La somministrazione in contemporanea di acarbosio e saccarosio (zucchero da cucina) o con alimenti contenenti zucchero provoca, con una certa frequenza, disturbi gatrointestinali come diarrea, dovuti al ridotto assorbimento e alla fermentazione dei carboidrati. Gli adsorbenti intestinali (come la colestiramina) che inibiscono gli enzimi intestinali coinvolti nella digestione degli zuccheri (amilasi, saccarasi, glucosidasi) possono diminuire l’efficacia dell’acarbosio e non devono essere assunti con esso. La co-somministrazione di neomicina può ridurre il livello ematico di glucosio dopo un pasto, portando ad un aggravamento della frequenza degli effetti gastrointestinali. L’acarbosio può influire sulla biodisponibilità della digossina, inducendo un aggiustamento terapeutico ed inoltre occorre monitorare i livelli nel siero della digossina.