Al contrario, gli acidi grassi cis-insaturi, sia acidi grassi monoinsaturi (MUFA) che polinsaturi (PUFA), abbassano i livelli plasmatici di LDL e di HDL. Gli acidi grassi trans-insaturi (TFA) aumentano le LDL, diminuiscono le HDL e inibiscono l'assorbimento degli acidi grassi cis-insaturi, quali gli omega-3 che aumentano le HDL. I TFA sono poco diffusi in natura: sono prodotti dai batteri presenti nel rumine (rTFA) di bovini e ovini (e per questo si trovano in piccole quantità nelle loro carni e nel loro latte), ma soprattutto si formano nel processo di idrogenazione industriale (iTFA) dei normali acidi grassi cis-insaturi (es. produzione di margarine). Di conseguenza i TFA della dieta provengono principalmente dai prodotti dolciari e dai condimenti salati di produzione industriale, sotto forma di oli vegetali parzialmente idrogenati ("partially hydrogenated vegetable oil" o PHVO). Gli studi clinici si sono concentrati soprattutto sugli iTFA.