Nel 1848 conseguì il dottorato in medicina a Praga, diventando in seguito professore presso la scuola medico-chirurgica di Lemberg (1855). Poco dopo fu professore all'Università di Heidelberg (1856-58) e nel 1858 fu professore alla Josephs Academy di Vienna. Nel 1871 sostituì Josef Škoda (1805-1881) presso la facoltà di medicina di Vienna. Dopo la morte di Duchek nel 1882, la sua posizione a Vienna fu occupata da Carl Nothnagel (1841-1905).