In assenza di disturbi (sintomi) gastrointestinali marcati, l'accertamento (diagnosi) della malattia di Whipple può essere difficile. In generale, la malattia deve essere sospettata in uomini di razza bianca di mezza età che presentino dolori articolari e addominali, diarrea, perdita di peso o altri disturbi tipici del malassorbimento.