La tiopronina è controindicata in caso di ipersensibilità nota, nefropatie, turbe ematologiche (in particolare leucopenia e trombocitopenia), lupus eritematoso, miastenia e dermatosi gravi. Durante la gravidanza e l'allattamento la tiopronina deve essere somministrata solo in caso di effettiva necessità. Poiché la molecola contiene un gruppo tiolico il preparato può presentare il caratteristico odore di zolfo.