I problemi alla tiroide che portano alla deficienza della tiroxina nella madre nelle prime 8–12 settimane di gravidanza sono stati accusati di produrre dei cambiamenti nel cervello del feto che porterebbero all'autismo. Le deficienze alla tiroxina possono essere causate da una dieta povera di iodio e da agenti ambientali che interferiscono con l'assorbimento di iodio o che agiscono contro gli ormoni tiroidei. Tali agenti ambientali comprenderebbero i flavonoidi nel cibo, il fumo del tabacco e la maggior parte degli erbicidi. In ogni caso, queste ipotesi non sono state provate. Un'altra ipotesi collegata, anch'essa non provata, riguarda il fatto che l'esposizione ai fitofarmaci possa interferire con lo iodio presente nel corpo materno durante la gravidanza e provocare l'autismo nel bambino.