La complicanza più importante della malattia è rappresentata dall'amiloidosi, che in questo caso interessa prevalentemente i piccoli vasi sanguigni dei reni (compresi i glomeruli) e della milza. Quando presente, l'amiloidosi peggiora notevolmente la prognosi per la possibilità di sviluppare sindrome nefrosica e, successivamente, insufficienza renale cronica. L'incidenza di amiloidosi nei pazienti affetti da febbre mediterranea familiare sembra essersi ridotta da quando si è diffuso l'uso della colchicina in terapia. Negli altri casi, l'aspettativa di vita delle persone colpite è simile a quella dei soggetti affetti da patologie croniche non letali.