Come ultima opera, Gemelli porta a compimento il suo progetto della Facoltà di Medicina a Roma, lungamente meditato e che, secondo le sue parole, costituiva «il sogno della sua anima». La facoltà fu istituita ufficialmente nel 1958 e aperta nel 1961, dopo la sua morte, che col Policlinico universitario a lui intitolato e l'Università Cattolica rappresenta il suo lascito più tangibile.