Era il figlio di Girolamo Colonna, antiquario e filologo, editore dei frammenti del poeta latino Ennio. Studiò giovanissimo latino e greco, quindi si laureò in giurisprudenza all'università di Napoli nel 1589. A causa di problemi di salute, in quanto affetto da epilessia, fu costretto ad abbandonare l'attività in campo giuridico e si dedicò a studi eruditi su testi antichi di medicina, quindi di botanica e di storia naturale.