Il virus dell'epatite C è rimasto per molto tempo sconosciuto, nonostante fosse stata ipotizzata la sua presenza già molti anni prima della sua scoperta e nonostante i moltissimi tentativi d'identificazione ed isolamento compiuti sin dalla fine degli anni '70. A quell'epoca, infatti, risale il riconoscimento delle epatiti post-trasfusionali che, non essendo causate da nessuno dei due virus epatitici allora noti, di tipo A e di tipo B, erano quindi etichettate, applicando il criterio di esclusione, come "epatiti nonA-nonB" (nAnB) [12] . Mediante studi di trasmissione nell'uomo e nell'animale da esperimento fu accertata inconfutabilmente la natura infettiva e virale di tali epatopatie, pur non riuscendo ad identificare con certezza l'agente responsabile. L'identificazione di un genoma virale associato all'infezione epatitica parenterale di tipo nAnB è stata ottenuta nel 1989 per merito dell'equipe del Dr. Houghton, il quale dirigeva un gruppo formato ad hoc dalla Chiron Corporation, Emeryville (USA) [13] . L'HCV è un virus ad RNA che appartiene al genere degli Hepacivirus e alla famiglia delle Flaviviridae, di cui fanno parte anche i generi Pestivirus e i Flavivirus; è quindi imparentato con i virus dell'epatite G, della febbre gialla e della dengue [14] .Di struttura sferica e di diametro compreso tra i 50 e i 60 nm, esso è costituito da un genoma, un capside e un envelope (rivestimento fosfolipidico) (Figura 2.1 e Figura 2.2) [15] . Figura 2.2 Virus dell'epatite C (In rosso il genoma, in blu il capside, in marrone l'envelope e in giallo glicoproteine di membrana).Il suo patrimonio genetico è costituito da un filamento lineare di RNA, a singola elica (monocatenario), di senso positivo (perché si comporta come un RNA messaggero), delle dimensioni di 9,5 Kb. Alle due estremità 5' e 3' si trovano due zone non tradotte che contengono segnali per la sintesi di RNA e proteine virali e nella zona tra esse compresa una lunga sequenza codificante per proteine strutturali e non. Questa lunga sequenza nucleotidica interna di 9030-9099 basi (variabilità genomica) codifica per una poliproteina di 3010-3030 aminoacidi, la quale viene poi sottoposta a clivaggio da parte di enzimi codificati dal genoma dell'ospite o del virus stesso. Procedendo dall'estremità 5' a quella   Caratteristica peculiare dell'HCV è la grande variabilità genetica a causa della quale si possono distinguere sei diversi principali genotipi indicati con i numeri da uno a sei secondo la classificazione attualmente più seguita, quella di Simmonds [16] .I sei principali genotipi presentano a loro volta una certa variabilità e pertanto sono classificabili ulterioriormente in sottotipi (Figura 2.5).Figura 2.5 Rappresentazione della variabilità genomica dell'HCV (Simmonds et al.2002).L'analisi del genotipo e del sottotipo costituisce un'indagine importante per diversi motivi e pertanto viene condotta oggi di routine sui pazienti infettati da HCV. La conoscenza del patrimono genetico rappresenta infatti un dato utile ai clinici, in quanto fattore predittivo dell'andamento della patologia e della risposta al trattamento con Interferone alfa (INF-α), ed è pertanto utile sia nella prognosi che nella terapia in quanto consente di personalizzare indicazioni, durata e dosaggio dei farmaci antivirali nel trattamento delle epatopatie croniche da HCV [17,18,19] . In particolare, il genotipo 2 è più frequentemente presente nei portatori asintomatici [20] (Figura 2.6) e presenta una migliore risposta alla terapia mentre l'1b è più frequente nei portatori di danno epatico cronico [21,22,23] e presenta una certa resistenza al trattamento. L'analisi del genotipo è, inoltre, utile agli epidemiologi, in quanto fornisce dati utili nell'analisi delle epidemie. Nota, per esempio, è la differenza tra i genotipi che sono maggiormente riscontrati nella popolazione generale e i genotipi che si riscontrano nei tossicodipendenti, nei quali si trova una maggiore percentuale di soggetti con infezione da genotipo 3, mentre nella popolazione generale prevalgono soprattutto i genotipi 1b, 2a e 2c [24] (Figura 2.7). Diverse sono anche le frequenze dei diversi genotipi nelle differenti zone del mondo, come pure le loro distribuzioni in fasce di età differenti. Figura 2.7 Distribuzione dei genotipi dell'HCV in Italia (Bellentani,2000).A prova della grande variabilità, ogni tipo o sottotipo presenta infine ulteriori varianti definite quasi-specie, le quali derivano da mutazioni durante la replicazione del virus all'interno dell'organismo ospite. Nel sangue di un individuo infettato pertanto, attraverso un'analisi fine del genoma delle copie virali presenti, troveremo non un'unico patrimonio genetico ma piuttosto una miscela eterogenea di genomi circolanti tra loro correlati. In questa miscela possiamo distinguere una sequenza principale (master sequence), che è quella più frequentemente rappresentata, ed un largo spettro di forme mutanti ad essa riconducibili [25] . Tale fenomeno, comune alla maggior parte dei virus ad RNA, costituisce un importante vantaggio adattativo in quanto permette la rapida selezione di mutanti con migliori capacità adattative.La notevole variabilità genetica del genoma dell'HCV è dovuta a tre ragioni principali: la prima è la mancanza di enzimi di riparazione in grado di sostituire le basi erroneamente incorporate, caratteristica generale dei virus ad RNA, la seconda è l'imprecisione della RNA polimerasi virale, la terza è l'elevato livello di replicazione [26] . Da tutto ciò deriva un alto tasso di mutazioni nucleotidiche che si aggira approssimativamente intorno a 10 -3 sostituzioni/sito/anno. All'interno di questa tendenza di mutazione nel genoma in generale, troviamo poi due situazioni che si distinguono per ragioni opposte. La prima è costituita da due cosiddetti punti caldi per le mutazioni (hot spots), localizzati all'interno della regione E2 e definiti regioni di ipervariabilità (HVR1 e 2, hypervariable region), in quanto sede di un alto tasso di mutazioni non sinonime (mutazioni che portano ad un cambio di aminoacido). La seconda situazione, con caratteristiche opposte, è la regione non tradotta all'estremità 5', definita UTR (untraslated region) e composta da circa 330 nucleotidi.Questa è una delle regioni più conservate del genoma e contiene le informazioni necessarie per la replicazione del genoma virale e per la sintesi della poliproteina precursore [26] .Probabilmente, infatti, sequenze interne all'estremità 5'-UTR dirigono il legame del ribosoma all'RNA, posizionandolo in modo che inizi la traduzione nel sito più corretto [15] .