L'amfotericina viene somministrata per via endovenosa. Può essere somministrata anche per via intratecale per il trattamento di meningiti che hanno colpito il SNC. Si lega ampiamente alle proteine plasmatiche e si distribuisce bene in tutto l'organismo e nei tessuti, ma scarsamente nell'occhio e nel liquido amniotico, sebbene attraversi la placenta.