A causa dell'infezione influenzale, molte persone avrebbero sofferto di disfunzioni neurologiche per il resto della loro vita, compreso un notevole aumento dei casi di encefalite letargica. Questa è una forma di infiammazione cerebrale che provoca letargia, attacchi di sonno incontrollati e un disturbo temporaneo simile alla malattia di Parkinson, in alcuni casi, Parkinsonismo postcefalitico permanente. Tuttavia, non è stata dimostrata una connessione diretta tra encefalite letargica e influenza spagnola. I campioni di tessuto esaminati nel 2003 non hanno trovato prove del virus dell'influenza.