Il 28 giugno 1945 l’Assemblea approvò la loro riammissione, ma due membri Aldo Cividali e Angelo Piazza, scomparvero nella Shoah; il primo tentò assieme ai famigliari di entrare clandestinamente in Svizzera, ma fu arrestato e detenuto prima nel carcere di Varese, poi a Bologna e infine a Fossoli dove partì per Auschwitz il 22 febbraio 1944 e fu ucciso insieme a tutta la famiglia. Angelo Piazza fu arrestato a Riolo Terme il 5 dicembre 1943, detenuto a Ravenna e a Milano, fu deportato ad Auschwitz e ucciso insieme alla moglie pochi mesi dopo. Il 29 gennaio 1944 un bombardamento distrusse il Teatro anatomico, colpì l’Archiginnasio, il Cubiculum aristarum sede della Biblioteca della Società e il Cubiculum juristarum, l’aula delle conferenze. Le riunioni si svolsero nelle aule del Policlinico Sant’Orsola e il periodico della Società il Bullettino delle Scienze Mediche non smise di illustrare gli sviluppi più recenti della medicina, come le innovazioni nel campo delle microchirurgie e l’introduzione di nuove tecniche diagnostiche.