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  在1831年,古生物學家August Goldfuss研究掘頜翼龍的第一個化石,他當時將這個缺乏尾巴的標本,歸類於翼手龍的新種,粗喙翼手龍("Pterodactylus crassirostris"),種名在拉丁文意為「胖的口鼻部」Physically it was very similar to "Rhamphorhynchus", albeit with notable cranial differences.。這個不完整標本發現於德國巴伐利亞州的索倫霍芬(Solnhofen)地層,是個成年個體,翼展約3呎。  在1858年,約翰·瓦格納(Johann A. Wagner)發現第二個標本後,發現尾巴的存在,因此發現這種動物的外形類似喙嘴翼龍類。第二個標本比較完整,但翼展只有約20吋,只有部分骨頭硬化,因此不是個成年個體。粗喙翼手龍曾經多次改歸類於獨立屬,"Pachyrhamphus"、"Brachytrachelus",但已有其他動物優先使用這些名稱。在1961年,約翰·瓦格納將其建立為新屬,模式種是粗喙掘頜翼龍("Scaphognathus crassirostris"),屬名意為「船形的頜部」,意指牠們的鈍口鼻部。

  目前已發現三個掘頜翼龍的標本,都發現於巴伐利亞州的索倫霍芬地層,地質年代屬於侏羅紀晚期的啟莫里階。在外形上,掘頜翼龍非常類似喙嘴翼龍,但兩者的頭顱骨有不同特徵。  掘頜翼龍具有比例較短的頭顱骨,長4.5吋,口鼻部前段較鈍,眶前孔較大。牙齒較為垂直,而非傾斜。根據早期研究,掘頜翼龍的上頜有18顆牙齒、下頜有10顆牙齒。在2004年,克里斯多佛·班尼特(Christopher Bennett)研究第三個標本,發現上頜只有16顆牙齒;過去可能把替換用牙齒算進去,才變成18顆牙齒。  在2011年,科學家比較翼龍類、現代鳥類與爬行動物的鞏膜環大小,提出掘頜翼龍可能屬於晝行性動物,而喙嘴翼龍、梳頜翼龍可能是夜行性動物;掘頜翼龍可能是為了避免與以上物種爭奪相同食物來源,而錯開活躍時間。
掘頜翼龍屬(屬名:)又名管頜翼龍、桶頜翼龍或船頜翼龍,是翼龍目的一屬,生存於侏羅紀晚期的德國地區。牠們的翼展約1米。掘頜翼龍屬於喙嘴翼龍科,與本科其他屬相比,掘頜翼龍擁有較寬廣的嘴部,與較短的翼與尾巴。