I disturbi gastrointestinali funzionali sono molto comuni. Globalmente, la sindrome dell'intestino irritabile e la dispepsia funzionale da sole possono influenzare il 16-26% della popolazione. I DFGI nell'infanzia sono le principali cause che spingono i genitori a richiedere una consultazione medica. Una recente metanalisi stima una prevalenza complessiva nell'infanzia dei DFGI variabile tra il 9,9% e il 29%. I DFGI rappresentano anche importanti problemi di salute pubblica perché piuttosto comuni, disabilitanti (hanno un impatto negativo sulla famiglia e sui bambini) e onerosi dal punto di vista economico. La loro prevalenza inoltre sembra coinvolgere sia i paesi sviluppati che quelli in via di sviluppo, come testimoniano i dati sul colon irritabile.