Grazie a tale facilità di mutazione, unita all'invisibilità del retrovirus all'interno delle cellule infette, il virus ha potuto eludere i principali metodi di annientamento virale del sistema immunitario e della medicina in generale. Alcune mutazioni hanno dato origine a sottotipi stabilizzati di HIV, a loro volta frammentati in sotto-sottotipi, chiamati "clade". Nel mondo occidentale il "clade" più diffuso è quello di tipo B. La facilità dei trasferimenti e flussi migratori favoriscono la diffusione dei vari "clade" nel mondo intero e la presenza di "virus ricombinati" (CRF, "Circulating Recombinant Form"), ovvero gli esiti di scambi genetici tra virus appartenenti a "clade" diversi contemporaneamente presenti nello stesso individuo. L'HIV appare dunque come un mosaico di virus in continua trasformazione.