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  吉水神社,相傳為白鳳年間(8世紀後期)由役行者小角所建立的吉水院。南北朝時代,後醍醐天皇出逃到吉野,受到宗信法印的援護,于吉水院建立行宮為暫時的居所。後醍醐天皇駕崩後,後村上天皇製作了後醍醐天皇像,祀奉于吉水院。  進入明治時代後,由於用佛教儀式供養天皇一事被以神佛分離觀點檢討。明治四年(1871年)5月,五條縣向太政官政府提案將吉水院改為神社,並計劃另外建立奉祀後醍醐天皇的神社。太政官政府駁回了五條縣的提案,但因為撤廢金峰山寺是幾近不可能的,奈良縣仍將吉水院改組為神社,於明治六年(1874年)12月17日以後醍醐天皇社的名義得到太政官政府承認。明治八年(1875年)2月25日改稱為吉水神社,列為村社。。  除了後醍醐天皇,吉水神社也是與源義經躲避源賴朝之地,以及豐臣秀吉舉行吉野花見的本陣,有許多文化資產儲存了下來。現存吉水神社本殿是原本的吉水院護摩堂。相鄰的書院為後醍醐天皇的御座間,以及傳聞為源義經躲藏的居所,現已指定為國家重要文化財。
吉水神社(),是位於日本奈良縣吉野郡吉野町吉野山的神社,舊社格為村社。已列入世界遺產「紀伊山地的聖地及朝聖路」之一部分。「吉」的正確字型為「」(上土下口)。