Il mazindolo può causare disturbi a carico del sistema nervoso centrale (SNC) ed in particolare nervosismo, agitazione psicomotoria, sovraeccitazione, insonnia, vertigini, disforia, tremore, brividi, cefalea, depressione mentale, sedazione, stato di debolezza). Frequenti anche gli effetti collaterali a carico dell'apparato gastrointestinale e tra questi in particolare si segnala la xerostomia, la nausea, la stipsi, la diarrea, disgeusia ed ageusia. L'assunzione di mazindolo a stomaco pieno può ridurre la incidenza degli effetti collaterali gastrointestinali.<br>