Successivamente fu utilizzato come sede per l'amministrazione per gli aiuti internazionali grazie a un contratto di affitto per 99 anni; tuttavia, a causa dell'impossibiltà da parte dell'amministrazione di poter sostenere gli ingenti costi per il completamento della struttura, la proprietà dell'edificio venne trasferita al Pio Istituto S. Spirito ed Ospedali Riuniti di Roma, ente che sin dal 1896 si prefiggeva il compito di coordinare e sviluppare le strutture ospedaliere di Roma. Nel 1957, grazie all'opera di alcuni dottori provenienti dal Policlinico Umberto I si organizzò l'apertura all'utenza dell'ospedale che venne inaugurato il 9 giugno dello stesso anno. Nel 1961 presso l'ospedale Sant'Eugenio venne aperto un centro per la cura delle ustioni, che rimase a lungo l'unica struttura specializzata per le grandi ustioni in tutta l'Italia centrale e meridionale.