I batteri sono comunemente presenti sulla superficie cutanea (la pelle) e sulle mucose (le superfici che rivestono organi in comunicazione con l'esterno quali la bocca, il canale digerente, l'albero respiratorio superiore e l'apparato urogenitale) senza provocare danni, anzi la loro presenza è utile per lo svolgimento di alcune funzioni metaboliche e per le difese immunitarie. Questi sono chiamati commensali e il loro insieme è chiamato microbiota.