Emanuele Lomonaco nasce il 17 novembre del 1951 a Praia a Mare, in provincia di Cosenza. All'età di quattordici anni si trasferisce con il cugino Gianni a Salerno, dove frequenta il Liceo Classico Torquato Tasso. Nel 1969 si iscrive alla Facoltà di Medicina e Chirurgia di Perugia, che lascia però tre anni dopo per completare gli studi a Bologna, dove si laurea e ottiene la specializzazione in Psichiatria. Nel capoluogo emiliano partecipa inoltre, ancora studente, ad una importante esperienza di psichiatria territoriale che si compie nei quartieri Barca e Costa Saragozza e i cui risultati sarebbero poi stati dettagliatamente descritti in un volume uscito per Feltrinelli alla fine degli anni Settanta. Nel 1979 l’amministrazione provinciale di Vercelli lo chiama a lavorare presso il locale ospedale psichiatrico, nell'ambito di un piano di superamento istituzionale che contempla anche l’apertura dei servizi psichiatrici territoriali previsti dalla legge 180, approvata nel maggio dell’anno precedente. Dopo pochi mesi viene trasferito a Biella con l’incarico di avviare il Servizio di Diagnosi e Cura nell'ospedale cittadino. Emanuele in quel periodo frequenta assiduamente Milano, dove arricchisce il suo percorso formativo sottoponendosi a psicoanalisi freudiana.