L'inaugurazione del teatro anatomico si ebbe nel 1775 per impegno del celebre anatomista Antonio Scarpa, docente di anatomia nell'Ateneo modenese. Il progetto del teatro anatomico fu steso dallo stesso Scarpa, che trasse ispirazione dal Teatro anatomico di Padova dell'università patavina, il più antico d'Italia. In questa prima fase non era ancora compreso il museo, tuttavia alcuni pezzi ivi conservati risalgono a quel periodo; si sa ad esempio che lo stesso Scarpa aveva invitato a Modena il ceroplasta Giovan Battista Manfredini, che precedentemente aveva eseguito una cinquantina di modelli di soggetto ostetrico in terracotta, per realizzare diversi preparati, oggi irreperibili. 