La sovraespressione di BAFF induce, nei ratti, un iperplasia dei linfociti B e una sintomatologia clinica simile a quella del lupus eritematoso sistemico. Dal momento che numerosi pazienti affetti dimostrano un aumentato livello di BAFF nel siero, si suppone che i livelli insolitamente alti di tale proteina possano contribuire alla patogenesi di questa e di altre malattie autoimmuni aumentando la sopravvivenza dei linfociti B autoreattivi.