Gli animali, compresi gli esseri umani, hanno molte difese naturali contro i virus. Alcuni non sono specifici e proteggono da molti virus, indipendentemente dal tipo. Questa immunità innata non viene migliorata dall'esposizione ripetuta ai virus e non conserva una "memoria" dell'infezione. La pelle degli animali, in particolare la sua superficie, che è costituita da cellule morte, impedisce a molti tipi di virus di infettare l'ospite. L'acidità del contenuto dello stomaco distrugge molti virus che sono stati inghiottiti. Quando un virus supera queste barriere ed entra nell'ospite, altre difese innate impediscono la diffusione dell'infezione nell'organismo. Un ormone speciale chiamato interferone viene prodotto dall'organismo quando i virus sono presenti, e questo impedisce ai virus di riprodursi uccidendo le cellule infette e i loro vicini. All'interno delle cellule, ci sono enzimi che distruggono l'RNA dei virus. Questa si chiama RNA interference. Alcune cellule del sangue inghiottono e distruggono altre cellule infette da virus.