Un ruolo fondamentale è ricoperto dalla profilassi, in quanto per alcune complicanze, come l'esofago di Barrett, né la terapia medica, né quella chirurgica consentono una regressione della metaplasia; sembra però che la terapia chirurgica permetta una miglior prevenzione.Allo stesso modo la terapia chirurgica è in grado di prevenire l'insorgenza di sintomatologia atipica di carattere polmonare, difficile da trattare con i farmaci.In altri casi è necessario proteggere il paziente dalle recidive di complicanza, come per le stenosi esofagee dilatate endoscopicamente: sembra che una terapia di mantenimento a base di PPI sia in grado di risolvere con successo il problema.