La celiachia e la sensibilità al glutine, se non trattate, aumentano la probabilità di contrarre in seguito varie malattie, anche quando non presenti nella sintomatologia né con diretta correlazioni; la dieta può diminuirne il rischio, l'incidenza e il peggioramento. Tra esse vi sono patologie neurologiche come la sclerosi multipla o le neuropatie, tumori, cardiomiopatia, osteoporosi, malattia di Parkinson, ipotiroidismo e ipertiroidismo, malattie autoimmuni varie (come le artriti e il lupus eritematoso sistemico), disturbi psichici e neuropsichiatrici (quali ansia, disturbo bipolare, disturbo ossessivo-compulsivo, disturbo depressivo, demenza, autismo e schizofrenia), gastroenterite eosinofila ed esofagite eosinofila. In uno studio condotto negli USA del 2009 e pubblicato sulla rivista "Gastroenterology", comparando 9.133 campioni di sangue prelevati da soggetti in salute dal 1948 al 1954 con altri 12.768 campioni prelevati in altri soggetti 50 anni dopo, si è scoperto che c’è stato un aumento del 400% nell’incidenza della malattia celiaca (senza contare la sensibilità al glutine). A seguito della ricerca, secondo il magazine The Lancet, in un soggetto con grave malattia celiaca o sensibilità al glutine senza dieta apposita, il rischio di morte per qualsiasi causa era drammaticamente maggiore: «il tasso di mortalità aumentò significativamente a causa del ritardo nella diagnosi, il quadro sintomatico e l’adozione di una dieta senza glutine (...), la scelta di non seguire una dieta senza glutine, definita come “consumare glutine una volta al mese” aumentò il rischio relativo di morte del 600%».