Fin'ora sono state descritte quattro isoforme di hCG: hCG classico  hCG iperglicosilato (h-HCG) subunità β della frazione libera della Gonadotropina corionica umana (freeβ-hCG)  hCG ipofisario.Ogni isoforma condivide alcune sequenze proteiche, ma differisce per emivita e attività biologica. La distribuzione e la quantità delle varie isoforme cambia nel corso della gravidanza e in caso di complicanze o malattie. In fase precoce bassi Il ruolo principale dell'hCG è la stimolazione del corpo luteo affinchè produca progesterone, tuttavia i livelli continuano ad aumentare anche quando non è piu necessario il progesterone suggerendo possibili altre funzioni dell'hCG (Tabella 5).Tabella 5: production and biological functions of hCG isoforms.H-hCG è secreto dal citotrofoblasto extravilloso, la concentrazione aumenta nel I trimestre e poi decade. Questa isoforma rispetto a quella classica ha un numero maggiore di residui di zucchero raggiungendo un peso molecolare di 40-41 KDa.Quest'ultimo sembra molto importante nel processo di impianto/invasione fetale.La subunità β della frazione libera della Gonadotropina corionica umana (free β-hCG) è presente a bassi livelli nella gravidanza normale. È costituta da L'hCG ipofisario è secreto dalle cellule dell'ipofisi anteriore. Ha un'emivita più breve rispetto alla forma placentare. Tale isoforma si ritrova in tutti gli adulti, compresi gli uomini e le donne in pre/post menopuasa e può essere soppresso con l'utilizzo di agonisti-GnRH.