Sebbene il MERS-CoV sia ritenuto capace di antagonizzare la produzione endogena di IFN, il trattamento con interferone I e III esogeni (IFN-α e IFN-λ) ha ridotto efficacemente la replicazione virale in vitro: il MERS-CoV è risultato essere 50-100 volte più sensibile all'interferone-alfa (IFN-α) rispetto al SARS-CoV; questa osservazione potrebbe avere importanti implicazioni per il trattamento della MERS; mostrando anche che i virus Coronavirus zoonotici sono lontanamente connessi tra loro rispetto l'interazione e l'evasione della risposta immunitaria cellulare innata.