I livelli di epcidina possono anche essere regolati negativamente. Condizioni di ipossia, IFN beta e TNF alfa riducono la sua espressione in vitro [38]. L'ipossia è avvertita principalmente nei vertebrati attraverso i fattori ipossia-inducibili (HIF: hypoxia-inducible factor), una famiglia di fattori di trascrizione. In assenza di ossigeno o di ferro, le proteine HIF sono stabilizzate e funzionano come fattori di trascrizione. Il promotore del gene HAMP ha dei siti di legame HIF e HIF1α può legarsi al promotore, il che indica che i membri della famiglia HIF possono regolare negativamente l'espressione di epcidina (Fig. 6).