La diagnosi nel lattante è suggerita dal quadro clinico estremamente grave, con marcata ipotonia, macroglossia e difetti alla suzione; nelle forme infantili e adulte il ritardo diagnostico è stimato intorno ai 2-4 anni, a causa dell'aspecificità dei sintomi e segni.Le valutazioni biochimiche possono essere eseguite con varie metodiche.Il prelievo bioptico di tessuto muscolare per la valutazione di GAA, presenta delle difficoltà soprattutto per quanto concerne l'esecuzione dell'anestesia, particolarmente pericolosa nei pazienti con variante a insorgenza infantile 137.L'accumulo di glicogeno osservato varia anche a seconda del sito di prelievo così che una biopsia negativa non esclude completamente la patologia 31 .La valutazione dell'attività enzimatica su fibroblasti rappresenta attualmente il gold standard per porre diagnosi di malattia di Pompe, dal momento che queste cellule non contengono MGA 136 ;tuttavia l'accessibilità a questa tecnica è ancora limitata dai tempi, circa 4-6 settimane di coltura e dai costi. La valutazione su linfociti purificati offre dei vantaggi perché anch'essi non esprimono MGA, contenuta invece nei neutrofili. Ottenere però dei linfociti validi per l'esecuzione dell'esame richiede che il prelievo venga effettuato immediatamente prima di eseguire l'analisi 31 .Esistono numerose patologie, diverse a seconda dell'epoca d'insorgenza dei sintomi, con cui porre diagnosi differenziale.Le tabelle sottostanti riassumono le patologie che più frequentemente vengono poste in diagnosi differenziale con la glicogenosi di tipo II e le caratteristiche cliniche che queste malattie condividono con il deficit di maltasi acida. 