Durante i secoli però perse alcuni territori e dovette acquisirne altri (Rodi, Malta) mantenendo comunque una territorialità, tranne un breve periodo di esilio di qualche mese fra la perdita dei territori in Terrasanta e lo spostamento a Rodi. A Rodi la sovranità internazionale e l'indipendenza dell'Ordine crebbero ancora, così come la flotta navale divenne ancor più temibile. Per tutto il XIV secolo l'Ordine si suddivise in Gran Priorati, Baliaggi e Commende in base alla lingua parlata dai cavalieri. Inizialmente le lingue erano quelle parlate in sette territori: Francia, Italia, Germania, Provenza, Alvernia, Inghilterra (con la Scozia e l'Irlanda) e Aragona (Navarra). Nel 1492 venne costituita l'ottava lingua, ovvero quella di Castiglia e Portogallo.