Questi enzimi sono secreti in un fluido ricco di bicarbonato; questo aiuta a mantenere un pH alcalino per il fluido, un pH in cui la maggior parte degli enzimi agisce nel modo più efficiente e aiuta anche a neutralizzare gli acidi dello stomaco che entrano nel duodeno. La secrezione è influenzata da ormoni, tra cui secretina, colecistochinina e VIP (peptide intestinale vasoattivo), nonché dalla stimolazione con acetilcolina dal nervo vago. La secretina viene rilasciata dalle cellule S che fanno parte del rivestimento del duodeno in risposta alla stimolazione dell'acido gastrico. Insieme al VIP, aumenta la secrezione di enzimi e di bicarbonato. La colecistochinina viene rilasciata dalle cellule di Ito del rivestimento del duodeno e del digiuno principalmente in risposta agli acidi grassi a catena lunga, aumentando gli effetti della secretina. A livello cellulare, il bicarbonato viene secreto dalle cellule acinose attraverso un trasportatore di sodio e bicarbonato che agisce a seguito della depolarizzazione della membrana causata dal regolatore della conduttanza transmembrana della fibrosi cistica. Secretina e VIP agiscono per aumentare l'apertura di tale proteina comportando una maggiore depolarizzazione della membrana e una maggiore secrezione di bicarbonato.