Adoperata soprattutto in dermatologia e ginecologia, la natamicina è efficace contro le infezioni fungine, in particolare di "Candida", "Aspergillus", "Cephalosporium", "Fusarium" e "Penicillium". Può essere somministrata come crema, come collirio o (per infezioni orali) in pastiglia. Viene assorbita in quantità trascurabile; se assunta per via orale, viene minimamente assorbita dal tratto gastrointestinale, il che la rende inadatta a curare infezioni sistemiche. Agisce anche in quantità molto piccole: la sua concentrazione minima inibitoria è di solito inferiore a 10 parti per milione.