In particolare nel lupus eritematoso sistemico, paradigma delle malattie autoimmuni, il caratteristico difetto nella rimozione dei residui derivati dai fenomeni di morte cellulare si rivela anche in un marcato deficit di "clearance" dei NET. Tale fenomeno potrebbe essere dovuto alla presenza di anticorpi diretti contro l'enzima DNasi, che consente la digestione del DNA contenuto nei NET. Conseguenza della persistente esposizione di antigeni nucleari al sistema immunitario è quindi lo sviluppo di autoanticorpi diretti contro il DNA e altri componenti del nucleo cellulare. Nell'ambito del lupus eritematoso sistemico la generazione di NET è stata anche associata allo sviluppo della tipica risposta infiammatoria simil-antivirale, dominata dalla produzione di interferone alfa.