Diverse caratteristiche istologiche sono state segnalate essere predittive di prognosi. La più importante è la diffusione extracapsulare del tumore metastatico nei linfonodi cervicali, che è associata con una significativa riduzione della sopravvivenza. Il tipo istologico di tumore è importante, ci sono diverse varianti di carcinoma squamoso, il carcinoma verrucoso è meno aggressivo e ha una prognosi migliore rispetto ai carcinomi squamosi convenzionali, mentre l'opposto si osserva in casi di carcinoma adenosquamoso.