Fosfomicina è stata scoperta grazie agli sforzi comuni di ricercatori della Merck e Co. e della CEPA, la Compagnia Spagnola di Penicilline a Antibiotici. La molecola venne isolata nel 1966 dal brodo di coltura di Streptomyces fradiae (S. viridocromogeno e S. wedmorensis). I ricercatori avevano notato che questi batteri erano evidentemente in grado di produrre una sostanza che causava la formazione di sferoplasti da popolazioni batteriche in accrescimento.