A Napoli lavorò anche al suo ultimo libro la “Fisica”, un'opera confusa che tratta argomenti enciclopedici. A Napoli però fu anche colpito da una profonda depressione, dovuta alla consapevolezza, che i suoi rimedi e le sue tecniche mediche non venissero più utilizzate. Questa crisi lo portò a rivelare la sua segretissima ricetta per preparare i rimedi contro la gotta, ricetta che aveva sempre custodito gelosamente e che lo aveva reso celebre. Sapeva bene ormai, che il suo tempo stava per concludersi e che non gli rimaneva altro da fare che aspettare l'arrivo della morte. Quasi certamente morì a Venezia dopo il 1583, anno dell'ultima pubblicazione dello “Specchio di scienza universale”.