Subito dopo la laurea il Tagliacozzi fu nominato lettore in chirurgia con lo stipendio di 100 libbre l'anno; terrà poi questa cattedra fino al 1590. Nel 1576 il Tagliacozzi si laureò in filosofia e fu aggregato al Collegio di Arti e di Medicina come dottore collegiato: nel maggio di quell'anno furono convocati i già citati testimoni che garantirono l'origine bolognese del Tagliacozzi; svolta questa procedura e ancor prima della laurea, egli fu, contrariamente all'usanza, subito aggregato al Collegio; il 5 dicembre gli fu conferita la laurea in filosofia.