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  公元前44年起,十二群島成為了羅馬帝國的一部分。一世紀,聖保羅曾兩次來到群島上宣教,聖約翰亦曾多次來到十二群島播道,他最終亦來到群島上,被流放到帕特摩斯島,並在島上寫下了著名的啟示錄。  羅馬帝國於公元395年永久分裂後,十二群島就成為了東部帝國的一部分。儘管拜占庭近千年的統治曾多次被外族入侵所打斷,帝國仍為群島留下了豐富的歷史文化遺產。 在十三世紀,義大利人隨著第四次十字軍東征入侵一部分當時仍由尼西亞帝國統治的十二群島。威尼斯人和熱那亞人都曾佔領過群島的一部分。十四世紀,拜占庭帝國對群島的統治終於來到終結。1309年,醫院騎士團佔領了羅得島,並在隨後佔領了整座群島。騎士團在十二群島建立據點,並使其首都羅得市成為了一座巨集偉的中世紀城市。騎士團大規模的防禦工事有效擊退了1444年埃及蘇丹和1480年穆罕默德二世的兩次入侵,直至1522年蘇萊曼一世的圍攻戰中才有條件投降。蘇萊曼讓騎士團撤到馬耳他,他則開始了鄂圖曼帝國對十二群島達3世紀的統治。  公元1822年希臘獨立戰爭爆發,希臘從奧斯曼帝國獨立出來,十二群島沒參與戰爭,仍然保留在奧斯曼帝國。其後,1911年爆發意土戰爭,剛獨立的十二群島很快為義大利佔領。  1941年4月,軸心國入侵希臘,希臘被德國、義大利、保加利亞瓜分。1941年5月,德軍發起克里特島戰役,德國空軍的戰鬥機與轟炸機從羅德島機場起飛參戰。1941年5月28日17:20,義大利步兵第50師的1個旅3000人在自克里特島東部錫蒂亞登陸參戰。戰後,克里特島東部割讓給義大利佔領。1943年9月義大利向同盟國投降,多德卡尼斯群島被德國控制。丘吉爾企圖利用義大利投降的局面在東地中海擴大戰局,而美國已對登陸法國一拖再拖極不耐煩,不想再有任何人力、物資影響到“霸王”計劃。於是英國單獨發動了多德卡尼斯群島戰役(1943年9月8日至11月22日),結果以英軍慘敗告終,至此終結了英國開闢巴爾幹半島戰場以遏制蘇軍進入東歐的戰略野心。1945年5月8日,多德卡尼斯群島上的5000名德軍、600名義大利軍向盟國投降。  二戰後十二群島成為了英國軍方的保護地,在1947年2月10日正式簽訂對義大利和約,在土耳其的反對下把十二群島的主權交予希臘,正式結束了十二群島達740年的外國統治。
十二群島(希臘語:),又音譯佐澤卡尼索斯群島或多德卡尼斯群島,原本與薩摩斯島、伊卡利亞島合稱南斯波拉澤斯群島,位於愛琴海的東南部,靠近安納托利亞西南部的海岸。現時群島由希臘統治,主島為羅得島,行政上稱為十二群島州,屬南愛琴大區。群島的名字源於最初認為這組群島由12個大島和一系列小島組成。事實上,群島有12個較大的島嶼和150多個小島,其中26個有人居住。