Anche il cosmo aristotelico-scolastico subisce l'attacco distruttivo del Vanini: egli, analogamente a Bruno, nega la differenza peripatetica tra un mondo sublunare e un mondo celeste, affermando che entrambi sono composti della stessa materia corruttibile; scardina nell'ambito fisico e biologico il finalismo e la dottrina ilemorfica aristotelica, e, ricollegandosi all'epicureismo lucreziano, elabora una nuova descrizione dell'universo d'impianto meccanicistico-materialistico (gli organismi sono paragonati a orologi), e concepisce una prima forma di trasformismo universale delle specie viventi; concorda con gli aristotelici sull'eternità del mondo (considerando in particolare l'aspetto temporale), ma, contro di essi, afferma il moto di rotazione terrestre e appare respingere la tesi tolemaica in favore di quella eliocentrica/copernicana.