Howard Walter Florey nacque il 24 settembre 1898, Adelaide (Australia). Suo padre, il calzolaio Joseph Florey (1857-1918), sposato con Charlotte, nel 1885 decise con le sue due figlie di emigrare in Australia per cercare di migliorare le condizioni di salute della moglie malata di tubercolosi. Si stabilì ad Adelaide (Australia) ma restò vedovo dopo circa un anno. Nel 1885 Joseph sposò Bertha Wadham dalla quale ebbe due figlie prima di avere Howard. Non abbiamo notizie della sua vita fino al 1916 quando si iscrisse alla facoltà di medicina. Nel 1918 morì suo padre lasciando la famiglia con molti debiti. Nonostante le difficoltà economiche Florey compì brillantemente i suoi studi universitari laureandosi nel 1921. Durante tutti gli studi universitari fu attratto dai laboratori di ricerca convinto che questo potesse essere il suo futuro. Dopo la laurea una borsa di studio (Rhodes Scholarship) gli permise di continuare gli studi a Oxford. Ben presto decise di non tornare più in Australia consapevole del fatto che solo l'Inghilterra potesse offrirgli una carriera da ricercatore.