La singolare situazione di Alexis permetteva, semplicemente rimuovendo le bende di protezione, di indagare nel dettaglio i processi digestivi come mai prima di allora era stato possibile. Beaumont offrì quindi al ragazzo di diventare suo assistente di laboratorio, o più correttamente la sua cavia, sottoponendolo a una serie di esperimenti sufficientemente riproducibili. Grazie a Alexis Beaumont quantificò in dettaglio la diversa velocità di digestione degli alimenti, e fu il primo a condurre esperimenti di digestione "in vitro" prelevando succhi gastrici dallo stomaco e studiandone il funzionamento a diverse temperature.