I disturbi gastrointestinali sono più comuni e intensi con la fluvoxamina che con gli altri SSRI. Generalmente questi effetti collaterali tendono a diminuire spontaneamente nel corso delle prime settimane di assunzione; gli effetti collaterali sulla sfera sessuale tendono invece a comparire nel corso delle prime settimane di trattamento e a persistere nel corso dell'assunzione. Può raramente accadere che alcuni effetti indesiderati, in particolare le disfunzioni sessuali ed emotive, persistano per un tempo indefinito, anche anni, dopo la sospensione del trattamento, dando origine alla sindrome post-trattamento.