L'area di sovrapposizione è situata tra i geni VP30 e VP24 (nel genoma del virus Ebola vi sono tre aree di sovrapposizione). La nucleoproteina ha un peso molecolare di 95 Kd ed è inserita nel virione in forma fosforilata. Pare ch'essa possa legare l'RNA e che sia la componente più importante del complesso riboproteico facente parte del nucleocapside. La glicoproteina di superficie contiene un dominio idrofobico C-terminale che ne permette l'aggancio alla membrana. Essa contiene sia N- che O-glicani i quali costituiscono più del 50% del peso della proteina. Le aree N- e C-terminali sono altamente conservate e ricche di residui di cistina mentre la parte centrale è idrofilica e contiene i siti di aggancio per i glicani. La glicoproteina media il legame con il recettore della cellula ospite e la successiva fusione tra le membrane lipidiche permettendo il fenomeno dell'infezione.