Vi sono dei casi, tuttavia, in cui anche con un risultato positivo del test ELISA, il test western blot non evidenzia in maniera certa la presenza di anticorpi contro l'HIV, dando un esito indeterminato. Queste circostanze possono essere dovute, in rarissimi casi, ad un’anomalia metodologica del test ELISA o, più probabilmente, a livelli di anticorpi contro l'HIV molto bassi come avviene, ad esempio, in caso di un’infezione molto recente. In questi casi non è possibile stabilire con certezza se l’infezione da HIV sia presente e, quindi, è necessario sottoporsi ad un altro prelievo di sangue in un momento successivo.