La biologia molecolare sta diventando sempre più importante per la diagnosi e il controllo delle malattie infettive. Queste tecniche, essendo in grado di rilevare l'acido nucleico unico del parassita, può permettere di superare le limitazioni di sensibilità e specificità delle tecniche immunologiche e della diagnosi microscopica e colturale.Reazione a catena della polimerasi (PCR). Tra tutti i metodi molecolari usati per la diagnosi clinica la PCR si è dimostrata la tecnica più sensibile e specifica. L'amplificazione genica mediante PCR ha diversi vantaggi in paragone alle tecniche tradizionali, in quanto più affidabile e più rapida nello svolgimento 114 . Sono state usate diverse sequenze di genoma della Leishmania come la regione ITS, il locus di gp63, le sequenze telomeriche, sequenze target di geni di rRNA come 18s rRNA e SSU-rRNA e sequenze del cinetoplasto sia variabili sia conservate. I pazienti con LC cronica sono la sfida diagnostica maggiore a causa della bassa densità di parassiti 115,116 .