Fenazopiridina non dovrebbe essere assunta da soggetti con deficit di glucosio-6-fosfato-deidrogenasi per il rischio di emolisi (cioè di un processo di distruzione dei globuli rossi), causata da uno stress di tipo ossidativo. In letteratura medica vi sono casi di metaemoglobinemia causati perfino dalla ingestione di dosi normali di farmaco. In almeno un caso, una paziente aveva bassi livelli preesistenti di metaemoglobina reduttasi: tale situazione enzimatica molto probabilmente la predisponeva alla condizione. È stata anche segnalata come possibile causa di sulfemoglobinemia.