La conoscenza delle micotossine detiene pertanto un ruolo importante per determinare la gravità del danno causato nell'organismo dopo l'ingestione di una specie fungina. Questa conoscenza va poi integrata con l'analisi di tutti i fattori che comportano ad aggravare il quadro clinico. I funghi possono essere inoltre attaccati da parassiti, possono essere in stato di maturazione avanzato, poco cotti, conservati male o troppo a lungo prima di essere consumati e possono sviluppare ulteriori tossine nocive per l'organismo