Jan Jesenius non fu soltanto un importante medico, ma fu attivo anche come politico, a fianco degli Stati protestanti del Regno di Boemia. Dopo la terza defenestrazione di Praga nel 1618 (deposizione degli Asburgo dalla Corona di Boemia, che all'epoca comprendeva principalmente il Regno di Boemia, il Margraviato di Moravia, i Ducati di Slesia e Lusazia), fu incaricato di diverse missioni diplomatiche da parte del Direttorio (governo provvisorio creato dalla nobiltà boema ribellatasi agli Asburgo) e dal neoeletto re Federico del Palatinato.