La colorazione è importante perché la superficie della prostata è formata da tessuto fibromuscolare che non costituisce un limite istologico preciso tra la prostata stessa ed i tessuti extraprostatici. Dal momento che la vicinanza del tumore al margine non può essere predetta basandosi sull'aspetto di superficie di taglio della prostata, tutta la superficie deve essere trattata con inchiostro. Il blocco prostatico viene poi immerso in 300/400 ml di formalina e lasciato a fissarsi per 24 ore.Per la sezione, le vescichette seminali sono rimosse dal blocco prostatico. Ogni vescichetta seminale è divisa a metà usando la tecnica a "sandwich" (figura 7).  La serie di sezioni trasversali, parallele alla sezione iniziale dell'apice, sono eseguite fino ad arrivare in prossimità della giunzione delle vescichette seminali.Tutte le sezioni vengono identificate in maniera sequenziale iniziando sempre dalla sezione più apicale. In questo modo le sezioni sono disponibili per un esame istologico come descritto da Stamey et al 98 .Non c'è ancora consenso tra i patologi sull'utilizzo dell'esame in toto. Nel nostro centro si preferisce questo metodo per il fatto che l'osservazione macroscopica della prostata, anche sezionata, spesso non consente di identificare il tumore e quasi mai consente di identificarne tutti i focolai.Sulla base dello stesso protocollo si possono infine eseguire sezioni intere o sezioni a quadrante. La scelta tra le due metodiche deve tenere conto del tempo, dei materiali e i problemi logistici di immagazzinare i vetrini e i blocchi di paraffina di grandezza non convenzionale. L'unica differenza significativa tra questi due processi nel campo istopatologico è che le sezioni intere sono molto spesse e peggiorano gli standard per quanto attiene a valutazione di margini e i tempi di refertazione e creano molte difficoltà se si desidera allestire una banca di tessuti congelati, molto utile in futuro.Il campione tagliato subisce un'ulteriore post-fissazione per 24 ore. La sezione frontale viene quindi trasformata in una singola sezione; alternativamente le sezioni frontali vengono catalogate come quadranti seguendo uno schema a numerazione sistematica.Le sezioni di 5 m di spessore, vengono poi distese su appositi vetrini portaoggetto di 76 mm di lunghezza e 50 mm di larghezza, disidratate in alcoli di vario grado, chiarificate in solventi e colorate con ematossilina-eosina.