L'albendazolo è controindicato nel primo trimestre di gravidanza e dovrebbe essere evitato fino a un mese prima del concepimento. Studi su ratti e conigli gravidi hanno dimostrato che l'albendazolo è teratogeno, ma sembra sicuro negli esseri umani durante il secondo e il terzo trimestre. Può causare eczema infantile se somministrato durante la gravidanza. Nelle donne gravide, l'uso di albendazolo ha portato a neonati con peso ridotto e palatoschisi. Negli uccelli abbassa i tassi di deposizione delle uova e schiusa.