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  放射性碳測年對於柬埔寨西北部馬德望省,Laang Spean洞穴的測定證實和平文化的石器工具年代為公元前6000-7000年,亦有公元前4200年的陶器存在。自2009年起,「法柬史前考察團」的考古研究已經記錄了距今7.1萬年前到洞穴新石器時代的完整文化序列。自2012年以來的發現得到了普遍的解答,該洞穴留下了獵人和狩獵團體首次佔領的考古遺蹟,亦發現了新石器時代的人類,他們具有高度發達的狩獵策略和製作石器的技術、高超的陶藝製作技術,以及具有全面的社會、文化、符號和葬禮習俗。  在磅清揚省Samrong Sen發現了公元前1500年的頭骨和人骨。Heng Sophady (2007)比較了Samrong Sen和柬埔寨東部持續的土方工程認為,這些人可能是從中國東南部遷移到中南半島。學者們追溯了他們首次種植水稻和東南亞首次製作青銅的歷史。

  西元一世紀時,柬埔寨境內建立扶南國,奉印度教為國教,故受印度文化影響甚深。扶南王國國都是毗耶陀補羅城(Vyadhapura,梵文:獵人城),在今巴南(Banam)附近,有湄公河西北流東入海。高棉語中扶南國王叫Kurung bnam,Kurung(帝)bnam(山),扶南是bnam(山)的對音。扶南國有屬國真臘。公元七世紀中葉,扶南國為北方倔起的真臘所滅,扶南王子流亡爪哇,建立山帝王朝。中國史籍《後漢書》稱為“究不事”。

  中國隋朝史籍記載了一個名為真臘王國的國家派遣使者前往中國。《隋書》首先稱為真臘。《唐書》稱為吉蔑、閣蔑(都是Khmer的對音)。

  9到15世紀初的吳哥王朝國力強盛,創造了舉世聞名的吳哥文明。9世紀至15世紀出現的吳哥王朝,被稱為高棉帝國,國勢鼎盛,文化燦爛,版圖包括今日柬埔寨全境以及泰、寮、越三國之部分地區。明宣德五年(1430年)暹羅入侵柬埔寨,包圍吳哥城七個月,最後攻破吳哥。因為吳哥太靠近暹羅邊境,柬埔寨放棄吳哥,遷都金邊。

  16世紀末開始,真臘走向衰落,到了18世紀末,柬埔寨基本上處於強鄰的控制之下,成為屬國。同時,從17世紀到18世紀越南逐步吞併了下柬埔寨的全部領土,形成了今天的越南南方。  宋代稱為真臘,一名真裡富,元朝稱為“甘勃智”,《明史》稱“甘武者”,明萬曆後稱“柬埔寨”。“究不事”、“甘勃智”,“甘武者”、“柬埔寨”都是 Camboja 的音,真臘、真裡富來自“暹粒”Siem Reap。  此後柬埔寨國勢衰敗,備受越南侵略。1623年,越南阮朝獲得柬埔寨國王的同意,在下高棉地區設立貿易機構。1697年越南滅亡佔婆國,開始與柬埔寨接壤。1770年越南在下高棉地區站穩腳跟。1807年越南利用柬王安贊二世與暹羅的矛盾,重新確立越柬宗藩關係,使柬埔寨成為“屬國”。1813年越南派兵進駐南榮(金邊),柬成為保護國。  1819年至1824年,越柬修建了長87公里的永濟河(河仙運河)。  第一次越暹戰爭(1833-1834)越南獲勝。1835年柬王安贊二世去世後,改“高蠻國”為“鎮西城”,立安贊二世之女安眉(“玉雲”)為“高綿郡主”,設立鎮西將軍、參贊,正式兼併柬埔寨,“郡縣其地”。1841年,爆發柬埔寨獨立大起義,暹羅出兵支援,將越軍趕離柬埔寨,安贊二世的弟弟安東即柬埔寨王位。1845年越軍反攻重新佔領金邊,但久圍烏棟不下,遭柬堅壁清野。1845年,越、泰、柬三方談判,越南放棄對柬埔寨的侵佔,承認柬埔寨獨立,柬埔寨恢復到1835年前暹越兩屬的狀態,柬埔寨正式承認越南對下高棉(南圻)的佔有。1847年,越南宣佈封安東為“高綿國王”,越南使節與暹羅使節一起,為安東加冕;正式撤廢鎮西城建制,恢復了“高綿國”,越、暹兩軍都撤出柬埔寨。1855年,柬埔寨不再遣使對越南朝貢,越柬宗藩關係終結。

  1863年後又淪為法國保護國。1942年至1945年曾遭日軍佔領,戰後於1953年11月9日脫離法國獨立。

  獨立後,柬埔寨歷經柬埔寨王國施亞努時期。

  高棉共和國(朗諾)時期、赤柬統治(波爾布特)時期)

  柬埔寨人民共和國(韓桑林)暨三派聯合政府時期、全國最高委員會(四派領袖)時期。

  駐柬機構(UNTAC)時期乃至目前之聯合政府時期。
柬埔寨是中南半島地區歷史悠久的文明古國,有兩千年以上之歷史,其歷史可以追溯到印度文明。柬埔寨有詳細記錄以來最早出現、曾被中國史冊提及的是扶南國-一個在公元1至6世紀圍繞中南半島最南端的政體。扶南國被認為有著南湄公河一帶最古老的區域印度教文化,這顯示了其在印度圈中的角色,為西邊印度的長期海上貿易伙伴。到了6世紀,在中國史冊中被稱為真臘的另一個文明崛起,取代了扶南國,控制著中南半島更大、更起伏的地區,並且保持了不僅僅一個權力中心。