Si potrebbe ipotizzare che le autapsi siano "incidenti di percorso", dovute cioè solamente alla casuale intersezione dell'assone di un neurone con i suoi dendriti, oppure che siano il risultato di uno specifico "progetto" del neurone. La prevalenza delle autapsi in particolari tipi di cellule e la loro distribuzione nel neurone (prevalentemente a livello del soma e dei dendriti, analogamente a quella delle sinapsi tra neuroni diversi), avvalora l'ipotesi di un loro ruolo funzionale.