Così, il 25 maggio del 1900, nasce l'"Istituto Federale Sieroterapico" destinato alla produzione del siero e del vaccino contro la peste, sotto la direzione generale del barone Pedro Afonso e la direzione tecnica di Cruz. La sede del nuovo Istituto venne stabilita in una fazenda di Manguinhos, sulle sponde occidentali della baia di Guanabara, a Rio de Janeiro. Nel 1902, Cruz ne divenne direttore generale e ampliò le sue attività alla ricerca medica di base. Negli anni successivi, Oswaldo Cruz divenne Direttore Generale della Salute Pubblica (paragonabile alla carica di Ministro della Sanità) e cominciò una vasta campagna di miglioramento delle condizioni igienico-sanitarie del suo Stato. Per prima cosa si occupò dell'endemia di febbre gialla, che faceva morti soprattutto tra i nuovi immigrati dall'Europa (4,000 morti tra il 1897 e il 1906).