Il trattamento a base di metronidazolo e vancomicina in genere è risolutivo, anche se si osservano recidive in un 25% dei casi. Le complicanze possibili sono costituite da una perdita massiva di liquidi o distruzione della mucosa intestinale colpite, che possono portare a disidratazione, sepsi e perforazione intestinale. In questi casi sono necessari tempestivi provvedimenti, in quanto possono essere mortali soprattutto in soggetti debilitati o molto giovani.