Si ritiene che la babesiosi possa aver portato problemi agli esseri umani sin dalla preistoria attraverso l'infezione degli animali da allevamento. Il genere Babesia venne comunque formalmente identificato nel 1888 ad opera di Victor Babeș che stava studiando la causa della emoglobinuria febbrile nella mucca. Poco tempo dopo si scoprì che le zecche funzionavano da vettori per la trasmissione di "Babesia bigemina".