Il decorso della malattia è suddivisibile in tre fasi: acuta, subacuta e cronica o di convalescenza.Fase acuta (dalla 1° alla 11 giornata) Febbre alta, con valori di temperatura maggiori di 40°C  Burke e Rennebohm 125 , in uno studio prospettico condotto su bambini affetti da Kawasaki, riscontrarono uveite nell'80% dei casi. Nella maggioranza dei soggetti l'infiammazione era di grado lieve e andava incontro a risoluzione indipendentemente dall'attività della malattia di base.