La sede è in via Mario Negri a Milano. La storica sede fu costruita nel 1963 in via Eritrea a Milano, nel 2002 si è progettata la nuova struttura presso la Bovisa per la costruzione del nuovo Politecnico e della sede dell'Università per la Laurea Triennale. La struttura è dotata al piano terra di una grande sala di atrio, la sala mensa, la sala dell'orientamento, gli uffici tecnici e amministrativi al primo piano. La struttura è dotata di 5 piani, più una grande torre angolare posta al lato della facciata, sede di alcuni laboratori; 4 piani sono dedicati ai lavoratori e uffici di ricerca, suddivisi in dipartimenti e laboratori con le annesse unità.Oltre al palazzo grande, si trova anche una seconda struttura è adibita ad albergo per ricercatori esterni, e per gli alloggi degli studenti dell'Istituto