Nel frattempo Morgagni aveva deciso di sposare una sua concittadina di nobili origini, Paola Vergeri: nonostante provenisse da famiglia agiata, Morgagni non vantava alcun titolo nobiliare necessario per prenderla in sposa, così che fu costretto a rivolgersi al Lancisi. Quest'ultimo riuscì a fargli concedere da Sua Santità, il 12 giugno 1712, la cittadinanza e la nobiltà romana, che permisero a Morgagni di sposare Paola Vergeri il 22 settembre 1712. Ebbero 15 figli, tre maschi, di cui uno morto giovane, Agostino, che divenne gesuita e Fabrizio, che ebbe due figlie, e dodici femmine, di cui quattro morte in tenera età e otto monache. Vi è in realtà una seconda versione sul numero dei figli di Morgagni, presentata da Massimo Chiadini: in un carteggio morgagnano mostrato durante la terza seduta del I Congresso Nazionale della "Società Italiana di Storia della Medicina" si parla di tre figli e sette figlie: un maschio e cinque femmine morti in tenera età; inoltre i due maschi sopravvissuti si chiamavano Valeriano e Luigi Giovan Battista.