Nel trattamento prolungato del lupus o dell'artrite reumatoide, gli effetti avversi includono sintomi acuti, come pigmentazione oculare alterata, acne, anemia , decolorazione dei capelli, vesciche sulla bocca e sugli occhi, disturbi del sangue, convulsioni, difficoltà visive, riflessi ridotti, cambiamenti emotivi, eccessiva colorazione della pelle, perdita dell'udito, orticaria, prurito, problemi al fegato o insufficienza epatica, perdita di capelli, paralisi muscolare, debolezza o atrofia, incubi, psoriasi, difficoltà di lettura, tinnito, infiammazione e desquamazione della pelle, eruzioni cutanee, vertigini, perdita di peso e occasionalmente incontinenza urinaria. L'idrossiclorochina può peggiorare la psoriasi e la porfiria.