• La totale mancanza di collaborazione che i bambini tra 1 e 7/8 anni possono manifestare durante l'esame per cui viene inficiata in maniera significativa l'esecuzione soprattutto della fase 3; in questi casi spesso è necessario che l'indagine avvenga in anestesia per escludere con sicurezza la possibilità di falsi negativi o positivi per il morbo di Hirschsprung.• la presenza di ragadi, prolasso interno sanguinante: in questi casi la procedura manometrica può aggravare insopportabilmente il dolore e produrre un sanguinamento importante.