Diversamente dalle metodiche manometriche per lo studio della motilità a livello degli altri segmenti dell'apparato digerente, l'assetto tecnico e la procedura di esecuzione della manometria ano-rettale possono modificarsi a seconda dell'indicazione per cui viene eseguita l'indagine, senza che questo ne pregiudichi l'attendibilità. Ad esempio, se l'obiettivo che ci si prefigge è valutare la presenza o meno del riflesso inibitore retto-anale per la diagnosi del morbo di Hirschsprung, può essere sufficiente registrare con solo due rilievi pressori. Lo studio manometrico ano-rettale, così come tutti gli esami di esplorazione funzionale, non è certamente una tecnica diagnostica di primo livello, ma deve essere impiegata dopo l'esecuzione di metodiche di indagine morfologica (radiologiche e/o endoscopiche) volte a stabilire l'esistenza di lesioni organiche a carico del grosso intestino e della regione retto-anale in particolare. Nell'elenco di seguito riportato vengono contemplate le patologie per cui l'esame può contribuire significativamente al management del paziente che ne è portatore.