L'edoxudina è un nucleoside pirimidinico con struttura chimica simile a quella della timidina. La molecola si comporta come un antimetabolita. I virus a DNA e gli herpes virus utilizzano la timidina nella sintesi dell'acido desossiribonucleico (DNA). All'interno della cellula viene ad essere attivata con un meccanismo di fosforilazione grazie ad un enzima specifico, la timidina chinasi (TK, enzima fosforilante codificato da herpes simplex). La molecola nella sua forma fosforilata interferisce con la sintesi del DNA virale.