A Valdoni sono dedicati un Dipartimento Chirurgico del Policlinico Umberto I di Roma, un'aula al secondo piano della quarta Clinica Chirurgica e la prestigiosa Sala Convegni "Pietro Valdoni", situata al primo piano dell'originale Clinica Chirurgica, pregevolmente ristrutturata nel 2015 ad opera del Prof. Carlo Gaudio, direttore del Dipartimento Cuore e Grossi Vasi. In quest'ultima è possibile ammirare il busto bronzeo del grande medico triestino.