Dal 1595 l'attività didattica dell'Università si teneva presso l'Academia Carolina, ma durante il regno di Gustavo II Adolfo l'istruzione all'Università venne ampliata e si espanse oltre la semplice educazione del clero. Nel 1622 venne costruito il nuovo edificio oggi noto come Gustavianum, su progetto di Caspar van Panten, allo scopo di ospitare lezioni, mensa, e tipografia. L'edificio include parte della muratura del vecchio palazzo arcivescovile di Uppsala, che in precedenza era ivi situato. Gustavianum fu uno dei pochi edifici a sopravvivere l'incendio di Uppsala del 1702, che distrusse quasi completamente la città.