Tra i diversi contraccettivi estroprogestinici, quelli contenenti desogestrel, in alcuni studi osservazionali, sono risultati associati a tassi di tromboembolismo venoso leggermente superiori rispetto a quelli contenenti levonorgestrel; secondo uno studio prospettico di ampie dimensioni, invece, il rischio di eventi tromboembolici risulterebbe sovrapponibile per i vari progestinici considerati (tra cui levonorgestrel, drospirenone, desogestrel e gestodene).