Nel 1122, l'ospedale, denominato "Ospedale della Commenda di San Giovanni gerosolimitano", divenne suffraganeo del monastero benedettino di Santa Maria della Valle di Josaphat, e sorgeva a ridosso della parte settentrionale della rupe basaltica. L'edificio è storicamente noto alla cronache per aver ospiziato Federico II d'Aragona, il re di Sicilia, che vi morì nel 1337.