Fracastoro è uno dei fondatori della moderna patologia. Nello studio da scienziato fu il primo ad ipotizzare e verificare che le infezioni fossero dovute a germi portatori di malattia, con la capacità di moltiplicarsi nell'organismo e di contagiare altri attraverso la respirazione o altre forme di contatto. Nella sua bibliografia scientifica si nota ""Syphilis sive de morbo gallico" ("Sifilide, ossia sul "mal francese" - che da allora in poi sarebbe stato chiamato sifilide) sotto forma di poemetto in esametri (scritto nel 1521, ma pubblicato nel 1530) e il trattato ""De contagione et contagiosis morbis"" (Sul contagio e sulle malattie contagiose) nel 1546. Il trattato è all'origine della patologia moderna.