A dividere tra loro i peduncoli si trova la fossa interpeduncolare, all'interno della quale scorre liquido cerebrospinale. Il nervo oculomotore esce tra i peduncoli, e quello trocleare è visibile arrotolato attorno l'esterno dei peduncoli. Il tetto del mesencefalo è invece diviso nei collicoli inferiori e superiori che insieme sono chiamati corpi o tubercoli quadrigemini e dall'area pretettale. Essi aiutano a decussare diverse fibre del nervo ottico, e a causa della loro sistemazione controlaterale si forma il chiasma ottico. Comunque alcune fibre mostrano una disposizione anche ipsilaterale, cioè corrono parallele sullo stesso lato senza decussare. 