L'anoscopia è normalmente utilizzata per diagnosticare patologie del canale anale quali le emorroidi, le ragadi anali (fissurazioni della mucosa anale, normalmente localizzate sulla linea mediana), altre fonti di sanguinamento ano-rettale, proctiti, lesioni polipoidi, orifizi di fistole ano-rettali con eventuali secrezioni, e il cancro anale. Nei casi in cui è necessario visualizzare anche un tratto del retto, possono essere utilizzati strumenti diversi quali il proctoscopio o il rettoscopio, che differiscono dall'anoscopio per la lunghezza dello strumento, leggermente maggiore, e per la possibilità di insufflare aria per distendere il viscere.