Esiste un ruolo confermato da notevole letteratura tra il sistema HLA e le patologie trombocitopeniche tra le quali va inquadrata la VITT o VIPIT; infatti è noto che nella trombocitopenia autoimmune il sistema dell'HLA può provocare una risposta immunitaria contro le piastrine che si traduce nella degradazione delle piastrine nel sangue periferico e possibile sanguinamento nel paziente. Inoltre gli alleli HLA possono essere utilizzati come biomarcatori prognostici per i disturbi immunologici delle piastrine come ITP, TTP e HIT.