Il più grande desiderio di Miss Abbott era di proseguire gli studi di medicina alla McGill University, la cui scuola medica era ancora restia ad ammettere le donne. Maude Abbott grazie all'aiuto di personaggi di spicco tentò l'ammissione, formando anche "l'Associazione per la Promozione dell'Educazione Professionale delle Donne” e organizzando un incontro di cui aveva parlato anche la stampa, ma tutti questi sforzi non portarono ai risultati sperati. Nel 1890 entrò alla Bishop's University, una scuola medica che era stata inaugurata nel 1871 in concorrenza al monopolio della McGill per quanto riguardava l'educazione e la pratica medica a Montréal. Si laureò brillantemente nel giugno del 1894 unica donna del suo corso. Subito dopo la laurea, Maude partì per l'Europa accompagnata dalla sorella, dove si fermò per qualche anno prima a Londra, poi a Zurigo e infine a Vienna. Lì Abbott poté perfezionare gli studi con importanti medici tra i quali il Dr. F. J. Shepherd con il quale rimase in contatto per tutta la carriera medica. Nel settembre del 1897 Maude e Alice Abbott ritornarono in Canada.