Nel 1925 firmò il Manifesto degli intellettuali antifascisti. Da quel momento fu inviso al regime fascista, insieme agli altri otto professori bolognesi che siglarono il documento. Nigrisoli mantenne la cattedra fino al dicembre 1931, quando venne costretto a lasciare per aver rifiutato di giurare fedeltà al regime fascista. Il rettore Alessandro Ghigi, lo difese: «Il professor Nigrisoli non è un fascista ma è uno degli uomini più popolari dell'Emilia, non solo per la sua valentìa di chirurgo, ma anche per la sua grande generosità e per la sua modestia». Ghigi cercò con tutti i suoi mezzi di bloccare l'esonero di Nigrisoli. Dopo il suo allontanamento scrisse anche al ministro dell'Educazione Balbino Giuliano, suo amico di vecchia data.