La CFS è stata associata anche alle neuropatie, alle malattie metaboliche o alle miopatie mitocondriali e canalopatie, in particolare a quelle acquisite (gruppo comprendente la sindrome di Isaacs e altre patologie con sintomatologia simile quali la miastenia gravis e la sindrome di Lambert-Eaton) ma anche alcune disfunzioni congenite causanti intolleranza all'esercizio fisico. 