Nel caso dell'ipotiroidismo, invece, va fatta distinzione tra l'ipotiroidismo subclinico e l'ipotiroidismo clinico. La grande maggioranza degli ipotiroidismi riscontrati è rappresentata da forme sub-cliniche, cioè pauci-sintomatiche e caratterizzate biochimicamente dalla sola elevazione del TSH. Solo una minoranza degli ipotiroidismi riscontrati risulta invece clinicamente significativa, caratterizzata dalla elevazione del TSH e dalla riduzione di FT3 e FT4.