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  當地的抗議活動起初是要求釋放23名當地的青年男子,被控屬於一個致力於推翻烏政府的激進派穆斯林組織“艾克拉米亞”(即烏茲別克伊斯蘭運動)。這些人在2004年6月23日被捕,並被指控和“三股勢力”有聯絡。最終警方指控他們是“艾克拉米亞”成員,該組織被政府認定為恐怖主義有關並被禁止活動。這些商人否認這些指控,聲稱他們是由於在當地民眾中獲得越來越多的擁護而被逮捕的。一些訊息聲稱這次抓捕是針對長期擔任安集延州州長的Kobiljon Obidov的盟友的清洗活動的一部分,而Kobiljon Obidov據報道在卡里莫夫總統的授意下遭到彈劾並被Saydullo Begaliyev替換。一名在塔什干工作的美國律師梅麗薩·霍普(Melissa Hooper)在審判中為這些商人辯護。她在2005年5月14日說“這些商人被捕更有可能是因為經濟上的原因而遭到當局的打壓,或許他們拒絕給當局好處,而不是由於他們的宗教信仰。”  在審判過程中,在法院門口舉行了很多抗議活動。在2005年5月10日的一次抗議活動中有至少1000人蔘與。這些抗議者主要是被告的親屬,拍攝下了抗議活動,而警方並沒有干預。抗議者聚集在法院附近的街頭,而一邊是男性另一邊為女性。到了2005年5月11日,超過4000名示威群眾聚集在那裡聽取法官裁定。公訴人要求對20名商人判處3至7年的監禁,剩餘3人則被釋放。但是當局政府推遲了審判。在5月12日,當局逮捕了一些示威者和被告的親屬。

