Noguchi ha ottenuto diversi dottorati "honoris causa", tra cui quelli dell'Università di Kyoto (1909), dell'Università Imperiale di Tokyo (1914), dell'Università Centrale dell'Ecuador (1919), dell'Universidad Nacional Mayor de San Marcos, in Perù (1920), della Scuola di Medicina di Merida, in Messico (1920) e dell'Università di Yale, negli USA (1921).