La riduzione della fertilità è in questi casi subordinata a uno squilibrio ormonale, con ridotta stimolazione testicolare da parte delle gonadotropine. Si tratta generalmente di condizioni rare.L'ipogonadismo ipogonadotropo è spesso idiopatico e secondario a patologie ipofisarie o ipotalamiche.Nei pazienti con insorgenza dell'ipogonadismo in età pre-puberale, la diagnosi è generalmente posta prima di procedere ai test sulla fertilità, in quanto tale situazione può associarsi ad un ritardo di sviluppo o ad insufficienza tiroidea o surrenalica.La terapia sostitutiva con testosterone è un trattamento adeguato negli adolescenti, ma per avviare la spermatogenesi è necessario istituire una terapia con FSH.