Alcune persone colpite da aplasia midollare presentano contemporaneamente anche una rara malattia, chiamata emoglobinuria parossistica notturna (EPN). Essa è caratterizzata da una drastica riduzione dei globuli rossi che vengono distrutti da una componente del sistema immunitario chiamata complemento con conseguente fuoriuscita dell'emoglobina contenuta al loro interno (emolisi). Questa malattia può portare all'aplasia midollare o l'aplasia midollare può evolvere in EPN.