Per quanto sopra riportato si evince che la struttura di un gastroscopio è estremamente complessa e si compone di vari canali. Tra questi il "canale di insufflazione dell'aria" per la distensione del viscere; il "canale dell'acqua" per i lavaggi e la rimozione di particelle che ostacolano la visione; il "canale di aspirazione" di acqua, aria e materiale organico che spesso coincide con il "canale operativo" e i più moderni strumenti hanno anche un canale di lavaggio supplementare che dirige un preciso getto d'acqua per lavare una specifica zona della parete. Il tutto è controllato da apposite valvole di apertura/chiusura ("valvola aria/acqua"; "valvola aspirazione"; "ingresso del canale operativo") poste sull'impugnatura dello strumento. Lo strumento vero e proprio a sua volta è collegato tramite un cavo di connessione alla fonte di luce e al processore (nel caso di gastroscopi digitali), generalmente posizionati sulla cosiddetta "colonna endoscopica". Sulla colonna endoscopica in genere trovano alloggiamento anche il monitor (nel caso di gastroscopi digitali), un sistema di registrazione o una stampante, un'asta porta endoscopi, una pompa di lavaggio e a volte, quando l'ospedale è sprovvisto di aspirazione a muro, anche una pompa di aspirazione con il suo relativo contenitore,