Secondo Borelli la causa primitiva del movimento degli animali è l'anima. Morto l'animale, l'anima non è più operante e l'organismo resta inerte e immobile. In generale le idee di Borelli erano incentrate nel pensare la vita relazionale come subordinata a quella psichica e nello stesso tempo è indicato un processo specifico che trasforma l'atto mentale in volontà, e successivamente in movimento. Per chiarire il meccanismo di questo processo specifico, Borelli richiama Aristotele. Prende in considerazione questo ultimo al fine di mettere in evidenza l'anima in similitudine con ciò che Aristotele chiamava spirito. Quindi i muscoli, secondo la visione filosofica di Borelli, sono macchine che per muoversi hanno bisogno di un mezzo; questo mezzo parte dalla facoltà locomotrice dell'anima che raggiunge il muscolo, attraverso i nervi, comandando la capacità di contrazione e di rilassamento. Il tutto viene dimostrato con semplici esperimenti: tagliando trasversalmente un muscolo, questo perde la facoltà di contrarsi, mentre l'articolazione rimane mobile; ciò vuol dire che per Borelli il muscolo agisce come un braccio di leva applicato sull'articolazione e che il movimento non è legato all'articolazione stessa. Successivamente Borelli, dopo aver espresso la sua teoria sulla contrazione dei muscoli, si impegna a confutare ogni ipotesi sul movimento muscolare, dimostrando con argomentazioni sperimentali la loro insostenibilità.