La gascromatografia-spettrometria di massa (GC-MS) può essere utilizzata per l'analisi di campioni di respiro. Questo tipo di tecnologia analitica utilizza un gas-cromatografo posto a monte di uno spettrometro di massa. Il gas-cromatografo permette la separazione delle molecole presenti nella sostanza da analizzare, mentre lo spettrometro di massa svolge la funzione di rilevatore. Alcuni svantaggi dell'utilizzo della GC-MS per l'analisi del respiro sono: esperienza del personale per il suo utilizzo, costi elevati e lunghi tempi necessari per completare l'analisi.