Non ci sono marcatori diagnostici affidabili per la sensibilità al glutine non celiaca e la diagnosi è solo di esclusione rispetto ad altre patologie correlate (celiachia e allergia al frumento). Una volta escluse, se il soggetto risponde positivamente ad una dieta senza glutine (con qualche miglioramento osservabile) si può pensare che vi sia una sensibilità al glutine e non vera celiachia.