Il Cile è il paese sudamericano più colpito dal punto di vista dei casi clinici. Al 13 luglio 2009 sono confermati oltre 9 000 casi e 19 decessi. Il primo case risale al 17 maggio ed è stato confermato dallo stesso Ministro della sanità cileno. Il primo caso di morte riguarda un trentasettenne di Puerto Montt ed è datato 3 giugno, mentre il secondo caso di morte viene annunciato il 12 giugno.