Nel corso della sua vita Kocher fu autore di 249 tra articoli scientifici e libri e supervisionò più di 130 dottorandi. Fu rettore dell'Università di Berna dal 1878 al 1903. Fu presidente delle associazioni dei medici Bernesi e Svizzeri e co-fondatore e primo presidente della Società Svizzera di Chirurgia nel 1913.