La mitomicina viene somministrata per via endovenosa. La dose iniziale è di 10–20 mg/m² (in un'unica somministrazione) per infusione endovenosa. Questa dose può essere ripetuta ogni 6-8 settimane. Alcuni autori suggeriscono di somministrate dosi refratte di 2 mg/m²/die per 5 giorni. Tali dosi debbono essere ripetute dopo un intervallo di 2 giorni. I cicli successivi prevedono aggiustamenti del dosaggio in relazione agli effetti del farmaco sul midollo osseo. Valori di leucociti inferiori a 3000 per mm³ e di piastrine inferiori a 75 000 per mm³ sono una chiara controindicazione alla esecuzione di un nuovo ciclo di trattamento. Il dosaggio può essere ridotto quando il farmaco viene somministrato in associazione con altri antineoplastici.