Nel 1871 iniziò a lavorare all'Università di Friburgo e scrisse una seconda tesi, lavorando sulle cellule dei gangli simpatici, che gli procurò la promozione a professore di patologia a Friburgo ma a soli 27 anni la sua carriera universitaria venne interrotta dalla tubercolosi. Dato che in quel tempo si pensava che il clima giocasse un ruolo fondamentale nella cura della tubercolosi, Paul Langerhans cominciò a trasferirsi in vari luoghi: Silvaplana, Badenweiler e poi a Capri (dopo che terminò di lavorare al Dohrn Institute a Napoli). Nell'autunno del 1875 si trasferì prima a Tenerife e poi a Funchal, dove si dedicò anche allo studio della zoologia. In questi anni pubblicò varie opere , tra cui una sul trattamento della lebbra (1881), una sull'eziologia della tubercolosi e nel 1885 il Manuale di Madeira, in cui descrisse il clima e le ricchezze curative dell'isola. La permanenza su quest'ultima fu così efficace sulla sua salute da fargli decidere di lavorare lì.