La trascrizione dei geni virali è un processo complesso per la presenza di promotori multipli, di meccanismi di splicing alternativi e per la produzione diversificata di mRNA nelle differenti linee cellulari. Come gli herpesvirus e gli adenovirus, gli HPV possono utilizzare per la trascrizione le RNA polimerasi DNA-dipendenti della cellula e pertanto devono iniziare la trascrizione nel nucleo della cellula ospite, dove si trovano gli enzimi necessari.Il genoma degli HPV viene trascritto in due tempi, precoce e tardivo. Nella produzione dei diversi tipi di mRNA sono coinvolti promotori multipli ed in particolare si distingue un promotore precoce ed uno tardivo.La regione regolatrice LCR contiene diversi enhancer costitutivi, con specificità di tessuto e di tipo cellulare che possono essere indotti da un'ampia varietà di molecole. Tali elementi sono essenziali per l'inizio dell'espressione genica virale e per il mantenimento della latenza. La regolazione dell'espressione dei geni virali è controllata da diversi fattori di trascrizione cellulari, che si legano all'LCR tra i quali: AP-1 (activator protein-1), YY1 (yin yang-1), alcuni membri della famiglia degli octamer binding factor, NF-1 (nuclear factor-1), elementi responsivi ai glucocorticoidi e Sp1 (Saunders et al., 1998). Le prime proteine virali ad essere espresse sono i fattori di replicazione E1 e [55] E2; esse formano un complesso che si lega a sequenze all'origine della replicazione virale, che recluta la polimerasi cellulare e le proteine accessorie che mediano la replicazione (Conger et al., 1999).