Il D-metilmalonil-CoA viene quindi epimerizzato dalla metilmalonil-CoA epimerasi in L-metilmalonil-CoA. Questo viene quindi trasformato in succinil-CoA da una metilmalonil-CoA-mutasi, che ha come coenzima la 5'-deossiadenosilcobalanina, detta anche coenzima B12.