L'ubidecarenone si comporta come un accettore di radicali liberi con proprietà antiossidanti (riducenti) e stabilizzanti di membrana. In tal modo il farmaco preserva l'integrità della cellula. Il coenzima è particolarmente abbondante nelle cellule miocardiche e una sua carenza, dato il ruolo fondamentale svolto nella fosforilazione ossidativa mitocondriale, comporta un deterioramento dei processi energetici ed una minore produzione di ATP associandosi a patologie cardiovascolari. Esso inibisce la fosfolipasi di membrana prevenendo la biotrasformazione dell'acido arachidonico e la formazione di trombossani e leucotrieni responsabili, a loro volta, di danni ischemici al miocardio.