Rare cause di esofagite possono essere l'avvelenamento da sostanze caustiche, le infezioni micotiche (candidosi), virali e batteriche soprattutto nei pazienti immunodepressi, e la radioterapia che provoca come effetto collaterale appunto l'esofagite da raggi. Ma la causa più frequente è la malattia da reflusso gastroesofageo dovuta all'incapacità dello sfintere inferiore dell'esofago di impedire il reflusso di succo gastrico, che svolge un'azione irritante e lesiva nei confronti della mucosa esofagea; si ha esofagite quando i meccanismi difensivi dell'esofago non sono più sufficienti a tamponare l'acidità del contenuto refluito dallo stomaco. Altre cause di esofagite sono la malattia di Crohn e l'esofagite ulcerativa idiopatica, l'esofagite erpetica, la stasi venosa cronica e gli agenti traumatici come l'intubazione.