In seguito all'accumulo di lipidi nella mucosa intestinale, nel corso della terapia con Lomitapide compaiono con elevatissima frequenza (>90%) manifestazioni avverse gastrointestinali: diarrea (80%), nausea (65%), dispepsia (38%), vomito (35%); in oltre il 20% dei casi si possono verificare dolore o gonfiore addominale, flatulenza o stipsi. L'adozione di una dieta a basso contenuto lipidico (<20% delle calorie totali) e una graduale definizione del dosaggio di Lomitapide possono migliorare la tollerabilità gastroenterica.