Nel 1769 pubblicò la sua terza opera fondamentale, il "De sedibus variolarum syntagma", un'indagine sul vaiolo: egli sosteneva che la sede fosse la cute esposta all'aria e che vi fosse la necessità di trovare rimedi specifici, rigettando per esempio la cura tradizionale dei bagni caldi. Descrisse la storia di persone di diverse condizioni sociali con il linguaggio oggettivo della scienza ma senza perdere di vista il lato umano dei malati. La parte più importante è il sostegno all'inoculazione che lo avrebbe portato, in seguito, ad appoggiare la vaccinazione jenneriana.