Gli effetti della sindrome di Kartagener sono riscontrabili anche a livello delle tube uterine dove l'immobilità delle ciglia rende difficoltosa la progressione dell'ovocita verso l'utero, che è comunque garantita dall'attività peristaltica della muscolatura tubarica. La patologia può influire negativamente anche sulla mobilità degli spermatozoi, agendo direttamente sui microtubuli che compongono il flagello.