Recentemente si è compresa l'importanza della risposta immunitaria, in particolare delle IgG dirette contro la tossina A, che sono riconosciute come motivo fondamentale dell'espressione della PMC nell'uomo. I primi eventi critici a seguito dell'esposizione alla tossina sono dovuti al rilascio della sostanza P e di neuropeptidi correlato al gene della calcitonina (CGRP) da neuroni sensoriali afferenti con attivazione dei macrofagi della lamina propria intestinale e dei mastociti. Questi peptidi, a loro volta fanno rilasciare una complessa cascata di altri mediatori infiammatori dalle cellule della lamina propria.