Mostra anche una non trascurabile affinità per i recettori muscarinici dell'acetilcolina M1 e M3 sui quali agisce da antagonista e possedendo perciò un effetto anticolinergico, ciò contribuisce al particolare profilo degli effetti collaterali della paroxetina caratterizzato, tra l'altro, da una maggiore sedazione, possibili effetti deleteri sulle capacità cognitive e sudorazione profusa.