Durante la fase III delle sperimentazioni cliniche, dati circoscritti hanno mostrato che la daptomicina otteneva scarsi risultati in pazienti con endocardite dal lato sinistro. È inattivata da surfattanti polmonari e non è indicata per il trattamento della polmonite. La daptomicina non è stata studiata in pazienti con endocarditi della protesi valvolare o meningite.