Sebbene la fama di Crato si fosse ormai estesa a tutta la Germania, nel 1561 l'allora consigliere in carica Hans Morenberger lo sollevò dal suo incarico di medico dei bisognosi, ritenendolo sospetto di calvinismo. Poco prima la sua conversione dalla fede cattolica a quella protestante aveva attirato l'attenzione.