Le terapie sono in funzione dell'eziologia o della patogenesi. Si somministreranno, per esempio, antibiotici nel caso delle encefaliti batteriche o purulente; cortisonici o specifici agenti antivirali nel caso delle encefaliti virali, ecc. Si ricorrerà inoltre a mezzi di supporto quali la respirazione artificiale nei casi in cui siano compromesse le condizioni vitali.