Benché, per la sua rilevanza in frequenza e per la sua possibile severità, siano stati condotti moltissimi studi sperimentali sull'enterocolite, non è stata identificata una causa univoca e quindi neppure un appropriato protocollo di prevenzione e trattamento. Allo stato attuale delle conoscenze scientifiche la malattia non ha una causa riconosciuta ma è data da una predisposizione intrinseca della mucosa intestinale di un sottogruppo di bambini affetti da difetti innervativi. Sono state messe in causa varie teorie tra cui alterazioni costituzionali delle mucine secrete dalle ghiandole mucose e deficit immunitari.