Nella pratica clinica per la valutazione del FOP vengono utilizzati due esami strumentali: l'ecocardiografia trans esofagea (ETE) e il doppler trans cranico (DTC).Entrambi vengono eseguiti dopo iniezione di un mezzo di contrasto eco-rilevabile in una vena periferica, generalmente del braccio, sia in condizioni basali sia dopo esecuzione della manovra di Valsalva che determinando un aumento della pressione in atrio destro permette di rilevare o incrementare il passaggio del contrasto dalla circolazione venosa a quella arteriosa.I mezzi di contrasto usati sono due: uno a base di microparticelle di galattosio (Echovist) che dissolte ed agitate in acqua sterile determinano la formazione delle micro bolle che vengono poi iniettate, l' altro formato da soluzione salina isotonica e aria miscelati in siringa sterile in modo che si formino le micro bolle. I risultati ottenuti con i due diversi tipi di contrasto sono praticamente sovrapponibili [49]. Recentemente si è dimostrato che miscelando 8 ml di soluzione salina,1 ml di aria e 0,5 ml di sangue del paziente si ha un aumento nel numero e nella durata delle micro bolle [50].L'ecocardiografia trans esofagea, attraverso l'introduzione della sonda in esofago e dunque praticamente a contatto con la superficie posteriore del cuore, permette una precisa visualizzazione anatomica del setto interatriale e quindi il rilevamento di shunt funzionali a questo livello tramite l'uso del contrasto.Il doppler trans cranico è una metodica meno invasiva che permette di rilevare il passaggio del contrasto a livello delle arterie cerebrali medie grazie a due trasduttori posizionati a livello dell'arcata zigomatica tra l'orbita e l'orecchio esterno (finestra temporale) che traducono il transito delle micro bolle come segnali acustici percepibili e spikes visibili sul monitor collegato perché emettono segnali di ampiezza maggiore rispetto alla colonna ematica. Tali segnali vengono indicati con il nome di "Segnali Microembolici" (SME).Questa tecnica venne usata per la prima volta con lo scopo di valutare lo shunt destrosinistro nel 1991 da Teague e Sharma [51] che dimostrarono la sensibilità del DTC nel rilevare a livello cerebrale il passaggio di eco-contrasto proveniente da uno shunt interatriale.