Sono difetti della colonna vertebrale, consistenti solitamente in piccole vertebre ipoplastiche o emivertebre, dove quindi si è formata solo la metà dell'osso. Circa il 70% dei pazienti presentanti VACTERL presentano anomalie di questo tipo. In giovanissima età sono raramente problematiche, ma con l'andar degli anni queste anormalità portano al rischio di gravi forme di scoliosi o curvatura abnorme della colonna.