La formazione di una lesione infiammatoria cronica di tipo granulativo può essere l'evoluzione di una precedente fase acuta, oppure svilupparsi subito in forma iperplastico-granulomatoso, se la fonte di irritazione è debole e lenta ed il corpo riesce a controllarla efficacemente. L'arrivo e l'attivazione dei macrofagi e delle altre cellule del sistema immunitario richiamate dallo stimolo irritativo proveniente dai canali interni del dente comporterà la sostituzione dei normali tessuti del periapice con un tessuto granulomatoso capsulato, che andrà a sostituire la normale struttura di legamento parodontale ed osso alveolare, allo scopo di contenere il processo patologico. Con il perdurare dello stimolo irritativo nel tempo, dai residui epiteliali presenti nel tessuto di granulazione (cellule del Malassez) si possono sviluppare cavità cistiche rivestite da epitelio pluristratificato ripieno di liquido sieroso, che comportano la trasformazione del granuloma a granuloma cistico, e quindi a cisti vera e propria (cisti radicolare), ed il suo progressivo ampliamento, di solito a lenta crescita.