Le complicanze, sebbene rare, esistono soprattutto per i vaccini attenuati che possono indurre complicanze simili a quelle prodotte dall'infezione naturale. Il dato interessante ai fini della sicurezza dei vaccini è che l'incidenza di effetti collaterali dopo una vaccinazione è comunque inferiore a quella dopo l'infezione naturale: uno studio indipendente ha dimostrato che dei 75 milioni di vaccini anti-morbillo somministrati tra il 1970 e il 1993, solo 48 hanno portato allo sviluppo di una encefalopatia (la probabilità di poter contrarre un'encefalopatia dopo essersi vaccinati era dello 0,000064%).