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  初期的抵抗是自發及缺乏組織的,並不預期為可長期持續。不過當巴軍鎮壓民眾時,抵抗卻反增。「解放軍」更加活躍,巴軍中越來越多孟加拉族士兵變節改投地下「孟加拉軍」。這些士兵逐漸併入解放軍。巴國空運兩個步兵師增援並重整兵力。  1971年4月17日,孟加拉國臨時政府在孟加拉西部的梅黑爾布林縣成立,以身處巴基斯坦囚禁下的謝赫·穆吉布·拉赫曼為總統。佔領軍與孟加拉解放軍之間的戰鬥日趨激烈,估計約1000萬孟加拉人逃難到印度的阿薩姆邦及西孟加拉邦。

  7月,孟加拉劃分為11個區,每區有一位司令官,從變節自巴軍而改投解放軍的軍官中挑選,進行游擊戰及訓練戰士。3個旅(11個營)的兵力集結以進行常規戰,訓練了大量游擊隊(估計有10萬人)。  3個旅(8個步兵營及3個炮兵連)在7月至9月間投入軍事行動。6月至7月間,得到印度援助的解放軍在邊界重新組織,開始派出2000至5000人的游擊隊跨過邊界。這次攻勢未能達成目標。  在訓練階段不太活躍的游擊隊於8月後恢復活動,攻擊達卡的經濟及軍事目標。

  孟加拉的常規部隊攻擊邊界哨站。游擊隊攻勢加強。西巴基斯坦增派8個營兵力。孟加拉的戰士一度攻佔在拉爾莫尼哈德縣及Shalutikar的飛機跑道。巴基斯坦從西巴基斯坦另外增派5個營。

  巴基斯坦空軍在1971年12月3日空襲印度空軍的基地,原意是模仿以色列在六日戰爭突襲摧毀敵方在地面的軍機,可是印度方面早已料到有此行動,計劃沒有達到預期效果,反而正式引發1971年印巴戰爭。  印度出動3個軍進攻東巴基斯坦,加上孟加拉軍的支援,數目上遠比3個師的巴軍佔優。巴軍不能抵擋印軍。1971年12月16日,東巴基斯坦的巴軍投降。  巴軍也在印度西部邊界發動攻擊。

  戰爭期間發生了無數包括屠殺在內的罪行。巴基斯坦軍隊屠殺了約30萬至300萬人並有組織的對20萬到40萬孟加拉婦女進行了種族滅絕式強姦。
孟加拉國解放戰爭(,轉寫:Mukti Judhho;英語:Bangladesh Liberation War)或作孟加拉國獨立戰爭、巴基斯坦內戰,包括1971年印巴戰爭,是指發生於1971年3月26日至12月16日,東巴基斯坦(即今天的孟加拉國)和印度對抗西巴基斯坦(即今天的巴基斯坦)的戰爭。持續時間9個月,最後孟加拉脫離巴基斯坦獨立。