Fleroxacina è attiva contro diversi batteri Gram-positivi e Gram-negativi. Risulta particolarmente attiva contro Shigella species, Salmonella sp., Escherichia coli, Branhamella catarrhalis, Haemophilus influenzae, Neisseria gonorrhoeae, Yersinia enterocolitica, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa.