L'ospedale rimase operativo fino all'11 agosto 2008, giorno in cui il presidente della regione Lazio, Piero Marrazzo, deliberò la sua chiusura entro il 31 ottobre 2008 con legge regionale del Lazio num. 14 del 11 agosto 2008 (art. 86, comma 65), suscitando un gran numero di proteste e di disagi. Tale grave provvedimento, infatti, è giunto in maniera improvvisa, a solo un mese di distanza da una serie di inaugurazioni di diversi reparti, a seguito di prolungati lavori di ristrutturazione inclusivi dell'acquisto di nuovi macchinari ad uso dell'ospedale stesso, come denunciato anche su alcuni quotidiani ad esempio dall'intellettuale Furio Colombo e dalla duchessa Oliva Salviati, situazione che ha pertanto aperto sospetti di un tentativo di speculazione immobiliare ai danni della secolare benemerita istituzione. L'ospedale era, infatti, pienamente operativo al momento della chiusura: esso veniva descritto come un "Ospedale che nonostante le sue vetustà è rimasto al passo con i tempi per la volontà delle generazioni di operatori sanitari che vi si sono alterante nelle varie specialità mediche e chirurgiche, in continuo lavoro nel corso di oltre sei secoli".