Nel 1913 fu ammesso nell'Accademia Brasiliana delle Arti e delle Lettere. Nel 1915 si dimise dalla direzione del suo Istituto per motivi di salute, e si trasferì a Petrópolis, vicino a Rio de Janeiro. Nel 1916 divenne sindaco della città, ma, già ammalato, morì l'anno successivo, nel 1917, a soli 44 anni di età, per insufficienza renale. In suo onore il protozoo scoperto da Carlos Chagas, agente eziologico della tripanosomiasi americana, fu chiamato "Trypanosoma cruzi".