Il C3 è un fattore del complemento presente nel plasma sanguigno a elevate concentrazioni, costituito da due catene, β (residui 1-645) e α (residui 650-1641), che insieme formano 13 domini, di cui 6 (MG1, MG2, MG3, MG4, MG5, LNK) appartenenti alla catena β e altri 6 (ANA, MG7, CUB, TED, MG8, C345C) appartenenti alla catena α, mentre un solo dominio (MG6) è formato per metà dalla catena α (MG6α) e per la restante dalla catena β (MG6β). 