Il flupentixolo, essendo un antagonista della dopamina, non deve essere somministrato contemporaneamente a levodopa che invece potenzia gli effetti della dopamina. Il concomitante uso di altri antagonisti della dopamina, metoclopramide o domperidone, aumenta il rischio di effetti extrapiramidali. È inoltre sconsigliata la somministrazione concomitante di antiipertensivi (effetto additivo), altri deprimenti del SNC (es. morfina e derivati, barbiturici, benzodiazepine), antidepressivi triciclici (interferenza metabolica), antistaminici H1, atropina e suoi derivati (somma degli effetti), captopril ed enalapril (effetto additivo).