Con l'inizio della Grande Guerra Patriottica, furono organizzati rami ad Alma-Ata e Sverdlovsk, mentre un folto gruppo di specialisti fu trasferito a Kazan'. Nel 1945 viene riformato come "Istituto di epidemiologia, microbiologia e malattie infettive dell'Accademia sovietica delle scienze mediche" (), creato dall'unione di numerosi laboratori dell'Istituto di medicina sperimentale di tutta l'Unione () e dal dipartimento clinico dell'ospedale Botkin. 