L'ipogammaglobulinemia è presente nel 2-5% dei pazienti affetti da timoma A ed è dovuta ad una inibizione della produzione delle immunoglobuline da parte di dei linfociti T suppressor. Questa sindrome può essere scatenata dalla rimozione della neoplasia ed in questo caso la prognosi è spesso infausta. Il timoma raramente sviluppa metastasi a distanza, tuttavia in alcuni casi può essere localmente invasivo con infiltrazione degli organi circostanti e diffusione alla pleura parietale e/o al pericardio. Il grado di invasività locale è determinante nella scelta del trattamento.