Tra i marker genetici svolge un ruolo sempre più importante l'utilizzo del PCA3, gene specifico della prostata, con probabile funzione regolatrice, che non codifica proteine che risulta essere sovra-espresso nei tumori prostatici Usando tecniche di amplificazione genica è stata dimostrata la possibilità di valutare l'espressione del gene nelle cellule raccolte in un campione di urina dopo massaggio prostatico.Il "PCA3 Score" viene determinato come rapporto tra PCA3 mRNA e PSA mRNA, entrambi ricavabili dal "PCA3 test". Nel 2006 all'American Urological Association sono stati presentati dati su 1000 uomini studiati con "PCA3 test" 88 : usando un cut-off di 35 per la diagnosi di carcinoma prostatico, è stata riferita una specificità del 74% ed una sensibilità del 58%. Lo score quantitativo PCA3 correla con la probabilità di avere una biopsia positiva per cancro: a bassi punteggi (< 5) il tasso di biopsie positive è del 20%, mentre per punteggi > 100 la probabilità di una biopsia prostatica positiva è del 67% 89 .