La regione della II è a sua volta divisa nei 3 loci HLA-DP, HLA-DQ e HLA-DR che contengono 2 geni ciascuno (A e B) che codificano per le due catene α e β. Contiene inoltre i geni "TAP1" e "TAP2" che codificano per TAP, il trasportatore di peptidi importante per la via del MHC di classe I, ed LMP-2 e LMP-7, che codificano per componenti del complesso citoplasmatico noto come proteasoma.