Durante la pandemia di COVID-19 in Italia, Crisanti ha condotto uno studio sui cittadini di Vo', comune in provincia di Padova in cui ha avuto luogo uno dei primi due grandi focolai dell'infezione, ed ha scoperto che la maggior parte delle persone infette dal SARS-CoV-2 era in grado di trasmetterlo pur essendone portatrice asintomatica; a seguito di ciò ha fortemente sostenuto la necessità di eseguire tamponi anche su chi non aveva sintomi, in contrasto con le linee guida dell'OMS. Sempre nella primavera del 2020 è stato nominato dalla regione Veneto consulente tecnico. A fine giugno 2020 il pubblico ministero di Bergamo lo nomina consulente speciale sulle indagini delle morti per COVID-19 nelle RSA e nella sanità lombarda..