  在2005年5月12日晚至13日凌晨,武裝分子襲擊了關押那些被告人的監獄,並釋放了他們以及2000多名其他囚犯,很多囚犯和那些商人一樣接受了類似的指控。衝突中多名獄警被殺。 美國國務院發言人理查德·鮑徹於5月13日稱:12日晚間從烏茲別克安集延市趁亂越獄逃跑的2000多名囚犯中可能包括烏茲別克伊斯蘭運動組織的恐怖分子。烏茲別克伊斯蘭運動是在美國國務院榜上有名的境外恐怖組織。烏茲別克伊斯蘭運動宣稱對2004年7月30日發生在烏首都塔什干以色列和美國大使館外以及烏總檢察院內的三起自殺式爆炸事件負責。  2005年5月12日深夜,武裝分子還佔領了安集延的當地政府行政辦公大樓,還扣押了至少20名執法人員和政府官員作為人質,其中包括檢查部門領導和稅務檢查部門主管。 武裝分子試圖攻佔當地國家安全部門總部,但以失敗告終。 他們要求卡里莫夫總統辭職。 卡里莫夫的新聞辦公室聲稱與武裝分子的談判無果而終。宣告說:“武裝分子躲在婦女和兒童身後,並且拒絕任何妥協。”  受到劫獄事件的鼓舞,越來越多的抗議者聚集在安集延的中央廣場表達對越來越嚴重的貧困和政府腐敗的憤怒,並通過設定在巴布林廣場的麥克風發表演講。 雖然在當天早上政府官員封鎖了通往廣場的道路,但他們允許群眾徒步穿過。 有一些不明身份的人在廣場周圍的劇院和電影院縱火。 卡里莫夫13日凌晨飛抵安集延,視察當地安全部門,下達緊急措施並在當地機場建立了臨時指揮部。數小時後,政府軍奪回被不明身份武裝分子佔領的政府大樓。安集延局勢略微出現“良性轉機”,總統卡里莫夫隨即回到首都。  軍隊封鎖了通往監獄的道路。 而在當天發生了交火事件。持有武器的平民和安全部隊至少發生了一輪交火。但交火之後抗議者仍滯留在廣場,似乎是因為有謠言稱卡里莫夫正在考慮他們的要求,又或是因為這些民眾試圖離開廣場或向政府投降遭到了拒絕。  在夜裡5點或6點,政府部隊在沒有事先警告的情況下向廣場發動了一次大規模攻勢。據報道抗議者利用手裡的人質作為人盾排列在人群前面,以試圖逃離現場。 法新社13日援引目擊者的話說,一群叛亂分子試圖從政府大樓衝出,並在前面押著幾名人質,但他們遭到了包圍大樓的軍警的猛烈射擊,不得不撤了回去。根據人權觀察組織的報道,之後安全部隊封鎖了抗議者的四周並向其開火。一些報道指出安全部隊進行了無差別開火,攻擊手段包括使用狙擊手、自動步槍和裝甲車。 但此次攻擊是否是卡里莫夫總統親自下令還不得而知。  截至13日深夜,政府大樓已經被清空。“在這一時刻,城市處於平靜狀態......但軍警封鎖著整座城市。”目擊者說,軍用卡車和裝甲車仍部署在安集延市內各要塞,深夜時分仍能聽見零星槍聲。  “戰爭與和平報道協會”記者Galima Bukharbaeva目擊了事發經過:“現場有大量死傷者。一開始,一對裝甲車抵達了廣場,之後另一隊裝甲車也開進了廣場。它們毫不留情地向現場所有人無差別地開火,射擊目標包括婦女和兒童。人群開始四散逃離。我們逃進了一條水溝,在那裡多了一會兒。我看見身邊至少有五具屍體。守在行政辦公大樓的武裝分子開槍回擊。他們堅持到了最後。當我們爬出水溝之後,我們沿著大街跑進了一處街區,之後我們試圖尋找到一處沒有槍聲的地方。但槍聲在四處都可以聽到......”烏茲別克政府否認了這一說法並聲稱被打死的只有恐怖分子。  多個外國通訊社估計在安集延的騷亂中由400到600人喪生,其中平民佔了大多數。 一些報道指出安全部隊在首輪攻擊之後有組織的射殺傷員。 卡里莫夫總統指責是伊斯蘭極端組織挑起了這場暴亂,而“伊斯蘭極端組織”最近幾年經常被他用來形容政治對手們,並且被批評者們認為是卡里莫夫總統用來維持高壓政策的藉口。政府發表的宣告稱:“衝突導致9人喪生,34人受傷。”對於這次事件,烏茲別克國內的國有媒體只發表了簡短宣告。 烏茲別克國家電視臺在新聞報道中聲稱:“一夥持有武器的罪犯襲擊了安集延的安全部隊。這夥暴徒搶奪了數十件武器,攻擊了一處監獄並釋放了囚犯。”報道中將這些武裝分子稱為是“極端分子”。據報道當地的廣播臺被禁止廣播,當局還封鎖了包括CNN和BBC在內的外國電視訊道。

  根據2007年叛逃至英國的烏茲別克情報部門少校Ikrom Yakubov的說法,烏茲別克政府“資助”了“艾克拉米亞”,而該組織被烏茲別克政府指責煽動了這起暴動。他相信武裝分子的襲擊被我該國政府用來作為鎮壓持不同政見者的藉口。根據Yakubov的說法,卡里莫夫總統親自下令向抗議人群開火。  根據一些報告,參與鎮壓行動的部隊來自內務部。 據報道由12500名士兵參與了鎮壓,這些人來自第17空中突擊旅、來自東部軍區的一個特戰團、一個快速反應旅、內務部的一個特戰團和國家安全部的4支特種部隊

