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  在海上航行期間,船長能代表某些官方機構,如公證人或警察,並使用該等機構的權力。在某些特定情況下,如船員譁變或者海盜襲擊,船長有權使用致命武力以捍衛國家法律,船東,環境,貨主,船員,旅客的利益和航行安全。在船上沒有其他官方機構的權力凌駕於船長。船長可命令和管理所有船舶上的人員。船上所有船員和乘客必須在符合相關國際公約、船籍國法令及船東規定下服從船長的指揮。

  船長需確保其船隻上的人員遵守移民和海關法規,負責提供完整準確的航海日誌、報告、報表和檔案,確保遵守根據國際海事組織因該船只需要而訂下的安全計劃。該計劃闡述了每個人的職務,包括進行搜查和檢查,維護有限的空間,並響應來自恐怖分子,劫機者,海盜,偷渡者的威脅。該安全計劃還包括其他主題,如難民和尋求庇護者,應付走私和破壞分子。最後,船長負責解決任何醫療問題,為受影響的乘客和船員提供醫療照顧,與岸上醫務人員儘可能的合作,並在必要時撤離那些需要更多援助的乘客和船員。  船長確保該船舶符合當地和國際法律以及公司的政策。船長是最終負責方面的操作,如安全航行的船舶,其清潔和適航性,安全處理所有貨物,管理的所有人員,庫存船舶的現金和商店,維護船舶的證書和檔案。如果船上沒有司庫,船長負責船舶的會計。這包括確保有足夠數量的現金在船上,協調船舶的薪金(包括繪製及墊款),和管理船舶的汙油排放量。

  商船船長與其他須執照方能執業之(甲級)船員一樣,必須持有船籍國所頒之有效的船長執照或證書,並符合1978年航海人員訓練、發證及當值標準國際公約(STCW 1978)2010年修正案規定,方能於商船進行服務。  各類執照大略以指定可操作水域以及船舶的總噸位為區分,總噸位一般以3000總噸及500總噸為分界;操作水域則分為國內航線(或稱近海航行,Coast Wise)及國際航線(或稱遠洋航行,Ocean Going)為區別。持有商船航行執照或證書(3000總噸以上)則允許其操作所有水域及總噸位的船舶(動力小船除外)。  以美國為例,持無限制執照的船長可以在任何水域操作任何船隻。有限制執照的例子包括美國海岸防衛隊大湖區,內陸水域和沿海水域附近發出的牌照。要考取無限制執照,申請人可能需要幾年三副,二副,和大副的航海經驗。

  船長一詞來自拉丁語過程中使用舊的羅馬帝國時代的Magister Navis,即指定為船上最高權威的貴族(patrizio)。

  童話故事中,不少海盜船長是獨眼龍,手帶鐵鉤,如《小飛俠》中的
船長是船舶上擁有航行執照中最高階的航海指揮官。船長的職責在於維護全船的安全及有效的運作,包括乘載貨物的管理維護、航行、船員管理以及確保船舶符合港口國及國際公約之規定,和船籍國與船東(航商)的政策。軍用船隻(如軍艦及海巡船艦)的船長通常稱為「艦長」。