Nel secondo caso l'infezione avviene allo stesso medo ma poi il genoma del virus si fonde con quello batterico. Il genoma virale prende il nome di profago e il materiale genetico virale non si limita alla cellula ospitante originaria ma verrà viene trasmesso ai batteri delle generazioni successive. In questo modo il numero di virus prodotti è ben maggiore rispetto al ciclo litico.