Presente fin dal 1984, il Mario Negri a Bergamo può contare due sedi: il Centro Anna Maria Astori che si trova presso il Parco scientifico tecnologico Kilometro Rosso, e il Centro di ricerche cliniche per le malattie rare "Aldo e Cele Daccò" a Villa Camozzi. Al Negri di Bergamo ci sono tre dipartimenti: bioingegneria, medicina molecolare e medicina renale.