È retta da un consiglio d'amministrazione, il cui presidente è nominato dal direttore generale pro tempore dell'Azienda ospedaliero universitaria Meyer. I 9 membri del consiglio svolgono la loro opera gratuitamente. Gli altri organi della Fondazione sono il collegio dei sindaci revisori (3 membri) e il comitato dei garanti, con funzione di comitato etico (3 membri).