Se da un lato il metodo delle scienze naturali, con l'esperimento, la misurazione, la tecnologia che permette osservazioni migliori per precisione e accuratezza, fa sì che le conoscenze in fisiologia si facciano sempre più chiare e fruttuose, il cammino delle opportunità terapeutiche e la comprensione della patologia percorrono un cammino disseminato di difficoltà concettuali e di osservazione.La prima metà del XVIII secolo vede il contrapporsi di grandi teorie bio-mediche in cui si cerca di sintetizzare e armonizzare l'insieme di dati acquisiti recentemente con ciò che resta di grandi visioni sistematiche, e soprattutto si declina nella parola d'ordine "osservazione" ciò che in medicina dovrebbe prendere il posto del puro esperimento in fisica; è l'epoca di Giorgio Baglivi che nel suo De praxi medica ad priscam observandi rationem revocanda del 1696 ribadisce , contro il fiorire di ipotesi teoriche senza riscontro e richiamantesi alle autorità antiche, l'importanza dell'osservare le malattie e gli effetti delle terapie, diFriedrich Hoffmann e di Hermann Boerhaave che cercano nella fisica sperimentale le conferme di un sapere capace di superare le congetture prive di "filosofia naturale", e di Georg Ernst Stahl, considerato dalla storiografia ottocentesca tra i fondatori della corrente vitalista ( ma di cui diremo la particolarità di pensiero e la difficoltà ad assimilarlo al "vitalismo"), e di Francois Boissier de Sauvages che inizia un percorso di classificazione delle malattie in una prospettiva nosologica su cui ritroveremo medici come Philippe Pinel.La difficoltà degli studi medici nel loro cammino verso un'identità sempre più distinta e specifica si rendono evidenti nel confronto tra l'idea di una Medicina che si serve dei risultati delle altre scienze e giunge ad assumere lo stesso paradigma di pensiero, e l'idea di un modello medico autonomo sia nel metodo sia nell'epistemologia: il confronto si fa serrato proprio con l'emergere dei lavori dei primi medici che potremmo definire "vitalisti".La corrente vitalista (si passi il termine nella consapevolezza che non si tratta di "corrente" o "scuola" in senso stretto) risulta difficile da trattare perché di fatto la citata storiografia ottocentesca ne ha tracciato un'immagine distorta proprio dalla confusione e sovrapposizione del pensiero originale di Stahl con il vitalismo tout-court: come vedremo il vitalismo non è in realtà una vera e propria "scuola", quanto un insieme disomogeneo di pensiero che ha come denominatore comune l'idea di una peculiarità del fenomeno "vita" non riducibile alle semplici spiegazioni fornite dalle scienze naturali; il corollario per la Medicina è che tale disciplina dovrà trovare un suo statuto specifico e un suo metodo senza appiattirsi al paradigma consolidato in altre scienze che risultano in realtà avere un altro oggetto.Rendere giustizia ai vitalisti e a Stahl richiede tuttavia una distinzione tra l' "animismo" di quest'ultimo e l'impostazione della maggior parte dei primi;Stahl infatti ponendo un'anima all'origine della vita risolveva il problema della sua specificità, molti vitalisti preferivano pensare a realtà più legate all'energia, alla sensibilità che non ad una vera e propria "essenza".Le difficoltà epistemologiche della medicina vengono fortemente alla luce nel momento in cui, posta a confronto con un modo di concepire la certezza (le verità oggettive, sperimentali, matematiche) l'arte di curare si scontra con le insufficienze della propria conoscenza dell' "oggetto", e con l'inefficacia delle pratiche terapeutiche; è un intreccio complesso, ma fondamentale per comprendere il legame costitutivo tra teoria e prassi che caratterizza la Medicina.I successi scientifici raggiunti con la matematizzazione e l'esperimento suggeriscono che la corretta visione del mondo, e anche dell'uomo, sia quella "meccanica", e che dunque a questo vada riportata ogni conoscenza sull'uomo; il problema nasce nel momento in cui i limiti di una visione meccanica e materialistica si scontrano con i limiti di una visione tradizionale , dove compare l'idea di "anima" a spiegare la vita, e tra le due visioni si trova una sistemazione del tutto insufficiente.Il dualismo, reso celebre nella formulazione cartesiana, invece di risolvere la questione della conoscenza dell'uomo non fa che complicarla cercando da un lato le certezze scientifiche sul "corpo", dall'altro spiegando con l' "anima" ciò che la natura sembra non spiegare, e facendo sorgere il problema (per certi aspetti presente e significativo ancora oggi) del rapporto e del collegamento tra le due realtà così disomogenee tra loro.