Il secondo monoblocco fu terminato solamente nel marzo del 1988 anche a causa di alcune vicissitudini giudiziarie. Al secondo monoblocco ne seguì un terzo, che venne ultimato nel 1995 e che completò, secondo il progetto iniziale, l'edificio. Negli anni novanta del XX secolo l'area dove sorgeva l'ospedale di Legnano raggiunse una superficie di circa 72 000 metri quadrati, su cui erano presenti 30 edifici. Nel 1992 l'ospedale di Legnano, sulla scorta della riforma del Servizio Sanitario Nazionale () voluta da Francesco De Lorenzo, fu scorporato dall'ASL e si trasformò il azienda ospedaliera venendo dotato di ampia autonomia gestionale e organizzativa. Nel 1998 l'azienda ospedaliera di Legnano venne suddivisa quattro stabilimenti ospedalieri (Legnano, Cuggiono, Magenta e Abbiategrasso), che avevano come punto di riferimento due presidi ospedalieri (Legnano e Magenta). Dal 1998 al 2002 furono istituiti nuovi reparti, tra cui la cardiochirurgia, e costruiti due nuovi padiglioni, che vennero destinati alle malattie infettive e al reparto maternità.