Tutte le opere di Ghini, gli erbari e i disegni sono andati perduti, ci rimane solo quanto riportato da alcuni suoi allievi come il Maranta, l'Anguillara, Andrea Cesalpino, ma soprattutto Ulisse Aldrovandi (1519-1605), fondatore dell'Orto botanico di Bologna, che ci ha lasciato gli appunti delle lezioni del Ghini.