Per i pazienti con diagnosi di NSCLC in stadio I e II, prima della terapia, la prognosi è determinata soprattutto dalla sede del tumore e dalla diffusione linfatica. L'età maggiore di 60 anni ed il Performance Status sono importanti in quanto condizionano la possibilità di intervento chirurgico.Il Performance Status, la perdita di peso, il sesso maschile e il numero di metastasi sono invece i fattori prognostici principali per i pazienti in stadio III e IV. Allo stato attuale l'unico marcatore genico che si è dimostrato utile nell'applicazione clinica è l'oncogene K-RAS. I pazienti con mutazioni puntiformi a carico di questo oncogene presentano una prognosi significativamente sfavorevole in termini d'intervallo libero da malattia e sopravvivenza, indipendentemente dallo stadio della malattia. La mutazione è presente nel 20-30% dei NSCLC, con netta prevalenza per l'adenocarcinoma (30%).Poiché oltre il 50% dei NSCLC presenta mutazioni di p53 e dal momento che queste costituiscono un'alterazione molecolare molto iniziale, documentabile già in fase preinvasiva, l'analisi delle mutazioni di questo gene appare attualmente la più informativa e utile nella diagnosi precoce, in particolare del carcinoma squamocellulare.Un'ulteriore possibilità, che consente di rilevare alterazioni molecolari in genere antecedenti a quelle che coinvolgono i geni del controllo della crescita, è la ricerca dell'instabilità dei microsatelliti.L'aumentata espressione dell'oncogene c-ERB-B2/neu è stata segnalata come potenziale marcatore sulla citologia dell'espettorato ma, benché documentabile in cellule bronchiali morfologicamente normali, presenta un'alterata espressione solo nel 30% dei NSCLC ed ha limitate applicazioni nei programmi di screening [25].Anche l'attività della telomerasi sembra poter rappresentare un fattore prognostico sfavorevole nel carcinoma del polmone. L'iperattività della telomerasi nel carcinoma del polmone è correlata a prognosi peggiore [28].Durante la normale divisione cellulare l'accorciamento dei telomeri porta all'invecchiamento della cellula e questo ne regola la mortalità. I telomeri sono mantenuti integri nelle cellule staminali normali dalla telomerasi, che è un enzima ribonucleoproteico.La telomerasi usa il suo RNA per risintetizzare il DNA dei telomeri che viene perso durante la normale replicazione cellulare. Un'abnorme espressione di tale enzima può causare l'immortalizzazione delle cellule e facilitarne la trasformazione a carcinoma. In particolare tale attivazione si verifica nei SCLC; in questo istotipo l'elevata attività telomerasica si accompagna ad un aumentato tasso di replicazione cellulare.Alcuni studi hanno dimostrato un'attività telomerasica nei casi di NSCLC con p53 mutata.Si pensa che sebbene le mutazioni di p53 alterino la capacità di controllare la proliferazione cellulare finché l'attività della telomerasi è assente si ha comunque una limitazione al numero di divisioni. Sembrano quindi necessari difetti sia in p53 sia nella telomerasi perché la cellula vada incontro a replicazione incontrollata. Probabilmente i due eventi sono indipendenti, infatti è segnalata la presenza di cellule con p53 normale che hanno un'aumentata attività telomerasica. In queste cellule la proliferazione viene controllata da p53, ma a lungo andare l'elevato tasso di replicazione espone ad un aumentato rischio di insorgenza di nuove mutazioni, che, se si localizzano in p53, facilitano lo sviluppo tumorale [29].