I posti del teatro anatomico venivano così suddivisi: su di un lato del tavolo anatomico stava il professore, seduto su di una sedia di noce intagliata che ancora oggi si conserva. Dietro di lui, su piccoli sgabelli, si disponevano i massari. Dall'altra parte del tavolo, nella platea coperta da tappeti era disposta una fila di sedie su cui prendevano posto i rettori della città, il rettore dello Studio e qualche nobile. Dietro di loro stavano in piedi i lettori dell'Università e i membri del Collegio medico della città. A causa dello spazio ristretto alcuni si sistemavano nelle piccole celle sotto il primo giro del teatro, chiamate "luoghi da basso", che avevano delle finestrelle. Nel primo giro del teatro stavano i consiglieri delle nazioni, mentre gli studenti, dai quali erano escluse le matricole, prendevano posto sugli altri cerchi. 