Nonostante i successi medici, la carriera da fuori classe di Hodgkin ebbe un brusco arresto nel 1837 quando gli fu negata la promozione ad assistente al Guy's Hospital soprattutto per l'antipatia del tesoriere Benjamin Harrison Jr. (1806-1840), che era contrario ad alcune delle pratiche quacchere di Hodgkin e alla sua attiva partecipazione alle riforme sociali. Harrison era anche il vice presidente del consiglio di amministrazione dell'Hudson's Bay Company. Secondo Hodgkin l'Hudson's Bay Company aveva venduto pistole e alcol agli Indiani in cambio di pellicce, attività che aveva riportato grandi profitti. In una lettera a Harrison, il medico aveva criticato la compagnia per lo sfruttamento degli Indiani da parte dei coloni. Non c'è da stupirsi se questo modo di vedere non facesse comodo a Harrison e a tanti altri dell'Inghilterra vittoriana: fu così dunque che il posto al Guy's venne invece assegnato a Benjamin Babington (1794-1866), medico inventore del glottiscopio (rinominato da Hodgkin col nome oggi in uso di laringoscopio).