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  2012年10月15日,菲律賓政府與南部摩洛伊斯蘭解放陣線簽署了一項和平框架協議,但摩洛民族解放陣線創始人和前領導人努·密蘇阿里及其他一些領導人分別發表宣告,公開反對這份協議,稱其“非法”,並揚言要告上國際法庭並重新發動武裝鬥爭。  2014年3月27日,菲律賓政府在馬尼拉同摩洛伊斯蘭解放陣線簽署邦薩摩洛全面協議,該協議將以“邦薩摩洛”政治實體取代目前的棉蘭老穆斯林自治區,標誌著菲律賓政府與南部伊斯蘭分離運動之間長達17年的和平談判宣告完結。和平協議主要內容包括停火、成立邦薩摩洛政治實體、下放權力、尊重“邦薩摩洛人民的權利”等。  2018年7月23日,參議院通過邦薩摩洛基本法,隔日眾議院也批准了該法案。7月27日,總統杜特蒂簽署後正式生效。  2019年1月21日,棉蘭老穆斯林自治區、哥打巴託市和伊莎貝拉市首先舉辦了是否同意邦薩摩洛穆斯林自治區。25日開票時以約170萬張同意票對約25萬4600反對票,通過邦薩摩洛自治區設立公投。  2019年2月6日,第二階段邦薩摩洛周邊地區是否願意加入自治區公投於北拉瑙省、哥打巴託省等地舉行。14日,公投開票後,有63座原屬於哥打巴託省的村莊願意加入自治區,也獲其原所屬城鎮同意脫離。北拉瑙省亦有6座村莊願意加入自治區,但北拉瑙省公投不同意脫離而無法加入。  2019年2月23日,莫洛伊斯蘭解放陣線主席哈吉·易卜拉欣就任邦薩摩洛過渡管理局臨時首席部長,過渡管理局成員為41名莫洛伊斯蘭解放陣線代表和39名菲律賓政府代表。 2019年3月29日,總統杜特蒂宣佈邦薩摩洛正式成立。
棉蘭老穆斯林邦薩摩洛自治區(;),簡稱邦薩摩洛,是於2019年3月29日在菲律賓南部成立的自治區,以取代舊有的棉蘭老穆斯林自治區,邦薩摩洛比舊自治區有更大的許可權。根據摩洛人語言,邦薩摩洛意為“摩洛人的家園”,又稱摩洛蘭(Moroland)。所轄範圍為前棉蘭老穆斯林自治區下轄的五個省分(南拉瑙省、馬京達瑙省、巴西蘭省、蘇祿省、塔威塔威省)及哥打巴託市、部分南部土著地區。