Nacque nel 1783 a Winterslow vicino a Salisbury, Wiltshire. Quarto di sei figli venne educato in casa dal padre, il Rettore della parrocchia locale, Peter Bellinger Brodie, esperto di letteratura e studioso di greco e latino. Sua madre era figlia di Benjamin Collins, un banchiere di Salisbury. Durante il periodo del primo percorso educativo Brodie non manifestò particolare interesse per il mondo della medicina, ma fu suo padre a indirizzarlo verso quel tipo di studi. Nel 1801 si recò a Londra dove frequentò la Charterhouse School e seguì le lezioni di anatomia di John Abernethy presso il St Bartholomew's Hospital. Nel 1802 iniziò i suoi studi di anatomia presso la Hunterian School effettuando diverse dissezioni sotto la supervisione del professore James Wilson. Apprese le nozioni base di chimica e composizione di medicinali lavorando in una farmacia vicino a Leicester Square. Nel 1803 divenne assistente chirurgo ("assistant surgeon") del cognato di John Hunter, Sir Everard Home, presso il St.George's Hospital.