Morì il 28 settembre 1895 a Marnes-la-Coquette a seguito di un ennesimo attacco di ictus. Durante l'intera vita Louis Pasteur rimase un fervente cattolico. Una frase a lui attribuita dimostrerebbe la sua profonda devozione: "Ho la fede di un contadino bretone e per il momento in cui morrò spero di avere la fede della moglie del contadino bretone" (la Bretagna era nota per la religiosità dei suoi abitanti).