Gli organi che originano dall'ectoderma, come il sistema nervoso, i denti, i capelli e alcune ghiandole esocrine, provengono da due strati di tessuto adiacenti: l'epitelio e il mesenchima. L'organogenesi dell'ectoderma viene mediata da diversi segnali come: FGF, TGFβ e Wnt. La tempistica e il modo in cui gli organi ectodermici si formano dipendono dalle cellule epiteliali. L'FGF-9 è un fattore importante per l'inizio dello sviluppo dei denti. FGF-10 aiuta a stimolare la proliferazione delle cellule epiteliali. I denti dei mammiferi si sviluppano dall'ectoderma derivato dal mesenchima. I componenti epiteliali delle cellule staminali per i denti a crescita continua si formano dal reticolo stellato e dallo strato soprabasale dell'ectoderma superficiale.