Nel sistema nervoso si hanno infarti emorragici plurimi e proliferazione delle cellule della glia. Nei vasi sanguigni sono stati rintracciati depositi di fibrina tuttavia non è chiaro se vi possa essere una coagulazione intravascolare disseminata in quanto segni di laboratorio in tal senso non sempre vi sono. Antigeni virali sono stati rintracciati in vari organi, soprattutto nel fegato, nei reni, nella milza e nell'ipofisi. Nelle persone sopravvissute, inoltre, il virus è stato isolato nella camera anteriore dell'occhio (fino a 4-5 settimane dalla malattie) e nel liquido seminale (fino alla dodicesima settimana).