La mafenide acetato è controindicata in caso di ipersensibilità accertata, mentre non è noto se esista sensibilità crociata con le sulfonamidi. Il farmaco è sconsigliato in gravidanza. Nei pazienti con ustioni estese, insufficienza polmonare o renale, deve essere monitorato l'equilibrio acido-base e deve essere sospesa temporaneamente la terapia.