Il 20 novembre 1944 il maresciallo Graziani ordinò il trasferimento dell'ospedale al nord, oltre il Po; Scaglietti vi si oppose andando di sua iniziativa a Gardone Riviera e riuscendo ad incontrare Mussolini che, chiamato Graziani, gli ordinò di revocare l'ordine. Il Centro ortopedico bolognese, però, ormai non era più un semplice ospedale; in quegli anni di guerra era diventato una sorta di roccaforte indipendente dal punto di vista scientifico e assistenziale, per non dire politico: vi «furono accolti, senza alcuna distinzione, militari di ogni nazionalità. Ci fu spazio per fascisti, partigiani e civili comuni; se era il caso, si aprivano le porte - di nascosto - a bambini bisognosi e, perché no, anche a qualche donna!» Così, all'alba del 29 novembre, le brigate nere e le SS tedesche accerchiarono l'ospedale e lo perquisirono da cima a fondo senza trovare nulla: Scaglietti fu arrestato con altri quattro sospetti e trascinato per un lungo interrogatorio al comando delle SS che l'indomani dovettero rilasciarlo. Il nome di Scaglietti venne anche trovato nella lista Jacchia, ma anche in quel caso la sua abilità come chirurgo prevalse su considerazioni di ordine politico.