Al contrario, un paziente "Mantoux negativo" potrebbe anche essere abbastanza immunodeficiente o immunodepresso da non poter scatenare la reazione infiammatoria, oppure aver contratto il micobatterio più recentemente rispetto al "periodo finestra" della malattia. Da un rapporto del 2008 sui casi di tubercolosi in Italia, si è visto che il test può risultare negativo in un'alta percentuale dei contagiati per cui è utilizzato.