Morgentaler fu il primo presidente dell'Associazione umanista del Canada (HAC) dal 1968 al 1999. In seguito rimase presidente onorario dell'organizzazione. L'Associazione il 3 agosto 2008 a Toronto, durante la sua convention per il 40º anniversario, gli conferì il premio alla carriera. Quella fu la più grande convention umanista nella storia della nazione.