L'assunzione di omalizumab risulta controindicata in qualsiasi caso di ipersensibilità nei confronti del principio attivo e di uno qualsiasi degli eccipienti in polvere contenuti nella sua formulazione farmaceutica (saccarosio, L-istidina, L-istidina cloridrato monoidrato, polisorbato 20); durante l'allattamento e la gravidanza; nel trattamento di reazioni anafilattiche provocate da allergia alimentare, dermatite atopica, rinite allergica; iperimmunoglobulinemia E; aspergillosi polmonare. Nel caso, invece, di malattie autoimmuni, condizioni patologiche mediate da immunocomplessi, insufficienza renale o epatica è necessario utilizzare omalizumab con cautela.