Proseguì i suoi studi iscrivendosi alla facoltà di medicina e conseguendo il dottorato il 27 maggio 1766 con una tesi sull'influenza dei pianeti "Dissertatio phisico-medica de planetarum influxu". Non fu però soddisfatto della sua discussione: nonostante il professore, barone Anton von Störck, gli avesse consegnato solennemente il diploma di dottore in medicina, Mesmer pensò che l'avesse fatto solo perché possedeva già altri titoli, ma che la sua dissertazione non era stata magistrale ed istruttiva bensì oscura e poco fondata.