Nel corso del trattamento con gemifloxacina sono stati segnalati effetti avversi a carico del tratto digerente (dispepsia, nausea, vomito, dolore addominale, diarrea e, raramente, colite pseudomembranosa), dell'apparato cardiovascolare (allungamento dell'intervallo QT, tachiaritmie sopraventricolari, episodi sincopali) e del sistema nervoso (cefalea, vertigine, insonnia). 