La prognosi all'esordio è estremamente incerta e diventa più chiara solo dopo alcuni anni di decorso. I fattori prognostici negativi all'esordio sono rappresentati dall'elevato carico lesionale all'RM in primis e a seguire dalla presenza di bande oligoclonali, dal sesso maschile, dall'esordio dopo i 40 anni di età, l'esordio poli-sintomatico, un precoce interessamento cerebellare o piramidale e la familiarità 75 .Al contrario un esordio giovanile e l'interessamento sensitivo o del nervo ottico sono fattori prognostici migliori 75 .Relativamente al decorso dei primi anni, sono stati identificati altri indici prognostici sfavorevoli come la frequenza delle ricadute (maggiore di 5 in due anni), il breve intervallo tra le stesse, la remissione incompleta dagli attacchi e la variazione del carico lesionale alla RMN ne corso di due anni. Infine, un dato prognostico molto importante è l'utilizzo continuativo di farmaci immunomodulanti per periodi di tempo prolungati. 