L'esofagectomia può essere eseguita utilizzando diversi metodi. La scelta del metodo chirurgico dipende dalle caratteristiche e dalla posizione del tumore e dalla preferenza del chirurgo. La prima decisione, per quanto riguarda il punto di entrata, è tra una procedura transiatale e una transtoracica. L'approccio transiatale è più recente ed evita la necessità di aprire il torace: il chirurgo entra attraverso un'incisione nell'addome inferiore e un'altra nel collo. La parte inferiore dell'esofago viene liberata dai tessuti circostanti e tagliata via secondo necessità. Lo stomaco viene poi spinto attraverso lo iato esofageo (il foro dove l'esofago passa attraverso il diaframma) e si unisce alla parte superiore rimanente dell'esofago.