Grazie infatti alle loro proprietà idrofobe, gli agenti intercalanti sono in grado di inserirsi tra due basi azotate contigue lungo i filamenti della doppia elica. Quando la cellula inizia il suo ciclo replicativo e il punto in cui si è inserito l'agente intercalante viene raggiunto dalla DNA polimerasi, questa non lo distingue dalle basi azotate adiacenti e procede inserendo un nucleotide che si appaia con l'agente intercalante. Ciò provoca mutazioni genetiche di frameshift e di conseguenza prodotti genici non funzionali.