Durante questo lungo periodo Mengele visse dapprima con due sorelle ungheresi, anticomuniste e simpatizzanti per il regime nazista, poi con una famiglia del luogo, mantenendo inizialmente nascosta la propria vera identità; se inizialmente adottò diversi nomi falsi, dopo alcuni anni decise di tornare a utilizzare il proprio vero nome, convinto ormai di essere scampato alle ricerche (in quel periodo il suo nome risultava anche sull'elenco telefonico). Tuttavia, a partire dalla cattura di Adolf Eichmann, avvenuta fra l'altro proprio in Sud America, Mengele cominciò ad allarmarsi: ritornò quindi ad adottare una falsa identità e si spostò varie volte (fino a giungere in Brasile) cambiando diverse abitazioni. Nel periodo in cui visse in America Latina, lavorò come operaio nella stessa industria della famiglia Mengele, che anche in Sud America aveva degli stabilimenti.