Se l'Eustachio fu anche un chirurgo è una domanda legittima. Il suo incarico all'Archiginnasio riguardava la medicina pratica e non l'anatomia descrittiva né la chirurgia, essendo queste discipline incarico di altri uomini illustri. Ma non si può negare nemmeno che operasse quando se ne presentava l'occasione. Infatti dall'inventario dei suoi attrezzi ereditati dal figlio Ferdinando risultavano molti strumenti di chirurgia.