Il trattamento prevede somministrazione di amfotericina B, dapprima in dose leggere e se non vi è risposta in dosi più pesanti e nei casi più gravi in combinazione con flucitosina o fluconazolo. Per le persone affette da AIDS dopo la cura si deve essere attenti a recidive e quindi si somministra a lungo termine l'itraconazolo o il fluconazolo.