Una diagnosi differenziale radiografica tra cisti radicolare e granuloma apicale è possibile solo quando la lesione raggiunge dimensioni notevoli. I tentativi fatti di correlare con precisione le dimensioni radiografiche della lesione con l'aspetto anatomo-patologico si sono rivelati infatti poco affidabili. Essendo due lesioni oggi riconosciute come di origine comune e trattamento identico, la diagnosi differenziale diventa comunque clinicamente poco utile.