I farmaci antidiarroici da banco possono essere efficaci per alcune persone con colite linfocitica. Farmaci antinfiammatori, come salicilati, mesalazina e corticosteroidi sistemici possono essere prescritti per le persone che non rispondono ad altri trattamenti farmacologici. La prognosi a lungo termine per questa malattia è buona con una percentuale di persone che soffrono di ricadute che rispondono al trattamento.