Diversi disturbi possono influenzare la motilità del cibo mentre viaggia verso la parte inferiore dell'esofago. Ciò può causare difficoltà nella deglutizione, chiamata disfagia, o deglutizione dolorosa, chiamato odinofagia. Con il termine di acalasia ci si riferisce ad un disturbo motorio primario caratterizzato dalla progressiva riduzione della peristalsi esofagea accompagnata dall'incapacità dello sfintere esofageo inferiore di rilassarsi adeguatamente, una condizione che in assenza di patologia generalmente si sviluppa più tardi nella vita. Questo porta ad un progressivo allargamento dell'esofago, e possibilmente ad un'eventuale condizione di megaesofago. La peristalsi esofagea sintomatica è una situazione patologica in cui la deglutizione può essere estremamente dolorosa, mentre lo spasmo esofageo diffuso è uno spasmo dell'esofago che può essere causa di dolore toracico. La sclerosi dell'esofago, come si verifica ad esempio nella sclerosi sistemica o nella sindrome CREST, può causare indurimento delle pareti dell'esofago e interferire con la peristalsi.