Nonostante con l'aumento dell’"intensità" dell'esercizio il corpo utilizzi più carboidrati come combustibile, i ricercatori hanno notato che questo stimolo comporta l'attivazione degli stessi messaggi chimici a livello molecolare che inducono l'aumento della densità muscolare capillare, della densità mitocondriale, degli enzimi lipolitici (responsabili dell'ossidazione di grassi), e di altre proteine regolatorie. Quindi la correlazione tra l'HIIT e il miglioramento del metabolismo dei grassi sembra essere associato agli adattamenti che si verificano nel muscolo scheletrico a livello molecolare. Il motivo per cui l'attività anaerobica in "Interval training" può rivelarsi più efficiente per il dimagrimento è dovuto al fatto che si vengono a creare degli adattamenti a livello metabolico per aumentare il dispendio lipidico al fine di sostenere i livelli di intensità imposti. Viene anche elevato l'impiego di energia per 24 ore nel post allenamento, il che ha un importante effetto sulla perdita di grasso. L’"Interval training" può essere ritenuto così efficace per la perdita di grasso perché attinge da diverse fonti energetiche mediante diversi sistemi energetici rispetto al classico esercizio aerobico. L'esercizio aerobico in prima battuta tende a bruciare prima i carboidrati, e, se protratto per lunghi periodi, tende a creare una potenziale azione di degenerazione del muscolo scheletrico, mentre l'esercizio ad alta intensità brucia una percentuale di grasso paragonabile, aumenta la produzione di enzimi coinvolti nella degradazione dei grassi, e attiva processi che portano allo sviluppo muscolare. Un altro motivo per cui l’"Interval training" può essere superiore per la perdita di grasso, è che ha un impatto notevolmente maggiore sul EPOC, correlato all'aumento del metabolismo basale e della spesa energetica e lipidica nelle ore successive all'attività fisica.