La natura dell'arto fantasma non è sempre fedele a quella di quello posseduto prima dell'amputazione, a volte ad esempio viene percepita solo la mano direttamente attaccata alla spalla o possono essere percepiti arti sdoppiati o multipli. È possibile che anche soggetti nati senza arti presentino la sindrome, prova di una certa determinazione genetica delle mappe corporee al livello corticale. Sono anche riferiti in bibliografia molti casi di seno fantasma in seguito a mastectomia e persino di peni fantasma con tanto di erezione.