Entrambe le sindromi sono causate dalla perdita della espressione di uno o più geni nella regione q11-q13 del cromosoma 15, la quale contiene i geni espressi paternamente (SNRPN e NDN)e il gene espresso maternamente (UBE3A). La mancata espressione dei geni paterni causano la sindrome di Prader-Willi, mentre la perdita del gene espresso dalla madre porta alla sindrome di Angelman. Nel bambino con PWS l'attività di alcuni geni della regione 15q11-q13 del cromosoma 15 materni risulta soppressa per metilazione genica. Gli alleli ereditati dal padre servono per uno sviluppo normale, ma a causa della delezione/rottura avvenuta sul cromosoma paterno questi sono inattivi e abbiamo il fenotipo PSW, ossia ritardo mentale e della crescita, obesità di grado elevato, ipogenitalismo e ipotonia. È possibile che la sindrome di Angelman possa essere provocata dallo stesso meccanismo della PWS, tranne il fatto che nell'AS sono necessari, per uno sviluppo normale, gli alleli ereditati dalla madre. Quindi, gli alleli ereditati dal padre sono inattivi a causa della metilazione dovuta all'imprinting; l'AS è caratterizzata da ritardo mentale e della crescita.