Dunant soffriva di un eczema alla mano, che a volte gli impediva per giorni di scrivere, e aveva lo stomaco rovinato dalla scarsa e malsana alimentazione. Ma soprattutto, con gli anni, a causa delle delusioni e delle traversie, aveva sviluppato manie di persecuzione. Dunant si manteneva con la sola rendita dello zio David, ricevuta dal 1872. Più tardi a Heiden riceverà sussidi dalla Croce Rossa Svizzera, versandoli nella cassa di risparmio di Heiden, con l'idea di utilizzarli più tardi. Dal 1897 ricevette una rendita annuale disposta dall'imperatrice madre Marijaa Fëdorovna di Russia, che lo trarrà dallo stato di permanente ristrettezza in cui si era rinchiuso. Alla consegna del Premio Nobel per la pace, diede in beneficenza quasi l'intero premio. Morì povero in una stanza d'albergo nel 1910 e venne sepolto nel cimitero di Sihlfeld a Zurigo.