Henle è stato una dei padri della teoria microbica delle malattie infettive. Nel 1840, in un importante articolo intitolato "Von den Miasmen und Kontagien" sviluppò infatti i concetti di "contagium vivum" e "contagium animatum", riallacciandosi ai lavori di Girolamo Fracastoro (1478-1553) e Agostino Bassi (1773-1856). Le sue ipotesi furono sviluppate dal suo allievo Robert Koch. I Postulati di Koch sono detti anche "Postulati di Henle-Koch".