Nel 1940 muore improvvisamente per un attacco di angina pectoris il presidente Vittorio Putti. La II guerra mondiale ormai iniziata da 5 mesi, arreca conseguenze pesanti alla Società, che viene nuovamente colpita. Sarà il vicepresidente Andrea Corsini ad assumere le redini della Società, ruolo che verrà confermato per un ulteriore triennio dal Ministero dell'Educazione Nazionale nel 1941. È importante constatare che, nonostante l'asperità dei tempi, si riscontra all'interno del panorama scientifico un immutato interesse per le tematiche storico-mediche; tant'è che il presidente Andrea Corsini riesce, in virtù della sua tenacia, a far editare tre fascicoli della Rivista ufficiale oltre a indire un'adunanza generale annuale della Società nel 1942. Anche nel 1943, durante il terzo anno di guerra, il presidente confermerà questa tendenza pubblicando nel corso di tutto l'anno. Nonostante ciò, il terzo Numero del 1943 incontrerà gravi difficoltà, riuscendo a essere pubblicato solo a guerra terminata, nel Novembre del 1945.