Nell'830 gli fu affidata la guida della "Bayt al-Ḥikma" (Casa della Sapienza), un'istituzione accademica di studiosi e studenti finanziata dagli Abbasidi allo scopo, tra l'altro, di tradurre testi greci. Decise quindi di recarsi nelle maggiori città greche alla ricerca di opere di filosofia, geometria, musica, aritmetica e medicina. Tornato a Baghdad tradusse, insieme ai suoi collaboratori, 129 opere di Galeno e della sua scuola in siriaco (per Jibrāʾīl Bukhtishu', medico personale del califfo al-Maʾmūn) ed altre trentanove opere in arabo (commissionata da un membro della famiglia Banu Musa, Muhammad). Grazie a questa messe di traduzioni alcuni fondamentali contributi della scienza greca ed ellenistica sfuggirono alla totale distruzione e Hunayn divenne noto ai posteri, tanto nel Vicino Oriente quanto in Europa. 