Tuttavia, questi eventi rappresentano solo l'innesco di una reazione immunitaria esuberante e patologica che porta al processo infiammatorio acuto. Il ruolo di HLA-B27 sembra essere quello di stimolare cloni autoreattivi di linfociti T dopo l'esposizione inappropriata di peptidi artritogeni. Un'importante considerazione patogenetica può derivare dal fatto che i linfociti T isolati nelle biopsie sono più spesso linfociti Th2, reperto che differisce da classico dell'artrite reumatoide dove i linfociti isolati sono più spesso Th1.