Ruggi iniziò e concluse i suoi studi universitari nel periodo che va dal 1862 al 1868. L'Italia era appena uscita dalla seconda guerra di indipendenza con l'armistizio di Villafranca e per questo in Italia il clima era molto teso, ricco di scontri civili e di manifestazioni. Riuscì comunque a proseguire i suoi studi fino a quando, nel 1866, fu chiamato alle armi e fu trasferito all'Ospedale militare di Bologna. Come studente di medicina, in qualità di tirocinante, gli fu assegnata una sezione medica con il Dottor Bennetti. Ruggi iniziò ad assistere i malati di guerra nei turni notturni, presentando le anamnesi raccolte al Primario, il giorno seguente. La sua dedizione nel lavoro fu notata subito dai colleghi e dai superiori, i quali gli permisero di frequentare il reparto di Clinica Medica, vista la carenza di personale medico dovuto alla guerra d'indipendenza. Dopo la cessazione delle ostilità, Ruggi si poté dedicare completamente ai suoi studi, coltivando la grande passione per l'anatomia e, successivamente, per la chirurgia. Imparò le tecniche mediche più disparate da grandi maestri quali Carlo Massarenti, di cui apprezzò l'eleganza e la sicurezza nelle tecniche chirurgiche ostetrico-ginecologiche; Giovanni Brugnoli, insegnante di patologia medica generale; Francesco Roncati, medico legale e psichiatra e, successivamente, grande amico di Ruggi, il quale gli suggerì di accettare l'incarico di insegnante di medicina legale nella sua Università; Luigi Concato, da cui imparò le abilità mediche migliori grazie ai suoi insegnamenti di Clinica Medica e Semeiotica.