Paolo nasce in Egina, isoletta del Mar Egeo posta di fronte ad Atene, verosimilmente verso il 625. Pochi elementi ci restano per quanto riguarda la sua vita e, di questi, la maggior parte sono giunti a noi tramite scrittori postumi medievali. L'eginate è stato uno dei seguaci della scuola medica di Alessandria d'Egitto. Oribasio di Pergamo, Aezio di Amida, Alessandro di Tralles e Paolo di Egina, tutti seguaci della prestigiosa scuola alessandrina, sono oggi considerati i medici più eminenti dell'epoca bizantina. Per approfondire i suoi studi in campo medico è probabile che l'eginate abbia visitato i due centri culturali di quel periodo: Roma e Costantinopoli.