Il flupentixolo esiste nelle due forme isomere "cis" e "trans". La forma "cis" è dotata di attività antipsicotica 1000 volte più potente della forma "trans". Il flupentixolo clinicamente è un neurolettico caratterizzato da un effetto antipsicotico e antiallucinatorio, da un effetto antinibitorio generale, da un effetto antidepressivo, da un effetto sedativo (a dosi elevate), da proprietà anticolinergiche.