In caso di fallimento del trattamento medico, può rendersi necessario un trattamento chirurgico di resezione endoscopica della prostata (TURP). Questo prevede la resezione di parte della prostata attraverso l'uretra. Esistono anche alcune nuove tecniche per ridurre il volume della prostata ipertrofica, alcune delle quali non sono ancora abbastanza sperimentate per stabilire i loro effetti definitivi. Esse prevedono vari metodi per distruggere parte del tessuto ghiandolare senza danneggiare quello che rimarrà in sito. Fra queste si ricordano: la "vaporizzazione transuretrale della prostata" (TVP), "la bipolare TURP", la "visual laser ablation" (VLAP), la "Transurethral Microwave Thermo Therapy" (TUMT), la Transurethral needle ablation of the prostate (TUNA) e la sua evoluzione tecnologica Prostiva, microiniezioni di etanolo o di tossina botulinica in situ e altre ancora allo studio o in via di sperimentazione.