Biandrata, certo di lasciare in buone mani la continuazione dell'opera sua, poteva così accettare la proposta del re di Transilvania Giovanni Sigismondo Zápolya, il figlio di Jan Zápolya e di Isabella Jagiełło di trasferirsi ad Alba Iulia in qualità di medico di corte. Vi giunse nel settembre 1563: venne ricoperto di onori, ricevette in dono tre feudi ed ebbe la nomina di consigliere reale.