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  日蓮正宗是日蓮大聖人出家得度以來,完成一切佛法的鑽研,於一二五三年(建長五年)四月二十八日三十二歲時,以開悟久遠本佛根本之法的《妙法蓮華經》為基礎,宣唱並確立宗旨為始。之後,日蓮大聖人陸續度過鎌倉夜襲、龍口處刑,以及兩度流罪等眾多的法難、迫害,弘通《南無妙法蓮華經》的大法,並且教育弟子信徒。一二七九年(弘安二年)十月十二日,為了全世界一切人們的永遠幸福與繁榮,日蓮大聖人建立本門戒壇之大御本尊。  日蓮大聖人於入滅前命定其弟子日興上人為二祖,將佛法的一切深奧意義付囑給日興上人。日蓮大聖人於一二八二年(弘安五年)十月十三日安詳入滅。  日興上人以身延山久遠寺別當的身份,蒙受日蓮大聖人的付囑。但是,身延的地頭波木井實長,在日蓮大聖人入滅後違背日蓮大聖人的佛法,跟隨五老僧教化,作出許多謗法的行為。日興上人為了堅守日蓮大聖人的正法、正義,於一二八九年(正應二年)春,奉持著以本門戒壇之大御本尊為首的日蓮大聖人的一切法寶,與日目上人等門徒弟子一同離開身延山(身延離山)。一二九○年(正應三年)十月,在南條時光的捐獻與外護之下,於富士山麓的上野之地建立大石寺。
日蓮正宗是日本佛教主要宗派之一,以日蓮為宗祖、以大石寺為總本山。1900年,脫離本門,成為獨立宗派「日蓮宗富士派」。1912年,第57世法主日正決定將宗派名改為「日蓮正宗」。