Una volta che le cellule sono invase da HPV, può verificarsi un periodo di latenza (silente) di mesi o anni, totalmente asintomatico. HPV permane nell'organismo per diversi anni senza dare alcun segno di sé. Copulare con un partner affetto da una infezione latente da HPV e che non dimostra alcuna manifestazione esteriore espone comunque al rischio di contagio. Se un soggetto ha rapporti sessuali non protetti con un partner infetto, c'è una probabilità del 70% che ne venga infettato. Il sistema immunitario cerca di eliminare il virus attivando il sistema delle interleuchine, che reclutano nel processo gli interferoni, i quali rallentano e inibiscono la replicazione virale.