La rimozione di metalli e minerali è importante perché, se i canali del dente non sono completamente chiusi, i residui organici (minerali, polpa del dente, rimanenza di umidità non adeguatamente eliminata dopo il lavaggio e la disinfezione) non rimossi durante la devitalizzazione diventano il nutrimento di colture di batteri che proliferano nel dente devitalizzato, e producono tossine anaerobiche di origine batterica.Secondo alcuni specialisti, non si tratta di un'eventualità improbabile, in quanto la chiusura dei canali principali delle radici, per quanto bene eseguita, non è in grado di estendersi ai numerosi e piccolissimi sottocanali che si dipartono da questi alla radice del dente, dove permangono batteri e residui organici, con formazione di tossine.In questi casi, si forma un granuloma dentale nella parte terminale della radice, all'altezza del foro dove passano i nervi e i vasi sanguigni che nutrono il dente. Il tessuto di granulazione ha dimensioni che variano da quelle di una lenticchia a quelle di un pisello. A volte si presenta alla solita altezza, insieme ad una fistola gengivale, un'area di 1–2 mm rossa con al centro una zona purulenta o sanguinante. Il granuloma originato da un dente devitalizzato è silente e asintomatico per anni, identificabile con radiografie periodiche, più raramente dà luogo all'apice della radice a dolore lieve (parodontite periapicale cronica), o a dolore acuto (presenza di gonfiore della guancia, e resistenza agli analgesici).