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  劇情接續紅色警戒2,與紅色警戒2:尤里的復仇互為平行時空,由於洛馬諾夫主席被盟軍逮捕,蘇聯即將面臨潰敗亡國的危機,但在這時候蘇聯的科學家澤林斯基成功研發時間機器,於是蘇聯領導人用時光機回到1927年,在布魯塞爾國際物理會議時把愛因斯坦從時間中消去,盟軍就這樣失去了例如光稜科技、天氣控制機等的科技優勢(沒有愛因斯坦的理論質能等價便沒有原子彈),蘇聯成功扭轉局勢,避免了崩潰,甚至當蘇聯領導人回到正常的時間時,蘇聯,已經快要征服整個歐洲了。但對於過去的改變通過蝴蝶效應使得之後歷史發生了天翻地覆的變化,直接造成了一個全新強大的勢力:昇陽帝國(即日本或大日本帝國)的崛起。昇陽帝國對蘇聯和盟軍不宣而戰,企圖實現他們的“天命”——即征服全世界。

  在蘇聯戰役中,玩家成為蘇聯的一名新指揮官,其首要任務是將昇陽帝國的侵略軍從蘇聯領土上驅逐出去。首先是保衛列寧格勒,並擊敗昇陽帝國的海軍艦船,同時在卡斯納第45號地區(一個建造有衛星發射設施的虛構地區)攔截偷襲莫斯科的昇陽帝國軍隊。前兩場戰爭全部告捷,但是蘇聯資深指揮官尼科萊·庫可夫將軍稱戰爭打贏是由於他自己的功勞,企圖奪得蘇聯部長會議主席(總理)的信賴,卻沒有得逞。隨後,玩家和一名空軍女將領夏娜一同奪回被昇陽帝國佔領的、距離帝國本土較近的海參崴海軍基地。  在初步擾亂昇陽帝國的進攻計劃後,一名反共主義思想極其嚴重的美國總統霍華德·阿克曼當選,並發表演講,正式對蘇聯宣戰。蘇聯高層意識到了有了美國支援之後的盟軍將開始新一輪的猛攻,且戰鬥力會大大提升,於是蘇聯總理將玩家及坦克指揮官歐列格派往日內瓦前線偷襲盟軍的軍事基地,希望奪得先機。玩家完全殲滅了當地的盟軍,這進一步加大了庫可夫將軍對玩家的不滿,他在主席面前不斷地貶低玩家的作戰能力,但主席沒有反應。庫可夫將軍對玩家的不滿上升到了巔峰。總理髮現盟軍在米科諾斯島上擁有研究某種新武器的設施,玩家又被派到那裡來阻止盟軍的企圖。玩家成功佔領了研究中心,並且擊敗了盟軍的增援部隊。正當此役時,查丹科總理遭到不明人士襲擊並受傷(其實該刺殺事件是查丹科自導自演,用以陷害庫可夫)。  在此之後,玩家再次和庫可夫將軍合作,一同襲擊位於冰島的馮·埃瑟林空軍基地。在這場戰役中,玩家抵禦了盟軍的一波波空襲,並且摧毀了盟軍的前線基地。庫可夫將軍以作戰為名在玩家手中攫取了大量資金。與此同時,查丹科主席發來訊息稱:前一段時間的暗殺事件乃庫可夫將軍所為,並告訴玩家庫可夫已經叛變,要求玩家剷除庫可夫將軍,並授權玩家使用基洛夫飛船,玩家遵從了查丹科總理的指令,消滅了庫可夫將軍和他的部隊。  在庫可夫之死和空軍基地的毀滅之後,蘇聯發動了對日本本土的戰爭,玩家親自指揮了在富士山天皇宮的對昇陽帝國天皇芳朗的刺殺行動。殺死天皇后,帝國三軍的代表指揮官也被擊敗,在此役後,昇陽帝國已無法“迴天”。然而,在此戰之前,發明改變蘇聯命運的時間機器的澤林斯基博士私自通知玩家,並告訴玩家改變歷史的真相,但是在訊號中途被查丹科總理切斷,澤林斯基博士也再沒有出現過(有可能在事後遭到肅清,對應盟軍劇情也可能已經逃亡至盟軍)。  其後查丹科總理命令玩家前往復活節島,負責保護蘇聯與盟軍和談的大使(實際上和談只是騙局,查丹科總理企圖以此引誘並殲滅盟軍高階將領)玩家聽從總理的命令,擊敗了當地的盟軍。正當一切塵埃落定時,查丹科總理突然稱玩家已沒有利用餘地,並想除掉玩家。幸運的是,玩家成功摧毀了總理所在的復活節島火山要塞,並且殺死了總理。  在此戰之後,蘇聯已經統治了大半個世界,最後將矛頭指向美國紐約。玩家和另外一名指揮官尼可萊·莫斯克文配合入侵紐約,首先切斷了當地的供給線,並摧毀了布萊德利要塞,同時建造了新的基地,成功在紐約站穩了腳跟。在玩家毀滅性的進攻下,自由女神像倒塌了。玩家完全擊敗了盟軍,並且成為了蘇聯以至全世界新任總書記,一個新的“紅色世界”建立了。

