Il flupentixolo è controindicato negli stati comatosi, nelle intossicazioni da alcool, barbiturici ed oppiacei (in quanto può potenziare gli effetti deprimenti sul SNC), in caso di patologie cardiovascolari gravi, insufficienza renale ed epatica, malattia di Parkinson (nel qual caso, per effetto del blocco dopaminergico, si può assistere ad un serio peggioramento della sintomatologia). Per le sue caratteristiche eccitanti il flupentixolo deve essere somministrato con cautela nei pazienti molto agitati e iperattivi. Il farmaco non deve essere somministrato in gravidanza e durante l'allattamento. Il flupentixolo può influenzare la capacità di reazione e per questo deve essere somministrato con cautela in tutte quelle situazioni nelle quali è richiesta una particolare attenzione (es. guida di un autoveicolo).