Lister è passato alla storia come il fondatore del metodo antisettico, ma probabilmente egli sarebbe rimasto nell'ombra se prima di tutto non fosse stato un chirurgo. E la sua pratica chirurgica non si sarebbe arricchita di nuove tecniche se non avesse avuto a supporto il sistema antisettico. Egli reintrodusse nella pratica clinica la litotomia, cioè la rimozione dei calcoli del rene, considerata proibitiva dopo gli iniziali insuccessi, perché presupponeva l'apertura della cavità addominale con conseguente peritonite mortale. Migliorò l'operazione per vene varicose. Eseguì molti interventi per correggere deformità ossee conseguenti in quel tempo a malnutrizione, rachitismo e tubercolosi. Anche la chirurgia plastica ha avuto con Lister un notevole impulso. Perfezionò inoltre le fasi e i tempi dell'amputazione degli arti. Fu un innovatore nel campo delle suture delle ferite e della legatura dei vasi sanguigni: egli era convinto che non poteva esserci perfetta legatura fin a quando il materiale usato rappresentava un corpo estraneo in grado di provocare reazioni infiammatorie. Una legatura di un vaso doveva perlomeno evitare il pericolo di una emorragia secondaria alla suppurazione che poteva verificarsi intorno al filo usato. E allora per evitare la suppurazione immerse i fili di seta in acido fenico prima di utilizzarli. Successivamente introdusse l'uso del catgut che, sempre trattato con l'acido fenico, si dimostrò privo di inconvenienti.