Nel 1917 a Canova fu riconosciuta una borsa di studio e frequentò il liceo, prima nel Collegio Don Bosco di Treviglio (Bergamo), e poi nel Collegio di Celana (Bergamo). Nel 1927 Canova si iscrisse alla facoltà di medicina e chirurgia a Padova. In seguito, divenne membro della Fuci, la Federazione degli universitari cattolici italiani, nella quale lavoravano Giovanni Battista Montini (il futuro Paolo VI), come assistente nazionale, e Igino Righetti, come presidente. Per mantenersi agli studi ricoprì il ruolo di assistente agli studenti del Collegio Gregorio Barbarigo di Padova. Nel 1929 Canova prese parte alla creazione di un gruppo caritativo, denominato San Vincenzo, presso il circolo Fuci di Padova, che si occupava della cura delle famiglie povere del quartiere Portello. Questa esperienza fu importante per lui perché segnata dall'incontro con la donna con cui avrebbe condiviso la sua vita, Regina Dal Zio, detta Reginetta. Nel 1931 venne chiamato dal Gruppo universitario fascista (GUF) e obbligato a scegliere tra il GUF e la Fuci. Canova e Reginetta, di comune accordo, decisero di rimanere alla Fuci. Nel luglio del 1933 si laureò in Medicina con il massimo dei voti, ma senza lode (probabilmente per motivi politici) con una tesi avente ad oggetto la trasfusione del sangue. La sua prima occupazione fu come assistente presso l'ospedale di Lendinara, Rovigo. Il 1933 fu un anno fortunato sia per il suo primo impiego che per più mirati progetti di coppia:i due si promisero di partire insieme in missione.