Oltre alla difficile relazione con i genitori, Reimer ha dovuto affrontare la disoccupazione e la morte del fratello Brian avvenuta per un'overdose di antidepressivi il 1º luglio 2002. Il 2 maggio 2004 la moglie Jane gli annunciò l'intenzione di separarsi. La mattina del 4 maggio 2004, Reimer andò al parcheggio di un negozio di alimentari nella sua città natale di Winnipeg e si tolse la vita sparandosi alla testa con un fucile a canne mozze. Aveva 38 anni. Venne sepolto nel St. Vital Cemetery a Winnipeg.