La prima fase prevede la tripsinizzazione delle cellule a 37°C. Successivamente si procede con la conta cellulare con la camera di Burker. La stima del numero di cellule presenti è necessaria per determinare la quantità di soluzioni da utilizzare nei passaggi successivi (per l'esperimento servono circa 1,5 x 10 8 cellule totali). Le Il pellet di nuclei viene risospeso in 2ml di buffer C ipertonico addizionato di inibitori delle proteasi. La sospensione viene sonicata per 10 secondi con un impulso di 0,5" ed una potenza del 40% a 4°C. Questa procedura permette di rompere sia i nuclei che la cromatina. Il surnatante contenente gli estratti proteici viene recuperato.