La patogenesi della Toxoplasmosi oculare dipende dalla virulenza del Toxoplasma Gondii e dalle capacità immuni del paziente.La ragione dell'insorgenza delle recidive non è stata ancora del tutto chiarita. Le teorie al riguardo sono molteplici, le recidive sono state considerate la conseguenza della rottura di cisti tissutali, di reazioni di ipersensibilità oppure di meccanismi autoimmuni.La presenza di tachizoiti sembrerebbe essere molto rilevante nella genesi delle lesioni retiniche, ma rimane ancora incerta l'importanza degli autoanticorpi e della reattività dei linfociti periferici all'antigene S.Il controllo dell'infezione è ottenuto grazie all'immunità cellulare, con la partecipazione di macrofagi, linfociti CD4 e CD8 e di molteplici citochine.