I calcoli urinari possono derivare anche da una condizione metabolica di base, come ad esempio l'acidosi tubulare distale renale, la malattia di Dent, l'iperparatiroidismo, l'iperossaluria primaria, o il rene a spugna midollare. Tra il 3% e il 20% delle persone che soffrono di calcoli urinari, ha quest'ultima patologia.