Attualmente non esiste una terapia risolutiva, la gestione prevede una sorveglianza dermatologica intensiva e lo screening annuale per il medulloblastoma fino all'età di 8 anni. La rimozione chirurgica delle lesioni è possibile ma dato l'elevatissimo numero risulta spesso altamente demolitiva. Per questo motivo viene spesso preferita la terapia medica con somministrazione locale di Imiquimod o di 5-Fluorouracile. Sono in corso studi per l'applicazione terapeutica del Vismodegib, che agisce selettivamente sulla via di trasduzione alterata. Sempre assolutamente controindicata è invece la radioterapia, data la fragilità genomica di questi pazienti. Viene eseguita inoltre correzione delle anomalie ossee, con un approccio multidisciplinare. Possono esservi effetti collaterali sia a livello estetico ma anche di carattere funzionale.