Esistono ceppi che producono quantità massive di tossine comparsi sin dal 2000. In particolare, "C.difficile" PCR-ribotipo 027 (BI/NAP1/027) è stato associato ad un aumento della gravità dei casi, delle ricorrenze e della mortalità. Il ceppo produce entrambe le tossine in gran quantità a causa di una mutazione (delezione) del gene regolatore tdcC e possiede, analogamente ad altre specie di Clostridi, la tossina binaria CDT. Oltre allo 027, anche altri ribotipi epidemici considerati ipervirulenti sono emersi, alcuni a diffusione internazionale, come lo 078 e lo 018.