ImageJ può essere fatto girate come un applet online, come un'applicazione scaricabile dalla rete, oppure su qualsiasi computer (Mac, Linux, Windows) che abbia installato la macchina virtuale Java 1.4 o versioni posteriori. Versioni scaricabili dalla rete sono disponibili per Microsoft Windows, Mac OS, macOS, Linux, e per il computer palmare Sharp Zaurus. Il codice sorgente per ImageJ è liberamente scaricabile.