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  1998年2月23日,網景公司成立了“Mozilla組織”,讓它來協調Mozilla應用套件(英語:Mozilla Application Suite)的開發。儘管Mozilla組織主要由網景公司的員工組成,但是理論上,它是獨立於網景公司運作的。Mozilla組織聲稱他們開發的應用套件主要用於測試目的,不適合終端使用者使用,以至於當時一度出現了Beonex Communicator這樣的商業化軟體出現,但是,大多數使用者還是直接去下載官方的Mozilla Application Suite。  當美國線上(網景的母公司)進行大規模裁員後,Mozilla基金會在2003年7月15日成立了,它的目的是保證Mozilla組織可以在沒有網景以後能繼續生存下去。美國線上向基金會提供硬體設施、商標和智慧財產權,並且在三個月內僱用了一個三人小組來協助過渡。美國線上還承諾在2年時間內捐助200萬美元給基金會。  在最初階段,Mozilla基金會開始涉及比Mozilla組織更廣的領域,把以前網景公司的工作都拿來做了。在面臨“終端使用者”的轉型當中,Mozilla基金會和一些商業公司簽約,販售包含Mozilla軟體的光碟並且提供電話支援服務。在這些舉動中,Mozilla基金會選擇了以前網景公司的供應商作為他們的選擇。Mozilla基金會對自己的智慧財產權更加有信心,他們推出了自己商標和使用政策。市場拓展等的新計劃也開始了。  隨著Mozilla公司的成立,Mozilla基金會把所有的軟體開發和商業相關的活動都轉移到這個新的子公司。Mozilla基金會現在只專注於監管和戰略等事宜,也繼續管理一些沒有產品化的計劃,例如:Camino和SeaMonkey。Mozilla基金會所擁有的商標和智慧財產權,全部授權給Mozilla公司使用。Mozilla公司也控制了Mozilla的程式原始碼庫並且決定誰可以提交原始碼入庫。

  

  成立於2005年3月4日,是Mozilla在中國北京的全資子公司,負責Mozilla在華的在地化營銷、社群活動和贊助活動。

  在2005年8月3日,Mozilla基金會成立了一個完全擁有的子公司叫做Mozilla公司,用來繼續開發和發行Firefox和Thunderbird。Mozilla公司承擔軟體發行的計劃,市場和一些軟體分發相關的活動。它也處理一些商業合作,這些合作都帶來了收入。Mozilla公司是一個應稅實體,這讓它在追逐收益以及其他商業活動時也帶來了更多自由。

  Mozilla基金會的董事會有6個成員:  原本克里斯多佛·布里扎德任職於Mozilla基金會的董事會,但是在Mozilla公司成立後,他加入了Mozilla公司董事會,伊藤穰一就接替他加入了Mozilla基金會的董事會。鮑伯·利斯博納和於2006年10月入選Mozilla基金會董事會。  Mozilla公司還有一些員工,在公司成立前是為基金會服務的。  Mozilla的專案通常交給Mozilla.org的委員會來管理,這些委員會的成員後來都成為Mozilla公司的董事會成員和員工。

  2003年,Mozilla基金會成立的時候,除了接受美國線上的200萬美元捐款。米奇·卡普爾也資助了30萬美元。  2004年至2014年,Mozilla和Google簽訂協議,使用Google搜尋作為Firefox瀏覽器的預設搜尋引擎。另外,一個Firefox風格的Google搜尋成為Firefox的預設首頁。贊助協議的具體金額從來沒有被公佈過。這項協議原本至2006年11月到期,然而,Google將協議延長至2008年11月,後來再次延長至2011年。2011年12月20日,Mozilla宣佈協議再次延長至少三年,根據知情人士透露,這次的協議金額為每年三億美元,比起過往的價碼高出許多,原因是多了微軟與Yahoo!的競標。  2014年11月,Mozilla與Yahoo!簽署五年合作協議,Yahoo!搜尋成為北美Firefox的預設搜尋引擎,俄羅斯的預設搜尋引擎是Yandex,在中國是百度。同時也被外界認為Mozilla和Google兩家公司之間的矛盾激化,在關鍵產品上進入全面競爭關係。  然而,在2017年11月,Mozilla宣佈將重新使用Google作為預設搜尋引擎,意味著Yahoo的合作關係提前結束。

  在2006年的時候,OpenBSD專案創辦人西奧·德·若特尋求企業捐款,這些企業使用OpenSSH包裝發行而獲利,當時這筆募資目標為大型企業,如思科、IBM、惠普和紅帽公司,他們都銷售了包含OpenSSH的作業系統,但是這些企業卻未捐助半毛錢。當時,Mozilla基金會發現,他們的很多員工如果沒有使用OpenSSH,就只能透過不安全的方法工作,因此,Mozilla基金會捐贈了一萬美元作為感謝。這筆資金是Mozilla基金會從Google合作中所獲得的收入。  2010年底,Mozilla基金會與合作,努力提高人們對瀕臨絕種的小貓熊的認識。在諾克斯維爾動物園出生的兩隻小貓熊(又名Firefox)幼崽正式成為Mozilla社群的一部分。網友們將幼崽命名為Spark和Ember,而Mozilla則在幾個月內播放了幼崽的24小時直播影片。
Mozilla基金會(英語:Mozilla Foundation)是為支援和領導開放原始碼專案而設立的一個非營利組織。該組織制定管理開發政策,經營關鍵基礎組織和管理商標及智慧財產權。它擁有一個子公司:Mozilla公司,用來僱用開發人員開發Mozilla Firefox網頁瀏覽器和Mozilla Thunderbird電子郵件客戶端軟體的發行版。Mozilla基金會總部位於美國加州的山景城。