Molto più raramente sono stati associati all'uso del vaccino effetti più gravi, ed in particolare porpora trombocitopenica e encefalite. A proposito di quest'ultima va ricordato che l'incidenza di encefalite o di encefalopatia a seguito di vaccinazione (frequenza inferiore a 1 ogni 10 milioni di dosi) è decisamente inferiore al tasso di incidenza di panencefalite subacuta sclerosante, una nota complicanza di diverse malattie naturali (frequenza in caso di morbillo: 1 ogni 1000–2000 casi; in caso di parotite: 2–4 ogni 1000 casi; in caso di rosolia circa 1 ogni 6000 casi).