Panunzi sostenne il doppio incarico accademico solo per un anno poi, su entrambe le cattedre, subentrò il suo allievo Ercole Pasquali. Nel 1873 Panunzi divenne professore emerito. Era stato l'ultimo Primario Ostetrico del San Rocco e del Santo Spirito a dover fare i conti con l'amministrazione pontificia; ma anche il rinnovatore della Scuola romana di Ostetricia e Ginecologia. Tra i suoi allievi Pellegrino Piermarini ed Ettore Marchiafava che fu suo assistente all'Ospedale di Santo Spirito in Sassia.