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  小隱胞子蟲的基因體(2004年定序結果)約有10.4Mb,共8條染色體,每條染色體約為1.04-1.5Mb大小,染色體上不具有轉座子。它和其他頂端複合生物亞門的生物不同,小隱胞子蟲的質體或粒線體上不具有基因。

  小隱胞子蟲的胞子期(卵囊期)可以在宿主以外的環境中長時間生存,甚至可以耐受一些常見的消毒手續,例如氯消毒。  小隱胞子蟲的生活史包括了無性時期和有性時期。當小隱胞子蟲的卵囊被宿主攝入體內後,會在小腸的部位破囊,釋出胞子體(sporozoites),胞子體附著並侵入小腸絨毛的上皮細胞,接著胞子體發育成為營養體(trophozoites),營養體發育進入第一型裂殖體(Type 1 meronts),第一型裂殖體具有8個第一型裂殖子(Type 1 merozoites)。有些第一型裂殖子可再繼續感染宿主。此為無性生殖時期。  第一型裂殖子若發育為第二型裂殖體(Type II meronts),則開始進入有性生殖時期。第二型裂殖體具有4個第二型裂殖子(Type II merozoites),這些裂殖子被釋出後,可附著於小腸的上皮細胞,有些裂殖子會發育成為大配子體(雌)(macrogametocyte),有些會發育成為小配子體(雄)(microgametocyte),大配子體會形成單一個大配子(macrogamete),而小配子體會形成16個小配子(microgamete),若小配子與大配子結合成為合子(zygotes),則會繼續發育成薄壁卵囊或厚壁卵囊,20%的卵囊會形成薄壁卵囊,具有感染宿主的能力和進行有性和無性時期的迴圈。厚壁卵囊則可以存活於一般環境中。
小隱胞子蟲(學名:"")是引起隱胞子蟲病的其中一種病原寄生蟲,主要寄生在哺乳動物的腸道。