Dopo aver lasciato la posizione nel 1993, Antonia Novello tornò al grado di contrammiraglio (nei tre anni precedenti era stata viceammiraglio) e lavorò fino al 1996 per l'UNICEF. Poco dopo andò in pensione e nel 1999 fu nominata dal Governatore di New York George Pataki Commissario alla Sanità dello stato di New York, incarico che mantenne fino al 2006.