Il siero di latte può essere denaturato dal calore. Elevate temperature (ad esempio le temperature costantemente elevate superiori ai 72 °C associate al processo di pastorizzazione) denaturano le proteine del siero. Mentre la proteina del siero del latte nativa non è aggregata al caglio o all'acidificazione del latte, la denaturazione delle proteine del siero di latte provoca interazioni idrofobiche con altre proteine, e la formazione di un gel proteico. La denaturazione del siero di latte causata da alte temperature può causare allergie in alcune persone