Il colera è confermato solo se viene isolato il batterio Vibrio cholerae nelle feci o in tamponi rettali (mediante i quali si può ottenere una piccola quantità di materiale fecale). Successivi esami microbiologici permettono di identificare i sierogruppi O1 o O139. Recentemente, laboratori specializzati effettuano anche esami molecolari rapidi che identificano il batterio ed il sierogruppo.