Il coinvolgimento degli eosinofili nel tessuto infiammatorio è un processo complesso, regolato da una serie di citochine infiammatorie. Nella gastroenterite eosinofila le citochine IL-3, IL-5 ed il fattore stimolante le colonie di granulociti macrofagi (GM-CSF) sono coinvolti nel reclutamento delle cellule e nella loro attivazione. Sono stati infatti osservati in preparazioni immunoistochimiche della parete intestinale malata. 