Se le tecniche di chirurgia mininvasiva non hanno dato esito e nel caso non ci fosse più desiderio di una gravidanza, l'alternativa è ricorrere all'asportazione dell'utero (isterectomia). Rappresenta l'ultima opzione in caso di endometriosi grave. Per evitare che la produzione di ormoni continui a provocare i disturbi, occorre valutare anche l'asportazione delle ovaie. La terapia ormonale sostitutiva può causare una ripresa dei disturbi; va, dunque, attentamente stabilita con il medico l'opportunità di ricorrere all'isterectomia. Prima di sottoporsi ad un intervento chirurgico, può essere molto importante sentire un secondo parere per essere certi di conoscere tutte le possibilità terapeutiche.