Non esiste un unico esame di laboratorio in grado di stabilire con certezza assoluta la diagnosi di colite pseudomembranosa. In rapporto alle tipiche manifestazioni cliniche, un'accurata anamnesi è sovente suggestiva di colite pseudomembranosa da "C. difficile"; precedenti degenze ospedaliere e manovre chirurgiche associate a terapia antibiotica ad ampio spettro (soprattutto ampicillina ma anche clindamicina) in un soggetto con febbre, diarrea muco-sanguinolenta e dolori addominali, sono elementi sufficienti per richiedere la ricerca delle tossine batteriche nelle feci del paziente. Una diagnosi certa può essere raggiunta solo associando all'accurata valutazione del quadro clinico, i dati laboratorio ed i reperti istologici.