Studiò medicina a Parigi e in seguito fu chirurgo degli ospedali parigini, compresi gli Hôpital Saint-Louis, Charité e Beaujon. All'Hôpital Saint-Louis fu un collega di Auguste Nélaton (1807-1873). Malgaigne fu il suocero del chirurgo Léon Clément Le Fort (1829-1893). Nel 1846 divenne membro dell'Académie de Médecine.