La malaria cerebrale è un'encefalopatia acuta diffusa. Il paziente si presenta comatoso (varia gravità e durata da 6 a 96 ore); solitamente la parassitemia è alta e possono aversi convulsioni. Le emorragie retiniche sono associate a una prognosi peggiore. Possono aversi disturbi temporanei (strabismo divergente, riflessi patologici, lieve rigor nucale). Il quadro neurologico più comune nell'adulto è quello della lesione simmetrica del motoneurone superiore. Possono aversi rigidità da decerebrazione (braccia e gambe distese), da decorticazione (braccia flesse e gambe distese), opistotono. 