Pochi anni dopo Magati fu colto da una grave malattia, e così decise di darsi alla vita monastica: l'11 aprile 1618 fece la dichiarazione di vestizione e l'atto di professione venne compiuto l'11 aprile 1619 facendosi chiamare fra Liberato da Scandiano; da Ravenna, luogo della vestizione, si recò a Cesena e infine a Bologna, sua sede definitiva. Durante la sua vita da monaco egli non terminò la sua carriera accademica: infatti alle critiche di Daniel Sennert rispose componendo un secondo trattato, il "Considerationes medicinae" del 1637; i suoi superiori gli ordinarono più volte di curare personalità di varie e diverse zone d'Italia. Tra i personaggi da lui curati o operati, ricordiamo: il cardinale Rinaldo d'Este, Alfonso d'Este (figlio del duca Francesco I d'Este), e un certo Niccolò d'Este, probabilmente in figlio di Cesare d'Este.