Con il tempo, il rischio di rigetto diminuisce perché l’organismo si abitua al nuovo cuore e, quindi, il numero delle biopsie può essere ridotto. Generalmente, per il monitoraggio del trapianto di cuore la biopsia endomiocardica deve essere effettuata una volta alla settimana per il primo mese, ogni due settimane per il secondo e terzo mese, una volta al mese fino al sesto mese, infine ogni due mesi fino al primo anno dal trapianto.