Le modalità stesse di intervento, le tecniche utilizzate si rivolgono il più possibile a tutti i piani psico-corporei che costituiscono il Sé (i vari "sistemi integrati"), perché nel momento in cui si producono disfunzioni, alterazioni, patologie, i vari piani del Sé tengono a disconnettersi tra di loro e a rimanere chiusi in cortocircuiti senza più corrispondere alle condizioni esterne. Posture croniche ripetitive - ad esempio - tensioni muscolari continuativamente elevate, respiro toracico cronico, neurotrasmettitori che tendono alla attivazione anche quando non è necessario, possono essere modificati efficacemente con un intervento diretto non alla sola consapevolezza o al piano emotivo, ma a tutti i piani psico-corporei. La psicoterapia funzionale, dunque, recupera i funzionamenti di fondo che si erano persi o alterati (cioè le esperienze basilari del Sé ostacolate nello sviluppo evolutivo del soggetto). 