Presidente del Consiglio Nazionale delle Ricerche dal 1993 al 1997, nel 2001 è stato nominato presidente dell'Istituto Superiore di Sanità, incarico che ha ricoperto fino a marzo 2013. Dal 2009 al 2014 Enrico Garaci ha presieduto il Consiglio superiore di sanità. Ricopre l'incarico di Presidente di Alleanza Contro il Cancro.