Molte infezioni da arbovirus e in particolare da flavivirus possono essere prevenute con sistemi di protezione contro un'eventuale esposizione alle zanzare o alle zecche. Tali sistemi comprendono spray insetticidi, zanzariere, repellenti per insetti e naturalmente l'eradicazione del vettore trattando adeguatamente ogni eventuale area e sito di riproduzione. Questi sistemi di protezione assumono una particolare importanza nei pazienti più vulnerabili, ad esempio i neonati e bambini. Per quanto attiene alle infezioni trasmissibili per via sessuale, una corretta educazione del partner e l'uso di dispositivi di barriera (condom, profilattico femminile) può ridurre in modo significativo l'incidenza delle infezioni da herpes simplex virus di tipo 2.