Il 16 giugno 1940, anche se non era ebreo praticante, egli assunse il compito di guidare la comunità israelitica. Anche dopo l'8 settembre 1943 scelse di rimanere a Venezia come riferimento per chi non voleva o non poteva fuggire. Di fronte alla richiesta delle autorità tedesche di consegnare una lista aggiornata degli ebrei rimasti in città e al timore che potessero costringerlo a collaborare, Jona il 14 settembre redasse accurato testamento, lasciando gran parte dei suoi beni ad opere sociali e caritatevoli, e tre giorni dopo pose termine alla sua vita, dopo aver distrutto ogni documento in suo possesso che potesse rivelare l'identità e il domicilio degli ebrei veneziani. Il suo atto ostacolò l'attuazione dei piani di deportazione e lanciò un segnale preciso alla comunità circa la drammaticità della situazione.