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  在戰爭爆發之前大約一週時,美國總統喬治·布什向塔利班政府發出最後通諜,要求他們:  塔利班政府則拒絕與美國對話,並指與非穆斯林領袖對話是對他們的侮辱。但他們也透過在巴基斯坦的大使館要求美國提供證據讓他們自行在伊斯蘭法庭起訴本·拉登。後來他們提出把本·拉登移送到中立國,但喬治·布什拒絕這些條款。  聯合國安理會在2000年12月19日要求塔利班移送本·拉登到美國或第三國就1998年的爆炸案接受起訴,以及關閉所有武裝訓練營,否則將會制裁阿富汗。

  

  早在2001年10月7日,美國和英國已組成聯軍進入阿富汗境內與當地的北方聯盟接觸,雙方其後達成協議,合作推翻塔利班政權,並在當天晚上進行空襲,攻擊塔利班和基地組織多個據點。美國指攻擊塔利班是要報復塔利班沒有答應美國要求交出本·拉登,而當天塔利班隨即抨擊美國舉動是向伊斯蘭世界宣戰。美國在首輪空襲中採用了不同種類的武器,據美國軍方公佈,共動用了50支導彈、15架戰機和25枚炸彈,同時美國還在空襲時投下大量救援物資,據美國聲稱這是為了賑濟空襲中受傷的平民。期間一段本·拉登的錄音片段公開,本·拉登指責美國這次的襲擊,卡達的半島電視臺稱該臺於攻擊事件不久前就收到了這卷錄音帶,在錄音帶中,本·拉登宣稱美國將會在阿富汗之戰失利,並且像蘇聯一樣崩解,同時本·拉登號召伊斯蘭世界發起反抗非伊斯蘭世界之戰。

  

  2001年11月9日,馬紮裡沙里夫戰役開始。馬紮裡沙里夫在阿富汗北方是一個大型城市,塔利班在馬紮裡沙里夫有較強的群眾基礎存在。美國轟炸機地毯式轟炸塔利班部隊的陣地。下午2時,北方聯盟部隊攻下了城市的南部和西部,並且控制了城市的主要軍事基地和機場。戰鬥在4個小時後結束。到日落時分,塔利班殘餘部隊向南部和東部撤退。戰鬥結束後,大批塔利班支持者被處決,在整個馬紮裡沙里夫開始出現搶劫。馬紮裡沙里夫戰役後,北方聯盟迅速拿下了北方地區的5個省份。塔利班在北方地區的勢力開始瓦解。

  11月12日晚塔利班部隊在夜色的掩護下逃離喀布林市,11月13日北方聯盟部隊抵達喀布林市。市區只有炸彈坑和焚燒過的樹葉。一組大約20人的強硬阿拉伯武裝分子被發現藏身於市內的公園,隨後被消滅。  喀布林的陷落標誌著塔利班在阿富汗全國的瓦解。在24小時內,所有的阿富汗沿伊朗邊境各省,包括關鍵的城市赫拉特,都被北方聯盟攻下。當地普什圖族指揮官和軍閥接管整個阿富汗東北部,包括關鍵的城市賈拉拉巴德。近1,000名塔利班的巴基斯坦志願者部隊死守北方戰線。到11月16日,塔利班在阿富汗北部最後一個據點被北方聯盟圍困。此時,塔利班主力已被迫撤回到阿富汗東南部坎大哈周圍地區。

  美軍的衛星照片情報顯示基地組織士兵在加德茲西面高2,740米的山脈中出沒,特戰部隊(SOF)又稱戰略偵察隊(Strategic Reconnaissance)稱該區為「雷明登屏障」,展開森蚺行動剿滅山區。該行動中美軍採用了包圍戰術,首先派兵佔領山谷的有利位置及阻止敵軍四處逃竄,再陸空合擊山谷北端掃蕩敵軍。整個行動從2002年3月3日到3月19日結束。  本行動總動員部隊:

  2005年10月份駐阿富汗美軍發生所謂「焚屍門事件」,塔利班武裝分子聲稱美軍利用焚屍當成心理戰術(根據穆斯林的傳統習俗,人死後應該土葬),美軍否認。之後21日美國記者會表示戰場上可能有所謂“虐屍”事件是屬於衛生處理,不過火化屍體不符一些伊斯蘭傳統才會引起爭議,並非為了對塔利班或者阿富汗平民施加心理壓力。已經成立了聯合調查小組,對這一事件調查。雖然美國在阿富汗實際上是有一個心理戰單位「美國陸軍第913心理戰小組」,但並沒有直接證據證明兩者之間存在關聯。

  從1996年-1999年,塔利班控制了阿富汗全境96%的罌粟田。鴉片得來的收入成為購買軍火、招收新兵的重要資金來源。聯合陣線財政部長Wahidullah Sabawoon在採訪中說“塔利班根本沒有年度預算但他們一年花3億美元,幾乎全用在戰爭上”,他還稱塔利班的三大資金支柱為“鴉片、巴基斯坦人和本·拉登”。

  

  據聯合國報告,平民傷亡人數,從2006年的929人,上升至2008年的2,000人。

  2010年8月份維基解密(Wikileaks)網站公佈9.2萬份美軍內部的未公開資料;稱為「戰爭日記」內有大量檔案和影音檔是士兵在戰場上拍攝或是國防部內部檔案,來自美軍內應蕭爾斯·曼寧,內容有聯軍造成的平民傷亡的內容,設法消除負面報導的行動,和巴基斯坦三軍情報局(ISI)直接與塔利班接頭“甚至打算暗殺阿富汗領導人”的內容,震驚世界,並於英德法三國報紙同一天以頭版頭條報導。  維基解密稱還有1.2萬份資料沒有公佈,美軍並未否認內容真實,只是會同FBI展開調查洩密人員。

  美國國會2014年一份研究報告指至FY2014為止,美國總共在持久自由行動中花費了6860億美金。

  2005年的一項調查顯示,阿富汗民眾在反對塔利班的同時,對聯軍的支援有著明顯的下降。同時民眾也對外國軍隊基地很反感。  2009年6月,BBC的民調稱69%的阿富汗民眾認為美軍至少應當消滅塔利班。  2009年12月,哈米德·卡爾扎伊的親近副手,律師 Gulbadshah Majidi 說:“如果派來新的部隊駐在平民區,當他們撤走時也只會讓平民受到塔利班的殺害。”“也只會增大阿政府與平民的距離。”這場戰爭從2001年起就一直是外國和美國民眾反覆示威抗議它是侵略戰爭的物件。  2017年下半年,國際刑事法庭檢察官本蘇達表示,有合理的理由說明有人在阿富汗犯下戰爭罪和反人類罪,暗指要調查美國的戰爭罪刑責,同時巴勒斯坦也向法庭起訴要求調查以色列長期以來的戰爭罪,2018年美國國家安全顧問博爾頓稱如果國際刑事法院推進任何針對美國和以色列人員調查將對國際刑事法庭特定官員實施制裁,也對法院實施制裁。國際刑事法庭事後表示,不會因為美國日前發出的威脅而被嚇住。
2001年阿富汗戰爭是以美國為首的聯軍在2001年10月7日起對阿富汗基地組織和塔利班的一場戰爭,為美國對九一一事件的報復行動,同時也標誌著反恐戰爭的開始。