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  分析化學中用亞甲藍作為氧化還原反應滴定的指示劑。藍瓶實驗也是以亞甲藍的變色為基礎的。可以用來檢驗水的溶氧量,反應是會令亞甲藍液更藍。

  亞甲藍可以給麻、絲綢、紙張染色。生物學上也被用做細菌或細胞染色劑。

  亞甲藍因為有還原性,其注射液被用來治療正鐵血紅蛋白血癥。也用於解救硝基苯、亞硝酸鹽和氰化物中毒等。  因為其殺菌消毒的作用,口服亞甲藍或用其溶液沖洗可以治療膀胱炎和尿道炎。另外,亞甲藍在進入人體30分鐘(注射)至幾小時(口服)內會從尿中排出,導致尿液暫時呈藍色,因此也用來作腎功能測定。  觀賞魚養殖中,0.1-0.2ppm的亞甲藍溶液也被用作消毒,或治療白點病等疾病。  0.3ppm的亞甲藍溶液可以防止水黴菌的發生。  1ppm的亞甲藍溶液用於一般體外蟲的防治。  2ppm的亞甲藍溶液用於體外蟲的治療。

  亞甲藍的發明人保羅·埃爾利希在1891年就發現它會對瘧原蟲染色,因此推斷其有可能治療瘧疾。 太平洋戰爭中,日軍與美軍都使用亞甲藍作為抗瘧藥。但因為其暫時性副作用--服藥者會出現尿液與鞏膜(即眼白)變藍色或綠色(低劑量時)--不受士兵們喜歡而在戰後淡出舞臺。近來研究證實了亞甲藍抗瘧的確切性,特別是其廉價性。

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亞甲藍(Methylene blue),又稱亞甲基藍、次甲基藍、次甲藍、美藍、品藍、甲烯藍、瑞士藍(Swiss blue),國際非專利藥品名稱(INN)為methylthioninium chloride。是一種芳香雜環化合物。被用作化學指示劑、染料、生物染色劑和藥物使用。亞甲藍的水溶液在氧化性環境中藍色,但遇鋅、氨水等還原劑會被還原成無色形態。也可以說是一種酸鹼指示劑。 亞甲藍與弱酸性染料甲基藍(Methyl blue)或pH指示劑甲基紫(methyl violet,又稱「龍膽紫」)不同,應注意勿混用。