Dopo aver rinunciato ad una carriera in marina, Orfila decise nel settembre del 1804 di intraprendere gli studi di medicina all'Università di Valencia, dove sviluppò ben presto un particolare interesse per la chimica grazie alle lezioni di Pizcueta. Date però le carenze educative trovate, Orfila decise di imparare la chimica attraverso le opere di grandi autori francesi quali Lavoisier, Fourcroy e Berthollet.