In terapia viene somministrata per via parenterale, perché non viene assorbita dalla mucosa intestinale. Con la somministrazione endovenosa (in infusione continua o a boli intermittenti) l'azione antitrombotica ha inizio immediatamente; con la somministrazione sottocutanea (possibile nel caso di eparina calcica o eparine a basso peso molecolare) l'inizio dell'azione è ritardato di una-due ore.