La cistoscintigrafia radioisotopica è utilizzata nei pazienti con sospetto reflusso vescico-ureterale; condizione molto frequente in età infantile ed associata ad aumentato rischio di pielonefrite nei pazienti con infezioni delle basse vie urinarie. Di solito nei bambini maschi è utilizzata come primo test la cistouretrografia minzionale convenzionale con fluoroscopia, in quanto questo esame consente di valutare anche la presenza di valvole a livello dell'uretra posteriore. Nelle femmine invece le anomalie congenite dell'uretra sono rare, motivo per cui la cistoscintigrafia radioisotopica è l'esame di prima scelta, anche per via della minor dose di radiazioni che questa dà alle ovaie rispetto alla tecnica citata prima.