Nei soggetti con immunodeficienza congenita o acquisita, in particolare con linfomi o leucemia, in rari casi può insorgere una speciale forma di encefalite da morbillo con corpi inclusi. Questa complicazione in genere si manifesta entro un anno dalla infezione da morbillo ed è molto difficile da trattare; risultando fatale nel giro di pochi mesi. Nella MIBE i cloni virali presenti nel cervello vanno incontro a mutazioni delle proteine dell'involucro virale, analoghe alle mutazioni del virus nella PESS. Nei soggetti immunocompromessi la MIBE può essere provocata anche dal virus della vaccinazione. Per questa ed altre ragioni, le persone con una immunodeficienza congenita o acquisita particolarmente grave (sintomatica) non devono essere vaccinate contro il morbillo.