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  1641年的英國革命時期,蘇格蘭人麥卡倫因同時販賣武器給蘇格蘭和英格蘭而被逮捕,政府沒有將之處死,而是以無法脫下的鐵面具來羞辱麥卡倫和其後代。時間來到距離現代不久的未來,麥卡倫的後代詹姆士·麥卡倫正在發表他研發的新武器——奈米蟲,其威力足可吞噬整座城市,並說四顆成品將於翌日自中亞運至北約總部。  運送任務交由北約部隊的上尉「公爵」;立志投身空軍的戰友「瑞普克」則負責保護彈頭。路程中護送部隊遭到由「男爵夫人」領軍的眼鏡蛇部隊的襲擊,幾乎全滅。在搶回彈頭之時,公爵彷彿認出男爵夫人是「安娜」。此刻特種部隊的「蛇眼」、「史嘉蕾」、「重砲」和「布雷克」等人及時趕到力挽狂瀾,奪回險些被男爵夫人奪走的彈頭,男爵夫人事敗後迅即逃脫。  運送部隊僅存的公爵和瑞普克心存疑惑之下隨即向指揮官「霍克將軍」連線說明,得知他們是隱密的多國聯盟作戰組織「G.I.JOE」。眾人前往位於埃及沙漠下的基地總部,公爵堅決表示要完成運送任務,且透露他認識敵方的成員男爵夫人,因此霍克將軍暫定讓兩人入隊,同時展開對二人的特別訓練。另一方面,麥卡倫實為策劃整件陰謀的幕後指使,假意說要檢查彈頭,重新開始裝置內的追蹤訊號,使得眼鏡蛇得知彈頭的所在地,並再次策劃搶奪行動。眼鏡蛇組織的精英都被注入奈米蟲,控制心靈強化身體且無所畏懼,這項科技是由組織裡的「醫官」所研發,甚至可改變容貌,「撒旦」安排注入奈米機械,來進行改造計劃。  因男爵夫人未完成任務,麥卡倫指派武術高強的「白幽靈」前去協助。故事回到四年前,還是美軍的公爵與男爵夫人-本名為「安娜·露維斯」(Ana Lewis)是男女朋友關係,出使任務前公爵向安娜求婚,且保證將她親弟亦是公爵的戰友雷克斯(Rex)安然帶回。不幸的是,任務過程卻出了意外,執行轟炸任務的飛機過早到達並投下炸彈,當時正在目標建築物內的雷克斯當場被炸死,公爵不敢面對安娜而黯然離開安娜。  很快地,男爵夫人和白幽靈率領一群精英進攻特種部隊的總部,白幽靈把霍克將軍砍傷,此時白幽靈與蛇眼對質,兩人帶出一段同門恩怨的過去。眼鏡蛇出其不意的闖入使總部受重創,彈頭最終亦被奪走。  整頓過後,隊員尋得男爵夫人現與一名科學家男爵居於法國,目的是要利用公司裡的加速器來啟用彈頭。部隊眾人隨即趕往法國,在法國街頭一陣追擊之下,仍是晚了一步,彈頭已射向埃菲爾鐵塔併成功爆炸,奈米蟲開始吞噬所有金屬物質。所幸公爵及時關閉操控奈米蟲的開關,遏止災情擴散,不過鐵塔仍然倒塌,公爵亦被捉走。大鬧巴黎後部隊則被不知原由的巴黎警方逮捕,法國政府對埃菲爾鐵塔倒塌相當憤怒,美國下令解散部隊並召回眾隊員。部隊此刻也掌握到眼鏡蛇位於北極地區的冰山底下的基地所在。  霍克雖要求隊員們回華府,不過以「沒指定走哪條路」為由寬鬆地讓隊員們前往敵方基地奪回剩下的彈頭並救回公爵。特種部隊搭著潛艇來到北極海,公爵也利用奈米彈頭的訊號引導隊友們找到基地的正確位置。麥卡倫打算藉注射奈米蟲來控制公爵,介紹之下醫官與公爵兩人碰面,沒想到醫官揭露他的真實身份,正是死去的雷克斯本人。原來當時雷克斯所進的是奈米科技的研究室,為了保有研究而留下,雖然毀容但仍活下來,而安娜則是早被注入奈米蟲遭到控制。安娜對公爵的感情使安娜回覆原本的意志。  麥卡倫將剩下的彈頭嵌入三枚導彈,分別瞄準北京、莫斯科和華盛頓,以圖摧毀世界三大軍事強國的首都,發射不久後便被G.I. JOE部隊擊毀瞄準北京的那枚導彈。瑞普克自告奮勇駕駛新型戰機夜鴉(Night Raven)前去攔截其餘兩枚導彈,而蛇眼對上宿敵白幽靈,特種部隊的大部隊則由海底進攻。最後醫官和麥卡倫逃脫後遙控引爆冰山內埋下的炸彈,藉巨大的冰塊砸毀整座基地,公爵則帶著恢復意識的安娜追截逃跑的二人。導彈危機及時解除,所駕戰鬥機被奈米蟲大快朵頤的瑞普克亦安然無恙,只是緊急彈射後再次被不知情的美國軍人逮捕。白幽靈則落敗跌落深海。臉被燒爛的麥卡倫由醫官注入奈米蟲,片刻臉龐就像被烙上一層金屬般的的外殼,醫官將他重新取名為戴斯卓(Destro),自己則成為眼鏡蛇的新指揮官,表示眼鏡蛇組織才正要崛起。  最終兩人不敵特種部隊大軍而被逮捕囚禁,而男爵夫人身上的奈米蟲因過於複雜而無法立即清除,雖所作一切並非其個人意志決定,但仍得為她所犯罪刑入獄,公爵亦願意等待。危機解除後,美國總統重返白宮,但其實已被整形為總統樣貌的撒旦所替代,為故事埋下伏筆。

