Nell'estate 1894 Kneipp mostrò i primi segni di debolezza. Si riprese e già nel nell'autunno 1896 partì di nuovo per un giro di conferenze. All'inizio del 1897 tuttavia era già così spossato da non riuscire più a eseguire da solo i suoi getti d'acqua. La sua patologia si rivelò un tumore a rapido accrescimento nella parte inferiore del corpo, il quale premeva sui vasi. Mentre giaceva a letto malato, il "movimento dei laicisti" e la "frazione dei medici" litigavano già per la sua eredità. Kneipp stesso ora passava la maggior parte del tempo nella propria camera e si faceva trattare con applicazioni idroterapiche. Numerosi medici vennero da lui e lo visitarono, tuttavia egli rifiutò l'unico metodo utile, un'operazione chirurgica. Morì il 17 giugno 1897 a 76 anni.