L'esecuzione di una puntura lombare ed il prelievo di liquido cerebrospinale nei pazienti con encefalite mostra una evidente pleocitosi che talvolta, ma non sempre, può essere a predominanza mononucleare. Anche la concentrazione delle proteine nel liquor può apparire moderatamente elevata, mentre la concentrazione di glucosio risulta tendenzialmente bassa, spesso inferiore al 50% della concentrazione ematica.