Secondo le più recenti teorie il sistema immunitario distingue dunque un "non-infectious self" (self non infettivo) da un "infectious self" (self infettivo). La discriminazione tra self e non self avviene a livello molecolare ed è mediata da particolari strutture cellulari (Toll-like receptor, recettori dei linfociti T, complessi MHC, anticorpi), che consentono la presentazione ed il riconoscimento di componenti dell'agente lesivo definite "antigeni" (letteralmente induttori di anticorpi).