Nel 1825 pubblicò "Intorno alla medicina analitica. Cicalate di M.B. in apologia dei medici italiani e di sé medesimo e in risposta ad alcuni articoli di giornale della nuova dottrina medica italiana". Questo saggio scatenò le ire degli ambienti clericali che lo accusarono nel 1826 di ateismo e materialismo. Tuttavia egli continuò a sostenere la bontà delle sue idee sperimentali (e non materialistiche) contro le teorie scientifiche che formulavano ipotesi aprioristiche. Inoltre non negò in nessun modo l'esistenza di Dio, anzi, sottolineò che lo scienziato ha il solocompito di studiare le leggi poste in essere dal Creatore.