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  巴伐利亞選侯國的領土包括了現代上巴伐利亞,下巴伐利亞和上普法爾茨州的絕大部分領土,在1779年之前還包括瞭如今屬於奧地利的因河河谷。在選侯國內部,有相當數量的獨立飛地和司法管轄區,包括了地處上普法爾茨的普法爾茨-諾伊堡公國和普法爾茨-蘇爾茨巴赫公國,他們也是維特爾斯巴赫家族的分支;還包括了弗萊辛、雷根斯堡、帕紹三個主教采邑,和帝國自由城市雷根斯堡。為了方便管理,巴伐利亞於1507年分成了4個二級行政區: 慕尼黑、布格豪森、蘭茨胡特和施特勞賓。三十年戰爭後,安貝格成為了第五個二級行政區。1802年,首相蒙特格拉斯撤銷了這些行政區。1805年,就在升格為王國前夕,蒂羅爾州和福拉爾貝格州內的一些飛地也重新回到巴伐利亞的統治當中。

  作為選帝侯,巴伐利亞選帝侯是帝國議會中選侯會議的成員,同時也是神聖羅馬帝國名義上的大司膳;他還在1657-1658,1740-1742,1745,1790和1792年保有薩克森選帝侯未能履職的帝國總管稱號。在1777年與普法爾茨選侯國形成共主邦聯之前,巴伐利亞選帝侯在帝國議會中是完全獨立的。在帝國行政圈的體制中,巴伐利亞選帝侯與薩爾茨堡大主教共同擔任巴伐利亞行政圈的領袖,統領著巴伐利亞地區的領土(其中占主導地位的正是選帝侯統治的領土)。巴伐利亞選帝侯在士瓦本行政圈內也保有領土。1777年,巴伐利亞選侯國的領土與普法爾茨選侯國的領土合併(包括普法爾茨選侯國,於利希和貝爾格大公國,普法爾茨-諾伊堡,普法爾茨-蘇爾茨巴赫,普法爾茨-威登的領土以及其他一些領土)。

  

  當選帝侯馬克西米利安一世於1597年繼承巴伐利亞公國時,公國正深受債務問題與社會動盪的困擾,但在十年充滿熱情的統治後,公國有了顯著的改變。財政和司法系統被重組,一個由公務員和國民衛隊組成的階級開始形成,還獲得了幾個小地區的統治權。其結果便是產生了一個統一且富有秩序的公國,馬克西米利安公爵證明自己是德意志最果斷、最有能力的君主,他成功剝奪其境內封建貴族的政治權力,建立一種絕對君主制,又把稅收增加一倍。公國的繁榮使馬克西米利安一世能夠在1609年將舊教的德意志諸侯組織起來,成立「舊教同盟」,與新教同盟激烈的對立之後,他終在三十年戰爭大展拳腳:在戰爭的初期階段,組織起2.4萬傲視群邦的強大軍隊,成功從1356年維特爾斯巴赫王朝分家以來一直由長系分支援有的上普法爾茨和選帝侯的地位。儘管其後形勢有變,馬克西米利安一世仍得以在1648年簽署威斯特伐利亞和約中保住了他的戰果。但整個巴伐利亞,尤其是北部地區,在三十年戰爭中遭到了嚴重的破壞。1632年瑞典人的入侵,以及1647年馬克西米利安一世對烏爾姆條約的違背,都使得巴伐利亞的土地飽受法國人和瑞典人的蹂躪。在主持了某種程度上的修復後,選帝侯於1651年在英戈爾施塔特逝世,留下了一個空前強盛的公國。三十年戰爭中得到的上普法爾茨使巴伐利亞各個領地更為緊湊;選帝侯的地位大大增強了巴伐利亞的影響力,公國成為神聖羅馬帝國數十年內最強大的純種德意志邦國。這使得公國得以在歐洲政治內部衝突中扮演一個舉足輕重的角色,而這在過去的四百年中都未曾有過。

