Fra il pavimento del IV ventricolo ed il margine inferiore del bulbo si colloca il nucleo somatomotore del nervo ipoglosso. Dal solco anterolaterale del bulbo emergono gli assoni che innervano i muscoli della lingua. Questo nucleo riceve solo le proiezioni crociate della via piramidale, viene coinvolto nei riflessi in quanto intrattiene connessioni con il nucleo della radice discendente del trigemino. Il nervo accessorio prende origine dal nucleo somatomotore del nervo accessorio, tale nucleo è posto all'altezza dei nei primi cinque/sei mielomeri del midollo spinale. Il nucleo sovraspinale dell'XI paio si origina dalla continuazione in direzione craniale del nucleo della radice discendente del trigemino che confina con la parte superiore del nucleo ambiguo; Il nervo accessorio spinale invia proiezioni al muscolo sternocleidomastoideo ed alla parte superiore del muscolo trapezio deriva dalla fusione delle proiezioni del nervo accessorio che dopo aver attraversato il foro occipitale si uniscono alle proiezioni del nucleo sovraspinale. A livello del nucleo ambiguo emerge il nucleo somatomotore del nervo vago il quale invia proiezioni ai muscoli del faringe e della laringe intervenendo nel controllo della deglutizione e della fonazione. Il nucleo ambiguo oltre a ricevere proiezioni dal sistema piramidale, dal sistema extrapiramidale riceve anche proiezioni dalla mucosa buccale della faringe, dai muscoli laringei e faringei appartenenti alla sensibilità propriocettiva e, tramite i nuclei sensitivi viscerali del vago, delle vie respiratorie del glossofaringeo e del nucleo sensitivo somatico del trigemino. Tramite queste connessioni viene coinvolto nei riflessi quali, la tosse e il vomito. La porzione rostrale del nucleo ambiguo corrisponde invece al nucleo somatomotore del nervo glossofaringeo, il nervo glossofaringeo cranialmente condivide il proprio spazio di emersione con il nervo vago ed invia proiezioni al muscolo stilofaringeo ed al muscolo costrittore superiore della faringe.