Se non trattata, la malattia di Flaiani-Graves-Basedow può comportare gravi complicazioni tra cui difetti di nascita durante la gravidanza, aumento del rischio di un aborto spontaneo, perdita minerale ossea e, in casi estremi, la morte. La condizione è spesso accompagnata da un aumento della frequenza cardiaca (tachicardia), che può portare a ulteriori complicazioni al cuore tra cui la perdita del normale ritmo cardiaco (fibrillazione atriale) una situazione a rischio di ictus cerebrale. Se gli occhi sono rigonfiati abbastanza da non poterli chiudere completamente di notte si può verificare secchezza con un rischio di un'infezione corneale secondaria che potrebbe portare alla cecità. La pressione sul nervo ottico può portare a difetti del campo visivo e anche alla perdita della vista. Un prolungato ipertiroidismo non trattato può portare alla perdita di tessuto osseo, che può risolversi quando viene incominciato il trattamento.