Un altro genere di patologie in cui il polimorfismo del sistema HLA può svolgere un ruolo da protagonista per quel che riguarda l'eziopatogenesi così come la prognosi è quello delle malattie infettive. Molte di queste infatti, quali l'AIDS, sebbene non possano ovviamente essere considerate malattie genetiche, sono, almeno parzialmente, influenzate da polimorfismi genetici che esercitano un ruolo chiave sia nel ciclo vitale del microrganismo, sia nella risposta immune [111] .Come precedentemente accennato, la grande variabilità allelica delle molecole HLA sia tra gli individui che tra le popolazioni sembra essere riconducibile all'influenza della selezione naturale esercitata da malattie epidemiche infettive che colpirono gli antenati degli attuali gruppi etnici umani e, la stessa grande variabilità, sembrerebbe fornire al genere umano un ampio spettro di possibilità nel riconoscimento e nella difesa contro agenti infettivi da esso già incontrati nel suo percorso evolutivo così come contro agenti infettivi non ancora incontrati.Come conseguenza di ciò alcuni individui, in base alle loro caratteristiche genetiche, sono in grado di rispondere più efficacemente ad una specifica infezione, altri meno, e questo si può tradurre sia in termini di capacità di eliminare definitivamente l'agente patogeno, sia in una differente manifestazione della malattia ad esso riconducibile.Per rendere in termini più pratici tale concetto illustreremo brevemente le attuali conoscenze sull'importanza dei fattori genetici nell'esito dell'infezione da HIV resi disponibili da studi di associazione. I pazienti che presentano una maggiore varietà in tal senso presentano infatti una velocità di progressione di malattia minore e tale fenomeno sembrerebbe essere riconducibile alla maggiore capacità di difendersi da una delle tecniche di elusione messe in atto dall'HIV cioè la variabilità genetica e, di conseguenza, la variabilità strutturale.Infine, tra i fattori che ritardano la comparsa dell'AIDS e pertanto considerati protettivi, troviamo l'HLA-B27 e l'HLA-B57, due alleli che sembrano agire limitando in modo migliore rispetto ad altri, la fuga mutazionale.A prova finale dell'importanza dell'assetto genetico individuale nell'esito dell'infezione da HCV, è stato proposta da alcuni autori la formulazione di un indice quantitativo predittivo di RH (relative hazard) e sopravvivenza, il GPI (Genetic Propensity Index) [111] .