La stragrande maggioranza delle intolleranze al latte, e non delle vere allergie, è invece da imputarsi a un'intolleranza al lattosio, spesso sopravveniente progressivamente in età adulta, o a seguito di stati patologici. Nell'ambito del precedentemente descritto processo d'idrolisi del lattosio interviene un deficit di produzione da parte delle cellule intestinali del duodeno dell'enzima "lattasi". La permanenza del lattosio indigerito ne determina la fermentazione da parte della flora intestinale con produzione di gas e acidi organici, e richiamo nel colon per osmosi di acqua con conseguente flatulenza, meteorismo, crampi addominali, diarrea e in assenza di provvedimenti, dimagrimento. La deficienza di lattasi nell'intestino, a parte casi estremi di drastici interventi chirurgici, non è mai totale, e non viene ritenuta necessaria una idrolisi totale del lattosio nei latti "delattosati", il cui uso continuato potrebbe invece ingenerare una riduzione dell'enzima naturalmente prodotto e contenuto nel tratto intestinale a livello dei microvilli.