Nelle persone sane la conta batterica totale nel digiuno prossimale è minore di 104 CFU/mL. Nell'ileo la popolazione batterica cresce, fino ad arrivare a 109 CFU/mL nell'ileo terminale. Una normale popolazione batterica intestinale (microbiota) è fondamentale per la morfologia e la funzione dell'intestino e dell'organismo in generale. Essa infatti partecipa alla protezione dell'essere umano contro i microrganismi patogeni, stimolando il sistema immunitario umano e influenzando il metabolismo e il trofismo della mucosa intestinale. Queste popolazioni batteriche producono anche alcuni nutrienti (come acidi grassi a catena corta, folati, vitamina K) e modulano le funzioni motorie e sensoriali dell'intestino. Esse possono essere però influenzate da molti fattori, in primis dalla quantità e dalla composizione del cibo, ma anche da fattori ambientali (e geografici), dai farmaci, dall'alcol e probabilmente da diversi altri fattori come lo stile di vita o lo stress. Le differenze nella quantità e nella tipologia dei batteri in differenti parti del tratto gastrointestinale sembrano dipendere da diversi fattori, come il pH, la peristalsi, il potenziale redox, l'affinità o l'antagonismo tra le diverse specie batteriche, la secrezione di mucina, la dieta e la disponibilità di nutrienti.