Le enterotossine hanno un effetto particolarmente marcato sul tratto gastrointestinale, causando vomito, diarrea e dolore addominale. L'aumentata permeabilità agli ioni cloruro conduce a perdite nel lume ed è seguita dal movimento di sodio e acqua. Nel giro di poche ore dall'ingestione di enterotossina si genera una diarrea secretoria. Numerosi e diversi batteri producono enterotossine in grado di creare un simile effetto, fra questi lo Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Vibrio cholerae ed altri.