Nei primi giorni di vita, uno dei determinanti fondamentali nello sviluppo del microbiota intestinale è il tipo di parto, vaginale o cesareo. I bambini nati da parto spontaneo vengono colonizzati immediatamente dai batteri perineali e vaginali della madre, mentre i bambini nati con parto cesareo vengono principalmente colonizzati da microrganismi dell'ambiente esterno e trasmessi dagli operatori sanitari 229,230 . A causa della modalità del parto, infatti, questi neonati non entrano in contatto con la flora vaginale e fecale della madre e l'ambiente esterno rappresenta per loro la fonte principale di batteri colonizzanti 210 .