La sindrome di Chédiak-Higashi è caratterizzata da fenotipo cutaneo chiaro, capelli argentati, retine pallide, iridi pallide e traslucide (alterazioni simili all'albinismo) infezioni da piogeni (in particolare streptococchi e "S. aureus") ricorrenti alla cute e alle vie respiratorie, neutropenia, febbre, ipertrofia epato-spleno-linfonodale, linfadenopatie, ittero, parodontite, tendenza al sanguinamento, alterazioni neurologiche quali deterioramento cognitivo, dovuto alle inclusioni citoplasmatiche nei neuroni e nella glia, paralisi dei nervi cranici, parestesie, disestesie, iporeflessia, tremori, convulsioni, anomalie nell'andatura, degenerazione spino-cerebellare che possono comparire sia nell'infanzia che nell'età adulta. La fase finale del quadro, che può insorgere a qualunque età nell'85% dei pazienti, è nota come "fase accelerata" ed è caratterizzata da linfoistiocitosi emofagocitica nei principali organi del corpo, che porta al decesso durante la seconda o terza decade di vita la maggior parte dei pazienti che sopravvivono alle infezioni batteriche.