Risultando ridotto il lume del canale che connette lo stomaco al duodeno, si osserva un'ostruzione allo svuotamento gastrico con conseguenti disidratazione, vomito continuo senza presenza di bile, alcalosi e ipocloremia. Il neonato va incontro a vomito a getto dopo ogni pasto, risultando quindi affamato e dimostrando un rapido calo ponderale.