Spesso chi pratica cromoterapia come tecnica della medicina ayurvedica è solito abbinare i colori ai chakra, i "punti di energia" che sono posti, secondo teorie filosofiche antiche, in corrispondenza di diverse ghiandole endocrine: secondo questa teoria, le energie dei chakra sono collegate con il sistema nervoso parasimpatico e autonomo e con la regolazione degli ormoni. I chakra sono sette, divisi in tre superiori e quattro inferiori. Ognuno dei sette corrisponde a uno dei sette colori dell'arcobaleno (più il bianco) e influisce, su un particolare organo o su una delle principali ghiandole del nostro corpo.