I vaccini inattivati si ottengono trattando i patogeni in modo da rendere impossibile loro di replicarsi, tramite il blocco della sintesi proteica. Facendo questo, però, si inibisce anche la capacità di produrre proteine nel citosol e di conseguenza il processamento degli antigeni per la via del MHC di prima classe. Questo comporta una non attivazione delle risposte T citotossiche. 