L'encefalite autoimmune è causata da un tumore o da fattori scatenanti di natura virale o batterica. Varie ricerche hanno dimostrato che i pazienti possono sperimentare un virus che innesca l'autoimmunità sinaptica nel caso del virus dell'herpes simplex e di altre encefaliti virali. Il paziente che prima aveva avuto l'encefalite da HSV può, poche settimane dopo, tornare in ospedale con quella che era chiamata ""coreathetosis" HSV" e si pensava fosse una ricaduta. Ora, è stato identificato che il 30% di questi pazienti ha un'encefalite autoimmune mediata dal recettore NMDA. Quando avevano l'encefalite da herpes, non era rilevabile l'anticorpo NMDA, ma poche settimane dopo, quando si stava verificando quella che sembrava una ricaduta, si è scoperto che il paziente aveva l'encefalite autoimmune del recettore NMDA. Uno studio di doppia coorte del 2018 suggerisce un'associazione significativa tra l'infezione da HSV-1 (senza encefalite) e lo sviluppo di encefalite anti-NMDAR nel 49% dei bambini degli studi combinati. Il virus ha innescato il cambiamento e la ricerca ha ipotizzato il mimetismo molecolare in queste due situazioni. Sono necessari ulteriori studi per determinare i tempi di insorgenza di anti-NMDAR insieme a studi che valutino il meccanismo attraverso il quale tali eventi sono coinvolti nella progressione della malattia.