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  1989年蘇聯開始從阿富汗撤軍,使阿富汗各派系的游擊隊陸續攻佔兵力空虛的城市,從中繳獲大量蘇軍武器。雖然蘇聯從阿富汗撤軍,但仍希望在阿富汗留下影響力,保護現有的親蘇政權。為了鞏固統治,當時的阿富汗總統穆罕默德·納吉布拉以兩院議會取代革命委員會,但得不到各派系的支援。蘇聯撤軍後,並沒有停止對喀布林政權的軍事援助。其後蘇聯解體,納吉布拉政府失去外援,形勢急轉直下。反抗派加強了軍事攻勢,向喀布林推進。1992年4月16日,納吉布拉宣佈辭職,阿富汗民主共和國完結。為了避免內戰爆發,在聯合國的斡旋下,反抗派成立了一個臨時委員會,同意兩個月後成立以拉巴尼為首的臨時政府。  1992年6月,拉巴尼就任為臨時政府總統,年底成為正式總統。然而拉巴尼政府並不穩固,沒有帶來和平,各派系的混戰持續。由總理希克馬蒂亞爾領導的伊斯蘭黨部隊與政府軍在喀布林交火,造成萬多人傷亡。1993年3月,在多國斡旋下,各派系簽訂了《伊斯蘭堡和平協定》,規定拉巴尼續任總統18個月,總理直接任命內閣,各派系均可參加政府。希克馬蒂亞爾趁機安排親信進入內閣,使與拉巴尼之間的關係惡化,原本支援拉巴尼的前阿富汗民主共和國烏茲別克族將軍阿布都·拉希德·杜斯塔姆轉為支援希克馬蒂亞爾,並與拉巴尼的政府軍開戰。不斷內戰使塔利班有機可乘,至1996年9月27日喀布林被塔利班攻陷,拉巴尼政權被推翻,他和馬蘇德將軍退到北部地區展開反抗活動。  1996年以後的拉巴尼政府雖然僅能控制阿富汗東北部的小部分國土,仍然是聯合國承認代表阿富汗的政府,直至2001年塔利班政權被推翻,新的臨時政府成立為止。
阿富汗伊斯蘭國,是蘇聯入侵阿富汗戰爭結束、原政權垮臺後,在1992年所成立的新政權,由阿富汗伊斯蘭聯合拯救陣線執政。1996年,塔利班攻陷喀布林,改為伊斯蘭酋長國,伊斯蘭聯合拯救陣線則退至該國東北部與之對抗。