Solitamente la cisti poplitea non richiede alcun trattamento a meno che provochi dei sintomi. È molto raro che i sintomi siano in realtà provenienti dalla cisti. Nella maggior parte dei casi, vi è la presenza di un altro disturbo al ginocchio (artrite, lesione meniscale, ecc) che ha dato origine al problema. Quindi il trattamento iniziale dovrebbe essere diretto a correggere la fonte principale della produzione di liquido sinoviale. Spesso il riposo e l'elevazione della gamba sono rimedi sufficienti. Se necessario, la cisti può essere aspirata per ridurne le dimensioni e poi iniettato un corticosteroide per ridurre l'infiammazione. L'escissione chirurgica è riservata nei casi in cui le cisti provochino un forte disagio per il paziente. La rottura di una cisti viene trattata con il riposo, con l'elevazione della gamba e con l'iniezione di un corticosteroide nel ginocchio. Recentemente, la proloterapia ha mostrato risultati incoraggianti come metodo efficace per il trattamento delle cisti di Baker e altri tipi di disturbi muscolo-scheletrici.