La carriera politica di Guillotin terminò con lo scioglimento dell'Assemblea nazionale costituente. L'8 maggio 1792 il tribunale del 2º arrondissement lo condannò a un'ammenda del quadruplo del prezzo della patente che in quanto medico avrebbe dovuto procurarsi secondo la legge del 17 marzo 1791. Guillotin, nella sua tesi difensiva durante il processo, aveva sostenuto di non dover pagare la suddetta patente in qualità di dottore reggente della facoltà di Medicina di Parigi.