Dal 1535 Crato studiò teologia all'Università di Wittenberg ed abitò per sei anni nella casa di Martin Lutero. Qui fece anche la conoscenza con Filippo Melantone, sotto la cui influenza si occupò approfonditamente di lingue classiche. Dopo che nel 1538 morì il suo mecenate Johannes Metzler, Melantone lo presentò ad Ambrosius Moibanus. Nel 1542 egli terminò gli studi nelle arti liberali ricevendo il diploma di "Magister". Durante il suo soggiorno a Wittenberg, egli tenne un diario, che J. Aurifaber sfruttò per il suo "Tischreden und Colloquia D. M. Luthers" ("Discorsi conviviali e colloqui di Lutero", stampato nel 1566 ed attraverso il quale Crato è ancor oggi noto.