Il metossiflurano è caratterizzato inoltre da lentissimi, e talvolta imprevebili, tempi di smaltimento. Durante gli studi del 1961, il tempo medio di eliminazione del farmaco (calcolato dal momento in cui veniva interrotta la somministrazione) dal corpo dei pazienti fu di 59 minuti, a seguito di somministrazioni medie di 87 minuti. Il tempo massimo riscontrato fu di 285 minuti, a seguito di somministrazioni di 165 minuti.