Mentre la vita pubblica fu ricca di successi, altrettanto non può dirsi verosimilmente per la vita privata: il suo matrimonio con Maria Christine van Heusen, che non era stato accettato di buon grado dalla famiglia di lui, non fu molto felice: la moglie soffriva di depressione e divenne in seguito dipendente da barbiturici. Il 28 febbraio 1929, quando Clemens Freiherr von Pirque aveva 54 anni di età ed era al culmine della carriera, i due coniugi si tolsero la vita per assunzione di cianuro.