La struttura deve essere progettata in modo da garantire un flusso a senso unico di entrata delle materie prime ed in uscita dei radiofarmaci pronti all'utilizzo. L'accesso deve essere inoltre ristretto solo al personale autorizzato e monitorato dall'Esperto Qualificato e dal medico competente. Tutti gli abiti da usare all'interno devono essere a perdere e le superfici facilmente lavabili. I locali non devono consentire l'uscita all'esterno di materiale radioattivo, devono essere adeguati alle norme di radioprotezione ed avere all'interno una pressione dell'aria minore di quella atmosferica. Le condizioni climatiche dei locali inoltre devono essere monitorare e registrate e deve essere previsto un piano di pulizie periodiche e di manutenzione periodica delle apparecchiature. Come dotazione i locali, a seconda delle procedure effettuate, di solito possiedono: cappa a flusso laminare in classe A schermata, isolatori con filtri HEPA, armadi e frigoriferi schermati per la conservazione di reagenti e preparati, strumenti per la preparazione dei radiofarmaci (anche automatici per ridurre l'esposizione al personale. Agitatori, riscaldatori, moduli di sintesi, frazionatori di dose...), strumenti per il controllo della contaminazione ambientale e personale, strumenti per misurare la radioattività dei preparati (es. calibratore di dose), strumenti per il controllo della qualità dei preparati (es. colonne cromatografiche), Personal Computer e sistemi di storage dei dati, strumenti per le marcature cellulari (es. centrifuga, microscopio ottico).