La nanotossicologia come scienza a sé ha suscitato critiche, poiché, contrariamente al suo ampio significato etimologico, essa riguarda invece un ambito settoriale ristretto della patologia che causa numerose ambiguità soprattutto per i "non addetti ai lavori". Le critiche riguardano anche il fatto che si è voluto dare, senza alcuna utilità, una ruolo del tutto nuovo a una branca della scienza, la patologia del lavoro, che di per sé non ne aveva bisogno.