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  苗瑤語的使用者分佈於中國的雲南、貴州、湖南、廣西、廣東、四川、海南等省區,以及中南半島的越南、寮國、泰國、緬甸等國鄰近中國的地區,主要為苗族、瑤族和畲族。這三個民族除了使用苗瑤語外,也有部分人群使用其他語言/方言,如畲話、貓家話、酸湯話等漢語方言,草苗話等侗語方言,以及拉珈語。中國境內的苗、瑤、畲大約有1300萬人口,其中使用苗瑤語的約佔四分之三。

  苗瑤語的歸屬是語言學界爭議較大的問題之一。1937年,李方桂首先將苗瑤語歸入漢藏語系下的漢臺語;1973年,他又將苗瑤語歸為漢藏語系下跟漢語族、藏緬語族、侗臺語族並列的語族。中國和華人學者一般都主張這一看法。美國學者白保羅於1972年出版《漢藏語概論》,認為苗瑤語和侗臺語都不屬於漢藏語系,將二者歸入澳泰語系。雖然澳泰語系這一猜想的爭議還很大,但西方學者大都認為,苗瑤語並不屬於漢藏語系。  雙方之間的爭議主要在於,苗瑤語與漢語之間存在不少語音、語義都有對應關係的字詞,主張苗瑤語屬於漢藏語系的學者認為這些詞是同源關係,主張苗瑤語獨立的學者則認為是藉詞。陳保亞的《論語言接觸與語言聯盟》提出了區別同源詞和藉詞的方法,並運用該方法對漢語和侗臺語的對應關係詞進行分析,認為漢語和侗臺語之間是語言聯盟,而非同源;而漢語和苗瑤語之間則是同源關係,只是分化年代非常遙遠。

  最初,語言學家在苗瑤語中只列出了苗語和瑤語(勉語)兩種語言,之後逐漸識別出了更多語言,包括畲語、巴哼語、布努語、炯奈語、優諾語、巴那語等。在一些獨立語言和方言的劃分上,也存在一些爭議,如海南苗族說的話,有學者認為是“勉語金門方言”,有學者則認為是“門語”;自稱“唔奈”的瑤族說的話,有學者認為是“巴哼語唔奈方言”,有學者則認為是“唔奈語”。  對於苗瑤語的內部分類,不同學者在細節上有不同的看法,但大體上一般都分為苗語支(族)和瑤語支(族),其中瑤語支只包括勉語,其他語言都屬於苗語支。爭議較多的是畲語的系屬問題,一般將畲語歸入苗語支,但也有學者將其劃歸瑤語支,或列出獨立的畲語支。  毛宗武(1997)提出的分類如下: 鄧曉華、王士元(2003)通過統計基本詞彙中同源詞的數量,對苗瑤語的12種語言/方言之間的親疏關係給出瞭如下分類(數字表示節點之間的距離):

  苗瑤語與漢藏越語類似的特點包括:  苗瑤語與漢藏越語有差異的特點包括:
苗瑤語是苗、瑤、畲等族群所使用的有共同來源的一些語言的總稱。學術界對於苗瑤語的語言系屬分類有不同看法:華人和中國學者多認為苗瑤語是屬於漢藏語系的語族,即苗瑤語族;歐美學者多認為苗瑤語是獨立語系,即苗瑤語系。對於其內部特點、所包括的語言等,一般並無爭議,所以在不討論其系屬分類時,即簡稱苗瑤語。