L'esame microscopico consente di verificare la presenza in feci o urine di uova di schistosoma e di identificarne la specie. Nelle forme intestinali l'esame microscopico diretto delle feci non è abbastanza sensibile. L'esame dei campioni dopo concentrazione (es. Kato-Katz) è più sensibile e consente una stima quantitativa delle uova escrete in un giorno. L'escrezione urinaria di uova di "S.haematobium" non è uniforme durante tutta la giornata, ma è maggiore tra le ore 10 e le 14, pertanto l'esame è più sensibile se viene esaminata l'urina raccolta in queste ore. L'esame parassitologico quantitativo sull'urina delle 24 ore consente di determinare la severità dell'infestazione. Il test di vitalità delle uova è importante per valutare l'efficacia di un trattamento: si mischiano le feci o le urine in acqua distillata a temperatura ambiente e si osserva se i miracidi escono dalle uova; in tal caso le uova sono vitali e l'infestazione è ancora attiva. La biopsia mucosa rettale e vescicale, in corso di rettoscopia o cistoscopia, è molto efficace nell'evidenziare la presenza delle uova nelle pareti dei visceri, più dell'esame microscopico delle feci. Contemporaneamente l'esame endoscopico può valutare la presenza e l'entità delle lesioni anatomiche macroscopiche.