Imbarcatosi a Bordeaux sul piroscafo "Europa", approda, il 16 aprile 1913, a Port Gentil e, attraversando l'Ogooué, giunge sulla collina di Andende, sede della missione evangelica parigina di Lambaréné, dove accolto dagli indigeni appronta alla meglio il suo ambulatorio ricavato da un vecchio pollaio, con una rudimentale ma efficace camera operatoria, cui venne attribuito il suo stesso nome: Ospedale Schweitzer.