Alcuni degli enzimi che partecipano al meccanismo di trasporto, come ad esempio l'ubichinone, si spostano lungo la matrice come fossero imbarcazioni da carico che salgono e discendono la corrente di un fiume. Altri, come l'NADH-Q "reduttasi", si comportano come un traghetto attraversando la matrice. Gli enzimi che riescono ad attraversare la matrice hanno un ruolo complementare nell'azione di pompaggio perché somministrano protoni alla membrana interna.