Molto più raramente la massa, in particolare quando di dimensioni ragguardevoli, può comportare l'insorgenza di ostruzione gastrica o duodenale e fistole biliari. In questi casi può essere richiesta un'escissione endoscopica o chirurgica. È anche possibile che l'ostruzione dello sfintere epatopancreatico possa comportare l'insorgenza di pancreatite acuta o ricorrente, o che l'amartoma simuli un carcinoma della testa del pancreas. In un numero molto limitato di soggetti può verificarsi intussuscezione duodenale (forse a seguito di fissazione del duodeno alla parete addominale posteriore) così come diarrea verosimilmente secondaria a disturbi motori duodenali.