Nel 1998, quando era la seconda più grande azienda di farmaci generici al mondo, Mylan è stata indagata dalla Federal Trade Commission (FTC) dopo aver aumentato i prezzi dei suoi prodotti, triplicandoli nel caso del lorazepam. Mylan aveva stipulato un accordo esclusivo con Profarmica, una società italiana che forniva componenti farmaceutici: le aziende concorrenti riscontrarono prezzi più alti e forniture ridotte di materie prime. Prima del ciclo di aumenti di prezzo, il prezzo dei farmaci generici era del 5-10% del prezzo dei farmaci di marca ma successivamente salì fino al 50%. La FTC ha intentato una causa alla fine del 1998 e 32 stati hanno presentato azioni legali parallele. Il caso è stato risolto nel 2000: Mylan fu condannata al pagamento di 147 milioni di dollari (100 in un fondo per rimborsare i consumatori e le agenzie statali che avevano pagato in eccesso i medicinali, 47 per parcelle legali ai procuratori generali dello Stato e ai vari studi legali che seguirono il caso) e il divieto di stipulare accordi anticoncorrenziali per la Mylan e tre aziende fornitrici di componenti farmaceutici (Cambrex Corporation, Profarmaco SRL e Gyma Laboratories).