La batterioterapia fecale, nota anche come trapianto di feci, è efficace all'incirca dall'85% al ​​90% in coloro per i quali gli antibiotici non hanno funzionato e come trattamento alternativo nella CDI, specie nelle forme recidivanti. Prevede l'infusione del microbiota acquisito dalle feci di un donatore sano per invertire lo squilibrio batterico responsabile della natura ricorrente dell'infezione. La procedura ripristina il normale microbiota del colon che era stato spazzato via dagli antibiotici e ristabilisce la resistenza alla colonizzazione da parte di "Clostridioides difficile". Gli effetti collaterali, almeno inizialmente, sono pochi. 