In uno studio in doppio cieco è stata mostrata la presenza di un numero leggermente superiore di batteri nei secreti dei soggetti sani rispetto a quelli affetti da CPPS. Il tradizionale test dei quattro bicchieri messo a punto da Stamey non è valido per la diagnosi di questa patologia e la sede dell'infiammazione non può essere localizzata in nessuna particolare area del tratto genitourinario.