A San Gallo, cittadina dell'est della Svizzera, visse un secondo breve periodo positivo della sua vita. Qui, nel 1531, gli vennero affidate le cure del borgomastro del paese Christian Studer per ventisette settimane. Tuttavia, Paracelso non era tenuto in gran considerazione dai medici teorici di allora. Durante questi anni, infatti, la sua figura si contrapponeva a quella di Joachim Vadiano, il medico e luminare più in vista a San Gallo, cittadina della quale era stato anche sindaco, umanista che però prediligeva la teoria alla pratica e al contatto diretto con il malato.