Il ruolo delle IgA a livello delle mucose è importantissimo se si pensa che la maggior parte dei microbi penetra nell'organismo proprio attraverso gli unici due apparati che mettono in comunicazione l'interno con l'esterno, e cioè il digerente ed il respiratorio. Le IgA che vengono immagazzinate nelle secrezioni mucose che ricoprono questi due apparati sono prodotte in forma dimerica, mentre quelle presenti nel siero sono in forma monomerica; tuttavia, poiché il passaggio attraverso l'epitelio è molto efficiente, le IgA assorbite dal circolo sanguigno sono molto poche e infatti rappresentano soltanto il 25% delle immunoglobuline sieriche totali.