Negri proseguì, comunque, per dimostrare nel 1906 che il vaccino del vaiolo, all'epoca conosciuto come "virus vaccino", o "variola vaccinae", era anch'esso un virus filtrabile.. Durante l'ultima parte della sua carriera, egli si interessò alla malaria e si pose in prima linea nello sforzo per eradicarla dalla Lombardia.