La maggior parte dei casi di endocardite può essere trattata con successo con un ciclo di antibiotici. Di solito è necessario essere ricoverati in ospedale in modo che gli antibiotici possano essere somministrati per via endovenosa. Una volta che la febbre e tutti i sintomi gravi si attenuano si può lasciare l'ospedale e continuare ad assumere gli antibiotici a casa, verificando periodicamente che il trattamento funzioni e che non si verifichino effetti collaterali. Qualsiasi sintomo che può far pensare ad un peggioramento dell'infezione o a una reazione all'antibiotico va segnalato al medico.