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  為三層高建築物,地下部分將設定兩個展覽廳,分別是由糸魚川地質公園協議會()所營運的「地質公園情報傳送中心」()及由糸魚川市管理的「鐵道模型展示區」(),而部分割槽域將闢作24小時開放,包括洗手間及自由通道出入口;2樓為新幹線車站大堂,兼同時設有商店、食肆及南北站舍自由通道;3樓則為新幹線車站月臺。  2014年9月14日,連線新幹線站舍與在來線站舍的2樓自由連絡通道正式使用。 設有側式月臺2個,可容納12輛長的新幹線停靠。

  為兩層高建築物,可分為左右兩邊份,其中右邊為原有臨時站舍,原是綠視窗、站務室、改札口及便利商店所在之處,現時則改為糸魚川地域鐵道部的事務所;至於左邊,則為因應配合新幹線月臺而改建的,地下為自由通道出入口、候車室、土產店、便利商店(CHAO,新潟縣內唯一)、餐廳及洗手間;2樓則為車站設施,包括新的站務室、附設綠視窗的售票處、候車室、自動售票機、自由連絡通道及洗手間。將來更能夠連線至旁邊的多功能商場「翡翠王國館」()。  設有側式月臺1個及附設港灣式月臺的島式月臺1個,共提供2線4線的配置。側式月臺為1號線,是1個全設有上蓋,有效長度達9輛的月臺;島式月臺為2、3號線,總長度可達15輛,當中靠向梶屋敷站方向約3輛為露天月臺;至於4號月臺,則是由2號月臺向青海的末端削角而成的港灣式月臺,有效長度為2輛,是專為大糸線列車所使用的月臺。過往車站未進行高架化時,在最末端向青海站方向設有平交道連線島式及側式月臺,現時已棄用並且將出入口封閉。隨高架化及南北自由通道投入使用,現時可以利用行人天橋連線各月臺,另外各月臺也亦增設了升降機。  1號月臺路軌與2號月臺路軌之間還設有1條通過路軌。

  JR貨物車站現在為臨時處理站。但是沒有與車站接續的専用線和貨物處理裝置,也沒有貨物列車在本站到開。最後使用的専用線,是由明星水泥保有的一條專用線路。同線於本站起沿北陸本線南部向西進,通過國道148號高架橋下,變向南方向至明星水泥糸魚川工場。全長1.9km,供水泥運送使用,2003年3月15日廢止。

  

  糸魚川巴士執行。  糸魚川站前

  ※新幹線的停車站參見各列車條目。
糸魚川站()是位於日本新潟縣糸魚川市大町一丁目的鐵路車站。現時由西日本旅客鐵道(JR西日本)及越後心跳鐵道(朱鷺鐵)共同管理。日本貨物鐵道(JR貨物)名義上也有使用權,但現時為臨時站,也沒有定期列車或貨車班次。