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  明崇禎十七年(1644年)正月,李自成在西安稱帝,建國「大順」,之後向北京進兵,三月十九攻克北京,崇禎皇帝朱由檢殉國,明朝宗室及遺留大臣多輾轉向南遁走。此時李自成的「大順」政權大體據有淮河以北原明朝故地,張獻忠於八月成立的「大西」政權則據四川一帶,清朝政權則據有山海關外的現今東北地區,且控制蒙古諸部落,而明朝的殘餘勢力則據有淮河以南的半壁江山。  此時明朝留都南京的一些文臣武將決計擁立朱家王室的藩王,重建明朝,然後揮師北上;但具體擁立何人則發生爭議。根據“皇明祖訓”,有嫡立嫡、無嫡立長,在當時明神宗長子光宗一脈(其後繼者是熹宗天啟皇帝和思宗崇禎皇帝)已無人能繼位,而次子朱常漵甫生即死,三子朱常洵雖已被李自成所殺,但他的長子朱由崧仍健在的情況下,按照兄終弟及的順序,第一人選為福王朱由崧;而錢謙益等東林黨人由於之前的「國本之爭」事件,心存芥蒂,違背了東林黨在國本之爭中的立場,以立賢為名擁立神宗弟弟朱翊鏐之子潞王朱常淓;史可法則主張既要立賢也要立親,擁立神宗七子桂王朱常瀛。但最終福王朱由崧在盧九德的幫助下,獲得了南京政權主要武裝力量江北四鎮高傑、黃得功、劉良佐和劉澤清,以及中都鳳陽總督馬士英的支援,成為最終的勝利者。五月初三,朱由崧監國於南京,五月十五 (1644年6月19日) 日即皇帝位,改次年為弘光,是為明安宗。南明時代自此開始。弘光帝的基本國策以「聯虜平寇」為主,謀求與清軍連合,一起消滅以李自成、張獻忠為代表的農民軍。

  明朝南渡前後,大順已被多爾袞與吳三桂的聯軍擊潰,李自成先後丟失北京和西安,退往湖北。弘光元年(1645年)三月,多爾袞將軍事重心東移,命多鐸移師南征。此時弘光政權內部正進行著激烈的黨爭,爆發太子案,駐守武昌的左良玉不願與李自成正面交戰,以「清君側」為名,順長江東下爭奪南明政權。馬士英被迫急調江北四鎮迎擊左軍,致使面對清軍的江淮防線陷入空虛。史可法時在揚州雖有督師之名,卻實無法調動四鎮之兵。一月之中,清軍破徐州,渡淮河,兵臨揚州城下。四月廿五,揚州城陷,史可法不屈遇害。隨後,清軍渡過長江,攻克鎮江。弘光帝出奔蕪湖。五月十五眾大臣獻南京投降清兵;五月廿二弘光帝被虜獲,送往北京處死,弘光帝在位僅一年,即覆滅。  南京失陷後,又有杭州的潞王朱常淓(1645年)、金陵的崇禎太子朱慈烺(可能是貌似太子的王之明。1645年)、撫州的益王朱慈炲(1645年)、福州的唐王朱聿鍵(1645-1646年)、紹興的魯王朱以海(1645-1653年)、桂林的靖江王朱亨嘉(1645年)等監國政權先後建立,其中唐王朱聿鍵受鄭芝龍等人在福州擁立,登極稱帝,改元隆武,是為明紹宗。這時清朝再次宣佈薙髮令,江南一帶掀起了反薙髮的抗清鬥爭,清軍後方發生動亂,一時無力繼續南進。但南明內部嚴重的黨派鬥爭與地方勢力跋扈自雄,且隆武帝與魯王政權不但沒有利用這種有利形勢,發展抗清鬥爭,反而在自己之間為爭正統地位而形同水火,各自為戰,所以當1646年清軍再度南下時,先後為清軍所各各擊滅。