Si ricorre in questo caso all' amplificazione con primer mutagenico o rnismatch. Vale a dire con un primer che pur avendo un errore d' appaiamento in prossimità dell' estremità 3' riesce ugualmente ad appaiarsi al templato e dare un amplificato con un' ulteriore mutazione artificialmente introdotta dalla base non correttamente appaiata. Nel caso in cui il mismatch è abbastanza vicino alla mutazione naturale c' è la possibilità, in alcuni casi, che la combinazione delle due mutazioni crei un sito di restrizione che distingua l' allele mutato da quello wild (64). 