A Ginevra fu accolto nella comunità degli esuli italiani. La Chiesa italiana si costituiva di un collegio formato dal pastore, all'epoca Celso Martinengo, da un catechista, da quattro anziani e da quattro diaconi: il collegio si riuniva ogni settimana e si manteneva in stretto contatto con il Concistoro ginevrino, dominato dalla personalità di Calvino. Biandrata divenne presto uno dei quattro anziani e dal Consiglio cittadino ottenne l'anno successivo il diritto di residenza. La sua intimità con il Martinengo - egli era il medico curante della moglie di questi, l'inglese Jane Stafford - lo spinse a porgli interrogativi teologici concernenti la trinità divina e la natura di Cristo. Il Martinengo, ex-antitrinitario, intuì che lo scopo celato delle domande era quello di portare un attacco al dogma della divinità di Cristo e preferì rompere i rapporti con Biandrata, senza tuttavia sollevare pubblicamente il problema dell'ortodossia calvinista del medico piemontese.