Analisi statistiche basate sull'incidenza specifica per età suggeriscono che i carcinomi squamosi del cavo orale e orofaringe insorgono in seguito all'accumulo di 6-10 eventi genetici indipendenti.Approcci citogenetici hanno permesso di valutare le aree di delezione o amplificazione potenzialmente coinvolte nella progressione del tumore.Sfortunatamente differenti condizioni di coltura cellulare determinano differenze tra le alterazioni cromosomiche osservate. Inoltre le cellule prelevate dal tumore primitivo e coltivate rappresentano solo un piccolo clone derivato dalla selezione in vitro e quindi non sono rappresentative dell'intera popolazione cellulare del tumore.Le colture a breve termine si sono dimostrate le più adatte alla valutazione di anormalità e riarrangiamenti cromosomici.La perdita dei cromosomi 3p, 5q, 8p, 9p, 18q e 21q sono le alterazioni più frequentemente riscontrate e i dati suggeriscono che la perdita del 18q correla con una prognosi peggiore.Multipli punti di rottura cromosomici, in particolare su 1p22, 3p21, 8p11 e distalmente su 14q, correlano con una ridotta radiosensibilità.La FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) rappresenta il metodo più sensibile nel riconoscimento di delezioni e amplificazioni cromosomiche.L'amplificazione della regione 11q13 può essere riscontrata nelle lesioni preneoplastiche e l'amplificazione del gene per l'EGFR sul cromosoma 7 è predittiva di una prognosi peggiore.La CGH (Comparative Genomic Hybridization) sta emergendo come un metodo per individuare delezioni e amplificazioni lungo tutto il genoma, facendo ibridizzare il DNA tumorale con DNA normale di cellule non tumorali in metafase e marcandolo con diversi colori fluorescenti.La CGH ha permesso di scoprire l'amplificazione delle regioni 3q, 5p, 11q13 e 19q.