I difetti più comuni alla nascita associati all'ipospadia comprendono criptorchidismo, malformazioni dell'apparato urinario come il megauretere, problemi cardiaci ed ernia inguinale obliqua. La loro incidenza è più elevata nei pazienti con forme posteriori ed è stimata complessivamente al 9,3-32%. Spesso una stenosi dolorosa del meato (riscontrabile durante la minzione) è accompagnata alla manifestazione clinica del difetto; in questo caso il rischio è quello di avere una maggior predisposizione per infezioni, reflusso di urina e anche una possibile insufficienza renale cronica. Il diverticolo prostatico persistente, a volte indicato come vagina maschile, viene raramente rilevato in pazienti con ipospadie anteriori, ma si ritrova nel 40% dei soggetti con forme scroto-perineali e perineali. In questi bambini una diagnostica accurata per altre anomalie del tratto urinario è fortemente raccomandata.