L'Istituto Clinico Humanitas dispone di 18 reparti di degenza per complessivi 747 posti letto, per una superficie di circa . I posti letto sono così suddivisi: 647 ordinari, 72 day hospital e 28 di terapia intensiva. Il pronto soccorso ad alta specialità (EAS) dell'ospedale è strutturato ed organizzato autonomamente su un'area di circa . L'Istituto eroga assistenza sanitaria in 73 diverse specialità cliniche organizzate nei seguenti dipartimenti e unità operative: