Della "Fabrica" venne anche stampata, principalmente ad uso degli studenti, l'"Epitome", ovvero un riassunto dell'opera in sei capitoli. Il 4 agosto dello stesso anno a Spira, Vesalio presentò l'opera all'imperatore Carlo V che lo assunse subito come medico di corte. Non sono ben chiare le ragioni dell'abbandono della ricerca scientifica in favore di questo nuovo incarico; alcuni sostengono che questo nuovo lavoro fu necessario per recuperare le grandi spese sostenute per la stampa della "Fabrica", mentre altri sostengono che Vesalio volle abbandonare l'ambiente accademico perché in esso aveva ormai troppi nemici. Ma la ragione più probabile è ciò che egli stesso spiega nella prefazione alla "Fabrica": secondo Vesalio infatti l'anatomia era solo il fondamento della medicina, mentre egli aspirava invece a diventare un medico completo. Il lavoro al servizio dell'imperatore offriva molte possibilità di praticare come medico e come chirurgo.