Per molti anni si credette che la partenza di Vesalio verso la Terra santa fosse dovuta a problemi con la giustizia ed in particolare con l'Inquisizione. A questo proposito ci sono diverse fonti: il famoso medico e chirurgo francese Ambroise Paré riporta la storia di un anatomista spagnolo che eseguì la dissezione di una nobildonna morta per "strangolamento dell'utero". Al momento della seconda incisione la donna, non essendo veramente morta, si risvegliò improvvisamente; ciò causò un tale orrore agli occhi dei presenti, che l'anatomista, prima molto famoso, divenne per tutti odioso e detestabile e decise così di lasciare il paese.