Una parte significativa del genoma codifica proteine transmembrana appartenenti alla famiglia dei trasportatori ABC e alla superfamiglia dei facilitatori maggiori. Ciò può in parte spiegare la maggiore tolleranza della "Candida auris" ai più comuni antimicotici. Sono state individuate mutazioni del gene ERG11 responsabile della suscettibilità agli antifungini azolici di altri funghi dello stesso genere. Sono presenti anche famiglie di geni per la codifica di lipasi, trasportatori di oligopeptidi, mannosil transferasi e fattori di trascrizione che possono svolgere una moltitudine di ruoli nella colonizzazione e invasione. Ciò può in parte spiegare la maggiore virulenza della "Candida auris".