L'emivita plasmatica di apalcillina risulta più lunga rispetto a quella di altre penicilline antipseudomonas e si aggira sui 76 minuti. L'escrezione renale della molecola è piuttosto bassa: 18-20% in forma immodificata ed un ulteriore 18% sotto forma di metaboliti. Una quota importante della molecola viene eliminata dall'organismo attraverso la bile.<br> 