Dal 1996 l'ospedale, da sempre impegnato nella raccolta di fondi per l'assistenza ai bambini non assistibili a spese del servizio sanitario nazionale e per gli aiuti da portare nei paesi più poveri, ha disposto di fondi provenienti dalla fondazione di diritto vaticano “Cari bambini” per assistere i bambini in difficoltà economiche e malati provenienti da altri paesi. Di recente la Fondazione ha acquisito un nuovo statuto e la denominazione di “Fondazione Bambino Gesù".