L'ecografia transvaginale viene considerata una metodica invasiva; differente dall'ecografia tradizionale transaddominale, la sonda viene posizionata all'interno della vagina. Tale sonda, rivestita con materiale monouso e di piccole dimensioni (poco più di 1 cm di diametro), viene inserita in vagina con l'ausilio del gel per ultrasonografia, consentendo un ingresso agevole ed indolore. L'ecografia transvaginale viene effettuata dal medico ginecologo o da altro personale medico competente; la paziente viene invitata ad urinare prima dell'esame e, una volta a vescica vuota, viene fatta distendere in un lettino per esami in posizione ginecologica. L'esame si completa in pochi minuti se non sono necessarie ulteriori indagini.