Attualmente non sono del tutto chiari i meccanismi attraverso i quali i batteri ascendano dall'uretra all'interno della vescica.Uno di questi sembra essere determinato da un fattore anatomico: la relativa brevità dell'uretra femminile così come la sua posizione vicino all'ano. Questo potrebbe rendere ragione dell'incidenza di infezione delle vie urinarie, che nelle femmine è otto volte maggiore che nei maschi.Durante la minzione non di rado si verifica un'ascesa dei batteri alla vescica, in relazione probabilmente ad un flusso turbolento o ad un reflusso all'interno della vescica al termine della minzione stessa. La probabilità che l'infezione si stabilisca dipenderebbe però dalla natura dell'organismo che raggiunge la vescica e dalla sua interazione con le cellule uroepiteliali dell'ospite (O'Grady 1979).Nonostante la verosimilità di quest'ipotesi comunque va sottolineato che l'unco meccanismo sicuramente provato con cui i batteri raggiungono la vescica è attraverso manovre strumentali sull'uretra e sulla vescica stessa (cistoscopia), in corso di chirurgia urologica e nel posizionamento di un catetere di Foley. In sintesi, sembra quindi che il rapporto sessuale da solo non provochi batteriuria, e che questa possa verificarsi in assenza di rapporto, ma che quando il rapporto è associato alla presenza di batteri virulenti ed altri fattori, ciò conduca ad un'aumentata incidenza dell'infezione.Kunin suggerì che fra questi altri fattori andassero inclusi anche aspetti di tipo urodinamico quali frequenza e ora della minzione, volume di urina residuo nella vescica; modificazioni ormonali; variazioni nella tossicità e nelle careatteristiche antibatteriche delle urine; abitudini personali di igiene; pratica della masturbazione; caratteristiche di virulenza della flora batterica residente; mestruazioni (supposte come ulteriore fattore favorente, forse modificante la flora residente (Nicolle 1982).