Come ogni altro segmento, l'uretra spugnosa contiene ed è circondata da un complesso labirintico di ghiandole uretrali e parauretrali, il cui numero complessivo ammonta a diverse migliaia; inoltre include minuscole creste uretrali, tra cui spicca la cresta del bulbo. Ai lati dell'ampolla uretrale sboccano i dotti pre-eiaculatori provenienti dalle ghiandole di Cowper: le due strutture più prominenti, dette ghiandole bulbouretrali, si trovano su entrambi i lati del bulbo membranoso; le due strutture minori, dette ghiandole diaframmatiche, sono invece collocate nello sfintere uretrale esterno presso l'uretra membranosa, ma riversano il proprio secreto nell'uretra bulbare. Le altre ghiandole e i dotti principali di questo segmento sono costituiti dalle ghiandole di Littré, intraepiteliali, bulbomembranose, otricolari bulbari, di Tyson, di Morgagni e parameatali; sono per gran parte avvolte da tessuto spugnoso uretrale.