La mucosa esofagea è uno strato spesso, di colore grigio-rosato o rossastro nella giunzione gastro-esofagea; a riposo presenta numerosi solchi e creste, tali da occluderne il lume. Si tratta però di modificazioni temporanee della mucosa esofagea che scompaiono quando questa è distesa, per esempio durante il passaggio del bolo alimentare. In sezione trasversale, il lume esofageo appare stellato in stato di deplezione.