Dopo aver aperto l'istituto in una bellissima nuova costruzione dall'altra parte del centro sul cancro del MIT, Baltimore è diventato direttore del WIBR, il cui scopo era quello di espandere le facoltà e le aree di ricerca in aree chiave di ricerca, includendo la genetica di topi e drosophila. Il Whitehead Institute è stato valutato per seguire “ricerche mondiali sulla genetica e sulla biologia molecolare”, ed è stato un importante partner nel Progetto Genoma Umano.