L'educazione timica spiega la tolleranza centrale. I T diretti contro cellule del nostro organismo (tiroide, pancreas, muscolo) vengono eliminati a livello del timo, cosicché alla fine del processo nel sangue troviamo solo linfociti utili, diretti contro i patogeni esterni e non contro noi stessi (il self ). Le cellule dell'epitelio timico espongono sulla superficie cellulare le molecole del nostro organismo che non devono essere attaccate. I linfociti che riconoscono queste molecole muoiono, andando in apoptosi. Riescono a sopravvivere e a proliferare fuori dal timo solo i linfociti che col loro TCR non riconoscono le molecole self.Questo affascinante meccanismo non sempre è perfetto, visto che esistono le malattie autoimmunitarie, e spiega solo una parte della tolleranza ovvero la capacità di non rispondere, di non aggredire noi stessi. Gli immunologi parlano anche di tolleranza periferica, per cui i linfociti che sono potenzialmente autoreattivi vengono bloccati da altri meccanismi che ne spengono l'attivazione.Tra i fattori che intervengono ci sono la quantità di antigene che viene espresso (si deve superare una soglia perché si scateni la risposta), la continua esposizione all'antigene che abitua l'organismo ad accettarlo e l'azione di altre cellule con funzione regolatoria. La risposta immunitaria è caratterizzata dall'equilibrio di meccanismi utili, che ci proteggono dalle infezioni e iniziano l'infiammazione, e meccanismi che ci proteggono da una risposta eccessiva, sregolata, autoimmune.