Nei casi cronici, in cui l'unico reperto sarà spesso esclusivamente quello radiografico di una radiotrasparenza periapicale, la diagnosi differenziale sarà prima di tutto verso strutture anatomiche normali, come il forame mentoniero, o concamerazioni anomale del seno mascellare, che per prossimità anatomica con le radici dei denti in alcuni casi potrebbero porre il dubbio della presenza della patologia. Una prova di vitalità dei denti sospetti aiuterà la diagnosi. Nei casi più difficili si potrà utilizzare la tecnica dello sproiettamento, ripetendo la radiografia con una diversa angolazione. Tecniche più moderne come TAC o "Cone Beam" possono essere utili nei casi dubbi.