La pralidossima ha un ruolo importante nella reversione della paralisi dei muscoli respiratori, ma a causa della sua scarsa capacità di oltrepassare la barriera emato-encefalica (a causa della sua carica positiva) e quindi di penetrare nel sistema nervoso centrale, ha scarso o nullo effetto sulla depressione respiratoria dovuta agli effetti centrali dell'intossicazione da organofosfati. Questo è il motivo per cui l'atropina, che invece ha un'eccellente penetrazione della barriera emato-encefalica, è somministrata in concomitanza con la pralidossima durante il trattamento degli avvelenamenti.