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  明末清初,準噶爾首領最早是哈喇忽剌,後巴圖爾琿臺吉以伊犁為根據地兼併厄魯特蒙古各部,壓迫西方的哈薩克族。1670年巴圖爾琿臺吉的兒子僧格被殺後,他的異母弟噶爾丹奪得了準噶爾的統治權。1678年,西藏的五世達賴賜噶爾丹可汗號,準噶爾汗國正式成立。此年噶爾丹出兵回部,佔領葉爾羌汗國,把廣大維吾爾族地區置於其統治之下。1688年噶爾丹突然率兵越過杭愛山,大舉進攻土謝圖汗,迫使喀爾喀蒙古諸部南遷。1690年6月,噶爾丹又向漠南喀爾喀蒙古進攻,俘掠人口,搶劫牲畜。

  1690年同年,康熙帝決計親征,組織左右兩路大軍分別出古北口和喜峰口。8月1日,雙方大戰於烏蘭布通(今內蒙古克什克騰旗境內)。清軍大敗噶爾丹軍,噶爾丹乘夜向北潰逃。  噶爾丹戰敗後因原根據地為策妄阿拉布坦佔據,不得不滯留科布多地區,集合殘部,休養生息,以期東山再起,不斷騷擾邊地安寧。1696年2月,康熙帝發兵10萬,分三路大舉出擊。5月13日,西路軍在昭莫多(今蒙古國烏蘭巴托以南的宗莫德)大敗噶爾丹軍。1697年2月,康熙帝發動第三次遠征,命費揚古、馬恩哈分別統率兩路大軍,共6000人,由寧夏出發,進剿噶爾丹殘部。4月康熙帝親赴寧夏,指揮這次軍事行動。正當清軍進發之時,噶爾丹眾叛親離,軍隊只剩下五六百人,遂飲藥自盡(又說被人殺害)。  噶爾丹敗亡後,他的侄子策妄阿拉布坦繼續任準噶爾部臺吉,準噶爾部又逐漸強大,和清朝再次發生衝突。1716年,他派兵於西藏,佔領拉薩。1718年清朝由青海路出兵入藏,不過全軍覆沒。1720年清朝第二次出兵才趕走準噶爾軍。清朝和準噶爾軍在吐魯番方面也有戰鬥。

  1755年春,清軍5萬人分西北兩路向伊犁進軍。不到100天就到達伊犁。達瓦齊率兵6000人扼守伊犁西南的格登山(今新疆昭蘇縣境內),清軍以25人夜襲達瓦齊大營,達瓦齊軍驚潰,不戰自降。達瓦齊僅帶少數人倉皇南逃。此後,阿睦爾撒納自任領袖繼續反對清朝。1757年初,清政府開始新的軍事行動,分兩路推進。準噶爾軍在清軍的追剿下,全線潰敗。阿睦爾撒納投奔俄羅斯。  1759年8月,清軍抵達喀什噶爾,平定了支援阿睦爾撒納的大和卓波羅尼都和小和卓霍集佔兄弟的叛亂。這年秋天,天山南路完全平定。由於準噶爾部反叛無常,清朝在完全控制今日的新疆地區之後,清軍在兆惠等的帶領下,按照乾隆帝的旨意消滅了準噶爾部,屠殺了數十萬準噶爾人。據魏源記載:「計數十萬戶中,先痘死者十之四,繼竄入俄羅斯哈薩克者十之二,卒殲於大兵者十之三。除婦孺充賞外,至今惟來降受屯之厄魯特若干戶,編設佐領昂吉,此外數千裡間,無瓦剌一氊帳。」昭槤的描寫更加誇張:「凡病死者十之三;逃入俄羅斯、哈薩克者十之三,為我兵殺者十之五,數千裡內遂無一人」。留下的空地由大量移民填充。主要是哈薩克人。

  準噶爾信奉藏傳佛教,喇嘛有行政權,號稱宰桑(相當於喇嘛旗)。可汗大事未與集賽們商量前,不行動。準噶爾有9集賽與6000喇嘛。
準噶爾(,意為“左手”),是衛拉特蒙古的一支。17世紀到18世紀,準噶爾部控制天山南北,在西起巴爾喀什湖,北越阿爾泰山脈,東到吐魯番,西南至楚河、塔拉斯河的廣大地區,建立史上最後的遊牧帝國--準噶爾汗國。宗教上他們信奉藏傳佛教,對西藏也有一定的影響力。不過在18世紀與清朝的戰爭中滅亡。其遺族附牧於賽音諾顏者,曰額魯特;附牧於青海者,曰綽羅斯。