È diffusa l'opinione, totalmente errata, che l'omeopatia sia una sorta di fitoterapia o addirittura di erboristeria. La confusione nasce probabilmente da concetti come il cosiddetto "naturale" o perché molti medicinali omeopatici hanno come principio una sostanza di origine vegetale (sebbene altri si basino su sostanze animali o minerali). L'omeopatia non ha nulla a che vedere con l'antichissima pratica del curarsi attraverso il ricorso a essenze vegetali. La fitoterapia utilizza molecole estratte da erbe, semi, foglie, ecc. ma a concentrazioni in cui valgono le leggi della chimica, paragonabili a quelle dei farmaci convenzionali, e senza applicare la succussione omeopatica. Ma la differenza sostanziale è sul principio: la fitoterapia usa la sostanza che elimina o riduce la malattia/disturbo, l'omeopatia impiega invece quella che la provoca.