Alla fine del XVII fu concessa alla Compagnia di Sant'Anna dei Palafrenieri, che approntarono resatauri e modifiche: fecero aprire l'ingresso su via della Scala e rifecero la volta e il tetto. Una volta soppressa con la riforma di Pietro Leopoldo, la sede della Compagnia fu adibita a magazzino. Una grande ristrutturazione avvenne nel 1848, quando la sempre crescente notorietà della farmacia, rese necessario un idoneo salone per accogliere i clienti. Tutti i lavori furono voluti da fra' Damiano Beni, uno dei più importanti direttori della farmacia. Il locale venne diviso in due ambienti: sala di vendita e magazzino.