Nel 1938, poco prima dello scoppio della seconda guerra mondiale, vennero messi a punto nuovi piani per lo spiegamento dei servizi medici. A Gillies, visto il ruolo di chirurgo plastico, nonché consulente delle forze armate e del Ministero della salute, venne chiesto di sviluppare progetti per l’organizzazione di servizi di chirurgia plastica in caso di emergenza nazionale. Selezionò vari siti per le unità e scelse per sé il Park Prewett Hospital (con una dependance privata, la Rooksdown House), un'ex struttura psichiatrica fuori da Basingstoke. Quando arrivò il primo afflusso di feriti durante il ritiro da Dunkerque, ci fu un'organizzazione efficiente pronta a dare cure immediate: una situazione molto diversa se paragonata alla disponibilità di unità di chirurgia plastica nella prima guerra mondiale. Un’unità medica fu mandata con la BEF in Francia sotto il comando di Richard Battle, un chirurgo il cui maestro fu proprio Gillies. Questa fu la prima unità armata mobile di chirurgia plastica che fu inviata su un campo di battaglia.