I macrofagi posseggono sulla loro superficie cellulare dei recettori di membrana con cui captano i microrganismi o altre particelle. In particolare ricordiamo tra tali recettori il CD14 che riconosce LPS (strato lipopolisaccaridico, struttura tipica dei batteri gram negativi), CD16 che riconosce l'Fc (parte terminale) delle IgG e vari recettori per i fattori del complemento. I recettori una volta attivati trasmettono dei segnali di rimodellamento della membrana cellulare che dapprima emette un'estroflessione, quindi forma una rientranza sempre più profonda fino a quando le due estremità che avvolgono la particella non si toccano e si fondono fra loro. In questo modo il materiale estraneo si trova immerso nel citoplasma del macrofago formando una vescicola rivestita di membrana detta "fagosoma". In seguito alla inglobazione del microrganismo si attiva un processo per cui il fagosoma viene avvicinato ai "lisosomi" fino a fondersi con essi formando il "fagolisosoma". Il materiale fagocitato viene così a contatto con vari enzimi contenuti nei lisosomi e quindi digerito. Tra questi enzimi ricordiamo: