I virus più importanti da escludere sono il virus dell'herpes simplex di tipo 1, l'Herpesvirus umano 3 e (meno frequentemente) gli "enterovirus", compresi i "coxsackie virus", gli "echovirus", i "poliovirus" e gli "enterovirus" umani da 68 a 71. Sono possibili anche cause di encefalite virale nuove, come hanno dimostrato i 300 casi di encefalite avvenuti nel 1999 in Malaysia con un tasso di mortalità del 40% causata dal "Nipahvirus", un "paramyxoviridae" appena riconosciuto. Allo stesso modo, molti virus già conosciuti possono scatenare dei forti attacchi, come dimostra la recente epidemia di encefalite a causa del virus del Nilo occidentale avvenuta nella parte orientale degli Stati Uniti. 