La stessa Regina Margherita di Savoia volle dare il suo nome all'Istituto. Con il nome, diventato ufficialmente "Ospedale Infantile Regina Margherita", nel 1888 cambiò anche la sede dell'Ospedaletto, che, trasferitosi nel nuovo edificio in via Menabrea 6 ultimato nel 1890, diventò punto di sperimentazione della medicina sui più piccoli. Con la creazione di nuovi reparti l'ospedale crebbe ulteriormente e presto i locali divennero insufficienti per le esigenze di quel periodo. La vecchia sede era inadeguata sia alle domande di ricovero sia alle esigenze scientifiche e didattiche: così in una successiva trasformazione della struttura vennero formate le divisioni ospedaliere (Oncologia e Ematologia) e le divisioni universitarie (Gastroenterologia, Genetica, Auxologia, Diabetologia, Reumatologia) ed ancora la divisione di neuropsichiatria ancora oggi attive e in stretta collaborazione con l'ospedale gineocologico Sant'Anna di Torino. Con esso, fa parte infatti di un'unica azienda ospedaliera, riconosciuta a livello nazionale, in pieno sviluppo e con gli stessi obiettivi.