In rapporto alla natura della molecola che si lega alla posizione 1 del glicerolo si possono distinguere tre sottoclassi di glicerofosfolipidi: 1,2-di-acil-fosfolipidi, 1-alchil-2-acil-fosfolipidi, 1-alchenil-2-acil-fosfolipidi. La prima sottoclasse comprende fosfolipidi esteri, mentre le altre due fosfolipidi eteri.