Il linestrenolo, come gli altri progestinici, è controindicato in caso di trombosi, alterazioni della coagulazione, coronaropatia, compromissioni cerebrovascolari, patologie cardiovascolari (soprattutto le malattie associate a ipertensione polmonare o a fibrillazione atriale), patologie a carico del fegato (grave insufficienza epatica, presenza di tumori).