Oltre ai sintomi causati dalla modifica dei livelli ormonali ci possono essere dei sintomi dovuti agli effetti del processo immunitario e degli anticorpi. I sintomi sono raggruppati di seguito come "sintomi della malattia autoimmune". Una separazione dei sintomi a livello medico probabilmente non è del tutto corretta perché a volte non è ancora chiaro quali sintomi provengono dagli ormoni e quali dai processi immunitari e dagli anticorpi modificati al di fuori della tiroide.