La granulomatosi di Wegener si manifesta invece a livello polmonare come nodularità multiple (che spesso vanno incontro a cavitazione) e come opacità reticolo-nodulari a livello delle basi. È possibile anche osservare atelectasie secondarie alla stenosi bronchiale data dalla malattia, emorragie, infezioni ricorrenti, masse date da confluenza di più noduli.