Studi di laboratorio hanno dimostrato che il benzalconio cloruro persistente può essere associato alla resistenza agli antibiotici nell'MRSA. La tolleranza ai disinfettanti alcolici può svilupparsi nei batteri fecali. Laddove i disinfettanti alcolici utilizzano il 62% o più di alcol in peso, solo dallo 0,1 allo 0,13% in peso di benzalconio cloruro fornisce un'efficacia antimicrobica equivalente.