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  巴黎里昂車站於1849年8月12日建成,當時只是叫做“里昂月臺”(L'embarcadère de Lyon),並且只有一座木製站屋。1855年,第二代站屋落成,這時才定名為巴黎里昂車站,並且作為巴黎-里昂-地中海鐵路公司鐵路網的起點。當時,為了防止附近塞納河洪水氾濫的威脅,車站的地基比周邊高處6~8米。當時車站長220米,寬42米,只有5條路軌,路軌上方是一個大門廊。1871年巴黎公社時期,車站區域性被火焚燬,後來依照原樣進行了修復。  1900年為迎接巴黎世博會,巴黎里昂車站又進行了一次重建,工程由圖盧茲工程師負責,新車站的軌道新增到13條,並且車站門面上建成了一個64米高的鐘塔,同時車站也建成了地下通道通往新落成的巴黎地鐵。  此後,直到1970年代,巴黎里昂車站一直都沒有什麼大變化。1970年代中葉修建RER時,車站門面朝向貝西路(rue de Bercy)和貝西大廳被拆毀,並且深挖了兩層地下月臺,供RER A線和東南路網遠郊車(後來整合入D線)使用。1981年,2號站廳投入使用,主要用於接發TGV,並且安裝了必要的裝置。1984年12月28日,巴黎里昂車站成為法國曆史文物之一。1988年6月27日,地下遠郊車月臺發生一起慘重的列車相撞事故,造成56人死亡,57人受傷。1998年,最新的地鐵14號線開通,方便乘客來往於巴黎兩個鐵路車站——里昂火車站和聖拉扎爾車站(Gare de Paris-Saint-Lazare)之間。2011年,隨著法國高速鐵路萊茵河-羅訥河線開通,巴黎里昂車站新開通了前往米盧斯方向的高鐵列車,而原有了前往克萊蒙費朗方向的城際列車服務則轉移至相鄰的巴黎貝西站。  巴黎里昂車站一層大廳內坐落著一間餐廳——藍色列車餐廳(Le Train Bleu),該餐廳於1972年9月28日成為法國曆史文物之一。不少電影都曾在那裡取景。

  

  巴黎里昂車站共有兩個站廳,為地面盡頭式車站。

  1號站廳位於車站西南側,法蘭西島大區列車R線也在此站廳始發。站廳中部設有地下通道可連線地鐵及快鐵站廳。

  2號站廳位於車站東北側。站廳中部設有地下通道可連線地鐵及快鐵站廳。

  巴黎里昂車站內的快鐵車站是一個雙層地下車站,其中地下一層共有四個軌道,供法蘭西島大區快鐵D線使用;地下二層共有兩個軌道,供法蘭西島大區快鐵A線使用。站臺層之間與地面均設有自動扶梯,並配有無障礙設施。

  以下列車線路在巴黎里昂車站停靠:

  

  里昂火車站的地下有相應的地鐵站,方便乘客乘坐地鐵1、14號線前往巴黎市區各處。地面也有對應的公交站,方便乘客乘坐各條公交線路前往巴黎市區各處。  另外,地鐵5號線車站雖與車站有一定距離,但乘客可以憑一張單程票進行出站-入站轉乘。

  !align="center" |公交車站名稱!align="center" |位置!align="center" |停靠線路 20 里昂火車站() ↔ 聖拉扎爾車站()<br> 24 奧斯特里茨車站() ↔ 邁鬆阿爾福獸醫學校站()<br> 63 里昂火車站() ↔ ()<br> 65 里昂火車站() ↔ 小教堂門()<br> 87 戰神廣場() ↔ 勒伊門() 20 里昂火車站() ↔ 聖拉扎爾車站()<br> 24 奧斯特里茨車站() ↔ 邁鬆阿爾福獸醫學校站()<br> 29 蒙唐普瓦夫爾門() → 聖拉扎爾車站()<br> 57 快鐵拉普拉斯站() ↔ 巴尼奧萊門()<br> 61 奧斯特里茨車站() ↔ 龐坦教堂()<br> 63 里昂火車站() ↔ ()<br> 65 里昂火車站() ↔ 小教堂門()<br> 87 戰神廣場() ↔ 勒伊門()<br> 91 蒙帕納斯高鐵站() ↔ 巴士底()<br> 20 聖拉扎爾車站() → 里昂火車站()<br> 87 戰神廣場() → 勒伊門()<br
巴黎里昂車站()是法國國家鐵路(SNCF)在巴黎的七大列車始發站之一,位於巴黎市區東偏南的十二區。包含了多種鐵路運輸服務和城市軌道交通服務,如巴黎地鐵,大區快鐵(RER),遠郊鐵路(Transilien),省際列車(TER),TGV等。巴黎里昂車站是巴黎通往法國東南各城市的鐵路網起點,比如馬賽、里昂等城市,同時也是開通法國首條TGV線路的車站。就旅客人數而言(每年約有8300萬人次),目前巴黎里昂車站是巴黎第三繁忙的鐵路車站。