Tra le topoisomerasi delle cellule eucariotiche, le "topoisomerasi I" e "III" sono entrambe del tipo I. Esse rilassano il DNA rimuovendo i superavvolgimenti negativi (aumentando "Lk"). Le "topoisomerasi IIα" e "IIβ", entrambe di tipo II, non riescono a introdurre superavvolgimenti negativi nel DNA come invece possono fare le topoisomerasi batteriche di tipo II, ma possono indurre il rilassamento del superavvolgimento sia negativo che positivo. Nella cellula eucariote il superavvolgimento del DNA è un processo complesso che coinvolge anche altre proteine (istoni) ed enzimi.