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  2006年9月7日,關塔那摩基地司令證實,美國中央情報局祕密監獄曾關押的14名恐怖要犯已移送到關塔那摩監獄。  2007年6月6日,美國國防部發表宣告說,一位名叫阿卜杜拉希·蘇迪·阿拉爾的恐怖嫌疑分子已移送關塔那摩監獄關押。6月22日,一位名叫哈龍·阿福汗尼的恐怖嫌疑人移送到關塔那摩監獄關押。

  美國軍方對每一名新到關塔那摩的囚犯都會召開聽證會,如果確定不是敵方戰鬥人員,一般將遣返本國;否則將改判無限期關押,並予以剝奪《日內瓦公約》規定的戰俘權利。  美國之所以選擇關塔那摩灣為新的拘留營,有一點原因來自於這個地區的特殊法律地位。因為關塔那摩灣的主權屬於古巴,美國政府聲稱關押嫌犯的地區在法律上並非美國領土,所以這些人無法擁有如關押在美國領土上時會享受的美國憲法所賦予的權利。但在2004年的“拉蘇爾訴布什案”中,美國聯邦最高法院否決了美國政府的辯護,多數裁定關塔那摩基地的囚犯有權向美國法院申訴,引證是美國對關塔那摩灣有唯一的控制。  2006年6月29日,美國最高法院判決,根據美國法律和《日內瓦公約》,美國總統布什無權下令成立特別軍事法庭,以審判關押在關塔那摩監獄的囚犯。10月17日,美國總統布什簽署《2006年軍事委員會法》,允許中情局對恐怖嫌疑分子進行嚴厲審訊,並批准軍事委員會對恐怖嫌疑分子進行審判。  2007年1月18日,美國國防部公佈了用於審判關塔那摩監獄囚犯的《軍事委員會手冊》。該手冊是為實施《2006年軍事委員會法》而制訂的。手冊規定,軍事委員會禁止在審判中使用通過拷問、非人道手段等獲得的供詞,但允許使用2005年底前通過強制性審訊手段獲得的證據。手冊還對恐怖活動及相關的犯罪行為分別設定了最高懲罰。2月20日,美國華盛頓特區巡迴上訴法院裁定,關押在關塔那摩美軍基地的恐怖嫌犯無權就其是否應入獄受押,而向美國非軍事普通法庭提出上訴。

  2004年無罪釋放的三名英國人宣稱,營中美軍對囚犯實施持續不斷的拷問、性虐待、強行注射藥品和宗教迫害等暴行。三人釋出了115頁的卷宗詳細描繪這些指控。他們同時也譴責英國當局知曉此事但沒有干預。這些人的宣告得到兩位法國前囚犯、一位瑞典前囚犯和一位澳大利亞前囚犯的支援。而美國海軍部長戈登·英格蘭迴應道,一位海軍總監察長已經對關塔那摩基地的情況進行了調查,結論是“執行過程都是高標準的”。  前受押人員Moazzam Begg在2005年1月25日,關滿3年後獲釋,他指責美國軍人對他及其他從阿富汗和巴基斯坦抓捕的囚犯嚴刑拷打。在釋放後第一次廣播訪問中,他聲稱“親眼見到兩個人被暴打得不成樣子,我覺得應該是被打死了。”  2004年11月30日,《紐約時報》發表了美國政府洩漏出的一份內部備忘錄,內容是國際紅十字會的一份報告。報告中稱一些行為“等同於嚴刑拷問”:用大聲的噪音或音樂刺激囚犯,將囚犯置於長時間的非正常溫度環境中,還有毆打等。報道還指出基地存在著一個行為科學小隊,又叫作“餅乾”;同時基地的醫生將機密的醫療資訊透露給審問官(如囚犯的弱點和恐懼症等),使囚犯對基地的醫療人員失去信任、疑心重重。和紅十字會平時人道主義行動遭遇的情況相同,他們進入基地調查也是有條件的:不許將調查結果透露出去。有不同來源的訊息證實,紅十字會各部內曾爆發激烈的辯論和爭吵,因為有一些參與調查的人員希望將報告公之於眾,或直接和美國政府對峙。《紐約時報》還披露,政府和五角大樓在7月就已經看過紅十字會的報告,但對調查結果嗤之以鼻。報告在5月洩漏時,新聞首先出現在其他報紙如上。紅十字會對此做出了迴應。  2005年5月31日,美國總統喬治·沃克·布什對國際特赦組織釋出的一份最新人權報告進行抨擊。報告指出在關塔那摩和其他美軍監獄中有持續不斷的虐囚行為,批評此監獄就像“當代的古拉格集中營”(the gulag of our times),而小布什迴應稱此報告“荒謬”(absurd)。布什發表評論的同一天,美聯社又釋出另一篇報道,指出阿富汗部落族人告發所謂的恐怖分子實際上是另有目的:要把他們賣給美國人,賞金從3000到25000美元不等,而在軍事法庭上囚犯證實此說法。因為美聯社之前依據《資訊自由法》提起過訴訟,使美國政府不得不釋出相關記錄,報道的內容就是來源於此。  2007年1月2日,聯邦調查局解密的檔案說,其僱員報告目睹了關塔那摩26起虐囚事件。

