In un modello murino dell'Encefalite giapponese, si è scoperto che nell'ippocampo e nello striato, il numero di microglia attivate era più alto che in qualsiasi altra parte del cervello seguito da quello nel talamo. Nella corteccia, il numero di microglia attivate era significativamente inferiore rispetto ad altre regioni del cervello del topo. È stata anche osservata un'induzione complessiva dell'espressione differenziale di citochine proinfiammatorie e chemochine da diverse regioni del cervello durante una progressiva infezione da encefalite giapponese.