Secondo il modello più accettato, il legame degli autoanticorpi a NC16A presso la giunzione dermo-epidermica determinerebbe l'attivazione del sistema del complemento, la secrezione da parte dei cheratinociti basali di IL-6 e IL-8 e la degranulazione dei mastociti. Il gradiente di citochine secrete attrae neutrofili e macrofagi che plasmina che insieme alla proteinasi 4 di origine mastocitaria attiva la metalloproteinasi 9 che a sua volta inattiva l'inibitore dell'α1-proteinasi che in questo modo non può più inibire l'elastasi neutrofila, principale responsabile della proteolisi a livello della giunzione dermo-epidermica e la conseguente formazione delle caratteristiche bolle.