Il periodo di incubazione dell'infezione da Entamoeba histolytica può variare da pochi giorni ad alcuni mesi o anni ma, solitamente, i disturbi (sintomi) si manifestano nel giro di 2-4 settimane dall'infezione. Questi variano da dolori e crampi addominali a disturbi più gravi simili all'appendicite, fino ad arrivare a ulcerazioni del colon con muco e sangue nelle feci (dissenteria amebica). Nella fase acuta si ha l'emissione di feci semiliquide 1-2 volte al giorno, che possono poi portare a diarrea con muco, spasmo dello sfintere anale (tenesmo) e dolore addominale intenso. Dopo 2 o 3 settimane si ha un miglioramento delle condizioni a cui può seguire la guarigione completa o una ricaduta dei disturbi (sintomi). In questo caso l'infezione diventa cronica, con periodi in cui si alternano diarrea e stipsi ostinata e peggioramento delle condizioni di salute generali, con carenza di ferro (anemia), disidratazione, febbre, raramente elevata, e spossatezza (astenia).