Quando in Europa, nel breve spazio di una settimana fra il luglio e l'agosto del 1914, si susseguirono a catena le dichiarazioni di guerra fra le varie nazioni dei due blocchi di alleanze contrapposte, i coniugi Carrel si trovavano in Francia. Data la mobilitazione generale Alexis venne chiamato alle armi, anche se come medico. Dovette quindi allontanarsi dalla moglie in stato di avanzata gravidanza e la situazione si aggravò ulteriormente quando la donna perse il figlio per un'infezione causata da una puntura d'insetto. Ma Anne La Motte, riavutasi dallo sconforto, decise di seguire il marito come capo infermiera in un ospedale da campo vicino Lione che prese il nome di Ambulanza Carrel. Con il peggiorare della situazione e con il dilagare delle infezioni fra i soldati, Carrel venne mandato al fronte, insieme all'amico e noto chirurgo Tuffier, per studiare le condizioni sanitarie in cui versava la popolazione.