Ha un grado simile di infettività all'organismo regolare a quello del "Mycobacterium tuberculosis", ma ha meno probabilità di progredire in malattia clinica in un individuo immunocompetente. Tuttavia, "M. africanum" ha maggiori probabilità di passare dall'infezione e causare la malattia in un paziente sieropositivo. Nei paesi in cui il "Mycobacterium africanum" è endemico, rappresenta un'importante infezione opportunistica delle fasi successive dell'HIV.