Nonostante lavorasse nel laboratorio dell'ospedale, Walter non rinunciò alla sua ricerca di un posto come insegnante. Facendo una telefonata a Eugene R. Whitmore, un professore di patologia alla scuola di medicina di Georgetown University ricevette la proposta di una cattedra associata di patologia, che Freeman accettò nonostante non fosse retribuita. Così iniziò la sua carriera accademica e per i successivi 7 anni tenne delle lezioni di autopsia agli studenti del secondo anno di medicina della Georgetown. Mentre lavorava alla Georgetown, Freeman raccolse la richiesta di un'altra università, la George Washington University, che offriva un posto come professore di neuropatologia. Gli studenti della GWU furono così entusiasti delle lezioni di Freeman, che chiesero all'università che fosse il sostituto di un altro professore.