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  柏林自然博物館位於德國柏林米特區43號。附近的六號地鐵線站於2009年更名為“”。

  柏林自然博物館的前身可追溯到1810年菩提樹下大街的柏林大學建校之初先後建立的三家博物館:解剖學-動物解剖學博物館、礦物學博物館和動物學博物館。大博物館的館藏就是從那時便開始積累的。其中動物學博物館於1809年由博物學家建立。礦物學博物館於1814年建立,是當時德國皇家礦產陳列室的延續。  後來的柏林自然博物館坐落於由德國建築師設計的一座三翼建築中。1889年12月2日,在威廉二世的主持下,新落成的博物館首次對外開放,整合了當時隸屬柏林大學的三個研究型博物館:地質學-古生物學博物館、礦物學-巖相學博物館和動物學博物館。1914年到1917年間又建成了博物館的另一個橫翼。  博物館本身作為柏林洪堡大學的一部分,1945年之前曾名為“柏林弗里德里希-威廉大學動物學博物館”。因其具有跨區域意義,研究工作又牽涉到政府和國家利益,2009年1月1日,柏林自然博物館正式成為一家公法基金會,並被冠名為“自然博物館-柏林洪堡大學萊布尼茨進化及生物多樣性研究所”,成為德國萊布尼茨學會成員。2009年9月24日,博物館成為“洪堡圈”的創始成員之一。

  柏林自然博物館藏品超過三千萬件。其中最著名的藏品是世界最高的腕龍骨骼化石標本——布氏腕龍("Brachiosaurus brancai")。這件化石標本陳列於博物館中央大廳,被評為2012年年度化石。此外,博物館擁有在德國發現的始祖鳥化石:印石板始祖鳥的柏林標本;還有世界上最現代的水生生物收藏館之一,藏有超過276,000個玻璃標本瓶儲存的約一百萬水生生物標本;以及約13萬件鳥類標本,涵蓋了全世界大約90%的鳥類。

  截至2012年,博物館的公共部分大致由以下十二個展區及功能區組成:

  展區將時間與空間聯絡在一起,講述了從宇宙大爆炸到行星形成的過程。陳列廳有數塊隕石,以及太陽系星球的模型和相關資料。展廳周圍有螺旋樓梯,中央高層懸掛有一塊朝下的圓形幕布,放映講述宇宙、星空的短電影,觀者需仰臥向上觀看。

  展區用一些例項展示了自地球形成以來,地球上水圈和岩石圈的變遷,以及有機自然和無機自然之間的複雜關係和相互影響。

  礦物標本展廳保持了19世紀建館時的原貌,參觀者在這裡可以欣賞到超過一千種礦石標本,其中包括亞歷山大·馮·洪堡從俄羅斯蒐集的珍貴礦石。

  這個展區於2007年建成,著重介紹生物進化理論中,決定動植物性狀、行為以及生物多樣性的一些重要機制。具體的例子譬如為什麼孔雀五彩斑斕的尾羽並不是為了飛行,以及為什麼斑馬有黑白相間的條紋。展區有一面長12米、高4米的“生物多樣性牆”,展示了三千件不同動物的標本。展廳內播放的影片從七個基本問題開始,描述了生物多樣性帶給人類思想上的多樣性,並如何使人類本身產生對生命現象的不同觀點。

  展區介紹了以生物為標誌的地質史歷程,以及一些動物族群的發展歷史。展區陳列了大量海洋生物化石,介紹了植物從海洋登上大陸的過程,還陳列了一副大<unk>狳背甲以及大角鹿的鹿角化石。

