In una sequenza spin echo, all'interno di ogni TR viene eseguita una sequenza di impulsi e viene acquisita una linea di dati dell'immagine (una codifica di fase).TR fino alla completa acquisizione di tutte le codifiche di fase.La prima metà di una sequenza EPI è identica ad una sequenza SE standard (si invia un impulso RF a 90° e si genera l'eco con impulso rifocalizzante a 180°), mentre nella seconda metà della sequenza le due tecniche differiscono in maniera sostanziale.Durante la lettura dell'eco nella sequenza EPI il gradiente di codifica della frequenza oscilla rapidamente da un'ampiezza positiva ad una negativa per dare origine ad un treno di echi di gradiente. Ciascun eco viene codificato con una fase differente. Ogni oscillazione del gradiente della frequenza corrisponde ad una linea di dati dell'immagine ed ogni segnale di ritorno della codifica di fase corrisponde ad un passaggio da una linea a quella successiva. Le sequenze EPI possono essere ottenute anche con modalità GRE; in questo caso la prima metà della sequenza sarà simile a quella di una Gradient-Echo invece che a quella di una Spin-Echo (in altri termini l'impulso iniziale sarà caratterizzato da un flip angle diverso da 90° e l'echo verrà generato con l'accensione di un gradiente e non mediante un impulso rifocalizzante a 180°).