Intanto in Francia i fermenti rivoluzionari cominciarono a farsi sentire: quando il re, Luigi XVI, licenziò il ministro delle finanze Jacques Necker, i parigini si indignarono e nel mese di luglio del 1789 scoppiò la Rivoluzione. Mesmer fu invitato dai suoi amici viennesi a lasciare la capitale francese, ma lui volle partire. Tutte le società vennero soppresse, inclusa quella dell'"Armonia," ma la richiesta di terapie intorno alle tinozze continuò anche se più occasionalmente. Il 25 aprile del 1792, la ghigliottina incominciò a funzionare: era iniziato il periodo del Terrore. Ne fu vittima anche la regina Maria Antonietta, il 12 ottobre 1793, al grido «a morte l'Austriaca».