DeBakey ebbe un importante ruolo nell'istituire il Michael E. DeBakey Heart Institute all'Hays Medical Center, in Kansas. Diverse tecniche e innesti chirurgici che egli introdusse portano adesso il suo nome. DeBakey foundò il Michael E. DeBakey Institute al Texas A&M College of Veterinary Medicine & Biomedical Sciences, risultato ottenuto grazie alla collaborazione tra Texas A&M, il Baylor College of Medicine el'UT Health Science Center di Houston, per portar avanti ulteriori ricerche sulle malattie cardiovascolari.