La topoisomerasi II di "E. coli" altera il numero di legame delle molecole di DNA circolare con un meccanismo insolito. Due regioni di una molecola di DNA vengono sovrapposte in una specifica configurazione nel complesso legato all'enzima, formando un "nodo positivo"; un "nodo compensatorio" (un incrocio in cui le catene si incrociano in maniera opposta) si forma spontaneamente nella molecola circolare per mantenere inalterato il numero di legame. La funzione dell'enzima è quella di spezzare entrambe le catene del segmento di DNA sul "nodo positivo", far passare l'altro segmento attraverso l'interruzione, e riparare infine l'interruzione stessa. Il DNA circolare batterico contiene adesso due "nodi negativi", con incremento negativo totale del numero di legame di 2.