Il carcinoma follicolare esprime antigeni specifici delle cellule follicolari come la tireoglobulina e il TTF1. PAX8 è normalmente positivo. Comunque, il singolo marcatore ha poco significato nel distinguere un nodulo maligno da uno benigno: alcuni studi raccomandano l'uso di un insieme di marcatori tra cui il CK19, la galectina 3 e l'HBME1 (34) .