La formazione contemporanea di fluoruro inorganico e acido dicloroacetico per biotrasformazione del metossiflurano è unica se comparata con altri anestetici volatili e decisamente più tossica del solo fluoro; ciò potrebbe spiegare perché la formazione di fluoruri dal metossiflurano è associata a nefrotossicità, mentre la formazione di fluoruri da altri anestetici volatili (come enflurano e sevoflurano) non lo è. È stato inoltre segnalato che l'uso concomitante di tetracicline e metossiflurano provoca tossicità renale fatale.