Il provino fluorescente è eccitato dalla luce e l'emissione dell'eccitazione è rilevata da fotosensori come CCD equipaggiati di opportuni filtri che catturano un'immagine digitale del western blot; ciò permette ulteriori analisi come peso molecolare e un'analisi quantitativa del western blot. La rilevazione fluorescente è considerata uno dei migliori metodi per quantificare, anche se meno sensibile della chemiluminescenza.