,追封岳父馬公為徐王,岳母鄭氏為徐王夫人,在朱家太廟東向建祠祭祀。  當朱元璋還是郭子興下屬時,曾被郭子興所猜疑,糧荒時不得糧食,馬氏偷竊炊餅,藏於懷中送給朱元璋吃,由於炊餅很熱,以致馬氏胸前的肉竟被燙傷,而以這樣的方法,朱元璋得以溫飽,但馬氏自己卻時常不得宿飽。後來二人貴盛時,朱元璋將之比作「蕪蔞豆粥」,「滹沱麥飯」,每每對群臣稱述皇后賢慧,可比唐太宗時的長孫皇后。朱元璋於內室中將此話向馬皇后說時,馬皇后卻說:「妾聞夫婦相保易,君臣相保難。陛下不忘妾同貧賤,願無忘群臣同艱難。且妾何敢比長孫皇后也!」趁機向朱元璋進諫,可見其賢慧。  皇后位正中宮以後,仍節儉嚴謹,也不允許朱元璋尋訪馬氏族人繼承馬公爵位,限制了外戚弄權的可能性。朱元璋嗜殺多疑,馬皇后仁慈善良,常諫勸,挽救不少大臣的性命。  洪武十五年八月,馬皇后臥病在床,群臣紛紛請禱祀、求良醫。馬皇后向朱元璋說:「死生,命也,禱祀何益!且醫何能活人!使服藥不效,得毋以妾故而罪諸醫乎?」朱元璋聞言,問馬皇后有何交代或心願未了,馬皇后說:「願陛下求賢納諫,慎終如始,子孫皆賢,臣民得所而已。」不久馬皇后崩逝,享年五十一歲,朱元璋慟哭不已,遂誓言不再冊立皇后,因此後來有李淑妃、郭寧妃等人在馬皇后逝世後代掌後宮。同年九月,馬皇后入葬孝陵,諡號孝慈皇后。馬皇后死後,宮人經常感懷,因此有歌謠傳頌馬皇后:「我後聖慈,化行家邦。撫我育我,懷德難忘。懷德難忘,於萬斯年。毖彼下泉,悠悠蒼天。」

  洪武三十一年(1398年)六月,朱允炆追尊祖母為孝慈昭憲至仁文德承天順聖高皇后。  永樂十九年(1421年)正月朔,明成祖朱棣詣北京太廟奉五廟神主,重尊母親馬氏為孝慈昭憲至仁文德承天順聖高皇后,後世簡稱孝慈高皇后。  嘉靖十七年(1538年),明世宗朱厚熜再次追尊馬皇后為孝慈貞化哲順仁徽成天育聖至德高皇后。

  關於馬皇后的子女,眾說紛紜。正史記載,馬皇后前後生五子二女:長子懿文太子朱標,次子秦愍王朱樉,三子晉恭王朱棡,四子明成祖朱棣,五子周定王朱橚;以及二女寧國公主,四女安慶公主。  有的說,朱元璋那些嫡子一個也不是她生的,而是她的養子,她只生了兩個女兒。  《明史》記載朱元璋前五個兒子懿文太子、秦愍王、晉恭王、明太宗、周定王都是馬皇后所生。根據《明實錄》明太宗生於1360年4月17日,周定王生於1361年7月9日。這種情況歷來都被懷疑,特別是在混亂的年代,豈能任由馬皇后獨自負擔生育的任務,而且明人早就指出“或曰高皇后無子”。解縉的《天潢玉牒》(《永樂大典》,《四庫全書》):「皇子二十四人,第四子今上、第五子周王,高後所生也。長懿文太子、第二子秦湣王、第三子晉恭王,諸母所生也。」如潘檉章《國史考異》:“按今玉牒雲:第四子今上,第五子周王,高後所生也。”郎瑛《七修類稿》:“高後生二子,出今魯府玉牒。”《南京太常志》:“孝陵神位,左一位淑妃李氏,生懿文太子、秦愍王、晉恭王。右一位碽妃,生太宗文皇帝,孫貴妃生周王。”朱彝尊《靜志居詩話》卷十三沈元華條:“奉先廟制(南京太廟奉先殿)高後南面,諸妃盡東列,西序惟碽妃一人,具載南京太常寺志。善高後從未懷妊,豈惟長陵,即懿文太子亦非後生也。”李清《三垣筆記》:“南太常志載太宗為碽妃所生,訝之。錢宗伯謙益有博學名,問之,亦不能決,以志言東側列妃嬪二十餘,西側止一碽妃。因啟寢殿驗之,入視果然,乃信。”劉繼莊《廣陽雜記》明太宗母為甕氏,蒙古人,以其為元順帝妃,故隱其事。“宮中別有廟藏神主,世世祀之,不關宗伯。有司禮監為彭躬庵言之,少時聞燕之故老為此說,今乃信也。”以上都是明人的記載。  也有說明太宗奪了侄子建文帝的皇位,想更一步名正言順(朱元璋相當重視嫡庶之分),便託稱為馬皇后所出,這樣以嫡子的身份繼承為帝便不為過。
孝慈高皇后馬氏(1332年-7月18日-1382年-9月23日),名諱不詳,明太祖朱元璋結髮之妻。部分野史與地方戲曲稱之為馬秀英,但《明史》上未見記載。民間又稱大腳板底皇后、馬大腳板底。