Il 30 gennaio 1818 fece ritorno in Gran Bretagna, ove ebbe ufficialmente inizio la sua brillante carriera medica. Il 5 aprile 1818 infatti, dopo essersi presentato come candidato al “Royal College of Surgeons”, fu esaminato da Sir David Dundans, il quale, stupefatto dalla puntigliosa descrizione anatomica dell'occhio fornita da Mackenzie, lo incoraggiò ad intraprendere senza timore la professione oculistica.