La causa dell'infiammazione non è nota: è stata suggerita l'infezione da parte di un virus, ma non vi è una chiara evidenza. Nel 1990 è stato suggerito che l'autoanticorpo contro il recettore del glutammato GluR3 potesse giocare un ruolo come causa della malattia, tuttavia in seguito ciò non è stato confermato. Tuttavia, studi più recenti segnalano la presenza di autoanticorpi contro il recettore del glutammato di tipo NMDA in un sottogruppo di pazienti con sindrome di Rasmussen.