Diversi monumenti sono stati dedicati a Miller, tra cui una statua scolpita nel 1940 da Samuel Cashwan su commissione dell'Università del Michigan, e la scultura, alta quasi otto piedi, completata nel 1915, da Frederick Cleveland Hibbard, su richiesta della "Ohio State Dental Society", oggi esposta all'Università Statale dell'Ohio. Inoltre gli è stata dedicata una targa nella sua città natale Alexandria, ed è stato intitolato in suo onore il "W.D. Miller Clinical Research Center" presso l'Università della Pennsylvania, nel 1981.