Nel corso dell’esame, il medico introduce il colonscopio attraverso l’ano e poi lo fa avanzare attraverso il retto e il colon.Per una migliore visualizzazione della parete mucosa viene introdotta aria, attraverso lo strumento stesso, per distendere le pareti intestinali. All'estremità del colonscopio vi è una minuscola telecamera che trasmette ad un monitor esterno le immagini relative all'interno dell’intestino consentendo al medico di esaminare le eventuali alterazioni della sua superficie.