La trasmissione sessuale è attualmente la modalità d'infezione più diffusa: il virus si isola dal fluido seminale o come particella libera o all'interno delle cellule mononucleate. Si è visto che esso aumenta nel caso di stati infiammatori coinvolgenti i genitali a seguito del richiamo di elementi del sistema immunitario. L'HIV si identifica inoltre nello striscio cervicale e nel fluido vaginale. Questo tipo di trasmissione non si può verificare se il partner sieropositivo è in terapia antiretrovirale efficace, con una carica virale non rilevabile (vedi sotto, Prevenzione).