Pur trattandosi di una sindrome poco conosciuta, sembrerebbe che le cellule con canali del calcio e/o forse del sodio e potassio della persona spasmofilica abbiano una membrana più spessa e meno permeabile agli elettroliti (la carenza di magnesio aumenta inoltre il malassorbimento, anche se apparentemente può non esserci ipomagnesiemia), trattandosi quindi di una forma di canalopatia miotonica congenita o di una miopatia endocrina legata ai canali ionici, come accade forse anche nella simile sindrome da crampi e fascicolazioni. La conseguenza è che le sostanze nutritive, anche se assunte in quantità sufficiente, non riescono ad essere assorbite interamente, permanendo un costante stato di carenza e scarsità a livello muscolare, in particolare di calcio e magnesio, presenti nel sangue ma male assorbiti. Spesso insorge durante l'infanzia o l'adolescenza ed è probabile che questa sindrome (che resta comunque non degenerativa) abbia un'origine genetica e famigliare, oppure autoimmune in persone predisposte geneticamente.