Barnard sposa l'infermiera Aletta Gertruida Louw, conosciuta a ventun anni durante il suo praticantato in ospedale, nel 1948, nella Groote Kirk, la più grande chiesa di Città del Capo. Mentre fa il medico condotto a Ceres nascono a distanza di undici mesi l'uno dall'altro i due figli di Barnard, Deirdre e Boetie. L'improvvisa celebrità di Barnard con tutti gli impegni connessi, si ripercuote in modo negativo sulla sua vita privata: Chris e Aletta divorziano nel 1969.