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  咸豐六年(1856年),在太平天國運動的推動下,滇西爆發了回、漢、白、彝各族人民的反清運動,回族杜文秀被推選為“總統兵馬大元帥”。亦稱回變,其中杜文秀攻佔大理,杜文秀任大元帥,轄屬由回族、漢族、黎族、白族組成的18大司。亦傳杜文秀本人意圖在雲南建立伊斯蘭蘇丹國(實際上當時杜文秀政權遙奉太平天國為正統,有大司馬、大將軍、大司空的漢家管制)。大理政權末期,杜文秀義子劉道衡(實際上只有大理城被圍後劉道衡和英緬當局進貢給英帝國的名錶中才有這一稱呼,並未發現杜文秀本人有蘇丹名號的任何直接依據),曾以蘇丹親王(劉道衡在大理城被圍後曾以此名號出使英國,路上大理城即被破,杜文秀本人並不知道劉道衡出使英國的事項,因為早就被圍城。杜文秀本人留下的印章和署名都是兵馬大元帥,從未出現蘇丹稱號。)的名義赴倫敦,向英國女王獻表求助,但被英帝國拒絕(時下,太平天國已經徹底被西方放棄,英帝國已經和清廷做好了交易)。期間清廷平定回變,劉道衡滯留緬甸。雲南回亂(嚴格意義上來講是雲南多民族叛亂,因為參與者不僅僅是回族,漢族、黎族和白族都佔有相當比例。同治初年,回民人口約佔雲南總人口的十分之一,因此次反清政府叛亂回民參與比例較高,導致戰後雲南回民死亡失蹤近90%,直到1945年抗日戰爭後雲南回民也不到雲南總人口的1.5%)迅速波及到貴州、四川,乃至回民聚居的陝甘。雲南回民頭目任武在這時前往陝西鼓動宣傳。

  清朝同治年間,西北的官僚對西北民眾施以沉重的田賦附加。清代的田賦附加,起於康熙六十一年,當時每正賦銀一兩之上加徵“耗羨”二錢,以為政府辦公費和官吏津貼之用。乾隆年間,加徵 “平餘”,巧立名目,攤派重疊。到了嘉慶道光年間,正賦一兩之上,“正耗”、“平餘”加至一兩五六錢之多,換言之,實收的田賦增加到了正規田賦的160%。陝西田畝,除了民田之外,還有元明時期留下來的“屯衛田”、“更名田”,都是官產,農民種官田者,必須繳納 “本色”、“樣糧”、“土糧”、“餘糧”等,倉吏收租時,巧立名目,把十多個專案攤入租賦之中。在同治年間以前,以永豐、敬錄兩倉道來說,每年政府收入的徵糧不過十八萬石,而官吏對納糧百姓的強徵量就有二十幾萬之多。貧苦農民,無論回漢,已經無法生存,還要忍受附加之外的傜役。西北地區,清代一直戰事不斷,自從統治者發動新疆、西藏、金川、鎮壓白蓮教等戰役以來,兵差特別繁重,例如乾隆二十年,為供應索倫錫伯軍隊過境,陝甘八個州府供應的軍需物資,派遣了一萬一千九百頭馬騾。鴉片戰爭以後,清政府對外割地賠款,對內需要籌措大量軍費鎮壓各地農民起事,因而對農民的苛捐雜稅更為加重。陝西地區,在回民暴動之前就爆發過兩次農民運動。第一次是咸豐六年(1856年),渭南縣渭河以北的農民,反抗鹽課攤派而“交卸農具”,它是類似工人罷工的消極反抗辦法,後來很快就被官府瓦解;第二次是在咸豐十一年(1861年),臨潼縣李橋人楊生華號召村民起義,渭河以北幾個大鎮都參加了,與官兵相持數月後失敗,楊生華全家被殺。鴉片戰爭之後,清廷割地賠款,財政負擔加重,開始加劇了賦稅和徭役。自太平天國蹂躪江南以來,清廷喪失了最大的財政來源,財政壓力就被轉移到了北方。隨著咸豐末第二次鴉片戰爭爆發,直隸遭受威脅,河南山東捻軍的爆發以及雲南貴州等地回民戰爭的加重,其財賦之壓力更轉移到了西北及山西等地。陝西是西北比較富庶的地區,被視為餉源所在,成為清政府以鎮壓太平天國的人力、物力和財力的主要基地之一。《清實錄》記載:“此時京餉及各軍餉糧,均賴山、陝西省接濟。”湖北巡撫嚴樹森說:“陝西為財賦之邦,西、同、鳳三府又為精華薈萃,近年用兵各省,皆借陝西協餉聊以支援,即京餉鉅款亦多取盈於此。”

