Accettò una posizione all'università di Seghedino nel 1930. Qui lo scienziato e un suo giovane assistente, Joseph L. Svirbely, un ungherese naturalizzato americano, trovarono che l'acido studiato durante il suo dottorato, altro non era che la soluzione allo scorbuto, ovvero la vitamina C. Dopo che Walter Norman Haworth ebbe determinato la struttura della vitamina C, e le sue proprietà anti-scorbutiche, gli fu dato il nome di acido L-ascorbico. In alcuni esperimenti usarono la paprica come sorgente di vitamina C. Anche durante questo periodo, Szent-Györgyi continuava il suo lavoro sulle cellule respiratorie, identificando l'acido fumarico e altri step oggi conosciuti come il ciclo di Krebs. A Seghedino conobbe Zoltán Bay, un fisico che diventò suo stretto amico e col quale avrebbe collaborato nel campo bio-fisico.