Nel 1953 La FNOM nomina una Commissione per la redazione del Codice Deontologico nazionale, presieduta da Frugoni, e nel 1954 la commissione conclude i suoi lavori con la pubblicazione su "Federazione Medica" del testo "Codice di Deontologia Medica" noto a tutti anche come "Codice Frugoni". In tale codice vengono enumerati i più importanti canoni della vita professionale del medico costituendo una guida per il comportamento che il medico deve assumere in determinate circostanze. Un esempio può essere riportato dal caso dell'aborto terapeutico. Per chi è vincolato a leggi e norme religiose, l'interruzione della vita non va praticata mai, in quanto questo determina un profondo trauma spirituale che colpisce il medico diviso tra la profonda convinzione ed osservanza religiosa ed il suo naturale impegno alla lotta contro il dolore e contro la morte. Nel comma 2 dei principi fondamentali della deontologia medica di Frugoni è testualmente detto: