Nel 1860, si rifiutò pubblicamente di firmare un indirizzo che affermava l'origine divina del potere temporale e la sua intangibilità; intanto per le sue numerose assenze alle lezioni, cominciò a essere sostituito dal giovane medico Guido Baccelli, con cui non ebbe mai un rapporto idilliaco. La risposta del governo pontificio alle scelte politiche del Maggiorani si concretizzò con la sua destituzione dall'università e dal Collegio Medico nell'agosto 1863. Un mese dopo, riuscì ad ottenere il passaporto per Napoli motivandolo con esigenze di salute, a condizione di non tornare più nello Stato Pontificio. Si trattava della condizione meno clamorosa di condanna all'esilio. A Napoli gli venne offerta da parte del Ministro della Pubblica Istruzione Michele Amari la cattedra di Clinica medica all'università di Palermo. Dopo una prima esitazione, Maggiorani accettò l'incarico e si trasferì in Sicilia. La moglie ed il resto della famiglia lo raggiungeranno entro il gennaio successivo e vivranno a Palermo sino al settembre 1870, quando potranno finalmente tornare a Roma.