Diversamente dalla prima edizione, che era suddivisa in tre parti, il PDM-2 propone una diagnostica ancora più attenta al ciclo di vita ed è organizzato in cinque sezioni: la prima è dedicata alla classificazione dei disturbi mentali negli Adulti (sezione I), la seconda a quella degli Adolescenti (sezione II), la terza è dedicata all'Infanzia (sezione II), la quarta alla Prima Infanzia (sezione III) e la quinta agli Anziani (sezione V). La sesta sezione del manuale è invece dedicata agli strumenti di valutazione e ai casi clinici.