Il lume appendicolare, per quanto virtuale, contiene abitualmente una flora microbica di origine alimentare che viene periodicamente espulsa con i movimenti peristaltici propri anche dell'appendice. In caso di ostruzione ciò non avviene e i germi, rimasti segregati, possono moltiplicarsi e virulentarsi dando luogo a una infezione locale che evoca, da parte dell'organismo, una risposta infiammatoria.