La sindrome di Peutz-Jeghers è dovuta a mutazioni nella linea germinale nel gene STK11/LKB1 (19p13.3) che codifica per un oncosoppressore,una serina-treonina chinasi. Nel 70% dei casi di Sindrome di Peutz-Jeghers sono dimostrate mutazioni della linea germinale in STK11/LKB1, ma alcuni studi indicano che sia presente eterogeneità genetica e il coinvolgimento di altri loci.