Con la nascita dell'Università di Napoli (XIII secolo), la Scuola cominciò a perdere via via importanza: il suo prestigio fu oscurato ben presto da università più giovani quali Padova e Bologna in Italia. Nonostante ciò l'istituzione salernitana rimase in vita per diversi secoli ancora finché, il 29 novembre 1811, fu soppressa da Gioacchino Murat in occasione della riorganizzazione dell'istruzione pubblica nel Regno di Napoli.