Nel luglio 2014 è stato nominato dal governo Renzi commissario straordinario per l'Istituto superiore di sanità, il più importante istituto di ricerca sanitario italiano. Ricciardi provvide, in un'ottica di "spending review", ad un riordino delle strutture dell'ente, che portò tra l'altro allo smantellamento del Centro nazionale di epidemiologia, sorveglianza e promozione della salute, nonostante l'appello contrario di 234 operatori di sanità pubblica.