La celiachia è stata correlata con una serie di condizioni mediche, in particolare ad un aumentato rischio di sviluppare ulteriori disordini autoimmuni. In molti casi non è chiaro se i sintomi siano indotti dalla malattia (specialmente se collegati al malassorbimento e quindi alla carenza nutrizionale o all'avitaminosi che da esso derivano) o siano una predisposizione comune a essa.