A livello del mesencefalo i nuclei parasimpatici dell'oculomotore: il nucleo viscerale (di Edinger-Westphal) ed il nucleo mediano anteriore sono due raggruppamenti di sostanza grigia appartenenti al sistema parasimpatico, le loro proiezioni si diramano attraverso il nervo oculomotore comune. A livello dell'occhio il controllo della dimensione del cristallino e la miosi sono attività riflesse in quanto l'attività dei nuclei parasimpatici dell'oculomotore viene controllata dai nuclei pretettali attraverso le vie ottiche. A livello del ponte il nucleo muconasolacrimale e il nucleo salivatorio superiore (di Kohnstamm) inviano le proprie proiezioni a costituire il nervo intermedio. A livello del bulbo dalla porzione posteriore del nucleo motore dorsale della calotta del bulbo o nucleo cardiopneumo-enterico, derivano gli assoni che costituiscono il nervo vago. La porzione anteriore del nucleo motore dorsale della callotta del bulbo costituisce invece il nucleo salivatorio inferiore.