La pratica della moxibustione è tassativamente sconsigliata in caso di febbre a 40°, ma in genere non andrebbe applicata quando la temperatura corporea supera i 38°. Non è indicata nelle patologie dove vi sia evidente preponderanza di calore, su aree cutanee eritematose, o abrase, o ferite. Quindi non è indicata nelle forti ipertensioni arteriose con forte stasi di calore, nelle ansie con eccesso forte di calore, sulle aree cutanee psoriasiche o con lupus eritematoso, o con presenza di nervi sospetti o irritati. La moxibustione con cauterizzazione diretta è bene evitarla per il fortissimo dolore arrecato al paziente. Da evitare anche durante il ciclo mestruale. Per prudenza è bene non sottoporre trattamenti ai bambini di età inferiore ai 7 anni. Non esiste invece alcun limite massimo di età. Non è controindicata durante la gravidanza, ma in questo periodo è preferibile praticarla blandamente sul basso ventre e nella parte bassa della colonna vertebrale.