Con il resto del gruppo e due dei loro protettori, Johannes Kleiman e Victor Kugler, Pfeffer fu portato nel quartier generale nazista ad Amsterdam-Sud, poi in una prigione per tre giorni prima di essere trasportato a Westerbork l'8 agosto. Pfeffer fu portato nelle caserme di punizione con gli altri, dove svolse duro lavoro, fino a quando fu selezionato per la deportazione ad Auschwitz il 3 settembre. Fu separato dagli altri all'arrivo il 6 settembre e inviato alla caserma degli uomini, dove fu riunito con Otto Frank. Il 29 ottobre fu trasferito con altri 59 medici a Sachsenhausen e da lì a Neuengamme in una data sconosciuta. Morì all'età di 55 anni nella caserma, di enterocolite il 20 dicembre 1944.