In aggiunta alla ricostruzione di modelli 3D dalle immagini RM convenzionali, Slicer è stato usato anche per presentare informazioni derivate dalla fMRI (Imaging di Risonanza Magnetica funzionale) che consiste nel usare la MRI per calcolare il flusso sanguigno nelle varie aree del cervello, in relazione più o meno diretta all'attività neurale encefalica oppure del midollo spinale.