Mikulicz diventa Professore e Primario di Chirurgia all'Università di Breslavia nel 1890, a quarant'anni: una posizione che mantiene fino alla sua morte. Ancora una volta si trova di fronte ad ospedali universitari privi di accorgimenti igienico-sanitari. Ormai divenuto esperto, comincia nuovamente a introdurre nuove tecniche nel campo della chirurgia addominale, ortopedica e urologica; istituisce laboratori di patologia, di chimica, di batteriologia; avvia documentazioni fotografiche e compie chirurgia sperimentale sugli animali. Successivamente inserisce le specializzazioni di laringoiatria e chirurgia toracica come branche della chirurgia generale.