Dopo il suo ritiro rimase ugualmente attivo e nel 1871 partecipò alla Comune di Parigi, dove fu nominato “chirurgo di battaglione” e gli fu chiesto di esaminare diciotto scheletri ritrovati nella chiesa di San Lorenzo per stabilire se fossero vittime del clero. Piorry, in seguito ad una serie di analisi, identificò gli scheletri con i corpi di donne bruciate diversi anni prima.