Divenne "chirurgo primario condotto" a Ravenna, città dove iniziò la sua carriera accademica con un corso di ostetricia per levatrici. Nel 1845, all'età di 39 anni, venne chiamato dal Governo Pontificio a ricoprire la cattedra di Istituzioni chirurgiche e Ostetricia all'Università di Camerino. Qui, in seguito, gli fu affidata la cattedra di Anatomia. In quel periodo rifiutò l'offerta di insegnare alla facolta di Medicina di Roma, in quanto aspirava ad avere un incarico nella sua città natale. Nel 1854 tornò a Bologna per ricoprire la cattedra di Istituzioni Chirurgiche e Ostetricia. Nel 1859 i due corsi vennero divisi e Gian Battista Fabbri optò per l'ostetricia, ricoprendo tale cattedra per il resto della sua vita.