Non potendo più vivere da sola, a causa dell'età avanzata, trascorse gli ultimi anni della sua vita nel pensionato delle Diaconesse Germaniche di Keiserwerth dove si spense il 28 settembre 1958. Anna Fraentzel-Celli fu sepolta accanto alla tomba del marito nel cimitero di Frascati, di cui Celli era diventato cittadino onorario.