Nel 1873, ancora studente, Kellogg diventa assistente capo della redazione, Adventist Health Reformer, di James White. L'anno successivo viene assunto come redattore, incarico che ha mantenuto per il resto della sua vita. Insieme con la pubblicazione di articoli ed editoriali in Health Reformer, il cui nome è cambiato poi in Good Health nel 1879, Kellogg comincia una carriera come scrittore, dedito alla propaganda della salute. Nel 1874 pubblica un libro di cucina e di una sana dieta per l'uomo. Pubblicato nel 1877, "Plain Facts about Sexual Life" (semplici fatti sulla vita sessuale) è stato il primo testo dove affronta direttamente il tema del sesso. Sono stati venduti oltre un milione e mezzo di copie. Qualche anno dopo, Kellogg, sempre sospettoso dell'uso dei farmaci tradizionali, sviluppa la sua teoria di idroterapia come una forma superiore di cure mediche. Nel 1901 pubblica Rational Hidroterapy, diventato in seguito un testo standard nel campo della medicina per diversi decenni. In tutto, Kellogg ha scritto oltre 50 libri e innumerevoli articoli.