La chirurgia dovrebbe essere considerata l'ultima risorsa per alcuni pazienti con casi gravi o intrattabili di CPM, megacolon tossico o colite fulminante. La frequenza di colectomie è circa di 3,4 su 1000 casi di AAD da "C.difficile ma" il tasso di mortalità in questi pazienti è alto (34-57%). 