Alla fine del XVII secolo, l'ospedale e la chiesa furono in gran parte ricostruiti da Sir Robert Clayton, presidente dell'ospedale ed ex sindaco di Londra e Thomas Cartwright fu l'architetto che progettò il nuovo ospedale. Una statua di Clayton si trova ora all'ingresso nord del padiglione dell'ala nord del St Thomas' Hospital ed è classificata monumento storico di I grado. Nel 1721 Sir Thomas Guy, governatore del St Thomas', fondò il Guy's Hospital come luogo per curare gli "incurabili" dimessi dal St Thomas.