Jacobus Albertus Willebrordus Moleschott nasce a Hertogenbosch il 9 agosto del 1822, di famiglia agiata e di confessione cattolica. Moleschott vive la sua infanzia circondato da giardini in cui ama osservare composizioni floreali di ogni genere, dedicandosi alla lettura generalmente durante le ore serali. A quattro anni è perfettamente in grado di leggere, a otto anni il suo cuore di olandese si è già acceso agli interessi della rivoluzione belga del 1830. Il padre, anch'egli dottore, figlio di un importante farmacista, è dedito all'attività professionale dedicandosi all'educazione del figlio nella biblioteca privata di famiglia durante la sera. Jacob Moleschott si trasferisce a Kleve per frequentare il liceo ginnasio. Contrariamente a quanto si dice di lui, Moleschott non si considera un ragazzo prodigio, l'allora quindicenne futuro dottore si dedica incessantemente agli studi classici e umanistici, approfondendo la conoscenza della lingua latina e tedesca. Sotto la guida del Prof. Fleischer viene educato soprattutto ai classici romani; spesso accompagna il professore in lunghe passeggiate che hanno come scopo di discussione argomenti prettamente filosofici. Colpito fortemente dalle parole del professore: «Non reputo nessuno al di sopra e al di sotto di me.» comincia a seguire una dottrina liberale che è ben lontana dall'insegnamento teologico materno.