Oltre alla presenza dei corpi sclerotici, meglio osservabili con colorazione PAS o Gomori-Grocott, all'istologico sono riscontrabili alterazioni di vario tipo evidenziabili con la classica colorazione ematossilina-eosina.L'assottigliamento dell'epidermide, responsabile della comparsa di ripiegamenti che la fanno adattare alla conformazione dei sottostanti tessuti infetti, è dovuto principalmente all'iperplasia dello strato spinoso che risulta ridotto in spessore e presenta zaffi irregolari di crescita cellulare che penetrano nel derma. Lo strato corneo mostra ipercheratosi ed è spesso distorto. L'infiltrato è prevalentemente neutrofilo con occasionali cellule giganti; talvolta si osserva la formazione di microascessi. L'iperplasia dell'epidermide può evolvere in pseudoepiteliomatosa, spesso con paracheratosi. Le ife brune, allungate e ramificate sono rintracciabili nei vari strati dell'epidermide e all'interno di alcune cellule in grado di fagocitarle.   