In condizioni normali si verifica continuamente la scissione del C3 circolante a un ritmo lentissimo ("tickover") con formazione di piccolissime quantità di C3b (che presenta omologie strutturali con C4b). Questo se rimane in circolo viene inattivato rapidamente; se invece si lega alle superfici di cellule, per esempio batteriche, esso può associarsi a una proteina plasmatica chiamata fattore B. Appena legatosi al C3b il fattore B perde un piccolo frammento (frammento Ba) a opera di una proteasi chiamata fattore D. Il frammento residuo, Bb, rimane legato al C3b costituendo il complesso C3b-Bb che rappresenta la C3 convertasi della via alternativa.