Gli anni ottanta del XIX secolo si rivelarono disastrosi per Cope. La stretta collaborazione di Marsh con il Geological Survey gli diede le risorse per assumere 54 collaboratori nel corso di dieci anni. La sua posizione di insegnante a Yale significò l'accesso garantito all'"American Journal of Science" ai fini della pubblicazione. Cope aveva interessi nel "Naturalist", ma questo gli prosciugò i fondi. Dopo che Hayden è stato rimosso dall'indagine, Cope perse la sua fonte di finanziamento del governo. La sua fortuna non era sufficiente a sostenere la sua rivalità, così Cope investì nel settore minerario. La maggior parte delle sue proprietà erano miniere d'argento nel Nuovo Messico; una miniera ha prodotto una vena minerale del valore di 3 milioni di dollari in cloruro d'argento. Cope visitò le miniere ogni estate dal 1881 al 1885, approfittando della occasione per supervisionare o raccogliere altri minerali. Per un po' di tempo guadagnò bene, ma le miniere cessarono di produrre e nel 1886 dovette rinunciare alle sue ormai inutili riserve. Lo stesso anno ricevette un posto di insegnante presso l'Università della Pennsylvania. Continuò a viaggiare verso ovest ma si rese conto che non sarebbe stato in grado di trovare di meglio rispetto a Marsh nel mercato delle ossa; dovette liberare i collezionisti che aveva assunto e vendere le sue collezioni. Durante questo periodo, pubblicò dalle 40 alle 75 pubblicazioni all'anno. Con il fallimento delle sue miniere, Cope iniziò a cercare lavoro, ma venne rifiutato dallo Smithsonian Institution e dall'American Museum of Natural History. Si dedicò a dare lezioni a contratto e a scrivere articoli su riviste. Ogni anno, faceva pressione sul Congresso per ottenere un finanziamento per completare il suo lavoro sulla "Bibbia di Cope", un volume sui vertebrati terziari, ma è stato continuamente rifiutato. Piuttosto che lavorare con Powell e l'indagine, Cope cercò di suscitare sentimenti contro di loro.