La ciprofloxacina ha una biodisponibilità del 70-80%. Questa biodisponibilità viene ad essere ridotta dalla contemporanea assunzione di medicamenti antiacidi. Il legame con le proteine plasmatiche è basso (pari al 23-30%). Il composto circola nel plasma per lo più nella forma non ionizzata. È in grado di penetrare agevolmente nei tessuti ove raggiunge livelli anche superiori a quelli sierici, ed in effetti ha un notevole volume di distribuzione (2-3 l/Kg).