Alla cessazione delle ostilità deve lasciare tutte le cariche ricoperte a causa delle procedure di epurazione, dalle quali riesce ad uscire tutto sommato indenne. Mentre i Modrone tornano alla guida della Carlo Erba, Morselli riprende la presidenza della Caffaro nel 1947 risanandola accedendo ai fondi erogati dall'IMI, una delle banche maggiormente impegnate nella ricostruzione con la gestione delle risorse finanziarie derivate dai prestiti americani. Ma i tempi sono cambiati, la concorrenza si è accentuata ed i rapporti interni col personale sono inficiati dal nuovo clima di contrapposizione politica e dal passato di fascista del presidente. Il suo ruolo di ricercatore di nuovi prodotti non ha lo stesso significato e la stessa potenzialità del passato, e di questo prende atto nel 1953, quando si dimette dalla carica e fonda una propria società, la Farmaselecta, impegnata nella commercializzazione dei prodotti farmaceutici, che dirige fino alla scomparsa.