  烏茲別克一個反對黨組建及領導者Muhammad Solih估計在鎮壓行動中由一千人傷亡。他說在每個集體墳墓中埋有15至20具屍體,甚至有屍體被直接扔入卡拉蘇河中。在5月13日至14日,有18個架次的飛機從安集延帶走了35具或更多的屍體。Muhammad Solih說:“安集延事件是那些想在該地區施加影響力的國家的試金石。俄羅斯一直視中亞為宗教極端勢力的源頭,而中國害怕國內分裂勢力的增強。但是兩國都沒有意識到卡里莫夫總統的所作所為加強了兩國所害怕的勢力。”中國和俄羅斯政府支援烏茲別克政府,允許其逃過國際社會的調查。  2005年5月27日,安集延市的一名居民帶著自由歐洲電臺的記者前往一座位於城市遠郊的集體墳墓。掘墓者告訴記者在5月13日3輛卡車運來了第一批屍體。在一座集體墳墓中埋有74具屍體,還有37座集體墳墓,每座墳墓埋有兩具屍體。在5月28日,這名居民被兩人謀殺。一些死者的家屬找到了集體墳墓,挖出了屍體,然後又根據伊斯蘭教法重新埋葬了他們。  以莫斯科為基地的俄羅斯人權組織“紀念館”中亞專案主管Vitaly Ponomaryov聲稱:“在5月13日晚開始,有不少飛機飛離安集延。在24小時內,由18架飛機飛離當地。我們的訊息渠道並不知道這些飛機飛往哪裡,但他在和一名目擊者的交談中得知光其中一架飛機中就載有36具屍體。”

  儘管政府對抗議者進行殘酷鎮壓,之後幾天,數千人再次舉行抗議活動。人群高呼口號,指責安全部隊是一群“殺手”和“屠夫”,並再次要求卡里莫夫總統下臺。一名在幾天前進行過演講的人說:“當時人們舉起雙手以表示他們沒有武器,但軍隊依舊向其開火。”  5月13日,在一項根據50份對安集延事件中的受害者和目擊者的採訪來撰寫的長達60頁的報告中,人權觀察組織聲稱當局對這些手無寸鐵的抗議者的襲擊非常過分且不合理,完全稱得上是一次大屠殺。  5月14日。數千名試圖逃離該國的人衝擊了安集延以東50公里處的邊境小鎮卡拉蘇的政府部門大樓。他們焚燬了警察局和一些車輛,之後襲擊了駐守烏茲別克和吉爾吉斯斯坦邊境的邊防部隊。 烏茲別克部隊封鎖了該鎮,而吉爾吉斯斯坦當局將6000名試圖逃往該國的人拒之門外。據稱烏茲別克軍隊的直升機一直盤旋在該鎮上空。  烏茲別克人權組織“訴求”的領導人Saidjahon Zaynabitdinov聲稱在5月20日,政府軍與一夥試圖逃往吉爾吉斯斯坦的人發生交火,200人被殺。 5月21日警方逮捕了他。  根據紐約時報報道,在安集延及其周邊還有一些零星衝突發生,大約數百人,可能由上千名難民設法逃到了吉爾吉斯斯坦。有跡象顯示儘管通常情況下,烏茲別克政府對國內管控的很嚴密,但此時已無法完全控制費爾干納河谷的局勢。  多名記者在報道了政府的鎮壓行動後被迫離開該國。 政府缺席指控這些記者“向恐怖分子提供了資訊上的支援。”  在烏茲別克的和平隊根據當地美國使館的安全警戒級別關閉了在該國的活動中心。  2005年10月,一家烏茲別克法院指控多名吉爾吉斯斯坦公民在安集延事件中涉嫌多項嚴重犯罪。 在審判過程中當局拒絕這些人接受探視。  2008年,叛逃至國外的、安集延事件時時任國家安全部上校Ikrom Yakubov聲稱大約1500人被殺,這一資料是外界對安集延事件中被殺者的最高估計值的兩倍多。

