Il computer di gestione è un PC sul quale vi è installato un software di gestione che, come suggerisce il nome, è atto alla gestione dello strumento che all'interpretazione dei dati analitici. Esistono vari tipi di software, più o meno complessi, in base al loro effettivo utilizzo; va da sé infatti che per scopi di ricerca, il software debba avere molte più possibilità di interazione con lo strumento per quanto riguarda i parametri che è possibile settare (es. tensione delle fonti luminose, compensazione dei rivelatori), rispetto ad un software diagnostico che deve rispettare dei criteri di riproducibilità e ripetibilità e quindi avere dei parametri standard e la possibilità di calibrazione. L'amplificazione dei segnali da parte del software può essere di tipo lineare o logaritmica.