L'aspetto che più li differenziava era la concezione dell'inconscio. Per Freud l'inconscio alla nascita era vuoto e durante la vita si riempiva di quanto per la coscienza era "inutile" o dannoso per l'Io (rimozione). Invece per Jung la coscienza nasceva dall'inconscio, che aveva quindi già una sua autonomia. Inoltre, per Jung, la psicoanalisi di Freud teneva poco conto della persona nel suo contesto vitale. Invece Jung, che dava importanza alla persona e al suo contesto, fondò la "psicologia analitica", che voleva essere uno strumento per guarire da patologie psichiche ed una concezione del mondo, o meglio, uno strumento per adattare la propria anima alla vita e coglierne le potenzialità di espressione e specificità individuale. Chiamò questo percorso "individuazione".