Non è chiaro se Kocher conobbe direttamente Joseph Lister, pioniere dell'asepsi in chirurgia, ma egli vi intrattenne sicuramente una corrispondenza. Egli aveva riconosciuto fin da subito l'importanza delle tecniche asettiche e le introdusse ai suoi colleghi. Kocher investigava la causa di ogni infezione della ferita e si premurava di rimuovere ogni potenziale fonte di infezione, vietando per questo motivo ai visitatori di assistere ai suoi interventi chirurgici.