L'"ospedale grande" dedicato a sant'Anna nasce nel 1468 su iniziativa del beato Michele Carcano e su committenza del vescovo Branda Castiglioni con lo scopo di riunire in un'unica struttura assistenziale numerosi piccoli ospedaletti ed opere pie medievali sparsi per la città: lo "spedale de' poveri di san Leonardo", "di santa Maddalena alla Colombetta", "di san Lazzaro de' lebbrosi", "di san Gottardo", "di san Giorgio in Borgovico", "di san Biagio", "di san Martino di Zezio", "di san Pantaleone", "di santa Maria della Cosia", "de' poveri di san Tommaso", "di san Silvestro" e "di sant'Antonio" e papa Paolo II concede che le sostanze di questi istituti si fondano per la costruzione del nuovo ospedale. Papa Sisto IV, con una bolla del 1483 pone le condizioni per l'inizio delle attività.