La presenza di ipospadia alla nascita è stimata in circa 2-4 x 1000 neonati maschi nati vivi (epidemiologia rara). Un rischio più elevato è stato riscontrato nei bambini le cui famiglie avevano precedenti casi della patologia (incidenza 1:80-1:100). Negli ultimi decenni questa malformazione è diventata sempre più comune nei paesi occidentali: negli anni 1970-1980 la frequenza è raddoppiata sulla base statistica storica e dal 1980 ad oggi si è passati dallo 0,24% allo 0,52% di frequenza in Danimarca, dallo 0,2% allo 0,4% negli USA e dallo 0,28% allo 0,43% in Australia. Le ragioni di questo fenomeno rimangono inspiegabili.