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  胸腺有結締組織包被;胸腺由外層皮質、內層髓質組成;表面的被膜結締組織伸入胸腺成為胸腺隔,形成許多不完全分隔的小葉;外層皮質主要由淋巴細胞(胸腺細胞)和上皮網狀細胞密集構成。  皮質外層的胸腺細胞最大,可見到淋巴細胞的有絲分裂;皮質中層的中等,深層的很小,並可見到細胞的退化解體。上皮網狀細胞,有些胞質中具有泡狀結構,內含的半透明物質,可能是分泌的胸腺素。髓質中有各種胸腺小體,是胸腺的特有結構,由上皮網狀細胞呈同心圓排列組成,中心為角質化或透明變性的破碎細胞,還常有巨噬細胞。  此外,胸腺髓質中有散在的類肌細胞(單核橫紋肌細胞),在鳥的胸腺中較多,幼年哺乳動物中較多,隨年齡增長逐漸減少。

  胸腺的血管有兩種結構:

  

  血液中的淋巴細胞,70-80%為T淋巴細胞(T細胞)。它們源自於骨髓裡的造血幹細胞(Hematopoietic stem cell),被血液送到胸腺裡,受胸腺激素的誘導,成為成熟但還沒有免疫功能的T細胞,再把它們送到脾臟、淋巴系統和其他器官,讓它們在那裡受胸腺激素的影響進一步成熟,隨時準備抵抗各種對人體有害的敵人。胸腺激素還能提高淋巴細胞的防禦能力,誘導B細胞(一種淋巴細胞)成熟。

  胸腺、甲狀旁腺都由咽囊發生;胸腺瘤能產生類促腎上腺皮質素、類胰島素、類胰高血糖素、類降鈣素等激素樣物質;對腦下垂體細胞有暫時刺激作用,延緩骨的成熟、骨的重量、體積及鈣含量減少。  胸腺本身受多種激素影響,如睪酮和雌激素可促使胸腺退化;注射糖皮質激素、促腎上腺皮質素等能使胸腺變小。
胸腺是動物的初級淋巴器官。人體內的其中一種腺體,部分骨髓免疫細胞(例如T細胞)在此成熟。