Tali strutture si occupano dell'attuazione del programma socio-sanitario regionale e dell'erogazione dei servizi sanitari tramite soggetti pubblici e privati, nonché del controllo della salute e prevenzione negli ambienti pubblici e lavorativi. Ogni ATS è poi suddivisa in diversi dipartimenti specializzati nelle singoli funzioni della struttura: dipartimento di igiene e prevenzione sanitaria, dipartimento delle cure primarie, dipartimento per la programmazione - accreditamento - acquisto delle prestazioni sanitarie, dipartimento veterinario e sicurezza degli alimenti di origine animale, dipartimento amministrativo - di controllo e degli affari generali e legali, dipartimento della programmazione per l'integrazione delle prestazioni sociosanitarie con quelle sociali.