Il tumore metastizza di frequente ai linfonodi extraregionali (59% dei casi), al polmone (36%), al fegato e al cervello (20% entrambi), all'osso (17%). Sono state descritte anche come sedi di metastasi l'esofago ed altri tratti del canale digerente, oltre che rare metastasi cardiache. Il melanoma della coroide, anche se trattato con radioterapia od enucleazione dell'occhio, ha una frequenza di metastizzazione maggiore al fegato (più frequentemente entro 5 anni, ma con casi documentati sino a 30 anni dal trattamento), con il 90% delle mestastasi, talvolta congiunte a metastasi ossee o polmonari.