Si può utilizzare in tutte le fasi della terapia paradontale, della cura delle irritazioni gengivali, dei trattamenti odontoiatrici in genere, specie quelli chirurgici. In prevenzione, sono utilizzabili le concentrazioni più basse (tipo 0,05%) ma la presenza di effetti collaterali ne può limitare l'utilizzo. La clorexidina ad una concentrazione dallo 0,03 al 2% è utilizzata per un'ampia varietà di situazioni come le seguenti: