Nel 1957 svolge le sue prime attività manicomiali a Venezia, sull'isola di San Clemente; deluso dal metodo ivi praticato, fortemente organicista e discendente diretto della vetusta psichiatria ottocentesca, nel 1960 si reca a Padova per studiare e lavorare con Ferdinando Barison; abbattendo i muri di reparto, egli dimostra un approccio innovativo nel rapporto con i pazienti. Nel 1963 è a Kreuzlingen, nel Sanatorium Bellevue fondato da Ludwig Binswanger ed all'epoca diretto dall'omonimo nipote, padre dell'analisi esistenziale. Qui ha modo di esperire in prima persona la prassi terapeutica applicata e perfezionata dallo psichiatra Fabrizio Napolitani, teorico dell'analisi di gruppo. La pratica terapeutica di Napolitani prevedeva la trasformazione dei pazienti da oggetti di cura a soggetti capaci di comunicazione, socializzazione e organizzazione della vita comunitaria. L'esperienza prosegue in Italia, dove Fagioli entra a far parte del gruppo di medici della Comunità Terapeutica creata nel 1963 da Napolitani a Roma. Nel 1972, grazie all'interessamento dello psicoterapeuta e psicoanalista Luigi Antonello Armando, la casa editrice Armando Editore pubblica il volume "Istinto di morte e conoscenza: pensieri di psicoanalisi" (poi soltanto "Istinto di morte e conoscenza", come d'ora innanzi verrà citato). Il testo aveva iniziato a circolare in forma dattiloscritta già alla fine del 1970, configurandosi come il risultato di ricerche iniziate negli anni di Padova, e parzialmente consegnate ad alcuni articoli preparatori, tra i quali principalmente "Alcune note sulla percezione delirante paranoicale e schizofrenica". Due anni dopo, nel 1974, insieme al suddetto Armando ed altri autori, contribuisce al volume "Il potere della psicoanalisi: documenti sulla storia della istituzione psicoanalitica in Italia dal 1969 al 1973"; si tratta di una denuncia delle dinamiche di potere insite nel training analitico, perno della formazione degli psicoanalisti italiani secondo le regole della Società Psicoanalitica Italiana. Le affermazioni contenute in tale volume, costituenti per la Società Psicoanalitica Italiana oltraggio all'istituzione, costano nel 1976 a Fagioli ed Armando l'espulsione dalla Società stessa; all'espulsione contribuirono comunque in gran misura anche le tesi, antitetiche rispetto all'ortodossia freudiana, che Fagioli aveva avanzato in "Istinto di morte e conoscenza". "Istinto di morte e conoscenza", insieme ai successivi "La marionetta e il burattino" (1974) e "Psicoanalisi della nascita e castrazione umana" (1975) (poi "Teoria della nascita e castrazione umana", come d'ora innanzi verrà citato) contengono quella che Fagioli chiamerà in seguito teoria della nascita.