La formazione di una cisti dentigera avviene in conseguenza della degenerazione patologica dell'organo dello smalto, deputato alla formazione della componente smaltea della corona del dente. Normalmente, al termine della sua azione questa struttura si trasforma nell'epitelio ridotto dello smalto, circondando la corona prima della sua fuoriuscita, per poi scomparire in seguito all'eruzione del dente. In alcuni casi si può innescare un processo di accumulo di liquido che porta alla creazione di una cavità patologica, che va a circondare progressivamente la corona del dente, a partire dalla giunzione amelo-cementizia. Talvolta il processo di degenerazione cistica sembra avvenire precocemente, arrestando il processo di formazione della corona prima del suo completamento. La causa all'origine della trasformazione patologica non è al momento conosciuta, anche se in alcuni casi limitati è stato suggerito l'intervento di uno stimolo infiammatorio da lesioni periapicali di denti decidui malati.