Un effetto raro (<0,01%) ma che in alcune situazioni deve essere tenuto ben presente è il danno tendineo che talvolta può arrivare alla rottura. Per tale motivo la ciprofloxacina (come del resto tutti i chinolonici) non deve essere somministrata a persone che abbiano già avuto problemi di tal sorta. Le persone anziane, inoltre, sono più predisposte a questo danno, specie se sono in terapia con corticosteroidi. Non appena si sospetta la presenza di una tendinite, il farmaco dev'essere subito sospeso.