Si ritiene che la cefalea a grappolo interessi meno dello 0,5% della popolazione, anche se la sua prevalenza è difficile da stimare, poiché è spesso scambiata per una patologia sinusale. Tuttavia, secondo i dati esistenti, cefalea a grappolo hanno maggiori probabilità di verificarsi in uomini che donne, dato che la condizione tende a colpire 5 a 8 volte più uomini.