Gli svantaggi nell'utilizzazione dei retrovirus consistono nella loro labilità che ne rende complessa la procedura di purificazione dal mezzo di cultura. Il genoma retrovirale, inoltre, si può integrare in quello cellulare solo quando la membrana nucleare è assente e di conseguenza solo le cellule replicanti possono essere infettate. Un altro problema deriva dalla casualità dell'integrazione del DNA virale, il che può portare alla disattivazione od attivazione d'alcuni geni con rischio di fenomeni di mutagenesi inserzionale.