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  本島從4萬五千年前已開始有人類居住,島上約有一千多個不同種族,都屬於美拉尼西亞人種,都講巴布亞語系的語言。  本島的歐洲殖民歷史始於1828年,當時荷蘭人佔領了本島的西半部,並相繼於1895年設立貿易站,及於1910年建立省城Hollandia(即今日的查亞普拉)。  1883年,法國佔領了本島的東南部,改名為新愛爾蘭,但很快又被昆士蘭自治殖民領佔領。英國在1884年反對昆士蘭佔據新愛爾蘭,並把當地變成由英國直接管轄。餘下本島的東北部亦於同年被德國佔領,並宣稱為其保護地。  1906年,英國把新愛爾蘭的管轄權交給澳大利亞。第一次世界大戰期間,澳大利亞強行奪取德國在新幾內亞的屬地,並於1920年得到國際聯盟的承認。  1942年,日本軍隊南下至本島,同時入侵荷屬新幾內亞及東部澳大利亞的領土,使本島東部和北部的高地成為了第二次世界大戰中西南太平洋的主戰場。盟軍和日軍各自動員所屬佔領區內的原住民協助軍事行動,這種動員有時會造成相同的族群在同時間為交戰雙方所徵召。這種割裂和戰爭所帶來的破壞,帶給了原住民嚴重的傷害。  第二次世界大戰結束後,新幾內亞西部於1959年舉行選舉,成立巴布亞議會,並籌備於1961年4月5日獨立。當時議會已決定了新成立的國家的國號為新巴布亞、訂立了新的國徽、新國歌,以及以晨星為圖案的新國旗。新國旗於1961年12月1日升起,並與荷蘭國旗並排。1961年12月18日,印尼入侵西巴布亞,結束了它短暫的獨立。  1975年,澳大利亞正式給予新幾內亞東部全面獨立的地位,成立了巴布亞紐幾內亞。

  新幾內亞在七千年前仍與澳大利亞相連,後由於海平面上升,使兩者被海水分隔,形成了今日的託列斯海峽。  雪山山脈和馬勒山脈橫貫全島,海拔4000米以上;最高峰查亞峰高達4884米,南部的裡古-弗萊平原為最大平原,沿海多沼澤和紅樹林。  地處赤道南側,東南沿海屬熱帶草原氣候,海拔1000米以上屬山地氣候,其餘地區屬熱帶雨林氣候;北半部年降水量3000毫米以上,南部1000-2000多毫米,1-4月常受熱帶颶風襲擊。

  在大約786,000平方千米的熱帶土地當中,新幾內亞有巨大的生態價值:共有11,000種植物;將近600種獨特的鳥類,包括極樂鳥;超過400種兩棲類動物;455種蝴蝶;哺乳動物種類包括樹袋鼠、長吻針鼴、高山鼠、斑袋貂與袋貂等有袋動物,和其他各式各樣的哺乳動物。在島上大多數物種的起源,至少是與直到相當最近一次地質時期與其相連的澳大利亞大陸相同。
新幾內亞(英語:New Guinea;巴布亞皮欽語:Niugini;)位於澳大利亞北面,是世界上第二大島嶼。有時,本島亦被稱為「巴布亞」,但有時巴布亞亦單指本島的一部分。此外,印尼官方過去稱呼本島為「伊裡安島」(),至2002年開始才稱為巴布亞島()。