La natura dei legami anticorpo-antigene è non covalente e di tipo reversibile. La forza di questo legame è chiamata "affinità" dell'anticorpo. Una maggiore affinità (espressa in termini della costante di dissociazione) significa che basta una bassa concentrazione dell'antigene perché il legame avvenga. Questo è un concetto importante, perché durante la risposta immunitaria vi è una produzione continua di anticorpi con un'affinità sempre maggiore.