Nel frattempo, nel 1975, Nicola Lalli, responsabile dell'Istituto di psichiatria dell'Università degli Studi di Roma "La Sapienza", invita Fagioli a svolgere attività di supervisione di psichiatri e specializzandi che operavano in quel centro; a tali sedute, però, inizia in breve a partecipare un consistente numero di persone, non necessariamente operanti nel settore psichiatrico, ed in massima parte provenienti dal mondo della sinistra extraparlamentare, da ambienti operai e dalla scena artistica. Dall'originario seminario singolo, così, Fagioli passa a quattro incontri, su altrettanti giorni della settimana; è l'inizio della cosiddetta analisi collettiva. Unitamente alle critiche radicali che Fagioli muove a Sigmund Freud, tanto in interventi pubblici quanto, più in dettaglio, nei suoi scritti, l'analisi collettiva richiama l'attenzione dei giornali. Essa si caratterizza per un principio di gratuità, nonché di anonimato di quanti vi partecipano; per Fagioli, non conta l'identità sociale del paziente, ma la dinamica umana, e pertanto universale, che nell'ambito del setting analitico di gruppo può manifestarsi. Dopo i primissimi anni, tuttavia, Giancarlo Reda, direttore dell’Istituto di Psichiatria de "La Sapienza”, impone a Fagioli di concludere i seminari, con la giustificazione che i risultati della ricerca, che avrebbero dovuto giustificare l'esistenza dei seminari stessi, non erano né controllabili né validabili. Nel novembre del 1980, quindi, Fagioli è costretto a lasciare i locali dell'Unità Esterna dell'Istituto di Psichiatria di Villa Massimo (dove era potuto rimanere fino ad allora grazie all'interessamento dello stesso Lalli), e continua l'analisi collettiva nel proprio studio privato nel quartiere romano di Trastevere. Del 1980 è anche il volume-intervista "Bambino, donna e trasformazione dell'uomo".