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  與其他三艘姊妹艦一樣,歐根親王號建造於20世紀30年代中葉。在計劃於設計階段,該艦被給予代號“Kreuzer J”(Cruiser J,即巡洋艦J)。1936年4月23日,歐根親王號的在位於基爾的克虜伯Germania船廠開始鋪設龍骨,全部建造花費了1045萬德國馬克。1938年8月22日,歐根親王號下水並於1940年8月1日服役。首任艦長為赫爾穆特·布林克曼海軍上校。  與該級前兩艘相比,歐根親王號作了一些改進,包括艦體延長4.5米、艦首改為飛剪式、增加兩座對空射擊指揮儀、改變煙囪罩的外形等。這些改進使該艦的建造週期比它的前兩艘姐妹艦多了半年,因此並未參加進攻挪威的戰役,也避開了德國海軍在挪威的慘重損失。與同期其他海軍強國相比,歐根親王號在技術引數上並不遜色,在德國海軍向來重視的軍艦生存力上還具備優勢。但德國製造的蒸汽輪機不夠可靠,戰鬥中經常發生故障,這也成為了歐根親王號經常遇到的問題。

  在長達3個月的試航後,歐根親王號協同俾斯麥號戰列艦於1941年5月18日從格丁尼亞出發,執行“萊茵演習”行動,即進入大西洋進行破交戰。艦隊指揮官為君特·呂特晏斯海軍中將。兩艦在丹麥海峽遭遇由胡德號戰列巡洋艦和威爾士親王號戰列艦組成的皇家海軍截擊艦隊。在海戰中,歐根親王號至少命中胡德號1發炮彈,隨後又命中威爾士親王號4發炮彈。此次海戰使皇家海軍損失慘重。胡德號被俾斯麥號的380毫米炮彈擊中彈藥庫後爆炸沉沒,威爾士親王號脫離戰鬥。隨後毫髮無傷的歐根親王號繼續前進,與約定在集合點的施比謝恩號油船(Spichern)匯合以完成襲擊商船的任務,受傷的俾斯麥號則返回法國。這次分別讓歐根親王號避免了被英國人圍殲的厄運。1941年7月1日,歐根親王號在躲過英國大型戰艦之後最終到達了佈雷斯特。

  在俾斯麥號沉沒之後,希特勒嚴禁大西洋的水面艦隊進行出航攻擊活動。1942年,為了防備盟軍進攻挪威,希特勒下令將駐紮在大西洋的沙恩霍斯特號和格奈森瑙號戰列巡洋艦以及歐根親王號重巡洋艦撤回德國。他親自確定了穿越英吉利海峽的方案。當時,穿越英國控制下的英吉利海峽是十分危險的。為此,德國海軍制定了嚴密的保密計劃,調遣了大批的護航軍艦及飛機,並命名這項計劃為“瑟布魯斯·雷霆”行動。其中“雷霆”行動是德國空軍配合進行的一系列掩護工作,而“瑟布魯斯”行動則為這三艦與護衛艦隊穿越海峽的行動代號。行動由海軍中將指揮。艦隊預定在1942年的2月11日離開佈雷斯特,2月13日抵達德國。  德軍的行動出乎英國人的意料,因為他們自認為海峽的防備很完善,以致德國艦隊在夜幕的掩護下通過了海峽。英國人直到12日中午才偵測到德國艦隊。儘管他們發動了多波次的攻擊,包括魚雷機、驅逐艦和魚雷艇,但德國的主力軍艦還是擊退了英國人。在行動就要獲得圓滿成功時,沙恩霍斯特號和格奈森瑙號因觸雷而不得不進塢修理。而幸運的歐根親王號再一次全身而退,安全抵達德國。  歐根親王號到達2個月後離開德國前往挪威。2月23日,歐根親王號遭到了英國潛艇三叉戟號的魚雷攻擊,艦艉遭到破壞。隨後到達挪威的特隆赫姆之後進行了詳細的檢查並得出結論——歐根親王的艦艉必須要更換,但當地沒有足夠大的幹船塢以使歐根親王號更換艦艉。於是它不得不重新返回基爾港。1942年5月16日,歐根親王號在基爾港更換上了新的艦艉。之後歐根親王曾嘗試返回挪威,但遭到了盟軍部隊的截擊而被迫撤回。從此它直到1943年1月前都一直被閒置,僅僅是做一些日常的訓練。

  自1944年8月之後,歐根親王號一直在波羅的海沿海為阻擊蘇聯紅軍的德國部隊提供炮火支援。1944年10月15日,在執行任務後回港的途中,因濃霧所造成的能見度低而與萊比錫號輕巡洋艦相撞。經過14小時損管人員的清理和調整,兩者終於被分開。歐根親王號艦艏遭到損壞,而萊比錫號幾乎被撞成兩半,該艦之後被改作浮動炮臺。歐根親王號在格丁尼亞修復後繼續其炮火支援任務以及運送德國難民。之後逃向哥本哈根並與1945年4月20日到達,但燃油短缺使得該艦無法移動出港。在二戰結束時,歐根親王號是德國海軍唯一尚能運作的大型水面戰艦。1945年5月7日,歐根親王號向盟軍投降。

  投降後,歐根親王號交由美國海軍管理且繼續服役,編號IX-300,IX即未分類船隻的意思。之後歐根親王在經過檢查之後參與了著名的“十字路”行動,即在比基尼環礁進行的原子彈試驗。1946年7月1日,進行水上核爆試驗“Able”,一架空軍飛機向試驗艦隊投下一枚原子彈,並在距水面518英尺處引爆,少數試驗船隻沉沒,但距爆炸中心1,194碼的歐根親王號僅受了輕傷。7月25日,歐根親王號再度參與水下爆炸試驗“Baker”,原子彈在水下90英尺處引爆,大量船隻沉沒,其中包括2艘戰列艦。距爆炸中心1,990碼的歐根親王號仍然倖存,甚至未受到嚴重的損傷,但遭到了嚴重的輻射汙染。1946年8月,歐根親王號正式退役,並於同年9月被拖拽到瓜加林環礁()。  1946年12月21日,歐根親王號在意外中損壞艦艉並嚴重進水,次日傾覆於環礁內。1978年,歐根親王的左側推進螺旋槳被打撈上來並且存放在了德國基爾的萊博海軍紀念館中,作為對德國海軍的紀念。
歐根親王號重巡洋艦(),是納粹海軍希佩爾將軍級重巡洋艦的3號艦,名字來源於奧地利歷史上一名陸軍元帥歐根親王。用奧地利人為該艦命名主要是為了強調德奧兩國的歷史淵源,粉飾當時德國對奧地利的吞併。該艦因與俾斯麥號戰列艦參與丹麥海峽海戰而知名。但使其名揚天下的還是它以“不死之艦”著稱的傳奇經歷,多次遭遇險境又幸運逃脫,奇蹟般地倖存到戰後,經歷2次核爆炸實驗也沒能使其沉沒,被稱為“幸運艦”。