Sebbene l'uso della polimixina B sia approvato per il trattamento di infezioni gravi sostenute da un gran numero di batteri gram-negativi (in particolare da "Pseudomonas aeruginosa": meningite, infezioni del tratto urinario, batteriemia), essa non deve essere considerata un antibiotico di prima scelta a causa dei gravi effetti collaterali. 