La Candida auris non può essere identificata sulla base dell'indagine microscopica o con colture cromogeniche. Inoltre, i più comuni test biochimici con strisce reattive possono erroneamente identificare la candida auris come un'altra specie, ad esempio come "Candida haemulonii", "Candida famata", "Candida lusitaniae", "Candida guillermondii", "Candida parapsilosi", "Rhodotorula glutinis" o "Saccharomyces cerevisiae". Tuttavia, la spettrometria di massa di desorbimento/ionizzazione temporale del laser (MALDI-TOF) può distinguere in modo affidabile la "Candida auris" da altre specie di Candida se i parametri della "Candida auris" sono inseriti nel database dell'apparecchiatura. Nel focolaio britannico del 2015/2016, i pazienti con contatto sono stati sottoposti a screening per la presenza della Candida auris nei seguenti siti: naso, ascella, inguine, gola, retto/feci, vie di uscita della linea vascolare e di scarico nonché da campioni clinici prelevati da ferite, urina e campioni respiratori.