Il metodo per accertare (diagnosticare) un'intolleranza alimentare è basato principalmente sul racconto dei cambiamenti dello stato di salute della persona nel tempo; tuttavia, poiché alcuni segni e disturbi (sintomi) sono simili a quelli delle allergie alimentari, è essenziale escludere, attraverso l'esecuzione di esami mirati, la possibilità che la causa dei disturbi sia un'allergia.