La maggior parte delle piccole molecole sono modulatori epigenetici e influenzano la metilazione di DNA e modifiche istoniche nelle cellule. Modelli di metilazione di geni promotori di pluripotenza dovrebbero essere simili a quelli trovati nelle cellule staminali embrionali, e ci sono gruppi di composti che è stato dimostrato o sono ancora in fase sperimentale che sono inducenti di pluripotenza, come per esempio 5-azacitidina e la zebularina che sono analoghi della citidina. Tra le caratteristiche comuni con le cellule staminali embrionali vi sono, oltre l'espressione di geni e proteine staminali, il pattern di metilazione della cromatina, il tempo di raddoppiamento, la creazione di teratoma, la possibilità di formare chimere, la potenza e la differenziabilità in qualsiasi cellula derivante dai 3 foglietti germinativi, sebbene la loro relazione con le cellule staminali pluripotenti naturali non sia ancora completamente definita.