Come ogni organismo, i mammiferi marini sono suscettibili alle infezioni virali. Nel 1988 e nel 2002, migliaia di foche sono state uccise in Europa dal virus "phocine cimurro". Molti altri virus, tra cui "calicivirus", "herpesvirus", "adenovirus" e "parvovirus" circolano nelle popolazioni di mammiferi marini.