Le specie Citrobacter svolgono solo raramente un ruolo come patogeni e, come patogeni opportunisti, possono causare infezioni (principalmente infezioni intra-addominali) in pazienti con un sistema immunitario indebolito. La maggior parte di queste sono infezioni ospedaliere (infezioni nosocomiali). In singoli casi sono stati descritti come causa di infezioni al di fuori dell'intestino ("extraintestinali"). Vengono citate come esempi le infezioni delle vie urinarie e le infezioni delle vie respiratorie. In rari casi, le specie Citrobacter sono state rilevate anche nella meningite e nella sepsi infantili. 