L'aprotinina è un polipeptide globulare monomerico derivato dal tessuto polmonare bovino. Ha un peso molecolare di 6512 ed è costituito da 16 diversi tipi di amminoacidi disposti in una catena lunga 58 residui che si piega in una struttura terziaria stabile e compatta, contenente 3 disolfuri, un'ansa β e un α elica sul carbonio terminale.