La sinapsi rappresenta di fatto una regione preferenziale per l'attivazione del TCR e un contatto stabile con il linfocita. Qui è permesso l'ingaggio ripetuto di diversi TCR così da amplificare il segnale generato da poche molecole MHC. Nello SMAC vi è un rilascio direzionato di citochine (o molecole proteolitiche come nei citossici) ed è anche il luogo dove le stesse molecole vengono degradate contribuendo a placare l'attivazione dei linfociti T.