Alla fine della seconda guerra mondiale i problemi per la produzione della penicillina erano completamente risolti. Nello stesso tempo Florey continuava i suoi esperimenti in Inghilterra. Florey era una persona molto riservata e non amava parlare dei suoi esperimenti ai media ma i riconoscimenti non tardarono ad arrivare. Nel 1942 divenne membro della Royal Society per poi diventare pochi anni dopo Presidente. Nel 1944 fu nominato Cancelliere e nel 1945 vinse il premio Nobel con Fleming e Chain, premio che lo rese internazionale e famoso. In Australia rifiutò un incarico governativo ma cooperò con entusiasmo alla progettazione dell'Università Nazionale Australiana di Canberra, dove nel 1965 divenne Chancellor (titolo equivalente a quello di rettore).