Diversamente dalla narcolessia con cataplessia, che ha una causa conosciuta (distruzione autoimmune dei neuroni che producono ipocretina/oressina), il meccanismo eziopatologico dell'ipersonnia idiopatica è, finora, sconosciuto ed è proprio a questo fatto che la malattia deve il suo nome (idiopatico). Comunque i ricercatori hanno identificato alcune anomalie associate alla malattia.