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  明孝陵選址在紫金山獨龍阜玩珠峰,洪武十四年(1381年)動工,於洪武十六年完成了陵墓的享殿等主體工程,先後呼叫軍工10萬,至永樂三年(1405年)建成,歷時25年。其總體佈局分兩部分:一是神道,二是陵宮,即享殿、寶城等陵寢主體建築。陵園縱深2.62公里,當年圍繞的紅牆周長四十五里,闢大金門、王門、西紅門、後紅門、東西黑門。  明孝陵地面木結構建築大多毀於1853年清軍與太平天國之戰,現僅存下馬坊、禁約碑、大金門、石像生、碑亭、文武方門、享殿門臺基、享殿臺基、內紅門、方城明樓及寶城牆體等磚石建築。明孝陵佈局巨集雄,規制嚴謹,影響了明清兩代的皇陵建築。

  謁陵路線起自南京皇城之東的朝陽門(中山門),至衛崗有下馬坊,下馬坊內即為明孝陵的神道。不呈直線,而是環繞建有三國時代孫權陵墓的梅花山形成一個彎曲的形狀。由下馬坊至文武方門的神道長達2400米。沿神道依次有:下馬坊、禁約碑、大金門、神功聖德碑碑亭、御橋、石像路、石望柱、武將、文臣、櫺星門。

  下馬坊即孝陵神道入口,坐西朝東,為一座二間柱頭沖天式石牌坊,額枋上刻「諸司官員下馬」六個楷書大字,謁陵的文武官員,到此必須下馬步行。坊前有嘉靖十年所立石碑,上有明世宗手書“神烈山”三字,旁有明思宗崇禎十四年所立臥碑,上書孝陵禁約。

  大金門在下馬坊西北數百步,規制同北京明十三陵大紅門,為朝祭所經之門,黃瓦重簷歇山頂(屋頂現已無存),門三道。面闊26.66米,殘高4.91米。大金門之西為王門,再西為西紅門,為官員謁陵及守陵、修繕人員出入之門。

  神功聖德碑亭建於明永樂十一年(1413年),建築平面為正方形,故俗稱「四方城」,內建明成祖朱棣為其父朱元璋所立的「大明孝陵神功聖德碑」,碑高6.7米,贔屓高2.08米。

  位於神功聖德碑亭之北,過五孔御河橋,列石像生十二對,自前向後依次為坐獅、立獅、坐獬豸、立獬豸、臥駝、立駝、臥象、立象、坐麒麟、立麒麟、臥馬、立馬。石獸之後又有望柱一對、武臣二對、文臣二對。再向北為櫺星門,為三間兩垣式牌樓門,現僅存柱礎。

  過櫺星門折向東北,便進入陵園的主體部分。這條正對獨龍阜的南北軸線上依次有金水橋、文武方門、孝陵門、孝陵殿、內紅門、方城明樓、寶頂等建築。

  又稱文武方門,黃瓦單簷廡殿頂,中門三道,為拱券頂門;左右掖門各一,為平頂過樑門。毀於太平天國時期,現修復。

  相當於明十三陵各陵的祾恩門。一層須彌座式臺基,東西寬40米,南北深14.6米。清代改為三開間碑殿,並豎立了五座高大的石碑,至今遊客們還能見到其中的三尊。正中有一塊大石碑,下有馱碑龜趺。其馱碑龜趺與眾不同,脖子出奇地短。清朝康熙皇帝一生中六次南巡,五次拜謁明孝陵,行跪九叩大禮。石碑上書「治隆唐宋」四個金字,是康熙第三次南巡時(1699年)親筆題書,並由曹雪芹的祖父、當時的「江南織造」郎中曹寅立碑。碑高3.85米,寬1.42米,厚度0.38米。「治隆唐宋」的意思是頌揚明太祖治國方略超過了唐太宗李世民和宋太祖趙匡胤。「治隆唐宋」御碑在太平天國戰爭時被毀,後由曾國藩扶起粘合,至今碑身上還看得到一道補過的裂痕。原本人們可以從石碑左右二邊繞過,而在1980年代以後,整個石碑左右都被水泥所固定,一直到屋頂;所以現在要先從御碑殿出來,才可以看到龜趺的後面。  「治隆唐宋」碑東西有臥碑兩塊,東邊一塊刻載康熙第一次謁陵紀事,西邊一塊刻記康熙帝第三次謁陵情形。

