Nel 1579 le denunce del tribunale inquisitoriale spinsero Matteo ad allontanarsi da San Ginesio, in compagnia dei figli Alberico e Scipione, per evitare il processo e il carcere. Transitarono per Trieste per arrivare a Lubiana, dove i fuggiaschi potevano contare sulla protezione di Niccolò Petrelli, suo cognato, che li raccomandò al barone Khisl von Kaltenbrunn. Il 27 agosto 1579 venne nominato protomedico del ducato di Carniola. Nel mentre, Matteo e il figlio Alberico, oltre al nipote Gregorio e al cugino Pietro Gentili, furono vittime della damnatio memoriae.