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  遊戲採用布娃娃系統,是整個系列中第一部使用的遊戲,而且圖形也增強了許多,像是法線貼圖、高動態光照渲染、視差貼圖。就連玩法也變了。

  這部遊戲與前作不同的是一個新的系統,敵人引發每次警報的意識到達一個新水平。例如,在第四個警報出現後,敵人會在地圖周遭設防等待你。 與前作不同的是,這部遊戲多了一個音量顯示器,山姆除了要注意自己身處的地方是否有光線,還要在行動過程避免發出聲響。

  故事描述2007年夏天的東亞,中國、北韓、韓國、日本陷入緊張情勢,日本也為了應付近代的威脅而成立情報防衛部隊,但這個舉動被認為違反日本憲法第九條,引發韓國和中國不滿。進而封鎖黃海區域以對抗日本運輸船,因為日本情報防衛部隊與美國國安局第三梯隊是同盟關係。美軍派出了最先進的驅逐艦沃爾什號,希望這樣能對韓國和中國造成威懾。  但是卻沒想到,正當船上的船員正在慶祝美國獨立日的時候,一枚北韓的導彈飛來,而船上的反導彈系統失靈,就這樣在早上8:15被擊沉,船上141位船員全數喪生,美國認為韓國無心協調,利用資訊戰來宣戰,但北韓否認擊沉船隻,這迫使北韓開戰。  於是第三梯隊派出山姆,來查出驅逐艦沃爾什號被擊沉的真正原因。

  這部遊戲獲得業界一致讚美,甚至獲得E3、Game Informer、Official Xbox Magazine、IGN的大獎。但正因為這部遊戲描述南北朝鮮戰爭爭,一推出就被韓國封殺,直到2006年才開放。

  《細胞分裂 3D》(,英語:"Tom Clancy's Splinter Cell 3D")是《細胞分裂》系列首款 Nintendo 3DS 新作品。是以系列作品《細胞分裂:混沌理論》為基礎重製而成,加入了類似《細胞分裂:斷罪》中的提示系統。
湯姆·克蘭西之縱橫諜海:混沌理論(英文:英語:Tom Clancy's Splinter Cell: Chaos Theory)是縱橫諜海系列遊戲的第三部作品。原定2004年秋天發行Xbox、PlayStation 2、GameCube和PC這4個版本。實際日期為2005年3月。原本計劃要開發Game Boy Advance版本,但之後取消了。 山姆的配音員依舊還是Michael Ironside,而蘭伯特的配音員從前作的Dennis Haysbert改為Don Jordan。