A causa della loro azione miorilassante, le benzodiazepine possono causare insufficienza respiratoria in soggetti particolarmente sensibili. Per questo motivo, sono controindicate nei pazienti con miastenia gravis, apnea del sonno, bronchite, e BPCO. È necessario porre una particolare attenzione quando le benzodiazepine vengono somministrate alle persone con disturbi di personalità o disabilità intellettiva a causa dei frequenti effetti paradossi. Nella depressione maggiore, possono aumentare le tendenze suicidarie e sono a volte utilizzate esse stesse per suicidarsi mediante overdose. I soggetti con una storia di abuso di alcol, oppioidi e barbiturici dovrebbero evitare di assumere benzodiazepine, in quanto vi è la possibilità di rischiare la vita per via dell'interazioni con queste sostanze.