In "E. coli" esistono almeno 4 diverse topoisomerasi, identificate con numeri romani da I a IV. Le topoisomerasi I e III sono di tipo I, mentre quelle II e IV sono di tipo II. La topoisomerasi II batterica, detta anche "DNA girasi", è bersaglio di numerosi antibiotici che inibiscono preferenzialmente l'enzima procariotico piuttosto che quello eucariotico: la novobiocina blocca il legame girasi-ATP, mentre l'acido nalidixico e la ciprofloxacina interferiscono con la separazione e la ricongiunzione delle catene di DNA. Questi antibiotici sono largamente utilizzati soprattutto nel trattamento delle infezioni del tratto urinario.