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  2015年11月,由於根據世界反運動禁藥機構公佈的一份興奮劑使用情況的調查結果顯示,該國有不少田徑運動員甚至是獲得過奧運獎牌的運動員曾服用興奮劑以提高成績,國際田徑聯合會決定禁止俄羅斯田徑運動員參加國際田徑比賽,而該組織將於2016年6月17日決定是否解除對俄羅斯田徑運動員的禁令。曾有媒體推測俄羅斯將抵制此屆奧運會,不過俄羅斯官方宣告這樣的事不會發生。  2016年5月,俄羅斯反禁藥機構實驗室前負責人格里戈裡·羅琴科夫向媒體爆料稱,該國有多名運動員曾在索契冬奧會期間服用禁藥,國際奧委會主席巴赫對此迴應稱如果此事屬實,俄羅斯全隊的奧運參賽資格可能會被剝奪。  6月21日,國際奧委會召開特別會議,會議決定允許包括少部分田徑選手在內的所有通過興奮劑檢測的俄羅斯運動員以該國國旗參賽。會議後,奧委會主席托馬斯·巴赫表示國際奧委會尊重國際田聯關於維持對俄田徑協會禁令的處罰。然而國際田聯在7月10日發表宣告稱,該國只有跳遠運動員達莉婭·克里什納能夠以中立運動員身份赴里約參加奧運。  與此同時,世界反運動禁藥機構稱將於7月18日公佈關於俄羅斯運動員在索契冬奧會服用禁藥的情況,該組織還稱如果有證據顯示問題嚴重,將呼籲對俄羅斯實施嚴厲處罰,報告發布一兩天前,美國和加拿大等國的反禁藥組織要求國際奧委會禁止俄羅斯全隊參加里約奧運,歐洲奧林匹克委員會主席帕特·希基(英語:Pat Hickey)對此評論稱美國和加拿大的做法是不當的。  7月18日,世界反運動禁藥組織公佈報告,由Richard McLaren所作的報告稱俄羅斯政府和聯邦安全域性有計劃支援選手使用禁藥並使用一些手段幫助運動員逃避處罰,涉及多個專案,該組織還就此呼籲國際奧委會全面禁止俄羅斯參加本屆奧運。對於這份報告,俄羅斯當局迴應稱這是一種「政治陰謀」。  7月24日,國際奧委會在電話會議中決定,將不對俄羅斯代表團實施全體禁賽,並讓各國際單項體育聯合會自行評估該國運動員的參賽資格,該國運動員若要獲得奧運資格,必須提供相關證據,證明自己已滿足所屬國際單項體育聯合會的要求,同時也未曾有過禁藥史。另外如果運動員的名字出現在世界反運動禁藥組織於7月18日公佈的報告中,即使未曾因為禁藥問題被禁賽,該運動員同樣也不能參加奧運。  在各國際單項體育聯合會相繼公佈了被取消資格的俄羅斯運動員名單後,國際奧委會於2016年7月30日宣佈,將成立一個三人小組來最終決定俄羅斯運動員的參賽資格。2016年8月7日,國際奧委會確認共有278名俄羅斯運動員獲准參加本屆奧運,俄羅斯原本要派出包括67名田徑運動員在內的389名運動員參賽,到奧運開幕為止共有111名俄羅斯運動員被取消奧運資格。

  

