La maggior parte del cliochinolo somministrato per via orale passa attraverso il tratto gastrointestinale senza essere assorbito; può tuttavia aver luogo un certo assorbimento, variabile da soggetto a soggetto. Dopo somministrazione orale di dosi di 250 e 1500 mg di farmaco si ottengono picchi plasmatici di 1,7-8,3 mg/ml e 14,6-34,8 mg/ml, rispettivamente in due e quattro ore. L’emivita plasmatica è di circa 11-14 ore. È escreto nelle urine come glucuronide, durante le dieci ore seguenti l’assunzione. Una certa quantità viene assorbita anche attraverso la cute, quando applicato per via topica. 