L'organizzazione civile nasce nel 1946 come estensione di una precedente organizzazione a carattere militare (MCWA, Malaria Control in War Areas). Fra il 1946 e il 1967 la sigla CDC indicava il Communicable Disease Center (centro per le malattie trasmissibili). Va tenuto presente che lo scopo di questo organismo, soprattutto nel dopoguerra, è stato strettamente correlato alla necessità, politicamente sentita, di verificare i possibili focolai di epidemie correlabili ad un attacco di guerra biologica.