A questi pazienti sono stati spesso prescritti inibitori della pompa protonica, in base al sospetto che il loro problema fosse causato da un eccesso di acidità di stomaco. Tuttavia successivamente i ricercatori hanno scoperto che i pazienti con esofagite eosinofila hanno spesso un pH normale. I sintomi del reflusso gastroesofageo e quelli della esofagite eosinofila sono spesso simili, e questo fatto rende ovviamente più difficile la diagnosi. Ma quando un paziente con sintomatologia esofagea ha un monitoraggio del pH esofageo normale, la malattia da reflusso gastroesofageo è eliminata come possibile causa e la esofagite eosinofila diventa il principale sospettato. Si ricorda che i pazienti con reflusso gastro esofageo possono anche mostrare un conteggio elevato di eosinofili, ma questo innalzamento è molto inferiore rispetto ai pazienti con esofagite eosinofila.