Gli antibiotici più frequentemente usati sono l'amoxicillina e la claritromicina. Meno frequentemente si associa il metronidazolo. Gli effetti indesiderati (effetti collaterali) di questi antibiotici sono moderati: possono comparire nausea, diarrea e un sapore metallico in bocca. A distanza di quattro settimane dal ciclo di terapia antibiotica, si dovrà ripetere il test per verificare l’eliminazione del batterio h. pylori dallo stomaco. Se, invece, dovesse risultare ancora presente si dovrà effettuare un ulteriore ciclo di terapia antibiotica, utilizzando farmaci con principi attivi diversi.