L'ipermutazione somatica è una caratteristica del gene V delle immunoglobuline. In questa regione genomica si stima avvenga una mutazione per ogni mille paia di basi, con una frequenza che è 1000 volte più elevata che in tutto il genoma. Questo significa che la continua produzione di anticorpi da parte di uno stesso clone di linfociti B porti ad un accumulo di mutazioni che si estrinseca in un miglioramento continuo dell'affinità per l'antigene. Tutto questo trova una spiegazione nella presenza di un'ulteriore selezione nel processo di maturazione. L'ipermutazione somatica avviene nei centroblasti.