La perdita di peso e la difficoltà di mangiare per via della disfagia dovuta alla mancanza di coordinazione muscolare, sono caratteristiche comuni nella malattia, e rendono pertanto la gestione della nutrizione un aspetto sempre più importante con l'avanzare della malattia. Agenti addensanti possono essere aggiunti ai liquidi per renderli più densi e quindi più sicuri da deglutire. Può essere d'aiuto anche ricordando al paziente di mangiare lentamente e di prendere piccoli pezzi di cibo in bocca per evitare il soffocamento. Se mangiare diventa troppo pericoloso o scomodo, si può ricorrere a una gastrostomia endoscopica percutanea. Si tratta di un tubo per l'alimentazione, fissato in modo permanente attraverso l'addome e verso lo stomaco, che così riduce il rischio di aspirazione del cibo e fornisce una migliore gestione della nutrizione. La valutazione e la gestione da parte di logopedisti con esperienza nella malattia di Huntington, è fortemente raccomandata.