La diagnosi si basa soprattutto sull'aspetto clinico e sulla storia medica. L'elemento diagnostico più importante è una storia ricorrente di afte e l'auto guarigione delle ulcere a intervalli abbastanza regolari. Anche se vi sono molte cause per le ulcere orali, le ricorrenti ulcerazioni hanno relativamente poche cause e la più frequente è l'afta, ma raramente possono essere anche la malattia di Behçet, l'eritema multiforme, l'ulcerazione associata a malattie gastrointestinali, e l'infezione da "herpes simplex" intraorale ricorrente. Una causa sistemica è più probabile negli adulti che improvvisamente sviluppano ricorrenti ulcerazioni orali senza una precedente storia.