Una cisti di Bartolino si forma quando il dotto che drena l'omonima ghiandola si ottura. Quando ciò accade, a causa di un'infezione o, come più di frequente, di un grumo di muco, le secrezioni ghiandolari vengono ritenute e formano una cisti. La citata infezione delle ghiandole, chiamata bartolinite, o del dotto di Bartolino può essere ricondotta a uno dei seguenti batteri: gonococco di Neisser, responsabile della gonorrea, stafilococco aureo o stafilococco piogeno, escherichia coli, chlamydia trachomatis, generalmente responsabile della clamidia, ed haemophilus influenzae.