Grazie alla sua grande capacità intuitiva, sviluppata con anni di esperienza medica e chirurgica, capì subito che la soluzione migliore per evitare la proliferazione dell'infezione sarebbe stata l'amputazione totale dell'arto colpito. Tuttavia la sua richiesta non venne accolta. Accorse da Padova infatti il professor Edoardo Bassini, convinto di poter salvare l'arto fermando la sepsi. Ciò non avvenne e Francesco Colzi morì a seguito di una gravissima infezione tetanica, confortato dall'enorme affetto dei suoi allievi.