Il ruolo dell'HLA-B5 è stato estensivamente studiato negli anni precedenti. In studi più recenti è stata documentata la presenza dell'allele HLA-B51 nel 72% dei pazienti con SB. Tale allele predispone, specialmente negli uomini, a presentare una forma più severa di malattia, come uveiti ed eritema nodoso.Un possibile modello che spieghi l'eziopatogenesi della SB è il seguente: un fattore esogeno (virale o batterico) è presentato dai macrofagi ed è riconosciuto dai T-linfociti CD4+, nel contesto degli antigeni MHC II. Cellule Th-1 attivate producono citochine, quali IL-2, IFN-, TNF-, ed inducono una proliferazione B-cellulare. L'IFN- attiva i macrofagi a rilasciare TNF- e IL-8, che possono indurre l'espressione di molecole di adesione sulle cellule endoteliali. L'IL-8 induce anche la chemiotassi ed attiva i neutrofili. Entrambe gli eventi sono responsabili del passaggio sia dei polimorfonucleati che dei linfociti-T attivati attraverso l'endotelio, verso le sedi di flogosi.I fattori genetici possono contribuire alla costituzione ed all'evoluzione della malattia.