Due atomi sono definiti "bumps" se la somma dei loro raggi di van der Waals è inferiore a 0.40 Å. Se i due atomi in questione sono coinvolti in un legame idrogeno, la somma dei loro raggi può arrivare a 0.55 Å. WHATIF segnala se questi valori vengono superati. Non sono presenti contatti sfavorevoli in nessuno dei modelli omologici così come nel template.Concludendo, l'analisi dei modelli omologici con WHATIF mostra l'assenza di gravi errori nella geometria dei modelli omologici e comunque in linea con quanto ottenuto anche per il template che è una struttura cristallografica.     