Cinque anni prima di completare i suoi studi, Haffkine era membro di un movimento locale che intraprendeva una lotta per l'abolizione dei "pogrom". Tale movimento cercò di impedire ai cadetti dell'esercito russo di demolire la casa di un uomo ebreo. Haffkine, che partecipò a questa azione di resistenza, venne picchiato e arrestato, venendo rilasciato poco dopo.