Dopo aver concluso brillantemente i suoi studi di medicina nel 1911, lavora con Emil Kraepelin alla tesi sull'influenza dell'assunzione dei carboidrati sul metabolismo durante una febbre infettiva, nel Policlinico di Monaco di Baviera, nel 1913. Nel 1913, Hermann Pfannmüller comincia a lavorare nella casa di cura di Nassau'schen come specializzando; mentre dall'ottobre 1916 al 1920 lavora nell'Ospedale-Casa di Cura di Homburg. Pfannmüller, ormai medico affermato, lavora nella casa di cura di Ansbach, dove nel 1922 entrerà in contatto con l'ideologia nazista e collaborerà con un gruppo del partito. Nel 1930 viene promosso a vice direttore dell'ospedale Kaufbeuren Valentin Faltlhauser ed entra a far parte dell'elenco ufficiale dei medici del partito. Nel 1933 si iscrive al NSDAP (partito nazionalsocialista tedesco dei lavoratori), abbracciando così integralmente l'ideale nazista dell'eugenetica come arma per il mantenimento di una Germania forte ed incontaminata. Dal 1936 lavora come volontario nel settore “Alcol e Droghe”, presso il dipartimento per la salute nazionale ad Augusta. Dal 1º febbraio 1938 Pfannmüller fu incaricato di dirigere l'Ospedale Eglfing-Haar nei pressi di Monaco di Baviera, mantenendo questo incarico fino all'inizio del 1945.