In particolare, le citochine aumentano l'espressione stimolando la trascrizione dei geni agendo su fattori di trascrizione. Tali fattori, una volta attivati, legano una proteina detta l'"induttore di trascrizione della classe II" (o "CIITA", Class II Transcription Activator). La mancanza di questi fattori provoca la cosiddetta "sindrome del linfocita nudo" in quanto manca l'espressione delle molecole MHC.