Il 7 luglio 2014 è stata divulgata una lettera aperta, firmata da oltre 700 neuroscienziati europei, che contesta duramente l'adeguatezza del progetto rispetto agli obiettivi posti e chiede una riallocazione dei fondi a esso destinati. In particolare, sul piano concettuale, viene contestata la possibilità di ottenere nuove informazioni sul cervello umano partendo da una simulazione, la quale a sua volta sarebbe possibile solo conoscendo perfettamente il funzionamento del cervello stesso; si tratterebbe, dunque, di un progetto di alta tecnologia informatica piuttosto che un progetto di neuroscienze.