L'amiodarone è un substrato del citocromo CYP3A4, enzima snodo del metabolismo di numerosi farmaci come la cimetidina e la rifampicina (rispettivamente in grado di aumentare o diminuire le concentrazioni di amiodarone). Il farmaco entra anche in conflitto con il metabolismo di molte sostanze inibendo l'espressione e la funzionalità degli enzimi predisposti all'eliminazione; non deve essere inoltre sottovalutata la capacità interferente fisiologica nei confronti di farmaci anti-aritmici. In particolare sono state riportante interazioni con: