La parte costituita da batteri viene indicata con il nome di batteriota, quella costituita dai virus è detta virota, quella rappresentata dai funghi è chiamata micota. Tuttavia, quando si parla di microbiota si intende generalmente la parte batterica di esso, per la maggiore capacità dei batteri di metabolizzare (elaborare e convertire in altre sostanze preziose per la salute) i prodotti della digestione. Sostanzialmente si occupano dell'elaborazione finale (fermentazione) dei carboidrati e delle proteine, da cui vengono prodotti acidi grassi a catena corta (SCFA), H2 e CO2, idrogeno, anidride carbonica, ammoniaca, amine, fenoli ed energia.