Dopo somministrazione orale il mazindolo viene rapidamente assorbito dal tratto gastrointestinale. L'azione del farmaco compare già a partire da 30 a 60 minuti dopo la somministrazione orale e permane per 8-15 ore. Il picco plasmatico viene raggiunto dopo circa due ore dalla assunzione. La emivita del mazindolo è di 12-24 ore. L'eliminazione avviene principalmente attraverso le urine, sia come farmaco immodificato che come metaboliti coniugati.