La scissione avviene a livello dell'acido aspartico(214) e della glicina (215), separando PARP in frammenti rispettivamente di 24 KDa e 89KDa. Il frammento più piccolo contriene la struttura a dito di zinco necessaria per legarsi al DNA. Il frammento di 89 kDa include il dominio di auto modificazione e quello catalitico.