L'Arcispedale Sant'Anna è ubicato a Cona (frazione di Ferrara) in via Aldo Moro 8 ed è raggiungibile tramite autobus (linea 6), treno TPER (linea Ferrara-Codigoro) e autostrada (uscita Ferrara sud dell’A13 Bologna-Padova). In futuro è previsto anche un collegamento tramite la nuova metropolitana di superficie attualmente in fase di realizzazione.