Queste decisioni erano più che altro l'espressione di voler emigrare e di non voler tornare a Clausthal come medico generico. Ancora una volta i suoi genitori non furono d'accordo con le sue decisioni e si rivolsero ad un famoso fotografo amico di Amburgo, che riuscì a fargli avere un posto da medico assistente all'ospedale di Amburgo. Il fotografo in una lettera descrisse Robert Koch come un “giovane medico con molto talento ma troppo sicuro di se stesso, che aspirava senza aver fondamenti giustificati ad una carriera superiore e che questo impiego da medico assistente lo poteva riportare all'amara realtà”. Nel marzo del 1866 nell'attesa di ricevere la chiamata dall'ospedale di Amburgo si fidanzò con Emmy Fraatz, che conosceva già da bambino.