La biopsia epatica è generalmente una procedura sicura, ma è invasivo. Le complicanze della biopsia epatica sono rare ma potenzialmente letali. La maggior parte delle complicanze (60%) si verificano entro le due ore e il 96% entro le 24 ore successive alla procedura. Circa il 2-3% dei pazienti sottoposti a biopsia epatica richiedono l'ospedalizzazione per la gestione di un evento avverso. Il 30% dei pazienti avvertono dolore significativo durante la procedura. Sanguinamenti importanti dopo una biopsia del fegato si verificano in 1-2 pazienti su 100. Il sanguinamento di solito si manifesta entro le tre o quattro ore. Esso generalmente termina autonomamente, ma se persiste, una trasfusione di sangue può essere necessaria. Un intervento chirurgico o l'angiografia (una procedura in cui viene identificata la sede del sanguinamento e trattata) può essere richiesta se il sanguinamento è grave o non si ferma da solo. L'emorragia intraperitoneale è la conseguenza più grave del sanguinamento. Complicanze fatali sono stati riportate fino al 0,01-0,3% dei pazienti sottoposte a biopsia.