Il 20 gennaio 2005, Watkins annunciò il suo ritiro dall'attività di medico delle corse di Formula 1, ma rimase a capo del "FIA Institute for Motor Sport Safety". Il presidente della federazione Max Mosley designò Gary Hartstein come nuovo medico ufficiale. Dopo il suo ritiro, Mosley rimarcò che "Watkins ha dato un contributo unico per aumentare gli standard di sicurezza e di intervento medico nello sport dei motori." Nel luglio 2008, Watkins fu premiato per il contributo dato alle corse da Martin Brundle dinnanzi alla Camera dei Lords. L'8 dicembre 2011 Watkins rassegnò le dimissioni da ogni ruolo attivo in seno alla FIA. Il giorno dopo, gli fu conferita la "FIA Academy Gold Medal for Motor Sport" al galà ufficiale della FIA di Dubai.