La ARKPD è dovuta ad un'ampia gamma di mutazioni che colpiscono il gene PKHD1 presente sul braccio corto del cromosoma 6 in posizione 21-23. Tale gene codifica per una proteina di membrana chiamata "fibrocistina", espressa sia nel rene che nel pancreas e nel fegato. Benché non ci siano ancora dati certi al riguardo, sembra che la fibrocistina sia coinvolta nella trasduzione di complessi segnali extracellulari alla base della proliferazione e maturazioni delle cellule che compongono i dotti collettori e l'albero biliare.