Durante la seconda guerra mondiale oltre che a continuare la sua normale attività, l'ospedale si presta anche a curare i feriti di battaglia. Inoltre, Gerolamo Gaslini ancora in vita decise di donare l'intero patrimonio all'istituto pediatrico da lui fondato, tanto che anche la moglie e la figlia Germana rinunciarono all'eredità. Tutta questa sua dedizione nasceva dalla volontà del fondatore di garantire la massima efficienza di una struttura pubblica di così tanta importanza per la cura e la ricerca per la salute dell'infanzia. 