Il Doppler transcranico (o TCD) è un sistema diagnostico simile, a volte complementare del TCS, viene però utilizzato per l'accertamento di disfunzioni vascolari cerebrali o la diagnosi cardiologia, viene utilizzato per esempio per l'individuazione della presenza di forame ovale pervio (FOP) ai fini della prevenzione dell'ictus criptogenetico.