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  該建築建立在木結構的聖若翰洗者小堂的基礎上,後者於942年由圖爾奈和努瓦永主教Transmarus祝聖。1038年,小堂擴建為羅曼式建築風格。原始結構和此次擴建的痕跡在地穴仍很明顯。  在隨後的14至16世紀期間,逐漸擴建為哥特式建築風格,到1569年6月7日完成。  1539年,由於反抗查理五世,老修道院遭解散,成為聖巴夫教堂。1559年天主教根特教區成立時,該教堂成為主教座堂。聖巴夫教堂是查理五世受洗的地點。

  聖巴夫主教座堂以繪製、儲存在大教堂內的根特祭壇畫而著稱,原本在其 Joost Vijd 小堂。它的正式名稱為《神祕羔羊之愛》,是休伯特·範·艾克和揚·範·艾克的傑作,被認為是北方文藝復興早期最重要的作品之一,以及比利時最偉大的藝術傑作之一。 其中一部分在1816年由柏林的英國收藏家愛德華·索利買去,又在1821年賣給普魯士國王腓特烈·威廉三世 並繼續儲存在德國。 在第一次世界大戰期間,德國又從聖巴夫主教座堂搶走了其餘部分。在戰爭結束後的凡爾賽條約中,作為規定的補償的一部分,規定德國歸還全部作品,包括索利合法購買的部分,以幫助彌補戰爭期間德國其他的“破壞行為”。  德國人對失去這件藝術品憤恨不平。1940年,因與德國爆發衝突,比利時當局決定將畫作送往梵蒂岡以保證其安全。 畫作運到法國時,義大利宣佈加入軸心國,與德國結盟,因此就擱置在法國沒有繼續向梵蒂岡運送。戰爭期間它被儲存在波城的一座博物館裡,法國、比利時和德國的軍事代表簽署了一項協議,需要徵得所有三方的同意才能移動這幅畫作。 1942年,阿道夫·希特勒下令予以查扣,將畫作帶到德國,存放在巴伐利亞的一座城堡。盟軍空襲開始後,又改放在一個鹽礦中。查扣時比利時和法國當局進行了抗議,但並沒有起效。  彼得·保羅·魯本斯的《聖巴夫進入根特修道院》也收藏在大教堂中。
聖巴夫主教座堂(荷蘭語:Sint Baafskathedraal)是天主教根特教區的主教座堂,以根特的聖巴夫命名。