Il vaccino disponibile non protegge contro la malattia invasiva causata da ceppi di H. influenzae non capsulati o diversi dal tipo b e nei loro confronti non ci sono vaccini specifici. Contro questi tipi di H. influenzae, ancora molto rari, la prevenzione si basa sulle norme igieniche generali (lavaggio frequente delle mani, pulizia e disinfezione delle superfici). La contagiosità di queste forme è molto limitata e non dà luogo a focolai epidemici, pertanto la profilassi antibiotica non è raccomandata.