Il "septum pellucidum" è situato nella linea mediana del telencefalo tra i due emisferi cerebrali. Confina superiormente e anteriormente con il corpo calloso, il grande fascio di fibre che connette le parti omologhe dei due emisferi. Inferiormente e posteriormente invece è adiacente alla regione anteriore del fornice, il fascio di fibre che collega le strutture ippocampali con i corpi mammillari dell'ipotalamo. Ai lati del setto si trovano i ventricoli laterali all'interno dei due emisferi.