Le tecniche chirurgiche prevedono il sollevamento di un lembo mucoperiosteo sul fornice vestibolare della bocca, in corrispondenza degli apici dei denti da raggiungere, e l'apertura di un opercolo attraverso l'osso per raggiungere l'apice da trattare. Questo viene fresato (da cui il termine una volta usato di apicectomia) utilizzando strumenti meccanici od ultrasonici, quindi viene eseguita la preparazione di una sede per la chiusura retrograda degli spazi endodontici tramite materiali adatti, oggigiorno cemento all'acido ortoetossibenzoico rinforzato o mineral triossido aggregato, preferito per le migliori caratteristiche di biocompatibilità, anche se più difficoltoso da utilizzare in alcune situazioni. L'operazione si conclude con la chiusura del lembo d'accesso, ricoprendo l'opercolo, che può essere o meno riempito con materiale riparativo osteogenetico, come osso autologo od analoghi sostitutivi. L'operazione viene normalmente eseguita in anestesia locale, se necessario con il supporto di sedazione cosciente.