Ducrey fu un ricercatore e un clinico di indiscusso valore. Eseguì numerose ricerche sperimentali su vari aspetti della patologia dermosifilopatica, soprattutto sulle malattie infettive: batteriche, fungine e protozoarie (tubercolosi, lebbra, che riuscì a far crescere su terreno di coltura, sifilide, tricofizia, rinoscleroma, erisipela, ecc.) Descrisse per primo l'acariasi da cereali in Italia (1909), dimostrò che le effervescenze dell'ipercheratosi figurata centrifuga atrofizzante possono originare da qualsiasi elemento ghiandolare, scoprì "Trichosporon minutissimum", un ifomicete patogeno agente etiologico della tricomicosi palmellina, e soprattutto scoprì l'agente etiologico dell'ulcera molle, un batterio a cui verrà poi dato il suo nome di ("Haemophilus ducreyi").