In uno studio su 140 pazienti con artrite reumatoide, in trattamento a lungo termine con tiopronina, il 40% dei pazienti dovette interrompere l'assunzione del farmaco a causa degli effetti collaterali, la maggioranza dei quali si manifestò nei primi 6 mesi di terapia. I più comuni furono quelli a carico di cute e mucose (eruzioni lichenoidi, prurito e pemfigo). Secondo una review del 1989 invece su 268 pazienti in trattamento per artrite reumatoide gli effetti collaterali portarono ad interrompere il trattamento nel 27,7% dei pazienti. Questi effetti avversi erano sostanzialmente simili a quelli osservati con la D-penicillamina.