Vidarabina interferisce con la sintesi del DNA virale. Il composto è un analogo nucleosidico e necessita di essere fosforilato prima di essere attivo. Vidarabina grazie all'azione dell'enzima timidina chinasi (TK), codificato da HSV e VZV viene prima fosforilata ad arabinosil adenosina monofosfato (ara-AMP) e successivamente va incontro ad altre fosforilazioni ad opera di guanilato chinasi ed altre chinasi fino a dar luogo ad arabinosil adenosina trifosfato (ara-ATP). Quest'ultima è la forma attiva di vidarabina ed è contemporaneamente sia un inibitore che un substrato della DNA polimerasi virale.