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  正模標本(編號41HIII0419)發現於遼寧省西部建昌縣喇嘛洞鎮的小三家子村,屬於著名的義縣組,地質年代約1億2500萬年前,相當於阿普第階。化石是一個幾乎完整的頭顱骨、下頜、第二到第四節頸椎,位於兩塊互相對應的石板上,在分開石板的過程中,某些骨頭遭到損壞。化石交由河南地質博物館管理、儲存。  在2012年,古生物學家呂君昌、徐莉、吳炎華等人將這個化石進行正式敘述、命名,模式種是朱氏莫幹翼龍("Moganopterus zhuiana")。屬名意為「莫乾的翼」,是以兩位中國古代傳奇鑄劍師干將和莫邪為名,意指化石的狹長嘴部外形類似劍;種名則是以化石捐贈者朱海芬女士為名。

  莫幹翼龍是種大型翼龍類。頭顱骨長約95公分,最長的第四節頸椎長度為14.5公分。到目前為止,這個頭顱骨是已知最大型的有牙齒翼龍類頭骨。呂君昌等人估計,這個化石的生前翼展至少寬5米,有可能超過7米,這使得莫幹翼龍成為最大型的翼龍類之一。  研究人員也列出莫幹翼龍的可鑑定特徵。頜部狹長,邊緣筆直。嘴部有至少62顆牙齒。鼻眶前孔(Nasoantorbital fenestra)呈長方形,長度約是口鼻部的22%。莫幹翼龍的顱頂後方,有長而狹窄的頭冠,朝頭後方延伸,與頭顱骨之間呈15度夾角。頭顱骨的長度是高度的11.5倍(不計算顱頂頭冠的狀況)。  莫幹翼龍的上頜、下頜非常狹長。頭顱骨最高處約6公分,越往前段越扁平。上頜前段有個低矮的三角形頭冠,長5公分,高6毫米。顱頂頭冠被石板邊緣分開,因此無法得知顱頂頭冠的完整形狀。下頜長68.5公分,邊緣筆直,沒有中線隆脊。上頜、下頜的高度相近,前端尖銳。莫幹翼龍的頭顱骨側面,類似一把狹長的劍,顱頂頭冠類似劍柄。  莫幹翼龍的嘴部有圓椎狀的長牙齒,牙齒直立、略微彎曲,長31毫米。研究人員估計,上頜每邊有15顆牙齒、下頜每邊有17顆牙齒,總計約64顆牙齒,而實際發現了62顆牙齒,有兩顆牙齒脫落、遺失。牙齒分佈於口鼻部前端到鼻眶前孔的正下方。上頜、下頜骨頭內部可發現明顯的傾斜結構,目前還無法得知這種結構的功能。顱頂頭冠、頸椎也可觀察到中空結構。第二到第四節頸椎長度分別為11公分、11公分、14.5公分,第四節頸椎的長度是高度的7.25倍。

  莫幹翼龍被命名時,被歸類於北方翼龍科,是爬蟲類的姊妹分類單元,兩者都屬於莫幹翼龍亞科(Moganopterinae)。  以下演化樹來自於呂君昌(2012)的命名研究,只顯示出鳥掌翼龍超科的部分:
莫幹翼龍屬(屬名:)是翼龍目的一屬,化石發現於中國遼寧省西部,地質年代為白堊紀早期。