Nel 1837 fu chiamato al Boston Dispensary dove rimase sconvolto dalle condizioni igieniche assolutamente insufficienti. Nello stesso anno concorse e vinse entrambi i premi-saggio del Boylston. Desiderando di concentrarsi nella ricerca e nell'insegnamento, insieme a tre suoi colleghi, fondò la Tremont Medical School – la quale poi si sarebbe unita con la Harvard Medical School – sopra una farmacia al numero 35 di Tremont Row a Boston. Lì diede lezioni di patologia, insegnò ai suoi allievi a utilizzare il microscopio e supervisionò la dissezione di cadaveri; criticava spesso l'utilizzo di alcune pratiche mediche tradizionali. Per i successivi dieci anni si dedicò, anche se con irregolarità, alla pratica di medico privato in un piccolo studio, ma riservò la maggior parte del suo tempo all'insegnamento. Lavorò presso la Dartmouth Medical School dal 1838 al 1840, dove fu nominato professore di anatomia e fisiologia. Durante questi anni, egli soggiornò per quattordici settimane ogni autunno ad Hanover, New Hampshire per tenere le lezioni.