Intorno al 1860 Sims decise di andare in Europa per studiare il modo di migliorare l'organizzazione del suo ospedale. Si convinse dei vantaggi di dividere la struttura in padiglioni e, una volta tornato a New York, riuscì a far approvare la sua idea. La situazione che trovò al ritorno non fu però delle migliori, infatti nell'aprile del 1861 era scoppiata la guerra civile americana e Sims, essendo un tenace sostenitore del Sud, non poté rimanere e fu costretto a tornare in Europa. Nel Vecchio Continente la sua fama si era già diffusa: Sims fu infatti il primo chirurgo statunitense a godere di una reputazione veramente internazionale. Venne infatti accolto in maniera eccezionale, soprattutto in Inghilterra ed in Francia. Continuamente chiamato da diversi medici per eseguire i suoi interventi ginecologici nei vari ospedali, ebbe l'opportunità di lavorare a Parigi, Londra, Dublino, Edimburgo, Bruxelles, tutte città dove gli vennero concesse diverse onorificenze. Decise allora di rimanere fino a che non fosse finita la guerra civile americana trasferendosi a Londra intorno al 1864 per garantire ai suoi figli la miglior educazione scolastica possibile. Oltre ad operare, viaggiando nelle città più importanti di quel tempo, Marion scrisse molto riguardo alle sue esperienze in Europa.