Nel 1869 Wagner è diventato un "professore ordinario" di patologia generale e anatomia patologica presso l'Università di Lipsia, e nel 1871 fondò il primo istituto di patologia a Lipsia. Dal 1877 fino al 1888 è stato professore di patologia e "terapia speciale" (medicina interna) a Lipsia. Wagner è stato considerato un ottimo insegnante, e due dei suoi assistenti più noti erano Adolph Strümpell (1853-1925) e Paul Flechsig (1847-1929).