In virtù delle loro proprietà leganti e inattivanti oncosoppressori come p53 e Rb, le proteine codificate dal genoma virale promuovono un'intensa replicazione cellulare che esita verso la formazione di papillomi, condilomi acuminati, iperplasia epiteliale focale, verruche e carcinomi. Tuttavia, non tutti i Papilloma Virus sono responsabili di forme cancerose. In particolare, i carcinomi della cervice uterina sono innescati dai genotipi 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, benché i tipi 16 e 18 siano i più frequenti, mentre le verruche e condilomi semplici sono generati dai genotipi 2, 7 (verruche comuni), 1, 2, 4 (verruche plantari) e 3, 10 (verruche piane).