Le attività di ricerca svolte dal COA sono condotte in diversi settori: sui comportamenti a rischio di infezione per HIV o per IST (consumo di droghe, contatti sessuali non protetti), sulla diffusione dell'HIV e delle IST in soggetti stranieri, sulla tossicodipendenza e le infezioni trasmesse attraverso siringhe, su nuovi metodi di valutazione dell'incidenza per HIV, sulle stime e scenari della diffusione dell'HIV in Italia.