Il 13 maggio 2016 viene tratto in arresto, ai domiciliari, con l'accusa di "rapina aggravata" e "lesioni personali aggravate". I carabinieri del Nucleo Antisofisticazioni e Sanità hanno eseguito l'ordinanza del giudice per le indagini preliminari di Milano a seguito della denuncia di un'infermiera in prova nella clinica Matri, a cui lo stesso Antinori avrebbe prelevato tre ovuli contro la sua volontà, anestetizzandola con la forza, allo scopo di impiantare gli stessi ovuli, nel frattempo fecondati artificialmente, nell'utero di una cliente della clinica. Il 31 ottobre 2017 il medico è stato scagionato e l'infermiera accusata di calunnia nei suoi confronti. Il 15 febbraio 2018 il tribunale di Milano lo condanna a 7 anni e 2 mesi di reclusione, nonché all'interdizione a vita dai pubblici uffici e all'interdizione dall'esercizio della professione medica per 5 anni e 6 mesi per prelievo forzato di ovuli. Il 20 luglio 2018 il gup di Milano Alfonsa Ferraro lo proscioglie dall'accusa di traffico illegale di ovociti con la formula "il fatto non sussiste". In appello fu condannato a 7 anni e 10 mesi di carcere, secondo quanto dato a conoscere il 13 maggio 2019.