La diagnosi di laboratorio dell'infezione da virus Nipah viene effettuata utilizzando la reazione a catena della polimerasi trascrittasi inversa (RT-PCR) tramite tamponi faringei, liquido cerebrospinale, analisi delle urine e del sangue durante le fasi acute e la convalescenza della malattia. Il rilevamento di anticorpi IgG e IgM può essere effettuato dopo la guarigione per confermare l'infezione da virus Nipah. Anche l'immunoistochimica sui tessuti raccolti durante l'autopsia può confermare la malattia. L'RNA virale può essere isolato dalla saliva delle persone infette.