Fino a pochi anni fa, questa patologia veniva classificata tra le cisti odontogene dei mascellari, e denominata cheratocisti o cisti primordiale. Considerata la sua aggressività, e alla luce delle osservazioni nel campo della biologia molecolare che ne hanno dimostrato la natura più vicina ad una forma neoplastica, nel 2005 l'Organizzazione mondiale della sanità ha riclassificato la patologia, differenziandola a seconda dell'aspetto istologico. Si è quindi distinto una forma neoplastica, ridenominata tumore cheratocistico odonotogeno (KCOT), in cui prevale l'aspetto paracheratosico, con scarsa ed incompleta cheratinizzazione, dalla forma ortocheratosica, in cui lo strato cheratinizzato è più uniforme e la struttura dell'epitelio maggiormente regolare. In questo secondo caso la patologia rimane classificata tra le cisti di tipo disembriogenetico, con la denominazione di cisti odontogena ortocheratinizzante (OOC). La proporzione tra i due tipi di lesioni sembra comunque dimostrare la forte prevalenza della forma paracheratosica, con solo un 10% di casi di OOC.