I progressi prodotti in ambito medico erano estremamente limitati, in quanto su di essi gravavano ancora le teorie arabo-galeniche. Un passo in avanti venne compiuto dal celebre medico Carlo Musitano favorito dai contatti con gli esponenti della nuova medicina in Europa e dalla sua formazione sui testi di anatomia di Girolamo Fabrici d'Acquapendente. Musitano aveva attirato su di sé aspre critiche dovute all’abbandono della teoria umorale a favore di un metodo sperimentale di stampo galileiano. Attraverso l'osservazione e la valutazione quantitativa dei fenomeni improntata su studi iatromeccanici, il medico giunse a nuovi risultati circa la sifilide come "malattia costituzionale" individuandone nuovi rimedi e innovativi metodi di prevenzione.