Molto importante fu per lui l'esperienza di medico militare, prima durante la guerra veneziana, più tardi in Danimarca e in Svezia. Tornato in Germania, la sua fama aumentò rapidamente e nel 1527 gli fu offerta la cattedra di medicina all'Università di Basilea. Paracelso, nello stesso anno, fece bruciare pubblicamente dai suoi studenti i testi di Galeno ed Avicenna, bollandoli come ignoranti in materia medica, e sostenendo che ognuno possiede dentro di sé le doti necessarie per esplorare il mondo.