I sistemi di schermatura attiva sono progettati per cancellare il disturbo in tre dimensioni. Per implementare un sistema a schermatura attiva, magnetometri direzionali a basso disturbo sono installati al centro di ogni superficie e orientati ortogonalmente ad essa. Questo alimenta negativamente un amplificatore a corrente continua attraverso una rete che permette il passaggio solamente delle frequenze al di sotto di un certo valore con una lenta diminuzione in modo tale da minimizzare il "feedback" positivo e le oscillazioni. All'interno del sistema sono incorporati dei cavi vibranti e smagnetizzanti. I cavi vibranti servono ad incrementare la permeabilità magnetica, mentre i cavi permanenti smagnetizzanti sono applicati a tutte le superfici dello strato interno principale per smagnetizzarle. Inoltre algoritmi di cancellazione del disturbo possono ridurre sia il disturbo a bassa che ad alta frequenza. I sistemi moderni hanno un piano di fondo di circa 2 o 3 fT per √Hz sopra 1 Hz.