La prevenzione dell'infezione da virus Nipah è importante dato che non esiste un trattamento efficace per la malattia. L'infezione può essere prevenuta evitando l'esposizione a pipistrelli in aree endemiche e a suini malati. Bere linfa di palma grezza (vino di palma) contaminata da escrementi di pipistrello, il consumo di frutta parzialmente consumata dai pipistrelli e l'uso di acqua proveniente da pozzi infestati da pipistrelli dovrebbe essere evitato. I pipistrelli sono noti per bere vino di palma che viene raccolto in contenitori aperti e occasionalmente vi urinano dentro, il che lo rende contaminato dal virus. Il passaggio a contenitori chiusi nel lato superiore impedisce la trasmissione in questo modo. La sorveglianza e la consapevolezza sono importanti per prevenire futuri focolai. L'associazione di questa malattia con il ciclo riproduttivo dei pipistrelli non è ben studiata. Le pratiche standard di controllo delle infezioni devono essere applicate per prevenire le infezioni nosocomiali. È stato scoperto che un vaccino a subunità che utilizza la proteina Hendra G produce anticorpi cross-protettivi contro l'enipavirus e il nipavirus è stato usato nelle scimmie per proteggere dal virus Hendra, sebbene il suo potenziale utilizzo nell'uomo non sia stato studiato.