Fu questo l'inizio del declino di Koch. Sebbene nel 1885 avesse ottenuto la tanto attesa cattedra di igiene alla università di Berlino, egli era in costante competizione con Pasteur, il quale nello stesso anno aveva presentato il vaccino contro la rabbia. Nel 1890 egli presentò la tubercolina, un rimedio segreto contro la tubercolosi. Tuttavia ben presto si dimostrò che il suo potere terapeutico era nullo e che la segretezza non serviva ad altro che a mascherare premesse scientifiche tutt'altro che certe. Ciononostante, l'euforia che seguì immediatamente dopo l'annuncio della tubercolina portò alla fondazione dell'attuale Robert Koch Institute, nel 1891.