L‘infezione da CMV presente alla nascita (congenita) si manifesta in maniera molto variabile: in alcuni casi non causa disturbi rilevanti mentre nei casi più gravi può determinare una grave compromissione della funzione del fegato (con presenza di macchie rosse sulla pelle e di colorazione gialla degli occhi e della pelle), dei polmoni (con difficoltà di respirazione e possibile insufficienza della quantità di ossigeno necessaria ai tessuti del corpo) e del sistema nervoso centrale con ritardato sviluppo del corpo e della mente, convulsioni, cecità e sordità.