Ma i restauri del Pantheon furono solo il preludio al più grande progetto di Baccelli in ambito storico e archeologico: quello della valorizzazione urbanistica della zona monumentale antica di Roma, ancora oggi conosciuta come la "Passeggiata archeologica". Già durante i suoi secondo e terzo Ministero, tra il 1882 e il 1884, Baccelli aveva promosso una importante campagna di scavi e di risistemazione del Foro Romano. Il principale risultato degli scavi archeologici di quegli anni fu la scoperta della casa delle Vestali, esplorata nel 1882 1883 sotto la direzione di Rodolfo Lanciani. Ma è verso la metà degli anni Ottanta che prende corpo il grandioso progetto di Baccelli per una completa tutela urbanistica e valorizzazione artistico-culturale dell'ampia zona monumentale che comprende luoghi affascinanti e simbolici come il Foro Romano, il Palatino, il Colosseo e le Terme di Caracalla. Lo sviluppo edilizio, spesso selvaggio e incontrollato, che caratterizzava i primi anni di vita della nuova capitale italiana rischiavano di aggravare ulteriormente il degrado e la progressiva cancellazione di una delle zone più cariche di storia del mondo intero. Fu con questa preoccupazione che Guido Baccelli presentò nel 1887 in Parlamento un "Piano per la sistemazione della zona monumentale riservata di Roma" che divenne Legge in pochi mesi. La legge vincolava a parco archeologico un'area vastissima (il Foro Romano con una piccola parte dei Fori Imperiali, il Colosseo, le terme di Traiano, parti di Celio, Palatino, Foro Boario, Circo Massimo, Aventino, Terme di Caracalla, via Appia fino alle mura Aureliane); i lavori avrebbero dovuto compiersi in dieci anni attraverso espropri concertati tra il Comune di Roma e il Ministero della Pubblica Istruzione. La battaglia di Baccelli era destinata a durare ben più a lungo. Il grandioso progetto fu più volte rivisto e ridimensionato nel corso dei decenni successivi, ma alla fine la battaglia di Guido Baccelli fu sostanzialmente vinta ed oggi la realizzazione di quel progetto è il fulcro di ogni visita turistica di Roma.