Il trattamento tipico con propiltiouracile comporta una dose iniziale di 100 mg tre volte al giorno e nei casi più gravi di 200 mg ogni 6 ore. La terapia di mantenimento, con dosi pari a 50 mg tre volte al giorno, viene instaurata quando il paziente raggiunge uno stato di eutiroidismo dal punto di vista sia clinico sia biochimico (generalmente entro 4-8 settimane). Dopo circa 18 mesi di trattamento il farmaco viene sospeso e il paziente sottoposto a sorveglianza medica per evitare ricadute.