Su consiglio di Alexander Fleming, Alport nel 1937 andò al Cairo per diventare professore di medicina presso l'Ospedale King Fuad I, Università del Cairo. Inorridito dalle pratiche fraudolente di disonestà e corruzione che incontrò in quegli anni negli ospedali egiziani, ma ancor più della negligenza dei pazienti poveri, ed interamente in armonia con la sua integrità morale, egli iniziò una sorta di "crociata" di riforma presso la nuova collocazione.