La causa è principalmente iatrogena, come conseguenza dell'intervento chirurgico di paratiroidectomia. Altre cause riconosciute sono quelle autoimmuni e quelle congenite e familiari, come la sindrome di Di George o la sindrome di Barakat. In alcuni casi la causa è idiopatica, oppure da processi infiltrativi (malattia di Addison, malattia di Wilson) o tumorali, radiazioni, emocromatosi, malassorbimento di magnesio, o rari difetti nei canali del calcio; l'ipoparatiroidismo idiopatico cronico, spesso autoimmune, è una patologia rara e poco nota.