Le principali patologie della nasofaringe comprendono processi infiammatori acuti o cronici delle vegetazioni adenoidi, che possono limitare la funzione respiratoria, e neoplasie come il carcinoma della faringe. Quest'ultimo è un tumore maligno, associato talvolta alla presenza del virus di Epstein-Barr, raro nella popolazione generale ma estremamente diffuso in Cina: 25 casi per 100.000 persone. All'interno di questa popolazione il carcinoma colpisce maggiormente gli adulti, specialmente nel Guangdong, dove la prevalenza della patologica è più di 20 volte maggiore rispetto al resto del mondo. La causa di questa enorme differenza di prevalenza è sconosciuta; nel caso della Cina è stato ipotizzato un ruolo dell'alimentazione, ricca di verdure salate, pesce e carne. È diffuso inoltre in Africa tra i bambini.