La natamicina trova impiego come conservante nell'industria alimentare sotto la denominazione E235. È usata da decenni per ostacolare la crescita di escrescenze fungine su prodotti caseari, carne ed altri alimenti. Rispetto ad altri conservanti, presenta una minore sensibilità al pH. La natamicina può essere applicata per immersione dell'alimento nella soluzione disinfettante oppure con spray di una soluzione che contiene da 200 a 300 ppm di additivo (200–300 mg/l). La normativa europea approva il suo uso soltanto in formaggi e salumi secchi, e richiede che la natamicina non sia presente a una profondità superiore ai 5 mm sotto la crosta dei prodotti caseari. Il Comitato Scientifico per l'Alimentazione europeo si è opposto ad un ampliamento del suo utilizzo, con la motivazione che usare un antibiotico come additivo può sviluppare la resistenza ad esso. La sua dose giornaliera accettabile è di 0,3 mg per chilogrammo di massa corporea.