Nel 2000 è entrata a far parte dello staff dell'Università Johannes Gutenberg di Magonza come "Privatdozentin", titolo assimiliabile a quello di cultore della materia, occupandosi dello sviluppo di immunterapie volte a combattere il cancro. Dopo aver notato, secondo le sue dichiarazioni, che "la scienza non sempre arriva al letto del paziente", per rendere più rapidamente disponibili le forme di terapia più innovative, decise di fondare assieme al marito la Ganymed Pharmaceuticals, un'azienda volta a sviluppare immunoterapie contro il cancro che ha prodotto l'anticorpo monoclonale zolbetuximab (dopo il successo degli studi di fase II, il farmaco entrerà in fase III a partire dal 2020), utile nelle terapie contro il cancro esofageo, gastrico e pancreatico, e che nel 2016 è stata acquistata dalla Astellas Pharma per 1,3 miliardi di euro, rendendo i coniugi Şahin una delle coppie più ricche di Germania.