Con un numero sufficiente di genomi sequenziati, è possibile ricostruire un albero filogenetico della storia delle mutazioni di una famiglia di virus. Al 12 gennaio 2020, cinque genomi di SARS-CoV-2 erano stati isolati a Wuhan e segnalati dal Centro cinese per il controllo e la prevenzione delle malattie; il numero di genomi era già aumentato a 42 il 30 gennaio 2020. Un'analisi filogenetica di questi campioni ha mostrato che erano altamente correlati, con al massimo sette mutazioni, ad un antenato comune, il che implicherebbe che la prima infezione umana si è verificata a novembre o dicembre 2019. Al 7 maggio 2020, erano disponibili al pubblico 4690 genomi di SARS-CoV-2 campionati in sei continenti.