La neuropatia delle piccole fibre ha cause sconosciute; quando non è correlata a malattie manifeste (lupus eritematoso, sarcoidosi, HIV o malattia di Lyme) può essere collegata alla celiachia, ad allergie, alla sensibilità non celiaca al glutine (NCGS), all'ipotiroidismo o malattie autoimmuni, ma nel 40 % dei pazienti è idiopatica (senza causa primaria). La NCGS come causa di fibromialgia è ipotesi discussa.