Il 29 novembre 1944 l'operazione fu provata per la prima volta su una bambina di diciotto mesi di nome Eileen Saxon. Il morbo blu aveva reso le sue labbra e le unghie delle sue dita blu, con il resto della sua pelle di un pallido colorito blu. La bambina poteva fare solo pochi passi prima di cominciare a respirare affannosamente. Poiché allora non esistevano strumenti per la chirurgia cardiaca, Thomas adattò gli aghi e le pinze per l'operazione partendo da quelli in uso nel laboratorio per gli animali. Durante l'intervento, come richiesto da Blalock, Thomas stette in piedi su uno sgabello alle spalle di Blalock e lo guidò passo passo, dato che Thomas aveva eseguito quell'operazione centinaia di volte su un cane e Blalock una volta sola, assistito da Thomas. L'intervento non riuscì perfettamente, tuttavia esso consentì di prolungare la vita della bambina ancora per parecchi mesi. Blalock e la sua squadra intervennero di nuovo su una bambina di undici anni, questa volta con pieno successo, e la paziente poté lasciare l'ospedale tre settimane dopo l'operazione. Successivamente essi intervennero su un bambino di sei anni, che straordinariamente recuperò il suo colorito alla fine dell'intervento. Queste tre operazioni furono alla base dell'articolo che fu pubblicato nel 1945 sul numero di maggio di "JAMA" ("Journal of the American Medical Association"), attribuendo il merito del successo a Blalock e Taussig. Thomas non fu nemmeno nominato.