Nelle dosi più elevate utilizzate per il trattamento dell'osteoporosi, il semplice fluoruro di sodio può causare dolore alle gambe e fratture da stress incomplete quando le dosi sono troppo elevate; inoltre irrita lo stomaco, a volte in modo così grave da causare ulcere. Le versioni a rilascio lento e con rivestimento enterico del fluoruro di sodio non hanno effetti collaterali gastrici in alcun modo significativo e hanno complicazioni più lievi e meno frequenti nelle ossa.. Nelle dosi più basse utilizzate per la fluorizzazione dell'acqua, l'unico chiaro effetto negativo è la fluorosi dentale, che può alterare l'aspetto dei denti dei bambini durante l'odentogenesi; questo è per lo più lieve ed è improbabile che rappresenti alcun effetto reale sull'aspetto estetico o sulla salute pubblica. Un'ingestione cronica di fluoruro di 1 ppm di fluoruro nell'acqua potabile può causare chiazze dei denti (fluorosi) e un'esposizione di 1,7 ppm produrrà chiazze nel 30-50% dei pazienti.