A Leszno insegnò al locale "gymnasium", dove fece amicizia con Comenio, che era un altro importante membro della scuola. Nel 1642 Jonston rifiutò di nuovo un'offerta per presiedere un dipartimento all'estero (questa volta, quello di medicina a Francoforte). Nello stesso anno, la sua "Idea universae medicinae practicae" fu pubblicata ad Amsterdam (sarebbe stata tradotta in inglese nel 1652). Jonston rifiutò ulteriori offerte da Heidelberg e Leida.