Vicino al piano di simmetria del tronco encefalico ci sono i nuclei efferenti somatici, come i nuclei oculomotori, mentre lateralmente ci sono i nuclei efferenti autonomi (viscerali) come il nucleo di Edinger-Westphal, che controlla l'accomodazione e la miosi. Procedendo verso l'esterno si incontra una separazione, detta "sulcus limitans", oltre la quale troviamo i nuclei viscerali afferenti, come il nucleo del tratto solitario; più lateralmente ancora, ma più in avanti, troviamo il nucleo trigemino e dorsalmente al tronco gli afferenti somatici specifici, che gestiscono sensazioni come l'equilibrio.