In alcuni casi la terapia HAART porta a risultati non ottimali, a causa dell'intolleranza ai farmaci o degli effetti collaterali dei farmaci stessi, così come per l'eventualità di infezione dovuta ad un ceppo di HIV farmaco-resistente. La non aderenza alla terapia è indubbiamente fra i motivi principali per cui alcuni soggetti non ne traggono i benefici desiderati. Le cause possono facilmente essere ricondotte a molteplici fattori. Fra le principali tematiche psicosociali spiccano il difficoltoso accesso alle strutture mediche e il contemporaneo mantenimento della segretezza dei dati personali; a rendere ancor più difficile l'implementazione dei supporti sociali può esservi la presenza in non sporadici casi di una patologia psichiatrica e l'abuso di droghe. I regimi disponibili per la terapia HAART possono risultare complessi e quindi difficili da seguire, a causa del gran numero di principi attivi da assumere frequentemente; tuttavia l'introduzione di preparazioni farmacologiche combinate di differenti principi attivi ha reso disponibili trattamenti che riducono l'assunzione di medicinali anche ad una singola somministrazione giornaliera.