Di ritorno a Parigi, il famoso chirurgo nel 1798 si imbarcò dapprima per l'Egitto a capo di 108 chirurghi, e successivamente per la Siria. Un particolare episodio è collegato alla campagna egiziana: durante la prima battaglia di Abukir Larrey operò il generale Fugières che, sentendosi vicino alla fine a causa di una ferita mortale, donò una spada preziosa a Napoleone, il quale accettò affermando che l'avrebbe donata all'uomo che stava cercando di salvargli la vita. Sulla lama fece infatti incidere due nomi: Abukir, Larrey. Nel 1802 il chirurgo fu nominato medico superiore della Guardia dei Consoli, nel 1804 ricevette la croce di ufficiale della Legione d'Onore e nel 1805 fu nominato Ispettore Generale della sanità dell'esercito. Fu membro della Massoneria.