Nella pielonefrite cronica, invece, la flogosi è meno vistosa, ma continuata nel tempo e si osservano numerose cicatrici dovute al continuo rimodellamento renale causato dal processo flogistico, accompagnate da un quadro tipico visibile in midollare, che consiste nella tiroidizzazione a livello dei tubuli (che si riempiono di cilindri colloidi fino a sembrare dei follicoli tiroidei al microscopio ottico). Il tutto è accompagnato da sclerosi intimale obliterante dei vasi arcuati e interlobulari e da danno glomerulare, che però inizialmente è meno evidente rispetto a quello tubulare e nel tempo può portare a una glomerulosclerosi segmentaria e focale.