L’identificazione del microrganismo responsabile è effettuata mediante esame microbiologico (esame diretto, saggi colturali o molecolari) di una piccola quantità di liquido cerebrospinale o liquor (liquido nel quale sono immersi il cervello e il midollo spinale) prelevato mediante un ago, inserito nella regione lombare della colonna vertebrale (puntura lombare). Il riconoscimento del microrganismo responsabile della meningite può, in caso di meningite batterica, essere eseguito anche su un campione di sangue.