I rotavirus vengono classificati in sierotipi a seconda delle proteine VP4 (sierotipo P, 11 varianti) e VP7 (sierotipo G, 10 varianti) del capside esterno. I gruppi sono stati identificati in base all'antigenicità della proteina del capside interno VP6 e vanno da A a G. I rotavirus patogeni per l'uomo sono quelli appartenenti ai sierogruppi A, B e C, il primo è il principale responsabile della gastroenterite virale infantile.