Pernice studiò nelle università di Gottinga, Halle, Bonn e Praga. Nel 1852 ottenne il dottorato in medicina a Halle, dove in seguito rimase assistente di Anton Friedrich Hohl (1789-1862). Nel 1858 divenne professore di ginecologia e ostetricia all'Università di Greifswald, nonché direttore della clinica di ginecologia.