Dal punto di vista anatomico l'intestino tenue è caratterizzato da pieghe circolari della sottomucosa chiamate valvole conniventi, da numerose e microscopiche estensioni digitiformi (come un dito) della mucosa, i villi, e da proiezioni citoplasmatiche sottilissime, i microvilli, posti sulla superficie delle singole cellule epiteliali (enterociti).