I vaccini a mRNA possono essere utilizzati anche in campo veterinario per prevenire malattie infettive degli animali. È stato possibile dimostrare che l'immunizzazione con mRNA trascritto in vitro nei topi ha indotto una protezione contro il virus dell'afta epizootica. Un vaccino mRNA autoamplificante che codifica per la glicoproteina del virus della rabbia ha indotto una risposta immunitaria nei topi e può essere utile nella prevenzione della rabbia nei cani. Un vaccino mRNA modificato incapsulato che codifica i geni prM ed E del virus Powassan della zecca dei cervi (POWV) ha indotto una risposta immunitaria umorale non solo contro i ceppi POWV, ma anche contro quello correlato al Langat virus.