Anche in caso di un difetto dell'epitelio corneale, per la scarsa solubilità di idoxuridina, nell'umore acqueo possono essere rilevate solo tracce della molecola. Per lo stesso motivo si ritiene che il composto, a seguito di applicazione topica, non possa raggiungere la circolazione sistemica. In ogni caso a livello tissutale il farmaco viene rapidamente trasformato in iodouracile, uracile e ioduro, metaboliti non dotato di attività antivirale.