La data di inizio precisa dell'utilizzo dell'agopuntura in Cina e la sua evoluzione dai primi tempi sono temi incerti. Una tradizione è che alcuni soldati, feriti da frecce in battaglia, siano stati così guariti da malanni cronici che non erano altrimenti trattabili, ed esistono anche altre varianti su questo tema. In Cina sono state ritrovate pietre affilate, conosciute come "Bian shi", suggerendo che la pratica possa essere datata al neolitico o forse anche prima, all'età della pietra. Sono stati trovati geroglifici e pittogrammi, risalenti alla dinastia Shang (1600 – 1100 a.C.), che suggeriscono come l'agopuntura fosse praticata insieme alla moxibustione; è stato anche ipotizzato che l'agopuntura possa avere le sue origini nel salasso o nella demonologia. Nonostante i miglioramenti nella metallurgia nel corso dei secoli, fu solo dopo il II secolo a.C., durante la dinastia Han, che gli aghi in pietra e in osso vennero sostituiti dagli aghi di metallo. I primi esempi di aghi in metallo sono stati trovati in una tomba datata 113 a.C., anche se il loro uso potrebbe non necessariamente essere stato l'agopuntura.