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  1994年盧安達種族滅絕後,盧安達政府多次想嘗試恢復在種族滅絕期間停止營運的前國家航空公司盧安達航空。 各家民營公司都表示有興趣與政府在1997年至2000年間進行合作。並將舊盧安達航空資產全數接收以確保新盧安達航空的持續運營,政府接管並重新替航空公司命名。 盧安達航空公司於2002年12月1日開始運作,作為新的盧安達國家航空公司,名為盧安達航空快運。 2016年,盧安達航空收到國際航空運輸協會的地面作戰安全審計計劃書。

  盧安達航空公司開始在區域範圍內開始擴張,到2009年該公司網路已經包括達累斯薩拉姆,內羅畢以及吉塞尼等國內外目的地。2009年3月,盧安達航空公司註冊了一個新商標“RwandAir Ltd”,它也是目前的正式經營名稱。 2009年6月,航空公司正式從盧安達快運轉向盧安達航空。因為這個新名字意味著一個龐大且嚴格的航空公司,而前者的“快運”意味著一個小型區域性航空。2010年5月,Rene Janata成為執行長,並同時啟用一個常旅客計劃,並開發航空公司官網,使得盧安達航空成為網路運營商。 2010年10月,約翰·梅倫格(John Mirenge)成為盧安達航空公司新任執行長。

  2010年7月,盧安達航空從愛爾蘭航空租賃的第一架波音737-500到期歸還;第二架是在2010年10月20日到期歸還的。兩架都是愛爾蘭航空從通用電氣資本航空服務出租,每個都有二級座艙配置,其中商務艙座位共有12個。  2011年8月,盧安達航空直接從飛機製造商接收了他們的第一架全新飛機。在此之前盧安達航空公司所有的飛機都是二手機。購買的這架飛機是一架波音737-800,內裝為最新的波音天空內裝。這架飛機於太平洋標準時間下午五點半在美國西雅圖的波音艾佛雷特總裝場起飛。它在冰島的雷克雅維克國際機場停靠第一站,然後前往土耳其伊斯坦布林停靠第二站。在長達20小時的飛行後,它終於抵達盧安達的基加利。  2011年10月,盧安達航空公司接收了第二架波音737-800。 2012年1月,該航空公司淘汰了擁有的兩架CRJ200飛機,預計將接收兩架CRJ-900NG。  2013年2月,約翰·梅倫格(John Mirenge)宣佈,盧安達航空公司將於2013年飛往阿克拉,開普敦,哈拉雷,朱巴和桑給巴爾。  2015年5月,盧安達航空正式成為IATA成員。

  

  盧安達航空總部位於基加利國際機場的主樓頂樓,盧安達航空公司以前在基加利的百年大廈設有總部,並於2010年5月將總公司及其業務遷往機場。以前,盧安達航空公司舊總部設在Telcom House。

  盧安達航空由盧安達政府擁有99%,一旦有利可圖且可維持公司獲利,政府希望在2013年之後私有化盧安達航空公司。但這個過程在2008年被放棄了,因為政府在投標時沒有人或公司願意提供出售金額。

  盧安達航空公司已經虧損了多年。詳細的賬目似乎沒有出版,只有少數高層管理人員或政府公佈公佈業務規模的細節。

  截至2019年7月,盧安達航空服務於以下目的地(不包括程式碼共享目的地):

  盧安達航空與以下航空公司擁有程式碼共享:  2009年4月,有關方面宣佈盧安達航空會與布魯塞爾航空實行程式碼共享協議,所有來往布魯塞爾機場及基加利國際機場的航班均會以SN 及 WB的班號營運,作為售票航空公司的盧安達航空亦會出售10個經濟客位予市場2009年9月,盧安達航空與衣索比亞航空簽署程式碼共享協議。2010年5月,盧安達航空與烏干達航空實施程式碼共享協議 唯此協議於2012年3月終止,及後於2013年10月恢復
盧安達航空,是一家以盧安達基加利為基地的100%國營航空公司,成立於2002年,於2003年4月27日正式營運,主要經營國內航線及東非、中非、南非與中東等地的國際航線,近期也開始飛航歐洲地區的航線,其樞紐為基加利國際機場。