Riguardo alle origini preistoriche dell'embriologia, a causa di documentazioni particolarmente povere, si può solamente risalire ad alcune supposizioni fatte grazie ad antiche tradizioni popolari entrate tardi in contatto con la civiltà: per esempio, si ignorava la relazione tra il rapporto sessuale e la gravidanza e si supponeva che il parto fosse dovuto allo spirito di un antenato che tornava a vivere, ad un cibo che aveva fatto entrare nel ventre della donna l'anima di un animale o al potere fecondativo di pietre, piante, degli elementi naturali o dei pianeti (si pensava che anche il sole influisse sulla gravidanza come accadeva per la crescita delle piante). Tuttavia, grazie ad alcuni manoscritti ritrovati in India e in Egitto, sappiamo che alcuni avevano intuito tale collegamento: si suppone infatti che l'embrione derivi dall'unione del seme maschile e dal sangue mestruale femminile (o secondo alcuni testi dal seme femminile emesso durante l'amplesso). Inoltre, il conteggio dei mesi iniziava solo quando il ventre della donna cominciava ad essere più visibile e vi era l'esclusione totale del padre e si considerava solo l'ereditarietà materna dei caratteri.