Le abilità ipertimesiche sembrano avere un effetto dannoso sulle capacità cognitive. Gli ipertimesici sono inclini a perdersi nei ricordi, manifestando difficoltà a partecipare alla vita presente e a programmare quella futura. I ricordi vengono descritti come estenuanti e incontrollabili. La difficoltà di memorizzazione volontaria non permette buoni risultati nei test di memoria; la memoria eccezionale non aiuta quindi durante gli studi, rendendo gli ipertimesici studenti nella media. Sono stati identificati anche deficit delle funzioni esecutive e anomalie della lateralizzazione, caratteristici dei disordini frontostriatali.