Anche in questo caso si possono distinguere tre tipi di esordio (neonatale, cronico intermittente e cronico progressivo).Complicanze a lungo termine descritte sono pancreatite, cardiomiopatia ed episodi simil-stroke.La maggior parte dei pazienti inizia a manifestare dei sintomi durante i primi giorni o le prime settimane di vita. Scarso appetito, vomito, ipotonia, letargia, disidratazione e segni clinici di chetoacidosi progrediscono rapidamente fino al coma e alla morte. In circa il 30% dei pazienti insorge uno stroke.Se il paziente sopravvive, una sintomatologia analoga compare in corso di infezioni o come conseguenza di un elevato apporto proteico.Le sequele più comuni sono ritardo mentale, distonia, frequenti episodi di chetoacidosi, tremore e segni extrapiramidali. Meno frequentemente i piccoli pazienti possono presentare ritardo mentale senza episodi di chetoacidosi.In uno studio di Tsontcho Ianchulev et all. del 2003 in cui sono stati valutati sei bambini (tre maschi e tre femmine) con diagnosi neonatale di acidemia propionica, è stato riportata l'atrofia del nervo ottico, la cui gravità è risultata associata all'età e al sesso maschile ed è stata correlata ai disturbi neurologici che frequentemente si possono vedere in questi pazienti e che sono legati all'azione tossica del propionato.Per quanto riguarda l'acidemia isovalerica, durante gli episodi acuti si riscontrano scarsa alimentazione, vomito, chetoacidosi e chetonuria, pancitopenia, iperammoniemia, riduzione del livello di coscienza, alterato stato mentale e letargia che progredisce verso il coma. Sono anche descritti diarrea, ipo o iperglicemia e ipocalcemia.L'iperammoniemia sembra essere dovuta all'inibizione dell' Nacetilglutammato sintetasi ad opera dell'isovalerilCoA e/o alla deplezione intracellulare dell'acetilCoA legata alla riduzione della sintesi dell' N-acetilglutammato e a un'alterazione del ciclo dell'urea.I bambini diagnosticati al di fuori del periodo neonatale, presentano una sintomatologia non specifica.Questi soggetti sono a rischio di episodi di acidosi acuta e scompenso metabolico dovuti a patologie intercorrenti o a una condizione di stress.Questa situazione può talvolta essere confusa con una chetoacidosi diabetica per l'iperglicemia, l'acidosi e la apparente presenza di chetoni nel sangue e nelle urine.Sono state riportate pancreatite acuta, sindromi mieloproliferative, anemia di Fanconi e aritmie cardiache.Un caratteristico odore di "calzini sporchi" può essere presente quando il paziente è in fase acuta e a differenza delle altre acidemie, le urine non hanno il caratteristico odore fino a quando l'acido isovalerico non è escreto nelle urine in quantità apprezzabile.