La BEE non protegge tutte le aree del cervello: ne sono escluse la ghiandola pineale e l'ipotalamo che regola l'appetito e l'attività delle ghiandole endocrine. Fattori che possono danneggiarla nel tempo sono: ictus, trauma cranico, ipertensione, diabete o ipoglicemia, febbre molto alta, infezioni al cervello.