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  西漢漢成帝時,劉向等人曾大規模校理古籍,李柱國則負責校理方伎,原書目先載於劉向《別錄》,後載於其子劉歆《七略》,今二書已佚,但其目錄內容被東漢班固引錄於《漢書》〈藝文志〉中,後世仍可以推見其原貌。《漢書·藝文志·方技略》載有醫經、經方、神仙和房中四種中醫典籍。其中醫經有: 這是歷史上對《黃帝內經》最早的記錄,學者認為《黃帝內經》的編著及命名很可能是成自劉向之手。  在南北朝的時候,《黃帝內經》已經因傳抄及戰亂而散失,分成《素問》及《針經》兩種版本,分別流傳。最早對內經進行整理的學者,是晉朝的皇甫謐,他根據《素問》、《針經》及《明堂孔穴》,編著成《黃帝三部鍼灸甲乙經》一書。在《甲乙經》序中,他說:「按《七略》、《藝文志》,《黃帝內經》十八卷,今有《針經》九卷,《素問》九卷,二九十八卷,即內經也,亦有所亡失。」  南北朝時出現了第一本為《素問》作校注的書,作者為全元起。全元起校注的《素問》本,北宋時尚存,以後便散失不見了。今從林億等所校訂的《重廣補註黃帝內經素問》中,尚可看到全元起編排的卷目次第和少量註文。  唐初楊上善將《靈樞》、《素問》的條文,根據內容重新分類,編次成《黃帝內經太素》三十卷。此書雖然早於王冰,但流傳不廣,對於後世的影響較小,在宋朝時已經失傳。  《隋書·經籍志》中記載有黃帝素問九卷,樑八卷;黃帝針經九卷。這個版本應該就是全元起及楊上善所採用的底本,其中有許多重複及錯誤難解的地方,因此並沒有吸引很多醫家對它進行深入研究,在王冰本出現之後,就被取代了。  對後世影響最大的內經版本,首推唐代王冰註釋的《黃帝內經素問》。王冰深入研究《素問》,對當時通行的版本提出批評並決心進行整理,耗時十二年,在唐朝寶應年間完成出版。王冰以其師的「張公祕本」作為藍本,補入原本失傳的七卷,並參校其它流傳版本的《素問》加以整理、註釋、編排次序,完成二十四卷的鉅著。王冰將原來的內容用黑筆來寫,他加上的註釋用紅筆來寫,以區分原文與註釋之別。但在後來百年的傳抄之下,紅字又被寫成黑色,何處為王冰註釋,又難以區分了。王冰補入第七卷的七篇大論-《天元紀大論》、《五執行大論》、《五常政大論》、《六微旨大論》、《六元正紀大論》、《氣交變大論》、《至真要大論》是運氣學說的主要依據。  王冰版的素問,後經北宋林億等重新校著後,稱為《重廣補註黃帝內經素問》(又稱《新校正》本),成為最完整的《素問》善本,也是官方考試的依據。現今流傳的《黃帝內經》就是這個版本,金元明清的醫家,註解內經時,也都採用這個版本。  內經“刺法論篇第七十二”和“本病論篇第七十三”兩篇,在王冰註釋時已經失傳。北宋林億校正《素問》時,曾提及當時有《素問亡篇》的流傳,劉溫舒《素問入式運氣論奧》中附有此兩篇原文,署為《素問遺篇》。後世大多認為出自唐宋間人偽託。

  《黃帝內經》共十八卷,《素問》、《靈樞》各有九卷、八十一篇。內容包括攝生、陰陽、髒象、經絡和論治之道。其成書年代一向有爭議,大約是西漢以後的作品。成書時間一般有三種流傳說法:

  黃帝內經整理先人積累的豐富的醫療經驗,昇華為理性認識,形成系統的醫學理論,並且進一步駕御醫療實踐,建立了中醫學臨床規範,成為中國傳統科學中探討生命規律及其醫學應用的系統學問。  2010年中國向「世界記憶亞太地區名錄評審委員會」提案據認公元1339年木板印刷,由胡氏古林書堂印刷出版,為當今世界上儲存最早、最完好的版本。世界記憶亞太地區名錄評審委員會通過將這部文獻列入《世界記憶亞太地區名錄》。  它為中醫學理論體系的建立打好了結構框架,奠定了中醫學發展的基礎,所以中醫亦稱為「岐黃之術」。《黃帝內經》提到:「聖人不治已病,治未病;不治已亂,治未亂。」這已經是預防醫學的理想。  黃帝內經影響了其後的中醫經典。如,東漢張仲景的《傷寒雜病論》、唐朝孫思邈的《千金要方》等。
《黃帝內經》為現存最早的傳統中華醫學著作,對於後世中醫學的理論與實務有深遠影響。此書相傳是黃帝與岐伯、雷公、伯高、俞跗、少師、鬼臾區、少俞等多位大臣討論醫學的記述,在四庫全書中列入子部醫家類。