La funzione dei motoneuroni del sistema nervoso enterico è di controllare i muscoli lisci; a differenza del sistema somatico (nel quale la muscolatura è striata) qui esistono sia motoneuroni eccitatori, sia inibitori: nel muscolo striato infatti non c'è bisogno di inibizione, perché in assenza di eccitazione è privo di attività contrattile; la muscolatura liscia ha invece una propria attività contrattile che deriva dalla presenza nel sistema nervoso enterico di cellule pacemaker (le cellule interstiziali di Cajal) che presentano oscillazioni spontanee del potenziale di membrana ritmiche e in grado di contribuire al controllo della motilità intestinale.