In aggiunta alla sua influenza sull'ordine pubblico sulla ricerca della ricombinazione del DNA, Baltimore ha influenzato la politica nazionale riguardante l'epidemia di AIDS: Nel 1986, lui e Sheldon M. Wolff furono invitati dall'Accademia Nazionale delle Scienze e dall'Istituto di Medicina di fare da autori ad un report indipendente: “Confronting AIDS (1986)” per il quale chiesero un miliardo di dollari per finanziare un programma di ricerca per HIV/AIDS. Nel 1996 diventò capo del comitato di ricerca di un vaccino per l'AIDS (AVCR) alla National Institutes of Health (NIH).