Secondo alcuni testi storici nacque intorno al 1450 a Rapallo - nel Golfo del Tigullio - da una famiglia radicata nel territorio e presente in molteplici atti notarili e carte varie dell'epoca. Originariamente si pensò a Genova come vero luogo natio, ma l'ipotesi fu in seguito smentita poiché in alcuni documenti - tra le quali una dedica della seconda parte della sua opera "Practica chirurgica" al medico Giovanni Antracino da Macerata - lo stesso Giovanni da Vigo si dichiara nativo "de Rapalo".