Oltre all'uso di acaricidi, come accennato in precedenza, l'unico composto per la profilassi è l'imidocarb che permette di proteggere l'animale dallo sviluppo d'una infezione clinicamente manifesta da tre a sei settimane ma consente comunque d'avere un livello d'infezione basale tale da consentire l'acquisizione d'una immunità specifica. Una simile strategia si dimostra efficace solo se si fa in modo che l'animale venga esposto al contagio durante il periodo utile. Ciò può essere fatto sia facendolo pungere da una zecca in aree d'endemia sia inoculando direttamente i parassiti. Possono insorgere, comunque, dei problemi qualora ci si trovi in aree con un basso tasso di babesiosi o si utilizzino dosaggi troppo elevati di farmaco che fanno sì che i parassiti vengano inibiti senza che si sviluppi un'immunità protettiva.