Alcuni disturbi del cervello, come la malattia di Tay-Sachs, sono congeniti e legati a mutazioni genetiche e cromosomiche. Un raro gruppo di disordini cerebrali congeniti, noti come lissencefalie, è caratterizzato dalla mancanza o inadeguatezza del ripiegamento corticale. Lo sviluppo normale del cervello può essere influenzato durante la gravidanza da carenze nutrizionali, effetti teratogeni, malattie infettive e dall'uso di droghe ricreative e alcol.