In quest'ultimo caso si tratta di una infezione vescicale che, risalendo attraverso l'uretere, si trasmette alla pelvi renale. Un fattore a ciò predisponente è il reflusso vescico-ureterale: di norma l'urina contenuta in vescica viene eliminata durante la minzione attraverso l'uretra e non risale verso la pelvi grazie a delle valvole situate nel punto di unione fra uretere e vescica. In rari casi queste valvole sono incontinenti per un difetto congenito e pertanto consentono a piccoli quantitativi di urina di risalire verso il rene durante la minzione. Questa patologia si chiama reflusso vescico-ureterale ed è la più frequente causa delle pielonefriti croniche che determinano un danno progressivo del rene. Il danno pielonefritico è evidenziabile con ecografia, urografia o UroTac dell'apparato urinario (che rilevano anche la eventuale presenza di calcoli). Il reflusso vescico-ureterale si diagnostica con la cistografia.