Nel 1790 viene nominato chirurgo aiutante presso l'Ospedale Maggiore a Milano; l'anno successivo incisore anatomico, ottenendo una camera attigua alle sale mortuarie per meglio adempiere al suo lavoro. Segue la nomina di medico e di chirurgo dei detenuti delle carceri di Milano e del Foro Criminale. Nel 1791 pubblica, traducendolo dal tedesco, il “Compendio sulle malattie veneree” del Fritze e contribuisce a far conoscere i segni clinici della sifilide, che a quei tempi imperversava, ed a mettere a punto la terapia adeguata che era affidata alle mani di volgari praticanti. Tre anni dopo pubblica “Annotazioni sui mali venerei” ricevendo notevoli manifestazioni di stima dal mondo accademico. Il duca Francesco Melzi d'Eril, affetto da malattia considerata incurabile dai professori del tempo in Italia e all'estero, si fa curare con successo dal Monteggia che conquista grande fama nonché un assegno vitalizio. Nel 1792 la Congregazione dell'Ospedale Maggiore di Milano gli affida l'incarico di dare lezioni gratuite di chirurgia ai giovani chirurghi ospedalieri.