Creutzfeldt sposò Clara (Cläre) Sombart, figlia del sociologo economista Werner Sombart; dal matrimonio nacquero 2 figlie e 3 figli, tra i quali Werner (1924–2006), ordinario di medicina interna presso la Georg-August-Universität Göttingen, che scoprì gli ormoni gastrointestinali, e Otto (1927–1992), neurologo.