La seconda importante ristrutturazione fu promossa da papa Gregorio XVI, che nel 1836 decise di chiudere e bonificare, per ragioni igieniche e sanitarie (Roma proprio quell'anno vide un'epidemia di colera), il cimitero che si trovava tra l'arcispedale e la chiesa di Santa Maria e affidò la ricostruzione dell'intero nucleo ospedaliero all'architetto Pietro Camporese (il Giovane). Le successive sepolture furono alloggiate nell'antica area del Verano, dove viene riorganizzata l'area del moderno Cimitero omonimo.