Questo episodio ha fatto nascere la leggenda, riportata da diversi autori, secondo cui il Tagliacozzi sarebbe stato, dopo la sua morte, processato e condannato dall'Inquisizione asserendo che la Chiesa ritenesse la chirurgia plastica contraria alla volontà di Dio; ma in realtà non solo questo tipo di opposizione religiosa non ha alcun fondamento storico, ma anche diversi fatti della vita del Tagliacozzi rendono impossibile pensare che egli potesse essere in qualche modo inviso all'autorità ecclesiastica. Dai documenti risulta infatti che la vita del Tagliacozzi fu improntata ad una perfetta osservanza dei precetti religiosi; egli fece l'esame di fede cattolica due volte prima di essere ammesso all'esame di laurea nel 1570 e nel 1576; fece il suo testamento alla presenza di un parroco e lasciò del denaro per costruire una cappella nella chiesa di San Giovanni Battista, dove sua figlia Lucrezia, che era suora, divenne più tardi madre superiora. Inoltre, come già visto più sopra, il Tagliacozzi fu scelto per revisionare alcuni testi posti all'Indice dei libri proibiti e infine, quando nel 1596 chiese al Senato un ulteriore aumento di stipendio (poi non concesso), due cardinali, da Roma, si interessarono direttamente di appoggiare la sua richiesta, in quanto temevano che il Tagliacozzi potesse lasciare l'Università per mettersi completamente al servizio di qualche principe che gli avesse offerto uno stipendio maggiore. Tutte queste cose, il prestigio di cui godette in vita e gli onori che gli furono tributati alla morte sarebbero stati impossibili se il Tagliacozzi fosse stato sospettato di eresia.