L'uso di questo farmaco non è generalmente consigliato durante la gravidanza, ma ciò è stato dibattuto e alcuni studi attuali indicano che le donne incinte che usano il farmaco non presentano aumenti nelle anomalie fetali. Tuttavia, le donne che ricevono la mercaptopurina durante il primo trimestre della gravidanza hanno una maggiore incidenza aborto. Davis e altri, nel 1999, hanno dimostrato che la mercaptopurina, comparato al metotrexato, era inefficace come singolo agente abortivo; le donne che hanno ricevuto soltanto la mercaptopurina durante lo studio hanno presentato attività cardiaca fetale due settimane dopo la somministrazione del farmaco.