Dopo aver conseguito il dottorato di ricerca, Potter si trasferì a Chicago, dove è diventata un'insegnante di patologia nel dipartimento di ginecologia e ostetricia presso l'Università di Chicago . Potter rimase all'università fino al suo pensionamento. La scuola era affiliata al Chicago Lying-in Hospital, dove Potter era patologa. Quando un amministratore del dipartimento sanitario di Chicago iniziò a considerare le cause della mortalità infantile in città, decise di richiedere autopsie per consentire ai genitori di ottenere i permessi di sepoltura. In un periodo di oltre 30 anni, Potter ha eseguito più di 10.000 autopsie sui neonati. 