Nel maggio del 1991 decise di fondare un centro multidisciplinare destinato allo sviluppo ed alla diffusione della medicina basata su prove di efficacia, il UK Cochrane Centre, che grazie all'appoggio del direttore della ricerca del National Health Service vide la luce ad Oxford nel 1992. Chalmers ne fu il primo direttore, mettendosi subito all'opera per ampliarne l'ambito su scala sovranazionale. Nacque così nel 1993 la Cochrane Collaboration, organizzazione no-profit oggi diffusa in tutto il mondo, il cui scopo dichiarato è la ricerca della migliore evidenza scientifica in campo medico attraverso l'uso di sperimentazioni controllate e strumenti di analisi statistica di tipo avanzato.