I vantaggi della tecnica indiretta sono vari. Primo fra tutti la necessità di usare un solo tipo di anticorpi marcati con fluorescina, cioè quelli anti-immunoglobuline, i quali vengono prodotti industrialmente e acquistati dai laboratori. La ricerca diretta, se fosse applicata sempre, prevedrebbe che ogni laboratorio si dotasse di centinaia di antisieri specifici fluorescenti, risultando in un costo spropositato. Altro vantaggio risulta il fatto che a ogni anticorpo primario “nudo”, legato all'antigene fissato, si leghino (alle porzioni costanti Fc dell'Ab I) più anticorpi secondari marcati, risultando così in una amplificazione della luminosità.