Una volta giunto al termine il corso di biologia, Robert Morris lavorò per un po' di tempo nel corso del 1879 come assistente di Dr. F. J. e F. H. Whittemore. Successivamente nel 1880 fu ammesso al College of Physicians and Surgeons of New York, e conseguì la laurea due anni dopo, nel 1882. Quindi ottenne una posizione nella Quarta Divisione Chirurgica del Bellevue Hospital dove svolse due anni di internato.