All'industria chimica organica si era intanto aperto un nuovo settore di intervento, quello dei prodotti farmaceutici. Anche in questo caso il concetto di struttura molecolare giocò un ruolo fondamentale nell'articolare la metodologia di ricerca. Non solo la struttura di un composto naturale riconosciuto attivo poteva (in via di principio) essere replicata in laboratorio, ma le capacità costruttive e permutative dei chimici potevano generare illimitate variazioni, da cui attendere effetti fisiologici più efficaci e/o diversi.