Dopo aver selezionato la popolazione secondo opportune regole di inclusione/esclusione del campione, si procede dividendo i soggetti partecipanti allo studio in due gruppi, al primo gruppo verrà somministrato per primo il prodotto di riferimento (R) e al secondo il prodotto da testare (T) per bioequivalenza. In seguito alla somministrazione vengono registrate per ogni paziente le relative concentrazioni di farmaco (es. per una formulazione orale la concentrazione plasmatica). Dopo un periodo detto di "wash-out", pari a diverse volte l'emivita del farmaco, tipicamente qualche giorno o settimana i gruppi sono invertiti e chi precedentemente aveva assunto il prodotto T ora assumerà R e viceversa. Questa procedura di inversione dei gruppi (detta "crossover") consente di limitare la significativa variabilità individuale (resta comunque una componente minore di variabilità nella risposta dovuta ai tempi diversi in cui vengono assunti i due farmaci).