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  俾格米人是各個非洲部落族群中身高較矮的土著統稱,在新石器時代後期,俾格米人就已經開始在赤道幾內亞附近生存,並發展出好幾個小聚落,但是到了990年左右之後,逐漸被較為強大的班圖人所佔領,俾格米人逐漸成為當地弱勢族群或遷移他處。

  班圖人(英語:Bantu)是撒哈拉以南、非洲中部、東部至非洲南部超過400個族裔的統稱。班圖人到赤道幾內亞登陸時,便以體型與文明優勢打敗身材矮小的俾格米人族群。

  隨著《託德西利亞斯條約》簽訂,非洲不少地區開始淪為葡萄牙和西班牙的殖民地,當地原住民成了最大的受害者,併成為奴隸,導致家破人亡。1494年條約生效後,原住民統治赤道幾內亞的時代到此告一段落,展開被殖民的新時代。

  在《託德西利亞斯條約》於1494年生效後,西班牙和葡萄牙海外勢力及領土開始快速擴充套件,但真正開始殖民赤道幾內亞一帶則由1499年葡萄牙人登陸當地開始。  而赤道幾內亞被西葡所佔領的時間長達469年之久。

  1499年,根據《託德西利亞斯條約》,位於西經50度以西的領土歸西班牙,以東的領土歸葡萄牙,葡萄牙人由此佔有亞洲和非洲地區,南美洲大部分為西班牙所有。不久後,奴隸貿易興起,葡萄牙人便壟斷了非洲的奴隸來源和出口權。這就引起西班牙的強烈不滿,西班牙也要求在非洲得到供應奴隸的地方。  1778年,葡萄牙同意讓給西班牙一些非洲沿海島嶼,以及大陸上位於歐果韋河(位於今日加彭共和國境內)和尼日爾河之間的領土,以此作為交換條件,葡萄牙人在西經50度以西佔據的美洲地區(今日巴西的西部)的所有權得到西班牙承認。同年西班牙人在赤道幾內亞附近登陸,將其改名為斐南多波島(現今稱為比奧科島),以紀念其發現者。但是,由於黃熱病橫行,西班牙人在島上移民的嘗試屢次失敗,迫使其在1781年撤出該島。

  1807年,英國頒佈了禁止奴隸貿易的法令。為了實行這一禁令,英國皇家海軍需要大量海軍基地來監督尼日爾河河口與奴隸海岸(今貝南共和國)之間的地帶。  1827年,西班牙同意把斐南多波島租借給英國,用作稽查奴隸貿易的英國巡航艦隊的停泊基地。英國人在克拉倫斯港(即聖伊莎貝爾,今名馬拉博)和聖卡洛斯海灣修建了基地。斐南多波島的統治權也落入英國手中。此後16年中,英國海軍在島上安置了許多從販奴船上解放的黑人奴隸。  由於斐南多波島位置重要,因此英國在1839年出價5萬英鎊購買該島,兩年後西班牙同意以6萬英鎊出賣。但當英國同意該價格時,西班牙卻推翻前議,拒絕出售。至1843年,英國海軍把反奴隸貿易基地挪至弗里敦,同時把島上的建築物出售給浸禮會教士。這些教士在1858年被西班牙人驅逐出境。  1844年起,西班牙開始積極地開發斐南多波島。1845年,西班牙同木尼河地區各酋長簽訂了條約,木尼河區淪為西班牙保護地區。從1879年起,西班牙政府將斐南多波島用作放逐古巴犯人的流放地。  1898年,西班牙在美西戰爭中敗北,被迫放棄了在美洲和亞洲熱帶地區的所有領地。接著,法國在1899年法紹達事件後佔領了木尼河地區,在1900年歸還西班牙,以此換取法國人在斐南多波島上購買土地的優先權。  1926年,西班牙將斐南多波島和木尼河區合併為西屬幾內亞。總督府設在斐南多波島的聖伊薩貝拉,副總督和地方行政部門設在木尼河區的巴塔。

