A seconda della gravità dell'infezione, gli antibiotici vanno presi per un periodo che va da 2 a 6 settimane. Il medico prescriverà il trattamento più appropriato ed efficace per il microorganismo identificato come responsabile dell'endocardite. Se i sintomi sono particolarmente gravi, potrebbe essere prescritta, in via precauzionale, una combinazione di antibiotici diversi prima dei risultati dell'emocoltura. Se l'esame del sangue mostra che l'infezione è stata causata da un fungo verrà prescritto un farmaco antifungino.