Nell'apparato gastrointestinale ha luogo la decomposizione enzimatica vera e propria del cibo, l'assorbimento delle sostanze nutritive e dell'acqua come anche l'escrezione delle parti alimentari non digeribili o non sfruttabili. Prendono parte alla digestione, oltre agli enzimi, anche diversi batteri conosciuti col termine di microbiota umano.