Uno stato di malessere generale con febbre, insorto in viaggiatori tornati da almeno un mese da zone endemiche per schistosomiasi, deve far pensare alla febbre di Katayama, ma vanno considerate anche la malaria, la febbre tifoide e altre patologie febbrili d'importazione. Nei casi di schistosomiasi spinale o cerebrale per una prognosi favorevole è fondamentale un trattamento tempestivo, che andrebbe iniziato anche prima della dimostrazione della parassitosi, nei casi di ragionevole sospetto. Tali forme entrano in diagnosi differenziale con le neoplasie del sistema nervoso, primitive o secondarie, la neuro-cisticercosi, l'idatidosi cistica, la sindrome di Guillain-Barré, la poliomielite e la radicolonevrite erpetica. Le forme croniche sono più comuni negli immigrati provenienti dai Paesi endemici. La schistosomiasi intestinale entra in diagnosi differenziale con le malattie infiammatorie croniche intestinali, le sindromi da malassorbimento, le sindromi aderenziali o le neoplasie intestinali.