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  佔領庫頁島是參謀次就任次長之前的一貫主張。可是,1904年(明治37年)9月8日,長岡制定的樺太攻略方案變得不可靠。1905年(明治38年)3月22日在大本營召開了庫頁島遠征準備會議時,由於海軍的反對,沒能實現。  日俄戰爭到最後沒有國力的日本,摸索了跟俄羅斯的和解。5月27日日本海戰勝利後的5月31日,外務大臣小村壽太郎向駐美高平公使發出了訓令,命令美國總統塞奧門·羅斯福就日俄講和希望進行友好的斡旋。6月1日,高平向總統傳達了這一訓令。6月6日,美國向日俄雙方遞交了羅斯福公文,內容為“不僅是日俄兩國,而且為了整個文明世界的利益,渴望開始和談”。6月7日,沙皇接受了羅斯福的停戰勸告。沙皇的意向是,在庫頁島被日本軍佔領之前實現和約。  因為日本的首腦部對佔領庫頁島態度消極,長岡外史參謀次長請求滿洲軍總參謀長的兒玉源太郎陸軍大將協助,1905年6月14日,有電報勸說從兒玉有利推進講和談判,佔領庫頁島這樣的內容。截至6月15日,關於樺太作戰一事,政府·統帥部的協議決定,6月17日明治天皇的裁決下來了,新設的獨立第13師團被下達了出動命令。  另一方面,庫頁島漁業工會的高井義喜等人訪問了庫爾薩科夫長官克爾巴以及陸軍駐紮阿爾奇斯基上校,得到了在日僑安全與保護的約定。克爾巴長官向高井頒發了特別優惠許可證,為其提供便利,在留日本人上調時個人準備了糧食,流著淚與日本人告別。在庫頁島的日俄兩國人民的關係良好,但是政府不考慮這一點。

  由2個旅團組成的庫頁島遠征軍,由日本海海戰後新編制的聯合艦隊的第3·第4艦隊組成的北遣艦隊護送,7月7日,侵略庫頁島南部的亞庭灣岸(以後的大泊郡深海村女麗-梅麗登陸)。當時,南庫頁島的俄軍兵力只有1200人左右,為了轉變為游擊戰,組成了5支游擊隊。日軍在優勢的戰力背景下,於8日佔領了科爾薩科夫(日本名:大泊),10日佔領了烏拉吉米羅夫卡(日本名:豐原市-北豐原站附近·現在的俄羅斯名:尤奇諾薩哈林斯克)。12日,在烏拉基米羅夫卡西方的達利內埃村(日本名:豐原市西久保)附近的樹林中,日本軍隊擊破俄羅斯軍隊主力,俘獲了200名俘虜。日軍19人戰死,58人受傷。16日,科爾薩科夫方面司令官阿爾奇舍夫斯基上校也投降了。然而,俄軍帕爾奇贊部隊在那之後持續了抵抗了一個月以上。  7月24日,日軍在北庫頁島亞歷山大洛夫附近登陸。在北庫頁島,有超過5000名俄軍士兵,隊長是官利普諾夫中將,但俄軍雖然略有抵抗,但還是向島的深奧部隊撤退,因此日軍在當天傍晚佔領了亞歷山大洛夫。7月29日,明治天皇賜予片岡七郎北遣艦隊司令長官稱之為“庫頁島登陸”完全佔領的基礎的敕語。俄羅斯軍隊長官利普諾夫中將接受勸降,於7月31日投降。
庫頁島之戰( )是日俄戰爭最後之戰。朴資茅斯條約締結前,日本為了使講和談判有利進行,先行進攻俄國的庫頁島。朴資茅斯條約締結後,庫頁島的北緯50度線以北歸還俄國,以南割讓成為日本領土。