Dopo somministrazione per via orale, l'oxamnichina viene rapidamente assorbita dal tratto gastrointestinale. La concentrazione plasmatica massima (Cmax) viene raggiunta a distanza di circa 1-3 ore dall'assunzione. La presenza di cibo nello stomaco e nell'intestino tenue ritarda l'assorbimento del farmaco e può ridurne le concentrazioni plasmatiche. L'oxamnichina ha un'emivita variabile tra 1 e 2,5 ore. Nell'organismo il composto viene ampiamente metabolizzata nel fegato a composti inattivi (di cui il principale è il derivato 6-carbossilico) che vengono escreti nelle urine. Circa il 70% di farmaco è eliminato come derivato 6-carbossilico in 12 ore insieme a tracce di derivato 2-carbossilico.