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  多核變形蟲屬擁有多個細胞核, 從最少的兩個到某些罕見個體最多能有幾千個細胞核。移動中的細胞呈圓柱狀,它們擁有一個單一的呈半球形的偽足被稱為副偽足,這些偽足的前端存在著微小的靜止的鞭毛。多核變形蟲食用各種食物,並擁有許多液泡幫助儲存食物,就像矽藻使用沙子來包裹一些食物殘渣一樣。

  在最近幾十年來,多核變形蟲的分類一直受到相當多的關注。  多核變形蟲缺乏線粒體和一些真核細胞的其他細胞器(如過氧化物酶體和高爾基體)。同時,由於沒有鞭毛,多核變形蟲也無法進行有絲分裂。多核變形蟲作為有核細胞卻缺乏其他真核生物所擁有的細胞器,一時間多核變形蟲被認為是真核生物原始的樣子,它們處於細菌和真核生物之間的過渡。1973年,有人提出在沼澤多核變形蟲的祖先在其進化演變之前,真核生物已經開始出現線粒體。在1976年,Jean M. Whatley寫道沼澤多核變形蟲可能是目前最原始的真核生物。因此,多核變形蟲可能是現代真核生物的雛形。而根據共生體學說,共生的內部細菌,可能在後來演變為現代真核細胞的線粒體。這些共生細菌的功能目前仍不清楚,Whatley認為它們可能會提供一個進化的範例,來說明細菌到線粒體這種轉變方式。  在1982年,琳·馬古利斯為缺乏波動足的厭氧變形蟲建立了泥生亞綱,多核變形蟲屬是該綱內的唯一一種屬。之後,湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯加入一些其他無線粒體的原始變形蟲,並建立了變形蟲綱。再之後變線蟲綱與其他缺乏線粒體的生物鞭毛蟲類和微孢子蟲一同又被歸類於新的源真核生物界。  在1988年,多核變形蟲的原始形態又再一次被懷疑,Joe I. Griffin的研究表明沼澤多核變形蟲確實擁有不成熟的基礎鞭毛,它可以進行簡單的有絲分裂,Griffin表明多核變形蟲既不是真核細胞生物的原始形態,也沒有和其他變形蟲類存在很大的不同,它僅僅是一種變形體鞭毛蟲。1995年,反對多核變形蟲屬於原始形態的呼聲越來越高,分子分析表明沼澤多核變形蟲的祖先很可能擁有線粒體。幾年過後,很明顯,所有變形蟲綱的生物都被確認它們的線粒體已經消失。換句話說,多核變形蟲並不是處於早期的原始真核生物,而是已經退化並失去了它們祖先的細胞器的原生生物。  因此,多核變形蟲屬和其他變形蟲綱的生物都被再一次分類到了變形蟲門,與黏菌同屬於變形蟲門下的錐足亞門。源真核生物界的概念已經被徹底廢棄。
多核變形蟲屬(英語:pelomyxa)是變形蟲門的下一種屬,它們有的擁有很多細胞核,並且相對於其他變形蟲,有著巨大的體積,通常它們的直徑在500-800微米,但有些甚至最長能長到5毫米,它們一般生活在渾濁的淡水池塘或緩慢流動的小溪底部,處於厭氧或低氧的條件下。