In pazienti privi di lesioni gastrointestinali non si sono riscontrati gli effetti collaterali tipici degli amminoglucosidi come nefrotossicità o ototossicità. Possono verificarsi disturbi gastrointestinali quali diarrea, nausea e raramente vomito che va evitato con antiemetici in caso di parassitosi da taenia solium per evitare che le proglottidi creino rischio di cisticercosi. Essendo strutturalmente simile ad un amminoacil-tRNA, in caso di intossicazione, sostituendosi appunto ad un amminoacil-tRNA e bloccando la sintesi proteica, può provocare steatosi epatica, non potendo più il fegato produrre le apoproteine necessarie al trasporto lipidico a mezzo delle VLDL, accumulando così trigliceridi.