Più o meno contemporaneamente, l'imaging a risonanza magnetica (MRI) è stato sviluppato da ricercatori tra cui Peter Mansfield e Paul Lauterbur, che nel 2003 ricevettero il premio Nobel per la medicina. All'inizio degli anni '80 la risonanza magnetica è stata introdotta clinicamente e durante gli anni '80 si verificò una vera esplosione di perfezionamenti tecnici e applicazioni diagnostiche della RM. Gli scienziati hanno presto scoperto che i grandi cambiamenti del flusso sanguigno misurati dalla PET potevano anche essere ripresi dal tipo corretto di risonanza magnetica. La risonanza magnetica funzionale (fMRI) dagli anni '90 ha dominato il campo della mappatura cerebrale a causa della sua bassa invasività, mancanza di esposizione alle radiazioni e disponibilità relativamente ampia.