Come si è già detto, spesso alla base del MRGE si riscontra un'incontinenza del LES, dovuta ad anomalie anatomiche, alla brevità del suo tratto intraaddominale, alla frequenza e alla durata dei suoi rilasciamenti transitori. In questi casi la terapia più efficace è senz'altro la chirurgica, mentre un trattamento farmacologico a base di procinetici fornisce per lo più risultati parziali, con rischio molto elevato di recidiva.