Dopo somministrazione orale il farmaco entra nel circolo linfatico dove raggiunge la sua massima concentrazione entro 4-6 ore. A distanza di 24 ore dalla somministrazione si registra un secondo picco plasmatico dovuto all'instaurarsi del circolo enteroepatico. L'ubidecarenone si distribuisce rapidamente nel cuore, nel fegato, nei polmoni e nei reni. La concentrazione allo steady-state è di 1,8 µg/ml (quella fisiologica è di 0,8 µg/ml). Sulla base di studi effettuati su ratti e conigli il tempo di emivita plasmatica è risultato pari a 1,2 ore nel ratto e 6,5 nel coniglio nella fase veloce e di 17,8 ore nel ratto e 21,7 ore nel coniglio nella fase lenta. Dopo la somministrazione orale, a distanza di una settimana, circa l'85-90% del farmaco è escreto per via fecale, mentre l'escrezione per via urinaria è pari al 2‑3%.