La muzolimina può provocare gravi sintomi neurologici, soprattutto se viene somministrata ad alte dosi a pazienti con insufficienza renale. Questo suo grave effetto collaterale ha portato al suo ritiro in molti Paesi. Il farmaco è controindicato in caso di ipersensibilità accertata ed in tutti quei casi per i quali sono controindicati i diuretici dell'ansa.