Dopo anni di ritardi dovuti alla difficoltà di reperire i fondi necessari nel 2003 l'azienda aggiudicataria dell'appalto fallì, creando nuove difficoltà. Intanto avanzavano i lavori sul progetto di "Cona 2" e rimase in sospeso la situazione di "Cona 1". Il 6 novembre 2006, dopo aver individuato un nuovo finanziatore, potà essere riaperto il cantiere puntando su "Cona 2". Il Comune di Ferrara rilasciò i permessi e i lavori ripresero il 5 dicembre dello stesso anno e il primo paziente venne trasferito dall'ormai ex Sant'Anna di corso Giovecca al nuovo Sant'Anna di Cona l'8 maggio del 2012. 