Come spiegato, ogni molecola MHC possiede una sola tasca accogliente l'antigene che può legare un solo peptide alla volta, ma peptidi diversi in tempi diversi. I peptidi che possono legarsi dipendono dalle classi di MHC: MHC-I possono accogliere peptidi con 8-11 amminoacidi, mentre gli MHC-II arrivano a 30 o più. Il legame peptide-MHC nasce in fase di assemblaggio e serve a stabilizzare il complesso per permettere la sua espressione sulla superficie cellulare e per questo la velocità di dissociazione è molto lenta. Questo naturalmente permette un'emivita molto lunga che consente ai linfociti T di incontrare l'antigene.