La PV, se adeguatamente trattata, ha una lunga aspettativa di vita, minata soprattutto dagli eventi cardiovascolari. Altra temibile complicanza è l'evoluzione della malattia: circa il 20% dei pazienti evolve in mielofibrosi, mentre una percentuale variabile evolve a AML, spesso passando attraverso una fase di mielofibrosi: sembra che questa evoluzione possa far parte della storia naturale della patologia, con una percentuale di leucemizzazioni spontanee del 2-5% [23]; tassi decisamente più alti sono rilevati in pazienti trattati con agenti genotossici, come il busulfano, gli agenti alchilanti o il fosforo radiattivo, un tempo molto usati. Gli studi sull'idrossiurea hanno fornito dati contrastanti.