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  西班牙人在1528年到達印加帝國邊界時,印加已經有規模可觀的版圖。印加的邊界,北起位於今哥倫比亞南部的Ancs Maya(意為藍河,今帕蒂亞河),南至位於今智利的馬烏萊河,西臨太平洋海岸,東達亞馬遜叢林的邊緣,印加的版圖囊括了地球上最多山的地區。印加的面積在不到一個世紀內,由1448年的400,000平方公里,增加到1528年的1,800,000平方公里。印加有多種不同文化的臣民,所以各地由地方酋長管治,而這些酋長又由印加官員監督。不過,印加各個區域都直接向皇帝負責,由皇帝控制。學者估計印加人口達16,000,000。  部分學者認為,印加在西班牙人到來之前就已經處於衰落。1528年在位的印加君主是瓦伊納·卡帕克。他的家族譜系可以追溯到傳說中來自Pacariqtambo洞穴的印加開國君主曼科·卡帕克。  更為重要的是,瓦伊納·卡帕克是兩位前任君主的後裔:他是圖帕克·印卡·尤潘基的兒子,帕查庫特克的孫子。印加在帕查庫特克在位期間,開始以庫斯科為基地,征服周邊地區,進行擴張。瓦伊納·卡帕克繼位後,繼續推行擴張政策,派兵征服今日屬於厄瓜多的地區。此外,他也在在位期間,鎮壓了數場叛亂。卡帕克駕崩時,他的合法性和權力是不容置疑的。然而,擴張政策為印加帶來了問題。很多被印加征服的地區仍然保留自己的文化身份,對印加君主來說,是難以駕馭的臣民。遼闊的版圖、崎嶇的地形、落後的技術也增加了管理印加的困難。  瓦伊納·卡帕克的兒子對印加歷史也產生了極大影響力。瓦斯卡爾和阿塔瓦爾帕,是他最具影響力的兒子。瓦斯卡爾為皇后欽查·奧克略所出,是合法兒子。而阿塔瓦爾帕,則為基多一名公主所出,是非法兒子。兩人在印加末年扮演了重要角色。  在瓦斯卡爾和阿塔瓦爾帕之間因為繼位問題爆發的內戰,對西班牙人皮澤洛極其有利。阿塔瓦爾帕曾隨父親到北方征服厄瓜多,所以他在父親身邊渡過的時間較長,與軍隊、將領的關係較好。1528年,國王瓦伊納·卡帕克和皇太子尼南·庫尤奇突然因病逝世。卡帕克在駕崩前並未選出新一個皇位繼承人。在父親病逝時,瓦斯卡爾在首都庫斯科,而阿塔瓦爾帕則在基多。瓦斯卡爾在父親駕崩後隨即在首都自封為薩帕·印卡,而駐紮在基多的軍隊主力,則宣佈效忠阿塔瓦爾帕。結果,印加內戰全面爆發。

  阿塔瓦爾帕與瓦斯卡爾之間的內戰,在短時間內削弱了印加抵抗西班牙征服的能力。不過,即使印加內部沒有出現衝突,其克服長期不利因素,如疾病的能力也令人懷疑。而且,印加軍隊的武器裝備,和擁有馬匹、鐵甲、刀劍、大炮、火槍的西班牙軍隊相比,非常落後。爭奪王位的兩兄弟中,阿塔瓦爾帕比較受到民眾和軍隊歡迎,他以最近才納入印加版圖的基多為基地。兩人都擁有各自的勢力範圍,阿塔瓦爾帕盤踞北部省份,而瓦斯卡爾則掌控首都地區和南部,包括的的喀喀湖周邊地域在內的大片領土。內戰在兩人採取了一系列外交姿態後,全面爆發。瓦斯卡爾一開始以為自己能在短期內結束戰爭,因為他的部隊在圖米班巴俘虜了慶祝節日的阿塔瓦爾帕。然而,阿塔瓦爾帕很快就逃離了監禁他的地方,逃往基多。阿塔瓦爾帕在當地集結了3萬個士兵。瓦斯卡爾雖然擁有與他相當的兵力,但是瓦斯卡爾他計程車兵和阿塔瓦爾帕計程車兵相比,缺乏作戰經驗。