Come molte sindromi la causa è un'anomalia genetica dell'FBN2, gene che codifica per la fibrillina-2, mappato sul cromosoma 5q3. La fibrillina-2 è una delle due forme omologhe di una proteina della matrice extracellulare. Anomalie nel gene FBN1, codificante per la fibrillina-1 e mappato sul cromosoma 15q21, determinano la sindrome di Marfan. Si tratta di una sindrome ereditaria a carattere autosomico dominante; circa il 50% degli affetti presenta però una mutazione "de novo", quindi non presente nel corredo genetico dei genitori.