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  1591年用古葡萄牙式羅馬字出版的《》()是現存的最古老的羅馬字文章。葡萄牙式和荷蘭式羅馬字並不是與假名的一對一的,只在傳教士和學者中等有限的範圍內使用。  最初使用假名和羅馬字以一對一方式的,是1867年詹姆斯·柯蒂斯·赫本(詹姆士·平文/詹姆士·黑本)於《日英語林整合》()第1版中使用的羅馬字,所以被稱為平文(黑本)式羅馬字。但是赫本式羅馬字是以英語的發音作為依據的,用來表注日文被認為有很多的破綻。因此,1885年田中館愛橘按照音韻學理論設計了日本式羅馬字。  基於音韻學理論的日本式羅馬字,得到了國內外不少的語言學者的贊同。可是對於英語的使用者來說卻是難以接受的。1937年的日本《內閣訓令第3號》頒佈了以兩者為基礎的訓令式羅馬字。  第二次世界大戰後,在美國統治下由於平文式羅馬字再次興起而產生了混亂。1937年的《內閣訓令第3號》廢止,1954年作為《內閣告示第1號》又重新公佈,但是赫本式羅馬字因為出於國際的關係及以前的慣例難以改變的情況下而無法作為國際標準。1989年,國際標準化組織(ISO)採用訓令式羅馬字作為ISO3602標準。  在各種標準確定以前,存在著各種各樣的受西歐諸語言影響的羅馬字標記法,一直到現在都殘留著。

  

  日本國內的標準是1954年由內閣頒佈的訓令式羅馬字。

  國際標準是由國際標準化組織(ISO)在1989年認可的ISO3602標準。  參見 http://www.age.ne.jp/x/nrs/iso3602/iso3602.html

  兩者的內容並無不同。美國標準在1994年已經停止使用。  英國標準請參見 https://web.archive.org/web/20130603222816/http://halcat.com/roomazi/doc/bs4812.html

  一些團體制定了自己的羅馬字轉寫方式,用於團體的內部使用。

  日本外務省制定了以平文式羅馬字為基礎的轉寫方式,用來記載護照上的姓名時使用。基本上規定長音是不被標註的,但在2000年4月1日開始,申請護照時,姓名中含有「おう」(OU)或是「おお」(OO)的長音時,可以自行選擇登記為「O」或是「OH」的方式。另外在2005年年度中(時間不確定),如果本人不希望使用外務省赫本式羅馬字來轉寫自己的名字,也可以在名字後面用括號標出,例如:例:譲二 Joji(George)。同年4月1日開始,由於戶籍上姓名的變更,接受希望以「OH」登記者的人更改(其他還有由鈴木改變成佐藤「SATOH」的登記方式等),但是曾經有人因為家族中有人登記「SATOH」與登記「SATO」的人,曾經在前往他國審查時發生問題,所以也建議同一家族最好都使用相同的登記方式。

  與外務省平文式羅馬字類似,長音也是不被標註的。  參見 http://www.kictec.co.jp/inpaku/iken%20keikai/syasin/hebon/romaji.htm

  使用日本語以外語言寫作時(主要是使用拉丁字母的語言)用來標註日本語的詞彙,在這種情況時通常是用來標明發音。當電腦只能處理拉丁字母的時候也會用來書寫日文,但是通常很少會衹使用羅馬字來寫日文的文章。  正式的檔案通常會使用訓令式羅馬字來書寫,但是,國內標準和國際標準都是不被重視的。每個人按照自己的習慣來決定使用哪一種的羅馬字轉寫方式,所以現在羅馬字的書寫很混亂。但是因為羅馬字衹是用來轉寫日文,衹要能推測出所寫的意思,錯誤和混亂也並不被認為是什麼很嚴重的事情。因此,反而正式的轉寫方式一直沒有被人們遵守。特別是在人名的使用上,很多情況下都是由使用者按自己的習慣和愛好來使用羅馬字,這個情況同在香港、臺灣和韓國用羅馬字轉寫自己的名字也是一樣的。
日語羅馬字(,指代日語時常稱為羅馬音)是使用拉丁字母來表示日語發音的一種表示法。而羅馬字一共有三種體系:訓令式羅馬字()、赫本式羅馬字()與日本式羅馬字()。