Gli ultimi anni della vita di Brodie furono caratterizzati da una salute precaria con perdita progressiva della vista. Nel mese di luglio del 1860 fu sottoposto ad una iridectomia su entrambi gli occhi in seguito ad estrazione della cataratta e, successivamente, ad un'operazione per pupilla artificiale. Nonostante gli sforzi dell'oculista William Bowman (1816-1892) l'operazione non fu un successo e Brodie diventò praticamente cieco. Sotto il peso del suo handicap si dimise dalla carica di presidente del General Medical Council nel 1860 e di presidente della Royal Society nel 1861. Sua moglie morì nel luglio del 1861 così Brodie decise di lasciare Londra. Andò a vivere in una sua casa di campagna presso Broome Park, Betchworth, nel Surrey, dove trascorse i suoi ultimi mesi riorganizzando i suoi studi per delle pubblicazioni. Morì il 21 ottobre 1862, a causa di un tumore maligno alla spalla destra.