Ernesto Pestalozza diede un indirizzo fisio-patologico al suo insegnamento universitario di Ostetricia e Ginecologia e in terapia tendeva ad adattarsi ai ritmi biologici, escludendo l'aborto terapeutico. I suoi studi anatomici dell'utero diedero nuovo impulso alla pratica chirurgica, in particolare a quella del prolasso e della correzione dei movimenti dell'utero. Osservò i tumori del mesentere, la metastasi dei tumori maligni ovarici, i fibromi uterini, la tubercolosi genitale femminile.