Dopo questo libro sulle malattie delle articolazioni la più nota opera di Brodie fu “Diseases of the Urinary Organs”, sulle malattie degli organi urinari, pubblicata per la prima volta nel 1832. In questo trattato Brodie focalizzò la sua attenzione sugli interventi chirurgici per la rimozione di calcoli, sottolineando i rischi della litotomia e suggerendo invece l'uso della litotrissia vescicale, processo che prevedeva l'inserimento di uno strumento attraverso l'uretra in grado di spezzare il calcolo in frammenti in grado di fuoriuscire attraverso le urine. Brodie non inventò la litotrissia, eseguita da Jean Civiale (1792 - 1867) nel 1823, ma giocò un ruolo significativo nel migliorare la strumentazione per il funzionamento della pratica e anche nel definire i dettagli del processo in questione.