La raccolta della storia clinica deve essere dettagliata, e accompagnata dall'esame fisico e dagli esami di laboratorio e strumentali più idonei in ciascun caso. Tipicamente vengono riferiti aumento della frequenza minzionale, da 8-10 volte fino a oltre 30 volte nelle 24 ore, inoltre urgenza, e dolore variamente descritto come bruciore/fastidio/peso in regione vescicale-perineale-uretrale-vaginale. Certi cibi o bevande possono risvegliare il dolore, lo svuotamento della vescica lo riduce, riducendosi la distensione delle sue pareti. Spesso esiste dispareunia, e la urocoltura è negativa, anche se la disfunzione uroteliale esistente può rendere più facile il recidivare di infezioni batteriche delle vie urinarie. Questi sintomi dovrebbero indurre a sospettare la CI/PBS. L'esame pelvico consente di evocare dolorabilità in regione sovra pubica, della parete vaginale anteriore e della base vescicale, oltre ad un ipertono del muscolo elevatore dell'ano, rilevabile con esplorazione vaginale (sesso femminile) o rettale (sesso maschile).