Nell'agosto 1944 gli Alleati costrinsero i tedeschi a lasciare Firenze. La Montalcini divenne allora medico presso il Quartier Generale anglo-americano. Come tale venne assegnata al campo dei rifugiati di guerra provenienti dal Nord Italia, trattando le epidemie di malattie infettive e di febbre tifoide. Qui si accorse però che quel lavoro non era adatto a lei, in quanto non riusciva a costruire il necessario distacco personale dal dolore dei pazienti. Lavoro da lei stessa definito difficile e penoso per il diffondersi delle epidemie: