La tecnica del clonaggio posizionale ha inoltre evidenziato una probabile associazione tra la malattia e un gene codificante per una proteina mucino-simile. Sono state studiate anche le malattie causate da geni HLA. Una di queste, la sindrome dei linfociti nudi, di tipo I, presenta una serie di analogie con la panbronchiolite diffusa, comprese la sinusite cronica, l'infiammazione bronchiolare, i noduli e la presenza di "H. influenzae". Inoltre, come la panbronchiolite diffusa, la sindrome dei lingociti nudi risponde favorevolmente alla terapia eritromicina, mostrando una risoluzione dei sintomi. Le analogie tra queste due malattie, l'identico successo con lo stesso trattamento e il fatto che il gene responsabile della sindrome dei linfociti nudi si trovi all'interno della zona di HLA che causa la panbronchiolite, restringe la teoria che sia un gene il responsabile della condizione. Non si ritiene che i fattori ambientali, come l'inalazione dei fumi tossici e il fumo di sigaretta, svolgano un ruolo nello sviluppo della panbronchiolite. Tuttavia altre eventuali cause, come fattori genetici, batteri o virus non identificati, non sono stati ancora esclusi.