Si riscontrano bolle subepidermiche determinate dal distacco dell'epidermide dal derma presso la giunzione dermo-epidermica, più precisamente a livello della lamina lucida. Il derma papillare e la membrana basale nella fase attiva della malattia presentano un denso infiltrato di neutrofili, eosinofili e in minor misura macrofagi e linfociti T ma le caratteristiche dell'infiltrato possono variare a seconda del quadro clinico. All'immunofluorescenza diretta è possibile riscontrare depositi lineari di IgG anti-NC16A e in minor misura IgA, IgE e C3 presso la giunzione dermo-epidermica. Esaminando i depositi ad alto ingrandimento e in sezioni sottili è possibile distinguere il pattern "n-serrato", caratteristico di tutte le malattie immunobollose subepidermiche tranne l'epidermolisi bollosa acquisita e il lupus eritematoso sistemico bolloso che presentano un pattern "u-serrato". Un'altra utile distinzione si ottiene con l'immunofluorescenza indiretta in seguito ad incubazione in soluzione 1 M di NaCl per indurre un distacco dermo-epidermico artificiale. In questo caso i depositi anticorpali anti-distonina si rilevano nel tetto della bolla nel pemfigoide bolloso, nel pemfigoide delle membrane mucose, nel pemfigoide gravidico e nella malattia lineare da IgA mentre si riscontrano nel pavimento della bolla nel pemfigoide delle membrane mucose con anticorpi anti-laminina 332, nel pemfigoide anti-p220 e nell'epidermolisi bollosa acquisita.