Nel 1930 divenne assistente presso l'ospedale civile di Gorizia e, nel luglio dello stesso anno, venne trasferito all'ospedale psichiatrico di Milano in Mombello. Nel 1931, dopo aver vinto un concorso, ottenne il posto di medico di sezione all'ospedale psichiatrico di Cuneo in Racconigi. Nel 1932 Alfredo Coppola venne nominato professore presso l'Università degli Studi di Messina e riuscì a convincere Canziani a seguirlo come aiuto, incarico che quest'ultimo mantenne fino al 1934. Nei primi anni trenta, tuttavia, Canziani riscontrò serie difficoltà economiche per via della sua fede socialista e della sua riluttanza a iscriversi al Partito Nazionale Fascista; nonostante l'idea di trasferirsi in Spagna da Santiago Ramón y Cajal, fu convinto da Lugaro a iscriversi, ottenendo in questo modo l'abilitazione alla libera docenza nel 1935. Dopo aver vinto nello stesso anno una borsa di studio, si stabilì presso la clinica psichiatrica e neurologica dell'Università Carolina. Nel giugno 1936 assunse il ruolo di aiuto di Coppola alla clinica delle malattie nervose e mentali di Palermo.