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  建武4年(1337年),宗峰妙超病篤,花園法皇請求推薦下任主持,他於是命弟子關山慧玄(無相大師)繼承衣缽,花園法皇捐獻離宮,關山慧玄重新命名為:“正法山妙心寺”。 12月22日,宗峰妙超圓寂。  花園法皇在妙心寺旁邊建立了玉鳳院,他追隨關山慧玄修行。  歷應5年(1342年),花園法皇再度捐獻仁和寺花園御所。妙心寺基本成型。  貞和3年(1347年7月22日),花園法皇書寫了“往年御宸翰”。  貞和4年(1348年11月11日),花園法皇圓寂,享年52歲。  延文5年(1360年12月12日),關山慧玄在風水泉老樹旁坐化圓寂。後一度改名“龍雲寺”,並且被朝廷破壞。  永享4年(1432年),日峰宗舜由尾張犬山(今愛知縣犬山市)的瑞泉寺而來,建立了開山堂,妙心寺走向中興。  應仁元年(1467年),妙心寺應應仁之亂而被燒燬,在住持雪江宗深之領導下,妙心寺得以修復,還完成了開山祖師頂相及寺史《正法山妙心禪寺記》。  戰國時代,利貞尼購買仁和寺的土地捐獻給妙心寺。  永正6年(1509年),妙心寺回覆原樣,建築了七堂伽藍、塔院、龍泉庵、東海庵。  大永3年(1523年),再度建築了聖澤院。  大永6年(1526年),再次建造了靈雲院。此時,妙心寺形成了“龍泉派、東海派、靈雲派、聖澤派”四派、“龍泉庵、東海庵、靈雲院、聖澤院”四本庵的局面。  明治元年(1868年),明治天皇頒佈神佛分離令,開始廢佛毀釋,妙心寺雖受衝擊,但也無恙。  昭和3年(1928年),妙心寺選擇臺灣20所重要寺廟頒贈今上天皇御壽牌,至今嘉義縣新港鄉新港奉天宮與臺南市鹽水區修德禪寺仍儲存。奉天宮所藏的部分於2013年,獲文化部及嘉義縣政府審定登入為嘉義縣文化資產。  昭和10年(1935年),妙心寺已有六百週年歷史。
妙心寺(みょうしんじ)是位在日本京都府京都市右京區的寺院,臨濟宗妙心寺派大本山。山號「正法山」()。本尊釋迦如來、開基(創立者)為花園天皇、開山(初代住持)為無相大師關山慧玄。原為花園天皇的離宮萩原殿,天皇退位後改建成禪寺,以伽藍為中心,周圍建立許多塔頭寺院,形成一大寺院群,被京都市民稱為西之御所。日本臨濟宗約6,000寺之中,約3,500寺屬於妙心寺派。