Le amministrazioni locali delle 47 prefetture hanno qualche responsabilità nella supervisione della qualità dell'assistenza sanitaria, ma non c'è nessuna raccolta sistematica di dati sulle cure o sugli esiti. Le prefetture si occupano delle ispezioni annuali negli ospedali. Il Consiglio giapponese per l'assistenza sanitaria di qualità ("Japan Council for Quality Health Care") accredita circa il 25% degli ospedali.