L'ospedale era amministrato da un consiglio di 15 governatori: gli eredi maschi dei due fondatori, in qualità di membri perpetui dei consiglio (il duca Riario Sforza, in qualità di erede della famiglia Milano, e un erede maschio di Valensise); due rappresentanti ecclesiastici (l'arciprete e il presidente della congrega di carità), uno comunale (un assessore), due del Comitato ungherese e, infine, gli altri otto nominati dalla famiglia Milano o dai suoi eredi. In seguito, l'amministrazione comunale contribuì all'impresa cedendo i locali del vecchio convento. Inizialmente, i medici operarono a titolo gratuito.