L'amigdala è una formazione grigia di forma globosa, situata in profondità rispetto al pallido, da cui è separata per l'interposizione delle fibre della capsula interna, e connessa con l'apice della coda del nucleo caudato; caudalmente, essa continua con l'"uncus" della circonvoluzione dell'ippocampo. Anatomicamente l'amigdala può essere assegnata al lobo temporale.