Oltre alla diplopia (oftalmoplegia internucleare) e al nistagmo pendolare (citati prima a proposito dei Segni e sintomi visivi), numerosi altri segni e sintomi (presenti nel 20-40% dei casi all'esordio) sono dovuti a lesioni a livello del tronco encefalico.Tra questi si possono elencare: paralisi faciale, di tipo periferico, spesso associata ad alterazioni della sensibilità dell'emivolto colpito; disfagia, disfonia e disartria, per danno dei nervi cranici bulbari presente nelle forme più gravi, fino alla paralisi pseudo-bulbare, con crisi di riso e pianto spastico e deterioramento intellettivo; vertigini (presenti nel 20% dei pazienti circa), alterazioni dell'equilibrio sia nella stazione eretta sia nella deambulazione, manifestazioni di un interessamento del sistema vestibolare.