Come visto in precedenza la Medicina al tempo di Daquin era alla ricerca di un proprio specifico statuto metodologico, impegnata in un lavoro di ricerca e sistemazione del sapere volto alla creazione di una prospettiva in cui collocare il sapere e l'agire del medico; le scienze naturali con il loro contributo epistemologico funzionavano da un lato come fonti di conoscenza applicabili anche in Medicina, dall'altro come forte stimolo alla ricerca di un modo di essere medici corrispondente all'oggetto di una disciplina che è insieme scienza e azione.La ricerca delle cause dei fenomeni è una delle basi della medicina scientifica e dello sforzo profuso in questi anni decisivi per raggiungere una verificabilità e una efficacia che le grandi teorie del passato (i galenismi) non avevano e che in tempo di rivoluzione del pensiero e nascita delle diverse scienze non erano più accettabili né difendibili.L'esigenza di una Medicina che al pari di altre scienze potesse vantare un prestigio e una credibilità nuove conduceva direttamente alla ricerca di risultati osservabili e a teorie plausibili al confronto con i dati delle scienze naturali.Daquin si pone alla ricerca delle possibili origini di malattia nei pazienti che visita e cura, e oltre alle osservazioni sul campo annota riflessioni e ipotesi sulle cause di patologia mentale:"Il ya une infinité de causes qui déterminent et produisent la folie; mais le germe de cette malarie est ancore sans contredit bien plutot développé chez ceux où il se trouve déjà una disposition héréditaire." (pag. 16) 48L'osservazione della incidenza della malattia nelle famiglie e tra gruppi parentali suggerisce l'ipotesi della componente ereditaria, e Daquin si spinge ad auspicare un intervento medico di tipo preventivo presso i nuclei familiari in cui la patologia si è già manifestata.Una simile osservazione sembra certamente suggerire una componente organica del male, qualcosa che possa essere trasmesso attraverso le generazioni; Daquin suddivide in due grandi gruppi le cause di follia, le cause fisiche e le cause morali. Molto interessante la spiegazione fornita di questa osservazione;Daquin paragona gli effetti deleteri sulla mente di un ricorrente presentarsi e indugiare in determinate idee alla formazione dei "tic" nervosi, quasi a 51 "Quest'osservazione è la dimostrazione più completa dell'effetto che violente impressioni possono fare sulla sostanza del cervello e come la lunga consuetudine con idee particolari ed incoerenti faccia che sì che si congiungano così strettamente da formare una unione durevole e permanente."suggerire che l'abitudine è in grado di generare stati persistenti e di preformare dei circuiti logici che poi verranno ripercorsi continuamente senza più essere passati al vaglio della ragione critica, e se l'associazione di idee è errata oltre che persistente ecco determinarsi l'errore di giudizio (e conseguentemente di azione) che conduce alla malattia mentale.Sembra di poter leggere una lontana ma sorprendente intuizione riguardante una strana forma di "condizionamento"; associazioni di idee mal composte conducono a comportamenti scorretti e a risposte disadattative: questa è l'idea espressa da Daquin con il linguaggio del suo orizzonte culturale.Il costituirsi di una patologia mentale intorno ad una idea incoerente con i dati della realtà è affrontato nel caso della giovane parigina di cui è riportato il caso a pag. 31 di La Philosophie de la folie: una ragazza, convinta di essere un uomo, assumeva comportamenti e conduceva conversazioni del tutto corrette qualora gli interlocutori assecondassero l'idea fissa, ma si perdeva in un argomentare sconnesso e inconcludente se il delirio veniva contrastato attraverso la dimostrazione dei fatti concreti.