Misure atte a ridurre il contatto tra il vettore e gli esseri umani hanno di fatto limitato il numero di focolai, senza alcun caso identificato tra il 1973 e il 1994. Sebbene non ci siano terapie efficaci, un vaccino sviluppato per il simile "virus Junín", agente eziologico della febbre emorragica argentina, ha dato prove di reattività crociata con il "virus Machupo" e può quindi essere un'efficace misura di profilassi per persone ad alto rischio di infezione. I pazienti guariti dalla malattia diventano normalmente immuni a un secondo contagio.