Sviluppo I recettori Eph rivestono un ruolo critico nello sviluppo di vertebrati e invertebrati, in cui regolano il movimento delle cellule ed il loro posizionamento. E' ormai assodato che una popolazione mista di cellule Eph positive ed efrine positive tende a separarsi nelle due sottopopolazioni [47]; questo meccanismo consente di demarcare i diversi gruppi di cellule durante la gastrulazione ('posizionamento' dei foglietti embrionali) e, in seguito, nella somitogenesi. Inoltre, la capacità dei recettori Eph di guidare le migrazione delle cellule, li rende protagonisti nell'organizzazione del sistema nervoso: essi regolano la migrazione delle cellule della cresta neurale, ma soprattutto guidano gli assoni ai loro bersagli, dove modulano la formazioni di connessioni sinaptiche. E' appunto nel sistema nervoso che Eph ed efrine sono maggiormente espressi, ma essi rivestono un ruolo in molti altri processi evolutivi, ed in particolare l'angiogenesi. [33] Complessivamente, l'elevata espressione dei recettori Eph e dei loro ligandi in tutte le fasi dell'embriogenesi, appare finemente regolata sia da un punto di vista spaziale che temporale, e risulta di fondamentale importanza nel corso dello sviluppo, per il corretto posizionamento delle cellule nei vari comparti dell'organismo. Inoltre alcuni studi ipotizzano un ruolo mediato da tali molecole anche nel differenziamento cellulare e le prime evidenze riguardano cellule staminali, retinali ed epiteliali [48].