I sintomi della dispepsia funzionale sono perlopiù caratterizzati da un dolore e delle pirosi epigastrici o retrosternali, correlate con i pasti (a digiuno, o dopo mangiato o indipendentemente dal pasto), rigurgito, sensazione di pienezza post-prandiale anche dopo introduzione di pasti leggeri. Altri sintomi, seppur meno sentiti, sono una sensazione di gonfiore addominale, eruttazioni, nausea e vomito.