La critica più grande, mossa dal medico bolognese alla medicina ufficiale, fu quella contro la teoria umorale; Fioravanti afferma nel suo libro “La Cirurgia” di non aver mai riscontrato, nelle tante dissezioni da lui eseguite su soldati mori vivi e morti, la bile nera, il flegma e lo spirito vitale ma afferma invece di aver osservato i polmoni, la lingua, la milza, il fegato; tutti organi che a differenza degli umori sono concreti e si possono medicare e curare.