La rufloxacina, a seguito di somministrazione per os, è facilmente assorbita dal tratto gastrointestinale. A distanza di 3-4 ore dall'assunzione la concentrazione plasmatica massima (Cmax) è di circa 4 mcg/mL. Il composto si distribuisce ampiamente nei diversi tessuti biologici raggiungendo concentrazioni 2-3 volte superiori a quelle raggiungibili nel siero. In particolare nei fluidi e nei macrofagi alveolari le concentrazioni appaiono decisamente elevate (2-20 volte quelle plasmatiche) e si mantengono per diverso tempo. 