Non attribuisce a Moleschott la parola materialista; il medico credeva ciecamente nell'esistenza dello spirito nell'uomo, rimarcando però un'assenza di nesso tra spirito e Dio. Nel 1860 gli viene offerta la cattedra di fisiologia all'Università di Torino: egli accetta e si trasferisce quindi in questa città, dove insegna dal 1861 al 1870. Diventato cittadino italiano, egli associa all'attività accademica quella politica. Passa poi ad insegnare all'Università di Roma e diventa senatore del regno nel 1876.