La "midollare" è costituita da cellule epiteliali più tozze e voluminose di quelle della corticale e data la minor densità di linfociti T sono più facilmente distinguibili. Le strutture che meglio distinguono la midollare dalla corticale sono però i corpuscoli di Hassall. Vi sono inoltre cellule dendritiche, dalla caratteristica forma a corolla, che selezionano e inducono l'apoptosi in tutti quei linfociti T che esprimono autoantigeni, nonché macrofagi e fibroblasti.