La SIBO può essere accompagnata sia da dispepsia che da malassorbimento. I batteri possono interferire con i processi enzimatici, di assorbimento e metabolici dell'organismo. Un danneggiamento dell'orletto a spazzola degli enterociti può compromettre l'attività delle disaccaridasi; se al contempo i batteri metabolizzano fruttosio, lattosio e sorbitolo può manifestarsi un malassorbimento dei carboidrati. Una mucosa intestinale danneggiata incrementa la permeabilità intestinale e può dare origine a un'enteropatia proteino-disperdente; i batteri possono inoltre metabolizzare le proteine, determinando un'eccessiva produzione di ammoniaca e una carenza proteica per l'organismo. Questi batteri possono anche deconiugare i sali biliari producendo un malassorbimento di lipidi e vitamine liposolubili. I microrganismi anaerobi possono consumare la vitamina B12 determinandone una carenza. Inoltre possono produrre troppo acido litocolico, che in grandi quantità risulta poco assorbibile e tossico per l'intestino.