Tra coloro che guariscono, un’elevata percentuale di pazienti va incontro a disabilità permanenti, quali sordità, perdita della sensibilità o dell'uso di uno o più arti e cecità. In particolare, le principali conseguenze osservate nei pazienti colpiti da meningite meningococcica da sierogruppo B comprendono: necrosi e cicatrici fino al 49% dei casi, artrite fino al 3,4%, amputazioni fino al 9%, perdita dell'udito nel 1,9%-3,1% dei soggetti, problemi di linguaggio nel 3,8% dei casi, problemi cognitivi fino a oltre il 20% dei casi, cecità nello 0,4% e convulsioni/epilessia nel 2-5,1% dei casi.