Mikulicz trascorre a Cracovia cinque anni molto produttivi. Le condizioni sanitarie degli ospedali polacchi non sono delle migliori: di 50000 abitanti solo 270 compiono studi o professioni in ambito medico; in ospedale sono presenti solo ventun letti operatori e nell'anno precedente era stata compiuta un'unica procedura intra-addominale. Mikulicz avvia un intero nuovo padiglione e lentamente comincia a farsi conoscere e apprezzare come chirurgo e successivamente come Presidente della Società Medica Scientifica.