Una caratteristica che lo stato ipnagogico condivide con altre fasi del sonno è l'amnesia. Ma nel caso dello stato ipnagogico si tratta di un'oblio selettivo, che colpisce il sistema di memoria dell'ippocampo, che è responsabile della memoria episodica o autobiografica, piuttosto che il sistema di memoria neocorticale, responsabile della memoria semantica. È stato suggerito che lo stato ipnagogico e il sonno REM aiutano a consolidare la memoria semantica, ma le prove a riguardo sono state contestate. Ad esempio, non è stato riscontrato che la soppressione del sonno REM a causa di antidepressivi e lesioni al tronco cerebrale producano effetti nocivi sulla cognizione.