Però in Du Bois-Reymond emerge anche un profondo scetticismo gnoseologico circa la possibilità di penetrare a fondo alcuni misteri della natura e della vita, e da questo il suo noto aforisma «Ignoramus et ignorabimus (Ignoriamo e ignoreremo)», che egli applicò a sette questioni considerate irresolubili perché ritenute trascendenti le capacità scientifiche dell'uomo.