Nonostante l'indiscutibile successo ottenuto, i registri epidemiologici per la SLA hanno evidenziato anche alcuni limiti.In primo luogo i criteri di El Escorial, che vengono utilizzati per stabilire il reclutamento nei registri, sono criteri fortemente soggetti all'interpretazione del singolo medico; la loro affidabilità è perciò piuttosto variabile a seconda dell'esperienza di chi raccoglie i dati (Beghi E, 2002;Forbes RB, 2001). Di conseguenza, il confronto fra popolazioni diverse richiede un processo di omologazione di tali criteri.Un altro problema piuttosto serio è rappresentato dall'assenza di criteri definiti per documentare e caratterizzare il deficit cognitivo. La prevalenza di tale compromissione è tutt'oggi sconosciuta nella SLA: dati derivanti da studi clinici suggeriscono la presenza di un lieve deterioramento cognitivo in più del 60% dei pazienti, mentre in circa il 10-15% di essi sarebbe riscontrabile una vera e propria demenza fronto-temporale (Ringholz GM, 2005). Criteri affidabili e condivisi che possano essere utilizzati negli studi di popolazione sono assolutamente necessari per accertare la reale prevalenza del deficit cognitivo nella SLA.Recentemente, la possibilità di raccogliere dati di popolazione attraverso registri di malattia è stata seriamente minacciata dall'introduzione di nuove e più restrittive norme per la tutela dei dati personali. In alcuni Stati europei, attualmente è necessario ottenere un consenso informato scritto da tutti i soggetti inclusi nel registro; inoltre gli esatti intenti del registro devono essere dichiarati e registrati presso una agenzia nazionale di protezione dati. Accedere alle informazioni di numerose agenzie differenti richiede valutazioni etiche da parte di diverse autorità, il che risulta dispendioso sia dal punto di vista del tempo che del denaro.