Se non trattata, un'epididimite acuta può dare diverse complicazioni che includono: epididimite cronica, ascessi, danni permanenti e addirittura distruzione dell'epididimo e del testicolo (situazione che può portare a una situazione di infertilità e/o ipogonadismo), e infezioni che possono diffondersi ad altri organi o apparati del corpo umano.