L'uso di MDMA comporta inoltre ipertermia (innalzamento della temperatura corporea fino a oltre 40 °C) specialmente in conseguenza di periodi di attività fisica prolungata come il ballare: l'aumento della temperatura corporea è stato strettamente correlato alla tossicità cerebrale dell'MDMA. Infatti, nel corso di studi sui ratti, lo stretto controllo della temperatura corporea ha diminuito notevolmente i danni neuronali.