Il metabolismo aerobico dei carboidrati e del glicogeno inizia nella stessa modalità della glicolisi anaerobica (anaerobico lattacido). In questo caso però, grazie alla presenza di ossigeno sufficiente, il piruvato non viene convertito ad acido lattico, ma ha accesso a due distinte serie di reazioni chimiche chiamate Ciclo di Krebs e catena di trasporto degli elettroni. Queste reazioni infine producono anidride carbonica, che viene espulsa tramite i polmoni e l'acqua. L'acqua è prodotta combinando le molecole di idrogeno con l'ossigeno che era stato introdotto tramite la respirazione. Ben 38 molecole di ATP possono essere prodotte dalla metabolizzazione delle molecole di glucosio.