Altri vaccini sono costituiti da polisaccaridi capsulari purificati. Tali strutture nel patogeno vivo possono impedire la fagocitosi da parte dei macrofagi, tuttavia il legame a questi polisaccaridi di anticorpi e complemento (opsonizzazione) permette e aumenta la fagocitosi stessa. Ne sono esempi il vaccino contro lo pneumococco e il vaccino contro il meningococco. Anche il vaccino antipertosse, spesso somministrato insieme a quelli contro la difterite e il tetano (vaccino DTP), è un esempio di vaccino costituito da un piccolo numero di proteine purificate dal batterio.