Le persone colpite dall'anemia di Fanconi hanno bisogno di cure ed assistenza medica per tutta la vita. La presenza della malattia comporta il controllo continuo nel tempo (monitoraggio) dei valori delle cellule del sangue (quadro ematologico), mediante analisi frequenti e regolari. Inoltre, dovranno essere eseguiti controlli oncologici ravvicinati anche da coloro che si sono sottoposti con successo al trapianto di cellule staminali poiché il trapianto non elimina il rischio di sviluppare diversi tipi di tumore.