Quando la Toscana, dal 1808 al 1814, passò sotto la dominazione francese, l'ospedale fu segnato da un'altra fase di dissesto economico. Nel 1809, l'amministrazione di tutte le cariche dirigenziali degli enti di cura, assistenza e beneficenza passò ad una commissione di sette persone (il "maire" ovvero il sindaco, l'arcivescovo e cinque cittadini) che, tra le varie attività, avevano il compito di raccogliere fondi per questi enti.