Alla morte del duca Francesco Sforza, nel 1467 Giovanni Marliani scrisse una lettera al nuovo duca Galeazzo Maria Sforza in cui dichiarava di essere stato richiesto da molti Studi in diverse città d'Italia, sperando di poter essere trasferito da Pavia a Milano e di ricevere un aumento di salario, vista anche la sua numerosa famiglia. Il Consiglio segreto di Milano intercedette presso lo Sforza in favore di Giovanni, esaltando la sua fama anche oltre i confini del Ducato. Il duca Galeazzo Maria, dopo alcuni indugi, acconsentì per conferirgli un'assegnazione annua di fiorini, il più alto salario riconosciuto a chiunque nel Ducato. Sotto la reggenza di Ludovico il Moro ottenne i dazi di Gallarate e della sua pieve.