  俄羅斯隊原本可獲得該屆奧運田徑比賽的參賽資格。然而世界反運動禁藥機構在2015年11月公佈報告稱多數俄羅斯田徑運動員曾服用禁藥,國際田徑聯合會隨後作出決定禁止該國田徑運動員參加包括奧運在內的所有國際比賽。 2016年6月17日,國際田聯以俄羅斯在反禁藥方面取得的進展不夠為由,決定維持對俄羅斯田徑協會的禁令,同時還規定只有少部分通過俄羅斯國外機構禁藥檢測的俄羅斯運動員才有機會獲得奧運參賽資格,不過他們必須以奧林匹克旗幟參賽。另外在反禁藥方面做出過貢獻的運動員也可以參加奧運,例如現藏身於美國的俄羅斯人尤利婭·斯捷潘諾娃就因為曾揭發俄羅斯禁藥醜聞而獲得了以個人身份參賽的資格。  6月21日,國際奧委會在一次特別會議中決定,允許少數俄羅斯田徑運動員代表該國參加奧運,不過前提是他們必須通過藥檢,這一決定意味著俄羅斯隊仍有機會出現在奧運田徑賽場上。然而國際田聯在7月10日發表宣告稱,該國只有跳遠運動員達莉婭·克莉什娜能夠以中立運動員身份赴里約參加奧運。  7月5日,獲國內奧委會提名的68名俄羅斯田徑運動員聯名向國際體育仲裁院提起訴訟,要求國際田聯解除對俄羅斯運動員的禁賽令。7月21日,國際體育仲裁院決定駁回俄羅斯運動員的訴訟請求,維持國際田徑聯合會對俄羅斯的禁令,意味著大多數俄羅斯運動員將不會出現在本屆奧運田徑賽場上。  7月24日,國際奧委會宣佈將不會全面禁止俄羅斯運動員參加本屆奧運,同時也拒絕讓獲得資格俄羅斯田徑運動員以“中立運動員”身份參加奧運。原本獲准以中立身份參賽的尤利婭·斯捷潘諾娃因為有興奮劑陽性史而無法參賽。而在俄羅斯國外生活並受訓的跳遠運動員達莉婭·克里什納則被國際奧委會特別批准代表俄羅斯參賽。然而,8月13日,國際田徑聯合會突然取消了克里什納的參賽資格,克里什納對此表示不滿並提出申訴,後來她的資格被恢復。

  根據俄羅斯運動員在2014年和2015年世界舉重錦標賽的表現,該國原本在奧運舉重專案上獲得六個男子和四個女子席位。  6月22日,國際舉重聯合會宣佈由於包括俄羅斯在內的數個國家和地區有曾參加過2008年和2012年奧運會的舉重運動員的A瓶尿液樣本在複檢時呈陽性,決定剝奪這些國家和地區在舉重專案的一部分席位,其中俄羅斯被剝奪一個男子和一個女子席位,國際舉聯還稱如果根據B瓶檢測結果顯示,一個代表團有三名或以上的舉重運動員的尿液樣本呈陽性,該代表團將不能參加本屆奧運舉重比賽。  7月29日,國際舉重聯合會發表宣告稱,將剝奪俄羅斯在舉重專案上的所有席位,因為該國不僅有四名奧運獎牌獲得者的尿液樣本在複檢時呈陽性,同時又有四名舉重選手的名字出現在了世界反運動禁藥機構的報告中。國際舉聯在發表宣告時表示對統計結果“極度震驚與失望”,並稱俄羅斯舉重隊令競技體育聲名狼藉。在做出本次決定的同時,國際舉聯將取消俄羅斯資格後所空出的席位分配給其他代表團。

  俄羅斯隊在丹麥哥本哈根舉辦的2015年世界射箭錦標賽女子團體比賽上獲得前八名,該國亦因此爭取到了奧運射箭女子團體賽和個人賽的參賽資格。2016年7月13日,俄羅斯奧運射箭陣容正式公佈。

  根據國際羽聯於2016年5月5日公佈的奧運排名,俄羅斯有4名羽毛球運動員獲得奧運參賽資格,其中一人蔘加男子單打,一人蔘加女子單打,兩人蔘加男子雙打。

  俄羅斯隊總共有11名拳擊運動員取得奧運參賽席位。男子方面,俄羅斯隊有七名拳擊手擁有奧運參賽資格。其中有兩位是因為在世界拳擊系列賽上獲得前兩名而獲得奧運資格,另外三位運動員則是在AIBA職業拳擊系列賽上獲得資格。在2015年世界拳擊錦標賽上,有三名俄羅斯運動員闖入決賽並獲得奧運參賽席位。  女子方面,俄羅斯共佔兩個奧運席位。兩席位分別在2016年奧運拳擊歐洲區預選賽以及2016年世界女子拳擊錦標賽中取得。

