Nel 1935 sposa Corrada Nicoletti, da cui ha quattro figli: Maria Chiara (1936, avvocato), Maria Rosaria (1936-1940), Maria Luisa (1939, moglie del calciatore Carlo Galli), e Giuseppe (1945, medico). Il fratello di Gaetano Zappalà, Giovanni (1906-1988) ha ricoperto la carica di Avvocato Generale dello Stato dal 1962 al 1976.