Oltre ai trattamenti antivirali e immunostimolatori, vi è una terapia detta fotodinamica (TFD) che utilizza l'attività fotochemiotossica di molecole con funzione fotosensibilizzante. A differenza dei trattamenti farmacologici convenzionali sia topici che sistemici, la TFD è data dall'applicazione successiva di due componenti, il farmaco e la luce attivante, e le possibili combinazioni terapeutiche sono numerose. Tutti i fotosensibilizzanti si caratterizzano per l'elevata capacità di generare specie reattive dell'ossigeno (ROS) dopo fotoesposizione; i ROS interagiscono successivamente con lipidi e proteine cellulari, e solo in misura trascurabile con gli acidi nucleici, provocando la distruzione del tessuto trattato e una forte attivazione del sistema immune. Anche questa è una terapia aspecifica con un'efficacia variabile nelle varie infezioni da HPV.