Nell'ipospadia l'uscita esterna dell'uretra (meato) si trova sulla superficie inferiore del pene invece che al suo apice. Molto spesso il difetto è piccolo e il meato risulta posizionato nella parte bassa del glande (ipospadie glandulari e coronali). Nei casi più gravi l'apertura uretrale è assai più distante dalla cima dell'organo e il difetto è di solito accompagnato da ipoplasia della parte inferiore del prepuzio (con schisi, che lo fa apparire aperto a forma di ventaglio) e del glande, da ipertrofia dorsale della cute peniena e da incurvamento e accorciamento dell'asta a causa della parziale agenesi del corpo spugnoso (maggiore è l'inclinazione e più lungo sarà il tratto di uretra da ricostruire). L'ipospadia è quindi essenzialmente una serie di anomalie più o meno importanti nell'anatomia ventrale del pene.