Molti batteri considerati patogeni sono già presenti in organismi sani, pur non dando luogo ad una malattia. Negli esseri umani, questo avviene, ad esempio, nell'apparato digerente (intestino) e sulla pelle. Ciò avviene perché la carica batterica viene mantenuta sempre bassa dal sistema immunitario, per cui essi risultano costantemente tenuti "sotto controllo".