L'infestazione da "Babesia microti" risulta essere, invece, più lieve ed autolimitante ed eventualmente trattabile in modo aspecifico. Nei casi più severi si utilizza una combinazione di clindamicina e chinino per bocca per circa una settimana. Questa combinazione terapeutica nacque a seguito d'un trattamento inefficace con clorochina per una persona con erronea diagnosi di malaria e su cui vennero successivamente provati i due farmaci in questione. Studi successivi, condotti su animali, hanno permesso di confermare la validità del trattamento. In studi clinici si vide che il trattamento con i due farmaci permise di diminuire la durata della parassitemia rispetto alle persone non trattate.