Data la possibilità che i sintomi di una malattia nota possano essere mutati nel tempo o che la peste sia stata causata da una agente patogeno che non esiste più, la natura esatta della peste ateniese non potrà mai essere conosciuta. Inoltre, l'affollamento causato dall'afflusso di rifugiati portò alla scarsità di cibo e delle forniture di acqua e all'accumulo di rifiuti con enorme proliferazione di topi, mosche, zanzare, pidocchi. Queste condizioni avrebbero incoraggiato più di una malattia infettiva durante l'epidemia. Tuttavia il miglioramento delle tecnologie scientifiche può rivelare nuovi indizi.