Nato a Londra, il 13 luglio 1527, John Dee era il figlio unico di Roland Dee (mercante di tessuti e sarto alla corte di Enrico VIII, morto nel 1555) e di Jane Wild. All'età di 15 anni si trasferì a Cambridge per frequentare il St. John's College. In un diario scrisse che restava sui libri per ben 18 ore al giorno. Terminati gli studi con il baccalaureato nel 1546, fu nominato membro del Trinity College. Poco dopo fece un viaggio di studi in Olanda, dove incontrò anche Gerardo Mercatore.