La terapia primaria per la GVHD è rappresentata dalla somministrazione di farmaci immunosoppressori che riducono la risposta immunitaria delle cellule del donatore. La terapia di prima scelta è rappresentata dai corticosteroidi.La cura preventiva con farmaci immunosoppressori può ridurre il rischio di comparsa della GVHD dopo il trapianto; in genere, la terapia è iniziata prima del trapianto stesso.