Nonostante la fama che ebbero gli effetti del guaiaco sulla sifilide soprattutto per merito dall'opera dello stesso Fracastoro, presso il San Giacomo questa tecnica fu abbandonata definitivamente nel 1636, poiché ritenuto insufficiente per debellare la malattia, dato il verificarsi di continue ricadute pur tra molte guarigioni spontanee. Comunque, finché fu somministrato, anche il costosissimo guaiaco (che incideva per 3-4 mila scudi negli anni in cui questa cura era svolta) veniva distribuito gratuitamente ai malati del San Giacomo, al pari di tutte le altre cure.