È di importanza secondaria: incide in meno del 3% dei casi di IVU e pielonefrite.La lista dei microrganismi responsabili è molto differente da quella coinvolta nell'infezione per via ascendente. I batteri in causa sono S. aureus, Salmonella, P.aeruginosa e Candida. In questo caso l'E. coli è poco coinvolto, probabilmente perché la specie risulta scarsamente patogena tramite questa via di infezione, e perché generalmente gli inoculi di E. coli per questa via hanno una carica batterica talmente bassa da consentire una facile eliminazione dei patogeni a livello renale (Woods 1960, Gorrill 1966.Il rene sano sembra essere resistente in questo caso all'E coli. Al contrario il rene interessato da processo patologico risulta più suscettibile all'infezione da E.coli attraverso questa via. Gli eventi patologici favorenti più noti sono l'ostruzione completa del deflusso urinario, (Pollack 1983) (Rubin 1991).