Nel 95% circa delle SMA associate a SMN, il difetto genetico è rappresentato dalla mancanza di un tratto del gene SMN1 (delezione). Nel 5% circa delle persone, uno dei due geni (di origine materna o paterna) presenta mutazioni all'interno del gene SMN1. Queste persone quindi hanno una delezione su un cromosoma e una mutazione puntiforme sull'altro cromosoma; ad oggi sono state identificate circa 40 diverse mutazioni.