Con i suoi flagelli, il batterio si muove nello stomaco e scava nei suoi vari strati mucosi. In questo modo, vagando per lo stomaco, l'"H. pylori" si fissa in un'area e si stabilisce permanentemente lì. Le aree che questi batteri prediligono sono gli strati di muco (con una preferenza per l'area più in superficie), le cellule epiteliali e i vacuoli formati da essi nelle cellule epiteliali. Questo microrganismo produce inoltre una sostanza appiccicosa che si fissa ai lipidi delle membrane e dei carboidrati e aiuta l'adesione alle cellule epiteliali. Qui il batterio produce una grande quantità di ureasi all'esterno di esso. L'ureasi è un enzima, appartenente alla classe delle idrolasi, che catalizza l'idrolisi dell'urea in anidride carbonica e ammoniaca (che neutralizza l'effetto dei succhi gastrici). La sopravvivenza degli "H. pylori" nell'acido dello stomaco dipende dall'ureasi: infatti senza di essa il batterio muore. L'ammoniaca prodotta è tossica per le cellule epiteliali e, insieme alle altre sostanze prodotte dall'"H. pylori", tra cui la proteasi, la catalasi e la fosfolipasi, le danneggia.