Una delle aree di ricerca emergenti riguardanti la psicoterapia affermativa gay è correlata al processo di aiutare le persone LGBTQ provenienti da ambienti religiosi a sentirsi a proprio agio con il loro orientamento sessuale e di genere. Le analisi narrative dei rapporti dei medici riguardanti la psicoterapia affermativa gay suggeriscono che la maggior parte dei conflitti discussi nel contesto terapeutico da uomini gay e dai loro parenti di estrazione religiosa sono legati all'interazione tra famiglia, sé e religione. I medici riferiscono che gli uomini gay e le loro famiglie lottano più spesso contro l'istituzione, la comunità e le pratiche religiose piuttosto che direttamente con Dio. Chana Etengoff e Colette Daiute riportano nel "Journal of Homosexuality" che i medici affrontano più frequentemente queste tensioni enfatizzando le strategie di mediazione per aumentare la consapevolezza di sé, cercare supporto secolare e aumentare la comunicazione positiva tra i membri della famiglia. 