La β-ossidazione presenta una regolazione coordinata con la sintesi degli acidi grassi. La principale regolazione avviene a livello della CAT I che è inibita dal Malonil-CoA, che è il primo intermedio della biosintesi degli acidi grassi. Inoltre la terza reazione, quella catalizzata dalla β-idrossiacil-CoA deidrogenasi è inibita da un elevato rapporto /[NAD+].