Dopo un periodo di incubazione variabile da 4 giorni a 3 settimane, l'infezione da virus dell'encefalie di Saint-Louis (SLEV) può causare una modesta malattia febbrile, generalmente collegata a malessere generale, tosse, e faringodinia (mal di gola). Si tratta quindi di una presentazione clinica in gran parte sovrapponibile alla classica sintomatologia simil influenzale. In caso di meningite asettica, o encefalite, possono associarsi cefalea (mal di testa), nausea, vomito, confusione mentale, disorientamento, irritabilità, tremore, fotofobia (raramente), atassia e, talvolta, segni di meningismo e crisi di tipo convulsivo. Questi ultimi sintomi sono quelli più strettamente legati ad un interessamento del sistema nervoso centrale.