Nel 1821 sposò Eleonore von Rettberg, la figlia dell'Oberstleutnant Leopold Christoph von Rettberg, con la quale concepì quattro figlie e tre figli. La figlia Ida sposò nel 1852 Wilhelm Best (1799–1886)., figlio del generale Carl Conrad Best. Il figlio Carl Franz (1821–1904) divenne Obergerichtsrat di Hannover e Viktor (1834–1887) farmacista. Friedrich Sertürner fu dal 1807 massone della loggia "Georg zu den drei Säulen".