Gli effetti avversi più comuni (7% dei casi) che si possono verificare in persone in terapia con gemfibrozil sono d'ordine gastrointestinale i quali tendono a recedere col proseguire del trattamento: dispepsia, dolori addominali, nausea, vomito, stipsi o diarrea e flatulenza. Altri effetti avversi piuttosto comuni comprendono: cefalea, vertigini, senso d'affaticamento, eczema e esantema cutaneo.