L'atteggiamento di Galeno in questo ambito è articolato principalmente su due versanti: da un lato c'è l'ippocratismo, la fisiopatologia umorale, il sapere clinico, prognostico e terapeutico, indispensabile per la pratica medica quotidiana. Dall'altro lato si situano l'anatomo-fisiologia aristotelica e soprattutto il grande patrimonio degli anatomisti alessandrini ed ellenistici, principalmente Erofilo, (l'atteggiamento di Galeno riguardo a Erasistrato è controverso, poiché gli riconosce talento anatomico ma rifiuta quella che considera una sua deriva antifinalistica, meccanicistica e quasi epicurea. Questi due versanti presentano difficoltà di saldatura, poiché l'anatomo-fisiologia non ha particolari applicazioni terapeutiche (tranne che in chirurgia) mentre la medicina ippocratica non ha alcun fondamento anatomico, e questa convivenza non è di semplice gestione nella medicina unificata di Galeno. Questa duplice tradizione costituisce comunque la "buona scuola" in medicina, alla quale si contrappone quella materialistica e meccanicistica, ispirata da Epicuro e da Erasistrato: di questa fanno parte Asclepiade e la setta dei metodici, come Tessalo e Temisone (situata intorno al I secolo a.C).