La Farmacia dell'Ospedale Sant'Agostino risale alla seconda metà del XVIII secolo. Fu aperta poco dopo l'inaugurazione del complesso ospedaliero, nel 1758, una costruzione fortemente voluta dal duca Francesco III d'Este nel quadro di un rinnovamento urbanistico generale della città, secondo gli ideali di razionalità settecenteschi. Alla Farmacia furono assegnate due stanze dell'ospedale, situate all'angolo tra largo Sant'Agostino e la contrada della Cerca (oggi via Bernardo Ramazzini). All'inizio del Novecento iniziarono le trattative tra il Comune di Modena e la Congregazione di Carità - entrambi impegnati nell'assistenza degli ammalati e dei poveri - per la gestione diretta della Farmacia, che nel 1917 divenne comunale. È rimasta attiva fino al 1990 ed è stata riaperta al pubblico nel 2011 dopo un intervento di restauro condotto dalla Direzione Regionale per i Beni Culturali e Paesaggistici dell'Emilia Romagna, co-finanziato dal Ministero per Beni e le Attività Culturali, con i fondi del gioco del lotto, e dalla Fondazione Cassa di Risparmio di Modena.