Il meccanismo patogenetico, in grado di indurre la lesione linfomatosa, è rappresentato da un'abnorme risposta immunitaria, fatta dai linfociti T, allo stimolo costituito dall'infezione. L'eliminazione di quest'ultima, cioè l'eradicazione dell'"H. pylori", indurrebbe nelle forme a basso grado di malignità una regressione della lesione e perciò il trattamento del batterio è considerato, insieme a una sorveglianza clinico-ematologica, il primo livello di terapia. Mentre questa strategia è sicuramente vantaggiosa sul breve periodo, non è ancora ben chiaro il destino di questi pazienti, per cui la gestione da intraprendere deve essere improntata su una certa prudenza.