La prima cosa da fare quando si sospetta una NEC è interrompere la somministrazione di cibo al bambino per via della compressione dell'intestino, che deve essere allargato con una sonda apposita. In seguito utilizzare antibiotici, ma il trattamento più efficace è quello chirurgico, l'asportazione diventa necessaria soprattutto in comparsa di determinate complicanze (come la perforazione intestinale).