Dopo i suoi studi a Cracovia, dove frequentò uno dei migliori licei, nel 1936 Bartłomiej Nowodworskisi s'iscrisse alla facoltà di medicina dell'Università Jagellonica, ma l'inizio della Seconda guerra mondiale nel 1939 interruppe i suoi studi prima della laurea. Kępiński si arruolò nell'esercito polacco per difendere la patria dall'invasione tedesca. Fu internato in Ungheria, dove era fuggito con alcune truppe polacche dopo che la Polonia fu invasa dalla Wehrmacht tedesca. Nel 1940 riuscì a scappare e si diresse in Francia e poi in Spagna dove fu imprigionato nel campo di Miranda del Ebro.