La causa di cisti semplice non è nota, ma si crede sia una condizione congenita. Tipicamente, il fluido all'interno della cisti ha una composizione in elettroliti simile al plasma. Bile, amilasi e globuli bianchi sono assenti. Il fluido delle cisti è continuamente secreto dal rivestimento epiteliale della cisti. Per questo motivo, l'agoaspirato delle cisti semplici non è risolutivo.