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  自1901年以來,瑞典探險家斯文·赫定、英國考古學和探險家斯坦因等在中國尼雅、樓蘭等地進行調查發掘,並帶走大量漢晉簡帛文書,八年後國人才輾轉得知此事。羅振玉寫道“光緒戊申(1908年),予聞斯坦因博士訪古於我西陲,得漢魏簡冊載歸英倫,神物去國,惻焉疚懷”,同時文物被收藏海外後“典守森嚴,不殊祕閣,苟非其人,不得縱覽”。於是,羅振玉設法通過伯希和與整理這批簡牘的沙畹建立了聯絡,沙畹允諾簡牘整理好後,即提供文書寫本。辛亥革命後,羅氏雖身在日本,但仍惦念簡帛一事,1912年再次向沙畹催問,終於在1913年得到手校稿本。經三子羅福萇翻譯,重新按內容分類,與王國維分任考釋,於1914年出版近代簡牘學的奠基之作——《流沙墜簡》。  1930年,斯文·赫定與以沈兼士為首的中國學者合作,組成中瑞西北科學考查團,一起在甘肅附近考察。1930年4月27日至1931年3月27日,考查團成員貝格曼(Folk Bergman)在11個月的時間裡沿額濟納河流域踏查了南北250公里,東西60公里的範圍,發現古遺址410多處,其中在30個地點出土漢簡。共出漢簡10085枚。1931年5月下旬,這批漢簡運抵北平。抗日戰爭期間,為躲避戰火,1937年年底運往香港,在香港大學經歷了3年再整理的過程,於1940年8月4日運往美國國會圖書館暫存,1965年10月21日運至臺灣,現由中央研究院歷史語言研究所典藏。  由於漢代時紙張數量有限,居民仍習慣在竹木上寫字,多為木簡,少數為竹簡,居延漢簡書體為隸書章草,內容多為修築邊塞、兵制、屯田、置亭燧所遺屯戍文書,也論及市易,如《居延漢簡甲乙篇》記有“用馬五直二萬”,“其平宗馬直七千”的記載。居延漢簡紀年簡最早者是漢武帝太初三年(前102年),最晚者是漢靈帝建寧二年(169年)。居延漢簡是王國維所稱的二十世紀初中國學術界四大發現(另外三個分別為殷墟甲骨文、敦煌藏經洞文書、故宮明清檔案)之一。  甘肅省文物部門分別於1972、1973、1976、1980、1982年對居延遺址進行過5次調查,於1973-1974年、1986年進行過正式發掘。1972年秋,居延調查組沿黑河(額濟納河)進行了踏察,獲得漢簡800多枚。1973-1974年,甘肅省居延考古隊對肩水金關、破城子(即甲渠候官遺址)和甲渠塞第四隧三處遺址進行發掘,出簡19637枚,其中肩水金關11577枚,破城子7865枚,第四燧195枚。1976年,甘肅省博物館考古隊、酒泉地區文化局、額濟納旗文教局共同組成調查組,對額濟納旗境內的漢代城障烽燧遺址進行復查,在卅井塞次東隧採獲漢簡173枚。1982年在破城子採獲漢簡22枚。破城子、第四燧、卅井塞次東隧與其他零星採集簡集合後被稱為居延新簡出版,肩水金關出土的萬餘枚漢簡出版時被稱為肩水金關漢簡,現皆藏於甘肅簡牘博物館。1986年9-10月,甘肅省文物考古研究所對地灣肩水候官遺址進行了搶救性發掘,獲得漢簡700餘枚,尚在整理。1999-2002年,內蒙古自治區文物考古研究所、阿拉善盟博物館、額濟納旗文物所聯合考古隊選擇甲渠候官附近的第七、第九、第十四、第十六、第十七、第十八隧以及甲渠候官東南三十二公里處的察汗川吉烽隧進行了發掘,出土漢簡500多枚,稱為額濟納漢簡,藏於內蒙古自治區文物考古研究所。至此,居延地區前後總共出土漢簡32037枚。其中1973年在肩水金關的關城遺址發掘出《永始三年詔書冊》,在甲渠侯官遺址出土了《塞上烽火品約》木簡17枚。
居延漢簡是指1930年在內蒙古居延地區的城障、烽燧、關塞遺址發掘出的一萬餘枚漢簡,別稱居延舊簡。之後,於1972年至1982年間,又在居延地區發掘出土兩萬餘枚漢簡,依出土地點分別稱作居延新簡,肩水金關漢簡,額濟納漢簡。