Edward continuò la sua formazione da solo. Nel 1858 iniziò a lavorare a tempo parziale all'Accademia di scienze naturali, riclassificando e catalogando gli esemplari, e pubblicò la sua prima serie di ricerche nel gennaio 1859. Cope iniziò a frequentare corsi di francese e tedesco con un ex insegnante di Westtown. Anche se suo padre si opponeva alla carriera scientifica del figlio, pagò gli studi privati del figlio. Invece di lavorare nei campi che suo padre comprava per lui, Edward affittò il terreno e ne utilizzò i proventi per sostenere i suoi sforzi scientifici.