Il rabeprazolo sodico produce un’inibizione intensa e prolungata della secrezione acida gastrica. Pertanto possono verificarsi interazioni con sostanze il cui assorbimento è pH dipendente. Livelli plasmatici di antifungini (Ketoconazolo o Itraconazolo) possono risultare significativamente ridotti in caso di somministrazione concomitante di rabeprazolo, a ciò si associa una riduzione significativa dell’efficacia degli antifungini. Per lo stesso motivo è sconsigliata la somministrazione concomitante di Atazanavir (utilizzato nella cura dell’infezione da HIV) con Rabeprazolo (l’assorbimento dell’atazanavir dipende dal pH).