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  紐約市軌道交通運輸史十分悠久。早在1868年左右,第一條高架路線(IRT第九大道線)就已開通。而BMT萊辛頓大道線(現布魯克林BMT牙買加線部分)的軌道結構自1885年使用至今。最老路線為布魯克林-曼哈頓地鐵公司的BRT西側線。總之,19世紀末曼哈頓的上空,已經遍佈著密密麻麻的高架鐵路網,但高架鐵路的缺點日益明顯,既過時又吵鬧,而且有礙市容,逐漸導致民怨。  1900年,紐約的第一家地鐵公司成立。1913年,紐約市政府批准雙合約(英語:Dual Contracts)計劃,授權布魯克林運輸公司(英語:Brooklyn Rapid Transit Company,BRT)與跨區快速地鐵公司(英語:Interborough Rapid Transit Company,IRT)在紐約市內蓋地鐵。1904年10月27日,紐約市第一條地鐵南北幹線正式通車,起自位於百老匯的市政府站,北至大中央車站,再沿42街西至時報廣場,之後又往北至百老匯大道及145街的終點站。之後紐約地鐵的路線又沿著這條幹線擴建、延伸,直至今日的規模。而後來雙合約經費日益升高,市政府採用BOT模式建造路線,委託兩家公司營運。  1923年,布魯克林地鐵公司因為經營不善,改組為布魯克林-曼哈頓運輸股份有限公司(英語:Brooklyn-Manhattan Transit Corporation,BMT)。  1932年,公營的獨立地鐵系統()首條路線通車。通車後合併三公司聲音不斷,多年討論後決定由市政府出資收購IRT、BMT,1940年合併成功,BMT、IRT、IND留為子系統之名。  合併後市政府將老舊的高架路線拆除、連線IND及BMT,但計劃受二次大戰爆發而延宕。1953年紐約市捷運局設立,統籌紐約大眾運輸事項,IND與BMT的連結經多次計劃後併成代號B的部門(英語:Division B),IRT因受隧道及車站限制,無法與前二者相連,自成A部門(英語:Division A)。  1934年,BMT、IRT、IND的勞工成立名為「Local 100」的運輸勞工工會(英語:Transport Workers Union,TWU),至今有三次罷工紀錄:

  現今多數地鐵系統的「行車路徑」(,或「營運區間」())等同於「軌道線」()。但紐約地鐵的行車路徑常因新軌道的啟用或營運模式的更正而改變。基於歷史因素,紐約地鐵將兩者分開。行車路徑以英文字或數字作為代號(如4號車);軌道線則給予名字稱呼(通常是行經的地名或街道名稱,如IRT萊辛頓大道線)。因此紐約地鐵常常可以發現數條「軌道線」共通組成一條「行車路徑」的情形(換言之,軌道線並非獨立的路線,有時只是行車路徑的一部分)。  例如,D車、D服務路線都俗稱為D線,實際上D行經下列軌道線:

  紐約地鐵線有24條服務路線(含3條區間線),路線各有主色,再搭配快慢車的區別給予代號。一般路線標示為圓圈,菱形代表加開或快車服務的路線。

  至2010年為止,紐約地鐵車廂數超過6,422輛,為全球第一。自1948年後,購入車廂都以R加上數字作為列車編號。  地鐵車輛因系統不同在規格分為兩類,A系統的車廂因IRT設計因素,較B系統短小。實際上B系統的列車能開進A系統,但修改相關設施的龐大經費讓兩系統最終未能融合。  R44與R46車廂重整時加裝車側電子顯示器;1999年後購入的列車皆配備電子顯示及電腦廣播系統。

