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  依2009年APG III分類法,金粟蘭科獨自組成金粟蘭目,是被子植物的獨立小分支之一,也是木蘭類植物的旁系群。

  1981年克朗奎斯特分類法將其分入被子植物門木蘭綱(即雙子葉植物)木蘭亞綱(大略相當於木蘭類植物)胡椒目。  塔赫塔江分類法(Takhtajan system)將其分入被子植物門木蘭綱(即雙子葉植物)木蘭亞綱(大略相當於木蘭類植物)樟總目樟目。  達爾格林分類法(Dahlgren system)將其分入木蘭綱(即被子植物)木蘭亞綱(即雙子葉植物)木蘭總目(大略相當於木蘭類植物),獨自成立金粟蘭目。  1992年索恩分類法(Thorne system)將其分入木蘭綱(即被子植物)木蘭亞綱(即雙子葉植物)木蘭總目(大略相當於木蘭類植物)木蘭目。  但根據基因分析證明金粟蘭科和被子植物門中其他各科都沒有密切的聯絡,根據化石證據判斷,它是最早分化出的分支之一。  1998年根據基因親緣關係分類的APG分類法將其直接放到被子植物分支之下,但因其演化地位不明而沒有分入任何一個目。  自2001年起,史蒂文斯(Stevens)將其單獨列為金粟蘭目。但2003年APG II分類法繼續對其地位保留。  2007年,摩爾(Moore)等人的研究發現木蘭類植物很可能是金粟蘭科最親近的姐妹群,但金粟蘭科遠在木蘭類植物分化之前就已經和它們分離,而且形態上也有一定的差異。於是,2009年的APG III分類法將金粟蘭科列為木蘭類的旁系群,單獨成立金粟蘭目。

  金粟蘭目和其它被子植物的演化關係如下:
金粟蘭科(學名:)是金粟蘭目()的唯一科,包括4個屬共幾十種,有草本植物也有木本植物,都生長在熱帶和亞熱帶地區,都是芳香植物,花不顯眼,果實是核果,只具有一個種子。