La diagnosi tempestiva, l'identificazione del micete e l'inizio della terapia antifungina adeguata sono fondamentali nella gestione delle fungemie e nella prevenzione delle complicanze. Uno studio su 157 pazienti con candidemia tra il 2001 e il 2004 e ha concluso che un ritardo superiore a 12 ore nell'inizio del trattamento antifungino dopo una coltura del sangue positiva è associato ad un tasso di mortalità molto più elevato (33 vs 11%, p = 0.018). Nuovi ceppi e specie particolarmente virulente e antibiotico-resistenti, come la candida auris se non riconosciuti possono venir trattati con antifungini inadeguati.