Secondo la teoria del network immunitario la principale causa di progressione ad AIDS successivamente all'infezione da HIV non sarebbe l'uccisione da parte del virus dei linfociti T helper infettati dal virus. A seguito di un'infezione da HIV che riesce ad affermarsi, c'è una complessa interazione tra il virus HIV, le cellule T helper che infetta e le cellule T soppressor. Queste tre quasispecie applicano una pressione selettiva reciproca che spinge un'evoluzione in modo tale che prima o poi gli epitopi virali arrivano a mimare le regioni V della maggior popolazione delle cellule T soppressor. Una volta che ciò accade anticorpi anti-HIV possono cross-legare determinando l'uccisione della maggior parte della popolazione delle cellule T soppressorie. Questo esita in una disgregazione del sistema immunitario e porta ad ulteriori reazioni contro il self, come quelle contro la popolazione di cellule T helper. A questo punto il sistema immunitario adattativo è interamente compromesso e sopraggiunge l'AIDS. Quindi secondo questo modello l'insorgenza dell'AIDS è soprattutto una reazione auto-immune innescata dalla cross-reazione degli anticorpi anti-HIV con le cellule T soppressor. Una volta che sopraggiunge l'auto-immunità l'eliminazione del virus, (ad esempio tramite HAART) non sarà comunque sufficiente a ripristinare una funzione immunitaria corretta. La co-evoluzione delle quasi-specie sopra descritta necessita di tempi variabili in dipendenza delle condizioni iniziali al momento dell'infezione (es. gli epitopi dell'infezione primaria e lo stato stazionario della popolazione di cellule immunitarie dell'ospite) Il che spiegherebbe il perché ci sia un periodo variabile, che può differire notevolmente tra un paziente e l'altro considerando l'infezione con HIV e l'insorgenza di AIDS. Questo suggerisce inoltre che i vaccini convenzionali difficilmente potranno avere successo, almeno fino a che non saranno in grado di non provocare una risposta di tipo auto-immune. Questi vaccini potrebbero, in certi casi, causare ancora più danni, in quanto se questi derivano da un'infezione di tipo "maturo" questi virioni avranno già sviluppato un'alta affinità nei confronti dell'epitopo in grado di cross-reagire (vedi sopra), quindi il risultato nell'indurre anticorpi anti-HIV provenienti da infezioni mature permette al virus di arrivare più rapidamente al suo bersaglio. Il modello non ha prodotto alcuna ricaduta clinica.