Il tumore cheratocistico odontogeno tende a non manifestare alcuna sintomatologia per un tempo piuttosto lungo, per cui inizialmente può essere osservato solo casualmente, attraverso analisi radiografiche eseguite per altre patologie. Solo quando le sue dimensioni diventano importanti si ha la comparsa di segni e sintomi legati all'espansione, tra cui i più comuni sono la tumefazione ed il dolore. In particolare la sintomatologia dolorosa tende a comparire nel caso di sovrapposizione di un'infezione (empiema), a cui può far seguito la fistolizzazione, solitamente in sede intraorale, più raramente in sede cutanea. Nel caso di interessamento per compressione di fasci vasculo-nervosi importanti, si avrà parestesia o anestesia delle zone innervate. La crescita espansiva può portare a spostamento dei denti raggiunti dalla parete della lesione, mentre risultano più rari gli aspetti di riassorbimento radicolare e di perdità di vitalità. Nei casi più eclatanti il tumore può arrivare ad occupare l'intero corpo dell'osso. Sono stati segnalati anche rari casi di localizzazione extraossea, per cui è stata proposta una denominazione apposita di variante periferica (POKC), con caratteristiche peraltro sovrapponibili al KCOT, compreso il rischio di recidiva.