Il trattamento con antibiotici provoca una soppressione dei batteri suscettibili secondo lo spettro antimicrobico del farmaco usato e altera la barriera mucosa intestinale favorendo la colonizzazione da parte di organismi patogeni.Alla sospensione della terapia segue una normalizzazione lenta ma lineare della microflora 248 .La maggior parte degli studi su questo argomento sono stati condotti all'interno di unità di terapia intensiva: alcuni di questi hanno dimostrato che un'assunzione prolungata di antibiotici ad ampio spettro rappresenta un fattore di rischio per la colonizzazione da parte di Enterobacteriaceae resistenti, altri invece non hanno rilevato alcuna associazione. In uno studio di de Man si è evidenziato che l'uso di penicillina e tobramicina rispetto ad amoxicillina e cefotaxime si associa ad una minore colonizzazione da parte di bacilli resistenti; nel secondo caso Enterobacter cloacae è il bacillo predominante, mentre Escherichia coli è maggiormente associato al primo schema terapeutico 249 .Penders ha dimostrato che l'uso degli antibiotici, prima fra tutti l'amoxicillina, nel periodo neonatale determina una riduzione nel numero dei bifidobatteri e di Bacteroides fragilis. Una minore conta di bifidobatteri è stata anche osservata in seguito alla somministrazione dell'antimicotico miconazolo.La presenza della febbre nel primo mese di vita invece, se non associata all'uso di antibiotici, non sembra influenzare il microbiota intestinale 227 .In uno studio di Bennet sono stati analizzati i campioni fecali di 106 bambini trattati con antibiotico per diverse ragioni. Durante la terapia batteri anaerobi sono stati isolati solo nel 10% dei casi. Dopo il trattamento antibiotico si è verificato un lento ristabilirsi dei bifidobatteri, mentre i Bacteroides spp. difficilmente tornavano a colonizzare la mucosa intestinale 232 .