Solitamente si risolve da sola non rendendo necessario alcun intervento esterno, anche se nella maggioranza dei casi le complicanze che sono nate durante l'evolversi della malattia rimangono. Al contrario, non esistendo attualmente alcuna forma di terapia risolutiva, le forme più gravi di mielite trasversa implicano disabilità permanenti, anche lievi. Si può ricorrere alla plasmaferesi in fase acuta, a steroidi e antinfiammatori. Circa il 33 % dei pazienti non recupera completamente dai danni subiti, e può ricorrere a fisioterapia di supporto.