Bisogna valutare attentamente la necessità di somministrare un inibitore di pompa protonica durante la terapia antiaggregante con clopidogrel. Alcuni studi hanno infatti evidenziato una riduzione degli effetti terapeutici del clopidogrel quando somministrato in associazione con gli inibitori di pompa protonica (probabile inibizione farmacometabolica del clopidogrel mediata dal CYP2C19). La sostituzione di omeprazolo con gli antagonisti degli H2-recettori (ranitidina, famotidina, nizatidina) non normalizza l'efficacia di clopidogrel e comporta anch'essa un aumento del rischio di eventi cardiovascolari. Nei pazienti che richiedono necessariamente un IPP, il pantoprazolo è quello con l'effetto inibitorio sul CYP2C19 più debole.