Può capitare che il mixoma vada incontro a degenerazione, divenga fragile e si frammenti in minuscoli pezzettini. Se i frammenti passano dal cuore nel circolo sanguigno (nelle arterie) possono ostruire un vaso e bloccare la circolazione. Si tratta di una temibile evenienza con conseguenze di gravità variabile in base alla sede e all'estensione del blocco del flusso sanguigno. Se ostruisce un vaso del cervello, ad esempio, può causare un ictus.