Gli inibitori del fattore Xa generalmente si legano in una conformazione a forma di L, in cui un gruppo del ligando occupa la tasca anionica S1 fiancheggiata dai residui Asp189, Ser195, e Tyr228, e un altro gruppo del ligando occupa la tasca aromatica S4 aromatico fiancheggiata dai residui Tyr99, Phe174, e Trp215. Tipicamente un gruppo legante piuttosto rigido colma questi due siti di interazione.