Nel 1999 la ricerca clinica e lo sviluppo non clinico diventano un'organizzazione globale all'interno di Johnson & Johnson. Nel 2001 parte delle attività di ricerca è trasferita negli Stati Uniti con la riorganizzazione delle attività di ricerca nell'organizzazione JJPRD (Johnson & Johnson Pharmaceutical Research Development). Le attività di ricerca della Janssen Research Foundation (JRF) e del RW Johnson Pharmaceutical Research Institute (PRI) (Stati Uniti) sono fuse nella nuova organizzazione di ricerca globale. Un nuovo edificio per lo sviluppo farmaceutico è completato a Beerse nel 2001. Nel 2002 un nuovo centro logistico e informatico è aperto in un nuovo sito, Beerse 2. Nel 2003 sono costruiti due nuovi edifici di ricerca, il Discovery Research Center (DRC) e il Drug Safety Evaluation Center (DSEC). Il 27 ottobre 2004 è inaugurato il Centro di ricerca Paul Janssen per la ricerca scientifica.