A parte Settala e pochi altri estimatori, Magati fu duramente criticato da molti suoi contemporanei (come l'italiano Giovanni Nardi nel "De prodigiosis vulnerum curationibus"), ed egli quasi mai ebbe la possibilità di rispondere a queste pesanti critiche, anche perché trascorse la parte finale della sua vita in convento. Tra queste critiche negative spicca quella del tedesco Daniel Sennert (nel paragrafo "De Caesaris Magati et Ludovici Septalii curandi vulnera methodi judicium" dell'opera "Practica medicinae liber primus"). Magati, a quel tempo frate cappuccino, redasse in risposta un trattato, "Considerationes medicinae", nel quale egli colpevolizzò Sennert per il fatto che questo non lesse mai direttamente la sua opera.