Desonide diffonde attraverso le membrane cellulari e forma un complesso con specifici recettori citoplasmatici (recettori glucocorticoidi). Questi complessi penetrano nel nucleo e si legano al DNA. Reprimono così la trascrizione della cicloossigenasi 2 (COX-2) e promuovono l'espressione di un gene (stimolano la trascrizione di m-RNA) che codifica la sintesi di lipomodulina e macrocortina (conosciuta anche con il nome di lipocortina 1 o annessina 1), proteine inibitrici della fosfolipasi A2. 