Il reflusso vescico-ureterale di per sé non dà luogo ad alcun sintomo. Questi sono invece legati alla comparsa di infezioni delle vie urinarie, in particolare pielonefrite: in questo caso il soggetto colpito manifesterà febbre elevata associata a brividi, dolore lombare e frequentemente nausea e vomito. Spesso inoltre sono presenti sintomi vescicali, quali bruciore e urgenza minzionale con aumentata frequenza delle minzioni (pollachiuria). Con il passare degli anni, nelle forme più gravi, le pielonefriti recidivanti possono portare ad insufficienza renale cronica.