Gli organi direttivi della Croce Rossa di Guinea-Bissau sono, dal gennaio 2000, l'Assemblea Generale, il Consiglio Nazionale composto di 25 membri ed il Consiglio Amministrativo composto da 9 membri. Ausiliari e consulenti a questi nella direzione dell'Associazione sono la Commissione Finanziaria e la Commissione per lo Sviluppo delle Risorse Umane.