Usando il potere di Ufficiale del Governo degli Stati Uniti fece fermare, fra il 1944 e il 1945, ogni ricerca in corso sui derivati della cannabis e incaricò la American Medical Association di prepararne una che rispecchiasse le posizioni governative. Va notato che nel 1937 la A.M.A. si era opposta al passaggio del Marijuana Tax Act. Nel 1939 però circa 3.000 membri dell'Associazione vennero arrestati dagli agenti del Federal Bureau of Narcotics di Anslinger, incaricati di perseguire i dottori che prescrivevano narcotici per quelli che egli giudicava scopi illeciti: alla fine del 1939 la American Medical Association stipulò un accordo con Anslinger e nel corso dei dieci anni successivi, dal 1939 al 1949, solo tre medici furono accusati per utilizzo di droghe illecite.