Il virione di SV40 è costituito da un capside a simmetria icosaedrica di 45 nm di diametro, è un virus nudo (privo di involucro) e il genoma consiste di un dsDNA (DNA a doppio filamento) circolare di 5kb superavvolto ed associato ad istoni: il DNA è compattato in 24 nucleosomi. È un virus appartenente alla Classe I nella classificazione di Baltimore.