La somministrazione di cloxacillina, così come quella di altri derivati della penicillina, può determinare il verificarsi di reazioni da ipersensibilità in una percentuale variabile di individui posti in trattamento (in genere tra l'1% ed il 10%). Queste reazioni possono essere definite "immediate" quando si verificano da pochi minuti fino a 48 ore dalla somministrazione e consistono in prurito, orticaria, edema angioneurotico, broncospasmo, ipotensione arteriosa. Le reazioni allergiche "ritardate" si verificano invece dopo 48 ore e, talvolta, fino a 2-4 settimane dall'assunzione della terapia e comprendono iperpiressia, malessere generale, orticaria, mialgia, artralgia, dolore addominale, e rash cutaneo.