La muscolatura della parte faringea e del terzo superiore dell'esofago è composta da muscolo striato. Quindi, le onde peristaltiche in queste regioni sono controllate da impulsi nervosi scheletrici dai nervi glossofaringeo e vago. Nei due terzi inferiori dell'esofago, la muscolatura è muscolo liscio, ma anche questa porzione dell'esofago è controllata dal nervo vago che agisce mediante connessioni con il sistema nervoso mienterico esofageo. Quando i nervi vagi all'esofago vengono resecati, il plesso nervoso mienterico dell'esofago diviene sufficientemente eccitabile dopo alcuni giorni da causare forti onde peristaltiche secondarie anche senza il supporto dei riflessi vagali. Quindi, anche dopo paralisi del riflesso della deglutizione del tronco encefalico, il cibo inserito attraverso manovre nosocomiali o in altro modo nell'esofago, può ancora passare velocemente allo stomaco.