Hodgkin continuò a dedicarsi alla professione medica per tutto il resto della vita. Per un anno lavorò al St. Thomas' Hospital; in seguito continuò a scrivere delle sue esperienze mediche, ma si dedicò sempre più a cause filantropiche. L'interesse per lo studio scientifico delle diverse etnie e culture umane lo spinse a partecipare alla formazione della Ethnological Society of London e alle sue ricerche. Fu per molti anni segretario onorario della Royal Geographical Society, e successivamente ne fu segretario onorario per l'estero. Fece parte di vari comitati della British Association for the Advancement of Science, specialmente di quelli riguardanti l'etnologia; sostenne attivamente il primo movimento statistico nella scienza e nella medicina e prese parte all'organizzazione della nuova Università di Londra e della sua scuola medica.