Frequente è l'associazione con la sindrome di Cowden, causata da mutazioni del gene "PTEN"; mutazioni a carico di questo gene sembrano coinvolte anche nella genesi della malattia di Lhermitte-Duclos. Secondo i criteri diagnostici dell'"International Cowden Consortium", la malattia di Lhermitte-Duclos è un sintomo patognomonico della sindrome di Cowden.