Gli effetti della cura devono essere controllati molto attentamente nei primi mesi di vita con frequenti esami del sangue per valutare i livelli di FT4 e TSH, assicurando così al bambino un adeguato sviluppo fisico e neurologico ed evitando gli effetti negativi del sovradosaggio. Nelle forme permanenti di ipotiroidismo congenito la terapia dovrà essere assunta per tutta la vita. Il bambino, inoltre, dovrà essere seguito nella crescita con valutazioni cliniche e neuropsichiatriche.