Tra MHC e peptide si viene a formare un legame non covalente tra i residui presenti nella tasca. Una volta avvenuto i legame il peptide e le molecole d'acqua che lo solvatano vanno a riempire completamente la tasca prendendo contatti con le pareti e il pavimento che la costituiscono. In genere le molecole MHC presentano, a livello della tasca, delle "nicchie" che possono interagire con amminoacidi specifici (idrofobici o basici) oppure essere complementari a determinate catene laterali degli amminoacidi. In questo ultimo caso i residui vengono denominati "residui àncora" visto il loro coinvolgimento nel legame con la molecola MHC.