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  1867年,當時統治福岡地區的黑田藩於天神設立了實行醫學教育的藩校「贊生館」,1872年由於施行學制而廢校的同時,其附屬醫院在此期間還是繼續開設。而此醫院在1874年成為修猷館的附屬診療所,1879年改組為福岡縣立福岡醫學校的附屬醫院。而在福岡縣立福岡醫學校廢校後還是以福岡縣立福岡醫院繼續存在。

  1886年帝國大學令公佈後,在九州設定一所帝國大學的機會相當高,終於在1900年1月29日的第14次帝國議會中通過「九州東北帝國大學設定建議案」,在建議案通過後尚有自古醫學就相當盛行的長崎縣和設有第五高等學校的熊本縣也在爭取帝國大學的立校。最後於1903年,由起源於贊生館的福岡縣立福岡醫院設立「京都帝國大學福岡醫科大學」,做為京都帝大的分科大學,也是後來的九州帝國大學的母體。

  古河財閥在1906年提出「福岡工科大學、仙台理工大學、札幌農科大學」建築建設的捐贈金,九州帝國大學的設定有了轉機。古河財閥大約100萬元的捐贈金中有六成作為九州帝國大學工科大學校舍建設的資金,再加上福岡縣的捐贈金,終於在1911年1月1日「九州帝國大學」成立。古河財閥剩下的四成捐贈金則使用在升格為東北帝國大學農科大學的札幌農學校(1907年9月,之後成為北海道帝國大學)以及新設立的東北帝國大學理科大學(1911年1月1日)中。  1922年9月25日,愛因斯坦訪問九州帝國大學理工學部。  1947年由於《帝國大學令》改為《國立總合大學令》,故名稱改為「九州大學」。1949年,包含位於福岡地區的舊制九州大學,再加上九州大學附屬醫學專門部、福岡高等學校、久留米工業專門學校成為新制的九州大學。舊福岡高等學校的設施與教職員併入九州大學第一分校(1955年與第二分校整合為九州大學分校,1963年開始稱為教養部),舊久留米工業專門學校設為第二分校(1955年與第一分校合併),舊陸軍步兵第四十八連隊兵舍遺址則設為第三分校(1951年廢止)。  2003年根據法律第29號吸收九州藝術工科大學,2004年根據國立大學法人化,從原本由國家直接設定管理的國立大學轉為「國立大學法人九州大學」。

  九州大學在完成「全學大學院重點化」後匯入學府·研究院制度,將大學院原本作為研究與教育組織的「研究科」,分成教育組織「學府」與研究組織「研究院」,也就是將大學院的研究與教育單位分離。教職員屬於研究院,大學院生屬於學府,而大學部學生則屬於學部,基本上研究院長也可兼任學府長與學部長。自2006年3月至今,將這種制度匯入至全校的只有九州大學,而部分實行的也只有幾所大學。
九州大學(;英語譯名:英語:Kyushu University),簡稱九大(きゅうだい),是日本一所本部位於福岡縣福岡市西區元岡的國立研究型綜合大學。九大前身是舊制帝國大學-九州帝國大學(1911年),起源於1867年的福岡藩醫學校「贊生館」。