La gastroparesi cronica è spesso invece causata da neuropatia autonomica. Essa può incorrere in persone affette da diabete di tipo 1,diabete di tipo 2. Il nervo vago finisce per danneggiarsi dopo anni di glicemia alta, scatenando la gastroparesi. La gastroparesi cronica può essere causata anche da altri tipi di danni al nervo vago, per esempio conseguenti ad un intervento chirurgico addominale.