Diversi studi hanno studiato l'ipotesi di un eventuale collegamento tra infezioni virali post-natali e autismo. I ratti di laboratorio infettati dal virus della "malattia di Borna" mostrano alcuni sintomi simili a quelli dell'autismo, ma le analisi del sangue sui bambini autistici non hanno evidenziato alcuna infezione da parte di questo virus. I membri della famiglia degli Herpesvirus possono giocare un ruolo importante nell'autismo, ma finora non ci sono prove scientifiche che possano testimoniarlo. Per molto tempo si è avuto il sospetto che i virus scatenassero malattie come la sclerosi multipla, ma è difficile dimostrare che i virus possiedano un ruolo diretto in queste malattie e che le infezioni stesse possano provocare l'autismo.