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  1585年,真田昌倖臣服德川家康之下。昌幸開始建造上田城。仿效武田信玄的施政,該地成為了主要的城下町。1600年真田昌幸支援石田三成,並攻擊進攻上田城的德川軍,最終取得大勝(第二次上田城之戰),但是關原之戰西軍戰敗,真田昌幸及真田信繁被下令在九度山幽禁。昌幸的長男真田信之加入德川軍。因此該領地實則沒受到任何領土懲罰。1616年信之被移封至沼田藩,指派長男真田信吉為藩主。1622年信之被封為鬆代藩藩主。  其後仙石忠政由小諸藩移封。最初石高6萬石。後來縮減到5萬8千石。1706年,第三代藩主仙石政明移封至但馬國出石藩。  接著鬆平信周成為上田藩主。最初石高為5萬8千石,1728年,鬆平忠愛繼承領土。其弟鬆平忠容獲得川中島內5千石。1761年爆發百姓一揆。在幕府末期,藩領因為藩政的惡化,而失去了主導權,引起藩內的紛爭。1871年實行廢藩置縣,成為了上田縣,1873年合併到長野縣。
上田藩()是日本江戶時代的一個藩。位於信濃國小縣郡(今長野縣上田市),藩廳在上田城,藩主是真田氏、仙石氏及藤井鬆平氏。