L'AIEOP è costituita da un consiglio direttivo e da un presidente eletto dai soci che indirizzano l'attività dell'Associazione secondo quanto previsto dallo statuto. Operativamente sono stati identificati dei gruppi di lavoro, ognuno dei quali dedicato ad elaborare protocolli di cura e ricerche per le diverse malattie ematologiche, oncologiche e immunologiche che colpiscono l'età pediatrica.