L'allicina presenta un gruppo funzionale tiosulfonato (R-S(O)-S-R), non presente nell'aglio finché questo non viene tagliato o pestato e formato dall'azione dell'enzima alliina liasi o alliinasi, sull'alliina, il solfossido della cisteina, un amminoacido non proteinogenico poco stabile in condizioni standard.