Numerosi farmaci costituiscono un potenziale pericolo per gli individui affetti da G6PD-carenza. Alcuni farmaci antimalarici possono scatenare emolisi acuta, tra cui primachina, pamachina e clorochina; vi sono anche evidenze che altri antimalarici possono esacerbare la carenza della glucosio-6-fosfato deidrogenasi, ma solo a dosaggi elevati. Sulfamidici (come sulfanilamide, sulfametossazolo e mafenide), tiazosolfone, blu di metilene e naftalene dovrebbero allo stesso modo essere evitati dai G6PD carenti, come alcuni farmaci antinfiammatori non-steroidei (aspirina, fenazopiridina e acetanilide) ed alcuni antibiotici non sulfamidici (acido nalidixico, nitrofurantoina, isoniazide e furazolidone). Si è visto che anche estratti di henné possono causare crisi emolitiche in bambini G6PD-carenti.