Le ghiandole di Bartolino possono irritarsi o infettarsi, aumentando di volume e diventando dolenti. Questo tipo di patologia, chiamata bartolinite, solitamente può facilmente essere curata dal medico. In alcuni casi essa può portare alla formazione di cisti, chiamate cisti di Bartolino, le quali però si formano più frequentemente a causa di ritenzioni del muco secreto dalla ghiandola all'interno del dotto ghiandolare, che sono generalmente asintomatiche.