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  獨立機構能靠它們的結構性和功能性特徵被從聯邦行政部門和其它行政機構中區分開。國會也能在管理法規中明確指定某些機構為「獨立的」,但功能性的不同有更多的法律重要性。  大多數行政機構有由總統任命的一名單獨的主任、局長或部長,而獨立機構幾乎總有一個有五至七名共享委員會權力的成員組成的委員會或相似的共治機構。(這是許多獨立機構包括詞語「委員會」的原因。)總統任命委員,服從於參議院確認,但他們時常有交錯的任期,並且時常有比通常的四年的總統任期更長的任期,,這意味著大多數總統在被給予的總統任期內沒有機會任命所有委員。通常總統能指定哪名委員將擔任主席。通常有成文法條款限制總統解除委員職務的權力,典型地因無能力、怠忽職守(neglect of duty)、瀆職或其它正當理由。另外,大多數獨立機構有在委員會的兩黨成員資格的法規要求,所以總統不能簡單地以他自己的政黨的成員填補空位。  在實際中,在這些委員會成員之間的高流動率意味著大多數總統有機會在總統的第一個任期的最初兩年內填補足夠的空位以在每個獨立機構委員會構成表決多數。在一些著名的例子中,總統發現獨立機構比在行政機構政治任命中的一些持異見者更忠誠,並與總統的意願和政策目標保持步調一致。總統解除獨立機構官員職務的企圖在這個領域產生大多數重要的最高法院法律意見。總統通常有權解除獨立機構的領導的職務,但他們必須滿足解職的法規要求,例如個別人犯瀆職。相比之下,總統能隨意解除普通行政機構領導的職務。  如果獨立機構行使任何像執法那樣的行政權力,並且它們的大多數做了,國會不能參與委員的正常解除程序。按照法律,國會只能直接參與彈劾程式。然而,國會能通過法規限制情況在總統能解除獨立機構的委員職務。國會議員不能在有行政權力的獨立機構擔任委員,國會自己也不能任命委員——憲法的任命條款授予那個權力於總統。然而,參議院通過「建議和贊同」參與任命,它通過聽取和表決總統的獲提名者的確認發生。
美國聯邦政府的獨立機構是存在於聯邦行政部門(由內閣部長領導)之外的那些機構。然而,大多數獨立機構是行政分支的一部分,僅少數是立法或司法分支的一部分。通過由國會通過的單獨法規建立,當局的每個個別的法規准許明確了機構必須工作的目標,以及實際的領域,如果有的話,還包括制定規則的權力。這些機構規則(或規章)在被實施時有聯邦法律的權力。