La parete dell'uretra è delimitata da due tonache (mucosa e muscolare) nell'uretra femminile e nel tratto prostatico e in quello membranoso nel maschio, mentre nel tratto penieno ve ne è una sola (tonaca mucosa). L'epitelio di rivestimento nel primo tratto è di transizione, come quello della vescica, nella parte prostatica è batiprismatico e infine pavimentoso, composto non corneificato, fino all'orifizio uretrale esterno dove si continua con l'epidermide del glande o della vulva. Sono presenti due strati muscolari: uno strato interno di tessuto muscolare liscio (andamento longitudinale e circolare), uno esterno striato che prende il nome di muscolo sfintere striato dell'uretra. Lungo la porzione cavernosa dell'uretra, è possibile notare numerosi avallamenti, chiamati lacune del Morgagni. Rappresentano lo sbocco delle ghiandole del Littré, che lubrificano e proteggono la porzione membranosa e peniena tramite una secrezione mucosa.