Gli allergeni sono molecole in grado di stimolare la produzione di anticorpi di classe IgE e di legarsi ad essi. La maggior parte degli allergeni inalanti e alimentari sono proteine o glicoproteine con peso variabile tra 5 e 70 kDa. La maggioranza di essi ha un punto isoelettrico compreso tra 4 e 7 e sono in gran parte di natura cationica.Dal punto di vista immunologico, bisogna distinguere: Antigene: qualsiasi sostanza in grado di indurre la formazione di anticorpi con i quali è capace di combinarsi in modo specifico.Allergene: antigene riconosciuto da anticorpi IgE.Epitopo: parte dell'antigene che innesca la risposta immune.Idiotipo: parte dell'antigene all'interno del sito di legame con l'anticorpo, riconosciuta dall'anticorpo stesso. Gli allergeni sono classificabili in allergeni maggiori e minori. Quando più del 50% dei pazienti allergici ad un determinato polline o altra fonte allergenica presenta le IgE specifiche per un determinato allergene , questo è definito maggiore.Gli allergeni che hanno una notevole similitudine strutturale (omologia di sequenza tra il 40% e il 90%) e presentano profonde similitudini nella struttura terziaria e nella funzione biologica sono riuniti nello stesso gruppo. Gli allergeni che appartengono allo stesso gruppo possono derivare da specie diverse dello stesso genere o da generi che hanno una stretta relazione tassonomica.