A livello del centro delle epifisi vengono a formarsi, successivamente, "centri di ossificazione secondari". In questi casi il processo di ossificazione non risulta ordinato come a livello metafisario, per cui l'osso assumerà una struttura trabecolata più simili a quella delle ossa formatesi tramite ossificazione intramembranosa. Questo risulta un vantaggio perché conferisce resistenza all'osso senza fargli raggiungere un peso eccessivo rispetto alle necessità di movimento dell'individuo, ma d'altro canto rende quest'area dell'osso estremamente suscettibile a fratture in corso di osteoporosi.