Dopo molti anni, l'infiammazione provoca cambiamenti permanenti nel polmone. Le pareti delle vie respiratorie si ispessiscono ed è prodotto più muco. In casi molto rari, la distruzione del tessuto (parenchima) polmonare è provocata dalla carenza su base genetica, ereditaria, di una proteina prodotta prevalentemente da parte del fegato, chiamata alfa-1 antitripsina.