Il ruolo della clorexidina nella prevenzione della carie dentale è controverso. Sulla base dei giudizi clinici disponibili, i risciacqui con clorexidina non sono stati efficaci nel prevenire la carie o i dati clinici non sono convincenti. L'attuale mancanza di prove cliniche a lungo termine nella prevenzione della carie e la segnalazione di effetti collaterali dovuti ai risciacqui con clorexidina, fanno sì che essa non debba essere raccomandata per la prevenzione della carie, la stessa raccomandazione vale per i gel e le vernici medicate. Dal momento che la carie dentale è una malattia con un'eziologia multifattoriale, attualmente è più opportuno utilizzare come stabilito, applicazioni di fluoruro, una dieta corretta e soprattutto le buone pratiche di igiene orale. Recenti scoperte, inoltre, indicano che l'effetto di un agente antimicrobico nel ridurre i livelli di "Streptococcus mutans" o la riduzione della placca può non essere sempre in correlazione con l'eventuale riduzione della carie.