Nella primavera del 1656 Borelli lasciò Messina al fine di occupare la cattedra di matematica all'Università di Pisa, conferitagli dal Granduca Ferdinando II. Il 19 marzo dello stesso anno tenne la sua prima lezione pisana ma con scarso successo. Non passò molto tempo però che quegli stessi allievi dovettero ricredersi sulle qualità del maestro. Tra i suoi più illustri discepoli, merita di essere citato Alessandro Marchetti.