Nel 1918 viaggiò molto tra l'America centrale ed il Sud America per compiere ricerche su un vaccino contro la febbre gialla e per studiare la poliomielite ed il tracoma. La recente apertura degli archivi della Fondazione del Premio Nobel ha confermato precedenti speculazioni: Noguchi ottenne nomination per il premio Nobel per la medicina nel 1913-1915, 1920, 1921 e 1924-1927.