Per rendere accessibili le proteine alla rilevazione dell'anticorpo esse vengono trasferite dal gel ad una membrana di "Nitrocellulosa o Polivinilidenfluoruro (PVDF"). Il metodo principale per il trasferimento è chiamato "electroblotting" e usa corrente elettrica per trasferire le proteine dal gel alla membrana. Le proteine si muovono dal gel alla membrana mentre mantengono l'organizzazione presente nel gel. Un metodo più vecchio di trasferimento consiste nel mettere una membrana sul gel e strati di carta filtrante al di sopra di essa. Il tutto è posto in una soluzione tampone che si muove verso l'alto del filtro per capillarità, portando le proteine con sé. Quest'ultimo metodo non è usato perché richiede troppo tempo. L'electroblotting è preferito. Come risultato di entrambi i processi di "blotting", le proteine sono esposte su una superficie sottile per la rilevazione (vedi sotto). Membrane diverse sono scelte per le loro proprietà non-specifica di legame con proteine diverse. Il legame alla proteina è basato sulle interazioni idrofobiche, così come le interazioni tra la membrana e la proteina. Le membrane di nitrocellulosa sono più economiche di quelle in PVDF, ma molto più fragili e non facilmente riutilizzabili.