Nell'uomo, l'amoxapina ha un'emivita di 8 ore, ma il metabolita principale, l'8-idrossiamoxapina, ha un'emivita biologica di 30 ore. Un altro metabolita, 7-idrossiamoxapina, ha un'emivita di circa 6,5 ore. Il legame con le proteine plasmatiche raggiunge valori del 90%.