Gli integratori sono usati anche in caso di situazioni di grave carenza di vitamina B3 che possono verificarsi per vari motivi. Alcuni farmaci, come l'isoniazide e alcuni medicinali antitumorali, possono interferire con il metabolismo della vitamina B3. La diarrea a lungo termine, dovuta a diverse malattie gastrointestinali, può causare un malassorbimento di vitamina B3. Infine, alcuni difetti presenti alla nascita (congeniti) e la sindrome carcinoide, che alterano il trasporto e il metabolismo del triptofano, un amminoacido componente delle proteine, possono determinare carenza di vitamina B3 perché riducono la sua trasformazione in niacina.