La diagnosi della febbre gialla è di tipo clinico e spesso si basa sul luogo in cui la persona malata è vissuta durante il tempo di incubazione. Lievi infezioni della malattia possono essere confermate solo virologicamente. Dal momento che gli episodi lievi possono anche contribuire in modo significativo allo sviluppo di focolai regionali, ogni caso sospetto di febbre gialla (che comporta i sintomi di febbre, dolore, nausea e vomito da sei a 10 giorni dopo aver lasciato l'area interessata) viene trattato seriamente.