A maggio, Church andò a Philadelphia, in Pennsylvania, per consultare il Congresso continentale sulla difesa della colonia del Massachusetts. Il 27 luglio, quell'organismo autorizzò l'istituzione di un dipartimento medico dell'esercito con un direttore generale e un capo medico che sarebbe stato a capo sia del dipartimento ospedaliero del primo ospedale militare che del primo quartier generale dei chirurghi del reggimento (situato nell'Henry Vassall House, Cambridge, MA). Nel frattempo, il 2 luglio, il generale George Washington era arrivato a Cambridge per prendere il comando delle forze coloniali, e Church era uno dei membri del comitato incaricato di riceverlo.