Terminata la sua azione biologica, la serotonina può o venire trasportata dal flusso ematico o essere riassorbita dalle cellule che l'hanno rilasciata mediante un sistema di trasporto attivo (reuptake della serotonina) per venire quindi conservata all'interno delle cellule o degradata da appositi enzimi. Nel sistema nervoso centrale, il 90% della serotonina viene recuperata tramite questo sistema, mentre solo il 10% va dispersa. I trasportatori della serotonina scoperti finora sono due: il SerT (Serotonin Transporter) che per lungo tempo è stato creduto essere l'unica proteina trasportatrice di membrana per la serotonina e che è il target farmacologico di diversi farmaci (antidepressivi SSRI, TCA) o sostanze d'abuso (cocaina, MDMA) e il solo recentemente scoperto trasportatore per le monoamine a bassa affinità (PMAT).