La morte del fratello più grande lo costrinse, a tornare a Napoli dove, non pago della posizione di Chirurgo Primario nell'Ospedale San Francesco, fondò una scuola di Ostetricia secondo i fondamenti della Scienza Moderna, modellandola su quella delle altre università straniere. Fornito di tutti gli ultimi strumenti ginecologici ed ostetrici nonché di una ricca collezione di preparati Anatomici, continuò le sue ricerche in ambito ginecologico e sulle ascoltazioni ostetriche che sono state riportate in un'importante memoria letta al Settimo Congresso degli scienziati Italiani, dal titolo: "Sperimenti di Ascoltazione, fatti sulle donne incinte, ripetuti sopra i ruminanti, ed in particolare sulle vacche pregnanti, per conoscere la sede del Soffio uterino". Al congresso illustrò anche le sue osservazioni sulla "Miotonia rachidiana". Gli scienziati presenti accolsero molto bene le ricerche di Tarsitani e lo incoraggiarono a proseguire negli studi ostetrici. Riformato il Collegio Medico-Chirurgico nel 1860, fu nominato professore ordinario di ostetricia, e più tardi dopo un concorso per titoli, venne assunto con decreto reale nel 1867, come professore ordinario di ostetricia e direttore della Clinica Ostetrica dell'Università di Napoli.