La forma acuta si risolve spontaneamente: se l'infestazione persiste si può avere una successiva evoluzione verso le forme croniche. In assenza di trattamento tempestivo la schistosomiasi spinale evolve rapidamente in una mielite trasversa con danni spinali irreversibili e l'encefalite granulomatosa può portare a morte il paziente. La forma intestinale cronica, non trattata, predispone allo sviluppo di neoplasie intestinali. In assenza di trattamento la malattia epatosplenica progredisce molto lentamente verso l'insufficienza epatica, ma la mortalità di queste forme è dovuta più spesso alle più precoci complicanze dell'ipertensione portale, cioè ai sanguinamenti digestivi acuti per rottura di varici gastro-esofagee. La fibrosi epatica è reversibile solo se la malattia viene trattata negli stadi precoci, prima che compaiano le complicanze: il trattamento antiparassitario negli stadi avanzati può al massimo arrestarne la progressione.