La valutazione macroscopica mediante pancoloscopia dimostra una normale o non patologicamente rilevante architettura della superficie colica. In questo senso, la diagnosi viene posta mediante biopsie seriate della superficie colica, in grado di dimostrare un precipuo infiltrato linfocitico intraepiteliale o sottomucoso nel caso della colite linfocitica o la presenza di fibre di collagene e linfociti nella colite collagenosica.