Finita la Seconda guerra mondiale, entra al Baylor College of Medicine in qualità di presidente del dipartimento di chirurgia (ruolo che conserverà fino al 1993). Sempre di questo college DeBakey fu presidente (1969-1979), cancelliere (1979-1996) ed in seguito Cancelliere Emerito. Ricopre inoltre l'incarico di professore al Dipartimento di Chirurgia "Michael E. DeBakey" ed è direttore del DeBakey Heart Center.