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  被囊動物與有頭類(包括盲鰻、七鰓鰻和有下頜的脊椎動物)的相關,比較與諸如文昌魚、棘皮動物、半索動物(hemichordates)、異渦蟲(Xenoturbella)或其他無脊椎動物的相關更密切。  包括有被囊動物亞門和脊索動物的支序叫做嗅球類(Olfactores)支序。  被囊動物亞門包括約莫三千個已描述的物種,傳統上分成下列三個綱:  在2011年,一項有關濾食性海鞘及捕食性海鞘的分子支序親緣學研究將這些海鞘物種的rDNA進行排序,確認這些物種間的關係,原深水海鞘綱(Sorberacea)的成員都被併入到海鞘綱的Molgulidae科中。儘管傳統的分類仍然接受,較新的證據認為海鞘綱其實仍然是一個由並系群組成的人造群組。

  有關本分類的化石物種從屬從來都不會沒有爭議:一來這些化石的年代非常久遠,難以儲存;二來化石物種沒有現生種可透過分子生物學手段來分析,並藉以釐清當中爭議。
被囊動物亞門(學名:),舊稱尾索動物亞門(),是脊索動物門的一個亞門。本綱動物脊索和背神經管僅存於幼體尾部,成體退化消失。身體表面披有一層棕褐色植物性纖維質的囊包。全部是海洋動物。常見種類有各種海鞘和住囊蟲,營自由生活或固著生活。有些種類有世代交替現象。