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  自從舊石器時代起,布拉格所在的地方就已經有人類定居。數千年前,形成了一條聯結歐洲南部和歐洲北部的商路,沿著河流的流向,經過這一地區。大約公元前500年,凱爾特人的波伊人(Boii)部落居住在這一地區,他們是這裡最早能叫出名字的居民。波伊部落將這個地區稱為波希米亞,將這條河命名為伏爾塔瓦河。前1世紀,日耳曼人部落逐走凱爾特人,移居到波希米亞。到公元6世紀,日耳曼人部落多數移居到多瑙河流域,這時一支斯拉夫部落乘機從西面入侵,定居在波希米亞地區,他們就是捷克民族的祖先。 根據傳說,捷克部落的統治者莉布絲公主嫁給了一個地位卑微的農夫培密索爾,建立了普熱米斯爾王朝。傳說公主在她位於中波希米亞的莉布新(Libusin)城堡中說了許多預言(得到7世紀以前考古學發現的證實)。其中一個預言說,她預見到了布拉格的榮耀。一天,她在異象中“看見一個偉大的城市,它的榮耀能達到天上的繁星!我看見它在在森林中伏爾塔瓦河畔陡峭的懸崖之上。那裡有一個男人,他正在為房屋鑿出門檻("prah"),在那裡要建起一座名叫布拉格("Praha")的城堡。王子和公爵們都要在門檻前彎腰,他們要向城堡和周圍的城市低頭。它將得到尊敬,人所共知的榮譽,整個世界都要讚美它。”  波希米亞早期的歷史只有一些傳說流傳了下來。第一位被歷史學家公認的波希米亞統治者是9世紀下半葉的王子博日沃伊一世。863年,西里爾和美多德兄弟將基督教帶到捷克,美多德為波希米亞國王夫婦博日沃伊和Ludmila施行了洗禮,博日沃伊將他的王宮從Levý Hradec堡壘遷到一個稱為布拉格(Praha)的地方,建造了布拉格城堡。這是世界上最大的有人居住的堡壘。從此以後,這裡一直是捷克的政治中心,至今仍是捷克總統府)。  10世紀初摩拉維亞公國瓦解後,波西米亞逐步擴大疆域,自大約936年起,已經控制了波希米亞的大部分地區。博日沃伊一世的孫子,波希米亞公爵文塞斯勞斯,開始與薩克森王朝結盟,他希望波希米亞成為一個較大帝國的平等夥伴。他在929年9月28日被暗殺,安葬在他自己建造的聖維特斯教堂裡。數年後文塞斯勞斯被封聖,成為波希米亞最受愛戴的主保聖人,是聖誕頌歌中的“賢王文塞斯勞斯”。  962年,薩克森王朝的鄂圖一世加冕成為神聖羅馬帝國皇帝,波希米亞從開始就加入了該帝國。 10世紀初,布拉格城堡下面和周圍地區已經發展成一個重要的貿易場所,來自全歐洲的商人聚集在此。965年,一名猶太商人和旅行家Ibrahim ibn Ya'qub 寫道:“布拉格建造在石頭和石灰上,是最大的貿易中心。斯拉夫人大體上很勇敢... 他們征服了這片肥沃富饒的土地,有充足的食物供應。”  973年,波希米亞成立了一個教區,主教座堂就設在布拉格城堡。第一位捷克主教是Adalbert,他在999年被封聖,成為捷克、波蘭和匈牙利的主保聖人。  11世紀,在這座羅馬式的布拉格城堡的對岸,又建造了另一座羅馬式城堡

