Il 30 novembre 2007 il Ministro della Sanità ugandese confermò un'epidemia di ebola nel distretto di Bundibugyo. A seguito della conferma sui campioni testati dai Laboratori Nazionali Statunitensi e dal Centro di Controllo per le Malattie, l'OMS confermò la presenza di una nuova specie di ebolavirus. L'epidemia cessò ufficialmente il 20 febbraio 2008. Furono registrati 149 casi di questo nuovo ceppo, 37 dei quali morirono. Il Ministero della Salute ugandese comunicò un nuovo focolaio il 28 luglio 2012, sviluppato a Kibaale: furono colpite 20 persone di cui 14 decedute (alla data 31 luglio). Nove dei deceduti erano familiari entrati in contatto diretto con i malati durante la malattia, inizialmente non identificata come ebola, o durante la sepoltura. Gli altri colpiti sono stati il personale sanitario e pochi altri poi monitorati.