I ceppi di HEV oggi esistenti potrebbero essere sorti da un virus antenato condiviso esistito dai 536 ai 1344 anni fa. Un'altra analisi ha datato l'origine del virus del'epatite E a circa 6000 anni fa, suggerendo che ciò sia correlabile all'addomesticamento dei suini. A un certo punto, due clade potrebbero aver diverso: una forma antropotropica e una forma enzootica, che successivamente si sono evolute rispettivamente nei genotipi 1 e 2 e nei genotipi 3 e 4.