Una cistectomia parziale comporta la rimozione di solo una porzione della vescica e viene eseguita per alcuni tumori benigni e maligni localizzati nella stessa. Gli individui che possono essere candidati alla cistectomia parziale comprendono quelli con singoli tumori situati vicino alla cupola, o nella parte superiore della vescica, tumori che non invadono il muscolo della stessa, tumori situati all'interno del diverticolo vescicale o tumore che non sia un carcinoma in situ (CIS). Una cistectomia parziale può anche essere eseguita per la rimozione di tumori che hanno avuto origine e diffusione da organi vicini come il colon.