Sebbene il tasso di infezione corrente da parte del "Plasmodium knowlesi" sia relativamente basso, è possibile una diagnosi errata, con attribuzione della malattia ad altre specie di parassiti, tra cui "P. malariae", specialmente attraverso la sola caratterizzazione microscopica, in quanto per l'identificazione accurata è necessario utilizzare l'amplificazione tramite PCR e/o la caratterizzazione molecolare. Tale forma di malaria può inoltre presentare elevati livelli di proteina C-reattiva e trombocitopenia.