Nel micro-canale dove il pH è basso, vicino al 2, questi inibitori vengono ionizzati e trasformati in molecole che stabiliscono dei legami covalenti col gruppo tiolico (SH) della cisteina della sotto-unità della pompa. Così facendo la pompa è inibita in modo irreversibile. La ripresa dell'attività di pompaggio necessita la produzione di nuove pompe. Mediamente il tempo per la sintesi di nuove pompe è tra le 18 e le 24 ore, un'unica dose permette un'inibizione di circa 24 ore.