Nel 1969, fu fra i co-fondatori del National Association for the Repeal of Abortion Laws (NARAL), gruppo di attivisti che promosse la legalizzazione dell'aborto negli Stati Uniti. Nathanson divenne il primo direttore della clinica abortista di Manhattan, a New York. La Corte Suprema legalizzò nel '73 l'aborto teoricamente fino all'ultimo mese di gravidanza.