Dal 1831, per quattro anni, la Società subì un'altra interruzione da parte dello Stato Pontificio a causa dei moti risorgimentali romagnoli. Tuttavia venne permesso dall’Arcivescovo che una sola Commissione Amministrativa potesse rappresentare la Società ormai in difficoltà. Era necessario che la Società continuasse le sue rubriche, pubblicazioni, circolari, e Francesco Valori assunse la presidenza presso lo Stato Pontificio della Società. Le sue attività generarono prosperità in più fronti. Oltre alla campagna per le vaccinazioni la Società promosse anche dei consulti gratuiti, vennero aperti dei veri e propri ambulatori in cui era possibile offrire visite ai pazienti, e grazie alla Poliambulanza Felsinea fino al Novecento vennero offerti servizi a domicilio dei farmaci per i pazienti infermi. 