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  1967年6月17日,時任美國國防部長的羅伯特·麥克納馬拉啟動該研究計劃,希望留下一份“越南戰爭的百科全書”。羅伯特希望這份文字記錄能夠幫助以後政府免犯政策錯誤。他沒有知會總統林登·約翰遜和國務卿迪安·臘斯克。有報道稱他希望把這項工作交給民主黨人羅伯特·弗朗西斯·肯尼迪,但麥南馬拉否認了這一點,但他承認應該知會總統和國務卿。  羅伯特沒有把工作交給國防部的歷史研究者,而是給了親信約翰·麥克諾頓,後者在計劃開始一個月後死於空難。計劃接下去由萊斯利·吉爾伯接管,共有36個分析人員——一半是軍隊僱員,一半是學術界和政府僱員——進行研究工作。為了保密,分析主要使用國防部的檔案,沒有諮詢軍方和白宮,包括國家安全顧問瓦特·羅斯托。  1968年羅伯特卸任,接替者克拉克·克利福德在1969年1月15日——尼克松宣誓就職前五天——拿到完成的報告。克拉克說他從未看過該報告的內容。報告分47卷,包括3000多頁歷史分析和4000多頁原始檔案。級別為“機密-敏感”(敏感指資訊如果公開會使政府蒙羞)。報告有15個副本,其中兩份交給了智庫蘭德公司。

  

  雖然林登·約翰遜宣告越南戰爭的目的是為了穩固一個“獨立、不親共的南越政權”,時任國防部長的羅伯特·麥克納馬拉在1965年1月的一份備忘錄中說明了美國發動越戰的潛在理由:“不是為了幫助夥伴,而是為了圍堵中國。”  1965年11月3日,麥克納馬拉向約翰遜總統寫了一份備忘錄,當中他解釋了美軍在越南採取軍事行動的重大政治決定。備忘錄從揭露1965年2月決定滾雷行動對北越轟炸的原因開始: 麥克納馬拉指責中國像納粹德國、大日本帝國一樣暗藏帝國主義的企圖。據麥克納馬拉所說,中國企圖“聯合全亞洲”反抗美國。 為了在戰略上包圍中國,作為長期以來圍堵中國的努力,美國致力於形成“三條戰線”: 然而,麥克納馬拉承認圍堵中國最終將耗費美國大量的時間、金錢和生命。

  

  根據五角大樓檔案,美國在刺殺了南越總統吳廷琰的1963年南越政變中扮演了關鍵的角色。在與策劃政變的南越將軍“祕密接觸”的過程中,美國切斷了對吳廷琰政府的援助,而後公開支援後繼的楊文明政府,但五角大樓檔案的編者在檔案中稱這個時候的南越是“基本上無領袖的越南”。  早在1963年8月23日,一位不透露姓名的美國代表會見了越南將軍,策劃推翻吳廷琰政府的政變。據《紐約時報》,這名美國代表後來確認為是中央情報局的特工呂西安·科林。

  在刊出前,《紐約時報》徵詢了法律建議。報紙的定期外聘律師事務所建議不要出版, 但企業法律顧問詹姆斯·古德萊爾主張用美國憲法第一修正案捍衛公眾對重大政府政策知情的權利。  由於被披露報告主要涉及約翰遜和肯尼迪政府時期,並未直接針對當時執政的尼克松,起初他對此並未有所作為。然而,基辛格卻認為若不對出版施壓,會對未來保密產生負面影響。當局指控丹尼爾·艾爾斯伯格和他的朋友託尼·羅素因為無權出版這些機密檔案,犯下了違反《美國1917年間諜法》的重罪。在6月14日說服《紐約時報》自願放棄刊登無果後,司法部長約翰·N·米切爾和尼克松政府獲得了聯邦法院禁令,迫使《紐約時報》在刊登三次後暫停發表檔案內容。

  聯邦法院禁令上訴到美國聯邦最高法院成為紐約時報訴合眾國案。1971年6月30日,最高法院大法官以6比3作出判決,美國政府未能滿足事前限制禁令所要求的沉重舉證責任,美國憲法第一修正案中的出版自由條款保護紐約時報出版這些機密檔案的權利。

  2011年5月4日,國家檔案和記錄管理局宣佈五角大樓檔案將於同年的6月13日全面解密並公開。尼克松、約翰遜和肯尼迪的總統圖書館以及位於馬里蘭州大學公園市的國家檔案和記錄管理局新館都在6月13日當天公開了檔案的完整內容。  檔案的全面公開由檔案和記錄管理局下設的國家解密中心進行協調,作為《紐約時報》首次刊登五角大樓檔案的週年紀念。國家解密中心和相關部門合作,在公開的檔案中隱去了11個單詞。目前尚不明確被隱去的是哪些單詞。  國家檔案和記錄管理局將五角大樓檔案以卷為單位制成PDF檔案釋出在管理局的官方網站上。
五角大樓檔案,也稱五角大廈檔案,即《美國-越南關係,1945-1967:國防部的研究》,是美國國防部對1945-1967年間美國在越南政治軍事捲入評估的祕密報告。1971年該檔案由丹尼爾·艾爾斯伯格先後洩漏給《紐約時報》與《華盛頓郵報》並刊於頭版,引起公眾廣泛關注。在1996年紐約時報的一篇報道中稱,五角大樓檔案“說明在除其它一些事項外,約翰遜當局系統性地撒謊,不僅對公眾,對國會亦如此。”該檔案在2011年6月向公眾解密開放。