L'infiammazione dell'esofago è nota come esofagite. Essa può essere causata dal reflusso degli acidi gastrici dallo stomaco, da infezioni, da sostanze ingerite (per esempio agenti corrosivi), da alcuni farmaci (come i bisfosfonati) e da allergie alimentari. La candidiasi esofagea è un'infezione dovuta a "candida albicans" che può verificarsi quando una persona è immunodepressa. Al 2014, la causa di alcune forme di esofagite, come l'esofagite eosinofila, non è nota. L'esofagite può causare dolore nella deglutizione e di solito viene trattata gestendo la causa dell'esofagite stessa.