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  世界自然基金會(WWF)和美國自然保育協會(The Nature Conservancy)把印度洋-太平洋海域分為三個海區,並把每個海區又分為一些小海區。

  印度太平洋西海區包含印度洋西部和中部,包括非洲東海岸、紅海、亞丁灣、波斯灣、阿拉伯海、孟加拉灣和安達曼海。

  印度太平洋中海區包括很多連線印度洋與太平洋的海和海峽,有印尼群島附近的一些海(除了屬於印度太平洋西海區的蘇門答臘島西北海岸)、南海、菲律賓海、澳大利亞北海岸與新幾內亞、密克羅尼西亞西部和中部、新喀里多尼亞、索羅門群島、萬那杜、斐濟和湯加附近的一些海。印度太平洋中海區因為處於兩個大洋中間,所以擁有最多品種的珊瑚和紅樹林。

  印度太平洋東海區包含著中太平洋的絕大部分火山島,從馬紹爾群島,穿過波利尼西亞的中部和東南部,一直延伸到復活節島和夏威夷群島。
印度洋-太平洋海域(英語:Indo-Pacific)或稱印度-太平洋暖水區,是生物地理學世界海洋動物區系的一個分割槽。區域大約位於北緯40度至南緯40度之間,其東南部因受祕魯寒流影響,南界明顯向北偏頗。該分割槽也是世界海洋動物區系中面積最大者,包括印度洋、太平洋的絕大部分水域。也有劃分方法未將美洲西海岸的區域劃入印度-太平洋暖水區中,這樣劃分的該區域名稱也被稱作“印度洋-西太平洋區”(英語:Indo-West Pacific)。