La sindrome è causata da una mutazione a carico del gene "ALMS1", coinvolto nella formazione delle ciglia. Al 2015 sono state individuate almeno 239 diverse mutazioni a carico di questo gene; tra queste, la maggior parte provoca lo sviluppo della malattia. La sindrome di Alström è talora confusa con la sindrome di Bardet-Biedl (anch'essa una ciliopatia), tuttavia quest'ultima si manifesta più tardivamente con segni e sintomi, comprende polidattilia ed è causata da una mutazione del gene "BBS".