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  1879年(光緒五年)9月14日餘雲岫出生於浙江鎮海<unk>鋪餘嚴村,自幼家境窮困。  1884年(光緒十年)6歲,餘雲岫當年春天入讀鄉塾。  1901年(光緒二十七年)23歲,就讀南潯潯溪公學。當時校長為杜亞泉,名譽校長為蔡元培。  1903年(光緒二十九年)25歲,至上海任澄衷學堂教員。  1904年(光緒三十年)26歲,主辦鎮北貴駟橋寶善學堂。

  1905年(光緒三十一年)27歲,餘雲岫由鎮海鯤池書院公費派赴日本留學。  1906年(光緒三十二年)28歲,進入日本體育會肄業,因他長期過貧困生活,就讀期間有一段時期患過結核病。體育會畢業後,再入東京物理學校。課餘時間入章太炎國學講習會學習國學。  1908年(光緒三十四年)30歲,入大阪醫科大學習醫。  1911年(宣統三年)33歲,10月,中國發生武昌起義。11月,乃隨留日醫學生組織之赤十字社歸國作救護工作,先至上海,旋即隨革命軍入南京。12月,受豫晉秦隴紅十字會之託,赴陝西,做救護工作。  1912年(中華民國元年)34歲,7月,任北京師範學校學監。  1913年(中華民國二年)35歲,春天,再度赴日本學習。  1916年(中華民國五年)38歲,夏天,大阪醫科畢業。  1908年至1916年留學日本期間,除1911年回中國一年外,餘雲岫從不缺課。當時餘雲岫深受日本明治維新以後,取締漢方醫學,發展西醫,日本醫學得到全新發展的影響。他把在日本學到的西洋醫學和早年學到的中醫兩相對比,後者顯然相形見絀。發出了“長習新醫,服膺名理”的感嘆,立志以醫學革命為畢生追求。

  1916年(中華民國五年)38歲7月,回中國任公立上海醫院醫務長。  1917年(中華民國六年)39歲,他編寫的《靈素商兌》出版了。同年冬天,餘雲岫辭公立上海醫院醫務長職。  1918年(中華民國七年)40歲,在上海開業。同時任上海商務印書館編輯。  1925年(中華民國十四年)47歲,8月,被任中日文化事業委員會上海分會委員。10月,赴日本,出席遠東熱帶病學會。在大會上演講《中國結核病歷史的研究》,指出<unk>與肺癆同原之說,中國唐朝時《崔氏別錄》已有明確記載,早於歐洲林匿克氏者1200餘年。11月,組織上海市醫師公會,被推為第一任會長。  1926年(中華民國十五年)48歲,11月任南京中央衛生委員會委員。  1928年(中華民國十七年)50歲,2月,餘雲岫創辦《社會醫報》,並自任為主任。3月,任大學院譯名統一委員會委員,及醫學校學制與課程編制委員會委員。4月,任大學院審查科學圖書委員會委員。8月,任內政部衛生專業委員會委員。11月,蒐羅歷年所作有關醫學文字,編為《餘氏醫述》,後改名為《醫學革命論集》。  1929年(中華民國十八年)51歲,2月餘雲岫以委員身份出席中央衛生委員會會議,提出二建議  要求全面廢止中醫,並由第一屆中央衛生委員會會議通過,因遭到全中國中醫界強烈反對而未能付諸實施。  1931年(中華民國二十年)53歲,餘雲岫著《皇漢醫學批評》,先後在《社會醫保》按期發表,而後作單刊本出版。  1932年(中華民國二十一年)54歲,餘雲岫任東南醫學院校董會校董,兼任校董主席。  1933年(中華民國二十二年)55歲,7月,《餘氏醫述》二集編成。  1934年(中華民國二十三年)56歲,3月,任教育部醫學教育委員會顧問。任中華醫學雜誌編輯主任。完成著作《方言病詁》(後易名《方言病疏》)。  1934年至1939年主編《中華醫學雜誌》,共5年之久。  1940年(中華民國二十九年)62歲。11月1日完成《爾雅病詁》(後易《爾雅病疏》)。  1941年(中華民國三十年)63歲,12月15日完成《說文解字病詁》(後易名《說文解字病疏》)。 1942年(中華民國三十一年)64歲,2月9日,《廣雅病疏》脫稿。 1943年(中華民國三十二年)65歲,2月,《十三經病疏》脫稿。  1944年(中華民國三十三年)66歲,秋天,任中國醫藥研究所所長。 1947年(中華民國三十六年)69歲,1月初著手作《古代疾病名候疏義索引》。 1948年(中華民國三十七年)70歲,《醫史雜誌》刊出餘雲岫70歲生日紀念論文專號。

  1949年,71歲,中華人民共和國成立。  1950年,72歲,5月餘雲岫被聘為第一屆全國衛生會議籌備委員會華東分會的籌委和中華人民共和國藥典編纂委員會特邀委員。餘雲岫參加第一屆全國衛生工作會議,再度提出廢止中醫方案,遭到與會者一致反對。  1951年,73歲,餘雲岫任華東醫務生活期刊編輯委員會。上海市人民政府文化教育委員會委員。上海市土產交流大會籌備委員會中醫專門委員會專門委員。中央人民政府衛生部教材編審委員會委員。上海市各界人民代表會議協商委員會委員。中央衛生部中華人民共和國藥典編纂委員會特邀委員。中華自然科學專門會聯合會委員。上海市科學普及協會委員。上海市衛生局中醫進修委員會委員。中華醫學會理事。  1952年,74歲,餘雲岫任上海市衛生局成藥審查委員會委員。上海市國醫訓練所學術講座講師。 1953年,75歲,1月1日餘雲岫任上海市新成區第四聯合診所所長。9月30日上午,餘雲岫忽然有腸阻塞病象。進入上海廣慈醫院治療。10月10日病情好轉。11月16日病情忽然又惡化,乃入怡和醫院,過後改入上海同濟大學附屬醫院治療。  1954年1月3日上午9時35分病逝於上海同濟大學附屬醫院,享年75歲。據病理解剖初步報告,最終死因是橫行結腸上有潰瘍並穿孔。並患初期癌瘤。餘雲岫遺言將遺體交醫學院作病理解剖。1月6日上午奠祭,下午火葬。

  1908年,餘雲岫留學日本就讀大阪醫科大學習醫時期。編寫並出版了《普通物理講義》。另外在1910年又出版了《物理學教科書》。二本書都由上海開明書店出版。  1917年餘雲岫編寫的《靈素商兌》出版。  1918年任上海商務印書館編輯,先後編寫了,《內科全書》、《外科療法》、《飲食防毒法》、《傳染病》、《傳染病全書》、《微生物》、《藥理學》等書。  1931年,編成《皇漢醫學批評》。  1933年7月,《餘氏醫述》二集編成。  1940年11月1日完成《爾雅病詁》(後易《爾雅病疏》)。  1941年12月15日完成《說文解字病詁》(後易名《說文解字病疏》)。 1942年2月9日,《廣雅病疏》脫稿。 1943年2月,《十三經病疏》脫稿。
餘雲岫,名巖,字雲岫,號百之,譜名允綬,中國浙江鎮海人,被認為是中華民國大陸時期全面廢止中醫派的代表人物。餘雲岫本人則主張醫學不分中西,反對中醫西醫之稱謂,主張全面採用現代醫學,近代醫學史上有些學者把“中醫西醫化”的思想流脈稱為“餘雲岫現象”。