Ancora oggi l'unico fattore predittivo del decorso della malattia e della risposta ai trattamenti disponibili, in particolare alla terapia ormonale, risulta essere lo stadio di malattia. Non sono infatti ancora note caratteristiche biologiche e/o anatomiche del tumore o caratteristiche dell'ospite in grado di predire l'andamento della malattia. Alcuni fattori sono risultati predittivi in certi studi, ma poco significativi in altri.Occorre considerare separatamente i fattori prognostici clinici e quelli patologici.I primi si desumono dall'esame clinico, dalle analisi ematochimiche, dagli studi di imaging e dalla valutazione istologica della biopsia; i secondi prevedono la valutazione dell'intera prostata e quindi la sua rimozione.La scelta terapeutica risulta essere ovviamente guidata dai fattori clinici, che giocano pertanto un ruolo di particolare importanza. Tra questi i più importanti sono: il dosaggio serico del PSA, la valutazione del Gleason Score del prelievo bioptico, la stadiazione TNM, e l'aspettativa di vita del paziente influenzata dalle eventuali comorbidità. Alcuni studi hanno valutato anche l'utilità prognostica del numero di campioni bioptici positivi e dell'estensione del tumore in ciascun frustolo. Nel carcinoma della prostata rivestono una grande importanza il grado di differenziazione istologica (il Gleason Score) e il valore del PSA; ancor di più rispetto allo stadio clinico (cTNM) il quale ancora oggi pur avvalendosi di metodiche sofisticate quali ad esempio la risonanza magnetica endorettale, presenta percentuali elevate di sottostadiazione.Per stabilire la probabilità di invasione extracapsulare, di metastasi linfonodali e stimare la sopravvivenza del paziente in relazione al trattamento scelto è molto utile il ricorso ai nomogrammi 95 .La stratificazione del rischio più usata è quella di D'Amico 3 che stratifica i pazienti in tre classi di rischio: basso rischio (pazienti con PSA ≤ 10 ng/ml, Gleason Score bioptico ≤ 6, stadio clinico T1c o T2a), rischio intermedio (pazienti con 10 < PSA ≤ 20 ng/m, Gleason Score bioptico 7, stadio clinico T2b), pazienti ad alto rischio (pazienti con PSA > 20 ng/ml, Gleason Score ≥ 8, stadio clinico ≥ T2c).In seguito a prostatectomia radicale invece, l'intera ghiandola ed eventualmente i linfonodi possono venire valutati microscopicamente e quindi si può conoscere con sicurezza la reale estensione locale del tumore. Lo stadio anatomopatologico della malattia (pTNM) riveste quindi molta più importanza dello stadio clinico (cTNM). Le principali caratteristiche che consentono di prevedere la progressione della malattia sono state valutate attraverso lo studio di analisi multivariate 96 .Queste sono rappresentate dall'invasione delle vescicole seminali, che si associa ad un rischio di ripresa biochimica di malattia a 5 anni tra il 40 e il 47%; dalla metastatizzazione linfonodale pelvica, che porta tale rischio a un valore compreso tra il 15 e il 35%; dallo stato dei margini chirurgici, con un rischio di progressione del 50% nel caso di margini positivi. Un altro importante fattore prognostico indipendente è rappresentato dal Gleason Score, in questo caso valutato sull'intera ghiandola dopo intervento di prostatectomia radicale.  Categoria III: tutti gli altri fattori non ancora studiati sufficientemente da dimostrare il loro valore prognostico (invasione perineurale, angiogenesi, rotondità nucleare, fattori cariometrici, markers proliferativi, differenziazione neuroendocrina, derivati del PSA, geni dell'apoptosi, oncogeni) 97 Pertanto secondo la WHO è raccomandata l'adozione di tutti i fattori raggruppati nella categoria I, mentre i fattori appartenenti alla categoria II possono essere usati a discrezione del medico. L'utilizzo di qualsiasi fattore della categoria III non è ancora raccomandato per l'uso routinario, poiché devono ancora essere ottenute evidenze scientifiche che ne possano chiarire il significato prognostico.