In campo clinico l'opera essenziale di Baglivi è la "De praxi medica" (Roma, 1696), dedicata al papa e protettore Innocenzo XII: un'opera che lo portò rapidamente a notorietà. "Il libro rappresenta un programma per la medicina del futuro, un attacco contro i sistemi medico-filosofici, un richiamo ai principi ippocratici e all'osservazione clinica" (Grmek).