Gli effetti collaterali nella terapia del lupus eritematoso con antimalarici comprendono xerosi, eruzioni cutanee esantematiche o lichenoidi, orticaria, iperpigmentazione blu-grigia della pelle , tossicità oculare, disturbi gastrointestinali, miopatia, cardiomiopatia e rari effetti collaterali del sistema nervoso centrale (capogiri, cefalea, insonnia, psicosi). L'idrossiclorochina può ridurre la soglia convulsiva. La quinacrina può causare lo scolorimento giallo della pelle, della sclera e dei fluidi corporei. L'American Academy of Ophthalmology raccomanda uno screening retinopatico regolare per i pazienti con antimalarici a intervalli basati sullo stato di rischio.