La chiesa aveva difficoltà a gestire il suo dipartimento e i chirurghi del reggimento. Una tempesta di proteste si riversò nel quartier generale dell'Esercito e Washington fu costretta a ordinare un'indagine sul servizio medico. A sua difesa, Church si è lamentata del fatto che i rivali erano gelosi della sua posizione e, secondo quanto riferito, avrebbe chiesto il permesso di lasciare l'esercito. Nel frattempo, si verificò un incidente che lo portò dinanzi a una corte marziale dell'esercito il 4 ottobre 1775.