Tuttavia rimase al Johns Hopkins Hospital fino al 1925, quando, all'età di 54 anni, ottenne un posto presso il Rockefeller Institute di New York. Le ragioni della decisione rimasero non chiare. La ragione prevalente era puramente professionale: al Rockefeller Institute la Sabin avrebbe potuto impegnarsi completamente nella ricerca, evitando di insegnare.. Per tredici anni, lavorò presso il Rockefeller Institute a capo della sezione che studiava gli aspetti cellulari dell'immunità.