«Dio agisce sugli esseri sublunari ("cioè sugli esseri umani") servendosi dei cieli come strumento»; di qui l'origine naturale e la spiegazione razionale dei pretesi fenomeni soprannaturali, dal momento che anche l'astrologia è considerata una scienza; «l'Essere Supremo, quando incombono pericoli, dà avvertimenti agli uomini e specialmente ai sovrani, agli esempi dei quali il mondo si conforma» ("De admirandis", IV, 52). Ma i reali fondamenti dei presunti fenomeni sovrannaturali sono per Vanini soprattutto la fantasia umana, capace a volte di modificare l'apparenza della realtà esterna, i fondatori delle religioni rivelate, Mosè, Gesù, Maometto e gli ecclesiastici impostori che impongono false credenze per ottenere ricchezze e potere, e i regnanti, interessati al mantenimento di credenze religiose per meglio dominare la plebe, come insegnava già Machiavelli, il «principe degli atei» per il quale, secondo Vanini, «tutte le cose religiose sono false e sono finte dai principi per istruire l'ingenua plebe affinché, dove non può giungere la ragione, almeno conduca la religione».