Il tipo LQTS2 è la seconda variante genica più comune, rappresentando il 25-30% di tutti i casi. Questa forma di LQTS molto probabilmente coinvolge mutazioni del gene "human ether-a-go-go related gene" (HERG), il cui locus è localizzato sul cromosma 7. Il gene HERG (noto anche come KCNH2) è parte della componente rapida della corrente di rettificazione rapida del potassio (IKr). La corrente IKr è principalmente responsabile del ritorno del potenziale d'azione cardiaco al livello precedente la depolarizzazione, e pertanto della lunghezza dell'intervallo QT. Il gene HERG normalmente funzionante protegge dalle depolarizzazioni post-potenziali precoci (EADs).