Il paziente, digiuno, riceve una blanda anestesia topica nelle coane nasali; seduto, gli viene inserito delicatamente un sottilissimo catetere all'interno delle stesse, che viene spinto in rinofaringe e quindi in orofaringe. A questo punto, il catetere viene sospinto in esofago attraverso lo sfintere esofageo superiore (SES); il passaggio, che nella maggior parte dei casi crea un certo fastidio (conati a vuoto, dovuti ai riflessi ipofaringei), viene spesso facilitato attraverso la suzione di piccoli sorsi d'acqua tramite una cannuccia. Una volta entrato il catetere in esofago, il fastidio diminuisce notevolmente. 