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  世界魚類資料庫的歷史可追溯到1970年代,當時魚類學家丹尼爾·波利正在研究魚類的增長是否與其魚鰓的形狀有關係。他的假設只有在能夠用大量資料測試時才能驗證。但當時的資料都散佈於海量的文獻之中,要想得到極其困難。波利便想將所有資料集合在一起建立一個資料庫,令科學家可以方便地探求。如果資料可以保證準確無誤,那麼其功效將非常之大。  波利僱傭了溫妮·佛羅伊斯,在1988年將他們想要的資料庫軟體編碼成功。該資料庫最初只收集熱帶魚類資料。隨後擴大到所有的有鰭魚,1996年8月登陸全球資訊網。現在已經是世界上最大的魚類資料庫。1995年,其第一張CD-ROM以“FishBase 100”為名釋出,隨後每年都有釋出CD。該軟體只能在微軟視窗的Microsoft Access上執行。  魚類資料庫只收整合年魚類資訊,並不包括幼年及將近成年的魚類。1999年仔魚資料庫成立, 其蒐集範圍包括魚類浮游生物、魚卵和幼魚,彌補了世界魚類資料庫的不足。受魚類資料庫激勵,其他的非魚類資料庫也開始成立,包括2006年成立的SeaLifeBase。

  隨著知名度不斷提高,世界魚類資料庫吸引了超過兩千名貢獻者和合作者。2000年開始世界魚類資料庫開始由九個國際機構組成的聯合會來監管。基爾亥姆霍茲海洋研究中心則成為其間的協調者。
世界魚類資料庫(英語:FishBase)是一個為蒐集魚類資料而創立的全球物種資料庫。是世界上最大也是訪問最頻繁的魚類資料庫。很多學術文獻都有引用該資料庫的資料。