Nel 2007 alcuni ricercatori appartenenti alla Cochrane Collaboration fecero richiesta all'EMA di poter accedere ai dati riguardanti gli studi clinici di validazione di due farmaci antiobesità, allo scopo di lavorare a una loro revisione sistematica. L'EMA si rifiutò di divulgare i dati in suo possesso, adducendo motivi legati alla protezione degli interessi commerciali delle aziende proprietarie dei brevetti. I ricercatori si rivolsero quindi al difensore civico europeo ("ombudsman"), contestando questa impostazione e ritenendola ingiustificata e infondata. In seguito, l'EMA aggiunse la motivazione di una possibile divulgazione di dati sensibili dei pazienti.