La microflora intestinale esercita un importante ruolo nella difesa dell'ospite dai microrganismi provenienti dall'ambiente esterno (aria o alimentazione). La parete intestinale rappresenta, infatti, il sito principale di interazione con molecole estranee e agenti patogeni che costantemente giungono a contatto con la superficie mucosa. La prima azione di difesa si esplica normalmente attraverso meccanismi non immunologici che coinvolgono la barriera mucosa, la flora microbica e la motilità gastrointestinale. Una funzione critica della barriera consiste nel distinguere i microrganismi patogeni da quelli innocui 283 .L'epitelio mucoso è una complessa struttura fisico-chimica che separa i tessuti dal lume intestinale. La barriera è costituita da componenti cellulari e stromali e dallo strato mucoso, un gel formato da diverse secrezioni contenenti glicoproteine e fospolipidi. Il gel mucoso è formato da due strati: uno più interno, che ricopre direttamente la mucosa ed è costituito da mucina, e uno più esterno, contaminato da batteri e sostanze esogene 284 .L'attività della barriera mucosa dipende dalla sua integrità fisica e dalla reattività dei fattori difensivi, tra cui il flusso ematico, le secrezioni e la funzionalità delle cellule epiteliali.Le cellule epiteliali intestinali, le cosiddette cellule caliciformi, secernono polipeptidi e glicoproteine contribuendo a creare lo spesso strato di muco che riveste la mucosa e media le interazioni tra i batteri, commensali e patogeni, e l'ospite: la sua azione di difesa consiste nella capacità di intrappolare i microrganismi. Inoltre, la superficie fortemente idrofobica del gel mucoso impedisce il passaggio di tossine solubili attraverso l'epitelio 285 .Un altro meccanismo di difesa importante a questo livello è rappresentato dalla produzione di peptidi endogeni con attività antimicrobica: le defensine 286 .  La flora microbica svolge invece una funzione biochimico-metabolica: i batteri commensali possono secernere sostanze antimicrobiche come le batteriocine, che inibiscono la crescita di germi patogeni, competere con i batteri provenienti dall'ambiente esterno per i siti di legame ed i nutrienti, creare un ambiente tossico per i microbi attraverso modificazioni del pH o produzione di metaboliti tossici, e produrre molecole che agiscono sui geni regolatori della sopravvivenza 287 .