Nel 1903, Bogdanov aderì alla fazione bolscevica. L'anno successivo fece un viaggio in Svizzera dove pubblicò, in collaborazione con gli esuli Lunačarskij e Bazarov, un "Saggio di una concezione realista del mondo". A Ginevra Bogdanov conobbe Lenin, di cui divenne amico e alleato. In quella città Lenin e Bogdanov fondarono la prima rivista bolscevica, "Vpered" ("Avanti"), in cui invitò a partecipare anche Lunačarskij e Bazarov, che Lenin non conosceva ancora. In seno al POSDR occupò in quegli anni un ruolo importante a fianco dell'amico e rivale Lenin, in particolare era membro del Comitato centrale. D'altra parte fu eletto anche nell'"Ufficio dei comitati della maggioranza", un nuovo organo, parallelo al Comitato Centrale e che in realtà era il vertice della corrente bolscevica, in seguito noto come "Centro bolscevico".