Non si può escludere che i vaccini, al pari di qualsiasi altro farmaco, possano causare reazioni allergiche gravi, anche se il rischio che ciò avvenga è estremamente basso. Nel caso del vaccino contro l'epatite B, le reazioni sono rarissime (meno di 1 caso su 1.000.000 di dosi). Non potendole escludere del tutto, dopo la somministrazione di ogni vaccino si consiglia di rimanere per circa mezz'ora presso il centro vaccinale.