Le molecole MHC di seconda classe sono costituite da 2 catene legate non covalentemente: la catena α (di 32-34 kD) e la catena β (di 29-32 kD) entrambe codificate dal MHC. La tasca per i legame con il peptide è costituita per metà da una e per metà dall'altra: ogni catena contribuisce con una α-elica e 4 filamenti del foglietto β. Nella porzione extracellulare ogni catena possiede un dominio Ig (α2 e β2) di cui, β2 contiene il sito di legame per CD4.