Le analisi filogeniche di questi virus indicano un'alta probabilità che il coronavirus SARS si sia sviluppato inizialmente nei pipistrelli, e si sia diffuso nell'uomo direttamente o attraverso specie animali presenti nei mercati cinesi. I pipistrelli non mostrano nessun segno visibile della malattia, e sono probabilmente i serbatoi naturali dei coronavirus di tipo SARS.