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  史前的歷史顯示人類在60000年前抵達今巴布亞紐幾內亞。他們可能在冰河時期從東南亞而來。儘管最早的居民是獵人和採集者,但是早期的證據顯示他們設法種植而提供食物。

  在歐洲人第一次抵達時,新幾內亞和附近島嶼的居民依舊在使用骨頭,木材和石頭作為工具。在16世紀早期,可能是葡萄牙人或者西班牙人最早遠望了新幾內亞島。在1526-1527年,葡萄牙探險家喬治·梅內塞斯偶然來到主島。他以巴布亞命名此島。

  1883年,昆士蘭殖民地企圖合併新幾內亞南部大半,但沒有得到英國的同意。然而此時,德國正在開始在北部進行殖民活動。1888年9月4日,南部建立英屬新幾內亞。1905年,英屬新幾內亞成為巴布亞領地。1906年開始由澳大利亞進行管理。

  1884年,德意志帝國正式佔據北部領土。1899年,德國直接控制這塊領土,並將行政權置於特許的貿易公司,稱為德屬新幾內亞公司。1885年5月,德意志帝國政府頒佈憲章中給與此公司權力,使得它在領土和未被佔據的土地上以政府的名義行使主權,並能夠直接與當地居民進行“協商”。外交權力仍有德國政府保留。1899年,德國政府直接控制此地區,稱為德屬新幾內亞。  新幾內亞實質是一個商業企業。成千個當地工人被僱用成為廉價的可可和椰子種植園勞力。1899年,德國政府從柏林的新幾內亞公司取得直接控制權。當地教育由傳教團接管。1914年,第一次世界大戰爆發,澳大利亞控制了殖民地。

  1920年,國際聯盟委任澳大利亞管理新幾內亞領地。澳大利亞開始管理此地直到1941年12月日本侵入。

  在太平洋戰爭爆發後不久,新幾內亞島遭到日本入侵。西巴布亞大部分被日軍佔領。  在第二次世界大戰期間,澳大利亞軍隊和日軍在新幾內亞進行比較大的戰鬥,直至1945年日本投降。

  第二次世界大戰之後,巴布亞和新幾內亞恢復原來的委任統治,之後並且成為了自治領。

  1972年的選舉形成了以首席部長邁克爾·索馬雷的政府,他承諾將領導國家走向自治並最終獨立。1973年12月1日,自治政府成立。1975年9月16日,巴布亞和新幾內亞獲得獨立。
巴布亞紐幾內亞歷史可以追溯到60000年前。有書面記載的歷史是16世紀歐洲遠望新幾內亞島。