Il morbo di Chron è caratterizzato da un infiltrato granulomatoso cronico della parete delle ultime anse ileali, ma può essere colpita qualunque parte del canale gastrointestinale per cui anche la cavità orale è coinvolta dato che fa parte del canale gastrointestinale. Le lesioni orali proprie del morbo sono molto simili a quelle dell'intestino osservate con rettoscopia apparendo come ulcerazioni lunghe e irregolari e con margini rilevati di aspetto acciottolato. Le lesioni orali a volte costituiscono i primi segni che portano poi alla diagnosi della malattia. Le esacerbazioni delle lesioni orali sono concomitanti agli aggravamenti delle lesioni intestinali. Istologicamente vediamo granulomi a cellule epiteliodi, non caseosi, nel tessuto colpito. Clinicamente possiamo osservare lesioni gengivali caratterizzate da gonfiore.