Prese contatti con Bichat e Dupuytren all'Hôtel-Dieu e nel 1803, al suo primo concorso, fu nominato interno all'ospedale. Solo quattro anni più tardi, nel 1807, arrivò primo al concorso per assistente di anatomia alla facoltà di medicina. Nel 1808 ebbe la nomina di "Docteur en Medicine". Magendie non aveva ancora scelto la sua specializzazione definitiva, ma era attratto da una nuova disciplina: la fisiologia.