La terapia standard per enterococchi non resistenti alla maggior parte degli antibiotici è una combinazione sinergica di un aminoglicoside e di una penicillina. Come detto oggi buona parte degli enterobatteri è resistente ad entrambi, in particolare "Enterococcus faecium" è quasi sempre resistente alle penicilline e in gran parte resistente alla vancomicina grazie a plasmidi. In questi casi si utilizzano fluorochinoloni oppure linezolid, sebbene alcuni ceppi abbiano sviluppato resistenza anche per questo farmaco.