Intanto alcuni Cavalieri appartenenti alla "Lingua spagnola", dopo la morte del Gran maestro, avevano nominato un altro Gran Maestro nella persona del Re di Spagna, Carlo IV alleato di Napoleone. Da questa scissione nacque l'Ordine Reale dei cavalieri di San Giovanni di Gerusalemme che tuttavia nel 1885, a seguito della bolla di Papa Leone XIII del 1879 con la quale autorizzava la nomina di un nuovo Gran Maestro in Roma, che portò all'elezione di Giovanni Battista Ceschi a Santa Croce (1879-1905), questo Ordine Reale di Spagna rinunziava all'esercizio del Gran Magistero, riconoscendo il Gran maestro e rientrando nell'Ordine riconosciuto dalla Santa Sede. Un altro "Ordine" di ispirazione melitense era però sorto in Spagna nel 1833, in seguito alla guerra civile che vide contestare l'ascesa al trono da parte della Regina Isabella II, un gruppo di Cavalieri costituì un Ordine autonomo denominato Ordine Reale dei Cavalieri Ospedalieri di San Giovanni Battista i cui statuti furono approvati nel 1876 dal Re Alfonso XII, il quale assunse il titolo di "Gran protettore".