L'ardente lavoro dedicato alla stesura del Trattato gravò sulla salute già precaria di Laennec, che nel 1818, vinto da un esaurimento nervoso, fu costretto a concedersi una vacanza in Bretagna sostando a Kerlouanec, Pont l'Abbé e Douarnenez. Tornato a Parigi, donò la sua biblioteca, ricca di numerose collezioni, alla Facoltà di Medicina e si trasferì in Bretagna. La salute precaria gli impedì di accettare molti incarichi che gli erano stati proposti, tra cui quello di Professore di Clinica e Preside della facoltà di Medicina. Riuscì comunque ad insegnare alla Charité e al Collège de France. Nell'aprile del 1826, affetto da tubercolosi, fu costretto a ritirarsi definitivamente in Bretagna, senza però ottenere miglioramenti: vi morì infatti il 13 agosto, paradossalmente a causa di una malattia che aveva a lungo analizzato.