Il sottotipo LQT5 è causato da varianti del gene "KCNE1" . Questo gene è responsabile della subunità beta del canale di potassio MinK che, insieme alla subunità alfa codificata da KCNQ1, è responsabile della corrente di potassio "I" Ks e le varianti associate a intervalli QT prolungati riducono questa corrente. Le stesse varianti in "KCNE1" possono causare la più grave sindrome di Jervell e Lange-Nielsen quando vengono ereditate due copie (eredità omozigote) e il sottotipo LQT5 più lieve della sindrome di Romano-Ward quando viene ereditata una singola copia della variante (eredità eterozigote). 