Alcuni virus si replicano all'interno archeobatteri: questi sono virus DNA a doppia elica con forme insolite e talvolta unici. Sono stati studiati in maggior dettaglio negli archeobatteri termofili, in particolare gli ordini "Sulfolobales" e "Thermoproteales". Difese contro questi virus possono comportare l'interferenza dell'RNA da sequenze ripetute di DNA all'interno di genomi archei che riguardano i geni dei virus.