Agli inizi del Seicento fu messa al bando la religione cristiana e furono cacciati i portoghesi dal Paese. Nello stesso periodo la compagnia olandese delle Indie Orientali fu spostata di fronte Nagasaki, così si intensificarono i contatti tra i cittadini dei Paesi Bassi e quelli del Sol Levante. I primi scambi furono di natura teatrale e ludica; per comunicare in maniera veloce entrambe le fazioni si occuparono della formazione di interpreti. Quelli olandesi seguivano anche un corso di medicina, alla fine del quale veniva rilasciato un diploma (alcuni dei quali sono ancora oggi conservati). Proprio grazie all'azione degli interpreti si diffusero in Giappone le tecniche e le conoscenze della medicina olandese. In questo periodo si registrarono i primi viaggi di studenti nipponici per completare la propria formazione medica in Europa.