Allo scopo di separare la gestione operativa e quella strategica, la Bayer AG venne riorganizzata in una holding nel dicembre 2003. I vari "core business" del gruppo vennero trasformati in tante società diverse, ognuna controllata dalla Bayer AG. Queste società sono: Bayer CropScience AG, Bayer HealthCare AG, Bayer Material Science AG e Bayer Chemicals AG, oltre a tre società di servizi, Bayer Technology Services GmbH, Bayer Business Services GmbH e Bayer Industry Services GmbH & Co. OHG.