La diagnosi nel lattante è suggerita dal quadro clinico estremamente grave, con marcata ipotonia, macroglossia e difetti alla suzione; nelle forme infantili e adulte il ritardo diagnostico è stimato intorno ai 2-4 anni, a causa dell"aspecificità dei sintomi e segni.Il prelievo bioptico di tessuto muscolare per la valutazione di GAA presenta delle difficoltà legate da un lato all"esecuzione dell"anestesia, particolarmente pericolosa nei pazienti con variante a insorgenza infantile 120 , e dall"altro alla variazione dell"accumulo di glicogeno a seconda sito di prelievo, di modo che una biopsia negativa non è in grado di escludere completamente la patologia 28 .La valutazione dell"attività enzimatica su fibroblasti rappresenta attualmente il gold standard per porre diagnosi di malattia di Pompe, dal momento che queste cellule non contengono MGA (maltasi-glucoamilasi) 119 ;tuttavia l"accessibilità a questa tecnica è ancora limitata dai tempi, circa 4-6 settimane di coltura, e dai costi. La valutazione su linfociti purificati offre dei vantaggi perché anch"essi non esprimono MGA, contenuta invece nei neutrofili. Ottenere però dei linfociti validi per l"esecuzione dell"esame richiede che il prelievo venga effettuato immediatamente prima di eseguire l"analisi 28 . Esistono numerose patologie, diverse a seconda dell"epoca d"insorgenza dei sintomi, con cui porre diagnosi differenziale.Le tabelle sottostanti riassumono le patologie che più frequentemente vengono poste in diagnosi differenziale con la glicogenosi di tipo II.