Il 26 agosto, 1747 Whytt fu nominato professore di teoria della medicina presso l'Università di Edimburgo. Il 16 aprile 1752 Whytt fu eletto "collega della Royal Society di Londra", e ha contribuito alla "Philosophical Transactions". Nel 1756 diede lezioni di chimica presso l'Università al posto di John Rutherford (1695-1779). Nel 1761 fu nominato primo medico da re Giorgio III in Scozia—una carica appositamente creato per lui — ed il 1º dicembre 1763 fu eletto presidente del Royal College of Physicians di Edimburgo; ricoprì la presidenza fino alla sua morte a Edimburgo il 15 aprile 1766.