La diarrea prolungata può indicare una diarrea associata agli antibiotici se gli antibiotici sono stati utilizzati nei due mesi precedenti o se chi ne soffre è stato recentemente ricoverato in ospedale. Nel caso non sia possibile rilevare l'agente patogeno, la diagnosi può essere basata sul fatto che sono stati utilizzati degli antibiotici, escludendo altri possibili fattori che causano la diarrea. Diarree acute con un recente ricovero in ospedale possono indicare l'infezione da "C. difficile", che può essere rilevato utilizzando appropriati test di laboratorio.