Nel 1928 Mobitz, affetto da tubercolosi, ottenne la cattedra all'università di Friburgo in Brisgovia, dove rimase fino al 1939. Durante la seconda guerra mondiale, nel 1943, ottenne la direzione dei reparti di medicina interna del Magdeburgo. Finita la guerra, nel 1946 ritornò all'insegnamento universitario a Friburgo in Brisgovia. Negli ultimi tempi si interessò dell'utilizzo degli isotopi radioattivi in medicina. Morì all'età di soli 61 anni dopo una lunga malattia.