Un secondo fattore che riduce la biodisponibilità e il valore biologico dei legumi è la presenza di alcune frazioni proteiche resistenti all'azione delle proteasi, e la presenza di fattori antinutrizionali (endogeni) quali polifenoli, fitati, fibra, inibitori di proteasi, lectine (in dosi minimi nei lupini), eliminabili con una cottura non breve. La lectina in particolare riduce l'attività degli enzimi tripsina e chimotripsina, necessari alla digestione delle proteine.