In meno di 40 anni di attività scientifica, Cope ha pubblicato più di 1.400 articoli scientifici, un primato che resiste ancora oggi. Questi includono tre volumi principali: "On the Origin of Genera" (1867), "The Vertebrata of the Tertiary Formations of the West" (1884) e "Essays in Evolution". Ha scoperto un totale di 56 nuove specie di dinosauri durante la guerra delle ossa rispetto alle 80 specie di Marsh. Sebbene Cope sia oggi conosciuto come erpetologo e paleontologo, i suoi contributi si estesero all'ittiologia, nella quale ha catalogato 300 specie di pesci in tre decenni. In totale ha scoperto e descritto oltre 1.000 specie di vertebrati fossili e ha pubblicato 600 titoli distinti.