L'esomeprazolo è l'S-enantiomero dell'omeprazolo. Poiché l'enantiomero R-omeprazolo è eliminato più rapidamente, l'esomeprazolo ha il vantaggio cinetico di avere un tempo di emivita maggiore, garantendo un periodo di tempo più lungo in cui il pH gastrico è superiore a 4. Dal momento che esiste una correlazione tra questo periodo di tempo con i tassi di guarigione della malattia da reflusso gastrico, soprattutto gastrite erosiva, i vantaggi clinici dell'esomeprazolo sono evidenti soprattutto nel trattamento di quest'ultima. La superiorità clinica è ancora maggiore nelle forme più gravi di esofagite erosiva. 