I neonati con ipotiroidismo possono presentare un peso e una altezza alla nascita normale (anche se la testa può essere maggiore del previsto e la fontanella posteriore aperta). Alcuni possono accusare sonnolenza, diminuzione del tono muscolare, un pianto rauco, difficoltà di alimentazione, stipsi, una lingua allargata, ernia ombelicale, pelle secca, una temperatura corporea ridotta e ittero. La presenza del gozzo è raro, anche se si può sviluppare in seguito nei bambini che hanno una ghiandola tiroidea che non produce ormone tiroideo funzionante. Il gozzo può anche svilupparsi nei bambini che crescono in luoghi con carenza di iodio. Una crescita e sviluppo normali possono essere ritardati e la mancanza di un trattamento può portare ad un handicap mentale (QI da 6 a 15 punti inferiore nei casi più gravi). Altri problemi sono i seguenti: difficoltà nella coordinazione dei movimenti (atassia), tono muscolare ridotto, strabismo, diminuzione della capacità di attenzione e acquisizione ritardata delle capacità verbali.