In genere, non è possibile alcuna prevenzione per la maggior parte dei casi di aplasia midollare acquisita poiché non è nota la causa che la scatena. Tuttavia, una piccola percentuale di casi si sviluppa in seguito all'esposizione ad agenti chimici. Quindi, evitare l'esposizione a insetticidi, erbicidi, solventi organici, solventi per vernici e altre sostanze chimiche tossiche può abbassare il rischio di ammalarsi.