Dopo somministrazione per via orale saquinavir viene assorbito dal tratto gastrointestinale. L'assorbimento è basso e variabile. Non esistono studi che valutino la biodisponibilità assoluta del farmaco quando somministrato da solo. La somministrazione di saquinavir 600 mg tre volte al giorno in molti pazienti si riflette in concentrazioni plasmatiche di farmaco troppo basse e verosimilmente inefficaci per inibire la replicazione di HIV.<br>