Studi eseguiti in vitro hanno evidenziato che ataluren si lega alle proteine plasmatiche umane nella misura del 99,6%. Nell'organismo la molecola viene biotrasformata nel fegato e nell’intestino grazie a processi di coniugazione che vedono coinvolti gli enzimi uridina difosfato glucuronosiltransferasi (uridine diphosphate glucuronosyltransferase, UGT), e in particolar modo UGT1A9.