Ogni ghiandola bulbouretrale è avvolta da una capsula fibroelastica quasi sferica, nota come capsula bulbouretrale, paragonabile a quella che avvolge la prostata e con funzione protettiva. È interamente composta di fibre muscolari scheletriche: sono le stesse fibre che formano lo sfintere uretrale esterno (nello specifico, le fibre uretraciniche del compressore dell'uretra). L'epitelio prevalente che costituisce le ghiandole varia da cubico semplice a colonnare semplice. Dalla capsula partono dei setti rigidi che delineano decine di zone, attraversate dai tubuli e dai dotti parauretrali, ognuna delle quali contiene una singola ghiandola otricolare (cisterna). Si possono definire le ghiandole diaframmatiche come strutture composite, costituite da grappoli ("cluster") di ghiandole otricolari bulbouretrali, ognuna delle quali è contenuta in una regione delineata dai setti.