Il fattore XII è lungo 596 aminoacidi e consiste di due catene, una catena pesante (353 residui) e una catena leggera (243 residui) tenuti insieme da un legame disolfuro. Sono 80.000 dalton. La sua catena pesante contiene due domini di tipo fibronectinico (tipo I e II), due domini epidermici del fattore di crescita, un dominio kringle e una regione ricca di prolina e la sua catena leggera contiene il dominio della proteasi. Recentemente, la struttura del dominio tandem del fattore di coagulazione XII, simile a FnI-EGF, è stata risolta mediante cristallografia a raggi X.