Sono stati identificati diversi polimorfismi genetici MHC e non-MHC che possono contribuire alle manifestazioni cutanee di SLE e del CLE. La maggior parte di queste varianti genetiche sono associate a meccanismi attribuiti alla patogenesi del SLE, compresi i percorsi coinvolti nella regolazione dell'interferone e della vitamina D e l'esposizione alla luce UV. Sebbene vi sia una sovrapposizione tra i fattori genetici associati a SLE e CLE, sembrano esserci fattori genetici unici specifici per CLE.