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  在曼努埃爾於1180年去世後,阿萊克修斯繼承了皇位。根據一些歷史學家的記述阿萊克修斯的母親,已成為太后的瑪麗先前已經以Xene的名字成為修女,但她還是成為了兒子的攝政者。瑪麗把阿萊克修斯實際上排除出權力中心,卻十分信任並把大量權力交給她兒子的堂哥也是她的情人,擁有protosebastos頭銜的阿萊克修斯·科穆寧。  在阿萊克修斯的統治期間帝國遭到了外來侵略,匈牙利國王貝拉三世在曼努埃爾去世後根據其的克羅埃西亞繼承權獲得了克羅埃西亞,但他在1181年從帝國奪取了波斯尼亞和斯雷姆;同年威尼斯奪取了達爾馬提亞。1182年,羅姆蘇丹基利傑·阿爾斯蘭二世在科提埃烏姆戰役擊敗帝國軍隊,奪取了科提埃烏姆與索佐波利斯。  由於太后瑪麗和她的情人的能力有限、無力反擊外來侵略,以及瑪麗的拉丁人身份,使得她的攝政招致帝國內部貴族與民眾的普遍不滿。皇帝的朋友們包括他的同父異母姐姐瑪利亞·科穆寧娜試圖組織一場反對太后與她的情人的政變。他們成功煽動了君士坦丁堡市民在街上發動暴亂,但密謀者們與暴動的市民在1182年5月2日被擊敗。

  1182年,曼努埃爾的堂兄也就是阿萊克修斯的堂叔,正隱退於本都的安德洛尼卡·科穆寧,加入了反對太后瑪麗的行列並宣稱皇位。安德洛尼卡拼湊起了一支部隊向君士坦丁堡進軍,其中甚至包括少部分穆斯林。安德洛尼卡幾乎沒有遇到任何抵抗就順利進軍到與君士坦丁堡隔海相望的加爾西頓,時任帝國海軍總指揮並擁有大將軍頭銜的安德洛尼卡·康多提斯法諾斯叛變加入安德洛尼卡一方,這使得安德洛尼卡得以順利渡過博斯普魯斯海峽並進入君士坦丁堡。君士坦丁堡的市民們非常歡迎他的到來,並針對他們憎惡的拉丁人發動大屠殺,尤其是針對威尼斯人,而安德洛尼卡也任由大屠殺自由發展。安德洛尼卡推翻了瑪麗的攝政政府,並以叛國為藉口處死了大量阿萊克修斯實際上和潛在的保護者與支持者,包括太后瑪麗,瑪利亞·科穆寧娜與她的丈夫,擁有凱撒頭銜的孟菲斯的雷尼埃等人,但他以阿萊克修斯的新保護者自居允許阿萊克修斯仍然作為皇帝,雖然他拒絕允許阿萊克修斯在公共事務上有任何發聲。  隨後阿萊克修斯被迫在1183年9月宣佈任命安德洛尼卡為共治皇帝,安德洛尼卡在支援他的群眾前於Christ of the Chalkè教堂前的階梯上正式加冕。並且在大約1個月後即1183年10月,安德洛尼卡便以“二帝共制對帝國有害”為藉口,命令幾個貴族用弓弦勒死了阿萊克修斯。

  1180年時即將去世的曼努埃爾與同樣即將去世的法國國王路易七世為他們的子女,11歲的阿萊克修斯與9歲的法蘭西的阿格尼斯定下婚約,但並無確切證據證明兩人是否舉行過結婚儀式。

  希臘作家Kostas Kyriazis的出版於1980年的歷史小說《法蘭西的阿格尼斯》中阿萊克修斯作為小說人物出現。這部小說通過阿格尼斯的視角描述了曼努埃爾一世、阿萊克修斯二世、安德洛尼卡一世統治期間的拜占庭發生的事件。
阿歷克塞二世(希臘語:Αλέξιος Β' Κομνηνός,1169年9月10日-1183年10月)是1180年至1183年的拜佔廷帝國皇帝。他是曼努埃爾一世與皇后安條克的瑪麗的唯一後代,並且是安條克親王普瓦捷的雷蒙的外孫。阿萊克修斯是曼努埃爾期待已久的男性繼承人,並且被父親命名為阿萊克修斯以完成AIMA預言。繼承皇位時阿萊克修斯過於年幼,他僅做了3年被其母攝政的皇帝就被其堂叔安德洛尼卡一世篡位並殺害。