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  闡明人類微生物組的問題基本上是鑑定包括細菌,真核生物和病毒的微生物群落的成員。  2012年6月13日,美國國立衛生研究院(NIH)主任法蘭西斯·柯林斯(Francis Collins)宣佈了人類微生物組計劃(HMP)的一個重要里程碑。該公告伴隨著在《自然》期刊發表的一系列相應的文章,和在《公共科學圖書館》(PLoS)在同一天的幾個期刊。通過使用基因組測序技術繪製健康人的正常微生物組成,人類微生物組計劃(HMP)的研究人員建立了參考資料庫和人類正常微生物變化的邊界。

  此外在外耳道、眼結膜、鼻咽腔、尿道等部位都會有正常菌群的分佈。

  生物體內多陣列織器官都是無菌的,正常菌群中的細菌偶爾少量侵入這些部位是能被機體的自體免疫所應付的。但如果正常菌群與宿主間或正常菌群各菌種間的平衡被打破,就會出現菌群失調,致病作用就會顯著,嚴重者引起二重感染。這種狀況往往是由於長期大量使用抗生素、免疫抑制劑等外來因素引起的。
人類微生物群系(Human microbiome)又稱為正常菌群(Normal Flora)是某些微生物與宿主在長期的進化過程中形成共生關係,對生物體無害的一類細菌。它們包括細菌,真菌,古菌,和病毒。雖然微型動物也存在於人體上,但它們通常被排除在這個定義之外。人類微生物群系具體指駐留的微生物的集體基因組。