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  1636年,清教徒/公理會建立哈佛學院來訓練神職人員。1816,神學院剝離出來,成為美國第一所非派系神學院。(1807年,長老宗建立普林斯頓神學院。)  在最初的一百年間,哈佛神學院與美國一位論派保持著非官方聯絡。然而,學院與之後的公理會派系聯合基督教會保持著歷史聯絡。

  啟蒙時代的理性與自由意識於整個十八世紀瀰漫在公理會當中,使其與更加保守加爾文主義關係緊張。  霍利斯神學教授(Hollis Professor of Divinity)David Tappan於1803年離世,哈佛校長約瑟夫·維拉德(Joseph Willard)次年閉眼。學院監督Jedidiah Morse希望任命更加保守的人士。  然而,一位論的亨利·維爾在經過不少爭議後,於1805年上任,改變了學校傳統加爾文主義的優勢,傾向於更加自由的阿民念主義(被傳統保守人士認為是一位論)。 維爾上任的兩年後,傾向自由的山姆·韋伯(Samuel Webber)出任哈佛校長。著導致Jedidiah Morse和其它保守人士離開哈佛,建立安多佛神學院(Andover Theological Seminary),於哈佛神學院唱對臺戲。

  今日,不同宗教背景學生和教職人員齊聚一堂:基督教(各派系)、猶太教、穆斯林、印度教、佛教、錫克教等。學術專案則試圖在神學和宗教學之間尋求平衡 --- 即“信徒的”宗教視角和“世俗的”宗教觀。這與許多其它神學院有所不同,後者有所偏重(例如:耶魯神學院側總神職人員培訓,而芝加哥大學神學院大多招收“宗教學”碩士研究生)。

  哈佛神學院得到美國和加拿大神學院協會認證,授予如下學位:  除此之外,許多哈佛研究生在研讀和宗教相關的博士學位時與神學院教職人員有緊密的聯絡。這些學生與宗教研究委員會有正式聯絡,後者的教職人員一半來自文理學院,另一半來自神學院。該委員會位於哈佛大學文理學院。  在2014年4月,神學院教職人員投票將神學博士(ThD)和文理研究生院宗教學博士(PhD)統一辦學,自2015年秋起不再錄取神學博士。之前錄取的神學博士生仍舊照讀不誤,新的聯合宗教學博士則於2015年秋踏入校門。雖然許多文理研究生院博士生在神學院選修課程,宗教學博士正式錄取進入的是文理研究生院而非神學院;只有文理研究生院能夠授予宗教學博士學位(PhD)。

  神學研究碩士生(MTS)要從如下18個學術領域選取課題:  神道學碩士生(MDiv)需要選取:

  

  1973年,哈佛神學院女性宗教研究(The Women's Studies in Religion Program, WSRP)成立,是第一個研究女性和宗教的跨學科專案。自建成以來,專案獲得了超過100多名學者的支援,他們代表了來自美國和世界各地超過50多所高等院校。  該專案專注探究宗教和性別之間的相互影響,每年約有5名博士後學者來到哈佛神學院。研究成果為大部頭專案,並向學生傳授。

  1957年,學校收到匿名捐贈;1960年,哈佛神學院成立世界宗教研究中心,接待來自世界各地不同宗教的研究員、研究生、訪問學者。中心通過研究、出版、資助和公共專案,專注理解全球宗教。該中心歡迎學者和參與人士,突出學術和歷史層面的宗教對話。目前的主任是印度教和神學對比學者Francis X. Clooney, SJ,專長印度教和天主教傳統研究。中心提供各種教育活動,涵蓋公開演講到座談會、研讀會、學生自主專案、有關公共利益的“宗教新聞”午餐會。中心的冥想室向個人和團體開放。

  宗教與中學教育專案是一個教師進修專案,培訓進修教師在公理學校以非宗派的方式教授宗教。神學碩士生或神道學碩士生則會學到有關宗教教育與公共政策的課程,理解兩者關係,在他們特許領域推進宗教知識。

  1836年,安多佛哈佛神學圖書館建立,1911年,哈佛神學院和安多佛神學院聯合時擴建。該圖書館是哈佛大學圖書系統的一部分,對所有在校師生開放。2001年9月,圖書館完成了1200萬美元的裝修,強化了技術裝置和資訊系統。圖書館參與波士頓神學院圖書館專案,哈佛神學院師生可以到任何波士頓神學圖書館分館借書。  (摘自哈佛神學院2007-08目錄)

  安多佛大堂建於1911年,耗資30萬美元。大堂由艾倫和柯倫斯公司(Allen and Collens)設計,該公司的特色是新中世紀和教堂設計。安多佛大堂是哈佛大學唯一一座哥德復興式建築。  安多佛大堂屬於安多佛神學院。1906年,由於生源下降,學院在1908年與哈佛神學院合辦。大堂包括一個教堂、圖書館、宿舍、教室等。今天,安多佛大堂依然保留教堂和教室,但進駐不少管理和教職人員。

  

  《哈佛神學公報》("Harvard Divinity Bulletin")是哈佛神學院出版的光面雜誌,每年兩刊,受到嘉獎。雜誌刊登有關宗教和於當代生活、藝術、文化相關的非文學作品、意見、評論、詩歌和評論。雜誌唱出版當年的"Ingersoll Lecture on Human Immortality"。訂閱人數超過2萬人,訂閱方式是捐贈。

  《今日哈佛神學》("Harvard Divinity Today")是由哈佛校連辦出版的校友雜誌,每年三期。涵蓋原創、活動、校友文章、課堂筆記。2012年停刊。

  1908年,《哈佛神學評論》("Harvard Theological Review")創立,每季度刊登學術和宗教領域的原創研究,包括倫理學、考古學、基督教、猶太教和宗教對比研究。

  《哈佛神學院期刊》("The Graduate Journal of Harvard Divinity School")是哈佛神學院學生負責的紙質/線上期刊,也是哈佛大學唯一的研究院宗教期刊。每年,期刊會刊登學生在宗教、佈道和神學研究方面的傑出成果。

  "The Wick" 是哈佛神學院學界的文藝創意期刊。"The Wick" 會刊登已出版和未公佈的小說、詩歌、文章、照片、佈道和非文學創意。

  "The Nave" 是哈佛神學院學生活動的線上新聞,包括課時、社交、重要日期的訊息等。新聞也會報道波士頓神學院和當地其它院校的訊息,為學生、教職人員提供文化及學術服務。
哈佛神學院是哈佛大學的一個分校,位於美國馬薩諸塞州劍橋。該校2015年6月的任務是在宗教學、宗教佈道或其它公共服務上培訓並教育學生。學院也為哈佛其它分校感興趣的學生提供服務。哈佛神學院是全美少數大學非宗派神學院(其它院校包括芝加哥大學神學院、耶魯神學院、範德堡神學院和維克弗斯特神學院)。