Il suo insegnamento e le sue ricerche hanno mutato la storia della psicologia in Italia, rompendo la tradizionale separazione che ha caratterizzato in Italia il rapporto fra psicologia e psicoanalisi, fra sperimentazione e clinica. Allievo di Cesare Musatti, presidente della "Società psicoanalitica italiana", Franco Fornari esordì introducendo in Italia il pensiero e le idee di Melanie Klein. I suoi primi scritti approfondiscono la dimensione psicotica originaria dell'uomo sia in riferimento allo sviluppo psichico ("La vita affettiva originaria del bambino", 1963), sia riguardo al trattamento della schizofrenia e della depressione, la dinamica dei gruppi e la conflittualità sociale ("Nuovi orientamenti nella psicoanalisi", 1966).