Benché abbia spesso un esito infausto, la malattia si manifesta con un elevato grado di pleomorfismo, sia in senso prognostico che semeiologico. Il quadro clinico è dominato da insufficienza renale solitamente presente già alla nascita o nella vita intrauterina. In altri casi, più rari, l'insufficienza renale si manifesta progressivamente e provoca quadri rilevanti solo nella prima infanzia. La base di questo pleomorfismo è da ricercare nel fatto che non tutte le mutazioni di PKHD1 correlano con entità disfunzionali diverse. In alcuni rari casi, la malattia si manifesta in maniera subdola dopo l'infanzia con quadri extrarenali tipici come la fibrosi epatica congenita, caratterizzata da fibrosi peri portale senza alterazione della via biliare.