I rapporti con John Hunter andarono diradandosi e dalle lettere di quest'ultimo notiamo la tristezza che ne conseguiva, ma il giovane Jenner ne spiegherà anni dopo il motivo con una lettera indirizzata al dott. Parry, in cui gli spiegava di aver riconosciuto nell'amico Hunter i sintomi dell'angina pectoris e che se ne era allontanato in quanto troppo forte era il dolore provocato dalla consapevolezza della gravità del problema. Inoltre, Jenner scriveva di aver condotto degli studi che lo portarono ad affermare che il problema proveniva dalle arterie coronarie, quasi mai esaminate in precedenza in questi casi. Aveva infatti riscontrato nel caso di un certo Paytherus, affetto da questo disturbo, che nelle arterie coronarie si era formato uno strato di cartilagine che ostruiva il flusso corretto del sangue.