Ruth Katharina Martha Pfau nacque a Lipsia, in Germania, nel 1929, da una coppia di genitori luterani. Il padre era il manager di una casa editrice, e la famiglia era composta di altre quattro sorelle e un fratello. Negli anni della presa al potere del nazismo, avendo solo quattro anni, Pfau ricordò di "uomini che ostentano la "svastica" sulle loro braccia e marciavano al suono dei tamburi", ma in seguito ricordò anche della scomparsa di un suo compagno di classe ebreo, mai più ritornato, e delle voci che circolavano sui campi di concentramento. Il 4 dicembre 1943, durante la seconda guerra mondiale, la loro casa fu distrutta a seguito di un pesante bombardamento. Nel dopoguerra, quando i sovietici occuparono la Germania orientale, scappò nella Germania occidentale con la famiglia e scelse la medicina come futura carriera.