Le APC trasformano gli antigeni proteici in peptidi da associare a MHC di classe I o II. In base all'origine della proteina, dal citosol o dallo spazio extracellulare, i peptidi formati vengono legati alle MHC rispettivamente di classe I e classe II. Il complesso così formato viene poi espresso sulla superficie cellulare per il riconoscimento da parte dei linfociti T. L'associazione tra il dimero MHC e il peptide antigenico è necessaria per garantire stabilità alla molecola. Esiste anche un caso particolare di "cross-presentazione" nella quale antigeni provenienti dallo spazio extracellulare vengono eccezionalmente legati alle molecole MHC di classe I. Le due strade con cui può avvenire la processazione sono chiamate "via dell'MHC di classe I" e "via dell'MHC di classe II".