Nel 1929 l'istituto di Santo Spirito concesse un'ala dell'ospedale sita nell'ex corsia Alessandrina. Il museo così originato è formato da collezioni storiche unite alle originarie della mostra del 1911, cui si aggiunsero nel 1931 quella di Giovanni Carbonelli e nel 1939 quella del generale A. Cavalli Mulinelli ed in seguito quelle di Giuseppe ed Orlando Solinas.