Un'altra pietra miliare dei suoi risultati fu l'introduzione di una terapia chirurgica per il glaucoma che Graefe chiamò "iridectomia", come un'operazione per controllare l'aumento della pressione intraoculare. Il suo metodo consiste nell'asportazione di tessuto alla base dell'iride e conseguente creazione di foro parapupillare. Graefe introdusse inoltre dei trattamenti chirurgici per lo strabismo e modificò l'operazione per la cataratta.