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  2007年至2010年,中英啟動,美國參與千人基因組計劃。2009年至2010年,參與中歐合作人類腸道菌群研究。2011年起,參與百萬基因組計劃,將持續至2020年。 2017年7月14日,華大基因登入深圳證券交易所創業板。  2017年11月,華大基因IPO的不同版本申報稿中,出現了資料不一致的“打架”現象,引發了媒體關注;當月27日,深圳證券交易所發函詢問,華大回應為統計口徑不一致導致。由於未能實現真實、準確的披露,市場對華大保持懷疑態度。  至2018年6月,華大基因完成7個月蒸發680億,經營現金流淨額下滑。同月,天涯社群出現舉報文章,華大基因在連續負面話題後又陷入“圈地門”;而《華大癌變》文章對其無創基因檢測技術抱持質疑。華大股價繼續下跌,半個月內市值蒸發百億;一週內三度釋出增持公告。  2018年10月,中國科技部網站公佈了六項人類遺傳資源行政處罰,其中就包括華大基因。華大基因的行政處罰決定書顯示,華大基因主要是與復旦大學附屬華山醫院未經許可與英國牛津大學開展中國人類遺傳資源國際合作研究,同時未經許可將部分人類遺傳資源資訊從網上傳遞出中國境外。  2019年4月,因為淨利潤虛增千萬,深圳證監局對其傳送行政監管措施決定書,華大基因迴應辯稱為資訊系統不完善等原因導致。至2019年5月,其市值較其高峰期跌去近七成。

  華大基因為全球科研工作者提供創新型生物研究服務,為普通民眾提供前沿生物科技在醫療、農業、環境等領域的應用服務。為適應不同領域的應用需要,2012年華大基因誕生六個子品牌,滿足不同領域使用者的需求。

  華大基因研究院是以解決人類社會發展重大需求為目標,通過創新整合實現技術開發、科學發現和產品孵化。  2007年6月, 深圳華大基因研究院成立。2011年7月,華大基因大資料期刊《GigaScience》雜誌已經開始接收資料,並公開了首個可引用的資料庫—德國大腸桿菌資料庫。

  華大基因科技服務有限公司依託華大基因的大規模測序、生物資訊分析、細胞克隆、健康監測、農業育種等技術平臺,建立了科研平臺、質量體系、標準化和個性化的資料分析以及服務流程,為從事生物、農業、醫藥等生命科學領域的研究人員提供科研合作與服務。  2009年8月,華大基因專門成立科技合作事業部,為全球合作伙伴提供科技合作和服務。2012年4月,華大基因科技服務有限公司正式成立。

  華大健康將華大基因的科研成果延伸到臨床檢測和診斷等與健康相關的應用領域而建立的臨床醫學平臺,致力於降低出生缺陷及重大疾病對人類健康的危害。  華大健康為人類提供貫穿整個生命週期的健康服務,涉及生育健康、遺傳病、血液病、病原微生物、腫瘤等領域的檢測服務。  2007年2月,“華大健康事業部”正式成立。2012年3月,臨檢中心及胎兒與生殖健康中心合併,成立深圳華大基因健康科技有限公司。

  華大農業依託華大基因的基因組測序和生物資訊分析技術,將華大基因動植物研究技術與成果應用於動物、植物、微生物、海洋等領域,建立了基因功能驗證、分子育種技術、基因分型及表型鑑定、手工克隆技術公共技術服務平臺。  華大農業已經建成了高通量植物轉基因、全基因組分子育種、動物手工克隆及海洋生物等4個技術平臺,擁有1個國家重點實驗室、1個部級重點實驗室、1個省重點實驗室以及4個深圳市重點實驗室。本部門與國際水稻研究所、國際玉米小麥改良中心、中國農科院等國內外農業機構開展深入合作。  2009年7月,華大方舟生物技術有限公司成立,是世界第一家手工克隆產業化公司。2010年,農能平臺、微生物平臺與克隆平臺整合成華大基因的生命科學事業部,暨華大農業。

  華大基因學院致力於培養生物領域科研和產業需要的創新型人才,建立“以專案帶學科、帶產業、帶人才”,在實戰中培養人才的新型教育培養體系,打造國際化的跨組學研究型特色學院。  華大基因學院已和包括武漢大學,東南大學,華南理工大學在內的10餘所知名高校建立了教育合作關係,採用“2.5+1.5+X”或“3+1+X”的模式開展本、碩博聯合培養,同時還與香港中文大學、哥本哈根大學、奧胡斯大學、美國加州大學戴維斯分校等高校開展碩、博聯合培養計劃。  2011年10月,深圳市華大基因學院成立。2012年,華大基因學院創新班學員在國際遺傳工程機器大賽亞洲賽區中獲得金牌。

