Per quanto la Società medica riscontrasse grande rispetto e prosperità, l’Autorità Pontificia era schiva e guardinga nei suoi confronti, di fatti vennero formulate delle accuse di cospirazione contro il segretario della Società Luigi Mazzetti, che il 12 ottobre 1827 venne arrestato insieme ad altri soci. Le accuse erano dovute alla difesa da parte della Società della Nuova Dottrina Medica Italiana di Giacomo Tommasini che guardava molto agli schemi filosofici del 1700 di Hoffmann e Cullen. Dopo qualche tempo le accuse furono considerate infondate, ma Tommasini abbandonò comunque la cattedra e fece ritorno a Parma.