Con l'Atto di Arruolamento i governi federali si presero la responsabilità di gestire gli arruolamenti che si tenevano nei distretti, i quali prevedevano la presenza di un commissario di arruolamento e di un chirurgo esaminatore. Ad Aprile il Dr. Mayo fu nominato chirurgo esaminatore per il primo distretto del Minnesota, così si recò a Rochester per adempiere al suo lavoro. Per più di un anno e mezzo l'ufficio arruolamenti fu talmente pieno da rendere il dottore occupatissimo. Non era affatto un lavoro semplice: se si visitavano troppo volontari si poteva incorrere in un rimprovero ufficiale, se si mandava alla marina un uomo non adatto si riceveva una multa. Inoltre il chirurgo doveva essere abile nel capire chi cercava di ingannarlo. Infatti gli imbrogli erano tanto frequenti che Washington inviò ai chirurghi circolari descrivendo elaborati metodi per smascherare i bugiardi. Il Dr. Mayo era allo stesso tempo l'uomo più benedetto e maledetto del Sud Minnesota. Nel 1864 le domande di arruolamento aumentarono a tal punto che gli esaminatori facevano circa una visita al minuto. Un agricoltore di Ottawa si accorse che alcuni medici prendevano contributi maggiori dei cinque dollari imposti dalla legge e li denunciò. Il Dr. Mayo fu difeso in quanto si sosteneva che le sue visite erano accurate ed imparziali, ma i sospetti aumentarono quando si seppe che egli faceva visite private fuori orario prendendo cinque dollari come retribuzione. Il dottore spiegò che egli in effetti faceva visite di sera ad uomini che non volevano aspettare giorni in fila, se risultavano idonei alla'arruolamento tornavano per essere visitati in presenza del commissario, in caso contrario non tornavano. Sebbene tutto fu svolto legalmente, la faccenda non convinse il colonnello Averill, che sospese il Dr. Mayo, sostituito dal Dr. Cross. Poco dopo si capì che si poteva affermare solamente che il Dr. Mayo fu poco attento e non ci furono opposizioni al suo ritorno. Si trasferì con la famiglia a Rochester e nel salotto della nuova abitazione nacque Charles Horace Mayo, un secolo dopo proprio lì sarebbe sorto l'atrio della Mayo Clinic. Durante lo sviluppo della città di Rochester il Dr. Mayo contribuì progettando una biblioteca e una scuola, organizzando conferenze annuali che portavano in città celebrità come Wendell Phillips, Horace Greeley e Anne E. Dickinson. Sfortunatamente il dottore non fu in grado di fare tutto ciò senza suscitare inimicizie, infatti quando i repubblicani lo scelsero per le elezioni successive, la fazione guidata da John Edgar, zelante uomo di chiesa, lo etichettò come amico del demone rum. Il Dr. Mayo era un ardente sostenitore di Darwin, Thomas Huxley e Herbert Spencer. Aggiunse subito i loro libri alla sua biblioteca personale. Nonostante non fosse credente, egli nutriva un sincero rispetto nei confronti degli uomini di vera fede, era infatti amico di cattolici, protestanti e sacerdoti. Egli tentava sempre di spronare le persone nel compiere progressi. Nel 1882 fu eletto sindaco, ma il dottore non possedeva qualità adatte a tale carica come la pazienza e il compromesso, egli era più propenso a comandare che a persuadere. Non fu rieletto. Nel 1885 fu eletto assessore e per quattro anni cercò di migliorare la città con impianti idraulici, elettrici e un sistema fognario. Nel 1890 divenne senatore. La sua carriera politica finì all'età di 74 anni quando si ritirò dal senato, ma per molto tempo fu consigliere dei democratici. Il dr. Mayo fu sempre capace di affiancare la politica con suoi doveri medici, senza trascurare nessuna delle due. I progressi in un ambito influenzavano quelli nell'altro. Quando iniziò ad esercitare a Rochester il dottore non riscontrò particolari problemi, vi erano abbastanza pazienti per tutti i medici presenti. Rochester era già allora la capitale medica del paese. Ospitava già una clinica, fondata dai due fratelli, Edwin ed Elisha Cross. Il dr. Edwin era un ottimo medico con molta esperienza, era un uomo di grande statura, con capelli castano scuro, grosso e rude. I pazienti, specialmente le donne lo temevano. Il dr. Elisha, sebbene avesse proporzioni paragonabili a quelle del fratello, era più amabile e meno aggressivo. Il dr. Mayo andava molto d'accordo col gentile dr. Elisha, ma proprio non tollerava il dr. Edwin e il sentimento era reciproco. I due avevano idee opposte su qualunque argomento civile o politico. Per un uomo come il dr Edwin Cross il dr. Mayo era un idealista, facilmente ingannabile, che annoiava con le sue idee radicali. D'altro canto il dr. Mayo riteneva il dr. Edwin più interessato al denaro che alle persone. Sebbene cortese e gentile il dr. Mayo non era un uomo che ispirava familiarità. Alcuni lo chiamavano Mayo, pochi William, ma nessuno Will, neppure la moglie. Un segno evidente della sua inibizione era il suo codice professionale, esteso anche all'abbigliamento. Raramente appariva in pubblico se non con pantaloni classici, doppiopetto e cappello. Sembrava sempre dirigersi da qualche parte con molta fretta, cosa che divenne ben nota agli abitanti di Rochester. Amava i cavalli veloci e sceglieva sempre i più indomabili, ma non sempre riusciva a controllarli. Non gli mancava la grinta. Un giorno notò una piaga sul suo labbro, decise dopo averla osservata che era cancerogena e doveva essere asportata. Bevuto del whisky si operò davanti allo specchio. Ad assisterlo c'era il piccolo Charlie. Ugualmente decisivo era nei confronti dei pazienti. Quando notò che il piccolo George Grender non parlava, lo fece sedere sulle sue gambe e gli taglio la membrana sotto la lingua. Da allora George poté parlare e successivamente divenne il legale dei fratelli Mayo. Il dr. Mayo era sicuramente un uomo favorevole al progresso, utilizzava il termometro clinico e lo Stetofonendoscopio, unico strumento di precisione in quegli anni, analizzava le urine testandole per lo zucchero e l'albumina con reagenti che portava sempre con sé, aveva un laboratorio in un angolo del suo ufficio. Partecipò agli incontri della Minnesota Medical Society e per dieci anni fu tra i suoi principali membri. Grazie ad essa conobbe il dr. Franklin R. Staples, il dr. Charles N. Hewitt e il dr. Alexander J. Stone.