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  斯特凡·巴托裡出生在索姆柳。他的父親斯特凡·巴托裡(—1534年)是約翰·扎波堯(一個宣稱擁有匈牙利王位的人,反對出身於哈布斯堡王室,同樣宣稱擁有匈牙利王位的斐迪南一世)的堅定支持者,後來被任命為特蘭西瓦尼亞省總督。  斯特凡·巴托裡因其出色的外交才能而出名。他因為擁護扎波堯之子約翰·西吉斯蒙德,而與斐迪南之子馬克西米連二世結怨,並因此而忍受了兩年的牢獄之災。  哈布斯堡王室和扎波堯宮廷最終在1570年達成共識,約翰·西吉斯蒙德因得到特蘭西瓦尼亞與親王之位而感到滿意。在他於1571年逝世前,曾任命加斯帕·拜凱斯為自己的繼承人,但特蘭西瓦尼亞各個階層的人選舉斯特凡·巴托裡為特蘭西瓦尼亞省總督——與之前親王任命的人不同,造成兩方的爭鬥。在哈布斯堡王室的支援下,拜凱斯堅稱他才是省總督,但最終在一場內戰中被他的對手逐出國外。  1572年,因為波蘭國王齊格蒙特二世逝世且無子嗣。這時的波蘭立陶宛聯邦是全歐最大,且人口最多的國家之一。1573年,他五十歲的妹妹、王位的第一順位繼承人安娜建議將瓦盧瓦的亨利選為統治者。她與亨利的婚禮讓亨利的統治更加合法,但在亨利加冕後的翌年,他放棄了波蘭王位,離開波蘭,去繼承他哥哥的法王王位。  1575年12月12日,在大約一年半的空位期後,瑟姆在羅馬教廷大使的說服下,選舉哈布斯堡的馬克西米連二世為新國王。但在三天後,貴族以內戰威脅參議院,要求將“皮雅斯特王室的家族成員”加冕為波蘭國王。在一次激烈的討論後,討論各方決定將52歲的安娜定為波蘭國王候選人,並讓她與小十歲的斯特凡·巴托裡結婚。立陶宛代表離開瑟姆,不參與這次選舉。斯特凡·巴托裡的最堅定支持者是新教徒和蘇西尼派,他們害怕哈布斯堡王室的統治者會將反宗教改革引入波蘭,但斯特凡的特蘭西瓦尼亞卻是以宗教自由而聞名。  1575年12月13日,安娜·亞蓋隆卡在華沙被選為波蘭國王和立陶宛大公;1576年5月1日,斯特凡與安娜結婚,並加冕為波蘭國王和立陶宛大公。成為波蘭國王之後,他同時自稱特蘭西瓦尼亞親王,在波蘭對自己的外西凡尼亞公國進行間接統治,實際上則由其弟弟克里斯多福·巴托裡擔任當地總督,管理外西凡尼亞。

  這次加冕幾乎要使盧布林聯合破裂,因為立陶宛大公國代表不出席這次選舉,他們認真地審議這場選舉,最後推選馬克西米連二世為波蘭國王兼立陶宛大公。在幾次協商,並保證立陶宛在聯邦享有完全的聯邦權利後,立陶宛代表承認斯特凡·巴托裡是立陶宛大公、魯塞尼亞和薩莫吉希亞公爵。作為酬謝,他建立了維爾紐斯學院。

