In particolare è stato suggerito che, nella membrana plasmatica apicale degli enterociti, NPC1L1 promuove la creazione di microdomini arricchiti di NPC1L1-colesterolo-flotillina che vengono poi internalizzati: questi microdomini si arricchiscono progressivamente di colesterolo e si comportano da trasportatori ("carrier") del colesterolo. L'endocitosi dei microdomini avviene grazie all'intervento del complesso clatrina-proteina adattatrice AP2. Contro questa ipotesi prevalente, uno studio ha però osservato che l'assorbimento del colesterolo mediato da NPC1L1 può avvenire anche indipendentemente dall'endocitosi, verificandosi anche quando tale processo venga inibito. Di conseguenza i precisi meccanismi molecolari che consentono l'assorbimento del colesterolo attendono un chiarimento definitivo.