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  史克威爾艾尼克斯由史克威爾和艾尼克斯合併而成。艾尼克斯為存續公司,與史克威爾在2003年4月1日正式合併。史克威爾的普通股以0.85:1的比率與艾尼克斯的普通股兌換。當時史克威爾艾尼克斯職員中,80%為原史克威爾僱員。在合併中,原史克威爾社長和田洋一獲任新公司社長,原艾尼克斯社長本多圭司擔任副社長。艾尼克斯創辦者福島康博現為名譽會長,是公司最大的股東。  對此一般看法是,在電影事業失敗的史克威爾的所做的救濟措施,不過艾尼克斯也被傳出招牌遊戲勇者鬥惡龍系列未發售的該年度營業額減半等收益的不安定面,出版事業牽扯上「御家騷動」而衰退,《勇者鬥惡龍》系列以外的遊戲知名度過低等問題存在;此外艾尼克斯的影響力強在亞洲,史克威爾則在北美、歐洲,在海外事業上做互補與調整發售時程使最終幻想系列和勇者鬥惡龍系列避免衝突同來確保收益等;為準備迎接線上遊戲、行動遊戲的時代,將兩社的內容資產做有效運用以期加倍效果。時任社長和田洋一稱「展望將來,為了生存下來而做的積極性合併」。

  史克威爾艾尼克斯的商業模式圍繞“多型內容”理念,即在任何潛在的硬體和媒體上發展系列,而非限於單一遊戲平臺。這一戰略的先例是艾尼克斯的《鋼之鍊金術師》漫畫連載,其已改編為兩部動畫連續劇、兩部電影、數部小說及電子遊戲。其他的多型專案還有最終幻想VII補完計劃、程式碼世紀、瑪娜世界、伊瓦莉斯聯盟和新的水晶故事 最終幻想。據和田洋一稱,“似乎這很難撞大運。一旦我們撞上,我們必會得到所有可能的高利潤”。  在史克威爾艾尼克斯的標準遊戲設計模式中,首先構建情節、角色與遊戲插畫。接著創作戰鬥系統、場景地圖和過場動畫。公司典型的遊戲包括至多200人的團隊。史克威爾艾尼克斯一般不使用其他公司的引擎,寧願從頭開始程式設計。村田琢稱,史克威爾艾尼克斯自1997年史克威爾的《最終幻想VII》以來,已經習慣了這個遊戲製作模式,自此也未嘗試其他方法,而艾尼克斯沒有任何內部開發工作室。和索尼Greatest Hits程式類似,史克威爾艾尼克斯有時會以Ultimate Hits為標籤,廉價再發行一些遊戲,而達到特定銷量水平的遊戲才能獲得Ultimate Hits標籤。  2004年,艾尼克斯開始“通用3D格式”的工作,這將讓整個公司的作品開發不受限於特定平臺,這使的創作了名為水晶工具的遊戲引擎,該引擎相容PlayStation 3、Xbox 360、Microsoft Windows系統PC,並在一定程度上支援Wii。不過史克威爾艾尼克斯還開始考慮其他公司的引擎和程式語言,2007年《最後的神蹟》使用了Epic Games授權的虛幻引擎,並在WiiWare作品《小小國王與約定之國 最終幻想水晶編年史》中使用Squirrel語言。

  2003年,史克威爾艾尼克斯開發成員組織為八個史克威爾和兩個艾尼克斯。第五開發業務部在大阪和東京皆設有辦公室。  到了2005年5月,第十開發業務部部長由山岸功典擔任。2005年6月,原第五開發業務部部長平田裕介辭職加入Aquaplus。2005年8月,原第四開發業務部部長鬆野泰己因長期疾病離開。  據前社長和田洋一稱,至少到了2007年3月,開發部門已經不以開發業務部系統的方式組織。職員現在以專案制系統的結構組成。目前,負責新的水晶故事 最終幻想、紛爭 最終幻想和王國之心繫列的團隊被統稱為第一製作部,然而第二和第三製作部並不存在。目前的第一製作部,是由2010年秋,史克威爾艾尼克斯東京和大阪開發工作室合併而成。  2013年12月,史克威爾艾尼克斯舊有的開發人員重新調整為十二個「商業事業部(Business Division)」。商業事業部除了負責內部遊戲開發,也會負責外包,工作人員並沒固定於一個部門工作。第一商業事業部的負責人是北瀨佳範、第二商業事業部的負責人是田畑端、第三商業事業部的負責人是橋本真司、第四商業事業部的負責人是間一朗、第五商業事業部的負責人是吉田直樹、第六商業事業部的負責人是三宅有、第七商業事業部的負責人是柴貴正、第八商業事業部的負責人是広野啟、第九商業事業部的負責人是山中譲児、第十商業事業部的負責人是渡邉勇樹、第十一商業事業部的負責人是西角浩一、第十二商業事業部的負責人是渡辺泰仁。

