Esercitò anche la medicina pratica, con grande successo e grandi profitti economici. In effetti l'aquesiano fu soprattutto, oltre che un esperto anatomista e fisiologo, un abile chirurgo. Fu chiamato per consulti medici da illustri potenti e principi del tempo. Nel 1581 fu chiamato per le nozze di Margherita Farnese con Vincenzo Gonzaga. Nel 1604 curò Carlo de' Medici, figlio del Granduca Ferdinando I de' Medici e Cristina di Lorena. Nel 1608 fu nominato Cavaliere di San Marco per aver curato Paolo Sarpi. Nel 1615 ricevette una medaglia d'oro con collana in oro massiccio da Sigismondo III Vasa, Re di Polonia. Ebbe tra i suoi pazienti anche l'amico e collega Galileo Galilei.