Il rabeprazolo è assorbito a livello delle cellule parietali dello stomaco che sono responsabili della secrezione di acido cloridrico, la sua azione è dose dipendente. Il farmaco risulta essere ancora inattivo, viene secreto attraverso i canalicoli secretori delle cellule parietali che permettono il passaggio dei succhi acidi. La secrezione acida è sotto il controllo delle pompe protoniche, in particolare della pompa idorogeno/potassio adenosina trifosfato (H/K ATPase), questa pompa presenta una cisteina come residuo amminoacidico di interesse per l'azione del farmaco. Dopo attivazione da parte dei succhi acidi dello stomaco il rabeprazolo può legare in maniera permanente il residuo di cisteina formando un legame covalente in questo modo inibisce sia il rilascio di acido basale che quello stimolato. Una volta che è legato alla cisteina altera la configurazione della pompa protonica inibendone l'attività. In questo modo i succhi acidi non sono più secreti nel lume dello stomaco con conseguente aumento del pH dello stomaco. Ogni volta che una molecola di rabeprazolo lega una pompa protonica questa è inibita fino a quando una nuova pompa protonica non viene prodotta dalle cellule parietali. Studi sugli animali hanno indicato che il rabeprazolo dopo somministrazione sparisce rapidamente sia dal plasma che dalla mucosa gastrica, viene poi escreto nelle urine. 