  

  史克威爾艾尼克斯主要集中於電子遊戲。在其資產中,最終幻想系列是最為暢銷的產品,截至2011年6月已在全球售出1億份。史克威爾艾尼克斯的勇者鬥惡龍系列被視作在日本最暢銷的遊戲之一,新作在發行時往往都會成為最暢銷作品。系列已經售出超過5,700萬套,其中約5,240萬在日本,約290萬在北美,約170萬在歐洲。近年來,史克威爾的王國之心繫列(和迪士尼合作開發)也開始流行。  2003年上半年,史克威爾艾尼克斯美國子公司為勇者鬥惡龍註冊“Dragon Quest”商標,並不再使用“Dragon Warrior”——此遊戲1989年在北美使用“Dragon Warrior”,是為了避免和已歇業公司TSR的《DragonQuest》產生商標衝突。2004年5月,史克威爾艾尼克斯公佈和索尼線上娛樂間的協議,負責《無盡的任務2》的日本發行權。在電子遊戲機第七世代中,史克威爾艾尼克斯在三個平臺都發行重要系列的新作,包括在PlayStation 3和Xbox 360上的《最終幻想XI》,以及Wii上的《勇者鬥惡龍X》。史克威爾艾尼克斯還為掌上遊戲機開發作品,包括Game Boy Advance、任天堂DS、PlayStation Portable、任天堂DS和PlayStation Vita。此外他們還為Microsoft Windows系統個人電腦,以及各種行動電話釋出新遊戲。史克威爾艾尼克斯手機遊戲在可以在一些歐洲國家的沃達豐網路上使用,包括愛爾蘭、英國、西班牙和法國。史克威爾艾尼克斯有27個遊戲獲選登上《Fami通》雜誌的“史上100大遊戲”,其中7個遊戲列入前十,包括獲得首位的《最終幻想X》。  在PlayStation 3上市建立之前,史克威爾艾尼克斯副社長佐佐木通巨集稱,“我們不希望PlayStation 3成為慘敗者,因此我們想要支援他們,但是我們也同樣不希望他們完勝,因此我們不會過多的支援”。史克威爾艾尼克斯在2007年繼續重申,他們專注於多平臺發行,允諾更多支援多平臺比日本更為普及的北美和歐洲遊戲市場。在2008年,原PlayStation 3獨佔發行的《最終幻想XIII》將在Xbox 360平臺發行訊息公佈時,他們多平臺開發的興趣變得明顯。  2008年,史克威爾艾尼克斯和Gas Powered Games宣佈合作製作《最高指揮官2》。2008年7月8日,史克威爾艾尼克斯發行首個iPod遊戲《》。史克威爾艾尼克斯還在同年製作一系列名為“Pure Dreams”兒童遊戲。其致力於創作適合孩童的遊戲。該品牌正計劃製作更多的遊戲。Pure Dreams僅完成前兩部作品,《史努比DS 去見史努比和他的夥伴們》(2008年10月9日在日本發行)和《企鵝家族的美妙狂歡節》(2008年11月6日在日本發行)。《堡壘》是史克威爾艾尼克斯最終幻想系列一衍生遊戲的開發代號。其原設想為設定於架空世界伊瓦莉斯的動作遊戲,並準備發行於Xbox 360、PlayStation 3和Microsoft Windows平臺。儘管官方從未宣佈,但在原開發商GRIN關閉後,原開發團隊從成員和電子遊戲產業來源透漏這一資訊。種植開發的除了該遊戲還有,《高地人:遊戲》、《扣扣棋》、《衰落:舊金山》、《瘋人院大戰》、《地下墓穴》和《空降計劃》。  2009年,史克威爾購入Eidos;Eidos以負責暢銷系列古墓麗影系列、刺客任務系列、殺出重圍系列、神偷系列和凱恩的遺產而知名,併發行Windows版《最終幻想VII》、《最終幻想VIII》和西方的《勇者鬥惡龍怪獸篇》。史克威爾吸收Eidos成為一個新部門史克威爾艾尼克斯歐洲。從2009年起,史克威爾還協助育碧在日本釋出的遊戲。  史克威爾艾尼克斯還創作新電子遊戲引擎,夜光引擎。技術演示《阿格尼的哲學》在2013年6月6日的E3 2012上釋出。此後在2012年11月,艾尼克斯全球技術總監Julien Merceron為引擎提出針對多平臺的新方向,並將在2013年6月向公眾展示。

  在合併之前,艾尼克斯於2001年在日本、中國大陸和臺灣發行首個線上遊戲《魔力寶貝》,史克威爾於2002年5月16日在PlayStation 2平臺發行《最終幻想XI》。隨著史克威爾艾尼克斯2004年3月在全球發行《最終幻想XI》的巨大成功,微軟兩年後將遊戲移植於Xbox 360,這也是第一個在Xbox主機上發行的最終幻想遊戲。因其MMORPG的成功,史克威爾艾尼克斯開始新專案《幻想大陸 ～統治的指環～》。日本遊戲門戶GamePot獲得《幻想大陸》在日本的發行授權,並以“幻想大陸Zero”為名在日本發行。史克威爾艾尼克斯於2007年發行《魔力寶貝》的續作《魔力寶貝II》。代號為“Rapture”的次世代MMORPG由《最終幻想XI》團隊開發,並使用公司的水晶工具引擎。  2011年9月,MMORPG《勇者鬥惡龍X 覺醒的五種族 Online》正為任天堂Wii和Wii U遊戲機開發的訊息公佈,遊戲隨後於2012年8月2日和2013年3月30日在兩個平臺分別釋出。遊戲後來於Microsoft Windows平臺發行。遊戲第二版《勇者鬥惡龍X 沉睡的勇者與引導的盟友 Online》於2013年12月同時在Wii、Wii U和Windows平臺發行。  史克威爾艾尼克斯還製作網頁遊戲和Facebook遊戲,如《傳奇世界》、《陸行鳥的水晶之塔》和《騎士的水晶》,以及雅虎日本的線上遊戲,如《怪獸×龍》、《戰國Ixa》、《勇氣默示錄Praying Brage》、《星際銀河》和《Crystal Conquest》。  2012年5月8日,史克威爾艾尼克斯宣佈與Bigpoint Games合作,創作一款免費雲遊戲平臺“直接通過玩家的瀏覽器,將他們放入‘無限的遊戲世界’”。服務於2012年8月以CoreOnline為名啟動。

  公司在日本還設有漫畫出版部門Gangan Comics,其繼承自艾尼克斯,並僅在日本市場發行作品。然而2010年,史克威爾艾尼克斯通過會員服務,為北美使用者開啟數碼漫畫商店,其在Gangan選集中收錄數個知名連載。Gangan Comics出版的作品有:《黑神》、《無頭騎士異聞錄 DuRaRaRa!!》、《南國少年奇小邪》、《熱帶雨林的爆笑生活》、《不可思議的教室》、《推理之絆》、《我的主人愛作怪》、《夢喰見聞》、《Doubt》、《Bamboo Blade》、《Heroman》、《潘朵拉之心》、《黑執事》、《地上最強新娘》、《Soul Eater》、《殭屍借貸》、《黃昏少女×失憶》、《鋼之鍊金術師》和《暮蟬悲鳴時》。GANGAN系各雜誌因其混合兒童志、少年志、少女志的氣氛形成獨特的雜誌風格,而確立「(史克威爾)艾尼克斯系漫畫」之分類。其他作品還有各種史克威爾艾尼克斯有改編漫畫,如勇者鬥惡龍、王國之心和星之海洋的漫畫。一些作品還被改編為動畫連續劇。《鋼之鍊金術師》是史克威爾至今最成功的漫畫品牌,僅在日本就售出3000萬冊。動畫連載亦非常流行,甚至發展出電影后傳。連載和電影都在全球各地進行授權。公司也有發行輕小說,並於2004年起設立史克威爾艾尼克斯小說大獎。

  公司兩次進軍電影產業。首次是2001年電影《最終幻想:靈魂深處》,其由史克威爾合併之前的子公司Square Pictures製作(Square Pictures現為史克威爾艾尼克斯的綜合附屬公司)。艾尼克斯在電影製作之前就考慮過合併,而電影票房失敗使艾尼克斯害怕和一個虧損的公司合併,從而延遲合併。在2005年,史克威爾艾尼克斯發行改編自《最終幻想VII》的計算機成像動畫電影《最終幻想VII 降臨之子》,電影情節設定於遊戲事件兩年之前。一部殺出重圍電影正處於預製作狀態。  史克威爾艾尼克斯還為質量效應系列和光環系列等製作榜單。公司還有一間智慧電話子公司HipposLab。  史克威爾艾尼克斯的子品牌“Play Arts改”在可動人物模型領域也頗有建樹。除了史克威爾艾尼克斯自家作品的角色,也與DC漫畫、漫威、卡普空、科樂美、微軟工作室等品牌合作製作其他品牌的角色可動模型。
史克威爾艾尼克斯是株式會社史克威爾艾尼克斯控股所領導的跨國企業集團。