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  芬萊具有法國和蘇格蘭血統,他出生在古巴的卡馬圭市,其本名原是“胡安·卡洛斯·芬萊·伊巴雷斯”。後來,他更名為“卡洛斯·胡安”。1853年,他入讀美國賓西法尼亞州托馬斯傑斐遜大學的傑斐遜醫學院,並於1855年畢業後在哈瓦那、巴黎完成了學習。這之後,他定居哈瓦那並開展了醫療實踐。

  十八世紀七十年代,芬萊開始了他的工作,並在1900年時取得突出成果。他是第一個在1881年時論證蚊子是黃熱病之媒介物的人:蚊子叮咬一個病人後還能不斷地叮咬其他人,由此導致健康人被感染。一年之後,芬萊確認黑斑蚊屬的蚊子是黃熱病的傳播者。隨後,根據他的理論,他建議人們控制蚊子數量以制約疾病的擴散。 20年後,即1900年,沃特·瑞德委員會(Walter Reed Commission)證實了芬萊的假設和他的詳盡的證明。芬萊隨後成為古巴的首席衛生官(1902年-1909年)。儘管瑞德醫生因“打敗”黃熱病而在歷史書中得到許多讚揚,他還是將其歸功於芬萊醫生,說是芬萊發現了傳播黃熱病的媒介,以及由此帶來的控制該病擴散的可能。瑞德醫生常在自己的文章中引用芬萊的論文,他還在其私人信件中給予芬萊以應有的名譽。  1900年,古巴的一位醫生兼美國軍官羅納德·伍德(Leonard Wood)將軍說道:“對芬萊醫生醫學原理的證實,是自從愛德華·詹納發現(天花)疫苗後,醫學領域的最偉大的進步。”  1903年,美國政府開始了建設巴拿馬運河的工程。在此之前,每年都有大約百分之十的勞動力因瘧疾和黃熱病而喪失,而芬萊的發現減少了蚊媒疾病的傳染事件和大範圍的擴散,有力地推動了該工程的建設。

  在如今的古巴馬里亞瑙區有一個注射器形狀的稱作“方尖碑”("El Obelisco")的紀念碑,即是為了紀念芬萊先生的。此外,古巴政府在1981年時發行了有關芬萊的紀念郵票。在巴拿馬城海灣前(他在運河之旁創造了可能),也矗立著一座芬萊的塑像。聯合國教科文組織還頒發“卡洛斯·芬萊微生物獎”以紀念他。

  芬萊是哈瓦那皇家科學學會的成員。他能流利地使用法語、德語、西班牙語及英語,還能讀懂拉丁文。他興趣廣泛,寫了各種各樣學科不同的文章,比如麻風、霍亂、重力以及植物疾病。然而,他的主要興趣仍是黃熱病,他也是有關這種疾病的四十篇文章的作者。他認為中間宿主是疾病的肇因,這個理論被人嘲笑了許多年。他是一位仁愛者,常常接診許多付不起醫療費用的病人。正是由於他的工作,芬萊被諾貝爾生理學或醫學獎提名7次。1908年,他榮獲法國榮譽軍團勳章。

  1915年8月,芬萊在古巴哈瓦那的家裡因中風去世。
卡洛斯·胡安·芬萊(Carlos Juan Finlay,1833年12月3日-1915年8月20日),古巴醫生和科學家,公認的黃熱病研究先驅。