La farmacia fu solo una sorta di dispensario fino al 1892 quando iniziò ad operare a pieno regime. Nel 1917 la farmacia fu spostata a Porta Sant'Anna vicino all'ingresso principale del Vaticano. Ai tempi, la Farmacia Vaticana divenne molto popolare poiché offriva farmaci che altrimenti sarebbero stati introvabili a Roma. Anche oggi, forse per il complicato iter di approvazione dei farmaci nell'ordinamento italiano, la farmacia spesso dispone di alcuni farmaci qualche mese prima rispetto all'Italia.