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  元惠宗至正二十八年正月初四日(1368年1月23日)明太祖建立明朝,統一南方,令徐達北伐,徐達率領的軍隊逼近大都,閏七月二十八日(1368年9月10日),元惠宗夜半開大都的健德門北奔,率太子愛猷識理答臘、后妃、臣僚等撤離大都,八月初二日(1368年9月14日),明軍從大都的齊化門攻城而入,元朝對中國的統治結束,回到本土蒙古草原。  元惠宗撤離大都後,繼續使用“大元”國號,當時高麗人叫北元。當時政治形勢是除了元惠宗據有漠南漠北的蒙古本土,關中還有元將擴廓帖木兒(王保保)駐守甘肅定西,此外元廷還領有東北地區與雲南行中書省地區。

  明太祖為了驅逐位於蒙古的元廷勢力,採取兵分二路,各個擊破的方式,此即第一次北伐。至正二十八年八月初四日(1368年9月16日),元惠宗到達上都。至正二十九年六月十三日(1369年7月16日),明軍逼近上都,元惠宗撤離上都,當天到達應昌。六月十七日(1369年7月20日),明將常遇春攻克上都。

  元惠宗在上都和應昌那裡曾兩次組織兵力試圖收復大都,但都被明軍擊敗。至正三十年(洪武三年)四月二十八日(1370年5月23日)元惠宗因痢疾在應昌去世,享年51歲。皇太子愛猷識理答臘在應昌繼承皇位,是為元昭宗,並於1371年改元宣光。至正三十年五月十六日(1370年6月10日),明將李文忠攻克應昌,元昭宗撤至哈拉和林,並堅持抵抗明軍。

  擴廓帖木兒仍然在漠北多地與明將徐達等人作戰。明太祖曾多次寫信詔降,但擴廓帖木兒從不理會,被朱元璋稱為「當世奇男子」。元昭宗宣光二年(1372年)正月,徐達從雁門出發,向哈拉和林進發。三月,明將藍玉在土拉河大敗擴廓帖木兒。五月,擴廓帖木兒在草原擊敗明將徐達的這支明軍。自此之後,明軍十幾年不再進攻漠北,直到1388年,藍玉才再次進攻漠北草原。

  宣光二年六月初三(1372年7月3日),明將馮勝大敗元軍,明朝從元朝治下收取甘肅行中書省地區。

  宣光八年(1378年)四月,元昭宗去世,繼位的北元后主脫古思帖木兒在1379年六月改年號為天元,繼續和明軍對抗,屢次侵犯明境。

  1371年,元朝遼陽行省平章劉益降明,明朝控制今遼寧南部。然而之外的遼陽行省地區仍由元朝太尉納哈出控制,納哈出屯兵二十萬於金山(今遼寧省昌圖金山堡以北遼河南岸一帶),自恃畜牧豐盛,與明軍對峙了十幾年,多次拒絕明太祖的招撫。1387年,馮勝、傅友德、藍玉等人發動第五次北伐,目標是攻佔納哈出的金山。經過多次戰爭,1387年10月,納哈出投降藍玉,明朝控制原遼陽等處行中書省的東北地區。

  鎮守雲南的元朝樑王把匝剌瓦爾密,在元朝對中國的統治結束,撤到老家蒙古草原後依然繼續忠效之。1371年明太祖派湯和等人領兵攻滅據有四川的明玉珍的明夏政權,並且勸降樑王未果。1381年12月,明軍的沐英和傅友德兵分二路攻入雲南,天元三年十二月二十二日(1382年1月6日),樑王把匝剌瓦爾密自殺,數月後,元朝雲南大理總管段氏投降明軍,明軍征服雲南地區,元朝對雲南的統治結束。。

  1388年,藍玉率領明軍十五萬發動第六次北伐,明軍穿越過戈壁沙漠到達草原東部,天元十年四月十二日(1388年5月18日),藍玉在捕魚兒海(今貝爾湖)附近大敗元軍,俘虜北元后主次子地保奴及妃主五十餘人、渠率三千、男女七萬餘,馬駝牛羊十萬。脫古思帖木兒和長子天保奴、知院捏怯來、丞相失烈門等數十騎逃走。  至此北元國力衰落。天元十年十月,脫古思帖木兒被也速迭爾(阿里不哥後裔)殺害,從1388年開始,蒙古不再使用年號,帝號、大元國號被廢棄,北元朝廷結束。

