Il virus BK viene endocitato nelle cellule bersaglio, dopodiché il suo DNA fuoriesce dal capside e penetra nel nucleo. I geni precoci sono i primi ad essere trascritti dalle proteine di trascrizione della cellula infettata e codificano per proteine che promuovono la crescita cellulare. L'antigene T grande si lega a p53 e a Rb, due importanti oncosoppressori, inattivandoli e promuovendo quindi la crescita cellulare. Le cellule permissive permettono la completa replicazione del virus BK all'interno del loro nucleo, così che infine vengono lisate e muoiono mentre le cellule non permissive permettono esclusivamente la trascrizione dei geni precoci e ciò comporta il rischio di trasformazione oncogena della cellula in questione.