Il controllo motorio del canale anale deriva da molti inputs neuronali. Il sistema nervoso autonomo controlla lo sfintere anale interno tramite la componente simpatica e quella parasimpatica: mentre la prima ha il compito di aumentare il tono muscolare, il ruolo della seconda resta controverso. Poiché lo sfintere anale interno costituisce la continuazione dello strato muscolare circolare, l'innervazione di tale muscolo è comune a quella del retto inferiore: i nervi per l'intestino retto provengono dai plessi mesenterico inferiore, pelvico e pudendo.Lo sfintere anale esterno è innervato dalla branca rettale inferiore del nervo pudendo e da una branca perineale del quarto nervo sacrale.I muscoli elevatori dell'ano (puborettale, pubococcigeo, ileococcigeo) sono innervati dal quarto nervo sacrale. Probabilmente il muscolo puborettale riceve fibre anche dal nervo pudendo.La sensibilità (tattile,termica e dolorifica) del canale anale, presente fino a 15 mm sopra la linea dentata, è assicurata dalla branca rettale inferiore del nervo pudendo.