La scansione non è invasiva, ma implica l'esposizione a radiazioni ionizzanti. La dose totale di radiazione è significativa, di solito circa 5–7 mSv (milli-sievert). Comunque, nella pratica moderna, una scansione combinata di PET/CT è quasi sempre utilizzata, e per una scansione PET/CT, l'esposizione di radiazione può essere sostanzialmente attorno ai 23–26 mSv (per una persona di 70 kg, la dose è più alta per corpi di maggiore peso). Comparato al livello di classificazione per chi lavora nel campo delle radiazioni nel Regno Unito di 6 mSv, si deve trarre che l'uso della PET necessita di una giustificazione più che sufficiente. Ciò si può anche comparare con la radiazione di fondo media annuale di 2.2 mSv nel Regno Unito, 0.02 mSv per una radiografia X al torace e 6.5–8 mSv per una scansione del torace, secondo la rivista "Chest" e ICRP. D'altro canto secondo l'associazione IFALPA nel 1999 si dichiarò che un operatore di volo riceverebbe una dose di radiazioni di 4–9 mSv per anno.