In modo strettamente correlato alla precedente ipotesi, l'aumento delle manifestazioni di esofagite eosinofila, una forma di allergia alimentare, che è aumentata negli ultimi anni pare debba ricondursi all'uso di IPP (inibitori di pompa protonica); ciò perché la diminuita cloridia conseguente all'uso di questi farmaci rende più difficile la digestione delle proteine da parte dell'organismo con la conseguente aumentata permeabilità delle stesse proteine nella mucosa intestinale. L'ipotesi benché ancora non confermata, da studi sull'uomo, è molto plausibile ed interessante.