A Roma avrebbe conseguito una nuova laurea in medicina, in seguito alla quale entrò al servizio del cardinale Giulio Antonio Santori, per il cui interessamento, nel 1592, ottenne da Clemente VIII l'incarico di lettore di logica presso la Sapienza romana. Per nove anni, tenne questa cattedra, pur continuando a coltivare la medicina. Inoltre, risale probabilmente a questo periodo l'emergere di un interesse per la teologia, che lo portò a comporre almeno tre orazioni sacre, "De Trinitate", "De Passione Christi Domini" e "De circuncisione Christi", lette dinanzi a Clemente VIII e al S. Collegio, in occasioni diverse: l'ultima il 1º gennaio 1600 per l'inaugurazione del giubileo.