Inizialmente a Brooklyn, Eric R. Kandel viene convinto dal nonno, Hersch Zimels, uomo molto religioso, ad intraprendere gli studi giudaici presso la Yeshiva of Flatbush, una prestigiosa scuola parrocchiale dove impara la lingua ebraica e si diploma nel 1944; nello stesso anno, Kandel propende per l'istruzione fornita dalla Erasmus Hall High School, istituzione da una forte impronta accademica e che aveva accolto un'altra futura Premio Nobel per la medicina, Barbara McClintock.