Esperimenti in vitro su colture cellulari hanno evidenziato che saquinavir produce un effetto antivirale additivo e sinergico contro il virus HIV-1 in doppia o tripla terapia di combinazione con vari inibitori della transcriptasi inversa (ad esempio zidovudina, zalcitabina, lamivudina stavudina ed altri), senza un incremento della citotossicità.