Se si ha carenza di vitamina B12 dato che nella reazione di trasformazione dell'N-5 metil THF (derivato della B9) in THF ad opera della omocisteina metiltransferasi che serve a trasformare l'omocisteina in metionina l'N-5 metilTHF si serve di B12, il derivato della B9 rimarrà all'interno della cellula inattivato data la sua metilazione. In questo caso il soggetto avrà un deficit secondario di vitamina B9 (pur essendoci la B9 non potrà essere utilizzata). Il deficit secondario deve essere distinto da quello primario dato che quest'ultimo è dovuto a mancanza di B9 nella nostra dieta. Solo in quest'ultimo caso il medico procederà alla cura del paziente con dosi di folato (B9) e non nel caso del deficit secondario, il che potrebbe causare ingenti danni al soggetto affetto da carenza di B12 e non di B9.