Laureato in medicina nel 1814 all'Università di Urbino, dopo diversi viaggi di studio a Roma, Napoli e Firenze, nel 1826 fu chiamato ad insegnare chimica e botanica presso la facoltà di medicina dell'Università di Camerino. Una volta arrivato, s'impegnò nella fondazione dell'orto botanico, che considerava di grande importanza sia per la ricerca che per l'insegnamento della botanica farmaceutica. Il 9 aprile 1828, l'orto botanico fu istituito con chirografo pontificio e il 28 aprile venne approvata la concessione del terreno individuato da Ottaviani in enfiteusi alla città di Camerino. 