Il trattamento ormonale cross-sex può causare sterilità. Il medico dovrebbe discutere le problematiche riguardanti la fertilità prima di iniziare il trattamento, e informare circa la possibilità di immagazzinare gli ovuli o lo sperma nel caso in cui si desideri avere figli in futuro. Non vi è garanzia che la fertilità ritorni normale se il trattamento è interrotto.