I trattamenti non chirurgici di FCED possono essere utilizzati per trattare i sintomi della malattia precoce. La gestione medica include la soluzione salina ipertonica topica, la disidratazione del film lacrimale precorneale e lenti a contatto morbide terapeutiche. La soluzione salina ipertonica attinge l'acqua dalla cornea attraverso l'osmosi. Quando si utilizza la disidratazione tramite phon, il paziente viene istruito a tenere a una distanza di un braccio o diretto sul viso in un ambiente freddo, per asciugare le vesciche epiteliali. Questo può essere fatto due o tre volte al giorno. Il trattamento definitivo, tuttavia, (specialmente con un aumento dell'edema corneale) è chirurgico sotto forma di trapianto di cornea. I tipi più comuni di intervento chirurgico per FCED sono la cheratoplastica endoteliale automatizzata di stripping di Descemet (DSAEK) e la cheratoplastica endoteliale di membrana di Descemet (DMEK), che rappresentano oltre la metà dei trapianti di cornea negli Stati Uniti. L'uso di lenti sclerali può migliorare notevolmente la vista quando è affetta da irregolarità sulla superficie della cornea. 