La resistenza dovuta ad alterazioni ribosomiali è invece molto rara. Nei batteri gram-negativi, la resistenza è normalmente dovuta alla presenza di enzimi metabolizzanti codificati da plasmidi. Per questo motivo batteri gram-negativi resistenti alla gentamicina risultano essere sensibili alla amikacina. Gli "enterococchi" sono in grado di metabolizzare gentamicina, amikacina, netilmicina ma non la streptomicina.