Può interessare le stesse sedi della GVHD acuta ma, di solito, la sua estensione è maggiore (sistemica) e può riguardare molti organi e apparati (cute, occhi, mucosa orale o esofagea, fegato, polmone, apparato neuromuscolare, intestino; può assumere le caratteristiche della sclerodermia, della cirrosi biliare o della bronchiolite obliterante).