La matrice ungueale rappresenta l'altro strato germinativo dell'unghia ed è presente a livello della radice. In particolare la matrice è la principale produttrice della lamina e responsabile della formazione dell'estremità libera. Le cellule che nascono dalla matrice infatti, essendo bloccate dal vallo e dall'eponichio, si spostano in direzione prossimo-distale causando uno slittamento di tutti i cheratinociti dell'unghia. La mancanza di più dei due terzi della matrice impedisce il riformarsi della nuova unghia.