Una funzione meno nota della creatina è quella di aumentare la sintesi di glicogeno quando assunta assieme ai carboidrati. Questo effetto, rilevato in origine da Green et al. (1996), dimostra un ulteriore effetto sinergico tra carboidrati e creatina, poiché, come è stato ampiamente stabilito in letteratura, la loro assunzione concomitante favorisce anche un maggior stoccaggio di creatina. Date queste proprietà, la creatina è stata proposta come sostanza in grado di esaltare la supercompensazione di glicogeno muscolare. Nelson et al. (2001) stabilirono che un aumento delle scorte di creatina muscolare a seguito di una fase di carico di creatina di 20 g per 5 giorni favorisse un sensibile aumento della supercompensazione del glicogeno muscolare rispetto ai periodi precedenti alla fase di carico. I ricercatori suggerirono che la capacità di sintesi del glicogeno muscolare venisse influenzata dai livelli iniziali di creatina, accompagnata da delle alterazioni del volume cellulare. van Loon et al. (2004) confermarono le proprietà della creatina nell'aumentare le scorte di glicogeno muscolare mediamente del 18% in più rispetto al placebo, tuttavia notarono che questo effetto potenziante durava solo nei primi 6 giorni di carico di creatina (in cui i dosaggi ammontavano a 20 gr/die), ma durante la fase di mantenimento, con un'assunzione di 2 gr/die, le riserve di glicogeno non vennero mantenute altrettanto elevate. Infine essi constatarono che l'iniziale aumento dell'accumulo di glicogeno non poteva essere spiegato dall'aumento dell'insulina plasmatica, dall'attività del GLUT-4 mRNA e/o dal contenuto proteico. Ulteriori analisi (Derave et al., 2003) stabilirono che l'assunzione di creatina promuove l'attività dei GLUT-4 (trasportatori di glucosio insulino-sensibili) e l'accumulo di glicogeno muscolare nei muscoli allenati.