Nel tratto infiammato dell'intestino si possono sviluppare delle comunicazioni anomale, denominate fistole, dovute all'approfondimento di ferite (ulcere) che perforano la parete intestinale creando una comunicazione con le anse intestinali adiacenti, con la parete addominale o con la parete di organi vicini (fistole enteroenteriche, enterocutanee, enterovescicali, enterovaginali). Le ulcere possono anche determinare la comparsa di ascessi all'interno dell'addome (intraddominali).