Negli ultimi anni, continuò a praticare, oltre alla medicina e alla filosofia, l'astronomia, e seguì il suo protettore, il cardinale Aldobrandini, in diversi viaggi in vari luoghi d'Italia. Durante il suo viaggio a Torino, nell'autunno del 1623, incorse nell'episodio che lo portò alla morte, avvenuta a Roma il 14 febbraio 1624, per un'infezione seguita alla cauterizzazione di una lacerazione dell'uretra, da lui stesso procurata mentre si medicava per lenire il suo male.