Nel 1907 egli ottenne la cattedra di Anatomia Patologica all'Università di Parigi, e sebbene non fece di questa disciplina un argomento delle sue ricerche, ne modernizzò completamente l'insegnamento, facendo costruire anche un laboratorio e un museo. Fu inoltre uno dei responsabili della rivista "Archives de médecine expérimentale et d'anatomie pathologique". Ma questa nuova occupazione fu caratterizzata anche da controversie e dibattiti, intavolati in particolare con il suo rivale neurologo Jules Déjerine, in merito alla localizzazione cerebrale dei disturbi del linguaggio.