In conseguenza delle leggi razziali fasciste del 1938, Mafalda fu estromessa dalla Società italiana di pediatria e dall'Università di Milano, ove era libera docente di clinica pediatrica, e il 1º marzo 1939 dimessa dal servizio all'Ospedale veronese assieme ad altri due colleghi ebrei. Ben presto si aggiunsero altri decreti a limitare anche la libera professione medica. La situazione, già precaria, precipitò dopo l'8 settembre 1943 con l'ordine di deportazione di tutti gli ebrei residenti nella Repubblica Sociale Italiana. Mafalda trovò accoglienza e rifugio a San Zeno in Monte presso don Giovanni Calabria. Fin da bambino e per tutta la sua attività pastorale don Calabria aveva intessuto contatti di amicizia con persone della comunità ebraica veronese. Il sacerdote accolse Mafalda a Roncà (vicino Verona), tra le sue suore delle Povere serve della Divina Provvidenza. Qui, assunto il nome di suor Beatrice, Mafalda trascorse 18 mesi, dispensata dall'unirsi alle pratiche religiose cristiane delle suore, che la circondano di rispettose premure. Secondo la testimonianza di Mafalda, don Calabria stesso l'aveva introdotta alle suore con questa specifica raccomandazione: "Conosco la professoressa Pavia e i suoi sentimenti; nessuno quindi faccia la minima allusione né la minima pressione perché aderisca alle nostre convinzioni religiose". Mafalda Pavia rimarrà legata a don Giovanni Calabria da profonda amicizia e riconoscenza e da un lungo rapporto epistolare.