I diversi farmaci possono essere più o meno selettivi verso una delle due isoforme (ad esempio le MAOA sono principalmente inibite dalla clorgilina mentre le MAOB sono selettivamente inibite dalla selegilina) oppure mancare di selettività (come nel caso di fenelzina o tranilcipromina). I composti che inibiscono irreversibilmente le MAO-A, la forma che degrada preferenzialmente serotonina e tiramina, sono quelli che presentano il maggiore potenziale di interazione con i cibi contenenti tiramina (cibi stagionati come insaccati e alcuni formaggi) che possono dar luogo a crisi ipertensive, e agenti serotoninergici (come alcuni antidepressivi), che possono dar luogo a sindrome serotoninergica, che in alcuni casi si sono rilevate fatali.