A partire dagli anni duemila sono state condotte radicali opere di riorganizzazione delle strutture, inclusa l'apertura del 5º lotto nel 2003. I reparti vengono gradualmente ristrutturati applicando anche le moderne teorie sull'utilizzo dei colori, ai servizi alla persona si sono aggiunti un nuovo bar-ristorante con facciata a vetri che guarda verso Parco Querini e la nuova cappella realizzata da Paolo Portoghesi sul tetto del 5º lotto. Altri lavori di restyling hanno riguardato l'ingresso principale del San Bortolo e le indicazioni cromatiche per raggiungere i reparti.