Sono necessari protocolli di infezione rigorosi per ridurre al minimo questo rischio di trasmissione. Le misure di controllo delle infezioni, come indossare guanti e dispositivi medici non critici utilizzati per una singola persona con CDI, sono efficaci nella prevenzione. Funziona limitando la diffusione di "C. difficile" in ambito ospedaliero. Inoltre, il lavaggio con acqua e sapone eliminerà le spore dalle mani contaminate, ma gli sfregamenti delle mani a base alcolica sono inefficaci. Queste precauzioni dovrebbero rimanere in vigore tra quelle in ospedale per almeno 2 giorni dopo l'interruzione della diarrea. 