La flora vaginale è un ecosistema complesso che cambia durante la vita, dalla nascita alla menopausa. Essa risiede nello strato più esterno dell'epitelio vaginale. Questo microbioma è costituito da specie e generi che tipicamente non causano sintomi o infezioni nelle donne con un normale sistema immunitario. Il microbioma vaginale è dominato dalle specie "Lactobacillus". Queste specie metabolizzano il glicogeno, trasformandolo in zucchero. I lattobacilli metabolizzano poi lo zucchero in glucosio e acido lattico. Sotto l'influenza degli ormoni, come l'estrogeno, il progesterone e l'ormone follicolo-stimolante (FSH), l'ecosistema vaginale subisce cambiamenti ciclici o periodici.