La forma più comune di SMA è causata dalla perdita della funzione del gene SMN1 (Survival of motor neuron 1) che determina un deficit della proteina SMN, essenziale per la sopravvivenza dei motoneuroni. Viene definita come SMA associata a SMN, o anche 5q-SMA essendo il gene SMN1 localizzato sul braccio lungo del cromosoma 5.