Gli acidi grassi a corta catena, così come quelli a catena media (MCFA o MCT), vengono assorbiti come tali a livello intestinale e veicolati direttamente al fegato tramite la vena porta (sono infatti solubili in acqua), al contrario degli acidi grassi a catena lunga (LCFA), che sono inglobati nei chilomicroni ed accedono al circolo ematico tramite i capillari linfatici e l'arteria succlavia. Contrariamente agli altri acidi grassi superiori, gli SCFA non sono in grado di formare i gliceridi (mono, di e trigliceridi), composti da acidi grassi e glicerolo, o altre esterificazioni. Le fonti alimentari di acidi grassi a corta catena sono limitate; essi sono prodotti prevalentemente dalla fermentazione della fibra alimentare solubile (in particolare amido resistente, pectina, frutto-oligosaccaridi ) e di altri carboidrati non digeriti, ad opera dai batteri del colon. Tale fermentazione porta alla sintesi di acetato, butirrato, propionato, idrogeno (H) ed anidride carbonica (CO2); altri SCFA sono prodotti in quantità inferiori. Il butirrato, in particolare, assieme alla glutammina, rappresenta la maggiore fonte energetica per il colon, tanto che la sua carenza determina atrofia della mucosa. Si rivelano molto utili anche per il flusso ematico del colon, ed una loro carenza porta ad una sua parziale atrofia. Contribuiscono all'assorbimento del sodio (Na) e dell'acqua (H2O) a livello colico, hanno un'azione antinfiammatoria. Il propionato e l'acetato vengono facilmente assorbiti dalla mucosa colica ed entrano nel circolo sanguigno dove sono captati dal fegato (propionato) ed utilizzati come fonte energetica ausiliaria dai muscoli (acetato). Si stima che il contributo calorico di questi acidi grassi alla copertura del fabbisogno energetico sia pari al 10% circa.