L'uso della sonda può avere consistenti effetti collaterali, principalmente correlati alla rottura dei palloncini e all'errato posizionamento del tubo, e quindi al conseguente gonfiaggio del palloncino gastrico al di fuori dello stomaco: il tubo potrebbe infatti forare la parete esofagea o essere erroneamente inserito nella trachea. Sia per prevenire errori che per proteggere le vie aeree in caso di complicanze è consigliata l'intubazione tracheale del paziente.