Per i rischi legati alla malattia coronarica, tromboembolia e ictus sono stati presentati vari studi che ai più paiono del tutto convincenti; tuttavia, non mancano anche qui (come del resto per molti fattori di rischio legati all'aterosclerosi e alle malattie ischemiche) perplessità e contestazioni. Queste riguardano sia la valutazione di pericolosità da attribuire dell'aumento dell'omocisteina in sé, sia l'efficacia del suo abbassamento mediante la comune terapia: ad esempio, uno studio mostrerebbe che la terapia e l'abbassamento dell'omocisteina non porterebbe comunque a una diminuzione del rischio di tromboembolia sintomatica profonda.