Si ritiene che il meccanismo d'azione del farmaco sia correlato all'inibizione selettiva dell'RNA polimerasi-RNA-dipendente virale. Altre ricerche suggeriscono che il favipiravir induce mutazioni letali dell'RNA virale, producendo un fenotipo virale non vitale. Ricerche hanno anche scoperto che la presenza di analoghi delle purine possono ridurre l'attività antivirale di favipiravir, suggerendo la competizione tra favipiravir-RTP e nucleosidi purinici per il legame RdRp; il dominio catalitico RdRp sembra essere comune nei virus a RNA.