Conclusasi la guerra civile, tornò a lavorare a New York dove la situazione in sua assenza era però molto cambiata. Anche se la reputazione di Sims era cresciuta notevolmente grazie alle sue esperienze oltre oceano, quando nel 1868 tornò al suo ospedale, il "Woman's Hospital", che fino a quel momento era stato gestito da Thomas Addis Emmet, trovò dei cambiamenti che non condivise, come la possibilità di far assistere agli interventi solo un numero limitato (quindici) di persone. Il primo dicembre del 1874 diede così le dimissioni. Durante il periodo successivo Sims non risiedette sempre negli Stati Uniti. Infatti, quando nel 1870 scoppiò in Europa la guerra franco-prussiana, si imbarcò di nuovo per il Vecchio Continente e una volta qui si adoperò nell'organizzazione del "Corpo dell'Ambulanza Anglo-Americana", con mansioni di chirurgo-capo, presentandosi a Sedan immediatamente prima della battaglia (battaglia di Sedan). Dopo aver trattato 1.600 francesi e 1.000 soldati tedeschi in un ospedale che era stato assegnato al Corpo, si dimise lasciando il posto di chirurgo-capo a Sir. William McCormack.