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  二次大戰之後,數間小型私營航空公司在馬耳他成立,分別是Malta Instone Airline、BAS(馬耳他)有限公司及Malta Airways。在1947年,前兩間公司因競爭劇烈而合併為Air Malta Ltd。1951年,Malta Airways在與英國歐洲航空的合同下,把所有Air Malta Ltd的營運吞併,並繼續營運至1973年。Air Malta Ltd的擁有人沿用他們的物業、員工及裝置,併成立名為馬耳他民航服務(Malta Aviation Services,MAS)的地勤服務公司。  1970年代初,馬耳他政府邀請一些有合作伙伴關係的國際航空公司,成立一間航空公司;巴基斯坦國際航空被選中,新航空公司隨之而成立。新成立之航空公司於1973年3月31日成立,的名字是馬耳他航空有限公司(Air Malta Co Ltd),與承先者相似;英國歐洲航空繼續營運馬耳他的航班,直至馬耳他航空首個航班在1974年4月1日投入服務為止。與此同時,Malta Airlines和Malta Aviation Services雙雙被政府接管。  馬耳他航空在營運初期,溼租2架波音720B客機,服務馬耳他往返羅馬、的黎波里、倫敦、曼徹斯特、法蘭克福及巴黎的航線,稍後再購入3架同款飛機,並把原本溼租的2架也一併購入。  1981年,溼租了3架波音737-200,1983年,3架新購入的737-200投入服務,再於1986年增購3架。1987年,馬耳他航空首次訂購空中客車A320飛機,再於1989年獲得1架A320之選購權。1992年,訂購了3架波音737-300客機及4架Avro RJ70,新增4個新航點:卡塔尼亞、巴勒莫、突尼西亞、莫納斯提爾。  新馬耳他國際機場於1992年啟用後,馬耳他航空創立了貨運系統(CargoSystems),機隊開始同時擔當客貨運角色。1994年,馬耳他航空貨運中心正式成立。  2002至2007年期間,馬耳他航空展開更新機隊計劃,全數更換為A319及A320,令平均機下降至2.5年;整批飛的最後一架是A320(編號:9H-AEQ),於2007年3月22日投入服務。  馬耳他航空與其他191間IATA成員的航空公司有票務合同,根據歐洲航空公司協會在2006年首季回顧資料,馬耳他航空是各會員航空公司中,行李損失率是最低的,每1000名乘客中,只損失4.1件行李。  馬耳他航空共有僱員1,547人,股權分佈為:馬耳他政府(98%)、私人投資者(2%)。馬耳他航空亦持有Medavia的25%股份。.

  截至2009年7月,馬耳他航空的目的地如下:

  馬耳他航空的機隊如下:

  1988年12月,泛美航空103號班機在英格蘭洛克比上空被塑膠炸彈炸燬,而這個炸彈是由馬耳他航空180號班機轉運至泛美航空的班機上的。  1997年6月9日,馬耳他航空830號班機,機型波音737-2Y5(編號:9H-ABF)被2名土耳其人騎劫,飛機在科隆安全降落,2名劫機者被德國警方拘捕,機上所有人員安然無恙。  馬耳他航空自1973年成立以來,從未發生過有人傷亡的意外,可說是安全記錄最好的航空公司之一。
馬耳他航空(英語:Air Malta)是馬耳他的國家航空公司,總部及樞紐均位於馬耳他國際機場,服務歐洲及北非合共36個城市。