La tolleranza periferica dei linfociti T si esplica nella mancata responsività delle cellule T che riconoscono antigeni self nei tessuti periferici qualora vengano nuovamente a contatto con quegli stessi antigeni. Ci sono tre meccanismi con i quali si manifesta la tolleranza periferica: anergia, inibizione da parte di linfociti T regolatori e delezione mediante apoptosi.