Nel 1977, due anni dopo la beatificazione, fu eseguita la ricognizione canonica del corpo: le ossa furono ricomposte e il corpo di Moscati fu collocato in un'urna bronzea, opera dello scultore Amedeo Garufi, posta sotto l’altare della Cappella della Visitazione della Chiesa del Gesù Nuovo, dove ancora si conserva. In un reliquiario argenteo si conserva un dito del piede destro di San Giuseppe Moscati; si espone durante i solenni festeggiamenti del santo e si porta in "“peregrinatio”" nelle chiese che ne fanno esplicita richiesta. Altre reliquie del santo si conservano nella Parrocchia dei SS. Filippo e Giacomo di Aversa, Chiesa di San Bernardino a San Marco in Lamis, Basilica di San Francesco d'Assisi di Piacenza, nella Chiesa di Santa Maria della Sanità a Serino, nella Parrocchia di Caivano, nella Cappella Ospedaliera del Policlinico Santa Maria alle Scotte di Siena ("ex arca sepulcralis S. Josephi Moscati") e nella cappella del policlinico di Catanzaro (frammento del camice).