Chiamando la sua teoria alimentare The Battle Creek Idea (l'Idea Battle Creek), Kellogg promuove una dieta priva di carne, uova, zucchero raffinato, alcool, tè, caffè, tabacco, cioccolato mentre, sia pure a malincuore, accetta l'uso di piccole quantità di latte e di formaggio appena fatto. Tuttavia, egli approva l'uso di yogurt e nel 1909 diventa uno dei primi promotori americani nella sua vendita e assunzione. Il suo regime di salute, che poi definisce "Biologic living", include l'esercizio fisico regolare, aria fresca e sole, corretta postura, abbigliamento sensibile e un apporto da otto a dieci bicchieri di acqua al giorno. Egli comincia a credere che clisteri giornalieri tenessero l'intestino pulito e libero da malattie. Pertanto, sulla base di ragioni sia scientifiche sia religiose, la dieta dovrebbe essere limitata a cereali, legumi e frutta.