Slicer è stato usato in molteplici ricerche cliniche. Nella ricerca sulla terapia guidata da immagini, Slicer si utilizza frequentemente per costruire e visualizzare raccolte di dati provenienti dalla MRI che in seguito possono essere disponibili sia per pianificare l'intervento che in ambito intra-operatorio, permettendo l'acquisizione di coordinate spaziali per il monitoraggio della posizione e del lavoro degli strumenti operatori. In effetti, Slicer è stato già impiegato nella "image-guided therapy", ed attualmente le sue funzioni vengono aumentate e perfezionate da molti team di ricerca in collaborazione con ingegneri informatici.