Laguna, secondo Diego de Colmenares e altri storici, era figlio di un medico ebreo convertito. Studiò le arti per due anni a Salamanca e poi si trasferì a Parigi nel 1530, dove si laureò in arte e continuò a studiare medicina. Imparò le lingue classiche come il greco e il latino tanto da essere in grado di leggere Dioscoride nella sua lingua originale. Fu anche influenzato da Erasmo da Rotterdam e divenne suo seguace. Tornò in Spagna nel 1536 e quindi si recò in Inghilterra. Si trasferì poi nei Paesi Bassi dove visse per alcuni anni raccogliendo rimedi erboristici in tutti i luoghi visitati per verificare le prescrizioni di Dioscoride. Tra il 1540 e il 1545 risiedette a Metz, divenendo uno dei medici della città, e dal 1545 al 1554 soggiornò in Italia, dove conseguì un dottorato presso l'Università di Bologna venendo onorato dai Papi Paolo III e Giulio III, diventando medico di quest'ultimo. Venne ospitato a Venezia dall'ambasciatore spagnolo Diego Hurtado de Mendoza y Pacheco, un autorevole umanista e titolare di una biblioteca. Ritornò in Spagna nel 1557, dopo un altro soggiorno prolungato nei Paesi Bassi della durata di tre anni, dove divenne medico di Carlo V e di Filippo II. Infine fondò l'Orto Botanico di Aranjuez. Morì, probabilmente, a Guadalajara, in Spagna, nel 1559. Le sue spoglie furono sepolte nella chiesa di San Miguel a Segovia.