Cefditoren pivoxil è controindicato nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo o a qualunque eccipiente della forma farmaceutica. Il farmaco non deve essere somministrato in quei pazienti che hanno una storia di ipersensibilità a cefalosporine o penicilline oppure ad altri beta-lattamici. Le due classi antibiotiche infatti hanno spesso evidenziato ipersensibilità crociata. Per questo motivo prima di iniziare il trattamento con cefditoren pivoxil è bene eseguire una accurata anamnesi allergica del paziente.