La proteina ha diverse funzioni sia all'interno che all'esterno della cellula. Nel citoplasma, viene coinvolta nella glicolisi, nella gluconeogenesi e nella via del pentosio-fosfato (fase delle interconversioni) mentre al di fuori della cellula assolve il ruolo di fattore neurotrofico per i neuroni spinali e sensoriali. Difetti nel gene GPI sono la causa principale di una forma di anemia emolitica e di deficit enzimatico e danni neurologici anche incompatibili con la vita.