Sebbene Galeno dichiari di essere all'oscuro sulla natura o sostanza dell'anima, distingue tre facoltà: razionalità con sede nel cervello, passionalità con sede nel cuore, appetitività con sede nel fegato (quest'impostazione può essere percepita assai vicina a quella odierna per l'importanza che attribuisce al cervello, per la tripartizione delle nostre facoltà, vedi psicologia). Il principio fondamentale di vita era per lui lo "pneuma" (dal Greco πνεῦμα, "pnèuma", "aria, alito, spirito"). Il sistema fisiologico di Galeno sostiene che il cibo venga assimilato dal corpo sotto forma di "chilo" (prodotto della digestione) e giunga al fegato per mezzo della vena porta; qui viene trasformato in sangue venoso e impregnato dello "spirito naturale". Lo spirito naturale viene dunque portato all'interno di tutto l'organismo per mezzo della circolazione venosa.