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  此機為金屬製中單翼機,後三點式起落架,機身前部為較粗的炸彈艙,後部為較細的機尾,1939年原型機試飛時機尾有振動,故要加強機尾結構強度和加大垂直尾翼面積。此機的主翼設計來自先前失敗的Ki-45雙引擎戰機,優秀的設計後來也被Ki-45改二式復座戰鬥機屠龍所採用。另外,本機的零件有許多均與屠龍互相通用,生產裝置僅需要做些許修改就可以使用,這也對Ki-45改的生產速度提升做出了貢獻。同樣的主翼設計概念,在小修正後也被後繼的Ki-62、Ki-102、Ki-106所繼承下去。 比起載彈量跟續航力,九九式更重視的是與戰鬥機同等的速度與運動效能,主要任務為擊破機場地面上的敵軍戰機,以及對敵軍地上部隊進行反覆攻擊。由此可以看出日本陸軍對於九九式獨特的戰術運用思想。

  1940年7月投入中國戰場,日軍第16戰隊首先來到中國山東濟南,山西運城和河南新鄉,第90戰隊也來到中國湖北漢口和宜昌,第8戰隊進駐緬甸,1943年6月6日,一隊九九式雙發轟炸機空襲中國空軍梁山基地,當中有3架被中國空軍飛行員周志開擊落,太平洋戰爭爆發後,此機轉戰南洋各戰區,當中最南曾空襲澳洲達爾文港,後來盟軍各種新式戰鬥機相繼出現,此機不敵唯有退居二線,不過此機也曾參與沖繩戰役。
九九式雙發輕轟炸機()是1937年,日本帝國陸軍受到在中國戰場出現的蘇制SB-2輕型轟炸機的影響,要求川崎航空機研發的新式輕型轟炸機,此乃九九式雙發輕轟炸機(Ki-48)的由來。