Il regolamento ha, inoltre, istituito l'EFSA (Autorità Europea per la Sicurezza Alimentare), che ha compiti fondamentali che vanno dal parere scientifico indipendente su tutti gli aspetti relativi alla sicurezza alimentare, alla gestione di sistemi di allarme rapido, alla comunicazione e al dialogo con i consumatori in materia di sicurezza alimentare e di questioni sanitarie e la realizzazione di reti con le Agenzie nazionali e gli organismi specifici. Innovazione fondamentale introdotta in Italia con il D.Lgs 155/97, in recepimento delle Direttive 93/43/CEE e 96/3/CE è stato il sistema di autocontrollo dell'igiene degli alimenti, l'analisi dei rischi e controllo dei punti critici (Hazard Analisis Critical Control Point, HACCP), secondo cui tutte le aziende sono tenute ad adottare tutte le misure necessarie per garantire la sicurezza igienica e la salubrità dei prodotti alimentari e quindi l'idoneità degli alimenti al consumo attraverso: