La degenerazione cortico-basale è considerata una tauopatia . Questo permette di ritenere che l'indicatore più comune del CBD sia una proteina tau difettosa. Le proteine Tau sono fondamentali per mantenere stabili i microtubuli e queste cellule difettose creano 4 ripetizioni leganti i microtubuli. Queste 4 ripetizioni del legame hanno una maggiore affinità nel legame con i microtubuli. A causa di questa maggiore affinità, formano fibre insolubili (chiamate anche "filamenti elicoidali accoppiati). I microtubuli stessi mantengono la cellula e la struttura citoscheletrica stabili. Pertanto, quando le proteine Tau hanno configurazioni non fisiologiche, i microtubuli diventano instabili e alla fine portano all'apoptosi cellulare.