Fernel ha dato contributi molto importanti anche alla medicina: ha introdotto nel lessico medico i termini "fisiologia" e "patologia" per descrivere lo studio del funzionamento del corpo e delle sue malattie. Fu il primo a descrivere il canale vertebrale. La sua straordinaria erudizione generale, l'abilità e il successo con cui ha cercato di far rivivere lo studio dei medici dell'antica Grecia, gli procurarono una grande reputazione e infine l'ufficio di medico di corte di Enrico II di Francia. Svolse la professione medica con grande successo e alla sua morte lasciò una immensa fortuna.