La malattia da deposito di PPCD può avere, in un quarto dei casi, una causa genetica, con ereditarietà autosomica dominante, dovuta a mutazioni dei geni "CCAL1", "CCA2" e "ANHK". Il disturbo può derivare anche da cause metaboliche, in particolare da malattie come l'iperparatiroidismo, la malattia di Wilson, l'emocromatosi, l'ipotiroidismo, l'ipofosfatemia, l'ipomagnesiemia, la gotta e l'ocronosi.