Fischer si ritirò dal nazismo e dall'Università agli inizi del 1943, passando tutto il suo lavoro al più noto alla storia suo allievo Joseph Mengele, detto l'"angelo della morte". In questo modo, Fischer riuscì a scampare anche alle condanne di genocidio dopo la Seconda guerra mondiale; solo molti anni dopo gli storici riuscirono a definire il suo ruolo principale nel programma di sterminio o tortura razziale.