Slicer si basa sulla libreria grafica VTK, che fornisce un alto grado di integrazione all'interfaccia OpenGL e un meccanismo di "pipeline" per collegare filtri grafici. La libreria è implementata nel linguaggio C++ ma fornisce un "wrapper" Tcl per dare istanze ed eseguire i suoi metodi. Tcl/Tk comprende il resto dell'interfaccia di 3DSlicer e la gestione degli eventi.