Si è visto inoltre che alcuni alimenti e integratori probiotici modulano la risposta infiammatoria, e si pensa che ciò sia dovuto almeno in parte alla regolazione della funzione delle citochine. Per quanto riguarda la risposta infiammatoria, alcuni studi clinici suggeriscono ad esempio che possano prevenire le ricadute di malattie infiammatorie croniche intestinali (IBD, Inflammatory Bowel Disease) negli adulti. Per l'ipersensibilità, invece, non è tuttora chiaro come i probiotici possano contrastare la sovrareazione del sistema immunitario, ma un potenziale meccanismo sembra essere la desensibilizzazione dei linfociti T, un importante componente del sistema immunitario, verso stimoli proinfiammatori.