La struttura fu già molto importante durante l'epidemia a Roma della peste nel 1656, ma fu in particolare durante l'epidemia di colera, nel 1832, che, per l'efficacia delle cure prestate alla popolazione, la Commissione speciale di Sanità diede un particolare riconoscimento alla struttura. Sia per l'esperienza maturata durante tali periodi che per la particolare posizione di isolamento offerta dall'isola, nell'ospedale fu istituita una scuola specializzata nelle cure da prestare in caso di epidemie.