Prima dell'avvento dei test per rilevare le tossine di "C. difficile", la diagnosi più spesso veniva fatta mediante colonscopia o sigmoidoscopia. La comparsa di "pseudomembrane" sulla mucosa del colon o del retto è altamente suggestiva, ma non diagnostica della condizione. Le pseudomembrane sono composte da un essudato fatto di detriti infiammatori e globuli bianchi. Anche se la colonscopia e la sigmoidoscopia sono ancora impiegate, ora test delle feci per la presenza di "C. difficile"le tossine sono spesso l'approccio diagnostico di prima linea. Di solito, solo le due tossine, A e B, vengono testate tossina anche se l'organismo ne produce molte altre. Questo test non è accurato al 100% ed ha una notevole percentuale di falsi negativi anche con test ripetuti.