I linfociti T eradicano le infezioni scatenate da microrganismi intracellulari e attivano altre cellule, inclusi macrofagi e linfociti B. I linfociti T non riconoscono direttamente gli antigeni espressi dal "non-self": se così fosse dovrebbero esistere nell'organismo umano miliardi di cloni linfocitari che dovrebbero sorvegliare qualsiasi tessuto suscettibile a infezione da parte di microrganismi.