Il 10 giugno 1940 Italia e Inghilterra, su fronti opposti, fecero il loro ingresso nella seconda guerra mondiale. In questo periodo Aldo Castellani risiedeva a Londra e, poiché non pensò mai di cambiare la sua cittadinanza pur avendo vissuto tanto tempo nel Regno Unito, fu costretto a rifugiarsi in Ambasciata dove divenne consulente medico ufficiale. Dopo pochi giorni Aldo Castellani prese un treno per Glasgow per poi imbarcarsi su una nave diretta a Lisbona. Da qui, il medico italiano partì a bordo di un'altra nave per arrivare il 6 luglio a Messina e giungere in giornata a Roma, dove entrò in contatto col generale Badoglio e il ministro della marina, ammiraglio Domenico Cavagnari, dal quale fu inviato in Libia. Prima di giungere nella regione africana dovette recarsi a Parigi, precisamente all'Istituto Pasteur, per fare rifornimento di sieri e vaccini che a quell'epoca scarseggiavano in Italia. Grazie al servizio reso in campo e negli ospedali della Libia, Aldo Castellani ricevette la Medaglia d'Argento al Valore sul Campo.