Church è nato a Newport, Colonia di Rhode Island, figlio di Benjamin Church, un mercante di Boston e diacono della Hollis Street Church diretta dal Rev. Mather Byles. Il suo bisnonno, il colonnello Benjamin Church, prese una parte importante nella guerra con gli indiani Narragansett e guidò i suoi militari fino alla morte d re Filippo il 12 agosto 1676. La sorella di Benjamin Alice sposò lo stampatore Boston John Fleeming.