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  費歇爾出生在德國科隆地區的奧伊斯基興小鎮,父親是一個商人。以優異成績從中學畢業後,他本想進入大學學習自然科學特別是物理學,但他的父親強迫他從事家族生意,直到確定他的兒子不合適經商,不得不說“這個孩子太蠢成不了商人,只能去讀書”。費歇爾從而進入波恩大學學習化學,曾經上過凱庫勒等人的化學課程。1872年他轉學到德國在阿爾薩斯-洛林地區建立的威廉皇帝大學(現今的斯特拉斯堡大學,目前該大學化學系的一間階梯教室以費歇爾命名)以求繼續學習物理,卻在阿道夫·馮·拜爾的影響下,決定終生從事化學。1874年以對熒光黃和酚酞染料的的性質進行研究獲得博士學位,並被任命為助理講師。

  

  在斯特拉斯堡的臨時講師任上,費歇爾作出了自己在化學上的第一個重要發現,使用亞硫酸鹽還原重氮苯,合成了苯肼(CHNHNH)。以苯肼為起點,他和他的表弟奧托·費歇爾一起研究肼類的性質,他們提出了從三苯甲烷生產染料的新合成路線,並通過實驗證明了這一方法的正確。1875年阿道夫·馮·拜爾被邀請前往慕尼黑大學接替1873年去世的李比希留下的化學系教授的教職,費歇爾跟隨阿道夫·馮·拜爾前往,成為阿道夫·馮·拜爾在有機化學研究上的一名助手。 1879年費歇爾被慕尼黑大學任命為分析化學的副教授,並拒絕了來自亞琛工業大學的擔任化學系主任的邀請。1881年他被埃爾朗根-紐倫堡大學任命為正教授,對茶葉、咖啡和可可等飲料的組分進行研究,分離並分析了茶鹼、咖啡因和可可鹼等,進一步闡明瞭這些化合物和尿酸都是一個雜環化合物的衍生物。這個化合物便是嘌呤,是由一個嘧啶環和一個咪唑環雜合的雜環化合物,是重要的代謝物之一。

  1883年他接受巴登苯胺蘇打廠(巴斯夫股份公司的前身)的邀請,前往擔任其實驗室負責人。期間他開始了對糖類的研究。1880年以前,人們已經測出葡萄糖的化學式是CHO,並通過葡萄糖可以發生銀鏡反應和裴林反應推測葡萄糖中存在醛基。費歇爾結合前人的成就和自己對肼類的研究進行了大量的實驗。他首先研究了葡萄糖的性質,如葡萄糖被氧化為葡萄糖酸,葡萄糖被還原為醇,糖類與苯肼的反應形成苯腙和脎,後者成為確定糖類的特徵鑑別反應。  1888年到1892年他成為維爾茨堡大學化學系教授,這是他覺得很快樂的一段時間,他喜歡去附近的黑森林散步,對其中生長的地衣進行了研究,這一階段他最大的貢獻是提出了有機化學中描述立體構型的重要方法—費歇爾投影式,豎直線代表遠離觀察者的化學鍵,水平線代表朝向觀察者的化學鍵,這樣將三維結構的分子用二維形式表達出來,使得研究者便於互相交流。1892年他接替剛剛去世的奧古斯特·威廉·馮·霍夫曼任柏林大學化學系主任一直到1919年去世。在柏林,費歇爾總結當時所有已知糖的立體構型他接受了雅各布斯·亨裡克斯·範托夫的葡萄糖中存在四個手性碳原子的觀點,確定了葡萄糖的鏈狀結構,並認為葡萄糖應該有2的四次方=16種立體異構體。並且自己合成了其中的異葡萄糖、甘露糖和伊杜糖。  1899年到1908年費歇爾對蛋白質的組成和性質進行了開創性的研究。在費歇爾之前,李比希等人試影象小分子一樣用簡單的化學式來描述蛋白質,但遇到了困難。費歇爾首先提出氨基酸通過肽鍵(-CONH-)結合所形成的多肽,多肽正是蛋白質的水解產物。在實驗上,費歇爾改進了測試氨基酸的辦法,發現了新的環狀氨基酸脯氨酸和氧脯氨酸。他還嘗試使用光反應來讓氨基酸合成蛋白質。併合成了二肽,三肽和多肽(含18個氨基酸)。給後來桑格等人對蛋白質結構的進一步研究奠定了方法基礎。  費歇爾的後半生得到了很多榮譽。他是劍橋大學、曼徹斯特大學和布魯塞爾自由大學的榮譽博士。他還榮獲普魯士秩序勳章和馬克西米利安藝術和科學勳章。在1902年,他因對糖和嘌呤的合成被授予諾貝爾化學獎。但生活是悲慘的,他的一個兒子在第一次世界大戰中陣亡。另一個兒子在25歲時因忍受不了徵兵的嚴厲訓練而自殺。費歇爾因此陷入抑鬱之中,並於1919年在柏林自殺。費歇爾的長子 Hermann Otto Laurenz Fischer在加州大學伯克利分校任教,從1948年直到他於1960年逝世,他對有機化學和生物化學有一定貢獻。
赫爾曼·埃米爾·費歇爾(,1852年-10月9日-1919年-7月15日),德國有機化學家。他合成了苯肼,引入肼類作為研究糖類結構的有力手段,併合成了多種糖類,在理論上搞清了葡萄糖的結構,總結闡述了糖類普遍具有的立體異構現象,用費歇爾投影式描述之。他確定了咖啡因、茶鹼、尿酸等物質都是嘌呤的衍生物,合成了嘌呤。他開拓了對蛋白質的研究,確定了氨基酸通過肽鍵形成多肽,併成功合成了多肽。1902年他費歇爾因對嘌呤和糖類的合成研究被授予諾貝爾化學獎。