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  考古館,全稱“撒母耳.布隆弗曼聖經與考古學館”收藏了大量的以色列考古發現,按照時間順序展示,是世界上館藏聖經考古文物最多的博物館。考古館按照時間順序依次分為七個展廳,展示從史前到奧斯曼時期的整個聖地歷史。考古館還有另外幾個展廳,分別展示希伯來語發展、玻璃工藝、貨幣發展等。對以色列歷史有重大影響的文明文物,如古埃及文明、希臘-羅馬文明、伊斯蘭文明的文物也在考古館有展示。  考古館的知名文物有:

  聖書之龕收藏了在1947至1956年間於死海北岸的昆蘭,幹谷裡頭與周圍的11個洞穴中發現的死海古卷。經過7年的精心策劃,該建築由匈牙利裔流亡人士暨慈善家大衛·塞繆爾·戈特斯曼的家族提供資金而於1965年建成,而大衛·塞繆爾·戈特斯曼即是買下死海古卷送給以色列的人。  聖書之龕是有一個白色圓頂覆蓋著,而且三分之二都在地下的建築。白色圓頂在其周圍的水池中反射著光,而在白色圓頂的對面則有一座黑色玄武岩牆。這個建築物的形狀與顏色是基於光明之子對抗黑暗之子的戰爭的卷軸之意象所設計,而白色圓頂象徵了光明之子,黑色石牆則象徵黑暗之子。至於聖書之龕的內部則設計用以表現這些卷軸被發現時的環境。這裡也有以在寫下這些古卷的昆蘭之生活情形為主題的永久性展示。而整個聖書之龕的結構被設計成像這些卷軸被發現時用來裝它們的壺。該建築由奧地利建築師弗雷德裡克.基斯勒(Fredrick Kiesler)美國建築師阿芒德.巴託斯(Armand Bartos)設計並在1965年開幕。  由於這些卷軸的易碎性,使得要將卷軸全部在一個連續平面上展示是不可能的,於是便使用了一個迴圈系統。在一個卷軸被展示了3到6個月後,就會被從展示櫃移到一個特別的儲存空間暫時存放,並在那裡「休養」。該館也有其他珍貴的古代手抄本,並展示了10世紀時的《阿勒頗抄本》,該抄本被認為是最古老的完整希伯來文聖經。

  耶路撒冷第二聖殿時期模型是一個該館近來才新增的展品,該模型重建了耶路撒冷在66年爆發對抗羅馬人的大起義之前的地形與建築特色,而這場起義最後使得耶路撒冷與聖殿遭到了毀滅。這個包括了大希律王聖殿的複製品模型所在地最初是建在耶路撒冷的聖地酒店大堂,2006年移到博物館後成為該館佔地園區裡的一個永久性特色景點,就在聖書之龕附近。

  以色列博物館擁有大量的畫作收藏,其範圍涵蓋各種時代、型式、主題以及原創領域。這些收藏品的畫家包括有國際級大師如林布蘭與卡米耶·畢沙羅,以及以色列與猶太藝術家如阿貝爾·潘恩與馬克·夏卡爾。

  該館有來自世界各地與各時期的猶太儀式藝術品的重要收藏。

  比利羅斯藝術花園佔地20德南(dunam,1公制德南等於1000平方米),以現代與抽象風格的雕塑為特色。

  該館的青年館(Youth Wing)於1966l年公開,結合了以色列與國際藝術家們年度原創作品以及教育活動。這裡也有各種為小孩與成人舉辦的研討會

  洛克菲勒考古博物館是以色列博物館的分館,緊鄰老城東北角,地處東耶路撒冷。洛克菲勒博物館由美國洛克菲勒家族捐建,收藏有許多以色列建國前考古發掘出的重要文物,特別是約旦河西岸考古遺址文物。以色列文物局目前也在博物館內。博物館雖然展品豐富,位於老城旁,並且免費開放,但遊客不多。這一博物館展品按年代排列,專業收藏聖經考古文物,非常適合對以色列古代歷史考古感興趣的觀眾。博物館的重要文物包括聖墓教堂12世紀的門楣、耶利哥冬宮的穆斯林浮雕等。
以色列博物館(, "Muze'on Yisrael, Yerushalayim")成立於1965年,是以色列的國家博物館。該館位於耶路撒冷吉瓦特拉姆區的山丘上,與以色列國會大廈、以色列最高法院、希伯來大學和聖經之地博物館為鄰。