Poiché la sarcoidosi può interessare praticamente qualsiasi organo, viene spesso confusa con altre malattie. Per tale motivo, la diagnosi differenziale deve includere numerose patologie differenti.La sarcoidosi deve essere posta in diagnosi differenziale con la TBC, il LES, il linfoma, la malattia di Behcet, le vasculiti, la Toxoplasmosi, la sifilide e le malattie infiammatorie intestinali.Viene, inoltre, spesso confusa con malattie neoplastiche come i linfomi.