Negli anni trenta Stephanides tornò a Corfù dove si affermò come radiologo e sposò Mary Alexander, con cui nel 1931 ebbe la figlia Alexia Stephanides-Mercouri. A Corfù cominciò anche gli studi scientifici sulla flora e la fauna acquatica locale, scoprendo anche tre microscopici organismi che presero il suo nome: i "Cytherois stephanidesi", i "Thermocyclops stephanidesi" e i "Schizopera stephanidesi". Tra il 1938 e il 1939 Stephanides diede un profondo contributo alla lotta contro la malaria a Cipro e Salonicco. Nel 1935 conobbe la famiglia Durrell e divenne mentore dei giovani Gerald e Lawrence Durrell, stringendo un'amicizia che durò tutta la vita. Gerald, in particolare, immortalò il dottor Stephanides nel suo memoir "La mia famiglia e altri animali".