La forma originaria, a pianta ellittica, era quella di un anfiteatro completo, con dimensioni tuttavia inferiori a quelle del teatro padovano e una capienza complessiva di 400 posti. Dopo il 1817, quando venne edificato il piano superiore del Teatro per poter ospitare il Museo anatomico, per costruire la scala di accesso venne sacrificata una parte dell’ellissi, motivo per cui il Teatro anatomico assunse la forma attuale di cavea.