Il Comitato svolge l'attività negoziale connessa alla rimborsabilità dei farmaci e le sue determinazioni vengono poi sottoposte alla valutazione della CTS per il parere definitivo. È composto dal direttore generale dell'Agenzia e dal presidente dell'ISS e da 8 membri di comprovata professionalità ed esperienza nei settori della metodologia di determinazione dei prezzi dei farmaci, dell'economia sanitaria e della farmacoeconomia nominati dal ministero e designati dal Ministro della salute, dal Ministro dell'economia e delle finanze e dalla Conferenza Stato-Regioni tra i cui rappresentanti viene scelto il presidente del CPR. Dura in carica 5 anni.