È una malattia complessa caratterizzata dalla formazione di ulcere a livello gastrico ma soprattutto duodenale. La loro patogenesi, complessa, riconosce come momento fondamentale l'azione aggressiva dell'acido cloridrico (prodotto dalle ghiandole presenti in alcune aree dello stomaco) sulla mucosa gastrica o duodenale che viene progressivamente erosa fino a formare lesioni dall'aspetto crateriforme.