Diagnosticare la babesiosi può risultare complicato a causa dei suoi sintomi poco specifici. Si dovrebbe iniziare con un'anamnesi accurata che rilevi una storia di viaggi in aree endemiche e di eventuali punture di zecca. Si deve anche avere informazioni su eventuali trasfusioni effettuate in tempi recenti e sull'effettuazione d'una splenectomia.