Nelle sue fasi iniziali, esattamente come per il granuloma dentario da cui si sviluppa, la cisti radicolare è tipicamente una lesione associata a un dente affetto da patologia endodontica di livello tale da avere comportato la degenerazione del proprio tessuto pulpare, con conseguente perdita totale della vitalità. Di conseguenza molto raramente si presenta sintomatologia, che potrà essere limitata a una lieve sensibilità alla percussione o masticazione del dente affetto dalla patologia di origine. In questa fase, la presenza di una cisti viene solitamente rilevata casualmente attraverso indagini radiografiche effettuate per altri motivi. La presenza di sintomatologia dolorosa si avrà solo in concomitanza di un'infezione acuta, che nel caso di lesioni cistiche limitate si presenta clinicamente con i sintomi di una parodontite apicale acuta, mentre in caso di lesioni ampie si avrà un empiema. Con il progressivo aumentare delle dimensioni, potranno comparire mobilità o spostamento del dente coinvolto e talvolta anche di quelli contigui, causando difficoltà nella masticazione. Comparendo infine in superficie, si avrà un rigonfiamento non dolente in lenta crescita con possibile segni di crepitio alla pressione, dovuto al limitato spessore della corticale ossea, diventando poi fluttuante alla palpazione. Nei casi più gravi, si potrà manifestare difficoltà alla deglutizione, parestesie e perdite di sensibilità per compressione dei fasci vasculo-nervosi che attraversano il corpo dell'osso coinvolto.