Questo test viene solitamente effettuato al fine di verificare la presenza di anomalie del flusso del sangue all'interno dei polmoni, come nel caso della tromboembolia polmonare, sebbene il gold standard per questa patologia sia oggi l'Angio TC (tomografia computerizzata); si può ricorrere alla scintigrafia in quelle circostanze in cui l'utilizzo del mezzo di contrasto sarebbe inappropriato, come nel caso dell'insufficienza renale.. Altra indicazione all'uso della scintigrafia al posto dell'angio TC è la gravidanza in atto (in quanto la dose di radiazioni a cui questa espone il nascituro è minore). Nei pazienti affetti da embolia polmonare esiste infatti, a livello delle aree interessate dall'evento embolico, un deficit di perfusione sanguigna non accompagnato da una alterazioni della ventilazione. La scintigrafia perfusoria è anche utilizzata per valutare la distribuzione del flusso ematico fra i 2 polmoni (e quindi, indirettamente in quanto ventilazione e perfusione sono legati da una stretta relazione, anche la funzionalità separata degli stessi), ad esempio in previsione di una pneumectomia.