Soprattutto però si ricorda il suo capolavoro: "Della peste e della publica amministrazione sanitaria" (Venezia, 1840), all'epoca considerato il testo più importante al mondo con riferimento alla storia delle epidemie di peste. È un'opera enciclopedica, che in più di 1000 pagine descrive le principali epidemie occorse, con particolare riferimento alla Dalmazia. Frari descrive le varie forme di diagnostica, i trattamenti applicabili, i risultati autoptici e i vari metodi di disinfezione, fra i quali in modo particolare la fumigazione. Il bacillo della peste ("Yersinia pestis") venne scoperto solamente nel 1894, purtuttavia Frari ipotizza con oltre cinquant'anni d'anticipo l'esistenza di uno specifico germe contagioso della malattia - chiamato "germe del contagio".