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  1886年(明治19年)8月17日,時任海軍大臣西鄉從道下令設立“兵科與機械技術部軍官及學生教育法調查委員()”,對相關高等教育事宜進行先期調研。1887年西鄉乘出訪歐美之際也對各國教育制度進行了考察,並與英國海軍大臣進行了一番長談。最終日本方面聘用約翰·英格爾斯()海軍上校,開始籌備海軍大學校的創辦工作。  1888年(明治21年)7月16日,有關方面釋出勅令第55號,規定了學校的官制等事項。同年8月28日在東京築地的海軍兵學校舊校館開校辦學(海軍兵學校則搬遷至廣島)。初代校長由局長井上良馨兼任,同年11月26日開始授課。  1893年(明治26年)11月29日,新修訂的海軍大學校條例規定新設軍醫科。1894年(明治27年)3月31日原海軍醫學校廢止,同年4月1日共8名學生以海軍大學校軍醫科學生的身份展開學業。但是因為醫學的特殊性,合併後難以對醫科生的學習課目和進度進行管理,因此1897年(明治30年)5月時任醫務局長向西鄉進行爭取,希望重開軍醫學校。同年11月4日,海軍大學校的醫科部分剝離,重新設立新的海軍軍醫學校,此後海軍大學校不再包含醫科。  1923年(大正12年)9月1日,學校設施在關東大地震中損毀嚴重,不過到同年12月末應急臨時校舍就已經大體完工。1932年(昭和7年)8月27日,海軍大學校搬遷到東京上大崎原陸軍衛生材料廠舊址,同年9月1日開始在新校區開課。新校區的校舍叫做“廳舍”,幷包含有兵棋推演場、科學實驗場等大規模設施。  1945年5月,隨著戰爭形勢的發展,海軍大學校也受到影響,職能停止了下來。日本戰敗後學校也一併廢除,舊校址則交由1947年創辦的繼續使用。研究所日後搬遷至他處,原址逐漸荒廢,1999年拆除。  戰後在廣島縣設立的海上保安大學校繼承了原海軍大學校8000多冊藏書。該圖書館現對公眾開放,但需要事先向館長提出申請方可入內進行閱覽、影印等。

  

  海軍大學校內為培養海軍兵科高階幹部提供培訓課程。學員的選拔範圍為海軍兵學校的畢業生、任職海軍(兵科)軍官並擁有實務經驗的人員(通常要求至少1年)。獲得考試資格者基本上為海軍中堅力量的中低階軍官如海軍大尉、海軍少佐等。大部分入校者的海軍兵學校畢業排名()都比較高,不過也有畢業排名比較低、但依靠自身努力獲取入學資格的情況。  學校一般每年招收10-20名學生,九一八事變後開始每年招收約30人。中國抗日戰爭爆發後,也會有些年份完全沒有招收新學員。  學生的具體劃分類別時有變動。根據1901年的一本小冊子的記載,學生分將校科甲種學生(學制兩年)、將校科乙種學生(一年)、輪機科長期學生(,兩年)、輪機科短期學生(一年)、選科學生(一年)。其中將校科甲種學生為部門長官從海軍大尉中推薦,考試合格後入讀;乙種學生為海軍大尉根據需要專修某一科目;輪機科長期學生為從大機關士以及中機關士中間挑選有實務優秀、才華得到認可者;短期學生為從大機關士、中機關士乃至少機關士中挑選海軍機關學校成績佳者,經考試合格後入學研修高等學術;選科學生則為佐級軍官、機關監以及實役暫停超過三年的海軍大尉志願入讀。1944年的出版物則稱學生分為甲種學生(兩年)、還有輪機科學生(兩年)、選科學生(一至四年)、特修學生(一年)等。

  1903年(明治36年)頒行的《海軍大學校教育綱領》裡詳細列明瞭各科目內容,包括:  具體的科目大綱隨時間不同而時有增減調整。

  一名日本海軍軍人想要在海軍的官僚系統內出人頭地的話,能從海軍大學校畢業是一個重要的條件,但這個文憑並不像日本陸軍那樣是道硬性門檻。日本陸軍軍人只有從陸軍大學校畢業才有可能爬到陸軍中樞;相比之下,海軍並不像陸軍那樣那麼強調海軍大學校的學歷和成績。  日本海軍中沒有入讀海軍大學校,但是依靠艦隊勤務等一線經歷獲取高位的例子並不少見。海軍大將之中如加藤寬治、、、野村吉三郎;海軍中將如慄田健男、木村昌福、、大西瀧治郎、等均沒有海軍大學校學歷,也依然位居艦隊司令、軍令部次長、海軍次官等要職。海軍少將裡面,即使不考慮死後追晉的情況,這方面的例子也依然非常多(如五藤存知、等等)。

  海上保安大學校 圖書館
海軍大學校()是舊日本海軍內培養高等海軍軍官的一所學校。日語文獻中有時可以縮略為“海大”。舊日本陸軍系統內地位相當的學校為陸軍大學校;戰後日本海上自衛隊對應的學校則為。