Nei bimbi l'esordio è con febbre (37,5 - 41 °C), anoressia, vomito, tosse, raramente diarrea. La sintomatologia di solito precede il coma di 1 o 2 giorni (se il coma dura più di mezz'ora dopo un episodio convulsivo febbrile bisogna sospettare la malaria cerebrale). Il respiro profondo può essere segno di acidosi metabolica. L'opistotono può essere importante e simulare il tetano o la meningite. La pressione liquorale può aumentare molto a differenza degli adulti. Il 10% dei bimbi che sopravvivono alla malaria cerebrale hanno sequele neurologiche persistenti (emiparesi, atassia cerebellare, cecità corticale, ipotonia severa, ritardo mentale, afasia, spasticità generalizzata).