Sono due i tipi di acquaporine espressi nel SNC: l'acquaporina-1 (AQP1), che è espressa da cellule epiteliali del plesso corioideo, e l'acquaporina-4 (AQP4), che è espressa dagli astrociti. La presenza di acquaporina-4 negli astrociti è altamente polarizzata nei processi dei "piedi finali" che ricoprono la vascolatura encefalica. Fino al 50% della superficie di questi piedi è occupata da AQP4.