La villocentesi comporta un rischio aggiuntivo di aborto compreso fra l'1% e il 2% rispetto al rischio di aborto spontaneo che ogni gravidanza ha in sé. Il rischio di aborto legato alla esecuzione dell’esame è leggermente più alto per la villocentesi rispetto all'amniocentesi. Per entrambi i test l’esperienza di chi esegue la procedura può influenzare il rischio di aborto.