L'emergere di un nuovo e altamente tossico ceppo di "C. difficile," che è resistente al fluorochinolone e antibiotici come la ciprofloxacina e la levofloxacina, responsabile di varie epidemie in Nord America, è stato segnalato nel 2005. Negli Stati Uniti, Centri per il controllo e la prevenzione delle malattie ad Atlanta hanno avvertito dell'emergere di un ceppo epidemico con aumento della virulenza, resistenza agli antibiotici o entrambe. 