Quando, il 28 dicembre 1325, gli pervenne l'invito, si trovava a Foligno dove fu raggiunto da un frate dei servi di Maria inviato dal Comune perugino che, oltre ad offrire a Gentile la cattedra universitaria, gli donava una casa presso la chiesa di Sant'Agostino e gli accordava la stessa cittadinanza perugina. Intrapreso l'incarico, stando ad alcuni biografi, sembra che la sua permanenza a Perugia si sia interrotta dal 1337 al 1345 perché chiamato da Ubertino da Carrara all'Università di Padova. È certa la sua presenza a Padova ma probabilmente non così a lungo: infatti, il 17 aprile 1342 a Perugia pubblicò il suo "Tractatus de redactione medicinarum" e uno dei suoi famosi "Consilia" porta la sottoscrizione «Gentilis de Fulgineo, Perusii 1343, iulii».