Gli autoanticorpi "non organo-specifici" - ad esempio gli "Anti-nucleo" (nei vari sottogruppi o specificità), gli "Anti-fosfolipidi", il "Fattore Reumatoide", gli "Anti-mitocondrio" - sono associati a malattie autoimmuni non organo-specifiche quali le connettiviti (LES, polimiosite, connettivite mista ecc.), ad artriti autoimmuni (artrite reumatoide, forme aspecifiche, forme associate alle connettiviti) ed anche a malattie autoimmuni organo-specifiche quali la Cirrosi biliare primitiva. Sono solitamente presenti ad alto titolo, spesso dotati di specificità inferiore al 100% (ovvero, un singolo auto-anticorpo non è associato ad un'unica patologia, ed una patologia può presentare positività per più auto-anticorpi). La sensibilità (cioè la probabilità di risultare positivi in caso di patologia) è pure variabile. Non sono patogenetici, il concetto può risultare più chiaro pensando ad un autoanticorpo quale l'"Anti-mitocondrio" (AMA): è diretto contro antigeni "ubiquitari" - i mitocondri - eppure è associato a una patologia "organo-specifica" come la cirrosi biliare primitiva (se fosse l'azione dell'AMA a danneggiare le cellule, tutti i tessuti ed organi ne verrebbero colpiti).