Nell'agosto del 1555, dopo aver curato di gotta l'ambasciatore portoghese, passò sotto la sua ala protettiva potendo così vivere due anni di tranquillità professionale; proprio in questo periodo, salvando un orologiaio colpito da 13 coltellate, si conquistò l'appellativo di “ Fioravanti dei miracoli”. Nel 1557 alcuni medici romani, riunitisi come parte lesa, citarono in giudizio Fioravanti chiedendo che gli venisse revocata la licenza per l'esercizio della chirurgia. Tra questi medici vi erano anche Realdo Colombo e il già citato cattedratico della sapienza. Il giudizio finale vietò a Fioravanti di praticare a Roma e bandì anche la vendita dei suoi medicinali sul mercato romano.