Per arrestare l'ulteriore implementazione del coagulo si utilizza l'eparina in infusione continua (bolo di 80 U/kg subito, poi 18 U.I./kg/h di peso corporeo). L'eparina viene utilizzata da sola in pazienti emodinamicamente stabili oppure dopo la trombolisi negli altri pazienti (mantenendo il ptt ratio fra 1,5 e 2,3 volte la norma e controllando emoglobina e piastrine per verificare l'assenza di piastrinopenia eparinodipendente); questo fintanto che l'anticoagulante orale (warfarin) non faccia effetto (alcuni giorni perché l'INR sia nel range terapeutico: fra 2,5 e 3,5) per poi proseguire solo con quello sotto periodici controlli del medesimo parametro. Al posto dell'eparina normale è possibile utilizzare "l'eparina a basso peso molecolare (LMWH)" che ha come vantaggi il non modificare il ptt (quindi non richiede esami di controllo) e il poter essere somministrata sottocute (100U/kg). Questo a patto che il rischio emorragico non sia elevato e non ci sia insufficienza renale. In tali casi i controlli vanno comunque fatti e quindi si usa l'eparina standard. Il trattamento anticoagulante orale va proseguito per 3-6 mesi per evitare recidive.