Il flupentixolo viene somministrato per via orale come cloridrato e per via parenterale come decanoato. La preparazione orale di flupentixolo è una miscela dei due isomeri ("cis" e "trans"), mentre per la preparazione iniettabile depot (flupentixolo decanoato) viene utilizzata solo la forma "cis". Nel trattamento delle psicosi la dose orale di cloridrato equivale a 3-9 mg di flupentixolo da somministrare due volte al giorno (dose massima raccomandata: 18 mg/die). Nel trattamento delle psicosi di tipo cronico si somministra l'estere decanoato partendo da una dose iniziale di prova di 20 mg (1 ml di soluzione oleosa al 2%). In base alla risposta del paziente nei 5-10 giorni successivi, alla dose prova si possono far seguire dosi di 20-40 mg ad intervalli di 2-4 settimane. Sempre in base alla risposta del paziente possono risultare necessari dosaggi superiori ai 40 mg che dovrebbero essere somministrati in due dosi da iniettare in due siti distinti. Nel trattamento degli stati depressivi il flupentixolo cloridrato si somministra per via orale a dosi iniziali equivalenti a 1 mg di flupentixolo al giorno; tale dose può essere aumentata fino ad un massimo di 3 mg al giorno. Agli anziani dovrebbero essere somministrati dosaggi ridotti.