Thomas era figlio di John Hodgkin senior (1776-1845) e di Elizabeth Rickman Hodgkin (1768-1833), entrambi discendenti da illustri famiglie quacchere passate dalla piccola proprietà terriera alla media borghesia intellettuale. Il padre era un calligrafo e insegnante famoso, ed era amico di molti celebri quaccheri dell'epoca tra cui William Allen (1770-1843), Luke Howard (1772-1864), Thomas Young (1773-1829), William Phillips (1775-1828) e Richard (1778-1851) Philips e Joseph Jackson Lister (1786-1869).