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  模式種是波氏怪踝龍,是在1986年被敘述、命名。在希臘文中,"Xenos"意為「奇特的」,"tarsos"意為「<unk>骨」,而"sauro"意為「蜥蜴」,意指特殊的踝部結構。而種小名"bonapartei"是以阿根廷古生物學家約瑟·波拿巴(Jose Bonaparte)為名。

  在1980年,地質學家Juan Carlos Sciutto在阿根廷丘布特省發現一些獸腳類化石。數年後,古生物學家約瑟·波拿巴(Jose Bonaparte)發現這些化石,可能來自於同一個體。  怪踝龍的化石發現於阿根廷丘布特省的Bajo Barreal組地層。這個地層最初被認為是坎潘階,目前被認為是較早的森諾曼階/土侖階交界。這些化石是兩份全模標本,編號UNPSJB PV 184標本是兩節前段背椎,編號PVL 612標本是由股骨、脛骨、腓骨、以及Astragalocalcaneum(由距骨與跟骨癒合的單一骨頭)所構成,總長61.1公分。距骨、跟骨癒合成一塊、沒有接縫,接觸到脛骨的末端。這也是怪踝龍的名稱來源。

  怪踝龍的化石具有與食肉牛龍的相似處,顯示怪踝龍可能屬於阿貝力龍科。但也人提出怪踝龍屬於肉食龍下目。一份90年代的研究,將怪踝龍歸類於新角龍類。總之,怪踝龍的化石過於破碎而無法做出正確的歸類。
怪踝龍屬(屬名:)是種研究有限的阿貝力龍科恐龍,生存於白堊紀坎帕階與麥斯特里希特階,體重可能達到0.7-1噸重。