Quando questo equilibrio viene alterato, le colonie batteriche presentano una minore capacità di controllare la crescita reciproca e ciò può portare alla proliferazione di una o più di esse che possono ulteriormente danneggiare le altre creando così un circolo vizioso. Se le colonie più vantaggiose sono danneggiati, gli effetti negativi sull'organismo appaiono più pronunciati. Un effetto nocivo può essere il malassorbimento.