La grande fama raggiunta lo innalzò ad autorità ampiamente rispettata in tutti i campi della ricerca, ma la sua inclinazione esercitò influenze sfavorevoli per lo sviluppo di certe idee e metodi medici. Molteplici furono gli atteggiamenti scettici di Virchow nei confronti di teorie scientifiche formulate da suoi colleghi. Contrario all'idea che i batteri fossero la causa diretta delle malattie, asserì che la presenza di alcuni microorganismi in pazienti con particolari malattie, non sempre significava che l'organismo fosse causa o parte della malattia. Era convinto invece della multifattorialità delle cause delle malattie. Contrario anche alle teorie di Emil Adolf von Behring (premio Nobel per la medicina nel 1901) e di Robert Koch (premio Nobel per la medicina nel 1905) riguardanti tossine ed antitossine, suggerì che alcuni microbi potessero produrre queste sostanze. Allo stesso modo, Virchow era anche in contrasto con la teoria dell'evoluzione della specie formulata da Darwin. Nonostante l'avesse accettata teoricamente, era convinto che non ci fossero sufficienti evidenze scientifiche per giustificarne una sua accettazione totale. Un altro esempio fu la sua opposizione al lavaggio profilattico delle mani proposto da Ignác Fülöp Semmelweis per la prevenzione della febbre puerperale.