I vegetariani “puri” hanno un enterotipo dominato dal Ruminococcus, mentre coloro che seguono la tipica dieta occidentale appartengono all'enterotipo dominato dai Bacteroides. Coloro che seguono una dieta ricca in carboidrati e fibre appartengono spesso all'enterotipo 2 dominato da Prevotella. Variazioni dietetiche di breve durata (circa 10 giorni) non influenzano il tipo di enterotipo al quale la persona appartiene. Tuttavia, il concetto che l'appartenenza a un certo enterotipo sia stabile nel tempo è stato di recente messo in discussione da studi di lunga durata (5-10 anni). Essi hanno dimostrato come l'enterotipo di una certa persona possa, a lungo termine, cambiare in relazione a variazioni ambientali. Individui appartenenti ad un certo enterotipo all'inizio dello studio, risultavano appartenere ad un enterotipo diverso alla fine dello studio.