Se i vegani, escludendo qualsiasi cibo animale, rischiano delle carenze di ferro, calcio, vitamina D e B12, a meno di non fare ricorso ad integratori, per i fruttariani i pericoli sono ancora maggiori. Si verifica, spesso, anche un insufficiente apporto di proteine e di energia poiché escludono quegli alimenti vegetali che hanno un contenuto proteico con buone caratteristiche quali-quantitative come, ad esempio, i legumi e i cereali.  La dieta fruttariana, quindi, può essere seguita solo per brevi periodi.