Il batterio "Yersinia pestis" venne scoperto nel 1894 da Alexandre Yersin, un medico franco-svizzero, operante come batteriologo dell'Istituto Pasteur durante un'epidemia di peste scoppiata ad Hong Kong. Yersin apparteneva alla scuola di pensiero di Pasteur. Kitasato Shibasaburō, un batteriologo giapponese di formazione tedesca che praticava la metodologia di Koch, era anch'egli impegnato all'epoca nella ricerca dell'agente causale della peste. Tuttavia, fu proprio Yersin che riuscì a riconoscere la correlazione tra la peste e la "Yersinia pestis". Inizialmente chiamato "Pasteurella pestis", il batterio venne ribattezzato "Yersinia pestis" nel 1944 in onore del suo scopritore.