Vi sono altre patologie associate; pur non sempre direttamente correlate alla celiachia, spesso chi ne soffre ha un rischio maggiore di essere celiaco; esse sono: diabete mellito di tipo 1, intolleranza al lattosio, tiroidite autoimmune, cirrosi biliare primaria, colite microscopica e altre quali: allergie, sindrome di Turner, sindrome di Down, sindrome di Williams, sindrome di Sjögren, artrite reumatoide, artrite psoriasica, fibromialgia, gastrite cronica atrofica autoimmune, vitiligine, alopecia areata, lupus eritematoso sistemico, malattia di Addison, sclerodermia, talune cardiopatie, ittiosi e orticaria.