Le cause dell'anisocitosi sono diverse e possono essere sia di tipo fisiologico che derivate da malattie. Le cause di origine fisiologica comprendono alcune carenze di minerali, vitamine, folati oppure un ridotto apporto proteico nella dieta. Oltre alla carenza di nutrienti, l'anisocitosi può anche essere causata da una serie di malattie più o meno gravi.