L'infezione si contrae per via diretta (contagio inter-umano) o indiretta (acque o cibi contaminati), lo stadio infettivo è comunque sempre dovuto alla cisti protozoica. A livello dell'ileo distale inizia l'excistamento, i trofozoiti si moltiplicano e invadono le mucose provocando ulcerazioni, emorragie e disturbi funzionali. Possono giungere nel torrente circolatorio e da qui arrivare a livello epatico e polmonare.