Il midollo osseo, ricevuto da un donatore sano compatibile, contiene cellule staminali in grado di produrre sufficienti quantitativi d'enzima per correggere il difetto in molti tessuti compreso il SNC 116 .A partire dai primi trapianti effettuati circa 30 anni fa, centinaia di pazienti affetti da LSD sono stati trattati con Hematopoietic stem cell transplantation (HSCT).Questo trattamento è stato utilizzato con successo per la MPS I (malattia di Hurler) 92,93 , in pazienti trattati prima dei due anni di vita.Sono stati osservati una diminuzione dei glicosaminoglicani urinari, una riduzione del volume epatico e splenico e un miglioramento significativo della sintomatologia ostruttiva respiratoria 122 .Il risultato ottenuto però, è solo parziale perché il coinvolgimento scheletrico risulta invariato e a fronte di un miglioramento delle funzioni cognitive in alcuni pazienti, molti hanno invece manifestato un progressivo deterioramento intellettivo 100 .Risultati positivi si sono osservati anche per la MPS II Altri problemi sono la difficoltà nel trovare un donatore compatibile, anche se in questi casi si è dimostrato efficace l'utilizzo di sangue estratto dal cordone ombelicale 120 . e la necessità di procedere al trapianto precocemente, prima che le manifestazioni neurologiche siano clinicamente evidenti. Il tapianto di può prolungare la vita dei pazienti affetti da LSD e rallentare determinate manifestazioni cliniche, ma non impedisce la progressione della malattaia in tutti gli organi e apparati.