L'esecuzione di una risonanza magnetica cerebrale (MRI) può mettere in evidenza cambiamenti a livello del talamo, dei gangli della base, del tronco encefalico, delle strutture subcorticali e dei lobi temporali, in particolare una iperintensità del segnale nelle immagini T2 pesate. Molti pazienti presentano un enhancement leptomeningeo che sembra correlare con deficit neurologici da lievi a moderati, e questo in accordo con quanto già rilevato in altri studi su soggetti adulti affetti da encefalite del Nilo Occidentale.<br>