oppure in grafici anche a tre dimensioni. Le regioni di questi grafici possono essere separate sequenzialmente in base all'intensità della fluorescenza, creando una serie di estrazioni di sottoinsiemi, chiamate "gates" ("dall'inglese: porta, cancello"). Esistono protocolli specifici di gating per scopi diagnostici e clinici soprattutto in relazione all'ematologia. Le singole cellule sono spesso distinte dalle coppie o aggregati più numerosi per il cosiddetto loro "tempo di volo" (indicato anche come "ampiezza dell'impulso") attraverso il raggio laser focalizzato. I grafici sono spesso costruiti su base logaritmica. Poiché gli spettri di emissione dei diversi coloranti fluorescenti si sovrappongono, i segnali ai rivelatori devono essere compensati elettronicamente e computazionalmente. I dati accumulati utilizzando il citometro di flusso possono essere analizzati utilizzando software, ad esempio JMP (software statistico), WinMDI, Flowing Software, e Web-based Cytobank (tutti freeware), Cellcion, Kaluza, FCS Express, FlowJo, FACSDiva, CytoPaint (conosciuto anche come Paint-A-Gate), VenturiOne, CellQuest Pro, Infinicyt o Cytospec. Una volta raccolti i dati, operazione chiamata anche acquisizione, non è necessario rimanere collegati al citometro a flusso e l'analisi quindi può essere eseguita su un computer separato. Ciò è particolarmente diffuso nelle strutture centrali dove l'utilizzo di queste macchine è molto richiesto e condiviso fra vari laboratori o gruppi di ricerca.