Il risultato di questa complessa interazione nel duodeno tra l'"H. pylori" e l'ospite determina, in una fase successiva, la trasformazione delle cellule gastriche in cellule proprie delle ghiandole duodenali (ossia la cosiddetta metaplasia intestinale) e la loro colonizzazione per opera del batterio di provenienza dallo stomaco. A questo punto si danneggiano le varie cellule epiteliali colpite, conducendo alla formazione dell'ulcera duodenale.