L'impatto delle malattie neglette è legato al sesso, esse infatti colpiscono in modo sproporzionato le donne, in particolare la schistosomiasi, la dengue, le infezioni da vermi (durante la gravidanza) e la malattia di Chagas, che può essere trasmessa durante la gravidanza. Uno studio in Uganda ha dimostrato che le donne sono in grado di ottenere più facilmente un trattamento perché hanno meno responsabilità professionale rispetto agli uomini e dimostrano più fiducia nei trattamenti, ma a causa dell'ignoranza riguardo agli effetti dei medicinali sulle donne in gravidanza vengono impedite le cure adeguate. Per questi motivi durante la progettazione dei programmi di trattamento dovrebbe essere tenuto in considerazione il sesso del paziente.