Per evitare qualsiasi rischio il funerale si tiene il prima possibile, quello stesso 5 dicembre, alle ore 16.00. La posizione della bara era stata scelta da Lukwiya in persona mentre era nel reparto in isolamento. Matthew voleva essere sepolto vicino alla tomba della Dr. Lucille Teasdale, la cofondatrice dell'ospedale, ma, soprattutto, sua mentore e sua amica. Lucille era morta nel 1996 a causa dell'AIDS, contratto durante un intervento su un paziente sieropositivo. Tra le centinaia di persone accorse, tutte avvertite di restare a distanza finché il funerale non si fosse concluso, ci sono bambini del "Dr. Matthew" e numerosi ufficiali del governo, incluso il ministro della salute, che aveva lasciato Kampala dopo aver ricevuto la notizia quella mattina.