In generale, la prognosi è abbastanza negativa poiché la maggior parte dei pazienti presenta alla diagnosi una malattia in stadio avanzato. Quando i primi sintomi appaiono (come la difficoltà di deglutizione) il tumore è già progredito. Il tasso complessivo di sopravvivenza a cinque anni registrato negli Stati Uniti è di circa il 15%, con la maggior parte delle persone che muoiono entro il primo anno dalla diagnosi. Gli ultimi dati di sopravvivenza per l'Inghilterra e il Galles (pazienti diagnosticati nel corso del 2007) mostrano che solo un paziente su dieci sopravviverà al cancro esofageo per almeno dieci anni.