Il pentosano polisolfoestere si è dimostrato efficace e sicuro anche nel controllo della cistite emorragica da terapia radiante, un effetto avverso secondario a trattamenti radianti quando vengono irradiati direttamente tumori della vescica, della prostata o di organi prossimi alla vescica, come ad esempio l'utero, il retto e la cervice uterina. È stata segnalata anche la sua utilità nel controllo della cistite emorragica secondaria a chemioterapia in bambini sottoposti a trapianto di cellule staminali.