  據統計,2002年時每工作日會有450萬名乘客使用地鐵通勤。  月臺長度短至122米,長達213米,以容納大量的乘客。搭乘地鐵前先於自動售票機或站務亭購買MetroCard,再進入月臺區候車。曼哈頓區內車站絕大部分為地下形式,其他地區車站則有部分高架。  紐約地鐵的特色在於同路線上會有三至四條軌道,快車(Express Service)行駛於中間軌道,左右兩側留給慢車(Local Service)使用。快車原則上只停轉乘站及終點站,慢車每站皆停。BMT牙買加線於尖峰時刻時,部分路線會採取隔站停靠的方式行駛兩列。(IRT百老匯-第七大道線2005年5月27日前也採用隔站停靠。)每逢深夜時分需要進行維修保養時,亦可區域性封閉路軌之餘無需停止服務,使紐約地鐵成為全世界少數24小時全年無休的大眾運輸系統之一。(24小時營運的地鐵還有芝加哥地鐵) 於線路行駛的列車車輛數為8-11輛,但接駁線只有2輛。A系統由於設計時隧道較為短急、月臺長度短,車輛數較B系統少,列車也不能互相行駛。但考慮到維修便利性,維修車輛皆以A系統作為標準,並可於B系統中行駛。  車站遍佈於曼哈頓、布魯克林、皇后區、以及布朗克斯區。除G線、法蘭克林大道接駁線、洛克威公園接駁線外,其餘路線皆有經過曼哈頓。某些車站夜晚或週末時會關閉,但不會影響整體運輸。  1994年,紐約市捷運局推出新票證系統—來取代代幣,1997年新增2小時內轉乘免費的優惠。代幣於2003年走入歷史,同年運輸署將基本車資調漲至美金2元,此舉引發諸多抗議無果,此後亦多次上調資費。  計劃中的紐約地鐵第二大道線就含一段修改IRT路線的計劃。

  

  紐約地鐵的許多車站有夾層設計,能讓乘客可以從各個入口進入並抵達月臺,而不需事先跨越街道。夾層也能讓乘客在車站內直接不同行車方向的月臺間移動。  乘客經由階梯進出車站後走向售票亭或售票機支付車資,車資會儲存於MetroCard卡片。在入口旋轉閘門刷卡後,乘客繼續向月臺前進。部分北曼哈頓和其他區域的車站是高架式,乘客須經由樓梯、扶手電梯或升降機向上前往車站和月臺。  此線計劃早在1920年代就被提出,經過50年後才開始興建。礙於財政困難致使進度緩慢。2017年1月施工宣佈第一階段完成,並將Q線自原第五大道街站至皇后區的部分永久改為使用第二大道線,此外N線在高峰期時亦可能會臨時改道使用第二大道線,改道方式與Q線相同。

  自動化曾於1958年試用在42街接駁線,但1964年4月24日列車在大中央車站起火,計劃於是取消。  計劃重啟後由西門子交通技術集團負責,計劃引入一人行車系統(英語:One Person Train Operation,OPTO)及通訊式列車控制系統(英語:Communications-based Train Control,CBTC),預計耗時20年。完成後可讓成本降低、行車更安全。  紐約市為申辦2012年夏季奧運提出哈德遜再發展計劃,將IRT法拉盛線(即7號線)往西延伸兩個車站,興建一地下機廠、平面為紐約噴汽機的體育場。當紐約被淘汰後,體育場的計劃也隨即取消,但延伸線計劃繼續進行。甚至有計劃跨越哈德遜河延伸至新澤西州的霍博肯,成為紐約地鐵第一條跨州路線。

  紐約地鐵的衛生問題是全球所有地鐵當中最惡劣之一。列車殘舊、噪音偏高、骯髒且外觀設計明顯落後。由於沒有列明禁止飲食,垃圾遍地,甚至有乘客隨手把垃圾丟進路軌,間中亦有紐約市老鼠發生。另外因為24小時營業的關係,許多無家可歸的流浪漢充斥著地鐵車站。  紐約地鐵曾多次發生墜軌事故,紐約市民及關注組織近年已多次要求地鐵安裝月臺安全門,惟遭當局以成本高昂為由拒絕。  此外,紐約地鐵也沒有現代鐵路科技所具備的基本設施,例如行動網路、空氣調節系統、輕觸式電子收費系統等。而到站廣播系統也為車長作即時播報的。即使紐約地鐵現在所擁有的裝置(包括列車),也因為裝置嚴重老化,故障頻發。  2018年上任的紐約市公共運輸局總裁安迪·拜福德決定將對紐約地鐵車站裝修和訊號系統進行現代化工程,預計將耗資400億美元、耗時10年。Byford來自英國,之前曾在倫敦地鐵工作,在擔任多倫多運輸局總裁期間曾負責對多倫多地鐵進行現代化。
紐約地鐵(英語:New York City Subway)是美國紐約市擁有的地鐵系統,租予紐約市公共運輸局,該局是州立大都會運輸署(MTA)的輔屬機構。紐約地鐵在1904年通車,是世界上較早的公共交通系統之一,較多人使用的地鐵系統之一,亦是世界上最多車站的地鐵系統。紐約地鐵每日提供24小時服務,但部分路線在指定時間會停止執行。