All'inizio dell'esame è chiesto alla persona che vi si sottopone di sdraiarsi su un fianco, per facilitare l'inserimento dell'endoscopio diretto verso lo stomaco. Per evitare possibili disagi, prima di procedere potrebbe essere somministrato un sedativo e un anestetico locale in gola. Potrebbe essere utilizzato anche un paradenti allo scopo di mantenere la bocca aperta e di proteggere l'endoscopio dal morso dei denti.