Nonostante egli apprezzasse il suo lavoro e la vita condotta a Filadelfia, Henry aspirava ad altro. Così nel 1874 decise di lasciare la città per proseguire la ricerca della realizzazione personale altrove. Nel maggio del 1874 si trasferì a New York e iniziò a lavorare con una delle migliori aziende farmaceutiche della città di quel periodo, Casswell Hazard & Co. La vita condotta in questa nuova città fece incrementare le conoscenze professionali di Wellcome, in quanto lavorò per la prima volta in un’azienda farmaceutica internazionale. Il contratto terminò dopo due anni, ma subito gli venne offerta la possibilità di lavorare nell’altra azienda farmaceutica della città, la McKesson & Robbins, che non solo gli permise di ricavare un buon salario, ma anche di viaggiare per gli Stati Uniti.