Come altri farmaci di questa classe, la sertralina è associata ad un incremento dose dipendente dell'intervallo QT per cui non dovrebbe essere usato nei pazienti che già presentano questa patologia o in quelli che assumono contemporaneamente altri farmaci in grado di generare questo effetto collaterale. Una valutazione ECG e del livello di elettroliti può essere richiesta, specie nei pazienti anziani.