Dopo somministrazione per os valganciclovir è facilmente assorbito dal tratto gastrointestinale. La biodisponibilità della molecola è approssimativamente del 60%. La concentrazione plasmatica massima (Cmax) viene raggiunta dopo circa 1-3 ore (Tmax) dall'assunzione. Quando viene assunto con un pasto l'AUC incrementa del 30% e la Cmax di circa il 14%. Se ne consiglia perciò l'assunzione con il cibo.