I principali problemi per i soggetti affetti da palatoschisi riguardano l'alimentazione, lo sviluppo alterato del linguaggio e un alto rischio di infezioni broncopolmonari. Tuttavia insieme ai problemi fisiologici di cui sopra, si manifestano nel corso della crescita dei soggetti affetti anche problemi a livello psicologico, soprattutto nelle relazioni interpersonali e nella mancata accettazione di sé. I metodi di intervento per la cura di questa malformazione devono rispettare il "timing biologico" di crescita dei tessuti, e comprendono 5 fasi successive: