Il gene SRY potrebbe essersi originato da una duplicazione del cromosoma X legante il gene SOX3, membro della famiglia dei geni SOX. Questa duplicazione sarebbe avvenuta dopo la separazione dei cladi Monotremi e Theri. I monotremi, infatti, mancano del gene SRY e presentano un sistema di determinazione sessuale simil ZW. Mentre i Theri presentano un sistema di determinazione sessuale basato sui cromosomi X e Y. SRY è un gene a rapida evoluzione ed i meccanismi alla base della sua espressione e regolazione sono stati di difficile comprensione. La determinazione del sesso segue modalità varie e relativamente poco conservati nel regno animale.