Appena giunto a Milano, Pini entrò nella loggia “La Cisalpina” di rito scozzese e si trasferì alla loggia “Ragione” il 18 marzo 1874 divenendone Maestro venerabile. Pini svolse un ruolo determinante nella massoneria milanese e nel rito simbolico, sostituendo al sistema piramidale gerarchico delle vecchie logge una struttura democratica: i fratelli di grado inferiore avevano così diritto di nominare quelli di loro che reputavano più degni per i gradi più alti.