Diverse carenze ormonali correlate all'ipopituitarismo possono portare a malattie secondarie. Per esempio, il deficit dell'ormone della crescita è associato a obesità, colesterolo elevato e alla sindrome metabolica. La carenza di estradiolo può portare a osteoporosi. Se una efficace gestione delle carenze ormonali sottostanti può ridurre questi rischi, è tuttavia spesso necessario trattarli direttamente.