Nel 1862 il frenologo ottenne l'incarico dell'insegnamento di "Clinica delle malattie nervose e mentali" nella facoltà di medicina dell'Università di Napoli. Nel 1863 il governo acconsentì a introdurre, in università, la "Clinica delle malattie mentali e sifilitiche", affidandone l'insegnamento a lui stesso. Ancora in quell'anno Miraglia fondò l'"Accademia degli Scienziati, Letterati ed Artisti" e ne fu eletto presidente. Gli venne intitolata una sezione dell'Ospedale psichiatrico S. Maria Maddalena di Aversa, proprio quella in cui il giovane Fausto Rossano, destinato a diventare l'ultimo direttore del Manicomio provinciale di Napoli (quello intitolato a Leonardo Bianchi) ed a gestirne la definitiva dismissione, prese per la prima volta servizio come assistente.