Nel 1946, un'ulteriore innovazione ospedaliera fu rappresentata dalla creazione della prima scuola per Vigilanti d'Infanzia, ovvero il primo luogo di formazione del personale infermieristico pediatrico, che garantisse l'assistenza durante l'intera durata della degenza. La scuola fu subito fortemente indirizzata verso le nuove teorie mediche del dottor Giovanni De Toni, il quale giunse presso l'Istituto Gaslini nel 1942, introducendo un personale metodo auxologico. Aprì inoltre vari centri di indagine clinica, richiese l'ampliamento della struttura e fece creare tre divisioni ospedaliere (la seconda medicina pediatrica, la seconda ortopedia e la seconda divisione di malattie infettive).