Originariamente realizzata dalla scuola di Wernike la pratica utilizza la struttura e l'organizzazione delle cellule in livelli per definire le aree funzionali della corteccia. Applicata in particolare allo studio del sistema nervoso centrale, la citoarchitettonica è uno dei modi disponibili per analizzare il cervello (insieme all'anatomia, alla topografia, all'autoradiografia recettoriale, all'immunoistochimica, ecc), ottenendo sezioni del cervello e poi colorandole con agenti chimici che rivelano in che modo i corpi delle cellule nervose siano "impilati" in strati. Lo studio della parcellizzazione delle "fibre nervose" (principalmente "assoni") in strati è oggetto della "mieloarchitettonica" (dal greco "μυελός"=midollo + "αρχιτεκτονική"=architettura), un approccio complementare alla citoarchitettonica.