Alcuni batteri sostituiscono alla glicolisi classica la via di Entner-Doudoroff. In questi organismi possono essere assenti gli enzimi essenziali per la glicolisi, come ad esempio la fosfofruttochinasi 1. Questa via metabolica viene generalmente riscontrata in Pseudomonas, Rhizobium, Azotobacter, Agrobacterium, e pochi altri generi Gram-negativi. Pochissimi batteri Gram-positivi utilizzano questa via, Enterococcus faecalis ne è un esempio. La maggior parte degli organismi che utilizzano questa via sono organismi aerobi a causa della bassa resa di ATP per glucosio.