Ha sviluppato terapie efficaci per malattie che un tempo erano fatali, come la poliarterite nodosa, la granulomatosi di Wegener e la granulomatosi linfomatoide. Un'indagine della Stanford University Arthritis Center del 1985, commissionata dalla "American Rheumatism Association", classificò il lavoro di Fauci sulla terapia della poliarterite nodosa e sulla granulomatosi di Wegener come uno dei più importanti progressi nella gestione dei pazienti reumatologici nei vent'anni precedenti.