Gli agenti alchilanti e l'INFa non hanno comunque un effetto curativo sulla LMC, riuscendo tutt'al più a ritardare di alcuni mesi l'inevitabile evoluzione verso la crisi blastica. Fino ad oggi le speranze di un approccio eradicante sono state riposte nel trapianto allogenico di cellule midollari. Questa metodica è però gravata da tossicità gravi, anche mortali ed anche a lungo termine; ad esempio il rischio acuto (30-60 giorni) di mortalità legata al trapianto varia dal 10% al 30-40% a seconda di vari fattori quali l'età del paziente, la fase della malattia, il tipo di trapianto (da donatore consanguineo o no). Inoltre questa terapia è proponibile, data la tossicità insita nella terapia, solo a pazienti giovani, di età inferiore a 50-55 anni nel caso di trapianto da familiare e a 40-45 anni nel caso in cui il donatore non sia consanguineo, e nei casi in cui sia presente un donatore compatibile. Tenendo conto anche che l'età media di insorgenza della LMC è di 45-50 anni, risulta evidente come questa terapia sia comunque proponibile solo a una minoranza di pazienti. Nel complesso sia l'uso di IFNa che il trapianto di midollo non avevano modificato in maniera sostanziale la mortalità nella LMC, che uccideva almeno metà dei pazienti colpiti entro 2-3 anni dalla diagnosi.