Nel 1685 pubblicò un atlante anatomico, "Anatomia Hvmani Corporis" ("Ontleding des menschelyken lichaams"). Quest'atlante era illustrato da 105 tavole, incise da Gérard de Lairesse, che mostravano le figure umane sia da vive che come cadaveri sezionati. Il libro fu successivamente plagiato dal chirurgo inglese William Cowper, per la scrittura del suo "Anatomy of the Humane Bodies" (1698), non riconoscendo alcun merito all'opera di Bidloo o di de Lairesse. Questo portò a discussioni caustiche tra Bidloo e Cowper e alla stesura di svariate pubblicazioni in cui entrambi gli anatomisti difendevano la propria posizione.