Dapprima lavorò a Sydney fino al 1991, per poi trasferirsi in Inghilterra, a Londra, lavorando come medico presso l'ospedale Royal Brompton dal 1995 al 1996. Dopo questa breve parentesi fu assunto al London Chest Hospital. Nel 2000 era medico presso l'ospedale di Saint Bart e l'Harefield Hospital. Nel novembre del 2007, tuttavia, si dimise dall'incarico per dirigere un ospedale cardiaco in Malaysia. Nell'agosto 2013, Khan lavorava come consulente chirurgo cardio-toracico presso l'ospedale universitario di Basildon.