Anche quando l'infezione è guarita, i suoi effetti possono essere permanenti; ciò rende la sua precoce identificazione essenziale per una buona prognosi. Il trattamento, con conseguente cura, è molto importante nella prevenzione di danni al sistema riproduttivo. L'eventuale formazione di tessuto cicatriziale a causa di uno o più episodi di malattia infiammatoria pelvica può portare al blocco delle tube, aumentando il rischio di incapacità di rimanere incinta e ad un dolore pelvico/addominale per lungo tempo. Talune occorrenze, come un intervento chirurgico in zona pelvica, il periodo di tempo subito dopo il parto, il verificarsi di un aborto spontaneo o un aborto, aumentano il rischio di contrarre un'infezione che può portare a recidive della malattia.