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  特有種常發生在地理上被隔絕的地區,比如說島嶼、高山、湖泊等,因為海洋、山谷或陸地造成地理隔離,使得他們和別的群體失去了互相交配的機會。原本屬於同一個物種的這兩個群體則各自繼續演化,而終於演變成兩個不同的物種。這個過程稱為「物種形成」或「種化」。除了地理隔離造成的種化之外,特有種也可能源自在少有其他競爭者的新環境發生輻射適應,或是其他地方的生物發生滅絕。  特有種除了被地形分隔,也可能沒有特別的分隔,只是分佈範圍被氣候或區遭的生態環境限制。比如說,某些物種可能只能在澳洲東南部、或者是熱帶的昆士蘭發現,那麼它們則被視為是該地區的特有種。

  值得注意的是,算不算特有種取決於該生物的定義、以及所描述的地理範圍。例如灰熊不是加州的特有種,也不是美國的特有種,但它是北美洲的特有種;而雖然灰熊是是北美的特有種,但灰熊其實是棕熊的亞種,而棕熊的分佈範圍也包括歐亞大陸,不是北美特有種。因為這些定義都是人為的(亞種沒有固定的定義),其認定也沒有固定的標準,有時會受到政治目的影響,例如臺灣黑熊和櫻花鉤吻鮭(又稱臺灣鮭魚)分別是亞洲黑熊和櫻鱒和的亞種,但也被稱為臺灣特有種(或特有亞種)。
特有種(英語:endemic species,指特有性之現象或性質,英文為英語:endemism)是指「因歷史、生態或生理因素等原因,造成其分佈僅侷限於某一特定的地理區域或大陸,而未在其他地方中出現」的物種。有些特有種原來就起源於該地區,這些物種因此又可以稱為該地區的固有種或土著種,比如說無尾熊和紅袋鼠,都僅產於澳洲,而未在世界上的其他地方發現過,因此兩者都是澳洲的固有種動物。有些則是從其他地區遷來的,比如說南美洲的駱馬("Lama guanicoe"),根據古生物學的資料,它原發生於北美洲,是北美洲的固有種,後來卻在原產地絕滅了,現在的駝馬只分布在南美洲,成為該洲的特有種。