Si stabilì a Pavia, da dove improvvisamente, nel 1556, partì per rifugiarsi a Ginevra, terra conquistata dal calvinismo. Non si sa da quando egli avesse abbandonato il cattolicesimo: già a Saluzzo erano presenti comunità valdesi, in Polonia, in Ungheria e in Transilvania circoli riformati, con personalità quali Lelio Sozzini, Francesco Lismanini e Francesco Stancaro, a Mestre gruppi antitrinitari, ma nessuna testimonianza attesta convinzioni riformate prima del suo trasferimento in Svizzera. È anche da rilevare che la famiglia Biandrata aveva tradizioni religiose eterodosse: nel XIV secolo aveva appoggiato la rivolta dolciniana e nel 1558 Alfonso Biandrata, il fratello primogenito di Giorgio, fuggirà anch'egli a Ginevra con la famiglia.