Si possono manifestare anche nausea, vomito, alopecia, febbre, dermatiti, stomatite, diarrea e, raramente, cardiotossicità. Dopo circa sei mesi di trattamento la mitomicina può indurre anemia emolitica microangiopatia, caratterizzata da insufficienza renale con anemia, trombocitopenia, ematuria, proteinuria, ipertensione arteriosa e disturbi neurologici. In qualche caso l'anemia emolitica microangiopatica è risultata fatale.