Al batterio fu inizialmente assegnato il nome di "Campylobacter pyloridis", poi "Campylobacter pylori", in seguito a una correzione nel nome, secondo la grammatica latina. Nel 1989, dopo il sequenziamento del DNA del batterio e altri studi riguardo alla sua morfologia, fu scoperto che esso non apparteneva al genere "Campylobacter", bensì al genere "Helicobacter". Questo nome deriva dal greco antico «» (traslitterato «"hělix"»), letteralmente "spirale". L'epiteto "pylōri" significa invece «"del piloro"», o della valvola pilorica, organo che fa parte dell'apparato digerente e che è situato al primo posto tra gli organi che fanno parte del tragitto che va dallo stomaco al duodeno e che a sua volta deriva dalla parola in greco antico «», che significa appunto «""».