Quetiapina presenta poche controindicazioni. Le principali sono date dall'ipersensibilità nota verso il principio attivo oppure uno qualsiasi degli eccipienti e dall'assunzione contemporanea di inibitori del citocromo P450 (isoforma 3A4) come ad esempio chetoconazolo, fluconazolo, imidazolo, nefazodone, eritromicina, claritromicina, o gli inibitori dell'HIV proteasi.