La rottura dei rapporti con Calvino avvenne quando il Biandrata gli chiese di condannare apertamente tutte le opinioni che contrastassero col suo pensiero. Biandrata giustificava la sua richiesta con il fatto che le dottrine degli altri riformatori, luterani e zwingliani, turbavano, diversamente da quella di Calvino, la sua coscienza, ma Calvino comprese, fosse o meno sincero il medico italiano, l'insidia della proposta, che avrebbe scatenato discussioni, discordie e fratture ulteriori nel movimento protestante, oltre ad accreditare l'accusa, già formulata e diffusa sul conto dello stesso Calvino dal tempo della condanna di Serveto, di intolleranza e di papismo.