Filgrastim trova indicazione anche nel trattamento della neutropenia grave in pazienti in fase avanzata di infezione sostenuta dal virus dell'immunodeficienza umana (HIV, Human Immunodeficiency Virus), al fine di ridurre il rischio di infezioni batteriche (tra cui quelle opportuniste), quando il ricorso ad altri trattamenti preventivi non si è dimostrato sufficiente e adeguato.