Studi hanno anche evidenziato che l'interferone-beta migliora l'integrità della barriera ematoencefalica (BBB, blood-brain barrier), che generalmente si indebolisce nei pazienti affetti da MS, consentendo l'aumento del numero di sostanze indesiderate nel cervello. Questo rinforzamento della BBB potrebbe essere un fattore contribuente agli effetti benefici dell'interferone beta. 