Le cause dell'AIHA non sono del tutto comprese. La malattia può essere primaria o secondaria a una malattia concomitante. La malattia primaria è idiopatica (i termini sono usati come sinonimi). L'AIHA idiopatica costituisce approssimativamente il 50% dei casi. L'AIHA secondaria può essere associata a numerose altre patologie. Le tipologie "calda" e "fredda" hanno ognuna un cluster di cause associate che risultano essere più comuni. Le cause più comuni dell'AIHA tipo-caldo includono disordini linfoproliferativi (es: leucemia linfatica cronica, linfoma) e altri disordini autoimmuni (e.g., lupus eritematoso sistemico, artrite reumatoide, sclerodermia, rettocolite ulcerosa). Cause meno comuni di AIHA di tipo caldo possono essere neoplasie non linfoidi e infezioni.