Tra il 1899 e il 1902 Treves partecipò come medico militare alla guerra dei Boeri, dove gli fu affidato l'ospedale da campo numero 4. Anche questa fu un'esperienza decisiva nella sua vita tanto che al suo ritorno in Inghilterra gli vennero conferite le onorificenze di compagno dell'Ordine del Bagno e di cavaliere comandante dell'Ordine reale vittoriano. Memore di alcuni aspetti della vita da campo che non gli piacquero, si impegnò anche in favore dell'ammodernamento degli ospedali e dei corpi medici nei luoghi di battaglia.