Le infezioni batteriche stimolano un'intensa risposta neutrofilica, la quale non è sufficiente ad eradicare l'infezione, ma porta al rilascio di mediatori pro-infiammatori, di agenti chemiotattici (CXC) e stimola un influsso continuo di cellule infiammatorie.All'aumentare della carica batterica a livello polmonare, la risposta infiammatoria si intensifica (56).Si hanno, inoltre, prove dello sviluppo di una risposta infiammatoria sproporzionata rispetto alla minaccia infettiva. I topi con alterazioni del CFTR, infatti, presentano maggiori concentrazioni di mediatori infiammatori nel fluido del BAL ed una mortalità aumentata rispetto ai controlli, successivamente all'instillazione intrabronchiale di PA (57). I topi con alterazioni del CFTR sviluppano spontaneamente la sovraespressione del canale del sodio tipica dei pazienti FC, la quale porta alla produzione di chemochine, tumor necrosis factor (TNF α) e all'influsso di neutrofili. Un'ulteriore attivazione del canale epiteliale del sodio causata da PA potrebbe accrescere la risposta infiammatoria.Studi hanno dimostrato che, conseguentemente all'infezione da parte di PA, mediatori dell'infiammazione si concentrano a livello del sottile strato di fluido periciliare (deidratato in conseguenza delle alterazioni del CFTR discusse nel paragrafo precedente).Questo causa lo sviluppo di un effetto gradiente a livello epiteliale, con conseguente esagerata risposta infiammatoria che porta ad un aumento delle concentrazioni di chemochine intraepiteliali. Tuttavia, sono stati rilevati aumenti delle concentrazioni di neutrofili ed IL8 indipendentemente dal patogeno che ha causato l'infezione. La natura polimicrobica dell'infezione in FC, la quale è caratterizzata anche dalla colonizzazione da parte di batteri anaerobi, potrebbe andare ad esacerbare la risposta infiammatoria e alcuni dati confermano che i livelli di markers infiammatori nel fluido dei BAL aumentano all'aumentare del numero delle diverse specie batteriche riscontrate (58).Per quanto riguarda le infezioni virali, si osserva una correlazione tra l'acquisizione di infezioni respiratorie e l'aumento delle ospedalizzazioni, il ridotto accrescimento e la riduzione della funzionalità polmonare. Si ritiene che i Rhinovirus siano una delle maggiori cause di riacutizzazioni respiratorie nei pazienti FC, indipendentemente dalle infezioni batteriche.La causa di ciò potrebbe essere legata non solo alla capacità dei virus di favorire lo sviluppo di infezioni batteriche, in particolare un'acquisizione più precoce di PA, ma anche e soprattutto poiché favoriscono lo sviluppo di meccanismi di antibioticoresistenza i quali, a loro volta, provocano un aumento della risposta infiammatoria.Questa affermazione è corroborata da dati che dimostrano come le colonie mucoidi di PA, sviluppatesi nel corso di infezione da Rhinovirus, scatenino una risposta infiammatoria maggiore rispetto ai controlli non infettati contemporaneamente dai virus.Da questo risulta che i virus contribuiscono all'infiammazione polmonare in FC sia direttamente, sia andando a modificare i patterns di antibiotico-resistenza della flora batterica causando una maggiore risposta infiammatoria (59).Anche le infezioni fungine potrebbero avere un ruolo nello sviluppo di una maggiore infiammazione polmonare nei pazienti FC. Nel modello murino, infatti, l'esposizione alle ife di Aspergillus fumigatus causa infiammazione polmonare profonda e provoca un aumento della risposta infiammatoria, caratterizzata prevalentemente dalla presenza di cellule T helper di tipo 2 (Th2) e di alti livelli di Interleuchina 4 (Il4) a livello delle vie aeree. Inoltre l'inalazione delle ife induce la secrezione di mediatori infiammatori quali la proteina infiammatoria macrofagica 2, chemochine e la proteina chemiotattica dei macrofagi 1. Inoltre, si sviluppa una esagerata risposta linfocitaria, accumulo di mucina e conseguente danno polmonare (60).