Per i malati che non hanno avuto benefici dalla cura con cortisonici e/o immunosoppressori sono disponibili nuovi farmaci anti-infiammatori detti biologici, come l'infliximab (attualmente in "fascia H", quindi disponibile solo a livello ospedaliero) o l'adalimumab. Si tratta di anticorpi monoclonali che agiscono bloccando il cosiddetto fattore di necrosi tumorale-alfa (TNF-α), una molecola coinvolta nei meccanismi che scatenano il processo infiammatorio della malattia di Crohn. Recentemente, sono stati introdotti in terapia nuovi anticorpi monoclonali diretti verso altre molecole che contribuiscono al processo infiammatorio (attualmente in "fascia H", quindi disponibili solo a livello ospedaliero), quali ustekinumab (contro l’interleukina 12/23), vedolizumab (diretto contro alcune molecole che fanno migrare le cellule infiammatorie dal sangue alla zona infiammata). Il medico specialista nella cura delle malattie infiammatorie croniche intestinali sceglierà il tipo di biologico da somministrare in base alle caratteristiche del paziente. I farmaci biologici hanno dimostrato una grande efficacia aiutando molti malati ad avere periodi in cui la malattia non si manifesta (remissione). Non in tutte le persone, però, la cura è efficace e in alcune tende a perdere efficacia nel tempo. Gli effetti indesiderati includono: