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  哈爾·薩夫列尼地下宮殿是在1902年被工人偶然發現的。當時工人們正在挖鑿地下蓄水池,無意中挖開了地下宮殿的頂部。工人們起初試圖隱瞞這一發現,但最終還是被人知道了。  對地下宮殿結構的研究要首先歸功於耶穌會的神父曼努埃爾·曼格里,他代表博物館委員會主持了從1903年11月開始的發掘,發掘報告還未問世,曼格里就於1907年去世了。之後的發掘工作由Themistocles Zammit爵士主持,1908年神廟開始對公眾開放。  1912年1月,特克的瑪麗在參加完德里舉行的慶祝英王加冕儀式的回程途中參觀了這裡  1980年馬耳他發行了繪有哈爾·薩夫列尼地下宮殿的郵票,以紀念它被列為世界遺產。1990-1993年當局又組織對地下宮殿進行了發掘,並從1991-2000年停止對外開放,進行了維修工作。地下宮殿重新開放後,負責文物管理的部門馬耳他遺產每天僅允許六十人進入,而地下宮殿中的環境被嚴格控制  2014年,一支國際考察隊進入地下宮殿,以研究其特有的聲學效應

  哈爾·薩夫列尼地下宮殿分為三層。地下宮殿的第一層位於地面以下十米的地方,和聖保羅灣的Xemdija發現的其它史前墓地相似,這一層的某些房間最初是天然的洞穴,後來經過人工的修正和擴充套件。當最早的建造者發現第一層墓穴已無法容納逝者需要之後,開始建造了第二層墓穴。第三層則並沒有遺骨或祭品,只有水,暗示這裡可能是儲藏間,也許用於儲藏糧食。
哈爾·薩夫列尼地下宮殿(英語:Hypogeum of Ħal-Saflieni)位於馬耳他東南部的城鎮保拉,是一座約建於馬耳他薩夫列尼期(約公元前3300-前3000年)的地下建築。研究者認為這座地下宮殿最初可能是用作避難所,但後來成為史前時代的墓地。正因如此,在地宮發掘中,曾發現了超過七千具屍骨。哈爾·薩夫列尼地下宮殿是世界上發現的唯一一座史前時代地下宮殿