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  該堂由建築師佩德羅. 桑切斯設計於1620年。1633年他去世後,工程由弗朗西斯科·包蒂斯塔繼續,完成於1664年。  該堂取代了因建造皇家學院而被拆除的聖伯多祿聖保祿堂 (十六世紀)。神聖羅馬帝國皇后奧地利的瑪麗 (1528-1608)把她的財產遺贈給耶穌會,以便在被拆毀的教堂遺址上建一座新建築。  該堂在竣工13年後,於1651年9月23日祝聖。期初該堂供奉的是最卓越的耶穌會會士之一和天主教傳教會的主保聖人方濟各·沙勿略。  1767年,隨著耶穌會被取締,該堂成為一個協同教會。兩年後, 在1769年, 該堂改為供奉馬德里的主保聖人聖依西多祿,聖徒的遺體也從聖安德肋堂的主教小堂遷來。  它的內部後來由著名建築師羅德里格斯修復,設計了新的祭臺,裝飾豐富。  1885年天主教馬德里總教區成立時, 該堂成為臨時主教座堂。直到1993年阿穆德納聖母主教座堂完工,才恢復為協同教堂。  1936年, 這座建築在西班牙內戰的初期就被被焚燬。大火摧毀了許多藝術品, 包括羅德里格斯的祭臺畫,以及盧卡的畫作。大火也導致穹頂倒塌。  戰後,該堂得到修復。修復進展緩慢,長達20餘年,設法恢復原始的特徵。
聖依西多祿堂()是西班牙馬德里市中心的一座巴洛克風格的教堂,得名於馬德里的主保聖人、遺體儲存於此的勞動者依西多祿。