Esistono diversi test diagnostici altamente sensibili per la rapida identificazione del virus MERS-CoV da campioni di lavaggio broncoalveolare o espettorato di pazienti, come la RT-PCR. Segnalazioni di potenziali polimorfismi nel gene N tra i ceppi isolati evidenziano la necessità di una caratterizzazione basata sulle sequenze geniche. La prima rilevazione genetica di un MERS-CoV è stato completata utilizzando una convenzionale (non "real-time") pan-coronavirus RT-PCR, successivamente, sono stati descritti più specifici saggi in "real-time" RT-PCR (RT-rtPCR).