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  佐世保市位在長崎縣的北部、九州地區的西北端,主要的市區範圍位於從北松浦半島的根部至半島中南部。位於長崎市西北方偏北約50公里(陸路最短距離為60公里)、從福岡市往西南約100公里。市區西側的西南部至南部地區臨海,市區東側是和佐賀縣交會的縣界。  北松浦半島中央部分廣闊的山脈地形延伸至市中心附近,因此有許多斜坡的街道。中西部的相浦地區和南部的早岐地區也都有較密集的市區。

  年平均氣溫為17.4°C,平均降雨量2,207毫米(2006年資料)。  整體看來一年的氣溫普遍較高,冬天由於對馬海流的影響,也很少有0度以下的氣溫,而陰天的日子較多。氣候型別是介於太平洋型和日本海型的中間形態。  梅雨季節很長,高溫、溼氣較多,降雨量也很大。從梅雨季至秋天之間,經常出現引起水患的大雨。一年內的晴天日數是九州地區最少的城市,平均每年有三分之一的日子降雨量超過一毫米、或是晴時多雲偶陣雨的天氣。雖然雨量大,但由於地形的關係,水資源卻不是非常充足。在1994年至1995年間曾發生約七個月的缺水情形,在市內實施了供水限制。  佐世保市位在熱帶氣旋經常通過的地區。

  現在的市中心地區在江戶時代只是一個漁村,直到明治時代日本海軍在此設定佐世保鎮守府,成為日本防衛西側海域的重心,也帶動了地區的快速發展。但在第二次世界大戰之後,由於日本海軍的解體,以及戰爭期間遭到大量空襲破壞,造成人口快速減少。原先的日本海軍基地有部分設施在戰後被美國海軍第七艦隊接收,成為駐日美軍的佐世保海軍基地。

  

  每小時有一班L特急「綠號列車」在博多車站與佐世保車站之間來往,而從博多車站駛往豪斯登堡車站的豪斯登堡號列車則會與綠號列車聯結共同從博多車站出發,直到早岐車站時分開,在自行駛往豪斯登堡車站;與長崎縣縣廳所在地長崎市之間也有經由大村線的快速列車營運。
佐世保市()是日本長崎縣北部地區的一座城市,人口數量在長崎縣中排名第二,僅次於長崎市。以日本的造船和國防工業之城為人所知,設有駐日美軍的佐世保美國海軍基地,也是九州最大的主題樂園「豪斯登堡」所在地,因此也是著名的觀光都市。