Questo meccanismo lascia comunque a livello del telomero un filamento sporgente all'estremità 3'. Nei cromosomi dei mammiferi, la fine a singolo filamento serve per formare un loop, producendo una struttura a tripla elica simile al D-loop mitocondriale, che è stabilizzata da legami con proteine telomero-specifiche. Queste proteine nell'uomo sono denominate complesso Shelterin.