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  1587年卡爾的侄子齊格蒙因為母系血統的關係,繼位為波蘭立陶宛國王。  1592年齊格蒙之父,瑞典國王約翰三世駕崩,當時瑞典以基督新教信義宗為主要信仰,齊格蒙繼承瑞典王位之後,曾力圖將瑞典恢復到以舊教為國教的狀態,這引發了許多瑞典的信義宗大臣不滿。儘管卡爾本人信奉克爾文派的歸正宗,而非路德派的信義宗,但卡爾支援信義宗,作為與齊格蒙爭權的手段。  1598年,也身兼波蘭國王的齊格蒙運用波蘭艦隊登陸瑞典,遠征斯德哥爾摩和卡爾馬,9月25日,在林雪平發生的「斯通耶布羅」之役中,被卡爾九世打敗,1599年7月24日,瑞典國會罷黜了齊格蒙,立卡爾為監國攝政王。1600年3月19日,卡爾肅清齊格蒙派,許多原支援齊格蒙的貴族被卡爾斬首,後被稱為「林雪平血案」(Linköping Bloodbath)。  1604年,身為攝政王的卡爾正式加冕登基,並自稱為卡爾九世。理論上他應該是「卡爾三世」。因為,事實上的卡爾一世,即卡爾·斯沃克爾鬆是瑞典歷史記載的第一個名叫卡爾的國王,只是因為傳奇中稱卡爾·斯沃克爾鬆是「第七個卡爾」。卡爾為了尊重這個傳奇,於是自稱「卡爾九世」。
卡爾九世(,1550年-10月4日-1611年-10月30日),瑞典瓦薩王朝國王,古斯塔夫一世的幼子。卡爾九世將他信奉天主教的侄子齊格蒙逐回波蘭,1604年自立為王,自行取了「卡爾九世」的王號。1611年駕崩。卡爾九世在位時間不長,一直處於和俄羅斯、丹麥的戰爭之中,卡爾九世在瑞典歷史上的主要功績是維持瑞典的新教地位,且為他兒子古斯塔夫二世·阿道夫的偉業開闢了好的環境。