Esistono pareri contrastanti riguardo alla tipologia di coinvolgimento del cervello. Infatti, le persone con la sindrome di Werner possono presentare complicazioni a carico del sistema nervoso centrale associate all'arteriosclerosi, ma non sembrano essere particolarmente suscettibili alla malattia di Alzheimer, tipicamente legata al normale processo di invecchiamento. Non è, in genere, osservata una diminuzione della capacità di ragionamento, di attenzione, di memoria, di linguaggio (deficit cognitivi).