Gli effetti collaterali che più frequentemente si presentano nella terapia con sildenafil sono: congestione nasale, dispepsia, diarrea, cefalea, vomito, vampate, priapismo. Sono state riportate anche alterazioni del visus con disturbi nella discriminazione dei colori (probabilmente per inibizione della 5PDE retinica che sembra avere un ruolo importante in questo fenomeno). Per lo più questi effetti collaterali sembrano essere dose dipendenti.