L'eliminazione dall'organismo, nell'uomo, avviene prevalentemente per via fecale. La quantità di ulifloxacina eliminata attraverso l'emuntorio renale è pari a circa il 17%. Alcuni studi hanno evidenziato, dopo somministrazione orale di 600 mg, un'eliminazione della molecola per via urinaria e fecale pari approssimativamente al 95%. L'eliminazione renale avviene sia grazie alla filtrazione glomerulare che a secrezione attiva.