Finsen si concentrò anche su un altro aspetto molto importante della luce, ovvero la proprietà di essere battericida: partendo dagli studi di Downes e Blunt, arrivò alla conclusione che il 95% dell'azione battericida della luce deriva dai raggi azzurri, violetti e ultravioletti, gli stessi che hanno azione stimolante e infiammatoria sulla pelle. Considerando ciò, Finsen pensò di applicare tali conoscenze per la cura delle affezioni cutanee superficiali, localizzate e parassitarie, tra le quali in special modo del lupus vulgaris. Per utilizzare tale proprietà della luce solare occorre che i microbi siano isolati da sostanze protettrici e rimangano sotto azione luminosa per parecchio tempo: la loro resistenza aumenta notevolmente se presenti in un ambiento vivo; ciò spiega anche il motivo per cui il viso sia il luogo dove più frequentemente si espone il lupus, nonostante sia costantemente sotto l'esposizione solare. Tuttavia, dal momento che la luce del sole porta con sé anche raggi ultrarossi, rossi, arancioni e gialli, che non hanno azione battericida ma che porterebbero a combustione del tessuto, Finsen pensò di escluderli con il raffreddamento e tramite filtrazione attraverso soluzione colorata in azzurro. Con tali necessità, progettò il suo apparecchio solare: esso presentava una lente costituita da un vetro piano e uno concavo-convesso, tra i quali vi era una soluzione di solfato di rame ammoniacale. Il problema nasceva dal fatto che tale strumento potesse essere utilizzato unicamente con la presenza del sole, e ciò andava in contrasto con la continuità richiesta dal trattamento affinché desse risultati positivi; venne dunque creato un ulteriore apparecchio a luce elettrica costituito da una lampada ad arco voltaico attorno al quale erano disposti quattro tubi con sistema diottrico di lenti di quarzo, che concentravano, raffreddavano e proiettavano la luce su quattro pazienti diversi.