Padre dell'astronomo Theodor von Oppolzer (1841–1886), nel 1835 conseguì il dottorato di medicina presso l'Università di Praga, e successivamente lavorò come professore universitario a Praga (1841), Lipsia (dal 1848) e Vienna (dal 1850), dove anche ricoperì il ruolo di rettore nel 1860/61. Nel 1863 fu eletto membro straniero dell'Accademia Reale Svedese delle Scienze.