Altri studiosi sostengono che non vi siano prove disponibili a dimostrazione che questi organismi siano in grado di causare l'afta autonomamente. Alcune persone con la condizione mostrano l'herpes virus all'interno dell'epitelio della mucosa, ma senza che vi sia un'infezione produttiva. In alcune persone, gli attacchi di ulcere si verificano allo stesso tempo come spargimento virale asintomatico e con titoli virali elevati. Tuttavia, l'utilizzo di un farmaco antivirale non ha effetto sulla stomatite aftosa.