Jesenius nacque a Breslavia, dove studiò al celebre ginnasio di Sant'Elisabetta, che conobbe la sua massima fioritura dopo l'introduzione della Riforma protestante. Dal 1583 studiò all'Università di Wittenberg, dal 1585 all'Università di Lipsia, e dal 1588 all'Università di Padova.