I ricercatori sono però d'accordo all'unanimità che siano i fattori genetici ad essere prevalenti nella ricerca delle cause. I fattori ambientali sono stati ipotizzati contribuire all'autismo, o di aggravare i suoi sintomi. Insieme a tali fattori, ne sono stati ipotizzati alcuni che è stato creduto, spesso erroneamente, che potrebbero avere ruolo causale di tale sindrome: alcuni cibi, i metalli pesanti, le infezioni causate dalle malattie, i solventi, lo scarico dei gas, i fitofarmaci, l'alcool, il fumo, la droga e, infine, in una vecchia teoria ormai screditata, i vaccini. Tra tutti questi fattori, i vaccini sono quelli che hanno attirato maggiormente l'attenzione dell'opinione pubblica, per via dell'errata associazione mentale che i genitori potevano a volte fare: poiché i sintomi dell'autismo si sviluppano nella stessa età in cui solitamente i bambini vengono vaccinati, i genitori potevano trarre l'errata inferenza che, essendo emersi i sintomi "dopo" la vaccinazione, la stessa potesse esserne la "causa", anche se non vi era alcuna causazione diretta (è la nota fallacia logica del "Post hoc ergo propter hoc").