Nell'uomo è stato isolato nel tratto gastro-intestinale e in campioni di materiale fecale e vaginale. È presente inoltre, nel latte materno, insieme ad altri batteri lattici dei generi "Lactobacillus" e "Bifidobacterium". In base allo studio di Sinkiewicz, che ha considerato più di 200 donne di sette diversi Paesi del mondo, il "L. reuteri "è stato isolato nel latte materno sia nelle aree urbane che in quelle rurali, con percentuali di colonizzazione anche del 50%.