Le persone sono spesso infettate negli ospedali, nelle case di cura, o in altre istituzioni mediche, sebbene l'infezione al di fuori delle strutture sanitarie stia aumentando. Gli operatori sanitari potrebbero eventualmente diffondere i batteri ai pazienti o contaminare le superfici attraverso il contatto con le mani. Gli individui possono sviluppare l'infezione se toccano oggetti o superfici contaminate da feci e poi si portano le mani alla bocca o alle mucose. Il tasso di acquisizione di "C. difficile" è stimato essere del 13% nei pazienti con degenza ospedaliera fino a due settimane e del 50% con soggiorni superiori a quattro settimane. 