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  科馬亞瓜位於特古西加爾巴西北80公里,聖佩德羅蘇拉南約77.6英里。

  在西班牙人征服美洲時期在當地生活的人說蘭卡語。科馬亞瓜建城於1537年12月8日。名義上西班牙人以此以查理五世和聖母無染原罪瞻禮的名義佔領當地。  最初在這裡建城的人把它的地理位置描寫為,離海洋、“尼加拉瓜”的中心和萊昂等距。這裡土地肥沃,有豐盛的草地、大量農作物,空氣良好,天空晴朗。  西班牙人在這裡選擇了一個沒有樹木的高地開始建城分地。  被驅逐的原住民點燃了西班牙人的稻草屋頂,由此把他們在這裡分地的計劃推遲了兩年。

  1540年起長期為宏都拉斯首都。1543年9月3日腓力二世下令地主會議在科馬亞瓜召開。同時他把這個領地授命為聖瑪麗亞的科馬亞瓜的新巴利亞多利德,這個名字是按照他的住所的名字巴利亞多利德起的。  科馬亞瓜位於內地,不會受到海盜的襲擊,它的土壤非常豐沃,適宜農業和畜牧業,加上附近擁有產量很高的銀礦,因此它的居民增長迅速。當時市內的房屋是用木材和瓦建造的。1533年這裡建造了一座修道院。

  1551年在科馬亞瓜建造了一座石教堂。1552年科馬亞瓜的牧師被任命為宏都拉斯的第三任主教。當時宏都拉斯的主教駐地位於特魯希略。而特魯希略正受到英國和法國海盜的劫掠。科馬亞瓜並不是主教駐地,也沒有主教座堂。因此新主教向地主會議申請把主教駐地遷移到科馬亞瓜。估計1559年到1562年之間教宗批准了這個遷移。1560年科馬亞瓜主教在墨西哥正式獲得他的任命書。  1564年科馬亞瓜唯有的教堂被擴建為宏都拉斯的主教座堂,科馬亞瓜成為教省。批准這個遷移的王家證書上寫的日期是1572年。1574年王家銀行也被阿遷到科馬亞瓜,原因是因為科馬亞瓜附近富饒的銀礦。  1577年腓力二世把科馬亞瓜提升為市。1582年國王問科馬亞瓜的教堂作為主教座堂是否合適。主教獲得了錢財僱用工匠把教堂擴建。  估計科馬亞瓜從1555年開始就開始試圖把主教駐地遷到科馬亞瓜了。從1559年到1562年間留下了多分以他的名義簽署的檔案突出科馬亞瓜的優點。要把一個主教的駐地遷移不是一件容易的事情。民事、軍事和教會機構都要贊同才行。  各機構拉長這個過程來防止科馬亞瓜成為一個過於強大的權力中心。科馬亞瓜律屬於新西班牙副王區。  1774年和1804年科馬亞瓜受到地震破壞。  1812年宏都拉斯從西班牙獨立是在科馬亞瓜宣佈的。1817年11月地主會議同意德古斯加巴在除防禦外的所有事物上自主。1821年和1822年科馬亞瓜是阿古斯汀一世的墨西哥帝國中科馬亞瓜省的省會,當時只有在德古斯加巴還有反抗墨西哥佔領的抵抗。從1823年起科馬亞瓜是中美洲聯合省中科馬亞瓜省的省會。  從1823年開始宏都拉斯政府駐地不斷在科馬亞瓜和德古斯加巴之間交替。  1827年5月10日聯合省政府軍隊佔領科馬亞瓜。何塞·迪奧尼西奧·德拉·特里尼達德·德埃雷拉·伊迪亞斯·德爾瓦雷被解職和被捕。  弗朗西斯科·莫拉桑擊退聯合省軍後成為科馬亞瓜省的總督。  1880年10月30日宏都拉斯方才正式遷都特古西加爾巴。  科馬亞瓜作為宏都拉斯長期的政治中心,建築風格具有濃郁的西班牙殖民地風格,近年來已成為旅遊勝地。

  科馬亞瓜有一名為“西班牙足球俱樂部”的足球俱樂部。

  1982年在科馬亞瓜以南15千米處建造了一座三千米寬,20千米長的空軍基地。這是中美洲面積最大的空軍基地。它是以足球戰爭中的一名飛行員命名的。基地上駐有約550名美國軍人,加上650名平民職員。他們的任務是進行人道主義干涉。
科馬亞瓜()是宏都拉斯的一座城市,為科馬亞瓜省省會。