Si riscontrano acantosi, paracheratosi e displasia estesa all'intero spessore dell'epidermide, alterazioni della differenziazione con prematura cheratinizzazione dei cheratinociti e perdita della loro polarità. Frammiste ai cheratinociti si possono individuare grandi cellule dai citoplasmi pieni di glicogeno e PAS positive. I singoli cheratinociti presentano pleomorfismo di grado variabile e grandi nuclei ipercromici. Si possono riscontrare frequenti figure mitotiche. La giunzione dermo-epidermica è intatta, si tratta pertanto di un carcinoma in situ. Il derma presenta un infiltrato infiammatorio denso. Nelle lesioni genitali con significativa presenza di HPV si può riscontrare coilocitosi.