Semmelweis era ossessionato da queste morti così frequenti e continuava a praticare autopsie sui cadaveri delle donne riscontrando quadri anatomo-patologici sempre uguali. Ma la cosa che più lo disorientava era la constatazione che nel Padiglione II dello stesso ospedale, gestito non da medici ma esclusivamente da ostetriche, la mortalità per febbre puerperale era dieci volte più bassa. Nel 1844, 260 delle madri che partorirono nel suo reparto, cioè l'8,2 per cento, morirono per la malattia; nel 1845 il tasso scese al 6,8 per cento, per risalire all'11,4 per cento l'anno successivo. Nel Padiglione II invece la percentuale dei decessi era di molto inferiore: rispettivamente del 2,3, del 2 e del 2,7 per cento. Il turbamento creato da questo problema aumentava la minuziosità che metteva nelle sue ricerche.