Le infezioni o le malattie vaginali comprendono infezioni da lievito, vaginiti, malattie sessualmente trasmissibili e neoplasie. Il "Lactobacillus gasseri" e altre specie di "Lactobacillus", presenti nella flora vaginale, forniscono una certa protezione dalle infezioni mediante la loro secrezione di batteriocine e perossido di idrogeno. La vagina sana di una donna in età fertile è acida, con un pH normalmente compreso tra 3,8 e 4,5. Il pH basso rende pribitiva la crescita di molti ceppi di microbi patogeni. L'equilibrio acido della vagina può essere influenzato dalla gravidanza, dalle mestruazioni, dal diabete o da altre malattie, dall'assunzione di pillole anticoncezionali, di alcuni antibiotici, cattiva alimentazione e "stress" (ad esempio a seguito di una mancanza di sonno). Qualsiasi di queste modifiche all'equilibrio acido della vagina può contribuire all'infezione da lievito. Un pH elevato (superiore a 4,5) del fluido vaginale può essere causato da una proliferazione eccessiva di batteri, come avviene nella vaginosi batterica, o nella trichomoniasi vaginale da infezione parassitaria, entrambe con vaginite come sintomo. La flora vaginale popolata da numerosi batteri caratteristici della vaginosi batterica aumenta il rischio di esiti avversi della gravidanza. Durante un esame pelvico, possono essere prelevati campioni di liquidi vaginali per lo "screening" di infezioni trasmesse sessualmente o di altre infezioni.