La concentrazione ematica di cortisolo è determinata dall'entità della secrezione (circa 40-80 µmol/die), dell'inattivazione e dell'escrezione. Il principale enzima che regola il metabolismo del cortisolo è la 11β-idrossisteroidodeidrogenasi (11β-HSD).Ne esistono due isoforme: la 11β-HSD tipo I che è espressa nel fegato e converte il cortisone inattivo in cortisolo (attivo) e la 11β-HSD tipo II che si ritrova in numerosi tessuti e inattiva il cortisolo a cortisone.Il cortisolo, inne, viene escreto nelle urine, dove approssimativamente il 50% appare come tetraidrocortisolo (THF), allo-THF e tetraidrocortisone (THE), il 25% appare come cortolo e cortolone, il 10% come steroidi C19 e il 10% come acidi cortolici e cortolonici. Il resto dei metaboliti sono steroidi liberi urinari.