I disturbi intestinali variano dalla costipazione, alla diarrea, all'indigestione sino a malattie più gravi come la stenosi duodenale. Alcuni bambini sviluppano la celiachia e la malattia da reflusso gastroesofageo. Anche alcune rare condizioni come la malattia di Hirschsprung e l'ano imperforato sono più comuni nelle persone con sindrome di Down.