Inizialmente il ruolo di Moscati all’interno dell’Ospedale Maggiore di Milano prevedeva l'insegnamento della chirurgia minore e dell'anatomia per mezzo di dissezioni, nelle quali era aiutato da due vice-incisori. Moscati teneva lezioni teoriche su organi, apparati e tessuti disposti sul tavolo anatomico e preparati preventivamente dai suoi aiutanti, nei locali della Brugna dell’Ospedale Maggiore. Il corso di studi si svolgeva nell'arco di tre anni, tempo nel quale gli studenti affrontavano l’anatomia di testa e torace, l’anatomia dell’addome e nell’ultimo anno istologia e miologia. Molte lezioni si potevano tenere solo nei mesi invernali per questioni igieniche e di temperatura. 