Dal 1960 lo Stato di Washington aveva chiesto a John di contribuire allo sviluppo della nuova scuola di medicina a Seattle. Riconoscendo l’importanza di questa occasione per promuovere la sua causa, il dottor Bonica accettò l'incarico. Allo stesso tempo però lo sviluppo dell'anestesiologia in ambito accademico aveva proseguito molto oltre l'insegnamento dell’anestesia clinica. Uno dei suoi primi progetti, quindi, fu quello di fondare a Washington una nuova università, nota come "University of Washington Multidisciplinary Pain Clinic", specializzata nell'approccio multidisciplinario al dolore clinico. 