Gurdon avrebbe voluto continuare i suoi studi classici a Christ Church, Oxford, ma non fu accettato; abbandonò allora lo studio dei classici per intraprendere quello di zoologia: riuscì ad entrare ad Oxford conseguendo un BS nel 1956. Lo stesso anno iniziò i suoi studi universitari nel laboratorio dell'embriologo Michail Fischberg, con una serie di esperimenti sul trasferimento nucleare.