Questa è la causa che conduce al maggior numero di coagulopatie. Può essere dovuta a una carenza genetica o alla carenza di un fattore coagulativo (come in caso di carenza di vitamina K o danni al fegato). Per quanto riguarda le carenze genetiche, sono coinvolti i geni di otto fattori della coagulazione: II, V, VII, VIII, IX, X, XI e XII. Ad eccezione degli ultimi due, danni ai geni degli altri fattori conducono a sindromi emofiliche o simil emofiliche: in particolare l'emofilia A è legata a una carenza del fattore VIII e l'emofilia di tipo B a una carenza del fattore IX.