Per quanto riguarda le altre specie batteriche, in passato si ritenevano gli stafilococchi coagulasi negativi dei semplici contaminanti dei campioni urinari, ma è stato evidenziato che un microrganismo appartenente a questa specie, cioè lo S.saprophyticus, detiene un ruolo importante come agente eziologico causa di infezioni delle vie urinarie (Latham 1983, Mabeck 1969. Questo batterio è identificato in modo molto preciso nei campioni urinari come "stafilococco coagulasi negativo resistente alla novobiocina" (Pereira 1962). Le infezioni da S.saprophyticus si verificano tipicamente in giovani donne di età compresa tra 16 e 25 anni ma possono presentarsi in persone di ogni età. I periodi dell'anno in cui si verifica caratteristicamente un aumento di incidenza di queste infezioni sono la primavera e l'estate. Alcuni studi condotti in Europa, evidenziano come S.saprophyticus possa causare fino ad un terzo delle infezioni acute delle vie urinarie (Mabeck 1969, Wallmark 1978.Wallmark condusse uno studio su un gruppo di 787 donne svedesi di età compresa tra 16 e 25 anni. Osservò che il 22% delle pazienti aveva un'infezione da S.saprophyticus. Negli Stati Uniti i dati riportano un'incidenza globale delle infezioni delle vie urinarie da S.saprophyticus del 5-10%.Anche se questo batterio si è dimostrato essere una causa importante di cistite nelle giovani donne, sembra che abbia un ruolo trascurabile nel causare infezione delle alte vie urinarie (Mabeck 1969).Una certa importanza riveste anche il Proteus mirabilis. Questo batterio è scarsamente patogeno in adulti dalle vie urinarie normali, ma è responsabile di un'alta percentuale di infezioni delle vie urinarie in giovani con reflusso (Roberts 1979).La sua importanza come patogeno renale è data dalla capacità di facilitare la formazione di calcoli di struvite, grazie alla produzione di un enzima, l'ureasi, che determina anche modificazione del pH urinario e rende le vie urinarie stesse un ambiente più favorevole alla sua moltiplicazione oltre ad avere un effetto lesivo diretto sui tubuli renali. Inoltre, la presenza dei calcoli, sia in qualità di corpi estranei che come causa di ostruzione, può provocare una pielonefrite cronica.Vi sono molti altri agenti meno comuni in grado di causare infezioni delle vie urinarie sia alte che basse.Gli stafilococchi coagulasi negativi e gli Enterococchi di origine fecale sono responsabili complessivamente di una percentuale compresa tra il 2% e il 3% delle infezioni renali invasive. Sono coinvolti più di frequente nelle infezioni in pazienti anziani.Altri microrganismi a cui, in alcuni rari casi, si possono ascrivere infezioni delle alte vie urinarie sono gli streptococchi di gruppo A, S. pneumoniae e Neisseria spp.Haemophilus influenzae è chiamato in causa in alcune infezioni delle vie urinarie nei bambini, anche presentantesi con batteriemia. In genere in questi casi c'è reflusso.Gli streptococchi di gruppo B sono isolabili in meno dell'1% dei casi, ma sembrano infettare con maggior frequenza individui diabetici o con anomalie del tratto genitourinario.La Gardnerella vaginalis può essere occasionalmente isolata in donne con batteriuria, particolarmente in gravidanza (Lam 1988).Per quanto riguarda lo S.aureus, è possibile che pazienti, colpiti da infezione stafilococcica in altra sede, che sviluppano batteriemia, manifestino anche infezione renale sostenuta dallo stesso batterio o batteriuria.Sia il Mycoplasma hominis che l'Ureaplasma urealyticum sono stati isolati come unici patogeni in causa in alcuni episodi di pielonefrite acuta classica, e ciò fu confermato dai titoli anticorpali.I batteri anaerobi, i lattobacilli, i corynebatteri, gli streptococchi diversi dagli enterococchi e altri stafilococchi sono gli organismi che più di frequente vengono isolati a livello del perineo e dell'uretra distale, ma solo molto raramente sono in grado di causare infezioni delle vie urinarie. Sono invece tra i più comuni contaminanti dei campioni di urine. Nonostante sia ragionevole supporre che le percentuali di resistenza siano simili tra i microrganismi uropatogeni causa di cistite e di quelli causa di pielonefrite, la resistenza ai chinolonici potrebbe essere associata con una diminuzione della presenza o dell'espressione di alcuni fattori di virulenza nei batteri. Se questi fattori di virulenza si associassero in vivo a quelli in grado di rendere il batterio in grado di causare infezioni alte del parenchima renale, la resistenza ai chinolonici potrebbe presentarsi con minor frequenza nella pielonefrite che nella cistite. 