Il citomegalovirus (CMV), il VZV (VZV) così come le infezioni da HIV dell'esofago possono avere una presentazione simile. La coltura tissutale è il mezzo più preciso per distinguere tra le diverse eziologie virali . L'esofagite da caustici, l'esofagite indotta da farmaci, così come alcune esofagiti micotiche possono avere una presentazione clinica del tutto simile.