Nella celiachia conclamata il danno è causato dai linfociti T e linfociti B specialmente contro i villi intestinali che causa malassorbimento, ma anche in vari altri organi; un ruolo simile, senza danno ai villi intestinali e senza presenza dei marcatori specifici, è stato rilevato anche nella sensibilità non celiaca; la malattia è forse immunomediata con azione eccessiva e autoimmune degli anticorpi direttamente sulle zone colpite. Gli anticorpi specifici anti-gliadina sono presenti solo in poco più della metà dei casi di NCGS.