Fu però Mary Lyon, nel 1961, a proporre l'ipotesi dell'inattivazione sistematica di un cromosoma X, effettuata scegliendo a caso uno tra i due cromosomi X di derivazione materna o paterna, secondo un processo indipendente da cellula a cellula. L'ipotesi della Lyon partiva dall'osservazione della colorazione della pelliccia di alcune femmine di topo che mostravano un'alternanza di singoli peli di colore differente. Mary Lyon spiegò questa osservazione con l'ipotesi che il colore del pelo fosse un gene presente sul cromosoma X, e che l'inattivazione casuale di uno dei due cromosomi in cellule diverse causasse l'espressione di alleli diversi.