Le infezioni da HPV genitale hanno una prevalenza stimata negli Stati Uniti del 10-20%. Le manifestazioni cliniche si verificano in circa l'1% della popolazione adulta sessualmente attiva. L'incidenza dell'infezione da HPV negli Stati Uniti è aumentata tra il 1975 e il 2006. Circa l'80% delle persone infettate è di età compresa tra i 17 e i 33 anni. Anche se i trattamenti sono in grado di rimuovere le verruche, non eliminano HPV. Per questo le verruche possono ripresentarsi dopo il trattamento (circa nel 50-73% dei casi). Le verruche possono anche regredire spontaneamente (con o senza trattamento).. Tradizionalmente si è ipotizzato che il virus rimanga latente nel corpo per tutta la vita. Tuttavia nuovi studi con tecniche di ricerca sul DNA hanno dimostrato che attraverso la risposta immunologica il virus può essere eliminato o soppresso a livelli inferiori a quello che possono essere misurati ricorrendo alla PCR (reazione a catena della polimerasi). In uno studio effettuato sulla cute dei genitali per verificare infezioni subcliniche da HPV si è ricorsi alla tecnica PCR. Tale studio ha evidenziato una prevalenza del 10%.