Gillies capì, durante questo periodo, l'importanza di istituire negli ospedali centri specializzati per combattere i problemi degli infortuni facciali. Verso la fine del 1915 tornò in Inghilterra e, assieme al Colonnello Sir William Arbuthnot Lane, direttore del Cambridge Hospital ad Aldershot (noto anche come Cambridge Military Hospital), fondò l’unità sperimentale di chirurgia plastica. La prima operazione, presso l’ospedale, fu fatta da Gillies nel febbraio 1916, introducendo, per la ricostruzione di parti del corpo danneggiate, l'uso di tessuti vivi del paziente.