Il coledoco è formato da una tonaca mucosa interna e una tonaca muscolare esterna. La tonaca mucosa è formata da un epitelio di rivestimento con cellule alte e cilindriche dotate di microvilli, e cellule secernenti mucose. La lamina propria della tonaca mucosa ospita le ghiandole biliari che sono anch'esse a secrezione mucosa e possono in alcuni casi approfondarsi nella sottostante tonaca muscolare. Questa è formata da fibrocellule muscolari lisce, intervallate a fibre collagene e tende ad ispessirsi a livello dello sfintere epatopancreatico di Oddi, formato tra dotto coledoco e dotto pancreatico principale.