Durante la pandemia COVID-19, una falsa affermazione secondo cui Honjo credeva che il nuovo coronavirus fosse stato "prodotto" da un laboratorio nella città cinese di Wuhan è stata ampiamente diffusa su Internet in molte lingue. Il team della BBC Reality Check ha riferito che, "In una dichiarazione pubblicata sul sito web dell'Università di Kyoto, si è detto 'molto rattristato' dal fatto che il suo nome fosse stato usato per diffondere 'false accuse e disinformazione'. Gli scienziati affermano che il sequenziamento del genoma mostra che il virus proveniva da animali e non era prodotto dall'uomo."