La principale indicazione della ciclosporina è la prevenzione del rigetto nel trapianto d'organo, in particolare nei trapianti di rene, pancreas, fegato e cuore. Generalmente alternativa al tacrolimus avendo un meccanismo d'azione simile. Può essere utilizzata singolarmente o più spesso in associazione con altri farmaci immunosoppressivi, secondo schemi terapeutici variabili. Altre indicazioni sono le malattie autoimmunitarie quali ad esempio uveite, artrite reumatoide, psoriasi e rettocolite ulcerosa. È stata utilizzata con successo anche in forme gravi di asma e dermatite atopica.