A questo punto l'ossalacetato per essere trasportato nel citosol deve essere convertito in malato, in quanto non sono presenti trasportatori per l'ossalacetato sulla membrana mitocondriale. Questa tappa intermedia è catalizzata dall'enzima malato deidrogenasi (un'ossidoreduttasi) con ossidazione di una molecola di NADH in NAD+.