Nel 2004 è stato pubblicato un grosso studio che ha concluso che l'aciclovir non determina un aumento delle malformazioni in gravidanza. In ogni caso la sua somministrazione in gravidanza è generalmente sconsigliata e l'eventuale uso, da effettuarsi sotto stretto controllo medico, richiede un'attenta valutazione dei benefici clinici attesi per la madre e dei rischi potenziali per il feto.