Una forma ancora diversa è quella legata alle sostanze chimiche usate durante le procedure di disinfezione o di successiva otturazione canalare (endodonzia). Questo problema in passato era reso molto più serio dall'uso di paste devitalizzanti contenenti arsenico o paraformaldeide, in grado di creare lesioni importanti, fino all'osteonecrosi, qualora spinte inavvertitamente oltre l'apice del dente. Oggi l'uso dei queste sostanze dovrebbe essere stato quasi del tutto abbandonato, visti i pericoli associati, per cui la moderata fuoriuscita oltre apice delle sostanze usate nei moderni trattamenti canalari raramente crea problemi maggiori di una modesta infiammazione acuta.