Il ruolo principale delle microglia, la fagocitosi, consiste nell'ingerire vari materiali. Si tratta di solito di detriti cellulari, lipidi o cellule in apoptosi nello stato non attivato, oppure di virus, batteri, o altri materiali estranei nello stato attivato. Una volta che la cellula della microglia è "piena", l'attività di fagocitosi si ferma e la microglia diventa una cellula del composto granulare.