Con l'avvento dell'epoca delle Crociate in Terrasanta, tali strutture si ampliarono e videro il fiorire di diversi ordini religiosi che dell'"Ospitalità" fecero la loro attività principale. La storiografia moderna ritiene generalmente (e, in particolare, gli autori Darrel W. Amundsen e Walsh) che il ruolo della Chiesa vada rivalutato da principale "nemico della medicina" (in particolare, della chirurgia) ad un ruolo più attivo nel promuovere la medicina ed a non ostacolare la chirurgia. Nel Concilio di Clermont-Ferrand del 1130 si proibì a tutto il clero la pratica della medicina a scopo di lucro; mentre nei concili regionali di Clermont (1130) e di Reims (1131), fu approvato un canone, in seguito interamente accolto anche nel concilio ecumenico Lateranense II (1139), che vietava ai monaci di allontanarsi dai conventi, anche nelle attività di cura ospedaliera. Nella seconda parte del Medioevo, con lo sviluppo delle città tra il Mille e il 1200, a tali strutture religiose, spesso annesse ad un monastero e talvolta disposte proprio su grandi vie di comunicazione, terrestri (come sulla Via Francigena: esempi sono l'Ospedale della Precettoria di Sant'Antonio di Ranverso e Santa Maria della Scala a Siena) o marittime (come nel caso della Commenda di San Giovanni di Pré a Genova, caso notevole in questo campo nel XII secolo), si affiancarono anche strutture civili urbane.