L'ANP è un peptide formato da 28 amminoacidi, con un anello composto da 17 di essi al centro della molecola. L'anello è formato da un ponte disolfuro tra due residui di cisteina alle posizioni 7 e 23. L'ANP è strettamente correlata al BNP (peptide natriuretico cerebrale) e al CNP (peptide natriuretico C), che hanno tutti in comune lo stesso anello di amminoacidi.