Fomivirsen è un oligonucleotide fosforotioato antisenso a 21 nucleotidi. La sua introduzione nella cellula consente il blocco della traduzione di uno specifico mRNA virale. Gli oligonucleotidi antisenso sono infatti disegnati per avere come proprio obiettivo una specifica sequenza di un mRNA e legarsi ad essa. Questo mRNA obiettivo è trascritto dal segmento codificante di un gene chiave, e l'oligonucleotide ne impedisce l'espressione inibendone la sintesi della specifica proteina. Fomivirsen determina un'inibizione specifica e potente della replicazione di CMV(in particolare grazie alla inibizione della espressione delle proteine della regione IE2, IE86 e IE55) senza interferire con la funzione e la sintesi proteica dei geni umani.