Generalmente si consiglia di trattare i pazienti di età superiore ad 1 anno entro le 3 settimane dall'insorgenza della tosse, mentre quelli di età inferiore e le donne in gravidanza entro 6 settimane. Se la diagnosi viene formulata in ritardo, gli antibiotici non alterano il corso della malattia. Quando gli antibiotici vengono utilizzati precocemente la contagiosità diminuisce e quindi si previene la diffusione. Gli antibiotici a breve termine (azitromicina per 3-5 giorni) sono efficaci come il trattamento a lungo termine (eritromicina per 10-14 giorni) per eliminare "B. pertosse" con effetti collaterali minori.