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  378年,由於前任瓦倫提尼安王朝的皇帝格拉提安從戰死阿德里安堡的時任東部皇帝瓦倫斯手中繼承了整個帝國,狄奧多西被皇帝格拉提安授予東部諸省的統治權,而格拉提安則統治西部帝國直到383年。在格拉提安和繼任者瓦倫提尼安二世去世之後,狄奧多西再次成為統一整個羅馬帝國的東西兩部分,史稱狄奧多西一世大帝。  狄奧多西在任上曾釋出一系列宗教敕令(如著名的《薩洛尼卡敕令》),使尼西亞派基督教最終得以成為羅馬帝國國教和唯一正統宗教。狄奧多西解散了羅馬的維斯塔聖女會, 並對來自古希臘奧林匹克運動會上的各種異教儀式釋出了禁令,同時對全國各地對古希臘神廟的破壞持觀望態度,如德爾菲著名的阿波羅神廟就在此時被拆毀。  395年狄奧多西一世死後,羅馬帝國再次在他的兩個兒子中分裂,長子阿卡狄烏斯繼承了東部帝國,而霍諾留則繼承了西部帝國,此後帝國再也沒被重新統一,雖然後來的皇帝澤諾在480年尤利烏斯·尼波斯死後自稱為統一的“羅馬帝國皇帝”。

  阿卡狄烏斯是個較為文弱的君主,在皇位上被一系列權臣所左右,而相比於處理帝國內政與軍事,似乎更加熱衷於做一個虔誠的基督教徒。首位宮廷顧問魯菲努斯與西部帝國的軍事長官汪達爾人弗拉維斯·斯提里科之間漸生嫌隙,而後者則有可能於395年派人將其刺殺。此後阿卡狄烏斯的宮廷顧問還包括皇后艾麗婭·尤多西婭、普世牧首約翰一世以及禁衛軍長官安西米烏斯。

  狄奧多西二世,也被稱作“小狄奧多西”在其父阿卡狄烏斯於408年去世之後成為東羅馬帝國皇帝,時年七歲。前朝元老禁衛軍長官安西米烏斯繼續擔任其宮廷顧問,併成為東帝國的實際統治者。君士坦丁堡的狄奧多西城牆的修建在狄奧多西二世時期得以完成。  狄奧多西二世的姐姐普爾喀麗亞被授予“奧古斯塔”(女皇)稱號並於414年成為攝政。儘管她的攝政於416年結束,同年狄奧多西自己成為“奧古斯都”,但是普爾喀麗亞得以繼續左右帝國政府的各項決策。狄奧多西受姐姐的影響,開始對基督教產生更大的興趣,因此他在420年上半年對薩珊波斯宣戰,因為後者境內發生了大規模迫害基督教徒的事件。然而一年之後他就不得不暫緩與薩珊波斯的矛盾,因為匈人正朝君士坦丁堡進軍。此後帝國與匈人的衝突常常伴隨著匈人無止境的劫掠,而帝國被迫向匈人支付鉅額貢金而使其在東帝國境內有所收斂。  在423年西部皇帝霍諾留死後,狄奧多西二世支援瓦倫提尼安三世繼承西部皇位,最終瓦倫提尼安三世於425年就任西部皇帝。為了進一步鞏固東西兩個帝國間的聯絡,狄奧多西的女兒裡西尼婭·尤多西婭被許配給了瓦倫提尼安三世。  450年,狄奧多西二世在外出時死於意外事故,他在東部帝國的皇位由他姐姐普爾凱莉亞的丈夫馬爾西安繼承。

  馬爾西安即位時,相比於狄奧多西二世時期,帝國各方面的政策都被逆轉,尤其是在對於阿提拉的態度及外交政策,以及國內的宗教政策這兩方面。當時的阿提拉正在義大利半島上劫掠,而馬爾西安則停止了從狄奧多西二世時期開始的獻給阿提拉的貢金,他還親自領兵跨過多瑙河,深入匈人腹地,並對當地匈人取得大捷。因為馬爾西安在後方的襲擾,以及當時義大利半島饑荒肆虐,阿提拉被迫返回匈牙利平原,卻在453年死在那裡。阿提拉死後,匈人帝國開始動搖,馬爾西安開始允許先前匈人帝國管理之下的其它蠻族進入東部帝國境內生活,許以土地,並讓他們為帝國效力,作為蠻盟部隊。  451年,馬爾西安在首都附近召集舉辦了卡爾西頓大公會議,並在此會議上一反兩年前第二次以弗所公會議上的決議,界定了“基督的神人二性”,正式將基督一性論定為異端。  457年馬爾西安死後,馬爾西安的皇位被利奧一世繼承,後者開啟了一個新王朝,即利奧王朝。
東羅馬帝國從379年狄奧多西一世登基時開始由狄奧多西王朝統治,到457年皇帝馬爾西安去世。在狄奧多西王朝統治時期,羅馬帝國再一次,但也是最後一次分裂成東西兩部分,在395年阿卡狄烏斯和霍諾留分別擔任帝國東部和西部的皇帝。雖然在此之前,羅馬帝國曾數次分裂,但是在395年之後,一個統一的羅馬帝國就此成為歷史。狄奧多西一世的子嗣們在很大程度上促成了5世紀帝國的風雨飄搖,並最終導致西部帝國的完全崩潰與滅亡。