Il San Bortolo conta al 2015 16 reparti appartenenti all'area medica, 13 all'area riabilitativa, 12 all'area chirurgica, 4 all'area materno-pediatrica, 14 all'area terapia intensiva e 13 appartenenti all'area diagnosi e cura. Internamente i reparti (o unità operative) sono inseriti in 14 dipartimenti che hanno la funzione di coordinamento aziendale, pur lasciando alle singole UO la propria autonomia.