In determinate situazioni si preferisce rimuovere interamente la cisti, mentre in caso di pazienti con un basso rischio di recidiva oppure di pazienti giovani e ancora fertili, la cisti può essere semplicemente drenata. La rimozione di una cisti nella sua interezza può facilitare la valutazione anatomopatologica, ma in molti casi comporta l'asportazione dell'intero ovaio.