Se la litotripsia extracorporea ad onde d'urto non è praticabile, come ad esempio nel caso di una persona obesa, si può applicare una procedura alternativa, la nefrolitotomia percutanea. Consiste nel praticare una piccola incisione sulla schiena attraverso cui introdurre uno strumento, il nefroscopio, fino a fargli raggiungere il rene. Il calcolo viene, quindi, frantumato attraverso il laser in piccoli pezzetti che vengono successivamente estratti con le pinzette. La nefrolitotomia percutanea è un intervento eseguito in ospedale, in anestesia generale, con un ricovero di breve durata. È efficace fino all'86% dei casi per calcoli di circa 21-30 millimetri di diametro.