Eduardo Estrella studiò medicina allUniversità Centrale dell'Ecuador". Dopo la laurea si specializzò in radioterapia al Massachusetts Institute of Technology di Cambridge (Massachusetts), negli Stati Uniti dal 1968 al 1970. Continuò quindi gli studi specializzandosi in psichiatria all'Università di Navarra, a Pamplona dal 1970 al 1973, in Spagna. Successivamente insegnò alla facoltà di medicina dell'università Centrale dell'Ecuador. Ottenne quindi un dottorato presso l'Università Cattolica di Quito negli anni 1980. 