L'amnesia può presentarsi in seguito ad una lesione cerebrale, oppure a causa di un trauma psicologico (soprattutto nei casi di amnesia lacunare e retrograda), avvenuto anche durante l'infanzia (secondo le teorie psicoanalitiche). Altre possibili cause sono l'ipossia, i disturbi derivanti dall'assunzione di elevate quantità di alcool o le patologie (per esempio l'encefalopatia di Wernicke, causata dalla mancanza di tiamina, può provocare amnesia).