Pizotifene è controindicato in soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti. È inoltre controindicato nelle donne gravide e nelle donne che allattano al seno. Ne è sconsigliato l'uso in soggetti con insufficienza renale e l'associazione con alcool, che ne potenzia l'effetto.