Il duodeno prepara, tramite enzimi, gli alimenti che verranno poi assorbiti nella restante parte dell'intestino tenue. Le ghiandole del Brunner, che qui si trovano, secernono muco. Nel duodeno si versa la bile, prodotta dal fegato, che serve per emulsionare i grassi. Inoltre, il pancreas vi secerne enzimi digestivi, come tripsina, amilasi e lipasi.