Può comparire assieme alle seguenti patologie: sindrome della fatica cronica (circa il 70 % dei pazienti fibromialgici manifesta anche i criteri della CFS); sindrome della guerra del Golfo; sindrome delle gambe senza riposo e acatisia; sinusite; alcune sindromi autoimmuni (allergie, vitiligine, psoriasi, alopecia areata, ecc.); neuropatie, in particolare neuropatia ereditaria con predisposizione alle paralisi da pressione (HNPP), sindrome del tunnel carpale (23 % contro 1 % di pazienti non fibromialgici come campione di controllo) e cubitale; ernia del disco, discopatia, radicolopatia; tendinopatia; sindrome miositica tensiva; cifosi, sindrome di Scheuermann; tremore essenziale