Il rigetto è un rischio sempre presente nella storia di un trapianto, anche a distanza di anni, o anche su reni perfettamente compatibili; e non è sempre prevedibile dalla tipizzazione tissutale. Di per sé il rigetto è un processo immunologico per via del quale il sistema immunocompetente riconosce come "non propri" gli antigeni dell'organo trapiantato, reagendo così contro di essi.