La sindrome di Lujan-Fryns è ereditata in modo dominante legato all'X. Ciò significa che il gene difettoso responsabile del disturbo ("MED12") si trova sul cromosoma X e solo una copia del gene difettoso è sufficiente per causare il disturbo quando ereditato da un genitore che ha la patologia. I maschi sono normalmente emizigoti per il cromosoma X, avendone solo una copia. Di conseguenza, i disturbi dominanti legati all'X di solito mostrano una maggiore espressività nei maschi rispetto alle femmine. Si pensa che questo fenomeno si verifichi con la LFS.