Si è visto che i livelli di calprotectina fecale aumentano significativamente nei pazienti con diarrea cronica da malattia di Crohn, rettocolite ulcerosa, coliti infettive e, in minor misura, nei tumori del colon-retto. Non aumenta invece nei pazienti affetti da disturbi funzionali, come nel caso della sindrome del colon irritabile. In ogni caso il test non sostituisce la colonscopia diagnostica, ma può essere un buon indicatore al suo utilizzo.