Le molecole MHC di prima classe sono costituite da 2 catene legate non covalentemente: la catena α e la catena β2-microglobulina che non è codificata nel MHC. La tasca per il legame del peptide è contenuto nella catena α. Il complesso è completo solo con il legame del peptide che stabilizza le due catene e ne permette l'espressione sulla superficie cellulare.