Il CISOM ha principalmente compiti di pronto soccorso sanitario, soccorso tecnico-logistico ed assistenza alla popolazione nell'ambito del sistema nazionale di protezione civile in caso di pubbliche calamità sul territorio italiano. La risposta ad esigenze emergenziali nazionali avviene attraverso la propria Colonna Mobile Nazionale composta di mezzi ed attrezzature sanitarie, logistiche e campali con cui riesce ad allestire entro 72 ore da un eventuale emergenza due aree di accoglienza per una capacità totale di oltre 500 ospiti [https://web.archive.org/web/20160819085023/https://www.orderofmalta.int/it/2009/04/24/il-gran-maestro-con-i-terremotati-in-abruzzo/]. Il CISOM organizza e gestisce autonomamente tutti i servizi di campi di accoglienza sia per quanto riguarda la logistica (vettovagliamento, attendamento, servizi igienici ecc.) che sotto il profilo sanitario con assistenza medica, psicologica e veterinaria.