Gli effetti della dieta Atkins rimangono argomento di dibattito. Alcuni studi ritengono che prevenga l'insorgere di problemi cardiovascolari diminuisca la concentrazione di colesterolo lipoproteico (LDL), e che aumenti la quantità di colesterolo HDL. Altri studi invece affermano che la dieta Atkins contribuisca a problemi cardiovascolari, coronarici, aritmia, osteoporosi e calcoli renali.