La fama di Lower fu soprattutto dovuta a un suo lavoro sulla fisiologia cardio-polmonare. Nel 1669 a Londra apparve il "Tractatus de Corde, item de motu et colore sanguinis". Per molti quest'opera è, dopo quella di William Harvey, il primo grande trattato di cardiologia moderna. Quest'opera consacrava definitivamente il trionfo delle teorie di Harvey.