La malacoplachia può manifestarsi a tutte le età, con un esordio medio attorno ai 50 anni e una maggiore incidenza nel sesso femminile. Insorge di solito nei pazienti immunodeficienti, con una storia di diabete, trapianto, linfoma, terapia con ormoni steroidei o alcolismo. Nella maggioranza dei casi (60-80%), la malacoplachia colpisce le vie urinarie (vescica, reni, e ureteri). Possono essere coinvolti anche altri organi, in particolare il tratto gastrointestinale (colon sinistro, sigma, retto, stomaco), nel 15% dei casi. Altri distretti interessati sono le vie genitali, la cute, il collo, la lingua, i polmoni e il sistema nervoso centrale. I pazienti possono essere asintomatici o presentare sintomi aspecifici (dolore, febbre), che variano a seconda dell'organo che viene coinvolto. La malacoplachia cutanea si manifesta con papule o ulcere a diversa localizzazione (addome, facies, regione perianale), rash e prurito. La malacoplachia può associarsi ad altre malattie granulomatose, come la sarcoidosi e la tubercolosi, ed ai carcinomi (prostata, colon-retto).Le piccole placche che si mostrano sono fragili al tatto e hanno un diametro di 3–4 cm. Si mostrano solitamente lungo il tratto genito-urinario o sulla cute mentre più raramente nello stomaco, nel colon e nei polmoni.