Due meccanismi sono coinvolti nella patogenesi della stipsi funzionale [42,43]. Il primo meccanismo riguarda la disfunzione della motilità del colon, detta anche dismotilità, che si ha quando la coordinazione motoria del colon, responsabile del movimento delle feci verso il retto, è alterata. A volte questo disturbo si accompagna a fattori alimentari, uso di farmaci che alterano la motilità, o a malattie sistemiche (ad es. malattie neurologiche, metaboliche o endocrine). In altri casi, il disturbo è associato ad anomalie del sistema nervoso enterico, con la perdita di cellule interstiziali di Cajal e altri elementi nervosi [44,45].Il secondo meccanismo riguarda la disfunzione dei meccanismi preposti alla defecazione e i disordini del pavimento pelvico. Diversi termini sono stati utilizzati per descrivere questi disordini: anismo, dissinergia del pavimento pelvico, defecazione ostruita, etc. Quando la stipsi si accompagna a questa condizione, è possibile notare nei pazienti una diminuita e ritardata evacuazione di feci artificiali, una diminuita distensione dell'angolo ano-rettale, una diminuita discesa del pavimento pelvico durante l'evacuazione, e un rallentato transito delle feci a livello del sigma e del retto. Tutti questi sono segni che riguardano una disfunzione del pavimento pelvico più che un rallentato transito intestinale. Quando comparati con controlli normali, i pazienti con defecazione ostruita presentano una minore pressione intrarettale a riposo e una maggiore pressione anale alla manometria ano-rettale durante il ponzamento (figura 4.I B). L'aumento della contrazione rettale durante la defecazione, la contrazione anale paradossa o l'inadeguato rilassamento degli sfinteri, osservati durante la defecazione di pazienti con defecazione ostruita, suggeriscono un'alterazione della coordinazione retto-anale [46].  