Cinoxacina è controindicata nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti. È inoltre controindicata in caso di gravidanza, allattamento al seno, insufficienza renale moderata (clearance della creatinina compresa tra 30-50 ml/min) oppure grave (clearance della creatinina inferiore a 30 ml/min).