La mutazione del gene può essere causata dalle cosiddette mutazioni non senso, vale a dire dal cambiamento di una molecola (il nucleotide), da inserzioni e/o delezioni (perdita di materiale genetico) del gene WRN. In circa il 90% dei casi accertati (diagnosticati) di sindrome di Werner sono state riscontrate mutazioni del gene WRN. Il restante 10% dei casi è dovuto ad altre cause (come la mutazione del gene LMNA) ed è classificato come sindrome di Werner atipica.