Per eliminare il ferro in eccesso possono anche essere effettuate terapie a base di farmaci in grado di facilitarne l'eliminazione attraverso le urine. Il trattamento è noto come terapia di chelazione e i farmaci usati sono conosciuti come agenti chelanti. Un farmaco usato comunemente è il deferasirox da prendere in compresse solubili una volta al giorno. La terapia chelante viene presa in considerazione in un numero ristretto di casi, ossia quando flebotomie regolari non sono possibili a causa della difficoltà di rimuovere il sangue di frequente, ad esempio nel caso di vene molto sottili e fragili. Sarà il medico a valutare e consigliare questo tipo di terapia poiché il farmaco non è stato approvato per il trattamento dell'emocromatosi. Ciò significa che non ci sono ancora studi clinici approfonditi sul suo impiego in questo tipo di malattia. Il medico può raccomandarlo se ritiene che i possibili benefici superino i rischi.