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  美國長期在巴拿馬運河區建立了眾多軍事基地,並保持大量駐軍。1977年9月7日,美國總統吉米·卡特與巴拿馬事實上最高領導人奧馬爾·托裡霍斯將軍簽訂巴拿馬運河條約。條約規定,美國將於2000年轉交巴拿馬運河的控制權給巴拿馬。雖然巴拿馬政府將對運河實施管理權,但美軍軍事基地仍將保留,而且美國要求運河對美國船隻開放作為轉交控制權的條件之一。在條約簽訂時期,美國與巴拿馬的諾列加將軍保持著良好的關係。諾列加自1967年始就向美國中央情報局提供情報。  1983年諾瑞加透過政變迫使當時軍事領導人魯文·達里奧·帕雷德斯(Rubén Darío Paredes)退休,自任國防軍總司令,實際掌握軍政大權。1989年5月總統大選開票統計結果,反對黨聯合推舉之總統候選人吉列爾莫·恩達拉獲得選舉勝利,但諾列加宣佈選舉無效,同年9月美國對巴拿馬實行經濟制裁,12月15日諾列加宣佈巴拿馬與美進入戰爭狀態,自任國家元首。  1989年12月20日,以保護美國僑民,保護民主選舉和打擊販毒的名義(巴拿馬當時為國際販毒的一大洗錢中心),美國總統喬治·赫伯特·沃克·布什下令兩萬七千名美軍展開對巴拿馬代號「正義之師作戰」的軍事行動,以推翻諾列加的軍事獨裁政權,讓在之前選舉中勝選的恩達拉就任總統。

  

  當地時間12月20日凌晨1點鐘,美國開始軍事入侵巴拿馬時。此次行動總共有27684名美軍和300多架飛機參加。而他們面對的是總數為16000名士兵的巴拿馬國防軍。美軍行動的首要目標是佔領戰略設施。美軍在攻擊巴拿馬國防軍的總部時,引發了一些火災,令巴拿馬市中心的大部分毗鄰地區和人口稠密的居民區被嚴重燒燬。據目擊者說,這些火災是美國士兵故意放火焚燒的,為的是迫使巴拿馬國防軍軍人離開藏匿地方。  美國陸軍、空軍、海軍和海軍陸戰隊參加了正義之師作戰。地面部隊由第5步兵師的第6步兵團,第18空降團,第82空降師,第7步兵師,第75遊騎兵團,一個聯合特別行動隊,密蘇里州國民警衛隊的第1183憲兵連,第193步兵旅,第805步兵團,第539工兵營和第二輕型裝甲偵察營等部隊組成。  巴拿馬國防軍擊落了兩架美軍特種作戰直升機,並迫使一架AH-6輕型偵察直升機墜落在巴拿馬運河裡。  在戰鬥開始後的幾小時,巴拿馬反對派政治人物恩達拉在美國羅德曼海軍基地宣誓擔任巴拿馬新總統。諾列加見大勢已去,便逃入梵蒂岡大使館。數日後,他也向美軍投降。  諾瑞加於1990年1月3日向美軍投降,結束了在巴拿馬21年的軍人獨裁統治。諾列加投降後立刻被押往佛羅里達州,面臨被起訴和被關押。

  隨後,美國政府協助巴拿馬重新施行選舉,並聲稱重新給予當地媒體言論自由和新聞自由,國家管理權漸漸和平過渡到號稱公民政府的反對派政治人物手中。

  1999年12月31日,美國政府將巴拿馬運河所有土地、建築、基礎設施和所有的管理權都交還給巴拿馬,巴美間的衝突終於和平結束。巴拿馬現時是巴拿馬運河的管理國,在太平洋和大西洋的商業界都有一定的影響力。
美國入侵巴拿馬是美國在1989年12月對巴拿馬發動的入侵行動,美國對此一行動的代號為「正義之師行動」(Operation Just Cause)。巴拿馬運河條約簽訂後十年,即1989年12月,喬治·H·W·布什總統在任期間,美國海軍陸戰隊和陸軍突擊隊突襲巴拿馬,迅速贏得勝利,並且俘虜了當時巴拿馬的事實上最高領導人、獨裁者曼紐爾·諾瑞加,解散了巴拿馬國防軍。