La mix di reazione viene preparata come una normale PCR però non si aggiunge il DNA batterico bensì si "picca" la singola colonia all'interno della reazione. Durante il primo ciclo di denaturazione le cellule batteriche verranno lisate a causa dell'alta temperatura ed il DNA plasmidico sarà così disponibile per il processo di amplificazione.Il protocollo di reazione è il seguente: