Come tutti i retrovirus, l'HIV possiede i tre geni fondamentali per la sua replicazione: Gag, Pol ed Env. Gag (per "group-specific antigen") codifica per le proteine del core del virione: p24, p17, p9, p7. Da Pol (per "Polymerase") derivano la trascrittasi inversa, la proteasi e l'integrasi mentre Env (per "Envelope") codifica per le proteine dell'involucro esterno.