La glicogenosi di tipo II è trasmessa come tratto autosomico recessivo; pertanto, per manifestare i segni della malattia è necessario che entrambi gli alleli siano alterati. I genitori dei pazienti sono eterozigoti obbligati per una mutazione e vengono definiti portatori sani 35 .Il gene umano che codifica per la maltasi acida è stato mappato sul tratto terminale del braccio lungo del cromosoma 17 (17q25.2-q25.3). Il gene strutturale è lungo circa 28 kb e contiene 20 esoni 63 .Sono state descritte tre forme alleliche alternative, presenti nella popolazione generale, identificate con GAA1, GAA2 e GAA4. L'alloenzima GAA2 determina la sintesi di un enzima con una ridotta affinità per i polimeri del glucoso ad alto peso molecolare, compreso il glicogeno; tuttavia, l'aplotipo GAA2/GAA2 non causa evidenti effetti deleteri 64 .Il gene è espresso in maniera ubiquitaria, tuttavia, specifici controlli a livello post-trascrizionale determinano differenze tra i vari tessuti e all'interno dello stesso tessuto. 