L'attivazione dei linfociti T ha lo scopo di produrre una grande quantità di linfociti T specifici per l'antigene riconosciuto come patogeno nel nostro organismo. L'entrata di un agente microbico nell'organismo stimola l'immunità innata che a sua volta (mentre cerca di distruggere il patogeno) attiva la risposta adattiva anche stimolando le cellule dendritiche. Il riconoscimento dell'antigene proteico legato a MHC da parte del complesso del TCR e il legame dei corecettori (CD4 o CD8) e dei costimolatori (CD2, CD28, CD40L, SLAM e altri) dà inizio alla trasduzione del segnale all'interno della cellula il cui fine è quello di attivare la trascrizione di geni normalmente non espressi nel linfocita T naïve e che sono invece fulcro delle funzioni del linfocita T effettore. La formazione che si viene a creare tra la membrana plasmatica della cellula APC e quella del linfocita a T è detta sinapsi immunologica (SMAC, "Supra-Molecular Activation Cluster"). Pare che questa si formi preferenzialmente in zone caratterizzate dai lipid rafts (zattere lipidiche) di membrana. La SMAC è formata da una zona centrale (c-SMAC) costituita dal complesso del TCR, dai corecettori, dai costimolatori e dai corrispondenti ligandi sull'APC e da una zona periferica (p-SMAC) costituita da integrine, tra cui spicca LFA-1 che lega ICAM-1 sull'APC.