Non c'è consenso sul considerare encefaliti associate ad altri disturbi autoimmuni che rispondono al trattamento con corticosteroidi, ad esempio l'encefalopatia di Hashimoto associata alla tiroidite autoimmune, tra le encefaliti autoimmuni. Poiché il meccanismo patogeno sottostante non è chiaro, la diagnosi di encefalopatia di Hashimoto può essere classificata come probabile encefalite autoimmune.