La struttura di un craniofaringioma può evolvere nel tempo in modo piuttosto significativo. Sugli strati compatti necrotici nascono delle formazioni cistiche che contengono un alto contenuto proteico, cristalli di colesterolo e acidi grassi. Sulla superficie interna della capsula si depositano dei sali. Istologicamente il craniofaringioma è costituito da cellule epiteliali con diverso grado di differenziazione. In alcuni casi i gruppi cellulari possono, in alcuni casi, assomigliare all'ameloblastoma. Nel craniofaringioma si possono osservare alterazioni degenerative di vari gradi di gravità come cisti, calcificazioni o ossificazione dello stroma. La capsula è costituita da tessuto connettivo e gliale.