Dal 1946 De Toni si interessa soprattutto a temi riguardanti la crescita del bambino, elaborando un personale metodo auxologico, tramite un'interpretazione e una quantificazione delle turbe di crescita della statura e di accrescimento ponderale, che si fondava sulla disposizione di una tabella auxometrica in cui venivano riportati i valori di peso e altezza dove al centro appariva un’area di normalità e intorno a questa i cambiamenti per difetto o per eccesso di statura e peso riferite all’età espressa in anni. Questo metodo ebbe molta importanza in Italia, ma non fu in grado di scalzare l’universalità delle tabulazioni esprimibili con il metodo dei “centili”. Negli anni seguenti De Toni continua a interessarsi di auxologia realizzando i due volumi sull’argomento che fanno parte del “Trattato di pediatria e puericoltura" diretto da De Toni, il cui compito era raccogliere volumi monotematici scritti da diversi esperti nel settore e che si basava sul presupposto della costituzione delle specialità pediatriche. Due dei suoi allievi, Paolo Tolentino e Gennaro Sansone, si occuparono rispettivamente del volume delle malattie infettive e di quello sulla genetica. Negli anni Cinquanta Giovanni De Toni viene ricordato per essere un fervido sostenitore dell'allattamento al seno.