Durante il trattamento con atomoxetina si possono verificare cefalea, dolore addominale e riduzione dell'appetito, talvolta associati a riduzione del peso corporeo. Altri sintomi come nausea, vomito e sonnolenza si verificano con maggiore frequenza nei primi mesi di trattamento. Alcuni soggetti possono sviluppare ipotensione ortostatica cui possono associarsi episodi sincopali.