Dal 2005, la morbilità e la mortalità derivanti da "C. difficile" sono aumentate costantemente in tutto il mondo in funzione dell'insorgenza di ceppi definiti ipervirulenti (in particolare il ribotipo 027). I meccanismi attualmente proposti che distinguono i ceppi ipervirulenti dai ceppi precedenti (meno virulenti) sono oggetto di controversia. Sono stati proposti: l'aumentato tasso di sporulazione, l'aumentata produzione di tossine , la capacità di sopravanzare i ceppi enedemici nell'intestino dell'ospite ma come questo patogeno sia diventato la principale causa di infezioni nosocomiali rimane sconosciuto e la classificazione di "ceppo ipervirulento" resta arbitraria.Molti ceppi di C.difficile sono stati rilevati negli animali ed in alimenti ricavati da animali facendo emergere anche l'ipotesi che molte trasmissioni del "C.difficile" nell'uomo siano correlate con l'alimentazione di carne o pesce o interspecie.