Si sospetta la FNAIT quando un neonato in buona salute, nato dopo una gravidanza e un parto senza incidenti, esibisce ematomi, petecchie o porpora diffusa alla nascita o poche ore dopo la nascita. Le emorragie viscerali, come sanguinamento gastrointestinale o ematuria, si verificano meno frequentemente. La madre è in genere sana, senza precedenti di trombocitopenia o disturbi autoimmuni. Il neonato non ha segni clinici di infezione o malformazioni. In circa il 20% di questi bambini affetti si evidenzia una emorragia intracranica (in sigla dall'inglese ICH) che porta alla morte o sequele neurologiche. La conta piastrinica è bassa alla nascita e può essere associata ad anemia, secondaria al sanguinamento. Le indagini immunologiche piastriniche confermeranno una alloimmunizzazione materna specifica.