L'immunofluorescenza può essere utilizzata per definire il livello di clivaggio grazie ad anticorpi legati ad un fluorocromo diretti verso proteine che si trovano in sedi specifiche nell'epidermide o della giunzione dermo-epidermica. L'esame viene effettuato solitamente su sezioni congelate. È inoltre possibile ricorrere ad anticorpi che si legano a proteine mutate nei vari sottotipi di epidermolisi bollosa. In questo caso la scarsa o mancata visualizzazione della fluorescenza per un dato antigene dimostrerà la sua carenza o assenza permettendo di distinguere i vari sottotipi di EBS. L'esame in questo caso viene effettuato su sezioni incluse in paraffina, con l'eccezione delle indagini su proteine transmembrana.