Il segno clinico di più frequente riscontro in queste forme è la febbre, che si osserva nella metà dei casi, seguito dal coinvolgimento dei linfonodi nel 30%. Uno studio condotto in Canada su oltre 3000 pazienti colpiti ha evidenziato che nella maggior parte dei casi era coinvolto un solo organo, in particolare reni, intestino, cute e fegato, mentre in caso di lesioni multiple erano interessati prevalentemente i linfonodi. Nei pazienti sottoposti a trapianto di polmone non è raro il coinvolgimento dell'organo trapiantato; tale eventualità è invece di raro riscontro dopo trapianto di rene o di cuore. Infine nella PTLD, rispetto ad altre forme di linfoma non-Hodgkin, è relativamente frequente il coinvolgimento del sistema nervoso centrale.