Essendosi estesa la sua fama anche al di là dei confini della sua terra natìa, il duca di Urbino, Guidobaldo Della Rovere, protettore degli scienziati e gran conoscitore delle lettere e delle scienze, lo accolse con entusiasmo nella sua corte, nominandolo suo medico personale e protomedico di tutto il suo dominio, incarichi molto ambiti che offrivano chiaramente dei privilegi. Fu così che Bartolomeo assunse il ruolo di alto funzionario nella sanità statale.