Uno dei programmi più controversi fu l'istituzione delle "Leghe delle piccole madri", per insegnare alle bambine (dagli otto-nove anni in poi) a prendersi cura dei fratellini più piccoli, con lo scopo di sostituire le madri che potevano così tornare a lavorare per il sostentamento della famiglia. Numerose persone protestarono affermando che le Leghe stessero schiavizzando le bambine per permettere alle madri di andare al cinema o a ubriacarsi. Un suo collega la criticò in una testimonianza davanti ad una commissione del Congresso affermando che "Se si dovesse salvare la vita di ogni madre e bambino a spese pubbliche, come potrebbero essere incentivati i giovani a dedicarsi alla medicina?". Ma queste non furono le uniche critiche che dovette subire per il suo lavoro pionieristico. Ad esempio, quando fu formato il "Bureau of Child Hygiene" più di 30 medici scrissero al sindaco chiedendone l'abolizione perché stava rovinando la pratica medica permettendo ai bambini di non ammalarsi. Inoltre, quando venne incaricata della direzione dell'ufficio, sei dei dottori che erano stati suoi colleghi come ispettori della salute, rassegnarono le dimissioni per la “disgrazia di dover lavorare per una donna.” Josephine Baker tuttavia li persuase a fare un mese di prova, al termine del quale tutti decisero di restare. 