La GVHD acuta si osserva nei primi 100 giorni dalla data del trapianto. Le sue manifestazioni cliniche principali sono rappresentate da rash cutaneo, diarrea, disfunzione epatica (ittero colestatico). Non necessariamente tutte e tre le manifestazioni sono presenti, ma in relazione alla gravità del danno, agli organi colpiti e alle manifestazioni cliniche, la GVHD acuta presenta un grado di gravità che va dal I al IV.