L'obiettivo iniziale del progetto era simulare una colonna corticale, la più piccola unità funzionale della neocorteccia (la parte del cervello responsabile delle funzioni più elevate e del pensiero cosciente). Una colonna è lunga 2 millimetri, ha un diametro di 0.5 millimetri e ha circa 60.000 neuroni in un essere umano. La simulazione si concentra sulla colonna di un topo, una corteccia molto simile a quella umana ma più semplice, solo 10.000 neuroni (e 108 sinapsi). Negli Markram ha mappato i neuroni e le connessioni nella corteccia dei topi.