Il filgrastim è in genere somministrato in 10 microgrammi/kg 10 per 4-5 giorni durante la raccolta delle cellule staminali. Gli effetti negativi documentati del filgrastim includono rottura della milza (rischio 1 in 40000), sindrome da distress respiratorio (ARDS), emorragia alveolare e reazioni allergiche (di solito espresse nei primi 30 minuti, rischio 1 su 300). In aggiunta i livelli di piastrine ed emoglobina non tornano alla normalità fino a un mese.