Non sono ancora note le cause precise per cui l'H. pylori possa essere alla base di una gastrite piuttosto che dell'altro ma probabilmente le cause non sono da ricercare solamente nella virulenza del batterio stesso (conditio sine qua non dell'insorgere della gastrite atrofica è la presenza di proteine Vac-A e Cag-A) ma anche da fattori ambientali, socio-economici, nonché da fattori che dipendono dal paziente (quali l'immunità a prevalenza granulocitaria o linfocitaria e il polimorfismo a carico dei geni coinvolti nella risposta immune).