Nuovamente arrestato dalla polizia zarista nell'autunno del 1899 (in tempi successivi alla maturità universitaria), venne dapprima incarcerato a Mosca, e successivamente mandato al confino a Kaluga e poi a Vologda, ove rimase per tre anni. A Vologda lavorò come medico al locale ospedale psichiatrico, e frequentò vari intellettuali come lui confinati, tra cui Berdiaev, Bazarov e Lunačarskij, che esercitarono una notevole influenza sulle sue idee. Durante gli anni di esilio, Malinovskij adottò lo pseudonimo di "Bogdanov", il più noto degli oltre trenta pseudonimi con cui si fece chiamare nel corso della sua vita.