Le mucose e la pelle sono parti del corpo non sterili e contengono microorganismi che comunemente convivono con l'organismo senza provocare malattia in un rapporto di reciproca utilità, detta commensalismo. È importante, quindi, che il prelievo e l'analisi del materiale raccolto con il tampone vengano effettuati correttamente in modo da ottenere un risultato attendibile. A tale scopo, per ogni tipo di tampone esistono dei protocolli sulla modalità di prelievo e di analisi del materiale da analizzare a cui gli operatori sanitari si attengono per la buona riuscita dell'esame.