Nelle sale del museo, alla collezione di reperti antichi – messi a disposizione da Università di Padova, Musei civici, Azienda ospedaliera e ULSS16 – si affiancano esposizioni interattive, video e giochi multimediali, ideati per illustrare i reperti e chiarire i temi trattati, con appositi percorsi per i bambini. In ogni sala i visitatori possono bussare a grandi porte virtuali, in cui vengono evocati, grazie a dei video a grandezza naturale, i protagonisti del passato che presentano sé stessi e i temi del museo.