Su richiesta di Marsh, Powell invitò Cope a restituire gli esemplari che aveva rinvenuto durante il suo impiego nell'ambito delle indagini governative. Questo fu un oltraggio per Cope, che aveva usato i propri soldi mentre lavorava come volontario. Come risposta, Cope andò dal direttore del "New York Herald" e gli promise un titolo scandaloso. Dal 1885 Cope aveva tenuto un ricco resoconto di errori e scorrettezze che sia Marsh che Powell avevano commesso nel corso degli anni. Cope cercò gli assistenti di Marsh che si lamentarono di essere cronicamente sottopagati. Il giornalista William Hosea Ballou pubblicò il primo articolo il 12 gennaio 1890, in quella che sarebbe diventata una serie di dibattiti tra Marsh, Powell e Cope. Cope attaccò Marsh per plagio e cattiva gestione finanziaria, e Powell per i suoi errori di classificazione geologica e la cattiva spesa dei fondi stanziati dal governo. Marsh e Powell pubblicarono la propria versione della storia e, alla fine, non cambiò molto. Non venne creata nessuna seduta del Congresso per indagare sulla presunta errata assegnazione dei fondi da parte di Powell e Cope e Marsh non furono ritenuti responsabili di eventuali errori. Indirettamente, tuttavia, gli attacchi potrebbero aver influenzato la perdita di potere di Marsh nell'indagine. A causa delle pressioni di Powell sulla cattiva stampa, Marsh venne rimosso dalla sua posizione per le indagini governative. I rapporti di Cope con il presidente dell'Università della Pennsylvania si sono inaspriti e l'intero finanziamento per la paleontologia nelle indagini governative è stato eliminato.