Una limitazione alla diffusione della PET è il costo dei ciclotroni per la produzione dei radionuclidi di breve tempo di dimezzamento. Pochi ospedali e Università possono permettersi l'acquisto e il mantenimento di questi costosi apparati e quindi la maggior parte dei centri PET è rifornita da fornitori esterni. Questo vincolo limita l'uso della PET clinica principalmente all'uso di traccianti contrassegnati con il 18F, che avendo un tempo di dimezzamento di 110 minuti può essere trasportato a una distanza ragionevole prima di essere utilizzato. Anche il 68Ga (ottenibile grazie a un generatore) permette di ottenere traccianti in maniera più agevole, mentre il 82Rb è a volte usato per lo studio dell'irrorazione del miocardio.