L'immunizzazione anti HPA-1a e -3a induce una grave trombocitopenia neonatale. La FNAIT legata all'incompatibilità del HPA-5b sembra essere meno severa rispetto a quella dovuta al HPA-1a. Tuttavia, il bambino può essere asintomatico, con trombocitopenia scoperta casualmente, anche in caso di alloimmunizzazione di HPA-1a. Pertanto, la trombocitopenia neonatale inattesa o inspiegabile o l'insorgenza precoce di trombocitopenia grave sia nei neonati prematuri che in quelli a termine dovrebbe aumentare la possibilità che si tratti di FNAIT.