Partecipa anche ad altre reazioni di acetilazione. Il CoA può donare infatti gruppi acili od acetili anche alle proteine determinando, così, regolazione di vari sistemi cellulari o protezione dalla proteolisi. Una di queste reazioni che nell'ultimo decennio ha suscitato estremo interesse è l'acetilazione degli istoni, coinvolta nella regolazione dell'espressione genetica.