  不管馬克西米利安一世為巴伐利亞贏得了多麼崇高的國際地位,巴伐利亞選侯國本身的發展在接下來的兩個世紀中都是值得懷疑的。馬克西米利安的兒子,斐迪南·瑪利亞(1651-1679),作為一個年少即位的選侯,做了很多實際的努力來修復三十年戰爭所造成的創傷,包括鼓勵農業和工業的發展,同時新設或重建眾多的教堂和寺院。此外,在1669年,他更是再度從1612年就暫停的召開議會;但他為了節省經費而解散或大幅縮小父親建立的常備軍,卻對其國際地位之發展有不良影響。  但是斐迪南·瑪利亞的成就很大程度上被他的兒子馬克西米利安二世·伊曼紐爾(1679-1726)抹殺了。馬克西米利安二世充滿野心,一即位就重建一支八千人的常備軍,並將巴伐利亞選侯國拖入與奧斯曼帝國的戰爭中,證明自己是一個出色的統帥。他還在西班牙王位繼承戰中加入了法國一方,卻為此付出了巨大的代價。他的軍隊於1704年8月13日在靠近多瑙河畔赫希斯特的地方戰敗(詳見:布倫漢姆戰役);伊爾貝斯海姆條約的簽署,使得巴伐利亞的領土在相當一段時間內被普法爾茨選侯國與奧地利瓜分,再受盡戰火蹂躪後才通過於1714年簽署的巴登條約歸還給他;同時期發生的巴伐利亞農民暴動,或被稱為"森德靈血腥聖誕節",也於1706年被奧地利佔領軍鎮壓。  馬克西米利安二世的兒子,查理·阿爾布雷希特(1726-1745),即後來的神聖羅馬帝國皇帝查理七世,並沒有吸取父親的教訓,反而窮盡畢生精力去提升維特爾斯巴赫家族幼系及巴伐利亞選侯國在歐洲的聲望和權力。前任皇帝查理六世的死給了他機會:他有1.4萬人的常備軍並與法國結盟,推翻了確保哈布斯堡女繼承人瑪麗亞·特蕾西亞受1713年簽署的國事詔書確保的繼承權,更與法國一起出兵征服了上奧地利。他還在布拉格被加冕為波西米亞國王,並於1742年,在法蘭克福加冕成為神聖羅馬帝國皇帝,稱查理七世。然而,他付出了巨大的代價:其軍力完全比不上(重建後)超過13萬的哈布斯堡軍,故巴伐利亞由奧地利軍隊完全佔領;儘管擁兵10萬的普魯士國王腓特烈二世於1744年入侵波西米亞的行動使他得以重回慕尼黑。查理七世於1745年1月20日去世,他的繼任者不得不作出巨大的讓步才可以恢復巴伐利亞的領地。  馬克西米利安三世·約瑟夫(1745-1777)透過1745年4月22日簽署的菲森和約,重獲巴伐利亞的領地,條件是承認國事詔書及瑪麗婭·特蕾西婭的繼承權。馬克西米利安三世深受啟蒙思想影響,在他的統治下,巴伐利亞極力鼓勵農業、工業的發展與礦產資源的開發,在慕尼黑建立巴伐利亞人文及科學院,並停止了對耶穌會教士出版物的封鎖。1777年12月30日,巴伐利亞選帝侯馬克西米利安三世·約瑟夫去世,沒有留下任何合法的子嗣。於是選侯國被維特爾斯巴赫王朝長系的普法爾茨選帝侯卡爾·泰奧多爾繼承。 在經歷了長達四個半世紀的分裂後,維特爾斯巴赫王朝長幼兩支終於統一。於利希和貝爾格大公國的領土隨後也被合併入選侯國。

  奧地利無法忍受另近這個野心十足的邦國通過繼承提升自己的實力,於是提出對巴伐利亞境內一些領土的要求。奧地利認為這些領土是原先屬於波西米亞、奧地利以及神聖羅馬帝國皇帝的。奧地利軍隊迅速佔領了這些領土。選帝侯卡爾·泰奧多爾預設了奧地利的行動,因為沒有合法子嗣的他想通過與奧地利進行利益交換來確保自己的私生子們能繼承一些小公國。在普魯士的支援下,卡爾·泰奧多爾的繼承人,茨魏布呂肯公爵查理二世發動了叛亂,引發了巴伐利亞王位繼承戰爭。1779年5月13日簽署的切申條約確保了查理二世的繼承權,但也迫使巴伐利亞將因河河谷割讓給奧地利。  選帝侯卡爾·泰奧多爾對巴伐利亞並不感興趣,而是想方設法為他的私生子女們謀取領地。巴伐利亞王位繼承戰爭後,他再次試圖以巴伐利亞交換奧屬尼德蘭,並從皇帝那裡獲得勃艮第國王的頭銜,但因普魯士的干預終未能如願。在其他方面,開明的國內政策的被廢棄:那些馬克西米利安三世·約瑟夫用來改革教育系統的預算被用來資助醫院騎士團;政府宣傳最狹隘的教權主義,並最終導致巴伐利亞主教敘任權回到了教皇手上。在法國大革命前夕,巴伐利亞的社會狀況甚至倒退回到中世紀的水平。

