Dopo aver passato i restanti anni della sua vita a vagare di città in città, morì a Salisburgo il 24 settembre 1541. È sepolto nella chiesa di S. Sebastiano. . Le scene più commoventi presso la sua tomba si sono verificate nel 1831 quando, durante le terribili settimane del colera indiano, gli abitanti delle Alpi Salisburghesi si recarono in pellegrinaggio a Salisburgo per implorare non il Santo patrono, ma il medico Paracelso, di risparmiarli dall'epidemia.