A partire dalla metà degli anni ottanta, Salk si impegnò anche per sviluppare un vaccino per un altro, più recente flagello, l'AIDS. Per promuovere tale ricerca, egli divenne il cofondatore dell'"Immune Response Corporation" insieme a Kevin Kimberlin e brevettò Remune, una terapia che agiva direttamente sul sistema immunitario. Il progetto per un vaccino contro l'AIDS fu interrotto nel 2007, dodici anni dopo la morte di Jonas Salk nel 1995.