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  捷克在田徑專案上獲得以下資格(每個小項最多三名來自同一代表團的運動員參賽):

  根據羽毛球世界聯合會於2016年5月5日公佈的奧運排名,捷克有兩名羽毛球運動員獲得奧運參賽資格。

  

  捷克在2015年世界皮划艇激流錦標賽上獲得了所有的四個奧運席位,實現滿額參賽。

  皮划艇競速方面,捷克在2015年世界皮划艇競速錦標賽以及歐洲區預選賽上獲得以下奧運席位。具體參賽名單于2016年6月7日公佈。

  

  根據2015年UCI世界及歐洲巡迴賽的結果,捷克隊可派出4名男選手參加奧運公路自行車賽。2016年6月23日,捷克公佈了奧運公路自行車名單。

  2016年世界場地自行車錦標賽結束後,捷克隊獲得了兩個男子個人競速賽和一個男子凱林賽席位,最終捷克隊只有一個人參加了奧運場地自行車專案。

  根據2016年5月25日公佈的山地自行車奧運排名,捷克可派出3名男選手參加奧運山地自行車賽。後來,由於非洲的一個女子席位被空出,國際自行車聯盟將席位分配給了捷克隊。

  捷克共有兩名擊劍運動員獲得奧運資格。

  根據2016年7月11日的高爾夫奧運排名,捷克隊有一名女選手獲得奧運資格。

  

  捷克隊有一名男子體操運動員在奧運體操測試賽上獲得奧運資格。

  捷克共有3名柔道運動員獲得奧運資格。其中2人憑藉世界排名直接獲得資格,另一人則憑藉歐洲排名獲得奧運資格。

  捷克共有三名現代五項運動員獲得奧運資格。

  捷克在賽艇專案上獲得五個席位,其中三個來自於2015年世界划船錦標賽,另外兩個則來自於奧運賽艇歐洲區暨世界預選賽。

  捷克在帆船專案上共獲得三個席位。

  射擊方面,捷克在2014年和2015年世界射擊錦標賽、2015年射擊世界盃以及歐洲錦標賽等預選賽上獲得以下席位:

  捷克在游泳專案上獲得以下資格(每個代表團在每個個人專案最多派2名達到A標或者1名達到B標的運動員參賽):

  捷克在奧運花樣游泳測試賽上獲得雙人專案的席位。

  捷克共有四名乒乓球運動員參加奧運。其中一人憑藉奧運排名直接獲得資格。另外三人則是透過重新分配機制獲得資格。

  捷克共有七名網球運動員參加奧運。

  捷克有一名鐵人三項運動員獲得奧運資格。

  

  捷克有一支女子沙灘排球隊在2016年FIVB沙灘排球洲際盃獲得奧運資格。

  捷克在2016年歐洲舉重錦標賽上獲得一個男子席位。

  捷克有一名摔跤運動員透過重新分配席位機制獲得奧運資格。
2016年夏季奧林匹克運動會捷克代表團派出104名運動員參加2016年8月5日至8月21日在巴西里約熱內盧舉行的第三十一屆奧林匹克運動會。