  華大雲端計算依託華大基因的計算和儲存能力,採用資訊科技,構建了“EasyGenomicsTM”、“內部雲”、“檢測雲”“健康雲”等多個雲平臺,為需要進行大資料處理的使用者提供大規模的下一代測序資料儲存和分析流程相結合的資訊分析服務,解決海量資料的收集、儲存、傳輸、安全性和資料分析處理等難題。  2009年,雲端計算部門獨立成立,支撐華大科研、業務運營。2012年,對外發布EasygenomicsTM和開發臨床檢測雲平臺。

  華大基因自1999年成立以來,足跡遍佈全球五十多個國家,業務覆蓋了科技、健康、農業等多個領域,為全球夥伴提供測序服務。  華大基因在全球分佈六大片區,分別為中國內地、亞太、美洲、歐洲、港澳臺、日本,除在主要城市設立分部外,還有多個業務中心、代表處,各片區依託華大基因先進的測序和檢測技術、資訊分析能力、生物資源、多學科結合的生物科研體系,為當地的科研工作者提供生物研究服務,為當地民眾提供生物科技在醫療、農業、環境等領域的應用服務。

  華大基因在中國內地分為華北、華南、華中、華東、西北五大片區。  1999年9月9日,為完成“國際人類基因組計劃”,華大基因成立於北京空港工業區。2006年10月23日,"第一屆國際基因組學大會"在杭州召開。

  美洲華大成立於2010年4月,總部設在美國馬薩諸塞州的波士頓。美洲華大基於華大基因的測序技術,通過測序和資訊分析,為美洲的科研、醫療機構提供服務。  2011年底華大基因先後與美國加州大學戴維斯分校、美國費城兒童醫院簽署協議,聯合共建2個基因組學研究中心BGI@UC Davis Joint Genome Center和BGI@CHOP Joint Genome Center。  2012年第一屆ICG-Americas會議成功在費城舉辦,400名來自各高校的著名學者及藥企精英就基因學界的前沿問題進行交流。

  歐洲華大基因成立於2010年5月,業務中心坐落於哥本哈根,服務覆蓋十幾個歐洲國家和地區。歐洲華大依託華大基因的資源,及歐洲實驗中心的測序平臺和人才,為歐洲生命科學與健康等領域的科研人員提供全方位的一站式生物技術服務和系統解決方案,為歐洲民眾的健康提供基因檢測服務。  2012年,華大基因在歐洲建立的首個基因組研究中心正式開幕。該中心位於丹麥哥本哈根生物科技園。2013年3月,華大基因與英國基因組分析中心正式簽署合作備忘錄,在糧食安全、能源及健康領域開展相關研究。

  2010年7月, 香港華大正式成立。  2009年3月,與香港中文大學合作成立“中•華基因組研究中心”,開展了廣泛的科研合作與交流。2012年3月16日, 澳門科技大學與華大基因簽署了建立“聯合實驗室”的合作協議。  2014年初,香港華大與臺灣基康(GeneHealth)簽訂合作協定,將服務範圍擴及到臺灣地區。並於2014年3月8日的臺灣婦產科醫學會(103年度年會暨擴大學術研討會),正式公開宣告透過臺灣基康(GeneHealth),對臺灣地區的孕婦提供非侵入性胎兒染色體基因檢測(英語:Non-Invasive Fetal Trisomy test;NIFTY/Non-Invasive Prenatal Test;NIPT)的服務專案。  2017年3月,華大基因獨家技術授權臺灣基康(GeneHealth)成立NGS基因定序實驗室,投放全亞太地區(中國大陸以外)第一部BGISEQ-500次世代基因定序系統落戶臺灣。同時,宣佈與臺灣的鴻海集團攜手合作組成抗癌大聯盟,並將BGISEQ-50基因定序儀委託鴻海集團旗下的富士康科技代工生產,展開全面性的合作。

  華大基因亞太片區2010年成立,服務區域為東南亞、中東和南亞、大洋洲等地,業務內容包括醫療健康,臨床實驗,前沿科學等等,現已與片區內多家醫療機構、高等院校、第三方檢驗機構和生物公司等建立了良好的合作關係,並已開展了多項臨床檢測和臨床研究專案,取得了重要成果。  2011年7月,第一屆生物IT亞太會議在深圳召開。會議由華大基因(BGI)和英偉達(NVIDIA)共同舉辦。2012年5月,華大基因獲悉尼大學頒發合作獎,雙方共商在未來的鏽病研究中有更多的合作。

