In utilizzo botanico esistono anche microtomi costruttivamente più semplici, detti microtomi a mano, dove il campione viene sezionato senza essere stato incluso in alcunché, ma eventualmente inserito tra due elementi di sughero o midollo di sambuco. Raramente, ove la natura del campione lo richiede si possono utilizzare i microtomi ed ultramicrotomi istologici.