Il 18 novembre 1698, all'età di sedici anni, si iscrisse all'Università di Bologna per studiarvi medicina, specie anatomia, considerata da Morgagni "pietra angolare di tutto l'edificio medico". Ebbe come maestro di anatomia Ippolito Albertini, ma soprattutto ebbe la possibilità di seguire le lezioni di Antonio Maria Valsalva, eminente sperimentalista di fisiologia, nonché figlio scientifico di Marcello Malpighi, tra i primi ad opporsi al fenomeno seicentesco della separazione tra speculazione scientifica e pratica. In effetti Morgagni non è da considerarsi lo scopritore unico del metodo -detto poi "morgagnano"-, bensì l'esponente principale, che raccolse e sviluppò le fatiche dei suoi maestri diretti e indiretti, Valsalva e Malpighi, per creare quell'edificio monumentale anatomo-patologico che sta alla base della medicina moderna.