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  種子植物分為裸子植物和被子植物兩種,兩者都是利用種子來繁衍的。其中,裸子植物包含了包含了蘇鐵門、銀杏門、松柏門和買麻藤門,被子植物則細分出更多的門。被子植物是是有胚植物中為數最多且最為人所知的一種,是植物界最多樣化的種類,約有304000種。  不過,被子植物現在被認為是演化自裸子植物,這使得裸子植物若包含進已滅絕的物種時,會變成一個並系群。然而,即使已知不是一個 單系群的分類單位了,但「裸子植物」還是依舊被廣泛地使用在指被子植物門以外的四種非開花種子植物上。  分子系統發生學反駁了基於形態學所提出來的「現存和已滅絕的裸子植物可以組成一個單系群」的推論。一些形態學上的資料推論說買麻藤門為是被子植物門的旁系群,但分子系統發生學已普遍地顯示,包括買麻藤門在內的裸子植物分支會是松柏門的旁系群。  傳統的分類,是將種子植物放在一個門下,並將其下的五個類群放置在綱下,分別為蘇鐵綱、銀杏綱、松柏綱、買麻藤綱和被子植物綱。  除了上述類群之外,化石記錄亦顯示有許多種已滅絕的種子植物類群。「種子蕨」是陸生植物最早成功的類群之中的其中一類,且以種子蕨為主的森林在古生代晚期時普及在整個世界上。舌羊齒屬即為在二疊紀時期間於岡瓦那大陸上最為普遍的樹屬。到了三疊紀後,種子蕨在生態上的重要性開始下滑,現今的裸子植物類群則開始普及,直到晚白堊紀,開花植物開始散佈之時。  現今較多的分類學將這些類群分成單獨的門(有時在「裸子植物總門」下):
種子植物是由可產生種子的植物所組成的,有胚植物的一個子類群。它是所有植物中最進化的一個物種。無論在物種數量和地理分佈也是最多最廣的。現存的種子植物可以分為五種類群: