Alfred Blalock, primo dei cinque figli nati da George Z. e Martha Davis Blalock, nasce a Culloden, in Georgia, il 5 aprile del 1899. Ancora giovane, si trasferisce con la famiglia a Jonesboro. Dopo essersi diplomato all'Università della Georgia con un titolo A.B., entra nel corso di medicina del Johns Hopkins Hospital (Baltimora), dove si laurea nel 1922. La sua decisione sull'indirizzo di studi da intraprendere è influenzato da un desiderio del padre, in occasione di un suo ricovero nel famoso ospedale di Baltimora. Nella speranza di ottenere un posto come chirurgo, completa il suo internato in urologia e diviene assistente nel reparto di chirurgia generale per un anno, dopo aver ricevuto una borsa di studio in otorinolaringoiatria. I suoi primi anni di attività sono segnati da importanti successi: una pneumectomia in un bambino di tre anni e una ricerca scientifica sulla relazione tra rimozione del tumore del timo e miastenia gravis.