I soli disturbi (sintomi) non permettono di accertare (diagnosticare) l'encefalite da zecca (tick-borne encephalitis, TBE). In particolare, senza analisi specifiche effettuate sul sangue o sul liquido cerebro-spinale non si può distinguere questa malattia da altre che questi animali possono trasmettere. La diagnosi si basa, quindi, su analisi di laboratorio attraverso cui verificare: