La procedura risulta più fastidiosa, ed in taluni casi francamente dolorosa, per gli uomini che nelle donne. Ciò a causa della maggiore lunghezza e del diametro ridotto dell'uretra maschile. Se il paziente riesce a rilassare i muscoli pelvici nel corso dell'esame, lo stesso risulterà di più facile esecuzione e meglio tollerato. In alcuni casi è anche possibile ricorrere ad una blanda sedazione utilizzando del midazolam per via endovenosa