L'uso di trifluridina è destinato alla somministrazione topica e dopo somministrazione per via oculare l'assorbimento sistemico appare trascurabile. Anche in presenza di difetti dell'epitelio corneale comportanti una diminuita integrità corneale, così come in caso di infiammazione stromale od uveite, si ritiene che nell'umore acqueo possano essere rilevate solo quantità minime della molecola.<br>