Le secrezioni dense inoltre possono causare problemi al fegato. La bile secreta per aiutare la digestione può bloccare i dotti biliari, causando danni epatici. Nel corso del tempo, questo può portare a cicatrici e nodularità (cirrosi). Il fegato non riesce a liberare il sangue dalle tossine e non sintetizza le proteine importanti, come quelle responsabili della coagulazione del sangue. Le patologie epatiche sono la terza causa più comune di morte correlata alla fibrosi cistica.