Ciascuna Ulss viene finanziata dalla regione di appartenenza con il Fondo Sanitario Regionale attraverso la quota capitaria. Per livelli assistenziali superiori a quelli previsti dal Piano sanitario nazionale, ogni Regione deve impiegare proprie risorse con le quali si dovranno andare a coprire anche eventuali disavanzi sanitari di gestione delle aziende.