Nella sindrome di Kabuki di tipo II il gene mutato è il KDM6A, localizzato sul braccio corto del cromosoma X, codifica per una demetilasi specifica per la lisina. La sua attivazione porta ad una riduzione dell'attività trascrizionale. La mutazione a carico di questo gene è ereditata secondo un pattern dominante legato alla X (vedi malattie monogeniche X-linked).