Al 2021, le cause della sindrome d'Asperger non sono ancora chiare. Tra le molte teorie in competizione tra loro figurano la "teoria della sottoconnettività", sviluppata da scienziati cognitivisti dell'Università Carnegie Mellon e dell'Università di Pittsburgh, la "teoria Neanderthal", la "teoria del cervello estremamente maschile" (Simon Baron-Cohen), la "teoria della mente" e la "teoria dell'autismo preoperativo".