Fosfomicina non si lega alle proteine plasmatiche e viene eliminata dall'organismo in forma immodificata, in particolare tramite processi di escrezione per via urinaria. Il farmaco raggiunge rapidamente (entro 2-4 ore dall'assunzione) concentrazioni decisamente elevate nel tratto urinario e le stesse si mantengono per almeno 36-48 ore.