La tecnica consente di rimuovere completamente il substrato lipidico presente nel cervello sostituendolo con un gel a base di varie componenti, tra cui acrilammide, bisacrilammide e formaldeide. La tecnica permette di ottenere, come risultato, la completa trasparenza rispetto alla luce dell'intero cervello. Il "lavaggio" del reticolo lipidico, opaco alla luce, e la sua sostituzione con un gel trasparente, rende completamente visibili le struttura cerebrali, pur preservandone l'integrità, in modo da poterle studiare con un dettaglio mai raggiunto se non attraverso pesanti biopsie. Tentativi del genere erano già stati fatti in passato, ma i solventi usati creavano problemi nell'utilizzazione delle tecniche di fluorescenza impiegate nella norma per evidenziare le cellule e le strutture anatomiche.