Ripetizioni della tripletta CAG superiori alle 28 risultano instabili nella fase di replicazione e questa instabilità tende ad aumentare all'aumentare del numero di ripetizioni presenti. Ciò porta spesso a nuove espansioni con il passaggio generazionale (mutazioni dinamiche) invece di riprodurre una copia esatta della ripetizione trinucleotide. Ciò comporta una modifica nel numero di ripetizioni presenti nelle generazioni successive, così che un genitore non affetto ma che presenta un numero "intermedio" di ripetizioni (28-35) o una "penetranza incompleta" (36-40), può trasmettere una copia del gene con un numero aumentato di ripetizioni arrivando ad avere una condizione di penetrazione totale della malattia. Tali aumenti nel numero di ripetizioni (che comportano un abbassamento nell'età di insorgenza e un aumento della gravità della malattia) in successive generazioni è un fenomeno noto come anticipazione genetica. L'instabilità appare maggiore nella spermatogenesi rispetto alla oogenesi, infatti gli alleli ereditati dalla madre presentano una lunghezza di ripetizione simile, mentre quelli ereditati dal padre hanno una maggiore probabilità di presentare una lunghezza aumentata. È raro che la malattia di Huntington sia causata da una nuova mutazione in cui nessuno dei genitori possiede più di 36 ripetizioni CAG.