Raramente può capitare che un maschio XX non abbia il gene SRY. L'esatta causa di questa condizione è sconosciuta ma è possibile che mutazioni nel gene SOX9 (locus 17q24.3)possano contribuire a questa sindrome dato che questo gene è coinvolto nella differenziazione dei testicoli durante lo sviluppo. Un'altra possibile causa è la mutazione del gene NR0B1 che codifica per la proteina DAX1 recettore ormonale nucleare. Se infatti si ha una perdita di funzione di DAX1 (si parla in tal caso di allele nullo), essendo questo un repressore di geni mascolinizzanti, i testicoli possono dunque svilupparsi anche in individui XX. Mutazioni nei geni SF1 e WNT4 sono state studiate in connessione con la sindrome del maschio XX SRY-negativa.