La diagnosi di colite da "Clostridioides difficile" si ottiene dall'identificazione nelle feci delle tossine del "C. difficile". Il trattamento empirico deve essere iniziato prima che arrivino i risultati della ricerca delle tossine di Clostidioides difficile. Le complicanze possibili sono costituite da una perdita massiva di liquidi o distruzione della mucosa intestinale colpite, che possono portare a shock ipovolemico, deplezione degli elettroliti, disidratazione, sepsi e perforazione intestinale megacolon tossico, emorragia, colite fulminante. In questi casi sono necessari tempestivi provvedimenti, in quanto possono avere esiti mortali soprattutto in soggetti debilitati o molto giovani. Esclusa la più probabile infezione da "C.difficile" rilevate endoscopicamente le pseudomembrane la diagnosi deve discriminare le possibili: