La forma acuta di malattia di Chagas di solito regredisce spontaneamente dopo 3-8 settimane e viene seguita da un periodo asintomatico che, nel 50-70% circa dei casi, dura tutta la vita e durante il quale il parassita sparisce dal circolo ematico o vi permane a bassissima parassitemia. Questo periodo corrisponde alla forma cronica di malattia di Chagas detta "indeterminata". La guarigione definitiva spontanea è eccezionale: i pazienti restano sieropositivi, infetti e contagiosi ma non hanno alcun segno manifesto di malattia, né clinico, né elettrocardiografico, né radiologico.