Nei protocolli di stimolazione ovarica è anche possibile utilizzare gli anloghi-antagonisti del GnRH, che esercitano un blocco immediato e reversibile della secrezione gonadotropinica ipofisaria, perché competono con il GnRH nel legare i suoi recettori, impedendogli di svolgere la sua funzione fisiologica.Queste molecole, hanno una struttura aminoacidica più complessa rispetto agli agonisti; ci sono voluti quasi trent'anni per lo sviluppo di farmaci sicuri e con caratteristiche farmacocinetiche accettabili. Attualmente sono disponibili il cetrorelix ed il ganirelix, GnRH antagonisti di III generazione, sono farmaci sicuri ed efficaci, registrati nel 2001 per l'uso clinico nei trattamenti di FIV 46 .Sono stati individuati due possibili modalità di somministrazione dei GnRH antagonisti. Il protocollo con singola dose prevede una singola iniezione di 3 mg di cetrorelix nella fase follicolare tardiva (8° -9° giorno di stimolazione), sufficiente a prevenire il picco di LH nell'80% delle donne 47 . Invece, nel protocollo con dosi multiple si somministrano 0,25 mg/die di cetrorelix o di ganirelix a partire dal 6° -7° giorno di stimolazione con gonadotropine (protocollo con antagonista fisso) oppure quando almeno un follicolo ha raggiunto i 14 mm di diametro (protocollo flessibile) 48 . Dal confronto tra il protocollo fisso e quello flessibile non è risultata alcuna differenza, eccetto che per la dose minore di antagonista richiesta in quello flessibile 49 .