Pemberton prestò servizio con distinzione in qualità di tenente colonnello nel 3º Gruppo Squadroni di Cavalleria della Georgia durante la guerra di secessione e fu quasi ucciso in combattimento a Columbus nell'aprile 1865: ferito al petto, come molti veterani feriti, divenne dipendente dalla morfina, che usava come antidolorifico. Essendo un farmacista e un chimico cercò di trovare una cura per contrastare la dipendenza. Iniziò a sperimentare delle cure con la coca e con i vini di coca riuscendo a creare una propria versione di Vino Mariani, contenente noce di cola e damiana, che chiamò "vino di coca francese di Pemberton". Con la preoccupazione dell'opinione pubblica per la tossicodipendenza, la depressione e l'alcolismo tra i veterani e la nevrastenia tra le donne dei paesi del Sud, il medicinale di Pemberton fu pubblicizzato come "per signore, e tutti quelli il cui lavoro sedentario provoca prostrazione nervosa".