Verso la fine '700 l'istituzione cessò di esistere per motivi organizzativi e gestionali (insufficienza di spazi, sovraffollamento permanente, problemi di bilancio): nel 1798 i pazienti furono trasferiti nella nuova sede del Giustinianeo. Assorbito dal demanio in età napoleonica, l'ospedale è stato destinato ad altri usi e occupato in parte da abitazioni, botteghe, capannoni industriali e parcheggi.