Tuttavia molti studi riconoscono che la clorexidina come componente del collutorio risulta la sostanza più efficace se usata su di una superficie del dente già pulita o immediatamente dopo la pulizia. Dato che la clorexidina ha difficoltà a penetrare il rivestimento della placca, altri collutori possono essere più efficaci quando la placca preesistente è presente. Un effetto collaterale, come viene indicato sulle etichette, è la colorazione dei denti che può verificarsi nell'utilizzo prolungato.