Le anomalie congenite a livello dell'uretra (stenosi, valvole, ipospadia) possono essere facilmente diagnosticate tramite l'uretrografia retrograda e la cistouretrografia minzionale; la prima di queste due metodiche studia meglio l'uretra anteriore mentre la seconda la porzione posteriore e sono effettuate somministrando del mezzo di contrasto per via transuretrale ed eseguendo dei radiogrammi specifici. Ecografia, TC ed RM sono utilizzate per studiare i pazienti dopo le terapie, nelle patologie congenite, tumorali e nella diagnosi dei diverticoli uretrali. La RM in particolare consente di differenziare le varie componenti tissutali dell'uretra. L'indagine dell'uretra anteriore è spesso condotta dopo somministrazione di prostaglandine, in modo da distendere i corpi cavernosi.