Il cariotipo 47,XYY rappresenta la seconda aneuploidia completa più frequente associata ai cromosomi sessuali.La maggior parte degli studi allestiti utilizzando l'ibridazione fluorescente in situ (FISH) su campioni di spermatozoi di maschi 47,XYY ha evidenziato un moderato incremento della frequenza di anomalie in corrispondenza dei cromosomi sessuali. Comunque non è stato dimostrato un incremento del rischio di casi di aneuploidie nella prole di maschi 47,XYY [48].L'alterazione cromosomica 46,XX è stata riscontrata soprattutto in maschi azoospermici, con una frequenza dello 0,9%. Il fenotipo è simile a quello della KS, ma i soggetti presentano un'altezza e un'intelligenza nella norma.Il gene SRY è presente nella maggior parte dei casi (maschi SRY + XX); in questi casi i maschi sono sterili e presentano azoospermia dovuta ad atrofia testicolare. L'altra categoria è rappresentata dai maschi SRY -XX, che presentano una mutazione in un gene autosomico oppure in un gene associato al cromosoma X e coinvolto nella determinazione del sesso. Questo gene potrebbe sostituire il gene SRY, permettendo così la formazione dei testicoli in assenza del gene SRY [49].La frequenza dei riarrangiamenti del cromosoma Y è elevata negli uomini infertili, in particolare nei soggetti che presentano azoospermia. L'associazione del fenotipo infertile con i riarrangiamenti che interessano la banda Yq11.23 (la regione AZF)(intersezioni e delezioni della regione eucromatica di Yq), è stata dimostrata in modo esaustivo [49][50].