Le carenze ematiniche (vitamina B12, acido folico e ferro), che si verificano singolarmente o in combinazione, e con o senza malattia gastrointestinale di base, sono due volte più comuni nelle persone con RAS. Tuttavia, gli integratori di ferro e vitamina solo raramente migliorano l'ulcerazione. Il rapporto di carenza di vitamina B12 è stata oggetto di molti studi. Anche se questi studi hanno trovato che 0-42% di quelli con ulcere ricorrenti soffrono di carenza di vitamina B12, una associazione con carenza è rara. Anche in assenza di deficit, la supplementazione di vitamina B12 può essere utile a causa di meccanismi poco chiari. Le carenze ematiniche possono causare anemia, che è anche associata con ulcerazione simile all'afta.