Dopo la capitolazione, Negrín riparò prima in Francia, quindi a Londra, dove continuò a presiedere il governo repubblicano in esilio fino al 1945, quando si dimise per contrasti con Indalecio Prieto e Diego Martínez Barrio. Si stabilì infine in Francia; morì a Parigi nel 1956 all'età di 64 anni.