Herz sposò nel 1779 Henriette de Lemos; la loro casa spesso era frequentata dalle celebrità politiche, artistiche e letterarie di Berlino. Nel 1782 si ammalò durante i suoi studi e fu costretto a rinunciare a tenere le sue lezioni fino al 1785, quando andò a Pyrmont e si ristabilì. Nel 1791 ricevette il titolo di professore di filosofia, ma tenne lezioni solo per pochi anni, perché dedicò gran parte del suo tempo alla pratica medica.