Fu in contatto con numerose figure della chiesa riformata italiana del '500, da Fausto Sozzini (o Socini), a cui rivolse una lettera nel 1581 per invitarlo ad evitare eccessi polemici che danneggiavano l'immagine dei transfughi italiani, a Giorgio Biandrata di cui divenne amico durante il soggiorno in Transilvania. Da un punto di vista dottrinario, la posizione dello Squarcialupi non è chiara; solitamente accostato alla dottrina antitrinitaria e anabattista, fu definito da Delio Cantimori "temperamento irrequieto in cerca di fortuna".