  十一間五進,門匾曰“孝陵殿”。有白石殿陛三重,現存大柱礎56個。殿內外墁紅黃堊土,殿柱為楠木大柱,並曾有塗金雕龍,中為明太祖及孝慈高皇后神主,殿後為六部。明太宗時所獲石龜亦藏於享殿內。由於明朝屢興大工,大木料逐漸稀缺,因此至萬曆年間明孝陵享殿經多次維修,已有多根殿柱採用包嵌法,而非整根木料。  孝陵享殿在清初遭受破壞,但主體結構尚儲存完好。至咸豐三年(1853年)毀於太平天國兵火。同治四年(1865年)、同治十二年(1873年)曾於原址建小殿三間,光緒二十八年(1902年)兩江總督劉坤一再次監督重修。  享殿前東西兩廡原有配殿各十五間,進深三間。1999-2000年南京市文物研究所對東配殿考古發掘,實測南北寬66.84米,進深7.3米。東配殿之南有宰牲亭五間,西配殿之南有具服殿五間,院內有東西井亭。

  在享殿之北,規制類似於陵宮門,有拱門三券。

  在內紅門以北約200米,明樓前有山澗一道,跨澗建大石橋一道,名“昇仙橋”。明樓為長方形城堡式建築,以石條壘成,下為須彌座,通高16.25米,正中闢一門券,高3.86米。門券內為斜坡隧道,有石階54級,入寶城之內為一小院(相當於後來明清皇陵的“月牙城”或“啞巴院”),迎面為十三道石條砌成的擋土牆,牆後即為寶頂封土。院內有礓磋上達明樓。明樓為磚砌,東西闊39.25米,南北深18.4米,黃琉璃瓦重簷歇山頂,外塗紅堊,內塗黃堊。南面闢券門三,東西北各闢券門一。

  方城明樓的後面是朱元璋及皇后馬氏合葬的地宮,稱「寶城」。寶城厚實堅固,依山勢高低起伏,下砌巨石,上用明磚壘築,厚約1米;在南邊石壁上刻有「此山明太祖之墓」七個大字。明太祖玄宮開鑿於玩珠峰山體之內,再填以卵石、黃土修築成近似圓形,直徑約400米。上植樹木。1998年南京市文物研究所和江蘇省地震工程研究院曾經使用無破壞性精密磁測技術(GPM)對寶城進行探測,發現玄宮入口隧道位於明樓東側,向西北轉至寶城中心,長度約120米;明樓之北約100米處發現玄宮跡象,其範圍南北90米、東西50米。

  明孝陵所在的紫金山在明代被劃為禁區,禁止樵採,設孝陵衛。孝陵附近有懿文太子東陵,山北有功臣陪葬墓。此外明太祖下令在紫金山之陽設漆園、棕園、桐園,以備四時之需。明孝陵在明朝時曾種植松樹十萬株,放養懸掛銀牌的長生鹿千頭。

  在朝陽門外,孝陵之南。設於洪武三十一年六月十六日,為親軍衛指揮使司,聽南京中軍都督府節制。設指揮使一人,指揮同知二人,指揮僉事四人,鎮撫司鎮撫二人,掌印一人,僉書二人。有士卒五千六百名,分為五個千戶所,每所設正千戶一員,副千戶二員,下轄十個百戶所。並設衛學,有教授一人、訓導一人。至萬曆年間,孝陵衛僅存一千八百餘人。後來逐漸演變為普通村莊,現為普通街區,附近有南京地鐵孝陵衛站。

  洪武二十五年建,其址過去有過爭議,一說在梅花山之西,一說在孝陵東。現在經過考古發掘的遺蹟在孝陵東約60米處,作為明東陵原址陳列。

  明初功臣賜陪葬者,皆葬於鐘山之陰,計有:

  

