Durante la gravidanza valutare attentamente il rapporto rischio/beneficio prima di somministrare la paroxetina in donne in gravidanza, in particolare durante il primo trimestre. Il farmaco infatti è stato associato a un aumento di difetti maggiori neonatali, in particolare cardiaci a carico del setto. Sulla base dei dati disponibili l'AIFA (Agenzia Italiana del Farmaco) ha indicato un valore di rischio per una madre, esposta a paroxetina in gravidanza, di partorire un neonato con difetto cardiaco inferiore a 2/100 contro un valore di 1/100 per la popolazione generale. 