Nel 1811 la "HMS Thistle" naufragò a sud del Sandy Hook in New Jersey; Clark, sopravvissuto per miracolo, fece ritorno in Gran Bretagna dove fu promosso chirurgo. La sua avventura continuò a bordo della "HMS Colobrée" (la quale ebbe egual destino della "HMS Thistle"), della "Chesapeake" e infine della "Maidstone". Quando quest'ultima spedizione fu cancellata il giovane medico, vedendosi decurtata la paga, decise, all'età di ventisette anni, di tornare sulla terraferma e di prestare servizio civile ad Edimburgo.