L'encefalite virale è un problema per la salute pubblica in tutto il mondo a causa della sua elevata morbilità e mortalità. L'incidenza riportata da diversi studi varia in base all'area geografica, alla popolazione studiata e alle differenze nelle definizioni dei casi e nei metodi di ricerca. C'è un relativo consenso nella stima di una incidenza globale compresa tra 3,5 e 7,4 per 100.000 soggetti/anno, più alta nei bambini mentre alcuni studi in aree limitate hanno riscontrato incidenze fino a 30 casi per 100.000 abitanti /anno. Sebbene entrambi i sessi siano colpiti, la maggior parte degli studi ha mostrato una leggera predominanza nei maschi. Sfortunatamente, pochi studi basati sulla popolazione lo hanno fatto, la malattia è sottostimata e in molti casi la causa rimane oscura. Dati sull'incidenza dei diversi gli agenti eziologici sono contraddittori. Gli herpesvirus, i virus trasmessi da zecche o zanzare (arbovirus) e gli enterovirus non polio rappresentano la maggior parte dei casi di encefalite in molte regioni del mondo. L'HSV causa circa il 10% dei casi di encefalite nell'uomo, colpendo circa 1 su 250.000-500.000 bambini e adulti in tutto il mondo. I ricercatori svedesi hanno osservato che l'incidenza dell'encefalite da herpes simplex tra i pazienti che vanno da meno di 1 anno a più di 90 anni di età era di 2,2 casi per milione di abitanti all'anno. Negli Stati Uniti, tra il 1998 e il 2010 si sono verificati circa 260.000 ricoveri causati da encefalite per tutte le infezioni virali, corrispondenti a poco più di 20.000 bambini e adulti con encefalite che richiedono ricovero in ospedale ogni anno o ∼6 casi ogni 100.000 persone/anno. Prima della comparsa del virus West Nile negli Stati Uniti, solo 200-500 casi di encefalite arbovirale venivano segnalati ogni anno ai Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Nel 1999, il virus del Nilo occidentale è emerso negli Stati Uniti e alla fine del 2003, anno in cui l'attività del virus del Nilo occidentale ha raggiunto il picco, il CDC aveva ricevuto segnalazioni di oltre 14.000 casi di infezioni da virus umano del Nilo occidentale negli Stati Uniti e quasi 6.000 casi di malattia neuroinvasiva mediata dal virus del Nilo occidentale. Nel 2003, 2006 e 2012, gli anni di maggiore attività del virus del Nilo occidentale negli Stati Uniti, 13 o più stati hanno riportato un'incidenza di malattie neuroinvasive superiore a 1 caso/100.000 abitanti, principalmente tra gli anziani. Al contrario, i tassi di encefalite da altri arbovirus statunitensi, come il virus La Crosse e il virus dell'encefalite equina orientale, sebbene variabili di anno in anno, sono rimasti relativamente costanti. Sebbene rari negli Stati Uniti e in altre nazioni ricche di risorse, i casi di rabbia umana in Africa e in India sono in media tra 1 / 100.000 e 1/1 milione di abitanti all'anno e si stima che la rabbia causi 59000 morti umane ogni anno in oltre 150 paesi, con il 95% dei casi che si verificano in Africa e in Asia. A causa della sottostima e delle stime incerte, questo numero è probabilmente una grossolana sottostima.