Il Seicento è sotto l'influsso delle grandi scoperte di Newton, Pascal, Keplero, Galileo e si hanno due indirizzi: la scuola degli iatrochimici e degli iatromeccanici, con il tentativo di mettere la medicina sotto il dominio delle scienze esatte. Nascono i primi giornali scientifici, e dalla grande collaborazione fra scienze naturali e medicina nasce la medicina sperimentale. Con le grandi epidemie di peste, vaiolo e tifo (Alessandro Manzoni cita quella del 1629-1631) si hanno più di un milione di vittime solo nell'Italia settentrionale; si studiano difterite e scarlattina e torna dovunque l'interesse per la difesa sociale e legislativa, insieme alle disposizioni igieniche. Il Settecento vede un nuovo ordinamento sistematico della scienza, mentre l'influsso della filosofia sulla medicina si fa sentire specie in Germania (Kant).