La prima indicazione del ruolo di BRCA1 nella regolazione trascrizionale di alcuni geni deriva dall'osservazione che la sua regione C-terminale, quando fusa al dominio di legame al DNA di GAL4, è in grado di attivare la trascrizione mediata dai promotori GAL4-dipendenti (Chapman and Verma, 1996). Sono stati identificati alcuni dei geni target di BRCA1 tra cui p21, GADD45 e l'inibitore delle chinasi ciclino-dipendenti p27, ed è stato dimostrato che BRCA1 è anche in grado di reprimere l'espressione di alcuni geni quali la ciclina B1 e MYC, sempre agendo a livello trascrizionale (Welcsh et al, 2002). BRCA1 non è in grado di legarsi alle regioni promotrici dei suoi geni bersaglio: per questo motivo è stato ipotizzato che agisca creando un legame funzionale tra i fattori di trascrizione e la RNA polimerasi II (Somasundaram, 2003).Il ruolo di modulatore della trascrizione genica da parte di BRCA1 è supportata anche dal suo ruolo nel rimodellamento cromatinico conseguente all'acetilazione o alla deacetilazione degli istoni. È stato infatti dimostrato che BRCA1 può interagire con le deacetilasi degli istoni HDAC1 e HDAC2 e con p300/CBP (attività istone-acetilasi) (Yarden and Brody, 1999).