"Naegleria fowleri" sopravvive in natura in raccolte di acqua dolce o piovana, calda e stagnante (tipicamente durante i mesi estivi) e penetra nel sistema nervoso centrale dopo l'inalazione di acqua infetta, tramite la lamina cribrosa dell'osso etmoide. Ciò avviene solitamente dopo il contatto di acqua contaminata da N. fowleri durante attività quali nuoto, bagni o a seguito di irrigazione nasale con soluzioni contaminate.