Al 2020 non esiste un trattamento specifico per l'infezione da virus Nipah. Il trattamento cardine è la terapia di supporto. Si raccomandano pratiche standard di controllo delle infezioni e adeguate tecniche infermieristiche di barriera per evitare la diffusione dell'infezione da persona a persona. Tutti i casi sospetti di infezione da virus Nipah devono essere isolati. Mentre prove provvisorie supportano l'uso di ribavirina, non è stato ancora studiato nelle persone con la malattia. Anticorpi specifici sono stati anche studiati in un modello animale con potenziali benefici. Sono stati anche provati Acyclovir e favipiravir, così come il remdesivir.