Poco dopo la sua laurea Bell venne ammesso al Royal College of Surgeons di Edimburgo, dove ha operato e insegnato anatomia. Lui e suo fratello pubblicarono ulteriori due volumi del loro trattato anatomico nel 1802 e nel 1804. Alcuni aspetti del suo successo, tuttavia, lo resero oggetto della opposizione gelosa dei medici locali, e gli venne negata la possibilità di esercitare all'ospedale Royal Infirmary di Edimburgo. Si trasferì poi a Londra nel 1804, dove diede vita ad un ambulatorio privato e ad una scuola di anatomia. Dal 1812 al 1825, insieme al fratello, Bell esercitò alla Great Windmill Street School of Anatomy, che era stata fondata dall'anatomista William Hunter (1718-1783).