Le frequenze utilizzate erano inizialmente erano piuttosto alte (1/3 MHz). Successivamente i protocolli operativi sono cambiati e vengono impiegate frequenze molto più basse (20/45 kHz) con esiti sicuramente più importanti. La metodica richiede il passaggio del trasduttore, interposto un gel conduttore, con movimenti non eccessivamente lenti, al fine di evitare il rischio di eccessiva cavitazione.I nuovi protocolli parlano di sonoforesi con le medesime apparecchiature, ma l'utilizzo di macromolecole (escina, fosfatidilcolina, teobromina, ecc.) non trova nessun testo scientifico che ne comprovi l'effettivo passaggio nell'ipoderma e quindi l'efficacia. Al contrario, molecole eccessivamente grandi aumentano l'attenuazione dell'ultrasuono diminuendone la capacità di penetrazione.