Dotato di grande cultura, a Padova, dando un decisivo impulso alla pratica settoria, diede avvio alle nuove ricerche di anatomia, che si svilupparono poi per tutto il Cinquecento. Benedetti è per questo considerato il più importante fra gli "anatomici prevesaliani" ed è considerato il fondatore della cosiddetta "Scuola anatomica di Padova". Per incrementare il numero di cadaveri disponibili per la didattica, propose di estendere la pratica autoptica, che veniva effettuata allora solo sui giustiziati, anche ai corpi degli individui morti per malattia.