L'introduzione degli ospedali degli Incurabili, e dunque la specializzazione dei grandi ospedali, venne considerata positivamente dal contemporanei nel contesto urbano rinascimentale. Infatti, viene introdotta la categoria di strutture per malattie croniche, che necessitano lunghe degenze e cure particolari, a differenza di quelle ordinarie, anche acute, ma che permettono permanenze limitate nel tempo, a loro volta distinte da quelle per malattie endemiche come i lazzaretti. Come già accadde nel Medioevo tuttavia, permanevano strutture con vari usi, a volte misti della cura delle malattie e luoghi di assistenza in senso più ampio (includendo anche brefotrofi, eccetera): nel resto della penisola, inclusa Roma, mantennero inoltre la tradizionale impostazione caritatevole, pur intensificandosi progressivamente l'attività chirurgica e medica parte dei notevoli progressi scientifici del secolo successivo. Ciascun ente di assistenza era tipicamente, come accadde fin dal Medioevo, associato ad un patrimonio fondiario ed immobiliare tale da garantirne l'indipendenza economica e dunque l'accesso alla popolazione. Pertanto, sorsero alcuni nuovi ordini con queste caratteristiche già del periodo precedente, ad esempio l'Ordine Mauriziano, fondato con bolla Pontificia del 16 settembre 1572. Si innovò anche l'insegnamento chirurgico: a fine secolo a Padova si inaugurò il primo teatro anatomico.