Le complicanze dopo un trapianto possono essere essenzialmente complicanze legate al gesto chirurgico stesso (infezione di ferita, ascesso) oppure complicanze legate alla terapia immunosoppressiva che il paziente deve continuare a vita; tra queste ultime, due particolarmente gravi sono il rischio infettivo legato all'immunosoppressione (soprattutto infezioni virali da Citomegalovirus), e il rischio di sviluppo di neoplasie quali carcinoma del polmone e carcinoma a cellule renali e linfomi, per i quali la prevalenza è attualmente in calo in seguito all'utilizzo di nuovi farmaci immunosoppressori.