Secondo le attuali conoscenze l'uomo è l'unico serbatoio di questo batterio e la sua trasmissione avviene, molto probabilmente, per via orale o oro-fecale. È possibile, pertanto, contrarre l'helicobacter pylori tramite un contatto diretto con feci, vomito o saliva di persone infette oppure mangiando o bevendo alimenti e acqua contaminati da materiale fecale di origine umana.