La proctoscopia può essere utilizzata per diagnosticare sostanzialmente le stesse patologie per le quali trova indicazione l'anoscopia. In particolare i polipi anali o rettali, tutte le possibili cause di sanguinamento ano-rettale, le fistole ano-rettali, il carcinoma del canale anale o del retto, le emorroidi, le ferite e i traumi interessanti questa regione.