In vitro cefditoren pivoxil è risultato attivo contro una ampia varietà di germi patogeni sia Gram-positivi che Gram-negativi. La molecola risulta particolarmente attiva nei confronti dei seguenti batteri: Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Clostridium perfringes, Peptostreptococcus. Resistenti al cefditoren pivoxil si sono invece dimostrati Staphylococcus aureus meticillina-resistente, Bacteroides fragilis, Clostridium difficile, Pseudomonas aeruginosa, Chlamydia, Mycoplasma, Legionella.