Dopo la laurea divenne allievo e assistente di Valsalva, all'ospedale di "S. Maria della Morte", coadiuvandolo non solo nell'attività settoria e didattica ma anche nella compilazione di una delle più importanti opere del Valsalva, il "De aure humano tractatus"; esperienza che accrebbe notevolmente la sua conoscenza anatomica e patologica. Intanto iniziarono ad arrivare per Morgagni i primi riconoscimenti, come ad esempio l'incarico di Presidente che nel 1704, a soli 22 anni, ricevette dall'Accademia degli Inquieti, di cui era entrato a far parte cinque anni prima. Sul modello dell'"Accademia delle scienze francese", Morgagni plasmò l'istituzione, dove applicò i principi con cui Malpighi aveva contribuito a far sorgere l'Accademia del Cimento: si passò dalle dispute teoriche alle consultazioni e agli esercizi d'indagine. Quasi a dimostrazione dello sperimentalismo verso cui aveva indirizzato l'indagine scientifica dell'Accademia, Morgagni vi lesse nel 1705 il primo volume dei suoi saggi anatomici, "Adversaria anatomica", che furono stampati per la prima volta nel 1706 e che all'età di soli 24 anni gli diedero un'immediata fama mondiale come anatomista.