La vitamina B12 è prodotta in natura da solo da alcuni microrganismi (alcuni archei e batteri), viene quindi prodotta anche da certi ceppi batterici presenti nel nostro intestino. Questi batteri intestinali sono situati però in zone dove il fattore intrinseco non arriva, per cui l'assorbimento di quest'ultima è irrisorio, ma non nullo. È presente in forma biologicamente attiva nelle carni, nei latticini e nelle uova, mentre nessun cibo di origine vegetale può essere considerato una fonte affidabile di questa vitamina. Alcuni cibi vegetali vengono a volte consigliati come fonte di B12, come l'alga spirulina, l'alga klamath e altre alghe marine, contengono B12 e analoghi della B12.