Agli anni veneziani, precisamente al marzo 1568, risale anche il breve viaggio che compie a Bologna per ottenere, il 29 di quello stesso mese, la laurea ufficiale in medicina, qui viene anche nominato cavaliere aurato. Paradossalmente pochi mesi dopo, in ottobre, alcuni medici e speziali veneziani, fingendosi il Collegio Medico veneziano, scrissero una lettera diffamatoria su Fioravanti indirizzata al Collegio Medico di Bologna, che, resosi conto della non autenticità della lettera, non diede alcun seguito alla denuncia.