Nonostante queste acquisizioni, al momento non è chiaro quali meccanismi siano coinvolti nell'eliminazione dei microorganismi dall'ospite e, in particolare, nella loro uccisione. Si è visto, infatti, che le babesie morte si trovano ancora all'interno dei globuli rossi. Si ritiene, pertanto, che la loro eliminazione sia dovuta ad un fattore solubile che fa degenerare il parassita piuttosto che alla lisi cellulare meditata dal complemento o dai linfociti CD8. Secondo alcuni studiosi la produzione di INF-γ, ad opera dei linfociti CD4, sembra correlare con una diminuzione della parassitemia e che tale molecola potrebbe essere direttamente tossica per i parassiti, inclusi quelli intraeritrocitari.