Il tipo C (NPC) è ulteriormente suddiviso in C1 e C2, in base allo specifico gene difettoso coinvolto; il 95% dei casi di NPC è dovuto a mutazioni del gene che produce la proteina NPC1; il rimanente 5% è causato da mutazioni del gene per la proteina NPC2. Entrambe le proteine sono presenti all'interno dei lisosomi e controllano il movimento del colesterolo e di altri lipidi (in particolare gli sfingolipidi) all'interno delle cellule. Un loro cattivo funzionamento provoca un accumulo di queste sostanze all'interno dei lisosomi che interferisce con lo svolgimento delle funzioni cellulari fisiologiche e causa danni agli organi periferici e al tessuto nervoso.