Istologicamente la lesione è ben delimitata dai tessuti circostanti da una capsula connettivale fibrosa, la cui componente collegenica si differenzia piuttosto nettamente come organizzazione e composizione da quella delle cisti infiammatorie, dimostrandosi più affine a quella di lesioni più aggressive. Nell'ambito del tessuto fibroso possono essere talora riscontrate zone di degenerazione mixomatosa ed isole di epitelio odontogenico. Non si ritrovano le cellule infiammatorie che caratterizzano le cisti radicolari, a meno di sopravvenuta complicazione infettiva. Il lume della cavità cistica è rivestito da un epitelio pavimentoso pluristratificato che solitamente non presenta aspetti di cheratinizzazione, in cui possono essere riscontrate cellule mucipare e ciliate e talvolta corpi ialini. Il liquido che riempie la cavità è di tipo sieroso con presenza di cristalli di colesterolo variabile.