Insieme all'apparato gastrointestinale, fanno parte dell'apparato digerente anche la cavità orale (dove ha luogo prevalentemente lo sminuzzamento del cibo), le ghiandole salivali, la faringe e l'esofago, che serve per il trasporto del cibo allo stomaco. L'attribuzione dell'appartenenza dell'esofago all'apparato gastrointestinale è inoltre contestata.