Il farmaco è controindicato nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo, a ganciclovir oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti utilizzati nella forma farmaceutica. Aciclovir e valaciclovir, strutturalmente e chimicamente simili alla molecola, possono dare una reazione di ipersensibilità crociata con valganciclovir. Il farmaco è pertanto controindicato anche in soggetti con ipersensibilità nota a questi due antivirali.