Il recettore nativo è un complesso macromolecolare di circa 250 kilodalton composto da peptidi omologhi identificati come catene alfa e beta, che formano un pentamero transmembrana con un poro centrale. Un'altra proteina di 93 kilodalton co-purifica col recettore, ed è stata identificata con la gefirina. Questa, nel cervello è essenziale al raggruppamento localizzato (in inglese "clustering") dei recettori sia del GABA che della glicina, per un effetto biologico massimale subito dopo la stimolazione recettoriale. La gefirina, infatti, a valle si ancora al citoscheletro di actina e dirige il fenomeno del clustering.