Negli ultimi anni di vita, dovette sopportare anche le gratuite ingiurie di Filippo Pacini, il quale riteneva che il metodo di Bufalini fosse mero empirismo, in quanto negava qualsiasi principio "a priori" e accettava solo ciò che derivava dall'esperienza ("a posteriori"). Ormai anziano e malato, Bufalini non rispose nemmeno a queste accuse, che a molti parsero inopportune e gratuite.