La malattia di Pompe è una patologia rara e difficile da diagnosticare, e per questo motivo risulta difficoltoso individuare esattamente quante persone ne siano affette. L'incidenza delle forme IO e LO è molto varia, e dipende dall'etnia e dall'area geografica; il range va da un'incidenza di 1:14.000 per le popolazioni afro-americane a circa 1:100.000 per l'etnia caucasica.