La terapia di prima linea per questi pazienti consiste nella ingestione di corticosteroidi diluiti in liquidi. L'inibizione della pompa protonica storicamente non ha avuto alcun ruolo nel trattamento, anche se alcuni studi recenti dimostrano che una percentuale significativa di pazienti con sospetta esofagite eosinofila raggiunge la remissione clinico-patologica grazie alla assunzione di inibitori, quali ad esempio l'omeprazolo. I pazienti affetti da esofagite eosinofila, per definizione, hanno sintomi persistenti nonostante il ricorso a terapia con farmaci antiulcera. Per questo motivo si ricorre spesso a terapie mediche alternative.