Haffkine studiò medicina (insieme a fondamenti di fisica, matematica e zoologia) all'Università di Odessa, conseguendo il dottorato nel 1884 e trovando poi lavoro presso il Museo Zoologico dell'ateneo. Tra i suoi compagni di studio figura il biologo e immunologo Il'ja Il'ič Mečnikov. Dopo aver elaborato alcuni saggi sulla fisiologia, Haffkine iniziò a lavorare prima all'Università di Basilea sotto la guida di Ugo Schiff, poi all'Università di Parigi sotto la guida di Louis Pasteur.