L'ipotesi che al momento appare più probabile è che l'enterocolite sia un'affezione a origine multifattoriale, sostenuta da agenti eziologici variabili, e sicuramente correlati al background genetico/costituzionale del soggetto affetto da disturbi innervativi intestinali. Ovvero questi soggetti, indipendentemente dal trattamento medico e chirurgico eseguito presenterebbero, oltre ad alterata innervazione intestinale, anche un congenito deficit della mucosa intestinale. È stata dimostrata anche un'alterata espressione immunitaria della mucosa intestinale presente lungo l'intera lunghezza dell'intestino: le cellule immunitarie delle cripte intestinali rimarrebbero immature e così pure le cellule epiteliali di superficie.