Importanti encefaliti causate da alfavirus includono l'EEE, l'encefalite equina occidentale (WEE) el' encefalite equina venezuelana (VEE). L'EEE è endemica lungo le coste orientali e del Golfo degli Stati Uniti, nella regione dei Caraibi e in Sud America. I ceppi nordamericani producono una malattia fulminante (50-75% di mortalità) con un'alta incidenza di sequele neurologiche.