Sin dall'inizio, Janssen Pharmaceutica enfatizza la sua attività principale di ricerca per lo sviluppo di nuovi farmaci. Il dipartimento di ricerca, fondato a Beerse nel 1957, si sviluppa in un grande campus di ricerca. Nel 1987 è fondata la Janssen Research Foundation (JRF) che svolge ricerche su nuovi farmaci a Beerse e in altri laboratori in tutto il mondo. Janssen Pharmaceutica diventa la compagnia fiamminga con il budget più elevato per la ricerca e lo sviluppo. Oltre alla sede centrale di Beerse con i suoi dipartimenti di ricerca, produzione farmaceutica e dipartimenti amministrativi, Janssen Pharmaceutica in Belgio ha ancora uffici a Berchem (Janssen-Cilag), una fabbrica chimica a Geel e Janssen Biotech a Olen .