Il termine transgender sta proprio ad indicare quelle persone con un'identità di genere diversa dal sesso biologico: per esempio una persona che nasce maschio, ma che si sente donna (o viceversa). La condizione per cui una persona ha un’identità di genere diversa dal sesso biologico si chiama anche incongruenza di genere. L’incongruenza di genere non è una malattia. Questa condizione  nell'ultima edizione (undicesima) della Classificazione statistica internazionale delle malattie e dei problemi sanitari correlati (ICD-11) è stata tolta dal capitolo delle malattie mentali ed è stata inserita in un nuovo capitolo, quello della salute sessuale. La contraddizione tra il sesso biologico e l'identità di genere può condurre ad una condizione di profonda sofferenza, ansia, depressione e/o difficoltà di inserimento in ambito sociale, lavorativo o in altre importanti aree, chiamata appunto disforia di genere, così come definita nella quinta edizione del manuale diagnostico e statistico dei disturbi mentali (DSM-5 - American Psychiatric Association. Diagnostic and statistical manual of mental disorders: 5th edition). Tale disagio riguarda, ad esempio quelle persone che decidono di intervenire sul proprio corpo per renderlo più simile a come si sentono attraverso trattamenti ormonali e/o chirurgici, desiderando una femminilizzazione (da maschio a femmina, male to female, MtF) o una mascolinizzazione (da femmina a maschio, female to male, FtM) del proprio corpo.