"U. urealyticum" è responsabile di alcune malattie riconducibili alla sua eccessiva proliferazione. Nell'uomo può provocare uretrite (dal 15 al 20% delle uretriti non gonococcica), e in alcuni casi l'infezione può propagarsi ad organi collegati all'uretra, come la prostata ed i testicoli, causando rispettivamente prostatiti ed epididimiti; Similmente nella donna può essere causa dello sviluppo di vaginosi batterica, malattia infiammatoria pelvica e sindrome uretrale; Nelle donne in stato di gravidanza, aumenta il rischio di polmonite e meningite neonatale. In pazienti immunocompromessi l'infezione può estendersi alle alte vie urinarie interessando i reni e alle ossa provocando artriti. Raramente può essere causa di un'infezione del tratto urinario, a volte combinato con uno sviluppo di calcoli post-infezione. La formazione di quest'ultimi viene generalmente favorita dal pH alcalino che si viene a creare dalla metabolizzazione dell'urea in ammoniaca sotto l'influsso dell'enzima ureasi.