Il gemfibrozil è controindicato in persone con problemi d'ipersensibilità al prodotto o ai suoi eccipienti, con insufficienza epatica o renale o con malattie della colecisti e/o delle vie biliari (inclusa la colelitiasi). È da ricordare anche la controindicazione in persone che abbiano manifestato fotosensibilità in precedenti terapie con fibrati o che stiano assumendo repaglinide.