Anche il nuoto in piscina costituisce un fattore di rischio se le acque e i filtri della stessa non vengono puliti con accuratezza e regolarità: per prevenire la diffusione del Naegleria fowleri è fondamentale un'adeguata clorazione dell'acqua (in genere una concentrazione di cloro di 0,5 mg/l è un presidio profilattico sufficiente).