A seguito di somministrazione per via orale ganciclovir viene assorbito dal tratto gastrointestinale in misura limitata. La concentrazione plasmatica di picco (Cmax) viene raggiunta entro 1-2 ore (Tmax) dalla ingestione del farmaco. La biodisponibilità assoluta dopo assunzione per os a digiuno è pari al 5% circa. La somministrazione di ganciclovir associato ad un pasto, determina un incremento della biodisponibilità (tra il 6 e 9%), un allungamento del tempo di picco sierico (Tmax) che raggiunge le 3,0 ore ed un Cmax più alto.