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  公元前3000年,地中海克里特島的克諾索斯王宮,被發現有一條撒香水的溝渠上有廁所蹲坑,廁所的屋頂裝有收集雨水的蓄水盆,雨水經由彎曲的陶管,緩緩流入樓下的廁所。  英國女王伊麗莎白一世時期的大臣約翰·哈林頓曾為女王設計了一個沖水馬桶,有木製水箱和沖水閥門。這個發明尚不完整,因為沒有化糞池,臭氣很容易隨著水管倒流回房間。1775年蘇格蘭鐘錶匠亞力山大•卡明利用虹吸原理髮明S形存水彎,水箱沖水後,存水彎都會被水封住,直接杜絕了惡臭通過管道進入室內。英國發明家約瑟夫·布拉梅改進抽水馬桶的設計,例如使用三球閥控制水箱內的清水流量,馬桶沖水時會產生有強力的漩渦狀轉動,讓糞便可以輕易衝去。他於1778年取得了第一個新型抽水馬桶的專利。  1848年,英國頒佈了地方衛生局,規定家家戶戶必須安裝馬桶。由於汙水糞便排入河裡,導致河岸散發出難忍的惡臭,這即是1858年的惡臭事件。倫敦和其他大城市開始修建下水道。1861年,倫敦管道工湯馬斯·克拉普繼續改良沖水馬桶。1870年,英國Hanley的製陶工人Thomas William Twyford發明了陶瓷馬桶,造價更為低廉,沖水馬桶開始進入工業化生產。第一次世界大戰,美國的駐英士兵在倫敦發現抽水馬桶通常都印上了「湯馬斯·克拉普」(Thomas Crapper)公司的商標,當時他們誤以為Crapper是指糞便,現在美國俚語Crap意指大便。  1880年沖水馬桶傳入美國,一開始只有高階旅館和有錢人才有辦法裝設。在美國,馬桶與浴室正式合二為一。2011年電影《姐妹》(The Help)中有白人禁止黑人幫傭使用馬桶的劇情。英文的toilet是指馬桶,bathroom則是浴室,Water Closet則是指更衣室內的馬桶。  2008年時,日本推出智慧馬桶,可以量血壓,並且進行尿液分析,還可以測量血脂肪。  抽水馬桶未必和坐廁成一組,例子如抽水蹲廁。馬桶(特別是底部)顏色大都是白色或淺色,可方便觀察尿液顏色,一般不建議使用深色馬桶。
抽水馬桶,又稱沖水馬桶,約翰·哈林頓(Dr. John Harington)被認為是第一個發明抽水馬桶的人,1778年由約瑟夫·布拉梅發明,是以槓桿原理把定量水由水箱拉下,把排洩物沖走的馬桶。