È possibile anche ottenere una diagnosi prenatale su di un embrione o su un feto nel grembo materno, utilizzando materiale genetico fetale acquisito attraverso il prelievo di villi coriali (villocentesi) o di liquido amniotico (amniocentesi). Anche questa tecnica può essere accoppiata con i test di esclusione per evitare la divulgazione del genotipo dei genitori. La diagnosi prenatale viene eseguita con l'intenzione che se il feto viene trovato con le ripetizioni nel gene HTT (o, nei test di esclusione, si trova che è ad 'alto rischio'), la gravidanza verrà terminata.