Il protocollo ATA naturalmente può essere costruito modificando diverse variabili. La parte aerobica può essere svolta a varie intensità e durata. Gli studiosi consigliano però di non ridurre la fase cardio al di sotto dei 15 minuti o al di sopra dei 30, mentre è più facilmente impostabile a bassa e media intensità (50-75% FCmax). La fase anaerobica può essere modificata variando ad esempio l'intensità, o il volume, quindi i carichi, il numero di ripetizioni, il numero di serie, e i tempi di recupero, oltre che le regioni corporee da coinvolgere.