A partire dal 1831, con la direzione di Giuseppe Simoneschi (1831-1856), si realizzarono una serie di interventi sulla struttura originaria che permisero un’effettiva separazione degli ammalati in sezioni distinte secondo il sesso e le differenti patologie mentali e sulla stretta interrelazione tra locali per le attività terapeutiche e aree esterne. Furono, inoltre, introdotte sezioni pedagogiche, una scuola religiosa “primaria, scientifica, artistica” e “stabilimenti” per le attività industriali, artigianali e per il lavoro agricolo, mentre ai giardini fu assegnata una grande importanza nel processo di recupero degli alienati. Si apportarono importanti innovazioni agli strumenti di contenzione (letti, bagni) e, su espressa indicazione di Simoneschi, si demolì il teatro, spazio molto caro al metodo riabilitativo del Linguiti, e, al suo posto fu costruita una vasta sala per accogliere gli infermi. Tutto, quindi, cominciò ad assomigliare di più al moderno concetto di manicomio, inteso come struttura di contenzione e internamento, a scapito dell’aspetto riabilitativo della persona. Il Manicomio di Aversa diventò fin da subito il più importante del Regno delle Due Sicilie e tra quelle più all’avanguardia in tutta Europa, tant’è che a solamente tre anni dall’apertura, già non aveva più spazio sufficiente per far fronte ai grandi numeri di richieste di ricoveri tant’è che nel 1836 si aggiunse una quarta sede del Manicomio, un antico fabbricato degli ex-agostiniani scalzi, che formò la Succursale S. Agostino degli Scalzi.