Attualmente non sono disponibili evidenze relative ad un trattamento specifico ed efficace per la PML.L'evoluzione dell'infezione dipende dalla capacità del sistema immunitario dell'individuo a rispondere al JC virus. Uno studio 248 ha evidenziato il ruolo del recettore della serotonina 5-HT2A nel mediare l'ingresso del virus all'interno delle cellule gliali. Per questo motivo farmaci come la mirtazapina e il risperidone sono stati utilizzati per il trattamento della PML, nel tentativo di inibire l'ingresso del virus nelle cellule, con risultati contrastanti 249 .Anche la meflochina, un farmaco antimalarico, sembrerebbe avere un ruolo anti-proliferativo sul JCV in vitro, ma i risultati raccolti da ampi studi prospettici sull'applicazione del farmaco nella pratica clinica non mostrano un miglioramento dell'outcome 250 .Sono riportati in letteratura anche alcuni casi di PML in cui sono stati utilizzati farmaci inibitori della duplicazione del DNA come Brincidofovir, Ganciclovir e Leflunomide, immunomodulatori come IL-2 e IL-7 e l'immunizzazione attiva o passiva 251 .