L'ecografia endoscopica può essere utilizzata anche in combinazione con la colangio-pancreatografia endoscopica retrograda (CPRE). La sonda ad ultrasuoni viene utilizzata per localizzare i calcoli biliari che possono essere migrati nel dotto biliare comune. Questo evento può causare l'ostruzione del dotto condiviso da fegato e pancreas, il che può portare a dolore lombare, ittero e pancreatite.