La RM è un'ottima alternativa alla TC nel caso questa sia controindicata (allergia al mezzo di contrasto, insufficienza renale moderata). La RM permette di distinguere molto bene la corticale dalla midollare renale e può essere utilizzata per caratterizzare le masse o le raccolte renali e perirenali, anche mediante controlli periodici in donne in età fertile o persone giovani (grazie al fatto che non utilizza radiazioni ionizzanti). Utilizzando sequenze T2 pesate è possibile far risaltare i liquidi nelle cavità renali e quindi visualizzare le alte vie escretrici ("pielo-RM"). È possibile inoltre effettuare studi utilizzando mezzi di contrasto a base di gadolinio ottenendo risultati sovrapponibili a quelli di un’"uro-TC".