Le cellule del carcinoma papillare sono immunoreattive per la tireoglobulina, TTF1, PAX8 e le citocheratine. Sono negative per la calcitonina, il CK20 e i markers neuroendocrini (14) .Le colorazioni per Galectina 3, HBME1, CK19 e CITED 1 possono essere utili per distinguere il carcinoma con una lesione benigna ma vanno interpretati unitamente agli aspetti microscopici: la colorazione della membrana con HBME1 è la più specifica, tipicamente evidente nel carcinoma papillare classico e meno frequentemente nella variante follicolare; con la galectina 3 si colorano sia il nucleo sia il citoplasma, oltre al carcinoma papillare classico c'è reattività anche nella tiroidite di Hashimoto; il CK19 invece è il marker di malignità meno specifico (15) .