La percezione di un eccessivo passaggio di gas attraverso il retto o di un'eccessiva presenza di gas nell'addome, meteorismo, può non essere dovuta a un aumento della quantità, ma a disturbi della motilità intestinale o a un abbassamento della soglia del dolore, secondario a patologie come ulcera peptica, patologie della colecisti, rettocolite ulcerosa, malattia di Crohn, diverticolite. In questi casi l'eccessiva flatulenza può accompagnarsi a calo ponderale, dolore addominale localizzato, diarrea, sangue nelle feci. La presenza di questi sintomi di accompagnamento deve far sospettare la presenza di una patologia organica e va pertanto indagata con esami quali rettosigmoidoscopia, colonscopia o anche ecografia addomino-pelvica per identificare eventuali malattie della colecisti o masse extra-intestinali.