Circa il 38 % di una dose somministrata per via orale viene escreta tramite l'emuntorio renale entro 48 ore. A ciò si aggiunge un 8.6% del metabolita N-demetil ed un 4.4% del metabolita N-ossidato. La fleroxacina può essere secreta nel latte materno delle donne che allattano al seno. Dal momento che i chinoloni possono indurre artropatia nei giovani animali, la somministrazione del composto a donne che allattano non è raccomandata.