Seconda fase: la febbre e gli altri sintomi possono ripresentarsi alcuni giorni dopo, tra il sesto e il dodicesimo giorno di malattia. In alcune persone la leptospirosi causa meningite con rigidità del collo e cefalea. Nella seconda fase si possono avere danni al fegato che si manifestano con ittero (colorazione giallastra della cute e delle sclere degli occhi), insufficienza renale e tendenza al sanguinamento. I pazienti possono presentare epistassi (sanguinamento dal naso) o tossire sangue, oppure il sanguinamento può verificarsi nel sottocute, dei polmoni e, meno comunemente, del tratto digerente con sangue nelle feci. La perdita di sangue può causare anemia e vari organi come cuore, polmoni e reni potrebbero subire lesioni e malfunzionamenti. Questa forma è molto grave ed è chiamata Sindrome di Weil. 