Fu l'anatomista Giulio Cesare Aranzi (nel 1564 circa) ad utilizzare per primo il termine "ippocampo" per descrivere questo organo cerebrale a causa della sua somiglianza con il cavalluccio marino. Questo organo fu inizialmente collegato al senso dell'olfatto e non alle sue funzioni nell'ambito della formazione delle tracce di memoria. Attorno al 1900 il russo Vladimir Bechterev notò il ruolo dell'ippocampo nelle funzioni mnemoniche, basandosi sull'osservazione di un paziente con gravi disturbi di memoria. Ad ogni modo, per parecchi anni, il ruolo attribuito all'ippocampo fu, come il resto del sistema limbico, quello di responsabile delle emozioni.