Circa la data del trasferimento a Roma di Borelli ci sono dei dubbi. Secondo Francesco Puccinotti Borelli si sarebbe trasferito non nel 1614, ma più tardi, ovvero successivamente al conseguimento della laurea in medicina. Anche su questa laurea sono stati espressi dei dubbi, ma la si deve credere quasi certa se si considera la competenza che Borelli dimostra nelle sue opere mediche; è da considerare anche che nell'ultimo periodo della sua vita divenne medico della regina Cristina di Svezia.