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  本作的前半部分與《生化危機2》重疊,女主角吉兒(Jill Valentine)於《生化危機》的洋館事件後,一直調查有關保護傘公司的地下業務。當時美國聯邦政府決定以核彈徹底毀滅浣熊市,於是吉兒展開她的逃亡之旅。在逃亡期間,她受到保護傘公司歐洲分部派來浣熊市的生物武器追跡者(Nemesis)追殺,並且遇上了隸屬於保護傘生物災害對策部隊(Umbrella Biohazard Countermeasure Service,簡稱UBCS)的男主角卡洛斯·奧利維拉(Carlos Oliveira),以及UBCS成員米海爾·維克多(Mikhail Victor)、尼可來·吉諾比耶夫(Nicholai Ginovaef)。吉兒及卡洛斯逃至市政府時,吉兒不幸受到追跡者攻擊而感染了T病毒,於是卡洛斯便到Umbrella公司旗下的附屬醫院尋找解藥。  本作的後半部分發生於《生化危機2》之後,吉兒已經康復過來,於是繼續出發逃命。此時美國聯邦政府已經準備發射導彈實施「滅菌作戰計劃」,吉兒需要在15分鐘內離開浣熊市。最後,在垃圾處理場成功擊倒追跡者,並且與卡洛斯乘坐直升機離開(直升機機師相信是《生化危機》中的巴瑞·巴頓(Barry Burton))。

  玩家操作本作的主人公吉兒·範倫廷,在危機四伏的拉昆市,一路上一邊對付四處出沒的怪物,一邊進行事件調查,排除機關並尋找出路,在其他劇情橋段,亦可以操作其他人物來繼續推進劇情。

  緊急迴避系統是本作的新元素,當敵人作出攻擊的瞬間一刻按動拔槍鍵便會作出緊急迴避動作,避免受到攻擊。

  本作的彈藥可透過物品組合組成出來,可組成除火箭炮、重機槍、輕機槍之外的所有型別子彈,而且組合次數會累積經驗,合成的子彈會越多,能合成強化手槍子彈及強化霰彈。

  傭兵模式(The Mercenaries)是本作備受讚賞的新元素,提供了一個迷你遊戲就是救出市內生還者的工作。完成任務後,玩家可以得到金錢以購買武器於故事模式中使用。

  本作繼承《生化危機2》的換裝,以S級通關一次後,重啟遊戲並可在道具箱中可得到一把服裝店的鑰匙,之後便可開啟上鎖的服裝店以及各個服裝間,更換各種服裝,其中一個是恐龍危機的女主角蕾吉娜造型。此鑰匙在PC版中不適用,PC版可在遊戲開始前,直接選擇服裝。而鑰匙在遊戲中只能開啟服裝店門,不能開啟各個服裝間。
是卡普空公司生化危機系列的第三集的本篇遊戲,最先於PlayStation上發售,其後被移植到DreamCast、PC(Windows)及任天堂GameCube上。本作的故事被好萊塢電影《生化危機2:啟示錄》作為故事藍本。中國大陸由育碧中國代理髮行PC中文版;臺灣由第三波資訊代理髮售PC中文版。