La fleroxacina a seguito di somministrazione per os presenta una buona biodisponibilità: la molecola è infatti facilmente assorbita dal tratto gastroenterico e rapidamente vengono raggiunte elevate concentrazioni plasmatiche e nei tessuti biologici. In molti fluidi e tessuti corporei le concentrazioni di fleroxacina sono sostanzialmente sovrapponibili a quelle che si riscontrano nel plasma, ma nella bile, nelle secrezioni nasali, nel liquido seminale, nel polmone e nella mucosa bronchiale nelle ovaie, le concentrazioni della molecola possono raggiungere livelli 2-3 volte superiori a quelli misurabili nel plasma.