Tet-6 è localizzato vicino al sito-E, in una cavità delimitata da Arg4 e Arg5 all'estremità N-terminale di S7, Arg120 di S9 e le eliche H28, H34, H38 e H43 dell'rRNA 16S. Le interazioni tra rRNA e Tet-6 interessano esclusivamente lo scheletro dell'RNA e sono coordinate dallo ione magnesio bivalente, in modo similare a quello osservato con Tet-1.