Kremer fu, in seguito, processato durante il Processo di Auschwitz alla seduta del Tribunale Nazionale della Corte Suprema a Cracovia dal novembre al dicembre 1947 e condannato a morte, pena trasformata poi in ergastolo. Secondo quanto scritto nel suo diario e delle sue confessioni, Kremer partecipò a quattordici gassazioni così come ad esecuzioni pubbliche e azioni speciali. Durante la sua testimonianza, descrisse il processo con cui selezionò le sue vittime, per ottenere le informazioni necessarie per la sua ricerca, e affermò che "dopo che mi avevano dato queste informazioni un medico veniva e uccideva il paziente con una iniezione in una zona del cuore. Per mia conoscenza tutti questi pazienti sono stati uccisi con iniezioni di fenolo. Il paziente è morto immediatamente dopo essere stato sottoposto a tale iniezione. Non ho mai effettuato iniezioni fatali".