Così come per il colera, Pasteur si domandò se fosse possibile creare un vaccino anche per la malattia del carbonchio. Le spore del carbonchio, al contrario di quelle del colera, erano però assolutamente indifferenti all'aria atmosferica e conservavano una virulenza indeterminatamente prolungata. Numerosi esperimenti erano stati condotti nei primi giorni di agosto del 1880 da Toussaint, un giovane professore della Scuola veterinaria di Tolosa. Egli capì che si poteva indebolire il batterio grazie all'azione dell'acido fenico sul sangue carbonchioso. Ma questo non era sufficiente per Pasteur. Il batterio, infatti, dopo un breve periodo, trasportato su altri animali, tornava alla virulenza originaria.