Il più delle volte è dovuta alla presenza di sindrome del colon irritabile, ma può essere dovuta alla presenza di morbo celiaco o di malattie infiammatorie intestinali (malattia di Crohn, rettocolite ulcerosa). A esse si possono affiancare altre cause tra cui: gastroenterite eosinofila, radiazioni, insufficienza pancreatica, deficit di lattasi, sindrome dell'intestino corto, malattia di Whipple, sindrome da carcinoide, sindrome di Zollinger-Ellison, tumori o alterazioni del sistema endocrino, fecalomi, abuso di lassativi.