Riguardo poi alla filosofia, aveva un dominio assoluto Aristotele. La Scuola, immobilizzata nelle sue teorie, nacque ippocratica e morì tale, senza seguire le nuove correnti mediche e filosofiche, che avevano portato un profondo rinnovamento nel campo scientifico. Le lezioni consistevano nell'interpretazione dei testi dell'antica medicina. Ma mentre la medicina procedeva lenta, in Salerno una nuova arte si affacciava nel campo scientifico. Questa arte è la chirurgia, che per prima in Salerno si eleva alla dignità di una vera e propria scienza per opera di Ruggiero di Fugaldo. Egli scrive il primo trattato di chirurgia nazionale che trova la sua diffusione in tutta Europa. Perciò fin dal XII secolo Salerno era meta di studenti stranieri specialmente tedeschi. Ma con la diffusione dei libri arabi, l'influenza scientifica della scuola, che si riteneva attaccata alle tradizioni latine andò diminuendo, mentre nelle principali università dell'Italia Settentrionale ebbero notevole sviluppo le dottrine arabe. Di queste era un seguace e divulgatore un alunno della scuola di Salerno, Bruno da Longobucco.