Le cause sono da ricercarsi nei deficit Ipotalamo/Ipofisari, per scarsa o assente produzione o per alterazioni strutturali (come nella maggior parte dei casi) di GnRH e gonadotropine. Talvolta a determinare l'ipogonadismo ipogonadotropo sono mutazioni a carico del recettore dell'LH. Ecco perché i livelli di LH possono anche risultare normali in questi casi (l'ormone c'è ma è non funzionante).