La terapia medica è stata oggetto di studi di efficacia nel corso degli anni. Si avvale dell'utilizzo di antiaggreganti piastrinici ed anticoagulanti, questi ultimi soprattutto perchè il principale meccanismo patogenetico degli strokes e dei TIA criptogenetici nei pazienti con FOP è ritenuto essere l'embolia paradossa da trombosi venosa profonda, per la quale il miglior trattamento è appunto la TAO.È ancora dibattuta la questione su quale sia il trattamento più efficace tra gli anticoagulanti e gli antiaggreganti.Già il primo trial randomizzato disponibile (73)  Concorde è anche la metanalisi di Orgera e coll. del 2001 (133) , che ha preso in esame cinque lavori per un totale di 378 pazienti: 139 trattati con warfarin, 210 con antiaggreganti piastrinici e 29 sottoposti a chiusura chirurgica del FOP. E' stato calcolato un tasso annuale di ricorrenza di eventi cerebrovascolari pari all'1% per i soggetti sottoposti a chiusura chirurgica, 2,5% per quelli in terapia con warfarin e 5,1% per quelli trattati con antiaggreganti. L'odd ratio era 0.37 per la terapia anticoagulante vs terapia antiaggregante e 1.19 per terapia anticoagulante vs chirurgia. Da questo è emerso, in accordo coi precedenti risultati, che il trattamento con warfarin fosse più efficace della terapia antiaggregante nel prevenire le recidive di stroke in questi pazienti, mentre non si potevano trarre conclusioni sul rapporto tra terapia medica e chirurgica.Ad oggi comunque, nel 2011, ci sono ancora troppo pochi dati disponibili per stabilire con esattezza quale dei due trattamenti sia migliore, anche se le linee guida dello stroke dello scorso anno raccomandano di dare antiaggreganti (livello di evidenza della raccomandazione è B) ai pazienti con FOP e pregresso SC.