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  該計劃的最初目標於2006年12月完成,模擬了老鼠的新皮層柱,一些研究人員認為這是新皮層最小的功能單位,這被認為是負責意識思維等高階功能。在人類中,每個柱體長約2毫米(0.079英寸),直徑0.5毫米(0.020英寸),包含約60,000個神經元。 大鼠新皮層柱在結構上非常相似,但只包含10000個神經元和10個突觸。 在1995年到2005年間,馬克拉姆對這個柱描繪了神經元型別以及它們之間的連線。

  2007年11月,該計劃報告了第一階段的結束,發表了一個用於建立、驗證和研究新皮層柱的資料驅動過程。  到2005年,第一個細胞模型完成。到2008年,建成了第一個由10000個細胞組成的人工細胞新皮層柱。截至2011年7月,已建成100個新皮層柱組成的細胞中央環路(mesocircuit),包含100萬個細胞。 在2014年計劃了一個細胞的老鼠大腦模型,包含100箇中央環路,共計1億個細胞。據預測,建成人類大腦將在2023年成為可能,其細胞數量相當於1000個老鼠大腦,細胞總數將達到1000億個。  2005年,該計劃將其初步成果發表在科學文獻上,旨在一個分子水平上建立模擬,從而研究基因表現的影響。它還旨在簡化柱的模擬,允許平行模擬大量連線的柱,最終目標是模擬一個完整的新皮層,而人類的新皮層由大約100萬個皮層柱組成。  2015年,瑞士洛桑聯邦理工學院(Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, EPFL)的科學家們建立了一個定量模型,揭示了先前未知的膠質細胞、星形膠質細胞和神經元之間的關係。該模型通過神經膠質血管單元(NGV)的功能來描述大腦的能量管理。另外一層神經膠質細胞被新增到藍腦計劃模型中,以改善系統的功能。  2017年,“藍腦計劃”發現,神經元簇之間存在多達11個面向的聯絡。該計劃負責人表示,在一定程度上,我們很難理解大腦,部分是因為通常用於研究網路的數學方法無法探測到那麼多面向。藍腦計劃能夠利用代數拓撲對這些網路進行建模。  據《科學日報》報導,2018年,“藍腦計劃”釋出了首個數碼3D腦細胞圖譜,這就像是“從手繪地圖到谷歌地球”,提供了大腦737個區域的主要細胞型別、數量和位置資訊。  2019年,參與“藍腦”計劃的計算神經科學家伊丹·塞格夫(Idan Segev)發表了一場題為《計算機中的大腦:我從模擬大腦中學到了什麼》(Brain In the computer: what I did I learn from the Brain)的演講。在他的演講中,他提到整個老鼠大腦皮層已經完成,虛擬腦電圖實驗即將開始。他還提到,這個模型對他們當時正在使用的超級計算機來說,實在過於沉重,因此他們正在探索將每個神經元都表示為一個神經網路的方法。
藍腦計劃(英語:Blue Brain Project)嘗試利用分子層級的哺乳類腦部逆向工程建立一個電腦模擬腦。該計劃於2005年5月由瑞士洛桑聯邦理工學院腦與心理研究所(EPFL)在瑞士成立,其任務是利用生物學資料重建和哺乳動物大腦模擬(腦模擬)來識別大腦結構和功能在健康和疾病的基本原則。