Le fistole che determinano il segno clinico della fecaluria sono generalmente di origine infettiva (rottura in vescica di un diverticolo rettale o sigmoideo infetto), infiammatoria (tipica l'associazione con la malattia di Crohn) o tumorale (invasione della parete vescicale da parte di una neoplasia del colon). Nella maggioranza dei casi la fecaluria si associa ad infezioni ricorrenti delle vie urinarie od a pneumaturia (emissione di aria durante la minzione). In letteratura sono comunque riportati casi estremamente rari di fistole entero-vescicali causanti fecaluria secondarie a complicazioni di cateterizzazione urinaria.