Alcuni ceppi di Enterobacter cloacae, Pseudomonas aeruginosa o Serratia sviluppano resistenza durante il trattamento con latamoxef. Così come la maggior parte di cefalosporine e penicilline, il farmaco viene inattivato dalle β-lattamasi prodotte da alcuni ceppi di Citrobacter, Enterobacter, Pseudomonas e Serratia.