Si segnala l'insorgenza crescente di resistenza dei batteri (come per tutti gli antibiotici) alla vancomicina, tra i quali: VISA (Vancomycin Intermediate Staphylococcus Aureus), VRE (Vancomycin Resistant Enterococcus) e VRSA (Vancomycin Resistant Staphylococcus Aureus) ovvero Staphylococcus aureus resistente alla vancomicina.