L'esame degli anticorpi anti-perossidasi viene prescritto principalmente per approfondire l'origine di un mal funzionamento della tiroide. In alcuni casi, viene prescritto anche a persone con malattie autoimmuni di origine non tiroidea (come il lupus eritematoso sistemico, l’artrite reumatoide o l’anemia perniciosa) che manifestano sintomi riconducibili a un interessamento della tiroide. Può essere prescritto anche in caso di aborti ripetuti o in gravidanza.