DOX e DNR, dal punto di vista strutturale, hanno in comune una porzione agliconica e una porzione glucidica. L'aglicone è una struttura di 4 anelli condensati chiamata tetracenica, presenta un chinone sull'anello C adiacente a un idrochinone sull'anello B. Contiene inoltre un gruppo metossile sul C-4, nell'anello D, e una piccola catena al C-9 contenente un gruppo carbonilico.