Il 27 febbraio 2009 la Procura della Repubblica di Udine aprì un fascicolo ipotizzando l'accusa di omicidio volontario aggravato e iscrisse nel registro degli indagati Beppino Englaro, il primario Amato De Monte e gli infermieri che parteciparono all'attuazione del protocollo in conformità con la sentenza della Corte di Cassazione. Il procuratore di Udine Antonio Biancardi dichiarò trattarsi di un «atto dovuto». I tempi si sarebbero prolungati per la necessità di separare le specifiche denunce da «numerosissimi esposti a volte deliranti, privi tuttavia di rilevanza penale o di precise accuse».