Con lo scoppio della seconda guerra mondiale nel 1939 Banting decise di impegnarsi insieme a Bill Franks nello studio dei "black-out" dei piloti soggetti a grossa forza G. Iniziarono a lavorare per la RCAMC ed ebbe un ruolo importante nella produzione di tute-G usate per proteggere i piloti della RAF. Il 21 febbraio del 1941 era a bordo di un Lockheed Hudson bomber che doveva affrontare la traversata Atlantica per raggiungere l'Inghilterra ma il motivo del viaggio ancora non è chiaro. Si suppone che dovesse incontrare le controparti e convincerle ad usare le armi biologiche solo come ultima spiaggia in caso di invasione tedesca dell'Inghilterra. Un'altra ipotesi fu la costante richiesta di Banting di lavorare in prima linea; richiesta che più volte non era stata accolta dagli ufficiali canadesi che lo reputavano più utile nelle retrovie. L'aereo cadde, Banting sopravvisse all'impatto ma la clavicola sinistra gli aveva bucato un polmone, riuscì ad uscire dall'aereo e fare pochi passi nella neve prima di crollare a terra esanime.