Nel colon, i batteri possono trovarsi in forma libera all'interno del lume intestinale o, più facilmente, organizzati in uno strato (biofilm) che riveste le superfici di attacco disponibili, costituite dalla mucosa e dai frammenti solidi di cibo indigerito e muco.La disposizione in aggregati e la formazione del biofilm determinano un vantaggio competitivo all'interno dell'ecosistema intestinale, poiché la stretta vicinanza tra i batteri minimizza i fattori limitanti la crescita. Inoltre, la formazione di strati adesi alla mucosa rende più efficiente la digestione e l'utilizzo delle sostanze polimeriche indigerite o delle secrezioni mucose.Uno strato protettivo di muco è presente sulla superficie di tutte le membrane mucose dell'organismo. Nell'intestino il muco è continuamente prodotto dalle cellule e si presenta in due forme: un gel insolubile che aderisce tenacemente alle cellule ed uno strato viscoso, solubile in acqua, che ricopre il gel.Il muco è costituito da glicoproteine dette mucine, la cui componente polisaccaridica è costituita da 5 tipi differenti di carboidrati: galattosio, fucoso, Nacetilglucosamina, N-acetilgalattosamina e acido sialico, i quali giungono in contatto diretto con i batteri sia commensali sia patogeni. Smith ha evidenziato la presenza di glicoproteine diverse dal normale nel muco di rivestimento in certe situazioni patologiche, proponendo un possibile coinvolgimento delle mucine nella patogenesi di disordini del colon 224 .Il lume intestinale è completamente rivestito da carboidrati e questo permette di esporre un vasto repertorio di potenziali siti di adesione per i microrganismi.Nei neonati, questo repertorio è geneticamente codificato ed è definito "repertorio innato". Con l'inizio del processo di colonizzazione intestinale, i microrganismi che per primi raggiungono il colon inducono modificazioni a carico delle mucine attraverso l'azione delle glicosidasi batteriche, cosicché il repertorio neonatale evolve e i nuovi siti di legame influenzano la successiva adesione batterica 207  Un altro meccanismo di regolazione a questo livello è rappresentato dal "dialogo" (cross-talk batterico epiteliale) tra i batteri e l'ospite. Hooper e Gordon hanno dimostrato che la microflora intestinale invia messaggi alle cellule epiteliali, interferendo con l'espressione e l'attività delle glicosiltransferasi con conseguenti modificazioni nella composizione delle mucine 225 .La capacità dei batteri commensali di comunicare con l'ambiente e, soprattutto, con i microrganismi patogeni è conosciuta come "quorum sensing" e rappresenta un aspetto fondamentale del cross-talk cellulare. La comunicazione è basata sulla produzione di molecole segnale rilasciate nel lume intestinale da alcune specie batteriche. Tra le varie sostanze prodotte, la molecola in assoluto più studiata è il N-acil-omoserina-lattone prodotto da batteri Gram negativi 226 .L'esistenza di una microflora stabile nell'apparato digerente è garantita dal continuo rifornimento di nutrienti da parte dell'ospite. Tra i maggiori fattori di sopravvivenza dei microrganismi vi è la presenza del muco intestinale che è un ottimo substrato per la crescita batterica. Inoltre, la liberazione di nutrienti dalle cellule epiteliali può favorire la crescita dei batteri aderenti. Un ulteriore vantaggio per i batteri residenti nello strato di muco è la loro protezione dall'attività di alcuni antibiotici somministrati oralmente.