Nella tonaca sottomucosa del duodeno sono presenti ghiandole tubuloalveolari a secrezione mucosa (ghiandole di Brünner) che secernono liquido a pH alcalino per contrastare quello acido dello stomaco. Allontanandosi ancor di più dal lume dell'intestino si trova la tonaca muscolare, composta (come nella maggior parte delle altre tonache muscolari del sistema digestivo) da uno strato circolare interno e longitudinale esterno. I muscoli di entrambi gli strati sono lisci.