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  葛摩在1887年直至獨立之前是法國殖民地。由於葛摩一直沒有屬於自己的殖民地旗幟,法國國旗因此成為葛摩的官方旗幟。隨著1961年葛摩取得內部自治,1963年Suzanne Gauthier設計了葛摩旗幟。當時的旗幟長寬比例為5:7,綠底,左上角繪有新月,從左下到右上有四顆白色五角星以對角線並列。這面旗幟使用直至1975年。  1975年,葛摩從法國獨立,阿里·薩利赫成為該國第一任總統。由於當時的開國總統阿里·薩利赫實行社會主義,因此新國旗直接採用葛摩全國執行委員會旗幟。旗幟的三分之二處為紅色(象徵社會主義),三分之一為綠色(象徵伊斯蘭教),新月和四星圖案則位於國旗左上角。當時的國旗樣式與新加坡國旗十分相似。  1978年,艾哈邁德·阿卜杜拉在法國僱傭軍的支援下發動政變奪權,阿里·薩利赫總統被殺,國名為“葛摩伊斯蘭聯邦共和國”。這時葛摩國旗於10月1日首次做出更改,比例改為2:3,取消紅色條紋,改為全綠底旗幟,新月和四星圖案放在國旗中央,而且新月開口是對國旗右下角,四星為斜線排列。1991年6月7日國旗再作出修改,即新月開口對準上方,四星排列隨之改為橫線排列。  1996年10月6日,葛摩國旗再一次修改,長寬比例改為21:15,新月開口對準右方,四星排列隨之改為豎線排列。並在國旗左下角和右上角分別寫有白色的“穆罕默德”和“真主”阿拉伯文字。  2002年1月7日,葛摩通過全民公投,改國名為“葛摩聯盟”。為確定現在使用的五色國旗,一直延續至今。
葛摩國旗由一個綠色三角形、一條黃色、白色、紅色與藍色的橫條所組成的旗幟,在綠色的三角形中有一個新月和四顆星,象徵了葛摩的國教為伊斯蘭教,四顆星和四條橫條都表達出國家的四個島嶼,黃色代表了莫愛利島、白色代表出馬約特島、紅色為安朱安島的象徵,而藍色就是大葛摩島。另外,弦月抱與四顆星同時表達出國家的圖騰。