Pochi mesi dopo il suo rientro, Canova divenne assistente presso il reparto sanatoriale dell'Ospedale Civile di Padova e fu anche assistente volontario del centro studi del Cnr per la chemioterapia presso l'Università di Padova. Inoltre, grazie a quello che fu il patrimonio acquisito sul campo, sul piano dell'osservazione medica di malattie quali la malaria o la tubercolosi, ottenne la libera docenza all'Università di Padova in Clinica delle malattie tropicali e subtropicali. Una seconda libera docenza in Patologia speciale medica e metodologia clinica arrivò nel 1952. Inoltre, sempre in quest'ultimo anno, fu assunto come Primario medico di Pneumologia dall'Ospedale di Bassano del Grappa, ruolo che svolgerà fino alla pensione che arrivò nel 1978. Ma Canova, non rinunciò mai alla sua idea originaria di formare medici da inviare in missione, e a tal proposito, continuò a coltivare rapporti epistolari con padre Agostino Gemelli e riprese contatti in Padova. Fu eletto presidente del locale circolo del Mmcc (Movimento missionario classi colte) e segretario del Umni (Unione medico-missionaria italiana). Nel 1949 arrivò a Padova un nuovo vescovo, Girolamo Bortignon, al quale Canova il 2 novembre dello stesso anno chiese se fosse possibile realizzare in Padova un collegio che contribuisse alla formazione di studenti di medicina, sia italiani che stranieri, desiderosi di esercitare la professione in missione. Il vescovo, che sempre lo appoggerà, acconsentì. Canova mirava alla formazione di individui intenzionati a partire per le "terre di missione" ma restando laici, sposandosi, se lo volevano, ed esercitando la professione medica con regolare contratto. Nel 1950 nacque a Padova il Cuamm (Collegio universitario aspiranti medici missionari) e Canova ne era il segretario. Il collegio fu inaugurato il 3 dicembre. Egli manterrà sempre una continua corrispondenza con i medici inviati in missione, ponendo sempre domande per sapere e capire mondi lontani, con i quali non verrà mai a contatto, ma che lo interesseranno nel profondo. Inoltre, fornì sempre consigli e appoggio a tutti, dimostrando una grande apprensione e attenzione nei loro confronti. La minuta delle sue lettere è conservata nell'ottimo archivio storico del Cuamm.