I frammenti C3b o C4b, derivanti dall'attivazione della via classica o della via alternativa del complemento, rivestono il microrganismo che ne ha provocato l'attivazione e legandosi ai relativi recettori specifici espressi sui neutrofili e sui macrofagi ne attivano la fagocitosi, cioè l'inglobamento del microrganismo all'interno di queste cellule. In genere il solo legame con le proteine del complemento non basta a indurre la fagocitosi, che viene efficientemente attivata dal legame di immunoglobuline (anticorpi). 