Negli studi sperimentali un'ora dopo l'infusione endovenosa, i livelli di didanosina nel liquido cerebrospinale (CSF) sono pari al 21% delle concentrazioni plasmatiche. L'emivita plasmatica, dopo iniezione endovenosa, è di 1,4 ore. Nell'adulto la clearance renale è pari a circa il 50% della clearance totale corporea (800 ml/min). Il farmaco subisce sia filtrazione glomerulare che secrezione tubulare. Nelle urine si ritrova circa il 20% della dose orale. Nei bambini, in seguito a somministrazione endovenosa di 60 o 90 mg/m2, la concentrazione liquorale è del 46% rispetto a quella contemporaneamente misurabile nel plasma. L'emivita media, dopo iniezione endovenosa, è di 0,8 ore. La clearance renale è il 59% della clearance totale corporea. Meno del 5% della dose si lega alle proteine plasmatiche.