La causa della FECD è sconosciuta, ma sembra essere un disturbo ereditario eterogeneo e complesso, causato dall'interazione di fattori genetici e ambientali. Sebbene la maggior parte dei pazienti con FECD manchi di una storia familiare positiva, i consanguinei a volte manifestano cornea guttata. La FECD può anche influire sui fratelli e su due o più generazioni successive apparentemente come una malattia autosomica dominante con penetranza incompleta, ma è improbabile un semplice pattern autosomico dominante. 