I carbapenemi sono controindicati nei pazienti con precedenti reazioni allergiche agli antibiotici beta-lattamici. Visto che le formulazioni intramuscolari di ertapenem e imipenem prevedono l'aggiunta di lidocaina, questi tipi di farmaci sono controindicati nei pazienti con precedenti reazioni avverse alla lidocaina. Inoltre, i carbapenemi sono controindicati nei pazienti che assumono acido valproico per le convulsioni, poiché riduce la concentrazione di acido valproico fino al 90%.