Il gene della G6PD è localizzato sul cromosoma X (Xq28). Ciò significa che la forma più grave della malattia si presenta nei maschi (che hanno nel loro corredo genetico un solo cromosoma X) con un solo gene G6PD mutato, e nelle femmine (che hanno nel loro patrimonio genetico due cromosomi X) con entrambi geni mutati. Al contrario, le femmine che hanno un solo gene X mutato, sono portatrici sane o sviluppano la malattia in modo lieve.