Gli agonisti del recettore 5-HT2B sono implicati nello sviluppo della fibrosi cardiaca. La fenfluramina, la pergolide e la cabergolina sono state ritirate da alcuni mercati per questo motivo. È stato dimostrato che molti psichedelici serotoninergici, come l'LSD e la psilocina, attivano direttamente questo recettore. È stato riportato che l'MDMA è un potente agonista diretto e ha un effetto indiretto aumentando i livelli plasmatici di serotonina.