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  前身為於1960年創辦的《切腹》()雜誌,其名稱來自於日文一詞。1969年,《切腹》決定以每週發行,改名《切腹週刊》()。  1970年11月,法國前總統夏爾·戴高樂()過世。《切腹週刊》在當月出刊的內容中,嘲諷戴高樂,遭到禁止發行。發行團隊決定改名《查理週刊》(),重新發行。這個名字來自法國漫畫雜誌《查理月刊》()。查理月刊的名稱則是來自查理·布朗(英語:Charlie Brown),《花生漫畫》的主角人物,因為《查理月刊》長期刊載《花生漫畫》,因此用查理·布朗作為月刊的名字。查理週刊發行團隊選擇這個名字,也暗藏了嘲諷夏爾·戴高樂的意思。

  

  2011年11月2日凌晨時分,報社位於第20區的辦公室遭汽油彈襲擊,網站被駭客入侵。襲擊原因推測跟特別號更名為“沙里亞(伊斯蘭教法)週刊”有關,該期雜誌將伊斯蘭先知默罕默德列為“總編輯”。封面上的漫畫穆罕默德揶揄讀者,“如果不大笑,將被鞭笞一百次”。

  2015年1月7日,其位於巴黎十一區的雜誌社總部遭到恐怖攻擊。襲擊中,兩名頭戴黑麵罩的槍手,手持AK-47自動步槍與火箭筒亂槍掃射後逃逸。在逃亡途中又陸續在法國東北部及南部地區持續攻擊。槍擊案共造成包括發行人、總編輯斯德凡·夏邦尼耶(夏伯)、漫畫家、記者與警察在內共12人死亡。,共20人傷。案發後,大量軍警投入緝捕,巴黎的反恐警戒提升至最高層級,各級學校停課。  1月14日,查理週刊宣佈將會推出APP,只需要花費3歐元即可下載原法文版漫畫,也可另選英語、西班牙語和阿拉伯語版,同時也已經有一批人正在進行中文版的翻譯。  2016年1月,法國諷刺報紙查理週刊作品試圖將淹死的三歲敘利亞難民兒童艾蘭·庫迪與德國新年性侵案犯聯絡起來,再次引發激烈爭論。庫迪在與家人一道逃亡的路上不幸死亡,他的屍體的照片引發了歐洲公眾對難民的最大同情。然而,查理週刊作品暗示,如果庫迪順利在歐洲長大成年,他未來可能也成為性侵案犯人中的一員。
《查理週刊》(,,其中「Hebdo」是法語「Hebdomadaire」的略稱,意為週刊),是法國一本政治諷刺雜誌,由弗朗索瓦·卡萬納創辦。