La nomina a professore ordinario all'età di 30 anni fu certamente il maggiore avanzamento di carriera di Theodor Kocher. Nei 45 anni in cui conservò questo ruolo egli pubblicò 249 articoli scientifici, formò numerosi medici e curò migliaia di pazienti. Apportò grandi contributi ai campi della chirurgia, della neurochirurgia, ma soprattutto dell'endocrinologia e della chirurgia della tiroide. Per il suo lavoro, tra i molti riconoscimenti, ricevette nel 1909 il Premio Nobel per la Medicina.