La Pert è stata una farmacologa di fama internazionale, e la maggior parte dei suoi lavori verte sui peptidi ed i loro recettori, e sul ruolo dei neuropeptidi nel funzionamento del sistema immunitario. Il suo primo lavoro di ricerca riguardò la scoperta dei recettori degli oppiacei e la loro azione. Ha tenuto conferenze in tutto il mondo su questo tema e su altri argomenti, incluso le sue teorie sulle emozioni e sulla comunicazione corpo/cervello. Il suo famoso libro "Molecole di Emozione: perché sentiamo quel che sentiamo?" (1997) tratta proprio delle sue ricerche e teorie.