Il quinestradolo è controindicato nei soggetti affetti da carcinoma mammario o altre neoplasie estrogeno dipendenti. La somministrazione deve essere evitata anche nei pazienti con storia di endometriosi, grave insufficienza epatica, emicrania, sindrome tromboflebitica, ipertensione arteriosa, diabete mellito, epilessia. Il farmaco è controindicato anche in caso di gravidanza.