La flora vaginale può alterarsi a seguito dell'uso improprio o eccessivo di lavande vaginali, durante l'uso di antibiotici e anche a seguito del contatto con lo sperma maschile, che modifica il pH della vagina rendendola un ambiente non adatto allo sviluppo di "Lactobacillus"; proprio per quest'ultimo motivo, pur non essendo una malattia sessualmente trasmissibile la vaginosi si presenta molto più frequentemente in donne sessualmente attive.