Inizialmente la cheratomalacia porta alla perdita di brillantezza della congiuntiva, che diviene opaca, secca e perde la sensibilità; sulla cornea compare una macchia opaca e delle macchie biancastre dell'epitelio corneale. Se non si attua una terapia adeguata, la cornea diviene opaca e facilmente attaccabile da batteri, a cui può fare seguito una infezione con conseguente ulcerazione e perforazione, fino alla cecità.