L'indagine al microscopio elettronico delle specie appartenenti al genere "Ebolavirus" mostra la caratteristica struttura filamentosa dei filovirus. La specie virus Ebola EBOV VP30 è costituita da una catena di 288 amminoacidi. I virioni generalmente hanno una struttura tubolare variabile: possono assumere la forma di "bastone pastorale", di occhiello, di "U" o di "6", arrotolata, circolare o ramificata. Tuttavia le tecniche di laboratorio di purificazione come la centrifugazione potrebbero influenzarne l'aspetto morfologico. I virioni misurano generalmente 80 nm di diametro. Hanno misure variabili, tipicamente attorno ai 1000 nm, ma possono arrivare a 14000 nm di lunghezza. Nel centro del virione è presente il "nucleocapside", una struttura elicoidale costituita dalla proteina del nucleocapside virale 30 (VP30), il quale contiene la proteina virale 35 (VP35), una molecola di RNA genomico virale legato alla nucleoproteina (NP) e infine la RNA polimerasi-RNA dipendente virale (L). Il virione ha un diametro di 40-50 nm e un canale centrale di 20–30 nm di diametro. Una glicoproteina (GP) virale è presente sulla membrana virale, derivata dalla membrana cellulare ospite, ed è responsabile del riconoscimento della cellula bersaglio. Tra la membrana e il nucleocapside a questa ancorata, all'interno della cosiddetta matrice, sono allocate le proteine virali VP40 e VP24.