Il segnale rilasciato da questa neoplasia è variabile. Nella maggior parte dei casi, la componente cistica risulta ipointensa in T1 e iperintensa in T2. Nel caso che vi sia la presenza di elevate concentrazioni di prodotti di degradazione delle proteine, il segnale del liquido cistico può variare sostanzialmente. Questa è una caratteristica altamente specifica per il craniofaringioma.