La piridostigmina è impiegata nel trattamento della miastenia grave, dell'ileo paralitico e della ritenzione urinaria senza cause meccaniche. Il farmaco viene considerato meno efficace della neostigmina nell'annullare il blocco neuromuscolare prodotto dai rilassanti muscolari competitivi (non depolarizzanti) quali la tubocurarina e la gallamina.