Cardine della prassi terapeutica fagioliana, l’interpretazione dei sogni discende direttamente dalla “teoria della nascita”, all’interno della quale soltanto il sogno, come linguaggio dell'inconscio, ed in particolare dei primi mesi e anni di vita, assurge alla dignità di “pensiero per immagini” (laddove invece per Freud il sogno è una sorta di residuo diurno, un “appagamento allucinatorio del desiderio”). Fagioli rifiuta l'idea di un inconscio naturalmente malato, o addirittura animale: concezione questa rintracciabile nella formula freudiana dell’Es come eredità filo-genetica, e che Fagioli descrive come riedizione pseudo-scientifica del peccato originale di matrice giudaico-cristiana. Fondamentale ai fini della possibilità di cura attraverso l’interpretazione dei sogni è la scoperta di una dinamica inconscia di negazione, come alterazione del rapporto con la realtà; l'individuazione della negazione a livello dell’immagine onirica, e la sua interpretazione da parte dello psicoterapeuta, possono, secondo Fagioli, prevenire lo sfociare dell’alterazione del rapporto con le realtà in disturbo del pensiero cosciente e, quindi, in patologia mentale conclamata. Quando l’alterazione è già arrivata a livello di pensiero cosciente, essa è curabile laddove - oltre all’ovvio e necessario ricorso a tutti i mezzi che la medicina mette a disposizione - si acceda ad una psicoterapia fondata sui 3 cardini di setting, transfert e, appunto, interpretazione. Si nota bene come la teorizzazione fagioliana della negazione sia radicalmente altra, ancora una volta, da quella di Freud, per il quale ultimo essa si staglia su un piano principalmente cosciente; inoltre, essa è totalmente antitetica alla nozione freudiana di rimozione, che rende l’interpretazione dei sogni piuttosto un riportare alla coscienza quanto “spostato” in altra zona della mente. L’interpretazione dei sogni che Fagioli lega alla sua teoria della nascita ha dunque poco a che vedere con la corrispondente proposizione psicoanalitica.