Il carcinoma papillare intratiroideo viene trattato con una tiroidectomia totale, cioè asportando tutta la tiroide senza lasciare residui. Le strutture invase dai carcinomi extratiroidei vanno asportate assieme alla tiroide (più spesso: muscoli, nervo laringeo ricorrente). In caso di diagnosi postoperatoria dopo emitiroidectomia, il paziente deve essere rioperato per asportare l'altra metà tiroide, fatta eccezione per alcuni casi selezionati di microcarcinoma nei quali è sufficiente l'emitiroidectomia. La maggioranza di questi casi può essere trattata con tiroidectomia videoassistita.