La causa della tiroidite di Hashimoto non è chiara, sembra però che vi possa essere un fattore genetico, combinato probabilmente con altri elementi. Avere un'altra malattia autoimmune, come l'artrite reumatoide o il diabete di tipo 1, aumenta il rischio di sviluppare la tiroidite di Hashimoto. È più frequente nelle donne di età compresa tra i 30 e i 50 anni.