Gli anni a seguire furono decisamente peggiori per Netter, infatti tra il 1918 ed il 1920 la città di New York fu colpita da un'epidemia durante la quale egli perse suo padre Charles per un tumore del pancreas e suo zio Abraham a causa di infezioni polmonari acute. Nello stesso periodo si ammalò anche il fratello maggiore George che tuttavia riuscì a riprendersi completamente dalla malattia.