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  嘉永4年(1851年),中山忠能的次女中山慶子被納入宮中充任典侍,成為孝明天皇的後宮,因深得天皇寵愛,不久就懷孕。嘉永5年(1852年)9月22日,睦仁出生在慶子於京都石藥師的孃家中山邸,為孝明天皇的第二皇子。7日後(9月29日),其父賜名「祐宮」,直至安政3年(1856年9月29日)才從中山邸移至宮中扶養。由於孝明天皇的後宮沒有再生育其他皇子,便在1860年7月10日(萬延元年),敕令祐宮做為女御九條夙子的「實子」,並在同年9月28日封他為親王,諱名「睦仁」。  1867年1月30日(慶應三年),統仁駕崩,年僅16歲的睦仁親王按其繼承順位成為天皇。

  1867年(慶應3年)5月18日,一條忠香三女一條勝子入宮,同年6月28日明治天皇封其為女御。明治元年12月26日(1869年2月7日)一條勝子改名為美子(はるこ),敘從三位。同年12月28日,被冊立為皇后,是謂昭憲皇太后。美子實際上長睦仁三歲,為了要避諱,官方資料改為嘉永3年(1850年)出生。最初依循中世紀以來的慣例,而設中宮職,稱號為「中宮」,隔年,將中宮職改為皇后宮職,稱號也改為皇后宮,至此之後,中宮職遭到廢除,且不再使用「中宮」稱號。  1867年11月9日(慶應三年10月14日),戊辰戰爭後,江戶幕府第15代將軍德川慶喜把政權交還天皇,結束了持續265年江戶幕府時代,於12月9日宣佈王政復古。

  1868年2月10日(明治元年1月17日),鳥羽伏見之戰後,參與大久保利通向總裁有棲川宮熾仁親王提議行幸大阪。同年1月23日,在太政官會議上提出遷都大阪的建議,但遭到保守派公卿的反對,1月26日建議書被否決。隨後大久保通過副總裁巖倉具視提出大阪行幸議案,保守派也接受議案,1月29日得到通過。大阪失去了一個作為成為皇居駐地的機會。  明治元年(1868年)閏4月1日,遷都大阪的建議被否決後,軍務官判事大木喬任和東征大總督府監軍江藤新平向巖倉具視提出「東西兩都」的建議書,並提出建設從江戶和京都之間的鐵路。「東西兩都」的建議書得到了認可。1868年4月6日(慶應四年3月14日),頒佈《五條御誓文》為國是綱領。  由於江戶本來為德川家的封地,在1868年(明治元年)5月24日,德川家被移封駿府(靜岡)70萬石。1868年9月3日,頒佈《江戶改稱為東京詔書》。詔書中天皇把江戶納為直屬封地,家臣亦被轉封,昔日江戶幕府的駐地江戶易名為「東京」,江戶城更名為東京城(東京城/とうけいじょう tōkei jō?)。

  1868年(明治元年)8月27日正式改元「明治」,取《易經·說卦傳》之「聖人南面而聽天下、嚮明而治」之意。

  1868年(明治元年)9月20日在巖倉具視、議定中山忠能、外國官知事伊達宗城等人陪同下,明治天皇離開京都前往東京行幸。擔負警衛的是長州藩、土佐藩、備前藩、大洲藩的藩兵3,300人。1868年10月13日到達東京。10月17日明治天皇釋出《御東幸萬機御親裁ノ詔書》。12月8日孝明天皇三週年忌辰祭和立後典禮的時候明治天皇才還幸京都。12月22日返回京都,並宣佈在江戶舊本丸遺址上建造新皇宮。

  1868年10月12日,明治天皇於京都御所進行加冕禮。

  1869年(明治2年)1月25日巖倉具視向天皇進言建議遷都。3月7日天皇第二次行幸東京,3月28日到達。這次太政官也一同來到東京,京都則設定留守官,並將皇室與中央政府自京都遷移至江戶,再將東京城更名為皇城(皇城/こうじょう kōjō?),之後的歷代天皇皆以原江戶城做為皇居。

