Benché sia possibile documentare un'infezione del tratto genitourinario o del tratto gastrointestinale che precede la sintomatolgia artralgica, la patogenesi dell'artrite reattiva è ancora poco chiara. Alcune specie batteriche sono maggiormente responsabili della patogenesi delle artriti reattive; "Shigella flexneri" è il più comune batterio patogeno intestinale isolato negli individui con artrite reattiva.