La clorexidina gluconato, nel risciacquo orale, agisce come antimicrobico durante tutta la durata del risciacquo stesso; il significato clinico di questa attività antimicrobica nel risciacquo orale non è del tutto chiaro. Il campionamento microbiologico della placca ha evidenziato una generale riduzione della conta di alcuni batteri testati, sia aerobici che anaerobici, del 54-97% per sei mesi di uso di clorexidina. L'uso della clorexidina gluconato nel risciacquo orale, in uno studio clinico a sei mesi, non ha prodotto alcun significativo aumento di resistenze batteriche o la crescita eccessiva di organismi potenzialmente opportunistici o altri cambiamenti negativi per l'ecosistema microbico orale. Dopo tre mesi di uso di clorexidina gluconato nel risciacquo orale, quando questa è stata interrotta, il numero dei batteri della placca è ritornato ai livelli basali e così anche la resistenza degli stessi.