Così nel 1656, due anni dopo la laurea in "Medicina e Filosofia" e un anno dopo la morte del suo maestro (e cognato) Massari, il Senato di Bologna conferì la cattedra di Logica a Malpighi, da lui chiesta tre anni prima. Ma a novembre dello stesso anno accettò l'invito del granduca Ferdinando II de' Medici di insegnare Medicina teorica presso l'Università di Pisa, conservando però il posto di lettore nell'Università di Bologna.