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  彥根城歷史悠久,最早是在1600年,由當時的將領,也就是德川四天王之一的井伊直政領功後計劃建造,但1602年直政過世,長子井伊直勝(又名直繼)繼承父業,在1603年,彥根城才開始動工興築,當時彥根城的地理位置兼具保衛和戰略優勢,對關原之戰爆發後的戰亂有穩定效果。  由於連年戰亂,此木造城堡的建材多由一些殘破的城守拆替而來,如西之丸的三重櫓臺建材來自淺井長政的小谷城,天平櫓臺建材來自豐臣秀吉的長濱城,太鼓門建材來自石田三成的佐和山城,天守閣建材則來自大津城的天守。1605年,城堡本體大至具有規模後,直勝才率領家屬與家臣進駐。1614年,井伊直勝的弟弟井伊直孝由於兄長病弱,正式成為彥根城的第二代藩主。在1616年直孝開始進行外廓擴張的工程,並將城廓改造的更為堅固,且增建了御殿。彥根城約在1622年正式完工,一共花了近20年的建造時間。在1633年,直孝受封35萬石,是德川家康下譜代大名中受封最高的將領。  1677年,井伊氏更以唐玄宗的離宮庭園為概念,在彥根城中興建了玄宮園。園內的鳳翔臺可從下往上眺望彥根城,是藩主招待貴賓之處(現已成為日式茶道的茶室)。  幕府末年,1850年,井伊氏第14代中有名的大老井伊直弼成為彥根城的末期藩主之一。其子井伊直憲即彥根城最後一代藩主,日本廢藩置縣之後,井伊氏與彥根城的關係依然相當緊密,1953年擔任彥根市市長的井伊直愛就是井伊氏的直系血親。

  1873年明治時期頒佈了廢城令,彥根城由於年久失修而被列入了清單,在1878年,當時的內閣總理大臣,大隈重信將彥根城從廢城清單中移除,並著手整修工程;1931年,天守閣的瞭望塔依日本國寶法被指定為國寶。  1950年,由於日本第一大湖琵琶湖被指定為國家公園,民眾選出了琵琶湖八景,其中第七景「月明」就意指彥根古城在月光下的美景(資料)。  在1951年的6月9日,整修之後儲存良好的彥根城被指定為國家的特別史蹟,比知名的姬路城早了5年。1952年,新的文物保護法頒定,彥根城被列為日本的最重要的基礎國寶之一。1987年,以展示彥根城城裡文物的彥根城博物館開幕,藏有約6萬5千件重要文物,包刮井伊家歷代歷代征戰所用的硃紅盔甲、刀劍。以及能劇面具、茶道具、書畫等藝術品。最重要的是也儲存了彥根城自興建至今所能找到的繪圖和文獻。1987年,由水戶市贈送的黑天鵝群也開始在彥根城的護城河中生活,成為民眾餵養、觀光客取景的一角。井伊直弼童年在彥根城中居住之地被稱為「埋木舍」也是儲存的史蹟之一,埋木舍在1985年時開始修復,在1991年完工。

  國寶  國家指定的重要文化財產  注:多聞櫓是鬆永久秀所創的城堡建築方式,結合了與倉庫、城兵的居住空間以及防衛圍牆在一起的建物。亦有稱為箭樓。
彥根城是一所位於日本滋賀縣彥根市金龜町的古城,也是日本國寶與國家古蹟中僅存的四座木造城堡之一。該城完整地保留了江戶時代以前的築城方式。別名金龜城()。