Nel 1616, mentre era ancora studente di medicina, Mylius ottenne la licenza di esercitare la professione medica. Nello stesso anno curò la pubblicazione dello "Iatrochymicus" dello scozzese Duncan Burnet. Il suo "Opus medico-chymicum", trattato di argomento alchemico, fu pubblicato due anni dopo. Seguiranno altri scritti in materia medica, farmaceutica e alchemica.