La dermatite erpetiforme è determinata da una risposta autoimmune mediata da IgA alla transglutaminasi epidermica 3 (TG3), una proteina coinvolta nel mantenimento dello strato corneo. Si pensa che la TG3 venga rilasciata dai cheratinociti nel derma papillare dove si lega alle IgA circolanti. Le IgA anti-TG3 si depositano quindi all'apice delle papille dermiche attivando il sistema del complemento che a sua volta determinerebbe chemiotassi dei neutrofili con conseguente rilascio di metalloproteasi, distacco dermo-epidermico a livello della lamina lucida e sviluppo di vescicole subepidermiche.