Sono stati segnalati anche aumento della creatinchinasi, diminuzione del numero di neutrofili, ed un aumento significativo di AST ed ALT, che in alcuni soggetti evolveva verso segni e sintomi clinici di epatite acuta. In ogni caso in una metanalisi del 2005 è stato evidenziato come nelfinavir non possieda un'epatotossicità superiore rispetto a quella di altri farmaci inibitori delle proteasi già in commercio.