Per la terapia antimicrobica (dal 2009) sono disponibili cefotaxime, ceftriaxone e, in alternativa, ciprofloxacina e Levofloxacina per le infezioni da Citrobacter koseri. Citrobacter freundii viene trattato con Imipenem, Meropenem, Ertapenem, chinoloni o aminoglicosidi.