Le verruche genitali spesso compaiono a grappoli e possono essere molto piccole o possono diffondersi in grandi masse sul pene. In altri casi appaiono come steli di piccole dimensioni. Nelle donne si localizzano sui genitali esterni e all'interno della vagina, sull'apertura (cervice) dell'utero, intorno o dentro l'ano. La prevalenza è simile a quella che si ha nel sesso maschile, ma i sintomi possono essere meno evidenti. Quando sono presenti, di solito si vedono molto bene sul glande. Possono comunque localizzarsi anche sul corpo del pene, sullo scroto e intorno o dentro l'ano. Possono essere trasmessi ad altre mucose, come quelle della bocca dei soggetti che hanno praticato sesso orale con un partner infetto.