Per la prima volta nella storia della medicina appare la parola "cervello", mai usata in nessun altro trattato medico di questa età e di tutto il Terzo Millennio a.C. (la prima discussione sul cervello era stata ritrovata all'interno di alcuni documenti medici greci, circa 2500 anni dopo questo trattato egizio). All'interno del papiro il chirurgo descrive esternamente il cervello, paragonando le circonvoluzioni cerebrali alle corrugazioni derivanti da una scoria metallica. Esso contiene la prima descrizione conosciuta delle strutture craniche, con le meningi, la superficie esterna del cervello, il fluido cerebrospinale, e le pulsazioni intracraniche. In uno dei casi di rottura sminuzzata del cranio, il chirurgo tratta della "rottura di un sacco contenente gli emisferi cerebrali" (con riferimento alle membrane meningee). Nonostante la cultura egizia riconoscesse il cuore e l'addome come sedi della conoscenza e dell'intelligenza, il chirurgo del papiro Smith osserva, per la prima volta, che le ferite al cervello hanno delle ripercussioni su altre parti del corpo, specialmente sugli arti inferiori. Il cervello viene, dunque, considerato il centro di controllo dei movimenti del corpo. Strabiliante è inoltre osservare il ruolo centrale nel controllo nervoso attribuito alla colonna vertebrale, la cui lesione era stata registrata dal papiro come capace di compromettere le funzioni motorie e sensoriali (anche se in nessun caso il chirurgo riconosce alcuna relazione tra il cervello e la spina dorsale).