Storicamente la definizione di SIBO era basata sull'iperproliferazione batterica in un contesto di anomalie anatomiche dell'intestino, a carattere genetico o postoperatorio (in particolare nei pazienti affetti da sindrome dell'ansa cieca). Venne allora stabilito come criterio diagnostico il riscontro di una conta batterica superiore a 1x105 cfu/ml.