Molte delle caratteristiche facciali tipiche della sindrome di Jackson-Weiss derivano dalla fusione prematura delle ossa del cranio. Di più frequente riscontro sono la polidattilia a livello del piede in zona preassiale, la sinostosi a livello del tarso e del metatarso, una prominenza della porzione superiore della fronte, lo strabismo e la proptosi. In casi particolarmente gravi si possono osservare ritardo mentale e idrocefalo.