Un utilizzo efficace della polimixina B si riscontra in pazienti affetti da shock settico refrattario, ossia senza esito positivo alla somministrazione delle cure standard (aumento della volemia e antibiotici altri). L'ostacolo della tossicità della polimixina B viene aggirato mediante circolazione extracorporea con perfusione di sangue venoso attraverso una cartuccia sulle cui fibre la polimixina B viene fissata in modo covalente; in questo modo l'antibiotico esercita la sua funzione battericida ma non viene rilasciato nel sangue poiché resta integralmente fissato alla fibra. Attraverso questa perfusione la cartuccia trattiene l'endotossina, riconosciuta come causa scatenante dello shock settico. Il trattamento della cartuccia alla polimixina B (Toraymyxin®, dispositivo medico ideato e prodotto dalla giapponese Toray), avviene in due sessioni di due ore ciascuna, svolte a distanza di 24 ore.