  華大基因日本片區建於2010年底,總部設立在日本的神戶市,是華大基因全球佈局中繼中國、美洲、歐洲、亞太之後又一個獨立的業務區域。日本華大不僅為日本科研機構、科學研究者提供科技服務,同時向日本的醫療機構、健康公司提供遺傳基因檢測等人類健康方面的合作服務。  2011年5月19日,日本華大協同日本千葉癌症中心研究院、東京醫科齒科大學等在深圳主辦第一屆中日癌症會議。2012年5月11日,日本華大協同日本東京大學、京都大學、慶應義塾大學、農業生物資源研究所等研究機構和大學共同主辦5場研討會。

  華大基因憑藉其測序和檢測技術、資訊分析能力、生物資源,搭建多技術平臺,可實現從中心法則到結構與功能的貫穿研究,構建生物技術與資訊科技相融合的網路體系。  華大基因目前擁有測序平臺、質譜平臺、資訊中心、國家基因庫等技術平臺、資源庫。2013年,華大基因還收購了人類全基因組精準測序的創新領導者Complete Genomics,豐富現有多種平臺基礎上的基因組學研究技術,為科研工作者及大眾提供服務。

  美國Complete Genomics 是人類全基因組精準測序的創新領導者,通過測序服務的模式,提供人類全基因組學技術。2013年3月18日華大基因通過其全資子公司Beta Acquisition Corporation 完成對Complete Genomics 的收購。

  華大基因測序平臺目前主要以Illumina高通量測序平臺為主,Illumina高通量測序平臺主要由HiSeq測序儀和MiSeq測序儀組成。此外,還包括了羅氏454測序平臺及Life公司的Ion Torrent測序平臺。除測序平臺之外,還有合成平臺、基因分型平臺、全基因酶切圖譜平臺等讓測序結果更精確的輔助平臺。測序涉及生物學各領域,包括DNA測序、RNA測序、巨集基因組測序、甲基化測序、外顯子捕獲測序、ChIP-Seq、MeDIP測序等。

  質譜平臺基於高通量質譜技術進行工業規模的蛋白質組學、代謝組學研究及目標分子檢測,已通過OHSAS18001、ISO14001、ISO9001質量管理體系認證。實驗室佔地2000平米,配備多臺高靈敏度、高解析度、高精度的質譜儀,目前主要進行蛋白質組學和代謝組學的全譜分析、定量分析、蛋白修飾分析和目標蛋白、多肽和各種小分子的分析檢測,也可以結合目前的基因組、轉錄組資料展開貫穿性科研專案。質譜平臺目前已經應用在人類染色體蛋白質組學計劃(c-HPP)、新生兒遺傳代謝檢測、耳聾基因篩查等眾多科研及產業專案中。

  資訊中心以實現超大規模生物資訊學計算為中心任務,不斷提升其在高效能計算、雲端計算服務能力,為海量資料處理提供創新解決方案。  華大基因擁有深圳、香港、北京、武漢、杭州等數個大型生物資訊學超級計算中心,總峰值計算能力達到212 T flops, 總記憶體容量達到35.9 TB,總儲存能力達到18.38 PB。其中位於深圳和香港的叢集的峰值計算能力分列國內生物資訊領域第一和第二位,有能力為海量生物資訊學資料的儲存、處理和分析提供穩定而高效的資源保障。

  2011年10月深圳國家基因庫建設方案由國家發展改革委、財政部、工業和資訊化部以及衛生部四部委批覆,並由深圳華大基因研究院組建及運營。  國家基因庫集生物資源樣本庫、生物資訊資料庫和生物資源資訊網路為一體,通過建立生物資源樣本庫、生物資訊資料處理、儲存與管理系統以及覆蓋廣泛的聯盟網路,保護、開發和利用中國生物資源及基因資料資源,調動、發揮及整合各地區、各單位的資源和技術優勢,開展廣泛交流與合作,搭建資訊資源研究開發的基礎性支撐平臺,提高中國生命科學研究水平和國際影響力,促進中國生物產業發展。
華大基因(),原名北京華大基因研究中心,是中國的一家全基因組測序中心。該機構成立於1999年,先後完成了國際人類基因組計劃“中國部分”(1%,承擔其中絕大部分工作)、國際人類基因組單體型圖計劃(10%)、第一個亞洲人基因組圖譜(“炎黃一號”)、水稻基因組計劃、大熊貓基因組計劃等多項具有國際先進水平的基因組研究工作。其於2017年登陸深交所創業板,短暫上揚後,公司市值在7個月內蒸發680億,其後因資訊披露違規數度接獲深交所問詢;至2019年5月,其市值較其高峰期跌去近七成。