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  1876年5月22日,聖座將日本天主教會的管區,從原本單一的日本宗座代牧區分為南緯、北緯2個宗座代牧區,東京當時屬於日本北緯宗座代牧區(簡稱北日本代牧區),但教座當時設於橫濱。至1878年,宗座代牧從橫濱遷駐至東京築地的築地教會。北日本代牧區成立之時的轄區,包括中部、關東、東北、信越、北海道等地方,至1891年4月17日再將北海道與東北地方分出另立函館代牧區(今仙台教區)。  1891年6月15日,日本建立聖統制,北日本代牧區改名升格為東京總教區,當時為日本唯一的總教區;轄區仍為中部與關東地方,成立初期的教區主教則主要由巴黎外方傳教會會士擔任。在1912年與1922年,東京總教區分別劃出新潟監牧區(今新潟教區)和名古屋監牧區(今名古屋教區)。同樣在1912年,東京總教區的教座從築地教會遷至東京市(今東京都文京區)的關口教會,即今之聖瑪利亞座堂。1937年,東京總教區再劃出神奈川等8縣為橫濱教區,並開始由日本籍神職人員掌理教務,此後便維持現今的管轄範圍至今。

  為了因應未來可能的堂區整編,東京總教區自2003年的復活節起,以3至4個位置相近的堂區為單位設定「傳教協力體」(),以促成堂區間在教務上的合作與發展。
天主教東京總教區()是天主教會在日本首都東京設定的總教區,也是日本三個總教區之一。其轄區包括東京都和千葉縣。東京總教區所轄的東京教省,則包含橫濱、埼玉、新潟、仙台和札幌等5個教區。