L'analisi della clonalità tumorale è un importante passo per stabilire l'origine cellulare della neoplasia e per identificare i meccanismi molecolari sottostanti alla progressione tumorale. L'origine monoclonale indica che la progressione tumorale è il risultato finale di mutazioni genetiche intrinseche, viceversa la policlonalità suggerirebbe che le cellule tumorali siano state soggette a stimoli locali o sistemici. L'analisi di inattivazione del cromosoma X ha dimostrato come i CCS siano costituiti da popolazioni di cellule monoclonali e che, al contrario, le masse benigne possano essere mono o policlonali rispettivamente nell' 82% e nel 12% dei casi esaminati (Beuschelein et al., 1994;Gicquel et al., 1994;Blanes et al., 2006). Grazie all'uso dell'ibridazione genomica comparativa e all'analisi dei microsatelliti è stato possibile ipotizzare che alterazioni cromosomiche successive si accumulino durante la progressione tumorale. I geni coinvolti possono essere classificati come oncosoppressori o come oncogeni.