La CVID è caratterizzata da una serie di manifestazioni cliniche tipiche di immunodeficienza anticorpale, con maggiore predisposizione a infezione da germi piogeni ("Staphylococcus aureus", "Haemophilus influenzae" e "Streptococcus pyogenes") e possibile ricorrenza delle malattie esantematiche (morbillo, varicella, rosolia). I soggetti colpiti dimostrato una precipua incapacità (spesso diagnostica) di rispondere alla vaccinazione con tossoide tetanico, difterico e pertussico. Altre manifestazioni cliniche sono: