Le anomalie del liquor riscontrate nella SM includono una pleiocitosi mononucleare e un'aumentata sintesi intratecale di IgG. Le proteine liquorali totali di solito sono normali o lievemente aumentate. Diverse formule vengono utilizzate per distinguere le IgG a sintesi intratecale da quelle penetrate nel SNC passivamente attraverso il siero.Una formula (indice delle IgG nel liquor) esprime il rapporto liquorale fra IgG e albumina, diviso per lo stesso rapporto nel siero. Anche la misurazione delle bande oligoclonali (BOC) nel liquor valuta la produzione intratecale di IgG. Le BOC sono individuabili con elettroforesi su gel di agarosio (vedi figura 4.5). Si possono riscontrare due o più BOC nel 75-90% dei pazienti con SM. Le BOC possono essere assenti all'esordio e nei singoli pazienti, il numero di bande presenti può aumentare nel tempo. È importante che venga studiato contemporaneamente un campione di siero per escludere un'origine periferica (cioè non del SNC) delle BOC individuate nel liquor. Una modica pleiocitosi liquorale (più di 5 cellule/µl) è presente in circa il 25% dei casi, spesso in pazienti giovani con SMRR. Una pleiocitosi con più di 75 cellule/µl, la presenza di leucociti polimorfonucleati o una concentrazione proteica liquorale superiore a 1 g/l (>100 mg/dl) deve indurre a sospettare che il paziente non sia affetto da SM.