Per quanto concerne i profili proteomici, attualmente si stanno sviluppando nuove metodiche quali la spettrometria di massa e i microarray proteici, tuttavia l'analisi immunoistochimica rimane la tecnica più ampiamente utilizzata (Herbst R.S. e al 2008; Yildiz P.B. e al). Essa serve per evidenziare, in una sezione di tessuto, determinate proteine sfruttando la reazione antigene-anticorpo e andando ad evidenziare dove questo complesso viene a formarsi con vari metodi (enzimatici, fluorescenti). Nel caso del carcinoma mammario, tale tecnica consente di mettere in evidenza l'aumentato numero di recettori HER2 (overespressione) e quindi avere a disposizione un profilo proteomico predittivo di risposta al Trastuzumab.