Va posta molta attenzione alla differenziazione da citopenie selettive e dalla anemia mieloftisica che tuttavia presenta anisopoichilocitosi e blasti circolanti, assenti nel nostro caso. Una difficile diagnosi differenziale si ha in caso di leucemie acute ipoplastiche e oligoblastiche che si differenziano per la presenza di blasti e per il fenotipo immunologico delle leucemie acute come l'espressione di CD10.