L'incidenza della riforma teresiano-giuseppina ispirata da Brambilla è ben visibile nell'evoluzione subita dall'Ateneo di Pavia. Se la didattica medica prima del suo interessamento era ancorata ai canoni più tradizionali, quali i precetti di Ippocrate e Galeno, alla morte di Brambilla l'Ateneo aveva interamente cambiato volto: esso era diventato una delle più qualificate università europee. In tale periodo l'imperatore Giuseppe II e Maria Teresa d'Austria, in stretto contatto con Brambilla, ordinarono l'attuazione di una serie di riforme: al "Piano di direzione, disciplina ed economia dell'università di Pavia" (1771) fece seguito il "Piano scientifico" del 1773, il quale doveva servire “di scorta e direzione ai professori per dirigere la pubblica istruzione nelle scienze”. Tali piani riformatori miravano all'attuazione del modello di didattica medica proposto da Marcello Malpighi con il "De recentiorum medicorum studio". Il "Piano degli studi per la Facoltà Medica dell'Università di Pavia" del 1785, voluto da Giuseppe II, contribuì a migliorare ulteriormente tale ateneo. Brambilla ebbe inoltre il merito di affidare la cattedra di anatomia e chirurgia dell'Ateneo ad Antonio Scarpa nel 1783; per tale insegnamento fu inaugurata un'apposita aula, oggi detta "Aula Scarpa", in cui è conservato il busto del Brambilla.