Conclusa l’esperienza a Monaco,nel 1885 il giovane neurologo intraprende la carriera accademica ottenendo il posto di assistente universitario nell’istituto anatomico diretto da Francesco Todaro. Comincia un periodo di apprendistato quadriennale che lo condurrà nel 1889 a conseguire la libera docenza in Anatomia Umana normale e, solo quattro anni dopo, quella in Neuropatologia e Psichiatria (1894). carriera accademica che occupò gran parte della sua vita, il Mingazzini seppe affiancare una duratura esperienza sentimentale che lo legò alla compagna e moglie Helene Bobrik (Mubrungen, 1 Gen 1870 – Roma, 3 Lug 1942) sino alla morte. Troviamo scritto a proposito della loro relazione: