Il 31 dicembre 2005, a 97 anni, DeBakey fu colpito da una dissecazione aortica: anni prima era stato tra i pionieri per il trattamento chirurgico di questo problema, creando quella che è adesso chiamata la Procedura DeBakey. Ricoverato al Methodist Hospital di Houston, rifiutò inizialmente di sottoporsi ad un intervento chirurgico; quando però le sue condizioni di salute peggiorarono ulteriormente e DeBakey non era in grado di esprimere il suo parere, il team di chirurghi decise di procedere con l'intervento. Il comitato etico dell'ospedale, con una controversa decisione, approvò. Tra il 9 e il 10 febbraio DeBakey divenne il più vecchio paziente a sottoporsi a un'operazione per la quale era responsabile su sé stesso. Restò sette ore sotto i ferri, e furono necessari dei lunghi e costosi (più di un milione di dollari il costo) trattamenti post-operatori per rimettere in sesto il paziente. Dopo circa otto mesi, nel settembre 2006, il dottor DeBakey uscì dall'ospedale e ritornò presto a godere di ottima salute, tanto da poter presenziare all'apertura del Michael E. DeBakey Library and Museum al Baylor College of Medicine (18 ottobre 2006). Sebbene avesse in precedenza rifiutato di farsi operare, in seguito dichiarò di essere grato al team di chirurghi per la loro decisione di effettuare l'intervento.