Per l'uso in animali, è usato come disinfettante topico delle ferite. È più efficace nell'uccidere i batteri sia rispetto a soluzioni a base di iodopovidone, sia rispetto a soluzioni saline, e ha effetti residui fino a 6 ore. Si è visto anche che è più vantaggioso, per la guarigione della ferita, che utilizzare soluzioni saline da sole. Si noti, tuttavia, che alcuni problemi, tra cui la sordità, sono stati associati con l'uso di prodotti a base di clorexidina nei gatti. Essa viene comunemente usata per gestire le infezioni della cute nei cani.