Walter Jackson Freeman nacque il 14 novembre del 1895 a Filadelfia in Pennsylvania. La sua era una famiglia facoltosa di medici: Il nonno William Williams Keen, era un medico diventato famoso durante la guerra civile americana per essere stato il primo neurochirurgo statunitense; il padre, Walter Freeman I, anch'egli medico, era un affermato otorinolaringoiatra.