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  日琉語系與其它語言和語系的關係到目前為止並不確定。關於日琉語系學者們提出過許多理論,但目前並沒有一個是被普遍接受的,而且其中有部分理論甚至存在相當大的爭議。  持阿爾泰超語系假說的人認為日語與阿爾泰語系也有關,如與朝鮮語、蒙古語的語法、語音有相似性,但至今基本上沒有任何實質證據。南島語與日語也有類似點:母音(母音)有5個,即あ(a)、い(i)、う(u)、え(e)、お(o),不使用雙重母音;單詞以母音結束;濁音不同於單詞之首等。這表明,使用“南島語”的東南亞的一些民族,有可能對日本民族的構成曾發生影響。但因為沒有同源詞匯,一般並不認為日本語系屬於南島語系的分支,而只是可能受到了一些影響,如同漢藏語系對東南亞南島語系的影響(聲調,語法等)。而烏越憲三郎等人認為認為日本人的主要成分應與傣族或哈尼族有同源關係,主要證據是體質上的諸多共同點,例如:青綠色胎斑、血型A型佔多數等,而語言上的證據則需等待古傣語等語言重建後方能進行進一步比對。  根據比較語言學的成果,日語、琉球語和高句麗語、百濟語等扶余語可能同源。分子人類學新近研究成果也推定日本O2b父系基因可能來自朝鮮半島一帶

  《星界的紋章》中所用的人工語言亞維語亦被其作者歸入本語系裡。
日琉語系,或者稱作日本-琉球語系,是學者提出的一個語系,包含日語和琉球語兩大分支。