Il resto del primo piano mostra, tramite allestimenti e vetrine ricche di reperti e di riproduzioni di strumenti, l'evolversi delle conoscenze nel campo dell'anatomia e delle tecniche chirurgiche. Sintesi di tutte le conoscenze ortopediche del XVII secolo è l'Oplomoclion, una figura particolare, tratta dal "Pentateucos Chirurgicum" di Girolamo Fabrici d'Acquapendente del 1592, le cui membra e parti del corpo sono costituite da protesi. L'esposizione del primo piano si conclude con strumenti e oggetti relative alla terapia o necessari per la composizione e somministrazione di farmaci.