Il rigetto è un fenomeno controllato geneticamente ad opera del prodotto di geni appartenenti al cosiddetto complesso maggiore di istocompatibilità (Major Histocompatibility Complex - MHC), che sono altamente polimorfici nella popolazione (poiché questo da un punto di vista evolutivo aumenta le chance di una specie di rispondere alle infezioni virali). Un trapianto riesce pressoché sempre quando è un "Autotrapianto" o anche "trapianto autologo" (come lo spostamento di un lembo di pelle da una sede ad un'altra) ma anche tra gemelli omozigoti (si parla di "trapianto singenico"), ha buone possibilità di successo se effettuato fra individui strettamente imparentati ("Isotrapianto"), ed è invece destinato a fallire (in mancanza di adeguati interventi immunosoppressivi) se effettuato fra individui estranei ("allotrapianto") o appartenenti a specie diverse ("xenotrapianto").