I geni che codificano le citochine possono presentare de quenza nucleotidica in individui della stessa specie. Si parla di polimorfismo di un singolo nucleotide(SNP), quando la mutazione riguarda una sola base azotata.Oggi la maggior parte dei polimorfismi viene facilmente determinata con la PCR.In ciascun cromosoma i geni hanno un ordine preciso e ciascun gene occupa una posizione specifica, detta locus. Le forme alternative di un gene sono definite leli: gli alleli occupano lo stesso locus su cromosomi omologhi. Quando in un dato locus esistono più forme alternative (alleli), e queste hanno nella popolazione una frequenza apprezzabile (per convenzione almeno l'1%), quel locus è definito polimorfico. Gli alleli che un individuo possiede in un certo locus costituiscono il suo genotipo per quel locus.Se in un certo locus l'individuo possiede due alleli uguali viene detto omozigote per quel locus, se i due alleli sono differenti invece viene definito eterozigote per quel locus. All'interno di una famiglia i diversi alleli posti sullo stesso cromosoma vengono trasmessi insieme, come un blocco detto combinazione genetica oppure aplotipo. La frequenza osservata dei diversi aplotipi è in realtà maggiore o minore di quella attesa per effetto del linkage disequilibrium. Questo è un fenomeno per cui si trovano nella popolazione specifiche concatenazioni di alleli in quantità superiore a quanto ci si attenda. Il linkage disequilibrium interessa loci strettamente concatenati tra i quali sono molto rari eventi di ricombinazione. Se si verifica quanto atteso, si ha una condizione di equilibrio in cui le diverse combinazioni gametiche tra gli alleli nei due loci concatenati dipendono esclusivamente dalla frequenza degli alleli in questione. Invece, si ha una condizione di squilibrio nella combinazione gametica degli alleli nei due loci quando una particolare combinazione è più frequente dell'atteso. Questa condizione viene definita appunto linkage disequilibrium.  (111,59,298) . L'allele più raro (TNF2) al locus -308 del TNFα è associato con l'aplotipo HLA-A1-B8-DR3-DQ2 presente sullo stesso cromosoma; infatti il gene per il TNFα è situato nella regione del MHC III; questo aplotipo è associato ad un'elevata produzione di TNF-α (123) . Questa è la regione più polimorfica del genoma e contiene molti geni che codificano per proteine coinvolte nell'infiammazione e nella risposta immune. Wilson ha dimostrato che l'allele raro TNF2 (-308) è più potente come attivatore della trascrizione rispetto al più comune allele TNF1 (298) . ue aplotipi estesi del MHC: B18-DR3 e B57-DR7.Esistono centinaia di studi in letteratura sui polim i trovare associazioni tra un determinato genotipo e l'insorgenza di una malattia.  (48) . Il punto di partenza per condurre questo L st ei dati esposti poc'anzi si è notato udio è stata l'evidenza che il LPO ricorda molto da vicino la GVHD (graftversus-host-disease) sia dal punto di vista clinico, sia da quello istologico (84,161) , anche se la GVHD presenta degli aspetti peculiari, come la frequente associazione con l'infiammazione dominata da linfociti delle ghiandole salivari e una conseguente xerostomia che non si verificano nel LPO (104) . La GVHD compare a livello orale nell'80% dei casi delle persone che hanno subito un trapianto di cellule staminali. È probabile che la GVHD e il LPO abbiano alla loro base meccanismi immunologici simili risultanti nell'infiltrazione dei linfociti T, nell'apoptosi dei cheratinociti basali, nel disfacimento della membrana basale dell'epitelio e nell'aspetto clinico (258) , anche se il numero e la distribuzione di alcune cellule immunocompetenti nelle due malattie sono diversi, con una maggiore quantità di cellule infiammatorie nel LPO (103) . Vista la recente scoperta di un'associazione tra la GVHD ed il polimorfismo di TNFα, IFNγ, IL-10 e IL-6 (162,262,50) , si è pensato di verificare se tale osservazione potesse essere associata anche al LPO. Il risultato è stato che i pazienti affetti da LPO presentano con una frequenza statisticamente significativa il genotipo T/T all'interno del primo introne del gene promotore del IFNγ; inoltre si è verificato che i pazienti con lichen planus orale che presentano anche un coinvolgimento cutaneo possiedono il polimorfismo G/A al locus -308 del gene del TNFα con una frequenza significativamente maggiore rispetto ai pazienti con lesioni esclusivamente orali (48) . Siccome si sa che siffatti polimorfismi sono associati all'iperproduzione di IFNγ e di TNFα (35,298,154,190,90,201,110,37) , si è ottenuto un elemento importante per giustificare l'alto livello di queste due citochine riscontrato nella mucosa (80) e nel siero dei pazienti affetti da LPO (280,302,127) .Come detto in precedenza nel LP TNFα e IFNγ portano ad un overespressione di ICAM-1 (135) ; a conferma d l'a a fondo le ca zione sinergica di TNFα e IFNγ nei confronti di ICAM-1 solamente nei cheratinociti cutanei, mentre nei cheratinociti orale l'azione combinata delle due citochine non è maggiore di quello ottenuto con il solo IFNγ (144) . La produzione aumentata di IFNγ determinata geneticamente potrebbe anche essere responsabile del caratteristico andamento cronico delle lesioni orali (5) .L'aver associato iper o ipo-produzioni di citochine alla presenza di determinati polimorfismi genici nel LPO offre novi spunti per poter comprendere use di insorgenza della malattia ed anche per poter pensare a nuovi approcci terapeutici. La risposta delle cellule Th1 può non essre dovuta a dovuto a particolari antigeni, bensì potrebbe essere fatta risalire a disregolazioni genetiche (48) . Il consenso informato e l'approvazione del comitato etico furono ottenuti prima che lo studio iniziasse. Con la lettura al fluorimetro a lunghezza d'onda di eccitazione di 480 nm sono stati letti i valori di fluorescenza di emissione a 520 nm (lunghezza d'onda alla quale emette il RiboGreen ® eccitato), per ogni punto della curva standard. Il valore di fluorescenza del bianco è stato sottratto a tutti gli altri: confrontando le concentrazioni e i rispettivi valori di fluorescenza ottenuti è stato così possibile ricavare l'equazione di una retta di regressione.