Come nel caso degli altri problemi d'ansia, i bambini col disturbo d'ansia da separazione incontrano maggiori ostacoli a scuola rispetto agli altri. L'adattamento e la funzionalità relazionale a scuola sono molto più difficili per i bambini ansiosi. In alcuni casi gravi, i bambini possono avere un comportamento distruttivo in classe o rifiutarsi del tutto di frequentare le lezioni. Si stima che quasi il 75% dei bambini col disturbo d'ansia da separazione mostri una qualche forma di comportamento di rifiuto verso la scuola.