Il volume più importante e vasto dal punto di vista anatomico resta comunque gli "Adversaria V", nel quale si affronta, dopo una breve dedica al Lancisi, il tema dei precordi (mammelle, pleura, pericardio, cuore, diaframma, polmoni e respirazione) e delle cavità della laringe, denominate appunto ventricoli del Morgagni. Infine negli "Adversaria VI", terminati il 15 maggio 1719, Morgagni concentra la propria attenzione sull'encefalo, il midollo, i nervi e persino le ghiandole lacrimali, che descrive minuziosamente, ricostruendone inoltre la storia della loro scoperta a partire dai Romani.