Sviluppato da Eisai Medical Reserch con i nomi di ricerca E3810 e L307640, la richiesta presperimentale del nuovo farmaco venne presentata il 28 ottobre 1998. la richiesta per la sperimentazione finale venne presentata il 6 agosto 1999. Il 19 agosto 1999 il Rabeprazolo venne approvato negli Stati Uniti come farmaco con multipli effetti a livello gastro intestinale. L'approvazione dell'utilizzo nel trattamento sintomatico della sindrome da reflusso gastroesofageo fu il 12 febbraio 2002.