I recenti progressi nell'identificazione automatica delle popolazioni cellulari mediante metodi computazionali hanno offerto un'alternativa alle strategie di gating tradizionali. I sistemi di identificazione automatica potrebbero potenzialmente aiutare a isolare popolazioni rare o nascoste. I metodi analitici automatici comprendono FLOCK l’"Immunology Database and Analysis Portal" (ImmPort), SamSPECTRAL. L'algoritmo "Stochastic Neighbor Embedding" distribuito su T (tSNE) è un algoritmo progettato per eseguire la riduzione della dimensionalità, per consentire la visualizzazione di dati multidimensionali complessi in una "mappa" bidimensionale. Gli sforzi di collaborazione hanno portato a un progetto aperto chiamato FlowCAP (Flow Cytometry: Critical Assessment of Population Identification Methods,) per fornire un modo obiettivo per confrontare e valutare i metodi di clustering in citometria a flusso e per stabilire linee guida sull'uso appropriato di questi metodi.