Non esiste un trattamento specifico per l'encefalite giapponese e il trattamento è di supporto, con l'assistenza fornita per l'alimentazione, la respirazione o il controllo delle crisi epilettiche. La pressione intracranica aumentata può essere gestita con mannitolo. Non c'è trasmissione da persona a persona e quindi i pazienti non devono essere isolati.