L'encefalite enterovirale è solitamente associata a una buona prognosi. Tuttavia, l'enterovirus 71 ha un'elevata mortalità e può presentarsi con herpangina o malattia enterovirale della mano, del piede e della bocca. Le complicanze includono miocardite e paralisi flaccida acuta. L'enterovirus 71 può causare una meningoencefalite cronica in pazienti immunocompromessi.