Un DIA può essere diagnosticato mediante l'ecocardiogramma transesofageo (ETE) o quello transtoracico (ETT), o con il doppler transcranico (TCD) (o ecocolor Doppler transcranico, TCCD) mediante mezzo di contrasto, che come sistema diagnostico ha un costo più basso e permette una precisa diagnosi dell'entità dello shunt ma non ne permette la localizzazione.