Dal punto di vista terapeutico, Guido Baccelli prediligeva i "medicamenti eroici", ovvero quelli da destinarsi a casi particolarmente gravi o apparentemente senza speranza. Baccelli fu, in particolare, un pioniere dell'uso terapeutico delle iniezioni endovenose (“"Aprire la via delle vene ai medicamenti eroici"”) che applicò, per esempio, con successo in alcuni casi, che fino a quel tempo apparivano disperati, di perniciosa malarica, una forma particolarmente grave della malattia che portava spesso alla morte in poche ore. Le sue iniezioni intravenose di idroclorato di chinina che, a partire dal 1889, gli permisero di ottenere alcune guarigioni clamorose dalla malaria perniciosa gli valsero, durante il Congresso Medico Internazionale di Berlino del 1890, un celebre commento del grande patologo tedesco Rudolph Virchow: "Ciò che Lister fece per la superficie del corpo, Baccelli ha fatto per la crasi del sangue". Eppure, già nel 1907 Laveran, pur elogiando ancora il metodo di Baccelli, dirà di preferirgli ormai il metodo ipodermico in quanto altrettanto rapido e sicuramente più semplice per introdurre "i sali di chinino nel circolo generale". Nel frattempo, però, il metodo delle iniezioni endovenose di Baccelli aveva salvato molte vite, compresa quella del giovane Enrico Novelli, che sarebbe diventato il celebre scrittore e fumettista "Yambo".