Jean Civiale nasce nel villaggio di Thiezac, sito nella regione della Francia centro-meridionale nota come Massiccio Centrale, il 5 luglio 1792. Il padre, Pierre Civiale, e la madre, Jean Usse, benché entrambi di umili condizioni permettono comunque al figlio di seguire gli studi universitari a Parigi dove Civiale si reca nel 1815. Lì studia al cospetto del Barone Guillaume Dupuytren, Professore della Facoltà di Medicina e Primario all'Hôtel-Dieu di Parigi. Nel 1817, al suo secondo anno d'università, dà inizio ad esperimenti e ricerche sull'estrazione di calcoli vescicali, avvalendosi dei risultati di un precedente lavoro del professore bavarese Franz von Gruithuisen, pubblicato nel 1813 senza però riscuotere alcun successo. Tre anni dopo, nel 1820, Civiale termina finalmente il dottorato e torna nella sua regione d'origine, dove lavora per alcuni anni presso l'Ospedale di Brioude finché uno sfortunato incidente in sala operatoria non lo costringe a lincenziarsi per tornare a Parigi. Intanto pubblica il trattato "" Nouvelles Considerations Sur La Retention D'Urine " (1823)" e conferma così il suo desiderio di specializzarsi nell'ambito urologico. Infine sempre in questo periodo lontano da Parigi sposa Marie-Dix-Aout Faugere.