Rappresenta il primo passo cruciale nella patogenesi delle infezioni delle vie urinarie: è la colonizzazione dell'uretra distale, dei tessuti periuretrali e, nella donna, del vestibolo vaginale, con germi potenzialmente patogeni per il tratto urinario.Il serbatoio dal quale traggono origine i germi patogeni per il tratto urinario è chiaramente il tratto gastroinerstinale e, nella femmina, la stretta vicinanza dell'ano all'uretra aumenta la possibilità di colonizzazione con la flora fecale (Risdon 1989, Stamey 1981, Standfeld 1982.Sono stati fatti tentativi per correlare la frequenza di quest'evento iniziale con le personali abitudini di igiene (metodi di protezione durante il periodo mestruale e tipi di vestiario intimo), ma senza ottenere nessuna chiara associazione (Brumfitt 1965).Molti Autori hanno sviluppato il concetto che che la colonizzazione del vestibolo vaginale e dell'uretra distale nella femmina da parte di E.coli, con altre enterobatteriacee e con lo streptococco fecale è la premessa necessaria allo sviluppo di una batteriuria significativa (Cox 1969, Stamey 1975, Schaeffer 1979, Fowler 1977. È da notare che, come sostenuto da alcuni, la colonizzazione intermittente o transitoria della vagina e dell'area periureterale con enterobatteriacee non è un evento infrequente ma che nella maggior parte delle donne non porta a conseguenze patologiche. Tuttavia è il primo passo nelle donne che svilupperanno una infezione delle vie urinarie (Kunin 1980). Per cui la colonizzazione è definibile come un fattore "necessario, ma permissivo", piuttosto che un evento "sufficiente" nella patogenesi delle infezioni delle vie urinarie (Fowler 1977).Tutto ciò può essere spiegato anche da un ulteriore elemento: i diversi ceppi di E.coli possono avere una differente capacità di aderire alle cellule mucose vaginali e periuretrali. In questo modo, la colonizzazione da parte di un ceppo dotato di maggior adesività, e quindi più patogeno, viene ad avere implicazioni prognostiche diverse rispetto alla colonizzazione da parte di un ceppo meno patogeno.Analogamente, si possono osservare differenze nell'adesività ai batteri da parte di cellule della mucosa vaginale di donne diverse, come risulta da da studi condotti su donne affette da infezioni delle vie urinarie ricorrenti (Fowler 1977, Schaeffer 1981. Questo è ovviamente un altro fattore che determina la maggiore o minore predisposizione allo sviluppo di un' infezione delle vie urinarie, data la colonizzazione batterica iniziale.Bisogna quindi trarre le seguenti conclusioni: la colonizzazione dell'area periuretrale con ceppi di E.coli non virulenti e non aderenti in donne normali non si associa allo sviluppo di un' infezione delle vie urinarie, ma la colonizzazione con ceppi aderenti sì; donne il cui uroepiteliali è carattterizzato da aumentata adesività hanno un rischio maggiore di contrarre infezioni delle vie urinarie, sostenute sia da ceppi virulenti che non virulenti; nel maschio la colonizzazione non svolge un ruolo di particolare importanza, infatti l'infezione della vescica è di solito associata a infezione della prostata o dell'uretra.