Durante un processo per i crimini di guerra, Pfannmüller venne chiamato come testimone della difesa e dichiarò con convinzione che non c'era nulla di immorale o sbagliato in quello che avevano fatto, in quanto l'eutanasia e il desiderio di un popolo tedesco dalle caratteristiche genetiche incontaminate «non avevano nulla a che fare col nazionalsocialismo, ma erano ideali appartenenti ad una mentalità radicata da secoli».