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  本站為高架車站。在來線部分設有2座缺角型島式站臺,共計2面6線。其中4至6站臺於2015年3月14日高架化,其餘站臺則於2018年3月17日實現全部高架化。新幹線部分設有2座島式站臺,為2面4線,均為8節編組長度,並裝有低站臺門。本站最初雖設計為可停靠16節編組的列車,但本站以北只預留了12節編組的線路。本站使用自動車站廣播。  在來線高架新站房由安藤忠雄設計。高架化前連線東西方向的地下通道停止使用,並將在白川口舊站房拆除後回填復原。舊站房3層以上的辦公區(包括JR九州熊本支社等相關單位)也將在拆除時搬遷。  本站在業務上屬於直營站,採用MARS系統和POS系統售票。IC卡“SUGOCA”系統於2012年12月1日啟用,並與日本國內其他9種交通系IC卡聯網,但僅可乘坐在來線列車,新幹線暫未支援。
熊本站()是九州旅客鐵道(JR九州)、日本貨物鐵道(JR貨物)和熊本市交通局的鐵路車站,位於熊本縣熊本市西區春日三丁目。