NPC1L1 è responsabile del 70% circa dell'assorbimento del colesterolo intestinale. Il colesterolo viene assorbito negli enterociti tramite l'endocitosi clatrina-dipendente del complesso NPC1L1-colesterolo. In seguito al legame con il colesterolo si verifica una variazione della conformazione della proteina che ne promuove l'endocitosi e il conseguente trasporto del colesterolo verso il compartimento di vescicole citoplasmatiche ("endocytic recycling compartment" o ERC). Al termine del processo NPC1L1 è di nuovo trasferita sulla membrana cellulare. 