Diversamente da altre tecniche di diagnostica per immagini come radiografie, tomografia assiale computerizzata (TAC), tomografia ad emissione di positroni (PET), ecc., la RM non utilizza radiazioni ionizzanti e pertanto viene preferita per effettuare indagini ripetute a breve distanza. Inoltre, rispetto alle altre tecniche di immagine, la RM rende ben visibili le strutture non ossee del corpo, ossia i tessuti molli, come il cervello, il midollo spinale e le terminazioni nervose, muscoli, legamenti, tendini ecc.