Nonostante le assicurazioni ricevute, il ritorno dei frati non è del tutto tranquillo: nel gennaio 1615 Genocchi viene inaspettatamente arrestato dall'Inquisitore di Genova; a Ferrara accade lo stesso all'altro frate "recuperato", Camillo Marchetti. Vanini teme che gli accada la stessa sorte, fugge nuovamente in Francia e si dirige a Lione. Gli esiti finali delle esperienze capitate al frate genovese e a quello ferrarese - che vennero rilasciati dopo un breve periodo di detenzione e restituiti alla normale vita religiosa - sembrano indicare che forse Vanini esagerò il pericolo insito in queste operazioni di polizia dell'Inquisizione.