Fischer aderì ufficialmente al partito solo nel 1940, in piena guerra mondiale. Nei campi di concentramento nazisti contribuì allo studio dell'eugenetica nazista, attraverso le determinazioni delle origini razziali, inventando la cosiddetta "scala Fischer-Saller". Questa scala si basava sui colori dei capelli; gradazioni di biondo = da A a J, gradazioni di marrone = da K a V, e marrone scuro e nero fino alla lettera Z, quindi gradazioni di rosso con la numerazione romana da I a VI. Gli esperimenti medici furono eseguiti su dei prigionieri vivi (zingari, ebrei e africani), compiendo su di loro numerosi prelievi di sangue, tessuti e misurazioni invasive dei loro crani.