Nell'autunno del 1942, decise di nascondersi e chiese a Miep Gies alcuni indirizzi adatti. Consultò Otto Frank, che, con la sua e la famiglia van Pels, era nascosto da lei in stanze segrete nell'edificio degli uffici dei Franchi. Frank accettò di accogliere Pfeffer, e fu preso nel loro nascondiglio il 16 novembre, dove la sua laurea in medicina tornò utile in quanto non potevano contattare un medico mentre si nascondevano.