La sua funzione fisiologica è quella di mantenere l'elasticità della cartilagine stessa, prevenirne la degradazione e attenuare le infiammazioni riducendo la produzione e l'attivazione di mediatori dell'infiammazione nelle cellule che producono i componenti della cartilagine (condrociti). La condroitina solfato contenuta nelle preparazioni commerciali viene estratta dalla cartilagine di mucca (in genere della trachea) o di squalo.