I celiaci hanno maggiori probabilità di sviluppare anche un’intolleranza al lattosio che consiste nella mancanza, o nell'insufficiente quantità, dell'enzima che digerisce lo zucchero presente nel latte (lattosio) e nei prodotti da esso derivati. Di solito, si tratta di una intolleranza conseguente all'atrofia dei villi che si risolve dopo qualche mese dall'inizio della dieta senza glutine.