La pratica della mutilazione dei genitali femminili è antichissima ed è difficile stabilirne l'origine. Era presente in molte antiche civiltà, probabilmente già durante l'antico Egitto: alcuni rilievi delle tombe della VI dinastia (2340 a.C. circa) sembrano testimoniare l'uso della circoncisione femminile, inoltre alcuni archeologi affermano che si può trovar traccia di clitoridectomia in certe mummie ben conservate. Erodoto (V secolo a.C.) cita i Fenici, gli Hittiti, gli Etiopi e gli Egiziani come popoli in cui si praticava l'escissione. Anche i Romani e i Greci la praticavano allo scopo di ridurre il desiderio sessuale femminile. Paolo di Egina (VII secolo d.C.) sosteneva che se non venivano rimosse, le clitoridi delle bambine sarebbero cresciute come peni e quindi usate per rapporti lesbici: poiché questo veniva considerato scandaloso, le clitoridi andavano tagliate in tempo (fra alcune tribù africane questa credenza è ancora molto diffusa).