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  1562年(永祿5年)出生於尾張國愛知郡中村(今愛知縣名古屋市中村區),父親是當地鍛治屋老闆加藤五郎助。父親年幼過逝,由母親養育成人,她是大政所從姊妹,因此與羽柴秀吉(即後來的豐臣秀吉)有血緣關係。1576年(天正4年)以170石俸祿為秀吉效力。  迎娶近江守護大名佐々木氏一族,同時也是近江的名門山崎片家的女兒為正室。 天正10年(1582年)4月14日、秀吉的中國經略,進軍冠山城、清正獲「一番乗」的封號,成功討取竹井將監。  1582年織田信長死後,清正參加山崎之戰,1583年在賤嶽之戰中殺死了敵將山路正國,從而取得重要戰功,成為賤嶽七本槍其中一人,獲封3000石。1585年當秀吉就任關白一職的同時,獲封從五位下主計頭一職。1586年參加九州征伐。統一九州後,1587年(天正15年)取代施政失敗的佐佐成政,1588年與小西行長受封新領地,兩人各分得半個肥後國,清正獲得肥後北半國19萬5,000石、入主隈本城、天正19年(1591年)大規模改修熊本城作為居城。。清正在肥後國治績良好,利用生麥特產品化進行南蠻貿易。除了商業政策外,在治水方面亦獲得佳績。 天正17年(1589年)、小西行長所領的肥後南半國發生天草一揆、經小西行長說服無效,於是出兵強行鎮壓。

  1592年,豐臣秀吉派遣大軍入侵朝鮮(文祿之役),在文祿之役清正率領第二番隊、帶領部下相良賴房、鍋島直茂大名級將領,與小西行長共同擔任先鋒攻取慶尚道、忠清道、京畿道。攻克漢城後,與小西行長及黑田長政在臨津江擊退朝鮮軍,然後加藤清正獨自率領二番隊在海汀倉打敗韓克誠,俘虜了朝鮮王子臨海君與順和君,之後進攻江原道甚至越過朝鮮北部邊境攻打兀良哈。1593年第二次晉州城之戰中,指揮龜甲車部隊,負責由北面攻城。不久朝鮮與豐臣秀吉和談完畢後撤退,被俘的兩名王子亦得以獲釋。在此開始與小西行長和石田三成等人對立。  1597年日本再次派兵出征朝鮮。加藤清正再次作為日軍的先鋒出陣,首先攻佔朝鮮黃石山城。之後攻下全羅道佔領全州。當清正佔據忠清道鎮川后,在西生浦城。而日軍則根據加藤清正的繩張築起蔚山城,當建造完成時將由清正防禦此城。當蔚山城快將完成時,明軍殺到(蔚山城之戰)。加藤清正等500名人員進入蔚山城並嘗試死守,直到毛利秀元、黑田長政等援軍到達時進行反擊擊退明軍及朝鮮軍。翌年9月日軍準備撤退時死守蔚山城,再次擊退明軍及朝鮮軍。

  1598年當豐臣秀吉病逝後,與五大老之一德川家康開始親密起來,與家康養女進行婚姻。1599年與福島正則、淺野幸長等人策劃謀殺石田三成未遂。 然而,在島津氏重臣伊集院氏叛亂時(莊內之亂)、清正暗地裡支援伊集院忠真的行為被家康發覺。激怒了家康後,清正被禁止上洛。慶長5年(1600年)清正才獲許可進入大阪、2月13日透過有馬則賴與家康會面、家康的怒氣才有所消減。後來清正獲准參加會津征伐、留在九州牽制當地的西軍勢力,與黑田如水合作攻擊小西行長的居城宇土城,當東軍攻擊柳川城時,勸喻立花宗茂開城投降,之後再擊破九州西軍勢力,直到德川家康叫停戰爭為止。戰後論功行賞,獲得小西行長的領地,成為肥後五十二萬石的大名。清正在獲得了行長的領地後,在熊本築城,也就是現今熊本縣的熊本城。 慶長8年(1603年)、獲賜豐臣姓。 1605年就任從五位上、侍從肥後守。1610年協助幕府負責建造名古屋城。在關原之戰後,清正和淺野氏致力保護豐臣秀賴和豐臣家,包括1611年前往京都二條城,為家康與豐臣秀吉之子秀賴進行斡旋,返回領地途中在船上病發,6月24日病死於肥後的主城熊本城,終年五十,其死因亦有所爭議,包括梅毒、花柳病、癩瘡等。但有不少人認為是德川家康為了要摧毀大阪政權的保護傘,所以在二條城會面時,以毒饅頭毒殺清正。  墓地位於熊本市花園發星山本妙寺中淨池廟以及山形縣鶴岡市丸岡金峰山天澤寺。位牌在東京都港區白金臺最正山覺林寺。此外,在東京都大田區長榮山大國院本門寺有清政的供養塔。在熊本市內也有一座加藤神社。明治43年(1910年)贈從三位。  清正死後,家督由忠廣繼承,1632年被幕府改易,理由有多個可能。
加藤清正(1562年-7月25日-1611年-8月2日,即永祿5年6月24日—慶長16年6月24日)是日本安土桃山時代、江戶時代武將和大名,幼名虎之助,是初代熊本藩主。異名鬼加藤、地震加藤。