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  為了給深入的研究提供指導,根據病毒基因表達方式將病毒分為以下七個組:

  這類病毒通常只有在進入宿主細胞核之後才能進行自我複製。除此之外,這類病毒還需要宿主細胞核內的DNA聚合酶才能完成自我複製,因此它們很大程度上受宿主細胞的細胞週期影響。有效的感染與子代的產生都需要在宿主細胞進行復制時才能進行,因為病毒所利用的核內DNA聚合酶在此時是活躍的。此類病毒有可能誘發細胞快速裂解,導致細胞轉變和癌變,如皰疹病毒、腺病毒和乳頭多瘤空泡病毒。  第一組中,唯一一類已充分研究且不在核內進行復制的例子是痘病毒科(一種有脊椎動物高發病率的病原體,包括天花病毒)。  此類病毒使用普遍的mRNA轉錄方式——使用宿主相關的轉錄酶——合成兩種mRNA:

  這一類病毒包括有:  這類病毒中除了小DNA病毒 Parvoviruses 以外,所有物種都具有環形DNA。其中感染真核生物的病毒大多在宿主細胞的細胞核中,通過基圓機制?構建雙鏈DNA中間體,進行復制。  一種流行的卻沒有臨床症狀的叫作“TTV”(Transfusion Transmitted Virus)的人類指環病毒 (Anellovirus)也包括在這一組中。

  跟大部分RNA病毒一樣,這類病毒的複製在宿主細胞的細胞質中,並不需要像DNA病毒那樣使用宿主的聚合酶。這一組中研究較多的是雙核糖核酸病毒科(Birnaviridae 和呼腸孤病毒科(Reoviridae)。該組病毒的基因組為單順反子,並且有一些病毒基因組只編碼一個蛋白質(不像其它病毒有較複雜的轉譯過程)。(?)

  巴爾的摩病毒分類系統中的第四組和第五組為單鏈RNA病毒,根據病毒所帶的RNA的正義或反義又可以細分成四五兩組。擁有單鏈RNA是這兩組病毒共同的特點,它們的複製在細胞質中,並且不受宿主細胞的細胞週期限制。

  該組病毒的RNA可以直接被宿主細胞中的核糖體識別並立即轉譯出蛋白質,而事實上所有正股的ssRNA都是如此。本組病毒還可以根據轉譯的方式細分為兩類:  本組病毒包括有:

  該組病毒的RNA不能直接被宿主細胞中的核糖體識別並立即翻譯出蛋白質,而事實上所有反義的ssRNA都是如此,因此它們要通過自身的聚合酶合成正義ssRNA,從而才可以被宿主核糖體識別本組病毒也可以根據複製的方式細分為兩類: 兩種病毒最大的不同在於核酸複製的位置不同。  本組病毒包括有:

  一種被研究較多的,包括反轉錄病毒科 (Retroviridae) 的病毒,一個明顯的特點是使用逆轉錄酶將(+)ssRNA轉換成DNA,隨後用整合酶將DNA整合到宿主的基因組中,此後就可以利用核內的聚合酶了。

  一小組以乙肝病毒 (Hepatitis B)【肝病毒科(Hepadnaviridae)】為典型的病毒,包含雙鏈不閉環的DNA。該線型的DNA在閉環成為共價閉合環狀DNA(cccDNA)後,作為模板轉錄mRNA和亞基因組mRNA,隨後由前基因組表達的RNA做為模板逆轉錄出充當基因組的DNA。(請對照英文頁面原文)
巴爾的摩病毒分類系統(Baltimore classification)是一種由戴維·巴爾的摩建立的以基因組和病毒轉錄mRNA方式為區分的病毒分類系統。