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  根據CNN對情報專家羅翰古那拉特納的採訪“當時丹尼爾珍珠正在對基地組織在卡拉齊的網路進行調查,哈立德·謝赫·穆罕默德下達了暗殺命令。”2006年10月12日,時代報道“默罕默德”在CIA審問下交代了謀殺2007年3月15日,五角大樓發表宣告默罕默德承認謀殺。宣告引證了默罕默德的話“在巴基斯坦卡拉奇,我將美籍猶太人丹尼爾珍珠斬首並用祝福的右手拿他的頭。作為證明,在網際網路上有我手持他頭的圖片。”  哈立德·謝赫·穆罕默德是本·拉登的基地組織成員,他居住在科威特而不是阿富汗,於1999年左右參與基地組織的行動。911事件調查組斷言他是911事件的主要策劃者。他也坦言參與謀劃的過去二十年大多數的恐怖襲擊,包括1993年世界貿易中心爆炸案,波金卡計劃,夭折的2002年聯邦銀行大廈(洛杉磯)襲擊計劃,巴厘島俱樂部爆炸案,失敗的2001年鞋底炸彈計劃,千禧年攻擊計劃(2000年),還有謀殺丹尼爾·珍珠。

  

  2003年3月1日,哈立德·謝赫·穆罕默德在巴基斯坦拉瓦爾品第被巴基斯坦三軍情報處抓捕,此次行動可能得到了美國外事安全部門的協助,並一直被美國關押。2006年9月,美國政府宣佈將他從祕密監獄移送關塔那摩監獄。紅十字會,人權觀察組織指責美國當局粗暴對待他和濫用水刑.  2007年3月,經過4年的囚禁包括在關塔那摩6個月折磨哈立德·謝赫·穆罕默德承認策劃911事件,理查德裡德鞋底炸彈企圖炸燬大西洋上空航班事件,印尼巴厘島俱樂部爆炸案,1993年世界貿易中心爆炸案和各種襲擊。  2008年11月8日,默罕默德和4名共犯向軍事法庭表達了他們願意承認並服罪。

  默罕默德最初的劫機計劃是基地組織劫持從東,西海岸起飛的飛機並撞向目標。他的計劃受到波金卡計劃(10架或更多的飛機在中途引爆或被劫持作為‘導彈’)的啟發。本·拉登拒絕了默罕默德提出一些可能目標,如美國聯邦銀行(洛杉磯),本·拉登在2001年12月一份錄音帶中指出了美國的金融的腐敗,並預言了金融海嘯,就沒有必要浪費聖戰烈士攻擊銀行等機構。  1999年春,默罕默德·本·拉登和他的軍事首領默罕默德·阿提夫多次會面,本拉登作為領袖,並提供財政支援。本·拉登參與面試劫機分子,包括推選默罕默德阿塔作為劫機者頭領。
哈立德·謝赫·穆罕默德(,英語:Khalid Sheikh Mohammed,生於1964年3月1日或是1965年4月14日)是美國在押囚犯,被指控策劃恐怖行動,包括大規模屠殺平民。他被美國軍事委員會指控戰爭罪和謀殺罪,若罪名成立他將面臨死刑。