La progressione dall'infezione tubercolosa alla malattia avviene quando i bacilli della tubercolosi prevalgono sulle difese del sistema immunitario e iniziano a moltiplicarsi. Nella tubercolosi primaria (1-5% dei casi) questo avviene poco dopo l'infezione. Tuttavia, nella maggior parte dei casi, si verifica un'infezione latente che non ha sintomi chiari. Questi batteri dormienti possono produrre tubercolosi nel 2-23% dei casi latenti, spesso diversi anni dopo l'infezione. Il rischio di riattivazione aumenta con l'immunosoppressione, causata da fattori come l'HIV. In pazienti infettati sia da "M. tuberculosis" che da HIV, il rischio di riattivazione aumenta del 10% all'anno.