L'encefalite da zecca è provocata da un virus trasmesso dalla puntura di una zecca infetta. Il virus responsabile della malattia è un arborvirus (appartenente al genere flavivirus), molto simile a quello che causa la febbre gialla e la dengue. Le zecche portatrici di questa malattia sono prevalentemente zecche "dure" e possono essere ospitate da molti animali selvatici e domestici come roditori, caprioli, pecore e capre. Questi animali possono infettarsi e trasmettere il virus a nuove zecche, contribuendo quindi alla diffusione dell'infezione. Gli uccelli, molto probabilmente, trasportano le zecche anche a notevole distanza.