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  柏林最初是易北河東北的一片沼澤地,當時這裡有西斯拉夫人部落的兩個聚落點,名字分別是柏林(Berlin)和科恩(Cölln)。直到12世紀,日耳曼人驅逐了定居在這裡的斯拉夫人後,才在施普雷河畔建立兩個村鎮,並且沿用了其斯拉夫名字。柏林在1237年建成,位於施普雷河東岸,是商人的聚居區,科恩位於施普雷河西岸,是漁村。

  1701年,選帝侯腓特烈一世加冕為普魯士國王,柏林成為普魯士王國的首都。從18世紀的腓特烈·威廉一世和腓特烈大帝開始,柏林在中世紀的老城區西部修建了大量的巴洛克式和洛可可式建築,組成了被稱為“腓特烈城”()的新城區。其西部邊界是三座廣場及城門:巴黎廣場和勃蘭登堡門();萊比錫廣場和波茨坦門();美盟廣場和哈勒門()。  柏林在七年戰爭中曾被奧地利和俄國軍隊佔領,1806年被法國軍隊佔領。雖然城市沒有遭到嚴重的破壞,但是拿破崙下令將勃蘭登堡門上的勝利女神馬車拆下來運回法國,並於1814年才歸還。  從19世紀初開始,柏林再次進行大規模擴建。建築師朗漢斯()和申克爾()修建了眾多新古典主義紀念建築,如國家劇院、遠古博物館、國立美術館、勃蘭登堡門、菩提樹下大街,以及博物館島的眾多博物館建築:老博物館、新博物館、國家美術館、帕加蒙博物館、腓特烈皇帝博物館。柏林為此獲得了“施普雷河畔的雅典”的稱號。  另一方面,普魯士皇家園林總監林奈對柏林的城市綠化作出了出色的規劃,建設了以蒂爾加滕公園為中心的大規模城市綠化帶,修建了由菩提樹下大街和夏洛滕堡大街組成的柏林“東西軸線”,連線起柏林東部政府區與西部商業和園林區。  1810年,柏林洪堡大學成立。從1837年起,普魯士開始了工業化程序,在柏林建立起西門子等工廠。1848年革命時,柏林也發生了起義。

  1933年1月30日,希特勒成為德國總理。同年2月27日發生了國會縱火案。1936年在柏林舉辦了第16屆奧運會,納粹德國將其作為展示自己的櫥窗。1938年的水晶之夜事件中,柏林發生了打砸搶猶太人財產的事件。

  1939年第二次世界大戰爆發,希特勒幻想在戰後將柏林建設為其歐洲帝國的首都,更名為“日耳曼尼亞”(Germania)。他的御用建築師斯佩爾為此設計了龐大的沙盤模型。  第二次世界大戰後期,由於盟軍的空襲和蘇聯紅軍的進攻,柏林市遭到毀滅性的破壞。1943年11月22日,英國皇家空軍派出764架轟炸機,展開大規模轟炸柏林的“柏林戰役”,炸燬了東起蒂爾加滕和夏洛滕堡、西至斯潘道和西門子施塔特的整片區域。從1943年11月到1944年2月,“柏林戰役”一共對柏林發起13次大規模空襲,其中9次的轟炸規模在500架以上,摧毀了柏林1/4的市區,四郊和市區內的150多座電氣、軍火、通訊裝置和軸承工廠,炸死1萬多人,並使150萬人無家可歸。市區90%的建築被摧毀,樹木全部被砍光,水電系統也遭到破壞。  1945年4月16日,蘇聯紅軍調集了22000門大炮和白俄羅斯方面軍的10個集團軍,開始對柏林的總攻。5月1日蘇聯紅軍的旗幟插上了勃蘭登堡門和國會大廈。5月8日德國投降。

  隨著盟軍在第二次世界大戰中的勝利,柏林也按照戰前柏林的行政區界線被分成兩個部分——由蘇聯控制的東柏林(範圍包括戰前23區中的12個區),以及由美國、英國、與法國控制的西柏林。柏林變成了蘇美冷戰的聚集點。  1948年為了反對盟國在德國西部實行的貨幣改革,以及迫使盟軍退出柏林,蘇聯對柏林展開了長達半年的封鎖。盟國通過柏林空運挫敗了蘇聯的企圖。  1953年6月17日,東柏林工人展開了抗議生活水平下降而舉行起義,起義不久即被蘇聯軍隊鎮壓下去。1958年11月10日,赫魯曉夫宣稱四大國對柏林的佔領已經過時,要求美英法從西柏林撤軍,並稱6個月之內西柏林應當成為蘇軍可以自由進出的“自由城市”。

  1991年,德國議會投票決定在2000年之前將首都從波恩遷回柏林。此後柏林展開了大規模的重建工作。在國會大廈北面修建了新的國會和總理府。以前是柏林牆腳下佈滿地雷的警戒地帶的波茨坦廣場重新成為柏林的商業中心。德國已經恢復了其在歐洲的文化和經濟中心地位。
柏林歷史相較於歐洲其他大城市而言是比較短暫,大約可以追溯至13世紀。在這段期間,柏林從一個商人聚居區成為德國的首都。