Le proprietà immunomodulatorie del latte materno sono state ipotizzate da quando è stata valutata la relazione dell'allattamento al seno con alcuni disordini autoimmuni. A tale proposito in uno studio multicentrico europeo si è osservata una riduzione pari al 43% del rischio di sviluppare diabete mellito di tipo 1 nei soggetti che erano stati allattati al seno [45].Anche l'incidenza di morbo celiaco e di patologie infiammatorie croniche intestinali pare essere ridotta in presenza di un prolungato allattamento materno, ma gli studi disponibili su questi temi sono stati condotti su un limitato numero di soggetti e necessitano quindi di ulteriori conferme [46][47][48].