Nel 1955 fu docente all'Università degli Studi di Pavia dove, nel 1960, realizzò il secondo Istituto Universitario di Medicina del Lavoro, e nel 1965 dette vita alla fondazione Clinica del Lavoro, che nel 1969, a seguito di riconoscimento con decreto ministeriale divenne Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS). Dopo la sua morte, avvenuta a Milano il 24 febbraio 1985, l'istituto da lui creato divenne Fondazione Salvatore Maugeri, Clinica del Lavoro e della Riabilitazione (D.M. 30 maggio 1995), che dispone di sedi in diverse zone d'Italia (Pavia, Telese Terme, Tradate, Bari, Milano, Montescano, Nervi, Veruno, Torino, Lumezzane, Castel Goffredo, Lissone, Marina di Ginosa, Mistretta, Sciacca, Ribera, Perarolo di Vigonza). 