La pancreatite cronica è aggravata dalla SIBO nel 30-40% dei casi. Possono essere coinvolti diversi fattori: insufficienza pancreatica esocrina con l'assenza degli effetti antibatterici degli enzimi proteolitici, chimo anomalo nell'intestino tenue, disordini della motilità, somministrazione di analgesici o consumo continuo di alcol. Anche la fibrosi cistica è associata a un maggior rischio per la SIBO. La SIBO potrebbe essere la causa principale della diarrea nei pazienti con carcinoma pancreatico avanzato, precedendo in importanza l'insufficienza pancreatica esocrina, la chemioterapia e le operazioni chirurgiche.