Il virus è stato isolato per la prima volta da un campione di feci di bambini asintomatici nei primi anni cinquanta, appena dopo lo sviluppo della coltura cellulare per motivi diagnostici. La parte "echo" del nome fu originariamente un acronimo per virus enterico citopatico umano orfano, ovvero un virus non associato a nessuna malattia conosciuta. Nonostante gli echovirus siano stati messi in correlazione con varie patologie, il nome originale è ancora in uso.