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  由珠被髮育而來,有保護胚與胚乳的功能。裸子植物的種皮由外層、內層(肉質層)、中層(石質層)組成。蘇鐵和銀杏,外層的肉質層肥厚,成熟時具色素;許多松柏類植物的外層不發達。內層一般趨向皺縮,在成熟的種子中呈紙狀薄層,襯貼在中層裡面。  紅豆衫、羅漢松的種子具假種皮,成熟後呈紅色。紅豆衫的假種皮呈杯狀,內含種子。羅漢松的假種皮包圍於種子上象羅漢的袈裟。銀杏的外種皮肉質化,具綠色的肉質外種皮,人們常把種子誤認為果實。  被子植物的種皮多樣,花生、桃、杏等種子外有堅硬的果皮,種皮結構簡單,薄如紙狀;小麥、玉米、水稻、萵苣的種子,果皮與種皮癒合,種子成熟時種皮被擠壓,緊貼於果皮的內層;有些豆科植物和棉花的種子有堅硬的種皮,種皮表皮下有柵欄狀的厚壁組織細胞層,表皮上有厚的角質膜。有些豆類種子由於角質膜過厚形成“硬實”,不易萌發。棉籽的表皮上有大量的表皮毛(棉纖維)。蕃茄種皮的表皮細胞柔軟透明呈膠質狀,並有刺突起。石榴種皮的表皮細胞伸長為細線狀,細胞液中含糖可食用;荔枝、龍眼的種子可食部分,由假種皮肉質化,假種皮由珠柄組織凸起包圍種子形成。  種皮的結構與種子休眠相關。有的植物種皮中含有萌發抑制劑,除掉這類植物種皮,對種子萌發有刺激效應。

  由受精卵發育成。由胚芽、胚軸、子葉、胚根組成。裸子植物的胚沿種子的中央縱軸排列,不同種類種子,子葉數不同,為1～18個。常見為兩個,如蘇鐵、銀杏、紅豆杉、香榧、紅杉、買麻藤、麻黃等。  被子植物胚的形狀多樣,但在種子中的位置固定,一般胚根朝向珠孔。胚的子葉也多樣,有細長的、扁平的,有的含大量儲藏物質而肥厚呈肉質,如花生、菜豆,也有的成薄薄的片狀如蓖麻。有的子葉與真葉相似,有鋸齒狀的邊緣,有的在種子內部呈多次摺疊如棉花。  禾本科的胚,只有一個子葉。胚由胚芽、胚芽鞘、胚根、胚根鞘、胚軸組成。在胚軸的一側生有一片盾形子葉(盾片)。

  裸子植物胚乳是單倍體的雌配子體,一般比較發達,多儲藏澱粉或脂肪,也有的含糊粉粒。胚乳一般為黃色,少數為白色,銀杏成熟的種子中胚乳呈綠色。  被子植物的胚乳在雙受精過程中,一個精子與胚囊中的極核融合發育成多倍體。多數被子植物在種子發育中有胚乳形成,但有的成熟種子中不具、具很少的胚乳,由於它們的胚乳在發育中被胚分解吸收了。一般把成熟的種子分有胚乳種子、無胚乳種子。無胚乳種子中胚很大,胚體各部分,特別在子葉中儲有大量營養物質。  不同種子的胚乳壽命、數量、儲藏物質不同。胚乳中一般儲藏物質是澱粉、蛋白質、脂肪。還有些碳水化合物,如甘露糖、半纖維素可沉積在細胞壁上,如咖啡、柿子、海棗等。含澱粉的胚乳常是沒有生命的,如燈心草科、莎草科、禾本科、蓼科、石竹科中含澱粉的胚乳細胞,成熟後細胞核退化;在百合科、石蒜科、萱草屬、蓖麻屬、胡蘿蔔屬中含澱粉的胚乳細胞是有生命的。  一般在胚、胚乳發育的過程中,體積不斷地擴大,胚囊外的珠心組織受到破壞,最後為胚、胚乳吸收。所以在成熟的種子中沒有珠心組織。但有些植物在種子發育過程中珠心組織保留下來,並儲藏養料形成外胚乳(把受精後形成的胚乳稱為內胚乳)。菠菜、甜菜、咖啡的成熟種子具有外胚乳。胡椒、姜的成熟種子兼有胚乳、外胚乳。

  種子可藉由風力、自力、水力以及動物傳播:
種子是種子植物的胚珠經受精後長成的結構,一般有種皮、胚和胚乳等組成。胚是種子中最主要的部分,萌發後長成新的個體。胚乳含有營養物質。