L'occupazione napoleonica di Roma del 1808 provocò subito lo scioglimento della Confraternita di Santa Maria del Popolo: a causa di questo fatto, il personale medico venne drasticamente ridotto e l'ospedale divenne un semplice luogo di primo soccorso e di accoglienza garantita, non più da un ordine religioso, ma esclusivamente dall'opera volontaria di persone caritatevoli che assistevano gli infermi come esercizio di carità cristiana. In seguito, questa confraternita non verrà più ricostituita. 