I potenziali neuronali generati simultaneamente inducono debolissimi campi magnetici che possono essere misurati durante la MEG. Tuttavia, il campo magnetico cerebrale è considerevolmente inferiore a 10 fT (femtotesla) per l'attività corticale e formula_1 fT per il ritmo alpha umano rispetto al rumore magnetico ambientale in un contesto urbano, che è nell'ordine di formula_2 fT. Si presentano due fondamentali problemi riguardo al biomagnetismo: la debolezza del segnale, e la forza del sovrastante rumore ambientale. Lo sviluppo di apparecchi di misura estremamente sensibili, SQUIDs, facilita l'analisi del campo magnetico cerebrale e aggira i limiti sopraesposti.