Nel caso di epilessia, il ricorso alla chirurgia può essere un'opzione per gli individui con crisi epilettiche parziali che non cessano di manifestarsi nonostante l'adozione degli altri trattamenti. Prima di valutare il trattamento chirurgico è necessario provare almeno due o tre farmaci diversi. Lo scopo della chirurgia è il controllo totale delle crisi epilettiche e questo ciò può essere ottenuto nel 60-70% dei casi. Tra le procedure comuni vi sono il taglio dell'ippocampo tramite una resezione anteriore lobo temporale, la rimozione delle masse tumorali e la rimozione di alcune porzioni di neocorteccia. Alcune procedure come la callosotomia possono essere tentate per provare a ridurre il numero di crisi, piuttosto che per curare la condizione stessa. A seguito dell'intervento chirurgico, in molti casi la terapia farmacologica può essere lentamente sospesa.