La causa della sindrome è la ridotta secrezione dell'ormone ipotalamico GnRH con conseguente mancata produzione da parte dell'ipofisi degli ormoni FSH e LH. Con una carenza degli ormoni ipofisari non c'è sviluppo sessuale alla pubertà. Inoltre la carenza di LH e FSH rende sterili. L'anosmia a sua volta è dovuta al mancato sviluppo del sistema olfattivo o ad un suo ridotto sviluppo nel caso di iposmia.