Altre lesioni radiotrasparenti da escludere nella diagnosi sono le cisti odontogene di altra origine, come le follicolari e le primordiali. Più rare sono le cisti non odontogene come la cisti emorragica, seguente a trauma, ed i tumori odontogeni di tipo non addensante, come l'ameloblastoma nella forma cistica uniloculare, ed il tumore cheratocistico odontogeno, temibili per la proprietà di crescita aggressiva per i tessuti circostanti e per l'alto tasso di recidiva. Altri come il tumore odontogeno adenomatoide od il fibroma ameloblastico sono solitamente caratterizzati da bassa aggressività, e sono meno frequenti.