Figlio del famoso medico francese Guy Patin, esponente di spicco del "libertinage érudit" del Seicento, studiò a Parigi laureandosi in medicina alla Sorbona nel 1656. Dal 1658 fu professore di anatomia e patologia nell'università parigina. Nel 1667 fu costretto a lasciare la Francia per motivi politici soggiornando in Germania, Austria, Svizzera e Italia. Nel 1676 gli fu affidata la cattedra "ad lecturam tertii libri Avicennae" dell'Università di Padova e, nel 1681, la prestigiosa cattedra di chirurgia "in primo luogo" dell'ateneo patavino che tenne fino alla morte. Nel 1674 fu ammesso all'Accademia dei Ricovrati, di cui fece parte insieme alla moglie e alle figlie e che presiedette a lungo. Rimase a Padova fino alla morte, sopraggiunta il 10 ottobre del 1693.