Malgaigne è noto per il suo lavoro sulle fratture e dislocazioni ossee, specializzato in chirurgia ortopedica per il ginocchio, anca e spalla. Nel 1834 pubblicò "Manuel de medecine operatoire", un influente lavoro sulle tecniche chirurgiche. Questo libro fu successivamente tradotto in diverse lingue. Nel 1843 Malgaigne, insieme a Germanicus Mirault progettò una procedura di trasposizione del lembo per chiudere le labbra schisi.