Indagini diagnostiche particolari possono essere indicate per escludere altre cause di ulcerazione orale. Queste comprendono esami del sangue per escludere l'anemia o la carenze di ferro, di acido folico o di vitamina B12 oppure la malattia celiaca. Tuttavia, le carenze nutrizionali possono essere latenti e gli esami di sangue periferico possono apparire relativamente normali. Alcuni suggeriscono che lo "screening" per la celiachia dovrebbe essere di routine per coloro che lamentano ricorrenti ulcerazioni orali. Molte delle malattie sistemiche causano altri sintomi oltre alle ulcerazioni orali, una situazione in contrasto con l'afta dove si riscontrano solo isolate ulcerazioni orali. Un "patch test" può essere indicato se vi è il sospetto di allergie (ad esempio, una forte correlazione tra alcuni alimenti e gli episodi di ulcere). Diversi farmaci possono causare ulcerazioni orali (ad esempio il nicorandil) e una sostituzione di prova con un farmaco alternativo può evidenziare una relazione causale.