Dal 1946, Whitaker ricoprì la carica di Presidente del Dipartimento di Psichiatria dell'Università di Emory, dove si dedicò al trattamento dei pazienti schizofrenici e delle loro famiglie. Divenne professore di Psichiatria all'Università del Wisconsin-Madison nel 1965, fino al suo pensionamento nel 1982. Durante il suo incarico all'Università del Wisconsin-Madison, egli perfezionò e articolò le sue idee sulla psicoterapia, che definì "terapia familiare simbolico-esperienziale", e crebbe la sua influenza nazionale nel settore.