La Sebelius ha posto il veto ad alcune proposte di legge anti-abortiste nel 2003, 2005, 2006 e 2008, tra cui una legge che voleva vietare l'aborto nell'ultimo trimestre di gravidanza ("late-term abortions") nello stato del Kansas. A marzo 2009 anche il Prefetto del Supremo Tribunale della Segnatura Apostolica, Mons. Raymond Leo Burke, ha ribadito il divieto di ricevere la Comunione poiché "dopo ammonizione pastorale, persiste ostinatamente in peccato grave".