  公元14世紀,該市在神聖羅馬帝國盧森堡王朝皇帝查理四世統治時期達到繁榮。查理四世是捷克公主 Eliska Premyslovna和盧森堡的約翰的長子。他於1316年出生在布拉格,1346年當他父親去世時成為波希米亞國王。由於他的爭取,布拉格教區在1344年升格為總教區。1348年4月7日,他建立了中歐、北歐和東歐地區的第一所大學,今天稱為查理大學,是捷克最古老的大學,也曾是德國第一所大學。同年,他還在老城的旁邊建立了布拉格新城。查理重建了布拉格城堡和高堡,架起了一座新橋,今天稱為查理大橋。聖維特主教座堂也開始建造。他還新建了許多教堂。1355年,查理在羅馬加冕,成為神聖羅馬帝國皇帝。布拉格成為神聖羅馬帝國的京城。查理希望布拉格成為世界上最美麗的城市之一。他希望布拉格成為帝國內最為顯赫的城市,布拉格城堡位於該市顯赫的地點,而莊嚴的哥特式主教座堂比起布拉格城堡更為顯赫。它們都採用了巨集偉的哥特式,室內裝飾採用了獨立的藝術風格,稱為波希米亞學派。在查理四世統治時期,捷克在中歐最為強大,是捷克歷史上最強盛的時期。  當時,布拉格是歐洲的第三大城市。  所有一切在查理四世的兒子,軟弱的國王瓦茨拉夫四世在位時期—(1378年至1419年)都發生了變化。大學校長揚·胡斯在布拉格的伯利恆禮拜堂,使用捷克語佈道,以儘可能擴大他的教會改革思想的影響。他在1415年以異端罪名在康士坦茲被處以火刑,四年後胡斯戰爭爆發,戰爭始於布拉格的第一次拋窗事件,布拉格神父揚·柴利夫斯基指揮了這次反抗,將市長及市議員共7人從新市政廳的窗戶扔向樓下。16天后國王瓦茨拉夫四世逝世。他的同父異母弟弟匈牙利國王西吉斯蒙德是王位合法的繼承者。但胡斯派反對西吉斯蒙德,因此他帶領3萬軍隊來到布拉格。(正是西吉斯蒙德邀請揚·胡斯前往康士坦茲為自己作異端辯護,並答應給他豁免權,但沒有信守諾言)。1420年,著名將軍揚·傑斯卡領導的農民武裝,和胡斯派軍隊一起,在維科山戰役中擊敗了西吉斯蒙德。西吉斯蒙德派出了更多的十字軍,但是都以失敗而告終。傑斯卡去世後,胡斯派分裂,溫和派和天主教徒聯合,在1434年的裡潘尼戰役中最激進的胡斯派最終戰敗。西吉斯蒙德成為波希米亞國王。  1437年,西吉斯蒙德去世,盧森堡王朝因沒有男性後嗣而告結束。西格蒙德的女婿奧地利公爵艾伯特二世成為波希米亞國王,兩年後他也去世,他的遺腹子拉斯洛五世繼位。拉斯洛17歲時去世,他的老師——貴族波傑布拉德的喬治被天主教徒和胡斯派一同選為波希米亞國王,他被稱為胡斯派國王。在他統治下,教宗在1465年呼籲十字軍攻打捷克異教徒。十字軍由匈牙利國王馬加什一世率領,馬加什在1469年被捷克的天主教徒承認為波希米亞國王。喬治沒有退位,於是波希米亞有了兩位國王。喬治在1471年去世以前,與波蘭國王卡西米爾四世達成協議,下一位波希米亞國王將出自雅蓋隆王朝——弗拉迪斯拉夫·雅蓋隆。(國王卡西米爾四世的妻子是拉斯洛五世的姐妹,因此她的兒子弗拉迪斯拉夫與盧森堡王朝和原來波希米亞的普熱米斯爾王朝都有關聯)。雅蓋隆王朝統治持續到1526年,當年國王路德維希·雅蓋隆(兼任匈牙利國王)與鄂圖曼土耳其大戰後死亡,雅蓋隆王朝絕嗣(路德維希·雅蓋隆是弗拉迪斯拉夫·雅蓋隆的兒子)。

  下一位波希米亞國王是斐迪南·哈布斯堡(兼任奧地利大公),路德維希·雅蓋隆姐姐安·雅蓋隆的丈夫。這是哈布斯堡王朝的開始。1556年斐迪南的哥哥查理五世讓出皇位,1558年斐迪南一世被選為神聖羅馬帝國皇帝。在他去世後,他的兒子馬克西米連二世繼承他的所有頭銜,馬克西米連離世後,他的兒子魯道夫二世繼承了所有的頭銜。魯道夫二世統治時期是布拉格的另一個光榮年代。布拉格再次成為神聖羅馬帝國的文化中心。魯道夫與雅蓋隆王朝、盧森堡王朝和普熱米斯爾王朝都有關聯,但他也與西班牙的瘋女胡安娜(卡斯蒂利亞女王伊莎貝拉一世和阿拉貢國王斐迪南二世的女兒)有血緣關係,胡安娜是魯道夫祖父斐迪南一世的母親。魯道夫二世雖然非常有才華,卻非常古怪,患有抑鬱症。魯道夫二世住在布拉格城堡,他在那裡的宮廷充塞著占星家、魔法師和其他古怪人物。