È specifico per i gruppi fosfato del DNA e si attacca alle regioni del DNA in cui vi sono elevate quantità di legame adenina-timina. La colorazione di Giemsa è usata nella banda di Giemsa, comunemente chiamata banda di G, per colorare i cromosomi e spesso usata per creare un cariogramma (mappa cromosomica). Può identificare aberrazioni cromosomiche come traslocazioni e riarrangiamenti.