Nella corte del reggente dominavano ormai i gesuiti e Biandrata, guardato con risentimento dai numerosi seguaci di Dávid, continuò bensì il suo servizio di medico ma scelse di non prendere parte ai sinodi della Chiesa e di non scrivere più. Morì nel 1588, discretamente come aveva vissuto, passando dal sonno alla morte, e i suoi molti nemici, dopo aver insinuato che si fosse convertito al cattolicesimo, misero in circolazione anche la voce che fosse stato soffocato nel sonno dal nipote, desideroso di impadronirsi dell'eredità.