In dosi terapeutiche, agisce come anticoagulante, impedendo la formazione di coaguli e l'estensione dei coaguli esistenti all'interno del sangue. L'Eparina non rompe direttamente i trombi già formati (a differenza dell'Attivatore del Plasminogeno Tissutale), ma consente ai meccanismi di lisi del trombo di funzionare meglio per abbattere i trombi già formati. L'eparina è generalmente usata per l'anticoagulazione per le seguenti condizioni: