Il botulismo può essere lieve con manifestazioni subcliniche oppure fulminante e portare alla morte nel giro di 24 ore. In generale più i sintomi compaiono precocemente più la malattia è grave. Il periodo di incubazione, con la conseguente comparsa dei sintomi, dipende dalla via di infezione. Per inalazione il reale periodo di incubazione non è noto, ma in tre casi clinici documentati si aggirava attorno alle 72 ore. Per via intestinale l'incubazione dura da 6 ore a 8 giorni, da ferite da 4 a 18 giorni dopo il contatto. Le sei diverse tossine, quelle prodotte dai ceppi indicati dalla lettera A fino alla F, provocano gli stessi effetti clinici. Il ceppo G non ha finora evidenziato effetto patogeno negli esseri umani.