Altri farmaci inibiscono enzimi specifici dei virus e sono quindi fortemente selettivi per un particolare virus. Ad esempio, alcuni farmaci specifici per l’influenza inibiscono la neuroaminidasi, una molecola, presente sulla superficie del virus dell’influenza, che svolge un ruolo fondamentale affinché le nuove particelle virali formatesi all'interno di una cellula infetta siano liberate e vadano ad infettare le altre cellule. Altri farmaci attivi contro l’HIV o il virus dell’epatite C agiscono inibendo enzimi specifici di questi virus. Sono oggi disponibili numerosi farmaci contro i virus dell’epatite C (antivirali ad azione diretta, rivolti verso proteine non strutturali di HCV) e contro l’HIV (vedi oltre) e la loro introduzione nella clinica ha permesso di modificare in maniera significativa la storia naturale di queste malattie.  