Il C3 ha la caratteristica di possedere un legame tioesterico ("Cys 988-Gln 991") altamente reattivo, perché instabile in ambiente acquoso, e il meccanismo della sua formazione, con conseguente rilascio di ammoniaca, è stato oggetto di molte pubblicazioni, ma alcuni risultati suggeriscono che i residui "Cys 988" e "Gln 991", durante o a seguito della sintesi della proteina, siano in grado di reagire spontaneamente, portando al tioestere necessario per l'attività biologica della proteina C3: indubbiamente, la formazione di questo legame comporta la partecipazione di strutture adiacenti che formano un sito attivo che promuove la reazione tra "Cys 988" e "Gln 991", e l'avvolgimento del C3 è in grado di fornire sia l'energia sia l'ambiente necessario affinché la reazione tra questi due residui possa avvenire.