La prevalenza è stimata in 1/454.000. L'incidenza è compresa tra 1/140.000 (dati del Regno Unito) e 1/300.000-1/400.000 nati vivi (dati degli USA). Nel 2012 si contavano 151 maschi viventi malati di sindrome di Barth nel mondo. Si stima che circa 10 nuovi pazienti sono diagnosticati ogni anno negli USA. Questi dati non sembrano realistici perché c'è accordo tra i ricercatori che la malattia è sottostimata in quanto solo negli ultimi anni se ne è diffusa la conoscenza e sono stati introdotti test diagnostici di certezza