*Le topoisomerasi II (DNA topoisomerasi idrolizzanti ATP, ), invece, rompono entrambe le catene di DNA e modificano "Lk" con incremento negativo di 2; dal momento che introduce un ulteriore stress topologico nella doppia elica, questa reazione necessita di energia, prodotta attraverso l'idrolisi di una molecola di ATP. Esse permettono di cambiare il numero di legami topologici di due unità per volta.