L'associazione è controindicata in pazienti con accertata ipersensibilità a lopinavir oppure a ritonavir. Entrambi i principi attivi della associazione sono inibitori del citocromo P450 isoenzima CYP3A. Astemizolo, terfenadina, midazolam, riazolam, cisapride, pimozide, amiodarone, e gli alcaloidi della segale cornuta non devono essere utilizzati in quanto l'associazione ne riduce la clearence elevandone le concentrazioni plasmatiche con i rischi conseguenti.