In uno dei suoi viaggi in Palestina con Moses, Hodgkin si ammalò di colera o dissenteria e morì il 4 aprile 1866, a Giaffa, che allora faceva parte dell'Impero Ottomano e che oggi è parte dello Stato di Israele. La sua pietra tombale riporta la scritta “nothing of humanity was foreign to him”, ovvero “nulla di tutto ciò che è umano gli fu estraneo”.