Nel 1805 Boi ritornò a Cagliari, portandosi con sè i modelli in cera, e riprese a insegnare. Nel 1818 fu nominato protomedico del Regno di Sardegna, (incarico equiparabile a quello attuale di Ministro della Sanità). Nel 1824 divenne cavaliere. Ritiratosi nel 1844, morì a Cagliari nel maggio del 1850.