L'identificazione biochimica delle femmine portatrici del gene alterato della malattia è poco affidabile a causa dell'inattivazione casuale della X.Molte femmine eterozigoti possono essere individuate tramite la rilevazione di livelli intermedi dell'attività dell'α-galattosidasi A, che possono oscillare tra 0 e 100%. La ridotta attività dell'α-galattosidasi A plasmatica identifica correttamente il 60-70% dei portatori. La misurazione contemporanea di α e β galattosidasi aumenta la sensibilità del test.Inoltre il gene inattivato su un cromosoma X può essere riattivato con l'aumentare dell'età e la diminuzione dei livelli di 5-metildeossicitidina 160 .La demetilazione del gene può spiegare l'osservazione non infrequente che gli eterozigoti obbligati hanno livelli di attività di α-galattosidasi A nel range di normalità. Nel caso in cui vi sia una ridotta attività enzimatica senza che siano state riscontrate mutazioni puntiformi, viene utilizzata la Multiplex Ligationdependent Probe Amplification (MLPA) 162 , per identificare grandi riarrangiamenti genici.