La reazione a catena della polimerasi (polymerase chain reaction), comunemente nota con l'acronimo PCR, è una tecnica di biologia molecolare che consente l'amplificazione di frammenti di acidi nucleici dei quali si conoscano le sequenze nucleotidiche iniziali e terminali. Tale metodica, ideata nel 1985 da Kary B. Mullis, consente di amplificare un miliardo di volte il DNA di una regione selezionata del genoma. La PCR permette la sintesi di un segmento di DNA a doppia elica a partire da un filamento a singola elica; il filamento mancante viene ricostruito a partire da una serie di nucleotidi che vengono disposti nella corretta sequenza, complementare a quella del frammento di DNA interessato. È necessario che le estremità della sequenza da amplificare siano conosciute con sufficiente precisione per poter sintetizzare degli oligonucleotidi da utilizzare come innesco.Tali sequenze oligonucleotidiche, chiamate primers, sono complementari a regioni dei filamenti opposti che fiancheggiano la sequenza del DNA bersaglio e sono di solito lunghi da 15 a 25 nucleotidi ciascuno. I primers devono potersi ibridare in maniera specifica ed efficiente alla sequenza bersaglio, tralasciando quelle aspecifiche, e devono avere le proprie estremità ossidriliche orientate l'una verso l'altra per poter agire da innesco nei confronti dell'attività catalitica della DNA polimerasi. Essa infatti è in grado di mediare l'aggiunta di deossiribonucleotidi all'estremità 3' di una catena di DNA solo in presenza di un primosoma che renda disponibile un 3'-OH.Per avviare la reazione della polimerasi (fase di elongation del filamento a partire dal primer 5') è prima necessario provvedere alla separazione dei filamenti del DNA (fase di denaturation), quindi alla creazione del legame tra i primers e le regioni loro complementari sui filamenti di DNA denaturati (fase di annealing).Questo processo risulta però incompatibile con la DNA polimerasi umana, che viene distrutta alle temperature necessarie per la denaturazione (96-99°C). Per ovviare a questo inconveniente si fa ricorso alle polimerasi appartenenti a organismi termofili che non sono inattivate dalle alte temperature, ad esempio la "Taq polimerasi" proveniente dal batterio termofilo Thermus aquaticus. Ciò consente di realizzare più cicli di PCR in sequenza, in ciascuno dei quali viene duplicato anche il DNA sintetizzato nelle fasi precedenti, ottenendo una reazione a catena che consente una moltiplicazione estremamente rapida del materiale genetico di interesse. Al termine del processo si ottengono 2 (n-1) copie della sequenza bersaglio specifica, dove n rappresenta il numero di cicli (figura 17).  Ad ogni miscela così ottenuta sono stati aggiunti 10 µl di campione diluito 1:5 in H 2 O.La tecnica PCR utilizzata in questo studio è la Touchdown PCR il cui obiettivo è la riduzione dell'amplificazione non specifica. In questa tecnica la temperatura di annealing viene progressivamente abbassata, cosicché i primi annealing dei primer avvengono solo con sequenze perfettamente complementari.In una fase successiva, l'abbassamento di temperatura permette di aumentare la resa (Tabella 10).Regione La temperatura X è la temperatura di annealing calcolata per ogni frammento. Gli step 11, 12 e 13 sono fondamentali per la formazione degli eteroduplex, essenziali per l'analisi in DHPLC. Questi duplex si formano quando un frammento amplificato di DNA mutato ed uno non mutato vengono denaturati termicamente e lasciati ricombinare.