Il medico folignate aveva infatti contratto il morbo della peste, che imperversava in quegli anni in tutta Europa, per cui si era ritirato in questo piccolo villaggio esattamente due giorni prima (12 giugno). Qui la morte lo colse il 18 giugno, ma il suo corpo fu trasportato a Foligno e sepolto nella chiesa di Sant'Agostino, sede degli agostiniani, ordine religioso al quale egli era molto legato, come testimonia l'altare in onore di Sant'Antonio Abate fatto erigere a sue spese nella chiesa degli agostiniani a Perugia. Sulla pietra tombale, andata perduta nel XVIII secolo, vi era una sua raffigurazione e un'effigie recante la scritta: «Sepulcrum egregii medicinae doctoris magistri Gentilis de Fulgineo civis perusini».