Ci sarebbe infine da considerare, in rapporto alla generazione della tolleranza, il ruolo svolto dalle caratteristiche stesse dell'antigene coinvolto. Un antigene ad alte concentrazioni o che si lega frequentemente ai linfociti T tende a indurre tolleranza, così come un antigene immesso nell'organismo per via endovenosa o per via orale oppure ancora qualora sia particolarmente concentrato a livello degli organi linfoidi primari, poiché in grado di indurre tolleranza centrale. Infine un antigene può sviluppare tolleranza qualora non sia somministrato insieme ad adiuvanti che aumentino l'espressione delle molecole costimolatorie o quando queste sono già scarsamente espresse dalle APC.