La forma epatosplenica si deve distinguere dalle epatopatie virali croniche, dalla leishmaniosi viscerale, dalla malaria e dalle malattie mielo-linfoproliferative. La schistosomiasi polmonare va distinta dalle altre cause di ipertensione polmonare (es. malattia embolica). La schistosomiasi urinaria va differenziata dalle cistiti, dalle patologie da reflusso urinario, dall'urolitiasi e dalle neoplasie vescicali, che tuttavia possono coesistere. La schistosomiasi genitale entra in diagnosi differenziale con altre malattie infiammatorie genitali e pelviche, con le neoplasie testicolari e della cervice uterina.