Nel trattamento della miastenia grave la piridostigmina viene solitamente somministrata per via orale alla dose di 60-240 mg al giorno, suddivisi in 2-4 assunzioni, anche se in alcuni casi possono essere necessari quantitativi maggiori. La dose va suddivisa nella giornata ed eventualmente anche durante la notte. Una quota supplementare di farmaco può essere somministrata prima di un importante impegno fisico. Nei bambini si impiegano 7 mg/kg al giorno suddivisi in 5-6 volte. Sono state impiegate preparazioni a rilascio controllato, soprattutto per la somministrazione notturna, ma sono poco flessibili. La piridostigmina può essere somministrata anche per via sottocutanea, intramuscolare e, in casi gravi, endovenosa (2 mg di farmaco dato per via parenterale equivalgono a 60 mg per os). Nel trattamento della miastenia neonatale la dose è di 50-150 µg/kg per via intramuscolare o 5–10 mg per via orale ogni 4-6 ore, anche se raramente il trattamento è necessario al di sotto delle 8 settimane di età.