Accanto alla Spezieria si trovano le grandi cantine dove sono immagazzinati da secoli i prodotti. Da qui si accede anche alla "tisaneria" e all'antica distilleria; questi ambienti si affacciano sul grazioso giardino delle erbe, dove i frati coltivavano le piante officinali, vicino al secondo ingresso su piazza Santa Maria Novella (aperto solo in circostanze speciali).