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  在劍橋,他加入了基督教聯盟UCCF並遇到了他未來的妻子露絲·馬丁,她是基督教聯盟UCCF的成員,也是數學系的學生,之後他們在1955年3月26日結婚,同年他們來到了紐約。波金霍爾在加州理工學院的期間得到了Harkness獎學金。隔年,於愛丁堡大學擔任講師。  1958年他回到了劍橋大學任教。1965年被晉升為高階講師,並於1968年得到了一個數學物理學教授職位。25年來,他鑽研關於基本夸克粒子理論,並研究費曼積分的分析和S矩陣理論。雖然受僱於劍橋,但他仍在普林斯頓大學伯克利分校與斯坦福大學授課,並在歐洲核子研究中心CERN工作。於1974年選為英國皇家學會院士。

  1977年波金霍爾決定成為教士。他在接受記者採訪時說,基督教一直是他的生活重心,認為這是他生涯應當要做的第二個職業,他於1979年毅然決然地辭去了他的工作到英國聖公會神學院學習,在英南布裡斯托爾當了五年牧師。霍爾在1986年回到了劍橋,併成為皇后學院的院長,直到他1996年,而在1994年到2005年他曾擔任利物浦大教堂教會的神學研究者。

  在1997年,他被大英帝國受封為騎士,並於1998年由英國杜倫大學授予名譽博士學位,並於2002年被授予鄧普頓獎,他的研究貢獻,成為了科學與宗教之間的銜接點。 他是BMA醫學倫理委員會、總主教英格蘭教會、教義委員會以及人類遺傳學委員會的成員。1972年至1981年,他The Perse School的系主任也是劍橋大學女王學院的研究員,併為利物浦大教堂教會的神學研究者。他是Society of Ordained Scientists的創始成員之一,也是International Society for Science and Religion的第一任領導人。在1993-1994年他被選為久負盛名的Gifford Lectures,後來他出版"The Faith of a Physicist"一書。在2006年,由香港浸會大學授予名譽博士學位。  鄧普頓宗教促進獎得主,英國皇家學會院士,前劍橋大學皇后學院院長,國際科學與宗教學會創會會員及前任會長。

  在接受記者採訪時說,他表達,其宗教與科學衝突的想法已經成為了批判現實主義,並認為科學和宗教都是尋求相同的現實。他說明科學與宗教這兩者是有一致性的,在自身付出宗教的同時他並沒有停止尋求真理。他認為,在“批判”和“現實主義”兩方面之間取得最佳平衡的科學哲學家是邁克爾·波蘭尼。 因為科學實驗的嘗試,而消除外在不安定的影響。他認為心靈,靈魂和身體是相同的底層現實“雙方面的一元論”。他認為,標準的物 理因果關係也沒有辦法清楚充分的描述在其中的事物和人互動的方式。

  波金霍爾提出“神的存在是最重要的問題,我們面臨著現實的本質所為何物?”在與諾貝爾獎得主楊振寧的對談當中,雙方都提出了許多宗教與科學之間緊密相連的例子,波金霍爾認為“我們只能通過去展開科學與宗教的對話,才能找出它有多大的成果。正如在科學裡,你去研究一個系統時,你不知道會有什麼事情發生,但若你不去尋找它,你不會發現任何東西。”

  波金霍爾提到“我的確認為死亡的問題是一個非常嚴肅的問題。我想它是每個人都思考過的,有些人每天都想起它,其他人能夠斷念,不去想它。但我認為它是一個我們所有人都面對的問題。每一個科學故事都告訴我們:科學理解隨著死亡來臨也會終結,無論是以哪種方式。按那個比你和我都要長的時間尺度,宇宙是會死亡的。所以,到最後,如果科學故事是唯一可以講述的故事,宇宙將會在虛空中完結。”並引用諾貝爾獎得主,物理學家斯蒂芬·溫伯格的話“當他愈明白宇宙,它更顯得是無意義的:到最後,它只是在虛空中結束。” 而波金霍爾則也相信另一個宗教或神學所述說的故事,是上帝的信實的故事。他認為人類對於死亡後的歸宿的唯一根據是上帝的信實。這正是耶穌的論點:上帝是亞伯拉罕的上帝、以撒的上帝、雅各的上帝,不是死人的上帝,而是活人的上帝。上帝看重列祖,而上帝是信實的,他們不會被丟棄的。他們會有某種歸宿。因為我相信命運是與耶穌基督的復活相連的,並有述說這件事的基督教的大故事。但如果我們除了科學的橫向的故事以外,沒有一些超驗的故事去述說,那一切就是終結了。

  波金霍爾寫了34本書,並翻譯成18種語言,其中有26本主要論述科學與宗教之間的關係
約翰·查爾頓·波金霍爾(英語:John Charlton Polkinghorne,1930年-10月16日),英國的物理學家,神學家,作家,牧師。早年在劍橋大學擔任物理學教授,1968年至1979年間,他辭去了他的教授職位並學習如何成為一名傳教士,在1982年成為聖公會牧師並受戒。之後,在1988年直到1996年期間擔任劍橋大學女王學院院長。