Studi di biologia molecolare ed analisi biochimica hanno permesso di esemplificare diversi aspetti della sintesi e maturazione dell'enzima, compresa una più precisa definizione dei processi proteolitici e delle sedi di glicosilazione e fosforilazione.A questo scopo il gene strutturale (che comprende sia gli introni sia gli esoni) e il cDNA (DNA copia di RNA messaggero) sono stati isolati ed analizzati.Studiando la sequenza aminoacidica, sono state riscontrate numerose omologie con altri enzimi, come l'isomaltasi umana e la sucrasi-isomaltasi murina; è possibile che essi derivino dallo stesso gene ancestrale.Il cDNA è formato da oltre 3.6 kb, con 2859 nucleotidi di sequenza codificata; il prodotto della traduzione dell' mRNA è una proteina non glicosilata di 952 aminoacidi, con una dimensione di 105.37 kDa 80 .Il precursore presenta un tratto N-terminale estremamente idrofobico, che contiene una sequenza aminoacidica segnale, necessaria per la traslocazione co-traduzionale all'interno del reticolo endoplasmatico (ER); la sequenza segnale viene, poi, clivata all'interno del ER stesso.Successivamente, avviene il processo di glicosilazione in sette sedi specifiche, con inserzione, tramite legame N-glucosidico, di catene oligosaccaridiche complesse ad alta concentrazione di mannoso; all'interno dell'apparato di Golgi, i residui di mannoso vengono fosforilati, per azione di due enzimi consecutivi.La maggior parte della proteina viene trasportata all'interno del compartimento Una piccola parte del precursore proteico (circa il 10%) sfugge la via lisosomiale e viene secreta nel compartimento extracellulare; grazie alla via recettoriale del M6P, esso è rapidamente riassorbito da diversi tipi di cellule e re-inviato ai lisosomi. La scoperta di questo meccanismo secretivo ha fornito le basi molecolari per la terapia di sostituzione enzimatica 63 .Esistono diversi isoenzimi dell'alfa-glucosidasi acida, codificati su loci genici differenti. Questi vengono tradizionalmente divisi in due gruppi, il primo, include molecole apparentemente ubiquitarie: α-glucosidasi neutra C (GANC) e glucosidasi II; il secondo, comprende enzimi con un'espressione tissutale limitata: sucrasi-isomaltasi (intestino), maltasi-glucoamilasi (intestino, rene, leucociti polimorfonucleati) 35 . Sebbene questi isoenzimi differiscano dalla maltasi acida per alcuni aspetti, quali il pH ottimale, la distribuzione tissutale e i substrati specifici, essi possono interferire nella misurazione dell'attività della GAA su sangue periferico. In molte determinazioni infatti, per ovviare a questo inconveniente la misurazione dell'attività enzimatica avviene a due distinti valori di pH.; il rapporto dei valori così ottenuti fornisce un indice dell'attività realmente attribuibile alla GAA lisosomiale.