Infine non va dimenticata l'ipotesi del deficit dei fattori neurotrofici. Il fattore neurotrofico ciliare (CNTF) è una proteina presente nel sistema nervoso centrale che funziona come promotore della sintesi dei neurotrasmettitori e favorisce il trofismo e la differenziazione dei neuroni e la sua inattivazione nel modello murino determina lo sviluppo di atrofia muscolare e ipostenia. La contemporanea assenza del gene CNTF e del gene SOD1 mutato determinano lo sviluppo di una forma di SLA molto aggressiva suggerendo l'ipotesi che CNTF possa essere un gene modificante (Vucic S and Kiernan MC, 2009).Anche il Brain-Derived Neurotrophic Factor (BDNF) e l'Insuline-like Growth Factor I hanno una certa importanza per la sopravvivenza neuronale.