La APS è una malattia autoimmune. Ciò significa che il sistema immunitario, che normalmente protegge l’organismo da infezioni e malattie, attacca i propri tessuti sani producendo degli anticorpi anomali, denominati anticorpi antifosfolipidi. Si ritiene che essi interferiscano con la coagulazione causando trombosi in ogni parte dell’organismo.