Nei casi in cui la cura farmacologica non sia sufficiente per il controllo dei disturbi (sintomi) e/o siano presenti delle complicazioni, può essere necessario l'impiego della chirurgia per rimuovere l’intestino irreparabilmente danneggiato dal processo infiammatorio. Nella colite ulcerosa la rimozione dell’intero colon mette al riparo da una successiva ricomparsa (recidiva) della malattia. Alla rimozione dell’intero colon e del retto segue il ripristino della continuità intestinale mediante la creazione, utilizzando la parte terminale dell'intestino tenue, di una piccola sacca “pouch” con funzione di trattenimento delle feci che viene suturata all'ano (giunzione ileo-anale). Questo intervento è considerato l'intervento chirurgico di scelta nella colite ulcerosa.