In periodo di guerra Lukwiya decide di aprire i cancelli dell'ospedale durante la notte a tutte le persone in cerca di riparo dagli attacchi e dai rapimenti continui. Fino allo scoppio dell'allarme ebola novemila persone trovano in tal modo rifugio tra le mura del St. Mary's. Durante una di quelle notti, tormentate dai combattimenti, un proiettile sparato da un mortaio rompe il tetto di casa Lukwiya mentre lui, la moglie e i loro cinque figli sono dentro, rimanendo inesploso. Lukwiya dedica tutto se stesso prodigandosi per la causa dell'ospedale e, nonostante gli venga offerta una cattedra all'ambita Liverpool School of Tropical Medicine, il medico ugandese dichiara di non aver mai preso in considerazione l'idea di abbandonare l'Uganda e il St. Mary's Hospital. Sotto la direzione di Lukwiya l'ospedale triplica la propria attività, fino ad arrivare a milleottocento pazienti all'anno, inclusi i feriti di entrambi gli schieramenti di guerra, per un totale di circa cinquecento pazienti al giorno. Presto il St. Mary's diviene il miglior ospedale del nord Uganda, probabilmente il migliore del paese e certamente uno dei migliori di tutta l'Africa orientale.