Circa il 25% delle persone con "situs inversus" presenta una condizione di base chiamata discinesia ciliare primaria (PCD). La PCD è una disfunzione delle ciglia che si manifesta durante lo sviluppo embrionale. La funzione delle ciglia è quella di determinare la posizione degli organi interni durante le fasi precoci dello sviluppo embrionale, e perciò i soggetti con PCD hanno il 50% di possibilità di sviluppare il "situs inversus". Se ciò accade, vengono ad avere la sindrome di Kartagener, caratterizzata dalla triade ""situs inversus" - sinusite cronica - bronchiectasie". Le ciglia hanno anche il compito di ripulire il polmone dal muco, ed un loro cattivo funzionamento determina una maggiore suscettibilità alle infezioni polmonari, caratteristica infatti presente in questi soggetti. È possibile inoltre che tali individui, a causa della produzione di ciglia inefficienti, o del tutto assenti, manifestino sterilità in entrambi i sessi: nel maschio si ha produzione di spermatozoi privi di coda (che di fatto è un ciglio) e quindi incapaci di compiere efficacemente un moto ordinato; nel sesso femminile viene a mancare il moto ciliare all'interno delle tube di Falloppio, che concorre nel trasferimento dello zigote in cavità uterina, con conseguente associazione anche a maggior incidenza di gravidanza ectopica.