Szent-Györgyi iniziò i suoi studi all'odierna Università Semmelweis di Budapest nel 1911, ma presto si stufò di seguire le lezioni e iniziò a fare ricerca nel laboratorio dello zio. Dovette interrompere gli studi nel 1914 per servire nell'esercito come medico militare. Nel 1916, disgustato dalla guerra, Szent-Györgyi si sparò al braccio, affermò di essere stato ferito dal fuoco nemico e fu mandato a casa in congedo per malattia. Fu così in grado di portare a termine la sua preparazione medica e conseguire la laurea nel 1917. Nello stesso anno sposò la figlia del generale postale ungherese Kornélia Demény, la quale lo accompagnò nel suo successivo incarico in una clinica militare nel nord Italia.