Cotugno nei suoi numerosi viaggi aveva sempre manifestato interesse per ospedali, biblioteche e musei e si prefissò di allineare Napoli alle grandi città europee, ma i progetti intrapresi si interruppero dopo la Rivoluzione del 1799 per la mancanza di un vero e proprio piano di riforma dello Stato. Ciò che mancò fu la consapevolezza che la scienza avesse bisogno non di rari interventi ma di finanziamenti e riforme riguardanti ogni settore della vita pubblica. In particolare bisognava dare più spazio alle arti applicate, alla tecnica, più che alle scienze pure, per formare cittadini laboriosi nei vari campi della vita civile. A tale scopo venne fondato un Istituto a cui erano collegate tutte le società economiche delle province e del quale Cotugno divenne presidente fino al 1808, anno in cui fu nominato censore della classe di storia naturale.