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  1941年(昭和16年)4月10日以海軍中將南雲忠一為司令長官編製成軍。基幹艦隊有第1戰隊「赤城」「加賀」、第2戰隊「飛龍」「蒼龍」等之航空母艦,太平洋戰爭開戰之前再編入第5航空戰隊「翔鶴」「瑞鶴」。再進一步看,除少數的舊式驅逐艦外,編制上僅有航空母艦,故而形成不完全的機動部隊。實戰時,軍隊區分是以第1艦隊加上臨時配屬的第2艦隊護衛艦艇以進行作戰行動。  太平洋戰爭開頭時為參加偷襲珍珠港行動的主力艦隊,戰果輝煌。  1942年(昭和17年)4月艦隊編制改訂,隷下部隊編有新設的第10戰隊(輕巡洋艦「長良」與驅逐艦12艘),且領有直屬的護衛艦艇。同月發生座礁事故,除「加賀」號之外5艘航空母艦開始進出印度洋,戰果有撃沈英國皇家海軍「競技神號航空母艦」,轟撃斯里蘭卡東部省的亭可馬里港(詳細參閱"錫蘭海戰")。  因同年6月5日中途島海戰中敗北損失4艘航空母艦,故而解散第1航空艦隊。殘存之航空母艦、護衛戰艦等建制為空母機動部隊,再編成第3艦隊。

  1943年(昭和18年)7月1日再編成基地航空部隊,由大本營直轄。開始對陷落的吉里巴斯群島、馬紹爾群島及丘克群環礁進行空襲,1944年(昭和19年)2月轉到聯合艦隊。司令長官由角田覺治海軍中將親補,不過在1944年(昭和19年)7月的天寧島戰役中角田司令長官拔手榴彈自盡戰死。  之後、再編部隊從菲律賓撤退。司令長官寺岡謹平中將調走後,10月20日再由大西瀧治郎中將就任。此時,大西中將推進聞名的神風特攻隊戰術。當年司令部撤退到臺灣新竹機場,再行穿越菲律賓海峽和支援硫磺島強行出撃。  1945年(昭和20年)5月10日最後的司令長官由志摩清英中將就任。約1個月後的6月15日第一航空艦隊解散。
第1航空艦隊是大日本帝國海軍的一個艦隊,沿革上轄有航空母艦及基地航空部隊。