Fra gli effetti indesiderati si riscontrano: vomito, nausea, diarrea, crampi addominali, ittero, rash cutaneo, astenia, cefalea, angioedema, epatite, dispnea. Può causare la colite pseudomembranosa. Altri effetti collaterali dovuti all'aztreonam sono: ittero ed epatite, aumento degli enzimi epatici, e prolungamento del tempo di protrombina e di tromboplastina parziale.