In genere gli antibiotici, inibendo la riproduzione batterica per un periodo abbastanza lungo, permettono all'ospite di rimuovere, mediante i suoi meccanismi naturali di difesa, il microrganismo infettante dalla sede d'infezione. Se tali meccanismi dell'ospite non funzionano in maniera ottimale (ad esempio in soggetti immunocompromessi) l'infezione potrebbe non essere influenzata dalla terapia o potrebbe rispondere temporaneamente e ricomparire dopo la sua sospensione.