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  在15到16世紀,摩羅泰島主要在強大的特爾納特蘇丹國控制之下。  16世紀中期,摩羅泰島是葡萄牙耶穌會傳教士的傳教點。17世紀時,特爾納特蘇丹國通過多次強迫居民外移而進一步控制摩羅泰島。早期將人口遷至哈馬黑拉島西海岸的小鎮Dodinga,之後在1627年和1628年時,特爾納特的蘇丹·哈姆扎(Sultan Hamzah)將許多島上的基督徒遷至特爾納特島上的Malayu,蘇丹國在那裡更容易控制這些基督徒。  2008年11月26日,印尼議會批准2008年第53號法案宣佈從北哈馬黑拉縣分設摩羅泰島縣。

  摩羅泰島在1942年初被日軍佔領。在1944年9月的摩羅泰島戰役中美軍收復島嶼南部的平原,並以此作為1945年初盟軍反攻菲律賓以及5、6月反攻婆羅洲的中轉站。阿美族臺籍日本兵李光輝(日語名中村輝夫)於1974年12月被找到,他在摩羅泰島戰役中與部隊失去聯絡,便獨自在叢林中等待援軍,靠著野外求生技能繼續躲藏,從此過了31年魯賓遜漂流荒島般的生活。

  摩羅泰島是位於哈馬黑拉島以北、崎嶇且森林密佈的島嶼,面積,南北延伸,寬不超過。摩羅泰島縣的最大城鎮是坐落在島南海岸的達魯巴,摩羅泰島的大部分村落都是沿海的定居點,一條連結東海岸的鋪裝公路起於達魯巴,最終到達摩羅泰島東海岸的主要城鎮貝雷貝雷(Berebere),長約。

  摩羅泰島縣下分5個區(Kecamatan),各區在2010年人口普查的列表:

  島上森立茂密,生產木材和樹脂,並有自給自足的漁業。在2010年10月,印尼政府要求中華民國協助開發這個島嶼。哈馬黑拉發展與投資公司(PT Halmahera Development & Investment)於2011年在摩羅泰島上尋找開發生態旅遊產業。

  摩羅泰經濟特區於2014年落成,主要發展漁業、物流和旅遊業,經濟特區面積1101.76公頃。甲霸貝卡(Jababeka)是獲得印尼政府授權的摩羅泰經濟特區開發商,中國大陸萬達集團和臺灣慶富集團等企業也參與摩島經濟特區的開發。

  北馬魯古省政府正努力將萊奧·瓦蒂梅納機場變為國際機場以促進旅遊發展。
摩羅泰島縣()是印度尼西亞北馬魯古省的一個縣,轄境主要是摩羅泰島。2010年人口普查共有52,860人。