I professori Hornig e Montoya, i quali hanno ricevuto entrambi finanziamenti dal National institue of Health per identificare i sottogruppi della CFS, ritengono che debbano esserci terapie differenziate a seconda del tipo di CFS, citando espressamente come possibili alternative di trattamento terapeutico: antibiotici, antivirali, l'immunoterapia, trattamenti probiotici o la terapia di sostituzione dei lipidi di membrana.