I meccanismi patologici e biologici alla base degli esiti avversi delle infezioni in gravidanza rimangono in gran parte poco chiari. Si ritiene che un aumento della replicazione virale e l'influenza dei cambiamenti ormonali sul sistema immunitario contribuiscano a peggiorare il decorso dell'infezione. Inoltre, studi che mostrano prove di replicazione virale nella placenta, o che riportano l'intero ciclo di vita virale nelle cellule di origine placentare "in vitro", suggeriscono che la placenta umana possa essere un sito di replicazione virale al di fuori del fegato. Comunque, al 2020, il motivo principale della gravità dell'HEV in gravidanza rimane enigmatico.