Alcune prove indicano che i probiotici possono essere utili per prevenire infezioni e recidive. Il trattamento con "Saccharomyces boulardii" in coloro che non sono immunocompromessi con "C. difficile" può essere utile. Inizialmente, nel 2010, la Infectious Diseases Society of America ha raccomandato di non utilizzarlo a causa del rischio di complicanze. Recensioni successive, tuttavia, non hanno riscontrato un aumento degli effetti avversi con il trattamento, e il trattamento complessivo appare sicuro.