Controindicazioni assolute al suo utilizzo sono occlusioni, fistole e perforazioni intestinali. La fuoriuscita di bario dai visceri è tossica; esso è un potente agente irritante in grado di indurre una peritonite-mediastinite chimica se entra in contatto con il peritoneo-mediastino. Per questo motivo, nelle prime tre settimane dopo un intervento, laddove si rendesse necessario un esame contrastografico di un distretto dell'apparato digerente, non deve essere usato il bario bensì un mezzo di contrasto iodato.