L'allattamento non può essere eseguito in alcuni casi, quando vi è pericolo di trasmissione di virus altamente pericolosi (HIV, tubercolosi), se la donna abusa di alcool o nel caso in cui il nascituro sia sofferente di patologie metaboliche come la galattosemia (in cui gli enzimi che garantiscono l'utilizzazione energetica del galattosio sono poco efficienti e causano l'accumularsi di metaboliti secondari tossici) e la fenilchetonuria. Sono invece rarissimi altri disturbi metabolici che costituiscano controindicazione.