Il museo è sito in un'ala dell'Ospedale di Santo Spirito in Saxia e contiene, tra l'altro, tavole anatomiche risalenti all'inizio dell'ottocento e create da Antonio Serantoni e Paolo Mascagni tra cui la stampa raffigurante una figura femminile col ventre sezionato e le rappresentazioni del microcosmo, del cervello e del fegato. Trattasi di opere realizzate su tavola appartenute al chirurgo Guglielmo Riva. Il Museo consta di una biblioteca molto fornita con libri risalenti ad un periodo compreso tra il XVI secolo ed il XX secolo. Tra i volumi vi sono delle cinquecentine di Aldo Manuzio e figlio oltre a ricettari, manoscritti della fine del XVIII-inizi del XIX secolo, miscellanee, lauree, diplomi, regolamenti, incisioni e tavole anatomiche. Oltre ai volumi vi sono quattro dipinti ad olio del XVIII secolo raffiguranti dei medici tra cui Giuseppe Flajani e del figlio Gaetano. Una scaffalatura in noce è posta lungo le pareti proveniente da un archivio capitolare monastico.