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  1928年春,西北軍閥馮玉祥的部隊國民軍在甘肅河州逮捕處決了身為馬麒手下的營長馬寶。在青海陸軍軍校學習的馬仲英聞訊後率6名好友反叛,襲擊一隊國民軍運輸隊,繳獲大批武器。到達河州後,召集當地兩三萬民眾建立武裝「黑虎吸馮軍」,自稱司令,並任命馬廷賢為副司令。因為馬仲英當時只有17虛歲,被稱為“尕司令”。馬仲英三度圍攻河州。是為第四次河湟事變。  同年夏末,馮玉祥調集吉鴻昌、孫連仲、佟麟閣等部,征剿馬仲英。馬仲英兵敗岷州。十二月攻打西寧,被孫連仲阻擊,轉而攻下湟源。  當時馬步芳原本想響應馬仲英,由青海化隆率部至積石山<unk>藏鎮約馬全欽起事。馬全欽因為恨馬廷賢,所以派部屬孔海山去<unk>藏勸阻馬步芳。馬步芳接受馬全欽的勸阻返回化隆。  1929年與吉鴻昌兩次作戰之後被馬鴻逵收編,馬仲英自己去了北平。據說曾受到蔣介石的接見,蔣還試圖推薦他去中央軍校學習。此間他還加入了中國三民主義青年團,並以作戰參謀的身份參加中原大戰。  1930年馬仲英重回甘肅,召集舊部攻取甘州(張掖),自稱“甘寧青聯軍總司令”,佔領了肅州(酒泉)。1931年於張掖成立“河西省行政委員會”自任主席,旋因青海陸軍新編第九師師長馬步芳攻佔張掖而退至安西縣。  馬仲英此時遇到了在新疆反對金樹仁的哈密和加尼牙孜遣赴南京的特使堯樂博斯。堯樂博斯勸說馬仲英到新疆發展。馬仲英正被馬步芳打得很狼狽,於是一拍即合,領兵入疆。

  1931年初夏,馬仲英率領400多人,帶著不到100條槍,他們夜襲星星峽,之後攻佔哈密漢城的新城,而金樹仁的守軍固守老城。金樹仁派魯效祖為東路剿匪總司令,盛世才為參謀長率1500人解哈密之圍,被馬仲英200人的騎兵擊敗。馬仲英也在戰鬥中受傷。金樹仁調集6500人的省軍防衛新疆首府迪化,命伊犁屯墾使張培元解救圍困半年的哈密城,迅速將馬仲英擊退,馬仲英弟馬仲傑戰死。  馬仲英因傷重撤回甘肅。馬步芳此時已經佔領甘州、肅州。馬仲英在新疆的勝利震動西北,馬步芳把肅州(酒泉)等地劃給馬仲英管轄。南京國民政府將馬仲英任命為中央陸軍新編第36師師長。馬仲英部在甘肅整頓練兵。 1932年,金樹仁任用盛世才進剿和加尼牙孜的哈密軍。和加尼牙孜再次請馬仲英入疆。馬派手下馬世明、馬全祿率部進入新疆,分別攻佔吐魯番和襲擊迪化。  1933年1月,馬仲英率領6000多人進軍新疆,佔領新疆東部。4月12日,迪化金樹仁手下的歸化軍(白俄軍隊)和東北抗日義勇軍舊部反叛,推盛世才為新疆督辦。盛世才以高官厚祿誘使騷擾迪化附近的馬全祿手下的馬德祥殺死馬全祿,收編了馬全祿部2000餘人。又利用和加尼牙孜和馬仲英的矛盾離間他們,使馬仲英得不到當地人的支援。6月,盛世才在紫泥泉擊敗馬仲英,馬退守吐魯番。  盛世才以俘虜一個馬仲英手下的日本人為藉口,宣稱馬是“日本帝國主義的走狗”。但其實事實是當時馬仲英手下什麼人都有(從突厥系的維吾爾哈薩克人、國民黨籍、舊北洋派系甚至共產黨),日本的勢力和馬相距甚遠。  之後盛世才和馬仲英經過短暫的談判,於當年10月再次開戰。馬仲英攻打孚遠,在達阪城戰敗盛世才;馬手下馬赫英攻打塔城。  11月12日(一說12月12日)南疆的當地民族在喀什成立東突厥斯坦伊斯蘭共和國,推舉和加尼牙孜為總統,沙比提大毛拉為總理。  12月,盛世才在迪化與蘇聯代表波哥丁簽署了祕密協定。1933年年底,在伊犁張培元表示要和馬仲英合作。1934年1月1日張培元佔領塔城,繳獲大量蘇聯援助盛世才的軍火物資。蘇聯紅軍一個師入疆迅速殲滅了張培元部。1月20日,省軍開進伊寧,史稱蘇聯入侵新疆。  1月12日,馬仲英攻擊迪化,盛世才守城不利。1月18日蘇軍派空軍轟炸馬仲英部。1月底殲滅張培元的蘇軍東進。頭屯河戰役,2月1日被馬仲英伏擊,但在之後的戰鬥中擊敗馬軍。馬仲英退到達阪城,展開達阪城之戰。3月蘇軍在飛機、大炮的優勢下擊敗馬仲英。馬仲英逃往南疆。  在此前2月6日馬仲英手下馬佔倉、馬福元等佔領喀什,消滅了東土耳其斯坦伊斯蘭共和國。7月馬仲英、和加尼牙孜的武裝徹底消滅了東突勢力,馬發表宣告,譴責盛世才是蘇聯的代理人,表示效忠南京的國民政府。馬仲英希望得到中亞的英國人的援助,但這個願望沒有實現。8月,盛世才部隊攻佔喀什。9月,盛世才的省軍和馬軍新36師達成停戰協議。

