"C. difficile" può stabilirsi nel colon umano: è presente nel 2-5% della popolazione adulta. Può essere isolato nell'80% delle feci dei bambini fino a 1 anno di età, colonizzazione favorita dall’immaturità della flora batterica intestinale. Per ragioni non del tutto chiarite, si sospetta che l'assenza dei recettori delle tossine negli enterociti immaturi del neonato e dell'infante non favoriscano la patogenicità del "C.difficile", fino a un anno di età la colonizzazione è frequentemente asintomatica anche in presenza di ceppi tossigenici.