Dopo somministrazione orale magaldrato non risulta assorbito dal tratto gastrointestinale. Nel corso del processo di neutralizzazione degli ioni H+ vengono rilasciate piccole quantità di ioni magnesio (Mg++) ed alluminio (Al+++). Questi cationi nel transito intestinale, sono convertite in fosfati, a loro volta parzialmente solubili e perciò escreti nelle feci. L'uso per lungo periodo di antiacidi contenenti alluminio può comportare una riduzione nell'assorbimento dei fosfati.