Negli ultimi anni l'industria farmaceutica ha investito somme considerevoli nella ricerca e nello sviluppo di nuovi farmaci, tuttavia questo sforzo non è stato accompagnato da un adeguato aumento nella produttività. In particolar modo, i principali problemi sono stati evidenziati nelle prime fasi del drug discovering, ovvero quelle che impegnano i ricercatori nell'identificazione e ottimizzazione dei nuovi composti farmaceutici 28 . Per far fronte a questa situazione, ci si è appoggiati ad una nuova scienza: la bioinformatica. Per raggiungere lo scopo preposto, dapprima si analizzeranno le cavità e i tunnel proteici, al fine di rilevare i possibili siti sulla superficie o all'interno della proteina in grado di ospitare ed interagire con il substrato e con possibili ligandi.In un secondo momento l'attenzione sarà spostata su quegli aspetti dinamici della proteina fondamentali per razionalizzare il suo meccanismo d'azione.Infine, la struttura sarà oggetto di un breve studio di docking.  Nel caso di una ricerca tramite keyword si otterrà un elenco di risultati, mentre inserendo il codice si aprirà automaticamente la "Structure Summary Page".Questa pagina contiene alcune informazioni di base che comprendono l'immagine della struttura e alcune opzioni per visualizzarne il modello tridimensionale, i relativi riferimenti alla tecnica usata per ottenerla, una breve descrizione della molecola e dei suoi eventuali ligandi e le citazioni della molecola all'interno di testi scientifici, cui è possibile accedere tramite collegamento per ottenere ulteriori informazioni.È inoltre possibile scaricare il file in formato .pdb contenente le coordinate della struttura.Il .pdb è un formato di testo in grado di descrivere le strutture tridimensionali delle macromolecole contenute nel Protein Data Bank. Le informazioni in esso contenute non riguardano soltanto le proteine, ma anche gli ioni, le molecole d'acqua e i lgandi con cui spesso esse sono associate nella cristallizzazione.Aprendo il file con un programma di testo quale Word Pad appare un lungo elenco di dati suddivisi in una serie di records. I più importanti, riportati in ordine di apparizione, sono mostrati in tabella 1. Per salvare la struttura, è necessario cliccare su "Download File" e scegliere di salvare il PDB File in formato testo (.txt) (Fig. 10). A questo punto, la struttura è salvata e pronta per essere utilizzata.Proprio per questo motivo il sito è il punto di partenza del lavoro perché, oltre ad offrire svariate informazioni sulla molecola di interesse, consente di salvarne la struttura e di utilizzarla in altri programmi. È possibile ricercare la struttura di interesse oppure, nel caso in cui se ne sia già in possesso, caricarla in formato .pdb attraverso l'opzione "Sfoglia" ed effettuare direttamente su di essa le misure necessarie.Per quanto riguarda i risultati, essi vengono visualizzati direttamente sullo schermo attraverso Jmol, un visualizzatore tridimensionale open source di molecole chimiche basato su Java.In alternativa posso decidere di ricevere il risultato della ricerca tramite e-mail, con l'opzione "E-mail only". Per fare ciò basta inserire l'indirizzo di posta elettronica e cliccare su "submit". Semplicemente aprendo la casella di posta si entra in possesso di un codice ID che rimarrà attivo per una settimana. Avendo precedentemente installato il plugin di CAST-p per PyMOL, per visualizzare le tasche del monomero individuate dal programma, è sufficiente cliccare in successione su "Plugin", "CASTp pocket loader", "CASTp by job ID", inserire il codice ricevuto e infine confermare l'operazione con "ok" (Fig. 12). Le tecniche utilizzate in CAST-p si basano sulle alpha-shape, sulla triangolarizzazione di Delaunay e sul Discrete-flow 32 .Per individuare le cavità, il programma immagina di esplorare la proteina con una sonda del raggio di 1,4Å (approssimativamente quello di una molecola di acqua). È possibile tuttavia modificare tale parametro per ottenere risultati più o meno sensibili.  In questo caso una sonda sferica dal raggio di 3Å esplora la proteina lungo una griglia tridimensionale. I siti sono selezionati con un metodo puramente geometrico: viene riconosciuta un'interazione tra proteina e sonda se un punto della proteina ricade nel raggio della sonda e si identifica una cavità se è segnalata un'interazione seguita da un tratto senza interazioni a sua volta seguito da un'altra interazione 35 .Come per Q-SiteFinder, la visualizzazione tramite Jmol o CHIME consente di avere rapido accesso a informazioni come il volume della proteina e delle cavità, la lista degli atomi e dei residui amminoacidici coinvolti e le coordinate minime e massime per individuare le cavità. 