Le modalità con cui l'"H. pylori" si trasmette sono ancora oggi sconosciute e attualmente l'uomo è l'unico serbatoio noto di questo batterio. La modalità di trasmissione più probabile è quella orale o oro-fecale. Altre possibili vie di contagio sono il contatto con acque o con strumenti endoscopici contaminati, ma non esistono ancora dati definitivi al riguardo.