Leonardo di Capua nacque a Bagnoli Irpino il 10 agosto 1617 da Cesare e Giovanna Bruno, dei quali fu l'ultimo figlio. Nonostante la famiglia fosse facoltosa, non gli venne assegnato un precettore che lo seguisse negli studi oltre le basi grammaticali. Ad ogni modo, egli si dedicò con passione, sin da giovanissimo, all'approfondimento del latino, del greco e della retorica. Ad undici anni, nel 1628, perse entrambi i genitori e dovette cominciare a provvedere da sé alla sua educazione. Trasferitosi a Napoli per seguire la sorella, frequentò la scuola dei padri della Compagnia di Gesù, studiando per sette anni filosofia e teologia. A diciotto anni si dedicò agli studi giuridici e successivamente alla medicina. Imparò le Istituzioni di Giustiniano, leggendo al tempo stesso anche le osservazioni di Giacomo Cuiacio, testi che segnarono profondamente la sua formazione, come è evidente in vari passaggi del suo ""Parere"" e nelle sue ""Lezioni intorno alla natura delle mofete"". All'età di 22 anni si laureò in medicina e fece ritorno a Bagnoli, con l’intenzione di approfondire le sue conoscenze naturali ed anatomiche, effettuando osservazioni dirette su animali vivi sezionati e con il supporto di testi reperiti a Napoli. Proprio in quegli anni prese forma il suo pensiero critico circa l'inadeguatezza del metodo utilizzato sino ad allora in ambito medico. Degli anni di ritiro a Bagnoli non abbiamo ulteriori notizie biografiche. Niccolò Amenta, autore di una sua biografia, ci riferisce anche di una certa attività letteraria, collocabile in questo periodo, di cui, tuttavia, non ci è giunta testimonianza: i suoi testi furono rubati mentre era in viaggio verso Napoli.