I metodi utilizzati per rilevare le mutazioni del gene LDLR possono essere divisi in due gruppi:1. Metodi per individuare mutazioni di cui si conoscono caratteristiche e localizzazione nel gene (mutazioni note), generalmente utilizzate a fini di diagnosi e di screening.2. Metodi per localizzare e caratterizzare mutazioni ancora sconosciute nel gene (mutazioni ignote), generalmente utilizzati a fini d' indagine e di screening di mutazioni incognite.Tra il primo gruppo i metodi più utilizzati sono:• Real-time-PCR • Enzimi di restrizione • Southern Blot • Microarrays • PyrosequencingTra il secondo gruppo i metodi più usati sono:• SSCP (Single Strand Conformation Polymorphisms)• DHPLC (Denaturant High Performance Liquid Cromatography)• Sequenziamento In pratica vi sono però limitazioni e difficoltà all' applicazione di questo semplice approccio. In primo luogo, non è raro il caso di mutazioni che non alterano il pattern di restrizione; in secondo luogo la modifica di alcuni siti di restrizione può rivelarsi di scarsa utilità pratica o perché l' amplificato ha una molteplicità di siti di restrizione per l' enzima utilizzato (e quindi può risultare difficile valutare differenze rispetto ad un solo sito influenzato dalla mutazione), o perché l' enzima manifesta una scarsa attività nei confronti di quel dato sito (e ciò si traduce in ambiguità analitiche, specie nei casi in cui si valuta l' eliminazione di un sito di restrizione), o più banalmente perché l' enzima non è facilmente reperibile o è costoso. In tutti questi casi bisognerà ricorrere ad un approccio alternativo, come quello indicato di seguito (64).