I principali effetti collaterali sono sintomi simil-influenzali, reazioni che avvengono sul sito di iniezione, aumento degli enzimi epatici e anomalie delle cellule ematiche. Anche se questi farmaci migliorano i risultati di certi test diagnostici, questi non curano la MS e molti pazienti non percepiscono alcun miglioramento e, anzi, solo effetti avversi che sostanzialmente riducono la qualità della vita. Col passare del tempo, fenomeni di tolleranza fisiologica e una ridotta efficienza possono manifestarsi per lo sviluppo di anticorpi contro il farmaco e gli effetti avversi del farmaco possono persistere anche dopo la sospensione dell'assunzione.