A partire dal 2009 in Italia e nell'Unione Europea è disponibile un vaccino che si basa su un ceppo SA14-14-2 coltivato su linee cellulari Vero. Nei soggetti adulti la vaccinazione primaria prevede la somministrazione di due dosi separate da 0,5 ml ciascuna, la prima dose il giorno 0 e la seconda dose il giorno 28. Si consiglia una terza dose di richiamo a 12 mesi, e comunque entro i 2 anni dall'immunizzazione primaria, prima di esporsi nuovamente a possibile contagio da JE virus in zona endemica. A causa di mancanza di studi adeguati sulla sicurezza ed efficacia il vaccino non viene raccomandato per l'uso in età pediatrica.