La cura è, in primo luogo, di tipo psicologico ed è fornita da esperti nella salute mentale (psicologi e psichiatri) specializzati in tematiche che riguardano l'età evolutiva. Il supporto psicologico consente di affrontare le problematiche presenti e fornisce un aiuto per ridurre la sofferenza emotiva senza dover impiegare subito trattamenti più drastici. Se le condizioni psicologiche della persona peggiorano in modo significativo con l'inizio dei cambiamenti fisici che accompagnano lo sviluppo sessuale (pubertà), le linee guida internazionali suggeriscono, se soddisfatti criteri precisi, la somministrazione di farmaci cosiddetti analoghi dell’ormone di rilascio delle gonadotropine (GnRH). Gli analoghi del GnRH sono prescritti dall'endocrinologo e agiscono sopprimendo la produzione degli ormoni sessuali. Essi bloccano la comparsa dei cambiamenti fisici indotti dalla pubertà così da permettere alla persona di esplorare con maggior serenità la propria identità di genere e all'esperto in salute mentale di continuare a esplorare l’identità di genere dell’adolescente, alleviandolo dalla sofferenza che deriva dal contatto con un corpo che si sviluppa in una direzione non desiderata. Gli effetti della terapia con gli analoghi del GnRH sono completamente reversibili: se il trattamento viene sospeso, lo sviluppo puberale ha immediatamente inizio nella direzione del sesso biologico. Se la disforia di genere persiste, le linee guida internazionali raccomandano l'utilizzo degli ormoni sessuali femminilizzanti o mascolinizzanti (vedi sotto) a partire dai 16 anni di età, al fine di indurre una pubertà in linea con l'identità di genere.