In alcuni casi, come nella trasposizione dei grossi vasi (l'arteria polmonare e l'aorta), il dotto di Botallo deve rimanere pervio. In questa condizione cardiovascolare, la pervietà di tale dotto è l'unico modo perché il sangue ossigenato si possa mescolare con il sangue non ossigenato. In questi casi, le prostaglandine vengono utilizzate per mantenere il dotto aperto.