L'esatto meccanismo tramite cui i geni delle regioni pseudoautosomiche sfuggano al silenziamento non sono ancora conosciuti, tuttavia queste regioni mostrando delle distinte caratteristiche nel loro impacchettamento cromatinico. Tali geni legano solo debolmente l'RNA Xist, e non presentano le modificazioni covalenti (deacetilazione e metilazione) caratteristiche del cromosoma inattivato. Si pensa che tale fenomeno possa essere mediato dall'espressione di lunghi RNA non codificanti (lncRNA) all'interno di queste regioni.