Le cellule impiegano principalmente tre meccanismi per contrastare le proteine mal ripiegate: chaperone molecolari per assistere il ripiegamento proteico; la degradazione proteolitica delle proteine malformate/danneggiate che coinvolgono il sistema ubiquitina-proteasoma e autofagia-lisosoma, con formazione di detergenti-aggresomi insolubili che trasportano le proteine mal ripiegate lungo i microtubuli in una regione vicino al nucleo della cellula. La deposizione intracellulare di aggregati proteici mal ripiegati in inclusioni citoplasmatiche ricche di ubiquitina è legata alla patogenesi di molte malattie. Il blocco funzionale di entrambi i sistemi degradativi porta ad una marcata formazione di aggresomi. Perché questi aggregati si formino nonostante l'esistenza di meccanismi cellulari per riconoscere e degradare le proteine mal ripiegate, e come siano trasformate in inclusioni citoplasmatiche, non è ancora noto.