Si suppone, come per la maggior parte delle malattie, che parte della suscettibilità allo sviluppo di malattie autoimmuni sia dovuta a fattori genetici, determinanti ad esempio le caratteristiche biochimiche delle strutture preposte alla presentazione antigenica (complessi maggiori di istocompatibilità o MHC) o i meccanismi di sviluppo della tolleranza verso il "self".