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  《南方週末》從創刊至2017年11月19日已發行1760期。據稱曾是中國大陸地區發行量最大的週報,最高發行量達到170萬份,被稱作是中國最有影響力的媒體之一。以“在這裡,讀懂中國”為辦報宗旨,以“正義、良知、愛心、理性”為編輯方針。  創刊時是對開4版,後幾經擴版。現在每期一般有32版左右。報名採用的是手寫體,是通過集字的辦法,從魯迅手稿中選出。  報紙目前分為新聞、防務、時局、經濟、綠色、文化、副刊、評論八大板塊。。針對一些重大新聞事件會推出特別報道。其中評論板塊於2007年新加,主要針對社會熱點問題進行評述。2009年10月8日新增綠色板塊,主要關注環境保護、生態、新能源等問題。

  1980年代初,時任《南方日報》社長丁希凌提議創辦《南方週末》。當時定位是作為中共廣東省委機關報的延伸與擴充,以《南方日報》週末增刊的名義出版,是一份介紹經濟與文化方面的報紙,僅在廣東省內發行。  《南方週末》在1984年1月發行試刊(試刊第一期採用的名字是《南方日報星期六刊》,從第二期開始採用《南方週末》作為刊名,加註“《南方日報》週末增刊”字樣)。於1984年2月11日正式發行第一期。由於報道方向比起傳統的中共機關報更加活潑多樣,更加貼近普通人的生活,照顧了人們對娛樂、文化、經濟等方面的要求,所以很快就獲得了以幹部和學生為主的讀者的歡迎。據稱,到1984年年底發行量就達到了11萬份。  到1980年代末,報紙開始逐漸轉變風格,將目光擴大到輿論監督、法治精神、人文精神啟蒙等。此後這些內容成為了《南方週末》的主要內容。  1992年1月,《南方週末》第一次擴版,從對開4版擴大為對開8版。  1990年代中期,伴隨著中國大陸的媒體輿論監督的逐漸活躍,很多媒體都開設了輿論監督類的欄目。《南方週末》較早地開設了專門版面用於輿論監督。此後《南方週末》的輿論監督成為報紙主打內容之一。人們一般認為快速、客觀、關注社會底層是《南方週末》輿論監督內容的主要特色。  1996年1月,本報第二次擴版,從對開8版擴大為對開16版。  由於中國大陸的新聞監管較為嚴格,媒體輿論監督的稿件有時會被主管部門勒令停止刊發。《南方週末》的一些輿論監督類稿件也曾被勒令停止刊發或刊發後遭到批評,有時當事人(記者、責任編輯)也會遭到批評,有的較為嚴重的會被辭退。所以人們認為《南方週末》的輿論監督力度可能存在著弱化的趨勢。而這又造成它逐漸喪失了一部分讀者。  1998年年初,第三次擴版,從對開16版擴至對開20版。  2000年,本報第四次擴版,由對開20版擴為對開24版。  《南方週末》是中國大陸較早在網際網路上建立電子版的媒體。

  從《南方週末》創刊開始,就不斷地影響著中國大陸的其他媒體。主要影響有以下幾方面:  在創刊時,中國大陸正處於改革開放的初期,新聞界也在不斷嘗試著突破舊有媒體的模式。《南方週末》的出現讓人們有了一種新的讀報選擇。從1980年代中期到1990年代,中國大陸出現了多份以經濟、文化等內容為主的週刊報紙,其中也包括一些模仿《南方週末》的。這讓中國大陸的新聞界出現了傳統政治報紙之外的新的媒體。  《南方週末》曾是中國發行量最大的週報,許多媒體評論人和傳媒研究者也經常會以它為研究物件。  據2012年6月28日世界品牌實驗室釋出的2012年第九屆《中國500最具價值品牌》排行榜,南方週末品牌價值83.89億元。

  隨著《南方週末》面向全部中國大陸地區發行,在一些城市建立記者站,報道範圍擴大到廣東省以外,並且在一些城市同步印刷,《南方週末》逐漸有了更廣泛的讀者群。一些報道能夠引起全國的關注。其中封面報道中比較有影響力的有:

  

  《南方週末》每年的第一期或者前一年的最後一期都會在頭版刊登新年獻辭。有人認為這是《南方週末》精神內涵的體現。此後,《南方週末》新年獻辭也成為人們關注的內容之一。

  《南方週末》一般會在每年年底的某期製作年終特刊。特刊一般包括封面年度人物(從2000年起)、年度事件評選、年度國內外事件總結等。封面年度人物一般是由讀者通過投票評選出的。第一次由讀者選出的封面年度人物是李昌平。2007年年度人物是不滿PX建設而“散步”的廈門民眾,這是第一次將一個群體選為年度人物。2008年的年度人物為“2793名北川中學學生”,以此紀念2008年四川汶川大地震。

  副刊一般是指文化版和城市版。內容以文化事件、專欄、讀者投稿、漫畫和填字遊戲為主,比政治、經濟等新聞版面輕鬆一些。其中填字遊戲"小強填字"欄目成為中國大陸報紙最成功的填字遊戲之一,曾出版過兩冊“小強填字”內容的選集。2014年,《南方週末》與四川衛視合作,推出中國首檔電視填字真人秀《我知道》(季播節目),為“小強填字”的電視版。

