La FNAIT può essere considerata come una controparte piastrinica della eritoblastosi fetale. Sebbene le piastrine esprimano antigeni del leucocita umano (HLA) di Classe I e dei gruppi sanguigni AB0 sulla loro superficie, la FNAIT è principalmente dovuta a alloanticorpi diretti contro gli alloantigeni specifici delle piastrine. Un'analisi di studio prospettica ha mostrato che gli anticorpi HLA non hanno causato trombocitopenia, a meno che non vi sia un'associazione con una neutropenia.