L'epcidina è un polipeptide strettamente piegato con il carattere del 32% di beta-foglio e una struttura a forcina stabilizzata da 4 legami disolfuro. La struttura dell'epcidina è stata determinata attraverso la soluzione NMR. Gli studi NMR hanno mostrato un nuovo modello per l'epcidina: a temperatura ambiente, la proteina interconverte tra due conformazioni, che potrebbero essere risolte individualmente dalla variazione di temperatura. La struttura della soluzione di epcidina è stata determinata a 325 K e 253 K in acqua raffreddata. L'analisi a raggi X di un co-cristallo con Fab ha rivelato una struttura simile alla struttura NMR ad alta temperatura.