Prima di applicare il laser, il chirurgo rimuove un sottile strato di cornea usando un microcheratomo o "micropialla" (laser o meccanico). Questa fetta di tessuto non viene eliminata ma ribaltata di lato per creare un "flap" corneale, una specie di sportello sotto il quale viene effettuato il laser. Al termine, lo strato di cornea viene riposizionato e si risalda da solo (senza punti di sutura). È molto importante non urtare o strofinare l'occhio per qualche giorno.