Ben presto però Vitali comincia a sentire sempre più forte il limite posto in Italia alla ricerca scientifica nel campo della Chimica e delle sue applicazioni alla medicina e decide dunque di trasferirsi per qualche tempo in Inghilterra, Paese scientificamente meno conformista e più libero. Qui a Londra nel 1710 Buonafede è testimone di una terribile epidemia di peste: a differenza della maggioranza, sostenitrice della teoria miasmatica, egli si schiera con coloro che ritengono che la causa della peste sia il contagio, come egli stesso chiarisce nel suo "Breve Trattato sulla peste, e sua origine".