Il SNC viene colpito, inizialmente, a livello dei nuclei motori del bulbo, delle corna anteriori del midollo spinale e delle cellule della glia (astrociti e oligodendrociti). La presenza di lesioni secondarie a deposito di glicogeno conforta l'ipotesi di una componente neurogena nella disfunzione del muscolo scheletrico. I neuroni corticali presentano un minimo accumulo di glicogeno e la mielinizzazione è normale; a livello del talamo sono presenti nuclei di aspetto balloniforme 31 .Sono documentati casi di riduzione della funzione uditiva (30-90 dB). Si tratta di una disfunzione cocleare che interessa le cellule ciliate interne ed esterne e le cellule di supporto, queste hanno inclusioni citoplasmatiche PAS-positive e perdono la loro disposizione ordinata 128 .Lo sviluppo cognitivo dei pazienti appare normale, tuttavia è possibile che un sottile deterioramento si renda evidente con il variare della storia naturale della malattia, quale si attende grazie all'avvento di nuove terapie 89 .