Le malattie infiammatorie croniche dell'intestino (MICI) costituiscono un esempio della necessità di nuove tecniche per ripristinare lo stato di equilibrio della flora intestinale. La composizione del microbiota delle persone affette da queste malattie risulta povera, con poche specie presenti e una prevalenza di specie aggressive rispetto a quelle protettive. Pertanto, la soluzione migliore sembrerebbe quella di colpire quelle dannose presenti e di reintrodurre le specie protettive che mancano. Ma in questi casi le specie da introdurre dovrebbero essere definite caso per caso. L'utilizzo dei probiotici per bocca, inoltre, non si è rivelato efficace. Probabilmente, perché essi raggiungono il tratto di intestino infiammato in numero insufficiente e non sono in grado di moltiplicarsi in un ambiente dominato da specie aggressive.