Il nifurtimox accorcia la durata della fase acuta e riduce la mortalità della miocardite e della meningoencefalite. Interferisce con il metabolismo glucidico del tripanosoma inibendo la sintesi dell'acido piruvico. Per il nifurtimox è riportata un'efficacia del 75-90%; tuttavia in Brasile non sembra essere altrettanto efficace.