Studiò presso l'Università di Vienna, seguita da studi sotto Johann Lukas Schönlein presso l'Università di Würzburg, nel 1831 ottenne il suo dottorato in medicina. L'anno seguente, andò a Parigi per studiare la colera. Lo studio di Canstatt sulla colera, pubblicato nel 1832, attirò l'attenzione del governo belga, che gli commissionò l'incarico di istituire e gestire un ospedale per la colera.