Oltre al legame con l'acido nucleico, è stato anche identificata una certa associazione tra FUS / TLS e fattori proteici che influenzano (in maniera generale o specializzata) l'inizio della trascrizione. Infatti, FUS / TLS interagisce con diversi recettori nucleari e con fattori di trascrizione gene-specifici come Spi-1 / PU.1 o NF-κB . Si associa anche con il macchinario trascrizionale generale e può influenzare l'inizio della trascrizione e la selezione del promotore interagendo con l'RNA polimerasi II e col complesso TFIID. Recentemente, è stato anche dimostrato che FUS / TLS reprime la trascrizione dei geni RNAP III e co-immunoprecipita con TBP e il complesso TFIIIB.