Negli anfibi sia i polmoni che la pelle fungono da organi respiratori. La ventilazione dei polmoni anfibi è a pressione positiva: i muscoli abbassano il pavimento della cavità orale, ampliandola e aspirando aria attraverso le narici. Il pavimento della cavità orale viene sollevato con la chiusura delle narici e della bocca, forzando l'aria lungo la trachea fino ai polmoni. La pelle di questi animali è molto vascolarizzata e umida, grazie alla secrezione di muco da cellule specializzate, ed è coinvolta nella respirazione cutanea. I polmoni sono gli organi principali per quanto riguarda lo scambio di gas tra il sangue e l'aria ambientale (fuori dall'acqua), le proprietà uniche della pelle invece aiutano lo scambio dei gas quando gli anfibi sono immersi in acqua. Alcuni anfibi hanno branchie, sia nelle prime fasi del loro sviluppo (ad esempio nei girini), mentre altri li mantengono nell'età adulta (ad esempio alcune salamandre).