Nel periodo Heian (794-1191), nome antico di Kyoto, si affievolì l'influenza cinese sul Giappone. I nipponici riscoprirono la propria identità nazionale con il conseguente sviluppo di tutti i settori, anche quello universitario (si pensi che uno studente su cinque studiava medicina). Nell'804 il fondatore dell'esoterismo Shingon in Giappone, Kūkai, diffuse la parola di Buddha-guaritore, che cura il corpo e l'anima. Negli anni successivi si registrarono un'epidemia di dissenteria (861), una di pertosse (863), una di parotite (959) e una di febbri eruttive (998). Vennero pubblicati anche diversi volumi medici come il "Yakkey toiso" (un trattato di farmacologia) e il "Daidō-ruiji-hō" (un ricettario terapeutico). Crebbero le conoscenze relative all'anatomia e alla fisiologia del corpo umano, anche se in parte rimasero collegate alla simbologia della religione. Infatti, si credeva che l'uomo avesse cinque visceri detti "zō" (magazzini di riserva): cuore, fegato, milza, polmoni e reni. Ciascuno corrispondeva ad un elemento, ad una stagione, ad un colore e a un sapore. Stomaco, grosso intestino e cistifellea erano detti "fou" (visceri accessori) e poi vi erano i "san-tsiao" (tre riscaldatori). Infine, si credeva che gli organi fossero in comunicazione con vasi di due tipi: sanguigni e d'aria e che lo yin e yang giocasse un ruolo fondamentale nella fisiologia del corpo. Si conoscevano diverse malattie e si distinguevano i sintomi; molti medici avevano già descritto il diabete mellito, alcune malattie renali, la lebbra, avevano classificato tre tipologie di paludismo e diverse febbri infettive. I chirurghi medicavano ferite ed ulcerazioni, incidevano ascessi, cauterizzavano con ferri roventi i tumori, saturavano piaghe, applicavano sanguisughe ed esportavano la cataratta con un ago. La medicina popolare tramandava formule magiche per favorire il parto. I medici, infine, raccomandavano diete ed igiene profondo per coloro che erano a contatto con gli ammalati.