Appena Miss Abbott tornò, il Professor John George Adami, famoso anatomo-patologo, la chiamò a lavorare presso il museo medico della McGill, di cui era il Conservatore. Nell'estate del 1898 fu nominata sua assistente nel Dipartimento di Patologia. Il professor Adami la mandò a Washington per osservare e studiare i metodi di classificazione e catalogazione dei campioni e, appena tornò, la Dott.ssa Abbott si immerse completamente nel lavoro al museo.