GFAP svolge anche un ruolo nelle interazioni cellulari degli astrociti. In vitro, utilizzando RNA antisenso, gli astrociti deficitari di GFAP non sono in grado di produrre le tipiche estroflessioni di solito presenti. Gli studi hanno anche dimostrato che le cellule del Purkinje nei topi knockout per GFAP non presentano una normale struttura, questi topi risultano anche portatori di deficit in esperimenti di condizionamento, GFAP assolve un ruolo importante nel mantenimento della comunicazione cellulare nelle cellule del Purkinje.