Il dolore può essere causato essenzialmente da: "frenulo" "breve" (sottile membrana che collega il glande e il prepuzio), "fimosi" (pelle del prepuzio non sufficientemente elastica da consentire la fuoriuscita del glande), "parafimosi" (prepuzio retratto e serrato ad anello nella congiunzione glande-asta del pene), "malattia di La Peyronie" (o Induratio penis plastica, progressiva fibrosi della tunica albuginea, la membrana che riveste i corpi cavernosi del pene), "pene ricurvo" o "recurvatum penis" (curvatura anomala del pene nello stato di erezione), "processi infiammatori" del glande, prepuzio e uretra. La dispareunia dell'uomo può essere dovuta anche a fattori causali presenti nella partner: imene resistente o fibroso, secchezza delle pareti e riduzione del lume vaginale in post-menopausa, infibulazione (esiti cicatriziali prodotti da pregresse mutilazioni dei genitali femminili).