I rischi maggiori presentati dalla TEC sono quelli dovuti all'anestesia generale che viene somministrata a chi vi viene sottoposto. Non ci sono altri gravi rischi che ne precludano l'uso. I principali effetti collaterali sono confusione e perdita della memoria degli eventi prossimi al periodo del trattamento. Entrambi gli effetti scompaiono generalmente nell'arco di un'ora dal risveglio. Un effetto indesiderato minore è il dolore muscolare sofferto al risveglio a causa dei rilassanti muscolari.