Nell'autunno del 1941 Aleksandr Vasil'evič fu di nuovo a Kazan', dove era stata evacuata la clinica chirurgica dell'Istituto di medicina sperimentale. Nel 1946 fu eletto membro a pieno titolo dell'Accademia delle scienze mediche dell'URSS. Nel 1947 fu fondato a Mosca l'Istituto di chirurgia e clinica sperimentale e Višnevskij ne divenne direttore. Il professor P. F. Zdrodovskij scrisse che Višnevskij combinò incredibilmente "in se stesso un clinico e uno sperimentatore - una sintesi che quasi mai si vide tra i clinici dell'ultima epoca". Insieme a N. N. Burdenko e V. I. Razumovskij, Višnevskij è il fondatore della neurochirurgia sovietica.