Quando l'immunodeficienza diventa grave, si sviluppa il terzo stadio dell'infezione. Il terzo stadio è quello terminale e si riscontra più comunemente nei gatti tra i 5 e i 12 anni (FeLV colpisce gatti tra 1-5 anni), e possiede una prognosi infausta: generalmente, l'aspettativa di vita è di un anno. Gli animali nel terzo stadio della malattia sono particolarmente predisposti alle infezioni, di solito opportunistiche e croniche, dovute a batteri, miceti o parassiti. Inoltre, la debolezza del sistema immunitario facilita la comparsa di neoplasie. Altri gatti possono mostrare sintomi neurologici, benché gli effetti di FIV sul sistema nervoso felino siano generalmente minori di quelli dell'HIV sul sistema nervoso umano.