Lo "Stubborn Fat Protocol 2.0" venne concepito da McDonald nel 2007 con l'intento di perfezionare ulteriormente il precedente protocollo. La sua idea era quella di enfatizzare maggiormente la mobilizzazione e l'ossidazione del grasso, quindi decise di marcare il principio di mobilizzazione del grasso mediante l'HIIT e della massima ossidazione lipidica mediante l'SST, producendo però benefici aggiuntivi riproponendo nuovamente l'HIIT per una seconda volta nell'ultima parte del protocollo. Tutto questo però doveva essere organizzato evitando di renderlo troppo duro per la persona. In base all'ipotesi che l'esecuzione dello "Steady State" dopo l'HIIT potesse avere l'effetto di attenuare il dispendio calorico e lipidico indotto dal secondo, l'SFT2.0 prevedeva ora che l'HIIT venisse eseguito per metà prima dello "Steady State" e per metà a seguito. Quindi il nuovo protocollo ora consisteva in: