Il vaccino esiste per i sierotipi A, C, Y e W135 e, di recente, anche per il B. Poiché la tipologia B contiene sulla membrana esterna del microrganismo acidi sialici che si trovano localizzati anche sulla membrana della cellula umana, l'immunizzazione si otteneva con un polisaccaride derivato dalla capsula, inoculato sottocute, ed era di breve durata: non più di 2 anni. La scarsa immunogenicità del polisaccaride B era da attribuire alla sua somiglianza molecolare a molecole di adesione delle cellule nervose umane, pertanto l'organismo umano non riconosceva il polisaccaride B come antigene vero e proprio. La copertura vaccinale contro il sierotipo B è disponibile anche in Italia dal 2014 (già approvata dal marzo dello stesso anno in diversi paesi europei) e in alcune regioni è stato messo a disposizione in modo gratuito.