La regolazione del repressore avviene nel nucleo dell'omodimero, formato dalle eliche, da α5 a α10 e da α5' a α10'; la porzione N-terminale dell'elica α4 (residui 48-63) partecipa alla parte idrofobica del dominio di legame del DNA e lo collega al dominio di regolazione del TetR. La parte centrale del dominio regolatore consiste di α eliche antiparallele α8 e α10 e la coppia correlata α8' e α10'.