A differenza dei marcatori sierici sopra menzionati, il PCA3 è un mRNA non codificante prostata-specifico che viene quantificato nel sedimento urinario dopo massaggio prostatico.I principali vantaggi del PCA3 rispetto al PSA sono le maggiori sensibilità e soprattutto specificità: le cellule tumorali prostatiche esprimono da 60 a 100 volte più PCA3 rispetto alle cellule normali; inoltre, il PCA3 non è influenzato dal volume prostatico o da prostatiti [41][42][43]. Sembra inoltre che il livello di PCA3 sia correlato all' aggressività del tumore [44], anche se esistono ancora voci contrastanti al riguardo.Nonostante abbia una potenziale validità nell'identificazione del CaP in pazienti con una prima biopsia negativa e un elevato PSA, il test del PCA3 rimane sperimentale.