Tra gli effetti collaterali più comuni in corso di terapia si segnalano epigastralgia, senso di tensione gastrica, sanguinamento vaginale, cefalea, vertigini, nausea e vomito, sensazione di tensione mammaria, ritenzione idrica, tendenza all'aumento ponderale, riduzione del tono dell'umore. La terapia con quinestrolo può interferire con la coagulazione del sangue. I cambiamenti indotti nella coagulazione del sangue e nella fibrinolisi sono simili a quelli riportati durante la terapia orale contraccettiva con altre sostanze e potrebbero indicare un aumento del rischio trombotico.