In quello stesso anno, poco dopo essersi allontanato, Lukwiya è richiamato in ospedale per indagare sulla morte sospetta di alcuni pazienti e membri del personale sanitario. Egli capisce che la causa di quei decessi è riconducibile a una febbre emorragica, probabilmente ebola, e riesce ad organizzare tempestivamente l'ospedale per far fronte alla situazione, avvisando il WHO e il CDC di Atlanta. Da quel momento Lukwiya continuerà a supportare il personale dell'ospedale e a mantenere nel contempo misure di sicurezza volte ad evitare la diffusione dell'epidemia. Tuttavia, la sua cautela non basta ad evitargli il contagio, avvenuto nel novembre del 2000. Lukwiya, probabilmente, contrae il virus dimenticandosi di indossare gli occhiali protettivi per schermare gli occhi mentre tenta di soccorrere uno dei suoi infermieri, sentitosi male nel cuore della notte. Il "Dottor Matthew", come amavano chiamarlo gli Acholi, si spegne pochi giorni dopo, il 5 Dicembre 2000.