Si riconoscono tre componenti principali del nucleolo: il centro fibrillare (FC), la componente fibrillare densa (DFC) e la componente granulare (GC). La trascrizione dell'rRNA avviene nel centro fibrillare. La componente fibrillare densa contiene la proteina fibrillarina, che è importante nell'elaborazione dell'rRNA. Il GC contiene la proteina nucleofosmina, che è anche coinvolta nella biogenesi dei ribosomi .