Tutta questa serie di impegni indebolirono ancora di più la salute di Bichat, arrivando a gravi episodi di emottisi e obbligandolo ad un periodo di convalescenza, dopo il quale cominciò a pubblicare i risultati dei suoi studi, tra i quali ricordiamo: "Trattato delle membrane" (1799), "Ricerche fisiologiche sulla vita e sulla morte" (1801) e "Anatomia generale" (1801).