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  繼後巴素利奪得2003/04年及2004/05年連續兩屆聯賽冠軍。2004/05年在歐聯外圍賽遭遇強大的國際米蘭,兩回合累計2-5被淘汰而落入歐洲足協盃,第一圈外圍賽兩回合累計3-1淘汰泰歷克(FC Terek Grozny),分組賽在A組與費耶諾德及沙爾克04同得7分攜手出線,第一圈淘汰賽兩回合累計0-2負於利爾而行人止步。2005/06年在歐聯外圍賽兩回合累計2-4負於雲達不來梅,再次在足協盃中角逐,第一圈外圍賽兩回合累計6-0輕鬆淘汰希羅基布里耶格(NK Široki Brijeg),分組賽在E組排第三僅獲出線,第一圈淘汰賽兩回合累計2-1擊敗摩納哥,第二圈淘汰賽重遇曾在分組賽主場0-2見負的斯特拉斯堡,兩回合累計4-2成功復仇,晉級半準決賽對米德爾斯堡,首回合主場先勝2-0,但次回合作客慘敗1-4,兩回合累計負3-4被淘汰。  2005/06年球季巴素利追求三連冠,在2006年2月26日打破球隊主場52場不敗紀錄,到球季最後一場主場對3分落後排次席的FC蘇黎世(FC Zürich),當時巴素利主場不敗紀錄已增加到59場,只要保持60場不敗即可奪得冠軍兼三連冠,FC蘇黎世先開紀錄,姆拉登·彼得裡奇(Mladen Petrić)為巴素利扳成1-1平手,直到補時的93分鐘,尤里安·菲利佩斯庫(Iulian Filipescu)為FC蘇黎世射入奠勝球終場成2-1,FC蘇黎世以絕對的得失球差優勢(+50球對巴素利的+45球)奪得聯賽冠軍,賽後更引發被稱為「巴塞爾恥辱」("Disgrace of Basel")的球迷騷動。翌季(2006/07年)FC蘇黎世再以1分之微力壓巴素利成功衛冕。  2007/08年球季展開前,巴素利增兵以求重奪冠軍,先從斯圖加特購回瑞士國腳馬爾科·斯特雷勒(Marco Streller),本雅明·胡格爾(Benjamin Huggel)亦從法蘭克福投效,再從門興格拉德巴赫借回達維德·德根(David Degen)。但球迷寵兒姆拉登·彼得裡奇(Mladen Petrić)以約350萬歐元轉投多特蒙德,而後衛鮑里斯·斯米里亞尼奇(Boris Smiljanić)則返回前屬的草蜢。  巴素利在歐洲足協盃第二圈外圍賽兩回合累計6-1大勝馬特斯堡體育會(SV Mattersburg),晉級第一圈外圍賽對薩拉熱窩亦輕鬆累計8-1過關。分組賽在D組4戰2勝2和不敗排第二位出線,淘汰賽階段32強對里斯本競技,兩回合累計0-5被淘汰出局。

  

  巴素利以擁有龐大而忠心的球迷而聞名,每次投票選舉熱情的球迷,巴素利的「粉絲」排名定居頭10位內,每場主場比賽吸引全瑞士平均最高入座率的23,500名球迷入場支援,當球場擴建後,數目估計可增加到約40,000人。隨著巴素利在歐聯有出色的表現,近年巴素利的球迷開始在國際間揚名。  巴素利最著名的球迷是著名瑞士網球員羅傑·費德勒,出生於巴塞爾的費德勒自小便支援巴素利。

