In aggiunta a queste considerazioni, va riportato che attualmente non esiste un processo di standardizzazione per quanto riguarda un approccio all'analisi del dato fNIRS, in quanto i parametri relativi alle singole acquisizioni dipendono dalle specifiche condizioni sperimentali. La mancanza di una pratica comune impatta negativamente sia sulla riproducibilità degli studi proposti che sull'interpretazione dei dati, specialmente se non si ha ben chiaro la composizione del segnale fNIRS e delle fonti di rumore fisiologico ad esso sovrapposto. Data quindi la molteplicità dei fattori che possono causare incertezza nell'interpretazione dei dati, le singole componenti dell'apparato di misurazione, i singoli step di pre-elabrazione e analisi statistica del segnale fNIRS devono essere presi in considerazione separatamente.