Anche le interazioni con i farmaci tradizionali devono essere valutate con attenzione così come gli effetti collaterali.Attenzione va ad esempio posta al sistema enzimatico epatico ed intestinale P450 e alle sue varie isoforme, oltre che alla proteina di trasporto denominata P-gp. In particolare oggi sappiamo che esistono molte piante che interagiscono con i farmaci, riducendone l'attività o al contrario aumentandone la tossicità, tutte situazioni che devono essere ben conosciute onde prevenire interazioni pericolose o al contrario sfruttarne tutte le sinergie.