Gli svantaggi consistono in una durata più lunga dell'operazione e costi più elevati per il paziente. È difficoltosa per i chirurghi con poca esperienza per via della performance fisica richiesta; inoltre la curva di apprendimento per acquisire l'esperienza necessaria è lunga e difficile. Alcuni chirurghi affermano che la tecnica FUE può portare ad una ridotta percentuale di follicoli sopravvissuti dopo il trapianto rispetto alla tecnica STRIP.