I limiti della diagnosi al microscopio ottico sono dati dall'abilità dell'operatore (si tratta di una metodica operatore dipendente) e dal livello della parassitemia. In caso di parassitemia bassa, in effetti, si potrebbe andare incontro ad un falso negativo. Un altro elemento da tenere in considerazione è la capacità di distinguere i diversi sottotipi morfologici.