Come già precedentemente indicato (cfr. 1.12.4 Terapia chirurgica), si ricorre alla chirurgia soprattutto in conseguenza delle complicanze dell'endocardite, come nel caso di eventi embolici ricorrenti, di scompenso cardiaco, di endocardite non responsiva alla terapia medica o qualora si verifichi l'estensione perivalvolare dell'infezione.Anche la morbidità sembra essere fortemente influenzata dall'agente eziologico, con una maggiore frequenza di eventi avversi in caso di infezione da Staphylococcus aureus. In tale circostanza il trattamento precoce, eseguito prima che si sviluppino complicanze, determina sicuramente un notevole beneficio in termini di outcome.