Nel 1863-1864, durante la guerra di secessione americana, Cope viaggiò per l'Europa, approfittando dell'occasione per visitare i più apprezzati musei e società dell'epoca. Il biografo e paleontologo Henry Fairfield Osborn attribuì l'improvvisa partenza di Edward verso l'Europa come un metodo per evitare che venisse arruolato durante la guerra civile. Cope scrisse a suo padre da Londra l'11 febbraio 1864: "Tornerò a casa in tempo. Non me ne pentirò, perché conosco alcune persone che sarebbero così meschine da dire che sono andato in Europa per evitare la guerra". Alla fine, Cope adottò un approccio pragmatico e aspettò la fine del conflitto. Edward proseguì il suo viaggio in Europa e incontrò alcuni dei più stimati scienziati del mondo durante i suoi viaggi in Francia, Germania, Gran Bretagna, Irlanda, Austria, Italia ed Europa dell'Est, probabilmente con lettere introduttive di Leidy e Spencer Baird.