Le sue cause possono essere molteplici. La proctite può essere di eziologia ignota (p. es., proctite ulcerosa o malattia di Crohn) o può derivare da malattie trasmesse sessualmente (p. es., gonorrea, sifilide, di solito secondaria; "Chlamydia trachomatis"; "herpes simplex"; "citomegalovirus" ) o da altre infezioni (p. es., "Campylobacter", "Shigella", Salmonella). Può essere associata a un pregresso uso di antibiotici. Altre cause di proctite includono la radioterapia e la sindrome di "diversione" che si verifica in pazienti che hanno il retto intatto con una colostomia o un'ileostomia. I pazienti immunodepressi sono particolarmente a rischio per le infezioni da herpes simplex e da CMV. In alcuni pazienti, le proctiti aspecifiche evolvono verso la colite ulcerosa cronica o rappresentano una complicanza della malattia di Crohn.