La persona che deve sottoporsi all'indagine è fatta distendere sul fianco sinistro con le ginocchia piegate e, per evitare che possa sentire fastidi o dolore, viene leggermente addormentata (sedata) con farmaci iniettati per via endovenosa. La colonscopia può essere eseguita, oltre che con la sedazione leggera, anche con l’anestesia generale praticata dal medico anestesista che provvederà alla respirazione assistita durante tutta la durata dell’indagine.