Tra le anomalie della coagulazione sono state indicate come possibile causa favorente l'embolia paradossa la resistenza alla proteina C attivata, la positività agli anticorpi anticardiolipina [110], le mutazioni del fattore V di Leiden e del gene della protrombina (G20210A) [111].Il ruolo della condizione di ipercoagulabilità è comunque controverso, poiché potrebbe rappresentare in se stessa una causa di ictus ischemico da trombosi arteriosa [76].