Sebbene i probiotici siano usati come agenti preventivi e terapeutici, il loro ruolo nel trattamento e nella prevenzione della CDI rimane controverso. Gli agenti probiotici meglio studiati in CDI sono "Saccharomyces boulardii" e "Lactobacillus". Alcuni studi hanno dimostrato che le miscele di probiotici possono essere utili nel trattamento e nella prevenzione delle CDI.