Dopo la guerra, precisamente il 21 febbraio 1555, partì da Napoli alla volta di Roma in cerca di nuova fortuna. Sapeva bene che a causa dei suoi trascorsi filo spagnoli non avrebbe avuto nessuna possibilità di avvicinarsi all'ambiente ecclesiastico, ciò nonostante riuscì anche in questa città a farsi una clientela di tutto rispetto. Il suo primo paziente fu un palafreniere dell'ambasciatore veneziano che, feritosi gravemente alla testa, era da diverso tempo in cura da Realdo Colombo con scarsi risultati. Fioravanti, che era ormai un esperto nelle ferite craniche, riuscì a curarlo, con i suoi unguenti, in 14 giorni conquistandosi l'invidia non solo di Colombo ma anche di altri medici romani come il cattedratico della Sapienza Giustiniano Finetto. Proprio quest'ultimo cercò di beffare Fioravanti facendoli analizzare del comune aceto spacciato per urina umana, il bolognese però riconobbe subito il tranello, irritando così ancora di più il medico romano.