L'ecocardiografia transesofagea (TEE) è un’indagine abbastanza sicura ma, come tutte le procedure mediche, seppur raramente può causare alcune complicazioni. I medicinali utilizzati per rilassare la persona che si sottopone all'esame, ad esempio, possono causare problemi di respirazione o nausea (sensazione di malessere allo stomaco), tuttavia tali disturbi si risolvono senza necessità di alcuna cura. La gola potrebbe rimanere leggermente dolorante per alcune ore dopo il test. Sebbene raramente, la sonda utilizzata durante il TEE può danneggiare l'esofago perforandolo con conseguenze gravi e spesso mortali.