Negli studi scientifici sulla ghiandola pineale, vi furono piccoli progressi fino alla seconda metà del diciannovesimo secolo. Nel 1828, Magendie poté avanzare ancora la teoria che Galeno aveva liquidato. Suggerì che fosse una valvola designata ad aprire e chiudere l'acquedotto cerebrale. Verso la fine del diciannovesimo secolo, comunque, la situazione cominciò a cambiare. Innanzitutto, diversi scienziati lanciarono indipendentemente l'ipotesi che la ghiandola pineale fosse una reliquia filogenica, un vestigio di un terzo occhio dorsale. Una versione modificata di questa teoria è ancora accettata. Inoltre, gli scienziati iniziarono a supporre che la ghiandola pineale fosse una ghiandola endocrina. Questa teoria fu completamente accettata nel ventesimo secolo: infatti, grazie agli sviluppi scientifici e biochimici, attualmente si ha una conoscenza abbastanza completa delle funzioni svolte dall'epifisi e dai suoi secreti.