Alcune differenze fra cranio maschile e cranio femminile possono essere individuate in sede splancnocranica. Difatti un cranio maschile presenterà arcate sopracciliari dai bordi arrotondati, laddove quelle tipiche d'un cranio femminile sono maggiormente affilate; s'osserverà inoltre che la superficie dell'osso zigomatico è liscia nel cranio maschile, più aspra su quello femminile, mentre avviene il contrario per quanto riguarda la zona centrale della mandibola; questa, peraltro, presenterà deviazione verso l'esterno, cioè lateralmente, del gonion, nel cranio maschile. Ovviamente tali differenze sono diversamente accentuate da individuo a individuo, tanto che spesso non è possibile stabilire il sesso d'un soggetto solo dall'osservazione del cranio, avendo questo caratteri intermedi.