Gli effetti collaterali più comuni riportati dai pazienti nei trial terapeutici sono stati nausea (25-35%), dolori addominali, cefalea, e diarrea (20%). Sono stati inoltre segnalati iperbilirubinemia (41%) e ittero (7-8 % dei pazienti).L'iperbilirubinemia è di tipo non coniugata reversibile, dose-dipendente.Raramente ciò porta alla sospensione del trattamento; atazanavir inibisce l'UGT (uridin-difosfato glucuronosiltransferasi) responsabile della glucoronidazione della bilirubina, in pazienti portatori del polimorfismo UGT1A1 c'è un rischio aumentato per l'innalzamento della bilirubina di 2.5 volte. 135 Nel 4-14% dei pazienti si sono osservati aumenti di AST e ALT, ma ciò non è correlato all'innalzamento della bilirubina; è stato anche segnalato un allungamento del PR all'ECG, comunque alle dosi consigliate ciò non sembra avere conseguenze cliniche.Se paragonato ad altri inibitori della proteasi, atazanavir (anche in combinazione con ritonavir) è risultato avere meno effetti collaterali in trial clinici a 48 settimane di trattamento. 136 Il profilo lipidico è assolutamente favorevole e ciò è stato documentato da studi che paragonavano ATV con efavirenz, nelfinavir e lopinavir/r. I pazienti che assumevano atazanavir avevano livelli più bassi di trigliceridi, colesterolo totale e LDL ed un innalzamento dei valori di HDL. Non solo, ma lo studio BMS 045, sui pazienti HIV treatment-experienced, ha dimostrato significative differenze nei livelli di colesterolo totale e di trigliceridi alla 24° settimana di trattamento tra il braccio atazanavir/r e il braccio lopinavir/r. Questo studio suggerisce che la combinazione di atazanavir con ritonavir porta ad un miglioramento del profilo lipidico, azione non svolta da lopinavir con ritonavir. 137 È bene ricordare però che l'introduzione di PI alla terapia antiretrovirale non è associata ad un aumento delle morti per accidenti cardiovascolari a breve termine. 138 Studi prospettici però suggeriscono che l'esposizione a terapia antiretrovirale è correlata ad un modesto aumento di rischio di infarto del miocardio. 139 Nell'attesa di ulteriori informazioni, appare raccomandabile usare un agente come atazanavir, nei pazienti con alto rischio di malattia cardiovascolare.