La grande opera di de' Rossi, il "Me'or 'Enayim" (Mantova, 1573-1575, Berlino, 1794, Vienna, 1829; Wilna, 1863-1866; tradotta in inglese da Joanna Weinberg nel 2001), comprende i due lavori già citati e una terza sezione dal titolo "Imre Binah". Quest'ultima è suddivisa in quattro parti: la prima parte contiene un sommario della storia ebraica all'epoca del Secondo Tempio, racconta l'origine dei Settanta, sottolinea le contraddizioni tra alcune delle credenze dei Talmudisti e i risultati della ricerca scientifica, registra l'origine delle comunità ebraiche in Alessandria e Cirene, le cronache della guerra di Bar Kokhba contro i Romani, ecc. De' Rossi cita degli scritti di Filone, di cui mette in dubbio l'ortodossia. Lo rimprovera per aver allegorizzato racconti biblici di fatti, e ricorda che mai il filosofo alessandrino dà la tradizionale interpretazione del testo biblico.