Nato ad Arezzo nel 1524 o 1525 – la data di nascita è così collocata dal "Dizionario biografico degli italiani" –, Cesalpino svolse i suoi studi all'Università di Pisa con i maestri Realdo Colombo e Luca Ghini, laureandosi nel 1551. A Pisa, nel 1555 succedette a Ghini nella direzione dell'Orto Botanico e come lettore di materia medica, mentre dal 1569 al 1592 coprì la cattedra di medicina.