L'ascesso parodontale, che si origina in conseguenza della malattia parodontale in fase avanzata, può a volte comportare problemi di diagnosi differenziale con l'ascesso alveolare, causato invece dalla patologia interna del dente. Le prove di vitalità e gli esami radiografici sono di grande aiuto nel differenziare le due forme. Un altro aiuto nella diagnosi viene dalla posizione dell'ascesso, solitamente più vicino alla corona del dente nel caso di ascesso parodontale. La presenza di canali laterali in grado di facilitare una diagnosi errata va però sempre considerata.