Per una certa fascia di popolazione con TGA l'ischemia cerebrale (ictus) è una causa possibile e frequente. Questa correlazione è però contestata da molti Autori. Tuttavia almeno fino al 1990 era una convinzione diffusa che la TGA fosse una variante di attacco ischemico transitorio (TIA), secondaria ad una qualche forma di malattia cerebrovascolare. Gli Autori che non credono nella ipotesi di una causa vascolare mettono in evidenza che coloro che subiscono una TGA non hanno maggiori probabilità di avere una successiva malattia vascolare cerebrale rispetto alla popolazione generale. In effetti "rispetto ai pazienti con TIA, i pazienti con TGA hanno avuto un rischio combinato significativamente più basso di ictus, infarto del miocardio e morte ".