Il soffitto è a volta di vela nel porticato inferiore e ligneo in quello superiore, mentre l'area del cortile è a impluvio, alla maniera di quelli realizzati nelle case romane. Nell'arco centrale del loggiato inferiore si può ammirare una fontana voluta da Papa Paolo V, per ornamento del Palazzo Vaticano, e successivamente trasferita nel Palazzo del Commendatore da Papa Alessandro VII. In corrispondenza della fontana, a livello del loggiato superiore, si trova un grande orologio, posto al centro dello stemma della famiglia del precettore Ludovico Gazzoli. Ai lati del quadrante, incorniciato dalla figura di un serpente che lambisce la propria coda, simbolo di eternità, è posta una croce a due assi orizzontali, emblema del Santo Spirito. A sinistra dell'ingresso principale del cortile si accede all’"antica Spezieria" dell'Ospedale che, restaurata di recente, accoglie ancora oggi i magnifici vasi giunti fino a noi, insieme ad una ricchissima collezione di pregiatissimi quadri.