Se il farmaco viene applicato su vaste aree cutanee, dove siano già presenti lesioni dermiche, oppure viene eseguito un bendaggio occlusivo, o ancora il trattamento viene protratto per periodi di tempo prolungati, esiste il rischio di assorbimento sistemico. Questo rischio è particolarmente rilevante per i lattanti ed i bambini, ma gli effetti collaterali sistemici in corso di trattamento topico con flurandrenolide sono comunque rarissimi. Questi comprendono manifestazioni della sindrome di Cushing, iperglicemia e glicosuria.