Le ricadute sono state segnalate nel 20% dei pazienti. La CDI ricorrente è uno degli aspetti più impegnativi della CDI che si verifica a causa di ricadute o reinfezioni. La frequenza relativa di ciascun meccanismo di recidiva non è stata ben descritta; tuttavia, in molti articoli pubblicati, il 33% -75% dei casi di CDI ricorrente è attribuito all'infezione con un nuovo ceppo. Circa il 25% dei pazienti trattati con metronidazolo o vancomicina, tipicamente entro 4 settimane dal completamento della terapia antibiotica, presenta sintomi ricorrenti. La causa principale delle CDI ricorrenti non è stata riconosciuta, ma sembra che i disturbi della normale flora intestinale e una risposta immunitaria difettosa contro "C. difficile" e/o le sue tossine giochino un ruolo importante nello sviluppo delle CDI ricorrenti.