Relativamente al carattere scientifico della Fondazione San Matteo, dal 1982 si occupa, secondo standard di eccellenza, di ricerca biomedica distinguendosi per una spiccata integrazione tra ricerca e didattica nei reparti e nei laboratori. Nel 2017 il San Matteo ha prodotto 675 pubblicazioni su riviste scientifiche internazionali. Nell’attuare i programmi di ricerca sperimentale e clinica il San Matteo ha instaurato una fitta rete di collaborazione con numerosi e prestigiosi Istituti di Ricerca internazionali. Attualmente il San Matteo ha in corso varie collaborazioni scientifiche internazionali.