A causa di complicazioni amministrative, Reichstein dovette abbandonare il laboratorio di Ruzicka nel 1938. Riuscì ad ottenere la cattedra di Chimica farmaceutica presso l’Università di Basilea grazie a Fritz Hauser, capo del dipartimento dell’educazione e ardente antinazista. Nessun’altra università svizzera del tempo avrebbe avuto il coraggio di assegnare la cattedra ad un ebreo di origini polacche. In questi anni Tadeusz iniziò il suo studio sulla corteccia surrenale. In particolare, Reichstein condusse il progetto che portò all’isolamento di 29 sostanze della corticale surrenale, responsabili di diverse attività ormonali, che riuscì a recuperare per la maggior parte in forma cristallina pura.