La diagnosi differenziale è principalmente con distrofia muscolare, miopatie, neuropatia, patologie neurodegenerative (es. malattia del motoneurone), patologie della tiroide, altre malattie autoimmuni con sintomatologia di astenia muscolare (es. sclerosi multipla), ma avendo la miastenia dei precisi marcatori, è abbastanza semplice distinguerla.