La carriera di Jacobi come professore universitario iniziò nel 1861, quando divenne professore ordinario di Malattie dell'Età Pediatrica al New York Medical College, un ateneo privato. Dal 1867 al 1870 insegnò all'Università della Città di New York, dove aveva ottenuto una cattedra al Dipartimento di Medicina. Insegnò poi alla Columbia University dal 1870 al 1902. Al termine di questo periodo, iniziò a lavorare nel Mount Sinai Hospital di Manhattan.