Le opere più importanti prodotte da Bizzozero sono senz'altro il "Corso di istologia normale" ed il rivoluzionario "Lezioni di patologia generale", in cui basa tale scienza su ricerche sperimentali e sull'osservazione al microscopio dei processi patologici. Suo inoltre, il "Manuale di microscopia clinica", con aggiunte riguardanti l'uso del microscopio nella medicina legale, che fu stampato in cinque edizioni e tradotto in diverse lingue.