Poiché i sintomi provocati dai GIST sono pochi, al momento della diagnosi si scoprono tumori già molto grandi. I primi sintomi di pazienti affetti da GIST dipendono dalle dimensioni e dalla localizzazione originaria del tumore. Gran parte di questi tumori viene scoperta durante un'operazione d'urgenza, una visita di controllo o un intervento chirurgico di routine. I sintomi più frequenti dei tumori situati nello stomaco o nel duodeno sono dolori, emorragie nell'apparato gastrointestinale o nausea. Tumori nell'intestino tenue causano dolori, emorragie o stitichezza. In caso di presenza del tumore nell'esofago, anche disturbi alla deglutizione possono indurre ad una prima visita dal medico.