Se la diagnosi è già chiara, come l'epatite cronica B o l'epatite C, la biopsia epatica è utile per valutare la gravità del danno epatico associato; lo stesso vale per emocromatosi (una sovrabbondanza di ferro) anche se spesso viene evitata. La cirrosi biliare primitiva e la colangite sclerosante primitiva possono richiedere una biopsia anche se altre modalità diagnostiche hanno reso questa meno necessaria.