Non è stato dimostrato che la clorochina abbia effetti dannosi sul feto se utilizzata per la profilassi della malaria. Attraverso il latte materno vengono escrete piccole quantità di clorochina. Tuttavia, poiché questo farmaco può essere prescritto ai bambini, gli effetti non sono dannosi. Studi condotti su topi mostrano che la clorochina marcata con marker radioattivi passa rapidamente attraverso la placenta e si accumula negli occhi fetali, dove rimane anche cinque mesi dopo che il farmaco viene eliminato dal resto del corpo.