Squilibri, problemi e difficoltà nella vita, e le stesse malattie fisiche e psichiche sono riconducibili tutti ad alterazioni e carenze dei funzionamenti di fondo, vale a dire quei meccanismi psicofisiologici e psicobiologici che sono alla base di comportamenti, pensieri, emozioni, atteggiamenti, gesti e movimenti; funzionamenti studiati e approfonditi dal neo-funzionalismo. Infatti, nella psicoterapia funzionale la diagnosi è la valutazione precisa del funzionamento complessivo del soggetto sui vari piani del Sé e, soprattutto, di come si sono andate conservando o alterando le e"sperienze di base"(funzionamenti in età evolutiva) nella vita dei pazienti. 