Frequentemente, le malattie infiammatorie croniche dell'intestino sono associate a malnutrizione. Essa in parte è correlata alla mancanza di appetito generata dall'associazione cibo-disturbi (dolore, diarrea) e in parte, nel caso della malattia di Crohn, al malassorbimento. È, dunque, necessario prevenire e correggere le carenze nutrizionali che potrebbero presentarsi. In tal senso, appare di fondamentale importanza seguire una dieta ricca in vitamine ed oligoelementi, ad alto contenuto calorico e ricca di liquidi per contrastarne la perdita con la diarrea. Potrebbe anche essere necessario, sempre sotto consiglio del medico, prendere degli integratori.