Altra ipotesi che potrebbe giustificare il rapporto tra il forame ovale pervio e l'ictus è quella della formazione di un trombo direttamente "nel" setto interatriale. La genesi di questo trombo tuttavia sembrerebbe essere maggiormente attribuibile a varianti anatomiche del setto interatriale coesistenti, piuttosto che al forame stesso. 141