Questa differenza di dimensioni ha portato allo sviluppo di eparine a basso peso molecolare (LMWH) e, più recentemente, a Fondaparinux come anticoagulanti farmaceutici. LMWHs e fondaparinux mirano all'attività antifattore Xa piuttosto che all'attività antitrombinica, allo scopo di facilitare una più sottile regolazione della coagulazione e un indice terapeutico migliorato. Quest'ultimo è un pentasaccaride sintetico, la cui struttura chimica è quasi identica alla sequenza di pentasaccaridi leganti AT che può essere trovata all'interno di eparina polimerica ed eparan solfato. 