Nel 1848 Pio IX, contrario alla guerra d'Indipendenza, fuggì dallo Stato Pontificio. Roma dunque indette le elezioni e, nel 1849, proclamò qui la Repubblica contro la quale Pio IX richiese e ottenne l'intervento militare della Francia: essa pertanto assediò Roma e, infine, la conquistò con grande spargimento di sangue, consegnandola al Papa ai primi di luglio 1849. Durante l'assedio francese, l'Ospedale dei Pellegrini ospitò la sede del "Comitato di Soccorso pei Feriti", formalmente diretto da padre Alessandro Gavazzi, ma di fatto condotto dalla principessa Cristina Trivulzio di Belgiojoso. Facevano parte del Comitato altre donne di valore come Giulia Bovio Paulucci de Calboli, Giulia Calame Modena, Enrichetta di Lorenzo Pisacane e la giornalista americana Margaret Fuller Ossoli e molte altre che coordinavano donne di ogni condizione che su vari turni assistevano i feriti. L'Ospedale dei Pellegrini durante tutto l'assedio assistette più di 1500 feriti, tra i quali il patriota genovese Goffredo Mameli che, ferito a una gamba il 3 giugno e, amputato troppo tardi, morì di gangrena ai primi di luglio.