Nel 1969, Morgentaler aprì una clinica per aborti a Montréal. Disse di aver fatto domanda per una clinica per l'aborto modello e propose ai governi federale e provinciali che gli aborti potessero essere fatti tranquillamente fuori dagli ospedali. Egli raccontò che né il governo provinciale né il governo federale erano interessati. Ognuno diceva che era responsabilità dell'altro. Nessuno venne a ispezionare la clinica. Invece, mandarono la polizia. Il 1º giugno 1970, la polizia municipale di Montréal fece irruzione nella clinica di Morgentaler e impose diverse accuse di esecuzione di aborti illegali. Il primo caso non venne portato in giudizio fino al 1973; nel frattempo, gruppi di donne si organizzarono a suo favore e continuarono a praticare aborti. Nel 1973, il medico dichiarò di aver eseguito 5000 aborti sicuri al di fuori degli ospedali, dimostrando che non era necessario un ambiente ospedaliero.