HMGB1 lega il DNA nel solco minore in modo non sequenza-specifico, e il suo legame induce una distorsione dell'asse della doppia elica — rendendo dunque HMGB1 un importante fattore architetturale della cromatina. Si è osservato che questa distorsione ha un ruolo fondamentale nel consentire il legame tra DNA e molti fattori di trascrizione, tra cui p53, NF-κB e proteine Homeobox.