Le lesioni istologiche della disfunzione cronica del trapianto, osservabili al microscopio ottico su campioni prelevati tramite biopsia renale, sono valutate secondo la classificazione di Banff. Questa prevede 6 possibili quadri patologici (incluso quello normale) a seconda del meccanismo patogenetico implicato, e nell'ambito di ciascuno di essi una scala di gravità del danno che coinvolge prevalentemente, a seconda del quadro, i vasi sanguigni con proliferazione della tonaca intima, i glomeruli con sclerosi o l'interstizio renale con fibrosi e atrofia dei tubuli.