Per eseguire l'ecocardiogramma transesofageo è necessario essere a digiuno dalla mezzanotte precedente il giorno dell'esame. Eventuali farmaci possono essere presi bevendo solo la quantità di acqua necessaria per ingoiarli. Se si hanno protesi orali devono essere tolte prima di sottoporsi all'esame. L'ecocardiografia transesofagea non è dolorosa né pericolosa, ma il passaggio della sonda attraverso la bocca potrebbe generare un certo fastidio. Per questo motivo, subito prima di inserirla, può essere eseguita una anestesia locale spruzzando uno spray (anestetico locale) in bocca per ridurre la sensibilità della gola e rendere più confortevole la procedura.