Nel corso del suo ultimo anno di Medicina, si trasferì con la moglie in un modesto appartamento in affitto, vicino sia all'università che all'ospedale. Dopo essersi laureato, nel 1943, optò per ostetricia e ginecologia, presso il St. Louis Maternity Hospital e il Barnes Hospital, volenteroso di comprendere a fondo l'anatomia e la fisiologia del sistema riproduttivo umano. Nella scelta, chiese consiglio al suo vecchio mentore, il dottor Corner. Durante la loro conversazione telefonica nel febbraio del 1943, Masters confermò il suo impegno e il suo interesse nella ricerca scientifica sul sesso.