In principio la definizione citometria a flusso basata sulla fluorescenza (in breve citofluorimetria), veniva denominata citofotometria a impulsi (dal tedesco: "Impulszytophotometrie)," basata sul primo strumento brevettato. Nel 1976 durante la 5^ Conferenza sulla Citologia Automatizzata della Fondazione Americana di Ingegneria, tenutasi a Pensacola (Florida), otto anni dopo l'introduzione del primo citometro basato sulla fluorescenza, è stato accettato il nome di citometria a flusso, che rapidamente divenne popolare.