Le vegetazioni causano delle turbolenze nel flusso sanguigno responsabili dell'insorgenza di un nuovo soffio, che è l'unico ad essere specifico di endocardite infettiva, poiché l'aggravamento di un soffio precedente può non dipendere necessariamente dal danno valvolare, ma essere causato da modificazioni della frequenza cardiaca e/o della portata cardiaca (come nell'anemia) e può portare a confusioni diagnostiche.Il soffio può risultare assente nelle fasi precoci dell'endocardite acuta e nei tossicodipendenti con infezione della tricuspide.Poiché le lesioni valvolari tipiche dell'endocardite causano quasi sempre un'insufficienza della stessa, i soffi udibili nel corso della malattia sono quasi esclusivamente causati da insufficienza.Possiamo quindi avere un soffio olosistolico da insufficienza mitralica e/o un soffio diastolico da insufficienza aortica. Molto raramente, le vegetazioni di grandi dimensioni (principalmente causate da miceti) possono causare un soffio da stenosi.