Dopo somministrazione per via orale ketoconazolo viene rapidamente assorbito dal tratto intestinale. La concentrazione plasmatica massima (Cmax) viene raggiunta entro 2 ore (Tmax) dall'assunzione. L'assorbimento di ketoconazolo dipende dall'acidità gastrica: la sostanza è infatti debolmente basica e pertanto richiede un ambiente acido per la sua dissoluzione ed assorbimento. La biodisponibilità del farmaco varia tra l'80% ed il 90%. Dopo l'assorbimento il farmaco viene trasformato, attraverso reazioni di ossidazione e di degradazione degli anelli imidazolici e piperazinici, in numerosi metaboliti farmacologicamente inattivi. Circa il 13% di una dose assunta viene eliminata per via renale, mentre la via principale di eliminazione è per via biliare.