In base al sesto articolo della carta costituzionale, la bandiera dell'Ordine reca una croce latina bianca in campo rosso, mentre lo stemma dell'Ordine riporta la stessa croce latina in campo ovale rosso contornata da un rosario ed è sovrastato dal manto principesco sostenuto da una corona. A sua volta, in base all'articolo 242 del codice melitense, l'emblema per le attività ospedaliere è costituito dalla croce bianca a otto punte su scudo rosso, il simbolo popolarmente più conosciuto come Croce di Malta.