I bambini che sviluppano la malattia di Kawasaki possono essere geneticamente predisposti. Ciò significa che i geni ereditati dai loro genitori possono renderli soggetti al rischio di ammalarsi. È stato ipotizzato che la malattia di Kawasaki possa essere il risultato dell’azione di numerosi geni e non di uno solo. È comune nei bambini provenienti dal nord-est asiatico, in particolare dal Giappone e dalla Corea (questo aspetto avvalora l’ipotesi della causa genetica).