Una delle patologie che colpiscono la microglia è la sclerosi multipla, patologia in cui la guaina mielinica viene distrutta da un meccanismo sconosciuto con gravi conseguenze neurologiche e i residui della mielina vengono fagocitati e degradati dalle cellule microgliali mediante l'attività degli enzimi lisosomiali e un processo di fagocitosi mediata da recettori.