Marci nacque a Lanškroun, vicino al confine tra le regioni storiche della Boemia e della Moravia (oggi parti della Repubblica Ceca). Studiò con Athanasius Kircher, e trascorse gran parte della sua carriera come professore dell'Università Carolina di Praga, dove prestò servizio otto volte come preside della scuola di medicina e una volta come rettore nel 1662.