Questa procedura presenta però alcune importanti limitazioni. Il boccaglio non può essere utilizzato per lunghi periodi di tempo, limita la mobilità del soggetto, introduce un volume addizionale ("spazio morto") che può alterare il pattern ventilatorio, e rende il soggetto conscio della misura che si sta effettuando (alterando quindi i normali parametri ventilatori). Inoltre la misura risulta molto difficoltosa, se non impossibile, su pazienti non collaboranti, su bambini, durante il sonno o la fonazione.