Dopo la guerra, nel 1868, le sorelle Blackwell affiancarono all'ospedale una scuola per le donne: a New York City fondarono il Women's Medical College. Emily insegnava ostetricia e, nel 1869, quando Elizabeth si trasferì a Londra per contribuire a realizzare la London School of Medicine for Women, assunse la direzione del college. Nel 1876 la durata dei corsi fu portata a tre anni e nel 1893, in anticipo su analoghi istituti, divenne un college di quattro anni. Nel 1899 la scuola aveva laureato 364 donne medico.