Ernesto Pestalozza apparteneva a una nobile famiglia originaria di Chiavenna. Allievo di Alessandro Cuzzi all'Università di Pavia, si era laureato in Medicina nel 1884 e nel 1889 aveva conseguito la libera docenza in Ostetricia e Ginecologia. Ottenne nel 1891 la cattedra all'Università di Genova, nel 1892 quella dell'Università di Firenze e nel 1905 fu chiamato all'Università "La Sapienza", dopo l'improvvisa morte di Ercole Pasquali - titolare di Clinica Ostetrica e Ginecologica - che gli lasciò in eredità il compito di inaugurare la nuova Scuola di Perfezionamento di Ostetricia e Ginecologia che funzionò a partire dall'anno accademico 1906-1907. 