Una delle principali cause dell'antibiotico-resistenza è proprio l'uso eccessivo, e spesso inutile, di antibiotici anche per curare infezioni virali verso le quali gli antibiotici non hanno alcuna efficacia. È assolutamente inutile, ad esempio, prendere gli antibiotici in caso di raffreddore e/o di influenza poiché tali infezioni sono dovute a virus. Bisogna anche considerare che l'antibiotico attacca tutti i batteri presenti nel corpo, anche quelli che fanno parte della cosiddetta flora batterica o microbioma, cioè i batteri che colonizzano le superfici del corpo (cute, vie respiratorie, intestino, tratto uro-genitale) e svolgono attività benefiche per l'organismo.