Il grande vantaggio della gastroscopia è rappresentato oltre che dalla possibilità di effettuare uno studio macroscopico visualizzando appunto direttamente la mucosa (e quindi l'eventuale presenza di ulcere, erosioni o tumori) anche dalla possibilità di effettuare dei prelievi (biopsie) per lo studio microscopico mettendo così in evidenza l'eventuale presenza del H. pylori, di una gastrite atrofica, dell'eventuale presenza di una metaplasia ecc. per poter quanto prima passare alla risoluzione dell'infiammazione e quindi alla correzione di eventuali sintomi.