Dopo somministrazione per via oculare non si verifica alcun assorbimento sistemico, perfino quando vengano ingerite secrezioni naso-lacrimali. Nel tratto gastrointestinale infatti la molecola viene rapidamente deaminata. In caso di un difetto dell'epitelio corneale, in conseguenza della bassa solubilità di vidarabina, nell'umore acqueo possono essere rilevate solo tracce di vidarabina e del suo metabolita, ara-hx. Nell'organismo vidarabina viene rapidamente deaminata dalla adenosina deaminasi in arabinosil-ipoxantina (ara-hx). Quest'ultimo è il principale metabolita ed è dotato di attività antivirale, anche se in misura decisamente inferiore a vidarabina.