Il primo vaccino per la TBE è stato prodotto nel 1937 nel cervello di alcuni topi. A distanza di più di vent'anni, i vaccini per la TBE hanno iniziato ad essere prodotti da colture cellulari (fibroblasti di embrione di pollo), sviluppati ed utilizzati per immunizzare gli esseri umani nell'ex Unione Sovietica. Un vaccino a virus inattivato è stato sviluppato in seguito, dimostrato una maggiore immunogenicità dei precedenti vaccini per la TBE.