L'idea di costruire un nuovo policlinico venne ripresa solo nel 1958, quando un consorzio apposito - formato dall'Università, dall'Amministrazione comunale e dal Monte dei Paschi di Siena - bandì un concorso nazionale per il progetto. Il bando prevedeva la costruzione di una struttura multipiano sul crinale della collina delle Scotte, fuori dalla città ma non troppo lontano dalla stazione ferroviaria, specificando che alcuni reparti particolari (clinica tubercolare, malattie infettive, alloggi del personale) dovessero essere posti in strutture isolate. La tipologia tradizionale a padiglioni era stata abbandonata già nel progetto del 1938, per ragioni economiche e funzionali, in quanto il terreno collinoso avrebbe reso difficili i collegamenti tra i reparti.