L'incidenza della carie dentaria nelle civiltà pre-agricole era ancora molto bassa, solo 10.000 anni fa, infatti, con la diffusione dell'agricoltura, si assistette ad un aumento significativo del numero di individui colpiti da questa malattia. Uno studio del 2017 suggerisce che già ai tempi degli uomini di Neanderthal (circa 130.000 anni fa) erano in uso i primi strumenti odontoiatrici rudimentali. Anche altri studi sulla civiltà della valle dell'Indo hanno fornito evidenze di trattamenti odontoiatrici praticati nel 7000 a.C.. In particolare, reperti appartenenti al sito neolitico Mehrgarh fanno pensare che tali trattamenti primordiali venissero praticati da esperti artigiani di perle e gioielli, e che includessero l'utilizzo di trapani ad archetto per curare i denti. La prima otturazione dentale, in cera d'api, fu scoperta in Slovenia e risale a 6500 anni fa. Un antico testo sumero, invece, individua un "verme dei denti" quale causa della carie dentaria. 