La fase acquosa viene recuperata e trasferita in una nuova provetta da 2 ml, tuttavia è probabile che il campione sia più diluito di quanto si desideri e, inoltre, potrebbe contenere tracce di fenolo e cloroformio. Pertanto l'RNA viene precipitato in 0.5 ml di isopropanolo per ogni ml di TRIzol, utilizzato per l'iniziale distacco delle cellule, e incubato a temperatura ambiente per 10 minuti.Infine si centrifuga il campione a 12000 g per 10 minuti a 4ºC. Il precipitato di RNA forma un pellet visibile su un lato sul fondo della provetta.