La scelta dell'ossigenatore determina differenze nel lay–out circuitale, infatti l'ossigenatore a membrana è messo a valle della pompa a causa delle sue elevate perdite di carico, che influenzerebbero pesantemente la quantità di sangue che ritorna dal paziente stesso, in questo modo la pompa provvede a compensarle; al contrario l'ossigenatore a gorgogliamento andrebbe messo prima della pompa, essendo strutturato in modo da avere una riserva arteriosa derivante dal deschiumaggio, procedimento necessario dopo il gorgogliamento.