I teratogeni sono agenti ambientali che causano le malformazioni presenti fin dalla nascita. Alcuni agenti noti per causare delle anomalie nei neonati sono stati associati ad un maggiore rischio di autismo. Questo include l'esposizione dell'embrione alla talidomide, all'acido valproico o al misoprostol. Questi casi però sono rari. Ci si è anche chiesto se l'etanolo contribuisca all'aumento del rischio, come per quanto riguarda la sindrome alcolica fetale o le malformazioni dei neonati correlate all'alcool, ma finora non ci sono prove sufficienti per affermare che l'etanolo aumenti realmente il rischio di autismo. Tutti i teratogeni noti appaiono nelle prime otto settimane a partire dal concepimento e, nonostante questo non escluda la possibilità che l'autismo possa apparire o colpire in seguito, è molto più comune che l'autismo si manifesti fin dall'inizio dello sviluppo.