Il 23 giugno 1941 Bentivegna, insieme ad altri 3-4.000 universitari, partecipa alla manifestazione nazionale dei GUF contro l'abolizione della norma che consentiva agli studenti in regola con gli esami, di ritardare la chiamata militare. La manifestazione si trasforma ben presto in una delle prime proteste contro il regime e all'occupazione dell'Università di Roma. Le sue posizioni politiche e l'embrionale attività clandestina destarono l'attenzione dell'OVRA. Arrestato nel settembre dello stesso anno, per attività sovversiva, è rilasciato nel 1943 con diffida di polizia, grazie alla sua amicizia con un suo compagno di scuola, Disma Leto, figlio del direttore dell'OVRA Guido Leto. Iscrittosi al Partito Comunista Italiano nel 1943, il passato trotskista e la scarcerazione per intercessione di Leto procurarono a Bentivegna la diffidenza dei dirigenti del partito.