Nel 1737, dopo la morte dell'ultimo membro della casa dei Medici, il Granducato di Toscana passò ai Lorena: in particolare, il primo granduca fu Francesco Stefano a cui poi successe il figlio Pietro Leopoldo. Quest'ultimo, il 14 marzo 1771, separò l'ospedale di S. Chiara da quello di S. Maria Nuova di Firenze e chiamò a dirigere il nosocomio un laico, Antonio Quarantotti(operaio della Primaziale pisana): si ha, dunque, il passaggio dalla gestione ecclesiastica a quella laica. 