Questo esame consiste nell'introduzione di elettrodi ad ago nello sfintere esterno per valutare difetti di conduzione ed eventuali denervazioni. Esso oggi è poco utilizzato perché superato dalla Ecoendoscopia transrettale [35].Lo studio della Latenza Motoria Terminale del Nervo Pudendo (PNTML) viene invece eseguito attraverso un'esplorazione rettale con un elettrodo connesso ad un generatore di impulsi e montato sul dito indice guantato. Si stimola il nervo pudendo a livello del muscolo pubo-rettale e viene quindi misurato l'intervallo che intercorre tra la stimolazione e la risposta dello sfintere. Il tracciato della latenza compare su un oscilloscopio. Un allungamento della latenza è tipica di alcune patologie correlate a disturbi funzionali come nell'incontinenza fecale idiopatica, nel prolasso rettale e nella sindrome del perineo discendente. Attraverso questo esame è possibile diagnosticare patologie della statica pelvica, quali il rettocele, l'enterocele, e il prolasso rettale. Il suo uso nella valutazione della IF è controverso.Accanto alla defecografia è stata recentemente introdotta la risonanza magnetica nucleare (RMN). Essa consente, come la defecografia, di raccogliere immagini sia statiche che dinamiche. È indicata nello studio dei problemi della defecazione nei bambini, avendo il vantaggio di non emettere radiazioni. I problemi maggiori associati alla RMN sono la disponibilità e i costi.