Si conosce poco dell'incontro avvenuto nel 1920 tra Agostino Gemelli e padre Pio da Pietrelcina. Le fonti che riferiscono del colloquio narrano di un dialogo teso tra i due, ma tali fonti risalgono ad alcuni anni dopo l'accaduto. Nell'imminenza, invece, nessuno sollevò clamori. Nella prima lettera al Sant'Uffizio Gemelli disse che padre Pio era un uomo di vita encomiabile, ma non gli pareva un mistico. Gemelli suggerì dunque alcuni accertamenti con un metodo di lavoro innovativo per il tempo, ossia con la composizione di una équipe di esperti in teologia, medicina e psicologia. Nel 1926, dopo essere stato raggiunto da alcuni devoti di padre Pio, Gemelli scrisse una nuova lettera al Sant'Uffizio. Questa volta affermò che per lui Padre Pio era "uno psicopatico ignorante e che indulgeva in automutilazione e si procurava artificialmente le stigmate allo scopo di sfruttare la credulità della gente". Dalle indagini archivistiche, comunque, si evince che Gemelli non fu il fautore dei provvedimenti vaticani sul cappuccino. Il Sant'Uffizio preferì non assecondare mai lo scienziato in materia di indagini su fenomeni straordinari di cui egli si interessò.