Sofferente di calcoli renali, si fece operare da un chirurgo norcino a Bologna. Quando questo gli estrasse un calcolo "della grandezza di un uovo" e "trasse seco sangue e carne", egli capì subito che la sua fine era vicina e proferì queste parole: "datemi pure l'olio santo ché io sono spedito". Dopo tre giorni di atroci sofferenze morì nel convento di monte Calvario sul Colle del Belvedere il 9 settembre 1647. I suoi calcoli furono conservati per parecchi anni nel Convento dell'Ordine di Bologna. Dopo la sua morte vennero inoltre conservati in questo stesso luogo anche i suoi strumenti chirurgici (dal punto di vista artistico molto pregiati), e alcuni secoli dopo Vittorio Putti, dopo lunghe trattative, riuscì ad acquistarli e a portarli nell'Istituto Ortopedico di Bologna.