In passato è stata impiegata spesso per via orale nella profilassi di quei soggetti gravemente immunodepressi che sono a rischio di infezioni micotiche, come ad esempio i pazienti con AIDS e una bassa conta di linfociti CD4+ e nei soggetti in chemioterapia. Tuttavia una recente review ha messo in evidenza che la nistatina non può essere ulteriormente raccomandata per la profilassi e che il fluconazolo appare più efficace nel prevenire le infezioni funginee invasive e la colonizzazione.