Il "rigetto cronico" indica tutte le perdite di funzionalità dell'organo trapiantato sul lungo periodo, ed è associato alla fibrosi dei vasi sanguigni dell'organo; viene indicata così anche la reazione continua del sistema immunitario contro il nuovo organo. Il rigetto cronico causa in genere la perdita dell'organo e la necessità di un nuovo trapianto entro una decina d'anni.