Il Papa, inoltre, lo nominò "Cameriere Segreto Partecipante", titolo che comporta lo status clericale di monsignore, e gli consentì di esercitare liberamente in Roma la professione di medico. Nonostante ciò, Malpighi visse il trasferimento forzato con amarezza e tristezza. L'unica soddisfazione per l'anatomista fu la conseguente clamorosa sconfitta dei suoi detrattori che non si poterono più permettere di offendere e aggredire l'Archiatra pontificio. Anzi, furono praticamente costretti ad un atto di umiliazione.