Nel corso della progressione della malattia circa il 90% dei pazienti con SM accusa disfunzioni sfinteriche urinarie o fecali e disfunzioni sessuali dovute all'interruzione delle vie discendenti che dall'encefalo vanno ai centri sacrali del midollo spinale. Si genera quindi instabilità o iperreflessia del detrusore: riempimenti anche a basso volume della vescica portano alla contrazione del detrusore, con conseguente urgenza minzionale o incontinenza, associata a spasmi dolorosi della vescica. Altre alterazioni urologiche includono la dissinergia vescico-sfinterica, ovvero la contemporanea contrazione del detrusore e dello sfintere uretrale, con conseguente ritenzione minzionale. Nelle forme più severe si ha areflessia detrusoriale, con difficoltà di svuotamento; questa condizione facilita le infezioni delle vie urinarie, anche superiori.Nell'uomo sono frequenti i deficit dell'erezione, fino all'anorgasmia e all'eiaculazione retrograda. Nella donna si possono riscontrare disestesie del perineo, anorgasmia, riduzione della libido. I disturbi del tratto intestinale sono in genere rappresentati dalla stipsi; è ridotto il riflesso gastrocolico, anche per la scarsa attività fisica.