La sindrome di Alport è causata da mutazioni dei geni "COL4A3", "COL4A4" ,"COL4A5 e COL4A6" codificanti per le catene di collagene. Mutazioni in tali geni impediscono il corretto assemblaggio degli eterotrimeri della rete (""network"") di collagene di tipo IV, che costituisce un importante componente strutturale delle membrane basali di rene, orecchio interno e occhio. Le membrane basali appaiono assottigliate, a morfologia di foglietto che separa e sostiene le cellule di molti tessuti.