Se la sepsi è causata da virus, non può essere curata con gli antibiotici poiché non sono efficaci contro di essi. Tuttavia, di solito, gli antibiotici sono somministrati comunque perché sarebbe troppo pericoloso ritardare le cure in attesa dei risultati degli esami di laboratorio. In caso di un'infezione virale confermata, non sempre esiste una terapia antivirale adeguata; nella maggior parte dei casi non esistono farmaci efficaci ed è necessario attendere che il sistema immunitario combatta l'infezione.