La ciprofloxacina è un antibiotico ad ampio spettro e di grande efficacia nei confronti di un'ampia gamma di batteri Gram-positivi e Gram-negativi. Come le altre molecole della classe di appartenenza (i chinoloni) la ciprofloxacina agisce inibendo in modo selettivo i due tipi di enzima topoisomerasi presenti nel batterio: la DNA–girasi e la topoisomerasi IV. Questi enzimi sono fondamentali per la cellula batterica essendo coinvolti nei processi di duplicazione, trascrizione e riparazione del DNA. La topoisomerasi IV svolge la funzione di separazione delle catene di DNA che deve essere replicato (cioè duplicato) prima che avvenga la divisione cellulare batterica. Qualora il DNA non possa essere separato, il processo di replicazione delle molecole dell'acido deossiribonucleico batterico viene interrotto, e il batterio non può più dividersi e quindi replicarsi. Il secondo enzima, la DNA girasi, è invece deputato al superavvolgimento del DNA: questo processo di superavvolgimento è cruciale per permettere al DNA di rientrare nelle cellule di nuova formazione. Il blocco di entrambi i meccanismi porta, in ultima analisi, alla morte del batterio.