La superficie interna della MBG è a contatto con l'endotelio fenestrato del capillare glomerulare, che opera una prima selezione bloccando all'interno del vaso la parte corpuscolata del sangue e alcune macromolecole. La membrana basale possiede una carica elettrica negativa dovuta ai glicosaminoglicani che la compongono; grazie a questa proprietà, le molecole con carica negativa (come ad esempio l'albumina) attraversano la membrana con difficoltà, al contrario di quelle con carica neutra o positiva.