L'elemento distintivo della malattia autoimmune è l'incapacità del sistema immunitario di spegnere i processi diretti contro l'organismo al termine di una fisiologica risposta infiammatoria o di prevenirne lo sviluppo al di fuori di essa. Il processo di attacco autoimmune contro antigeni può essere confinato a singoli distretti, tessuti, organi o apparati o avere ricadute dirette o indirette sull'intero organismo ("malattia autoimmune sistemica" o "malattia sistemica").