Nel 1854 un farmacista di Babenhausen in Svevia denunciò Kneipp per "Influenza commerciale e danneggiamento". Kneipp spiegò durante il processo di aver sempre unicamente trattato persone che dopo anni di cure presso medici e farmacisti non avevano trovato sollievo o che semplicemente non potevano permettersi un medico. In seguito dovette sottoscrivere una dichiarazione "di non aiutare in futuro anche quegli infelici che apparentemente non trovavano più aiuto medico". Nello stesso anno a Monaco scoppiò un'epidemia di colera che si diffuse in tutta la Baviera settentrionale e in Svevia. Il padre di Kneipp fu una delle prime vittime del colera a Stephansried. Il vicario generale presso l'ente vescovile si fece attento e raccolse informazioni su di lui. Tra la popolazione Kneipp veniva chiamato il "cappellano del colera". Alla fine del 1854 venne quindi trasferito ad Augusta.