La collaborazione fra essi funzionò e all'inizio degli anni cinquanta Gibbon riuscì, con l'aiuto della sua macchina, dapprima a escludere totalmente dalla circolazione per il tempo prolungato il cuore di alcuni grossi cani e, in seguito, ad effettuare con successo sugli stessi animali delle vere e proprie operazioni a cuore aperto. Tra il 1952 e l'inizio del 1953 alcuni primi tentativi di utilizzare la nuova macchina sull'uomo ebbero esito negativo a causa di errori tecnici e diagnostici, ma finalmente il 6 maggio 1953 fu portato a termine con successo un intervento a cuore aperto con cui fu possibile correggere chirurgicamente un difetto del setto atriale. A quel punto però John Gibbon, dopo un lavoro durato quasi vent'anni, decise di non operare più e di lasciare lo sviluppo ulteriore della sua macchina ai colleghi più giovani. Fu, in effetti, John Kirklin della Mayo Clinic a perfezionare la macchina di Gibbon, con la collaborazione di quest'ultimo e dell'IBM.