Nel 1236, Ibn al-Nafīs, con alcuni colleghi, si trasferì in Egitto su richiesta del Sultano ayyubide al-Malik al-Kāmil, nipote di Saladino. Ibn al-Nafīs fu nominato medico-capo dell'ospedale al-Nāṣirī, fondato dallo zio del sovrano e fondatore della dinastia, Saladino (chiamato al-Malik al-Nāṣir, "il Sovrano vincitore"), dove insegnò e praticò la scienza medica per numerosi anni. Uno dei suoi studenti più importanti fu il noto medico cristiano Ibn al-Quff (1233 – 1286), autore del primo trattato arabo di chirurgia.