Cloquet fu un pioniere nel campo della rinologia e nel 1821 pubblicò "Osphrésiologie, ou traité des odeurs", che era un trattato completo che trattava di olfatto, malattie del naso, deviazioni del setto nasale, rinoplastica, ecc. Fuanche autore di "Traité d'anatomie descriptive", un influente testo francese di anatomia formato in sei volumi. La quarta edizione di questo lavoro fu tradotta in inglese dall'anatomista Robert Knox (1791-1862).