L'evento avverso più grave di questi antibiotici è la colite pseudomembranosa, infezione da Clostridium difficile, che può avere esito anche fatale. In tali casi si deve procedere alla somministrazione di metronidazolo o vancomicina per via orale, ed in caso la terapia medica non abbia successo si procede con la colectomia, può essere utile la batterio terapia fecale. 