L'epcidina venne scoperta più o meno contemporaneamente da due gruppi indipendenti di ricercatori, mentre studiavano le proprietà antimicrobiche di alcuni peptidi. Inizialmente venne chiamata LEAP-1 Liver-Expressed Antimicrobial Protein (Proteina Antibatterica Espressa dal Fegato) e successivamente epcidina (dall'inglese "Hep-" per fegato e "-cidin" per battericida).