La struttura terziaria delle proteine è piuttosto complessa. I siti funzionali sono spesso localizzati nel cuore della molecola, ma devono essere accessibili a piccoli ligandi come substrati, inibitori, cofattori o effettori perché possano esplicare la loro azione. L'accessibilità a tali siti è garantita da percorsi in grado di mettere in comunicazione l'interno della molecola con l'ambiente ad essa circostante. Queste vie di accesso, chiamate tunnel, canali o pori, possiedono una certa forma, dimensione, flessibilità e particolari proprietà fisico-chimiche che, se rese note, rendono possibile determinare la capacità o meno per un ligando di penetrare nella macromolecola, legare il sito attivo e fornire una risposta fisiologica 36 . Ne risulta che la conoscenza di tali parametri e delle loro eventuali modificazioni nel corso del tempo è essenziale per l'analisi delle relazioni struttura-attività e soprattutto per lo studio delle interazioni con ligandi. 