Lasciato "obtorto collo" l'insegnamento universitario, Nigrisoli si dedicò totalmente alla clinica privata di sua proprietà, dove continuò ad operare fino al 1941, mentre il solo ambulatorio lo continuò fino al luglio del 1943, quando cessò completamente l'esercizio professionale. Nel luglio del 1943 interruppe anche l'attività ambulatoriale, per l'età avanzata. Anche in queste condizioni egli dovette guardarsi dal pericolo che per lui ancora rappresentavano i fascisti repubblicani. Dal settembre 1944 al febbraio 1945, infatti, ha trovato rifugio alla Casa di Cura "Villa Bellombra". Bartolo restò sempre modesto, non volle in nessun modo godere di quelli che potevano essere i frutti del suo antifascismo tant'è che nel maggio del 1945, dopo la Liberazione, rifiutò l'incarico di Direttore Emerito della Clinica Chirurgica dell'Università di Bologna. 