Le opere di Cesare Magati furono subito oggetto di critiche (alcune positive, altre ancora negative) da parte di molti studiosi. Una delle prime ragioni che portarono molti dei chirurghi e medici del tempo a disprezzare e di conseguenza a criticare la sua nuova metodologia fu sicuramente di natura economica: venendo meno l'importanza fondamentale di medicamenti e cure ripetute nel tempo, i medici non venivano più ritenuti necessari per la guarigione del malato, e dunque anche il loro guadagno economico ne risentiva fortemente.