La terapia è da stabilire in base alla progressione della malattia e dalla sua intensità, nei casi meno gravi dove vi sono meno episodi di diarrea si assiste la "vigile attesa", nei casi in cui la malattia si estenda di molto oltre la zona d'origine si stabilisce la terapia a base di steroidi ed analgesici in caso di dolore. In alcuni casi, può essere necessaria una colectomia radicale, che sussegue l'impianto di una sacca per la raccolta delle feci .