Fu catturato dai sovietici nella primavera del 1945, agli inizi del 1946 fu iniziato a Dresda un processo a suo carico per crimini contro l'umanità. A luglio dello stesso anno fu condannato a morte, e dopo che la corte ebbe rifiutato il suo ricorso, Nitsche fu sottoposto alla pena capitale tramite ghigliottina il 25 marzo 1948.