Nei casi in cui il paziente non presenta o presenta solo pochi ulteriori segni o sintomi, si pone il sospetto sindromico in diagnosi differenziale con l'insufficienza pancreatica congenita, la fibrosi cistica e la sindrome di Shwachman-Diamond; la differenza tra quest'ultima e la malattia di Johanson-Blizzard è l'abnorme concentrazione di bicarbonato nelle feci.