Gli autoanticorpi "organo-specifici" - quali gli "anti-insula-pancreatica", o gli "anti-tireoglobulina" - sono associati a malattie autoimmuni organo-specifiche quali ad esempio il diabete mellito di tipo 1 e la Tiroidite di Hashimoto. In confronto ai non organo-specifici, questi autoanticorpi hanno titolo più basso, sono altamente specifici (cioè si associano in maniera stretta alle rispettive patologie, non essendo riscontrabili altrove), ed hanno anch'essi sensibilità variabile: un paziente con Hashimoto può non avere positività anticorpale, e viceversa la positività anticorpale non implica che vi sia una tiroidite in atto. Alcuni autoanticorpi organo-specifici sono "patogenetici" (un esempio è l'"Anti-recettore del TSH") ma nella maggior parte dei casi l'autoanticorpo non può essere imputato come "causa" del danno d'organo e della sintomatologia. Questo fatto può risultare più chiaro proprio pensando che, se patogenetico, un anticorpo dovrebbe essere presente nel 100% dei pazienti, mentre così non è.