In Francia, Arnaldo riorganizzò gli studi della Scuola di Montpellier, di cui divenne rettore e professore. Qui, nel 1309, secondo un programma sanzionato da una bolla di papa Clemente V, pose le basi che trasformarono questa Scuola in Università e compose vari testi medici, diventando famoso per le sue polemiche contro la medicina araba e galenica e opponendo alla cultura dei libri l'esperienza pratica.