Pur perseverando nel proprio lavoro, tanto da ricevere l'appellativo di “straordinario” nella ricerca e lo studio delle malattie mentali nel 1900 e l’ordinariato nel 1905, Giovanni Mingazzini continua ad adoperarsi incessantemente nella crescita e nel benessere del manicomio di S. Maria della Pietà dove, dopo diciassette anni trascorsi da autorità nel settore anatomopatologico, subentra nel 1907 a Clodomiro Bonfigli nella direzione della clinica neurologica, posto che occuperà fino al 1921 quando chiuderà la sede di via della Lungara. Sotto la nuova direzione la clinica neurologica si trasferisce dal manicomio ai locali di patologia medica del policlinico Umberto I, fino al 1924 in cui troverà collocazione in un edificio del quartiere universitario San Lorenzo. Nel frattempo Giovanni Mingazzini dovette lasciare la direzione del Laboratorio di Anatomiapatologica del Manicomio di Roma al collega Ugo Cerletti (1907).