Il sistema glinfatico può anche essere lesionato in seguito a danneggiamento cerebrale acuto in casi di ischemia, emorragia intracranica o subaracnoidale. Nel 2014 un gruppo di ricerca dell'Istituto Francese per la Salute e la Ricerca Medica (INSERM) ha dimostrato tramite MRI che il sistema glinfatico viene danneggiato successivamente a un'emorragia subaracnoidale per la presenza di sangue coagulato negli spazi paravascolari. Si è notato che iniettando attivatore tissutale di plasminogeno (un farmaco fibrinolitico nel SNC, la funzionalità del sistema glinfatico migliorava. In uno studio parallelo venne anche dimostrato che il sistema glinfatico veniva danneggiato dopo infarto ischemico nell'emisfero ischemico, anche se le basi patofisiologiche di questo fenomeno restao poco chiare. È importante notare il fatto che la ricanalizzazione dell'arteria occlusa ristabiliva anche il flusso glinfatico.