I coniugi Kris incoraggiano Eric a concentrare i suoi sforzi in direzione delle discipline psichiatriche, si convince dell'importanza della psicoanalisi e di come possa offrire un interessante nuovo approccio, o probabilmente il solo, per capire la mente degli uomini, le loro azioni e l'irrazionalità di queste ultime. Così nel 1951 Kandel si iscrive ai corsi di chimica ed alla fine dell'anno successivo viene ammesso alla N.Y.U. Medical School iniziando gli studi di medicina con l'intenzione di diventare uno psicoanalista, ma l'interesse per gli aspetti biologici della mente inizia a prendere a poco a poco il sopravvento, anche a partire dal dibattito iniziato in quegli anni da Lawrence Kubie, Mortimer Ostow e Sydney Margolin intorno al ruolo della biologia della mente per il futuro della psicoanalisi. Sempre nello stesso periodo ha modo di entrare in contatto con il dott. Harry Grundfest, docente di zoologia e fisiologia presso la Columbia University, il più interessante neurobiologo dell'area di New York ed altro convinto assertore della necessità di un più stretto rapporto fra biologia e psicoanalisi.