La formazione della cisti di Bartolino è la conseguenza dell'ostruzione del condotto che trasporta la secrezione fluida dall'interno della ghiandola fino all'ingresso della vagina. L'occlusione del condotto escretore fa accumulare il liquido all'interno della ghiandola causando la formazione della cisti che, talvolta, può infettarsi a causa di batteri come l'escherichia coli o di microrganismi provenienti da infezioni a trasmissione sessuale come, ad esempio, la clamidia o la gonorrea (causata dal batterio neisseria gonorrhoeae).