La prevalenza di displasia renale nei soggetti affetti dalla sindrome di Meckel è del 95%: la sua presenza porta allo sviluppo di cisti microscopiche diffuse e alla conseguente abnorme espansione renale (fino a 10-20 volte le dimensioni originarie), fino alla distruzione dell'organo. Il volume di liquido amniotico è spesso diminuito in caso di sindrome di Meckel, ma talvolta rientra nella normalità e quindi la mancata carenza di esso non deve far escludere la presenza della malattia. L'encefalocele occipitale è presente nel 60-80% dei casi, la polidattilia post-assiale è riscontrabile in oltre metà dei casi e la flessione (spesso accompagnata da riduzione della lunghezza) degli arti è anch'essa comune nella sindrome.