Le colonie microbiche espellono anche diversi tipi di sottoprodotti di scarto (tossine). Utilizzando diversi meccanismi di rimozione dei rifiuti, in circostanze normali, il corpo gestisce in modo efficace questi sottoprodotti con poca o nessuna difficoltà. Purtroppo, le colonie di dimensioni inappropriate, per il loro aumento numerico, espellono maggiori quantità di questi sottoprodotti. Poiché la quantità di sottoprodotti microbica aumenta, i livelli più elevati dei sottoprodotti di scarto possono sovraccaricare i meccanismi di rimozione dei rifiuti del corpo.