L'amelogenesi imperfetta può presentare schemi diversi di ereditarietà, a seconda del gene che la causa. Nella maggior parte dei casi, la mutazione responsabile della patologia è a carico del gene "ENAM" e la malattia viene ereditata come tratto autosomico dominante. Ciò significa che in questi casi una copia allelica difettosa del gene è sufficiente per lo sviluppo del disturbo.