Il Settecento vide anni difficili, sia per l'aumento delle richieste che per la scarsità di risorse economiche necessarie a sostenere l'attività degli ospedali; dal 1738 l'ospedale di Sant'Antonio perse la propria autonomia e, come tutti gli altri "Luoghi Pii", fu assoggettato al controllo dei revisori comunali. A quel punto cominciò a farsi strada il progetto della fusione e della concentrazione di tutti gli ospedali della città in un "Ospedale Grande degli Infermi e dei Poveri", com'era avvenuto in quegli anni a Milano; nel novembre del 1772 il senato veneziano approvò tale fusione e gli ospedali - oltre a quello di Sant'Antonio anche quelli di San Lazzaro, dei santi Pietro e Paolo, dei santi Ambrogio e Bellino e di San Bovo - furono trasferiti negli edifici dell'ex monastero di San Bartolomeo, dove l'anno prima era stata soppressa la congregazione dei canonici lateranensi; il 18 settembre 1775, con una cerimonia e una processione solenne attraverso la città, si iniziò il trasporto degli infermi alla nuova sede, e questa può essere considerata la data di inizio del nuovo Ospedale San Bortolo.