Determinano uno scambio di un nucleotide con un altro. Sono definite transizioni qualora vi sia un scambio di una purina con altra purina (A ↔ G) o di una pirimidina con un'altra pirimidina ; oppure transversioni quando lo scambio è di una purina con una pirimidina o viceversa . In genere le transizioni sono più frequenti delle transversioni. Quando ci si riferisce a mutazioni di una sequenza che codifica per un determinato prodotto genico le sostituzioni potranno essere: