L'ospedale fu una delle più evolute realtà ospitaliere dell'età moderna, uno dei primi luoghi di applicazione e sperimentazione della scienza medica di ambito universitario, che maturò una specializzazione sanitaria nel ricovero e nella cura dei bisognosi, differenziandosi dagli antichi "hospitia" medievali, destinati all'accoglienza indifferenziata di pellegrini, poveri e viandanti. Il complesso, ampio 2700 metri quadri e dotato di strutture all'avanguardia, al suo interno presentava un loggiato su due ordini attorno a un cortile con un pozzo e comprendeva cortili, cisterne, orti, giardini e un cimitero. Ospitava due reparti separati, uno per uomini, l'altro per donne.