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  原有的托馬斯庫克集團(Thomas Cook AG)與英國任我行公司(MyTravel Group PLC)於2007年6月合併後,原英國托馬斯庫克航空與任我行航空(MyTravel Airways)於2008年3月30日合併成現有的托馬斯庫克航空,同年6月開始提供暑期包機服務。

  原有的托馬斯庫克航空前身為約翰·梅森·庫克航空(JMC Airlines),於1999年9月1日成立,次年3月27日開始運營。約翰·梅森·庫克航空由全勝航空(Flying Colours Airlines)和喀裡多尼亞航空(Caledonian Airways,前身為英國空旅航空)合併而來,2003年3月31日更名為英國托馬斯庫克航空(Thomas Cook Airlines UK)。

  2008年被托馬斯庫克航空合併的任我行航空(MyTravel Airways)成立於1990年,當時稱空旅國際航空(Airtours International Airways)。空旅國際航空分別於1993年和1996年合併歐洲國際航空(Inter European Airways)和北歐包機公司首要航空(Premiair,前身是斯堪航空),並於2002年更名為“任我行航空”。

  2013年2月4日,托馬斯庫克集團宣佈托馬斯庫克航空、比利時托馬斯庫克航空與神鷹航空將會合併成一間公司。神鷹航空目前正與托馬斯庫克航空在英國一些機場與美國奧蘭多桑福德國際機場及麥卡倫國際機場之間的航班實行程式碼共享。

  截至2015年2月,托馬斯庫克航空公司的機隊如下:  托馬斯庫克航空的飛機除了租予集團旗下的其它公司如斯堪的納維亞托馬斯庫克航空和比利時托馬斯庫克航空外,還會在冬季租予其它航空公司,如西捷航空。

  2010年12月,托馬斯·庫克集團宣佈使用空中客車A320系列替換其旗下四家航空公司原有的窄體機。這個為期五年的機隊更新計劃於2012年開始。  2011年1月,托馬斯庫克集團12架空客A321的訂單得到確認,首批預計在2013年後期交付使用,這12架A321全數配鯊鰭小翼。

  托馬斯庫克航空的所有飛機都採用白色機身塗裝,機尾繪有托馬斯庫克集團的標誌,機腹則塗為淺藍色。
托馬斯·庫克航空(Thomas Cook Airlines)是英國的一家包機航空公司,總部設於曼徹斯特,提供由英國前往世界各地主要度假地點的包機服務,在2012年的客流量超過6.7萬人次。