**Il rigetto cronico si presenta in circa la metà dei pazienti e si manifesta dai tre ai cinque anni dopo l'intervento. È caratterizzato da tosse, dispnea e una riduzione irreversibile ai test di funzionalità polmonare; la principale alterazione morfologica correlata al rigetto cronico è la bronchiolite obliterante con parziale o completa obliterazione delle piccole vie aeree da parte della fibrosi, con o senza infiammazione acuta. Nei casi di lunga durata si possono manifestare bronchiectasie.