L'istamina nell'organismo viene prevalentemente prodotta dai batteri presenti nell'intestino a partire dall'istidina, un aminoacido importante per la costituzione di numerose proteine, tra cui quelle dei muscoli. Molti batteri gram-negativi che comunemente sono presenti nel cibo o lo contaminano sono in grado di produrre istamina. Si può, pertanto, concludere che il rischio di intossicazione alimentare da istamina è correlato alla presenza sia di istidina sia di batteri gram-negativi.