Si moltiplicano più facilmente se la superficie dell’endocardio è ruvida o su valvole cardiache difettose o danneggiate, o in presenza di valvole artificiali. Tuttavia, occasionalmente l'endocardite si verifica anche in persone sane. Esistono, inoltre, forme di endocardite trombotica (trombi, cioè aggregati di elementi del sangue come le piastrine e proteine, come la proteina chiamata fibrina) non infettiva, nelle quali la lesione al cuore non è provocata da infezione microbica.