Dal punto di vista metabolico, una delle principali conseguenze di un allenamento insufficientemente frequente è uno "shift" (passaggio o cambiamento) metabolico verso un maggiore consumo di carboidrati come carburante energetico da parte del muscolo scheletrico in attività a scapito dei lipidi. Anche un insufficiente allenamento a breve termine risulta in un aumento del quoziente respiratorio (QR) ad intensità massimali e submassimali. La tolleranza al glucosio e la captazione di glucosio da parte del corpo subiscono un rapido e marcato declino a causa di una riduzione della sensibilità insulinica e dell'attività dei trasportatori di glucosio GLUT-4 (sensibili all'insulina). L'attività della lipoproteina lipasi (LPL), l'enzima responsabile del deposito dei grassi, si riduce nel muscolo scheletrico, mentre aumenta a livello del tessuto adiposo, favorendo l'aumento del grasso in questa sede. Inoltre, l'effetto anti-aterogenico sul profilo lipidico delle lipoproteine indotto dell'esercizio viene rovesciato. Le concentrazioni di lattato ematico aumentano ad intensità submassimali, mentre la "soglia anaerobica" è rilevabile ad inferiori intensità sulla percentuale del VO2max. Questi cambiamenti risultano in una maggiore acidosi post-allenamento. Le concentrazioni di glicogeno nel muscolo allenato subiscono un rapido declino, riducendosi a valori da sedentario entro poche settimane dalla cessazione dell'attività.