L'amfotericina è un fungicida e fungistatico, a seconda del microrganismo e della concentrazione del farmaco. È efficace contro un'ampia varietà di funghi, come: "candida albicans", "coccidioides", "aspergillus" e "blastomices". Viene usato anche contro alcuni protozoi, come "Naegleria fowleri" (causa di meningoencefalite amebica primaria), "Balamuthia mandrillaris", "Toxoplasma gondii" e "Leishmania".