Nella biologia molecolare standard, l'organismo maggiormente adoperato per la produzione di proteine a partire da DNA ricombinante è il batterio "Escherichia coli"; questa scelta dipende dalla sua capacità di crescita altamente rapida, una buona resa proteica e minime richieste di elementi nutritivi. La produzione in "E. coli "è generalmente più rapida rispetto a "P. pastoris" per varie ragioni: le cellule di "E. coli "rese competenti possono essere conservate congelate e possono essere scongelate poco prima dell'uso, al contrario "P. pastoris" necessita di varie generazioni prima dell'uso. Le rese di espressione in "Pichia" variano largamente a seconda dei cloni selezionati, per cui è necessario effettuare screening su un gran numero di cloni prima di riuscire a selezionare un buon produttore.