Nel 1912 Alzheimer si ammala durante un viaggio in treno verso Breslavia. Probabilmente fu colpito da un'infezione da streptococco, con conseguente febbre reumatica e insufficienza renale. La malattia avanza, ma nel maggio 1913 partecipa all'Assemblea dell'Associazione tedesca di Psichiatria, in cui tiene una conferenza sull'anatomia patologica della demenza praecox. Pochi mesi dopo ospita l'assemblea della Società di neurologi tedeschi e vi contribuisce con due saggi. Scoppia la Grande Guerra e Alois è a favore di questo grande combattimento, e visto che molti medici scendono in campo lui è costretto a far fronte a una valanga di perizie ed accettazioni, si occupa anche della confusione psichica dei soldati.