L'ipergammaglobulinemia con iperproduzione IgM di tipo 3 è causata da una mutazione del gene che codifica per CD40. Come detto sopra, CD40 è espresso sulla superficie delle cellule B e il suo legame al ligando CD40 sulle cellule T attivate induce il class switching delle Ig. Quando la mutazione è presente, non vi è alcun segnale per le cellule B per subire class switching, quindi c'è un eccesso di IgM e poco o nessun altro tipo di immunoglobulina prodotto.