Gli anticorpi IgM anti-virus JE sono di solito rilevabili da 3 a 8 giorni dopo l'insorgenza della malattia e persistono da 30 a 90 giorni, ma è stata documentata una persistenza più lunga. Pertanto, gli anticorpi IgM positivi possono occasionalmente riflettere un'infezione o una vaccinazione passate. Il siero raccolto entro 10 giorni dall'esordio della malattia potrebbe non avere IgM rilevabile e il test deve essere ripetuto su un nuovo campione. Per i pazienti con anticorpi IgM anti-virus JE, devono essere eseguiti test anticorpali di conferma.