Il microscopio elettronico a scansione presenta quindi numerose analogie con il convenzionale microscopio ottico: dove in questo c'è una lampada, in quello elettronico c'è un fascio di elettroni; dove nel primo ci sono lenti capaci di costruire delle immagini, nel secondo vi sono dei magneti in grado di deviare gli elettroni.Vi sono anche, ovviamente, delle fondamentali differenze:-potere di ingrandimento: il microscopio ottico riesce ad ingrandire un campione fino a 2000 volte, il SEM ha un potere di ingrandimento fino a oltre cento volte superiore;-profondità di campo: il SEM è dotato di una profondità di campo nettamente superiore al convenzionale microscopio ottico; "picchi" e "valli" in un preparato sono quindi visibili contemporaneamente; -possibilità di eseguire analisi qualitative: grazie ad appositi rilevatori a raggi X il SEM permette di studiare la composizione elementare del preparato (vedi oltre).