Il periodo di incubazione dell'epatite E varia da 3 a 8 settimane. Dopo una breve fase prodromica, i sintomi durano da alcuni giorni ad alcune settimane. Questi possono includere ittero (colorito giallo della cute), affaticamento e nausea. La fase sintomatica coincide con livelli elevati di aminotransferasi epatica.