Quando associato ad amoxicillina, il principale effetto avverso del farmaco consiste nella aumentata incidenza di ittero colestatico ed epatite acuta. Anche la comparsa di porpora e la sindrome di Stevens Johnson sembrano presentare un'incidenza più elevata quando ad amoxicillina si associa l'acido clavulanico. Questi effetti insorgono in corso di trattamento o subito dopo, e risultano decisamente più frequenti nel sesso maschile e nei soggetti di oltre 65 anni. L'ittero associato è di solito autolimitante e molto raramente fatale.