Da primogenito Malpighi dovette occuparsi anche dei suoi cinque fratelli e delle sue tre sorelle; decise così, sotto consiglio di Natali, di iscriversi a Medicina. Si appassionò all'anatomia e frequentò il "Coro anatomico", un'accademia fondata da Bartolomeo Massari che si era dedicata alla dissezione di animali e, se disponibili, di cadaveri umani.