Il dominio perossidasico si trova in una tasca idrofobica interna all'enzima ed è costituito da un gruppo eme centrale circondato da quattro alfa-eliche. L'eme è legato alla proteina con legami deboli quali ponti idrogeno e forze di Van der Waals, mentre l'atomo di ferro centrale è impegnato in un legame di coordinazione con un azoto della catena laterale del residuo di istidina in posizione 388.