Nel corso del trattamento la reazione avversa oculare più frequentemente riportata è stata la comparsa di arrossamento congiuntivale (circa il 2% dei pazienti). Altre reazioni indesiderate possibili e segnalate in soggetti trattati con besifloxacina sono state: cefalea, visione offuscata, dolore oculare, irritazione oculare e congiuntivale, prurito oculare.