L'epididimite può essere difficile da distinguere dalla torsione del testicolo. Qualche volta entrambe le patologie possono verificarsi contemporaneamente. Diversi test si rendono necessari per distinguere un'epididimite cronica da una serie di altri eventi clinici che possono causare un costante dolore al livello della sacca scrotale. Queste patologie includono: tumore del testicolo, allargamento delle vene scrotali (varicocele), o una ciste situata all'interno dell'epididimo. Inoltre i nervi dell'area scrotale sono connessi ai rami superiori dell'addome, e spesso il paziente riferisce dolori riconducibili a un'ernia (vedi: dolore riferito). Alcuni test utili per la diagnosi includono un esame diretto della morfologia del testicolo e l'utilizzo di ultrasuoni. È consigliabile quindi un consulto da un urologo.