Nel 1907 divenne assistente del commissario alla salute. Con questo incarico lavorò al caso di Mary Mallon, soprannominata Mary la tifica ("Typhoid Mary"), una cuoca che era stata impiegata presso numerose famiglie e che, portatrice sana della malattia, aveva già contagiato molte persone. La larga pubblicizzazione del caso sensibilizzò l'opinione pubblica sui pericoli potenziali per la salute e sulla necessità di programmi di prevenzione. Inoltre sviluppò un programma di prevenzione per la salute dei bambini, che nel 1908 poté sperimentare negli slum dell'Est Side. Un gruppo di trenta infermiere passarono di casa in casa per insegnare alle madri elementari norme di igiene per l'accudimento dei neonati, tra le quali l'allattamento al seno, il bagnetto, l'uso di vestiti leggeri durante l'estate, ecc. Successivamente effettuarono visite di controllo. Al termine dell'estate nel quartiere si registrarono 1200 morti in meno tra i neonati rispetto all'anno precedente. Nello stesso anno Josephine Baker venne chiamata a dirigere il nuovo "Bureau of Child Hygiene", prima agenzia governativa al mondo dedicata alla salute dei bambini. Tra gli interventi più significativi vi furono: