La biopsia è eseguita inserendo nella bocca della persona che si sottopone all'esame un tubo sottile e flessibile, dotato di telecamera (endoscopio), e facendolo arrivare delicatamente nell'intestino tenue. Prima di iniziare, il medico può spruzzare in gola un anestetico locale per diminuire la sensibilità o somministrare un leggero sedativo per aiutare a rilassarsi.