Il farmaco è controindicato in persone con malattie cardiovascolari, con modificazioni anatomiche patologiche del pene (o con altre patologie che possono comportare un'erezione prolungata), con disfunzioni epatiche o renali. Precedentemente vi fu un ampio dibattito sulla pericolosità del sildenafil sul sistema cardiovascolare a seguito della segnalazione di decessi in persone in terapia con questo farmaco, sebbene non fosse possibile stabilire per tutte un nesso causativo tra l'evento avverso e il medicinale. Gli studi valutativi successivi non hanno evidenziato un aumento di decessi da cause cardiovascolari in persone facenti uso di sildenafil. Attualmente, si tende a considerare il sidenafil sicuro per quanto riguarda il sistema cardiovascolare. Tuttavia, persone con patologie a questo livello debbano effettuare uno "screening" valutativo molto accorto.