Laureato all'Università La Sapienza di Roma in medicina e chirurgia, ha ricoperto il ruolo di borsista post-dottorato presso il Center for molecular biology (ZMBH) dell'Università di Heidelberg. Dal 1994 è docente di parassitologia molecolare presso l'Imperial College di Londra, laddove divenne professore ordinario nel 2000. Andrea Crisanti è altresì professore ordinario di microbiologia all'Università di Padova, direttore del centro di genomica funzionale dell'Università di Perugia e presidente del gruppo scientifico del programma Marie Curie dell'Unione Europea.