Una complicanza infrequente, ma potenzialmente pericolosa per la vita, che può rendere necessario eseguire degli esami del sangue e una ecografia urgente è una condizione di trombosi venosa profonda (TVP). Una valutazione rapida della possibilità di TVP può essere richiesta nel caso che la cisti di Baker comprima strutture vascolari, causando edema delle gambe.