Nel 1904 fu introdotto il logo formato dalla due scritte "BAYER" incrociate in un cerchio. Poiché all'epoca i farmaci in molti paesi venivano venduti sfusi da medici e farmacisti, e non essendo quindi presenti confezioni dove poterlo aggiungere, il logo venne impresso direttamente sulle compresse. Nello stesso anno viene fondata la "Turn- und Spielverein Bayer 04 Leverkusen", società sportiva aziendale destinata a dar vita anni dopo alla sezione calcistica, oggi Bayer 04 Leverkusen Fußball.