Ricoprì quindi la carica che fu del giurista Mario Pagano (come presidente della Commissione stessa) ma, con la restaurazione borbonica che ebbe il culmine nel ritorno a Napoli di Ferdinando IV, la Repubblica fu spazzata via e Cirillo assieme a tanti altri patrioti venne imprigionato dapprima nella stiva del vascello da guerra "San Sebastian" e poi trasferito nella "fossa del coccodrillo" di Castel Nuovo.