Una versione di alcuni storici dice che la loro roccaforte mediterranea di Malta venne espugnata da Napoleone Bonaparte nel 1798, nel corso della sua spedizione in Egitto, dopo che Napoleone chiese di poter rifornire di acqua la propria flotta diretta in Egitto, senza le limitazioni esistenti per l'approdo delle navi, potevano infatti entrare solo 4 navi per volta nel porto della Valletta. Un'altra tesi storica invece afferma che il Gran Maestro Ferdinand von Hompesch, impreparato e indeciso, dopo aver tergiversato a lungo, acconsentì, non volendo impugnare le armi contro altri Cristiani. In ogni caso Napoleone fece un'azione di forza e si impadronì dell'isola, aiutato in questo anche da alcuni Cavalieri della Lingua di Francia presenti nella rocca in circa 120 unità, i quali sarebbero stati contattati in precedenza da una falsa missione commerciale francese. Comunque l'isola era ben protetta e non sarebbe mai stato possibile conquistarla se i Cavalieri avessero impugnato le armi; mentre il Gran Maestro, fu costretto alla resa, avvenuta il 12 giugno.