I test di amplificazione degli acidi nucleici sono i metodi più recenti per il rilevamento di "C. difficile". NAAT disponibili per identificare geni di "C. difficile" sono PCR "," real-time PCR "," e l'amplificazione del ciclo-mediata isotermica. Questi test rilevano vari bersagli all'interno del locus di patogenicità del genoma di "C. difficile" come tcdA, tcdB, tcdC e altri geni come 16S, "glu" D e il triose fosfato isomerasi.