L'influenza infetta molte specie di animali e può avvenire il trasferimento di ceppi virali tra specie diverse. I volatili sono considerati i principali ospiti di virus influenzali. Tutti i sottotipi noti (identificati con la sigla HxNy) sono stati trovati nei volatili ma molti sottotipi sono endemici nell'uomo, nel cane, nel cavallo e nei suini; segni di infezioni sono state trovate anche in gatti, pinnipedi, cammelli, furetti e balene. Le varianti del virus influenzale sono a volte chiamate in accordo con la specie in cui quel particolare ceppo è endemico. Le varianti principali sono quindi: Influenza aviaria, Influenza umana, Influenza equina, Influenza canina, Influenza suina (l'Influenza felina si riferisce generalmente alla Rinotracheite virale felina o Calicivirus felino e non l'infezione da un virus influenzale). Nei maiali, nei cavalli e nei cani i sintomi sono simili a quelli che compaiono nell'uomo, con febbre, tosse e perdita di appetito. La frequenza negli animali non è stata studiata accuratamente come nell'uomo, tuttavia ad esempio i focolai di infezione nei suini sono comuni e non sono mortali.