Le malformazioni a carico dello stomaco possono essere studiate come quelle esofagee mediante l'esame radiografico con mezzo di contrasto. Nella stenosi ipertrofica del piloro la radiografia con mezzo di contrasto evidenzia il restringimento del lume pilorico associato a dilatazione a monte ed assenza o riduzione dell'aria a valle; l'ecografia consente in tali casi di misurare i diametri della muscolatura pilorica. Nell'atresia del piloro non si osserva aria a livello dell'intestino e non va usato il mezzo di contrasto.