Le microfilarie, invece, vengono evidenziate attraverso piccole biopsie cutanee, condotte fino al livello delle papille dermiche, in vicinanza dei noduli sottocutanei, non contaminate da sangue. Si eseguono circa 6 biopsie che vengono condotte a livello scapolare, gluteo, deltoideo o del polpaccio. I tessuti bioptici vengono poi posti su vetrini o piastre su cui viene aggiunta soluzione fisiologica. Ciò stimola le microfilarie a uscire e 2-4 ore si possono trovare nel liquido dove, a un ingrandimento di 20x, possono venir contate. La conta è utile anche per la prognosi in quanto si è visto che un numero di microfilarie superiore a 100 per mg di cute è indice d'alto rischio di complicanze. I campioni negativi devono venir rivalutati periodicamente fino a 24 ore dall'incubazione.