Eric Richard Kandel nasce a Vienna il 7 novembre 1929 da Charlotte Zimels, nata nella regione della Kolomyya (Ucraina) in una famiglia di media borghesia, e Hermann Kandel, nato invece in una famiglia povera a Olesko, una piccola città ora parte dell'Ucraina. Entrambi i genitori si trasferiscono a Vienna all'inizio della prima Guerra Mondiale e si sposano nel 1923 poco dopo aver aperto un negozio di giocattoli. Nel 1924 nasce suo fratello Lewis e tutti insieme vanno a vivere in un piccolo appartamento della capitale austriaca, non lontano dall'abitazione di Freud, fino al 1939 quando sono costretti ad emigrare negli Stati Uniti a causa delle leggi razziali istituite dal Terzo Reich. I primi ad espatriare sono i nonni materni, successivamente nell'aprile del 1939 Eric e Lewis ed infine i genitori pochi giorni prima che scoppiasse la seconda Guerra Mondiale. Si trasferiscono inizialmente a Brooklyn dallo zio che li aiuta molto fino a quando il padre riesce a guadagnare abbastanza soldi per comprare un appartamento, affittare ed aprire un negozio di vestiti che gestirà con la moglie fino alla sua morte nel 1976.