La prima considerazione da fare nel discutere la patogenesi delle infezione delle vie urinarie è la via attraverso la quale i batteri raggiungono il tratto urinario in generale, ed in particolare il rene (Beeson 1955, Kleeman 1960.Le due ipotesi proposte sono due: la prima è quella della via ematogena con disseminazione al rene, e la seconda è quella della via ascendente, con risalita dei batteri dall'uretra alla vescica e poi attraverso gli ureteri al rene. Sicuramente quella di interesse nel caso di pielonefrite acuta primaria è la via ascendente.