In veste di celebre chirurgo, di stimato accademico e soprattutto di comprovato liberale, fu chiamato a Pisa, ad estrarre la pallottola incastrata nel piede destro del generale Garibaldi ferito in Aspromonte il 29 agosto 1862, evitandogli così l'amputazione. Garibaldi prigioniero e ferito, era stato ricoverato presso l'albergo delle Tre Donzelle a Pisa a seguito di amnistia. Dopo mesi di consultazioni tra luminari e specialisti stranieri, di cui si è conservata una ricca documentazione, il 23 novembre 1862 alle ore 10 Zannetti eseguì l'intervento assistito da altri medici. Ricevette una medaglia dai patrioti del Perù, conservata presso la Fondazione Spadolini-Nuova Antologia.