Allo stato attuale delle conoscenze non esiste un trattamento specifico che permetta l'eradicazione dell'infezione da virus WNV. La terapia è pertanto unicamente di supporto e indirizzata ad attenuare la possibile evoluzione verso l'edema cerebrale. Nei pazienti con marcata alterazione dello stato di coscienza o in coma il trattamento è indirizzato al mantenimento delle funzioni vitali, con particolare riguardo ad una adeguata pervietà delle vie aeree. Spesso questi pazienti si trovano già ricoverati in terapia intensiva o in rianimazione e talvolta necessitano di ventilazione assistita.