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  2009年,費德勒以ATP世界巡迴250系列賽-卡達站(多哈埃克森美孚網球公開賽)開始了2009的比賽,後以比分6-7, 6-2, 6-2的比分被穆雷逆轉。他贏得了庫揚精英賽,打敗了莫亞(比分:6-2, 6-3)和沃達斯科(比分:6-3, 3-6, 7-6),並在決賽打敗北京奧運男雙金牌搭檔同胞瓦林卡(比分:6-1, 6-3)。  在澳網男單第一輪,費德勒以比分6-1, 7-6, 7-5擊敗了塞皮。 接著的第二輪,他遭遇大力發球的俄羅斯人科羅樂夫,他輕鬆的以比分6-2, 6-3, 6-1贏得比賽。 第三輪他遇到俄羅斯老將薩芬,他以比分6-3, 6-2, 7-6直落三盤擊敗了對手。 第四輪中,費德勒從先輸2盤中恢復過來擊敗了伯蒂奇。 他創造了他進入八強次數的記錄,僅耗時80分鐘便橫掃了8號種子德爾波特羅後(比分:6-3, 6-0, 6-0),使他提前來到連續第19個大滿貫的半決賽。 之後他又以比分6-2, 7-5, 7-5擊敗了羅迪克,使他進入了第18個大滿貫決賽。(平了桑普拉斯大滿貫決賽,落後伊萬·倫德爾僅1次)。 在決賽中,費德勒被對手納達爾以長盤決勝比分5-7, 6-3, 6-7, 6-3, 2-6打敗,在他們第一次主要賽事的硬地決賽中。 比賽持續近4小時,需要5盤結束,納達爾取得勝利。費德勒流下了淚水在獲獎感言時,掙扎著完成了他亞軍感言。他批評了自己一發的節奏,這使他輸了比賽。  3月9日,印地安泉ATP大師1000賽,四強以三盤比分敗於穆雷。  在邁亞密和羅馬兩個ATP大師1000賽男單四強,費德勒均敗於德約科維奇。  5月17日的ATP大師1000賽馬德里站的紅土男單決賽中,費德勒以兩盤6–4打敗世界第一兼紅土王納達爾,奪得今年首冠,並中斷後者於紅土33連勝。  6月7日,他在法網晉級過程中第三、四輪與四強均在落後情況下,而逆轉擊敗對手晉級決賽,為法網史上第四位連續四年打進決賽的男子選手。他在法網男單決賽以直落三盤打敗曾在晉級過程中淘汰四屆冠軍納達爾的瑞典黑馬索德靈,奪得個人首個法網男單錦標,併成為職業大滿貫選手,。  7月5日,他在溫布頓網球錦標賽決賽苦戰五盤,最終以比分5-7、7-6、7-6、3-6、16-14擊敗羅迪克,奪得溫布頓網球錦標賽冠軍,奪得個人第15個大滿貫冠軍,超越了桑普拉斯奪得14個男單大滿貫冠軍紀錄,也是他的第60個ATP單打冠軍。費德勒在溫布頓網球錦標賽的勝利,確定了他將在2009年7月6日從納達爾手上重奪世界第一寶座,此外,他奪得溫網冠軍後,已表明不會在這兩、三年內退役,因為兩個女兒給了他力量。他希望參加2012年倫敦奧運會,在男單賽事中奪金,成為第三位完成職業金滿貫的球員。2009年年底,他重奪ATP年終世界排名第一的寶座。  8月14日,因妻子生產而休假1個多月未參賽的他在ATP大師1000賽加拿大站於八強止步,比分以6-7, 6-1, 6-7敗於特松加。隔週辛辛那提1000賽,費德勒在半決賽橫掃穆雷之後延續了自己的上佳狀態,在決賽與德約科維奇交手,結果以6-1, 7-5直落二盤擊敗對手,獲得個人生涯第16個ATP大師賽冠軍,也是第61個ATP單打冠軍。  9月10日,在美網1/4決賽中以6-0, 6-3, 6-7, 7-6擊敗瑞典悍將索德林,連續22次進入大滿貫賽的四強,在四強中以7-6, 7-5, 7-5擊敗塞爾維亞好手德約科維奇,是他21次進入大滿貫賽決賽。9月14日,在決賽中,與6號種子阿根廷紅星德爾波特羅苦戰5盤,以6-3, 6-7, 6-4, 6-7, 2-6不敵對手,屈居亞軍,無緣美網六連冠。儘管如此,費德勒依然在2009年四大滿貫比賽中收穫了2個冠軍,2個亞軍,笑傲群雄。  9月25日,他宣佈退出AIG日本公開賽與上海1000賽兩個賽事,他希望能讓身體休息、復原。  11月2日,費德勒參加家鄉巴塞爾大衛杜夫瑞士室內賽,四強擊敗同胞好友齊特內裡,但決賽意外遭到宿敵德約科維奇以三盤比分6-4, 4-6, 6-2擊敗,四連霸霸業受挫,奪得亞軍。  11月9日,費德勒參加法國巴黎1000賽,在第二輪首戰意外遭到地主球員貝內託以6-3, 7-6, 6-4逆轉淘汰出局。  11月22日,費德勒參加英國倫敦舉行的ATP年終總決賽。小組賽首輪,費德勒以4-6,7-5,6-1擊敗西班牙選手沃達斯科,第二輪以3-6,6-3,6-1逆轉擊敗英國本土好手穆雷,由於另外一組的西班牙鬥士納達爾首輪負於瑞典悍將索德林,因此費德勒提前鎖定年終第一,這也是費德勒第五次排名年終第一,僅次於美國天王桑普拉斯六次排名年終第一的紀錄,也是繼捷克斯洛伐克名宿蘭度後,第二位能夠重奪年終第一的網球手,第三輪再度敗給美網新科冠軍德爾波特羅,不過仍晉級年終賽四強,在四強意外敗給從未輸過的達維登科,無緣再次打入年終賽決賽,儘管如此,他仍保有年終世界第一的地位,達成去年奪回年終第一的目標。
2009年,費德勒摘下兩座大滿貫單打錦標(法網、溫網),並且生涯第三次闖進四大滿貫決賽,在澳網進入決賽後,以5-7, 3-6, 6-7, 3-6, 2-6鏖戰五盤遭到納達爾擊敗,法網連續四年進入決賽後,以6-1, 7-6, 6-4直落三盤擊敗索德靈,成為網球史上第六位完成職業大滿貫,接著在溫網進入決賽後,以5-7, 7-6, 7-6, 3-6, 16-14鏖戰五盤擊敗羅迪克而重返榮耀,拿下第六座冠軍與第十五座大滿貫(打破90年代美國名將桑普拉斯所保持的十四座),在美網連續六年進入決賽後,以6-3, 6-7, 6-4, 6-7, 2-6爆冷負於阿根廷年輕球員德爾波特羅。另外也奪得二座大師賽單打冠軍(一座:馬德里紅土賽事、另外一座:辛辛那提硬地賽事),網球大師杯進入四強後,以2-6, 6-4, 5-7三盤負於達維登科。