Nonostante avesse ottenuto il permesso di svolgere ricerche sulla peste, Yersin fu ostacolato dagli inglesi, a causa della rivalità di questi ultimi nei confronti dei francesi, per i quali egli lavorava. Negli stessi giorni giunse ad Hong Kong lo scienziato di origine giapponese Shibasaburō Kitasato, il quale, per poter individuare la causa della malattia, svolse ricerche sugli organi di coloro i quali erano morti a causa della peste. Yersin eseguì delle autopsie sui corpi di appestati dai quali estrasse i bubboni da analizzare al microscopio come da lui stesso testimoniato: