L'Health Promotion Program (Programma sulla Promozione della Salute) della Columbia University riporta che una dieta fruttariana può causare carenze di calcio, proteine, ferro, zinco, vitamina D, la maggior parte delle vitamine B (in particolare della B12), e acidi grassi essenziali. È dunque fondamentale nell'intraprendere una dieta fruttariana farlo sotto stretto controllo medico, facendo analisi periodiche ed affidandosi alle verifiche di un medico esperto in nutrizione. Alle prime manifestazioni di eventuali malesseri o disturbi insoliti, ogni dieta fruttariana va immediatamente sospesa.