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  在2009年的APG III分類法,睡蓮目直接置於被子植物分支之下,是繼無油樟目之後較早和其它被子植物分開演化的支系之一。其下包括了三科:

  在1981年的克朗奎斯特分類法裡,睡蓮目屬於木蘭綱(即雙子葉植物),置於木蘭亞綱之下,該分類法的睡蓮目下有5個科:  在1989年Dahlgren分類法裡,睡蓮目屬於木蘭綱木蘭亞綱之下的睡蓮總目(Nymphaeanae),蓮科已被獨立劃為木蘭總目之下的蓮目(Nelumbonales)(後來1998年APG分類法中,蓮科被歸類為山龍眼目),因而睡蓮目只包括三個科:  在1992年Thorne分類法中,睡蓮目屬於木蘭綱木蘭亞綱睡蓮總目,金魚藻科則被獨立劃分為木蘭總目之下的金魚藻目(金魚藻科1998年被AGP獨立分出,2003年被APG II列為真雙子葉植物分支的旁系群),睡蓮目只剩兩科:  在1998年APG分類法及2003年APG II分類法,被子植物種系發生學組(APG)根據遺傳學資料,將睡蓮科直接置於被子植物之下,並建議將蓴菜科與睡蓮科合併。  2007年以來的研究發現,原先被歸類為禾本目的獨蕊草科是睡蓮科及蓴菜科的近親,並擁有形態學及胚胎學證據的支援。  另外,雖然睡蓮科及蓴菜科之間的差異很小,但依然可以明確將兩者區分,因而在2009年的APG III分類法之中,兩者繼續分開並列,和獨蕊草科一起列在睡蓮目之下。

  睡蓮目以下各分支和其它被子植物的演化親緣關係如下:
睡蓮目(學名:)是被子植物的一個目,包含了睡蓮、蓴菜等多種水生草本植物。