Nel 1914 giunse in tutta la Francia la notizia dello scoppio della guerra, la cui fine, però, Il'ja non riuscì a vedere. Fino all'ultimo momento rifiutò di crederci: non poteva ammettere che una soluzione pacifica fosse impossibile e che ogni cosa che era stata dedicata al servizio della scienza, ora fosse consegnata al servizio della guerra. Quando, poi, giunsero le notizie delle morti di alcuni giovani che avevano lavorato all'Istituto Pasteur, il dolore di Mečnikov non conobbe limiti; non poteva sopportare l'idea che queste vite brillanti dovessero essere sacrificate, vittime di coloro che avrebbero dovuto guidare le persone verso la pace e non verso la morte.