Per ottenere l'energia necessaria, questo sistema non utilizza ancora l'ossigeno, ma intacca i depositi di glicogeno presente nelle cellule dei muscoli (miociti) e del fegato (epatociti). La glicogenolisi (l'idrolisi del glicogeno a glucosio) permette al muscolo di svolgere un'attività intensa, ma solo per un periodo limitato di tempo. Poiché il processo di ricarica dell'ATP avviene in assenza di ossigeno, insieme alla produzione di energia all'interno del muscolo si ha formazione di acido piruvico (piruvato), che nel momento in cui risulta essere in eccesso rispetto alla sua ossidazione in acqua (H2O) e anidride carbonica (CO2), viene trasformato in acido lattico (lattato) attraverso una serie di 10 processi biochimici in parziale assenza di ossigeno catalizzate da enzimi. Tale processo, avviato nel citosol dei miociti, viene chiamato glicolisi anaerobica e riesce a fornire 2 moli di ATP per mole di glucosio: