Nel settembre del 1944, solo un anno dopo la liberazione di Napoli e in una situazione ancora d’emergenza, il M. abbandonò una sicura carriera accademica all’università di Palermo per un posto da caporeparto presso la Stazione zoologica, il celebre istituto internazionale di biologia marina. Nonostante le gravi difficoltà pratiche, economiche e politiche, la ricerca non vi era stata mai interrotta e alla riapertura delle frontiere, dopo il 1945, essa recuperò velocemente la sua frequentazione cosmopolita. Da capo del reparto di zoologia, prima, e di fisiologia dal 1949, il M. fu per otto anni testimone diretto e protagonista di tale rinascita e con la Stazione zoologica mantenne un legame strettissimo per tutta la vita. Negli anni Quaranta, Napoli era una capitale dell’embriologia sperimentale: vi sopravvivevano tradizioni di ricerca in sistematica, citologia, fisiologia e biochimica e cominciavano ad attecchire la genetica e la biofisica, i nuovi approcci riduzionisti e quantitativi allo studio del vivente. Il M. subì l’influenza di questo eclettismo, mantenendo, da studioso dello sviluppo, una costante attenzione per la genetica cromosomica e, più tardi, della biologia molecolare.