Come molti dei suoi contemporanei, Jacob Einthoven arrivò ai tropici celibe e iniziò a vivere con la sua domestica, originaria di quei luoghi, la quale diede alla luce quattro figli.. Quest'ultima morì dopo il suo ultimo parto. Successivamente Jacob sposò una ragazza olandese, figlia di un direttore fiscale del Semarang, dalla quale ebbe altri sei figli tra cui Willem. L'ultimo – una bambina – nacque dopo la morte prematura di Jacob, stroncato da un ictus nel 1866: Willem Einthoven aveva allora sei anni..