L'endocardite si verifica quando i microorganismi entrano nel flusso sanguigno, raggiungono il cuore e si depositano, moltiplicandosi, su valvole o tessuto cardiaco danneggiato. Nella maggior parte dei casi è causata da batteri, ma anche funghi o altri microrganismi possono esserne responsabili. L'endocardite fungina è più rara ma solitamente più grave e più difficile da trattare di quella batterica. Normalmente il sistema immunitario controlla i microorganismi nocivi, e, anche se questi raggiungono il cuore, possono passare senza causare un'infezione. Tuttavia, in condizioni di particolare rischio, i batteri che vivono nella bocca, nella gola o in altre parti del corpo, come la pelle o l'intestino, possono causare infezioni gravi come l'endocardite.