L'alcaptonuria è una delle quattro malattie descritte da Archibald Edward Garrod caratterizzate dall'accumulo di intermedi dovuti a deficienze del metabolismo. Egli evidenziò la relazione tra l'ocronosi e l'accumulo di alcaptone nel 1902 e riportò i suoi studi in una lettura al "Royal College of Physicians" di Londra nel 1908. La dimostrazione dell'implicazione della omogentisato 1,2-diossigenasi nella patogenesi della malattia fu riportata in uno studio del 1958, mentre l'origine genetica venne dimostrata nel 1996.