La ciclofosfamide è un agente alchilante del DNA; distrugge le cellule in rapido turnover, come i linfociti, le cellule neoplastiche, le cellule dell'epitelio urinario e quelle delle gonadi.Si può usare per via endovenosa, a cicli mensili (dose di 1g/m 2 ), nei casi di SM Secondariamente Progressiva che non rispondono ai trattamenti convenzionali. I maggiori effetti collaterali sono: mielosoppressione (leuco e trombocitopenia), aumentato rischio di infezioni ricorrenti, nausea, vomito, alopecia, cistite emorragica asettica, infertilità. Vi è infine il rischio, anche se non chiaramente dimostrato, di leucosi acuta e di cancro alla vescica. Numerosi studi con ciclofosfamide a basso dosaggio hanno dimostrato che il suo utilizzo non rallenta il decorso della malattia [105,106].