Con il sostegno finanziario del Consiglio di Breslavia ed i suggerimenti di Filippo Melantone e Joachim Camerarius, Crato iniziò i suoi studi in Medicina nel 1546, presso l'Università di Padova. Egli fu allievo del famoso Giovanni Battista Monte, che influì profondamente sulle sue prime opere. Terminò gli studi in medicina conseguendo a Padova il dottorato, dopo di che intraprese, con i suoi amici Giovanni Battista Hainzel e Paul Hainzel, un viaggio in Italia, dopo di che esercitò per breve tempo come medico praticante a Verona.