La vagina è auto-detergente e pertanto di norma non ha bisogno di speciali trattamenti di sorta. I medici generalmente sconsigliano la pratica dell'irrigazione vaginale (enteroclisma). Dato che una vagina sana è colonizzata da una flora di microrganismi reciprocamente simbiotici che proteggono il corpo-ospitante da microbi che potrebbero provocare malattie, qualunque tentativo di alterare questo equilibrio può causare svariati esiti indesiderabili, come (a solo titolo di esempio) perdite anormali e candidosi. Poiché la flora vaginale protegge dalle malattie, una alterazione di questo equilibrio può portare ad infezioni e a secrezioni anomale. Le secrezioni possono indicare un'infezione vaginale, così come irritazione o bruciore. Perdite vaginali anomale possono essere causate da infezioni sessualmente trasmissibili, diabete, utilizzo di saponi profumati, bagnoschiuma, pillole anticoncezionali, infezione da lievito (comunemente a causa dell'uso di antibiotici) o un'altra forma di vaginite. Mentre la vaginite è un'infiammazione della vagina, ed è attribuita a infezioni, problemi ormonali o irritanti, il vaginismo è un involontario irrigidimento dei muscoli vaginali durante la penetrazione vaginale causato da un riflesso o da una malattia. Le secrezioni vaginali dovute all'infezione da lievito sono solitamente dense, di colore cremoso e inodore, mentre quette dovute alla vaginosi batterica sono di colore grigio-bianco; quelle dovute alla trichomoniasi vaginale generalmente appaiono di colore grigio, di consistenza sottile e con un odore di pesce. Nel 25% dei casi di trichomoniasi vaginale le secrezioni sono di colore giallo-verde.