Tutti gli organismi vivono in continua interazione con l'ambiente e questo rapporto è fondamentale per la sopravvivenza: la superficie mucosa intestinale rappresenta la più estesa ed importante interfaccia in questo processo. Si tratta di una complessa struttura fisico-chimica costituita da uno strato di mucosa giacente su un complesso di cellule e stroma che partecipano alla difesa dell'organismo tramite il flusso del sangue attraverso la mucosa, le secrezioni, le cellule epiteliali, la superficie idrofobica e la produzione di defensine.L'intestino del feto è sterile e viene a contatto con il liquido amniotico ingerito in utero 210 . A partire dalla prima ora dopo il parto ha inizio la colonizzazione microbica epiteliale: le principali porte d'ingresso dei microrganismi sono rappresentate dalla cute e dalle mucose dei tratti respiratorio, intestinale ed urinario. La colonizzazione prevede il dialogo tra batteri e batteri, l'interazione tra batteri e mucina ed il contatto tra batteri e cellule della mucosa colica, oltre all'influenza di fattori ambientali.In particolare, subito dopo la nascita, il tratto gastrointestinale viene colonizzato da un grande numero di microrganismi, soprattutto anaerobi. In questo modo si viene a creare un complesso ecosistema costituito da batteri predominanti, batteri subdominanti o "repressed bacteria" residenti nella mucosa, e batteri in transito: alcuni di questi come i bifidobatteri ed i lattobacilli stabiliscono con l'ospite un'interazione armoniosa e utile; altri sono invece potenzialmente patogeni e possono diventare dannosi 207 .Il sequenziamento del genoma umano e di specie batteriche ha dimostrato che l'uomo presenta a livello della mucosa numerosi microrganismi capaci di influenzare lo stato di salute attraverso l'interazione con l'ospite. Il contatto tra l'uomo e i microrganismi intestinali commensali o permanenti (microbiota) influenza direttamente la morfologia della mucosa dell'intestino, creando le basi per uno sviluppo sano e adeguato 211 . La specificità dello sviluppo microbico, di verosimile condizionamento genetico, giustifica le sensibili differenze nella composizione della flora intestinale riscontrabili nell'ambito di varie specie, così come tra individui della stessa specie.La microflora intestinale è un complesso ecosistema costituito da più di 400 diverse specie di batteri dotati di intensa attività metabolica, localizzati soprattutto a livello del colon, che giocano un importante ruolo fisiologico nell'organismo ospite (Tab.6). Di tutti i batteri presenti, la quantità di anaerobi obbligati è circa 100-1000 volte superiore rispetto a quella degli anaerobi facoltativi. Più del 99% dei batteri coltivabili è riconducibile a 30 -40 specie 212 .Tabella 6. Composizione microbica del tratto gastrointestinale umano.