Nell'uretra maschile si distingue anzitutto una porzione posteriore: l'uretra prossimale o retrograda, lunga 7 - 10 cm a riposo, posta prossimalmente al corpo spugnoso e circondata in parte della prostata, in cui confluiscono i numerosi dotti eiaculatori. Questa porzione parte dall'uvula vescicale e attraversa il diaframma urogenitale giungendo fino al bulbo dell'uretra, e viene divisa ulteriormente in tre segmenti: uretra preprostatica (sezione caudale e craniale), uretra prostatica (sezione distale, mediana e prossimale) e infine uretra membranosa. Si distingue poi una porzione anteriore, l'uretra distale o anterograda, che corrisponde sostanzialmente all'uretra spugnosa o peniena: lunga 15 - 25 cm a riposo, raccoglie le secrezioni dei dotti pre-eiaculatori, è del tutto inclusa nel corpo spugnoso e nei corpi cavernosi ed è sia pelvica sia esterna nel suo decorso. Tale sezione attraversa il pene nella sua interezza fino al meato uretrale, comprendendone sia la porzione ventrale sia quella dorsale, e viene ulteriormente distinta in tre segmenti: uretra bulbare (sezione ampollosa e lacunosa), uretra pendula e infine uretra navicolare.