Tipicamente, un aggresoma si forma in risposta a uno stress cellulare che genera una grande quantità di proteine mal ripiegate o parzialmente denaturate: ipertermia, sovraespressione di una proteina insolubile o mutante, ecc. La formazione di un aggresoma è in gran parte ritenuta essere una risposta protettiva, sequestrante aggregati potenzialmente citotossicità e che fungono anche da centro di organizzazione per l'eventuale clearance autofagica dalla cellula. Un aggresoma si forma attorno al centro di organizzazione dei microtubuli nelle cellule eucariotiche, adiacente o avvolgente i centrosomi della cellula. La poliubiquitinazione identifica la proteina per il trasporto retrogrado attraverso il legame HDAC6 e la proteina motoria che si sposta lungo i microtubuli, la dineina. Inoltre, i substrati possono anche essere identificati per l'aggresoma attraverso una via indipendente dall'ubiquitina e mediata dal co-chaperone BAG3 indotto dallo stress (atanogene 3 associato a Bcl-2), che trasferisce substrati di proteine mal ripiegate legati alla proteina shock termico HSP70 (heat-shock protein 70) direttamente sulla proteina motoria del microtubulo, la dineina. L'aggregato proteico viene quindi trasportato lungo il microtubulo e scaricato tramite p97 formando l'aggresoma. Si crede che mediatori come p62 siano coinvolti nella formazione di un aggresoma tramite il sequestro degli omegasomi, che legano e aumentano le dimensioni dell'aggresoma. L'aggresoma è eventualmente "etichettato" per andare incontro alla clearance autofagica della cellula. Alcune proteine patologiche, come l'alfa-sinucleina, non possono essere degradate e causano la formazione di corpi di inclusione (nella malattia di Parkinson, e nella demenza con corpi di Lewy) che contribuiscono alla disfunzione neuronale e alla morte.