A tutto ciò si collega il fatto che sono state riportate alterazioni genetiche legate alla patogenesi delle neoplasie maligne gastriche, con inattivazione dei geni oncosoppressori (che quando funzionano normalmente agiscono contro lo sviluppo della neoplasia) e attivazione dei geni protoncogeni (che sono alla base dello sviluppo della neoplasia). L'impatto dell'"H. pylori" sulle modifiche genetiche rimane da chiarire anche se è stata dimostrata una proliferazione cellulare aumentata e un'instabilità del genoma (cioè dell'insieme di geni di un individuo) in caso di infezione.