È anche utilizzata per la profilassi di infezioni fungine invasive in neonati di basso peso alla nascita (peso < 1500 g), anche se il fluconazolo è l'agente preferito. Quando viene utilizzata in questi bambini determina una riduzione di incidenza di infezioni fungine invasive, riducendo anche le morti. Alcune attuali linee guida di pratica clinica affermano che l'uso di questi farmaci antimicotici deve essere limitato ai neonati di peso alla nascita estremamente basso (< 1000 g) e solo all'interno di unità di terapia intensiva neonatale. 