Nel 1642 vi fu la terza riforma degli statuti: nello stesso secolo fu due volte primario il chirurgo francese Nicola Larche e vi insegnò il chirurgo Giovanni Guglielmo Riva, mentre a cavallo con il secolo successivo vi lavorò il chirurgo Antonio Pacchioni, talvolta in collaborazione con Giorgio Baglivi. Nel Settecento, vi operò anche Andrea Massimini, che ne diresse anche il teatro anatomico. Tra sette e ottocento fu primario Antonio Marinucci, seguito nel nuovo secolo da Andrea Belli, Cosma Laurenzi e Pietro Lupi. L'unico papa che contribuì economicamente all'ospedale fu Pio IX nel 1851, con l'aggiunta di una sala, mentre contribuirono i quattro cardinali Guglielmo Enchevoert, Alessandro Riario, Pompeo Arrigoni e Giacomo Corradi: l'ultimo in particolare istituì il teatro anatomico presso la struttura. Altri donatori furono il vescovo mons. Giorgio Bolognetti, con 8000 scudi, e monsignor Tiberio Cerasi, che nominò l'ospedale suo erede universale. Nelle donazioni, seguono numerosi personaggi, tra cui diversi chirurghi, come lo stesso Larche, e numerose nobildonne. 