La parte dell'anello lipofilo, ha alta affinità per l'ergosterolo, lo sterolo fondamentale nelle membrane fungine, e più bassa affinità per il colesterolo, il principale sterolo nelle cellule umane. Questi farmaci perciò sono selettivi, non totalmente ma solo parzialmente, sulle cellule fungine e riescono ad uccidere il micete. Due macrolodi si legano a due diverse molecole di ergosterolo contigue attraverso la sezione lipofila, mentre le parti idrofile si appaiano formando un canale che permette il flusso di K e di altre piccole molecole dalla cellula fungina, conducendola a morte.