Affermò poi la possibilità della trasmissione della malaria per mezzo delle zanzare, incoraggiando la bonifica delle paludi nell'Agro Pontino. Mentre molti sostenevano ancora le ragioni dell'antico umoralismo, nel "De bovilla peste" (1712) e nel successivo "De noxiis paludum effluviis eorumque remediis" (1717) egli affermò che la malaria fosse una "vera pestem", e che la sua origine fosse un'infezione trasmessa attraverso il contagio. Fece due ipotesi: la prima prevedeva che gli insetti depositassero organismi microscopici in cibi o bevande lasciati scoperti, e che ci si ammalasse consumando tali alimenti; la seconda invece prevedeva che gli insetti iniettassero direttamente nelle ferite la loro saliva piena di un "venifico liquido".