Nel 1658 Borelli pubblicò l'opera "l'Euclides restitutus", di notevole importanza matematica, successivamente si dedicò alla traduzione del "Dei conici di Apollonio", voluta da principe Leopoldo. Nel 1661 Pisa si presentò come il teatro di una epidemia di febbri. Borelli studiò questo nuovo morbo e ne fece una descrizione in alcune lettere che inviò a Marcello Malpighi.Nel 1664 pubblicò il "De rerum usu", completando le osservazioni anatomiche del Bellini L. con delle osservazioni fisiologiche. Sempre nel 1664 si occupò anche di astronomia, in particolare della cometa che era apparsa a dicembre di quell'anno. Nel 1666 nel "Theoricae medieorum planetarum ex causis phisicis deductaem" si interessò del movimento dei satelliti di Giove.