L'ecotiopato ioduro è controindicato nei soggetti con ipersensibilità individuale nota al principio attivo oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti contenuti nella formulazione farmacologica. È inoltre controindicato in caso di irite acuta, uveite acuta, uveite anteriore, alcune forme di glaucoma secondario, glaucoma ad angolo chiuso (prima dell'intervento chirurgico), glaucoma associato ad iridociclite o a infiammazione uveale. 