Come per la Peste nera del Trecento, anche nel 1630 la pestilenza fu dovuta ad un'infezione sostenuta da "Yersinia pestis", batterio isolato nel 1894 e che si trasmette generalmente dai ratti agli uomini per mezzo delle pulci. Se non trattata adeguatamente la malattia risulta letale dal 50% alla quasi totalità dei casi a seconda della forma con cui si manifesta: bubbonica, setticemica o polmonare.