Esiste anche un vaccino contro l'encefalite da zecca che prevede la somministrazione di tre dosi con richiami a cadenza triennale. Il periodo migliore per vaccinarsi è quello invernale, in modo da essere già protetti nel periodo di massima attività delle zecche. La vaccinazione è raccomandata solo per le persone esposte al morso di zecca per motivi di lavoro e per la popolazione residente in aree a rischio (stabilite valutando la diffusione della malattia).