Il fattore Xa proteasi può essere usato in biochimica per la scissione delle etichette proteiche (proteine fuse in un breve peptide) e migliorare così l'espressione o purificazione della proteina di interesse. Il suo sito di scissione preferito (dopo l'arginina in ile-glu/asp-gly-arg) può essere facilmente costruito tra la sequenza dell'etichetta e la proteina di interesse. Dopo l'espressione e la purificazione, l'etichetta viene quindi rimosso per via proteolitica dal Fattore Xa.