Il mesna è utilizzato nella profilassi della tossicità a livello del tratto urinario nei pazienti trattati con ciclofosfamide e ifosfamide. È importante iniziare la somministrazione di mesna contemporaneamente a quella di ifosfamide o addirittura prima. Per le sue proprietà mucolitiche il farmaco è indicato nel trattamento di affezioni respiratorie caratterizzate dalla presenza di eccessive secrezioni mucose.