Il clotrimazolo agisce contro i funghi inibendo la sintesi di alcuni steroli necessari per membrana cellulare, e in particolare dell'ergosterolo, una sostanza presente nelle membrane fungine, ma non nelle membrane cellulari dell'uomo. L'inibita sintesi di ergosterolo comporta un danno strutturale e funzionale a carico della membrana della cellula fungina, compromettendone la riproduzione e le attività infettive.