Giuseppe Muscatello nacque ad Augusta, sulla costa della Sicilia orientale, da Emanuele Muscatello e Amalia Avila. Frequentò la facoltà di medicina presso l'Università di Napoli dove si laureò nel 1889 e intraprese gli studi di specializzazione in chirurgia a Padova. Al periodo di studi italiano fece seguito un biennio trascorso all'estero. Nel 1892 frequentò a Strasburgo le lezioni di Friedrich Daniel von Recklinghausen. Si spostò in seguito ad Heidelberg con l'intento di frequentare la clinica chirurgica gestita da Vincenz Czerny e il laboratorio dell'Istituto di patologia di Julius Arnold.