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  1913年,科學家高峰讓吉倡議設立「國民科學研究所」,構想獲得澀澤榮一的支援並開始研議。  1915年,第36屆帝國議會決議成立理化學研究所。  1917年(大正6年),由日本皇室及政府補助經費,加上民間的捐款,財團法人理化學研究所正式於現今東京都文京區本駒込設立,由伏見宮貞愛親王擔任總裁、菊池大麓出任所長。  鈴木梅太郎、寺田寅彥、中谷宇吉郎、長岡半太郎、嵯峨根遼吉、池田菊苗、本多光太郎、湯川秀樹、朝永振一郎、仁科芳雄、菊池正士知名科學家皆在此參與研究。  在第二次世界大戰前曾經形成以理研控股為名的企業集團(十五大財閥之一),二戰期間曾為日本核研究的研究機構。戰後日本盟軍佔領時期,理研遭到駐日盟軍總司令部(GHQ)解散。  1958年(昭和33年),以特殊法人「理化學研究所」之名義重新出發,於2003年(平成15年)10月改組為文部科學省轄下的獨立行政法人「獨立行政法人理化學研究所」。

  2014年起發生該所研究員小保方晴子的STAP細胞醜聞,導致胚胎學研究者,理化學研究所再生中心副所長笹井芳樹自殺。
國立研究開發法人理化學研究所(Institute of Physical and Chemical Research,日語:),簡稱理研或RIKEN。日本資本主義之父澀澤榮一於1917年設立,涵蓋物理學、化學、工學、生物學、醫科學等領域,由基礎研究至應用研究均有執行的大型自然科學研究機構。