Il Fondaparinux è utilizzato in associazione con il warfarin per il trattamento di pazienti con trombosi venosa profonda (TVP). L’uso simultaneo di questi due farmaci viene iniziato il primo giorno di terapia e mantenuto fino a quando il paziente non presenta un INR stabile di almeno 2 per un periodo di almeno 24 ore. Quando viene considerata una terapia con Fondaparinux devono essere seguite le usuali precauzioni associate alla terapia con anticoagulanti. I risultati di molti studi clinici randomizzati e a doppio cieco hanno dimostrato che l’uso di 2,5 mg giornalieri di fondaparinux risultano più efficaci di 40 mg giornalieri di enoxaparina (entrambi somministrati per via sottocutanea) nella prevenzione di TVP.