Un gran numero di mutazioni sono state caratterizzate come portanti o predisposte a LQT3. Il calcio è stato suggerito come regolatore della proteina "SCN5A" e gli effetti del calcio su "SCN5A" possono iniziare a spiegare il meccanismo attraverso il quale alcune di queste mutazioni causano LQT3. Inoltre, mutazioni nel "SCN5A" possono causare Sindrome di Brugada, malattia conduzione cardiaca e cardiomiopatia dilatativa . In rare situazioni, alcune persone colpite possono avere combinazioni di queste malattie.