La diagnosi avviene solitamente tramite una visita medica. Una cisti di Baker è facile da osservare da dietro con il paziente in piedi con le ginocchia completamente estese. È più facilmente palpabile con il ginocchio parzialmente flesso. La diagnosi viene poi confermata mediante ecografia, anche per escludere il sospetto di un aneurisma dell'arteria poplitea che porterebbe a maggiori difficoltà nell'aspirazione del liquido sinoviale dalla cisti. Anche un'immagine di risonanza magnetica può rivelare la presenza di una cisti di Baker.