Le principali malformazioni per cui è indicata la RM sono quelle a carico del sistema nervoso centrale (SNC), l'ernia diaframmatica congenita, i ritardi di crescita di singoli organi ed il sequestro polmonare. La ventricolomegalia è la più frequente anomalia osservata a livello del SNC, seguita da: agenesia del corpo calloso, anomalie della fossa cranica posteriore, anomalie della corteccia cerebrale, difetti di sepimentazione mediana ("oloprosencefalia"), difetti del tubo neurale e dalle emorragie intracraniche.