Nel 1936 dopo quarant'anni di servizio, Jona si congedò dai suoi allievi. In pensione per i sopraggiunti limiti di età, l'anziano maestro evitò l'umiliazione di essere cacciato dal suo ospedale in seguito alle leggi razziali fasciste del 1938, ma perse la libera docenza e fu radiato dall'Istituto Veneto di Scienze, Lettere ed Arti e dall'Ateneo Veneto. Nel 1940 fu depennato dall'Albo dei Medici come gli altri suoi correligionari e fu privato della sua professione.