L'influsso di Giovanni Battista Cortesi fu decisivo per la formazione della classe medica messinese. Fra i suoi discepoli ricordiamo "Francesco Castelli, Giovanni Matteo Bardi, Andrea Trimarchi, Placido Alcara e Antonio Politi". Le concezioni di fondo di Giovanni Battista Cortesi risultano profondamente legate alla teoria dei quattro umori, sulla cui correzione è basata tutta la farmacopea, alla funzione emopoietica del fegato, alla convinzione che le mammelle trasformassero il sangue in latte per il calore innato della sostanza ghiandolare. Cortesi scrive di dover individuare nel farmaco" (secondo la traduzione della sua opera "Pharmacopea"): base, correttivo e adiuvante" . Si dedica inoltre con passione alla battaglia per cancellare ogni interferenza esterna alla pratica medica e alla farmacopea. Denuncia infatti ricette antiche e "vulnerabili" composte da spezie disparate e prodotte per fini lucrosi. Numerose sono anche le sue invettive nei confronti di giovani medici privi di scrupoli che attentavano seriamente alla vita dei malati. "Corrado Dollo" scrive di lui riguardo alla sua esperienza a Messina:" "Più importanti però risultano a mio avviso gli insegnamenti specificatamente dottrinali giacché non si trova nell'isola uno studioso che abbia percorso con una tale autorevolezza i vari campi del sapere medico."". Cortesi è inoltre indirizzato alla medicina pratica per la cui corretta applicazione traccia numerose precisazione metodologiche che, nell'individuare i diversi ruoli del medico e dello speziale per la composizione dei farmaci, tolgono il primo dall'isolamento aristocratico e lo aprono al mondo dell'applicazione medica manuale.