Sul piano odontoiatrico e gnatologico sono molto frequenti la micrognazia, la retrognazia, il palato ogivale (palato stretto) con conseguente malocclusione (spesso di tipo 2) e l'ipoplasia della mascella. Tutto ciò aumenta la probabilità di avere una dentatura anomala, con denti accavallati, specie nell'arcata superiore. Queste anormalità del cavo orale, unite alla debolezza intrinseca dei muscoli delle alte vie aeree, sono responsabili di una maggior incidenza di apnea notturna di tipo ostruttivo nei pazienti Marfan rispetto alla popolazione generale.