Il San Giacomo si specializzò nel trattamento della sifilide fin dal 1560, periodo in cui esso faceva già uso del guaiaco. Negli anni 1580 era ormai divenuto un punto di riferimento "internazionale" per la cura questa malattia: infatti, i pazienti sifilitici accorrevano non solo da tutto lo Stato della Chiesa, ma da tutta Italia e perfino dall'estero: a fine secolo, i romani erano solo il 4% del totale a ricevere questa cura specializzata. Il trattamento del "legno santo" divenne una specialità riconosciuta del San Giacomo: esso cominciò a venire somministrato periodicamente, nello spazio di un mese (generalmente, in maggio) e con cadenza inizialmente annuale e successivamente (dal XVII secolo) biennale. Durante questo periodo la ricezione ordinaria vedeva un brusco incremento, arrivando ad ospitare oltre mille pazienti. Il periodo della somministrazione della cura del "legno santo" rinsaldava il rapporto dell'ospedale con la città in modo particolarmente efficace, dato che la distribuzione avveniva in modo solenne, accompagnato da processioni sul percorso della Chiesa del Popolo, e grazie al finanziamento proveniente esclusivamente dai privati.