Tornò a Napoli nel 1841 per perfezionare la propria formazione medica e dedicarsi nello specifico allo studio delle malattie mentali. Nel 1842 fu assunto come medico al "Reale Morotrofio" di Aversa, per molti anni l'unico ospedale psichiatrico delle province delle Due Sicilie «al di qua del Faro», diretto dal 1831 da Giuseppe Simoneschi. Seguace della frenologia, scienza che subì da sempre obiezioni di carattere metodologico, Miraglia cercò di applicarla alla classificazione delle malattie mentali. L'ipotesi riguardante la possibile ed efficace applicazione della frenologia all'indagine sulle cause delle alienazioni e delle demenze fu strenuamente sostenuta nei Congressi degli Scienziati Italiani, in particolare nel quinto di Lucca e nel settimo tenutosi a Napoli in data 27 settembre 1845. Queste idee, raccolte in un piccolo testo edito nel 1847, sono tornate nuovamente all’attenzione del dibattito psichiatrico in seguito al prepotente ritorno di una visione neuroscientifica, tanto che il testo è stato ripubblicato in traduzione inglese In questo testo Miraglia propone un netto ribaltamento della prospettiva classica della psichiatria che parte dall’osservazione dei fenomeni mentali alterati per ricercare le cause sottostanti, proponendo al contrario di partire dalla fisiopatologia cerebrale (ricorrendo a ciò che era disponibile ai suoi tempi, ovvero alla frenologia di Gall) per derivarne le possibili alterazioni a livello sindromico. Nel 1843 Miraglia fondò e diresse la prima rivista di psichiatria in Italia: il "Giornale Medico-Storico-Statistico del Reale Morotrofio del Regno delle Due Sicilie per la parte citeriore al Faro." La rivista, che ospitava osservazioni ed indagini cliniche raccolte nell'istituto psichiatrico di Aversa, articoli di filosofia, fisiologia, anatomia e anatomia patologica, fu pubblicata per un biennio circa e divenne il primo esempio in Italia e all'estero di periodico specialistico. Miraglia fu inoltre uno dei primi a praticare in Italia operazioni chirurgiche con anestesia mediante etere dietilico (1847), composto altamente soporifero utilizzato per la prima volta dal chirurgo statunitense Crawford Williamson Long nel 1842, ma reso ancor più noto nel 1846 dal dentista statunitense William Green Morton. Ciò attesta la notevole apertura alle più recenti scoperte internazionali in campo medico-chirurgico dimostrata da Miraglia e in particolare alla sperimentazione in prima persona delle tecniche più moderne e all'avanguardia.