L'eparina viene somministrata per via parenterale perché non viene assorbita dall'intestino, a causa della sua elevata carica negativa e di grandi dimensioni. Può essere iniettato per via endovenosa o sottocutanea (sotto la pelle); le iniezioni intramuscolari (nei muscoli) sono evitate a causa del potenziale per la formazione di ematomi. A causa della sua breve emivita biologica di circa un'ora, l'eparina deve essere somministrata frequentemente o come infusione continua.