Gli IPP sono anche utilizzati in pazienti trattati con acido acetilsalicilico o altri FANS a lungo termine. Tali farmaci, inibendo la funzione dell'enzima ciclossigenasi 1 (COX 1), hanno come effetto collaterale una riduzione della sintesi di prostaglandine, processo che dipende dallo stesso enzima. Poiché tra le funzioni delle prostaglandine c'è la protezione della mucosa gastrica dall'acidità, si utilizzano gli IPP al fine di ridurre l'acidità e proteggere la mucosa gastrica.