I primi anni della Restaurazione furono ardui: considerato come uno dei più devoti sostenitori di Napoleone, Larrey fu privato del suo titolo di barone di Wagram , ricevuto nel 1809, e della sua retribuzione di Ispettore Generale della sanità militare; perse inoltre le sue pensioni e il reddito da parte della Legione D'Onore. Conservò soltanto il posto di capo chirurgo all'ospedale militare di Gros-Caillou. Nel 1818 una legge gli rese la pensione di 3000 franchi accordati con Napoleone dopo Bautzen e ciò gli diede il coraggio di ricominciare. Pubblicò un quarto volume delle sue campagne, scrisse il suo grande libro della "Clinica Chirurgica" , nel 1820 fu eletto membro dell'Accademia di Medicina e nel 1829 fu chiamato a succedere al professore Pelletan all'Accademia delle Scienze. Dopo un viaggio in Belgio nel 1832 atto a organizzare, su richiesta del re Leopoldo, il servizio sanitario militare, riprese il posto di capo chirurgo all'Hôtel des Invalides di Parigi e fu nominato membro del Consiglio Generale della Sanità.