Studi eseguiti su diverse benzodiazepine hanno evidenziato i potenziali rischi di malformazioni congenite. Per questo motivo l'uso di alprazolam viene sconsigliato nel primo trimestre di gravidanza. L'assunzione di alprazolam durante l'ultimo periodo della gravidanza o durante il travaglio, soprattutto a dosi elevate, può indurre nel neonato ipotermia, ipotonia muscolare e moderata depressione respiratoria. Inoltre i neonati nati da madri in terapia cronica con benzodiazepine durante le fasi terminali della gravidanza possono sviluppare dipendenza fisica e possono presentare un rischio maggiore di sviluppare una sindrome da astinenza nel periodo postnatale (Floppy Infant Syndrome) caratterizzata da basso indice di Apgar, tremori, bradicardia, ipertonia, iperiflessia, diarrea, vomito, tachipnea, cianosi, pianto irrefrenabile. Questa sintomatologia può insorgere entro alcuni giorni o settimane dal parto e la durata dipende dall'emivita della benzodiazepina, dalla concentrazione plasmatica nel neonato e dal tempo di esposizione. La riduzione graduale del dosaggio della benzodiazepina prima del parto riduce il rischio di sindrome simil-astinenziale nel neonato.