Nei lavori sui parassiti concentrò la sua attenzione in modo particolare sulla mosca domestica e giunse a dimostrare che esse potevano ospitare, nel loro intestino, uova di tenie e di altri parassiti, che venivano deposte con le feci. Affermava inoltre che le mosche erano pericolosi vettori di malattie infettive, epidemiche e parassitarie e che la loro distruzione rappresentava una condizione essenziale per il miglioramento della salute pubblica. Nel 1895, Grassi ottenne il trasferimento all'Università di Roma dove insegnò, fino al termine della sua carriera, anatomia comparata ed entomologia agraria. In quel periodo si occupò, tra l'altro, di entomologia di base (scoprendo una nuova specie di aracnidi che battezzò ""Koenenia mirabilis"") e di entomologia applicata all'agricoltura e alla medicina.