L'intervento chirurgico è l'unico trattamento efficace. La chirurgia di riparazione dell'ipospadia corregge gravi problemi infantili e che potrebbero insorgere nell'età adolescenziale e adulta come difficoltà nella normale minzione (specie da in piedi), infezioni ricorrenti, disfunzioni sessuali (difficoltà di penetrazione ed eiaculazione, sterilità indiretta) e previene possibili gravi sofferenze psicologiche. L'operazione può svolgersi singola o in multi-stadio e di solito consiste in: