Il tasso di mortalità rilevato da vari studi risulta particolarmente alto (30-81% per candidemie e oltre il 14% per infezioni da aspergillus), considerando però che in gran parte si tratta di decessi associati ad infezioni ospedaliere in soggetti con la salute già compromessa da altre malattie e che, mentre per le infezioni da "aspergillus" le terapie antimicotiche si sono rivelate particolarmente efficaci, stanno emergendo specie e ceppi di candida resistenti ai più comuni trattamenti antifungini.