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  建校之初,關鍵人物系梅西特希爾特·馮·德·普法茨,即艾伯哈特的母親暨奧地利女公爵。 自1463年起,她居住在羅騰堡,後將辛德爾封根的基金會遷至蒂賓根--當時符騰堡州南部最大最重要的城市。1476年,教宗思道四世批准這一行動。梅西特希爾特其實在建立弗萊堡大學的過程中即已扮演了重要角色。而為建立蒂賓根大學,她也說服了她的兒子艾伯哈特參與其中。艾伯哈特的親信約翰內斯·瑙克勒努斯即成為蒂賓根大學的首任校長並續任多年。而艾伯哈特在建校時的名言“我敢!”迄今仍為大學的校訓。  1477年3月11日,蒂賓根大學宣告成立。在最短的時間內,便在內卡河附近建起了兩座巨大的教學建築,從而使得大學在1477年10月起便開始了講授課。 隨後的幾年間,大學的其它建築又迅速籌建,並最終在1482年全部落成。因此,大學也無須再遷往斯圖加特,儘管斯圖加特在1482年成為了統一的符騰堡州的州首府及艾爾伯特的官邸。  蒂賓根大學今日的全名是在1769年由當時的符騰堡州大公卡爾·沃伊根將自己的名同建校時的大公艾伯哈特的名字合併而得來的。他本人在1767年成為校長直至其1793年去世。但因其在斯圖加特設立了另一所高等學校,而導致了蒂賓根大學建校以來最大的一個存亡危機。

  1805年在大學最古老而迄今仍在使用的建築中開設了第一家大學醫學院。除建校時初創的四大科系之外,於1817年又開設了一個天主教神學系和一個國民經濟學系。1863年艾伯哈特·卡爾斯大學又擁有了德國第一個自然科學系。  在建校450年校慶時,漢斯·艾倫貝克即於1927年7月24日做了重要演說,支援當時的帝國總統及帝國政府。參與此次盛會的還有符騰堡州大公及羅騰堡大主教。約四千名學生從大學遊行至卡司坦尼亞大道。  蒂賓根大學在對第三帝國的政治進行學術上的合法化的努力過程中扮演了領導角色。早在德國國家社會主義工人黨於1933年帝國議會選舉中勝選之前,該校即已幾乎沒有了猶太籍教師而僅有少數猶太籍學生。後來獲得諾貝爾物理獎的漢斯·貝特因其種族出身而於1933年4月20日被大學開除。 此外,宗教哲學家 Traugott Konstantin Oesterreich 和數學家埃利希·卡姆克分別於1933 年和1937年被要求提前退休, 二者都是因為配偶的種族出身。在大學醫學院至少有1158名人士被強制絕育。  被眾多蒂賓根大學學生視為楷模的哲學教授恩斯特·布洛赫去世之後,自1977年至今的學生圈內將大學稱為“恩斯特·布洛赫大學”。 與此相應的標誌是一個擰緊的拳頭-那是來自布洛赫本人的標誌性手勢-舉起的拳頭表示抗議。  1989年初經披露,大學解剖學研究所竟仍在使用從納粹時期受難者身體裡提取的物質所製成的藥劑。此批藥劑遂被埋葬於解剖學研究所附近的蒂賓根城市公墓,並建有墓碑以紀念逝者。  在此期間大學曾被劃分為14個科系,2010年這些科系被合併為7個科系。大學校徽也於1997年被重新設計。2005年大學發起了蒂賓根-霍恩海姆高校園區,並於2010年成為瑪塔裡克大學聯盟的創始成員。

  

  自2010年起,蒂賓根大學劃分為七個院系:  人文科學系所都位於老城,自然科學系所位於城北並有獨立的食堂。

  蒂賓根大學的學術聲望享譽全球,每年都有超過1000名蒂賓根大學的學生參與國際交換專案。
蒂賓根大學(Eberhard Karls Universität in Tübingen)又譯圖賓根大學、杜賓根大學,位於德國蒂賓根,是德國最古老的大學之一,在自然科學和人文科學領域都享有盛名。大學包括14個院系和30個專業,目前大約有28000名學生,男女比約為43:57。2012年入選成功第二階段德國精英計劃,成為德國11所“精英大學”之一。在2019年7月揭曉的第三輪卓越計劃評選中,依舊維持了“精英大學”的稱號。