La diagnosi differenziale si pone con tutte le malattie della cornea e della superficie oculare che coinvolgono l'epitelio o causano ulcere stromali: occhio secco, cheratite da esposizione, la carenza/difetto delle cellule staminali limbiche corneali, reazione tossica al farmaco topico, uso improprio delle lenti a contatto, cheratite infettiva, distrofie corneali e scompenso endoteliale