Eitel ritornò a Minneapolis come assistente del Dottor F. A. Dunsmoor, professore di chirurgia all'Università del Minnesota. Con la raccomandazione di Dunsmoor, divenne chirurgo di ruolo all'Asbury Hospital (poi all'Elliot Park ed oggi parte dell'HealthPartners) e praticò come chirurgo consulente al Northwestern Hospital. In seguito, tornò all'Università di Berlino per studiare chirurgia nel dettaglio, in cui si specializzò in appendicectomia. Nel 1901 ricevette il Dottorato in Medicina, quindi ritornò a Minneapolis, sognando di costruire un suo ospedale. Esercitò all'ospedale di Asbury, di Saint Barnabas e City (oggi entrambi Hennepin County Medical Center). Eitel fu, inoltre, chirurgo consulente al Soo Line Railroad.