Già nel 1780 Pio VI aveva istituito il teatro anatomico nella Sala Lancisiana del San Giacomo, affacciata su via di Ripetta (dotandola di un tavolo ancora esistente), ma dopo il ritorno a Roma di Pio VII nel 1815 dopo cinque anni di prigionia a Parigi, nella sede dell'ospedale vennero inaugurate anche le scuole di Clinica chirurgica, di Anatomia pratica e di Operazioni chirurgiche dell'Università pontificia de La Sapienza insieme alla farmacia, al laboratorio chimico, al museo anatomico, al teatro e alla biblioteca. Presso l'ospedale si tenevano anche le lezioni.