Circa il 70% dei bambini con disturbo dello spettro autistico presentano un deficit delle abilità intellettive. Possono essere presenti anche disturbi associati (associati ai disturbi dello spettro autistico) di tipo neurologico, psichiatrico o internistico. Tra questi vengono riportati: il disturbo dell'apprendimento, il disturbo da deficit dell'attenzione e iperattività (ADHD), la sindrome di Tourette o altri disturbi da tic, l'epilessia, difficoltà di coordinazione dei movimenti, il disturbo ossessivo compulsivo (DOC), il disturbo d'ansia generalizzato, la depressione, il disturbo bipolare e i disturbi del sonno. La presenza di disturbi associati deve essere rilevata dal medico al fine di prescrivere, se indicata, una terapia specifica.