Dopo un anno al Guy's Hospital di Londra Hodgkin si iscrisse all'Università di Edimburgo, dove si laureò in Medicina nel 1823 con una tesi sui meccanismi fisiologici dell'assorbimento negli animali (On the Absortive Functions), dedicata ad Alexander von Humboldt (1769-1859) e Andrew Duncan junior (1773-1832). Nello stesso anno incontrò Moses Montefiore (1784-1885), celebre filantropo ebreo-inglese che sarebbe divenuto suo grande amico oltre che suo paziente. Dopo la laurea passò due anni sul continente, in parte come medico e compagno di viaggio di Abraham Montefiore (fratello di Moses), in parte viaggiando da solo, in parte continuando gli studi medici a Parigi.