Il 6 gennaio 2000 Carlo Urbani ricevette da parte dell'OMS la notizia del suo nuovo impiego, questa volta in Vietnam. La durata della missione era di tre anni. In Vietnam il medico aveva il ruolo di consulente dell'OMS per il controllo delle malattie parassitarie nel Pacifico occidentale. Grazie a Carlo Urbani il Vietnam è stato il primo Paese a poter dichiarare la SARS debellata.