La parete è costituita da una sottile capsula fibrosa sovrastata da un epitelio pluristratificato a sua volta piuttosto sottile ed irregolare, talvolta ondulato, e caratterizzato da paracheratosi. Nell'epitelio si osserva uno strato basale con disposizione delle cellule a palizzata, con nuclei rivolti verso gli strati soprastanti ed intensamente basofili. Questo aspetto risulta particolarmente importante per la differenziazione dalla variante non neoplastica, caratterizzata da ortocheratosi. Gli strati cellulari soprastanti quello basale possono mostrare gradi variabili di displasia e mitosi, e lo strato cheratinizzato è sottile ed irregolare. Capsula fibrosa e strato epiteliale sono facilmente separabili tra loro. Il lume cistico è occupato da liquido sieroso e cheratina. Nel caso si sia verificato un episodio infiammatorio, si ritroveranno le cellule tipiche, altrimenti assenti, e la disposizione dei tessuti potrà esserne alterata, rendendo talvolta difficile il riconoscimento tramite l'esame istologico. In un numero limitato di casi nella parete della lesione sono rilevabili calcificazioni, la cui origine non è ancora stata chiarita.