In generale, il decorso è spesso insidioso, caratterizzato talvolta da saltuari episodi di pielonefrite acuta, altre volte silente, con occasionale presenza di batteri in quantità patologica all'esame delle urine (batteriuria), sintomi legati all'infiammazione delle basse vie urinarie come disuria e pollachiuria, a volte febbricola e dolore ai fianchi o all'addome. Il quadro clinico descritto prende il nome di pielonefrite cronica.