Sebbene l'effetto netto dei mediatori proinfiammatori sia di uccidere gli organismi infettivi e le cellule infette, nonché di stimolare la produzione di molecole che amplificano la crescente risposta al danno, è anche evidente che in un organo non rigenerante come il cervello, un innato disregolato la risposta immunitaria sarebbe deleteria. Nell'Encefalite giapponese la stretta regolazione dell'attivazione della microglia sembra essere alterata, causando un ciclo di attivazione della microglia che può portare a danni neuronali permanenti. Negli animali, i segni chiave includono infertilità e aborto nei suini, malattie neurologiche nei cavalli e segni sistemici tra cui febbre, letargia e anoressia.