Sempre nel 1931 fu completata la costruzione della chiesa dell'ospedale, dedicata a San Francesco, della quale nel 1928 era stata posta la prima pietra, alla presenza del cardinale Carlo Dalmazio Minoretti. La chiesa, costruita su progetto di Ettore Musso in uno stile ispirato al romanico, contiene al suo interno diverse opere d'arte provenienti da chiese e strutture ospedaliere soppresse, tra le quali dipinti di Valerio Castello ("Maria protettrice di Genova"), Alessandro Magnasco ("Transito di San Giuseppe") e Bernardo Castello ("Ultima Cena"), oltre ad un Crocifisso ligneo di scuola del Maragliano..