Se trattati correttamente, la maggior parte dei casi di dissenteria amebica e batterica regrediscono entro dieci giorni e quasi tutti i pazienti raggiungeranno un pieno recupero da due a quattro settimane dopo l'inizio della terapia adeguata. Se la condizione non viene curata, la prognosi varia a seconda dello stato immunitario del singolo paziente e dalla gravità della malattia. Una disidratazione estrema può prolungare il recupero e aumentare significativamente il rischio di complicanze gravi, e causare addirittura la morte.