Alcune replicazioni dell'echovirus avvengono nella regione rinofaringea dopo l'infezione e successivamente i virus si diffondono ai linfonodi regionali. La maggior parte dei virioni viene ingerita e raggiunge il tratto digerente, dove si pensa che il virus si leghi a specifici recettori. Quindi il virus si diffonde nell'intestino crasso, replicandosi senza causare nessun danno evidente. In seguito il virus raggiunge siti secondari d'infezione, come il sistema nervoso centrale, il fegato, la milza, il midollo osseo, il cuore e infine i polmoni. Successive replicazioni virali sono responsabili dei sintomi, che si manifestano dai 4 ai 6 giorni dopo l'infezione. I sintomi più gravi sono correlati all'infezione del sistema nervoso.