L'EBV fu isolato a Londra per la prima volta nel 1964 da Anthony Epstein e Yvonne Barr. Questi virologi inglesi avevano ricevuto dall'Uganda e messo in coltura delle cellule prelevate da pazienti africani affetti da un particolare linfoma che colpiva le zone malariche sub-sahariane. I prelievi erano stati eseguiti da Denis Parsons Burkitt, che dal 1958 aveva individuato e descritto questa malattia e ne aveva analizzato le caratteristiche epidemiologiche. Isolando una linea cellulare e analizzando le cellule al microscopio elettronico, Epstein e Barr scoprirono la presenza di questo nuovo herpesvirus che venne chiamato virus di Epstein-Barr in loro onore.