L'esame viene effettuato attraverso l'introduzione per via anale di una sonda, detta colonscopio, che ha un diametro da circa 11 mm a 13 mm. La sonda, munita di microcamera, mostra in tempo reale l'interno del colon. Per facilitare la penetrazione della sonda, il colon stesso viene dilatato insufflando aria all'interno, procedimento che può risultare in alcuni casi fastidioso e anche doloroso. A seconda del tratto esplorato, possiamo distinguere: