Diversi elementi fanno ritenere che il cheratocono sia una malattia genetica.La malattia è stata infatti decritta in gemelli monozigoti.Per quanto la malattia si possa manifestare frequentemente in modo sporadico, l'anamnesi familiare per il cheratocono risulta positiva nel 10% circa dei casi.Le modalità di trasmissione non sono comunque chiare, e ad oggi non è stato identificato il gene responsabile della malattia. E' stata postulata una trasmissione di tipo autosomico dominante a penetranza incompleta. Anche in presenza di diagnosi clinica di cheratocono in gemelli monozigoti non è stato possibile dimostrare la malattia nei genitori: questo dato sembra avvalorare una penetranza incompleta. Tuttavia è stata proposta anche la possibilità di un'ereditarietà recessiva o di una mutazione genica isolata.Per quanto il cheratocono sia considerato una malattia genetica, si ritiene che più fattori, tra i quali gli stimoli ambientali, intervengano per produrre il fenotipo caratteristico.