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  半知菌的分類有兩大分類系統。

  半知菌的傳統分類是採用薩卡度(Saccardo et al.(1882-1972))的分類系統。  按照真菌傳統的三綱一類分類法(即藻菌綱、子囊菌綱、擔子菌綱和半知菌類),半知菌都歸入半知菌類,並根據子實體或孢子果的形態分為以下4個目:

  安斯沃斯[Ainsworth(1973)]現代分類系統是真菌界比較公認的真菌分類系統。該系統建立在薩卡度傳統分類系統的基礎上,雖然也以形態學為基礎,但更加註重真菌的產孢方式。  該系統根據真菌形態和產孢方式將半知菌亞門分3個綱:

  根據國際命名法規,每一個生物的種只能有一個合法的學名。但是,一部分子囊菌和擔子菌的無性階段被歸入半知菌,有性階段又被劃入子囊菌門或擔子菌門中,導致同一個真菌種被交叉劃分在不同的單元中,同一個種有兩個學名。因此,1992年在美國俄勒岡州新港(Newport, Oregon)召開的真菌全型會議(Fungal Holomorph Conference)上決定廢除半知菌亞門這一分類。然而現在許多菌類暫時還沒有發現有性階段,或者有性階段很少見,或者人們更習慣使用無性階段的學名時,同時使用無性階段和有性階段的兩個學名依舊是普遍現象。  隨著分子遺傳學研究的深入,今後也許用不著發現菌類的有性階段,也能夠根據遺傳學特徵直接判斷其分類歸屬。

  無性繁殖真菌的系統發育分類現在通常使用分子系統發生學。 通過對DNA序列(例如rRNA)或多基因系統發育的比較分析構建的系統發生樹可用於推斷無性繁殖真菌與其性繁殖對應物之間的關係。
半知菌(,希臘語,意思是「第二種真菌」)是一種已廢止的生物分類,指在子囊菌・擔子菌的同伴之中,還未發現有性繁殖階段而在分類學上位置不明的一種臨時分類。只進行無性繁殖的菌類被稱作不完全型,這一階段被稱為無性階段。進行有性繁殖的被稱為完全型,該階段被稱作有性階段,通常有性階段的菌類也是同時進行無性生殖的。日常生活中常見的黴菌大部分都處於無性階段,其中包含半知菌的比率非常高。