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  馬爾佩洛島距最近的哥倫比亞海岸線有500多千米遠。該島深處熱帶,遠離陸地,島上主要由三座貧瘠、荒蕪的島嶼組成,陡峭的岩石遍及山的各個角落。其中,最高的山峰是海拔300多米的莫納德拉山。  由於臨近海水的地方被岩石包圍,從大海上看,馬爾佩洛島就像一塊凸起的大石頭。靠近山的東北部是Tres Mosqueteros;西南部是Salomon、Saul、La Gringa和Escuba.  馬爾佩洛島被人們認為可能是太平洋上的一個熱點,主要由枕狀熔岩、火山角礫岩和第三紀玄武岩組成。乍一看,似乎島上缺乏植被,十分荒蕪,但實際存在的海鳥糞可以幫助藻類、地衣、苔蘚、蕨類和一些灌木植物存活。

  根據專門為調查生物數量的潛水探險所得的資料顯示,島嶼附近海域有一個獨特的鯊魚種群。這一地區有500餘隻的雙髻鯊和上百隻絲鯊。馬爾佩洛島周邊海域還是野生凶猛砂錐齒鯊在世界上少數的幾個存在的地區。  馬爾佩洛動植物保護區主要致力於保護植物和野生鳥類,目前這裡已聚集了大約60種鳥類。此外,在該島及其周邊,還發現了25000多隻納斯卡海鵝、17種珊瑚、約400種色彩斑斕的熱帶魚和棘皮、軟體、甲殼、節肢、環節等動物。

  1986年,哥倫比亞政府批准設立馬爾佩洛動植物保護區,以此保護島內的生物多樣性。同時,哥倫比亞政府在島嶼周邊設立禁漁區,哥倫比亞軍方在島上建立了基地,防止有人突破禁漁令。而遊客則需要獲得一個來自於哥倫比亞生態部的書面許可後,方可進入島內。  2005年,哥倫比亞政府擴大了禁漁區的範圍。聯合國教科文組織在2006年將保護區列入世界遺產名錄。至今,島嶼周邊25海里內均是禁漁區,這一禁漁區還是太平洋上最大的禁漁區。  保護區內嚴格禁止商業性捕撈,但仍時常發生非法捕撈鯊魚的現象,這使得島內的生物多樣性受到了威脅。因此,哥倫比亞政府採取控制遊客數量和限制觀光範圍的方法來保護馬爾佩洛島的生物多樣性,這一措施取到了一定的作用。然而,哥倫比亞海軍的一艘護衛艦在2006年的一次抽查中發現,一隻漁船上有一噸的鯊魚鰭。環保人士由此擔心鯊魚的安全,於是發起環保活動,呼籲暫停捕獵鯊魚。
馬爾佩洛島 ()位於哥倫比亞考卡省,陸地面積0.35平方千米。這一地區除一個由哥倫比亞陸軍設立的小型軍事哨所以外,並無他人居住。