Le persone con la sindrome di Asperger sono più facilmente soggette a forme depressive rispetto alla popolazione generale e a una maggior probabilità di ideazione suicidaria, spesso concorrendo a creare nella loro interiorità un coacervo di contraddizioni. Spesso possono soffrire anche di disturbo non verbale dell'apprendimento fobia sociale, disturbo schizoide di personalità, disturbi d'ansia, disturbo ossessivo-compulsivo.