La colite ulcerosa ha, solitamente, un percorso altalenante, con periodi in cui i disturbi sono presenti (recidive) ed altri in cui sono assenti (remissione). Nella maggior parte dei casi, consente una vita abbastanza normale. La complicazione più grave della colite ulcerosa è il megacolon tossico, condizione in cui il colon si paralizza impedendo il passaggio di feci o gas. Questa grave complicanza richiede un intervento medico/chirurgico tempestivo per salvaguardare la vita del paziente.