Babeș iniziò la carriera scientifica a Budapest come assistente del laboratorio di Anatomia Patologica (1874 - 1881). A seguito della fama di Louis Pasteur, fu attratto dalla microbiologia e si recò a Parigi dove lavorò per il laboratorio di Pasteur, poi con Victor André Cornil. Qui scrisse "Les bactéries et leur rôle dans l'anatomie et l'histologie pathologiques des maladies infectieuses" (1885).