Come tutti gli steroidi anabolizzanti lo stanozololo può provocare effetti collaterali indesiderati quale un'azione androgenizzante con incremento della libido nel maschio, comportamenti sessuali anormali nelle femmine, anaestri, esacerbazione di ipertrofie e carcinomi prostatici. Alle dosi terapeutiche consigliate detti effetti si manifestano con scarsa frequenza.