Rispetto ai pazienti con gastrite cronica atrofica di tipo B, i pazienti con gastrite atrofica di tipo A tendono a manifestare acloridria associata ad ipergastrininemia molto frequentemente, a causa della completa distruzione delle cellule parietali gastriche. Benché l'ipergastrininemia sia associata ad un aumento del rischio per lo sviluppo di carcinoidi, il quadro clinico è dominato dalla anemia perniciosa, conseguenza della ridotta od assente produzione di fattore intrinseco. Al di là delle manifestazioni tipiche dell'anemia, (astenia, tachicardia, pallore) possono manifestarsi alterazioni ematologiche come emorragie spontanee e granulocitopenia. Il deficit di vitamina B12 porta inoltre allo sviluppo di disturbi gastrointestinali (stipsi, dispepsia) per degenerazione mielinica a carico del plesso di Aeurbach, del plesso di Meissner e dei nervi che fanno parte del sistema del ganglio celiaco. Le anomalie delle vie di conduzione nervosa possono inoltre esitare verso alterazioni neurologiche a carico del midollo spinale, con parestesie, anestesia, paresi ed atassia. Inoltre, i pazienti con deficit di vitamina B12 possono presentare depressione, difetti di concentrazione e demenza.