Gli effetti collaterali del saquinavir riportati in letteratura [39] coinvolgono il sistema nervoso centrale, la cute (rash, fotosensibilità, acne), il sistema endocrino-metabolico (ipoglicemia, aumento del colesterolo totale e dei trigliceridi, raramente iperglicemia, diabete e chetoacidosi), il sistema gastrointestinale (diarrea, dolori addominali, nausea, vomito), l'area ematologia, il fegato, il sistema muscolo-scheletrico, e l'apparato respiratorio (tosse). Di particolare rilevanza risultano essere la displipidemia, già presente nei pazienti nefrosici, e la tendenza all'intolleranza glicidica, in questi soggetti spesso favorita da proluganti trattamenti steroidei.Nessuno dei cinque pazienti ha presentato effetti collaterali significativi. Tre pazienti su cinque hanno riferito diarrea transitoria all'inizio della terapia, poi regredita spontaneamente nell'arco di una-due settimane. E' da rilevare come i dosaggi di saquinavir impiegati in questi pazienti siano inferiori a quelli utilizzati nella terapia dell'HIV.