Nel 1635 Borelli fu chiamato dal senato accademico dell'Università di Messina, grazie in parte alla raccomandazione del Castelli, al fine di occupare la "nuova lettura de matematiche". L'Università di Messina lo tenne in gran conto e gli fornì i mezzi per viaggiare e mettersi in contatto con i professori delle altre università. Grazie al suo lavoro, nel 1646, Borelli pubblicò la risoluzione di alcuni problemi geometrici di Pietro Emanuele