Il trattamento endoscopico può essere utilizzato in caso di fallimento della terapia medica e di impraticabilità della terapia chirurgica. In pazienti selezionati, nell'ostruzione del coledoco o del dotto di Wirsung, viene utilizzato il drenaggio delle pseudocisti pancreatiche. Il suo ruolo nel trattamento del dolore, con l'interruzione del plesso celiaco tramite guida ecografica, è discusso. L'efficacia della terapia endoscopica rispetto alla terapia medica, nel caso di pancreatite cronica sintomatica, è confermata da una percentuale di successi pari al 50% (contro il 31% della terapia medica).