Al contrario è stata riscontrata incompatibilità chimica tra polimixina solfato e molti altri antimicrobici quali amfotericina B, cefalotina sodica, cefazolina sodica, cloramfenicolo sodio succinato, nitrofurantoina sodica, penicilline e tetraciclina cloridrato. Il farmaco risulta incompatibile anche con sali di magnesio, di manganese, di cobalto e di ferro, nonché con eparina sodica, clorotiazide sodica e prednisolone sodio fosfato. La polimixina viene rapidamente inattivata dagli alcali e dagli acidi forti.