Capitolo 5 -Valutazione dei modelli omologici della subunità del canale hERG 86 strumento disponibile on-line attraverso il sito http://biotech.ebi.ac.uk:8400/: il programma WHATIF.Con il programma WHATIF è possibile scegliere quali controlli effettuare sul modello omologico. In particolare, sui modelli 5, 8, 9, 8-fixed e sul ho effettuato i seguenti tests.Analisi della lunghezza di legame.Le lunghezze di legame della proteina vengono paragonate a quelle standard riportate nel database di WHATIF. Tutti i modelli non presentano outliers.Analisi degli angoli di legame.Gli angoli di legame segnalati superano di 4 sigma i valori degli angoli di legame standard riportati nel database di WHATIF.  Per poter visualizzare un dato quantitativo apprezzabile ho dovuto prendere in considerazione livelli energetici soglia prossimi allo 0. Al di sotto di -0.3 kcal/mol, infatti, non cubo. La maggior parte di cubi, di color giallo (tabella 52), non si localizza nella porzione centrale del poro, bensì nelle zone laterali L'analisi con il probe dry è stata condotta anche sul canale template (cubi e punti marroni, tabella 53): anche per esso può essere sottolineata una bassissima affinità per tale probe, indice di scarsa idrofobicità. Per completare l'analisi ho preso in considerazione il probe acqua. Le soglie energetiche imposte sono state rispettivamente -1.000, -3.000, -5.000, -7.000 kcal/mol. I valori soglia utilizzati in questo caso sono meno negativi rispetto ai valori presi in considerazione nell'analisi con probe potassio perchè le interazioni che si vengono a creare tra target e probe acqua, interazioni dipolo-dipolo, sono meno forti rispetto alle interazioni ione-ione che si sviluppano con il probe potassio. E' possibile osservare come le regioni isoenergetiche (tabella 51), successivamente tradotte in cubi di colore blu (tabella 54), si concentrino all'interno del poro a mano a mano che la soglia energetica diventa sempre più negativa: questo evidenzia le caratteristiche idrofiliche del poro del canale hERG.Anche il canale template mostra analogo comportamento con l'utilizzo del probe acqua: i cubi ottenuti, di colore fuxia, sono stati sovrapposti a quelli calcolati per il canale 8-fixed (tabella 55).  