Considerato ateo, Vanini nel titolo della sua prima opera pubblicata a Lione nel 1615 "Amphitheatrum aeternae providentiae divino-magicum, christiano-physicum, nec non astrologo-catholicum adversus veteres philosophos, Atheos, Epicureos, Peripateticos et Stoicos" dimostra di non esserlo. Come precursore del libertinismo vi sono invece molti elementi che lo avvicinano al pensiero dell'ignoto autore del "Trattato dei tre impostori" anch'egli panteista. Vanini pensa infatti che i creatori delle tre religioni monoteiste, Mosè, Gesù e Maometto, non siano altro che degli impostori.