L'endoscopio è dotato, ad una estremità, di una telecamera, che invia ad uno schermo le immagini che mostrano il livello e l'estensione dell'infiammazione delle pareti del colon e dell'ileo terminale. L'endoscopio è equipaggiato con degli strumenti chirurgici che servono a prelevare frammenti di tessuto da varie parti dell’intestino (biopsia).