I clostridi sono batteri mobili anaerobici, sporigeni, di natura ubiquitaria e particolarmente diffusi nel suolo. Al microscopio, appaiono come cellule lunghe, irregolari (spesso a forma di bacchetta o mandrino) con un rigonfiamento alle estremità terminali. Sotto la colorazione di Gram, le cellule di "C. difficile" sono Gram-positive e mostrano una crescita ottimale sull'agar sangue alle temperature del corpo umano in assenza di ossigeno. Quando stressati, i batteri producono spore che sono in grado di tollerare condizioni estreme che i batteri attivi non possono tollerare. Le spore sono resistenti al calore e non vengono uccise dai detergenti per le mani a base alcolica o dalla normale pulizia delle superfici. Pertanto, queste spore sopravvivono negli ambienti clinici per lunghi periodi. Per questo motivo, i batteri possono essere coltivati ​​da quasi tutte le superfici. Una volta ingerite le spore, essendo resistenti agli acidi, passano illese attraverso lo stomaco e nel colon, in seguito all'esposizione agli acidi biliari, germinano e si moltiplicano nelle cellule vegetative. 