Sul cromosoma 9 si trova il gene ABL, il cui prodotto è una tirosin chinasi ubiquitaria citoplasmatica (ma che può anche trasferirsi nel nucleo) con molteplici funzioni probabilmente non del tutto note: è implicata nel signaling citoplasmatico, tra cui quello dei fattori di crescita, nel rimodellamento del citoscheletro, grazie alla sua capacità legante il DNA, nella regolazione del ciclo cellulare e nei processi di riparazione del DNA, ad esemmpio interagendo con ATM.Nella traslocazione, il gene ABL ha un punto di rottura fisso; sul cromosoma 22, invece, il punto di rottura è variabile all'interno della breakpoint cluster region (BCR), per cui si possono formare diverse proteine ibride: p210, tipica della LMC; p190, che si ritrova soprattutto in alcune leucemie linfoblastiche acute e p230, associata esclusivamente alla rara leucemia neutrofilia cronica .In questa traslocazione, ABL perde l'N-terminale, dove risiedono i motivi regolatori, per cui diventa costitutivamente attiva. Il grado di 'capacità trasformante' di BCR-ABL correla con la sua attività chinasica: questo è uno dei motivi per cui la p190 è associata ad un fenotipo molto più aggressivo, mentre p210 è associata alla CML. BCR-ABL, oltre ad essere iperattiva, ha anche un signaling leggermente diverso (ad esempio si trova solo nel citoplasma) e che varia anche tra le proteine di diversa lunghezza: stimola la proliferazione, ad esempio via Ras; ha un effetto antiapoptotico, ad esempio interagendo con la famiglia di proteine Bcl-2 e Bad; diminuisce l'adesività allo stroma, fatto che, indirettamente, è un segnale pro-proliferante; favorisce l'indipendenza dai fattori di crescita e promuove il riparo del DNA, causando resistenza alla terapia e instabilità genetica (in quanto la riparazione non è sempre ottimale), ossia la base per la successiva evoluzione alla fase blastica. [4]. In fase blastica, infatti, si rilevano frequentemente anomalie aggiuntive del cariotipo, tra cui la duplicazione del cromosoma Philadelphia, la trisomia del cromosoma 8 e l'inversione del cromosoma 17 I fattori che possono portare alla traslocazione non sono del tutto noti; l'esposizione a radiazioni ionizzanti è un fattore di rischio conosciuto, ma soprattutto se in grandi quantità (aumentata incidenza in sopravvissuti alla bomba atomica). Minor evidenza per quanto riguarda l'esposizione al benzene. 