La degradazione delle proteine nel colon può determinare la formazione di numerosi metaboliti potenzialmente tossici per l'ospite (fenoli, indoli, ammonio e amine).La proteolisi è un meccanismo fondamentale nell'intestino. Le proteasi batteriche, responsabili del rilascio di numerosi peptidi, sono particolarmente attive nel tratto distale dell'intestino dove il pH è ideale per la loro attività. I batteri che presentano una più spiccata attività proteolitica sono Bacteroides, Clostridium e Lactobacillus. L'utilizzazione dei peptidi è associata all'escrezione di aminoacidi non necessari per la crescita batterica, da cui derivano ammonio, amine e poliamine. Queste sostanze possono svolgere un'azione nociva a livello della mucosa 298 .Nel lume intestinale vengono poi secrete, ad opera delle cellule caliciformi, le mucine, glicoproteine responsabili della formazione di uno spesso strato di muco con funzione di lubrificante, barriera e stabilizzatore del microambiente intestinale e come fonte di energia per la microflora.Le mucine sono continuamente degradate ad oligosaccaridi, monosaccaridi e peptidi ad opera di glicosidasi e proteasi secrete dalla flora microbica intestinale, per cui in condizioni normali non vengono riscontrate nelle feci; quando la microflora è assente, come in animali "germ-free" e nei neonati 299 , oppure è alterata, come durante un trattamento antibiotico, queste glicoproteine vengono ritrovate intatte nelle feci 300 .La completa degradazione delle mucine sembra richiedere un'azione sequenziale operata da diverse specie batteriche tra cui Peptostreptococcus, Bifidobacterium e Bacteroides.Nei bambini, la degradazione delle mucine da parte della microflora intestinale inizia tra 1 e 6 mesi di età ed è completa al secondo anno di vita. In bambini allattati esclusivamente al seno per almeno 4 mesi questa funzione inizia decisamente più tardi rispetto a quanto si verifica negli allattati con formula 301 . L'attività enzimatica delle glicosidasi, così come quella delle glucuronidasi batteriche, aumenta con l'età e con l'instaurazione di una dieta di tipo adulto: infatti, i bambini che consumano cibi con elevate concentrazioni di grassi e proteine come carne, pesce e uova presentano una maggiore attività enzimatica rispetto ai bambini che ne consumano minori quantità 302 .