In "De admirandis Naturae Reginae Deaeque mortalium arcanis libri quatuor" stampato a Parigi nel 1616 vengono riprese le tesi dell'"Amphiteatrum", con precisazioni e sviluppi che ne fanno il suo capolavoro e la sintesi della sua filosofia. Viene negata la creazione dal nulla e l'immortalità dell'anima, Dio è nella natura come sua forza propulsiva e vitale, entrambi sono eterni. Gli astri del cielo sono una specie di intermediari tra Dio e la Natura che sta nel mondo sublunare e di cui noi facciamo parte. La religione vera è perciò una "religione della natura" che non nega Dio ma lo considera un suo spirito-forza.