I sintomi della sindrome da malassorbimento sono, generalmente, non specifici (ad esempio, la diarrea) e possono essere spesso scambiati per altre malattie. Ciò rende difficile l'accertamento (diagnosi) e ritarda l'inizio delle cure. In particolare, il malassorbimento è meno evidente e spesso più difficile da riconoscere negli anziani rispetto ai bambini.