L'elliptinio ha come bersaglio l'enzima topoisomerasi II la cui attività è critica per le funzioni del DNA e la sopravvivenza cellulare. In qualità di inibitore della topoisomerasi II e agente intercalante, l'elliptinio stabilizza il complesso scindibile della topoisomerasi II e induce rotture del DNA, inibendo inoltre la replicazione del DNA, la trascrizione del RNA e la sintesi delle proteine.<br>