La carriera di Charcot proseguiva senza difficoltà. Nel 1862, fu nominato medico presso l'ospedale della Salpêtrière, dove gli venne affidato il reparto delle convulsionarie. Interessandosi in particolar modo all'isteria decise di separare nel suo reparto le epilettiche dalle isteriche. I suoi studi evidenziarono come le crisi si annunciassero con la fase dell'"aura", “un vapore esalato da una matrice surriscaldata, risalente nell'epigastro fino al collo dove provocava un "globo isterico" e da qui arrivando alla testa dove originava dei ronzii nelle orecchie e a delle vertigini”. Fu il primo a utilizzare il termine “neurologia” per qualificare ciò che fino a quel momento ci si era accontentati di definire come “malattia nervosa”. Il suo campo di ricerca si estendeva dalle emiplegie ai rammollimenti del cervello, dalle encefaliti alle idrocefaliti, dal Parkinson alla sclerosi a placche. Nel 1882 venne creata per lui la cattedra di neurologia. Da quando si era interessato alla ricerca, si era dedicato a questa nuova materia di cui sarebbe diventato il padre, conosciuto in tutto il mondo. Fu il primo a realizzare interventi di neurochirurgia. Manca ogni riferimento bibliografico dell'attività neurochirurgica di Charcot, inoltre la notizia non è confermata in "Charcot Constructing Neurology, Oxford University Press, 1995" e nei volumi delle sue lezioni. La carriera di Charcot si è svolta sempre in reparti di non chirurgici occupandosi di neurologia e psichiatria. Non aveva avuto quindi alcuna esperienza chirurgica.