Per sopravvivere ad habitat inospitali contenenti grandi quantità di batteriofagi, i batteri hanno sviluppato diversi metodi per difendersi dai virus predatori. Tra questi troviamo il sistema CRISPR. I loci genetici di CRISPR sono formati da brevi ripetizioni palindrome disposte a intervalli regolari alternate a spaziatori CRISPR variabili. Di solito i loci sono accompagnati da geni (cas) associati a CRISPR adiacenti. 