L'analisi quantitativa viene eseguita mediante l'utilizzo di un'apparecchiatura chiamata ABI Prism 7700 Sequence Detection System. La reazione di PCR sfrutta l'attività 5'-3' nucleasica dell'enzima termicamente stabile AmpliTaq Gold DNA Polymerase (Applied Biosystems) che degrada la sonda TaqMan durante la reazione. La sonda TaqMan è una sequenza oligonucleotidica, complementare ad una sequenza specifica sul cDNA, alle cui estremità sono legati covalentemente due differenti fluorocromi: all'estremità 5' vi è legato un reporter, mentre all'estremità 3' un quencher.Esistono diversi tipi di reporters, per esempio: FAM (6-carbossifluoresceina), TET (tetracloro-6-carbossifluoresceina), JOE (2,7-dimetossi-4,5-dicloro-6-carbossifluoresceina) e HEX (esacloro-6-carbossifluoresceina), mentre come quencher viene utilizzato TAMRA (6carbossitetrametilrodamina).Quando la sonda è intatta il reporter ed il quencher sono posizionati ad una distanza tale da permettere al quencher di assorbire la fluorescenza del reporter, schermandola; quindi lo strumento capta solo una fluorescenza (o rumore) di fondo che viene rilevata a livelli non significativi.Durante la PCR, se la sequenza bersaglio è presente, la sonda specifica si va a posizionare sulla regione complementare compresa fra l'oligonucleotide senso e quello antisenso. Con l'aggiunta dell'AmpliTaq Gold DNA Polymerase prende avvio la polimerizzazione del filamento complementare. Quando la Taq incontra la sonda, grazie alla sua attività 5'-3' nucleasica, la scalza frammentandola e liberando il reporter che, allontanandosi dal quencher, emette una fluorescenza rilevabile dallo strumento che la analizza mediante algoritmi. Intanto la polimerizzazione del filamento continua. Tutto ciò, naturalmente, avviene solo nel caso in cui la sonda sia complementare alla sequenza bersaglio e quindi si ibridizzi su di essa. Così l'accumulo del prodotto amplificato della PCR è direttamente proporzionale all'incremento della fluorescenza del reporter. Per poter esprimere la quantità di fluorescenza in termini quantitativi e come numero assoluto di copie di trascritto è necessario costruire una curva standard di riferimento. Tale curva si ottiene amplificando, in contemporanea ai campioni in esame, diluizioni seriali a concentrazione nota di una sequenza sintetica uguale alla sequenza target prodotta mediante l'inserimento in un I primers e il probe per WT1 sono i seguenti:  forward primer: 5'-CAGGCTGCAATAAGAGATATTTTAAGCT-3'  reverse primer: 5'-GAAGTCACACTGGTATGGTTTCTCA-3'  taqMan probe: 5'-CTTACAGATGCACAGCAGGAAGCACACTG-3' La normalizzazione viene eseguita utilizzando come gene di controllo l'espressione di ABL, eccetto nei casi di LLA Ph+, caratterizzati dal trascritto BCR/ABL, nei quali la si esegue con GUS poichè la sonda ABL utilizzata, oltre a identificare la quantità del gene di controllo nell'allele normale, evidenzia anche la quantità di ABL derivante dall'ibrido di fusione BCR/ABL anomalo.