Le interruzioni nel microbioma possono consentire ai fattori esterni o addirittura ai fattori patogeni del microbioma di prendere piede nell'intestino. È stato riportato che la disbiosi è associata a malattie, come la malattia parodontale, malattia infiammatoria dell'intestino, sindrome da stanchezza cronica, obesità, cancro, vaginosi batterica, e colite.