Lo stato di salute intestinale è strettamente associato con la tolleranza agli alimenti e la buona digestione. Dalle ultime ricerche emerge che il microbiota intestinale, ossia l’insieme dei batteri che vivono nell'intestino, gioca un ruolo molto importante nel regolare la tolleranza, immunologica e non, verso le sostanze ingerite. Una alterazione dell'equilibrio della flora batterica, detta disbiosi, spesso legata a una cattiva alimentazione, potrebbe essere la causa dell'aumento dell'infiammazione della mucosa intestinale e della ridotta tolleranza alle sostanze che vi passano. Nella vita quotidiana, seguire una dieta equilibrata e completa di tutti i micro e macronutrienti, come indicato nella dieta mediterranea, favorisce la crescita e il mantenimento del microbiota intestinale. In taluni casi, su indicazione del proprio medico, può essere utile l'assunzione di probiotici attraverso la dieta (yogurt, kefir, miso, formaggi fermentati), o di integratori, per favorire lo sviluppo di un ambiente favorevole alla digestione riequilibrando la flora intestinale e contribuendo alla prevenzione di intolleranze.