In seguito a somministrazione orale il fluconazolo è quasi completamente assorbito entro due ore. La biodisponibilità non è influenzata significativamente dal pH gastrico. L'emivita di eliminazione del fluconazolo segue una cinetica di ordine zero. Il 10% della frazione escreta ha subito metabolismo mentre la rimanente è eliminata come tale con le urine o il sudore. I pazienti con insufficienza renale sono a rischio di sovradosaggi.