Generalmente la sindrome si risolve in maniera spontanea. Tuttavia, il 5-10% dei pazienti sviluppa complicanze gravi e l'1% è afflitto da complicanze letali. Le complicanze più importanti sono rappresentate dall'infiammazione cardiaca, principalmente dall'arterite coronarica. Le manifestazioni cardiache di solito incominciano intorno al decimo giorno quando la febbre, l'eruzione e gli altri sintomi acuti precoci cominciano a regredire. L'infiammazione delle arterie coronarie con dilatazione e formazione di aneurismi si verifica nel 5-20% dei casi e talvolta si associa a miocardite acuta con insufficienza cardiaca, aritmie e pericardite e, raramente, a tamponamento cardiaco, trombosi o infarto.