Dopo somministrazione per via orale Didanosina viene assorbita dal tratto gastrointestinale. La molecola è degradata in ambiente acido, pertanto le compresse masticabili commercializzate contengono degli eccipienti tamponanti in modo da innalzare il pH gastrico. Il farmaco deve essere somministrata a stomaco vuoto. Se didanosina viene assunta entro cinque minuti dall'ingestione di cibo, si osserverà un dimezzamento dei valori della concentrazione plasmatica massima (Cmax) e dell'area sotto la curva (AUC). Il volume di distribuzione allo steady-state (che in media si aggira sui 54 litri) farebbe pensare ad un certo assorbimento del farmaco da parte dei tessuti. 