I flavivirus vengono trasmessi da zecche e zanzare e si trovano in tutto il mondo. La forma più comune di flavivirus è il virus dell'encefalite B giapponese. Questo flavivirus è una delle cause più importanti di encefalite virale nel mondo, con 50.000 nuovi casi e 15.000 decessi all'anno. È stato trovato in Cina, Sud-est asiatico, subcontinente indiano, Filippine, Nuova Guinea, Guam e Australia.