Vari studi epidemiologici hanno dimostrato che si possono incontrare numerose forme encefalite immunomediata, che superano quasi il tasso di encefaliti postinfettive. Tuttavia, la prevalenza esatta complessiva delle encefalopatie autoimmuni rimane incerta e probabilmente sottovalutata. Varie analisi retrospettive inducono il sospetto che molte encefaliti di origine sconosciuta fossero autoimmuni. La definizione di specifici algoritmi diagnostici risulta confusa. Il repertorio dell'encefalite autoimmune nei bambini è diverso da quello degli adulti. Più piccolo è il bambino, più difficile è riconoscere specifiche sindromi di encefalite autoimmune. L'incidenza annuale dell'encefalite sarebbe di 2-3 casi ogni 100.000 nell'Europa settentrionale. Di questi il 40% è infettivo e il 40% è dovuto a cause sconosciute. Rimane almeno un 20% immuno-mediato, di cui i tipi più frequentii sarebbero l'encefalite anti-recettore NMDA (4%) e l'encefalite positiva per anticorpi del complesso VGKC (3%). L'uno per cento di tutti i giovani pazienti ricoverati in una grande unità di terapia neurointensiva tedesca sono stati identificati retrospettivamente come positivi agli anticorpi del recettore NMDA. Meno si sa circa l'incidenza delle altre sindromi associate agli anticorpi della superficie neuronale. Tuttavia, gli anticorpi del recettore GABA (b) sono responsabili della maggior parte delle encefaliti limbiche paraneoplastiche nei pazienti con carcinoma polmonare a piccole cellule che in precedenza erano considerati sieronegativi.