Diventato professore, Kocher notò fin da subito la necessità di modernizzare l'Ospedale Universitario di Berna: l'edificio dove sorgeva non rispettava gli standard dell'epoca ed era inoltre troppo piccolo, con la metà dei pazienti che venivano rifiutati per mancanza di letti. Nella primavera del 1878, egli visitò alcune istituzioni europee per trarne dei suggerimenti per l'ammodernamento del suo ospedale e successivamente scrisse una lettera con le sue proposte, indirizzata al governo bernese, in cui dava suggerimenti anche sugli accorgimenti architettonici. Avendo ricevuto una proposta di lavoro presso l'Università di Praga, egli la usò per richiedere che le sue condizioni fossero rispettate: sarebbe rimasto a Berna solo se gli avessero fornito i fondi sufficienti a rinnovare il vecchio ospedale oppure lo avessero trasferito in una nuova sede, dove avesse avuto a sua disposizione almeno 75 letti. Tutte le sue richieste furono accontentate e nel 1885 fu inaugurata la nuova sede dell'ospedale.