Successivamente, con la restaurazione granducale nel 1814 e il ritorno a Firenze di Ferdinando III, venne emanato un provvedimento che decretò lo scioglimento della Commissione, il ritorno ad una direzione per ogni ente, la restituzione dei rispettivi beni patrimoniali (confiscati dai francesi) alle opere pie e l'assegnamento di somme di denaro in caso di necessità urgenti. A coronamento di questo provvedimento, il 2 settembre 1816, Ferdinando III creò la "Deputazione degli Spedali e Luoghi Pii del Granducato" e un "fondo generale per gli spedali". Il 6 luglio 1833, però, la Deputazione centrale venne soppressa e le sue competenze furono trasferite a dipartimenti della segreteria di stato.