Il topiramato viene utilizzato nel trattamento dell'epilessia in bambini ed adulti e fu originariamente messo in vendita come un anticonvulsivo. Nei bambini è indicato per il trattamento della sindrome di Lennox-Gastaut. Alcuni psichiatri hanno usato il topiramato per il trattamento del disturbo bipolare e spesso lo usano per aumentare gli effetti psicotropi o di contrappeso associato con numerosi antidepressivi. Viene inoltre utilizzato nel trattamento dell'alcolismo e della dipendenza da metanfetamine e cocaina.