La complicazione più frequente cui va incontro una cisti sebacea è l’infezione con la formazione di pus. Ciò, di solito, avviene a seguito di una piccola ferita che si forma sulla sua superficie e consente il passaggio all'interno di batteri che iniziano a riprodursi. La ferita è spesso causata involontariamente grattandosi con le unghie.