Nonostante l'ospedale avesse mantenuto la sua autonomia anche sotto la dominazione francese, a seguito degli eventi dopo la breccia di Porta Pia, nel 1878 l'ospedale venne sottratto all'ordine religioso. Ciononostante, nel 1892 tornò in mano all'ordine dei Fatebenefratelli i quali ripristinarono la vecchia gestione.