La gastroenterite batterica è meno comune di quella virale, tra le infezioni trasmesse dagli alimenti si possono segnalare le salmonellosi associate al consumo di uova e prodotti a base di uova crude o di carni poco cotte di pollo e maiale; le campilobatteriosi derivanti dal consumo di carni poco cotte e latte non pastorizzato; le gastroenteriti dovute ad escherichia coli, associate alla diarrea del viaggiatore e ad ingestione di alimenti contaminati (includenti alcuni germogli di importazione) e il colera legato al consumo di frutti di mare crudi o poco cotti.