Nonostante avesse posto le basi per un'ottima carriera, annoiato dalla monotonia della sua vita, Yersin lasciò l'Istituto Pasteur e all'età di 27 anni, nel 1890, si trasferì in Indocina, lavorando come medico di bordo presso la compagnia Messageries Maritimes. Per un anno gli fu assegnata la tratta Saigon-Manila, nel mar Giallo, sul piroscafo "Volga". Iniziando l'esplorazione degli altopiani indocinesi fu il primo francese ad esplorare il paesaggio intorno a Da Lat e a produrre mappe ad alta precisione.