Ampliandosi notevolmente, nel 1842 viene costruita una filiale lungo lo stradone di San Vittore, che diventerà l'odierno ospedale di San Giuseppe, gestito dai frati sino al 2009, quando venne ceduto a MilanoCuore e poi, in definitiva, a MultiMedica. Il 9 marzo 1870, infatti, a causa di una legge che soppresse tutti gli ordini religiosi, l'amministrazione del Fatebenefratelli viene affidato a privati laici, ma è nel 1885 che i frati abbandonano definitivamente questo ospedale, ritirandosi nella sede di San Vittore.