Nato a Kielkeen, nei pressi di Castlerea ,da Thomas Wills Wilde e da sua moglie Amelia Flynne , ha ricevuto la sua prima formazione alla Elphin Diocesan School a Elphin e presso l'ospedale del Dottor Steevens a Dublino. Inoltre William Wilde ebbe come maestri Abraham Colles, James Cusak, Sir Philip Crampton e Sir Henry Marsh.Nel 1837 ha conseguito la laurea al Royal College of Surgeons in Irlanda. Nello stesso anno William Wilde ha intrapreso una crociera di otto mesi per la Terrasanta, visitando molti paesi del Mediterraneo (come l'Egitto in cui ritrovò e portò in Irlanda un nano imbalsamato, degli ibis imbalsamati e uno degli "aghi di Cleopatra". 