La medicina ippocratea in primo luogo prese le distanze dalla tradizione religiosa, ossia dalla tendenza ad attribuire le cause di alcune malattie ad una origine divina (come nel caso dell'epilessia): tutte le malattie avevano invece una causa “naturale”. In particolare Ippocrate, riprendendo un'idea che risaliva al pitagorico Alcmeone, sostenne che la malattia insorgesse quando nell'organismo si verificava una rottura dell'equilibrio esistente tra i quattro umori fondamentali (sangue, flegma, bile gialla e bile nera). Inoltre, sempre rifacendosi ad Alcmeone, sostenne che il centro delle sensazioni, delle emozioni e dei sentimenti (oltre che del pensiero) fosse il cervello e non il cuore, come si credeva all'epoca.