Quando usato per brevi periodi di tempo il Linezolid è un farmaco relativamente sicuro, gli effetti indesiderati più comuni (che insorgono in più dell'1% dei soggetti) comprendono diarrea (riportata dal 3-11& dei partecipanti ai clinical trials), cefalea (1-11%) nausea (3-10%), vomito (1-4%), rash (2%), stitichezza (2%), alterato senso del gusto (1-2%) e pallore linguale (0,2-1%). Micosi quali stomatiti o vulvovaginiti da candida possono insorgere a causa della soppressione della flora microbica normale favorente la crescita di questi miceti per mancata competizione.