Gli eventi avversi gravi sono estremamente rari, nell'ordine di 5 casi su 1 milione e sono di solito provocati da agopuntori scarsamente addestrati o senza licenza. Sono frequentemente causati da un errore medico, e sono estremamente rari e variegati: i più comuni sono le infezioni causate da aghi non sterili e le lesioni da posizionamento improprio degli aghi, come la puntura di una struttura importante o un danno nervoso. La maggior parte dei casi avvengono in Asia, probabilmente riflettendo l'elevato numero di trattamenti eseguiti, o un numero relativamente maggiore di agopuntori scarsamente addestrati. Una revisione sistematica nel 2010 ha calcolato che l'agopuntura, negli anni analizzati, è stata associata ad un numero di decessi pari ad 86, più comunemente a causa di pneumotorace. Le malattie infettive segnalate, dal 1970, includono infezioni batteriche (50 casi) ed epatite B (in più di 80 casi). Anche se molto raramente, nella pratica sono possibili lesioni, per inserimento troppo profondo dell'ago, a qualsiasi sito del corpo, compresi il cervello, qualsiasi nervo, i reni o il cuore. Molti degli eventi avversi gravi non sono intrinseci dell'agopuntura, ma piuttosto causati da cattive pratiche (come punture improprie o aghi non sterili), e questo potrebbe essere il motivo per cui queste complicazioni non vengono rilevate nelle indagini sugli agopuntori adeguatamente addestrati.