Slicer inizia nel 1998 come un progetto per tesi di master tra il Surgical Planning Laboratory dello "Brigham and Women's Hospital" e del laboratorio di intelligenza artificiale del MIT. La seconda versione di 3D Slicer è stata scaricata dalla rete alcune migliaia di volte. Nel 2007 venne resa disponibile la terza versione di Slicer, completamente riveduta. Questi software hanno permesso l'analisi delle immagini utilizzate da molte pubblicazioni di ricerca, tutte orientate a migliorare queste tecniche di "image analysis".