È tuttavia possibile essere vaccinati e contrarre l'influenza. Il vaccino viene riformulato ogni anno per alcuni ceppi specifici, ma non è possibile includere tutti i ceppi che infettano le persone nel mondo durante la stagione influenzale. La formulazione e la produzione delle milioni di dosi necessarie per l'epidemia stagionale richiede circa sei mesi; occasionalmente un ceppo nuovo o conosciuto diventa predominante durante questo periodo e infetta le persone, anche se sono state vaccinate (come nella stagione influenzale 2003-2004 con il ceppo H3N2). Inoltre è possibile essere infettati appena prima della vaccinazione e ammalarsi con il ceppo che dovrebbe essere prevenuto dal vaccino, poiché quest'ultimo impiega circa due settimane per diventare efficace.