Siccome i campioni tissutali disponibili sono spesso troppo piccoli per permettere la quantificazione delle citochine sotto forma di proteine, la ricerca del mRNA è ampiamente utilizzata per indagare i profili citochinici nei siti in cui sono presenti infiltrati immuni o infiammazioni. Inoltre, la ricerca delle citochine proteiche con tecniche quali l'ELISA permette di analizzare solamente un piccolo numero di citochine a partire da un campione.Attualmente vengono utilizzate diverse metodiche per quantificare l'espressione del mRNA, come il Northern blotting, l'ibridizzazione in situ, il test di protezione delle RNasi, le biblioteche di cDNA e la reazione di polimerasi a catena con trascrizione inversa (RT-PCR). Dalla scoperta della PCR sono state descritte numerose applicazioni per quantificare i risultati, come le PCR semiquantitativa e quantitativa competitiva, fino all'ultima innovazione, vale a dire la Real Time PCR quantitativa (93).LA PCR (polymerase chain reaction) (184) è una tecnica di amplificazione in vitro di materiale genico (DNA o RNA, sotto forma di DNA complementare cDNA).Si basa su 3 passaggi fondamentali (denaturazione, legame degli oligonucleotidi specifici alla sequenza bersaglio, sintesi di nuove molecole bersaglio) che, ripetuti per 25-30 cicli, determinano la sintesi esponenziale di frammenti di DNA a doppia catena specifici. La reazione di PCR ha una cinetica di tipo esponenziale illustrata dalla seguente equazione:Y = X (1 + E) n dove Y = concentrazione del prodotto di PCR X = concentrazione di DNA bersaglio di partenza E = efficienza media/ciclo n = numero di cicliL'equazione chiarisce come la concentrazione del prodotto finale è funzione della concentrazione del bersaglio secondo una costante data dall'efficienza di reazione (che è specifica e diversa per ogni tipo di amplificazione) ed aumenta esponenzialmente con il numero dei cicli. Se la stessa equazione viene utilizzata in forma logaritmica vediamo che esiste una correlazione lineare tra prodotto di amplificazione e materiale di partenza:Log(Y) = Log(X) + nLog(1+E)Il grafico riportato nella Figura 8 esprime l'andamento teorico della reazione di PCR. In realtà i metodi classici di rilevazione degli amplificati (gel elettroforesi e colorazione con bromuro di etidio) sono relativamente poco sensibili e spesso permettono la visualizzazione del prodotto quando la reazione è in fase di plateau e quindi la quantità di amplificato non è più proporzionale alla quantità di DNA bersaglio.