Come tutti i cateterismi cardiaci e vascolari (cioè come tutte le metodiche che prevedono l'inserimento di sonde all'interno dei vasi e del cuore), la coronarografia non è priva di rischi. In teoria le sonde possono apportare lesioni alle strutture attraversate, con conseguenti perforazioni, emorragie, trombosi o embolie. Nel caso specifico inoltre, poiché sono incannulate le arterie coronariche, si possono favorire fenomeni occlusivi coronarici con conseguenti ischemie. In pratica, tuttavia, queste complicanze si verificano rarissimamente e ormai la metodica viene eseguita di routine: come in qualsiasi procedura interventistica è prevista la firma di un documento di consenso.