Il nuovo Gran maestro Giovanni Battista Tommasi, stabilì provvisoriamente la sede dell'Ordine prima a Messina e poi a Catania (1804-1826), dove morì nel 1805. Allora Pio VII sostituì la carica con quella di Luogotenente. Durante il Congresso di Vienna del 1815 i cavalieri avrebbero voluto fare un tentativo per riavere Malta che però era da 15 anni nelle mani inglesi, o, in subordine si tentava di ottenere Rodi loro antico possesso. Ma per vari motivi ogni tentativo di reinsediarsi nell'isola fallì, che restò definitivamente nella sovranità britannica.