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  關於如何為生物命名的原則有很多國際協議,例如《國際植物命名法規》(英語:International Code of Botanical Nomenclature,簡稱ICBN)、《國際動物命名法規》(International Code of Zoological Nomenclature,簡稱ICZN)以及《國際細菌命名法規》(International Code of Nomenclature of Bacteria,簡稱ICNB)。第四版的生物命名法規(BioCode)草案在2000年出版,它試圖在5個領域標準化命名,但現在還沒有被正式採納。《國際病毒命名和分類法規》(International Code of Virus Classification and Nomenclature,簡稱ICVCN)是屬於生物命名法規的。

  傳統上,生物分為五界(kingdom),  Copeland提出過四界說:  也有人使用三域說。這種分類方法反映了細胞是否有核以及細胞膜和細胞壁的差異。  另有一些不屬於上述所有分類的介於生物和非生物之間的生命形式,即只能寄生於細胞內的病毒,而它們在細胞外並不表現出活躍的生命形式。

  

  這個列表以NCBI Taxonomy上的分類為基礎。

  包含嗜鹽菌、一些超嗜熱菌、嗜酸菌等。<br>

  包含放線菌、衣原體、支原體、立克次體等。<br>

  

  包含綠藻、輪藻、苔蘚植物、蕨類植物、種子植物等。<br>

  真菌/後生動物組除動物界和真菌外,還包含領鞭毛蟲、魚醉菌等。

  即“後生動物”組。

  包括子囊菌、擔子菌、接合菌、壺菌、聚合菌和微孢子蟲。

  真核生物除動物、植物、真菌三界之外統稱原生生物,為並系群。  注:以上真核生物列表不完全,尚包括有其他一些未歸類原生生物。
生物分類學(英語:biotaxonomy)通常直接稱分類學(英語:taxonomy;;),是一門研究生物類群間的異同程度,闡明生物間的親緣關係、進化過程和發展規律的科學。 要將生物分類,首先要知道生物與非生物的定義,但是我們似乎沒有辦法準確定義,以病毒來說,雖然可在其他生物體內寄生並複製,但在生物體外卻沒有一般生物的特徵如製造或攝取營養,生殖等現象。又如引起瘋牛病的朊粒(prion)可以造成感染卻無DNA成分,一直以來,DNA被視為生命遺傳物質,經由與RNA的轉錄轉譯過程,形成蛋白質,再進一步形成組成細胞的各個部分,如細胞膜、胞器等,而細胞則是我們長久以來所認為組成生命體的最小單位。