La vendita dell'ospedale dalla città di Roma alla regione Lazio si è svolta nel quadro di un'operazione di sale and lease-back che ha coinvolto numerosi beni del patrimonio ospedaliero dell'area laziale: la legge regionale n. 16 del 2001, promulgata dalla giunta Storace, ha istituito la creazione della società San.Im S.p.A. a prevalente capitale regionale, a cui sono stati successivamente ceduti diversi beni del patrimonio indisponibile delle Aziende Sanitarie Locali, compreso l'immobile del San Giacomo, con l'obbligo di rispetto della destinazione d'uso, vincolato peraltro anche dal Decreto Legislativo n. 502/92. L'acquisto da parte di San.Im S.p.A. del patrimonio delle aziende ospedaliere (le quali hanno conservato l'opzione di riacquisto al termine previsto dell'operazione, nel 2033, al prezzo simbolico di 1 Euro) avvenne il 28 giugno 2002: tale operazione ha coinvolto ben 56 complessi ospedalieri (tra cui, appunto, il San Giacomo) ad un prezzo complessivo di 1 miliardo e 949 milioni di Euro, con contestuale corresponsione della locazione di affitto trentennale all'azienda acquirente, per l'ammontare di un totale di 90 milioni di Euro annui, di cui 2 milioni annui in quota al San Giacomo. Tuttavia, la correlata operazione di cartolarizzazione dei crediti degli affitti (ma non degli immobili) al fine del pagamento dell'acquisto non ha dato i risultati sperati, anche per aver emesso titoli per un importo inferiore al valore complessivo del patrimonio inizialmente trasferito, e nel 2009 è stata valutata dalla Corte dei Conti di "evidente insostenibilità finanziaria" per la Regione e con "inequivocabilmente la sproporzione tra le parti contraenti, quella pubblica e quella bancaria"; inoltre, dalla chiusura del 2008, la manutenzione ordinaria eseguita da parte dell'ente proprietario, nonostante il restauro del tetto nel 2013, non ha dato risultati ottimali, dato il verificarsi di alcuni crolli di intonaci. Nel frattempo, alcuni commentatori hanno ribadito l'importanza di un'aperta discussione pubblica sull'uso più corretto del fabbricato, che dal 2008 è inutilizzato e interdetto all'accesso.