Non si osserva un ispessimento della parete o alterazione della membrana sierosa a differenza della malattia di Crohn, altra malattia facente parte delle malattie infiammatorie croniche intestinali idiopatiche. Nei casi più gravi si ha una perdita della funzione neuromuscolare a causa di un danno alla tonaca muscolare e ai plessi nervosi, ciò porta a una situazione molto grave di megacolon tossico in cui si osserva una progressiva gangrena e dilatazione dell'organo. All'esordio della malattia si osservano criptiti caratterizzate da un infiltrato infiammatorio prevalentemente mononucleato nella lamina propria; successivamente granulociti neutrofili possono infiltrare l'epitelio formando raccolte nel lume delle cripte causando ascessi criptici.