L'epitelio intestinale è una struttura dinamica: il suo turnover cellulare è uno dei più elevati di tutto il corpo e la presenza di un complesso microbiota svolge un ruolo determinante in questa attività. Una delle principali funzioni dei batteri commensali è la fermentazione dei cibi sfuggiti alla digestione per generare metaboliti, tra cui il butirrato, un acido grasso a catena corta, che rappresenta il principale substrato energetico per l'epitelio.