  在多個非政府組織批評當局政府在安集延事件中的行為之後,一些在烏茲別克活動的西方非政府組織被一些分析人士指責是在誤導當地老百姓而被迫停止活動。2006年4月,在美國律師協會向當地非政府組織提供資金援助後,一家烏茲別克法院下令其終止其在烏茲別克的活動。7月7日,烏茲別克政府要求中亞自由交流協會離開該國因為其使用未經註冊的商標且沒有網路許可證。“城市研究所”組織在7月12日被下令關閉,因為該組織的成員討論了該國的社會政治和社會經濟形勢。 7月26日,一家烏茲別克法院要求溫洛克國際離開該國因為法院認為該組織在詆譭該國的國家價值觀,而該組織僅僅是在當地為農民提供技術指導。 還有一些其他組織在安集延事件後不久被下令或被迫離開烏茲別克,其中包括歐亞基金會、自由之家、國際研究與交流委員會、自由歐洲電臺和聯合國難民署烏茲別克分部。

  

  2005年10月3日,歐盟開始對烏茲別克進行武器禁運並拒絕向烏茲別克高階官員發放簽證以迴應烏茲別克政府在安集延事件中的所作所為以及當局政府反對國際社會調查此次事件。 2006年11月,歐盟重新延長了武器禁運但同意恢復低階別官員的對話。  英國外交大臣傑克·斯特勞在5月15日說在烏茲別克“很明顯發生了違反人權的事件。”  德國外長弗蘭克-瓦爾特·施泰因邁爾在2007年3月會見了烏茲別克外長弗拉迪米爾·諾羅夫。他告訴諾羅夫在5月5日布魯塞爾舉行的歐盟外長峰會上各國外長呼籲烏茲別克政府應該允許國際紅十字會探視該國境內的囚犯。 在8月6日至9日施泰因邁爾再次訪問烏茲別克以進一步評估經濟制裁的效果及如何發揮效果的。3月27日至28日,在哈薩克首都阿斯塔納,一名歐盟代表與中亞各國官員舉行了會晤。在此期間諾羅夫強調各國必須尊重烏茲別克的主權。歐盟中亞地區事務特別代表皮埃爾·莫瑞爾聲稱繼續進行會談將是具有積極意義的。

  由俄羅斯、中國、哈薩克、吉爾吉斯斯坦、塔吉克斯坦和烏茲別克組成的上海合作組織將安集延事件定性為恐怖主義行為。上合組織在2005年7月通過了一份決議,呼籲成員國不要庇護那些在吉爾吉吉斯坦、來自安集延的烏茲別克難民。  安集延的抗議者向普京總統呼籲幫助,但俄羅斯外長拉夫羅夫在一場集體安全組織外長會議之後的新聞釋出會上說:“烏茲別克不是集體安全組織的成員國,並且我們不會介入別國的內部事務。”  最近發生鬱金香革命的吉爾吉斯斯坦關閉了與烏茲別克的邊境。

  當被問及美國政府對此次事件如何迴應時,美國國務院發言人包潤石聲稱美國政府“一直以來批評烏茲別克的人權狀況,我們非常關注安集延發生的暴力衝突,尤其是囚犯越獄事件,包括越獄者中包含的烏茲別克伊斯蘭運動成員,該組織被我國政府認定為是一個恐怖組織。現在關鍵是我國政府希望各方保持克制以避免任何不必要的生命損失。”而在另一時候,包潤石說“現在愈發清楚的是,有很多平民遭到烏茲別克軍隊無差別殺戮。現在有必要調查在安集延到底發生了什麼是。與此同時我認為這起事件起源於武裝分子對監獄及另一政府設施的襲擊。有報道顯示當地發生了劫持人質和其他需要調查的事件。這些暴力行徑都是不合法的。” 英國駐烏茲別克大使克雷格·穆雷指責美國政府的表態,聲稱這一表態是“令人作嘔的迴應”。 開放性社會研究所主席、同時也是在顏色革命中扮演活躍角色的喬治·索羅斯聲稱安集延事件是“21世紀最為糟糕的政治犯罪。”  一個跨黨派的參議員團體批評美國國務院對安集延事件的迴應並呼籲聯合國對此次事件進行調查:“我們相信美國認真對待與一個屠殺數百名抗議者並拒絕國際社會要求進行透明調查的國家保持過於密切關係這一行為。”  在安集延事件之後,在美國國務院官員內部引發了一次關於是否中斷與烏茲別克政府所有合作的爭論。據說美國國防部長拉姆斯菲爾德反對國際社會對此次事件進行調查。

