Nei soggetti affetti dalla sindrome sono state osservate numerose anomalie a carico delle dita di mani e piedi: in due fratelli con sindrome di Keipert è stato osservato l'allargamento delle falangi distali delle dita della mano, tranne a livello del mignolo, dove però è stata riscontrata clinodattilia. Altri studi descrivono l'anomala larghezza degli alluci e dei pollici, con brachidattilia alle falangi distali di tutte le dita a eccezione dei mignoli di mani e piedi. Una radiografia effettuata su un bambino di 2 anni affetto dalla malattia ha mostrato che la brachidattilia è causata un accorciamento delle epifisi delle falangi distali. L'ampiezza e la brachidattilia degli alluci, in particolare, possono conferire loro un aspetto arrotondato, tozzo e che ricorda quello di un mozzicone.