La situazione cambiò nel 1940 quando il 28 febbraio fu inserito come psichiatra nel progetto Aktion T4 e posto sotto il comando del convinto nazista Professor Werner Heyde, al quale succedette nel dicembre 1941 mantenendo il comando del progetto sino alla fine della Seconda guerra mondiale. Si stima che in quel periodo abbia autorizzato la morte di 70 000 disabili di tutte le età. La sua posizione è da tempo discussa al pari di Josef Mengele o Philippe Pétain, secondo alcuni è un criminale nazista accusato di aver partecipato attivamente ad uno sterminio, per altri fu un moderatore che tentò di far naufragare l'intero progetto riuscendo a minimizzare il numero delle vittime.