Nel 1796, Sarah Nelmes, una lattaia locale, contrasse il vaiolo bovino e andò da Jenner per il trattamento. Jenner colse l'occasione per testare la sua teoria. Egli infatti inoculò James Phipps, di otto anni, figlio del suo giardiniere, con il materiale prelevato dalle lesioni vaiolo bovino che aveva colpito Sarah. Dopo un lieve rialzo febbrile e aver sviluppato la lesione locale, come per altro preventivato, James recuperò prontamente la salute in un paio di giorni. Circa due mesi dopo Jenner inoculò James su entrambe le braccia con materiale prelevato da un caso di vaiolo, senza che si verificasse alcun effetto: il ragazzo era immune al vaiolo. Jenner inviò un articolo che descriveva le sue osservazioni alla Royal Society nel mese di aprile 1797. I contenuti di questo articolo sono sconosciuti. Non è mai stato presentato ufficialmente e non vi è alcuna menzione di esso negli atti della Società. Jenner spedì informalmente il suo articolo a Sir Joseph Banks, il quale si rivolse a Everard Home per riceverne un parere. Il suo rapporto, pubblicato per la prima volta nel 1799, era decisamente scettico e sollecitava ulteriori controlli e vaccinazioni. In effetti questi ulteriori studi furono eseguiti e nel 1798 Jenner pubblicato un'analisi di 23 "casi", tra cui diverse persone che avevano resistito all'esposizione naturale dopo essere state inoculate con vaiolo bovino. Non è noto quante persone abbia vaccinato Jenner inoculando il virus del vaiolo. In ogni caso Jenner concluse che l'inoculazione di vaiolo bovino era un'alternativa sicura alla inoculazione del virus del vaiolo umano, ma avventatamente sostenne anche che l'effetto protettivo sarebbe rimasto per tutta la vita. Quest'ultima previsione si sarebbe rivelata errata.