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  父親司馬覲於太熙元年(290年)去世後,司馬睿在翌年以十五歲之齡襲封琅邪王。襲爵後司馬睿卻遭遇到八王之亂開始,面對一段朝政混亂時期,司馬睿就表現得謙恭退讓,以圖逃避災禍,又因行事低調,當時也沒太多人注意到他。元康二年(292年)司馬睿拜員外散騎常侍。到了永安元年(304年)時,司馬睿已升為左將軍,並參與討伐成都王司馬穎的蕩陰之戰;但此戰由司馬穎獲得勝利,被帶著親征的晉惠帝被俘,戰前勸司馬穎投降的司馬睿叔父東安王司馬繇更被殺。司馬睿恐懼禍及自身,便逃返洛陽(今河南省洛陽市)接母親一同回到封國琅邪。  永興二年(305年),東海王司馬越起兵討伐在長安(今陝西西安)挾帝掌政的河間王司馬<unk>,就假司馬睿為輔國將軍;不久司馬越統兵西進,加司馬睿平東將軍、監徐州諸軍事,讓他留鎮下邳(今江蘇省邳州市)。在下邳期間,司馬睿就請了昔日在洛陽力勸自己返回封國的王導擔任自己的司馬,並讓他為自己出謀劃策。永嘉元年(307年),司馬睿聽從王導及東海王妃裴氏的建議,將駐地由下邳遷至東吳故都建鄴(今江蘇省南京市),並獲晉懷帝進為假節、安東將軍、都督揚州江南諸軍事。但司馬睿初到建鄴時未得江南士族禮敬,整整一個月都無人來訪,在王導及王敦的協助下終在江南士族中建立起聲望,司馬睿亦因而選任顧榮、賀循等江南士族領袖為僚佐,與王導、刁協等僑姓士族合作治理江東。司馬睿雖為皇族,然全因著王導、王敦而得江東人擁戴,遂為當時人稱「王與馬,共天下」  永嘉四年(310年)十一月,鎮東將軍周馥以洛陽孤危,上書請晉懷帝遷都壽春(今安徽省壽縣),此舉因未有先詢問過主政的太傅司馬越而令對方大怒。周馥早前派了淮南太守裴碩領兵赴司馬越以應付對方對二人的徵召,此時裴碩就宣稱得到司馬越的密令,讓他討伐擅命的周馥,轉向進攻壽春。裴碩敗予周馥,被逼退守東城並向司馬睿求援,司馬睿遂派了揚威將軍甘卓及建威將軍郭逸領兵進攻壽春。永嘉五年正月,周馥守了十日而敗,出逃項縣為新蔡王司馬確所拘,不久則憂憤而亡。五月又進號鎮東大將軍、開府儀同三司。但六月就發生了永嘉之亂,洛陽失陷於漢趙且晉懷帝被俘,時司空荀藩逃到滎陽並移檄天下,推了司馬睿為盟主。司馬睿以盟主身份承製改易江州官員任命,但向來以洛陽懷帝政府尚在而拒絕接受司馬睿命令的江州刺史華軼再次不聽命,司馬睿便派王敦統領甘卓、周訪、宋典及趙誘等軍討伐華軼,華軼領兵積極抵抗,卻在衞展及周廣擔任內應之下遭到突襲,兵敗被殺。永嘉六年(312年),晉懷帝在漢趙都城平陽(今山西省臨汾市)被殺,訊息在建興元年(313年)四月傳到長安後晉愍帝以皇太子即位為帝,並在五月壬辰日(6月27日)進侍中、左丞相、大都督陝東諸軍事,與大都督陝西諸軍事的右丞相南陽王司馬保分陝而治。建興三年(315年)進位制丞相,大都督中外諸軍事。  