L'herpes genitale può essere più difficile da diagnosticare rispetto all'herpes orale, poiché la maggior parte persone infette da HSV-2 non presenta i sintomi classici. Inoltre la diagnosi può essere confusa con molte altre condizioni simili all'herpes genitale, tra cui l'infezione fungina, il lichen planus, la dermatite atopica e l'uretrite. Le analisi di laboratorio vengono spesso utilizzate per confermare una diagnosi di herpes genitale. I test di laboratorio includono la cultura del virus, l'immunofluorescenza duretta, la biopsia della cute e la reazione a catena della polimerasi per verificare la presenza di DNA virale. Anche se queste procedure conducono a diagnosi altamente sensibili e specifici, i loro alti costi e i vincoli di tempo, scoraggiano il loro uso comune nella pratica clinica.