L'influenza intestinale viene accertata (diagnosticata) dal medico sulla base dei disturbi riferiti e di una visita medica accurata. L'esame rapido delle feci può rilevare il Rotavirus o il Norovirus ma non altri virus che causano la gastroenterite. In alcuni casi, il medico potrebbe prescrivere l'analisi di un campione di feci per escludere una possibile infezione batterica o parassitaria.