La sintomatologia che si accompagna alla ipocloridria è determinata dal fatto che in tali condizioni la digestione gastrica degli alimenti è incompleta o assente, per cui si appesantisce il lavoro digestivo dell'intestino; ne scaturisce una tendenza diarroica dell'alvo, associata ad inappetenza, repulsione verso alcuni cibi, senso di gonfiore epigastrico post-prandiale, digestione lunga e faticosa (dispepsia ipocloridrica).