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  在乙醇發酵期間,在玉米中的葡萄糖和其它糖類(或在甘蔗或其他作物中)被轉換成乙醇和二氧化碳。 像任何發酵反應,發酵並非100%的選擇性,其他的副產物例如乙酸,乙二醇和許多其他產品在相當程度上形成,並且在乙醇的淨化過程中需要被除去。  乙醇在燃燒過程中與氧發生反應,產生二氧化碳,水和熱:

  

  植物漿液被置於蒸汽加壓鍋中加熱至100°C的過程被稱為“液化”。在此步驟中,胚乳內的澱粉顆粒被分散開來,澱粉分子也被酶破壞。此後,漿液溫度將被降至80-90°C,並被加入α-澱粉酶,然後仍需要繼續反應至少30分鐘。

  在液化過程結束後,漿液將被冷卻至大約30°C,並被加入葡萄糖澱粉酶以將澱粉水解為葡萄糖。這一步被稱為“糖化”。糖化發生於漿液倒入發酵罐後並貫穿接下來的“發酵”這一步。

  通過微生物發酵的糖產生乙醇。微生物發酵將目前僅僅直接作用於糖。植物的兩個主要組成部分,澱粉和纖維素,是由糖類組成,並且在原則上還可以發酵轉換成糖。目前,只有糖(如蔗糖)和澱粉(如玉米)的部分可以符合經濟效益的轉換。在纖維素乙醇領域有很多研究活動,把植物的一個組成部分纖維素分解為糖,並隨後轉化為乙醇。
燃料乙醇(英語:Ethanol fuel),也稱乙醇燃料,又稱生質酒精,是一種被廣泛用於運輸業的生物燃料。它和酒精飲料中的乙醇是同一型別的醇類。燃料乙醇由富含糖類物質的農作物釀製產生,可作為新增劑加入汽油中製成混合燃料。燃料乙醇主要供汽車、摩托車等交通工具使用,汽油發動機無需做過多改動就可以直接使用燃料乙醇。當汽油價格較高時,燃料乙醇具有明顯的成本優勢。但是,大規模使用燃料乙醇導致玉米、甘蔗等農作物供不應求、價格上升。同時在生產燃料乙醇的過程中也會釋放出二氧化碳或汙染物,因而有損其清潔燃料的稱號。