Fin dalla fondazione di "The Lancet", Wakley sostenne l'importanza della figura del medico legale. Egli ottenne questa carica e fu assegnato a West Middlesex nel 1839. Indagò su morti improvvise e non chiare, soprattutto quando i soggetti deceduti erano sotto la custodia della polizia. Wakley dovette spesso indagare su probabili morti a causa di fustigazione, pratica punitiva molto diffusa nell'esercito Britannico. Di enorme rilevanza fu il caso di Hounslow Barracks, in cui il soldato John White morì dopo essere stato fustigato, nel 1846. Il caso venne inizialmente archiviato, dichiarando che la morte avvenne per cause naturali. Wakley però riaprì le indagini interrogando anche il chirurgo dell'esercito, Erasmus Wilson. I due riuscirono a dimostrare che la morte era riconducibile alle 150 frustate che il soldato aveva ricevuto. Grazie a questa inchiesta, la fustigazione come pratica punitiva venne definitivamente abolita nel 1881 tramite l'"Army Act".