Contemporaneamente, dal 1875, Morselli lavorò, come assistente di Carlo Ghinozzi, nell'Arcispedale di Santa Maria Nuova in Firenze, occupandosi in particolare di neuropatologia come dimostrato dai costanti interventi su "Lo sperimentale" - Rivista medica fondata da Maurizio Bufalini - in cui si prediligeva un approccio clinico nei confronti del malato inteso nella sua interezza di uomo e non in relazione alla sua patologia..