In ogni caso, lo stimolatore magnetico transcranico non è una cura per l'emicrania e la sua efficacia è stata provata soltanto per il trattamento dell'emicrania con aura. Inoltre, esistono scarse prove scientifiche circa i suoi effetti a lungo termine, mentre è stato dimostrato che durante il trattamento possono presentarsi i seguenti effetti collaterali transitori: