Nonostante l'opposizione de mayerne conservò il favore del re che lo inviò in Germania e in Italia con la missione diplomatica al duca di Rohan. Quando il re decise di nominarlo medico di corte la regina si oppose per iul rifiuto del de Mayerne di convertirsi al cattolicesimo. De Mayerne continuò ad esercitare la sua attività fino al 1606, quando vendette il suo studio ad un altro medico.