Giunti gli americani a Roma, il brigadier generale Edgar Erskine Hume fu nominato governatore e scelse Castellani come consulente senior per la Medicina e l'Igiene Pubblica presso il Comando Militare alleato. Hume lasciò presto Roma e il suo posto fu preso da tale colonnello Charles Poletti che firmò un decreto per la rimozione dall'Università di Roma di tutti i professori che avevano partecipato alla guerra di Etiopia o al conflitto mondiale (ritenute guerre fasciste). Ovviamente fu colpito dal decreto anche Aldo Castellani che aveva preso parte a entrambe le guerre. Successivamente grazie a un intervento di Hume riebbe il posto di professore all'Università e di direttore della Clinica Tropicale della stessa.