Sempre più chiaramente si sta affermando la consapevolezza che il microbiota, la motilità intestinale, la risposta immunitaria, la secrezione di ormoni intestinali specifici e il metabolismo rappresentano un sistema integrato e che variazioni a carico di ciascuno di questi elementi si ripercuotono sugli altri. Così, l'obesità, le alterazioni del metabolismo, il diabete di tipo 2, l'aterosclerosi, sarebbero il risultato di un mancato equilibrio fra le diverse componenti. Rimane ancora da chiarire se la disbiosi sia causa o conseguenza di queste malattie. Interessanti sono stati i risultati di un esperimento in cui a due gruppi di topi, entrambi alimentati con alimenti ipocalorici e ricchi di fibre vegetali, è stato trapiantato il microbiota di due gemelli, uno normopeso, l'altro obeso. I topi che hanno ricevuto il microbiota del gemello obeso sono aumentati di peso contrariamente a quelli che avevano ricevuto il microbiota del normopeso.