Essendo proteine, le immunoglobuline (o porzioni di esse) possono essere viste come antigeni. Ogni anticorpo presenta una specifica combinazione di isotipi, allotipi e idiotipo. Si definisce "allotipo" la variante polimorfica di anticorpi presente in ogni individuo, "idiotipo" le differenze tra le regioni variabili fra immunoglobuline diverse, "isotipo" la classe dell'immunoglobulina stessa. L'allotipo è la conseguenza dell'elevato polimorfismo dei geni che codificano per le immunoglobuline ed è quindi possibile riscontrare differenze anche fra anticorpi di individui di una stessa specie. L'idiotipo rappresenta l'individualità dell'anticorpo in sé, dal momento che coincide con il repertorio di antigeni che può legare. L'idiotipo può essere anche definito come la somma di tutti gli "idiotopi" individuali di una molecola anticorpale, cioè con i determinanti antigenici che possono associarsi con una regione variabile. Ogni anticorpo ha idiotopi multipli.