Devono essere identificate comunque malattie autoimmuni della pelle indipendenti dalla Hashimoto, come la malattia della vitiligine, una malattia rara della pelle che si caratterizza con la comparsa di chiazze non pigmentate, il pemfigo, una patologia bollosa, o l'alopecia areata, la perdita dei capelli o altri peli a chiazze glabre o aree.