Il 16 marzo 2020, dopo l’annuncio di qualche giorno prima, viene nominato dal Presidente del Consiglio Giuseppe Conte Commissario straordinario per l'attuazione e il coordinamento delle misure occorrenti per il contenimento e contrasto dell'emergenza epidemiologica COVID-19, incarico che termina il 1° marzo 2021, data in cui viene rimpiazzato dal generale Francesco Paolo Figliuolo, nominato dal Presidente del Consiglio Mario Draghi..