Nel 1589 l'Aranzi morì e la cattedra di anatomia venne assegnata al Tagliacozzi e ad altri tre professori, ma in questo gruppo il Tagliacozzi deteneva lo "ius quesitum", cioè la direzione e la preferenza. Il suo stipendio fu ulteriormente aumentato raggiungendo le 890 libbre all'anno, certamente non molto alto, ma tuttavia rispettabilissimo se si tiene conto che l'Aranzi stesso percepì 600 libbre fino al 1582, quando poi gli fu aumentato a 900.