Von Siebold nacque il 19 marzo 1801, figlio del ginecologo Adam Elias von Siebold, a Würzburg, in Germania. Divenne medico nel 1826, docente di ostetricia nel 1827 a Berlino e professore in questo campo nel 1829 a Marburgo. Dal 1833 fino alla sua morte nel 1861, fu direttore della clinica ginecologica e ostetricia all'Università di Gottinga, succedendo a Caspar Julius Mende.