Nel 1772 esce, infine, il "Dello spirito della medicina" in cui Cotugno voleva indagare le ragioni che avevano portato la medicina a non produrre "buone e utili conoscenze". Cotugno riteneva che gli studenti dovessero liberarsi dalla soggezione nei confronti dei maestri e così esortava gli alunni dell'ospedale degli Incurabili affinché si affidassero all'osservazione della natura: «Ecco qual debba essere il vostro studio, la vostra applicazione, la vostra industria; non istancarvi mai di vederla, di conoscerla, d'ascoltarla. Le sue voci son mute, ma efficaci. Chi si familiarizza seco lei, diviene sacerdote suo vero». Secondo lui era necessario che gli studenti entrassero subito negli ospedali e nei laboratori: «La medicina non è una scienza, è solo una cognizione...l'ha prodotta e presentata la sola natura». Cotugno sosteneva che i medici dovessero abbandonare la presunzione di conoscere le cause ultime dei fenomeni poiché ciò generava l'epoca più infelice della medicina.