Ai suoi tempi Cullen divenne tuttavia famoso soprattutto per i suoi metodi didattici innovativi; l'efficacia delle sue lezioni attirava a Edimburgo studenti in medicina da tutto il mondo di lingua inglese. Fu peraltro uno dei primi a insegnare all'università in lingua inglese, invece che in lingua latina, a impartire le lezioni di clinica medica sul capezzale del malato in corsia, e a trarre spunto per le sue lezioni non dai testi, ma dai propri appunti.