L'urina normale contiene agenti chelanti, come il citrato, in grado di inibire la nucleazione, la crescita e l'aggregazione dei cristalli contenenti calcio. Altri inibitori endogeni comprendono la calgranulina (una proteina calcio legante della famiglia S-100), la proteina di Tamm-Horsfall, i glicosaminoglicani, l'uropontina (una forma di osteopontina), la nefrocalcina (una glicoproteina acida) e la protrombina F1 peptide. Al 2016, i meccanismi biochimici di azione di queste sostanze non sono ancora stati completamente chiariti. Tuttavia, quando queste sostanze scendono sotto le loro proporzioni normali, i calcoli possono formarsi da un aggregato di cristalli.