Fra il 1845 e il 1846 i forti contrasti sorti con alcuni mazziniani gli costarono risentimento ed ostracismo da parte dei gruppi militanti fedeli a Mazzini. Nel 1847 rientrò in Italia, con le sue casse di piante e il manoscritto sulla flora dei Pirenei, grazie all'amnistia concessa in occasione dell'elezione al soglio pontificio di Pio IX. Si tenne volutamente in disparte dalla scena politica fino ai fatti del 1859; deluso però dai risvolti presi dagli eventi, tornò a dedicarsi agli studi di botanica e ai viaggi scientifici sui Pirenei (1850-1858), in Catalogna (1860-1861), a Tolosa (1839, a Barcellona e a Parigi (1861-1862).