Divenuto medico di corte nel 1620, Ferdinando II de' Medici, granduca di Toscana, lo scelse come proprio medico personale. Nardi seguì il granduca nei suoi viaggi e condivise con lui l'interesse per gli studi di medicina, per la filosofia naturale e le antichità. Nella sua abitazione fiorentina, in via dell'Alloro 13, in un edificio che lo stesso Nardi aveva fatto restaurare , fece allestire una collezione di oggetti di antiquariato.