Anche nei trattamenti ad alta temperatura l'efficacia nella prevenzione dell'insorgenza dell'anisakiasi dipende dalla durata e dalla temperatura. In particolare l'EFSA suggerisce che si deve portare la parte più interna del pesce a una temperatura superiore a 60 °C per almeno un minuto. Per ottenere questo risultato è necessario cuocere il pesce per una durata più lunga e a una temperatura maggiore. Per un filetto di 3 cm è necessaria una cottura di almeno dieci minuti per raggiungere questo scopo.