Il rabeprazolo risulta abbastanza ben tollerato, la maggior parte degli eventi avversi osservati è stata di entità lieve o moderata e di natura transitoria. I più comuni comprendono mal di testa, nausea e diarrea. In rari casi si possono avere effetti più gravi come carenza di sostanze nutritive essenziali, possibili danni al fegato ed eruzioni cutanee. In alcuni casi si è verificata la comparsa di dolore addominale, dolore toracico, cefalea vertigine, rinite, sinusite, faringite, astenia, raramente encefalopatia. 