Sono stati condotti studi su ratti e conigli a dosi di clorexidina gluconato fino a 300 mg/kg/die e 40 mg/kg/die, senza provocare danni al feto. Tuttavia, non ci sono studi su donne gravide. Poiché gli studi sulla riproduzione animale non sono sempre predittivi di sicurezza sull'uomo, questo farmaco deve essere usato durante la gravidanza solo se strettamente necessario.