La porzione di acido decanoico della Daptomicina è sintetizzata dalla sintetizzatrice di acidi grassi (Figura 2). Modificazioni post-traduzionali della proteina trasportatrice di acili (ACP) da una fosfopanteteinatrasferasi (PPTasi) catalizzano il trasferimento di un braccio flessibile di fosfopanteteina dal coenzima A a un residuo di Serina conservato nel dominio dell'ACP catalyzes con la formazione di un legame fosfodiestere. L'olo-ACP possiede ora un tiolo sul quale il substrato e le catene degli acili si legano covalentemente durante l'allungamento della catena. I due domini catalitici sono un'aciltrasferasi (AT) e una chetosintetasi (KS). L'AT ha come substrato il malonil-CoA e trasferisce un acile al tiolo dell'APC. Questa transtiolazione è energicamente neutra. Successivamente, l'Acil-S-ACP viene transtiolato su un residuo di cisteina sulla KS; la KS decarbossila il malonil-S-ACP e forma un β-chetoacil-S-ACP. Questo fa da substrato per il successivo ciclo di allungamento. Prima che il nuovo ciclo cominci, comunque, il gruppo β-chetonico viene ridotto al corrispondente alcol grazie a una reazione catalizzata da una chetoreduttasi (KR), seguita da una deidratazione a olefina catalizzata da una deidratasi (DH). L'olefina viene infine ridotta a metilene grazie a un'enoilreduttasi (ER). Ogni ciclo catalitico della chetosintetasi consiste in una addizione netta di due carboni. Dopo altri tre cicli di allungamento, una tioesterasi catalizza l'idrolisi e quindi il rilascio dell'acido grasso libero C-10.