Vi sono molteplici cambiamenti cellulari attraverso cui la funzione tossica dell'mHTT (huntingtina mutata) può manifestarsi e quindi portare alla malattia di Huntington. Durante la modificazione post traduzionale dell'mHTT, il clivaggio della proteina può lasciare dietro piccoli frammenti costituiti da parte dell'espansione della poliglutamina. La natura polare della glutammina provoca interazioni con altre proteine quando vi è una sovrabbondanza di proteine HTT. Così, le molecola di mHTT formeranno legami idrogeno tra loro, formando una proteina aggregata anziché ripiegare a proteine funzionali. Nel tempo, gli aggregati si accumulano, incominciando a interferire con la funzione del neurone confluendo in un processo chiamato aggregazione proteica, una forma di corpi inclusi. L'eccesso di proteine aggregate intorno agli assoni e ai dendriti porta all'interruzione della trasmissione dei neurotrasmettitori poiché le vescicole (piene di neurotrasmettitori) non possono più muoversi attraverso il citoscheletro. Questo processo porta, nel tempo, a una sempre minor capacità di rilascio dei neurotrasmettitori. I corpi inclusi sono stati trovati sia nel nucleo cellulare sia nel citoplasma. La presenza dei corpi di inclusione nei neuroni, sono uno dei primi cambiamenti patologici e alcuni esperimenti hanno dimostrato che possono essere tossici, tuttavia altri esperimenti hanno invece provato che essi possono costituire una parte del meccanismo di difesa aiutando nella protezione della cellula.