L'epidemiologia dei virus basata sulle acque reflue ha il potenziale per informare sulla presenza di focolai virali quando o dove non si sospetta. Uno studio condotto durante la pandemia COVID-19, utilizzando qPCR e/o RNA-Seq grazie all'epidemiologia basata sulle acque reflue, è stata utilizzata in vari paesi come metodo complementare per valutare il carico di COVID-19 nelle popolazioni.