Un'altra condizione direttamente collegato al GFAP è la malattia di Alexander, questa malattia è una malattia genetica rara neurodegenerativa, il meccanismo cellulare alla base della malattia è la presenza di accumuli citoplasmatici contenenti GFAP e proteine da shock termico, note come fibre di Rosenthal, tali fibre compromettono l'integrità strutturale della sostanza bianca; Il rapporto tra GFAP e la malattia di Alexander non è completamente noto, ma le mutazioni nella regione codificante del gene GFAP vengono associate all'insorgenza di tale malattia; Si ritiene che il rapporto tra le fibre di Rosenthal e il fenotipo osservabile sia dovuto ad interferenze nelle interazioni con gli altri astrociti, e una possibile incapacità di mantenere integra la barriera ematoencefalica.