Lo spessore della mucosa può essere un fattore importante nella stomatite aftosa. Solitamente, le ulcere si formano sulle superfici mucose sottili non cheratinizzate della bocca. La riduzione dello spessore della mucosa aumenta la frequenza dell'occorrenza delle ulcerazioni, mentre l'aumento dello spessore è correlato a una diminuzione dell'ulcerazione.