Nel 1567 Ambroise cercò anche di ottenere un posto di rilievo nella confraternita, ma le sue umili origini rappresentarono per i colleghi un valido motivo per opporsi ai suoi tentativi. Per lo stesso motivo entrò in conflitto con la facoltà nel 1575, quando pubblicò alcuni suoi lavori. In questa occasione il collegio reale dei chirurghi fece notare che la riduzione delle procedure di ammissione alla confraternita non era stata esattamente “legale”, costringendo Paré a tacere per evitare eventuali conseguenze.