Vi sono poi ulteriori fattori, propri della cellula neoplastica, che si oppongono all'azione dei farmaci antineoplastici. Tali fattori sono responsabili della resistenza "intrinseca", la resistenza cioè che si sviluppa durante la prima somministrazione del farmaco (un esempio tipico di questo è la "MultiDrug Resistance"), oppure della resistenza "acquisita" o "secondaria", che si verifica in tumori precedentemente sensibili ad una data molecola in corso di "progressione" o "recidiva" di malattia.