Negli anni del Risorgimento l'ospedale subì un ulteriore ampliamento (in questo periodo nacque anche una sorta di centro di rianimazione, detto "Centro per Asfittici") e, oltre ad ospitare malati e ad essere sede di insegnamenti, funse da ritrovo per una sezione della Carboneria. Durante il periodo della Repubblica Romana (1849), infatti, truppe di volontari si erano stabilite nelle stanze dell'ospedale, mentre la chiesa di San Giacomo venne utilizzata come stalla.