Le aree di necrosi possono essere estese, specialmente nell'encefalite equina orientale (EEE) e nell'encefalite giapponese (JE). Recenti prove sperimentali hanno dimostrato che gli arbovirus possono indurre la morte cellulare per apoptosi nei neuroni nel cervello dei loro ospiti. I pazienti che sopravvivono alla malattia iniziale associata all'encefalite virale presentano diversi gradi di riparazione, che possono includere la calcificazione nei bambini.