  斯特凡·巴托裡開始的處境非常不利。國家因為這一年半沒有國王,到處烏煙瘴氣。馬克西米連二世堅持他此前當選波蘭國王,在波蘭培養巴托裡的政敵,並與沙俄結盟,準備通過武力強行登上王位。但是,馬克西米連的突然逝世將形勢完全扭轉了過來。  所有的武裝反對派因巴托裡的軍隊曠日持久地圍攻但澤而崩潰,並因與巴托裡達成共識而銷聲匿跡。漢薩同盟城市利用其財力和城防來支援馬克西米連二世登上王位,而丹麥也祕密地支援他,前三者都不承認斯特凡的王位。在被圍困了6個月之後,由5000名僱傭兵構成的但澤軍隊在1577年12月16日的一場野戰中,被完全擊敗了。但是,因為斯特凡的軍隊也無法攻佔城市,雙方最終達成妥協:斯特凡·巴托裡承認城市的特殊地位和獲前王承認的但澤法。城市承認他是波蘭的統治者,並支付了鉅額賠款(共計200000金古爾登)。但澤後來在波蘭與瑞典和沙俄交戰時,繼續保持對聯邦的忠誠,並在聯邦需要的時候提供援助。  這次勝利給了斯特凡鞏固王權的機會,在這方面,他受到了他的大臣揚·扎莫厄斯基的支援,扎莫厄斯基和政客一樣善於弄權。並通過在王室土地徵收較為合理的稅收,將王室財產出租給貴族,兩次戰勝了立陶宛和波蘭貴族中的幾個派系。斯特凡將波軍完全重組。他的獨創包括半正規軍“計算軍”,由農民構成,既能作為步兵投入戰場,又能作為工程兵使用。斯特凡也通過建立法律審理委員會重建司法機構。他也建立了維爾紐斯學院,這座學院是聯邦的第三座大學,和現在的維爾紐斯大學的前身。斯特凡也命令處決塞繆爾·茲博羅夫斯基,茲博羅夫斯基因叛國,在大約10年間進行殺人活動而被處決。  在外交領域,斯特凡通過建立強大的聯盟,來尋求和平。雖然斯特凡依然不信任哈布斯堡王室,他依然在教廷大使的促使下,與馬克西米連的繼位者魯道夫二世簽訂共同防禦協定。與奧斯曼帝國的外交障礙也因在1577年11月5日簽訂的休戰條約有所減輕。在華沙召開的瑟姆被准許為斯特凡,在與沙俄之間不可避免的戰爭中增加預算。在這場與沙俄展開的戰爭中的兩場戰役中,巴托裡雖然遭到了瑟姆的妨礙,依然取得了勝利。巴托裡這時的外交手段確保聯邦既不會與奧斯曼人,也不會與神聖羅馬帝國引發衝突。  斯特凡與他的大臣扎莫厄斯基一道,在利沃尼亞戰爭(屬於聯邦和沙俄之間的莫斯科戰爭的一部分)中的一場光輝而具決定的戰役中,領導聯邦軍隊。伊凡雷帝入侵利沃尼亞,並佔領了庫爾蘭公國的多爾帕特,就在幾年前,公國才剛剛成為聯邦的屬國。聯邦軍隊在維利基耶-路基牽著俄軍鼻子走。1581年,聯邦軍隊滲入沙俄核心,並在8月22日圍攻普斯科夫,那裡巨大,且令人印象深刻的防禦工事讓失望的聯邦軍隊損失慘重。但是巴托裡不顧他部分軍官的反對,教廷特使波塞維諾的批評,而且教廷還給了他調停沙俄和聯邦戰事的訊息,繼續圍攻普斯科夫。最終,伊凡雷帝因擔心這一沙俄第三大城市的安全問題,在1581年12月13日簽署了亞姆·扎波爾斯基條約(1582年1月15日),將波拉茨克和整個利沃尼亞歸還給聯邦。  在東部邊境安全後,斯特凡計劃與沙俄結成基督教聯盟,一起進攻奧斯曼帝國。但是,這時的俄羅斯陷入空位危機,沒有給他留一個合作伙伴,而斯特凡與俄羅斯建立共主邦聯的計劃也因他的驟死而失去了一切意義;斯特凡在1586年12月12日于格羅德諾舊城堡逝世。(他的屍檢也是東歐的第一次屍檢;巴托裡原先下葬于格羅德諾。)  斯特凡的逝世引發了為期一年的空位危機。神聖羅馬帝國皇帝的兄弟馬克西米連大公當選國王,但遭到瑞典的齊格蒙特三世的競爭,最終齊格蒙特三世在貝奇納擊敗馬克西米連,繼承波蘭王位。根據現在的頌詞,斯特凡·巴托裡的功績大過以往的君主,只有維陶塔斯才能與之相比。

  他一生沒有留下合法的子嗣,因此外西凡尼亞親王與波蘭國王的位子,分別由其姪兒──巴托裡家族的西吉斯蒙德·巴托裡與瑞典國王長子齊格蒙特三世接替。雖然當時的流言推測他有幾個非婚生的子女,但是現代歷史學家沒有人相信這些流言。
斯特凡·巴托裡(,,,,,1533年-9月27日-1586年-12月12日)特蘭西瓦尼亞的匈牙利貴族(1571年-1586年),後來當選波蘭國王(1576年-1586年)和立陶宛大公(1576年-1586年)。他是匈牙利貴族家族巴托裡家族的一員。很多歷史學家都認為,他是自波蘭推行自由選王制以來,最偉大的波蘭國王之一;有些人更認為,他比1683年打敗土耳其的揚三世更加偉大卓越,最偉大的選舉制國王當以他為尊。