Figlio di Théophile Marie Laennec e Michelle Gabrielle Félicité Guedson, ebbe un'infanzia difficile: la madre morì, infatti, di tubercolosi nel 1786, quando egli aveva solo cinque anni e suo padre, avvocato, non era in grado di occuparsi dei figli. Per questo motivo Laennec venne affidato allo zio Guillaume, medico a Nantes, che gli trasmise la passione per la medicina.