Le conseguenze di questa malattia sono la perdita progressiva e irreversibile della normale capacità di deglutizione (disfagia), dell'articolazione della parola (disartria) e del controllo dei muscoli scheletrici, con una paralisi che può avere un'estensione variabile, fino alla compromissione dei muscoli respiratori, alla necessità di ventilazione assistita e quindi alla morte, in genere entro pochi anni. L'unico modo per prolungare la sopravvivenza del malato è la tracheotomia con la respirazione artificiale: pur in condizione di disabilità estrema, il paziente, se tenuto al riparo da infezioni e malattie respiratorie, può vivere anche 20 anni o più. La SLA non altera le funzioni sensoriali, sessuali e sfinteriali del malato. In una percentuale variabile dal 20 al 30% dei pazienti si può riscontrare una condizione di decadimento cognitivo, il cui esito si risolve in una franca demenza di tipo fronto-temporale in circa il 10% dei pazienti. Alcuni geni, attualmente ancora oggetto di studio, sembrerebbero correlati al processo neurodegenerativo di entrambe le patologie, in particolare c9ORF72.