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  在15和16世紀,這一地區通常在強大的特爾納特蘇丹國控制之下,摩羅泰島和北哈馬黑拉縣的沿海在一個叫做Moro的大範圍地區中。在16世紀中期,一個葡萄牙耶穌會使團來到哈馬黑拉和摩羅泰,並在1571年與此時控制特爾納特和哈馬黑拉的穆斯林發生衝突,穆斯林將基督徒遷離摩羅泰島。在1627年和1628年時,特爾納特的哈姆扎蘇丹(Sultan Hamzah)將許多島上的基督徒遷至特爾納特島上的Malayu。之後,此地受到荷蘭東印度公司的管轄。  原屬此縣的摩羅泰島於1942年初被日軍攻陷,1944年9月的摩羅泰島戰役中美軍收復島嶼南部,並將其作為1945年初盟軍反攻菲律賓以及5、6月反攻婆羅洲的中轉站。  從20世紀80年代開始,該縣的採礦及伐木產業大幅增加,並因此常與當地居民發生衝突。此地經濟依靠漁業和森林資源,產生的財富卻流向雅加達或在當地的外來精英手中。這種情形的發展也加劇了這一地區宗教局勢的緊張。傳統上基督徒與穆斯林在生活中能和睦共處,但是兩個宗教團體之間卻在1999年12月爆發衝突,此後宗教問題一直是該地區衝突的主要原因。2003年7月,北哈馬黑拉的38個村莊對正在此地開採金礦的澳大利亞紐克雷斯特礦業公司提出抗議。  北哈馬黑拉縣原是北馬魯古縣的一部分,2003年2月25日印尼議會通過的年度第1號法案宣佈,北馬魯古縣的9個區分出成立北哈馬黑拉縣。當作出成立北哈馬黑拉縣的決定時,印尼議會承諾將在摩羅泰島建立類似於巴淡島的免稅港,但是事實上並沒有實現,因為內部衝突導致摩羅泰島產生與北哈馬黑拉縣分離的要求。考慮到摩羅泰島上大部分是穆斯林,基督徒政治家Hein Nemotemo拒絕了分裂這一舉動。2006年8月,在第二委員會(Committee II)及北馬魯古省的省長Thaib Armaiyn批准下,北哈馬黑拉縣立法機關的5名專業集團黨議員在首都遊說希望摩羅泰島獨立成縣。2007年2月至4月,摩羅泰獨立成縣的支持者封鎖了政府大樓,要求摩羅泰島立即設縣。在2008年,Hein Nemotemo的反分裂派別分崩離析,為了避免1999-2000年間馬魯古地區的大規模宗教衝突再次發生,Hein Nemotemo選擇退讓。2008年11月26日,印尼議會批准2008年第53號法案宣佈從北哈馬黑拉縣分設摩羅泰島縣。

  北哈馬黑拉縣位於印度尼西亞東北、西新幾內亞和蘇拉威西島之間,佔據了哈馬黑拉島北部大約一半,還包括西北近海的許多小島。北哈馬黑拉縣處珊瑚大三角中,是世界聞名的沿海及海洋生物多樣性地區,三角地區包括70個屬的珊瑚、2,500種魚,包括印度洋-太平洋海域約70%的已知魚類。國際野生生物保護學會與北馬魯古省政府的海洋漁業廳共同監測此地區的環境。

  特拉加帕卡湖(Talaga Paca)是託貝洛西南的一座火山口湖。湖泊坐落在森林密佈的丘陵中,特拉加帕卡村位於湖畔,湖泊是村莊的飲用水源。  杜馬-加萊拉湖(Duma-Galela)是哈馬黑拉島最大的淡水湖,附近有兩個較小的火山口湖:Makete和Ngidiho。

  杜科諾火山高,不僅在哈馬黑拉島,甚至是印度尼西亞三座最活躍的火山之一,火山位於託貝洛以西,靠近Mamuya村。最近一次噴發自2011年開始一直持續到現在。

  北哈馬黑拉縣原有9個區("kecamantan"),2008年時有22個區。2008年10月29日此縣的5個區分出成立摩羅泰島縣,故如今只有17個區:

