Le domande e le risposte erano date per iscritto - in modo da evitare possibili accuse di volontario fraintendimento - e a ogni risposta di Calvino seguivano nuove domande sulla divinità di Cristo, finché il riformatore francese, che cominciava a irritarsi, chiedendo a Biandrata di abbandonare «perfidiam et fallacias dolosque tortuosos», rispose con una lunga argomentazione a tutte le questioni postegli. Da questa si ricava la concezione portata avanti dal Biandrata, consistente in un'attenuazione del puro antitrinitarismo monoteistico, divenuto in lui un triteismo gradualistico: bastava «credere in un solo Dio Padre, in un solo Signore Gesù e in un solo Spirito Santo», senza ulteriori speculazioni su quell'unica essenza della quale la Scrittura non parla, considerando Padre il creatore, il Signore "dal quale" tutto proviene, e Cristo, il Signore "attraverso il quale" tutto è dato. Si trattava in sostanza delle tesi già esposte da Matteo Gribaldi, che gli erano costate il bando da Ginevra nel 1555.