  1934年7月,馬仲英在周圍的共產黨員的影響下帶領200多名骨幹到蘇聯學習。馬本人學習飛機駕駛。次年,中國工農紅軍西路軍進入甘肅,馬仲英和蘇聯人準備迎西路軍入疆,因後來西路軍兵敗沒有成功。同年,他把一盤錄音派人帶到南疆他的新36師舊部。錄音中說:“中國目前的形勢,外患日益逼近,內政日益腐敗,賣國賊無恥地賣國,日本帝國主義毫無忌憚侵佔我國領土,西北地區也到了危急關頭。我們要準備抗戰!消極就要當亡國奴!同志們,本師長不久就要領導大家向光明的大道前進!”  馬仲英最後的結局有多種說法:  據蘇聯解密NKVD信件,35年起拉攏馬仲英,並與新36師建立貿易聯絡。  1937年新36師徹底瓦解,被盛世才收編。  據2012年蘭州大學學者赴前蘇聯地區研究表明,馬仲英很可能在盛世才的要求下於1937年被斯大林下令殺害。

  馬仲英在新疆的征戰為後來新疆的發展留下了深遠的影響:

  

  1934年,曾發現樓蘭古城的瑞典探險家斯文·赫定最後一次中國探險,在哈密城外的戈壁灘上,遇到逃亡中的馬仲英。赫定為馬仲英的年輕和傳奇所激動,回國後寫下《大馬的逃亡》(英文:Big Horse's Flight. The Trail of War in Central Asia.)一書。

  中國當代作家紅柯描述馬仲英傳奇生涯的長篇小說《西去的騎手》是第六屆茅盾文學獎入圍作品,雲南人民出版社出版。部分曾發表於《長城》雜誌,2000年1月。

  馬仲英父親為馬寶,祖父為馬海晏七弟馬海淵。  馬仲英之胞弟馬仲傑,年方十九,英勇善戰。率部從鎮西出發在木壘河與省軍一個連相 遇,幾小時便結束了戰鬥。
馬仲英(?-?),中國甘肅臨夏人,回族軍閥。原名馬步英,其父馬寶與馬步芳、馬步青的父親青海省主席馬麒為堂兄弟。後因為和馬步芳交惡改名馬仲英。