Ormai considerato un luminare, con titolarità di cattedra sia al Bonifacio che all'Santa Maria Nuova, per "motuproprio" di Ludovico I di Borbone, venne nominato Professore onorario dell'Università di Pisa e Lettore in Firenze delle malattie dell'infanzia, cattedra non esistente prima d'allora e creata espressamente per lui tanto che si può considerare Palloni il padre della pediatria moderna e non solo in Italia..