Tra queste proteine virali, le meglio caratterizzate sono l'emoagglutinina e la neuraminidasi, due grandi glicoproteine che si trovano sulla superficie esterna delle particelle virali. La neuraminidasi è un enzima coinvolto nel rilascio dei virioni all'esterno delle cellule infette, mentre l'emagglutinina è una lectina che media la connessione del virus e l'ingresso del genoma virale nelle cellule target. L'emagglutinina (H) e la neuraminidasi (N) sono i bersagli da colpire nei farmaci antivirali. 