L'amoxicillina agisce da battericida inibendo la sintesi del peptidoglicano (parete cellulare del batterio) attraverso il blocco della reazione di transpeptidazione catalizzata dagli enzimi PBP (Penicillin Binding Protein); in questo modo si determina un accumulo di precursori all'interno della cellula che lancia un segnale autolitico di distruzione della parete preesistente gram positivo.