A meno che il paziente sia in fase acuta, non dovrebbe essere incominciata la terapia prima che la causa sia stata trovata. Ciò perché la terapia non specifica è raramente efficace e, principalmente, ritarda la diagnosi. Un'eccezione si fa per i pazienti neutropenici nei quali un ritardo nella terapia può portare a complicazioni gravi. Dopo che colture ematiche sono prelevate sono trattate massicciamente con antibiotici a largo spettro. Gli antibiotici sono regolati secondo i risultati delle colture prelevate.