Maragliano muore a Genova il 10 marzo 1940 e la Cittadinanza vuole che la sua salma venga sepolta nel Famedio di Staglieno, ove si trovano le tombe dei Genovesi che hanno dato più lustro alla città. Nel 1946 la Clinica Medica di Genova, sotto la direzione di Antognetti, per onorare la memoria di Maragliano, fondò una rivista scientifica che intitola "Archivio Maragliano". Al suo nome inoltre viene dedicato il Sanatorio (oggi "Padiglione pneumologico Maragliano") ed anche la Biblioteca del Dipartimento di Medicina Interna (DIMI) di Genova.