L'infezione da HPV non è l'unico fattore di rischio per il tumore dell'ano: hanno un maggior rischio di ammalarsi anche i fumatori, le persone con un numero elevato di partner sessuali nel corso della vita, quelle con un sistema immunitario particolarmente debole (dopo trapianto di organo o a causa dell'infezione da HIV), con una storia clinica di lesioni benigne frequenti all'ano e al retto (verruche, ascessi, emorroidi) e quelle con precedenti diagnosi di altri tumori (cervice, vulva, vagina, pene) in genere legati al virus HPV.