Nel 1942, ferito lievemente, fu ritirato dalle truppe di combattimento perché definito non idoneo a combattere nelle prime linee; venne assegnato al Rasse und Siedlungshauptamt (RuSHA) di Berlino. In quel periodo riprese i contatti con il suo mentore, von Verschuer, che lavorava presso "l'Istituto per l'antropologia, la genetica umana e l'eugenetica Kaiser Wilhelm" a Berlino. Poco prima di essere trasferito ad Auschwitz, Mengele venne promosso al grado di capitano delle SS, nell'aprile 1943.