Sara Josephine Baker nacque nel 1873 nello stato di New York da una famiglia quacchera. Studiò fino all'età di 16 anni in scuole private femminili, ma a seguito della morte del padre per febbre tifoide si indirizzò verso gli studi di medicina, anche con l'intento di essere di aiuto alla sua famiglia. Si iscrisse nell'unica scuola di medicina che in quel momento accettasse anche le donne, la "New York Infirmary", fondata dalle sorelle Elizabeth Blackwell ed Emily Blackwell.