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  此站有JR東日本的中央本線與京王電鐵的井之頭線停靠,是轉乘站。  此站的JR東日本停靠路線為中央本線,但在執行系統上分為行走的中央線快速電車以及行走的中央·總武線各站停車2系統。另外還有直通成田機場站的特急「成田特快」停靠本站。  京王井之頭線以此站為總站。

  

  JR東日本站區為島式月臺2面4線高架車站。早晨與深夜等不行駛中央線快速的時段關閉3、4號月臺。  車站共有4個出口,分別是中央部分的中央口(北口)、公園口(南口)、atre本館口(西口)與西荻窪側的atre東館口(東口)。  站內設有電扶梯與電梯。  東鄰的西荻窪站起屬於東京都區部,因此本站是中央本線所管轄之最東邊的車站。本站與西荻窪站之間有與的交界標誌。

  (來源:JR東日本:車站構內圖)

  本站為港灣式月臺2面2線高架車站(地上3樓),由於過去有延伸至西武新宿線田無站的計劃因而形成現在的月臺配置。  剪票口只有一處,其旁邊是往的入口。正面電扶梯向下可至JR公園口(南口)剪票口。

  中央線東小金井以西各站往來澀谷站時,比起搭乘中央線至新宿轉乘埼京線或山手線,在本站轉乘井之頭線的車資較為便宜。若是搭乘井之頭線急行班次,包含轉乘時間在內,兩者所需時間相差無幾。  本站北口、南口皆有許多巴士路線停靠,除本站所在的武藏野市民,也有許多三鷹市、調布市、練馬區、杉並區、西東京市的居民利用。吉祥寺作為東京都多摩地域首屈一指的繁華街,聚集了許多周邊市區以外的人潮。

  各年度1日平均上下車人次變化如下表。

  各年度1日平均上車人次的推移如下表。

  車站周邊是東京都重要的商業地區。大型商業設施、咖啡廳、餐飲店、品牌店林立。  車站步行5分鐘可到達井之頭恩賜公園,是觀賞櫻花的有名地點。  由車站向北步行15分鐘可到達練馬區、向東步行15分鐘可到達杉並區。向南步行10分鐘可到達三鷹市。  中央口(北口)最為寬廣,是主要出口。公園口(南口)可至京王井之頭線月臺。  與京王井之頭線下一車站井之頭公園站只距離600m。

  站前有寬廣的圓環,可搭乘往武藏關、大泉、石神井、柳澤、西荻窪、中野方向的路線巴士。  拱廊商店街與從站前延伸,是北口的主要街道。站前往西北延伸的鑽石街 (East→West zone) 旁有東急百貨店。其西北側急速商業區化的一帶通稱「東急裡」,聚集許多咖啡廳與品牌店。  車站東北側是,其東側一帶是風俗店林立的歡樂街。友都八喜吉祥寺過去是東京店,因此周邊一帶也稱為「近鐵裡」。2000年代以後,東急裡等地開始興起民族風商店熱潮。

  南口商業區的範圍較北口側小。南口的公園路商店街是巴士行經之地,由於路幅狹小,交通安全一直是此地重要問題。  車站步行5分鐘可至井之頭恩賜公園。賞花時節有許多賞花客來訪。通往公園的道路(七井橋通)旁有包括串燒名店「」(いせや)在內的各式商店。

  乘車處大略分為北口、中央口與公園口2處。

  靠近車站的吉祥寺站(本站北口圓環)可搭乘關東巴士與西武巴士的路線巴士。  關東巴士的營業所有 (E) 、 (B) 、 (C),西武巴士有與(僅吉64)。  乘車處0 乘車處1 乘車處2 乘車處3  乘車處4  乘車處5  乘車處6  乘車處7  乘車處8

  除以下巴士外,也有下車專用巴士站。與京王巴士東在公園口的班次,除了吉03與境92全部班次、宿44部分班次以外,其他在傍晚後全部停靠中央口。另外小田急巴士停靠中央口的班次是顯示「吉祥寺站中央口」。  乘車處10

  鄰近車站的吉祥寺站(本站南口井之頭通旁)巴士站可搭乘小田急巴士與京王巴士東。吉祥寺站南口巴士站可搭乘に關東巴士(Mubus)。  小田急巴士的營業所有 (A) 與 (C),關東巴士為武藏野營業所 (B),京王巴士為 (L) 。  乘車處1 乘車處2 乘車處3 乘車處4 乘車處5 乘車處6 乘車處7 乘車處8 乘車處11 乘車處12

  ※東日本旅客鐵道的特急「成田特快」的相鄰停車站參見列車記事。
吉祥寺站()位於日本東京都武藏野市一丁目及二丁目,是東日本旅客鐵道(JR東日本)、京王電鐵的鐵路車站。