Gli effetti collaterali dei farmaci sono stati riportati dal 10% al 90% dei pazienti, a seconda di come sono stati raccolti i dati. La maggior parte di questi effetti sono correlati alla dose. Alcuni esempi possono essere un cambiamento di umore, depressione, aumento o perdita di peso, sonnolenza o un'andatura instabile. Alcuni farmaci hanno effetti collaterali che non sono legati al dosaggio, come eruzioni cutanee, tossicità epatica o soppressione del midollo osseo. Fino a un quarto delle persone interrompe il trattamento a causa di questi effetti avversi. Alcuni farmaci sono associati all'insorgenza di anomalie congenite, se usati durante la gravidanza. A tal proposito, il valproato risulta essere particolarmente preoccupante, soprattutto durante il primo trimestre di gestazione. Nonostante questo, il trattamento spesso non viene interrotto se giudicato efficace, poiché il rischio di epilessia non trattata è ritenuto essere maggiore del rischio del farmaco.