L'ospedale fu gestito dalla Confraternita della Misericordia fino al 1779, quando venne ceduto alla Congregazione generale delle Opere Pie Laicali e in seguito, nel 1791, alla Generale Amministrazione delle Opere Pie Laicali. Nel frattempo, però, l'ospedale era stato trasferito nel 1785 presso il grande seicentesco ex collegio dei Gesuiti (attuale via Francesco Montanari).