Le piante hanno elaborati ed efficaci meccanismi di difesa contro i virus. Uno dei più efficaci è la presenza dei cosiddetti geni di resistenza (R). Ogni gene R conferisce resistenza a un particolare virus scatenando aree localizzate di morte cellulare intorno alla cellula infetta, che spesso possono essere viste ad occhio nudo come grandi macchie. Questo previene la diffusione dell'infezione. L'interferenza dell'RNA è anche una difesa efficace nelle piante. Quando sono infette, le piante spesso producono disinfettanti naturali che distruggono i virus, come acido salicilico, ossido nitrico e molecole reattive all'ossigeno.