Nel 1867 fece ritorno a Napoli e raggiunse rapidamente un'ottima reputazione nello svolgimento dell'attività professionale. Nel 1868 si fece promotore della "Associazione dei naturalisti e medici per la mutua istruzione" istituita per facilitare l'aggiornamento scientifico e lo scambio delle informazioni fra i ricercatori delle relative categorie. Nel 1869 fondò e diresse il periodico quindicinale "Il Movimento medico-chirurgico". L'anno successivo fu nominato professore pareggiato in Oftalmoiatria e Clinica Chirurgica presso l'Università di Napoli, incarico che mantenne fino al 1883. La spiccata personalità di Del Monte si rivelò fin da subito, come si evince dalla premessa alle sue lezioni:Del Monte sostenne ed impose teoria e metodi, che mentre fino ad allora erano stati aspramente combattuti, finirono per essere generalmente accettati. Divenne noto per aver presentato alla comunità scientifica dell'epoca, ed aver introdotto nella pratica clinica, un nuovo metodo per l'operazione di estrazione di cataratta tramite il processo lineare modificato di von Graefe. Con tale metodo migliorò sensibilmente la percentuale di esito positivo di un intervento che fino ad allora presentava poche probabilità di successo. Su questo argomento entrò in conflitto con il titolare della cattedra di oculistica dell'Università di Napoli dell'epoca, il prof. Raffaele Castorani, nei confronti del cui operato non esitò a esprimere pubblicamente un giudizio negativo. Alle lezioni tenute all'Università di Napoli da Michele Del Monte si formarono numerosi oculisti italiani della seconda metà dell'Ottocento: fra i suoi allievi ci furono, fra gli altri, Carlo De Vincentiis, Pasquale Sgrosso e Giambattista Sbordone.