Le biopsie polmonari sono spesso complicate da pneumotorace (collasso polmonare). Tale complicazione può anche accompagnarsi a biopsie eseguite nell'addome superiore, in particolare in vicinanza alla base polmonare. Una percentuale variabile dal 25 fino al 50% dei pazienti sottoposti a biopsie polmonari svilupperà uno pneumotorace. In genere il grado di pneumotorace è lieve e tende a risolversi da solo e senza alcun trattamento. Una piccola percentuale di pazienti svilupperà uno pneumotorace abbastanza grave da richiedere l'ospedalizzazione e il posizionamento di un drenaggio toracico come trattamento. Anche se non è possibile prevedere in quali soggetti si verificherà questa complicanza più grave, un importante pneumotorace appare con maggiore frequenza e gravità in pazienti con enfisema grave ed in soggetti in cui la biopsia appare di difficile esecuzione.