IRP1 e IRP2 differiscono per la loro modalità di regolazione. IRP1 è regolata dalla concentrazione di ferro, che ne determina modificazioni che le permettono o meno di legarsi alle sequenze IRE sugli mRNA che le possiedono; invece, IRP2 è regolata attraverso un aumento della sua sintesi in caso di carenza di ferro o una sua più elevata degradazione nel proteasoma in caso di elevata concentrazione di ferro. Un notevole indicatore della concentrazione di ferro nel sangue è l'ormone epatico epcidina, il quale aumenta in caso di sufficiente quantità di ferro e diminuisce in caso di insufficiente quantità di ferro nell'organismo. Mutazioni nel gene per l'epcidina portano a emocromatosi ereditaria. L'epcidina si lega alla ferroportina e tale legame pare essere un segnale per la sua degradazione; pare inoltre che sia il principale responsabile della sua regolazione, .