La nascita della disciplina viene generalmente fatta coincidere con la pubblicazione nel marzo 1991 dell'articolo "The dawn of Darwinian Medicine" a firma del biologo G.C.Williams e dello psichiatra Randolph Nesse sulla rivista The Quarterly Review of Biology. Tuttavia, è solo con "Why We Get Sick? The New Science of Darwinian Medicine" (1994) e "Research Designs that Address Evolutionary Questions about Medical Disorders" (1999) che si ha la fondazione teoretica della nuova disciplina. In questi articoli i due ricercatori abbozzano inoltre un programma di ricerca completo finalizzato alla comprensione delle cause evolutive della malattia umana. Negli anni successivi la disciplina si divide in due correnti, una sperimentale rivolta soprattutto ai problemi dell'evoluzione della virulenza e della variazione genetica, e una antropologica. In entrambe si assiste a un ridimensionamento del ruolo della selezione naturale nella malattia che comporta l'abbandono dell'aggettivo "darwiniano", sostituito da "evoluzionistico".