I principali effetti collaterali in corso di trattamento con betrixaban sembrano essere a carico dell'apparato gastrointestinale e comprendono principalmente la nausea e diarrea, oltre che la possibilità di emorragia gastrointestinale (ematemesi, melena, ematochezia), emorragia rettale ed emorroidale nonché sanguinamento gengivale.