La tonaca mucosa cambia in base alle funzioni di ciascun organo del tubo digerente. Deve resistere al pH acido dello stomaco, assorbire una moltitudine di diversi nutrienti nell'intestino tenue e regolare l'assunzione di acqua nel crasso. La struttura quindi riflette le esigenze di questi organi conformandosi in tante pieghe per aumentare la superficie di assorbimento (villi intestinali, e pliche circolari) o formando invaginazioni per le ghiandole secernenti come nel caso delle fossette gastriche dello stomaco.