I percorsi più corti e diretti sono preferiti a quelli più stretti e tortuosi, che sono considerati energeticamente costosi. In questo modo vengono selezionati i canali più favorevoli e di essi sono misurati lunghezza, raggio e dimensione dell'imboccatura 31,36 .Per ricercare i canali viene utilizzata una sonda dalla forma sferica. A causa di questa semplificazione, i tunnel identificati avranno sempre una sezione circolare. Per questa ragione, essi saranno facilmente confrontabili attraverso il loro diametro, che costituirà il valore limite della dimensione dei ligandi per penetrare all'interno dei canali e accedere così al sito attivo.Oltre alla versione stand-alone, esiste una versione online del programma che consente di visualizzare i risultati ottenuti con l'applicazione CAVER Viewer (Fig. 17). Per accedervi, è sufficiente entrare nella sezione "Online" dall'homepage del sito e lanciare l'opzione CAVER Viewer. In questo modo si apre l'interfaccia del programma in cui, tramite la funzione "Add Molecule" presente nella barra degli strumenti, è possibile caricare file in formato .pdb.Oltre a fornire la struttura tridimensionale della molecola di interesse, è sufficiente specificare un punto di partenza, che in automatico corrisponde al punto situato più profondamente nella proteina, per ottenere i canali che la attraversano.In alternativa, dal sito è possibile scaricare il plugin di CAVER per PyMOL. In figura 18 sono riportate le principali funzioni del box di controllo del plugin. 