L'ectoderma si forma poco dopo la fecondazione dell'uovo e dà inizio a una rapida divisione cellulare. L'epidermide della pelle ha origine dallo strato dorsale dell'ectoderma che circonda il neuroectoderma nello stadio precoce della gastrula. La posizione dell'ectoderma rispetto agli altri strati germinali dell'embrione è governata dal principio dell'affinità selettiva, il che significa che la superficie interna dell'ectoderma ha un'affinità forte (positiva) per il mesoderma e un'affinità debole (negativa) per l'endoderma. L'affinità selettiva cambia durante le fasi di sviluppo. L'attrazione tra le superfici di due strati germinali è determinata dalla quantità e dal tipo di molecole di caderina presenti sulla superficie delle cellule. Ad esempio, l'espressione della N-caderina è fondamentale per mantenere la separazione dei precursori cellule neurali dai precursori epiteliali. L'ectoderma diventa il sistema nervoso a partire dalla notocorda, che è posizionata sopra di esso.