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  根據耳鼻喉科專家一些免疫學的說法,扁桃體隱窩內部的細菌以及病毒同新陳代謝產生的物體進入體液後,可能產生抗體的形成,接著而來的是之腺體內將會產生抗原抗體結合物,可以達到一種複合的免疫作用,許多醫學專家從而認為慢性扁桃體炎是一種自身的免疫反映。因為自身抗體抗原結合時亦會對自身的組織細胞產生損害,而有利於感染,亦促使抗原抗體反應,從而會產生一種惡性的迴圈。

  反覆發作急性扁桃體炎亦會形成慢性的扁桃體炎症。根據一些醫學資料顯示,亦有一部分病患發生人並沒有明顯的急性發作史。主要的表現為時常咽喉部位不適,併產生異物感,咽喉乾澀痕癢,時常還會引起刺激性咳嗽以及口臭等症狀。

  兒童由扁桃體可能會引起呼吸、吞嚥、語言困難。如果伴有腺樣體肥大亦可能引起鼻塞、鼾聲以及其他性質的中耳炎。因為時常嚥下分泌物以及隱窩中的細菌毒素,可能引起消化不良、頭痛、乏力、低熱等情況發生。

  在臨床上,多數醫務人員為了記錄方便,亦會將可將症狀分類。根據扁桃體的外型尺寸分為三度。如果扁桃體超出舌顎弓,但是並沒有遮擋咽顎弓者被記錄為I度;已遮蓋咽顎弓者為II度;超出咽顎弓突然向中線者為III度。但扁桃體的大小不能被視為炎症的發生,亦是因為兒童有生理性肥大,成人多萎縮。
扁桃體炎(Tonsillitis),或稱扁桃腺炎,通常會快速發病。扁桃體炎屬於咽炎的一種。其症狀包括咽喉痛、發燒、扁桃腺腫大、吞嚥困難、頸部的淋巴結腫大。併發症包括扁桃體周圍膿腫。 扁桃腺炎大多因病毒感染引起,不過約有5%~40%的病例是由細菌感染引起。由A型鏈球菌引起的扁桃腺炎稱為鏈球菌性咽炎。由淋病雙球菌、白喉棒狀桿菌、流感嗜血桿菌等其他細菌引起則較罕見。扁桃腺炎通常是透過空氣於人群間傳播感染。如Centor評分等評分系統可以協助釐清可能原因,並可以透過咽喉拭子或快速鏈球菌檢查法確診。 治療方式為試圖改善症狀及減輕併發症。撲熱息痛(乙醯胺酚)和布洛芬(ibuprofen)可用來止痛;若咽喉發炎時,則通常會建議口服盤尼西林。而對於盤尼西林過敏的病患,可考慮改用頭孢菌素(cephalosoprins)或是大環內酯(macrolides)治療。又如孩童經常罹患此症,亦可考慮直接切除扁桃體以杜絕未來再次發炎的風險 在英國,約有7.5%的人平均每3個月會出現1次喉嚨痛,而有2%的人每年必需因此症而看醫生,此症好發於秋、冬季,最常流行於大學以下的各級學校,不過大部分的人都可自然或服藥後痊癒。罹病者即使體內仍可驗出鏈球菌,但有40%的患者在3天內症狀即會緩解,而有80%的患者會在1星期內逐漸康復。服用抗生素則可緩解症狀約16個小時。