La prognosi del SLE dipende dalla gravità e dall'estensione del coinvolgimento viscerale. La maggior parte dei decessi tra i pazienti con SLE è attribuibile a una malattia attiva, in particolare al coinvolgimento del sistema nervoso centrale e renale e a varie infezioni. Tuttavia, il tasso di sopravvivenza a 10 anni oggi supera l'80% grazie al trattamento con corticosteroidi orali e potenti farmaci immunosoppressori. La prognosi del CLE dipende dalla variante clinica della malattia cutanea e dalla gravità delle manifestazioni extracutanee associate. 