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  會眾制教會的最大特徵是每個地方教會都是獨立的,各自互不控制,沒有母會和子會的架構。與之相對的是主教制和長老制。在主教制的教會中,一個主教管理諸多個地方教會。在長老制的教會中,各個地方教會派出自己的代表,組成總會,該總會有權管理各個地方教會。當自由派神學侵入長老制教會之後,那些想要保守純正教義、脫離宗派的地方教會必須離開自己買下來的教堂,因為教堂屬於總會。而會眾制教會則是獨立、自治、自養的。會眾制教會中某些地方教會有時組成鬆散的聯盟,彼此合作一些事情,但都是自由加入和退出,如美南浸信會聯會(the Southern Baptist Convention)。會眾制教會有一個缺點,就是教會之間的交往和合作較少;但也有一個優點,就是並非鐵板一塊,所以不會產生一壞俱壞、一損俱損、全盤墮落的重大後果。  有些人誤以為會眾制教會事事都由會眾來決定,牧師沒有權柄,但這不符合會眾制教會的實際,也不符合聖經。會眾制教會,如浸信會,既強調牧師的權柄,因這是符合聖經的,也不壓制會眾的聲音,因聖經中也有會眾表達聲音的例子,如使徒行傳第七章。所以,會眾制教會不是純粹的民主制,不是凡事都由大多數人的意見來決定,而是尋求牧師的權柄與會眾的聲音取得一個平衡。會眾制教會中,會眾對牧師有監督的責任;如果牧師犯罪,會眾可將之職位解除,並由會眾自己選舉下一任牧師。

  浸信會是會眾制教會中的代表。從再洗禮派傳下來的浸信會,非常執著地強調各個地方教會的獨立和自治。在上,浸信會與主教制的教會、長老制的教會也不同。浸信會非常推崇政教分離,傳到美國後,也積極推動美國的政教分離事業。,美國憲法第一修正案確立了教會與國家分離的原則。
會眾制(Congregationalism)是基督宗教的教會體制(church polity)之一。會眾制教會的每一個地方教會都是獨立自治的。在新教歷史中較主要的會眾制宗派有十七世紀英美兩地清教徒運動流傳下來的公理會(Congregationalist, 現已衰微),浸禮會(Baptist,是當今美國最大的新教宗派),門諾會(Menonite)和貴格會(Quakers)等。十九世紀以後的新興宗派或獨立教會大多采取會眾制。除了會眾制,基督教會還有主教制及長老制兩種治理體制。