La prognosi è globalmente sfavorevole; la malattia ha una durata che varia da diversi giorni ad alcune settimane e in molti casi conduce a morte entro 3-6 mesi 247 . La sopravvivenza media dei pazienti colpiti da PML natalizumab-associata è all'incirca del 77% e i fattori prognostici positivi sono la giovane età, il basso valore di EDSS pre-PML, la bassa carica virale nel LCS, le lesioni unifocali visualizzate alla RMN e la diagnosi precoce 252 . I pazienti che sopravvivono quasi sempre accusano una compromissione neurologica permanente più o meno grave.