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  廣深鐵路公司實際上是中國改革開放的標誌性產物。1981年6月,中共十一屆六中全會首次提出在公有制基礎上實行計劃經濟,同時發揮市場調節的輔助作用。1984年10月,中共第十二屆三中全會通過了《中共中央關於經濟體制改革的決定》,第一次明確提出了社會主義有計劃商品經濟的理論。中國交通運輸行業開始以政企分開、擴大企業經營自主權為突破口,展開了市場化改革的探索。  1980年代起,隨著改革開放的進行,深圳成立了經濟特區,珠三角地區經濟迅速發展,進口貨物和旅客大量增加,原有廣深鐵路單線難以滿足運輸需要。為此,與廣東省政府商議後,廣州鐵路局於1981年6月10日,向鐵道部報送《廣深鐵路改造設計任務書》,請求增建廣深鐵路複線。1983年6月25日,國務院批覆了有關計劃。惟當時中國國內尚有不少等待改造、新建的鐵路專案,國家鐵路建設資金緊張,故廣州鐵路局與國務院協商後,決定選擇自籌資金、以路養路、以路建路的改革方式。  1983年12月15日,將廣深鐵路從原廣州鐵路局廣州鐵路分局分拆出來,被譽為中國鐵路改革“第一號種子”的廣深鐵路公司在深圳成立,1984年1月1日正式開始營運,直接隸屬於廣州鐵路局;國家允許公司從高度集中的國家鐵路管理體制中脫離出來,實行“自主經營,自負盈虧,自我改造,自我發展”的經濟承包責任制,其實行的新型管理模式被稱為“廣深模式”。國家不給分文,公司自行承擔廣州至深圳間鐵路客貨運輸和對外服務業務,實行客貨運輸價格上浮50%和上繳利潤遞增包乾的特殊政策,並靠自身創造的利潤來自行分階段完成廣深鐵路複線電氣化改造建設。廣深鐵路公司有獨立的設計施工稽核權、客貨運輸經營權、行車排程指揮權、對外業務洽談權和外匯留成使用權。公司領導體制的改革,加快了鐵路工程進展速度,縮短、簡化了鐵路工程設計審批程式,不足三年廣深鐵路就完成了複線建設。  1992年,廣深鐵路公司更名為廣深鐵路總公司。1993年2月8日,廣州鐵路局改為廣州鐵路(集團)公司,廣深鐵路總公司成為廣鐵集團公司的全資子公司。

  1993年11月的中國共產黨第十四屆中央委員會第三次全體會議上提出,“建立現代企業制度是發展社會化大生產和市場經濟的必然要求,是我國國有企業改革的方向”,並通過了《中共中央關於建立社會主義市場經濟體制若干問題的決定》,是中國經濟體制改革程序中一座重要的里程碑,這標誌著中國國有企業改革進入了制度創新、配套改革的新階段。 1994年3月7日,經國務院證券委員會《證券發【1994】3號》文批准,廣州鐵路集團廣深鐵路總公司被確定為境外發行股票和上市預選的試點企業。1995年10月27日,中華人民共和國鐵道部以《鐵政策函【1995】522號》文批准,由廣鐵集團將廣深鐵路總公司的客貨運輸主業以及與運輸業務和設施相關聯的多種經營服務單位的資產,扣除相關負債後折價入股,組建廣深鐵路股份有限公司。 1995年12月14日,經國家體制改革委員會以《體改生【1995】151號》文批准,廣鐵集團作為唯一發起人,發起設立股份公司。1996年3月6日,廣深鐵路股份有限公司正式註冊成立。  1996年4月9日,經國務院證券委員會批准,廣深鐵路股份有限公司向境外公眾發行境外上市外資股股票。1996年4月,廣深鐵路股份有限公司在香港H股掛牌上市;同年5月13日,公司的美國存託憑證(ADR)又在美國紐約證券交易所掛牌上市,成為中國國內第一家公開上市的鐵路運輸企業,也是第一家同時在香港和美國上市的企業。繼廣深鐵路股份有限公司之後,這種境外兩地同時上市的集資方式開始流行,至今中國已經有十幾家大中型國企採取類似方式,例如中國移動、中國聯通、中國電信、中國人壽等,即在香港上市同時,也在美國發行ADR上市。廣深鐵路股份有限公司在兩地上市後籌集資金淨值42.12億元人民幣,在1996年至1998年間,公司運用上市籌集資金及自有資金持續投入建設準高速鐵路、高速電氣化及配套工程、廣州東站、第三線鐵路建設專案以及購置機車車輛。  2004年10月14日,經鐵道部以《鐵政法函【2004】588號》文(《關於羊城鐵路總公司資產重組方案的批覆》),批准由廣深鐵路股份有限公司融資收購廣鐵集團的全資子公司羊城鐵路總公司(今羊城鐵路實業發展總公司)的運輸主業資產。2004年11月15日,廣深鐵路股份有限公司與羊鐵公司簽訂《鐵路運營資產收購協議》,確定羊鐵公司的輔業資產與鐵路運營資產進行分離,其中鐵路運營資產由廣深公司融資收購。此舉一方面可以做到主輔分離,在明確界定運輸主業與輔業資產範圍的基礎上,將羊鐵公司的輔業資產與鐵路運營資產進行分離,對華南鐵路的運營資產進行打包整合;另一方面也可以為廣鐵集團開啟融資渠道。

  為了籌集收購羊鐵公司主營資產的資金,廣深鐵路股份有限公司決定在中國大陸向社會公眾發行境內上市內資股(A股)股票並上市交易。2005年6月13日,中華人民共和國財政部以《財建【2005】206號》文(《財政部關於批覆廣深鐵路股份有限公司首發A股有關國有股權管理問題的覆函》),同意公司在中國大陸首次發行不超過275,000萬股人民幣普通股。 2006年12月6日,中國證券監督管理委員會發出了《關於核准廣深鐵路股份有限公司首次公開發行股票的通知》;同月廣深鐵路股份有限公司正式公開發行27.48億股A股,並在12月19日於上海證券交易所上市,每股發行價為3.76元,共籌集資金103億元人民幣。廣深鐵路股份有限公司運用籌集資金收購羊鐵公司所擁有的廣州至坪石段鐵路運營資產及業務,並於2007年1月1日實施了收購。
廣深鐵路股份有限公司 (、、),是一家在上海、香港及美國紐約證券交易所上市的鐵路運輸公司,也是中國目前唯一一家在三地上市的鐵路運輸企業。公司前身為“廣深鐵路公司”,成立於1984年,至1996年3月改製為股份公司,其主要業務是經營京九直通車、廣九直通車,以及廣深鐵路、京廣鐵路南段(廣州至坪石段)的鐵路客貨運輸業務,營業線路總長481.2公里。截至2017年9月,持有最多廣深鐵路股份有限公司股份的股東分別為中國鐵路廣州局集團有限公司(37.12%)和代持H股的香港中央結算(代理人)有限公司 (20.45%)。2017年11月,控股股東原廣州鐵路集團公司改製為中國鐵路廣州局集團有限公司。