Le anomalie vaginali sono difetti congeniti che comportano l'avere una vagina anormale o non averla proprio. La più comune anomalia vaginale ostruttiva è l'imene imperforato, una condizione in cui l'imene ostacola il flusso mestruale o le altre secrezioni vaginali. Un'altra anomalia vaginale è il setto vaginale trasversale, che blocca parzialmente o completamente il canale vaginale. Prima di porre rimedio è necessario determinare la precisa causa di un'ostruzione, poiché la chirurgia correttiva differisce a seconda della causa. In alcuni casi, come l'agenesia vaginale isolata, i genitali esterni possono apparire normali.