Naftifina, così come altri derivati allilaminici, tra cui terbinafina, sembrano interferire con la biosintesi degli steroli ad un livello precedente a quello su cui interferiscono i derivati imidazolici e, diversamente da questi, non sembrano intervenire sulla demetilazione in C-14 degli steroli intermedi (ad esempio lanosterolo) e non hanno nessun effetto sul citocromo P450 a livello epatico, surrenale e dei testicoli.