La proteolisi dei componenti C3, C4 e C5 genera i relativi frammenti b che si assemblano tra loro nelle varie fasi di attivazione del complemento e i frammenti C3a, C4a e C5a, detti anafilotossine. Queste inducono l'infiammazione fissandosi ai relativi recettori di membrana presenti su mastociti, granulociti (neutrofili, basofili, eosinofili), monociti e sulle cellule endoteliali. In tutto questo il più potente risulta essere C5a, con un potere di 20 e 2.500 volte maggiore di C3a e C4a.