Weigl fu insignito dalle autorità cittadine di Leopoli del Premio Leopoli, che ammontava a dieci mila zloty, che furono spesi per la maggior parte per la ristrutturazione del laboratorio. Nel 2000 venne eretto un suo busto nella facoltà di Medicina dell'Università di Breslavia e nella stessa città gli fu intitolata una via. Nel 2002 Wacław Szybalski ha istituito in suo onore un congresso scientifico biennale ucraino-polacco.