Un problema con i FEL SASE è la mancanza di coerenza temporale dovuta ad un processo di avviamento "rumoroso" (rumore shot). Per evitare questo, si può "seminare" un FEL con un laser convenzionale sintonizzato alle armoniche superiori di risonanza d'onda del FEL. Questo "seed" temporalmente coerente può essere prodotto con dispositivi più convenzionali come i high-harmonic generation (HHG) usando l'impulso di un laser ottico. Questo dà come risultato un'amplificazione coerente del segnale in entrata; in effetto, la qualità del laser in uscita è caratterizzata dalle caratteristiche del "seed". Mentre i seeds HHG sono disponibili alle basse lunghezze d'onda dell'ultravioletto estremo, la procedura di seeding non è possibile alle lunghezze d'onda dei raggi x a causa della mancanza di laser convenzionali a raggi X.