Le cause sono molteplici, può essere causato da una malattie preesistente e manifestarsi come complicanza (ad esempio la polmonite, e in tal caso prende il nome di empiema metapneumonico, o l'ascesso polmonare), oppure dovuta ad intervento chirurgico dove avviene la perforazione esofagea, o anche in seguito ad un trauma. I batteri più comunemente responsabili sono Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Proteus spp., Salmonella spp. e Staphylococcus aureus.