Il periodo di incubazione medio è di 7 giorni. BTV colpisce soprattutto l'endotelio dei piccoli vasi sanguigni, provocando trombosi e conseguenti edema e necrosi ischemica dei tessuti. I sintomi più frequenti sono febbre, epifora, scialorrea, scolo nasale e zoppìa. Lesioni caratteristiche della malattia (osservabili soprattutto nelle pecore) sono ulcere buccali e naso-labiali, cianosi ed edema delle mucose buccali ed emorragie del cercine coronario. La mortalità tra le pecore può essere elevata specie nelle aree precedentemente indenni dalla malattia. Nel bovino è meno frequente osservare la malattia con le sue manifestazioni cliniche ed animali dai quali viene isolato BTV appaiono clinicamente sani.