Sul piano fisico, dal punto di vista dell'anatomia, della fisiologia e dell'endocrinologia la masturbazione è collegata a mutate condizioni ormonali, alla maturazione dei genitali e alla curiosità per questo nuovo aspetto del proprio corpo tipica degli adolescenti. Tale curiosità in genere è influenzata, oltre che da fattori culturali, anche dalla diversa struttura degli organi genitali nel maschio e nella femmina: i genitali del maschio sono per lo più esterni e possono essere esplorati facilmente; gli organi genitali femminili sono per lo più interni e quindi la loro osservazione è meno immediata.