Nel 1719 Leeuwenhoek effettuò la prima analisi microscopica dei batteri fecali. Nel 1885 Escherich descrisse la presenza del Bacterium coli commune, dando così inizio allo studio scientifico della microecologia intestinale. Tuttavia, i primi studi, effettuati con tecniche microbiologiche poco precise, consentirono l'identificazione dei microrganismi aerobi, ma non di quelli anaerobi, che rappresentano invece la popolazione principale dell'intestino umano. A partire dal 1950, grazie all'introduzione e all'applicazione di nuove tecniche di analisi microbiologica e di diversi metodi di coltura è stato possibile dimostrare la tassonomia completa del microbiota intestinale umano 204 . Studi più recenti hanno approfondito le conoscenze sull'ecologia intestinale e sulle interazioni vantaggiose o dannose tra ospite e microflora 205 .L'intestino è un sistema vivente estremamente complesso 206 , che partecipa alla protezione dell'organismo nei confronti dell'aggressione da parte di agenti esterni. Questa funzione si basa su tre costituenti che sono in permanete contatto e dialogo le une con le altre: la microflora, la barriera mucosa ed il sistema immune locale 207 .La microflora commensale, o microflora normale, o microbiota indigeno, consiste in una serie di microrganismi localizzati sulle superfici corporee ricoperte da cellule epiteliali ed esposte agli agenti esterni (il tratto gastrointestinale, quello respiratorio, la vagina, la cute…). Il numero complessivo di batteri commensali supera quello delle cellule che formano l'organismo 208 .Numerosi studi hanno dimostrato il ruolo fondamentale della flora intestinale nella protezione nei confronti di molte patologie in tutte le epoche della vita e le sue numerose attività (nutritiva, metabolica, immunologica e di difesa dagli agenti esogeni) 209 .Più del 50% dei microrganismi costituenti il microbiota intestinale non può essere coltivato con le tecniche microbiologiche classiche; i progressi ottenuti con l'utilizzo di metodiche di biologia molecolare attualmente sono fondamentali per la loro identificazione 208 .