La principale complicazione dell'endometriosi è la difficoltà o l’impossibilità di avere una gravidanza (infertilità). Riguarda da un terzo alla metà delle donne che ne soffrono. Le più frequenti cause di infertilità sono riconducibili all'ostruzione o alla distorsione delle tube di Falloppio a seguito dello sviluppo di aderenze causate dall'endometriosi.