Esistono diverse tipologie di intolleranze alimentari. Alcune sono determinate dall'incapacità dell’organismo di digerire alcune sostanze (intolleranze enzimatiche). Sono numerose e comprendono un certo numero di disturbi legati al metabolismo dei carboidrati, delle proteine e dei lipidi a causa della insufficiente quantità di alcuni enzimi, cioè proteine che facilitano e aumentano la velocità delle reazioni chimiche (catalizzatori). L’intolleranza alimentare su base enzimatica, generalmente, è già presente alla nascita (congenita) ma, talvolta, può essere acquisita nel tempo.