La concentrazione plasmatica massima (Cmax) è raggiunta entro 3 ore (Tmax) dalla assunzione. Se il farmaco viene assunto con un pasto l'assorbimento può essere decisamente più ritardato. Il legame con le proteine plasmatiche raggiunge il 90%. Il farmaco si lega pure ampiamente ai tessuti biologici. L'emivita plasmatica del farmaco immodificato si aggira intorno alle 2-3 ore. Nell'organismo l'indometacina viene in gran parte trasformata in metaboliti inattivi. Le principali reazioni metaboliche comprendono la demetilazione e la glucuronazione (circa il 10% di una dose) ad opera degli enzimi microsomiali epatici. L'eliminazione del farmaco avviene per via urinaria (dal 10 al 20% del farmaco in forma immodificata) e con le feci.