I primi periodi nel nuovo ospedale furono critici, poiché rimase sconvolto dalle condizioni igieniche in cui versava il reparto: Â«al mio ingresso nell'Ospedale Maggiore le febbri di ogni genere erano così frequenti, che ne restai spaventatoÂ». Come prima iniziativa adottò la "medicazione antisettica Listeriana" con l'uso dello spray di soluzione di acido fenico, la quale, però, non era scevra di effetti dannosi anche verso tutti gli operatori chirurgici (eritemi e, in casi gravi, shock). Nell'iniziare la pratica della medicazione antisettica, obbligò il personale a non utilizzare più le vesti nere, rimpiazzandole con quelle bianche perché di facile lavaggio ad alte temperature per uccidere eventuali batteri presenti. Questa innovazione si diffuse ben presto in tutta Italia. Nell'anno scolastico 1894-1895 fu incaricato all'insegnamento di Clinica Chirurgica dell'Università di Modena; nell'accettare questo incarico non lasciò la direzione della prima sezione dell'Ospedale Maggiore, rimanendo così legato alla sua città natale. Sono stati questi primi anni a Modena quelli a maggiore attività fisica e intellettuale, costretto ad occuparsi dell'istruzione Clinica e dell'attività chirurgica in due ospedali importanti di due diverse città. Nel 1897 in occasione della millesima laparotomia eseguita dal Ruggi, il rettore lesse un telegramma del Ministro dell'Istruzione che lo nominava Professore Ordinario dell'Università di Modena, e, per questo, rinunciò alla direzione della sezione chirurgica dell'Ospedale di Bologna, ove vi ritornò all'età di 61 anni, come vincitore del concorso per la direzione della cattedra di Clinica Chirurgica. La commissione esaminatrice del concorso redasse, il 10 ottobre 1905, una encomiabile relazione al Ministro dell'Istruzione, in cui venivano sottolineate le doti umane e professionali dello stesso: