Nelle forme più severe (stadio III), oltre alle terapie con lenti a contatto e antibiotici, occorre evitare la progressione verso la perforazione corneale: in questi casi un possibile trattamento chirurgico è rappresentato dalla tarsorrafia, che prevede la chiusura temporanea o permanente delle palpebre attraverso suture o iniezioni di tossina botulinica. Questa operazione consente di proteggere la cornea, anche se il risultato estetico di questi interventi può risultare difficilmente accettabile dal paziente. Analogamente, un intervento che preveda la creazione di un lembo congiuntivale, ha dimostrato di essere efficace nella terapia di ulcere corneali croniche con o senza perforazione corneale. Oltre a questi trattamenti chirurgici, un'altra opzione terapeutica è rappresentata dal trapianto di membrana amniotica che recentemente ha dimostrato di svolgere un ruolo nello stimolare la guarigione dell’epitelio corneale, nel ridurre la neovascolarizzazione corneale e l'infiammazione della superficie oculare. Tra le opzioni terapeutiche nelle forme severe va anche ricordata la possibilità di somministrare siero autologo in collirio. 