Verso la fine del XV secolo la farmacia fu riorganizzata dai frati, che la dotarono anche di un nuovo arredo, in parte ancora esistente. Tuttavia, nel 1766 le leggi promulgate dal primo ministro ducale Guillaume du Tillot costrinsero i monaci a laicizzare la spezieria, che ristrutturarono secondo l'attuale disposizione; murarono la porta di comunicazione con il convento, lasciando solo una piccola finestra per il passaggio dei farmaci destinati ai frati, e aprirono un nuovo ingresso per il pubblico verso l'esterno, sul lato occidentale del monastero; assegnarono ad uno speziale esterno la gestione dei locali, che fu tramandata all'interno della famiglia Gardoni fino al 1881.