L'imprinting è di origine materna quando è silenziato l'allele materno, ed espresso l'allele paterno; viceversa è di origine paterna se viene silenziato l'allele paterno ed espresso quello materno. Le modificazioni parentali comprendono la metilazione del DNA e modificazioni post-traduzione degli istoni, creando domini attivi e repressi allele-specifico nelle regioni di imprinting. Tale fenomeno è causato da un'alterazione a livello della cromatina: la metilazione delle citosine, che porta all'alterazione dell'espressione del gene e non ad una variazione della sequenza nucleotidica. La metilazione del DNA è un marker per la distinzione delle due copie del gene altrimenti identiche. Lo schema di metilazione è ereditato dopo la replicazione del DNA.