Un'altra delle imprese del Brambilla fu quella di mettere ordine nell'armamentario chirurgico; egli tentò di migliorare la conoscenza dei chirurghi dal punto di vista tanto teorico quanto pratico. La sua opera di maggior prestigio fu "Instrumentarium chirurgicum militare Austriacum", pubblicata in lingua tedesca nel 1780 e in lingua latina nel 1782. L'opera consta di sessantasette tavole, con raffigurazioni di strumenti usati dai chirurghi militari austriaci. Tali tavole rappresentavano gli strumenti a dimensione naturale e riportavano la spiegazione di come e in quale situazione utilizzarli. Nell'introduzione dell'opera Brambilla passava in rassegna le forme morbose suscettibili di trattamento chirurgico, elencando i vari tipi di intervento con notizie storiche sui loro inventori e frequenti riferimenti alla propria esperienza clinica.