Altre lesioni radiotrasparenti che potrebbero presentare aspetti radiografici simili, soprattutto nelle fasi iniziali, sono le cisti odontogene di altra origine, come le follicolari e le primordiali. Più rare sono le cisti non odontogene come la cisti emorragica, seguente a trauma, ed i tumori odontogeni di tipo non addensante, come il tumore cheratocistico odontogeno, l'ameloblastoma nella forma unicistica, il tumore odontogeno adenomatoide od il fibroma ameloblastico, solitamente caratterizzati da aggressività esclusivamente locale. Datà la rarità di queste patologie, e la difficoltà di differenziarle nelle fasi iniziali, la diagnosi dovrà basarsi sul follow-up a distanza dopo il trattamento canalare.