Gli effetti collaterali sono pochi e di modesta importanza, e comprendono: rari effetti locali (eritema o tumefazione), francamente diminuiti con la possibilità di somministrazione dell'esavalente; reazioni sistemiche (febbre modesta, sintomi simil-influenzali); reazioni di ipersensibilità. Il rischio di complicazioni aumenta parallelamente con l'età del vaccinato, perciò è consigliabile non effettuare vaccinazioni ulteriori, dopo quelle obbligatorie per legge, in quanto un'ottima immunità è comunque garantita per periodi di tempo molto lunghi passati dall'ultima dose vaccinale. L'efficacia, infatti, si mantiene attorno al 97% circa, nell'arco della vita.