Nel 1940, durante l'occupazione della Francia ad opera della Germania e dopo la morte della madre, Jacob lascia la Francia per arruolarsi nell'esercito. Nonostante abbia completato solo il secondo anno di medicina, entra a far parte della compagnia medica della 2ª Divisione corazzata sotto il comando del generale Charles De Gaulle. Fino al 1944 combatterà in Africa, trovandosi di fronte a situazioni che richiedono una preparazione in campo medico migliore di quella che lui possiede. In Ciad è l'unico medico nel territorio e dovrà eseguire due operazioni chirurgiche, una delle quali molto rischiosa - un'operazione al cranio- riuscendo comunque ad avere successo. Nel 1942 viene destinato ad un'unità combattente in via di formazione. Nel 1944 viene ferito durante un attacco aereo e mandato a Parigi per essere operato, riuscendo così a tornare in Patria. Per il suo operato militare riceve importanti onorificenze come la Gran Croce della Legion D'Onore.