Le condizioni di degrado della struttura ospedaliera non gli impedirono però di praticare con successo i suoi interventi, divenendo pioniere della chirurgia nella provincia. Le sue qualità di chirurgo si rivelavano nella capacità di operare anche su un tavolo da cucina, con ferri sterili che portava sempre con sé. Si trovano anche articoli di vecchi giornali che narrano di “175 atti operatori compiuti dal chirurgo di Cattolica Eraclea in un sol giorno” anche se non si sa se le cifre delle vecchie cronache siano attendibili. Fu grande soprattutto nella chirurgia d'urgenza nella quale intese ridurre all'essenziale i tempi operatori. A seguito del bombardamento anglo-americano dell'aeroporto militare di Sciacca, i feriti furono talmente numerosi che Borsellino rimase in ospedale per più di tre giorni. Per tale motivo ricevette l'incarico di dirigere anche l'ospedale di Agrigento. In quel tempo ci fu l'attentato al vescovo di Agrigento Monsignor Giovanni Battista Peruzzo che egli prontamente soccorse, operandolo al polmone, intervento per quei tempi non ancora praticato in nessun ospedale siciliano.