Una volta assorbito, il farmaco subisce un importante effetto di "primo passaggio", viene cioè rimosso dal sangue proveniente dall'intestino (circolo portale) ad opera del fegato. Negli studi sugli animali la concentrazione del farmaco nel fegato è risultata circa 200 volte superiore rispetto a quella plasmatica. Ne consegue che la biodisponibilità orale (la percentuale di farmaco che raggiunge la circolazione sistemica) di Lomitapide è soltanto del 7%; il legame alle proteine plasmatiche è >99,8%.