Nel 1938, all'età di 65 anni, Berger divenne professore di psicologia. Secondo i biografi, Niedermeyer e Lopes da Silva, l'evento venne celebrato freddamente e con poche cerimonie poiché i rapporti intrattenuti con il regime nazista erano alquanto tesi. Secondo altre fonti, Berger fece parte delle SS, inoltre documenti ufficiali presso l'Università di Jena, risalenti al 1930, dimostrano che Berger fu membro del Tribunale per la salute genetica; alcuni diari ritrovati contengono commenti antisemiti. Nel 1937 Berger fu nominato membro dell'Accademia Leopoldiana delle scienze e nel 1940 fu candidato per il premio Nobel.