Il 12 febbraio 2008 si dimette dalla carica di sindaco ed è eletto deputato nelle liste del PdL nelle elezioni politiche italiane del 2008. Il 16 aprile 2008, pochi giorni dopo l'elezione in parlamento, in seguito a incidente stradale riporta un trauma toracico e viene ricoverato in gravi condizioni all'Ospedale Forlanini di Roma. Il 20 maggio 2009 il sito del "Corriere della Sera" diffonde la notizia che Scapagnini è ricoverato in ospedale in prognosi riservata «in seguito a un grave scompenso metabolico».