Il legame tra eparina e PF4 implica un cambio conformazionale nella struttura del PF4, che mostra all'esterno sequenze aminoacidiche prima presenti soltanto al suo interno: la formazione di anticorpi specifici contro questi neo-epitopi è alla base della trombocitopenia indotta da eparina (in inglese: "Heparin-induced thrombocytopenia", in sigla "HIT"), complicanza potenzialmente severa del trattamento eparinico.