La diagnosi di ipoganglionosi può essere effettuata tramite biopsia intestinale, ma solo se questa coinvolge anche la tonaca muscolare. Nel caso la biopsia sia effettuata solo a livello della mucosa intestinale, la bassa attività dell'acetilcolinesterasi e lo scarso sviluppo del plesso sottomucoso possono essere suggestivi ma non diagnostici. È presente inoltre ipertrofia della muscolaris mucosae.