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  在APG III分類法中,無油樟目、睡蓮目及木蘭藤目形成了被子植物的基底旁系群,而木蘭類植物、單子葉植物及真雙子葉植物則形成了被子植物的核心類群,其中金粟蘭目及金魚藻目各別是木蘭類及真雙子葉植物的旁系群。  在單子葉植物之下,鴨跖草類植物成為了其核心類群,而在真雙子葉植物之下,薔薇類及菊類則是核心真雙子葉植物最主要的兩大分支。其中,薔薇類的核心類群主要由豆類植物(即APG II裡的真薔薇I)及錦葵類植物(真薔薇II)組成;菊類的核心則由脣形類(真菊I)及桔梗類(真菊II)植物組成。  被子植物的主要分類如下:

  APG是依據基因親緣關係將被子植物分類,每個分類單位都是一個單系群,被子植物各分支的關係如下,部分地位未定的科(屬於真雙子葉植物)未在此列出:
被子植物APG III分類法是被子植物種系發生學組(APG)繼1998年APG I及2003年APG II之後,花了6年半修訂的被子植物分類法,於2009年10月正式在林奈學會植物學報發表。於2016年被APG IV取代。