In alcuni pazienti è possibile che si verifichino disfagia, ulcere esofagee, dolore retrosternale e altri effetti avversi di natura gastrointestinale. Per ridurre l'incidenza di questi effetti collaterali viene raccomandato di assumere doxiciclina con abbondante acqua, preferibilmente in posizione eretta e almeno un'ora prima di coricarsi. È opportuno interrompere la somministrazione dell'antibiotico se compaiono disfagia o dolore retrosternale.<br>