La seconda reazione viene catalizzata dal sito perossidasico che si trova localizzato nelle immediate vicinanze del primo. Al sito avviene una reazione di ossidoriduzione dove viene spezzato il legame O-O con liberazione di una molecola di acqua per ottenere la prostaglandina H2. Il sito, che comprende un gruppo eme, utilizza un cofattore AH2 come fonte di elettroni. La reazione è la seguente: