Quelli che seguirono furono anni molto tristi e pieni di dolore per Jenner. Nel gennaio del 1809 morì improvvisamente il primogenito Stephen, in seguito a un inverno molto freddo che lo aveva fortemente debilitato e nell'agosto dello stesso anno morì a ottant'anni la sorella maggiore Mary. Nel 1812 fu la volta anche della sua ultima sorella, Anne Davies. Nell'agosto del 1815 la moglie Catherine fu colpita da un grave attacco di bronchite e morì il successivo 13 settembre, concludendo un ciclo di pesanti perdite per l'ormai sessantaseienne Jenner.