Le reazioni avverse comuni al farmaco (≥ 1% dei pazienti) associate alla terapia con micofenolato comprendono diarrea, nausea, vomito, infezioni, leucopenia o anemia. Il Micofenolato sodico è anche comunemente associato ad affaticamento, mal di testa e tosse. La somministrazione di micofenolato per via endovenosa è anche comunemente associata con tromboflebiti e trombosi. Effetti avversi rari (0,1-1% dei pazienti) includono l'esofagite, la gastrite, emorragie del tratto gastrointestinale ed infezioni generalizzate da citomegalovirus (CMV). Sono anche stati riportati vari casi di aplasia eritroide pura (PRCA).