La scelta del tipo di intervento da eseguire dipende dal tipo di malattia che lo ha reso necessario (malattia primitiva) e dalla presenza contemporanea di eventuali infezioni polmonari. Si tratta, comunque, di un intervento complesso la cui difficoltà dipende anche dal tipo di trapianto (più impegnativo nel caso del trapianto di ambedue i polmoni e nei trapianti combinati di polmoni e altri organi).