La malaria provoca anemia diffusa durante un periodo di rapido sviluppo del cervello e danni cerebrali, anche diretti. I bambini risultano più vulnerabili a questi attacchi. Alcuni superstiti di malaria cerebrale presentano un aumentato rischio di sviluppare deficit neurologici e cognitivi, disturbi del comportamento ed epilessia. Gli studi clinici hanno dimostrato che la profilassi della malaria è in grado di migliorare la funzione cognitiva e il rendimento scolastico, rispetto al gruppo placebo.