Viene poi allontanato dal clero cattolico, a suo dire per la sua passata adesione alla massoneria, che gli ha comportato anche una scomunica "ipso facto" ribadita anche nel 2011 dalla curia romana dopo l'ordinazione, non potendo Meluzzi usufruire della dispensa speciale. Dopo la rinuncia al pontificato da parte di Benedetto XVI, nonostante le simpatie per il cattolicesimo, specie i rami tradizionalisti latini e quelli di rito greco-bizantino, Meluzzi si allontana dalla Chiesa di Roma.