建武元年(317年),在上一年漢趙俘擄晉愍帝的訊息隨平東將軍宋哲傳到建康後,宋哲宣稱有愍帝詔命以司馬睿總攝萬機,西陽王司馬羕為首的眾官員則請司馬睿登帝位,在司馬睿拒絕之下依魏晉兩朝先例改稱晉王,並於建康備百官,立社稷,並改元「建武」。同年晉愍帝被殺,訊息在翌年(318年)傳到建康,百官勸進,司馬睿遂即帝位,改元「太興」。即位之時百官在旁,司馬睿特別請一手協助他移鎮江東並取得江南士族支援的王導和他一起同坐御座,惟王導推辭。  永昌元年(322年),大將軍、荊州牧王敦於武昌起兵,以誅劉隗為名進攻建康。司馬睿其實早就提防王敦,尤其前一年就派戴淵以徵西將軍出鎮合肥(今安徽省合肥市)、劉隗以鎮北將軍鎮淮陰(今淮安市淮陰區)作外援,聞王敦起兵後便召他們入衞建康,並以王導為前鋒大都督,自己亦親身披甲在城郊檢閱六軍,積極抵抗。然而王敦兵臨建康時即攻石頭城,守城的周札開門迎敵,王敦遂控制石頭城。司馬睿隨後命令諸軍進攻石頭城,為王敦所敗。司馬睿無力抵禦王敦,只好妥協,王敦遂自授丞相主政。逼於王敦的司馬睿憂懼成疾,在同年閏十一月己丑日(323年1月3日)去世,時年四十七歲,葬建平陵,廟號中宗,諡元皇帝。

  

  司馬睿移鎮後南方時有的亂事:永嘉四年(310年)建威將軍錢<unk>作亂陽羨縣、建興元年(313年)在湘州起事,影響荊江湘三州的杜弢及在竟陵郡舉事作亂的杜曾。建興三年(315年)殺吳興太守袁琇的徐馥及在宣城郡舉事的吳末帝族人孫弼圖響應周勰的報復行動。這些變亂而在僑姓和吳姓士族力量的協助及支援下,司馬睿遣軍將之一一討平,以穩定當地。  與南方積極經營相比,司馬睿南鎮建康後北方仍然陷於戰亂之中,洛陽、關中地區及北方諸鎮接連遭漢趙及石勒部隊所攻。司馬睿專心經營南方,雖在晉愍帝被俘後北方諸鎮領袖如劉琨、段匹<unk>、邵續、段部及慕容鮮卑等皆聯名上表司馬睿勸進以示支援,司馬睿亦曾發檄文北伐,但終未有出兵北征;而有北伐志向的祖逖自請北伐亦得不到支援,司馬睿僅給了一千人的糧食及三千匹布作為物資,讓祖逖自行募兵, 連兵器和盔甲都沒有提供。祖逖努力招撫及進攻下成功收復黃河以南領土,並讓原本在徐兗豫一帶與外族作戰的各個晉將勢力如李矩、趙固、郭默等都和睦共處,受祖逖節度;連石勒也因祖逖而不敢南侵。祖逖以功勳獲當時已稱帝的司馬睿晉升為鎮西將軍,但朝廷仍著眼於與琅邪王氏有關計程車族衝突中,甚至為提防王敦而在太興四年(321年)讓戴淵以徵西將軍、都督司兗豫並雍冀六州諸軍事出鎮作外援。祖逖本來就對朝廷內士族衝突影響接著對河北之北伐而憂心成疾,現在更派了戴淵來都督自己,更令其不快,終在同年去世。祖逖的位置由其弟祖約接手,但祖約不得眾心,無法繼承其北伐事業,王敦之亂時石勒更趁勢南侵,祖約因無法抵抗而南退,河南領土得而復失。

