Le più frequenti sono le complicanze intestinali, diarrea, stomatite, che possono portare a disidratazione (8%), l'otite media (1-9%) e la polmonite, sia polmonite diretta virale sia polmonite batterica secondaria, (1-6%). Con tassi inferiori l'encefalite acuta, la panencefalite sclerosante subacuta, le ulcere corneali (che portano a cicatrici corneali), la sindrome del morbillo atipico e la porpora trombocitopenica acuta. Le complicanze sono generalmente più gravi negli adulti che contraggono il virus e nei soggetti malnutriti o immunocompromessi. Nel 1920 il tasso di letalità per la polmonite a seguito del morbillo fu di circa il 30%.