Fu anche ricercatore scientifico dell'ateneo ed esercitò la docenza di Medicina Operatoria, Traumatologia e Clinica Chirurgica. Dopo aver insegnato anche nelle università di Palermo e Genova, tornò a Napoli e venne nominato primario chirurgo dell'Ospedale dei Pellegrini. Ninni ebbe importanti meriti in campo chirurgico, poiché fu uno dei primi in Italia a suturare il cuore ed il primo a suturare il pancreas.