Nel 1907 Miller accettò la carica di decano del Dental College dell'Università del Michigan, sua alma mater. Furono fatti degli sforzi per farlo rimanere a Berlino, un ricco mercante si offrì addirittura di costruire, equipaggiare e sostenere un laboratorio di ricerca per lui in quella città; ma egli decise comunque di lasciare l'Università e portò la sua famiglia negli Stati Uniti, aspettandosi di iniziare le sue funzioni ad Ann Arbor nell'ottobre 1907. Nell'estate di quell'anno, tuttavia, durante una visita con la sua famiglia a parenti ad Alexandria, fu colpito da appendicite e morì il 27 Luglio dopo un'operazione al City Hospital di Newark. Gli sopravvissero sua moglie e i loro tre figli, un maschio e due femmine. È sepolto ad Alexandria presso il cimitero di Maple Grove. Pur spostandosi da una paese all'altro, Miller non dimenticò mai le sue radici dell'Ohio. Visitò spesso la sua fattoria e nel 1892 acquistò la fattoria di famiglia ad Alexandria, affidandola a suo nipote, O.A. Brooks.