Gli svantaggi principali dell'IVUS come tecnica a cui ricorrere in un laboratorio di cateterismo cardiaco sono: il costo di esecuzione dell'esame, l'incremento del tempo necessario per l'esecuzione della procedura, il fatto stesso di essere una procedura interventistica che, pertanto, dovrebbe essere eseguita solo da angiografisti ben addestrati e con adeguata esperienza in tecniche di cardiologia interventistica. Inoltre, la necessità d'uso del catetere intravascolare, potrebbe comportare un ulteriore piccolo rischio procedurale.