Un grave effetto collaterale dell'eparina è la trombocitopenia indotta da eparina (HIT), causata da una reazione immunologica che rende le piastrine un bersaglio della risposta immunologica, con conseguente degradazione delle piastrine. Questa condizione viene normalmente invertita alla sospensione e in generale può essere evitata con l'uso di eparine sintetiche. Inoltre, una forma benigna di trombocitopenia è associata all'uso precoce dell'eparina, che si risolve senza interrompere l'eparina.