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  孢子生出嫩芽形成芽管,芽管逐漸延長呈絲狀,稱為菌絲。菌絲的平均直徑為4-6微米。一個菌絲包含一個或多個由管狀細胞壁包圍的細胞。菌絲細胞壁的主要成分主要是多糖,可佔細胞乾重的80%-90%,其次是蛋白質和脂質。其多糖成分含有:β-(1,3)-葡聚糖、甘露醇、幾丁質等。某些真菌菌絲在一定的間距可形成橫隔,菌絲可以通過許多不同的方式進行分化以提供特定的功能。稱為隔膜()。隔膜通常都會有一些足夠讓核糖體、線粒體和細胞核穿過的孔隙。有些菌絲存在有隔菌絲;有些菌絲存在無隔菌絲,即代表著它們並沒有被隔膜分隔。菌絲可以生長出許多分枝,交織成團形成為菌絲體()。一般來說,每個菌絲體都是可以獨立維持生命的單位,即使菌絲分離,其一部分也能繼續生長。

  菌絲的生長有獨特的方法,它可以通過環境刺激來控制,例如利用電場來刺激菌絲。菌絲亦可以感受到一定範圍內的生殖單位,並朝向它們成長。菌絲亦可以穿透一些滲透面。對在瓊脂培養基等均勻的基質上,各個方向的初始菌絲生長均勻,但逐漸傾向於從中心朝向外部。菌絲的生長隨溫度的不同有著很大的變化。菌絲可以通過許多不同的方式進行修飾以提供特定的功能。

  

  菌絲形態的多樣性可作為真菌鑑別和分類的依據。球拍狀;結節狀;螺旋狀;鹿角狀;破梳狀;關節狀

  如果它們的高折射率使其在顯微鏡下呈現油性或顆粒狀外觀,則菌絲被描述為“gloeoplerous”(“gloeohyphae”)。這些細胞可能是淡黃色或透明的。它們有時可以選擇性地用磺胺苄或其他試劑著色。被稱為的特殊細胞也可以是gloeoplerous的。
菌絲(英語:hypha pl: hyphae)是絲狀真菌()或稱黴菌()中的一種長、支鏈絲狀結構,它是大多數真菌的結構單位,而部分原核生物如放線菌同樣存在菌絲。在大多數真菌中,菌絲是營養生長的主要模式。酵母是單細胞真菌不成長為菌絲。