Dato che Céspedes era un apprezzato chirurgo la pena fu commutata e invece di trascorrere dieci anni in carcere li passò curando i malati meno abbienti negli ospitali pubblici, a partire dall'Hospital del Rey in Toledo. Date le sue doti mediche e il clamore del processo, numerose persone venivano a vedere e a farsi curare dal chirurgo del celebre processo. Il 23 febbraio 1589 allora fu fatta richiesta che Céspedes venisse trasferito in una località meno nota dove non potesse diventare un motivo di scandalo.