Se i cambiamenti nelle abitudini alimentari e l'uso dei farmaci da banco non hanno effetto e i disturbi persistono, il medico potrà prescrivere gli stessi farmaci utilizzati per il reflusso gastroesofageo, quali gli inibitori della pompa protonica che riducono l'acidità dei succhi gastrici o gli antagonisti dei recettori H2 (H2 antagonisti) utilizzati per bloccare l'azione dell'istamina sulle cellule dello stomaco diminuendo il rilascio di acido cloridrico e quindi l'acidità dei succhi gastrici.