L'HIV, nei rapporti con il proprio ospite, ha quindi due distinte opzioni, entrambe vantaggiose per il virus: l'infezione latente, previa trascrizione e integrazione, e la replicazione. Nel primo caso esso si garantisce un serbatoio inamovibile di genomi virali; nel secondo è messa in atto la possibilità di infettare un numero sempre maggiore di cellule CD4+.