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  以色列在田徑專案上獲得以下資格(每個小項最多3名來自同一代表團的運動員參賽):

  根據2016年5月5日世界羽聯公佈的世界排名,以色列有一名男子羽毛球運動員獲得奧運資格。

  

  根據2016年UCI女子公路自行車世界排名,以色列有一名運動員獲得奧運資格。

  根據2016年5月25日公佈的UCI山地自行車奧運排名,以色列在山地自行車上獲得一個男子席位,這是以色列史上第一次獲得奧運山地自行車的參賽資格。

  以色列有一名女子高爾夫選手憑藉世界排名獲得奧運資格。

  

  以色列有一名體操運動員在巴西里約熱內盧舉行的奧運體操測試賽上獲得資格。

  以色列在2015年世界藝術體操錦標賽上獲得了團體和個人專案的參賽資格。

  以色列共有七名不同級別的柔道運動員獲得奧運資格。當中有六名均憑藉其奧運排名直接獲得資格,只有一人是因為在未直接晉級歐洲選手中排名前兩位(不包括因國家奧委會滿額而未獲資格的運動員)而獲得國際柔道聯盟授予的一個額外席位。  代表英國出戰該屆奧運的以色列運動員Alice Schlesinger沒能晉級1/4決賽。

  帆船方面,以色列在2014年世界帆船錦標賽、各單項帆船錦標賽以及歐洲區預選賽上獲得以下席位。

  一名以色列射擊運動員在2015年射擊世界盃上獲得奧運資格。

  以色列在游泳專案上獲得以下資格(每個代表團在每個專案最多派2名達到A標或者1名達到B標的運動員參賽):

  以色列花樣游泳隊在奧運花樣游泳測試賽上獲得雙人賽的奧運參賽資格。

  以色列有一名運動員在奧運跆拳道歐洲區預選賽上獲得參賽資格。

  以色列有一名網球選手憑藉其ATP世界排名獲得奧運資格。

  根據2016年5月15日公佈的鐵人三項奧運排名,以色列運動員Ron Darmon獲得該專案的資格,他也是首位代表以色列參加奧運的鐵人三項運動員。

  國際舉重聯合會在取消部分涉嚴重禁藥問題國家的一部分奧運席位後將其中一個空出的席位授予以色列。

  以色列摔跤運動員Ilana Kratysh在奧運摔跤世界預選賽1上獲得奧運資格,成為第一位獲得奧運資格的以色列女子摔跤運動員。

  奧運開幕前,黎巴嫩代表團拒絕與以色列代表團乘坐同一輛通往馬拉卡納體育場的大巴。黎巴嫩代表團的負責人Salim al-Haj Nicolas承認其曾用身體擋住車門以阻止以色列運動員進入大巴。以色列帆船運動員Udi Gal稱,為避免“外交以及肢體上的衝突”,以色列代表團最終乘坐另一輛大巴,之後他補充道:“他們怎麼能讓這樣的事在奧運前夕發生?這樣做難道不與奧林匹克所代表的正好相反嗎?”  據以色列媒體披露,沙烏地阿拉伯柔道運動員Joud Fahmy為避免和以色列運動員Gili Cohen對戰,放棄了第一場比賽。Fahmy本人、阿拉伯衛星電視臺以及沙烏地阿拉伯代表團對此都解釋稱其是因傷退賽。然而其他媒體報道稱她並沒有受傷。  埃及柔道運動員Islam El Shehaby在男子100公斤以上級第一輪比賽中不敵以色列運動員Or Sasson,賽後他拒絕與以色列選手握手,引起爭議。事後,El Shehaby被國際奧委會以及埃及奧委會遣送回國。
2016年夏季奧林匹克運動會以色列代表團是以色列所派出的2016年夏季奧林匹克運動會代表團。這是以色列第16次派運動員參加奧運。這屆奧運以色列代表團共有47名運動員,其中男運動員22名,女運動員25名,總人數超過2008年的43人,再創歷史新高。參賽專案數方面,這屆奧運以色列參加15個專案的比賽,同樣創代表團歷史新高。