La biopsia della pelle, ed il successivo analisi al microscopio ottico dopo specifiche colorazioni, pelle che viene prelevata dalle zone del corpo dove si sviluppa l'eritema emigrante, oppure dove ci sono lesioni a tipo morfea (ma nelle parti esposte de corpo, e spesso si associa a depressione psichica), alla acrodermatite atrofica, oppure in altre simili al girodito, e possono essere utili nel confermare l'infezione da Borrelia, ma di solito si effettuano in centri di ricerca e non sono abitualmente adoperate nella pratica clinica.