Recenti metanalisi evidenziano come si possa osservare un'importante riduzione dei casi di AAD quando alla terapia antibiotica sia associato un trattamento preventivo con probiotici. Nell'adulto il microrganismo più efficace sembra essere il Saccharomyces boulardii, mentre nei bambini, oltre al Saccharomyces boulardii, è risultato particolarmente efficace anche il Lactobacillus rhamnosus GG.