Il CISOM, sin dalla sua nascita, ha sviluppato l'originaria vocazione medico-sanitaria ed implementato, a seguito della sottoscrizione di un accordo bilaterale in materia di assistenza in caso di gravi calamità (1991) tra il Sovrano Militare Ordine di Malta e la Repubblica Italiana, le proprie capacità logistiche e operative nei diversi settori di protezione civile. In virtù del predetto accordo il Corpo è inserito nell'elenco centrale delle organizzazioni di Protezione civile [http://www.protezionecivile.gov.it/jcms/it/elenco_centrale_delle_org.wp] di rilevanza nazionale presso la Presidenza del Consiglio dei Ministri - Dipartimento della Protezione civile e partecipa alle attività della Consulta nazionale del volontariato di Protezione civile, istituita con decreto del Presidente del Consiglio dei ministri il 25 gennaio 2008.