Come per gli altri SSRI, nel momento della sospensione del trattamento o della diminuzione del dosaggio può verificarsi un insieme di sintomi di astinenza caratterizzati da sensazione di scossa alla testa, sintomi simil influenzali e anche ansia e variazioni dell'umore che tendono a risolversi autonomamente nel giro di pochi giorni e che possono essere diminuiti con la diminuzione lenta del dosaggio. Tuttavia sono stati documentati casi di sintomi di astinenza protrattisi per settimane o mesi. La fluoxetina, per via della sua lunga emivita, sembra essere uno degli SSRI con la minore tendenza a generare questi sintomi e quindi a volte viene utilizzato per coadiuvare la sospensione di altri SSRI a breve emivita come paroxetina o sertralina.