Nella prima metà degli anni novanta, la malattia da virus del Nilo occidentale si verificava solo sporadicamente ed era considerata un rischio minore per l'uomo. Tuttavia nel 1994 scoppiò un focolaio epidemico in Algeria che si caratterizzò per numerosi casi di encefalite. A distanza di 2 anni, nel 1996 si verificò una nuova grande epidemia in Romania, anche in questo caso associata a un alto numero di casi di malattia neuroinvasiva. Dopo aver fatto la sua comparsa in Europa in anni più recenti il virus è apparso negli Stati Uniti d'America, dove la prima epidemia è stata dichiarata nello stato di New York nel 1999.