Nella pratica veterinaria, i cani sono le specie più frequentemente colpite da ipotiroidismo. La maggior parte dei casi si verifica per un ipotiroidismo primario, di cui due tipi sono riconosciuti: tiroidite linfocitica, che è probabilmente di origine autoimmune e porta alla distruzione e alla fibrosi della ghiandola tiroidea, e l'atrofia idiopatica che porta ad una progressiva sostituzione della ghiandola con tessuto adiposo. Spesso si presentano letargia, intolleranza al freddo, affaticamento nell'esercizio e un aumento di peso. Inoltre, cambiamenti nella pelle e problematiche legate alla fertilità sono frequenti, nonché una serie di altri sintomi. I segni di mixedema possono essere notati nei cani, soprattutto con pieghe della pelle sulla fronte e talvolta si hanno anche casi di coma da mixedema. La diagnosi può essere confermata da analisi del sangue; la sola valutazione clinica può portare a sovradiagnosi. La tiroidite linfocitaria è associata al rilevamento di anticorpi anti-tireoglobulina, anche se ciò avviene ad uno stadio avanzato della malattia. Il trattamento consiste nella somministrazione sostitutiva dell'ormone tiroideo.