Nel 1938, appoggia le leggi razziali (viene considerato da diversi studiosi uno degli esponenti di spicco dell'""antiebraismo spiritualista"" che caratterizzò il razzismo fascista, distinguendolo dall'antiebraismo biologico nazista). Secondo F. Cuomo, Gemelli sarebbe tra i 360 aderenti al "manifesto degli scienziati razzisti" del 25 luglio (precedentemente pubblicato sul "Giornale d'Italia" il 15 luglio), e comunicato dalla segreteria politica del Partito Nazionale Fascista dopo un incontro al vertice con i redattori della tesi. Tuttavia questa adesione da alcuni viene messa in dubbio. La figura di Agostino Gemelli è periodicamente al centro di accuse di antisemitismo per il contenuto di alcuni suoi scritti contro l'ebraismo pubblicati durante il periodo fascista.