Alla fine del maggio 1915 essendo l'Italia entrata in guerra, fu invitato dal Ministro della Guerra ad assumere la carica di Consulente Chirurgo del VI Corpo d'Armata. Contemporaneamente il Presidente del Consiglio Antonio Salandra, lo nominò Presidente del V Comitato Regionale Sanitario Militare di Bologna, il cui incarico, tra le innumerevoli responsabilità, lo obbligava a preparare in pochi giorni un numero elevato di posti letto per curare i feriti di guerra; fu così che la clinica chirurgica di Bologna venne militarizzata. Nello stesso periodo, gli fu affidata anche la direzione di tutti gli ospedali militari compresi in una zona assai estesa: Rimini, Rovigo, Ferrara, Modena. In questo contesto, decise di sfruttare i casi di interventi chirurgici più gravi dovuti al conflitto, per istruire i giovani. Impegnato nell'attività chirurgica militare, Ruggi ebbe l'opportunità di sperimentare per la prima volta una nuova tecnica di medicazione, detta "medicazione rara", a tutti quei soldati con ferite infette: