Il sesso è anch'esso un fattore che può influenzare l'EPOC. La ricerca dimostra che il dispendio energetico delle donne, a riposo e durante l'esercizio, varia con la fase mestruale. In genere, il dispendio energetico a riposo è più basso una settimana prima dell'ovulazione e il più alto durante i 14 giorni di fase luteale dopo l'ovulazione, quindi di conseguenza influendo sul EPOC. Pochi studi controllati sono stati condotti per confrontare l'EPOC in uomini e donne. Pertanto l'effetto del sesso sul EPOC non è completamente chiarito.