La complicazione più diffusa dell'infezione da helicobacter pylori è la gastrite cronica superficiale o atrofica. L'helicobacter pylori, inoltre, è la causa più comune dell'ulcera peptica, sia gastrica che duodenale. Costituisce anche un fattore di rischio importante per il cancro dello stomaco. Nel 40% dei casi si associa al linfoma MALT gastrico, una rara forma di tumore.