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  JR北海道在日本國鐵分割民營化後,自原本的日本國鐵承襲了21條共3,176.6公里長的鐵道路線,113.0公里長的火車渡輪航線(Train Ferry,日文中稱呼為「航路」),與相關的公共汽車路線事業。與JR四國、JR九州同樣,經營北海道這種偏遠地區的公共運輸事業,使得JR北海道先天的營運基礎就很薄弱。為了解決這問題,特別成立了獨立行政法人鐵道建設、運輸設施整備支援機構國鐵清算事業本部(設定當時原稱),由該單位100%擁有JR北海道的股份,而成為股票沒有上市的特殊營運事業體。  在接手之後,JR北海道進行了大規模的路線整頓,包括將所有特定地方交通線在內、共806.1公里長的9條鐵路線廢止,與新增2條共90.4公里長的新線,以及修改特定路線而減少了3.2公里長的距離,使得總路線長度剩下2,457.7公里(2015年4月1日的統計)。其中包括5條幹線共1,327.9公里長,與9條地方交通線共1,129.8公里長。  至於唯一的火車渡輪航線青函航路,則是在青函隧道開通之後,於1988年時廢止。2000年4月1日時,JR北海道將旗下的公共汽車事業全部轉交給子公司「JR北海道巴士」()營運。  2004年12月,JR北海道營運範圍內的第一條新幹線路線——北海道新幹線的建設案確定,預計會帶給JR北海道極大的收益增加。除此之外,JR北海道近年來也積極投入雙模式車輛(Dual Mode Vehicle,DMV,一種可以在鐵軌與路面上兼用的交通工具)的開發,積極改善經營狀況。  在JR拆分出的其他5個鐵路客運公司之中,與JR北海道的經營版圖有直接接觸的,是經營區域位於本州北部的JR東日本。兩家鐵路公司是以位於青森縣的中小國車站為界,在路線經營上是合作很密切的夥伴。在北海道新幹線通車後,與JR東日本所屬的東北新幹線互相駛入對方的路線中,共同與世界上排名前幾的黃金空中航線「東京──札幌」航線作競爭。  經營區域內以山地居多的JR北海道,對於能適應惡劣路型在既有軌道上提升車速的擺式列車投入很多。2006年3月,在與鐵道總合技術研究所(JR總研)和川崎重工業的合作下,推出了新型的混合式車體傾斜系統,結合被動式的自然傾斜機構與主動式的空氣彈簧彈性係數控制功能,可以在提升傾斜角度的情況下,改善乘坐舒適性。但由於2011年石勝線脫線事故等嚴重意外,且財務狀況惡化至無力負擔開發及維護費用下,JR北海道放棄開發新型擺式列車285系,並在2014-2015年間,把261系的車體傾斜系統拆除,而在2015-2016新制的列車更取消了這個裝置。  順應全球性的禁菸趨勢,在2006年3月18日實施的時刻表中,所有在北海道境內起訖的列車,全都改為全禁菸車。而許多由本州駛入北海道的列車,也陸續撤除車廂玄關處的菸灰缸,慢慢達到禁菸化的目的。  事實上,JR北海道經營基礎比JR九州及JR四國還要脆弱得多,當地地廣人稀,夏季與冬季溫差甚大,而冬季嚴寒常伴有暴風雪,加速鐵路基建及裝置老化及損耗,要花費更多人力物力應對,這使JR北海道在維護及營運成本比日本其他鐵路公司都要沉重,社長島田修2016年11月宣佈其經營的一半路線為「難以維持營運線區」。經費不足下,列車及軌道缺乏維護保養,加上企業職場文化不佳,成為JR客運六社中事故率最高者。近年間廉價航空公司興起、高速公路網路完善化、北海道鄉郊地區人口外流情況嚴重,令JR北海道經營狀況更趨嚴峻,陷入瀕臨破產邊緣。  如同其他JR集團的成員,JR北海道也有在轄下的主要車站設定旅行服務中心,並暱稱為「星光廣場」(,Twinkle Plaza)。

  JR北海道除了位於札幌的總公司(本社)之外,還設定有三個分公司(支社),分四個區域共同管理整個北海道地區的所有路線。各分公司的總部與下轄的車輛基地分列如下:

  新幹線: 特急列車: 快速列車: 觀光列車:

  由於北海道地區境內多山,因此鐵路路線崎嶇彎道多是一大特色,針對此點JR北海道大量啟用了擺式列車以提升列車在彎道上的速度。除此之外,由於北海道冬季嚴寒常有暴風雪,札幌、旭川以東路線尚未電氣化,因此JR北海道的柴聯車使用比例也是JR諸社裡面最高的。

  JR北海道旗下設有許多業務方向不同的子公司與和其他單位或企業共同設立的合資企業,其中絕大部分都是與JR北海道本身的營運相關的支援型公司。
北海道旅客鐵道(),經常簡稱為JR北海道、JR北或JR Hokkaido,是日本JR鐵路公司之一,於1987年4月1日國鐵分割民營化後成立,以北海道為營業範圍,屬於第一種鐵道事業者。其企業識別色是淡綠色。