Quando assunta per via orale, circa il 50% della psilocibina viene assorbita direttamente da stomaco ed intestino, quindi viene rapidamente convertita in psilocina che viene poi glucuronata (ad opera di due enzimi glucuronil transferasi UGT1A9 nel fegato e UGT1A10 nell'intestino) ed escreta nelle urine oppure convertita in altri metaboliti ad opera delle monoammino ossidasi.