Tutti i pazienti trattati devono essere seguiti molto attentamente, per monitorare la risposta alla terapia. Questa può essere valutata attraverso tre indici: innanzitutto la risposta ematologica, ossia la normalizzazione del numero di leucociti e delle dimensioni della milza; se vi è solo una riduzione di trombocitosi e splenomegalia, con persistenza di cellule immature, si parla di risposta ematologica parziale.Un indice più sensibile è la risposta citogenetica: essa è quantificata determinando il numero di cromosomi philadelphia presenti in metafase nelle cellule midollari del paziente, utilizzando le tecniche citogenetiche convenzionali o la FISH (anche se quest'ultima sembra essere gravata da molti falsi positivi). La risposta citogenetica è a sua volta divisa in maggiore (0-35 % dei cromosomi Ph+; comprende la risposta completa, 0%) e minore (36-90% dei cromosomi Ph+)Infine, un'analisi ancora più precisa è condotta ricercando il trascritto tramite PCR. Si definisce risposta molecolare completa l'assenza di trascritto BCR-ABL, e risposta molecolare maggiore una riduzione di oltre 3 logaritmi rispetto ai livelli precedenti al trattamento. [6] 