Il 1882 fu per Pasteur un anno molto interessante in quanto continuavano a sorgere dispute con altri scienziati su argomenti che sembravano ormai indiscutibili. La rivista dei lavori dell'Ufficio sanitario tedesco aveva condotto, sotto la direzione di Robert Koch, una vera campagna contro Pasteur, negando l'influenza preservatrice della vaccinazione. Pasteur chiese allora che fossero fatti degli esperimenti davanti a una commissione nominata dal governo tedesco. Dopo il congresso, tutti i membri dell'assemblea che non condividevano le sue opinioni dovettero ricredersi; questo fatto però non arrestò gli attacchi di Koch, che continuava a misconoscere la scoperta di Pasteur sull'ufficio dei vermi di terra nell'eziologia del carbonchio.