Se la malattia viene diagnosticata in tempo, la maggior parte dei pazienti può essere curata con successo con una terapia antibiotica mirata contro l'agente patogeno (generalmente doxiciclina "per os" nella fase precoce e ceftriaxone o cefuroxima via e.v. nelle altre fasi). Il senso di spossatezza e i dolori possono continuare per diversi mesi dopo la cura, ma tendono a scomparire spontaneamente senza bisogno di prolungare la terapia. Secondo gli Istituti Sanitari Americani, la malattia non dà "effetto memoria", per cui è possibile contrarla più volte nella vita. Recentemente l'istituto di medicina della Yale University, negli Stati Uniti, ha annunciato di aver messo a punto un vaccino sperimentale che potrebbe prevenire la malattia di Lyme. Questo vaccino "a duplice azione" stimola il sistema immunitario dell'uomo a produrre anticorpi che attaccano e uccidono i batteri della malattia e, nello stesso tempo, distrugge anche i batteri che vivono nelle zecche che pungono una persona vaccinata.