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  埃及行省的第一任總督為科尼利厄斯·伽盧斯,他使用軍隊控制了上埃及,並在南部地區建立了一個保護國——該地區曾經為托勒密王朝所統治,後被遺棄。第二任總督埃利烏斯·伽盧斯曾經組織遠征軍試圖征服後為阿拉伯行省的地區以及“福地阿拉伯”(現今的葉門),但是中途受挫;原屬埃及的紅海沿岸則直到克勞狄一世時期才納入羅馬治下。第三任總督蓋烏斯·佩特戎尼烏斯在其任期內疏通了荒廢的灌溉渠,帶動了埃及農業的復甦。 從尼祿統治時期開始,埃及享受了持續一個世紀之久的繁榮。不過此時也爆發了希臘人和猶太人之間的宗教衝突,這一情況在亞歷山大港特別嚴重——至公元70年耶路撒冷攻城戰 (70年)之後,亞歷山大港便成為了猶太世界的宗教和文化中心。圖拉真統治時期,埃及爆發了猶太人的起義。這場起義導致了羅馬對亞歷山大港的猶太人的鎮壓,其利益也被剝奪殆盡。不過不久之後,該處的猶太人又回覆了往日的生機。哈德良在其統治時期曾兩次巡視埃及,並建立了安提諾波利斯城,以紀念其溺水身亡的愛人安提諾烏斯。從其統治時期開始,埃及各地都興起了營建希臘羅馬式建築的熱潮。  安敦寧·畢尤統治時期的橫徵暴斂引發了公元139年的埃及起義。該起義由一個名叫伊西鐸魯斯的人領導,經過數年的抗爭,最終被鎮壓下去。這次席捲埃及鄉間的戰火嚴重削弱了埃及的經濟,標誌著埃及經濟衰落的開始。戰爭期間的羅馬軍隊指揮官阿維狄烏斯·卡西烏斯於公元175年自立為皇帝,並得到了駐敘利亞和埃及軍隊的承認。後馬爾庫斯·奧列裡烏斯廢黜了並殺死了卡西烏斯,帝國才得以恢復秩序。類似的篡位事件還發生於公元193年,其時佩蒂納克斯去世,佩斯坎尼烏斯·奈澤爾篡位稱帝。公元202年,塞普蒂米烏斯·塞維魯給與了亞歷山大港及其他埃及城市自治地位。 卡拉卡拉在其治內給予了所有埃及人以及其他外省人羅馬公民的地位,但此措施僅僅是為了收取更多的賦稅,隨著皇帝慾望的與日俱增,各地人民不堪忍受越來越重的賦稅。  在公元三世紀,爆發了一系列的暴亂,既有軍事暴動,也有城市公民的起義。公元250年,德西烏斯統治時期,埃及的基督教徒遭受迫害,但是基督教仍然繼續在該地區傳播。公元260年,埃及總督穆西烏斯·埃米利亞努斯支援了馬克里亞努斯父子對加里恩努斯皇帝的叛亂,261年,他自己又起來叛亂,但很快被擊敗。 公元269年,巴爾米拉女王芝諾比婭征服埃及,使其脫離羅馬統治,自稱埃及之女王。她宣稱埃及為其祖先居住之所,其家族淵源可追溯至克婁巴特拉七世。她接受了良好的埃及文化、宗教和語言教育,並諳熟於此。但是羅馬皇帝奧勒良斷絕了兩國間的友好關係,並於公元274年重新奪回了埃及;其後他又圍困了巴爾米拉長達四個月,重新統一了帝國。  後來,又有兩位羅馬皇帝——普羅布斯和多米迪烏斯·多米狄安烏斯相繼崛起於埃及,普羅布斯成功成為皇帝,而多米狄烏斯被戴克裡先擊敗。公元298年,戴克裡先從多米迪烏斯手中奪回亞歷山大港,繼而獲取了整個埃及行省。他於公元303年頒佈的反基督教法令又開啟了一個宗教迫害時代。這是針對在埃及地區穩定發展中的基督教的最後一次較為嚴重的迫害。

