La microflora batterica intestinale esercita numerose funzioni fisiologiche, tra cui la fermentazione e "l'effetto barriera" (termine che si riferisce alla capacità dei batteri endogeni di inibire la colonizzazione dell'intestino da parte di microrganismi patogeni).Le proprietà funzionali della flora microbica sono state studiate essenzialmente sull'animale "germ-free" o allevato in ambiente sterile e poi messo a contatto con uno o più ceppi batterici diversi.In tal modo è stato possibile determinare i molteplici effetti funzionali della microflora intestinale, legati alle diverse specie batteriche.