Gli inibitori delle calcineurine hanno come maggiore effetto collaterale la tossicità, e, come per altri farmaci immunosoppressori un aumentato il rischio di infezioni e di neoplasie maligne.La ciclosporina può, inoltre, determinare ipertensione, ipercalcemia, irsutismo, ipertrofia gengivale, tremori ed altre turbe neurologiche, diabete e un certo grado di epatotossicità., mentre il Tacrolimus può causare alopecia e una maggiore incidenza di diabete posttrapianto, se confrontato con la ciclosporina.La loro nefrotossicità può manifestarsi attraverso modificazioni funzionali quali la vasocostrizione periferica od essere evidenziata da lesioni morfologiche biopticamente valutbili.Le lesioni morfologiche caratteristiche della tossicità acuta sono la vacuolizzazione isometrica del citoplasma delle cellule epiteliali della pars recta del tubulo contorto prossimale o un danno vascolare del tipo di quello osservato nella sindrome emolitico uremica, la prima delle quali è altamente reversibile con la riduzione del farmaco, mentre la seconda implica un alto rischio di riduzione funzionale dell'organo trapiantato.Più raramente si osserva anche presenza di megamitocondri o di calcificazioni intracitoplasmatiche tubulari.Le manifestazioni del danno cronico da tossicità sono caratterizzate dall'insorgenza o dall'aggravamento di lesioni arteriolari di tipo arteriolosclerotico con presenza di materiale ialino amorfo nella parete dei piccoli vasi a localizzazione prevalente sul versante esterno della parete.Più raramente il danno si esplica attraverso la formazione di fibrosi interstiziale che assume una distribuzione particolare c.d. "a banda".Il danno cronico è difficilmente reversibile ma può essere controllato dalla modificazione del dosaggio terapeutico.Sempre maggiore attenzione è stata rivolta ultimamenteai possibili effetti collaterali degli inibitori dimTOR, attraverso osservazioni di tipo sperimentale eclinico e con specifiche indagini sui possibili effettitossici sul rene trapiantato.