Secondo le attuali conoscenze, non vi sono cure per questa malattia; tuttavia i sintomi possono migliorare e la malattia può arrestarsi se migliora il sistema immunitario del paziente; alcuni pazienti affetti da AIDS che avevano sviluppato la PML sono stati in grado di sopravvivere, anche per anni, grazie all'avvento delle terapie con farmaci antiretrovirali (terapia HAART).