Anche altri geni sfuggono al silenziamento dell'effetto Lyon, ed in condizioni normali risultano espressi regolarmente da entrambi i cromosomi X; prove di questo fatto sono state trovate nelle cellule somatiche di topo. La maggior parte di questi geni si trova in quelle regioni del cromosoma X analoghe a regioni presenti sull'Y: le cosiddette regioni pseudoautosomiche (PAR). Dal momento che i geni che esse contengono vengono ricevuti in duplice copia in entrambi i sessi, non necessitano di meccanismi di compensazione nelle femmine: probabilmente per questo motivo tali geni sono suscettibili di trascrizione anche nel cromosoma X inattivato.