Gli FMT usano la stessa linea di ragionamento dei probiotici; per ricreare un sano equilibrio di microbiota nel microbioma inserendo microbi benefici nell'ambiente. FMT realizza questo facendo una donazione di materiale fecale da un individuo sano, diluito, teso e presentato a un paziente malato. Gli FMT sono attualmente usati per trattare pazienti con infezioni da Clostridium difficile che si sono dimostrati resistenti ad altre terapie. Poiché il processo non è sterile e le contaminazioni possono passare dal donatore al paziente, c'è una spinta per isolare il microbiota chiave e coltivarlo in modo indipendente.