La terapia chirurgica con la rimozione del tratto di intestino infiammato (morbo di Crohn) o dell'intero colon (colite ulcerosa) è, in genere, conseguente allo sviluppo di complicazioni o alla mancata risposta alle cure. Le manifestazioni perianali (spesso associate al morbo di Crohn) possono essere trattate chirurgicamente quando il trattamento medico risulti inefficace.