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  在14世紀時島上已與沖繩本島有貿易往來,1510年,琉球王國尚真王在位期間被納入琉球國版圖之內,1879年改屬沖繩縣。  二次戰後的1945年至1972年期間的美國統治琉球時期為美國所統治,直到沖繩政權移交才再度由日本治理。  日本防衛省在2009年即開始規劃在島上派駐日本陸上自衛隊,設立與那國沿岸監視隊,用以24小時全天候蒐集東海一帶的情報,監察區內的飛機及船隻2014年正式開始興建與那國駐屯基地,基地於2016年啟用,現約有150自衛隊員進駐與那國島。

  與那國島在琉球王國時代必須繳交年貢(人頭稅)。為了減輕年貢,與那國島上有一些傳說習俗,由於沒有確切證據,真實性不得而知。但是現在還是可以看到與這些傳說中的風俗有關的遺蹟:

  與那國島海底遺蹟包括了上一個冰河時期的遺蹟、陸生動植物的遺蹟以及鐘乳石的遺蹟,這些證據暗示海底的建築遺蹟可能有3000至10000年以上之久,甚至可能是世界上最古老的。  海底遺蹟於1985年被發現,由探險家新嵩喜八郎偶然發現了非常奇特的、據說屬於姆大陸古文明的水下的建築結構遺蹟。歷史及考古學在此之前對這些建築結構的存在並不知情。之後有一群由琉球大學的木村政昭指揮的研究人員也證實了這些遺蹟的存在。然而也有人對此結構是否為人造建築持懷疑的態度,認為這可能是自然形成的地形。此結構是否為人造目前尚無一致看法。

  與那國島的面積約28.88平方公里,海岸線全長約28公里,人口約1745人,年平均氣溫23.9°C,年降雨量約3000mm;由於島上全年吹著強勁的南風,使南部海岸侵蝕較為明顯,多為懸崖絕壁。西邊之西崎為日本最西端之岬,立有一「日本國-最西端之地-與那國島」之地碑,岬上也建有西埼燈塔。此外,東邊之岬則被稱為東崎。  主要有三個村落,分別為位於北部的祖內、西部的久部良、南部的比川,町公所設於祖內。  島上產業包括漁業、甘蔗、乳酪畜牧業及旅遊,島的南側土地有牛馬放牧,比川附近也設有蝦的養殖場。

  參照日本氣象廳與那國島測候所

  

  由於地緣因素,與那國島距離位於那霸市的沖繩縣政府有500公里,距離位於東京都的日本中央政府更是達2,000公里,但其距臺灣僅有110餘公里;因此與那國島在二戰結束之前與同樣屬於日本領土的臺灣之間來往頻繁,如同一個生活圈,與那國島居民常赴臺就醫、就學。  第二次世界大戰結束至美軍佔領初期,兩地雖然分屬美國託管及中華民國管轄,但仍維持相當程度的海上交易;而後,駐防琉球的美軍發現臺灣、與那國島的交流熱絡且貿易頻仍,使琉球防務「後門洞開」,故遂步展開黑市取締及嚴禁設限等法令措施,導致與那國島的經濟衰竭,島嶼居民從全盛時期1947年的1.2萬餘人,到2013年6月僅於1千500餘人。  2004年6月,與那國町召開「與那國島未來發展的意見交換會」,推動舉辦全面性的自決性公投,提出親臺主張並向日本政府內閣官房提出「與那國和臺灣的國境交流」直航等構想。2005年4月5日通過「與那國島獨立決議」,發表「自立自治」宣言,並提出和臺灣發展經貿關係,成為特殊的「國境交流特區」,進而發行特區護照、與花蓮發行共通貨幣、災害互助協定的構想,其中包括四點主張:  此後與那國町便改為加強與姐妹市花蓮市的交流,於2007年5月28日在花蓮成立「與那國駐花蓮市連絡辦事處」,其功能包括:與花蓮市公所的對口單位、與那國町民的領事業務、通商經濟代表處、旅遊宣傳。在2008年經花蓮市長蔡啟塔及與那國町長外間守吉的積極推動下,復興航空一度開設花蓮至與那國島之間的包機航線。  2012年4月29日,臺灣水上摩托車協會在花蓮市及與那國島締結姊妹市三十週年期間,與花蓮縣花蓮市公所合辦慶祝活動,由中華民國移民署官員在花蓮港設立臨時出境檢查站驗證後,耗費五小時在太平洋航行一百五十公里,於下午三時抵達與那國島。

  當美軍將琉球行政權歸還日本時,以與那國島上空的東經123度線劃設臺灣和日本的防空識別線,並沿用至今。也就是說,與那國島西半部2/3至臺灣之間的空域是中華民國防空識別區(ADIZ),東半部1/3是日本的防空識別區,導致日本領空卻是臺灣防空識別區的狀況發生。所以日本客機在降落與那國機場時需通過臺灣的防空識別區,從石垣島方向飛來的飛機,必須先進入臺灣的防空識別區再降落於島上。  日本產經新聞於2010年5月27日報導,日本政府希望能夠修改位於與那國島上空的臺日防空識別區界線,使日方的防空識別區擴大至該島外海較靠近臺灣一側的上空,預定於2010年6月中旬進行修改作業,並透過日本交流協會與中華民國外交部連繫,希望透過外交管道進行防空識別區修改的交涉。但中華民國政府在外交部、交通部和國防部等多方研議後,決定不接受日方提議,維持原有辨識區劃分(然而,雙方已經預設為修改後辨識區劃分)。
與那國島(,或),位於琉球列島八重山群島最西端,是日本最西端的島嶼,人口因陸上自衛隊進駐與家眷增加至1726人,位於臺灣宜蘭縣東部外海,距離臺灣宜蘭蘇澳港僅111公里,也是距離臺灣本島最近的外國島嶼,在天氣晴朗時可看到臺灣的山脈;行政區劃定屬於沖繩縣八重山郡與那國町。