  

  俄羅斯隊在2015年世界皮划艇激流錦標賽上獲得了以下資格。該國的激流皮划艇隊名單于2016年5月16日正式確認。

  俄羅斯隊在2015年世界皮划艇競速錦標賽中獲得八個參賽資格。之後,俄羅斯隊又在德國杜伊斯堡舉行的2016年奧運皮划艇歐洲區資格賽上獲得了單人K艇1000米的參賽資格。2016年7月15日,俄羅斯公佈了皮划艇競速的具體參賽名單。由於國際皮划艇總會剝奪了白俄羅斯和羅馬尼亞所獲的所有參賽席位,俄羅斯又遞補獲得兩個參賽席位。  2016年7月26日,國際皮划艇聯合會宣佈,由於俄羅斯有5名皮划艇運動員的名字曾出現在世界反運動禁藥機構的報告當中,決定剝奪該國在皮划艇競速專案上的一部分參賽席位。

  

  根據國際自行車聯盟公佈的2016年世界排名,俄羅斯運動員取得以下公路賽參賽席位:2016年6月26日,俄羅斯公路自行車參賽名單公佈。  2016年7月26日,國際自行車聯盟稱由於該國獲得奧運資格的三名自行車運動員以前曾有過禁藥史,同時又有三名自行車運動員的名字出現在世界反運動禁藥機構的報告裡,決定剝奪他們的參賽資格。不過2016年8月5日,即奧運開幕當天,他們的資格又被恢復。

  在2016年世界場地自行車錦標賽結束後,俄羅斯隊獲得了男子團體追逐和女子團體競速賽的參賽資格,同時該隊還獲得了女子個人競速和女子凱林賽的參賽席位各兩個。儘管俄羅斯沒能獲得男子團體競速賽的參賽資格,但該隊仍然憑藉國際自行車聯盟公佈的奧運排名獲得一個男子凱林賽和兩個男子個人競速賽的參賽席位。  2016年7月26日,國際自行車聯盟稱由於該國獲得奧運資格的三名自行車運動員以前曾有過禁藥史,同時又有三名自行車運動員的名字出現在世界反運動禁藥機構的報告裡,決定剝奪他們的參賽資格。禁賽選手包括男子團體追逐賽的Sergei Shilov、Kirill Sveshnikov和Dmitri Sokolov,該國也因此失去了男子團體追逐賽的資格。

  根據國際自行車聯盟於2016年5月25日公佈的奧運排名,俄羅斯有一名女子運動員獲得山地自行車賽的參賽資格。男子方面,雖然俄羅斯隊沒能憑藉奧運排名獲得資格,但由於該專案沒有大洋洲國家獲得資格,俄羅斯隊獲得一個額外的參賽席位。2016年7月3日,2008年北京奧運會銅牌得主Irina Kalentieva獲得了女子的席位。

  俄羅斯隊共有一名男選手和一名女選手獲得小輪車賽的參賽資格。具體參賽名單于2016年6月3日公佈。

  俄羅斯跳水運動員在2015年世界游泳錦標賽和2016年跳水世界盃中獲得以下參賽席位。2016年6月11日俄羅斯跳水錦標賽結束後,該國奧委會公佈了參加奧運跳水比賽的具體名單。

  俄羅斯隊在馬術比賽上共取得2個盛裝舞步賽和3個個人三項賽名額。

  俄羅斯擊劍運動員在男子花劍團體、女子重劍團體、女子佩劍團體這三個專案的奧運排名上均名列前四位,直接獲得奧運參賽資格,另外在男子團體重劍上,由於俄羅斯是所有未直接晉級隊伍中排名最高的歐洲隊伍,該國同樣獲得這一專案的奧運資格。  與此同時,該國有兩位男子佩劍選手以及兩位女子花劍選手均在各自專案的奧運排名中位列前14位,直接獲得奧運參賽資格。至此,俄羅斯在擊劍專案上實現滿額參賽。  2016年6月17日,俄羅斯正式公佈該國奧運擊劍參賽名單。

