Dopo l'esecuzione dell'agobiopsia spesso il medico prescrive o somministra degli analgesici per controllare il dolore post-operatorio. L'aspirina od altri farmaci antinfiammatori con attività antiaggregante non debbono essere assunti per almeno 48 ore dopo la procedura. Se la procedura è eseguita con attenzione al mantenimento della sterilità l'infezione è assai rara. 