Alcune procedure mediche e dentistiche invasive, quali ad esempio l'impianto di protesi dentarie che comporta perforazione della mucosa orale, possono consentire ai batteri di entrare nel flusso sanguigno. Per le persone con malattie cardiache o valvole danneggiate, che hanno un più alto rischio di sviluppare l'endocardite, l'assunzione di antibiotici prima di queste procedure potrebbe aiutare a distruggere o controllare i batteri nocivi che possono infettare il cuore. Tuttavia, la profilassi antibiotica non è più raccomandata come in passato, e deve essere presa in considerazione unicamente nei pazienti a rischio più alto di endocardite e sottoposti a procedure odontoiatriche ad elevato rischio. L'uso eccessivo di antibiotici potrebbe portare allo sviluppo di ceppi batterici resistenti. Comunque se si è a rischio di endocardite bisogna informare il medico o il dentista prima di iniziare qualsiasi intervento odontoiatrico. È altresì importante prendersi cura dei propri denti, poiché un'accurata igiene orale riduce sicuramente il rischio di passaggio dei microorganismi nel flusso sanguigno.