Per l'osservazione ultrastrutturale il campione è fissato in gluteraldeide, colorato con tetrossido di osmio e incluso in resina. L'immagine si forma per trasmissione di un fascio di elettroni sotto vuoto attraverso una sezione del preparato. La colorazione con blu di toluidina su semifini permette di identificare le principali alterazioni strutturali, mentre la tecnica di colorazione negativa su fini, che sfrutta come coloranti sali di metalli pesanti (acetato di uranile, citrato di Pb), che precipitano intorno alle particelle e tra le loro strutture di superficie, rende riconoscibile la morfologia delle diverse componenti del muscolo.La valutazione dell'aspetto morfologico dei mitocondri sembra essere dirimente in tutti i pazienti con biopsia negativa o dubbia.Uno studio retrospettivo effettuato dal nostro centro ha confermato la presenza di inclusioni intralisosomiali precoci in pazienti affetti e precedentemente classificati con biopsia negativa, come osservato nel paziente G.S..