E' importante sottolineare che, comunemente ad altri composti a meccanismo d'azione simile (come gli alchilanti), la riparazione tramite ricombinazione omologa (HR- Homologue Recombination) e tramite ricombinazione non-omologa (NHR - Non Homologue Recombination) gioca un ruolo importante e cellule deficienti di tale sistema di riparazione risultano più sensibili all'azione della trabectedina. Deficienze a carico del sistema di mismatch repair non influiscono invece sull'attività citotossica del farmaco.