HMGB1 è una proteina di 216 residui, 30 kD, altamente conservata tra i mammiferi (100% omologia ratto-uomo, 98% topo-uomo). A livello di struttura secondaria, la proteina contiene tre alfa-eliche, collegate tra loro da anse. È costituita da due DNA-binding domains omologhi di tipo HMG-box: il "Box A" e il "Box B", e il segmento C (C-terminale), una «coda» carica negativamente. Sono presenti due sequenze di localizzazione nucleare.