L'ecografia endoscopica viene eseguita con il paziente sedato. L'endoscopio è passato attraverso la bocca e avanzato attraverso l'esofago verso l'area che deve essere esaminata. Gli organi possono essere esaminati per vedere se vi sono anomalie, a partire da varie posizioni tra l'esofago e il duodeno, all'interno e all'esterno del tratto gastrointestinale, e possono essere sottoposti a biopsia (in genere aspirazione con ago sottile).