La teoria degli anticorpi materni ipotizza che l'immunoglobulina G (IgG) nel sangue della madre possa attraversare la placenta, penetrare all'interno del cervello del feto, reagire contro le proteine cerebrali e provocare l'autismo. La teoria è collegata all'ipotesi delle malattie autoimmuni, tranne per il fatto che si concentra sugli anticorpi materni e non su quelli del bambino. Uno studio del 2008 ha scoperto che questi anticorpi si attaccano alle cellule cerebrali del feto, cosa che si verifica più comunemente nelle madri dei bambini affetti da autismo regressivo. Un altro studio sempre del 2008 ha provato che i Macaca mulatta esposti durante la gravidanza all'IgG dalle madri di bambini con l'ASD hanno dimostrato "stereotipia", uno dei tre principali sintomi dell'autismo.