Sono caratterizzate da un danno della mucosa intestinale dovuto allo svilupparsi di un processo infiammatorio che può essere causato da svariati fattori: autoimmunità, ipersensibilità, infezioni, radiazioni, ischemia intestinale, farmaci. Tra le cause di diarrea infiammatoria vanno ricordate: il morbo di Crohn, la rettocolite ulcerosa, il morbo celiaco, le allergie alimentari.