Viene usata per valutare le fluttuazioni del campo magnetico che l'organismo produce, studia dunque la funzionalità cerebrale tramite la misura di tale campo magnetico generato dall'attività elettrica cerebrale, fornendo ottimi risultati. Viene utilizzata da tempo come strumento diagnostico per l'epilessia.Riesce ad essere utilizzato anche nei disturbi uditivi, stimolando la corteccia uditiva ed a far percepire dei toni.