Le proteine sono un altro nutriente fondamentale da assumere nel "post-esercizio". Le proteine sono essenziali per innescare l'anabolismo muscolare indotto dall'esercizio. Esse forniscono gli aminoacidi, i quali vengono utilizzati per ricostruire i tessuti danneggiati, nonché fornire enzimi e proteine "carrier" (trasportatrici) necessarie per ciò che avvenga l'adattamento indotto dall'esercizio. Senza l'apporto di proteine, che forniscono gli amminoacidi essenziali per la sintesi proteica muscolare, la capacità del corpo di adattarsi all'attività fisica viene significativamente ridotta.