L'emivita media è di 2,4 ore. L'eliminazione del farmaco avviene attraverso le urine e le feci: nelle urine il 10% circa è escreto in forma biologicamente attiva e l'analoga quota nelle feci ammonta al 3,6% circa. La quota restante viene escreta sotto forma di metaboliti inattivi. Clindamicina non può essere rimossa in modo efficace dal siero né tramite emodialisi né tramite dialisi peritoneale. Il farmaco viene secreto nel latte materno.