La possibile tossicità dell'irudina è essenzialmente legata al dosaggio in quanto una elevata quantità può provocare emorragie di intensità variabile (anche gravi). La coassunzione di altri farmaci fluidificanti il sangue può potenziare l'azione dell'irudina e quindi aumentare il rischio di emorragie (aspirina, estratti di ginko biloba, ecc.).