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  在月經週期中的卵泡期,雌激素提高,使基礎體溫降低。排卵後因黃體產生的孕酮,會使基礎體溫升高。基礎體溫的升高一般在排卵後一天最明顯,不過也有變異,因此用基礎體溫判斷排卵期會有三天的誤差。  若沒有懷孕,黃體的解體會導致基礎體溫下降,約和下次月經來臨時間一致,若有懷孕,黃體會繼續作用,因此在懷孕前三個月會維持較高的基礎體溫,在三個月以後胎盤接管原來由黃體進行的機能,因此基礎體溫會降低到卵泡期的溫度。  一些少見的情形下,黃體會形成囊腫,黃體囊腫會使基礎體溫維持在較高的溫度,而且不會有月經,一直到黃體囊腫消失為止,過程可能需要幾周到數個月。

  規則的月經週期是女性正常排卵的證據之一,若月經週期不規則,也表示可能沒有正常排卵。不過許多女性月經週期不規則,可是也正常排卵,有些月經週期規則的女性可能沒有無排卵,或是黃體期異常。基礎體溫的記錄可以準確的判斷是否有排卵,也可以判斷黃體期的長度足夠讓受精卵著床。有些生育力的軟體可以協助女性判斷上述的資訊。  妊娠試驗無法在排卵後的三週內檢測。知道預估的排卵日可以讓女性不要太早進行檢測,可能會得到偽陰性的錯誤結果。而且,若基礎體溫連續十八天上升,幾乎可以確認女性已經懷孕。  在估計胎兒的妊娠年齡時,追蹤基礎體溫比追蹤月經週期的結果要準確。

  基礎體溫法是一些估算排卵期之自然避孕法的基礎,而且也可以推算何時是排卵期後的不孕期。不過基礎體溫法只能知道現在是否有排卵,無法預測排卵期。而一般精子的壽命約有七至十日,因此需預測性交後的七至十天內是否都不會排卵,以避免懷孕。
基礎體溫(英語:Basal body temperature,縮寫:BBT),是人體在完全放鬆狀態下,身體的最低溫度,所以一般在睡眠後測量最為準確。測量應該在睡醒後立即進行,避免之前進行任何身體移動。通過基礎體溫的測量和記錄,可以比較準確的瞭解女性的月經週期變化,預測排卵日和月經日。