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  所有的變形菌門細菌都是革蘭氏陰性菌,其外膜主要由脂多糖組成。很多種類利用鞭毛運動,但有一些非運動性的種類,或者依靠滑行來運動。此外還有一類獨特的粘細菌,可以聚集形成多細胞的子實體。變形菌門包含多種代謝種類。大多數細菌營兼性或者專性厭氧及異養或者自養化能生物生活,但有很多例外。很多並非緊密相關的屬可以利用光合作用儲存能量。因其多數具有紫紅色的色素,被稱為紫細菌。

  變形菌門根據rRNA序列被分為五類(通常作為五個綱),用希臘字母α、β、γ、δ和ε命名。其中有的類別可能是並系的。  α-變形菌除包括光合的種類外,還有代謝C1化合物的種類、和植物共生的細菌(如根瘤菌屬)、與動物共生的細菌和一類危險的致病菌立克次體目。此外真核生物的線粒體的前身也很可能屬於這一類(參見內共生學說)。  β-變形菌包括很多好氧或兼性細菌,通常其降解能力可變,但也有一些無機化能種類(如可以氧化氨的亞硝化單胞菌屬("Nitrosomonas"))和光合種類(紅環菌屬("Rhodocyclus")和紅長命菌屬("Rubrivivax"))。很多種類可以在環境樣品中發現,如廢水或土壤中。該綱的致病菌有奈氏球菌目(Neisseriales)的中一些細菌(可導致淋病和腦膜炎)和伯克氏菌屬("Burkholderia")。 在海洋中很少能發現β-變形菌。  γ-變形菌包括一些醫學上和科學研究中很重要的類群,如腸桿菌科(Enterobacteraceae)、弧菌科(Vibrionaceae)和假單胞菌科(Pseudomonadaceae)。很多重要的病原菌屬於這個綱,如沙門氏菌屬("Salmonella")(腸炎和傷寒)、耶爾辛氏菌屬("Yersinia")(鼠疫)、弧菌屬("Vibrio")(霍亂)、綠膿桿菌("Pseudomonas aeruginosa")(就醫時引發的肺部感染或者囊性纖維化)。重要的模式生物大腸桿菌也屬於此綱。  δ-變形菌包括基本好氧的形成子實體的粘細菌和嚴格厭氧的一些種類,如硫酸鹽還原菌(脫硫弧菌屬("Desulfovibrio")、脫硫菌屬("Desulfobacter")、脫硫球菌屬("Desulfococcus")、脫硫線菌屬("Desulfonema")等)和硫還原菌(如除硫單胞菌屬("Desulfuromonas")),以及具有其它生理特徵的厭氧細菌,如還原三價鐵的地桿菌屬("Geobacter")和共生的暗桿菌屬("Pelobacter")和互營菌屬("Syntrophus")。  ε-變形菌只有少數幾個屬,多數是彎曲或螺旋形的細菌,如沃林氏菌屬("Wolinella")、螺桿菌屬("Helicobacter")和彎曲菌屬("Campylobacter")。它們都生活在動物或人的消化道中,為共生菌(沃林氏菌在牛中)或致病菌(螺桿菌在胃中或彎曲菌在十二指腸中)。
變形菌門(Proteobacteria)是細菌中主要的一門,包括很多病原菌,如大腸桿菌、沙門氏菌、志賀氏菌、綠膿桿菌、霍亂弧菌、鼠疫桿菌、腦膜炎雙球菌、淋球菌、空腸彎曲菌、幽門螺桿菌等著名的屬。也有自由生活(非寄生)的種類,包括很多可以進行固氮的細菌。