Il secondo piano si apre, alla fine delle scale, con due vetrine, una che illustra la pratica della medicina militare, l'altra che mostra la nascita dell'odontoiatria moderna. Questo piano illustra al visitatore gli sviluppi della medicina e della chirurgia fino ad arrivare alle tecniche moderne. In particolare offre un percorso attraverso i progressi dell'anatomo-chirurgia e della dissezione anatomica. Spazio è dedicato anche alla patologia cellulare, alla ginecologia, alla medicina clinica, all'evoluzione della farmacologia, alle neuroscienza, alla batteriologia e microbiologia, alla genetica ed eugenetica. Alcune vetrine contengono strumenti chirurgici ordinati seguendo un criterio che mostra l'evoluzione dello strumentario, come la vetrina dedicata all'evoluzione del bisturi; è possibile addirittura osservare valigette contenenti lo strumentario specifico per alcune operazioni, come quella dedicata agli strumenti necessari per l'amputazione di arti. Altre contengono riproduzioni di organi e del corpo umano, altre veri organi conservati, un cuore e un rene patologici, recanti lesioni macroscopiche e facilmente osservabili, e valvole cardiache. Vetrine ospitanti bottigliette e scatole, accompagnate da video e fotografie, ripercorrono la storia della farmacologia. 