In alcuni casi la malattia non è causata direttamente dalla presenza di batteri ma dalla loro produzione di tossine. Sebbene anche questi tipi di germi possano essere ricercati (osservando la loro crescita in terreni specifici), i test utilizzati per evidenziarli sono rivolti alla ricerca diretta delle loro tossine mediante il test della glutammato deidrogenasi (GDH). Esempi di batteri che producono tossine includono: