La coccidioidomicosi primaria in individui sani e immunocompetenti è di norma una patologia auto-limitante che non richiede l'utilizzo di farmaci specifici. I pazienti immunocompromessi, oncologici, anziani, con HIV o in gravidanza devono seguire una terapia a base di amfotericina B per poi passare ad un trattamento a base di azoli, principalmente itraconazolo e in caso di intolleranza con fluconazolo. Gli azoli sono utilizzati anche in caso di malattia disseminata che non coinvolga le meningi. In caso di diffusione alle meningi è preferibile il fluconazolo per la maggiore capacità di penetrare la barriere ematoencefalica.