L'istmo delle fauci è delimitato superiormente dal margine libero del palato molle e inferiormente dalla parte dorsale della lingua e ai lati dagli archi palatini, palatoglosso e faringoglosso, che delimitano a loro volta la fossa tonsillare ove è accolta la tonsilla palatina. L'istmo pone in comunicazione la cavità orale propriamente detta con l'orofaringe.La tonsilla palatina o amigdala costituisce parte del complesso sistema linfatico con sede a livello faringeo e laringeo, detto anello linfatico (di Waldeyer), deputato a funzioni immunitario/difensive a livello del primo tratto delle vie digestive ed aeree.La tonsilla si presenta come una massa di tessuto linfatico di forma ovoidale situata a livello della fossa tonsillare. Quest'ultima è profonda, di forma triangolare e risulta delimitata in alto dalla convergenza dei due archi palatini, lateralemente dai due archi stessi e inferiormente dal margine laterale della base linguale. La dimensione delle tonsille è variabile a seconda dell'età, dell'individualità e dello stato patologico. Nei primi 5-6 anni di vita le tonsille s'ingrandiscono rapidamente raggiungendo un volume massimo alla pubertà, quando inizia un processo di involuzione dato dalla progressiva atrofia del tessuto linfatico che porta nell'anziano alla persistenza di un piccolo residuo di tessuto linfatico.Il suo asse maggiore, 2-2,5 cm, è diretto dall'alto in basso e dall'avanti indietro. La sua superficie mediale si presenta piana o convessa. Vi si rilevano numerosi orifizi, detti cripte tonsillari, in numero di 10-20. Si tratta di cavità irregolari a fondo cieco, più o meno profonde e ramificate, rivestite da mucosa che si addentrano nello spessore della tonsilla stessa. In una tonsilla normale tali orifizi hanno la forma di fessure e le pareti della cripta sono collabite e adese tra loro. Questo sistema di ramificazione raggiunge il massimo sviluppo nell'infanzia. In alcuni casi la parte mediale è ricoperta parzialmente da una piega mucosa detta piega triangolare, che dall'arco glossopalatino si porta indietro a rivestire la tonsilla. In mancanza di tale piega si nota la presenza di un solco pretonsillare, come accade posteriormente dove si nota a separarla dall'arco faringoglosso un solco detto retrotonsillare.La superficie laterale invade inferiormente il dorso della lingua, superiormente il palato molle. Può altresì portarsi anteriormente per un certo tratto sotto l'arco palatoglosso. Tale superficie risulta rivestita di uno strato di tessuto fibroso, l'emicapsula tonsillare, che risulta nella parte più profonda facilmente distaccabile dai muscoli sottostanti (costrittore superiore del faringe e stiloglosso). Anteroinferiormente l'emicapsula aderisce al margine della lingua e ai due archi palatini. A questo livello, l'arteria tonsillare, ramo della faciale, perfora il costrittore superiore del faringe e raggiunge la tonsilla accompagnata da venae comitantes. Il circolo venoso è dato da un plesso tonsillare che si scarica nella vena palatina ascendente.La tonsilla è innervata da rami tonsillari del nervo mascellare e glossofaringeo. Tali rami formano un plesso nervoso intorno alla tonsilla detto circulus tonsillaris, da cui si dipartono altresì fibre destinate al palato molle e all'istmo delle fauci. La branca timpanica del nervo glossofaringeo innerva la mucosa di rivestimento della cavità timpanica. Ne deriva che un interessamento patologico a livello della tonsilla o della fossa tonsillare si può manifestare anche con un dolore riferito all'orecchio ispilaterale.La parete muscolare della fossa separa la tonsilla dall'arteria palatina ascendente, talvolta da una tortuosa arteria faciale, dal nervo glossofaringeo. L'arteria carotide interna si trova a circa 25 mm posterolateralmente alla tonsilla.