La broncoscopia è frequentemente eseguita in pazienti ventilati meccanicamente per scopi diagnostici e terapeutici, con esecuzione contestuale di un BAL [77]. La manutenzione e la corretta sterilizzazione del broncoscopio è importante, perchè può rappresentare una fonte di patogeni del tratto respiratorio come P. aeruginosa, Mycobacterium tuberculosis e altri patogeni delle vie respiratorie.La broncoscopia può inoltre predisporre alla VAP dislocando il biofilm ricco di microrganismi dal tubo endotracheale nelle basse vie respiratorie.Sebbene i dati non siano conclusivi e ulteriori studi prospettici siano necessari, è prudente riservare l'uso della broncoscopia solo in caso strettamente necessario nei pazienti ventilati meccanicamente. Ridurre i volumi dei flussi nei pazienti con ARDS o danno polmonare acuto e l'interruzione dei sedativi per svegliare i pazienti si è dimostrato efficacie nel ridurre la VAP. Un controllo giornaliero della funzionalità respiratoria dei pazienti ventilati meccanicamente, può ridurre la durata effettiva della ventilazione meccanica [78; 79].