Intervistato nel dicembre 2020 da France-Soir, testata online dedita alla pubblicazione di notizie sensazionaliste e accusata di diffondere fake news, parlando del vaccino Moderna per il SARS-CoV-2 Montagnier dichiarò che il processo di approvazione a cui erano stati sottoposti i vaccini a mRNA per la COVID-19 aveva omesso di analizzare vari possibili effetti collaterali, compresi potenziali effetti cancerogeni, senza tuttavia portare prove a sostegno delle sue speculazioni; sostenne poi di non volersi vaccinare contro il virus, optando eventualmente in caso di infezione per una terapia a base di azitromicina (nonostante l'impiego di tale antibiotico nel trattamento della COVID-19 sia privo di razionale scientifico).