I microrganismi patogeni cambiano in relazione al tipo di intervento.Negli interventi puliti, la maggior parte delle infezioni sono sostenute da germi Gram-positivi e in particolare da Stafilococchi (S. aureus, S. epidermidis e altri stafilococchi coagulasi-negativi).Negli interventi contaminati, invece, i patogeni implicati sono spesso quelli che fanno parte della normale flora dell'organo interessato dall'intervento;negli interventi sul colon, ad esempio, sono frequenti E. coli e Bacteroides fragilis. Sono anche comuni le infezioni polimicrobiche.