Intanto, in ambito professionale, Morgagni iniziò ad ottenere importanti riconoscimenti: nonostante non si fosse mai attenuto alla stretta osservanza dei programmi, ritenuti allora immutabili e perfetti, i riformatori veneti videro come l'efficace insegnamento morgagnano stesse rialzando le sorti dello studio della medicina, così che il 5 ottobre 1715 il Senato dell'Accademia padovana offrì al Morgagni la cattedra di anatomia, rimasta vacante dopo la morte del professore Michele Angelo Molinetto. Morgagni tenne la sua prima lezione di anatomia il 21 gennaio 1716: dal suo discorso si colse la grande commozione per quel posto tanto desiderato e occupato da illustrissimi predecessori, quali ad esempio Andrea Vesalio, Gabriele Falloppio, Girolamo Fabrici. Dopo aver sottolineato come bisognasse giudicare gli antichi alla misura dei loro tempi e non del presente, Morgagni pose l'accento sull'indispensabilità di ogni parte degli studi anatomici per conoscere la natura del corpo, intesa non come costituzione complessiva bensì come struttura di ogni organo: natura del corpo, che rappresenta il principio del discorso nell'arte medica.