Normalmente nell'intestino vivono decine e decine di tipi differenti di batteri. Questi batteri che colonizzano il nostro apparato digerente costituiscono il microbiota umano intestinale. Alcuni di questi batteri sono di tipo aerobico (lattobacilli) e si riscontrano in particolare nell'intestino tenue. Altri sono invece anaerobi (bifidobatteri) e si localizzano principalmente nel colon. Il microbiota umano, nel nostro intestino, annovera anche la presenza di miceti, clostridi e virus che non esercitano alcun effetto patogeno. Questi microrganismi vivono infatti in simbiosi con il nostro organismo.