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  在現時已知的動畫作品當中,最早的作品應要追溯至1906年,美國一部名為《一百張開心的臉》()的動畫。從1920年代開始,日本電影工作者開始以西方新研發的動畫製作技術試製動畫作品。日本第一套動畫電影短片是由下川凹天創作的《清潔工人芋川椋三》,1917年1月開始播放。當時下川只是一個西方風格的水彩畫家。  1918年,日本開始製作第一套以日本原著《桃太郎》改編的同名短篇動畫電影。從此於1920至1940年代,日本不斷製作多套短篇動畫電影,包括日本第一套有聲動畫《力與世間女子》()。動畫電影在第二次世界大戰期間仍保持一定創作,而《桃太郎的海鷲》就是在當時所創造的第一套日本長篇動畫影片。戰後,由於裝置及資金不足,動畫創作並沒有持續發展。直至東映動畫的前身,日本動畫有限公司的成立,日本動畫才開始發展成現今的狀況。

  1956年,東映動畫開始以東映動畫有限公司的商號製作彩色動畫電影。而1958年上映的《白蛇傳》就是當時第一部東映動畫推出市場的日本動畫作品。《白蛇傳》的風格類似迪士尼動畫的作品,包括使用音樂數字和動物協助。東映動畫的作品在1960年代和1970年代之間仍然儲存著這種富有迪士尼的風格。同時,東映動畫的風格亦在每個角色之中加強作者自己的構思。其中一個例子就是高畑勲的《太陽王子 霍爾斯的大冒險》。這套動畫同時被視為突破原本動畫風格的第一大突破,同時亦為後來日本動畫「原創化」及「漸進式動畫」運動中打下基礎。宮崎駿和押井守亦有參與後來的日本動畫「原創化」及「漸進式動畫」運動。  「資源限制」是東映風格的動畫對現代動畫的其中一項影響元素。這種資源控制的辦法令到動畫工作者把精神灌注在主要的劇情,而其他的畫面只是粗略帶過。東映動畫師大冢康生是第一位嘗試用此方法制作動畫的工作者,並且在未來推出的電視動畫加以發展。  手冢治虫於1960年代初期成立了蟲製作公司。1963年,該公司的第一套動畫——《原子小金剛》在富士電視臺播映,隨即成為日本第一套最受歡迎的動畫。雖然《原子小金剛》為日本第一套最受歡迎的電視動畫,但文獻記載當時的電視臺播放的第一套動畫為1962年的《漫畫年表》。不過,世界各國,連日本在內都公認《原子小金剛》為日本第一套電視動畫,因為《原子小金剛》是第一套動畫以主角原子小金剛為中心故事的動畫。《原子小金剛》成功吸引世界各國的注意,連美國的電視臺都在1964年把《原子小金剛》引進美國,並改編成美國版的《原子小金剛》。《原子小金剛》的成功,令到日本的動畫得以發展,並在1960年代製作很多作品,如橫山光輝的《鐵人28》、手冢治虫的《小白獅》和吉田龍夫的《飛車小英雄》。  1960年代未至1970年代初,日本動畫開始向不同故事題材發展,手冢治虫開始製作為成人而設的動畫電影,包括大量性感刺激和藝術題材的動畫。其中三套試製的動畫為:《一千零一夜》、《埃及妖后》和《哀傷的貝拉透娜》。《哀傷的貝拉透娜》為當時最成功的電影,併為1997年製作的《少女革命》帶來靈感。第一部原創成人電視動畫《魯邦三世》亦同時在1971年推出。

  1970年代,日本電影市場因與電視市場的競爭而衰落。東映開始擺脫以迪士尼式的動畫製作並開始以製作電視動畫為主。另外,由於蟲制動畫公司的破產,而使相關動畫業者自謀生路,成立了如Madhouse和日升動畫(Sunrise)等動畫工作室。因為以上原因,令到更多年青的動畫師都希望可以做到監督而努力工作。此舉亦令到更多動畫種類試製並帶到動畫市場上。  其中一個在1974年上映的試製作品是高畑勲的《阿爾卑斯山的少女》。此作品原本只是一套硬銷作品,因為原本是一套簡單真實故事改編而成的兒童故事,當時很多電視臺都以兒童都喜歡大量虛擬元素為主的動畫為理由而認為此電視動畫不會成為一套出色的作品。不過,《阿爾卑斯山的少女》最終都成為世界知名的動畫之一,尤其是在歐洲國家。在日本,因為《阿爾卑斯山的少女》的成功從而令高畑勲和宮崎駿開始製作一連串童謠動畫,後來統稱為《世界名作劇場》。雖然高畑勲和宮崎駿在1970年代晚期退出《世界名作劇場》的工作,但是《世界名作劇場》的受歡迎程度仍能維持至1990年代中期。  另外一類動畫種類——科幻動畫亦是在1970年代開始。早期的作品包括1972年的《三一萬能俠》、1972年的《科學小飛俠》、1974年的《宇宙戰艦大和號》和1979年的《機動戰士GUNDAM》。這些動畫從更多的超級英雄故事中反映出當時的科幻動畫的進展,以虛幻的背景來增加更多較為真實性的太空故事,包括錯綜複雜的人物關係和難以判斷對與錯的道德倫理問題。其中一個著名的例子是《機動戰士GUNDAM》的登場角色馬沙·亞斯洛布,他從原本在《機動戰士GUNDAM》作為對抗者,轉為後來的GUNDAM系列(例如《機動戰士Z GUNDAM》和《機動戰士GUNDAM ZZ》)的己方組織奧幹一員。而在劇場版《馬沙之反擊》中,又再次為了個人價值觀而脫離組織變成對抗者。

