Il microbiota intestinale umano è costituito da un insieme di oltre mille miliardi di batteri (appartenenti a 500, 1.000 specie diverse), virus, funghi e protozoi. Varia da una popolazione all'altra, e da un individuo a un altro della stessa popolazione, in base alle influenze del patrimonio genetico, della storia personale, dell'ambiente e delle abitudini alimentari di ogni individuo sulla composizione del microbiota. Inoltre, si modifica a causa dell'età e con il variare degli elementi che lo influenzano come l'ambiente e la dieta.