L'ulcera peptica del bulbo duodenale rappresenta la manifestazione più frequente della sindrome di Zollinger-Ellison. Differentemente dall'ulcera peptica comune associata ad "Helicobacter pylori", le ulcere da sindrome da Zollinger-Ellison sono particolarmente resistenti alla terapia e tendono alla diffusione verso localizzazioni atipiche (porzione distale del duodeno ed intestino) e a complicarsi più frequentemente con perforazione, ostruzione da stenosi od emorragia. Relativamente alla presenza di ipersecrezione acida possono essere presenti anche diversi gradi di esofagite da reflusso (fino all'esofago di Barrett e alla stenosi esofagea) e di malassorbimento per disattivazione degli enzimi pancreatici da parte del diminuito pH con relativa steatorrea associata. La diarrea, presente in circa il 50% dei casi, ha un carattere cronico ed è dovuta sia all'aumento di volume liquido sul piccolo intestino (muco, alimenti non correttamente digeriti, secrezioni acide) che al danno cronico e conseguente perdita delle capacità assorbenti delle cellule del piccolo intestino.