Sapeva che, per farcela, il figlio di un carrozziere doveva prima di tutto contare sul proprio lavoro e sulla propria volontà, ma non trascurava l'importanza delle conoscenze e delle relazioni con personaggi in vista. Alcuni dei suoi maestri lo avevano notato. Fu così che lo presentarono al professore Rayer, medico di Napoleone III, del quale seppe guadagnarsi la simpatia. Questa relazione gli tornò utile quando più tardi dovette crearsi una sua clientela privata. Charcot, presentò una tesi, a soli 5 anni dall'inizio dell'internato, che rivelava la sua grande capacità di clinico: ”Etude pour servir à l'histoire de l'affection décrite sous le nom de goutte asthénique primitive, nodosités des jointures, rhumatisme articulaire chronique”. In questa tesi distingueva le lesioni provocate dalla gotta da quelle derivanti dai reumatismi cronici. La sua capacità di non confondere malattie dai sintomi analoghi caratterizzò la sua pratica di medico durante tutta la sua carriera. 