Inoltre la medicina popolare si occupava dell'igiene; raccomandando il quotidiano, a temperature comprese tra i 40º-43º centigradi, e i bagni di vapore presso le terme. Nel corso del Settecento e dell'Ottocento nacquero anche diverse sette religiose, che si basavano sulle tre religioni tradizionali: shintoismo, buddismo e confucianesimo, e che rifiutavano il medico laico e i suoi mezzi materiali contro alcune patologie. La malattia era considerata, infatti, causa della disarmonia tra il microcosmo e il macrocosmo, conseguenza del Karma e «come la proiezione di attitudini mentali viziose nel mondo materiale». Le sette raccomandavano la preghiera, le danze sacre, le pratiche ascetiche, il contatto e il massaggio della pelle a livello dell'organo malato. Tra le sette più importanti vi erano la Tenri-kyô fondata nel 1798 da Nakayama Miki e specializzata nella cura della follia e del vaiolo, e la Kurozomi-kyô fondata nel 1780 da Kurozumi Munetada, di ispirazione shintoista e specializzata in bevande miracolose. Infine la medicina popolare propugnava la cura del corpo e dello spirito attraverso la pratica delle arti marziali con armi (per esempio scherma con sciabola) e senza (ad esempio karate e jūjutsu).