Il trattamento farmacologico prevede la somministrazione di lassativi per eliminare la tossina non ancora assorbita e di un'antitossina specifica di tipo A e di tipo B e di tipo E in un'unica dose. Va eseguita la profilassi dei parenti contaminati anche se asintomatici. L'antitossina esplica la sua azione legandosi alla tossina ancora in circolo, complessandola e rendendola inattiva. Quest'azione non è però retroattiva, nel senso che, i recettori già occupati dalla tossina non sono coinvolti, così che la capacità di guarigione dipende dalla rigenerazione delle terminazioni sinaptiche colpite.