Dal 2010 l'ospedale è soggetto ad una serie di riqualificazioni che lo porteranno, entro il 2019, a diventare l'unico ospedale della città, mentre la zona dove ora è presente l'Azienda ospedaliero-universitaria degli Spedali Riuniti di Santa Chiara, comunemente nota come ospedale di Santa Chiara, verrà rimpiazzata da un campus universitario, sempre di proprietà dell'Università di Pisa e della AOUP.