L'agopuntura cinese considera il corpo umano come un insieme che coinvolge numerosi "sistemi funzionali" che sarebbero in molti casi associabili approssimativamente ad organi fisici. Alcuni di questi sistemi funzionali come il "san jiao" non hanno però organi fisici corrispondenti. La malattia viene interpretata come la perdita dell'omeostasi tra i vari sistemi funzionali, e il trattamento della stessa viene tentato modificando l'attività di uno o più di questi sistemi, mediante l'azione degli aghi, della pressione, del calore, ecc. in parti sensibili e di piccole dimensioni del corpo dette punti di agopuntura o "xue" (穴, cavità in cinese).