Il matrimonio fu brevissimo: ben presto le condizioni della sua salute malferma si aggravarono, conducendolo alla morte il 19 dicembre 1879, assistito dalla moglie Margarete che aveva collaborato alla sua ultima ricerca. Sarà proprio sua moglie a curare la pubblicazione delle opere postume di Boll, sia in italiano sia in tedesco. In seguito, la vedova conobbe l'ingegnere italiano Guglielmo Mengarini che sposa a Zurigo nel 1884. I due condurranno la loro vita tra Palazzo Mengarini, opera di Gaetano Koch, a fianco del Palazzo del Quirinale, e una villa a Porto d'Anzio.