Il più grande vantaggio della scansione PET è che diversi composti possono mostrare il flusso sanguigno e il metabolismo dell'ossigeno e del glucosio nei tessuti del cervello mentre lavora. Queste misurazioni riflettono la quantità di attività cerebrale nelle varie regioni del cervello e consentono di acquisire informazioni su come funziona il cervello. Le scansioni PET erano superiori a tutti gli altri metodi di imaging metabolico in termini di risoluzione e velocità di completamento (appena 30 secondi) quando sono diventati disponibili per la prima volta. La risoluzione migliorata ha permesso di studiare meglio l'area del cervello attivata da un determinato compito. Il più grande svantaggio della scansione PET è che, poiché la radioattività decade rapidamente, si limita al monitoraggio di brevi compiti. Prima della diffusione della tecnologia fMRI, la scansione PET era il metodo preferito di imaging cerebrale funzionale (piuttosto che strutturale), e essa continua a dare grandi contributi alle neuroscienze.