Il movimento di sostanze all'interno di ciglia e flagelli viene definito trasporto intraflagellare (IFT). Nell'esecuzione di questo trasporto intraflagellare, le cellule fanno ricorso a delle particolari molecole (chiamate particelle IFT) per trasportare materiali dalle e verso le punte delle ciglia. Le particelle IFT sono costituite dall'associazione tra un complesso A e un complesso B (comprendenti rispettivamente almeno 6 e almeno 15 proteine): le mutazioni nel gene IFT140 che causano la sindrome di Mainzer-Saldino possono comportare una modifica della forma della proteina IFT140 o alterare le sue interazioni con altre proteine IFT, compromettendo l'assemblaggio di IFT-A e quindi morfologia e funzione delle ciglia.