I diacil-fosfolipidi possono essere considerati come derivati dell'acido fosfatidico, nel quale il glicerolo è esterificato in posizione 1 e 2 con acidi grassi e in posizione 3 con acido ortofosforico. L'acido ortofosforico, oltre alla esterificazione con il glicerolo, presenta una seconda esterificazione con un alcol (amminoalcol o un amminoacido con gruppo alcolico o uno zucchero).