Il riscontro di C. neoformans può avvenire tramite l'analisi dell'espettorato o BAL (lavaggio broncoalveolare) lo sputo non è mai un campione desiderato per l'alta contaminazione di organismi commensali. I campioni vanno colorati con colorazione di Giemsa o con inchiostro di china. Entrambe le tecniche (la seconda è più specifica) possono mettere in evidenza gli elementi lievitiformi capsulati.