Le cause della sindrome sono sconosciute. Sono stati studiati numerosi geni al fine di identificare una causa genetica senza alcun risultato. In particolare sono stati studiati i geni della famiglia WNT, come il WNT4, le cui mutazioni sono state associate ad amenorrea primaria e ad anomalie dei dotti mulleriani; non è stato tuttavia dimostrato che tali mutazioni possano provocare la sindrome di Rokitansky. Normalmente durante l'embriogenesi umana, insieme ai vari apparati e sistemi, avviene lo sviluppo dell'apparato riproduttivo; nei pazienti affetti da questa malattia lo sviluppo inizia ma non riesce a concludersi.