L’INMP è un ente con personalità giuridica di diritto pubblico, dotato di autonomia organizzativa, amministrativa e contabile, sottoposto alla vigilanza del Ministero della Salute. Sono organi dell'Istituto il Consiglio di Indirizzo, il Direttore Generale e il Collegio Sindacale. Da un punto di vista organizzativo l’INMP si articola in tre Direzioni, generale, sanitaria e amministrativa, così a loro volta suddivise: