Non vi sono certezze neanche sul luogo e sulle modalità. Seconda la biografia nel "Biographisches Lexikon der hervorragenden Ärzte", Fortunato Fedele sarebbe morto svolgendo l'attività di professore a Palermo. Secondo Pirro, Fortunato Fedele morì a San Filippo d'Argirò (l'odierna Agira) il 25 novembre 1630 e venne sepolto nella chiesa dei frati del Terzo Ordine di San Francesco, cui apparteneva il figlio Benedetto (1588-1648) che sarebbe diventato un noto predicatore.