In caso di infezione, e quindi nel caso in cui una cisti si ascessualizzi, è necessario ricorrere agli antibiotici prescritti dal medico per non meno di dieci giorni, il tutto accompagnato da antidolorifici, come l'ibuprofene. Se però le infezioni si ripresentano diverse volte, coinvolgendo anche la ghiandola, e quindi nel caso in cui la bartolinite sia recidiva, allora può rendersi necessaria l'asportazione chirurgica sia della ghiandola che del dotto, detta bartolinectomia.