Gli omega-3, inoltre, sono i precursori di molecole anti-infiammatorie e sono anche responsabili di una minor aggregazione piastrinica.  Un'altra classe di acidi grassi polinsaturi, chiamati omega-6, al contrario, produce molecole pro-infiammatorie. Sia i composti antinfiammatori che quelli pro-infiammatori sono necessari al mantenimento della salute ma è importante che siano in equilibrio fra loro. Un eccesso di omega-6 o una carenza di omega-3 sposterebbe l'equilibrio a favore di un'infiammazione generale in tutto l'organismo (sistemica) con il rischio di promuovere una serie di complicazioni.