阿塔瓦爾帕派出手下查爾庫奇馬和基斯基斯率軍南下。兩人率領的軍隊勢如破竹,取得了一連串勝利,很快攻到了首都庫斯科城門外。在第一天的戰鬥中,瓦斯卡爾的守軍取得了優勢。但是,瓦斯卡爾在第二天發起了一次“突襲”,結果被早有準備的查爾庫奇馬和基斯基斯軍隊擊退。瓦斯卡爾在隨後的戰鬥中被俘,守軍徹底瓦解。查爾庫奇馬和基斯基斯在取勝後隨即派出海螺信使(Chasqui),將訊息通知身處卡哈馬卡郊區的阿塔瓦爾帕。皮澤洛在信使抵達卡哈馬卡的同一日,率領一小群探險家和印第安盟邦士兵翻過安地斯山脈開入卡哈馬卡市內。

  皮澤洛和他的兄弟受印加的財富所吸引,和數個世紀以來的移民一樣,離開貧窮的故鄉埃斯特雷馬杜拉。  1529年,西班牙君主批准了皮澤洛征服祕魯。歷史學家勞爾·波拉斯·巴雷內切亞認為,“祕魯”並非克丘亞語或者加勒比西班牙語(Español caribeño)詞彙,而是一個印第安-西班牙語詞彙,或者是說,混種詞。皮澤洛並不知道的是,在他遊說西班牙政府的同時,他準備征服的敵人已經被瘟疫削弱,而這些瘟疫,則是西班牙人之前傳入美洲大陸的。皮澤洛在1532年抵達祕魯時發現,當地和五年前相比發生了很大的改變。皮澤洛在登陸時發現,通貝斯已經變成廢墟。他從兩個通曉西班牙文的男童處得知,印加爆發了內戰和瘟疫。  皮澤洛在進行了四次長期遠征後,建立了第一個西班牙聚居點,聖米格爾·坦加拉拉(今皮烏拉)。  首先見到皮澤洛的土著視他為神明(Viracocha Cuna)。這些土著向印加人形容了西班牙人高大的身材、滿面的鬍鬚、遮掩全身的衣著。土著也向印加人描述了西班牙人的刀劍和西班牙人運用刀劍殺死羊的方法。土著同時間向印加人透露,西班牙人不食人肉,而是食烹熟的羊肉、鴨肉、鴿肉和鹿肉。阿塔瓦爾帕為西班牙白人具有的能力感到擔憂。如果西班牙人是災星(Runa Quicachac),他就應該出逃,如果西班牙人是福星(Runa Allichac),他就不應該出逃,反而要迎接西班牙人。土著隨後返回坦加拉拉,同行者有阿塔瓦爾帕的翻譯,講奧熱楊文的戰士欽奎因查拉。欽奎因查拉在接觸了西班牙人一段時間後,回到印加,向阿塔瓦爾帕報告有關西班牙人的資訊。欽奎因查拉認為西班牙人並非神明,因為他看見西班牙人要飲食、穿衣,而且並不是不近女色。他也看不到西班牙人創造奇蹟。他告訴阿塔瓦爾帕,西班牙人的人數很少,只有170到180人,還有一些用“鐵繩”綁住的印第安人。他還建議阿塔瓦爾帕在西班牙人睡覺時,燒死西班牙人,因為西班牙人是搶掠一切的盜賊和惡魔(Supai Cuna)。  此時皮澤洛旗下有168人,當中106人是步兵,62人是騎兵。皮澤洛命令隊長埃爾南多·德·索托到阿塔瓦爾帕處,邀請阿塔瓦爾帕與他會面。索托騎著阿塔瓦爾帕從未見過的馬,前去與阿塔瓦爾帕會面。索托透過翻譯對阿塔瓦爾帕發表演說,稱自己是天主的僕人,前來向他們傳播福音。索托又說,他與他溝通是為了奠立和睦、友誼和應該存在的永久和平的基礎,阿塔瓦爾帕因此可以接待他們,並且聆聽西班牙的神聖法律,令所有印加臣民學習法律,接受法律,這對他們來說,是最大的榮譽、利益和救贖。阿塔瓦爾帕在法蘭西斯克·皮澤洛的兄弟埃爾南多·皮澤洛(Hernando Pizarro)到來後才回應西班牙人。阿塔瓦爾帕對皮澤洛說,他的探子回報,他的人馬在沿岸地區屠殺奴役了無數印第安人。皮澤洛迴應說自己沒有做過這種事。阿塔瓦爾帕最後因為所得資訊有限,結束了話題。雙方同意次日在卡哈馬卡會面。

