Nelle cartilagini articolari vi è una infiltrazione di macrofagi ed altre sostanze del sistema immunitario; queste sostanze provocano l'infiammazione dell'articolazione che, se non curata, darà vita ad un tessuto "cicatriziale" (si cicatrizza e si irrigidisce) formando dei "ponti ossei" tra le articolazioni che, quindi, non si possono più muovere liberamente (tipico è il quadro radiologico di colonna vertebrale "a canna di bambù"). La malattia colpisce lo scheletro assile: le articolazioni sacro-iliache sono coinvolte nel 100% dei casi; possono però essere coinvolte in concomitanza anche: la zona lombosacrale, dorsale della colonna e/o il tratto cervicale. Nei casi più gravi, in cui spesso è presente anche un coinvolgimento intestinale, la patologia può coinvolgere anche le articolazioni periferiche come caviglie, ginocchia, anche, spalle, gomito e/o polsi. Nel primo caso si parla di spondiloartrite assiale, nel secondo di spondiloartrite periferica.