I problemi della sindrome dell'intestino corto non sono limitati solamente alla ridotta superficie di assorbimento. La perdita della valvola ileo-ciecale e del freno ileale (in seguito a una resezione) accelerano il transito del chimo attraverso l'intero tratto gastrointestinale; gli alimenti non digeriti diventano un substrato per la fermentazione batterica e il microbiota dell'intestino crasso colonizza le parti più prossimali dell'intestino tenue generando la SIBO. La digestione e l'assorbimento non possono essere portati a compimento se gli alimenti non permangono abbastanza a lungo nell'apparato digerente, perciò questi pazienti vanno spesso incontro a una diarrea postprandiale. Questo problema può essere ulteriormente esacerbato dalla SIBO che accelera ancor più il transito e peggiora sia la digestione che l'assorbimento.