L'alteplase condivide le caratteristiche strutturali, chimiche e fisiche dell'attivatore tissutale del plasminogeno endogeno. È, dunque, una glicoproteina composta da 527 aminoacidi e dal peso molecolare di 70 kD. La molecola è composta da 5 domini funzionali, in ordine dalla regione amino-terminale a quella carbossi-terminale: