La clinica di Toronto era gestita da due colleghi, Leslie Frank Smoling e Robert Scott. Nel 1983, la polizia di Toronto fece irruzione nella clinica appena aperta da Morgentaler e lui e i suoi due colleghi furono accusati di praticare aborti illegali. Ancora una volta Morgentaler usò la difesa della necessità e fu assolto dalla giuria. L'ufficio del procuratore generale impugnò l'assoluzione e il verdetto venne annullato dalla Corte d'appello dell'Ontario, che emise una condanna. Ancora una volta, una corte d'appello aveva annullato l'assoluzione della giuria. Prima di Morgentaler, questo era inaudito. Ancora una volta, si appellò alla Corte suprema del Canada. Questa volta, Morgentaler sfidò la legge come incostituzionale sulla base del fatto che negava alle donne il diritto alla vita, alla libertà e alla sicurezza della persona.