Ciascuna malattia autoimmune presenta caratteristiche patogenetiche peculiari (a partire dal tipo di reazione autoimmune prevalente e dalla sede di danno); ciò determina un'ampia variabilità di quadri clinici. Tuttavia dato il ruolo centrale della flogosi nell'innesco e nello svolgimento delle reazioni immunitarie è frequente il riscontro di segni obiettivi (tumor, calor, rubor, dolor, functio laesa) e biochimici (VES, PCR, consumo del complemento, anticorpi specifici) di infiammazione in atto.