Le ricerche sull'influenza includono gli studi sulla virologia molecolare, sul come il virus produce malattie (patogenesi), la risposta immunitaria dell'ospite, la genetica virale e come si propaga il virus (epidemiologia). Questi studi aiutano lo sviluppo di contromisure, ad esempio una migliore comprensione della risposta immunitaria aiuta lo sviluppo del vaccino e la comprensione del meccanismo con cui il virus invade le cellule aiuta lo sviluppo di farmaci antivirali. Un importante programma di ricerca è l’"Influenza Genome Sequencing Project", che sta creando una libreria di sequenze, che dovrebbe aiutare a chiarire quali fattori rendono un ceppo più letale di un altro, quali geni sono più coinvolti nelle immunità e come il virus evolve nel tempo.