L'ulcera, che di per sé è estremamente dolorosa se toccata o strofinata, può essere accompagnata dal rigonfiamento (e conseguentemente dall'infiammazione) dei linfonodi sotto la mandibola, il che porta a confondere l'afta per il mal di denti. La gran parte delle ulcere possono decorrere da 1 a 4 settimane, e possono causare un dolore circoscritto e molto intenso per l'intera durata del processo di guarigione, oltre a un senso di spossatezza e malessere come se si avesse la febbre. Talvolta può rimanere un alone rosato o un segno per diverse settimane dopo la scomparsa dell'afta.