Dopo la laurea in medicina conseguita ad Heidelberg nel 1845 egli vi ritorna nel 1847 come docente di fisiologia. Interessato fin da giovane anche alla filosofia, pubblica nel 1852 l'opera scientifico-filosofica dal titolo "Der Kreislauf des Lebens: Physiologische Antworten auf Liebig's chemische Briefe" (ed. Zabern, Mainz, 1852) tradotto in italiano con "Circolazione della vita: risposte fisiologiche alle lettere sulla chimica di Liebig" e poi semplificato in "Il circolo della vita". Costruisce un rapporto di amicizia con i suoi professori contribuendo a diverse scoperte importanti, quale l'utilizzo di sostanze organiche della terra da parte delle piante, oscurando la teoria del dr. Liebig che aveva ipotizzato il contrario. Sostiene l'esame di abilitazione professionale a Leida e inizia l'esercizio della professione medica a Utrecht. Nonostante fosse tornato in patria, Moleschott è dell'idea che i Paesi Bassi avrebbero dovuto cominciare ad affiancarsi all'idea tedesca d'insegnamento della medicina, cercando di apprendere da essa i segreti e le meraviglie del sistema di ricerca dell'"oltre Reno". Non ha mai visto realizzare il suo sogno, disgustato soprattutto dal nepotismo che nei Paesi Bassi ormai va sviluppandosi sempre di più. Nonostante gli avessero proposto il ruolo di lettore per la medicina legale decide di abbandonare i Paesi Bassi, ritenendo: