Un meccanismo molto più ampio attraverso il quale la β-alanina può favorire con il recupero appartiene alle sue capacità di esercitare un effetto simil-neurotrasmettitore. Prima di approfondire questo aspetto, bisogna riconoscere l'importante e raramente discussa fase di recupero. Quando l'atleta non richiede più tutta l'eccitazione del corpo, necessita di riposo. Detto diversamente, l'atleta ha bisogno di spegnere il sistema nervoso simpatico e accendere il sistema parasimpatico. Qualsiasi eccitabilità superflua serve solo a stressare ulteriormente il sistema endocrino e probabilmente il sistema nervoso, così come a ritardare il recupero. Consumando β-alanina nel post-allenamento, si stimolano i recettori del neurotrasmettitore chiamato GABA, che ha l'effetto di rallentare il sistema nervoso permettendo di innescare la fase di recupero. Questa transitoria stimolazione del GABA non solo produce un effetto inibitorio sul sistema nervoso, ma dovrebbe anche facilitare il rilassamento del corpo intero. Un altro sistema potenzialmente influenzato in questo processo è quello endocrino, la cui eccessiva stimolazione è spesso implicata nel sovrallenamento. Anche se non esistono dati diretti a sostegno dell'ipotesi che la β-alanina possa ritardare o addirittura prevenire il sovrallenamento, questa rimane una possibilità.