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  多數Linux發行版遵從FHS標準並且宣告其自身政策以維護FHS的要求。  但截至2009年,包括由自由標準小組成員參與開發的版本在內的絕大多數發行版,並不完全執行建議的標準。  當FHS建立之時,其他的UNIX和類Unix作業系統已經有了自己的標準,尤其是hier(7)檔案系統佈局描述。 自從第七版Unix(於1979年)釋出以來已經存在,或是SunOS filesystem(7),  和之後的Solaris filesystem(5)。 例如,macOS使用如 codice_1、 codice_2和codice_3 等長名與傳統UNIX目錄層次保持一致。  現在的Linux發行版包含一個codice_4目錄作為虛擬檔案系統(sysfs,類似於 codice_5,一個procfs),它儲存且允許修改連線到系統的裝置,然而許多傳統UNIX和類Unix作業系統使用codice_4作為核心程式碼樹的符號連結。  一些Linux系統如GoboLinux和Syllable Server使用了和FHS完全不同的檔案系統層次組織方法。

  開發一套檔案系統層次結構標準的程序始於1993年8月,標準努力重整Linux的檔案和目錄結構。FSSTND(英文"Filesystem Standard"),一個針對Linux作業系統的檔案系統層次結構標準在1994年2月14日釋出。 後續的修正版本分別在1994年10月9日和1995年3月28日釋出。  在1996年初, 開發一個更加全面的、不僅解決Linux,而且解決其他類Unix系統目錄層次結構問題的FSSTND的計劃在BSD開發社群成員的協助下正式被採納。因此,計劃重點解決在類Unix系統上普遍存在的問題。 為了適應標準範圍的擴充,標準的名稱修改為檔案系統層次結構標準。

  在FHS中,所有的檔案和目錄都出現在根目錄"/"下,即使他們儲存在不同的物理裝置中。但是請注意,這些目錄中的一些可能或可能不會在Unix系統上出現,這取決於系統是否含有某些子系統,例如X Window系統的安裝與否。  這些目錄中的絕大多數都在所有的UNIX作業系統中存在,並且一般都以大致類似的方法使用;然而,這裡的描述是針對於FHS的,並未考慮除了Linux平臺以外的權威性。
檔案系統層次結構標準(英語:Filesystem Hierarchy Standard,FHS)定義了Linux作業系統中的主要目錄及目錄內容。FHS由Linux基金會維護。 目前版本為3.0版,於2015年釋出。