Nel 1861 acquistò una casa borghese nel suo paese natale, Saint Julien. Da allora ritornava regolarmente nel Beaujolais per assietere alla vendemmia e riposarsi dall'attività tumultuosa di Parigi. Quando morì gli furono accordati i funerali di stato, un onore che mai prima d'allora la Francia aveva concesso a un uomo di scienza. Claude Bernard fu sepolto nel cimitero del Père-Lachaise a Parigi. In accordo con la sua visione scientifica e positivista egli si era sempre considerato agnostico.