Il nifurtoinolo è controindicato in soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo o altri nitrofurani, oppure uno qualsiasi degli eccipienti della formulazione farmaceutica. È controindicato anche nei soggetti diabetici ed affetti da insufficienza renale grave (possibile insorgenza di nevriti periferiche), deficit di glucosio 6-fosfato deidrogenasi (possibilità di emolisi).