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  波斯尼亞和黑塞哥維納歷史起源甚早,自新石器時代就有人類居住。  舊石器時代,波斯尼亞有東南歐最古老的紀念碑,可追溯至前12000年,位於斯托拉茨巴丹吉洞穴(Badanj Cave)。

  青銅時代晚期,被伊利里亞人的部落取代。  公元前8世紀,伊利里亞人部落演變成王國,最早的是恩切爾(Enchele)。公元前7世紀,當地開始從青銅時代進入鐵器時代,僅珠寶和藝術品仍用青銅製造。在北方的哈爾施塔特文化影響下,形成與之些微不同的地區中心。公元前4世紀,凱爾特人入侵,帶來陶輪技術,以及新式樣的衣釦和青銅條、鐵條。  凱爾特人的遷徙導致許多伊利里亞部落流離失所,部分凱爾特部落和伊利里亞部落混合在一起。  伊利里亞人和文化在該地區並未完全消失,一些文化元素儲存至今,如風俗、人名、地名、音樂、藝術等。  凱爾特人的最終目標是希臘,而該地只是前往希臘的必經之路,因此凱爾特人對該地的影響是微不足道的。

  前229年,伊利里亞人和古羅馬人發生衝突。前168年,伊利里亞人的領土成為羅馬帝國的伊利里亞行省。  9年,該地區完全歸於羅馬統治之下,結束持續3年的伊利里亞人叛亂。10年,薩瓦河南岸、波斯尼亞的北部成為潘諾尼亞行省的一部分,而剩下的波斯尼亞、黑塞哥維那、黑山、達爾馬提亞和塞爾維亞西部則共同形成達爾馬提亞行省。  在羅馬時代,來自各地的拉丁語人民到該地區定居,羅馬士兵退役後也被鼓勵在該地定居。如布納河邊的布拉加伊就建在羅馬城鎮博納的舊址上。  公元1世紀末之前,基督教已傳入波斯尼亞,大量該時期的文物可以證明這一點。  337年至395年,羅馬分裂,潘諾尼亞行省和達爾馬提亞行省被劃入西羅馬。該地區後來被匈奴人攻佔。  455年,被東哥特人佔領。  6世紀,在東羅馬皇帝查士丁尼一世發動的哥特戰爭中,東哥特人的王國被東羅馬擊敗,現波黑南部地區一度成為東羅馬的一部分。

  6世紀,起源於今天波蘭南部的斯拉夫人與阿瓦爾人結盟,而後於6世紀和7世紀在東南歐開始共同入侵東羅馬,並在薩瓦河和亞德里亞海之間的土地定居。其後更多的南斯拉夫人第二波入侵該地區,據部分學者認為,是東羅馬皇帝赫拉克略請他們來驅逐達爾馬提亞地區的阿瓦爾人。斯拉夫部落入侵的同時也帶來他們的信仰,這些信仰曾和土著居民伊利里亞人信仰的東正教並存。在接下來的幾個世紀內,波斯尼亞以及黑塞哥維納地區多次分屬周圍的各個國家。  620年至630年,來自黑海北部的塞爾維亞人和克羅埃西亞人到達波斯尼亞,應皇帝邀請抵禦阿瓦爾人的入侵。  阿瓦爾人此時已定居在波斯尼亞西部。  9世紀初,波斯尼亞北部被加洛林法蘭克佔領。870年後,塞爾維亞吞併波斯尼亞。900年初,克羅埃西亞接管法蘭克人所佔的波斯尼亞領土。997年,保加利亞宣稱對波斯尼亞部分地區的主權。1018年,東羅馬吞併保加利亞,宣佈對波斯尼亞具有宗主權。1030年,波斯尼亞東北部被交給匈牙利。1102年,克羅埃西亞與匈牙利共主,匈牙利對波斯尼亞的統治開始瓦解。1137年,匈牙利吞併大部分波斯尼亞地區。  1150年,波斯尼亞與匈牙利一同對抗貝爾格萊德的東羅馬人。1167年,東羅馬佔領波斯尼亞的全部領土。1180年,曼努埃爾一世去世,波斯尼亞完全獨立。  1225年,教皇呼籲匈牙利對波斯尼亞的異教徒進行十字軍。1235年,匈牙利開始入侵。1241年,受到韃靼人的威脅,匈牙利撤軍。1322年,Šubić和Kotromanić家族之間的權力鬥爭結束。1353年,Kotromanić家族的斯蒂芬二世(Stjepan II)去世。1367年,與貴族的長期鬥爭之後,侄子特弗爾特科完全控制波斯尼亞。

  1377年10月26日,特弗爾特科·科特羅曼尼奇加冕,波斯尼亞王國建立。1391年,科特羅曼尼奇逝世後,波斯尼亞進入一個漫長的衰落期。1463年6月5日,奧斯曼帝國入侵,波斯尼亞被併吞。

  奧斯曼帝國的佔領標誌著波斯尼亞的歷史進入新的時期,它給該地區的政治和人文景觀帶來巨大變化。奧斯曼帝國佔領波斯尼亞後允許其以奧斯曼帝國單一省份的身份保留波斯尼亞以前的地位,並且該省使用波斯尼亞這個地名,還享有奧斯曼帝國吞併而來的波斯尼亞領土形成的完整版圖,這在奧斯曼帝國佔領的巴爾幹國家中可是特例。  在奧斯曼帝國統治時期,以武力、宗教人頭稅等方式迫害當地塞爾維亞人和克羅埃西亞人。並規定,凡是穆斯林,可進入上層社會;農民如改信伊斯蘭教,可免交某些捐稅。過去的學者認為,在現今波斯尼亞和黑塞哥維那境內的穆斯林大多是由於這種政策所造成的。然而近年來的研究則認為波斯尼亞人改宗伊斯蘭教多數並非被迫。  <nowiki>奧斯曼帝國還強迫佔領區兒童從小脫離父母和家庭,進行集中教育和培養,使之成為近衛軍的一種兵源,迫使塞爾維亞人和克羅埃西亞人後代土耳其化。
波斯尼亞和黑塞哥維納歷史是介紹東南歐波斯尼亞和黑塞哥維納的歷史