Fu però solo dal 1810 che gli studenti di questo istituto erano contemporaneamente studenti di Medicina della neofondata Universität Berlin. Per la formazione pratica era a loro disposizione il più importante ospedale di Berlino: la Charité. Fu proprio in questo istituto che nel 1843 Virchow si laureò in medicina con la tesi "De rheumate praesertim corneae". L'essenza della sua tesi era che i reumatismi sono da considerare come stato di irritazione, causato da sostanze di natura albuminosa, e non come malattia infiammatoria, causata da una semplice infiammazione. Sempre alla Charité iniziò la sua carriera professionale; nel 1846 venne promosso prosettore. Nel 1850 sposò Rose Mayer, con la quale ebbe tre figli e tre figlie.