Il nucleolo fu identificato mediante microscopia in capo chiaro durante gli anni 1830. Poco si sapeva sulla funzione del nucleolo fino al 1964, quando uno studio di John Gurdon e Donald Brown nella rana africana "Xenopus laevis" generò un interesse crescente per la funzione e la struttura dettagliata del nucleolo. In questo studio scoprirono che il 25% delle uova di rana non aveva il nucleolo e che tali uova non erano in grado di svilupparsi. La metà delle uova aveva un solo nucleolo e il 25% ne aveva due. Hanno concluso che il nucleolo aveva una funzione necessaria per la vita. Nel 1966 Max L. Birnstiel e collaboratori hanno dimostrato, tramite esperimenti di ibridazione degli acidi nucleici, che il DNA all'interno dei nucleoli codifica per l'RNA ribosomiale .