L'infezione primaria negli individui immunocompetenti è per lo più inapparente. Il sito primario di infezione è la mucosa orale o il polmone. Una ipotesi circa l'entrata del fungo nell'organismo è che questa avvenga anche attraverso la membrana periodontale. Dopo l'inalazione delle clamidospore, che sono le forme infettanti del fungo, queste possono rimanere silenti per molto tempo e riattivarsi poi, in condizioni particolarmente favorevoli (stati di immunodepressione, malattie debilitanti, malnutrizione, alcolismo), trasformandosi in lieviti. Il tipo e l'entità della risposta immunitaria determinano la presentazione clinica della malattia. Nelle forme giovanili e adulte multifocali si hanno una scarsa risposta immunitaria cellulo-mediata (dimostrata da risposta scarsa o nulla al test di intradermoreazione) e un alto titolo anticorpale (evidentemente non protettivo), mentre le forme adulte monofocali (meno gravi) hanno una vivace risposta al test di intradermoreazione e bassi titoli anticorpali.