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  在整個南斯拉夫瓦解的過程當中,科索沃是首先發難的一方。1981年,鐵托去世一年後,科索沃首先爆發了大規模的暴動。而科索沃阿爾巴尼亞人與塞爾維亞人的衝突,導致塞爾維亞政府在1989年頒佈的新憲法,剝奪科索沃的自治權。在南斯拉夫社會主義聯邦共和國當中,科索沃首先於1990年宣佈獨立。但是在其他共和國爆發內戰的期間,科索沃卻沒有爆發戰鬥。一直要到1995年岱頓協定之後,科索沃解放軍才開始以武力爭取獨立,並因為屠殺當地塞族人被美國國務院宣佈為“恐怖主義組織”。

  在1997年至1999年的科索沃戰爭中,數百至千名來自中東與世界各地的聖戰者加入阿爾巴尼亞人主導的科索沃解放軍(KLA)武裝部隊,與塞爾維亞中央政府和馬其頓部隊作戰,其中與通曉阿拉伯語的阿爾巴尼亞人KLA領導者建立了自己的單位,其參與最大者即為聖醜作戰(英語:Battle of Koshare)。在戰後大多數的聖戰者回到其原鄉,但也有少部分成為科索沃與馬其頓的公民。  1998年,塞爾維亞領導人米洛塞維奇決定要鎮壓科索沃阿裔的獨立運動,導致十萬阿裔流離失所,引發國際關注。因而使得1999年北大西洋公約組織以人道為理由發動武力干涉。在對塞爾維亞進行了近80天的轟炸攻擊行動後,米洛塞維奇最終被迫於簽訂和約,將科索沃交由國際託管。6月10日,依據和約,設立「聯合國科索沃臨時行政當局特派團(United Nations Interim Administration Mission in Ko-sovo, UNMIK)」,南斯拉夫軍隊(塞爾維亞語:Vojska Jugoslavije, VJ)需於兩日內撤離。12日,原先由北約所領導的(英語:KFOR)進駐,轉由UNMIK管理。  有必要澄清的是,所謂的科索沃戰爭,通常實際上指的都是1999年3月24日到6月10日間,北大西洋公約組織對塞爾維亞進行的轟炸攻擊行動。也就是說,科索沃戰爭本身並不是一場單純的內戰,更不是民族主義戰爭。但是,科索沃戰爭也解決了1995年到1999年之間科索沃解放軍與南斯拉夫聯盟(現塞爾維亞共和國)之間的軍事衝突,使科索沃戰爭至少暫時告一段落。雖然戰後南斯拉夫聯盟失去了科索沃的實質管轄權,後來科索沃在2008年也實際上獨立,但是()即KLA也被迫解除所有武裝,其後部分併入UNMIK的科索沃保護部隊()。

  2000年,科索沃解放軍解散後,其部分人員攜帶武器進入馬其頓,在馬其頓成立阿爾巴尼亞的民族解放軍(National Liberation Army, Macedonia,簡稱NLA),在2001年2月控制了馬其頓阿裔居住區。同年8月13日達成停火協議,稱為「奧赫裡德和平框架協議(Ohrid Framework Agreement)」。

  雖然幾乎所有KLA人員都提倡和支援大阿爾巴尼亞民族主義概念,但當中部分KLA人員對科索沃未來去向立場不盡相同,特別在科索沃內戰完結後數年這種情況更是顯而易見,直至科索沃於2008年2月17日正式宣佈獨立為止。一些KLA人員認為科索沃地區一直以來(就算後來南斯拉夫統治科索沃地區該區也是阿爾巴尼亞人佔大多數)都聚居了大量阿爾巴尼亞人,而且與鄰國阿爾巴尼亞的歷史文化以至宗教幾乎相同。科索沃併入阿爾巴尼亞領土一部分是必須的和合情合理的,因為阿爾巴尼亞是聯合國成員國,加上阿爾巴尼亞歷史上從來不屬於南斯拉夫的一部分,他們認為這能夠完全消滅塞爾維亞軍隊入侵科索沃地區的藉口和理由;而另一些KLA人員則認為科索沃地區成為一個脫離塞爾維亞的主權國家(即科索沃共和國)是最能夠迫使塞爾維亞停止入侵科索沃的辦法,因為一旦科索沃成為一個完全獨立國家,塞爾維亞中央政府的「面子將會盡失」,自然也不敢大肆向科索沃對戰了。
科索沃解放軍(,縮寫為),是一支在1996年到1999年之間活躍於科索沃戰爭,爭取以科索沃獨立於南斯拉夫聯盟共和國為目標,並且與塞爾維亞共和國政府互相對抗的阿爾巴尼亞裔武裝部隊。而當中有很多KLA的領導人和成員極力提倡和支援大阿爾巴尼亞民族主義概念,他們認為要以武力手段捍衛阿爾巴尼亞人在科索沃的各種權益,是因為塞爾維亞政府(當時為南聯盟和塞黑政府)故意把在科索沃居住的阿爾巴尼亞人加以屠殺和迫害、消滅屬於阿爾巴尼亞人的古蹟、以武力手段阻止科索沃獨立,以及故意詆譭阿爾巴尼亞的傳統文化和宗教信仰而致的。