Nel 1809 l'ospedale disponeva di 273 posti letto; da quel periodo divenne sempre più forte l'attenzione della Facoltà di Medicina e Chirurgia dell'Università di Bologna, tanto che, tra il 1860 e il 1869, il S. Orsola ne divenne definitivamente la struttura di supporto assistenziale, e l'antico ricovero si trasformò in un Ospedale con caratteristiche più moderne.