Il deficit del fattore IX viene trattato con iniezioni di fattore IX purificato prodotto attraverso la clonazione in vari vettori di cellule animali. L'Acido tranexamico può essere utile in pazienti sottoposti a intervento chirurgico che hanno ereditato una deficienza di fattore IX, al fine di ridurre il rischio di sanguinamento perioperatorio.