Nonostante le lodevoli imprese, negativi furono i successivi tentativi di ottenere la cattedra di igiene e un posto nell'amministrazione degli ospedali parigini; per fortuna la sua posizione sociale migliorò dopo il matrimonio con la figlia del fisico Antoine César Becquerel. Dall'unione con Pauline, non particolarmente felice stando alle inedite lettere di Ménière, nacque un figlio, Émile, il quale divenne poi lui stesso un affermato otologo.