Broussais a livello patologico andò ad accentuare il primato della lesione sul sintomo. Infatti nella sua prima opera ("Histoire des phlegmasies ou inflammations chroniques") cercò di localizzare nei relativi tessuti le infiammazioni polmonari e gastrointestinali. Criticò fortemente il concetto di " "febbri essenziali ""di Pinel, sostenendo che esse non fossero disordini generali e funzionali privi di lesione specifica ma erano vere e proprie infiammazioni, soprattutto intestinali, e per ciò spiegabili con riferimento a processi locali fisiopatologici. In seguito Broussais abbandonò il concetto nosologico ed ontologico di malattia che sottostava alla "Nosographie philosophique" di Pinel con la pubblicazione nel 1816 di "Examen de la doctrine médicale généralement adoptée". Per Broussais le malattie non sono entità discrete e classificabili; salute e malattia non sono stati qualitativamente differenti. Broussais volle così sostituire l'inclinazione relativamente statica e patologica di Pinel e Jean-Nicolas Corvisart des Marets con i concetti dinamici della sua nuova medicina fisiologica.