Nel 1598 fece restaurare una cappella dell'Abbazia di San Mercuriale di Forlì, trasformandola in cappella di famiglia, da allora nota come "cappella Mercuriali", dove egli stesso venne sepolto. Ai monaci di San Mercuriale, Girolamo lasciò in eredità la sua biblioteca, purché essi si impegnassero a tenere tre lezioni settimanali di fisica e di logica. Ricevuti i libri, i monaci, per custodirli e renderli fruibili a tutti, aprirono una biblioteca pubblica.