Nel 1997 diviene Dirigente Sanitario dell'ospedale di Lacor. Ottenere tale carica aumenta le sue responsabilità ma non per questo fa diminuire il suo impegno: Lukwiya si occupa dell'organizzazione dei servizi sanitari anche al di fuori dell'ospedale, predispone le vaccinazioni dei bambini nei campi profughi e gestisce epidemie come quella del colera e di meningite meningococcica. Nonostante l'imponente mole di lavoro che l'amministrazione dell'ospedale richiede prende parte anche ad iniziative di pace e di conciliazione, divenendo membro del Rotary. Nel dicembre del 1998, Lukwiya fa trasferire la propria famiglia nella capitale, Kampala, lasciando per un breve periodo la direzione dell'ospedale al collega Cyprian Opira. Durante questo periodo ottiene un master in salute pubblica alla Makerere University e nel 1999 abbandona la fede protestante seguendo l'esempio della moglie, convertitasi al pentecostalismo.