Il MALT svolge un ruolo importante nella regolazione dell'immunità. Può essere sito di sviluppo per linfomi, di solito linfomi non-Hodgkin. Un tumore specifico per questi tessuti a livello della mucosa gastrica è rappresentata dal cosiddetto linfoma MALT, collegato ad infezioni a livello dello stomaco da parte del batterio "Helicobacter pylori".