Nel 1842 trascorse dei brevi periodi di studio a Stoccarda, Vienna e Parigi. Nel 1843 tornò a Tubinga dove ricoprì il ruolo di medico assistente in una clinica medica. Poco tempo dopo gli venne affidata la cattedra di patologia. Nel 1847 venne nominato professore straordinario. Collaborò con Wunderlich e Roser, suoi amici d'infanzia nonché colleghi a Tubinga, alla realizzazione dell'"Archiv fur physiologische heilkunde" di cui diventò redattore nello stesso anno e che utilizzò per divulgare le sue idee innovative sulla fisiologia moderna. Nel 1849, Griesinger si spostò a Kiel, dove gli venne affidata la direzione della clinica universitaria locale e dove condusse studi neuroanatomici.