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  1517年馬丁·路德《九十五條論綱》為標誌的德意志宗教改革,引導了全歐洲的宗教改革運動,這時候中歐與西歐出現了嚴重的變革,馬丁·路德的路德派、喀爾文的喀爾文派、亨利八世的盎格魯派等被稱作新教,各自流行,使歐洲分為天主教(舊教)與新教兩大陣營,而神聖羅馬帝國諸侯則在信仰上出現了嚴重歧見,同樣地分裂為天主教與新教兩派。隨著查理五世在1555年簽署《奧格斯堡和約》,暫時結束了天主教徒和新教徒之間的戰爭,和約內容包括: 雖然和約暫時結束了新教和天主教之間的敵意,但並未解決宗教衝突的根本原因,尤其是忽略喀爾文派的合法地位,在未來的數年中,後者在帝國境內的信徒迅速壯大。  神聖羅馬帝國周邊國家出於自身利益,間接促成三十年戰爭的爆發:  新教和天主教之間的緊張局勢在16世紀後半葉愈演愈烈,《奧格斯堡和約》的約束力開始失效,趨於瓦解。由於一些改宗新教的親王主教拒絕放棄對教區的統治權,作為迴應,哈布斯堡家族、帝國天主教諸侯和西班牙人尋求奪回對上述教區的控制。1583年至1588年間的科隆戰爭是在此背景下發生的。事件的緣由是因科隆選侯格布哈特·特魯赫澤斯·馮·瓦爾德堡改宗喀爾文派,由於其是帝國的選帝侯(選侯),勢必會導致選侯中新教勢力強過天主教,新教徒會被選為國王和皇帝可能性出現。西班牙軍隊隨後驅逐了格布哈特,先前在選舉中以十票對十二票輸給格布哈特的恩斯特被重新選舉為科隆大主教,後者來自維特爾斯巴赫家族。此後,天主教區域內巴伐利亞公國、維爾茨堡等地的“教隨國立”政策變得嚴厲而且苛刻,這導致了天主教轄區內的路德派信徒只能在改宗和流亡之間選擇。原先信奉新教路德派的諸侯國,如:萊茵-普法爾茨、拿騷、黑森-卡塞爾、勃蘭登堡-普魯士先後改宗加爾文派。因此在十七世紀初,萊茵河畔、多瑙河南岸是以天主教佔多數,新教路德派在神聖羅馬帝國和北歐佔多數,加爾文派立足於帝國中西部、瑞士、荷蘭。三個教派的信徒無處不在,然而,在一些獨立領地和帝國的自由市,三派信徒人數處於均等。  令哈布斯堡西班牙統治者感到驚訝和意外的是,同宗奧地利哈布斯堡皇帝卻忠實遵循查理五世的宗教政策:對諸侯的宗教信仰採取包容態度。自斐迪南一世至馬蒂亞斯諸位皇帝為了避免因帝國內部信仰不同從而引發宗教戰爭的可能,從而對帝國內部的宗教事務尤其是新教的傳播採取放任和不強制的政策。皇帝的政策行為觸怒了尋求宗教統一性的勢力。與此同時,信奉路德派的瑞典和丹麥-挪威致力於援助帝國境內新教徒,以此獲得政治和經濟方面的影響力。  1606年,帝國自由市多瑙韋爾特因宗教緊張局勢引發暴力行為。起因源於該市信奉路德派的市長禁止天主教一年一度的聖駕巡遊,導致該市發生騷亂。促使以巴伐利亞公爵馬克西米利安一世為首的天主教外部勢力的介入。