Gli effetti collaterali comuni associati all'uso della codeina includono sonnolenza e costipazione. Meno comuni sono prurito, nausea, vomito, secchezza delle fauci, miosi, ipotensione ortostatica, ritenzione urinaria, euforia e disforia. Gli effetti avversi rari includono anafilassi, convulsioni, pancreatite acuta e depressione respiratoria. Come per tutti gli oppiacei, gli effetti a lungo termine possono variare, e includono calo della libido, apatia e perdita di memoria. Alcune persone possono avere reazioni allergiche alla codeina, che si presentano sottoforma di gonfiore ed eruzioni cutanee. La tolleranza a molti degli effetti della codeina, compresi gli effetti terapeutici, si sviluppa dopo l'uso prolungato. 