La calcitonina è un ormone polipeptidico di 32 aminoacidi, con un peso molecolare di 3454,93 dalton. La sua struttura comprende un unico dominio alfa elica. A seguito di splicing alternativo dell'RNA che codifica per la calcitonina il peptide risultante sarà di 37 aminoacidi, chiamato peptide correlato al gene della calcitonina tipo beta (CGRP).