Le alte temperature estive però non erano ideali per lo sviluppo delle pulci, serbatoio della malattia, per cui il contagio rallentò, dando l'impressione di poter essere tenuto sotto controllo, ma con il raffrescamento portato dall'autunno l'epidemia riprese forza e proseguì la sua espansione. Il 9 settembre la Sanità di Pisa bandisce la città e territorio di Firenze (ma a fine settembre anche la città della Torre viene raggiunta dal morbo) vietando il transito di uomini, merci ed animali anche con bolletta di sanità; ad ottobre la peste è segnalata ad Empoli; il 23 dicembre dello stesso anno si bandisce la Quarantena generale della città di Firenze a partire dal 10 gennaio (con licenza, a chi poteva, di ""andare ad abitare in villa"" fuori dalla città) . Nei mesi in cui imperversò in città la malattia causò migliaia di morti, tanto che il censimento del 1632 contò 10.000 persone meno (66.000) rispetto a quello del 1622, ovviamente non tutte riferibili all'epidemia. In quella occasione furono adottate barelle nuove, coperte «a guisa di una gondola» di tela cerata. Della stessa tela erano fatti i sanrocchini (da san Rocco, curatore degli appestati), piccoli mantelli che coprivano le spalle, e anche i mantelli più lunghi detti ferraioli, indossati dai portatori, dai fratelli e dai sacerdoti che andavano a seppellire i morti.