HCV è un virus di 30-60 nm dotato d'involucro lipoproteico contenente RNA a singola elica di senso positivo; è classificato come unico membro del genere degli Hepacivirus, nella famiglia dei Flaviviridae; è inattivato da formalina, cloroformio, solventi organici e calore secco a 60°C; non è molto resistente agli agenti esterni e si inattiva dopo 5 giorni di conservazione a temperatura ambiente.Il virus non ha omologie genomiche con i retrovirus e i virus dell'epatite B e D (23). Il genoma di HCV (9,6 kb) contiene, agli estremi 5' e 3', due regioni non codificanti (UTR), conservate nei diversi genotipi di HCV, importanti per la traduzione delle proteine virali e la replicazione del virus. Il genoma virale codifica per una grande poliproteina di circa 3000 aminoacidi che viene processata, durante il ciclo replicativo, da proteasi cellulari e virali in componenti strutturali e componenti non strutturali (Fig. 7).La regione strutturale dell'RNA contiene tre domini:-C: codifica per la proteina del core, incaricata di formare il nucleocapside, -E1 ed E2: codificano per l'envelope.Le proteine E1 ed E2 del capside derivano da una poliproteina che viene clivata da una peptidasi presente nella cellula ospite. Dopo il clivaggio tali proteine vengono glicosilate. La regione non strutturale si compone di quattro domini: NS2, NS3, NS4 ed NS5. Le proteine codificate sono:-NS2-3: con attività autoproteasica;-NS3: con attività serin-proteasica;l'estremo carbossi-terminale di NS3: possiede attività RNA-elicasica;-NS4B ed NS5A: proteine di cui non si conosce la funzione;-NS5B: RNA polimerasi RNA dipendente.Il taglio proteolitico della poliproteina a livello della regione non strutturale richiede le proteasi codificate da HCV.I dettagli del ciclo replicativo del virus dell'epatite C restano in larga parte incompresi, nonostante grandi progressi siano stati fatti nello studio di questa materia. Il virus sembra entrare nelle cellule attraverso l'interazione con delle molecole recettoriali di superficie.L'uptake del virus a livello cellulare è un processo complicato, ancora poco chiaro, che coinvolge in modo consecutivo diversi fattori virali e della cellula ospite. I probabili protagonisti fino ad ora identificati sono i seguenti:-CD81: proteina integrale di membrana della famiglia delle tetrasponine ad espressione ubiquitaria. E' responsabile del riconoscimento delle glicoproteine espresse sull'envelope virale (24).-SR-BI: (human scavenger receptor) glicoproteina di membrana, espressa soprattutto a livello epatico e nei tessuti steroidogenici. E' recettore di varie classi di lipoproteine (HDL, LDL, VLDL) comprese le forme ossidate o acetilate. Anche lei è responsabile di un primo contatto con le particelle virali. La sua attività è favorita dalle HDL e parzialmente inibita dalle LDL, VLDL e LDL ossidate (25).-CLDN1 e Occludina: sono proteine presenti a livello delle giunzioni serrate delle cellule epiteliali, espresse soprattutto a libello epatico. Hanno un ruolo permissivo dell'entrata del virus già riconosciuto da CD28 e SR-BI (26,27).-DC-SIGN e L-SIGN: proteine di membrana della famiglia delle lectine, coinvolte nel legame e nell'internalizzazione di vari agenti patogeni (28).  La maggior parte delle particelle di HCV circolano nel plasma condensate in una struttura lipoproteica a bassa densità composta di lipoproteine ricche in trigliceridi -le quali contengono apolipoproteine (ApoB e ApoE) -, nucleo capside virale e glicoproteine dell'envelope virale (30). Queste particelle contengono, inoltre, ApoB100: l'apolipoproteina di origine epati-ca, costitutiva delle VLDL. Questi riscontri suggeriscono che l'uptake virale, storicamente mediato dal legame tra le glicoproteine dell'envelope (E2 ed E1) e CD81, possa essere facilitato ed amplificato dall'inserimento del virus in strutture lipoproteiche e la loro captazione grazie ad ApoB100. Ci sono, inoltre, evidenze che le particelle virali circolanti possano utilizzare direttamente il recettore delle LDL per penetrare negli epatociti (31) (Fig. 8).L'entrata delle particelle di HCV associate ad ApoB è favorita da una prima interazione e legame tra le lipoproteine HCV-associate (soprattutto VLDL costituite da ApoB100) con i recettori cellulari SR-BI e/o LDL-R e/o il regettore per i glicosaminoglicani (GAGs). Questo processo potrebbe facilitare la classica interazione tra il complesso SR-BI-CD28 e le glicoproteine dell'envelope virale (32).Il virus associato a CD28 è conseguentemente trasferito a livello delle giunzioni serrate da CD28 e interagisce con CLDN1 e occludina. A questo punto comincia l'endocitosi clatrina-dipendente del virus, l'acidificazione dell'endosoma e la fusione tra l'envelope virale con la membrana dell'endosoma primario. A questo processo segue la liberazione del nucleo capside virale nel citoplasma e dell'RNA virale.L'RNA rilasciato agisce da RNA messaggero dirigendo la traduzione della poliproteina virale mediante l'unione dell'estremo 5' al ribosoma (internal ribosomal entry site, IRES). I segmenti nascenti della poliproteina sono secreti nel lume del reticolo endoplasmatico rugoso, dove sono sottoposti ad una serie di clivaggi proteolitici cotraduzionali. (Fig. 9).  Il processo di replicazione di HCV è un evento dinamico. Il turnover del virus sembra essere molto elevato, con un tasso di replicazione di circa 1010-1012 cicli/giorno e un'emivita di poche ore. La rapida replicazione virale e il fallimento della correzione degli errori di lettura da parte della RNA polimerasi sono le ragioni per cui l'RNA di HCV muta così frequentemente. Tali caratteristiche conferiscono a questo virus (similmente ad HIV) una grande variabilità genetica e un'elevata capacità di adattamento e di elusione della risposta del sistema immunitario. Questa grande variabilità genetica ha permesso di classificare il virus in diversi genotipi e sottotipi.