Sia l'anatomia che la fisiologia compiono in questi momenti dei progressi significativi, soprattutto grazie all'applicazione del metodo sperimentale alla fisiologia (William Harvey con la dimostrazione della circolazione del sangue). In questo periodo storico l'intento principale è quello di abbandonare il cieco empirismo al fine di porre le basi di quella che sarà la medicina moderna. Sotto questi auspici nasceva, grazie anche a Borelli, un nuovo movimento, la scuola iatromeccanica che agli inizi veniva anche chiamata scuola iatromatematica. Tuttavia, già nel 1665 sorgevano i primi dissidi e le prime inimicizie tra gli accademici del Cimento; Borelli era in dissidio soprattutto con Vincenzo Viviani, per cui cominciava a maturare il convincimento di ritornare a Messina.