L'ultima serie di geni espressi dal batterio costituisce i "late genes" ("geni tardivi"), tra cui le proteine istoniche, e le proteine di superficie, che serviranno a "Chlamydophila" per lisare la cellula-ospite, consentendo alla progenie batterica di diffondersi e infettare nuove cellule. Tra le proteine di superficie, ricordiamo: