Gli effetti avversi più frequentemente associati con il trattamento con tenofovir includono astenia, capogiro, cefalea, ed effetti gastrointestinali quali nausea, vomito, diarrea. Con una frequenza inferiore si possono registrare aumento delle transaminasi (ALT ed AST), steatosi epatica, epatite acuta, dolore e distensione addominale, flatulenza, rash cutaneo.