Il governo ha ben controllato i costi lungo i decenni usando il tariffario uniforme a livello nazionale per il rimborso. Il governo è anche in grado di ridurre le tariffe quando l'economia ristagna. Negli anni 1980, la spesa per l'assistenza sanitaria stava aumentando rapidamente come accadeva in molte nazioni industrializzate. Mentre alcuni paesi come gli Stati Uniti permisero ai costi di salire, il Giappone regolamentò rigidamente l'industria sanitaria per tenere a freno i costi. Le tariffe di tutti i servizi sanitari sono fissate ogni due anni mediante negoziati tra il Ministero della sanità e i medici. I negoziati determinano la tariffa per ogni prestazione e cura medica, e le tariffe sono identiche in tutto il paese. Se i medici tentano di aggirare il sistema prescrivendo più prestazioni per generare reddito, il governo può abbassare le tariffe per quelle prestazioni alla successiva tornata di fissazione delle tariffe. Questo accadde quando la tariffa per una risonanza magnetica fu abbassata dal governo del 35% nel 2002. Così, nel 2009, negli Stati Uniti una risonanza della regione del collo poteva costare 1.500 USD, ma in Giappone costava 98 USD. Il Giappone ha una "copertura catastrofica" dal 1973. Una volta che la compartecipazione mensile di un paziente raggiunge un tetto, nessuna ulteriore compartecipazione è richiesta. La soglia per l'importo della compartecipazione mensile è articolata in tre livelli secondo il reddito e l'età.