Il trapianto di cellule staminali è una cura intensiva che comporta una serie di rischi come, ad esempio, il rigetto delle cellule trapiantate da parte del sistema immunitario dell'organismo malato o l'aggressione contro le cellule dell'organismo malato da parte delle cellule trapiantate (malattia del trapianto contro l'ospite). Si tratta di situazioni molto pericolose perché determinano la distruzione delle cellule.