Durante la guerra, alla richiesta di potersi rendere utile per la Francia, gli viene intimato da Roux di restare in Indocina; decise perciò di ritirarsi a vita eremitica, addentrandosi nella giungla alle spalle della sua casa. Scoprì così la collina di Hon Ba, dove costruì un chalet, espandendo la sua proprietà a 5000 ettari di terreno. Vi insediò un osservatorio meteorologico, creò delle serre per l'acclimatazione di specie vegetali e animali. Passò quindi gli anni della guerra studiando ornitologia, orticoltura, fioricoltura ed importando piante dai paesi esteri, appassionandosi soprattutto alle molteplici varietà di orchidee. Redasse liste delle piante in grado di acclimatarsi, ma non di fiorire. Costruì una voliera per pappagalli e cocoriti, che amava liberare nella serra delle orchidee. La varietà di specie da lui allevate e coltivate diventavano quindi i soggetti di molti scatti fotografici, conservati a lungo negli archivi dell'Istitut Pasteur di Parigi. Nel 1915, dopo molteplici e fallimentari tentativi riuscì ad acclimatare la pianta della cinchona dalla quale estrarre la china. Per questo, durante l'ultimo suo viaggio a Parigi ricevette la medaglia della Société de Géographie.