Ho finora ottenuto per omologia la singola subunità del canale del potassio hERG. L'intero canale però è formato da quattro subunità che si ripetono nello spazio (vedi sez. "Introduzione", cap.2, par 2.1.1.) sulla base di proprietà di simmetria. Tali proprietà di simmetria si possono applicare, usando MOE, alla subunità ottenuta per omologia per costruire l'intero canale hERG.Oltre alla costruzione del canale hERG a partire dai modelli 8 e 8-fixed, ho voluto creare anche il canale batterico isolato dall' Aeropyrum pernix, la cui subunità è stata da me utilizzata come template.Ho riportato qui il procedimento per la costruzione del canale a partire dalla subunità 8-fixed. Ho seguito tale procedimento per la creazione di tutti i canali.Dal PDB scarico in MOE la sequenza amminoacidica e la struttura del template     Tale processo di calcolo e visualizzazione dei MIFs genera diversi files che però non mi consentono di ricavare dati quantitativi utili alla mia ricerca. In questo step posso ricavare dati puramente qualitativi osservando, in GVIEW, come variano e dove si concentrano le superfici di isopotenziale corrispondenti a regioni di interazioni favorevoli con il probe scelto diminuendo la soglia energetica attraverso il pannello Field Style ( Gview/Edit/FieldStyle).Per ottenere informazioni utili dal punto di vista quantitativo, in GREATER clicco nuovamente su "run", scegliendo il comando "obtain redeable GRIDKONT".Vengono creati dei files di lettura che, oltre a riassumere le caratteristiche del probe,del box e del campo di forza, individuano le coordinate dei punti compresi all'interno griglia e per ciascuno di essi riportano l'energia di interazione calcolata. In particolare, il file KONT, leggibile in formato ASCII e realizzato in questa fase dell'analisi, è elaborato da uno script in linguaggio PERL (funzionante in Windows XP equipaggiato con cygwin) realizzato presso il laboratorio CASMedChem (www.casmedchem.unito.it) che approssima il volume racchiuso nelle superfici isoenergetiche scelte dall'utente a dei cubi, detti "di interazione", ottenuti congiungendo 8 punti della griglia, volume che rende particolarmente agevole l'analisi dei MIFs. Tale programma valuta inoltre il numero di clusters formati dai