Nella diagnosi differenziale della LFS, un altro disturbo che mostra alcune caratteristiche e sintomi di LFS ed è anche associato a una mutazione missenso di "MED12" è la sindrome di Opitz-Kaveggia (FGS). Le caratteristiche comuni condivise da LFS e FGS comprendono disabilità intellettiva legata all'X, iperattività, macrocefalia, agenesia del corpo calloso e ipotonia. Le caratteristiche significative della FGS che non sono state descritte nella LFS includono logorrea, la forza costante nella capacità di socializzazione, ano imperforato (occlusione dell'ano) e ipertelorismo oculare (ampio spazio tra gli occhi).