Una volta entrato nella cellula ospitante, si attiva un processo di installazione definitivo; l'enzima della trascrittasi inversa trascrive l'RNA come DNA, che, grazie all'integrasi, si integra nel genoma della cellula ospite. La cellula infettata può attivare subito la replicazione virale, oppure può rimanere inattiva per un periodo di tempo compreso tra mesi e anni, comportandosi esattamente come una cellula non infetta. Le cellule infettate che non producono virus sono dette "latentemente infette" e costituiscono un serbatoio di HIV ineliminabile, che garantisce al virus la sopravvivenza nell'organismo ospitante a tempo indeterminato, per l'intera durata della vita del soggetto. Occasionalmente l'infezione latente si attiva, quando il virus obbliga la cellula ospitante a produrre al suo interno le proteine e l'acido nucleico virale (RNA) che, come un puzzle, si assemblano all'interno della stessa cellula fino a creare virioni completi, che poi sono espulsi per gemmazione.