Il metodo di riferimento per la diagnosi dell'"H. pylori" rimane però la gastroscopia, perché permette al medico una visione più diretta delle eventuali lesioni sulla parete dello stomaco e simultanemante di raccogliere un campione di tessuto, che può quindi essere analizzato mediante metodi istologici o con il CLO Test (Test dell'Ureasi su campione istologico). L'"H. pylori" possiede un enzima, l'ureasi, che scinde l'urea. Il CLO test prevede che il campione bioptico venga messo in una provetta contenenti l'urea e una cartina tornasole, con cui si può notare il cambiamento di pH nel liquido. Se esso varia significa che l'urea è stata scissa, e quindi in essa è presente l'"H. pylori". Il test del respiro all'urea sfrutta lo stesso procedimento, ossia la presenza di ureasi che riesce a scindere l'urea.