Le manifestazioni urogenitali in FC riguardano la fertilità e pertanto non sono evidenti sino al raggiungimento dell'età riproduttiva.Talora negli uomini il riscontro di azoospermia allo spermiogramma può porre il sospetto di malattia, a causa dell'atresia congenita bilaterale dei dotti deferenti (CBAVD), in quanto questi siano molto sensibili alla disfunzione di CFTR e l'anomalia si verifica in circa il 97%-98% degli uomini con FC classica.Le donne con FC sono invece di solito fertili, ma con una maggiore difficoltà a concepire rispetto alle donne sane. Ciò è spesso dovuto all'ispessimento del muco cervicale, con associato ciclo ovarico anormale e una ridotta riserva ovarica. Anche il carente stato nutrizionale può, in alcuni casi, provocare amenorrea. L'incidenza di aborto spontaneo e di mortalità perinatale non risulta essere significativamente superiore rispetto alla popolazione sana, mentre si verifica un'incidenza di parto prematuro nettamente superiore. Le condizioni generali, nutrizionali e respiratorie preesistenti sono fondamentali per quello che sarà l'esito della gravidanza, sia per il bambino sia per la madre.