All'età di otto anni, Benjamin andò a vivere con una zia ed uno zio per ricevere un'istruzione ed un'educazione liberale. Il giovane Benjamin fu quindi inviato all'Accademia di Nottingham nel Maryland, a circa 60 miglia a sud-est di Filadelfia. Questa accademia era stata gestita per molti anni con grande reputazione dal suo zio, il reverendo dott. Samuel Finley, che in seguito divenne presidente del Princeton College, nel New Jersey. Sotto la guida di suo zio, Benjamin Rush trascorse 5 anni apprendendo nozioni di latino e greco. 