Culpeper era figlio Nicholas (Senior), un ecclesiastico. Studiò all'Università di Cambridge, e successivamente divenne apprendista in una farmacia. Dopo sette anni il suo padrone sparì con il denaro pagato per il contratto e subito dopo sua madre morì di cancro al seno. Culpeper sposò la figlia di un ricco commerciante, cosa che gli consentì di aprire una farmacia nella casa a metà strada fra Spitalfields e Londra, fuori dall'autorità della City di Londra, in un momento in cui le strutture mediche a Londra erano al punto di rottura. Sostenendo che "nessun uomo meritava di morire di fame per pagare un medico insolente", e doveva rifornirsi di erbe dalla vicina campagna, Culpeper era in grado di fornire i suoi servizi gratuitamente. Questo, e la volontà di esaminare i pazienti in prima persona piuttosto che semplicemente esaminare la loro urina (a suo parere, "tanta quanta ne poteva contenere il Tamigi" non aiutava nella diagnosi), Culpeper era estremamente attivo, tanto che a volte visitava anche quaranta persone in una mattina. Usando una combinazione di esperienza e di astrologia, si dedicò a utilizzare le erbe per curare le malattie dei suoi pazienti.