L'esatta funzione del seno uretrale di Guérin non è nota. Come lacuna composita, serve anzitutto a drenare il secreto delle molteplici ghiandole uretrali in essa contenute: il fluido sbocca dalle lacune minori, ed è riversato nel tratto terminale di fossa navicolare, dopo aver superato la valvola dell'uretra anteriore. Tuttavia, il motivo della peculiare anatomia di questo profondo diverticolo non è ancora noto; nonostante diversi studi, nessuna proposta accurata è stata avanzata. Le ricerche volgono in particolare sul determinare se questa insenatura sia una vestigia di grandi dimensioni, oppure se svolga un ruolo nell'emissione dell'urina o nel flusso urinario.