Molto raramente le mutazioni di altri geni coinvolti nel metabolismo delle lipoproteine possono essere responsabili di ipercolesterolemia familiare.Il sequenziamento del DNA di individui affetti da ipercolesterolemia familiare in cui non è stato possibile rilevare alcuna mutazione in LDLR, APOB o PCSK9 hanno permesso di scoprire mutazioni dominanti dei geni APOE (codificante per l'apolipoproteina E) e STAP1 (codificante per la proteina adattatrice di trasduzione della proteina 1), ma questi casi rimangono eventi estremamente sporadici.