Il fattore V è in grado di legarsi alle piastrine attivate ed è attivato dalla trombina. In seguito all'attivazione proteolitica la sequenza primaria del fattore V è scissa in catena leggera e catena pesante (rispettivamente 73 e 110 kDa) che si legano l'un l'altra in modo non covalente tramite ioni calcio. Il fattore V attivo è un cofattore del complesso pro-trombinasico. Il fattore X attivato (FXa), infatti, richiede calcio e fattore V attivato per convertire la protrombina in trombina.