Contengono il risultato di analisi eseguite sulle sequenze contenute nei databases primari per arricchire il dato di informazioni utili.Da SWISSPROT, database primario di sequenze di amminoacidi, per esempio, sono stati ricavati i databases secondari PROSITE [31] e Pfam [32], nei quali si dà maggior rilievo alla classificazione delle famiglie e dei domini proteici.