Il Protipendile è l'unico rappresentante del sottogruppo delle azafenotiazine. Esiste una stretta relazione chimica strutturale con le fenotiazine. Nel caso del protipendile, un anello benzenico nella molecola fenotiazinica è stato sostituito con un anello piridinico. Il sale utilizzato farmaceuticamente è il "protipendil cloridrato-1-acqua" (INN). Si tratta di una polvere cristallina, inodore, di colore dal giallo pastello al giallo-verdastro con formula bruta C16H19N3S·HCl·H2O e punto di fusione da 108 a 112°C (come anidrato da 177 a 178°C, dopo la sintesi a 176°C).