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  1820年,鄂圖曼帝國的埃及總督穆罕默德·阿里入侵併征服了蘇丹北部。這個地區打從上古的法老統治期間便與埃及在許多方面有相當大的關係,也曾經多次被埃及統治。由於穆罕默德·阿里試圖要對外擴張勢力、將鄂圖曼帝國取代,因此將蘇丹視為一個相當有價值的新領地。在他本人及繼承者統治期間,埃及與蘇丹成為一個單一政治實體,其後所有王朝的統治者都致力於維護這個「尼羅河谷的聯合」。此政策在穆罕默德·阿里的孫子伊斯梅爾帕夏在位期間,更被進一步強化。

  當蘇伊士運河在1869年開通後,埃及和蘇丹在戰略及經濟上的重要性逐漸增加,引起列強的興趣,尤其是英國。十年後的1879年,大量的外國貸款成為列強逼迫伊斯梅爾帕夏退位的藉口,由他的兒子陶菲克帕夏取而代之。此舉激怒本來就對外國政府及商人很不滿的民族主義者;這股情緒隨著特費克的貪腐和無能逐漸升溫,最終爆發了阿拉比革命。眼看著情勢岌岌可危,特費克遂求助於英國。1882年,在他的請求下,英國發兵砲轟亞歷山大、埃蘇兩地的主要港口,並隨後入侵之,又推翻艾哈邁德·阿拉比在開羅所領導的政權,再進而佔領埃及和蘇丹全境。之後雖然特費克得以重新掌權,然而英國也從此控制了埃及和蘇丹的事務。

  陶菲克為了答謝英國對王室的護衛,乃允許英國的佔領;此舉使埃及和蘇丹兩地民情更加激憤。當英軍駐紮在埃及北部,以護衛開羅、亞歷山大以及蘇伊士運河等地時,反對國王和他的歐洲靠山之人士乃從中阻撓;相對的,在蘇丹的英軍因人數有限,革命終於爆發。群眾推舉當地宗教領袖穆罕默德·艾哈邁德·馬赫迪做為領導人,他自稱「馬赫迪」(意思是「救世主」),號召人民進行「聖戰」,驅逐外國侵略者,建立「普遍平等,處處公正的美好社會」。 1883年11月,反抗軍集中4萬多優勢兵力,一舉殲滅英軍1萬多人。英方眼見情勢不對,只得再次任命曾任總督的戈登來因應。戈登抵達喀土穆後一個月,馬赫迪軍隊完成對喀土穆的包圍。1885年1月,他們攻陷喀土穆,戈登在逃難中被殺;同年6月馬赫迪病逝,阿卜杜拉(約1846年—1899年)繼位,稱哈里發(伊斯蘭教國家元首),他建立了統一的伊斯蘭封建國家──馬赫迪王國,首都設在恩圖曼。1896年,英國殖民軍再次向蘇丹發動進攻。1898年4月,喀土穆陷落,英國重佔蘇丹。阿卜杜拉率殘部退守科爾多凡,直至戰死。亂事被平定。

  即使英國在1936年結束對埃及的佔領(蘇伊士運河區除外),他們仍保留了在蘇丹的軍隊。開羅政府曾多次宣佈廢除共管協定、英國在蘇丹的活動是非法的、並要求英方完全承認法魯克一世為「埃及和蘇丹的國王」。但直到1952年埃及革命後,才正式決定結束對蘇丹的佔領。1953年君主制被廢除後,埃及總統納吉布以及納賽爾深知欲終止英國對蘇丹支配的唯一方法,就是埃及本身必須先放棄對其之主權。如此一來,他們便認為英國只能別無選擇的離開,之後果不其然地實現。1954年,英埃雙方簽訂了保證蘇丹獨立的協定。而後在互相承諾的1956年1月1日這一天,蘇丹正式成為一個主權獨立的國家,同時也結束了和埃及長達136年的聯合與英國55年的統治。
蘇丹在1899年至1956年間,由埃及和英國共同管治,故此時期的蘇丹稱為「英埃蘇丹」。