Apparteneva a una vecchia famiglia romana, legata alla Curia. Il bisnonno Gaspare (1761-1808) era stato scultore e incisore di gemme; il nonno Giuseppe (1800 ca.-1879) era pittore e incisore; il padre Silverio (1831-1907) era pittore. Sua madre si chiamava Luisa Aloisi. Pietro Capparoni si laureò a Roma nel 1892 in Medicina e Chirurgia. Fu allievo e assistente di Francesco Durante, professore di Clinica chirurgica. Fece viaggi di studio in Asia, Africa e America. Nel 1897, a Bombay, durante un'epidemia di peste collaborò con Waldemar Haffkine, pioniere della vaccinoterapia della peste e del colera.