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  由於科索沃境內的阿爾巴尼亞族與塞爾維亞族衝突愈演愈烈,1989年,南斯拉夫社會主義聯邦共和國撤消了科索沃省的地方自主權,導致1990年科索沃宣佈成立獨立國家科索沃共和國。恰逢南斯拉夫發生克羅埃西亞獨立戰爭和歷時三年的波黑戰爭,南斯拉夫聯盟政府暫時無暇顧及科索沃。同時一些阿爾巴尼亞民族主義者開始武裝自衛,組織了科索沃解放軍,以屠殺當地塞族人來抗爭南聯盟政府的鎮壓,達到驅趕南聯盟政府安全部隊,獲取科索沃實質獨立的目的。

  

  由於科索沃解放軍向塞爾維亞官員頻繁發動攻擊,塞爾維亞警察在1998年3月開始大肆搜捕地區的科索沃解放軍,加劇緊張局勢,安理會開始對南斯拉夫包括科索沃實行武器禁運。

  1999年1月,發生針對科索沃解放軍和的。西方國家譴責南斯拉夫聯盟共和國政府發動大屠殺。隨後北約介入,北約草擬,希望能透過和平談判決絕爭端,但是由於南斯拉夫聯盟共和國拒絕在協議上簽字,協議最終沒有達成。  在1999年3月23日,美國巴爾幹特使理查德·霍布魯克宣佈和平談判失敗。比爾·克林頓政府宣告終止外交努力,開始對南聯實施空中攻擊,南聯的迴應則是大舉進軍科索沃,以更殘酷的種族淨化政策,驅逐阿裔人民離境,造成歐洲二次大戰以來最大的難民潮。經78天轟炸,南聯遭受相當大的損失。戰爭從3月24日至6月10日,當北約攻擊塞黑目標時,阿爾巴尼亞人游擊隊持續與塞爾維亞政府武力戰鬥,在這段期間,戰亂造成了科索沃的人口大幅減少。  1999年3月23日,北約祕書長索拉納在布魯塞宣佈,由於“最後外交努力”失敗,北約決定對南聯盟進行大規模空襲。代號為“盟軍行動”的空襲正式拉開帷幕。  1999年3月28日,北約開始了第二階段空襲,目標轉為對北緯44度以南的南人民軍地面部隊和軍用物資進行攻擊,企圖破壞南的戰爭機器,迫使南聯盟屈服。  1999年4月13日,美國總統克林頓宣佈對南聯盟的空襲進入第三階段,擴大空襲範圍,增加空襲強度。北約對南聯盟境內的所有軍事目標進行24小時不間斷轟炸;另一方面,為了削弱南聯盟人民的抵抗意志,北約還對南聯盟的民用設施,如橋樑、鐵路、公路、工廠、電視臺、通訊系統和電力系統等進行轟炸。此外,美國還向巴爾幹派遣地面部隊和“阿帕奇”攻擊直升機,為地面進攻作準備。  1999年5月7日,5枚聯合直接攻擊制導炸彈擊中中國駐南斯拉夫大使館,導致3名中國記者被炸死,個別外交人員受傷,館舍被毀,此事件中國稱為五八事件,隨著中國大陸爆發1999年中國反美示威活動。  1999年6月2日,南聯盟總統米洛舍維奇接受了由俄羅斯特使切爾諾梅爾金、芬蘭總統阿赫蒂薩裡、美國副國務卿塔爾博特共同制定的和平協議,該協議在堅持原朗布依埃方案基本內容的同時,強調透過聯合國機制解決問題的必要性,並對此作具體規定。根據這個協議,進駐科索沃的多國部隊將按照聯合國憲章精神建立,科索沃未來自治地位的確切性質將由聯合國安理會決定,難民返回家園的安排也將在聯合國難民事務高階專員的監督下實施。

  1999年1月15日,拉查克屠殺事件曝光並被認定為米洛舍維奇及塞軍的戰爭罪行,引發世界各國及安理會的譴責。並於1999年3月15日,在法國巴黎西南郊的朗布依埃古堡舉行一場事關巴爾幹半島未來局勢的會議,美國、北約與南聯就“科索沃問題”開展了第二輪談判。  北約、美國與西方部分國家認為塞爾維亞不僅對科索沃境內的阿族穆民實行種族歧視政策,其政府軍警、民警還對阿族反抗分子與科索沃解放軍施行不合法的武力鎮壓和種族屠殺。北約的議案核心內容有:同意科索沃繼續自治三年,以公投的方式決定未來政治走向(即邁向獨立或迴歸南聯盟);要求在科索沃實現實質性的高度自治;要求塞軍與武警全部撤離科索沃自治省,讓北約的維和部隊進駐以確保境內阿族的安全與阿族、塞族間的和平。  在第二輪談判中,塞爾維亞代表始終未接受北約駐軍這個條件,他們認為讓北約軍隊進駐自治省境內就相當於北約在科索沃自治省實行軍事佔領,如此就侵犯了塞爾維亞在科索沃的主權而予以拒絕,雙方始終沒有達成協議。3月18日,阿爾巴尼亞、英國和美國代表在朗布依埃協議上籤約。

  迫於以美國為首的北約強大的武力介入與威脅,最終米洛舍維奇接受了北約開出的條件,科索沃解放軍必須解除武裝,停止軍事行動。南聯盟則從科索沃撤軍,允許阿爾巴尼亞人回鄉重建家園,並接受聯合國維和部隊的監督,於是科索沃戰爭宣告終止。塞爾維亞自此失去對科索沃的控制權,但至今堅持擁有主權。  人權觀察估計至少有488名平民因為北約空襲而死亡。2000年8月前南戰犯法庭(ICTY)2000年8月報告說發掘出了2,788具遺體,其中會有不少是戰爭犯罪受害者。而KFOR的訊息說到1999年7月發現2150具,其中850具被認為是戰爭犯罪受害者。2001年7月、塞爾維亞當局報告發現了一千人的亂葬坑,最大的位於Batajnica。人權團體認為死於塞黑軍的戰爭犯罪的人數是4400人。而ICTY推測最終死於塞黑軍罪行的死亡人數為一萬人。

  2008年2月17日,科索沃議會通過獨立宣言,宣佈脫離塞爾維亞獨立,至今已經獲得111個聯合國會員國,以及馬耳他騎士團、紐埃、庫克群島的外交承認。但在聯合國安理會兩個常任理事國的俄羅斯和中華人民共和國以及印度等國反對下,科索沃至今沒有正式加入聯合國。不過塞爾維亞人主導的南聯政府(即現在的塞爾維亞共和國政府)則強烈反對分離,並認為科索沃的歷史和文化與塞爾維亞有密切關係。塞爾維亞政府至今堅持對科索沃擁有主權。這是一則典型的冷戰後巴爾幹半島的民族國家問題。
「科索沃戰爭」或「科索沃衝突」這個名詞通常是用來描述兩場接續的並且有時相當類似的武裝衝突。內戰後隨即發生了國際衝突,分別為: