Il sistema nervoso enterico fa anche uso di più di 30 neurotrasmettitori, molti dei quali sono identici a quelli presenti nel sistema nervoso centrale, come l'acetilcolina, dopamina e serotonina . Più del 90% della serotonina del corpo si trova nello stomaco, così come circa il 50% della dopamina del corpo, che è attualmente allo studio per migliorare la nostra comprensione della sua utilità nel cervello.