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  在1990年,俄羅斯阿穆爾州正在興建赤塔到哈巴羅夫斯克的高速公路時,遠東礦業資源機構的Vladimir A. Nagorny在昆杜爾鎮(Kundur)的建築工地發現一些恐龍化石,他將化石挖出、收集起來,交給古生物學家尤瑞·波奴特斯基(Yuri L. Bolotsky)。自從1999年起,昆杜爾鎮開始大規模的挖掘活動。當地除了發現大量的扇冠大天鵝龍化石,還發現一些關節脫落的櫛龍亞科化石。  正模標本(編號AENM 2/921)是一個關節脫落的部分頭顱骨,包含:腦殼、兩個方骨、鱗狀骨、眶後骨、額骨、頂骨。除了正模標本,還發現兩個顴骨、上頜骨、鼻骨、眶後骨、方骨、一個部分腦殼、齒骨、肩岬骨、胸骨、肱骨、尺骨、橈骨、一個接近完整的骨盆與相連的薦骨,這些標本可能來自於不同於正模標本的個體。正模標本與其他標本目前都交由阿穆爾州自然歷史博物館儲存、管理。  研究人員發現這些櫛龍亞科化石具有同質性,應該來自於相同物種,而非來自於兩個以上物種。在2012年,帕斯卡·迦得弗利茲(Pascal Godefroit)、尤瑞·波奴特斯基等人將這些化石進行敘述、命名,模式種是納氏昆杜爾龍("K. nagornyi")。屬名意為「昆杜爾鎮的蜥蜴」;種名則是以發現化石挖掘地點的Vladimir A. Nagorny為名。

  研究人員在命名昆杜爾龍時,列出牠們的四個自衍徵。鼻骨側邊有明顯的厚稜脊,其末端延伸至鼻骨的後端骨板。肩岬骨的近側後壁略呈橫向,與偽肩峰突互相平行。腸骨的前髖臼突筆直,而朝下側偏斜到160度,但沒有延伸到腸骨與恥骨骨幹所構成的平行線。腸骨的後髖臼突形狀扭彎,因此其側邊逐漸朝向腹背方向。

  研究人員根據所屬地層中的沃氏粉屬("Wodehouseia spinata")、鷹粉屬("Aquilapollenites subtilis")花苞顆粒,提出其地質年代可能屬於馬斯特裡赫特階晚期,約6700萬到6550萬年前。  在俄羅斯遠東地區、中國東北地區,目前已發現四個產量豐富的恐龍化石挖掘地點,例如中國黑龍江省的烏拉嘎鎮、嘉蔭縣,都屬於漁亮子組;在俄羅斯則有阿穆爾州的昆杜爾鎮、布拉戈維申斯克,兩者都屬於Udurchukan組地層。在這四個挖掘地點,恐龍化石大部分由賴氏龍亞科所構成,例如:嘉蔭縣的卡戎龍與一些無法明確鑑定的滿洲龍化石、烏拉嘎鎮的黑龍江龍("Sahaliyania")、布拉戈維申斯克的阿穆爾龍、昆杜爾鎮的扇冠大天鵝龍。  除此之外,當地還是有發現不屬於賴氏龍亞科的鴨嘴龍類恐龍化石,但數量較少,例如:嘉蔭縣的阿穆爾滿洲龍("M. amurensis")與克氏櫛龍("S. kryschtofovici")、烏拉嘎鎮的烏拉嘎龍、布拉戈維申斯克的克貝洛斯龍、昆杜爾鎮的昆杜爾龍與分類不明的阿爾哈拉路龍。

  迦得弗利茲等人在命名昆杜爾龍時,提出種系發生學分析,將昆杜爾龍歸類於鴨嘴龍科的櫛龍亞科,屬於包含埃德蒙頓龍族(Edmontosaurini)、櫛龍族(Saurolophini)在內的小型演化支,可能是克貝洛斯龍的姊妹分類單元。  根據Prieto-Márquez的2010年研究,埃德蒙頓龍族是櫛龍族、格里芬龍與其近親的姊妹分類單元。而迦得弗利茲等人則認為埃德蒙頓龍族與櫛龍族形成一個小型演化支,不包含格里芬龍。昆杜爾龍在這個演化支的正確位置仍未定論。迦得弗利茲等人發現昆杜爾龍可能是克貝洛斯龍的近親,兩者都生存於相近地區;他們一度推論昆杜爾龍有可能是克貝洛斯龍的第二個種。然而,兩個屬之間的共有衍徵較少,重複、可互相比較的化石材料只有部分頭顱骨。藉由這些重複部分,研究人員發現昆杜爾龍的頭顱骨較長,上頜骨的背側突較粗壯,鼻骨往下彎曲幅度較大,方骨相對地較高、較粗厚,外枕髁的側邊有明顯、傾斜向的稜脊。除此之外,克貝洛斯龍的額骨明顯地較狹窄、沒有接觸到眼眶邊緣,頂骨與額骨接觸的部分凹陷,顎突呈鉤狀。根據上述差異,昆杜爾龍不是克貝洛斯龍的弟二個種。  以下演化樹來自於迦得弗利茲等人的2012年研究:
昆杜爾龍屬(屬名:)是鴨嘴龍科櫛龍亞科恐龍的一屬,生存於白堊紀晚期的西伯利亞,可能是馬斯特裡赫特階晚期。在俄羅斯阿穆爾州與中國黑龍江省的數個挖掘地點,恐龍化石主要由賴氏龍亞科所構成,少數是櫛龍亞科化石,昆杜爾龍是其中之一。昆杜爾龍可能是克貝洛斯龍的姊妹分類單元,兩者都生存於相近時代的阿穆爾州。