Così, il Consiglio generale del Dipartimento del Mediterraneo, cercò di migliorare la situazione economica chiedendo al Prefetto e al Ministro dell'Interno francese di versare 60.000 franchi (per coprire almeno una parte dei debiti) e di separare l'amministrazione dei civili da quella dei militari. La risposta, però fu quella di diminuire le difficoltà economiche riducendo i ricoveri. Per questo, dal 1º maggio 1813, l'ospedale iniziò a fare una selezione dei malati da ospitare non accettando più i malati di altri comuni e i malati cronici. A questa selezione furono sottratti i poveri che risiedevano in comuni che erano tenuti a pagare un'indennità di ricovero, ma non i pisani con malattie croniche o con patologie dermatologiche lievi causando così grande malcontento.