  

  2003年,監製羅倫佐·狄·波納馮杜拉有意打造一部先進軍事科技的影片,孩之寶執行長布萊恩·高登納提出改編特種部隊玩具模型的拍攝計劃。還身為華納兄弟的執行長波納馮杜拉,與曾一起合作的高登納將此係列推上大螢幕,兩人花三個月時間展開故事企畫,挑選麥可·B·戈登作為編劇,他們欣賞戈登在《300壯士:斯巴達的逆襲》編劇天賦。波納馮杜拉想要描述各個角色的背景故事,即角色們加入部隊的過去種種,以及增加新的角色雷克斯,成為公爵自我探索推展劇情的關鍵。雷克斯的取名由孩之寶公司所創。在此之前,監製唐·墨菲對本片拍攝感到興趣,但正值伊拉克戰爭爆發,考慮到議題時局過於敏感,而選擇發展孩之寶另一知名玩具系列《變形金剛》。波納馮杜拉認為「不管[特種部隊]代表什麼,特別在電影裡也不論公爵出自於哪裡,這就是我想要全世界觀眾都能感受到。」  2005年2月,請來同為波納馮杜拉監製電影《血盟兄弟》的編劇保羅·拉維特和大衛·艾略特翻修劇本。在新的劇本里,角色雷克斯墮入偏門與卡通裡的眼鏡蛇指揮官作結合,與戴斯卓聯手成立一群超級部隊。2007年3月,史奇普·伍茲再度翻修劇本,新增來自英國軍人角色艾利克·曼恩,監製解釋「不幸地,布什總統讓我們在國際上的地位很難去宣傳這部電影「G.I. Joe」(意指美國大兵),而新增一個角色混雜其中是件挺有趣的事」。影評家艾·梅伊比(El Mayimbe)揭露在伍茲的編劇版本,刪去眼睛蛇組織裡的隱匿於CIA特務雷恩,史嘉蕾與艾利克曼恩結婚,但仍對公爵有所好感,且男爵夫人亦身亡。蛇眼有張口說話,但在劇情裡聲帶是受損的,仍以姿體表達。梅伊比建議應由史都華·畢提重寫劇本。 影迷對於此版本的劇情提出負面評價反彈,波納馮杜拉承諾會立即重編「我期望這次我們將會呈現的更好給大眾。」他承認眼鏡蛇的橋段有些問題,在訪談裡同意「他們在[卡通裡的表現]或許是最愚蠢的邪惡組織。」孩之寶保證他們絕對會把眼鏡蛇寫回劇本里。  2007年8月,史蒂芬·桑莫斯向派拉蒙影業執行長布萊德·格雷引薦自己來執導本片,以及製作部分布萊德·華盛頓說明構想近而錄用。導演桑莫在拜訪孩之寶位於羅德島州的總部後,激起將特種部隊拓展為全世界聯盟組織的想法。基於監製波納馮杜拉以及莫菲製作的《變形金剛》,賣座票房成為本片改編制作的一大動力。桑莫斯來執導本片部分原因在於,此電影概念上會聯想到詹姆士·龐德,並且表示劇情裡的水底大戰,是向007系列第四部電影《霹靂彈》致敬。史都華·畢提受邀來改編新的劇本,特種部隊的原創者賴瑞·哈瑪成為本片創意顧問。哈瑪協助改編支持者可能不喜歡的故事要素,使劇本更能貼近漫畫,讓漫畫迷們更喜歡新的劇本。他說服編劇刪去電影結尾蛇眼說話的場景。為趕在2007年-2008年美國編劇協會大罷工前加緊腳步製作,約翰·李·漢考克、布萊恩·考波曼和大衛·李維恩也一同參與編劇作業。戈登提到他的寫作靈感是源自於哈瑪的漫畫,並非卡通。桑莫斯表示他對本系列背景故事並不完全熟透,電影有可能會因罷工事件而進度落後。

