Alendronato è controindicato nei soggetti con ipersensibilità al principio attivo oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti. È inoltre controindicato nei soggetti che presentano malattie, come ad esempio stenosi od acalasia, oppure alterazioni a livello esofageo che possano determinare un ritardato svuotamento dell'organo e, pertanto, aumentare il rischio di effetti indesiderati. Similmente ne è controindicata l'assunzione in soggetti che presentano, per qualsiasi motivo, l'impossibilità a rimanere in piedi o seduti oppure in una posizione che comporta il busto eretto per almeno mezz'ora. Una ultima controindicazione relativa è rappresentata dall'ipocalcemia, la quale, se presente, deve essere corretta prima e monitorata durante il trattamento con questo bifosfonato.