Anche se normalmente un trattamento topico con desonide non interferisce con l'asse ipotalamo ipofisario, tuttavia come nel caso di altri steroidi topici un trattamento prolungato nel tempo ricorrendo a quantità elevate della molecola, così come il trattamento di ampie superfici cutanee può comportare un rilevante assorbimento sistemico fino a determinare alterazioni da ipercorticalismo con soppressione dell'attività della ghiandola surrenalica.