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  京都動畫的前身為「京都動畫工作室」。創辦人八田陽子本身曾經在蟲製作公司擔任動畫完稿上色的工作,與夫婿八田英明結婚後搬家到京都府宇治市,1981年成立工作室,跟鄰近的家庭主婦一起承接龍之子製作公司與日升動畫的完稿外包工作。  1985年7月12日,公司法人化,成為有限公司,八田英明就任社長。一開始是上色專門公司,1986年成立作畫部門。  1987年,京都動畫藉由承包龍之子的電視動畫《星戰英豪》()跨入動畫製作的領域。該作品的製作人石川光久後來成立I.G.龍之子(後來改製為Production I.G)之際,京都動畫曾出資支援。  自1990年代中期以來,京都動畫已經具備有獨立製作動畫的所有環節,包括演出、作畫、完稿、背景、攝影等等,從而開始「統包」業務。在京都動畫統包業務全盛時期,曾擁有四個工作室、超過100人以上的員工,同時也承接遊戲外盒設計等業務。  1992年,京都動畫承包SHIN-EI動畫委託的電視系列動畫片《》時首次以公司內部的資源與人力完成全套製作流程。此時京都的高品質名聲已經在業界建立口碑,併成為SHIN-EI動畫、日升動畫、Studio Pierrot等公司的長期外包伙伴。動畫監督杉井儀三郎曾經表示,由於京都的作畫品質甚高,甚至有製作公司為了等待京都有空檔而調整動畫的製作時間表。

  1999年,京都動畫成為股份有限公司。  2000年,京都動畫將旗下大阪工作室獨立成為關係企業,命名為「Animation Do」,主要承包SHIN-EI動畫的《我們這一家》、《哈雷小子》等系列動畫片,以及母公司京都動畫委託的外包業務。  其後京都動畫開始專注於獨立製作動畫,並於2004年《犬夜叉》系列影集結束之後終止了大部分的統包業務(移至Animation Do),僅剩下《蠟筆小新》的動畫與完稿仍繼續承接外包。在2003年3月,京都動畫首部獨立製作、同時是旗下第一部原創動畫《MUNTO》面世,合共推出了三部作品,大部分場面設計均與京都動畫的早期發展經歷有關;同年8月,首部小說改編作品《驚爆危機?校園篇》推出,作者賀東招二與京都動畫建立深厚關係。之後賀東參與了《涼宮春日的憂鬱》(2006年版)、《幸運☆星》部分集數的劇本,2012年的《冰菓》擔任劇本統籌一職。  2005年,京都動畫首次改編戀愛遊戲製作公司Key的《AIR》,與當時東映動畫任由導演闡述原作的劇場版系列不同,京都動畫在不同地方都致力將原作遊戲的內容和角色構圖忠實呈現,以壓倒當時不少作品質量的評價引起話題,使京都動畫的名字在動畫迷之間成為了一個保證。自《AIR》之後,京都動畫把Key的作品逐一動畫化,如《Kanon》、《CLANNAD》、《CLANNAD ～after story～》等,每年製作一套。直至Key一次提出《Little Busters!》動畫化方案時,京都動畫並沒有再接受,兩間公司自此結束合作關係。  除了Key的作品外,2006年播放的《涼宮春日的憂鬱》、2007年播放的《幸運☆星》、2009年播放的《K-ON!》都掀起了熱潮,而相關的周邊商品多不勝數,包括角色CD、只收錄一至二集的DVD、日常用品,比其他動畫製作公司有更強的賺錢的心態,但亦顯出制定市場策略的實力,成功構成有別於其他工作室向來倚賴影碟銷售賺錢的商業模式,亦為後來不少動畫投資者所模仿。  2009年,《K-ON!》開始展示京都動畫銳意挑戰原創編劇與世界觀,嘗試在原作精髓上作進一步發揮自家人員的創意。後來2014年播出的《甘城輝煌樂園救世主》亦有出現與原作完全不同的劇情內容發展。這個理念在及後的KA Esuma文庫改篇作品亦為發展主軸。  2012年10月開始播放的《中二病也要談戀愛》為京都動畫旗下KA Esuma文庫出版的輕小說,曾獲得第一屆京都動畫大賞輕小說部門之優秀作品。這部作品象徵京都動畫突破動畫範疇,開始踏足其他創作領域,為自己製作的動畫提供原創素材及劇本。  2013年,京都動畫第二部原創作品《玉子市場》放送。同年,Animation Do首次以主導的身份,跟京都動畫一同製作電視動畫《Free!》,亦全面更新網站內容,象徵統包業務時代完全結束,未來有機會走向更明確的獨立發展。  2014年,京都動畫榮獲第19回神戶動畫獎特別賞。

  2019年7月18日上午10點30分左右,京都動畫第一工作室遭到縱火。依據京都警方最新公佈的訊息,截至19日晚間為止,受害者共69人,33人死亡,10人重傷,6人中傷,20人輕傷,這是日本自平成以來死傷最嚴重的縱火事件。後來更新為36人死亡(其中3人是在被送往醫院之後死亡)。  警方在現場拘捕了涉嫌縱火的41歲嫌疑犯青葉真司,但因其受到燒燙傷而意識不清,尚無法得知犯案原因。  火災現場可能發生爆燃現象,加上工作室一至三樓由螺旋梯貫通,導致濃煙迅速竄升,一樓錄音室附近倒有2人、二樓辦公室倒有11人、二樓往三樓的樓梯處倒有1人、三樓往屋頂的安全門口處倒有19人,死者多數為一氧化碳中毒。  日本動畫業界的動畫師、導演、製作人等工作者,即使並非該公司的員工、不曾相識,但是也在Twitter上表示關心,這個事件令日本動畫人士們非常地心痛、震驚。  2019年7月21日18時,京都動畫就此次事件發表了公告,該公告表示就採訪事宜將委託律師處理,京都動畫本身將集中於傷者及死難者家屬的應對。  這起事件對京都動畫無疑是一次重創:幾乎所有的重要檔案全毀,工作區被破壞,進度被打亂,而且不少在此事件中不幸身亡的都是重要的動畫製作人。四名董事除石原立也,全部不幸遇難。  日本警察廳稱這已經成為平成以來最惡的一起放火事件。  日本媒體引用新浪微博評論稱:“動漫歷史上最黑暗的一天。”  受此事件直接影響,原定於2019年7月19日公開的《Free!》系列《2020夏》最新續報目前決定中止發表。  原定7月20日開始的“京阪電車×吹響!上低音號 2019”聯動企劃宣佈延期。

  2000年4月7日,京都動畫把原有位於大阪的兩個動畫工作室獨立公司化,全名為Animation DO有限公司(株式會社アニメーションドゥウ),成為旗下子公司。  成立後,京都動畫把大部分原社內承包動畫工作轉移到Animation Do進行,並在作品中使用Animation Do名義參與制作。主要客戶為SHIN-EI動畫(シンエイ動畫)。另外,自京都動畫開始獨立製作動畫,Animation DO多數會以製作協力名義參與動畫製作。
京都動畫(,英語:Kyoto Animation),暱稱京阿尼(),是日本一家主要負責動畫製作,商品企劃、製造、銷售、批發、出版的公司,公司成立於1981年。1985年7月12日成為有限公司,並於1999年成為股份有限公司。2003年開始獨立製作動畫。其公司商標的設計來自於公司名稱開頭日本漢字「京」的變化。