Nel 1982, con una donazione di un uomo d'affari e filantropo, Edwin C. “Jack” Whitehead, fu richiesto a Baltimore di aiutare a stabilire un istituto auto gestito di ricerca dedicato alla ricerca biomedica base. Concepirono una struttura unica di un istituto di ricerca indipendente, composto da “membri” i quali hanno avuto un rapporto vicino con il Dipartimento di Biologia del MIT. Il “Whitehead Institute for Biomedical Research” (WIBR) fu lanciato con $35 milioni per costruire ed equipaggiare un nuovo edificio, locato dall'altra parte del centro sul cancro del MIT in Cambridge, Massachusetts. L'istituto ricevette, inoltre, $5 milioni all'anno per reddito assicurato e una sostanziale sovvenzione (per un totale di $135 milioni). Sotto la direzione di Baltimore, un gruppo distinto di membri fondatori, inclusi Gerald Fink, Rudolf Jaenisch, Harvey Lodish e Robert Weinberg, fu messo assieme per poi crescere fino a 20 membri che appartenevano a diversi campi, dall'immunologia, genetica e oncologia agli studi fondamentali sullo sviluppo di topi e insetti della frutta. I contributi del Whitehead Institute alle bioscienze non sono secondi a nessuno. Meno di un decennio dopo la sua fondazione con la direzione di Baltimore, l'istituto fu nominato il più prestigioso istituto di ricerca di biologia molecolare e genetica del mondo e, dopo un periodo di altri 10 anni, le ricerche pubblicate dagli scienziati dell'istituto erano le più citate di qualsiasi altro istituto di ricerca biologico.