L'inattivazione dell'X fa parte del ciclo di attivazione del cromosoma X attraverso la vita delle femmine. La cellula uovo e lo zigote utilizzano inizialmente trascritti materni, e l'intero genoma embrionale rimane silenziato fino all'attivazione del genoma zigotico. Subito dopo, tutte le cellule murine vanno incontro ad una precoce inattivazione del cromosoma X paterno, in maniera "imprinted", allo stadio embrionale di 4-8 cellule. I tessuti extraembrionali, dai quali si origina la placenta a altri tessuti trofici, conservano questa inattivazione precoce, e di conseguenza il solo cromosoma X materno è attivo in questi tessuti.