In alcuni casi può diventare altamente patogena per l'uomo, causando la meningoencefalite amebica primaria (PAM). Quando l'uomo utilizza raccolte d'acqua in cui siano presenti le forme biflagellate, se l'acqua giunge accidentalmente all'interno delle cavità nasali, queste forme possono penetrare attraverso la mucosa olfattiva seguendo un gradiente di temperatura a loro favorevole e risalire lungo le fibre del nervo olfattivo in cavità cranica attraverso la lamina cribrosa dell'Osso etmoide, fino ad arrivare al cervello attraverso i bulbi olfattivi.