L'amigdalina di per sé è poco reattiva. Essa reagisce soltanto con l'enzima beta-glucosidasi, e dalla degradazione si ottengono glucosio, benzaldeide e acido cianidrico. L'emulsina, enzima contenuto nei semi del mandorlo amaro ma presente in cellule separate da quelle contenenti amigdalina, se viene a contatto con questa la decompone, scindendola nelle stesse tre sostanze suddette. L'insieme di emulsina e amigdalina provoca, in caso di ingestione corporea, forti sintomi da avvelenamento da acido cianidrico, anche se assunte entrambe in piccole o piccolissime dosi.