I virus coesistono con la vita, ovunque essa si manifesti. Probabilmente esistono da quando le cellule viventi si sono evolute. La loro origine rimane poco chiara perché non si fossilizzano, quindi le tecniche molecolari sono state il modo migliore per ipotizzare come sono sorti. Queste tecniche si fondano sulla disponibilità di DNA o RNA antichi, ma la maggior parte dei virus conservati e immagazzinati nei laboratori hanno meno di 90 anni. I metodi molecolari sono stati efficaci solo nel ricostruire l'ascendenza dei virus che si sono evoluti nel XX secolo.