Il ruolo di tale proteine, parte integrante dell'immunità innata, è variabile. Alcune eliminano i microrganismi o ne inibiscono la crescita; tra questi la PCR, la proteina legante il mannosio, i fattori del complemento, la ferritina, la ceruloplasmina, l'aptoglobina e l'amiloide sierica A. Altre, tra cui la serpina, forniscono un "feedback" negativo alla risposta infiammatoria; Altre ancora stimolano la coagulazione, in modo da intrappolare i patogeni e limitare l'infezione. Infine altri prodotti del sistema della coagulazione possono aumentare la permeabilità vascolare agendo da agenti chemotattici per i fagociti.