Il sito primario di legame è formato dai residui da 1054 a 1056 e da 1196 a 1200 dell'elica 34 e dai residui da 964 a 967 dell'elica 31. I residui 1054 e 1196 interagiscono con le tetracicline attraverso interazioni idrofobiche, anche se la maggior parte delle interazioni tra le tetracicline e i residui dell'rRNA 16S, coinvolge legami a idrogeno e ponti salini. Nel ceppo 181 tetraciclina-resistente di H. pylori, la sostituzione della tripletta di basi è localizzata a destra nel sito primario di legame delle tetracicline. Mutazioni in questo sito, riducono l'affinità antibiotico-ribosoma e l'efficacia della tetraciclina come inibitore traduzionale.