Mattioli divenne medico personale di Ferdinando II d'Austria, e dell'imperatore Massimiliano II del Sacro Romano Impero. Questa posizione gli fruttò un'immensa influenza. Era frequente per lui la possibilità di testare gli effetti delle piante velenose sui prigionieri per ottenere le sue opere più popolari. Egli affermò che Jean Ruel aveva fatto cenno di questo nel suo capitolo sul "licopsis"in "Materia Medica". Ciò è falso, ma Mattioli usò la cosa per attaccare Ruel. Egli non tollerava né rivali né correzioni. I naturalisti e medici che osavano dissentire o che lo aveva corretto, venivano attaccati. L'elenco dei personaggi importanti che sono stati ammoniti, sgridati o perseguitati dall'Inquisizione contiene Wieland, Anguillara, Gesner, Lusitanus, ecc. Ciò ha reso le edizioni di "De Materia Medica" di Matiolli onnipresenti in tutto il continente, ma specialmente nel nord Europa.