All'epoca dell'occupazione napoleonica nel 1806 furono istituite commissione sanitarie nei dipartimenti, sottoposte alla direzione medica di Bologna. La riforma organizzativa venne recepita dopo la Restaurazione. Nel 1860 il sistema sanitario della regione venne riformato: in ogni città un'unica amministrazione doveva gestire i vari ospedali e doveva essere assicurata assistenza anche agli indigenti.