La somministrazione continuata nel tempo di Rabeprazolo può indurre un aumento significativo dei livelli ematici di gastrina. Potrebbe verificarsi una diminuzione dell’assorbimento di vitamina B12 e magnesio (ipomagnesiemia). Il rabeprazolo sodico, come tutti i farmaci acido-bloccanti, può ridurre l'assorbimento della vitamina B12 (cianocobalamina) a causa di ipo- o a-cloridria. Ciò deve essere preso in considerazione nei pazienti in terapia a lungo termine con ridotte riserve corporee o fattori di rischio che riducano l'assorbimento della vitamina B12 o se vengono osservati i rispettivi sintomi clinici.