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  1936年和1942年之間,日本對亞洲和太平洋大部分地區的快速軍事佔領也讓許多美國人覺得不可阻擋。  1941年12月7日,日本對珍珠港的攻擊導致美國軍事和政治領導人懷疑大日本帝國正準備對美國西海岸進行一次大規模的攻擊。此時尼豪島事件更引起了美國政府和軍事官員的嚴正關注,在這起事件中,一個日本國民和兩名出生在夏威夷的日裔使用暴力手段解救了一名被俘的日本海軍飛行員。美國西岸軍區長官約翰·德威特將軍聲稱有日裔或日裔後代作為間諜和破壞分子的情報並建議羅斯福下令將他們監禁起來。

  珍珠港事件發生後許多美國人十分憤怒並對所有日本人譴責這件事,美國社會開始散佈出不利日裔美國人的謠言,聲稱有些日本人事先知道這起攻擊且幫助日本軍隊。聯邦調查局(FBI)及美國政府知曉這是個不正確的謠言,但並不對這表示任何意見。  在珍珠港事件發生的翌日,西海岸的加利福尼亞就開始了對普通美國籍日本僑民的排擠。正在正常履行職務的日裔律師、醫生,被毫無徵兆地吊銷了執照,日裔人士的保單被保險公司莫名其妙地登出。原本以捕魚為生的日裔僑民被禁止出海。在公共汽車上,日裔被禁止在座位上就坐;在郵政局排隊購買郵票的隊伍中,如果哪個日裔僑民排在了隊伍的前頭,他就會在“滾到後面去,日本鬼子”的訓斥聲中乖乖就範。加油站不肯把汽油賣給日裔僑民,送牛奶的工人拒絕給日裔僑民繼續服務,連公共廁所也聲稱不接待日本鬼子。 與公開憎恨日本人相呼應,美國人把他們的冷幽默也用在對日本僑民的恐嚇上。理髮店窗子上掛的牌子公然寫道:“日本鬼子來刮鬍子,發生意外本店概不負責。”在新澤西州,一個農民僱傭了五個日本人,雖然這五個人是在美國本土出生的第二代日本人,但是當地的治保委員會還是把這個農民的穀倉付之一炬,並威脅說如果繼續僱用日本人的話,就把他最小的兒子殺掉。  不僅如此,隨著反日情緒日益見長,對日裔的迫害甚至蔓延到了教堂。在科羅拉多州的首府丹佛市,一個日裔姑娘歷盡千辛萬苦後找到了一份工作,她想到教堂做個禮拜,感謝上帝對她的幫助,但是牧師拒絕了她,並譏諷說:“你去你們自己的教堂不是更好些嗎?”  在這樣的政治氛圍中,加利福尼亞政府興風作浪,政府官員暗示日裔僑民,說他們應該接受政府的統一安排,遷居到內地去。所謂的“內地”,用一個專欄作家的話來說,是把“他們趕到一起,攆到窮山惡水的深處”。在20世紀的40年代,美國大陸深處窮山惡水的地方,比比皆是。

  1942年2月19日,在日本人偷襲美國夏威夷珍珠港後的兩個半月後,美國總統富蘭克林·D·羅斯福下達了第9066號行政命令,授權美國陸軍部部長確定國內某些地區為“軍事區域”,並可以對生活在軍事區域的人加以任何必要的限制,甚至可以把他們排斥在軍事區域之外。

  絕大多數的禁區都在美國西岸(這包括整個加州以及大部分俄勒岡和華盛頓州),在當時大多的日裔美國人都住在那。住在美國西岸的日裔美國人全都被囚禁了,可是在夏威夷只有1,200-1,800位被囚禁。  據不完全統計,在這次大遷徙中,日裔美國人損失了價值7000萬美元的耕地和裝置、價值3500萬美元的水果和蔬菜,以及接近5億美元的收入。儲蓄、股票以及債券的損失更無法計算。  然後,政府安排運輸工具,把這些日裔美國人集中送往集中營。  為了避免日裔美國人擅自離開禁區,美國政府禁止他們自銀行賬戶中提款。日裔美國人被給予48小時離開集中營收拾簡單的行李。他們只被允許帶一個包且不能攜帶收音機或相機。  同時,5000名服役的日裔美軍士兵中,多數被迫退隊。

  這些拘留營位於各州最貧瘠、荒蕪的土地上,四周圍著鐵絲網和瞭望塔,從外觀上看,與德國納粹的集中營並無二致,羅斯福總統都不止一次地把它們稱為“集中營”。在拘留營內,分配給一個6口或7口之家的住房只有30平方米,房間裡沒有獨立的煤氣爐和自來水,數個家庭共享一個洗衣間、一個餐廳和一個廁所。露天的淋浴間也是數個家庭共享的,瞭望塔上的哨兵可以清楚地看到在淋浴間裡洗澡的人。聯邦政府規定,拘留營內,每人每天的伙食費為50美分,糟糕的食物更是難以下嚥。此外,不少被認為“可疑”的日裔居民,還遭到了“隔離審查”。金元老人回憶說,她們一家被送到位於愛達荷州的拘留營中不久,父親就被帶走審查,與家人分離的時間長達3個多月。  集中營被鐵絲網所圍繞,營內亦有持槍計程車兵於看守塔駐守。有些人被射殺,例如James Wakasa。

  1944年12月17日,隨著日本的節節敗退,美國軍事狀況獲得極大好轉。鑑於日裔美國人的良好表現,美國陸軍部宣佈1945年1月2日結束限制行動,日本人可以回到西海岸。二戰結束後,日裔美國人的拘留營被全部取消。與此同時,對美國政府這一舉措進行批評的聲音開始大量出現。1945年,耶魯大學法學教授、後來擔任詹森政府的副國務卿尤金·羅斯托,發表了題為《日裔美國人案件:一大災難》的著名文章,文章認為,沒有可靠的證據支援拘留日裔美國人的決策,政府此舉是對作為美國立國之本的自由精神“最沉重的打擊”。

  由於本身承受巨大的冤屈,加上受到美國國內輿論轉向的鼓舞,從1945年開始,日裔美國人陸續對二戰中遭到不公正待遇提起訴訟。1948年美國國會通過《美國日本人重新安置索賠法》。不過,到1962年,美國付出的賠償僅有3600萬美元。到80年代,日裔美國人索賠的要求驟增。1987年10月,美國國會又給予日裔總額不超過5億美元的賠償。1988年4月,又通過決定將賠償總額提高到不超過13億美元。1988年8月10日雷根總統簽署檔,就二戰中日裔美國人的拘留營一事正式道歉,承認當時將日裔居民看成“外來的敵人”是出於戰時的狂熱和偏見,宣佈給予曾經被關在拘留營中且仍在世的日裔美國人每人兩萬美元的補償。2006年12月23日,美國總統布什簽署法案,撥款3800萬美元,用於維護日裔美國人拘留營的舊址,並對當年那段歷史進行研究,提醒人們反思,永遠牢記歷史經驗教訓。
日裔美國人囚禁(英文:Internment of Japanese Americans)是珍珠港事件發生以後,自1942年起,美國政府對約11萬居住在美國太平洋沿岸的日裔美國人的扣留,轉移和囚禁。1942年2月19日,富蘭克林·D·羅斯福總統下達了9066號行政命令,授權美國陸軍部部長確定國內某些地區為“戰區”,並可以對生活在戰區的人加以任何必要的限制,甚至可以把他們排斥在戰區之外。這份命令宣告,整個太平洋沿岸,包括加利福尼亞州,俄勒岡州,華盛頓州和亞利桑那州的所有日裔美國人都可以被命令轉移。