In seguito alla riforma protestante, la maggior parte dei capitoli tedeschi proclamò la propria fedeltà all'Ordine pur accettando la teologia protestante. L'Ordine permane sino ai nostri giorni, con il nome di "Balley Brandenburg des Ritterlichen Ordens Sankt Johannis vom Spital zu Jerusalem" (i.e. "Baliato di Brandeburgo dei Cavalieri dell'Ordine di San Giovanni dell'Ospedale di Gerusalemme") e ha sviluppato una crescente indipendenza dalla Casa Madre cattolica dell'Ordine. Il ramo protestante dell'Ordine si è diffuso anche in altri paesi protestanti (Paesi Bassi e Svezia), con presenza anche in qualche paese a maggioranza cattolica (Ungheria e Austria).