Per la cura dell'amebiasi vengono utilizzati diversi farmaci antiparassitari a seconda della gravità della malattia, da prendere sempre su prescrizione e sotto controllo medico. Per gli individui con disturbi (sintomi) causati dall'infezione intestinale e/o extra-intestinale vengono usati il metronidazolo e il tinidazolo. Questi farmaci però possono provocare effetti collaterali, quali nausea, gastrite, diarrea e riduzione dei leucociti (vedi Analisi cliniche - Emocromo), e possono indurre resistenza (perdita dell'efficacia del farmaco) nei parassiti. Sono inoltre controindicati in gravidanza e durante l'allattamento.