Trascorse i primi anni di pratica medica all'Università del Michigan e durante un internato nell'ambulatorio di chirurgia conobbe l'infermiera Margaret Wellman che sposò nel 1927 e dalla quale ebbe due figli. Nello stesso anno delle nozze si trasferì a Chicago dove il dottor Dallas Phemister, Presidente fondatore del Dipartimento di chirurgia presso l'Università, lo incoraggiò a prendere in consegna il reparto di chirurgia urologica. Huggins, pur non avendo una formazione specifica in urologia, accettò l'incarico e in poco tempo arrivò a definire questa branca medica la "regina delle scienze".