Tommasi stabilì la sede dell'Ordine a Messina (1803) e poi a Catania (1804): fu scelta la Sicilia perché si sperava che l'Ordine riavesse Malta, come era stato previsto nell'articolo X del trattato di Amiens del 1802; tuttavia l'ostilità inglese e il riaprirsi del conflitto anglo-francese fecero cadere ogni speranza e nel 1814 a Parigi e nel 1815 con il congresso di Vienna fu confermata la sovranità inglese su Malta.