Gli storici hanno a lungo cercato di identificare la malattia nota come la peste di Atene. La malattia è stata tradizionalmente considerata un focolaio di peste bubbonica nelle sue molteplici forme, ma riconsiderazioni dei sintomi riferiti e dell'epidemiologia hanno portato gli studiosi ad avanzare ipotesi alternative. Queste comprendono tifo, vaiolo, morbillo e sindrome da shock tossico. Altri hanno suggerito trattarsi di antrace diffuso dalle molte mandrie di bestiame concentrate all'interno delle mura cittadine. Sulla base delle somiglianze descrittive con i recenti focolai in Africa, e visto che la peste ateniese era apparentemente venuta dall'Africa (come pensava Tucidide), si ipotizza potesse trattarsi di ebola o febbre emorragica.