Le alterazioni endocrine nel periodo fetale sono discusse come possibile causa endogena. I beta-idrossisteroidi surrenali possono stimolare le ghiandole sebacee. Inoltre, l'acne neonatale può in rari casi anche essere un sintomo di iperplasia surrenale nella sindrome adrenogenitale (deficit di 21-idrossilasi). Un possibile fattore esogeno è costituito dagli ormoni materni, che vengono forniti per via transplacentare o attraverso il latte materno.