Nel 1632 Jonston si recò all'estero con Bogusław e molti altri figli dei magnati della Confederazione. La loro prima tappa fu Franeker (1632), seguita da Leida e Amsterdam, e quello stesso anno Jonston pubblicò il suo "Thaumatographia naturalis". Nel 1634 visitarono l'Inghilterra, tornando poi a Leida, dove Jonston si laureò in medicina; poco dopo avrebbe ricevuto un secondo diploma di laurea (" ad eundem") a Cambridge. Quello stesso anno ricevette anche un dottorato da entrambe le università, per la sua tesi "De febribus" (Sulle febbri). Bogusław, Jonston e gli altri si recarono in viaggio in Europa fino al 1636, tornando in Polonia dopo la notizia della morte del padre di Bogusław. Jonston tornò a Leszno, rimanendo al servizio dei Leszczyński, con il titolo di "Archiater et Civitatis Lesnensis Physicus Ordinarius".