I sintomi della tubercolosi extrapolmonare sono vari e di varia entità in relazione all'organo colpito, al tipo o ai tipi di micobatterio e al modo in cui reagisce il sistema immunitario. In caso di infezioni intestinali si possono avere: ernia iatale, reflusso gastro esofageo, stenosi intestiale, megacolon, stipsi. Questa forma è spesso confusa e trattata per malattia di Crohn, celiachia o intolleranze alimentari.