Il neonato verrà ricoverato nell'unità di terapia intensiva neonatale dove verranno effettuati accertamenti (esami sangue, ulteriori esami strumentali, ecc…) e, successivamente, verrà assistito e preparato per l'intervento chirurgico (oggi l'atresia esofagea non è un'urgenza chirurgica inderogabile) che consiste nella chiusura della fistola e ricanalizzazione dell'esofago.