Nel 2017 è stato oggetto di un'inchiesta relativamente a presunte tentata concussione e istigazione alla corruzione. A seguito della contestazione dei fatti ad opera dell’avvocato Giuliano Grüner ed del chirurgo Pierpaolo Sileri, la Procura di Roma ha chiesto il rinvio a giudizio per il rettore Novelli: tentata concussione e istigazione alla corruzione. Successivamente il Tar ha annullato 55 nomine fatte dal Rettore per irregolarità procedurali.