Ha studiato medicina presso la Friedrich-Wilhelms-Institut di Berlino, e fu allievo di Johann Lukas Schönlein (1793-1864) e Ludwig Traube (1818-1876). È stato poi professore di medicina presso le università di Königsberg, Strasburgo e Berlino. Leyden era un'influenza molto importante per la carriera di Ludwig Edinger (1855-1918), e durante il suo mandato presso l'Università di Königsberg ha lavorato a stretto contatto con Otto Spiegelberg (1830-1881) e Friedrich Daniel von Recklinghausen (1833-1910). Tra i suoi allievi più noti e assistenti c'erano Hermann Nothnagel (1841-1905), a Königsberg, e Hermann Ludwig Eichhorst (1849-1921), a Berlino.