暴力事件結束後,帝國喀爾文派的信徒感覺受到威脅,組建了以普法爾茨選侯腓特烈四世和腓特烈五世為首的新教聯盟,作為迴應,天主教方組建了以巴伐利亞公爵馬克西米利安一世為首的天主教聯盟。  緊張局勢於1609年進一步升級,因於利希—克里維斯—貝格公爵約翰·威廉死後無嗣引發的於利希繼承戰爭,兩個敵對的申請者爭奪聯合公國的繼承者。第一個是勃蘭登堡選侯夫人安娜,她是公爵約翰·威廉大姐瑪麗·埃萊奧諾雷的長女,第二位是普法爾茨—諾伊堡伯爵沃爾夫岡·威廉,他是公爵約翰.威廉二姐安娜與普法爾茨—諾伊堡伯爵菲利普·路德維希的長子。安娜宣稱聯合公國應由長系繼承。沃爾夫岡·威廉則以公爵約翰.威廉最年長的男性繼承人自居。雙方都是新教徒。1610年,出於阻止雙方戰爭的目的,皇帝魯道夫二世的軍隊佔據聯合公國,直至宮廷會議解決雙方糾紛。然而,一些新教諸侯懼怕信奉天主教的皇帝會把聯合公國據為己有,阻止聯合公國落入新教徒之手。法蘭西國王亨利四世與荷蘭共和國的代表建議派兵入侵聯合公國,但計劃隨著亨利四世遇刺身亡而告終。為了在競爭中獲取優勢,沃爾夫岡·威廉改宗天主教,勃蘭登堡選侯約翰·西吉斯蒙德改宗加爾文派。爭議在1614年的克桑滕和約得到解決,聯合公國被拆解:於利希和貝格給沃爾夫岡·威廉,約翰·西吉斯蒙德獲得克里維斯、馬克、拉文斯堡。  荷蘭叛亂的背景對於認識導致三十年戰爭原因是必需的。眾所周知,西班牙與荷蘭簽訂的十二年休戰條約將於1621年到期,當時整個歐洲意識到這點,西班牙帝國試圖再次征服荷蘭共和國。時任弗蘭德爾軍司令斯皮諾拉嘗試通過友好領土直抵荷蘭共和國,而行軍路線中唯一的敵對國家是普法爾茨選侯國,因此普法爾茨選侯國在歐洲具有相當重要的戰略意義遠遠超過了它自身的價值。這解釋了為什麼英格蘭國王詹姆斯一世於1612年為女兒伊麗莎白·斯圖亞特與普法爾茨選侯腓特烈五世的婚禮做準備,儘管當時的社會習俗和輿論認為公主該嫁給另一個王室。  歐洲列強均想插手帝國事務,以獲取利益。它們分為兩派,其中哈布斯堡王朝集團由奧地利大公國、西班牙帝國與神聖羅馬帝國的天主教諸侯國組成,並得到教宗及波蘭立陶宛聯邦的支援;而另一方為反哈布斯堡王朝集團,由法蘭西王國、丹麥-挪威聯合王國、瑞典帝國、荷蘭帝國及德意志的新教諸侯國組成,並得到英格蘭王國、俄羅斯沙皇國的支援。法國雖是天主教國家,但是在首相黎塞留樞機主教的主導下,對於世俗政治的考量勝過了神學觀念,為削弱歐洲大陸上的頭號競爭對手哈布斯堡王朝,毅然支援新教國家陣營。  戰爭導火線是1618年的波希米亞(即今捷克)人民反抗神聖羅馬帝國的民族及宗教起義,著名的布拉格擲窗事件(或稱扔出窗外事件)。而整場戰爭共分為4個階段,分別是波希米亞階段(1618年-1624年)、丹麥階段(1625年-1629年)、瑞典階段(1630年-1635年)及法國-瑞典階段(1636年-1648年),最後以哈布斯堡王朝集團戰敗,參戰各國於1648年簽訂《威斯特伐利亞和約》為止,共達三十年之久。

