Torna a dedicarsi alla politica coi moti del 1848. In previsione di presiedere una commissione di reclutamento di volontari per la difesa della Sicilia dalla repressione borbonica si reca a Messina, dove si prodiga nella cura dei feriti provocati dai cannoneggiamenti del governo. La formazione della legione umanitaria rimane tuttavia una pia illusione, essenzialmente a causa di disaccordi tra i membri della commissione e dal mancato approccio siciliano, in gran parte permeato da un forte spirito separatista, agli ideali della fratellanza nazionale. Fabrizi viene addirittura esonerato da tale incarico e con l'esauristi dell'ondata rivoluzionaria si allontana deluso dalla politica. Torna nuovamente a dedicarsi alla medicina a Nizza, dove si è ricongiunto alla madre e a un fratello, ma i suoi onorari "popolari" gli valgono una forte ostilità della classe medica locale, sulla quale si impone per la professionalità. Le cure riuscite a Ricciotti Garibaldi gli valgono una raccomandazione ad ambienti inglesi che, a loro volta, gli valgono un contatto diretto con Cavour. 