Sconsigliata in gravidanza e in pazienti con ipersensibilità nota al farmaco. L'assunzione di cibi grassi può aumentare l'assorbimento del farmaco, portando ad una tossicità che provoca aritmie cardiache risultando talvolta fatali per l'uomo. Alofantrina levogira è meno cardiotossica rispetto al suo enantiomero destrogiro.