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  維基百科計劃始於2001年5月,日語維基百科與其他11個不同語言的維基百科一同被建立。日語版原始的網址為<nowiki>http://ja.wikipedia.com和http://nihongo.wikipedia.com/</nowiki>,所有的頁面都是使用拉丁字母與日語羅馬字寫的,當時的系統不支援日文字元,首頁的歡迎標語也是採用日語羅馬字寫的「irasshaimase!」(,即歡迎)。第一篇條目是名為「Nihongo No Funimekusu」(、日本語音素)的文章,以日語羅馬字書寫而成,大約於3月下旬至4月上旬間由英語維基百科使用者RoseParks發表。

  2002年9月1日,維基百科系統升級至Phase III,從那時起,系統能夠追蹤文章,由此得知老條目。有些文章是由幾位非日本母語使用者所發表,主要包含日本文化、語言、地理和程式設計相關的文章。同樣在9月,維基百科軟體介面開始譯成日語。同年,GNU自由文件協定證書翻譯完成。12月中旬時,註冊的使用者保持於10人,條目數也保持為10篇。

  2003年1月31日,《Wired News》日文版刊登維基百科的新聞,這次報導是日文媒體對維基百科最早的介紹。  在此以後,參加者的數量開始可觀地增加,許多維基百科的說明頁面被翻譯成日語或被建立。漫畫家、日本地方的行政區、都、道、府、縣等條目數開始成長,證券交易的相關條目也出現了。  維基百科計劃歷經了多次伺服器當機的事件,雖然如此,但在總體發展而言,這樣的事件並不影響維基百科計劃的持續成長。自從完成10000條目以後,維基百科日文版大多數時間以相同速度的成長率新增條目。

  2003年12月,服務維基百科的三臺伺服器發生故障。包含全體語言和各種姊妹企劃停止了數日。使用者進行捐贈提供了購買新伺服器的費用。  2004年6月7日凌晨,維基百科等資料庫伺服器故障,次日12點前以前包含全體語言和各種姊妹企劃停止。在當機之前的一段時間的編輯無法恢復。  2005年2月22日日本時間7點15分,資料中心發生停電事故,全體語言版停止運作。當天隨即以只讀情況恢復了運作,但寫入的功能需要等到次日日本時間7點25分左右才恢復。

  2006年4月9日,日語維基百科條目數量達到20萬、8月28日達成25萬、12月15日再達到30萬。2006年1月,條目數超越波蘭語版,成為全球第5位。2007年8月10日,條目數達到40萬。2008年6月25日,數量達到50萬。2009年7月8日,條目數達到60萬,但在同年12月被義大利語版超越降至第6位。2010年8月31日(日本時間9月1日),條目數達到70萬。  2011年3月,西班牙語版超越日語版,日語維基百科降至第7位,隨後在9月被俄羅斯語版超越,再於10月被荷蘭語版超越,排名降至第第9位。  2012年4月3日,條目數達到80萬,不過同年繼續被波蘭語版、瓦瑞語版和宿務語版超越跌至第12位。2013年9月,再度被越南語版超過,但同年11月再次追過回升至第12位。  2014年3月14日,條目數達到90萬。  2016年1月19日,條目數達到100萬,為第13個突破百萬條目的語種。

  

  日語版維基百科的特色之一是不登入、不註冊的編輯者於註冊使用者的比例特別高。2007年12月,總編輯次數中約40%均是沒有登入的IP使用者,這個比率到2010年更近乎達到50%。  在2005年舉辦的第一屆Wikimania中,來自日語維基百科的與會者僅有2名,還低於總編輯人數遠遠不及日語維基百科的荷蘭語版和中文版。  英語維基百科不允許IP使用者新建頁面,日語維基百科開放IP使用者也可建立新頁面。

  日語維基百科禁止任何新聞動態,相關的新訊息會隨後一天才會更新,以防止有謠言出現。對於戰爭及刑事案件等日本籍相關當事人的條目,則大多不予建立,或以不提及相關當事人姓名的方式撰寫條目。例如在伊拉克被綁架殺害的日本人香田證生則以綁架事件的名稱「伊拉克日本人青年殺害事件」()作為條目名稱,直到2019年的川崎殺傷事件,與京都動畫縱火案,都是以不提及相關當事人姓名的方式撰寫,無論該人姓名是否已被公佈,或已由日本媒體所報導。

  日語維基百科與日本國內一樣,極為重視著作權,不允許合理使用的圖片等任何媒材放入條目內。對於侵害著作權的內容,即使只有一部分,亦大多以全文刪除的方式從嚴處理,且可做特定編輯版本的移除。複製、分割、合併其他條目內容及從其他語言版本翻譯條目時有一特殊規則:必須以摘要欄中註明文章來源或翻譯的來源與日期,否則直接貼進去會被以「履歷不繼承」或GFDL違反,視為侵害著作權提交刪除處理。

  日語維基百科最常受到批評之處,就是其日本中心傾向。日語在二戰前曾經伴隨帝國主義通行於東亞各地,但戰後幾乎僅在日本國內常用,部分編寫者不經意就會流露日本中心思考的情況。例如以「海外」代稱日本以外,或是條目中大量舉例日本國內的現況。雖然日語維基如其他語言版有「避免日本中心」的方針,但目前仍處於草案階段,尚未實施。

  早期日語維基百科左上角的維基百科標誌並沒有一如英語版「The Free Encyclopedia」或中文版「自由的百科全書」標語,僅有維基百科的日語名稱「」。後來使用者在2005年討論通過加註標語,並在「」、「」、「」等候選案中,選擇前者,理由是「」為英語「free」的音譯,同時有免費、自由的意思。過程詳見。
日語維基百科是維基百科計劃的日語版本,一個自由、開放內容的百科全書計劃。目前是在各語言維基百科計劃中,規模排名第13(依條目量計算),不計拉丁文字圈的語言則名列俄語維基百科之後,排在第二位。日語版維基百科始於2002年9月,至2020年4月18日已達至1,200,885篇條目,IP編輯者比例較高。