Senza dubbio il più studiato tra gli adattamenti cui va incontro PA, il fenotipo mucoide, è stato anche uno tra i primi ad essere identificato nel 1963. E' noto che la morfologia mucoide delle colonie di batteri è legata alla loro capacità di produrre l'esopolisaccaride alginato, un polimero di acido D-mannuronico e di alginato L-glucuronico (19).La maggior parte dei geni deputati alla biosintesi dell'alginato si trova localizzata su un singolo operone, sul quale viene esercitato un controllo da parte del fattore anti sigma Muc-A che sequestra il promoter AlgT impedendo quindi l'attivazione del gene. Il gene MucA, che codifica per il corrispettivo fattore anti sigma, dopo lunghi periodi di permanenza di PA nelle vie aeree dei pazienti con FC, acquisisce mutazioni che risultano nella perdita della produzione del fattore Muc A e, conseguentemente, nell'aumento dei livelli di AlgT libero e quindi di una mancata inibizione dell'operone responsabile della produzione di alginato, con un conseguente shift al fenotipo mucoide (20).Questa modificazione del fenotipo nei pazienti con FC viene osservata in media dopo tre anni di infezione cronica, ma può anche emergere dopo solo tre mesi dall'instaurarsi della colonizzazione. Nel 2012 il 66% dei pazienti FC residenti negli Stati Uniti con infezione da PA risultava colonizzato da ceppi mucoidi (15).Le cause di tale fenomeno pare siano da ricercarsi nelle pressioni selettive subite dal batterio nelle vie respiratorie degli affetti da FC. In particolare la sovraproduzione di alginato risulta essere vantaggiosa sotto differenti aspetti:1. Favorisce la formazione di biofilm, il quale protegge il batterio dai tentativi di clearance sia da parte dei macrofagi dell'ospite che della terapia antibiotica (22); 2. Forma una capsula attorno al batterio impedendo opsonizzazione e fagocitosi(20);  3. L'esopolisaccaride potrebbe possedere proprietà di immunomodulazione che portano allo sviluppo da parte dell'ospite di una risposta immune disregolata (23).Numerosi studi hanno cercato di valutare l'impatto del fenotipo mucoide sull'outcome clinico dei pazienti FC. (21;24;26) L'interpretazione di tali risultati risulta però complessa, poiché alcuni esperti fanno corrispondere il passaggio da un fenotipo non mucoide a quello mucoide con lo sviluppo di cronicizzazione dell'infezione, mentre altri ritengono che la cronicizzazione preceda il passaggio al fenotipo mucoide (16).Senza tenere conto di questa distinzione, per quanto essa possa essere rilevante nell'ambito dello studio della patogenesi, i dati concordano nell'indicare come l'infezione cronica da PA mucoide sia associata ad un importante decadimento delle condizioni cliniche nei pazienti FC.Pedersen et al. (29) hanno eseguito spirometrie su 73 pazienti FC per un periodo di tredici anni e hanno riscontrato che i soggetti infettati da ceppi mucoidi di PA hanno un valore predittivo di capacità vitale forzata (FVC) significativamente più basso rispetto ai pazienti infettati da ceppi non mucoidi. Tali dati sono stati confermati da Henry et al. (30) in uno studio longitudinale condotto su 81 pazienti: nell'arco di 8 anni il 42% dei pazienti infettati da ceppi mucoidi di PA è deceduto, mentre solo l'11% dei pazienti infettati da ceppi non mucoidi è andata incontro a decesso.Resta comunque la possibilità che il fenotipo mucoide sia selezionato solo perché tende a sopravvivere meglio nel polmone ipossico e bronchiectasico della malattia terminale e che quindi i dati di associazione con un peggiore outcome clinico siano influenzati dal fatto che i pazienti infettati da ceppi mucoide presentino uno stato di malattia già più avanzato rispetto agli altri.