Nel 1848, von Gudden conseguì il dottorato presso l'Università di Halle e divenne internista al manicomio di Siegburg sotto Carl Wigand Maximilian Jacobi (1775-1858). Dal 1851 al 1855 lavorò come psichiatra sotto Christian Friedrich Wilhelm Roller (1802-1878) nel manicomio di Illenau a Baden, poi dal 1855 al 1869, fu direttore dell'istituto psichiatrico ("Unterfränkische Landes-Irrenanstalt") a Werneck. Nel 1869 fu nominato direttore dell'ospedale Burghölzli e professore di psichiatria presso l'Università di Zurigo. Nel 1872 fu nominato "Obermedicinalrath" e direttore dell'"Alto Bavarese Kreis-Irrenanstalt" (manicomio), situato a Monaco. Poco dopo, divenne professore di psichiatria presso l'Università di Monaco.