Ulteriori danni si hanno al momento del parto: il bambino deve attraversare una massa di tessuto cicatriziale e reso poco elastico a causa delle mutilazioni; in quel momento il feto non è più ossigenato dalla placenta e il protrarsi della nascita toglie ossigeno al cervello, rischiando di causare danni neurologici. Nei paesi in cui è praticata l'infibulazione, inoltre, è frequente la rottura dell'utero durante il parto, con conseguente morte della madre e del bambino.