Si raccomanda cautela nel somministrare integratori probiotici a pazienti con una barriera intestinale compromessa a seguito ad esempio di gravi patologie. In alcune situazioni specifiche (come nel caso di soggetti gravemente malati) la somministrazione di probiotici può infatti essere nociva: in uno studio clinico condotto da M. Besselink e colleghi nei Paesi Bassi, la somministrazione per via enterale (tramite sonda) di un cocktail contenente ceppi di batteri probiotici geneticamente modificati a soggetti ad elevato rischio per pancreatite acuta severa è risultata in un'aumentata percentuale di decessi.