La variante recentemente scoperta è causata da mutazioni in una proteina strutturale della membrana plasmatica, la caveolina-3. Le caveoline formano uno specifico dominio della membrana chiamata caveola, nella quale fra le altre ha sede il canale voltaggio-dipendente per il sodio NaV1.5. Come avviene nella LQTS3, queste particolari mutazioni incrementano la cosiddetta corrente tardiva del sodio, che perturba la ripolarizzazione cellulare.