Sebbene fosse uno studente capace, il giovane Holmes fu spesso ripreso dai suoi insegnanti per la sua loquacità e per la sua abitudine di leggere romanzi durante le lezioni. Ebbe come professori Dame Prentiss e William Bigelow, prima di iscriversi alla Port School, un'accademia privata nella colonia di Cambridgeport. Tra le sue compagne di scuola figurava la futura critica ed autrice Margaret Fuller, molto ammirata per il suo intelletto da Holmes.