Incrementando l'intensità dello sforzo aerobico all'interno del sistema aerobico glucidico si finisce per toccare la soglia anaerobica, che può essere definita come l'intensità limite, in un determinato range di intensità più o meno definito, oltre la quale si verifica un accumulo progressivo di lattato nel sangue, non strettamente a causa di una carenza di ossigeno. La soglia anaerobica è il punto in cui, durante l'esercizio di durata, il nostro organismo comincia ad accumulare nei muscoli acido lattico in forma critica. Questo perché l'ossigeno da solo non basta più a bruciare il carburante necessario (soprattutto carboidrati) per sostenere lo sforzo, quindi dal "sistema aerobico glucidico", avviene il passaggio al sistema anaerobico lattacido. Ciò comporta però la produzione di acido lattico che si accumula sempre più nei muscoli sino a che questi divengono impossibilitati continuare il lavoro. La soglia anaerobica (correlata al sistema anaerobico lattacido) viene raggiunta nel caso di lavori di durata che superano la soglia aerobica. Si potrà parlare a tal proposito di una frequenza cardiaca collocata approssimativamente tra l'85% e il 90% della frequenza cardiaca massima (FC max o HR max), equivalenti di circa il 75 e l'85% del VO2max rispettivamente, anche se l'individuazione di tale soglia varia da individuo a individuo, e viene stabilita con precisione mediante determinati test (come il test di Conconi).