In particolare, circa il 50% dei malati che ha lesioni cutanee, le manifesta anche nel tratto gastro-intestinale. Di solito, nello stomaco e nel duodeno. Il sarcoma di Kaposi gastro-intestinale raramente causa disturbi (sintomatico) ma può determinare malassorbimento degli alimenti o ostruzione intestinale e, più raramente, emorragia.