Più della metà delle donne che soffrono di emicrania riferisce un'associazione con il ciclo mestruale. In genere, il mal di testa si presenta due giorni prima del ciclo, o nei primi tre giorni della fase mestruale, in seguito al naturale calo del livello di estrogeni che si verifica in questo periodo. Si tratta della cosiddetta emicrania mestruale che, di solito, si ripresenta durante ogni ciclo, con sintomi molto più forti di quelli che si manifestano in altri giorni del mese.