I tipi pericolosi di HPV (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68) si differenziano da quelli innocui (6, 11, 42, 43, 44) sia in base al sito di azione (i primi attaccano le mucose e i secondi la cute) sia in base ad alcune mutazioni dell'oncoproteina E7 (early 7). Questa differente pericolosità è dovuta al fatto che le mucose sono molto più sensibili della pelle alle infezioni di HPV perché la minore robustezza delle membrane cellulari delle cellule delle mucose facilita l'ingresso dei virus all'interno delle stesse, e in più le oncoproteine E7 dei Papilloma Virus pericolosi hanno delle mutazioni amminoacidiche che permettono un legame e un'inibizione migliore del retinoblastoma rispetto agli E7 dei tipi non pericolosi. Per esempio la differenza amminoacidica principale tra l'E7 dell'HPV 16 (pericoloso) e 6 (non pericoloso) è un acido aspartico in posizione 21 presente nel primo invece di una glicina presente nel secondo; questa sola differenza fa sì che la prima proteina abbia una capacità ligante (e quindi di causare il cancro) del 41% superiore alla seconda.