Si è appena concluso il matrimonio tra Owen e Amelia. Callie è partita per New York. Dopo aver rischiato di perdere la possibilità di diventare chirurgo, DeLuca accusa Karev di violenza non premeditata. I medici si schierano e la Bailey impedisce a Karev di operare il quale continua comunque a fare il medico all'interno dell'Ambulatorio Duquette. Infine, Andrew decide di ritirare le accuse fatte contro Alex. Leah Murphy torna al Grey-Sloan, dopo aver proseguito eccellentemente la sua specializzazione altrove, per poter lavorare insieme alla dottoressa Pierce. Per rivedere il programma di specializzazione viene assunta Eliza Minnick, che prende il posto di Richard come capo degli specializzandi e instaura una relazione con Arizona. Meredith, inizialmente, decide di chiudere la relazione con Nathan, del quale è innamorata Maggie, nonostante venga rifiutata dal collega, per poi proseguirla successivamente. Maggie, inoltre, deve affrontare e accettare la perdita della madre, morta di cancro al Grey Sloan, proprio davanti a lei. Nel penultimo episodio, vengono portate all'ospedale una donna e un uomo, vittime di un incidente d'auto. Si scopre che l'uomo è uno stupratore e Stephanie viene presa in ostaggio dall'uomo, che vuole assolutamente uscire dall'ospedale. Successivamente i due incontrano anche una bambina che si aggirava per l'ospedale e la Edwards, per proteggere sé stessa e la bambina, decide di dare fuoco all'uomo, il quale, per sfuggire, finisce vicino alle bombole del gas provocando un'esplosione. Intanto, Meredith riceve la notizia da Amelia che la sorella di Owen, ed ex fidanzata di Nathan, è stata ritrovata viva dopo 10 anni. Alex scopre chi è l'ex marito violento di Jo (il cui vero nome è Brooke), anch'egli medico. Nel finale di stagione, Stephanie e la bambina cercano di scappare dal fuoco, e dopo molti tentativi, le due vengono salvate e Stephanie decide di lasciare l'ospedale dopo quest'esperienza. La Minnick viene licenziata dalla Bailey. La Grey rivela a Nathan che Megan è viva. La stagione si conclude con lo sguardo di Owen, accompagnato da Amelia, che guarda la sorella appena arrivata su una barella.