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  和歐美國家不同,日本的傳統宗教,不論神道教、佛教還是儒教均沒有對LGBT的明顯反對,事實上在古代日本還流行過所謂的男風文化,許多知名的日本歷史人物也均有關係密切的男性伴侶。  在明治時代,西方文化引進日本後,肛交曾被1872年《雞姦律條例》及1873年《改定律例》認定有罪。但1880年參照法國刑法制定的舊刑法未規管肛交,同法1882年施行後雞姦罪即告消滅。自此,日本沒有任何法律反對同性戀,但相較於古代,現今的日本社會對同性戀看法仍保守許多。

  性取向不被日本民事法律保護,也就意味著在日本的LGBT族群在很多情況下,面臨歧視的時候無法引用法律依據,比如就業、教育、住房、醫療保險、銀行及公共住房。  儘管同等權利法(日本)在過去十年裡被修訂了很多次,在這些修訂中重點關注了性別歧視和工作場所中的性騷擾。同時日本政府拒絕擴大保障範圍至卻對性別認定上的歧視。  1997年,日本同性戀運動協會在起訴東京政府禁止同性戀使用大都市青年住房的案例中勝訴。儘管沒有擴大到反對其它由政府支援的性取向歧視範圍,但這起案件經常被作為民權的例子在法庭上被引用。自此,東京政府通過了相關法律禁止在工作上的性別認定歧視。  2015年3月31日,日本東京都澀谷區議會通過了承認同性伴侶關係的新條例,以保障該群體在租房、醫療探視等方面的權益。這是日本乃至亞洲的首部同性伴侶條例。該條例於同年4月1日生效。  2015年11月5日,東京人口最多的世田谷區當天下午開始發同性伴侶登記宣誓證書。  2016年4月1日,日本三重縣伊賀市正式開始承認同性伴侶、開始發放同性伴侶證書,證書的作用在該市相當於結婚證,這是繼東京的澀谷區、世田谷區之後,日本第三個辦理同性伴侶證書的地方政府,這些證書還獲得日本一些大公司承認。 2016年6月1日,寶冢正式承認同性伴侶並開始發放同性伴侶證書。住在該市年滿20歲的同性伴侶可申請,相當於結婚證,例如伴侶可共同申請市政府管理的住房。  2016年7月8日,那霸市開始受理同性伴侶證書的申請。居住在該市,年滿二十週歲的同性伴侶可以申請。  2017年6月1日起,日本札幌市政府開始發放同性伴侶宣誓證書,當天已有幾對同性戀情侶拿證。札幌市是日本第六個承認同性伴侶的地區,是目前發同性伴侶證的日本最大城市。證書可用於住房、保險等方面,日本有不少公司也把這類證書作為僱員同性配偶福利或客戶家屬的憑證。  2018年4月2日,日本福岡市政府開始承認同性伴侶、發伴侶證書(物件包括同性戀或跨性別者),市長在市政廳為第一對申請的伴侶發放了宣誓證書。  2018年7月9日,日本大阪市開始發同性伴侶證書,市長當天在市政廳為第一批共3對同性戀伴侶簽發了證書,這幾對伴侶在簽署宣誓書之後從市長手裡領到卡片樣式的證明。市長在現場講話表示希望國家立法承認同性伴侶。  此外,截至2018年9月1日。日本已有8個地方政府承認同性伴侶關係的合法性,另有長崎、崎玉、千葉、東京中野區等地政府均計劃在近期內陸續開放同性伴侶關係的註冊。

  2004年,《》施行,允許公民在經過變性手術後更改自己的法律性別。

  同性婚姻目前不被認可。同性伴侶關係在日本其它地區亦均不被承認。

  日本厚生勞動省於2011年制定小孩領養手冊,各地方政府得以依據該手冊自行認可小孩領養申請。而在這手冊上,在欲申請為養父母的條件上並沒有直接將同性伴侶排除在外,厚生勞動省家庭福祉課表示:「依據手冊,同性伴侶欲申請成為養父母是有機會的」,但實際上並不確定是否能申請通過。  大阪市針對欲領養小孩的大人設定了「兒童相談所」(こども相談センター),透過面試、理解制度上的計劃與意願等,領養意願者接受約一星期的課程後就可以申請領養小孩,交由專家組成的社會福祉審議會諮詢,最後再交由市長認可。成為受認可的「裡親」之後,才得以配對適合的小孩。  「裡親」(寄養)制度不同於日本既有的養父母「收養」制度。「收養」僅限於「已婚夫婦」共同收養小孩,但「裡親」制在設計上則是強調「具有照顧、扶養小孩」能力的「大人」皆可申請。  大阪市「裡親」制度,於2016年12月認可第一對同性伴侶申請成功。

  基於1958年的《賣春防止法》,賣淫在日本被認定有罪。由於同性性行為在日本法律中不被認為是性行為,而是被認為一種和性行為類似的行為(),所以同性賣淫經常被地方性的法律處罰。

  LGBT權益在日本很少被公開討論,多數政黨也沒有發表任何正式態度,但一般認為現今日本政府對於LGBT權益的看法與歐美和拉美國家相比較仍舊保守許多。

  日本古代幾乎沒有反對或迫害LGBT權益的歷史,相反的是在當時反而對異性戀之間的男女相處有其嚴格的規範,但自江戶幕府後期和明治維新後,日本社會對於LGBT權益的看法變得保守許多,甚至在1873年之後的七年間同性戀還一度會認為是違法的,讓很多LGBT人士多隻能生活在社會底層或是在被迫過雙面人的生活,不過近年來日本社會已經開始慢慢正式注意到相關的議題並開始向政府爭取其權益,年輕世代也多支援給予LGBT相關人士更多法律上的保障。
LGBT權益雖然在日本不被民事法律保護,不過同性性行為在日本是合法的。目前沒有國家層面的法律反對或認可同性戀關係。同性戀在日本國憲法、民事或刑事法律檔案中均未提及。