La scienza della botanica nacque però solo agli inizi del Cinquecento, e fu legata alle scoperte geografiche, e alla introduzione della stampa. Si diffusero, in questo periodo i primi erbari moderni. Nel 1533, a Padova, fu istituita la prima cattedra di "botanica sperimentale". Mattioli redasse nel 1554 il più significativo tra i testi di botanica dell'epoca, che veniva ritenuto anche testo di medicina.