Un gastrinoma può manifestarsi clinicamente per la comparsa di segni e/o sintomi dipendenti o dalla presenza di un'ipersecrezione di gastrina o dall'effetto massa/metastasi propria del tumore. La gastrina è infatti responsabile di ipersecrezione gastrica dovuta a stimolo ed iperproliferazione delle cellule parietali dello stomaco, con aumentata produzione di acido cloridrico, responsabile di ulcerazioni del tratto gastroenterico (stomaco, duodeno ed intestino tenue), diarrea a carattere cronico e reflusso gastroesofageo. L'associazione di questi sintomi e di dolore addominale in presenza di aumento della produzione di gastrina compone l'entità nosologica chiamata sindrome di Zollinger-Ellison. Il gastrinoma può essere inoltre presente in una sindrome MEN di tipo 1. L'effetto massa della neoplasia può invece estrinsecarsi con stenosi duodenali e conseguente occlusione, ittero per la presenza di stenosi neoplastica del coledoco e dei dotti biliari o per la presenza di metastasi epatiche e altri sintomi dipendenti dalla localizzazione delle lesioni ripetitive.