Il fondaparinux è usato anche per la prevenzione del tromboembolismo venoso causato da interventi di chirurgia generale come, per esempio, chirurgia addominale, ginecologica e urologica. I pazienti che presentano un elevato rischio di tromboembolismo venoso vengono trattati sia a livello farmacologico (somministrazione di fondaparinux, eparina non frazionata o eparina a basso peso molecolare) che a livello non farmacologico/meccanico (compressione pneumatica intermittente o calze a compressione graduata).