Vi sono alcune prove che i bambini con sindrome di Asperger vadano incontro a una diminuzione dei sintomi col passare del tempo; fino al 20% di essi, da adulti, non soddisfano più i criteri diagnostici, anche se possono persistere difficoltà sociali e comunicative. Al 2020, non esistono studi che affrontano la prognosi a lungo termine delle persone con sindrome di Asperger e non vi sono studi di "follow-up" sistematici a lungo termine. Gli individui con la sindrome sembrano avere un'aspettativa di vita normale ma hanno una maggiore prevalenza di condizioni psichiatriche di comorbidità, come il disturbo depressivo e il disturbo d'ansia che possono influenzare significativamente la prognosi. Anche se la compromissione sociale può esserci per tutta la vita, il risultato è generalmente più favorevole rispetto alle persone con disturbi dello spettro autistico; la maggior parte degli studenti con sindrome di Asperger presentano una capacità matematica media rispetto ai test di intelligenza generale; tuttavia alcuni sono dotati in questa disciplina e la sindrome non ha impedito ad alcuni adulti di raggiungere importanti risultati, come Vernon Smith che ha vinto il Premio Nobel per l'economia.