I pori (di diametro inferiore a 0,2 micron) possono presentarsi isolati o, più raramente, in gruppi con disposizione simile a setacci. Le fenestrature, la cui presenza e ampiezza è ancora discussa, potrebbero raggiungere un diametro superiore anche ad un micron. I margini delle cellule endoteliali possono talora apparire embricati, soprattutto nelle aree dove si rinvengono le aperture più grandi. Nel citoplasma delle cellule endoteliali si trovano rari mitocondri, un piccolo complesso del Golgi, e un certo numero di membrane del reticolo endoplasmatico liscio e granulare. La superficie endoteliale rivolta verso il lume presenta inoltre piccole vescicole pinocitiche ("caveolae corticales") e pochi corti microvilli. La parete endoteliale inoltre appare interrotta spesso da sottili prolungamenti citoplasmatici tipo ameboide che sporgono nel lume sinusoidale. Tali prolungamenti possono essere o in contatto con le cellule endoteliali o localizzati nello spazio sotto-endoteliale o ancora variamente in rapporto con la parete endoteliale.