Nato a Bukavu, terzo di nove figli, ha studiato medicina in Burundi e servito inizialmente presso l'ospedale locale per poi trasferirsi in Francia e specializzarsi in ginecologia presso l'Università di Angers. Rientrato in patria, ha aperto nel 1998 a Bukavu il "Panzi Hospital", impegnato nella cura di donne vittime di stupro, una piaga nel Paese. Per i suoi meriti ha ricevuto il 26 novembre 2014 il Premio Sakharov per la libertà di pensiero, candidato dai gruppi politici europei S&D e ALDE.