L'accuratezza nel risultato diagnostico offerto da queste tecniche è pari al 93% dei casi nelle quali sono applicate, con errori di "falsi positivi" (viene diagnosticata una malattia che non c'è) e "falsi negativi" (non viene evidenziata una patologia presente). A parte i possibili errori nella preparazione del campione da analizzare, può infatti verificarsi il fenomeno del mosaicismo, in cui solo alcune delle cellule dell'embrione presentano difetti cromosomici. In questi casi analizzare cellule sane o difettose è un evento casuale e l'instaurarsi o meno del difetto genetico nella crescita dell'embrione è altrettanto casuale. Per tale motivo la diagnosi pre-impianto non può essere considerata a pieno titolo un'alternativa alla diagnostica prenatale classica (villocentesi o amniocentesi).