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  有幾集特別有名因為請來了知名的科幻文學作者來撰寫劇本:

  基於各式各樣的理由(大多是法律上的,像是使用了尼文自己作品的一些概念),派拉蒙影業不把動畫版的內容加入星艦奇航記時空的正史裡頭。根據報導,吉恩·羅登貝瑞在過世前一再地要求這個影集不要加入正史裡。不過關於動畫版為何從正史中移除的正式宣告卻從來沒發出過。劇本作者和其他製作小組成員偶爾會偷偷地把動畫版裡的資料加進其他真人演出的影集裡。最近的《進取號》影集裡的兩集,「狹路」("英語:The Catwalk")和「鍛造廠」("英語:The Forge")裡就包含了參考到「過去的歲月」的資料。  派拉蒙將動畫版從正史中移除這件事在星艦迷社群間一直是頗具爭議性的。認為這個系列影集應該包括在正史裡面的論點認為,許多集的劇本是由《星際爭霸戰》的老手撰寫的(有人相信至少有一些故事原本是要用在《星際爭霸戰》裡的)。正式的說法裡,「過去的歲月」這一集可以視為特別的例外,因為它提供了關於史巴克這個角色,以及瓦肯文化很有價值的背景資訊。  動畫版播出的最後一集,「逆時鐘事件」("英語:The Counter-Clock Incident"),揭示了星艦企業號英語:NCC-1701的第一位艦長是羅伯特·艾波(英語:Robert April),然而這一集並未列入正史之中。這一個星艦歷史的重要片段一直都是處於非官方說法的狀態,除非將來的真人演出電視系列劇或是電影有正式提到這一點。  小說自由地採用了動畫版中的概念:艾力克斯和穆瑞絲上尉在《》("英語:Star Trek: New Frontier")成為主角,而在「"英語:Jihad"」這一集中出現的一個種族則為《星際艦隊工兵團》("英語:Starfleet Corps of Engineers")這本電子書小說提供了一個主要角色——「英語:P8-Blue」。  參見:星艦奇航記動畫版章節列表。

  2004年6月,一些網站報導說,派拉蒙計劃將在2005年於北美髮行動畫版的英語:DVD。這些報導言之過早,因為派拉蒙計劃的是專心發行《進取號》的英語:DVD。根據一項2005年2月的報導,派拉蒙在審視是否能於2006年發行動畫版的英語:DVD,這樣的話,這將會是最後一部發行英語:DVD的星艦奇航記影集。
《星艦奇航記:動畫版》是一部發生在《星艦奇航記》時空的科幻動畫電視系列劇。當初它在美國播映的時候叫做英語:Star Trek,不過它在西方普遍被稱為英語:Star Trek: The Animated Series(星艦奇航記:動畫系列,縮寫為英語:ST:TAS或英語:TAS)這個較長的名字,以和最初的真人演出的《星際爭霸戰》作為區別。有時候(例如在官網上)它也被叫做「動畫歷險」("英語:The Animated Adventures")。