Edoardo Weiss nacque a Trieste il 21 settembre 1889 da genitori ebrei: il padre Ignazio, di origine boema, era proprietario di un oleificio; la madre, Fortuna Iacchia, era di stirpe sefardita. Da giovane, si trasferì a Vienna, capitale dell'Impero austro-ungarico, per studiare medicina ed in particolar modo psichiatria. Durante il suo corso di laurea, Weiss ebbe la fortuna di incontrare molti docenti illustri, come il bavarese Theodor Escherich, scopritore dell'Escherichia coli, ma anche il professor Julius Wagner-Jauregg, l'unico premio Nobel in ambito psichiatrico. Nel 1913, anno prima della sua laurea, Weiss entrò a far parte della Società Psicoanalitica Viennese, iniziando ad esercitare la sua professione di medico psichiatra.