Gran parte dei compiti della microglia nel cervello comprende mantenere l'omeostasi nelle regioni non infette e promuovere l'infiammazione nei tessuti infetti o danneggiati. Per rendere possibile tutto questo, le microglia si servono di una serie estremamente complicata di molecole segnale che, una volta liberate nell'ambiente extracellulare, permettono alle microglia di comunicare tra di loro, con gli astrociti, i neuroni, i linfociti T, e i progenitori mieloidi. Come abbiamo già accennato l'INF-γ può essere usato per attivare le cellule microgliali. Inoltre, se attivate in questo modo, le microglia rilasciano a loro volta una maggiore quantità di INF-γ nello spazio extracellulare. In questo modo altre microglia vengono attivate e inizia una cascata di attivazione indotta dalle citochine, capace di attivare rapidamente tutte le microglia nelle vicinanze. Il TNF-α prodotto dalla microglia provoca l'apoptosi del tessuto nervoso e aumenta l'infiammazione. L'IL-8 favorisce la crescita e il differenziamento dei linfociti B, permettendo loro di aiutare le microglia nel combattere l'infezione. L'IL-1, invece, inibisce l'IL-10 e il TGF-β, che sottoregola la presentazione dell'antigene e i segnali pro-infiammatori. Ulteriori neuroni e linfociti T vengono richiamati sul posto attraverso la produzione, da parte delle microglia, di molecole chemiotattiche come il MDC, l'IL-8, e il MIP-3β. Infine, il PGE2 e altri prostanoidi aiutano a prevenire infiammazioni croniche inibendo la risposta pro-infiammatoria della microglia e sottoregolando la risposta dei linfociti Th1.