Il MERS-CoV è più strettamente legato ai "coronavirus dei pipistrelli" HKU4 e HKU5 della linea 2C, che al SARS-CoV, appartenente alla clade 2B, ma la malattia che provoca, pur simile alla SARS, sembra essere causa di una maggiore mortalità, infatti, il suo tasso di letalità è pari a circa il 34%, mentre per la SARS è del 10%.