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  在凱撒越過盧比孔河,內戰爆發後不久,疏於抵抗的龐培與元老院便於前49年逃離義大利本土前往希臘以組織軍隊抵抗凱撒。由於缺乏可以與馬爾庫斯·比布盧斯統帥的強大艦隊相抗衡的艦隻,且龐培獲得了義大利以東各行省、附庸國在人力、物力和財力上的支援,因此凱撒沒有直接前往希臘,而是向西鞏固其在西地中海的勢力範圍,特別是對付龐培留在伊比利亞的7個軍團的殘餘勢力。在以短短40天的戰役攻下希臘人的殖民地馬賽後,凱撒奪取了內、外西班牙行省,並且建立了一支小型艦隊。此時,凱撒再次將目光聚焦在希臘的龐培軍隊。  前48年1月5日,凱撒避開龐培的艦隊,率領7個軍團渡過亞德里亞海,在埃皮爾登陸,並輕而易舉地攻下了阿波洛尼亞。  雖然佔有人數上的優勢,但是龐培知道凱撒的部隊經驗豐富,因而沒有主動進攻凱撒的部隊,而是嘗試切斷凱撒的補給線,想讓後者的部隊因飢餓而自動潰敗。當凱撒一路追殺到迪爾拉奇烏姆(在今阿爾巴尼亞)時,以少數兵力構築工事試圖“包圍”龐培,但是由於迪爾拉奇烏姆靠海,而龐培又掌握制海權,凱撒無法切斷龐培補給線,相反自己卻差點因為龐培的一次奇襲而覆滅,不得不轉向南面。  龐培則在色薩利與其他貴族共和派成員匯合,在後者的再三催促下,龐培軍在法薩盧斯附近與凱撒軍正面衝突。此時凱撒擁有數支人數較少,但是經驗豐富的軍團,包括:  雖然名義上有7個軍團,但是這些軍團幾乎每個都缺員嚴重。由於之前在迪爾拉奇烏姆的損失得不到補充,再加上凱撒希望每支部隊能以寡兵換取高機動力,因此有些軍團甚至只有一千人,而當時的滿員軍團(含輔助部隊)應當有6,000人。  反觀龐培這邊共有9個軍團的兵力,同時還有大量的輔助部隊,而且他已經得到了來自敘利亞的另外兩支軍團的增援。他擁有人數更多的部隊,但是這些部隊大多作戰經驗不足或者是剛剛組建,而且龐培還在同其他元老們爭論是否應當在法薩盧斯與凱撒交戰。

  

  雙方指揮官都十分重視側翼,希望通過側翼進攻打敗對方。由於戰鬥在埃尼培烏斯河邊展開,凱撒的左翼以及龐培的右翼都臨近河岸,使得彼此都無法在這一側發動側翼迂迴攻擊,因此雙方都在另一側(即凱撒的右翼、龐培的左翼)部署了更多的兵力,而戰役最重要的部分也於此一側展開。  龐培把他幾乎所有的騎兵部隊以及由投石手、弓箭手所組成的輕型部隊部署在了其左翼,希望能通過他佔優勢的騎兵部隊獲得勝利。凱撒則把他的騎兵部署在了其右翼,正對龐培的騎兵。此外,他還異乎尋常地從各軍團共抽調了6個最精銳的步兵大隊,組成了第四線,以一定角度部署在主要步兵方陣的後側面對敵人的騎兵,並提醒他們勝負就取決於這幾個步兵大隊的勇敢了。同時,他還命令第三線在沒有他命令的情況下不得出動。龐培則將其步兵排成10排,以防士兵潰逃。

  部署完畢後,雙方間留下的距離剛好夠雙方步兵發起衝鋒,但是龐培事先命令士兵不得出擊(有悖於當時的常規),據說他是使用了蓋尤斯·特里阿里烏斯的疲兵之計,想讓凱撒的部隊奔跑雙倍距離。但也可能是對自己軍隊的作戰能力、士氣以及遵紀等諸方面缺乏信心。這一戰術被凱撒經驗老道的百夫長們看穿了,因而在半路上叫停了衝鋒,並重整了隊伍,稍事休息再重新發起攻擊。  在河岸一側,輕步兵在重灌步兵接陣之前就已經發生了小規模的戰鬥。提圖斯·拉比厄努斯領導的龐培騎兵發起了衝鋒,大量投石兵和弓箭兵緊隨其後,成功擊退了凱撒陣中主要由高盧人和日耳曼人組成的騎兵以及輕步兵部隊。但是,當遇到凱撒的重灌步兵組成的第四線部隊時,拉比厄努斯被擊退了(凱撒事先要求其士兵將長矛戳入騎兵的面頰,而不是像通常那樣把其作為標槍投擲出去),騎兵們潰退到了周圍的山腳下。投石兵和弓箭手則被丟下,孤立無援地遭受殲滅。此時,凱撒將第三線部隊投入了正面戰鬥,幾乎同時凱撒的第四線部隊轉向開始從側翼進攻龐培。面臨正面及側後夾擊的危險,龐培預感到失敗已迫在眉睫,因而逃離了戰場。共和派軍隊潰不成軍,凱撒很快便洗劫了龐培的營地,並控制了其殘部。

  據普魯塔克引述蓋烏斯·阿西尼烏斯·波利奧的記載,在這場戰役中,凱撒損失了1,200餘人,而龐培方面損失了約6,000人。但據凱撒的《內戰記》記載,此役他只損失了30名百夫長及不到200士兵,而龐培卻有15,000人陣亡,24,000人被俘,180面軍旗和9支軍團鷹徽被繳獲。

  這場戰役是羅馬內戰中的決定性戰役,龐培幾乎全軍覆沒,僅以身免。羅馬境內再無可以和凱撒抗衡的勢力,凱撒成為羅馬共和國的實際最高統治者。  戰後龐培逃亡埃及,併為托勒密十三世所殺,前三頭同盟就此結束。而羅馬內戰並未結束,以龐培的兩個兒子為首的貴族共和派繼續在埃及及亞非利加行省等地繼續與凱撒及其後繼者馬克·安東尼、屋大維相鬥了數年。追趕龐培來到埃及的凱撒則在此處遇到了人稱“埃及豔后”的克利奧帕特拉七世並介入了埃及的內戰,使凱薩放慢了追擊貴族共和派的行動,但並未改變對方的命運。前44年,已被任命為終身獨裁官的凱撒為馬爾庫斯·尤尼烏斯·布魯圖等人所殺。
法薩盧斯戰役(Battle of Pharsalus)是公元前48年,以凱撒為首的平民派軍隊和以格奈烏斯·龐培為首的貴族共和派軍隊之間展開的羅馬內戰的決定性戰役。凱撒在此役的獲勝使其成為羅馬共和國的實際最高統治者,羅馬開始由共和國向帝國轉變,而龐培則敗逃埃及,繼而被殺。