Nel caso di encefaliti virali possono essere utilizzati farmaci antivirali quali, ad esempio, l'aciclovir, il ganciclovir ed il foscarnet. Questi farmaci, tuttavia, non sono efficaci contro tutti i tipi di virus responsabili della malattia. Per le malattie causate da batteri o funghi, si esegue il trattamento con farmaci antibiotici o antifungini.