Le lesioni epiteliali corneali, in particolare le lesioni iniziali che si presentano con una ulcera dendritica, sono più sensibili alla terapia. Al contrario l'infezione che si è già approfondita e ha interessato lo stroma tende a essere meno rispondente. Idoxuridina è inefficace contro l'herpes simplex virus di tipo 2 (HSV2) e il virus varicella-zoster (VZV).