Un altro clamoroso successo per la iatromeccanica avvenne l'anno successivo quando uscì "De viscerum structura", nel quale Malpighi mise in evidenza il complesso sistema di follicoli, tubuli e vasellini dei reni e sviluppò un nuovo modello del processo della secrezione. Nel 1663 individuò in un vaso sanguigno dei globuli rossi che inizialmente interpretò come globuli di grasso.