Nello stomaco, l'ambiente acido e la pepsina staccano la cobalamina dalle proteine a cui si trova associata, per poi legarsi alla cobalofillina (detta anche polipeptide salivare R binder o aptocorrina), una glicoproteina secreta nella saliva. In seguito, nel duodeno, l'azione delle proteasi prodotte dal pancreas determina la separazione fra la cobalofillina e la cobalamina, ciò favorito da un ambiente alcalino. Infine la cobalamina si lega al fattore intrinseco, una glicoproteina rilasciata dalle cellule parietali dello stomaco, con la mediazione di un recettore Ca-dipendente e un pH di circa 6,5.