La dose raccomandata di fondaparinux è circa 2,5 mg di soluzione iniettabile in siringa preriempita (si può arrivare anche a 10 mg). Prima di iniziare la terapia con questo farmaco bisogna accertarsi che non ci siano rischi di emorragie (di media si attendono circa 6 ore dopo la fine dell'intervento chirurgico). Un sovradosaggio può portare ad un aumentato rischio di sanguinamento. Ad oggi non esiste un antidoto. 