Nel 15-20% dei casi attivi, l'infezione si diffonde al di fuori delle vie respiratorie, causando altri tipi di tubercolosi. Questi sono comunemente indicate come "tubercolosi extrapolmonare". La tubercolosi extrapolmonare si verifica più comunemente nei soggetti immunocompromessi e nei bambini piccoli. Negli individui affetti da HIV, ciò si verifica in più del 50% dei casi.