Entrambe, inoltre, sono caratterizzate dalla successione di periodi in cui i disturbi (sintomi) sono presenti ed altri in cui, invece, sono assenti o sono di lieve entità (fasi di remissione). Nel tempo, inoltre, possono verificarsi complicazioni costituite, nel caso della malattia di Crohn, da stenosi, fistole, ascessi intraddominali; nel caso della colite ulcerosa, da sanguinamento massiccio, dilatazione del colon con ritenzione di feci e sostanze tossiche (megacolon tossico). Il processo infiammatorio cronico intestinale può anche esporre ad un aumentato rischio di cancro a colon e retto. Le attuali strategie di cura, di conseguenza, sono volte ad evitare, per quanto possibile, l’insorgenza di tali malattie.