Nel 1546 Amato era a Ferrara, offre lezioni di anatomia e piante medicinali. In una delle sue conferenze sezionò dodici cadaveri - una grande innovazione in quel tempo - in presenza di molti studiosi, tra cui l'anatomista Giambattista Canano, che con la sua esperienza in questa occasione è stata erroneamente attribuita la scoperta della funzione delle valvole nella circolazione del sangue. Durante il suo soggiorno nella città estense, durato sei anni, Amato Lusitano ricevette un invito da parte del re della Polonia per riceverlo nel suo paese, ma rifiutò, preferendo stabilirsi ad Ancona, dove esisteva una maggior tolleranza religiosa.