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  寺院全稱“卓甘丹南巴傑衛林”,其中“卓”指卓日吾齊山,“甘丹”是藏語音譯,其意為“兜率天”,這是未來佛彌勒所教化的世界,“南巴傑衛林”意為尊勝寺,故該寺名。

  該寺是佛教格魯派創始人宗喀巴於1409年親自籌建的。該寺赤巴(“赤巴”意即法臺或座主)稱為甘丹赤巴。  1959年藏區騷亂中,古寺遭到破壞,1966年毛澤東發動的文化大革命中,500多年曆史的甘丹寺遭受洗劫摧毀,成為一片廢墟。甘丹寺的拆寺工程,從1966年8月19日開始。從全寺喇嘛聚會念經的“措欽大殿”開始拆,然後一座接一座地把全部的僧舍都拆掉。炸藥也被用於加速“拆寺工程”。炸藥引爆後就由一組組的人用十子鎬把整座甘丹寺夷為平地。當地的村民成功地把宗喀巴的雕像藏了起來;這是甘丹寺中唯一逃過洗劫的文物。其它所有的一切全部被摧毀。甘丹寺的廢墟在1969年,又一次遭到破壞;所有建築材料全部被分發出去。到此為止,500多年曆史的甘丹寺不留一石一木。  大量僧侶逃難到南印度定居,並在該地又建立了一座甘丹寺。甘丹寺於1980年開始修復工作。  甘丹寺1961年被中華人民共和國國務院公佈為第一批全國重點文物保護單位。

  該寺是藏傳佛教格魯派建立的第一座寺廟,可謂格魯派的祖寺。宗喀巴法座的繼承人甘丹赤巴即居於此寺。  該寺與哲蚌寺、色拉寺合稱“拉薩三大寺”,又與哲蚌寺,色拉寺和扎什倫布寺合稱格魯派的「四大寺」。再加上塔爾寺和拉卜楞寺,又被稱為格魯派「六大寺」。

  民主改革前,該寺的組織為喇吉、扎倉和康村三級管理組織。喇吉為全寺性組織,康村是基層組織,扎倉介於二者之間。喇吉的總領稱“堪布赤巴”。  上密院和下密院是地位對等的研習密宗的高階組織,比三大寺內的密宗扎倉層次更高。在上密院和下密院修習的喇嘛可以逐級升為上密院和下密院的堪布,卸任後的堪布稱為“堪蘇”。上密院堪蘇可升補為甘丹寺夏孜扎倉的法尊“夏孜曲傑”(意為“東頂法尊”),下密院堪蘇可升補為甘丹寺絳孜扎倉的法尊“絳孜曲傑”(意為“北頂法尊”)。宗喀巴法位甘丹赤巴的繼承者輪流由這兩位曲傑擔任。  寺內普通僧人稱“扎巴”,德高望重、學識淵博的僧人稱“喇嘛”。寺內讀經的僧人為數不多,多從事雜務等活動。學經僧人稱“貝恰娃”,他們所能考取的最高學位是“格西”。獲得格西后,僧人可出任僧官、收徒、擔任寺內職務等,還可升入上密院或者下密院修習密宗。

  該寺整體坐西北向東南。

  該寺每年藏曆十月二十五日即宗喀巴忌日舉辦“燃燈節”(藏語稱“甘丹昂卻”),白天展佛,晚上燃燈。

  印度的甘丹寺位於印度卡納塔克邦穆恩德戈德的流亡藏民聚居地。該藏民聚居地是印度最大的藏民聚居地,建於1966年,其土地由印度政府提供。  靠近穆恩德戈德的該藏民聚居地有9個營地,有甘丹寺及哲蚌寺2個寺院,以及1個比丘尼寺院。1999年,這裡有13000名居民。該聚居地已經建立了一個農村信用社,一個農業研究所,一個手工藝中心。這裡已經有了現代科技及通訊裝置。這裡的甘丹寺的課程和1959年拉薩的甘丹寺的課程類似。  該寺和拉薩的甘丹寺一樣,也設有絳孜扎倉和夏孜扎倉,英文名別分別為“Ganden Jangtse College”(甘丹絳孜學院)和“Gaden Shartse Monastery”(甘丹夏孜寺)。  2008年,500多名僧人因拒絕遵從達賴有關多傑雄登的禁令,被西藏流亡政府從這座甘丹寺內驅逐出去。他們此後在該寺附近創立了夏甘丹寺(英語:Shar Gaden Monastery),於2009年10月23日至26日正式成立。由於這些僧人主要來自甘丹寺內的夏孜扎倉,因此甘丹寺內的夏孜扎倉此後無法維持,被迫關閉。

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甘丹寺(),一譯噶丹寺,舊譯<unk>燈寺、噶登寺、噶爾丹寺、噶勒丹寺等,位於中國西藏自治區拉薩市達孜區境內拉薩河南岸卓日吾齊山的海拔3800米的旺波日山頂上,距拉薩57公里。清朝雍正年間清世宗曾為該寺賜名“永泰寺”。