Appartenere a un enterotipo piuttosto che a un altro influisce sul metabolismo, per esempio nella produzione delle vitamine, o sul rischio di sviluppare specifiche malattie come l'obesità. I Bacteroides producono più vitamina C, B2, B5 e H. I Prevotella producono più vitamina B1 e acido folico, inoltre, per la capacità di recuperare al massimo l'energia dagli scarti della digestione, vantaggiosa quando c’è poca disponibilità di cibo, possono favorire un accumulo di grasso nell'organismo quando si mangia abbondantemente. Tuttavia, nonostante l'associazione di alcuni enterotipi con alcune malattie, conoscere l'enterotipo al quale si appartiene non dà una stima del rischio di sviluppare alcuni tipi di malattia. Ciò perché la prevalenza di un tipo di microrganismi rispetto ad altri in un determinato enterotipo, non vuol dire che negli altri enterotipi questi siano assenti. Al momento attuale sono necessari ulteriori studi per potere usare l'appartenenza a un enterotipo come marcatore dello sviluppo di una certa malattia. Allo stesso modo, sono necessari ulteriori studi per considerare l'analisi della composizione del microbiota uno strumento per distinguere alcune malattie con disturbi (sintomi) molto simili, ma con cause diverse, come accade nelle malattie infiammatorie croniche dell'intestino e nella sindrome dell'intestino irritabile.