Nel 2008 ha ricevuto il Premio Koch insieme a Hans Robert Schöler e Irving Weissman; nel 2010 ha ricevuto il Premio Balzan per la biologia delle cellule staminali e loro potenziali applicazioni; nel 2011 ha ricevuto il Premio Wolf per la medicina con Rudolf Jaenisch. Nel 2012, con Linus Torvalds, riceve il Premio Tecnologia del Millennio.