Al momento della diagnosi due terzi dei pazienti sono inoperabili e anche nei casi di operabilità la maggior parte dei pazienti con colangiocarcinoma sviluppano recidive e metastasi. Per questi motivi il ruolo del trattamento medico assume una grande importanza. La chemioterapia è usata per controllare la malattia e migliorare la sopravvivenza e la qualità della vita di questi malati inoperabili. Sono stati usati diversi farmaci sia da soli che in associazione, ma i risultati a riguardo sono ancora piuttosto insoddisfacenti per la sopravvivenza con qualche successo per quel che concerne la qualità di vita [117]. Il 5-FU come singolo farmaco è stato largamente utilizzato così come si è provata l'associazione a diversi altri La combinazione di cisplatino e 5fuorouracile dà una risposta del 24% [120]. Una tripla combinazione di cisplatino, epirubicina e 5 FU dà una risposta tra il 10 e 40% con una sopravvivenza mediana tra 5 e 11 mesi [121]; mentre in un' altro studio il tasso di risposta è stato solo del 10 % e la sopravvivenza mediana di 5 mesi [122]. L'utilizzo dell' interferone in combinazione con il 5 FU è stato documentato in diversi studi, con una risposta parziale del 34% [123]. La capecitabina associata al cisplatino dà una risposta del 21,4% con una sopravvivenza mediana di 9 mesi [124].Sono poi stati utilizzati altri farmaci quali il paclitaxel e il docetaxel ma i risultati a riguardo sono poco o per nulla soddisfacenti [125][126][127]. Anche l'efficacia dell'irinotecan è stata testata da uno studio anche se l'esito di tale indagine ha dimostrato solo una minima attività nel carcinoma delle vie biliari con un tasso di risposta del 8% in 36 pazienti studiati [128]. Un farmaco che si è rivelato attivo è la gemcitabina. Utilizzata come unico 