La scoperta dell'eparina è stata annunciata nel 1916 da Jay McLean e William Henry Howell, anche se non entrò negli studi clinici fino al 1935. McLean era uno studente di medicina al secondo anno alla Johns Hopkins University e stava lavorando sotto la guida di Howell che indagava sui preparati pro-coagulanti, quando isolarono una molecola anticoagulante fosfatidica liposolubile all'interno del tessuto epatico canino. Nel 1918, Howell coniò il termine 'eparina' per questo tipo di anticoagulante solubile nei grassi. Nei primi anni '20 Howell isolò un anticoagulante polisaccaridico idrosolubile, che egli denominò nuovamente 'eparina', anche se era una molecola diversa dai preparati fosfatidici scoperti in precedenza. Il lavoro di McLean come chirurgo probabilmente cambiò l'attenzione del gruppo di Howell per cercare anticoagulanti, che alla fine ha portato alla scoperta di alcuni polisaccaridi.