Secondo taluni è difficile diagnosticare la malattia di Lyme perché i sintomi iniziali di tipo influenzale assomigliano a quelli di altre infezioni comuni. Oltre a ciò, alcuni pazienti infetti non manifestano l'eruzione cutanea. Inoltre spesso molti pazienti non ricordano di essere stati punti da una zecca poiché la puntura potrebbe passare inosservata, dal momento che le ninfe delle zecche sono così piccole che i pazienti potrebbero non rendersi conto di essere stati morsi. In realtà se si è attenti osservatori, ogniqualvolta si è in presenza di artriti spesso intermittenti e localizzate inizialmente alle ginocchia che non si spiegano con altre diagnosi, sarebbe opportuno valutare l'ipotesi della malattia di Lyme. 