Lo strato dei granuli, più profondo, ha uno spessore che varia da 0,1mm nelle fessure a 0,5mm sulla sommità delle lamelle, contiene circa 2.7 milioni di neuroni dei granuli per millimetro cubo. In questo strato sono contenuti i corpi cellulari, i dendriti basali e le arborizzazioni assonali delle cellule del Golgi; i corpi cellulari delle cellule dei piccoli granuli e la parte iniziale del loro assone; le ramificazioni terminali delle fibre muscoidi (fibre afferenti) e parte delle fibre rampicanti che transitano verso lo strato molecolare. Dai piccoli granuli, originano gli assoni che vanno a formare le fibre parallele che decorrono nello strato molecolare.