Il vaccino per la febbre gialla è generalmente ben tollerato. Talvolta è possibile osservare la comparsa di reazioni minori qualche giorno dopo l'inoculo. In circa il 5% dei pazienti si assiste a comparsa di febbre, lieve cefalea, mialgia e lombalgia, in assenza di reazione linfonodale regionale o infiammazione nel sito di iniezione. 