I pazienti con encefalite virale sviluppano anche segni neurologici focali; convulsioni e alterazione della coscienza, che inizia con letargia e progredisce in confusione, stupore e coma. I disturbi del comportamento e del linguaggio sono comuni. Si possono vedere movimenti anormali, ma sono rari. Il coinvolgimento dell'asse ipotalamico / ipofisario può portare a ipertermia o poichilotermia.