Esistono casi in cui i funghi colpiscono il midollo spinale formando ascessi all'interno dell'osso o mediante granulomi. In generale, ci sono due gruppi di funghi che possono infettare il sistema nervoso centrale e causare mielite: agenti patogeni primari e secondari. I patogeni primari comprendono: "Cryptococcus neoformans", "Coccidioides immitis", "Blastomyces dermatitides" e "Hystoplasma capsulatum". I patogeni secondari sono agenti opportunistici che infettano principalmente gli ospiti immunocompromessi come le specie di Candida, di Aspergillus e gli zigomiceti.