Il direttore scientifico negli IRCCS pubblici è nominato dal ministro competente in materia di sanità, sentito il presidente della Regione ove ha sede l'istituto. La nomina dei direttori scientifici è regolamentata dal DPR 42 del 26 febbraio 2007, a seguito delle novità introdotte dal D. Lgs. 288 del 16 ottobre 2003 (pur non avendo, a sua volta, previsto alcuna procedura specifica per la nomina dei direttori scientifici degli IRCCS).