In base al tipo di microrganismo, l'infezione può essere: batterica, virale, fungina, da protozoi. Quando l'agente infettivo proviene dall'ambiente esterno, si parla di infezione esogena; quando, invece, è già presente nell'organismo (sulla pelle, nella cavità orale, nell'apparato gastrointestinale o genitourinario) come commensale (ospite) innocuo prima di diventare dannoso, si parla di infezione endogena.