Hall e O'Toole, in materiale fecale di neonati, nel 1935 individuarono il batterio: "Bacillus difficilis", chiamato così per la difficoltà incontrata nell'isolamento e per l'estrema lentezza di crescita dello stesso sul terreno colturale. Nel 1970 fu rinominato come "Clostridium difficile". Mentre il primo caso di Colite pseudomembranosa era stato documentato da Finney nel 1893 in una autopsia di una donna, morta per una diarrea emorragica post-intervento chirurgico, che presentava pseudomembrane simil-difteriche nel colon.