Alla morte di Paganuzzi (1901), Jona lo sostituì alla guida interinale della divisione e la direzione dell'Ospedale Civile gli affidò anche il Gabinetto Batteriologico. In questo duplice ruolo il giovane medico seppe aggregare intorno a sé un attivo gruppo di studiosi e alimentò il dibattito scientifico con molteplici pubblicazioni specialistiche. Nel 1901 ottenne all'Università di Padova la libera docenza e l'anno seguente vinse il concorso per il posto di primario dell'Ospedale Civile di Grosseto. Pochi mesi dopo fu tuttavia richiamato a Venezia al Santi Giovanni e Paolo per ricoprire il ruolo di primario dissettore lasciato dal Cavagnis; nel 1905 vinse il concorso che lo confermò in quel posto.