Nella sua prima pubblicazione, "The Ketogenic Diet" (1998), McDonald trattava nel dettaglio degli aspetti dell'allenamento da applicare durante la dieta chetogenica ciclica (CKD) per instaurare più rapidamente la chetosi al termine della ricarica di carboidrati, o per evitare una possibile temporanea interruzione della chetosi indotta dall'aumento della glicemia in risposta agli allenamenti anaerobici. Nel testo egli segnalava che l'esercizio anaerobico ad alta intensità provocasse una grande elevazione dei livelli glicemici a causa dell'importante aumento dell'adrenalina, un ormone responsabile della liberazione del glicogeno epatico. Se da un lato l'aumento della glicemia indotto dall'esercizio anaerobico lattacido può disturbare lo stato di chetosi sul breve termine, in definitiva ciò contribuisce ad instaurare la chetosi sul lungo termine. Durante l'esercizio, nonostante l'aumento dei valori glicemici, l'insulina viene inibita dall'azione delle stesse catecolammine, ma al termine dell'esercizio anaerobico i livelli di adrenalina decrementano e la glicemia continua a rimanere più elevata, causando potenzialmente l'intervento dell'insulina, ormone in grado di inibire temponeamente la chetosi. Una delle principali differenze tra l'esercizio ad alta (anaerobico) e bassa (aerobico) intensità è che il rilascio di acidi grassi liberi (FFA) viene inibito durante l'esercizio ad alta intensità a causa dell'incremento dell'acido lattico. Poiché è possibile che durante una dieta chetogenica alcuni individui riportino un decremento della concentrazione urinaria di chetoni (chetonuria) o una completa assenza a seguito della prestazione ad alta intensità, questo probabilmente riflette un temporaneo decremento delle concentrazioni di FFA e chetoni e un aumento della glicemia e dell'insulinemia. Inoltre, il largo incremento delle catecolammine (adrenalina e noradrenalina) riduce il flusso sanguigno al fegato, riducendo ulteriormente la disponibilità di FFA per la produzione di chetoni. Quindi, secondo McDonald, anche se l'esercizio ad alta intensità è probabilmente il modo più rapido per instaurare la chetosi grazie al forte effetto glicogenolitico (di deplezione del glicogeno) sul fegato, l'effetto complessivo di questo tipo di esercizio può essere descritto come temporaneamente anti-chetogenico. Per porre soluzione a questo problema, l'autore molti anni prima dell'elaborazione del SFP aveva proposto che a seguito dell'esercizio ad alta intensità (per svuotare le riserve di glicogeno epatico) si sarebbe potuta svolgere un'attività aerobica a bassa intensità al fine di ristabilire l'utilizzo di FFA e la chetosi. In questo caso egli aveva suggerito tra i 10 e i 15 minuti di esercizio aerobico a bassa intensità a seguito dell'attività anaerobica come l'HIIT o i pesi per ristabilire la chetosi tramite una riduzione dei livelli glicemici e un rifornimento di FFA al fegato. È possibile notare che lo svolgimento del protocollo SFP1.0 riesce a rispettare proprio tali suggerimenti durante l'applicazione della dieta chetogenica, per tanto esso può essere sfruttato per questo scopo oltre che per i suoi potenti effetti diretti sulla perdita di grasso nel caso venga seguito un regime alimentare di questo tipo. In sintesi, l'SFP1.0 può essere utilizzato anche durante un periodo di dieta chetogenica per evitare l'eventuale temporanea interruzione della chetosi a seguito degli allenamenti anaerobici. Al contrario, l'SFP2.0 non rispetta propriamente tali principi perché termina con un'attività anaerobica, tuttavia è possibile introdurre una fase di "defaticamento" (per altro prevista nello stesso) al termine di questo protocollo per ottenere gli stessi effetti. Di conseguenza, se al termine del SFP2.0 viene svolto un "defaticamento" di 10-15 minuti, anche questo può essere utilizzato per tali scopi.