Nel 1772, all’età di 74 anni, Moscati chiese di essere messo a riposo ed espresse il desiderio di essere sostituito da suo figlio Pietro Moscati, che in quel momento era professore di Anatomia, Chirurgia e Ostetricia all’Università di Pavia. Muore a Milano il 17 settembre 1798, all'età di 92 anni. Ancora oggi è possibile visitare la sua lapide commemorativa presso il Famedio del Cimitero Monumentale di Milano.