I carcinomi luminali sono descritti come delle neoplasie il cui profilo d"espressione genica rimanda a quello delle cellule epiteliali luminali normali della mammella; in particolare, essi mostrano un"iperespressione di ER e di geni associati con una attiva ER-pathway, nonché una considerevole espressione di citocheratine di basso peso molecolare come la CK 8/18. Il sottogruppo dei carcinomi luminali A comprende quei tumori nei quali l"espressione di ER è più marcata; sono in genere neoplasie di basso grado istologico e hanno una prognosi eccellente. Oltre all"iperespressione del gene per ER-α, si osserva anche una marcata espressione dei geni codificanti per le proteine GATA binding protein 3, X-box binding protein 1, Trefoil Factor 3, Hepatocyte NuclearFactor 3α e LIV-1, ovvero tutti geni ER-correlati. Il sottogruppo dei luminali B comprende invece delle neoplasie che hanno un indice di proliferazione maggiore, sono in genere di grado istologico più alto, e hanno una prognosi peggiore rispetto ai carcinomi luminali A. È stato inoltre individuato un ulteriore sottogruppo, denominato luminale C, che differisce dai luminali A e B per l"iperespressione di un set di geni la cui funzione è tutt"oggi sconosciuta, ma che sembrano essere espressi anche nei carcinomi della mammella basal-like e negli HER2 positivi [48] .Il sottotipo Basal-like è costituito da neoplasie ER negative, e deve il suo nome al fatto che le cellule neoplastiche esprimono geni normalmente espressi dalle cellule basali/mioepiteliali del tessuto mammario normale; in particolare, si osserva una elevata espressione genica di citocheratine ad alto peso molecolare come la CK5, CK14 e CK17, P-caderina, laminina, caveoline 1 e 2, nonché di Epidermal Growth FactorReceptor (EGFR). Questi tumori sono in genere neoplasie di alto grado e sono caratterizzati da un elevato indice mitotico, dalla presenza di un core necrotico, di margini arrotondati e di un vivace infiltrato linfocitario. Le caratteristiche morfologiche ed immunoistochimiche dei carcinomi basal-like sono molto simili a quelle dei tumori insorti in soggetti portatori di mutazioni germinali di BRCA1, e in effetti alcune evidenze cliniche suggeriscono che la via di segnalazione di BRCA1 sia disfunzionale in alcuni carcinomi basal-like.Il sottotipo degli HER2+ è caratterizzato da un"amplificazione di HER2 e di geni associati con la via di segnalazione di HER2, e/o da una elevata espressione di molti geni nell"amplicone di HER2 sul cromosoma 17q12-q22.24, tra i quali si trova anche GRB7 (gene codificante per una proteina che interagisce con EGFR). Si tratta di carcinomi in genere ER negativi e con un comportamento clinico molto aggressivo, anche se la disponibilità di terapie a bersaglio molecolare ne ha migliorato sensibilmente la prognosi.Un occhio di riguardo deve essere utilizzato nei confronti di quei tumori in cui vi sia la contemporanea iperespressione di HER2 e di ER: si ritiene vadano inclusi nel sottotipo dei luminali B piuttosto che tra gli HER2 +.I tumori inclusi nel sottotipo dei Normal breast-like costituiscono infine un gruppo di neoplasie per la verità scarsamente caratterizzate: mostrano una elevatissima espressione di geni normalmente espressi nel tessuto adiposo e in altri tessuti non epiteliali, nonché nella maggior parte dei fibroadenomi della mammella. Il loro significato clinico non è ben definito, e alcuni suggeriscono che questo sottogruppo altro non sia che un mero artefatto, causato dalla presenza di una componente stromale in eccesso compresa nella valutazione della gene expression profiling [49] .