In meno del 5% dei casi geni specifici giocano un ruolo più significativo, arrivando a essere causa della sindrome del cancro ereditario della mammella e dell'ovaio. Ciò include gli individui che sono portatori del gene BRCA1 e BRCA2. Queste mutazioni rappresentano fino al 90% dell'influenza genetica totale, con un rischio di cancro al mammella che varia dal 60% all'80% nei soggetti colpiti. Altre mutazioni significative sono quelle legate alla proteina p53 (sindrome di Li-Fraumeni), PTEN (sindrome di Cowden) e STK11 (sindrome di Peutz-Jeghers) , CHEK2, ATM, BRIP1 e PALB2. Nel 2012, i ricercatori hanno dimostrato che vi sono quattro tipi di tumore alla mammella distinti geneticamente.