Nell'epatite C acuta, l'eliminazione del virus e la guarigione avviene nel 30-50% dei casi. Le persone che hanno disturbi causati dall'infezione (malattia sintomatica), le donne e coloro che hanno particolari profili genetici per quanto riguarda alcune sostanze prodotte dall'organismo e coinvolte nella risposta immunitaria al virus, sembrano essere avvantaggiati per quanto riguarda la possibilità di eliminare l'HCV e di guarire. Se il virus persiste nell'organismo a distanza di 6 mesi dal contagio, l'infezione diventa cronica e può causare una infiammazione permanente del fegato (epatite cronica) che, col tempo, può portare anche alla cirrosi epatica e al tumore del fegato (epatocarcinoma).