Secondo la teoria di Martin, le influenze nocive dell’ambiente causerebbero, soprattutto nei tessuti a scarsa capacità rinnovamento, mutazioni ed una ridotta capacità di replicazione e riparazione del DNA. Una variante di questa teoria si basa invece sull’idea che le mutazioni delle cellule del sistema immunitario o delle cellule bersaglio dello stesso causerebbero dei danni dovuti all’autoimmunità.