L'eliminazione di una dose dall'organismo avviene in gran parte attraverso le feci come farmaco immodificato oppure come metaboliti. Una quota minore, circa il 7-12% è escreta attraverso l'emuntorio renale e fino al 15% attraverso i polmoni. La roxitromicina oltrepassa la barriera placentare e viene secreta nel latte materno. Il composto non sembra attraversare la barriera ematoencefalica. L'antibiotico non sembra accumularsi nell'organismo, neanche dopo trattamenti prolungati.