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  義大利球壇爆出近年來最轟動的假波案,應屆冠軍尤文圖斯、AC米蘭、費倫天拿以及拉素涉嫌安排球證操縱比賽結果。該四間球會被義大利法院及義大利足總作出判決,原定可以參加下屆歐聯及歐洲足協盃的他們被判禁止參加來屆所有歐洲賽事,但AC米蘭在7月25日進行的上訴裁決獲得減刑,並且得以參加來屆歐聯第三圈外圍賽。  經最後裁決後,歐洲賽參賽資格由以下球隊取代:

  國際足協基於希臘政府嚴重干預足球組織運作,因此2006年7月3日開始禁止希臘參加所有國際足球賽事,不過希臘議會就事件批准修訂有關體育管理方面的條例後,國際足協於7月12日取消對希臘足協的禁賽令。

  

  該階段賽事於2006年7月13日至7月27日進行。 !colspan="5"|南部、地中海地區 !colspan="5"|中、東部地區 !colspan="5"|北部地區

  該階段賽事於2006年8月10日至8月24日進行。!colspan="5"|南部、地中海地區 !colspan="5"|中、東部地區 !colspan="5"|北部地區

  第一圈共有 80 支隊伍參加,雙方球隊以主客製作賽,勝方的 40 隊球隊可進入分組賽階段,賽事於2006年9月14日至9月28日進行。

  分組賽階段將 40 支隊伍分為 8 組,每組各有 5 隊,每隊以單迴圈賽制作賽,小組成績最好的首三名一共 24 隊連同歐聯小組賽第三名的 8 隊球隊可進入三十二強淘汰賽。  如在小組中兩隊得同分則順次序根據以下準則定出勝方:

  

  8 隊歐洲聯賽冠軍盃分組賽第三名的隊伍加入第一圈淘汰賽,共計由歐洲足協盃分組賽階段晉身的 24 支球隊總共有 32 隊進行主客兩回合比賽,賽事首回合於2007年2月14日及15日進行,而次回合則在2月22日進行。

  賽事採取主客兩回合淘汰制,賽事首回合於2007年3月8日進行,而次回合則在3月14日及15日進行。

  本輪抽籤儀式於2007年3月16日在蘇格蘭格拉斯哥進行,首回合於2007年4月5日進行,次回合則於2007年4月12日進行。八支出線球隊沒有抽籤限制,因此同一個國家或分組賽階段處於同組的球隊將有機會碰頭。

  本輪抽籤儀式於2007年3月16日在蘇格蘭格拉斯哥進行,首回合於2007年4月26日進行,次回合則於2007年5月3日進行。

  決賽於2007年5月16日在蘇格蘭格拉斯哥鹹普頓公園球場舉行。
2006–07年歐洲足協盃為歐洲足協第 36 屆舉行的歐洲足協盃,決賽於2007年5月16日蘇格蘭格拉斯哥鹹普頓公園球場舉行。冠軍由塞維利亞成功衛冕,於決賽擊敗同樣來自西班牙的愛斯賓奴,連續兩年奪得歐洲足協盃。