I grandi successi da lui ottenuti fecero presto nascere una accesa rivalità tra Koch e Pasteur, altro indiscusso padre della batteriologia, rivalità che ben presto divenne una questione di orgoglio nazionale. Si pensi al fatto che la stessa materia veniva chiamata microbiologia dai seguaci di Pasteur e batteriologia dai seguaci di Koch. L'inizio di tale controversia viene fatta risalire al 1882, quando si tenne a Ginevra il Congresso Internazionale di Igiene. In tale occasione Koch iniziò a contestare la validità delle scoperte di Pasteur e criticò con forza il metodo utilizzato dallo scienziato francese per il vaccino contro l'antrace, la cui efficacia era stata dimostrata pubblicamente nel 1881 a Pouilly-le-Fort.