I regimi farmacologici prescritti per la nefrite da lupus comprendono micofenolato mofetile (MMF), ciclofosfamide endovenosa con corticosteroidi e azatioprina immunosoppressore con corticosteroidi. MMF e ciclofosfamide con corticosteroidi sono ugualmente efficaci nel raggiungimento della remissione della malattia. Il MMF è più sicuro della ciclofosfamide con i corticosteroidi, con meno possibilità di causare insufficienza ovarica, problemi immunitari o perdita di capelli. Funziona anche meglio dell'azatioprina con corticosteroidi per la terapia di mantenimento. Una meta-analisi del 2016, che includeva 32 trial riguardante la nefrite da lupus, ha dimostrato che tacrolimus e MMF seguiti da una terapia di mantenimento con azatioprina erano associati a un minor rischio di infezione grave rispetto ad altri immunosoppressori o glucocorticoidi. Gli individui con nefrite da lupus hanno un alto rischio di linfoma a cellule B (che inizia nella cellula del sistema immunitario.