In questo periodo entrò nella Massoneria. Nel 1781 Hahnemann ricoprì la posizione di medico nell'area mineraria di Mansfeld. Nel 1782 sposò Johanna Kuchler, dalla quale ebbe undici figli. Proprio allora Hahnemann si rese conto dell'inefficienza delle tecniche terapeutiche dell'epoca, decidendo di non praticare più la professione medica; si narra che, ai pazienti in sala di attesa nel suo vecchio studio, disse: “"Andatevene, non sono in grado di curarvi, non voglio rubarvi i soldi"” Negli anni successivi, lasciata la pratica medica, si interessò di chimica, lavorò come traduttore di testi medici e scientifici e viaggiò visitando diversi paesi, fermandosi per un po' di tempo in diverse città come Dresda, Torgau, Lipsia e Kothen, per poi stabilirsi definitivamente a Parigi nel giugno del 1835.