La molecola del dronedarone ha una struttura benzofuranica, chimicamente simile all'amiodarone, ma è stata modificata per migliorarne le proprietà farmacocinetiche e farmacodinamiche, nonché il profilo di tollerabilità: sono stati rimossi dalla formula i gruppi iodati ritenuti responsabili delle alterazioni tiroidee associate all'uso in cronico dell'amiodarone. 