Se fino agli anni '70 le terapie di queste malattie si limitavano a ridurre l'assimilazione delle proteine e ne gestivano le complicazioni, negli ultimi vent'anni sostituzioni enzimatiche, trasferimenti genici, trapianti degli organi sono divenuti disponibili per la cura di tante malattie precedentemente senza possibilità di cura. Alcune delle più usate e promettenti terapie sono elencate di seguito: