Gli effetti collaterali di tipo sistemico che si possono verificare dopo somministrazione vaginale di gemeprost sono: nausea, vomito, diarrea, cefalea, vertigini, palpitazioni, dispnea, dolori al torace, dolori di tipo mestruale accompagnati o meno da perdite ematiche (spotting), vampate. Il gemeprost può provocare modificazione della pressione arteriosa, leggera piressia, brividi.