Tuttavia nemmeno ciò ne spiega completamente il meccanismo degli effetti terapeutici. Ad esempio, uno studio ha messo in discussione il legame tra carenza di serotonina e sintomi della depressione, evidenziando che l'efficacia del trattamento a base di SSRI non prova tale legame. La ricerca indica che questi farmaci possono interagire con i fattori di trascrizione conosciuti come "clock genes", influenzare l'espressione genica ed espletare effetti antinfiammatori (nel corso della depressione sono state rilevate alterazioni nei livelli di marker infiammatori).