Il nuovo decennio, l'ultimo del XX secolo, determinò per l'Istituto, la realizzazione, nel 1990, del primo prototipo di accoppiamento di fluoroscopia digitale/Tc e l'isolamento e la caratterizzazione del primo oncogene tiroideo (Ret/ptc1). In quello stesso anno, il direttore Veronesi fu insignito della medaglia d'oro della Regione Lombardia. Successivamente, l'Istituto vide l'attivazione di una rete nazionale per il controllo di qualità di indicatori di proliferazione e la prima evidenza in Europa che la modificazione genetica di cellule tumorali ne induce il rigetto.