  展區位於博物館正廳,向參觀者展示了一億五千萬年前,恐龍在東非坦尚尼亞地區的生活環境。展區中央矗立著世界最高的腕龍骨骼化石標本——布氏腕龍("Brachiosaurus brancai")。大廳一角設定了提供的“侏羅紀望遠鏡(Juraskope)”,利用多媒體手段,為參觀者“復活”了展廳中的恐龍。此外,參觀者還可看到叉龍("Dicraeosaurus")、樑龍("Diplodocus")、釘狀龍("Kentrosaurus")異特龍("Allosaurus")、萊託氏橡樹龍("Dysalotosaurus")和輕巧龍("Elaphrosaurus")的骨骼化石。  著名的印石板始祖鳥("Archaeopteryx lithographica")的“柏林標本(Berliner Exemplar)”化石,於1876年在巴伐利亞被發現,亦陳列於此展區。

  1967年,博物館就開始展出有蹄類動物標本。其中部分標本已經有上百年的歷史。當時館方的想法是在數個展廳展出不同動物族群的多樣性以及其間的親緣關係,如今隨著博物館發展,只有有蹄類動物標本展區仍保留了這個概念。  自2012年1月1日起,有蹄類動物標本展區暫時關閉,進行為期近五年的重修。此展廳將被恢復到1889年的原貌,並在2016年左右以新的展覽佈局重新開放。此間,大部分有蹄類動物標本仍將在博物館的其他展廳展出。  除河馬外,此展區的所有展品都是用死去的有蹄類動物通過動物標本剝製術製成的標本。

  此展區位於博物館東翼,建設歷時三年,於2010年正式開放,是全世界最現代的水生生物收藏館之一。展區由巨大的透明玻璃架圍成,超過276,000個玻璃標本瓶儲存了大約一百萬個水生生物標本(多為魚類)。這些標本都參照最先進的安全標準,浸泡在總計近80噸乙醇中 。每天,博物館的科學工作者都要進出這個巨大的收藏館取用標本。

  這個展區主要包括一個“阿爾卑斯山立體透視模型”,以及幾乎所有中歐的鳥類。

  此模型於1918年到1925年間製成,展示了一副一百多年前的阿爾卑斯山麓景象。當時那裡還生活著北山羊、胡兀鷲和棕熊。由於二十世紀初,旅行還並不十分普遍,所以這樣的立體透視模型可以為觀者展示異域景觀。為使景觀模型有立體感,模型的背景被畫在曲折的牆幕上,同時將動植物交錯陳列於前。阿爾卑斯山立體模型具有很高的文化歷史價值。

  此展區用超過300件鳥類標本,展示了幾乎所有中歐的鳥類,包括它們的特徵和生活環境。幾個展櫃中展示了在國際動物標本大賽中獲獎的鳥類標本,包括當年的“年度之鳥”。

  這個小展區展示了由德國模型製作家、動物標本製作家制作的放大15到100倍的常見的昆蟲模型,比如螞蟻、蚊子、蝨子、蒼蠅等。凱勒於1930年到1955年間在此博物館製作了這些模型。在柏林自然博物館慶祝開館200週年時,博物館重新展出了這些模型。

  展區通過不同時期的幾組製作動物標本過程的模型,展示了動物標本剝製術,介紹科學家如何將死去的動物製成皮囊,併為其製作一副人工骨架和軀體。同時也展示了化石標本和礦物標本的製作過程。

  這個區域是為兒童和青少年準備的,目的是讓其在實踐中學到自然科學。如顯微鏡觀察、模擬發掘化石,都可以讓少年兒童體驗到自然科學工作者工作的過程。

  柏林自然博物館目前有幾大研究領域:  具體的研究內容有:  作為一家研究機構,柏林自然博物館會同柏林洪堡大學、柏林自由大學以及波茨坦大學一道聯合培養科學人才。
柏林自然博物館(,或簡稱:Naturkundemuseum),全稱“自然博物館-柏林洪堡大學萊布尼茨進化及生物多樣性研究所(Museum für Naturkunde – Leibniz-Institut für Evolutions- und Biodiversitätsforschung an der Humboldt-Universität zu Berlin)”,別稱洪堡博物館(Humboldt-Museum),位於德國首都柏林,是德國最大的自然博物館(第二大是法蘭克福的森根堡自然博物館)。