Le principali cause diverse dalla FNAIT sono l'infezione, la trombocitopenia autoimmune, la distruzione delle piastrine correlata ad un farmaco, coagulazione intravascolare disseminata, enterocolite necrotizzante, ipersplenismo, sindrome di Kasabach-Merritt e trombosi. Le cause meno comuni includono anomalie genetiche (ad esempio, trombocitopenia congenita, disturbo piastrinico congenito), malattie infiltrative del midollo osseo (ad es. metastasi del midollo osseo, leucemia neonatale) ), o lesione da megacariociti tossici. Altre cause rare sono legate a condizioni quali: preeclampsia, danno ischemico ipossico e lesione da freddo neonatale.