La xantopterina entra nella composizione di alcune pomate oftalmiche la cui applicazione è indicata nel trattamento di ferite corneali traumatiche e chirurgiche, lesioni ulcerative, cheratiti erpetiche e ustioni da agenti caustici e da calore. In commercio sono disponibili pomate oftalmiche associate a numerose vitamine, antibiotici ed altre sostanze. Si riconoscono associazioni di xantopterina con vitamina A, vitamina E, vitamina B2, vitamina D2, con calcio pantotenato, con antibiotici (cloramfenicolo, rolitetraciclina, colistimetato sodico), con idoxuridina, con eparina.