Otto Jírovec ricevette vari riconoscimenti per il suo lavoro. Fu un membro della Società di scienze reali ceca, così come dell'Accademia Masaryk e del Consiglio nazionale di ricerca cecoslovacco. Nel 1953 divenne un membro dell'Accademia di scienze della Cecoslovacchia. Gli venne, inoltre, riconosciuto un dottorato onorario da parte della facoltà medica dell'Università Humboldt di Berlino e da parte della facoltà di scienze dell'Università di Clermont-Ferrand.