Nel 1998 Akhter ha iniziato a lavorare come medico di medicina nucleare presso la Commissione per l'energia atomica del Bangladesh ("Bangladesh Atomic Energy Commission" - BAEC) a Dacca, studiando le anomalie del feto che possono essere rilevate durante i primi tre mesi di gravidanza usando la traslucenza nucale. Ha inoltre studiato l'uso di farmaci aggiunti alla terapia con radioiodio (iodio-131) per il trattamento della malattia di Graves. Il suo lavoro si è anche concentrato su esperimenti in laboratorio su cavie animali (in particolare ratti e topi) per lo sviluppo di radiotraccianti da usare nella diagnosi della demenza, della schizofrenia e della crescita tumorale mediante l'imaging del recettore sigma-1.