Studi scientifici hanno dimostrato per l'ajoene numerose proprietà che potrebbero giustificarne l'uso in medicina. Può agire come antiossidante, inibendo il rilascio di superossidi, come antitrombotico e come antivirale, in particolar modo contro "Vaccinia", "Herpes simplex", "Rhinovirus", virus parainfluenzali umani e il virus della stomatite vescicolare. Nell'infezione da HIV pare bloccare i processi virali dipendenti dalle integrine. L'ajoene ha dimostrato anche attività antibatteriche e antifungine, in particolare nell'infezione da "Candida albicans" e da "Tinea pedis". È stato studiato inoltre come farmaco da utilizzare nel trattamento della leucemia mieloide acuta, mentre parrebbe ridurre le dimensioni tumorali nel carcinoma basocellulare inducendo apoptosi e inibendo in generale la crescita dei tumori agendo sui microtubuli del citoscheletro e mediante altri meccanismi. Nel 2012 è stato dimostrato che l'ajoene inibisce i geni controllati mediante il sistema del "quorum sensing".