Dopo il pensionamento del suo maestro, Luigi Belloni (1914-1989), decano degli storici della medicina italiani, nel 1985 Zanobio viene chiamato dall'Università degli Studi di Milano a sostituirlo sulla cattedra e a dirigere l'Istituto di Storia della medicina dell'Ateneo. L'Istituto diviene sede di dottorato di ricerca e, grazie all'opera di Zanobio, l'insegnamento di Storia della Medicina si sviluppa nei diversi poli didattici della Facoltà medica e in varie scuole di specializzazione, secondo una logica interdisciplinare, contribuendo così alla rinascita della scuola storico-medica milanese. È stato pro-rettore vicario per alcuni anni durante il rettorato di Paolo Mantegazza (1984-2001) e, nel 2005, è stato nominato Professore emerito dalla Facoltà di Medicina dell'Ateneo milanese.