Le molecole HLA di classe I e II presentano una distribuzione tissutale assai diversa [106] e differente è anche la loro espressione costitutiva e in seguito a simolazione.Le molecole codificate dai geni di classe I sono presenti praticamente su tutte le cellule, ad eccezione dei globuli rossi, che, di conseguenza, presentano molto male antigeni di microrganismi intracellulari (ad es. Plasmodium falciparum). La loro espressione è inducibile dagli IFN (α, β, γ) in particolare ma anche dal TNF e dalla linfotossina. Tali citochine sono prodotte in particolare durante le infezioni virali: in questo modo è favorita la presentazione dell'antigene e la conseguente morte della cellula infetta.Le molecole codificate dai geni di classe II sono, invece, espresse costitutivamente solo dalle cellule immunocompetenti, vale a dire monociti/macrofagi, cellule dendritiche, linfociti B, cellule epiteliali del timo cellule endoteliali e poche altre. In certe condizioni, come in seguito ad infezioni virali, le molecole di classe II possono comparire sulla membrana di cellule che non le esprimono, in particolare epiteli di rivestimento e cellule endocrine [102,103,107] , come conseguenza della loro esposizione all'IFN-γ.  