Nel 2002 presso il Centro Daccò si apre il Centro Ricerche Trapianti "Chiara Cucchi De Alessandri e Gilberto Crespi" con il contributo della Fondazione Ricerca Trapianti ART, con donazione di borse di studio e apparecchiature all'avanguardia, con lo scopo di migliorare la tolleranza rispetto all'organo trapiantato. Nel 2007 la sede principale dell'Istituto si sposta da via Eritrea a Milano in una nuova struttura alla Bovisa, più grande e più moderna, la cui superficie è di 42.000 mq totali. Nel 2010 la donazione di Anna Maria Astori rende possibile la costruzione della nuova sede di Bergamo, fuori dalla storica struttura del Conventino, presso il Polo Scientifico "Kilometro Rosso". Nel 2013 il Ministero della Salute riconosce l'Istituto "Mario Negri" come IRCSS (Istituto di Ricovero e Cura Carattere Scientifico) attestandone l'alto contributo alla farmacologia e alla sperimentazione clinica delle malattie neurologiche, rare e ambientali.