La comunità batterica che vive nel tratto gastrointestinale gioca un ruolo importante nella salute umana. Per questo motivo sono stati svolte delle ricerche sui microbiomi dei gemelli, pre, durante e post-volo. Si sono riscontrate differenze rilevanti tra i gemelli ad ogni controllo e ciò non è stato del tutto inaspettato, date le differenze nella dieta, nell'ambiente e nei livelli di immunità individuali tra i gemelli. Le specie microbiche di Scott durante la missione erano diverse da quelle pre-volo e in particolare si è riscontrata una diminuzione del phylum batterico Bacteroides. Nonostante ciò, i cambiamenti non persisterono al ritorno di Scott sulla Terra. Nel complesso, i cambiamenti osservati in volo non erano maggiori di quelli che potrebbero verificarsi ad una persona, sulla Terra, che varia la sua dieta o contragga una malattia.