Nel 1711 il desiderio di Morgagni venne esaudito: venne chiamato alla seconda Cattedra di "medicina teorica" dell'Università degli Studi di Padova lasciata libera da Antonio Vallisneri, dopo che quest'ultimo ebbe ottenuto la prima Cattedra dopo la morte di Domenico Guglielmini. Numerose sono le testimonianze epistolari dell'impegno profuso da Giovanni Maria Lancisi, archiatra del Papa, per far ottenere la Cattedra al suo amico; ma le informazioni decisive che spinsero i Riformatori a concedere la Cattedra al Morgagni vennero da Lorenzo Tiepolo: nella presentazione di Morgagni da parte del Tiepolo, che espone in brevi ma chiare linee la formazione morgagnana, viene messa in risalto non solo l'intelligenza del forlivese, ma anche l'incontaminata morale ed onestà dei costumi.