In determinate condizioni, i cianobatteri presenti nelle acque possono moltiplicarsi velocemente tanto da colorare le acque e formare schiume superficiali. La presenza elevata di cianobatteri visibili in superficie (detta fioritura) è in molti casi legata alla presenza nelle acque di eccessive quantità di nutrienti come fosforo e azoto (un fenomeno detto eutrofizzazione) ed è riconducibile ad attività umane quali scarichi civili, industriali, allevamenti e attività agricole. Alcune specie sono tuttavia in grado di fiorire anche in assenza di eutrofizzazione, grazie alla capacità di sfruttare anche basse concentrazioni di nutrienti.