Molto frequenti e peculiari sono le deformità del petto, dovute non tanto a una deformazione dello sterno, quanto piuttosto ad un sovrasviluppo e una conseguente estroflessione o introflessione delle costole; tali anomalie si chiamano rispettivamente petto carenato e petto escavato: esse sono spesso molto evidenti, tuttavia solo nei casi più eclatanti impediscono il raggiungimento della massima capacità polmonare in inspirazione (e sono quindi da risolvere con un intervento chirurgico). Anche la coesistenza di cifosi e di scoliosi superiore a 20°, le quali tendono a peggiorare con l'età, è ricorrente nella sindrome; per una scoliosi che supera i 40°-45° è spesso consigliato un intervento chirurgico correttivo. Nei pazienti Marfan si riscontra inoltre, a livello podologico, un'aumentata incidenza di piede piatto e di deformazioni del retropiede, con tallone flesso verso l'esterno; anche l'alluce valgo non è raro. Altra caratteristica ortopedica piuttosto frequente nella sindrome è il "genu recurvatum", cioè ginocchia spostate all'indietro rispetto al piano verticale dell'arto inferiore.