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  目前只有發現一個化石,是在1994年由聖胡安國立大學的古生物學家Ricardo N. Martínez所發現。化石被發現時,被認為是艾雷拉龍的一個標本。經過聖胡安博物館的清除母巖、化石處理工作後,研究人員發現這是不同於艾雷拉龍的新恐龍。  正模標本(編號PVSJ 605)是一個關節仍連線的部分骨骼,包含:左上頜骨的一部分、大部分脊椎(從第二頸椎到第12節尾椎,缺少三節背椎)、兩個肩胛骨、左尺骨、部分腸骨與恥骨、後肢的股骨與脛骨、左腓骨、左距骨與左跟骨,以及數塊手掌、腳掌骨頭。這個標本發現於阿根廷西北部聖胡安省的伊沙瓜拉斯托省立公園,屬於伊斯基瓜拉斯托組(Ischigualasto Formation)下層的Cancha de Bocas段,地質年代約2億3140萬年前,相當於三疊紀晚期的卡尼階晚期。伊斯基瓜拉斯托組是個厚達700米的砂岩、泥岩層,過去曾是個氾濫平原,有許多河道流經。  在2010年,阿根廷古生物學家Oscar A. Alcober與Ricardo N. Martínez將這個化石作正式研究、命名。模式種是戈氏聖胡安龍("Sanjuansaurus gordilloi"),屬名意為「聖胡安省的蜥蜴」,種名則是以Raul Gordillo為名,他是聖胡安博物館的化石處理主要工作人員。

  聖胡安龍是種中型恐龍,股骨長39.5公分,身長估計約為3米,體型接近艾雷拉龍。  研究人員列出聖胡安龍的許多鑑定特徵。後段頸椎兩側的橫突(Transverse process)長、呈帶狀,朝側後方突出。第六到第八節背椎的神經棘,具有銳利的前突與後突。鳥喙骨有長的後腹突。恥骨短,大約是股骨長度的63%。股骨的第四粗隆部附近有不平整溝痕。

  聖胡安龍跟顏地龍、始盜龍、艾雷拉龍、濫食龍等早期恐龍共同生存於三疊紀晚期的相同地區,這些早期恐龍分別屬於早期蜥臀目恐龍、艾雷拉龍科、蜥腳形亞目,顯示卡尼階的盤古大陸南部已有相當多樣性的恐龍群;而早期理論認為,恐龍在卡尼階到諾利階之間緩慢地達到多樣性。  卡尼階之後是諾利階,目前在當地諾利階地層只發現一個腔骨龍科化石,而發現大量肉食性偽鱷類的化石,顯示在卡尼階到諾利階之間,曾發生改變動物相的生態事件。

  在同份研究裡,Alcober與Martinez提出種系發生學分析,發現聖胡安龍是種艾雷拉龍科恐龍,是艾雷拉龍、南十字龍的姊妹分類單元,三者之間有許多共有衍徵。艾雷拉龍科是一群生活在阿根廷和巴西三疊紀晚期的原始恐龍,艾雷拉龍科的系統分類位置在許多研究中有不相同的位置。Alcober與Martinez在這份研究提出,艾雷拉龍科不屬於獸腳亞目,而是蜥臀目的一群原始物種所構成的單系群演化支。
聖胡安龍屬(屬名:)是艾雷拉龍科恐龍的一屬,生存於三疊紀晚期的阿根廷,是生存年代最早的恐龍之一,是艾雷拉龍、南十字龍的姊妹分類單元。