Mitoxantrone (MX) è una molecola citotossica appartenente al gruppo degli antrachinoni; essa è in grado di intercalarsi nella molecola di DNA e di inibire l'enzima  L'incidenza di amenorrea secondaria è stata di circa il 25% nelle sperimentazioni cliniche; nella maggioranza dei casi l'esito è stato permanente. Ricordando che la SM colpisce soggetti giovani, una menopausa precoce può costituire un rilevante problema di salute: per molte giovani donne affette da SM e per le quali sarebbe indicata la terapia con MX, il passaggio a questo farmaco rappresenta una scelta di non facile presa. Molto seri ma molto rari sono gli effetti collaterali cardiaci, che hanno mostrato una marcata dipendenza dalla dose somministrata (disfunzione ventricolare, anomalie elettrocardiografiche e del ritmo fino allo scompenso cardiaco congestizio) ed ematologici (induzione di leucemie secondarie come la leucemia acuta promielocitica).Per questo motivo, chiunque termini un ciclo terapeutico con MX è invitato a sottoporsi ogni 6 mesi per 5 anni a controlli ematologici ed ecocardiografici seriati.