L'ipotiroidismo (anche congenito), invece, porta ad un ridotto metabolismo con conseguente bassa temperatura, aumento di peso, riduzione dell'appetito, bradicardia, ipotensione, ipotonia della muscolatura scheletrica e apatia. Se la carenza di secrezione avviene durante l'infanzia, oltre al metabolismo ridotto, avviene anche uno sviluppo ritardato del sistema nervoso che causa un ritardo mentale accompagnato da bassa statura noto come cretinismo.