Tra questi, il più critico è il danno al midollo osseo che può causare affaticamento, fiato corto, maggiore predisposizione alle infezioni, facilità alla formazione di lividi e al sanguinamento. In presenza di tali effetti è probabile che la cura sia temporaneamente sospesa finché il numero di cellule del sangue sane non sia tornato a valori adeguati. Altri effetti indesiderati che potrebbero verificarsi includono nausea, vomito, diarrea, stanchezza, perdita dell’appetito, ulcere alla bocca, perdita dei capelli e infertilità. Alcuni chemioterapici possono influire negativamente sull'attività cardiaca, altri possono aumentare il rischio di sviluppare un secondo tumore in futuro. Molti di questi effetti cessano alla fine della cura.