La lesione granulomatosa è quindi un tentativo da parte dell'organismo di arginare la penetrazione di batteri provenienti dalle zone interne del dente, creando una barriera contenitiva composta da tessuto infiammatorio cronico. Questo spiega la posizione prevalentemente periapicale della lesione, in corrispondenza dello sbocco più comune dei canali radicolari. Talvolta però in presenza di canali laterali o comunicazioni del pavimento pulpare con le zone delle forche radicolari, sarà possibile ritrovare una lesione granulomatosa in queste zone.