Le alterazioni architettoniche interessano più dei due terzi dell'epitelio, in associazione ad atipie citologiche. Come già ricordato nel paragrafo precedente, alterazioni architettoniche che si estendono al terzo medio accompagnate da atipie citologiche importanti passano automaticamente da grado moderato a grado severo.[16]Ci sono tuttavia vari fattori che possono influenzare la morfologia e il grado della displasia, come ad esempio l'età del paziente e le sue abitudini voluttuarie, il sito e la durata della lesione, le infezioni fungine (candida) e virali (HPV). Trattandosi di un processo evolutivo, tale lesione potrà progredire verso il carcinoma oppure regredire fino alla sua risoluzione completa. Tuttavia non ci sono ancora fattori che possano predire con una certa accuratezza il comportamento di una lesione precancerosa. Sicuramente ci sono alcune variabili che possono influenzare il giudizio diagnostico del patologo: la regione in cui viene praticata la biopsia (alcuni siti, come il pavimento della bocca o la parte ventrale della lingua, hanno un epitelio più sottile o atrofico) può far sottostimare il grado della displasia; l'uso continuativo di alcol e tabacco aumentano il grado della displasia, probabilmente per il continuo accumularsi di nuove mutazioni; la presenza della candida contribuisce allo sviluppo del processo iperplastico, così come l'aumentato infiltrato infiammatorio crea problemi nella valutazione complessiva della lesione. Sebbene vari studi abbiano comunque tentato di differenziare le displasie di basso e elevato grado, il problema rimane ancora senza una soluzione.