I soggetti che sviluppano l'encefalite di Saint-Louis, pertanto, possono essere trattati solo mediante terapia di supporto delle funzioni vitali, in ambiente ospedaliero e spesso in terapia intensiva o rianimazione. Coloro che sviluppano crisi di tipo convulsivo, sindrome da inappropriata secrezione di ormone antidiuretico o altri sintomi neurologici debbono ricevere terapia specifica.