Faehlmann nacque da uomo nativo di Ao Manor, Järvamaa. Nel 1825 si laureò presso il Dipartimento di medicina dell'Università di Dorpat. Nel 1827 conseguì il dottorato in medicina della quale divenne medico di Dorpat (oggi Tartu). Inoltre insegnò lingua estone nella medisima università durante il 1842-1850.