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  二合字母是用來表示一個音素或不對應實際音素組合的一對字母。希臘語正寫法包含多個二合字母,包括曾經被髮音為雙母音並已經在發音上被縮短為單母音的母音字母對。其中很多是現代希臘語的典型發展,但有一些在古希臘語中就已經存在了。注意它們都不被當作字母表中的字母。  在中世紀希臘語時期,已經習慣於把二合字母中不發音的 寫為約塔下標。  <nowiki>*</nowiki> 雙母音 [] 在古典雅典希臘語中被單母音化為 [],但是倖存於某些當代方言和早期通用希臘語中。  <nowiki>**</nowiki> 雙母音 [] 在愛奧尼亞希臘語和希臘語聖經中特定希伯來抄本中,但不出現在雅典希臘語中,並逐漸在通用希臘語中消失。在 被雅典化的地方,它經常被分解為兩個獨立的音節 [],因此拉丁語抄錄為 。  學者間討論過軟顎鼻音 (, ) 應當被當作 的同位異音還是在希臘語中有自己位置的音位的問題。

  多調拼寫使用各種變音符號來表示古希臘語的發音的各個方面。多調和小寫字母在拜占庭希臘語中成為標準。現代希臘語 和 二者的正寫法都使用多調系統直到1982年,此時介入了單調拼寫。在某些保守的語境中,比如希臘正教中,仍使用多調拼寫。  單調正寫法是1982年為現代希臘語介入的簡化拼寫。它替代了古代變音符號而只用兩個變音符號: 銳音符 比如,用來標記在多音節詞中重音音節,和分音符 比如,用來標記 hiatus。
希臘語的正寫法(Greek orthography)可溯源至公元前9世紀時採用希臘字母。在此之前更早形式的希臘語有邁錫尼語使用的線形文字B書寫體,而在邁錫尼文明終止和使用希臘字母之間有幾個世紀的空缺。