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  佛教在封建制定著以前的日本是日本思想的主流。聖德太子匯入的佛教文化在奈良時代確立為「國家鎮護」的思想。平安時代以降,著重個人現世利益的密教取代「國家鎮護的思想」。但是,在「末法思想」的悲觀主義普及的時代到來之後,強調來世的淨土思想普遍化。武士掌握政權的鎌倉時代開始後,出現以新興的社會階級(武士)為物件的「新」佛教。

  異於日本的古代、中世思想和佛教的強大連結,日本近世思想的主流是儒教、宋明理學。以林羅山為祖的林家的朱子學被江戶幕府指定為官方的學問。另外,江戶中期以降,國學、蘭學和其他大眾思想受儒教的刺激而興起。

  相對於在儒教和佛教之中發展的近世日本思想,明治維新之後,急速的受西洋思想影響,英國的啟蒙思想、法國的人權開始流行。由橫井小楠和福澤諭吉的近代主義的出現作代表。日清戰爭及日俄戰爭的時期以降,日本的資本主義大為發展。為了對抗社會矛盾的基督教和社會主義也在近代化後發展,和各種社會運動結合。此外,受外國學問的刺激,形成民族主義的思想學問。
日本哲學是日本的哲學與思想。歷史上有本土的神道和來自中國的思想,例如,佛教、儒教的融合。如同過去受中國哲學和印度哲學影響的水戶學、禪宗,近代至今的日本哲學也受西洋哲學影響。