La diagnosi si basa innanzitutto sul rilievo di una storia di disfagia sia per i liquidi che per i solidi. Dal punto di vista diagnostico è necessario indagare sia la morfologia (radiologia e endoscopia) che la funzionalità (manometria). Tuttavia né l'esame radiologico, né la manometria possono escludere un'acalasia secondaria a cancro. La diagnosi differenziale deve essere posta con le altre cause di disfagia esofagea funzionale ed organica e con le cause di stenosi del cardias. La differenziazione deve considerare in modo particolare le forme secondarie di acalasia, causate da carcinomi infiltranti l'esofago, linfomi, malattia di Chagas, gastroenterite eosinofila e malattie neurodegenerative. L'esofagoscopia con biopsia è indicata per escludere le altre lesioni organiche.