Nel frattempo, lo scoppio della seconda guerra mondiale e l'occupazione tedesca della Francia costringono Lombroso e la moglie a rimanere a Genova. Dopo l'8 settembre 1943 riescono a sopravvivere alle deportazioni, trovando rifugio in un piccolo villaggio presso una famiglia di conoscenti. Le traversie della famiglia durante gli anni delle persecuzioni razziali sono narrate dalla moglie Silvia Forti Lombroso in un libro ("Si può stampare") che, pubblicato nel 1945, è uno dei primissimi memoriali della Shoah italiana.