A Parigi, nell'estate del 1614, durante la permanenza presso la sede del Nunzio Ubaldini, Vanini si inserisce nella polemica relativa all'accettazione dei principi del Concilio di Trento in Francia, che tardava ad arrivare a causa del rifiuto di parte del clero gallicano; per orientare gli animi nella direzione voluta dalla Santa Sede, scrive i "Commentari in difesa del Concilio di Trento", di cui egli poi intende avvalersi, come scrive Ubaldini ai suoi superiori in Roma, per dimostrare la sincerità del suo ritorno nella fede cattolica.