Entrato nel 1595 nell'istituto pedagogico di Marburgo, vicino a Wetter dove la famiglia era proprietaria di una gualchiera, all'età di 21 anni si stabilì a Francoforte sul Meno lavorando come correttore tipografico e insegnante privato. Nel 1612, per concessione del langravio Maurizio d'Assia-Kassel, Mylius proseguì gli studi di chimica all'Università di Giessen, e poi di teologia e medicina a Marburgo, sotto la guida del professore di anatomia Heinrich Petraeus, di cui diverrà il successore, partecipando al dibattito tra chimici progressisti e galenici tradizionalisti.