Il colon è sede di frequenti e numerose patologie. A livello vascolare, l'angiodisplasia del colon è responsabile di sanguinamenti occulti. Le patologie infiammatorie dell'organo, prendono il nome di coliti, tra cui la rettocolite ulcerosa, la colite pseudomembranosa e la malattia di Crohn, quest'ultima cronica ed è ritenuta essere di tipo autoimmune. L'infiammazione di uno o più diverticoli porta alla diverticolite. Altre situazioni patologiche possono essere la sindrome dell'intestino irritabile, la diarrea, la stitichezza, l'invaginazione e la malattia di Hirschsprung.