Dopo lo scoppio della Prima guerra mondiale nel 1914 l'istituto pellagroso fu parzialmente occupato dalle autorità militari e utilizzato come ospedale militare. Il 22 maggio 1915, un giorno prima della dichiarazione di guerra dell'Italia all'Austria-Ungheria, de Probizer fu arrestato per irredentismo e in seguito internato nel campo di Katzenau dove rimase per due mesi. A parte un breve altro internamento durante la Strafexpedition si occupò per il resto della guerra come medico dei profughi trentini nel zona del salisburghese. Ritornò a Rovereto a guerra conclusa nel dicembre 1918. Nel 1919 fu riaperto il pellagrosario e de Probizer, nominato presidente dell'istituto nonché presidente del consiglio sanitario provinciale, si dovette occupare soprattutto del ripristino della struttura danneggiata. Il pellagrosario fu definitivamente chiuso nel 1921 dopo che il numero di ammalati di pellagra si era ulteriormente ridotto. In seguito de Probizer si ritirò a vita privata e durante la stagione estiva andò a soggiornare nella sua villetta sulle rive del Lago di Cei. Ritornò sulla scena pubblica quando nel 1926 sostenne la candidatura di Mussolini come socio onorario dell'Accademia Roveretana degli agitati e quando all'età di 77 anni fu nominato da Vittorio Emanuele III cavaliere dell'Ordine della Corona d'Italia. Morì il 6 aprile 1929 a Rovereto.