Durante questi ultimi anni mantenne gli incarichi di insegnamento di terapia medica e di clinica generale. In questo periodo trascorso in Sardegna Magrassi si dedicò con passione all’infettivologia, come dimostrarono le osservazioni clinico-epidemiologiche raccolte durante un'estesa epidemia di salmonella tiphi che aveva colpito gli abitanti della provincia di Sassari nell'estate del 1946, e gli studi sulla eziopatogenesi delle endocarditi batteriche. Inoltre, tra il 1946 e il 1952, egli approfondì le ricerche sulla costituzione ematologica dei sardi e sulle talassemie, consolidando in questo modo la sua posizione di infettivologo e di patologo medico.