I metodi di registratura multi-modale usati nell'imaging medico come immagini di un paziente sono spesso ottenuti da diversi scanner. Gli esempi includono la registratura delle immagini della TC/MRI cerebrali o dell'intero corpo, come la PET/CT, a scopi di localizzazione dei tumori, la registratura d'immagini col contrasto (TC e RM) rispetto ad immagini senza contrasto (TC e RM) per la segmentazione di parti specifiche dell'anatomia, e la registratura d'immagini dell'ecografia (ultrasuoni) rispetto a immagini della TC per la localizzazione della prostata nella radioterapia.