Tutt'al più, la possibile diminuzione dei livelli di serotonina potrebbe essere un effetto secondario ad altre alterazioni biochimiche che si possono verificare nel corso di un disturbo depressivo. Ad esempio degli studi hanno evidenziato che gli antidepressivi, secondariamente all'alterazione dei livelli di serotonina che inducono, vanno ad attivare dei meccanismi biologici (quali il rilascio di fattori neurotrofici, attivazione di metabolismi anti-infiammatori, desensibilizzazione dei recettori delle monoammine, alterazione dell'espressione genica con induzione o repressione di particolari geni) che si ritiene possano essere i responsabili degli effetti terapeutici.