La gentamicina, come altri antibiotici aminoglicosidici, può oltrepassare la barriera placentare e causare danni al feto. In letteratura medica è riportato come l'utilizzo di antibiotici appartenenti alla classe degli aminoglicosidi in donne in stato di gravidanza possa comportare la comparsa di sordità irreversibile e bilaterale nel neonato. Pertanto l'utilizzo di gentamicina in questo periodo deve essere, di norma, evitato.