Nel marzo 1916, la struttura manicomiale venne trasformata in ospedale militare; i malati psichiatrici vennero trasferiti in altri Istituti dell'Impero austro-ungarico e ritornarono soltanto tra il marzo ed il luglio 1919. Il passaggio dalla legislazione manicomiale austriaca a quella italiana non fu rapido. Nel 1919 si ampliò la competenza territoriale dell'Ospedale di Pergine, che venne a comprendere anche l'Alto Adige. Nell'anno successivo questo assunse la nuova denominazione di "Ospedale provinciale della Venezia Tridentina in Pergine".