Alcuni ospedali e cliniche hanno iniziato a utilizzare una tecnica utilizzata nell'idroterapia del colon come alternativa ai metodi di preparazione standard sopra descritti. In questo caso, viene utilizzata un'attrezzatura speciale per irrigare delicatamente il colon del paziente con acqua calda, appena prima della procedura di colonscopia, al fine di rimuovere qualsiasi solido eventualmente presente all'interno dell'intestino. Questo allevia il paziente dal dover ingerire grandi quantità di liquidi, o rischiare nausea, vomito o irritazione anale. Il tempo richiesto per la preparazione complessiva è significativamente ridotto, il che spesso facilita la programmazione più semplice della procedura.