La sindrome di Usher di tipo II può essere causata da mutazioni in uno tra tre diversi geni: USH2A, GPR98 o DFNB31. La proteina codificata dal gene USH2A, usherina, è localizzata nel tessuto di sostegno dell'orecchio interno e della retina. La usherina è essenziale affinché queste strutture si sviluppino propriamente e nel tempo, il che può aiutare a spiegare il suo ruolo nelle deficienze di vista e udito. La localizzazione e funzione delle altre due proteine non sono ancora note.