Per la cura delle infezioni da Citrobacter l'antibiotico o la combinazione di antibiotici più appropriati viene scelta sulla base del risultato dell’antibiogramma. È importante eseguire l'antibiogramma perché il Citrobacter è resistente alle penicilline e a diverse combinazioni di antibiotici β-lattamici. Inoltre, vi sono ceppi batterici resistenti a più classi di antibiotici (multi-resistenti), per i quali l'unico antibiotico efficace è al momento la colistina. La colistina deve essere prescritta dal medico che verifica lo stato generale del paziente e la possibile insorgenza di effetti tossici durante la cura.