Nei soggetti anti-HCV positivi è necessario richiedere la determinazione di HCV-RNA mediante PCR. Tale determinazione può essere sia qualitativa che quantitativa. L'HCV-RNA è riscontrabile nel sangue periferico 1-2 settimane dopo l'infezione; durante le prime fasi la viremia raggiunge dei picchi di replicazione considerevoli, per poi scomparire in caso di clearance virale spontanea. La carica virale non correla con la severità del danno epatico. 