Per l'ecografia endoscopica del tratto digerente superiore, una sonda viene inserita nell'esofago, nello stomaco e nel duodeno durante la procedura di esofagogastroduodenoscopia. La tecnica consente, tra l'altro, lo screening per il cancro del pancreas, il cancro esofageo e il cancro gastrico, così come i tumori benigni del tratto gastrointestinale superiore. Permette anche la caratterizzazione e la biopsia di tutte le lesioni focali trovate nel tratto gastrointestinale superiore (ad esempio la tubercolosi esofagea). Alla diagnosi si giunge inserendo un ago attraverso il rivestimento dello stomaco fino alla lesione bersaglio. Questa procedura con minor frequenza viene utilizzata per identificare malformazioni e masse nei dotti biliari e nei dotti pancreatici. 