È indispensabile considerare anche il fatto che il contatto tra sangue e materiale estraneo provoca coagulazione: per evitare ciò, il sangue viene infuso di eparina, sostanza anticoagulante che agisce rapidamente ma ha una breve durata d'azione, prima di entrare in circolazione extracorporea. Terminata l'operazione viene somministrato al paziente del solfato di protamina, antidoto dell'eparina, ripristinando l'attività coagulatoria.