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  由於蝙蝠能夠攜帶和傳播傳染病病毒,在西非,捕獵和食用蝙蝠已成為嚴重的公共衛生問題。蝙蝠可攜帶例如埃博拉病毒、馬爾堡病毒等絲狀病毒,感染了這些病毒的蝙蝠會把病毒傳染到附近的人身上。此外,蝙蝠也是亨尼巴病毒和麗莎病毒的宿主。蝙蝠也可以攜帶冠狀病毒,是近年來多種大規模流行的呼吸道疾病(例如非典型肺炎、新冠肺炎)的源頭。  另一方面,食用蝙蝠可能引發某種神經退行性疾病。的民族植物學家和紐約阿爾伯特·愛因斯坦醫學院的神經學家奧利弗·薩克斯發現蝙蝠食用大量蘇鐵科植物,其中的滴滴涕等有毒物質沿食物鏈流動,營養級越高的捕食者體內的毒素就越多。

  在印尼北蘇拉威西省,有一道用到狐蝠肉的名為Paniki的菜品。在帛琉,有一道包含椰奶、生薑和各種調味料的蝙蝠湯品。此外在聖多美和普林西比也有食用蝙蝠的傳統。
在亞洲和環太平洋地區,人們有時食用蝙蝠。印度尼西亞、泰國、越南、帛琉和關島等地皆有人類食用蝙蝠的記載。在關島,人們把馬里亞納狐蝠當作美味。除了食用外,蝙蝠皮也是當地人的目標。1999年版的《》稱,馬里亞納狐蝠肉有“雞肉一般的口味”,馬里亞納狐蝠是“專吃水果的乾淨動物”。蝙蝠肉有多種做法,例如炙烤、燒烤、油炸等;它的脂肪含量低而蛋白質含量高。油炸時,蝙蝠會散發出類似尿的臊臭味。可以用大蒜、洋蔥、胡椒粉等調味品減輕異味。