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  古神翼龍目前只有一個有效種,即模式種沃氏古神翼龍("T. wellnhoferi")。在歷來被歸類為古神翼龍屬的三個物種中,沃氏古神翼龍是體型最小,也是最早被髮表者,沒有發現過冠飾的軟組織。  其餘的兩個物種目前都被認為屬於雷神翼龍屬,分別是皇帝古神翼龍("Tapejara imperator"),體型最大,頭骨前後連線者兩個骨質分岔,可能用於支撐大型的角質頭冠,以及帆冠古神翼龍("Tapejara navigans"),體型居中,頭冠類似皇帝古神翼龍,但形狀較狹窄、呈船帆狀,而且缺乏頭後方的骨質分岔。  在2007年,數名科學家認為古神翼龍的三個種具有不同的特徵,足以成立個別的屬。Kellner與Campos認為只有皇帝古神翼龍可以建立新屬,因此在2007年建立了雷神翼龍同年,大衛·安文(David Unwin)與D. M. Martill認為皇帝古神翼龍、"T. navigans"是相同物種,因此分別建立為"Ingridia imperator"、"Ingridia navigans"。Kellner與Campos的雷神翼龍研究,比安文與Martill的"Ingridia"研究早了數個月公佈。由於兩組人員都使用"imperator"作為模式種,因此"Ingridia"成為雷神翼龍的次客觀異名。皇帝古神翼龍被改名為雷神翼龍,但"T. navigans"仍需要建立新的屬名。  在2011年,另一群科學家將"T. navigans"改歸類為雷神翼龍的第二個種。

  在2011年,科學家比較翼龍類、現代鳥類與爬行動物的鞏膜環大小,提出古神翼龍可能屬於無定時活躍性的動物,覓食、移動行為跟白天黑夜沒有正相關,只休息短暫時間。

  "Tapejara navigans"出現在BBC《與恐龍共舞》("Walking with Dinosaurs")電視節目,假設牠們在巴西度過繁殖季節。有趣的是,"Tapejara navigans"出現在1999年的電視節目,但在2003年才被正式命名,該物種後來被命名為新種雷神翼龍。
古神翼龍屬(屬名:)又譯塔佩雅拉翼龍,屬名在圖皮語裡意為「古老的主宰」,是種生存於白堊紀巴西的翼龍類。古神翼龍在體型上呈多樣性,有些物種翼展長6米。每個物種有不同大小、形狀的冠飾,可能作為與其他古神翼龍的訊號與展示物,如同大嘴鳥用牠們鮮豔的鳥喙傳達訊號給彼此。