Essendo morto Hermann Widerhofer nel 1902, Escherich fu chiamato a succedergli all'Università di Vienna e alla clinica pediatrica St. Anna Kinderspital di Vienna. Fra i suoi allievi a Vienna occorre ricordare Béla Schick e Clemens von Pirquet; quest'ultimo fu peraltro il suo successore a Vienna. Gli interessi di Escherich a Vienna furono legati all'igiene e alla prevenzione. Nel 1903 scrisse un opuscolo divulgativo, rivolto alle donne, contenente consigli e informazioni igieniche; il successo dell'iniziativa e il consenso lo spinsero a fondare, l'anno successivo, il "Verein Säuglingsschutz", una associazione di assistenza neonatale. Nel 1908, in occasione dei festeggiamenti per il 60º anniversario dell'ascesa al trono di Francesco Giuseppe, Escherich cercò nuovamente di sensibilizzare le autorità e l'opinione pubblica sull'altissima percentuale di mortalità infantile nell'impero e sui mezzi per diminuirla fra i quali, oltre alle norme igieniche, Escherich comprendeva anche l'allattamento al seno dei neonati. I suoi sforzi diedero luogo alla costruzione dell'Istituto Imperiale per l'Assistenza Materna e Infantile, la "Kinderklinik" al St. Anna Kinderspital.