Durante l'esercizio fisico, il cortisolo accelera i processi catabolici come la lipolisi, la chetogenesi, e la proteolisi (catabolismo proteico). Questo avviene per fornire substrati energetici supplementari durante l'esercizio continuato. Gli effetti del cortisolo possono anche essere necessari per fornire un "pool" di amminoacidi da cui il muscolo può ricostruire nuove proteine contrattili se non c'è una sufficiente presenza di aminoacidi nel sangue (bassa amminoacidemia). Questo assicura che un certo grado di adattamento può verificarsi indipendentemente dalla disponibilità delle proteine alimentari. Nel corso del tempo però, se questo processo non è bilanciato con l'assunzione di proteine nella dieta, l'effetto netto sarà solo un mantenimento o addirittura una diminuzione del tessuto muscolare funzionale, come è evidente durante i periodi di digiuno prolungato o di dieta ipocalorica. Fortunatamente, non avviene un significativo aumento dei livelli di cortisolo quando i carboidrati vengono consumati durante l'esercizio (Tarpenning et al., 2001). L'effetto favorevole è dato da un aumento più rapido della sezione trasversale delle fibre muscolari, e un effetto maggiore è stato visto nelle fibre di tipo II, le quali riescono ad essere più importanti per quanto riguarda i guadagni di forza e ipertrofia muscolare.