La causa dei fenomeni autoimmuni è da ricercare in un più ampio contesto immunologico; è stato infatti documentato come la gastrite cronica atrofica autoimmune sia spesso associata ad aplotipi di istocompatibilità specifici come HLA-B8 e HLA-DR3. Inoltre i fenomeni autoimmuni a carico della mucosa gastrica possono rientrare nel contesto di sindrome autoimmuni polighiandolari (PGA). Nella PGA di tipo I (ipoparatiroidismo, malattia di Addison, diabete mellito), l'anemia perniciosa (con o senza atrofia) compare in circa il 13% dei casi, mentre nella PGA di tipo III (disturbi autoimmuni alla tiroide, diabete) la gastrite atrofica si associa in circa il 15% dei casi, componendo un quadro sindromico denominato "sindrome tireogastrica secondo Doniach". A queste endocrinopatie si può associare in circa il 7-9% la vitiligine. La sindrome tireo-gastrica (associazione tra malattie tiroide e malattie gastriche) è stata descritta per la prima volta negli anni '60 indica anche la presenza di autoanticorpi tiroidei o malattie autoimmuni della tiroide in pazienti con anemia perniciosa, uno stadio clinico tardivo della gastrite atrofica. In questi studi, l'associazione è stata valutata anche sierologicamente. 