Tra le cheratiti da agenti fisici le più comuni sono quelle da esposizione ai raggi ultravioletti; per quelle da agenti chimici bisogna considerare le forme da acidi e da sostanze alcaline, generalmente più gravi; storicamente le più frequenti sono quelle da calce. Le cheratiti da agenti biologici possono essere dovute a batteri, miceti, Chlamydie, virus o protozoi. La diagnosi eziologica può essere difficoltosa sulla base dei soli segni clinici, per cui nelle forme più gravi è necessario effettuare localmente prelievi per esami microbiologici e citologici. Ad oggi, nei paesi con maggiore diffusione di pratiche igieniche quotidiane, legate alla diffusa disponibilità di acqua potabilizzata, con assenza di inquinanti biologici, è scarsamente rappresentata la presenza di infezioni comuni di origine batterica. Con la diffusione dell'uso delle lenti a contatto morbide, tra coloro che hanno un difetto visivo da correggere, è cresciuta la frequenza con la quale si ritrovano cheratiti infettive legate a batteri e funghi inquinanti i contenitori ed i liquidi usati per la conservazione. Tra quelle più insidiose è un'infezione da protozoo Acanthamoeba Hystolitica (amebe) che può provocare una disgregazione del tessuto corneale. La diagnosi di Cheratite da Acanthamoeba non è agevole, in quanto il protozoo non viene rilevato dagli esami colturali, eseguiti di norma per batteri e per miceti. È possibile evidenziarne la presenza in strisci ottenuti per scraping delle lesioni, sottoposti ad opportune colorazioni; altre possibilità diagnostiche sono la valutazione mediante microscopia confocale in vivo e l'identificazione del germe mediante metodica PCR su prelievo lacrimale. Recentemente è stata descritta una tecnica innovativa, basata sull'osservazione di un prelievo corneo-congiuntivale per scraping in microscopia elettronica a scansione (SEM); si tratta di una metodica sofisticata, ma molto sensibile, se l'osservazione segue criteri standardizzati. Altre cause frequenti di cheratiti infettive sono le diffusioni di sindromi virali da Adenovirus, o legate agli Herpesvirus.