Dopo la laurea in medicina alla University of Western Ontario, la Chan conseguì un Master of Public Health e in seguito venne assunta al Dipartimento della Salute di Hong Kong. Nel 1992 ne venne nominata vicedirettore e appena due anni dopo divenne direttore, prima donna in assoluto ad occupare questo posto. In questa sede si occupò fra le altre cose delle emergenze H5N1 e SARS.