Le complicazioni della sindrome da malassorbimento sono direttamente associate al tipo di nutriente/i non assorbito. Nei casi in cui le cause del malassorbimento sono difficili da valutare occorrerà, innanzitutto, evitare la malnutrizione. La mancanza di nutrienti vitali, infatti, può influire su tutti i sistemi del corpo, inclusi cuore, cervello, muscoli, sangue, reni e pelle.