La meflochina è controindicata nei pazienti trattati con chinino nelle precedenti 24 ore o con alofantrina nei precedenti 7 giorni. È anche controindicata in persone che per il loro lavoro necessitano di un alto grado di attenzione e coordinazione (come i piloti d'aereo). È sconsigliata l'assunzione di meflochina nel primo trimestre di gravidanza ed in pazienti con ipersensibilità nota al farmaco.