La variante B.1.1.248, colloquialmente nota come variante brasiliana, e denominata lignaggio P.1, ha 17 mutazioni genetiche amminoacidiche uniche, 10 delle quali nella sua proteina Spike, 4 in più rispetto al ceppo inglese e 3 in più rispetto a quello sudafricano, tra cui la N501Y (come la variante inglese B.1.1.7 e la sudafricana B.1.351), la E484K e K417N (come la variante sudafricana). La modifica che la proteina presenta all’esterno del virus, lo potrebbe rendere l'antigene virale meno riconoscibile al sistema immunitario, senza intaccare la sintomatologia nonostante la maggiore aggressività e la possibilità di colpire chi già è stato colpito dal COVID-19 in precedenza. La variante è stata rilevata nel Giappone per la prima volta dal National Institute of Infectious Diseases (NIID) il 6 gennaio 2021, dopo che quattro persone erano ritornate a Tokyo dopo aver visitato lo Stato brasiliano dell'Amazonas quattro giorni prima. Il 12 gennaio il Centro CADDE ha confermato 13 casi locali della variante a Manaus, il capoluogo dell'Amazonas e la più grande città della foresta amazzonica. Il nuovo lignaggio era assente nei campioni fino al mese di dicembre del 2020, quando è stato identificato nel 42% dei campioni, suggerendo un recente aumento della percentuale che ha messo in difficoltà il sistema sanitario brasiliano.