Allo stadio di blastocisti, l'inattivazione "imprinted" dell'X viene invertita nella massa cellulare interna, dalla quale si origina l'embrione, ed entrambi i cromosomi X sono, in quelle celleule, di nuovo attivi. Avviene quindi una nuova inattivazione del cromosoma X, ed il cromosoma X inattivato è scelto a caso tra i cromosomi X di derivazione materna e paterna, secondo un processo indipendente da cellula a cellula . Di conseguenza alcune cellule inattiveranno il cromosoma X paterno e altre quello materno.