Dal 1839 al 1843 Niemeyer studiò medicina presso l'Università di Halle. Successivamente fu assistente di Peter Krukenberg. Dopo aver studiato a Praga e a Vienna con Carl von Rokitansky, divenne medico di Magdeburgo nel 1844. Insieme a Theodor Sendler (1819-1896), Karl Schneider e Franz Bette (1821-1900) fondò la "Medizinische Gesellschaft zu Magdeburg" (Compagnia Medicale di Magdeburgo) il 29 marzo 1848.