Studi eseguiti sugli animali hanno messo in evidenza che il composto, a seguito di assunzione per via orale, viene quasi completamente assorbito nei ratti e nei cani. Entro 24 ore dalla somministrazione per os una percentuale pari a circa il 22% della molecola viene eliminata per via urinaria, in forma immodificata. Una piccola percentuale può essere rintracciata escreta nelle urine come metabolita (balofloxacina glucuronide).