Convenzionalmente la nascita della batteriologia è datata nell'anno 1872 quando Ferdinand Julius Cohn pubblicò un articolo dettagliato sull'"esame dei batteri". L'opinione di allora riteneva che le forme diverse di batteri potessero fondersi tra di loro in base alle condizioni ambientali, diventando quindi un'unica specie. Cohn differenziò invece diverse specie di batteri, le quali erano modificabili solo entro determinati limiti. Nel 1877 riuscì inoltre a dimostrare delle spore nel bacillus subtilis. Cohn, insieme a Koch, è ritenuto il fondatore della batteriologia moderna.