La bilirubina così coniugata è resa solubile e viene quindi escreta dall'epatocita nella bile, e viene poi riversata nell'intestino tenue; giunta nelle regioni distali del tenue (ileo) e nel colon, viene scissa dalle β-glucuronidasi in acido glucuronico e bilirubina. Buona parte di quest'ultima, poi, viene ridotta in urobilinogeno da enzimi della flora batterica intestinale. Una piccola quota dell'urobilinogeno prodotto (circa il 20%) e della bilirubina rimasta non processata dai batteri viene riassorbita dalla mucosa ileo-colica e mandata in circolo. L'urobilinogeno ematico è per lo più captato dagli epatociti, che provvederanno a reimmetterlo nel circuito biliare, mentre in piccola parte viene filtrato a livello renale, qui ossidato in forma di urobilina ed infine espulso con l'urina: è proprio l'urobilina a dare all'urina il suo caratteristico colore giallo paglierino. La maggior parte dell'urobilinogeno (circa l'80%) viene invece ulteriormente trasformato, ad opera della flora del colon, in stercobilina, che verrà espulsa con le feci. La bilirubina e i suoi derivati (stercobilina) conferiscono alle feci il loro caratteristico colore marrone.