  

  自1526年開始,因聯姻關係波希米亞國王由哈布斯堡家族神聖羅馬帝國皇帝兼任。1583年帝國皇帝兼波希米亞國王魯道夫二世將宮廷搬到波希米亞的布拉格,並對於當地的新教徒採取寬容態度。1611年魯道夫二世的弟弟馬提亞斯繼位,1617年他安排堂兄斐迪南二世擔任波希米亞國王。斐迪南二世殘酷的禁止和迫害新教。1618年5月23日,布拉格的新教徒發動起義,人們在圖恩伯爵的率領下衝進王宮,將斐迪南二世派來的兩名欽差從視窗投入壕溝,是為布拉格拋窗事件,併成立臨時政府,由三十位成員組成,宣佈波希米亞獨立。

  1619年3月馬提亞斯在維也納病死,斐迪南二世繼承帝位。同年6月波希米亞起義軍進入奧地利王國境內,兵臨維也納城下。斐迪南二世逼於形勢,在表面上假意答允進行談判,實際上在暗地裡向天主教同盟求助,並答允將來把普法爾茨選帝侯的爵位轉讓予巴伐利亞公爵馬克西米連一世,以換取天主教同盟出兵相助。不久,天主教同盟即出兵二萬五千人,並贊助神聖羅馬帝國皇帝大量金錢。起義者被逼於該年八月退回波希米亞,而波希米亞議會亦於該月選出信奉新教的普法爾茨選帝侯腓特烈五世為波希米亞國王。

  作為神聖羅馬帝國皇帝與波希米亞國王,斐迪南當然不能容忍波希米亞人自行選出對立國王,於是在解除維也納之圍後隨即出兵反攻,而天主教同盟之一的西班牙亦出兵進攻普法爾茨。1620年11月8日,波希米亞和普法爾茨聯軍在白山戰役與蒂利伯爵所統率的天主教同盟軍決戰,聯軍雖佔有地利,但因裝備落後,終為天主教同盟軍所敗,腓特烈五世被逼逃亡荷蘭,而波希米亞則重新納入神聖羅馬帝國的版圖。波希米亞約有四分之三的地主的土地落入神聖羅馬帝國的地主之手。而神聖羅馬帝國皇帝更強迫波希米亞的百姓改信天主教,並焚燬波希米亞的書籍,以及宣佈德語為波希米亞的官方語言。1621年至1623年,蒂利再度擊敗普法爾茨的新教諸侯軍隊。至此戰爭的第一階段——捷克階段以哈布斯堡皇室為代表的天主教同盟軍獲勝為結束。

  到了1620年摩爾達維亞權貴戰爭已接近尾聲,摩爾達維亞大公卡斯帕·格拉齊亞尼企圖脫離鄂圖曼統治,並和波蘭立陶宛聯邦結盟,他認為被波蘭統治好過被土耳其人管治,此舉令鄂圖曼出兵摩爾達維亞,波立聯邦國王齊格蒙特三世亦出兵支援,最終引發了波蘭-鄂圖曼戰爭(1620-1621),波立聯邦軍隊指揮官若烏凱夫斯基於9月帶兵入摩爾達維亞,並於楚措拉和土耳其軍隊遭遇並戰鬥,即楚措拉戰役,波軍大敗,若烏凱夫斯基被殺,在蘇丹鄂圖曼二世帶領下土耳其軍隊自摩爾達維亞乘機挺進至波立聯邦邊界。1621年波蘭將軍揚·卡羅爾·霍德凱維奇於霍騰成功擊敗土耳其軍隊,最終波蘭和鄂圖曼帝國簽訂條約結束戰爭。

  

  雖然捷克階段的戰事以奧地利獲勝暫時告終,但法國並不能容忍查理五世時期的哈布斯堡帝國復活;而荷蘭則於1621年與西班牙開戰,至此仍未結束。英王詹姆士一世則擔心其女婿普法爾茨選帝侯腓特烈五世的命運;丹麥和瑞典則不願看到神聖羅馬帝國皇帝再度在全國實施有效的統治。因此,本來只是波希米亞人民反對神聖羅馬帝國欺壓的起義戰演變為廣泛的國際戰爭。1625年,法國樞機主教黎塞留提議英國、荷蘭與丹麥結成反哈布斯堡聯盟,丹麥負責出兵,而英國與荷蘭則在幕後支援,由此戰爭的第二階段——丹麥階段正式展開。1623年一貫主張支援奧地利的奧利瓦雷斯公爵成為西班牙首相,於是西班牙參戰的力道急速攀升,也造就1627年之前西軍的一連串勝利。

