Dal punto di vista didattico e come semplificazione a somiglianza di quello che avviene nella sifilide, la diffusione neurologica era stata collegata al "terzo stadio" della borreliosi. Osservazioni negli animali, ed alcuni sintomi come la cefalea ed il meningismo, indicano che la diffusione alle meningi ed al liquor può essere precoce, avvenendo addirittura nei primi mesi di malattia. A somiglianza della sifilide, nascondendosi nel sistema nervoso centrale e nel liquido sinoviale, la Borrelia ha la capacità di sfuggire al sistema immunitario ed alla terapia antibiotica, e probabilmente ha la capacità di slatentizzarsi anche dopo decenni di apparente guarigione.