Di conseguenza anche il ruolo del complesso sinaptinemale non è ben definito: se si prende in considerazione l'ipotesi che vuole che la sinapsi si formi in fase zigotene, allora il ruolo del CS è quello di mantenere saldi i due cromosomi mentre avviene il fenomeno del crossing-over durante il pachitene. Se invece si volesse prendere in considerazione l'ipotesi che l'appaiamento sinaptinemale cominci nella fase di leptotene, allora il ruolo del complesso sinaptinemale sarebbe più verosimilmente quello di costituire un'impalcatura che permetta alle molecole di DNA interagenti di continuare nelle attività di scambio.