La dose iniziale di eparina è 4 mg per chilogrammo peso del paziente ed è iniettata dall'anestesista. Il tempo di coagulazione è determinato prima di cominciare la CEC, per assicurare adeguata anticoagulazione. Il tempo di coagulazione è monitorato ogni mezz'ora ed è mantenuto maggiore di 480 secondi da dosi supplementari di eparina.