Negli studi clinici effettuati le reazioni avverse riportate più frequentemente, e in verosimile relazione al trattamento con imiquimod crema, si verificano a carico della zona di applicazione. La frequenza di tali reazioni è variabile a seconda della malattia di base (condilomi genitali esterni, carcinoma basocellulare, cheratosi attinica) per il quale si inizia il trattamento.