Il ciclo terapeutico comprende da sei a dodici trattamenti somministrati al ritmo di tre volte a settimana. Secondo studi le sedute devono essere separate da almeno un giorno. Il meccanismo di azione della TEC non è conosciuto, ma diversi studi hanno dimostrato che la ripetuta applicazione del trattamento influisce su diversi neurotrasmettitori nel sistema nervoso centrale e nel riassestamento degli assoni che modifica l'architettura dei circuiti nervosi riportandola ad uno stato precedente ossia annullando le modifiche intervenute nel corso dei mesi precedenti al trattamento e quindi a eventuali eventi traumatici subiti. La TEC sembra sensibilizzare due sottotipi di recettori per la serotonina (5-HT), aumentando la trasmissione del segnale. Inoltre la TEC riduce l'efficacia della norepinefrina e della dopamina inibendo gli auto-recettori rispettivamente nel locus coeruleus e nella substantia nigra, causando il rilassamento di molti pazienti.