Sin dalle prime linee guida per la prevenzione dell'EI pubblicate circa 50 anni fa, si è sempre sostenuto che l'assunzione di antibiotici, ogni qualvolta vi fosse una procedura responsabile di batteriemia, prevenisse effettivamente l'insorgenza di endocardite nei pazienti con fattori di rischio; tuttavia queste raccomandazioni (incluse quelle delle penultime linee guida pubblicate 284  La maggior parte degli studi pubblicati si concentrano sull'associazione fra procedure odontoiatriche ed EI, mentre pochi dati esistono sull'associazione con procedure gastrointestinali e genitourinarie.Per quanto riguarda le procedure odontoiatriche i dati esistenti supportano l'ipotesi secondo la quale nei pazienti con scarsa igiene orale, la frequenza di emocolture positive prima di un'estrazione dentaria è paragonabile a quella dopo l'estrazione; nonostante sia difficile confrontare e quantificare con esattezza l'esposizione (in termini di mesi o anni) a batteriemie derivate da attività quotidiane rispetto a quella causate da procedure odontoiatriche, è verosimile che le attività quotidiane (come lavarsi i denti, masticare, utilizzare stuzzicadenti, ecc.) siano molto più frequentemente chiamate in causa.Inoltre non esistono dati che dimostrino se il sanguinamento durante una procedura sia un reale fattore predittivo di batteriemia 286 e neanche studi che quantifichino il rischio assoluto di sviluppare endocardite dopo procedura odontoiatrica.Per ciò che riguarda la prevenzione, studi recenti dimostrano che l'amoxicillina ha un impatto notevole nel ridurre l'incidenza, la natura e la durata della batteriemia, senza però riuscire ad eliminarla, mentre l'utilizzo degli antisettici non si è dimostrato altrettanto efficace 287,288 ; non esistono però studi randomizzati e controllati che provino l'efficacia della profilassi antibiotica nel prevenire l'endocardite a seguito di procedure odontoiatriche.Duval e colleghi, al termine del loro studio, concludono dicendo che l'impiego massiccio della profilassi non serve se non a prevenire un esigua percentuale di EI, in quanto il numero di EI causate da procedura odontoiatrica è molto basso e di conseguenza anche la quantità di casi che potrebbero essere prevenuti è molto bassa, a prescindere dall'elevata efficacia della profilassi 289 .Invece di prendere in considerazione i fattori cardiaci ad alto, moderato e basso rischio di sviluppare, le nuove linee guida 73 tengono conto delle condizioni associate al rischio più alto di sviluppare EI nel corso del tempo (prolasso mitrale con a rigurgito, malattia reumatica, protesi valvolare meccanica o biologica, stenosi aortica, difetti interventricolari, cardiopatie congenite) e di quelle condizioni che, in caso di infezione, si associano al peggior outcome.In tutte queste condizioni e, in special modo, quelle associate al peggior outcome (elencate in Tabella 22), è raccomandata la profilassi antibiotica in occasione di tutte quelle procedure che comportino manipolazioni o lesioni della mucosa gengivale e della superficie dentaria periapicale 73 .