Nel 1647-1648, scoppiò una epidemia in Sicilia che diede l'occasione a Borelli di scrivere la sua prima opera da medico. L'opera intitolata "cagioni delle febbri maligne in Sicilia negli anni 1647-1648" venne pubblicata/ripubblicata a Cosenza nel 1649 in omaggio all'amico Tommaso Cornelio. La precisione con la quale Borelli trattò questo problema confermano ulteriormente che egli già in precedenza aveva raggiunto notevoli conoscenze mediche.