Vi sono opinioni contrastanti sull'origine embriologica della vagina. La tesi maggioritaria risale alla descrizione di Koff del 1933 in cui si afferma che i due terzi superiori della vagina originano dalla porzione caudale dei condotti Mülleriani, mentre la porzione inferiore della vagina si sviluppa dal seno urogenitale. Altre tesi sono quelle del 1957, in cui Bulmer descrive l'epitelio vaginale come proveniente esclusivamente dal seno dell'epitelio urogenitale e quella del 1970 di Witschi in cui viene riesaminata la tesi di Koff in cui conclude che i bulbi sino-vaginali hanno la stessa origine della porzione inferiore del dotto di Wolff.