Cominciò anche a collaborare con il grande chimico statunitense Henry Drysdale Dakin, con il quale mise a punto una potentissima soluzione antisettica a base di acido ipocloroso, appunto chiamata Soluzione Dakin-Carrel, per mezzo della quale riuscì a salvare moltissime vite. L'acido ipocloroso era infatti perfetto per irrigare le ferite lacero-contuse ma soprattutto infette in quanto non era particolarmente aggressivo sui tessuti, pur conservando le sue essenziali proprietà di antibatterico. Inoltre agiva molto velocemente ed era reso inattivo dall'organismo in una sola ora, facendo così in modo che le ferite potessero essere suturate nel giro di breve tempo. Nonostante i risultati fossero così sorprendenti, per un certo periodo si continuarono ancora a utilizzare altre sostanze dannose come sodio, magnesio o ipoclorito di calcio, che vennero definitivamente abbandonate in favore della Soluzione Dakin-Carrel solo nel 1917.