Le cavità nasali debbono essere adeguatamente anestetizzate per permettere il passaggio del tubo flessibile dell'endoscopio transnasale, il cui diametro, a seconda della casa costruttrice, varia da 4,0 a poco più di 6,0 mm. Al contrario è bene procedere solo ad una lieve anestesia del laringofaringe, in quanto durante l'esecuzione dell'esame è bene che il paziente sia in grado di deglutire a comando. Inoltre una eccessiva anestesia del laringofaringe mette il paziente a rischio di aspirazione delle sue secrezioni durante l'esame.