L'ectoderma può essere osservato negli anfibi e nei pesci durante le fasi successive della gastrulazione. All'inizio di questo processo, l'embrione in via di sviluppo viene separato da uno strato di cellule e ha la forma di una sfera vuota chiamata blastula, divisa in emisfero animale ed emisfero vegetale. L'emisfero animale della blastula diventerà l'ectoderma.