Nel 1568, due anni prima di laurearsi, il Tagliacozzi iniziò a praticare all'interno dell'Ospedale della Morte, che costituiva una sorta di clinica per gli studenti dato che si trovava nei pressi dell'Archiginnasio. Tale ospedale era retto dalla Confraternita della Morte che aveva il compito di visitare le prigioni e confortare i condannati a morte. Il rapporto del Tagliacozzi con questa confraternita continuò poi per tutta la sua vita, dato che attraverso di essa egli si procurava i cadaveri dei giustiziati da usare nelle dissezioni e sempre ad essa, nel suo testamento, affidò l'incarico della propria sepoltura.