I linfociti B attivati dall'antigene esprimono sulla propria membrana il recettore CD40 in grado di legare il ligando CD40L presente sui linfociti T helper attivati. L'interazione fra i due, conseguente al legame tra MHC-antigene con il recettore delle cellule T, provoca una cascata di segnale che porta alla proliferazione dei linfociti B e alla produzione e secrezione delle Ig. L'attivazione avviene ad opera delle proteine TRAF (TNF Receptor-Associated Factors) che attivano a loro volta NF-κB e AP-1 responsabili delle funzioni effettrici della trasduzione. CD40 contribuisce anche alla trascrizione di AID (Activation-Induced Deaminase), responsabile degli scambi di classe delle Ig.