Acido alendronico inibisce il riassorbimento osseo indotto dagli osteoclasti. Come tutti i bifosfonati, è chimicamente correlato al pirofosfato inorganico, il regolatore endogeno del turnover osseo. Ma mentre il pirofosfato inibisce sia il riassorbimento osseo che la mineralizzazione dell'osso neoformato dagli osteoblasti, alendronato, alle dosi farmacologiche normalmente utilizzate, inibisce specificamente il riassorbimento osseo senza determinare alcun effetto sulla mineralizzazione.