L'8 settembre provocò la fuga di quasi tutto il personale di servizio, che però Scaglietti sostituì rapidamente accogliendo nell'istituto tutti gli sbandati che vi cercavano rifugio e assumendone una parte. Dovette anche trasformarsi in abile negoziatore trattando con i tedeschi per evitare che l'ospedale bolognese passasse sotto il controllo sanitario germanico. Oltre agli sbandati, cercò di aiutare alcuni militari alleati feriti ad evitare la cattura e molti ebrei a sfuggire alle retate. Collaborando con Gianguido Borghese, commissario politico del CUMER (Comando unico militare dell'Emilia-Romagna), fiancheggiò la resistenza, permettendo ad esempio ai partigiani di recuperare le armi depositate dai militari ricoverati e fornendo loro viveri e medicamenti. Con l'avanzare delle truppe alleate e i bombardamenti, crebbe il numero di feriti e anche la cappella fu trasformata in una camerata d'ospedale portando il numero totale dei ricoverati a 700. Scaglietti compiva fino a tre turni operatori di seguito, alternando ogni 8 ore il personale di sala, che spesso sveniva per la fatica: la mano chirurgica inimitabile di Scaglietti, soprannominato in seguito dai colleghi statunitensi il Michelangelo dell'ortopedia (compiva in venti minuti alcune operazioni che richiedevano normalmente tre ore), si formò allora. Si dice che abbia compiuto quasi diecimila interventi nel corso della guerra.