Malpighi venne perseguitato particolarmente durante l'ultimo anno di studi, probabilmente perché uno degli antagonisti, Tommaso Sbaraglia, era legato alla famiglia dei Malpighi da un vecchio e profondo odio nutrito da dissidi su un pezzo di terreno di confine tra le proprietà delle due famiglie, ma soprattutto a causa della sua frequentazione del "Coro anatomico" e del sospetto del suo allineamento alla teoria iatromeccanica piuttosto che ai dettami ippocratici e galenici.