Come gli altri bifosfonati, lo zoledronato non viene metabolizzato. Il 50% circa della dose viene ritrovato nelle urine entro 24 ore dalla somministrazione. La parte rimanente si lega all'osso (verosimilmente grazie a un'analogia strutturale della molecola al pirofosfato) e viene lentamente liberata nella circolazione sanguigna. L'emivita dello zoledronato nel plasma è di circa 7 giorni, ma il suo effetto persiste fino a 28 giorni, e basse dosi possono rimanere legate all'osso per mesi o anni.