"Sua Maestà anatomica", così come era chiamato Morgagni in Europa, nacque a Forlì il 25 febbraio 1682 da Fabrizio Morgagni, illustre per cariche cittadine e da Maria Tornielli. Rimasto orfano del padre a soli 7 anni, venne cresciuto ed istruito dalla madre, che gli insegnò a parlare usualmente e correttamente il latino e che lo fece appassionare alle belle lettere. All'età di 14 anni, Morgagni venne iscritto alla prestigiosa Accademia dei Filergiti di Forlì, in cui studiò non solo latino, ma anche matematica, archeologia e astronomia, dando grande dimostrazione della sua precocità d'apprendimento.