Montagnier è attivamente impegnato nello studio e nella ricerca sull'efficacia dei rimedi omeopatici. Tali studi sono stati accolti molto negativamente dalla comunità scientifica, poiché nessuna prova è stata finora addotta che possa avallare una qualsiasi efficacia dell'omeopatia; più precisamente, gli esperimenti svolti hanno dimostrato un'efficacia pari all'effetto placebo. Per tali sue ricerche, relative sia all'omeopatia sia alla memoria dell'acqua sia all'autismo, Montagnier ha ricevuto alcune aspre critiche tanto da fare definire i risultati dei suoi studi come scienza patologica.