Documenti OMS e EFSA in modo non conclusivo, indicano negli alimenti OGM un possibile rischio di allergia alimentare per la presenza di possibili proteine modificate. Queste nuove proteine possono sia sensibilizzare "de novo", in particolare chi è predisposto geneticamente (cioè individui atopici) sia suscitare una reazione allergica crociata nei soggetti già sensibilizzati ad un'altra proteina. La maggiore esposizione agli allergeni già presenti nelle colture convenzionali può anche essere una parte del profilo di rischio delle piante geneticamente modificate, infatti la modificazione genetica potrebbe comportare modifiche indesiderate nel pattern di espressione di allergeni endogeni (ad esempio con la sovraespressione di proteine allergeniche endogene naturalmente presenti nelle colture tradizionali).