Nel 1910 la cattedra di neurologia clinica alla Salpêtrière, precedentemente appartenuta a Charcot, divenne vacante; Marie e Déjerine erano i due possibili candidati. Inizialmente prevalse Déjerine, ma successivamente alla sua morte, nel 1918, il posto venne assegnato a Marie. Le condizioni del dopoguerra, venendo a mancare risorse e mezzi, non erano favorevoli al proseguimento della ricerca scientifica e l'ormai sessantacinquenne Pierre Marie non era più nel pieno delle sue forze. Comunque, egli riuscì assieme ai suoi discepoli Meige, Foix, Chatelin e Bouttier a pubblicare un'opera in due volumi sulle lesioni del sistema nervoso causate da traumi di guerra. Nel 1924 fu nominato medico onorario dei due ospedali Salpêtrière e Bicêtre, e un anno dopo professore onorario. Nel 1925, avendo raggiunto l'età della pensione, si dimise dalla sua cattedra alla Salpêtrière, lasciò Parigi e iniziò a trascorrere gli inverni in Costa Azzurra, le estati nella sua tenuta in Normandia.