In alcuni studi eseguiti nella fase II è stata segnalata una maggiore mortalità tra i gruppi di pazienti trattati con bedaquilina rispetto ai non trattati. Questo aumento di mortalità non è stato completamente chiarito. Questo ha portato a una importante controversia durante l’approvazione del farmaco; data l’esistenza tuttora di significativa preoccupazione per questa più alta mortalità la Bedaquilina viene raccomandato di limitare l’uso della Bedaquilina ai casi in cui non può essere impostato in altro modo un regime a quattro farmaci e di limitare l’uso di altri farmaci che allungano il QT in associazione.