Il museo fa capo alla Fondazione Museo di Storia della Medicina e della Salute (MUSME), costituita nel 2008 da Provincia di Padova, Università degli Studi di Padova, Regione Veneto, Comune di Padova, Azienda ospedaliera e ULSS 16. La Fondazione MUSME (presieduta dal 2015 da Francesco Peghin) ha affidato la gestione della struttura nel 2013, con una gara d'appalto, all'azienda Palazzo della Salute srl e il museo è stato inaugurato il 5 giugno 2015 e aperto al pubblico il giorno successivo.