Gli effetti collaterali più frequenti coinvolgono il sistema gastrointestinale e sono rappresentati da anoressia, dolore epigastrico, nausea, diarrea. Possono comparire eruzioni cutanee. In seguito a somministrazione di ubidecarenone è stato riportato un caso di debolezza e dolorabilità muscolare in un paziente in terapia con lovastatina.