Si tratta di un esame di rado indicato in pazienti affetti da un episodio isolato di infezione delle vie urinarie oppure da infezioni ricorrenti ma nei quali l'urografia non evidenzi anomalie di sorta. La cistoscopia si dovrebbe però riservare a pazienti con episodi di disuria o pollachiuria ricorrenti o persistenti a genesi sconosciuta che non mostrino presenza di batteriuria alle urocolture.