Nel 1999 venne trovata nei cani narcolettici una mutazione del gene codificante il recettore dell'ipocretina-2. Nello stesso periodo vennero prodotti in laboratorio dei topi modificati geneticamente, nei quali il gene addetto alla produzione della prepro-ipocretina (precursore dell'ipocretina-1 e -2) era stato reso inattivo; essi manifestarono un comportamento simil-narcolettico. Venne ipotizzato che la narcolessia umana fosse correlata ad alterazioni della neurotrasmissione ipocretinica. Di conseguenza fu misurato il livello di ipocretina nel liquido cerebrospinale di nove pazienti narcolettici cataplettici e di otto soggetti di controllo; l'ipocretina-1 fu rilevata in tutti i campioni di controllo (con una concentrazione tra gli 85 e i 250 pg/ml), invece sette dei nove narcolettici presentavano un livello di ipocretina non rilevabile (al di sotto dei 40 pg/ml). Venne poi dimostrata l'assenza di neuroni ipocretinici nell'ipotalamo dei narcolettici (nei due studi erano stati messi a confronto con soggetti sani della stessa età).