Il gene C9ORF72 codifica per una proteina comune a molti tessuti la cui funzione è attualmente sconosciuta. Ne sono note due differenti isoforme (risultanti da tre differenti trascritti del gene 74 ), la distribuzione delle quali nell'insieme delle strutture cerebrali non è stata ancora indagata. A livello cellulare, se ne ritrova traccia all'interno del citoplasma neuronale e nei terminali presinaptici. ipotizzabile che ciò sia dovuto ad interferenze da parte delle stesse ripetizioni con la trascrizione del C9ORF72 74,75,121 . Sebbene queste scoperte supportino l'ipotesi precedente, l'accumulo di trascritti contenenti ripetizioni GGGGCC come aggregati ("foci") di RNA nucleare nella corteccia frontale e nel midollo spinale dei portatori di C9ORF72 mutato (Figura IV.2.) ha suggerito un secondo meccanismo di malattia possibile: la tossicità da RNA 74 .Figura IV.2. Aggregati di RNA, visualizzati utilizzando una sonda oligonucleotidica, all'interno dei nuclei di due motoneuroni inferiori di un paziente FTD-SLA con espansione C9ORF72 59 .Allo stesso modo di quanto accade in altri disordini simili, questi aggregati di RNA potrebbero alterare la funzionalità di una o più proteine leganti l'RNA stesso e produrre alterazioni a valle nell'espressione genica e/o splicing alternativi di diversi trascritti 132 . In questo momento si sta studiando su modelli cellulari e animali il ruolo che la delezione o la sovraespressione di C9ORF72 avrebbe nella neurodegenerazione e nell'aggregazione di TDP-43.