A partire dalle prime pubblicazioni del "crossover concept" negli anni novanta fino ai giorni nostri sono state espresse numerose critiche esplicite verso questa teoria, presumibilmente per la relativa superficialità con cui questo veniva esposto. Sebbene il principio di base su cui si regge il "concetto di crossover" sia che l'aumento dell'intensità dell'esercizio determina un aumento dell'impiego di glucidi e una riduzione dell'impiego di lipidi, fino a raggiungere il punto in cui i primi prevalgono sugli ultimi, questa può valere come indicazione generale e approssimativa. I risultati di diverse ricerche e di molti autori mostrano infatti che i meccanismi regolatori responsabili della modalità di impiego di substrati dipende dall'interazione tra diversi fattori, e non solo e unicamente dall'intensità dell'esercizio. In alcuni casi la teoria del "crossover concept" può essere addirittura stravolta.