Montagnier ha esternato in vari convegni organizzati da personaggi affiliati alle teorie no-vax dubbi riguardo alla sicurezza dei vaccini, che secondo lui potrebbero essere addirittura correlati allo sviluppo di disturbi dello spettro autistico e di altre patologie: tuttavia, il virologo francese non ha mai pubblicato alcuno studio a sostegno di ciò.