L'accertamento (diagnosi) viene effettuato tramite il prelievo di piccoli pezzetti di tessuto (biopsia) da linfonodi o dall'intestino e con il successivo esame istologico. L'analisi permette il riconoscimento del batterio Tropheryma whippeli oltre ad individuare altre specifiche alterazioni della mucosa dell'intestino tenue o di altri tessuti.