Le differenze strutturali tra le varie proteine della famiglia sono il risultato di uno splicing alternativo dell'mRNA trascritto da un singolo gene composto da 8 esoni. Il primo trascritto viene codificato col termine VEGFxxx: la ricombinazione dei suoi 8 esoni può portare alla strutturazione di proteine simili ma ognuna con peculiari caratteristiche e funzioni, come la regolazione dell'attività pro e antiangiogenetica e l'interazione con altre macromolecole (eparan solfato, proteoglicani, ecc.).