GIST si trovano nel 50-70% dei casi nello stomaco, nel 20-30% dei casi nell'intestino tenue. Molto più raramente hanno origine nell'intestino crasso o nell'esofago. Circa la metà dei pazienti nei quali viene diagnosticato un GIST, presentano inoltre metastasi. Queste sono rintracciabili spesso nel fegato o nello spazio addominale e, secondo le circostanze, possono essere più pericolose del tumore primitivo, in quanto esse danneggiano gli organi.