Il San Matteo ha 240 progetti avviati dei quali 73 nell'area di trapiantologia come per esempio malattie invalidanti di cuore e polmone, trapianti di organi addominali, quelli di midollo osseo e staminali oltre al trapianto riparativo di cellule e tessuti. Sono invece 150 le ricerche nelle malattie d'internistica ad alta complessità biomedica e tecnologica come per esempio le patologie croniche su base immunitaria, gli organi artificiali e l'interventistica mini invasiva o robotizzata.