Una qualsiasi variazione tra la molecola originale (wild type) e quella mutata porta alla formazione di un eteroduplex (combinazione di due catene di DNA a singola catena non perfettamente corrispondenti, caratterizzata dalla presenza di una "bolla" dove c'è la mutazione) (Figura 18).Figura 18: Formazione ed aspetto cromatografico degli omoduplex e degli eteroduplex.L'eteroduplex si comporta cromatograficamente in modo differente sia dall'omoduplex non mutato che dall'omoduplex mutato: l'eteroduplex è solitamente più veloce (meno trattenuto) degli omoduplex e da ciò si può caratterizzare la presenza di una variazione nucleotidica in un campione. La metodica DHPLC rileva la differenza tra la molecola dell'omoduplex, che ad una determinata temperatura è ancora sotto forma di doppia elica, e quella dell'eteroduplex, che, alla stessa temperatura, mostra una parziale denaturazione in corrispondenza del sito dove si è verificato un misappaiamento. Tale temperatura è detta temperatura di "quasi-denaturazione". La presenza di una mutazione si evidenzia sotto forma di picchi ulteriori o con un profilo diverso rispetto al "wild type". Il grande vantaggio è che, pur non caratterizzando la mutazione (cioè non viene definito come è stata modificata la sequenza), la metodica DHPLC è in grado di rivelarne la presenza all'interno del frammento analizzato (Figura 19).L'analisi in DHPLC impiega il meccanismo di ripartizione in fase inversa ad accoppiamento ionico (RP-IP), che separa le molecole e le eluisce sulla base della loro dimensione crescente.Figura 19: Esempio di analisi in DHPLC. Le frecce indicano la mutazione: nella figura in alto a destra è mostrata l'analisi del frammento non mutato mentre la figura in basso a destra mostra l'aspetto in DHPLC della mutazione.