Se la ragade anale persiste nel tempo (cronica), è resistente alle cure o i disturbi (sintomi) sono gravi, il medico può raccomandare un intervento chirurgico. Di solito si esegue una procedura, chiamata sfinterotomia laterale interna, che comporta il taglio di una piccola porzione del muscolo dello sfintere anale per ridurre lo spasmo e il dolore e promuovere la guarigione. Gli studi hanno confermato che per la ragade cronica la chirurgia è molto più efficace di qualsiasi trattamento medico. Tuttavia, la chirurgia presenta un piccolo rischio ovvero quello di poter causare l'incontinenza ai gas o ai liquidi.