Nella malattia di Ménétrier lo stomaco si caratterizza per la presenza di pliche giganti ipertrofiche e tortuose, prevalentemente localizzate nel corpo e nel fondo dello stomaco: ciò conferisce alla mucosa un aspetto ad acciottolato o simile a quello del cervello. L'antro è invece generalmente risparmiato. Il quadro istologico è dominato oltre che dall'ispessimento della mucosa, da una marcata iperplasia foveolare (iperplasia delle cellule mucose superficiali e ghiandolari) e da atrofia ghiandolare, oltre che da un globale aumento dello spessore mucoso. Le ghiandole gastriche sono allungate, con un aspetto a cavatappi; la dilatazione cistica è comune. L'infiammazione è di solito solo modesta, anche se alcuni casi mostrano una marcata linfocitosi intraepiteliale.