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  2003年10月1日,文部科學省宇宙科學研究所(英語:ISAS)、航空宇宙技術研究所(英語:NAL)、宇宙開發事業團(英語:NASDA)合併成宇宙航空研究開發機構。  此前,宇宙科學研究所的責任是宇宙與行星的研究。同時,航空宇宙技術研究所集中在航空研究。1969年10月1日建立的宇宙開發事業團曾經開發過火箭和衛星,也製作了國際空間站的日本太空實驗室。宇宙開發事業團也訓練過宇航員參與美國的太空梭計劃。合併後,宇宙開發事業團總部改為種子島宇宙中心。

  宇航研發機構使用前宇宙開發事業團的H-IIA運載火箭發射工程測試衛星及氣象衛星等等。如發射X射線天文儀器的科學任務則一般用宇宙科學研究所的M-V固體燃料火箭進行。宇航研發機構正在與IHI、洛克西德·馬丁與其它日本企業合作研製世界上第一枚使用用液化天然氣的GX火箭。

  日本具有無人運貨太空船,但還未開發自己的載人太空船。日裔美籍鬼冢承次是第一位日裔太空人,1985年1月24日,鬼冢首度升空,他乘坐發現號太空梭執行STS-51-C任務,而第一位日本國籍的日本宇航員是秋山豐寬,為東京廣播公司(TBS)贊助的記者。他在1990年12月由聯盟號TM-11登入和平號太空站。他在和平號太空站停留了7日,蘇聯稱為他們的第一次太空旅行,花費1,400萬美元。  日本的第一位職業宇航員是宇宙開發事業團的毛利衛,於1992年由STS-47入太空。  在現在的計劃下,宇航研發機構將在2020年左右登月,開始建立月球站,月球站將會於2030年完成。
宇宙航空研究開發機構(;英語:Japan Aerospace Exploration Agency,縮寫:JAXA),簡稱宇宙機構、宇宙航空機構,為負責日本航空太空開發政策的國家研究及發展機構,是隸屬於文部科學省的,同時也是同型別法人機構中規模最大的。其主要任務包括研究、開發人造衛星與發射載具,其它任務包括探測小行星和未來可能的登月工程等。