In genere tale anomalia è asintomatica perché se non vi è differenza di pressione tra i due atri il septum primum rimane immobile impedendo il passaggio di sangue da un atrio all'altro (shunt) ma se si crea una forte differenza di pressione lo shunt che si produce può essere causa di conseguenze molto gravi. Inoltre è stata rilevata una maggiore frequenza di FOP tra gli individui colpiti da ictus criptogenetico anche se l'esistenza di una correlazione è ancora controversa.