Dopo l'episodio del processo, Parkinson ritornò a svolgere a tempo pieno il mestiere di chirurgo. Risale a questo periodo (1799-1807) la sua maggior produzione bibliografica: i suoi scritti erano soprattutto rivolti alle famiglie, con consigli su come evitare di contrarre le malattie o sugli effetti di comportamenti pericolosi. Parkinson dimostrava una sensibilità per la medicina preventiva che ha del pionieristico per quei tempi. I suoi libri più importanti in questo periodo furono due studi sulla gotta e sulle complicanze peritonitiche dell'appendicite.