Bernhard Heine nacque il 20 agosto 1800, figlio di un conciatore a Schramberg. All'età di dieci anni fu apprendista nell'istituto ortopedico di suo zio, Johann Georg Heine, a Würzburg. Senza alcuna iscrizione, frequentò l'Università di Würzburg. Quando Johann Georg si trasferì nei Paesi Bassi nel 1829, Bernhard - insieme al cugino Joseph Heine - prese le redini dell'istituto di suo zio. Nel 1837 Bernhard Heine sposò sua cugina (la figlia di Johann Georg) Anna Heine.