  次日早晨,皮澤洛用自己計程車兵包圍雙方見面的廣場。阿塔瓦爾帕與7,000名士兵、隨行人員一起步入廣場後,道明會修士文森特·德·巴爾韋德隨即透過翻譯向阿塔瓦爾帕宣講天主教教義,不過,翻譯的程度不足以應付這一任務。除此之外,巴爾韋德還談及了印加國土上的西班牙人。最後,巴爾韋德向阿塔瓦爾帕遞出聖經,希望他和他的臣民立即改信天主教,否則就會被教會和西班牙視為敵人。  阿塔瓦爾帕表示,他不向任何人稱臣,他們沒有權力強迫他改信基督教。按照流行的說法,巴爾韋德指著聖經對他說,裡面包含了上帝的話語,然後將聖經遞給了阿塔瓦爾帕。阿塔瓦爾帕將聖經捧到耳邊,說“為何它沒有對我說話?”,就將這個前所未見的物體丟到了一邊。卡哈馬卡戰役(Batalla de Cajamarca)就此在1532年11月16日爆發。  西班牙士兵在收到訊號後,立即向印加人群一齊射擊,然後,他們又一致衝向印加人。皮澤洛發起的突襲威力巨大,印加人毫無還手之力。有2,000名印加人在事件中喪生,而皮澤洛一方僅有五人陣亡。有人因此稱事件為屠殺,而非戰役。曾經參加戰鬥的西班牙士兵對其他人稱,對印加人而言聞所未聞的馬匹和槍炮在戰役中發揮了重要作用。除此之外,他們還裝備有鐵劍和鐵甲,而印加人只有皮甲和獸骨矛。西班牙人在擠滿印加人的廣場周圍部署了四門大炮。襲擊的首要目標是印加君主和印加指揮官,他們一旦被殺被俘,印加軍隊的指揮架構就會產生混亂。  數量稀少的西班牙部隊之所以能夠擊敗人數眾多的印加大軍,是因為西班牙擁有騎兵和槍炮,而印加相對而言,只有落後的武器。而且,印加君主幾乎完全掌控了軍隊的指揮權,所以,印加君主一旦被俘,印加的軍隊就會陷入癱瘓一段時間。  印加的主力部隊在庫斯科地區,由最受君主信任的將軍基斯基斯和查爾庫奇馬指揮。對印加人而言,這是一個劣勢。印加迅速毀滅,很大程度是因為缺乏自信和虛張聲勢,掩飾恐懼。主要觀點認為,印加為西班牙擊敗,是因為武器裝備落後、採用正面戰術、染上歐洲傳入的疾病、內部局勢動盪。而且,西班牙採用了優於對手的戰術,俘虜了對手的君主。有學者認為,西班牙人的盔甲雖然能夠抵擋安第斯山脈的土著的武器,但是,不能完全抵擋印加人的武器,如釘錘、棍棒和彈弓。西班牙人被迫在後繼的衝突,如阿勞卡尼亞戰爭中與土著結盟。  皮澤洛俘虜阿塔瓦爾帕後,迫使後者命令下屬撤退。阿塔瓦爾帕提出用一房間的黃金和兩房間的白銀來換取自己的自由。皮澤洛表面上答應了他,但實際上沒有準備釋放他。他要繼續囚禁阿塔瓦爾帕,通過他來操控印加將軍。據說阿塔瓦爾帕在此期間學會了下國際象棋。贖金在1532年12月20日開始,由印加首都不斷運到卡哈馬卡。到了次年5月3日,贖金全部到齊。所有黃金白銀都經過提煉融化,做成條狀。  有部分歷史學家認為,阿塔瓦爾帕擔心自己的兄弟瓦斯卡爾會和西班牙人合作,令自己變得沒有利用價值,被人處決,就首先命令處決了自己的兄弟。另外一些歷史學家則聲稱,他的兄弟在前一場戰役中已經陣亡。也有歷史學家認為,他的兄弟在西班牙人抵達之前就已經死去了。  最後,西班牙人要決定如何處置阿塔瓦爾帕。皮澤洛和索托都反對處決阿塔瓦爾帕。