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  高遠城在戰國時代是諏訪氏部下高遠賴繼統治的城堡。1545年,高遠賴繼被武田信玄(當時仍稱武田晴信)擊敗。高遠城成為了武田氏的領土,信玄其後委派五男仁科盛信為城主。1582年,武田氏被滅亡。家康分派保科正俊為城主。1600年關原之戰後分封了不少領土,家康派遣正俊孫兒保科正光為高遠城城主,俸祿2萬5千石,高遠藩正式成立。第二代將軍德川秀忠與阿靜誕下了一名私生子,在7歲起由正光養育,後來名為保科正之,並繼承了保科家。在養育正之的功績下領土加封5000石。1636年正之被幕府移封到出羽國山形藩,繼任的藩主是鳥居忠春,之後由鳥居忠則繼承,忠則在1689年突然死後,鳥居氏的繼承者鳥居忠英被改易到能登下村藩。  該地成為了幕府的天領,1691年內藤清枚被分被到這裡,高遠藩再次立藩。由第二代藩主內藤賴卿起,開始財政出現危機。這個時候開始進行藩政改革,此時亦發生了江島生島事件。到了第七代藩主內藤賴寧開始實行鼓勵發展產業、教育、開發新田發經營桑園,因而改革成功,但是該地百姓報來因草鞋暴動爆發一揆,藩政再次不穩定。  1859年,最後一任藩主內藤賴直上任,設立藩校進德館以及參加長州征討。1868年戊辰戰爭被編入新政府軍。1869年幕府實行版籍奉還,賴直成為高遠藩知事。1871年高遠藩因廢藩置縣而廢藩,領地成為了高遠縣,同年12月被篇入到築摩縣。
高遠藩()是日本江戶時代的一個藩,位於信濃國南部(今長野縣伊那市高遠町),藩廳所在地是高遠城。