Il domperidone, dopo somministrazione orale, viene rapidamente assorbito, raggiungendo un picco di concentrazione plasmatica dopo 30-60 minuti. Presenta tuttavia una bassa biodisponibilità, dovuta all'esteso metabolismo di primo passaggio a livello della parete intestinale e del fegato. Essendo scarsamente liposolubile, il domperidone attraversa solo in minima parte la barriera ematoencefalica: ciò ne limita l'azione a livello del sistema nervoso centrale. Il metabolismo epatico avviene mediante reazioni di idrossilazione (catalizzata da CYP3A4, CYP1A2 e CYP2E1) e N-dealchilazione (catalizzata da CYP3A4).