Si crede che l'amigdala sia coinvolta nella codifica e nel recupero di ricordi carichi di emozioni. Gran parte delle prove per questo dato provengono dalla ricerca su un fenomeno noto come "memorie flash", ovvero i casi in cui i ricordi di eventi emotivamente potenti sono più dettagliati e duraturi rispetto ai ricordi regolari (ad esempio attacchi dell'11 settembre, rapimento Moro). Questi ricordi sono stati collegati a una maggiore attivazione nell'amigdala. Recenti studi su pazienti con danno all'amigdala suggeriscono che essa è implicata nella memoria per conoscenza generale piuttosto che per informazioni specifiche.