Nel 1772 ottenne la cattedra anatomo-chirurgica all'Università di Modena e Reggio Emilia, che tenne fino al 1783, anno in cui fu chiamato dalla Corte di Vienna all'Università di Pavia. In entrambe le città si adoperò per la costruzione di un teatro anatomico: quello di Modena fu inaugurato nel 1775, mentre quello di Pavia (aula Scarpa) nel 1785. Pavia, che all'epoca costituiva il centro più importante della Penisola in campo scientifico, permise ad Antonio di divenire una figura di primo piano negli ambienti scientifici europei.