L'azatioprina è un farmaco potenzialmente mutageno e cancerogeno. La sua manipolazione richiede adeguate precauzioni, in particolare se chi manipola è o potrebbe essere in stato di gravidanza. Nel caso le compresse rivestite di azatioprina dovessero essere divise a metà (ad esempio in caso di sospensione graduale del farmaco) evitare il contatto della pelle con la polvere o con l'area di rottura.