Mentre i sovietici si avvicinavano a Leopoli, Weigl si ritirò nel paese di montagna Krościenko, ma diversi mesi dopo fu raggiunto da un drappello di soldati sovietici accompagnati da un ufficiale del NKVD che lo condusse a Cracovia. Nel 1945 gli fu offerta una cattedra all'Università Jagellonica, a condizione di tenere almeno cinque ore di lezione e due di laboratorio. Tuttavia la mancanza di energie impedì a Wiegl di accettare tale proposta. Si ritrovò alle prese con Zdisław Przybyłkiewicz, un microbiologo che lui stesso aveva formato alla fine degli anni '30 ma del quale non nutriva una profonda stima, tanto che nel 1946 rifiutò di approvarne l'Habilitationsschrift, ovvero la tesi la cui discussione permette l'accesso all'insegnamento nelle università tedesche. Przybyłkiewicz trovò una fotografia di Weigl da lui firmata e recante la dedica: "Al mio giovane amico Hermann Eyer ", il quale era stato arrestato con l'accusa di aver sottratto beni appartenenti ai polacchi; Przybyłkiewicz si servì di questa fotografia per accusare Weigl di collaborazionismo. Da questo momento in poi Weigl iniziò a godere di cattiva fama, causata anche dal risentimento nutrito da molti membri della Cerchia di Leopoli nei confronti della sua seconda moglie, Anna Herzig, che andava via via assumendo nel laboratorio un ruolo amministrativo e scientifico sempre più rilevante. Nel 1948 Weigl fu trasferito all'Università di Medicina di Poznań, ma ben presto si ritirò dall'insegnamento. Fondò a Cracovia un piccolo centro di ricerca per il proprio vaccino. Weigl morì per un attacco cardiaco l'11 Agosto 1957, mentre stava trascorrendo un periodo di riposo a Zakopane sui Carpazi.