Le principali diagnosi da differenziare con la sindrome della sella vuota sono l'ipertensione endocranica (primitiva o secondaria) e una ciste epidermoide che, alla esecuzione di scansioni TAC, può mimare il fluido cerebrospinale a causa della sua bassa densità. Le scansioni RMN sono generalmente in grado di distinguere tra le due cause.