Il dolore è peggiore nei giorni immediatamente successivi alla formazione iniziale dell'ulcera e poi regredisce quando la condizione procede verso la guarigione. Se vi sono lesioni sulla lingua, parlare e masticare può risultare scomodo, mentre le ulcere sul palato molle, sull'orofaringe o sull'esofago possono causare odinofagia (deglutizione dolorosa).