Nel 1549 Giulio Della Rovere, fratello di Guidobaldo, eletto cardinale dal papa Paolo III, dovendo partire alla volta di Roma per assumere l'incarico, nominò Bartolomeo come suo medico e confidente. Dato che era un ragazzo bisognoso non solo di cure ma soprattutto di comprensione e protezione, non trovò migliore soluzione che in Eustachio.