Durante questo periodo, il nuovo programma di ricerca di Baltimore prosperò nel nuovo istituto. Importanti scoperte, al laboratorio di Baltimore, includono la scoperta della chiave di trascrizione NF-κB di Dr. Ranjan Sen e David Baltimore nel 1986. La loro intenzione era quella di identificare i fattori nucleari richiesti per l'espressione genica Ig nei linfociti B. Quello che scoprirono, NF-κB, si rivelò avere una maggiore importanza. NF-κB prende parte nelle risposte di regolazione cellulare e appartiene alla categoria di fattori di trascrizione primaria ad azione rapida. La loro scoperta portò ad una esplosione di informazioni coinvolgendo uno dei più studiati paradigmi degli ultimi due decenni.