Esistono numerose ipotesi per quanto riguarda la causa della menopausa, alcuni studi si sono concentrati sull'evoluzione del FSH e sulle gonadotropine cercando un coinvolgimento dell'asse ipotalamo-ipofisario ma attualmente l'ipotesi più accreditata è quella che la causa risieda nell'ovaio stesso. Infatti secondo tale teoria i follicoli, soggetti a deterioramento, vengono scelti dall'organismo stesso: utilizza dapprima i più resistenti, che nel corso degli anni devono essere sostituiti perché vengono consumati, ma all'atto della sostituzione i nuovi follicoli partono già danneggiati: questo comporterebbe la deplezione-atresia follicolare.