Clinicamente la febbre Q è caratterizzata da febbre alta della durata di 1-3 settimane, brividi, cefalea, mialgie, malessere generale, sudorazione, anoressia. Nel 5% dei casi sintomatici si verifica una forma severa in cui oltre ai detti sintomi si presentano polmonite (tosse secca, dolore toracico pleurico), epatite (dolore all'ipocondrio destro, ittero e transaminasi elevate), pericardite e una diffusa formazione di granulomi a livello di diversi organi, rappresentante il tentativo dell'organismo di contenere la diffusione della malattia da parte dei macrofagi. 