La muscolatura di entrambi gli atri è formata da fibrocellule muscolari scolpite nella parete a fasci paralleli, per questo vengono detti muscoli pettinati. Esternamente è presente il solco terminale a cui internamente corrisponde la cresta terminale. Tra atrio destro e atrio sinistro è collocato il setto interatriale, sul quale si trova la fossa ovale, che nella vita fetale permetteva la comunicazione tra i due atri, attraverso il foro di Botallo.