Il sistema aerobico durante l'attività fisica inizia ad intervenire a supporto del sistema anaerobico lattacido dopo circa il minuto di attività. Tuttavia superata questa tempistica per alcuni minuti il meccanismo lattacido rimane il principale sistema energetico, mentre il sistema aerobico comincia a prevalere sul lattacido dopo circa 5 minuti di lavoro muscolare ininterrotto. Il sistema aerobico per definizione ricava ATP da lipidi e glucidi per l'attività muscolare con la richiesta di ossigeno (O2), riuscendo a smaltire l'acido lattico. Per quanto riguarda l'attività di endurance, cioè la vera e propria attività aerobica, in generale non si riconoscono particolari capacità di incrementare l'ipertrofia muscolare. La maggior parte degli studi sul caso suggeriscono che, contrariamente al lavoro anaerobico, quello aerobico non stimola questa reazione. Come si vedrà nel paragrafo successivo, questo metodo di allenamento potrebbe ostacolare il pieno sviluppo dell'ipertrofia muscolare.