Per quanto concerne l'attività di Maragliano come autore di opere scientifiche, egli iniziò e proseguì fino a compimento con Arnaldo Cantani il Trattato Italiano di Patologia in 24 volumi, in cui lavorarono tutti i clinici italiani del tempo. Tra le sue opere principali si deve annoverare il "Trattato delle Malattie dei polmoni", le monografie originali sulle nefriti, sulla febbre, sul sangue, sul ricambio, sulla tubercolosi e sulla immunità antitubercolare.