In quel periodo acquisì una notevole fama per le sue teorie sull'igiene pubblica e sull'utilizzo della quarantena come metodo per la prevenzione delle epidemie. Scioccato dalle misere condizioni igieniche dalla Dalmazia, profuse molte energie per il loro miglioramento, rendendo varie volte edotto il governatore "pro tempore" della regione - Vincenzo Dandolo - delle precarie condizioni di Spalato e delle campagne circostanti. Fu grazie allo sforzo di Frari che il governo del Dandolo emanò un complesso di disposizioni legislative sulla sanità locale, accompagnate dalle "Istruzioni sui lazzaretti" (1812), composte quasi completamente dal Frari stesso.