Nonostante la pratica medico-chirurgica fosse vietata al clero, divenne medico presso le più nobili famiglie milanesi, recandosi ancora a Padova e a Bologna per perfezionare lo studio della medicina (nel 1578, nel periodo di supplenza presso lo Studio del convento, avrebbe assistito all'estrazione di un neonato vivo dalla madre che era stata uccisa al nono mese di gravidanza, operazione eseguita a Bologna dal maestro Aranzi). L'esercizio della professione medica non era però compatibile con la vita religiosa e con il suo ruolo di reggente dello Studio del convento di S. Eustorgio e perciò in un anno imprecisato abbandonò l'Ordine per potersi dedicare interamente alla pratica medica; pare infatti poco probabile che egli abbia potuto godere di una dispensa papale per proseguire lo studio e la pratica della medicina anche dopo aver preso i voti.