Il WIV è stato fondato nel 1956 come Wuhan Microbiology Laboratory sotto l' Accademia cinese delle scienze (CAS). Nel 1961 divenne l'Istituto di microbiologia della Cina meridionale e nel 1962 fu ribattezzato Istituto di microbiologia di Wuhan. Nel 1970, è diventato l'Istituto di microbiologia della provincia di Hubei quando la Commissione Hubei di scienza e tecnologia ha assunto l'amministrazione. Nel giugno 1978, è stato restituito al CAS e ribattezzato Wuhan Institute of Virology. 