Il trapianto allogenico è raccomandato in prima battuta per i sottotipi di LLA portatori di cromosoma Philadelphia, e per i pazienti con cromosoma Philadelphia negativo, che presentano una persistente malattia residua dopo induzione o consolidamento. Le cellule staminali ematopoietiche da utilizzare per il trapianto, potrebbero provenire oltre che da donatori compatibili, anche da cellule di cordone ombelicale umano.