Sempre nel 1900, Maragliano venne nominato senatore del Regno. Prese, quindi, sotto questa veste viva parte ai problemi relativi alla organizzazione degli studi universitari e della Sanità pubblica. Preside della Facoltà di Medicina e Chirurgia dal 1899 al 1905. Membro del Consiglio Superiore della Pubblica Istruzione e Membro del Consiglio Sanitario Provinciale. Candidato politico del Partito Liberale e del Partito Democratico. Delegato del Governo al Congresso Internazionale della Tubercolosi a Berlino nel 1902; al Congresso Medico del Cairo nel 1903; al Congresso Internazionale di Madrid nel 1904. Dal 1906 al 1916 il Consiglio Accademico dell'Università di Genova lo confermò nell'alto ufficio di Magnifico Rettore.