Negli anni sessanta, con l'avvento della microscopia elettronica, fu dimostrato che i macrofagi PAS+ contenevano strutture bacillari (Bacillo di Whipple, un batterio molto difficile da coltivare) e fu avanzata l'ipotesi infettiva della malattia, quindi si propose la terapia antibiotica. Negli anni novanta, con tecniche biomolecolari basate sulla PCR (Reazione a catena della polimerasi, in inglese: Polymerase Chain Reaction), fu definitivamente dimostrata la presenza di bacilli Gram + del tipo Actinomiceti. Tale bacillo fu denominato "Tropheryma whippelii". Nel 1997, il nuovo bacillo fu definitivamente isolato, caratterizzato e coltivato. Nel 2001 assunse la più corretta denominazione "Tropheryma whipplei".