Un modo (ancorché piuttosto empirico) per identificare un'intolleranza alimentare è la dieta di eliminazione , una dieta molto restrittiva nella quale vengono esclusi tutti i cibi che possono potenzialmente innescare un'intolleranza. La dieta può protrarsi da due a otto settimane, entro le quali solitamente i sintomi scompaiono (sempre che essi siano dovuti a un'intolleranza). Una volta che i sintomi sono sotto controllo, vengono reintrodotti i gruppi di alimenti che erano stati esclusi. Se reintroducendo un determinato gruppo ricompaiono i sintomi, allora tale gruppo è quello responsabile, altrimenti si passa alla reintroduzione del gruppo successivo. Una volta scoperti i gruppi da evitare, si può procedere al riformulazione della dieta. Tale procedura è da effettuarsi esclusivamente sotto supervisione medica, procedere in modo autonomo può essere pericoloso, in particolare per i pazienti affetti anche da altre patologie.