Alla concentrazione del 2%, può causare lesioni gravi e permanenti per contatto prolungato con l'occhio può passare attraverso il naso in presenza di un timpano perforato. Tuttavia, una soluzione topica di 0,02% clorexidina è raccomandato dal US Centers for Disease Control and Prevention (CDC) come trattamento per cheratite causata da "Acanthamoeba".