Nel 1340 Clemente VI, preoccupato per le ricorrenti epidemie di peste, con un atto straordinario per i tempi, concesse l'autorizzazione a praticare l'autopsia dei malati deceduti per questa malattia nella speranza che ciò contribuisse a spiegarne le cause. Guy fu tra coloro che più si avvalse di questa facoltà ed il continuo esercizio autoptico gli servì a migliorare le conoscenze di anatomia: materia che peraltro aveva già appreso esaurientemente a Bologna dove aveva avuto la possibilità di seguire le lezioni di Alberto di Rolando (Bertuccio), a sua volta discepolo del grande Mondino dei Liuzzi (1276 – 1328), ritenuto il padre dell'Anatomia. In effetti Mondino nel 1315 aveva pubblicato una "Anothomia" in cui aveva indicato lo studio dell'anatomia come base di ogni progresso medico e chirurgico fissando un preciso protocollo per la pratica autoptica, protocollo che viene seguito ancora oggi. Proprio a Bologna quindi nel 1316, per la prima volta, l'anatomia umana avrebbe assunto dignità di insegnamento accademico.Non vanno però dimenticati i suoi approfonditi studi sullo "stato dell'arte" del tempo: la medicina araba. Nel suo trattato "Chirurgia Magna" infatti, Guy de Chauliac cita non meno di 200 volte il noto chirurgo arabo-spagnolo Abulcasis e la sua opera ("al-Tasrīf li-man ʿajaza ʿan al-taʿlīf").