Come altri farmaci antipsicotici anche l'aloperidolo potrebbe provocare raramente la sindrome neurolettica maligna (S.N.M.), un gruppo di sintomi potenzialmente mortale caratterizzato da febbre elevata, rigidità muscolare, acinesia, elevati livelli di creatinfosfochinasi (CPK) sierica, disturbi neurovegetativi (irregolarità del polso e della pressione arteriosa, sudorazione, tachicardia, aritmie), alterazioni dello stato di coscienza che possono progredire fino al coma. Può provocare anche glaucoma ad angolo chiuso.