L'insorgere di nuove pestilenze rese necessario l'utilizzo del recinto: tra il 1513 e il 1516 il lazzaretto ospitò più di duecento persone all'anno tra infermi e sospetti. Seguirono la peste del 1524 e quella del 1576 che resero necessaria la costruzione di capanne all'interno e all'esterno del recinto per poter ospitare il gran numero di infermi. Alla fine del Cinquecento, in assenza di epidemie, il terreno fu nuovamente affittato e alcune camere furono murate.