La mercaptopurina causa anche la mielosoppressione (soppressione della produzione dei globuli bianchi e dei globuli rossi). Può essere anche tossica al midollo osseo. I pazienti a cui è stata somministrata la mercaptopurina devono, quindi, realizzare conteggi settimanali dei globuli bianchi presenti nel sangue. Quando si verifica dopo questi conteggi un calo non spiegato e anormalmente grande dei globuli bianchi, il paziente deve smettere di prendere il farmaco almeno temporaneamente. 