Sistemata ogni pendenza economica, nel 1603 entra nell'ordine carmelitano assumendo il nome di fra' Gabriele e si trasferisce a Padova per intraprendere gli studi di teologia presso quell'università. Giunge nelle terre della Repubblica di Venezia quando le polemiche provocate due anni prima dall'interdetto del papa Paolo V sono ancora vivacissime. Durante il soggiorno padovano entra in contatto con il gruppo capeggiato da Paolo Sarpi che, con l'appoggio dell'ambasciata inglese a Venezia, alimenta la polemica contro il Papa.