I sistemi CRISPR-Cas sono divisi in tre tipi principali (tipo I, tipo II e tipo III) e dodici sottotipi, in base al contenuto genetico e alle differenze strutturali. Tuttavia, la caratteristica principali che differenzia i sistemi CRISPR-Cas sono i geni cas e le loro proteine: i cas1 e cas2 sono universali per tutti i tipi e sottotipi, i cas3, cas9, cas10 sono tipici del tipo I, tipo II e tipo III, rispettivamente.