L'ospedale è collegato alla fermata Cascina Gobba M2 attraverso un "people mover", dalle linee automobilistiche interurbane 925 (Cascina Gobba M2 - Milano 2) e 923 (Aeroporto di Linate - Osp. San Raffaele). La "metro leggera" entra nel centro del complesso ospedaliero e staziona presso il "Centro Servizi".