La stragrande maggioranza delle persone con stomatite aftosa presenta sintomi lievi che non richiedono alcuna terapia specifica. Il dolore è spesso tollerabile con una semplice modifica nell'alimentazione durante un episodio di ulcerazione, come ad esempio evitare cibi e bevande piccanti e acidi. Sono stati proposti molti farmaci topici e sistemici (vedi tabella), che a volte hanno mostrato poca o nessuna evidenza di efficacia quando sono stati sottoposti a studi completi. In alcuni casi, i trattamenti farmacologici potrebbero aver avuto in realtà un effetto placebo. Nessuna terapia è curativa, e il trattamento può essere finalizzato ad alleviare il dolore, ad accelerare la guarigione e a ridurre la frequenza degli episodi di ulcerazione.