Anche le cisti di causate dall'endometriosi richiedono una valutazione medica per il corretto inquadramento della malattia. Oggi la chirurgia per il trattamento delle cisti ovariche viene eseguita quasi sempre per tramite di una tecnica poco invasiva chiamata laparoscopia. Nel caso la cisti non dovesse regredire, o comparisse dolore acuto, o il medico sospettasse la presenza di un tumore, il trattamento chirurgico è la terapia di scelta.