Anche la professione iniziò ad andar male e il suo studio dentistico fallì, così nel 1850 iniziò a dedicarsi anche all'attività agricola. Nel 1854 il Senato degli Usa decise di compensare lo scopritore dell'anestesia con un premio di 100.000 dollari ma il grande numero di rivali che lo pretendevano (Wells, Jackson, Long e molti altri ancora) rese impossibile a Morton di ottenerlo. Allora questi fece un ultimo tentativo querelando la U.S. Army per aver usato illecitamente il suo brevetto, senza riconoscergli i diritti. Il suo caso tuttavia fu chiuso e di conseguenza il brevetto fu dichiarato invalido. In effetti Morton, durante le battaglie di Frederiksburg, Chansellorsville e del Wilderness aveva partecipato come medico chirurgo volontario e aveva applicato l'etere a più di duemila soldati feriti ma la sua denuncia era solo un modo per dimostrare che egli si era sempre considerato in possesso del brevetto e quindi l'inventore dell'anestesia.