Le donne in gravidanza che assumono azatioprina devono essere attentamente monitorate per gli effetti indesiderati del farmaco sul sangue e, in caso di comparsa di riduzione dei globuli bianchi (leucopenia), si deve provvedere a una riduzione della posologia dell'azatioprina. Basse concentrazioni di azatioprina e dei suoi metaboliti sono state osservate nel liquido amniotico e nel sangue fetale.