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  故事設定在第二次世界大戰後,日本的國家主權受制於美國。90年代中期。日本首都製藥公司在大腦機能領域開發出了新藥。新進和平塾得知後開始推行雅典娜計劃。共聚集了26個小於5歲的孩子,人工培養出類學者症候群。但藥物嚴重的副作用導致孩子相繼死亡,最終計劃以失敗告終。在這些孩子中NINE和TWELVE一起逃出了試驗基地,而未曾逃走但倖存下來的FIVE則祕密被美國政府收留。  長大後NINE和TWELVE於某日在青森縣的核廢料處理設施中合同搶走了祕密開發的雛形原子彈,之後他們二人以斯芬克斯的代號針對參與了雅典娜計劃的政府官員進行復仇。於是他們成功地炸燬了東京都廳的部分建築,以此向社會引起警示。  半年後,暑假即將開始前的夏日裡,先前不明身份的兩人化名為九重新(其中九代表9)的9與久見冬二(日語中“冬”與10讀音相同,二則指2)的12以轉校生的名義來到一所高中,但不久又離開,期間他們在一棟大樓製造了恐怖襲擊事件,並以此為某一計劃的開始。之後兩人開始以斯賓克斯(スピンクス)為名,在城市制造炸彈襲擊事件(目的並非並未傷及人員)向他們所憎恨的已終止進行的“雅典娜計劃”的策劃者及執行者復仇,為此展開了與日本警視廳(特別是柴崎健次郎)的對戰。

  東京殘響的系列音樂全部在冰島錄製,由菅野洋子創作,片頭曲「Trigger」由菅野洋子作曲、編曲,Galileo Galilei樂團的尾崎雄貴演唱。片尾曲「」也是由菅野洋子作曲、編曲,由Aimer演唱。東京殘響原聲帶 2 -crystalized-於2014年8月22日推出。
《東京殘響》(,或譯作恐怖殘響)是2014年由渡邊信一郎執導、菅野洋子配樂、MAPPA製作的帶有當代政治批判元素的原創11集動畫。於2014年7月至9月期間在富士電視臺noitaminA節目播放,在2016年3月推出了改編的舞臺劇。