Nel caso di lesioni molto voluminose, in cui si deve sospettare la presenza di una crescita autonoma, non più legata al processo infiammatorio di origine dentale, si dovrà procedere all'enucleazione chirurgica dell'intera lesione (cistectomia o Partsch II), o, nei casi in cui questo sia sconsigliato per il rischio di ledere strutture importanti come fasci vasculo-nervosi, all'intervento di apertura verso il cavo orale e Marsupializzazione (cistotomia o Partsch I). Il primo tipo di intervento (cistectomia) prevede l'esposizione attraverso una breccia ossea (con accesso dal cavo orale o eccezionalmente dalle cavità nasali) e l'asportazione totale del tessuto cistico, quindi la chiusura della cavità, che in caso di dimensioni ampie può implicare l'uso di un riempitivo (osso autologo, eterologo o da banca) per facilitare la guarigione. Il vantaggio di questa procedura è la tempistica e la possibilità di diagnosi istologica dell'intera lesione, fattori che la rendono la terapia chirurgica di prima scelta in tutti i casi in cui non esistano pericoli di danneggiare fasci vasculo-nervosi. La cistotomia prevede la creazione di una comunicazione stabile della cavità cistica nel cavo orale (marsupializzazione) ed il suo mantenimento per un tempo sufficiente alla guarigione, che può richiedere tempi lunghi, ed essere solo parziale, lasciando una depressione esteticamente sgradevole e di difficile gestione. Talvolta per mantenere pulita la cavità durante la guarigione si rende anche necessario l'utilizzo di un otturatore prostetico che va modificato progressivamente. In alcuni casi le due tecniche possono essere combinate, con una marsupializzazione iniziale che viene seguita dall'asportazione totale, una volta che la guarigione abbia raggiunto un livello tale da evitare di ledere i tessuti più a rischio. In tutti i casi dovrà comunque essere eliminata la causa primaria, cioè l'infezione di origine dentaria, con un adeguato trattamento endodontico o l'estrazione.