La prognosi varia in modo significativo in base all'eziologia sottostante. Nel caso la colite pseudomembranosa sia associata alla somministrazione o esposizione di specifici agenti causali cessando l'esposizione può emergere una rapida remissione. Nel caso si tratti di agenti infettivi la remissione può comportare recidive. La CPM dovuta al "C. difficile si" ripresenta in circa il 20% delle persone. Questo aumenta al 40% e al 60% con le successive recidive. La prognosi riferita al rischio di recidive di colite pseudomembranosa da "C.difficile" sembra essere legata strettamente alla presenza o meno dell'appendice, che probabilmente svolge un ruolo attivo nel ripristino ("eubiosi") del normale microbiota umano dopo un ciclo di antibiotici. Infatti, secondo uno studio del dicembre 2011, la probabilità di infettarsi con un "C. difficile" è dell'11% contro il 48% dei soggetti appendicectomizzati, mostrando così una reazione inversa tra recidiva di colite pseudomembranosa e appendicectomia.