Diversi studi hanno messo in evidenza la presenza di un sito ad alta affinità per le tetracicline localizzato a livello della subunità ribosomiale 30S e mediante studi di fotoaffinità e footprinting"(termine inglese usato per indicare una tecnica volta a definire la zona di un filamento di DNA a contatto, o nelle immediate vicinanze, di una proteina legante il DNA; la tecnica consiste nel sottoporre a modificazioni chimiche il complesso proteina-DNA. La regione a contatto con la proteina viene protetta da tali modifiche e può così essere riconosciuta)" si è constatato che la proteina S7 e le basi G693, A892, U1052, C1054, G1300 e G1338 di rRNA 16S contribuiscono a formare la tasca di legame. Tuttavia, Schnappinger e Hillen, hanno puntualizzato che tali siti possono non riflettere necessariamente l'attuale sito di legame.