Il farmaco è controindicato nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti. Il farmaco è controindicato nei soggetti con ulcera peptica. A causa della verosimile interferenza dei prodotti metabolici della molecola con il metabolismo della metionina, erdosteina è controindicata in soggetti che soffrono di cirrosi epatica e deficit dell'enzima cistationina-sintetasi.