Le anomalie della coagulazione possono promuovere l'embolia paradossa in pazienti con FOP e stroke criptogenetico.Chaturvedi (125) ha studiato 17 pazienti con FOP e SC, valutandone le caratteristiche ematologiche in 16: ha trovato anomalie della coagulazione nel 31% (resistenza alla proteina C attivata, elevati livelli di anticorpi anti-cardiolipina) e in questi è stata cominciata la terapia anticoagulante con nessuna recidiva di ictus in 20 mesi di follow-up. Pur essendo uno studio piccolo, ha suggerito la possibilità che l'ipercoagulabilità possa facilitare gli eventi cerebrovascolari ischemici, essendo più frequente nei soggetti con FOP e stroke pregresso.