Angelo Antonio Frari fu uno dei dalmati che parteciparono attivamente alla rivolta veneziana contro l'Impero Austroungarico nel 1848-1849, assumendo nuovamente l'incarico di presidente del Magistrato di Sanità Marittima su incarico del Governo Provvisorio della Repubblica Veneta (il relativo decreto di nomina - datato 27 aprile 1848 - venne firmato direttamente da Daniele Manin. Questa attività però non gli fu di nocumento per gli anni a venire, che lo videro ancora rispettato medico e scienziato a Venezia, socio del rinomato Ateneo Veneto e decorato dall'imperatore Francesco Giuseppe della "Medaglia d'oro di onore del merito civile per servizi prestati in circostanze di peste".