Sembra sia in relazione a disfunzioni delle ghiandole endocrine (ipofisi, tiroide). Può esistere anche una predisposizione ereditaria. Comunemente al momento dell'esordio non è in relazione ad altre patologie sistemiche eventualmente presenti, sebbene secondo il Clek Study ("Collaborative Longitudinal Evaluation of Keratoconus"), è presente un'atopia nel 53% dei casi. Può essere associata alla amaurosi congenita di Leber (30% dei casi in pazienti con più di 15 anni).