La presenza di un numero sempre più elevato di bambini affetti da malattie contagiose indusse il Sindaco e il direttore dell'ufficio Sanità di Roma a mettere a disposizione dell'ospedale dei locali nei pressi della chiesa di Sant'Onofrio al Gianicolo. Furono proprio queste stanze che costituirono il nucleo del futuro nuovo ospedale. Infatti, a causa della sistemazione degli argini del Tevere, l'edificio che si affacciava sul fiume venne considerato pericolante, sicché non fu possibile portare a termine il progetto di ingrandimento del nosocomio i cui lavori erano iniziati nel 1880. Inoltre, il Piano dei lavori comunali prevedeva l'assorbimento dell'area dove si trovava l'ospedale, per cui si rese necessario lo spostamento dell'ospedale.