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  真菌病可依照感染的部位分成表淺性感染、面板感染、皮下感染與全身性感染。

  表淺性感染(superficial mycoses)的真菌病只侷限在面板與毛髮的表層,通常不是嚴重的疾病,但可能造成美容問題。常見的例子包括花斑癬(俗稱汗斑),為糠疹馬拉色氏黴菌造成,在皮脂腺中生長,發生於胸部、手臂、背部等,造成表皮較淺或紅棕色的色斑。造成這種真菌過度活躍的原因包括潮溼的天氣與免疫系統較弱時,但此病不會對健康造成重大影響,用藥擦拭患部或天氣冷時就會自動痊癒。

  面板感染(cutaneous mycoses)的真菌病感染部位包括面板真皮、指甲及毛髮基部,雖不會對健康造成重大威脅,但通常為慢性,不易治療,且不同於表淺性感染,面板感染常會刺激宿主的免疫反應。香港腳即是面板感染的一個著名例子。造成面板感染的真菌稱為面板真菌,相關疾病則常被稱為癬。面板感染通常是由毛癬菌("Trichophyton")、小孢癬菌("Microsporum")及表皮癬菌("Epidermophyton")等三個屬造成,共約包含41種真菌。毛癬菌可感染面板、毛髮及指甲,小孢癬菌只感染面板與毛髮,表皮癬菌則只感染面板及指甲。面板真菌的感染侷限於面板、指甲與毛髮等部位,即使在免疫缺乏的病人體內也不會擴及其他部位而造成全身性感染。

  皮下感染(Subcutaneous mycoses)的真菌病可感染皮下組織及肌肉等,造成潰傷或腫塊,在這類感染中,真菌通常是透過面板上的傷口進入皮下組織,常為慢性感染且不易治療,有時甚至得動用如清創術的手術治療。皮下感染型真菌包括許多屬,所引發的疾病包括著色芽生菌症、真菌足菌腫、褐色絲菌症及孢子絲菌症等,其中前三種都只發生在熱帶地區。孢子絲菌病則是申克氏孢子絲菌從手部傷口進入造成的感染,因為患者多為農夫或園丁而又稱「玫瑰園丁症」。

  全身性真菌病(systemic mycoses)又可分為可分病原性(pathogenic)及伺機感染性(oppurtunistic)兩種,遍及血液、肺、腦脊髓液、耳、眼、尿道等,有致命的危險。長期服用抗生素的患者為高危險群,因為抗生素不僅殺死致病的菌種,也殺死正常存在人體的細菌,改變了口腔、腸道及陰道菌叢內的微生物平衡,並造成真菌的過度生長。艾滋病患者、糖尿病患者、癌症患者、接受器官移植者、接受甾體治療者及接受化療者等免疫缺乏者受到全身性感染的風險也較高。

  造成病原性感染的真菌可感染免疫力正常的人群,其感染通常從肺部開始,並擴散至全身,且此類真菌常為溫感兩型性,意及在不同溫度下型態有所差異,在一定溫度之下為菌絲型,之上則為酵母菌(單細胞)型。常見了兩個例子為皮炎芽生菌及莢膜胞漿菌,兩者均為北美洲常見菌種。

  伺機感染性真菌為人體之正常菌種,或環境中普遍存在的菌種,並於人體免疫系統缺失時造成感染,如艾滋病患者、過度服用抗生素者、接受免疫抑制療法者與遠端轉移癌症患者。最普遍的伺機感染性真菌為白色念珠菌及新型隱球菌,另外常見的真菌如麴菌、根黴菌也屬此型,會對肺部造成伺機感染。

  真菌病可用抗真菌劑治療,依照感染程度使用區域性或全身治療。因為真菌細胞與人類同為真核,故對真菌有毒之物質通常也對人類有害,抗真菌劑通常藉真菌細胞膜上的脂質(麥角固醇,有別於動物之膽固醇)產生作用。如多烯烴類及唑類化合物,前者與麥角固醇作用,改變其細胞膜對離子的通透性而造成細胞質滲漏,後者則抑制麥角固醇的合成,又可依其構造細分成咪唑型與三唑型。  其他抗真菌劑還有5-氟尿嘧啶(抑制DNA與RNA合成)、灰黃黴素(阻止微管形成)及碘化鉀(用於孢子絲菌症的治療)等。
真菌病(英語:Mycosis,複數型為英語:Mycoses)泛指真菌對動物(通常為人類)造成的感染。真菌病相當常見,許多環境或生理條件都會為真菌感染創造了有利的條件。真菌通常透過吸入性或在面板上著生的方式感染,因此真菌病通常始於面板或肺部。有些真菌病隻影響面板、毛髮等體表部位,不造成嚴重健康問題,有些則可以造成嚴重的全身性感染。在約十萬種已知真菌中,造成人體疾病的只佔極少數,約不到200種。