La degradazione anaerobica dei polisaccaridi nel colon è un processo complesso che coinvolge diversi gruppi microbici funzionali con attività metaboliche complementari. I diversi microrganismi interagiscono tra di loro per formare acidi grassi a catena corta e gas (idrogeno, anidride carbonica e metano in alcuni individui).Il primo passo in questa catena consiste nell'idrolisi dei polisaccaridi ad opera dei batteri con la conseguente produzione di piccole frazioni oligosaccaridiche. In particolare, dalla fermentazione intestinale dei carboidrati derivano l'acido acetico, propionico e n-butirrico 303 .I bassi livelli di batteri anaerobi nel meconio rendono conto della minore concentrazione totale di acidi grassi a catena corta (SCFA) e della più elevata concentrazione relativa di acido acetico riscontrate nei neonati rispetto ai valori degli adulti. Ciò è stato attribuito alla differenza nei substrati disponibili alla fermentazione batterica 304 .La concentrazione totale degli acidi grassi fecali a catena corta è circa la metà di quella trovata negli adulti e la concentrazione relativa è variabile in funzione dell'alimentazione del neonato 305,306 . A due mesi di età gli allattati al seno presentano una quantità di acido acetico nello spettro degli SCFA significativamente superiore rispetto ai lattanti nutriti con formula; è stato ipotizzato che ciò possa rappresentare un fattore protettivo nei confronti di diarrea ed infezioni respiratorie in età pediatrica. In uno studio di Edwards l'allattamento artificiale è stato associato ad una minor concentrazione di acido lattico e ad una maggiore di acido propionico e n-butirrico, il quale è considerato importante per la salute della mucosa colica dell'adulto 306 . I bambini allattati al seno hanno elevate concentrazioni di acido acetico e lattico, mentre quelli allattati con formula presentano concentrazioni maggiori di acido propionico, butirrico e valerianico. La produzione degli acidi acetico e lattico è attribuita ai bifidobatteri, quella degli acidi propionico e butirrico è invece dovuta a batteroidi e clostridi.Oltre a costituire una fonte energetica primaria per le cellule della mucosa del colon, gli acidi grassi a catena corta giocano un ruolo importante nella stimolazione del riassorbimento intestinale di acqua e sodio, nella prevenzione della diarrea, nell'inibizione della crescita di microrganismi potenzialmente patogeni e nella riduzione del pH endoluminale.Saemann ha inoltre dimostrato il ruolo degli acidi grassi nel prevenire la reattività immunologica dell'ospite nei confronti della flora microbica intestinale ed ha evidenziato anche un'importante attività antinfiammatoria dell'acido butirrico: questo, infatti, interferirebbe a livello dei fattori di trascrizione essenziali per la produzione di citochine pro-infiammatorie 307 .I prodotti della fermentazione dei carboidrati da parte di microrganismi idrolitici e glicolitici comprendono etanolo, succinato e lattato che non si accumulano nell'ecosistema, ma vengono rapidamente metabolizzati ad opera di altre specie batteriche in prodotti finali di eliminazione. L'idrogeno prodotto durante tale processo viene eliminato con il respiro ed in parte riutilizzato in situ dai batteri. La produzione di metano (CH 4 ) dal metabolismo dell'idrogeno ad opera di batteri metanogenici è stata osservata solo in alcuni individui all'interno della popolazione 308 .