L'amniocentesi comporta un rischio aggiuntivo di aborto, inferiore all’1%, rispetto al rischio di aborto spontaneo che ogni gravidanza ha in sé. L'esperienza del medico che effettua l’esame può contribuire a ridurre questo rischio, mentre l’esecuzione dell’amniocentesi prima della 15a settimana lo aumenta.