Fu Federico II che separò e regolamentò l'esercizio della professione medica e quella dello speziale, definendone i rapporti e vietando loro ogni forma di associazione (Scuola Medica Salernitana). Il paragrafo 46 delle "Costituzioni Melfitane" prescrive: "Il medico non potrà esercitare la farmacia ne far società con un preparatore". Questi "confectionari" dovranno prestar giuramento ed eseguire gli ordini dei medici senza frode e le loro "staciones" dovranno occupare il territorio secondo un disegno precostituito (pianta organica). Ben presto anche in altre zone d'Italia, come in Toscana (a Firenze e Siena), in Veneto (a Padova e Venezia), nonché a Roma, Genova, etc., furono fissati i principi fondamentali che regolamentavano la professione ("statuti delle Arti degli Speziali"). A Venezia nel 1258 venne promulgato il "Capitolare dei Medici e degli Speziali" in cui vennero stabilite norme precise per gli speziali, quali la preparazione di medicine secondo l'arte e le norme dell'Antidotario, il divieto di prescrivere medicine e la sorveglianza dei Consoli della Giustizia su questa attività. Nel 1400 la "Corporazione degli Speziali" era già considerata una fra le più importanti nella società dell'epoca ed era compresa tra le sette Arti Maggiori. Nel 1498 uscì il primo Ricettario Fiorentino imposto dallo Stato, anche se redatto dai Collegi Professionali, e nel Ducato di Milano, sotto il dominio spagnolo, uscì la prima Farmacopea nel 1668. A Padova nel 1545 venne fondato il primo orto botanico universitario.