Il test di campioni di feci mediante reazione a catena della polimerasi in tempo reale è in grado di rilevare "C. difficile" circa il 93% delle volte e quando il positivo è erroneamente positivo circa il 3% delle volte. Questo è più accurato della coltura citotossigenica o del test di citotossicità cellulare. Un altro vantaggio è che il risultato può essere raggiunto entro tre ore. Gli svantaggi includono un costo più elevato e il fatto che il test cerca solo il gene per la tossina e non la tossina stessa. Quest'ultimo significa che se il test viene utilizzato senza conferma, può verificarsi una diagnosi eccessiva. Ripetere i test può essere fuorviante e è molto improbabile che testare i campioni più di una volta ogni sette giorni in persone senza nuovi sintomi fornisca informazioni utili. I test PCR come potenziali sostituti dei test meno sensibili e meno specifici; hanno sensibilità e specificità rispettivamente del 90% –100% e del 94% –100%.