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  當時東林黨人士吏部尚書趙南星,在朝廷中排斥反對派,於是非東林派憤而結交魏忠賢。1624年,魏忠賢遭到楊漣的彈劾,但逃過一劫,於是開始大規模迫害鎮壓東林黨人士,並收集東林黨名錄,製作《點將錄》《天鑑錄》。天啟五年(1625年),東林黨的左光斗、楊漣、周起元、周順昌、繆昌期等東林六君子因熊廷弼事件一案遭到彈劾,魏忠賢趁機大肆搜捕東林黨人。但也有人認為,這是出於熹宗的授意,而非魏忠賢矯旨。天啟六年,魏忠賢又逼死了高攀龍、殺害了周宗建、黃尊素、李應升等東林七賢,東林書院被全部拆毀,講學亦告中止。東林黨在北京朝廷中顯露了的勢力幾乎被消滅,時東林“累累相接,駢首就誅”,但東林黨根基深厚,在北京未露面的勢力仍然遠遠超過反對者的力量,並且東林黨南方的力量幾乎未被觸動,這也是日後崇禎登基後東林黨反撲的力量來源。  魏忠賢與皇帝乳母客氏結成政治同盟,從而極受皇帝寵信,人稱“九千歲”(意謂在號稱千歲的親王之上,近於號稱萬歲的皇帝),有些人乾脆叫他“九千九百歲”“舉朝阿諛順指者但拜為幹父,行五拜三叩頭禮,口呼九千九百歲爺爺。”自己也在民間養了不少義子,如五虎、五彪、十狗、十孩兒、四十孫等。自內閣、六部至四方總督、巡撫,遍置死黨,在其全盛時期,各地官吏阿諛奉承,紛紛為他設立生祠,薊遼總督閻鳴泰建生祠於薊州、密雲、昌平、通州、涿州、河間、保定,宣大總督張樸建生祠於宣府、大同。天啟五年(1625年)賜魏忠賢“顧命元臣”印。魏廣微、顧秉謙、劉志選、曹欽程、王紹徽、霍維華、閻鳴泰、賈繼春、田爾耕、許顯純等大臣,將政權拱手相讓,甘心淪為幫凶,道德與氣節淪喪,時人譏為“門生宰相”、“魏家閣老”。天啟六年十月,袁崇煥疏頌魏忠賢;天啟七年四月七日,袁崇煥請立生祠。魏忠賢六十大壽,“天下督撫、總鎮競投密獻、異寶、諛詞。廷臣自三公、九卿......稱觴者,衣紫拖金,填街塞戶。金卮玉斝,鐫姓雕名,錦屏繡障,稱功頌德”,第一位提出建生祠的是浙江巡撫潘汝禎。

  天啟七年(1627年)熹宗病危,召見信王朱由檢說“吾弟當為堯舜”,又說“忠賢宜委用”,並召諭廷臣說,魏忠賢等“皆恪謹忠貞、可計大事。”黃立極等對曰:“陛下任賢勿貳,諸臣敢不仰體?”信王素厭惡閹黨專權,不為魏忠賢所容,常稱病不朝。據說魏忠賢曾與兵部尚書崔呈秀密謀政變,不料呈秀膽小驚慌說:“恐外有義兵。”是年八月二十三日,熹宗駕崩,無子,遺命由弟朱由檢繼位,年號崇禎。不久嘉興貢生錢嘉徵彈劾魏忠賢十大罪狀:一併帝;二蔑後;三弄兵;四無二祖列宗;五克削藩封;六無聖;七濫爵;八掩邊功;九傷民財;十通關節。崇禎召魏忠賢至殿上,命宦官當眾宣讀錢嘉徵奏疏,忠賢面如土色,以重金拜託皇帝身邊的老宦官徐應元求情。徐勸他辭職,於是忠賢請辭獲准。  同年十一月一日,詔忠賢至鳳陽看顧皇室祖墳,魏忠賢在鳳陽途中,仍豢養一批亡命之徒,崇禎聞後大怒,命錦衣衛前去逮捕,押回京師審判。李永貞得知訊息,連忙派人密報魏忠賢。魏忠賢自知難逃一死,在阜城南關尤氏旅店與同夥李朝欽痛飲至四更,最後懸樑自盡。據記載,當晚有書生夜宿魏忠賢所住旅館,作歌譏諷魏忠賢,促使魏忠賢選擇自殺。  忠賢屍體被挖出後,任人千刀萬剮。思宗下令清查“閹黨逆案”。一共清查出首逆同謀六人,交結近侍十九人,交結近侍次等十一人,逆孽軍犯三十五人,諂附擁戴軍犯十五人,交結近侍又次等一百二十八人,祠頌四十四人,共計二百五十八人,再加上漏網之魚五十七人,共計三百一十五人。忠賢的情婦客氏、忠賢侄魏良卿俱被殺。

  明代馮夢龍撰《燕都日記》記載,李自成攻陷北京前夕,大廈將傾之際,崇禎帝念及魏忠賢昔日的事功,在太監曹化淳建議下,收葬魏忠賢的遺骸於香山碧雲寺(後於康熙四十年,即1701年被搗毀)。但《明史》、《崇禎長編》和《崇禎實錄》等明朝正史均未見相關記載,此說的真實性存疑。

  在由中國文史學者劉繼興和劉秉光所著的《歷史上那些帝王們》一書中認為:“平心而論,魏忠賢為鞏固個人權勢,未免有黨同伐異、殘忍歹毒的罪惡一面,但從他曾經力排眾議、大膽起用遼陽戰敗後遭受讒言的熊廷弼,不徇私情、果斷罷免寧錦一戰中畏縮不出的袁崇煥,曾拋開私怨、違心推薦趙南星、孫承宗等一批能臣直臣等諸多方面,可以看出他還是心繫國家、講求原則的。魏忠賢主政期間,國內形勢良好,遼東局勢平穩,這層能力、這種魄力、這份功績,還是應該被認同和肯定的。”  但這種說法與史料記載有出入:
魏忠賢(1568年-2月27日-1627年-12月11日),原名魏四,入宮後改名李進忠。由才人王氏複姓,複名王其,出任司禮監秉筆太監後,複姓魏,改名忠賢,字完吾。中國明朝末期宦官(內璫),人稱魏璫。直隸肅寧縣(今河北滄州肅寧縣)人,在天啟年間與東林黨人爆發激烈的東林黨爭,拉攏齊楚浙黨官吏加入自己一方,是為閹黨。崇禎帝即位後遭整肅、流放,畏罪自殺,崇禎帝依然憤怒,將其屍體凌遲。