Queste cisti si formano in regione sacrale tra lo strato adiposo cutaneo e la fascia muscolare; nella quasi totalità dei casi contengono peli formati. Questo fatto, così come la possibilità che il "sinus pilonidalis" si riformi anche dopo essere stato completamente asportato chirurgicamente, ha fatto ipotizzare che nel meccanismo patogenetico sia determinante un'azione di sfregamento delle natiche con conseguente incarnamento dei peli.