Nell'ipertensione polmonare primitiva si verifica una modificazione dell'endotelio delle arterie di piccolo calibro, con proliferazione dell'intima che, invece di presentarsi a unico strato di cellule, si presenta a più strati impilati che riducono il calibro del lume vascolare. L'ispessimento può essere di tipo concentrico per tutta la circonferenza del vaso, od eccentrico ed occupare solo una parte della parete.