但這是該市的一個繁榮時期,居住在此的名人包括天文學家第谷·布拉赫和約翰·開普勒,畫家朱塞佩·阿爾欽博託、B.斯普朗格、漢斯·馮·亞琛、J. 海因茨等。1609年,在新教徒影響下,魯道夫二世這個虔誠的天主教徒頒佈了“皇帝帝國憲章”,立法規定了歐洲前所未有的廣泛的宗教自由。許多德國新教徒(路德會教徒和加爾文派教徒)移居波西米亞。其中之一是特隆伯爵,他是德國路德會教徒,在他領導下,1618年發生了布拉格第二次丟擲窗外事件,並導致了三十年戰爭。  繼承波希米亞王位的是魯道夫的兄弟馬提亞斯,但是由於馬蒂亞斯沒有孩子,當馬蒂亞斯生病時,他的表弟施蒂里亞的斐迪南大公,被波西米亞國會初步接受為未來的波希米亞國王。波西米亞的新教徒不喜歡這個決定。新教徒和天主教徒(親哈布斯堡家族)之間的緊張關係導致引發了布拉格第二次丟擲窗外事件,1618年5月23日,天主教徒總督被從布拉格城堡的窗戶扔出去。他們活了下來,但是新教徒取代了天主教徒總督。這次事件引起了三十年戰爭。當馬蒂亞斯去世時,施蒂里亞的斐迪南被選為皇帝斐迪南二世,但是沒有被新教徒領袖接受為波希米亞國王。加爾文派教徒腓特烈五世 (普法爾茨)被選為波希米亞國王。1620年11月8日爆發了白山戰役。皇帝斐迪南二世不僅得到天主教的西班牙、波蘭和巴伐利亞的幫助,還得到路德會的薩克森的幫助(他不喜歡加爾文教派)。勇士因德里赫·馬提亞斯·特隆伯爵率領的新教軍隊,主要來自路德會的西里西亞、盧薩蒂亞和摩拉維亞。這主要是新教徒和天主教徒之間的戰鬥。天主教徒獲勝,皇帝斐迪南二世成為波希米亞國王。他宣佈捷克重新皈依天主教。1621年6月21日,27位新教領袖在布拉格的老城廣場被處死,其中包括3位貴族、7位騎士和17位市民,包括布拉格大學校長揚·傑森尼斯博士。大部分新教領袖逃離,包括特隆伯爵,那些留下的人遭受到意料之外的嚴厲懲罰。新教徒被迫將天主教徒扣押的所有財產送給天主教會。除了天主教以外的任何宗教信仰都被禁止。上流社會不是遷走就是改宗天主教。德語獲得與捷克語平等的權利。威斯特伐利亞和約簽訂後,斐迪南二世將宮廷遷往維也納,布拉格開始逐步衰落,人口從戰前的6萬下降到2萬。1621年6月21日,以神聖羅馬帝國皇帝、羅馬教皇、西班牙貴族諸侯為代表的“再造天主教運動”鎮壓了布拉格市民起義,並處決了起義領袖。1631年和1648年布拉格先後被撒克遜人和瑞典人佔領,從此進入衰落時期。

  17世紀被認為是布拉格猶太人的黃金時代。布拉格的猶太社群擁有大約15,000人(佔總人口的30%),是世界上最大的阿什肯納齊社群和歐洲第二大猶太社群,僅次於希臘的薩洛尼卡。從1597年到1609年,Maharal (Judah Loew ben Bezalel)擔任布拉格的首席拉比。他被認為是布拉格歷史上最偉大的猶太學者,他在老猶太公墓的墓地成了朝聖的地點。  1745年,瑪麗亞·特蕾西亞在布拉格驅逐猶太人,1748年,女王允許猶太人回到布拉格。1848年,布拉格隔都的大門被開啟。從前的猶太區在1850年更名為 Josefov,在19世紀末20世紀初被拆除。

  1689年的一場大火燒燬了布拉格,隨後該市得以重建。在18世紀,該市經濟繼續上升,到1771年擁有8萬居民,其中有許多是貴族和富裕的商人,在城內興建了許多宮殿、教堂和花園,它們普遍採用裝飾華麗的巴洛克風格,在全世界贏得了聲譽。1784年,原來的四個自治鎮——城堡區(Hradčany,位於城堡西面和北面)、小城(Malá Strana,位於城堡南邊)、老城(Staré Město,亦位於城堡東邊,與城堡區隔河相對)和新城(Nové Město,位於東南方),正式合併為一個城市。

  1806年,根據拿破崙的命令,神聖羅馬帝國解散了,皇帝弗蘭西斯二世放棄神聖羅馬皇帝稱號,改稱奧地利皇帝弗蘭西斯一世。 1848年革命震撼了整個歐洲,同樣也震撼了布拉格,但被猛烈的鎮壓。第二年,捷克民族主義運動(反對另一個民族主義政黨)開始興起,直到在1861年在市議會中贏得多數。  19世紀,布拉格城市繼續擴張。1850年,猶太區(Josefov)併入布拉格市。1883年,布拉格市又新增了Vyšehrad區。工業革命對布拉格產生了巨大影響,這是因為附近地區有煤礦和鋼鐵工廠,對開設工廠很有利。第一個郊區Karlín形成於1817年,20年後人口就達到10萬。1842年,布拉格興建了第一條鐵路。  1867年,皇帝弗蘭西斯·約瑟夫一世被確立為奧匈二元君主:奧地利皇帝和匈牙利國王。

  第一次世界大戰結束時,奧匈帝國戰敗,新成立的捷克斯洛伐克選擇布拉格為首都。當時布拉格是一個真正的歐洲首都,擁有良好的工業基礎。到1930年,該市人口增加到85萬。  在布拉格歷史的大部分時期內,該市一直是一個多民族的城市,擁有大量的捷克人、德國人和猶太人。1939年捷克被納粹德國佔領後,以及第二次世界大戰期間,大部分猶太人不是逃離該市就是死於猶太人大屠殺。在戰後共產黨時期,布拉格的大部分猶太人移居國外,特別是在共產黨政變之後、1948年 以色列建國、1968年蘇聯入侵之際。到1990年代初,布拉格的猶太社群僅有約800人,而第二次世界大戰以前該市有5萬猶太人。2006年,猶太社團登記有1,600人。  在納粹德國佔領捷克斯洛伐克期間,布拉格是少數未被炸燬的歐洲城市之一,但市民受到納粹的壓制和迫害。政治家(如總理Alois Eliáš)、大學教授和學生和許多其他人被殺害或關押。1945年5月5日,布拉格的捷克人發動了布拉格起義, (此前在雅爾塔會議上已達成祕密協議,波希米亞將由紅軍解放)。最後,1945年5月9日(德國正式投降的第二天),蘇聯坦克開進了布拉格。直到1945年5月12日,捷克土地上的戰鬥才完全結束。  直到19世紀末,德意志人一直構成該市人口的大多數,在1945年5月以後的數月間不是逃走,就是被驅逐。在這期間發生過對德意志人的集體屠殺,但今天已經無法確知受害者的數目。  戰後,布拉格再次成為捷克斯洛伐克首都。許多捷克人真誠地感謝蘇聯士兵。戰爭結束數月後,蘇聯軍隊離開捷克斯洛伐克,但蘇聯保持了對接了強烈的政治影響。1948年2月,布拉格成為共產黨政變的中心。  這時,布拉格始終活躍的知識分子社會1968年8月,蘇聯和其他華沙條約國家佔領了捷克斯洛伐克,用坦克鎮壓了所有改革的嘗試。  1993年捷克斯洛伐克分裂後,布拉格成為新的捷克共和國的首都。到1922年初,周邊37座自治城鎮亦劃歸布拉格,居民驟增至676,000人。1938年,人口增加到100萬。布拉格的50,000名猶太人多在第二次世界大戰時死於納粹手中。  1968年,蘇聯為首的華約成員國對捷克斯洛伐克的武裝入侵,導致了之前的政治改革的失敗。這個事件被稱為布拉格之春,對於當時的社會主義運動有著深遠的影響。 1989年,柏林牆倒塌後,布拉格街頭髮生了天鵝絨革命,捷克斯洛伐克擺脫了共產黨和蘇聯的影響,而布拉格也在新氣氛中獲益甚多。 2002年8月,布拉格遭受嚴重的洪災,城中多處毀壞。幸好主要的景觀(如查理大橋)無恙。
布拉格的歷史涵蓋了上千年,傳說中是由維謝赫拉德城堡發展而來。