Fino ai primi anni 2000 l'intervento chirurgico di riparazione dell'ipospadia veniva di norma eseguito su bambini di età superiore ai 3 anni per via delle maggiori dimensioni del pene che facilitavano la procedura di ricostruzione. Tale rinvio dell'operazione, tuttavia, spesso causava problemi psicologici a causa del marcato ricordo dell'evento (disturbi comportamentali, senso di colpa, compromissione dell'identificazione sessuale). Già nel 1975 l'"American Pediatric Academy" raccomandava l'esecuzione dell'intervento prima dei tre anni, ma talvolta non si disponeva ancora di adeguate tecniche operative e strumentali. Attualmente, i 6-24 mesi sono considerati i più convenienti per la correzione chirurgica del difetto, grazie anche alla possibilità di svolgere un trattamento ormonale pre-operatorio mediante applicazione locale o parenterale di testosterone, diidrotestosterone o beta-gonadotropina corionica per aumentare sufficientemente in modo artificiale le dimensioni dei genitali. Quest'ultima procedura è di solito riservata ai pazienti con ipospadie gravi e scarso sviluppo tessutale.