La "pulsione di annullamento" è, secondo Fagioli, anche fondamentale per la spiegazione dell'insorgenza delle patologie mentali. Rapporti umani deludenti, e quindi lesivi, in particolare con la madre nei primi mesi e anni di vita fino allo svezzamento, indurrebbero l'individuo ad indirizzare l'originaria "pulsione di annullamento" verso il mondo umano stesso, sfociando in quella che Fagioli chiama “anafettività”. I primissimi anni di vita, quando ancora non ci sono né coscienza né pensiero verbale, rappresentano per Fagioli il cosiddetto “inconscio”, contro la cui presunta inconoscibilità egli si è sempre scontrato. La separazione da questo periodo, in cui il rapporto con la madre è assoluto, costituisce una seconda tappa fondamentale; in essa, si realizza una prima vera autonomia o, al contrario, si determinano le condizioni per la futura patologia. La possibilità di cura della patologia mentale proverrebbe esattamente dalla conoscenza che rende possibile l’interpretazione ed il superamento delle dinamiche non coscienti coinvolte in, o scaturite da, rapporti umani "patogeni”, attraverso la ricreazione della fisiologica “fantasia di sparizione” e, quindi, della nascita stessa. In questa visione, la fisiologia della mente consiste nella capacità di separarsi dalle proprie dimensioni interiori di rapporto senza agire su di esso, e sulla memoria che di esso si ha, la “pulsione di annullamento”.