Il Rabeprazolo è un benzoimidazolo sostituito (2-piridilmetilsulfinilbenzimidazoli), esattamente come l’Omeprazolo, Lansoprazolo e Pantoprazolo. Il Rabeprazolo si può considerare un anfotero, poiché possiede proprietà sia acide che basiche. La pKa (costante di dissociazione acida) dell’azoto piridinico è di circa 4.