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  車站分為兩個部分,中央線的月臺建在地面,而武藏野線的月臺則是高架月臺。而站舍則設於中央線軌道所在的坑道上,在武藏野線月臺的西側。站內只設有一個剪票口,設有4臺自動閘機。因為站內沒有升降機,使用輪椅的乘客需要使用站內設定,適合輪椅使用的扶手電梯,或由站員的協助下抵達地面。  中央線的月臺採用對向式月臺2面2線設計。部分位置建築在坑道上,這些位置的上方則有跨站式站房的設計。車站在設計階段時已考慮到將來四線化的可能性,坑道的寬度能容納4線軌道,而月臺方面也能透過改建工程成為島式月臺2面4線的車站。現時(2008年)四線化用地暫時為站內的店舖(後述)。此外,上行線近國立站一邊的坑道斜面上刻有「JR東日本」的文字。  武藏野線的月臺與中央線垂直交匯。月臺採用對向式月臺2面2線設計,上下行線軌道之間設有一條待避線。由於月臺一側和站舍相連,因此兩個月臺中只有4號月臺能直接以樓梯和站舍連線,3號月臺則需透過在軌道下方設定的通道,經中央線月臺連線站舍。

  (來源:JR東日本:車站構內圖)

  2016年度1日平均上車人次為29,300人。此站設定並不是因為車站位於既成的市區,而是方便武藏野線與中央線的轉乘而開設。雖然中央線與武藏野線的轉乘客很多,但中央線只限快速與各站停車停靠。武藏野線內25個車站當中排行第10位。  近年的推移如下表。

  2007年度每日平均乗車人數有25,569人,在武藏野線內25個車站中位居第10位,在中央線快速的路段則是乗車人數最少的車站。  這是因為西國分寺站設立的目的和其他車站有分別。一般車站為了服務最多的市民,均設在市中心地帶。但西國分寺站設立的目的是要成為中央線和武藏野線的換乘站。因此,大部分在此站下車的乘客均是要換乘中央線和武藏野線。

  西國分寺站是中央線(快速)路段(東京-高尾)中最新的車站。初期中央線並沒有西國分寺站,直到武藏野線開通時才建設此站,以方便乘客換乘。

  1990年起,武藏野線開始和京葉線直通執行,令此站出現中央線和武藏野線以兩條不同的路線前往東京站的情況。但兩條路線的行車時間有很大的分別,中央線快速列車需時約35-50分鐘,而武藏野線列車則需時約1小時35-50分鐘。因此站內均貼出使用中央線快速列車前往東京站的提示。
西國分寺站()是位於日本東京都國分寺市二丁目的東日本旅客鐵道(JR東日本)所屬鐵路車站。本站的中央線車站編號是JC 17、武藏野線編號JM 33。