L'inclusione, pertanto, richiede la penetrazione all'interno della cellula di sostanze apolari. Essa però è costituita prevalentemente da acqua (polare). Prima di procedere all'inclusione è dunque necessario allontanare la componente acquosa utilizzando dell'alcol, che è anch'esso insolubile in paraffina: una volta allontanata l'acqua, si procede alla rimozione dell'alcol attraverso sostanze quali benzene o xilene (erroneamente chiamati benzolo e xilolo non avendo gruppi idrossilici). Quest'ultimo processo è chiamato diafanizzazione, in quanto il tessuto immerso in xilene diventa trasparente. Queste due sostanze, il benzene e lo xilene, sono solubili in paraffina e quindi si può procedere alla inclusione.