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  十三世紀時,一些法國大城市(巴黎、圖盧茲、蒙彼利埃)都已經擁有大學,1789年法國大革命前,法國已有有22所大學。里昂市儘管已擁有1500年創立的醫學院、1756年創立的繪畫學院(1848年成為國立美術學院)、1761年創立的里昂獸醫學院,但里昂大學的成立較晚些,大學的學院是在17世紀後建立的。  1833年,科學系誕生(Faculté des Sciences de Lyon)。  1838年,文學院成立(Faculté des Lettres de Lyon)。  1839年,神學院成立(Faculté de Théologie de Lyon),1885年後成為天主教學院。  1875年,根據法蘭西第三共和國第二任總統麥克馬洪法令,成立法學院(Faculté de Droit)。  1877年,醫學院成立(Faculté de Médecine)。  1896年7月10日,里昂大學(Université de Lyon)成立,大學彙集了科學、文學、醫學和法律學院。同年,位於羅納河左岸的里昂大學主樓建成,由時任法蘭西第三共和國第六任總統弗朗索瓦·菲利·福爾召開竣工典禮。  1968年5月,法國爆發學生運動“五月風暴”,里昂大學被迫分裂為三所大學,其中科學系、醫學和藥學院組建為里昂第一大學;法律,文學和人文科學院組建為里昂第二大學;行政和管理,勞動和社會保障研究所、語言學系組建為里昂第三大學。  1995年以後,里昂學術委員會為了重整里昂大學在法國和歐洲的領先地位,對學校進行了持續的改革與重組,資源整合。  2007年,“里昂大學”(UdL)開始進行整合,建立里昂大學研究和高等教育叢集(PRES),彙集了學院和旗下科研機構(含里昂高等師範學院、國立應用科學學院、中央理工學院、政治學院等)。  2015年2月,里昂大學再次彙集大學和研究機構,建立大學共同體(La communauté d'universités et établissements,COMUE)。根據法國2015年第127條法令(DÉCRET n°2015-127 du 5 février 2015),里昂大學負責和監管旗下所屬機構,統一頒發學位、認證和監管等。  2017年2月,里昂大學入選法國政府 “卓越大學計劃” (IDEX),獲得法國政府8億歐元的建設經費,IDEX計劃被視為法國高等教育近四十年來最大力度的改革之一,旨在建立五到七所具備國際競爭力的世界一流大學。根據法國政府“卓越大學計劃” 要求,里昂大學旗下所屬機構將於2020年1月進行全面合併。  里昂大學旨在推進里昂地區的高等教育和科研創新,成為歐洲乃至世界高等教育的模範。作為法國第二大教育和科學研究的核心,里昂大學現有在校生120000人,其中包括5000名博士生和12500名留學生,下設220個公共實驗室,每年授予1000名博士學位。

  里昂大學共有17個博士生院(École Doctorale,簡稱ED),均隸屬於法國高等教育和科研部。博士課題在指定博士生院內完成,博士生畢業時須完成論文及通過答辯,經博士生院批准後,獲得法國國家博士文憑(Doctorat de l'Université de Lyon)。
里昂大學()是位於法國里昂的一所綜合性研究型大學。該校始建於1896年,歷史最早可追溯到建立於1808年的自然科學院,是法國東南部最大的高等學府,法國政府“卓越大學計劃”(IDEX)高校。學歷史上多位諾貝爾獎得主以及一大批傑出人才。