In neurologia, la rottura dell'equilibrio funzionale fra i vari circuiti è considerata alla base dei disordini motori extrapiramidali. Un classico esempio di lesione del sistema extrapiramidale è rappresentato dal malattia di Parkinson o dalla corea di Huntington; in quest'ultima, farmaci neurolettici dovrebbero essere d'aiuto, ma è ormai chiaro che gli stessi neurolettici creano problemi al sistema extrapiramidale.