A livello istituzionale, il suo intervento si consolida così nella prevenzione (geniale intuizione del Barreggiamento), cioè in quelle misure atte a ridurre il contagio: l'obbligo di "denuncia" della presenza di un malato da parte della famiglia o del medico, l'istituzione di lazzaretti, la predisposizione di un cordone sanitario (lungo il quale vengono portati in processione Santa Cristina e San Rocco), la realizzazione di un regime di separazione tra sani, sospetti e malati (ordina che i convalescenti siano dimessi dall'isolamento solo due mesi dopo la scomparsa della febbre), la chiusura di scuole e luoghi pubblici, la proibizione di visite ai malati o ai defunti, la promozione della quarantena per le navi che arrivavano nel porto, l'uccisione di un enorme numero di animali che sono neutralizzati con la calce, la proibizione di tutti gli assembramenti. Queste misure limiteranno il numero dei morti a mille (altre fonti ne stimano 3000), risultato importante se rapportato al numero di vittime di altri centri colpiti dal morbo seppure meno popolosi. 