L'ingresso del canale Sodio contiene un filtro selettivo formato da un insieme di residui amminoacidici con carica negativa, capaci di attirare i cationi Na+ e tenere fuori gli anioni. Gli ioni positivi riescono a passare attraverso un ingresso con larghezza approssimativa di 0.3 - 0.5 nm, permettendo il passaggio di un solo ione Sodio associato ad una molecola di acqua. I cationi potassio, con raggio ionico maggiore, non riescono a passare attraverso quest'apertura. Il filtro, inoltre, non permette il passaggio di altri ioni (anche di dimensioni accettabili) a causa della scarsa interazione che avrebbero con l'amminoacido glutammato.