Il DSM IV-TR propone una diagnosi differenziale con la "Disfunzione sessuale dovuta ad una condizione medica generale" (dispareunia dovuta ad effetti fisiologici quali: insufficiente lubrificazione vaginale, patologia pelvica da infezioni vaginali o urinarie, endometriosi, aderenze o tessuto cicatriziale vaginale, atrofia vaginale post-menopausale, caduta di estrogeni durante l'allattamento, irritazioni o infezioni delle vie urinarie, disturbi gastrointestinali) e la "Disfunzione sessuale indotta da sostanze" (dispareunia causata ad es. da uso di flufenazina, tioridazina e amoxapina). Se la dispareunia è concomitante con una delle disfunzioni descritte e si ritiene che vi concorrano anche fattori intrapsichici o interpersonali, si proporrà diagnosi di "Dispareunia dovuta a Fattori Combinati", se non sono presenti disfunzioni da condizione medica generale o indotte da sostanze, si prospetterà una valutazione di "Dispareunia dovuta a Fattori Psicologici".