I bambini con sindrome di Pfeiffer di tipo 2 e 3 "hanno un rischio maggiore di sviluppare disturbi neurologici e una ridotta aspettativa di vita" rispetto ai bambini con sindrome di Pfeiffer di tipo 1, ma se trattati, possono verificarsi esiti favorevoli. Nei casi più gravi, le complicanze respiratorie e neurologiche portano a morte prematura.