A partire dal 1593 Jesenius fu il medico del Principe di Sassonia, e dal 1594 professore di anatomia all'Università di Wittenberg. Dopo il 1600 si stabilì a Praga come professore e consulente anatomico di Rodolfo II, Re di Boemia e Sacro Romano Imperatore; nel 1617 fu eletto rettore dell'Università Carolina di Praga.