Il principale rischio nei trapianti delle ESC è la loro capacità di dare origine a tumori, incluso il teratoma. Una possibile strategia per aumentare la sicurezza nelle applicazioni cliniche delle ESC è differenziare le ESC in specifici tipi cellulari (neuroni, cellule muscolari, cellule epatiche) che hanno ridotto o perso la loro capacità di formare tumori. Le ESC sono destinate ad essere più sicure delle IPS cells (induced pluripotent stem cell) perché non vengono modificate geneticamente con geni come c-Myc che sono collegati al cancro. Ciononostante, le ESC esprimono alti livelli di geni induttori per le IPSC e questi, tra cui il gene Myc ,sono essenziali per l'autorinnovamento e la pluripotenza delle ESC, e potenziali strategie che aumentano la sicurezza eliminando l'espressione di Myc per preservare la staminalità delle stesse. L'isolamento di cellule staminali da embrioni suscita accesi dibattiti di natura bioetica, in quanto provoca la distruzione dell'embrione stesso.