Tuttavia, persino nel suo lavoro come medico legale Wakley non tardò a procurarsi dei nemici. Consulenti legali, avvocati e testimoni, coinvolti nei casi di cui si occupava, si sentirono offesi dal linguaggio dal tono accusatorio di cui egli si servì sia in Parlamento sia su "The Lancet" per descrivere il loro modo di operare. Wakley diede loro la possibilità di farsi sentire quando, nel settembre del 1839, decise di consegnare alla centrale di polizia del West Middlesex un documento nel quale erano presenti precise istruzioni che intendevano facilitare il lavoro del medico legale, al fine di evitare inutili processi giudiziari. Un simile gesto suscitò sgomento in tutta la contea e, poiché il documento in questione portava la firma del suo autore, non fu difficile per i magistrati organizzare uno speciale incontro con Wakley e, più tardi, un'inchiesta parlamentare. I più importanti giornali dell'epoca, come il Times, l'Observer, il Morning Advertiser e il Morning Herald, scrissero numerosi articoli contro la sua nuova lista di istruzioni, poiché essi supponevano che la vera intenzione del fondatore di "The Lancet" fosse quella di far aumentare in maniera spropositata i processi. Nonostante tali accuse Wakley si difese sempre, sostenendo che il suo unico scopo fosse quello arginare i danni provocati dall'incompetenza di alcuni membri della comunità medica, da lui giudicati un pericolo per il pubblico.