Prima dell'uscita di ImageJ nel 1997, era disponibile "NIH Image", un sistema di analisi di immagini simile rilasciato come freeware, che era stato sviluppato per il Macintosh per l'omonimo sistema operativo. Successivi sviluppi di questo codice continuano sotto il nome di Image SXM, una variante messa a punto per la ricerca su immagini prodotte dal microscopio elettronico a scansione. Venne sviluppata anche una versione per Windows, portato su questa piattaforma dalla Scion Corporation. Entrambe le versioni sono ancora disponibili.