È utile tuttavia ricordare che esistono anche altre patologie in grado di simulare la sindrome del colon irritabile. Tra queste si ricordano alcune malattie organiche dell'apparato gastroenterico (tumori, malattia diverticolare, celiachia, malattia di Crohn, colite ulcerosa, calcolosi biliare e sindrome post-colecistectomia) e altre malattie endocrine non gastrointestinali (endocrine, neurologiche del connettivo).