In altri casi i vaccini contengono dei fattori di virulenza isolati dai microrganismi, o prodotti dagli stessi (tossine), trattati in maniera da renderli innocui. Tali fattori sono particolarmente importanti ed efficaci nell'indurre una risposta protettiva nell'organismo.Alcuni esempi di questi tipi di vaccini sono il vaccino antitetanico, antipertosse, antidifterico, antimeningococco e antipneumococco.