Negli anni venti dell'Ottocento la situazione si fece ancora più difficile: i priorati superstiti in alcune nazioni furono espropriati delle loro proprietà ed estinti. In questi anni si ridussero a sei: Roma, Capua, Barletta, Messina, Portogallo e Boemia. Nel 1834 finalmente un segnale di ripresa: il nuovo luogotenente stabilì la sede dell'ordine nel Palazzo Magistrale di via dei Condotti a Roma, dove ancora oggi risiede. Inoltre aprì una nuova struttura per il noviziato, pratica caduta in disuso e presso ponte Sisto avviò un ospedale, ristabilendo l'antica tradizione dell'Ordine. Nel 1844 fu riconosciuta l'extraterritorialità della sede e infine fu stilata una nuova carta costituzionale approvata da Papa Pio IX nel 1854.