In natura L. plantarum viene isolato da varie nicchie ambientali. Molto frequentemente viene isolato da materiale vegetale e dalle feci umane, sottolineando così che L. plantarum presenta caratteristiche che lo rendono adatto a sopravvivere nel nostro tratto gastro-enterico. Spesso è stato anche isolato dalla saliva umana e da acque reflue. Anche gli alimenti acidi o fermentati, che non hanno visto coinvolto L. plantarum nella loro preparazione, rappresentano delle ottime matrici per l'isolamento del microrganismo.