La sala fu adibita a teatro anatomico nel 1780 su ordine di Pio VI: essa fu intitolata al medico Giovanni Maria Lancisi, fondatore dell'Accademia Lancisiana. Fu sede di insegnamento di chirurgico dal 1780, e sede della cattedra di Chirurgia istituita da Pio VII nel 1815; dopo il 1870 in questa stessa sala del teatro anatomico ebbe sede la Facoltà di Medicina della I Università Romana del Regno d’Italia.