John Dee compare come principale antagonista nella serie di romanzi I segreti di Nicholas Flamel, l'immortale, scritta da Michael Scott, in quanto, secondo la leggenda, sarebbe stato allievo proprio di Flamel, che, più tardi, avrebbe anche tradito. La trama del thriller "Il labirinto della rosa", di Titania Hardie, è basata sulla vita di John Dee e sulle vicissitudini di alcuni suoi discendenti. È presente anche nel romanzo "Oversight" di Charlie Fletcher, dove viene chiamato il "Camminatore dei Mondi".