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  大約4萬2千到4萬8千年前開始有人類在此居住。在公元7世紀與蘇門答臘的室利佛逝帝國有貿易往來,室利佛逝帝國最初從巴布亞獲得檀香和極樂鳥之類的物品用以進貢中國,之後便從該地擄取奴隸。後來爪哇島的滿者伯夷王國勢力範圍延伸到新幾內亞島的西邊,並有文學作品記錄了巴布亞最古老的地名Wwanin或者Onin,後者被確定位於現在的法克法克縣。

  1545年6月13日,奧爾蒂斯·雷特茲受聖胡安之命離開東印度群島的蒂多雷,航行了新幾內亞島的北部海岸,直到曼伯拉莫河口。他宣稱這片土地是西班牙王室的領土,並將之命名為Nueva Guinea,即中文的新幾內亞,因為這裡的居民和非洲幾內亞灣沿岸的居民很相似。  1660年,荷蘭人承認了蒂多雷蘇丹國擁有新幾內亞島的主權。1793年英國人試圖在今馬諾誇裡建立定居點,結果以失敗告終。1824年英國和荷蘭同意新幾內亞島的西部成為荷屬東印度群島的一部分。1828年荷蘭人試圖在Lobo(今凱馬納附近)建立定居點,也以失敗告終。1855年2月,德國人在馬諾誇裡附近的海島建立了西巴布亞第一個傳教定居點。雖然荷蘭人分別在1828和1848年宣稱擁有東經141°以西的南海岸和洪堡灣以西的北海岸,但是他們在1896年才試圖再次開發該地區,在馬諾誇裡和法克法克附近建立居民點,以響應澳大利亞對新幾內亞島東部的主權要求。荷蘭殖民活動收效甚微,大多數人回到爪哇,1938年時,荷蘭僅在荷蘭地亞有50名定居者、馬諾誇裡有258名定居者。

  1942年4月12日,日軍進入Doreri灣,約4,000名士兵登陸馬諾誇裡。此時日本人已熟知這一地區,因為這裡從20世紀30年代開始是日本政府贊助的南洋興發有限公司()的棉花種植園位置。1942年初,東印度群島荷蘭皇家軍隊在馬諾誇裡駐紮有125名軍人,其中包括在1942年2月徵招的一些平民預備役士兵和後勤部隊由於東印度群島荷蘭皇家軍隊沒有直接與日本侵入軍接觸,他們撤回荷屬新幾內亞內部並對日軍發起游擊戰  二戰結束後,荷蘭人於1945年回到巴布亞地區。

  1945年8月17日印度尼西亞宣佈獨立,並聲稱擁有荷屬東印度群島的所有領土,包括荷屬新幾內亞。荷蘭和印尼發生了四年半的武裝外交鬥爭。1949年12月,鬥爭結束,荷蘭承認了印度尼西亞對荷屬東印度群島的主權,但是荷屬新幾內亞除外。雙方無法對該地區達成妥協,同意在一年內繼續討論這個問題。  為了防止印度尼西亞控制巴布亞,荷蘭當局顯著提高了對巴布亞的開發支出,並鼓勵巴布亞的民族主義。他們建立了許多學校以培養當地人才,為1970年的西巴布亞獨立建國做準備。1961年4月5日巴布亞議會開始運作,預備於10年之內完成獨立。1961年10月19日巴布亞的議員在新幾內亞議會大廈舉行了6小時的會議,選舉出制定獨立與自治宣言的全國委員會,還選出了國旗、國徽和國歌(Oh My Land Papua),並呼籲人們自稱為"巴布亞人"。1961年12月1日,荷蘭認同其議會所選擇的國歌以及訂定的晨星旗為新的國旗。1961年12月19日,印尼軍方展開特里科拉行動,侵入荷屬新幾內亞,衝突過後西巴布亞由聯合國管理。1962年8月15日,印荷在聯合國總部簽署紐約協議,其中包括在1969年之前舉行公民投票的規定。  1962年荷蘭殖民政府從荷屬新幾內亞撤出以後,1963年印尼開始履行管理,當時印度尼西亞根據與聯合國簽訂尊重任何結果的紐約協議進行巴布亞全民公投(印尼政府稱之為自由選擇法案,,實際上並不公平)。事實相反,這一投票並不是在全體居民中進行,而是印尼軍隊強迫部落酋長投票加入印尼。儘管有抗議,由於同聯合國簽訂有協議尊重任何結果,名義上這一結果得到維護,國際社會也承認巴布亞加入印尼。這加劇了西巴布亞原住民的獨立運動,加深了從1963年荷蘭人撤出巴布亞即開始的地區衝突。這一衝突一直持續到現在,印度尼西亞安全部隊在鎮壓獨立運動方面被指控侵犯人權。  2003年1月,時任印尼總統梅加瓦蒂·蘇加諾普特麗簽署了一項決定,將巴布亞拆分為三個省:中伊裡安查亞()、巴布亞或東伊裡安查亞()、西伊裡安查亞()。2003年2月開始逐漸進行成立西伊裡安查亞省的工作,11月任命了一位省長,即現在的西巴布亞省;中伊裡安查亞省的建設因2003年8月的地方暴力抗議而被延遲,其後該省的建立又被印度尼西亞法院阻止,法院宣佈中伊裡安查亞省的建立違反憲法和巴布亞特別自治協定,之前劃分成兩個省被允許作為一個既定的事實。  2019年,西巴布亞省和巴布亞省爆發。防暴警察拘捕損毀印尼國旗的巴布亞大學生,並在這一過程中使用「狗」、「豬」和「猴子」等涉及種族歧視的字眼羞辱學生。當局21日晚開始切斷通訊資料傳輸與網路連線,阻止巴布亞民眾使用社交媒體,不過電話和簡訊功能仍正常運作。

