Nel 1-5% dei pazienti che assumono gentamicina per più di 5 giorni possono manifestarsi segni di ototossicità (ronzii, diminuzione della sensibilità uditiva), soprattutto vestibolare. In questi stessi pazienti segni di nefrotossicità (in particolare proteinuria ed insufficienza renale), si manifestano nel 5-25% dei casi, ma sono generalmente lievi e reversibili con la sospensione del trattamento.