L'Istituto è l'organizzazione di base del Consiglio Scientifico del Ministero della salute federale riguardante problematiche microbiologiche, coordina le attività scientifiche di istituti e organi competenti ed implementa programmi di ricerca epidemiologica delle malattie infettive e infezioni nosocomiali, malattie umane naturali, microbiologia medica e genetica, biologia molecolare dei batteri, immunologia infettiva teorica e applicata. Alla base dell'istituto, ci sono 9 centri del Ministero della Salute della Russia (per rickettsiosi, leptospirosi, brucellosi, tularemia, legionellosi, micoplasmosi, clamidia, clostridiosi, borreliosi), la maggior parte dei quali sono gli unici laboratori medici specializzati presenti in Russia. L'Istituto coordina il Dipartimento di Infettivologia dell'Università medica Sečenov.