Gli effetti collaterali più comuni sono una lieve nausea e occasionali crampi allo stomaco con diarrea. Gli effetti avversi più gravi colpiscono gli occhi e possono causare una retinopatia dose-dipendente anche dopo l'interruzione dell'uso dell'idrossiclorochina. Nel trattamento a breve termine della malaria, gli effetti collaterali possono includere crampi addominali, diarrea, problemi cardiaci, riduzione dell'appetito, mal di testa, nausea e vomito.