La colonscopia è un'indagine utilizzata per esaminare l'interno del colon e la parte terminale dell'ileo (ileo-colonscopia) attraverso l'introduzione di un tubo lungo e flessibile, chiamato endoscopio, attraverso l'ano e il retto. Si tratta di un esame essenziale per accertare (diagnosticare) la malattia di Crohn poiché permette, attraverso il prelievo di piccoli frammenti di tessuto (biopsie) da analizzare al microscopio, di valutare lo stato della mucosa intestinale.