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  8月13日,一股東風波離開西非海岸向西移動,系統內有大規模的下層雲系漩渦,用了一個多星期時間經過大西洋和加勒比海,於8月22日穿越中美洲。8月29日,系統的組織結構有所改善,內部有大規模低氣壓區和雷暴活動存在。對流持續存在並進一步組織,美國國家颶風中心於協調世界時8月30日凌晨0點將位於下加利福尼亞半島最南端西南方向約970公里海域的系統歸類為2006年太平洋颶風季第十二英語:E號熱帶低氣壓。  成為熱帶氣旋後,低氣壓遇到少量東向風切變,導致環流以西的對流出現扭曲。不過,氣象機構認為外部環境總體有利於系統強化,預計低氣壓會達到風速每小時85公里的最高強度後再減弱。氣旋沿高壓脊的南部邊緣緩慢向西北方向移動,並在環流中心上空的對流得以增長後迅速增強成熱帶風暴。風切變這時已經變得非常少,系統行經洋麵的水溫也很高,預計風暴會迅速強化至颶風標準。到了8月30日晚,對流已經逐漸將環流中心包裹起來,風暴中的眼狀特徵時隱時現。克里斯蒂繼續組織,在成形約30小時後於8月31日清晨升級成颶風。達到颶風標準約6小時後,衛星影象上已經可以看到明顯的眼狀特徵,估計颶風已在下加利福尼亞州最南端的西南方向約880公里海域達到持續風速每小時130公里的最高強度。不過,從衛星獲得的資料估算,克里斯蒂有可能是風力時速達170公里的二級颶風,也有可能只達到熱帶風暴標準。

  接下來,位於克里斯蒂以東的強勁颶風約翰的外流導致風切變有所增長,同時,克里斯蒂行經洋麵的水溫也有所降低,風暴在衛星影象上開始變得模糊不清。與此同時,轉向氣流有所減弱,氣旋接下來的動向也難以確認,美國國家颶風中心預計颶風會緩慢西進並在4天內逐漸消散。不過,也有其他多個颶風模型預計克里斯蒂會向西南方向移動,還有兩個模型預測風暴會同颶風約翰發生藤原效應,最終克里斯蒂會被約翰吸收。9月1日,颶風降級成熱帶風暴,並且減弱速度還因乾燥空氣侵入而加快。受北側高壓脊增強影響,氣旋轉向東南。9月2日,環流從對流中暴露出來,美國國家颶風中心預計系統會在24小時內退化成殘留低氣壓。當晚,克里斯蒂又降級成熱帶低氣壓。  到9月3日時,熱帶低氣壓克里斯蒂內已經連續近18小時沒有持續存在的深層對流。但過了一段時間,其中心圍繞的雷暴又有增長,還逐漸發展出淺層眼狀特徵。對流沿環流的西部邊緣持續,估計氣旋在首度降級成熱帶低氣壓約24小時後又再度增強成熱帶風暴。與此同時,克里斯開始穩步向西南方向前進。隨著持續存在的風切變令對流減弱,令中心同雷暴完全分離,風暴的這次重新增強過程只持續了很短的時間。9月4日,氣旋再度降級成熱帶低氣壓,氣象機構估計系統很快就會消散,但也有可能隨間歇性的對流爆發而重新發展。9月5日,對流出現爆發並圍繞中心持續存在,確保克里斯蒂第3次升級成熱帶風暴。風切變這時已經減少,風暴轉向西進,行經洋麵水溫偏高,預計克里斯蒂會在接下來5天內保持熱帶風暴強度。保持熱帶風暴強度向西移動期間,克里斯蒂的雷暴活動一度表現出逐漸組織成聯結帶的跡象,美國國家颶風中心預計氣旋很可能會有進一步強化,風力時速有望達到95公里。然後,雷暴活動在9月6日大幅消減,這主要是因為受到乾燥空氣的侵蝕,氣旋隨即第3次也是最後一次弱化成熱帶低氣壓。氣象機構的其中一份預測認為,克里斯蒂會行進至西經140°以西,進入中太平洋颶風中心預警責任區。但低氣壓實際上未能維持組織結構這麼長時間,只過了兩天就於9月8日退化成殘留低氣壓。低氣壓轉向西南,於9月9日在夏威夷島東南方向約2400公里海域退化成東風波,這裡已是下加利福尼亞半島最南端的西南方向約2600公里外。系統殘留繼續西進,氣象部門一度以為東風波又在中太平洋發展成第二英語:C號熱帶低氣壓,但經過颶風季後的重新分析,中太平洋颶風中心認定兩個天氣系統間沒有繼承關係。
颶風克里斯蒂(英語:Hurricane Kristy)是2006年太平洋颶風季持續時間相比較長的一個熱帶氣旋。系統於8月30日經墨西哥西南方向近海的東風波發展形成,然後迅速增強並升級成颶風,達到風力時速130公里的最高強度。接下來由於水溫降低,同時東北方向的颶風約翰還令風切變增多,克里斯蒂逐漸減弱。受轉向氣流弱化影響,氣旋轉向南面飄移,於9月2日降級成熱帶低氣壓。