In precedenza, istituto denominato l'Edward Jenner Institute for Vaccine Research era un istituto di ricerca indipendente intitolato a Edward Jenner, l'inventore della vaccinazione. Si trovava insieme al Compton Laboratory dell'Istituto per la salute animale in un campus nel villaggio di Compton nel Berkshire. Dopo aver occupato uno spazio temporaneo presso l'Institute for Animal Health dal 1996, l'istituto si è trasferito in un edificio completato nel 1998. Nell'ottobre 2005 è stato rilanciato con la sostituzione dei quattro partner fondatori (GlaxoSmithKline, the Medical Consiglio delle ricerche, il Biotechnology and Biological Sciences Research Council e il Department of Health) con l'Università di Oxford e l'Institute for Animal Health, costituendo l'istituto attuale.