La malattia può divenire persistente nel tempo (cronica) ed il rischio che ciò avvenga aumenta con il diminuire dell'età in cui si viene infettati: se il contagio si verifica alla nascita, o nelle prime settimane di vita, la cronicizzazione avviene in circa il 90% delle persone colpite. L'epatite cronica, nel 20% dei casi, nel giro di alcuni anni può trasformarsi in cirrosi epatica. Un'altra complicazione frequente della malattia, soprattutto se è presente la cirrosi, è il cancro del fegato (epatocarcinoma).