La corretta diagnosi del LPO è sempre clinica ed istologica. La patologia infatti può assumere aspetti simili ad altre patologie del cavo orale (leucoplachia, cheratosi frizionali, hairy leucoplakia ecc. per le forme bianche; lupus, emangiomi, sarcoma di kaposi ecc. per le forme rosse), ma ha un aspetto istopatologico caratteristico.Il più delle volte il riscontro della malattia orale è casuale. È frequente che sia identificata accidentalmente in seguito a manovre auto-esplorative, nel corso di cure odontoiatriche, oppure durante la valutazione del cavo orale nei soggetti affetti da un lichen della cute.Durante la prima visita bisognerà raccogliere un'attenta anamnesi, indagando lo stato di salute, attuale e remoto, al fine di definire il profilo generale clinico e psicologico del paziente. La ricerca di patologie di rilievo sistemico come epatopatie croniche, cirrosi, diabete è significativa ai fini diagnostici e terapeutici, così come l'anamnesi farmacologica per evidenziare malattie o medicamenti potenzialmente correlabili con la comparsa del lichen o di lesioni lichenoidi. Durante l'anamnesi è doveroso intercettare la presenza di problemi psico-comportamentali o di forte carica emotiva o ansiosa del paziente. È anche importante conoscere il tipo di vita condotta dal paziente, soprattutto se è soggetto a stress derivanti dal lavoro o dall'ambiente familiare. Il dolore non sempre è avvertito dal paziente, in quanto dipende dalla forma clinica della lesione. I lichen "bianchi" (come il papulare, il reticolare e quello a placca) comunemente sono asintomatici oppure danno una sensazione di fastidio o ruvidezza (80% dei casi). I lichen "rossi" si manifestano con la formazione di atrofie ed erosioni, accompagnate da dolore e da limitazione funzionale. Il dolore è frequente soprattutto alla masticazione o dopo aver spazzolato i denti; si accompagna, in particolar modo con l'assunzione di cibi piccanti, al bruciore, che nel tipo erosivo può raggiungere una notevole intensità. Le lesioni hanno un andamento ciclico con alternanza di miglioramento e peggioramento sintomatologico spontanei. Il paziente spesso conferma che i sintomi dolorosi sono iniziati o si sono aggravati in concomitanza con lo scatenarsi di forti eventi stressanti, oppure che si sono ridotti di intensità in seguito a periodi di vita sereni.All'esame obiettivo si dovranno quindi prendere in analisi: la presenza delle lesioni caratteristiche del lichen esaminando accuratamente tutte le superfici mucose orali, ricordando che la localizzazione tende a essere bilaterale e multifocale;  l'eventuale coesistenza di lesioni cutanee (su avambracci, gambe, regione lombare o dorsale, e genitale);  la sede delle lesioni;  l'andamento ciclico della lesione, seguendo il paziente nel tempo.La diagnosi clinica provvisoria dovrà sempre essere seguita da un prelievo bioptico sul quale si eseguirà l'esame istologico. L'esame istomorfologico si avvale anche di metodiche come l'immunofluorescenza, valida soprattutto nei casi di lichen gengivali per formulare diagnosi differenziale con altre patologie autoimmuni in grado di dare forme di gengivite desquamativa (pemfigo, pemfigoide).L'esame all'immunofluorescenza diretta rivela, in preparati prelevati da lesioni di lichen orale, depositi di fibrinogeno a livello della membrana basale oppure di IgG nei corpi di Civatte. Sebbene questo reperto non sia patognomonico, perché è rilevabile anche in altre malattie bollose, serve però nei casi dubbi a dirimere la diagnosi.La triade istologica caratteristica che orienta la nostra diagnosi è la seguente:  Elevata infiltrazione cellulare (composta per la maggior parte da linfociti T e, in misura minore, da plasmacellule) del connettivo sotto epiteliale. L'infiltrazione linfocitaria offusca il limite epitelio-stromale e presenta un caratteristico aspetto a "banda" (band-like) eosinofila, con delimitazione netta verso la profondità. Si tratta prevalentemente di linfociti T attivati, per lo più CD8+, che presentano un atteggiamento aggressivo nei confronti dell'epitelio sovrastante.Microscopicamente è assimilabile a una reazione da ipersensibilità. Ipercheratosi o paracheratosi: si tratta di un'anomala cheratinizzazione con ispessimento dello strato corneo. Si parla di ipercheratosi o iperortocheratosi quando le cellule dello strato corneo, aumentato di spessore, non presentano il nucleo; si parla, invece, di paracheratosi quando in tali cellule il nucleo è ancora presente e visibile. Degenerazione idropica o vacuolare in alcune aree dello strato basale dell'epitelio: si tratta di un processo degenerativo in cui le cellule diventano vacuolizzate, separate e disorganizzate. Si ipotizza che possa essere provocata dalla flogosi da apoptosi.Esistono poi dei reperti che possono presentarsi nel LPO, ma sono tipici anche di altre alterazioni della mucosa orale, come lesioni da traumatismo cronico o altre patologie infiammatorie croniche:  Acantosi: si tratta di un'iperplasia dell'epitelio con ispessimento dello strato spinoso. Aspetto a denti di sega delle creste epiteliali. Un elevato numero di cellule di Langerhans intraepiteliali. La presenza di corpi eosinofili intraepiteliali (corpi di Civatte), che sono cheratinociti basali apoptotici. Un aumentato numero di apoptosi, specialmente in associazione con l'infiltrato linfocitario. Si tratta di alterazioni cellulari da morte programmata, che si rivelano con la presenza di corpi apoptotici (piccole formazioni rotondeggianti eosinofile contenenti detriti nucleari basofili). Positività all'immunofluorescenza per il fibrinogeno lungo la membrana basale.  Presenza con frequenza variabile di complemento e immunoglobuline.Affinché il prelievo possa essere letto correttamente dall'anatomo-patologo dobbiamo avere alcune accortezze, quali effettuare il prelievo su una papula o su una stria ed evitare le zone atrofiche ed erosive. Il pezzo bioptico dovrà inoltre essere prelevato in una zona di confine con la mucosa sana, al fine di facilitare la lettura dello stesso.