Il lavaggio a cui è sottoposto il colon prima di effettuare una colonscopia è causa poco nota di alterazione della flora intestinale (disbiosi), come dimostrato anche da uno studio italiano che ha evidenziato come il lavaggio preparatorio alteri la flora intestinale determinando un aumento di enterobatteri "cattivi" e, parallelamente, una consistente riduzione di lattobacilli "buoni", soprattutto L. delbrueckii. In tale studio si evidenzia, inoltre, che lo squilibrio permane anche a un mese dalla colonscopia e che questa alterazione favorisce l’insorgere di ceppi dannosi e resistenti, come i Proteobatteri, le Enterobacteriacee e le Streptococcacee che sono responsabili di sindromi diarroiche antibiotico-resistenti. Nel 2018 uno studio americano ha inoltre evidenziato un alto tasso di infezioni non solo a carico del sistema gastro-intestinale ma anche a livello polmonare nei giorni successivi fino a un mese dalla procedura endoscopica