Durante la fase acuta della malattia si ha un'imponente moltiplicazione del tripanosoma nelle fibre muscolari cardiache, soprattutto nelle fibre del sistema di conduzione atrio-ventricolare a formare nidi di cellule amastigoti. Le alterazioni comprendono ispessimento delle pareti ventricolari, dilatazione biventricolare, aneurismi apicali e trombi murali.