La Caspofungina non è assorbibile per via orale quindi è somministrata in endovena; essa possiede una legame proteico molto elevato e un'ottima distribuzione tissutale con spiccato interesse per il cervello. IL farmaco è metabolizzato a livello epatico e eliminato mediante feci e urine. L'emivita è di 10-15 ore ma minore nei bambini.