La colite ischemica deve essere differenziata da altre possibili cause di dolore addominale e di sanguinamento rettale: ad esempio infezioni, malattia infiammatoria dell'intestino, diverticolosi, o cancro del colon. È anche importante differenziare la colite ischemica, che in molti casi ha un andamento spontaneamente favorevole, da altre condizioni che mettono a rischio la vita del paziente, segnatamente l'ischemia acuta mesenterica del piccolo intestino.