Le milze accessorie possono formarsi durante lo sviluppo embrionale quando alcune delle cellule della milza in via di sviluppo si depositano lungo il percorso dalla linea mediana (l'espressione primaria della funzione dell'embrione, e dalla quale prendono origine diverse strutture del corpo), fino alla sua posizione finale sul lato sinistro dell'addome dalla 9ª all'11ª costola. Una milza accessoria spesso origina durante la vita embrionale dal lato sinistro del mesogastrio dorsale come risultato di un'imperfetta fusione o di un'imperfetta separazione della massa splenica.