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  其前身是1786年成立於曼徹斯特的曼徹斯特學會(Manchester Academy)。 最初由英格蘭長老會運營,仿效沃靈頓學會,是一個異議學會,給宗教異見人士提供高等教育,也一度是英格蘭唯一不收英國國教教徒的高等教育機構。  1786-1803年學院位於曼徹斯特,在進入牛津之前,該學會五度改變校址。  1804年左右的第一次搬遷是因為時任校長,一神論派Charles Wellbeloved不肯從約克前往曼徹斯特就任,於是學院反過來前往約克。最初查理斯負責教授所有課程,一年之後才增加教員,他工作十分努力也因此積勞成疾。1840年不得不退休,於是學院才次搬回曼徹斯特。 這位校長思想開明,在1809年寫給喬治·伍德(George Wood)的信中,他說: 在查理斯的教導下,該學院公有235人畢業,其中121位是神職者,114名是律師。  1840年至1853年學院繼續在曼徹斯特辦學,1840年還與倫敦大學取得了聯絡。1853年至1889年間遷往倫敦,駐於現在戈登廣場的威廉博士圖書館。 1893年,大學從倫敦遷往牛津,進入托馬斯·沃辛頓設計的新學院建築中。

  1996年,曼徹斯特學院經皇家憲章,由牛津大學具有宗教性質的永久私人學堂轉為牛津大學學院。 同時因受菲利普·哈里斯,派克漢哈里斯男爵捐助而改名哈利斯·曼徹斯特學院。
哈里斯·曼徹斯特學院(Harris Manchester College)是英國牛津大學的學院之一,原來稱曼徹斯特學院,在大學典禮上稱“Collegium de Harris et Manchester”。