I servizi igienico-sanitari sono la misura più importante nella prevenzione dell'infezione da epatite E; ciò comprende l'adozione di sistemi adeguati per il trattamento e lo smaltimento dei rifiuti umani, il ricorso a elevati standard per l'approvvigionamento idrico pubblico e l'utilizzo di buoni comportamenti di igiene personale e della preparazione degli alimenti naturali. In conclusione, le strategie per prevenire questa malattia sono simili a quelle di molte altre malattie che colpiscono i paesi in via di sviluppo. Cucinare la carne a 71 °C è una tecnica in grado di uccidere il virus dell'epatite E, temperature diverse comportano tempi diversi per inattivare il virus.