Nel 1844 venne chiamato all'università di Heidelberg, dove insegnò anatomia, fisiologia e anatomia patologica. In questo periodo si impegnò in una nuova edizione, pubblicata in sei volumi a Lipsia tra il 1841 e il 1844, del trattato di anatomia di Samuel Thomas von Sömmerring "Vom Baue des menschlichen Körpers". Mentre era a Heidelberg pubblicò una monografia di interesse zoologico sugli squali e le razze, in collaborazione con Müller. Nel 1846 iniziò la pubblicazione suo famoso manuale di patologia "Handbuch der rationellen Pathologie ", tradotto in varie lingue fra cui l'italiano. Il trattato descrive le malattie in rapporto alla funzione fisiologica, rappresentando così l'inizio della moderna patologia generale.