Nel 1691 muore papa Alessandro VIII e gli succede al trono di Pietro Antonio Pignatelli, cardinale legato di Bologna, con il nome di Innocenzo XII. Egli volle avere l'amico bolognese Malpighi come archiatra a Roma. Infatti, tramite il cardinale Spada, il papa fece pervenire all'anatomista un invito a trasferirsi a Roma. Nonostante Malpighi fosse riuscito a rifiutare un analogo invito pochi anni prima, questa volta non riuscì a lungo a sottrarsi a tale richiesta, per cui dovette abbandonare l'amata Bologna per recarsi nell'Urbe.