Le reazioni avverse più spesso associate al trattamento con prucalopride sono la cefalea, la nausea, il dolore addominale e la diarrea. Questi sintomi sono decisamente comuni manifestandosi in circa il 20% dei pazienti che assumono il farmaco e in particolare all'inizio della terapia. La prosecuzione del trattamento in genere determina la scomparsa della sintomatologia nel giro di pochi giorni. Molto comuni anche i capogiri, vomito, dispepsia, flatulenza, borborigmi intestinali anomali e senso di affaticamento.