La peste causò anche dubbi di ordine religioso . Dal momento che la malattia aveva colpito, senza riguardo alla pietà che una persona aveva verso gli dei, la gente si sentiva abbandonata da essi e sembrava che non si ricavasse alcun beneficio dal loro culto. I templi stessi erano in stato di abbandono, poiché i rifugiati provenienti dalle campagne ateniesi erano stati costretti a trovarvi una sistemazione. Presto gli edifici sacri furono pieni di morti e morenti. Gli ateniesi pensarono che la peste fosse la prova che gli dei favorivano Sparta, e questo era stato confermato da un oracolo, il quale disse che Apollo stesso (il dio della malattia e della medicina) avrebbe combattuto per Sparta. Un oracolo in precedenza aveva avvertito che "la guerra con i Dori è in arrivo e con essa la morte".