L'"H. pylori" è un batterio gram negativo dotato di flagelli per il movimento, lungo circa 3 micrometri e con un diametro medio di 0,5 micrometri. Esso possiede dai quattro ai sei flagelli (o ciglia). È un batterio microaerofilo, perciò per la sua sopravvivenza richiede dell'ossigeno, ma in piccole quantità. Produce un enzima idrogenasi che può essere usato per ottenere energia dall'ossidazione dell'idrogeno molecolare (H2) prodotto da altri batteri intestinali. Risulta positivo nei test dell'ossigeno, della catalasi e dell'urea. È capace di formare biofilm e convertirsi dalla forma bacillare a quella coccoide, entrambe le trasformazioni sono utili per la sua sopravvivenza e sono fattori dell'epidemiologia del batterio. La forma coccoide dell'organismo non è quella originale, anche se sono stati trovati alcuni esemplari di questo tipo negli Stati Uniti d'America. In questa forma l'"H. pylori" è più abile ad aderire alle cellule gastriche.