Nei muscoli sono immagazzinati i due terzi del glicogeno dell'organismo (circa 200-300 grammi) sotto forma di catene più corte e più leggere. Il glicogeno muscolare è una fonte di energia prontamente disponibile per il muscolo in attività. Contrariamente al glicogeno epatico, quello contenuto nel muscolo scheletrico non può essere rilasciato nel circolo ematico per essere sfruttato da altri tessuti, ma solo dal muscolo stesso, principalmente durante l'attività. Questo perché il muscolo è carente dell'enzima glucosio-6-fosfatasi (l'enzima che rimuove il gruppo fosfato dal glucosio-6-fosfato). Dopo che il glicogeno è fosforilato nelle cellule muscolari dall'enzima esochinasi (l'enzima che attacca il gruppo fosfato al glucosio), non può essere defosforilato. Poiché il glucosio fosforilato non può essere trasportato all'esterno della cellula, il glucosio-6-fosfato rimane intrappolato all'interno. Il glicogeno contenuto nel muscolo scheletrico è approssimativamente di 12-16 g/kg, per un totale di circa 300-400 g.