Nel 1901 nel suo ambiente professionale le cose iniziano a migliorare, la clinica per dementi ed epilettici viene ampliata. Ma questo, per lui, è anche un anno tragico: muore la moglie. Lascia il servizio a Francoforte e inizia a lavorare, solo per qualche mese, nel laboratorio di Heidelberg, dove già Nissl lavorava, poi si trasferirà a Monaco di Baviera, dove entra in servizio della clinica di Emil Kraepelin. Qui avrebbe avuto a disposizione molti locali per la sperimentazione e anche strumenti per le sue ricerche di patologia cerebrale ed istopatologia. Nel 1903 presenta all'Università Luigi Massimiliano di Monaco la sua dissertazione per l'abilitazione alla libera docenza; il 10 agosto 1904 Alzheimer viene nominato libero docente per decreto ministeriale. Il 25 ottobre 1906 diviene primario dirigente presso Kraepelin, tiene, inoltre, lezioni di psichiatria.