Per la Food and Drug Administration la fluoxetina è un farmaco da gravidanza di classe C, ovvero i cui studi sugli animali hanno rilevato effetti dannosi sul feto oppure per cui non sono disponibili studi controllati, né su esseri umani né su animali. Di conseguenza la somministrazione di questi farmaci in gravidanza va raccomandata previa un'analisi dei potenziali benefici per la paziente rispetto ai potenziali rischi per il feto. Per questo motivo in generale la somministrazione di fluoxetina durante la gravidanza è sconsigliata e nel caso sia necessario un trattamento antidepressivo la scelta ricade generalmente su altre molecole.