Per i suoi meriti scientifici, l'Università di Catania, in sua memoria bandisce annualmente un premio ("Premio Scapagnini") assegnato dall'Associazione onlus "Scuola Superiore di Formazione in Medicina" di Catania a laureati in medicina e chirurgia o in biotecnologie mediche all'Università di Catania con una votazione di 110/110 e lode, che abbiano svolto una tesi sperimentale nell'area delle neuroscienze.