La dieta crudista può comportare dei pericoli. La cottura è infatti in grado di evitare patologie come la toxoplasmosi e gastroenteriti; essa elimina o rende inattivi diversi microorganismi, alcaloidi tossici e tossine. Fra i microorganismi patogeni resi innocui dalla cottura del cibo si ricordano Entamoeba histolytica, Giardia lamblia, Clostridium botulinum, Bacillus cereus, Salmonella typhi e paratyphi, Staphylococcus aureus. Delle tossine possono per esempio essere contenute dai cereali non cotti, mentre degli alcaloidi tossici si trovano, sempre ad esempio, nelle melanzane.