Sono anche disponibili esami molecolari in grado di evidenziare la presenza di H. influenzae nel campione biologico in poche ore, abbreviando notevolmente i tempi dell'accertamento (diagnosi). Inoltre, i metodi molecolari sono utilizzati per la tipizzazione di H. influenzae, ovvero per identificare a quale tipo appartenga il ceppo in esame (se di tipo b o altro tipo o non capsulato). La tipizzazione è importante per conoscere quali sono i tipi di Haemophilus influenzae presenti.