L'implementazione del PEIMAF prevede che, una volta scattato l'allarme e individuate le aree di trattamento, vengano attivati sia la catena di comando sia i sistemi di comunicazione e informazione; in ogni reparto della struttura devono poi essere disponibili dei presidi specifici. L'ultimo passo consiste nella creazione di un'Unità di Crisi Strategica.