Nato nella Frisia orientale, si trasferì ad Amsterdam come apprendista ed aprì attorno al 1700 una farmacia nei pressi del porto. Seba chiese ai marinai e ai medici di bordo di portare piante esotiche e prodotti di origine animale che avrebbe potuto usare per la preparazione delle sue medicine. Iniziò inoltre a collezionare serpenti, uccelli, insetti, conchiglie e lucertole nella propria abitazione. Dal 1711 consegnò medicine alla corte russa a San Pietroburgo e talvolta accettò zenzero fresco come pagamento. Seba promosse la propria collezione allo zar attraverso il capo-medico di quest'ultimo, Robert Arskine, e all'inizio del 1716 Pietro il Grande comprò l'intera collezione. Sette mesi dopo diciassette arrivarono in Russia. Grazie all'intermediazione di Seba, Frederik Ruysch, un famoso botanico olandese, vendette a sua volta la propria collezione allo zar. Fu progettato un edificio speciale, e dal 1728 al 1830 entrambe le collezioni furono esposte alla Kunstkamera. L'Accademia russa delle scienze ha così acquisito due collezioni moderne e ben documentate.