I missionari portoghesi nel XVI secolo furono tra i primi a portare racconti di agopuntura dall'Oriente. Jacobus Bontius, un chirurgo olandese che viaggiò in Asia, descrisse la pratica sia in Giappone che a Giava. Tuttavia in questo periodo in Cina la pratica veniva sempre più associata alle classi inferiori e analfabete. Nel 1674, Hermann Buschoff, un sacerdote olandese di Batavia, pubblicò il primo libro sulla moxibustione (dal giapponese "mogusa") per la cura dell'artrite. Il primo trattato occidentale sull'agopuntura fu pubblicato nel 1683 da Willem ten Rhijne, un medico olandese che aveva lavorato presso l'emporio olandese Dejima a Nagasaki per due anni. Nel 1757 il medico Xu Daqun descrisse l'ulteriore calo dell'agopuntura, descrivendola come un'arte perduta, con pochi esperti ad insegnarla; il declino fu attribuito in parte alla popolarità delle prescrizioni e dei farmaci, e in parte alla sua associazione con le classi inferiori.