H. influenzae può causare malattie localizzate all'apparato respiratorio (otiti, sinusiti, bronchiti) che con una cura appropriata sono facilmente guaribili. In alcuni casi, il batterio può infettare il sangue e/o altri organi, causando le forme invasive quali batteremia/sepsi, polmonite, meningite (infezione delle membrane che rivestono il cervello e il midollo spinale), epiglottite (grave infezione della laringe), artrite (infezione a carico di un'articolazione), pericardite (infezione della membrana che riveste il cuore), cellulite (infezione del tessuto connettivo posto sotto la cute) della faccia e osteomielite (infezione ossea).