Nel 1908 si reca alla clinica universitaria per malattie nervose e mentali dell'Università di Jena diretta dallo zio Otto, docente di psichiatria, tra l'altro allievo di Jean-Martin Charcot e psichiatra personale di Friedrich Nietzsche. Nel 1909 ritorna alla clinica di famiglia Sanatorium Bellevue, di cui prende la direzione nel 1911 dopo la morte prematura del padre, incarico che terrà fino al 1956, quando gli subentrerà il figlio Wolfgang (1914-1993). Il "Sanatorium Bellevue", sotto la sua direzione, diventerà punto di riferimento internazionale per medici, psicologi e filosofi che vogliono confrontarsi con il suo nuovo indirizzo, l'antropoanalisi o "Daseinanalyse", in cui coniuga magistralmente la psichiatria e la psicoanalisi con le teorie filosofiche heideggeriane e husserliane.