Si definisce "funzionale" un'ambliopia in cui le strutture dell'occhio appaiono altrimenti sane e funzionali. Infatti l'anomalia è legata a un non corretto sviluppo visivo e neuronale; usualmente, quando non si precisa il tipo di ambliopia, ci si riferisce proprio a questo. Infatti, il cervello "disattiva" le immagini che arrivano da un occhio perché, ad esempio, non riesce a combinarle con quelle provenienti dall'altro occhio, per cui non si viene a creare l'effetto della tridimensionalità. Infatti, negli occhi, quello dominante riceve e mette a fuoco l'immagine, mentre l'altro aiuta ed è necessario per creare la tridimensionalità, funzione che viene meno nell'occhio pigro. L'occhio pigro in altre parole non è mai quello dominante (o cessa di essere tale, quando compare l'ambliopia), nel senso che il cervello "rinuncia" alla tridimensionalità della visione per mantenere almeno una più importante vista bidimensionale perfetta, rendendo dominante l'occhio che permette la vista migliore (perché migliore dal punto di vista organico e funzionale). Il grosso problema di questo meccanismo che il corpo umano mette in atto è che l'occhio non dominante, una volta disattivato, resterà cieco per il resto della vita.