Successivamente, arrivava l'incubazione o terapia dei sogni. Questo era il processo in cui i pazienti avrebbero passato la notte nel tempio di Esculapio e durante la notte sarebbero stati visitati da un dio. Se il paziente era fortunato, Asclepio stesso lo avrebbe visitato. Il paziente avrebbe quindi ricevuto il trattamento adeguato mentre era in sogno o avrebbe ricevuto istruzioni da Asclepio su quali fossero i passi necessari per curare il disturbo. Se Asclepio non visitava il paziente, quando il paziente si svegliava, raccontava il suo sogno a un sacerdote o ad un interprete dei sogni e a seconda del tipo di sogno avrebbe ricevuto un certo tipo di trattamento.