Alla fine del Quattrocento, collaborò con Aldo Manuzio, che gli pubblicò nel 1497 il trattato "De epidemia quam Itali morbum Gallicum vocant". Qui Leoniceno, attaccando l'impostazione di Avicenna, ipotizzava un'eziologia naturale della sifilide contrapposta alle tradizionali spiegazioni soprannaturali (demoni, streghe, castighi divini per la fornicazione), senza il ricorso alla teoria umorale di Ippocrate. È in questo contesto, peraltro, che s'inscrisse la cosiddetta "disputa di Ferrara". Essa, coinvolgendo non solo - in generale - i due opposti schieramenti teorico-filosofici della medicina umanista da una parte e di quella arabo-islamica dall'altra, ma anche - nello specifico - le diverse interpretazioni che si diedero sull'origine dell'allora oscuro "mal francese", per lo più attraverso una serie di pubblicazioni "ad hoc" (di cui si resero interpreti, oltre al Leoniceno, Corradino Gilino, Natale Montesauro, Sebastiano dall'Aquila e Antonio Scanaroli), risultò dirimente, tra XV e XVI secolo, per impostare un approccio scientifico della malattia.