Nell'ottobre del 2011 viene condannato dal giudice monocratico della prima sezione penale del Tribunale di Catania, Alfredo Cavallaro, a due anni e nove mesi di reclusione per falso in bilancio (si tratta del primo grado di giudizio). Insieme a lui sono stati condannati alla stessa pena i componenti della prima giunta (l'ex ragioniere Vincenzo Castorina e gli ex assessori Francesco Caruso, Giuseppe Arena, Santo Li Gresti, Giuseppe Maimone, Giuseppe Siciliano e Giovanni Vasta), mentre quelli della seconda giunta (Filippo Maria Drago, Stefania Gulino, Mimmo Rotella, Salvatore Santamaria, Nino Strano, Mario De Felice e Giuseppe Zappalà) sono stati condannati a due anni e tre mesi di carcere. Scapagnini e i membri delle sue giunte sono stati peraltro dichiarati interdetti dai pubblici uffici per una durata pari a quella della pena principale e condannati al pagamento delle spese processuali. I pubblici ministeri avevano chiesto due anni e quattro mesi per Scapagnini e due anni per tutti gli assessori.