I metaboliti derivanti risultano glucuronidati (tra questi sei segnala ataluren-O-1β-acil glucuronide). L’emivita plasmatica è di circa 2-6 ore. Dopo la glucuronizzazione epatica e intestinale la molecola ed i suoi metaboliti possono essere escreti per via renale. A seguito di assunzione di una singola dose di ataluren radiomarcato, circa il 50% della dose radioattiva somministrata viene recuperata nelle feci e il restante 50% viene rinvenuto nell’urina.