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  在「美洲自由貿易區」發展的每一階段都曾遇到排山倒海的反對運動。由退休人士、勞工團體、環境學者、人權鬥士及和平鬥士聯合組成的團體,加上熱心人士,都曾在倡議「美洲自由貿易區」的兩次大型會議期間表達抗議。  反對「美洲自由貿易區」最力的就是委內瑞拉總統查韋斯,他曾將「美洲自由貿易區」描述成為美國剝削拉丁美洲的「併吞計劃」和「帝國主義工具」。查韋斯大力促銷仿效歐盟模式(首先強調能源和基礎設施的協定,逐步延伸到其他領域,最後達成會員國之間包括經濟、政治和軍事的完全統合)的「美洲波利瓦替代協議」,用以對抗「美洲自由貿易區」計劃。  此外,玻利維亞總統莫拉萊斯亦將美國幕後支援的「美洲自由貿易區」比擬為一項「使美洲殖民地合法化的協定」。  另一方面,巴西總統盧拉·達·席爾瓦和阿根廷總統內斯托爾·基什內爾曾表態他們不反對「美洲自由貿易區」,但是他們要求協定內容必須包括廢除美國的農業補貼,有效的進入外國市場,以及更進一步考慮成員國的需要和敏感性。  美國提出之條約最常引發爭論的議題之一就是關於專利權和版權。批評家聲稱若實現和採用美國提出的措施,將會阻止拉丁美洲的科學研究,引起更多的不平等及對已開發國家技術上的依賴。關於專利權議題,批評「美洲自由貿易區」的若干人士,例如加拿大民族主義者Maude Barlow,曾指控美國企圖取得拉美製造發明的專利。在加拿大人理事會(Council of Canadians)網站上,Maude Barlow寫道..「這項協定明訂出關於專利權、版權和商標可實施的全球規章。已經遠超過保護原始發明或文化產品的最初範圍,而現在允許取得動、植物形式以及種子專利權的實踐。促進了民營公司的私人權利,超越地方社群和他們的遺產和傳統醫藥。」
美洲自由貿易區(英語:Free Trade Area of the Americas,FTAA;西班牙語:Área de Libre Comercio de las Américas,ALCA;葡萄牙語:Área de Livre Comércio das Américas,ALCA),指為消除或降低在美洲所有國家之間貿易壁壘的草案協議。最近一輪迴合談判,2003年11月來自34個國家的經貿部長在美國邁阿密召開會議討論這一提議。這項草案是美國、加拿大及墨西哥之間北美自由貿易協定的擴充套件。反對建立這一市場者包括古巴、委內瑞拉,以及後來的玻利維亞、厄瓜多、多明尼加和尼加拉瓜,這些國家以加入「波利瓦爾美洲國家替代計劃」(Bolivarian Alternative for the Americas)作為迴應;而阿根廷、智利和巴西不強烈反對,但也不支援。