Ma la sera dell'8 agosto (1849) alcuni gendarmi papalini fecero irruzione alla “Locanda d'Inghilterra”, dove il medico era alloggiato, e lo trassero in arresto, sequestrando una valigetta di cuoio contenente numerosi documenti compromettenti. Rinchiuso alle Carceri Nuove e successivamente al carcere di San Michele, sulla base della documentazione sequestrata Ripari fu processato dal restaurato governo pontificio e condannato il 2 maggio 1851 a venti anni di carcere duro per «corrispondenze illecite relative agli affari interni dello Stato Romano». Il medico scontò la pena in parte nel bagno penale di Ancona e in parte nell'ergastolo di Paliano.