Anche l'allattamento naturale, in virtù dello scambio madre-bambino, rappresenta una tappa importante nella formazione del microbiota, per la ricchezza delle specie (diversità) e lo sviluppo di un buon sistema immunitario nel neonato. Una mancata contaminazione del bambino da parte della madre con alcune specie batteriche (per esempio i Bifidobatteri), o la loro riduzione a causa di terapie antibiotiche precoci, può determinare una maturazione non equilibrata del sistema immunitario. L'acquisizione di queste conoscenze ha favorito nei medici l'attenzione a privilegiare, quando possibile, il parto naturale e l'allattamento al seno così come l'utilizzo degli antibiotici nei casi di effettiva necessità.