La sequenza di eventi che conducono allo sviluppo della lesione ulcerosa prevede per prima cosa la colonizzazione gastrica da parte dell'"H. pylori" che oltre a indurre un danno mucoso diretto allo stomaco perturba la fisiologia con alterazioni della secrezione acida. È possibile, inoltre, che l'azione del batterio si estrinsechi contemporaneamente sulla riduzione della secrezione dei bicarbonati, protettivi a livello duodenale.