La prognosi è variabile ma la maggior parte dei pazienti muore tra i 30 e i 50 anni per le conseguenze dell'aplasia midollare o per l'insorgenza di un carcinoma. Tra le forme più comuni quelle con mutazioni di "DKC1" o "TINF" sembrano avere la prognosi peggiore e l'esordio più precoce. Molto severe anche le rare mutazioni di "RTEL1".