La prima è data dall'insuccesso della coltura, cosa che avviene in 1 caso su 300. La seconda è dovuta alla possibile contaminazione del liquido amniotico con materiale materno. Tale errore, secondo alcuni studi, avviene molto raramente (0,3%) se si ha l'accortezza di gettare le prime gocce di liquido che fuoriescono dall'ago. La terza è il riscontro di aberrazioni cromosomiche generatesi in vitro, durante la coltura, note come "pseudomosaicismi". Queste sono solitamente isolate ad un unico clone cellulare, ma presenti in un'unica coltura e solitamente si tratta di anomalie talmente bizzarre, come le "tetraploidie", che non sono riscontrabili in natura sui vivi.