Nel 1543, su invito del Granduca Cosimo I de' Medici che lo assume anche come medico personale, si trasferisce all'Università di Pisa, ove ottiene la cattedra di Botanica. Qui fonda l'«Orto dei semplici», il primo orto botanico universitario del mondo (del giardino originario ispirato agli orti officinali conventuali, non rimangono più tracce). 