La cisti complessa è caratterizzata all'esame ecografico dalla presenza di setti, aggetti solidi, echi interni, pareti spesse ed irregolari e dal fatto di essere multiloculata. In genere la cisti complessa presenta la parete, i setti e gli aggetti solidi molto vascolarizzati al color-doppler. Oltre alle neoplasie anche gli ascessi, l'idrosalpinge, la piosalpinge, la torsione ovarica e le cisti emorragiche funzionali ed endometroidi possono presentarsi radiologicamente come cisti complesse. La torsione ovarica simula le cisti per la presenza di necrosi centrale, spesso si presenta vascolarizzata al color doppler ed è spesso associata nell'adulto al teratoma maturo. La diagnosi differenziale della cisti complessa deve sempre includere le neoplasie, pertanto sono stati elaborati sia degli score morfologici specifici (ad esempio lo "score di Sassone") sia misurazioni di parametri specifici doppler, come l' "indice di pulsatilità" (IP) e la "resistenza dei vasi" (RF). Le formule matematiche per ricavare questi indici sono le seguenti: