ll farmaco si trasferisce nel latte materno e deve essere usato con attenzione dalle donne in gravidanza o allattamento. Si deve prestare attenzione se si assumono farmaci che alterano il fegato come cimetidina o digossina. L'idrossiclorochina può aumentare le concentrazioni plasmatiche della penicillamina contribuendo allo sviluppo di gravi effetti collaterali. Migliora gli effetti ipoglicemici dell'insulina e degli ipoglicemizzanti orali. Se necessario si deve modificare la dose per prevenire l'ipoglicemia. Gli antiacidi possono ridurre l'assorbimento dell'idrossiclorochina. Sia la neostigmina che la piridostigmina antagonizzano l'azione dell'idrossiclorochina. Può esserci un legame tra idrossiclorochina e l'anemia emolitica nelle persone con deficit di glucosio-6-fosfato deidrogenasi, questo rischio può essere basso nelle popolazioni di origine africana.