Le eparine a basso peso molecolare (EBPM) mostrano un'aumentata capacità di inattivazione del fattore Xa se paragonate all'eparina non frazionata, e fondaparinux, un agente pentasaccaride di sintesi basato sulla sequenza pentasaccaridicica critica di eparina, mostra più selettività rispetto alle EBPM. L'inattivazione del fattore Xa determinata dalle eparine è definito "indiretto", dato che si basa sulla presenza dell'antitrombina (AT) e non una interazione diretta con il fattore Xa.