L'esame viene effettuato su pazienti a digiuno da almeno dieci-dodici ore. Al paziente, in decubito laterale sinistro, viene introdotta in bocca la sonda, che viene poi introdotta in esofago, e da lì fatta scendere prima nello stomaco e poi nel duodeno; l'esame si completa con il ritiro della sonda, e la visualizzazione in retroversione delle stesse strutture anatomiche.