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  1895年(明治28年)5月27日近衛軍團的7000餘人在與日本的臺灣總督樺山資紀於沖繩會合,貯備武力進攻接收臺灣,5月29日“登澳底,攻基隆,取臺北”,6月3日下午攻佔基隆制高點獅球嶺炮臺,6月11日在鹿港商人辜顯榮的協助下入臺北城、設司令部於原清朝布政使司衙門的所在地。6月18日近衛師團前往淡水,將淡水的數千名清朝士兵遣返回中國。臺灣民主國成立後,奉派進攻臺灣。攻下臺南後,回日本,宣佈-師團長北白川宮能久親王(皇叔,陸軍中將)去世,另一少將旅團長戰死。全島的反抗大致平定後,該師團於1895年11月離開臺灣,從此不曾再離開日本。

  太平洋戰爭爆發後,日軍近衛師團在印尼蘇門答臘島掃蕩。  1943年6月1日,在棉蘭作戰的近衛師團部隊改編為近衛第二師團,留守東京的近衛師團基幹改編為近衛第一師團,1944年7月18日又以近衛第二師團留守本土基幹成立近衛第三師團。  美軍實行跳島戰術繞過了近衛第二師團駐守的蘇門答臘島,在該島該師團駐守到1945年8月15日無條件投降,近衛第一師團及近衛第三師團則在本土迎來終戰。
近衛師團,原為日本天皇的近衛軍,有衛戍帝都之職分,是日本在二次大戰前的17個常備主力師團之一,最著名的一任師團長為北白川宮能久親王。