La struttura anatomica dei polmoni dei rettili è meno complessa che nei mammiferi. I rettili infatti sono privi di una struttura ampia e complessa delle vie aeree come quella presente nei polmoni dei mammiferi. Lo scambio di gas nei rettili avviene negli alveoli. I rettili non possiedono un diaframma, quindi, la respirazione avviene attraverso il cambiamento del volume della cavità corporea, controllato dalla contrazione dei muscoli intercostali. Fanno eccezione le tartarughe, dove la contrazione di specifiche coppie di muscoli laterali governa sia l'inspirazione che l'espirazione.