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  於橫須賀海軍工廠建造,1944年9月7日竣工。同年12月4日編入第十五潛水隊,並配備於先遣部隊。在這之前的11月,日本海軍首次將人間魚雷迴天投入戰線,並於初陣中取得戰果,由菊水隊的迴天於烏利西環礁將美軍的艦隊油船「密西西尼華」號 ("USS Mississinewa, AO-59") 擊沉。因此伊58亦被調配往執行第二次迴天作戰。

  金剛隊當時擁有6艘潛艦,伊58為其中一艘,另配有24只回天,伊58被下達的攻擊目標為關島阿普拉港。12月30日,伊58於大津島出擊。儘管阿普拉港與烏利西環礁不同,並不期待出現大型艦船,但根據彩雲的偵察後攻擊目標等有所調整。伊58在預定攻擊的前一天,1945年1月11日到達關島近海,但在截聽到美軍的警報後便提前進行攻擊。伊58在離關島對出約32公里的海上並讓全部4只回天出擊。1月12日在黎明之前,橋本以行艦長(海軍兵學校59期)以潛望鏡作觀測,看到阿普拉港的方位出現兩縷黑煙。伊58在潛航後向西方退避並上浮,於1月16日以電報速報戰果。1月22日,伊58返回吳。  在攻擊期間,日本海軍截聽到美軍之間的通訊記錄,確認當時並沒有任何戰果。

  繼金剛隊之後,日本海軍因以迴天特攻對應美軍在硫磺島登陸,而編成千早隊並投入作戰,但結果損失了伊368及伊370兩艦,僅有伊44生還,伊44的艦長川口源兵衛(兵66期)對此提出「作戰為無謀()」的意見,最後川口被以違反命令為理由而解任。  在千早隊之後,伊58與菅昌徹昭艦長(兵65期)的伊36被編入神武隊,並於3月1日從光市出擊。迴天原本預定前往硫磺島西的北海域,但在3月6日,神武隊被下達作戰中止的命令。伊36於3月9日返回大津島,而伊58則向衝之鳥島西方海面移動,目的是為前往烏利西進行特攻,所屬於第七六二海軍航空隊,並編成「菊水部隊梓特別攻擊隊」(丹作戰)的24架陸上轟炸機「銀河」進行電波誘導並接收指令。為了能更快能到達預定的地點,因此伊58在衝之鳥島及南大東島之間棄置了2只回天,在3月11日完成電波誘導任務。3月17日,伊58返回吳。

  美軍在佔領硫磺島之後,準備在3月末至4月1日期間對慶良間群島及沖繩島實施登陸。日本海軍便將回天搭載潛艦及不能搭載迴天的普通潛艦共11艘投入作戰以作應付。伊58作為迴天搭載潛艦而被編入多多良隊成為其中一艦,並於4月1日從光市出擊。途中經過東中國海並由沖繩島西方前往目的地,在行程間有一段時間與戰艦大和的水上特攻合流,在慶良間列島近海因惡劣天氣,不能突入目標的美軍艦隊而未能取得成果。橋本艦長於4月10日為此以電報作報告,在接收該訊息後第六艦隊司令部更改了作戰目標,改為命令獵殺沖繩與馬利亞納群島航路之間的船軍艦。伊58隨即前往該區海域,直到4月25日除驅逐艦外並沒有遇到任何敵人,於4月29日接到回程的命令而返回光市。  其後,伊58的飛機搭載裝置(格納筒、射出機、起重機)全部被撤去,並在前甲板搭載2只回天,因此合計為搭載6只回天。此外,伊58新裝備了通氣管。

