Lo studio degli antigeni HLA è stato effettuato per scoprire un'eventuale predisposizione genetica a contrarre il LP, infatti la maggioranza di questi studi ha riguardato il lichen cutaneo. Alcuni studi hanno mostrato una correlazione tra particolari HLA e l'area geografica di provenienza mentre altri non hanno trovato alcuna correlazione.Per primi, Lowe et al. (1976) (155) hanno riportato una frequenza significativamente aumentata dell'HLA-A3 in un gruppo di pazienti della Gran Bretagna affetti da LP cutaneo. Halevy et al. (101) hanno poi notato un'incidenza aumentata dell'HLA-A28 in soggetti israeliani non diabetici con LP, mentre Simon et al. (1984) (244) hanno osservato una frequenza aumentata dell'HLA-B8 in pazienti tedeschi con LP cutaneo. Altri lavori hanno invece dimostrato un'associazione tra LP cutaneo diffuso e l'antigene HLA-DR1 (200,281) . Similmente i pochi studi riguardanti il LPO hanno riportato diversi HLA per diversi sottogruppi.Watanabe et al. (297) hanno riportato una frequenza aumentata dell'HLA-DRw9 in pazienti Giapponesi con LPO e dell'HLA-DR3 nei casi di LPO erosivo. In uno studio su pazienti Cinesi affetti da LPO (146) è invece risultata aumentata la frequenza dell'HLA-DR9. Porter et al. (195) hanno trovato frequenze aumentate di HLA-B27, HLA-B51 e HLA-Bw57 in un gruppo di pazienti inglesi con LP orale e, talvolta, cutaneo; inoltre, una diminuita frequenza di HLA-DQ1 era stata osservata in questo gruppo di pazienti. La disparità di risultati può essere dovuta alle differenze etniche, ma anche alla selezione dei pazienti, in alcuni studi sono convogliati pazienti con lesioni lichenoidi o inseriti nella stessa casistica pazienti con lichen planus orale e cutaneo.Tra i risultati più interessanti c'è l'associazione tra l'antigene HLA-DR1 e il lichen cutaneo (40) , anche se non è stata confermata la medesima correlazione con il LPO; mentrte più recentemente Carrozzo et al hanno dimostrato che i pazienti HCV positivi possedevano più spesso l'allele HLA-DR6 dei negativi (43,44) .I molteplici cambiamenti nelle frequenze degli antigeni HLA nei soggetti con LP non può essere attribuita ad un Linkage Disequilibrium (196) .Infine, la ridotta frequenza dell'HLA-DQ1 nei pazienti con LP potrebbe suggerire che l'allele HLA-DQ1 conferisca una resistenza alla malattia (196) . 