Dopo l'assedio fu necessario costruire una nuova città: l'attuale città de La Valletta, così chiamata in memoria del valoroso gran maestro Jean de la Valette che aveva organizzato e diretto la difesa. In essa, continuando la tradizione assistenziale dell'Ordine, fu costruito anche quello che era allora il più grande e moderno ospedale d'Europa, dove cristiani, musulmani ed ebrei venivano curati insieme senza distinzione.