Ogni fluorocromo ha un ampio spettro di fluorescenza. Quando si utilizza più di un fluorocromo, è possibile che si verifichi la sovrapposizione tra gli spettri di emissione dei vari fluorocromi, situazione da evitare, in quanto si possono avere fenomeni di interferenza ondulatoria e quindi dei falsi positivi o negativi, condizione quindi da evitare. Ad esempio, lo spettro di emissione per la FITC, si sovrappone alla stessa lunghezza d'onda che passa attraverso il filtro utilizzato per la PE. Questa sovrapposizione spettrale viene corretta rimuovendo una parte del segnale FITC dai segnali PE o viceversa. Questo processo è chiamato compensazione del colore, che calcola l'intensità dell'emissione di un fluorocromo come una percentuale, per misurare se stesso.