Ciò nonostante, la famiglia non fu affatto risparmiata dalle ripercussioni del conflitto. Durante i massicci bombardamenti alleati su Milano dell’estate del 1943, nella notte di Ferragosto diverse bombe colpirono in pieno lo stabile di proprietà, sventrando in particolar modo il lato su via Melegnano e bucando anche il cortile interno: furono danneggiati 37 metri proprio su via Melegnano e 11 su via San Martino. Lo stesso Onorato Dompé scrisse di essere riuscito personalmente a "“salvare il tetto d'angolo, per quanto i travi di sostegno avessero già un principio d'incendio, lanciando con mezzi di fortuna dell'acqua che prelevava con secchie al piano terreno, essendo i piani superiori privi d'acqua”". I documenti d’archivio sembrano rivelare che non ci furono vittime, forse perché il 2 gennaio precedente il Comune di Milano aveva richiesto a Onorato la costituzione di un rifugio antiaereo “capace di 50 persone” proprio sotto i suoi locali, in cui è probabile che la famiglia abbia trovato ricovero. Poco dopo il farmacista sfollò nella casa di Faggeto Lario e cominciò a raccogliere informazioni – tramite delibere ufficiali e ritagli di giornali – per inoltrare correttamente le pratiche di risarcimento dei danni e fece svolgere da un geometra diverse perizie dei suoi edifici. A fine marzo un’ulteriore incursione alleata sganciò altre bombe sullo stabile che causarono però danni più leggeri. La stima complessiva ammontò a 2.682.807,65 lire: Onorato, che seguì a lungo le pratiche con estremo zelo, non fece in tempo a vedere esaudite le sue richieste. Parte del rimborso fu erogato negli anni successivi al conflitto, ma il saldo reale avvenne completamente solo nel 1969, quando la fortissima inflazione di quegli anni aveva reso ormai poco significativa la somma assegnata in origine.