Negli anni novanta il marchio subisce nuove modifiche. Si abbandona il colore blu distintivo dell'Ospedale Maggiore di Milano e viene aggiunta una seconda torre a rappresentare un fortino. Il simbolo della roccaforte è assimilato ad un H, l'indicatore segnaletico di ospedale. Nella H si può individuare la volta ad H che richiama la configurazione dell'arcata d'ingresso e simboleggia l'accoglienza. Il marchio dell'ospedale è associato a quello di "Sistema Sanitario Regione Lombardia".