La diarrea cronica, tipica dell'infezione da HIV, è dovuta a molteplici possibili cause, tra cui l'infezione da comuni batteri (Salmonella, Shigella, Listeria e Campylobacter), alle infezioni parassistiche opportunistiche (criptosporidiosi e microsporidiasi) e ai virus (astrovirus, adenovirus, rotavirus e citomegalovirus).