Le tensioni all'interno del corpo docente bolognese non si erano placate, quindi nel 1662 Borelli convinse Malpighi a lasciare la città per trasferirsi a Messina dove lui gli aveva procurato un posto molto ben remunerato all'Università degli Studi (quattro-cinque volte lo stipendio a Bologna). A Messina Malpighi proseguì la sua immane opera intesa a rivelare la struttura microscopica degli organi degli esseri viventi. Nel 1665 pubblicò i tre opuscoli: "De lingua", "De cerebro" e "De externo tactus organo", incentrate sul senso del gusto, sul funzionamento del cervello e sul senso del tatto.