La vena splenica è soggetta a trombosi venosa, che ha alcune delle caratteristiche della trombosi venosa portale e dell'ipertensione portale, ma è localizzata nell'area drenata dalla vena splenica. Fra queste caratteristiche è opportuno ricordare la comparsa di varici nella parete dello stomaco, causate dall'ipertensione nelle vene gastriche, e la presenza dolore addominale. Il trattamento di prima scelta per le varici gastriche è la splenectomia. La causa più comune di trombosi della vena splenica sono la pancreatite cronica e la pancreatite acuta.