Durante i suoi anni ad Harvard dal 1919 al suo pensionamento nel 1935, Hamilton non ricevette mai una promozione della facoltà e tenne solo una serie di incarichi triennali, affrontando diversi casi di discriminazione in quanto donna: era esclusa dalle attività sociali, non poteva entrare nell'unione di Harvard, frequentare il Faculty Club o ricevere una quota di biglietti per il calcio. Inoltre non le fu permesso di marciare alle cerimonie di inizio dell'università, come era consentito ai membri della facoltà maschile.