La maggior parte delle complicanze che si verificano in corso di una endoscopia sono legate alla sedazione del paziente. Ipoventilazione, aspirazione ed ostruzione delle vie aeree rappresentano le complicanze respiratorie più rilevanti. Una delle complicanze più temute, per quanto rara, è la perforazione esofagea. Nonostante siano ormai migliaia le gastroscopie TNE eseguite nel mondo, è stato segnalato un solo caso di perforazione esofagea.