A differenza della struttura delle cellule somatiche, la cromatina dello spermatozoo è molto compatta per ragioni chimiche. Nel corso della spermatogenesi questo processo facilita la compattazione della testa dello spermatozoo, con la stabilizzazione del nucleo, che in tal modo diviene maggiormente protetto dagli stress esterni e dal danno al DNA. Maschi fertili con parametri normali hanno quasi uniformemente bassi livelli di frammentazione del DNA, ma circa l'8% di soggetti con spermiogramma (concentrazione, motilità e morfologia) normale presentano una patologica frammentazione del DNA.