Le prime versioni del CPAP causavano spesso problemi come secchezza nasale e mal di gola. Tuttavia, le versioni moderne tendono ad includere l'umidificatore prevenendo questi effetti indesiderati (effetti collaterali). Se il CPAP diventa particolarmente fastidioso, è necessario parlarne con il proprio medico poiché il dispositivo può essere modificato da personale specializzato del SSN, in modo da diventare più confortevole. Per esempio, si potrà usare un CPAP che all'inizio parta con una pressione bassa per poi innalzarla gradualmente fino a raggiungere la pressione più alta dopo che ci si è addormentati.