Altro concetto per cui P. D. MacLean è molto conosciuto è quello di "sistema limbico": proposto nel 1952, con l'intento di far luce sulla funzione di autoconservazione. Il sistema limbico permette la ricerca e l'acquisizione del cibo e l'abilità di rimanere a distanza da situazioni funeste e pericolose per l'uomo stesso. Il cervello limbico rappresenta una parte flessibile del cervello umano, in quanto permette all'uomo di adattarsi a qualsiasi situazione e a qualsiasi ambiente; esso è impegnato a mantenere sotto controllo i comportamenti affettivo-emotivi. In questo modo tutte le informazioni e gli stimoli che provengono dall'ambiente circostante e anche da tutto ciò che proviene dall'ambiente interno, somatico, vengono regolati dalle emozioni.