Il SER, associandosi intimamente alle miofibrille, forma nel muscolo scheletrico tre domini ben distinti. Il sistema dei tubuli longitudinali che sono presenti in concomitanza di tutta la banda A del sarcomero e che sono composti da tubuli del SER allungati e paralleli; il sistema a rete che è formato da piccoli canalicoli intercomunicanti disposti al centro del sistema dei tubuli longitudinali in corrispondenza della banda H; e le cisterne terminali, ampie dilatazioni sviluppate in senso trasversale dei tubuli longitudinali, che si trovano in prossimità del confine tra la banda A e la banda I. Di norma nel muscolo scheletrico si associano un tubulo T a due cisterne terminali formando la cosiddetta "triade"; nel muscolo cardiaco si associano un solo tubulo T con una sola cisterna terminale a livello del disco Z (telofragma) fomando la "diade". Nel muscolo liscio il SER è associato ad infossamenti del plasmalemma detti "caveolae".