Per la cura della tubercolosi extra-polmonare vanno somministrati, per circa 12 mesi, gli stessi antibiotici utilizzati per la tubercolosi polmonare. Inoltre, se l'infezione è presente a livello del cervello o della membrana che riveste il cuore (pericardio), oltre agli antibiotici sarà necessario utilizzare anche i corticosteroidi allo scopo di ridurre l'infiammazione presente.