Il 15 settembre 2014 viene eletto dal Parlamento in seduta comune con 486 voti membro del Consiglio Superiore della Magistratura in quota Scelta Civica con una maggioranza pari a 3/5 dei votanti (486 voti). Balduzzi è il secondo più votato nel settimo scrutinio insieme alla docente di diritto processuale penale all'Università di Napoli Teresa Bene (486 in quota PD) e preceduto dall'ex Sottosegretario di Stato alla Giustizia e Salute nei Governi Berlusconi la sen. Avv. Maria Elisabetta Alberti Casellati (489 in quota FI) ed è il sesto degli otto membri da eleggere dopo il Sottosegretario di Stato al MEF l'on. avv. Giovanni Legnini, il Sindaco di Arezzo l'avv. Giuseppe Fanfani entrambi in quota PD (quinto scrutinio-10 settembre) e l'ex Vicepresidente della Camera l'On. Avv. Antonio Leone in quota NCD (sesto scrutinio-11 settembre). Si dimette dunque dalla carica di deputato, venendo sostituito da Giovanni Falcone.