Fondamentalmente, la terapia della spondilite anchilosante si fonda sull'utilizzo di Farmaci Anti-infiammatori Non Steroidei. Tra i più efficaci e maggiormente utilizzati vi sono l'indometacina, il diclofenac, l'ibuprofene, il ketoprofene, il naprossene.Negli ultimi anni, molte segnalazioni di beneficio clinico, perlomeno per le forme associate ad artrite periferica, sono pervenute riguardo la sulfasalazina.Altri farmaci di fondo come methotrexate, auranofin, idrossiclorochina, azatioprina, leflunomide e ciclosporina sono da sconsigliare, in quanto non esistono studi sulla loro comprovata efficacia.Molti utili risultano i farmaci biologici. A partire dal 2003 la spondilite anchilosante è stata inserita tra le indicazioni del farmaco, assieme all'artrite reumatoide e al morbo di Crohn.Gli episodi infiammatori oculari richiedono terapia con corticosteroidi locali e cicloplegici.