Biandrata cominciò allora a rivolgere i propri interrogativi direttamente a Calvino: chiedeva come mai, se l'unico Dio è un'essenza di tre persone, Gesù non l'avesse mai detto, perché in nessuna parte delle Scritture fosse chiaramente indicato che Dio è uno in tre persone, quale si dovesse propriamente pregare delle tre persone, e se si potesse pregare Dio direttamente senza mediazioni, e quale fosse stata la posizione della Chiesa primitiva su questi problemi.