Anche per lo studio delle strutture ossee del cranio la tomografia computerizzata può trovare un largo impiego. Tramite questa metodica sono infatti spesso studiate le orbite, le rocche petrose nonché la sella turcica; lo studio delle ultime due trae particolare beneficio dalla possibilità di una ricostruzione MPR sul piano coronale. La TC rappresenta l'esame di elezione per lo studio dell'intero massiccio facciale per la ricerca di neoplasie, polipi dei seni paranasali, sinusite, processi infiammatori o per la valutazione di traumi.