Nel 2003 venne approvato il nuovo organigramma articolato in dipartimenti e centri nazionali. Sia i dipartimenti che i centri nazionali sono strutture tecnico-scientifiche, articolate in reparti, con autonomia in attività di ricerca, controllo, consulenza e formazione; i centri hanno anche carattere interdipartimentale con funzione di coordinamento con le istituzioni esterne.