Gli eventi trombotici dipendono dall'aggregazione e dalla degranulazione piastrinica conseguente ad attivazione del complemento e a liberazione di ADP da parte delle emazie lisate. Le trombosi sono soprattutto venose: nel caso in cui interessino le vene sovraepatiche si configura il quadro della sindrome di Budd-Chiari. Più raro è l'interessamento del SNC dovuto a trombosi del seno sagittale, che esordisce con cefalea e può progredire fino al coma e alla morte.