Un altro gene coinvolto nella patogenesi è quello definito NAIP - Proteina Inibitrice dell'Apoptosi Neuronale (Roy et al.1995), che è presente in più copie nella regione SMA, ma una sola di esse è funzionale; sembra che grandi delezioni, che coinvolgono anche il gene NAIP, siano correlabili con la forma più grave della malattia.