Ne è stato proposto l'utilizzo anche in altre condizioni, tra cui le infezioni gastrointestinali. Il problema dell'avanzare della resistenza verso molti tipi di antibiotici ha recentemente portato a un rinnovato interesse nei confronti di questa molecola. Fosfomicina ha infatti dimostrato azione sinergica, priva di antagonismo, con molte altre sostanze, tra cui i glicopeptidi, linezolid, quinupristina-dalfopristina, i betalattamici, gli aminoglicosidi, le ansamicine, i nitroimidazoli e i chinoloni.