Il farmaco trova impiego anche in alcune glomerulonefriti primitive (malattie infiammatorie a genesi immunologica, che interessano fin dall'inizio i glomeruli renali), in caso di insuccesso delle terapie comuni. In particolare, il MMF viene utilizzato in casi di sindrome nefrosica idiopatica (ossia senza una causa apparente), di glomerulonefrite membranosa e di glomerulonefrite a depositi mesangiali di IgA in caso di mancata risposta terapeutica ai corticosteroidi, alla ciclosporina e ai farmaci citotossici.