Nel 1986, mentre era professore di biologia al MIT e direttore al Whitehead, Baltimore scrisse, insieme a Thereza Imanishi-Kari (una professoressa aiutante di biologia che aveva il suo laboratorio al MIT) e ad altre quattro persone, un trattato scientifico sull'immunologia. Un tale del laboratorio di Imanishi-Kari, Margot O'Toole, la quale non era degli autori, riportò qualche sua preoccupazione riguardante il trattato, accusando Imanishi-Kari di aver fabbricato dati per una copertura. Baltimore, comunque, si rifiutò di ritirare il trattato.