Eppure Bolano subì una grave umiliazione: nell'anno in cui si perdono le sue tracce, il 1613, presentatosi a chiedere l'incarico di filosofia nell'Università dove con onore insegnava da oltre quattri decenni, i filosofi ecclesiastici lo contrastarono preferendo il secolare Francesco Riccioli. Il venerando medico-archeologo riottenne l'insegnamento solo per « grazia » del viceré Pietro Giron de Osuna, una nomina, sottolinea Matteo Gaudioso, « peggiore di una sconfitta, forse la prima e ultima umiliazione del Bolano, scomparso successivamente dalla scena. Fu il suo ultimo anno di insegnamento e forse di vita ».