La gestione e l'organizzazione della sanità aeronautica sono responsabilità del Capo del Servizio Sanitario del Comando logistico dell'Aeronautica militare. Si tratta di una complessa struttura da cui dipendono le proposte di impiego del personale sanitario dell'Aeronautica, l'approvvigionamento di materiali e mezzi, la pianificazione finanziaria e l'assistenza sanitaria propriamente detta, compresa la definizione dei requisiti e il controllo dell'idoneità psicofisica del personale della Forza Armata.