L'accertamento (diagnosi) del mixoma può rivelarsi complicato perché i disturbi con cui si manifesta sono spesso comuni anche ad altre malattie. Il medico può arrivare a sospettare un tumore cardiaco in seguito alla rilevazione di disturbi (anemia, soffio al cuore, aritmia, insufficienza cardiaca aspecifica) non riconducibili a nessuna altra malattia.