Per la terapia farmacologica di questa esofagite sono utilizzati i cosiddetti “inibitori di pompa”, farmaci che inibiscono la produzione gastrica di acido cloridrico. Il prototipo di questi farmaci è rappresentato dall'omeprazolo. La dose e la durata della cura deve essere stabilita dal medico curante o dal gastroenterologo. Questi farmaci possono essere affiancati o sostituiti, nei casi meno gravi, da medicinali a base di sucralfato (un complesso formato da uno zucchero, il saccarosio, e da idrossido di alluminio).