La leptospirosi è causata da batteri appartenenti al genere Leptospira, particolarmente diffusi nelle acque e negli ambienti umidi. Le Leptospire sono immesse nell'ambiente da animali selvatici e domestici infetti in particolare roditori (il serbatoio dei batteri), che le eliminano tramite le urine, contaminando le acque ed il terreno. L’uomo può essere infettato per contatto diretto con l'urina o i tessuti di animali infetti, o indirettamente per contatto con acqua o terreni contaminati. La leptospirosi può essere una malattia professionale (come ad esempio per gli allevatori o per gli addetti alle fognature e ai mattatoi), ma la maggior parte delle persone viene esposta accidentalmente durante attività ricreative, quali sport in laghi e fiumi, pesca, caccia.