Nel 1986 Montagnier riuscì a isolare un secondo ceppo del virus HIV, chiamato HIV-2 e maggiormente diffuso in Africa, e fu insignito del premio Albert Lasker per la ricerca medica. In seguito Montagnier s'impegnò in progetti di prevenzione dell'AIDS e nella ricerca di un vaccino efficace contro questa patologia, collaborando con diversi virologi, tra cui l'italiano Vittorio Colizzi.