Nella maggior parte dei casi, le cisti di Bartolino non causano alcun sintomo, ma talvolta, quando le dimensioni raggiungono i 3-4 cm di diametro, esse possono causare dolore durante la deambulazione, nel mantenimento della posizione seduta o durante un rapporto sessuale. Localizzate nel terzo inferiore delle grandi labbra, quindi nella porzione posterolaterale dell'orifizio vaginale, la formazione di cisti di Bartolino colpisce solo il lato sinistro o il lato destro della vagina.