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  2001年推出第一個版本,主要由FreeBSD改寫。

  Kylin 3.0版之後,改用Linux來改寫。

  2010年12月16日,兩大國產作業系統——民用的“中標Linux”作業系統和解放軍研製的“銀河麒麟”作業系統在上海正式宣佈合併,雙方今後將共同以“中標麒麟”的新品牌統一出現在市場上,並將開發軍民兩用的作業系統。開發方中標軟體有限公司和國防科技大學同日締結了戰略合作協議。雙方今後將共同開發作業系統,共同成立作業系統研發中心,共同開拓市場,並將在“中標麒麟”的統一品牌下發布統一的作業系統產品。推出NeoKylin。

  銀河麒麟2.0版釋出後,宣傳具有完全自主智慧財產權。2006年4月27日網友Dancefire的一篇技術分析文章中,銀河麒麟2.0.XX版本與開源作業系統FreeBSD5.3版本在有著很高的相似度(函式名上有99.45%的相似度,原始碼上有60%左右的相似度)。FreeBSD作為開源軟體,是允許第三方修改並使用其原始碼,但必須宣告是修改自FreeBSD。而銀河麒麟在最初卻聲稱是自主智慧財產權,從而引起非議。
麒麟作業系統(英語:Kylin OS),亦稱銀河麒麟或中標麒麟(英語:NeoKylin),是由中國國防科技大學、中軟公司、聯想公司、浪潮集團和民族恆星公司合作研製的商業閉源作業系統,於2001年開始。此作業系統是863計劃重大攻關科研專案。該作業系統主要應用於政府機構及伺服器,其社群版亦提供桌面版本和伺服器版本供個人使用者下載使用。