Il dosaggio usuale è di 15 ml (1 cucchiaio da tavola) non diluito come clorexidina gluconato orale. I pazienti devono essere istruiti a non risciacquare dopo l'applicazione con acqua, o di altri collutori, ne devono spazzolare i denti, mangiare immediatamente dopo l'uso di clorexidina gluconato nel risciacquo orale. La clorexidina gluconato non va ingerita e deve quindi essere sempre sputata dopo il risciacquo.