In corso di trattamento gli effetti avversi sono sostanzialmente gli stessi che si registrano utilizzando amitriptilina o imipramina, anche se è stato osservato che, rispetto a questa, l'iprindolo si caratterizza per un'azione sedativa meno marcata. L'azione sedativa è verosimilmente legata agli effetti antistaminici propri della molecola, ma si pensa che la minore sedazione rispetto a imipramina possa trovare spiegazione nella mancanza, da parte di iprindolo, di proprietà alfa-bloccanti.