Lo studio è stato condotto in vitro e su campioni tessutali ("in vivo") in due bracci paralleli.Da una parte è stata valutata l'espressione di microRNA specificamente legati all'insorgenza di fenotipo neuroendocrino in corso di terapia antiandrogenica, mentre dall'altra è stata condotta una analisi di screening proteomico per identificare proteine selettivamente modulate nel processo di differenziazione neuroendocrina indotta da hASH-1.Il disegno generale dello studio è illustrato in Figura 14 e rispecchia i due obiettivi principali proposti nel presente lavoro. Per la parte invece di screening di proteomica volta all'identificazione di proteine specificamente associate all'induzione del fenotipo neuroendocrino mediata dal fattore di trascrizione hASH-1, la linea cellulare LNCaP è stata infettata sia con un vettore lentivirale contenente il gene ASCL1 (LNCaP-ASH1) sia con lo stesso vettore contenente un gene di controllo GFP (LNCaP-GFP), come precedentemente descritto in letteratura (Rapa I et al. 2013). Questi modelli cellulari sono stati utilizzati per le successive analisi di proteomica. Nei casi in cui le aree neoplastiche fossero inferiori al 50% del volume totale del frustolo, le aree di adenocarcinoma sono state selezionate, su vetrino in ematossilina ed eosina e sottoposte a microdissezione manuale; nei casi con percentuale tumorale superiore al 50% il campione è stato estratto in toto senza sottoporlo a microdissezione al microscopio. Le aree di cancro sono state prelevate dissettando il tessuto con un bisturi e i frammenti così ottenuti sono stati posti, grazie all'ausilio di un puntale, in tubi Eppendorf RNAse-free da 2 ml.