* La tolleranza centrale è indotta in linfociti immaturi autoreattivi nei confronti di antigeni degli organi linfoidi primari. Ciò permette che non vi siano linfociti B immaturi in grado di reagire contro gli antigeni self presenti nel midollo osseo e linfociti T immaturi in grado di reagire contro gli antigeni self nel timo. Questo fenomeno è possibile poiché durante la maturazione dei linfociti B nel midollo osseo e dei linfociti T nel timo quei linfociti che riconoscono antigeni self ivi presenti subiscono delezione clonale e muoiono per apoptosi oppure, nel caso dei linfociti B, sono costretti a subire un processo di editing recettoriale che non li renderà più reattivi verso il self (nel caso in cui lo fossero anche dopo l'editing morirebbero per apoptosi). Una piccola parte dei linfociti T CD4+ reattivi verso il self può però differenziarsi in linfociti T CD4+ regolatori evitando l'apoptosi. 