Terminato l'anno santo, il sodalizio rivolse le proprie cure ai malati poveri che, dimessi dagli ospedali cittadini, non avevano un luogo dove passare la convalescenza. Nel 1558 papa Paolo IV assegnò ad esso l'uso perpetuo della chiesa di "San Benedetto in Arenula", edificio menzionato già in un documento di papa Urbano III del 1186, che versava in condizioni molto precarie; nel 1559 la confraternita acquistò nei dintorni della chiesa una casa da adibire ad ospedale-ospizio. Il giubileo del 1575 vide ospitati nelle strutture della Confraternita più di 180 000 persone. Quando papa Gregorio XIII nel 1579 donò definitivamente la chiesa alla confraternita, essa possedeva numerose case e immobili nella zona. Dato che la chiesa versava in pessime condizioni, la confraternita decise di demolirla e di ricostruirla ex novo: la prima pietra fu posta il 26 febbraio 1587, la solenne consacrazione avvenne il 12 giugno 1616, dopo alterne fasi di ferventi lavori e di stasi, con il nome di "Santissima Trinità e San Benedetto". Molte parti dell'edificio, come la cupola e la facciata, e diversi annessi furono portati a termine nei decenni successivi.