L'emivita terminale dopo dosi multiple è stata pari a circa 12 - 14 ore, ed appare indipendente dalla dose. La stessa emivita tende ad essere prolungata nei soggetti in cui la funzionalità renale è compromessa: dagli studi si evidenzia che dopo una dose endovenosa di dabigatran radiomarcato, la radioattività era eliminata in gran parte per via renale (85% circa), mentre l'eliminazione per via fecale era stimata in circa il 6% della dose somministrata. Nell'organismo umano dabigatran viene coniugato con la formazione di composti acilglucuronidi, farmacologicamente attivi. Tuttavia la molecola è eliminata principalmente con le urine in forma immodificata.