I sottotipi virali sono indicati con la lettera A, B o C per il tipo di virus e con le sigle H e un numero da 1 a 18 e N e un numero da 1 a 9 per il sottotipo. Attualmente sono in circolazione due sottotipi di virus A, denominati: A/H1N1 e A/H3N2 e due sottotipi di virus B, identificati con il nome del luogo in cui furono isolati la prima volta, Victoria (Australia) e Yamagata (Giappone). Rispetto ai virus di tipo A cambiano nel tempo con frequenza minore. La caratteristica dei virus influenzali di tipo A è la capacità di mutare (modificare la struttura e le proteine H e N) nel corso del tempo.