Il 9 agosto 1945, alle 11:02, la seconda bomba atomica lanciata dagli americani sul Giappone colpisce Nagasaki. Al momento dell'esplosione il dottor Nagai è in servizio nel reparto di radiologia dell'ospedale universitario di Nagasaki: si salva perché protetto dalla spesse pareti di cemento armato del suo laboratorio, pensate per preservare le persone all'esterno dalle radiazioni. Riporta comunque una grave ferita che tocca la sua arteria temporale destra, ma si unisce al resto del personale medico superstite per dedicarsi alla cura dei feriti. Più tardi redigerà un rapporto medico di 100 pagine con le sue osservazioni.