Nel 1948 la Corte di Assise Speciale di Siena lo condannò all'ergastolo per collaborazionismo e a 30 anni di prigionia per concorso nell'omicidio dei partigiani periti nelle varie azioni da lui ordinate, in particolare la strage di Montemaggio e fu detenuto nel carcere di Viterbo. Nel 1949 fu dispensato dal servizio universitario.