* dal 10 al 20% dei casi si tratta di un'infezione correlata ad un disequilibrio nel biota intestinale. L'antibiotico distrugge alcuni dei batteri (simbionti) che vivono normalmente nell'intestino, in particolare i microrganismi della flora intestinale sensibili a questo antibiotico. I germi più resistenti o meno sensibili possono colonizzare l'intestino moltiplicandosi rapidamente perché ci sono meno batteri concorrenti nell'area e causare la diarrea. Di solito è una diarrea da innocua a moderata. In rari casi, tuttavia, può verificarsi una pericolosa perdita di liquidi e sali attraverso l'intestino. Particolarmente temuta è l'infezione da "Clostridioides difficile", che può esacerbarsi nella colite pseudomembranosa e nella colite fulminante. Anche le infezioni da Salmonella possono essere favorite da alcuni antibiotici. Vari studi rilevano che anche altri batteri come lo "Staphylococcus aureus", "Clostridium perfringens", "Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae" o funghi come la "Candida albicans o la Candida tropicalis" potrebbero essere la causa della diarrea. L'assunzione di antibiotici più frequentemente associata a feci positive per lo "S. aureus" sono tetracicline, cloramfenicolo e neomicina e la patologia è evidente nell'intestino tenue, che è atipico per la AAD. Anche se vari studi hanno riscontrato nelle feci di affetti da AAD la "Candida o" ceppi di "S.aureus" resistente alla meticillina non c'è generale consenso sul fatto che lo "S.aureus" e la "Candida" siano un agente causale della AAD e della colite da antibiotici. L'assunzione di antibiotici più frequentemente associata a feci positive per il "C.difficile" (sia ceppi tossigenici che non tossigenici) sono: penicilline, clindamicina, cefalosporine; ma stanno emergendo ceppi ipervirulenti, resistenti a fluorochinoloni e carbapenemi.