A seguito del terremoto dell'Emilia del 2012, l'ospedale ha subito numerosi danni alle strutture, soprattutto quelle moderne (mentre gli edifici del 1908 hanno avuto poche lesioni), per un totale di 27.348.000 euro, che portarono già la mattina del 20 maggio 2012 ad evacuare tutti i pazienti, poi trasferiti negli altri ospedali della zona, e a realizzare un grande ospedale da campo temporaneo nel piazzale antistante. Il 25 giugno seguente si è tenuto il "Concerto per l'Emilia" per raccogliere fondi destinati alla ricostruzione degli ospedali Bernardino Ramazzini di Carpi e Santa Maria Bianca di Mirandola. Nei mesi successivi i reparti dell'ospedale sono stati progressivamente riattivati, pur con le limitazioni e i tagli imposti dal PAL 2011-2013.