Il fenofibrato viene rapidamente assorbito dal tratto gastrointestinale quando assunto durante i pasti; il picco plasmatico compare dopo quattro ore. L'emivita plasmatica è di 7 ore. Il farmaco si lega alle proteine plasmatiche per il 99%. Il fenofibrato viene rapidamente idrolizzato ad acido fenofibrico, metabolita attivo, il quale è ampiamente legato alla albumina plasmatica (emivita di eliminazione di 20 ore). L'acido fenofibrico viene eliminato principalmente con le urine come glucuronide e, in parte, nella sua forma ridotta libera o coniugata con acido glucuronico. Oltre l'80% della dose assunta viene escreto nelle urine nelle prime 24 ore.