Fluconazolo viene secreto nel latte materno e raggiunge concentrazioni inferiori a quelle riscontrabili a livello plasmatico. La somministrazione a donne che allattano al seno è considerato possibile, purché venga somministrata una singola dose di fluconazolo a basso dosaggio (meno di 200 mg). Al contrario, non è raccomandato eseguire somministrazioni ripetute e/o con elevati dosaggi del farmaco.