I più interessanti macrolidi polienici sono l'amfotericina B e la nistatina, che vengono utilizzati come antimicotici, ma non presentano attività antibatterica. Le due molecole sono fortemente simili dal punto di vista strutturale. L'amfotericina B presenta un doppio legame in più, tra il carbonio 28 e 29, rispetto alla nistatina che ha un ossidrile collocato in posizione differente rispetto all'amfotericina. Entrambi i composti presentano una posizione glicosilata con l'amminozucchero D-micosammina ed entrambe presentano una funzione carbonilica derivante dall'ossidazione di un gruppo metilico del metilmalonil-CoA.