Non esiste un trattamento standard per la SOA a parte l'esclusione degli alimenti implicati. Gli antistaminici orali possono alleviare i sintomi ma i pazienti con una storia di anafilassi devono dotarsi di autoiniettore di epinefrina. Negli ultimi anni è stata proposta una strategia per indurre tolleranza verso gli allergeni specifici. La terapia consiste nel tentativo di desensibilizzazione attraverso la somministrazione quotidiana di dosi crescenti di allergene per cercare di indurne la tolleranza. L'immunoterapia specifica con l’acquisizione della tolleranza verso un allergene alimentare è però condizionata da diversi fattori tra cui la severità della sintomatologia scatenata dalla sua ingestione, l’età del soggetto allergico, il livello di IgE specifiche e le loro variazioni.