Rientrò definitivamente a Minneapolis nel 2004, qualche mese dopo aver compiuto 100 anni, e vi morì pochi mesi prima del compimento dei 101 anni. Sua moglie era Margaret Haney (1909-2006), sposata nel 1939, che aveva assunto come tecnico medico quando lui era stato ingaggiato dalla "Mayo Foundation for Medical Education and Research" nel 1936. Dal matrimonio sono nati tre figli, un maschio e due femmine: Carrie D'Andrea (divenuta una psicologa clinica), Henry Keys (ricercatore sul cancro), Martha McLain, quest'ultima assassinata in Giamaica da un rapinatore nel 1991, all'età di 42 anni, mentre era in vacanza con la famiglia.