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  隱元出生於福建省福州府福清縣萬安鄉靈得裡東林,俗名林曾炳,是家中的第三子。5歲時,父親林德龍迫於生計離開家鄉,從此一去不返。  9歲時,隱元曾進入鄉學學習,但翌年就因家庭貧困輟學了,此後看破紅塵,不顧母親的反對,祕密修學佛法(一說為16歲)。20歲時拒絕了母親為他娶妻的要求,21歲時為了尋找失去音信的父親前往浙江,但未能如願。1615年,23歲的隱元參見了普陀山的潮音洞主,以在俗信者的身份擔任了一年的茶頭。  1621年,29歲的隱元在故鄉福清的黃檗山萬福寺由鑑源興壽剃度出家。但當時的萬福寺由於倭寇的騷擾已經荒蕪,為了重修佛寺,隱元四處雲遊化緣,以籌集寺院重建的費用。33歲時在嘉興府海鹽縣金粟山的廣慧寺跟隨高僧密雲圓悟參禪,隱元由於精通佛學,名聞金粟山。密雲後來成為了萬福寺的住持,隱元也跟隨他回到了萬福寺。1630年費隱通容繼任住持,隱元受邀請任西堂,成為費隱最初的法嗣。不久離開萬福寺前往獅子巖修行,1637年繼費隱之後成為住持,七年後退席,居福嚴寺。在明末清初福建的動亂中,1646年,隱元再度成為住持。

  日本江戶時代初期,長崎是唯一一個外國人能夠在日本居住的港口。當時長崎華僑所建立的崇福寺正缺住持一職,當地興福寺的住持逸然性融聘請隱元出任該寺的住持。之前隱元曾派弟子也嬾性圭前往,但途中海難,觸礁翻船而圓寂;因此隱元親自率弟子良靜、良徤、獨痴、大眉、獨言、良演、惟一、無上、南源、獨吼等二十人,搭乘由鄭成功提供的船隻前往日本。日本承應三年(1654年)7月5日夜到達長崎。月洲所繪的「普照國師來朝之圖」描繪了當時的情景。  隱元隨行的弟子中,良靜等十個弟子翌年歸國,其餘的大眉、南源、獨吼等十個弟子則留在了日本。也有說法認為隱元等人是由於躲避戰亂才來到日本的,但是沒有相關的根據。  1655年(明曆元年),在妙心寺原住持龍溪性潛的懇請下,隱元來到了攝津國嶋上(今大阪府高槻市)。但江戶幕府對隱元如此大的影響力感到恐懼,嚴禁他出寺活動,同時限制寺內僧人人數在200名以內。  隱元在日本期間,由於受到幕府的監視和約束,曾一度要返回中國。但在龍溪的奔走之下打消了這個念頭。1658年(萬治元年),隱元成功與幕府將軍德川家綱會面,兩年後獲得了山城國宇治郡大和田作為寺院的領地。1660年(萬治四年)在那裡開創了新寺。隱元不忘故土,將這個寺院也命名為「萬福寺」(福清的黃檗山萬福寺,則被稱為「古黃檗」)。1663年(寬文三年)建造完成,在法堂舉行祝國開堂儀式,而相對於民眾則舉行「黃檗三壇戒會」。

  隱元是日本禪界黃檗宗的始祖,但當初並沒有黃檗宗這個稱謂。隱元本人自認為自己是臨濟宗的僧人,以臨濟正宗的僧人自居。其宗風、清規等都是模仿明朝時期臨濟宗的規矩,但又與日本的臨濟宗不同,因而自成一派。隱元所著的《黃檗清規》,對當時日本禪宗各派宗統、規矩的修正有著很大的影響。特別是卍山道白在曹洞宗的宗門改革中,就以這本書作為重要的參考資料。  隱元在日本的影響力很大,以後水尾法皇為首的皇族、以幕府要人為首的各地大名,以及大量的商人相繼皈依黃檗宗。  隱元擔任萬福寺住持3年後,於寬文四年(1664年)9月將住持之位讓給了弟子木庵,自己退隱到了鬆隱堂。寬文十三年(1673年)正月,隱元事先預感到了自己將要死去,告訴了周圍的人;三月體質開始衰弱;四月初二日,後水尾法皇冊封隱元襌師為大光普照國師,但國師在翌日病逝,享壽八十二歲。  隱元擅長於書法,與木庵性瑫、即非如一併稱「黃檗三筆」。  此外,相傳隱元從中國將菜豆、西瓜傳到了日本。現在日本人都將菜豆稱為「」,意思是「隱元豆」。但是現在也有說法認為隱元帶到日本的不是菜豆而是扁豆,因為日本關西人將扁豆稱作「隱元豆」。

  嗣法者23名,其中3人為日本人。
隱元隆琦(1592年-12月7日(明朝萬曆二十年十一月四日-1673年-5月19日(日本寬文十三年四月三日),是明末清初的一位禪宗僧人。福建省福州府福清縣人。