Le origini dell'ospedale sono legate alla Confraternita dei battuti, una delle corporazioni cittadine che avevano funzioni di assistenza e di mutuo soccorso, nata nel 1260, gestiva l'ospedale di Santa Maria della Misericordia dei Battuti detto "ospedale Grande". Era uno dei tre principali ospedali che all'epoca operavano a Udine, gli altri due erano l'ospedale di Santa Maddalena e quello di San Lazzaro che ospitava i lebbrosi. Nel 1584 i due maggiori istituti ospedalieri vennero unificati nell'ospedale maggiore Santa Maria della Misericordia dei Battuti.