Si ritiene che la causa siano mutazioni del gene "HESX1" situato nel braccio corto del cromosoma 3 (3p21.2), il quale sovrintende allo sviluppo embriologico delle strutture encefaliche anteriori. Tuttavia nella maggior parte dei casi di malattia il gene è normale, e questo ha fatto ipotizzare il coinvolgimento di altri geni, quali "PROP1", "LHX2", "SOX2" e "SOX3". La maggior parte dei casi tuttavia è sporadica e non geneticamente determinata.