Sono disponibili alcuni vaccini per la prevenzione di determinate forme di meningite virale, e in particolare i vaccini anti parotite e morbillo (MPR), antiencefalite giapponese, anti encefalite da zecche, antirabbico, antinfluenzale, anti varicella e vaccino antipoliomielite. Per alcuni di questi vaccini è comunque necessario valutare attentamente il rapporto rischio/beneficio. Il vaccino dell'encefalite giapponese, ad esempio, è indicato solo in soggetti adulti che, in previsione di un viaggio per motivi turistici o di lavoro, sono a rischio reale di esposizione al virus. Inoltre tale vaccino presenta un tasso di gravi reazioni avverse: in particolare gravi reazioni allergiche in 4-8/100.000 soggetti vaccinati e sviluppo di encefalite post vaccinazione in 1 caso/2,5 milioni soggetti trattati.