L'epitelio della mucosa esofagea è pavimentoso pluristratificato, non cheratinizzato e continuo con quello della faringe. Ha uno spessore di 400-500 µm, ed è interdigitato con la lamina propria sottostante. Ciò lo rende facilmente distinguibile da questa e permette una migliore adesione dei due strati tissutali, che non si modificano in stato di contrazione o distensione. Gli strati più superficiali presentano cellule squamose ed appiattite, provviste di nucleo cellulare tondeggiante, nel cui citoplasma sono presenti filamenti di cheratina e scarsi granuli di cheratoialina.