Egli lavorò anche come chirurgo militare, tenendo elaborate registrazioni di lesioni neurologiche al Royal Hospital Haslar e documentando le sue esperienze nella Battaglia di Waterloo, nel 1815, in cui l'anatomista Robert Knox ebbe modo di commentare molto negativamente le capacità chirurgiche di Bell (il tasso di mortalità delle amputazioni eseguite da Bell raggiungeva circa il 90%).