Malattie non infettive che possono essere confuse con la febbre emorragica da Ebola sono la leucemia acuta promielocitica, la sindrome uremica emolitica, la carenza di fattori della coagulazione o la presenza di disordini piastrinici come la porpora trombotica trombocitopenica, la teleangectasia emorragica ereditaria, la malattia di Kawasaki ed anche l'avvelenamento da warfarin.