Le critiche riguardano anche il soggiacente modello politico di investimento in ricerca che, per entrambi i progetti scelti (oltre all'HBP, vi è "Graphene Flagship", sulle proprietà e le applicazioni del Grafene) punta in modo privilegiato sulla cosiddetta "Big Science" attraverso "grandi consorzi con obiettivi ambiziosi e molto visionari" che sortiscono, però l'effetto collaterale di " a un determinato settore di ricerca una visione unitaria, un unico modo di arrivare alla meta": questo approccio, secondo i critici, non sarebbe adatto a un settore come quello delle neuroscienze, in cui ha riscosso grandi successi un modello di ricerca basato sulla "competizione, la creatività e la molteplicità dei modelli interpretativi".