La terapia di prima linea per la condizione è costituita da agenti topici, piuttosto che da farmaci sistemici, con i corticosteroidi topici che ne rappresentano il trattamento cardine. I farmaci sistemici sono solitamente prescritti nei casi di grave malattia, per via degli effetti collaterali correlati a molti di essi. L'applicazione di glicerina, insieme alla "Alchemilla xanthochlora", ha dimostrato di essere efficace nel trattamento dell'afta. Una revisione sistematica ha dimostrato che nessun singolo intervento sistemico possa essere efficace. Una buona igiene orale è importante per prevenire una infezione secondaria delle ulcere.