Possiede una "specificità" limitata alla possibilità di riconoscere molecole o parti di molecole espresse da una classe di agenti infettivi, ma spesso non riesce a discriminare un singolo agente patogeno a differenza della grande specificità dell'immunità adattativa. Va specificato che l'immunità innata non riconosce esclusivamente agenti infettivi, ma agisce anche su cellule self che, a causa di un'infezione o per stress esprimono molecole che normalmente non sono espresse dalle cellule sane (come proteine della famiglia Hsp, "heat shock proteins") e che per questo vengono riconosciute come non self.