La mucosa dello stomaco è formata da un epitelio superficiale che è a contatto con il lume dell'organo, da una lamina propria di tessuto connettivo e dalla muscolaris mucosae. Il suo colore varia dal rosso del fondo e del corpo dello stomaco, ad un rosso-rosato presso il piloro. La mucosa si solleva in pliche di forma differente a seconda della zona dello stomaco considerata, alcune di queste sono temporanee (fondo, antro pilorico), in questo caso sono rughe della sottomucosa che compaiono durante la contrazione, altre sono permanenti (corpo), in tal caso sono veri e propri ripiegamenti della mucosa.