La ricerca delle alterazioni del gene VHL deve essere guidata dalla clinica con cui la patologia si presenta e dalla buona pratica clinica. (Vanno valutate l'utilità reale e la metodica più adatta nel fare una consulenza genetica). Nel caso in cui si sospetti una delezione si fanno gli esami adatti a trovarla; nel caso di una mutazione puntiforme si usano le metodiche adatte, e si valuta se la mutazione eventualmente trovata corrisponde a una patologia; o tramite la consultazione di database appositi o facendo prove indirette (nei tumori del soggetto si cerca anche la delezione dell'allele sano oltre a quello mutato congenitamente, in modo da provare che il danno trovato è quello responsabile del quadro clinico).