Egli iniziò a lavorare ad un vaccino per la peste in un improvvisato laboratorio in un corridoio del "Grant Medical College". Dopo tre mesi di duro lavoro preparò uno studio clinico sull'uomo ed il 10 gennaio del 1897 Haffkine testò il vaccino su di sé. Il vaccino di Haffkine "usava una piccola quantità di batteri per produrre una reazione immunitaria".