L'insensibilità della sintesi dell'ubichinone alla caduta dei livelli di acetil-CoA rimane tuttavia da spiegare. E' noto che, quando i livelli di mevalonato sono limitati, è preferenzialmente diretto in vie alternative alla sintesi del colesterolo. Tenendo conto di tutte le ramificazioni della via del mevalonato, quella maggiormente influenzata dalla disponibilità di substrati è la sintesi del colesterolo a partire da squalene. Si pensa che questo dipenda dall'elevata costante Km della squalene sintasi, la quale indica che questo enzima ha una ridotta affinità per il substrato [94].Gli enzimi per la sintesi dell'ubichinone potrebbero avere maggiore affinità ed essere meno limitati dalla disponibilità di substrato, tuttavia questi dettagli sulla sintesi di ubichinone in tessuti animali non sono ancora stati descritti.Una chiara conferma che la ridotta disponibilità di substrato dopo il silenziamento porta a riduzione dell'attività biosintetica nella cellula può essere fornita dagli altri studi condotti. Sempre nella via del mevalonato, la sintesi di prenili non è stata direttamente misurata ma è stata valutata la disponibilità dei prenili per la prenilazione delle proteine target. In particolare, si è osservato una riduzione della prenilazione delle piccole GTPasi. Allo stesso modo è stato studiato un altro processo che, similmente alla via del mevalonato, è dipendente dall'acetilcoenzima A: l'acetilazione istonica. Nelle cellule silenziate l'acetilazione dell'istone H4 è chiaramente ridotta, ed è noto che l'attività dell'enzima di acetilazione istonica (istone acetil-transferasi) è influenzata dalla disponibilità di acetil-CoA. A conclusione di questi esperimenti si può ipotizzare che il VDR, riducendo l'attività della catena respiratoria e quindi riducendo la richiesta di intermedi ossidati a fini energetici, promuove l'utilizzo dell'acetilcoenzima A al di fuori del mitocondrio, nei processi biosintetici.I prodotti finali delle vie biosintetiche che diminuiscono con il silenziamento del VDR sono essenziali per la proliferazione. Ci sono molte evidenze della loro importanza nelle cellule proliferanti, sia normali che tumorali. Il colesterolo viene incorporato nelle membrane ed è fondamentale per la loro stabilità. Molti studi rilevano che la sintesi del colesterolo de novo è molto attiva nelle cellule tumorali [84,85]. La prenilazione è una modifica post-trascrizionale di molte GTPasi monomeriche ed è essenziale per l'attività GTPasica di questi enzimi, che devono essere ancorati alla membrana plasmatica grazie alle code preniliche per poter svolgere la propria funzione. Nel tumore RhoA e Ras, che sono oncogeni, sono spesso mutati ma la prenilazione è richiesta perché possano promuovere la tumorigenesi. Infatti, la prenilazione è stata proposta come target delle terapie del cancro [95]. L'acetilazione istonica, invece, è un'importante strategia epigenetica di rimodellamento della cromatina e controllo della trascrizione [96]. Nelle cellule tumorali c'è un'alterazione dell'equilibrio tra le reazioni di acetilazione e quelle di deacetilazione con alterazioni dell'espressione genica [97].