L'acido desossicolico è stato usato sin dalla sua scoperta in diversi campi della medicina. Nel corpo umano l'acido desossicolico è usato come emulsionante dei lipidi per favorirne l'assorbimento intestinale. In alcuni paesi, tra cui la Svizzera, è autorizzato come emulsionante per l'industria alimentare ma il suo impiego è raro. Fuori dal corpo è usato sperimentalmente come e per prevenire e dissolvere i calcoli biliari.