Nel 1983 Gurdon assume una cattedra di biologia cellulare presso l'Università di Cambridge, successivamente si trasferisce al Wellcome Trust/Cancer Research Campaign Institute (in seguito Wellcome Trust/Cancer Research UK Gurdon Institute), un'istituzione con sede a Cambridge co-fondata nel 1989 ed intitolata a suo nome nel 2004. Nel 2001 lascia la direzione dell'Istituto per concentrarsi sulla ricerca a tempo pieno.