Louis criticò soprattutto François Broussais forte sostenitore dell'idea che il salasso, specialmente quello praticato con l'uso di sanguisughe, valesse per la maggior parte delle malattie. Louis e Broussais rappresentarono infatti due estremi opposti: il primo con un approccio patologico alle malattie, il secondo con uno fisiologico; Louis era estremamente cauto nella proposta di terapie, Broussais era determinato e aggressivo; la prudenza di Louis infine contrastava con la fertile immaginazione del suo oppositore. I due studiosi attirarono anche differenti tipi di studenti; la celebrità di Broussais durò poco, nonostante il valore di molte delle sue idee; il contributo di Louis, invece, era più solido. Ciononostante il suo metodo numerico non costituì una soluzione per tutti i problemi delle medicina e venne criticato, a sua volta, per l'eccessiva ingenuità e per l'incapacità di apprezzare la scienza opposta cioè quella sperimentale. Louis dovette così vedere come il suo metodo divenisse solo uno dei vari modi per affrontare i problemi medici.