Il microscopio stereoscopico non deve venire confuso con un microscopio binoculare composto e un binoviewer. In tale microscopio entrambi gli occhi vedono la medesima immagine, ma gli oculari binoculari forniscono maggiore conforto visivo. Comunque, l'immagine in tale microscopio non è differente da quella che si ottiene con un singolo oculare monocolare.