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  在1787年的制憲會議和1788年的新憲法批准過程中,麥迪遜是(催動)採納強有力聯邦政府(方案)的兩個或三個最傑出的倡導者之一。他、漢密爾頓和約翰·傑伊一起撰寫了《聯邦黨人文集》。在1789-1790年,麥迪遜是支援新聯邦政府的領袖人物。  那時,忠誠的反對黨還是一個新穎的概念。 然而,麥迪遜和亨利·塔澤維爾等人在1790年1月聯合起來,反對漢密爾頓關於公共信貸的第一份報告。這個聯盟的建立標誌著反行政派的出現,當時(該派人士)幾乎只在南方。麥迪遜認為償還債務會獎勵投機者。他的一份提案提出只償還原始債券持有人債務,(被國會)以36票(反對)對13票(贊成)否決。漢密爾頓的報告還涉及聯邦政府對各州債務的接管方面內容。馬薩諸塞州、康涅狄格州和南卡羅來納州欠下了將近一半的債務,所以其他州對這種債務接管方案表示不滿。眾議院通過了(漢密爾頓提議的)該法案(但排除了債務接管內容),但參議院通過了這一條款。  麥迪遜和國務卿托馬斯·傑斐遜和漢密爾頓達成的一項協議(1790妥協)打破了這種僵局,該協議內容包括債務接管和決定將聯邦首都設在南部的哥倫比亞特區。  1791年夏天,傑斐遜和麥迪遜把記者菲利普·弗朗諾(一位紐約市反聯邦主義報紙的狂熱編輯)帶到費城,創辦了一份反行政派報紙——《國家公報》(the National Gazette)。傑斐遜只有一份國務院資助的工作,他把這份工作交給了弗朗諾。  在第二屆美國國會(1791-1793年),反行政部門的成員更多,包括大約32名眾議院議員(72人中)。1791年,當漢密爾頓提議成立一家國家銀行(即後來的美國第一銀行)時,麥迪遜和漢密爾頓再次發生衝突。南方種植園主反對,但城市商人支援這一想法。麥迪遜認為銀行違反憲法,但漢密爾頓成功地辯稱,憲法的“必要和適當條款”允許這樣做。  1792年4月爆發的法國革命戰爭使兩派系間的分歧更加尖銳。親行政派通常支援英國一方(或希望保持中立),而反行政黨支援法國一方。傑斐遜於1792年加入該派系,並以共和黨的名義參加了當年的大選。政治現在變得更加穩定,有著明確的政黨(漢密爾頓的聯邦黨和傑斐遜的共和黨),從而產生了持續20年的第一政黨體系。
反行政派(英語:Anti-Administration party)(1789-1792)是一個由詹姆斯·麥迪遜和托馬斯·傑斐遜領導的非正式派系,該集團反對任職聯邦財政部長的亞歷山大·漢密爾頓在喬治·華盛頓第一任總統任期內的各項政策。並未有一個成組織的政黨,而是一個非正式的集團,其大部分成員在1788年都是“反聯邦主義者”,即他們反對1787聯邦憲法的批准。然而,情勢易變,成員也時進時出。