Esistono anche alcuni svantaggi: la tecnica non fornisce delle buone immagini se il paziente presenta un intenso meteorismo intestinale (l'aria infatti non trasmette adeguatamente gli echi degli ultrasuoni e comporta "zone d'ombra" durante l'esecuzione dell'esame. Inoltre la valutazione di soggetti obesi, quindi con molto grasso addominale, si rivela sempre problematica. Si deve infine avere presente che la qualità dell'imaging è strettamente "operatore dipendente", vale a dire che è in stretta relazione con l'esperienza del medico che esegue l'esame.