L'ecocardiogramma transesofageo è molto simile, dal punto di vista tecnico, ad una gastroscopia. Il medico, dopo aver inserito tra i denti un boccaglio per non danneggiare la sonda, la introduce in bocca e la guida verso l'esofago procedendo delicatamente. Il passaggio della sonda in gola può essere fastidioso e provocare il riflesso del vomito o la tosse.