Nella fase immune la febbre scompare o permane un febbricola per pochi giorni. Persiste una cefalea, frontale e retrobulbare, intensa, continua e poco o nulla responsiva agli analgesici. Possono aversi gradi variabili di sindrome meningea fino a una vera e propria meningite asettica (a liquor limpido), infatti, in questa fase, le leptospire scompaiono dal liquido cefalo-rachidano. La sindrome meningea dura pochi giorni e si risolve senza conseguenze. Si hanno manifestazioni oculari, importante iperemia congiuntivale, dolore oculare e fotofobia. Il 10% di questi pazienti può sviluppare un'uveite fino a un anno dopo la guarigione clinica.