Dopo un periodo di tempo ancora incerto da stabilire, Magati tornò nel suo paese natale, Scandiano, con l'intento di stabilirvisi e di esercitare la professione medica. Tuttavia l'incontro con il marchese Ezio Bentivoglio gli garantì grandi benefici, giacché il marchese lo invitò a trasferirsi con lui a Ferrara e nel 1610 egli già esercitava la sua professione in questa città.