Nel rispetto della sua vocazione sanitaria il Corpo è in grado di fornire, in caso di maxi emergenze sanitarie, numerosi dispositivi d'emergenza quali Posti Medici Avanzati di I° livello (PMA), ambulanze ed ambulatori mobili. Avvalendosi di volontari medici, infermieri, psicologi, farmacisti e soccorritori, il corpo svolge attività di supporto sanitario anche in convenzione con i servizi 118, di assistenza e protezione a manifestazioni, grandi eventi nonché servizi di trasporto di infermi e disabili. I volontari del CISOM costituiscono Sezioni specialistiche per garantire l'operatività e la formazione specialistica necessaria in qualsiasi momento sia richiesta. Tra le specialistiche si contano quattro sezioni nazionali di Valutazione e Pronto Impiego (VePI, nord-ovest, nord-est, centro e sud), una sezione nazionale Unità Sala Operativa Mobile (USOM), una sezione nazionale Cucine, quattro sezioni nazionali di logistica (per la gestione e la manutenzione dei mezzi e delle attrezzature della Colonna Mobile Nazionale), numerose sezioni per interventi in caso di dissesti idrogeologici, cinofile, antincendio boschivo (AIB), soccorso nautico e sezioni di volo.