Le prerogative, l'organizzazione e il funzionamento del Consiglio superiore di sanità sono disciplinati dal decreto legislativo 30 giugno 1993, n. 266, dal decreto ministeriale 6 agosto 2003 n. 342, dal decreto del Presidente della Repubblica 28 marzo 2013, n. 44 e dal decreto legge n. 90 del 24 giugno 2014.