Il loro nome deriva dal fatto che per la prima volta furono individuate nel liquido seminale e pertanto ritenute un prodotto di una ghiandola dell'apparato riproduttore maschile detta prostata. Ricerche successive rilevarono che la maggior parte delle prostaglandine presenti nel liquido seminale vengono sintetizzate in altre strutture come le vescicole seminali. Dal momento della loro scoperta vennero individuati tanti tipi differenti di prostaglandine, tutti però derivati dall'acido arachidonico, quindi strutturalmente simili ma con funzioni diverse, certe volte opposte.