"N. fowleri" è tipicamente presente in acque dolci, come stagni, laghi, fiumi e sorgenti termali. Si trova anche nel suolo, nelle forniture idriche, nelle tubature per l'acqua, nelle discariche di acqua calda delle acque industriali e nelle piscine con poco cloro, in una fase flagellata ameboide o temporanea. Non ci sono prove della loro sopravvivenza in acqua salata.