I pazienti con encefalite autoimmune che non riescono a migliorare dopo 10-14 giorni dovrebbero ricevere terapie di seconda linea come rituximab o ciclofosfamide, o entrambi. I centri specializzati prescrivono solitamente rituximab e ciclofosfamide nei pazienti di età superiore ai 16 anni. I pazienti più giovani dovrebbero ricevere solo rituximab.