Dovendo prelevare l'ansa digiunale, controindicazioni assolute sono il morbo di Crohn, così come ogni tipo di malattia epatica cronica con ascite. Altra controindicazione assoluta è l'estensione della malattia nella porzione prossimale dell'esofago toracico per l'impossibilità di ricostruire un segmento così lungo.Precedenti interventi chirurgici (è preferibile eseguire un'angiografia per valutare la vascolarizzazione digiunale) e altre malattie croniche intestinali sono invece controindicazioni relative.