Gran parte della vitamina viene depositata nel fegato dove viene immagazzinata, previa fosforilazione, e da esso viene rilasciata in forma defosforilata e ceduta ai tessuti, dove viene rifosforilata. La vitamina B6 non immagazzinata viene eliminata con le urine dopo essere stata ossidata ad acido 4-piridossico da un'ossidasi dipendente da FAD.