Tra i vari batteri presenti nel cavo orale vi è una specie più cariogena delle altre: lo "Streptococco mutans". Questo streptococco anaerobio facoltativo sintetizza acido lattico o formico (a seconda della quantità di zuccheri), che scioglie i tessuti duri del dente (per esempio l'idrossiapatite dello smalto), a partire dal glucosio, che è il componente dei residui alimentari che restano in bocca dopo un pasto. Nella progressione della carie si dà importanza al "Bifidobacterium dentium" che è stato isolato nei denti già cariati e in alcune forme di carie precoci dell'infanzia.