In generale moclobemide è riportata avere un profilo di effetti collaterali e una tollerabilità molto buone, migliore a molti altri antidepressivi attualmente presenti sul mercato ed in uno studio è riportato che gli effetti collaterali da moclobemide sono "eccezionalmente bassi"; è inoltre uno dei pochi antidepressivi a non provocare effetti negativi sulla sfera sessuale, alcuni studi hanno indicato un miglioramento della stessa. Solo raramente possono verificarsi effetti collaterali da sospensione, specie se questa avviene bruscamente e da alti dosaggi, con sintomi simil influenzali che si risolvono spontaneamente entro qualche giorno.