  當時南方和中原發生太平天國和捻軍起義,陝西清軍大部奉調南下,陝西清軍空虛,後期陝西回亂十八元帥之一的白彥虎就曾被徵召參與鎮壓太平天國等叛亂。

  當時前江西巡撫張芾因母親去世,丁憂在西安老家,咸豐十一年(1861年)太平軍與捻軍進逼陝西,清廷就地起用張芾協辦團練抵禦。回民暴動初期,因太平軍和捻軍已經進入陝西,張芾在當地素有聲望,遂自告奮勇,親身調解回漢衝突。他點名要回民頭目任武出面,任自當時發生回變的雲南來,率領回眾綁架張芾,並聲稱在張的坐轎發現“秦不留回”的傳單,將張芾殺死,又為消除回民疑懼,殺死自己的妻兒。

  

  聖山砍竹是發生在回變前夕的一次嚴重的回漢械鬥。舊史籍認為戰亂是由砍竹事件引起的。“四月發賊從大峪出,渭邑(渭南)趙權中曾募回勇五百防劉峪口(在華縣南),至是潰逃沿途滋事,經聖山村砍竹,瓜坡鬥毆,回勇赴州控訴,濮公(華州知州濮堯)詢其理屈,堂諭:‘向後回傷漢民一以十抵,漢傷回民十以一抵。’快頭秦英回民也,忿忿下堂謀變益亟。”巡撫瑛棨奏摺中也稱:“查此次漢回起釁,由華州回民購買竹杆,因漢民增價居奇,互相爭鬧,遂致斃傷回民。”

  1862年五月張芾被回民殺害後,回民武裝發展迅猛,於1862年6月底圍攻陝西省城西安。同年回民馬佔鰲、馬桂源、馬文祿等各自在甘肅(省境包括今寧夏、西寧市)境內起兵,哲合忍耶派教主馬化龍也在金積堡(在今寧夏吳忠市境內)起兵。1862年五月,清廷命令多隆阿督辦陝西軍務,可是多隆阿的部隊在途中被太平軍所阻,清廷於是另派勝保帶兵入陝。勝保被回軍擊敗,卻謊報戰勝,清廷只好再命多隆阿進兵陝西。多隆阿於十一月抵達潼關後,勝保就被清廷解職及逮捕回北京審訊,由多隆阿負責在陝西與回軍作戰。1863年二月,多隆阿攻佔回軍在同州的兩個重要據點羗白鎮和王閣村,九月攻佔蘇家溝和渭城灣,殺死敵軍一萬七、八千人。至此陝西回軍被迫向甘肅撤退。多隆阿又攻擊當地「順天軍」藍大順部,1864年4月1日,多隆阿收復盩厔,進城時遭流彈擊中,延至5月18日傷重不治。  回民起事後,大量漢民從鄉間逃入有清軍和民團防守的城市逃避殺戮。1863年正月,回軍攻陷固原城,「城內官民男婦共死者二十餘萬人」。1863年八月,回軍攻陷平涼府城,「官員死節者百餘,士民死者數十萬」。1863年十月,回軍在寧夏府城屠城,「漢民十餘萬被屠殆盡」。同月馬化龍的回軍進攻靈州城,有城內回民作內應而攻陷靈州城,「屠戮二萬餘人」。同年鞏昌府「城內回民二千餘人,俱為漢民殺盡」。1864年二月,回軍攻陷渭源縣城,「屠毒生靈以數萬計,滿城官員皆死之」。

  多隆阿死後,清廷任命楊嶽斌為陝甘總督接手鎮壓回軍。陝甘地區此時除了戰亂更有旱災,境外接濟又不足,當地清軍糧餉短缺,多次發生譁變,楊嶽斌無法解決問題,遂於1866年請辭,清廷改派左宗棠接任陝甘總督。  1866年,回軍攻陷靖遠縣城,對漢人實施滅族屠殺,「漢人死者男婦約十萬」。1867年四月,回軍攻陷合水縣城,「人民殺斃餓死者十有六七」。

