L'EMG viene utilizzata per identificare i muscoli iperattivi; può servirsi di uno speciale ago da EMG col quale si può anche effettuare l'iniezione della BoNT 109 .I principali problemi riscontrabili con questa metodica sono la necessità di attivazione selettiva del target muscolare, che può essere difficile da ottenere in pazienti con paresi molto invalidanti e la possibile presenza di co-attivazione di muscoli adiacenti a quello bersaglio in pazienti con distonia e spasticità 108 .Gli svantaggi della guida elettromiografica sono il maggior calibro degli aghi, che possono dare fastidio al paziente, l'impossibilità di identificare strutture importanti come nervi e vasi e la mancanza di un controllo della BoNT iniettata 106 .Per particolari target come il muscolo piriforme, i muscoli scaleni medi e anteriori e il muscolo lungo del collo, l'EMG è stata usata insieme alla fluoroscopia per consentire il preciso posizionamento della punta dell'ago prima di iniettare la BoNT 110 ; questa tecnica però ha alcuni svantaggi come una considerevole dose di radiazioni e la necessità di multiple iniezioni intramuscolari di mezzo di contrasto iodato, che sono potenzialmente dannose per il paziente 106 .