La carriera di Kendall alla Mayo terminò nel 1951, quando raggiunse l'età pensionabile obbligatoria. È passato alla Princeton University, dove è stato Professore invitato presso il Dipartimento di Biochimica. Rimase affiliato a Princeton fino alla sua morte nel 1972. Oltre al Premio Nobel, Kendall ha ricevuto altri importanti premi tra cui il Lasker Award, il Passano Foundation Award e il Cameron Prize per la terapeutica dell'Università di Edimburgo. Kendall ha ricevuto il Golden Plate Award dell'American Academy of Achievement nel 1966. Ha ricevuto dottorati onorari dall'Università di Cincinnati, dalla Western Reserve University, dal Williams College, dalla Yale University, dalla Columbia University, dalla National University of Ireland e dal Gustavus Adolphus College.