L'ospedale tipico era diviso in reparti come malattie sistemiche, chirurgia e ortopedia con ospedali più grandi con specialità più diverse. "Malattie sistemiche" era l'equivalente approssimativo della medicina interna odierna ed era ulteriormente suddivisa in sezioni come febbre, infezioni e problemi digestivi. Ogni dipartimento aveva un ufficiale in carica, un ufficiale che presiede e uno specialista della supervisione. Gli ospedali avevano anche aule e biblioteche. Il personale degli ospedali comprendeva ispettori sanitari, che regolavano la pulizia, contabili e altro personale amministrativo. L'ospedale di Baghdad impiegava venticinque medici del personale. Gli ospedali erano tipicamente gestiti da un consiglio di tre uomini che comprendeva un amministratore non medico, il capo farmacista, chiamato shaykh saydalani, che era di grado uguale al capo medico, che serviva come mutwalli (preside). Le strutture mediche tradizionalmente chiudevano ogni notte, ma nel X secolo furono approvate leggi per mantenere gli ospedali aperti 24 ore al giorno.