Restano tuttavia ancora aperti alcuni aspetti, tra i quali particolare rilievo per impatto clinico assume il problema delle lesioni follicolari. Nel tempo sono stati proposti ulteriori criteri con l'obiettivo di migliorare l'accuratezza diagnostica delle biopsie tiroidee su materiale citoaspirato, fra cui l'uso di aghi di grosso diametro, l'analisi quantitativa delle dimensioni e della morfologia nucleari e l'approccio combinato della citologia con indagini scintigrafiche. Nessuna di queste strategie ha tuttavia significativamente influenzato, alla verifica statistica su larga scala, i risultati della citologia per aspirazione 43,44,45 . Da qui l'attenzione di molti ricercatori si è focalizzata sulla ricerca di marcatori molecolari in grado di differenziare su materiale bioptico le lesioni follicolari benigne da quelle maligne. Per la gestione della già ricordata "zona grigia" dei tumori differenziati (Tab. 3), è stato di recente proposto un riordinamento dei tumori capsulati differenziati ad architettura follicolare che prevede l'aggiunta di tre sottotipi istologici 47 :  Carcinoma differenziato non altrimenti specificato: tumore capsulato di cellule follicolari differenziate con ovvia invasione capsulare e/o vascolare e con dubbia evidenza di nuclei a vetro smerigliato. Indica l'incapacità di stabilire se il carcinoma è di tipo papillare o follicolare.