Comunque, non abbandonò il suo pupillo. "Gli procurò del denaro e gli offrì un lavoro" in un progetto nel Michigan finanziato dall'esercito per sviluppare un vaccino per l'influenza. Salk e Francis alla fine perfezionarono un vaccino che fu subito largamente utilizzato dalle forze militari. Il giovane ricercatore era stato responsabile della ricerca e dell'isolamento di uno dei ceppi influenzali che fu incluso nel vaccino finale. A partire dal 1947, Salk decise di trovare un'istituzione nella quale potesse dirigere un proprio laboratorio. Dopo tre rifiuti, ricevette un'offerta da William McEllroy, il preside della Scuola di Medicina dell'Università di Pittsburgh. Accettò, e nell'autunno dello stesso anno lasciò il Michigan e si stabilì in Pennsylvania. Ma la proposta non fu proprio ciò che egli si aspettava. Dopo essere arrivato a Pittsburgh, "scoprì di essere stato relegato in locali angusti e non attrezzati nel seminterrato del vecchio Ospedale Municipale", scrive Bookchin. Con il passare del tempo e con l'aiuto finanziario di una ricca famiglia del luogo (i Mellon), comunque, riuscì a costruire un laboratorio funzionante di virologia, dove continuò la sua ricerca sui vaccini per la febbre.