L'amitriptilina viene usata nella spondilite anchilosante per la terapia del dolore e in alcuni paesi dell'Europa è stato approvato ufficialmente come terapie con emicrania cronica, (alla dosi abituale di 25 – 75 mg). Viene anche somministrata come protettore ai pazienti affetti da discinesia biliare ricorrente (la disfunzione dello sfintere di Oddi), abitualmente 10 mg al giorno.