Si ritiene che anche i fattori ambientali giochino un ruolo nello sviluppo della atopia, e l'"ipotesi dell'igiene" è uno dei paradigmi ad oggi disponibili che può spiegare il forte aumento di incidenza delle malattie atopiche. Questa ipotesi propone che l'eccesso di "pulizia" nell'ambiente di un infante o di un bambino possa portare ad una diminuzione del numero degli stimoli infettivi che sono necessari per il corretto sviluppo del sistema immunitario. La riduzione dell'esposizione a stimoli infettivi può determinare uno squilibrio tra elementi di risposta infettiva ed elementi di risposta allergica all'interno del sistema immunitario.