  1625年,信奉新教的丹麥國王克里斯蒂安四世在英、法、荷三國的支援下與新教聯盟共同向神聖羅馬帝國皇帝發動進攻,很快便佔領日耳曼的西北部,與此同時,由曼斯菲爾德率領的英軍則佔領波希米亞西部。這次新教聯軍可說是節節獲勝,但於1628年,神聖羅馬帝國皇帝僱用聲名顯赫的波希米亞貴族華倫斯坦的僱傭軍,華倫斯坦不負其所望,於該年4月擊敗曼斯菲爾德,其後再擊敗丹麥,並控制了薩克森。丹麥被迫於1629年5月與神聖羅馬帝國皇帝簽定《呂貝克和約》,並保證不再插手日耳曼事務。戰爭第二階段以神聖羅馬帝國皇帝的勢力伸延到波羅的海告終。

  

  戰爭第二階段由神聖羅馬帝國獲勝後,華倫斯坦便計劃在波羅的海建立一支強大的艦隊,瑞典國王害怕從此神聖羅馬帝國會超越瑞典,取得在波羅的海的優勢地位。因此瑞典在法國的資金援助下,於1630年7月出兵,在波美拉尼亞登陸,從而開始了戰爭的第三階段——瑞典階段。

  瑞典軍隊由國王古斯塔夫二世·阿道夫率領,與勃蘭登堡和薩克森選帝侯聯合,在1631年9月17日,於布賴滕費爾德會戰打敗了神聖羅馬帝國的軍隊,佔領了波美拉尼亞。1632年初,神聖羅馬帝國軍的統帥蒂利伯爵在萊希河戰敗身亡,瑞典軍佔領美因茨,在4月再攻陷奧格斯堡和慕尼黑。神聖羅馬帝國皇帝在這危急存亡之際,再度起用原被貶斥的華倫斯坦為統帥,在該年11月與瑞典軍進行呂岑會戰,可是瑞典再度獲勝,但同時瑞典軍的主帥古斯塔夫二世國王亦陣亡,從此瑞典軍喪失進攻能力,而華倫斯坦則退回波希米亞,後來因為被神聖羅馬帝國皇帝所猜妒,遭其派刺客暗殺。

  神聖羅馬帝國皇帝藉此機會聯合西班牙盟軍,在1634年9月於納德林根會戰大敗瑞典軍,逼使瑞典軍撤回波羅的海沿岸。薩克森與勃蘭登堡則於1635年5月與神聖羅馬帝國皇帝簽訂《布拉格和約》。戰爭第三階段 - 瑞典階段以哈布斯堡皇帝獲勝而告結束。

  

  哈布斯堡皇室再次獲勝使得法國大為震驚,此前,法國因為自身是天主教國家,一直只是假手他國以削弱哈布斯堡皇室的實力,但當丹麥、瑞典與神聖羅馬帝國的新教諸侯均告失敗後,法國終於直接出兵,與瑞典聯合對哈布斯堡王朝作戰。從此戰爭進入第四階段——法國-瑞典階段。

  1636年-1637年,西班牙出兵法國,與神聖羅馬帝國由南北兩路夾攻,並且一度進逼至法國首都巴黎,但最後為法軍所敗。1638年8月法國海軍打敗舉世聞名的西班牙海軍,1639年10月西班牙海軍的主力更被原來籍籍無名的荷蘭海軍殲滅。1643年5月,第四代孔代親王與蒂雷納子爵在羅克魯瓦戰役中共同擊潰西班牙陸軍的主力。

  1642年11月,瑞典軍於布萊登菲爾德戰役再度擊敗神聖羅馬帝國軍,但此時丹麥王卻嫉妒瑞典軍的成果,並恐懼瑞典強大後,丹麥受其所制,因此乘瑞典軍進攻日耳曼南方之際,向瑞典宣戰。丹麥曾於1644年擊敗瑞典與荷蘭的聯合艦隊,但其後丹麥海軍卻被重新組建的瑞荷聯合艦隊全殲。在經過三年(1643年-1645年)戰爭後,瑞典軍成功從水陸兩路進逼丹麥,逼使丹麥停戰求和。

