La calcitonina, al contrario, determina una diminuzione del livello di calcio (effetto ipocalcemizzante). Viene prodotta dalle cellule cosiddette parafollicolari della tiroide, aumenta l'escrezione renale di fosforo e stimola il riassorbimento del calcio, favorendone la deposizione nelle ossa. Com'è logico aspettarsi, la secrezione di calcitonina aumenta quando i livelli di calcio nel sangue sono troppo alti (ipercalcemia), e viceversa.