L'Ospedale del Ceppo divenne l'ente ospedaliero prioritario della città durante l'epidemia di peste nera che colpì Pistoia nel 1348, per motivi ancora da chiarire dagli storici. Durante questo periodo molti dei ricoverati lasciarono per testamento i loro beni all'Ospedale, il quale si ritrovò al termine dell'epidemia un vasto patrimonio immobiliare. Gli inventari che furono redatti per controllare questo patrimonio sono stati utili per l'approfondimento dello studio urbanistico della Pistoia medievale.