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  準噶爾汗國崛起後,噶爾丹要統一蒙古,1687年,攻入喀爾喀蒙古,次年到內蒙古烏珠穆沁,一路到達赤峰附近的烏蘭布通,蒙古諸部無法抵擋,聯名向清朝康熙帝求救,康熙皇帝認為噶爾丹威脅清朝統治,命10萬軍隊在烏蘭布通之戰中擊敗噶爾丹的2萬軍隊。噶爾丹僅率數千人逃回科布多。同時,策妄阿拉布坦率軍進攻噶爾丹後方,控制了北到額爾齊斯河上游,東到烏布蘇湖的整個地區。

  1695年噶爾丹軍3萬進兵喀爾喀,揚言數萬沙俄兵支援。康熙皇帝再次御駕親征,康熙三十五年(1696年)農曆二月三十日離京出發,六月初九日回京,共98天。康熙帝率京師八旗兵及火器營兵共3萬餘人為中路軍出獨石口(今河北赤城北)北上;黑龍江將軍薩布素統領盛京(今瀋陽)、寧古塔(今黑龍江寧安)、黑龍江(今愛輝)、科爾沁兵,9000餘人為東路,出興安嶺沿克魯倫河西進;費揚古為撫遠大將軍,率4萬餘人為西路,分別自歸化(今呼和浩特)、寧夏(今銀川)北上,糧草改車運為駝運。噶爾丹得知御駕親征,放火燒草原。俄國與西藏沒有派兵來援。西路軍將噶爾丹等2000餘騎誘至昭莫多(今蒙古國烏蘭巴托迤南)。昭莫多北依肯特山,東峙丘陵,西臨河水。費揚古按康熙帝旨意,下馬迎戰,用火器、弓箭攻擊噶爾丹,激戰自中午至黃昏,清軍分兵為四:一路沿河設伏;一路從山上呼奔而下衝擊;一路橫衝入陣,一路襲其後隊輜重。噶爾丹軍寡不敵眾,敗逃。清軍在月下追殺30餘里。  此役擊斃噶爾丹妻阿努等兩千多人、降二千人。繳獲牛2萬頭,羊4萬隻,廬帳、器械、佛像、經卷等。  噶爾丹僅率二十餘騎逃脫。次年暴死。
昭莫多之戰是清朝平定準噶爾的一場戰役,清朝感受到準噶爾汗國將成為清朝的威脅,於是發動戰爭,並獲得勝利。