La maggior parte delle ricerche ha dimostrato che la trabectedina presenta un buon profilo di sicurezza e nella maggior parte dei pazienti è ben tollerata. In uno studio riguardante il trattamento del sarcoma, solo il 5% dei pazienti ha richiesto ospedalizzazione dovuta agli effetti collaterali del farmaco. I più comuni effetti collaterali, anche se meno frequenti se confrontati agli altri chemioterapici, sono risultati essere: 