Quando l'FNA non fornisce adeguare informazioni citologiche, come può accadere con noduli particolarmente solidi, si può eseguire la biopsia tiroidea, in sigla CND, dall'inglese "core needle biopsy", dove si utilizzano aghi trancianti di maggior calibro rispetto a quelli utilizzati per il FNA e si preleva un frammento di tessuto dal nodulo.