Nel 1883, a soli ventinove anni, a seguito di concorso, venne nominato professore di zoologia, anatomia e fisiologia comparata all'Università degli Studi di Catania, dove riprese gli studi sugli elminti parassiti e contemporaneamente in collaborazione con lo studioso Salvatore Calandruccio iniziò a studiare il ciclo vitale delle anguille dimostrando sul campo e in laboratorio la metamorfosi larvale delle stesse. Nel 1890-1893 tornò ad occuparsi di protozoi di cui si era già occupato intorno al 1880 e, studiando le termiti, ipotizzò il ruolo determinante di alcuni flagellati per la digestione del legno di cui sembravano alimentarsi le termiti. Nel 1904, poi, in collaborazione con Anna Foà, Giovan Battista Grassi precisò le caratteristiche della struttura dei flagellati e del loro processo riproduttivo.