L'idea di realizzare un nuovo museo della medicina risale al 2000. Il complesso, di proprietà della Provincia di Padova dal 1959, è stato ristrutturato negli anni duemila, su progetto dell'Università degli studi di Padova, con l'idea di ospitarvi un museo e, inizialmente, una biblioteca; l'edificio è stato ribattezzato "Palazzo della Salute". I lavori per la realizzazione del museo si sono svolti tra il 2014 e il 2015, da parte dell'azienda QBgroup con il sostegno della Fondazione Cariparo; nell'ala destra del complesso è stato realizzato un centro congressi.