A seguito di somministrazione endovenosa, l'emivita plasmatica è compresa tra 0,015 e 0,14 ore (fase a) e tra 0,38 e 1,86 ore (fase b). Il volume di distribuzione è di 0,53-1,76 l/kg, e ciò indica un probabile sequestro di farmaco da parte del compartimento tissutale. Né la piridostigmina né il suo metabolita principale, la 3-idrossi-N-metilpiridina, si legano alle proteine plasmatiche o ai globuli rossi.