L'elettromiografia è un esame poco rischioso e la comparsa di complicazioni è rara. Il rischio di sanguinamento, d'infezione o di lesione al nervo quando l'elettrodo viene inserito è minimo. Nel caso di elettromiografia dei muscoli intercostali, l'elettrodo può causare la penetrazione dell'aria nella cavità pleurica, causando la retrazione del polmone (pneumotorace), ma il rischio che ciò accada è molto basso.