Poiché alla fine del XIX secolo in Germania mancavano istituti pediatrici, Escherich si recò a Parigi e poi Vienna, dove lavorò per alcuni mesi con Hermann Widerhofer nella clinica pediatrica "St. Anna Kinderspital". Nel 1885 divenne assistente alla clinica pediatrica del "Reisingerianum", e successivamente come assistente all'Ospedale pediatrico Hauner di Monaco di Baviera sotto la guida di Heinrich von Ranke. Divenne "Privatdozent" in pediatria all'Università di Monaco di Baviera nel 1886. Escherich si convinse che la batteriologia avrebbe potuto risolvere, o quanto meno chiarire, la maggior parte delle patologie pediatriche, e a Monaco di Baviera le circostanze erano favorevoli alla ricerca in ambito batteriologico: Wilhelm Frobenius, un allievo di Robert Koch, gli insegnò le tecniche di coltura e i metodi di caratterizzazione batterica; Escherich aveva inoltre accesso ai laboratori dell'istituto di igiene, diretto da Max Josef von Pettenkofer, al laboratorio di batteriologia diretto da Otto von Bollinger, all'istituto di fisiologia diretto da Karl von Voit, e ai laboratori dell'industria casearia di Franz von Soxhlet.