L'Helicobacter pylori danneggia la mucosa gastrica sia in maniera diretta, ovvero con la tossina Vac-A che vacuolizza le cellule epiteliali, sia in maniera indiretta tramite la tossina Cag-A, l'ureasi e i lipopolisaccaridi che stimolano i linfociti e i macrofagi a produrre le citochine Interleuchina-1 (IL-1), Interleuchina-6 (IL-6), e Interleuchina-8 (IL-8), che daranno il via al processo flogistico.