Inoltre, in alcuni soggetti, può arrecare danni gravi alle mucose intestinali, anche dopo un tempo di somministrazione breve che va dalle due settimane ad un mese, ed in particolare si segnalano l'insorgenza di diverticoli e di forme acute di rettocolite ulcerosa. Donepezil può determinare effetti avversi a carico del sistema nervoso (capogiri e vertigine, insonnia o sonnolenza, incubi, sincope, convulsioni, sindrome delle gambe senza riposo, atetosi, confabulazione, confusione mentale, tremore, e molto raramente la sindrome neurolettica maligna.