H. P. Lovecraft fa attribuire a Dee la paternità del manoscritto con la traduzione in inglese del "Necronomicon" (libro inventato dallo stesso Lovecraft). John Dee è il protagonista dei romanzi "L'angelo della finestra d'Occidente" (1927) di Gustav Meyrink e "I pilastri di Camelot" (2010) di Phil Rickman. Nel romanzo di Umberto Eco "Il pendolo di Foucault" John Dee è il protagonista di alcuni ipotetici racconti ambientati appunto nella corte della regina Elisabetta I, in cui si presume sia in possesso di potenti arti magiche.