I "nuclei basolaterali" hanno connessioni (in alcuni casi reciproche) con la corteccia prefrontale, il giro del cingolo, l'"insula", il giro paraippocampale, il subicolo e i giri del lobo temporale vicini, il nucleo dorsomediale del talamo, le aree motorie, il nucleo "accumbens" e il neostriato ventrale. Le principali afferenze provengono dal lobo temporale, dal giro del cingolo, dall'insula, dalla regione dorsomediale del talamo e da altri nuclei talamici specifici, come il corpo genicolato mediale.