Il tipo di dieta dei lattanti esercita un ruolo predominante nell'influenzare la composizione della flora microbica intestinale e le sue funzioni 262  Alcuni autori hanno dimostrato che nei bambini allattati al seno è minore la colonizzazione da parte di Clostridium difficile ed Escherichia coli, mentre la quantità dei bifidobatteri è paragonabile a quella degli allattati al seno 227 . Studi molecolari hanno osservato che i bifidobatteri rappresentano il 60-90% del totale dei microrganismi presenti nelle feci di bambini allattati al seno, mentre i lattobacilli costituiscono meno dell'1% della microflora, suggerendo una significativa predominanza dei primi. Lo sviluppo di questi microrganismi mostra significative differenze interindividuali. Le variazioni possono essere indotte da numerosi fattori determinanti, tra cui il genere o la razza, l'ambiente o la regione, le abitudini dietetiche della madre, i componenti del latte di ciascuna nutrice 266 .Nei bambini allattati artificialmente, il microbiota è frequentemente più complesso, ma la composizione dipende molto dal tipo di formula utilizzato 267 . E' noto che i bambini allattati al seno hanno una minore morbilità e mortalità rispetto a quelli alimentati con latte artificiale e che il latte materno costituisce un fattore di protezione nei confronti di patologie enteriche, infezioni del tratto urinario, setticemia ed enterocolite necrotizzante, oltre ad essere di considerevole importanza per la maturazione della mucosa intestinale 268 .Fin dagli studi di Tissier, che identificò come microrganismi predominanti nelle feci dei neonati allattati al seno i bifidobatteri, questi sono stati considerati i germi maggiormente rappresentati nella microflora acquisita durante l'allattamento materno 269 . Inoltre, il latte materno è in grado di potenziare l'effetto bifidogenico favorendo il contatto e l'esposizione alla normale microflora della cute e del latte della madre 221 .La bassa capacità di tampone del latte materno sembra favorire la proliferazione di bifidobatteri acido-resistenti, importanti nella resistenza alle infezioni tramite l'inibizione della crescita di enterobatteri ed anaerobi Gram negativi.Una dettagliata analisi delle differenze tra allattamento materno ed artificiale in termini di influenza sul microbiota intestinale è stato condotto da Benno et al.: Bacteroides, Eubacteria, Peptococci, Veilonella, Clostridia, Enterobacteria, Streptococci e Bacilli sono risultati significativamente più numerosi negli allattati con formule, così come Clostridia lecitinasi positivi, altri Clostridia, e Pseudomonas. Il microrganismo predominante in entrambi i gruppi era il Bifidobacterium breve 258 .Roberts ha invece riscontrato una microflora simile nei bambini allattati al seno o artificialmente all'età di una settimana, suggerendo che questo stadio di colonizzazione sia indipendente dalla dieta. A quest'epoca, infatti, la flora microbica intestinale non mostra la predominanza di alcuna specie batterica ma è solitamente eterogenea, comprendendo batteri sia aerobi-anaerobi facoltativi sia anaerobi obbligati. A due mesi di età la microflora si manteneva stabile in entrambi i gruppi, tranne nei bambini nutriti con formula arricchita con lattoferrina bovina. In questo gruppo, infatti, numerosi bambini possedevano una flora dominata da bifidobatteri ed un'elevata colonizzazione da parte di Bacteroides 270 .Differenze significative nella composizione della microflora sembrano coinvolgere anche i diversi ceppi batterici delle singole specie: il Bifidobacterium breve prevale negli allattati al seno, mentre il B. longum e B. adolescentes, ceppi dominanti nell'adulto, sono più comuni negli allattati con formula. Questo sembrerebbe avvalorare l'ipotesi secondo cui il latte adattato favorirebbe lo sviluppo di un ecosistema intestinale simile all'adulto 271 .Altri studi mostrano, invece, che il tipo di allattamento non ha alcun impatto significativo sul numero di enterobatteri, lattobacilli e bifidobatteri della microflora intestinale 234 .