Ulteriore causa di iatrogenesi può essere considerata la resistenza dei batteri alla somministrazione di antibiotici, dovuta fondamentalmente a due fattori: un'eccessiva prescrizione di antibiotici dai parte dei medici anche quando non indispensabili e l'abitudine dei pazienti a interrompere la terapia una volta apparentemente ristabilitisi, anziché prolungarla fino alla completa eradicazione dell'agente patogeno.