Gudden apportò molti contributi nel campo della neuroanatomia, specialmente nel suo lavoro di mappatura e descrizione dei percorsi, delle connessioni, delle origini / termini e dei centri neuroanatomici delle reti nervose craniche e ottiche. Le fibre commissurali del tratto ottico prendono il nome di commessura di Gudden, chiamati in suo onore, ed è accreditato per lo sviluppo di un microtomo utilizzato per il cervello per il suo studio patologico. Tra i suoi ben noti studenti e assistenti ci sono Emil Kraepelin (1856-1926), Franz Nissl (1860-1919), Auguste-Henri Forel (1848-1931), Sigbert Josef Maria Ganser (1853-1931) e Oskar Panizza (1853-1921).