Il ricorso all'imaging a risonanza magnetica è diventato sempre più comune per la diagnosi di appendicite nei bambini e nelle pazienti in gravidanza, per via dell'assenza di radiazioni ionizzanti presenti invece nella TC che, sebbene comportino un rischio quasi trascurabile negli adulti sani, possono essere dannosi per i bambini o il feto. Durante una gravidanza, è stato riscontrato che l'RM è più utile durante il secondo e il terzo trimestre, poiché l'allargamento dell'utero comporta uno spostamento dell'appendice, rendendola difficile da trovare con l'ecografia. L'increspatura periappendiciale alla risonanza magnetica appare come un aumento del segnale del fluido sulle sequenze pesate in T2. Le donne al primo trimestre di gravidanza solitamente non sono candidate alla risonanza magnetica, poiché il feto sta ancora subendo l'organogenesi e non ci sono studi a lungo termine per quanto riguarda i suoi potenziali rischi o effetti collaterali.