Studi recenti hanno dimostrato l'aumentata frequenza di mutazioni o polimorfismi in grado di incrementare la trascrizione del gene COL1A2 (catena 2 del collagene di tipo 1) tra gli sclerodermici 26 ; similmente due polimorfismi su singoli nucleotidi del codone 10 del gene codificante per TGF-1 (trasforming growth factor 1) sono stati rinvenuti con significativa frequenza, suggerendo una maggior produzione di questo fattore fibrogenetico negli affetti 27 . Inoltre, i pazienti con il polimorfismo del TGF-1 hanno mostrato una maggior propensione allo sviluppo di fibrosi polmonare, anche a carico del parenchima trapiantato 28 .In ultimo, anche la fibrillina-1, una proteina strutturale della matrice extracellulare che compone le microfibrille del connettivo, è stata collegata alla sclerosi sistemica dal riscontro di alcuni polimorfismi (localizzati a monte della sequenza codificante) determinanti un incremento trascrizionale, particolarmente diffusi fra iChoctaw americani e fra i Nipponici 29 .Una delle ipotesi più ardite riguardo all'eziopatogenesi è quella del microchimerismo: essa suggerisce che durante la gravidanza vi possa essere un traffico transplacentare bidirezionale di cellule la cui sopravvivenza sarebbe resa possibile dalla compatibilità HLA II (DRB1) materno-fetale. Queste cellule resterebbero quiescenti a meno di un evento attivante che scatenerebbe una reazione di tipo graft-versus-host (GVH), responsabile della sclerosi cutanea e sistemica.In effetti le somiglianze cliniche, istopatologiche e sierologiche tra le due patologie sono sorprendenti: a livello polmonare, esofageo, cutaneo si osservano caratteristiche assai simili di infiltrazione linfocitaria e fibrosi, e la stessa sierologia appare spesso sovrapponibile.La tesi del microchimerismo venne postulata dopo che cellule fetali furono trovate nel circolo materno a distanza di decadi dal parto ed ha trovato parziali conferme nel rinvenimento di DNA e cellule fetali in campioni di cute patologica di madri sclerodermiche che avevano partorito figli maschi 30 . La bidirezionalità di tale passaggio transplacentare è dimostrata dalla presenza di cellule di origine materna nel circolo dei neonati, e consente di estendere l'ipotesi patogenetica a persone di sesso maschile ed a donne nullipare 31 .Sebbene la probabilità di trovare materiale cromosomico di origine fetale non è risultato differire tra pazienti e controlli sani, la valutazione quantitativa ha mostrato una maggior concentrazione di DNA fetale nelle pazienti affette, suggerendo la dipendenza del fenomeno da fattori quantitativi 32 .Studi più recenti, oltre a dimostrare la relazione di dipendenza dalla quantità di genoma fetale, hanno dimostrato che stimoli antigenici con effetto clonale sui linfociti T causano una contestuale potente amplificazione delle cellule microchimeriche nelle persone affette da sclerosi sistemica ma non nei controlli sani 33 .Quella del microchimerismo, nonostante alcune solide evidenze, resta ad oggi un'ipotesi certamente avvincente e per certi versi provocatoria, ma la sua effettiva importanza nella patogenesi della sclerosi sistemica non è ancora completamente chiarita.