Il trattamento di elezione è la psicoterapia, principalmente di tipo cognitivo-comportamentale, che può risolvere completamente il disturbo, tuttavia fino al 50% dei pazienti risulta ancora affetto dal disturbo a 1-5 anni dal trattamento. Dato che spesso l'ipocondria è un sintomo che accompagna altri disturbi psichiatrici più gravi come depressione maggiore, disturbi dell'umore o altri disturbi d'ansia o a volte anche patologie fisiche (come diabete o artrite) può essere risolta trattando adeguatamente il disturbo principale. 