Il tasso di pazienti affetti da AIDS che sviluppa la PML oscilla tra il 2 e il 5%, ma non è chiaro il motivo per cui la malattia è più frequente in questo tipo di pazienti rispetto a quelli che soffrono di altre condizioni immunosoppressive. Alcuni studi hanno ipotizzato che gli effetti dell'HIV sul tessuto cerebrale rendano possibile l'attivazione del virus JC nel cervello e aumentino i suoi effetti infiammatori così dannosi.