Pedro Cuatrecasas è noto per l'invenzione e lo sviluppo della cromatografia di affinità. Ha contribuito alla scoperta, allo sviluppo e alla registrazione di più di quaranta medicinali, tra i quali azidotimidina (AZT, usato nel trattamento dell'AIDS), aciclovir (anti-erpetico), permetrina, bupropione (antidepressivo atipico), sumatriptan (utilizzato nelle cefalee), tacrina (inibitore dell'acetilcolinesterasi utilizzato nel trattamento dell'Alzheimer), gabapentin, troglitazone (per il trattamento del diabete mellito di tipo 2, ritirato per epatotossicità) e atorvastatina (trattamento dell'ipercolesterolemia).