I sintomi della malattia autoimmune sono diversi. Come il processo immunitario agisce sugli anticorpi e che ruolo svolgono gli anticorpi non è chiaro. Il gran numero di possibili sintomi diversi, che in tanti libri di medicina vengono descritti solo in parte, spesso creano insicurezza nel medico e nel paziente. Quando il processo immunitario diminuisce, diminuiscono spesso anche i sintomi.