Il Codacons, dichiarandosi contrario alle vaccinazioni pediatriche, ha scatenato polemiche per alcune vicende controverse legate al mondo "no vax". Nel 2014 presentò un esposto sul vaccino esavalente a cui rispose l'ISS. Nel 2017 rese disponibile online un modulo per i genitori che desideravano provare a rinviare le vaccinazioni obbligatorie dei propri figli facendo appello alla necessità di svolgere gli inesistenti "test prevaccinali" prima di sottoporre i bambini alle iniezioni. Sempre nel 2017 il Codacons ha depositato presso la Procura della Repubblica di Catania un esposto-denuncia per “omicidio colposo, commercio e somministrazione di medicinali guasti” riferendosi ad alcuni studi (a firma dei coniugi Antonietta Gatti e Stefano Montanari, i cui studi a tema vaccini vengono tuttavia ritenuti privi di validità scientifica) che evidenziavano una presunta contaminazione dei vaccini e che avrebbe portato alla morte di 13 bambini. Il Ministero ha formalizzato una denuncia alla Procura della Repubblica di Roma per il reato di procurato allarme. Nel 2018 il giornalista di Piazza Pulita (La7) Andrea Casadio venne denunciato dal Codacons all’Ordine dei giornalisti del Lazio per aver fatto "domande provocatorie" a un convegno antivaccinista durante una puntata. Il Codacons attirò inoltre critiche per la difesa di Gabriella Lesmo, Roberto Gava e Dario Miedico, medici radiati per le loro posizioni critiche nei confronti dei vaccini. Altre critiche furono mosse per la proiezione da parte del Codacons del documentario ""Vaxxed"" presso il Quirinetta di Roma, che sostiene erroneamente la relazione tra vaccini e autismo e per aver contestato a Piero Grasso di non aver proiettato il film in Senato. Inoltre depositò il documentario alla Procura di Torino e all'Autorità anticorruzione per opporsi all'obbligo vaccinale e ai vaccini esavalenti. Presentò anche un ricorso contro l'obbligo vaccinale ma il Tar del Lazio lo respinse.