Tra le complicanze, la più frequente è rappresentata dalle manifestazioni emorragiche, che sono dose-dipendenti e possono riguardare sia la sede di iniezione (ecchimosi o ematomi), sia sedi distanti (epistassi, ematuria ecc.). La complicanza più temibile è la Trombocitopenia indotta da eparina (sindrome HIT): si tratta, paradossalmente, di una complicanza protrombotica potenzialmente fatale che si osserva nel 3% dei pazienti trattati con Eparina Non Frazionata (ENF) e nello 0,5% di quelli trattati con Eparina a Basso Peso Molecolare (EBPM). Il suo riscontro è assai più frequente nei pazienti chirurgici rispetto ai pazienti internistici.