Gli antimalarici sono basi deboli lipofile e passano facilmente le membrane plasmatiche. Vengono accumulate nei lisosomi (vescicole citoplasmatiche acide) dove vengono protonate. Ciò aumenta il pH del lisosoma da 4 a 6. L'alterazione del pH provoca l'inibizione delle proteasi acide lisosomiali causando un ridotto effetto proteolitico. Un pH più elevato all'interno dei lisosomi provoca una riduzione della glicosilazione e secrezione di proteine con molte conseguenze immunologiche e non immunologiche. Si ritiene che questi effetti causino un ridotto funzionamento delle cellule immunitarie, della chemiotassi, la fagocitosi e la produzione di superossido da parte dei neutrofili.