Il capside, che racchiude il genoma virale, presenta una simmetria icosaedrica ed è composto da 72 capsomeri. Ogni capsomero è un pentamero di L1 (55 kDa), una proteina strutturale del capside, che costituisce l'80% delle proteine virali totali. L1 è coinvolta principalmente nel legame al DNA virale, come dimostrano studi su virus mutanti per L1, i quali sono ancora in grado di formare il capside, ma non possono incorporare il DNA. Il capside di ogni virione contiene inoltre circa 12 copie di L2 (70 kDa), la proteina minore del capside (Burd et al., 2003). L2 svolge principalmente ruoli di tipo strutturale, ma anche diverse funzioni regolatorie durante il ciclo vitale degli HPV, tra le quali il legame a recettori secondari, la determinazione della localizzazione nucleare del virus e l'incapsidazione selettiva del DNA nel capside virale, aumentando così l'infettività dei virioni.