Con l'utilizzo di banche dati, possono essere effettuate ricerche testuali (query) che restituiscono i records di un database che soddisfano i criteri richiesti, oppure ricerche per similarità che restituiscono le sequenze di un database più simili ad una sequenza fornita come domanda. Queste ultime, non sono delle vere e proprie query in quanto richiedono l'esecuzione di programmi informatici come FASTA o BLAST.