Si ritiene che la sindrome di Hermansky-Pudlak venga ereditata come carattere genetico autosomico recessivo. Il gene difettoso, chiamato HSP, responsabile di questo disturbo si trova sul braccio lungo del cromosoma 10 (10q2). Alcune ricerche suggeriscono che un'anomalia della funzione lisosomiale possa essere responsabile dello sviluppo della malattia. HPS1, AP3B1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, DTNBP1 e BLOC1S3 sono associati con la sindrome di Hermansky-Pudlak.