Nel 1891 viene elevato al rango nobiliare da Guglielmo II e diventa ufficialmente "von" Helmholtz. Alcuni anni dopo, insieme all'illustre amico Siemens e su spinta dell'imperatore, fonda un Istituto di ricerca fisica, di cui è il primo presidente. Helmholtz si spense nel 1894, nel sobborgo di Charlottenburg, mentre è ancora in piena attività ed è appena stato insignito di molti onori.