Pfannmüller, fanatico nazista e sostenitore della "bio-genetica razziale", partecipò ad un incontro per i medici ufficiali del partito tenutosi il 10 agosto 1939, per discutere la realizzazione del programma eutanasia. I pazienti del centro di cura Eglfing-Haar furono le prime vittime di questo programma, chiamato Aktion T4.