La causa dell'idroa vacciniforme è sconosciuta. Fattori scatenanti sono l'esposizione a sorgenti di UVA sia naturali (luce solare) che artificiali (lettini solari). Il virus di Epstein-Barr potrebbe essere implicato nella patogenesi della malattia dal momento che è stato riscontrato in forma latente nell'infiltrato infiammatorio del derma.