I rapporti con il Terzo Reich iniziarono quando, nel Luglio del 1941, il commando tedesco fece setacciare i quartieri più altolocati di Leopoli prendendo in ostaggio 52 persone, tra professori universitari e loro parenti stretti, molti dei quali furono fucilati. Weigl quella notte fu svegliato dai colpi di fucile e assistette alle esecuzioni. Questo fu il motivo per il quale decise di collaborare con la Germania. Due erano infatti le strade da seguire e la scelta non era facile: il suicidio o la collaborazione. Weigl produsse il suo vaccino per l'esercito tedesco, il cui corpo medico, benché certamente non indenne all'antisemitismo e da altre influenze corruttrici, aveva come principale obiettivo la protezione dei combattenti tedeschi. Fritz Katzmann, il tenente generale delle SS, offrì a Weigl una cattedra universitaria a Berlino ma costui rifiutò la proposta poiché sarebbe stato un atto di slealtà verso il popolo polacco. L'impiego reale o fittizio presso l'istituto offriva un salvacondotto al personale del laboratorio, sul quale incombeva la minaccia della morte, della fame, o della deportazione nei campi di lavoro in Germania: ogniqualvolta, infatti, a Leopoli un polacco si trovava in pericolo, l'istituto era pronto ad offrirgli protezione. La cifra di coloro che vi lavorarono, è stimata tra i 1200 e le 3000 persone. Tra queste vi furono romanzieri, insegnanti di scuola superiore e musicisti tra cui: il poeta Zbigniew Herbert, Il musicista Stanisław Skrowaczewski e il sociologo Józef Chałasiński. I polacchi che lavoravano per Weigl sopravvissero perché i nazisti temevano il tifo ed i pidocchi e attribuivano al prodotto ricavato da questi pidocchi più valore che alla vita umana stessa. In genere la semplice esibizione dell'Ausweis, ovvero il documento che attestava il lavoro nel laboratorio, bastava a liberare il suo detentore da ogni fastidio, soprattutto durante i controlli di routine che spesso erano l'anticamera della morte o della deportazione.