Il desogestrel, da solo o in combinazione con l'etinilestradiolo, viene rapidamente assorbito nel tratto gastrointestinale superiore (stomaco, duodeno, intestino tenue) a causa della sua natura lipofila. Una volta nel torrente ematico, si lega tenacemente alle proteine plasmatiche. Ha una lunga emivita, tra le 21 e le 36 ore.