Le encefaliti da alterata risposta immune, denominate anche  secondarie  sono causate da una abnorme reazione del sistema di difesa dell'organismo (sistema immunitario) conseguente ad una infezione verificatasi in altre parti del corpo. Il sistema immunitario, anziché attaccare soltanto gli agenti responsabili dell'infezione, aggredisce, erroneamente, anche le cellule sane del cervello. Spesso, l’encefalite secondaria si verifica due o tre settimane dopo l'infezione iniziale.