Nel 1984 Fauci diventa il direttore del "National Institute of Allergy and Infectious Diseases", da dove supervisionerà un esteso programma di ricerche di base ed applicate, con lo scopo di prevenire, diagnosticare, e trattare malattie infettive ed immuno-mediate, includendo lo HIV/AIDS ed altre malattie sessualmente trasmessibili. 