Figlio di Michele e Chiara Assalemi si sa ben poco della sua infanzia: proveniva da una famiglia di modesti agricoltori di Ruvo di Puglia, fu accudito da una sorella della madre e familiarizzò con un cappuccino, frate Paolo, che lo aiutò nei primi anni di formazione, soprattutto presso il Seminario vescovile di Molfetta. Una volta ritornato a casa, si dedicò, per lo più da autodidatta, alla matematica e alla filosofia. La preparazione che ricevette nella cittadina natale fu prettamente umanistica e limitata a poche conoscenze scientifiche, anche se nel frattempo crebbe in lui la passione per le scienze naturali e per la medicina: è noto che, non potendo effettuare osservazioni dirette sui cadaveri, studiasse l'anatomia sugli animali che egli stesso sezionava.