La configurazione interna mostra alcune linee chiamate una il solco intermuscolare (o linea bianca di Hilton) e l'altra linea ano-rettale (detta anche pettinata o linea dentata), che è costituita dalle papille anali, in rapporto verso l'alto con le colonne rettali (del Morgagni). All'interno di tali papille si apre per ognuna di loro una cripta anale, in numero variabile da 10 a 15, di rilevanza fondamentale per l'origine della patologia degli ascessi anali.