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  宗教裁判所的發展主要經歷了這樣三個階段:  在宗教裁判所成立之前,教會反對異端的任務通常由主教調查,並交由世俗法庭予以制裁。第三屆拉特朗大公會議(1179年)開始對此進行立法,成為後來十字軍對阿爾比派鎮壓的法律依據。1224年皇帝腓特烈二世對異端執行了火刑,後格里高利九世對此蕭規曹隨。  宗教裁判所最初在教區建立,由主教掌握。由於主教有時不在自己的教區抑或公務纏身無暇顧及,導致當時的宗教裁判所效率低下。教宗額我略九世在13世紀30年代釋出通諭,建立直屬教宗管轄宗教裁判所。額我略九世於1231年發表《絕罰通論》("Excommunicamus")來譴責異端,並想到新的措施來對付異端,在德國、法國北部、郎格多克以及義大利都設立了異端裁判所。而受派去異端裁判所的審判員大多都是道明會的修士。在昔日歐洲,異端裁判所是聲名狼籍的,是不光彩的,但當時的異端裁判所並不是一個機構,充其量只是一系列的宗教審判員,1252年,教宗依諾增爵四世進一步批准宗教裁判所可以在審訊用刑。可用刑罰包括沒收全部財產、鞭笞、監禁、終身監禁,不撤銷自己異端思想的下場是火刑。由於有權搜捕嫌疑犯及同夥,這使得人人自危。  宗教裁判所存在的幾個世紀中,以宗教為名進行了許多不當的審判。宗教裁判所限制了中世紀的西歐思想文化的發展,卻鞏固了教會的權威。另一方面,宗教裁判所與十字軍一樣,為天主教歷史留下汙名。

  1229年在圖盧茲曾召開一個重要會議,為要對付當時迦他利派與瓦勒度派的勢力,所以在會議中決定除了詩篇和日誦祈禱書中所有經文以外,禁止所有的平信徒購買《聖經》,特別是所有的聖經譯本。會議中第二件重要性的行動就是異端裁判所的成立。中世紀後期的羅馬皇帝判迦他利派與瓦勒度派為異端。

  西班牙伊莎貝拉女王於1478年要求教宗思道四世准許成立,用以維護天主教的正統性,以殘酷手段懲罰異端。思道四世雖曾指責,但聖座始終沒有禁止此種行為。1539年,西班牙於美洲的殖民地墨西哥的宗教法庭。之後於1571年,來自西班牙的唐佩德羅·莫亞·孔特雷拉斯在墨西哥正式成立異端裁判所聖職部仲裁法庭,同時成為第一位裁判所長。此法庭最後停審於1820年。

  教宗保祿三世於1542年成立羅馬異端裁判所,對整個天主教世界的宗教審判所保有監督權。羅馬異端裁判所由教宗直接管理,有別於1478年建立的西班牙異端裁判所。保祿三世委任六名樞機構成一箇中央法庭,稱為神聖羅馬公教異端裁判部,這個機構要求認罪的被告進行公開悔過的苦行,包括自我鞭打,到聖地朝聖,罰款還有穿著表示被判刑者身份的服裝。此外嚴重者還會被沒收財產以及監禁,如伽利略即被判決受軟禁。  1904年,羅馬的宗教裁判所改為至聖聖部(Supreme Sacred Congregation of the Holy Office),並於1965年改名為神聖信理部(Sacred Congregation for the Doctrine of the Faith)。「神聖」一詞1985年取消,成為今天的信理部。信理部繼續面對及捍衛世界價值對天主教的教義的挑戰與衝擊,如今天同性戀問題和性侵害問題等等。
宗教裁判所(,或稱異端裁判所、異端審判)是教宗額我略九世於1231年決意、由道明會設立的宗教法庭。此法庭是負責偵查、審判和裁決天主教會認為是異端的法庭,曾監禁和處死異見份子。今天,宗教裁判所已改組為信理部。