Questi dati avrebbero potuto suscitare se non entusiasmo almeno interesse o curiosità, invece gli attirarono gelosia, invidia e risentimenti vari. Il suo direttore, Johann Klein, che sosteneva con forza la necessità per gli studenti di praticare molte autopsie, trovava irritanti le iniziative di questo straniero ungherese, per giunta nazionalista (partecipò con entusiasmo ai moti del 1848) e che si arrogava il diritto di emanare disposizioni che non gli competevano, offensive per il personale (l'obbligo di lavarsi le mani) ed onerose per l'ospedale (cambio frequente delle lenzuola) e non gli fece rinnovare il contratto. L'appoggio di alcuni amici - Josef Škoda, Ferdinand von Hebra, del suo vecchio maestro e grande patologo Rokitansky - servì solo in parte ad aiutarlo a diffondere le nuove teorie, osteggiate dal mondo medico che per principio rifiutava di ammettere che i medici stessi potessero essere degli "untori". Uno dei suoi più accaniti oppositori fu Rudolf Virchow, considerato il padre della patologia cellulare.