Nella forma che non è collegata al teratoma, è probabilmente un'infezione virale o batterica che provoca l'attivazione errata del sistema immunitario dell'organismo. Ad esempio, è stato dimostrato che le persone che hanno contratto l'encefalite a causa dell'infezione da virus dell'herpes hanno un rischio maggiore di sviluppare un'encefalite anti-NMDAR. Il paziente che prima aveva avuto l'encefalite da HSV può, poche settimane dopo, tornare in ospedale con quella che era chiamata "coreatetosi HSV" e si pensava fosse una ricaduta. Ora, è stato identificato che il 30% di questi pazienti ha un'encefalite anti-NMDAR. 