Nella maggior parte dei casi, la prognosi di mucormicosi è infausta e i tassi di mortalità variano a seconda della sua forma, della sua gravità e della terapia effettuata. Nella forma rinocerebrale, il tasso di mortalità è compreso fra il 30% e il 70%; la mucormicosi disseminata presenta il tasso di mortalità più elevato, con valori superiori al 90%. 