Le caratteristiche microscopiche della CIN sono le seguenti (27) :1. Proliferazione cellulare anormale: inizia negli strati basali e parabasali per poi risalire negli strati più superficiali. La localizzazione di tale cellule a livello basale è tipica della CIN I, nella CIN II le cellule anomale si ritrovano a livello degli strati intermedi ed infine nella CIN III tutti gli strati dell'epitelio sono sostituite da cellule immature atipiche, senza alcuna differenziazione superficiale.