L'agente eziologico è il "Chikungunya virus" (CHIK), della famiglia delle "Togaviridae", del genere degli "Alphavirus". È molto simile al O'nyong-nyong virus e al Sindbis virus. Altri "Alphavirus" patogeni noti sono quelli dell'encefalite equina dell'Est, dell'encefalite equina dell'Ovest e dell'encefalite equina venezuelana.