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  明治維新後政府將原幕府直屬的昌平阪學問所、開成所、醫學所統合建立了大學校。由於國儒學與西洋學之爭於1871年(明治4年)廢除了原教授國儒學的大學本校(原昌平阪學問所),將其餘2校改稱為南校、動銷。隨後經歷了東京開成學校、東京醫學校的改組於1877年(明治10年)4月12日合併創立為文部省管轄的官立東京大學。4月12日是現在的東京大學紀念日,同時也會在此日舉行入學式。起初僅為設有法、理、文、醫四學部及預備門,學生人數約1600人的專業教育、普通教育機構。雖為日本最早的近代大學,但具備學士學位授予權晚於1876年(明治9年)創立的札幌農學校(今北海道大學),是日本第二古老的高等教育機關。  1886年(明治19年)根據帝國大學令改稱為帝國大學,同時吸收合併了工部大學校變為法、理、文、醫、工5科。將預備門分離為第一高等中學校(舊制第一高等學校)。1890年(明治23年)吸收合併東京農林大學,設立農業大學。1897年(明治30年)隨著京都帝國大學(京都大學)的設立更名為東京帝國大學。1919年(大正8年)根據大學令改製為學部制,並新設經濟學部。  二戰後於1947年(昭和22年)10月更名為東京大學,1949年(昭和24年)5月改製為新制國立大學。同時吸收合併第一高等學校與東京高等學校,各自變更為其教養學部及教育學部。1953年(昭和28年)設立大學院,1958年(昭和33)年設立藥學部。

  

  重視博雅教育是東京大學的一大特徵。在教養學部前期課程設有東大全學部・研究科・研究所的教養教育科目。同時在日本大學教育支援計劃中,東大主推“教養教育與大學院先端研究創造性地聯合推進”,可見其作為大學對於教養教育的重視。

  

  日本第1名·亞洲第11名·世界第22名 (2020年)

  日本第2名.亞洲第8名.世界第42名 (2019年)

  日本第1名·世界第22名 (2018年)

  東京大學根據教育與研究內容的不同設有三個校區。駒場校區主要負責教養課程、本郷校區進行專業教育,柏校區則主要負責研究所課程。另外在研究內容方面,本郷校區從事傳統學術領域研究,駒場校區則從事跨領域學術研究、柏校區則從事新領域研究。這樣的體制在以根據學部分校區為主的日本較為罕見。同時,將教養課程分立設定在日本也是較為罕見的存在。

  東京大學附屬圖書館創立於1877年,圖書館在1923年時的大地震完全付之一炬。新的總圖書館於1928年接受洛克菲勒基金的贊助興建。整個東京大學圖書館包括總圖書館及60餘個系所分館。總圖書館包括地上五樓及地下一樓,面積為17,850平方米。圖書館下設有圖書館委員會,負責全校圖書館館務政策之決定。各系所圖書館在行政完全獨立,總圖書館僅處理整合及協調的工作。藏書圖書館7,800,000冊,但鍵入OPAC的只有2,800,000冊,讀者除了透過網路檢索資料,也可經由手機查詢圖書館的資料,現有館員連同分館共有237人,期刊有38,200種。但在總館的藏書就有1,105,440冊,期刊7,101種,典藏以共通及一般圖書為主,各所圖書館分館之收藏以其學科主題範圍為主,提供研究有關的資料及各項相關服務。另在總圖書館設有一國際資料室,收藏全國各圖書館之國際研究相關資料,並開放供各界使用。  東京大學圖書館的自動化線上公用目錄採用國立情報研究所建置的聯合書目資料庫系統(NACSIS),主要用於聯合編目及線上查詢與檢索,此係統涵蓋日本全國約五百所大學及研究機構等圖書館的圖書與學術期刊書目資料,提供圖書館之間的檢索服務、資料下載、館際互借及文獻影印等之參考。 1986年6月正式開放網路聯機及提供公用目錄(OPAC)服務。  圖書資料之數字化於1997年開始,由資訊部門(基盤中心)、教育部門及圖書館等單位共同規劃,在該計劃中,圖書館較偏重於資料提供的角色。目前有150,000冊的書可以經由書名或作者查詢圖書目次,另有電子全文資料庫如江戶時期的霞亭文庫、自然真營道、經濟學家凱因斯與哈羅德的文稿資料及19與20世紀的珍善本書等。

  

  東大的象徵色為淡青(ライトブルー)。這是東京大學賽艇部在1920年9月24日,第一次與京都大學賽艇競賽時決定所乘舟艇,京都大學為濃青而東京大學為淡青。  除此之外各學部也有自己的象徵色

  

  

  日本《共同社》報導,東京大學校方於2016年8月中旬至下旬,兩次接到關於醫學系和生命科學系6個研究室的22篇論文涉嫌造假的匿名檢舉,稱這些論文有捏造和篡改嫌疑,但相關論文已發表在《自然》等權威期刊上。存疑的論文是從2003年到2016年發表的論文,為關於慢性病及心臟病等的研究,涉案人包含前東京大學醫院院長門脇孝也。東京大學從8月起進行初步調查,認為有造假的可能,遂啟動深入調查。  《日本時報》引述信州大學教授市川家國表示,更指出此類案件在日本的頂尖大學僅是冰山一角,該造假事件已引起東京大學校方對於該校醫學系六名教授進行調查。

  根據NHK電視臺於2017年8月13日播出的紀錄片《731部隊的真相——精英醫學研究者與人體實驗》,從1936年開始到1940年,以東京大學、京都大學和慶應大學為首的日本高等學府都紛紛與日本軍隊簽訂了祕密合作協議,而協議的內容正是由日本的這些大學向731部隊輸送研究員,牽頭負責軍方所提出的研究專案,同時由軍方向各個大學支付鉅額的研究經費。其中時任東京大學校長長與又郎就曾經長期通過文部省與日本關東軍的高層保持著聯絡,並且從中協調各種研究實驗人員的派遣工作。該紀錄片還指出,參與731部隊人體研究的學者中,有6名都來自東京大學,僅次於當時京都帝國大學的11名。

  東京大學在創校之初並未有明文化其建校精神。但隨著國立大學法人化,現在制定有《東京大學憲章》。

  學部與其代表色,學部生畢業後可領得學士學位。

  大學院生,學習相應課程畢業後可領得碩士或博士學位。

  截至2018年,東京大學共有16名校友為日本總理大臣、9位校友獲得諾貝爾獎,分別是:川端康成(1968文學)、江崎玲於奈(1973物理)、佐藤榮作(1974和平)、大江健三郎(1994文學)、小柴昌俊(2002物理)、南部陽一郎(2008物理)、根岸英一(2010化學)、梶田隆章(2015物理;博畢)、大隅良典(2016醫學)。另有2位論文博士(非校友)也是諾貝爾獎得主:朝永振一郎(1965物理)、大村智(2015醫學)。1位獲得菲爾茲獎
東京大學(,簡稱東大(),是日本第一所以現代學制成立的綜合大學,其前身是幕末時期創辦的與。1877年改制大學後使用現名,但1886年更名為「帝國大學」,1897年再更名為「東京帝國大學」,簡稱東京帝大或東帝大,至1947年複用現名。2004年4月1日起依據《國立大學法人法》改制,以國立大學法人形式運作。2017年成為首批指定大學法人。