Le soluzioni di saponi, i detersivi, i tensioattivi anionici a base di ioni cloruro e le sostanze basiche, riducono l'attività della clorexidina, in particolare: saponine, laurilsolfato di sodio (LSS, SLS o NaLS), un derivato organico dell'acido acido solforico (i.e. R-S(O2)-OH o acido solfonico), dove (R-) indica un gruppo funzionale organico, nonché il sale solubile carbossimetilcellulosato di sodio. Quindi prima di utilizzare il farmaco con residui di sapone questi devono essere accuratamente lavati.