La vittoria del concorso gli consentì di progredire serenamente coi suoi studi fino alla data di termine del salario, nel 1855. Lo stesso anno gli fu commissionata una grande quantità di disegni per la "Medical School" del "St George's" e lavorò anche per John Queckett, primo massimo esperto di microscopia, e per Richard Owen, uno dei migliori anatomisti dell'epoca vittoriana. Tuttavia le condizioni di lavoro e sostentamento al "Royal College" erano difficili per Carter a causa del misero stipendio riconosciutogli da Queckett ed Owen, che successivamente riuscì a rinegoziare, e della terribile abitazione in cui viveva, uno stanzino situato nell'attico del museo attiguo al Royal College. Inoltre il lavoro di disegnatore gli assorbiva troppo tempo: nel novembre 1853, fallì l'esame per conseguire il suo "“University of London Bachelor in Medicine”", che riuscì a superare (con lode) solo nel dicembre dell'anno seguente. Intanto cresceva in Carter l'idea di dedicarsi pienamente alla ricerca e alla microscopia.