In qualità di statistico incaricato di analizzare i dati sulla mortalità, Farr sostenne in un rapporto ufficiale che la fame era responsabile di molti più decessi di quanto indicato nelle statistiche, poiché i suoi effetti si manifestavano indirettamente nella produzione di malattie di vario genere. Sebbene fosse un sostenitore della teoria miasmatica della malattia e avesse inizialmente affermato che il colera fosse trasmesso dall'aria inquinata, Farr fu infine convinto del contrario dal medico inglese John Snow. Nel 1866 Farr produsse una monografia che mostrava che a Londra i casi di colera erano più alti tra le persone che ricevevano acqua da fonti ad altitudine relativamente bassa servite dalle compagnie idriche Southwark e Lambeth.