Tra i diversi fattori che possono contribuire all'origine del vaginismo possono esservi ricordi traumatici legati ai primi tentativi di penetrazione, esperienze passate di abuso sessuale e più in generale caratteristiche della storia di vita sessuale della donna. In un'alta percentuale di casi, tuttavia, l'origine del vaginismo è indipendente da esperienze vissute nel passato e si associa invece a caratteristiche individuali riguardanti la gestione delle emozioni e il rapporto con la corporeità. Sul versante dei vissuti inconsci possono esservi conflittualità inerenti all'espressione della propria femminilità adulta e il rapporto con il maschile.