Gamondi, rientrato in Italia dopo l'ultimo viaggio in Congo, si stabilì in un primo momento a Varese, con l'intento di riprendere l'attività medica, e successivamente nella casa di Ghirla, dove nel 1971 nacque la figlia Claudia. A Varese incontrò Antonio Scarpa, un pediatra che aveva viaggiato a lungo in paesi come l'Asia e l'Africa poiché durante i suoi studi si era interessato all'etnomedicina. Il lavoro di Gamondi nei paesi equatoriali non poteva non interessare Scarpa, che nel 1967 infatti lo invitò a collaborare al primo fascicolo della rivista da lui fondata, "Etnoiatria", chiedendogli di pubblicare la testimonianza di una guarigione operata in Indonesia applicando un trattamento indigeno. Gamondi infatti era un esempio di medico dotato di un'intelligenza tale da renderlo capace di avvicinarsi senza pregiudizi al mondo del primitivo ed alle sue culture e Scarpa sapeva che non era sempre facile trovare uomini così tra quanti esercitavano la medicina e la chirurgia occidentali nelle colonie. A partire dalla seconda metà del 1972, Gamondi continuò ad esercitare la propria professione come consulente responsabile del laboratorio di analisi dell'ospedale Luini Confalonieri di Luino; la sua grande esperienza lo aveva reso particolarmente competente nel campo della diagnosi e della cura delle malattie infettive, nonché un ottimo insegnante, capace di trasmettere la sua conoscenza di parassitologo, infettivologo ed esperto di microscopia ematologica. Infatti, il suo operare in luoghi lontani, spesso senza strumenti e attrezzature adeguate, lo aveva reso capace di effettuare interventi in cui doveva spesso affidarsi solo alle proprie forze. Era diventato un esperto di malattie tropicali e, soprattutto, sapeva maneggiare perfettamente il microscopio, tanto da essere considerato un "maestro" nell'uso di questo strumento. Dopo alcuni anni, nel 1978, lasciò l'incarico di responsabile di laboratorio per analisi chimico-cliniche e microbiologiche di Luino ma non cessò del tutto la sua attività in quanto veniva spesso chiamato per consulti anche da colleghi in altri ospedali; solo nel 1982 si staccò definitivamente dalla professione attiva per dedicarsi esclusivamente ai suoi interessi di studio che riguardarono per tutta la vita, in gran parte, le civiltà e le culture orientali ed africane. Gamondi andò in pensione con un enorme bagaglio di ricordi, avventure, conoscenze di civiltà lontane e con una cultura scientifica, filosofica ed esoterica straordinarie ma, purtroppo, con uno stato di salute compromesso da quanto aveva vissuto negli anni: oltre la zoppia soffriva di un'affezione ai polmoni. Nello stesso anno in cui andò in pensione fu ricoverato e curato per alcuni mesi nell'ospedale di Luino per questa sua patologia polmonare.