Arie de Jong nacque il 18 ottobre 1865 a Batavia, la moderna Giacarta, nelle allora Indie Orientali Olandesi. Nel 1873 la sua famiglia si trasferì a Leida, nei Paesi Bassi, dove fu studente alla scuola di grammatica (1873-1883) e studiò medicina (1883-1891) presso l'Università di Leida. Nel febbraio 1891 ricevette il suo dottorato di diploma; in marzo divenne un ufficiale medico militare (dislocato nell'India orientale); subito dopo, l'8 settembre, divenne un medico universitario a Friburgo in Brisgovia grazie alla sua dissertazione "Über Diuretin" ("A proposito della diuresi").