Nel 1855 passò alla cattedra di anatomia e fisiologia a Bonn e, nel 1858, a quella di fisiologia a Heidelberg, dove rimase fino al 1871. A Heidelberg, compì ampi studi sui moti dell'atmosfera e, in particolare, sulla vorticità più semplice: quella potenziale tipica di un fluido ideale. Questi studi fluidodinamici verranno ripresi da Lord Kelvin e Tait nell'ambito del primitivo "modello degli atomi di vortice"; svolse, inoltre ricerche sui fondamenti della matematica e della geometria (in particolare delle geometrie non-euclidee).