Il farmaco è controindicato nei soggetti con ipersensibilità individuale nota al principio attivo oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti utilizzati nella formulazione farmaceutica. È inoltre controindicato nei pazienti affetti da glaucoma o ipertrofia prostatica. Nei pazienti affetti da disturbi mentali, i quali assumono etopropazina per controllare le reazioni extrapiramidali indotte da altri farmaci, è richiesta una particolare cautela, soprattutto nella fase iniziale del trattamento ed ogni qual volta si ritenga utile ricorrere ad un adeguamento del dosaggio, in quanto si può avere un peggioramento dei disturbi mentali e la comparsa di psicosi tossiche.