Come per l'ecocardiografia, anche per la RMN del cuore, i criteri sono controversi; il criterio diagnostico più semplice è il rapporto tra strato di miocardio non compattato/strato di miocardio compatto in telediastole. Il rapporto deve essere maggiore di 2,3:1. Un altro criterio è la percentuale di trabecolature rispetto alla massa miocardica: il miocardio non compattato dovrebbe essere almeno il 20%. La RMN offre anche la possibilità di caratterizzare il tessuto ed evidenziare la presenza di tessuto fibroso ("delayed gadolinium enhancement"), che sembra correlato alla prognosi ("scare burden"). La RMN offre inoltre un'immagine più accurata dell'apice rispetto alla ecocardiografia; la tecnica ha rivelato che spesso lo strato compatto apicale è più sottile con aspetto pseudo aneurismatico.