Le cause biologiche dei disturbi psichiatrici e dell'umore non sono state del tutto comprese ma si ritiene possano risiedere in alterazioni della struttura cellulare e della chimica dei neuroni (ad esempio nella quantità di messaggeri secondari e di recettori), della attività e struttura delle aree cerebrali, della qualità e caratteristiche della trasmissione dell'impulso nervoso (mediato anche dall'azione dei neurotrasmettitori), del livello di espressione genica. Alterazioni di queste funzionalità possono essere dovute a fattori genetici, farmacologici, ambientali, psicologici ma anche a patologia sia a livello centrale che sistemico (come mostrato ad esempio dalla connessione tra flora intestinale, fattori ormonali, sistema immunitario e sistema nervoso centrale). Probabilmente i disturbi psichiatrici hanno una origine multifattoriale, in cui cioè diverse cause contribuiscono a determinare un quadro patologico dalla sintomatologia caratteristica.