Nel 1999 molti nuovi farmaci videro la luce: l'abacavir (inibitore della trascrittasi inversa), il nelfinavir (contro la proteasi), la delaviridina e l'efavirenz (inibitori non nucleosidici della trascrittasi inversa); inoltre negli Stati Uniti l'FDA garantì una procedura d'approvazione accelerata per l'inibitore della proteasi amprenavir e molte nuove molecole erano in procinto di registrazione. Nel settembre del 2000 fu messo in commercio il lopinavir, potentissimo inibitore della proteasi. Nel 2000, a vent'anni dalla scoperta dell'epidemia, si calcolavano 16,3 milioni di decessi.