Quando il nuovo pellagrosario aprì nel 1905 la malattia aveva già superato il suo apice. La battaglia portata avanti da de Probizer non trovò comunque la condivisione di tutta la popolazione. Una parte di essa temette che il nome di Rovereto fosse associato negativamente alla pellagra. Inoltre i sussidi assegnati per la costruzione dei forni per il pane avevano danneggiato il giro di affari dei panificatori privati. De Probizer perse in seguito anche il sostegno del clero, così importante a causa della sua capillarità sul territorio e la promozione antipellagrosi, quando iniziò un dibattito pubblico sui giornali locali con padre Agostino Gemelli sulle cause della malattia. Quest'ultimo, in forte contrasto con Lombroso, sostenne in due conferenze tenutesi a Rovereto nel 1910 che la pellagra non fosse causata dal mais ma da un parassita. Lo scontro provocò un calo di popolarità di de Probizer anche davanti alle autorità provinciali di Innsbruck e ad un ridimensionamento del suo ruolo.