A causa delle complesse interazioni nel microbioma, non esistono molti dati sull'efficacia dell'uso di antibiotici per il trattamento della disbiosi. Tuttavia un antibiotico ad ampio spettro che ha un basso impatto sul microbioma intestinale chiamato rifaximina, ha dimostrato di essere efficace nel migliorare alcuni dei disturbi associati con disbiosi, tra cui la sindrome dell'intestino irritabile, colite ulcerosa e la malattia di Crohn.