Ha la sua origine reale nel mesencefalo, nei due nuclei motori somatici, quello impari e quello pari, situati in prima posizione e deputati all’innervazione dei suddetti muscoli striati e dal nucleo parasimpatico mesencefalico detto nucleo di Edinger-Westphal, da cui originano le fibre pregangliari per i muscoli intrinseci dell'occhio. Ha la sua origine apparente sulla faccia anteriore del mesencefalo, medialmente al peduncolo cerebrale nella fossa intrapeduncolare, da cui emerge dopo che le sue fibre si sono in parte incrociate.