Ritornata nei Paesi Bassi nel settembre 1879 per partecipare ad una conferenza medica ad Amsterdam, Jacobs ricevette così tante richieste di servizi medici che decise di non tornare in Inghilterra, ma fondò una clinica indipendente sul canale Herengracht per le donne. Si preoccupò delle esigenze delle donne della classe operaia e delle condizioni sfavorevoli in cui vivevano e lavoravano, rendendosi conto che le donne povere mancavano di conoscenza dell'igiene e della cura dei bambini. 