Essendo asintomatica, la terapia si basa soprattutto sull'ostacolo della progressione della lesione e sul favorire la riparazione delle piccole perforazioni. Nelle forme infettive si rende necessario l'attuazione di uno schema antibiotico preciso. L'intervento chirurgico, con chiusura della perforazione mediante lembi mucosi prelevati dal setto sano o dal labbro superiore, ha risultati non costanti in relazione con il disordine trofico della mucosa settale. L'utilizzo di pomate emollienti facilita il distacco delle croste nelle perforazioni di origine traumatica.