Attualmente non esiste una terapia farmacologica specifica per la TBE. La meningite, l'encefalite o la meningoencefalitemielite richiedono il ricovero e le cure di supporto basate sulla gravità della sindrome. Farmaci anti-infiammatori, come i corticosteroidi, possono essere considerati in circostanze specifiche per sollievo sintomatico. Potrebbe essere necessario l'intubazione e il supporto del ventilatore.