Sfortunatamente la famiglia, per motivi economici non era in grado di offrirgli la possibilità di continuare gli studi e così Virchow scelse la carriera del medico militare e nell'autunno del 1839 entrò nell'Istituto di formazione per medici militari di Berlino, fondato nel 1723 con il nome di "Collegium medico-chirurgicum" e ampiamente ristrutturato e riformato nel 1795. In questo modo, mediante la formazione dei medici militari, numerosi giovani di talento, che altrimenti non avrebbero potuto permettersi di studiare medicina, divennero medici, e tra questi non pochi si distinsero più tardi come ricercatori e professori universitari.