Zeissl ha ricevuto il dottorato in medicina presso l'Università di Vienna e dal 1846 lavorò come assistente medico negli ospedali chirurgici e dermatologici dell'università. Nel 1861 divenne professore associato a Vienna e nel 1869 fu nominato professore e capo medico del secondo dipartimento specializzato in sifilide presso l'ospedale generale Vienna. Durante la sua carriera, era autore di molte malattie riguardanti la pelle e la sifilide.