Amira è un potente software di elaborazione e processamento delle immagini sviluppato dalla Visage Imaging, Richmond, Australia. Si presenta come una piattaforma multipurpose, a struttura modulare, ovvero una piattaforma base su cui è possibile applicare diverse estensioni a seconda dell"utilizzo che se ne vuole fare. È in grado di elaborare stack d"immagini, ovvero una serie di immagini sovrapposte (sia spazialmente come fette di un corpo tridimensionale, sia temporalmente come una sequenza di immagini bi o tridimensionali, comunque denominate slices) di varia natura (BMP, GIF, JPEG, TIFF, DICOM, Raw,...) e di varia provenienza (AMIRA 2011). È dunque costituito da un modulo base e da serie di moduli opzionali:• Very Large Data Option: per la gestione di volumi di dati che eccedano le capacità di memoria dei sistemi sui quali è installato;• Microscopy Option: per la visualizzazione di dati provenienti da microscopia e per la loro ricostruzione tridimensionale;• Mesh Option: per analisi complessa di superfici, ricostruzione di volumi con griglie tetraedriche, visualizzazione di campi vettoriali e calcolo di tensori complessi;• Quantification Option: per la visualizzazione e il calcolo di informazioni quantitative su immagini tridimensionali;• Molecular Option: tool specifico per la visualizzazione e l'analisi molecolare, quali ad esempio visualizzazione delle superfici molecolari, allineamento di sequenze, calcolo della densità, calcolo delle traiettorie; La logica del programma lavora secondo oggetti caricabili e funzioni applicabili a questi; ogni funzione produce come output un'elaborazione dell'oggetto cui è connessa oppure un nuovo oggetto. Il programma prevede vari tipi d"interfacce che permettono di ottimizzare il lavoro in relazione alle funzioni che è necessario utilizzare. La visualizzazione di base presenta tre finestre di lavoro (Fig. 8): una finestra principale divisa in due componenti, la "sub-application pool" dove vengono visualizzati gli oggetti e le funzioni ad essi connesse secondo una struttura ad albero, e la "Properties Area", dove possono essere inseriti i parametri della funzione evidenziata; una finestra di visualizzazione che costituisce uno spazio virtuale tridimensionale dove sono presenti e possono essere visualizzati gli oggetti caricati; una "Console Window" dove è possibile inserire comandi da tastiera secondo il linguaggio TCL (Tool Command Language).Un altro tipo di visualizzazione è la "Multiplanar Viewer" (Fig. 9): in questa modalità non sono più presenti le finestre sopra descritte ma vi è un'interfaccia, simile a quella dei software specifici radiologici, in cui è possibile vedere l'oggetto secondo tre piani di taglio reciprocamente ortogonali e nella sua interezza tridimensionale. In questa modalità è possibile caricare e confrontare due volumi contemporaneamente ed effettuare operazioni di traslazione e rotazione in modo da variare la posizione reciproca dei due solidi. Non è possibile effettuare analisi quantitativa o qualitativa dei volumi. Il terzo tipo di interfaccia del programma viene caricato con il "Segmentation Editor". E" un tool che permette di assegnare aree delle immagini a "contenitori" definiti come "materiali" in funzione dei valori di luminanza dei pixel. In questo modo sic creano una serie di sottovolumi che potranno essere ricostruiti tridimensionalmente in modo distinto e indipendente tramite la tecnica del Surface Rendering, e ai quali potranno essere applicate differenti proprietà fisiche. Il software Amira è disponibile per piattaforme Macintosh, Windows e Linux, sia per sistemi a 32 bit sia a 64 bit.  