Si è a lungo discusso sull'eziologia di questa condizione, e, fino agli anni '80, era accreditata la teoria della sua origine congenita. Tuttavia, nel 1980, il chirurgo e ricercatore John Bascom (Eugene, Oregon, USA) sviluppò la tesi che la cisti pilonidale fosse una malattia acquisita: attualmente è questa, probabilmente, la teoria più seguita, essendo supportata da notevole evidenza scientifica, clinica ed epidemiologica.