La cisapride aumenta il tono dello sfintere esofageo inferiore e trova dunque utilizzo nei soggetti con reflusso gastroesofageo. Può inoltre essere utilizzato nei diabetici con gastroparesi per promuovere lo svuotamento gastrico. Ulteriore indicazione, in virtù della specificità ileo-colica, è il trattamento della costipazione (primitiva od indotta da oppioidi).