L'esame dell'encefalo con tomografia computerizzata (TC) o con Risonanza Magnetica (RM) è fondamentale per la diagnosi della NCC. Entrambe le metodiche sono valide per lo studio dell'idrocefalo e delle lesioni intraparenchimali attive. La TC consente la diagnosi nella maggior parte dei casi di NCC, soprattutto nelle forme parenchimali multifocali. Alla TC senza mezzo di contrasto sfuggono le lesioni isodense (della stessa densità) al parenchima cerebrale. La TC è migliore della RM per lo studio delle forme calcifiche intracerebrali. La RM è superiore alla TC per lo studio delle lesioni parenchimali nello stadio vescicolare e delle forme extraparenchimali, intraventricolari, cisternali, subaracnoidee e spinali. La RM evidenzia la presenza del protoscolice, più spesso e meglio della TC (vedi figura), ed è superiore nel dimostrare l'infiammazione perilesionale. La TC costa di meno della RM ed è più facilmente disponibile nelle zone di endemia.