Poiché il tronco encefalico è costituito da bulbo, ponte e mesencefalo, è possibile distinguere rispettivamente, in base alla struttura colpita, sindromi bulbari, pontine e mesencefaliche. Poiché queste strutture ospitano differenti nuclei e sistemi di fibre nervose discendenti ed ascendenti, le diverse manifestazioni cliniche ricalcheranno la sede di lesione. Semplificando, poiché nel mesencefalo sono contenuti i nuclei dei nervi oculomotori, una lesione a questo livello si manifesterà tipicamente con oftalmoplegia, come nella sindrome di Weber; seguendo questo esempio, si può dunque dedurre che lesioni pontine esiteranno verso la paralisi del VII nervo cranico, come nella sindrome di Millard-Gubler. Infine, sempre semplificando, una lesione bulbare può manifestarsi con paresi del IX, X, XI nervo cranico. 