Il trattamento della malattia di Hirschsprung è chirurgico e prevede la rimozione del tratto agangliare di intestino, successivamente alla riduzione del diametro del megacolon a monte tramite lavaggi rettali o il confezionamento di una colostomia temporanea. Quest'ultima è preferibilmente da evitarsi, per via dell'alta incidenza di infezioni. L'intervento deve preferenzialmente essere effettuato il prima possibile, ovvero nei primi giorni-settimane di vita.