Il Corpo è entrato ufficialmente nel novero dei corpi armati dello Stato con la concessione della Bandiera di guerra avvenuta per mano del presidente della Repubblica Carlo Azeglio Ciampi con legge 2 agosto 1999 n. 27. Dalla fine della 2ª guerra mondiale il Corpo militare si dedica essenzialmente all'assistenza delle popolazioni colpite da catastrofi naturali e pubbliche calamità, sia in Italia che in nord Africa. Dal 1991 il Corpo militare dello SMOM partecipa alle operazioni umanitarie e di assistenza nei territori della ex Jugoslavia e, a partire dal 2004, alcuni ufficiali medici del Corpo militare sono integrati nelle strutture sanitarie al seguito delle forze armate italiane presenti nei Balcani.