Non in tutti i pazienti si verifica un significativo aumento visivo della colorazione dentaria. Nei test clinici, il 56% degli utenti trattati con il digluconato di clorexidina hanno esibito un aumento misurabile della colorazione anteriore dei denti, rispetto al 35% degli utenti di controllo dopo sei mesi. Nel 15%, con l'uso di digluconato di clorexidina, gli utenti hanno mantenuto quello che è stato giudicato una colorazione importante, rispetto al 1% degli utenti di controllo dopo sei mesi. La colorazione sarà più pronunciata nei pazienti che hanno un più accentuato accumulo di placca non rimossa. Sono disponibili ormai da diversi anni delle formulazioni di clorexidina che contengono agenti antipigmentanti (ADS, Anti Discoloration System). Queste sostanze aggiunte bloccano le due reazioni responsabili della formazione delle pigmentazioni da clorexidina: la reazione di Maillard e la denaturazione proteica. Studi clinici hanno dimostrato che la loro azione è efficace nella riduzione della pigmentazione. Oggi si sa, che la formazione di macchie è legata solo al quantitativo di sostanze dette "cromogene" introdotte dal paziente. Tuttavia la letteratura (articoli di recente pubblicazione) non è totalmente concorde nell'escludere che vi sia attività inibitoria delle sostanze antipigmentanti (in particolare ADS) sul principio attivo antisettico che è la Clorexidina. Inoltre in passato la presenza di pigmentazione rappresentava il segno tangibile dell'aderenza terapeutica del paziente. 