La proteina PAPP-A è composta da cinque grandi domini (Figura 13). Il dominio proteolitico, formato da circa 350 aminoacidi, è responsabile dell'azione di clivaggio della PAPP-A verso le IGFBPs.Nella PAPP-A possono essere identificati due motivi strutturali caratteristici della struttura primaria delle Metzincine, superfamiglia delle metalloproteasi, che comprendono le matrissine (metalloproteasi di matrice, MMP), le serralisine, le astacine e le adamalisine (ADAMs) 93,94 .Questi due motivi strutturali sono, da un lato, una sequenza allungata Zinco dipendente HEXXHXXGXXH e, dall'altro lato, una sequenza Met-turn (Figura 14). La PAPP-A è in grado di legarsi alla superficie cellulare, caratteristica che potrebbe servire a potenziare il segnale dell'IGF attraverso il rilascio di fattori di crescita nei pressi del recettore IGF-I.Il legame alla superficie cellulare non avviene nelle varianti di PAPP-A prive dei moduli di CCP. Poiché sia l'eparina sia l'eparan solfato competono con la PAPP-A a livello della superficie cellulare, l'interazione è mediata da un proteoglicano eparan solfato presente a livello delle membrane cellulari. La funzione della regione centrale della PAPP-A , che contiene circa 500 residui e comprende circa 1/3 dell'intera molecola, deve ancora essere stabilita.