La prognosi varia a seconda della causa della sindrome, solitamente è molto buona nei bambini (quando si tratta di glomerulopatia a lesioni minime). Nei casi di altre sindromi nefrosiche primitive si può assistere, in una percentuale variabile, alla remissione spontanea o con terapia, ma spesso la proteinuria permane ed essa, alla lunga, può determinare un danno renale (insufficienza renale) progressivo. Nei casi di sindrome nefrosica secondaria la prognosi è spesso connessa alla gravità della malattia che l'ha determinata, tenendo conto che tuttavia la sindrome nefrosica è spesso una causa di aggravamento ulteriore della malattia di base (ad esempio, un Lupus con sindrome nefrosica è più grave e più difficile da trattare di uno senza alcun danno renale).