La terapia con saquinavir è estremamente specialistica e deve essere iniziata e successivamente condotta da un infettivologo specializzato nella cura delle infezioni da HIV. Il trattamento degli adulti si esegue ad un dosaggio raccomandato di 1000 mg (equivalenti a 5 capsule), due volte al giorno, associati a 100 mg di ritonavir, sempre due volte al giorno, assunto in contemporanea a saquinavir, entro due ore dalla assunzione di cibo. La terapia deve essere eseguita in combinazione con altri farmaci inibitori della proteasi (PI) e inibitori non nucleosidici della trascrittasi inversa.<br>