La flumetrina è una miscela complessa di stereoisomeri. La molecola contiene tre atomi di carbonio asimmetrici, c'è un isomeria cis-trans all'anello del ciclopropano ed una al doppio legame carbonio-carbonio dell'alchene. In totale, dunque, ci sono 16 diversi isomeri. La flumetrina commerciale è costituita tipicamente per il 92% dagli isomeri trans del ciclopropano e la configurazione cis dell'olefina, mentre l'8% è rappresentato dagli isomeri cis del ciclopropano.