L’emivita di eliminazione terminale media della bedaquilina e del suo metabolita attivo M2 è di circa 5 mesi (2-8 mesi) a causa del lento rilascio dai tessuti periferici. Una emivita così lunga può causare l’insorgenza di reazioni avverse e di interazioni a distanza di tempo dall’assunzione dell’ultima dose di farmaco.