Una delle vie attraverso cui si esplica l'azione della SIT è la modificazione della risposta dei linfociti T all'esposizione agli allergeni. Diversi studi hanno dimostrato che la SIT ristabilisce in parte l'equilibrio Th1-Th2, che nell'allergico è deviato verso il fenotipo Th2, a favore di una risposta di tipo Th1. Per esempio è stato dimostrato che nei pazienti allergici alle graminacee trattati con SIT, vi è un aumento dell'espressione di mRNA codificante per Dopo SIT, è stata dimostrata anche un'aumentata produzione di TGFβ, che ha multipli effetti regolatori sulla proliferazione dei linfociti T, la presentazione dell'antigene, l'espressione di molecole costimolatorie 24 .