La stima del R0 presuppone che il numero di infezioni secondarie prodotte da un singolo caso non vari. In realtà alcuni agenti patogeni, come i virus, possono mutare e diventare più o meno contagiosi e/o pericolosi. Ci sono poi soggetti che sono "superinfettori" ed eventi di "super-propagazione," in cui un singolo soggetto, magari asintomatico, può infettare un grande numero di persone. 