Il volume di distribuzione è di 0,35 l/kg. La mitomicina viene rapidamente inattivata dal fegato, ma anche da altri organi quali il rene, cervello, milza e cuore che contengono enzimi in grado di metabolizzare il farmaco. Dopo somministrazione endovenosa meno del 10% di una dose di farmaco viene escreto nelle urine come molecola attiva. La mitomicina viene anche escreta, in minima quantità, nella bile.