Mentre le prime critiche di Hahnemann alla medicina ortodossa erano empiricamente fondate, questa evoluzione della teoria si basava soprattutto sulla dottrina filosofica del "vitalismo" e non su una corretta applicazione del metodo scientifico, e fu criticata anche da alcuni omeopati. Le prime controversie tra gli stessi omeopati vennero alimentate dallo stesso Hahnemann, che attaccava come "traditori" e "apostati" gli omeopati che apportavano variazioni anche minime alla sua dottrina.