Come nel caso di altri farmaci anticoagulanti i maggiori effetti indesiderati del trattamento con anisindione sono correlati al rischio di emorragia di tipo e gravità variabile. Particolarmente frequente l'epistassi e la microematuria. Con minore frequenza sono state segnalate emorragie vaginali o del tratto gastrointestinale (a partire dal sanguinamento delle gengive).