La SIBO è di frequente riscontro nella malattia di Crohn, infatti affligge circa il 25% di questi pazienti. Importanti fattori di predisposizione sono la perdita della valvola ileo-ciecale in seguito a una resezione intestinale e la presenza di fistole entero-enteriche o entero-coliche. Inoltre la SIBO, causando un aumento dei movimenti intestinali e la diminuzione del peso corporeo, potrebbe essere scambiata per un episodio di riacutizzazione della malattia di Crohn. Secondo altri autori una flora intestinale alterata potrebbe essere un fattore determinante nella genesi della malattia di Crohn.