ImageJ può calcolare l'area e le statistiche dei valore dei pixel in selezioni definite dall'utente e di oggetti segmentati in base a soglie di intensità. Può anche misurare distanze e angoli. Può creare istogrammi di densità e tracciare delle linee profilo (tra punti definiti). Supporta le funzioni di elaborazione standard delle immagini, come operazioni di tipo logico e aritmetico tra immagini, regolazione di luminosità e contrasto, convoluzione, analisi di Fourier, incremento della nitidezza, lo smoothing, riconoscimento dei contorni e filtraggio mediano, morfologia matematica. Esegue anche trasformazioni geometriche come lo "scaling", rotazione e riflessione. Il programma può aprire qualsiasi numero di immagini simultaneamente, limitato soltanto dalla memoria RAM disponibile nel computer.