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  香港和澳門現在是兩個主權屬於中華人民共和國的特別行政區。澳門當時為明朝的領土,後歸葡萄牙所佔領;香港則原為清朝領土,依約後割讓給英國。二次大戰結束後,英國繼續管治香港,葡萄牙則繼續管治澳門。  由於香港新界地區的租期至1997年屆滿,衍生了香港前途問題。此時英國承認中華人民共和國為中國唯一的合法政府,故藉兩者之間開展了香港前途問題的談判。根據1984年簽訂的中英聯合宣告和1990年頒佈的《基本法》,香港主權由英國交還予中華人民共和國,但中華人民共和國必須保證香港的港人治港和高度自治,以取代殖民地公投自決的權利。同時,中國政府恢復對香港行使主權後,會成立「香港特別行政區」。中國政府並在澳門迴歸後,使用同樣的方法,成立「澳門特別行政區」。現在中華人民共和國的特別行政區有:  特別行政區是在一國兩制原則下於各方面(除國防及外交)實行高度自治,其國內法律基礎是基本法、國際法律基礎為《中英聯合宣告》和《中葡聯合宣告》。

  根據憲法第三十一條、港澳基本法第十二條,特別行政區是在必要時得設立、享有高度自治權的地方行政區域,直轄於中央人民政府。中國省級行政單位是中央人民政府直接管轄的最高一級地方行政區域,目前有省、自治區、直轄市、特別行政區,特別行政區與省、自治區、直轄市同屬直轄於中央人民政府的地方行政區域。 特別行政區的最高首長稱作為行政長官,俗稱為特別行政區首長(簡稱為「特首」)。港澳特區的官員必須由港澳人士擔任。

  根據香港法例及澳門法例,香港人和澳門人不一定是中國籍,而可以是英國籍、葡萄牙籍或其他國籍。任何國籍人士只需要持有效旅行證件進入香港、通常居於香港連續七年或以上,並以香港為永久居住地,即可以成為香港永久性居民。

  除了一國兩制下的特別行政區,中國內地在地方行政上也具有名為“特別行政區”的單位,但其性質則與前者甚為不同。中華人民共和國歷史上還設有縣級的韶山特別行政區、廬山特別行政區。

  1983年3月,經國務院批准,四川省汶川縣臥龍特別行政區成立,同年7月改名四川省汶川臥龍特別行政區與保護區管理局合署辦公。臥龍特別行政區是四川省的一個特殊政區,現有人口5343人,由臥龍鎮和耿達鄉組成,行政區劃屬汶川縣,由四川省人民政府管轄,但實際管理則是由四川省林業廳負責。臥龍特別行政區的轄區與四川臥龍國家級自然保護區完全重合。

  1981年9月30日,中共中央副主席、全國人大常委會委員長葉劍英發表談話,進一步闡明解決臺灣問題的方針與政策。表示“國家實現統一以後,臺灣可作為特別行政區,享有高度的自治權”,並建議由兩岸執政的國共兩黨舉行對等談判。  1982年1月11日,中共中央副主席、中央軍委主席鄧小平就葉劍英的談話指出:這實際上就是“一個國家、兩種制度”,在國家實現統一的前提下,國家主體實行社會主義制度,臺灣實行資本主義制度。  1983年6月26日,中國共產黨第二代中央領導核心,時任中共中央軍委主席、中共中央顧問委員會主任鄧小平在會見美國新澤西州薛頓賀爾大學教授楊力宇時提出: 1992年10月12日,時任中國共產黨中央委員會總書記江澤民指出:“我們堅定不移地按照‘和平統一、一國兩制’的方針,即積極促進祖國統一。“我們再次重申,中國共產黨願意同中國國民黨儘早接觸,以便創造條件,就正式結束兩岸敵對狀態、逐步實現和平統一進行談判。在商談中,可以吸收兩岸其他政黨、團體和各界有代表性的人士參加。”  鄧小平對於未來兩岸統一以後的政治構想,是以省級特別行政區的方式管理臺灣,但臺灣比香港和澳門更具有自治權,如軍隊、外交、司法、政治制度等,被歸為鄧小平理論的一部分。確立政府的態度,首先尊重維持現狀,其次統治為基本路線。但這種構想當前則不為臺灣民眾所廣泛接受。而依據2011年國立政治大學和2013年TVBS等機構所做的民意調查,皆顯示大部分臺灣人支援“維持現狀”  2017年,根據臺灣自由時報引述香港媒體報導,有學者建議在廈門設立「臺灣特別行政區籌委會」,來作為試驗「臺灣特區護照」,以此開始漸進式的解決臺灣問題。

  

  中華民國在1949年政府遷臺前,曾設定若干特別行政區,通常作為行政區預備改制前的過渡性區劃。主要指:

  澎金馬離島特別行政區:中華民國未來規劃走向中,曾出現六星計劃(未實現計劃)。2008年中華民國總統選舉候選人謝長廷認為各縣市的國際能見度都很低,依各地的行政區編制,地方的人才以及能力也不足,主張將臺灣分成六大地區(省或州),再加上澎金馬合併為離島特別行政區,中華民國的國際競爭力才能大幅地躍升。而另外前中華民國副總統呂秀蓮提出過「四省兩特雙首都」的規劃,其中也包括澎金馬離島特別行政區。但最終並未實現該計劃。  山地特別行政區:前中華民國副總統呂秀蓮提出「四省兩特雙首都」主張,是以河川流域劃分為北、中、南、東四個行省,設定山地與離島兩個特別行政區。但最終皆未實現該計劃。
特別行政區,簡稱特區,是指一個國家內為特別的目的、或區別於其他地方行政單位,而設立的自治地方或地區行政機構。