L'eziologia della pielonefrite acuta non può essere distinta da quella delle altre infezioni delle vie urinarie.L'agente eziologico più comune è l'E.coli, batterio responsabilie di oltre l'80% dei casi acquisiti in comunità, seguito da molti altri germi, tra i quali particolare importanza riveste lo S.saprophyticus, al quale si attribuiscono il 10% di tutte le infezioni delle vie urinarie e il 10-15% degli episodi infettivi acuti nelle giovani donne sessualmente attive. Klebsiella, Proteus e P.aeruginosa sono molto meno comuni.L'eziologia delle infezioni delle vie urinarie acquisite in ambiente ospedaliero è diversa: E.coli è meno comune, mentre aumenta l'incidenza di infezioni da Klebsiella, Proteus, Pseudomonas ed altre Enterobatteriacee.La presenza di più di una specie batterica nei campioni di urine non è un reperto frequente: si rileva nel 3-5% dei casi, eccetto che nei pazienti cateterizzati dove è più comune. È un dato che, di solito, in pazienti non cateterizzati si associa ad infezioni ricorrenti e cicli ripetuti di terapa antibiotica o alterati meccanismi di svuotamento vescicale.