L'atteggiamento di Blalock nei confronti del problema razziale che coinvolgeva Thomas fu complicato e contraddittorio nel corso dei 34 anni della loro collaborazione. Da una parte, egli difese la sua scelta di Thomas come collaboratore nei confronti dei suoi superiori alla Vanderbilt e dei suoi colleghi alla Hopkins, e insistette perché Thomas lo assistesse in sala operatoria durante la prima serie di operazioni di tetralogia di Fallot. Dall'altra parte, ci furono limiti nella sua tolleranza, specialmente in relazione alle retribuzioni, al riconoscimento accademico e alla loro interazione sociale al di fuori del lavoro.