Ibn al-Nafīs morì al Cairo dopo soli 6 giorni di malattia. Il suo studente, Safī Abū l-Fatḥ, gli dedicò un poema Prima di morire Ibn al-Nafīs donò la sua abitazione e la sua ricca biblioteca al "Bīmāristān" fondato per volere del Sultano mamelucco, figlio di Qalāwūn, al-Nāṣir Muḥammad b. Qalāwūn, che si usava chiamare anche "Casa del Ricovero".