Si ritiene che la malacoplachia sia dovuta ad un difetto nella risposta alle infezioni batteriche. I macrofagi e i monociti mostrano un'attività fagolisosomiale deficitaria, fagocitano i batteri, ma non sono in grado di digerirli completamente. I batteri parzialmente digeriti si accumulano nel citoplasma cellulare e producono una reazione granulomatosa delle cellule immunitarie.