Nel 1659 vengono emessi dei nuovi Statuti, sostituendo così quelli precedenti risalenti al 1546 ed estendendo i servizi ospedalieri, oltre che agli incurabili, anche ai malati comuni. Nel XVII secolo tra i chirurghi dell'ospedale vi fu anche Bernardino Genga da Mondolfo, pioniere dell'anatomia, al quale fu intitolata una Galleria nell'ospedale stesso. Nello stesso secolo fu primario del San Giacomo il chirurgo francese Nicola Larche: le sue osservazioni sugli ascessi delle ferite presso quest'ospedale sono riprese anche nella coeva opera "Recondita Abscessum Natura" del chirurgo Marco Aurelio Severino. Il Larche lasciò eredi delle sue considerevoli sostanze il San Giacomo e l'Ospedale di Santa Maria della Consolazione, dopo la sua morte avvenuta nel 1656.