  在盟軍戰役中,玩家會成為盟軍的指揮官,盟軍在歐洲節節敗退,蘇聯幾乎佔領了整個歐洲——除了英國外。故盟軍決定死守布萊頓海岸,玩家在指揮官吉爾利斯·皮斯幫助下,成功擊退了庫可夫率領的部隊。然後,盟軍決定解放法國的戛納,玩家在譚雅、間諜和指揮官華倫·富勒的幫助下,盟軍保護了法國的高階官員併成功打敗了蘇聯指揮官尼可萊·莫斯克文。  再後來,盟軍決定解放德國的海德堡,玩家在指揮官利塞特·漢莉幫助下,摧毀了蘇聯的鐵幕裝置和被鐵幕裝置保護的蘇聯指揮所。但就在這時,昇陽帝國開始崛起,並通過浮島要塞佔領了直布羅陀,盟軍將領羅伯特·賓漢決定讓玩家和蘇聯合作打敗昇陽帝國,但這遭到總統反對,但蘇聯和盟軍還是一起奪回了直布羅陀,接著盟軍和蘇聯再次合作,控制了昇陽帝國在北海的浮島要塞,但這時,總統決定消滅蘇聯,於是便去拉什莫爾山啟動終極武器——末日羅斯福,玩家和譚雅一起摧毀了末日羅斯福的控制器並殺掉了總統。  後來,譚雅來報,昇陽帝國將軍將去東京參加會議,盟軍決定讓玩家再次和蘇聯和合作去摧毀昇陽帝國,但蘇聯卻背信了,不過玩家還是驅趕了昇陽帝國。後來,格雷戈爾·賽林斯基博士背叛蘇聯,告訴了盟軍昇陽帝國不該出現的真相,並告訴蘇聯在哈瓦那有所動作,盟軍決定派玩家去哈瓦那探明情況,發現了蘇聯想利用隱藏在運動場裡的基洛夫飛艇去轟炸盟軍的任何一個城市,玩家成功的阻止了他們的計劃,隨後,蘇聯只得退守列寧格勒,部長會議主席託尼·查丹科決定逃亡太空,盟軍決定讓玩家去摧毀列寧格勒的中心要塞,要塞被摧毀後,蘇聯領導人被打入冰牢,最後,全世界恢復了自由,玩家得到情報官伊娃·麥肯娜和譚雅的邀請,美國副總統則繼任總統。

