Gli effetti collaterali della terapia HAART sono riconducibili ai singoli farmaci e comprendono lipodistrofia, dislipidemia, diarrea, insulino-resistenza, aumento dei rischi cardiovascolari, danni a carico dell'apparato scheletrico (osteopenia/osteoporosi tuttavia spesso riconducibile all'azione diretta del materiale virale, o alla carenza indotta di vitamina D), e una diminuzione dell'energia dell'individuo per effetti negativi sui mitocondri.