Sono presenti 4 isoenzimi di fosfatasi alcaline nell'organismo umano: fosfatasi alcalina intestinale (presente solo nell'intestino), fosfatasi alcalina placentare (presente solo nella placenta), fosfatasi alcalina delle cellule germinali (presente solo in queste cellule) e fosfatasi alcalina non tessuto specifica (TNAP, presente in tutto l'organismo ma soprattutto in fegato, ossa e rene; è noto che questo enzima ha un ruolo importante nella regolazione della mineralizzazione sia nelle ossa che nei denti, oltre che nel metabolismo della vitamina B6). TNAP è fisiologicamente attivo in forma dimerica e degrada i substrati extracellulari pirofosfato inorganico potente inibitore della mineralizzazione, piridossal-5'-fosfato principale forma attiva della vitamina B6 e fosfoetanolammina .