Diversamente dagli altri tipi di microglia, l'aggetivo identificativo "perivascolare" si riferisce alla locazione della cellula piuttosto che alla sua forma o alla sua funzione. Le microglia perivascolari infatti si trovano principalmente all'interno della lamina basale di un vaso sanguigno. Le funzioni che svolgono sono quelle di normali microglia, ma a differenza di queste ultime le microglia perivascolari vengono regolarmente rimpiazzate dalle cellule progenitrici mieloidi del midollo osseo ed esprimono gli antigeni dell'MHC-II indipendentemente dalle condizioni dell'ambiente circostante. Inoltre le microglia perivascolari reagiscono fortemente agli antigeni di differenziamento dei macrofagi. È stato dimostrato dagli esperimenti di Ritter sulla rinopatia ischemica che queste microglia sono essenziali per riparare le pareti dei vasi sanguigni. Le microglia perivascolari promuovono la proliferazione delle cellule dell'endotelio permettendo la formazione di nuovi vasi sanguigni e la riparazione di quelli danneggiati. Durante questi processi le cellule mieloidi si differenziano molto più velocemente in microglia.