L'eziopatogenesi dei DCM è multifattoriale. In altre parole, diversi fattori intervengono nella predisporre, scatenare e mantenere nel tempo i DCM. Fattori morfologici, ormonali ed emotivi possono predisporre il sistema stomatognatico all'insorgenza di un quadro clinico craniomandibolare, ma è quasi sempre un evento traumatico la causa scatenante. In circa un paziente su tre si riesce ad individuare un trauma diretto o indiretto alle strutture orofacciali, in seguito ad una caduta o ad un incidente di varia natura. Più spesso però responsabili sono i microtraumi, provocati soprattutto dalle parafunzioni oro-mandibolari, che nel tempo sovraccaricano il sistema fino a romperne l'equilibrio fisiologico. Questi stessi fattori, se non corretti, possono ostacolare il recupero dell'equilibrio e perpetuare nel tempo la sintomatologia algica o disfunzionale.