La sclerosi è probabilmente dovuta alla presenza di depositi mesangiali che stimolano la proliferazione delle cellule del glomerulo 70 .I reni aumentano di volume durante la terza decade di vita, poi diventano più piccoli nella quarta e quinta decade a causa dell'atrofia. dei lipidi nel miocardio e/o nel sistema di conduzione 75 . I marcati depositi di globotriosilceramide nelle coronarie provocano ischemia del miocardio e infarto conclamato 76,77,78 .Sono alterati anche la biosintesi dei glicolipidi e altri meccanismi cellulari.Inoltre altri sfingolipidi che mimano le funzioni di citochine, fattori di crescita e mediatori dell'infiammazione, si accumulano nei tessuti e agiscono da secondi messaggeri potenziando lo stimolo all'ipertrofia del miocardio 79 .La presenza di varianti atipiche indica che le manifestazioni della malattia di Fabry possono essere limitate al cuore. Il coinvolgimento specifico del cuore in questi pazienti è probabilmente dovuto ad una "lieve" mutazione dell'α-galattosidasi A.Si è anche osservato che il miocardio è il primo sito in cui si depositano i glicosfingolipidi, come è stato dimostrato dall'accumulo di questi lipidi nel cuore e nei reni dei feti affetti. Con l'età, il progressivo deposito nel miocardio si manifesta prima con l'ipertrofia e poi con la dilatazione, entrambe eventualmente aggravate da malattie valvolari. In ogni caso la maggior parte dei pazienti con fenotipo classico muore per complicanze renali e vascolari, prima che le manifestazioni miocardiche diventino debilitanti. Al contrario, i pazienti con una forma atipica possono avere un'attività residua di α-galattosidasi A sufficiente per proteggere rene ed endotelio vascolare, ma tali livelli possono essere insufficienti per prevenire il danno nelle cellule del miocardio.