Secondo un criterio epidemiologico le infezioni da C. difficile vengono distinte in "health care-associated" (associati all'assistenza sanitaria), "community-associated" (associati alla comunità) e "indeterminated" (origine sconosciuta). Negli Stati Uniti nel 2011 sono stati stimati circa 453.000 casi di infezione da "C. difficile", con 29.000 morti; l'incidenza stimata è stata di 147/100.000 abitanti, con il 65,8% di casi "health care-associated". Nel 2017, ci sono stati circa 223.900 casi di pazienti ospedalizzati e 12.800 decessi negli Stati Uniti. Nel 2016, 20 paesi europei hanno segnalato 7711 casi di CDI, di cui 74,6% "health care-associated" e 25,4% o "community-associated" o di origine sconosciuta. Negli ospedali che hanno fornito dati basati sui casi, il sesso maschile era interessato nel 44,9% e l'età media era di 75,0 anni. La densità di incidenza grezza di CDI "health care-associated" era di 2,4 casi/10000 giorni-paziente. 