  根據2016年7月11日的高爾夫奧運排名,俄羅斯隊有一名女選手獲得奧運資格。

  

  俄羅斯男子和女子體操隊均在2015年世界競技體操錦標賽上進入前八名,直接獲得奧運參賽資格。2016年7月3日體操俄羅斯杯結束後,該國體操奧運名單正式確認。

  俄羅斯在2015年世界藝術體操錦標賽上獲得以下參賽席位。2016年7月24日國際奧委會決定不對俄羅斯運動員實施全體禁賽後,俄羅斯公佈了藝術體操參賽陣容。

  俄羅斯隊共有兩名男子運動員在2015年世界蹦床錦標賽上獲得參賽資格。之後,該國的一名女運動員在2016年奧運體操測試賽上獲得參賽資格。

  

  俄羅斯女子手球隊在奧運手球預選賽上獲得參賽資格。  2016年7月27日,俄羅斯女子手球隊確認可以參加奧運,同日該隊公佈了具體隊員名單。8月12日,由於Anna Sedoykina受傷,俄羅斯隊安排Tatyana Yerokhina頂替她的位置。

  俄羅斯在柔道專案上總共獲得11個參賽席位。2016年5月31日,俄羅斯公佈了其中7個入選參賽陣容的選手。而剩下4個席位的歸屬已於6月26日正式確認。

  俄羅斯隊原本共有四名選手獲得奧運現代五項比賽的資格。其中有兩人的資格是在德國柏林舉辦的2015年世界現代五項錦標賽上獲得的,之後Egor Puchkarevskiy和古莉娜茲·古拜杜爾麗娜在歐錦賽上獲取資格。2016年5月31日,國際現代五項總會公佈了奧運排名,該國另一位選手Maksim Kustov排在前11位,由於現代五項每一個小項最多允許兩個來自同一代表團的選手參加比賽,Egor Puchkarevskiy的參賽席位最終被Maksim Kustov取代。  2016年7月26日,國際現代五項聯合會宣佈,由於該國選手Maksim Kustov的名字曾出現在世界反運動禁藥機構的報告中,將取消其參賽資格。至此俄羅斯在該專案上的參賽人數由四人減至三人。

  俄羅斯在賽艇專案上原本共獲得六個參賽席位。其中有四個參賽席位是在2015年世界賽艇錦標賽上獲得的,另外兩個席位則是在2016年奧運賽艇世界暨歐洲區預選賽上獲得的。  俄羅斯賽艇隊具體參賽名單于2016年6月13日公佈,名單中包括21名男選手和11名女選手。2016年7月1日,由於男子四人雙槳運動員的禁藥檢測不合格,該國的男子四人雙槳資格被剝奪,而奧運賽艇隊總人數也減至28人。  在國際奧委會宣佈由各國際單項體育聯合會決定俄羅斯運動員的參賽資格後,國際賽艇聯盟公佈了被取消資格的俄羅斯賽艇運動員名單,並剝奪該國在該專案上所獲的大部分席位,最終,俄羅斯只能參加男子四人單槳的比賽。2016年8月3日,國際體育仲裁院駁回了17名被取消資格的俄羅斯賽艇運動員關於恢復席位的上訴。

  俄羅斯運動員在帆船比賽以下小項中獲得參賽資格。在索菲亞公主杯結束後,俄羅斯帆船隊的正式參賽名單于2016年4月2日公佈,名單中包括曾代表烏克蘭參加過五屆奧運,後於2015年歸化至俄羅斯的馬克西姆·奧別列姆科。

