Ci sono evidenze sul fatto che i batteri che abitano nell'intestino (il cosiddetto microbiota intestinale) possono modulare il sistema immunitario mucosale; alcuni ceppi probiotici sono in grado di stabilire un dialogo incrociato ("cross-talk") con il sistema immunitario intestinale (GALT, Gut Associated Lymphoid Tissue) e di avere quindi un effetto su di esso. Le conseguenze di queste interazioni nel loro complesso sono tuttavia ancora da comprendere.