Tornato in Brasile, Oswaldo Cruz trovò il porto di Santos in balia di un'epidemia di peste bubbonica che minacciava di raggiungere Rio de Janeiro e si impegnò per contenerla. Il sindaco di Rio de Janeiro autorizzò la costruzione di uno stabilimento per la produzione di siero contro la peste, che era stato sviluppato da Alexandre Yersin e collaboratori all'Istituto Pasteur. Interpellati, i rappresentanti dell'Istituto Pasteur, raccomandarono Oswaldo Cruz, come responsabile della nascente struttura.