Il medico di riferimento per la cisti di Bartolino è lo specialista in ginecologia. Dopo aver eseguito la visita, il ginecologo valuta se prelevare una piccola quantità (campione) di secrezioni vaginali o del collo dell'utero per verificare la presenza di eventuali infezioni a trasmissione sessuale. Nelle donne oltre i 40 anni, se lo ritiene necessario perché sospetta che non si tratti di una cisti del Bartolino ma di lesioni di altra natura, può prelevare un pezzetto di tessuto (biopsia) da analizzare in laboratorio.