I sintomi della difillobotriasi sono generalmente lievi e possono includere diarrea, dolori addominali, vomito, perdita di peso, affaticamento, costipazione ed astenia. Circa quattro casi su cinque sono asintomatici e possono passare molti anni senza che il parassita venga identificato. In un ristretto numero di casi, l'infestazione può portare ad una grave carenza di vitamina B12 a causa dell'assorbimento da parte del parassita dell'80% o più dell'introito giornaliero di questa, ed alla comparsa di una anemia megaloblastica indistinguibile dall'anemia perniciosa. L'anemia può anche portare a sintomi neurologici da demielinizzazione (Degenerazione subacuta combinata del midollo spinale o Sindrome neuroanemica di Lichtheim). Normalmente la deplezione dei quantitativi di Vitamina B12 richiede una infestazione di lunga durata, ed i sintomi neurologici appaiono dopo anni.