L'allergia è fortemente influenzata da fattori genetici: i gemelli identici soffrono delle stesse allergie circa il 70% delle volte; mentre nei gemelli non identici le allergie uguali si verificano nel 40% dei casi. I genitori allergici hanno maggiori probabilità di avere figli allergici, e le loro allergie sono più gravi di quelle dei figli di genitori non allergici. La probabilità di sviluppare un'allergia IgE-mediata in un bambino in cui entrambi i genitori siano atopici si aggira intorno al 40-60%, con nessun genitore atopico si riduce al 5-10%. Il rischio di sviluppare un'allergia aumenta quindi all'aumentare del numero dei parenti affetti dalla patologia. Alcune allergie, tuttavia, non rientrano in questi casi; per esempio i genitori allergici alle arachidi possono avere figli allergici all'ambrosia. Sembra che la probabilità di sviluppare allergie sia correlata a un'irregolarità nel sistema immunitario; non è l'anticorpo che viene ereditato, ma la predisposizione generica. Le allergie derivano da alterazioni poligeniche su diversi cromosomi del DNA, si suppone che alcuni di questi siano anche quelli regolatori dell'asma, in entrambi i casi si ha come sintomo l'iperattività bronchiale, inoltre spesso queste alterazioni genetiche portano all'iperproduzione di immunoglobuline IgE, che è ciò che avviene con l'ipersensibilità immediata (tipo I). 