Il metodo scientifico naturalistico ha però un grosso limite: non può concepire lo psichico, poiché lo statuto anonimo e meccanicistico dei modelli neuroscientifici che lo sostanziano non permetteranno mai di capire il vissuto del singolo paziente. Inoltre, l'indagine neuroscientifica non produce modelli globali del sistema nervoso ma produce, come ogni altra scienza, dei dati che vengono di volta in volta presi a conferma del modello di sistema nervoso che si vuol sostenere. 