James Barry si ritirò dalla professione medica nel 1864 - probabilmente contro la sua volontà – e tornò in Inghilterra. Morì di dissenteria il 25 luglio 1865. Sophia Bishop, la governante che si occupò del corpo, scoprì la sua natura femminile e la rivelò dopo il funerale. Dopo averlo scoperto molti affermarono “di averlo sempre saputo”. L'esercito britannico sigillò tutte le prove per 100 anni. La storica Isobel Rae ottenne il permesso di accedere ai documenti dell'esercito negli anni '50, e concluse che Barry era il nipote del pittore "James Barry". Fu seppellito nel cimitero "Kensal Green", sotto il nome di James Barry, e il suo domestico John ritornò in Giamaica.