Il primo centro di terapia protonica su base ospedaliera del mondo possedeva una ciclotrone ed era dedicato al trattamento dei tumori oculari. Esso iniziò i trattamenti nel 1989 presso Clatterbridge nel Regno Unito, seguito nel 1990 dal "Loma Linda University Medical Center" (LLUMC) a Loma Linda, California. Nel 2010 a questi impianti sono stati aggiunti altri sette centri di terapia protonica ospedalieri regionali negli Stati Uniti e molti altri in tutto il mondo.