È l'unica mucopolisaccaridosi a trasmissione recessiva legata al cromosoma X. Il gene della malattia è localizzato sul cromosoma Xq28 e sono state identificate circa 320 mutazioni. La mucopolisaccaridosi di tipo II colpisce prevalentemente i maschi, poiché hanno un solo cromosoma X, ma sono stati segnalati casi anche nelle donne.