Nella primavera 2002 aderisce al nuovo partito Unione per un Movimento Popolare (UMP), nato dalla fusione del Raggruppamento per la Repubblica (RPR) con una componente dell'UDF, e ne diventerà segretario generale. Nominato nel marzo 2004 ministro della sanità e della protezione sociale, poi nel novembre 2004 della solidarietà, della sanità e della famiglia in occasione di due rimpasti del governo di Jean-Pierre Raffarin. A causa della regola non scritta dell'incompatibilità dei due mandati, nel 2004 si dimette da sindaco di Tolosa conservando fino alla scadenza del mandato nel 2008 la presidenza della Comunità di agglomerazione "della grande Tolosa" (l'autorità sovracomunale che amministra l'area metropolitana).