Su raccomandazione di d'Arcet, Hilaire Rouelle lo nominò amministratore delegato della farmacia "rue Jacob" nel 1783. L'anno successivo, Pelletier divenne maestro farmacista, sposò Marguerite Sedillot, e comprò la farmacia di Rouelle. Dal 1783, Pelletier è stato studente presso la Facoltà di Medicina di Parigi.