Nifurtoinolo trova impiego nel trattamento delle infezioni batteriche acute e croniche delle vie urinarie, purché ovviamente sostenute da germi sensibili, anche secondarie ad indagini strumentali (ad esempio cateterismo vescicale). In particolare viene utilizzato in caso di cistiti, pieliti, cistopieliti, e pielonefriti, uretriti e prostatiti. La molecola è pure indicata nella profilassi antibatterica prima e dopo l'esecuzione di interventi chirurgici a livello del tratto urinario.