Nel 1606 probabilmente il padre del filosofo muore a Napoli. Giulio Cesare Vanini, divenuto maggiorenne, si fa riconoscere da un tribunale della capitale erede di Giovan Battista e tutore del fratello Alessandro. Con una serie di rogiti e procure notarili redatte a Napoli, Giulio Cesare inizia a sistemare ogni pendenza economica conseguente alla morte del padre: vende una casa di sua proprietà sita in Ugento, a pochi chilometri dal suo paese d'origine; nel 1607 dà mandato a uno zio materno di assolvere incarichi dello stesso tipo, incarica nel 1608 l'amico Scarciglia di recuperagli una somma e gli vende alcuni beni rimasti a Taurisano e tenuti in custodia dai due fratelli.