A partire dal 1936 tuttavia la situazione politica in Spagna aveva subito un netto peggioramento, e lo scoppio della guerra civile il 18 luglio ne fu la conseguenza. In quello stesso anno il padre fu giustiziato con l’accusa di aver capeggiato la sollevazione dei militari della Scuola di tiro dell’Artiglieria. Durante la guerra civile Eduardo fu tenente medico dell'esercito repubblicano. Nell'aprile del 1937 entrò nella Falange Spagnola in clandestinità. Alla fine della guerra, fu sottoposto ad un processo, con l’accusa di aver partecipato al complotto delle linee telefoniche, al termine del quale fu assolto "con tutte le dichiarazioni favorevoli".