Nel 1876 Pasteur tentò di ottenere un seggio al Senato, ma con 62 voti perse l'elezione. In quegli anni furono importanti anche le sue considerazioni sull'asepsi e l'antisepsi nel ramo della chirurgia. Negli ultimi quindici anni di vita, dal 1880 al 1895, si dedicò allo studio del colera e del carbonchio negli animali da allevamento e del virus della rabbia nei cani e nell'uomo. Come riconoscimento, per la scoperta della vaccinazione carbonchiosa, gli venne offerto dal governo della Repubblica il Gran Cordone della Legion d'Onore. Qualche settimana più tardi già si recava a Londra, al congresso medico internazionale, come rappresentante della Francia.