La CPPS è caratterizzata da un dolore pelvico di causa ignota che dura da almeno 6 mesi ininterrottamente. I sintomi solitamente presentano un carattere ciclico con dei periodi di miglioramento seguiti ad altri in cui si avverte una recrudescenza degli stessi. Il dolore può essere lieve o debilitante, e può irradiarsi dai glutei o dal retto, rendendo difficoltoso restare seduti. Disuria, mialgia, fatica cronica, dolore addominale, bruciore costante all'interno del pene, frequenza ed urgenza urinaria possono essere presenti. L'urgenza e la frequenza minzionale la fanno apparire simile alla cistite interstiziale (un'infiammazione della vescica piuttosto che della prostata).