La somministrazione prolungata di levonorgestrel determina un aumento del potenziale diipercoagulazione; i contraccettivi orali estroprogestinici aumentano il rischio di eventi tromboembolici (occlusione dei vasi sanguigni determinata da trombi o emboli). Il rischio di eventi tromboembolici associato all'impiego del contraccettivo orale è circa doppio o triplo rispetto al non uso del contraccettivo, ma comunque più basso (810 eventi ogni 10.000 anni-donna) rispetto a quello comportato da una gravidanza o dal periodo post-partum.