L'AT-RT è una patologia altamente complessa causata alla base (come nel resto dei tumori maligni) da una mutazione genetica, in questo caso di tipo rabdoide che conferisce al tumore un altissimo livello di aggressività; la mutazione si identifica sul gene "INI-1/hSNF5". In oltre il 60% dei casi, il tumore colpisce oltre la fossa cranica posteriore e nella percentuale restante altre regioni sovraenteriali tra cui la regione sellare.