Nel 1640 Severino fu allontanato dall'incarico pubblico di chirurgo dell'ospedale Incurabili per gravi reati contro la fede e la morale comune, per cui fu accusato al tribunale dell'inquisizione, incarcerato e, a seguito di una parziale assoluzione, costretto al domicilio coatto. Il processo finì, non si sa se con una assoluzione piena, tuttavia in condizioni di poter essere reintegrato nell'incarico all'ospedale nell'aprile 1642.