Durante questo periodo, nel 1939, fece la scoperta per cui divenne famoso: il fattore reumatoide. Waaler comunicò alla comunità scientifica la sua scoperta, ma le sue osservazioni passarono inosservate per quasi un decennio, fino a quando il fenomeno della agglutinazione degli eritrociti di pecora dovuto al siero di pazienti affetti da artrite reumatoide non venne nuovamente scoperto nel 1948 dallo studioso Harry M. Rose, un medico statunitense che esercitava nella città di New York. Da allora questa reazione prende il nome di reazione di Waaler-Rose.