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  清崇德元年(1636年),皇太極創立「蒙古衙門」(,轉寫:Monggo jurgan),崇德3年(1639年),擴編為「理藩院」;隨著帝國疆土日漸擴張,理藩院成為管理蒙古、西藏、青海、新疆以及西南少數民族事務的行政機關,併兼理對俄羅斯帝國的事務。順治16年(1659年),禮部尚書(今外交部長)兼管理藩院事務,兩年後理藩院官制又與六部同位階。光緒32年(1906年),因清末新政的改革官制,理藩院改為理藩部。  1912年中華民國成立後,曾短暫續設理藩部。1913年北洋政府成立後,改由在北京的內務部蒙藏事務處接替;隨後該處陸續改製為蒙藏事務局、蒙藏院。在北京成立蒙藏學校。  1928年6月,國民革命軍北伐攻入北京。7月11日,國民政府將蒙藏院改製為蒙藏委員會,隸屬行政院。1929年2月,蒙藏委員會成立。1936年2月10日製定《》,開始管理西藏與蒙古的藏傳佛教喇嘛轉世相關事務。  抗日戰爭爆發後,蒙藏委員會隨國民政府輾轉遷徙,抵達重慶。1945年抗日戰爭結束後,蒙藏委員會隨國民政府移回南京。  1949年夏,中華民國政府在第二次國共內戰中不斷退敗。1949年7月8日,噶廈政府通知蒙藏委員會拉薩辦事處代處長陳錫璋,噶廈政府決定驅逐辦事處所有人員,是為第二次驅漢事件。第二次國共內戰後,蒙藏委員會隨中華民國政府遷往臺北。  1993年2月蒙藏委員會在七世章嘉在臺駐錫地原址臺北市青田街設立「蒙藏文化中心」(今蒙藏文化館)。 2017年8月14日,行政院宣佈不再編列預算,預計同年年底前依據〈行政院功能業務與組織調整暫行條例〉先以行政命令將蒙藏委員會停止運作,相關業務改由文化部與行政院大陸委員會承接,預將於年底正式裁撤。8月17日,行政院院會通過《蒙藏委員會組織法》廢止案,廢止案經立法院審議通過,將由行政院大陸委員會承接蒙藏會的情勢搜整與研判業務(共六員),並和外交部負責與政治相關的部分。同年9月15日,文化部在蒙藏委員會原址成立「蒙藏文化中心」,承接蒙藏委員會文化相關業務與大多數蒙藏會人員,蒙藏委員會官網公告改連往文化部蒙藏文化中心網頁,蒙藏委員會臉書專頁則將更名為「蒙藏文化館」。同年11月28日,立法院三讀通過《蒙藏委員會組織法》廢止案,於12月13日正式公佈廢止,蒙藏委員會走入歷史。
蒙藏委員會,簡稱蒙藏會,是中華民國曾經存在的行政院所屬部會,主管對蒙古族和藏族交流及其他有關蒙藏各項事務。建國之初就已成立,1928年升格為行政院所屬部會,2017年9月15日裁撤後業務陸續交由文化部、外交部與大陸委員會承接。