Nel 1542, terminato di scrivere il "De humani corporis fabrica", per seguirne il processo di stampa abbandonò la cattedra di Padova, alla quale gli succedette Realdo Colombo. L'opera fu pubblicata nel giugno del 1543, nello stesso anno di un altro capolavoro della storia della scienza il "De revolutionibus orbium coelestium" di Copernico in cui era esposta per la prima volta la teoria eliocentrica. Diffondendola, Vesalio era ben consapevole delle controversie che ne sarebbero nate: era infatti la prima volta che qualcuno osava confutare le teorie di Galeno, fino ad allora considerato, quasi dogmaticamente, autorità assoluta della scienza medica. Molti medici infatti criticarono l'opera di Vesalio, in particolare il suo passato maestro Jacobus Sylvius. Ma ci furono anche molti sostenitori, tra i quali il più autorevole fu Gabriele Falloppio.