Infine la modifica dell'attività epatica da parte del manganese risiede nel suo far parte di enzimi sia della gluconeogenesi (come fosfoenolpiruvato carbossichinasi) sia del catabolismo degli amminoacidi (arginasi; ciclo dell'urea. Un cattivo funzionamento epatico durante la digestione può infatti portare alla veloce genesi di tossine da decomposizione amminoacidica (urea, agmatina, tiramina) e lento metabolismo del glucosio (diossiacetone). L'aumento di queste tossine nel sangue può scatenare cefalea.