  這是由南方日報出版社出版的一套書,目前出到第三輯。文章選自《南方週末》未曾公開發表的文字,包括沒有發表的報道,包括內部刊物上披露的“新聞背後”的祕事,包括勤奮的新聞人對專業、對現實的觀察與思考。意在解密一個大報的新聞後臺操作,打造中國最佳新聞案例讀本。南方週末的《後臺》提供了一個優秀媒體在社會轉型時期中國進行新聞實踐的範本,從實踐中總結出來的規律、經驗,彌足珍貴,往往比一般理論更具生命力。這本書,展現了一份影響全國的報紙新聞生產的祕密,展現了一個不斷追求的媒體新聞後臺操作的真相。有人說,書中文章的價值甚至可能超過南方週末的公開報道。這當然是謬讚。不過,它確實從很獨特的角度記錄了新聞與新聞人、現實與反思者。

  從1990年代中期以後,報道的問題經常較為尖銳,對一些事件的獨立調查和解讀引起了一些人的不滿。這些人往往包括政府官員、公司管理者,以及一些被披露和曝光的當事人。據稱《南方週末》經常會因為違反中宣部的某些禁令而遭到中國大陸的新聞監管部門的批評和處分。有時輿論監督報道涉及的地區,會出現買不到當期《南方週末》的情況,據稱可能遭到惡意收購或阻止在當地發行。

  長江文藝出版社出了上下卷《中國底層訪談錄》之後,中宣部發布禁令;該書作者廖亦武向美國之音指,《南方週末》整版刊登了作者關於此書的談話,報紙的主編、副主編和編室主任等統統被撤職,出版社也遭受巨大經濟損失。

  2002年《南方週末》頭版揭露希望工程負責人挪用億元善款進行投資,最終導致虧損。結果這份報紙幾十萬份被收回銷燬,僅存幾千在人間。寫這篇文章的新聞人方進玉遭到處理,提供線索的楊女士在2006年患癌症去世,而此事件的審計報告一直沒有對外公開。

  據稱《南方週末》一些編輯和記者對於薪酬和新任主編的作風等問題產生不滿,與報社發生衝突,最後導致集體辭職。涉及的編輯記者中有一部分為《南方週末》的資深成員。據稱,此前也有過幾次報社成員的辭職事件,但都規模較小。此事件最早於(2002年)通過西祠衚衕“記者的家”釋出,許多具體細節外部無法得知。在隨後幾年中,此事被多次重新在各個網上論壇轉載。由於原文中並無標註事件發生的具體時間,因此被轉載時,大多被當作當時發生的新聞。  2005年9月1日,南方報業傳媒集團法律事務部在網際網路上發表宣告,稱這是一起“被人有目的地在網際網路上廣為散佈”的虛假訊息,對事情闢謠。宣告中稱這一訊息最早出現在三年前,並披露了訊息中提到人員的去向。並稱將保留對侵權行為的一切法律權利。宣告中對於其他一些訊息作出澄清。

  2008年1月19日下午,報社在北京八一劇場舉辦「致敬二〇〇七——南方週末年度盛典」晚會,《炎黃春秋》雜誌原獲多個媒體共同評得之「中國媒體最高致敬獎」第一名,報社還特意邀請該刊總編輯杜導正代表刊物上臺領獎,但於當天頒獎前,報社高層收到自稱來自中共中央宣傳部某局某人(沒報名字)致電稱他們不同意該刊獲此獎項,並稱所安排之程式與相關錄象鏡頭必需刪掉。而報社亦問準杜導正的意見後,按此指示。

  奧巴馬在2009年11月訪華期間,於11月18日上午在北京國際俱樂部飯店接受了南方週末總編輯向熹、記者張哲的獨家專訪。原本奧巴馬不準備接受中國媒體採訪,並婉拒了中央電視臺的採訪,這次專訪是奧巴馬在抵京後臨時決定的。該期報紙推遲出街,見報的稿件過於平淡,迴避了人權、言論自由等敏感問題,被認為是受到了中國當局的打壓,《南方週末》用兩個半版新聞界裡「開天窗」式廣告作無聲抗議。後有說,“所謂‘天窗’實為南方週末的形象廣告,因廣告本身有大幅留白而遭外界誤讀”。《紐約時報》報道稱是“中國政府對稿件進行了生硬的刪減,卻留下了奧巴馬對籃球的輕鬆看法。”  報紙出版後,中宣部下達禁令,要求各媒體不得轉載此次專訪內容。事後總編向熹被降職。奧巴馬在訪問後致函週刊和讀者,寫到:

  2013年1月3日,《南方週末》工作人員聲稱自己迫於廣東省宣傳部新聞處的壓力,未經過該刊正常出版流程,對2013新年特刊中的新年致辭及相關內容進行大幅刪改,併產生數個常識性錯誤,引發《南方週末》採編人員抗議的事件。事件引發大陸社會乃至全球媒體的關注,主要爭議焦點為中國的新聞審查制度及新聞自由。為了規避中國大陸的網路敏感詞審查,該事件也被網民稱為“299字事件”、“南周事件”、“難咒事件”、“NZ事件”等。

