La diagnosi dipende dalla gravità dei sintomi: inizialmente sono condotti test di funzionalità polmonare. Questi test includono la verifica della capacità polmonare per quanto riguarda i flussi di inspirazione ed espirazione e flussi di ossigeno e anidride carbonica. Successivamente si possono utilizzare tecniche più avanzate come TAC e broncoscopia . Si definisce tracheobroncomalacia lieve se la trachea del paziente è al 50% della sua capacità durante l'espirazione, tracheobroncomalacia moderata se tale percentuale scende al 25% e infine grave se le pareti della trachea giungono a toccarsi.