Il reflusso gastroesofageo (GER) grave e la microaspirazione polmonare sono state associate nei pazienti FC a più alte concentrazioni di pepsina nel fluido dei BAL o alla presenza di acidi biliari nei campioni di escreato unite ad un aumento di concentrazioni di IL8 e NE. Tali dati suggeriscono che questa patologia vada ad inasprire lo stato infiammatorio delle vie aeree del paziente FC. Inoltre è stata rilevata una maggiore aderenza di PA alle cellule epiteliali delle vie respiratorie in conseguenza all'aspirazione di acido.Secondo alcuni autori, il GER rappresenta un importante fattore precipitante l'infiammazione precoce nei neonati, ma non vi sono ancora prove sufficienti per affermarlo con certezza (61).