L'emocoltura deve essere effettuata il più rapidamente possibile, se si sospetta un'infezione invasiva in atto. Nel caso di sepsi, condizione in cui l'intervento immediato è particolarmente importante, in attesa dei risultati dell'emocoltura si somministrano antibiotici cosiddetti ad ampio spettro, vale a dire in grado di agire verso numerosi tipi di batteri. La terapia antimicrobica viene sostituita da una cura più mirata dopo l'identificazione del microrganismo responsabile dell'infezione.