Questa forma è in realtà uno stadio intermedio in cui si trovano le microglia che passano dalla forma ramificata alla forma attivata e fagocitica. Le microglia possono essere attivate da un gran numero di fattori, tra cui: agonisti del recettore del glutammato, citochine pro-infiammatorie, fattori di necrosi, variazioni della concentrazione di potassio extracellulare (indicativo di una rottura cellulare). Una volta attivate le cellule subiscono diversi cambiamenti morfologici come l'ispessimento e la ritrazione delle ramificazioni, l'esposizione delle proteine del MHC I/II, l'espressione di immunomolecole, la secrezione di fattori citotossici, la secrezione di molecole di reclutamento, la secrezione di molecole pro-infiammatorie (causando una cascata pro-infiammatoria). Inoltre, le microglia proliferano rapidamente in modo da incrementare il numero di cellule che potranno intervenire. Le microglia attivate non fagocitiche generalmente appaiono come “cespugli”, “bacchette” o come piccole microglia ameboidi a seconda del punto della trasformazione tra ramificata e fagocitica in cui si trovano.