La prognosi, sia della forma più lieve sia della sindrome crampi e fascicolazioni, è benigna. Se la reale origine della SFB resta ignota, la condizione non è dannosa a lungo termine e spesso il paziente impara a conviverci, avendo anche dei periodi di remissione. Talvolta in soggetti ansiosi o con altre patologie, può aumentare la sensazione di debolezza e la preoccupazione di poter soffrire di malattie gravi o neurodegenerative. In alcuni rari casi può esserci convivenza o degenerazione nella fibromialgia o nella sindrome della fatica cronica, che sono comunque patologie che è possibile tenere sotto controllo.