Il farmaco viene metabolizzato a livello epatico da due citocromi: il citocromo 3A4 e il citocromo 2C9. Il principale metabolita ottenuto è l'N-demetil sildenafil il quale è ancora farmacologicamente attivo (è in grado di inibire le 5PDE con una potenza, rispetto al sildenafil, del 50%). Sia il farmaco sia i suoi metaboliti vengono eliminati, principalmente attraverso la bile, nelle feci. Una piccola parte, invece, viene eliminata attraverso le urine.