Tre anni dopo, nel 1911, un'epidemia di colera colpì Napoli, e Moscati fu chiamato dall'Ispettorato della Sanità Pubblica, presso il quale presentò una relazione sulle opere necessarie per il risanamento della città, in parte condotte a compimento. Fu inoltre proposto per la libera docenza in Chimica biologica. In quello stesso anno, ancora trentunenne, aveva vinto il concorso come aiuto ordinario negli Ospedali Riuniti, anche con un certo clamore. Gli fu poco dopo conferita la libera docenza in Chimica fisiologica, su proposta di Antonio Cardarelli, e incominciò l'insegnamento di Indagini di laboratorio applicate alla clinica e di chimica applicata alla medicina secondo i programmi del Consiglio superiore della Pubblica Istruzione.