La marcatura "in vivo" dei granulociti neutrofili consentì di evitare le problematiche sopra descritte della marcatura "in vitro". Viene eseguita infatti più semplicemente iniettando direttamente nel corpo del paziente degli anticorpi monoclonali marcati con 99mTc (99mTc-IgG) in grado di riconoscere alcuni antigeni di tali cellule della serie bianca. La distribuzione di queste molecole è in realtà leggermente differente rispetto ai leucociti marcati "in vitro". Tali sostanze infatti arrivano nei siti di infezione principalmente in modo aspecifico (secondari all'infiammazione in tali sedi) e solo qui, legandosi ad alcune glicoproteine di superficie dei granulociti, conferiscono specificità all'indagine mantenendo la radioattività in sede nel tempo. I risultati migliori con queste molecole si ottengono nello studio dello scheletro appendicolare. Lo svantaggio principale è la produzione in alcuni soggetti di anticorpi umani antimurini (HAMA, questi anticorpi sono prodotti da plasmacellule di topo) che, oltre a rendere critica la ripetizione dell'esame per la formazione di immunocomplessi con l'anticorpo somministrato, possono anche essere pericolosi per la possibile insorgenza di reazioni allergiche alla seconda somministrazione. L'uso di frammenti di anticorpo (99mTc-FAP) per via della loro clearance più rapida ha permesso una riduzione del rischio di formazione degli HAMA .