La Direttiva 2006/7/CE richiede alle Autorità competenti di garantire un'adeguata qualità delle acque anche in relazione a fattori di rischio diversi dagli agenti microbiologici. È infatti possibile che si verifichino crescite esagerate (fioriture) di cianobatteri, noti anche come alghe verdazzurre, presenti naturalmente in acque interne, come laghi o fiumi, o di alghe tossiche marine come, ad esempio, l'Ostreopsis ovata, in acque costiere. La presenza di questi organismi può essere associata alla formazione di alcune tossine, che pur essendo naturali, hanno effetti dannosi per la salute. L'Istituto Superiore di Sanità (ISS) ha pubblicato per le autorità competenti le Linee guida per la gestione dei rischi derivanti dalla presenza di cianobatteri e alghe tossiche marine nelle acque di balneazione.