Dal 17 novembre 1939 Pfannmüller ha portato avanti il suo lavoro ad Eglfing-Haar come principale promotore dell'Aktion T4, continuando a compiere infanticidio anche dopo la fine del programma eutanasia e l'8 febbraio 1944 fu nominato assessore della "Associazione degli ospedali e case di cura del Reich". Nel 1943 il dottor Pfannmüller fondò due "Hungerhauser" (case della fame) per pazienti di età maggiore.