Un'ipossia intrauterina del feto causa molteplici danni all'organismo, tra i quali una iperperistalsi a livello gastrointestinale che comporta un'espulsione precoce del meconio nel liquido amniotico. In secondo luogo, l'ipossia porta a un meccanismo di respirazione bronchiale intrauterina patologico, che sommato al primo aspetto ha come diretta conseguenza l'aspirazione di piccole particole di meconio. Esse si depositano a dipendenza della loro grandezza nei bronchi/bronchioli e causano un'atelectasia e un enfisema post-stenotici. La sintesi di surfactant viene soppressa e a livello intrapolmonare si possono creare shunts.