Rispetto all'otite media siero-mucosa, la differenziazione tra acuta e cronica non si basa tanto sul criterio temporale, quanto sulla presenza di precipue alterazioni tissutali. Infatti, differentemente dall'otite media acuta purulenta, la forma cronica è caratterizzata dall'assenza di chiusura spontanea della perforazione timpanica e dalla flogosi cronica (presenza di macrofagi, linfociti T e tessuto sclero-cicatriziale) a carico della mucosa dell'orecchio.