  在帝國戰役中,玩家成為帝國的最新指揮官,在天皇的命令下,開始了征服之旅。首先,帝國在新年之夜進攻了蘇聯沃爾庫塔地區某小鎮,傷亡慘重,機智的指揮官利用了帝國的迅雷運輸艇騙過蘇聯守衛,對其發電廠造成毀滅打擊,最終在帝國的大量步兵的幫助下,擊敗了蘇聯統帥歐列格·凡丁,並摧毀該地雕塑和重創蘇聯海軍。其後,皇太子達郎給了指揮官裝甲部隊,天皇指示要摧毀斯大林格勒“蘇聯之母”雕像,指揮官聯合帝國名將天西賢治擊敗蘇軍,摧毀雕像,使蘇聯人的精神受到重創,並護送了一支祕密的運輸部隊。後來在烏克蘭的敖德薩,指揮官利用打擊者VX護送運輸部隊,在敖德薩軍用倉庫建造了帝國傳奇般的戰神——將軍劊子手,其輕易掃蕩了敖德薩,所到之處蘇軍丟盔棄甲,蘇軍主帥尼克萊·庫可夫僥倖逃脫。  隨後,盟軍偷襲帝國的珍珠港,在指揮官的英勇抵抗下,盟軍被趕走,守住珍珠港了,但天皇大為光火,達郎才知道盟軍玩起了聲東擊西,珍珠港只是佯攻而已,他們的主要目標其實是帝國玄武要塞,然後再借要塞來作為進攻東京的兵站,他們已經從太平洋另一側派MCV偷襲了,達郎急忙命令指揮官去玄武要塞阻截盟軍。最後指揮官利用要塞防禦逐步擊潰盟軍,保住了要塞。為了讓盟軍屈服,天皇讓指揮官開著要塞找盟軍尋仇,更重要的是要控制美國新聞界,在玄武要塞的火力下,指揮官殺上洛杉磯聖莫尼卡海灘,並驅逐盟軍,控制其新聞界。  但天皇的政策終於使得蘇聯和盟軍這兩個死對頭走到了一起,他們聯合對帝國發起了驚天一擊。天皇在透過機械傀儡的美國總統偷聽盟軍領袖和一位蘇聯亡命到盟軍的科學家(也就是澤林斯基博士)的通訊時得知,帝國的堀起只是蘇聯利用時間機器干涉歷史所造成的錯誤時十分震驚,最終導致天皇喪失戰意,並將權力交給了皇太子達郎。起初帝國軍面對盟軍和蘇聯組成的聯軍毫無招架之力,但是指揮官利用百合子奪回基地,並聯合帝國軍隊搗毀蘇盟聯軍的基地,並阻止了盟軍干擾作戰控制連線的舉動。蘇盟聯軍被打退後,達郎決定徹底消滅蘇聯,指揮官的大軍殺向莫斯科,將軍劊子手再次登場,指揮官利用它砸爛了蘇軍防線並拆了克里姆林宮,蘇聯部長會議主席查丹科試圖保住時間機器,於是用雙刃直升機將其運走,不料指揮官早有防範,直升機被攔截並擊落,隨後,蘇聯徹底滅亡。  蘇聯毀滅後,盟軍龜縮在阿姆斯特丹港,由於盟軍最大的支持者未來科技公司在該處,帝國傾巢而出,準備殲滅盟軍,在指揮官解除盟軍的空中優勢後,蘇聯博士澤林斯基帶領碩果僅存的蘇軍前來幫助盟軍,並用鐵幕保護了未來科技公司總部,但指揮官仍然殲滅了盟軍,並最後與澤林斯基的蘇軍決戰,在決戰後,蘇聯全軍覆滅,未來科技公司大樓倒塌,盟軍沒落,帝國征服了全世界達成了「天命」,而指揮官則成為了終極將軍(徵夷大將軍),並受到帝國情報官的愛慕。

  

  西歐及北美發達國家組成的國家聯盟,因為愛因斯坦的消失而失去了不少戰略科技武器,現在盟軍的科技多由未來科技公司提供。紀律嚴明而機動能力強是盟軍的優勢,擁有超時空科技的優勢,他們目前正積極抵禦俄軍的進軍。

  在原來的時空處於崩潰邊緣,但因賽林斯基成功研製出時間機器,蘇聯得以殺死愛因斯坦並進而扭轉局勢,卻因而引來了新的敵人——昇陽帝國。雖然沒有了核科技,但擁有磁爆科技的俄軍實力依舊強勁,厚實的裝甲和強大的破壞力仍是俄軍軍隊的特色。

