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  1949年12月31日,聖座將臺灣的天主教會劃為臺北宗座監牧區、高雄宗座監牧區兩大管區,臺灣東部分屬兩個宗座監牧區管轄。1952年8月7日,臺灣的聖統制度正式建立,聖座將東部地區的花蓮縣及臺東縣獨立出來,改設定花蓮宗座監牧區,由法籍的天主教營口教區主教費聲遠擔任宗座監牧。1963年7月15日,聖座正式將花蓮宗座監牧區升格為正式教區,原任宗座監牧的費聲遠主教成為教區首任主教,領署理之銜。花蓮教區正式成立。  在歷任主教及巴黎外方傳教會等外籍修會的努力之下,使許多原住民領洗成為教友,更讓東臺灣成為全臺少數天主教徒占人口比例較高的地區之一。1998年5月22日,教宗若望保祿二世任命卑南族的曾建次神父擔任花蓮教區輔理主教,同年8月29日正式就職,成為第一位原住民族籍的主教。

  花蓮教區目前共管轄47個堂區、143個兼管區(非獨立堂區)。此外,整個教區另劃分為10個總鐸區與牧靈區,其中總鐸區由區內各堂區的主任司鐸之中選出一位總鐸,以利於教務管理,並作為各堂區與教區之間的連繫橋樑。

  

  花蓮教區的最高統轄機構為花蓮教區主教公署,本部位於花蓮縣花蓮市中美路168號,與主教座堂共享同一建築,並於臺東市設有辦事處。主教公署內設祕書長、教區參議等職務,總主教公署之下共設有8個委員會、司鐸諮議會、教區法庭、原住民牧靈區等單位,共同肩負起教區內教務的運作。
天主教花蓮教區是天主教會在臺灣東部設定的教區,成立於1963年,涵蓋範圍包括花蓮縣、臺東縣等東部縣市。現任教區主教為黃兆明,輔理主教為曾建次,教區內共有約55位神父及120位修女服務。由於東臺灣的原住民比例較高,故本教區的教友以原住民居多。