  2010年時,北哈馬黑拉縣共有人口161,580。主要民族有託貝洛人、加萊拉人、洛洛達人、卡奧人、Pagu和Modole。剩下的10%人口是來自爪哇島、蘇拉威西島和北馬魯古其他地區的移民(特別是馬基安島)。除了印尼語,當地居民也有他們自己的語言,例如託貝洛語,哈馬黑拉島上約有15,000人使用。

  北哈馬黑拉縣大約75%的人口依靠農業為生,特別是種植椰子和丁香。在2004年,椰子種植有,出產6.6199萬噸;丁香種植3,175.5公頃,出產320.71噸。2002年種植棕櫚,出產6.85萬噸。託貝洛、南託貝洛和加萊拉等區是石油產量最高的地區,擁有幾個油庫。除此之外,其他作物還有香蕉、水稻、玉米、花生、黃豆、木薯、咖啡、可可、肉豆蔻以及一些水果諸如橙、芒果和榴蓮。山羊、黃牛、雞、豬等家畜在該縣有飼養。北馬魯古縣有的森林,在保護中,在開發。該地區已被確認儲量的礦產有金、天然氣和鎳。卡奧、洛洛達等區有金礦。加萊拉區有地熱能可開發。洛洛達區的多伊島(Doi)發現有銅礦和鐵礦。  基於1983年海洋漁業研究所的調查結果,北哈馬黑拉地區水域漁業資源蘊藏量估計達644,382.48噸。漁業是該地區重要的經濟活動。大多數居民在沿海居住,依靠海產為其經濟來源。直到2002年,捕撈漁業產量為98,782.21噸,佔總產量的65%左右。除漁業資源外還有其他價值較高的海洋產品,例如甲殼類動物、海蔘、軟體動物和海藻。北哈馬黑拉縣的漁民大多使用傳統的捕魚工具作業,例如漁網。水質好海域使得海洋水產養殖業得以發展,特別是石斑魚、海螯蝦,海藻和珍珠。不過北哈馬黑拉縣的水產養殖的優化和生產力一直很低。直到2002年,海洋養殖總面積達到128,110公頃,出產46.550噸,僅總產量的0.03%。  可提供經濟發展的基礎設施如港口、銀行、市場以及主要商業活動都集中在首府託貝洛。2005年的國內生產總值為3,736.9321億印尼盾。北哈馬黑拉縣2003年經濟增長2.93%,2004年增長3.33%,2005年為3.54%。

  北哈馬黑拉縣的主要宗教是基督教和伊斯蘭教。穆斯林和基督徒自16世紀起居住於此,兩個社群遵循“Hibua Lamo”的文化傳統並和平的生活在一起。Hibua Lamo是穆斯林和基督徒之間的一個協議,沒有相互間的侵略算計,並對共同關心的事務有所合作。縣治託貝洛是個強大的基督徒社群,傳教士曾於19世紀末20世紀初到訪,他們在託貝洛建立了一座新教教堂。

  1999年伊始,穆斯林和基督徒在安汶發生衝突;在北馬魯古,卡奧的基督徒社群襲擊了大多數是穆斯林的馬基安人。這擾亂了特爾納特、蒂多雷、加萊拉和託貝洛等地兩個社群間的和平,之後衝突蔓延到馬魯古省的其他地區。儘管兩個社群努力嘗試和解,但是問題卻在加劇。數千特爾納特和中哈馬黑拉的基督徒逃往託貝洛,託貝洛成為難民營;穆斯林逃離託貝洛和卡奧。拉斯卡爾聖戰組織之類的外部勢力干預宗教社群衝突,使得問題更加嚴峻,緊張局勢逐漸形成,最終導致1999年12月24日託貝洛發生非常嚴重的暴亂事件,暴亂蔓延到其他城鎮,直到2000年秋天結束。暴亂的餘波至今仍能看見,彼此間不信任的氣氛盛行。在加萊拉仍有燒燬教堂和清真寺的惡性事件,宗教社群間仍能看到有軍事檢查站。
北哈馬黑拉縣(印尼語:Kabupaten Halmahera Utara)是印度尼西亞北馬魯古省的一個縣,位於哈馬黑拉島北部。縣治位於託貝洛。北哈馬黑拉縣面積,2010年人口普查共有161,580人。縣內的主要城鎮有託貝洛、卡奧、加萊拉。該地以白色的海灘和珊瑚礁而聞名。