Nel 1880 Emminghaus acquisì una cattedra presso l'Università di Dorpat. Quando lasciò Dorpat nel 1886, la sua posizione fu riempita da Emil Kraepelin (1856-1926). Nel 1886 Emminghaus diventò professore di psichiatria presso l'Università di Friburgo, dove istituì un nuovo regime per curare i pazienti con disturbi mentali.