Barnard si ritirò dal dipartimento di chirurgia cardiotoracica dell'ospedale di Città del Capo nel 1983, dopo il vistoso peggioramento della sua artrite reumatoide alle mani, che gli rendeva impossibile operare. L'anno seguente venne nominato professore emerito. Passò due anni all'Oklahoma Transplantation Institute, negli USA, oltre a svolgere la professione di consulente per altre istituzioni.