Il craniofaringioma comporta la formazione di calcificazioni che appaiono sulla periferia della capsula cistica o nel tumore stesso. Esse vengono proiettate, nel radiogramma, sopra il diaframma della sella o, un evento estremamente raro, sotto di esso. La posizione delle calcificazioni nel tumore e la possibile atrofia della formazione ossea sono indirettamente indicative della direzione di crescita preferenziale della massa tumorale.