Il rapporto dell'alchimia con la filosofia naturale è simile a quello che connette la medicina alla stessa "naturalis philosophia": come il medico mira con la sua arte a preservare la salute, curare le malattie e ristabilire l'equilibrio naturale, così anche l'alchimista ha come scopo la cura e il perfezionamento dei "metalli vili"; egli vuole trasformare in oro quei metalli imperfetti che non hanno ancora raggiunto il loro ultimo stadio di perfezione.