Dalla fermentazione delle fibre vengono prodotti principalmente gli acidi a catena corta (SCFA) che, oltre a rappresentare fonte di energia per le cellule epiteliali intestinali e modulare la risposta immunitaria intestinale, dopo essere stati assorbiti sembrano influenzare anche il metabolismo dei grassi e degli zuccheri. Contribuiscono anche ad abbassare il pH dell'ambiente intestinale, elemento molto importante perché influenza la composizione del microbiota. In particolare, il pH basso crea un ambiente sfavorevole allo sviluppo di batteri potenzialmente dannosi (produttori di metaboliti negativi come le ammine e l'ammoniaca) mentre favorisce l'assorbimento dei minerali.