Il General Medical Council, l'ordine dei medici britannico, avviò una propria indagine sul comportamento di Wakefield. La commissione disciplinare si riunì la prima volta nel luglio 2007 per analizzare le posizioni di Wakefield, John Walker-Smith e Simon Murch, tra i principali firmatari dello studio. Le audizioni durarono anni e si concentrarono su alcuni aspetti in particolare, come l'ottenimento dei permessi necessari allo studio da parte del comitato etico, mentre non vennero considerate le accuse di manipolazione dei dati comparse sull'articolo di Deer del 2009, e non venne dibattuta direttamente la validità scientifica del rapporto tra vaccino MPR e autismo. La commissione affermò inizialmente che i tre si erano comportati in maniera non etica e disonesta durante lo studio, e i diretti interessati respinsero le accuse.