Il concetto di "forza vitale", almeno così come esso è espresso nell'"Organon" di Hahnemann, entrò gradualmente in crisi con il grande progresso che lo studio delle scienze naturali compì in quegli stessi anni. Con l'avvento del microscopio nacque la biologia cellulare e l'osservazione diretta di alcuni fenomeni fondamentali, che avvengono all'interno degli esseri viventi, facilitò la comprensione di alcune malattie comuni, sebbene fosse ancora lontana la scoperta del batterio, inteso come agente patogeno. Venne compreso il ruolo importante svolto dal sistema circolatorio e l'idea di una forza vitale immateriale, disgiunta dal corpo, perse inevitabilmente e inesorabilmente di importanza.