Come il Cristianesimo crebbe in influenza, si sviluppò una tensione tra la Chiesa e la medicina delle campagne, in quanto in quest'ultima molto era magico o mistico, e possedeva basi parzialmente incompatibili con la fede cristiana. Allo stesso modo, la dipendenza dal potere delle erbe o gemme bisognava di essere spiegato attraverso il cristianesimo. Sempre nell'Alto Medioevo il cristianesimo si diffonde nella lingua latina, sconosciuta ormai a tutti i non eruditi o chierici, per cui gli unici in grado di conoscere Ippocrate o Galeno furono ovviamente uomini di chiesa. La medicina si integrò con altre discipline a formare un tutto. I nomi più famosi saranno Severino Boezio, Cassiodoro, Isidoro di Siviglia, Beda il Venerabile, Rabano Mauro, Oddone di Meung, Fulberto di Chartres ed altri monaci di Saint-Gall, di Einsiedeln, di Canterbury, di Marmoutier. Ma di fatto, all'inizio del Medioevo, la Chiesa diverrà depositaria del sapere medico fino a pochi secoli or sono.