Lo "Staphylococcus aureus", l'"Haemophilus influenzae" e il "Pseudomonas aeruginosa" sono i tre organismi più comuni che causano infezioni polmonari nei pazienti con la fibrosi cistica. Oltre alle tipiche infezioni batteriche, le persone con la condizione, solitamente, sviluppano altri tipi di malattie polmonari. Tra queste l'aspergillosi broncopolmonare allergica, in cui la risposta del corpo al comune fungo "Aspergillus fumigatus" provoca un peggioramento dei problemi respiratori. Un'altra patologia è l'infezione da "Mycobacterium avium complex" (MAC), un gruppo di batteri legati alla tubercolosi, che possono causare danni ai polmoni e non rispondono agli antibiotici comuni.