Il gene CLCN2 codifica per una subunità del canale del cloro largamente espressa nelle regioni cerebrali inibite dal GABA; alcune modificazioni puntiformi a cariche di questo gene sono state riscontrate nei soggetti con JME; in particolare, si ritiene che le alterazioni strutturali del canale del cloro conducano ad un'altera responsività all'effetto inibitorio del GABA, con aumento dell'eccitabilità neuronale necessaria per la epilettogenesi.