Per altro i dati provenienti da centinaia di donne gravide trattate con dosi orali standard del farmaco (<200 mg/die) nel corso del primo trimestre di gravidanza e per brevi periodi non ha mostrato un aumento di malformazioni congenite, (tra cui brachicefalia, displasia auricolare, fontanella anteriore gigante, ricurvamento femorale e sinostosi radio-omerale) mentre l'esposizione al farmaco a dosaggi elevati (400/800 mg/die per coccidiomicosi per almeno 3 mesi) ha comportato anomalie congenite multiple. La Food and Drug Administration ha inserito il fluconazolo in classe C (farmaci i cui studi sugli animali hanno rilevato effetti dannosi sul feto, teratogenico/letale o altro, e per i quali non sono disponibili studi controllati in donne oppure farmaci per i quali non sono disponibili studi né sull'uomo né sull'animale) per l'uso in gravidanza in caso di infezione da candida vaginale (dose singola da 150 mg).