La risonanza magnetica nucleare (RM) può risultare utile specialmente in pazienti con condizioni che controindicano l'esecuzione di una TC con mezzo di contrasto endovenoso. Infatti la RM ha una sensibilità nell'individuazione di una colite ischemica comparabile a quella della TC, con in aggiunta, il vantaggio del mancato utilizzo di radiazioni ionizzanti. Poiché il suo impiego in pronto soccorso è molto limitato, viene utilizzata nel follow-up dei pazienti in fase sub acuta o cronica.