In questi casi, la trombocitosi è un epifenomeno nella sfera della manifestazioni cliniche che fanno seguito a entità patologiche ben definite e diagnosticabili. Nel caso di trombocitemia essenziale, l'alterazione patogenetica deve essere invece ricercata in un'aberrazione del terreno genetico in cui si muove e si sviluppa l'emopoiesi. Tale aberrazione genetica si estrinseca in un'espansione clonale della cellula progenitrice emopoietica pluripotente che esita verso la sovrapproduzione di uno o più elementi figurati del sangue. Nel caso della trombocitemia essenziale si ha un'aumentata produzione di piastrine per espansione clonale della linea dei megacariocita.