Nello stesso momento in cui la medicina giapponese mostrava vivo interesse per la medicina occidentale, conservava, per la medicina cinese, ammirazione e predilezione. I giapponesi raggiunsero così in quegli anni un sincretismo che da una parte vedeva l'anatomia e la chirurgia occidentale e dall'altra la clinica, la semiologia e la medicina legale di matrice cinese. La scuola di Li-Tchou nata nel XIII secolo, nella seconda metà del Settecento fu affiancata da un'altra scuola di medicina, fondata da Liou e Tchang. Questa seguiva le teorie cinesi dei soffi sull'organismo, secondo le quali ogni viscera corrispondeva a un elemento dello yin o yang e si basavano sul concetto che la malattia era un corpo estraneo da estirpare. Importante esponente di questa scuola fu Kagawa Shūwan (1683-1755), che compose un'opera di patologia e una di farmacologia. La medicina cino-giapponese nel corso dell'Ottocento continuò ad occuparsi anche di massaggi, moxibustione ed agopuntura. Tali discipline si svilupparono moltissimo in questi anni prendendo le distanze dalle tecniche cinesi, poiché i Giapponesi cercarono di integrarle con la medicina occidentale. Nel 1800 fu pubblicato un famoso trattato sui massaggi di nome "Fujibayashi Ryōhaku".