La "sequenza", ovvero il particolare succedersi degli eventi che porta all'eccitazione ed alla generazione del segnale e la sua temporizzazione relativa, determina il contenuto informativo dell'immagine, stabilendo la funzione che lega il valore di intensità di ogni pixel ai parametri RM fondamentali (densità protonica, T1 e T2).Le sequenze tradizionali, impiegate fin dall'inizio in risonanza magnetica sono fondamentalmente di due tipi: spin-echo e inversion recovery. Il tempo durante il quale viene applicato l'impulso di radiofrequenza è chiamato TE. Il tempo di ripetizione, ossia l'intervallo di tempo fra l'inizio di una sequenza di eccitazione e l' inizio della successiva è chiamato TR.Sequenza spin-echo. In essa un primo impulso deflette la magnetizzazione di 90° portandola nel piano trasversale. Dopo un tempoTE/2 un impulso a 180° inizia la rifocalizzazione degli spin che danno luogo ad un eco centrato sul tempo TE.Scegliendo in modo opportuno i due parametri sotto controllo dell'operatore (il tempo di ripetizione TR ed il tempo di eco TE), si può ottenere un'immagine nella quale l'intensità dei pixel rappresenta il valore di T1 oppure quello di T2, oppure la densità protonica o altre forme intermedie.Scegliendo, infatti, un TE molto breve si ha una predominanza della dipendenza da T1. Scegliendo un TE lungo e un TR lungo si ottiene la predominanza della dipendenza da T2. Scegliendo, infine, un TE breve e un TR lungo si annulla l'influenza di ambedue i termini e si ottiene la predominanza della dipendenza dalla densità protonica, ossia del numero di spin in risonanza per unità di volume.Sequenza inversion recovery. Quella propriamente detta è costituita da un impulso di inversione a 180° seguito, dopo un tempo T1, da un impulso di lettura a 90° , generante un segnale che dipende essenzialmente dal solo T1.Accanto alle sequenze tradizionali sono state successivamente sviluppate le sequenze veloci, allo scopo di ridurre i lunghi tempi di acquisizione, chiamate "gradient echo" e "spin eco veloci" (o turbo spin echo).Nelle sequenze gradient echo, l'eco è suscitato non più da un impulso a 180°, ma dal cambiamento di valore di un gradiente (da cui il nome di sequenze gradient-echo o con eco di gradiente). L'altra sostanziale differenza rispetto alle sequenze tradizionali sta nel fatto che l'angolo di eccitazione iniziale non è più di 90° ma molto minore e, soprattutto, sotto il controllo dell'operatore che, manovrando questo e gli altri due parametri significativi (il tempo di ripetizione TR ed il tempo di eco TE), è in grado di ottenere, con tempi di acquisizione che possono scendere a poco più di una decina di secondi, immagini pesate in T1 o in T2.Le immagini ottenute in questo modo non sono direttamente sovrapponibili a quelle ottenute per la via tradizionale. Tuttavia, è ormai provata la loro applicabilità a particolari situazioni e distretti per i quali rappresentano una svolta decisiva per la riduzione del tempo di esame.La seconda famiglia è rappresentata dalle sequenze spin eco veloci (turbo spin echo), derivate dalle spin eco convenzionali, rispetto alle quali mantengono l'impulso di radiofrequenza a 90°, seguito, invece che da uno, da molteplici impulsi a 180° (treno di echi); in tal modo il tempo di acquisizione è ridotto, rispetto ad una sequenza spin eco convenzionale, di un numero di volte pari al numero degli echi acquisiti per TR.Esistono anche sequenze ultraveloci, caratterizzate da un tempo di acquisizione dell'ordine dei 30-40 millisecondi per immagine (sequenze ecoplanari) che consentono di effettuare studi funzionali in RM (diffusione e perfusione).Vi sono, infine, sequenze che, rilevando variazioni distrettuali di perfusione e di consumo dell'ossigeno, danno informazione sulla attività del territorio cerebrale sede di una funzione che viene specificatamente attivata, consentendo studi di attivazione, che sono di determinante importanza ai fini fisiologici e fisiopatologici.