Il sito attivo del fattore Xa è suddiviso in quattro "subtasche" note come S1, S2, S3 e S4. La subtasca S1 può essere considerata la componente principale del sito attivo e ne determina la selettività e la capacità di legame. La subtasca S2 è piccola, superficiale e non ben definita. Si fonde con la subtasca S4.