La fexofenadina è un substrato della P-glicoproteina 1 (P-gp) e del trasportatore polipeptidico di anioni organici (OATP). Eritromicina, ketoconazolo, itraconazolo, lopinavir, ritonavir e verapamil aumentano i livelli plasmatici di fexofenadina da due a tre volte, verosimilmente per l'azione inibente sulla P-gp, un trasportatore di efflusso. In cosomministrazione con i citati farmaci gli effetti negativi della fexofenadina possono pertanto aumentare, anche se sembra che ciò non influenzi l'intervallo QT. Al contrario la somministrazione con succhi di frutta (in particolare d'arancia, mela e pompelmo) riduce la biodisponibilità orale di fexofenadina per una inibizione preferenziale dell'OATP, trasportatore di afflusso. Tuttavia questa riduzione nella biodisponibilità di fexofenadina associata alla assunzione di succhi di frutta è moderata nell'uomo, più marcata in altre specie animali, ad esempio il ratto. È bene comunque evitare che il farmaco sia assunto con i citati succhi di frutta per evitare anche la minima riduzione di assorbimento, e quindi di biodisponibilità, del farmaco.