Un ulteriore problema con la letteratura sugli effetti aspecifici dei vaccini è stata la varietà e la natura inaspettata delle ipotesi che sono state formulate (in particolare relative agli effetti sesso-specifici), il che ha fatto sì che non fosse sempre chiaro se gli effetti studiati fossero il risultato di "analisi post hoc", ovvero condotte solo in seguito all'ottenimento dei dati, o se fossero riflesso di ipotesi formulate a priori.