Dopo trent'anni in India (1858-1888) Carter fece ritorno in Inghilterra per sistemarsi di fianco alla sorella Lily e alla famiglia a Sarborough. Si sposò con Ellen Robinson nel 1890, con cui ebbe due bambini prima di morire egli stesso di tubercolosi, nel 1897, all'età di 65 anni. Lui e sua moglie sono seppelliti insieme nel cimitero di Scarborough. Una targa commemorativa a Belgrave Square onora il suo lavoro di medico ed illustratore.