La clorochina fu scoperta nel 1934 da Hans Andersag e collaboratori nei laboratori Bayer. Fu ignorata per un decennio perché considerata troppo tossica. Durante la seconda guerra mondiale, gli studi clinici sponsorizzati dagli Stati Uniti per lo sviluppo di farmaci antimalarici dimostrarono che la clorochina ha un significativo valore terapeutico come antimalarico. È stata introdotta nella pratica clinica nel 1947 per il trattamento profilattico della malaria.