La comparsa di resistenza alle tetracicline può essere mediata da diversi meccanismi comprendenti una alterazione del sito bersaglio delle tetracicline, un'inattivazione da produzione di enzimi inattivanti, una ridotta permeabilità batterica alla tetraciclina, oppure un aumentato efflusso attivo che induce l'uscita della tetraciclina dalla cellula mediante pompe attive.