John Floyer in qualità di figlio minore dovette scegliersi una professione da praticare e all'età di 15 anni si iscrisse a Oxford per studiare medicina. Prima dell'iscrizione all'università si presume che Flyer abbia ricevuto privatamente un'istruzione, infatti non vi è traccia di una sua iscrizione presso la Lichfield Grammar School. Conseguì il Bachelor of Arts nel 1668, il Bachelor of Medicine nel 1674 e il Doctor of Medicine nel 1686. Questa lunga formazione universitaria, naturalmente prevedeva la lettura dei classici, la memorizzazione degli aforismi di Ippocrate, la frequenza delle lezioni e dei pochi casi di dissezione, la stesura di tesi da difendere nel corso di dispute.