Istologicamente la lesione è ben delimitata dai tessuti circostanti da una capsula connettivale fibrosa, in cui si possono ritrovare le cellule infiammatorie tipiche delle lesioni croniche: linfociti e plasmacellule, che talvolta si possono spingere fino ad invaderne l'epitelio. Il lume della cavità cistica è rivestito da un epitelio pavimentoso pluristratificato spesso ed irregolare ma non cheratinizzato, talvolta interrotto da tessuto di granulazione, ed in cui talvolta possono essere riscontrate cellule mucipare e ciliate. Il liquido che riempie la cavità è di tipo sieroso con alto contenuto di proteine, e frequente riscontro di cellule e cristalli di colesterolo, che possono essere reperiti anche nella parete fibrosa, talvolta circondati da cellule giganti con aspetto schiumoso, nella tipica reazione da corpo estraneo. Nell'ambito dell'epitelio in alcuni casi possono essere osservati dei piccoli aggregati di materiale eosinofilo, detti corpi ialini o di Rushton. In caso di processi infiammatori od emorragici, il contenuto cistico subisce modifiche in conseguenza degli stessi, presentandosi più ricco di elementi cellulari di tipo infiammatorio acuto (purulento) ed eritrociti (emorragico).