Il materiale genetico del virione è costituito da due copie di RNA identiche a polarità positiva (mRNA). L'HIV è quindi un virus diploide. I due filamenti singoli sono legati a due proteine basiche del peso, rispettivamente, di 7 e 9 kDa (denominate p7 e p9). Tale complesso, insieme agli enzimi della trascrittasi inversa (una DNA polimerasi RNA-dipendente), della proteasi e dell'integrasi, è contenuto in una sezione centrale della particella virale denominata core, la quale presenta una struttura cilindro/conica ed è costituita completamente da una sola proteina (p24). Gli enzimi del virus sono fondamentali per il processo di riproduzione. Quello della trascrittasi inversa è una sorta di "traduttore", che retrotrascrive il patrimonio genetico virale (RNA) in DNA; le integrasi rendono possibile tale inserimento nel DNA della cellula ospitante; le proteasi modellano invece le macroproteine prodotte in una forma idonea a dar vita a nuovi virus.