Sia l'amfotericina B e che la doxorubicina sono state studiate come potenzialmente efficaci contro MCJ, ma ancora non vi è una forte evidenza che entrambi i farmaci siano efficaci nel fermare la malattia. Un ulteriore studio è stato provato con altri farmaci, ma nessuno è risultato efficace. Tuttavia, farmaci per ridurre la sofferenza esistono, e comprendono Valproato, un anticonvulsivante, e il clonazepam, per ridurre spasmi muscolari