Poiché il rettoscopio permette l'utilizzo degli strumenti operatori unicamente tra le ore 3 e le ore 7 della circonferenza del retto, la posizione del paziente deve essere tale da collocare la lesione da asportare tra le ore 3 e le ore 7 (Foto 7.IV).Pertanto, il paziente deve essere posto sul lettino operatorio in posizione supina o prona a gambe divaricate, o ancora in decubito laterale destro o sinistro, a seconda che la neoplasia sia localizzata sulla parete posteriore, anteriore, laterale destra o sinistra del retto, rispettivamente (Foto 7.V). Questo permette un'inquadratura efficace della lesione da parte dell'ottica angolata e del rettoscopio e semplifica la tecnica operatoria, sia nel tempo resettivo che in quello di sutura. L'aspiratore viene azionato da un pedale premuto quando nel campo operatorio è presente del sangue e la visibilità è compromessa. Al fine di prevenire il collasso del retto, la capacità massima di aspirazione è inferiore a quella di insufflazione.Gli strumenti per la microchirurgia endoscopica transanale garantiscono tutte le funzioni proprie della chirurgia tradizionale. Sono provvisti di una punta sottile ed angolata verso il basso per meglio adattarsi al campo operatorio sottostante l'ottica e di un corpo cilindrico che aderisce perfettamente alle guarnizioni di gomma a tenuta ermetica, che occupano le porte di accesso del coperchio del rettoscopio. L'estremità degli strumenti è curva, destrorsa o sinistrorsa, in modo da ampliare il campo d'azione estremamente ridotto a causa del ristretto campo operatorio e soprattutto del parallelismo tra i diversi strumenti e tra gli strumenti e l'ottica. Da questa assenza di angolo di lavoro deriva la particolare difficoltà manuale di questa tecnica chirurgica.