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  PBC演算法主要體現在兩部分。其一:對體系內粒子座標的約束。x_size是一個方向上的元胞邊長,則粒子座標區間為[-0.5*x_size, 0.5x_size),程式碼如下: 其二,粒子間距離計算使用最小映象法則,程式碼如下:  利用取整運算可寫出更為緊湊的程式碼實現:  這樣兩粒子在一個座標軸方向上的距離總是小於等於半個盒子邊長。

  PBC的引入不影響體系的動量守恆與能量守恆,但是角動量不再守恆。  PBC作為一種人為的近似,不可避免地對模擬引入偏差,影響計算結果的有效範圍。即使對於最簡單的蘭納-瓊斯流體,PBC的引入對NVE系綜下的模擬的取樣也有輕微影響,從而對物理量的統計值引入系統誤差,故而引入PBC的NVE系綜被建議稱作NVEPG系綜。徑向分佈函式g(r)在r大於半個盒子邊長時是不準確的,r等於盒子邊長時更是有人為的尖峰。在固體體系中,涉及振動的研究,聲音,衝擊波或聲子的波長範圍受體系大小的限制。對於長程力例如電磁相互作用的計算,需要使用特殊的方法(如Edwald加和,PPPM方法等)。相行為研究中,連續相的取向由於介面能的影響常常沿著盒子邊長,體系受限甚至可能得出錯誤的結論,因此即使引入PBC,體系的大小也應當足夠大以儘可能減小引入近似造成的非物理干擾。
週期性邊界條件(PBCs)是分子模擬與數學模型中的常用近似方法之一,其思想是用一個稱為元胞的週期性盒子來描述巨集觀的體系。在一個元胞周圍有緊密堆積的完全相同的元胞。例如在二維體系中,一個方形元胞四周有相同的元胞(稱為"映象"),若一個粒子從右邊邊界穿出,操作上左邊邊界對應位置有相同粒子進入,由此保證了元胞中粒子數目即物理量如動量與能量的守恆。