L'"Atopobium vaginae" sembra essere un normale saprofita della flora batterica della vagina sana (presumibilmente con una carica batterica bassa) ma può diventare predominante per un rapido accrescimento quando si verificano le condizioni per una diminuzione della normale flora lattobacillare; ed è rilevante la compresenza di questo batterio con il più noto Gardnerella vaginalis in corso di vaginosi batterica sintomatica .