Fluprednidene acetato è controindicato nei soggetti con ipersensibilità nota verso il principio attivo oppure uno qualsiasi degli eccipienti utilizzati nella preparazione farmacologica. È inoltre controindicato in caso di infezioni virali (ad esempio herpes simplex oppure herpes varicella-zoster) oppure in corso di affezioni cutanee specifiche, come la tubercolosi o la sifilide).