La somministrazione concomitante di fondaparinux e di sostanze che possono accrescere il rischio di emorragia aumenta il rischio di sanguinamento. La contemporanea somministrazione di Fondaparinux e di farmaci che inibiscono la coagulazione potrebbe provocare interazioni farmacodinamiche, ma non sono stati rilevati importanti effetti clinici di fondaparinux sulla farmacodinamica di anticoagulanti orali o di inibitori dell’aggregazione piastrinica. Fondaparinux non influenza né l’attività INR di warfarin, né il tempo di sanguinamento sotto trattamento con acido acetilsalicilico o piroxicam, né l farmacocinetica della digossina allo "steady state" (stato stazionario). Fondaparinux accelera la velocità con cui l’antitrombina neutralizza il fattore Xa inducendo un cambio conformazionale nell’antitrombina e questo induce un aumento dell’affinità dell’antitrombina III per il fattore Xa. Con l’uso di fondaparinux, l’anticoagulazione sembra derivare da una rapida inibizione del fattore Xa da parte dell’antitrombina III, che inibisce la conversione della protrombina a trombina e la conseguente formazione di trombi. È eliminato principalmente per via urinaria e dovrebbe essere usato con attenzione in pazienti con moderata insufficienza renale e non dovrebbe essere usato affatto in pazienti con una acuta insufficienza renale.