L'eziologia della microtia nei bambini rimane incerta ma ci sono alcuni casi che associano la causa della microtia a difetti genetici in più o singoli geni, altitudine e diabete gestazionale. I fattori di rischio raccolti dagli studi comprendono i neonati nati sottopeso, la gravità e la parità delle donne e l'uso di farmaci durante la gravidanza. L'eredità genetica non è stata completamente studiata ma nei pochi studi disponibili, ha dimostrato di verificarsi durante le prime fasi della gravidanza.