 La tossicità acuta della budesonide è bassa. L'uso cronico a dosi eccessive può risultare in effetti sistemici da corticosteroidi come aumentata suscettibilità alle infezioni, ipersurrenalismo o soppressione surrenalica. Può instaurarsi l'atrofia della corteccia surrenalica e la capacità di adattamento allo stress fisico può essere ridotta. 