La camera di flusso è conformata in modo da creare una corrente liquida (mediante un fluido guaina, o liquido di sheath), la quale trasporta e allinea le cellule in modo che attraversino la camera di conta formando una singola linea che verrà analizzata attraverso il fascio di luce per il rilevamento delle caratteristiche fisiche o immunofenotipiche. Il fenomeno idrodinamico che sta alla base dell'allineamento delle cellule è la focalizzazione idrodinamica.