Dopo poche settimane dall'inizio della sperimentazione iniziarono però a presentarsi alcune difficoltà. Affinché si possa sviluppare una protesi corticale permanente è necessario verificare quali siano le condizioni ottimali di stimolazione, così da impostare i parametri in modo tale da evocare sempre la risposta più chiara e definita possibile: i ricercatori osservarono che il soggetto in studio si adattava di volta in volta in maniera differente agli stimoli, facendo così variare continuamente il settaggio dei parametri di stimolazione. Un'altra difficoltà tecnica riscontrata riguardava la fragilità degli elettrodi: a distanza di un paio di mesi dall'inizio della sperimentazione circa il 50% degli elettrodi impiantati si era rotto. 