Appena ricevuto tale incarico, l'ormai affermato chirurgo all'età di 33 anni, cominciò una radicale trasformazione della clinica da lui diretta. Il vero obiettivo del nuovo direttore però era quello di fondare una nuova clinica chirurgica all'avanguardia, fondata sulle più moderne innovazioni. Nel 1897 grazie anche alla collaborazione con Guido Baccelli, Durante riuscì nei suoi intenti e venne inaugurato il nuovo grande complesso ospedaliero, il Policlinico Umberto I, destinato a diventare il fiore all'occhiello della sanità italiana.. Fu per esempio il primo ospedale in Italia ad adottare il "metodo Nightingale" portato da Dorothy Snell, un infermiera inglese, che divenne nel 1913 direttrice della "Scuola Convitto Regina Elena" situata proprio all'interno del nuovo complesso.