Ma la pratica che maggiormente portava alla morte il malato, per azione diretta del medico, era certamente la chirurgia. Uno scritto di Papa Innocenzo III pubblicato nel 1212 ed inserito poi nelle "Decretales" fa riferimento diretto al problema. Il testo illustra il pronunciamento del papa riguardo al caso di una donna, morta per non aver seguito scrupolosamente, durante la riabilitazione, le prescrizioni mediche di un monaco che l'aveva precedentemente operata. Il papa stabilì allora che se il monaco, che fosse davvero esperto e zelante nella medicina, avesse agito mosso soltanto dalla pietà e non dalla cupidigia, non avrebbe dovuto essere punito in alcun modo.