Dopo l'attivazione i linfociti aumentano la sopravvivenza (grazie all'espressione di Bcl-2 una proteina antiapoptotica), le cellule si ingrandiscono, proliferano e producono anticorpi. Per la maggior parte degli antigeni proteici l'attivazione non causa una risposta diretta di produzione di anticorpi, bensì l'internalizzazione del BCR legante l'antigene per processarlo ed esporlo sulle molecole MHC di classe II (vedi Linfociti B come APC) in attesa che i linfociti T helper lo riconoscano. Questo è dovuto al fatto che gli antigeni proteici in genere possiedono una o poche regioni leganti i recettori del sistema immunitario che vengono enfatizzate esponendole con le molecole MHC. Questo è fatto di norma nella risposta immunitaria cellulo-mediata dove i linfociti T sono dipendenti dalle MHC per riconoscere l'antigene. D'altra parte questo consente ai linfociti B di poter legare fortemente antigeni non proteici (il cui riconoscimento da parte di quasi tutte le cellule T non avviene).