Il termine "PAMP" è stato oggetto di critiche in quanto la maggior parte dei microbi, non solamente quelli patogeni, sono associate alle molecole di tipo PAMP, per le quali è stato quindi proposto il termine sostitutivo di modello molecolare associato a microbo (MAMP). È stato ipotizzato che la forma PAMP (specifico del patogeno) potesse essere causata da un segnale virulento in grado di legarsi ad un recettore del patogeno, in combinazione con un MAMP. 