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  灌腸的主要醫學用途有:  直到20世紀,有些地方(例如美國)灌腸是很常見的程式,被用來治療發熱。另外產婦臨盆之前用其引發分娩並防止分娩過程中的糞便感染,不過現在因為優點不明顯而且不舒服已不常用。

  現在多數灌腸劑是一次性用途的瓶裝,上端帶有管狀開口;有些是帶肛管的一次性袋裝。因為消毒的困難,可重複使用的灌腸用具現在主要限於個人自用。除作為對高燒病人的物理降溫法外,灌腸液體的溫度應儘量與體溫接近。

  灌腸後,腸內的水壓迫肛門,患者產生便意。如不需立即排便,快速淺呼吸可以部分抵消便意。隨後,下腹部產生壓力感並緩慢加強,像氣球被逐漸充滿一樣。充滿感先擴充套件到左側的降結腸,然後沿腸道向右橫走,移到右側的升結腸。繼續灌注的話,液體壓力並會造成逐漸加強的腹痛感。  雖然一般建議灌腸後等待10分鐘排便,多數人只能堅持1分鐘左右。排便時液體與糞便劇烈湧出,使用大量液體的話可以完全清空腸道後半部。

  色情上的灌腸癖(英語:klismaphilia)有時候是BDSM行為的一部分。  灌腸還可用來做肛交前的準備清潔直腸程式。  另外有酗酒者用酒精飲料灌入腸道來達到醉酒的例子,因酒精未被胃液破壞且腸道吸收酒精速度快速,若用這種方灌入大量酒類達到醉酒的目的,有可能會引發急性酒精中毒。  灌腸也是部分色情片會出現的要素之一。

  瑪雅文明等很多中南美洲的宗教儀式中使用灌腸。灌腸液體可含酒精、菸草、peyote仙人掌等致幻劑,以達到宗教致幻(entheogen)。

  洗腸保健法(英語:colonic irrigation, colon hydrotherapy),又稱浣腸水療,是20世紀初開始流行的一個另類保健法。提倡者說,用適量純水流進洗整個直腸,可以安全有效地排除毒素,恢復直腸正常功能。近年坊間陸續出現浣腸水療中心以「逆滲透淨化系統」(Reverse Osmosis Water Purification)為客人以純水清洗大腸,宣稱有提升免疫能力及促進新陳代謝的效果。實際上實現“逆”滲透需要腸外對腸內施加壓力,且“滲透”不能移動汙物,只能移動水分。
醫學的灌腸(英語:enema),又稱為浣腸,是指通過肛門引液體灌洗直腸的操作。有治療疾病(例如便祕)、另類保健療法、減重、或者非法虐待(例如性虐待)的用途。