Dopo essere stato richiamato alle armi per due periodi nel 1940 e nel 1942, Magrassi prestò servizio prima come ufficiale medico sul fronte occidentale e successivamente come direttore di un ospedale in Puglia. Il primo dicembre del 1942, risultato vincitore del concorso di clinica delle malattie infettive venne chiamato a ricoprire tale cattedra come professore straordinario all’Università di Sassari. Dal 1945 diventerà docente ordinario.