Nel 1948 Reichstein divenne direttore anche dell'Istituto di Chimica Organica, non abbandonando mai il laboratorio farmaceutico, descritto da lui come:""intollerabilmente fatiscente da dover essere immediatamente ampliato e modernizzato"".Nel 1950 ottenne dei fondi dal Consiglio di Basilea per ricostruire alcuni locali crollati dopo un bombardamento. Questo suo grande spirito di iniziativa portò l’Istituto di Chimica Organica di Basilea ad avere una grande reputazione, anche a livello internazionale.