Se HSV infetta un neurone può replicarsi normalmente o dare origine trascritti associati alla latenza, che però non vengono tradotti in proteine e bloccano la trascrizione dei geni precocissimi impedendo la replicazione del virus. I geni precoci, la cui trascrizione è stimolata da proteine generate a partire dai geni precocissimi, danno origine alla DNA-polimerasi DNA-dipendente virale, alcuni enzimi di recupero dei nucleotidi, utili per ottenere più facilmente nucleotidi che sono poco abbondanti in cellule che non si trovano in fase S o che non replicano come i neuroni, alcuni enzimi di degradazione di mRNA cellulari.