La pubblicazione degli Atti non fu però continua e le interruzioni furono dovute a svariati motivi. Nel 1838, in seguito al trasferimento della Società presso l'Arcispedale, si decise di pubblicare i verbali delle riunioni nell'"Archivio delle scienze medico-fisiche". Nel 1843 passarono nella "Gazzetta toscana delle scienze fisico-mediche" e dal 1852 nella "Gazzetta medica italiana federativa toscana". Quest'ultima rivista nel 1858 cambiò nome diventando "Lo Sperimentale", che divenne l'organo ufficiale dell'Accademia fino al 1971.