Anna non abbandonò il progetto e nel 1904 propose alla sezione di Roma dell'Unione femminile nazionale l'istituzione di scuole estive e serali nell'Agro romano. La diffusione dell'istruzione era, infatti, uno degli scopi principali dell'Unione, di cui Anna era sostenitrice da tempo. La Fraentzel fu anche collaboratrice fissa della rivista dell'Unione insieme a Sibilla Aleramo e si assunse ben presto il compito di organizzare e dirigere l'attività educativa nelle campagne. Nell'anno scolastico 1905-1906 furono aperti i primi corsi estivi nell'Agro e questa volta, nonostante il boicottaggio dei latifondisti, l'iniziativa andò a buon fine. Nel 1907 per dare un assetto più organico al servizio scolastico ed organizzarne la diffusione, Anna insieme al marito, a Sibilla Aleramo, e al compagno di questa (il poeta Giovanni Cena), costituì il Comitato delle scuole per i contadini di cui fu eletta presidente. Presero parte al progetto anche altri intellettuali italiani, tra cui l'artista romano Duilio Cambellotti. Da quel momento le scuole si svilupparono nell'Agro e nelle paludi di pari passo con la diffusione dell'assistenza antimalarica, nonostante il problema della mancanza di fondi e grazie alla stretta collaborazione tra insegnanti e medici.