In un certo numero di casi (secondo alcuni fino alla metà) il rene policistico è asintomatico. Nei rimanenti casi l'aumento progressivo delle dimensioni delle cisti porta a un'alterazione della funzionalità renale, che lentamente evolve verso gradi crescenti di insufficienza renale. Questa è più precoce nei casi di PKD1 rispetto ai casi di PKD2 conducendo all'insufficienza renale terminale, in media a 54 anni nel primo e 74 anni nel secondo caso.