Si ritiene che la febbre di Marburg possa essere una zoonosi, ma al momento il serbatoio del virus non è stato ancora identificato con certezza, nonostante siano state prese in considerazione molte specie animali. Un recentissimo studio, condotto dai ricercatori dell'Istituto Francese di Ricerca per lo Sviluppo (Ird) insieme al Centro di Controllo delle malattie infettive (Cdc) di Atlanta ed al centro internazionale di ricerche mediche di Franceville nel Gabon (Cirmf), ha dimostrato la presenza del virus nei pipistrelli della frutta. Si ritiene che il virus Marburg possa essere endemico in molte aree dell'Africa centrale. È ancora discussa la questione se i filovirus possano essere responsabili di infezioni subcliniche.