La formazione del setto interatriale è un processo che si realizza in varie fasi.Verso la fine della quarta settimana di sviluppo intrauterino, sul tetto dell' atrio primitivo si forma una struttura muscolare nota come septum primum che presenta alla sua estremità un cappuccio di cellule mesenchimali. Crescendo nella cavità atriale tale struttura si avvicina ai cuscinetti endocardici che nel frattempo si sono formati per dividere il canale atrioventricolare; lo spazio tra il cappuccio mesenchimale del septum primum in crescita e i cuscinetti crea il forame atriale primitivo o ostium (foramen) primum.Entro la fine della sesta settimana avviene la fusione tra il cappuccio mesenchimale, i cuscinetti atrioventricolari e la "spina vestibuli" (struttura mesenchimale che accompagna la formazione dell' orificio della vena polmonare in atrio sinistro) che determina l'obliterazione dell' ostium primum ponendo la base della struttura fibrosa del setto.Prima però che avvenga la chiusura dell' ostium primum, all' estremità superiore del septum primum si formano delle lacune che confluendo formano l' ostium (foramen) secundum, essenziale affinché il sangue ossigenato continui a raggiungere la parte sinistra del cuore durante lo sviluppo fetale (Figura 3).