E2 è una proteina dimerica di 40-45 kDa. Strutturalmente si distinguono: la porzione Cterminale che lega una sequenza palindromica di 12 paia di basi, una regione centrale e una terza regione N-terminale. E2 è un importante regolatore della replicazione e della trascrizione virale ed è attiva sotto forma di dimeri.Presenta diversi domini di legame al DNA; è inoltre presente una sequenza di legame a E1 (Wilson VG et al., 2002). E2 regola la trascrizione virale a livello di promotori precoci. A bassi livelli, E2 si lega a specifiche sequenze di riconoscimento (ACCN6GGT) e attiva i promotori precoci, mentre a concentrazioni elevate reprime la trascrizione bloccando il legame dei fattori di trascrizione. Il ruolo di E2 come repressore è molto importante nel regolare i livelli di E6 e E7, le due principali oncoproteine virali e la sua perdita rappresenta il primo stadio di trasformazione neoplastica.[56]