Andato a Parigi, vi frequentò i corsi dei più celebri professori, tra gli altri quelli di Pietro Ramo, del quale Theodor riconobbe in seguito la benevolenza. Dopo cinque anni, nel 1553, tornò a Basilea ma, dietro consiglio di Pietro Perna, editore di Lucca, espatriato per motivi religiosi, partì subito per l'Italia. Zwinger, dopo aver seguito i corsi dello Studio di Padova, andò a Venezia per perfezionare le conoscenze delle società più colte. Il patrigno, ormai malato, intendeva associarlo alla redazione delle sue opere e lo sollecitava di tornare a Basilea. Prima di lasciare l'Italia, ricevette la laurea in medicina a Padova e, all'arrivo a Basilea, nel 1559, gli amici, per far in modo che non partisse più, gli trovarono una moglie, la vedova di un ricco commerciante.