Il fine di Claude Bernard, come affermò con le sue stesse parole, era instaurare il metodo scientifico in medicina e biologia. Claude Bernard ha condiviso in questo modo lo spirito scientista del positivismo. Egli rifiutò alcune concezioni del passato, non dando nulla per scontato e facendo affidamento solo sugli esperimenti. Egli insistette sul fatto che la fisiologia di tutte le creature viventi è regolata dalle leggi della fisica e della chimica, come la materia inorganica.