Il virione di HEV (dall'acronimo in inglese "Hepatitis E Virus") è costituito da una particella sferica del diametro di 30-34 nanometri sprovvista di rivestimento esterno. Il genoma, costituito da una molecola di RNA a singola elica a polarità positiva (ssRNA (+), IV gruppo della classificazione di Batimore) di circa 7,6 kilobasi, è stato clonato e sequenziato soltanto nel 1990.