Divenne medico degli ospedali parigini, seguendo il suo maestro Charcot, ma la sua carriera fu ostacolata da Charles Jacques Bouchard, che era stato allievo dello stesso Charcot, dal quale era stato aiutato nell'ottenimento di una cattedra presso la facoltà di medicina; in seguito Bouchard entrò in contrasto con Charcot e aprì una propria scuola di neurologia. Charcot aveva pensato a Babinski come suo successore alla cattedra di neurologia, ma, al concorso per la nomina a professore associato, Bouchard manipolò le carte in modo da far vincere un altro candidato, il neurologo Fulgence Raymond.