Nel 2010 un'inchiesta della Procura di Bologna mise in luce, grazie a intercettazioni telefoniche, che la candidatura alle primarie del PD fu all'origine della mancata collaborazione di Marino con il Policlinico Sant'Orsola-Malpighi di Bologna: l'amministrazione del Policlinico avrebbe "boicottato" Marino "per ragioni esclusivamente politiche", in quanto "la collaborazione di Marino con il Sant'Orsola avrebbe potuto nuocere a Bersani". Nonostante le smentite dei medici intercettati e del Sant'Orsola, il magistrato inquirente ritenne che non ci fossero dubbi, descrivendo "un desolante quadro di sudditanza politica delle scelte anche imprenditoriali di un'azienda ospedaliera di primaria importanza". Tuttavia, concluse che l'inchiesta andava archiviata in quanto non si potevano registrare condotte penalmente rilevanti. Marino prese spunto da queste dichiarazioni per "riaffermare con vigore la necessità che la politica si tenga fuori dalla gestione della sanità pubblica".