La carriera professionale di Besta viene arricchendosi, dal 1931 in poi, di numerosi e significativi riconoscimenti. Già socio corrispondente dell’"Accademia Peloritana" di Messina dal 1915 e socio corrispondente della "Società Medico-Chirurgica" di Bologna dal 1924, diviene vicepresidente dell’"Accademia Medica Lombarda" nel 1931, presidente della "Società Italiana di Oto-neuro-oftalmologia" nel 1933 (già membro ordinario dal 1926), membro del "Comitato Nazionale per la Medicina" nel 1934, componente alienista della "Commissione Provinciale di Vigilanza sui manicomi e sugli alienati" nel 1940 e viene nominato Ufficiale dell'Ordine della Corona d'Italia nell'aprile del 1932 da Vittorio Emanuele III e Cavaliere dell'Ordine dei Santi Maurizio e Lazzaro nel 1940. Dopo aver favorito tramite vari anni di attività scientifica la nascita della Neuroradiologia e della Neurochirurgia, Carlo Besta muore a Milano nella Clinica dell'Asilo evangelico all'età di 64 anni, debilitato dalla degenerazione cronica di un'ulcera che per lunghi anni lo aveva tormentato.