Un secondo, fondamentale, aspetto dell'impostazione di Ippocrate fu quello di separare sempre più la pratica e le teorie mediche dalla riflessione filosofica, entro cui esse erano prima incluse. Le conoscenze mediche divennero sempre più specialistiche e precise e non ebbero più nulla a che vedere con le teorie filosofiche astratte e generali (la commistione tra filosofia e medicina caratterizzava invece la scuola medica che derivava da Empedocle).