L'emetina cloridrato è usata nel trattamento di gravi forme di amebiasi intestinale, di amebiasi epatica e di ascessi amebici, sebbene le siano ormai preferiti farmaci meno tossici (es. metronidazolo). Nell'amebiasi intestinale sintomatica l'emetina viene somministrata in associazione con amebicidi attivi nel lume intestinale (es. diloxanide furoato) mentre, nelle amebiasi epatiche, all'emetina e all'amebicida luminale si associa la clorochina.