L'istologia influenza significativamente la prognosi essendo a mortalità maggiore, nell'ambito dei carcinomi papilliferi, le varianti a cellule alte (81, 9% di sopravvivenza a 5 anni, contro il 96% nella variante classica), a cellule colonnari, follicolare solida e sclerosante diffusa, rispetto all'istotipo papillare classico. Studi sembrano dimostrare che la variante a cellule alte, se associata a tiroidite di Hashimoto, risulta meno aggressiva e con prognosi più favorevole. Inoltre la tiroidite di Hashimoto sembra avere un ruolo protettivo anche sulle altre varianti.