  俄羅斯在射擊專案上獲得以下席位。

  俄羅斯游泳運動員欲獲得奧運參賽資格,必須在莫斯科舉行的俄羅斯游泳錦標賽暨奧運預選賽上游進前兩名同時達到該國游泳組織自行規定的參賽資格標準成績,每個專案最多兩名運動員參賽,如果達到標準成績的選手多於該項剩餘的名額,當中成績最好的選手可優先獲得資格。  總共有37名運動員入選俄羅斯游泳隊的參賽名單,這其中包括倫敦奧運會獎牌得主阿納斯塔西婭·費西科娃和弗拉基米爾·莫洛佐夫、2014年南京青奧會金牌得主葉夫根尼·雷洛夫、羅扎利婭·納斯列金諾娃、安東·丘普科夫等。在國際奧委會將俄羅斯運動員參賽資格的決定權交給各國際單項體育聯合會後,2016年7月25日,國際游泳聯合會公佈了7名因曾有禁藥史而被取消資格的俄羅斯游泳運動員名單。儘管如此,國際奧委會仍然於奧運開幕前恢復了這些運動員的參賽資格。

  俄羅斯花樣游泳隊在2015年歐錦賽上獲得冠軍,提前獲得奧運資格。2016年7月6日,俄羅斯花樣游泳奧運參賽陣容正式公佈。

  俄羅斯隊在乒乓球專案上共獲三個參賽席位。其中有兩個席位是在歐洲資格賽上獲得的,另外一個席位為重新分配的席位。

  俄羅斯共有三名運動員獲得跆拳道比賽的資格,三人均是憑藉其在各自重量級的奧運排名獲得資格。

  俄羅斯有以下網球運動員獲得參賽資格。2012年倫敦奧運會銀牌得主瑪麗亞·莎拉波娃由於禁藥醜聞而被禁賽兩年,她也因此無法參加奧運。

  俄羅斯共有六名選手獲得鐵人專案比賽的資格。其中有5人均憑藉其在各自專案的奧運排名自動獲得資格,另外一人的資格是重新分配的資格。

  

  俄羅斯隊在沙灘排球專案上有一對男子選手在2016年6月12日公佈的奧運排名中名列前15位,直接獲得奧運參賽資格。之後該國又在FIVB洲際盃賽上獲得男女席位各一個。

  

  俄羅斯男子排球隊在德國舉辦的奧運男子排球歐洲區預選賽上獲得參賽資格。  以下是俄羅斯奧運男子排球隊名單。

  俄羅斯女子排球隊在土耳其舉辦的奧運女子排球歐洲區預選賽上獲得參賽資格。  以下是俄羅斯奧運女子排球隊名單。

  

  俄羅斯女子水球隊在2016年奧運女子水球預選賽中獲得前四名,獲得奧運參賽資格。  以下是俄羅斯奧運女子水球隊的名單。

  俄羅斯隊在摔跤專案總共獲得17個席位,幾乎滿額參賽。大多參賽席位均來自於2015年世界摔跤錦標賽,而古典式59和85公斤級以及女子自由式63公斤級的資格來自於2016年奧運摔跤歐洲區預選賽  之後俄羅斯隊又在土耳其伊斯坦布林舉行的2016年奧運摔跤世界預選賽2上獲得另外兩個參賽席位。  2016年7月6日,俄羅斯摔跤隊公佈了男子自由式專案的參賽名單。7月19日,女子自由式專案的名單也隨即公佈,而隨著7月22日俄羅斯隊公佈男子古典式專案的名單,俄羅斯奧運摔跤陣容已全部確認。  2016年7月28日,國際摔跤總會剝奪了Viktor Lebedev的資格,因為該選手曾有過禁藥史。儘管如此,國際奧委會仍然在8月6日恢復了他的資格。
2016年夏季奧林匹克運動會俄羅斯代表團是俄羅斯所派出的2016年夏季奧林匹克運動會代表團。這是俄羅斯在後蘇聯時代第6次派代表參加夏季奧運會。