La sicurezza dei fitoestrogeni non è ancora stata dimostrata; in particolare, non possono essere presi come dati che dimostrano la sicurezza dei fitoestrogeni quelli dovuti a studi epidemiologici che riguardano la loro assunzione con gli alimenti, la quale, ovviamente, implica un'assunzione molto più bassa rispetto a quella che si ottiene con l'uso di supplementi od integratori alimentari.Essendo considerati "integratori alimentari", la loro immissione in commercio non è soggetta a quei controlli sulla qualità, efficacia e tollerabilità, che regolano, invece, le specialità medicinali.Quindi, si pongono problemi accessori, ma non per questo meno significativi, quali quelli che derivano dal fatto che molti prodotti non sono standardizzati e ciò può portare a significative differenze tra prodotto e prodotto e tra i singoli lotti dello stesso prodotto. Inoltre, non sempre la coltivazione delle piante da cui derivano le miscele di fitoestrogeni seguono le norme delle good agricultural practices.Infine, anche la produzione dei preparati commerciali non sempre avviene secondo le good manufacturing practices.Date le azioni antitiroidee dei fitoestrogeni, non possiamo sapere se il loro uso sia sicuro in pazienti con alterata funzione tiroidea.In conclusione, i dati clinici sull'uso dei fitoestrogeni in menopausa non danno una chiara dimostrazione di efficacia e sicurezza.Non si può non ricordare la necessità di studi d'intervento ben disegnati prima del loro impiego in questa condizione, che -ricordiamo -è una modificazione fisiologica e non patologica.