Il protocollo contiene un preciso piano per l'esecuzione del "trial clinico", non solo per assicurare sicurezza e salute ai soggetti dei trial, ma anche per fornire a tutti i ricercatori una cornice in cui lavorare anche se situati in luoghi molto diversi (ad esempio in un trial multicentrico) per effettuare lo studio in modo esattamente identico. Il protocollo inoltre fornisce agli amministratori dello studio (spesso una contract research organization) così come ai gruppo locale dei medici, infermiere e amministratori clinici, un documento comune per la responsabilità durante i trial.