Il virus dell'epatite C ha come scopo principale la sua sopravvivenza. Per ottenere ciò, essendo un parassita intracellulare obbligato, deve sfruttare i substrati enzimatici ed energetici della cellula ospite e, nello stesso tempo, eluderne la risposta immunitaria. Quest'ultima consta sia di meccanismi aspecifici (per es: la produzione degli interferoni e la risposta delle cellule natural killer) importanti soprattutto nelle prime ore dell'infezione per limitare la replicazione virale, sia di meccanismi specifici:  La situazione è ben diversa per l'immunità cellulare dove si è evidenziata una vigorosa risposta in vitro anche nei pazienti affetti da epatite cronica C nonostante l'evidente incapacità di eradicare l'infezione (90).In conclusione, l'elevata variabilità virale potrebbe essere la più importante strategia per eludere la risposta immunitaria che svolge un ruolo determinante sia nell'eventuale superamento dell'infezione, sia nella patogenesi del danno epatico (come viene suggerito dall'abbondante presenza di linfociti T HCV specifici nel fegato dei pazienti affetti da epatite cronica C) (91).È comunque ancora da dimostrare che questo sia il reale motivo della persistenza dell'infezione, infatti, la risposta dei linfociti T è diretta simultaneamente contro più antigeni e quindi almeno teoricamente, la mutazione di un epitopo dovrebbe essere compensata dalla persistenza dei rimanenti (90).