Nel 1687 la Royal Society pubblicò l'"Opera omnia" di Malpighi, ma nonostante la sua crescente fama a livello internazionale, l'opposizione bolognese non si attenuò. Nel 1676 il valore dei lavori di Malpighi venne messo in dubbio e ridicolizzato dal botanico Giovanni Battista Trionfetti, dall'arcidiacono Anton Felice Marsili e dagli eterni nemici Paolo Mini, allievo dello stesso Malpighi, e Giovanni Girolamo Sbaraglia. Per di più, un incendio, che nel 1683 distrusse la sua casa di città insieme a tutti i suoi strumenti e manoscritti, e i crescenti problemi di salute contribuirono a offuscare la sua vita.