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  該地區人類居住的歷史可以追溯到印地安文明。至1604年,聖約翰河在法國繪圖家薩繆爾·德·尚普蘭在對芬迪灣的繪圖過程中發現。尚普蘭發現聖約翰河的這一天正好是聖約翰施洗日,所以這城市被命名為聖約翰。有見此地的戰略價值極高,查爾·德拉圖爾()於1631年在聖約翰河出海處的東岸建立一個要塞,名為聖瑪麗堡()。  英國於18世紀建立了哈利法斯後,法國方面亦意識到英軍大可從哈利法斯經聖約翰河走廊來攻擊魁北克城。為了防衛此要點,法方從1749年起在18個月內沿此走廊修築了三個要塞,分別為加斯帕羅堡()、布瑟舒爾堡()和位於聖約翰河出海處的門那古鄂希堡()。法國-印第安人戰爭期間,法軍在1755年布瑟舒爾堡戰役中戰敗後,英軍中校羅伯特·蒙克頓()派遣官兵去爭奪門那古鄂希堡。在英軍佔上風的情況下,法軍燒燬了門那古鄂希堡,並撤退至聖約翰河上游。在此之後,法國在阿卡迪亞也僅餘路易堡()一座要塞。

  聖約翰的氣候為溫帶大陸性溼潤氣候。由於芬迪灣不會完全結冰,聖約翰的冬季較內陸地區和暖。縱雖如此,在西風盛行(即從內陸吹來)的情況下,聖約翰一月的平均氣溫也只得攝氏-8.2度。夏季氣溫從清涼至微熱,日間氣溫通常不出攝氏25度,有霧的日子頗為常見,但通常到下午便會消散。  聖約翰的年降水量約為,晚秋至初冬的降水最多。冬季下雨和下雪的日子同樣常見,而冬季期間地面沒有積雪的情景也無甚特別。

  自從20世紀70年代以來,該城市的人口持續下降,但2011年首次出現了回升。

  1964年,新不倫瑞克大學在聖約翰建立了分校。
聖約翰市(英語:City of Saint John;)是加拿大新不倫瑞克省第二大的城市。聖約翰坐落在聖約翰河注入芬迪灣北岸所在,於1785年建市,是加拿大首個建制為市的社群。至2011年,該城市有70,063人,而大聖約翰地區則有127,761人,較2006年增長了4.4% 。自從愛爾蘭大饑荒開始,該城市的主要人口由效忠英國的人轉變為愛爾蘭人。通常聖約翰被認為全加拿大最“愛爾蘭的城市”。