Morgagni fu uno scienziato moderno, che nella sua attività di ricerca usò sistematicamente il metodo sperimentale, utilizzato poi da alcuni suoi allievi, tra cui Andrea Pasta, che diffusero il metodo morgagnano in tutto il mondo scientifico. Oltre che uomo di scienza fu anche un abilissimo e ricercato clinico medico; personalità eclettica e di vasta cultura umanistica fu anche latinista, archeologo, botanico e storico.