Nel 1797 il lazzaretto fu espropriato da Napoleone per l'Amministrazione Generale della Lombardia. Il 9 luglio dello stesso anno, in occasione della festa della Repubblica, venne ribattezzato "Campo della Federazione" e fu operata una prima manomissione dell'edificio con la creazione di ventidue aperture verso l'esterno per permettere l'accesso della popolazione durante la festa e con la distruzione di tre camere per il passaggio delle truppe.