Una dieta pescetariana può essere adottata anche per una motivazione esclusivamente ecologica, e cioè a causa della inefficienza produttiva delle carni da animali domestici allevati rispetto alle carni da animali selvatici cacciati. Basta considerare che i cibi utilizzati per nutrire la maggioranza degli animali di allevamento sono cereali coltivati appositamente per la loro alimentazione. Pertanto, l'impatto ambientale e la quantità di energia necessaria per alimentare una mucca, un pollo o un maiale supera notevolmente il loro valore nutrizionale. Per questa ragione quindi è ritenuto preferibile mangiare pesce selvatico pescato, rifiutando anche i pesci carnivori di allevamento che richiedono come cibo altri pesci. La scelta pescetariana attenta al tema dell'ecologia orienta però al consumo di specie ittiche provenienti dall'attività minuta di pesca artigianale. Questo perché la pesca a strascico industriale ha un impatto ecologico negativo notevole, per la distruzione dei fondali e per la sua non selettività, con la cattura di una quantità di pescato estraneo, chiamato bycatch, costituito da molte specie non commerciali.