Il museo trae origine dal primigenio museo anatomico che negli anni trenta del XX secolo ove si aggiunsero le collezioni di Giovanni Carbonelli e Pietro Capparoni fondatori del museo. Lo scopo del museo originario, di cui rimangono ancora le collezioni, era di tipo didattico. A loro due si aggiunse Mariano Borgatti. Fu l'esposizione internazionale di Roma di arte retrospettiva del 1911 a dare lo spunto del creazione del museo odierno. 