Giuseppe Jona nacque a Venezia il 28 ottobre 1866 da una famiglia ebraica. Quarto di cinque fratelli, studiò al liceo Marco Foscarini e si iscrisse alla facoltà di medicina dell'Università di Padova, dove ebbe come maestri Luigi Paganuzzi, Achille De Giovanni e Augusto Bonome. Si laureò con il massimo dei voti nel 1892 e rimase presso l'Istituto di Anatomia Patologica diretto dal Bonome.