Il dominio HBD è lungo 157 amminoacidi ed ha 3 ponti disolfuro (vedi Cisteina) e numerosi punti di O- ed N- glicosilazione a cui sono legati fino a duecento residui glucidici di vario tipo e con vari legami (xilosio, N-acetilglucosamina, eparan solfato, dermatan sollfato, galattosio, ecc.), tanti da mascherare quasi del tutto la proteina di base e modificarne l'affinità per i vari ligandi; inoltre ogni tipo cellulare produce una proteina con una sua specifica sequenza di glicosilazione. Un altro importante aspetto che modifica significativamente l'affinità è la possibilità di avere fino a 10 splicing alternativi, la proteina base viene detta CD44H (H sta per hematopoietic) o Cd44s, mentre le isoforme si indicano con CD44v x (dove al posto di x si indica uno o più numeri da 1 a 10), queste mostrano affinità minore per l'acido ialuronico.