Libero da allora di seguire i suoi interessi di studioso, Zwinger divise il suo tempo tra la cultura delle lettere e la pratica medica. La sua nomina alla cattedra di lingua greca dell'Accademia gli fornì i mezzi per porre al servizio il suo talento alla gioventù. Passò alla cattedra di filosofia morale nel 1571 essendo anche nominato professore di medicina teorica. Trovò anche il tempo di comporre un gran numero di opere e di occuparsi dei malati poveri, curandoli gratuitamente. Quando nel 1588 si diffuse a Basilea un'epidemia Zwinger, continuando a occuparsi del gran numero di malati colpiti dal morbo, ne fu vittima anch'egli, fino a morirne il 10 marzo.