I sistemi digestivi possono assumere molte forme. Vi è una possibile distinzione fondamentale in primis tra digestione da parte di organismi unicellulari (dove non vi sono organi preposti, ma solo organelli e vie metaboliche), e poi tra la digestione interna ed esterna. La digestione esterna è originariamente più primitiva, e la maggior parte dei funghi fa ancora affidamento su di essa. In questo processo, gli enzimi vengono secreti nell'ambiente circostante l'organismo, dove possono scindere parte del materiale organico e alcuni dei prodotti retro-diffondere per l'utilizzo da parte del fungo. Successivamente, i sistemi più evoluti nel processo di digestione li troviamo negli animali, a poter formare un ambiente interno, come il tubo digerente in cui si verifica la digestione interna, più efficiente perché più prodotti scissi in molecole assorbibili possono essere catturati in toto o selettivamente, e l'ambiente chimico interno può essere più efficacemente controllato.