Tra il 12 novembre 1940 e il 3 giugno 1941, Pfannmüller fece trasferire 2025 persone in cura ad Eglfing-Haar nei campi di sterminio per essere uccisi. Tuttavia, la maggior parte dei pazienti dell'ospedale morirono per malnutrizione, a causa della “dieta senza grassi” promossa da Pfannmüller e resa ufficiale durante la riunione per i medici del partito nel novembre 1942. Alcuni di essi furono invece eliminati tramite somministrazione di un quantitativo eccessivo di sedativo per via endovenosa.