Così il 31 marzo 1875, a Firenze, morì Bufalini. Tuttavia quando era in vita, aveva espresso il desiderio di essere sepolto nella sua Cesena; e infatti il 4 aprile 1875 la salma fu trasferita alla sua città natale, verso la quale aveva un legame così forte da lasciare nel testamento la sua intera biblioteca scientifica al Comune di Cesena. Ma anche la città romagnola gli fu riconoscente e nel settembre 1875 il Consiglio provinciale stanziò dei fondi per la costruzione di un monumento in sua memoria, realizzato nel 1885 e posizionato di fronte alla Biblioteca Malatestiana e alla sua casa natale.