MRSA è resistente agli antibiotici beta-lattamici, quindi penicilline e cefalosporine non sono utili nella chemioterapia antimicrobica. Alcuni ceppi mostrano suscettibilità verso tetracicline e lincosamidi, ma gli antibiotici più frequentemente utilizzati sono vancomicina e teicoplanina, entrambi appartenenti alla classe dei glicopeptidi. Recentemente, però, si stanno sviluppando resistenze anche nei confronti di questi antibiotici. Le infezioni di origine extraospedaliera, se il ceppo è sensibile, possono essere trattate anche con aminoglicosidi o macrolidi.