In base ai suoi studi Du Bois-Reymond perviene a una concezione materialistica, meccanicistica e deterministica della realtà. Da questo assunto egli parte per condurre un'opposizione netta a qualsiasi forma di vitalismo, ancora molto forte nell'Ottocento anche in fisiologia, e per alcuni aspetti persino in ripresa rispetto al secolo precedente, vedendo poi verso fine secolo l'emergere del pensiero di grande successo di Bergson. Egli radicalizza invece sempre più il suo pensiero in direzione meccanicistica e deterministica, rilanciando anche il determinismo ontologico di Laplace e coniando l'espressione "Universo di Laplace" per indicare la concezione meccanicistica e deterministica della dinamica cosmica.