Se l'onda peristaltica primaria fallisce nel portare allo stomaco tutto il contenuto esofageo, un'onda peristaltica secondaria viene generata dalla distensione dell'esofago stesso causata dalla ritenzione di cibo; queste onde continuano finché tutto il bolo non si è svuotato nello stomaco. Le onde peristaltiche secondarie vengono iniziate da circuiti neurali intrinseci nel sistema nervoso mienterico e in parte da riflessi che iniziano nella faringe e vengono poi trasmessi attraverso le fibre afferenti vagali al bulbo e da qui all'esofago tramite fibre efferenti vagali e glossofaringee.