Nacque a Cremona, il padre era un farmacista, Antonio Colombo. Sebbene poco si sappia della sua giovinezza, è comunque noto che intraprese gli studi universitari a Milano e sembra che abbia continuato per qualche tempo l'attività del padre. In seguito abbandonò la professione di farmacista e divenne allievo del chirurgo Giovanni Antonio Lonigo, sotto il quale studiò per 7 anni. Nel 1538 si iscrisse all'Università di Padova, dove si mise in luce come straordinario studente di anatomia. Per i suoi meriti, gli fu assegnata la cattedra di Filosofia all'università. Nel 1542 tornò per qualche tempo a Venezia, per assistere il suo maestro, Lonigo.