Gli studi di Wieschaus si concentrano sullo studio dell'embriogenesi della "Drosophila melanogaster" (o "moscerino della frutta"), in particolar modo nelle sue fasi iniziali. Gran parte del materiale genetico utilizzato dall'embrione a questo stadio è già presente nell'uovo non fertilizzato ed è prodotto per trascrizione materna durante l'ovogenesi, mentre la restante parte è comunque il prodotto della trascrizione che avviene all'interno dell'embrione stesso. Wieschaus ha studiato in particolare questi geni, nella convinzione che lo schema spaziale e temporale della loro trascrizione fosse in grado di mostrare i meccanismi che controllano la sequenza normale dello sviluppo genetico.