Per diagnosticare la malattia occorre una corretta anamnesi dove si evince il quadro clinico e indagini di laboratorio (i linfociti B circolanti sono assenti o fortemente ridotti), grazie alle nuove metodiche di biologia molecolare si può diagnosticare anche prima della nascita del bambino. Da differenziare con l'ipogammaglobulinemia transitoria dell'infanzia.