Studiò medicina in Spagna all'Università di Salamanca. Messo in condizione di non poter tornare in patria, come voleva, a causa delle persecuzioni dell'Inquisizione, viaggiò in tutta Europa prima di stabilirsi a Ferrara, insegnando anatomia all'università come assistente di Giambattista Canano. Scrisse diversi trattati, tra cui "Index Dioscoridis" (1536), "In Dioscorides de Medica materia Librum quinque enarrationis" (1556), e "Curationium Centuriae Septem" (1556). Fu per un certo tempo al servizio di Papa Giulio III, a Roma. Con l'ascesa di Papa Paolo IV, iniziò la persecuzione degli ebrei in Italia. Lusitano fuggì prima a Ragusa, poi in Grecia, fermandosi a Salonicco, che concentrava una grande comunità ebraica e faceva parte dell'Impero ottomano.