La forma più comune interessa la cervice uterina; meno frequentemente sono colpite le tube uterine, le ovaie, la vagina e i genitali esterni. Si hanno cerviciti ed endometriti, con conseguenze importanti sulla funzione riproduttiva, infertilità, gravidanze ectopiche, complicanze durante la gestazione, per un aumentato rischio di parto prematuro e di basso peso del bimbo alla nascita, aborto, disordini mestruali, dispareunia. La schistosomiasi genitale ha importanti ripercussioni sociali, perché le donne sterili nei Paesi Poveri vengono più spesso abbandonate dai consorti, che riescono ad avere figli da altre donne sane. La clinica può simulare altre malattie a trasmissione sessuale o neoplasie genitali: si hanno secrezioni e perdite ematiche genitali e dolori addomino-pelvici persistenti. La schistosomiasi genitale può interessare accidentalmente anche i viaggiatori in regioni endemiche e manifestarsi al ritorno: tali forme spesso vengono misconosciute, con notevoli ritardi nella diagnosi e nel trattamento.