I testi dell'album "Beat Pyramid" della band art rock These New Puritans si ispirano alle sue teorie. "Dr. Dee" è il titolo dell'album di Damon Albarn, pubblicato il 7 maggio 2012. L'album è ispirato alla figura del matematico inglese ed è tratto dall'omonima Opera Rock scritta dallo stesso Albarn. Nell'album "The Final Frontier" (2010), gli Iron Maiden dedicarono la canzone "The Alchemist" alla figura e alla vita di John Dee. 