Il virus della febbre gialla si è originato in Africa, ed è in grado di infettare, oltre l'uomo, anche i primati non umani, tra cui le scimmie: si può dire che il suo habitat naturale sia quello della foresta, dove si trasmette tra le scimmie attraverso la puntura di zanzare. La febbre gialla può essere trasmessa dai primati all'uomo in ambiente forestale, e può successivamente dare origine a cicli di trasmissione da uomo a uomo qualora sia presente, nei villaggi o nelle città, abbondanza di zanzare “domestiche” adatte alla trasmissione del virus.