Il filtro viene colorato con Ponceau (per 100 ml totali: 0,2 g e 30 ml TCA 10%) per pochi secondi in modo da verificare il corretto trasferimento delle proteine e rendere visibile il marker le cui bande sono note.Si decolora il filtro dal Ponceau con più lavaggi in TBST 1X (100 mM Tris-HCl pH 7,5 e 0,9% NaCl+ Tween-20).