Nell'autunno del 1931, i docenti universitari furono obbligati a prestare un giuramento di fedeltà al fascismo; soltanto in 12 si rifiutarono, perdendo la cattedra e il lavoro. Mario Carrara fu uno di questi, e venne escluso da tutte le cariche pubbliche. Nella primavera del 1935 la sua casa fu perquisita nell'ambito dell'operazione che portò all'arresto di Vittorio Foa e Massimo Mila; nell'ottobre 1936 fu arrestato per attività contro il regime fascista, e solo la sua età avanzata lo salvò dal confino. Detenuto alle carceri Nuove di Torino, dove continuò a lavorare al suo "Manuale di medicina legale", morì nel giugno successivo.