Gli antibiotici sono a volte usati in funzione profilattica (profilassi antibiotica): ad esempio, nel periodo della paura per gli attacchi all'antrace nel 2001 negli Stati Uniti, ai pazienti per i quali si temeva l'esposizione veniva data la ciprofloxacina. Allo stesso modo, l'uso di unguenti antibiotici su bruciature e altre ferite è una misura profilattica.