In questa fase la pratica medica era affidata alla classe religiosa. Erano i chierici coloro che si dedicavano a quest'arte rifacendosi all'antico spirito di carità, che in prima cosa doveva essere materiale. A partire dal XIII secolo però, al clero fu impedito di praticare l'arte chirurgica, ritenendo che quest'attività distogliesse i religiosi dalle loro pratiche quotidiane. Il Concilio di Reims del 1131 sancì ufficialmente questo impedimento, ribadito nuovamente da Innocenzo III con l'editto del 1215. La proibizione dell'attività chirurgica era dovuta in parte anche alla considerazione sociale che questa pratica aveva: in un bando di Firenze del 1574 venne stilata una scala gerarchica dei mestieri, in cui il chirurgo occupava uno dei gradini più bassi. Un altro motivo di rifiuto dell'attività chirurgica a fini ricostruttivi era dovuto al fatto che molti interventi di ricostruzione nasale andavano a coprire un comportamento sessuale immorale: uno dei segni della sifilide, infatti, era proprio la deturpazione del naso.