Nell'estate del 1899, la Morton, con soli seicento dollari, partì per la Germania. Fu la recente morte del fratello (anch'egli medico), che poco prima le aveva proposto di aiutarlo nel suo lavoro a Duluth, che la spinse ad intraprendere questo viaggio con l'intenzione di seguire le orme dei due fratelli, che seguirono il corso di specializzazione in Europa. Inizialmente visse a Göttingen, dove per i primi due mesi si dedicò ad imparare la lingua. In seguito si spostò a Berlino per iniziare i suoi studi, incontrando non pochi ostacoli legati alla discriminazione sessuale.