La modulazione indotta sul sistema immunitario sembra trovare spiegazione nella scoperta di una proteina solubile secreta dal "L. rhamnosus", la proteina P40. Sembra che questa proteina riduca lo stato infiammatorio e l'apoptosi delle cellule epiteliali migliorando l'effetto barriera nei confronti dei patogeni intestinali. Il "Lactobacillus rhamnosus" inibisce l'apoptosi intestinale delle cellule epiteliali e migliora le funzioni di barriera dell'intestino grazie ad una modulazione della ciclossigenasi-2 (COX-2).