I disturbi (sintomi) provocati dall'intolleranza al lattosio sono: presenza di gas nello stomaco o nell'intestino (flatulenza), gonfiore addominale, pancia che brontola (borborigmi), dolori addominali, diarrea. La loro gravità dipende sia dalla quantità di lattosio ingerito che dall'entità del difetto enzimatico: alcune persone non riescono a tollerare nemmeno la quantità utilizzata per macchiare il caffè, altre potrebbero bere tranquillamente un bicchiere intero di latte senza avere problemi.