I microrganismi in grado di invadere l'epitelio intestinale (Salmonella, Shigella, ecc.) o di produrre tossine citotossiche ("Clostridium difficile") determinano dolore addominale e febbre elevata e diarrea sanguinolenta. I microrganismi che non invadono la mucosa intestinale (es: "Giardia") o quelli che la invadono producendo scarsa infiammazione (virus) determinano per lo più diarrea acquosa.