Solo optando per un matrimonio vantaggioso, Charcot sapeva di poter ambire a una vita alla quale egli aveva sempre aspirato. Aveva 39 anni, nel 1864, quando sposò Augustine Durvis. Cresciuta in un contesto artistico, figlia del famoso sarto e gallerista parigino Laurent-Richard, Charcot trovò in lei non soltanto la sua compagna, ma anche colei che poteva condividere i suoi gusti. Il loro trasloco nel quartiere di Saint-Germain fu una tappa importante per l'entrata di Jean-Martin Charcot nell'aristocrazia parigina. Nel 1865 nacque la loro figlia Jeanne e nel 1867 il figlio Jean-Baptiste, che diventerà un celebre comandante marittimo e autore di lavori oceanografici nelle regioni polari, e che morirà in mare nel naufragio della nave da spedizione "Pourquoi-pas IV".