L'epcidina è un regolatore del metabolismo del ferro. L'epcidina inibisce direttamente la ferroportina1, una proteina transmembrana che si trova sulla superficie basolaterale degli enterociti intestinali che trasporta il ferro fuori dalla cellula. La ferroportina è presente anche sulla membrana plasmatica delle cellule reticoloendoteliali (macrofagi). Inibendo la ferroportina, l'epcidina inibisce il rilascio di ferro nel sangue da parte degli enterociti, riducendo quindi il rilascio del ferro dall'enterocita. Inibendo la ferroportina, l'epcidina impedisce agli enterociti di rilasciare il ferro nel sistema portale epatico, riducendo in tal modo l'assorbimento di ferro nella dieta. Inoltre inibendo anche la ferroportina macrofagica inibisce anche il rilascio in circolo del ferro già presente nell'organismo.L'aumento dell'attività epcidina è parzialmente responsabile della ridotta disponibilità di ferro nell'anemia di infiammazione cronica, come l'insufficienza renale.