Sugammadex è una γ-ciclodestrina modificata, con un nucleo lipofilo e una periferia idrofila. Questa gamma-ciclodestrina è stata modificata dal suo stato naturale ponendo otto gruppi carbossil-tio-etere nelle posizioni del sesto carbonio. Queste estensioni estendono le dimensioni della cavità consentendo un maggiore incapsulamento della molecola di rocuronio. Queste estensioni con carica negativa si legano elettrostaticamente all'azoto quaternario del bersaglio e contribuiscono alla natura acquosa della ciclodestrina. L'incapsulamento legante di Sugammadex del rocuronio è uno dei più forti tra le ciclodestrine e le loro molecole ospiti. La molecola di rocuronio (uno steroide modificato) legata nel nucleo lipofilo di sugammadex, è resa non disponibile per legarsi al recettore dell'acetilcolina alla giunzione neuromuscolare. 