Retore alle prime armi, Buonafede trascorre gli anni giovanili sotto Francesco Farnese, Duca di Parma. In questi anni il territorio Parmense è uno dei teatri della Guerra di successione spagnola tra l'esercito francese del futuro Filippo V di Spagna e quello asburgico dell'imperatore Leopoldo I d'Asburgo, e il giovane Vitali assiste a queste vicende insieme al padre Giuseppe, castellano al servizio del duca Francesco. Ben presto però, a seguito di un acceso diverbio tra il duca e il padre Giuseppe, la famiglia Vitali si sposta in territorio veneziano dove Buonafede ottiene il grado di alfiere al servizio della stessa Repubblica di Venezia. Nonostante ciò Buonafede non si sente adatto all'impiego assegnatogli e prende in considerazione l'idea di intraprendere la carriera ecclesiastica; idea che però svanisce ben presto a favore di quella di farsi medico. 