Non esistono studi specifici inerenti all'uso di emtricitabina in pazienti che non rispondono più a un precedente regime terapeutico o in cui precedenti trattamenti siano falliti.Emtricitabina è attiva anche contro l'infezione da HBV. Tuttavia per il trattamento di pazienti HIV coinfettati con il virus dell'epatite B molti esperti raccomandano una terapia combinata NRTI di tenofovir ed emtricitabina o in alternativa di lamivudina. Si sconsiglia in genere di utilizzare un unico antiretrovirale perché ciò potrebbe far aumentare in modo significativo il rischio di HBV resistenza.