Con la vittoria de L'Unione di Romano Prodi alle elezioni politiche del 2006, la scienziata, in qualità di senatrice a vita, accordò la fiducia al governo Prodi II. In quel periodo, a causa della propria ridotta capacità visiva, rifiutò la presidenza del Senato provvisoria che le spettava per anzianità nel periodo d'elezione. In tutti gli scrutini dichiarò d'aver votato Franco Marini. Sostenne il governo Prodi fino alla sua caduta, pur senza partecipare ai lavori delle commissioni parlamentari. Per questo motivo l'ex ministro Francesco Storace la contestò ironizzando sull'età e suggerendo di fornirla di un paio di stampelle; ricevendo risposta con una lettera pubblicata dal quotidiano "La Repubblica". Il Presidente della repubblica Giorgio Napolitano censurò il giorno successivo l'intervento di Storace, scatenando un acceso dibattito sfociato in una denuncia per offesa all'onore e al prestigio del Presidente della Repubblica (articolo 278 del Codice Penale) a carico di Storace.