Il virus dell'epatite C (Hepatitis C virus, HCV) è un virus a RNA, a singola elica, con polarità positiva; misura 40-60 nm di diametro (64).Il genoma è costituito da un unico grande gene che codifica per una poliproteina virale di circa 3.000 aminoacidi che viene poi scissa dando origine a 10 proteine virali (65).All'estremità 5` sono collocati geni che codificano per 4 proteine strutturali: la proteina core, le due glicoproteine di superficie (E1 e E2/NS1) e la proteina p7 di membrana (66) (67).L'estremità 3` presenta anch'essa una zona non tradotta e contiene geni che codificano per sei proteine non strutturali: NS2, una cisteina proteasi che separa NS2 da NS3 (68), NS3, un'elicasi che scinde le varie proteine virali dalla poliproteina formatasi inizialmente, NS4A, con le stesse funzioni di NS3, NS4B (69) (70), NS5A ed infine NS5B, RNA polimerasi RNA-dipendente.Le proteine non strutturali attivamente implicate nella replicazione virale sono: NS3, la serina proteasi NS3-4 e NS5B (71).Mediante il sequenziamento genetico sono stati distinti almeno 7 diversi genotipi di HCV (le cui sequenze differiscono le une dalle altre per almeno il 30%), ognuno dei quali riconosce al suo interno più di 50 sottotipi.Ci sono differenze tra i vari genotipi per quanto riguarda la risposta alla terapia antivirale, ma la patogenicità è la stessa per tutti i ceppi, diversamente da quanto si pensava all'inizio (72). L'instabilità genetica del virus, dovuta a frequenti mutazioni, sommata all'intrinseca variabilità genetica dello stesso, fanno sì che il riconoscimento da parte del sistema immunitario sia particolarmente difficile.La prevalenza dei vari genotipi non è universale, ma è soggetta a variabilità a seconda del Paese considerato. Questo fatto rappresenta una sfida per i trattamenti pangenotipici, che richiedono considerazioni circa i trend globali di prevalenza dell'HCV (73).Il genotipo 1 è il più prevalente nel mondo: 83,4 milioni di casi, 46,2% di tutti i casi di HCV. Circa il 25% degli infetti da genotipo 1 vive in Asia dell'Est (74).Il genotipo 3 si classifica secondo come prevalenza a livello globale (54,3 milioni di casi, il 30,1 % del totale). I genotipi 2, 4, 6 sono insieme responsabili del 22,8% dei casi di infezione.Il genotipo 5 determina il restante 1% di malattia (75).Mentre i genotipi 1 e 3 sono i predominanti in molte nazioni indipendentemente dalla loro condizione socio economica, i genotipi 4 e 5 sono maggiormente presenti nelle nazioni a più basso reddito.La distribuzione mondiale dei sottotipi dei genotipi dell'HCV è complessa.È stato recentemente stabilito che pochi sottotipi (1a, 1b, 2a e 3a) sono ampiamente distribuiti nel mondo e sono la causa di una grande quantità di infezioni da HCV nelle nazioni a più alto reddito (76).Si pensa che questi sottotipi, detti "epidemici", si siano diffusi rapidamente nei decenni precedenti la scoperta del virus HCV, principalmente tramite sangue, derivati infetti e utilizzo di droghe endovena.Molti altri sottotipi di HCV sono considerati "endemici". Rispetto agli epidemici, questi sono più rari e sono circolati per lunghi periodi di tempo in zone più circoscritte: i ceppi endemici del genotipo 1 e 2 sono principalmente diffusi in Africa Occidentale, il ceppo 3 in Sud Asia, il 4 in Africa Centrale e nel Medio Oriente, il 5 in Sud Africa, il 6 in Africa Sud Occidentale (13).La distribuzione globale delle varianti genetiche dell'HCV è probabilmente stata influenzata dalle migrazioni storiche e contemporanee. Ad esempio, i ceppi dell'Africa Occidentale si sono diffusi in America per via del commercio trans oceanico di schiavi.La figura 3 mostra la prevalenza di ciascun genotipo di HCV nelle varie parti del mondo (76).