La maggiore complicanza del laser sono le bruciature indesiderate, soprattutto della mucosa faringea e laringea; inoltre il fascio può determinare lo scoppio della cuffia endotracheale. Ustioni alla pelle del viso, o peggio, degli occhi e delle vie aeree sono estremamente rare ma potenzialmente devastanti. Per questo si usano delle strisce di spugna bagnata pretagliata per coprire i campi al di là del sito dove si opera, l'operatore e il personale di sala dovrebbero utilizzare degli occhiali protettivi. E' inoltre importante che la concentrazione di ossigeno nelle vie aeree sia sotto il 30% di FiO 2 .Il contatto dell'endoscopio sulla lingua causa evidenti e a volte gravi contusioni linguali, gonfiore, e successiva disfagia, con o senza disestesia linguale a lungo termine. Se l'intubazione è difficile i denti possono restare scheggiati o allentati. Le arterie possono sanguinare molto nelle ferite della laringe, in particolare nei pazienti che assumono inibitori piastrinici. Tutte queste complicazioni minacciano il buon funzionamento delle vie aeree, per il gonfiore, i corpi estranei e il sangue.Molti pazienti sottoposti a TLM non necessitano di tracheostomia. Alcune indicazioni sono:• Per bypassare l'edema atteso in seguito alla pressione prolungata sulla base della lingua in un caso di esposizione difficile.• Per aggirare lo spettro della grave emorragia nella regione sopraglottica in assenza di protezione delle vie aeree.• Per evitare l'ostacolo all'esposizione di un tubo endotracheale.• Per evitare l'aspirazione.Il rischio più pericoloso è l'improvvisa emorragia senza una tracheostomia, il miglior trattamento è l'evitamento: mai fidarsi della cauterizzazione, per fornire un controllo costante a una arteria importante (come la laringea superiore), occorre mettere delle clip. Inoltre, è consigliata la copertura degli incisivi superiori con materiale plastico termoindurente e raffreddato con acqua ghiacciata. Per quanto possibile, il chirurgo deve ridurre il tempo della TLM per evitare la pressione prolungata della lingua e perché un tempo chirurgico prolungato aumenta i rischi di tromboembolismo venoso profondo.La TLM impone ovvie limitazioni sulla ricostruzione, ma, il fatto che la ferita deve guarire per seconda intenzione è di solito un vantaggio. Occorre prestare attenzione al paziente con reflusso che rallenta la guarigione poiché incoraggia la stenosi fibrosa. Lasciare guarire la ferita per seconda intenzione determina due ulteriori vantaggi: le cellule di cancro libero cadono su una superficie leggermente più inospitale di quella che si crea nelle ricostruzioni in chirurgia open e si conserva la possibilità di un secondo intervento chirurgico in caso di recidiva.Ogni volta che la superficie interna della cartilagine è toccata dalla TLM, si forma quasi sempre un granuloma consistente. Occorre preservare ad ogni costo la mucosa laringea e il riconoscimento e la rimozione di eventuale cartilagine devitalizzata dal contatto col laser.La TLM comporta costi extra: la formazione, le attrezzature, laringectomie "second look", fonochirurgia. Alcuni pazienti ricevono la radioterapia postoperatoria (ma le indicazione sono le stesse della chirurgia "open", quindi questo non può essere considerato un costo extra). Nonostante questi costi aggiuntivi, la TLM a conti fatti riduce considerevolmente i costi.