Un individuo in condizioni normali è tollerante verso i propri antigeni, fenomeno noto come tolleranza verso il self, che costituisce una proprietà fondamentale del sistema immunitario. Questo è possibile perché i linfociti che riconoscono tramite il proprio recettore per l'antigene un antigene self vengono inattivati, subiscono modificazioni nella loro specificità o muoiono per apoptosi. La possibilità che un clone linfocitario riconosca un antigene self è reale poiché i processi di ricombinazione somatica che sono alla base della diversificazione e della specificità dei recettori per gli antigeni dei linfociti sono casuali, non sono influenzati dalla presenza di antigeni e agiscono su una serie di geni che sono fondamentalmente identici in tutti gli individui. Se non esistesse il fenomeno della tolleranza immunologica un clone linfocitario con specificità verso un antigene self potrebbe scatenare una risposta immunitaria contro quell'antigene provocando un danno tissutale e mettendo a rischio la salute dell'individuo. Tale risposta immunitaria anomala verso antigeni self può sfociare in una patologia autoimmune. Un antigene che induce tolleranza viene detto tollerogeno mentre un antigene che induce una risposta immunitaria viene detto immunogeno; non è esclusa la possibilità che uno stesso antigene si comporti in entrambi i modi. Alcuni microrganismi patogeni e alcune cellule tumorali che sarebbero normalmente immunogene hanno sviluppato meccanismi tali da inibire la risposta immunitaria inducendo tolleranza nei linfociti. 