Pagenstecher fece diversi contributi in oftalmologia, ed era noto a livello internazionale per il trattamento del glaucoma e della cataratta. Viene ricordato per aver introdotto una pratica chirurgica nota come estrazione della cataratta intracapsulare, e nel 1862 introdusse il "Präcipitatsalbe", come un unguento per gli occhi. Pagenstecher morì il 31 dicembre 1879 per le ferite riportate in un incidente di caccia.