Il tronco encefalico si trova sotto il cervello ed è costituito dal mesencefalo, dal ponte di Varolio e dal midollo spinale. Si trova nella parte posteriore del cranio, poggia sulla base cranica nella porzione conosciuta come il "clivus", e termina con il "foramen magnum", una grande apertura dell'osso occipitale. Il tronco cerebrale continua al di sotto di questo come midollo spinale, protetto dalla colonna vertebrale.