Borst-Eilers è stata membro dei Democratici 66 (D66) dal 1968. Quando il suo partito formò un governo di coalizione con il PvdA e il VVD nel 1994, fu nominata Ministro della Salute. Ha guidato i D66 come candidato di spicco alle elezioni legislative del 1998, ha rinunciato dopo la cattiva prestazione dei D66 (perdita di dieci seggi) alla presidenza del gruppo e a un altro ruolo di leader nel partito, ma fu disponibile per un secondo mandato come ministro e fu anche vice primo ministro fino al luglio 2002.