Le cause che provocano le malattie infiammatorie croniche dell’intestino (MICI) non sono ancora chiare. Sicuramente un ruolo importante è svolto dai fattori genetici ed immunitari ma ci sono anche altri elementi che possono agire su una persona già predisposta quali, ad esempio, la dieta ricca in zuccheri raffinati e povera in fibre, la sedentarietà ed il fumo di sigaretta (morbo di Crohn). Tuttavia, il loro ruolo non è stato ancora effettivamente dimostrato. Al momento, quindi, non esiste una effettiva prevenzione per evitare la comparsa delle malattie croniche infiammatorie dell'intestino.