Un sanitario, in genere un infermiere, provvede alla pulizia e disinfezione della zona intorno all'apertura uretrale ed applica un anestetico locale. L'anestetico (per esempio, lidocaina gel) viene iniettato direttamente nell'uretra alcuni minuti prima della procedura vera e propria. A questo punto il cistoscopio viene inserito lentamente e delicatamente nella vescica attraverso l'uretra. L'urologo durante l'inserimento inizia ad esaminare l'uretra e nel contempo introduce un liquido sterile (soluzione fisiologica od acqua distillata) nella vescica per migliorare la visione. Mentre la vescica si distende, il paziente può avvertire un fastidioso stimolo alla minzione.