La prognosi della sindrome di Alström differisce molto da individuo a individuo, poiché la gravità della malattia è molto variabile; a livello uditivo si può avere un peggioramento del quadro clinico fino alla sordità completa; anche la vista può peggiorare fino alla completa cecità bilaterale. L'insufficienza epatica e l'insufficienza renale vanno spesso incontro a un graduale aggravamento; ne consegue che l'aspettativa di vita è in generale molto ridotta, e solo pochi individui affetti dalla sindrome superano i 50 anni di età.