La tubercolosi resistente ai farmaci si trasmette allo stesso modo della normale tubercolosi. La resistenza primaria avviene nelle persone che sono infette da un ceppo resistente di tubercolosi. Un paziente con tubercolosi normale sviluppa una resistenza secondaria (o resistenza acquisita) durante la terapia contro la tubercolosi a causa del trattamento inadeguato, del non mantenimento delle cure prescritte o dell'utilizzo di medicine di bassa qualità. La tubercolosi resistente ai farmaci è un problema in molti paesi in via di sviluppo, poiché il trattamento è più prolungato e richiede farmaci più costosi. La "tubercolosi multiresistente" (MDR-TB) è definita come tubercolosi resistente ai due medicinali più efficaci di prima linea: la rifampicina e l'isoniazide. La "tubercolosi estensivamente resistente ai farmaci" (XDR-TB) è immune anche a tre o più dei farmaci di seconda linea. La "tubercolosi totalmente resistente ai farmaci" (TDR-TB) è resistente, come riporta la sua definizione, a tutti i farmaci, ed è ritenuta incurabile. Al 2012, questa forma è stata rilevata in sole tre nazioni: India, Iran e Italia.