Esistono diverse modalità di esecuzione della biopsia polmonare ma attualmente la biopsia chirurgica rimane la tipologia di campionamento con il miglior profilo rischio-beneficio in quei casi in cui la clinica e l'imaging non sono sufficienti per porre diagnosi definitiva 61,62 .In Italia la percentuale di pazienti con IPF sottoposti a biopsia chirurgica è circa del 20-25%.La mortalità è stimata tra il 2% e il 6%. È richiesto il campionamento di almeno due lobi polmonari 29 .L'IPF è caratterizzata dal punto di vista istologico dal pattern UIP, il quale tuttavia non è specifico in quanto può essere osservato anche in altre patologie fibrosanti, come le malattie del tessuto connettivo, la polmonite da ipersensibilità cronica e le pneumoconiosi.Le principali caratteristiche istopatologiche che definiscono un pattern UIP sono:1) l'aspetto eterogeneo della fibrosi, la quale causa un rimodellamento dell'architettura polmonare che si traduce frequentemente nell'honeycombing e si alterna ad aree di parenchima sano;2) la presenza di foci fibroblastici al confine delle zone cicatriziali;3) l'interessamento del parenchima subpleurico e parasettale.Il rilievo di altri segni specifici, come il danno alveolare diffuso, l'infiammazione granulomatosa o la distribuzione bronchiolocentrica, permettono di indirizzare verso diagnosi alternative. I criteri istopatologici devono essere correlati con i criteri radiologici e clinici per giungere alla diagnosi.  