Durante le guerre Desert Shield e Desert Storm (1990-91), USAMRIID ha collaborato con il Dipartimento della Difesa ("DoD" in inglese) per fornire consulenza e, in particolare, vaccini e farmaci per garantire un'efficace risposta medica alle minacce biologiche, addestrando squadre per il pronto intervento in caso si fosse concretizzata la minaccia della guerra biologica. A fine conflitto, i medici e gli ingegneri dell'USAMRIID, furono i principali gestori delle forze di ispezione della Commissione speciale delle Nazioni Unite (UNSCOM) che ha valutato le effettive capacità di guerra biologica dell'Iraq.