Dopo la sua morte, la cattedra universitaria di oculistica fu subito soppressa a causa della crisi finanziaria dell'Ospedale universitario della Charité durante il diciannovesimo secolo. Anche la sua clinica privata venne chiusa, perché Graefe dichiarò nel suo testamento che essa avrebbe continuato la sua attività solo se lo Stato avesse dato i fondi necessari alla copertura dei costi; cosa che lo stato prussiano rifiutò.