Emilio Veratti nacque a Biumo Superiore, una frazione di Varese. Dopo aver conseguito la maturità classica a Varese, si iscrisse alla Facoltà di Medicina dell'Università degli Studi di Pavia, dove fu allievo di Camillo Golgi, direttore dell'Istituto di Patologia Generale. Ancora studente del IV anno di Medicina affrontò il problema di un'epidemia di tifo verificatasi a Pavia, indicandone le cause (inquinamento dell'acqua potabile da acque nere) e i possibili rimedi (modifiche radicali della fognatura, nuovo acquedotto, fontanelle pubbliche di sicurezza). Puntando al massimo dei voti e alla lode, per evitare il giudizio del professor Giacomo Sangalli, oppositore di Golgi e dei suoi allievi, nel 1895 lasciò Pavia per l' Università di Bologna, ove nel 1896 si laureò discutendo una tesi sul significato di alcune cellule della corteccia cerebrale; oltre alla lode ottenne il premio reale Vittorio Emanuele II per la miglior dissertazione di laurea. Nel 1899 l'Istituto Lombardo di Scienze e Lettere gli assegnò il premio della Fondazione Fossati per una ricerca sui centri acustici dei mammiferi.