Un effetto collaterale della supplementazione di beta-alanina è una sensazione di prurito o formicolio che si manifesta dopo pochi minuti dall'ingestione. Il volto, in particolare intorno alle labbra, è particolarmente sensibile a questo effetto. Questo effetto è noto come parestesia e si crede sia l'effetto del legame della beta-alanina con i nervi sotto la pelle. Alcune persone trovano la sensazione piacevole eccitante. Tuttavia, altri possono trovare la parestesia sgradevole e difficile da tollerare, anche se è completamente innocua. La sensazione si riduce con l'uso continuato, e può anche essere ridotta assumendo l'integratore dopo i pasti (soprattutto carboidrati). La parestesia viene normalmente attenuata dopo l'inizio dell'attività fisica. L'effetto è invece potenziato se la beta-alanina viene consumata insieme alla caffeina, quindi alcuni prodotti contenenti entrambi gli ingredienti da assumere nel pre-allenamento possono avere un effetto potente. Se la parestesia non viene bene tollerata, può essere consigliabile spartire la dose in piccole quantità durante la giornata, e consumarle dopo i pasti. Non ci sarebbero altri effetti collaterali della supplementazione di beta-alanina, e la ricerca ha anche dimostrato essere un integratore sicuro.