Quanto all'ulcera gastrica ciò che causa la formazione della lesione è una condizione di squilibrio tra i fattori aggressivi, tra cui spicca l'infezione dall'"H. pylori", e quelli protettivi, che sono ridotti. Le lesioni nello strato protettivo di muco lo rendono inadeguato a rallentare e neutralizzare la retrodiffusione di una serie di agenti, che arrivano alle cellule superficiali dello stomaco danneggiandole. All'aggressione batterica è anche complice la liberazione di mediatori dell'infiammazione, che amplificano, seppur in via indiretta, il danneggiamento.