La ricerca effettuata con il software BLASTP all'interno del PDB, utilizzando come query la sequenza descritta sopra, ha fornito quattro risultati, la cui visualizzazione grafica è riportata in figura 46. Senza il raffinamento di ricerca iniziale (vedi sez."Parte sperimentale", cap.2), avrei ottenuto ben 16 risultati, quattro dei quali sovrapponibili a quanto riportato nel paragrafo precedente e altri due con un buon E-value, identificabili nel PDB con le sigle 2AHZ e 1LNQ. Terrò in considerazione in futuro questi dati, qualora il template da me scelto fosse privo di informazioni strutturali utili riguardo una determinata zona del modello tridimensionale.Figura 46 -Visualizzazione grafica dei risultati ottenuti con BLASTP.La linea rossa, spessa e graduata rappresenta la sequenza target o query, mentre i numeri sotto di essa si riferiscono alla sua lunghezza in aminoacidi. Ciascuna linea sottile sottostante, di vari colori, indica un allineamento della suddetta sequenza con una sequenza del database di proteine; il colore di tali linee indica la bontà dell'allineamento, in base alla scala colorimetrica posta all'inizio dell'immagine (rosso -migliore, nero -peggiore).In figura 47 è riportato l'elenco delle proteine estratte dal PDB, ovvero i candidati templates, che producono allineamenti significativi con la sequenza target, ordinate in base all'E value che indica la probabilità che la somiglianza tra le due sequenze sia casuale. Più piccolo è il valore di E più la somiglianza non è dovuta al caso ed è indice di buon allineamento.Figura 47 -Risultati ottenuti con BLASTP in seguito alla ricerca avanzata.A destra, per ogni sequenza riportata, è presente il link che rimanda al Protein Data Bank ("S"). 3 ALLINEAMENTO E SCELTA DEL TEMPLATE MOE applica una versione modificata della metodologia di allineamento originalmente introdotta in biologia molecolare da Needleman e Wunsch (vedi sez."Parte sperimentale", cap.3).Una volta che l'allineamento tra i possibili templates segnalati da BLASTP e la sequenza target è completato, una matrice riporta le percentuali d'identità tra i residui appartenenti alle catene sottoposte a tale operazione.Figura 48 -Matrice calcolata da MOE in seguito all'allineamento multiplo.Prendendo in considerazione la prima riga, relativa alla sequenza target (chain 1), osservo che 1UJL (chain 4) è la sequenza amminoacidica con maggiore identità di