E. histolytica vive normalmente nel canale (lume) intestinale dove è tenuta sotto controllo dal sistema immunitario (sistema di difesa dell'organismo) ma, a volte, per ragioni sconosciute, il microrganismo può diventare un invasore, moltiplicandosi rapidamente e dando luogo ad un'infezione intestinale. I disturbi (sintomi), che si manifestano nel giro di 2-4 settimane dall'infezione, variano da semplici dolori e crampi addominali a forti dolori simili all'appendicite. L'infezione tuttavia può degenerare provocando ulcere del colon con rilascio di muco e sangue (dissenteria amebica). Occasionalmente il protozoo può uscire dall'intestino ed infettare altri organi, in particolare il fegato, dove provoca il cosiddetto ascesso (raccolta di pus) amebico, che è la più frequente manifestazione dell'infezione al di fuori dell'intestino. Raramente, e soprattutto in persone col sistema immunitario indebolito (immunocompromesse) o con altre malattie, l'ameba può infettare i polmoni o il sistema nervoso centrale.