La parte stabile si caratterizza per l'occupazione di spazi esclusivi (nicchie) e l'uso prioritario dei nutrienti disponibili. La parte variabile, più sensibile alle variazioni dietetiche e alle variazioni ambientali, compete con la parte stabile per la colonizzazione del tratto digestivo. Questa competizione fa sì che i nuovi microrganismi introdotti non riescano a colonizzare in forma stabile il tratto digestivo permanendo, più o meno a lungo, in base alla loro capacità di occupazione degli spazi. Questa è la ragione per cui, spesso, l'integrazione di probiotici (microrganismi appartenenti alla porzione variabile) non ottiene gli effetti sperati.