L'istituzione del Centro è del 1993 mentre la successiva attivazione è del 1996, il ritardo è stato dovuto ad una serie di pastoie burocratiche. In seguito, con una successiva legge della Regione Sicilia del 15 maggio 2013, n. 9, all'art. 29, viene abbolito il Consiglio di amministrazione ed il Direttore generale del CeFPAS. Con questa modifica le funzioni del consiglio di amministrazione e del direttore generale sono svolte dal Direttore del centro cui sono attribuiti i compiti e le funzioni previsti dalla Legge Regionale 30/93 per gli organi soppressi.