L'importanza dei fattori genetici nello sviluppo di dermatite atopica è dimostrata da un tasso di concordanza nei gemelli omozigoti del 72%. Il gene più frequentemente associato allo sviluppo della patologia è "FLG", codificante per la filaggrina, una proteina filamentosa che si lega alla cheratina nei cheratinociti. Sono stati identificati molti altri loci di suscettibilità, la maggior parte dei quali si trova all'interno di sequenze regolatorie di DNA legate alla risposta Th2 e il cui ruolo nella patogenesi del quadro è tuttora poco conosciuto. Caratteristicamente molti di questi loci sono gli stessi della psoriasi sebbene nel caso della dermatite atopica differenti modificazioni epigenetiche portino ad una risposta immunitaria e flogistica pressoché opposta che rende ragione della rarità della coesistenza delle due dermatiti nello stesso soggetto.