Al colmo dunque della sua popolarità, Palloni decise di fermarsi in pianta stabile a Livorno e, nella sua nuova veste di autorità indiscussa in campo epidemiologico, si mise alacramente al lavoro apportando tutta una serie di modifiche e migliorie ai sistemi sanitari, introducendo per la prima volta il "suffumigio" di cloro nella disinfezione dei bastimenti, e riordinando il sistema dei Lazzeretti.