Nel 1809 acquistò una casa presso Sackville Street vicino alla residenza del chirurgo Everard Home, dove intraprese la sua attività privata. Nello stesso anno fu eletto membro della “Society for the Promotion of Medical and Chirurgical Knowledge”, una società di soli dodici membri, fondata da John Hunter nel 1793. Nel 1810 fu eletto membro della Royal Society. In questo periodo pubblicò i risultati delle sue ricerche di fisiologia, frutto di studi ed esperimenti su animali, con due articoli riguardanti l'influenza del sistema nervoso sull'azione dei muscoli in generale e in particolare sul cuore ("The influence of the brain on the action of heart, and the generation of animal heat"); inoltre studiò gli effetti prodotti da alcuni veleni vegetali sull'organismo, come il tabacco o certi tipi di alcool ("On the effects produced by certain Vegetable Poisons"). Questi lavori impressionarono favorevolmente la Royal Society per cui gli fu assegnata la Copley Medal, un riconoscimento davvero prestigioso per uno studioso di soli ventotto anni.Il 21 marzo 1816 sposò Anne Sellon presso la St. James' Curch, a Londra. I successivi dieci anni li trascorse lavorando e studiando senza sosta. Decise di incrementare il proprio reddito ricoprendo il ruolo di lettore durante lezioni di anatomia presso la Hunterian School e facendo lezioni private a tre allievi. Nel 1820 fece parte del gruppo di medici che, insieme ad Astley Cooper, si occuparono di rimuovere una cisti sebacea dal cuoio capelluto del re Giorgio IV. Astley Cooper in quel periodo era uno dei chirurghi più importanti di Londra ma il trentasettenne Brodie era determinato a prendere il suo posto. Lo stesso Brodie dichiarò che Cooper, troppo sicuro di sé, cominciava a perdere la fama di cui aveva precedentemente goduto Quando a Giorgio IV successe Guglielmo IV Brodie fu nominato Sergeant-surgeon (1832) e due anni più tardi acquisì il titolo di “baronetto”.