Bartolomeo Eustachio nacque a San Severino Marche nella Marca di Ancona nonostante alcuni nei secoli XVII e XVIII abbiano scritto che Eustachio sia nato a San Severino in Basilicata, altri a Santa Severina nel Regno di Napoli. Una data certa per la nascita è difficile da presentare. Quasi tutte le opere che trattano di lui e della sua attività scientifica si limitano a riportare che 'Eustachio' nacque nel 1510. Questa come altre date sono ugualmente probabili perciò non c'è una data che corrisponda a verità. Le incertezze delle date sono semplici: una è la mancanza di una registrazione anagrafica sia nei comuni come nelle chiese parrocchiali. Per queste ultime infatti l'obbligo di tenere in archivio l'elenco dei battezzati fu decretato dal Concilio di Trento terminato nel 1564.