  在蘇聯丶西方盟軍交戰的大環境下,日本暗地裡積極發展奈米科技,最終以「昇陽帝國」的名號出現在世人面前。帝國軍隊有著強烈的民族情感,認為征服世界是昇陽帝國的「天命」,且軍民絕對服從他們眼中的神——日本天皇。而為了實現這一目標,他們甚至可以毫不猶豫地獻出自己的生命。帝國軍隊配備著許多常人難以想像的科技武器,再加上他們對「天命」執著,使昇陽帝國成為這次世界大戰非常難纏的新勢力。

  遊戲在理念和兵種上大幅繼承了前作紅色警戒2,但加入了許多新穎的要素。  遊戲的基本理念依然為採集礦石換取金錢,消耗金錢建立建築物和啟用科技,並生產防禦工事或陸軍、海軍、空軍等投入戰鬥,以獲得勝利。在任務模式中,完成相應的任務目標為勝利;在遭遇戰中,則將敵人的所有建築物(不包括防禦工事)摧毀即獲勝利。  金錢可以通過幾個方法收集。最重要依然是在礦脈建立採礦場,使用礦車採集礦石取得金錢,和前作不同,本作不能通過建立多個礦廠和採礦車來提升採礦速度,一個礦脈只能同時容納一架採礦車進行採礦。玩家也能通過佔領地圖上的科技鑽油井獲取持久的收入。半價出售自己的建築物和收集隨機出現的箱子也可以得到一些金錢。蘇聯還可以使用起重機以七五折回收車輛或艦船。  和前作一個重要革新就是所有單位均有特殊技能。一部分單位的特殊技能是在兩種武器之間切換(比如蘇軍步兵可在步槍和燃燒瓶間切換,切換後就持續使用新的武器)或者在兩種形態之間切換(如昇陽帝國一部分載具或防禦能在對地/對海和對空模式轉換);另一些單位則是在常規武器之外,可使用特殊技能作為附加的武器使用(如盟軍的冰凍直升機平時的武器為冰凍功能,特殊技能可以對一個車輛或艦船單位進行縮小使其可以快速移動但對其他單位造成的傷害減小並容易被碾壓。但使用一次後在冷卻時間結束之前無法再次使用,而只能使用常規的冰凍功能)。大部分特殊技能均需要冷卻時間。

  在臺灣首賣活動中發售的《終極動員令:紅色警戒3》限量版中已包含了《終極動員令:紅色警戒3》的音樂原聲帶。共44首:

  蘇維埃進行曲是以合唱為主,極富蘇聯特色,不同於地獄進行曲以軍國主義符號為主。而有遊俠網NETSHOW討論區的網友重新制作了歌詞,重塑了蘇聯的形象。當然,也有很多人喜歡原歌詞。 目前《蘇維埃進行曲》出現了女聲版和鋼琴演奏。女聲版為資料片《起義時刻》蘇聯的主題曲。

  遊戲以日本為原形的昇陽帝國作為第三方陣營在東亞引起了爭議。部分韓國人指責此舉是在美化二戰中的日本。

  預告片裡使用了名句『All your base are belong to us』。

  美國藝電宣佈於2014年6月30日起關停終極動員令:紅色警戒3在內的50餘款遊戲的對戰伺服器。
為紅色警戒系列於2008年釋出之作品,美商藝電於2008年2月15日宣佈推出PS3、XBox及個人電腦3種版本,在官方預告片中表示本遊戲於同年10月推出。2008年7月中旬,美商藝電宣佈中止PS3版本的開發,並且撤出開發人員,其理由是“PS3異乎尋常難以開發,紅色警戒3的引擎當初未考慮PS3”;但是在個人電腦版本發售一段時間後,美商藝電又宣佈恢復其PS3版本的開發。同年7月29日,美商藝電釋出《終極動員令:紅色警戒3》的電腦測試版本,正式版本在同年10月28日起發售;首部資料片《終極動員令 紅色警戒3:起義時刻》則於2009年3月推出。