La RM, può essere utilizzata come la TC per lo studio dei carcinomi di esofago, stomaco e retto. È inoltre possibile studiare l'intestino tenue come con la TC somministrando acqua o soluzione fisiologica mediante un sondino naso-enterico (Enterografia-RM). La RM consente anche di valutare la defecazione (cine-defecografia-RM), permettendo di analizzare con un solo esame tutti i compartimenti della pelvi.