La coccidioidomicosi primaria segue l'inalazione di pochi artroconidi di "C. immitis" essendo questo fungo uno tra i più virulenti conosciuti. La maggior parte dei pazienti colpiti da coccidioidomicosi primaria presenta una pneumopatia primaria, altri manifestano una sindrome pseudo-influenzale caratterizzata da tosse, febbre, malessere, perdita di peso e dolore toracico. Molti pazienti affetti da coccidioidomicosi primaria sviluppano reazioni allergiche come rash cutanei, eritemi nodosi o multiformi in conseguenza della risposta immunitaria contro questa patologia che porta alla deposizione di immunocomplessi. Generalmente questa patologia è autolimitante e conferisce immunità alla reinfezione. I pazienti in cui la coccidioidomicosi primaria perdura più di 6 settimane vanno incontro alla coccidioidomicosi secondaria caratterizzata da pneumopatia progressiva e cronica, noduli con cavitazione polmonare e raramente può interessare altri organi come cute, ossa, articolazioni e meningi. In caso di malattia sistemica la mortalità è molto elevata e può raggiungere punte del 90%.