Al momento non esistono dati conclusivi per quanto riguarda il meccanismo patogenetico del danno da agenti infettivi. Le ipotesi più probabili contemplano o un effetto diretto sulle cellule, con conseguente danno citolitico, o un effetto indiretto, tramite induzione di un processo autoimmune. Questa seconda ipotesi sembra essere più plausibile, in quanto in grado di spiegare anche il danno nella fase di pre-diabete (36).Due modelli più di ogni altro sembrano avere incontrato l"approvazione della maggioranza dei ricercatori interessati al meccanismo che porta i linfociti T e B ad attaccare strutture del self, una volta esposti a determinanti dell"ambiente, cioè del non-self. Il primo modello è quello originariamente proposto da Oldstone, ed è noto come "The molecular mimicry hypothesis" (51); il secondo è quello, formulato da Sprent e coll., che trova il suo presupposto in quella che viene definita "The bystander T cell proliferation" (52).L"idea di Oldstone consiste nell"assunzione che determinanti immunologici, epitopi di proteine espresse dagli agenti infettanti, possano anche essere espressi da molecole completamente diverse, codificate da geni normali dell"individuo infettato.La conseguenza logica di questa assunzione è la possibilità che i linfociti T, deputati fisiologicamente a reagire contro l"invasore non-self, inizino patologicamente ad attaccare quei tessuti del self che esprimono gli stessi epitopi, o epitopi molto simili all"agente estraneo invadente. È stato Kaufman che nel 1992 ha offerto la prima prova dell"esistenza di una relazione di questo genere tra GAD65, uno dei più noti autoantigeni associati al DM1, e la proteina P2-C del Coxsackievirus B4. Tuttavia questo dato non ha poi trovato un grande riscontro pratico, dal momento che le cellule T capaci di reagire sia contro GAD65 che contro P2-C non sono assolutamente facili da trovare, neppure nel sangue dei pazienti diabetici. La "molecular mimicry hypothesis" non sembra quindi capace di fornire una spiegazione convincente.Il modello cosiddetto "The bystander T cell proliferation" (52), invece, studia i meccanismi attraverso cui, in seguito alla stimolazione di alcuni linfociti da parte di antigeni leganti il Toll-like receptor, viene attivata la proliferazione di altri linfociti, coinvolti indirettamente tramite l"azione di numerose citochine presenti nel microambiente, tra cui le più importanti sono gli interferoni.Anche Sarvetnick propone che la proliferazione delle cellule T sia dovuta semplicemente al fatto che in quella zona vi è un"infezione (53). Questa seconda ipotesi si basa sulla constatazione che, sebbene un"infezione virale sia chiaramente in grado di indurre una vigorosa risposta immunologica, l"aumento del numero delle cellule T non è in realtà dovuto all"espansione di cloni T specifici per antigeni caratteristici dell"agente infettante. È stato infatti dimostrato che il numero dei linfociti T specifici per l"agente infettante rimane normalmente molto basso, mentre sono le altre cellule T che, pur non avendo specificità alcuna per quegli antigeni, vengono stimolate dalle citochine infiammatorie solo per il fatto di trovarsi fisicamente nella zona infettata.In contrasto con quanto detto fin"ora, recentemente numerosi studi sostengono che alcune infezioni abbiano avuto, nella storia , il ruolo di prevenire lo sviluppo del diabete riducendone l"incidenza, agendo come modulatori del sistema immunitario in senso protettivo e "modellando" il nostro assetto genetico. Tale ipotesi viene approfondita all'interno del paragrafo successivo.