La diagnosi differenziale della sindrome di Susac comprende le malattie demielinizzanti infiammatorie del SNC (sclerosi multipla, encefalite disseminata acuta, neuromielite ottica o malattia di Devic), altre malattie del SNC (malattia di Menière, infezioni, tumori maligni, disturbi psicotici, malattie cerebrovascolari, occlusione di branca dell'arteria retinica) e malattie autoimmuni (encefalite limbica, sindromi di Cogan, Churg-Strauss e Sjögren, malattia di Eales, malattia autoimmune dell'orecchio interno, poliarterite nodosa, granulomatosi di Wegener, lupus sistemico eritematoso, sindrome da antifosfolipidi, malattia di Behçet, malattie autoimmuni reumatologiche).