Nel 1598 gli fu offerta dal Senato di Messina la cattedra di medicina presso l'Università locale, dove guadagnò così tanta stima che lo portò a rifiutare la cattedra bolognese da lui occupata negli anni precedenti. Qui, tuttavia, trovò non poche difficoltà per mancanza di mezzi tecnici e cadaveri da sezionare necessari per lo studio medico, come da lui testimoniato in alcuni suoi scritti. Presso l'università siciliana si dedicò anche all'insegnamento della botanica non mostrando però grande interesse in materia, vista la grande presenza di imperfezioni nel suo scritto "Pharmacopea, Seu Antidotarium Messanensa".