Il percorso (lungo) indiretto ha origine nello striato dorsale e inibisce il GPe, con conseguente disinibizione del GPi che è quindi libero di inibire il talamo. Questo percorso consiste di MSN che esprimono il recettore dopaminergico D2, il recettore muscarinico dell'acetilcolina M1 e il recettore A2a dell'adenosina. È stato proposto che questo percorso provochi l'inibizione motoria globale (inibizione di tutte le attività motorie) e la cessazione delle risposte. È stato proposto un altro percorso indiretto più breve, che comporta l'eccitazione corticale del nucleo subtalamico con conseguente eccitazione diretta del GPi e l'inibizione del talamo. Questo percorso è proposto per determinare l'inibizione di specifici programmi motori basati sull'apprendimento associativo.