Gli effetti collaterali più comuni del metilfenidato comprendono: diminuzione dell'appetito, insonnia, dolore localizzato a livello dello stomaco (epigastralgia). Tali sintomi possono essere trattati evitando la somministrazione a digiuno (per l'inappetenza e i disturbi gastrici) e serale del farmaco (per l'insonnia).