魯王在張煌言等保護下逃亡海上,在沿海一帶繼續抗清;隆武帝則被清軍俘殺。  11月,在廣州和肇慶又成立了兩個南明政權:隆武帝之弟唐王朱聿鐭(1646年)繼位於廣州,改明年為紹武元年;桂王朱由榔(1646-1662年)稱帝於肇慶,改元永曆,是為明昭宗。紹武、永曆二帝也不能團結,甚至大動干戈,互相攻伐。紹武政權僅存在40天就被清軍消滅。揭陽的益王朱由榛(1647年)、夔州的楚王朱容藩(1649年)稱監國與永曆帝爭立。鄭成功也在南澳一度立淮王朱常清(1648年)為監國,後廢。永曆帝在清軍進逼下逃入廣西。

  正當南明政權一個接一個地覆亡,形勢萬分危急之際,大順農民軍餘部出現在抗清鬥爭最前線,挽救了危局。自李自成於1645年戰死於九宮山後,他的餘部分為二支,分別由郝搖旗、劉體純和李過、高一功率領,先後進入湖南,與明湖廣總督何騰蛟、湖北巡撫堵胤錫聯合抗清。1647年,郝搖旗部護衛逃來廣西的永曆帝居柳州,並出擊桂林。年底,大敗清軍於全州,進入湖南。次年,大順軍餘部又同何騰蛟、瞿式耜的部隊一起,在湖南連連取得勝利,幾乎收復了湖南全境。這時,廣東、四川等地的抗清鬥爭再起,清江西提督金聲桓、清廣東提督李成棟、清廣西巡撫耿獻忠、清大同總兵姜鑲、清延安營參將王永強、清甘州副將米喇印先後反正迴歸明朝,清軍後方的抗清力量也發動了廣泛的攻勢。一時間,永曆政權名義控制的區域擴大到了雲南、貴州、廣東、廣西、湖南、江西、四川七省,還包括北方山西、陝西、甘肅三省一部以及東南福建和浙江兩省的沿海島嶼,出現了南明時期第一次抗清鬥爭的高潮。  但永曆政權內部仍然矛盾重重,各派政治勢力互相攻訐,農民軍也倍受排擠打擊,不能團結對敵,這就給了清軍以喘息之機。1649-1650年,何騰蛟、瞿式耜先後在湘潭、桂林的戰役中被俘殺,清軍重新佔領湖南、廣西;其他剛剛收復的失地也相繼丟掉了。不久,李過之子李來亨等農民軍將領率部脫離南明政府,轉移到巴東荊襄地區組成夔東十三家軍,獨立抗清。這支部隊一直堅持到1664年。  綜觀1645-1651年間,南明軍與清軍作戰中,敗多勝少,大批南明的軍隊先後降清。先後丟失了江蘇、安徽、浙江、江西、福建、兩廣、兩湖等等領地,地盤盡失。直到以孫可望為主的大西軍加入,再次改變了整個局勢。  張獻忠於1646年戰死後,以其義子孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇等人為主的大西軍殘部自1647年進佔雲南、貴州二省。1652年,南明永曆政權接受孫可望和李定國的建議聯合抗清建議,定都安龍。不久,以大西軍餘部為主體的南明軍對清軍展開了全面反擊。李定國率軍8萬東出湖南,取得靖州大捷,收復湖南大部;隨後南下廣西,取得桂林大捷,擊斃清定南王孔有德,收復廣西全省;然後又北上湖南取得衡陽大捷,擊斃清敬謹親王尼堪,天下震動。同時,劉文秀亦出擊四川,取得敘州大捷、停溪大捷,克復川南、川東。孫可望也親自率軍在湖南取得辰州大捷。