Questa forma di infezione del sistema nervoso da parte di ameba è stata documentata in Australia nel 1965. Nel 1966, quattro casi sono stati segnalati negli Stati Uniti. Nel 1968 l'organismo causale, precedentemente considerato una specie di Acanthamoeba o di Hartmannella, è stato identificato come Naegleria. Nello stesso anno, a Ústí nad Labem, Cecoslovacchia, si sono verificati 16 casi in un periodo di due anni (1963-1965). Nel 1970, la specie di amoeba fu nominata N. fowleri.