La "tonaca mucosa" è liscia in avanti, mentre posteriormente si solleva in pieghe longitudinali ed è formata da un epitelio di rivestimento cilindrico pluriseriato (o pseudostratificato) e una lamina propria connettivale ricca di fibre elastiche attraversata dai condotti escretori delle ghiandole e contenente noduli linfatici. L'epitelio di rivestimento presenta cellule con ciglia vibratili che permettono una corrente di muco dall'interno all'esterno. Intercalate a queste, sono presenti cellule caliciformi mucipare (anche se meno numerose rispetto alla trachea) e cellule con microvilli in superficie, probabilmente destinate all'assorbimento o alla funzione di chemorecettori. Nello strato basale si trovano cellule che ricevono fibre nervose formando giunzioni citoneurali che contengono granuli elettrondensi, le "cellule P" o "cellule di Feyrter", che possono essere isolate o in piccoli gruppi chiamati "corpi neuroepiteliali" o "NEB" ("neuroepithelial body"). Questi granuli contengono serotonina e vari neuropeptidi (come sostanza P, CGRP o somatostatina) che vengono rilasciati in caso di ipossia adattando le pareti delle vie aeree all'aria respirata.