I Cavalieri del Gran Priorato Russo con tutti i Priorati europei, deposero il Gran Maestro Ferdinand von Hompesch ed elessero in sua vece lo zar Paolo I; tra le riserve a questa nomina (lo zar era di religione ortodossa) vi fu anche quella di Papa Pio VI. Conseguentemente, dopo la sua nomina a Gran Maestro avvenuta il 29 novembre 1798, Paolo I cercò di unificare l'operosità e la spiritualità dei Cavalieri sotto la sua guida. Su pressione dell'imperatore d'Austria Francesco II, accettò anche von Hompesch che nel frattempo aveva riparato a Trieste, abdicò con una lettera al Papa, inviando anche una lettera allo zar nella quale chiedeva formalmente la sua protezione per l'Ordine. Durante il suo Magistero, Paolo I nel Palais de Malta a San Pietroburgo, erano presenti le due Chiese: Ortodossa e Cattolica, una di fronte all'altra con i fedeli che convivevano le proprie esperienze. Nel 1801 però, con l'assassinio dello zar, il figlio Alessandro I di Russia accettò solo la carica di protettore e non di gran maestro,nominando luogotenente dell'Ordine il primo ministro russo Nikolay Saltykov finché non fosse stato eletto un nuovo gran maestro. Nel 1802 fu designato fra' Bartolomeo Ruspoli, che rinunciò alla carica, Nel 1803 fu eletto gran maestro di Giovanni Battista Tommasi, sostenuto da papa Pio VII. Anche Alessandro I riconobbe l'elezione, inviandogli le insegne di Gran maestro che erano state detenute da Paolo I. Nel 1810 sospese le nomine di nuovi cavalieri del Gran Priorato e nel 1817 mise fine all'ereditarietà del titolo.