Quando l'immunodeficienza diventa grave, si sviluppa il terzo stadio dell'infezione. Il terzo stadio è quello terminale e si riscontra più comunemente nei gatti tra i 5 e i 12 anni (FeLV colpisce gatti tra 1-5 anni). Durante questo stadio clinico terminale, il sistema immunitario del gatto non funziona correttamente dal momento che il virus ne ha ucciso le cellule essenziali. Pertanto, gli animali nel terzo stadio della malattia sono particolarmente predisposti alle infezioni, di solito croniche, che possono essere batteriche, da miceti o da parassiti. Spesso sono causate da microrganismi che normalmente non causano gravi malattie nei gatti, ma il sistema immunitario ormai limitato non riesce a contrastarle, per cui si determina la proliferazione dell'infezione che si moltiplica rapidamente causando la malattia. Queste si definiscono infezioni “opportunistiche”.