Il XVI secolo fu per il Giappone un secolo di grandi cambiamenti. Usi e costumi della popolazione si modificarono per la scoperta della Cambogia, le frequenti guerre civili e quelle guerre ideologiche sul Confucianesimo. Lo sbarco dei primi europei, i Portoghesi, consentì il confronto con la cultura europea e l'introduzione dei precetti dell'arte medica, accolta con un po' di resistenza dai nipponici, ancora legati al proprio retaggio culturale. I lusitani, come già era accaduto a seguito della scoperta dell'America, portarono anche malattie tipiche europee, tra cui la sifilide, come testimoniato dal botanico svedese Carl Peter Thunberg, arrivato in Giappone attorno al 1776 (anche se alcuni studiosi ritengono che la malattia fosse già presente da tempo nell'Estremo Oriente). Il primo medico giunto nel Paese fu il frate portoghese Luis de Almeida. Egli introdusse la chirurgia europea (le conoscenze, relative a questa branca della medicina, fino ad allora, erano praticamente nulle). Nel 1555 partecipò alla costruzione di un nido per l'infanzia e l'anno successivo nell'attuale Ōita, l'allora Funai, fondò due ospedali uno per i lebbrosi e un altro per i bambini poveri. Nel 1559 fondò un sanitario per i nobili. La medicina del frate portoghese era quella di Andrea Vesalio, Gabriele Falloppio, Miguel Servet, Ambroise Paré ed Andrea Cesalpino. Presso l'ospedale di Funai iniziò ad essere anche praticato l'insegnamento medico e chirurgico (venivano insegnate la saturazione dei vasi, la cura dell'ernia, la litotomia e molte altre tecniche conosciute all'epoca in Europa). In questa prima rudimentale facoltà di medicina fu professore di chirurgia pratica lo stesso Almeida. Il re di Bungo fu talmente colpito dalle opere di carità di Almeida che assegnò dei fondi agli ospedali e creò leggi ad hoc per punire i genitori che lasciavano morire i propri figli di fame. La medicina europea divenne così molto importante, tanto che nacque negli anni successivi una vera e propria scuola chirurgica detta “Chirurgia dei bastardi del sud”, appellativo con cui erano comunemente indicati i portoghesi. Fu conosciuta in Giappone anche la teoria umorale di Galeno, che fu accettata ben volentieri in quanto presentava punti in comune con la medicina cinese.