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  家族的歷史最早可以追溯到公元984年,而他們的姓氏可能是來源於家族最早的封地——法爾內蒂。對於家族姓氏法爾內斯蒂(法爾內塞)的來源頗有些爭議。有的人認為這個名字來自於當地一種橡樹的俗名法爾尼亞("歐洲櫟"),但另外的人則認為姓氏來自於法拉——倫巴第人用來表示一個特定社會群體的術語。 12世紀時,他們還只是托斯卡尼亞和奧爾維耶托地區較小的領主而已,有部分家族成員在奧爾維耶託任職。 1110年,家族中一個叫皮耶特羅的贏得了托斯卡納歸爾甫派和吉伯林派戰爭的勝利,之後大概是1134年參與攻打了義大利諾曼底人。他的兒子普魯登齊奧在奧爾維耶託任領事,並擊敗了背後有錫耶納共和國支援的吉伯林派,而另外一個也叫皮耶特羅的兒子成功的擊敗了來犯的神聖羅馬帝國皇帝亨利六世。 1254年,一個叫拉努喬的家族成員擊敗了託迪的軍隊,併為教宗烏爾班四世服務,和西西里國王曼弗雷迪作戰。他的兒子在1266年的貝內文託戰役中為歸爾甫派戰鬥。  法爾內塞家族在獲得法爾內塞、伊斯基亞迪卡斯特羅及一些薩拉博洛涅塞和蒙泰聖薩維諾的城堡後,於1319年返回。 法爾內塞家族協助對抗教宗國內的貴族叛亂,作為回報,樞機主教給了他們瓦倫塔諾的領土。於此期間,他們也協助對抗教宗的敵人。 1362年,在與比薩爭奪沃爾泰拉的戰爭中,擔任佛羅倫斯軍隊的主要指揮官。6年後,當烏爾班五世被攻擊的時候,尼可洛·法爾內塞(Nicolò Farnese)在維泰博及蒙泰菲亞斯科內拯救了教宗。由於法爾內塞家族對教宗的忠誠,他們獲得了部分位於拉齊奧北部的屬地並且得到一些特權讓該家族能與其他更古老且強大的貴族如、奧爾西尼家族、及聖菲奧拉的斯福爾扎家族平起平坐。

  法爾內塞家族在15世紀時開始大幅增加其權勢,家族的領土從老拉努喬·法爾內塞時期拓展到博賽納湖及蒙塔爾託迪卡斯特羅,拉努喬作為總指揮官,幫助他的鄰國錫耶納共和國對抗皮蒂利亞諾的奧爾西尼家族,在他獲勝後獲得了羅馬元老院參議員的頭銜。  拉努喬的其中一個兒子加布裡埃爾·弗朗切斯科·法爾內塞同樣成為一個僱傭軍,傳承到第三代的僱傭軍事業在他這邊結束。  拉努喬的另一個兒子皮埃爾·路易吉·法爾內塞娶了古老的貴族(教宗格拉修二世、博義八世的家族)的喬凡內拉(Giovannella)為妻,這提升了法爾內塞家族在羅馬的勢力。而皮埃爾的小女兒茱莉婭·法爾內塞成了教宗亞歷山大六世的情婦,並說服教宗將她的哥哥亞歷山德羅擢升為樞機主教,更進一步的提升家族在羅馬的財富,而在繼任教宗儒略二世時期,亞歷山德羅成為教宗國下轄屬地的總督。亞歷山德羅於1534年被選舉為新任教宗保祿三世,在位期間舉行了特倫託會議並竭盡所能地利用裙帶關係拔擢自己的家族成員,例如他僅在上任後兩個月便任命自己年僅14歲的孫子亞歷山德羅·法爾內塞為執事級樞機主教。  保祿三世於1549年去世,他在教廷的政治角色由他的孫子亞歷山德羅取代,作為一個具有影響力的樞機,亞歷山德羅同時也持續贊助藝術活動直到他於1589年死亡。

  保祿三世利用他的職權,不斷地增加法爾內塞家族的權力和財富,他給他的私生子,皮埃爾·路易吉·法爾內塞的頭銜,並給了他卡斯特羅公爵的頭銜以及從第勒尼安海到博賽納湖的大片土地、部分龍奇廖內的土地以及一些小封地。  1545年,保祿三世更進一步的將曾經屬於教宗國的部分領土以及一些義大利北部的領土給予皮埃爾,這讓皮埃爾他多了帕爾馬公爵這個頭銜,保祿從此為家族建立了一個義大利王朝,這個計劃是前任教宗亞歷山大六世亟欲追求卻未能達成的。  兩年後,於1547年,皮埃爾被他的對手,西班牙國王卡洛斯一世派人暗殺,儘管這個暗殺行動是由卡洛斯一世所策劃的,保祿三世還是迅速地做出決定,立刻讓皮埃爾的兒子繼任公爵,並期望透過新任公爵夫人,卡洛斯一世的私生女,奧塔維奧的妻子,確保家族的安全。  奧塔維奧獲得了另一個頭銜,皮亞琴察公爵,並在皮亞琴察波河河畔開始建造他的宮殿,但是在宮殿建造期間有許多皮亞琴察當地貴族正在祕密策劃一些對他不利的陰謀,可能是為了迴應這些陰謀,他決定將宮廷遷至帕爾馬並於1583年新修了皮洛塔宮。  帕爾馬及皮亞琴察在在位時期國力達到巔峰。  法爾內塞家族持續統治帕爾馬及皮亞琴察直到17世紀,但在與烏爾班八世的巴貝里尼家族的卡斯特羅戰爭中失去了對卡斯特羅的統治,1649年,英諾森十世將卡斯特羅夷為平地後結束了這場衝突。  公國在西班牙的控制和影響下逐漸的衰敗,由於公國的末代統治者沒有留下合法的直系或旁系後代便去世了,法爾內塞家族於1731年失去對帕爾馬及皮亞琴察的統治權,安東尼奧的姪女,西班牙王后埃麗莎貝塔·法爾內塞順理成章地得到了繼承權,他將這個頭銜給了他的兒子西班牙國王卡洛斯三世以及日後的波旁-帕爾馬王朝創始者菲利波一世。
法爾內塞()家族是文藝復興時期的義大利一個有影響力的家族。家族中最重要的人物是教皇保羅三世和樞機亞歷山德羅·法爾內塞,並且家族中也有一些成員擁有帕爾馬公爵、皮亞琴察公爵和卡斯特羅公爵等頭銜。 一些重要的建築如羅馬的法爾內塞宮及卡普拉羅拉的都與該家族有關,除此之外該家族對古代工藝品的收藏與維護也有很大的貢獻。