Essa venne introdotta da Miller ed è tutt'oggi la più accreditata. Secondo tale teoria i germi contenuti nella flora batterica abituale della bocca, specialmente streptococchi e lattobacilli, provocano una fermentazione degli zuccheri contenuti negli alimenti e danno origine alla formazione di acido lattico. Questo decalcifica i tessuti duri del dente e provoca la formazione di piccole cavità nelle quali, successivamente, altri germi producono enzimi proteolitici che intaccano la parte organica della dentina potendo così arrivare fino alla polpa. La teoria chimico-parassitaria viene esposta compiutamente in "The micro-organism of the human mouth".