Nelfinavir può essere utilizzato anche in soggetti in precedenza trattati e scarsamente rispondenti ad altri inibitori della proteasi. La scelta del tipo di terapia antiretrovirale deve basarsi sul rischio di progressione della malattia, tenendo conto delle concentrazioni di HIV RNA, della conta di cellule CD4+, della precedente risposta ed esperienza del paziente con altre terapie antiretrovirali e di farmaci e trattamenti concomitanti.