Quando, nella cavità dello stomaco, il pepsinogeno è raggiunto dall'acido cloridrico, esso diventa "pepsina" (dal greco "pèpsis" = cottura). Infatti l'acido cloridrico idrolizza un legame peptidico del polimero del pepsinogeno (ovvero "stacca al pepsinogeno una sequenza precisa di amminoacidi") in modo che il polimero restante sia quello della pepsina. Mentre il pepsinogeno è inattivo e non può danneggiare le cellule delle ghiandole che lo producono, la pepsina agisce sui legami peptidici che legano tra loro gli amminoacidi delle proteine. Si formano così piccoli frammenti di proteine, i peptidi, composti da alcuni amminoacidi ancora legati tra loro.