I calcoli possono trovarsi nel rene, nell'uretere, nella vescica e nell'uretra. I calcoli caliciali, all'interno del rene, possono essere asintomatici e non necessitano trattamento in assenza di dolore e/o infiammazione. I calcoli pelvici posizionati nel bacinetto renale, richiedono sovente il trattamento potendo diventare ostruttivi. I calcoli a stampo, o coralliformi occupano sia il bacinetto che i calici all'interno del rene. I calcoli ureterali se non c'è ostruzione del flusso, con conseguente colica renale, possono defluire naturalmente. I calcoli vescicali possono arrivare dall'uretere e non venir espulsi per un’ostruzione del collo vescicale che non permette un completo svuotamento della vescica al termine della minzione come accade tipicamente in caso di ipertrofia prostatica. Possono anche formarsi nella vescica, sempre in presenza di ostruzione del collo vescicale, associati a una infezione delle vie urinarie.