Nel 1997 il consiglio d’amministrazione del Pennsylvania Hospital decise di fondersi con il sistema sanitario dell’Università della Pennsylvania. Nel 2001 l’ospedale celebrò il suo duecentocinquesimo anniversario. Negli ultimi trent’anni alcuni ricercatori contribuirono a molte scoperte tra cui il primo vaccino contro la polmonite, l’introduzione dell’alimentazione per via endovenosa, lo sviluppo della risonanza magnetica per immagini (RMI) e la scoperta del cromosoma Philadelphia, un importantissimo strumento che aiutò le ricerche sul cancro offrendo una nuova connessione fra quest’ultimo e le anomalie genetiche. Nel 2020 il Pennsylvania Hospital è stato inserito nella lista dei migliori ospedali del paese dalla rivista americana U.S. News & World Report, aggiudicandosi il quindicesimo posto.