La diagnosi avviene a seguito di analisi di laboratorio su urine o sperma o a seguito di un'ecografia prostatica transrettale (che rimane un esame di scarsa validità nell'identificazione delle prostatiti, dato che l'osservazione di piccole cisti, di calcificazioni o di una generale disomogeneità della struttura viene spesso riscontrata anche in pazienti completamente asintomatici), che viene comunque evidenziata dalla presenza di leucociti nello sperma.