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  足利尊氏對應後醍醐天皇的南朝建立了北朝,於1336年建立室町幕府。兩個朝廷對立的南北朝時代一直持續到公元1392年,最後被北朝統一。以應仁之亂為契機日本進入了戰國時代。雖然戰亂持續但內外通商繁盛,農業、工業技術也有所提高。  而室町時代建立的時期,大約對應東亞大陸史的大元大蒙古國末年。

  

  1335年,足利尊氏利用前往東國平亂時機,在鎌倉反叛,1336年1月攻入京都,3月退出京都進軍九州。以後醍醐天皇為代表的朝廷派遣新田義貞前往平叛,兩軍於兵庫湊川決戰,新田義貞大敗,足利尊氏再次攻入京都,後醍醐天皇出逃,尊氏擁立光明天皇,並將後醍醐天皇監禁。  尊氏控制京都後,自任“徵夷大將軍”,室町幕府正式建立。同年12月,後醍醐天皇逃至吉野,宣佈重開朝政。京都光明天皇朝廷為北朝,吉野後醍醐天皇朝廷為南朝,日本正式進入南北朝時期。

  1336年11月7日,室町幕府公佈《建武式目》,標誌著足利幕府統治的建立。1350年2月,足利尊氏之弟足利直義背叛北朝投靠南朝,並與1351年1月率軍大敗幕府軍,2月尊氏與直義和好,但不久又因南北統一主張的不同再次反目。1353年2月,尊氏殺直義。1358年4月,尊氏病故,12月,足利義詮繼任第二代將軍。1367年11月,足利義滿就任第三代將軍,1392年,北朝統一南朝。南北朝時代結束。

  長期動亂中,廣大的下層農民受害最深,反抗官府和統治者的鬥爭不斷髮生,被稱為「一揆』(意為「揭竿而起」)。1428年9月18日,近江國醍醐鄉的農民以德政為口號發動起義,史稱「德政一揆」,起義得到廣泛響應。1441年8月,德政一揆規模擴大,幕府不得不頒佈「德政令」,宣佈取消農民一切債務。9月14日,進一步釋出「一國平均德政令」,不論身份貴賤、地位高低,一切債務全部廢除。

  1467年,幕府三管領中的細川勝元與四職中的山名持豐(山名宗全)等守護大名的爭鬥。其範圍除九州等部分地方以外,戰火遍及其他日本國土,史稱「應仁之亂」。由於此一動亂,使日本進入將近一個世紀長的戰國時代。  1573年,織田信長流放最後一任將軍足利義昭,室町幕府正式滅亡。

  

  北山文化和東山文化合稱為室町文化。其中,北山文化指的是在三代將軍足利義滿時的文化,以北山山莊為代表,時間是14世紀末到15世紀初;東山文化則是八代將軍足利義政時代的文化,則以東山山莊為代表,時間大約是室町中期。  北山文化的時間發生由於在南北朝剛結束之時,其特色混合了從古至此的公家文化和新的武家文化。一方面,由於義滿的時代和中國的明朝有往來的貿易(日文稱作:勘合貿易),所以也有受到中國的影響。北山文化被認為是華麗而且有貴族性的;東山文化發生在應仁之亂後。在戰亂剛結束時,多種的藝術相續發展,各地的大名由於來到京都應戰,所以同時也帶來各地的文化。東山文化則認為是幽玄而且寂靜。  關於北山文化代表,建築方面有金閣寺、戲劇方面有能面、狂言、宗教方面有臨濟宗的發展、繪畫方面是水墨畫的盛行、文學方面則有連歌的發展,漢語的五山文化,物語出現了描繪歷史戰爭的軍記物語。至於關於東山文化代表,建築方面有銀閣寺等等、繪畫方面有水墨畫有雪舟等大師。
室町時代(1336年-1573年),是日本史中世時代的一個劃分,名稱源自於幕府設在京都的室町。