Frequentemente gli emboli hanno origine dal cuore (soprattutto nel caso di fibrillazione atriale) ma possono provenire da qualsiasi altra parte dell'albero arterioso. Nell'embolia paradossa, si può avere un ictus embolico a partire da un embolo formatosi nel sistema venoso (trombosi venosa profonda) che raggiunge il sistema arterioso attraverso un eventuale difetto interatriale, un difetto interventricolare o di una fistola artero-venosa.