Nel 1885 Monakow aprì uno studio a Zurigo. Fu il primo medico in Svizzera a ricevere la sua abilitazione in neurologia e neuroanatomia. L'anno seguente aprì con le proprie risorse un poliambulatorio neurologico e un laboratorio anatomico cerebrale. Nel 1894, l'Università di Zurigo lo nominò professore associato. Nel 1910 donò il suo poliambulatorio e il suo laboratorio al Cantone di Zurigo, ma continuò a guidare entrambi fino al 1927.