La selezione negativa avviene praticamente in tutti gli stadi della maturazione e riguarda il legame con i peptidi self. Per evitare la produzione di linfociti autoreattivi e pericolosi, tutte le cellule che legano con alta affinità il complesso MHC-peptide self vengono destinate all'apoptosi. Questa caratteristica dei linfociti viene chiamata "tolleranza" e quella indotta negli organi linfoidi primari tolleranza centrale. Le cellule dendritiche, i macrofagi e le cellule epiteliali midollari sono le principali operatrici della selezione negativa. Le cellule epiteliali midollari, in particolare, esprimono AIRE (AutoImmune Regulator) che induce l'espressione di geni tessuto-specifici che diventano peptidi self da esporre sulle MHC.