La progressione della malattia è favorita da condizioni di immunodepressione dell'ospite, in parte aggravata dalla leishmania. Vengono interessati gli organi più ricchi di cellule del sistema reticolo-endoteliale, che diventa iperplastico, per la presenza di grandi quantità di macrofagi infettati. La milza raggiunge dimensioni notevoli. Si ingrandiscono anche il fegato, i linfonodi e le stazioni linfatiche dell'apparato digerente. Anche il midollo osseo viene infiltrato dai macrofagi infettati, che ostacolano l'emopoiesi. Dopo la guarigione spesso l'immunità cellulare si ristabilisce, con una protezione nei confronti di recidive e reinfezioni. Nelle coinfezioni con HIV è quasi impossibile eradicare l'infezione e, se i pazienti non muoiono, mantengono parassitemie anche di notevole entità.