Rispetto all'azatioprina, è significativamente più alta l'incidenza di diarrea, mentre non è stata riscontrata alcuna differenza nell'incidenza degli altri effetti collaterali. L'acido micofenolico è 15 volte più costoso di azatioprina Le differenze terapeutiche tra il micofenolato e l'azatioprina non sono ancora state definitivamente stabilite. Nell'immunosoppressione a lungo termine, può essere usato per evitare gli inibitori della calcineurina o gli steroidi.