Tornato a Berna, Kocher scrisse una petizione indirizzata al ministro dell'istruzione, chiedendo di ricevere la "venia docendi" (abilitazione alla docenza universitaria), che ottenne. Divenne quindi assistente di Georg Lücke, che nel 1872 lasciò Berna per divenire professore a Strasburgo. Kocher sperava di succedergli, ma la facoltà suggerì Franz König, a causa dell'usanza in voga presso le università svizzere di nominare sempre professori di nazionalità tedesca. Tuttavia, un nutrito gruppo di studenti, assistenti e medici indirizzò una petizione al governo bernese per nominare Kocher al posto di König, con il supporto della stampa e di molti chirurghi famosi da altre parti del mondo, quali Billroth e Langenbeck. Sottoposto a questa notevole pressione da parte dell'opinione pubblica, il 16 marzo 1872 il governo nominò Kocher, all'età di 30 anni, Professore Ordinario di Chirurgia e Direttore della Clinica Chirurgica Universitaria dell'Ospedale Universitario di Berna ("Inselspital").