I microrganismi possono penetrare nell'organismo per vie e modalità differenti. Se non sono immediatamente neutralizzati dalle difese dell'organismo (sistema immunitario), alcuni microrganismi possono sopravvivere senza provocare danni in uno stato cosiddetto di latenza (infezione subclinica) oppure, dopo un periodo di incubazione in cui si insediano e si moltiplicano, possono causare una infezione che si sviluppa rapidamente (acuta) oppure, se non guarisce completamente, che diventa duratura nel tempo (cronica).