La HSL e la ATGL sono presenti anche nel muscolo scheletrico, in particolare nelle fibre ad alta capacità aerobica ossidativa, ovvero le fibre di tipo 1. Queste due lipasi agiscono per idrolizzare una modesta quantità di trigliceridi per fornire energia al muscolo in attività. La lipolisi nel muscolo è attivata dalla contrazione muscolare così come dai segnali indotti dall'adrenalina.