Nel glaucoma primario ad angolo aperto sono presenti alterazioni ultrastrutturali alcune delle quali sono rappresentate dall'amplificazione dei normali processi di invecchiamento : vengono perse cellule trabecolari con fusione di trabecole adiacenti e conseguente ridotta pervietà degli spazi, ispessimento delle lamelle, riduzione del numero e delle dimensioni dei vacuoli giganti e dei pori dell'endotelio della parete interna dello Schlemm (la facilità al deflusso presenta una diminuzione globale di circa il 60% tra la terza e la settima decade di vita) ma soprattutto accumulo di materiale extracellulare, principalmente a livello dello strato cribriforme. Il materiale di accumulo è detto plaque. Sono stati descritti tre tipi di plaque di cui il più importante è quello di tipo due, costituito da estensioni e da ispessimenti delle guaine delle fibre simil elastiche ( Sheath Derived plaque material o SD-plaques) . L'SD-plaque con l'età aumenta sia nella parete interna sia in quella esterna del canale di Schlemm in quantità sovrapponibili; negli occhi affetti da glaucoma si osserva un accumulo maggiore sulla parete interna. L'SD-plaque osservato nel glaucoma è qualitativamente diverso da quello riscontrato negli occhi normali, come dimostrato da studi ultraistochimici dopo digestione enzimatica con varie condroitinasi che hanno evidenziato anche la presenza di materiale di accumulo addizionale non età dipendente.La natura dell'SD-plaque non è ancora chiara ma si è dimostrato che nella matrice extracellulare dei pazienti glaucomatosi aumenta il condroitinsolfato e la fibronectina mentre diminuiscono cheratansolfato e acido ialuronico. Quest'ultimo è un fattore chiave nel promuovere motilità, adesione e proliferazione cellulare. Un'ipotesi recente prevede che uno dei tre recettori per l'acido ialuronico, il CD44 possa essere un marker della patologia stessa. Nel glaucoma primario ad angolo aperto infatti è presente un aumentato livello nell'umore acqueo dell'isoforma solubile (CD44S) che potrebbe inibire quella glicoproteica transmembrana (CD44H), influendo negativamente sulla sopravvivenza delle cellule trabecolari e forse anche di quelle ganglionari retiniche. Nell'acqueo dei glaucomatosi è stato anche riscontrato un incremento di TGF che in vitro sul trabecolato determina un aumento di matrice extracellulare e riduzione della cellularità.Inoltre nella matrice della porzione cribriforme del trabecolato di occhi glaucomatosi è presente un aumento di afkristallina. Si tratta di una proteina di basso peso molecolare della famiglia delle heatshock proteins che risulta inscindibile dallo stesso TGFp (63) e che sembra importante nella patogenesi del glaucoma. Infine si è riscontrata nei glaucomatosi una maggiore espressione, su base genetica, di TIGR protein che riduce la permeabilità trabecolare accumulandosi nella matrice intercellulare e modificando la risposta ai corticosteroidi. Stone et al nel 1997 hanno identificato sul cromosoma 1 il gene GLC1A dimostrandone anche tre diverse mutazioni collegate alla trasmissione del glaucoma ad angolo aperto. Il gene fu inizialmente denominato TIGR in quanto codifica per la proteina che veniva indicata con questo acronimo. In seguito la denominazione del gene e della proteina è stata cambiata in Myocillin (MYOC).