Altre possibili cause includono ipotiroidismo, sindrome di Sjögren, lupus eritematoso sistemico, vasculite, sarcoidosi, carenza nutrizionale, malassorbimento (es. da malattia celiaca, gastrite cronica atrofica autoimmune), malattia di Lyme, HIV/AIDS, malattia di Fabry, amiloidosi, allergia (sensibilità al glutine), sindrome di Ehlers Danlos, connettivopatie, malattie genetiche, intossicazione da farmaci o metalli pesanti e alcolismo. Secondo diverse statistiche, circa il 50% dei casi di fibromialgia si dimostrano essere in realtà casi di NPF non ancora accertata da biopsia cutanea. 