Il gene della huntingtina viene espresso in tutte le cellule di mammifero. Le concentrazioni più elevate si trovano nel cervello e nei testicoli, mentre vi sono moderate quantità nel fegato, nel cuore e nei polmoni. La funzione della proteina HTT nell'uomo non è chiara. Essa interagisce con le proteine che sono coinvolte nella trascrizione, nella segnalazione cellulare e nel trasporto intracellulare. Negli animali geneticamente modificati al fine di sviluppare la malattia di Huntington, sono state trovate diverse funzioni della HTT. In questi animali la proteina HTT si è dimostrata fondamentale per lo sviluppo embrionale, tanto che la sua assenza è legata alla morte dell'embrione. Essa agisce anche come agente anti-apoptotico per prevenire la morte cellulare programmata e controlla la produzione del fattore neurotrofico cerebrale, una proteina che protegge i neuroni e regola la loro nascita durante la neurogenesi. L'HTT facilita anche il trasporto vescicolare, la trasmissione sinaptica neuronale e controlla la trascrizione genetica. Se l'espressione del gene HTT aumenta, viene di conseguenza aumentata la produzione della proteina HTT e la sopravvivenza delle cellule cerebrali risulta migliorata mentre gli effetti di mHTT sono ridotte. Quando invece l'espressioni del gene HTT sono ridotte, il risultato che si ottiene è tipico della presenza di mHTT. Nell'uomo, la distruzione del gene normale non causa la malattia. Si ritiene che la malattia non sia causata dalla produzione inadeguata di HTT, ma da un guadagno della funzionalità della mHTT.