Dopo somministrazione orale la linaclotide viene assorbita in misura minima dal tratto gastrointestinale. Le concentrazioni plasmatiche del farmaco a seguito di dosi orali terapeutiche non sono misurabili, ne consegue che la linaclotide dovrebbe essere minimamente distribuita nei tessuti. Linaclotide viene trasformata all'interno del tratto gastrointestinale nel suo principale metabolita attivo attraverso la rimozione della tirosina terminale. Sia la linaclotide che il suo metabolita sono successivamente degradati all'interno del lume intestinale in piccoli peptidi e aminoacidi. Il farmaco viene eliminato con le feci.