Nel 1919, assieme ad Armida Barelli, fonda il ramo femminile dell'istituto dei Missionari della Regalità di Cristo primo istituto a porre in essere una consacrazione laicale; l'istituto è volto al servizio di alcune opere, tra cui l'Azione Cattolica e la nascita dell'Università Cattolica di Milano, ateneo per il quale, nonostante le difficoltà incontrate a causa del modello vicino a quello degli atenei statali, ottiene il riconoscimento pontificio. L'Università Cattolica viene inaugurata il 7 dicembre 1921 ed inizia ad operare con due facoltà: Filosofia e Scienze sociali; essa ottiene il riconoscimento statale con il R.D. 2 ottobre 1924, n. 1661. Dell'Università Cattolica Gemelli è rettore fino alla morte, allargandosi alle facoltà di Giurisprudenza, Scienze Politiche, Lettere e Filosofia, Economia e Commercio, Magistero, nella sede di Milano, Agraria, nella sede di Piacenza.