Il trapianto HSCT allogenico coinvolge due persone: il donatore (sano) e il ricevente (paziente). I due possono essere consanguinei o totalmente estranei. I donatori devono possedere un tipo di tessuto compatibile con il ricevente. L'accertamento della compatibilità viene eseguito sulla base della variabilità a tre o più loci del gene del complesso maggiore di istocompatibilità (gene HLA). Anche se c'è una buona compatibilità di questi alleli critici, il destinatario richiederà farmaci immunosoppressivi per ridurre le possibilità di graft-versus-host disease. Nel caso di un trapianto di cellule non HLA-identiche, è stato sviluppato un sistema di impoverimento di linfociti T del donatore (ritenuti "a rischio" GvHD) prima o dopo il loro inserimento. Grazie a speciali meccanismi biotecnologici (anticorpi monoclonali legati a "magnetic beads"), si possono mantenere solamente le cellule T desiderate, ovvero quelle selezionate positivamente e negativamente. In altre parole, si può sostituire la funzione del timo di generazione della tolleranza in un lasso di tempo decisamente minore.