  在網際網路上《南方週末》是談論熱點之一。一般討論的內容是當期報道內容。但隨著報社頻繁的人事變動引發了內容等方面的改變,人事變動也成為討論的內容之一。但這部分內容的可信度還存在爭議。

  《南方週末》在2005年因方舟子與於建嶸的爭論與方舟子互相指責,在2012年又因對韓寒代筆之爭的態度不合而矛盾升級,引發爭議。  2005年11月24日,方舟子在《人民日報》下屬人民網的專欄撰文聲稱,2005年11月10日《南方週末》以兩版的篇幅發表《於建嶸VS方舟子:兩敗俱傷的惡戰》之專題,其中涉及方舟子的訪談內容在未經他本人同意的情況下被大量刪節,並且出現未經其確認的內容,致使原意大變。《南方週末》以非客觀、非中立的立場發表三篇批判方舟子的文章,方舟子直斥《南方週末》的相關人員“言而無信,有違新聞道德,更有違做人的道德”。2005年《南方週末》的編輯和記者因對主編不滿而集體辭職。知名打假人士方舟子認為經過大換洗,《南方週末》的品質每況愈下,“真是墮落了!”。  《南方週末》於2012年2月16日刊發兩篇特稿《差生韓寒》、《世界差點把他忘了》,正值韓寒代筆之爭在微博上熱炒之際。這兩篇特稿“以非常文藝的方式還原韓寒自出道以來的經歷”,但未明確涉及韓寒是否代筆的問題。方舟子對此指責到:“文體是報告文學,性質是軟文。採訪物件應該都是韓寒方提供的。從發社論力挺韓寒的那一刻起,《南方週末》就已鐵了心要給韓寒陪葬。”、“南方週末早就墮落了,但這回墮得如此徹底,還是讓人一嘆。”  《南方週末》於2012年6月21日以頭版頭條和四個整版的篇幅發了兩篇關於方舟子的報道《方法:方舟子與他所影響的論戰法則》、《打假資金:沒有時間表的“透明”》,稱方舟子影響的論戰“言語羞辱與文革式指摘蔓延”,“語言的戾氣也超過對事實的實質討論”,“這樣分裂的網際網路更令人心寒“,指證方舟子的打假資金不透明。方舟子立即於2012年6月22日發文《〈南方週末〉是如何構陷我的》予以迴應,稱《南方週末》歪曲其在ACT與新語絲的經歷,通過“造謠”進行“構陷”,並稱其資金的情況已經澄清過,而《南方週末》關於採訪方的律師的“經過的描述,純屬謊言”。

  在報道2008年汶川大地震事件中,《南方週末》於當年5月22日和5月29日兩期的“大地震現場報告”、“大地震現場再報告”,共42個版面、推出超過100篇報道,涉及震災救援、醫療急救、學校之殤、重建之思等,因報道對震災現場人性弱點的真實描述,以及坍塌的學校建築反思,引發網路激辯。反對者指責《南方週末》劍走偏鋒,並戴著有色眼鏡看世界。  2013年8月,《南方週末》刊發了對湖南省永州市“上訪母親”唐慧的負面報道,作為對南周此前正面評價唐慧報道的平衡、對事實的再訂正,但引起一些網友的爭議。  在郭飛雄、劉遠東因策劃聲援《南方週末》的行動被捕之後,有報道指南方報業傳媒集團做出了對二人不利的證詞,稱二人的行為“滿足聚眾擾亂公共場所秩序罪的後果要件”。此事一經披露,引發輿論一片憤慨,紛紛指責南方報業“背信棄義”。  2014年3月27日,《南方週末》發表了《扼殺一個小詩人 一箇中學生家庭的教育之困》一文,講述了一名愛好寫詩的初三女生朱夏妮所面臨的升學困境,並批評中國現有的教育體制。但隨後網友發現朱夏妮實為《南方週末》編輯朱又可之女,並質疑南方週末此舉有“夾帶私貨”、“公器私用”和“炒作”之嫌。4月3日,《南方週末》編輯朱又可在新浪微博上承認朱夏妮是自己的女兒,但否認炒作等質疑,表示該選題是經過集體討論通過的,並稱《南方週末》“重視新聞本身的價值而不是採訪物件的家庭”。  2014年12月4日,《南方週末》發表了一篇題為《解放軍單兵裝備有多貴?一身作戰行頭=兩部iPhone 6》的文章,介紹中國人民解放軍的單兵裝備,隨即引發廣泛關注。4天之後,中國軍方報紙《解放軍報》官方公眾微信賬號發表了題為《有一種抹黑叫無知——評〈南方週末〉酸文〈解放軍單兵裝備有多貴〉》的文章,對南周文章中的一些說法提出了反駁,並指責南周“明嘲暗諷我軍單兵裝備低劣”,言辭激烈,並指出了南方週末報導中的一些錯誤。之後南周道歉,軍報也刪除了反駁文章。
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