Sebbene esistano alcune condizioni che possono essere associate all'insorgenza del rabdomioscarcoma come la sindrome di Li-Fraumeni, la neurofibromatosi di tipo 1, la sindrome di Beckwith-Wiedemann, la sindrome di Costello e la sindrome di Noonan, nella maggioranza dei casi la causa del rabdomiosarcoma è sconosciuta.