Thomas Wakley nacque da una ricca famiglia contadina. Suo padre, Henry Wakley, era un contadino, proprietario terriero, cavaliere, difensore delle "Corn Laws" e un Tory, un orientamento politico che suo figlio non ereditò mai. Henry Wakley venne descritto da suo figlio come "un genitore giusto ma severo". Egli e sua moglie ebbero 11 figli, 8 maschi e 3 femmine. Tra questi, il fondatore di "The Lancet", era il più giovane.