La luce diffusa nella stessa direzione della luce incidente è collegata alla dimensione della cellula Forward Scatter, (FSC) (Fig. 10), mentre la luce diffusa con un angolo di 90° fornisce informazioni relative alla complessità strutturale della particella (Side Scatter, SSC) (Fig. 11).   Lo strumento è anche in grado di controllare il processo di separazione (sorting) di diverse popolazioni cellulari all'interno del medesimo campione.Tale processo, attivato dalla fluorescenza, consente di separare fisicamente una particolare tipologia cellulare in base a caratteristiche peculiari della popolazione stessa.Il sistema di analisi dei dati consiste di un software che permette l'analisi di una grande quantità di informazioni ricevute dall'acquisizione di dati multiparametrici. Il software garantisce lo studio e l'analisi indipendente di una particolare popolazione cellulare. Inoltre tutte le informazioni statistiche e i dati possono essere rappresentati in modi differenti: monogrammi, istogrammi, e rappresentazioni tridimensionali.