Intanto il 18 marzo 1860 è nominato Senatore del Regno d'Italia, anche se per motivi di salute (aveva 73 anni) non poté esercitare a pieno il suo ruolo. Di sicuro fece valere la sua posizione quando l'allora Ministro della Pubblica Istruzione, Carlo Matteucci promosse una legge (1862) che limitava il numero di posti alle università e uniformava gli insegnamenti: in pratica, tutto ciò contro cui si era battuto Bufalini. All'inizio si oppose apertamente, ma poi comprese che questa legge non era solo una manovra economica, ma anche un disperato tentativo di salvare sedi universitarie in preda all'anarchia. Matteucci cercò di garantire in tutte le Regioni un corso di studio valido.