La streptomicina fu isolata inizialmente nel 1943, da Albert Schatz, nel laboratorio di Selman Abraham Waksman alla "Rutgers University". Waksman e i suoi colleghi scoprirono diversi antibiotici, inclusi l'actinomicina, la clavacina, la streptotricina, la griseina, la neomicina, la fradicina, la candicina e la candidina. Di questi, la streptomicina e la neomicina furono quelli che andarono incontro a più estesi usi nel trattamento di numerose infezioni; come già detto, la streptomicina fu uno dei primi a essere usati contro la tubercolosi.