Gran parte delle attività dell'AOU Policlinico - Vittorio Emanuele vengono svolte nei presidi ospedalieri "Vittorio Emanuele" e "Gaspare Rodolico". Il primo, ubicato in pieno centro storico in via Plebiscito 628, è dotato di un pronto soccorso generale e pediatrico, ed è sede dell'attività di emergenza-urgenza dell'azienda infatti in essa insistono i reparti di ortopedia, l'UTIC, la chirurgia toracica e diversi reparti di chirurgia generale. Il secondo, ubicato in via Santa Sofia 78 - sede amministrativa dell'AOU - è deputato alla formazione degli studenti e degli specializzandi, e in esso insistono numerose cliniche universitarie e vi convivono specialità di base con alte specialità quali la neurochirurgia e la chirurgia vascolare e dei trapianti.