Il trattamento della CDI non è raccomandato in individui asintomatici poiché i dati disponibili suggeriscono che il trattamento di individui asintomatici non impedirebbe la trasmissione o l'infezione sintomatica. Vengono presi vari trattamenti in base alla gravità della malattia del paziente e se si tratta di un'infezione iniziale o di una CDI ricorrente. Il trattamento nei casi di CDI è classificato in due categorie principali, trattamenti non chirurgici e chirurgici.