"Shigella" è molto spesso resistente ad antibiotici come l'ampicillina per cui la terapia dovrebbe basarsi su test di sensibilità in vitro. Il trattamento con antibiotici viene effettuato perché malgrado l'infezione si risolva autonomamente nella maggior parte dei casi, è necessario ridurre i rischi di contagio (per esempio negli asili). È possibile ricorrere a una terapia empirica con l'utilizzo di fluorochinoloni o trimetroprim-sulfametossazolo. Per prevenire il contagio è necessario un accurato lavaggio delle mani e un idoneo smaltimento della biancheria.