È all'inizio del 2000 che USAMRIID divenne il laboratorio di riferimento dell'FBI per le prove forensi relative all'incidente del bioterrorista noto anche come "Amerithrax" in cui recapitava l'antrace per mezzo di lettere. Durante un'ispezione dell'USAMRMC, condotta sette mesi dopo gli incidenti di Amerithrax, viene scoperto che il laboratorio BLS-3 era contaminato con l'antrace e che i batteri erano passati dalle aree protette dell'edificio a quelle non protette. A seguito delle indagini dell'FBI, il Dr. Bruce Ivins, già scienziato presso l'USAMRIID, fu identificato come unico colpevole dell'incidente.