Le cellule epiteliali timiche midollari, invece, sono fondamentali per la selezione negativa e lo sviluppo della cosiddetta tolleranza centrale: l'esposizione di antigeni self ai linfociti permette di discriminare tra quelli con una grande affinità verso il self, destinati all'apoptosi, e quelli destinati a sopravvivere. Questo impedisce il formarsi di pericolosi linfociti T autoreattivi.