A partire dal 1985 l'ospedale si è avvalso di un polo ausiliario in zona Sant'Andrea delle Fratte, al tempo considerata periferia (ovest) della città. Nel frattempo, il presidio di Monteluce, organizzato in padiglioni, è divenuto insufficiente all'esercizio dell'attività ospedaliera. Sicché, a seguito dei grandissimi lavori che hanno "ingrandito" la struttura di San Sisto, da inizio 2009 l'intera attività sanitaria è erogata nel c.d. Polo Unico - che ha mutato il suo nome in "Santa Maria della Misericordia", titolare dello storico ospedale - sito nell'area (ormai) urbana di Sant'Andrea delle Fratte, ivi si erano ormai trasferiti svariati reparti (come ad esempio quello di ostetricia e neonatologia già dal 2000). Si è poi trasferita nel modernissimo complesso prospiciente, l'intera facoltà di Medicina e chirurgia dell'Università degli Studi di Perugia, prima ubicata in via del Giochetto (Monteluce).