La sede governativa dell'Ordine è nel Palazzo Magistrale a Roma, in via dei Condotti, residenza del gran maestro. Altre sedi nella stessa città sono la Villa magistrale sull'Aventino e la Casa dei Cavalieri di Rodi, sede dall'ACISMOM, su via della Salita del Grillo, alle spalle di via dei Fori Imperiali. Tutte le sedi godono del diritto di extraterritorialità: non si tratta di territorio appartenente all'Ordine, ma affidato senza vincoli dallo Stato, come avviene normalmente per le ambasciate.