Collocata nel Palazzo del Commendatore nel Complesso Monumentale di Santo Spirito in Saxia, conteneva libri e strumenti scientifici e medico-chirurgici. Secondo le intenzioni di Lancisi, qui doveva essere possibile consultare testi, svolgere attività sperimentali, discutere argomenti di medicina e di scienza in pubbliche accademie.