La morte per infarto lo ha colto all'improvviso nella sua abitazione in via Plinio a Milano, nella tarda mattinata del 20 maggio 1985, dopo il consueto rientro dalle lezioni all'Università Statale dove aveva la cattedra in Psicologia. Aveva da poco fondato l'istituto di analisi dei codici affettivi "Minotauro", tuttora attivo a Milano nell'ambito della psicologia dell'adolescenza. A lui è intitolata la Biblioteca del Centro Milanese di Psicoanalisi "Cesare Musatti", di cui fu socio attivo e presidente, sita in via Corridoni 38 a Milano. 