Nel 1921 Gerty iniziò a lavorare presso il "Karolinen Children's Hospital" di Vienna, dove condusse studi e pubblicò diversi articoli sul cretinismo, ora considerata una deficienza tiroidea congenita. Nell'Europa di quegli anni le opportunità di lavoro erano piuttosto esigue: la ricerca a cui erano interessati i due coniugi era considerata di bassa priorità e tra i vari scienziati quelli più richiesti erano i fisici. 