A Florey vennero assegnate mumerose medaglie e lauree honoris causa, premi internazionali e fu decorato con la massima onorificenza britannica, la Legion d'onore, nel 1946. Dopo la morte della prima moglie, nel 1967 Florey si risposò con quella che era stata una sua collega per circa vent'anni, Margaret Jennings. Fu una breve ma felice unione. Florey morì per un attacco cardiaco il 21 febbraio 1968.