L'opera non riscosse un successo molto ampio ma interessò Desgenettes, che scelse Broussais come suo assistente presso la cattedra di medicina della scuola di medicina militare di Val-de-Grâce. Dopo il primo anno di insegnamento, nel 1816 pubblicò "Examen de la doctrine médicale généralement adoptée": in questo libro vi è una profonda critica nei confronti di Pinel e della nosologia adottata da lui e dall'università di Parigi. Dopo cinque anni, nel 1821, dopo aver sostituito alla cattedra di medicina Desgenettes, curò una seconda edizione di "Examen de la doctrine médicale généralement adoptée", dove la critica all'ontologia medica divenne anche espressione di opposizione al regime Borbonico restaurato e alla sua alleanza con la Chiesa cattolica. Altro mezzo per la diffusione delle teorie fisiologiche di Broussais fu "Les Annales de la médicine physiologique" che egli stesso fondò insieme a dei suoi studenti nel 1822. Broussais traspose la sua visione fisiologica anche in psichiatria pubblicando nel 1828 "Traité sur l'irritation et sur la folie" dove attaccò Victor Cousin sul motivo dello spiritualismo, un'altra forma dell'ontologia. Nel 1829 curò una terza edizione di "Examen de la doctrine médicale généralement adoptée". Nel 1830 gli venne affidata la cattedra di patologia generale all'università di Parigi e divenne membro del dipartimento di filosofia dell'Accademia delle scienze morali e politiche. Nello stesso anno venne nominato commendatore della Legion d'onore ed ispettore dei servizi sanitari militari. Nel 1832 scoppiò un'epidemia di colera che minò profondamente le sue teorie fisiologiche dato che la sua terapia a base di sanguisughe si dimostrò del tutto inutile: infatti uno dei suoi più famosi pazienti, Casimir Pierre Périer, primo ministro francese, morì sotto le sue cure. Questo insuccesso della sua teoria gli fece perdere notevolmente popolarità che riuscì a riacquisire grazie alla sua abilità retorica e alle lezioni di frenologia che tenne presso l'università di Parigi. Egli infatti era divenuto membro della Società di frenologia francese nel 1831 e nel 1832 ne era divenuto segretario generale. Nel 1836, mentre stava curando una nuova edizione del "Traité sur l'irritation et sur la folie" con le nuove teorie frenologiche, venne colpito da un tumore all'intestino che in poche settimane lo portò alla morte.