Il meccanismo di base tramite cui mutazioni di PCDH19 causano la patologia non è ancora noto e sembra in un certo senso sovvertire le leggi della genetica. Infatti il gene PCDH19 si trova sul cromosoma X, quindi sorprende che il gene PCDH19 non mutato presente sul secondo cromosoma X delle bambine malate non risulti dominante. Tra le ipotesi di massima avanzate per spiegare questa singolarità, si trova quella che la compresenza di popolazioni cellulari con PCDH19 mutato non crei una sorta di "interferenza cellulare" che ostacola la normale funzione cerebrale. Tale meccanismo spiegherebbe anche il motivo per cui i maschi, dotati di un solo cromosoma X, non manifestano la patologia, ma possono risultare portatori sani.