Nel 2002 si danno inizio ai lavori per l'ammodernamento del complesso ospedaliero, il progetto prevede la realizzazione dei lavori in 3 lotti ed il completamento nel 2012. Nel 2006 avviene la fusione tra l'azienda ospedaliera ed il policlinico universitario udinese, con decreto della Presidenza del Consiglio dei ministri si sancisce la nascita dell'azienda unica, la più grande azienda sanitaria del Friuli-Venezia Giulia.