Fu rimpatriato in Austria nel febbraio del 1948 e gli fu permesso di tenere il manoscritto di un libro sugli uccelli che stava scrivendo e che sarebbe diventato "L'altra faccia dello specchio". Subito si reinserì nell'ambito della ricerca zoologica. e nel 1949 fondò l'Istituto di Etologia Comparativa dell'Accademia austriaca delle Scienze. Sempre in quell'anno pubblicò il libro che l'avrebbe reso famoso: "L'anello di Re Salomone". Nel 1950 fu appositamente creato per lui l'Istituto Lorenz di etologia dalla Società Max Planck a Buldern in Vestfalia e nel 1955 l'Istituto Max Planck di fisiologia del comportamento a Seewiesen, in Baviera di cui fu vice direttore e dal 1961 direttore