Ma il suo percorso verso la laurea fu travagliato a causa della discriminazione che le donne subivano nello studio della medicina. Alla Blackwell venne negata l'ammissione ai corsi dal Geneva Medical College (a Geneva, New York), dove la sorella maggiore si era laureata. Dopo essere stata rifiutata da dieci o undici altre scuole, fu finalmente accettata nel 1852 dal Rush Medical College di Chicago. Tuttavia, nel 1853, l'Illinois Medical Society pose il veto alla sua continuazione degli studi.