La mitraginina è metabolizzata negli umani con meccanismo di "Fase I" e "Fase II" ed escreta nelle urine. In esperimenti "in vitro" gli estratti di Kratom hanno inibito gli enzimi CYP3A4, CYP2D6, e CYP1A2 ciò può risultare in pericolose interazioni con altri farmaci metabolizzati per le stesse vie.