L'origine del seno di Guérin è contestata, ma studi recenti evidenziano che possa derivare (come l'intera fossa navicolare) da un'infiltrazione di cellule endoteliali nella placca uretrale (o lastra uretrale): una porzione della parte fallica del seno urogenitale, che genera diversi elementi dell'uretra maschile. La profondità e le dimensioni di questo notevole diverticolo dipendono dallo sviluppo della fossa stessa: se è completo, la "Lacuna magna" assume dimensioni notevoli ed è perfettamente separata dalla fossa centrale dalla valvola di Guérin. In caso di sviluppo incompleto, solo una parte del seno e della valvola di Guérin si formano in modo definito. Non è raro che la lacuna assuma dimensioni troppo marcate: in questo caso, benché in genere asintomatica, può provocare in alcuni casi disturbi urinari da lievi a moderati. Alcuni studi sembrano mostrare che la "Lacuna magna" sia coinvolta in molti casi di duplicazione uretrale (cioè la formazione, erronea, di due uretre).