Il cross-linking corneale può, in alcuni casi, essere combinato con altre procedure di chirurgia conservativa del cheratocono. Il Medico Oculista individua quale paziente è idoneo all'intervento e consiglia la metodica più opportuna; prima del trattamento esegue un completo esame del bulbo oculare oltre agli approfondimenti diagnostici specifici per il cheratocono, quali la topografia corneale e la misura degli spessori (pachimetria). Come ogni altro intervento, anche il cross-linking non è scevro da possibili complicanze (es. "haze" corneale), la cui incidenza è maggiore nelle forme più avanzate della patologia ed impiegando tecniche più invasive (epi-off, elevate potenze di irradiazione).