Nel 1629, a causa della carestia nel Ducato di Milano, più di 3500 poveri furono raccolti nel lazzaretto per essere aiutati con viveri e il loro numero, secondo il Tadino, giunse a 9715; il sovraffollamento portò ad una epidemia nel lazzaretto provocando tra 70 e 110 morti al giorno. Il lazzaretto fu chiuso e i poveri che apparivano sani tornarono a casa, ma il contagio si diffuse brevemente in città e prima di settembre morirono circa 8500 persone.