I disturbi (sintomi) provocati dalle infezioni sono simili a quelli descritti per il rigetto. Per accertare il germe che ne è responsabile si eseguono degli esami sulle secrezioni bronchiali, detti colture, che mettono in evidenza la “crescita” dei germi presenti e consentono di individuarli. Una ulteriore analisi, detta antibiogramma, consente di selezionare gli antibiotici a cui il germe risulta sensibile. La terapia è molto complessa e richiede l'impiego di antibiotici specifici contro i germi identificati.