I farmaci immunosoppressori sono farmaci molto potenti e si associano spesso alla comparsa di effetti indesiderati (effetti collaterali). Tuttavia, quando prescritti dal medico, il beneficio che determinano sull'andamento della malattia, o sulla sopravvivenza dell'organo trapiantato, supera il loro danno potenziale. Se usati per tempi molto lunghi, tutti questi farmaci possono determinare una maggiore sensibilità alle infezioni e un più frequente sviluppo di tumori. È consigliabile che le persone in cura con farmaci immunosoppressori eseguano indagini periodiche per scoprire prima possibile l'eventuale comparsa di tumori e, in tal caso, iniziare subito le cure.