Alterazioni del gene APC sono direttamente connesse con quadri patologici quali la poliposi adenomatosa familiare e il carcinoma del colon-retto. In effetti, il gene APC presenta un punto debole che è la mutation cluster region, zona in cui tendono ad accumularsi mutazioni. In particolare la mutazione può provocare il troncamento a livello della mutation cluster region, con perdita delle strutture proteiche prospicienti il sito C-terminale, contenenti domini che modulano la fosforilazione della β-catenina. APC rappresenta anche un nodo giunzionale del citoscheletro e una sua mutazione comporta la perdita della struttura e della polarità cellulare, così da giustificare il notevole grado di pleomorfismo e displasia nei carcinomi del colon-retto. Le importanti mutazioni del citoscheletro sono anche le responsabili dell'aneuploidia che si verifica con la progressione della proliferazione cellulare. Inoltre, la β-catenina, legando APC ed actina, permette la connessione con la α-catenina e con la γ-catenina, strutture che conferiscono stabilità alla E-caderina, proteina che media l'adesione cellula-cellula. Sovvertire la stabilità di questi ultimi meccanismi, provoca una perdita della "inibizione da contatto" e giustifica l'invasività del carcinoma. Per questo, APC sembra avere un ruolo nel garantire la corretta direzionalità della migrazione delle cellule coliche dalla base all'apice delle cripte. Le cellule mutate, infatti, tendono ad accumularsi in foci proliferari aberranti costituendo il polipo adenomatoso, principale condizione predisponente il carcinoma del colon-retto sporadico o secondario a poliposi adenomatosa familiare.