La terapia con nelfinavir è estremamente specialistica e deve essere iniziata e successivamente condotta da un infettivologo specializzato nella cura delle infezioni da HIV. Il trattamento degli adulti si esegue ad un dosaggio raccomandato di 1250 mg (equivalente a cinque compresse da 250 mg) due volte al giorno. In alternativa possono essere assunti 750 mg (equivalenti a tre compresse da 250 mg) tre volte al giorno. Le compresse compresse devono essere assunte per via orale e devono essere sempre ingerite con del cibo poiché ne viene migliorata la biodisponibilità.