A luglio del 1609, durante un soggiorno nella città di Rostock, Jesenius si iscrisse alla locale università. All'epoca egli era anche il medico di fiducia del re Mattia d'Asburgo. Grazie alla sua elevata posizione sociale poté entrare in contatto con numerose delle più significative personalità dell'aristocrazia boema, come ad esempio con Carlo il vecchio di Žerotín, importante politico e scrittore protestante boemo.