Il composto è controindicato nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo oppure ad altri antibatterici chinolonici così come ad uno qualsiasi degli eccipienti utilizzati nella formulazione farmaceutica. La pazufloxacina, che come altri chinoloni è nota per la tendenza ad abbassare la soglia convulsiva, è importante che non sia somministrata a pazienti epilettici, con una storia personale di precedenti accessi di convulsivi, oppure con fattori che possono predisporre alle convulsioni, come ad esempio pregressi traumi cranici, ischemie cerebrali o encefalopatia multivascolare), in quanto potrebbe favorire la comparsa di convulsioni.