La sorveglianza basata sulle acque reflue è un approccio promettente per il monitoraggio proattivo delle epidemie. Il SARS-CoV-2 viene eliminato nelle feci all'inizio del decorso clinico e infetta una vasta popolazione asintomatica, rendendolo un bersaglio ideale per il monitoraggio basato sulle acque reflue. La tecnologia del sequenziamento dell'rRNA full-16S, permette di migliore sostanzialmente la metodica della Wastewater-Based Epidemiologia per più facilmente prevedere e risolvere i focolai di COVID-19.