La città di Napoli gli ha intitolato un ospedale in cui si curano le malattie infettive, mentre l'Ospedale degli Incurabili, cui Cotugno aveva disposto un lascito, conserva un suo busto. All'Aquila gli è stato intitolato il liceo classico Domenico Cotugno, mentre a Ruvo di Puglia, sua città natale, gli è stata intestata una scuola secondaria di primo grado.