Cope è stato cresciuto come un quacchero ed è stato istruito che la Bibbia era la verità letterale. Anche se non ha mai affrontato la sua famiglia sulle loro opinioni religiose, Osborn scrive che Cope era almeno consapevole del conflitto tra la sua carriera scientifica e la sua religione. Osborn scrisse: "Se Edward nutrisse dubbi intellettuali sulla letteralità della Bibbia, non li ha espressi nelle sue lettere alla sua famiglia, ma non c'è dubbio che condividesse i disordini intellettuali dell'epoca". Lanham scrive che il fervore religioso di Cope (che sembra essersi placato dopo la morte del padre) era imbarazzante anche per i suoi devoti associati quaccheri. La biografa Jane Davidson ritiene che Osborn abbia sopravvalutato i conflitti religiosi interni di Cope. Attribuisce la deferenza di Cope alle credenze di suo padre come un atto di rispetto o una misura per mantenere il sostegno finanziario di suo padre. Le reminiscenze di Frazer sul suo amico suggeriscono che Cope spesso diceva alle persone quello che volevano sentire, piuttosto che le sue vere opinioni.