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  歷史上桑給巴爾是馬斯喀特和阿曼的蘇丹國的一部分,從1698年就開始使用一面普通的紅旗。桑給巴爾的馬吉德·本典·賽義德宣佈主權獨立;建立了桑給巴爾蘇丹國,1856年11月2日宣告獨立,但沒有采用新的旗幟。 在英國保護國期間,紅旗仍在使用。 當桑給巴爾於1963年12月10日從英國獲得獨立時,一面帶有兩個黃色丁香的綠色圓盤被加入旗幟。  1964年1月12日,桑給巴爾島的革命領導人約翰奧克洛起義推翻了作為桑給巴爾蘇丹的桑給巴爾的賈斯希德·本·阿卜杜拉;並採用黑黃藍三色作為人民共和國的旗幟。作為新政權桑給巴爾和奔巴人民共和國的官方標誌。 1月29日,該國的國旗改為藍色 、黑色、綠三色樣式,旗幟上有一條細白條紋。 這種設計基於非洲-設拉子黨的旗幟,是獨立後旗幟中壽命最長的,最終形成了當前旗幟的基礎。 1964年4月26日,桑給巴爾與坦噶尼喀聯合組建了名為坦尚尼亞聯合共和國的新國家,桑給巴爾的舊國旗不再使用。
桑給巴爾自治區區旗 於2005年1月9日通過。 桑吉巴國旗是一面三色旗,自上而下為藍色、黑色、綠色條紋。左上角是坦尚尼亞國旗。桑吉巴在歷史上曾使用過多個其他國旗。