Questa tecnica permette di analizzare anomalie cromosomiche (di numero, inserzioni/delezioni del genoma) sebbene i suoi risultati dipendano soprattutto dalla purezza del campione prelevato. Un'altra complicazione della tecnica CGH è data dal fatto che non tutte le cellule di melanoma possono presentare alterazioni cromosomiche. È meno sensibile della tecnica FISH.