Nel caso di denti in fase di sviluppo, è necessario distinguere radiograficamente il follicolo dentario che circonda normalmente la corona del dente in eruzione dalla cisti in formazione. Questo è possibile solo dopo che questa avrà raggiunto una certa dimensione. A tal proposito non sembra esistere ad oggi un criterio condiviso, per cui a seconda degli autori la dimensione oltre la quale può nascere il sospetto di trasformazione cistica varia dai 2 ai 4 mm. Un altro problema può nascere in fase di dentizione mista, nel caso che la radiotrasparenza appaia in prossimità della zona periapicale di un deciduo affetto da patologia cariosa profonda, il che può far sospettare la formazione di una cisti radicolare, che però raramente si associa ai decidui. Quando la lesione cistica è associata a denti non in fase di crescita (inclusi, sovrannumerari ed odontomi), il tipico aspetto di radiotrasparenza ben delimitata circondante la corona del dente rende la diagnosi abbastanza semplice, permettendo di escludere facilmente le lesioni cistiche di altra origine. Maggiori problemi si possono avere nel caso in cui la lesione circondi completamente il dente associato. In questo caso il dubbio può riguardare la presenza di un tumore cheratocistico odontogeno, dotato di maggiore aggressività locale, che tende a presentarsi con una certa frequenza associato all'inclusione di un elemento dentale, rendendo necessario per la diagnosi certa l'esame istologico. Altri tumori odontogeni che possono ritrovarsi in associazione ad un dente incluso e venire confusi con la cisti dentigera sono il fibroma ameloblastico, l'ameloblastoma in forma unicistica ed il tumore odontogeno adenomatoide, piuttosto rari, ma che comunque richiedono per l'esclusione l'esame istologico, sempre consigliato.