In passato la prognosi dei pazienti affetti da questa malattia era decisamente sfavorevole. Molti pazienti dovevano convivere con gravi disabilità fino alla morte. Al giorno d'oggi la gran parte dei pazienti risponde molto bene al trattamento e molti pazienti vanno in remissione. Per coloro che non vanno incontro a remissione, i sintomi dell'emiballismo sono generalmente molto ben controllati dalla terapia farmacologica.