Come già accennato in talune condizioni possono essere necessarie settimane o mesi prima di osservare l'effetto terapeutico dell'azatioprina. Il trattamento può comunque essere continuato per periodi prolungati, sempre che il paziente sia in grado di tollerarlo. Nella artrite reumatoide ed in alcune malattie ematologiche il trattamento può essere sospeso dopo un certo periodo senza particolari problemi. L'interruzione della terapia deve sempre avvenire in modo molto graduale e sotto attento monitoraggio.