Nei neonati con autoimmunità derivata dalla madre il CLE si presenta nella forma subacuta (SCLE), sebbene con una distribuzione diversa da quella tipica del SCLE negli adulti. Il CLE nei neonati è caratterizzato da placche fotosensibili anulari, eritematose, non screpolate, talvolta associate a ipopigmentazione. Occasionalmente, si verificano lesioni che ricordano la cute marmorata congenita. L'esordio è generalmente nelle prime settimane di vita, sebbene in molti casi siano state notate lesioni alla nascita.