Negli stessi anni, Bogdanov iniziò a interessarsi sempre di più alla filosofia. Nel 1899 pubblicò l'opera "Elementi fondamentali di una concezione storica della natura", di ispirazione nietzschiana, anch'essa risultato dell'insegnamento tenuto da Bogdanov nei circoli operai. Risale allo stesso periodo la traduzione de "Il Capitale" di Marx in lingua russa per opera sua. Nel 1899 si laureò in medicina e si sposò con Nathalia Korsak (1865-1945).