Nell'embrione il miocardio si forma come una rete di aspetto spongioso di cellule muscolari: la rete è formata da trabecole interconnesse di cellule e da spazi tra di esse con aspetto di sinusoidi che mettono in comunicazione la cavità del ventricolo con il circolo coronarico della superficie esterna del cuore embrionario. Tra la quinta e l'ottava settimana di vita intrauterina il miocardio spongioso si compatta gradualmente a partire dall'epicardio verso l'endocardio e dalla base del cuore all'apice. I recessi sinusoidali danno origine ai vasi intramiocardici. L'ipotesi embriologica spiega la non compattazione come un arresto di questo processo per cui le ultime zone che dovrebbero compattarsi, endocardio e apice, non completano la maturazione. Questo arresto dell'embriogenesi potrebbe essere causato da mutazioni genetiche. È da notare però che i recessi che si ritrovano nel miocardio non compattato non sono in comunicazione con la circolazione coronarica, come invece sono i sinusoidi del miocardio embrionale.