Con il 1192 iniziò il periodo Kamakura, dal nome della città, nei pressi di Tokyo, in cui venne spostata la capitale. In questo periodo si diffuse la figura del bonzo. I bonzi Ippen-Shōnin e Ninshō fondarono molti ospedali e centri per lebbrosi e malati incurabili. Negli stessi anni nacquero altri trattati di medicina come il "Mannan-hō" di Kajiwara Shōzen; il "Jinson-hō", trattato di ostetricia di Aki Morisada e il Kissa-yōjō-ki, manuale per la conservazione della salute attraverso il tè.