La presentazione clinica può essere caratterizzata più spesso da emorragie (25-50%) acute o croniche recidivanti, per ulcerazione della mucosa ileale adiacente alla mucosa gastrica eterotopica; l'emorragia si può presentare sotto forma di melena in quanto il tessuto gastrico eterotopico può digerire il sangue. Un paziente con diverticolo di Meckel ha il 4-6% di rischio in più di sviluppare complicanze addominali, tra le quali: ostruzione, intussuscezione, infiammazione (meckelite) e perforazione.