Il suo operato lo portò ad essere considerato da entrambi gli schieramenti del conflitto un traditore, i russi per il soccorso prestato ai ceceni e viceversa. Più volte Baiev ricevette minacce di morte. La situazione degenerò quando, dopo aver aiutato un medico russo condannato a morte a scappare, Baiev fu fatto prigioniero dai ribelli ceceni al seguito di Salman Raduyev per essere poi rilasciato una settimana dopo. Lo stesso Raduyev fu poi suo paziente, insieme ad un altro dei capi ribelli, Šamil Basaev.