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  2004年7月,金鹿公務機開始試點經營商務和旅遊包機業務。2006年8月,金鹿公務機取得公共航空運輸企業經營許可證,正式加入“國際包機人協會”。2006年10月,金鹿公務機通過CCAR121及135部的運營合格審定。2006年11月16日,金鹿公務機正式更名為“金鹿航空公司”。2010年2月7日,海航集團與北京市政府簽署戰略合作協議,海航集團將與首旅集團一同對海航旗下的金鹿航空進行注資,並將更名為“首都航空公司”。2010年5月2日,首都航空公司正式掛牌成立。

  截止2020年2月,首都航空平均機齡為6.4年,目前擁有以下飛機:

  2018年5月29日,首都航空一架由杭州飛往芽莊的421號班機,在起飛不久後便返航。後經查實,此次班機返航原因系一般性機械故障。  2018年8月26日,一架由昆明飛往杭州的首都航空5158號班機出現機械故障,導致高空失壓,班機緊急下降高度後安全返航。  2018年8月28日上午,一架註冊號為B-6952的空中客車A320執行由北京飛往澳門的首都航空5759號班機,該班機在澳門國際機場降落時疑似遭遇風切變,落地時一個起落架受損,機組立即復飛,最後備降深圳寶安國際機場。  2018年9月5日,首都航空一架註冊號為B-6858的空中客車A320由漢中飛往南京的5716號班機,在執行完航班任務後滑行入位過程中,飛機左側翼尖與停放在相鄰機位的東航班機風擋前側蒙皮發生刮蹭,無人受傷。
首都航空(英語:Capital Airline)是海航集團與國資委旗下首旅集團共同組建的一家公共航空運輸企業,專業從事國際和國內民航客貨運輸、商務旅遊包機、公務機運營及託管等業務,前身為1998年成立的金鹿航空。