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  奇蹄目及鯨偶蹄目佔了大部分的有蹄類,亦是最大群的大型陸上動物。這兩類動物最先於古新世晚期至始新世早期(即約5400萬年前)出現,在多個大洲中急速散佈成多個物種及平行演化。  雖然鯨魚及海豚(鯨目)並沒有有蹄類最普遍的形態特徵,但研究顯示牠們可能是由早期的偶蹄目演化而來,故是與其他偶蹄目(如牛及河馬)有直接關係。故此,一個新的鯨偶蹄目已經被設立來包含偶蹄目及鯨目,以顯示牠們的共同血統。  蹄兔目、海牛目及長鼻目都是近蹄類。管齒目亦被認為是屬於有蹄類。象鼩目亦被指是屬於有蹄類,並有牙齒及基因證據支援。象鼩目及管齒目最近連同近蹄類被稱為假有蹄類。基因研究顯示這些動物並非奇蹄目及偶蹄目的近親。相反,牠們的近親卻是非洲蝟目。假有蹄類與非洲蝟目組合成非洲獸總目。  真有蹄類的化石紀錄有中爪獸目、踝節目及多種南美洲與古近紀的分支。  除了蹄外,大部分有蹄類都發展出縮少了的犬齒、丘狀齒形的臼齒、並粗短的距骨。有蹄類的其他特徵是下前肢的融合。有蹄類的橈骨及尺骨是沿前肢融合的。這是現今大部分有蹄類的特徵,而早期的有蹄類並沒有這種獨有的特徵。這樣的融合可以防止有蹄類從前肢倒下。由於這個骨骼結構並沒有獨特的功能,故認為這是與其他哺乳動物同源的特徵,並有可能是來自一個共同祖先。  有蹄類於古新世開始分化,並於始新世最為激烈。大部分有蹄類都是草食性的,但有些是雜食性的,或如中爪獸目及鯨魚甚至是掠食者。  有蹄類的現生物種演化樹如下:

  從解剖及基因的觀點上一直爭議著有蹄類之間的近親關係。分子種系發生學研究指奇蹄目及鯨偶蹄目與食肉目及鱗甲目最接近,而不是假有蹄類。  一些學者基於分子及DNA分析將假有蹄類與非洲蝟目組成了非洲獸總目。這顯示牠們並不接近其他的有蹄類。  南美洲已滅絕的有蹄類(南蹄目)是於古新世中至晚期因南美洲的孤立而出現,早年的研究觀點認為南蹄目和非洲獸總目的關係最接近。然而在近年的分子種系發生學蛋白質組研究顯示南蹄目和奇蹄目互為姐妹群。  至於其他有蹄類的位置則不明。重腳目、索齒獸目及其他相關類都被認為是近蹄類(包括非洲獸總目)的親屬。踝節目故此不再被認為是所有有蹄類的祖先,相反是勞亞獸總目的成員。所以在所有有蹄類中,只有奇蹄目、南蹄目及偶蹄目是源自踝節目。
有蹄類是指幾類使用趾尖(一般都有蹄)來支撐身體的哺乳動物。牠們共有幾個目,當中有奇蹄目和鯨偶蹄目仍然生存。有蹄類是一個支序分類學的分支,或只是一個分類單元仍存有爭議,因為未必所有有蹄類都是彼此近親的。有蹄類過往被認為是一個目,及後分裂成奇蹄目、鯨偶蹄目、管齒目、蹄兔目、海牛目及長鼻目。奇蹄目及鯨偶蹄目被稱為「真有蹄類」,而長鼻目、海牛目、蹄兔目及管齒目則合稱為「準有蹄類」或「近蹄類」。