Il plasma viene quindi sottoposto ad elettroforesi, una tecnica analitica che permette la separazione dei diversi composti basandosi sul movimento, in un mezzo opportuno, delle particelle elettricamente cariche grazie ad un campo elettrico che viene applicato al mezzo stesso. Il campo elettrico è generato da una coppia di elettrodi che inducono le particelle dotate di carica positiva (cationi) a spostarsi verso il catodo e quelle dotate di carica negativa (anioni) a spostarsi verso l'anodo.