Le malattie possono essere classificate in base all'eziologia (causa), alla patogenesi (meccanismo d'insorgenza di un processo patologico e il suo conseguente sviluppo) o ai sintomi. Altrimenti le malattie possono essere classificate in base all'apparato o sistema coinvolto, anche se spesso ciò è difficile, perché molte malattie colpiscono più organi.