Responsabili della reazione autoimmune di ipersensibilità sono probabilmente i linfociti T, che indurrebbero un danno tissutale progressivo e cronicizzante con un meccanismo Th1-mediato. Caratteristici della malattia sono poi specifici autoanticorpi detti ANCA ("Anti-Neutrophil Cytoplasmic Antibodies") anti-PR3 (diretti contro la proteinasi-3, proteasi secretoria contenuta nei granuli azzurrofili dei granulociti neutrofili), che possono indurre danno sia direttamente, sia stimolando la degranulazione e l'attività infiammatoria dei neutrofili. Non è chiaro al momento quale sia il meccanismo tra i due predominante.