Il fludrocortisone è stato utilizzato nel trattamento della CSWS (sindrome da consumo di sodio cerebrale, cerebral salt wasting syndrome). Il fludrocortisone è utilizzato principalmente per sostituire gli ormoni mancanti, ad esempio l'aldosterone, nelle varie forme di insufficienza surrenalica come la malattia di Addison e la classica perdita di sale da deficit della 21-idrossilasi, come avviene nella iperplasia surrenalica congenita. Il fludrocortisone è inoltre utilizzato come prima linea di trattamento nella ipotensione ortostatica.