Come Francis Crick, Watson è sempre stato una voce fuori dal coro, conosciuto per le sue opinioni franche riguardo a politica, religione e ruolo della scienza nella società. Egli è, ad esempio, un convinto sostenitore degli OGM in campo agricolo, ritenendone i possibili vantaggi di gran lunga superiori ai possibili pericoli ambientali. Numerose opinioni riguardanti gli OGM, a suo parere, sono assolutamente anti-scientifiche e irrazionali. Le sue idee al riguardo sono contenute nel libro di memorie "Il segreto della vita" ("DNA: The Secret of Life"), in particolare nel capitolo 6.