Clinicamente, dopo un periodo di incubazione di 10-14 giorni (uguale a quello del "Variola maior"), la persona infettata sviluppava una dermatite con lesioni dapprima eritematose e successivamente papulose, papulo-vescicolose e, nei successivi 1-2 giorni, con la comparsa di lesioni pustolose ombelicate al centro; il numero delle lesioni era minore di quello del "Variola maior". Non erano presenti inoltre segni e sintomi di grave malessere generale, presenti invece nel "Variola maior". I pazienti erano contagiosi solo durante la prima settimana di comparsa delle lesioni dermatologiche, quando cioè la diffusione del virus dalle lesioni ulcerate della mucosa orale era massima. Il tasso di mortalità si aggirava attorno all'1%, mentre nel "Variola maior" era di circa il 30%. Il "Variola minor" assomigliava al cosiddetto "Vaioloide", una forma lieve di vaiolo che poteva svilupparsi nei soggetti già vaccinati; "Alastrim" e "Vaioloide" differivano però nella malattia trasmessa ai contatti: l'"Alastrim" provocava invariabilmente la forma lieve del "Variola minor", invece il "Vaioloide" causava generalmente il "Variola maior".