Con il declino dell'impero romano le terme non vengono più utilizzate sia a causa dell'influenza cristiana, che le vedeva come un simbolo pagano e un luogo di corruzione e lussuria, ma anche e soprattutto a causa delle invasioni barbariche che, soprattutto per opera di Vitige, causarono gravissimi danni agli impianti idraulici delle terme, impedendone il corretto funzionamento e causandone, quindi, la chiusura. Solo ai primi anni del Medio evo si cercò di riattivare tali opere in disuso e a ripristinare le antiche sorgenti a scopo curativo. Furono molte le iniziative di rinnovamento come nel caso delle terme di Abano o di "Calmiero". Furono inoltre valorizzate terme come quelle di Salsomaggiore e Montecatini. In questo periodo, dunque, anche grazie alla scoperta di nuove sorgenti termali, l'idrologia viene assunta come una vera e propria pratica terapeutica: si tenta, perciò, di approfondire maggiormente i meccanismi d'azione delle varie acque in base alla natura delle sorgenti stesse ("sulfuree, ferruginose, nitrose, albuminose," ecc.) e, in base a ciò, capire quali potessero essere i diversi benefici.