L'infezione delle basse vie urinarie può essere asintomatica (e manifestarsi esclusivamente con batteriuria, che è già stata descritta) o sintomatica, e in questo caso la presentazione clinica dell'infiammazione vescicale tipicamente comprende disuria, pollachiuria, urgenza minzionale. La disuria si manifesta solitamente con dolore a livello dell'uretra durante la minzione. Altri sintomi comuni sono la sensazione di incompleto svuotamento, la nicturia, a volte l'incontinenza specialmente nelle donne più anziane. Spesso è presente una sensazione di pesantezza addominale o vaga dolenzia savrapubica. Le urine possono presentare un caratteristico odore sgradevole, e in un terzo dei casi è presente ematuria.Tra le pazienti con cistite e batteriuria significativa, il 50-70% ha un'infezione limitata alla vescica, ma almeno il 30-50% avrà un'infezione nascosta delle vie urinarie superiori (Ridson 1989, Stemey 1981, Stamm 1980.La distinzione tra pazienti con o senza interessamento renale non può essere fatta esclusivamente sulla base della presentazione clinica. Questa difficoltà ha portato due conseguenze pratiche: il trattamento della maggior parte delle infezioni delle vie urinarie con identici regimi terapeutici, e uno sforzo intenso da parte di molti ricercatori per sviluppare tecniche non invasive per localizzare il sito anatomico di infezione. Tuttavia, per il momento, tutte le tecniche disponibili non sono dotate di sensibilità adeguata per essere usate nella gestione clinica routinaria.Proprio per questo la gestione delle pazienti con sospetta cistite deve sempre tener conto della possibilità che possa essere presente un'infezione più seria.Di fatto attualmete il metodo più utilizzato per distinguere un'infezione bassa senza invasione parenchimale da una alta è la risposta alla terapia con la somministrazione monodose di antibiotico, rivelatasi efficace nella cura della cistite semplice (Bailey 1983), con remissione dei sintomi di solito entro 24-72 ore. L'eventuale ricaduta della paziente a cui viene diagnosticata un'infezione sostenuta dalla stessa specie batterica entro 7 giorni dalla terapia in monosomministrazione permette così la diagnosi dell'infezione "alta", anche se sono stati espressi dubbi sulla reale sensibilità di questa metodica "ex juvantibus" (Fihn 1988).