Con questi princìpi Bianchi accantona il metodo della «sensata esperienza». Ne deriva una totale divergenza tra la sua pratica scientifica in campo anatomico, e il suo modus operandi di accademico linceo. In tal modo, Bianchi in ambito teorico nega i presupposti di quella stessa pratica scientifica. Per questo motivo egli si colloca tra vecchia erudizione e Nuova Scienza, in una posizione che ha parecchie ombre oltre a molte luci, e che rispecchia fedelmente il complessivo andamento di un processo più generale che caratterizza la storia del pensiero settecentesco. Sopravvive talora in lui una particolare concezione della cultura, intesa come riservato dominio dell'uomo dotto, il quale ha il privilegio di sentenziare grazie al suo ruolo di maestro, e non per il valore dei risultati a cui perviene.