Questo stato di equilibrio viene definito nel linguaggio scientifico “eubiosi”. In particolari condizioni si può rompere causando un processo di alterazione del microbiota che porta a uno stato definito "disbiosi", condizione che i medici hanno riscontrato in molte malattie, compresa l'obesità, le malattie infiammatorie dell'intestino e altre apparentemente non correlate a questo organo come quelle immunologiche e metaboliche.