Dopo la scelta dell'X da inattivare, Xist viene over-espresso nell'X da inattivare, e questo RNA ricopre tutto il cromosoma formando una specie di "compartimento chiuso" in cui i fattori trascrizionali non possono accedere. Si ha quindi l'inattivazione trascrizionale del cromosoma X. Questa avviene tramite modificazioni della cromatina del cromosoma, che si compatta e perde la capacità di essere trascritta. L'inattivazione viene mantenuta attraverso la deacetilazione degli istoni e la metilazione dei promotori dei geni X-linked</ref> .