L'ecografia delle anse intestinali permette di valutare la parete dell'intestino in maniera non invasiva e priva di radiazioni. È utile per verificare la presenza di lesioni intestinali caratteristiche della malattia di Crohn e di eventuali complicazioni come la presenza di restringimenti, di fistole e/o di ascessi. Questo tipo di ecografia deve essere eseguita in centri specializzati.