Il tasso di complicanze è di circa 11% a 5 anni (15% con la IORT e 5% in assenza di IORT). Il tasso più alto nel gruppo IORT è anche legato alla presenza di una malattia più avanzata, necessitante di una chirurgia più demolitiva. Il tasso di effetti avversi è in progressiva diminuzione grazie al miglioramento tecnico della metodica. Le dosi raccomandate sono di 10-12,5Gy per le forme con margini negativi, di 12,5-15 Gy per i casi di microresiduo e di 15-20 Gy in presenza di macroresiduo.In sintesi tutti gli studi sono concordi sul fatto che nel complesso la metodica IORT non aumenti il tasso generico delle complicanze e degli effetti tossici. Per gli effetti direttamente correlati con tale tecnica:-è sottolineata la possibilità di ridurne l'incidenza mediante l'utilizzo dei vari presidi di schermatura -è scarsa la frequenza delle forme più gravi -sono spesso transitori -il rapporto rischio-beneficio giustifica l'utilizzo della metodica. 