Nel 1933 avvenne la grande svolta della sua vita: l'avvento al potere del nazionalsocialismo, inizialmente anche da Jaspers sottovalutato e ritenuto un fenomeno passeggero. Nello stesso anno dovette sopportare delle limitazioni alla propria attività accademica a causa del matrimonio contratto nel 1910 con Gertrud Mayer, che era ebrea. Questo matrimonio bastava a qualificare Jaspers come un potenziale nemico del regime. Ciononostante egli continuò a tenere lezioni e a scrivere fino al 1937, anno in cui fu posto forzatamente a riposo e obbligato a scegliere tra divorziare ed emigrare. Jaspers non fece nessuna delle due cose e da quel momento visse come un recluso, nascosto nella sua amata Heidelberg, per tutto il periodo del regime e della guerra. Le autorità sapevano della sua presenza, ma ormai la sua capacità di nuocere era ridotta al minimo.