Nel 1861 il medico Charles Williams diagnosticò a Wakley una malattia infettiva, probabilmente tubercolosi, a causa dei suoi attacchi di tosse persistenti e di emottisi. Per questo motivo il medico gli suggerì un periodo di riposo in una località dal clima mite. Così il 4 ottobre Wakley firmò il suo testamento e lasciò Southampton per l'isola portoghese di Madeira. Wakley sarebbe tornato a Londra il 24 Maggio 1862, ma l'11 Maggio cadde da una piccola imbarcazione con la quale aveva navigato attorno alla costa, procurandosi un'emorragia polmonare. Venne assistito dal dottor Lund e dal dottor Grabham, ma ciò non fu sufficiente. 