José Luna nacque il 28 giugno 1861 a Tayabas, nella città di Quezon, quarto dei 7 figli di Joaquín Luna San Pedro y Posadas (1829–1891), da Badoc, Ilocos Norte, e di Laureana Novicio San Ignacio y Ancheta (1836–1906), "mestiza" spagnola da Luna, La Union (località precedentemente nota come "Namacpacan"). Il padre proveniva da una famiglia benestante ed era un venditore di tabacco a nome del governo. Il monopolio del tabacco era stato stabilito nel 1782. Dopo il trasferimento della famiglia a Manila nel 1861, Joaquín era stato costretto a cambiare mestiere ed era diventato mercante a Binondo.