Dopo circa vent'anni di attività gli spazi si rivelarono troppo ristretti per la mole di utenti e pertanto si decise il trasferimento della struttura ospedaliera in un'altra zona della città. Nel 1889, grazie ad una sottoscrizione indetta tra i soci dell'istituzione, unita ai prestiti del Banco de Italia y Rio de la Plata e del Nuevo Banco Italiano, fu raccolta una somma di 146.000 pesos per poter acquistare i terreni dove sarebbe sorto il nuovo ospedale. Il 15 dicembre dello stesso anno, con una solenne cerimonia, fu collocata la prima pietra del futuro edificio, progettato dall'architetto italo-argentino Giovanni Antonio Buschiazzo. L'area prescelta, di proprietà degli eredi di Dalmacio Vélez Sarsfield, era un lotto nel quartiere di Almagro, compreso tra le vie Gascón, Potosí, Palestina e Perón. Il 21 dicembre 1901 il nuovo Ospedale italiano di Buenos Aires, fu inaugurato, mentre nelle successive settimane fu effettuato il trasferimento dei degenti e delle installazioni dalla vecchia struttura. Due anni dopo l'inaugurazione fu attivata la scuola di formazione per infermiere, mentre nel 1913 fu aperta l'ala del policlinico.