La trasmissione di HCoV-NL63 è probabilmente attraverso l'espulsione di goccioline dal tratto respiratorio, che può essere dispersa nell'aria o diffondersi attraverso uno stretto contatto personale. Il virus è in grado di sopravvivere fino a sette giorni nelle secrezioni respiratorie e rimane infettivo a temperatura ambiente. Una volta che il virus è entrato nell'ospite si lega ai recettori cellulari usando le proteine del picco, simili a quelle trovate nell'HIV-1 . Il virus è in grado di utilizzare l'enzima 2 di conversione dell'angiotensina ( ACE2 ) come recettore di ingresso per legarsi ed entrare nelle cellule bersaglio. Non è stata completata la determinazione dell'entrata specifica del virus nella cellula ospite. Pertanto, l'ingresso nella cellula avviene attraverso la fusione cellulare diretta con la membrana plasmatica o l'endocitosi seguita dalla fusione con la membrana. A causa della mancanza di un clone di cDNA di HCoV-NL63, la ricerca sul ciclo di replicazione è limitata. Poiché si tratta di un virus RNA a singolo filamento positivo, i processi di replicazione tramite trascrizione e traduzione possono essere eseguiti nel citoplasma della cellula infetta.