Il meccanismo scatenante questa sindrome non è chiaro; si ritiene che il vaccino induca una reazione anticorpale abnorme, che attiva eccessivamente le piastrine del sangue, provocando piastrinopenia e causando trombosi. Un autoanticorpo chiamato anticorpo anti-fattore piastrinico 4 sembra essere collegato alla sindrome. Sindrome che è dovuta al legame tra eparina ed il PF4, questo legame implica un cambio conformazionale nella struttura del PF4, che mostra all'esterno sequenze aminoacidiche prima presenti soltanto al suo interno; la formazione di anticorpi specifici contro questi neo-epitopi è alla base della trombocitopenia indotta da eparina, complicanza potenzialmente severa del trattamento eparinico. L'anticorpo anti-fattore piastrinico 4 che causa trombocitopenia indotta da eparina è un raro disturbo della coagulazione che colpisce l'1% -2% delle persone dopo l'esposizione all'eparina. In rari casi, l'anticorpo anti-fattore piastrinico 4 è stato associato alla trombosi del seno venoso cerebrale; come similmente questa la sindrome VIPIT è determinata dallo stesso meccanismo biologico.