La microflora intestinale protegge l'ospite da patogeni esogeni e impedisce la sovracrescita di endogeni opportunisti.Il Clostridium difficile è un patogeno opportunista, responsabile di un ampio spettro di patologie che vanno dalla diarrea associata agli antibiotici alla colite pseudomembranosa. Il significato della sua presenza nelle feci dei bambini è controverso; alcuni autori hanno riscontrato un elevato tasso di colonizzazione in neonati asintomatici, mentre altri hanno proposto una correlazione tra la sua presenza e l'aumento della morbilità 253 .Nello studio di Sepp, all'età di 1 anno, è stata riscontrata una concentrazione più elevata di Clostridium difficile e Bacteroides nelle feci di bambini svedesi rispetto agli estoni, i quali però mostravano una conta maggiore di lattobacilli ed eubatteri. I bifidobatteri ed i cocchi anaerobi sono risultati uguali nei due gruppi. Il fatto che il microbiota dei bambini estoni fosse analogo a quello presente negli abitanti dell'Europa occidentale negli anni '60, ha fatto pensare ad una possibile associazione tra la colonizzazione enterica e la progressiva industrializzazione, sottolineando pertanto l'importanza dei fattori ambientali 254 .Anche E. coli rappresenta uno dei più importanti batteri patogeni nell'infanzia. In un gruppo di bambini etiopi, Bennet ha dimostrato una correlazione tra la colonizzazione con batteri Gram negativi aerobi potenzialmente patogeni, come Klebsiella o Salmonella, e l'assenza di E. coli e bifidobatteri 232 .In un altro studio, un ceppo non patogeno di E. coli è stato somministrato oralmente ad un gruppo di neonati sani per i primi 5 giorni di vita. Il ceppo assunto venne ritrovato nelle feci in più del 90% dei bambini, inoltre si osservò una riduzione significativa della colonizzazione da parte di patogeni puri o potenziali rispetto al gruppo placebo 255 .