Il capitolo delle medicine complementari e alternative è motivo di grande controversia nel mondo scientifico. Le ragioni per cui molti esponenti della medicina convenzionale vedono con sospetto le CAM è legato alla convinzione che queste non si basino su presupposti scientifici, riproducibili e confermati da studi di efficacia condotti con i moderni strumenti delle Evidence Base Medicine.Inoltre i professionisti delle CAM operano per lo più in campo privato e mancano i mezzi e le capacità per attuare un controllo del loro lavoro, sia da un punto di vista concettuale (non sempre si possono attuare gli stessi processi di controllo applicati ai farmacie ad altre metodiche proprie della medicina convenzionale), sia dal punto di vista pratico (non sono molti gli enti preposti a verificare la qualità e l'appropriatezza degli interventi di questi professionisti).Molti di coloro che praticano le CAM sono convinti che le terapie che propongono non possano essere studiate con gli stessi metodi della medicina tradizionale perché sarebbe riduttivo. Essi sostengono con forza che queste pratiche sono individualizzate, olistiche, intuitive e necessitano di un cambiamento nei paradigmi della ricerca.Di solito le argomentazioni sono basate su una serie di fraintendimenti e spesso i problemi possono essere risolti definendo con chiarezza i quesiti ai quali con la ricerca si vuole rispondere e di conseguenza trovando gli strumenti di ricerca più adatti allo studio delle metodiche alternative.Se lo scopo dello studio è provare l'efficacia di una tecnica complementare e alternativa, il trial randomizzato e controllato è classicamente il metodo meno confondente per trovare risposte affidabili.Ma se un piccolo numero di ostacoli alla ricerca esistono per principio, molti sono quelli che sussistono nella pratica. La CAM difetta infatti di una tradizione di ricerca ma anche di infrastrutture e di conseguenza attrae pochi ricercatori con esperienza.In aggiunta a ciò, se i medici che praticano la medicina ortodossa rimarranno sempre fortemente scettici, fino all'essere distruttivi, nei riguardi delle CAM, la ricerca sarà sempre inadeguata (8,89,90).