La β-alanina ha anche un potenziale effetto nel migliorare il recupero neurale e endrocrino. Questo singolo effetto su più fronti è abbastanza significativo considerando quanto sia difficile promuovere realmente il recupero, soprattutto con un supplemento ergogenico. Il sistema nervoso è il primo apparato a essere stimolato e l'ultimo a recuperare. Oltre al semplice riposo, esistono alcuni modi di accelerare il recupero neurale. Una teoria sostiene che il beneficio dell'uso di β-alanina per il recupero neurale sia l'effetto protettivo che conferisce su quella che viene chiamata pompa di sodio. In termini semplici, questa è una "pompa" molecolare che è responsabile della trasmissione di ogni segnale che percorre le cellule nervose. Questo include tutto, dalla lettura alla contrazione muscolare durante uno sforzo. Purtroppo, la pompa sodio è piuttosto sensibile al danno ossidativo, e si crede che questo danno peggiori la prestazione. In questo contesto, la β-alanina si converte in una sostanza nota come carnosina, che protegge la pompa dal danno ossidativo. Attraverso questo effetto profilattico, la β-alanina può attenuare uno stress superfluo sulle cellule nervose, quindi in ultima analisi, aumentare il tasso di recupero. Inoltre la carnosina ha anche la capacità di stimolare l'attività della pompa sodio, che ha ulteriori implicazioni per migliorare le prestazioni.