Nel 1914 fu chiamato alle armi e lasciò Leopoli, per entrare a far parte del corpo medico dell'esercito del Kaiser Guglielmo II a Przemyśl, sotto la guida di Filip Eisenberg che, nel 1917, ottenne una cattedra all'Università Jagellonica e raccomandò che ad assumere la direzione del laboratorio fosse proprio Weigl. Il metodo di quest'ultimo per inoculare i pidocchi attirò l'attenzione delle autorità, tanto che, negli ultimi anni della sua vita, l'Imperatore Francesco Giuseppe giunse in visita alle fortificazioni di Przemyśl e fu in questa occasione che Weigl poté illustrare al sovrano il laboratorio e le attività in esso svolte. Dopo l'addestramento a Vienna gli fu affidato l'incarico di impegnarsi nella ricerca contro il tifo e, dal 1919, diresse il laboratorio militare a Przemyśl, per conto dello stato polacco. Nello stesso anno fu coadiuvato nella sua ricerca da Ludwik Fleck e nel 1921, anno in cui sposò Zofia Kulikowska, fu nominato professore ordinario nel Dipartimento di Biologia Generale dell'Università di Leopoli. Nel 1939 Weigl si recò a Stoccolma, dove tenne una serie di conferenze dinanzi alla società medica allo scopo di riassumere le sue ricerche. Nell'aprile dello stesso anno, l'università concesse a Wiegl, Michał Martynowicz e Anna Herzing un congedo retribuito per un viaggio in Etiopia, durante il quale fecero tappa a Roma, dove Papa Pio XII lo ricevette in udienza privata per nominarlo cavaliere di Gran Croce dell'Ordine di San Gregorio. Nel Novembre dello stesso anno il professor Edmond Sergent, direttore dell'Istituto Pasteur di Algeri, gli offrì un posto nei suoi laboratori per poter continuare la produzione del vaccino anti-tifo, ma egli rifiutò. Nel 1940 Weigl ricevette in laboratorio la visita di Nikita Krusciov, segretario del Partito comunista Ucraino, il quale gli propose di ricoprire la cattedra di professore ordinario presso l'Accademia Sovietica di Medicina di Mosca; ma anche questa volta non colse tale opportunità. Fu legato allo Stato segreto polacco, agli intellettuali anti-nazisti e anti-comunisti durante l'occupazione nazista e sovietica, negli anni più duri della storia della Polonia. Il suo istituto fu chiuso dagli invasori sovietici nel 1944, ad un anno dalla fine della Seconda guerra mondiale.