  司馬睿所依仗的王匯出身僑姓望族琅邪王氏,他除了成功讓江南士族與司馬睿合作外,亦調和了其他南來的僑姓士族人士,讓他們安心奉戴這個江南朝廷。但其實僑姓士族在朝中仍具主導起位,加上僑姓士族對江南士族的排擠,令到江南士族人士很不忿。其中江南擁巨大勢力的義興周氏領袖周<unk>雖然有三定江南之功,但仍感在朝中影響力遭僑姓士族壓制,且司馬睿亦顧忌其強盛的地方勢力。周<unk>就與一些遭到僑姓士族欺侮的人陰謀誅除掌政的僑姓士族,改以戴淵及周<unk>輔以江南士族執政。但陰謀難產,風聲卻為司馬睿所聞知,司馬睿未有加罪,但短時間三度改調周<unk>官職,並進其爵為公,這令周<unk>怒而得病離世,但遺命兒子周勰為他向僑姓士族報仇。周勰及後便聯結徐馥等人謀亂,但因得不到叔父周札支援而失敗,失意而終。但由於義興周氏的聲望及地方勢力,司馬睿未有加罪,至王敦之亂時周氏仍是一門五侯的盛極情形,王敦一直忌憚周氏,遂在錢鳳勸說殺了周札及其親族。吳郡陸氏的陸玩亦輕視時主政的僑姓士族,並拒絕王導的聯姻請求。琅邪王氏雖然功勳卓著,王導與司馬睿關係非純君臣而王導堂弟王廙更是司馬睿的姨表弟,但其實司馬睿移鎮後一直在提防琅邪王氏一族的勢力太盛,威脅其司馬氏的統治權威,遂親任劉隗及刁協,推行自己主張的「用申韓之術」、「以法御下」的方針,其中就有打擊士族的部分,如劉隗就曾連番表奏琅邪王氏王含的胡作非為,又以淳于伯判刑過重至死為理由彈劾出身義興周氏之丞相從事中郎周<unk>為首的屬官「不勝其任」,逼令王導也自求引咎辭職。後汝南周氏的周嵩門生傷人,並襲擊前來處理的建康左尉,劉隗就因而彈劾周嵩兄周<unk>「縱肆小人,群為凶害」,讓周<unk>被免官。司馬睿即位後,劉、刁二人得重用,繼續在司馬睿同意下推行一系列崇上抑下,排抑豪強的「刻碎之政」,其中更包括徵發士族擁有的奴和僮客為兵組建劉隗、戴淵出藩作援的軍事力量, 如此種種反引起南北士族很多不滿和怨恨,其中王敦更厭惡劉、刁二人的行動,終起兵叛亂。

  八王之亂開始後中原大亂,一些北方人陸續南遷避亂,司馬睿為安撫並管理這些南遷人口,遂僑置了一些州郡縣,如在原屬揚州境內的京口僑置兗州、在荊州僑置新興郡及河東郡、揚州宣城郡的春谷縣僑立本屬豫州的襄城郡及繁昌縣、吳郡的海虞縣北邊僑置徐州的東海郡並置郯、朐及利城三縣,東海餘縣如祝其及襄賁就寄治晉陵郡的曲阿、屬丹陽郡的江乘縣置懷德縣安置自封國琅邪隨自己南鎮的千餘戶人,隸琅邪郡,又置東平及蘭陵郡;自晉陵郡武進縣設立臨淮、淮陵及彭城這些徐州僑郡,又在徐州僑置司州的頓丘郡。此為僑州郡縣之始,及後東晉及南朝皆有設定和改易僑州郡縣之舉。
晉元帝司馬睿(276年-5月27日-323年-1月3日),字景文,東晉第一位皇帝。司馬懿的曾孫、琅邪武王司馬<unk>之孫、琅邪恭王司馬覲之子,母為琅邪王妃夏侯光姬。司馬睿在八王之亂期間政治上從屬於東海王司馬越集團,並在其西征河間王司馬<unk>時受指命鎮守下邳後方。後司馬睿南鎮建業,在琅邪王氏為首計程車族協助下建立起江南政權,並在西晉滅亡後延晉祚,建立東晉。但因欲抑制士族勢力而遭琅邪王氏的王敦以軍事力量反撲,雖然王敦未能推翻其帝位,然他亦在王敦挾勝掌權之下憂憤離世。