Nato a Berlino da una famiglia di origine ebraica, Kristeller terminò gli studi all'università di Heidelberg laureandosi nel 1928 con una dissertazione sulla filosofia di Plotino sotto la guida di Ernst Hoffmann. Compì studi post-dottorato all'Università di Berlino e all'Università di Friburgo in Brisgovia; a Friburgo studiò con Martin Heidegger.