A seconda delle glicoproteine di superficie, il virus A si suddivide in sottotipi (o serotipi). Si conoscono 18 sottotipi di emoagglutinina (da H1 a H18) e 11 sottotipi di neuraminidasi (da N1 a N11). Tutti i sottotipi sono stati ritrovati nelle specie aviarie, mentre l'uomo e altri animali ospitano solo alcuni sottotipi: ciò significa che sono gli uccelli i serbatoi naturali del virus A. In particolare i volatili acquatici selvatici sono ospiti naturali per una grande varietà di virus di tipo A, che occasionalmente sono trasmessi alle altre specie e potrebbero essere la causa di focolai devastanti nel pollame domestico oppure di pandemie nell'uomo.