Damadian ha ricevuto numerosi premi: nel 2001, il Lemelson–MIT Prize Program lo insignì di un Premio alla Carriera del valore di 100.000 dollari come "l'uomo che ha inventato lo scanner MRI." Il Franklin Institute di Philadelphia ha insignito Damadian per il suo lavoro sulla risonanza magnetica con il Bower Award in Business Leadership. Ha ricevuto una National Medal of Technology nel 1988 ed è stato inserito nella National Inventors Hall of Fame nel 1989. Nel settembre 2003, è stato onorato con l’Innovation Award in Bioscience dall’Economist.