Sono trascurabili i rischi per la sicurezza del prodotto impiegato in terapia clinica. Studi di carcinogenesi non hanno rivelato rischi per l’uomo. Studi di mutagenesi hanno dato risultati dubbi, linee cellulari di linfomi di topo hanno dato esito positivo ad alcuni test, ma test di riparazione del DNA in vivo ed in vitro sono stati negativi. I pazienti che seguono un lungo trattamento con Rabeprazolo (in genere più di un anno) dovrebbero essere tenuti sotto stretto controllo.