Nei Paesi in via di sviluppo, la diagnosi è fatta cercando al microscopio le caratteristiche “cisti” del parassita nei campioni di feci. Sebbene sia considerato lo standard di riferimento, questo metodo non permette di distinguere E. histolytica dalle altre specie innocue che risiedono nell'intestino. Inoltre, alcuni fattori, quali l'abbondanza delle cisti nel campione di feci, o il modo in cui le feci vengono conservate, possono influenzare il risultato dell'analisi.