La chemioprofilassi secondaria può essere consigliata, per prevenire la riattivazione delle forme croniche, nei pazienti "chagasici" co-infettati con HIV o in terapia immunosuppressiva (leucemia, linfomi, neoplasie solide, trapianti) o corticosteroidea. In tal caso si impiega il benznidazole a 5 mg/kg/die 3 volte/settimana.