  電影於2009年7月31日在美國馬里蘭州安德魯斯空軍基地首次播映。而首映式則在同年8月7日於好萊塢的中國戲院舉行。隔天,《特種部隊:眼鏡蛇的崛起》便在美國的4,007家劇院發行,除此之外,電影還於35個海外市場上映。

  《特種部隊:眼鏡蛇的崛起》收穫了褒貶不一的評價。根據爛蕃茄上收集的159篇專業影評文章,其中55篇給出了「新鮮」的正面評價,「新鮮度」為35%,平均得分4.6分(滿分10分),而基於另一影評網站Metacritic上的25篇評論文章,其中6篇予以好評,12篇差評,7篇褒貶不一,平均分為32(滿分100)。

  美國上映當週戲院廳數4007家,共創下五千四百七十萬美元的票房佳績,且在全球各地進賬四千四百萬美元。截至2009年8月12日,美國電影票房總計七千一百八十萬美元,美國以外票房達六千一百四十萬美元,全球總計一億三千三百三十萬美元。  臺灣方面,最終全臺票房為新臺幣1.32億元,位居2009年全臺票房第九名。

  續集《特種部隊2:正面對決》於2013年3月28日發行,朱浩偉執導。

  電影後半段,當 G.I.JOE 的成員 Ripcord 偷走 McCullen 的新型戰鬥機 Night Raven 欲攔截奈米彈時,由於猜到 McCullen 是蘇格蘭人,故 Scarlett 建議 Ripcord 以凱爾特語的蘇格蘭蓋爾語操作此戰鬥機:
《特種部隊:眼鏡蛇的崛起》(英語:"G.I. Joe: The Rise of Cobra")是一部於2009年上映的美國科幻動作電影,改編同名漫畫及1980年代動畫《特種部隊》,由史蒂芬·桑莫斯(Stephen Sommers)執導。描述一群美國特種部隊,為阻止邪惡組織統治全世界的陰謀,上天下地運用最新科技和裝置,對付神祕組織「毒蛇黨」,免於世界陷入混亂。丹尼斯·奎德飾演特種部隊的指揮官,主角為查寧·塔圖飾演公爵,曾熟識反派眼鏡蛇的男爵夫人 (特種部隊),由席艾娜·米勒飾演,韓國男星李炳憲詮釋眼鏡蛇組織的白幽靈 (特種部隊)。