La figura di John Fulton ebbe rilievo non solo in ambito accademico. Nel 1940, durante la Seconda Guerra Mondiale, egli fondò l'Unità di Ricerca Aeromedica di Yale, che durò fino al 1951 e portò grandi progressi nell'ambito della medicina aeronautica, in particolare per quanto riguarda il volo a grandi altezze. Grazie al suo contributo nella Guerra fu nominato ufficiale onorario dell'Ordine dell'Impero Britannico, ufficiale della Legion d’Onore francese e commendatore dell'Ordine di Leopoldo del Belgio. Divenne inoltre membro del Comitato di Medicina d'Aviazione.