Alcune malattie autoimmuni sono pericolose per la vita, e la maggior parte di esse è debilitante e richiede cure continue nel tempo. Ci sono terapie disponibili per ridurre i disturbi e gli effetti di molte malattie autoimmuni ma le cure definitive sono ancora da scoprire. Trattandosi per la maggior parte dei casi di malattie rare, spesso per accertarle definitivamente (diagnosticarle) possono essere necessari anche degli anni.