Nonostante ciò rimase aperto il dibattito sul processo di contagio tra coloro che sostenevano fosse causato da microrganismi e coloro che invece sostenevano che le malattie infettive fossero dovute a miasmi ed esalazioni di particelle acide e corrosive. Il contrasto, destinato a segnare tutta la storia della medicina moderna, si ripropose a proposito del problema dell'eziologia acarica della scabbia propugnata da Giovanni Cosimo Bonomo e Diacinto Cestoni. In questo caso Lancisi sostenne le ragioni dell'antico umoralismo. Il contrasto provocò una vivace controversia tra Lancisi e Bonomo, dietro la quale si stagliava, con molta chiarezza, la figura di Francesco Redi. Il medico romano fu probabilmente coinvolto anche nella vicenda della diffusione della notizia di una presunta ritrattazione del medico aretino, che avrebbe riguardato sia il principio della generazione parentale sia, nel caso specifico, la generazione degli insetti delle galle.