Gli effetti deleteri dell'accumulo di glicogeno causano debolezza del diaframma e della muscolatura respiratoria accessoria; ne deriva l'insorgenza di frequenti episodi di dispnea soprattutto durante sforzo, apnee ostruttive notturne, ortopnea. A causa delle alterazioni della meccanica respiratoria spesso si instaurano complicanze di tipo infettivo alle alte e basse vie aeree.L'inefficienza degli scambi respiratori, in particolare durante la notte, si manifesta in maniera aspecifica con cefalea mattutina, sonnolenza, nausea, irritabilità. La grave ipossia a livello alveolare determina un aumento delle resistenze dei capillari polmonari, con una lenta ma inesorabile progressione verso lo scompenso del cuore destro e l'insufficienza cardio-respiratoria.