Dopo l'esperienza a Sumatra, continuando ad assecondare la sua natura che lo spingeva a viaggiare in paesi equatoriali, Gamondi accettò di partire, accompagnato dalla moglie, per conto del Ministero degli esteri italiano. Iniziava il suo lavoro di medico tropicalista in Congo, dove le sue esperienze passate sarebbero state molto utili, specialmente in un ospedale situato nella foresta. La classe dirigente di quella nazione dell'Africa centro-occidentale era ancora poco sviluppata e ciò incideva su fattori come la salute e la malattia, per la presenza di tante patologie endemiche. Noto per le sue esperienze precedenti in Asia, garanzia di competenza e capacità di intervento in zone ancora sottosviluppate, Gamondi ricevette l'incarico di dirigere l'ospedale di Yagambi, situato nell'alto Congo, con l'obiettivo di organizzare un ambulatorio medico dislocato nella foresta. Inoltre, la moglie aveva competenze di fisica, utili per organizzare attività e strumentazione necessaria per il lavoro in missione e così si instaurò una vera e propria collaborazione. Entrambi si impegnavano oltre che dal punto di vista dell'attività medica, anche nell'insegnare le basi fondamentali di una buona igiene, pianificare e programmare azioni volte a migliorare le profilassi di malattie endemiche. Nel 1968, a causa delle instabilità politiche sorte, trovandosi nel bel mezzo della rivoluzione ed ormai a rischio la loro stessa incolumità, dovettero lasciare il paese e tornare in Italia.