Sempre in questi anni scrisse anche due libri, il famoso "L'uomo, questo sconosciuto" e "La condotta della vita", fondò inoltre un Istituto di Ricerca per lo studio dei problemi umani, con ispirazioni chiaramente scientifiche ma anche evangeliche. La sua idea era fare in modo che l'amore cementasse il gruppo di ricercatori, costituito da persone non legate dall'ideologia ma aperte all'universalità del sapere; lo scopo era perseguire la conoscenza dell'uomo in quanto tale e dell'ambiente più consono alla sua natura, al fine di poter indicare in modo chiaro e convincente la via della sua ricostruzione, concetto chiave nel pensiero di Carrel. Continuò la collaborazione con Lindbergh e fra i due si instaurò una grande amicizia che andò oltre l'aspetto lavorativo, gli stessi coniugi Lindbergh infatti acquistarono l'isoletta di Illiec, molto vicina a quella di Saint-Gildas, in possesso dei Carrel, per trascorrere insieme anche i periodi estivi. Il 1939, anno dell'inizio della seconda guerra mondiale, segnò la fine della sua attività al Rockefeller Institute per il sopraggiunto limite d'età, chiese quindi di essere inviato al fronte come medico ma ciò non gli venne concesso sempre per motivi anagrafici.