Le funzioni del CNS sono molto complesse e variegate, e vanno dal supporto per la programmazione regionale e nazionale (autosufficienza regionale e nazionale di sangue, emocomponenti ed emoderivati), alle funzioni di vigilanza e controllo (condizioni omogenee e qualitativamente conformi alla normativa europea su tutto il territorio nazionale), alla promozione della formazione e ricerca scientifica (sviluppo della medicina trasfusionale, diffusione delle pratiche di utilizzo appropriato del sangue e dei suoi prodotti, sviluppo di programmi di diagnosi e cura).