Il 18 marzo 1667, Borelli scrive al Principe Leopoldo e manifesta l'intenzione di lasciare Pisa adducendo il pretesto della salute. La partenza di Borelli dispiacque al Principe Leopoldo, il quale tuttavia non lo privò della sua stima. Secondo Francesco Redi, Borelli si pentì di aver lasciato Pisa.