La prognosi è buona: la quasi totalità delle tiroiditi subacute guarisce senza esiti, sebbene possano essere necessari fino a 3-4 mesi di terapia. Come accennato, una fase di ipotiroidismo transitorio è frequente durante l'evoluzione della tiroidite subacuta; in qualche caso isolato l'ipotiroidismo può risultare permanente, per cui è consigliabile controllare i valori di TSH, FT3 e FT4 a distanza di 3 e 12 mesi dopo la guarigione clinica della malattia.