L'effetto avverso più temibile della cisapride è la comparsa di una sindrome del QT lungo in grado di predisporre il soggetto alla torsione di punta, aritmia spesso fatale. Per questo motivo la Food and Drug Administration (FDA), dopo un avvertimento ai medici, decise di ritirare in USA la cisapride dal commercio il 14 luglio del 2000. In Italia il farmaco è fuori commercio dal 2001. Negli stati in cui è tuttora utilizzata si deve evitare l'associazione di cisapride con farmaci interferenti con la via di CYP3A4 come: