Con i bifosfonati orali, i principali effetti avversi che si possono verificare consistono in diarrea, nausea e dolori addominali. Tra gli altri effetti, si ricorda la possibilità di infiammazione ed erosione dell'esofago. Per tale motivo è bene rimanere in posizione seduta o eretta per 30 minuti dopo l'assunzione e si sconsiglia l'uso di questi prodotti in persone con problematiche esofagee.