Da semplice raccordo delle strutture sanitarie con la riforma di cui alla legge n. 833/1978 il Ministero divenne il capofila del Servizio sanitario nazionale. Le sue funzioni variarono molto con il progressivo aumento delle competenze delle Regioni: infatti l'art. 117 Cost. che poneva la sanità tra le materie riservate alla competenza regionale.Con la riforma Bindi e la riforma Bassanini durante gli anni novanta le competenze del dicastero a livello centrale rimasero veramente poche, anche per la ulteriore modifica dell'art. 117 Cost., che demandò completamente le competenze di organizzazione sanitaria alle Regioni (riforma del Titolo V della Costituzione, costituzionalizzando quanto già fatto anni addietro con legge ordinaria ad opera dei governi dell'Ulivo).