McKusick morì di cancro all'età di 86 anni, il 22 luglio 2008, nella sua casa appena fuori Baltimora, a Towson, nel Maryland. Il 21 luglio, il giorno prima di morire, assistette in diretta streaming ad un corso di genetica medica da Bar Harbor, nel Maine; si trattava dello stesso corso su base annuale che aveva contribuito a fondare e dirigere nel 1960.