Le diagnosi differenziale deve essere posta nei confronti di altri disturbi ipertrofici: in particolare, sono state sottolineate da numerosi studi analogie con le sindromi di Beckwith-Wiedemann e di Simpson-Golabi-Behmel. Le somiglianze con sindrome di Beckwith-Wiedemann includono polidramnios, macrosomia, nefromegalia e ipoglicemia; la principale differenza è data dalla facies caratteristica della sindrome di Perlman, dovuta ai dismorfismi facciali (occhi infossati, depressione nasale, labbro superiore estroflesso, macrocefalia). La sindrome di Perlman si pone in diagnosi differenziale anche con altri disturbi associati a tumore di Wilms, come la sindrome di Sotos e la sindrome di Weaver.