Si è già accennato nel corso della trattazione al monitoraggio nei diversi contesti clinici e virologici, ma risulta fondamentale sottolineare come una volta avviata una terapia o una profilassi con analoghi nucleos(t)idici tale monitoraggio sia assolutamente indispensabile.Viene eseguito osservando l'andamento delle transaminasi e tramite la determinazione dell'HBV DNA con tecniche amplificate, entrambi con periodicità trimestrale (mensilmente o trimestralmente nell'immunodepresso). E' possibile inoltre, nei pazienti con risposta virale sostenuta, determinare annualmente l'HBsAg .