  1970年代末期,由於美國的《星球大戰》的成功經歷,使更多以宇宙背景為主的動畫在1970年代晚期出現。松本零士於1974年製成的電視動畫作品《宇宙戰艦大和號》就是從這個背景中重新編製成電影動畫,或稱為劇場版動畫。《宇宙戰艦大和號》劇場版為1980年代的「大爆發」,或稱日本動畫的黃金時代打下基礎。  正值此時,在日本動漫界發生兩件大事:日本的次文化擁護者(後來簡稱作御宅族)開始製作動畫雜誌(例子有Animage和Newtype)。這些雜誌的出現是要回應在1970年代所無法抵禦的動漫畫狂熱熱潮。  另外,其中一個動畫製作的問題就是如何節省資源。由《宇宙戰艦大和號》的監製西崎義展和動畫師金田伊功發展的技術透視法和容許主線原畫師把他們的風格放在西崎監製的動畫作品上就是其中一些節省資源的辦法。在眾多的原創作品當中,此發展元素為日本獨有的個人動畫(尤其是用於動畫廣告上)風格打下良好的基礎。再者,西崎的動畫亦為宮崎駿和他發明的廣角鏡拍攝手法帶來靈感。  而科幻動畫亦在日本境外有著深厚的影響。在美國,《星球大戰》的受歡迎的程度和當時傳入日本的動畫節目帶著相同但較小的影響。其中,《科學小飛俠》就曾於1978年被改編成為《地球之戰》及於1986年改編為《重力戰隊》;《宇宙戰艦大和號》亦於1979年改編成《星光使者》;而最為熟悉的,1985年的《太空堡壘》則是從三套日本科幻動畫中創作出來:《超時空要塞》、《超時空騎團》和《機甲創世紀》。而美國的御宅族則從此一班熱愛這型別的動畫的朋友而形成。

  在1995年,庵野秀明編寫並指導了一部非常有爭議的動畫,《新世紀福音戰士》。這部動畫在日本動畫愛好者中變得非常流行,並且通過大眾媒體的注意而被公眾所知。一般認為,庵野秀明原本只是想把這部作品設計成為面向終極御宅族的,並用來拯救滑落中的動畫產業;但是就在製作過程中,他最終把它做成了一部在文化上備受嚴厲批評但也相當成功的動畫。電影《The End of Evangelion》(1997年) 票房超過了1,000萬美元 。 《福音戰士新劇場版:序》(2007)票房約20億日元。《福音戰士新劇場版:破》(2009)票房約40億日元。《福音戰士新劇場版:Q》(2012)票房約52.6億日元。  在《新世紀福音戰士》的電視版動畫中,許多場景飽含爭議,以至東京電視臺被迫在動畫中的暴力和色情的敏感度上採取了更加嚴厲的標準。這導致了《星際牛仔》(1998年)第一次播放時,顯得已經被重度修改並且只有一半的集數被放映。這個敏感度目前已經放鬆了一些,但是《新世紀福音戰士》在整體上對電視動畫產業有著很大的影響。  另外,由《新世紀福音戰士》開始了一系列叫做“後新世紀福音戰士”的節目。這些節目中的大多數是有關巨大的機器人和一類有著宗教信仰或不易相處的駕駛員的節目。這些節目包括《翼神傳說》、《靈魂力量》和《餓沙羅鬼》。這些節目中的另一個系列是深夜檔具有實驗性質的電視節目。由《玲音》(serial Experiments Lain,1998年)開始深夜檔日本電視成為了具有實驗性質的動畫和另外一些類似的節目(比如2000年的《幻影死神》、2003年的《機魂末世錄》和2004年的《妄想代理人》)的場所。  一種由村上隆開創的,整合了日本的流行文化和後現代化藝術的,叫做Superflat的藝術行為大約在這個時期形成。村上隆堅持認為這種行為是在戰後通過御宅族亞文化的眼睛所分析得到的。他的渴望亦是去擺脫“高階”和“低端”的藝術並建立一種扁平的、連續的從此開始的術語“superflat”。他的藝術展覽非常流行並且對於某些動畫創作者(特別是Studio 4°C的那些)來說有著很大的影響。
日本動畫的初期發展可追溯至1920年代,當時日本電影工作者把西方最新發展的動畫製作技術帶到日本,並開始試著製作動畫。雖然日本電影工作者已於較早的時期開始製作動畫,不過日本第一套大受歡迎的動畫卻在1963年才出現,漫畫大師手冢治虫創作的漫畫作品《原子小金剛》被改編成動畫版本,於元旦當日在富士電視臺播放。在1970年代,日本動畫進一步發展,放棄原本跟隨西方技術的路線,並自行創作日本獨有的科幻動畫。當時著名的作品包括《魯邦三世》和《無敵鐵金剛》,而長壽動畫則有《多啦A夢》、《麵包超人》、《蠟筆小新》、《名偵探柯南》、《神奇寶貝》、《海賊王》和《火影忍者》。同時,部分電影工作者,例如宮崎駿和押井守亦開始在動畫製作冒出頭來。