Queste cellule sono veramente simili alle cellule staminali embrionali, riguardo alla morfologia, fenotipo, trascrizione, epigenetica. Entrambi i tipi di queste cellule mostrano simile potenzialità, differenziabilità, e tasso di divisione cellulare. Inoltre, sono in grado di aggregare in corpi embrionali. Ci sono diversi saggi che verificano la pluripotenzialità delle cellule staminali: il più conosciuto "in vivo" è il saggio del teratoma, basato sull’iniezione di cellule staminali potenzialmente pluripotenti in vari siti del corpo di un topo immunocompromesso , seguito dalla crescita di un tumore. Quando le cellule iniettate sono pluripotenti, il tumore dimostra le caratteristiche di un teratoma, vale a dire lo sviluppo di cellule differenziate proveniva da tutti i tre stati germinali (ectoderma, mesoderma, endoderma). Uno dei test alternativi è l’analisi dell’espressione della pluripotenza associata a dei markers, e lo sfruttamento delle modificazioni epigenetiche responsabili della pluripotenza. Un altro metodo si basa sui modelli spontanei dei corpi embrionali in vitro, e la differenziazione diretta ,ad esempio da cellule cardiache isolate possono essere generati corpi cardiaci che danno origine ai cardiomiociti, cellule endoteliali e cellule dei muscoli lisci. Un’alternativa dello studio in vivo utilizza uova di pollo in cui le cellule staminali sono trapiantate sulla membrana corioallantoidea dell’embrione di pollo e poi un tumore simile al teratoma può sorgere. Un’altra opzione per studiare la pluripotenza è un’analisi in situ, in cui vengono iniettate le cellule staminali in un tessuto, come la pelle, e poi o il loro sviluppo e differenziazione o ripopolazione delle cellule lasciate dietro una matrice extracellulare da cellule staminali sono osservate. Molti miglioramenti dell’uso di queste tecniche sono stati ottenuti per risolvere i problemi associati all’ottenimento di una linea cellulare di iPSC, come limitare l’immunogenicità, la tumorogenicità e per aumentarne l’efficienza. Una delle preoccupazioni è che le sollecitazioni di riprogrammazione potrebbero condurre a danni del DNA delle linee iPSC, poiché l’acquisizione di uno stato pluripotente sembra essere difficile da controllare, in quanto le Ipsc e le cellule tumorali condividono alto tasso di proliferazione, crescita cellulare immortale, somiglianze nell’espressione genica, instabilità nello stato epigenetico e cromosomico.