Solo una piccola percentuale di AT/RT è composta unicamente da cellule rabdoidi, le quali possono presentarsi frammiste a cellule di grandi dimensioni non rabdoidi. Quest'ultime hanno un citoplasma eosinofilo, denso, finemente granulare con aspetto vacuolato, possono assumere una forma fusiforme o poligonale e disporsi in nidi o strati.Dal momento che i tumori rabdoidi non presentano come unica sede quella cerebrale, sono state messe a confronto le cellule rabdoidi presenti nell'AT/RT rispetto quelle di una lesione tumorale rabdoide in sede renale.In quest'ultime il nucleo ha un aspetto vescicolare, presentano un singolo nucleolo evidente di grandi dimensioni, abbondante citoplasma e inclusioni citoplasmatiche (13) . È raro che le cellule rabdoidi presenti nel AT/RT si dispongano in cordoni immersi in una matrice mucoide basofila a costituire una struttura trabecolare come accade nei tumori renali rabdoidi. Le aree di tessuto mesenchimale presentano, piccole cellule allungate poco coese fra loro o disposte in fascicoli, strettamente adese le une alle altre con un aspetto simil-sarcomatoso (14) . Nella maggiore parte dei casi ha un aspetto simile al mesenchima fetale.La differenziazione in senso epiteliale non è comune. Il tessuto epiteliale si può disporre in nidi, in isole di tessuto squamoso cheratinizzato o in strutture ghiandolari suggestive di un adenocarcinoma rendendo necessario porre diagnosi differenziale con il carcinoma dei plessi corioidei.Donald Ming et al (15) hanno descritto per primi la presenza di cellule con aspetto a falce che abbracciano le cellule rabdoidi. Sebbene questa non sia una caratteristica morfologica predominante, è stata visualizzata in tutti i casi da loro osservati di AT/RT e mai durante la valutazione di istologici di PNET/MB (medulloblastoma).