Nelle famiglie affette da SQTS sono state descritte due differenti mutazioni missens nel gene HERG ("human ether-a-go-go"). Queste mutazioni determinano la sostituzione dello stesso amminoacido nel canale ionico IKr. Il canale IKr mutato presenta un incremento dell'attività rispetto ad un canale normale. Una lista di geni le cui varianti sono state associate con la sindrome del QT breve può essere trovata qui sotto: