Il legame di ertapenem con le proteine plasmatiche è elevato (circa il 95%) ed il benzoato presente nella molecola ne sembra ampiamente responsabile in quanto, modificando la carica della molecola, ne rende elevato il legame proteico, aumentando l'emivita della molecola e rendendo quindi possibile la mono-somministrazione giornaliera. Il metile in posizione 4β sembra rallentare l'idrolisi renale della molecola. Circa l’80 % del farmaco viene eliminato per via renale e il 10 % nelle feci.