La variante cardiaca, la più diffusa tra le varianti atipiche, si manifesta con disturbi cardiaci in assenza di coinvolgimento sistemico. I pazienti sono asintomatici per la maggior parte della loro vita e non presentano le classiche manifestazioni precoci incluse parestesie, angiocheratomi, opacità corneale e anidrosi. Presentano, tuttavia, lieve proteinuria e manifestazioni cardiache come cardiomegalia, che tipicamente coinvolge la parete libera del ventricolo sinistro e il setto interventricolare, alterazioni elettrocardiografiche, cardiomiopatia ipertrofica non ostruttiva e/o infarto del miocardio 130,131 .Inizialmente si credeva che la variante cardiaca fosse rara, ma uno studio giapponese su 1603 maschi che si sottoponevano regolarmente all'esame ecocardiografico ha rivelato che 7 (cioè il 3%) di 203 maschi con ipertrofia del ventricolo sinistro avevano una bassa attività o una mutazione dell'αgalattosidasi A 132 . E' stato quindi proposto di includere la malattia di Fabry nella diagnosi differenziale dei pazienti con cardiomiopatia ipertrofica o malattia cardiaca di eziologia sconosciuta.