Anche un trauma locale può essere associato con la stomatite aftosa, ed è noto che il trauma può ridurre la barriera mucosa. Esso potrebbe verificarsi durante un'iniezione di anestetico locale in bocca o comunque durante i trattamenti odontoiatrici, con l'attrito da una superficie tagliente della bocca, come un dente rotto o per colpa dello spazzolino da denti.