Rizzoli, privo di famiglia, donò le proprie ricchezze (all'incirca £ 1.754.894 dell'epoca) all'amministrazione provinciale di Bologna per la realizzazione del suo sogno: la costruzione di un grande e moderno ospedale "per la prevenzione e il trattamento delle deformazioni del corpo", in cui sarebbe stato possibile mettere in pratica il trattamento chirurgico del rachitismo e delle deformazioni congenite, un ospedale in cui tutto ciò che aveva visto all'estero potesse essere applicato, un ospedale in cui i risultati degli studi di Joseph Lister potessero essere sfruttati. Tre erano gli obiettivi di Rizzoli: progresso della scienza, un buon grado di umanità e far acquisire maggior notorietà alla città. Nel 1879 Rizzoli acquistò per £55.000 dal Demanio il monastero di San Michele in Bosco, ex convento olivetano espropriato in epoca napoleonica e diventato "casa di forza" per i condannati all'ergastolo. Il progetto fu realizzato dall'amministrazione provinciale dopo la sua morte. L'istituto fu inaugurato da Umberto I il 28 giugno 1896 con il nome di Istituto Ortopedico Rizzoli, e rimane uno dei migliori ospedali ortopedici al mondo.