Se la cisti sebacea crea fastidio, dolore o ha un aspetto antiestetico può essere rimossa. Per toglierla è necessario applicare dell’anestetico locale per ridurre la sensazione di dolore e, dopo, eseguire un piccolo taglio (incisione chirurgica) nella pelle per permettere la fuoriuscita del materiale giallastro presente all'interno della cisti. Dopo l’incisione, la ferita è suturata con dei punti, coperta con materiale sterile e medicata periodicamente sino a 7-10 giorni circa dall'intervento. La terapia antibiotica è spesso prescritta da un paio di giorni prima a 4-5 giorni dopo l’incisione chirurgica.