La parodontite cronica, nei casi più gravi, può richiedere un intervento chirurgico volto a pulire i tessuti coinvolti più profondi, ed eventualmente a rigenerare l'osso riassorbito. Nella parodontite aggressiva le terapie parodontali, chirurgiche e no, richiedono il supporto di una terapia farmacologica, magari con combinazioni di antibiotici come amoxicillina e metronidazolo. Nella parodontite ulcero necrotizzante non si può ottenere una buona igiene dentale con lo spazzolamento, poiché arreca dolore; pertanto sciacqui con soluzioni di clorexidina a elevata concentrazione (0,2%) permettono di inibire, seppur parzialmente, la formazione di nuova placca batterica. Anche in questo caso risulta efficace il supporto farmacologico, con antibiotici come metronidazolo, penicillina o tetracicline. La chirurgia può essere resa necessaria anche per eliminare gli esiti cicatriziali delle papille aggredite, al fine di permettere un buon esito alle pratiche di igiene orale.