La carenza di iodio è la più comune causa di ipotiroidismo primario e gozzo endemico in tutto il mondo. Nelle aree del pianeta con sufficiente iodio nella dieta, l'ipotiroidismo è più comunemente dovuto ad una malattia autoimmune, la tiroidite di Hashimoto (tiroidite cronica autoimmune). La Hashimoto può essere associata con il gozzo. Essa è caratterizzata da infiltrazioni della ghiandola tiroidea da linfociti T e anticorpi contro specifici antigeni tiroidei come ioduro perossidasi, tireoglobulina e il recettore TSH.