Lo svantaggio principale dell'isolamento per scambio ionico è che questo porta alla denaturazione della proteina, e quindi ad una perdita di importanti frazioni peptidiche bio-attive, cosa che viene evitata con l'isolamento per microfiltrazione. Le molecole proteiche infatti preservano la loro attività biologica solo in presenza di determinate temperature e valori di pH. L'esposizione di proteine a temperature elevate o pH estremi determina un'alterazione fisica della proteina nota appunto come denaturazione. Quindi, se come gli altri metodi di isolamento, le proteine del siero del latte isolate a scambio ionico garantiscono percentuali proteiche superiori, d'altra parte non possono garantire gli stessi benefici sulla salute e sui processi di costruzione muscolare indotti dalle frazioni peptidiche bio-attive al pari delle proteine del siero ultrafiltrate, il cui processo di isolamento utilizzato ne salvaguarda l'integrità e presenza. Proprio per questi motivi, lo scambio ionico ha un costo di circa cinque volte inferiore alla microfiltrazione. Vengono persi o danneggiati alcuni componenti importanti particolarmente sensibili all'alterazione del pH, mentre alcuni amminoacidi sono denaturati. I componenti delle proteine del siero che vengono denaturati sono essenzialmente: