Come le perivascolari, le microglia juxtavascolari si distinguono principalmente per la loro posizione: esse si trovano esternamente a contatto con la lamina basale del vaso sanguigno. Sempre come le perivascolari esprimono le proteine dell'MHC-II anche a bassi livelli di attività di citochine infiammatorie, ma a differenza loro, le microglia juxtavascolari non subiscono un rapido e regolare turnover.