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  第一面美利堅聯盟國國旗名為“星條旗”(Stars and Bars),於1861年3月5日到1863年5月26日間使用。 這面國旗的設計靈感來自於奧地利國旗,設計者是普魯士藝術家尼古拉·馬沙爾。

  在徵集第二面國旗的過程中,幾乎所有的方案都結合了南方軍隊的戰旗。最終採用的設計為白底,左上方為聯盟戰旗,因此又被稱為無瑕旗,比例為2:1。

  在1865年3月4日,就在戰爭即將結束之前,亞瑟·羅傑斯上校建議把一個紅色豎條放置在國旗上。這樣做的原因是無風時懸掛的國旗下垂,左上角的聯盟戰旗不能被看到,而只能看到白色的底,會被誤認為是表示休戰的白旗。 亞瑟·羅傑斯上校的建議最終被採用,他同時稱這面旗的紅色可以與北方軍隊的藍色完全區分出來,並象徵南方人來自英格蘭的傳統,這個豎條也代指法國國旗右邊的紅色。

  除國旗外另外有一些旗幟常被作為南部的代表,例如美麗藍旗。該旗原為西佛羅里達共和國國旗,但常作為南方軍隊的非正式代表旗幟。這面旗幟也影響了得克薩斯州的州旗設計。與此旗相關的《美麗藍旗》也是南部聯盟的非正式國歌之一。

  在第一次馬納沙斯之役中,第一面南方國旗(星條旗,Stars and Bars)和北方國旗(星條旗,Stars and Stripes)在遠處難以區分,南方旗幟與紋徽委員會前任主席威廉·博舍·邁爾斯受1860年的南卡羅來納州分離主義旗幟啟發,設計了僅用在戰場的南部軍旗。

  美利堅聯盟國海軍保留了英國使用兩面海上旗幟(艦首旗與船旗)的傳統。  艦首旗(Navy Jack) 船旗(Ensign)

  南部聯盟軍旗的長方形變體,最初在部分南方軍團使用,例如田納西軍團。這面旗幟也與海軍艦首旗相似,但藍色更深。雖然這面旗幟從未以國旗代表過南部聯盟,但在美國通常被稱為聯盟旗(The Confederate Flag),有時又被稱作反叛旗(Rebel Flag)或迪克西旗(Dixie Flag)。  在二十世紀這面旗幟重新流行起來。在二戰中部分使用南部暱稱或大部分由南方人組成的美軍單位使用這面旗幟作為標誌。美國海軍在二戰南太平洋戰場也使用這面旗幟作為船旗。
美利堅聯盟國國旗(英語:Flags of the Confederate States of America)是指美利堅聯盟國於1861–1865年間分別採用的三面國旗。除國旗外,經常使用的旗幟中亦存在一些國旗或軍旗的變體。南北戰爭結束後,儘管這些旗幟存在爭議,但仍能以官方或個人名義使用。