La dimostrazione di una deficitaria attività dell'enzima α-galattosidasi A su plasma o su leucociti rappresenta il metodo di laboratorio di riferimento per confermare la diagnosi clinica di malattia di Fabry nei maschi 143 . In alcuni casi il dosaggio enzimatico su plasma può portare a false diagnosi e necessita di conferma attraverso il dosaggio su leucociti 144 .Il deficit enzimatico può essere dimostrato anche nelle lacrime, nelle biopsie tissutali, nei fibroblasti della cute 47 o nei linfoblasti. E' disponibile, inoltre, un metodo fluorimetrico che utilizza come fonte dell'enzima gocce di sangue adsorbite su carta bibula e permette di conservare i campioni di sangue per periodi superiori ai 6 mesi 145,146,147,148,149 .Per determinare l'attività enzimatica si utilizza il substrato sintetico 4metilumbelliferil-α-galattoside 48 .Gli emizigoti classicamente affetti in genere non hanno un'attività di α- Il dosaggio dei livelli plasmatici di GL3 è stato proposto e usato nella diagnosi biochimica della malattia di Fabry, ma è un metodo dispendioso in termini di tempo e nelle femmine i livelli sono più bassi rispetto ai maschi, spesso nei limiti di normalità 150 .La determinazione del GL3 nelle urine è più affidabile e permette di porre diagnosi nella maggior parte dei maschi e delle femmine 151,152,153,154 . In ogni caso, i livelli urinari di GL3 non risultano aumentati in alcuni pazienti con forme late-onset e/o particolari mutazioni del gene GLA (p.Asn215Ser) 155,156,157 .L'analisi della composizione dei glicolipidi tissutali 158 e l'uso della atmospheric pressure photoionization mass spectrometry (APPI-MS) 159 per l'analisi delle specie molecolari di GL3 non sono effettuati di routine, ma solo da laboratori di ricerca.