Emily Stowe nasce a Norwich, nell'attuale provincia dell'Ontario. Il suo nome da nubile è Emily Howard Jennings. La madre, Hannah Howard, ha un ruolo fondamentale nell'educazione di Emily e delle sue cinque sorelle decidendo di dar loro una formazione privata, invece d'inviarle nella scuola pubblica, considerata di scarsa qualità. Nel 1849 Emily diventa maestra nella piccola cittadina di Summerville. Nel 1852 inizia la sua battaglia per l'eguaglianza dei diritti delle donne cercando di essere ammessa al "Victoria College" di Cobourg. Rifiutata l'ammissione in quanto donna, s'iscrive alla "Normal School for Upper Canada" dove è ammessa nel 1853, uscendone un anno dopo con la lode.