Nel 2001 il cancelliere Gerhard Schröder crea una cellula, all'interno dell'istituto, che si occupa di bioterrorismo. Dal 2007 il RKI è ufficialmente incaricato del monitoraggio sanitario. L'istituto raccoglie quindi continuamente dati sull'incidenza delle malattie e sul comportamento a rischio tra tutte le fasce d'età della popolazione in Germania.