Quando viene cercato un antigene corpuscolato ignoto (batterio, cellula, …), va fissato con apposite metodiche l'antigene al vetrino (o pozzetto), poi vanno messi a contatto i presunti anticorpi specifici marcati con fluorescina. Si lascia a contatto per il tempo necessario all'interazione antigene-anticorpo, In questo modo gli anticorpi fluorescenti non legati verranno eliminati. Se al microscopio vengono visualizzati corpuscoli fluorescenti (verdi brillanti), su uno sfondo scuro e incolore, significa che l'antisiero (il siero contenente anticorpi fluorescenti) è specifico per quell'antigene. Si avrà quindi risultato positivo.