Se si sviluppa la colite la diarrea è solitamente più intensa ed è associata a dolori / crampi addominali, febbre che supera i 40° C, ipoalbuminemia e leucocitosi. La presenza di colite, senza enterite, suggerisce che si tratti di AAD da "C.difficile". La colite può essere diagnosticata mediante colonscopia quando si notano alterazioni infiammatorie (eritema, friabilità o edema) mediante biopsia, ma non sono presenti pseudomembrane. Può essere diagnosticata anche tramite tomografia computerizzata. L'esame istologico per la colite associata al "C.difficile" può rivelare "lesioni sommitali" o "lesioni vulcaniche" in cui le cellule infiammatorie e i detriti vengono espulsi nel lume del colon. La sigmoidoscopia di pazienti con "Klebsiella oxytoca" di solito rivela una colite diffusa o segmentale.