 Non sono state riscontrate sindromi da sovradosaggio alle normali condizioni d'uso. I sintomi di intossicazione conseguenti all'ingestione accidentale di quantità rilevanti di composti ammonici quaternari comprendono nausea, vomito, dispnea, cianosi, asfissia conseguente alla paralisi dei muscoli respiratori, ipotensione e coma. La clorexidina è scarsamente assorbita nel tratto gastrointestinale e dalla pelle. 