Dopo somministrazione per via orale l'assorbimento avviene nel tratto gastroenterico, ma particolarmente a livello duodenale. La concentrazione plasmatica massima (Cmax) viene raggiunta entro 1-6 ore dall'assunzione. Estazolam è una benzodiazepina con una durata d'azione intermedia. L'emivita di eliminazione è di circa 19 ore, con un range che varia tra le 8 e le 31 ore. Nell'organismo viene biotrasformato a 4-idrossiestazolam e 1-ossoestazolam, entrambi metaboliti inattivi. L'eliminazione avviene principalmente attraverso l'emuntorio renale. L'estazolam attraversa la barriera ematoencefalica e viene secreto nel latte materno.