A 76 anni, forse ancora mentalmente lucido e con discreta costituzione fisica, avrebbe potuto portare a termine l'intento di pubblicare le opere inedite, allorquando il flagello della peste del 1656, che aveva già devastato l'intera Europa, si abbatté su Napoli e la sua persona. Non si allontanò dalla città: insieme al più giovane Felice Martorella, che gli era successo dal 1645 nella cattedra presso il Regio Studio, fu nominato presidente della commissione di medici per accertare la natura del morbo. La commissione, dopo aver sezionato due cadaveri, il 2 giugno 1656 concluse per la natura pestilenziale del morbo, redigendo una relazione, in cui furono riportati anche i consigli sanitari ritenuti più opportuni per affrontare il morbo. La cura generale consigliata consisteva in purga, induzione del vomito, provocazione del sudore e cavar sangue. La cura locale dei bubboni, pustole e petecchie “"se escono con conferenza e tolleranza, si lasci l'opera della Natura, aiutando l'uscita con medicamenti emollienti rilassanti ed attraenti…se poi i buboni non riuscissero bene, si ponga sopra dette parti ventose, con iscarificazione, sanguisughe, vescicatorii…Avendosi da incidere, s'apron semicrudi con ferro freddo".”(Salvatore De Renzi, "Napoli nell'anno 1656", p. 61).