Una varietà di approcci di tipizzazione molecolare sono stati sviluppati per studiare il "C.difficile" e le CDI, tra cui: "multilocus sequence typing" (MLST), "multilocus variable-number tandem-repeat analysis ("MLVA), "surface layer protein A gene sequence typing," "amplificated fragment length polymorphism," elettroforesi su gel a campo pulsato (PFGE), analisi dell'endonucleasi di restrizione (REA), tossinotipizzazione (basata sui dati di sequenza delle tossine A e B) e ribotipizzazione PCR. Quando nel 2005, l'analisi molecolare ha portato all'identificazione di un tipo di ceppo di "C.difficile" caratterizzato come gruppo BI mediante analisi di endonucleasi di restrizione , NAP1 di tipo a campo pulsato nordamericano mediante elettroforesi su gel a campo pulsato e ribotipo 027 mediante ribotipizzazione PCR multiplex è stato chiamato "C.difficile" BI/NAP1/027. La diversa terminologia riflette le tecniche predominanti utilizzate per la tipizzazione epidemiologica, anche se la ribotipizzazione PCR è quella più ampiamente accettata in Europa dove l'"Anaerobe Reference Laboratory" di Cardiff (UK) tiene la collezione dei ceppi e assegna la numerazione dei ribotipi PCR. In Nord America, PFGE è il metodo di digitazione preferito.