Un'altra caratteristica della superficie interna è la presenza di migliaia di minuscole depressioni e recessi, le lacune uretrali ("lacunae" o "criptae"), che ospitano le ghiandole uretrali vere e proprie oppure ricevono i dotti delle ghiandole parauretrali, che circondano l'uretra. Le lacune sono più voluminose se contengono la ghiandola stessa, arrivando a formare micropapille in evidenza, e più discrete se vi passa solamente il dotto portatore del secreto, quando cioè la ghiandola è collocata nella zona periuretrale. Si riscontrano lacune e ghiandole in tutti i segmenti uretrali, a partire dall'uvula vescicale (uretra preprostatica caudale) per arrivare al meato uretrale esterno (uretra navicolare), tuttavia sono più concentrate in alcune zone: l'uretra spugnosa, prostatica e preprostatica. Di particolare importanza sono le lacune di Morgagni, spesso ospitanti le ghiandole di Littré e presenti lungo tutto il canale ma soprattutto nella porzione spugnosa. Assumono particolare rilievo e profondità presso la fossa navicolare dell'uretra, ove le ghiandole lacunari o di Morgagni compongono la "Lacuna magna" o seno di Guerin, una depressione della mucosa di notevole entità. Se una qualunque di queste ghiandole viene infettata o s'infiamma, la conseguente iperplasia potrà portare a edema, ostruzione e stenosi uretrale, fenomeno che tende spesso a riguardare la prostata, la ghiandola parauretrale per eccellenza.