Per localizzare i segnali RM che provengono dal corpo e quindi poter costruire l'immagine sono necessari ulteriori campi magnetici, accesi e spenti in momenti precisi, detti "gradienti" di campo.Si tratta di campi magnetici la cui intensità varia linearmente lungo un asse prescelto. Il sistema di misura della RM ha tre gradienti, uno lungo ciascun asse: x, y e z. Questi assi sono fissi e la loro origine si trova al centro del magnete, il cui campo è per convenzione lungo l'asse z.Un'immagine RM rappresenta semplicemente la risoluzione spaziale del segnale prodotto dal rilassamento degli spin eccitati.La discriminazione spaziale dei segnali di risonanza è effettuata attivando opportunamente i tre gradienti di campo, così da ottenere tre tipi di codifica lungo le tre direzioni spaziali. Essi sono: l'eccitazione selettiva, la codifica di frequenza e la codifica di fase.L'eccitazione selettiva è un gradiente perpendicolare alla fetta di interesse, applicato contemporaneamente all'impulso di RF; consente l'eccitazione dei protoni che giacciono in una sola fetta del campione (gradiente di selezione di fetta) e che effettuano la precessione alla frequenza dell'impulso RF.La codifica di fase è un gradiente di campo perpendicolare alla direzione della codifica di frequenza, applicato per un brevissimo tempo, tra l'eccitazione e il periodo di lettura; serve ad indurre una differenziazione nella frequenza di precessione (dunque nella fase) dei protoni lungo la sua direzione.La codifica di frequenza è un gradiente di lettura, applicato durante la fase di acquisizione del segnale RM, che sfrutta la proprietà fisica per cui la frequenza di risonanza è direttamente proporzionale all'intensità del campo magnetico, quindi alla posizione dei protoni lungo la direzione del gradiente.La sequenza di attivazione e disattivazione dei gradienti per la codifica spaziale è ripetuta molte volte (variando ogni volta l'ampiezza del gradiente di fase) al fine di ottenere l'immagine. 