Nessun tipo di intervento è esente da rischio, e l'ETS possiede sia i normali rischi chirurgici, come il sanguinamento e le infezioni post-operatorie, sia molti rischi specifici, tra i quali cambiamenti permanenti e inevitabili delle funzioni nervose. Molti pazienti, in maggioranza giovani donne, sono morti durante l'intervento. Fino al 5% di pazienti può presentare un sanguinamento significativo durante e dopo l'intervento.