Il 16 ottobre 1943, durante il rastrellamento nazista di Roma, 23 ebrei trovarono rifugio nei locali Policlinico Umberto I. Alla proclamazione della Repubblica Sociale Italiana fu invitato dal governo fascista repubblicano ad assumere incarichi di prestigio, ma Pende declinò la proposta e preferì poi rifugiarsi all'interno della Basilica di San Paolo fuori le mura.