Il craniofaringioma spesso influisce sui nervi cranici. Con la crescita del tumore in direzione dei lobo frontale, si possono osservare disturbi dell'olfatto e quando invece cresce in direzione parasellare, disfunzione del nervo oculomotore, raramente paresi unilaterale o bilaterale del nervo abducente, nevralgia del primo e del secondo ramo del nervo trigemino. In questo modo, osservando gli eventuali deficit dei nervi cranici si può avere un'indicazione sulla direzione di crescita della massa neoplastica.