La ricostruzione delle immagini viene poi eseguita mediante retroproiezione "filtrata" o "iterativa" ed è di solito effettuata una correzione per l'attenuazione mediante il "metodo di Chang" in modo da osservare meglio le strutture più interne dell'encefalo. Questo metodo pressupone che la testa del paziente attenui uniformenente i fotoni gamma provenienti dal cervello stesso secondo la legge di attenuazione lineare (pressuppone anche che la testa abbia densità uniforme, uguale a quella dell'acqua). Tale correzione è effettuata con l'aiuto di apposite ROI (Regioni di Interesse) posizionate dall'operatore sull'immagine che aiutano il software a identificare i contorni del cranio. L'immagine così ricostruita viene anche orientata secondo piani anatomici standard (come quello occipito-frontale) prima della lettura. La principale fonte di errori nelle immagini è il movimento della testa del paziente durante l'acquisizione delle stesse.