I meccanismi che determinano le varie tipologie di rigetto sono diversi e possono essere legati alla presenza/produzione di anticorpi (rigetto umorale) e/o dall'attivazione diretta di cellule del sistema immunitario, i linfociti (rigetto cellulare). Nel caso del rigetto cronico la causa è, probabilmente, multifattoriale ed è legata a meccanismi immunitari e non (tossicità ai farmaci, ischemia cronica, ripetuti attacchi immunitari precedenti di rigetto acuto).