Nelfinavir è stato sviluppato dalla società farmaceutica Agouron Pharmaceuticals di La Jolla, in California in collaborazione con la divisione farmaceutica della Japan Tobacco Inc. a seguito di un'alleanza tra le due società risalente al marzo 1994. Nel settembre 1995 l'Agouron ricevette dalla divisione farmaceutica della Japan Tobacco Inc. la cifra di 24 milioni di dollari americani come pagamento per i progressi raggiunti nella sperimentazione del farmaco anti-AIDS denominato AG1343. Il valore delle azioni Agouron triplicò alla luce dei favorevoli risultati degli studi clinici su AG1343.