In molti studi l'espressione di un grande numero di markers è stato associato con una prognosi peggiore (ridotta sopravvivenza o incremento delle metastasi linfonodali): Altri marker che sono stati studiati sono CD117 (recettore dello Stem CellFactor) e ABCG2 (un trasportatore che lega ATP).Esistono due ipotesi sull'origine delle cellule staminali.La prima sostiene che esse derivino dalle loro controparti nell'epitelio sano.Infatti le cellule staminali dello strato basale dell'epitelio sembrerebbero le uniche cellule a sopravvivere sufficientemente a lungo per sviluppare almeno 3-6 alterazioni genetiche (l'epitelio della mucosa orale si rinnova completamente in 14-24 giorni). In vitro si è visto che le mutazioni determinano l'espansione delle cellule staminali mutate. Un fenomeno simile si può notare in modelli organotipici della mucosa.