Nell'arco di dieci campagne, Larrey operò costantemente sul campo di battaglia facendo notevoli scoperte e avendo occasione di dimostrare la necessità dell'amputazione immediata al fine di evitare l'insorgere di infezioni che molto spesso, a quel tempo, portavano alla morte. Fino a quel momento infatti alcune ferite venivano considerate mortali, soprattutto quelle causate da armi da fuoco, e l'amputazione del braccio a livello della spalla era considerata quasi sempre inutile, mentre una chimera era la possibilità di successo nell'amputazione coxo-femorale; inoltre questa metodologia era opposta ai precetti stabiliti da chirurghi famosi come Faure, le cui teorie sarebbero poi state demolite in un memoriale dello stesso Larrey, pubblicato successivamente. Nel 1794 Larrey, seppure giovane, venne nominato capo chirurgo dell'esercito destinato alla spedizione in Corsica, poi mai avvenuta. Ricevette pertanto l'ordine di dirigere il reparto di chirurgia nell'esercito dei Pirenei orientali finché nel 1796 non fu nominato professore alla Scuola Militare di Medicina e Chirurgia stabilita in Val-de-Grâce a Parigi.