Nonostante ciò, il 1º gennaio 1707 Morgagni fu costretto a lasciare Bologna, dopo i contrasti con l'influente Giovanni Girolamo Sbaraglia; così decise di trasferirsi a Venezia, attratto non solo dalla libertà che la Repubblica di Venezia offriva ai suoi insegnanti universitari ma anche dalla disponibilità di libri rari, che si potevano trovare nella città lagunare. Qui Morgagni entrò in contatto con diversi uomini dotti, quali il chimico Giangirolamo Zanichelli, col quale lavorò nell'illustre Farmacia di Santa Fosca e l'anatomista Giandomenico Santorini, con cui coltivò gli studi di anatomia comparata. Durante il soggiorno veneziano si recò spesso a Padova, facente parte a quel tempo della Signoria veneziana, per seguire lezioni, avviare contatti e farsi conoscere dall'ambiente accademico.