I vaccini costituiti da virus intero possono provocare la reazione del sistema immunitario come se il corpo fosse effettivamente infettato e possono apparire i sintomi dell'infezione (molti sintomi di influenza e raffreddore sono solo sintomi di infezione generale), anche se non sono gravi o durevoli come quelli provocati dalla vera infezione. Il più pericoloso effetto collaterale è costituito dalla reazione allergica sia al materiale virale che ai residui delle uova di gallina utilizzati per la coltura del virus. Queste reazioni tuttavia sono estremamente rare. Il vaccino non deve essere somministrato a: bambini di età inferiore a 6 mesi; persone allergiche alle proteine dell'uovo (perché nella produzione industriale i virus influenzali vengono fatti crescere nelle uova di gallina).