Un altro ambito in cui Helena Perpenti si distinse fu quello della botanica, compilando un prezioso erbario della flora delle valli del Lario. Nelle sue ricerche la studiosa rinvenne una campanula ancora sconosciuta per la scienza, in seguito dedicata all"arciduca Rainer, viceré del Lombardo-Veneto. La scoperta della Campanula raineri, specie diffusa nelle Prealpi calcaree tra il lago di Como e il llago di Garda valse alla Perpenti ulteriore fama anche in campo floristico.