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  1958年,覃勤、陳固、陳恭炎等人因有感中醫學日漸沒落,而以創辦中國醫藥學院為解決方法,讓學子學習西洋現代科學方法來改進中醫藥,使學子成為中西醫學兼備的人才而創立。該校特色為中醫藥研究,是設立臺灣歷史最悠久的中醫學系的大專院校,更是將中醫教學融入各科系之中。  中國醫藥大學原名為「中國醫藥學院」,位於臺中市北區,創辦於1958年,以發揚中國傳統醫學、促進中西醫學一元化為宗旨,董事長覃勤兼首任院長。最初設有醫科與藥學系,1965年增設夜間部藥學系兩班、中醫科及護理專修科,為該校擴充科系之始。1972年陳立夫出任董事長,獲准將中醫學系由6年改為7年,畢業生授予醫學士學位,併成立鍼灸研究中心、抗癌研究中心與中藥研究中心。1974年成立中藥研究所碩士班,為培植學術研究人才之始。  1985年設立雲林縣北港分部與中正醫學中心。1989年設立中國醫藥研究所博士班。自早期致力於中醫藥現代化,創校至2001年已經擴充套件為12個學系、7個研究所、1個分部、2所附設醫院之規模,2003年8月改製為中國醫藥大學。  中國醫藥大學在中國上海交通大學2012年8月15日最新公佈的2012年「世界大學學術排名」,首度列在世界頂尖前500名(排名第453名),與臺大、清華、成大、交大、長庚大學、陽明、中山、中央等九所國內大學同列世界前500大學名單,是中臺灣唯一進榜的大學。 明基友達基金會贈送紀念石雕,放置於中國醫藥大學臺中校本部和風廣場,吸引眾多學生及家長參觀。  中國醫藥大學尚未進入世界前四百大,董事長蔡長海醫師於2012年表示,未來目標為三年內進入世界前四百大。  中國醫藥大學在2012年列在世界大學學術排名前500大,更挺進世界臨床醫學與藥學(簡稱醫科)領域前200強。臨床醫學與藥學的排名中,臺灣有三所進入世界前200強,分別為國立臺灣大學、中國醫藥大學與長庚大學。中國醫藥大學研發長蔡輔仁表示,論文數相較於六年前,成長4.1倍,而高品質的期刊論文則成長6.5倍,達215篇。近三年的論文平均被引用次數達3.44次,居臺灣7所醫學大學之首。但2018出現危機,臺北醫學大學論文數量於Q1超越中國醫大,達幾近一倍,足見研究量能的下降與危機,而不自知。  2013年榮獲土耳其中東科技大學URAP世界大學排名第441名,在醫藥領域排名201名,在臺灣的大學中排名第4;在農業與環境科學領域排名335名,在臺灣的大學中排名第4;在生命科學領域排名271名,在臺灣的大學中排名第4。  2014年榮獲第二期邁向頂尖大學計劃之頂尖研究中心補助,設立中醫暨鍼灸研究中心,獲得每年1億元補助自2014年起至2018年止,中國醫列為17所頂尖大學之一。 2018年於教育部高等教育司的「高等教育深耕計劃」中,在一般大學評比下,總共獲得2億226萬元補助(包含USR與Global Taiwan研究中心),經費排名第12名。而在「大學社會責任補助計劃(簡稱USR)」的一般大學評比中,以「中醫藥在地化推動計劃」與「雙軌並進-建構融入中醫特色之創新社群長照服務模式」兩項計劃獲得通過;另於全校型特色領域研究中心(簡稱Global Taiwan研究中心)專案,由「新藥開發研究中心」與「中醫藥研究中心」獲得通過予補助;受中央研究院生化所陳慶士事件影響,新藥開發中心獲補助之經費每年四千萬元,雖已公開新聞列名離開研究團隊,但仍由曾任合著者的許翱麟教授與朱伯振助理教授加入中醫大,另亦有「藥癮與心智健康研究中心」。  建構「腫瘤醫學研究中心」、「中醫暨鍼灸研究中心」、「中草藥研究中心」、「腦疾病研究中心」、「免疫醫學研究中心」等五大研究中心。  但是過去所延攬及培育的人才不斷流失並出現教授的嚴重斷層,如:前醫學系微免學科李哲欣副教授轉往中山大學生物科學系,前醫放系吳傑教師被陽明醫放系延攬,前生科系林宥欣教授往陽明藥學系發展,前公共衛生學系張弘潔助理教授、餘聰助理教授分別轉往臺大與成大發展,林欣榮教授迴歸慈濟醫院,前中醫傷科何宗融教授轉任花蓮慈濟醫院副院長,前醫技系陳琪鈞助理教授離職,及前物治系系主任孫世恆教授離職,等,顯示組織面臨人才老化與教師流失的問題。

  目前全校共有8個學院,21個學系、38個碩士班 碩士在職專班 暨 碩士學位學程、21個博士班 暨 博士學位學程,以及通識教育中心。(2017年)

  與中國醫藥大學結為姊妹院校的機構包括:
中國醫藥大學,簡稱中國醫或中醫大、中醫(相對於北醫、高醫),校本部位於臺灣台中市北區;原名為中國醫藥學院,2003年8月改製為中國醫藥大學。 除臺中校本部外,於雲林縣北港鎮設有校區,目前除醫學系、中醫學系及牙醫學系之外,其餘科系大學部一年級學生於北港分部修讀。 預計於2020年將主校區遷至水湳校區,位於水湳經貿園區內。