Va finalmente osservato che, contrariamente a quanto avviene nell'analisi costi benefici, in cui è possibile calcolare sia le differenze tra costi e benefici sia i rapporti benefici-costi, utilizzando l'analisi costi efficacia grandezze eterogenee (l'effetto espresso in termini fisici e i costi espressi in termini monetari), il calcolo delle differenze è precluso e diventa obbligato il ricorso al criterio del rapporto, "che, in tal caso, diventa il rapporto tra effetti incrementali – ad es., millimetri cubi di pressione arteriosa eliminati – e costi incrementali corrispondenti” (Nuti, 2001, p. 118). Questo comporta tra l'altro l'impossibilità nell'ambito della CEA di derivare una stima del beneficio totale netto dei progetti. Il calcolo di tale beneficio netto risulta importante laddove è necessario valutare l'opportunità dell'intervento. È infatti vero che è possibile inserire tra le alternative oggetto di valutazione lo "status quo", valutando così la desiderabilità dell'intervento rispetto ad altri eventualmente già in atto, ma questo è cosa diversa dal valutare l'opportunità di un qualsiasi intervento misurata sulla base della possibilità di inazione, cioè nessun intervento, con quell'approccio "with-or-without" che l'analisi costi-benefici condivide con l'analisi finanziaria delle decisioni di investimento.