La disbiosi, se protratta nel tempo, può contribuire allo sviluppo di molte malattie. Oltre a quelle strettamente correlate all'intestino come le malattie infiammatorie croniche intestinali, gastrite, ulcera peptica, sindrome dell'intestino irritabile, cancro dello stomaco e del colon, può favorire anche obesità, malattie metaboliche, asma e allergie.