La microanatomia della parete del retto è simile al resto del tratto gastrointestinaleː possiede una mucosa con un rivestimento a singolo strato di cellule colonnari e cellule mucipare caliciformi intervallate, che poggiano su una lamina propria, e con uno strato di muscolatura liscia chiamato muscularis mucosa. Sotto si trova una tonaca sottomucosa, circondata da due fasce muscolari, una fascia circolare interna e una fascia longitudinale esterna. Rispetto alle altre parti del tratto gastrointestinale, la mucosa rettale possiede una concentrazione più elevata di cellule caliciformi. Il rivestimento del retto cambia bruscamente nel punto in cui il retto incontra l'ano. Qui, il rivestimento cambia da cellule a colonnari a cellule piatte disposte su più strati.