Le mutazioni sono a carico soprattutto del gene COL6A3, benché siano possibili anche mutazioni di COL6A1 E COL6A2. Le mutazioni avvengono a livello del segmento genico che codifica per la regione proteinca compresa tra la porzione prossimale e la porzione aminoterminale, con perdita di un esone o sostituzione delle glicine con il tripeptide Gly-X-Y. Tali alterazioni modificano l'appaiamento dei frammenti collagenici provocando un'alterata disposizione delle fibrille.