La somministrazione di antibiotici non ha alcun effetto sul meccanismo di azione delle tossine botuliniche e, generalmente, è indicata per la cura di eventuali complicazioni secondarie, soprattutto a carico dell’apparato respiratorio. In caso di cura (terapia) antibiotica si dovrebbe evitare l’uso delle molecole cosiddette clostridiocidi (cioè tossiche per i clostridi) per evitare che, rompendo la parete delle cellule del batterio, favoriscano la liberazione di ulteriori tossine botuliniche determinando un peggioramento dei disturbi neurologici.