La manipolazione della flora intestinale è complessa e può causare interazioni tra batteri e ospite. Anche se i probiotici, in generale, sono considerati sicuri, in alcuni casi ci sono preoccupazioni sul loro uso. Alcune persone, come quelle con sistemi immunitari compromessi, sindrome dell'intestino corto, cateteri venosi centrali, cardiopatia valvolare e bambini prematuri, possono essere a maggior rischio di eventi avversi. Raramente, il consumo di probiotici può causare batteriemia e sepsi, infezioni potenzialmente fatali in bambini con sistema immunitario abbassato o che sono già in condizioni critiche.