Tra i vari esami elencati,l’ecocardiografia transesofageaè l’unica ritenuta piuttosto invasiva; essa può risultare alquanto fastidiosa e la gola potrebbe far male per qualche ora dopo l’esame. Non è possibile guidare nelle 24 ore successive poiché il sedativo usato può causare sonnolenza. Inoltre, esiste la possibilità che la sonda possa danneggiare la gola.