Nel corso del Cinquecento gli ospedali esistenti e quelli sorti di recente cominciarono a distinguersi e a specializzarsi per funzioni diverse. Quello di Sant'Antonio, ormai il più importante della città, sempre più consapevole delle esigenze di cura dei malati, aveva al proprio servizio un medico, un cerusico e uno speziale stipendiati; quello di San Marcello divenne un brefotrofio, l'ospedale della Misericordia, dopo una prima esperienza di ricovero dei malati di sifilide, divenne orfanotrofio così come l'ospedale di San Valentino.