L'MHC umano è localizzato sul braccio corto del cromosoma 6 (banda 6p21.3, a circa 6000 kb dal centromero). Fino al 1999 si sapeva che l'MHC comprendeva una regione lunga circa 4 Mb, circa lo 0.1% del genoma nucleare, per un totale di circa 224 geni. La conoscenza di una nuova estensione dell'MHC, detta xMHC (extended MHC in human) è stata completata nel 2003 grazie al progetto di sequenziamento dell'intero genoma umano cosicchè l'intero locus oggi si estende per un totale di 7,6 Mb [100] . L'insieme di questi geni è stato suddiviso in tre regioni o classi: classe I (la più telomerica); classe II (la più centromerica); classe III (quella intermedia) [101,102,103,104] (Figura 5.1). istocompatibilità. Essi sono coinvolti nella presentazione dei peptidi antigenici ai linfociti T [105,106] , non essendo in grado, questi ultimi, di riconoscere antigeni solubili al contrario dei linfociti B. All'interno della regione di classe I sono stati descritti altri geni chiamati HLA-E, -F e -G e numerosi altri pseudogeni non codificanti [107] . Anche all'interno della regione di classe II, oltre alle tre principali subregioni HLA-DP, HLA-DQ e HLA-DR, che contengono ciascuna un differente numero di geni, troviamo vari pseudogeni.I geni HLA di classe III, infine, sono responsabili della produzione di molecole solubili, quali fattori del complemento, enzimi microsomiali, citochine e proteine dello shock termico. 