Negli adulti, le cisti di Baker di solito derivano da ogni forma di artrosi del ginocchio, da artrite reumatoide o da lesioni cartilaginee (in particolare del menisco). Le cisti di Baker possono anche essere associate con la malattia di Lyme. Tuttavia, nei bambini non indicano una malattia articolare sottostante e spesso si presentano asintomatiche. Queste formazioni sorgono tra i tendini del capo mediale del muscolo gastrocnemio e del muscolo semimembranoso. Sono posizionate posteriormente al condilo femorale mediale.