L'Ordine perse un gran numero di possedimenti in seguito all'ascesa del Protestantesimo ma sopravvisse a Malta e nelle nazioni cattoliche. Il ramo svedese fu soppresso nel 1527. La proprietà del ramo inglese fu nel 1540 e l'Ordine rinacque in Inghilterra solo nel 1826 con il nome di Venerabile ordine di San Giovanni. Nel 1550 il ramo olandese divenne protestante. Nel 1577 il balivo tedesco di Brandeburgo divenne Luterano, ma continuò a pagare i propri contributi finanziari all'Ordine, fino a che il ramo prussiano fu convertito in un ordine onorifico dal re di Prussia nel 1812. Il "Johanniter Orden" fu restaurato come Ordine prussiano dei Cavalieri Ospitalieri nel 1852 con il nome di Ordine di San Giovanni del baliaggio di Brandeburgo.