Nel corso della primavera del 1631 il contagio, con le temperature in aumento dopo il calo invernale, riprese indisturbato, raggiungendo la maggior parte dei centri posti lungo l'Arno e riattivandosi anche nella città di Pisa, in cui le punte di mortalità più acuta si registrarono tra ottobre e novembre 1630 (1631 al pisano), con una media di venticinque morti al giorno, e questo nonostante tutti i bandi, le premure ed i divieti di circolazione terrestre di uomini, merci ed animali: è però certo che i traffici fluviali sull'asse Livorno-Pisa-Firenze non furono interrotti in quel periodo, perlomeno fino alla primavera del 1631, vista la vitale necessità di rifornire di cibo la capitale toscana, e non è da sottovalutare quindi la possibilità che anche i navicellai abbiano, in una certa misura, contribuito alla diffusione del morbo nelle varie località poste lungo il fiume. Anche il fatto che, progressivamente allontanandosi dall'Arno, la peste abbia pian piano perso la sua virulenza (Arezzo, Grosseto e Siena non furono colpite dall'epidemia) può indicare nel fiume, allora vettore principale dei traffici per via d'acqua, una sorta di grossolano confine meridionale nella geografia del contagio, certo da non intendersi come insuperabile (la peste si registrò anche in località nettamente più a sud dell'Arno, come Campiglia Marittima) ma indicativo di un certo andamento e limite del contagio.