Alcuni farmaci che prolungano l'intervallo QT (antidepressivi triciclici, antiaritmici di classe IA e III, cisapride, eritromicina, litio, meflochina, metadone, moxifloxacina, neurolettici), farmaci che interferiscono con l'equilibrio idro-elettrolitico, farmaci inibitori del CYP2D6, in associazione all'atomoxetina possono aumentare il rischio di gravi aritmie ventricolari.