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  在真核生物細胞裡,DNA的染色質複合體結構像原核生物的超螺旋一樣摺疊。所以雖然增強子與基因相距很多核苷酸,但在幾何上兩者距離很近。使增強子與及的相互作用成為可能。增強子可以在被它調控基因的。而且增強子不一定靠近轉錄起始位點才能調控基因轉錄,已發現有些距離達幾十萬鹼基對。增強子通過與啟用蛋白的結合對啟動子(不直接對啟動子本身)起作用。這些啟用蛋白與相互作用,後者通過使用多聚酶II和總轉錄因子開始基因轉錄。曾經在內含子內發現增強子。有時增強子的方向顛倒後並不影響它的功能。而且增強子可被切除並插入到染色體的其他位置,仍然影響基因轉錄。這就是雖然內含子並不轉錄但其多型性會起作用。

  目前對於增強子誘發的資訊處理有兩個不同的理論:

  HACNS1(又叫,位於)是對(獨特相對人手指和可能改造腳踝以適應人類兩腿行走)進化有貢獻的一個基因增強子。如今有證據顯示在人類基因組發現的十一萬基因增強子中HACNS1在人類與祖先黑猩猩分道揚鑣之後的進化過程中變化最大。
強化子(英語:enhancer)又可譯為增強子,是DNA上一小段可與蛋白質(反式作用因子;trans-acting factor)結合的區域,與蛋白質結合之後,基因的轉錄作用將會加強。強化子可能位於基因上游,也可能位於下游。且不一定接近所要作用的基因,甚至不一定與基因位於同一染色體。這是因為染色質的纏繞結構,使序列上相隔很遠的位置也有機會相互接觸。