Nel 1835 l'attività riprese e qualche anno dopo, nel 1841, essa cambiò sede, che divenne il Palazzo dell'Archiginnasio (dal 1564 prima sede unificata dell'Alma Mater Studiorum di Bologna). Un punto di svolta sarà il 1846 quando la Società parteciperà al suo primo congresso internazionale: il Congresso di Genova, dando vita ad una fiorente attività in campo non italiano. Con il D.R. dell' 11 Giugno 1891, essa divenne Ente Morale. La Società ancora oggi vanta numerose pubblicazioni ed il contributo di massimi esponenti del campo medico e di personaggi illustri, rendendola così molto attiva e vivace per quanto riguarda il campo della ricerca scientifica, i dibattiti interni (ricordiamo ad esempio il dibattito sull'igiene pubblica e sulla prevenzione delle malattie epidemiche e sociali, questioni legate alla modernizzazione della città a quel tempo) e gli incontri destinati a divulgare saperi scientifici.