Nel 1860, con il ritorno di Biagio Miraglia in qualità di direttore, il complesso della Maddalena venne adattato al modello di manicomio italiani. Distribuiti i malati in otto distinti “quartieri”, uno per ciascuna delle classi – o “famiglie”, come le definì il medico – in cui aveva suddiviso le manifestazioni della follia, separò i malati per sesso in due stabilimenti tra loro confinanti per mezzo di rispettivi giardini e comunicanti con viali interni.) L’architetto principale fu ancora una volta Stassano, che organizzò la nuova struttura su due livelli con un servizio igienico per piano, col sistema dei wc mobili. Inoltre, venne ripristinato l’antico teatro, riaperto nuovamente al pubblico nel 1864. Le opere preventivate, però, subirono presto un considerevole rallentamento, a causa della scarsezza delle risorse economiche, al punto che, nel 1869, anno delle dimissioni di Miraglia, la struttura versava in un profondo stato di abbandono.