Molteplici sono gli studi volti a scandagliare il ruolo di questi linfociti nella patogenesi della SM [245] [346]; si ipotizza che, durante la malattia, i meccanismi di soppressione vengano meno con conseguente superamento della soglia che scatena l'aggressione autoimmunitaria (Figura 21).Dal confronto tra pazienti affetti da disordini autoimmuni e soggetti sani è emerso che le cellule T autoreattive sono presenti in entrambi i gruppi, ma nei pazienti con malattie autoimmuni esse risultano più facilmente attivate. [384]    È possibile, ed in certi casi è stato dimostrato, che alcuni virus, quali quello del morbillo, della varicella zoster (VZV), l'herpes simplex (HSV), l'Epstein-Barr virus (EBV), lo human herpes virus (HHV-6), l'adenovirus, il virus della rosolia, i retrovirus ed alcuni batteri (Borrelie, Clamidie) siano responsabili dell'inizio delle reazioni immunitarie. Essi possiederebbero, infatti, delle sequenze aminoacidiche in comune o strutture terziarie simili agli antigeni del SNC, e potrebbero stimolare una risposta autoimmune. Questo avviene tramite il meccanismo detto di mimetismo molecolare [271], per cui il sistema immunitario non è più in grado di distinguere il "non-self" dal "self", e la risposta immune verso gli antigeni virali o batterici, perpetuandosi anche contro antigeni dell'organismo stesso, si trasforma in una risposta auto-aggressiva. Un problema relativo alla presenza di queste immunoglobuline nel siero e nel SNC, riguarda la loro mancata specificità nei confronti di un determinato antigene. È probabile che la malattia sia originata da un primo epitopo autoimmune, successivamente non più riconoscibile, poiché vi è stata un'espansione, moltiplicazione, ricombinazione delle immunoglobuline prodotte in seguito alla prima presentazione dell'epitopo al T cell receptor. Questo processo può avvenire sia tramite il cosiddetto "epitope spreading" [466], cioè la selezione di cloni di linfociti verso epitopi secondari dell'antigene, sia tramite il processo di mutazioni somatiche che avviene nelle cellule B dopo il primo contatto con l'antigene. [469] Nel corso della fase attiva dell'infiammazione le cellule T, attraverso la produzione di specifiche interleuchine, forniscono un segnale necessario per l'attivazione dei linfociti B. Le cellule B, attivate e trasformate in plasmacellule, penetrano nel SNC grazie all'aumentata permeabilità della BEE indotta dai linfociti T e dalle chemochine. Qui producono anticorpi di tipo IgG che causano la demielinizzazione. Tale danno si manifesta come una degenerazione vacuolare della mielina sulla cui superficie si possono dimostrare depositi di IgG legate a fattori del complemento. [282] Intervengono quindi i macrofagi, attirati anch'essi dalle interleuchine pro-infiammatorie prodotte dai linfociti Th1, e fagocitano la mielina, ricoperta di IgG.