L'esame è invasivo, ma sicuro e con una bassissima incidenza di complicanze (0,05% di morbilità, e meno di 0,006% di mortalità); come per tutti gli esami clinici invasivi, il paziente deve esprimere il proprio consenso informato prima della sua esecuzione. La sua durata di esecuzione è breve (pochi minuti) e non è doloroso, anche se il naturale riflesso deglutitorio può portare a successive lievi irritazioni faringee; più frequentemente l'esame può causare fastidio, con nausea e conati di vomito a vuoto, significativamente riducibili previa una leggera sedazione cosciente (con benzodiazepine) e l'applicazione di anestetici topici in orofaringe (Lidocaina).