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  1805年俄國亞歷山大一世及奧地利弗朗茨一世於奧斯特里茨戰役敗於拿破崙之後,1806年7月12日,通過簽署,16個在法國保護下,包括列支敦斯登、巴伐利亞、符騰堡和巴登在內的萊茵河兩岸的德意志南部、中西部邦國,脫離了神聖羅馬帝國,而建立了一個新的政治聯合體萊茵邦聯。邦聯在法蘭克福設兩院制議會,拿破崙自立為護國主,並由護國主支配邦聯的外交和國防;協議同時規定,在發生戰爭時,邦聯有義務向護國主拿破崙提供一定數量的軍隊。8月6日,已自稱奧地利皇帝的弗朗茨一世(即神聖羅馬帝國的弗朗茨二世)被迫宣佈放棄神聖羅馬皇帝的稱號,神聖羅馬帝國滅亡。在接著的數年,有再多23個邦國加入;弗朗茨一世的哈布斯堡王朝只能統治帝國剩下的領土奧地利。德意志地區內只有奧地利、普魯士、丹麥控制的荷爾斯泰因和瑞典的波美拉尼亞地區未加入邦聯,而且不計算併入法國的萊茵河西岸和艾爾福特。  根據條約,邦聯平常由一個憲法權力的組織管理,但邦聯各邦國都擁有獨立的主權。  邦聯亦是一個軍事同盟:各邦國有義務向拿破崙提供一定數量的軍隊助戰。作為回報,統治這些邦國的王公將被給予較高地位:巴登、黑森、克萊韋和伯爾升為大公國,而符騰堡和巴伐利亞則升為王國。其他邦國亦可以與其他前神聖羅馬帝國的邦國合併而得到擴充套件。  1806年10月14日的耶拿會戰普魯士王國敗於法國後,很多中小德意志邦國都加入邦聯。1808年邦聯達到最大的版圖,包括3個王國、13個公國、17個侯國、及漢堡、呂貝克和不萊梅三個漢薩同盟城市。  1810年德意志西北部大片地區被迅速合併到法蘭西第一帝國,以便監控對英國的禁運,令封鎖英國的大陸封鎖能夠順利推行。  1813年10月中旬,拿破崙在萊比錫戰役中被打敗,撤退到萊茵河西岸,失去保護的聯盟內各邦國為了自身的利益,很快就倒向了反法同盟一方。10月31日,邦聯正式解體。

  在萊茵邦聯解散後,直至1813年10月21日德意志邦聯成立之前,唯一一個嘗試聯結德意志地區各邦國的政治團體為()的組織,主席是海因裡希·弗里德里希·卡爾·馮·施泰因帝國男爵(1757年-1831年)。1815年6月20日這個議會被解散。  公元1814年5月30日巴黎和約確立各德意志邦國的獨立性。公元1815年的維也納會議重劃了歐洲大陸的政治地圖。但其實德意志地區內的眾個邦國的邊界只有些微的變動,而後來成立的德意志邦聯亦包括了大部分前萊茵邦聯的加盟國。
萊茵邦聯又稱萊茵聯盟(德語:Rheinbund;法語:Confédération du Rhin), 是1806年至1813年間於德意志地區的政治實體,法國所領導的藩屬國,拿破崙並自命為護國主。最初成員有16個前神聖羅馬帝國的邦國。後來邦聯再加入了19個邦國,邦聯總共統治超過了一千五百萬人,對拿破崙法國在東線的戰事有著戰略性的優勢。