L'aura, che si presenta con uno scotoma scintillante, è considerata un disturbo poligenetico complesso: si tratta di una sorta di "tempesta cerebrale", cioè un'onda di intensa attività delle cellule nervose che si diffonde attraverso una zona insolitamente ampia della corteccia, particolarmente focalizzata nelle aree che controllano la visione (occipitali), seguita da un'onda di inibizione neuronale diffusa.