 Le complicanze della tecnica di perfusione si verificano soprattutto in relazione alla quantità del farmaco che può sfuggire nel circolo sistemico e possono manifestarsi in depressione dell'emopoiesi, assorbimento di prodotti tossici derivanti dalla distruzione massiva dei tessuti neoplastici, aumentata tendenza a contrarre infezioni, difficoltà di cicatrizzazione e ulcerazione superficiale della mucosa gastrica. 