L'amniocentesi, come tutte le indagini invasive materno fetali, presenta il rischio di trasmettere al feto malattie infettive in senso madre-feto. Presenta inoltre la possibilità di mettere in contatto dal punto di vista antigenico i due compartimenti. Per il primo problema si deve, in linea di principio, evitare di eseguire esami invasivi in presenza di infezione materna in atto. Innanzitutto è buona norma evitare di eseguire il prelievo durante un episodio febbrile materno. Gli esami preliminari devono quindi escludere la presenza di un agente infettivo circolante. Ovviamente nessuna importanza hanno i dati immunologici che mostrano una risposta anticorpale verso un agente infettivo oramai confinato in senso temporale. A lungo si discute ancora sui diversi agenti infettivi e sulla loro relativa teratogenicità. Ciononostante, in assenza di chiare prove di pericolosità, ogni agente infettivo deve essere considerato potenzialmente teratogeno. In via preliminare si ritiene infatti utile disporre di alcuni esami infettivologici: