Il farmaco agisce anche a livello della trascrizione. Modificazioni nella struttura del DNA indotti dalla trabectedina sembrerebbero infatti impedire il riconoscimento di fattori di trascrizione a specifiche sequenze consenso ricche in guanina e citosina. A livello cellulare la trabectedina non sembra comunque interferire con la trascrizione costituzionale, ma solo con quella di geni attivati. Ulteriori studi hanno inoltre evidenziato che, sebbene il farmaco leghi il solco minore del DNA, esplica effetti anche su promotori regolati da fattori di trascrizione che legano il solco maggiore del DNA. La trabectedina, inoltre, è selettivamente attiva solo su alcuni geni attivati e su questi favorisce o inibisce a sua volta i processi di trascrizione. Il fatto che il composto induca up-regolazione o down-regolazione sugli stessi geni di linee cellulari differenti suggerisce comunque la presenza di cofattori cellula-specifici, che giocano un ruolo importante nel modulare la capacità del farmaco di agire sulla trascrizione.