Importantissimi furono inoltre i suoi studi in merito all'eziologia della infezione vaccinica e vaiolosa. Di quest'ultima scoprì la specificità delle inclusioni cellulari, cioè dei suoi "citoryctes", lo stretto rapporto esistente tra le inclusioni stesse e lo svolgersi del processo morboso, i vincoli che intercorrono tra il vaiolo umano e quello vaccino.