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  印尼海軍的官方建立日期是1945年9月10日,正值印尼獨立革命爆發初期。印尼海軍的前身是同年8月22日建立的人民海事安全域性(),它僅有一些木船、日軍遺留的登陸艇和武器。最早的成員包括殖民地時期對抗日本入侵的荷蘭皇家海軍水手,日本佔領時期效忠日軍的印尼民兵和官員,以及日本投降後參加印尼獨立的前日軍海軍官兵。1945年10月5日,印尼人民安全軍()成立,人民海事安全域性作為海軍部分加入了安全軍,稱為人民安全軍海軍。印尼獨立後,改稱為印尼共和國海軍(),這一名稱使用到1970年代,才改為現名稱,即印度尼西亞國家軍海軍。

  印尼獨立後,海軍也開始了現代化發展。1949年至1959年期間,印尼海軍逐步建立了海軍艦隊、海軍陸戰隊、海軍航空兵以及海防部隊等組織機構。印尼海軍開始通過外援獲得艦船裝備,建設多處海軍基地等設施,並開始進行海軍士兵和專業人員的招募與培訓。印尼海軍也參與這時期一系列對內對外的軍事行動中。  這一時期,印尼由獨立運動領袖蘇加諾統治。蘇加諾採取親共立場,與蘇聯、華約國家,以及新成立的中華人民共和國關係密切,印尼因而得到了這些國家的大力援助。印尼海軍也因此得到了一批蘇聯和華約國家的軍事裝備。其中,最著名的為蘇聯斯維爾德洛夫級巡洋艦“奧爾忠尼啟則”號,該艦於1962年交付印尼海軍,並改名為“伊裡安查亞”號(),稱為印尼海軍旗艦。其他還包括快速級驅逐艦、里加級護衛艦、W級潛艇、蚊子級導彈艇,以及海軍航空兵的伊爾-28轟炸機,海軍突擊部隊的PT-76兩棲坦克、BTR-50裝甲車等。1960年代的印尼海軍一度成為東南亞規模最大的海軍。  1961年12月19日,印度尼西亞入侵荷屬新幾內亞,印尼海軍的艦艇與荷蘭海軍的艦艇進行對抗。1962年1月15日爆發的中,印尼海軍的魚雷艇“”號被荷蘭海軍擊沉,指揮官約斯·蘇達索陣亡。印尼軍隊曾計劃部署上百艘艦艇對西巴布亞進行登陸作戰,持續的軍事壓力迫使荷蘭與印尼重回談判桌,並最終將荷屬新幾內亞移交給印尼。  蘇加諾主張“大印度尼西亞”,反對馬來西亞建國,引起兩國1960年代初期的對抗,主要發生兩國的東部邊界,印尼海軍參與和支援了這些跨境的暴力衝突和軍事滲透。

  1965年9月30日,印尼爆發九三〇事件,蘇加諾被親西方的軍事強人蘇哈托推翻。蘇哈托在印尼全國大量肅清印尼共產黨和左翼人士,他還在全國掀起大規模排華浪潮,此後印尼與共產主義國家關係逐步惡化並轉向西方。1975年12月7日,印尼展開入侵東帝汶的蓮之行動(),海軍在登陸作戰、地面聯合作戰以及海上運輸中扮演了重要角色。  1980年代,印尼海軍開始尋求艦艇裝備的現代化,當時其主力艦艇多是五六十年代來源於蘇聯等華約國家的,而蘇哈托政府與蘇聯等國關係惡化後,印尼海軍只能再次轉向西方國家需求現代化海軍艦艇裝備。蘇哈托時期,印尼海軍從荷蘭採購了和“法塔西拉”號()護衛艦,從西德採購了209型潛艇,從韓國採購了巡邏艇,以及從澳大利亞採購了軍事飛機。1993年,印尼海軍從前東德海軍接受了39艘艦艇,包括,等。

  在蘇西洛和佐科·維多多總統任期內,印尼海軍進入了新的發展階段,制定了一系列軍艦採購和國產化計劃,包括從韓國進口了3艘209型張保皋級潛艇,從荷蘭進口了4艘西格瑪級護衛艦和以此放大的2艘瑪爾塔迪納塔級巡防艦,以及相關的國產快艇等採購計劃。2018年,印尼海軍開始組建第三支海軍艦隊,將從原來的東西兩支艦隊擴大改編為東中西三支海軍艦隊。

  印尼海軍主要由海軍總部和下轄的各主要司令部構成,其中海軍總部可分為領導模組、領導輔助模組、指揮官直屬勤務模組以及中央執行機構四個層次。而在海軍總部之下,共有艦隊司令部、海軍海運司令部、海軍陸戰隊、海軍教育訓練與學說發展司令部以及海軍水文和海洋學中心五個主要司令部。  艦隊司令部是印尼海軍的主力作戰力量,下轄三支艦隊。每支艦隊又分別管轄若干主基地和基地,目前共有13個主基地。
印度尼西亞海軍(,簡稱TNI-AL,直譯為印度尼西亞國家軍海軍)是印度尼西亞國家軍的海上武裝部隊,主要任務有保衛印度尼西亞漫長的海岸線、領海、附屬島嶼和專屬經濟區,捍衛印尼海洋戰略利益以及防禦海上威脅等。印尼海軍成立於1945年9月10日,目前由三支艦隊、軍事海運司令部以及海軍陸戰隊構成。