Ad eccezione degli ansiolitici benzodiazepinici, che possono essere utilizzati al bisogno e con una certa autonomia da parte del paziente, la maggior parte degli psicofarmaci richiede un trattamento cronico, spesso per anni o a vita, o fino alla risoluzione della patologia psicologica. Durante l'assunzione è necessario lo stretto controllo, da parte del medico curante, dell'efficacia del trattamento oltre che delle condizioni di salute e psicologiche del paziente in modo da rilevare precocemente effetti collaterali, alcuni dei quali possono comportare gravi complicazioni (epatiche o neurologiche come nel caso della discinesia tardiva), o fenomeni di abuso o dipendenza (come nel caso dei sedativi o degli stimolanti).