Fu naturalmente il periodo peggiore per l'ospedale e causò un battuta d'arresto nel processo di rinnovamento strutturale e scientifico che era iniziato un decennio prima. L'inverno del 1943 fu terribile perché oltre alla difficoltà a reperire farmaci, e cibo, vennero a mancare i rifornimenti di carburante, gas e corrente elettrica. Ne conseguì un progressivo calo dei ricoveri. Le peggiori conseguenze le subirono i bambini più piccoli, in particolare i lattanti e crebbe di conseguenza la mortalità infantile entro il primo anno di vita.