Una volta nell'intestino, gli enzimi prodotti dall'attività metabolica di B. clausii agiscono migliorando l'equilibrio microbico ("eubiosi") del microbiota umano e proteggendolo dalle infezioni di altri batteri. Le spore infatti aderiscono alla mucosa impedendo l'adesione da parte dei patogeni, competono con essi per l'utilizzo delle sostanze nutritive e producono sostanze antimicrobiche (immunoglobuline) inibendone la crescita.