Per l'analisi della MMR nel MM con la PCR, il solo marcatore utilizzabile è rappresentato dal riarrangiamento dei geni delle IgH. Le sequenze di DNA che codificano per la catena immunoglobulinica vengono riarrangiate ad uno stadio precoce dell'ontogenesi B cellulare 186 . Tale riarrangiamento è specifico per ogni clone cellulare e viene successivamente trasmesso a tutta la progenie. Il processo di ricombinazione risultante dalla giustapposizione dei geni delle porzioni variabile (V), di diversità (D) e di unione (J) del locus IgH, dà origine alla regione variabile riarrangiata (VDJ). Tuttavia durante il processo di unione dei segmenti genici, un numero variabile di nucleotidi può essere perso in corrispondenza dell'estremità dei segmenti genici che stanno ricombinando e uno o più nucleotidi possono essere inseriti casualmente, generando le "regioni N".Il risultato è la formazione della regione determinante la complementarietà (CDR), caratterizzata da segmenti 'NDN' contenenti sequenze specifiche per ogni singolo clone tumorale. Le CDR, presenti all'interno della VDJ, codificano per il sito legante l'antigene e sono specifiche per ciascun clone B cellulare: possono dunque essere utilizzate come marcatori tumore-specifici nella tecnica di PCR.La porzione di DNA contenente le regioni ipervariabili viene amplificata utilizzando amplimeri derivanti dalle regioni più conservate dei geni delle IgH. L'analisi della sequenza del prodotto così amplificato consente di identificare la CDR2 e la CDR3 su cui vengono disegnati gli amplimeri tumore specifici che verranno impiegati per valutare la MMR nei campioni in remissione, mediante una Nested PCR (processo di doppia amplificazione) 117 . La Nested PCR, pur essendo un'analisi qualitativa, si è rivelata molto utile nella valutazione della MMR e ha dimostrato un notevole significato prognostico; infatti si è riscontrata una correlazione tra la positività alla PCR e l'elevata incidenza di recidive di malattia in molteplici patologie [187][188] . Il limite della Nested PCR è la sua natura qualitativa, quindi la sua capacità di fornire solo una risposta di tipo "tutto o nulla". Questo ha portato allo sviluppo di nuove metodiche per effettuare un'analisi di tipo quantitativo della MMR.