Subito dopo il conseguimento della laurea, Eugenio Medea iniziò a prestare servizio presso l'Ospedale Maggiore Ca' Grande di Milano come “praticante assumibile” Rispetto all'ambiente pavese al Ca' Grande di Milano era praticato maggiormente l'insegnamento di interesse anatomo-patologico tramite autopsia offrendo maggiori opportunità di studio e di ricerca. Durante questo periodo Medea pubblicò alcuni lavori in tema di clinica generale:"L'impiego terapeutico dell'eroina, La lattofenina nel reumatismo poliarticolare acuto, La patogenesi della malattia di Stokes-Adams. Osservazioni cliniche ed anatomo-patologiche".