Fattori ormonali sono in grado di alterare la barriera della mucosa. In uno studio, un piccolo gruppo di donne con stomatite aftosa ha avuto un minor numero di occorrenze di ulcere durante la fase luteale del ciclo mestruale o quando utilizzavano la pillola contraccettiva. Questa fase è associata a una diminuzione dei livelli di progesterone e alla proliferazione della mucosa e della sua cheratinizzazione. Questo sottogruppo ha spesso evidenziato una remissione durante la gravidanza. Tuttavia, altri studi non riscontrano alcuna correlazione tra la stomatite aftosa e il periodo mestruale, la gravidanza o la menopausa.