Questo sottotipo di stomatite aftosa si distingue nettamente dalla comune afta minore. Si presenta tipicamente come una singola ulcera, ma possono verificarsi più ulcere. Le ulcere si presentano sulle labbra e nel cavo orale ma anche sul palato molle e sulle fauci nell'area orofaringea. Possono essere profonde con bordi lisci o irregolari. Più ulcere possono unirsi creando un ulcera di grandi dimensioni. Può verificarsi una grave distorsione della mucosa orale e faringea. Ogni episodio di ulcerazione può produrre un numero maggiore di ulcere e il tempo tra gli attacchi è inferiore a quello osservato nella stomatite aftosa minore. La guarigione, che può richiedere 6 settimane o addirittura mesi, in genere lascia esiti cicatriziali. È più comune nei pazienti con malattia da HIV.