È disponibile un vaccino contro l'epatite E che conferisce una efficace protezione contro il virus e favorisce la risposta del sistema di difesa dell'organismo (immunitario). Il suo impiego è suggerito dall'Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS) alle persone residenti nei paesi dove l'infezione è molto diffusa (Asia sudorientale, America Latina subtropicale) o ci siano epidemie circoscritte, in particolare se le condizioni igieniche non sono adeguate.