Studiò a Praga, Vienna, Breslavia e Würzburg. A Breslavia fu fortemente influenzato dall'opera del fisiologo Jan Evangelista Purkyně (1787-1869). Fu professore presso l'Università di Graz nel 1855 e lavorò in diverse università europee, tra cui Cracovia (1856/57) e Lipsia (dal 1869). Proprio prima della sua morte nel 1873, fondò un istituto fisiologico a Lipsia chiamato ""Spectatorium"". Czermak era membro dell'Accademia austriaca delle scienze.