L'infezione da "P. knowlesi", analogamente alle altre forme di malaria, è diagnosticata esaminando strisci su vetrino. La morfologia di "P. knowlesi" è simile a quella di "P. malariae" ed è improbabile che la diagnosi avvenga correttamente, eccetto se si utilizzano test molecolari, da effettuarsi in un laboratorio di riferimento per la malaria. Attualmente l'analisi tramite PCR e la caratterizzazione molecolare sono i metodi più affidabili per rilevare e diagnosticare l'infezione da "P. knowlesi", sebbene siano tecniche relativamente lente e costose.