Nel 1837, all'età di diciannove anni, si iscrisse alla facoltà di legge all'Università di Vienna: suo padre voleva che diventasse giudice militare. Cominciò a studiare, ma un giorno ebbe occasione di accompagnare un amico, studente in medicina ad una dissezione in sala anatomica: la Scuola anatomo-patologica di Vienna a quell'epoca era nel suo momento magico. Nei giorni successivi seguì ancora il suo amico alle lezioni di medicina, finché capì qual era la sua passione. Cambiò così facoltà e si iscrisse a Medicina, alla famosa Scuola Medica Viennese, dove lavoravano tre eminenti medici che avranno grande influenza nella sua vita: Karl von Rokitansky, titolare della cattedra di Anatomia patologica, Josef Škoda, clinico leader della Scuola che stava dando grande impulso alla pratica dell'auscultazione e della percussione ed infine Ferdinand von Hebra, celebre dermatologo, in quel tempo allievo degli altri due e che diventerà il più devoto amico di Ignác.