La terapia chirurgica è indicata qualora la cura farmacologica si dimostri inefficace e in caso si verifichino complicazioni locali. Non cura la malattia di Crohn che, quindi, può ripresentarsi. Quando ciò avviene, in genere, ad essere coinvolti sono i tessuti circostanti l'area eliminata chirurgicamente. Per questo motivo la chirurgia non rappresenta, di solito, la prima cura ad essere effettuata. Tuttavia, la rimozione chirurgica del tratto intestinale infiammato è suggerita come prima scelta nei giovani se la malattia è poco estesa e non è presente una infiammazione attiva.