  西班牙內戰和二戰過後,西屬幾內亞得到了更多的自由,並逐漸受到國際和聯合國的關注,但仍然是貧窮落後的國家。1959年,安諾本島(現改名為安諾本省)被西班牙劃為斐南多波和木尼河兩個海外省。  1964年1月,西班牙在聯合國的打壓與譴責之下,舉行公民投票,投票結果為兩省取得內部自治地位。至1968年,在民族獨立運動崛起和聯合國的再度雙重壓力下,西班牙同意給予其獨立地位。宣告著西屬赤道幾內亞即將結束。  在1968年10月12日赤道幾內亞獲得獨立成為主權國家的資格前,該國已獲得公民自由選舉資格。9月22日舉行首次由人民投票的總統選舉,但沒有任何一個候選人得到投票率四成的門檻。一週後,只好由得票率較高的弗朗西斯科·馬西埃·恩圭馬 當選總統。  1968年10月12日,西屬幾內亞宣告獨立,改國名為赤道幾內亞共和國,成為主權國家,結束西班牙469年來的殖民統治。這天赤道幾內亞也成為聯合國第126個成員。  由此可知,赤道幾內亞和大多數非洲國家一樣,在二戰之後才逐漸自由,並在聯合國的極力幫助下獨立。  不過獨立後的赤道幾內亞卻又陷入國家的內戰當中,導致人民依舊經濟貧窮,必需仰賴他國救助。

  1968年赤道幾內亞獨立後,弗朗西斯科·恩圭馬成為首任總統。但是各方理念和想法不同,赤道幾內亞就一直動盪不安,最早的政變是1979年8月由特奧多羅·奧比昂·恩圭馬·姆巴索戈所發起的。

  1979年8月,恩圭馬的侄子、“國家革命人民武裝力量部”副部長奧比昂發動軍事政變,成立最高軍事委員會,從首都開始才取武力抗爭,甚至搶奪平民資產。不到一個月,此次政變大本營「最高軍事委員會」便把國家軍隊給擊潰,國家軍隊和官員通通被判軍逮捕,並判處無期至死刑不等,而弗朗西斯科·恩圭馬則被法院宣判死刑。同年11月被處決。  雖然之後又發生過些小型叛亂,但都被「最高軍事委員會」及時控制。從此最高軍事委員會首腦特奧多羅·奧比昂·恩圭馬·姆巴索戈便一直獨裁統治著赤道幾內亞至今。

  儘管奧比昂總統在2006年簽署反酷刑法案來禁止在赤道幾內亞使用任何濫用私刑,但是違反人權的事情依舊。

  2004年,英國貴族西蒙·曼恩(Simon Mann)曾試圖從南非招募僱傭軍發動政變,以傀儡領袖取代奧比昂,從而控制該國石油資源,此次政變又稱為「旺厄政變」。但政變企圖被挫敗。這一情節與《戰爭猛犬》的故事情節驚人地巧合。英國前首相撒切爾夫人之子馬克·撒切爾被指控為政變計劃的資助人之一,英國國會議員和小說家傑弗裡·阿徹也被懷疑為政變募集資金。  由於政府體制獨裁腐敗,導致赤道幾內亞在2005年聯合國評估的人類發展指數中,赤道幾內亞在177個國家中排第124位。  2011年政府宣佈計劃搬遷至新的首都歐亞拉。
赤道幾內亞歷史可追溯到新石器時代,當時赤道幾內亞所居住的原始居民大多為俾格米人,歷史相當悠久,後來到十四、十五世紀時,歐洲列強航海技術發達,開始將勢力往海外拓展,再加上當時興盛奴隸貿易和黑奴貿易,使得赤道幾內亞也成為海上強國的囊中物。1471年至1472年間,葡萄牙航海家斐南·德·波()在尋找通往印度的航路過程中發現了斐南多波島,將其命名為“福爾摩沙”()。安諾本島是在10年後發現的,這也為葡西兩國奠定對赤道幾內亞的殖民前的交通概況基礎。赤道幾內亞的歷史中葡萄牙和西班牙人的統治佔絕大部分,留下不少壯烈歷史。