IL-12 è un eterodimero composto da due subunità unite da un ponte disolfuro dette p35 e p40 del peso rispettivamente di 35 kD e 40 kD, codificate dai geni IL-2A e IL-2B. La subunità p35 è costituita da quattro α-eliche mentre la p40 è costituita da foglietti β antiparalleli ed anse poco strutturate tra essi interposte. 