Smith ritornò in Inghilterra nel gennaio 1837 e poco dopo pubblicò i cinque volumi delle "Illustrazioni di Zoologia del Sudafrica" (1838-50). Avanzò rapidamente tra le gerarchie del servizio medico fino alla nomina come Direttore-Generale dei Servizi Medici dell'Esercito nel 1853. Durante la guerra di Crimea fu il responsabile dell'organizzazione dei servizi medici, ma contro di lui vennero scagliate accuse di inefficienza ed incompetenza dal Times e da Florence Nightingale. Una commissione di inchiesta lo esonerò da ogni responsabilità e ricevette onorificenze dalle università e da società di studi. I problemi di salute non gli permisero di venire rieletto nel 1858, quando venne nominato Cavaliere Commendatore del Bagno.