La diagnosi di IBS si basa, invece, su criteri di inclusione secondo i criteri di Roma II (aggiornati nei criteri di Roma III) escludendo altre malattie e basandosi sull'anamnesi, l'esame fisico, e test di laboratorio. Anche se i criteri di Roma II e III non sono stati progettati per essere linee guida nella gestione dei pazienti, esse sono un "gold standard" per la diagnosi di IBS.