Durante il periodo della permanenza in convento, Pavia scrisse un libro sull'apostolo Paolo, "Saulo di Tarso: ebreo, figlio di ebrei", libro che sarà pubblicato dopo la Liberazione nel 1949 (Roma, Ed. Leonardo). Assieme al romanzo "L'apostolo" (The Apostle) di Sholem Asch, scritto negli Stati Uniti nel 1943 ma che comparirà in traduzione italiana solo nel 1950, il libro di Mafalda Pavia, che non ha carattere storico o esegetico, ma piuttosto di riflessione spirituale, è a livello internazionale una delle prime opere a rivalutare la figura dell'apostolo dal punto di vista ebraico. La riscoperta della ebraicità di Paolo è per Mafalda Pavia il segno della possibilità di una fratellanza tra ebrei e cristiani (e musulmani), nel rispetto delle proprie identità distinte. Questa posizione le farà guardare con occhi molto critici all'esperienza di conversione dell'ex-rabbino di Roma Eugenio Zolli che da una simile esperienza di vita, nascosto in Vaticano per sfuggire alle deportazioni, aveva derivata la sua decisione di abbandonare la comunità ebraica. 