Valsalva si accorse però che tutti gli studi che aveva fatto “più che un'esatta nozione del vero davano solo l'immagine della verità”; per ricercare i sintomi delle malattie, il loro decorso e l'efficacia della terapia non bastava esaminare attentamente i malati ma occorreva studiare le alterazioni delle parti ammalate sui cadaveri oppure sezionare anche animali vivi ed eseguire su di essi esperimenti. Scrisse innumerevoli appunti su tutto ciò, ma sempre meno di quello che fece realmente, visto che talvolta fu impedito da malattie che fatalmente contraeva dalla dissezione di corpi in putrefazione, perdendo addirittura il senso dell'olfatto a causa dell'incredibile sopportazione del fetore.