  2000年時,現在屬西巴布亞省的地區僅包含一市(kota)三縣(kabupaten),即索龍市、馬諾誇裡縣、索龍縣及法克法克縣。當今西巴布亞省分為1個市和12個縣,省首府位於馬諾誇裡。2010年人口普查時,市縣下共設有155個區(kecamatan),在西巴布亞省和巴布亞省,區(kecamatan)也稱為distrik。  "2010年人口普查之後,南馬諾誇裡縣和阿爾法克山縣從馬諾誇裡縣分出,馬諾誇裡縣四個區劃入坦布勞烏縣,表中南馬諾誇裡縣、阿爾法克山縣和坦布勞烏縣的2010年統計人口為現在歸屬此三縣的所有區在2010年的普查人口,馬諾誇裡縣2010年普查人口為現在歸屬該縣的各區在2010年的普查人口之和"

  "各縣設立年份以批准時間為準"

  2013年10月25日,印尼眾議院開始審查(DPR)關於建立57個新縣市和8個新省的法律草案,其中包括從西巴布亞省分設西南巴布亞省(英語:Southwest Papua),以及八個新縣和一個新市。  Malamoy和Maibratsau二縣從索龍縣分設,拉賈安帕特縣拆分為北拉賈安帕特縣和南拉賈安帕特縣,Raja Maskona從賓圖尼灣縣分設, Okas從法克法克縣分設,西馬諾誇裡縣從馬諾誇裡縣分設,Imeo從南索龍縣分設,馬諾誇裡市從馬諾誇裡縣分設。

  西巴布亞省目前沒有鐵路,有計劃修建一條鐵路連線索龍和巴布亞省的查亞普拉。一期工程從索龍到馬諾誇裡,長390公里,該段線路預計2018年開工,2019年結束。二期工程從馬諾誇裡向南連線巴布亞省的納比雷,又從查亞普拉修建鐵路連線薩米,二期工程預計在2020-2024年間建設。該專案由國家財政預算出資,被認為是印尼建設爪哇島之外鐵路網路的突破性進展。  西巴布亞省機場較多,主要有索龍多明尼加聯邦愛德華·奧索機場、馬諾誇裡任代尼機場等。
西巴布亞省()是印度尼西亞東部的一個省,省域包括新幾內亞島西部的極樂鳥半島、博布萊半島和附近的拉賈安帕特群島,是西新幾內亞兩省之一。首府馬諾誇裡,最大城市索龍。2010年統計人口共760,855,2014年1月的官方估計為877,437人,在2012年10月北加裡曼丹省成立之前是印尼人口最少的省份。2003年2月,西巴布亞省從巴布亞省分設,原名西伊裡安查亞省(),2007年2月7日更名西巴布亞省。西巴布亞省是印尼的四個特區()之一。在文化方面,西巴布亞省為印尼基督徒佔絕大多數的省份之一,佔比超過60%,僅次於佔比超過70%的北蘇拉威西省,且由於中央政府默許地方政府實施宗教法,西巴布亞亦曾提案過實施基督教法,但並未成功。