I meccanismi attraverso i quali l'infezione da HCV causa il danno epatico e lo sviluppo della malattia non sono perfettamente noti, anche a causa di mancanza, fino a pochi anni or sono, di modelli sperimentali. Sembra ormai certo, però, che sia assente o perlomeno non rilevante, se non in casi peculiari quali la FCH (fibrosing cholestatic hepatitis) [59][60][61] , un effetto citopatico del virus stesso e quindi le prospettive di studio sono ormai quasi esclusivamente concentrate sui meccanismi immunologici del danno e, in particolare, sulla risposta immunitaria cellulo-mediata e sulla reazione autoimmunitaria [10] .Tra questi due, il danno epatocellulare su base immunologica cellulo-mediata è il meccanismo che si ritiene più importante. I bersagli della reazione immunitaria sarebbero costituiti dagli antigeni virali esposti sulle membrane epatocitarie e le cellule immunitarie principalmente coinvolte sarebbero i linfociti T e i macrofagi.Le cellule T CD4+, infatti, riconoscono peptidi derivati dalle proteine virali montati su molecole HLA di classe II, verosimilmente su cellule dendritiche nella fase di induzione della risposta, sugli epatociti nella fase effettrice. Normalmente gli epatociti non esprimono sulla superficie molecole HLA di classe II, ma possono farlo per effetto di alcune citochine e particolarmente dell'interferon-γ. Il risultato dell'attivazione dei linfociti T CD4+ è un'azione di aiuto ("helper") per i linfociti B e per i linfociti T CD8+, oltre che una promozione dell'infiammazione attraverso la produzione diretta o indiretta di citochine infiammatorie, quali il TNF-α e l'interferon-γ. Anche i linfociti T CD8+ riconoscono peptidi derivati da proteine virali, ma in questo caso montati su molecole MHC di classe I, costitutivamente presenti sulle cellule infettate, ed in questo modo possono teoricamente esercitare un'azione citotossica nei loro riguardi. Questa azione, sebbene manifestamente dannosa per il fegato, è, nello stesso tempo, utile per l'eliminazione del virus.Oltre ai meccanismi patogenetici di cui sopra, è anche stata prospettata la possibilità di una reazione stimolata da autoantigeni lipoproteici. In tale ipotesi, questi antigeni, appartenenti alle membrane cellulari dell'epatocita e normalmente segregati, potrebbero essere posti in libertà dall'azione del virus e non riconosciuti come propri dal sistema immunitario oppure essere alterati, sempre a causa dell'infezione cellulare. In ogni caso, la formazione di autoanticorpi diretti contro le membrane cellulari sarebbe causa del danno epatocitario [62] .