Tra le opere principali di Buonafede Vitali si ricordano: "Breve trattato sulla peste e sua origine" pubblicato a Londra nel 1710, in cui il Vitali si schiera in favore della tesi contagionista in aperta polemica con i sostenitori di quella miasmatica; "Lettera scritta dall'Anonimo" pubblicata una prima volta senza precisa indicazione di data e una seconda volta nel 1732, in cui l'Anonimo fa un primo bilancio delle proprie idee ed esperienze definendosi tra le altre cose "pubblico operatore empirico"; "Le Terme del Masino" stampato a Milano nel 1734, in cui Vitali condensa tutta l'esperienza idrogeologica che ha accumulato negli anni; "Lettera e risposta del Dottor Buonafede Vitali, protomedico in Verona, che tratta delle malattie contagiose" del 1743; "Li bagni di Caldiero" pubblicati postumi nel 1746.