Come tutti gli herpesvirus, l'EBV ha una forma sferoide ed è formato da una doppia membrana lipoproteica, il pericapside, che riveste un capside icosaedrico (100-110 nm di diametro) composto da 150 esoni e 12 introni. Il capside racchiude il genoma, che è costituito da una molecola lineare di DNA a doppio filamento di 172 kilobasi. Il genoma è caratterizzato dalla presenza di diverse sequenze ripetute, alcune localizzate altre intersperse. Codifica circa cento geni di cui durante la latenza ne vengono trascritti al massimo 11 di cui 9 tradotti.