Richiede un tempo molto maggiore, ma è essenziale per un corretto trattamento della malattia, in quanto da queste derivano le complicanze del MRGE, ben più difficili da curare. In questo modo, tra l'altro, si risparmia la necessità di follow-up endoscopici intensivi in seguito, altrimenti necessari. Da notare che non sempre l'esofagite correla con la sintomatologia, sicché è necessario valutarla indipendentemente, ottenendosi molto più rapidamente una remissione dei sintomi che non delle lesioni mucose.