Il pentaclorofenolo può essere quantificato nel plasma o nelle urine. L'esame viene normalmente eseguito mediante cromatografia liquida ad alta risoluzione, o tramite gascromatografia con cattura elettronica o rilevazione spettrometrica di massa. In situazioni di esposizione croniche l'urina contiene prevalentemente pentaclorofenolo coniugato, è pertanto consigliato prima di tutto eseguire l'idrolisi dei campioni.