Le speranze che la malattia potesse essere completamente eliminata si frantumò nel 1980 con la crescita di ceppi resistenti ai farmaci. I casi di tubercolosi in Inghilterra che erano circa 117000 nel 1913 nel 1987 erano diminuiti a circa 5000. Però questo trend in diminuzione si è arrestato all'inizio del ventunesimo secolo quando i casi di tubercolosi sono aumentati a 6300 nel 2000 e 7600 casi nel 2005. A New York l'eliminazione di istituzioni per la salute pubblica e l'emergenza dell'HIV, ha portato ad una recrudescenza della TB verso la fine del 1980: il numero di pazienti che non riuscivano a completare la cura con i farmaci era alto. Per questo New York ha dovuto affrontare una nuova emergenza: più di 20000 pazienti con TB con ceppi "multidrug-resistant" (resistenti a entrambi i farmaci: rifampicina e isoniazide).