Nello stesso anno, dopo aver terminato il suo internato, la Sabin continuò le sue ricerche anatomiche e istologiche con l'aiuto di una borsa di studio della Women's Found Commitee, un'associazione di Baltimora nata con il fine di promuovere l'istruzione delle donne. Nel 1902, Florence Rena Sabin fu la prima donna della facoltà di medicina del Johns Hopkins Hospital a divenire assistente del Dipartimento di Anatomia. Nel 1917, fu promossa a professore ordinario.