La fibrosi cistica può essere diagnosticata grazie a molti metodi diversi, tra cui lo screening neonatale, il test del sudore e test genetici. A partire dal 2006 negli Stati Uniti, il 10% dei casi vengono diagnosticati poco dopo la nascita nel quadro di programmi di screening neonatale. Il test inizia con la valutazione della concentrazione sanguigna del tripsinogeno immunoreattivo. Ai neonati con un dosaggio anormale viene effettuato un test del sudore per confermare la diagnosi di fibrosi cistica. I livelli di tripsinogeno possono risultare aumentati negli individui che hanno una sola copia mutata del gene CFTR o, in rari casi, in individui con due copie normali del gene CFTR. A causa di questi falsi positivi, l'utilità dello screening della fibrosi cistica nei neonati è controversa.