L'efficacia di alcuni farmaci antipertensivi può essere ridotta dalla contemporanea assunzione di atomoxetina, che tende ad agire sui livelli pressori aumentandoli. Il farmaco, inoltre, può potenziare gli effetti cardiovascolari dei farmaci beta2-agonisti come salbutamolo, albuterolo e altri, sia che siano somministrati per via sistemica, sia per nebulizzazione. In tali casi si può osservare una tendenza all'aumento della frequenza cardiaca e della pressione arteriosa. Analogamente, i farmaci che interferiscono con la noradrenalina (ad esempio antidepressivi come venlafaxina, imipramina, mirtazapina e decongestionanti nasali come fenilefrina e pseudoefedrina possono essere responsabili di effetti farmacologici additivi o sinergici e devono essere usati con cautela in associazione all'atomoxetina.