La Colorazione Nissl rivela dettagli che vanno dal macroscopico, come ad esempio il modello laminare della corteccia cerebrale o gli schemi nucleari intercambiabili del diencefalo e del tronco cerebrale, al microscopico, come ad esempio le distinzioni tra singoli neuroni e glia in ogni sottoregione del sistema nervoso centrale. Molte altre tecniche neuroanatomiche e citoarchitettoniche sono a disposizione per integrare la citoarchitettura col metodo Nissl, tra cui l'immunoistochimica e l'ibridazione in situ, che permettono di etichettare qualsiasi gene o proteina espressa in qualsiasi gruppo di cellule del cervello. Tuttavia, la citoarchitettura con Nissl rimane un metodo di partenza affidabile, economico, familiare e un punto di riferimento per i neuroscienziati che desiderano esaminare o comunicare i loro risultati in un quadro anatomico ampiamente riconosciuto e/o in riferimento ad atlanti neuroanatomici che utilizzano la stessa tecnica.