La diagnosi di qualsiasi forma di gastrite (acuta o cronica) è solo istologica. Perciò, la diagnosi di gastrite cronica può essere posta solo attraverso l'esecuzione di un'esofagogastroduodenoscopia completata da biopsie gastriche. Tale metodica, oltre a identificare nosograficamente la gastrite cronica, permette la valutazione del grado di infiltrazione infiammatoria e/o di atrofia delle pareti gastrite e il successivo confronto a distanza. Inoltre consente di valutare la presenza di "H. pilori", la sede delle lesioni istologiche, la presenza di reperti patologici collaterali e/o lo sviluppo di complicanze in sede. 