Si tratta di un disolfuro insaturo derivato da una reazione chimica che coinvolge due molecole di allicina, un composto solfossido che conferisce all'aglio l'odore e il sapore caratteristici e che viene rilasciato dopo lo schiacciamento o la fine tritatura degli spicchi. La conseguente formazione di ajoene avviene quando l'allicina si dissolve in vari solventi, tra cui oli alimentari. L'ajoene che si forma nel macerato di aglio è più stabile e abbondante.