La malattia di Kawasaki provoca infiammazione e un accumulo di liquidi che, a sua volta, genera una dilatazione (edema) dei vasi sanguigni con possibili alterazioni delle arterie coronarie (vasi sanguigni che portano sangue al cuore). Nel 5% dei bambini ciò causa problemi cardiaci. Le complicazioni possono essere mortali in circa l'1% dei casi.