L'attuazione del piano vaccinale ha determinato una modificazione nella prevalenza dei vari sierogruppi. Il meningococco B risultava quello prevalente nel periodo compreso tra il 1994 e il 2003, anno in cui venne superato dal meningococco C, i cui casi erano iniziati ad aumentare a partire dal 2000 raggiungendo un picco nel biennio 2004-2005, salvo poi calare a partire dal 2006 a seguito dell'aumento della copertura vaccinale specifica verso tale sierogruppo (e tornando a rendere il sierogruppo B, come precedentemente accennato, quello attualmente prevalente).