La prognosi dopo un trapianto di cellule staminali ematopoietiche è molto variabile e dipende dal tipo di malattia, dallo stadio, dalla fonte di cellule staminali, dalla compatibilità HLA e dal regime di conservazione. Un trapianto offre una possibilità di guarigione o di remissione a lungo termine se le complicazioni inerenti al graft versus host disease, ai trattamenti immuno-soppressivi e le infezioni opportunistiche riescono ad essere superate. Negli ultimi anni, i tassi di sopravvivenza sono gradualmente aumentati in quasi tutti i pazienti che ricevono un trapianto.