Ottenne la laurea il 18 novembre del 1752, ma la sua esperienza in ospedale aveva avuto inizio già un anno prima. Dal 1751 al 1758, infatti, lavorò come assistente alla Spanische Krankenhaus, ospedale inizialmente fondato per curare persone di nazionalità spagnola, italiana e olandese, ma al tempo piena di soldati malati; e dal 1758 al 1762 ne fu primario. Lì Auenbrugger dedicò tutto se stesso allo studio delle malattie polmonari e mise a punto il nuovo metodo semeiotico di percussione, sfruttando ciò che aveva appreso da ragazzo nella bottega paterna.