Il virus prende il nome dalla città tedesca di Marburg dove fu isolato nel 1967, a seguito di un'epidemia di febbre emorragica verificatasi tra il personale di un laboratorio addetto alle colture cellulari che aveva lavorato con reni di scimmie verdi ugandesi ("Cercopithecus aethiops") di recente importazione. In quell'occasione si ammalarono 37 persone; simili episodi si verificarono presso le città di Francoforte e di Belgrado. Nel 1975 a Johannesburg, in Sudafrica, venne ricoverato un ventenne di ritorno da un lungo viaggio nello Zimbabwe. Tutte le persone entrate in contatto vennero messe in isolamento al fine di contenere l'infezione. Solo altre due persone si ammalarono: una ragazza di 19 anni che lo aveva accompagnato nel viaggio ed un'infermiera che aveva accudito entrambi. Il giovane morì, mentre le due donne sopravvissero.