La sorveglianza sull'ospedale era stata inizialmente affidata al capitolo della cattedrale, ma dal 1350 il comune aveva cominciato a tentare di laicizzare la "compagnia del Ceppo", ponendola alle proprie dipendenze e disponendo che ne fossero a capo gli "uffiziali" comunali. In seguito al passaggio di Pistoia sotto il dominio di Firenze, nel 1401, con un decreto del 1424, rinnovato nel 1439, la signoria fiorentina dispose che lo "spedalingo", l'amministratore dell'ospedale, fosse considerato persona secolare e l'Ospedale luogo secolare e profano. 