Se le cisti di Bartolino sono asintomatiche, il trattamento non è solitamente necessario ma tali piccole cisti vanno comunque tenute d'occhio nel tempo onde osservare la loro evoluzione. Nei casi in cui si richieda un intervento, si può agire applicando un catetere per drenare la cisti o si può intervenire chirurgicamente aprendo la cisti per creare una comunicazione permanente tra il dotto escretore e l'esterno, ricorrendo quindi alla tecnica della marsupializzazione. Al di là del metodo di intervento adoperato, il tasso di successo degli interventi è dell'85% per quanto riguarda l'eliminazione del gonfiore e di ogni altro disagio e l'ottenimento di condotti perfettamente drenanti.