Gli anni felici della coppia terminarono con l'arrivo della seconda guerra mondiale, nei mesi a cavallo tra il 1939 e 1940. Il 10 giugno 1940 l'Italia entrò in conflitto come nemica della Gran Bretagna, e dal momento che Canova si trovava in territorio sotto Mandato Britannico, venne fatto prigioniero. Inoltre, gli inglesi requisirono l'ospedale "italiano" di El-Kerak e inviarono Canova in cinque campi come internato civile, destinato a prestare assistenza medica agli altri internati civili italiani e stranieri. L'internamento gravò soprattutto sulla comunicazione tra lui e Reginetta. Il periodo dell'internato andò da giugno del 1940 all'inizio del 1944. Ma egli doveva anche occuparsi della popolazione palestinese che viveva intorno ai campi o in altri. Canova non subì mai maltrattamenti o costrizioni fisiche. Il lavoro nei campi era discontinuo e spesso ebbe il permesso di raggiungere Gerusalemme per qualche incontro con Donato Baldi per approfittare della sua ricca biblioteca nella quale si cimentò come moderno lettore della Bibbia.