A destare l'attenzione e l'interesse per questa mutazione, è stata la recente scoperta, in alcuni PTC umani, di un'eterogeneità intra-tumorale nel genotipo di BRAF: in una minoranza di casi si è rinvenuta la mutazione BRAFV600E, e in una maggioranza il BRAF-wilde typ. Questo ha dato vita a un dibattito, ancora acceso, su cosa venga prima (“"chicken and eggs puzzle"”): se la mutazione del BRAF dia l'avvio alla tumorigenesi, o se invece segua l'evoluzione verso la malignità. Da ciò, comunque, si possono trarre due conclusioni: che la mutazione del BRAF sia un evento genetico secondario nella tumorigenesi; oppure che una volta che la mutazione del BRAF ha attivato la trasformazione neoplastica in PTC, ulteriori alterazioni oncogeniche possono subentrare, guidando la tumorigenesi e scalzando il ruolo di BRAF. L'evidenza che la mutazione è presente nel 20-40% dei carcinomi scarsamente differenziati, e nel 30-40% degli anaplastici, fa ritenere che la proteina di fusione giochi un ruolo importante nella de-differenziazione dei tireociti e quindi, più in generale, per una maggiore aggressività della neoplasia.