Primo di cinque figli, Giuseppe Ruggi nacque a Bologna l'11 giugno 1844, da madre fiorentina e padre bolognese. Il padre era un artista, pittore, scenografo ed incisore di particolare bravura; questo lavoro, però, non gli permise di accumulare ingenti ricchezze o di condurre una vita agiata; infatti il suo patrimonio consisteva di soli due fondi improduttivi, con una cascina, sulle colline di Bologna. Essendo il padre artista, Giuseppe Ruggi frequentò la scuola di disegno delle Belle Arti, avendo come maestro Antonio Muzzi, pittore di notevole rinomanza in quel tempo. Questa passione del disegno tramandatagli dal padre, gli diede la possibilità di ritrarre al meglio l'anatomia umana. Su consiglio del padre, studiò per entrare nella scuola di Medicina dell'Università di Bologna. Ben presto conobbe Marianna Lodi, figlia dell'Architetto Fortunato Lodi, dalla quale fu subito attratto e che diventò presto sua moglie. Ella fu nominata presidente dell'Associazione Nazionale delle donne italiane e, sebbene cagionevole di salute, fu dama di carità per i feriti durante la seconda guerra di indipendenza.