In generale, i fluorochinoloni sono ben tollerati, e la maggior parte degli effetti collaterali segnalati è di tipo lieve o moderato, anche se, occasionalmente, si debbono registrare gravi effetti avversi. Si deve comunque ricordare che il tasso globale di eventi indesiderati nei pazienti trattati con fluorochinoloni è più o meno simile a quello osservato in soggetti trattati con altre classi di antibiotici.