La colite atipica è una malattia rara con un'incidenza stimata essere di 1,98 casi su 100.000 individui, questo disturbo è più comune in Asia, mentre risulta essere piuttosto raro in Oceania ed in Europa; tuttavia i dati riguardanti l'incidenza di questa colite potrebbero essere sottostimati in quanto la classificazione tra morbo di Crohn, rettocolite ulcerosa e colite atipica è spesso molto complicata .