L'infezione nei neonati è particolarmente grave. La pertosse è fatale in circa l'1,6% dei bambini statunitensi sotto un anno di età ed inoltre hanno anche maggiori probabilità di sviluppare complicanze, come ad esempio: polmonite (20%), encefalopatia (0,3%), convulsioni (1%), ritardo di crescita e morte (1%), per via della capacità del batterio di sopprimere il sistema immunitario. La pertosse può causare grave ipossia e il 50% dei bambini ricoverati in ospedale soffre di apnee. I decessi segnalati dovuti alla pertosse nei neonati sono aumentati sostanzialmente tra il 1990 e il 2010.