Se si esclude il gravissimo effetto collaterale rappresentato dalla PML, che verrà trattato successivamente, quella con Natalizumab è una terapia globalmente ben tollerata. Gli effetti collaterali che vengono riscontrati più frequentemente (23%) sono le reazioni correlate all'infusione (capogiri, nausea, orticaria e irrigidimento). Nel 10% dei pazienti sono stati rilevati anticorpi anti-Natalizumab la cui persistenza è stata associata a una sostanziale diminuzione dell'efficacia del farmaco e a un aumento dell'incidenza di reazioni di ipersensibilità: per questo motivo il trattamento deve essere interrotto nei pazienti che sviluppano questo tipo di anticorpi in modo persistente. È possibile che la terapia induca delle alterazioni nelle indagini di laboratorio quali l'aumento del numero dei linfociti, dei monociti, degli eosinofili, dei basofili e degli eritrociti; inoltre sono state osservate lievi diminuzioni dell'emoglobina e dell'ematocrito, che solitamente tendono a rientrare nella norma entro 16 settimane dopo l'ultima somministrazione del farmaco 365 . 