Generalmente la terapia PUVA è sconsigliata nei bambini ed è controindicata nelle donne in stato di gravidanza e, in mancanza di dati sull'eliminazione del metoxsalene nel latte materno, in quelle che allattano al seno. Il farmaco deve essere somministrato con cautela ai pazienti con anamnesi famigliare di allergie solari, in quelli affetti da malattie gastrointestinali, infezioni croniche, insufficienza epatica o che abbiano subìto trattamenti con radiazioni ionizzanti o con arsenico.