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  上海的港口在隋唐年間逐漸形成,在明清已相當繁榮,到1843年上海開埠後,迅速崛起成為中國最大港口。1940年代後,其在世界上的地位不斷下降。而自1990年代起,上海港開始了快速發展,成為了世界級的大港。

  在早期,黃浦江尚未形成,上海的港口位於顧會浦(吳淞江支流)能通達的華亭鎮,以及吳淞江入海口的青龍鎮。在宋代,兩個鎮都是對外貿易口岸。南宋時,港口位置逐漸移向出海口,在宋景定末年至鹹淳初年(1264年-1265年),上海建鎮並設定市舶提舉分司,為全國七個水路口岸之一。  到了明代中期,海輪已經可以通過黃浦江直達縣城。清朝康熙年間曾開海禁,在上海設立江海關,為當時中國四大口岸之一。到乾隆年間因全國只許廣州開放,上海港的外貿運輸中斷,但上海港依舊逐漸發展已成全國最主要的江海中轉樞紐港。至鴉片戰爭前夕,上海港的內貿吞吐量已經是中國首位,被稱為“江海之通津,東南之都會”。

  根據鴉片戰爭後的《南京條約》,上海自1843年起成為中國對外開放的五個港口之一,在之後十年間,上海取代了廣州成為中國對外貿易的中心,上海港成為了中國第一大港口。根據統計,在1925年-1933年,中國外貿進出口貨值的55%經由上海港完成,而國內貿易貨值平均也佔全國港口的38%。到了1936年,中國一半以上的大型輪船企業將總部設在上海,上海港的航線在100條以上,已成為遠東的航運中心。  1937年的淞滬會戰後,日本逐漸控制了上海港。在1941年太平洋戰爭爆發後,上海完全淪陷,之後遠東的航運中心從上海轉移到了香港,上海港的地位逐漸被香港取代。

  1949年5月,中國人民解放軍攻佔上海。6月,中華民國政府推行關閉政策,外國船隻被禁止進入中國領海。中華民國海軍的軍事行動又有效的封鎖了長江口。次年,中華人民共和國突破中華民國對長江口的封鎖。此後,中華民國仍長期維持對臺灣海峽的封鎖。因此在1968年之前,上海港在內的大陸港口與南方港口之間互不通航。同時,受中華人民共和國經濟的影響,雖然上海港一直為中國大陸最大港口,但是在世界上的地位日益下降。在1976年,全年貨物吞吐量為5461萬噸。  上海港在1970年代開始進行集裝箱貨運的嘗試。1973年,上海港開始了與橫濱、大阪、神戶等港間的5噸10英尺小型集裝箱捎帶試運業務,是中國大陸最早進行國際集裝箱裝卸的港口。1978年,上海港至澳大利亞航線開通,為中國大陸首條國際集裝箱班輪航線。上海港大力發展集裝箱貨運則是在1980年代之後,開始在黃浦江兩岸建設集裝箱碼頭,並對陳舊港區改造,還將部分港口轉移至長江口。  1990年開始,隨著中國和上海的經濟快速發展,上海港的貨運量也不斷提升。在集裝箱裝卸量方面,上海港自2003年起位居世界三甲之列,並於2005年貨物吞吐量首次達到世界第一,以集裝箱吞吐量為基準,上海港保持為全球第一大集裝箱港。

  上海港的港口早期集中於黃浦江中下游,但由於黃浦江逐漸無法滿足繁忙貨運要求,以及對大型貨船的水深限制,上海港在1990年代起開始往長江口南岸擴充套件,並於2005年開始使用位於杭州灣口的洋山港,以滿足超巴拿馬級貨船的停靠要求:
上海港是指由上海市所管轄的港口,分為多個港區,主要位於黃浦江兩岸、長江入海口南岸、杭州灣口上,自1843年上海開埠後很快成為中國最大港口,自2010年起為世界最大的集裝箱港口,2015年集裝箱吞吐量達到3653.7萬標準箱。