Le cause del mal di testa nei bambini possono comprendere un fattore o una combinazione di essi. Alcuni dei fattori più comuni sono la predisposizione (riscontrabile soprattutto nei casi di emicrania), trauma cranico da cadute accidentali, malattie e infezioni (come la sinusite, il raffreddore comune e l'influenza), fattori ambientali, fattori emotivi come stress, ansia e depressione, assunzione di particolari cibi e bevande, di caffeina o alimenti additivi. Inoltre, l'eccesso di attività fisica, di esposizione al sole o l'insonnia possono essere "trigger" specifici dell'emicrania.