La ORF di E4 si sovrappone a quella di E2 determinando una reading-frame differente e perciò codifica una proteina con una sequenza aminoacidica completamente differente. Nonostante la sua inclusione tra le proteine precoci, E4 è espressa tardivamente nel ciclo di replicazione virale ed é una delle proteine più abbondanti presenti durante il ciclo virale (Wilson R et al. 2005). Il ruolo non è del tutto chiaro ma è stato osservato che E4 di HPV-16 è legato all'infezione produttiva e sembra possa interagire con i filamenti intermedi di cheratina, rendendoli meccanicamente instabili, facilitando così il rilascio delle particelle virali.