Nel 2003, Conconi, insieme ai collaboratori Ilario Casoni e Giovanni Grazzi, è stato riconosciuto colpevole dei reati legati al doping con sentenza n. 533-2003 del Tribunale di Ferrara, depositata il 16 febbraio 2004; il tribunale ha dichiarato di non doversi procedere nei confronti degli imputati solo per intervenuta prescrizione, riconoscendone comunque la colpevolezza fino alla data del 9 agosto 1995. Conconi e i suoi collaboratori sono stati assolti non sussistendo alcuna colpa, limitatamente ai fatti successivi al 9 agosto 1995.