I ceppi di PA provenienti da colture di pazienti con FC frequentemente presentano tempi di crescita più lunghi, suggerendo quindi la presenza di vie metaboliche difettive. Risulta infatti che dal 36 all'86% dei pazienti FC sono infettati da PA auxotrofi, ovvero batteri non in grado di sopravvivere in assenza di supplementi energetici favorenti la crescita quali metionina e arginina (37).Il fatto che vi siano pazienti infettati sia da cloni auxotrofici che prototrofi (ceppi "wildtype") pare indicare che le specie auxotrofe provengono da un'evoluzione dei batteri "wild type".Le alte concentrazioni di aminoacidi presenti nelle secrezioni respiratorie dei pazienti FC, apparentemente, permettono a queste specie di sopravvivere.Due studi hanno dimostrato l'associazione tra lo sviluppo di ceppi auxotrofici di PA ed esacerbazioni della FC oppure un quadro sintomatologico più grave (37;38).