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  1880年,保加利亞教育部向國民議會提交了一項議案,提出創辦保加利亞的第一所高等院校,並覆蓋法學、哲學、醫學、自然科學與工程等學科。1887年,教育部長頒佈法令,開辦高等教育學課程。由於這項課程進展順利,次年末,國民議會通過議案,在此課程的基礎上創辦高等院校,教學工作於1888年10月1日正式開始。最早創辦的學院是歷史與語言學學院,首批學生43人,均為男性,學習的課程為歷史學、斯拉夫語言學和哲學與教育學。第二年,物理與數學學院成立。  1894年通過的新大學法案正式將這所高等學校承認為大學。同年,法學院成立。20世紀初,醫學、農學、林學、神學和經濟學等學科也相繼創辦。1905年,大學被重新命名為“索非亞聖克萊門特奧赫裡德大學”。1938年,建校50週年之際,索非亞大學擁有7個學院、52個研究所、42826名全日制學生。  第二次世界大戰結束後,保加利亞的高等教育體制發生了巨大變化。索非亞大學的一些學科紛紛獨立出來,成為新的高等院校,包括經濟學高等學院、醫學院、農學院等,也有一些學科則整合到保加利亞科學院的體系中。近年來,這些學科又重新併入索非亞大學。

  索非亞大學現有16個學院和3個獨立的系,分別是:歷史學院、斯拉夫研究學院、經典與現代語言學學院、哲學學院、法學院、教育學院、學前教育與初等教育學院、神學院、新聞學與大眾傳媒學院、經濟與工商管理學院、數學與資訊學院、物理學院、化學學院、生物學院、地質與地理學院、醫學院,以及語言學習系、資訊與教師在職培訓系、體育系。

  索非亞大學是歐洲大學協會(EUA)和歐洲首都大學網路(UNICA)的成員學校。除了通過歐盟的伊拉斯謨(Erasmus)等專案與歐洲範圍內的大學進行交流,索非亞大學還與世界上60多個國家的大學簽署了合作協議。
索非亞大學(),全稱“索非亞聖克萊門特奧赫裡德大學”(),是保加利亞最古老的高等學府,創辦於1888年10月1日。學校現有1598名教學人員和25368名學生,其中國際學生約1500人。校長為伊萬·伊爾切夫教授。