Un criterio semplice è il rapporto tra strato di miocardio non compattato/strato di miocardio compatto in telediastole maggiore di 2:1 o tra 2:1 e 3:1 a seconda degli autori. Ma altri criteri più complessi devono essere presi in considerazione, come la densità e la posizione delle trabecolazioni, il numero di segmenti della parete interessati (che si correlano bene soprattutto nella prima infanzia alla prognosi di morte e trapianto cardiaco), la frazione di eiezione del ventricolo sinistro, la presenza di flusso ematico nei recessi tra le trabecole al color-Doppler, la funzione diastolica, il confronto tra le anomalie in più proiezioni (parasternale e apicale). Data la mancanza di criteri diagnostici universalmente accettati, è possibile che questa patologia sia sotto o sovra-diagnosticata.