Solitamente, l'AIHA nei bambini ha una buona prognosi e risulta autolimitante. Tuttavia, l'insorgenza entro i primi due anni di vita, o nell'età dell'adolescenza, la malattia ha una buona probabilità di cronicizzare, e richiedendo un lungo periodo di immunosoppressione che può portare ad una seria compromissione dello sviluppo. Nel tentativo di ridurre l'impiego di steroidi, in questo caso è possibile considerare una splenectomia, così come una terapia immunosoppressiva. Le infezioni risultano un serio problema nei pazienti sottoposti ad una terapia immunosoppressiva a lunga durata, particolarmente se si tratta di bambini molto piccoli (di età inferiore ai due anni).