Il trattamento della colite può prevedere la somministrazione di antibiotici e antinfiammatori non steroidei (FANS) come la mesalazina (Asacol) o i suoi derivati; azatioprina o simili immunosoppressori; steroidi come il prednisolone e il prednisone; uno o alcuni dei numerosi medicinali che alleviano l'infiammazione e il dolore (butilscopolamina). Dal momento che si tratta di una condizione cronica, la colite richiede un trattamento palliativo, più che una cura.