La diagnosi si basa sulla raccolta dei dati anamnestici, degli esami clinici e strumentali. In corso d'anamnesi talvolta si rilevano rapporti sessuali a rischio (nuovo partner, rapporti anali non protetti ecc.). Gli esami di laboratorio evidenziano la presenza di agenti microbici nei campioni biologici raccolti. I batteri più comuni sono Escherichia coli, Klebsiella, Proteus, Pseudomonas, Enterobatteri, Enterococco, Serratia e Stafilococco aureo. Tali infezioni possono rappresentare una minaccia per alcuni pazienti e può essere necessaria l'ospedalizzazione con la somministrazione di antibiotici per via endovenosa. Un emocromo può rivelare un incremento dei leucociti nel sangue. La prostatite acuta porta assai raramente a una setticemia, ma ciò può avvenire in pazienti immunodepressi; in caso di febbre alta e malessere generalizzato è indicata una coltura ematica, che è spesso positiva.