Tornato per la quarta volta a Lipsia, nel 1812 fondò una Scuola di omeopatia presso l'Università di Medicina, nonostante venisse osteggiato; per poter dare lezioni dovette pagare una somma di 50 talleri. Hahnemann incontrò la forte opposizione degli altri medici e dei farmacisti. In questo periodo condusse molti esperimenti, insieme con un piccolo gruppo di allievi, per verificare gli effetti di numerose sostanze: la sostanza veniva somministrata più volte fino a provocare dei sintomi che venivano registrati dagli allievi e comunicati a Hahnemann. I risultati furono pubblicati in un testo in sei volumi, chiamato "La materia medica pura". Va ricordato che all'epoca l'importanza della suggestione non era ben compresa, e nei suoi esperimenti Hahnemann non faceva nulla per impedirla: i suoi allievi sapevano quali sostanze assumevano e quale effetto era atteso da esse.