Sul finire del secolo si ebbe però la decadenza di queste istituzioni: come diretta conseguenza della rivoluzione francese e dell'occupazione militare da parte della Francia di gran parte dell'Italia settentrionale vi fu l'esproprio e la confisca di tutti i beni dell'Ordine. Il priorato di Venezia venne poi soppresso direttamente da un decreto di Napoleone datato 30 aprile 1806.