Dal 2003 iniziò una nuova fase di ristrutturazione, che procedette un reparto alla volta. Le ultime strutture completate sono state la neurologia e il day-hospital nel luglio 2008, ovvero solo un mese prima dell'annuncio di chiusura nell'agosto 2008. La chiusura improvvisa del 2008 venne motivata dalla Regione Lazio, in quel periodo sotto gestione commissariale, dalla situazione critica del debito sanitario regionale accumulatosi negli ultimi anni. Da quel momento in poi l'edificio rimase inutilizzato.