In attesa di biomarker in grado di fornire test diagnostici affidabili e specifici per la sola sensibilità al glutine non celiaca, la diagnosi di sensibilità al glutine è necessariamente di esclusione rispetto alle altre patologie glutine correlate (celiachia e allergia al frumento), oltre a rilevare sintomi e marcatori di allergia e intolleranza. Una volta escluse la vera celiachia e l'allergia al frumento (con reazione immediata di tipo allergico diretto), se il soggetto risponde positivamente ad una dieta priva di glutine (con un leggero o deciso miglioramento dei sintomi cronici e acuti) si può pensare ad una diagnosi di sensibilità al glutine.