Flügge è noto soprattutto per le ricerche sulla diffusione in ambiente dei microrganismi della cavità orale tramite tosse e starnuto, con la teorizzazione e la scoperta delle cosiddette "goccioline di Flügge", microgocce di saliva (vapor acqueo) in grado di rimanere sospese in aria e di veicolare, dispersi in aerosol, agenti infettivi di numerose malattie. La sua opera è stata fondamentale anche per la profilassi delle infezioni causate dai microrganismi prima citati, e ha dato un'importante spinta all'introduzione effettiva delle mascherine igieniche nelle operazioni di chirurgia.