Inoltre, il pap test non deve essere confuso con il test HPV che prevede ugualmente un prelievo, dopo l’inserimento di uno speculum in vagina, ma ha la finalità di identificare la presenza del papillomavirus umano (HPV), principale causa del tumore del collo dell’utero. Il materiale prelevato, non è esaminato al microscopio ma inviato ad un laboratorio per la ricerca e la tipizzazione del virus. I programmi di screening del carcinoma della cervice uterina stanno introducendo il test HPV in sostituzione del pap test, che continua ad essere utilizzato per approfondire la diagnosi nelle donne risultate positive al test HPV.