Morgentaler studiò medicina all'Università di Montréal e si laureò nel 1953. Dopo aver ottenuto la cittadinanza canadese, iniziò a praticare la professione medica nella zona est di Montréal. Iniziò come medico generico nel 1955 ma si specializzò sempre più nella pianificazione familiare, diventando uno dei primi medici canadesi a eseguire vasectomie, a inserire dispositivi intrauterini e a fornire pillole anticoncezionali alle donne non sposate.