L'acidemia metilmalonica e propionica hanno un elevato tasso mortalità soprattutto nelle forme ad esordio neonatale mentre l'acidemia isovalerica ha un'ottima prognosi con il solo trattameto medico-dietetico.Nonostante il miglioramento della terapia medica, l'outcome dei pazienti con MMA e PA riportato in letteratura, non è soddisfacente.Diversi studi hanno riportato una mortalità dell'80% dei soggetti con una forma ad esordio neonatale nell'arco della prima decade di vita.Anche nelle forme ad esordio tardivo la mortalità è di circa il 40% Un gruppo è stato seguito presso l'Hospital Necker (gruppo 1) e un altro presso l'Hospital Debré (gruppo 2). In totale sono stati valutati 41 pazienti con acidemia metilmalonica e 29 con acidemia propionica.Il 20% e il 17% dei pazienti appartenenti rispettivamente al gruppo dell'acidemia metilmalonica e propionica sono deceduti e circa la metà di questi nel periodo neonatale.L'altra metà dei pazienti è andata incontro a morte prima del decimo anno di vita sia nella forma ad esordio neonatale sia nella forma ad esordio tardivo.Questi pazienti sono stati sottoposti al trattamento convenzionale con una dieta somministrata per via enterale e apporto proteico ridotto al minimo.In entrambi i gruppi l'apporto proteico giornaliero era di 5 gr all'età di sei mesi, 6,5 gr all'età di due anni, 7 gr all'età di 5 anni e 9-11 gr dopo i sei anni.In La mortalità è significativamente più alta nelle forme ad esordio neonatale e la maggior parte dei pazienti va incontro a morte precocemente.I pazienti con una forma ad esordio tardivo hanno una prognosi più favorevole ed episodi di scompenso metabolico meno frequenti e meno severi.I pazienti con una forma vitamina B12 responsiva, hanno una sopravvivenza maggiore e una migliore prognosi a lungo termine con un quadro clinico più lieve, ma sono comunque a rischio di scompenso metabolico.Nonostante il trattamento dietetico attento e i supplementi vitaminici, è frequente un ritardo di crescita e uno stato nutrizionale scadente.  La patogenesi dell'insufficienza renale non è ancora conosciuta e di solito si presenta come complicanza a lungo temine in soggetti in buon compenso metabolico.Istologicamemte si notano nefrite tubulointerstiziale con fibrosi interstiziale, atrofia tubulare e infiltrato infiammatorio mononucleato.