Il rigetto è la complicazione più temibile e frequente nel trapianto di polmoni. Infatti, si verifica nel 55% delle persone entro il primo anno, nel 50% entro 5 anni, nell'80% entro 10 anni. È legato all'attivazione del sistema immunitario del ricevente che riconosce l’organo del donatore come estraneo. La concatenazione di eventi che ne deriva comprende diverse fasi che si concludono con l’attacco, da parte dell’organismo del ricevente, alle cellule dell’organo trapiantato ritenute estranee.