I deputati erano 28, riuniti in una "compagnia di persone nobili", e la durata della carica era a vita. In seguito essa fu trasformata da vitalizia ad annuale e il numero dei deputati ridotto a 17, mantenendo ogni anno 4 deputati anziani affiancati a 13 nuovi eletti. Gli Statuti furono approvati da Lodovico Sforza nella forma loro definitiva nel 1492 e le modalità di elezione dei deputati, senza modifiche sostanziali, rimasero in vigore fino al XVIII secolo. Nel 1503 Luigi XII, re di Francia e duca di Milano, conferì all'ospedale i privilegi accordati ai luoghi più devoti del ducato, confermando i vantaggi di cui già disponeva: esenzione dei dazi, delle decime e delle gabelle, sottrarsi ai carichi ecclesiastici, stipulare contratti e cedere beni liberamente.