Tra il 1938 ed il 1939 Gerty cambiò ambito di ricerca e si spostò sullo studio degli enzimi: capì infatti che erano coinvolti nella conversione del glicogeno e per questo volle saperne di più. Non trascorse molto tempo prima che lei e Carl scoprirono la fosforilasi, un importante enzima che porta alla formazione dal glicogeno del glucosio-1-fosfato. Il glucosio-1-fosfato viene convertito in glucosio-6-fosfato tramite l'enzima fosfoglucomutasi.