La controindicazione principale riguardante l'utilizzo di ipratropio per via inalatoria è l'ipersensibilità al principio attivo ma anche ad atropina e sostanze correlate. Nel caso di somministrazione orale, le controindicazioni sono analoghe a quelle degli anticolinergici, infatti è controindicato in soggetti con glaucoma ad angolo stretto, ostruzioni nel sistema urinario (quali ipertorfia prostatica e sindromi di ritenzione urinaria) o occlusioni nel tratto gastrointestinale.