L'abetalipoproteinemia influisce sull'assorbimento dei grassi alimentari, del colesterolo e di alcune vitamine. Le persone affette da questo disturbo non sono in grado di produrre alcune lipoproteine, che sono molecole costituite da proteine combinate con colesterolo e particolari grassi chiamati trigliceridi. Ciò porta a una carenza vitaminica multipla, che colpisce la vitamina A liposolubile, la vitamina D, la vitamina E e la vitamina K. Tuttavia, molti degli effetti osservati sono dovuti in particolare alla carenza di vitamina E. 