L'acido, oltre ad essere irritante per la mucosa, può provocare delle lesioni infiammatorie talvolta erosive e, nei casi più gravi, delle vere e proprie ulcere a carico della parte inferiore dell'esofago e quindi produrre i fastidiosi sintomi quali soprattutto bruciori retrosternali, "alla gola" e talvolta dolori toracici. In qualche caso il reflusso dell'acido provoca infiammazione alla faringe ed alla trachea e perfino delle crisi d'asma. Fra gli altri sintomi che possono suggerire la presenza di questa malattia vi sono anche la "disfagia", cioè la sensazione di un passaggio difficoltoso del cibo dalla faringe allo stomaco, il "bolo faringeo", cioè la sensazione di un corpo estraneo o di un "nodo" in gola, non collegata alla deglutizione, la "scialorrea", cioè un fastidioso e notevole aumento della salivazione.