Cresciuta a Reutlingen, Sabine Werner ha studiato presso le Università di Tubinga e di Monaco di Baviera, dove ha completato il dottorato nel 1989 con Peter Hans Hofschneider con una tesi sulla patogenesi molecolare del sarcoma di Kaposi. Ha ricevuto la medaglia Otto Hahn per i suoi risultati nei suoi studi di dottorato. 