  左宗棠接任陝甘總督後,認為「進兵陝西,必先清關外之賊;進兵甘肅,必先清陝西之賊;駐兵蘭州,必先清各路之賊」。左宗棠首先進攻捻軍,1868年西捻軍被平定後,左宗棠回到陝西進攻回軍。有鑑於前任楊嶽斌因糧餉不足而一籌莫展,左宗棠計劃推行屯田,以及從外地買糧運入陝甘。左宗棠的軍隊大量配備西式槍炮,是後來成功消滅各地回軍的重要原因。左宗棠派劉松山進攻陝北,1868年十二月,劉松山軍擊敗以陝北為根據地的漢人武裝董福祥軍,董福祥遂率領部眾逾十萬人歸降,劉松山擇其精銳編成清軍三營加強兵力。

  陝西回民武裝在甘肅東部成立了“十八大營”,反擊陝西。1866年回軍退守甘肅。陝西回軍馬正和、白彥虎等部以董志原(今甘肅寧縣)作為主要根據地,總兵力約二十萬人。1869年二月,左軍攻佔董志原,收復慶陽,是役回軍損失超過二萬人,至五月已肅清陝西境內的回軍。陝西回軍向甘肅北路回軍馬化龍部的根據地金積堡撤退。  回回之中有間諜幫政府抗打其他回回。當大荔城被回軍圍困時,有一家回人名馬官府,住在東街原天主堂的西邊(現在作了拖拉機站)。他聽說城內回回要內應造反了,就向知府告密。知府知悉,命團練把城內回民屠盡,只留了告密者一家。  在艱苦得打贏後,清軍在渭南市屠殺回民2萬多人,清軍在西安附近屠殺了數萬個回民。

  左宗棠派劉松山從陝北向金積堡進軍,追擊陝西回軍,另派雷正綰等從董志原等地向固原進軍作為支援。馬化龍在1866年向清朝請降後,仍然保留武裝,繼續經營以金積堡為中心的地盤,並援助其他回軍。左宗棠認定馬化龍不是真心歸順朝廷,馬化龍也知道左軍不懷好意,亦增購軍火彈藥和加強防禦工事備戰。1869年八月,劉松山進攻靈州一帶的回軍。馬化龍此時面對清軍逼近金積堡,代陝回求和不成,又重新反叛。1869年九月,馬化龍的回軍在靈州屠殺漢民十餘萬人,而漢民的財產及婦女被回軍據為己有。同月劉松山攻佔靈州。劉松山繼續向金積堡進攻,遇到抵抗清軍的回民堡寨時,經常在攻破後即不分軍民全部屠殺。1870年正月,劉松山戰死(一說在接受回軍投降時被刺殺,不過此說法很難成立,因為沒有任何可靠史料能證明當時劉松山有接受投降的記錄。劉將軍當為戰死,這與後期馬佔鰲先斬殺清軍大將,後期彈盡糧絕又請降如出一轍)。回軍乘機反攻,再進入陝西境內。清廷命令李鴻章協辦陝甘軍務,增派淮軍二萬多人入陝西。左宗棠起用劉松山的姪兒劉錦棠接掌劉軍,以董福祥為先鋒,繼續進攻金積堡。1870年三月,陝西境內的回軍又被肅清。  1870年五月發生天津教案,李鴻章被召至天津善後,及後更出任直隸總督,淮軍也從陝西撤走,鎮壓回軍之事由左宗棠繼續。在清軍的封鎖下,金積堡糧食短缺,遂放出平民向清軍投降以減少糧食消耗。1870年十一月,堅守金積堡多時的馬化龍糧盡援絕,向清軍投降。馬化龍投降時承諾交出全部軍械,其後清軍以在金積堡內掘出馬化龍私藏的大批洋槍為名,左宗棠在1871年正月處死馬化龍,並殺死他的親屬及部眾約二千人,其他投降回民則被分開押往不同地點安置。

