Due caratteristiche importanti dei geni MHC sono l'alto polimorfismo e la codominanza.Il polimorfismo sta ad indicare che esistono molti alleli diversi per ogni gene che codifica per le catene delle molecole HLA [101,108,109] . Tale polimorfismo è talmente grande che praticamente nessun individuo possiede lo stesso set di geni a questo locus, tranne i gemelli monozigoti. Poiché il polimorfismo determina quali peptidi sono presentati, l'esistenza di alleli multipli assicura che ci sia sempre qualche membro della popolazione che potrà presentare un peptide antigenico microbico. E' stato pertanto suggerito che l'evoluzione e il mantenimento del polimorfismo dell'MHC assicuri che la popolazione non soccomba ad un nuovo microrganismo o ad uno vecchio che muti le sue proteine, poiché almeno qualche individuo sarà in grado di innescare una risposta immune verso gli antigeni peptidici del microbo mutato o nuovamente introdotto.Per quanto riguarda la codominanza, essa indica l'espressione, nell'eterozigote per un determinato locus, di un fenotipo diverso da quello dei due soggetti omozigoti per quello stesso locus. Per comprendere questo fenomeno osserviamo prima i geni di classe I. Essi sono di tre tipi, A, B, C e per ognuno di esse troviamo molti alleli. Ogni allele è responsabile della produzione di una molecola diversa dal punto di vista funzionale ed infine ogni individuo possiede nel proprio patrimonio genetico due copie del locus MHC, uno di origine paterna e uno di origine materna (aplotipi). Qualora l'individuo possieda la massima diversità, ossia sei alleli diversi, potrà assemblare 6 molecole HLA differenti.Il medesimo ragionamento può essere applicato per i geni di classe II ma, essendo in questo caso le subregioni -DR, -DQ e -DP codificatrici di più catene ciascuna ed essendo la molecola di classe II un eterodimero di due catene variabili, le possibili combinazioni sono ancora maggiori.Gli alleli HLA sono caratterizzati da frequenze diverse che variano da una popolazione all'altra e la combinazione degli alleli negli aplotipi rispecchia in linea di massima la frequenza dei diversi alleli in una determinata popolazione. Pertanto la frequenza dei diversi aplotipi dovrebbe essere teoricamente deducibile dalla frequenza dei singoli alleli, tuttavia la casualità dell'associazione dei diversi alleli di ciascun locus negli aplotipi HLA non è sempre rispettata, in quanto alcune combinazioni alleliche si osservano con frequenza minore o maggiore di quanto atteso. Viene così a determinarsi uno squilibrio della associazione gametica, più propriamente detto "linkage disequilibrium", che comporta la presenza di aplotipi HLA caratterizzati da frequenze significativamente diverse da quelle teoricamente attese [101,102,103] .