Ancora non si conoscono con esattezza le cause che provocano una malattia autoimmune. Tra le varie ipotesi formulate, una delle più probabili riguarda l'esistenza di una predisposizione ereditaria che evolve nella malattia laddove intervengano fattori scatenanti quali, ad esempio, agenti chimici, virus, batteri o raggi ultravioletti (UV). Questa teoria genetica è sostenuta dall'osservazione dei fratelli gemelli: se uno dei due è colpito da una malattia autoimmune, l'altro ha una probabilità di ammalarsi intorno al 40%. 