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  蘇雲金芽孢桿菌的伴孢晶體蛋白生產出的殺蟲劑,由於其窄譜殺蟲活性,被廣泛認為是環境友好的殺蟲劑,對人體、野生生物、傳粉昆蟲和其它多數益蟲幾乎無害。比利時植物遺傳系統公司在1985年首次報道開發出含"cry"基因的轉基因菸草。1990年,中國農科院與江蘇省農科院合作,成功地將蘇雲金芽孢桿菌伴孢晶體蛋白基因匯入大面積推廣的棉花品種中,證明已獲得轉基因抗棉鈴蟲棉植株。  蘇雲金芽孢桿菌殺蟲製劑常被用作液體噴射在作物上,藥物必須被害蟲食用才能發揮效用。溶液化的毒素在幼蟲易受影響的中腸細胞膜上形成孔洞,導致害蟲患敗血病死亡。最新的研究表明,蘇雲金芽孢桿菌必須在幼蟲的中腸細菌存在下才能進行殺蟲活動。  蘇雲金芽孢桿菌的以色列亞種廣泛用於殺滅孑孓(蚊子幼蟲),該方法是蚊蟲防治中的重要的環境友好方案。

  

  2000年,蘇雲金芽孢桿菌基因改造作物種植面積超過115,000 km2,佔世界轉基因作物耕種面積的19%,蘇菌改造作物有可能取代33%的農藥銷售站。現在,每年有超過31,000 km2的蘇菌改造作物取代傳統的化學農藥施用作物。

  根據綠色和平組織歐洲分部的最新研究,蘇菌毒素對小鼠肝臟可能有輕微損害。

  蘇菌基因的表達會發生變化。若溫度不理想,可能降低毒素產生,使植物易受侵蝕。更加嚴重地,毒素減少的晚季植物已被證明,會形成啟動子的DNA甲基化。  毒素的持續使用會使普通害蟲演化為抗性蟲。已知小菜蛾對蘇菌毒素的噴霧形式已有抗性。另一種可能的危險,如,轉基因玉米與變異野草雜交,蘇菌基因的抗性即由可能因食物鏈來到食草動物群落中。  蜂群衰竭失調也可能跟蘇菌轉基因作物有關。
蘇雲金芽孢桿菌(學名:"Bacillus thuringiensis",專著中簡稱為Bt),又稱蘇力菌,是革蘭氏陽性的,芽孢桿菌屬陸生習性的細菌。另外, 蘇雲金芽孢桿菌可寄生在一些蛾類和蝶類的幼蟲上,甚至是植物表面。