Honjo ha descritto la ricombinazione nello scambio di classe delle immunoglobuline. Egli ha presentato un modello del rimescolamento del gene dell’anticorpo durante questo processo e, tra il 1980 e il 1982, ha verificato la validità della sua tesi mettendo in luce la struttura del DNA dello stesso. È riuscito nel clonaggio del cDNA delle citochine Interleuchina 4 e Interleuchina 5 coinvolte nello scambio di classe e la catena di recettori Interleuchina 2 nel 1986. Ha in seguito scoperto l'AID nel 2000, dimostrando la sua importanza nello scambio di classe e nella ipermutazione somatica.