Sia gli spin stazionari che quelli in movimento, all'interno di un campione di tessuto eccitato da un impulso di radiofrequenza, subiscono una variazione di fase lungo la direzione del gradiente di campo per la codifica di fase.Questa, negli spin stazionari, dipende esclusivamente dalla loro posizione spaziale e ha sempre la stessa intensità (funzione ad andamento lineare), mentre negli spin mobili la variazione di fase dipende, oltre che dalla posizione, anche dalla loro velocità e direzione; essa inoltre varia in funzione del tempo (funzione quadratica, cioè proporzionale al quadrato del tempo) (fig. 10).In una sequenza PC, rispetto ad una tradizionale sequenza GRE, vengono applicati due ulteriori gradienti, separatamente in ogni direzione del campo magnetico (x, y, z). Si tratta in pratica di un gradiente bipolare (poiché uguale ma con polarità opposta) e di ampiezza variabile, a seconda dell'entità della velocità di flusso che si vuole esaminare.Durante l'applicazione del polo positivo del gradiente, sia gli spin stazionari che quelli mobili accumulano uno spostamento di fase: tale variazione viene nuovamente ceduta dagli spin stazionari durante l'applicazione del lobo negativo, mentre gli spin mobili ritornano alla fase originaria solo parzialmente, mantenendo un "phase shift" proporzionale alla loro velocità di moto, oltre che alla durata di applicazione del gradiente. La dispersione di fase è misurata in gradi e il suo valore verrà misurato in un range di +/-180 gradi.Il gradiente bipolare, oltre a dover essere separatamente applicato in ogni direzione del campo magnetico (x, y, z) e a dover avere un'ampiezza proporzionale alla velocità del flusso ematico da esaminare, necessita di essere orientato il più ortogonale possibile al flusso.Come risultato, nelle immagini parametriche (o di fase) di una sequenza PC i tessuti contenenti spin stazionari saranno rappresentati in grigio uniforme, i pixels relativi agli spin, in movimento nella direzione principale del flusso, appariranno bianchi, mentre quelli con spin diretti in direzione opposta saranno neri. Sarà perciò possibile differenziare il flusso anterogrado da quello retrogrado [C4].Va ancora precisato che, nonostante gli spin stazionari non accumulino dispersione di fase, una minima quantità di segnale deriva dalla disomogeneità di campo per fenomeni di suscettibilità magnetica. Per ovviare a ciò, vengono acquisite due sequenze identiche, che si differenziano solo per l'opposta direzione del gradiente bipolare e i due set di dati vengono sottratti, ottenendo così l'eliminazione totale del tessuto stazionario. Questo passaggio è fondamentale, perché permette di eliminare anche il segnale eventualmente proveniente dai tessuti a T1 breve o ad alta suscettibilità magnetica, mantenendo solo quello relativo al flusso ematico [G2, L5] (fig. 11).