Sebbene la patogenesi della lue sia nota da tempo, si hanno ancora molti dubbi sugli eventi immunopatogenetici alla base della sifilide congenita a causa dell'impossibilità di coltivare in vitro Treponema pallidum e della mancanza di un modello animale. Uno dei punti ancora da chiarire sulla patogenesi della sifilide congenita è la scarsità di treponemi ritrovati in feti abortiti in fasi precoci della gravidanza e l'assenza di infiammazione locale e necrosi attorno ai patogeni.Secondo alcuni studiosi questo si può spiegare con il fatto che l'infezione fetale diventa evidente solo dopo un adeguato sviluppo del sistema immune 79 . Secondo altri il basso numero di treponemi nei feti morti precocemente è causato da un'eccessiva apoptosi delle cellule materne e fetali della placenta 79 .Se da una parte la lue influisce sugli esiti della gravidanza anche quest'ultima ha effetti importanti sul decorso della lue. Diversi ormoni prodotti dal trofoblasto interferiscono negativamente con la risposta immune. I principali sono progesterone ed estrogeni che inibiscono l'attività citotossica dei linfociti T e delle cellule NK [80][81] 