Durante questo periodo von Behring propose ad Ehrlich di diventare direttore di un Istituto di Ricerca statale, che sarebbe stato fondato da lì a breve, grazie alla sua influenza politica; questa nomina avrebbe però richiesto la rinuncia al contratto con l'azienda chimica. Pur avendo rinunciato ai lauti profitti della scoperta a cui aveva collaborato, Ehrlich non ottenne mai la posizione da lui desiderata e promessagli dall'amico, la cui influenza sembrò non essere sufficientemente forte. Questo evento raffreddò molto i rapporti tra von Behring ed Ehrlich che, pur limitandosi alla formalità, continuarono, soprattutto quando Ehrlich divenne nel 1896 direttore dell'"Istituto del Siero" a Steglitz ed in seguito responsabile del controllo di stato su tutti i sieri.