La comprensione dei potenziali effetti collaterali è limitata dal numero insufficiente di test clinici rigorosi. Una revisione del 2015 di studi clinici preliminari ha evidenziato che il digiuno intermittente a breve termine potrebbe produrre reazioni avverse minori, come una costante sensazione di debolezza e fame, mal di testa, svenimenti o disidratazione. Il digiuno periodico o a lungo termine potrebbe causare disturbi del comportamento alimentare o malnutrizione, con una suscettibilità maggiore per malattie infettive, anche se nessun test clinico ha dimostrato un'associazione con queste patologie. In modelli animali è stato osservato un danneggiamento del cuore.