西班牙人從土著翻譯Felipillo處得知,阿塔瓦爾帕的戰士已經埋伏在四周,準備發動突襲。索托帶領一小隊士兵離開營地,尋找準備突襲的印加戰士。其餘的西班牙人在他離開的時候,審判阿塔瓦爾帕。他被控一夫多妻、與姊妹結婚、殺害兄弟、崇拜偶像,違反天主教教義。部分人反對審判處死阿塔瓦爾帕,因為他是一國之君,應該由地位同等的西班牙君主審判。阿塔瓦爾帕為免被殺,接受洗禮,諷刺的是,教名和皮澤洛一樣,都是法蘭西斯克。1533年8月29日,阿塔瓦爾帕以基督徒的身份被西班牙人通過螺旋絞刑(Garrote)的方式處決。他被葬於當地教堂墓園,不過屍骨很快就被人掘走。索托返回營地後,相當氣憤,因為根本沒有埋伏戰士的蹤影。 西班牙部隊在處決阿塔瓦爾帕後,南下印加首都。西班牙軍隊在11月攻陷城市,大肆搜刮掠奪,並且拷打居民,以尋出更多黃金白銀。  皮澤洛的副將塞巴斯蒂安·德·貝拉爾卡薩爾率領140名士兵和幾名騎兵離開大隊伍,前去征服厄瓜多。貝拉爾卡薩爾的隊伍在欽博拉索山山腳,今里奧班巴附近地區,與印加將軍盧米尼亞維的部隊發生遭遇戰。西班牙軍隊在卡達利部族的協助下擊敗了對方。盧米尼亞維隨後退入基多。貝拉爾卡薩爾在追擊印加軍隊時,遇上了佩德羅·德·阿爾瓦拉多的隊伍。阿爾瓦拉多是瓜地馬拉總督,因為厭倦政務,未經批准就率領一支規模可觀的部隊,擅自在厄瓜多登陸,向內陸山脈前進。此後,阿爾瓦拉多計程車兵大部分都加入了貝拉爾卡薩爾的隊伍,攻打基多。

  印加局勢很快走下坡。所有事物都開始分離崩析。各地爆發了叛亂,部分叛軍加入了西班牙軍隊,對抗昔日的主子。也有很多部落被人征服、說服,加入印加一方。  西班牙人將阿塔瓦爾帕的另一個兄弟圖帕克·瓦爾帕扶上皇位。但這個傀儡很快就去世了,繼位者是曼科·印卡·尤潘基。曼科·印卡一開始和西班牙人合作,在印加南部受到臣民尊敬。不過,北部地區的局勢動盪不安,阿塔瓦爾帕的餘部在當地集結部隊。西班牙人再無人質能迫使印加軍隊,不發動進攻。印加人對西班牙人造成了一定的打擊。不過,西班牙人最終還是重新攻佔了基多,鎮壓了北部的有組織叛亂。  1535年,本來與西班牙人合作的曼科·印卡,在皮澤洛本人離開時,因為受到皮澤洛的兄弟不公對待,發動叛亂。他在尤凱舉行宗教儀式時,趁機逃往庫斯科。  原本是皮澤洛部下的迭戈·德·阿爾馬格羅在探索了智利之後,失望地而回,他發現當地的富裕程度,比不上祕魯。他決定奪走西班牙國王查理一世賜給皮澤洛的庫斯科。曼科·印加希望能夠運用西班牙人內部的矛盾並且重奪庫斯科。庫斯科圍城戰(Sitio del Cuzco)因此爆發。曼科·印卡計程車兵設法擊退了三隊來自利馬的西班牙救援部隊,不過最終都未能攻克該城。曼科·印卡失敗的原因之一是因為他並未得到所有臣民的完全支援,而且,他計程車兵士氣低落,武器也不及西班牙人先進。曼科·印卡在圍城十個月後,放棄計劃,退到奧蘭泰坦博。阿爾瑪格羅隨後帶領援軍趕到庫斯科,佔領了城市。他的派系因此控制了庫斯科,並且囚禁了皮澤洛的兄弟。  曼科·印卡在撤退到奧蘭泰坦博後,在一段時間內,繼續進攻西班牙軍隊,曾在正面戰中,擊敗過西班牙軍隊。後來他繼續退到比爾卡班巴,在當地建立新印加王國並堅守了幾十年。其子圖帕克·阿馬魯最後兵敗被俘,在1572年為西班牙人所處決。西班牙人拆毀了庫斯科的所有印加建築,在廢墟上建造了另一座西班牙城市,並且繼續殖民、開發前印加地區。  征服印加過程,前後歷時四十年。很多印加人都試圖反抗,但都沒有成功。西班牙人依靠殘酷、勇氣、狡猾,以及天花和印第安人之間的文化差異征服了印加。西班牙人摧毀了所有的印加文化,並且將西班牙文化帶到當地取而代之。

