Nel 1777 varie chiese e monasteri, grazie alla riforma di Maria Teresa d'Austria, entrano nella disponibilità dell'ospedale. Perde la sua autonomia nel 1809 durante il governo napoleonico ma la riottiene nel 1821, quando viene dichiarato autonomo dalle autorità del Regno Lombardo-Veneto e i suoi dirigenti sono scelti dalla congregazione provinciale.