Nel corso dell'esame possono essere effettuati anche interventi di chirurgia (endoscopia operativa) come, ad esempio, l'arresto di sanguinamenti eccessivi di esofago, stomaco e duodeno, la rimozione di polipi, la dilatazione di restringimenti formatisi nell'esofago e la rimozione di oggetti o cibo rimasti bloccati nel tratto gastrointestinale superiore.