Dopo la guerra, Charnley lavorò per sei mesi all'ospedale ortopedico di Gobowen e Harry Platt fece in modo che migliorasse le sue competenze chirurgiche. Stette nell'ospedale sei mesi sviluppando le proprie curiosità in ambito ortopedico e poi ritornò a Manchester, sempre con il supporto di Platt. Nel maggio 1948 compì un viaggio di lavoro negli Stati Uniti durante cui visitò ospedali insieme ad altri giovani ortopedici. Egli considerò la possibilità di stabilirsi lì, ma le restrizioni sulla sperimentazione chirurgica vigenti nella nazione erano per lui inaccettabili. Il suo interesse era inizialmente rivolto al trattamento delle ossa spugnose e alla lubrificazione delle articolazioni. John era convinto che la collaborazione con gli ingegneri meccanici fosse fondamentale per ampliare e far avanzare i suoi lavori. La sua ricerca era sostanzialmente basata su due aspetti: quello clinico per il trattamento dei pazienti con osteoartriti e quello biomedico riguardante gli esperimenti per determinare i fondamenti di unione ossea e le condizioni che governano la rigenerazione spontanea della cartilagine delle articolazioni. 