Il genere "Citrobacter" appartiene alla famiglia delle Enterobacteriaceae (Enterobacteria) nell'ordine Enterobacterales. Questo ordine appartiene alla classe Gammaproteobacteria. Le enterobatteriacee formano un grande gruppo di batteri gram-negativi a cui appartengono i generi "Enterobacter, Escherichia, Klebsiella, Raoultella, Salmonella" e "Shigella", alcuni dei quali sono importanti come patogeni.