Possono essere categorizzati ulteriormente come dominanti o co-dominanti. I dominanti permettono l'analisi di più loci alla volta, come RAPD. Un "primer" amplifica un marcatore dominante permettendo a molti loci in un solo campione di DNA con una reazione PCR. Co-dominanti analizzano un locus alla volta. Un "primer" amplifica un marcatore co-dominante su un prodotto bersaglio. Marcatori dominanti, come RAPD e marcatori ad alta efficienza (AFLP, SMPL), permettono l'analisi di più loci per esperimento senza sapere informazioni preventive sulla loro sequenza. Marcatori Co-dominanti (RFLP, microsatelliti, etc.) permettono l'analisi di un solo locus per esperimento, così essi sono più ricchi di informazioni perché le variazioni alleliche del locus possono essere distinte. Di conseguenza, si può identificare gruppi di collegamento tra mappe genetiche differenti ma, per lo sviluppo è necessario sapere la sequenza (molto costosa e punto debole della tecnica).