Nel gennaio 2010 viene rinviato a giudizio, assieme ad altri 13 ex assessori di diverse giunte di centrodestra, per falso ideologico nell'inchiesta sul buco di bilancio da centinaia di milioni di euro dell'amministrazione di Catania. Nel gennaio del 2011 viene data la notizia che Scapagnini risulta indagato insieme ad alcuni amministratori catanesi in un'inchiesta su promozioni facili e avanzamenti di carriera illeciti di dipendenti comunali a Catania. Secondo la Procura etnea, Scapagnini e gli altri indagati avrebbero favorito tali promozioni e avanzamenti alla vigilia delle elezioni amministrative in modo da favorire il voto di scambio.