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  土壤腐殖質主要由碳、氫、氧、氮、硫、磷等營養元素組成,從元素含量看,胡敏酸含碳、氮、硫較富里酸高,而氧含量較富里酸低;在腐殖質中含氮組分的主要形態有蛋白質-N、肽-N、氨基酸-N、NH3-N,以及嘌呤、嘧啶、雜環結構上的N;在不同環境條件下,腐殖質的含氮組成有明顯差異,熱帶土壤中有較多的酸性氨基酸,而在北極土壤中這類氨基酸含量較低,熱帶土壤所含鹼性氨基酸較其他土壤少。  另外,實驗觀察表明土壤中氨基酸的組成與細菌產生的氨基酸相似,這說明土壤蛋白質、肽和蛋白質起源於微生物。

  腐殖質形成是非常複雜的生化過程,有3種學說:  土壤除了儲存生物殘體被腐殖化的養分外,還可以膠體物質的特色去吸收植物不可缺少的陽離子,如鉀、鈣、鎂等。 陽離子中鐵離子及腐殖質是土壤顏色的主要染色物質,我們可以通過土壤顏色去分析土壤陽離子的成分。 土壤團粒結構形式有利植物生長。因為團粒結構具備毛管孔隙、非毛管孔隙等多級孔隙,對土壤水分及土壤空氣有適當協調的作用。這個結構單位內的土壤主要是以膠體物質團結起來的,而腐殖質就是其中的一種。
腐殖質是土壤特異有機質,也是土壤有機質的主要組成部分,約佔有機質總量的50%-65%。