La mucosa dello stomaco è rivestita da una patina di muco (prodotto dalle cellule mucose) che ha la funzione di proteggere le cellule dai succhi digestivi, ovvero di impedire l'autodigestione. La protezione è indispensabile perché essi, così come attaccano e digeriscono gli alimenti, potrebbero attaccare e digerire la stessa parete dello stomaco. Talvolta però, la mucosa può essere danneggiata da sostanze irritanti come l'alcol o l'acido acetilsalicilico; oppure il muco può venire prodotto in quantità insufficiente. Quando ciò si verifica, gli enzimi e l'acido cloridrico iniziano ad autodigerire lo stomaco: si forma una lesione chiamata ulcera peptica. Il sintomo tipico è un dolore profondo nella parte superiore dell'addome a stomaco vuoto. Recentemente si è scoperto che nello stomaco di molti individui è presente un batterio, l'"Helicobacter pylori", che potrebbe avere un ruolo importante nell'insorgenza del disturbo.