  1871年左宗棠進駐甘肅。陝西回軍殘部從金積堡逃到河州,後來再逃到西寧。1872年四月河州回軍頭目馬佔鰲投降,被左宗棠編入清軍。

  左宗棠下一目標是盤據西寧的馬桂源、馬本源兄弟。1872年十月,清軍收復西寧城。1873年二月,馬桂源、馬本源被俘,後被處死。以白彥虎為首的殘餘回軍被迫退出青海。白彥虎逃到新疆投靠阿古柏,後來又逃至沙俄並最後死於俄國。

  1873年九月,甘肅西北部肅州回軍首領馬文祿在堅守肅州城兩年後也接近糧盡,向左宗棠投降。肅州城曾經有漢民三萬餘人,經歷回軍殺害精壯、擄掠婦女後,到清軍收復時只剩下老弱者一千多人。左宗棠在同月處死馬文祿,清軍並殺死投降的回軍一千多人及城內除老弱婦女外的殘餘回民數千人,同治陝甘回變就此告終。

  清政府在嚴厲鎮壓回民暴動的同時也對放棄武裝的回民進行一定安撫綏靖處理,其目的是為了維持陝甘地區穩定,防範回民再次暴亂。其善後措施主要有:  左宗棠安置投降回民時,把他們與漢民分隔安置,避免回漢雜居,並且分散安置。清政府限制被遷移的回民不得遷回原居地,回民如需遠行,需要向官府申請「路票」,限期返回。  馬化龍降而復叛,終為左宗棠所殺。馬佔鰲因為在“新路坡”戰鬥中打死了左宗棠悍將傅先宗、徐文秀,並使進駐新路坡的四十營湘軍全部潰散,一戰成名。戰勝後的馬佔鰲派自己的兒子馬七五等十名戰將的兒子——“十少爺”,赴定西左宗棠中軍大營請降。接下來,馬佔鰲、馬海晏等十二名首領親赴蘭州,夜宿在鏽河沿清真寺。在去見左宗棠時,馬佔鰲還專門身帶鐵鎖,以示負荊。而左宗棠不但去了他的夾鎖,還與他徹夜長談,誇他“明大義,懂軍事”,為馬佔鰲網開了一面,沒有像其它地方一樣進行嚴厲的善後。

  這場戰亂極大地改變了陝甘兩省的民族分佈。據《中國人口史》一書的統計,戰爭前的咸豐十一年(1861年),甘肅(此時的甘肅包括今寧夏回族自治區和青海省西寧市海東地區)全省人口總數約為1900萬人,戰後的光緒六年(1880年)人口僅存495.5萬人,人口損失約1400萬人,兩個民族都遭受嚴重損失。損失比例為74.5%。陝西人口在咸豐十一年(1861年)有1394萬,從同治元年(1862年)到光緒五年(1879年)的17年間銳減至772餘萬,人口損失總數高達622萬,大約佔戰前人口總數的44.6%。17年中,因戰爭原因造成的人口損失約有520.8萬,在全部損失人口中所佔的比例高達83.7%,而災荒期間損失的人口不過101.2餘萬,佔全部損失人口的比例僅有16.3%。回民在這次戰亂中的損失也相當大。戰亂過後,陝西省原有最少400萬的回民最後僅剩下西安城內和陝南的2-3萬與其他6萬餘安置於平涼、涼州的投降人口。甘肅省回民在戰爭中死亡失蹤超過十分之八的人口,漢民也死亡失蹤近十分之七。一部分回民大約5000人隨白彥虎逃至俄國,演變為今天的東干族。
同治陝甘回亂(1862年-1873年),是於19世紀清朝同治年間發生在中國西北地區的一場大規模的回民動亂,期間陝甘地區回漢族群之間存在大量殘酷地屠殺行為。該次戰爭的起因複雜,主要是由於太平天國運動導致清朝西北防務空虛和西北官僚、地主對其治下人民日益深重的盤剝,在一部分激進回族伊斯蘭教職人員和欺壓地方群眾的清政府官吏的挑撥下,加上大環境中長期以來回民、漢人生活習慣和宗教信仰的不同,使得回民和漢民由於互相的恐懼和憤恨情緒,導致矛盾空前激化。戰爭由陝甘回民和哲合忍耶蘇菲門宦在聖山砍竹事件後的武裝暴亂開始,主要表現為回民,漢民之間的相互屠殺及清軍對反清軍隊的鎮壓。