Dopo essersi fissato sul suo recettore, l'EBV penetra nel linfocita B e il suo DNA persiste nella cellula in due forme: una forma "episomiale", in cui il DNA virale rimane sotto forma circolare, staccato dal materiale genomico umano, e una forma "integrata" in cui il DNA si incorpora nel genoma dell'ospite, senza comunque una sede specifica di integrazione.