WNT4 è essenziale per la nefrogenesi. Regola l'induzione del tubulo renale e la trasformazione da tessuto mesenchimale a tessuto epiteliale nella regione corticale. Inoltre influenza il destino dello stroma midollare durante lo sviluppo. Senza WNT4 la α actina della muscolatura liscia è ridotta. Questo evento provoca un deficit dei periciti (cellule del tessuto connettivo) intorno ai vasi, che porta a un difetto nel loro normale sviluppo. WNT4 probabilmente agisce attivando BMP4, un fattore di differenziazione della muscolatura liscia.