La cistografia può essere utilizzata per diagnosticare e localizzare anomalie della parete vescicale, dovute per esempio a polipi vescicali o a carcinomi. Anche i calcoli vescicali vengono diagnosticati con facilità così come anomalie dello svuotamento, evidenziate durante la minzione, come il reflusso vescico-ureterale o la permanenza di urina residua nella vescica dopo minzione, possibile indice della presenza di una ostruzione a livello uretrale.