Sebbene le cisti di Bartolino possano essere anche piuttosto dolorose, esse non mettono comunque in pericolo la vita della paziente. La formazione di nuove cisti non può essere prevenuta, ma la rimozione chirurgica, effettuata anche tramite laser, rende meno probabile che una nuova cisti si formi nella stessa sede della precedente. La comparsa delle cisti di Bartolino è un fenomeno ricorrente, che si ripresenta nel giro di qualche anno o anche più spesso. Diverse pazienti sottoposte a marsupializzazione delle cisti hanno testimoniato il fatto che la ricorrenza è, nel loro caso, più lenta, ma non scomparsa.