Quasi tutti i pazienti affetti da questa patologia all'esordio hanno autoanticorpi circolanti che si legano al collagene di tipo XVII (noto anche come BP180 o BPAG-2), in particolare al dominio extracellulare del 16° dominio non-collagenico (NC16A), nelle fasi successive sviluppano autoanticorpi anche verso altre porzioni della proteina. La maggior parte di questi autoanticorpi sono inizialmente IgG1 e IgG4 ma la maggior parte dei pazienti poi produce anche IgA e IgE specifiche per NC16A. Il 50-70% dei pazienti sviluppa autoanticorpi circolanti verso la porzione C-terminale della distonina (nota anche come BP230, BPAG-1). I livelli circolanti di autoanticorpi anti-NC16A correla con l'attività della malattia a differenza degli anti-distonina.