Dal 1197, l'abbazia benedettina paternese divenne suffraganea del Monastero di Santa Maddalena di Messina. Prosperò per quasi quattro secoli, finché non andò in declino, e nel 1445, a seguito di bolla emanata dal papa Eugenio IV,venne aggregata al Monastero di San Nicolò l'Arena di Catania, confermata da una successiva bolla del 2 luglio 1457 di papa Callisto III. Da quel momento la grangia di Santa Maria della Valle di Josaphat, cessò di esistere come autonomo centro di vita monastica e le sue vicende seguivano quelle del monastero di San Nicolò l'Arena, dove pure venne trasferito l'antico fondo archivistico.