Il ceppo responsabile della pandemia è stato identificato nei primi giorni di gennaio 2020 e denominato ufficialmente "Coronavirus 2 della Sindrome Respiratoria Acuta Severa", abbreviato SARS-CoV-2 e inizialmente denominato "nuovo Coronavirus 2019" (nCoV-2019) e raramente hCoV-2019. Di norma i Coronavirus vengono denominati includendo nel nome la sigla del Paese dove vengono identificati (es. Coronavirus umano NL63, dove NL è la sigla dei Paesi Bassi), ma nel caso del SARS-CoV-2 si è scelto di non denominarlo con la sigla del Paese o della città di prima identificazione, per denotarne la rilevanza internazionale e non locale. Il genoma del SARS-CoV-2 è stato per prima sequenziato e pubblicato il 10 gennaio 2020. L'11 febbraio 2020 l'OMS ha annunciato che la malattia respiratoria causata dal nuovo coronavirus è stata chiamata COVID-19. 