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  太平洋製藥公司的宣傳部部長多胡,因為在他電視臺的「世界驚異系列」收視率不佳,試圖在索羅門群島的法魯島採訪巨大魔神—金剛。另一方面,聯合國派出特勘隊搭乘核能潛艇,探查海上發光的冰山,不料正面撞上了那發光的冰山,而發光冰山突然崩裂,原子大怪獸-哥吉拉出現,並且摧毀聯合國的艦艇,艦艇上的各國聯合大使全數罹難。此後,哥吉拉登陸了,不但破壞了北極基地,更朝向日本接近。而多胡派出的探員櫻井和古江在法魯島已經找出金剛的行蹤,但卻差點成為島上土著人民的獵物,經過協調酋長才勉為其難讓兩人留下。  當晚古江因不適熱帶氣候而發高燒,在旁照顧他的酋長兒子想到海邊茅屋拿些紅果汁給古江喝,卻不料碰上巨大的八爪章魚突然出現襲擊村民,在所有人面臨危機之刻,魔神金剛被喚醒,並出現打跑章魚怪,後來村民為了安撫金剛,讓其喝下紅果汁後,在歌聲的催眠下,金剛便沉睡了過去。多胡搭乘第二新盛號船和櫻井及古江會合,準備把金剛一起運回到日本。  此時,櫻井的妹妹-美子得知男朋友藤田所搭乘的船隻在海外失事,當晚準備搭乘火車前往最接近罹難點的鬆島灣。在這途中,列車行駛地區正巧遇上哥吉拉登陸的地區,因為哥吉拉的步步逼近,整臺列車被迫停駛,乘客們紛紛下車逃命。而美子因趕不上避難運輸車,被遠遠的拋在後方,眼看著運輸車揚長而去。就在這時候,大難不死的藤田也駕駛吉普車來到此地,及時解救美子。  隔天,第二新盛號船在運輸途中,金剛突然驚醒,眾人情急之下引爆承載金剛的竹筏上的炸藥,金剛沉入海中。之後金剛從那須原登陸,以動物與動物之間的感應本能朝哥吉拉而去,此時的金剛和哥吉拉碰頭,展開了一系列的大對決,起初金剛因害怕哥吉拉所吐之高溫熱線,稍稍落敗。此後,哥吉拉繼續往東京方向前進,但由於四周都是高壓電塔,害怕電流的哥吉拉只好沿著周邊移動,一直到富士山。  當晚,金剛來到東京並大肆破壞,它推倒了高壓電塔,並吸收了電能。此時一輛列車經過,剛好是美子乘坐在其中,金剛攔截了列車並抓走美子,到東京國會大廈停了下來,防衛隊發射多胡從巴魯島帶回來的麻醉劑-紅果汁,並由櫻井拍打當地原住民的鼓,使金剛又昏睡過去。後來他們運用藤田製作的特殊纖維的繩子,綁著金剛運送到哥吉拉出現的地點,此時金剛也甦醒了,遇上哥吉拉展開一番激戰。  打鬥過程中金剛一直被哥吉拉壓倒性的攻勢打得節節敗退,直到下了一陣雨促使金剛體內的電能引發,利用電流攻擊的金剛才得以反敗為勝,最後雙方激烈扭打,波及了熱海古城使之倒塌,到最後雙雙不慎落入海中。出片刻後只見金剛浮出水面,櫻井在直升機上用無線電詢問重澤博士是否要留住金剛?博士則說讓其回去,畢竟它懷念它的島嶼,之後金剛帶著勝利自己游回巴魯島。  影片最後,重澤博士語出驚人的表示:「我不知道哥吉拉是否死了?但我認為人類也應該學習適應大自然的生命力!」這句話點了出了世人的盲點。
《金剛對哥吉拉》(日文原名:キングコング対ゴジラ)是1962年8月11日上映的日本電影,哥吉拉系列電影的第3部作品,也是東寶創立30週年的記念作品。此片奠定了「大怪獸對決」的日本怪獸電影風格,上映時正好是日本電影的高峰期,日本觀眾人數達到1255萬人,為哥吉拉歷代作品裡最高票房。