Inoltre anche la colonna vertebrale, nonostante la risonanza magnetica sia considerata il "gold standard" per molte sue patologie, può essere studiata in TC, in particolare alla ricerca di ernia del disco, protrusioni, fratture o crolli vertebrali nonché patologie neoplastiche. Le ricostruzioni sui vari piani dello spazio sono spesso indispensabili per una corretta diagnosi.