Dall'assunzione del suo incarico alla Sapienza, Baglivi iniziò ad accarezzare l'idea di riunire le conoscenze mediche in un proprio sistema. Nel secolo XVII si contendevano il campo due sistemi: la "teoria iatrofisica" o "iatromeccanica" e la "teoria iatrochimica": la prima interpretava l'attività del corpo su basi puramente meccaniche; la seconda su basi puramente chimiche. Nel 1708 proruppe pure l'"animismo" del tedesco Ernst Georg Stahl (1660-1734), che considerava l'anima come un principio che regola la salute del corpo ed interviene attivamente nel determinare le malattie.