La complicanza certamente più frequente dopo una mielografia è la cefalea. Per questo motivo ai pazienti vengono date istruzioni sulla necessità di mantenere il capo elevato rispetto al resto del corpo di almeno 30 gradi per alcune ore dopo la procedura. Allo stesso modo i pazienti di solito sono istruiti per evitare attività fisiche faticose e sollevamento di carichi pesanti.