Nel settembre-ottobre del 1631 la fase acuta dell'emergenza in Toscana (riferibile al periodo giugno-agosto) era terminata e lentamente si ricominciò a riattivare la rete dei commerci per tornare ad una normalità sempre più auspicata. Nonostante la peste si ripresentasse in diverse località anche nei due anni successivi, essa non raggiunse mai più i livelli di virulenza del 1630-31. Difficile se non impossibile stimare il numero dei morti in Toscana, data l'assenza di rilevazioni sistematiche: si può ipotizzare che la mortalità variò da località a località, in base a fattori difficilmente generalizzabili (densità di popolazione, mobilità delle persone, vicinanza a vie di comunicazione) ma con percentuali che variarono dal 40 al 10 percento di decessi sul totale della popolazione. Certo è che i ceti più poveri subirono una mortalità più alta, cosa che fu notata anche dai cronisti coevi.