Nei mammiferi, alcuni geni sottoposti ad imprinting risiedono singolarmente nel genoma, ma la maggior parte sono nei "clusters" lunghi circa 1 Mb. Questi domini sono presenti sia nel genoma ereditato dalla madre sia in quello paterno; contengono i geni sottoposti ad imprinting con l'aggiunta, spesso, di almeno un lungo tratto di RNA non codificante (ncRNA) lungo circa 100 Kb, deputato alla regolazione l'imprinting dei geni adiacenti. In questi domini, i geni sono coordinati da sequenze di DNA denominate "imprinting control regions" (ICRs). La delezione delle ICRs provoca la mancanza di imprinting nei geni vicini. Le ICRs sono sottoposte alla metilazione del DNA a livello di un solo allele. Nella maggioranza dei casi le ICRs sono sottoposte alla metilazione del DNA a livello dell'allele materno; sono in numero minore, invece, le ICRs che subiscono metilazione del DNA a livello dell'allele paterno. 