Theodor Escherich nacque ad Ansbach (Regno di Baviera), figlio ultimogenito di Ferdinand Escherich, un ufficiale sanitario studioso di statistica medica, e di Maria Sophie Frieder, figlia di un colonnello dell'esercito bavarese. Dopo avere frequentato le scuole medie nel seminario "Stella Matutina", retto dai gesuiti, di Feldkirch (Austria), Escherich si iscrisse alla facoltà di medicina dell'Università di Strasburgo nel 1876 e, dopo aver frequentato le università di Kiel, Berlino, e Würzburg, si laureò a Monaco di Baviera nel 1881.