Gli studi clinici eseguiti hanno dimostrato che, in caso di sovradosaggio con somministrazione di didanosina a dosi dieci volte superiori a quelle consigliate, è possibile che si verifichino complicazioni secondarie a iperuricemia, disfunzione epatica, pancreatite, neuropatia periferica. Ad oggi Non si conosce un antidoto specifico. Didanosina è comunque dializzabile, almeno parzialmente, per emodialisi.