Nel 2001, col decreto del presidente della Repubblica 20 gennaio 2001 n. 70 contenente il "Regolamento di organizzazione dell'Istituto superiore di sanità, a norma dell'articolo 9 del decreto legislativo 29 ottobre 1999, n. 419" ("Gazzetta Ufficiale" del 26 marzo 2001) venne approvato il nuovo regolamento di organizzazione che cambiò radicalmente lo stato giuridico dell'Istituto. L'ISS divenne ente di diritto pubblico che, in qualità di organo tecnico-scientifico del Servizio sanitario nazionale, svolge funzioni di ricerca, sperimentazione, controllo, consulenza, documentazione e formazione in materia di salute pubblica.