Questa procedura è indicata in tre categorie di pazienti con EP: soggetti con EP acuta e massiva, pazienti con controindicazioni alla trombolisi e malati che non rispondono al trattamento medico intensivo e alla terapia trombolitica. I risultati dell'embolectomia polmonare chirurgica sono comunque scarsi: la mortalità operatoria da embolectomia varia dal 20 al 50% ed appare influenzata dall'esecuzione di manovre rianimatorie preoperatorie, dall'età, dalla durata dei sintomi e dal numero di episodi di EP (46).