ll trattamento farmacologico si usa in casi estremi, quando nessuno dei trattamenti non farmacologici è efficace, e tipicamente per porre rimedio al rifiuto scolastico. Tuttavia, i bambini che rifiutano la scuola possono soffrire di disturbi diversi rispetto a quello d'ansia da separazione. La gestione farmacologica dell'ansia da separazione include l'uso di inibitori selettivi della ricaptazione della serotonina.