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  1543年,葡萄牙人是第一批到達日本的歐洲人,葡萄牙與日本的第一次聯絡就在日本南部的群島上,因此這段時期通常被稱為南蠻貿易,當時歐洲人和亞洲人都奉行重商主義。葡萄牙人在這個時候發現了長崎港,並在1571年通過耶穌會士加斯帕·維拉邀請當地的大名大村純忠皈依了天主教。  商業的擴張擴大了葡萄牙人在日本的影響力,尤其是在九州的影響力,在1578年葡萄牙人擊退了龍造寺氏對港口的進攻後,九州成為了戰略要地。  在日本靠岸的第一批葡萄牙船隻運載的基本上是來自中國的貨物(絲綢、瓷器等)。日本人渴求這些貨物,但是天皇禁止民眾與中國人接觸,目的是為了懲罰倭寇海盜的襲擊。因此,葡萄牙人在亞洲貿易中充當中間人。  1592年,葡萄牙與日本的貿易開始受到越來越多的中國走私者的挑戰,還有1600年佔領馬尼拉的西班牙的船隻,1609年的荷蘭船隻和1613年的英國船隻。  日本人感興趣的很多東西之一就是葡萄牙槍。1543年最先到達日本的三個歐洲人是葡萄牙商人安東尼奧·莫塔、弗朗西斯科·澤本和安東尼奧·佩伊託(也可能是費爾諾·門德斯·平託)。他們到達了種子島的南端,在那裡他們將向當地人介紹槍支。  由於日本正處於被稱為戰國時代的內戰時期,日本人購買了許多葡萄牙人的槍支。著名的大名的織田信長几乎統一了整個日本,他大量使用火繩槍,在長<unk>之戰中發揮了關鍵作用。在一年之內,日本的鐵匠能夠複製這種機械,並開始大量生產葡萄牙武器。後來,種子島火器得到了改進,日本火槍的質量也提高了。與中國在這一時期的火器試驗一樣,日本人開發了更好的瞄準鏡和繩索保護裝置。僅僅50年後,日本的軍隊裝備的武器數量可能比歐洲任何一支現代軍隊都多。這些武器在豐臣秀吉和德川家康領導下的日本統一,以及1592年和1597年入侵朝鮮的戰爭中發揮了極其重要的作用。歐洲人帶來的貿易不僅有武器,還有肥皂、菸草和其他在封建日本不為人知的產品。  1543年,葡萄牙人第一次與日本接觸後,一場大規模的奴隸貿易開始了。在16世紀和17世紀,葡萄牙人在日本購買日本人作為奴隸,並把他們賣到海外的各個地方,包括葡萄牙本土。許多檔案提到了大規模的奴隸貿易,以及反對奴役日本人的抗議活動。1555年,教會指出,日本奴隸被認為是第一批來到歐洲的日本人,葡萄牙人購買了大量日本女奴,帶到葡萄牙進行性交易。塞巴斯蒂安國王擔心這會對天主教的福音傳播產生負面影響,因為日本的奴隸貿易已經發展到相當大的規模,所以他在1571年下令禁止奴隸貿易。  1598年,葡萄牙耶穌會士路易斯•塞奎拉在一份檔案中提到,日本女奴甚至被當作小妾賣到葡萄牙船上,在日本從事交易。葡萄牙人把日本奴隸帶到澳門,其中一些人不僅淪為葡萄牙人的奴隸,還淪為其他奴隸的奴隸,葡萄牙人擁有馬來人和非洲人的奴隸,而這些人又擁有自己的日本奴隸。  豐臣秀吉非常厭惡自己的日本人在九州被賣為奴隸,於是他在1587年7月24日給耶穌會副會長加斯帕•科埃略寫了一封信,要求葡萄牙人、暹羅人(泰國人)和柬埔寨人停止購買和奴役日本人,並歸還遠至印度的日本奴隸。豐臣秀吉譴責葡萄牙人和耶穌會士販賣奴隸,並因此禁止基督教的福音傳播。  許多朝鮮奴隸被葡萄牙人買走並從日本帶回葡萄牙,在日本入侵朝鮮期間,他們是被流放到日本的數萬朝鮮戰俘的一部分。歷史學家指出,豐臣秀吉一方面對葡萄牙販賣日本奴隸表示憤慨和義憤,另一方面自己卻在日本大規模販賣朝鮮戰俘。  1578年,著名旅行家和商人菲力波·薩塞蒂在里斯本的奴隸社群中發現了一些中國和日本的奴隸。  葡萄牙人“高度重視”像中國人和日本人一樣的亞洲奴隸,比“撒哈拉以南非洲的奴隸”更加重視。葡萄牙人認為中國人和日本人的奴隸具有聰明勤奮等品質,這也是葡萄牙人更喜歡他們的原因。  1595年,葡萄牙通過了一項法律,禁止買賣中國和日本的奴隸。  1587年豐臣秀吉下達了禁教令,葡萄牙收到了宣告傳教士撤離和終止貿易自由的文書。進入江戶時代後,德川家康沿襲了這一政策(1614年的基督教禁止令)。在家康的晚年,葡萄牙人的停泊地被限制在平戶市和長崎。1620年發生平山常陳事件,幕府對基督教的不信任達到了決定性的地步,幕府切斷了與當時葡萄牙為共主聯邦的西班牙的關係,並要求澳門的傳教士不能前往日本。  但是,傳教士仍然沒有放棄對日本的傳教。 他決定前往東南亞的一個日本人云集的小鎮,在那裡日本、西班牙和葡萄牙的主權已遙不可及,可以不受管制地向日本人傳教,並使用朱印船將基督徒送回日本。 一些傳教士偽裝成商人或水手,並用朱印船進入日本。

  由於葡萄牙人來到日本,亞洲和歐洲之間的貿易不斷湧入,日本詞彙吸收了葡萄牙語起源的詞彙變成了新的日語詞彙。這些詞主要包括葡萄牙產品和習俗,通過葡萄牙商人到達而傳播。  葡萄牙語是第一個擁有日語詞典的西方語言,即日葡辭書,由耶穌會士若昂·羅德里格等人編撰,於1603年在長崎出版。
日本-葡萄牙關係描述的是日本與葡萄牙之間的外交關係。雖然葡萄牙水手第一次訪問日本是在1543年,但兩國的外交關係始於19世紀。