Il catetere viene fatto scendere fino allo sfintere esofageo inferiore (SEI), e poi ritratto leggermente fino a identificare il punto di variazione della pressione intraesofagea (linea Z). A questo punto il paziente viene fatto stendere su un lettino, ed inizia la valutazione. Attraverso le rilevazioni del catetere continuamente registrate da un computer, vengono valutate le anomalie motorie e pressorie, la propagazione delle onde di peristalsi, etc. La valutazione viene effettuata facendo eseguire al paziente una serie di "deglutizioni secche" (a vuoto) o "umide" (5 cc. d'acqua, assunti tramite una siringa), che permettono lo studio dettagliato delle varie fasi della motilità di tutti i settori esofagei.