Dal 1880 cominciò a pubblicare diversi lavori scientifici tra cui "Manual de Histología normal y Técnica micrográfica" (1889) e "Manual de Anatomía patológica general" (1890). Cajal scrisse più di 100 articoli scientifici in francese o tedesco. Alcuni di questi apparvero nel 1888 sulla "Revista Trimestral de Histología normal y patológica" ("Rivista trimestrale di Istologia normale e patologica") e altri apparvero sotto il titolo di "Trabajos del Laboratorio de Investigaciones biologicas de la Universidad de Madrid" ("Studi del Laboratorio di ricerche biologiche dell'Università di Madrid").