  7月16日,伊58作為多聞隊的一艦從吳出擊。於平生停留期間搭載了迴天,並掛上「」與「宇佐八幡大武神」的幟,準備於7月17日取道沖繩、萊特灣,並打算在馬里亞納群島海域部署。可是,在豐後水道訓練期間,其中1只回天的特眼鏡由於出現異常而需要返回平生,在替換後改為7月18日出擊。  7月28日,正前往關島與萊特灣航路間部署的伊58,發現了敵方的輸送船及驅逐艦。當時已作好魚雷戰及迴天進發的兩手準備,但因目標的距離較遠而決定以迴天作攻擊。其後,小森一之一飛曹(甲飛13期)艇與伴修二中尉(兵科3期)艇向敵方進發,雖然聽到爆炸的聲響,但因下雨的關係什麼也看不見。  7月30日,伊58發現已運送原子彈到天寧島的重巡洋艦「印第安納波里」號("USS Indianapolis, CA-35"),並以普通魚雷攻擊將其擊沉。這時,橋本艦長除了使用魚雷外亦命令白木一郎一飛曹(甲飛13期)艇及中井昭一飛曹(甲飛13期)艇作好出擊準備。在「印第安納波里」號被擊中後,白木艇以「因敵人還未沉沒請讓我出擊()」作催促。但是,橋本艦長以「印第安納波里」號已被3枚魚雷被命中,在這攻擊後已不需要使用迴天。在停止裝填魚雷後,伊58返回潛望鏡深度並作觀測,之後在上浮後於周圍什麼也沒發現。橋本艦長就判斷被擊沉的為愛達荷型戰艦,由於擊沉了大型艦,所以艦上的乘員計程車氣十分高昂。但是,對比起迴天乘員就十分悔恨,特別是林義明一飛曹(甲飛13期)更說出「為何對著戰艦這些好目標不使用迴天()」並流涙。「印第安納波里」號為日本海軍潛艦最後擊沉的大型戰鬥艦,也是第二次世界大戰中最後被擊沉的水面艦艇。迴天乘員帶著種種不滿,跟隨伊58往北進發。8月1日至2日左右,伊58從大和田通訊所收到「重要船隻遇難,搜尋中及大量敵方通訊()」的情報。約8月7日,透過新聞電報得知廣島市原子彈爆炸。  8月9日,伊58發現類似輸送船團的船群,橋本艦長命令迴天準備出擊,可是白木艇及林艇因發生故障而不能出發,就此由中井艇與水井淑夫少尉(兵科4期)艇出擊,後來亦聽到爆炸的聲響音。這次的迴天攻擊的目標,是護衛驅逐艦「尊尼・哈欽斯」號("USS Johnnie Hutchins, DE-360"),該艦為以護衛航空母艦「薩拉馬瓦」號 ("USS Salamaua, CVE-96") 為主幹的獵人殺手小組其中一艦,併為補給航線中進行間接護衛及從事反潛作業,在發現到迴天的時候,僚艦就向其進行深水炸彈及艦砲攻擊,試圖擊沉「尊尼・哈欽斯」號旁邊的迴天。8月12日,伊58發現類似水上飛機母艦的艦隻並讓林艇進發,其後以潛望鏡觀測的結果,發現從該水上飛機母艦出現巨大的水柱,從而判斷被擊沉。這時,船塢登陸艦「橡樹山」號("USS Oak Hill, LSD-7") 由護衛驅逐艦「湯瑪士・F・尼克爾」號("USS Thomas F. Nickel, DE-587") 伴隨航向萊特灣。林艇從伊58出發後不久,「湯瑪士・F・尼克爾」號發現了一枚與其並行的魚雷。其後該「魚雷」從「湯瑪士・F・尼克爾」號的艦底通過,並在一會後爆炸。  8月15日,伊58正從沖繩方面航向豐後水道,期間接收到並領受終戰詔勅的新聞電報。橋本艦長在一通新聞電報的時間決定了一切,並防止乘員因不同意終戰詔勅而進行意想不到的事,就此對一般乘員隱瞞了這件事。在8月17日,伊58與剩下的迴天到達平生,並在白木一飛曹及整備員退艦後,橋本艦長才向一般乘員奉讀終戰詔勅。再於翌日的8月18日返回吳。

  伊58於11月返回佐世保,1946年4月1日被美軍在五島列島近海擊沉。
伊號第五十八潛艦()是大日本帝國海軍的潛艦,併為巡潛乙型潛艦內,其中一艘的伊五十四型潛艦。曾使用該名稱的日本海軍潛艦共有2艘。