Il trattamento della sepsi varia in funzione del sito e della causa dell'infezione iniziale, degli organi interessati e della gravità dei danni provocati. In generale, ai primi segni di sepsi, anche solo sospetta, il medico di famiglia prescrive il ricovero in ospedale per gli accertamenti e le cure necessarie. In alcuni casi è necessario il ricovero immediato in un'unità di terapia intensiva.