Di HIV-1 è nota la sua estrema variabilità. Esso viene diviso in tre gruppi: il primo, definito M (Main), viene ulteriormente suddiviso in nove sottotipi (A-D, F-H, J e K) i quali differiscono nei geni env per il 30% e gag per il 14%; il secondo è conosciuto come N (New) ed è piuttosto raro; il terzo gruppo, indicato con O (Outlier), è altrettanto raro e si ritrova in Camerun. In generale in Europa e in America è più diffuso il ceppo di tipo B, mentre in Africa si ritrovano più spesso i sottotipi A, C, D e in Asia si ritrovano quelli di tipo E, C e B.