A partire dalla fine del XX secolo, l'agopuntura è stata sottoposta ad un'enorme mole di studi scientifici volti ad analizzarne l'efficacia in maniera rigorosa, in modo da escludere l'eventualità che dei risultati positivi siano dovuti al semplice effetto placebo: i pazienti vengono divisi in due o più gruppi, e si confrontano i risultati tra il gruppo sottoposto alla vera agopuntura e quello sottoposto all'inserimento di aghi in posizioni casuali. L'argomento rimane tuttavia ancora controverso, e l'accuratezza di alcuni studi è stata messa in dubbio. I risultati sono a volte contrastanti: ad esempio, studi relativi al trattamento del dolore ne hanno dimostrato l'efficacia limitatamente a forme lievi di dolore, stabilendo tuttavia che non esistono evidenze per consigliare questa pratica per una forma acuta di lombalgia e che, rispetto al campione di controllo assente da trattamenti, non si evidenziavano differenze e miglioramenti di nessun genere nell'attenuazione del dolore lombalgico, immediatamente dopo e nemmeno nel breve termine e concludendo che l'agopuntura non è più efficace delle terapie convenzionali e di altre terapie alternative (en. wiki, ref. n.101), e ha un basso livello di evidenza scientifica nel trattamento del dolore (meta-review sistematica pubblicata nel 2011. La moxibustione combinata ad agopuntura sembra migliorare l'espressione delle proteine di giunzione cellulare in pazienti affetti dalla malattia di Crohn. Diversi RCT tra cui quello di Acar indicano che l'agopuntura è efficace nel ridurre l'ansia preoperatoria ed anche altre forme d'ansia come quella generalizzata . Recentemente alcuni autori, tra cui G. Fatiga , hanno ipotizzato che tali effetti ansiolitici si esplichino attraverso la modulazione dei circuiti difensivi di sopravvivenza del cervello, ed in particolare dell'amigdala, come peraltro è stato dimostrato dagli studi di Park Hj in modelli animali.