Esempi di colorazioni molto utilizzate, in ambito istochimico, sono la colorazione con ematossilina eosina (ematossilina ed eosina), quella di Ziehl-Neelsen e la reazione PAS. La reazione al blu di Prussia per l'emosiderina è un altro classico esempio. Allo stesso modo gli enzimi possono essere evidenziati applicando un opportuno substrato.