A partire dagli anni 2010 Montagnier ha espresso varie considerazioni sui vaccini e sul loro utilizzo, spesso in maniera critica, senza però mai pubblicare alcuno studio e senza alcun serio controllo scientifico di supporto alle sue dichiarazioni, divenendo una delle personalità di spicco dal punto di vista dei movimenti antivaccinisti che hanno ripreso più volte le sue affermazioni a sostegno delle loro idee.