A causa dei ripetuti cicli di antibiotici cui questi pazienti sono sottoposti nel tempo, la resistenza agli antimicrobici è comunemente acquisita dai vari ceppi di PA, la cui membrana esterna assume una struttura tale da renderla poco permeabile anche a metaboliti a basso peso molecolare (24). La diminuita suscettibilità agli antibiotici pare essere causata da mutazioni che occorrono nei geni che controllano la produzione delle pompe di efflusso e di lattamasi, portando quindi allo sviluppo di linee di PA antibiotico-resistenti che si espandono sotto la spinta selettiva delle differenti terapie antibiotiche (25).Alcuni studi hanno indagato come l'infezione da ceppi epidemici "multidrug resistant" di PA sia correlata ad un outcome clinico peggiore nei pazienti FC rispetto a quelli infettati da ceppi non epidemici del batterio. Per quanto sia stata rilevata da tutti gli studi eseguiti una differenza tra questi due gruppi, non è stato possibile stabilire se sia stata l'antibiotico resistenza in sé a determinare il decadimento delle condizioni fisiche oppure se questo fosse dovuto ad altre caratteristiche del ceppo batterico, quali un aumentato potenziale di virulenza. In ogni caso, una diminuzione dei tassi di sopravvivenza è stata osservata nei pazienti infettati da PA resistente rispetto a quelli infettati da ceppi antibiotico-sensibili in diversi studi clinici (26;27).