G. vaginalis è un potenziale patogeno che può causare gravi danni alla mucosa vaginale nel caso in cui venga stravolto il normale ambiente di acidità (fattore di sicurezza e di controllo verso potenziali patogeni) sostenuto dai lattobacilli, fisiologicamente presenti come flora normale. In tal caso, questi stessi batteri, che appunto mantengono il pH vaginale su un valore da 3,8 a 4,5, sono soppiantati da una rapida crescita di G. vaginalis. Ciò comporta un quadro clinico noto come vaginosi batterica, infezione altamente diffusa tra le donne in età fertile e caratterizzata da secrezioni mucoidi di colorito grigiastro.