Le attività metaboliche della microflora intestinale sono numerose.Polimeri complessi vengono degradati da una grande varietà di idrolasi specifiche (polisaccaridasi, glicosidasi, proteasi, peptidasi) in piccoli frammenti, successivamente digeriti dai batteri. La fermentazione di questi substrati da parte della microflora provoca la produzione di vari metaboliti, tra cui acidi grassi a catena corta (SCFA), gas e ammonio. Queste reazioni permettono ai batteri di ottenere l'energia necessaria per la loro crescita e per il mantenimento delle funzioni cellulari. L'attività microbica è importante anche per l'ospite perché le sostanze prodotte dal metabolismo vengono assorbite e utilizzate dall'organismo.