Nel 1962 un impiegato dell'istituto pubblico segnalò diverse irregolarità nell'amministrazione, che non sarebbe stata conforme alle disposizioni legislative. Vennero aperte due inchieste parallele, una del Ministero del Tesoro ed una del Ministero della Sanità. Anche una parte della stampa di sinistra sostenne le accuse. Le inchieste ministeriali stavano per concludersi favorevolmente per Marotta, quando la questione passò (probabilmente grazie ad un'abile manovra) nelle mani della magistratura. I ministri della sanità e del tesoro dell'allora governo Leone furono velatamente accusati di avere insabbiato la vicenda.