Essendo la diagnosi di certezza istologica, quindi invasiva e di non facile esecuzione, molti casi di NTIC non vengono diagnosticati. Di conseguenza è difficile ottenere dati precisi sull'incidenza e sulla prevalenza di tale patologia. Nei soggetti sottoposti a biopsia renale, la prevalenza di nefropatia interstiziale è stata stimata in 0,7 su 100000 individui, mentre da dati autoptici risulta una prevalenza dell'1.9%.