Il trattamento è invariabilmente chirurgico, con resezione del tratto patologico. Nei pazienti con sanguinamento, strangolamento intestinale, perforazione intestinale o ostruzione intestinale, il trattamento prevede la resezione chirurgica del diverticolo del Meckel stesso insieme al segmento intestinale adiacente, e questa procedura è chiamata "resezione dell'intestino tenue". Nei pazienti senza nessuna delle suddette complicanze, il trattamento prevede solo la resezione chirurgica del diverticolo di Meckel e questa procedura è chiamata semplice diverticolectomia.