La clorexidina ha una proprietà molto importante: la sostantività. Questa proprietà fa sì che questo antisettico rimanga legato nei tessuti molli e duri per 8-12 ore, permettendo un'azione farmacologica utile nell'ambiente del cavo orale. È usato come principio attivo nei collutori per prevenire la formazione della placca dentale e per ridurne la patogenicità di questa; inoltre favorisce l'inibizione e ritarda lo sviluppo eventuale della gengivite e contrasta utilmente l'alitosi. La maggiore azione antiplacca rispetto ad altri antisettici, l'azione battericida ad ampio spettro, la sostantività e la non induzione nel cavo orale di resistenze batteriche, la fa preferire ad altri principi attivi, evitando tra l'altro lo sviluppo di batteri resistenti e più difficili da trattare con la farmacoterapia parodontale.