Ebbe 3 figli, Louisa (1873–1943), Margaret (1874–1875), morta di meningite dopo un anno, e Alan (1877–1952). I coniugi Anderson, passarono, dal 1902, la loro vecchiaia a Aldeburgh , trasferendosi, dopo la morte della madre di Elizabeth, l'anno successivo, presso la Alde House .Vissero un matrimonio felice, per tutti i 36 anni che trascorsero assieme. Suo marito James morì di ictus nel 1907. Una volta vedova, e in tarda età, trascorse gli ultimi anni dedicandosi alla vita in Alde House, al giardinaggio e viaggiando con i membri più giovani della sua ormai allargata famiglia. Elizabeth morì il 17 dicembre 1917 alla veneranda età di 81 anni, dopo una vita dedicata al ruolo di medico e madre. Rimane una dei più grandi esempi d'ispirazione per le donne medico di tutto il mondo.