Lo stato di malattia può essere dovuto a molte cause diverse: fondamentalmente esse possono essere interne o esterne all'organismo. Tra le cause esterne, tutte le forme di traumatismo, alcuni organismi viventi unicellulari o pluricellulari, virus, sostanze chimiche, fenomeni fisici. Samuel Hahnemann, fondatore dell'omeopatia, riconduce l'origine delle cause interne ai miasmi.