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  根據APG II及III分類法,木蘭類植物是被子植物的核心分支之一。在單子葉植物和真雙子葉植物分開演化之前,木蘭類與金粟蘭目就已經和它們分道揚鑣;其下的成員包括:

  木蘭類植物在克朗奎斯特分類法中被分到木蘭亞綱()中。屬於木蘭綱(即雙子葉植物),在舊有的演化觀念之中,常被視為雙子葉植物中比較原始的類群。克朗奎斯特分類法中的木蘭亞綱共包括8個目:  在其他分類方法中,可能包括不同的目,但都會包括木蘭科。  在被子植物種系發生學組(APG)的研究之中,木蘭類在演化路上比單子葉植物和真雙子葉植物更早分道揚鑣,成為單子葉植物、真雙子葉植物和金魚藻目的外類群。  APG II分類法中沒有亞綱一級的分類,這些植物一般都是包括在木蘭類中,其中木蘭科仍然被分到木蘭目中。傳統的分類法都將其列入雙子葉植物,但APG 分類法將其和真雙子葉植物區分開來,單獨列為一個分支。  根據摩爾(Moore)等人在2007年的研究,金粟蘭目很可能是木蘭類植物的最近姐妹旁系群,但由於這分支更早與木蘭類各目植物分開,而且形態差異頗大,所以在2009年的APG III分類法之中,金粟蘭目繼續與木蘭類分開並列。

  木蘭類以下各分支和其它被子植物的親緣與演化關係如下:
木蘭類植物(學名:)是APG II 分類法中用來表示被子植物中第三大類群,即不屬於單子葉植物,也不屬於真雙子葉植物,而是它們的外類群,獨成一支。