Nessuna di queste teorie è del tutto soddisfacente: quella regressiva non spiega perché al più piccolo dei parassiti cellulari non assomigli in alcun modo ai virus. L'ipotesi del "materiale genetico sfuggito" non spiega le strutture delle particelle virali. La coevoluzione, o ipotesi "prima i virus", contraddice la definizione dei virus, dato che dipendono dalle cellule che li ospitano. Inoltre, si riconosce che i virus sono antichi, e che hanno un'origine anteriore alla diversificazione della vita nei tre domini. Questa scoperta ha portato i virologi moderni a riconsiderare e rivalutare queste tre ipotesi classiche.