Nel 1974 ha ottenuto il dottorato in Farmacologia dell'università Johns Hopkins di Medicina, dove lavorò nel laboratorio diretto dal dottor Solomon Snyder. Precedentemente si era laureata in Biologia con lode nel 1970, presso il "Bryn Mawr College" della Pennsylvania. La Pert ha condotto il suo post-dottorato con una "fellowship" tra il Johns Hopkins e il National Institutes of Health (NIH) tra il 1974-1975. In seguito ha lavorato presso il "National Institute of Mental Health" (NIMH) dal 1975 al 1987. È coautrice di circa 187 pubblicazioni su riviste scientifiche internazionali dal 1973 ad oggi. È autrice del libro "Molecole di Emozioni". È apparsa come esperta nella produzione video PBS di Bill Moyers "Healing and Mind" nel 1993, e nel film "What the #$*! Do We Know!?" alla fine del 2004.