Tutte le sue opere edite e inedite furono redatte in lingua latina e solo successivamente furono raccolte e tradotte in italiano, probabilmente dai suoi allievi. Dal punto di vista medico, ma anche culturale, l'opera di riferimento per eccellenza del Ferdinando è fuor di dubbio "Centum Historiae". Pubblicata nel 1621 e scritta completamente in latino, l'opera è dedicata a Giulia Farnese, Marchesa di Mesagne, di cui l'autore fu medico di fiducia, intimo amico e compagno di viaggio, come quello che li condusse a Roma dove Epifanio conobbe Cinzio Clemente, medico di Paolo V e fu contattato, per la sua fama, da noti scienziati e medici romani dell'epoca tra cui Marco Aurelio Severino, con cui ebbe una disputa riguardo al metodo migliore di operare l'incisione della salvatella, la vena presente sul dorso della mano che parte dalla base del mignolo e si connette con la vena ulnare.