In alcune persone, nei primi mesi dopo l'inizio della terapia, può verificarsi una grave complicazione denominata sindrome infiammatoria da immunoricostituzione (SIIR). Questa si verifica in alcune persone sottoposte a trattamenti immunosoppressivi (che sopprimono l'attività del sistema immunitario) prima di scoprire di avere la malattia di Whipple. Si manifesta con febbre persistente associata ad altri processi infiammatori a carico dell'orbita oculare e delle articolazioni.