Le immagini ottenute dalle varie bobine vengono passate poi ad un algoritmo in grado di ricostruire l'immagine completa basandosi sull'immagine di riferimento e sulle immagini parziali. Esistono algoritmi che lavorano direttamente nel k-spazio (una cui implementazione commerciale è l'algoritmo GRAPPA "GeneRalized Autocalibrating Partially Parallel Acquisition", acquisizione parallela parziale generalizzata autocalibrante), ed algoritmi che lavorano nello spazio trasformato, cioè lo spazio delle immagini (ad esempio SENSE, "SENSitivity Encoding", codifica di sensibilità).