La digestione del cibo inizia dalla bocca e continua fino a quando tutti i nutrienti sono stati assorbiti a livello intestinale (intestino tenue). Un certo numero di enzimi digestivi sono coinvolti nel processo di digestione in cui viene scissa, o idrolizzata, la proteina alimentare in molecole dalla catena più corta delle proteine, gli oligopeptidi, o i monomeri (le molecole base) che compongono le proteine, ovvero gli amminoacidi. Due amminoacidi legati tra loro formano dipeptidi; legami di tre amminoacidi sono tripeptidi; tetrapeptidi e pentapeptidi sono composti rispettivamente da quattro e cinque amminoacidi; tra due e dieci amminoacidi legati sono chiamati oligopeptidi (i quali inglobano i precedenti descritti); catene di amminoacidi tra 10 e 100 sono chiamate polipeptidi; da 100 catene amminoacidiche in poi sono chiamate proteine. Nel caso delle proteine, la loro digestione inizia dallo stomaco e termina nel duodeno (la prima parte dell'intestino tenue). Al contrario, per i carboidrati la digestione parte dalla bocca (solo nel caso dell'amido), ma non ha luogo nello stomaco come per le proteine, e termina nell'intestino tenue. Per essere assimilate, le proteine devono essere prima suddivise in frammenti peptidici da vari enzimi situati lungo il tubo digerente: dalla pepsina nello stomaco e nel intestino tenue, e dalla chimotripsina e tripsina (enzimi pancreatici). Queste particelle peptidiche poi vengono in parte ridotte ad amminoacidi liberi. Tale suddivisione si ottiene da parte degli enzimi aminopeptidasi, situata sulle cellule epiteliali dell'intestino tenue, e dalla carbossipeptidasi, dal pancreas.