Il locus MHC è presente nel braccio corto del cromosoma 6 e si estende per 3500 kb occupando quindi un grosso segmento del DNA. Le frequenze di ricombinazione si aggirano intorno al 4%. I geni MHC sono altamente polimorfici e sono espressi in modo codominante: ogni individuo esprime entrambi gli alleli ereditati dai genitori consentendo di avere il numero più elevato di MHC disponibile.