La misura dell'attività scientifica svolta dalla Clinica Medica di Genova nel periodo in cui Maragliano la diresse, è data da ben 2453 lavori originali. Come ricercatore, Maragliano rivolse la sua operosità a molti rami della medicina, ma il suo nome è associato principalmente allo studio della malattia tubercolare. Infatti, dal 1890 in poi, la miglior parte della sua ricerca scientifica si svolse in questo campo, dove si rivelò un precursore.