Durante la prima guerra mondiale Calmette fu nominato vice direttore della Sanità nella prima regione militare di Lilla, ma non poté raggiungere la sede perché la città fu occupata dalle truppe tedesche. Organizzò comunque gli ospedali militari ausiliari. Nel 1917 fu nominato vice-direttore dell'Istituto Pasteur di Parigi. Fu poi accolto nell'Académie de médecine (1919) e nell'Académie des sciences (nel 1927).