Sir Henry Duncan Littlejohn nacque ad Edimburgo nel 1826. Fu il settimo figlio di Thomas Littlejohn, un pasticciere, e Isabella Duncan. Iniziò i suoi studi alla Perth Academy prima di iscriversi alla Royal High School di Edimburgo nel 1838. Dal 1841 Henry frequentò la facoltà di Medicina presso l'Università di Edimburgo dove si laureò nel 1847. Dopo la laurea fece praticantato presso la Sorbona a Parigi e il Royal Infirmary di Edimburgo. 