Le idee politiche di Schiff costituirono un ostacolo per la carriera universitaria. Nel 1854 si recò pertanto all'Università di Berna, dove nel 1856 divenne assistente di anatomia comparata e zoologia. Nel 1862 divenne professore di fisiologia all'"Istituto di Studi Pratici e di Perfezionamento", l'Università di Firenze, dove rimase per quasi quindici anni. Nel 1876 ottenne la cattedra di fisiologia all'Università di Ginevra, dove rimase fino alla morte.