Il San Giacomo fu inizialmente posto sotto la diretta tutela dell'ospedale di Santo Spirito e conferito in commenda, finché un secolo dopo, nel 1451 con la morte del commendatario cardinale Jean le Jeune, durante il pontificato di papa Niccolò V, passò all'autorità della Compagnia di carità verso i poveri e gli infermi di Santa Maria del Popolo.