Controindicazioni relative sono: un punteggio della Classificazione di Child-Pugh maggiore di B7, un esteso coinvolgimento sia epatico sia extraepatico da parte della malattia, l'insufficienza renale acuta o grave (clearance della creatinina < 30 ml/min), l'insufficienza respiratoria acuta o grave, tutte le controindicazioni alla cateterizzazione epatica (disturbi della coagulazione, allergia al mezzo di contrasto, ecc...), ascite, insufficienza epatica o respiratoria clinicamente rilevante, anomalie vascolari che possano causare reflusso delle microsfere dopo la loro iniezione, shunt polmonare rilevato alla scintigrafia pre-trattamento (maggiore del 20% di tutti i macroaggregati iniettati per le microsfere di resina o di 610 MBq da ittrio-90 per quelle di vetro), trattamento con capecitabina negli ultimi due mesi o in pianificazione (solo resina), trombosi venosa della vena porta (solo resina), shunt dei macroggregati in sede extralesionale (rilevati sia durante l'angiografia sia mediante la scintigrafia previsionale) non correggibili dal radiologo interventista (controindicazione relativa è inoltre la radioterapia su quasi tutto il parenchima epatico). La somministrazione di farmaci inibitori dell'angiogenesi può dare complicanze nel post-trattamento.