Nel 1885, il professor von Frerichs fu succeduto dal professor Carl Gerhardt, il quale non comprese l'importanza delle ricerche di Ehrlich e non gli concesse le libertà di cui prima godeva per dedicarsi ai suoi studi. Ciò rese l'ambiente di lavoro per Ehrlich poco sopportabile. Ammalatosi di tubercolosi, si dimise dalla sua posizione al "Charitè-Hospital" e si trasferì in Egitto a scopi terapeutici. Questo viaggio, a detta dei suoi più intimi amici, fu positivo soprattutto per la salute psicologica di Ehrlich, che mal sopportava di lavorare con Gerhardt.