Gli ottimi risultati ottenuti al Rizzoli fecero ottenere a Manzoli importanti ruoli ufficiali e incarichi di prestigio, quali membro del Consiglio Nazionale delle Ricerche, membro della Commissione farmaci e infine nel 1989 direttore dell'Istituto Superiore di Sanità, il principale ente di ricerca italiano in ambito biomedico e, nello stesso anno, membro del Consiglio nazionale dell'economia e del lavoro. 