Vi sono diversi microorganismi, prevalentemente di natura batterica o virale, che possono causare una infezione a trasmissione sessuale. Alcuni di essi danno origine ad infezioni comunemente note quali la sifilide, la gonorrea ed i condilomi. Altre, come la tricomoniasi sono meno comuni in Europa, in quanto il protozoo (agente infettivo responsabile della malattia), è prevalente nelle aree subtropicali di Africa, Asia ed America Latina. Alcuni microorganismi come la candida o l'herpes sono presenti nell'ambiente e danno luogo a disturbi quando le difese dell'organismo diminuiscono o in situazioni di stress.