Il pomeriggio del 23 luglio 1917, venne chiamato presso l'Ospedale per un'emergenza. Kocher eseguì l'intervento chirurgo, dopodiché iniziò a non sentirsi bene e si mise a letto, continuando a lavorare su alcuni appunti scientifici. Poco dopo, perse conoscenza e morì il 27 luglio.