La predominanza di sottotipi A1 durante la costruzione ed il mantenimento del sonno profondo NREM e la prevalenza di sottotipi A2 e A3 prima della comparsa del sonno REM, fanno ipotizzare che l'espressione dell'attività del CAP sia influenzata dai processi biochimici e neurofisiologici associati agli stadi del sonno. In particolare l'abbondanza del sottotipo A1 in fase discendente e in fase di mantenimento è espressione di meccanismi cerebrali coinvolti nell'attività REM-off (aminergica), mentre la predominanza di sottotipi A2 e A3 in fase ascendente riflette un'attività REMon (colinergica).Possiamo quindi affermare che i sottotipi di fase A, inseriti in una lettura unitaria del CAP, giocano un ruolo fondamentale nella morfogenesi della struttura del sonno. Infatti l'attività ciclica, attraverso la fase discendente, di mantenimento e ascendente, progressivamente modifica il pattern EEG di base, che, da una serie di eventi fasici isolati, diviene uno stato tonico omogeneo. [Amzica, 1998], [Ferri, 2002],  (fig. 1.10). 