Il cardinale Anton Maria Salviati, protettore dell'Arciconfraternita, destinò per testamento al San Rocco la sua tenuta di Acquasona presso Galeria, nella zona a nord di Roma, i cui proventi dovevano essere utilizzati per eliminare la sezione maschile e destinare l'intero nosocomio alle donne, in particolare alle partorienti, sia palesi sia "celate". L'ospedale fu quindi ricostruito tra il 1605 e il 1612, con una spesa di 5.659 scudi, abbattendo due casette che erano addossate alla Mole Augustea e acquistando un orto appartenente alla vicina chiesa di San Girolamo. Carlo Maderno fu progettista e direttore dei lavori.