Anche se questa condizione può essere causata da traumi ripetitivi alla colonna lombare e a causa di sport pesanti come il calcio o la ginnastica, l'anatomia gioca comunque un ruolo importante. Secondo una ricerca svolta nel 2007, il patrimonio genetico della colonna lombare ha molto a che fare con la presenza di spondilolisi in alcuni individui. Uno studio condotto su 115 scheletri maschi con spondilolisi in L5, era la prova che un leggero ritocco nell'anatomia della colonna vertebrale può aumentare la probabilità che questa patologia insorga. Nei soggetti con spondilolisi, molte volte la regione interfacciale della vertebra L4 è più di forma trapezoidale con una larghezza maggiore rispetto ad una vertebra normale. Questo cambia anche l'altezza delle interfacce, rendendole più corte e più strette. Con questo difetto della colonna vertebrale, applicando un carico normale sarà avvertito come più pesante rispetto ad una priva di patologie; ciò è dovuto alla ridotta superficie e diminuito range torsionale di movimento durante curve e flessioni.