I rapporti tra Colombo e Vesalio non sono del tutto chiari. Si è spesso pensato che Colombo sia stato un discepolo di Vesalio, ma può darsi che in effetti non sia stato così. In ogni caso, essi cominciarono a diventare accaniti rivali a partire dal 1555. Mentre stava insegnando agli studenti di Vesalio nel 1543, Colombo mise in evidenza diversi errori commessi da Vesalio, soprattutto nell'attribuire le proprietà degli occhi bovini a quelli umani. Come Vesalio era stato molto criticato per le sue correzioni alla scienza di Galeno, così Colombo fu il primo a criticare Vesalio per i suoi stessi errori. Quando Vesalio tornò, rimase scandalizzato. Egli ridicolizzò pubblicamente Colombo, definendolo un "Ignorante" e dichiarando in diverse occasioni che "anche la minima conoscenza che Colombo abbia nel campo dell'anatomia, l'ha imparata da me". Malgrado le dichiarazioni di Vesalio,è probabile che Colombo sia stato un collega di Vesalio, piuttosto che un suo allievo. In primo luogo, nel "De Fabrica" Vesalio attribuisce molte delle sue scoperte a Colombo, che viene definito "un grande amico". Inoltre Vesalio e Colombo provenivano da carriere accademiche molto diverse. Vesalio era un esperto del sistema di Galeno ed aveva ricevuto la sua educazione scientifica a Lovanio, mentre Colombo aveva cominciato i suoi studi di anatomia come chirurgo. Infine, Colombo si riferisce spesso a Lonigo come suo maestro di chirurgia e anatomia, senza nominare mai Vesalio.