Le indicazioni alla defecografia sono molteplici. È indicata principalmente nelle sindromi da defecazione ostruita, nelle stipsi ostinate, nel sospetto di enterocele o rettocele, nelle patologie disfunzionali del pavimento pelvico. Raro il suo utilizzo nel sospetto di tumori del retto (più indicato il clisma opaco dc). L'esame defecografico, non necessita di particolari preparazioni ma solo di un clistere di pulizia da eseguire almeno tre ore prima dell'esame.