La maggior parte degli stati e paesi non effettua screening di routine al momento della nascita, di conseguenza, la maggior parte delle persone ricevono una diagnosi dopo che si sono manifestati i sintomi. La forma più comunemente usata per la diagnosi è il test del sudore. Esso comporta l'applicazione di un farmaco che stimola la sudorazione (pilocarpina). Il sudore risultante viene poi raccolto su carta o in un tubo capillare e analizzato per valori anomali di sodio e cloro. Gli individui affetti da fibrosi cistica hanno alti valori di questi due elementi nel sudore. Al contrario, le persone con fibrosi cistica hanno meno tiocianato e isotiocianato nella loro saliva. La fibrosi cistica può essere anche diagnosticata attraverso l'identificazione di mutazioni nel gene CFTR.