Poiché altre classi di farmaci, come gli antagonisti del recettore H2 e gli inibitori della pompa protonica, sono più efficaci per il trattamento dell'ulcera peptica acuta, il misoprostol è indicato solo per l'uso da parte di persone che assumono FANS e sono ad alto rischio di ulcere indotte da FANS, compresi gli anziani e le persone con complicanze legate all'ulcera.