La diagnosi di vMCJ può essere supportato da una biopsia delle tonsille in caso di sospetta vMCJ, in quanto può contenere una quantità significativa di PrPSc. La biopsia del tessuto cerebrale è il test diagnostico definitivo in tutte le altre forme di MCJ e in caso di negatività alla biopsia tonsillare anche nella vMCJ. A causa della sua invasività, la biopsia non è effettuata se sulla base degli accertamenti precedenti il sospetto clinico è molto alto o troppo basso. Una biopsia negativa non esclude MCJ, dal momento che può essere predominante in una parte specifica del cervello.