Le feci da analizzare devono essere raccolte al massimo due ore prima di portarle in laboratorio in un apposito contenitore sterile fornito di paletta. Non devono essere contaminate con urina o acqua. Se non è possibile portarle al laboratorio entro due ore dalla raccolta, possono essere trasferite in una fiala contenente un conservante specifico e consegnate al laboratorio appena possibile. Nei bambini, le feci sono normalmente raccolte con un tampone direttamente dal retto.