La pielonefrite è spesso associata a sintomi d'infezione alle basse vie urinarie, come minzione frequente, ematuria (le urine possono presentare sangue) o disuria (emissione di urine con difficoltà, non necessariamente accompagnata da dolore). L'esame batteriologico delle urine è essenziale per confermare la diagnosi d'infezione. Le urine sono torbide per la presenza di cellule (piuria) o batteri (batteriuria).