Fin dall'inizio Emily assunse la responsabilità della gestione dell'ospedale e in particolare si occupò della raccolta di fondi. Per i successivi 40 anni diresse i reparti di chirurgia, dell'assistenza infermieristica e si occupò della gestione contabile. La Blackwell si recò ad Albany per convincere i legislatori a fornire all'ospedale risorse economiche sufficienti per garantire una stabilità finanziaria a lungo termine. Quello che inizialmente era un ospizio di sedici camere prese in affitto divenne un qualificato ospedale che dal 1874 si occupò di oltre 7.000 pazienti all'anno.