La tossicità da serotonina ha un quadro clinico caratteristico che in genere è difficile confondere con altre condizioni mediche, ma in alcune situazioni può non essere riconosciuto perché può essere scambiato per una malattia virale, nevrosi d'ansia, un disturbo neurologico, un avvelenamento da sostanze anticolinergiche, tossicità simpaticomimetica o semplicemente il peggioramento di una condizione psichiatrica.