Nel 1201 lo stesso Papa diede in dote all'ospedale di Santa Maria la chiesa omonima e le sue rendite. Sarà proprio questo l'atto che sancì la nascita del Venerando ospedale romano di Santo Spirito in Saxia; la chiesa limitrofa diventò invece un luogo di ospitalità. All'inizio della sua monumentale esistenza però la nuova struttura era costituita solo da una corsia rettangolare, illuminata da piccole finestre e in grado di assistere 300 infermi e 600 poveri.