Nell'ipomelanosi di Ito la morfologia della leucodermia melanocitopenica, cioè dovuta all'assenza o scarsità di melanociti nelle aree depigmentate, è particolare. Le chiazze più chiare si sviluppano normalmente lungo le linee di Blaschko e, sul tronco, coprono più di 2 dermatomeri. Possono avere bordi che appaiono più scuri ed essere bilaterali, anche se, normalmente, non sono simmetriche. Nei bambini molto piccoli il contrasto con la pelle non depigmentata può essere così lieve che le chiazze sono individuabili solo con la luce di wood.