Dal 1898 fino al 1908 ricoprì l'incarico di assistente presso il Dipartimento di Anatomia Patologica dell'Università di Vienna, con a capo il professor A. Weichselbaum, scopritore della causa batterica della meningite, e con Fraenckel che aveva scoperto lo pneumococco. Qui Landsteiner lavorò sulla fisiologia morbosa sull'anatomia patologica. Nel 1911 diventò professore di Anatomia Patologica presso l'Università di Vienna, tuttavia senza avere la corrispondente retribuzione.