Tuttavia negli ultimi trent'anni è maturato il sospetto che tale iperproliferazione batterica potesse essere presente in molti altri disordini intestinali; in alcuni di questi la conta batterica è superiore ai soggetti sani, ma inferiore a 1x105 cfu/ml. Ciò ha portato a concludere che il criterio classico è più indicato per la diagnosi di sindrome dell'ansa cieca piuttosto che di SIBO. I criteri per la diagnosi sono quindi stati allargati e oggi prevedono semplicemente che nell'aspirato digiunale vi sia una presenza di batteri coliformi superiore alla concentrazione normalmente presente in questo tratto dell'intestino (ovvero superiore a 1x103 cfu/ml).