Il sovradosaggio da flupentixolo si manifesta con sonnolenza, coma, reazioni extrapiramidali, convulsioni, shock, ipertermia o ipotermia. Il trattamento è sintomatico e di supporto. Immediatamente dopo l'ingestione dovrebbe essere effettuata una lavanda gastrica e dovrebbe essere somministrato carbone attivo. Non esiste un antidoto specifico.