I disturbi gastrointestinali sono a volte associati con la stomatite aftosa, ad esempio la malattia celiaca ma anche le malattie infiammatorie intestinali come la malattia di Crohn o la colite ulcerosa. Il legame tra i disturbi gastrointestinali e la stomatite aftosa è probabilmente legata a carenze nutrizionali causate da malassorbimento. Meno del 5% delle persone con stomatite aftosa ricorrente hanno la malattia celiaca, che di solito si presenta con grave malnutrizione, anemia, dolori addominali, diarrea e glossite (infiammazione della lingua). A volte le ulcerazioni simili all'afta possono essere l'unico segno della malattia celiaca. Nonostante questa associazione, una dieta priva di glutine di solito non migliora le ulcerazioni orali.