  對於這次事件及其之前對商人審判的起源,一些人(主要是中亞的學者)認為是烏茲別克國內“塔什干-費爾干納幫”和敵對的“撒馬爾罕幫”之間的政治鬥爭。  2004年5月25日,安集延地方政府的立法機構成員投票罷免了安集延州州長Kobiljon Obidov,接替他的是該國前任農業和水利部部長Saydullo Begaliyev。由於Obidov捲入了多起政治醜聞,使得他失去了卡里莫夫總統的支援,而卡里莫夫總統親自參與了罷免Obidov的過程。根據一個匿名訊息人士的說法,Obidov“是該州的主宰者......得到他支援的生意將會在所有事情上一路暢通。所有得到Obidov支援的企業家,包括接受審判的23名商人,都會變得富裕。”2004年末,卡里莫夫總統指派接替Saydullo Begaliyev擔任農業和水利部部長的Ikromkhon Nazhmiddinov為費爾干納州州長。  這名訊息人士說:“針對Obidov政府成員的犯罪行為隨後開始了。新任州長還決定重新分割該州的生意。他對那些支援Obidov的企業家進行打擊報復。這些企業家被告知必須將生意賤賣給Begaliyev或他的同夥,否則將會面臨司法調查。”  在安集延事件之前,撒馬爾罕幫在Zakir Almatov領導下控制著內務部而塔什干幫在Rustam Innoyatov領導下控制著國家安全部。在安集延事件中,國防部掌控下下的安全部隊扮演者警察部隊的角色。內務部的部隊被解散而內務部旗下的反恐部隊被調撥到國防部和國家安全部旗下接受指揮。卡里莫夫總統還開除了國防部長Kadyr Gulyamov、內務部長Zakir Almatov、武裝部隊聯合指揮部指揮官Ismail Ergashev以及東部軍區司令Kosimali Akhmedov。卡里莫夫用身為塔什干幫成員的國家安全部副部長接替了Zakir Almatov。這使得內務部被塔什干幫接管。 分析人士之前懷疑Almatov領導下的內務部參與了1999年塔什干爆炸事件。還有些分析人士認為這起爆炸襲擊是由Rustam Inoyatov領導下的國家安全部策劃的,分析人士還懷疑2004年發生在塔什干和布哈拉的系列爆炸事件是由國家安全部策劃的,襲擊針對的是內務部。  “伊扎布特”組織主要領導人Dilyor Jumabayev在卡拉蘇接受的採訪中聲稱在2005年2月烏茲別克國家安全部的特工向伊扎布特成員提供資金以推翻安集延地方政府。Dilyor Jumabayev說“我們拒絕了這一要求。他們聲稱他們對卡里莫夫政權感到厭倦。但我們說即使卡里莫夫被推翻了還會有另一個卡里莫夫上臺。我們說這種行為給是罪惡的,我們也沒有參與到這一事件。”  之前被軟禁的Obidov之後被關押在塔什干。在2006年10月13日,卡里莫夫用納曼幹州內務部領導人Akhmad Usmanov接替了Begaliyev。
安集延屠殺事件發生於2005年5月13日,烏茲別克內政部和國家安全域性軍隊對烏茲別克安集延的抗議民眾開火掃射。死亡人數說法紛歧:從烏茲別克官方所統計的187人,到5000人死傷均有估測,而據大部分國外報導約為數百人不等。一名烏茲別克特務機關的逃兵則宣稱死者高達1500人。據傳,遭屠殺的死者屍體現被掩埋於亂葬崗。