Il Museo di storia della medicina in Padova occupa una sezione di quello che fu l'Ospedale di San Francesco Grande, il primo e più importante ospedale di Padova per quattro secoli, fondato nel 1414 e in uso fino al 1798. La struttura faceva parte del complesso quattrocentesco di San Francesco Grande, separato dal convento dei Frati Minori dalla chiesa di San Francesco Grande.