Il quadro clinico varia da occlusione precoce, enterocolite (quadro paradosso), a stipsi grave che può evolvere nel corso della vita in quadri sub-occlusivi fino al megacolon tossico e alla morte. Il quadro clinico della malattia è caratterizzata da mancata, ritardata o parziale emissione del meconio (prima evacuazione del neonato), che normalmente dovrebbe avvenire nelle prime 24 ore di vita, mentre assolutamente tipica è la costipazione ostinatissima, con impossibilità di evacuare spontaneamente e conseguentemente l'occlusione intestinale.