È stato proposto come meccanismo un'azione sulla permeabilità dei pori mitocondriali. Mentre molti anticonvulsivi sono stati associato con apoptosi in giovani animali, alcuni esperimenti su animali hanno scoperto che il topiramato è l'unico anticonvulsivo che non induce apoptosi in giovani animali alla dose necessaria per ottenere i suoi effetti.