I comuni disinfettanti ospedalieri sono inefficaci contro le spore di "C. difficile" e possono favorire la formazione di spore, ma i disinfettanti contenenti un rapporto 10: 1 tra acqua e candeggina uccidono efficacemente le spore. I sistemi a vapore di perossido di idrogeno utilizzati per sterilizzare una stanza del paziente dopo la dimissione hanno dimostrato di ridurre i tassi di infezione e ridurre il rischio di infezione per i pazienti successivi. L'incidenza di CDI è stata ridotta del 53% o del 42%. I dispositivi di pulizia a raggi ultravioletti e il personale addetto alle pulizie dedicato in particolare alla disinfezione delle stanze dei pazienti infetti da "C. difficile" dopo la dimissione possono essere efficaci.