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  儘管分子量一般指相對分子質量,但是字面上常與分子質量這一概念混淆。分子質量指分子的實際質量,而非比值。國際單位制中的單位為kg,但由於分子質量很小,所以常用道爾頓(Dalton,Da)或原子質量單位(u)或亞佛加厥常數(6)作為原子或分子質量的單位,大分子(如蛋白質)的分子質量通常使用kDa。  例如二氧化硫(SO)的相對分子質量(分子量)為64.06,但分子質量為0.06406(kg/mol)÷亞佛加厥常數=1.06374×10kg=64.06 Da。  為了便於區分這兩者,分子量在中國大陸又稱為“相對分子質量”,同樣,原子量又稱為“相對原子質量”。

  分子量的測量通過質譜法來進行。將待測樣品引入質譜,然後用電子衝撞,使其發生電離,變為正離子碎片,再利用電場或磁場使不同質荷比的離子分離,或是透過過濾的方式,將它們分別聚焦到偵測器而得到質譜圖,從而獲得質量與濃度(或分壓)相關的圖譜。  通過質譜法還可以得到:
分子量,又稱“相對分子質量”,指組成分子的所有原子的原子量的總和,分子量的符號為M。定義為物質分子或特定單元的平均質量與C質量的1/12之比值。由於是相對值,所以為無量綱量,單位為1。