Il suo scritto migliore era un libro di testo sulla patologia chiamata" Handbuch der allgemeinen Pathologie", che è stato co-autore con Johann Paul Uhle (1827-1861), e pubblicato in sette edizioni e tradotto in diverse lingue. Wagner ha fatto dei contributi nella sua ricerca di cancro uterino, embolie e vasi sanguigni dei polmoni. Con Heinrich Unverricht (1853-1912), l'omonima "sindrome Wagner-Unverricht" prende il nome da lui, che è una malattia del muscolo casauta da polimiosite, e caratterizzata da un'infiammazione cronica dei muscoli che causa debolezza muscolare e eruzione cutanea.