Per la prostatite abatterica (categoria III), detta anche CPPS o mioneuropatia pelvica, che rappresenta la maggioranza dei soggetti con diagnosi da "prostatite" un trattamento chiamato protocollo Stanford, sviluppato nel 1996 dal professore di urologia Rodney Anderson e dallo psicologo David Wise della Stanford University, è stato pubblicato nel 2005. Il protocollo consiste nella combinazione di una "terapia psicologica" (la paradoxical relaxation, che è un adattamento specifico alla CPPS di una tecnica di rilassamento progressivo sviluppato da Edmund Jacobson durante il XX secolo), fisioterapia (basata sull'individuazione di trigger point all'interno del pavimento pelvico e sulla parete addominale) ed esercizi di stretching che aiutano ad ottenere un maggiore rilassamento del pavimento pelvico.