I sintomi della sindrome di Morton sono molto chiari. Il dolore nevralgico è molto forte, si sentono talvolta scosse elettriche e bruciori e l'impellenza di togliere le calzature. Camminando il dolore è amplificato, ma esso viene avvertito anche a riposo. Si incorre talvolta nella parestesia, nell'intorpidimento e nel calo della sensibilità dei metatarsi.