Il danno infiammatorio stimola le cellule staminali delle cripte intestinali le quali si moltiplicano e si differenziano. Esse, poi, vanno a rimpiazzare quelle perse ma, a differenza di queste ultime, presentano una diminuzione dell'attività di alcuni enzimi e trasportatori di membrana. Le capacità secretive, invece, sono equivalenti alle cellule che sono state sostituite.