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  魚菜共生在歷史上有跡可循,但是在其第一次時間出現上有一些爭論,阿茲特克人於公元1150年就將植物種在湖邊淺水區固定或在水上使用木筏及其他料做成的島嶼,利用人工浮島的方法發展農業,這種作法被叫做「奇南帕」。 中國人則在唐朝(618年-907年)就有稻魚共生,利用田裡空間種稻兼養魚。利用人工浮島種植,唐代(618年-907年)稱葑田,元代代稱架田。明末清初,實現桑基魚塘或蔗基魚塘,實現養蠶業、與製糖業與漁業的共生。

  魚菜共生包括兩個主要部分,水產養殖和水耕種植。魚菜共生可以能夠結合兩種優點而改善兩邊缺點,不斷迴圈再利用。儘管由這兩部分為主,魚菜共生系統還包含幾個元件或子系統, 如有機質的分解的過濾系統,或用於保持水溶氧的, 充氣系統等 。

  一個魚菜共生系統依賴於不同生物共生才能夠成功。三個主要的生物是植物,魚(或其他水生生物)和細菌。有些系統還包括像蚯蚓等額外的生物。

  魚菜共生中, 養份的來源是魚的排洩物及飼料的殘料等, 故放養的數量會影響水中養份的含量, 在一定含量下, 可種植一定數量的植物(視各品種), 當種植量超過水中養份含量, 會產生生長不良的情況, 當種植量不足時, 則養份會有壘積的問題

  目前魚菜共生中主要是使用淡水魚,例如:寶石魚、大頭魚、錦鯉等等,但也有使用淡水小龍蝦和蝦。

  硝化菌,在有氧的環境下將氨轉化成硝酸鹽,是在魚菜共生系統中最重要的功能之一,從而有效地降低了對水生生物的毒性,併為植物提供可吸收的硝酸鹽化合物。氨為魚類等水生生物新陳代謝的產物通過排洩作用和魚腮持續的排放,雖然植物在水中可吸收一定程度的氨,但由於氨的濃度較高(通常介於0.5和1ppm之間)可殺死水生生物。  氨可以通過聯合健康的種群被轉化成其它含氮化合物:

  植物生長在水培系統中,透過水攜帶供植物生長所需的營養成分。這使他們將水生動物有毒的代謝物通過過濾池及生化池轉換成植物可吸收的養份,植物在系統中持續吸收養份, 並返回到養殖池。這個是迴圈的。  水培系統的常見的魚菜共生的應用包括:  其它也包含了, 營養液膜技術,管耕式等。 每種方法都有自己的好處。  因為在不同生長階段的植物需要不同數量的礦物質和營養素,植物成長收穫同一時間交錯使用。這樣可以確保魚菜共生的生態平衡。

  在一個魚菜共生系統中,細菌附著在系統與水接觸的所有的固體表面上,硝化池主要負責將氨轉化為可用硝酸鹽。控制氨和亞硝酸鹽在水中的濃度。照顧這些細菌菌落以調節氨和亞硝酸鹽的全同化是非常重要的。這就是為什麼大多數魚菜共生系統包括硝化池單元。加速魚菜共生有機固體的分解一種方法是使用蚯蚓。

  

  在大多數水產養殖為基礎的系統,飼料通常來自價值較低的物種的魚粉,但是野生魚類資源的枯竭不斷使這種做法不環保。有機魚飼料可能被證明是緩解這一問題的可行的替代方案。其它方法包括水生植物一種。

  魚菜共生系統是迴圈水養殖系統,養殖不換水不排放非常有效地重複利用水。該系統依賴於魚類和植物之間的共生關係,以穩定的迴圈系統降低水質的波動來進行系統運作,除了植物吸收和蒸發才需加水。

  魚菜共生裝置依靠人造能源來進行水的迴圈,其他能源需求包含了環境控制, 增加水中溶氧等。然而使用替代能源或是綠色能源, 也是一種增加環保的方式。  雖然精心設計可以最大限度地降低風險,魚菜共生系統可以有多個“單點故障”的地方,例如,遇到電氣故障或管道堵塞問題可能導致完全喪失水生生物。
魚菜共生,又稱養耕共生、複合式耕養,指的是結合了水生動物中的排洩物與水中的有機質, 分解過濾成植物可吸收的無機盬後供應給飼養箱上的蔬菜,同時蔬菜的根系把系統內的水淨化供給水生動物使用,結合水產養殖(Aquaculture)與水耕栽培(Hydroponics)的互利共生生態系統。在一個魚菜共生系統中,來自一個水產養殖系統的水被輸送到水栽系統,其中副產物是由硝化細菌分解成硝酸鹽和亞硝酸鹽,它們由植物利用作為營養物。水然後再迴圈回到水產養殖系統。