Il BNP è biosintetizzato come preproormone di 134 amminoacidi (preproBNP), codificato dal gene umano nppb. La rimozione del peptide segnale N-terminale a 25 residui genera un proormone (proBNP), che viene immagazzinato all'interno delle cellule come glicoproteina O-legata. Il proBNP viene successivamente tagliato tra i residui arginina-102 e serina-103 da una specifica convertasi (probabilmente furina o corina) in NT-proBNP e il peptide biologicamente attivo BNP, che vengono secreti nel sangue in quantità equimolari. La scissione in altri siti produce brevi peptidi con attività biologica sconosciuta. Il processamento del proBNP può essere regolato dalla O-glicosilazione di residui amminoacidici nei pressi dei siti di taglio.