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  據《明史》記載,方孝孺自幼聰明好學、機警敏捷,雙眼炯炯有神,每天讀書量超過一寸厚,被鄉人稱呼為「小韓子」(小韓愈)。長大後拜大儒宋濂為師,為同輩人所推崇,即使身為長輩的胡翰、蘇伯衡均自稱不如。方孝孺亦常把闡明王道、追求天下太平為己任。一次方孝孺臥病在床,家裡斷糧後家人相告,方孝孺反笑道:“古人所說‘三旬九食’,貧窮是常有的事。”後其父方克勤因空印案受牽連被誅殺,方孝孺為此扶喪歸葬、哀慟行路。直到服喪結束後,再跟從宋濂完成學業。  洪武十五年(1382年),因東閣大學士吳沉、楊樞的舉薦,明太祖朱元璋召見了方孝孺。太祖見方孝孺舉止端莊,學問淵博,稱讚他是個不可多得的人才。此後方孝孺為仇家所牽連,被逮捕入應天府。朱元璋看到其名後,釋放歸鄉。洪武二十五年,方孝孺再次因舉薦被召見。由於方孝孺力主施行仁政,先德化而後政刑;而太祖則主張以猛治國,運用嚴刑峻法控制官民,所以他沒有對方孝孺加以重用。雖然如此,太祖卻有意栽培方孝孺,於是任命其為陝西漢中府教授。後太祖之子蜀王朱椿聞其賢,聘為世子師,並親題「正學」二字贈其書齋。

  洪武三十一年(1398年),明太祖死,皇太孫朱允炆繼位,即為明惠帝。惠帝即位後,即遵照太祖遺訓,召方孝孺入京委以重任,先後讓他出任翰林侍講及翰林學士。惠帝敬重方孝孺,讀書時每有疑難即向他請教,處理國家大事也會徵求他的意見,有時還會讓方孝孺批覆群臣的奏章。當時宮中纂修《明太祖實錄》及《類要》等史籍,皆由方孝孺擔任總裁。後定官制,孝孺改為文學博士。惠帝對方孝孺有知遇之恩,使方孝孺十分感激,他也決心竭盡全力輔助惠帝治理天下。  當時各地藩王勢力日益增大,惠帝聽從兵部尚書齊泰和太常寺卿黃子澄的削藩建議,以加強中央集權。駐守北平的燕王朱棣(即後來的明成祖)遂以「清君側」為名,誓師「靖難」,揮軍南下京師。惠帝亦派兵北伐,當時討伐燕王的詔書檄文都出自方孝孺之手。  因為燕軍驍勇善戰以及建文帝等人的錯誤指揮和判斷,王師逐漸失利。建文三年,燕軍攻佔大名。方孝孺建議道:“燕兵在大名長久停頓,天氣炎熱,定會不戰自疲。請急命遼東部隊進入山海關進攻永平、真定部隊進攻北平,燕兵必然回援。我們再發兵攻擊撤退部隊,即可擒下。”明惠帝贊同,並命方孝孺草擬詔書,派遣大理寺少卿薛嵓抵達燕軍,並赦免燕王罪行,使其罷兵回藩。又為宣諭數千言授於薛嵓,派其在燕軍中祕密傳散。薛嵓抵達後卻藏匿宣諭不敢出,而燕王朱棣亦不奉詔。同年五月,吳傑、平安、盛庸發兵擾燕軍餉道,燕王復遣指揮武勝上書請求罷免三者職位,惠帝將要批准時,方孝孺稱:“一旦兵罷後,就不可能聚起了,請不要被迷惑。”惠帝於是決定堅持與燕軍作戰。不久,燕王朱棣攻佔沛縣,燒燬糧船。當時黃河以北部隊無戰功,而山東德州的餉道被封,方孝孺為此憂心焦慮。於是建議惠帝派遣錦衣衛千戶張安帶璽書於燕世子朱高熾,假借與朱高熾簽訂密約為由,離間朱高熾與其弟朱高煦,使朱棣生疑北返,以打通通往德州的餉道。後送遞時,朱高熾得書不啟封,離間於是未能成功。  建文四年(1402年)五月,燕軍抵達長江以北,惠帝下詔在各地徵兵。方孝孺稱:“情形已經非常緊急了。宜派遣人答應割地,以拖延時間,東南各地的募兵才能彙集起來。燕軍不善於水戰,在長江上決戰,勝負還尚未定。”惠帝於是派遣堂姑慶成郡主到燕軍勸說,朱棣不聽,惠帝於是派遣水軍集合。然而,水師大將陳瑄卻將戰艦投降燕軍,使其得以渡過長江。同年六月,惠帝非常憂愁恐懼,有人勸其轉移到其他地方,再圖復興。而方孝孺則力請堅守南京應天府,以待援軍。即使事有不濟,也會為社稷而死。然而,李景隆開金川門讓燕軍入城,後惠帝在宮內自焚而死(一說他由地道逃亡,從此失去蹤跡)。燕王進京後,文武百宮多見風轉舵,投降燕王。方孝孺拒不投降,結果被捕下獄。

