Si possono distinguere due porzioni di canale, separate dal diaframma urogenitale: anzitutto una parte prossimale o retrograda, detta pelvica, di epitelio di transizione (urotelio), che parte dal collo vescicale e misura in media 1,2 - 2,4 cm per 7,5 mm di diametro massimo; costituisce circa i 2/3 dell'uretra. Segue una parte distale o anterograda, detta perineale, di epitelio colonnare stratificato ed epitelio colonnare pseudostratificato, che misura circa 1,0 - 1,3 cm per 8,3 mm di diametro massimo e giunge al meato uretrale esterno; costituisce il restante 1/3 circa dell'uretra. Il meato uretrale, largo 7 mm a riposo, è circondato da piccole quantità di epitelio squamoso stratificato. A differenza di quanto accade con l'uretra maschile, tuttavia, questa distinzione è solamente indicativa, e pertanto non designa alcuna differenza strutturale o anatomica tra i due tratti indicati. Ciascuno degli epiteli riscontrabili è presente, in percentuali sensibilmente maggiori, anche nell'uretra maschile. 