Pur non rappresentando controindicazioni assolute, donepezil dovrebbe essere utilizzato con cautela in pazienti con disturbi cardiovascolari, disturbi della conduzione cardiaca, storia personale di aritmie cardiache gravi o di sindrome del seno malato, asma bronchiale, broncopneumopatia cronica ostruttiva (BPCO). Il composto sembra possa avere effetto bradicardizzante, facilitare l'insorgenza di blocchi di branca, blocchi atrioventricolari e di sincopi.