L'azione del rabeprazolo di inibizione della pompa protonica è legato alla sua attivazione a sulfenamide, il suo valore di pKa è intorno a 5.0, questo significa che non necessita di un ambiente troppo acido per attivarsi. il rabeprazolo come base debole viene rapidamente assorbito e si concentra a livello delle cellule parietali. Questo potrebbe portare a credere che il rabeprazolo sia soggetto ad una rapida attivazione in realtà le implicazioni cliniche di questo non sono ancora state studiate approfonditamente.