Le sue teorie non hanno alcuna base scientifica e non hanno niente a che vedere con la scienza medica. Egli sosteneva che il corretto funzionamento dell'organismo umano è garantito dal flusso armonioso di un "fluido" fisico che lo attraversa e che tale "fluido" si identificava con la forza magnetica. Come riferisce lo stesso Mesmer attraverso le sue opere, egli aveva denominato questo fluido "magnetismo animale" per un'analogia con le caratteristiche manifestate dal ben noto magnetismo delle calamite, sebbene i suoi esperimenti gli mostrarono che il magnetismo animale era un fenomeno fondamentalmente nuovo e quindi non attinente col magnetismo, o coi campi magnetici. Malattie e disfunzioni sarebbero dovute a blocchi o difficoltà di scorrimento di questo fluido, che secondo le sue teorie doveva essere in armonia con quello universale.