La rifampicina è facilmente assorbita dal tratto gastrointestinale e il suo gruppo funzionale estero è rapidamente idrolizzato dalla bile e catalizzato da un enzima operante ad alto pH chiamato esterasi. Dopo circa 6 ore quasi tutto il farmaco è deacetilato. Persino in questa forma la rifampicina è ancora un potente antibiotico; tuttavia non può più essere riassorbita dall'intestino e deve essere quindi eliminata dall'organismo. Solo il 7% circa del farmaco somministrato sarà espulso attraverso l'urina, anche se questa eliminazione urinaria compone solo il 30% circa della dose di farmaco escreta. Il rimanente 60-65% del farmaco è espulso attraverso le feci e per via biliare.