La causa maggiore della peritonite batterica è la perforazione interiore del tratto gastrointestinale, che porta alla contaminazione della cavità addominale con succhi gastrici e microbiota umano intestinale. La perforazione è di solito dovuta all'aggravarsi di un'appendicite non curata immediatamente o a complicanze in seguito alla presenza di corpi estranei nell'intestino. La ragione per cui l'appendicite viene di solito trattata rapidamente e con decisione (di solito con un'appendicectomia, cioè resezione dell'appendice) è dovuta proprio ai rischi derivanti dalla possibile degenerazione della malattia.