La polvere di mitomicina per uso iniettivo deve essere conservato a temperatura inferiore ai 30 °C e superiore ai 15 °C ed al riparo dalla luce diretta. Le soluzioni di mitomicina si degradano se sono miscelate con soluzioni acide. Alcuni studi hanno dimostrato che la sostanza è molto meno stabile nelle soluzioni di glucosio al 5% (48 ore a 25 °C) per uso iniettivo che in quelle di sodio cloruro allo 0,9%. Dopo che la mitomicina C è stata posta in soluzione è preferibile impiegare il farmaco entro 6 ore.