Le infezioni ospedaliere sono generalmente causate da microrganismi opportunistici, presenti nell'ambiente, che di solito non danno luogo ad infezioni, ma possono provocarle in pazienti immunodepressi (immunocompromessi) sia durante il ricovero sia dopo la dimissione, oppure da agenti patogeni che, selezionatisi in un ambiente dove si fa un uso elevato di antibiotici di vario tipo, acquisiscono particolare virulenza e resistenza ai trattamenti terapeutici, 