L'aspetto tipico riscontrabile nella SZE è la presenza di numerose ulcere in sede gastrica, duodenale o nell'intestino tenue. Tali ulcere rispondono solo parzialmente alla terapia con inibitori di pompa protonica e tendono a recidivare in sede perianastomotica anche dopo resezione parziale. Può inoltre essere presente gastrite diffusa associata o meno a pliche duodenali e/o gastriche prominenti e a vari gradi di esofagite. Il gastrinoma è confinato nell'80% dei casi nel "triangolo del gastrinoma" (delimitato tra, superiormente, il punto di confluenza del dotto cistico con il coledoco, medialmente lungo l'istmo pancreatico e inferiormente tra seconda e terza porzione del duodeno), benché possa localizzarsi anche nel fegato, nel pancreas, nei linfonodi, ossa, cuore e lungo le membrane mesenteriali.