La struttura dei geni è in linea generale simile per quelli di classe I e per quelli di classe II.Essi si trovano nel locus MHC (Figura 5.8) e sono costituiti da una successione di introni e di esoni: i primi, sequenze nucleotidiche di regolazione non tradotte, i secondi, invece, sequenze nucleotidiche che, tradotte in polipeptidi, costituiscono la struttura primaria delle molecole che si assemblano per formare le molecole HLA (Figura 5.9).Accanto alle caratteristiche simili possedute dai geni di classe I e II troviamo però alcune differenze che si riflettono nelle differenze tra le catene proteiche costituenti le due classi di molecole [101,102,103,108] . 