Più precisamente, il 4 novembre 1893 Golgi tiene la relazione ufficiale per la solenne inaugurazione dell'anno accademico 1893-1894, essendo divenuto poco prima rettore dell'università. Aderisce alla lista dell'Unione Liberale Monarchica, ovvero la lista clerico-moderata sostenuta dal giornale «Il Ticino». Così Roberto Rampoldi, esponente politico di spicco della sinistra radicale, diviene suo diretto antagonista nella lista democratica. Le elezioni sono vinte dallo schieramento di Golgi, che diviene così consigliere comunale. Ciò rappresenta un importante risultato, in quanto da quella posizione lo scienziato potrà far valere meglio la sua influenza nell'indirizzare l'attenzione dell'amministrazione municipale verso i progetti di rinnovamento dell'università di Pavia. Il febbrile impegno di Golgi per l'accrescimento del prestigio accademico pavese si manifesta in modo evidente quando la centralità lombarda dell'ateneo pavese viene minacciata dalla nascita di un nuovo polo universitario a Milano. Il 2 marzo del 1893 era scomparso l'ingegnere Siro Valerio, che aveva lasciato il suo patrimonio al comune di Milano affinché costituisse un fondo per l'università per lo studio delle Scienze. Questo progetto è immediatamente avviato dal ginecologo dell'Ospedale Maggiore di Milano, Luigi Mangiagalli, fatto che suscita la reazione negativa dell'ambiente universitario pavese per timore di un suo progressivo indebolimento.