La patogenesi della celiachia è incentrata sul ruolo dei linfociti T. È stato proposto che la gliadina, una volta “attivata” dalla transglutaminasi tissutale, si leghi alle molecole HLA DQ2 o DQ8 delle cellule presentanti l'antigene e attivi i linfociti T CD4+ presenti nella lamina propria della mucosa intestinale. Dopo essere stati attivati dalla gliadina, questi linfociti T migrano dalla lamina propria in sede subepiteliale e cominciano a produrre diverse citochine, come interferone gamma, interleuchina 2, interleuchina 4, TNF (fattore di necrosi tumorale) alfa. Queste citochine causano apoptosi (morte distacco cellulare) e iperproliferazione linfocitaria che portano all'appiattimento della mucosa intestinale