È una malattia autoimmune, chiamata anche "malattia da depositi densi", caratterizzata dalla deposizione di materiale marcatamente elettrondenso nelle membrane basali dei glomeruli. Differentemente dal tipo I, nel tipo II i depositi risultano essere formati dalla sola frazione C3 del complemento, senza che vi sia una marcata presenza di IgG o IgM. La malattia è scatenata dalla presenza di un autoanticorpo IgG ("fattore nefritogeno del C3") che lega la C3-convertasi. La proteinuria può essere sia nel range nefrosico che nel range nefritico; può comparire una ematuria macroscopica in seguito ad attacchi acuti. Come per il tipo I, l'insufficienza renale terminale si realizza nel giro di circa 10 anni; ulteriore causa di morbidità è la comparsa di retinopatia e la deposizione sistemica di placche druse. Recenti ricerche suggeriscono che la malattia da depositi densi sia un'entità clinica separata dalla glomerulonefrite membrano-proliferativa.