Dal 1º luglio 1994 l'ospedale è diventato "ospedale di rilievo nazionale e di alta specializzazione", a seguito dei riconoscimenti ottenuti nelle attività ad elevata specializzazione presenti, quali: neurochirurgia e neurologia intensiva, cardiologia, cardiochirurgia e oncologia. Contemporaneamente l'ospedale si è costituito in azienda ospedaliera, ai sensi dell'art. 6 della legge regionale n.18 del 16 giugno 1994, acquisendo quindi personalità giuridica pubblica ed autonomia imprenditoriale, ed ha assunto la denominazione di Azienda complesso ospedaliero San Filippo Neri ospedale di rilievo nazionale e di alta specializzazione.