Il decreto ministeriale del 26 gennaio 2001 aggiorna nuovamente i protocolli, innalzando il limite per l'alanina transaminasi a 2 volte il valore normale e disponendo la ricerca del virus HCV anche mediante la tecnica di biologia molecolare NAT. Il decreto ministeriale del 27 marzo 2008 dispone l'utilizzo della tecnica NAT anche per la ricerca dei virus HBV e HIV.