Per questo motivo e per controllare eventuali effetti tossici, la vancomicina viene somministrata in ambiente ospedaliero per via endovenosa. L'unica eccezione è costituita nella colite pseudomembranosa sostenuta da "Clostridium difficile" in cui si preferisce la somministrazione orale, essendo in questo caso ricercato un effetto di tipo topico sul colon.