Proprio in quegli anni il crescente spirito illuministico francese attaccò anche le istituzioni ospedaliere: l'Hôtel Dieu divenne oggetto di critica prima da parte di Denis Diderot, poi dell'Accademia delle Scienze. Le critiche più aspre provennero però da parte di Jacques Tenon, il quale nel suo "Memoires sur le hopitaux de Paris" (1788) descrisse gli orrori della chirurgia del tempo; in particolare colpisce il fatto che le operazioni chirurgiche venissero effettuate in mezzo agli altri infermi i quali così facendo erano costretti ad assistere alla scena e a sentire le urla dei sofferenti aspettando il proprio turno. Desault fu sensibile a questo genere di cose, riuscì infatti a far spostare le operazioni più complicate dalla corsia d'ospedale ad un nuovo anfiteatro appena edificato. Sebbene gli importasse delle condizioni igieniche dei suoi pazienti, il suo scopo era principalmente educativo: all'interno dell'anfiteatro infatti gli studenti potevano assistere alle operazioni da lui condotte. Desault stesso era perfettamente consapevole della grande innovazione che aveva apportato al metodo di insegnamento, presentandosi come “un uomo, il quale ha dato inizio ad una moltitudine di nuovi metodi di istruzione all'interno dell'ospedale… un metodo che nell'arco di quattro anni ha formato più chirurghi veri di quanti ce ne fossero stati all'Hôtel Dieu in tutto il secolo precedente”. Inoltre, a differenza dei suoi predecessori i quali tenevano trentun ore di lezione all'anno, egli tenne quattro ore di lezione pratica al giorno per tutto l'anno. Il suo impegno era tale che egli era solito passare l'intera giornata all'ospedale, insegnando e operando pazienti indigenti, e soleva persino dormire all'Hôtel Dieu. Desault non pubblicò alcuna opera ma le sue lezioni furono riportate per iscritto dai suoi studenti, tra i quali si ricorda Marie François Xavier Bichat, confluendo nel "Journal de chirurgie" (1791). Bichat curò la pubblicazione anche di "Oeuvres chirurgicales", uscito postumo. Desault è ricordato anche per aver ideato o modificato strumenti chirurgici. Egli fu tra i primi ad aver fatto uso della gomma elastica nelle operazioni chirurgiche e ad aver sperimentato un nuovo tipo di operazione per la cura degli aneurismi delle arterie principali. 