Durante la Seconda guerra mondiale, la scuola di medicina della Johns Hopkins sospese temporaneamente, per la prima volta dal 1893, anno di fondazione dell'ateneo, il diploma di laurea breve come requisito per l'ammissione. McKusick fece domanda durante il suo sesto semestre alla Tufts e iniziò a studiare alla Johns Hopkins nell'autunno del 1942, pur senza una laurea pregressa. Victor non conseguì mai un baccellierato, sebbene in carriera abbia ricevuto più di 20 lauree "honoris causa". Ottenne il dottorato in medicina attraverso un programma accelerato in soli tre anni, al termine del quale completò la sua formazione di specializzazione come cardiologo, poiché il dipartimento di genetica clinica non esisteva all'epoca. McKusick si specializzò in soffi cardiaci, utilizzando la spettroscopia per studiarne le caratteristiche in ciascun individuo.