Se si sospetta un'encefalite virale, è possibile porre domande sulla storia dell'individuo ed eseguire un esame fisico. Aspetti importanti della propria storia includono lo stato immunitario, l'esposizione agli animali, inclusi gli insetti, la storia dei viaggi, la storia delle vaccinazioni, la geografia e il periodo dell'anno. I sintomi di solito si verificano in modo acuto, i sintomi più comuni di infezione sono febbre, mal di testa, stato mentale alterato, sensibilità alla luce, torcicollo, vomito, confusione e, nei casi gravi, convulsioni, paralisi e coma. Sono frequenti le caratteristiche neuropsichiatriche come cambiamenti comportamentali, allucinazioni o declino cognitivo. I sintomi gravi sono più comuni tra i neonati e gli anziani. La maggior parte delle infezioni sono asintomatiche, prive di sintomi, mentre la maggior parte dei casi sintomatici sono malattie lievi.