Pfeffer lasciò una nota di addio a Charlotte e rimasero in contatto attraverso Miep, che la incontrò settimanalmente per scambiare le lettere e prendere disposizioni da lei. Le sue lettere non rivelarono mai la posizione del suo nascondiglio e Miep non lo rivelò mai, ma il 4 agosto 1944 furono trovati dalla Gestapo, Pfeffer e gli altri sette occupanti del nascondiglio furono arrestati da Karl Josef Silberbauer e furono deportati nei campi di concentramento nazisti.