Il 7 gennaio 2019 la Ministra Giulia Grillo lo ha nominato commissario straordinario dell'Istituto superiore di sanità dopo le dimissioni anticipate del presidente Walter Ricciardi. Dal 29 luglio 2019 è Presidente dell'Istituto superiore di sanità, mentre dal febbraio 2020 è membro di diritto del Comitato tecnico scientifico, organo di cui si avvalgono il Capo del Dipartimento della protezione civile e il Governo per l'adozione delle misure necessarie a fronteggiare l'emergenza epidemiologica da Covid-19.