Il farmaco è controindicato nei pazienti con numero di piastrine inferiore a 75.000/mm³, leucociti inferiori a 3000 mm³ e creatininemia superiore a 1,7 mg/dl. La mitomicina è inoltre controindicata nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo e nei soggetti con gravi infezioni in atto. Altra controindicazione è rappresentata da alterazioni degli esami ematici quali prolungato tempo di protrombina o di sanguinamento e disturbi della coagulazione. Durante il trattamento con mitomicina, e per almeno 8 settimane dopo il termine della terapia, devono essere periodicamente monitorati i valori ematologici e si deve controllare la funzionalità renale e quella polmonare.