L'ecocardiografia trans-toracica (ETT) rappresenta spesso il primo step diagnostico nel sospetto di FOP. In soggetti con buona "finestra acustica", nelle proiezioni quattro camere apicale e/o sottocostale, questo esame permette una visualizzazione diretta del setto interatriale e di condizioni spesso associate alla pervietà del forame ovale, quali la presenza di mobilità anomala del setto o di aneurismi del setto interatriale, valvola di Eustachio o rete di Chiari. L'esame B-mode mostra il FOP come una "fessura" o "slaminamento" tra septum primum e septum secundum.Il ricorso all'ecocardiografia transesofagea rimane imprescindibile nei pazienti senza finestra acustica adeguata e in pazienti candidati alla chiusura percutanea del FOP.