Nel 1949 Pfannmüller è stato processato da un tribunale di Monaco di Baviera per i crimini di eutanasia. Venne accusato di aver partecipato e sostenuto il programma T4, di aver trasferito dei pazienti dal suo istituto ai campi di sterminio e di aver ucciso bambini disabili tramite somministrazione di fenobarbital e altri farmaci. Pfannmüller fu condannato per omicidio colposo nel novembre del 1949 a sei anni di reclusione. Successivamente, nel marzo del 1950, per richiesta dello stesso Pfannmüller, si tenne un'inchiesta per revisionare il processo presso la Corte Suprema Bavarese e la condanna venne ridotta a 5 anni, con l'aggiunta di un'indennità da pagare.Verfahren Pfannmüller auf Justiz und NS-Verbrechen </ref>