In corso di trattamento con nifuroxazide possono verificarsi occasionalmente reazioni indesiderate soprattutto di tipo gastrointestinale: dispepsia, nausea, vomito e dolore addominale. In letteratura nel 2007 è stata segnalata per la prima volta la pancreatite come possibile reazione avversa verosimilmente secondaria a fenomeni immunoallergici.<br>