Il danneggiamento del sistema ascendente attivante sembra essere alla base di alcune forme di coma. Chiaramente non tutte le lesioni del tronco encefalico – sebbene tutte potenzialmente gravissime – sono riconosciute responsabili del coma. Lesioni ponto-mesencefaliche che non interessano la formazione reticolare sono infatti alla base di una condizione detta "sindrome locked-in", in cui il paziente è vigile e cosciente ma incapace di dar luogo a risposte motorie, compresa dunque la parola.