Riassumendo in parole semplici possiamo considerare le pliche genitali uretrali in formazione come una sottile lamina di carta i cui lembi si curvano su se stessi tubulizzandosi e fondendosi a partire dalla base del pene, che rimane curvo fino alla fine del processo. Un secondo processo di invaginazione a imbuto parte dal glande verso il basso e va incontro al precedente foglietto. Tutto questo è mediato dall'azione chimica degli ormoni. L'ipospadia è quindi sostanzialmente un'interruzione di questi due eventi (o solamente di uno, quando il meato è situato sopra la corona glandulare) ad una certa altezza rispetto all’asta del membro e in un certo momento temporale per interferenze con gli androgeni. Più questo avviene verso lo scroto e più grave sarà la manifestazione della malformazione. Dato che il pene, come detto, non si raddrizzerà fino a che la fusione del canale urinario non risulterà completa, questa condizione di incurvamento spesso permane.