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  政府在政變失敗後開始起訴政變者,初時有2,839名軍人遭到逮捕。隨著拘捕行動擴大,至2016年7月下旬,已有超過9,000名軍人被拘留。土耳其官員於7月23日表示已釋放1,200名軍人,全是低軍階的軍人。  至7月18日,已有103名將領被拘留。  有超過2,500名成員的總統衛隊有近300名成員在政變後被捕。土耳其總理耶爾德勒姆於7月23日表示將會解散總統衛隊。

  近8,000名警察被停職。  土耳其召開緊急會議,解除數名委員會成員職務,又解除2,745名法官的職務。當局又向近200名行政法院和上訴法院司法人員發出拘捕令,最高行政法院10名成員已被當局扣留。

  30名省長被解職。

  土耳其教育部於7月19日宣佈開除15,200名員工,理由是他們涉嫌與政變分子有關連。當局又要求全國所有高等教育院校的1,500多名院長全部辭職,實質上等同開除。同日教育部宣佈吊銷21,000名私營教育機構教師的教師執照,官員表示有情報顯示那些教師大多與恐怖分子活動有關連。  7月20日,國營媒體報道當局正在採取行動,關閉626所私營學校和其它教育機構。那些學校被指與法圖拉·葛蘭有關連。土耳其高等教育委員會禁止學者到國外出差,並要求身處國外的土耳其學者與留學生們儘快返回土耳其。  很多教育單位被深入調查,至2016年7月下旬,最少1,043所私立學校、15所大學已被當局下令關閉。

  至2016年7月27日,土耳其政府已命令45份報章、23間電臺、16個電視訊道和3間新聞通訊社停止運作。土耳其最大的報章《時代報》有近50名編輯部前員工被當局發出拘捕令。早些時候,當局向42名新聞工作者發出拘捕令,其中有16人已經被拘押。

  近11,000名被懷疑與政變有關連的土耳其人被政府宣佈吊銷他們的護照。  土耳其航空公司於7月25日宣佈開除211人。  至2016年7月下旬,最少1,229個慈善組織和基金會、19個工會和35家醫療機構已被當局下令關閉。  2016年8月初的報道指土耳其足球總會已開除105名足球裁判等人員。

  2016年7月下旬,國際特赦組織表示許多被扣留人士遭到不人道的待遇,包括被虐打和沒有足夠的水和食物,有高階軍官被警察用警棍和手指進行性侵犯。土耳其司法部長否認指控。

  一些觀察家把2016年土耳其軍事政變與1933年德國國會縱火案相提並論,認為兩者都被當權者利用作為清除政治上反對者的藉口。雖然埃爾多安宣稱政府採取的行動鞏固了民主,認為埃爾多安版的民主還不如普京,埃爾多安從總統走向蘇丹兼哈里發之路只是時間問題。  美國國務院於7月下旬表示,土耳其當局對新聞媒體採取的一些行動代表著一種「令人不安的勢頭」。
2016年土耳其整肅(2016–present purges in Turkey)是2016年土耳其政變失敗後,土耳其正義與發展黨政府針對軍方、警察、司法界、各政府部門和機關、教育及學術界、新聞界、宗教團體及其它界別發動的大規模肅清。土耳其政府指稱那些被清洗的人與或可能與被指是政變幕後黑手、居於美國的伊斯蘭教士法圖拉·葛蘭有關連。大量土耳其人被當局調查是否與政變有關連。至2016年8月初,已有近7萬人因為被懷疑與「葛蘭運動」有關連,而被當局暫停職務或開除,約18,000人最終被拘留或逮捕。