L'esatta patogenesi della cromoblastomicosi è sconosciuta e si pensa possano essere coinvolti l'inoculazione percutanea, l'inalazione di spore e la disseminazione ematogena. L'ipotesi più accreditata è quella secondo cui l'infezione è acquisita tramite l'inoculazione accidentale diretta dell'agente eziologico nel tessuto sottocutaneo tramite traumi di vario tipo, fra cui rivestono maggiore importanza quelli determinati da spine e schegge derivanti da vari tipi di pianta. Nei tessuti si sviluppa quindi una risposta infiammatoria iperplastica con un infiltrato prevalentemente neutrofilo che evolve in seguito in un processo infiammatorio cronico granulomatoso caratterizzato dalla presenza di cellule giganti multinucleate, ascessi neutrofili e iperplasia pseudo-epiteliomatosa.In fase più avanzata, si sviluppa un processo di fibrosi densa e diffusa sia al derma che al tessuto sottocutaneo. Questo è considerato da una parte come un meccanismo di difesa dell'ospite per prevenire la progressiva diffusione della patologia, dall'altra come un evento indotto dalla elevata produzione di piridolina da parte del fungo che sviluppa cross-links con il collagene della matrice del tessuto ospite. Il proces-so è inoltre favorito dalle elevate concentrazioni sieriche e tissutali di lisil-ossidasi e transglutaminasi e rilevante è l'aumento dell'attività biosintetica dei fibroblasti indotta dall'evidente sovraespressione di TGF-beta.Proprio questa importante fibrosi è coresponsabile, assieme all'infiltrato infiammatorio cronico e all'aumentata esposizione a infezioni secondarie, dell'ostruzione al circolo linfatico, che può arrivare fino a generare linfedema. Questa complicanza è alla base della genesi a cascata di complicanze più gravi: l'alterazione della circolazione, determinata dalla congestione conseguente al linfedema cronico, favorisce l'atrofia cutanea e dei tessuti molli e in seguito la deformità e l'anchilosi delle articolazioni, fino alla disabilità permanente.