La clorexidina come tale è un composto organico praticamente apolare e quindi scarsamente solubile in acqua, ma anche in solventi organici scarsamente polari come il diclorometano (CH2Cl2). Al contrario l'anione gluconato è molto solubile in acqua ed è quindi un ottimo controanione per il controcatione della clorexidina, rendendo il composto moderatamente idrosolubile (max 0.5-2.0 % a pH prossimo alla neutralità). Essa è inattivata dal laurilsolfato di sodio (SLS, NaLS, LSS) e dal triclosano, entrambi possibili componenti dei dentifrici, per questo motivo il trattamento con clorexidina va effettuato lontano da una pulizia dei denti con il dentifricio.