Stintzing studiò medicina presso le università di Bonn, Lipsia e Tubinga, ricevendo il dottorato nel 1878 a Bonn. Dopo la laurea rimase a Bonn come assistente presso l'Istituto di fisiologia di Eduard Pflüger (1829-1910). In seguito fu assistente di Hugo von Ziemssen (1829-1902) presso la clinica medica a Monaco di Baviera, e nel 1890 diventò professore associato e direttore della clinica medica presso l'Università di Jena.