Il farmaco tende a concentrarsi nel fegato e la sua eliminazione dall'organismo avviene proprio a seguito di metabolizzazione a livello epatico con escrezione nella bile. A seguito di somministrazione orale, meno del 5% di una dose somministrata viene riscontrata nell'urina. Oltre che nel fegato il farmaco si diffonde facilmente nella milza, nel polmone e nei muscoli: in questi organi le concentrazioni risultano superiori a quelle ematiche. Eritromicina attraversa, sia pure in misura minima, la barriera placentare.