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  通常的標準是勃起後從上方量得陰莖尺寸小於平均長度2.5個方差,或小於7釐米(對成年男子來說,平均勃起長度為12.5釐米)。該症在出生之後通常就能很快確診。大約0.6%的男性有小陰莖的症狀。

  胎兒期間雄激素分泌不足或作用減少是造成小陰莖的最主要的原因。造成這種雄激素異常的病症有睪丸發育異常、克氏綜合徵、睪丸間質細胞發育不全等,特別是睪酮或雙氫睪酮合成異常(17、20-裂解酶缺陷症、5α-還原酶缺乏症)、雄激素不敏感綜合徵、腦下垂體刺激異常(促性腺缺乏症)等其他先天性性腺功能低下症。此外,小陰莖也可能因為一些不涉及到性染色體的基因缺陷綜合徵而引起。  胎兒時期若母親服用了一些調節雌激素的受孕藥品(如己烯雌酚),也會造成陰莖異常或長度小於正常尺寸的情況。

  

  在胎兒時期和童年時期期間,陰莖的生長速度會受到睪酮的強烈影響,生長激素對此也有一定程度的干預。  小陰莖症狀的病因無論是什麼,如果它在嬰兒時期就能確診的話,通常醫生會開出與睪酮有關的藥(一般療程不超過三個月)。這一治療方法通常會讓陰莖稍作增長,從而增加青春期時陰莖進一步成長的機率,但是一般很難達到正常的大小。在童年時期一般不會開睪酮方面的藥,以免過早出現男性的第二性徵、增加骨齡等。(此外,有跡象表明,過早開出睪酮的藥物可能會導致成年後陰莖變短,但也有後續研究認為使用荷爾蒙並不會導致此類現象。)  荷爾蒙療法在青春期後可繼續,但僅限於患有性腺機能減退的男性。和身高類似,陰莖在青春期結束後會停止發育,此時再攝入睪酮並不會使得陰莖進一步增長(或者增長幅度很小)。

  有鑑於荷爾蒙很難讓陰莖增長至平均大小,有些患者會採取和陰莖成形術類似的手術——陰莖增長術。但此類手術通常僅限於荷爾蒙療法失敗的患者,且成功率不高,因而並沒有推廣開來,也很少有在童年時期使用的案例。此類手術的方法很多,比如在陰莖皮下植入皮下軟矽膠。術後,有部分患者報告稱對陰莖的外觀不太滿意,但大部分患者都有著足夠的性功能。  此外,亦有患者會進行性別轉換手術,將陰莖切除並以女性身份繼續生活下去,但由於此跨性別手術常常在嬰兒時期進行,因而沒有徵得患者本人同意,從而為患者在生活上造成了困擾。
小陰莖(英語:micropenis)是指尺寸極不尋常地小的陰莖,可由於雄激素分泌過少、胎兒時期母體攝入雌激素過多、基因缺陷等原因導致,可通過激素療法和手術的方式治療。