Parte sperimentale Capitolo 7 -Analisi delle caratteristiche chimiche del poro dei canali hERG modellati 68 cubi che hanno almeno un lato in comune; i punti isolati che non fanno parte di nessun cubo sono racchiusi in un unico cluster. Il riassunto dei risultati ottenuti viene riportato in un file leggibile da Excel, mentre le informazioni necessarie per la loro visualizzazione vengono salvate in un file PDB facilmente leggibile in un programma di modeling come MOE, per esempio. Una volta lanciato questo software e indirizzatolo sulla directory in cui è presente il file KONT creato precedentemente con GRID, digito il seguente comando attraverso il quale, alla fine, specifico il livello energetico soglia sulla base del quale verranno calcolati il numero di punti, cubi e clusters: " GE_Analisi_GRID_MultiFile.pl KONT -5.0". Avvio il calcolo premendo il tasto "Invio".La visualizzazione dei risultati in MOE è semplice: basta aprire il file kontout.pdb creato dall'applicazione precedente. Nel Sequence Editor appariranno i prefissi BOT, NCL, Z seguiti da numeri progressivi, che corrispondono rispettivamente al box, ai diversi clusters di cubi e al cluster di punti isolati, che è sempre presente. L'utilizzo di diverse soglie di energia permette di individuare dove si posizionano e quanto sono estese le regioni dove il probe interagisce nel modo più favorevole con il target. Ripeto queste operazioni per tutti i modelli del canale hERG modellati (modelli 8, 8-fixed) e per il canale template.I MIFs ottenuti analizzando il canale con il probe K + forniscono informazioni sulle posizioni occupate preferenzialmente dagli ioni potassio all'interno del canale, in particolare, le zone di minima energia permettono la localizzazione dei siti occupati dagli ioni potassio durante il loro passaggio attraverso il canale. Se i siti sono correttamente collocati, il modello è capace di riprodurre la funzionalità del canale e quindi si tratta di un modello valido. La validazione del metodo si può effettuare calcolando i MIFs relativi al probe K + sul template.