La involuzione del “coating” uroteliale e la conseguente possibile diffusione di molecole “nocive” contenute nelle urine possono raggiungere ed attivare i mastociti sottouroteliali ed innescare una serie di reazioni “neuro-immuno-endocrine”. Questa sequenza ha il pregio di cercare una spiegazione unificante: esiste infatti spesso un disordine del sistema immunitario, come l'aumento di cellule mononucleate, linfociti T e B, i fattori del complemento CD4 e CD8 nel'urotelio, gli autoanticorpi ANF, e l'attivazione dei mastociti, che solitamente si osserva in risposta a stimoli di natura allergica per ipersensibilità di tipo 1, oppure in risposta a stimoli non-allergici (Coli fimbriati, sostanza P, tossine batteriche, virus del morbillo). La “up-regulation” delle afferenze sensitive vescicali è all'origine dei sintomi urgenza-frequenza e/o dolore. Un ulteriore contributo alla comprensione di questa patologia, della prostatite cronica abatterica maschile, e quindi della triade/circolo vizioso che le contraddistingue “tensione-ansia-dolore”, è il ruolo attribuito da Wise e Anderson allo stato di contrazione cronica della muscolatura del pavimento pelvico, condizionante ipossia ed attività in anaerobiosi, e come conseguenza stato disfunzionale e dolore.