La prognosi di guarigione dei processi infiammatori cronici apicali dei denti trattati endodonticamente è molto buona, con percentuali di successo che si riducono nel caso il dente sia già stato trattato in passato, e si sia quindi dovuto procedere ad un ritrattamento. Il protocollo consigliato comunque prevede un follow-up radiografico periodico, a 6 mesi, un anno ed ogni due anni circa dall'esecuzione del trattamento endodontico. Questo periodo di osservazione diventa doveroso nel caso di lesioni di una certa dimensione, in cui può rimanere il sospetto di avere a che fare con una cisti in grado di autosostenere la propria crescita anche in assenza dello stimolo irritativo infiammatorio, ed ancora di più per escludere lesioni di origine differente (cisti non infiammatorie o tumori).