  孝陵興建於洪武初年。洪武九年遷玩珠峰寶公塔,洪武十四年遷靈谷寺。陵寢修建工程從洪武十四年開始,總其工者為中軍都督府僉事李新,後因營建孝陵之功封崇山侯。洪武十五年九月,葬入孝慈皇后,並命名為“孝陵”,洪武十六年五月完成了享殿等工程,先後呼叫軍工十萬。洪武三十一年葬入明太祖。永樂元年為制孝陵神功聖德碑而開採陽山碑材。至永樂三年(1405年)建成,歷時二十五年。  建文初年,定孝陵每年元旦、孟冬、明太祖誕辰、明太祖及孝慈高皇后忌辰時酒果行香;清明、中元、冬至以太牢致祭,是為“五小祭、三大祭”。平時每日進二膳。祭祀由孝陵祠祭署專司其事,南京太常寺主管。主祀者為世襲魏國公。  孝陵歲時祭祀,由寧國府、和州、西安府等地等向犧牲所進獻牛犢、北羊、山羊、豬、鹿、兔;南京太常寺支付降香、速香、馬牙香、黃蠟等物;上元縣、江寧縣納蠟燭、香油、果、椒、筍、糖、粉等物;籍田祠祭署支付面、醬、醋等物;南京光祿寺造酒。又定南京光祿寺孝陵四時薦新之物:  南京戶部及應天府每年付孝陵神宮監白熟粳米六十石、準糙粳米六十六石、糙粳米五百石、芝麻五十石、黃豆三百石、綠豆五十石、稻米四十石、稻穀六百石、小麥六十石、細稻草一萬包、白鹽三千斤。北京皇宮太監有罪者,發孝陵種菜,稱“淨軍”。  明制,親王之國過南京,官員以公事入城,必須謁陵。過陵犯禁及失禮者各有懲處。大明律規定謀毀山陵者以大逆罪論處,共謀不分首從皆凌遲,祖父、父、子、孫、兄、弟之子年十六歲上皆斬,幼子母女妻妾皆入官為奴。盜大祀神御用祭器、帷帳、玉帛、牲牢、饌具等,為大不敬,犯者斬。兩者均屬不赦之“十惡”。盜陵園樹木者,杖、徒並用,罪重者斬。陵園外牆二十里以內取土、取石、開窯燒造、放火燒山、盜殺園鹿等,各治其罪,或杖責,或枷號,或發邊遠充軍。擅入陵門者杖一百。  崇禎十四年(1641年)四月,明思宗因孝陵周圍開窯、取石者甚多,下令禮部右侍郎蔣德璟赴南京、鳳陽、泗州等地檢視皇陵,又令成國公朱純臣、新樂侯劉文炳、禮部尚書林欲楫三人赴南京,在下馬坊旁邊立“孝陵禁約碑”,重申陵禁。然而明思宗又令朱純臣“大金門王道等處有枯槁樹木,或雷火傷損,枯木即行移運”。翌年朱純臣至南京,與王應華盡伐孝陵內枯木,木枯數百年者皆出為薪,發其根,下深數丈。孝陵枯木沿街賤售,南京有“皇帝伐賣祖宗墳樹”之譏,而兩年後明思宗即自縊。

  順治二年清滅南明後,豫親王多鐸曾下令設孝陵守陵太監二員,陵戶四十名,撥給司香田地五百畝,命靈谷寺僧修理。但此後南京土著紛紛盜伐孝陵樹木。明朝神宮監監戶散亡,原孝陵衛士兵多以陵園為畜牧種菜之所。  康熙三十八年曾在明孝陵立“治隆唐宋”碑,並命令江寧織造曹寅監修明陵。雍正七年命江寧有司防護明太祖陵。乾隆十六年革孝陵司香太監,留陵戶看守。嘉慶三年五月詔修明孝陵。  咸豐三年太平天國攻打江寧,戰火幾乎讓明孝陵地表建築毀於一旦,神功聖德碑亭、享殿門、享殿、配殿、明樓屋頂全部焚燬,牆垣多有垮塌,康熙手書的御碑也倒地破碎。  同治三年(1864年)九月,曾國藩奉詔祭陵,準備著手修復明孝陵。曾國藩派員勘估,並編訂《金陵善後局估勘興修孝陵工料數目名冊》。修復專案包括享殿、碑亭、櫺星門、石橋、明代御製碑等,享殿木料用杉木。經估算,明孝陵維修工程,包括木料、磚瓦、石料及工費等,共需白銀十二萬兩。但是清朝財政拮据,結果最後只是在同治十二年建守陵房屋三間,修補圍牆,安設柵欄,並做了一些小維修,共享工料費湘平銀七百四十兩五錢四分。

  2006年,中山陵園管理局委託東南大學對明樓進行監測,結果發現明樓磚牆因為雨水侵蝕,牆體飾面剝落、磚塊間黏合劑外溢呈乳膠狀。2007年,中山陵園管理局宣佈復建明孝陵明樓。2008年2月國家文物局批准了此計劃,6月15日開工建設,2009年7月3日完工。

  明清時民間相傳,朱元璋出殯的時候,同時有相同的棺木從南京各個城門出去,以迷惑盜墓者,又傳真身葬朝天宮。
明孝陵是明代開國皇帝朱元璋和皇后馬氏的合葬陵墓。因皇后諡「孝慈」,故名孝陵。作為中國明陵之首的明孝陵壯觀巨集偉,代表了明初建築和石刻藝術的最高成就,影響了明清兩代500多年帝王陵寢的形制。依歷史程序分佈於北京、湖北、遼寧、河北等地的明清皇家陵寢,均按南京明孝陵的規制和模式營建。坐落在南京紫金山獨龍阜玩珠峰下,東毗中山陵,南臨梅花山。