La camera di conta è una parte del citofluorimetro attraverso la quale, le cellule, precedentemente allineate, incontrano i fasci luminosi che determinano la lettura degli eventi e la loro caratterizzazione. Di solito è costituita da materiale trasparente, in modo da permettere all'operatore l'osservazione dall'esterno della camera, soprattutto per controllare la presenza di bolle d'aria che andrebbero ad inficiare la lettura del campione e quindi l'analisi.