Dopo l'assorbimento nel circolo ematico, il latanoprost raggiunge il fegato dove viene metabolizzato tramite beta ossidazione in acido di 1,2-dinor- e 1,2,3,4-tetranor-latanoprost. L'emivita plasmatica è di soli 17 minuti. I metaboliti vengono escreti tramite i reni.