Un altro dei progetti di ricerca di Mengele riguardava lo studio dell'ereditarietà nel colore degli occhi, in particolare l'eterocromia delle iridi (che si verifica quando gli occhi di un individuo sono di due colori diversi, per esempio uno azzurro e uno castano). Il dottor Nyiszli ha testimoniato di un episodio in cui gli fu ordinato di dissezionare sei gemelli romaní affetti da eterocromia; in un'altra occasione un'intera famiglia di otto persone fu uccisa e i loro occhi eterocromatici furono espiantati dai cadaveri e inviati a Berlino.