La procedura prevede il passaggio di un sottile tubicino (catetere) in un'arteria o una vena del collo, del braccio o dell'inguine fino a raggiungere i principali vasi sanguigni e le camere cardiache. L'uso del fluoroscopio, una apparecchiatura a raggi X detta anche amplificatore di brillanza, permette di ottenere immagini in tempo reale delle parti del corpo attraversate. Alcuni cateteri hanno elettrodi a filo che registrano e localizzano la fonte dei battiti cardiaci anomali. Attraverso il catetere, in corrispondenza delle aree identificate come responsabili dell'aritmia, l'apparecchio invia una corrente che genera calore (radiofrequenza, luce laser), oppure un gas a temperature estremamente basse (criotermia) per creare una vera e propria cicatrice, chiamata linea di ablazione. La cicatrice forma una barriera che impedisce agli impulsi elettrici di passare oltre impedendo così ai segnali elettrici anomali di causare aritmie.