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  1985年,在巴黎舉行的歐洲各國科技部長會議上,成立“歐洲科學院”的設想被首次提出。此後,這項工作由皇家學會(英國)負責推進,這也導致了1986年6月的倫敦會議,出席者包括Arnold Burgen(英國)、Hubert Curien(法國)、Umberto Columbo(義大利)、David Magnusson(瑞典)、Eugen Seibold(德國)、Ruud van Lieshout(荷蘭)。大家贊同,確實需要這一新的組織。兩個核心的目標為:  歐洲科學院的目標被特別的保持廣泛,覆蓋人文、社會和自然科學、這將確保跨學科的討論和活動。歐洲科學院最初的工作包括每年舉行的院士年會、多學科的研討會、跨學科的學術期刊、新聞報道、提供獨立的顧問意見、增加歐洲內部的學術流動性、提高公眾對於科學的理解等。  1988年9月,這一新的機構的名稱被確定為Academia Europaea,成立大會由首任院長Arnold Burgen主持,在劍橋召開。時任法國科技部長的Hubert Curien乘坐直升機到達,發表了開幕演講,並代表法國政府向科學院提供積極的支援。Hubert Curien也在未來出任歐洲科學院的第二任院長。歐洲科學院的第一屆年會於1989年6月在倫敦召開,此時科學院共有627位院士。  在1989年以後,歐洲大陸在科學、政治、經濟等領域都經歷了重大的變化。歐洲科學院也應之不斷髮展,從建立時一個由西歐學者主導的組織,成為目前完全獨立、真正覆蓋整個歐洲大陸的科學院。  歐洲科學院的運營資金包括建立時設立的基金、成員國的捐贈、特別的專案資金、德國國家科學院等各國科學院的資金支援等。

  歐洲科學院的使命包括:  歐洲科學院將致力於:

  歐洲科學院的學術管理基於學部的架構。所有的院士當選後均被安排至一個學部。目前,歐洲科學院一共有二十個學部,包括

  1993年起,歐洲科學院出版《歐洲評論》。1998年起,《歐洲評論》由劍橋大學出版社聯合出版。《歐洲評論》是一份同行評議的國際性季刊。  期刊的管理由獨立的委員會負責。《歐洲評論》發表可以引發全世界的知識讀者廣泛興趣的學術論文和評論文章。投搞來自於學者、專業人士、政府官員,針對多學科和跨學科的議題。《歐洲評論》也刊發歐洲科學院舉辦的會議和研討會的論文。編輯委員會同時邀請主要的意見領袖提供特別的文章和評論。可以在劍橋大學的網站上查閱《歐洲評論》的全文。

  歐洲科學院的總部位於倫敦,這也是總祕書處的辦公地點。歐洲科學院與區域和地方合作伙伴共同成立了多個區域性的學術中心

  歐洲科學院不應與以下兩個機構混淆。這兩個機構未被任何歐洲科學院之間的傘狀組織接納,並被《自然》期刊描述為“爭議性組織”。
歐洲科學院(英語:Academia Europaea)是一個獨立的學術組織和歐洲聯盟的人文和科學院。