La particolare struttura della parete cellulare conferisce ai micobatteri anche una caratteristica importante per la loro identificazione "in vitro", il cosiddetto fenomeno dell'"acido-resistenza". I micobatteri infatti, pur se fissati (cioè uccisi) al calore, sono estremamente difficili da colorare, poiché i coloranti tradizionali non riescono ad oltrepassare la barriera impermeabile della loro parete cellulare; in compenso, se la cellula si imbibisce di un colorante, diventa ancor più resistente alla decolorazione.