Pepper fondò il "Philadelphia Medical Times" e fu editore del giornale negli anni 1870-71. Venne eletto rettore dell'University of Pennsylvania nel 1881 posizione che mantenne fino al 1894. Per i suoi servizi di direttore medico all'"United States Centennial Exhibition" di Filadelfia del 1876, venne nominato Cavaliere dell'Ordine di Sant'Olav da re Oscar II di Svezia.