Impotenti nel curare, i medici del tempo si impegnarono a capire le modalità di diffusione e l'agente causale del colera. Ci sono pervenuti molti opuscoli nei quali l'agente eziologico viene indicato con diversi nomi a seconda della teoria che si sosteneva: germe morboso o germe cholerico, atomo o elemento miasmatico, miasma mobile, principio volatile, effluvjo colerico, seminio morbifero, fomite choleroso. I medici si dividevano tra miasmatici e contagionisti. I primi ritenevano che a causare il contagio fosse l'aria corrotta, i miasmi nauseabondi generati dalla decomposizione di materiale organico. I contagionisti, invece, sostenevano che le malattie epidemiche come il colera si trasmettessero mediante un contatto tra uomo-sano e uomo-malato. Tra loro c'era chi credeva che il contagio avvenisse a causa delle vesti luride in particolare quelle dei poveri, chi invece affermava che bastava toccare qualcosa che era stato in contatto con il malato per contagiarsi. Per alcuni era la costituzione del corpo a causare il contagio per cui i malnutriti avevano una maggiore predisposizione. Altri invece ritenevano che l'epidemia si diffondesse maggiormente dove vi erano le stesse caratteristiche ambientali e meteorologiche del luogo dove aveva avuto origine, l'India, questa teoria però non considerava l'itinerario che essa aveva percorso nei vent'anni di viaggio e i diversi climi che aveva superato. Entrambe le teorie, però, riuscirono a loro modo ad apportare cambiamenti negli stili di vita e nelle abitudini dei Paesi. La teoria dei miasmatici contribuì a evitare accumuli di immondizia nelle città e ad allontanare e migliorare la sepoltura dei cadaveri. Le tesi contagioniste riuscirono invece, a convincere i malati all'isolamento nei lazzaretti, a istituire cordoni sanitari e a imporre la quarantena delle merci.