La vita di Corvisart cambiò radicalmente quando, proclamato l'Impero nel 1804, Napoleone I divenne suo paziente. La totale ammirazione nei confronti dell'Imperatore venne pienamente ricambiata. Corvisart, oltre che medico personale, vestì anche i panni di amico e consigliere di Napoleone il quale, con una celebre frase, affermò: "Io non credo nella medicina, ma credo in Corvisart". Corvisart si occupò anche della salute delle consorti dell'Imperatore e di suo figlio. Quando i titoli di nobiltà vennero reintrodotti da Napoleone, Corvisart venne nominato Barone dell'Impero.