La prognosi della cheratite neurotrofica è variabile e dipende da molti fattori. Una più lunga durata della malattia, associata a gravi comorbidità, comporta una prognosi peggiore; è fondamentale rilevare la presenza di infezioni associate che possono complicare il quadro clinico e che rendono inefficaci l'eventuale trattamento con colliri a base di NGF ricombinante .