Nel caso in cui la chemioterapia non dia i risultati aspettati e i pazienti non siano negativi alla PET, è indispensabile ricorrere al trapianto autologo utilizzando le cellule staminali emopoietiche (le cellule dalle quali derivano tutte le cellule del sangue) del paziente. Possono essere prelevate direttamente dal sangue o dal midollo osseo, la reinfusione delle cellule staminali permette di accelerare la ripresa delle cellule del sangue riducendo gli effetti tossici della chemioterapia ad alte dosi. Nei casi con più ricadute è possibile attivare un trapianto da donatore (trapianto allogenico) che è in grado di guarire una buona percentuale di pazienti.