Le ulcere aftose tipicamente iniziano come macule eritematose che si sviluppano in ulcere coperte da una membrana fibrinosa giallo-grigio che può essere grattata via. Un "alone" eritematoso circonda l'ulcera. Le dimensioni, il numero, la posizione, il tempo di guarigione, e la periodicità tra gli episodi di formazione delle ulcere sono tutte caratteristiche che dipendono dal sottotipo di stomatite aftosa. Le ulcere si presentano a livello della mucosa orale, in particolar modo della bocca, della lingua, delle labbra e delle pieghe muco-labiali e muco-boccali, mentre sono rare al palato duro e alla gengiva.