Alcuni degli effetti indesiderati che possono comparire durante il trattamento con gabesato sono: flebite ed ulcere necrotiche nel sito di iniezione, dolore ed arrossamento locale. Il paziente può sviluppare una tendenza alla diminuzione della pressione arteriosa. Possono comparire sintomi gastrointestinali quali nausea e vomito, che talvolta sono associati ad un aumento delle transaminasi. Molto più raramente possono comparire reazioni anafilattiche, leucopenia, granulocitopenia, trombocitopenia e aumento della tendenza al sanguinamento. In alcuni pazienti si associa una certa quota di danno epatico che può comportare non solo un incremento delle transaminasi, ma anche un aumento della bilirubina totale e quindi la comparsa di ittero.