La sparfloxacina è controindicata nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo, ad altre molecole della classe dei chinoloni, oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti contenuti nella formulazione farmaceutica. È inoltre controindicata in individui in trattamento antiaritmico con farmaci che possono determinare un allungamento dell'intervallo QTc per il rischio di insorgenza di gravi aritmie, talvolta fatali. (chinidina, procainamide, sotalolo ed altri composti).