Sulla base dell'importanza del microbiota, da diversi anni si è diffusa la pratica del trapianto fecale. Il trapianto fecale ha avuto una applicazione efficace nell'infezione da Clostridium difficilis, un batterio, resistente agli antibiotici, che causa gravi coliti. Esistono esperienze preliminari sull'azione del trapianto di microbiota in infezioni polmonari e urinarie causate da un altro batterio antibiotico-resistente: il Kpc, acronimo di Klebsiella pneumoniae carbapenemasi-produttrice che causa la morte di oltre il 50% delle persone colpite. Gli studi sono ancora in fase sperimentale.