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  平安時代後期,此地設有多個莊園,主要的莊園為石清水八幡宮的鳥飼莊,並建有其別宮鳥飼八幡宮。  室町時代末期,熊野水軍的安宅氏在三熊山建立洲本城;1585年至1609年期間,脇阪安治被分封至此,設立淡路洲本藩,此後曾短暫隸屬姬路藩,1615年後成為德島藩蜂須賀氏的領地,由蜂須賀氏家臣稻田氏作為城代負責整個淡路島。  1871年廢藩置縣後,淡路島最初被拆分成南北兩部分分屬兵庫縣和德島縣,現在的洲本在當時大部分屬於德島縣,旋即又與四國東半部整併為名東縣,直到1876年才又被拆分出,併入兵庫縣。  1889年日本實施町村制時,設立了洲本町,隸屬津名郡,1909年起,陸續併入了、潮村、千草村、三原郡加茂村、大野村,在1940年改製為洲本市,為兵庫縣內第六個市級行政區劃。此後又陸續併入了上灘村、中川原村、安乎村、、五色町,形成現在的洲本市。

  現轄區內公共運輸以客運為主。過去在1922年至1966年期間曾經有淡路交通經營的鐵路往返洲本車站至三原郡南淡町(現已合併為南淡路市);明石海峽大橋通車前,也有港口有渡輪可前往和歌山市。
洲本市()是位於日本淡路島中部的城市,行政區劃屬於兵庫縣,北接淡路市,南與南淡路市接壤,東以紀淡海峽與和歌山縣和歌山市隔海相對。