Nell'organismo fluspirilene viene rapidamente metabolizzato in un derivato N-dealchilato attivo, l'acido 4,4-bis(4-fluorofenil) butirrico, che viene successivamente escreto nelle urine. Il legame con le proteine plasmatiche è pari al 97% circa. L'emivita plasmatica del fluspirilene risulta approssimativamente di tre settimane. Meno del 50% del farmaco viene eliminato nel giro di 7 giorni.