Tuttavia, le numerose iniziative di progresso furono rallentate dal richiamo alle armi, già nel luglio 1940, di medici, tecnici ed inservienti, dettate dal secondo conflitto mondiale. Negli anni successivi Milano fu sottoposta a continui bombardamenti di intensità crescente, per cui si dovette provvedere all’immediato trasferimento degli ammalati a Cernusco, sede provvisoria (per quanto riguarda il loro ricovero) occupata sino alla caduta del fascismo, mentre l’ambulatorio e le cure ambulatoriali radiologiche continuarono nella sede di Milano.