L'epidemiologia della ciguatera inoltre mostra un andamento fortemente ritmico, sia stagionalmente sia in un ciclo pluriennale. Tipicamente in un'area fino allora esente dall'intossicazione incominciano a verificarsi pochi casi di ciguatera, dapprima legati a solo poche specie che tendono ad aumentare fino, dopo qualche anno, a coprire l'intera ittiofauna della regione. Dopo un periodo (che può durare anche anni) di tossicità generalizzata, le specie tossiche e i casi di avvelenamento incominciano a diminuire finché non si riducono a pochissimi pesci o scompaiono del tutto. Studi tesi a mostrare una correlazione tra la ciguatera e fattori ambientali e biologici marini non hanno portato ad alcun risultato.