Tuttavia, studi compiuti sulla popolazione in Europa, India, Sud America, Australia e negli Stati Uniti indicano che la prevalenza nei bambini può essere compresa tra lo 0,33% e l'1,06% (con una punta del 5,66% evidenziata in uno studio su bambini Sahraui) e tra lo 0,18% e l'1,2% negli adulti. Nelle popolazioni che ricevono cure primarie quando accusano i sintomi gastrointestinali, la prevalenza della malattia celiaca sale a circa il 3%. Secondo dati pubblicati dall'Associazione Italiana Celiachia, in Italia si stima la presenza di circa 380.000 persone celiache (incidenza di 1/150 sulla popolazione italiana di 57.000.000 individui), l'85% dei quali (323.000 individui) asintomatici non diagnosticati, mentre solo il 15% dei malati (57.000 pazienti) soffrirebbe quindi di una forma di celiachia sintomatica. Secondo la Relazione annuale al Parlamento sulla celiachia del 2011, a cura del Ministero della Salute, in Italia 135.800 persone si sono sottoposte ai test e sono risultate positive, ma in realtà sono solo un quarto dei celiaci stimati, che ammonterebbero dunque a circa 540.000, quasi 1 su 100 considerando l'intera popolazione italiana.