Un notevole contributo diede pure alle scienze naturali, scrivendo due trattati enciclopedici che raccoglievano tutto il sapere medico e botanico del suo tempo e che vanno sotto il titolo di "Physica" ("Storia naturale" o "Libro delle medicine semplici") e "Causae et curae" ("Libro delle cause e dei rimedi" o "Libro delle medicine composte"). Ebbero anche grande fama le sue lettere a vari destinatari, che trattano di diversi argomenti, nelle quali Ildegarda risponde soprattutto a richieste di consigli di ordine spirituale.