L'ingresso nella cellula è mediato dall'incorporazione in fagosomi, che normalmente andrebbero ben presto a fondersi con vescicole lisosomiali (contenenti idrolasi acide) per digerire e sterilizzare il contenuto. "Chlamydophila" però sopravvive nei fagosomi, perché entro un'ora dall'"entry", nel contesto della progressiva riattivazione della sua espressione genica (resa possibile dall'utilizzo di nucleotidi forniti dalla cellula-ospite, dal momento che il batterio non è in grado di sintetizzarli), induce la trascrizione della proteina CT147, prodotto di uno dei 29 "immediate early genes" (o "geni precocissimi"). Questa proteina blocca proprio la fusione tra fagosoma e lisosoma, ed è determinante per la sopravvivenza del batterio.