A seguito di somministrazione per via orale aprindina è rapidamente assorbita dal tratto gastroenterico, tuttavia l'assorbimento può avvenire irregolarmente in soggetti che recentemente hanno sofferto di un infarto miocardico. L'emivita plasmatica della molecola è decisamente lunga, in genere variabile tra le 20 e le 28 ore. Il legame con le proteine plasmatiche è pari a circa il 90%. Il composto nell'organismo viene metabolizzato interamente nella ghiandola epatica. L'eliminazione avviene attraverso la bile e l'emuntorio renale. Meno dell'1% di una dose viene escreto nelle urine in forma immodificata e circa il 40-65% come metaboliti coniugati. Il 35-60% della dose assunta è eliminata nelle feci entro un periodo di cinque giorni. La concentrazione plasmatica terapeutica è compresa tra 0,7 e 2 mg/ml. Il volume di distribuzione è di circa 4 l/kg.