La parola "farmacognosia" deriva dai termini greci "φάρμακον" pharmakon (farmaco o veleno) e γνῶσις "gnosis" (conoscenza). Il termine "farmacognosia" è stato usato per la prima volta del medico austriaco Johann Adam Schmidt nel 1811 in "Lehrbuch der Materia Medica" e nel 1815 da Anotheus Seydler in un lavoro intitolato "Analecta Pharmacognostica". Nel XIX secolo e all'inizio del XX secolo il termine "farmacognosia" era usato per definire una branca della medicina o della merceologia che ha a che fare con i farmaci nella loro forma grezza, non purificata, ovvero come droga. Le droghe sono sostanze di origine vegetale, animale o minerale seccate e non purificate usate come medicamenti. Lo studio di questi materiali sotto il nome di "farmacognosia" si è sviluppato inizialmente nelle aree europee di lingua tedesca, mentre in altri Paesi si preferiva la dizione latina "materia medica" tratta dai lavori di Galeno e Dioscoride. In tedesco viene anche usato come sinonimo il termine "drogenkunde" ("scienza delle droghe").