L'agente eziologico è "Mycobacterium leprae" o bacillo di Hansen (BH), bacillo alcol-acido resistente (si colora col metodo di Ziehl-Neelsen), molto simile al "Mycobacterium tuberculosis" o bacillo di Koch (BK), intracellulare obbligato, poco patogeno ma molto immunogeno. È difficile stabilirne la contagiosità perché è difficile diagnosticare i quadri asintomatici. Il BH si moltiplica molto lentamente e raddoppia in 18-42 giorni, molto meglio nelle parti più fredde del corpo (la pelle, le orecchie, le vie respiratorie superiori, la camera anteriore dell'occhio, i nervi periferici, i testicoli). Il BH non è in grado di crescere in terreni di coltura artificiali.