Infine, il digiuno intermittente sembra apportare notevoli benefici in molte aree dell'organismo grazie alla mediazione del microbiota intestinale. Tuttavia, data la diversità dei protocolli applicati, poco si sa della relazione tra la durata del digiuno e l'impatto sulla flora batterica. La durata del digiuno influenza, infatti, in maniera diversa la composizione del microbiota e sembra avere i massimi risultati con un intervallo di 16 ore. I benefici, però, sembrerebbero annullarsi con la ripresa della normale alimentazione.