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  沙漠主要由平原構成,也有部分低地和丘陵,海拔最高為300米。境內也有封閉盆地和孤山,海拔高達922米。地勢由東南向西北傾斜。大部分地區被沙所覆蓋,沙壟較多,一般高度3-30米,最高可達75米,多小綠洲。西北地區多龜裂地,部分地區有黏土覆蓋。因沙漠主要構成為崩裂的岩屑和沉積紅壤的殘餘物質,故呈紅色。  由於地處內陸,屬於溫帶大陸性氣候,夏季炎熱。年降水量僅為100-200毫米。

  沙漠動物包括北部的賽加羚羊(',冬季遷徙)與一種最長達1.6米的跨裡海沙漠蜥蜴(')。烏茲別克布哈拉州在1971年闢有自然保護區。保護區面積達10.01萬平方公里,準確地點位於土庫曼中北部的達幹阿圖(Dargan Ata)附近的阿姆河洪泛地。保護區內有大夏馬鹿("")、野豬、野雞、金雕等。哈薩克境內還有兔猻、沙漠貓等稀有動物。 在布哈拉以南40公里處有另一個成立於1977年的自然保護區「Djeyran」,面積為51450平方公里。是包括鵝喉羚、普氏野馬、波斯野驢和波斑鴇在內的珍稀動物哺育中心。

  耕地很少。沙漠為畜牧業的中心,主要牧養綿羊和駱駝(單雙峰均有)。沿河流和綠洲有農業定居點,蘇聯曾在此為防治土壤次生鹽鹼化將部分地區改造為富饒的綠洲灌區。  礦藏主要為金、銀、銅、鋁、鈾以及石油和天然氣。在東南部的加茲利(Gazli)天然氣田,和中部建於1970年代的穆倫陶(Muruntau)金礦區比較著名。冶煉中心則集中於納沃伊州境內的納沃伊、扎拉夫尚與于奇庫杜克三個城市。
克孜勒庫姆沙漠(烏茲別克語:英語:Qizilqum,哈薩克語:),亦稱克孜爾庫姆沙漠、克齊爾庫姆沙漠,是世界第十一大沙漠。克孜爾和庫姆在突厥語族語言(含烏茲別克語、哈薩克語和維吾爾語等)中分別指紅色和沙子。沙漠位於中亞阿姆河與錫爾河之間的河間地,包括哈薩克,烏茲別克和部分土庫曼領土,總面積約為29.8萬平方公里。