Nelle infezioni da "Clostridium difficile" la vancomicina è somministrata per via orale e la dose consigliata è 125 mg ogni 6 ore per 7-14 giorni negli adulti e 500 mg/1,73 m2 ogni 6 ore nei neonati, dopo una diagnosi certa. In quest'ultima indicazione è possibile utilizzare metronidazolo per via orale in combinazione alla vancomicina.