È stato scoperto che un aumento dell'attivazione microgliale dopo l'infezione da encefalite giapponese influenza l'esito dell'encefalite. Le microglia sono le cellule immunitarie residenti del sistema nervoso centrale (SNC) e svolgono un ruolo critico nella difesa dell'ospite contro i microrganismi invasori. Le microglia attivate secernono citochine, come l'interleuchina-1 (IL-1) e il fattore di necrosi tumorale alfa (TNF-α), che possono causare effetti tossici nel cervello. Inoltre, altri fattori solubili come neurotossine, neurotrasmettitori eccitatori, prostaglandine, ossigeno reattivo e specie di azoto vengono secreti dalle microglia attivate.