  當羅馬人取代托勒密家族對埃及實行統治之後,他們對當地的政府機構進行了大幅度調整。在最初階段,羅馬對埃及的征服鞏固了希臘人和希臘文化的地位。托勒密家族希臘化統治時期的部分政府機構得到了保留,但其他部分則進行了調整,某些機構的名稱雖未改變,但其職能和職權均發生了變動。羅馬人對埃及行政機構的變革旨在使其成為一個高效率的政府,並能夠收取儘可能多的賦稅。埃及行省總督的職責包括了:指揮羅馬軍團和步兵大隊,保證該地區的軍事安全;負責該地區的財政和賦稅;負責司法審判。  羅馬在最初4個世紀裡對埃及進行的改革為其在之後250年中的繁榮奠定了基礎,而其所付出的代價則是政府機構日趨僵化、對地區的控制日趨高壓。出於行政目的,埃及行省被細分為數個更小的省份,每個省份均派駐了民事和軍事官員。至公元六世紀中期,東羅馬帝國皇帝意識到該政策已不可行,遂將民事和軍事管轄權統合于軍事官員一身,以抗衡教會的權力。所有的地方自治權均被取消。軍人階級在埃及社會中日益顯赫,其權利和影響力已經滲透至城鎮和鄉村的日常生活中。

  自托勒密統治時期起,帝國政府賴以存在的財源就未發生過重大改變,但是新發展起來的更加複雜和精密的稅收系統則成為了羅馬帝國統治的標誌。貨幣稅和實物稅都與土地掛鉤,此外還有名目繁多的以貨幣繳付的蠅頭小稅,以及貿易稅等等。巨量的埃及穀物則被裝船順尼羅河而下,運至亞歷山大港,其中一部分餵養了城市中的人口,其餘的大部分則出口至羅馬。儘管納稅人時常抱怨收稅人的壓迫和勒索行為,但是當時官方的稅率並未達到一個很高的水平。事實上,羅馬政府積極鼓勵土地的私有化和私人手工業、商業和貿易的繁榮,而低稅率則會受到私人業主的歡迎。窮人則靠作為國有土地、皇帝所有產業或富人的私有土地的佃戶營生,相對而言,他們負擔了重得多的租稅——在相當長的一段時期內,租稅都維持在較高的水平上。  總而言之,甚至在鄉村一級,經濟的貨幣化程度和複雜程度都在與日俱增。以硬幣為媒介,貨物得以大規模的流通。在城鎮和較大的農村,隨著大型穀物產地的開發,較高層次的工業和商業活動也被啟用。埃及的國內和國外貿易總量,在公元一世紀和二世紀間達到峰值。但是在三世紀末,嚴重的問題開始浮現。帝國發行硬幣成色的多次降低損害了貨幣的信用,而政府徵收的名目越來越繁多的實物稅則使經濟狀況雪上加霜。地方政府越來越疏失、頑固和無效率,至戴克裡先和君士坦丁一世統治時期,埃及已經迫切需要進行深入而有目的性的改革了。

  埃及行省最富裕的幾個省均配置了少量的軍事力量。而保證埃及穀物出口的順暢,對於羅馬城及其市民來說是極其重要的。羅馬在埃及駐紮了3個軍團(後縮減為2個)——每個軍團6000人——的兵力,此外還有數個步兵大隊的後備力量,以保證埃及內部局勢的穩定。在羅馬統治埃及的第一個十年中,奧古斯都胸懷帝國主義的勃勃野心,試圖擴大埃及行省的南部和東部疆域。早期駐紮在埃及的軍隊大部分來源於已經瓦解的托勒密王朝,由希臘馬其頓人和當地埃及人構成。此後,逐漸地,羅馬人成為了駐軍的主要成分。
公元前30年,屋大維在擊敗其勁敵馬克·安東尼,廢除克婁巴特拉七世埃及女王之位後,吞併了托勒密埃及,並將其納為羅馬的一個行省。作為羅馬行省的埃及包括了除西奈半島之外現今埃及的大部。埃及行省西鄰克里特和昔蘭尼加行省,東接猶太行省(後為阿拉伯行省)。埃及行省是羅馬帝國最重要的穀物生產地。