La causa più comune di aborto spontaneo durante il primo trimestre sono le anomalie cromosomiche dell'embrione o del feto, che rappresentano almeno il 50% dei casi. Altre cause comprendono la presenza di una malattia vascolare (come il lupus eritematoso), il diabete, problemi ormonali, infezioni e anomalie dell'utero. L'avanzare dell'età materna e la storia di precedenti aborti spontanei nelle donne sono i due fattori principali associati ad un maggior rischio di aborto spontaneo. Un aborto spontaneo può anche essere causato da traumi accidentali o intenzionali da stress; causare un aborto spontaneo è considerato un aborto indotto e un feticidio.