Nato a San Ginesio da Gregorio Gentili (o Lucentino) e Clarice Matteucci, originaria di Fermo, Matteo si distinse negli studi del diritto e nell'utilizzo delle armi. Da giovane studio medicina, influenzato dal padre e dal fratello Pancrazio, Matteo studiò presso l'Università di Perugia e in quella di Pisa. In questa università risultava iscritto come matricola il 9 novembre 1548 come "scholaris artista" e con la qualifica di "consiliarius pro natione Marchianorum". Il 13 maggio del 1549, Matteo conseguì il titolo dottorale in filosofia e medicina, sostenuto e spronato da quattro promotori, tra cui Simone Porzio. Nella sua permanenza a Pisa frequentò i corsi di Giovanni Argentier. Nel 1548 tornò a San Ginesio e l'anno seguente sposò Lucrezia Petrelli, figlia del capitano Diodoro Petrelli, da cui avrà sette figli: il primogenito Alberico, Manilio, Antonio, Nevida, Vincenzo, Scipione e Quinto. Lavorò come medico fisico nel 1552 e nel 1558 si recò in missione a Tolentino, dove fu poi ingaggiato per la condotta medica con la retribuzione annua di 200 fiorini, incrementata di altri 40 fiorini nel 1559, e portata a 300 nel 1560. Restò a Tolentino fino al 1562. Con i fiorini guadagnati, contribuì a sostenere il bilancio della Comunità. Tornato nel paese di origine, Matteo cercò di intervenire nei contrasti locali, ma senza successo. Tale fallimento lo portò a rifiutare la condotta offertagli dalla cittadinanza di San Ginesio.