Parkinson fu anche un grande appassionato di geologia e paleontologia. Aveva una propria collezione di piccoli reperti e fossili, e scrisse numerosi studi, il principale dei quali fu "Organic Remains of the Former World", pubblicato in tre volumi nel 1804, 1809 e 1811, un trattato nel quale egli cataloga un gran numero di specie fossili. Egli fu poi docente all'università Queen Mary.