 Durante il corso del trattamento, si consiglia di determinare accuratamente i livelli di fattore IX, per adattare la dose e la frequenza delle infusioni ripetute. I singoli pazienti possono dare risposte diverse per il fattore IX, mostrando emivite e recuperi diversi. La dose calcolata in base al peso corporeo può necessitare di aggiustamenti nei pazienti sottopeso o sovrappeso. Nel caso di interventi chirurgici maggiori, in particolare, è indispensabile un preciso monitoraggio della terapia di sostituzione per mezzo di test della coagulazione (attività plasmatica del fattore IX). 