Pochi anni dopo, i coniugi White, vedendo in lui una grande energia, un genio per l'organizzazione, una mente acuta e curiosa, decidono di avviarlo verso la scuola medica. Dopo lo studio iniziale al Hygeio - Terapeutico collegio gestito dal pioniere riformatore della salute, Russell T. Trall di Firenze Heights, New Jersey - Kellogg intraprende per un periodo regolare di un anno lo studio presso la University of Michigan Medical School In seguito si trasferisce a Bellevue Hospital Medical College, poi riconosciuta come scuola di medicina leader della nazione, dove si laurea in medicina nel 1875. Nella tesi di laurea, dal titolo Che cos'è la malattia?, tenta di dimostrare che la maggior parte delle malattie, piuttosto che essere considerate come un nemico, devono essere pensate come avvertimenti utili del corpo, per tentare di correggere in tempo una qualunque funzione naturale che è diventata squilibrata.