La diagnosi di encefalite anti-NMDAR viene effettuata mediante un'analisi del sangue e / o del liquido spinale. Se l'analisi mostra che ci sono anticorpi contro i recettori NMDA, conferma la diagnosi, soprattutto se gli anticorpi sono presenti nel liquido spinale. In alcuni individui, gli anticorpi possono essere rilevati solo nel liquido cerebrospinale. Molto spesso, sono le persone che hanno già ricevuto un trattamento immunosoppressivo.