La complessità e stretta interdipendenza dei diversi elementi del sistema immunitario fa sì che una mancata od alterata funzionalità di un compartimento si rifletta spesso in maniera massiccia nell'intero sistema. A testimonianza di questo paradigma, si può prendere in considerazione l'esempio della sindrome da immunodeficienza acquisita, dove una diminuzione progressiva dei linfociti T CD4 porta ad una completa disorganizzazione della risposta immunitaria. 