L'idea di McDonald è stata quella di combinare i due principali metodi "cardiofitness" per ridurre i depositi di grasso "ostinato" sfruttandone i diversi e complementari meccanismi d'azione per potenziarne l'effetto. L'esercizio anaerobico ad alta intensità libera una maggiore quantità di catecolammine e GH, cioè le molecole principalmente coinvolte nei processi di lipolisi; mentre l'esercizio aerobico permette di ossidare i grassi ad un alto tasso durante l'esercizio, un evento che viene ulteriormente esaltato se preceduto da un'attività anaerobica. Secondo le indicazioni dell'autore, l'esercizio ad alta intensità riesce ad annullare l'effetto inibitorio verso la lipolisi esercitato dagli α-2 adrenorecettori, la breve pausa (prevista tra il termine del primo e l'inizio del secondo protocollo) riesce a dare agli acidi grassi il tempo di diffondersi nel torrente circolatorio, e il cardio "steady state" provvede ad ossidarli. A questo meccanismo si aggiunge l'EPOC, cioè quel fenomeno metabolico che si verifica a seguito dell'attività fisica, e che denota un aumento del metabolismo e del dispendio di grassi per diverse ore dal termine della stessa. È stato stabilito che l'EPOC, acronimo inglese che sta per "consumo di ossigeno in eccesso post-allenamento", sia stimolato ad un tasso maggiore a seguito dell'attività anaerobica, conferendo a questo tipo di esercizio la proprietà di ossidare più grassi a riposo nelle ore successive al termine dell'attività rispetto all'attività aerobica. Per di più, coniugando attività aerobica e anaerobica in un'unica sessione, l'EPOC riesce ad essere ulteriormente esaltato se paragonato alle rispettive attività svolte singolarmente. Questo può indicare un ulteriore vantaggio in termini di dimagrimento secondo quanto previsto dallo "Stubborn Fat Protocol", riuscendo in questo modo a sfruttare il massimo della spesa lipidica indotta dall'esercizio durante e dopo il termine dell'attività. Questo protocollo è stato in realtà pensato per intaccare nello specifico i depositi di grasso più difficili da mobilizzare, come la bassa schiena e il basso addome per gli uomini, o le cosce e i glutei per le donne.