A 500pmoli di RNA si aggiungono 400l di una soluzione contenete 5 mM di sodio M periodato e 0,1 M di sodio acetato pH 5,0. Si lascia il campione in incubazione in ruota per 1 ora al buio a temperatura ambiente. Questo passaggio deve avvenire al buio perché la luce, in quanto ossidante, potrebbe compromettere la resa della reazione. Terminato il periodo di incubazione l'RNA viene precipitato in presenza di etanolo 100% e 1/10 del volume di sodio acetato, lavato con etanolo 70% e risospeso in 100 l di una soluzione 0,1 M di sodio acetato a pH 5,0. Questo è un passaggio molto delicato a causa delle dimensioni molto ridotte del pellet.