Nel 2006 è stato trasformato fondazione ai sensi del D.lgs. 288/03, con la deliberazione della giunta regionale della Lombardia n. VIII/002398 del 27 aprile, ed attualmente rappresenta il maggior polo di oncologia pediatrica in Italia ed il secondo in Europa; è l’unico Centro per la cura dei tumori italiano ad essere autorizzato al trapianto di fegato. Inoltre, l’Istituto è posto come centro di riferimento per i tumori neuroendocrini: a conferma del prestigio che la struttura riveste nel panorama internazionale, le è stata conferita, il 14 dicembre 2010, la certificazione dall’European Neuroendocrine Tumor Society (ENETS), ovvero la più importante società scientifica europea per lo studio e la cura di questi tumori, che ha classificato l’Istituto Nazionale dei Tumori tra i migliori dieci centri in Europa. Fin dalla sua istituzione la Fondazione IRCCS “Istituto Nazionale dei Tumori” svolge, in coerenza con la programmazione nazionale e regionale, l’attività di assistenza sanitaria e di ricerca biomedica, confermandosi in questo, come centro di riferimento nazionale. L’inscindibilità, la reciprocità e il continuum funzionale tra clinica e ricerca costituisce un plusvalore di indubbia positiva portata, la cui presenza simultanea determina per l'Istituto la qualifica di "Comprehensive Cancer Center", secondo quanto stabilito dall'Organizzazione degli Istituti europei del cancro (OECI). Sul fronte della ricerca, la Fondazione si pone molteplici obiettivi: da una parte, cerca di migliorare le prestazioni offerte nell'ambito della medicina predittiva, finalizzata ad effettuare analisi genetiche su persone sane per quantificare il loro rischio di sviluppare un tumore e conseguentemente offrire loro follow-up individuali o interventi specifici; dall’altra, ambisce alla personalizzazione del percorso diagnostico-terapeutico che, a malattia conclamata, prevede diagnosi personalizzate, utili per decidere terapie specifiche. A tali innovative aree di ricerca, l'Istituto affianca la promozione di stili di vita salutari diffondendo indicazioni per la prevenzione primaria della malattia oncologica, come la condanna di fumo e alcool e la promozione di attività fisica e di una dieta sana.