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  儘管林奈當時對生物分類只是為了方便鑑別,現在人們已經廣泛贊同分類應反映出達爾文關於共同祖先的原則。  隨著1960年代支序分類(cladistics),或稱分支學說(cladism)的出現,一個分類單元被定位在演化樹的某個位置。如果一個分類單元包括且僅包括某一個共同祖先的所有後代,稱其為單系群(monophyly);相對應的,若該單元包括其共同祖先,但未包括其所有後代,則稱之為並系群(paraphyly);若該分類不包括其最近共同祖先,則稱之為復系群(polyphyly)。根據分支學說,一個自然分類應該是單系群而非並系或復系。  目前正在計劃一種新的命名法,稱做「PhyloCode」,用來處理演化支(clade)而非分類單元(拉丁文taxon,複數taxa)。現在仍不清楚,這種新的命名法能否和其它的命名法則並存。  傳統的分類受到林奈的兩界說影響甚深。即把生物一律分為動物和植物,又以王國(界)來稱呼這兩大分類,可在二十世紀對於微生物和真菌的研究,便被發現其不適用。第一次突破兩界說是1925年厄多爾德雀頓以「王國(界)之上是帝國(域)」,借用政治和歷史上的概念,創立「域」的最大分類單位,依照所有生物細胞的有無核,將之分為真核生物和原核生物兩界。但本分類標準當時來說太過前衛了所以影響不大。  比較新的分類法中,域或稱總界是最高的單元。三域系統最初被創立於1990年,此後逐漸被學界承認。目前,大多數學者已經接受這個系統,但仍有一些學者遵循五界系統。三域系統的基本特徵是將原本在細菌界(或稱原核生物界(Monera))中的古細菌和真細菌獨立成細菌域(Bacteria)和古菌域(Archaea)。還有一些學者將古細菌列為第六個界但不接受三域系統。

  最早已知的對生命形式的分類系統由希臘哲學家亞里士多德所建立。他將動物根據運動方式(空中,陸上或水中)分類。1172年塞維利亞的法官伊本·路世德(ibn Rushd,即阿維羅伊Averroes)將亞里士多德的《論靈魂》(拉丁文"de Anima")翻譯成阿拉伯文並刪節。其原始註解已佚,但由斯考特(Michael Scot)翻譯的拉丁文版本仍流傳。  在中國,明代李時珍(約1518–1593)在藥典《本草綱目》中,將生物藥材分為草部、谷部、菜部、果部、木部、虫部、鱗部、介部、禽部、獸部和人部。瑞士教授康拉德·格斯納(Conrad Gesner, 1516–1565)將當時已知的生物進行了分析性的歸納。  新大陸的發現為歐洲帶來了很多新奇的動物種類的描述和標本。在16世紀晚期和17世紀早期,人們開始對動物進行了詳細描述,先是人們熟悉的種類,隨後逐漸擴充套件,直到形成了基於解剖學基礎的足夠大的知識體系。這些解剖學知識主要來源於醫學解剖學家,隨後昆蟲學家和最初的顯微鏡學者將分類的範圍進一步擴大。

  卡爾·林奈(Carolus Linnaeus, 1707–1778)的鉅著《自然系統》(拉丁文"Systema Naturae")在其一生中被改編過12次(1735年第一版)。在此書中,自然界被劃分為三個界:礦物、植物和動物。林奈用了四個分類等級:綱、目、屬和種。  林奈所建立了用於命名所有物種的學名的方法,並沿用至今。在林奈之前,命名一個物種需要很長的包括許多單詞的名稱,其中包括了對物種的描述,並且這些名稱不固定。林奈將物種名稱統一成兩個單詞的拉丁文名稱,即學名,由此分開了命名法和分類法。這種生物命名的方法稱作雙名法,具體命名辦法和書寫規則參見雙名法條目。  目前,命名法由命名法規(Nomenclature Codes)所管理。命名包括了不同等級的分類單元的名稱。  儘管在漢語中,各物種及分類單元有對應的漢語名稱,但在學術上為了方便交流和避免一物多名或一名多物的問題發生,所有國家仍通用拉丁語的命名法,物種的學名也專指雙名法的名稱。拉丁語的好處在於,它基本已經是一種“死語”,不再用作口語,因此相對穩定。

  常見的五種細胞生物(果蠅、人、豌豆、釀酒酵母和大腸桿菌)的名稱和分類如下:  注:

  

  以下的分類級別可用於綱之下、目之下、或科之下。此種分類常見於分類階層尚不夠明確的生物,例如恐龍。這些分類級別也常被直接以「演化支」(clade)通稱,以描述其確切分類位置的未定性。

  在屬以上級別的分類單元的學名通常由模式屬的詞幹加上一個標準的字尾所構成。字尾的選擇取決於分類單元傳統上所在的大類別,如下表所示:  注意:
生物分類法(英語:Taxonomy),又稱科學分類法,是用生物分類學方法來對生物的物種分組和歸類的辦法。以級別為基礎的系統層次結構中使用的一個固定數量的層次,域、界、門、綱、目、科、屬和種。無級別系統使用任意數量的層次。分類的群體被稱為分類單元。