Gorgas fu promosso colonnello e trasferito a Panama dove la costruzione del Canale era costata fino ad allora ben 22 000 operai morti per febbre gialla. Ancora una volta Gorgas riuscì a eliminare due ostacoli principali per la costruzione del canale: "Aedes aegypti" della febbre gialla e, sia pure con maggior difficoltà, l'"Anopheles" della malaria. Oltretutto divenne molto popolare a Panamá per essere stato uno dei pochi ufficiali statunitensi ad aver appreso la lingua spagnola e i costumi degli abitanti del luogo.