L'imaging a risonanza magnetica (RM) permette di determinare le dimensioni esatte del craniofaringioma, il rapporto tra la parte nodulare e cistica, la sua dimensione e la sua posizione. L'RM fornisce inoltre informazioni sullo stato del sistema ventricolare, la presenza o assenza di idrocefalo e il rapporto tra il tumore e la base del III ventricolo cerebrale.