Dopo i primi anni di splendore, gli anni '30 dell'Ottocento furono un periodo di debolezza per la Società, sia per i dissensi interni di natura personale e politica, sia dal punto di vista finanziario. Nonostante questo, proprio in questi anni si ebbero momenti di grande importanza per le scoperte in campo medico, basti pensare a Filippo Pacini, che nell'adunanza del 22 novembre 1835 comunicò la sua relazione intorno ai corpuscoli nervosi terminali del tatto.