Gli HSV sono grandi herpesvirus con un diametro di circa 150 nm, provvisti di pericapside. Il capside è di forma icosadeltaedrica, è costituito da circa 160 capsomeri ed è separato dal pericapside da uno spazio detto tegumento contenente alcuni enzimi virali fondamentali per l'inizio della replicazione. Il capside contiene un genoma costituito da DNA lineare a doppio filamento che codifica per circa 80 proteine diverse metà delle quali sono implicate nella replicazione del virus comprese proteine di recupero dei nucleotidi (timidina chinasi, ribonucleotide reduttasi, desossiribonucleasi, varie proteasi), 11 sono glicoproteine strutturali (gD, gH...), altre intervengono sul sistema immunitario (gC, gE, gI), una proteina di fusione (gB), vi è inoltre una DNA-polimerasi DNA-dipendente. HSV-1 e HSV-2 sono due virus dalla struttura simile, infatti possiedono quasi gli stessi determinanti antigenici e un alto grado di omologia nel DNA.