 Il sovradosaggio può condurre nell'arco di una-due settimane a grave mielosoppressione. Dosaggi totali di Etoposide pari a 2,4–3,5 g/m² somministrati per via endovenosa nell'arco di 3 giorni hanno causato mucosite e mielotossicità. Acidosi metabolica e grave tossicità epatica sono state osservate dopo la somministrazione di dosi superiori a quelle raccomandate. Non è disponibile un antidoto specifico. Devono essere impiegate terapie sintomatiche e di supporto e i pazienti devono essere strettamente monitorati. 