Nel settembre 1800, quando già si svolgevano funzioni sanitarie, si decise di trasferire l'ospedale cittadino all'ex Collegio dei Padri Gesuiti, oggi sede del Museo cittadino presso Palazzo Tonini. Questa rimarrà la sede dell'ospedale di Rimini fino al 1974, ad eccezione del periodo bellico della Seconda guerra mondiale quando i bombardamenti costrinsero uno spostamento temporaneo prima a San Fortunato (sul colle di Covignano) e poi sul territorio della Repubblica di San Marino.