Prosper Ménière, terzo di quattro figli di un benestante commerciante di tessuti, frequentò per quattro anni il Lycée David d'Angers. All'età di diciassette anni entrò, invece, nella Facoltà di Medicina presso l'Université d'Angers dove ebbe eccellenti insegnamenti ora in ambito medico-anatomico, ora nelle scienze botaniche, per le quali oltretutto sviluppò un ampio interesse protratto per tutta la vita. Dopo soli tre anni di studio, furono i professori stessi ad esortarlo a chiedere il trasferimento nell'Hôtel-Dieu di Parigi dove nel 1828 si laureò. Durante il suo percorso ricevette la "Medaille d'or des hôpitaux" e strinse i rapporti sia con il proprio docente Mathieu Orfila (1787–1853) considerato il "padre della tossicologia", sia con François Guéneau de Mussy, medico e membro dell'Accademia Imperiale di Medicina. Essendo entrambi suoi mentori, furono importanti nella sua formazione in medicina generale, chirurgia e igiene, ma non nella diagnosi e nel trattamento delle malattie otoiatriche, in quanto questa branca medica all’epoca era pressoché sconosciuta. Negli anni parigini cominciò a pubblicare diversi documenti scientifici, tra i quali una tesi di venti pagine in latino: lo scopo per cui affrontò questa fatica era quello di intraprendere la carriera accademica come professore; fallito, però, questo primo tentativo, ottenne due anni più tardi, con una nuova tesi, l'incarico di assistente del celebre chirurgo Guillaume Dupuytren (1787–1853). Grazie a Dupuytren conobbe Gilbert Breschet, ricordato per i suoi studi anatomici sull'orecchio, e Louise Sanson, con i quali formò un team per la cura dei feriti della Rivoluzione di luglio nel 1830. Un resoconto delle sue esperienze e dei risultati ottenuti nel trattamento di ferite da arma da fuoco si può leggere nel suo primo libro L"'Hôtel-Dieu de Paris en juillet et août de 1830".