Eccetto per i "trial" "piccoli" limitati a una sola località, il progetto e gli obiettivi degli studi clinici sono scritti in un documento chiamato: protocollo del trial clinico. Il protocollo del trial clinico è il manuale operativo; esso assicura che i ricercatori di diverse località somministrino lo studio nello stesso modo su pazienti con le stesse caratteristiche. Questa uniformità permette ai dati di essere inseriti assieme.