Si presenta solitamente con sintomi aspecifici come gonfiore, flatulenza, dolori addominali e diarrea. La maggior parte dei pazienti affetti da SIBO non mostra segni clinici di malassorbimento, come perdita di peso, steatorrea, malnutrizione, artralgia; questi si presentano principalmente nei pazienti in cui la SIBO è associata a una Billroth II e solo nei casi estremi (per lo più in pazienti con bypass digiuno-ileale o con sindrome dell'intestino corto) si evidenziano deficit di vitamine e minerali (vitamine liposolubili A e D, vitamina B12, ferro). Siccome la SIBO può dipendere da diversi disordini locali o sistemici, la sintomatologia può variare sulla base del problema sottostante. Non è ben chiaro se la gravità dei sintomi sia proporzionale alla quantità di batteri presenti nell'intestino tenue. Le recenti ricerche dimostrano che la SIBO è comunemente associata con la sindrome dell'intestino irritabile e che l'iperproliferazione batterica possa contribuire alla patogenesi di tale sindrome.