Oltre ad essere molto sensibili ai cambiamenti del loro ambiente, ogni microglia sorveglia fisicamente il suo dominio regolarmente. Questa azione è svolta negli stati ameboide e ramificata. Mentre si muove nella sua regione di spazio, se trova del materiale estraneo, cellule danneggiate, cellule in apoptosi, grovigli neurofibrillari, frammenti di DNA, o placche la microglia si attiverà e fagociterà il materiale o la cellula con cui è venuta in contatto. In questo modo le cellule microgliali agiscono anche da “spazzini”, pulendo gli eventuali detriti cellulari.