L'aplasia midollare indebolisce il sistema immunitario e avere un numero molto basso di globuli bianchi in circolazione espone l'intero organismo alle infezioni. Al primo segnale di infezione come, ad esempio, la comparsa di febbre, è bene contattare il medico per contrastare immediatamente l'infezione ed evitare che peggiori, mettendo a rischio la vita. Nel caso di una forma grave di aplasia midollare, il medico potrebbe prescrivere antibiotici o farmaci antivirali per prevenire le infezioni.