I donatori possono essere correlati (di solito un fratello possedente un gene HLA strettamente abbinato), singenici (un gemello monozigote o "identico" del paziente, condizione estremamente rara ma che permette di avere una fonte di cellule staminali emotopoietiche perfettamente compatibili) o non correlati (donatore non consanguineo con una alta corrispondenza del gene HLA). Il donatore non consanguineo può essere trovato attraverso un registro di donatori di midollo osseo, come ad esempio il registro italiano donatori midollo osseo. Le persone che vogliono essere testate per un familiare o un amico specifico senza entrare in nessuna delle banche dati di midollo osseo, possono rivolgersi a un laboratorio di analisi privato ed essere testate grazie ad un tampone orale per vedere se vi è una potenziale compatibilità.