La trasmissione oro-fecale del virus è oggetto di studio. In un'analisi su pazienti ospedalizzati per la COVID-19 il virus è stato trovato nelle feci del 53% del campione e più tamponi anali sono risultati positivi rispetto ai tamponi orali nelle fasi più avanzate della malattia. Il virus è stato identificato nelle feci per periodi che variano da 1 a 12 giorni e nel 17% dei pazienti i test sulle feci sono rimasti positivi anche dopo la negativizzazione delle vie orali, indicando che l'infezione a livello gastrointestinale e la trasmissibilità oro-fecale possono rimanere anche dopo l'eliminazione del virus a livello respiratorio.