In quello stesso periodo, la salute del principe Alberto cominciava ad essere minata da numerosi acciacchi e preoccupazioni. Già dal 1859 soffriva di violenti crampi allo stomaco e, durante un viaggio a Coburgo nel 1860, saltò da una carrozza in corsa per evitare che i cavalli imbizzarriti si schiantassero. L'anno successivo re Pietro V e principe Ferdinando del Portogallo, suoi cugini, morirono di febbre tifoide, e il figlio Edoardo fu coinvolto in uno scandalo per la relazione segreta con l'attrice dublinese Nellie Clifden. Nonostante manifestasse difficoltà a dormire e numerosi reumatismi, Alberto non si concesse pause: continuò a curarsi delle riforme politiche in atto e riuscì ad evitare il conflitto con gli Stati Uniti ricoprendo un ruolo fondamentale nel celebre "Trent Affair", un incidente diplomatico innescato dal sequestro di due confederati americani a bordo della nave britannica Trent.