Se l'utilizzo della TC è certamente meno invasivo di una coronarografia realizzata per via percutanea, uno degli svantaggi è l'alta dose (circa 8–10 mS) di radiazioni ionizzanti a cui deve essere sottoposto il paziente al fine di ottenere immagini a qualità sufficiente. Sono allo studio protocolli di acquisizione sempre più efficaci in modo da poter ridurre sensibilmente tale dose.