Da un punto di vista molecolare, si è molto discusso se l'imatinib fosse un analogo dell'ATP oppure no. L'imatinib entra nella tasca della proteina in 2 modi: o attraverso un meccanismo "chiave-serratura", che si basa sulla complementarità della tasca della proteina rispetto al farmaco, o attraverso la formazione di ponti idrogeno tra atomi del farmaco e residui della proteina che circondano la tasca; questi ponti idrogeno sono importanti per stabilizzare il farmaco nella tasca. Infatti, la perdita di un ponte idrogeno fa perdere un logaritmo dell'effetto del farmaco.