A livello polmonare raramente si possono osservare segni di tossicità quali emottisi, dispnea, tosse, broncospasmo, pneumoniti. La mitomicina è estremamente irritante e quando la soluzione stravasa nei tessuti può causare dolore, indurimento, lesioni ulcerative, parestesia e necrosi tissutale. Una severa contrattura della vescica e talvolta calcificazioni della parete vescicale, possono fare seguito all'instillazione del farmaco.