Nel dicembre 1951, ancora in America, accettò l’insegnamento di anatomia comparata nella facoltà di scienze dell’Università di Palermo, e con esso la sfida di costruirvi da zero un centro di ricerca di livello internazionale. G. Reverberi lo accolse in poche stanze del suo istituto di zoologia, in via Archirafi, e la Fondazione Rockefeller elargì un contributo di 5000 dollari per l’equipaggiamento del laboratorio. Nella primavera del 1952 l’istituto, intitolato ad A. Giardina, aprì i battenti: il personale era costituito dai soli M. e G. Giardina, assistente, cui fra il 1954 e il 1956 s’aggiunsero E. Mutolo, V. D’Amelio, R. Maggio e G. Giudice. Dal 1954 il M. divenne professore ordinario.