Sebbene l'infezione si verifichi raramente, quasi sempre conduce alla morte con un tasso di mortalità superiore al 95%. La malattia è rara ma altamente letale: ci sono stati solo 300 casi a partire dal 2008. La ricerca sulla terapia farmacologica presso l'Università Aga Khan in Pakistan ha dimostrato che i test di suscettibilità ai farmaci in vitro con alcuni farmaci approvati dalla FDA utilizzati per le malattie non infettive hanno dimostrato di colpire "Naegleria fowleri" con un'efficacia superiore al 95% La stessa fonte ha anche proposto un dispositivo per la somministrazione transcranica di farmaci.