Il farmaco è controindicato nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo. Come anche per altre sostanze dotate di azione antagonista muscarinica, pipetanato etobromuro è controindicato nei soggetti che soffrono di ipertrofia prostatica, glaucoma o tendenza alla ritenzione urinaria. Tranne casi particolari il farmaco è anche controindicato nelle donne in gravidanza ed in quelle che allattano al seno.