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  對於不同的物體,有不同殺菌的方法,大致可以分為物理方法和化學方法兩類。

  

  在熱空氣160°C-170°C下保溫2小時進行滅菌。

  廣泛使用高壓釜(autoclave),一般加溫至121-134°C。為達到殺菌效果,需要維持在121°C至少長達15分鐘或是134°C長達5分鐘。如果液體或器械被外包裝包裹則需要延長殺菌時間(亦須避免消毒過久造成被消毒物的磨損)。液體在高壓釜中殺菌時,應緩慢降溫降壓以避免造成液體急速沸騰。

  高溫殺菌法雖然有良好的殺菌效果,但是不適用於不耐熱的物體,如生物性材料、光導纖維、電子器械及許多塑膠產品。低溫氣體殺菌器械以高濃度的高活性氣體(烷化劑如環氧乙烷(ethylene oxide)氧化劑如過氧化氫(hydrogen peroxide)及臭氧(ozone))為主。液體殺菌劑及高效能消毒劑一般包含氧化劑如過氧化氫、過乙酸(CHCOOOH)及醛類如戊二醛及鄰苯二甲醛。  然而即便化學殺菌避免了高溫毀損的問題,消毒人員仍須注意化學殺菌劑與被消毒物是否相容。製造廠商可在被消毒物包裝上註明殺菌注意事項。化學殺菌劑雖能摧毀大量病原體,但也可能對人體產生禍害。消毒人員有責任確保工作場所的安全,及消毒器械上的監測與控管。

  廣泛使用於不耐熱及輻射的物體,如塑膠、光纖及電器等。作用環境在30°C及60°C之間,溼度大於30%,氣體濃度介於200~800毫克/升之間,且一般持續至少三小時。環氧乙烷穿透性良好,可穿透紙張、衣物、部分塑膠膜並仍保有良好作用性。有效消滅所有已知的病毒、細菌、真菌及細菌芽孢,且與大多數材料相容。然而其缺陷包含極度易燃、有毒性及致癌性,需要經由特定程式降低風險。

  工業上用來消毒水與空氣及物體表面,可以將大部分有機體氧化。但同時也是帶有毒性且不穩定的氣體,只能於消毒現場製造,因此仍無廣泛使用。

  含氯漂白劑是種液體殺菌劑,家用漂白劑是濃度6.25%的次氯酸鈉,通常經稀釋十倍後才使用;然而消滅結核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis)需要五倍稀釋的漂白劑、阻止普昂蛋白活性則需要2.5倍稀釋的漂白劑。漂白劑可以瞬時消滅許多有機體,但需要持續二十分鐘才能達成完全殺菌,且不包含所有的芽孢,同時漂白劑也帶有高腐蝕性。  近年二氧化氯也逐漸成為常用的漂白劑,它的好處是使用分量不高,也較不容易產生有機氯化合物。  漂白劑接觸空氣後會開始分解,不宜久放。

  戊二醛與甲醛都是液態殺菌劑(也可用作固著劑),需要較長的浸泡時間。以消滅芽孢為例,必須浸泡在戊二醛中長達22小時,甲醛則需要更長的時間。若被消毒物上有固態顆粒則更難達到殺菌效果,甚至導致治療失敗。此兩種殺菌劑接容易揮發,毒性易透過面板接觸或呼吸對生物體造成影響。戊二醛的保質期較短(小於兩週),價位也較高;相較下甲醛比較便宜,且若搭配新增甲醇便能防止甲醛聚合成多聚甲醛,進一步延長保質期,但是比戊二醛更容易揮發。甲醛也可以藉由將多聚甲醛解聚化而變成氣態殺菌劑,最早的沙克小兒麻痺疫苗便是透過此種方法消毒的。
殺菌(英語:Sterilization),又稱作滅菌,與消毒(disinfection)近似,但更追求移除或消滅物體表面、液體、藥物、培養介質上的任何形式微生物及傳播性病原體(如真菌、細菌、病毒、芽孢等)。適當地使用高溫、化學品、放射線、高壓及過濾程式可以有效達到殺菌效果。