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  斐迪南一世是勃艮第伯爵腓力六世與其妻卡斯蒂利亞女王胡安娜的兒子,生於馬德里附近的埃納雷斯堡。  斐迪南早年在西班牙接受教育。1521年,他的哥哥西班牙國王兼神聖羅馬帝國皇帝查理五世任命他為奧地利的統治者,並且是皇帝在德意志的全權代理人。  1526年匈牙利兼波希米亞國王拉約什二世在與奧斯曼帝國的第一次摩哈赤戰役中陣亡後,斐迪南當選為這兩國的國王(他的妻子安娜是拉約什二世的姐姐)。由於大片匈牙利國土為奧斯曼帝國佔領,斐迪南實際僅能控制匈牙利的一小部分。在與反對哈布斯堡王朝的特蘭西瓦尼亞統帥扎波堯伊·亞諾什長期鬥爭之後,他才在這部分領地上站住腳。土耳其人在1529年和1533年兩次圍攻維也納,造成巨大危機;到局勢穩定時,斐迪南控制匈牙利西部(皇家匈牙利)),扎波堯伊·亞諾什(在奧斯曼帝國保護下)控制匈牙利東部(匈牙利東部王國),而南部地區被奧斯曼帝國吞併。  1531年,德意志選侯選舉斐迪南為“羅馬人民的國王”,使他成為查理五世皇帝的直接繼承者。由於斐迪南企圖利用捷克軍隊去鎮壓德意志新教徒,波希米亞在1547年曾發生一次叛亂。  當施馬爾卡爾登聯盟進行反查理五世的戰爭時,斐迪南極支援其兄壓制德意志地區的新教諸侯。1552年新的宗教戰爭爆發時,他又充當查理五世與施馬爾卡爾登聯盟之間的調解人(查理在這次戰爭中失敗)。在扎波堯伊·亞諾什去世後,他的遺孀伊莎貝拉·雅蓋隆將特蘭西瓦尼亞和匈牙利東部割讓給斐迪南(1551年魏森堡條約);但由於奧斯曼帝國的壓力,斐迪南並不能進行有效統治。1554年斐迪南曾派遣使者到伊斯坦布林去,希望和蘇萊曼一世蘇丹商討締結一份邊界條約。  1556年9月12日,查理五世宣佈讓位於斐迪南,後者遂成為神聖羅馬帝國皇帝(一般認為到1558年查理五世去世後才是斐迪南的正式在位時期)。可能是迫於大臣與諸侯的壓力,查理五世排除了他的兒子謹慎者腓力成為皇帝的可能,這就永遠阻止了奧地利-西班牙的合併或者成為共主邦聯,因為奧地利和神聖羅馬帝國的皇位由斐迪南的後代繼承。  作為皇帝,斐迪南一世的統治比較安定。他小心地維持著與奧斯曼帝國的相對和平。在內政方面,斐迪南傾向於中央集權。他在1527年頒佈過一部對哈布斯堡家族世襲領地有效的憲法。但是,來自匈牙利和捷克大貴族的反對迫使斐迪南放棄了將這些國家完全納入奧地利統治的做法,他在1559年承認這些國家的獨立地位。  1564年斐迪南一世在維也納去世,遺體葬於布拉格聖維特大教堂。

  斐迪南在1521年5月25日與波希米亞兼匈牙利國王弗拉迪斯拉夫四世的女兒安娜·雅蓋洛結婚,這樁婚姻使波希米亞與匈牙利兩國成為哈布斯堡王朝領地。斐迪南夫婦的子女有:
斐迪南一世(德語:Ferdinand I,1503年-3月10日-1564年-7月25日)哈布斯堡王朝的奧地利大公和神聖羅馬帝國皇帝(1556年起;1558年加冕)。他也是匈牙利和波希米亞的國王(1526年-1564年)。