Le verruche genitali, istopatologicamente, tipicamente si elevano al di sopra della superficie cutanea a causa di un allargamento della papilla dermica. Si osservano esclusivamente "de visu" e, quando intaccano l'utero, diventa particolarmente difficile individuarli e quindi è opportuno utilizzare il cosiddetto "pap-test". Presentano paracheratosi e i caratteristici cambiamenti nucleari tipici delle infezioni da HPV (allargamento nucleare con zona chiara perinucleare).