Lo scoppio della Seconda guerra mondiale peggiora lo stato di abbandono della struttura, che, inoltre, subisce ingenti danni per il bombardamento della notte del 19 luglio 1943. In questo stesso anno, le forze alleate anglo-americane requisiscono una sezione della struttura per alloggiarvi una deputazione militare. Nel 1947, durante la direzione di Clemente Enselmi, cominciò la grande ristrutturazione, che durò fino agli inizi degli anni Settanta, ma l’Ospedale Psichiatrico “Santa Maria Maddalena” iniziò a risentire dell’ondata di rinnovamento che stava coinvolgendo le strutture manicomiali a seguito dell’azione promossa da Franco Basaglia, poi confluita nella nota legge n.180 del 13 maggio 1978. Già prima dell’applicazione legislativa, all’interno dell’edificio principale vengono insediate alcune sezioni dell’USL 20, finché, negli anni successivi, è qui istituito l’archivio storico dell’ex Ospedale psichiatrico con il suo intero patrimonio librario. L’Ospedale psichiatrico, svuotato nel 1998, chiude l’anno dopo e si avvia in una fase di assoluta incuria e declino.