La mortalità nella TBE varia a seconda del tipo. Il sottotipo europeo è associato a una malattia più lieve, con il 20-30% dei pazienti che sperimenta la seconda fase, tassi di letalità dello 0,5-2% e gravi sequele neurologiche in oltre il 30% dei pazienti. Di questi il 14% ha sviluppato sequele permanenti (es. deficit motori, paresi, tetraparesi flaccida, atassie cerebellare) ed il 33% temporanee (es. tremori, cefalea, astenia, difficoltà di concentrazione) che sono perdurate anche per mesi.