L'orgoteina è controindicata in caso di ipersensibilità al prodotto o alle proteine in genere e in presenza di patologie legate ad alterato metabolismo di rame o zinco; è inoltre controindicata in età pediatrica, durante la gravidanza e l'allattamento. Nei soggetti che soffrono di manifestazioni allergiche il prodotto va somministrato solo in caso di effettiva necessità e sotto il diretto controllo del medico, eventualmente dopo test cutaneo per intradermoreazione.