Tuttavia, poiché nell'agopuntura gli aghi penetrano nella pelle, sono comunque procedure invasive e quindi non prive di rischio. Le lesioni sono rare tra i pazienti trattati dai professionisti addestrati in certi paesi. A volte, gli aghi devono, per legge, essere sterili e monouso; in alcuni paesi, gli aghi possono essere riutilizzati se essi sono prima risterilizzati, ad esempio in autoclave. Quando gli aghi sono contaminati, il rischio di infezioni batteriche o di altre infezione ematiche aumenta, come avviene con il riutilizzo di qualsiasi tipo di ago. Anche l'OMS ha pubblicato un documento relativo ai rischi clinici e alla corretta pratica dell'agopuntura: vengono menzionati rischi infettivi, soprattutto se sono usati aghi multiuso che non sono stati sterilizzati a dovere e quindi potrebbero trasferire infezioni come l'HIV o l'epatite, e il rischio di provocare ematomi a seguito della puntura accidentale di strutture circolatorie, che può capitare soprattutto se non vengono seguite le indicazioni sulla profondità e l'angolazione dell'infissione.