La prima moglie di Jacobi, Fanny Meyer Jacobi (morta nel 1851 a soli 18 anni), era la sorella di Sophie Meyer Boas, madre del celebre antropologo Franz Boas; anche Boas aveva frequentato il ginnasio di Minden. Nel 1871 Jacobi si sposò con la sua seconda moglie Mary Putnam, anch'ella medico; la Putnam era stata la prima studentessa donna a frequentare l'Università di Parigi. Jacobi e la Putnam ebbero tre figli: solo una di loro, Marjorie McAneny, raggiunse l'età adulta.