La fistola anale è spesso secondaria ad ascessi collocati nei pressi dell'ano. La malattia, oggi, si è scoperto essere comune per chi pratica frequenti clisteri con l'introduzione nell'ano di una siringa di metallo non propriamente sterilizzata, ma anche per l'abitudine di andare spesso a cavallo, pratiche che il re di Francia portava avanti entrambe con frequenza. Ippocrate fu probabilmente il primo a trattare una fistola anale praticando un'apposita incisione con un filo metallico, ma questa pratica poteva essere causa di emorragie fatali.