Si possono distinguere due strutture principali all'interno di un craniofaringioma, una costituita da tessuto denso e una di natura cistica. Il diametro della massa tumorale varia dai 2 cm ai 5 cm, raramente supera questi valori. La crescita è lenta ed espansiva. La porzione cistica contiene generalmente dai 10 ml ai 50 ml (raramente arriva fino a 200 ml) do liquido di colore giallo o ambrato o color caffè. Possiede una capsula densa, abbastanza saldamente collegata con il tessuto cerebrale circostante, con le membrane e con i vasi. La vascolarizzazione del tumore avviene tramite i rami del circolo arterioso cerebrale.