Inoltre il liquor cerebrospinale può essere sottoposto ad analisi microscopica diretta, e a coltura, che molto spesso può dimostrare la presenza del microorganismo che ha causato l'infezione. Utilizzando metodi più evoluti, come il rilevamento delle bande oligoclonali, può essere rilevata e quantificata la presenza di una condizione infiammatoria (per esempio, la sclerosi multipla). Test per proteine come la beta-2 transferrina sono altamente specifici e sensitivi per il rilevamento per esempio di piccole perdite di liquor cerebrospinale.