Nel fegato è stoccato un terzo del glicogeno di tutto l'organismo (circa 80-100 g) sotto forma di catene più lunghe e più pesanti rispetto ai muscoli. Il principale ruolo del glicogeno del fegato è quello di mantenere stabili e costanti i livelli di glucosio ematico, pertanto ha un contenuto molto variabile. A differenza del muscolo scheletrico, il glicogeno epatico deve essere immesso nel torrente ematico, poiché rappresenta la principale scorta endogena di carboidrati che può essere sfruttata dai vari tessuti del corpo. Le cellule del fegato sono in grado di defosforilare il glucosio. In questo modo, grazie alla defosforilazione del glicogeno epatico, il fegato può rilasciare glucosio nel torrente ematico, in modo da regolare la glicemia, contrariamente al glicogeno muscolare che non può essere impiegato per lo stesso scopo. Il glucosio è il principale, e in condizioni normali l'unico, substrato adoperato dal cervello e da altri tessuti glucosio-dipendenti. Il peso medio del fegato è di 1,5 kg, con uno stoccaggio approssimativamente di 75-110 g di glicogeno epatico nell'uomo adulto in stato di post-assorbimento. Il fegato presenta in proporzione una maggiore concentrazione di glicogeno rispetto al muscolo scheletrico.