I sintomi connessi all'embolia dipendono molto dal grado di ostruzione provocato dall'embolo e dalla velocità con cui esso entra in circolo. Per l'embolia polmonare il soggetto potrebbe presentare dolori al torace, affanno e svenimenti. Un'embolia polmonare derivante da trombosi agli arti inferiori per esempio, non necessariamente si manifesta negli arti visibilmente e percettivamente e può portare ad un lento affiorare di dispnea sempre più gravosa nell'eseguire lo stesso sforzo fisico come ad esempio salire le scale, in misura della quantità di emboli che col tempo si accumulano nei polmoni. L'embolia cerebrale provoca invece effetti diversi a seconda della parte del cervello che non viene irrorata dal sangue.