Il ciclo mestruale è regolato in maniera altamente complessa. Per molti anni, il dibattito fra i ricercatori si è sviluppato attorno a quale sistema regolatore detenesse per ultimo il controllo: l'ipotalamo, l'ipofisi, oppure le ovaie con il follicolo; ma tutti e tre i sistemi interagiscono. In qualsiasi scenario, il follicolo ovarico detiene un ruolo critico: fa maturare l'endometrio, provvede lo stimolo appropriato all'ipotalamo e all'ipofisi, e contribuisce alla modificazione del muco cervicale. Due ormoni sessuali giocano un ruolo fondamentale nel controllo del ciclo mestruale: l'estradiolo ed il progesterone. Ma tutti e tre i sistemi devono interagire tra loro.