Focolai di virus Nipah sono stati segnalati in Malesia, Singapore, Bangladesh e India. La più alta mortalità per infezione da virus Nipah si è verificata in Bangladesh. In Bangladesh, le epidemie si verificano in genere nella stagione invernale. Il virus Nipah è apparso per la prima volta in Malesia nel 1998 nella Malesia peninsulare nei suini e negli allevatori di suini. A metà del 1999, in Malesia erano stati segnalati più di 265 casi umani di encefalite, inclusi 105 decessi, e 11 casi di encefalite o malattie respiratorie con un decesso sono stati segnalati a Singapore. Nel 2001, il virus Nipah è stato segnalato nel distretto di Meherpur, Bangladesh e Siliguri, India. Un focolaio è apparso nuovamente nel 2003, 2004 e 2005 nel distretto di Naogaon, distretto di Manikganj, distretto di Rajbari, distretto di Faridpur e distretto di Tangail. In Bangladesh, ci furono anche focolai negli anni successivi.