Le librerie a cDNA sono utili in genetica inversa, ma non devono essere confuse con le librerie genomiche, poiché non rappresentano l'intero genoma ma solo quella porzione di genoma che viene effettivamente espressa (in genere meno dell'1% del genoma). A parità di organismo di interesse, dunque, la grandezza di una libreria di cDNA è molto più ridotta di una libreria genomica: gli mRNA sono infatti solitamente frammenti di dimensioni ridotte (possono "alloggiare" comodamente in plasmidi o, in casi particolari, in fagi) e sono un numero tutto sommato contenuto (se ne stimano 25000 complessivi nell'uomo).