Nel 2005 il Ministero della salute riconosce l'Istituto Clinico Humanitas come istituto di ricovero e cura a carattere scientifico (IRCCS) e nasce l'ente non-profit Fondazione Humanitas per la Ricerca; mentre, nel 2007, è inaugurato il centro di ricerca sui tumori, patologie autoimmuni, malattie cardiovascolari e ortopediche che ospita circa trecento ricercatori, provenienti da diversi Paesi e guidati dal direttore scientifico Alberto Mantovani. Il centro, che lavora in sinergia con il policlinico e l'Università Humanitas, conta circa di laboratori dedicati all'attività di ricerca e di formazione.