"Trauma Center: Second Opinion" è stato annunciato nel maggio 2006 all'Electronic Entertainment Expo di quell'anno come titolo di lancio per Wii. In Giappone era originariamente noto con il titolo provvisorio "Caduceus Neo". Per la localizzazione, Atlus USA ha esaminato la sceneggiatura originale e ha rafforzato i dialoghi, aggiungendo nuovi elementi alla sceneggiatura originale in modo che fluisse senza problemi nella nuova narrazione. Il sottotitolo in inglese fa riferimento sia al fatto che si tratta del secondo gioco della serie che per distinguerlo dall'originale. Il cambio di ambientazione dal Giappone al Nord America è stato mantenuto per "Second Opinion", così come il cambio di nome del protagonista da Kosuke Tsukimori a Derek Stiles. Così come le iniziali del protagonista nel primo titolo componevano la parola "DS", il cognome originale di Kimishima "Weaver" è stato scritto da Atlus USA come un gioco di parole su "Wii". La necessità di produrre la versione occidentale insieme alla versione giapponese ha messo ulteriore pressione sul team di sviluppo. Il doppiaggio inglese è stato gestito da PCP Productions, che aveva lavorato all'originale. Il gioco è stato pubblicato in Nord America il 19 novembre 2006, in concomitanza con la console Wii in quel territorio. In Giappone, il gioco è stato reso disponibile il 2 dicembre dello stesso anno insieme al lancio della Wii. Enterbrain ha pubblicato una guida per il titolo, che è uscita nel gennaio 2007. Il gioco è stato pubblicato in Europa da Nintendo il 10 agosto 2007, nove mesi dopo l'uscita del gioco in Nord America. In Australia, "Second Opinion" è stato pubblicato il 28 agosto 2008.