Non è suscettibile alle droghe anti tubercolosi (che generalmente possono uccidere il Mycobacterium tubercolosis). Il MAP è suscettibile agli antibiotici utilizzati per le malattie da Mycobacterium avium, come la rifabutina e la claritromicina, ma la capacità di questi antibiotici di rimuovere il MAP in vivo non è stata stabilita con certezza.