Se nel midollo spinale i nuclei motori sono anteriori (corna o colonne ventrali) e i sensitivi sono posteriori (corna o colonne dorsali), nel tronco encefalico i nuclei effettori si portano dorsalmente nella calotta o tegmento del tronco encefalico e si fanno mediali, mentre i sensitivi si portano lateralmente. Tra le due colonne grigie compaiono nuovi nuclei per le sensibilità speciali (nuclei statoacustici, per esempio), sempre nell'ordine mediale-effettore e laterale-sensitivo.