La presenza di ulcere genitali o proctite o l'aver avuto rapporti sessuali con persone provenienti dalle zone endemiche deve far sospettare la possibilità di una infezione da "C. trachomatis", ma la lesione primaria spesso passa inosservata soprattutto nel sesso femminile in cui si verifica all'interno della vagina e non dà segni di sé in quanto indolente.