Il coinvolgimento dell'Italia nella seconda guerra mondiale, vide Scaglietti nominato ufficiale responsabile del Centro ortopedico e mutilati per fronteggiare quella che si stava ormai rivelando come una grave emergenza bellica. Intitolato a Vittorio Putti, il Centro trovò collocazione sulla collina di San Michele in Bosco, a pochi passi dall'Istituto Rizzoli, nei locali del Seminario arcivescovile fattovi erigere dal cardinal Nasalli Rocca nel 1932, che lo mise a disposizione del maggiore medico della Regia Marina Oscar Scaglietti e dei suoi malati. Il 27 marzo 1941 venne inaugurato ufficialmente come reparto specializzato di "chirurgia degli organi di movimento" dell'Ospedale Militare dell'Abbadia (che era situato invece nel centro cittadino) con lo scopo di curare i militari feriti e di fornire assistenza e trattamento fisioterapico e protesico ai reduci dal fronte che avevano subito l'amputazione degli arti per congelamento durante le campagne in Albania e Grecia.