Nato nella piccola città di Schivelbein (ora Świdwin), a sud di Köslin (ora Koszalin), in un'arretrata e rurale Pomerania Orientale, oggi nord-ovest della Polonia, Rudolf Virchow era l'unico figlio di un modesto mercante. Frequentò la scuola della sua città natale, dove subito espresse un precoce interesse per le scienze naturali. Ricevette privatamente lezioni di greco, latino e francese, da alcuni chierici, tali da permettergli di entrare il 1º maggio 1835 nel Gymnasium di Köslin, dove ricevette una formazione umanistica ampia, e dove dimostrando elevate capacità accademiche, si diplomò a Pasqua del 1839. Significativa per l'impostazione del giovane Virchow è la scelta del tema della sua maturità: "Una vita piena di lavoro non è un peso, ma un bene".