L'encefalite giapponese (JE) è la principale causa di encefalite virale in Asia. Sono stimati circa 50.000-175.000 casi ogni anno. Il tasso di mortalità varia da meno dell'1% ad oltre il 60% e varia a seconda della popolazione e dell'età. Nelle aree endemiche l'incidenza e la mortalità sono particolarmente alte nella fascia di età tra 0 e 15 anni. I residenti delle zone rurali in aree endemiche sono i soggetti a più alto rischio. Raramente casi di encefalite giapponese si verificano in aree urbane.