L'epididimite cronica è una forma di epididimite che perdura nonostante sia stato operato un primo trattamento. Solitamente si rende necessario un secondo, e più lungo, ciclo di cura. L'epididimite cronica è caratterizzata dall'infiammazione anche in assenza di infezione. Questa condizione può evolversi anche in assenza delle cause sopra citate. Si ritiene che la condizione di ipersensibilità di talune strutture, come i nervi e i muscoli, possa causare o contribuire all'epididimite cronica. Come ultima soluzione, si può impiegare la chirurgia.