Charles Brenton Huggins nacque a Halifax, Nuova Scozia, Canada, il 22 settembre 1901, figlio di un farmacista che morì quando lui aveva 12 anni e di Bessie Maria Spencer. Studiò presso l'Acadia University e dopo un corso di studi di quattro anni, nel 1920 ottenne il BA e nel 1924 si laureò in Medicina ad Harvard.