Cardinale è sotto inchiesta a partire dalla fine degli anni '90 dalla Procura di Bari, assieme a molti altri accademici, per presunti concorsi truccati in varie università d'Italia (nel 2004 cinque docenti vennero arrestati per tale motivo). Mai convocato dai magistrati pugliesi, Cardinale ha ricevuto nel 2009 un avviso di conclusione delle indagini preliminari per il reato di concorso in truffa per fatti commessi fino al 2002. Mai convocato per l'udienza preliminare, Cardinale ha impugnato il provvedimento del gup di Bari facendo ricorso per Cassazione per ottenerne la nullità. Nel 2010 la procura ne ha chiesto il rinvio a giudizio, ma successivamente l'inchiesta per la parte che lo riguardava è stata trasferita a Palermo.