Fin dalla sua fondazione, uno degli scopi principali dell'Accademia fu quello di creare un Museo patologico. Già nella seconda adunanza, quella del 3 marzo 1824, Francesco Camici e Pietro Betti presentarono ed illustrarono alcuni pezzi anatomici, così come il presidente Nespoli nella riunione del 7 aprile dello stesso anno. Il Betti fu nominato conservatore degli oggetti patologici e divenne il principale promotore del Museo. Nel maggio del 1824 ne presentò il primo catalogo, che comprendeva sedici pezzi patologici di cui si spiegava la storia e se ne presentava l'analisi chimica. Negli anni di vita dell'Accademia molti furono i medici, anche non soci, che contribuirono ad ampliare la raccolta sia con donazioni di pezzi anatomici sia con somme di denaro.