I più frequenti problemi causati alla salute dal consumo alimentare sono di origine microbiologica. I batteri della salmonella, per esempio, sono una delle cause più diffuse di malattie, specialmente a causa della scarsa cottura del pollo e delle uova. La cosiddetta "intossicazione alimentare", è generalmente causata da batteri, da tossine, da virus, e da parassiti. Ogni anno, circa 7 milioni di persone soffrono di intossicazione alimentare. I due fattori più comuni che conducono alla malattia alimentare batterica sono la contaminazione trasversale di alimenti pronti, ed il controllo improprio della temperatura degli alimenti crudi.