Il metodo Nissl impiega anilina basica per colorare l'RNA di blu, ed è utilizzata per evidenziare caratteristiche strutturali dei neuroni. La sostanza di Nissl (reticolo endoplasmatico rugoso) appare blu scuro in quanto maggiormente ricca di RNA, mentre il citoplasma appare di colorazione marmorizzata. I granuli extranucleari individuali sono detti corpi di Nissl (ribosomi). L'RNA endonucleare si colora similmente a quello presente sul reticolo endoplasmatico rugoso.