Il milieu ormonale non fisiologico, conseguente alla stimolazione ovarica, è ritenuto dannoso per la recettività endometriale. Il delicato equilibrio tra fattori endocrini e paracrini coinvolti nella preparazione endometriale all'impianto risulta alterato, soprattutto a causa dei livelli estrogenici elevati, che aumentano la sensibilità al progesterone, determinando un' accelerata transizione verso un aspetto secretivo.Altri meccanismi responsabili dell'anomala recettività endometriale sono: alterazioni endocrine della fase follicolare precoce; timinig di somministrazione dell'hCG non ottimale per la maturazione follicolare finale; alterazione rispetto ai valori fisiologici dei livelli steroidei nella fase luteale; inadeguato supporto della fase luteale; effetto diretto mediato dei GnRH analoghi e antagonisti.La valutazione dell'espressione genica costituisce un nuovo strumento per indagare l'impatto della stimolazione ovarica sull'endometrio e sulla sua recettività: dagli studi finora effettuati sono emerse importanti differenze dal confronto tra l'espressione genica a livello endometriale in varie fasi di cicli spontanei rispetto a cicli dopo stimolazione ormonale.Per quanto riguarda la qualità embrionaria, si ritiene che la stimolazione ovarica con gonadotropine possa incidere sullo sviluppo embrionale in diversi stadi.Questo è stato osservato soprattutto nei topi, dove la stimolazione sembra ridurre e rallentare lo sviluppo in vitro dell'embrione di due o tre cellule in blastocisti 68 ; inoltre potrebbe ridurre il numero di cellule e microvilli a livello della blastocisti.L'esposizione ad elevati livelli di estrogeni ed FSH potrebbe infatti avere conseguenze dirette sullo sviluppo embrionale, tuttavia da alcuni studi che hanno confrontato le caratteristiche di embrioni ottenuti da cicli naturali con embrioni derivanti da cicli con stimolazione ovarica, non sono emerse differenze significative 69 .