Un altro componente importante del mobiloma di "C.difficile" sono i batteriofagi (fagi). I fagi si sono evoluti con il "C.difficile" per periodi di tempo molto lunghi e l'infezione dei fagi è una parte intrinseca della storia naturale e della biologia del C.difficile . l'acquisizione di fagi e la loro perdita dal genoma di "C.difficile" sono eventi genetici significativi che hanno avuto un impatto sull'evoluzione dell'ospite. 