 Il trattamento può essere iniziato nella prima fase follicolare (giorno 2 o 3 del ciclo mestruale) o nella fase luteale media (giorno 21-23 del ciclo mestruale o 5-7 giorni prima dell'inizio atteso della mestruazione). L'iperstimolazione ovarica controllata con gonadotropine deve essere iniziata dopo circa 2-4 settimane dal trattamento con Fertipeptil. La risposta ovarica deve essere controllata clinicamente (tramite ecografia ovarica da sola o, preferibilmente, in combinazione con il dosaggio dei livelli di estradiolo) e la dose di gonadotropine dovrà essere adattata di conseguenza. Una volta ottenuto un sufficiente numero di follicoli della dimensione appropriata, il trattamento con Fertipeptil e con gonadotropine deve essere interrotto e deve essere somministrata una singola iniezione di hCG per indurre la maturazione finale del follicolo. Se dopo 4 settimane la downregulation non è confermata (tramite evidenza ecografica di un endometrio sfaldato o, preferibilmente in associazione alla misurazione dei livelli di estradiolo), si deve considerare l'interruzione del trattamento con Fertipeptil. La durata totale del trattamento di solito è di 4-7 settimane. Durante il trattamento con Fertipeptil, si deve fornire adeguato supporto della fase luteale, secondo il protocollo del centro medico di riferimento. 