La blastomicosi può essere generalmente distinta in polmonare o extrapolmonare. Nel primo caso la sintomatologia clinica varia in base allo stato immunitario del paziente e all'esposizione al fungo tanto che può essere asintomatica, risultare simile ad una normale influenza oppure manifestarsi in modo simile ad una polmonite con tosse, febbre alta, infiltrati polmonari ed insufficienza respiratoria nelle forme gravi. In seguito all'invasione del polmone e alla penetrazione nella circolazione sanguigna la blastomicosi si manifesta sulla cute sotto forma di lesioni croniche sotto forma di papule, pustole o verruche che possono ulcerare ma possono altresì essere non dolenti. Le parti del corpo più colpite sono viso, collo e mani. Le blastomicosi extrapolmonari possono colpire cute, fegato, milza, reni, ossa e sistema nervoso centrale, la disseminazione a quest'ultimo sito è molto più comune nei pazienti affetti da AIDS o immunosoppressi che tuttavia, in generale, presentano un'incidenza perfino minore rispetto agli individui immunocompetenti.