Durante il tragico 1800 oltre al blocco di Genova si verificò un'altra grande calamità il tifo petecchiale e con coraggio il Batt si prodigò sia come medico che come filantropo. Terminato il triste periodo, assieme ad Onofrio Scassi si dichiarò favorevole alla vaccinazione antivaiolosa, sostenendo feroci polemiche contro gli avversari. Nel 1804 sempre in urto con i colleghi sosteneva che un'epidemia di tosse, non fosse contagiosa. I suoi detrattori giunsero a calunniarlo pubblicamente di imperizia professionale e di illeciti guadagni, si difese dall'accusa con ardore sino a quando nel 1809 venne nominato Professore Onorario e si ritirò a vita privata. Allora gli vennero riconosciuti gli onori ed i meriti che indubbiamente aveva acquisito. Morì dopo breve malattia, a Genova, il 9 febbraio 1812.