Recentemente vari Autori hanno iniziato a verificare l'esistenza di correlazione tra l'esofagite eosinofila ed alcune malattie autoimmuni. Alcuni pazienti affetti da esofagite eosinofila soffrono effettivamente anche di condizioni della pelle quali la psoriasi o la dermatite seborroica, o di condizioni respiratorie come l'asma o la rinite allergica. Allo stato attuale delle conoscenze non sembra esserci alcun legame provato tra l'esofagite eosinofila ed il cancro esofageo.