Come altri farmaci steroidei l'uso prolungato di cloprednolo può determinare tendenza alla ritenzione di sodio ed alla escrezione di potassio e calcio, sia pure in misura meno accentuata rispetto ad altre sostanze steroidee. Tuttavia anche per questa sostanza l'uso prolungato nel tempo può determinare osteoporosi, e per tale motivo alcuni autori hanno proposto per gli steroidi una terapia a giorni alterni al fine di ridurre questo effetto indesiderato. Uno studio effettuato in post-menopausa ha evidenziato che un anno di terapia a giorni alterni con cloprednol si assocerebbe ad una perdita ossea molto meno significativa di quanto non accada per una terapia con prednisone a dosaggi equipotenti.