Mentre gli anticorpi diretti verso la pompa protonica inibiscono la secrezione intraluminale di acido cloridrico, gli anticorpi diretti verso il fattore intrinseco alterano la capacità di questa proteina di legare la vitamina B12, fattore indispensabile per la sintesi dell'emoglobina, del DNA e di alcuni neurotrasmettitori. Il quadro clinico connesso con il deficit di vitamina B12 è denominato "malattia di Biermer" ed è caratterizzato dalla triade anemia perniciosa, disturbi gastrointestinali (stipsi) e disturbi neurologici (paresi, atassia, disturbi delle sensibilità tattile/propriocettiva e parestesie, presenza di riflessi patologici come il segno di Babinski e il segno di Rossolimo). Tuttavia la presenza di questi anticorpi è sovente accompagnata da un'infiltrazione di linfocitaria (linfociti T) a carico della mucosa gastrica e che può giustificare la presenza delle caratteristiche modificazioni in senso atrofico.