Nei bambini, il sintomo più frequente di una CDI è la diarrea acquosa con almeno tre movimenti intestinali al giorno per due o più giorni, che possono essere accompagnati da febbre, perdita di appetito, nausea e/o dolore addominale. Quelli con un'infezione grave possono sviluppare una grave infiammazione del colon e presentare una diarrea scarsa o nulla.