Appena sufficientemente grande, il padre lo mandò a Padova dove iniziò a studiare varie materie umanistiche, come il latino, il greco antico, la retorica e la filosofia. Tuttavia Pietro Andrea si appassionò più che altro alla medicina, e proprio in questa materia si laureò nel 1523. Quando il padre morì, tornò tuttavia a Siena, ma la città era sconvolta da una faida fra famiglie rivali per cui decise di recarsi a Perugia per studiare chirurgia sotto il maestro Gregorio Caravita.