Il primo paziente fu accolto ad aprile 1467, ma l'attività dell'ospedale fu talmente intensa già da subito, che dal 1504 iniziarono dei lavori di ampliamento delle strutture che proseguirono per secoli. L'area ospedaliera arrivò ad occupare più di 11.000 metri quadri nella seconda metà del XVIII secolo, nell'isolato compreso tra via Gorini, via Bassi e piazza San Francesco.