L'emoglobinuria parossistica notturna è una patologia rara la cui insorgenza varia da 1 a 6 su 1.000.000 di abitanti. L'incidenza è uguale tra maschi e femmine e raggiunge un picco fra i 30 e i 50 anni. È rara fra la popolazione pediatrica. È più frequente nelle aree in cui è presente anemia aplastica, come le regioni rurali della Thailandia.