Le mutazioni nel gene "UPF3B", che si trovano anche sul cromosoma X, sono un'altra causa di disabilità intellettiva legata all'X. "UPF3B" fa parte del complesso di decadimento dell'mRNA mediato da un nonsenso (NMD), che esegue la sorveglianza dell'mRNA, rilevando le sequenze di mRNA che sono state erroneamente troncate (accorciate) dalla presenza di mutazioni nonsenso. Mutazioni in "UPF3B" alterano e prevengono la normale funzione del "pathway" del NMD, con conseguente traduzione ed espressione di sequenze di mRNA troncate in proteine malfunzionanti che possono essere associate a errori di sviluppo e disabilità intellettiva. È stato riscontrato che gli individui di due famiglie con diagnosi di LFS e una famiglia con FGS presentavano mutazioni in "UPF3B", confermando che le manifestazioni cliniche delle diverse mutazioni possono sovrapporsi.