Per quanto riguarda le malattie causate da alterazioni del sistema immunitario vanno ricordate: le immunodificienze primitive, ossia indotte da difetti genetici, nelle quali una parte del sistema immunitario non riesce a generare una risposta adeguata all'attacco di un agente patogeno, e le malattie autoimmuni, dove il sistema immunitario attacca componenti del suo stesso organismo non riconoscendoli più come parte di sé (es.: artrite reumatoide). 