Quando il virus acquisisce antigeni del tutto nuovi, ad esempio per "riassortimento" tra i ceppi aviari e i ceppi umani, si parla invece di "spostamento antigenico" ("antigenic shift"). Se un virus di influenza umana viene prodotto con antigeni completamente nuovi, chiunque sarà vulnerabile e questo nuovo tipo di influenza può propagarsi senza controllo, causando una pandemia. È stato proposto un modello alternativo, dove le pandemie periodiche sono prodotte dall'interazione di un insieme fisso di ceppi virali con una popolazione umana con un insieme di immunità in cambiamento continuo verso diverso ceppi virali.