Questi calcoli presuppongono che l'intera popolazione sia sensibile, il che significa che nessun individuo è immune alla malattia. In realtà, proporzioni variabili della popolazione sono immuni a una data malattia in un dato momento. Per tenere conto di ciò, il numero riproduttivo effettivo "R"e , il numero medio di infezioni causate al momento "t", può essere trovato moltiplicando "R"0 per la frazione della popolazione che è ancora suscettibile. Quando "R"e viene ridotto e mantenuto al di sotto di 1, il numero di casi che si verificano nella popolazione diminuisce gradualmente fino a quando la malattia non viene eliminata. Se la quota di popolazione immune supera l'HIT di quella malattia, il numero di casi si riduce a un ritmo più rapido, le epidemie hanno ancora meno probabilità di accadere e le epidemie che si verificano sono più piccole di quanto sarebbero altrimenti. Se "R"e aumenta al di sopra di 1, allora la malattia non è né in uno stato stabile né diminuisce in incidenza, ma si sta attivamente diffondendo attraverso la popolazione e infettando un numero maggiore di persone rispetto al solito. Un diverso modello prevede che le popolazioni non siano omogenee e che siano meglio descritte come reti sociali eterogenee poiché gli individui tendono a raggrupparsi, riuscendo a contattare/contagiare un numero limitato e variabile di altre persone a loro vicine. In queste reti, la trasmissione avviene solo tra coloro che sono geograficamente o fisicamente vicini l'uno all'altro. È probabile che la forma e le dimensioni di una rete modifichino l'HIT e l'incidenza di una malattia.