Le ricerche anatomo-patologiche sono invece contenute nella sua opera più celebre, il "De sedibus et causis morborum per anatomen indagatis" (1761), uno dei libri più importanti della storia della medicina, che segna l'inizio della patologia d'organo e il tramonto dell'"umoralismo", teoria che aveva dominato in patologia dai tempi di Ippocrate e Galeno. Con lui inizia la moderna patologia e, dunque, la medicina moderna, caratterizzata dal definitivo successo del metodo fondato sull'osservazione sistematica e sull'esperimento.