A seconda del micete e dei tessuti infettati possono essere utilizzati singoli o in combinazione gli antifungini delle famiglie più comuni: azoli (es. fluconazolo, itraconazolo), echinocandine(es. caspofungina, micafungina, amfotericina B. Nel caso di ceppi o specie antibiotico-resistenti le opzioni di trattamento disponibili per i pazienti con infezioni invasive sono molto limitate.