L'edificio fu distrutto nel XVI secolo e dal 1831 al 1838 vi venne edificato il nuovo lazzaretto, fatto iniziare dal tenente generale Giovanbattista Fardella. Lo scopo era quello di accogliere soggetti portatori di malattie contagiose, unitamente alle loro mercanzie, provenienti soprattutto dalle navi che arrivavano in porto, per limitarne la diffusione e per prevenire le epidemie, mettendoli in quarantena. Fu chiuso nel 1885. In occasione dell'alluvione del 1976 fu utilizzato per ospitare gli sfollati .