Il trattamento viene spesso consigliato solo per le persone con gravi problemi di salute, come ad esempio le persone con HIV la cui conta dei CD4 è di meno di 200 cellule/mm3, poiché la malattia è più grave quando il sistema immunitario è debole. Il Trimetoprim/sulfametossazolo è il farmaco di scelta per la profilassi della toxoplasmosi, ma non per il trattamento della malattia attiva. Uno studio del 2012 mostra un nuovo modo promettente per trattare la forma attiva e latente di questa malattia utilizzando due chinoloni.