L'aumento della densità mitocondriale può essere considerata un adattamento muscolo-scheletrico ma anche metabolico. Un punto centrale per l'adattamento metabolico, è il metabolismo dei grassi come carburante durante l'esercizio. A causa del tipo di esercizio ad alta intensità, l'efficacia del HIIT nell'ossidazione dei grassi è stata accuratamente esaminata. È stato dimostrato che l'ossidazione dei grassi era significativamente superiore, mentre l'ossidazione dei carboidrati era significativamente inferiore dopo 6 settimane di interval training.