L'amsacrina mostra anche attività inibitoria intrinseca della topoisomerasi II, simile a quella dell'etoposide. La strutturalmente simile o-AMSA, che differisce per la sola posizione del metossile, in orto al posto che in meta sull'anelloanilinico non ha alcun effetto inibitorio nei confronti delle topoisomerasi, sebbene sia in grado di intercalare il DNA, suggerendo che la sola intercalazione non è sufficiente per creare un complesso covalente DNA-topoisomerasi. Conseguentemente al meccanismo d'azione l'm-AMSA è più attiva sulle cellule in attiva proliferazione, ovvero si comporta da antitumorale ciclo cellulare specifico.