Manson si sposò nel 1876 con Henrietta Isabella Thurbun, dalla quale ebbe tre figli e una figlia. Fondò l'""Hong Kong College of Medicine for Chinese"", il primo istituto sanitario cinese che applicasse i principi e le nozioni della medicina occidentale: il rivoluzionario comunista cinese Sun Yat-sen fu uno dei suoi primi studenti. Nel 1911 l'istituto diverrà l'Università di Hong Kong. Tornò a Londra nel 1890. Nel 1897 scoprì un nuovo genere di filaria che avrebbe preso il nome di Mansonella. Nel 1899 partecipò alla fondazione della Scuola di Medicina Tropicale presso l'"Albert Dock Seamen's Hospital" di Greenwich a Londra, che divenne la "London School of Hygiene & Tropical Medicine" e vi insegnò per anni. Fu ammesso alla Royal Society nel 1900, e nominato baronetto nel 1903; l'anno successivo fu insignito della laurea onoraria in Scienze presso l'Università di Oxford. Nel 1902, presso il "Seamen's Hospital" Manson trovò delle uova d'elminta con la spina laterale, nelle feci di un uomo caraibico e propose l'esistenza di una specie intestinale di "Schistosoma", patogena per l'uomo. Nel 1907 Luigi Westenra Sambon della "London School of Tropical Medicine" descrisse il parassita scoperto da Manson, e, convinto che appartenesse a una specie di Schistosoma diversa da quella descritta da Theodor Bilharz, lo chiamò "Schistosoma mansoni", in onore del suo maestro.