Da Vienna si spostò a Parigi per iniziare uno studio riguardo a casi neurologici. La Morton, infatti, era interessata alla relazione tra problemi di tipo ginecologico e disturbi del sistema nervoso e dell'apparato circolatorio e respiratorio. Ella sviluppò una teoria, che ebbe modo di approfondire durante il periodo parigino, secondo cui uno stile di vita sano, una dieta adeguata ed una maggiore attenzione all'igiene, molte delle malattie ginecologiche femminili potevano scomparire. 