La campagna contro la peste bubbonica fu un successo. Nel 1904, un'epidemia di vaiolo minacciò Rio de Janeiro. Cruz fece reintrodurre la vaccinazione anti-vaiolosa dei bambini. La pratica della vaccinazione era malvista dalla popolazione e i giornali montarono una violenta campagna contro il provvedimento. Nacque addirittura una lega anti-vaccinazione. Il 13 novembre, a Rio de Janeiro, scoppiò la "rivolta del vaccino", con scioperi, barricate e scontri armati per le strade; il giorno successivo i cadetti dell'Accademia Militare aderirono alla protesta. Il governo impose lo stato d'assedio: la rivolta fu domata e la vaccinazione obbligatoria sospesa. Nel 1908 esplose una violenta epidemia di vaiolo e la popolazione richiese in massa la vaccinazione.