Ci sono differenti teorie riguardanti l'eziologia della CPPS, fra queste meritano una menzione l'ipotesi autoimmune, per la quale però ci sono scarse evidenze, l'infiammazione neurogena e la sindrome del dolore miofasciale. Le ultime due ipotesi possono avere una genesi in disfunzioni locali del sistema nervoso causate da traumi passati o da una predisposizione genetica che in alcuni individui porta ad un'anormale ed inconscia contrazione della muscolatura pelvica che causa un'infiammazione dei tessuti mediata da sostanze rilasciate dal sistema nervoso (come la sostanza P). La prostata e gli altri tessuti dell'area genitourinaria (vescica, uretra e testicoli) possono infiammarsi a causa dell'azione di attivazione che il sistema nervoso pelvico ha sui mastociti nelle terminazioni nervose. Questa capacità dello stress di indurre infiammazioni genitourinarie è stata dimostrata anche in maniera sperimentale in altri mammiferi.