L'acido cloridrico e la bile che vengono a contatto in questo modo con la mucosa dell'esofago ne provocano l'infiammazione (esofagite) con possibile insorgenza di sintomi caratteristici, come la pirosi. Anche se occasionali piccoli reflussi sono considerati fisiologici, in alcuni casi la frequenza e l'intensità dei reflussi può assumere valenza patologica. Col tempo l'infiammazione può evolvere in danni al tessuto dell'esofago, sotto forma di erosioni e piccole ulcere.