Le persone con sarcoma di Ewing hanno lo stesso tipo di danno genetico (traslocazione cromosomica), in particolare della coppia di cromosomi 11 e 22 (11;22); in misura minore della coppia 21 e 22 (21;22) e di quella 7 e 22 (7;22). La traslocazione tra i cromosomi 11 e 22 determina l'unione di 2 geni, uno chiamato EWS e l'altro FLI1, e la formazione di un “gene di fusione” nuovo, chiamato EWS-FLI1, specifico della famiglia del sarcoma di Ewing.