Il pentosano polisolfoestere può essere assunto per via orale, parentereale o topica, oppure essere instillato a livello vescicale. Le capsule sono di norma utilizzate in caso di tromboflebiti superficiali acute. Nell'adulto la dose di attacco consigliata è pari a 100 mg (due capsule), tre volte al giorno, fino ad una adeguata risposta terapeutica. In fase acuta è possibile ricorrere alle fiale, somministrando 1 fiala al giorno (100 mg), per almeno 1 settimana, proseguendo successivamente con 100 mg (due capsule), due volte al giorno, per un periodo di trattamento di ulteriori 4 settimane. 