Dal momento che la FISH è una procedura di microscopia, le cellule da esaminare devono essere fissate su vetrino. Sono utilizzabili diverse metodiche secondo il tipo di tessuto, ma la finalità è sempre quella di far aderire le cellule al supporto.Una volta ottenuto questo, le cellule vengono pretrattate per permettere il contatto delle sonde fluorescenti al materiale cromosomico nucleare di ogni cellula. Il pretrattamento comporta tipicamente la rimozione di proteine cellulari mediante l'esposizione ad agenti enzimatici proteolitici (proteasi) ed il lavaggio per eliminare i detriti.Viene quindi raccolto un campione di urina (quantità minima di 30 ml) e si procede con la centrifugazione a 2000 rpm per 5 minuti. Si prosegue con l'asportazione del sopranatante mediante una pipetta Pasteur e si raccoglie il pellet che viene sospeso con una quantità di PBS adeguata alla concentrazione cellulare richiesta (in tutto circa 300 microlitri). Si procede quindi alla citocentrifugazione a 1500 rpm per 10 minuti allestendo 2 vetrini per ogni campione di urina.Si prosegue con la fissazione con fissativo di Carnoy 3:1 metanolo e acido acetico glaciale per 20 minuti e la disidratazione per 2 minuti in alcool 70°, 2 minuti in alcool 80°, 2 minuti in alcool 100°.Si asciuga su una piastra a 45-50° per 2-5 minuti e si procede alla processazione con metodo FISH.