Al processo di appello nel 2004, dei 178 medici rinviati a giudizio in primo grado, da parte del procuratore generale Francesco D'Andrea fu chiesta la prescrizione per 78 imputati perché i reati erano stati commessi prima del 1996. 14 medici di famiglia patteggiarono la pena, alcuni risarcirono il danno per ottenere attenuanti. Il processo d'appello si concluse con 12 patteggiamenti, 19 condanne per corruzione (da un anno e dieci mesi a tre anni e un mese), 24 assoluzioni e 123 prescrizioni. I risarcimenti nei confronti delle parti civili, nel caso della Regione Lombardia, furono dimezzati dai giudici in quanto la Regione, organo preposto alla sorveglianza e all'accertamento, aveva svolto controlli non idonei ed omissivi. Poggi Longostrevi aveva pagato una tangente di 72 milioni di lire tra il 1996 e il 1997 a Giancarlo Abelli, all'epoca dei fatti presidente della Commissione Sanità della Regione Lombardia.