La vagina può essere influenzata anche dalla presenza di cisti. Vari tipi di cisti vaginali possono svilupparsi sulla superficie dell'epitelio vaginale o negli strati più profondi della vagina e possono crescere fino a 7 centimetri. Spesso vengono scoperte incidentalmente durante un esame pelvico di routine. Le cisti vaginali possono imitare altre strutture che sporgono dalla vagina come un rettocele e un cistocele. Le cisti che possono essere presenti includono cisti mulleriane, cisti dei dotti di Gartner e cisti epidermoidi. Una cisti vaginale è più probabile che si sviluppi nelle donne di età compresa tra i 30 e i 40 anni. Si stima che 1 donna su 200 abbia una cisti vaginale. La cisti di Bartolini è di origine vulvaria piuttosto che vaginale, ma si presenta come un nodulo all'apertura vaginale.] È più comune nelle donne più giovani e di solito è senza sintomi, ma può causare dolore se si forma un ascesso, bloccare l'ingresso al vestibolo vulvare se grande, e impedire la deambulazione o causare rapporti sessuali dolorosi.