La prevalenza è stimata essere di 4.500 casi ogni anno negli Stati Uniti, con una possibilità di sindrome da trasfusione feto-fetale ogni mille gravidanze. Tuttavia, uno studio australiano ha permesso di rilevare un'incidenza di un caso ogni 4.170 gravidanze o un caso ogni 58 gravidanze gemellari; si ritiene che tale differenza sia da imputarsi a una mortalità non valutabile dovuta ad aborti che avvengono per altri motivi, come il distacco intempestivo di placenta, prima che la diagnosi di sindrome da trasfusione feto-fetale di possa essere effettuata. Altre stime riportano un tasso del 10-15%, prendendo in osservazione solo le gravidanze monozigotiche monocoriali.