La diagnosi differenziale comprende tracheobronchiti infettive, bronchiti croniche, polmoniti, ostruzione tracheale, paralisi laringea, malformazione del palato molle, insufficienza cardiaca congestizia ed edema polmonare; in alcuni soggetti è possibile osservare la sovrapposizione di una di queste patologie al collasso tracheale. In letteratura non sono disponibili dati significativi che permettano di stabilire un nesso eziologico diretto fra queste patologie e il CT, ma è certo che quest'ultimo, diminuendo le difese aspecifiche dell'apparato respiratorio ne favorisce l'insorgenza.