Esiste una rara tendenza genetica a sviluppare la BPCO chiamata deficit di alfa-1-antitripsina, una proteina che protegge i polmoni dai danni provocati da altri enzimi che si trovano naturalmente nell’organismo. Le persone con un deficit di alfa-1-antitripsina, di solito, sviluppano la BPCO in giovane età, spesso sotto i 35 anni. Inoltre, sono associati con il rischio di sviluppare BPCO geni che codificano per la metalloproteinasi di matrice 12 (MMP-12) e per la glutatione S-transferasi.