Tutte le sue opere, pubblicate fra il 1619 e il 1635, costituiscono un tentativo di divulgazione medica e chirurgica.Tali opere, giudicate ora meri lavori di compilazione, ora utili manuali per l'insegnamento e la chirurgia pratica, sono inoltre ricche di precise descrizioni e illustrazioni anatomiche, come quelle sul cervelletto (il cui albero, già conosciuto da Aranzio e Varolio, non fu dal Cortesi scoperto ma solo studiato) e sul cervello, che non si distaccano sostanzialmente dalle indicazioni del Varolio; di questo ultimo utilizzò pure gli studi sul nervo ottico, mentre si guadagnò gli elogi del Morgagni per le sue ricerche sull'arteria carotide.