La sua carriera subì una brusca interruzione con Tangentopoli: in quanto membro della Commissione farmaci presieduta da Duilio Poggiolini, anche Manzoli ne fu travolto. Dapprima latitante, dovette dimettersi da direttore dell'ISS. Arrestato, condotto dapprima a Poggioreale e quindi al carcere di San Vittore, fu poi assolto con formula piena («perché il fatto non sussiste»). 