La tonsillectomia, come tutti gli altri interventi, non è scevra da rischi (anestesia generale, emorragia intra- e post- operatoria, ecc.), comporta una convalescenza dolorosa e abbastanza lunga (generalmente per la ripresa di un'attività lavorativa leggera sono necessari almeno una dozzina di giorni, per la ripresa di un'attività pesante almeno 3 settimane), e pertanto il rapporto vantaggi-svantaggi va attentamente analizzato prima di decidere se ricorrere alla chirurgia.