Il farmaco viene rapidamente eliminato e l'emivita è di solo 1-3 ore. L'eliminazione è composta da una fase iniziale rapida, dovuta alla distribuzione ai tessuti altamente perfusi, incluso quello cerebrale, seguita da ridistribuzione ai tessuti poveri di lipidi. La fase terminale riflette il momento del metabolismo del farmaco e la ridistribuzione ai depositi di grasso scarsamente perfusi. Non è noto se il metoesital passi nel latte materno. È probabile che attraversi la barriera placentare.