Il fondaparinux sodico viene somministrato tramite iniezione sottocutanea con una singola dose e viene completamente assorbito. Non può essere somministrato per via intramuscolare. Per facilitare la somministrazione, il paziente deve stare seduto o supino. Il farmaco deve essere somministrato a livello del tessuto adiposo ed è bene alternare i siti di iniezione ogni giorno (per esempio alternare la parete addominale anterolaterale o posterolaterale destra e sinistra). Con indice e pollice si crea una piega della pelle in cui va inserito interamente l'ago della siringa. Si spinge lo stantuffo della siringa per tutta la lunghezza di quest'ultima, fino a quando l'ago non si ritira automaticamente dalla pelle e si ritrae nella boccola di sicurezza. Il fondaparinux non va co-somministrato con altre iniezioni o infusioni.