Il protocollo operativo adottato dal CIDIGEM prevede diversi step, codificati in quanto a durata generale e a frequenza degli incontri con i diversi specialisti del gender team. Il percorso di transizione si enuclea dunque attraverso le seguenti fasi:1. colloquio di accoglienza;2. valutazione psicodiagnostica;3. Esperienza di Vita Reale (EVR);4. Riassegnazione Chirurgica di Sesso (RCS);5. follow-up.