Presto però si rese conto che i doveri delle due posizioni erano incompatibili con il lavoro principale del suo studio privato e della clinica, così come con il ruolo di madre, per cui, nel 1873, fu costretta a rassegnare le dimissioni. Due anni dopo, l'ospedale si trasferì in Marleybone Street. È proprio in questo periodo Elizabeth divenne protagonista di molti accesi dibattiti con i medici uomini, riguardo all'ingresso delle donne nel loro settore. 