I geni contenuti nella regione late (L) codificano per proteine capsidiche. L1 è la proteina maggiore del capside con peso molecolare 55-60 kDa, mentre L2 è la proteina minore con un peso di circa 70 kDa (Knipe DM. et al. 2007).Il capside è composto da 72 capsomeri. Ogni capsomero è un pentamero di 360 molecole di proteina L1 e da 12 a 36 molecole di proteina L2. La trascrizione di questi due geni dipende dallo stato di differenziazione dei cheratinociti. L1 è la proteina maggiormente antigenica di HPV, è scarsamente fosforilata e può essere glicosilata; è coinvolta principalmente nel legame al DNA virale. L2 svolge principalmente ruoli di tipo strutturale, ma anche diverse funzioni regolatorie, tra le quali legame a recettori secondari; questa interazione avviene dopo il legame del capside.Partecipa nella determinazione della localizzazione nucleare del virus e l'incapsidazione selettiva del DNA nel capside virale (Doorbar J et al. 2006).[63]