  1792年法國大革命爆發,革命軍佔領了普法爾茨;1795年,法國人在讓·維克多·莫羅的帶領下入侵巴伐利亞,並一路進軍到慕尼黑,受到被長期鎮壓的自由主義者的歡迎,同時革命軍開始圍攻因戈爾施塔特。選帝侯卡爾·泰奧多爾沒有進行任何抵抗,就逃到了薩克森,留下了一個攝政議會。1796年9月7日,攝政議會的成員與莫羅簽訂了停戰條約,得到了巨大的利益。  隨著革命的席捲,位處在法國和奧地利的巴伐利亞處境艱難。在卡爾·泰奧多爾於1799年2月16日去世前,奧地利軍隊再次佔領了巴伐利亞,準備與法國重新開戰。茨魏布呂肯的馬克西米利安四世約瑟夫繼承了選帝侯與巴伐利亞這個燙手山芋。儘管選帝侯本人與他才華橫溢的首相馬克西米利安·馮·蒙特格拉斯做出了許多努力,巴伐利亞軍隊的無序和混亂使他無可奈何,只能將選侯國的命運交於奧地利手中;1800年12月2日,巴伐利亞軍隊參與了霍亨林登戰役,與奧地利軍隊一同慘敗,莫羅又一次佔領了慕尼黑。根據戰役後簽署的呂內維爾條約(1801年2月9日),巴伐利亞喪失了普法爾茨、茨魏布呂肯和尤利希的土地。  鑑於奧地利宮廷展現出幾乎毫不掩飾的野心和陰謀,蒙特格拉斯認為與法蘭西共和國合作更符合巴伐利亞的利益;他成功說服了選帝侯,並於8月24日在巴黎與法國簽署了一個同盟條約。根據這一條約,第一執政(即拿破崙·波拿巴)承諾,巴伐利亞在呂內維爾條約中割讓的萊茵河左岸領土應該由巴伐利亞人決定歸屬。(參見de Martens, Recueil, vol.vii. p.365)  1803年,由於拿破崙對主教領和帝國自由城市的鎮壓,巴伐利亞接收了維爾茨堡、班貝格、奧格斯堡和弗賴辛根各主教領的領土,帕紹的一部分,十二個修道院,十七個城市和鄉村的領地,形成了一個緊湊的領土,遠遠超過了其在萊茵河外圍省份的損失。蒙特格拉斯現在渴望將巴伐利亞提升成為一流的歐陸強國,他在整個拿破崙戰爭時代以高超的技巧追求這個目標,允許法國肆虐整個歐陸—只要拿破崙能維持下去—但絕不同意將巴伐利亞的地位置為一個法國的附庸,就像萊茵邦聯一樣。  根據1805年9月23日在維爾茨堡簽署的聯盟條約,巴伐利亞部隊自查理七世時代以來首次與法國並肩作戰。12月26日,埃施塔特公國(Eichstädt),布林高藩侯國(Burgau),福拉爾貝格領地(Vorarlberg),霍亨慕斯伯國(Hohenems),柯尼塞格-羅滕費爾斯伯國(Königsegg-Rothenfels),阿根(Argen)和特南(Tettnang)領地,以及林道市的領土都劃歸巴伐利亞。另一方面,1803年獲得的維爾茨堡將被割讓給薩爾茨堡選侯國,以換取蒂羅爾。法國-巴伐利亞條約的第一條即是拿破崙承認選帝侯為巴伐利亞的國王。馬克西米利安為此付出的代價是勉強同意將他的女兒奧古斯塔嫁給了歐仁·德·博阿爾內。

  1806年1月1日,馬克西米利安宣佈自己為國王,稱巴伐利亞國王馬克西米利安一世,正式將巴伐利亞選侯國升級為巴伐利亞王國。1806年3月15日,他把貝爾格公國交給了拿破崙。此後不久,萊茵邦聯成立,馬克西米利安與其他決定參與邦聯的君主宣佈脫離神聖羅馬帝國。
巴伐利亞選侯國()是神聖羅馬帝國內部一個獨立的世襲選帝侯國,國祚從1623年持續到1806年,並在其後被提升為巴伐利亞王國。