L'origine della valvola uretrale di Guérin è contestata, ma studi recenti evidenziano che possa derivare (come l'intera fossa navicolare) da un'infiltrazione di cellule endoteliali nella placca uretrale (o lastra uretrale): una porzione della parte fallica del seno urogenitale, che genera diversi elementi dell'uretra maschile. La struttura e l'entità di questa valvola uretrale dipendono dallo sviluppo della fossa stessa: se è completo, il seno uretrale di Guérin assume dimensioni notevoli ed è perfettamente separato dalla fossa centrale dalla valvola di Guérin. In caso di sviluppo incompleto, solo una parte del seno e della valvola anteriore si formano in modo definito, risultando in una separazione solamente parziale.