Sulla membrana del SER è presente anche SERCA, soprattutto sui domini longitudinali. Consiste in una pompa che ricapta ioni calcio e li trasferisce nel SER spendendo energia sotto forma di ATP. SERCA, abbassando la concentrazione di ioni calcio sotto 0,001 mM (millimoli/millilitro) nel citoplasma, pone fine alla contrazione muscolare.