Alla morte di Charcot nel 1893, Babinski, privo di protezione, decise di non interessarsi ad ulteriori concorsi accademici. Preclusagli così la carriera universitaria, Babinski aprì una sua scuola di neurologia, dedicandosi alla ricerca clinica. Nel 1895 divenne primario all'Ospedale della Pietà di Parigi, dove lavorò fino al suo ritiro, nel 1922. Morì per le complicazioni di una patologia neurologica: la malattia di Parkinson.