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  R/S和E/Z標記是建於與立體中心(或雙鍵)相連的基團的優先順序上的。所以標示這些優先順序的步驟,是整個序列法則的核心。  首先比較的是直接接到該立體中心的原子的原子序(原子序數),原子序愈大的即可拿到較大的優先順序。假如是原子序相同的情形,則分別表列直接連線該原子的原子,即與立體中心距離為二的那些原子,並以原子序降序排列。然後逐原子比較,當一有差別出現,擁有較大原子序的一方即有較大的優先順序。如果還是相同,在表上的原子將被他們所們所接的原子,即與立體中心為三的原子所取代,並個別做降序排列,然後再度逐原子比較。整個步驟將重複不斷進行,直到出現差異為止。  重複上述步驟時,如果遇到構型不相同的立體中心或雙鍵,則它們之間的順序也不相同。含R構型立體中心的基團在先,含S構型立體中心的基團在後;含Z型雙鍵的基團在先,含E型雙鍵的基團在後。  舉些例子以助於說明這個比較的過程:

  當兩基團只有同位素的差別,則以質量數來比較:

  如果甲原子與乙原子之間為雙鍵,則把甲原子視為用單鍵與兩個原子連線:乙原子以及一個與乙原子有相同原子序且只與甲連線的虛擬原子。當進一步追溯到與乙原子相連的原子時,甲原子本身不算,以避免往回找的現象,但是會算上一個虛擬的甲原子,這樣,雙鍵就被正確的詮釋了。 例子:

  當遇到含有碳環的化合物時,必須要把他展開為樹狀(被作者稱為分層圖)。方法是從立體中心開始,走所有可能的路徑,當在某條路徑上,遇到一個該條路徑已經走過的原子時,把該原子變成個虛擬的原子,以確保這樹是有限的。同一個原子可能在該樹上出現多次,有時是原本的,有時是虛擬的。

  

  當一個立體中心的四個基團都被給予了優先順序之後,使該分子在空間中,擁有最低優先順序的取代基是指遠離觀察者的(即位於虛形鍵上)一個。假設四個基團分別被標示為1(最高優先)到4(最低優先),那麼從1到3所轉的方向標記了該個立體中心。當1到2到3的方向是順時鐘時,我們標記它為R,若是逆時鐘則為S。這些記號分別是由拉丁文的右("rectus")和左("sinister")來的。

  對於烯類和那些具有雙鍵的有機化合物,基團還是一樣的被標記優先順序,但在這裡,重要的是雙鍵兩邊的碳原子所接的基團中,優先順序較高的那一個的相對位置。當兩個優先順序較高的基團在雙鍵的同側,即是順的位置,即把這雙鍵標記為Z。若在相對的位置,即標記為E。這些記號來分別自於德文的一起("zusammen")和相對("entgegen")。

  很重要的一點是,一個化合物中,可能會有許多的地方需要標記。舉例來說,麻黃鹼可以在(1R,2S)和(1S,2R)的形式存在。但(1R,2R)和(1S,2S)的組成也是存在的。基本上,有n個立體中心和雙鍵,就會有2個異構物,但有時候,有些異構物是不可能存在的,從而降低了可能存在的異構物數目。

  “Cahn-Ingold-Prelog順序規則”的最初文獻: IUPAC的立體化學命名法:
序列法則(Cahn–Ingold–Prelog (CIP) sequence rules、CIP priority rules)是一套用於有機化學的規則,用來命名有機分子的立體異構現象。一個有機分子可能含有多個立體中心和雙鍵,而每一個都給了這個分子兩種可能的組態。這個規則的目的是給予立體中心R/S標記,雙鍵E/Z標記,而使每個組態都可以用系統性的語言來描述。