Tutte le patologie anatomiche che determinano ostruzione e stagnazione nell'intestino tenue possono essere associate con la SIBO: stenosi, aderenze, tumori, grandi e/o multipli diverticoli nel duodeno e nel digiuno; conseguenze di precedenti operazioni chirurgiche addominali, come la sindrome dell'ansa afferente dopo la Billroth-II, la sindrome da stasi dopo la Roux-en-Y, o complicanze derivanti da operazioni di chirurgia bariatrica. Nelle pseudo-ostruzioni e in alcuni disturbi neurologici (come distrofia miotonica, malattia di Parkinson, malattia di Chagas) la SIBO che ne deriva è responsabile del malassorbimento e della perdita di peso; in rari casi è possibile che si verifichi una produzione endogena di etanolo in questi pazienti.