L’Azienda Ospedaliera Senese nasce ufficialmente il 1º gennaio 1995 con l’avvio in Toscana della nuova organizzazione sanitaria derivante dal decreto legislativo 502/92. L’attuale organizzazione come Azienda Ospedaliero-Universitaria Senese è invece legata alla riforma del 1999, con il decreto legislativo 517/99, che disciplina i rapporti fra Servizio Sanitario Nazionale ed Università. Se nel 1995 c’erano 48 reparti di degenza con circa 1000 posti letto, oggi, con un’organizzazione completamente diversa, la riduzione della degenza media e l’applicazione del modello per intensità di cure in alcuni settori, l’ospedale è completamente cambiato: ci sono 8 DAI, Dipartimenti ad Attività Integrata, che integrano le attività di ricerca, didattica e assistenza, articolati in 66 Unità Operative Complesse (i vecchi reparti), 42 unità operative semplici, 14 unità operative semplici autonome e 7 programmi di alta specializzazione, per circa 750 posti letto (posti letto ordinari 619 + 71 Day Hospital/Surgery = 690 posti letto totali + 16 Culle Neonatali + 14 Buffer in caso di Sovraffollamento Pronto Soccorso + 33 posti letto di Osservazione Breve).