Il trattamento chirurgico dell'ipertrofia clitoridea e, più in generale dell'ambiguità genitale, è tecnicamente molto difficoltoso. A partire dagli anni trenta e fino a tutto il 1950 la clitoridectomia fu l'intervento più ampiamente utilizzato, anche perché in quegli anni il clitoride non era ritenuto importante per la maturazione sessuale femminile.