È importante inoltre ricordare le ricerche eseguite da Pasteur sulle malattie dei bachi da seta iniziate nel 1865: egli riuscì ad individuare l'origine della pebrina e conseguentemente ad ideare un metodo di prevenzione. Gli fu proposta anche la direzione di un laboratorio e di un istituto di sericoltura a Milano, ma egli rifiutò per l'attaccamento alla propria nazione. Alla metà di aprile del 1871 ritornò ad Arbois per sfuggire all'incubo della occupazione straniera e della guerra civile. Il 17 novembre 1873 affermò che l'alterazione della birra era dovuta alla presenza interna di organismi estranei.