La cheratite stromale necrotizzante si manifesta come un'infiltrazione bianco-giallastra nello stroma corneale. L'infiltrazione e la necrosi sono le caratteristiche cliniche predominanti. Di solito questo tipo di presentazione avviene in cornee precedentemente affette da una cheratite herpetica. Può essere, quindi, l'evoluzione di una cheratite epiteliale, di una forma stromale disciforme, di una stromale superficiale o di qualsiasi combinazione di forme. 