La tubercolosi extra-polmonare è meno comune, colpisce vari organi come linfonodi, ossa, articolazioni, apparato digerente, vescica, apparato riproduttivo e sistema nervoso centrale. I disturbi (sintomi) causati dalla tubercolosi extra-polmonare variano e possono includere linfonodi ingrossati, dolore addominale, dolore e perdita di movimento dell'arto o dell'articolazione colpita, senso di confusione, mal di testa persistente, convulsioni.