I primi sintomi della NCL compaiono solitamente intorno ai 4-10 anni di età, con un esordio clinico caratterizzato da un aumento graduale di problemi alla vista, o convulsioni. Si hanno sottili cambiamenti della personalità e cambiamenti di comportamento, l'apprendimento diventa difficile o regredisce, si manifestano discorsi ripetitivi o ecolalia, goffaggine, o una tendenza all'inciampo nel camminare.