La localizzazione del gene responsabile è il più delle volte sul cromosoma 16 (gene PKD1), vicino al "locus" dell'alfa-globina e questo è il caso più grave con una aspettativa di vita di poco superiore ai 50 anni, tuttavia è provato che la stessa malattia può essere legata ad alterazioni del cromosoma 4 (gene PKD2) e, ancor più raramente, ad altre alterazioni cromosomiche. La diagnosi prenatale attraverso i marker del DNA è pertanto possibile. È tuttavia necessario sapere su quale cromosoma è necessario cercare analizzando preventivamente almeno 4 familiari affetti. La diagnosi prenatale è sconsigliata per il decorso molto spesso lento della malattia. Fanno eccezione alcune famiglie con manifestazioni gravi e precoci della malattia.