Nel 1940 l'Italia entrò nella seconda guerra mondiale. Gli unici problemi duraturi nel tempo che l'ospedale di Legnano si trovò ad affrontare durante il conflitto furono quelli legati alle ristrettezze economiche, che impedirono i programmati ampliamenti dei fabbricati e la già decisa creazione di nuovi reparti. L'unica emergenza fu quella causata dall'unico bombardamento a cui fu sottoposta Legnano: nella notte tra il 13 e il 14 agosto 1943 alcuni aerei britannici, diretti a Milano, sganciarono per errore due bombe su Legnano. Una cadde in campagna, mentre l'altra colpì il quartiere di Legnanello, distruggendo una casa e un'officina. Questa bomba causò 30 morti e una quarantina di feriti, che vennero ricoverati all'ospedale di Legnano. A causa dei continui allarmi aerei fu deciso di collegare i vari padiglioni con corridoi sotterranei e di realizzare due rifugi antiaerei.