Tra gi svantaggi dell'ecocardiografia TEE deve essere considerata l'incapacità di visualizzare l'aorta ascendente distale (il tratto iniziale dell'arco aortico) e l'aorta addominale discendente, la parte di vaso che decorre al di sotto dello stomaco. Un TEE può essere tecnicamente difficile da eseguire in soggetti con stenosi o varici esofagee .