La ciclosporina e il Tacrolimus (FK506) essenzialmente bloccano la trascrizione dei geni delle citochine nei linfociti T, previa interazione con una proteina citoplasmatica nota come ciclofilina A o FKBP12. Questo complesso farmaco-recettore inibisce poi la proteina fosfatasi 2B chiamata anche calcineurina (PP2B), che defosforila il fattore di trascrizione NF-AT (fattore nucleare dei linfociti T attivati) permettendone l'entrata nel nucleo. Se l'NF-AT non viene defosforilato, non può entrare nel nucleo e innescare l'espressione genica di certe citochine come l'interleuchina 2 (IL-2). Per tale meccanismo d'azione sia la ciclosporina che il tacrolimus sono definiti entrambi come inibitori della calcineurina.