L'enoxacina è controindicata nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo oppure ad altre molecole appartenenti al gruppo dei chinolonici. È inoltre controindicata nei pazienti in età pediatrica o nei ragazzi con meno di 18 anni di età. Esiste infatti la possibilità che si possano verificare danni alle cartilagini articolari di questi soggetti con organismi non ancora sviluppati e incompleto sviluppo scheletrico.