Baccelli diede un grande impulso all'indagine semeiotica addominale e toracica. In particolare, i suoi studi sulle patologie cardiache e dei grossi vasi, culminati nella pubblicazione dell'opera in tre volumi "Patologia del cuore e dell'aorta" (Roma, 1863-1866), gli permisero di individuare numerosi nuovi sintomi e quadri morbosi. "Egli legò il suo nome al fenomeno della pettiroloquia afona nei versamenti pleurici (1876), illustrò il sintomo della diplofonia nei casi di caverne comunicanti, (...) individualizzò clinicamente la "angina abdominis"". Alcuni autori fanno risalire a proprio a Guido Baccelli la nota pratica diagnostica che consiste nel far dire al paziente la parola "trentatré" per provocare delle vibrazioni che favoriscono l'indagine dello stato dei polmoni. Tale pratica ricevette gli elogi dello stesso Hermann von Helmholtz.