Eseguì esperimenti diretti su bambini di genitori misti, ad esempio padri tedeschi e donne africane native (ottentotte). Già in questi contesti, Fischer cominciò ad usare dei metodi poco etici, soprattutto sulle tribù africane locali Herero e Nama. Gli studi si conclusero nel 1910 con un appello mondiale per impedire la prosecuzione di una "razza mista", e quindi il divieto del matrimonio inter-razziale. I discendenti meticci non avrebbero più dovuto continuare a riprodursi; negli anni successivi continuò ad eseguire esperimenti medici su prigionieri di guerra africani nei campi di concentramento nell'Africa Tedesca del Sud-Ovest; a posteriori questo fu definito un vero e proprio genocidio.