In linea generale è difficile in base al sospetto clinico o hai test diagnostici distinguere l'angina microvascolare da quella da stenosi coronarica. Tuttavia una mancato miglioramento delle alterazioni ST al test da sforzo con nitrati e l'assenza di alterazioni della contrattilità all'ecocardiogramma da stress quando presente angina e sottoslivellamento ST sono indicativi di un'angina microvascolare.