Importante è la suddivisione da un punto di vista chimico dei bifosfonati a seconda dell'assenza o della presenza di un atomo di azoto nella formula di struttura rispettivamente in "bifosfonati non azotati" e in "bifosfonati azotati". In particolare, tra questi ultimi si ricordano i cosiddetti "aminobifosfonati" che hanno l'atomo di azoto in un gruppo amminico.