Un'altra classificazione può essere quella tra i metodi a singola modalità e quelli multi modali. I metodi a singola modalità tendono a registrare immagini nella stessa modalità acquisita dallo stesso tipo di scanner/sensore, mentre i metodi multi-modali di registratura d'immagini tendono a fare la registratura d'immagini acquisita dai diversi tipi di scanner o sensori.