Il virus MERS-CoV appartiene al sottogenere Betacoronavirus, così come il SARS-CoV. Inizialmente chiamato NCoV ("New Corona Virus", Nuovo Coronavirus), il Coronavirus Study Group (CSG) dell'ICTV(OMS), nel maggio 2013 ha deciso di chiamarlo MERS-CoV, dall'acronimo di "Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus", per facilitare la comunicazione dei dati, in alternativa alle precedenti "Nuovo coronavirus 2012", o più semplicemente "Nuovo coronavirus".