Il flupentixolo cloridrato viene rapidamente assorbito dal tratto gastrointestinale. Il picco di concentrazione plasmatica viene raggiunto circa 2-6 ore dopo la somministrazione orale. Il legame con le proteine plasmatiche è superiore al 95%. Il flupentixolo decanoato viene lentamente assorbito dal sito muscolare d'iniezione e, una volta nel sangue, viene idrolizzato con liberazione di flupentixolo e acido decanoico. Circa il 40% del farmaco va incontro a metabolismo epatico da primo passaggio; per questa ragione le sue concentrazioni plasmatiche, dopo somministrazione di una dose orale, sono molto più basse rispetto alle concentrazioni stimate in seguito alla somministrazione di una dose equivalente della preparazione depot. 