La frequenza delle complicanze postoperatorie dipende dalla tecnica chirurgica utilizzata e dalla forma di ipospadia trattata. Quella più comune - oltre a dolore, spasmi vescicali, lieve incontinenza momentanea ed ematomi - è la fistola, ossia la formazione di una seconda apertura per il deflusso urinario non voluta e in posizione errata. Nella chirurgia di Mathieu questa incidenza è stimata intorno al 4% mentre sale fino al 15-20% nella Onlay-Duckett. La maggior parte delle complicazioni riguarda i bambini operati con forme posteriori, che richiedono spesso complesse ricostruzioni tessutali e colpiscono fino al 50% dei pazienti. La fistola si chiude raramente in maniera spontanea e deve venire corretta chirurgicamente. La seconda complicanza per frequenza è la stenosi, ossia un anomalo restringimento del canale uretrale che compare nel punto di congiunzione tra il segmento ricostruito e l'uretra naturale (esiti cicatriziali) e/o nella parte superiore del tratto del glande. La stenosi coesiste frequentemente con una fistola. Il restringimento può causare un'irritazione della vescica, delle vie urinarie distali e la comparsa di infezioni lungo di esse. A volte, per ovviare a questo problema, è sufficiente ricalibrare la parte ristretta procedendo con dilatazioni per mezzo di Hegar, ma spesso è necessario un reintervento. Un terzo problema piuttosto frequente è l'uretrocele, un diverticolo che comporta l'allargamento di un segmento di uretra (prolasso uretrale) e il conseguente ristagno di liquidi che possono portare ad infiammazioni croniche ed infezioni. L'uretrocele può essere secondario al restringimento del meato (dilatazione da sforzo idraulico nella parte glandulare) o può verificarsi prossimalmente all'anastomosi tra uretra e neouretra (in questo caso si forma sempre per l'azione della pressione urinaria alterata, come nella fistola).