Le prime osservazioni sugli effetti positivi dei probiotici sulla salute dell'uomo risalgono all'inizio del XX secolo; il premio Nobel Eli Metchnikoff, che lavorò all'Istituto Pasteur nei primi anni del Novecento, ipotizzò che questi effetti derivassero da un miglioramento dell'equilibrio microbico intestinale tramite inibizione di batteri patogeni. Da allora le conoscenze sui probiotici si sono arricchite di studi scientifici e clinici in ampia numerica e con grande frequenza. Sono pertanto disponibili oggi dati su effetti specifici, come ad esempio attenuazione di malattie infiammatorie croniche intestinali, prevenzione e trattamento di diarrea indotta da patogeni, infezioni urogenitali, malattie atopiche