Goeddel ha conseguito la laurea in chimica presso la University of California, San Diego, e il dottorato di ricerca presso la University of Colorado, Boulder. È membro dell'Accademia Nazionale delleScienze, ed è un destinatario del Premio Eli Lilly in Chimica Biologica e la Medaglia Scheele dell'Accademia Svedese delle Scienze Farmaceutiche.