Nel 1942 De Toni si trasferisce alla Clinica pediatrica dell’Università degli Studi di Genova - che dal 1938 ha sede presso l'Istituto pediatrico Giannina Gaslini - dove resta fino al novembre 1965 (il dipartimento di Scienze pediatriche dell’Università degli Studi di Genova prenderà successivamente il suo nome). De Toni viene sostituito a Modena da Guido Guassardo, che due anni dopo diventa il direttore della clinica pediatrica di Torino.