Il timo è l'organo fondamentale sia per quanto riguarda la maturazione dei linfociti T che l'induzione della tolleranza al self.Durante la vita fetale sono selezionati positivamente quei timociti che possiedono un recettore per i linfociti T (TCR) con bassa affinità per l'MHC self. Questo processo di selezione negativa fa sì che vengano eliminati quei timociti che reagiscono contro il self. Lo scopo di questo processo è di far sì che le cellule T che migrano dal timo siano in grado di riconoscere i peptidi non-self, ma non quelli self. Sono stati studiati due meccanismi per indurre la tolleranza del donatore agli alloantigeni: la somministrazione intratimica di antigeni e il microchimerismo.Il primo approccio è stato analizzato inizialmente da Posselt 17 e successivamente molti altri studi hanno confermato che l'iniezione intratimica di antigeni del donatore, associata alla deplezione leucocitaria periferica, rende possibile la tolleranza immunitaria nei modelli murini 18 . I problemi rimangono però molteplici: innanzitutto gli antigeni persistono nel timo solo per un tempo limitato e inoltre sono necessarie strategie aggiuntive per controllare la reattività dei linfociti T. In uno studio clinico Remuzzi ha analizzato la tollerabilità dell'iniezione intratimica di splenociti del donatore. Sebbene non siano emersi effetti collaterali, il rigetto acuto dell'organo non è stato prevenuto, suggerendo che il protocollo deve essere ulteriormente ottimizzato 19 .Il microchimerismo, invece, è una condizione in cui elementi ematopoietici del donatore e del ricevente coesistono. Il ricevente, prima del trapianto, è sottoposto a una dose sub-letale di radiazioni o ad agenti mieloablativi con conseguente distruzione del suo patrimonio di cellule T e successivamente sottoposto a trapianto di midollo osseo proveniente dallo stesso donatore dell'organo 20 . Le conseguenze cliniche delle radiazioni e dei regimi mieloablativi non hanno consentito l'espansione di questo approccio.