Poiché molto spesso l'unico reperto diagnostico utile è quello radiografico di radiotrasparenza periapicale, la diagnosi differenziale sarà prima di tutto verso alcune strutture anatomiche che possono simulare questo aspetto, come il forame mentoniero, o concamerazioni anomale del seno mascellare, che per prossimità anatomica con le radici dei denti in alcuni casi potrebbero porre il dubbio della presenza della patologia. Una prova di vitalità dei denti sospetti aiuterà la diagnosi. Nei casi più difficili si potrà utilizzare la tecnica dello sproiettamento, ripetendo la radiografia con una diversa angolazione.