Le controindicazioni al trapianto variano in base alla legislazione del paese e al centro trapianti di riferimento. Le controindicazioni più comuni al trapianto sono: età avanzata, insufficienza cardiaca, insufficienza respiratoria, neoplasie, infezioni in atto, sieropositività a HIV, HBV, HCV, scarsa adesione alla terapia immunosoppressiva.