La diagnosi della malattia di Hirschsprung non è difficile e solitamente anche la sola clinica può essere sufficiente; essa entra in diagnosi differenziale con la stipsi ostinata secondaria a fecaloma, ma se ne differenzia per l'età d'insorgenza. Nel primo caso questa si manifesta precocemente e, all'esplorazione rettale, l'ampolla risulta vuota; nel secondo caso l'insorgenza è verso i 4-5 anni e l'ampolla risulta piena di feci.