Durante la pandemia di COVID-19, Shi e altri scienziati dell'Istituto hanno formato un gruppo di esperti per la ricerca sulla sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Nel febbraio 2020 i ricercatori guidati da Shi Zhengli hanno pubblicato un articolo su "Nature" intitolato "A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin", scoprendo che la SARS-CoV-2 è nella stessa famiglia della SARS e che ha Il 96,2% del genoma compatibile con quello del coronavirus noto più strettamente correlato. Nel febbraio 2020 il suo team ha pubblicato un articolo su "Cell Research" che mostrava che il remdesivir e la clorochina avevano inibito il virus in vitro e hanno richiesto un brevetto per il farmaco in Cina per conto della WIV. La concessione di questo brevetto da parte della Cina ha sollevato preoccupazioni sui diritti di proprietà intellettuale in un contesto internazionale. Shi è coautrice di un articolo che etichetta il virus come il primo Disease X.