Il primo nucleo delle collezioni tuttora fruibili risale, in gran parte, al periodo della fondazione del museo, tra gli anni trenta del secolo scorso, quando i reperti furono stipati in due locali sotterranei dell'Istituto di Igiene, ed il 1954, anno dell'inaugurazione della sede definitiva, in Viale dell'Università 34/a. Si tratta di un nucleo originario composto da oggetti di vario genere concernenti la storia della medicina, arricchito, nel dopoguerra, da nuove acquisizioni: prima fra tutte, quella raccolta dal cantante lirico Evan Gorga (1865 – 1957), che ancor oggi costituisce il nucleo principale e più prezioso del museo. Si tratta di circa reperti, le cui categorie di maggior rilievo sono costituite da oltre settecento vasi di farmacia, oggetti attinenti all'igiene personale e pubblica, vetrerie alchemiche (circa 600) e farmaceutiche, ferri chirurgici di diverse specialità, strumenti di odontoiatria ed ostetricia, amputanti, coltelli e tronchesi per le dissezioni anatomiche, alfonsini per l'estrazione dei proiettili delle armi da fuoco, microscopi dei secoli XVII-XIX, ma anche oggetti di storia materiale: dipinti, mobili ed un'importante collezione di ex voto del periodo romano. Un successivo nucleo di reperti, costituente la collezione antico-egizia, si aggiunge alle collezioni di Pazzini e di Gorga nel 1951. Si tratta di un deposito donato dalla Soprintendenza alle Antichità di Torino, composto da alcuni oggetti funerari e relativi all'arte dell'imbalsamazione.