Molti pazienti affetti da fibrosi cistica devono assumere antibiotici costantemente allo scopo di prevenire le infezioni. Gli antibiotici sono assolutamente necessari ogni volta che si sospetta una polmonite o si nota un notevole declino della funzionalità polmonare. Una terapia prolungata può rendere necessario un ricovero in ospedale e l'inserimento di un catetere centrale permanente. La terapia inalatoria con antibiotici come tobramicina, colistina e aztreonam viene spesso prescritta per mesi al fine di migliorare la funzionalità polmonare impedendo la crescita di batteri. Gli antibiotici orali, come la ciprofloxacina o l'azitromicina vengono somministrati per aiutare a prevenire l'infezione o per controllare l'eventuale infezione in corso. Gli antibiotici aminoglicosidici (ad esempio la tobramicina) possono causare la perdita dell'udito, danni al sistema dell'equilibrio nell'orecchio interno o problemi renali a lungo termine. Per evitare il verificarsi di questi effetti collaterali, la quantità di antibiotici nel sangue deve essere misurata di routine e regolata di conseguenza.