Il teatro è opera dell'architetto Francesco Mazzarelli su indicazione dell'anatomista Giacinto Agnelli. Risale al XVIII secolo e si trova al piano terra del rinascimentale palazzo Paradiso in via delle Scienze 17, sede della biblioteca comunale Ariostea e in passato sede universitaria dell'ateneo ferrarese tra il 1567 e il 1963. Dal Cinquecento il teatro fu la sede definitiva dell'insegnamento anatomico, che si effettuava fin dal XV secolo inizialmente in strutture temporanee.