La sindrome è stata descritta per la prima volta nel 1764, da Baurienne, come una gangrena dei tessuti molli dei genitali maschili, da cause ignote e dalla rapida progressione ed estensione. La gangrena deve il suo nome al dermatologo francese Jean-Alfred Fournier (1832-1914), che ne presentò un caso in un giovane uomo durante una lezione clinica nel 1883.