I primi documenti che analizzano la nascita della medicina in Giappone sono il "Kojiki" (cronache degli eventi antichi, 792), il "Nihongi" (cronaca del Giappone, 720) e i "Fudoki" (archivi e giornali delle province). Questi documenti contengono informazioni circa le due divinità della medicina giapponese (Ōkuninushi e Sukuna-Hikona-no-Kami) e circa le malattie, che si credevano imputate a spiriti maligni. Inoltre, sono riportati anche medicamenti particolari come "sakè" (vino di riso), "amaki" (liquirizia), "ninjin" (carota), "hohokashiwa" (magnolia), "ohoshi" (rabarbaro) e "inumane" (crotontiglio). Era conosciuta la pratica del salasso e la balneoterapia nelle acque termali.