La formaldeide è un agente inattivante di diversi microrganismi, ed è utilizzata da vari decenni, con un profilo di sicurezza molto elevato, nella preparazione dei vaccini inattivati.In particolare, è usata per inattivare i virus (che così non possono più replicarsi e causare malattia) e rendere innocue le tossine batteriche.