La calprotectina, a differenza di altri marcatori fecali di flogosi, è stabile a temperatura ambiente ed è estremamente resistente alla degradazione operata dal microbiota umano, caratteristiche che fanno di essa un marker ideale. Tuttavia, come VES e PCR, si tratta di un marker del tutto aspecifico, che non dà informazioni sull'agente eziologico dell'infiammazione.