Un mese di viaggio condusse il Dr Mayo a Galena. I giornali esaltavano la bellezza dei suoi laghi e fiumi ricchi di pesce. Un posto senza disagi e malattie era proprio ciò che cercava il Dr. Mayo. Tornò nell'Indiana a prendere la figlia Gertrude e la moglie, che trasferì il suo negozio a San Paolo. Giunti a San Paolo nel 1854 il lavoro della signora Mayo fiorì subito differentemente da quello del marito. La città infatti era piena di medici e non vi era abbastanza lavoro per tutti, così il Dr. Mayo si dedicò alla sua curiosità nel visitare il nuovo territorio. Non restarono a San Paolo a lungo e presto si trasferirono a LeSueur, dove il Dr. Mayo tornò ad esercitare la sua professione, nonostante l'ostilità di molti medici. Qui vi erano molte malattie legate all'alimentazione o al freddo, inoltre la sanità inadeguata, l'ignoranza e la superstizione contribuivano nel diffonderle. A questo si aggiungeva la dissenteria e le ondate di vaiolo. La mortalità infantile era elevatissima, tanto da essere considerata un'abitudine. Vi era quindi molto bisogno di medici, ma proprio come nell'Indiana chiedere l'aiuto del medico veniva rimandato quanto più possibile. Il Dr. Mayo riceveva poche chiamate la settimana e si recava dai pazienti a piedi o in groppa al suo pony, se doveva attraversare il fiume utilizzava la canoa in quanto non c'erano ponti. Delle volte restava ad occuparsi del paziente per due o tre giorni. Nonostante tutto, il lavoro non retribuiva molto poiché le persone erano molto povere e spesso indebitate. Se il dottore riceveva un dollaro come ricompensa o una porzione di bacon lo accettava come se lo ritenesse adeguato. Per implementare le sue entrate faceva anche altri lavori. Poco dopo si trasferirono in città, dove costruirono una casa con uno studio, qui nacque William James Mayo. Il Dr. Mayo restò in contatto con i vecchi pazienti e ne ebbe dei nuovi, anche se la prima richiesta d'aiuto che ottenne fu per un cavallo! Anche qui il dottore intraprese nuovi lavori tra cui il suo breve tentativo di essere giornalista per il giornale Le Sueur. Il 1861 fu l'anno delle pressioni politiche in quanto si fece più accesa la disputa tra repubblicani e democratici. Scrivendo su un giornale democratico il Dr. Mayo presto dovette fare una dichiarazione riguardante le sue idee politiche: egli non era a favore della schiavitù, favoriva la pace ad ogni costo e sperava che il presidente Lincoln non avrebbe tolto né "gli astratti diritti dei neri né i reali diritti degli schiavisti". Il tono di voce fece intendere che fosse repubblicano e nell'arco di un anno lavorò attivamente tra i repubblicani e nel 1862 fu eletto leader del partito per l'anno successivo. Ecco che inizia la sua carriera politica. In pochi anni il Dr. Mayo divenne uno degli uomini più noti, il suo lavoro copriva ben tre paesi e spesso era richiesto anche da molto lontano. Tutti lo conoscevano come Dr. Mayo, senza iniziali, residenza o altro e così veniva citato sui giornali in quanto ci si aspettava che il lettore lo conoscesse. Con lo scoppio della guerra il dottore fu nominato esaminatore di Le Sueur, ma l'incarico fu presto dimenticato quando New Ulm fu attaccata e lui ed altri cittadini andarono in aiuto della città. Qui trovarono diversi feriti e morti, organizzarono piccoli centri ospedalieri e posero guardie intorno alla città. Furono attaccati dagli Indiani, ma appiccato il fuoco in un edificio riuscirono a tenerli lontani. Evacuata la città e presosi cura dei malati e dei feriti il Dr. Mayo tornò a casa.