In tutta la Farmacia sono esposti vari strumenti scientifici e contenitori, databili tra il Seicento e il Novecento. La collezione si compone di tre nuclei: vasi ceramici da farmacia (manifatture di Montelupo, Richard-Ginori e Chini), vetri da farmacia (bottiglie, alambicchi e altro) e strumenti scientifici veri e propri (termometri, mortai, bilance, misurini).