La PNH è una condizione cronica. Nei pazienti con solo un piccolo clone e pochi problemi, il monitoraggio della citometria a flusso ogni sei mesi fornisce informazioni sulla gravità e il rischio di potenziali complicanze. Dato l'alto rischio di trombosi nella EPN, il trattamento preventivo con warfarin riduce il rischio di trombosi in quelli con un clone di grandi dimensioni (50% dei globuli bianchi di III tipo).