Tuttavia, alcune infezioni da "Candida auris" si sono rivelate resistenti a tutte e tre le principali classi di antimicotici (azoli, echinocandine, amfotericina B). Questo livello di resistenza non era mai stato notato in infezioni da altre specie di Candida ed è particolarmente preoccupante in quanto limita gravemente le opzioni di trattamento disponibili per i pazienti con infezioni invasive di "Candida auris".