Aderì al Partito Popolare Francese. Risale al 1930 l'incontro con una delle persone più importanti della vita di Carrel: Charles Lindbergh, famosissimo aviatore statunitense, protagonista della prima traversata aerea dell'Oceano Atlantico, in solitario e senza alcuno scalo. Con la sua collaborazione mise a punto una pompa di perfusione (ossia di introduzione di liquido nutritivo) per tessuti e organi in vitro, che fu impropriamente definita dai giornalisti cuore artificiale. Un premio intitolato a questa collaborazione storica, il "Lindbergh-Carrel Prize", è stato attribuito nel 2002 dalla Medical University of South Carolina a 10 importanti scienziati, tra cui Michael DeBakey, per il loro contributo alla perfusione degli organi.