Nato dal nobile Aurelio del capitano Andrea Mascagni e da Elisabetta di Carlo Burroni, entrambi appartenenti ad antiche famiglie di Chiusdino, in provincia di Siena; approfondì gli studi scientifici nell'ateneo senese, dove ebbe tra i suoi maestri Pietro Tabarrani (per l'anatomia) e si laureò in filosofia e medicina nel 1778.