In un ridotto numero di persone, la brachiterapia può provocare effetti collaterali a lungo termine a causa di danni o alterazioni di tessuti o di organi adiacenti. Effetti indesiderati a lungo termine sono generalmente di intensità lieve o moderata. Per esempio, problemi urinari e digestivi possono persistere a seguito della brachiterapia per il cancro del collo dell'utero o della prostata.