Come immunosoppressore, il micofenolato mofetile ha drasticamente diminuito l'incidenza di rigetto acuto nel trapianto d'organo solido, ed è sempre più utilizzato per limitare il trattamento con steroidi in caso di disturbi del sistema immunitario, tra cui la nefropatia immunoglobulina A, vasculiti dei piccoli vasi, e la psoriasi.