Recenti studi indicano che il vaccino non è in grado di prevenire l'infezione del virus, ma è comunque efficace nel conferire una adeguata protezione nei confronti delle manifestazioni cliniche dell'encefalite giapponese. L'immunizzazione nei confronti della JE non ha inoltre alcun effetto significativo sull'incidenza della febbre dengue emorragica, anche se nei soggetti vaccinati per la JE la gravità degli episodi può risultare inferiore.