Moquin-Tandon è stato professore di zoologia a Marsiglia dal 1829 fino al 1833, quando è stato nominato professore di storia naturale e di botanica presso la facoltà di Tolosa e direttore dell'Orto botanico della medesima università. Infine, si è dimesso dalla facoltà Tolosa, per occupare la cattedra di medicina e di storia naturale presso la Facoltà di Medicina di Parigi dal 1853. Nel settembre del 1834 trascorse alcune settimane a Parigi, durante le quali, oltre alle due persone che vi era venuto a consultare, il chimico Louis Jacques Thénard e il ministro François Guizot, incontrò un gran numero di scienziati: Étienne Geoffroy Saint-Hilaire (1772-1844), Pierre Toussaint Marcel de Serres de Mesplès (1780-1862), Marie-Jean-Pierre Flourens (1794-1867), Augustin Pyrame de Candolle (1778-1841), André-Marie Ampère (1775-1836), Victor Cousin (1792-1867) e Adolphe Théodore Brongniart (1801-1876).