I farmaci privilegiati sono gli aminoglicosidi (solo per via endovenosa) e i fluorochinoloni, verso i quali i germi responsabili di infezioni delle vie urinarie sono solitamente sensibili, mentre si raccomanda cautela nell'impiego, in regimi empirici, di ampicillina e sulfonamidi per l'alto tasso di resistenze registrato (Bergeron 1986). Lo stesso discorso vale per il trimethoprim (Gupta 1999). La scelta della terapia sarà in un secondo momento influenzata dal risultato dell'antibiogramma, e non dalla concomitante presenza di batteriemia..