Il fingolimod è stato associato ad infezioni potenzialmente fatali ed anche bradicardia, cancro della pelle e, recentemente, un caso di encefalite focale emorragica. Due soggetti sono deceduti, uno a causa di un'infezione cerebrale da herpesvirus ed un secondo paziente a causa di uno zoster; anche se non è chiaro se il farmaco sia stato responsabile di questi eventi.