È una malattia rara. Tra il 1907 e il 1990 sono stati descritti in letteratura 617 casi di malattia di Whipple. Presumibilmente la malattia è diffusa in tutte le etnie e le popolazioni, anche se la maggior parte dei casi riguarda la popolazione bianca e anglosassone (appare come più frequente nei paesi di livello socio-economico più alto semplicemente perché lo standard sanitario più elevato ne rende più agevole la diagnosi). Più frequente negli uomini che nelle donne. Rarissima nei bambini.