Nel 1960 ha ricevuto un dottorato dal City College, seguito da una cattedra presso l'Università di Rochester nel 1962. Nel 1959 divenne Professore e Capo Esecutivo del Dipartimento di Biochimica, Università di Stanford. In un'intervista nel 1997, Arthur Kornberg (riferendosi a Josh Lederberg) disse: "Lederberg voleva davvero unirsi al mio dipartimento . Lo conoscevo; è un genio, ma non sarebbe stato in grado di concentrarsi e di operare all'interno di un piccolo gruppo familiare come il nostro, e quindi sono stato determinante nello stabilire un dipartimento di genetica Stanford di cui sarebbe stato presidente . " 