Una caratteristica delle malattie autoimmuni sono gli autoanticorpi che si dividono essenzialmente in due gruppi. Quando sono specifici contro un singolo tipo di tessuto, per esempio contro le cellule tiroidee, determinano malattie circoscritte all'organo composto da quello specifico tessuto poiché sono in grado di interagire solo con determinate particelle. Quando, invece, gli autoanticorpi sono diretti verso componenti comuni a tutte le cellule (per esempio contro il nucleo) causano, in genere, malattie sistemiche, vale a dire estese a tutto l’organismo. È questo il caso del lupus eritematoso sistemico o LES, una tra le più rappresentative malattie autoimmuni.