A caratterizzare negativamente la sua vita lavorativa, furono alcune conflittualità che si instaurarono tra egli e Padre Agostino Gemelli; quest’ultimo ne rifiutava la dottrina in quanto minava le fondamenta del concetto di “libero arbitrio”. Benigno di Tullio si spense all’età di 83 anni, il 5 giugno del 1979, prima che due funerali ne celebrassero la morte: uno nella capitale, città che lo ebbe adottato professionalmente e in cui lui dette la massima espressione della sua statura intellettuale, e uno nel suo paese natio, ove tutt’ora giace la sua salma nella cappella di famiglia che egli stesso fece costruire.