All'interno dell'organismo clorpropamide è parzialmente metabolizzata nella ghiandola epatica, dando luogo a metaboliti attivi e inattivi. L'eliminazione avviene attraverso l'emuntorio renale si come farmaco immodificato che come metaboliti (in particolare 2-idrossi-clorpropamide e p-clorobenzene-sulfanilurea).