  在中外蒙古史學者的論著中,屢見“北元”一詞,但是長期以來,對於這一史學概念的使用範疇卻眾說不一。爭論的焦點就是“北元”是指1368-1388年這20年間的蒙古還是指1368-1635年這260多年間的蒙古。傳統說法是1402年鬼力赤殺坤帖木兒汗,為北元時期結束的時間(《明史·韃靼傳》)。 關於這個問題,蔡美彪先生和曹永年先生曾作過深入探討,認為“北元”應適用於脫古思帖木兒敗亡而止,即1388年,此後大元國號已取消,仍稱蒙古。  “北元”僅指大蒙古國的一個階段,其根據是:  1388年,北元皇帝、大汗脫古思帖木兒被叛臣也速迭兒弒殺。關於這位弒汗自立的也速迭兒,《華夷譯語》中所載降明的蒙古知院捏怯來的奏報稱是阿里不哥的子孫。這是一條很重要的史料。當年,蒙哥汗去世,鎮守漠北的阿里不哥與控制中原的忽必烈發生汗位之爭,結果阿里不哥失敗,忽必烈做了蒙古大汗。隨後遷都北京,仿漢族王朝模式定國號為“大元”,實行“漢法”,當上了元朝的皇帝。在這個時期,阿里不哥也被忽必烈殺害。忽必烈的所做所為無疑引起了阿里不哥子孫和漠北守舊的蒙古貴族的仇恨。在他們看來,大元是他們不共戴天的仇敵。有元一代,儘管忽必烈及其子孫在祖宗根本之地設立行省,實行宗王出鎮制度,但這塊龍飛之地卻從未平靜過。阿里不哥一系為首的反元鬥爭持續不斷,這就是阿里不哥一派地方勢力與元朝中央勢不兩立的明證。在這種心態驅使下,一旦元朝衰落,對蒙古草原的控制減弱,他們就會奮起反元。  在脫古思帖木兒敗亡後的很長一段時間裡,“部帥紛擎”,戰亂頻仍,與外界的聯絡基本中斷。當時的明朝在捕魚兒海戰役勝利後,重點亦轉向了對內部事務的處理。1398年明太祖去世,翌年太祖四子朱棣與建文帝同室操戈,是為“靖難之役”。這段時間《明實錄》基本上沒有關於蒙古的記載。直到朱棣“靖難”成功,當上了皇帝,才又重新開始了對北部邊防的經略,致書蒙古大汗,要求“遣使往來通好,同為一家”,而此時已是1403年了。這時的蒙古大汗已是鬼力赤(他稱汗在1402年左右)。當明朝方面獲悉蒙古已去大元國號後,遂有明史「鬼力赤篡立,稱可汗,去國號,遂稱韃靼」的誤載。事實上,“去國號”的不是鬼力赤,而是也速迭兒。 在以後的蒙古歷史上,大元國號仍出現,也先汗、達延汗時期即如此。  大元國號的廢棄一定意義上意味著蒙古政權放棄了爭奪中原的目標,轉為立足於蒙古本身。  “北元”(1368年-1388年)僅代表一個時期的結束,其後進入《明史》所說的韃靼時期(為明人所稱,蒙方一直以蒙古自稱)。但是從成吉思汗開始的“大蒙古國”政權仍然繼續,韃靼政權長期沿用元朝時代的漢制職官(如也先官職為太師淮王),至滿都海夫人時才基本取消。“大蒙古國”政權延續至1635年察哈爾部為滿洲的後金-清所滅亡。  故大蒙古國(1206年-1635年)依照中國名稱的劃分,可劃為蒙古(1206年-1271年)、元朝(1271年-1368年)、北元(1368年-1388年)、韃靼(1388年-1635年)。有時“元朝”可泛指從1206年至1368年這段時期。

  以下是韃靼可汗列表。也速迭兒篡位之後不再使用「大元」國號,部分西方學者將韃靼看作是北元的延續。 此後蒙古降於後金,成為清朝的一部分。
北元(,1368年-1388年)(《明史》說法為1402年)指明朝建立並遣徐達大軍攻陷元朝首都大都(汗八里)後,退居蒙古高原的原元朝宗室的政權,因國號仍叫大元,以其地處塞北,故稱“北元”。 北元始於元惠宗至正二十八年(1368年,明太祖洪武元年),終於脫古思帖木兒天元十年(明朝洪武二十一年,1388年),為“都沁·都爾本”(明人稱韃靼和瓦剌)所代替。