All'ulteriore evolversi della Rivoluzione, Desault entrò in conflitto con i radicali Giacobini. Nel 1792, a seguito del massacro del 10 agosto, fu accusato di non aver curato i feriti. A sua difesa, centinaia di studenti e suoi pazienti firmarono una petizione ed egli trovò scampo con solo un ammonimento. Tuttavia l'anno seguente i soldati accerchiarono l'ospedale nel mezzo di una lezione e lo portarono in prigione, poco dopo fu rilasciato grazie alle sue influenti conoscenze. Nel 1795, all'età di cinquantasette anni, morì per una febbre. Sebbene circolasse la voce che egli fosse stato avvelenato, l'autopsia effettuata sul suo cadavere non fornì alcun supporto a questa tesi.