Era figlio di Robert Haldane e nipote dell'evangelista James Alexander Haldane. Sua madre fu Mary Elizabeth Burdon-Sanderson, figlia di Richard Burdon-Sanderson e nipote di Sir Thomas Burdon. Suo zio da parte di madre fu il fisiologo John Scott Burdon-Sanderson. Suoi fratelli erano Elizabeth Haldane, William Stowell Haldane e Richard Burdon Haldane.