La sospensione del baclofene può provocare una sindrome di astinenza che assomiglia a quella delle benzodiazepine e dell'alcool. I sintomi da astinenza sono più probabili se il farmaco viene utilizzato per lunghi periodi di tempo (più di un paio di mesi) e possono essere causati da dosi basse o alte. La severità della sindrome dipende dalla velocità con cui viene sospeso il baclofene, così che per ridurre al minimo i sintomi la dose deve essere diminuita lentamente fino alla sospensione della terapia. La sindrome acuta può essere interrotta riprendendo la somministrazione.