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  蛋白質組的體量大於基因組,這種差距在真核生物中表現得更為明顯。因為很多mRNA在轉錄完成以後,會經歷RNA剪接(RNA splicing)的階段。同一條mRNA經由不同的方式的剪接,會形成不同的成熟RNA產物(即剪下變體,splice variant)。此外,大部分蛋白質在翻譯階段結束後,會經歷翻譯後修飾(蛋白質特定殘基被修飾,如磷酸化、糖基化等)。截至2014年,在人類蛋白質組中共發現92179種蛋白質,其中71173個是剪接變體。另一方面,並不是所有的基因最終都會生成蛋白質,許多已知的基因編碼的最終產物是RNA。  生物體的蛋白質組大小和該生物所處的分類有關聯。2016年釋出的一項研究顯示,真核生物,細菌,古菌,和病毒的蛋白質組的平均體量分別為15145、3200、2358和42種蛋白質。

  和蛋白質組有關的研究,稱作蛋白質組學,最常用在從粹取物中分離蛋白質的方法是二維電泳(2-D Electrophoresis),二維電泳的第一維過程中,蛋白質依其等電點的不同被分離開來,第二維的過程是用十二烷基硫酸鈉聚丙烯醯胺凝膠電泳將蛋白質依分子量的不同加以分離,電泳結束後可將膠片以銀染或考馬斯亮藍染色法的方式染色,讓蛋白質顯現出來。
蛋白質組(也稱蛋白質體,proteome),是一個細胞、組織或生物體內所有由基因組所表達的蛋白質的集合。該詞最早由馬克·威爾金斯(Marc Wilkins)和基思·威廉姆斯(Keith Williams)於1994年提出,並於1995年7月在期刊《電泳》(Electrophoresis)上發表。研究蛋白質組的學科就是蛋白質組學。