La prima sequenza genomica completa di un ceppo di C.difficile è stata pubblicata per la prima volta nel 2005 dal Sanger Institute nel Regno Unito. Si trattava del ceppo 630, un ceppo virulento e resistente ai farmaci isolato in Svizzera nel 1982. Gli scienziati del Sanger Institute hanno sequenziato genomi di circa 30 isolati di "C.difficile" utilizzando tecnologie di sequenziamento di nuova generazione da 454 Life Sciences e Illumina . 