Nel 1784, tramite decreto governativo, il convento di Santa Chiara fu sconsacrato e trasformato in pellegrosario. L'edificio era particolarmente adatto perché era provvisto di un propria roggia, dove era facilmente prelevabile l'acqua necessaria per le cura della malattia. La direzione della struttura venne affidata a Gaetano Strambio, medico condotto che fece studi decisivi sulla cura della pellagra. In particolare Strambio capì, durante il suo soggiorno a Legnano, che essa non era una malattia stagionale, ma un morbo che interessava l'apparato digerente e nervoso indipendentemente dalla stagione. Il pellegrosario di Legnano arrivò a ospitare fino a 100 posti letto e divenne un vero e proprio punto di riferimento, tant'è che venne visitato nel 1785 dall'imperatore Giuseppe II d'Asburgo. Alcuni problemi di bilancio dovuti alla gestione della struttura portarono alla sua chiusura nel 1788: i legnanesi affetti da pellagra furono quindi nuovamente obbligati a recarsi all'Ospedale Maggiore di Milano nonostante la loro città fosse stata protagonista di importanti avanzamenti nello studio della malattia.