Isotretinoina è controindicata nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti della formulazione farmaceutica. È controindicata nelle donne in stato di gravidanza o che allattano al seno inoltre è bene evitarne l'impiego anche nelle donne in età fertile, salvo non si sia attutata una adeguata contraccezione.