Di controversa interpretazione è l'atteggiamento del Gemmellaro nei confronti degli sconvolgimenti politici che si trovò ad attraversare. Il suo rapporto con le autorità borboniche fu sempre delicato ed improntato alla prudenza: era sicuramente un tranquillo studioso e non certo un animoso rivoluzionario, ma era anche animato da una obiettiva consapevolezza che i mali della Sicilia derivavano dal malgoverno di Napoli. Se quindi in alcuni scritti sembra quasi rasentare la piaggeria nei confronti dei Borboni, a proposito invece della famosa rivolta del 1837 fomentata da una «provvidenziale» epidemia di colera durante la quale Catania e Siracusa,in particolare, diventarono gli epicentri del nuovo «malcontento», segnando la rottura tra una certa parte del ceto dirigente e il potere centrale, il Gemmellaro scrive tra l'altro:"“...quei martoriati decenni nei quali la cecità politica, la cupidigia dei governanti, l'intolleranza del Governo di Napoli stremarono la sopportazione del popolo"". Atteggiamenti per cui cadde ancora più in sospetto presso la polizia borbonica che gli impedì di partecipare nel 1839 al famoso congresso degli scienziati italiani a Pisa. Una decina di anni più tardi, in occasione della rivoluzione del '48, aprì le porte dell'Università, di cui era diventato rettore l'anno prima, al Comitato rivoluzionario che vi si insediò e ancora una volta scrisse una "Memoria" sugli avvenimenti di quegli anni, schierandosi apertamente contro la monarchia di Ferdinando II. L'arrivo dei Garibaldini a Catania nel 1860 fu da lui approvato e compreso nella svolta risorgimentale: i figli Ferdinando e Gaetano Giorgio parteciparono nelle file garibaldine ai combattimenti alle porte di Palermo garantendo in seguito alla famiglia Gemmellaro una posizione di prestigio anche nel nuovo Regno d'Italia.