Suo fratello maggiore, Hippolyte Cloquet (1787-1840) e il suo nipote più giovane Ernest Cloquet (1818-1855) erano anche medici. Nel 1821 Jules Cloquet divenne uno dei primi membri eletti all'Académie Nationale de Médecine a Parigi. Nel 1836 fu eletto membro onorario del Royal College of Surgeons in Irlanda.