I genitori di Rizal, Francisco Engracio Rizal Mercado y Alejandra II (1818-1898) e Teodora Morales Alonso Realonda y Quintos (1827-1911), erano due ricchi agricoltori e coltivatori di canna da zucchero e riso dell'isola di Luzón. Rizal era il settimo di undici figli: Saturnina (1850-1913), Paciano (1851-1930), Narcisa (1852-1939), Olympia (1855-1887), Lucia (1857-1919), Maria (1859-1945), José Protasio (1861-1896), Concepcion (1862-1865), Josefa (1865-1945), Trinidad (1868-1951) e Soledad (1870-1929).