Edward ritornò a Westtown nel 1855 accompagnato da due delle sue sorelle. La biologia iniziò ad interessarlo maggiormente quell'anno e nel tempo libero studiò testi di storia naturale. Mentre si trovava a scuola, frequentava spesso l'Accademia di scienze naturali. Dopo essere ritornato a casa per le vacanze estive nel 1854 e 1855, Alfred non rimandò Edward a scuola dopo la primavera del 1856. Al contrario Alfred cercò di rendere suo figlio un agricoltore, che considerava una professione salutare che avrebbe prodotto guadagni sufficienti per trascorrere una vita confortevole e migliorato la salute di Edward, che era malaticcio. Fino al 1863 le lettere di Cope al padre espressero continuamente il suo desiderio di una carriera scientifica più di quella di agricoltore, che egli definisce "terribilmente noiosa".