"Uso prolungato:" la somministrazione prolungata di cefixime, come di altri antibiotici, può provocare fenomeni di resistenza e squilibri ("disbiosi") nel microbiota umano. In particolare è possibile che si verifichi una alterazione della normale flora batterica del colon che si traduce in una selezione ed è seguita da un eccessivo sviluppo di clostridi responsabili della colite pseudomembranosa. La colite pseudomembranosa (una lesione di tipo necrotico della mucosa intestinale che, nei casi più gravi, può interessare il tratto compreso fra stomaco e retto) si presenta con diarrea intensa e prolungata, feci quasi acquose con odore caratteristico, febbre, vomito, tachicardia, ipotensione, disidratazione e shock. I casi lievi di colite pseudomembranosa possono regredire con la semplice sospensione del trattamento. Tuttavia se la colite non regredisce prontamente con la sospensione del farmaco diviene necessario ricorrere alla somministrare di vancomicina per os, antibiotico di scelta per questo tipo di patologia. Contestualmente devono essere immediatamente somministrate le misure di supporto standard per il trattamento della diarrea acuta, ovvero una adeguata idratazione e la somministrazione di elettroliti. Il paziente deve essere attentamente monitorato sia attraverso l'esecuzione di esami ematochimici sia di elettrocardiogrammi seriati. La somministrazione di farmaci che rallentano la peristalsi intestinale non è indicata.