È richiesto WNT4 per lo sviluppo sessuale femminile. Dopo la secrezione si lega ai recettori Frizzled, attivando una serie di pathways molecolari. Un esempio importante è la stabilizzazione della β catenina, che aumenta l'espressione di geni bersaglio: come TAFIIs 105, una subunità del TATA binding protein per l'RNA polimerasi nelle cellule follicolari ovariche. Senza di essa, i topi femmina hanno ovaie piccole con follicoli poco maturi. Inoltre, la produzione di SOX9 è bloccata. Negli esseri umani, WNT4 sopprime anche l'attività della 5-α reduttasi, che converte il testosterone in diidrotestosterone e quindi i genitali maschili esterni non si formano. Inoltre, essa contribuisce alla formazione del dotto di Muller, precursore degli organi riproduttivi femminili.