Gli effetti collaterali dell'oxandrolone sono sostanzialmente sovrapponibili a quelli di altri androgeni di sintesi o naturali. Questi includono acne, ginecomastia (si sviluppa di frequente e talvolta persiste nei pazienti trattati per ipogonadismo) ed edema. In maschi che ricevono dosaggi troppo elevati di farmaco o sottoposti a terapia prolungata, si può avere atrofia testicolare, oligospermia, epididimite e un volume eiaculatorio diminuito. Nei pazienti anziani si possono invece verificare priapismo o eccessiva stimolazione sessuale.