Nonostante questa teoria di immuno-disregolazione sostenuta dalla maggior parte dei ricercatori, la stomatite aftosa si comporta diversamente rispetto alle malattie autoimmuni per molti aspetti. Non vi è alcuna correlazione tra l'afta e altre malattie autoimmuni, anche se spesso si accompagnano; infatti non vengono rilevati autoanticorpi comuni, la condizione tende a risolversi spontaneamente con l'avanzare dell'età piuttosto che peggiorare, e le immunoglobuline nel siero sono di solito a livelli normali.