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  PDB的歷史可以追溯到1971年,當時布魯克黑文國家實驗室的Walter Hamilton決定在Brookhaven建立這個資料庫。1973年Hamilton去世後,Tom Koeztle接管了PDB。1994年1月,以色列魏茨曼科學研究學院的Joel Sussman被任命為PDB負責人。在1998年10月,PDB被移交給了Research Collaboratory for Structural Bioinformatics(RCSB),並與1999年6月移交完畢,新的負責人是羅格斯大學(Rutgers大學)(RCSB成員)的Helen M. Berman。2003年,PDB作為wwPDB的核心,成為了一個國際性組織。同時,wwPDB的其他成員,包括PDBe(歐洲)、RCSB(美國)、PDBj(日本)也為PDB提供了資料積累、處理和釋出的中心。生物磁共振資料庫 於2006年加入。值得一提的是,雖然PDB的資料是由世界各地的科學家提交的,但每條提交的資料都會經過wwPDB工作人員的稽核與註解,並檢驗資料是否合理。PDB及其提供的軟體現在對公眾免費開放。

  PDB資料庫每週更新(UTC+0 星期三)。 同樣,PDB館藏列表也每週更新一次。 截至,現有統計資訊如下:  這些資料表明大多數結構是由X射線衍射確定的,但是現在約10%的結構由蛋白質NMR確定。 當使用X射線衍射時,獲得蛋白質原子座標的近似值,而通過NMR實驗發現蛋白質原子對之間距離的估計值。 因此,在後一種情況下,通過求解距離幾何問題來獲得蛋白質的最終構象。 一些蛋白質由低溫電子顯微鏡確定。 (單擊原始表中的數字將顯示由該方法確定的結構示例。)  上述結構因子檔案的意義在於,對於具有結構檔案的由X射線衍射確定的PDB結構,可以檢視電子密度圖。 這些結構的資料儲存在“電子密度伺服器”上  過去,PDB的結構數量以近似指數的速度增長,通過了1982年的100個註冊結構里程碑,1993年的1,000個,1999年的10,000個,以及2014年的100,000個。然而,自2007年以來,新蛋白質結構的積累速率似乎已經趨於穩定。
蛋白質資料庫(Protein Data Bank,簡稱PDB)是一個專門收錄蛋白質及核酸的三維結構資料的資料庫。由Worldwide Protein Data Bank監管。PDB可以經由網路免費訪問,是結構生物學研究中的重要資源。為了確保PDB資料的完備與權威,各個主要的科學雜誌、基金組織會要求科學家將自己的研究成果提交給PDB。在PDB的基礎上,還發展出來若干依據不同原則對PDB結構資料進行分類的資料庫,例如GO將PDB中的資料按基因進行了分類。這些資料和資料一般是世界各地的結構生物學家經由X射線晶體學或NMR光譜學實驗所得,並釋放到公有領域供公眾免費使用。