Le ulcere possono svilupparsi raggruppate o apparire come singole lesioni sparse in tutto il cavo orale o orofaringeo. La presenza nel cavo orofaringeo può essere causa di disfagia. Mentre nella stomatite aftosa minore possono essere presenti fino a 15 piaghe contemporaneamente, gli individui con SAM in genere sperimentano episodi ricorrenti di ulcere alla bocca, di solito con 1-3 piaghe durante ogni attacco. Le ulcere hanno dimensioni maggiori rispetto alle afte minori ( > 1 cm) e soprattutto sono più profonde e spesso con bordi a rilevo e irregolari. Le ulcere della SAM durano settimane o mesi e , in genere, quando si risolvono lasciano cicatrici.