La coda permette allo spermatozoo un movimento "flagellare" che deve essere "anterogrado", cioè deve permetterne lo spostamento in avanti. Entro 2 ore dalla eiaculazione, viene valutata la percentuale di spermatozoi che conservano un moto flagellare che viene descritto come moto rettilineo rapido (A), moto rettilineo lento (B) o moto irregolare (C). In condizioni di normalità, la percentuale di spermatozoi con moto rettilineo A+B deve essere superiore o uguale al 50%, di cui il 25% con motilità rettilinea veloce. La motilità dipende fisiologicamente dalla durata dell'astinenza (diminuisce dopo il settimo giorno) e può essere influenzata dalla temperatura di conservazione del campione, dall'incompleta liquefazione o dall'aumento della viscosità.