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  許多古蟲界的物種缺乏典型的線粒體,被稱作「無線粒體原生生物」(amitochondriate),雖然大多數可能包含了功能上類似於線粒體、形態有很大變化的細胞器。其它的古蟲界的生物有線粒體,線粒體<unk>呈管狀、盤狀、薄片狀。大多數古蟲界物種有兩個、四個甚至更多的鞭毛,很多物種有顯著的腹部攝食溝(feeding groove)超微結構,內部由微管支撐。如果有系統發生的基因證據,其它缺乏這一特徵的物種也可以歸屬於古蟲界。

  古蟲界在門/綱的級別上分為六類。

  眼蟲門(Euglenozoa)與透色門(Percolozoa, Heterolobosea)是特別接近的親緣關係,都具有盤狀的線粒體<unk>,因此被歸納為盤<unk>總門(Discicristata)。2007年,一項研究表明盤<unk>總門與Jakobida目具有基因親緣關係 Jakobida目具有類似於其它原生生物的管狀線粒體<unk>,因此與盤<unk>總門合稱為Discoba亞界或三者首字母縮寫——JEH總界。

  後滴門(Metamonad)不尋常地缺少了典型的線粒體——代替線粒體,這些生物具有氫化酶體(hydrogenosome),紡錘剩體(mitosome)或其它未識別的細胞器。共同特點是都沒有線粒體。基因分析表明,這些生物的細胞核中有線粒體的基因標誌。這些生物都是寄生生活的,能夠從其它來源獲得ATP。源真核生物的一個例子是毛滴蟲(Trichomonas Vaginalis),是常見的尿路感染,通過性接觸傳播。

  古蟲界是否為單系群(monophyletic group),仍然缺乏基因證據。可能是幾個並行的進化分支。  某些古蟲界的物種被認為是非常原始的真核生物,位於進化樹的底部。這示意古蟲界可能是多系群,包含著其它原生生物的祖先。但這也可能是由於長枝吸引(long branch attraction),這已經在微孢子蟲(microsporidia)中有過前例。

  除上述類群外馬拉維單胞蟲綱(Malawimonas)由於其分子系統學證據被認為可能是古蟲中的一種,但其在其中的系統位置待定。
古蟲界(學名:)是單細胞生物的一個主要超級群組,屬於真核生物域,由湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯於2002年引入的一個新的支序親緣學分類。古蟲界包含了許多自由生存或共生的原生生物,以及一些重要的人體寄生蟲。古蟲界過往被包括進現時被視為已棄用的生物分類原生生物界(Protista),一種基於鞭毛構造的分類,被認為是 的最 lineage。 命名為「古蟲」,是因為在真核生物的系統發生樹處於底部位置,與古菌等外群關係較近,線粒體可能缺失或功能原始。