Un altro oggetto delle sperimentazioni di Mengele era la malaria. Nell'autunno del 1943 a venti romaní provenienti da Lublino fu iniettato sangue infetto prelevato da pazienti malarici febbricitanti. Sembra che Mengele abbia partecipato personalmente a queste ricerche, dal momento che nel 1944 fu proposto per una medaglia per aver contratto sia il tifo sia la malaria nell'ambito delle sue ricerche sulle "origini razziali degli zingari".