Tutto questo processo prende il nome di gastrulazione, ed è accompagnato sia da un accrescimento del disco che da un allungamento, nonché dallo spostamento delle invaginazioni e del nodo di Hensen verso le zone posteriori, che verrà completato solo alla quarta settimana. Al sedicesimo giorno si creano delle depressioni circolari dove l'ectoderma si salda fortemente con l'endoderma, una anteriormente e una posteriormente. Quella anteriore viene chiamata membrana faringea e la posteriore membrana cloacale. Inoltre dal sacco vitellino parte una estroflessione in direzione del peduncolo di connessione chiamata allantoide.