La cura (terapia) ufficiale delle varie forme di intolleranza alimentare prevede l'esclusione dalla dieta delle sostanze o degli alimenti coinvolti. Ciononostante, numerose società italiane di nutrizione, concordano nel sostenere che il trattamento non possa, e non debba, basarsi sulla semplice eliminazione di alimenti ma che, grazie al supporto di figure professionali, sia necessario puntare alla loro sostituzione nella dieta quotidiana.