L'esame, di norma, precede l'esecuzione di una indagine endoscopica, chiamata sigmoidoscopia o colonscopia, in base alla parte di intestino che esplora, che consente di vedere le pareti del colon. L’esame endoscopico è effettuato inserendo nel colon un tubo sottile e flessibile, di lunghezza variabile, dotato di una sorgente luminosa e di una piccola telecamera che permette di vedere le pareti dell’intestino a contatto con le feci. Durante l’indagine, grazie alla presenza di uno o più canali per l’inserimento di pinze o altri strumenti, possono essere effettuati prelievi di piccole parti (campioni) di tessuto (biopsie) per accertare (diagnosticare) ulteriormente le cause della diarrea. È possibile anche effettuare piccoli interventi (colonscopia operativa) come la rimozione di polipi. La scelta fra sigmoidoscopia (esplorazione dell’ultimo tratto del colon) e colonscopia (esplorazione di tutto il colon) è a discrezione dello specialista in base alla causa che sospetta essere alla base della diarrea.