Il trapianto di cellule staminali emopoietiche allogeniche è riservato ai pazienti con la malattia in fase accelerata o blastica e a quelli resistenti agli inibitori della tirosin chinasi. Per l'attivazione della terapia è fondamentale che il paziente si rivolga ad un centro ematologico specializzato. La presa in carico del paziente in un centro specializzato è importante anche per consentire l'erogazione dei farmaci utilizzati nella terapia della leucemia mieloide, che hanno un costo elevato.