Nel 1957, Hilleman cominciò a lavorare per la Merck & Co. come capo del suo nuovo dipartimento di ricerca sui virus e sulla biologia cellulare presso West Point in Pennsylvania. Fu qui che Hilleman sviluppò la maggior parte dei quaranta vaccini animali e umani sperimentali e autorizzati che gli sono accreditati. Tra questi è da menzionare il vaccino della parotite, sviluppato a partire del ceppo della figlia, Jeryl Lynn, quando se ne ammalò nel 1963 all'età di cinque anni. Ancora oggi è il ceppo più ampiamente utilizzato per la preparazione di questo vaccino ed è noto come "ceppo Jeryl Lynn". 