Le cisti epatiche si possono manifestare con epatomegalia e senso di peso o dolore in ipocondrio destro. Le cisti idatidee epatiche possono complicarsi con sindromi ostruttive delle vie biliari con colestasi e ittero epatico e postepatico, ipertensione portale con conseguente possibile formazione di shunt porto-sistemici acquisiti, sindrome di Budd-Chiari, sovrinfezione batterica con suppurazione. Le cisti polmonari sono più sintomatiche e possono dare tosse, dispnea ed emottisi. La rottura della cisti nell'albero bronchiale è seguita dalla comparsa della tipica vomica. Nell'idatidosi splenica si osserva tensione dolorosa all'ipocondrio sinistro e splenomegalia. Le localizzazioni cerebrali, che si osservano generalmente in una fase molto avanzata della malattia, si manifestano con segni neurologici focali e con i sintomi dell'ipertensione endocranica