  1645年3月,瑞典軍在波希米亞大敗神聖羅馬帝國軍,而該年8月法軍又於納林根會戰擊潰神聖羅馬帝國軍,神聖羅馬帝國皇帝的日耳曼領土大部分被佔領。1648年,法瑞兩國聯軍再在楚斯馬斯豪森會戰及朗斯會戰完勝神聖羅馬帝國軍。但戰至此時,雙方都已元氣大傷,結果於該年10月雙方達成和平協議,依次締結了兩個和約——《奧斯納布呂克條約》與《明斯特和約》,合稱《威斯特伐利亞和約》,至此三十年戰爭完全結束。

  

  由於日耳曼是三十年戰爭的主要戰場,其經濟遭到極大破壞,給當地人民造成巨大災難和痛苦記憶。而且戰後諸侯國自立,其內部分裂變成不可逆轉,間接令神聖羅馬帝國變得名存實亡。  戰爭開始時,神聖羅馬帝國只不過是一個空殼。帝國哈布斯堡家族皇帝的實際權力僅侷限於他們的家族領地,例如奧地利和波希米亞。在帝國境內的其他地方,數百個領主統治著他們各自的公爵領地、伯爵領地、主教轄區和城市,很少把皇帝放在眼裡。  戰爭結束時,這裡的情況並沒有多少改變。哈布斯堡家族依然享有帝王的尊貴,而各類領地實際上依舊是獨立的實體。的確,《威斯特伐利亞和約》賦予這些領地的統治者實行他們自己的外交政策的權利,這在理論上使他們比以往任何時候都更加獨立。然而實際上,他們早就在奉行自己的外交政策了,不受皇帝約束。因此三十年戰爭和《和約》對他們的地位沒有什麼影響。  這場戰爭,給控制神聖羅馬帝國的哈布斯堡王朝以沉重的打擊,使它在歐洲恢復天主教統治和建立大一統帝國的計劃成為泡影。  其實,三十年戰爭對德意志政治和憲法發展的重要意義主要體現在沒有發生的事情上面,而不是體現在已經發生的事情上面。長期以來,哈布斯堡家族一直在尋求增強他們對神聖羅馬帝國的廣大領土和資源的實際控制權。他們最願意看到的是將帝國變成一個統一的君主制國家,就像英國和法國那樣。三十年戰爭是他們為實現統一德意志的目標所做的真真切切的最後嘗試,但他們失敗了。

  這場戰爭後,荷蘭與瑞士的獨立受到保障,而荷蘭更為新的海上霸主。

  西班牙在戰爭中不論陸戰還是海戰均告失利,並從此失去了歐洲一等強國的地位。

  法國在這場戰爭中取得了亞爾薩斯與洛林,並獲得了歐洲霸主的地位。

  瑞典國王取得了日耳曼的波羅的海沿岸的大片土地(波美拉尼亞),並因此成為了日耳曼的諸侯,可以隨時插手日耳曼的內部事務。而且瑞典亦得到五百萬達克特的賠款,並從此一躍成為北歐強國。

  戰爭中諸國開始實行徵兵制,並建立了常備軍與後勤系統,使軍隊可以進行持久戰。軍隊亦逐漸精簡化,以符合機動戰的要求;瑞典國王古斯塔夫二世所進行軍事改革,即以火槍兵取代長矛兵,先以炮兵進行集中火力的攻擊,再出動騎兵進行突擊,最後由步兵負責清理敵軍的三段式戰法,更成為其後戰爭的陸軍標準戰法。
三十年戰爭(Thirty Years' War;1618年-1648年)是由神聖羅馬帝國的內戰演變而成的一場大規模戰爭。戰爭以波希米亞人反抗哈布斯堡家族統治為肇始,最後以哈布斯堡家族戰敗並簽訂《威斯特伐利亞和約》而告結束。這場戰爭使日耳曼各邦國大約被消滅了25至40個百分比的人口;路德城維滕貝格四分之三人口陣亡,波美拉尼亞百分之六十五的人口陣亡,西里西亞四分之一的人口陣亡,日耳曼各邦國男性有將近一半陣亡。