Come in tutte le forme di infiammazione cronica a componente granulomatosa la lesione presenterà una forte prevalenza della componente cellulata, composta da macrofagi, linfociti e plasmacellule, con presenza costante di capillari e fibroblasti, che va a sostituire la normale struttura tissutale locale, portando alla sparizione del legamento parodontale e dell'osso alveolare. La lesione è tipicamente ben delimitata dai tessuti circostanti da una capsula connettivale. Tra le cellule tipiche del sistema immunitario e le fibre connettivali che compongono la struttura del tessuto di granulazione si possono rinvenire piccole isole epiteliali, presenti anche nel normale legamento parodontale, detti "residui del Malassez", considerati residui del processo embriogenetico di formazione del dente. Questi residui epiteliali si possono sviluppare in cavità rivestite da epitelio pluristratificato ripiene di liquido sieroso misto a cristalli di colesterolo, che col tempo si potranno riunire nel quadro cistico.