Nel 15% dei casi, tuttavia, le persone entrano in una seconda fase tossica della malattia, questa volta accompagnata da ittero causata da danni al fegato, così come il dolore addominale ricorrente. La fase tossica si manifesta con la ricomparsa della febbre e dei segni clinici di insufficienza d'organo: ittero ingravescente, proteinuria, oliguria, acidosi, diatesi emorragica (ematemesi e altre emorragie). Si può avere una coagulopatia da insufficienza epatica, con segni di deficit neurologico (delirio, convulsioni, coma) e shock. L'ipoglicemia e il coma epatico sono eventi terminali. Il sanguinamento in bocca, agli occhi e al tratto gastrointestinale causerà vomito contenente sangue, da cui il nome spagnolo per condizione: "vomito negro" ("vomito nero"). La fase tossica è fatale in circa il 20% dei casi, rendendo il tasso di mortalità generale per la malattia del 3%. Durante le epidemie gravi la mortalità può superare il 50%.