I BSCC vengono spesso diagnosticati in una fase tardiva e le metastasi cervicali sono comuni; per questo è indicato il trattamento aggressivo con la chirurgia radicale (compresa dissezione del collo) e RT o CRT post-operatoria. Sembra che il BSCC sia più aggressivo rispetto al carcinoma squamoso convenzionale, ma vi è disaccordo in letteratura.