L'encefalite del Nilo occidentale (WNE) è solitamente asintomatica nelle aree di malattia endemica. Negli individui sintomatici, una malattia simile all'influenza si verifica dopo un'incubazione di 3-15 giorni; Il coinvolgimento del SNC si verifica in meno del 15% dei casi. Una grave infezione neurologica è più comune quando il virus viene introdotto in un'area di malattia non endemica.