La carenza di vitamina B6 è rara e sono noti solo 15 casi al mondo su base genetica. Studi su volontari che hanno assunto la desossipirimidina, un antagonista della vitamina, hanno registrato la comparsa di depressione con nausea, vomito, dermatite seborroica, lesioni delle mucose, glossite e cheilosi e neuropatie periferiche. Si sono registrati anche casi di ipovitaminosi in neonati nutriti con latte in polvere sottoposto a processi di preparazione erronei. I piccoli hanno sviluppato manifestazioni neurologiche con convulsioni che sono poi scomparse a seguito dell'aggiunta della vitamina mancante. Si può verificare la carenza relativa di vitamina B6 in corso di trattamento della tubercolosi con isoniazide. Soggetti dotati di isoforme dell'enzima acetiltransferasi dotate di minore attività vanno incontro ad una carenza che dipende dalla formazione di complessi isoniazide-vitamina.