Alfred si arrese infine ai desideri di Edward e pagò per le lezioni universitarie. Cope frequentò l'Università della Pennsylvania negli anni accademici 1861-1862, studiando anatomia comparata sotto la guida di Joseph Leidy, uno dei più influenti anatomisti e paleontologi dell'epoca. Cope chiese a suo padre di pagare un insegnante sia per il tedesco che per il francese, "non tanto per loro stessi", scrisse Edward, "ma per il loro valore nel farmi leggere i loro libri di carattere letterario o scientifico".