Karl König nacque a Vienna, in Austria-Ungheria, il 25 settembre 1902, l'unico figlio di un calzolaio ebreo. Studiò medicina presso l'Università di Vienna e si laureò nel 1927 in embriologia. Dopo la laurea, incontrò Ita Wegman, un medico antroposofico che lo invitò a lavorare nel suo istituto per persone con bisogni educativi speciali ad Arlesheim, in Svizzera. Sposò Mathilde Maasberg nel 1929.