Il mio lavoro si trasferisce ora sul programma di molecular modeling che mi permetterà, in successivi steps, di costruire il modello per omologia del canale del potassio umano hERG: MOE, Molecular Operating Environment. [36] Carico la sequenza amminoacidica della singola subunità del canale potassico hERG in formato FASTA utilizzando il percorso MOE/Window/Sequence Editor/File/Open e scegliendo il file in cui è stata memorizzata la sequenza in questione.A questo punto voglio ottenere in MOE esclusivamente la sequenza amminoacidica delle subunità 5 e 6, mantenendo la numerazione originale dei residui, che può essere visualizzata cliccando su "Display" e "Residue UID". Seleziono con il mouse il primo residuo amminoacidico e, tenendo premuto il tasto "shift", clicco sul residuo 539: saranno così selezionati tutti gli amminoacidi compresi tra i due, che dovranno essere eliminati usando la funzione "Delete Selected Residues", accessibile dal comando Edit. Eseguo la stessa operazione per gli amminoacidi compresi tra i residui 671 e 1159. Salvo la sequenza amminoacidica ottenuta (File/Save).Nello stesso pannello Sequence Editor, in cui è presente il mio target, carico (File/Open) le sequenze amminoacidiche dei possibili templates trovati precedentemente con BLASTP. Per visualizzare il nome di ciascuna catena, scelgo, attraverso la modalità Display, "Compound Name". Seleziono tutte le catene Allineamento pairwise: questo primo approccio può essere di tipo progressive (allineamento della sequenza amminoacidica 1 con la sequenza 2, poi allineamento della 3 con quella precedente. Questo metodo, sensibile all'ordine di sequenza, si ripete fin quando tutte le sequenze sono state coinvolte) o di tipo treebased (a tutti gli allineamenti possibili viene assegnato un punteggio di identità, sul quale si baserà l'allineamento definitivo).Riallineamento round-robin: l'allineamento stimato nella fase precedente è rifinito attraverso una singola serie di riallinamenti in cui ogni catena, in successione, è estratta dall'allineamento globale e riallineata con le rimanenti catene.Rifinitura randomized iterative: per ridurre la sensibilità all'ordine in cui le catene sono state processate possono essere costruiti una serie di riallineamenti. Il gruppo di catene allineate è diviso casualmente in due sottoinsiemi. Vengono effettuati allineamenti tra le catene appartenenti ai due sottogruppi. Se il punteggio di identità d'allineamento risulta maggiore rispetto a quelli ottenuti in precedenza, il nuovo allineamento viene accettato.Riallineamento structure-based: le catene che possiedono le coordinate atomiche possono essere riallineate sulla base della loro struttura tridimensionale minimizzando la RMSD (Root Mean Square Deviation) fra gli atomi di carboni α.A questo punto, le catene con la struttura tridimensionale nota sono introdotte nuovamente come un'unità indivisibile tra le catene con struttura incognita e gli allineamenti previsti dagli step 1 e 3 vengono ripetuti.Per comprendere quale tra le sequenze amminoacidiche sarà il mio principale template, esamino la matrice che riporta le percentuali di identità tra i residui amminoacidici. Tale matrice potrà essere visualizzata seguendo il percorso   La minimizzazione dell'energia dei modelli ottenuti può essere condotta in diversi modi. Nel mio caso, il grado di minimizzazione "coarse" prevede esclusivamente la riduzione dei contatti di tipo van der Waals.Clicco su "OK" per dare il via alla costruzione dei modelli per omologia, i cui risultati saranno salvati come "promodelHERG.moe" e "promodelHERG.mdb".Quest'ultimo mi consentirà di prender visione, attraverso una tabella, dei calcoli effettuati durante il processo di costruzione dei dieci modelli per omologia.Viene inoltre riportato un undicesimo modello, forma intermedia degli altri dieci (figura 36).     Sulla base dei risultati ottenuti con questo strumento e con quelli precedentemente utilizzati, ho proseguito il mio lavoro con il modello 8 e il modello 8-fixed.