Le attività del Coro provocarono l'animosità di quasi l'intero corpo accademico. Avversari particolarmente accaniti furono i professori Agostino Cucchi e Ovidio Montalbani con il loro seguito di scolari e amici, che non si limitarono ad attacchi verbali o alle solite pubblicazioni di libelli polemici, ma giunsero addirittura a minacciare Malpighi di morte se non si fosse allineato alla medicina tradizionale. Montalbani arrivò ad approfittare della sua autorità nell'ateneo per introdurre nell'esame di dottorato una severa prova di fede alla medicina galenica.