Normalmente, il sistema di difesa dell’organismo (sistema immunitario) ha la funzione di difendere il corpo dalle infezioni batteriche e virali. Nell'apparato digerente sono presenti numerosi tipi di batteri “buoni” (flora batterica intestinale) coinvolti nel processo di digestione degli alimenti. Il sistema immunitario delle persone sane li riconosce e, normalmente, non li attacca. Negli individui colpiti da malattia di Crohn, invece, il sistema immunitario intestinale non riconosce i batteri “buoni” e scatena una reazione infiammatoria per eliminarli. Si ritiene, allo stato attuale delle conoscenze, che questo sia il meccanismo alla base dell’infiammazione presente nella parete intestinale delle persone con la malattia di Crohn. Si pensa che a determinare la reazione anomala del sistema immunitario in individui geneticamente predisposti, sia un evento scatenante di tipo ambientale non ancora individuato.