La stragrande maggioranza degli eventi avversi da agopuntura sono eventi minori, e si stima che si verifichino in circa il 7-12% dei trattamenti, sia negli adulti che nei bambini. Quelli segnalati più comunemente riguardano il sito di inserzione dell'ago: sanguinamento minore (3%), ematoma (2-3%) e dolore da puntura (fino al 3%). Vertigini sono segnalate in circa l'1% dei trattamenti.