Mentre gli antigeni proteici sono in grado di attivare una risposta da parte dei linfociti T helper (e quindi anche dei linfociti B), gli antigeni polisaccaridici attivano solo una risposta dei linfociti B stimolando la produzione di IgM ma non di IgG, e inducono un basso sviluppo di cellule della memoria. Per ovviare a questo problema i vaccini coniugati sfruttano il fenomeno aptene-carrier, secondo il quale diverse sostanze possono sviluppare una risposta immunitaria insoddisfacente se prese singolarmente, mentre se somministrate legate fra loro diventano potenti immunogeni. Il coniugato polisaccaride-proteina quindi garantisce anche una risposta dei linfociti T che stimola lo switch da IgM a IgG.