Occasionalmente le uova di schistosoma raggiungono il sistema nervoso attraverso i plessi venosi che connettono i vasi addominali con quelli spinali. Le uova di "S.mansoni" e di "S.haematobium" si arrestano più spesso nei segmenti lombari del midollo spinale, mentre quelle di "S.japonicum", più piccole, possono raggiungere anche l'encefalo. La mielopatia da Schistosoma è causata da masse granulomatose intratecali che comprimono il midollo spinale. L'esordio è subacuto e può essere contemporaneo a una febbre di Katayama o seguirla di poco, ma può manifestarsi in assenza di segni e sintomi di schistosomiasi, anche in corso di infestazione cronica, con comparsa progressiva di dolore lombare di tipo radicolare, paraparesi flaccida, disfunzioni sfinteriche e di areflessia. La schistosomiasi cerebrale consiste in un'encefalite granulomatosa, conseguente alla formazione di masse infiammatorie intracraniche: è responsabile di sindromi da ipertensione endocranica, cefalea, deficit neurologici focali, convulsioni, e nei casi più gravi, coma e morte.