Il diabete è la complicanza non-polmonare più frequente nei casi di fibrosi cistica. Viene riconosciuto come una entità distinta, e presenta caratteristiche miste del tipo 1 e del tipo 2. Nonostante siano utilizzati farmaci orali contro il diabete, l'unico trattamento raccomandato consiste in iniezioni di insulina o l'uso di una pompa di insulina. A differenza del diabete classico, non vengono raccomandate restrizioni nella dieta.