Poco dopo iniziò a perdere anche quella stima e fiducia da parte degli studenti che fino ad allora lo avevano salvato dal rischio di allontanamento dall'ambiente universitario. La sua opposizione aperta sia alla medicina tradizionale sia alla nuova medicina nata tra Italia e Francia e la sua indole polemica lo portarono a perdere il lavoro fisso di insegnante presso l'Università di Basilea. Lasciò infatti la città nel gennaio del 1528. Negli stessi anni tra le università francesi e quelle italiane si andavano riscoprendo i classici di Galeno e Avicenna, purificati filologicamente dalle glosse medioevali e integrati da trattati di anatomia "scientifici", oltre a ricerche empiristiche che andavano ad attaccare direttamente la tradizione popolare (come per esempio le opere di Laurent Joubert della facoltà di medicina di Montpellier) e quelle platoniche.