Il seno di Guérin è collocato in genere presso i 2/3 più distali della fossa navicolare, nel tratto terminale dell'uretra maschile. Decorre parallelamente al cuore della fossa (cioè il punto più profondo e dilatato), sino al suo capo più distale (l'apice); è separata da quest'ultima mediante la tonaca mucosa uretrale profonda, che confina con i corpi dell'uretra.