Negli anni sulla funzione dell'ippocampo si sono avute tre idee dominanti: l'inibizione, la memoria e lo spazio. La teoria dell'inibizione comportamentale (ironicamente definita da O'Keefe e Nadel “un piede sul freno”), popolare fino agli anni '60, traeva origine da due osservazioni: in primo luogo, gli animali il cui ippocampo era danneggiato tendevano ad essere iperattivi; la seconda, che gli animali con danni al tessuto ippocampale mostravano spesso difficoltà ad apprendere ad inibire risposte che erano state loro insegnate prima. Jeffrey Gray sviluppò questa linea di pensiero in una teoria vera e propria sul ruolo dell'ippocampo negli stati d'ansia. La teoria dell'inibizione non è oggi molto considerata, dal momento che questa ed altre funzioni sono attualmente attribuite all'amigdala, struttura anatomicamente vicina all'ippocampo.