Il morso, per via dell'effetto anestetizzante della saliva della zecca, risulta indolore e nel suo sviluppo non mostra particolari sintomi. La malattia è caratterizzata da un andamento bifasico in circa l'80% dei pazienti. Dopo un periodo di incubazione di circa 8 giorni (range 4-28 giorni) dal morso della zecca, il paziente presenta sintomi aspecifici (febbricola, malessere, nausea, vomito, cefalea, mialgie). Nella maggior parte dei casi questi sintomi si risolvono spontaneamente in una settimana. Circa un terzo dei pazienti, dopo 2-8 giorni da questa prima fase, sviluppa meningite, meningoencefalite o meningoencefalomielite. Nei bambini si può osservare anche una forma clinica simile alla Guillan-Barré. Le manifestazioni cliniche tendono ad essere più gravi nei soggetti anziani o immunocompromessi. 