Nell'autunno del 1558, deluso ed amareggiato dalle vicende romane, si trasferì a Venezia, dove entrò in contatto con il mondo degli artigiani, dei carpentieri e specialmente con quello dell'editoria. Qui pubblica la sua prima opera i “Capricci Medicinali”, un'opera medica, di tipo manualistico, che conteneva tutta la medicina fioravantiana, scritta in un linguaggio semplice e accessibile a tutti. La città veneziana era per Fioravanti una fonte inesauribile di medicinali e di erbe provenienti da tutti i continenti. Sempre in questi anni fu incaricato, dal governo della Serenissima, di bonificare la città di Pola, che si trovava in una zona paludosa e malsana. Il progetto del medico bolognese era quello di rendere l'aria della città salutare, coltivando la terra e prosciugando le acque paludose, fonti di infezioni; inoltre riteneva necessaria la pavimentazione delle strade, la creazione di una rete fognaria, per rendere pulite le acque e soprattutto proponeva di mettere delle zanzariere alle finestre. Quest'ultima proposta rivela come Fioravanti avesse capito, già a metà del Cinquecento, che la trasmissione di alcune malattie, come febbre e malaria, dipendesse dagli insetti, che fungevano da veicolo per la malattia, e non dall'aria, come sostenevano i miasmatici.