Pagel nacque a Berlino come figlio del famoso medico e storico della medicina, Julius Leopold Pagel. Sposò la dottoressa Magda Koll nel 1930. Nel 1930 ebbe un figlio di nome Bernard. Pagel fece il dottorato a Berlino nel 1922 e diventò professore presso l'Università di Heidelberg nel 1931. La famiglia si trasferì in Gran Bretagna nel 1933, a causa della persecuzione degli ebrei.