L'Accademia è nata il 25 aprile 1715 a Roma per iniziativa del medico fisiologo Giovanni Maria Lancisi con lo scopo di incentivare la pratica, la discussione e la condivisione della conoscenza della medicina e della chirurgia. Lancisi donò all'accademia la sua ricca collezione di trattati medici, che costituì il nucleo della Biblioteca Lancisiana di Roma.