Come ex medico, egli decise di entrare in parlamento per intraprendere soprattutto riforme in ambito sanitario. Non a caso svolse un ruolo di fondamentale importanza nella creazione del Medical Act del 1858 e del General Council of Medical Education. Durante la sua carica parlamentare cercò anche di combattere la contraffazione degli alimenti, pratica molto diffusa in quell'epoca. Egli decise infatti di creare "The Lancet Analytical and Sanitary Commission", ossia una commissione con il compito di svolgere indagini sul cibo che la popolazione dell'epoca consumava più frequentemente. Grazie a questa commissione, vennero svolte tre principali indagini che rivelarono l'alto numero di cibi alterati. Wakley sfruttò la sua rivista per denunciare questa pratica, pubblicando i nomi dei venditori genuini e in regola, mentre attaccò gli altri, senza diffonderne i nomi, ma spronandoli a vendere cibo sano e di qualità. Grazie a Wakley e alle indagini svolte dalla sua commissione, vennero pubblicate due importanti leggi: l'"Adulteration Act" e il "Sale Of Food And Drugs Act".