Le indicazioni all'uso (è corretto dire tutte le infezioni sostenute da staphylococcus aureus ed epiderminis meticillino o oxaliccino resistente) esclusivamente ospedaliero, sono batteriemia, polmoniti, endocarditi, peritoniti, meningiti (passano la barriera emato encefalica se le meningi sono infiammate), osteomieliti. Nella colite pseudomembranosa da Clostridium difficile c'è l'indicazione all'uso topico (via orale), anche se il sempre maggiore riscontro di enterococchi vancomicino-resistenti suggerisce prudenza per questa indicazione, soprattutto visto che esistono valide alternative (ad esempio il metronidazolo, tranne in caso di clostridium difficilis, ove rimane di prima scelta la vancomicina a 1 g ogni sei ore per os). 