Il principio fondamentale su cui si basa la teoria materialista del celebre fisiologo si trova nella perenne metamorfosi: ovvero la perenne trasformazione non solo nel campo della chimica, del magnetismo, dell'elettricità, della cinematica e della dinamica, ma anche attraverso l'azione della coppia nascita-morte. Nel pensiero di Moleschott il ricambio organico consiste in un vai e vieni bilanciato tra nascita e morte, quindi, tra vita e non vita. Vita e morte sono due modi di essere materiali in continuo e reciproco scambio; «...la vita si rigenera attraverso la morte, che è garanzia della vita» (J. Moleschott, "Circolazione della vita"). Tutto ciò viene spiegato attraverso un semplice processo; in natura gli organismi in decomposizione fecondano il terreno e questo a sua volta produce e nutre nuovi organismi. Nonostante la forte tendenza al pensiero materialista utilizza nei suoi libri un'intonazione tutt'altro che distaccata, quasi romantica. La natura è il luogo della circolazione della materia e quindi della vita, entrambe vi circolano animandola, e la loro eterna circolazione è considerata l'anima del mondo. Elementi triadici sono compresenti nella teoria del materialismo di Moleschott. La grande triade materialista – forma, composizione e funzione - e della conoscenza scientifica – chimica, fisica, morfologia, fisiologia- sono fra loro strettamente integrate. Anima del mondo, ciclicità, polarità, triadismi, metamorfosi sono tutti moduli operanti del nucleo teorico del "materialismo scientifico".