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  限制酶的命名是根據細菌種類而定,以EcoRI為例:

  根據限制酶的結構,輔因子的需求切位與作用方式,可將限制酶分為三種型別,分別是第一型(Type I)、第二型(Type II)及第三型(Type III)。

  同時具有修飾及限制性切割的作用;另有識別DNA上特定鹼基序列的能力,通常其切割位距離識別位點可達數千個鹼基之遠,並不能準確定位切割位點,所以並不常用。例如:"Eco"B、"Eco"K。

  只具有限制性切割的作用,修飾作用由其他酶進行。所識別的位置多為短的迴文序列;所剪下的鹼基序列通常即為所識別的序列。是遺傳工程上,實用性較高的限制酶種類。例如:"Eco"RI、"Hind"III。

  與第一型限制酶類似,同時具有修飾及識別切割的作用。可識別短的不對稱序列,切割位與識別序列約距24-26個鹼基對,並不能準確定位切割位點,所以並不常用。例如:"Eco"PI、"Hinf"III。
限制酶(英語:restriction enzyme)又稱限制內切酶或限制性內切酶,全稱限制性核酸內切酶,是一種能將雙股DNA切開的酶。切割方法是將糖類分子與磷酸之間的鍵結切斷,進而於兩條DNA鏈上各產生一個切口,且不破壞核苷酸與鹼基。切割形式有兩種,分別是可產生具有突出單股DNA的黏狀末端,以及末端平整無凸起的平滑末端。由於斷開的DNA片段可由另一種稱為DNA連線酶的酵素黏合,因此染色體或DNA上不同的限制片段,得以經由剪接作用而結合在一起。