In molti altri vertebrati si ritrovano nervi cranici omologhi a quelli umani. I nervi cranici XI e XII comparvero evolutivamente nei vertebrati amnioti (tetrapodi non anfibi), e sono quindi assenti negli anfibi e nei pesci. In alcuni pesci cartilaginei come lo spinarolo ("Squalus acanthias"), esiste un nervo terminale denominato "nervo cranico zero" perché esce dall'encefalo anteriormente al primo nervo cranico.