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  到1821年為止巴拿馬是西班牙在美洲的殖民地之一。1821年巴拿馬加入到了西蒙·玻利瓦爾所建立的大哥倫比亞共和國,與南美洲的鄰國哥倫比亞共和國形成了聯盟關係。自1821年聯盟的形成至1903年巴拿馬宣佈獨立期間,巴拿馬使用了哥倫比亞的國旗。但在哥倫比亞旗幟中央的盾牌下,繡有“地峽領域”(Departamento del Istmo)的字樣。這代表著巴拿馬當時僅被哥倫比亞政府視為一個領域管理。1855年至1885年間,巴拿馬境內不少脫離哥倫比亞的獨立運動得到了興起。巴拿馬的名稱從“地峽領域”改為“巴拿馬聯邦州”(Estado Federal de Panamá),國旗盾牌下的字紋也隨著改成了“巴拿馬州”(Estado de Panamá)。1885年後,又改為“巴拿馬省”(Provincia de Panamá)的字樣。

  1903年10月,巴拿馬脫離哥倫比亞的前一月,即將成為巴拿馬共和國領導人的菲利普·瓦里拉在去紐約的旅行中,獻給巴拿馬獨立運動領袖阿馬多爾·格雷羅他自己設計的新巴拿馬共和國國旗。但此旗並未被採納。

  1903年11月,巴拿馬獨立,遂採用白底紅藍星加紅藍色塊旗,次年國旗圖案作出調整。
巴拿馬國旗是代表中美洲南端巴拿馬共和國政府的合法國旗。這面旗幟也是巴拿馬共和國境內最為人知的國家象徵。巴拿馬國旗是一面分為4個部位的2:3比例長方形:左上角為白底與五角海藍星;左下角為海藍底;右上角為紅底;右下角為白底與五角紅星。