Delle parecchie centinaia di specie batteriche presenti nel microbiota, che sono variabili tra le popolazioni, ma anche tra gli individui delle stesse etnie a causa delle diverse attitudini alimentari e del diverso corredo genetico, alcuni "ceppi" batterici sono comuni alla maggioranza dell'umanità; l'80% dei batteri provoca la fermentazione (come Lactobacillus e Bifidobacteria) e il restante 20% provoca la putrefazione dei resti (come Escherichia, Bacteroides, Eubacteria, Clostridium); molti di questi batteri sono utili o innocui come costituenti del microbiota umano in equilibrio di eubiosi, ma presi singolarmente possono essere pericolosissimi o mortali in altri ambiti. Tra i componenti del "microbiota umano" si elencano: