I quindici anni spesi a Breslavia sono per Mikulicz estremamente produttivi: migliora le procedure della chirurgia addominale proposte in quel periodo, eseguendo la resezione di un segmento distale di un colon affetto da neoplasia maligna, oggi nota come operazione di Paul-Mikulicz o Bloch-Mikulicz; propone una modifica alla gastrectomia parziale e introduce l'utilizzo di una pinza peritoneale per tenere stretto il peritoneo durante la laparotomia per proteggere l'incisione dalla contaminazione e prevenire una retrazione del peritoneo stesso. Successivamente introduce un metodo di resezione del muscolo sternocleidomastoideo nel trattamento del torcicollo miogeno.