APC è articolata in molteplici domini che costituiscono un importante snodo di complesse funzioni di segnalazione cellulare. Il sito N-terminale contiene un dominio di oligomerizzazione (in grado di formare oligomeri) e un dominio "armadillo" in grado di legare "ASEF" (APC-Stimulated guanine nucleotide Exchange Factor). Le zone centrali contengono la regione di legame con la β-catenina, siti di legame per l'axina e un sito importantissimo che modula negativamente il legame con la β-catenina. Il dominio C-terminale contiene un sito legante i microtubuli e un sito che lega la proteina oncosoppressore DLG.