In corso di trattamento con nitroxolina si possono manifestare effetti avversi di natura gastrointestinale quali dispepsia, nausea, vomito, dolore addominale ed epigastrico, diarrea. Questi fenomeni non sono preoccupanti, si manifestano con maggiore facilità nelle terapie prolungate nel tempo e normalmente non richiedono l'interruzione del trattamento.