Il processo di disinfezione che ha consentito di prevenire numerose malattie dovute alla presenza di batteri e virus nell'acqua, in alcuni casi può dar luogo alla formazione di sostanze chimiche (sottoprodotti) dovute alla reazione tra l'agente chimico impiegato per la disinfezione, ad esempio il cloro, e la materia organica naturalmente presente nelle acque. Tuttavia, il rischio associato ai trattamenti delle acque può essere considerato del tutto sotto controllo, perché la presenza dei sottoprodotti viene costantemente controllata.