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  俱樂部成立於1903年月,由卡爾·蔡司(Carl Zeiss)光學儀器廠的工人得到公司的支援所建立的球隊,最初命名為卡爾蔡斯廠足球俱樂部。俱樂部在1911年將名字改為「Fussball Club Carl Zeiss Jena e.V.」,1917年3月再次改名為「1. Sportverein Jena e.V.」。

  在1933年,球隊加入了Gauliga Mitte聯賽,Gauliga Mitte是位於當時的馬格德堡-安哈爾特、哈雷-梅澤堡和圖林根三個大區的16支高水平球隊形成的在第三帝國屬下的德國足球組織。球隊在1935年、1936年、1940年和1941年4次獲得了這個聯賽的冠軍頭銜。取得了全國決賽的資格,但是球隊的戰績不是很理想,從來沒有從小組賽出線過,在1943-44賽季之後球隊退出了Gauliga Mitte聯賽,因為二戰的戰火燃燒到了耶拿。

  戰爭一結束,同盟軍佔領德國,德國所有的協會包括體育足球俱樂部都被禁止活動。耶拿在1946年6月得以從建,成立了「恩斯特·阿貝體育俱樂部」,就像許多其他東德俱樂部,球隊的隊名被改變成一些富有革命性的名字,分別包括「SG Stadion 耶拿」(1948年10月)、「SG 卡爾蔡斯耶拿」(1949年3月)、「BSG Mechanik 耶拿」(1951年1月)、「BSG Motor 耶拿」(1951年5月)和「SC Motor 耶拿」(1954年11月)。  在1950年,俱樂部成為東德足球乙級聯賽的創始球隊,在球隊的第二個賽季就取得了乙組聯賽的冠軍頭銜得以晉級東德最高水平的聯賽的東德足球高階聯賽,球隊在甲級賽場就出現了一個賽季。1954年球隊更名為「SC Motor 耶拿」,1957年球隊重返高階聯賽。耶拿隊的首個冠軍榮譽是在1960年球隊奪得了東德杯的冠軍頭銜。球隊在1966年1月俱樂部"重建"成卡爾蔡斯耶拿足球俱樂部,變成了東德足壇很有實力的強隊,培養出一些進入東德國家隊的很有天賦的球員。這一時期卡爾蔡斯耶拿隊成為了壟斷東德甲級聯賽的球隊。球隊奪得了1968年和1970年東德聯賽的冠軍,並且6次得到聯賽亞軍。除了聯賽的榮譽,球隊還在這一時期奪得了1972年, 1974年和1980年東德杯的冠軍頭銜。 俱樂部在1981年殺入了歐洲優勝者杯的決賽,但是在決賽中1:2惜敗給了第比利斯迪納摩,這可以說是球隊史上最大的成就。

  1990年兩德統一之後,耶拿被安排在德國足球乙級聯賽中。球隊在1993年取得了聯賽第8名,但是1994年球隊的戰績迅速下降到聯賽第17名而降級到第三級的德國北區聯賽。不過球隊很快再次晉級到了德乙聯賽並連續且參加了數賽季。但在1998年球隊再次掉到了德國第三級聯賽(地區聯賽),2001年更是降級到第四級聯賽(高階聯賽)。經過幾年低階別聯賽的滾打,在2006-07賽季球隊終於以北部聯賽第二的成績安心的再次升入德乙聯賽。2007-08賽季球隊排名墊底,降入新成立的德國足球丙級聯賽。2011-12賽季結束後球隊再次降級至德國足球地區聯賽,2016-17賽季球隊奪得東北賽區冠軍,並在兩回合升級附加賽中淘汰科隆維多利亞從而重返德丙聯賽。

  卡爾蔡斯耶拿足球俱樂部在東德足球俱樂部時期獲得的所有冠軍頭銜:

  在第二次世界大戰之前,耶拿隊向德國國家隊輸送了3位德國國腳(Willy Krauß,1911-12年、Heinz Werner,1935年、Ludwig Gärtner,1939-41年)  卡爾蔡斯耶拿足球俱樂部先後向東德國家隊輸送了33位國腳,部分球員如下:  代表德國隊出場81次的前國腳及勒沃庫森球員貝恩德·施奈德是俱樂部的傑出青訓球員,共代表耶拿隊出場124次,進14球。另一名著名青訓球員是德國隊前國門羅伯特·恩克。
卡爾蔡斯耶拿足球俱樂部(FC Carl Zeiss Jena)是德國足球職業俱樂部,位於圖林根州的耶拿。