Il termine inglese per "peste nera" (Black Death)che si riferisce alla prima e alla più grave delle epidemie della seconda pandemianon era usato dai contemporanei, che preferivano nomi come la "grande pestilenza" o la "grande mortalità" (rispettivamente Great Pestilence e Great Mortality). Il termine con cui è ora nota l'epidemia diventò comune solo nel XVII secolo, probabilmente derivato dalle lingue scandinave. La peste nera è generalmente considerata essere un'epidemia di peste, causata dal batterio "Yersinia pestis". Questi batteri sono portati dalle pulci, che possono essere trasferiti agli esseri umani tramite il contatto con i ratti. I morsi delle pulci portano la malattia nel sistema linfoide, attraverso cui arriva ai linfonodi. Qui i batteri si moltiplicano e danno origine a rigonfiamenti detti bubboni, termine dal quale deriva "peste bubbonica". Dopo tre o quattro giorni i batteri entrano nel flusso di sangue, e infettano organi come la milza e i polmoni. Il paziente morirà dopo pochi giorni.</ref> Una diversa forma della malattia è la peste pneumonica, nella quale i batteri entrano per via orale direttamente nei polmoni. Questa forma è molto più virulenta, dato che si diffonde direttamente da persona a persona. Entrambi questi tipi di infezione hanno giocato una parte significativa nella peste nera, mentre una terza forma era più rara. Questa è la peste setticemica (sepsi), nella quale il morso della pulce porta il batterio direttamente nel sangue, e la morte avviene molto rapidamente.