Di origine ebraica, nel 1938, per effetto delle leggi razziali fasciste, è costretto ad abbandonare il suo lavoro presso la "Clinica Lattanti" di Trieste e, l'anno dopo, viene cancellato dall'albo dei medici. Nel 1940 Pincherle viene arrestato insieme con il fratello Bruno ed internato in un campo di concentramento in provincia di Salerno e, successivamente, trasferito in un campo nei pressi di Macerata. Liberato nel 1941, dopo l'annuncio dell'armistizio dell'8 settembre 1943, partecipa alla redazione del foglio antifascista romano "Italia libera" e prende parte alla Resistenza.