Al dottor Bonica si deve la collaborazione e il finanziamento per la stesura di oltre 60 libri e più di 270 articoli scientifici, due terzi dei quali devoluti alla ricerca e alla terapia del dolore. Ha scritto e pubblicato 28 libri. Tra questi, quelli considerati come i più importanti, in quanto ritenuti punti di riferimento per le rispettive specializzazioni mediche, sono "La terapia del dolore", di carattere enciclopedico, composto da tre volumi, il primo dei quali interamente scritto da John Bonica, e "Analgesia e anestesia ostetrica".