Nel 1867 la Municipalità lo incarica di verificare se negli edifici delle soppresse congregazioni ecclesiastiche di Udine e Spilimbergo ci siano materiali che potrebbero essere richiesti per la Biblioteca e per il Museo. Da questo momento la collaborazione fra Joppi e la Biblioteca civica sarà sempre più stretta: nel 1869 egli entrerà a far parte della commissione per la Biblioteca e nel 1878 ne diventerà bibliotecario.