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  天正14年(公元1586年)秀吉九州征伐時,攻略宇留津城。戶次川之戰時,仙石秀久敗於島津家久而逃回領國贊岐國,改仕於黑田孝高重臣慄山利安的與力,石高100石。黑田家改封至豐前中津時,原本的領主城井氏不願接受移封,為保衛領地而徹底抗戰,黑田派兵攻擊,但戰事不利,又兵衛與吉田長利共同勸黑田長政撤退,天正15年(公元1587年)12月進攻長巖城時身受重傷。文祿元年(公元1592年)隨同出兵朝鮮,在第二次晉州城攻防戰中製作龜甲車、裝甲車突破城牆,與加藤清正部屬森本一久競爭「一番乘」的軍功。慶長5年(公元1600年)關原之戰討取石田三成家臣剛槍使大橋掃部,戰後成為黑田家重臣,受命擔任筑前六端城之一的大隈城(益富城)城主,石高16,000石。

  黑田孝高死後2年,慶長11年(公元1606年),基次一族在黑田長政繼承黑田家後出奔。這是因為長政禁止家臣與關係惡劣的細川家交往,而基次卻與他國人士(細川氏、池田氏)頻繁書信往來。基於對基次智勇的賞識,福島正則、前田利長及結城秀康都想招攬他,但由於長政祭出「奉公構」的措施而無法在其他大名處任職。基次一度返國故鄉播磨國,在領主池田輝政介紹下,於岡山池田忠繼處任職。但由於「奉公構」的影響,慶長16年(公元1611年)於京都開始過著浪人生涯,以教學軍事為生;針對基次迴歸黑田家的問題,黑田長政與幕府展開交涉,但因為與基次聯絡不佳而無法實現。

  慶長19年(公元1614年)德川向豐臣宣戰,發生大阪之役,基次在豐臣家家臣大野治長的邀請下進入大阪城並被任命為"旗頭";在天滿浦的閱兵式裡擔任指揮,獲得「摩利支天再生」的讚賞,為大阪城五人眾之一。山川賢信及北川宣勝都成為他的戰友,共同輔佐大野治長、治房。冬之陣時率領6000人擔任遊擊,與木村重成共同防守鴫野、今福地區,與幕府方的上杉及佐竹勢對峙。 翌年5月爆發大阪夏之陣,在大和路平野部出口及國分村附近的【道明寺之戰】中,基次擔任先鋒率2,800兵迎敵,6日清晨天未明時,自平野鄉出陣。然而德川方的先鋒大將水野勝成已經先一步率領部隊進駐國分村,基次只能於小松山佈陣,雖然兵少,仍擊殺企圖來襲的德川軍先鋒奧田忠次(奧田忠高之子),並佔優勢上風。但由於援軍薄田兼相、明石全登及真田信繁都因為大霧迷路未能及時抵達,導致基次遭到趕來支援的10倍兵力以上、伊達政宗家臣片倉重長為首的德川軍鐵砲隊包圍。但基次並不畏懼,親自率兵下山展開突擊,在戰鬥中被鐵砲擊成重傷無法行動後,要求部屬為他介錯,享年56歲。
後藤基次(公元1560年-5月5日-1615年-6月2日)是日本安土桃山時代及江戶時代早期的武士,父親為後藤基國。黑田家家臣,又稱【後藤又兵衛】,是黑田二十四騎、黑田八虎、黑田雙壁、日本七柱槍、大阪五人眾之一。