Per ciò che concerne le questioni religiose, la filosofia di Cabanis si può considerare atea (sebbene sempre si professò agnostico) non tanto perché essa attacca più le religioni in quanto tali piuttosto che l'idea stessa di Dio, bensì perché poggia tutto il suo sistema filosofico sulla "matière" ("Saranno gli scienziati a scoprire il segreto della vita", ribadisce nel suo capolavoro, "Rapports du physique et du moral de l'homme"). Ora, considerando il fatto che le religioni hanno apportato più mali che benefici, ne deduce che non ce ne si deve interessare. Attribuisce l'origine delle idee religiose ad un bisogno naturale dell'homo sapiens, che gli fa adottare le idee che più lo consolano riguardo alla propria essenza.