Per ogni paziente la diagnosi istologica di tumore atipico teratoide rabdoide e tumore neuroectodermico primitivo sovratentoriale è stata effettuata usando sezioni standard colorate con ematossilina-eosina.Le tecniche immunoistochimiche prevedono che una sezione di tessuto venga posta su un vetrino e su di essa venga versato l'anticorpo in soluzione acquosa. Successivamente l'eccesso di anticorpo viene lavato via. Per dimostrare la posizione del complesso antigene-anticorpo, si coniuga preventivamente l'anticorpo a un enzima capace di convertire un substrato non colorato in una molecola intensamente colorata. Una soluzione di questo substrato è sparsa sopra il campione che ha già l'anticorpo legato all'antigene. Dopo un periodo di incubazione e successivo lavaggio, il substrato colorato può essere facilmente osservato in microscopia ottica.Le colorazioni immunoistochimiche sono state eseguite con un sistema automatizzato ( Benchmark della Ventana). L'apparecchio provvede alla rimozione della paraffina, allo smascheramento antigenico (antigen retrieval), all'incubazione con il colorante primario, al successivo lavaggio, all'incubazione con il sistema di rilevazione (DAB) e al contrasto con ematossilina eosina.In particolare, l'immunoistochimica con l'anticorpo Ki-67 (MIB-1) è stata effettuata su sezioni di 5 µm allestite su vetrini ricoperti di polilisinico. Le sezioni vengono deparaffinate a 56°C per un'ora, quindi vengono immerse in due successivi bagni di xilolo di 10 minuti ciascuno; la reidratazione prevede l'immersione dei preparati in soluzioni a tasso alcolico decrescente, dall'alcool assoluto all'acqua distillata. Prima di aggiungere l'anticorpo si esegue lo smascheramento antigenico (antigen retrieval) ponendo i vetrini in forno microonde (750 W per 2 minuti) in tampone citrato (PH 6.0). La colorazione avviene con sistema di rilevazione avidinabiotina mediante apparecchio automatico Nexe-Ventana (diluizione anticorpo primario 1:1000). Successivamente alla colorazione, i preparati vengono contrastati per un minuto in ematossilina di Meyer, quindi disidratati e montati con vetrino coprioggetti. La conta dell'indice di proliferazione viene effettuata manualmente mediante microscopio ottico, escludendo gli elementi vascolari ed infiammatori e calcolando la percentuale di cellule marcate sul totale dei nuclei visualizzati in un campo.La risoluzione ottica massima del microscopio elettronico è di 10nm e il potere di ingrandimento può superare le 100.000 volte, l'area di osservazione è limitata a meno di un 1mm 2 . Ci sono due tipi di microscopio elettronico: a scansione e a trasmissione. Nei casi analizzati è stata utilizzata la microscopia a trasmissione, dove il fascio elettronico attraversa il campione. Affinchè questo sia possibile, il campione è stato tagliato in sezioni ultrasottili di 20-80 nm.