I dotti delle ghiandole diaframmatiche si riuniscono in 2 - 6 canali maggiori (in genere uno solo per ogni ghiandola), dall'ampio lume (0,7 - 1,1 mm) e molto lunghi (in genere 2,5 - 4 cm e fino a 4,5 cm, con una media di circa 3 cm) poiché devono attraversare tutti i foglietti germinali del diaframma urogenitale, sbucando dalla sua faccia inferiore per poi sboccare all'inizio dell'ampolla uretrale. Qui escono dal pavimento uretrale in modo simmetrico (ma disordinato) lungo la cervice dell'ampolla, riversando il proprio secreto nella faccia anteriore del calice uretrale. Le lacune uretrali di Morgagni formate dai dotti di Cowper prendono il nome di orifizi dei dotti bulbouretrali; sono spesso più consistenti delle lacune circostanti, soprattutto quando i dotti giungono in coppi, cui conseguono lacune più voluminose. 