Altre possibili complicanze note includono: emorragie, infezioni generalizzate, cicatrici antiestetiche e retraenti, devitalizzazione dei lembi cutanei innestati o loro scarsa risposta agli androgeni durante la crescita genitale, stenosi serrata o chiusura completa del meato, presenza di peli prepuziali nel lume del canale ricostruito (su di essi si formano calcoli urinari ed è per questo motivo che la chirurgia sta volgendo verso l'utilizzo di parti anatomiche non cutanee come la mucosa orale), piega addominale persistente del pene, riduzione della sensibilità agli stimoli e balanite sclerotica obliterante (o "Lichen Sclerosus," un'infiammazione cronica del glande con fibrosi e restringimento progressivo dello sbocco urinario). Le opzioni terapeutiche per quest'ultima condizione includono steroidi per unguento topici o una meatoplastica. Sono inoltre riportati casi di ""locker-room syndrome"" (riluttanza psicologica all'accoppiamento) e deterioramento dell'uretra ricostruita anche a distanza di anni specialmente in seguito all'inizio dei rapporti sessuali nell'età adolescenziale e adulta.