La 3,4-metilenediossimetanfetamina è stata sintetizzata per la prima volta nel 1912 dai laboratori Merck, che la brevettarono pensando di ricavarne un farmaco in un secondo momento, ma lo scoppio della Grande Guerra portò le case farmaceutiche tedesche a orientare la produzione esclusivamente per fini bellici. Dopo la sconfitta della Germania nella prima guerra mondiale, l'MDMA e molte altre sostanze brevettate vennero consegnate agli Alleati come bottino di guerra. Il brevetto rimase dimenticato per molti anni, fino al 1950 quando l'Esercito degli Stati Uniti, in pieno clima di Guerra Fredda, commissionò lo studio di alcune sostanze psicotrope tra cui l'LSD e appunto l'MDMA, ma non trovò nessun possibile utilizzo militare, sebbene avesse tentato di sperimentarlo come siero della verità. Il composto fino all'inizio degli anni 1970 non venne mai prodotto, rimanendo di fatto solo una formula sui libri, finché non suscitò l'interesse del chimico Alexander Shulgin che, scoprendone il potenziale empatico, lo consigliò ad alcuni psicoterapeuti.