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  沙巴州鐵路的前身為北婆羅洲鐵路,其歷史可追溯至19世紀末的英國殖民地時代。自19世紀中葉起英國在婆羅洲的影響與日俱增,英國於1878年從蘇祿蘇丹手中取得沙巴的所有權,至1882年英國成立了北婆羅洲特許公司,自此北婆羅洲正式成為英國的殖民地,首府最初設於古達,不久之後又遷往山打根。1888年,北婆羅洲成為英國的保護領。當時英國殖民者在北婆羅洲大量種植菸草、可可、咖啡、橡膠等作物,英國殖民者希望進一步開發熱帶雨林的自然資源,但由於當地缺乏對外聯絡所需的交通運輸系統,因此決定建造一條深入北婆羅洲內陸地區的鐵路,並且還可以達到開闢沿線土地供商業化種植的目的。  在北婆羅洲特許公司董事總經理威廉·克拉克·柯威的領導下,北婆羅洲鐵路於1896年動工興建,首先建成的是長約32公里的保佛至韋斯頓段。1903年,北婆羅洲鐵路自保佛向北延伸至哲斯頓(今稱為亞庇)。1903年至1905年間,鐵路向南延伸至丹南,鐵路里程增加了48公里。1906年,鐵路又進一步向南延伸至美拉叻,鐵路里程亦增加了16公里。至此,北婆羅洲鐵路的營業里程已經達到193公里,鐵路主線連線了哲斯頓和美拉叻,另外還有一條連線韋斯頓港口的支線。北婆羅洲鐵路局於1914年8月1日正式成立,負責經營這條鐵路的客貨運輸業務。  1930年代初的經濟大蕭條影響波及全世界,由於國外對菸草和橡膠等資源的需求大幅下降,繼而使北婆羅洲鐵路的運輸量大不如前。至1930年代末當世界剛剛走出大蕭條的陰影后,隨即爆發了第二次世界大戰。1942年1月,日本陸軍第37軍佔領了北婆羅洲。北婆羅洲鐵路在日佔時期遭受嚴重破壞,許多機車車輛和橋樑隧道在盟軍轟炸中被摧毀,尤其在戰爭後期整個鐵路系統已經幾乎癱瘓。戰爭在1945年結束後,北婆羅洲鐵路首先被澳大利亞第9師接管,直到英國正式恢復對北婆羅洲的殖民統治。1946年,北婆羅洲成為大英帝國的皇家殖民地之一,並改稱為英屬北婆羅洲。  1949年至1960年間,北婆羅洲鐵路開展大規模的修復工程,並從英國、馬來亞、印度輸入了一批蒸汽機車。  1963年8月31日,英國駐北婆羅洲總督委任了砂拉越人Donald Stephens為侯任首席部長(Chief Minister Designate)以組織地方議會政府,形式上被英國予以自治地位。1963年9月15日,英女王結束對沙巴的統治。隔日,北婆羅洲改名為沙巴,與馬來亞聯合邦、砂拉越和新加坡,共同組成獨立的馬來西亞。同年,北婆羅洲鐵路亦改稱為沙巴州鐵路。此後,由於這條鐵路運量小加上營運成本較高,而且沙巴州也興建了不少道路,使得沙巴州鐵路逐漸步入衰退期。1963年,連線港口的韋斯頓支線停運;1970年,丹南至美拉叻段亦宣告停運;1974年,亞庇至丹絨亞路段亦停止營運,至此沙巴州鐵路的營運里程已縮短至134公里。與此同時,沙巴州鐵路在1971年全面實現牽引動力內燃化,柴油機車和汽油機車替代了所有蒸汽機車。  2000年1月22日,絲綢港灣度假村集團宣佈與沙巴州鐵路部門合作,推出由蒸汽機車牽引的懷舊觀光列車服務,以慶祝亞庇於2000年2月2日升格為市。觀光列車每週逢星期一、三、六開行,列車在早上自丹絨亞路站出發,行經必打丹站、京那律站、加旺站,到達吧巴站後原路返回丹絨亞路站,整趟旅程需時約四個小時。2005年,由於長年失修的沙巴州鐵路已不能滿足安全運營要求,因此馬來西亞政府計劃對既有鐵路進行全面更新改造,並由馬來西亞交通部對鐵路改造工程展開招標。該項鐵路改造工程分為二個標段進行,從丹絨亞路至金馬尼士的第一標段(全長51.7公里)由曙光資本控股公司(SURIA Capital Bhd)承建,從金馬尼士至丹南的第二標段(全長84.0公里)則由海柯瑪亞洲公司(Hikmat Asia Sdn Bhd)承建。2007年起,沙巴州鐵路暫停營運並開始進行為期四年的改造工程。2011年2月21日,丹絨亞路至丹南的沙巴州鐵路全線恢復通車,從中國引進的新型柴油機車和空調列車亦同時投入服務,最高執行速度從以前的50公里/小時提高至80公里/小時,全程執行時間縮短至2小時15分鐘。
沙巴州鐵路(英語:Sabah State Railway,縮寫:SSR;,縮寫:KNS),前稱北婆羅洲鐵路(英語:North Borneo Railway;),為馬來西亞沙巴州政府營運的鐵路系統,也是目前婆羅洲島上唯一一個鐵路運輸系統。沙巴州鐵路只有一條路線,鐵路起自位於沙巴州首府亞庇的丹絨亞路,終到內陸省的城鎮丹南,營業里程全長134公里。