Diversi studi hanno messo in relazione l'aneurisma del setto interatriale (ma soprattutto il forame ovale pervio) a embolia cardiogena e a ictus criptogenetico (ciè a ictus da causa non diagnosticabile). È stato ipotizzato che l'aneurisma del setto interatriale potrebbe favorire la formazione di trombi "in situ" o l'innesco di aritmie come la fibrillazione atriale, con conseguenze emboliche, ma la letteratura non è concorde sull'argomento