Eccellente professore, i suoi libri più famosi divennero libri di testo. Pubblicò più di trecento lavori. Il nome di Kölliker è associato allo strumento con cui nel corso della sua lunga vita ha così assiduamente e con successo lavorato: il microscopio, che usò strenuamente in istologia. L'inizio dei suoi studi infatti coincise con quello della rinascita delle indagini microscopiche degli esseri viventi. Per primo riconobbe la costituzione cellulare dei tessuti ed estese il concetto di teoria cellulare.