Le intolleranze possono causare un'assai vasta gamma di sintomi (dermatologici , respiratori, asmatici, allergici, gastrointestinali , neurologici e sistemici e altri ancora ). I sintomi possono manifestarsi con tempistiche e severità diverse; possono comparire saltuariamente o essere sempre presenti, allo stesso modo possono manifestarsi ore o giorni dopo l'ingestione di un certo alimento. La severità dei sintomi stessi dipende da "quanto" il paziente ha mangiato e da "che cosa" ha mangiato, oltre che dalla concomitanza di altri fattori.