L'uso di busulfan deve essere evitato durante il periodo di gravidanza, in particolare durante il primo trimestre. Il potenziale beneficio atteso per la madre deve essere attentamente valutato e bilanciato con il rischio potenziale per il feto. In letteratura medica sono riportati alcuni casi di anomalie congenite, verosimilmente attribuibili al busulfan. Tuttavia sono anche stati riportati diversi casi di neonati nati apparentemente normali nonostante l'esposizione intrauterina alla molecola, perfino durante il primo trimestre di concepimento.