La caseina rappresenta la principale causa di allergia alimentare al latte. Questa forma di allergia è più frequente nei primi anni di vita e tende poi a scomparire con l'età anche se può talvolta portare anche a gravi forme di shock anafilattico ed è una forma di allergia difficile da controllare, poiché il latte, o la caseina stessa, è presente in moltissimi alimenti. Lo zucchero lattosio può anch'esso provocare disturbi, come la "intolleranza al lattosio", una intolleranza alimentare presente principalmente nell'età adulta.