Le cause della disforia di genere non sono ancora chiare. Sono stati chiamati in causa sia fattori psicosociali che fattori biologici per spiegarne l'insorgenza. Attualmente l'ipotesi più accreditata è che entrambi i tipi di fattori contribuiscano al suo sviluppo (Winter S et al. 2016; Chipkin SR et al. 2017). Sebbene si ritenga che i fattori psicosociali, come l'educazione ricevuta dai genitori, l'ambiente e gli eventi della vita, rivestano grande importanza nella comparsa della disforia di genere, ancora non esistono prove sperimentali a supporto di tale teoria.