Dal 1953 al 1961 Ernesto Casnati è stato responsabile del Servizio di Fisica Medica del Centro Radioterapeutico di Borgo. Nel 1961, fu proposto a Casnati dal Comitato Nazionale per l'Energia Nucleare, CNEN, il trasferimento a Roma per organizzare prima e dirigere poi il Laboratorio di Dosimetria e standardizzazione del Centro di Studi Nucleari della Casaccia. Lasciò dunque il Trentino e terminò così la sua esperienza presso l'Ospedale di Borgo, dopo aver dato un contributo notevole all'avviamento del Centro. Durante il tempo trascorso in ospedale e al CNEN il suo impegno è stato rivolto prevalentemente alla finalizzazione e alla strutturazione delle unità operative che gli erano state affidate, impegno che contribuì fra l'altro alla preparazione e realizzazione dei “Colloqui sui rapporti tra Fisica e Medicina”, tenuti a Roncegno nel 1964, e del corso internazionale di Varenna nel 1964 su “Ionizing Radiation Metrology”. L'esperienza acquisita in quel periodo gli consentì di guidare sino all'ottobre 1974 il Laboratorio di Dosimetria della Casaccia. Si trasferì poi all'Università di Ferrara, dove divenne professore di Fisica nella Facoltà di Medicina e Chirurgia ed insegnò nel Corso di Laurea in Medicina e Chirurgia e Specializzazione in: anestesiologia, in cardiologia ed in radiodiagnostica. Nel novembre del 2000 raggiunti i limiti d'età smise di lavorare.