Nel 1889 Giuseppina Cattani intraprese un corso libero semestrale di Batteriologia inserendosi pienamente nella direzione di uno studio nuovo e pieno di stimoli. Questa linea di ricerca era stata inaugurata pochi anni prima da Louis Pasteur e dall'altro grande protagonista della Batteriologia, Robert Koch. Il 1º novembre 1889, la trentenne Dott.ssa Cattani presentò al Preside di Facoltà di Bologna un programma per l'anno scolastico 1889/90 per "un corso libero, con effetti legali, di Batteriologia patologica". Gli argomenti del corso erano molto all’avanguardia per l’epoca e confermavano il carattere estremamente nuovo degli studi e delle ricerche a cui la Cattani si dedicò. In qualità di libera docente, fu chiamata a far parte della Commissione d’esami di Anatomia microscopica nel 1887; nel 1889 e 1891 partecipò alle Commissioni d’esami e di laurea in Necroscopia e Medicina operatoria; dal 1892 al 1895 a quelle di Psichiatria.