L'apparato organizzativo dell'Arcispedale Sant'Anna è composto dal personale del comparto sanitario che conta 1.358 addetti, 343 dirigenti medici, 59 tra personale amministrativo, dirigenti sanitari e personale universitario, 402 addetti all'apparato tecnico e 185 per quello amministrativo. Sono presenti 742 posti letto ordinari più 148 dedicati al day hospital.