L'incontinentia pigmenti è causata da mutazione nel gene "IKBKG", la più frequente delle quali (85% dei casi) è una delezione coinvolgente gli esoni 4-10. "IKBKG" codifica per NEMO (IKK-γ), una subunità regolatrice del complesso IKK che a sua volta attiva NF-κB, fattore di trascrizione coinvolto in numerose vie di segnalazione tra cui quelle dell'infiammazione e della sopravvivenza cellulare.