Tuttavia, nel 1847 il governo del Granducato di Toscana diede incarico a Leonida Landucci di indagare sull'attività di Carbonai: sebbene l'indagine si risolvesse favorevolmente, Carbonai manifestò tutto il proprio sdegno. Nel 1849 venne abolita la cattedra di ortopedia e terminò così anche l'attività della clinica; Carbonai, dunque, decise di trasferire l'istituto ortopedico nella propria villa di famiglia a Vecciano e nel 1850 riprese la cura dei malati.