Nel 1987 e nel 1990 DeBakey fu investigato dalla Texas Medical Board per aver ricevuto tre denunce per errori professionali nell'arco di cinque anni. Entrambe le inchieste furono poi archiviate. Comunque, nel 1994, la sua licenza medica per il Texas fu messa in mora per il mancato pagamento della quota obbligatoria.