Ulcerazioni simili all'afta possono verificarsi in correlazione con diverse malattie sistemiche (vedi tabella). Queste ulcere sono clinicamente e istologicamente identiche alle lesioni tipiche della stomatite aftosa, ma da molti non sono considerate vere afte. Alcune di queste condizioni possono causare ulcerazioni su altre superfici mucose oltre alla bocca, come la congiuntiva o le membrane mucose genitali. La risoluzione della condizione sistemica spesso porta a una diminuzione della frequenza e della gravità delle ulcerazioni orali.