L'analisi mediante FFT presenta tuttavia dei limiti notevoli perché il segnale R-R è in sé un segnale non stazionario e non lineare e pertanto la sua analisi richiede metodi più avanzati. Il gruppo di ricercatori Elio Conte, Antonio Federici, Joseph P. Zbilut hanno introdotto di recente un metodo di studio molto avanzato. Esso prende il nome di CZF method e si presenta come un autentico marker dell'attività modulante del sistema nervoso autonomico sul ritmo cardiaco. Esso può essere applicato sia per lo studio di soggetti normali sia nei casi delle diverse patologie che caratterizzano il ritmo cardiaco.