Nacque a Milano da una nobile famiglia di origini varesine. Il padre Giovanni Battista, abitava al tempo della sua nascita nell'attuale Via Manzoni 31, dove vi morì nel 1838, quando Malachia aveva appena 6 anni. La madre Adelaide Rota Vezzoli, oltre a lui crebbe altri otto figli, nel 1839 lo mette in collegio all'Istituto Boselli, molto rinomato all'epoca per la sua disciplina. Giovanni Visconti Venosta, anche lui allievo dell'istituto, così lo descrive nei suoi ricordi: "magro, pallido, due grandi mani gonfie, rosse per i geloni e sanguinolenti.".