Sebbene l'infezione sia a carico delle cellule basali (per mezzo dell'inserzione del genoma di HPV con quello autosomico dell'ospite), la replicazione avviene all'interno delle cellule dello strato più esterno (es. in via di desquamazione). In situazioni normali. queste cellule sono ferme allo stadio G1 del ciclo cellulare, ma in caso di infezione da HPV esse riprendono a moltiplicarsi, entrando in successive fasi S. Questo è dovuto alla proteina E7, che si lega all'oncosoppressore Rb (iperfosforilato) e ne promuove la degradazione proteasoma-associata.