Ritornò all'ospedale di Aversa nell'agosto 1860, quando il regno borbonico attraversava ormai un lento ed inesorabile declino, succedendo nella direzione a Federico Cleopazzo. Miraglia rivoluzionò la vita dell'ospedale, rinnovando le tecniche manicomiali e terapeutiche e troncando gli errori che ancora dominavano altrove. Il rapporto medico-paziente fu da lui radicalmente sovvertito, il sostegno psicologico divenne un veicolo di cura a tutti gli effetti e proprio il solerte atteggiamento paterno, che Miraglia dimostrava nello svolgimento della sua professione, contribuì ad accrescere la profonda e sincera stima che pazienti internati nel Morotrofio nutrivano nei suoi confronti.