Nel campo della teratologia, egli viene considerato l'iniziatore di una vera e propria scuola, che culminerà con l'opera del suo allievo Cesare Taruffi. Calori, per realizzare alcune ricerche sulla presenza di circuiti linfatici sottocutanei connessi alla circolazione dei visceri, utilizzò una tecnica che aveva messo a punto, ossia l'iniezione di condotti linfatici con soluzioni colorate fluide che permettevano la diffusione del liquido anche nelle diramazioni più sottili. A conferma della sua bravura come teratologo, le rappresentazioni più belle del Museo di anatomia patologica sono le sue: gli scheletri naturali, ancora uniti dalle articolazioni originarie, o i preparati essiccati, sono ancora ben conservati dopo quasi due secoli. I vasi, che aveva iniettato con coloranti, i nervi e i visceri sono ancora ben riconoscibili. Calori, però, contrariamente allo zoologo francese Isidore Geoffroy Saint-Hilaire, fondatore dell'anatomia comparata, al quale si ispirò per la nomenclatura utilizzata, non riteneva che le malformazioni seguissero schemi precisi per realizzarsi, e che potessero essere classificate in modo attendibile. Egli, però, continuò ad utilizzare il metodo della nomenclatura binomiale. Alla teratologia sono anche collegati gli studi morfologici su anfibi e rettili, che evidenziano il suo grande interesse per il sistema dei vasi linfatici, che lo porterà, nel 1891, ad opporsi al ruolo attribuito a Marcello Malpighi nella scoperta della struttura dei linfonodi. Calori, infatti, dimostrerà che l'assenza dei linfonodi è causata da complessi aggregati di cellule, che descrive come linfociti e istiociti, distinti dalla rete vasale. Egli, però, anche se nel giusto, ritenne di non aver scoperto nulla, poiché già nel Seicento Malpighi aveva scritto le stesse cose. Calori, successivamente, studiò il caso dei gemelli siamesi, descrivendo il punto nodale di tale malformazione, individuando nella placenta la presenza di comunicazioni vasali tra i due feti, attraverso le quali un gemello manda sangue all'altro. Interessante fu anche il suo studio sulla sirenomelia, in cui evidenziò le caratteristiche tipiche di questa malattia: assenza dei reni e della vescica e scarso sviluppo dei polmoni. Inoltre, suppose, correttamente, che la causa della malformazione consistesse nello scarso sviluppo dell'osso sacro.