Durante la seconda guerra mondiale l'ospedale rimase sempre aperto, anche nei momenti più drammatici e costituì, essendo proprietà della Città del Vaticano (paese non belligerante), una specie di casa rifugio per chi, per ideologia o per razza, non poteva sentirsi tranquillo circolando per Roma. Molti dei rifugiati erano medici e sanitari ebrei, che trovarono tra le mura dell'ospedale un protezione sicura.