Nel corso della sua carriera, in aggiunta al suo ruolo di professore e al suo lavoro come medico presso l'ospedale dell'università di Magonza, Şahin ha fondato diverse aziende ed è stato coinvolto nella gestione di altre aziende private. Nel 2001, assieme alla moglie, Şahin ha fondato la Ganymed Pharmaceuticals, un'azienda volta a sviluppare immunoterapie contro il cancro che ha prodotto l'anticorpo monoclonale zolbetuximab (dopo il successo degli studi di fase II, il farmaco entrerà in fase III a partire dal 2020), utile nelle terapie contro il cancro esofageo, gastrico e pancreatico, e che nel 2016 è stata acquistata dalla Astellas Pharma per 1,3 miliardi di euro, con la più grande operazione in ambito farmaceutico della storia tedesca. A partire dal 2010 Uğur Şahin è stato il direttore dell'istituto TRON (Translational Oncology alla University Medicine of JGU Mainz GmbH), dedicato alla medicina personalizzata e all'immunoterapia del cancro, e proprio per il suo lavoro in questo settore il dottor Şahin ha ricevuto il German Cancer Prize nel 2019. 