Si pensa che le sensazioni dolorose e non agli arti mancanti siano dovute a cambiamenti post-amputazione nella rappresentazione corticale delle parti del corpo adiacenti all'arto amputato. Una ragione per la minore incidenza di casi di occhio fantasma si pensa possa essere la rappresentazione corticale tattile più piccola dell'occhio, in confronto alla rappresentazione degli arti.