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  !colspan="5"|南部及地中海地區 !colspan="5"|中東部地區 !colspan="5"|北部地區

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  第一圈共有 80 支隊伍參加,雙方球隊以主客製作賽,勝方的 40 隊球隊可進入分組賽階段。

  分組賽階段將40支隊伍分為8組,每組各有5隊,每隊以單迴圈賽制作賽,小組成績最好的首三名一共24隊連同歐聯小組賽第三名的8隊球隊可進入第一圈淘汰賽。 如在小組中兩隊得同分則順次序根據以下準則定出勝方:

  

  8 支歐洲聯賽冠軍盃分組賽第三名的隊伍加入第三圈淘汰賽,共計由歐洲足協盃分組賽階段晉身的 24 支球隊總共有 32 隊,於12月16日進行抽籤,對賽球隊採取主客兩回合賽制,賽事首回合於2006年2月15日及16日進行,而次回合則在2月23日進行。

  抽籤儀式於12月16日進行,對賽球隊採取主客兩回合賽制,賽事首回合於2006年3月9日進行,而次回合則在3月15日及3月16日進行。

  抽籤儀式於3月17日進行,對賽球隊採取主客兩回合賽制,賽事首回合於2006年3月30日進行,而次回合則在4月6日進行。

  對賽球隊採取主客兩回合賽制,賽事首回合於2006年4月20日進行,而次回合則在4月27日進行。

  決賽採取單場決勝制,2006年5月10日於荷蘭燕豪芬舉行。
2005–06年歐洲足協盃於2005年7月14日正式展開,賽事由第一圈開始,決賽於2006年5月10日在荷蘭燕豪芬飛利浦球場舉行。最後西班牙的塞維利亞以 4–0 擊敗英格蘭的米杜士堡歷史性首次奪得歐洲賽事冠軍。