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  第一圈賽事中,12 隊會以主客兩迴圈形式進行淘汰,勝方可晉身第二圈。"球隊 1" 會於次回合主場出戰。

  第二圈賽事以主客兩迴圈小組賽形式進行。每組首兩名晉級十六強。

  

  16 隊晉身到淘汰賽球隊會根據他們於第二圈成績來進行種子排名。各小組首名球佇列為第 1–8 號種子,各小組最佳次名球佇列為第 9–16 號種子。

  十六強首回合於5月5日開始,次回合於5月21日結束。"球隊 1" 為排名較高的種子隊,會於次回合主場出戰。

  半準決賽首回合於5月27日開始,次回合於6月18日結束。"球隊 1" 為排名較高的種子隊,會於次回合主場出戰。

  準決賽首回合於6月24日開始,次回合於7月2日結束。"球隊 1" 為排名較高的種子隊,會於次回合主場出戰。
2009年南美自由杯是第 50 屆南美自由杯,為南美洲最頂級的足球球會賽事,由南美洲足球協會主辦。