Questa metodica è ampiamente utilizzata per purificare gli acidi nucleici provenienti da una digestione o da un'estrazione sfruttando la solubilità differenziale delle molecole, quali acidi nucleici e contaminanti, presenti nella soluzione da purificare.Quando si aggiungono i fenoli alla soluzione contenente il DNA si formano due fasi: la fase organica, inferiore, ed una acquosa, superiore, che conterrà le molecole di acidi nucleici poiché questi sono del tutto insolubili nella fase organica.Alla soluzione di partenza si aggiunge un volume di fenolo saturo in Tris 10mM a pH8 e cloroformio isoamilico (24:1); si centrifuga alla velocità di 10'000 rpm per 5 minuti, in modo da favorire la separazione delle due fasi. Durante questo passaggio la fase organica, più pesante, sarà raccolta nella porzione inferiore.La fase superiore viene recuperata e miscelata con un volume di cloroformio isoamilico (24:1) in modo da eliminare tutte le possibili tracce di residui fenolici.Per migliorare la resa del procedimento e limitare la perdita di DNA è possibile lavare le fasi organiche con 1-1,5 volumi di TE 10:1. Il TE viene aggiunto alla fase organica rappresentata dal fenolo-cloroformio, da questo punto in poi si procede ripetendo i passaggi sopra indicati. La fase acquosa ottenuta da questi passaggi verrà aggiunta alla fase acquosa isolata dai passaggi precedenti.A questo punto si procede con la precipitazione: si aggiunge al surnatante contenete il DNA, 1/10 del volume di sodio acetato 3M a pH 5,2 e due volumi di alcool etilico assoluto freddo in condizioni di alta forza ionica. Quest'ultimo passaggio provoca la disidratazione del DNA che quindi, precipita sul fondo della provetta. Il precipitato viene recuperato tramite centrifugazione a 12 000 rpm per 15 minuti a +4°C e una volta essiccato si può risospendere in acqua.