La concentrazione plasmatica massima (Cmax) viene raggiunta dopo circa 1-2 ore dall'assunzione. La biodisponibilità dopo l'assunzione orale varia da individuo ad individuo, da un minimo del 63% ad un massimo del 94%. L'atomoxetina ha un ampio volume di distribuzione, e si lega in misura ampia alle proteine plasmatiche (intorno al 98%), in particolare all'albumina.