Tra le cause endogene la più frequente è la malattia da reflusso gastroesofageo, condizione legata ad alcune patologie, tra cui le più comuni sono l'ernia iatale, l'obesità o l'assunzione di alcuni farmaci. Le lesioni dentali sono causate dall'azione del contenuto altamente acido dello stomaco, non trattenuto efficacemente dall'azione del cardias, con conseguente risalita nell'esofago e da qui nella cavità orale. Il reflusso acido abbatte la difesa costituita dall'effetto tampone della saliva, troppo debole per contrastare un pH così basso, in grado di erodere facilmente anche la pellicola acquisita che protegge lo smalto. Anche le persone affette da alcuni disturbi del comportamento alimentare, in particolare la bulimia, tendono a presentare lesioni molto simili, per l'abitudine al vomito autoindotto. In tutti questi casi, le lesioni erosive tendono a presentarsi con un aspetto tipico e sono quindi abbastanza facili da distinguere, in quanto rivolte dal lato interno della bocca, sulle superfici linguali e palatine, coinvolgendo nei casi più avanzati anche le superfici occlusali dei denti posteriori.