L'infezione da questo virus nelle donne gravide si ritiene che possa determinare nel nascituro casi di microcefalia e di malformazioni fetali. Nel 2015, nel nord del Brasile vi è stato un incremento molto importante dei casi di microcefalia, la cui causa sembra essere in stretta relazione con l'infezione da Zika virus nelle donne incinte, anche asintomatica.