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  前身是室町時代阿蘇家的隈本城加以改建而成,安土桃山時代豐臣政權入主肥後國後,此城即當地藩主的官邸,面積達九十八萬平方米。  熊本城另一名稱為銀杏城,由於當加藤清正建造此城時,已經考慮到萬一發生圍城戰時,城內需要有食物供應,因此便廣植銀杏,甚至連城內地席的材質,都是利用晒乾做成的,可以作為圍城戰時的戰備存糧。

  

  文明年間(1469年-1487年),作為肥後守護菊池氏同族的出田秀信開始建築千葉城。熊本城歷史就此開始。  16世紀早期出田氏勢力衰退。在大永、享祿年間為菊池氏領地,由鹿子木親員建造隈本城,並將遷宮。1550年(天文19年)大友義鑑遭到家臣殺死。與義鑑敵對的菊池義武(義鑑之弟,以養子身份繼承菊池家)控制了隈本城。1554年大友氏攻佔隈本城,此後約30年左右由大友氏控制。  1587年(天正15年)豐臣秀吉完成九州征伐後,當時城主城久基移封筑後國。由秀吉家臣佐佐成政入主,成政不理秀吉指示進行檢地,導致了。1588年佐佐成政被責令切腹自盡,由加藤清正成為城主。  1591年加藤清正在茶臼山丘陵一帶開始建造城堡。約1600年(慶長5年)天守建造完成。關原之戰後清正成為肥後國52萬石大名。1606年築城完畢,翌年將城堡由隈本改名為熊本城。然而,在1625年(寬永2年),熊本城遭遇強烈地震,並且導致城內的火藥庫誘爆引發大火,破壊十分嚴重。  1632年(寬永9年)由細川忠利取代加藤氏管治熊本藩。忠利接管熊本城後,立刻下令儘速修復熊本城城池。該修理工程花了超過10年以上才算大功告成。後來,由於熊本地區在江戶時代頻發地震,所以歷代細川氏城主一直重視維修熊本城,避免城池遭受臨界損害。 直到廢藩置縣為止,為細川氏宗家的居城。

  在幕末時代藩內分為學校黨、實學黨及敬神黨三派。1870年實學黨以「戰國時代的遺物」向新政府提出拆城建議。但是拆除當天卻停止工作。  1871年廢藩置縣,熊本縣縣廳在城內二丸設定。同年縣廳改在花畑邸鎮西鎮臺。駐守熊本鎮臺後,將老朽化的櫓及多重櫓逐個拆卸。特別是西出丸石垣。在西南戰爭前,只俘留本丸主要部分的天守及本丸御殿。  1876年神風連之亂(亦稱敬神黨之亂)期間,反亂者控制了城內的砲兵營,很快被政府軍鎮壓。  西南戰爭時期,熊本城是政府軍的重要根據地,對抗守舊勢力西鄉隆盛所帶領的西鄉軍。不過在西鄉軍發動攻勢之前,其天守閣意外發生大火,火勢雖然立刻獲得控制,但是許多重要的文物、城樓已遭到燒燬。戰爭方面,政府軍在指揮下成功擊退西鄉軍,西鄉軍並沒有一人進入城中範圍內。  西南戰爭後直至大正年間,倖免於火災的另一部分城樓被陸軍逐個拆除。  1884年城內設定午砲臺,使用空砲進行報時(1941年停止)。  1933年熊本城跡列為日本指定史蹟。1955年列為日本的特定史蹟。1960年慶祝熊本城350週年,熊本市籌得1億8000萬日圓重建包括大小天守、平櫓等。城內公園亦開始收費。而大天守內部為博物館。2007年建城400週年紀念,再將部分建築還原。  2016年4月14日開始,熊本縣發生多宗震度逾6級的地震,其中16日的主震規模達7.3級,造成熊本城多處城牆石垣及屋瓦崩落。熊本市市長大西一史於7月26日表示,熊本城天守閣將於2019年修復,而整座城的修復希望能在20年內完成,總體修復費用逾600億日圓。 截至2016年6月8日,城堡的修復計劃已正式開始。整座城堡的完全修復和復原的完成日期計劃預定在2036年。

  熊本城是一座平山城。城池全長5.3公里。西南的古隈本城及東北的千葉城被包括在內,稱為出丸。

  清正特別擅於建造石垣。熊本城的石垣大多修建成「武者返」的形狀,起初坡度較平緩,到上部則近乎垂直。城池採用時的技術。防守集中在南方,以應付假想敵薩摩藩的入侵。在外的石垣,更為日本最長的。

  天守是連結式望樓型,大天守是3重6層及一層地庫,稱為「第一天守」。小天守是3重4層及一層地庫,稱為「第二天守」或「御上」,是城主夫人的居所。另外,城東北的清正建立的豐國廟跡(立田山中腹)和城西南妙解寺跡(花岡山麓)的細川家靈廟,這兩者與天守在一條直線上。

  建築物方面,以黑色作為外觀,天守以外的櫓、門的屋頂少見彎曲,大多數為直線。多重櫓全為望樓型。當中以宇土櫓最高,甚至被稱為「第三座天守」。

  現存以下十三棟建築:宇土櫓、監物櫓(長岡圖書預櫓)、平櫓、五間櫓、北十八間櫓、東十八間櫓、源之進櫓、四間櫓、十四間櫓、七間櫓、田子櫓共十一座櫓,及長塀(全長約242m)和不開門。全為日本重要文化財。
熊本城()位於日本熊本縣熊本市中央區。別稱銀杏城()。日本三大名城之一。