Nonostante le pressioni di Étienne Geoffroy Saint-Hilaire e la cittadinanza francese ottenuta nel 1819, Gall non riuscì mai ad entrare all'Accademia delle Scienze: ciò probabilmente a causa di tutte le accuse ricevute e anche perché lo stesso Napoleone Bonaparte volle impedire la sua influenza a Parigi. Quest'ultimo, già nel 1808, quando lo scritto "Memoire concernant le recherches sur le systeme nerveux en general et sur celui du cerveau en partuculier" venne presentato all'Institut de France, lo aveva contrastato, pare anche deviando i giudizi dei commissari che, infatti, pur riconoscendo le novità anatomiche e fisiologiche lo rifiutarono. Il motivo di tale ostilità nei confronti di Gall era il fatto che Napoleone non condivideva l'interpretazione naturalistica del comportamento umano: nel giudicare un uomo, egli riteneva importanti solo gli atti compiuti. Infine tra il 1810 e il 1819 pubblicò quattro volumi intitolati "Anatomie et Physiologie du systeme nerveux", molto dettagliati anche a livello delle illustrazioni, che possono essere considerati un vero e proprio trattato di organologia; nel 1822 ne uscì una nuova edizione con un titolo diverso.