Con l'intervento congiunto del Cardinale Ruffo, Horatio Nelson e delle truppe russe e turche, la Rivoluzione napoletana si avviò a rapida conclusione. Molti intellettuali e sostenitori della neo-Repubblica furono giustiziati o imprigionati e anche Pitaro fu condannato e recluso nelle carceri di Castel dell'Ovo, da cui riuscì abilmente ad evadere, si dice travestito da donna, e a fuggire sull'isola di Capri. Da questo momento egli risultò bandito dal regno di Napoli: inizia pertanto il suo lungo esilio, che lo porterà a vivere a Parigi per il resto della sua vita.