ImageJ (Fig. 10) è un programma informatico di elaborazione digitale delle immagini, rilasciato nel pubblico dominio, basato su Sun-Java e sviluppato dal National Institute of Health degli Stati Uniti (IMAGEJ 2004). È stato progettato con un'architettura aperta che prevede la possibilità di avere estensioni tramite piccoli sottoprogrammi definiti plug-in e molte macro registrabili. ImageJ possiede un editor incorporato e un compilatore Java. Molti plug-in scritti dagli utenti gli rendono possibile risolvere problemi di processamento delle immagini e di analisi, dalla visualizzazione cellule viventi tridimensionali (Gering and Atkinson 2004), all'image processing in radiologia (Burger and Burge 2008). ImageJ può visualizzare, editare, analizzare, processare, salvare e stampare immagini a 8 bit, a 16 bit e anche a 32 bit. Può leggere molti formati d"immagine inclusi TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP e DICOM, così come anche i formati Raw. Supporta le immagini stacks, che condividono una singola finestra. Alcune delle sue funzioni principali sono:• calcolo di area, del valore dei pixel di sezioni definite dall'utente e di oggetti in base a soglie di intensità • funzione di elaborazione standard delle immagini (regolazione del contrasto, incremento di nitidezza, smoothing, filtraggio, convoluzione e analisi di Fourier).• identificazione di linee di profilo • creazione di istogrammi di densità • misurazione di distanze e angoli