Passò i suoi ultimi anni di vita tra l'Austria, dove aveva sede la Christiaan Barnard Foundation, che si dedicava all'aiuto di bambini in tutto il mondo, e la sua fattoria nella sua città natale, Beaufort West. Barnard morì a causa di un attacco acuto di asma mentre si trovava in vacanza a Pafo (Cipro), il 2 settembre 2001. In un primo momento si era diffusa la notizia che fosse morto per un attacco cardiaco, ma ciò fu smentito dalla successiva autopsia.