Per ragioni non ancora completamente chiarite batroxobina si lega al fibrinogeno in modo distinto dalla trombina,ed in contrasto con quest'ultima, che rilascia fibrinopeptide A e B dai domini NH2 terminali delle catena α (alfa) e β (beta) di fibrinogeno, rispettivamente, batroxobina rilascia solo fibrinopeptide B. 