Sempre nel 2008 Marraffini e Sontheimer dimostrarono che una sequenza CRISPR di "S. epidermidis", per prevenire l'invasione di un batteriofago (coniugazione), agiva contrastando il suo DNA e non il suo RNA. Questa ipotesi si discostava da quella dell'RNAinterference di Mojica, che allo stesso momento veniva confermata dal sistema CRISPR-Cas di Pyrococcus furiosus che preveniva l'infezione riconoscendo l'RNA del non-self.