I principali determinanti della composizione della flora microbica intestinale nell'infanzia sono il tipo di parto e l'età gestazionale, l'utilizzo di antibiotici e l'ospedalizzazione, l'interazione tra i microrganismi e la dieta, mentre non sembrano rilevanti il livello culturale ed educativo delle madri, il peso alla nascita, la stagione e il sesso. In alcuni studi si sono rilevate differenze tra bambini con altri fratelli o sorelle maggiori e figli unici, poiché questi ultimi sembrerebbero avere una minore conta batterica totale 227 .Bambini nati a termine, da parto spontaneo, a casa e alimentati esclusivamente al seno sembrano possedere la migliore microflora intestinale, con un elevato numero di bifidobatteri ed una bassa concentrazione di C. difficile e E. coli 228 .