La meningoencefalite amebica primaria è caratterizzata da febbre, alterazione del sensorio, nausea, vomito, cefalea e segni neurologici focali. Il quadro può evolvere rapidamente a coma e morte. La diagnosi si basa sull'isolamento dell'ameba dal liquido cefalorachidiano o spesso da materiale autoptico. Non esiste un protocollo terapeutico standard, sebbene alcuni farmaci sembrano avere buon effetto come l'amfotericina B, un antifungo attivo su "Naegleria fowleri." Tuttavia i pazienti sopravvissuti sono in tutto meno di una decina. L'infezione da "Naegleria fowleri" sembra essere un evento raro. In Italia è stato finora segnalato un unico caso.