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  藻體為單細胞或群體,或為細胞成串排列組成藻絲狀的絲狀體,不分枝、假分枝或真分枝,不具鞭毛,不產遊動細胞,一部分絲狀種類能伸縮或左右擺動;細胞壁缺乏纖維素,由肽聚糖組成,壁外常形成膠質鞘;無真正細胞核,核的組成物質集於細胞中央,無核膜及核仁;細胞內除含有葉綠素和類胡蘿蔔素外,尚含有藻藍素,部分種類含藻紅素;色素不包在質體內,而分散在細胞質的邊緣,藻體因所含色素種類和多寡而呈現不同的顏色。  分類和細菌同屬細菌界,無膜狀胞器,體內作用易互相干擾。

  藍菌主要分佈在含有機質較多的淡水中,部分生於海水中、潮溼和乾旱的土壤或岩石上、樹幹和樹葉上,溫泉中、冰雪上,甚至在鹽滷池、岩石縫中都可以發現藍菌;有些還可穿入鈣質岩石或介殼中(如穿鈣藻類)或土壤深層中(如土壤藍藻);也有同真菌共生形成地衣,或生於植物體內形成內生植物,少數種類能生活於85°C以上的溫泉或終年積雪的極地。  藍菌已知約2000種。目前藍菌的系統發育分類仍未確定,根據色素種類可單分出類似植物的葉綠體,含有葉綠素a和葉綠素b的原綠藻類,根據形態可分為色球藻目(Chroococcales)、寬球藻目(Pleurocapsales)、顫藻目(Oscillatoriales)、念珠藻目(Nostocales)和真枝藻目(Stigonematales)。但以上分類可能除真枝藻目以外均非單系群,有待進一步研究。形態分類可參見細菌分類表。是發現年代最早的化石。

  雖然傳統上藍綠菌歸於藻類,稱為藍綠藻門(Cyanophyte),最新研究早已將它排除,因為其和藻類差異甚大。藻類是有膜狀胞器的真核生物成員,藍菌是缺乏膜包圍的胞器(膜狀胞器)的原核生物,含有單一環狀DNA分子,細胞壁含有肽聚糖,核糖體大小、成分和真核生物不同。藍綠藻在特化摺疊的原生質膜(稱為葉綠囊膜)上行光合作用。因此,它們即使擁有類似的生態棲位,彼此仍然差異很大。

  

  國際間對食用藍菌門生物開始關注,因為不論土生和水生的藍菌生物皆含有神經毒素BMAA(β-N-methylamino-L-alanine),並可能透過食物鏈不斷累積產生生物放大作用,對人類的損害將逐漸增加。BMAA已證實會對動物產生強烈的毒性,加速動物腦神經退化、四肢肌肉萎縮等等,小量BMAA積累已能選擇性殺死從老鼠的神經元。香港中文大學呼籲大眾停止食用同屬藍菌門的髮菜,減輕患上肌萎性側索硬化症、柏金遜症和老人痴呆症的風險。  藍菌的次生代謝產物微囊藻毒素有非常強的毒性,可能會嚴重損害肝臟,引致肝癌。1996至1999年間,美國俄勒岡健康部門(Oregon Health Division)曾對市面上87種藍菌及螺旋藻保健食品進行測試,發現其中竟然有85種保健食品均含有微囊藻毒素。  不同種類的藍菌含有不同型別的毒素,當中包括神經毒素(Neurotoxin)、肝毒素(Hepatotoxicity)、細胞毒素(Cytotoxicity)及內毒素等,使他們對人體及動物構成生命危險。已有紀錄證明飲用或於被藍菌汙染的水源接觸會引致中毒現象,但實際多少的攝取量會致命則未有定論。

  藍菌和藻類皆會產生有腥臭味的“水華”(又稱藻華)現象,最大危害是令飲用水源受到威脅,毒素影響人類健康。亦會蓋住池水令魚類缺氧死亡。

  螺旋藻同屬於藍菌門,最初是由非洲查德居民當作食物,雖然現時也是一種流行的商業保健食品,但螺旋藻的健康及治療效用一直備受質疑。很多贊成的主張都是著重螺旋藻包含的個別養份,如γ-亞麻酸(GLA)、不同的抗氧化劑等,而不是著重直接食用螺旋藻。螺旋藻含有的所有營養如維生素,全部均可以在一般正常食物中找到,根本沒有食用必要,但螺旋藻卻會另外對重金屬產生富集作用。2008年,中國雲南省疾控中心就對當地市場上25個品牌的螺旋藻進行檢驗,發現重金屬鉛和鎘的含量均超標。另外,螺旋藻食品所含的毒素,也是值得關注的問題。
藍菌門(學名:),也被稱為藍綠藻,是一類能透過產氧光合作用獲取能量的細菌,但有些也能透過異營來獲取能量。屬於原核生物界。藍綠藻植物菌門下物種又稱藍細菌、藍綠菌、藍藻或藍綠藻及藍菌,當中包括藍鼓藻、藍球藻等生物。雖然傳統上歸於藻類,