I tre figli Francesco, ingegnere (1901-1997), Fernando, ragioniere (1908-1987), ed Enzo, medico traumatologo presso l'Ospedale civile di Voghera (1911-2010), avuti dalla prima moglie Romilda Calcaprina (nata a Sale nel 1876), nacquero tutti in manicomio, dove all'epoca i medici alloggiavano insieme alla famiglia (che nel caso di Bergonzoli era composta anche da uno zio, una sorella, la madre, una domestica e una serva).