Nel corso dell'endocardite, nel sito dell'infezione all'interno del cuore si formano colonie di batteri e frammenti di cellule. Queste colonie, chiamate “vegetazioni endocarditiche”, possono liberarsi e viaggiare verso il cervello, i polmoni, gli organi addominali, i reni o gli arti. Di conseguenza, l'endocardite può causare, in aggiunta ai problemi di origine strettamente cardiaca, diverse e importanti complicazioni, tra cui: