Rokintasky è considerato il fondatore della cosiddetta Seconda Scuola Viennese, nella quale ebbe un ruolo chiave l'anatomia patologica. In quest'occasione entrò in contatto con figure di grande rilievo quali Josef von Škoda, importante dermatologo e clinico, considerato il maggiore esponente del nichilismo terapeutico, corrente medica che proponeva, come trattamento di elezione davanti a molte malattie, di astenersi da qualsiasi intervento terapeutico, lasciando che l'organismo si "autoguarisse" o anche Ferdinand von Hebra, maestro della dermatologia del XIX secolo, per non parlare di Ignác Fülöp Semmelweis, suo allievo, che aiutò in molte occasioni tra cui la ricerca di una sua riabilitazione nel mondo scientifico in seguito al suo licenziamento dall'ospedale generale viennese. Basandosi sulla scuola parigina, dove le autopsie diventarono una pratica abituale negli ospedali di medicina, Rokintasky correlò il quadro clinico durante la vita del paziente con quello successivo alla sua morte, stabilendo una forte connessione tra il lavoro del clinico e quello del patologo. Rokintasky praticò dissezioni su migliaia di cadaveri e tenne anche conto dell'analisi chimica dei materiali. Diede anche uno speciale contributo alla patologia attraverso la sua scoperte nei suoi differenti campi, scoperte che pubblicò nel suo manuale della patologia ("Handbuch der pathologoschen Anatomie", 1842-1846). Egli inoltre classificò le malattie in base alle lesioni anatomiche riportate sul cadavere.