L'espressione cambia anche durante la risposta immunitaria. Svariate citochine come IFN-α, IFN-β e IFN-γ inducono l'aumento di MHC di classe I in risposta ad agenti virali. IFN-γ è anche responsabile dell'aumento di MHC di classe II sui macrofagi. L'aumento di espressione di MHC-II può venire anche da stimoli di recettori specializzati per legare antigeni (Toll-Like Receptor e anticorpi per i linfociti B).