Fritz Pfeffer nacque a Gießen, in Germania, uno dei cinque figli di Ignatz Pfeffer e Jeannette Hirsch-Pfeffer, che vivevano sopra il loro negozio di abbigliamento e tessuti al numero 6 di Marktplatz a Giessen. Dopo aver completato la sua formazione, Fritz si formò come dentista e chirurgo della mascella, ha ottenuto una licenza per esercitare nel 1911 e ha aperto un clinica chirurgica l'anno successivo a Berlino.