I rischi maggiori sono legati al tromboembolismo e alle aritmie secondarie.Eventi tromboembolici sono stati segnalati 106 nell"1-7% dei pazienti non sottoposti a profilassi anticoagulante pre-cardioversione. È pertanto indicata in pazienti con FA di durata superiore alle 48 ore, o può eventualmente essere sostituita dalla verifica della presenza di trombi tramite ecocardiografia transesofagea.In seguito a cardioversione possono svilupparsi vari tipi di aritmie benigne, che in genere si risolvono spontaneamente: battiti prematuri ventricolari e sopraventricolari, bradicardia e brevi periodi di arresto sinusale. Aritmie più gravi, come tachicardia e fibrillazione ventricolare, possono insorgere in caso di ipokaliemia, intossicazione digitalica, o se la sincronizzazione non è stata ottimale.La cardioversione è controindicata in caso di tossicità da digitale perché può risultare in una tachiaritmia ventricolare difficile da controllare. È quindi opportuno controllare non solo i livelli sierici di digossinemia, ma anche escludere segni clinici ed elettrocardiografici di intossicazione digitalica.