  2005年5月9日一期的《新聞週刊》披露了美軍在關塔那摩基地中為了迫使嫌疑犯招供,將《古蘭經》衝入抽水馬桶的事件。由於曾有嫌疑犯提出類似指控,此文一經刊發便在廣大穆斯林中引發了強大的反美情緒,阿富汗、巴基斯坦等地接連爆發大規模示威活動,抗議美軍褻瀆《古蘭經》,活動中已有多人死亡。事後,雜誌迫於各界強大壓力,做出了「此文可能不屬實」的宣告並收回原文,5月18日白宮更公開批評這一報導嚴重損害了美國的國際形象。  但在6月3日美軍公佈了5起士兵粗暴對待古蘭經的事件:包括1名士兵故意腳踢古蘭經、審問官腳踩古蘭經、1位看守通過排氣管撒尿,濺到1名囚犯和其古蘭經上、看守投擲水氣球,弄溼多本古蘭經以及在1本古蘭經內頁用英語書寫淫穢詞等,白宮和五角大樓事後對此報導封鎖訊息、刻意避免張揚。

  

  2005年7月21日,美國軍方證實關塔那摩灣的52名受押囚犯開始絕食,抗議在沒有經過審判的情況下以恐怖嫌疑人的身份將他們拘押了三年多。8月8日,87名囚犯開始絕食,其中10人需要強制鼻管餵食,抗議對他們的無限期拘押、得不到公正審理,以及美軍基地對他們的不人道待遇。12月25日,又有46人加入了絕食的行列。對於一些絕食囚犯被美軍強制餵食的問題,人權團體表示了質疑。  2006年3月9日,來自英國和美國等7個國家的260多名醫生在醫學雜誌《柳葉刀》上刊登一封聯名信,呼籲監獄管理部門准許在押犯人絕食而死。 5月29日,關塔那摩監獄發言人說,又有75名獄中囚犯新近開始絕食,以此來聲援3名已絕食數月的囚犯。

  2006年6月10日,美軍南方司令部發表宣告說,關塔那摩基地監獄的看守發現3名囚犯死在牢房中,死因顯然是自殺。這是自美軍設立該監獄以來發生的首起囚犯死亡事件。死者是2名沙烏地阿拉伯人和1名葉門人。

  2006年2月16日,聯合國公佈一份該監獄問題的報告,呼籲美國要麼對被關押者進行審判,要麼立即將其釋放。美國白宮發言人拒絕了聯合國的這份報告中關於關閉該監獄的建議。聯合國祕書長安南敦促美國政府根據聯合國的這份報告,儘快關閉關塔那摩監獄。

  2007年8月9日,美國國防部宣佈,軍方已經對關塔那摩監獄的14名囚犯完成身份評估,並已認定他們全部為敵方戰鬥人員。

  2006年9月14日,美國將關押在關塔那摩基地的兩名科威特人41歲的阿明和32歲的昆達裡遣返回科威特。10月12日,美國向阿富汗移交了16名關押在關塔那摩監獄中的囚犯,向摩洛哥移交了1名囚犯。10月16日,美國向伊朗和巴林各移交了1名關押在關塔那摩監獄中的囚犯,向巴基斯坦移交了2名囚犯。11月20日,美國從關塔那摩監獄釋放的3名囚犯抵達阿爾巴尼亞,他們分別為埃及人、阿爾及利亞人和烏茲別克人 12月17日,美國五角大樓宣佈,軍方將18名關押在古巴關塔那摩基地的外國囚犯遣送回他們各自的國家,其中包括7名阿富汗人、6名葉門人、3名哈薩克人、1名利比亞人和1名孟加拉國人。2007年3月1日,美國分別向阿富汗和塔吉克斯坦移交了兩名和三名關押在關塔那摩監獄的囚犯。6月19日,美國向突尼西亞移交了兩名關押在關塔那摩監獄的囚犯,並向葉門移交了4名囚犯。7月16日,美國向沙烏地阿拉伯移交了16名關押在關塔那摩監獄的囚犯。8月9日,美國分別向阿富汗和巴林移交了5名和1名關押在關塔那摩監獄的囚犯。

  2007年3月26日,澳大利亞籍囚犯戴維·希克斯承認支援與美國為敵的恐怖組織罪名,他是關塔那摩軍事法庭提審的第一名囚犯。6月4日,美國軍事法官陸軍上校彼得·布朗巴克駁回了針對加拿大籍囚犯奧馬爾·卡德爾提出的有關指控。根據《特別軍事法庭法》,關塔那摩囚犯只有被確定為非法敵方戰鬥人員時才能接受該法庭審判。由於卡德爾被軍方審查小組定為敵方戰鬥人員,而不是非法敵方戰鬥人員,他只能駁回指控。

  參議員巴拉克·奧巴馬參選2008年美國總統選舉時,稱關塔那摩灣為「美國史上的悲傷一章」,並承諾會於2009年把它關閉。奧巴馬就任美國總統後,於2009年1月21日正式簽署行政命令,將於一年內關閉關塔那摩灣監獄,但被美國國會反對,到現在該拘留營仍繼續運作。
關塔那摩灣拘押中心(Guantanamo Bay detention camp)是2002年美軍在關塔那摩灣海軍基地所設定的一座軍事監獄,座落於古巴的關塔那摩灣沿岸。整個拘留營區是由三角洲營(Camp Delta)、鬣鱗蜥營(Camp Iguana)與X光線營(Camp X-Ray)等三個營區所組成,該單位常簡稱為Guantanamo或Gitmo(起源於該單位的縮寫GTMO)。根據美方的說法,該拘留營內所關的都是俘獲的敵方戰鬥人員(enemy combatants),而負責營區運作的單位是關塔那摩聯合特遣部隊(Joint Task Force Guantanamo,JTF-GTMO)。