L'Accademia dei Lincei gli ha conferito il Premio Feltrinelli nel 1989. L'Istituto Pasteur, nel 2003, gli ha assegnato il Premio internazionale Émile Brumpt per "la prestigiosa carriera spesa nella lotta contro la malaria e la parassitologia nel mondo". Il 10 aprile 2008 gli è stato consegnato, presso il Laboratorio Europeo di Biologia Molecolare (Embl) dell'Università di Heidelberg, il "BioMalPar Life Award", conferito dal BiomalPar (Biology and Pathology of Malaria Parasite), il network di eccellenza istituito dalla Commissione europea.