Il 1919 fu un anno triste per Gillies. La squadra dei chirurghi a Sidcup si disgregò rapidamente; i membri ritornarono o alle loro specialità prebelliche, oppure, nel caso di coloro che provenivano dai Dominions, ai loro paesi d’origine. Il Ministero della Guerra per sostituire questa perdita nominò un nuovo chirurgo qualificato, il Capitano Thomas Pomfret Kilner, presso l'unità del Queen Mary's Hospital. Questo fu l’inizio di una stretta collaborazione che durò fino al 1930. ora aveva due alternative. La prima era la proposta fattagli da Sir Milsom Rees per un ritorno all’assistentato che aveva lasciato nel 1915 e che gli avrebbe garantito sia sicurezza economica che successo professionale. La seconda alternativa era quella di rivolgersi al suo vecchio ospedale, il St Bartholomew’s Hospital, per un assistentato, dove nonostante l’incarico relativamente minore, egli alla fine avrebbe avuto la possibilità di fare pratica con la chirurgia plastica. Con un po' di rammarico, dopo un lungo esame di coscienza, Gillies decise di abbandonare il mondo che Sir Milsom Rees gli aveva offerto e contattò il St Bartholomew’s Hospital. Gli furono immediatamente offerti due posti di lavoro: quello di assistente in chirurgia generale, con la possibilità di far pratica con la chirurgia plastica, e quello di vicecapo del Reparto di otorinolaringoiatria. Accettò la seconda con entusiasmo.