Il carcinoma basalioide a cellule squamose è una variante aggressiva e di alto grado dell'SCC, composta sia da elementi basalioidi che da elementi squamosi. Alla diagnosi si presenta solitamente in stadio avanzato con metastasi cervicali. Microscopicamente il tumore è caratterizzato da nidi e lobuli di piccole cellule basalioidi con alto rapporto nucleo/citoplasma. Data l'aggressività di questa forma tumorale, è solitamente indicato un trattamento aggressivo tramite chirurgia radicale e RT/CT adiuvante.