A partire dal 30 settembre 2005 la fusafungina è stata ritirata dal mercato francese (assieme a bacitracina, gramicidina e tirotricina) dall'AFSSAPS ("Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé"), in quanto non sono state rilevate evidenze sulla sua reale efficacia terapeutica ed, anzi, è stato valutato il rischio che tale principio attivo contribuisca alla selezione di microrganismi antibiotico-resistenti.