Lomitapide mesilato è un derivato della fluorene-carbossamide, il cui nome chimico (IUPAC) è N-(2,2,2-trifluoroetil)-9-[ [4'(trifluorometil)[ 1,1'-bifenil -2-il] carbonil] amino]-1-piperidinil]butil]-9H-fluorene-9-carbossamide. La molecola è costituita da un nucleo N-eterociclico centrale (piperidina), ai lati opposti del quale si dispongono i due gruppi trifluorurati: fluorene-carbossamidico e bifenil-carbossamidico.