Figlio di un agricoltore di successo, Gordon Morgan Holmes nacque a Castlebellingham, nella Countea di Louth in Irlanda, a circa 40 km a nord di Dublino. La morte precoce della madre, Kathleen, e le nuove nozze di suo padre, colpirono profondamente Holmes, che era un bambino solitario. Nonostante la dislessia transitoria, fu uno studente brillante e dopo aver completato la sua formazione presso la "Dundalk Academy", entrò al Trinity College di Dublino, laureandosi in medicina nel 1897, all'età di 21 anni.