Atomoxetina è controindicata nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti contenuti nella formulazione farmaceutica. Il farmaco non deve essere utilizzato da coloro che già assumono inibitori della monoammino ossidasi (IMAO) e ciò vale anche per le due settimane successive all'interruzione del trattamento.