Dopo i primi studi a Wemding, Heilbronn e Erfurt, nel 1515 Fuchs entrò all'università di Erfurt per studiare filosofia e storia naturale. Nel 1516 tornò a Wemding, dove aprì una scuola privata, chiusa dopo appena un anno. Nel 1519, sotto l'umanista ed ebraista Johannes Reuchlin, studiò all'università di Ingolstadt greco, latino, ebraico e filosofia. Completati questi studi nel 1521, si dedicò alla medicina, diventando dottore nel 1524.