Gli ormoni ipofisari possono essere sostituiti indirettamente somministrando i prodotti delle ghiandole effettrici: idrocortisone (cortisolo) per l'insufficienza surrenale, la levotiroxina per l'ipotiroidismo, il testosterone per l'ipogonadismo maschile e l'estradiolo per ipogonadismo femminile (di solito associato ad un progestinico per inibire gli effetti indesiderati sull'utero). L'ormone della crescita è disponibile in forma sintetica, ma deve essere somministrato per via parenterale (per iniezione). L'ormone antidiuretico può essere sostituito con la desmopressina (DDAVP) in compresse o spray nasale. In generale, la dose più bassa del farmaco sostitutivo è utilizzata per ripristinare l'omeostasi e correggere gli squilibri. Dosi eccessive potrebbero causare effetti collaterali o complicanze. Coloro che richiedono l'idrocortisone vengono solitamente consigliati di aumentare la dose durante le situazioni fisicamente stressanti, come gli infortuni, i ricoveri ospedalieri, le cure dentali e quando vi sono momenti in cui la normale dose può essere inadeguata, mettendo a rischio il paziente di crisi surrenalica.