Tornato in Ungheria applicò lo stesso metodo all'ospedale di San Rocco a Pest, ottenendo anche qui un abbassamento significativo dei nuovi casi di febbre puerperale. Fu proprio in Ungheria che nel 1861 scrisse il libro "Eziologia, concetto e profilassi della febbre puerperale". Purtroppo la comunità scientifica dell'epoca gli si scagliò contro e Semmelweis finì per essere ricoverato in manicomio. Morì per setticemia contratta durante un intervento chirurgico.