Sono frequenti anche le anomalie gengivali nei malati di sclerosi tuberosa, in quanto i due quinti degli individui affetti accusano diversi ristagni di liquidi e di materiale semisolido in particolari "sacche" a livello della gengiva superiore, più tipicamente definiti "pozzi gengivali"; questi, nella maggioranza dei casi, sono praticamente congeniti ed appaiono biancastri, molto rigonfi e doloranti al tatto. Essi si presentano sopra i denti, gli incisivi in particolare, che spesso sono influenzati nel loro sviluppo, essendo causa di difetti a carico della crescita completa della parte esterna del dente.