Una piccola percentuale di casi (meno dell’1%) è dovuta ad un gene localizzato sul cromosoma X, uno dei due cromosomi sessuali (l'altro è il cromosoma Y). In questo caso la malattia è legata al sesso ed è trasmessa dalla madre ai soli figli maschi. Nei maschi, che hanno un solo cromosoma X, quello ereditato dalla madre, è sufficiente una sola copia del gene mutato per sviluppare l’anemia di Fanconi. Nelle femmine, che possiedono due cromosomi X, uno ricevuto dal padre e l’altro dalla madre è, invece, necessario ereditare due copie del gene anomalo (una da entrambi i genitori) perché si manifesti la malattia. Poiché è altamente improbabile che ciò avvenga, le femmine diventano portatrici sane.