Le variazioni in oltre 30 geni, che si verificano in combinazioni diverse, sono state associate ad un aumento del rischio di sviluppare la vitiligine. Di questi oltre il 90% codificherebbero proteine regolatorie di processi immuno-mediati mentre solo il 10% interverrebbe direttamente nella melanogenesi. Si ipotizza che queste proteine inneschino una risposta immunitaria specifica del melanocita, fungendo da bersaglio per il riconoscimento e la distruzione o disattivazione delle cellule.