Il farmaco attraversa la barriera ematoencefalica e quella placentare, anche se solo una piccola percentuale diffonde nel liquido cerebrospinale di soggetti le cui meningi non sono coinvolte in un processo infiammatorio. Tutti i fatti infiammatori generalmente provocano un aumento della permeabilità della barriera ematoencefalica alle penicilline ed alla stessa cloxacillina sodica.