L'apnea è patologica se indotta farmacologicamente (ad es. attraverso droghe come gli oppiacei), meccanicamente (ad es., strangolamento), o può avvenire come conseguenza di una malattia neurologica o un trauma fisico. Importanti anche le apnee che si sviluppano durante il sonno. Queste ultime possono essere ostruttive o centrali, ma non mancano quadri misti in cui entrambe componenti sono presenti.