Kellogg nasce il 26 febbraio 1852, in Tyrone Township, una comunità rurale all'interno della contea di Livingston, Michigan. È il secondogenito nato dal secondo matrimonio del padre, John Preston, un agricoltore, e Ann Janette Stanley, al tempo domestica della casa. Durante il suo primo anno di età, i suoi genitori si uniscono al movimento Avventista del Settimo Giorno, i due decidono di vendere la fattoria e di trasferirsi prima a Jackson, poi nel 1856 a Battle Creek, nel Michigan, la roccaforte dell'Avventismo mondiale, dove aprono una fabbrica di scope: all'età di 4 anni il piccolo John Harvey preferisce aiutare il padre nella fabbrica, piuttosto che giocare con i suoi coetanei.