L'esame presenta anche alcune controindicazioni specifiche. A causa dei campi magnetici ad alta intensità che vengono utilizzati durante l'esecuzione della risonanza magnetica, l'esame è controindicato nei soggetti con protesi metalliche. Un ulteriore problema è dato dal fatto che il paziente deve essere posizionato all'interno di un tubo di scansione di diametro di 60 cm, che può provocare un senso di oppressione e di claustrofobia. 