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  最初是於12世紀時,在巴黎塞納河上的西堤島,針對當時來自法蘭西、皮卡第、諾曼底與英格蘭四個國家之年輕人教授神學、法律、醫學及藝術四種領域。而後,於1257年,法國國王路易九世身旁之神父羅貝爾·德·索邦在聖女日南斐法山上成立索邦學院,後逐漸發展為巴黎大學。  1968年法國學生運動發動之後,巴黎大學被拆分成13座獨立的大學(因為教育改革大學合併,2018年1月1日後為12所,2019年1月1日後為11所)。至今沿用“索邦”稱謂的大學為索邦大學(Sorbonne Université,由文學院直接繼承者巴黎四大大學(Paris-Sorbonne)和理學院直接繼承者巴黎六大(Pierre et Marie Curie)合併而來),巴黎第一大學(先賢祠-索邦大學)、巴黎第三大學(新索邦大學)。

  1968年法國學生運動發動之後,大學被拆分成13座獨立的大學,巴黎大學從此不復存在。

  21世紀法國教育改革以來,13所巴黎大學的分支學校中最著名的幾所學校開始通過合併建立跨學科世界級大學, 以爭取卓越大學(IDEX,類似中國大陸的985工程、雙一流、德國精英大學計劃與臺灣地區的邁向頂尖大學計劃)稱號和撥款。  2018年1月1日,巴黎第四大學——舊巴黎大學文學院的直接繼承者,與巴黎第六大學——舊巴黎大學理學院的直接繼承者,合併為「索邦大學」。  2019年,巴黎第五大學與巴黎第七大學合併為巴黎大學。  巴黎第九大學已合併進入巴黎文理研究大學,預計同巴黎高等師範學校等師範學校一樣,從2018年起將只頒發PSL的文憑。  巴黎第十一大學加入大學與院校共同體巴黎-薩克雷大學。

  巴黎大學在過去為教授的大學(masters' university),其有別於學生的大學(students' university),由教師掌管校務,教師組成的學院(Faculties)具其影響力,學院教授選出的大學校長(亦稱Rector)可制訂規例管理校內所有學生團體。

  12世紀末至13世紀初,巴黎大學已獲得免稅及免服兵役等特權。在1231年,時教宗額我略九世政頒佈了一連串法令予巴黎大學特權,包括:  (1)司法自治權:內部可設有特別法庭,校長和教授享有對本校成員訴訟案件的裁決權;  (2)制度校服、上課時間及地點、宗教儀式、居住問題等權力;  (3)審定教師資格權和學位授予權;  (4)罷教、罷課、遷校的自由等。
巴黎大學()是世界上歷史最悠久的大學之一,其授課歷史可以追溯到12世紀中葉。大學分別在1200年和1215年獲得法王腓力二世和教宗諾森三世的官方認可。1257年,大學的第一個學院機構索邦學院成立,索邦(Sorbonne)成為大學的代稱。1793年法國大革命時巴黎大學遭到解散,1896年重建,1968年再被拆分成13所獨立大學;2018年巴黎第四大學和第六大學合併為索邦大學,繼承索邦的名號;2019年巴黎第五大學和第七大學合併為巴黎大學,繼承巴黎的名稱。