Guillotin fu eletto il 1º maggio 1789 fra i dieci deputati di Parigi agli Stati Generali, con 143 voti su 273 votanti. Fu lui a suggerire, il 20 giugno 1789, di utilizzare la Sala della Pallacorda, dopo che i deputati del Terzo Stato trovarono sbarrata la porta della sala dell'Hôtel des Menus-Plaisirs a Versailles, in cui avrebbero dovuto riunirsi. Fu anch'egli fra i firmatari del Giuramento della Pallacorda.