A seguito di somministrazione per via endovenosa la pazufloxacina si distribuisce ampiamente nei diversi fluidi e tessuti biologici, in particolare nel polmone, nelle vie biliari, nei fluidi pleurici e peritoneali, nel liquido cerebrospinale. L'emivita terminale del composto è di 1,5-2 ore. L'eliminazione dall'organismo avviene prevalentemente in forma immodificata per mezzo dell'emuntorio renale. Nell'arco di 24 ore viene eliminata una quota di farmaco pari a oltre il 90%.