Suo traduttore nel mondo arabo è Ḥunayn b. Isḥāq (latinizzato in "Joannitius"), medico cristiano di origine siriana, che la conclude intorno all'800. L'opera, eccetto il libro III, viene pure tradotta dal greco al latino, intorno al 900, probabilmente per mano dei monaci di Montecassino, che ancora oggi ne conservano una copia. Il manuale dell'eginate qui tradotto si diffonde presto in Italia e costituisce uno dei pilatri della futura scuola medica salernitana, crogiolo delle diverse conoscenze del periodo (secondo un racconto tradizionale riportato da Salvatore De Renzi, grande storico del suddetto istituto, la scuola fu fondata da 4 maestri: un greco, un ebreo, un arabo e un latino; per quanto inverosimile, questo racconto ci suggerisce le varie tradizioni mediche che vi confluirono e ne fecero la fortuna.) Il Manuale di Paolo di Egina giunge pure in Spagna, intorno alla seconda metà del X secolo, e viene lì utilizzato da parecchi medici e chirurghi di rilievo, tra cui Abū l-Qāsim al-Zahrāwī, detto nell'Occidente latino "Abulcasis". Circola durante questo periodo pure un'altra traduzione latina dell'opera, stavolta con il nome di “De re medica”. Questa "traduzione di una traduzione", come la chiama Briau, ad opera di uno sconosciuto, sembra non sia stata troppo fedele al testo originale ed abbia solo parzialmente riflesso il pensiero del Maestro. La diffusione definitiva dei testi dell'eginate avviene nel 1454. La conquista della città di Costantinopoli per mano dei Turchi obbliga parecchi dotti, tra cui medici e chirurghi, ad emigrare e a diffondere così il proprio sapere attorno alle aree del Mediterraneo. I 7 libri vengono per la prima volta stampati in greco da Aldo Manuzio a Venezia nel 1528, mentre la prima traduzione in lingua latina che viene mandata in stampa è di Giovanni Guinter, pubblicata a Parigi nel 1532 con il titolo di ""Opus de Re Medica, nunc primum latinitate donatum"". L'opera di Paolo di Egina è la sola che ci permetta di conoscere la storia della chirurgia da Celso fino all'epoca di Bisanzio.