Il Tagliacozzi morì a Bologna il 7 novembre 1599 e fu sepolto nella chiesa delle monache di San Giovanni Battista come egli stesso aveva disposto nel suo testamento; il 26 dello stesso mese si tenne in quella stessa chiesa una solenne messa in suo onore alla quale parteciparono tutti i dottori collegiati; nel corso della cerimonia Muzio Piacentini, collega del Tagliacozzi, tenne l'orazione funebre, mentre alcuni degli altri partecipanti declamarono rime di lode.