L'eliminazione dall'organismo avviene principalmente attraverso l'emuntorio renale: il 90% di una dose somministratata per os viene eliminata entro le 12 ore. Nelle urine circa il 60% del farmaco viene eliminato in forma immodificata. La quota restante è rappresentata da alcuni metaboliti: nizatidina de-metilata (7% circa, metabolita attivo, di limitata potenza), sulfossido (6%) e N-ossido (5%).