Dopo somministrazione per via orale idroclorotiazide viene ben assorbita dal tratto gastroenterico, sia pure con variabilità individuali. La contemporanea somministrazione di cibo riduce la quota assorbita. La biodisponibilità della molecola raggiunge il 70%. L'emivita di eliminazione è pari a circa 2,5 ore. Il farmaco si distribuisce nello spazio extracellulare, non oltrepassa la barriera ematoencefalica, ma attraversa la barriera placentare e viene secreto nel latte. L'eliminazione dall'organismo avviene attraverso l'emuntorio renale: circa il 60% del farmaco viene eliminato immodificato entro 24 ore.