  巴塞爾與蘇黎世兩個城市在瑞士歷史中有長久而激烈的敵對關係,因此巴素利傳統上最凶猛的對手是FC蘇黎世(FC Zürich),在最近兩個賽季FC蘇黎世以些微差距壓倒巴素利奪得聯賽桂冠,搞事的球迷經常在兩隊對賽時發生打架。  2005/06年球季巴素利只需在2006年5月13日最後一場比賽在主場擊敗或賽和FC蘇黎世,即可繼2003/04年及2004/05年後再奪標而成為三連冠,但如FC蘇黎世獲勝則可獲得冠軍,球賽在激烈氣氛中進行,比賽直到90分鐘紀錄仍然維持1-1,場邊巴素利的職員和主場球迷已開始慶祝,但到補時的93分鐘,FC蘇黎世的後衛尤里安·菲利佩斯庫(Iulian Filipescu)在巴素利禁區內獲機射入奠勝一球,球證隨即鳴笛完結比賽,FC蘇黎世奪得冠軍。失望的巴素利搞事球迷衝入球場襲擊正在祝捷的FC蘇黎世職球員,而作客的FC蘇黎世球迷亦加入戰團,打鬥延續到球場外,直到入夜才結束,是近年瑞士最惡劣的球場暴力事件,被稱為「巴塞爾恥辱」("Disgrace of Basel")。事後FC蘇黎世被罰3萬瑞士法郎,而主角巴素利除罰款8萬瑞士法郎,翌季首兩場主場比賽需閉門作賽。  巴素利的次要敵對球隊是位於蘇黎世的老牌球隊草蜢(Grasshopper-Club Zürich),但隨著巴素利及FC蘇黎世近年成績的崛起,其敵對關係已逐漸在舞臺中淡出。

  巴素利在瑞士以擁有瑞超最佳的青訓系統而著名,足以比美阿賈克斯、流浪者、曼聯及巴塞羅那等球隊的青訓成績。巴素利訓練出身的瑞士國腳包括菲利普·德根(Phillip Degen)、亞歷山大·弗雷(Alexander Frei)及馬爾科·斯特雷勒(Marco Streller)等。  而近年來由青訓系統冒出頭的年青球員有厄瓜多的菲利普·凱塞多(Felipe Caicedo)、克羅埃西亞的伊萬·拉基蒂奇(Ivan Rakitić)、塞爾維亞的茲德拉夫科·庫茲馬諾維奇(Zdravko Kuzmanović)、尼古拉·維塞利諾維奇(Nikola Veselinovic)及瑞士的揚·索默(Yann Sommer)等。

  聖雅科布公園球場(St. Jakob-Park)是巴素利的主場球場,暱稱「"Joggeli"」,於2001年揭幕啟用,初時容量為38,800人,但因瑞士與奧地利聯合主辦2008年歐洲足球錦標賽,球場擴建到可容42,500人,是瑞士容量最大的足球場及歐洲足球協會四星級球場。  聖雅科布公園球場於1998年12月13日在舊的聖雅科布體育場(St. Jakobstadion)原址重建,耗資2億2,000萬瑞士法郎,2001年3月15日揭幕戰0-0賽和盧塞恩。聖雅科布公園球場有半透明的外層結構,如同拜仁慕尼黑的安聯球場一樣,可以在晚間發放變化萬千的燈光效果。球場設有兩間餐廳及一個購物中心,兩層停車場可泊680輛汽車,球場有專用火車站。  聖雅科布公園球場是瑞士的駐紮主場,於2008年歐洲足球錦標賽中舉行6場比賽,包括揭幕戰瑞士對捷克及另外2場瑞士的分組賽,2場半準決賽及1場準決賽。

  巴素利現時的會徽是一面盾牌形狀,左半紅色而右半為藍色,金線圍邊,中間金色字母「FCB」代表巴素利德文名字「」的縮寫,會徵置於球衣胸口正中而非傳統的左面。  有說由於巴塞羅那的創辦人胡安·甘伯曾效力巴素利並擔任隊長,其會徽取材自巴素利,兩個會徽皆為盾形,同有「FCB」字樣、紅藍主色及金線圍邊,而巴素利會徽左方的足球與巴塞羅那會徽下方的足球幾乎完全相同。  巴素利傳統的主場球衣為紅藍上衣、金邊藍色短褲及紅邊藍襪,因而被稱為「"RotBlau"」,是瑞士德語紅和藍色的意思,作客為藍邊全銀的款式。球衣由耐克(Nike)製造,巴塞爾當地跨國醫藥研發生產商諾華公司(Novartis)則是球衣贊助商。而球會主席吉塞拉·奧裡(Mrs Gisela Oeri)的丈夫安德烈·奧裡(Andreas Oeri)是當地另一間大藥廠羅氏(Roche)的繼承人。  與會徽的情況相同,巴塞羅那著名的「"blaugrana"」(紅藍戰衣)據稱亦是取材自巴素利的「"RotBlau"」。
巴塞爾足球俱樂部(Footballclub Basel,縮寫FC Basel)是一支位於瑞士第三大城市巴塞爾的職業足球俱樂部。巴塞爾是瑞士最成功的足球會之一,共奪得 14 次超級聯賽冠軍。