Se si evidenzia deficit di vitamine deve essere corretta l'alimentazione. La sindrome tende molto facilmente alla resistenza e alle recidive per cui spesso si rende necessario più di un ciclo di antibiotici, fermo restando la cura delle cause primarie sottostanti e seguire particolari diete alimentari. A volte si prescrive l'uso di probiotici per il riequilibrio della flora intestinale, ma non tutti concordano su questo.