Dal Salone del Commendatore, oltre che direttamente dal loggiato superiore, si accede alla biblioteca Lancisiana, fondata nel 1711 da Giovanni Maria Lancisi, archiatra e medico di Papa Innocenzo XI e insigne studioso, che fece della biblioteca l'anima del suo disegno di promozione della cultura scientifica. Inaugurata nel 1714 alla presenza del Pontefice Clemente XI, si compone si due ampie sale: la prima costituita da un atrio e un vestibolo; la seconda, nucleo originario della libreria, dotata di 16 scansie lignee. Fra le raccolte di volumi qui conservate, è importante ricordare la collezione del Lancisi, una raccolta di testi donati al Re di Francia Luigi XIV, dal Granduca di Toscana Cosimo III e dal principe Fürstenberg. La biblioteca conserva, inoltre, 373 preziosi manoscritti di epoche diverse che vanno dal XIV al XX secolo, tra cui 2 codici pergamenacei degli scritti di Avicenna, in latino, e il più conosciuto "Liber Fraternitatis Sancti Spiritus". Dietro una delle pareti della libreria una finestrella aprendosi all'altezza degli affreschi della Corsi Sistina consentiva ai vari Commendatori che si sono succeduti nella gestione dell'Istituto, il controllo dell'operato del personale addetto all'assistenza degli ammalati. Al centro della sala principale della biblioteca, infine, ci sono due magnifici globi del 1600.