Le conoscenze attualmente disponibili portano ad ipotizzare che l'infiammazione cronica si sviluppi per una impropria stimolazione del sistema immunitario di una persona geneticamente predisposta, da parte di fattori ambientali (comprendenti la dieta) che agiscono sulla flora microbica normalmente presente nell'intestino (microbiota). Si è anche ipotizzata la presenza di alcuni microrganismi in grado di provocare la malattia (agenti patogeni), ma non esistono prove definitive.