Questo metodo ha alcuni difetti, fra cui sottostimare il filtrato glomerulare quando presenta valori bassi ed essere operatore-dipendente (disegnando le ROI in modo diverso i risultati possono modificarsi). Inoltre il metodo di Tønnesen non è adatto a stimare la profondità dei reni nel corpo nei pazienti con cifo-scoliosi e quando questi sono malposizionati ptosici o malformati.