Molti conoscenti invitarono Henry a perseguire gli studi medici, ma, in seguito alle sue esperienze, egli aveva ormai maturato un profondo interesse negli studi farmaceutici che lo invogliarono a frequentare la facoltà di Farmacia a Filadelfia. Nel 1873 Henry giunse nella città sotto consiglio di Mayo e di un suo caro amico conosciuto a Chicago, Frederick Belding Power. In questa nuova realtà, Henry riuscì sia frequentare il college di farmacia, sia lavorare presso Mr Heister. La permanenza a Filadelfia cambiò completamente le prospettive di Henry che era sempre stato dedito al lavoro e sedotto dal guadagno per non dover più patire la povertà e poter aiutare la famiglia nelle spese; la solida e duratura amicizia con Power e gli studi distrassero il ragazzo dalle paure del passato.