Le manifestazioni oculari sono fondamentalmente caratterizzate dal dislocamento del cristallino (chiamato anche "ectopia lentis") conseguente a una sublussazione dello stesso e dalla sferofachia, spesso presente nelle forme diagnosticate in età infantile e da problemi della retina, come il distacco. La dislocazione del cristallino, in particolare, è un segno molto peculiare della sindrome: può avvenire a qualsiasi età e può essere monolaterale o bilaterale. Quando insorge in età avanzata tende ad essere più grave, bilaterale e dall'evoluzione particolarmente rapida. Le suddette anomalie oculari causano molto spesso vizi di rifrazione: tra di essi il più frequente è una miopia spesso molto forte, a esordio spesso infantile, ma si possono riscontrare anche presbiopia e astigmatismo. Si può avere ipermetropia nei casi più gravi di sublussazione del cristallino. Frequente è anche lo strabismo, sia esotropico sia endotropico, ad esordio generalmente infantile. Anche il coloboma dell'iride è più frequente in caso di sindrome di Marfan. La sindrome espone ad un rischio abbastanza alto di sviluppare cataratta ben prima della vecchiaia e glaucoma ad ogni età.