Spesso i disturbi (sintomi) associati al rigetto, che comprendono febbre, dispnea e tosse, alterazioni del livello di ossigenazione del sangue (misurato tramite emogasanalisi), della radiografia del torace e dei test di funzionalità polmonare (spirometria), sono molto lievi e il rigetto è accertato (diagnosticato) solo tramite la biopsia eseguita durante le broncoscopie di controllo successive al trapianto. La biopsia polmonare permette di valutare la gravità del rigetto e, di conseguenza, di decidere se intraprendere una terapia specifica. Consente inoltre di distinguere il rigetto dalle infezioni poiché i disturbi (sintomi) che compaiono in entrambi i casi sono simili.