A causa del lento decorso della malattia e della difficile diagnosi differenziale nelle forme subcliniche, non sono disponibili dati relativi alla prevalenza e all'incidenza di questa forma di gastrite cronica. Si stima che l'anemia perniciosa (conseguenza più grave della gastrite atrofica cronica autoimmune) sia presente in circa il 2% della popolazione, con rischio quadruplicato di sviluppo in soggetti con diabete mellito di tipo 1 o malattie autoimmuni della tiroide. È inoltre noto come la gastrite atrofica sia direttamente correlata con l'età del paziente, con una prevalenza maggiore degli individui di età superiore ai 70 anni, benché siano riportanti casi anche in soggetti di età inferiore ai 40 anni.