Willy (Wilhelm) Burgdorfer fu il figlio di Karl ed Else Burgdorfer. Dopo la scuola a Basilea studiò dal 1944 alla università di Basilea, zoologia, batteriologia, entomologia, parassitologia e igiene. Nel 1951 con la tesi sulla trasmissione della febbre ricorrente da zecche, attraverso argasidae, si laureò sotto la guida del professor Rudolf Geigy.