In precedenza, gli esperti raccomandavano di inviare fino a tre campioni di feci per escludere la malattia se i test iniziali sono negativi, ma l'evidenza suggerisce che i test ripetuti durante lo stesso episodio di diarrea sono di valore limitato e dovrebbero essere scoraggiati. La tossina "C. difficile" dovrebbe essere eliminata dalle feci di pazienti precedentemente infetti se il trattamento è efficace. Molti ospedali testano solo per la tossina prevalente A. I ceppi che esprimono solo la tossina B sono ora presenti in molti ospedali, tuttavia, quindi dovrebbero verificarsi test per entrambe le tossine. Non eseguire test per entrambi può contribuire a ritardare l'ottenimento dei risultati di laboratorio, che è spesso causa di malattia prolungata e scarsi risultati.