Fu così che nel 1540 Biandrata fu chiamato alla corte di Sigismondo e di Bona Sforza come medico personale della regina. Da Cracovia passò nel 1544 ad Alba Iulia, dove la figlia di Bona, Isabella, vedova del re Giovanni, teneva la corte del precario principato di Transilvania, stretto tra gli opposti interessi dell'Impero di Ferdinando I e della Turchia. Quando la Transilvania passò sotto il diretto controllo dell'imperatore, Biandrata, che oltre l'attività di medico personale di Isabella svolgeva anche incarichi diplomatici, nel 1552 lasciò Alba Iulia per fare ritorno in Italia. Si stabilì a Mestre, da dove nel 1553 fu chiamato a Vienna a testimoniare nell'inchiesta che il nunzio Girolamo Martinengo aveva istruito per far luce sulla morte del cardinale Giorgio Martinuzzi, assassinato da agenti di Ferdinando I a causa della sua intelligenza politica con i Turchi.