La mitomicina agirebbe anche determinando la produzione di radicali superossidi ed idrossilici. Questo ulteriore meccanismo giustifica la tossicità selettiva del farmaco per le cellule tumorali in condizioni di ipossia piuttosto che per quelle in condizioni aerobie. Il farmaco viene utilizzato generalmente per il trattamento di tumori ipossici, che grazie al basso contenuto di ossigeno non sono in grado di riportare la molecola dalla forma ridotta reattiva, a quella ossidata inattiva.