Tuttavia, a causa dell'eterogeneità della metodologia quanto alla definizione del caso, alla durata del follow-up, e ai criteri di valutazione del grado di recupero, la prognosi stimata della ME/CFS è variabile e incerta. Un problema metodologico notevole riguarda la discrepanza tra la percezione soggettiva del decorso della malattia da parte dei pazienti, la sintomatologia presentata, e le misure oggettive del loro grado di recupero funzionale:Alcuni dei giovani adulti hanno valutato la loro salute come "buona" sebbene la quantità di attività che potevano svolgere era minima. Si erano così abituati al loro livello di prestazioni che lo accettavano come la loro nuova normalità. Sfortunatamente molti di loro, pur descrivendo la loro salute come buona, non erano in grado di lavorare a tempo pieno o di svolgere altri compiti.Questo indica che i pazienti "guariti" non abbiano in realtà recuperato il loro livello di salute premorboso, ma si sono semplicemente adattati ai sintomi. Risultati simili sono stati riportati da Reyes et al., che hanno notato che "tutti i pazienti, compresi quelli che hanno riferito il recupero, hanno affermato di continuare ad avere alcuni sintomi che definiscono la CFS". Sankey et al. hanno osservato che il miglioramento riportato dai pazienti “su domande specifiche, contrasta notevolmente con il numero di sintomi che stavano ancora sperimentando. […] Sebbene 21 pazienti (il 75%) si considerassero completamente guariti, descrivevano una persistenza di sintomi di affaticamento, mal di testa, depressione e disturbi del sonno".