I geni di classe II sono organizzati in maniera similare ai geni di classe I e codificano per le due catene glicoproteiche polimorfiche α e β. Dall'estremità 5' si susseguono, intercalati da introni: una sequenza leader non tradotta (5'UT) con una breve sequenza che codifica per i primi due aminoacidi nel gene A e per i primi quattro aminoacidi del gene B; due esoni codificanti in entrambi i geni per i due domini esterni delle catene proteiche (α1, α2, β1, β2); un esone codificante per la porzione transmembrana; tre brevi esoni per la catena α e due per la catena β codificanti per il segmento intracitoplasmatico; ed infine la porzione terminale costituita da una sequenza 3' UT non tradotta.