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  1945年8月14日,日本內閣向同盟國回覆,接受《波茨坦公告》條件,將要無條件投降。15日昭和天皇釋出《終戰詔書》(玉音放送)向國民宣告日本二戰投降。1945年9月2日,日本與同盟國雙方代表在停靠於東京灣的美國軍艦密蘇里號簽署降書,象徵日本正式進入同盟國的軍事佔領之下。  在日本簽署降書前,以美軍為首的同盟國軍隊於1945年8月28日在橫濱登陸,盟軍太平洋戰區最高司令官道格拉斯·麥克阿瑟也在8月30日乘軍機抵達東京,麥克阿瑟之後被任命為首任駐日盟軍總司令。日本政府在日本仍保有治權(但由駐日盟軍總司令部攝政),但小笠原群島與琉球群島在日本投降前即被美軍攻佔,因而繼續由美軍管治。同盟國曾傳出打算對日本實施直接統治,並分為四個佔領區,但時任日本外務大臣重光葵在1945年9月3日與麥克阿瑟會面時,直接要求撤回此提案。佔領地與臺灣、朝鮮半島等原日本屬地的日軍,則分別向英軍、中國國民革命軍、蘇聯紅軍等現地的同盟國軍隊投降,並被剝奪行政權。  至1945年底時,美國駐日人員數量已超越35萬人。1946年初,輪調至日本的大批部隊被歸屬在麥克阿瑟的美國第八軍團之下管理。九州由佔領,同時負責四國的部分佔領任務:本州由第1騎兵師佔領,北海道由佔領。從1950年6月起,這些的部隊開始大範圍裁員,嚴重削弱了他們的戰鬥力。當北朝鮮攻打韓國時(參見朝鮮戰爭),負責佔領九州的曾試圖進入韓國以阻擋北朝鮮的攻勢,但這些士兵們由於在半夜就被突然送往韓國顯得措手不及,因此傷亡慘重、被迫撤退,這種狀況持續到其他同盟國佔領軍前來增援時才能擊退北朝鮮部隊。  1946年2月21日,一支含有英國、澳大利亞、印度、紐西蘭等國的被部署在日本。在當時,這些軍隊主要負責日本除軍事以外的各種事務,包括處置日本的軍工業。英聯邦佔領軍也負責駐守日本西部幾個地區,指揮部設在吳市。該部隊最多時有四萬人,但是在1947年,該部隊在日本的活動逐漸減少,直至1951年重新進入人們的視線。  1951年9月8日,日本與同盟國簽署《舊金山和約》,1952年4月28日生效。《舊金山和約》生效後,同盟國正式結束針對日本的軍事佔領,日本恢復原有的國家權力及主權獨立地位。日本政府在2013年,正式訂定約生效的4月28日為「」。

  同盟國軍事佔領日本期間,設定由11個相關同盟國組成的遠東委員會作為最高決策機構,主要的統治機關則為1945年10月2日成立的盟軍最高司令官總司令部,簡稱「英語:SCAP」(為英文「英語:Supreme Commander of the Allied Powers General Headquarters」的縮寫),日本人又習稱為「GHQ」(英文「英語:General Headquarters」的縮寫,意為「總司令部」),並設有作為總司令的諮詢機構。GHQ設定期間,對日本政府有絕對的指導權。進駐日本的盟軍以美軍為主,加上少部分以英國為首的組成,至於中國、蘇聯、荷蘭等相關同盟國並沒有軍隊進駐,僅派遣駐在武官。  二戰後期,同盟國曾打算依循德國模式,由美、英、蘇、中四國分割槽軍事佔領日本(即日本分治計劃),並制定了多個版本的計劃。但同盟國最終接受重光葵「以透過身為國民的崇拜物件的天皇來統治較為容易」的主張,利用既有的日本政府機構實施間接統治,日本政府的主權則受到限制。

  同盟國對日本實施多項改革政策,其中最重要的是政治與經濟上的自由化、民主化,以及非軍事化。

  1945年10月4日,在麥克阿瑟的指示下,日本開始進行修改憲法的工作。經由GHQ的草擬、與日本方面的修訂後,新的《日本國憲法》(下列簡稱和平憲法)自1946年11月3日公佈、在1947年5月3日起實行,原有的《大日本帝國憲法》同時失效。新憲法公佈後,日本的政治體制從天皇職掌大權的二元制君主立憲制,改變為國民主權的君主立憲制。

  在同盟國的主導下,日本天皇與皇室的地位受到很大結構的改變。在新憲法實行後,天皇被除去原有的統治權力,僅存象徵地位與有限的職權,而且沒有明文給予其國家元首的地位,即所謂的「象徵天皇制」。與天皇地位相關的日本憲法第一章,將天皇定位為日本國家與國民整體的象徵,只能執行任命首相、召集國會等國家禮儀相關的事務(在憲法之中稱作為「」)。大多被轉移予國家與地方政府,直系血親以外的皇室成員則失去皇族身份。雖然部分日本皇室成員在戰時擔任公職,但是大部分都沒有受到戰犯處置。而透過《人間宣言》的發表,天皇也否定自己作為「」(現世人間的神)的身份。  雖然戰後日本天皇與皇室的形象被大程度改變,日本民眾對於象徵天皇制與天皇放棄現人神身份大多能夠接受。根據《每日新聞》在1946年所做的民意調查,象徵天皇制有85%支援、13%反對、2%不明,顯示戰後的日本民眾仍然支援皇室繼續存續。

