"T. vaginalis" è un flagellato di forma tondeggiante, ovale o a pera del diametro di 5-20 µm. Si muove grazie ai suoi quattro flagelli nella sua parte frontale che utilizza come una frusta e grazie ad un quinto flagello attaccato ad una membrana ondulante posto sul retro. Il flagellato possiede una coda uncinata, chiamata assostile, sul lato opposto rispetto a quello dei flagelli, che si pensa sia utilizzata per aderire alle cellule bersaglio del parassita, provocando però nell'ospite irritazione o infiammazione. "T. vaginalis" esiste solo in forma di trofozoite e non presenta forma cistica. Si moltiplica per scissione binaria longitudinale.