L'International Committee on Taxonomy of Viruses considera il virus Ebola come l'unico membro della specie "Zaire ebolavirus". Il nome deriva dal fiume Ebola, un tributario del fiume Congo un tempo creduto in prossimità dell'area dove si sviluppò il primo focolaio dell'epidemia del 1976. Al nome del fiume si aggiunge il suffisso tassonomico "virus".