Le recidive insorgono precocemente e sono provocate dallo stesso batterio del precedente episodio di PNA, mentre le reinfezioni insorgono tardivamente (oltre un mese).Il primo caso può essere dovuto all'utilizzo di un antibiotico non adeguato, all'insufficiente durata della terapia o alla presenza di anormalità misconosciute delle vie urinarie.Il secondo caso può insorgere più frequentemente nei soggetti diabetici o nei soggetti trapiantati, ma può capitare anche nelle giovani donne senza alcun tipo di predisposizione. Questi pazienti, con episodi ricorrenti di pielonefrite, separati da un periodo caratterizzato da batteriuria asintomatica o di cistite, dovrebbero ricevere un trattamento antibiotico profilattico. Tale trattamento si avvale di una somministrazione a dosaggio basso di farmaci in maniera continuativa o intermittente sebbene la tollerabilità di quest'ultimo sembri maggiore rispetto un approccio continuativo. I farmaci maggiormente utilizzati sono: nitrofurantoina, cotrimoxazolo e cefalosporine; l'uso saltuario di chinolonici, all'epoca consigliato, è oggi sconsigliato per l'elevato rischio di sviluppare resistenze.