  1871年(明治4年)3月發表在東京舉行大嘗祭的決定,8月23日完成。同年11月17日在東京首次舉行大嘗祭。從此京都只是日本名義上的首都,江戶變成東京再次成為政治中心。1871年12月28日進行登基大典。  1873年(明治6年)5月 - 東京皇宮著火。明治天皇暫時搬到赤阪離宮居住。1875年(明治8年)4月14日,日本頒佈《漸次立憲政體樹立之詔》。1881年(明治14年)10月12日,頒佈《國會開設之勅諭》。明治22年(1889年),日本頒佈《大日本帝國憲法》,成為日本元首,並是日軍名義上的最高指揮官。1877年(明治10年)2月,天皇指示保留京都御所維持原樣。

  明治天皇遷居原江戶城之時,以原江戶城的西之丸御殿做為宮殿,但在1873年毀於火災;1879年,決定在西之丸御殿原址興建新宮殿,即日後所稱的明治宮殿。

  1879年,皇子嘉仁出生,為明治天皇與他的典侍柳原愛子所生。  1888年(明治21年),明治宮殿落成,皇城再更名為宮城,至1948年更名為皇居至今。同年10月24日皇后美子也移蹕東京,此後明治天皇就以東京為新居所。1889年(明治22年),日本的皇室典範規定天皇即位典禮和大嘗祭必須在京都舉行。

  1894年8月1日,中日甲午戰爭爆發。1895年2月,簽訂《馬關條約》,大日本帝國在此條約中獲得了臺灣和澎湖群島的主權以及二億兩白銀的鉅額賠款。明治天皇成為臺灣最高統治者。  1891年(明治24年),京都御所改稱為京都皇宮。1909年(明治42年),登極令(昭和22年廢除)規定大嘗祭]]的齋田,京都以東以南為悠紀,以西以北為主基。

  1905年第二次日韓協約之後,韓國成為日本的保護國;1909年7月日本內閣會議決定合併韓國的方針,1909年10月26日伊藤博文被韓國刺客安重根暗殺之後,主張立刻合併韓國的一派成為日本對朝鮮政策的主流。  1910年8月22日,簽訂《日韓合併條約》,大韓帝國皇帝純宗將朝鮮半島全部的統治權讓予睦仁,明治天皇成為大韓元首。條約將朝鮮併入版圖;此舉象徵朝鮮歷史上長久做為獨立國家地位的中斷,大韓帝國宣告滅亡,以及朝鮮日據時期的開始。《日韓合併條約》使朝鮮半島成為日本領土的一部分,大日本帝國的韓國統監府改製為朝鮮總督府,成為統治朝鮮半島的機關。

  1912年(明治45年)7月30日,明治天皇因為糖尿病併發尿毒症在東京去世,享年59歲。去世後,靈柩由火車運送經東海道本線運到京都府,葬於京都市伏見桃山陵。1914年(大正3年),昭憲皇太后去世,日本政府建立明治神宮。

  

  由於日本皇室先前的近親通婚記錄,被部分日本文獻質疑其隱疾為近親通婚所導致的遺傳性疾病所引發的。一說睦仁和父親統仁一樣,有著下顎前突症的缺陷,下頜不正常地前突,伴有嚴重的牙齒下墜。睦仁的精神狀況正常,不像嘉仁一樣出現精神問題,但是他與5位側室生的15個孩子中,有10個夭折。皇太子嘉仁親王(後來的大正天皇)是明治天皇唯一活至成年的男嗣,但是身心孱弱,有腦膜炎、糖尿病、腦血栓、精神病。

  

  宮內省臨時帝室編修局 編修『明治天皇紀』(全13冊、吉川弘文館、1968年～1977年)- 明治天皇百年祭記念出版で、『明治天皇とその時代 『明治天皇紀附図』を読む』(明治神宮監修・米田雄介編、吉川弘文館、2012年7月)が刊行された。五姓田芳柳による関連絵畫を収錄。
明治天皇(;1852年-11月3日-1912年-7月30日),為日本第122代天皇(1867年-1912年在位)。諱睦仁,孝明天皇第二子,母為典侍中山慶子。出生時稱號為祐宮,徽印印號為永。