Fluoxetina agisce poi da bloccante del canale anoctamina 1, un canale del cloro attivato dal calcio. Altri canali ionici, come il recettore nicotinico per l'acetilcolina e il recettore della serotonina 5HT3 sono inibiti a concentrazioni terapeutiche dalla fluoxetina. Inoltre fluoxetina inibisce la sfiengomielinasi acida, un regolatore chiave della concentrazione di cerammidi.