Quella dello stress metabolico è un'altra teoria meno diffusa. Questa sostiene che le cellule muscolari sono come piccole fabbriche chimiche, che producono alcune sostanze durante la loro attività ad elevata intensità, cui non hanno avuto la possibilità di adattarsi. Tuttavia tale concetto è ancora difficile da definire. I ricercatori hanno identificato varie molecole prodotte dalle cellule durante l'allenamento, ma non si ha la certezza del collegamento tra le stesse e lo stress metabolico o i traumi. Nessuno studio è stato in grado di trovare un legame tra DOMS e qualsiasi marker biologico.