  日本國民衷心謀求基於正義與秩序的國際和平,永遠放棄以國權發動的戰爭、武力威脅或武力行使作為解決國際爭端的手段。  為達到前專案的,不保持陸海空軍以及其他戰爭力量,不承認國家的交戰權。

  

  在同盟國的指揮下,日本實施全面性的解除武裝,海外日軍被全部遣送回國,但也發生蘇聯強行扣留日本軍俘的西伯利亞滯留者情事。日軍殘存的武器被全部報廢,部分原日軍佔領地的武器成為同盟國的戰利品,部分日軍先進的武器與技術資料(如飛機、火箭、潛艇等)則被美國與英國以研究為由接手。

  在同盟國軍事佔領日本後,其中一個重要任務便是對戰爭發動者的懲罰。為此而設的遠東國際軍事法庭在東京成立後,便開始審判曾參與二戰的日本軍人(包括臺籍日本兵),其中參與審判的除美國之外,還包括英國、蘇聯、加拿大、法國、荷蘭、印度、澳大利亞、紐西蘭、中國、菲律賓這些勝利的同盟國共同任命法官審理。  原本各國代表(含美國輿論)商議必須審判「日本神聖統治者裕仁」並處以絞刑,但由於日本人民仍然聽命於日本政府,而日方政府則用各種方法極力阻止麥克阿瑟將裕仁傳召到法庭(他們認為天皇以任何身份被傳召上法庭都是一種侮辱),所以麥克阿瑟認為裕仁對整個日本政府及人民中仍有強大的影響力,加上日本人民愛戴裕仁的程度更甚於戰前德國人民愛戴希特勒的程度,要是將他處死,等於埋下第三次世界大戰的火種,日本人民勢必會展開報復,麥克阿瑟甚至一度報告杜魯門,若是一定要用死刑來對待裕仁,那最少要再調派超過一百萬部隊到日本。最後經過麥克阿瑟的斡旋,遠東國際軍事法庭不再審問或提問裕仁,於是安排他視察戰後的日本全國各地。這一決定雖然保證了日本國內的穩定,但是為日本戰後右翼勢力的復甦埋下了禍根,其中以岡村寧次返回中國擔任國民政府的軍事顧問一事,更是成為日後中國共產黨在內戰以及國際上抨擊國民黨“反動賣國”的實際例證之一。  審判結果共28個被告被定罪:7人因戰爭罪和違反人道罪判決絞刑,於1948年12月23日在東京巢鴨監獄執行死刑;16人被判決終身監禁,2個被告被判決有期徒刑,1人免予起訴,2人在審判前病死。  此外,有26名臺籍日本兵因於拉包爾戰俘營虐待戰俘被盟軍國際審判庭,判成戰犯,判決死刑。臺籍日本兵被審判有罪,判處監禁勞役者,亦達175人之多。而且他們得到的審判條件相當差。

  由於二戰結束後不久,世界進入冷戰對峙的局面,加上朝鮮戰爭的爆發,美國與日本在1951年4月28日《舊金山和約》簽署日同時簽訂《美日間安全保障條約》,正式建立軍事同盟關係,原有代表同盟國的美國軍隊則在軍事佔領結束後轉型成為駐日美軍;1960年1月19日,美日兩國簽訂新的安全保障條約,即現今的《美日安保條約》。  雖然戰後日本在憲法中規定不得擁有軍隊,但是被迫於冷戰情勢的需要,日本政府在GHQ的許可下建立準軍事組織,實行有限度的再軍備化。日本先在1950年建立警察預備隊(後改稱),又在1952年建立(後改稱),這兩個組織在1954年升格為陸上自衛隊以及海上自衛隊,與另外建立的航空自衛隊共同組成自衛隊,成為日本實質的國家武裝力量,但是在各項高精尖裝備、航空航天、遠端戰略投送方面受到美國的嚴格控制和管制。

  為了去除被同盟國視為日本軍國主義經濟基礎的日本財閥,在GHQ的授意下,日本政府施行財閥解體。

  為了徹底去除日本軍國主義思想,GHQ下令全面施行教育改革,由國民教育深入的紮下民主化的基礎。

  

  在簽署降伏文書後,GHQ突然提出包含佔領期間的公用語為英語這一專案的,並命令政府在次日上午10時前向國民公佈。日本外務省以違反波茨坦宣言內容為由與美方交涉,最終撤回了三佈告的全部內容。  GHQ意圖推行「廢除漢字」政策,不過這項改革未能受到民意認同,故沒有實行,但日本政府也設法將漢字減少化,制定了當用漢字。

  歴史學家哈瓦德・B. 舍恩伯格認為在戰後日本的佔領政策中道格拉斯·麥克阿瑟、約瑟夫·格魯、托馬斯·亞瑟·比森、詹姆斯・S・凱倫、哈里・肯 (Harry F. Kern)、威廉・亨利・德雷珀 Jr.、約瑟夫·道奇、約翰·大眾特·杜勒斯8人為關鍵人物。
同盟國軍事佔領日本(,英語:Occupation of Japan),又稱盟總時期,是指日本於第二次世界大戰戰敗並無條件投降後,由美國為首的同盟國實施軍事佔領的時期,自1945年9月2日日本投降後正式開始,至1952年4月28日《舊金山和約》生效後結束。