HCoV-NL63 è stato anche trovato nel tratto intestinale di individui infetti e collegato alla gastroenterite . Questo tipo di infezione è il risultato diretto dell'invasione virale del rivestimento mucoso dell'intestino. Il ruolo di HCoV-NL63 nella gastroenterite non è chiaro a causa della coinfezione tipica con altri virus in questa condizione. 