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  生物學家根據化石的殼室的結構與外殼的花紋,目前將菊石亞綱分成3個目:菊石目、稜菊石目和齒菊石目。其中菊石目分成四個已知的亞目,分別為菊石亞目(下侏羅紀至上白堊紀)、勾菊石亞目(上侏羅紀至上白堊紀)、葉菊石亞目(下三疊紀至上白堊紀)及弛菊石亞目(下侏羅紀至上白堊紀)。  在某些分類法中,菊石亞綱被分為6個目:

  大多數菊石的殼沿平面捲曲,呈盤狀,兩面對稱,殼表面光滑或具細的生長線紋,有些具特殊的紋飾,如縱稜、橫肋、瘤和刺等。牠們的體管(連線殼內各腔室的管)位於殼腹的外面。但也有些菊石的外殼擁有特殊的形狀,如殼形筆直的杆菊石、塔狀螺旋的塔菊石、不規則扭曲狀的日本菊石等。古生代菊石的骨縫是單一的,如海神石等;中生代菊石目菊石的骨縫則是複合的,如弛菊石等。由於牠們已經滅絕,因此我們對菊石的軟體和生活習性知道的並不多,估計牠們有很多觸手來捕捉獵物,且可能會噴墨汁來逃避掠食,因為一些化石標本保留了這些墨汁,但在目前儲存的化石標本中很少發現有咬顎、齒舌或墨囊等構造。

  菊石一般漂浮在海水上層,下面經常是極其缺氧區域,沒有生物。菊石死後,沉到海底,逐漸埋沒。細菌分解遺體時候,把附近水中性質變化,降低礦物質溶解度,尤其是磷酸鹽和碳酸鹽。

  菊石化石上面有一圈一圈的礦物質,因此儲存很多高質標本。在歐洲的中世紀時期,某些菊石的外殼化石被人們視為盤曲、石化的無頭蛇,稱為蛇石,例如指菊石等,商人們會在菊石的開口刻上蛇的頭後賣給旅者。
菊石是菊石亞綱(學名:)的簡稱,一群已經滅絕的海洋生物,牠們是中生代數量最多的海洋動物。牠們約在泥盆紀早期出現在地球上,最後與恐龍、箭石等生物一起於白堊紀末期滅絕。由於菊石的演化速度很快,分佈也很廣,非常適合作為標準化石,地質學家可以使用牠們來確定含有菊石化石的地層的年代。