Dal punto di vista terapeutico, il clomifene viene somministrato all'inizio del ciclo mestruale. Generalmente viene prescritto a partire dal terzo giorno e continua per 5 giorni. A quel punto, il livello di FSH sta aumentando costantemente, causando lo sviluppo di alcuni follicoli. I follicoli a loro volta producono l'estrogeno, che circola nel siero. In presenza di clomifene, il corpo percepisce un basso livello di estrogeni, simile al giorno 22 nel ciclo precedente. Poiché l'estrogeno non può più esercitare un feedback negativo sull'ipotalamo, la secrezione di GnRH diventa più rapidamente pulsatile, il che si traduce in un aumento della gonadotropina ipofisaria (rilascio di FSH, LH). 