Il SC riceve una forte proiezione inibitoria dai gangli della base, originata dalla substantia nigra pars reticulata (SNr). I neuroni nella SNr di solito sparano continuamente a velocità elevate, ma all'inizio di un movimento oculare si "mettono in pausa", interrompendo così l'inibizione al SC. I movimenti oculari di tutti i tipi sono associati alla "pausa" nello SNr; tuttavia, i singoli neuroni SNr possono essere maggiormente associati ad alcuni tipi di movimenti rispetto ad altri. I neuroni in alcune parti del nucleo caudato mostrano anche attività legate ai movimenti oculari. Dato che la grande maggioranza delle cellule caudate sparano a frequenze molto basse, questa attività si presenta quasi sempre come un aumento della frequenza di attività. Quindi, i movimenti oculari iniziano con l'attivazione nel nucleo caudato, che inibisce la SNr attraverso le proiezioni GABAergiche dirette, che a loro volta disinibiscono il SC.