Nel solo caso di faringite batterica (confermata tramite tampone faringeo), si somministrano antibiotici, fra cui la classe delle penicilline che rimangono il farmaco di scelta. L'amoxicillina è il farmaco di scelta per il SEBA. Il razionale della terapia antibiotica è quello di eradicare la possibile infezione batterica e prevenire complicanze sistemiche. La maggior parte delle forme siano virali e quindi non suscettibili di terapia antibiotica, gli antibiotici vengono indebitamente utilizzati per contrastare la possibile infezione da "Streptococcus beta-emolitico di gruppo A". In caso di sospetta allergia si somministra l'eritromicina. I FANS vengono utilizzati per ridurre la sintomatologia.