Nonostante tutti questi indiscussi meriti venne comunque anche criticato aspramente (ancora oggi dagli storici moderni) per alcune sue procedure adottate: innanzitutto per aver sottoposto, durante i suoi primi studi sulle fistole vescico-vaginali, le tre schiave ad interventi sperimentali senza utilizzare alcun tipo di anestesia, nonostante questa fosse già conosciuta a quel tempo. Dopo i primi ripetuti fallimenti e la sofferenza provocata a quelle donne poi, non smise di sperimentare, sempre su di loro, nuovi rimedi chirurgici. Si pensa inoltre che quelle tre ragazze, Ararcha, Betsey e Lucy, non siano state le uniche schiave di cui lui si servì. Un ulteriore motivo di critica, per cui decise di dimettersi dal "Woman's Hospital", scaturì dalla sua ostinazione nel voler operare le pazienti su "pubblica piazza", cioè in anfiteatri specializzati in cui potesse entrare chiunque volesse. L'ultima questione, che danneggiò la sua reputazione, derivò dall'opinione diffusa secondo la quale Sims arrivava a sottoporre donne ad interventi chirurgici, quali la "clitoridectomia", non solo per cause patologiche, ma anche per presunta isteria o per comportamento "improprio", su richiesta di mariti o padri, senza quindi veri ed approvati motivi medici.