Iniziò gli studi per la carriera medica a Losanna, poi nel 1884 si trasferì a Marburgo in Germania e successivamente fra i 1885 e il 1886 all'ospedale Hôtel-Dieu di Parigi. Nel 1887 l'incontro con Émile Roux gli aprì le porte dell'Istituto Pasteur dove lavorò al vaccino contro la rabbia. La città di Parigi mise a disposizione un casermone sito in "rue Vauquelin". Successivamente fu aperta una sottoscrizione internazionale alla Banque de France, nella quale affluirono i fondi dello zar di Russia, dell'imperatore del Brasile, del sultano di Istanbul e di gente comune come l'alsaziano Joseph Meister, il primo uomo salvato dal vaccino antirabbico. Al progetto parteciparono scienziati provenienti da tutta Europa, che sarebbero diventati i membri della cosiddetta "banda Pasteur": Adrien Loir, Jacques-Joseph Grancher, Etienne Wasserzug, Élie Metchnikoff, Waldemar Haffkinë, Émile Roux e lo stesso Yersin.