Schönborn studiò medicina presso le università di Breslavia, Heidelberg, Gottinga e Berlino, conseguendo il dottorato nel 1863. A Berlino lavorò come assistente di Robert Friedrich Wilms (1824-1880) presso l'Ospedale Bethanien e di Bernhard von Langenbeck (1810- 1887) presso l'ospedale universitario. Nel 1871 divenne professore presso la clinica chirurgica universitaria di Königsberg. Dal 1886 fino alla sua morte nel 1906, fu professore di chirurgia presso l'Università di Würzburg.