Non è totalmente chiaro il motivo dell'insorgenza stagionale di focolai influenzali, invece di un'insorgenza uniforme durante tutto l'anno. Una possibile spiegazione è che, poiché le persone passano maggiormente il tempo in luoghi chiusi durante l'inverno, esse sono in contatto più spesso, e questo promuove la trasmissione da persona a persona. Un'altra spiegazione si basa sulle basse temperature che comportano un'aria più secca che può deidratare le mucose e impedire che il corpo possa espellere efficacemente le particelle di virus. Il virus potrebbe anche sopravvivere più a lungo su superfici esposte a temperature più basse. Inoltre l'aumento dei viaggi dovuto alle vacanze invernali può giocare a favore del virus. Un fattore importante è costituito dall'elevata trasmissione tramite aerosol del virus in ambienti freddi (con temperature inferiori ai 5 °C) con bassa umidità. Tuttavia cambiamenti stagionali nel tasso di infezioni avvengono anche nelle regioni tropicali, e i picchi di infezione avvengono principalmente durante la stagione delle piogge. Le modifiche stagionali nei contatti tra persone in ambiente scolastico, che costituiscono il fattore principale in altre malattie infantili come il morbillo e la pertosse possono essere significative anche nel caso dell'influenza. La combinazione di questi effetti stagionali può essere amplificato dalla "risonanza dinamica" con i cicli di malattie endogene. Il ceppo H5N1 presenta carattere stagionale sia nell'uomo che nei volatili.