Le alterazioni del sistema immunitario possono essere causa di aborti spontanei attraverso meccanismi di autoimmunità o di alloimmunità.L'autoimmunità è un fenomeno che riflette la perdita di tolleranza verso il self, interrompendosi lo stato di non reattività nei confronti dei propri antigeni.Essa può essere la conseguenza di una mancata delezione dei linfociti T autoreattivi a livello timico o di una rottura delle tolleranza periferica, provocata da alterazioni Oggi si ritiene che alcuni casi di abortività spontanea ricorrente siano causati da autoanticorpi, in particolare da anticorpi antifosfolipidi (APA) e morbo celiaco, spesso associato ad altre patologie autoimmuni.