Alla terza settimana questo strato si inizia ad organizzare in segmenti definiti "somitomeri". Questi, costituiti da strati concentrici di cellule mesodermiche disposti attorno all'unità centrale, si formano con progressione cranio-caudale. Successivamente, sempre con progressione cranio-caudale, si organizzano in "somiti". I "somiti" compaiono con una frequenza di circa tre paia al giorno, cosicché alla quinta settimana sono riconoscibili 42-44 paia di somiti di cui: quattro paia occipitali, sette cervicali, dodici toracici, cinque lombari, cinque sacrali e tra le otto e le dieci paia coccigei. Le quattro paia di somiti occipitali e le cinque o sette paia di somiti coccigei regrediranno, mentre le restanti coppie di somiti contribuiranno alla formazione dello "scheletro assiale".