Le afte si verificano anche in condizioni che comportano immuno-disregolazione sistemica, ad esempio, neutropenia ciclica e l'infezione da virus dell'immunodeficienza umana. Nella neutropenia ciclica, si verificano più gravi ulcerazioni orale durante i periodi di grave immuno-disregolazione e la risoluzione della neutropenia sottostante impedisce il ciclo dell'ulcerazione. Il relativo aumento in percentuale di linfociti T CD8+, causata da una riduzione nel numero di linfociti T CD4+ può essere implicato nelle stomatiti aftose ricorrenti nei casi di HIV.