Anche se un preservativo è efficace nel limitare l'esposizione, la trasmissione di alcune malattie può verificarsi comunque. Alcune aree infettive dei genitali, specialmente quando i sintomi della malattia sono presenti, non possono essere coperte dal preservativo e, di conseguenza, alcune malattie come l'HPV e l'herpes possono essere trasmesse per contatto diretto. Il problema primario di efficacia nell'uso dei preservativi per prevenire le malattie infettive è comunque un uso scorretto.