In seguito Braunwald è stato chiamato a San Diego alla "University of California", dove è rimasto dal 1968 al 1972, fondando la cattedra del Dipartimento di Medicina. Egli prese con sé John Ross Jr come Direttore della Cardiologia. Il suo obiettivo era di creare una scuola di medicina, nella quale la distanza tra scienze precliniche e attività clinica fosse minimizzata.