Gli studi epidemiologici sono poco attendibili e differiscono tra loro, ciò a causa del piccolo numero di casi presi in esame, con circa 300 casi di gastroenterite eosinofila riportati in letteratura. La gastroenterite eosinofila può presentarsi a qualsiasi età ed in tutte le razze, con un'incidenza leggermente superiore nei maschi. I primi studi mostravano una maggiore incidenza dalla terza alla quinta decade di vita.