In età giovanile proseguì i suoi primi studi sulla medicina dapprima presso l'Ospedale di Pammatone di Genova e in seguito si trasferì a Saluzzo (CN) che già ospitava diversi e illustri medici dell'epoca tra cui un certo "Battista da Rapallo", medico chirurgo litotomo che s'inserì al servizio dei Marchesi di Saluzzo. Sul rapporto tra Battista e Giovanni da Vigo alcuni testi dello storico Vincenzo Malacarne (1774-1816) riferiscono che Giovanni fosse in realtà figlio del Battista, ma studi più recenti dello storico Pietro Berri smentiscono tale rapporto familiare; secondo il Berri Giovanni si trasferì nella città piemontese solo per trarre insegnamento medico dal Battista suo concittadino.