La diagnosi di allergia alimentare si basa ancora principalmente sulla storia clinica dettagliata e un completo esame fisico del soggetto. Test clinici o di laboratorio servono solo come strumento aggiuntivo per confermare la diagnosi. Le indagini standard comprendono i test cutanei come il prick test e test in vitro per gli anticorpi IgE specifichi, e le prove orali da scatenamento alimentari. Queste ultime quando correttamente eseguite continueranno ad essere il gold standard nell'iter diagnostico. Recentemente, i metodi diagnostici non convenzionali vengono sempre più frequentemente utilizzati, ma non possono sostituirsi ai precedenti; per il rischio che i risultati non siano correlati con l'alimento causa di allergia.