Il caseinato, che è ottenuto modificando il pH della caseina acida verso un livello più neutrale usando una sostanza alcalina. Quando si utilizza un acido o il calore per separare la caseina dal latte, la struttura della micella viene modificata rendendola meno attiva a livello biologico e meno digeribile. Il caseinato viene prodotto in genere facendo prima precipitare la caseina tramite l'utilizzo di un acido o del calore. La caseina, che non è solubile in acqua, viene resa maggiormente solubile attraverso una reazione con una base inorganica forte come l'idrossido di calcio. Il caseinato possiede certamente un contenuto di amminoacidi simile a quello della caseina, ma le sue micelle sono danneggiate; non solo vengono alterate la digeribilità e la produzione di frazioni digestive biologicamente attive, ma il composto viene anche privato dei minerali chelati in esso contenuti naturalmente.