Durante il suo processo, Céspedes ricorse alla sua grandi conoscenze mediche e filosofiche per giustificare la naturalezza della propria condizione citando Aristotele, Plinio, Sant'Agostino e Cicerone. Gli inquisitori stessi sembravano avere un rapporto ambivalente nei confronti del genere del chirurgo, dato che negli atti del processo si riferirono a Céspedes sia con i pronomi maschili che femminili. Céspedes parlava di sé solo usando pronomi maschili.