Le persone colpite dall'afta non presentano segni o sintomi sistemici (cioè al di fuori della bocca) rilevabili. In generale, i sintomi possono includere sensazioni prodromiche come bruciore, prurito o pizzicore sul sito della futura afta, che può precedere di qualche ora la comparsa di qualsiasi lesione. Essa appare come un'apertura di forma ovale o, a volte, affusolata e colore bianco-giallastro, circondata da un anello rosso e infiammato, che nella maggioranza dei casi ha un diametro di circa 3-4 mm, ma può superare 1 cm, nei casi più gravi, o anche essere grande meno di 1 millimetro; inoltre causa un dolore molto forte. Se ne può avere più di una. La formazione chiara all'interno del cerchio di mucosa infiammata è dovuto alla formazione di strati di fibrina, una proteina coinvolta nella coagulazione del sangue.