Anche nella vita privata oltre che professionale Hodgkin ebbe delle delusioni. Non gli fu permesso di sposare il suo vero amore, Sarah Godlee, perché erano cugini di primo grado. Nonostante la petizione alla Society of Friends perché facesse un'eccezione come aveva già fatto in due casi separati, la richiesta gli venne rifiutata. Più tardi, ma troppo tardi per Hodgkin, la legge fu abolita. Alla fine, nel 1849 sposò Sara Scaife, una vedova non quacchera.