Privatamente, inoltre, il Gemelli ebbe atteggiamenti benevoli nei confronti di Ebrei negli anni precedenti la guerra e anche a guerra iniziata, almeno fino al 1941. Di questo tenne debito conto, dopo la II guerra mondiale, la stessa commissione di epurazione (con a capo M. Roberti ed Ezio Franceschini) che era stata incaricata di vagliare la posizione di Gemelli per valutare se lo stesso era da sanzionare con l'epurazione. Tale epurazione non ebbe luogo e anzi la commissione valutò positivamente il supporto dato da Gemelli a perseguitati dal fascismo scrivendo nella sua relazione al comando alleato: