I casi più difficili da diagnosticare, rari in realtà, possono essere valutati anche con la risonanza magnetica (RM). Ad esempio, se il contenuto della cisti non è completamente liquido e presenta zone solide o pareti spesse e irregolari, o quando la cisti non regredisce nel tempo, il medico può consigliare ulteriori esami di approfondimento tra cui, appunto, la RM e il prelievo del sangue per valutare la funzione ormonale, la possibilità di tumori (attraverso la ricerca di marcatori tumorali come il CEA o il CA125) o l'endometriosi.