In vitro, Fondaparinux aumenta l’affinità dell’antitrombina anche verso il fattore VII della coagulazione e verso il fattore VIIa legato al fattore tissutale, però non è chiaro se questo possa avere un effetto sull’azione anticoagulante del farmaco. A differenza del fattore VII, è considerata ininfluente l’inibizione diretta, evidenziata dal Fondaparinux, verso il fattore IXa. Fondaparinux non influenza direttamente la funzione e i livelli plasmatici di trombina in quanto per questi effetti è necessaria una struttura polisaccaridica costituita da almeno 16-18 monosaccaridi che non è presente nella molecola. Il rapporto di inibizione fattore Xa/trombina per il Fondaparinux è quindi molto superiore rispetto all’eparina non frazionata o alle eparine a basso peso molecolare.