La mortalità è molto alta, se la sindrome non viene riconosciuta in tempi brevi e trattata con antibiotici ad ampio spettro assieme a cure intensive. Una diagnosi tempestiva della sindrome di Lemierre è importante e permette di ridurre sia la morbosità che la mortalità connesse ad essa. In caso di diagnosi non tempestiva, aumenta la temperatura corporea e si verifica una trombosi della vena giugulare, spesso sepsi ed emorragie interne. Meningite, encefalite, problemi con fegato e reni, ma soprattutto una polmonite sono spesso complicanze della malattia.