Le forme congenite di LQTS possono essere determinate da mutazioni di uno di diversi geni finora identificati. Queste mutazioni tendono a prolungare la durata del potenziale d'azione ventricolare (APD), allungando in tal modo l'intervallo QT. Le forme congenite possono essere ereditate come carattere autosomico dominante o autosomico recessivo. La forma autosomica recessiva è associata ad altre malattie cardiache congenite, autismo, sindattilia completa e immunodeficienza (LQTS8) o a sordità neurologica congenita (LQTS1).