Le cellule che vanno incontro a trasformazione maligna presentano differenze genomiche così rilevanti da poter essere teoricamente distinte antigenicamente da qualunque altra cellula corporea. In particolare, gli antigeni tumorali di tipo specifico sono costituiti da sequenze aminoacidiche mutate nel corso della ricombinazione genica tumore-specifica, e non sono riscontrabili in alcun tipo di cellula regolare. Per contro, gli antigeni tumore-associati derivano da sequenze costitutivamente presenti nel genoma dell'ospite, ma codificanti proteine espresse in condizioni normali soltanto in piccole quantità o in cellule di tipo embrionale.Soprattutto nelle prime fasi della crescita tumorale le cellule neoplastiche possono evitare il riconoscimento da parte del sistema immunitario tramite strategie di manomissione a carico del complesso trimolecolare MHC I-catena 2 microglobulina-peptide.Modifiche nell'espressione di molecole HLA di classe I sono riscontrabili in numerosissimi cloni neoplastici tramite analisi immunoistochimica.Difetti dei trasportatori peptidici "ATP-binding cassette transporters" (TAP) così come delezioni a carico della catena 2 microglobulina rappresentano meccanismi responsabili del cattivo funzionamento dell'intero complesso trimolecolare associato all' MHC. Mutazioni, perdite o "down-regulation" di antigeni tumore-specifici o tumoreassociati sono comuni strategie di mascheramento.Infine, una carica antigenica ridotta, così come l'assenza di segnali infiammatori adeguati possono condurre ad uno stato di ignoranza immunitaria, condizione normalmente prevista nell'intento di limitare le risposte di tipo autoaggressivo verso epitopi "self".