Nel 1893 si recò nelle Indie, dove vaccinò persone contro il colera; cioè ridusse del 70% la mortalità per la malattia in quei territori. Dal 1895 in avanti lavorò alla produzione di un vaccino sia contro il colera, sia contro la peste (vaccino antipestoso); quest'ultimo era composto da agenti patogeni di "Yersinia pestis" uccisi. Dal 1899 al 1905 diresse l'Haffkine Institute a lui intitolato; costruito a Mumbai, si tratta di un laboratorio in cui tuttora si svolgono ricerche di ambito batteriologico volte a studiare la patogenesi e le caratteristiche immunologiche della peste.