La pirarubicina è controindicata nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo. È inoltre controindicata in caso di insufficienza cardiaca, gravidanza ed allattamento. Il farmaco non deve essere impiegato nei pazienti che hanno avuto un recente infarto del miocardio e nei soggetti che hanno già sviluppato aritmie ventricolari. In caso di insufficienza epatica (in particolare in caso di disfunzioni nel metabolismo della bilirubina) o renale, esiste il rischio di accumulo di pirarubicina con conseguente aumento della tossicità.