Il metodo di colorazione di Nissl (da Franz Nissl il neuroscienziato e istologo che inventò la tecnica) è comunemente usato per determinare la citoarchitettura delle strutture neuroanatomiche, utilizzando comuni agenti come il thionin, il violetto cresolo o il rosso neutro. Questi coloranti macchiano intensamente gli "organi di Nissl" (il reticolo endoplasmatico rugoso), che sono abbondanti nei neuroni e rivelano modelli specifici di citoarchitettura nel cervello. Altre tecniche di colorazione comuni utilizzate dagli istologi per altri tessuti (come la Colorazione con ematossilina eosina) lasciano al tessuto cerebrale un'apparenza in gran parte omogenea e non rivelano il livello di organizzazione che mostra la colorazione di Nissl.