Si consideri anche che quattro proteine, ciascuna con un differente profilo di amminoacidi, che ricevono lo stesso punteggio di 1,0 limita la sua utilità come strumento comparativo. Siccome hanno composizioni in amminoacidi differenti, è naturale assumere che avranno differenti effetti sul corpo umano e dovrebbero avere differenti punteggi. In breve, questo metodo, non fornisce distinzioni relativamente agli effetti relativi a ciascun tipo di proteine, passato un certo punteggio vengono tutte troncate a 1,0 e ricevono uno stesso punteggio.