Le linee guida possono presentare sia problemi metodologici che di conflitto di interessi. A causa di ciò la qualità delle linee guida può variare considerevolmente, specialmente per alcune linee guida pubblicate on-line e che possono non aver seguito degli standard metodologici che possono invece dover essere richiesti da alcune rinomate istituzioni di garanzia (clearinghouse). Talvolta può anche accadere che le linee guida possano formulare raccomandazioni più forti delle evidenze a supporto. Il mondo delle linee guida appare pertanto in costante divenire e sono state ricercate le possibili risposte a molti di questi problemi che si hanno con le linee guida tradizionali: il British Medical Journal, ad esempio, ha creato una nuova serie di linee guida ritenute affidabili e incentrate sulle questioni mediche più urgenti, chiamate "raccomandazioni rapide del BMJ".