La ricerca clinica ha inoltre chiarito che per alcune infezioni da virus, come appunto l'HIV e le infezioni da virus dell'epatite B e C, sono necessari schemi di terapia antivirale di combinazione per inibire in maniera efficace e duratura la replicazione virale. Ad esempio per l’HIV (l’agente che causa l’AIDS o sindrome da immunodeficienza acquisita), la terapia corrente si basa sul blocco simultaneo di più funzioni replicative del virus, quali: la retrotrascrizione, cioè la capacità di sintetizzare una molecola di DNA a partire dall’ RNA virale, l’integrazione, cioè la capacità del virus di inserire questa molecola di DNA nel genoma della cellula ospite, e la formazione delle proteine virali. Tutte queste funzioni sono svolte da enzimi specifici del virus (trascrittasi inversa, integrasi, proteasi), per i quali sono oggi disponibili inibitori specifici in grado di sopprimere la replicazione del virus, bloccando la produzione e l'assemblaggio di nuove particelle virali.