La colonscopia con ileoscopia retrograda è un esame irrinunciabile per confermare la presenza sia della colite ulcerosa, sia del morbo di Crohn. Permette non solo di evidenziare le lesioni, ma anche di prelevare piccoli frammenti di tessuto (biopsie) sui quali effettuare l’esame istologico. Nel morbo di Crohn, altri esami strumentali quali la tomografia assiale computerizzata (TAC), la risonanza magnetica nucleare (RMN) e l’ecografia possono servire a completare il quadro della malattia definendo l’estensione delle lesioni, l'eventuale presenza di restringimenti (stenosi), fistole e/o ascessi. Questi esami, in particolare l’ecografia addominale, devono essere effettuati in centri ospedalieri con esperienza nella diagnosi e cura delle malattie infiammatorie croniche dell’intestino.