Negli anni, Fagioli si è spesso interessato di politica, collaborando con personaggi, entità politiche e testate giornalistiche o riviste di sinistra (area politica alla quale egli dichiarava di appartenere). L'attività "politica" di Fagioli era comunque precipuamente intellettuale, e volta ad un ripensamento della sinistra su nuove, e spesso eterodosse, basi culturali e antropologiche; ciò gli ha spesso provocato conflitti, e necessarie rotture. Nel 1975 tiene, presso l’Università degli Studi di Siena, un seminario sul Capitale di Karl Marx, mentre agli anni 1979 - 1981 risale una duplice collaborazione, con il Partito Comunista Italiano da un lato, e con il quotidiano Lotta Continua dall’altro. A parte tre interventi alla Festa dell'Unità di Bologna del 1980, Fagioli è autore di numerosi articoli indirizzati a, e pubblicati su "Lotta Continua"; il tutto è in seguito raccolto sulla rivista "Il sogno della farfalla". Tra la fine degli anni ’90 ed il primo decennio del 2000, è invece celebre (nonché travagliato) lo scambio con Fausto Bertinotti, allora segretario del Partito della Rifondazione Comunista. In seguito, Fagioli avrà scambi e contatti anche con il Partito Radicale, tanto con la rivista Quaderni Radicali, quanto più specificamente con Marco Pannella ed Emma Bonino.