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  民答那峨島原住民自稱為莫洛人,早在14世紀已定居在此。16世紀西班牙帝國的征服者統治了菲律賓並傳入羅馬天主教,在民答那峨島遭遇原住民激烈反抗,使西班牙未能完全控制此地區。1898年美國在美西戰爭後取得菲律賓,開始將菲律賓其他地區的居民計劃性的遷徒到民答那峨島,此種政策一直延續到菲律賓馬可仕總統時期,使得穆斯林在民答那峨成為少數民族並被迫離開原居住地。  1968年3月18日發生的賈比達大屠殺使得莫洛人開始組織穆斯林武裝對抗當時的馬科斯政府,1972年最強大的武裝組織成立了莫洛民族解放陣線,成為穆斯林與中央政府對抗的主力。1976年,馬科斯政府與摩洛民族解放陣線簽署的黎波里協定決議設立「民答那峨穆斯林自治區」,遲至1990年民答那峨穆斯林自治區才正式成立,1996年9月菲律賓政府與摩洛民族解放陣線簽署最終和平協議。  莫洛民族解放陣線裡不願接受自治安排的派系於簽署協定的隔年1977年離開該組織,並於1984年成立莫洛伊斯蘭解放陣線,目前發展為菲律賓規模最大的分離組織。2012年10月時任菲律賓總統艾奎諾三世與摩洛伊斯蘭解放陣線簽署《邦薩摩洛框架協議》,2018年7月繼任總統杜特蒂促成菲律賓國會通過《邦薩摩洛組織法》,目標是設立邦薩摩洛自治區。2019年1月21日,民答那峨穆斯林自治區、哥打巴託市和伊薩貝拉市舉辦2019年邦薩摩洛自治區公民投票,壓倒性支援成立「棉蘭老穆斯林邦薩摩洛自治區」,來取代原本的穆斯林自治區。  2019年2月6日北拉瑙省和哥打巴託省的部分城鎮也舉辦了第二階段公投,其中哥打巴託省有63座村莊公投加入邦薩摩洛自治區,而北拉瑙省雖也有6座村莊願意加入邦薩摩洛自治區,但北拉瑙省公投卻拒絕放行。
棉蘭老穆斯林自治區()是1989年-2019年存在於菲律賓南部的一個穆斯林自治區,包括了以穆斯林人口為主的巴西蘭省(除伊薩貝拉市)、南拉瑙省、蘇祿省、塔威塔威省、瑪京達瑙省和馬拉維市。該大區擁有自己的政府,駐於哥打巴託市。該大區面積26974平方公里,人口4120795(2007年)。