 La durata del trattamento dipende dalla gravità della malattia, nonché dal suo decorso clinico e batteriologico. Il trattamento di infezioni sostenute da certi batteri (ad es.  Pseudomonas aeruginosa ,  Acinetobacter  o  Staphylococchi ) può richiedere dosi di ciprofloxacina più elevate e l'associazione con altri agenti antibatterici appropriati. 