Tuttavia, molti ricercatori hanno fortemente obiettato all'uso del termine "soglia anaerobica", ritenendo che sia fuorviante. Il principale argomento contro l'uso del termine "soglia anaerobica" è che esso suggerisce che l'apporto di ossigeno ai muscoli rimanga limitato solo a specifiche intensità di esercizio. Tuttavia, come detto in precedenza, non vi è alcuna prova in grado di indicare che i muscoli diventino privi di ossigeno - anche ad intensità di esercizio massimali. Il secondo argomento principale contro l'uso del termine "soglia anaerobica" è che esso suggerisce che ad un livello definito dell'intensità, il metabolismo si sposta completamente dal sistema aerobico ai sistemi anaerobici. Questa interpretazione è una visione troppo semplicistica della regolazione del metabolismo energetico, visto che i sistemi energetici anaerobici (lattacido e alattacido) non si assumono il compito di rigenerare completamente l'ATP ad intensità più elevate, ma piuttosto aumentano semplicemente il rifornimento di energia per la respirazione mitocondriale. A dispetto del fatto che i testi e i professionisti italiani prediligano l'uso del termine "soglia anaerobica", il suo utilizzo da parte di alcuni rappresentanti della comunità scientifica e dei professionisti dello sport ha portato a molta confusione e semplificazione nei riguardi della funzione dei sistemi energetici del corpo.