La tomografia computerizzata del cervello è in grado di rilevare la parte più densa e la parte cistica di un craniofaringioma. Le calcificazioni sono visibili nel 95% dei bambini e in circa il 50% degli adulti. La componente cistica ha una densità un po' più alta del "liquor". Con l'iniezione del mezzo di contrasto, in metà dei casi, la porzione del tumore aumenta di circa 10,8 unità Hounsfield.