Tra i fattori immunologici è particolarmente importante il rigetto acuto e cronico. In particolare il rigetto acuto tardivo, ovvero quello che insorge oltre i 3 mesi dal trapianto, è maggiormente associato allo sviluppo di disfunzione cronica. Inoltre il numero di episodi di rigetto, la mancata risposta alla terapia con steroidi e il grado istologico delle lesioni sono tutti fattori di rischio per lo sviluppo della sindrome.