Dopo il 1975 la Pert ha occupato varie posizioni nell'ambito del NIMH, e fino al 1987 è stata Responsabile della sezione di Biochimica Cerebrale della branca di Neuroscienze Cliniche del NIMH. In seguito ha fondato e diretto un laboratorio privato di biotecnologie, Integra. La dottoressa Pert è stata Professore di Ricerca nel Dipartimento di Fisiologia e Biofisica all'Università di Medicina di Georgetown, Washington DC. Ha lavorato per la RAPID Pharmaceuticals.