Questo fece sì che l'attività della stessa Società venisse interrotta per un periodo, essendo stata assorbita dal ben più noto (a quel tempo) Istituto Nazionale ed essendo temporaneamente soppiantata (seppur con poco successo) dalle scuole mediche francesi (come quella di Broussais). Anche le prime pubblicazioni di volumi scientifici da parte della Società subirono una brusca interruzione (fino alla rifondazione negli anni '20). Nel 1815 però, con l'avvento di Giacomo Tommasini nell'Università bolognese alla cattedra di clinica medica, l'intera città crebbe di successo e dunque di autonomia scientifica grazie alla dottrina del controstimolo perseguita dallo stesso, appassionato studioso.