In Transilvania, la regina Isabella aveva concesso già nel 1557 piena tolleranza alle tre confessioni cristiane, la cattolica, la luterana e la riformata (calvinista), tolleranza ribadita nella dieta di Turda nel 1563, ma non per questo erano cessati i contrasti religiosi tra luterani e calvinisti, per comporre i quali il re, in occasione della dieta di Sighișoara, inviò il Biandrata come suo rappresentante al sinodo di Nagy Enyed, che si aprì il 9 aprile 1564. Egli appariva particolarmente adatto a comporre le divergenze, non solo per la stima di abile diplomatico goduta a corte, ma anche perché egli sembrava uomo al di sopra delle parti, non manifestando pubblicamente alcuna definita convinzione religiosa.