L'esofago di Barrett è una condizione precancerosa. La sua conseguenza maligna, l'adenocarcinoma esofagogastrico giunzionale, ha un tasso di mortalità di oltre l'85%. Il rischio di sviluppare adenocarcinoma esofageo nelle persone con esofago di Barrett è stato stimato di essere 6-7 per 1000 anni-persona, tuttavia uno studio di coorte su 11.028 pazienti della Danimarca, pubblicato nel 2011, ha mostrato un'incidenza di solo l'1,2 per 1000 anni-persona (5,1 per 1000 persone-anno in pazienti con displasia, 1,0 per 1000 persone-anno in pazienti senza displasia). Il rischio relativo di adenocarcinoma esofageo è di circa 10 volte maggiore in quelli con esofago di Barret, rispetto alla popolazione generale. La maggior parte dei pazienti con carcinoma esofageo sopravvive meno di 1 anno.