Esistono tre principali tipi di trapianto CSE: autologo, allogenico e singenico. Si parla di trapianto autologo quando le cellule sono prelevate dalla persona stessa che lo riceve (donatore e ricevente in questo caso coincidono); di trapianto allogenico quando le cellule sono prelevate da un donatore (quindi un soggetto diverso dal ricevente), un fratello/sorella, un familiare, o un non familiare, compatibili con il malato; di trapianto singenico, molto raro, quando il donatore e il ricevente sono gemelli monovulari. 