È stato anche ipotizzato un meccanismo patogenetico di tipo autoimmune umorale con produzione di anticorpi diretti contro antigeni del tessuto cardiaco: "T. cruzi" condividerebbe antigeni con il miocardio. Il fatto spiegherebbe il continuo danno alle fibre muscolari del miocardio anche nella fase cronica quando i nidi di amastigoti sono pochissimi. 