Allo stato attuale non è chiaro quale sia il meccanismo con il quale il composto venga metabolizzato nell'organismo, tuttavia uno studio di farmacocinetica del 2012 eseguito con aleglitazar radiomarcato C14 ha evidenziato che il composto è eliminato prevalentemente nelle feci (circa il 66%, range, 55%-74%), con solo un 28% (range, 22%-36%) per via urinaria.