In alcuni casi i punti di taglio si trovano esattamente sull'asse di simmetria del palindromo e i prodotti del taglio (frammenti di restrizione) hanno estremità nette (blunt ends). Nella maggior parte dei casi, però, i punti di taglio non coincidono con l'asse di simmetria, per cui i frammenti di restrizione che si ottengono possiedono delle "sporgenze" in 5' o in 3'. Le estremità sporgenti generate dal taglio di una nucleasi di restrizione vengono spesso chiamate estremità coesive (sticky ends), perché le estremità sporgenti di ciascun frammento hanno sequenze di basi complementari e tendono quindi ad associarsi l'una con l'altra, o con qualunque altra sporgenza complementare. La velocità con cui i frammenti migrano attraverso il gel è funzione della loro lunghezza, nel senso che i frammenti piccoli migrano molto più velocemente rispetto ai frammenti lunghi; a seconda della concentrazione dell'agarosio, i frammenti più grandi riescono difficilmente a migrare attraverso il gel. I frammenti di restrizione migrano attraverso il gel di agarosio senza subire alcun danno e possono essere eluiti come doppie eliche biologicamente intatte. Colorando tali gel con coloranti che si legano al DNA si genera una serie di bande, ognuna delle quali corrisponde ad un frammento di restrizione il cui peso molecolare può essere stabilito mediante il confronto con frammenti di DNA a peso noto 363 .