La prima descrizione del craniofaringioma è datata 1857, quanto il patologo tedesco Friedrich Zenker pubblicò un articolo su una neoplasia intracerebrale che conteneva cristalli di colesterolo.. Nel 1892, il neurologo russo James Onanov trovò caratteristiche istologiche comuni tra il craniofaringioma e i tumori della mascella suggerendo il nome di "ameloblastoma pituitario". Nel 1899, i patologi inglesi Mott e Barrett, studiarono diversi tumori epiteliali della sella turcica. Essi conclusero che questo tipo di tumore cresce o da cellule del tasca di Rathke, oppure dall'ipofisi. I famosi neurologi Joseph Babinski. e Alfred Fröhlich li descrissero come un tumore soprasellare senza acromegalia.. La prima operazione chirurgica per rimuovere un craniofaringioma è stata fatta nel 1909 da William Halstead.