La frequenza con la quale il materiale raccolto nel corso di agoaspirato tiroideo può risultare insufficiente per diagnosi varia, a seconda delle casistiche, tra il 3% ed il 20% dei casi; è stato dimostrato che la percentuale di inadeguati si riduce se durante la procedura l'operatore si avvale dell'aiuto della sonda usata per l'ecografia della tiroide e di una valutazione on-site dell'adeguatezza del prelievo.