La maggior parte delle riprese è stata effettuata a Los Angeles, nonostante la serie sia ambientata, principalmente, a Washington, D.C. Per gli esterni dell'immaginario Istituto Jeffersonian sono stati usati il Natural History Museum di Los Angeles e il Wallis Annenberg Building dell'University of Southern California, mentre gli interni sono stati appositamente costruiti nello studio 20th Century Fox del quartiere losangelino di Century City. Eccezionalmente, i primi due episodi della quarta stagione sono stati filmati a Londra e Oxford, in Inghilterra.