Figlio di Giuseppe Malacarne, medico chirurgo in servizio del Regno di Sardegna, sua madre, Angela Fortunata Garretti, nacque a Saluzzo, nel cuneese, da una notabile famiglia. Nel 1762 entrò nel "Collegio Reale delle Provincie di Torino", dove fu allievo di Olivieri da Rivalta. Allievo poi di Ambrogio Bertrandi, studiò chirurgia a Torino, continuando tuttavia ad approfondire gli studi umanistici essendo un grande appassionato di letteratura e di poesia.