È compreso fra il muscolo elevatore dell'ano e la cute del perineo posteriore ove si apre con l'ano. Misura circa 3 cm. Il suo calibro, allo stato di riposo, è virtuale per l'azione tonica del muscolo sfintere striato. Internamente, dopo l'incisione della parete, il canale anale presenta 8-10 pieghe longitudinali, le colonne rettali di Morgagni. La base di ciascuna colonna è unita a quelle vicine da pieghe trasversali, le valvole semilunari di Morgagni, che hanno il margine libero rivolto in alto. Ogni valvola delimita, assieme alla parete del retto, una tasca, il seno rettale. Sotto le colonne e le valvole semilunari si trova una zona increspata da pieghe raggiate, l'anello emorroidale, che è lungo circa 8-12 mm. Nella zona colonnare del canale anale la tonaca muscolare liscia è costituita da uno strato interno circolare e da uno esterno longitudinale assai consistenti. A livello dei seni rettali lo strato interno si ispessisce formando il muscolo sfintere liscio o interno dell'ano. Questo strato è attraversato da fascetti obliqui che dallo strato longitudinale esterno si portano all'interno. A livello dell'anello emorroidale si distinguono così due strati muscolari lisci longitudinali, uno esterno ed uno interno, ed uno strato intermedio circolare.Sempre in questa zona allo strato longitudinale esterno si uniscono fasci di fibre striate del muscolo elevatore dell'ano. Lo sfintere anale interno è un muscolo involontario che contribuisce alla continenza dell'apparato sfinteriale anale prevalentemente per quanto riguarda i gas e, in misura minore, le feci.La continenza alle feci è deputata sostanzialmente al muscolo sfintere anale esterno striato; muscolo anulare pressoché in continuità con i muscoli elevatori dell'ano che agisce sotto il controllo della volontà. Le fibre lisce longitudinali che attraversano lo sfintere raggiungono la cute. Per queste connessioni muscolari il canale anale è saldamente fissato alle pareti circostanti, cosicché attraverso questa parte fissa può fuoriuscire, invaginandosi, il tratto pelvico del retto (prolasso totale del retto). La sua mucosa, all'altezza dell'anello emorroidale e della zona colonnare, è aderente alla muscolatura, mentre quella del retto pelvico è provvista di uno strato sottomucoso: questa disposizione è alla base della possibilità di estroflessione della mucosa rettale (prolasso mucoso del retto).Nell'uomo il canale anale, nel suo tratto iniziale, ha rapporto anteriormente con l'apice della prostata. Più in basso, si dirige indietro ed è separato dall'uretra, diretta in avanti, da uno spazio, occupato da connettivo denso, che è tanto più ampio quanto più ci si avvicina alla cute: è lo spazio retto-uretrale.Questo spazio, che in sezione sagittale ha la forma di un triangolo (triangolo retto-uretrale), ha una parete posteriore formata dal retto circondato dal suo sfintere esterno ed una anteriore che corrisponde, dal basso in alto, al bulbo uretrale, al muscolo trasverso superficiale del perineo, alla fascia perineale media ed agli organi compresi fra i suoi due foglietti, cioè alle ghiandole di Cowper ed al muscolo trasverso profondo il cui margine posteriore aderisce alla parete rettale. Posteriormente il canale anale contrae rapporti con l'apice del coccige e con i muscoli elevatore dell'ano e coccigeo. Lateralmente corrisponde alle fosse ischio-rettali.Nella donna, il canale anale ha rapporti posteriori e laterali uguali a quelli descritti nell'uomo. Anteriormente invece corrisponde alla vagina ed alla vulva, dalle quali è separata dal triangolo vagino-rettale. Questo spazio connettivale in sezione sagittale ha forma triangolare, presentando un apice, che corrisponde all'estremità inferiore del setto retto-vaginale, ed una base, ampia, costituita dallo spazio che separa la forchetta dall'ano. L'area di questo triangolo è occupata dal centro tendineo del perineo.