Gli studenti possono seguire due percorsi formativi distinti: il "New Pathway", il più completo dei due, pone l'enfasi sul metodo di apprendimento "Problem-based learning", mentre il secondo, applicato solo dalla "Harvard–MIT Division of Health Sciences and Technology", è incentrato soprattutto sulla ricerca medica. Il decano dell'istituto è l'endocrinologo Jeffrey S. Flier, già responsabile del centro "Beth Israel Deaconess Medical Center" e succeduto al dottor Joseph B. Martin, neurologo, dal 2008.