I principali gruppi di parassiti includono protozoi (organismi con una sola cellula) e vermi parassiti (elminti). Di questi, i protozoi, tra cui cryptosporidium, microsporidia e isospora, sono più comuni nelle persone con infezione da HIV . Ognuno di questi parassiti può infettare il tratto digestivo e talvolta due o più possono causare un'infezione contemporaneamente.