Pietro Pacifico Gamondi, figlio di Anna Maria Luigia Bonin e Paolo Gamondi, nacque il 24 luglio 1914 a Ghirla, un piccolo paese nel comune di Valganna in provincia di Varese. Figlio di un soldato, venne educato in modo rigido e rigoroso. Questo tipo di educazione contribuì alla formazione di un carattere propenso all'adattamento a situazioni difficili, a usanze diverse dalle proprie nonché alla capacità di affrontare avventure e rischi. Si diplomò al liceo classico Leone XIII di Milano, istituto gestito dai Padri Gesuiti; anche qui, il rigido modello educativo seguito dall'istituto finì per consolidare alcuni tratti della sua personalità come il rigore, la costanza nello studio e il senso morale che lo accompagnarono per tutta la vita. Dopo una brillante carriera da studente, il 26 giugno 1940 si laureò presso la facoltà di Medicina e Chirurgia di Roma e nel giugno 1942 venne ammesso ai corsi per Allievi Ufficiali nella Scuola di Sanità Militare di Firenze; dopo aver ottenuto l'abilitazione di medico fu nominato Allievo Ufficiale Medico di Complemento in attesa di essere destinato, nel dicembre dello stesso anno, al reggimento “Piemonte Reale” cavalleria. Spostatosi a Roma, si specializzò in Medicina Tropicale e Subtropicale in qualità di allievo di Aldo Castellani, scopritore del Trypanosoma gambiensis, microrganismo che attraverso la puntura della mosca tse-tse provoca la malattia del sonno, e maestro che influenzò tutta la sua vita di medico. Nel 1946 partirono insieme per Lisbona e successivamente per Londra, dove Gamondi continuò i suoi studi e le sue ricerche ed ebbe modo di frequentare gli ambienti scientifici locali, perfezionando sempre più le sue conoscenze riguardo alla medicina tropicale; al rientro in Italia stabilì la sua residenza a Roma.