Una singola molecola di IgA è composta, come tutte le immunoglobuline, da una coppia di catene pesanti (H) e una di catene leggere (L). Le catene leggere sono uguali in tutte le immunoglobuline, e contengono ognuna due domini Ig, uno variabile (VL) e uno costante (CL); le catene pesanti sono invece di tipo α, peculiari di questo tipo di immunoglobuline, e contengono ognuna un dominio Ig variabile (VH o Vα) e tre domini costanti (CH1/2/3 o Cα1/2/3). Le catene α, inoltre, possono essere prodotte in due diversi sottotipi, α1 ed α2: pertanto si distinguono due possibili sottoclassi, le IgA1 e le IgA2, con struttura e funzioni analoghe.