Quando Cope ritornò a Filadelfia nel 1864 la sua famiglia si adoperò per assicurargli un posto come professore di zoologia all'Haverford College, una piccola scuola quacchera in cui la famiglia aveva legami filantropici. Il college gli conferì una laurea ad honorem per consentirgli di ricoprire la carica. Cope iniziò anche a pensare al matrimonio e consultò suo padre in materia. Cope pensava ad Annie Pim, membro della Società degli Amici. La famiglia di Cope ha approvato la sua scelta e il matrimonio ha avuto luogo nel luglio 1865. I due hanno avuto una sola figlia, Julia Biddle Cope, nata il 10 giugno 1866. Il ritorno di Cope negli Stati Uniti segnò anche un'espansione dei suoi studi scientifici; nel 1864, egli descrisse diversi pesci, una balena e l'anfibio "Amphibamus grandiceps" (il suo primo contributo paleontologico).