La terapia della MRGE è solitamente basata su alcune norme igienico-dietetiche di base, e sull'assunzione (per periodi più o meno prolungati) di farmaci appartenenti alle classi degli inibitori di pompa protonica/IPP (che inibiscono notevolmente la produzione acida nello stomaco) e degli anti-H2 (in gran parte però soppiantati dai più moderni e potenti IPP); non è comprovata l'efficacia dei procinetici. Gli antiacidi e gli alginati sono usati al bisogno a fini di sollievo sintomatico.