L'effetto collaterale più comune registrato nel corso della terapia con lopinavir/ritonavir è la nausea e la diarrea, quest'ultima raramente di intensità tale da richiedere la sospensione del trattamento. Altri eventi relativamente comuni sono il dolore addominale, l'astenia, il vomito, la cefalea e, in genere nei bambini, il rash cutaneo. In alcuni soggetti sono stati segnalati alcuni casi di ipertrigliceridemia e pancreatite. Lopinavir/ritonavir specialmente se associati a inibitori nucleosidici della transcriptasi inversa possono causare aumenti della creatinfosfochinasi, mialgia, miosite ed in rari casi rabdomiolisi. Oltre alla ipertrigliceridemia raramente si possono verificare altre anomalie metaboliche quali ipercolesterolemia, resistenza all'insulina, iperglicemia e iperlattosemia. Sono segnalati casi di trombocitopenia. Specialmente in soggetti con pregressa coronaropatia, anormalità del sistema di conduzione, cardiopatia ischemica, cardiomiopatia è possibile si verifichino disturbi quali cardiopalmo, edema polmonare, ipertensione arteriosa, aritmie e blocchi atrioventricolari.