Al contrario, il laser al neodimio Nd:YAG è più comunemente applicato attraverso un endoscopio per il trattamento di organi interni come l'utero, l'esofago e il colon. Questo tipo di trattamento può essere effettuato da solo ma, il più delle volte, è combinato con chirurgia, chemioterapia o radioterapia. Dopo l'intervento chirurgico i laser possono ridurre il dolore del malato oncologico, bloccando le terminazioni nervose, oppure possono diminuire il gonfiore post operatorio cauterizzando (sigillando) i vasi linfatici e limitando, quindi, anche la diffusione a distanza delle cellule tumorali.