Nella riunione annuale del consiglio di Edimburgo a settembre 2018, Gøtzsche è stato espulso dal consiglio direttivo della Cochrane Collaboration e la sua partecipazione è stata revocata, con 6 voti favorevoli e 5 contrari; si ritiene che la causa ultima possa essere stata una pesante critica fatta da Gøtzsche ed il Nordic Cochrane Center, che accusava di superficialità e incompletezza la meta-analisi sul vaccino anti-HPV fatta dalla Cochrane, che avrebbe trascurato eventi avversi e preoccupazioni sulla sicurezza.