Come molte organizzazioni di carità, anche l'ospedale perugino nasce come casa di ricovero, tra il 1303 e il 1305 (anno in cui è emanata la bolla di fondazione dal Vescovo di Perugia mons. Bulgaro Montemelini), da parte di alcuni chierici e laici secolari che si uniscono in una confraternita, dedicata come molte di esse alla Madonna, per l'assistenza ai poveri, agli emarginati ed ai moribondi.