Esiste anche una forma neonatale di SCLE dovuta al passaggio attraverso la barriera placentare di autoanticorpi materni specifici. Nei neonati con autoimmunità derivata dalla madre il SCLE si presenta con una distribuzione delle lesioni cutanee diversa da quella tipica negli adulti.La malattia del neonato (lupus neonatale) si risolverà dopo pochi mesi, quando il neonato avrà gradualmente eliminato tutti gli anticorpi materni. Non si tratta quindi di una malattia infettiva, né di una malattia ereditaria.