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  古埃及稱努比亞為古實("Kush")。  新石器時代,尼羅河谷的居民可能來自蘇丹和撒哈拉沙漠。在這一時期,這兩個地區和埃及有著共同的文化。到了公元前5千年,現被稱為努比亞的居民們參加了新石器時代革命。現在的人們認為撒哈拉的一些岩石浮雕描繪了牛群的祭祀儀式,這些浮雕是東非和尼羅河谷的象徵,即使在今天也一樣。人們在Nabta Playa發現的巨石是世界上最早的天文裝置之一,其歷史比巨石陣要早近2000多年。  史前的努比亞(尤其下努比亞)被分為數個文化期,這些文化期被用字母來標緻:

  

  公元前750年左右(也可能已經在前1000年),庫賴邁地區的努比亞貴族建立了一個國家,它恢復了庫施這個古老的名字並開始迅速發展。約前712年庫施佔領了全埃及。在埃及的努比亞統治者建立了第二十五王朝,約前661年埃及人在亞述的幫助下解放了全埃及,庫施退回努比亞地區,其首都在今天的庫賴邁附近。約前530年首都被移到今天喀土穆以北的麥羅埃。在這段時間裡努比亞的文化漸漸獨立,他們開始使用自己的文字,當地的語言也漸漸成為官方語言。至晚300年古實王國垮臺,其原因有可能是因為氣候變化或者因為與衣索比亞的戰爭失利。  塔哈爾卡統治努比亞和埃及時重修了埃及的卡納克神廟,並在努比亞新建了許多寺廟和金字塔,這些活動直到塔哈爾卡被亞述人趕出埃及才停止。

  麥羅埃(公元前800年-公元350年)位於努比亞南部、尼羅河東岸。麥羅埃人保留了很多埃及的習俗,但也有許多方面不同於埃及的。他們擁有自己的書寫方式。這段時間內,許多金字塔在麥羅埃建立,麥羅埃還擁有強大的常備軍隊。  公元4世紀時,該地區被諾巴征服,具體時間不明。有許多人認為諾巴可能是努比亞的詞源。

  6世紀時努比亞基督化,在這裡出現了多個王國。中世紀的努比亞一般使用希臘字母來書寫努比亞的當地語言。努比亞語與阿拉伯語同時被使用。652年,阿拉伯人曾經在征服埃及後前往南方討伐努比亞,但之後停戰,努比亞人不須信仰伊斯蘭教也免於被併入阿拉伯帝國,但每年要出口360個奴隸。穆斯林每年送回大量的肉類與豆類,這裡也是閹人出口到阿拉伯帝國的地方。13世紀時,埃及的拜巴爾一世曾經入侵此地,擄獲他們的國王。  14世紀,棟古拉政府垮臺,努比亞也分裂開來,被阿拉伯人控制。此後的幾個世紀內該地區屢遭阿拉伯人入侵,一些小國家也在此時建立。努比亞北部被埃及控制,南部則在16世紀時被豐吉蘇丹國佔領。16世紀時,努比亞的宗教變為伊斯蘭教。

  19世紀初,埃及的穆罕默德·阿里帕夏統治時控制了整個努比亞,後來努比亞被埃及與英國共管。1821年埃及人使用先進的歐洲武器再次佔領努比亞以及其南部的白尼羅河。1882年蘇丹的阿拉伯人起義反抗埃及人的統治並佔領了喀土穆。多個由英國軍官領導的埃及軍隊被擊敗。1898年英軍終於戰勝了起義者。為了解決這次遠征的供給問題英國人沿尼羅河建造了努比亞的第一條鐵路。此後蘇丹(和努比亞)成為英國的勢力範圍。  1955年全民公投反對與埃及合併。1956年蘇丹獨立。瓦迪哈勒法成為兩國的邊境,努比亞被分給了埃及和蘇丹兩國。1960年代埃及開始建造阿斯旺大壩,1971年大壩竣工。此後下努比亞幾乎完全被水淹沒。大壩創造了巨大的經濟效益,但也威脅到了當地的環境。在聯合國教科文組織的領導下部分當地的文化建築被轉移到高一些的地區儲存下來。下努比亞的居民大多數被移居到上埃及的南部,在當地形成了許多使用努比亞語的地區。今天努比亞人的文化主要為阿拉伯文化,但努比亞語依然存在,書寫時使用阿拉伯字母。許多努比亞人現在住在開羅一類的大城市。
努比亞()是位於埃及南部與蘇丹北部之間沿著尼羅河沿岸的地區,今日位於阿斯旺(位於尼羅河第一瀑布下游)與凱里邁 (蘇丹)(或稱庫賴邁,位於尼羅河第四瀑布下游)之間。努比亞一詞可能來自埃及語中的金("nub")或諾巴(Noba)。一般的,從阿斯旺到瓦迪哈勒法之間的地區被稱為下努比亞,從瓦迪哈勒法到庫賴邁之間的地區則被稱為上努比亞。有時人們也會將庫賴邁到喀土穆之間的地區稱為南努比亞。努比亞自古以來便被看做地中海地區的埃及與非洲黑人區之間的交接處。