Ciascuna catena polipeptidica del repressore omodimerico, costituito cioè da due identici dimeri, è ripiegata in 10 alfa eliche; i domini leganti il DNA sono formati da 3 alfa eliche (α1- α3 in blu); le eliche della rigida impalcatura sono α5, α8, α10 e le eliche sottoposte a modificazioni conformazionali, in seguito a induzione, sono α4, α6, α9.