Come accennato in precedenza, le microglia residenti non attivate hanno una bassa capacità di presentare l'antigene ai linfociti, a causa della loro mancanza delle proteine dell'MHC-I. A seguito dell'attivazione, tuttavia, le microglia espongono rapidamente le proteine dell'MHC-I e diventano efficienti presentatori di antigeni. In alcuni casi, le microglia possono essere attivate dal INF-γ, ma non funzionano in modo altrettanto efficace. Durante un'infiammazione, i linfociti T attraversano la Barriera Emato-Encefalica grazie a marcatori di membrana specializzati e si legano direttamente alle microglia, in modo da ricevere gli antigeni. Una volta recepiti gli antigeni, i linfociti T adempiono ad una varietà di compiti tra cui il reclutamento pro-infiammatorio, la formazione di immunomemorie, la secrezione di materiale citotossico e diretti attacchi alla membrana plasmatica di cellule estranee.