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  「雙殼綱」這個名稱由林奈命名,一直用到現在。其間有其他貝類學家建議過其他名稱,當中以斧足類( )及瓣鰓類( )這兩大陣營最為常見。部分1960年代出版的文獻仍然使用這兩個名稱。然而由於兩邊陣營支持者相當,爭持多年仍然沒有結果,相反「雙殼綱」這名稱簡單易明,使這個相對較為「中立」的名稱變得更為可取。所以從Cox開始,貝類學家慢慢都轉回使用這個舊稱。

  在2010年5月,一個有關雙殼綱的新分類在期刊《"Malacologia"》發表。在這篇論文中,作者使用了多種系統發生學的資訊,例如:分子分析學,解剖分析學,外殼形態學及外殼微構造等方法,去把本綱的物種重新分類。根據這個新的分類,雙殼綱的物種可以分成324個有效的科,當中有214個科只有化石樣本,110個物種延續至現在。  另外根據Bieler et al. (2014)的研究綜合了分子生物學及傳統的形態學分類,確認雙殼綱物種可分成兩大支序:原鰓類(Protobranchia)及Autobranchia,而後者又可再分為 翼形類(Pteriomorphia)及異殼類(Heteroconchia)。異殼類然後又再可分成古異齒亞綱(Palaeoheterodonta)及異齒亞綱(Heterodonta);而異齒亞綱又可再分為始異齒下綱(Archiheterodonta)及真異齒下綱(Euheterodonta)兩個支序。為免這些假設的分支把林奈分類愈分愈細微,原鰓類到異殼類的這兩級分支繼續維持作支序來看待  以下分類總覽雙殼綱物種的目級以上總屬群組名稱(Suprageneric Group Name),各分元的詳細組成請參閱各自的條目:
雙殼綱(學名:),又名斧足綱或瓣鰓綱,是軟體動物門的一個綱,生于海洋及淡水地區因有兩片貝殼而得名。現存有9200種左右,體長達135公分。本綱動物的頭部已經退化,足部呈斧狀,體軀兩側各有1對瓣狀的鰓。殼側生,開的過程是被動的,其關閉則需要相關肌肉的收縮完成。纖毛抖動在腮部揚起漩渦,使得水及其中的顆粒進入鰓部。口通過一條粘膜道以及觸鬚吸取營養顆粒,