東南沿海的張煌言、鄭成功等的抗清軍隊也乘機發動攻勢,接連取得磁灶大捷、錢山大捷、小盈嶺大捷、江東橋大捷、崇武大捷、海澄大捷的一連串勝利,並接受了永曆封號。一時間,永曆政權名義控制的區域恢復到了雲南、貴州、廣西三省全部,湖南、四川兩省大部,廣東、江西、福建、湖北四省一部,出現了南明時期第二次抗清鬥爭的高潮。  之後,劉文秀於四川用兵失利,在保寧戰役中被吳三桂僥倖取勝。而孫可望妒嫉李定國桂林、衡州大捷之大功,逼走李定國,自己統兵卻在寶慶戰役中失利。東南沿海的鄭成功也在漳州戰役中失利。所以明軍在四川、湖南、福建三個戰場上沒能擴大戰果,陷入了與清軍相持的局面。之後李定國與鄭成功聯絡,於1653年、1654年率軍兩次進軍廣東,約定與鄭會師廣州,一舉收復廣東,但鄭軍屢誤約期,加上瘟疫流行,導致肇慶戰役和新會戰役沒能成功。但鄭成功部隊並沒有閒著,1656年,鄭軍取得泉州大捷,1657年又取得護國嶺大捷。

  永曆十年(1656年),孫可望祕謀篡位,引發了南明內部一場內訌,李定國擁永曆帝至雲南,次年大敗孫可望,孫可望勢窮降清。孫可望降清後,西南軍事情報盡供清廷,雲貴虛實盡為清軍所知。永曆十二年(1658年)四月,清軍主力從湖南、四川、廣西三路進攻貴州。年底吳三桂攻入雲南,次年正月,下昆明,進入雲南,永曆帝狼狽西奔,進入緬甸(東籲王朝)。李定國率全軍設伏於磨盤山,企圖一舉殲滅敵人追兵,結果因內奸洩密導致未能大獲全勝,南明軍精銳損失殆盡,此即磨盤山血戰。這時鄭成功趁清軍主力大舉攻擊西南之際,率領十餘萬大軍北伐,接連取得定海關大捷、瓜州大捷、鎮江大捷的勝利,一度兵臨南京城下,然而鄭軍中了清軍緩兵之計,最終失敗,撤回廈門。清軍派大軍圍攻廈門,企圖一舉殲滅鄭成功,但鄭成功沉著應戰,取得廈門大捷的勝利,穩定了東南沿海局勢。永曆十五年(1661年),吳三桂率清軍入緬,索求永曆帝,十二月緬甸東籲王朝國王平達力(莽達)將永曆交予清軍,次年四月永曆帝與其子哀愍太子朱慈煊等被吳三桂處死於昆明。七月,李定國在真臘得知永曆帝死訊,亦憂憤而死。而同年五月,鄭成功亦於臺灣急病而亡。  此後鄭氏政權未再擁立皇帝或朱氏監國,而是繼續奉永曆為正朔。1683年,延平郡王鄭克塽降清,清軍佔領臺灣,寧靖王朱術桂自殺殉國,標誌著大明最後一個政權的覆滅。

  南明時期,安南、日本、琉球、呂宋、占城也曾派使者入貢。隆武元年也曾頒登基詔書予琉球,並記載於琉球《歷代寶案》一書。  南明弘光帝曾以對等的禮儀派使者左懋第詔諭,並稱順治帝為清國可汗。在詔書中,弘光帝提出四件事:要安葬崇禎帝及崇禎皇后、以山海關為界,關外土地給予清朝、每年十萬歲幣,並「犒金千兩、銀十萬兩、絲緞萬匹、犒銀三萬兩」、建國任便。意圖令南明和清朝共存,通好議和。不過左懋第到北京被囚,使事失敗。
南明(1644年-1662年),中國朝代,是1644年甲申之變後,明朝宗室與官員在中國南方相繼成立的明朝政權,為時十八年。南明主要勢力有四系王,分別是福王弘光帝朱由崧、魯王監國朱以海、唐王隆武帝朱聿鍵與紹武帝朱聿鐭、桂王永曆帝朱由榔等。