Il sito più comune colpito dall'aspergilloma è il polmone. Aspergillus fumigatus, la specie più comune, è generalmente inalata come una piccola spora (da 2 a 3 micron). In caso di soggetti senza patologie al polmone e con sistema immunitario efficiente, la spora può provocare una piccola reazione granulomatosa nel tessuto circostante senza dare sintomi.