Scrivendo ad Osborn degli articoli, rise del risultato, dicendo: "Penso che Marsh sia impalato sulle corna di "Monoclonius sphenocerus"". Cope era ben consapevole dei suoi nemici ed era abbastanza spensierato da chiamare una specie come una combinazione di "Cope" e "hater", "Anisonchus cophater". Durante i suoi anni di difficoltà finanziarie, riuscì a continuare a produrre articoli: i suoi anni più produttivi furono il 1884 e il 1885, con rispettivamente 79 e 62 articoli pubblicati. Gli anni 1880 segnarono la pubblicazione di due dei più noti taxa fossili descritti da Cope: il pelicosauro "Edaphosaurus" nel 1882 e il primo dinosauro "Coelophysis" nel 1889. Nel 1889 successe a Leidy, morto l'anno precedente, come professore di zoologia all'Università della Pennsylvania. Il piccolo stipendio annuale era sufficiente per permettere alla famiglia di Cope di tornare in una delle case a schiera che egli fu costretto ad abbandonare in precedenza.