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  1937年(昭和12年),日本陸軍對三菱重工提出了Ki-51軍用偵察機的開發概要,並於1938年下令開始進行試作。但是在試作進行中途因「陸軍航空本部兵器研究方針」的修正,而裁示將俯衝轟炸機與軍用偵察機合併為同一機種,而將俯衝轟炸當作Ki-51的主要用途。以大木喬之助為主體的開發團隊遵照指令書的要求,設計出採用了三菱制Ha 26 II引擎的單發動機、固定式起落架、低單翼的機體。  固定武裝為機翼內的2挺7.7 mm 機關槍(八九式固定機關槍),後座則裝備了1挺旋轉式7.7mm機關槍。不過機翼內的7.7mmm機槍在投入實戰之後、被批評在空戰以及對地攻擊時的威力均不足,所以從1943年起換裝為12.7mm機砲(ホ103 一式十二・七粍固定機関砲)。炸彈則可以搭載200 kg(12 kg×12或是50 kg×4)。因為任務性質上是低空飛行來進行地面攻擊,所以受到地面部隊的反擊機會很高,所以從一開始就仔細考慮到防彈裝備的配置。11號機(增加試作機)在引擎下方、駕駛座下方、機身下方、背面以及中央翼下方均使用6mm的防彈鋼板來保護。另外油箱則使用了包覆了橡膠的自封式防漏油箱。  試作機的測試結果飛行效能與操縱性均相當良好,但是機體的震動與著陸時的失速特性不佳這些問題也被指出來,而在量產型則修正了主翼前緣部分而得到解決。1940年(昭和15年)5月被制式採用為九九式襲擊機。。因為當時陸軍對於皇紀2600制式採用的兵器命名方式還沒有定案,所以和前一年度一樣被稱作「九九式」。  另外本機在生產過程變更一部分規格,就可以變為軍用偵察機,而這個型式則被制式採用為九九式軍偵察機。這款衍生型式拆除了後座的副駕駛裝置與防彈鋼板,設定了可以從機身下方、側面開啟的小窗進行空中攝影的照相機。為了因應這些規格的變更,機身內的炸彈收納空間就被取消了,炸彈則變更為掛載於主翼下方。因為此類軍用偵察機並非像司令部偵察機一樣是專用的偵查機,有時候也會被要求安裝炸彈進行攻擊任務。另外為了擴大視野,其座艙玻璃設計的比機身還要大。不過除了上述的一些配備的不同外,基本設計跟九九式襲擊機沒有不同。

  九九式廣泛用於中國戰場去執行對地攻擊和偵察,在戰爭末期也攻擊過美軍潛艇。  戰爭末期部分機體經過改造可以搭載250kg炸彈,當作對艦攻擊機或是特攻機的例子也很多。  抗戰勝利後,中國人民解放軍在東北找到一批九九式,用於第7航空學校至1953年。  戰後留在當地的一部分機體被當地的軍隊所使用,除了前述的中國人民解放軍之外,在印尼獨立戰爭的時候也被印度尼西亞人民軍所使用過,並儲存至今。

  目前仍儲存的機體,是由印度尼西亞人民軍所使用過的機體,與一式戰鬥機「隼」一起被放在印尼空軍中央博物館裡展示、儲存。
九九式襲擊機(Ki-51,)是日本帝國陸軍和在第二次世界大戰期間使用的對地攻擊機,後來也衍生出戰術偵查用的機種九九式軍偵察機。因為名稱上的關係,與日本帝國海軍的九九式艦上轟炸機(愛知D3A)極易發生混淆。