Le cisti sebacee si formano dalle cellule che costituiscono lo strato superiore della pelle. Tali cellule, che producono la cheratina, normalmente originano nello strato più profondo e poi, nel corso della loro vita, si spostano verso gli strati più superficiali finché non muoiono e vengono eliminate (la forfora dei capelli, ad esempio, è formata da cellule morte della pelle del cuoio capelluto). A volte, però, restano negli strati profondi della pelle e si moltiplicano formando una sacca in cui iniziano a secernere una sostanza, la cheratina, che va a formare il contenuto giallastro presente all'interno della cisti sebacea.