Qui, in condizioni ottimali di temperatura e di nutrienti, i parassiti si moltiplicano molto attivamente e rapidamente, nutrendosi del tessuto nervoso cerebrale dopo digestione enzimatica. Le lesioni necrotico-emorragiche di questa malattia la rendono letale in una misura superiore al 90% dei casi. L'infezione umana viene contratta nuotando in fiumi o laghi, soprattutto quando la temperatura dell'acqua è relativamente elevata, e attraverso pratiche di lavaggio delle cavità nasali con acque infette a scopo igienico o rituale.