La storia dell'ospedale si intrecciò fin dall'inizio con quella della città di Padova: nel suo ultimo testamento del 1421, Sibilla, rimasta vedova, ne affidò il governo e la direzione del patrimonio al prestigioso collegio dei Giuristi di Padova, che nominavano organi direttivi e figure amministrative dell'istituzione (i Governatori, il priore, il fattore e altri).