  阿爾瑪格羅在西班牙人內部的漫長內戰中被殺。阿爾瑪格羅的追隨者又在1541年殺死了皮澤洛復仇。西班牙人殖民祕魯的腳步沒有因為這場內戰放緩。西班牙王室用上訴法院鞏固了自己在殖民地的地位。西班牙人在1535年1月創立了祕魯的政治中心利馬。1542年,西班牙人建立了新卡斯提爾總督區(後更名為祕魯總督區)。新總督區在弗朗西斯科·德·托萊多抵達後才開始組織完善。托萊多攻陷了新印加王國的首都和最後一個據點比爾卡班巴,並且處決了最後一位印加君主。他通過壟斷商業,發展經濟,並且興建了波託西銀礦,利用印加的徭役制度"Mita",驅使印加人到銀礦勞動。

  西班牙人到來,對南美原住民有極大的負面影響。印加人的人口下跌速度,比其他美洲原住民的人口下跌速度更加快。學者估計,印加人口下跌速度最高的中安第斯山脈地區,在1520年至1571年間,人口下跌比率達到54:1。  疾病是造成人口下跌的主要原因。西方人在不知不覺之間,將舊世界的疾病帶到新世界。疾病對原住民所造成的打擊,比戰爭所造成的打擊深重。印加並沒有阿茲特克、瑪雅那樣的書寫傳統,所以學者很難估計人口下跌的數字,也無從得知西班牙人到來後所發生的事件。不過,疾病顯然在西班牙人進入印加地區之前,就開始蔓延了。出血性天花在1524年就進入了安第斯山脈地區。西班牙人的文獻顯示,疾病重創了原住民,導致原住民無力反抗。學界對16世紀20年代所出現的疾病,是否天花,仍然存在爭議。一小部分學者認為,當時蔓延的疾病並非外來的天花,而是南美本土的卡里翁氏病。N. D. Cook在1981年發表的研究中聲稱,安第斯山脈的原住民的人口,在殖民時期遭三次單獨下跌。第一次爆發的是天花,導致30%-50%的人病死。第二次爆發的是<unk>疹,又導致25%-30%的人病死。最後,天花和<unk>疹一起爆發,導致30%-60%的人病死。在三次爆發中病死的人,佔原先人口的93%。  除此之外,西班牙人奴役、搶掠、破壞也造成了一定的人口下降。西班牙士兵強擄了成千土著女性。西班牙文獻顯示,土著是自願成為僕從的。不過,有學者認為,這些人是受到死亡威脅後,才被迫成為僕從的。土著如果屈從西班牙人,為西班牙人勞動,就可以得到安全,如果進行抵抗,就會被西班牙人消滅。  西班牙人征服印加的另一個重要影響是使得基督宗教傳入南美。很多土著被迫放棄原有信仰,改信“唯一的真正宗教”。西班牙傳教士在印加帝國毀滅後,能夠自由無阻地行動傳播福音。整個大陸在一代人的時間內,就受到了基督教影響。
西班牙征服印加帝國,是西班牙殖民美洲的過程中,最重要的戰役之一。1532年,169個由法蘭西斯克·皮澤洛率領的西班牙士兵和土著盟邦士兵在經過數年準備和作戰後,在卡哈馬卡戰役中俘虜了薩帕·印卡阿塔瓦爾帕。印加帝國滅亡後,另外一場為期數十年的戰役隨即展開,最終西班牙人在戰役中取得勝利,建立祕魯總督區,新印加王國滅亡。戰役結束後,西班牙人在今日的智利和哥倫比亞展開另外兩場後繼戰役,並且向亞馬遜盆地發展。