I farmaci rituximab e ciclofosfamide hanno un effetto documentato sulle malattie neurologiche causate da anticorpi dannosi. I farmaci possono essere combinati. Se non hanno un effetto sufficiente, potrebbe essere necessario un ulteriore trattamento. Bortezomib è un farmaco che elimina le plasmacellule che producono anticorpi e recentemente (2017) è stato segnalato per essere efficace nell'encefalite anti-NMDAR.