Le malattie autoimmuni includono condizioni come il lupus e la sclerosi multipla. Alcune malattie autoimmuni possono aumentare il rischio di problemi durante la gravidanza per le donne. Ad esempio, il lupus può aumentare il rischio di parto prematuro e nascita del feto morto. Alcune donne potrebbero avere un miglioramento dei loro sintomi durante la gravidanza, mentre altre sperimentano riacutizzazioni e altre sfide. Inoltre, alcuni farmaci per il trattamento delle malattie autoimmuni possono essere dannosi per il feto.