I disinfettanti per le mani senza alcol possono essere efficaci immediatamente sulla pelle, ma le soluzioni stesse possono essere contaminate perché l'alcol è un conservante in soluzione e senza di esso, la soluzione senza alcool stessa è suscettibile di contaminazione. Tuttavia, anche i disinfettanti per le mani contenenti alcol possono essere contaminati se il contenuto di alcol non è adeguatamente controllato o il disinfettante è gravemente contaminato da microrganismi durante la produzione. Nel giugno 2009, Clarcon Antimicrobial Hand Sanitizer senza alcol è stato ritirato dal mercato statunitense dalla FDA, che ha riscontrato che il prodotto conteneva una contaminazione grossolana di livelli estremamente elevati di vari batteri, compresi quelli che possono "causare infezioni opportunistiche della pelle e dei tessuti sottostanti e potrebbe richiedere cure mediche o chirurgiche e danni permanenti". La contaminazione grossolana di qualsiasi disinfettante per le mani da parte dei batteri durante la produzione comporta il fallimento dell'efficacia di tale disinfettante e la possibile infezione del sito di trattamento con gli organismi contaminanti.