Se il periodo di adattamento reciproco è abbastanza lungo, è possibile stabilire associazioni permanenti tra microbi e ospiti, risultanti in una coevoluzione, e persino in una integrazione permanente del genoma del microbo nel genoma umano, come nel caso dei virus endogeni. Più le due specie sono vicine in termini filogenetici, più è facile per i microbi superare la barriera biologica risultando in un salto di specie di successo. Per questo motivo, gli altri mammiferi sono la principale fonte di agenti zoonotici dell'uomo.