"N. fowleri" può essere coltivato su piastre agar non nutritive rivestite di batteri. Escherichia coli può essere utilizzato per rivestire la piastra di agar a cui viene aggiunta una goccia di sedimento di liquor. Le piastre vengono quindi incubate a 37 °C e controllate giornalmente per la formazione di aloni, che indicano che i trofozoiti si stanno nutrendo dei batteri.