Altre lesioni radiotrasparenti che potrebbero presentare aspetti radiografici simili sono le cisti odontogene di altra origine, come la cisti dentigera (o follicolare) e la cisti paradentale. Più rare sono le cisti non odontogene, le pseudocisti come la cisti ossea solitaria (emorragica), seguente a trauma, ed i tumori odontogeni di tipo non addensante, come il granuloma eosinofilo, il tumore odontogeno adenomatoide, il fibroma ameloblastico, e l'ameloblastoma nella forma unicistica, solitamente caratterizzati da bassa aggressività e lenta crescita. Più temibile è l'evenienza del tumore cheratocistico odontogeno, dotato di maggiore aggressività locale. Data la rarità di queste patologie, anche nel caso di lesioni limitate la conferma della corretta diagnosi dovrà basarsi sul follow-up a distanza dopo il trattamento canalare dell'elemento dentale sospetto, mentre in caso di lesioni più voluminose l'esame istologico sarà in grado di fornire una diagnosi precisa.