Ho effettuato la ricerca per similarità dei possibili candidati templates all'interno del PDB, database ricco di informazioni sulla struttura terziaria e quaternaria proteica, utilizzando il programma BLAST, acronimo di Basic Local Alignment Search Tool (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/). Sono state sviluppate diverse versioni del programma BLAST che consentono di ricercare sequenze sia a livello di acidi nucleici che di proteine. Personalmente ho usufruito di BLASTP, che effettua ricerche per similarità all'interno di databases proteici. La similarità rappresenta un parametro quantitativo utilizzato per esprimere il grado di omologia esistente tra sequenze amminoacidiche.Ho introdotto il target come FASTA file, che BLASTP riconosce come query, nello spazio apposito e avviato la ricerca nel PDB, restringendo la ricerca alle proteine di membrana, ovvero digitando nel campo apposito di ricerca avanzata "membrane protein" (figura 31).Ho ottenuto quattro risultati. Per mezzo dei link che portano alla pagina web contenente le informazioni relative a ciascuno di essi ho scaricato la sequenza primaria in formato FASTA. Per aver conferma dei risultati ottenuti con BLASTP, attraverso il sito http://www.ebi.ac.uk/fasta/index.html, ho utilizzato il programma FASTA per la ricerca nel PDB di proteine aventi un certo grado di omologia con la sequenza target usata in BALSTP. Ho ottenuto risultati analoghi ai precedenti. 