I vaccini sono disponibili per l'encefalite equina orientale (EEE), l'encefalite equina occidentale (WEE) e l'encefalite equina venezuelana (VEE) nei cavalli. Un vaccino vivo attenuato (TC-83) è stato utilizzato per proteggere i lavoratori di laboratorio e sul campo dal virus che causa l'EVE. L'immunizzazione passiva degli operatori di laboratorio esposti a un virus in un incidente di laboratorio è stata ottenuta con siero immunitario (umano) o gamma globuline.