Fanno parte del sistema endocrino l'ipofisi, la tiroide, le paratiroidi, le ghiandole surrenali, il pancreas, l'epifisi. Hanno inoltre funzione endocrina anche altri organi: le ovaie e i testicoli, il miocardio, il rene, il timo, la placenta, il fegato, la pelle. Un esempio di cellule endocrine non appartenenti a un sistema ghiandolare è il sistema APUD, costituito da innumerevoli cellule localizzate in tutto il sistema digerente (è stato calcolato che se fossero localizzate in un organo esso avrebbe all'incirca le dimensioni di un'arancia) i cui ormoni mediano funzioni quali l'acidità gastrica, la motilità, lo svuotamento della colecisti. Altre cellule endocrine si trovano nei polmoni dove regolano le secrezioni; se ne trovano anche nella prostata e in altri organi che non sono endocrini.