Si hanno effetti indesiderati in circa il 10% dei casi, solitamente leggeri e confinati al siti di iniezione. L'ototossicità e la nefrotossicità sono effetti molto rari. La vancomicina può potenziare gli effetti nefrotossici di antibiotici amminoglicosidici come la gentamicina. Un effetto comune è anche la sindrome dell'uomo rosso, una particolare reazione allergica scatenata dal rilascio sistemico di istamina.