La serie di videogiochi Fallout dispone di una bevanda chiamata Nuka Cola, ispirata alla Coca-Cola. L'inventore John Caleb Bradberton, è un'unione dei nomi di Pemberton e di Caleb Bradham, inventore della Pepsi-Cola. Nel 2010 la Coca-Cola Company ha deciso di fare un tributo a Pemberton rendendolo protagonista di uno spot sulla Coca-Cola. Nel libro Heck: Where the Bad Kids Go, è presente un professore di chimica noto come Dr. Pemberton. Nell'episodio Profondo Sud della seconda serie del cartone animato Futurama, Pemberton viene citato come "il tizio che ha inventato la Coca-Cola". Nel 2013 viene interpretato da Bill Hader nell'episodio "Atlanta" del Comedy Central's Drunk History.