Il genoma degli adenovirus è approssimativamente di 36 kb ed in esso sono individuabili regioni codificanti per geni espressi precocemente ("early", E) e tardivamente ("late", L). Ai due lati del genoma si trovano le cosiddette sequenze terminali invertite (ITR, "Inverted Terminal Repeat") le quali sono necessarie per la replicazione del virus.