La dieta alcalina, poiché tende a privilegiare taluni alimenti anziché altri, può risultare poco bilanciata e carente di nutrienti come gli acidi grassi essenziali e i composti fitochimici. Il maggiore pericolo deriva tuttavia dal credere che questo tipo di dieta possa sostituire le tradizionali terapie di comprovata efficacia, esponendo quindi la persona a gravi conseguenze.