L'amigdalina si forma dalla condensazione del mandelonitrile con un disaccaride (gentiobiosio) formato da due unità di D-glucosio unite con legame β-glucosidico. Fu isolata per la prima volta nel 1830 dagli scienziati francesi Roubiquet e Bontron-Chariand. Nel 1837 Von Liebig e Woehier scoprirono che una molecola di amigdalina poteva essere enzimaticamente degradata in uno ione cianuro, una molecola di benzaldeide e due di glucosio. Lo stesso risultato si può ottenere trattando la molecola con acido solforico.