Un'altra possibile spiegazione dell'associazione tra forame ovale pervio e ictus criptogenetico sarebbe la formazione di trombi a livello del condotto che mette in comunicazione le cavità atriali.Si ipotizza che le cellule endoteliali che ricoprono la superficie del setto interatriale costituiscano una struttura reticolare funzionante da "nidus" per l'attivazione piastrinica.Secondo Mattioli et al.[109] tale evenienza sarebbe più frequente in caso di concomitanza tra pervietà del forame ovale e aneurisma del setto interatriale.