Tornato a Lassance, successivamente Chagas segnalò il primo caso di forma acuta di una nuova malattia: trovò lo stesso parassita che aveva scoperto, nel sangue di una bambina con febbre, anemia, epato-splenomegalia (poi questa bimba visse fino a veneranda età senza problemi). Dimostrò che quel parassita era la causa di una malattia molto comune nelle regioni rurali del Brasile.