La nadifloxacina viene applicata sulle lesioni acneiche due volte al giorno, preferibilmente al mattino e alla sera prima di coricarsi, dopo una adeguata pulizia e detersione delle aree cutanee affette da acne. La durata della terapia con la crema antibiotica è in base alla risposta individuale, ma è comunque consigliato non superare le otto settimane di trattamento. Non è indicato ricorrere al bendaggio occlusivo, ovvero all'apposizione sulla lesione di garze o altro materiale per facilitare il contatto con l'area da trattare evitando che la crema si disperda. È invece necessario evitare il contatto della crema antibiotica con gli occhi, le labbra o con altre mucose.