Il test dell'AFP viene eseguito sul sangue della mamma tra la 15a e la 20a settimana di gravidanza. Le malattie già presenti alla nascita (congenite) associate a un incremento dell'AFP sono soprattutto quelle legate ai difetti di chiusura del tubo neurale e, talvolta, le trisomie 18 e 21 (Sindrome di Down). Un'alterazione del dosaggio dell'AFP da sola tuttavia non è sufficiente per la diagnosi di queste malattie, ma indirizza il medico a prescrivere ulteriori esami quali, ad esempio, l'amniocentesi o l'ecografia morfologica per avere conferma.