Rizal continuò i suoi studi medici a Parigi ed a Heidelberg, specializzandosi in oculistica. Nel 1887 scrisse il suo primo romanzo, "Noli me tangere", un'appassionata esposizione dei misfatti della dominazione fratesca, paragonabile, nel suo effetto, alla denunzia dell'oppressione dei negri negli Stati Uniti de "La capanna dello zio Tom" di Harriet Beecher Stowe. Il seguito del primo romanzo, "Il filibusterismo" (La sovversione) del 1891, confermò la sua reputazione di leader del movimento riformista delle Filippine.