Dopo un'incubazione che dura da 1 a 4 settimane, compaiono uno o più noduli sottocutanei che successivamente vanno incontro a ulcerazione, dando origine a lesioni ben delimitate, a margini non dolenti, la cui grandezza arriva a qualche centimetro. Esse sono facilmente sanguinanti e le loro dimensioni progrediscono, anche se lentamente. Devono essere trattate al più presto per impedire la loro diffusione e peggioramento. Le lesioni compaiono nel 90% dei casi nelle regioni genitali (pene nel maschio, vagina, vulva, perineo nella femmina), meno frequentemente nell'ano. Lesioni extragenitali possono comparire nel 6-10% dei casi e interessano soprattutto il cavo orale.