L'assedio durò circa quattro mesi, durante i quali i Turchi espugnarono una dopo l'altra le posizioni dei Cavalieri, pagando tuttavia un prezzo altissimo per ogni conquista; nella battaglia trovò la morte anche il comandante turco, il famoso corsaro Dragut. Infine il 6 settembre, quando ormai i difensori di Malta erano ridotti a circa 600 (da 9.000 che erano inizialmente, di cui 700 Cavalieri), arrivò in loro aiuto la flotta spagnola partita dalla Sicilia. Anche gli Ottomani erano ormai così provati che si ritirarono quasi senza combattere: avevano perso circa 30.000 uomini.