Almeno il 40% delle persone con stomatite aftosa ha una storia familiare di questa condizione, il che suggerisce che alcune persone siano geneticamente predisposte a sviluppare ulcerazioni orali. HLA-B12, HLA-B51, HLA-CW7, HLA-A2, HLA-A11 e HLA-DR2 sono esempi di tipi di Antigeni leucocitari umani correlati con la stomatite aftosa. Tuttavia, questi tipi di HLA sono incoerentemente associati con la condizione e variano anche in base all'etnia. Le persone che hanno una storia familiare positiva di stomatite aftosa tendono a sviluppare una forma più grave della malattia e in età più precoce rispetto alla media.