In questi casi l'angiocardioscintigrafia mostra un'elevata persistenza dell'attività a livello del ventricolo destro e dei polmoni, mentre a livello delle cavità sinistre l'attività rimane bassa. Questo vale per numerose patologie come: pervietà del dotto arterioso di Botallo difetti interatriali e interventricolari, il ritorno anomalo dei vasi polmonari e gli shunt destro-sinistra usati per correggere molte cardiopatie congenite. L'entità dello shunt è calcolata disegnando una ROI polmonare e facendo il rapporto del valore di intensità di questa con il valore relativo al circolo sistemico. Se tale rapporto è maggiore di 1,3, il risultato correla molto bene con quello ottenibile dal metodo ossimetrico; ma perché tale condizione sia valida il tracciante andrebbe somministrato in un bolo unico, preferibilmente tramite la vena giugulare destra. I risultati più attendibili con questa metodica sono quelli che mostrano uno shunt di entità compresa fra il 16% e il 66% della portata polmonare.