Molti studi hanno evidenziato un rapporto tra alterazioni del sistema immunitario materno ed infertilità. Tra le alterazioni immunitarie che possono contribuire al precoce fallimento riproduttivo si devono distinguere l'alloimmunità (sviluppo di una risposta immunitaria nei confronti di tessuti estranei quali quelli embrionali) dall'autoimmunità (perdita della cosiddetta "tolleranza immunitaria" nei confronti di antigeni "self"). Tra i fattori autoimmuni che maggiormente vanno ad influenzare l'impianto embrionale si evidenziano gli anticorpi anti-tiroide, gli anticorpi anti-nucleo, il LES e gli anticorpi antifosfolipidi. Questi ultimi verranno trattati dettagliatamente nel capitolo quarto.