Al clinico è innanzitutto richiesta una adeguata diagnosi differenziale, in quanto molte forme di meningite sostenute da micoplasmi, batteri o funghi, se non rapidamente diagnosticate possono evolvere con temibili complicanze e portare a morte o grave invalidità il paziente. Particolarmente temibile è l'eventualità di trovarsi di fronte a un paziente con una forma di meningite batterica "spuria" in quanto inconsapevolmente già parzialmente trattata con antibiotici o antinfettivi.