L’INMP nasce con il Decreto del Ministero della Salute del 6 agosto 2007. Dopo un periodo di sperimentazione gestionale, la Legge n. 189/2012, stabilizza l’Istituto che viene individuato come "Centro di riferimento della rete nazionale per le problematiche di assistenza in campo socio-sanitario legate alle popolazioni migranti e alla povertà", nonché "Centro nazionale per la mediazione transculturale in campo sanitario". Dal 2019 l’INMP è anche Centro Collaboratore OMS per l’evidenza scientifica e il "capacity building" relativamente alla salute dei migranti.