Dopo i successi chirurgici Sims ebbe un lungo periodo di inattività a causa di problemi con la salute: fu infatti colpito questa volta da una particolare forma di enterite che per tre anni non gli permise di svolgere regolarmente l'attività medica. Non restò comunque inattivo in quanto, durante questo periodo, pubblicò nel 1852, sull'"American Journal of Medical Sciences", alcuni articoli riguardanti le sue esperienze chirurgiche sulle fistole vescico-vaginali.