Nei casi più gravi di CIDP, quando i farmaci immunomodulatori di seconda linea non sono efficienti, a volte viene eseguito il trapianto autologo di cellule staminali ematopoietiche. Il trattamento può indurre remissione a lungo termine anche in casi gravi di CIDP refrattari al trattamento. Per migliorare il risultato, è stato suggerito che dovrebbe essere iniziato prima che si sia verificato un danno assonale irreversibile. Tuttavia, non è disponibile una stima precisa della sua efficacia clinica per CIDP, in quanto non sono stati condotti studi randomizzati controllati.