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  在胸腺中,AIRE會促進一個大範圍的特定器官基因的轉錄,並製造出只在周邊組織表現的蛋白質,在胸腺中創造「免疫的影子」透過負向篩選,將在胸腺中會和自身抗原強烈結合的T細胞消除是很重要的,否則之後他們可能會遇到能強烈結合的自身抗原,引發自體免疫反應。所以在胸腺內藉由AIRE表現非當地的蛋白質,消除和自身抗原反應的T細胞,可以降低自體免疫的威脅。再者,AIRE被發現會在次級淋巴組織中一群間質細胞中表現,然而這些細胞表現出的TRAs和mTECs所表現出的不同。。  基因改造鼠相關的研究指出AIRE藉由在胸腺內啟動多樣的自身抗原(例如:胰島素)的轉錄而作用。這個表現允許成熟中的胸腺細胞對周邊器官展現耐受性,進而抑制自體免疫疾病。  AIRE基因亦會在很多其他組織中表現。AIRE也會在老鼠中的33D1+的樹突細胞及人類樹突細胞。

  AIRE基因突變發生於一種罕見的自體免疫疾病,APS-1(Autoimmune Polyendocrinopathy Syndrome type 1),又稱作APECED( Autoimmune Polyendocrinopathy-Candidiasis-Ectodermal Dystrophy)。AIRE的阻斷會產生許多自體免疫疾病,臨床上最常見的案例是甲狀旁腺功能減退症、腎上腺皮質功能衰竭和慢性黏膜面板念珠菌病。  為了探討人類的疾病機制,會使用剔除AIRE基因的轉基因小鼠模型來進行研究。
自體免疫調節因子(Autoimmune regulator)是人體內由AIRE基因表現的蛋白質。AIRE是在胸腺髓質表現的轉錄因子,使人體不會被自身的免疫系統攻擊。