Dopo aver completato un dottorato di ricerca nel 1960, Gurdon riceve una borsa di studio della durata di un anno per condurre ricerche presso il California Institute of Technology di Pasadena, dove studia la genetica dei virus che infettano i batteri (batteriofagi). Successivamente torna ad Oxford, diventa un membro della facoltà del dipartimento di zoologia e continua il suo lavoro per caratterizzare i cambiamenti nucleari che hanno luogo durante la differenziazione cellulare. 