In corso di trattamento con saquinavir gli eventi avversi più spesso riportati dai pazienti sono stati: dispepsia, nausea e vomito, dolore addominale, flatulenza, diarrea o meno frequentemente costipazione. Inoltre è possibile che si verifichino depressione, insonnia, ansia, cefalea, astenia, diminuzione dell'appetito ed alterazioni del gusto.