Possibili complicazioni durante la procedura operatoria sono la perforazione della parete posteriore dell'atrio nell'esofago, la perforazione della parete libera risultante in una raccolta di sangue intorno al cuore, che è noto come tamponamento cardiaco, e il restringimento di una vena polmonare vicino al suo inserimento nel cuore, che nel peggiore dei casi può portare alla morte di un pezzo di tessuto polmonare o infarto polmonare. Una possibile complicazione è rappresentata da un coagulo di sangue che viaggia dal cuore al cervello provocando un ictus embolico. Attualmente la procedura è compiuta sotto terapia anticoagulante con farmaci per via orale e per via endovenosa,in quanto i dati recenti suggeriscono che l'esecuzione della procedura, senza interruzione del Warfarin o Coumadin può abolire o ridurre significativamente il rischio di tale complicanza. Il trattamento con i nuovi anticoagulanti orali andrebbe sospesa 24 ore prima dell'intervento e ripresa immediatamente dopo.