Sono molecole che incorporano al loro interno un atomo di tecnezio-99m radioattivo. Le principali utilizzate sono il sestamibi e la tetrafosmina. Anche queste molecole hanno una carica positiva, ma si accumulano nel miocardio con un meccanismo differente dal tallio, sono in grado di attraversare la membrana plasmatica dei miocardiociti per diffusione passiva e per gradiente elettrochimico, e successivamente di accumularsi nella superficie dei mitocondri carica negativamente sfruttando la loro carica positiva. Una volta dentro, al contrario del tallio, queste molecole rimangono intrappolate; quindi è impossibile fare studi di perfusione con un'unica somministrazione. Il farmaco viene quindi somministrato 2 volte, in protocolli che possono essere a singola o a doppia giornata, a seconda del centro entro cui sono eseguiti. Esistono comunque altri traccianti neutri in grado di accumularsi a livello mitocondriale, probabilmente tramite interazione diretta con qualche componente di questi organelli cellulari.