Il successivo trattamento consiste nel tentare di ridurre l'attacco delle proprie difese immunitarie al sistema nervoso, mediante plasmaferesi, filtrando gli anticorpi dal flusso sanguigno o somministrando immunoglobuline per via endovenosa (IVIG), al fine di neutralizzare gli anticorpi nocivi e la malattia che causa l'infiammazione. Questi due trattamenti sono ugualmente efficaci e una combinazione dei due non è significativamente migliore della scelta di uno soltanto. La somministrazione di glucocorticoidi non si è dimostrata efficace per il trattamento della sindrome. Il trattamento viene generalmente cominciato subito dopo la diagnosi. La plasmaferesi accelera il recupero se viene intrapresa entro 4 settimane dalla comparsa dei sintomi. L'utilizzo di immunoglobuline ha un'efficacia equivalente alla plasmaferesi se cominciato entro 2 settimane dalla comparsa dei sintomi e presenta meno complicanze. Le immunoglobuline sono solitamente utilizzate come prima scelta, per la loro facilità di somministrazione e sicurezza. L'uso di immunoglobuline per via endovenosa non è esente da rischi, infatti possono, a volte, essere causa di epatiti e in rari casi, di insufficienza renale, se somministrate per più di cinque giorni.