  當時方孝孺已經是名聞天下的第一大儒,其學識品德為四海所稱頌。朱棣起兵時,其謀士姚廣孝曾對他說,“城破之日方孝孺是決不會投降的,但萬萬不能殺他,否則天下讀書種子(能承先啟後的讀書人)將會滅絕。”朱棣點頭答應。其實,朱棣也有意借用方孝孺的威信來收攬人心,所以當燕軍攻破南京後,朱棣屢次派人到獄中向方孝孺招降,希望由他撰寫新皇帝即位的詔書,方孝孺堅決不從。隨後朱棣強行派人押解方孝孺上殿,方孝孺披麻帶孝而入,悲慟至極,哭聲響徹大殿。  朱棣上前安慰方孝孺,告訴他惠帝已死,並勸他輔助自己即位,就像周公輔佐成王一樣。方孝孺厲聲質問朱棣:「那成王(意指惠帝)在哪?」朱棣稱惠帝已經自焚。方孝孺繼續質問:“那為何不立成王的兒子(意指惠帝的兒子)為君呢?”朱棣答道:“國賴長君。”方孝孺繼續追問:“為何不立皇弟呢?”朱棣則稱:“此朕家事。”並命人將筆墨投到方孝孺面前,聲稱:“詔天下,非先生草不可。”強迫他寫詔書。方孝孺接過筆,寫上「燕賊篡位」幾個字後,即擲筆於地,罵道:「死即死耳,詔不可草。」朱棣見方孝孺寧死不屈,即威脅道:「汝不顧九族矣!」方孝孺義無反顧地斥責說:「便十族奈我何!」朱棣怒不可遏,命人把其押赴集市施以磔刑,時六月二十五日。。  方孝孺被打進死牢時,明成祖朱棣派人大肆搜捕方孝孺在京的親屬,並在行刑當日把他們押往刑場,在方孝孺面前一一殺害,場面十分殘忍。方孝孺的弟弟方孝友將要被殺的時候,方孝孺看著弟弟,流下了眼淚,方孝友說:“阿兄何必淚潸潸,取義成仁在此間。華表柱頭千載後,旅魂依舊到家山。”  方孝孺強忍悲痛,始終不屈。被凌遲殺害於南京聚寶門(今中華門)外,時年四十六歲。《明史》中為施以凌遲。  方孝孺被殺後,無人敢收屍,戴德彝撫尸慟哭不已,絕食三日,有詩云:「臨危生死決須臾,為國寧憐家與軀?繼志情殷愧力短,承先念切遇時渝。關山欲斷春秋淚,骨肉長分南北區。手澤遺今無復守,聊憑風雨泣桑榆。」最後方孝孺遺骸由門人廖鏞、廖銘收葬於聚寶門外山上,隨後兩人也因此連坐被誅。方孝孺妻子鄭氏與子方中憲、方中愈上吊自殺,兩個女兒亦跳入秦淮河自盡。  方孝孺的宗族親友前後受誅者達數百人,受牽連者達數千人,其門人中以身殉者有盧原質、鄭公智、林嘉猷,史稱“誅十族”。

  永樂二十二年,明成祖朱棣駕崩後,長子明仁宗朱高熾繼位。同年11月,朱高熾寬待齊泰、黃子澄、方孝孺等建文忠臣族人,並赦免之。齊、黃二人各有一子被找到並赦免。方孝孺未找到子嗣,找到了其堂兄方孝復,並赦免方孝復。萬曆十三年三月,釋放因方孝孺連坐的戍邊後裔,其分別流放到浙、贛、閩、粵、蜀等地的人數有一千三百餘人。有地方縣誌記載孝孺可能並無絕後,《明實錄》亦記載方孝孺的幼子方德宗是為數不多的倖存者。 方德宗其後為逃避追捕,南逃至廣東東莞一帶。  明世宗時期,松江人俞斌自稱為方孝孺後人,並纂寫《歸宗錄》,一時士大夫均紛紛相信,之後才被方氏後人察覺。  明神宗時期,有詔書褒獎記錄建文年間忠臣、並在南京建造表忠祠,祠中所列人物中,徐輝祖為首,其次即為方孝孺。  弘光帝時期,贈孝孺太師,諡文正。妻鄭,諡貞愍。  據陳伯達回憶,他有次向毛澤東推薦方孝孺寫的《深慮論》,毛澤東說:「他自己的命運怎麼樣?他自己的命運都慮不到,還談什麼深慮?」

  方孝孺著作甚豐,內容醇深雄邁。當時每出一篇,人們紛紛傳誦。其撰有《周禮考次》、《大易枝辭》、《武王戒書注》、《宋史要言》、《帝王基命錄》、《文統》等。永樂年間,朱棣查禁他的所有著作,並令藏匿方孝孺文集者死罪。章樸及其弟因收藏方孝孺文集而被殺。其門人王稌潛錄製的《侯城集》,為現在傳世之作。
方孝孺(1357年-1402年-7月25日),字希直,又字希古,號遜志,南明弘光帝追諡文正,浙江寧海縣(今屬浙江寧波市)人。齋名遜志齋,蜀獻王朱椿改之為正學,故世稱正學先生。明朝建文年間重臣,文學家、思想家,和宋濂、劉基合稱「明初散文三大家」。後因參與組織削藩,靖難之變後拒絕與朱棣合作,幫其寫即位詔書,因此讓成祖不滿,所以誅了方孝孺十族(含弟子、門生),為歷史之最。