In alcuni casi, le afte ricorrenti possono essere la manifestazione di una reazione allergica. I possibili allergeni includono alcuni alimenti (ad esempio, cioccolato, caffè, fragole, uova, noci, pomodori, formaggio, agrumi, benzoati, aldeide cinnamica e cibi altamente acidi), dentifrici e collutori. Dove gli allergeni alimentari sono responsabili, le ulcere della bocca di solito si sviluppano dopo circa 12-24 ore dall'esposizione.