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  公元1939年9月1日,架空的二戰歐洲,專制國家日耳曼尼亞掀起了戰爭,並很快侵佔了歐洲大片領土。公元1940年,為配合非洲的戰事,日耳曼尼亞向南侵略,開始威脅阿爾卑斯山山麓的小國埃爾施塔特公國。為抗擊侵略,當時的公女菲涅代表大公祕密前往中立國維斯特里亞與不列顛尼亞外相瑞德弗德會面,爭取與不列顛建立同盟。  但因公國戰事的爆發使得談判未果,菲涅也被突然闖入的日耳曼尼亞軍逮捕。隨後菲涅與魔女伊澤塔相遇,伊澤塔是世界上最後在世的魔女,幼時便與菲涅相識。伊澤塔就幫助了菲涅安全回國。在瞭解當時時局後伊澤塔打算用她的魔法守衛公國。於是在魔法的介入下日耳曼尼亞的侵略計劃受阻並打亂。隨後公國大公逝世,菲涅繼承王位。伊澤塔同時透露魔女的魔力源自地脈,只有在地脈密度較高之地才能發揮力量。在見識到魔法的力量下,日耳曼尼亞祕密開展了找尋魔女的新計劃,並找到了曾經與公國結怨的白色魔女佐菲的骸骨。公國也相應的展開了宣傳魔女魔法的計劃,希望通過魔法的強大震懾日耳曼尼亞。伊澤塔的魔法事蹟於是向全世界進行傳播。此時公國暫時恢復平靜。  不久在諾斯王國召開了同盟國大會,藉助伊澤塔擊沉日耳曼尼亞航母龍巖的展示,菲涅贏得了與會成員的信任,來自亞特蘭大合眾國的大使也向總統發電報請求出兵歐洲同時消滅日耳曼尼亞與埃爾施塔特。但同時因為魔法的強大使得人們既驚歎於魔法也產生了恐懼。在擊沉航母時地脈的祕密也被日耳曼尼亞得知。日耳曼尼亞加快了進度,透過克隆技術將佐菲復活。並透過伊澤塔的血液喚醒了佐菲的意識。另一方面日耳曼尼亞祕密獲取了可吸收地脈能量的半塊魔石。但它的使用會減損壽命。一番準備後日耳曼尼亞捲土重來,伊澤塔與佐菲爆發戰鬥。因魔石的助力伊澤塔被佐菲擊敗。隨後日耳曼尼亞攻佔了公國首都,不久公國淪陷。菲涅與大臣逃往阿爾卑斯山藏匿,並奮力救回了伊澤塔。伊澤塔甦醒後,公國方齊克拿出了另半塊魔石,伊澤塔為守衛公國接受了魔石。後來菲涅從投誠的貝格曼得知,日耳曼尼亞利用魔女的力量研發了類似核武器的戰略兵器,打算摧毀公國以威脅同盟國。但戰略兵器仍需要依靠地脈和佐菲的力量控制。  為阻止這場悲劇,帶著魔石的伊澤塔再次跟佐菲爆發戰鬥。伊澤塔已和菲涅商量好,透過吸收歐洲的地脈能量使得魔法不再存在於歐洲,而菲涅赴維斯特里亞將她們的計劃告訴同盟國。這也是伊澤塔提出的作戰策略。最終佐菲因身體是複製體而無法承受過多的地脈能量聚集而死亡,伊澤塔雖然活了下來但落下雙腿殘疾,魔法從此在歐洲消失。此後亞特蘭大合眾國與伏爾加聯邦兩路出兵日耳曼尼亞。日耳曼尼亞皇帝自盡、帝國覆滅、歐洲最終恢復和平,此後菲涅致力於維護世界和平,伊澤塔則在幼時與菲涅相遇之地靜養,菲涅不時會來看望伊澤塔。
《終末的伊澤塔》()是一部由藤森雅也執導,亞細亞堂製作的原創動畫,於2016年10月1日在AT-X首播。《伊澤塔》於2016年6月24日正式發表,並公開宣傳影片及官方網站,但並未提及製作團隊及聲優。直至同年9月2日,官方才首次公開本作的製作團隊及聲優名單等資訊。