Oltre agli avvelenamenti da funghi sopra citati, strettamente correlati alle tossine da essi prodotte, esiste una casistica di manifestazioni patologiche da parte di alcuni individui nei confronti di funghi commestibili. In tali situazioni gioca un ruolo fondamentale l'intolleranza individuale che può essere genetica, metabolica o allergica. Un esempio è l'intolleranza alimentare dovuta alla carenza enzimatica ereditaria di trealasi, enzima che scinde in glucosio il trealosio contenuto nei funghi. Non sono da trascurare inoltre le intossicazioni di tipo botulinico dovute a una non perfetta conservazione di funghi in scatola e le intossicazioni dovuto ad accumulo di metalli pesanti o pesticidi da parte di alcuni funghi.