Nel 1613 iniziò dunque la sua attività nell'Ospedale in cui ebbe l'opportunità di sperimentare nuovamente il suo metodo. Nell'ambiente spesso chiuso dell'ospedale, restio all'accettazione di nuove pratiche, Magati fu oggetto di discriminazione e denigrazione; in particolare gli furono imposte incombenze piuttosto onerose, che spesso egli non riusciva a sopportare: ad esempio gli amministratori gli prescrivevano l'obbligo di recarsi a "buonissima ora" per medicare gli infermi. Nel 1614 furono inoltre approvati altri Statuti, i quali regolamentavano pedissequamente il comportamento del chirurgo in ospedale: ad esempio essere presente un'ora prima dell'arrivo dei medici-fisici e medicare assiduamente i propri malati, avvertimento sicuramente indirizzato anche a Magati. Secondo alcuni autori Magati mal sopportava queste critiche, anche perché egli non era un semplice barbiere-chirurgo, ma aveva acquisito col tempo anche conoscenze nella medicina-fisica.