Brambilla si adoperò nel tentativo di migliorare la chirurgia, con particolare riguardo alla chirurgia militare. Egli sosteneva la superiorità della chirurgia rispetto alla medicina, potendo la prima risolvere delle situazioni per le quali la seconda era assolutamente impotente; di conseguenza si dedicò al miglioramento della chirurgia militare, la quale godeva di pessima fama essendo affidata ai cosiddetti sottochirurghi. Quest'ultimi erano generalmente privi di ogni cultura medica e cognizione anatomica.