Tra le diverse ipotesi eziopatogenetiche delle coliche infantili, è stata proposta anche un'alterazione nella composizione della microflora intestinale.A questo scopo, Lehtonen ha condotto uno studio per dimostrare le eventuali differenze nella flora batterica, tra un gruppo di bambini sani ed un gruppo di bambini affetti da coliche. Sono stati raccolti campioni di feci dal gruppo con coliche sia durante il disturbo sia all'età di tre mesi e poi sono poi stati paragonati con campioni del gruppo di controllo, raccolti alla stessa età. I campioni di feci sono stati coltivati in diversi terreni di coltura ed è stata, inoltre, eseguita una cromatografia degli acidi grassi batterici per valutarne il profilo. I risultati non hanno dimostrato differenze significative tra i due gruppi di bambini, sia nel primo che nel secondo campione raccolto. Nel gruppo di lattanti con coliche si è evidenziata una maggior colonizzazione da parte di Clostridium difficile soltanto nel primo campione. All'analisi effettuata con la cromatografia gas-liquida si sono osservati profili degli acidi grassi simili nei due gruppi, in entrambi i campioni. E' stata tuttavia riscontrata una differenza tra lattanti sani e con coliche severe all'età di tre mesi. Tuttavia, la comparsa di tale differenza dopo la risoluzione dei sintomi ha suggerito che l'alterazione fosse la conseguenza delle coliche infantili e non la causa 152 .Più recentemente, è stato ipotizzato che i lattanti affetti da coliche siano meno frequentemente colonizzati, a livello intestinale, da batteri capaci di produrre metano a partire dall'idrogeno, infatti eliminano con le feci quantità inferiori di tale gas. Alla luce di questa nuova evidenza, l'impiego di probiotici a base di batteri metanogeni potrebbe rappresentare un approccio terapeutico efficace nel disturbo 125 .Differenze nella composizione della flora microbica intestinale tra lattanti sani e con coliche sono state osservate in uno studio condotto da Savino et al.: i bambini con coliche mostrano una minore prevalenza di lattobacilli rispetto ai controlli sani, in accordo con le precedenti osservazioni di Björkstén sui bambini atopici. Questi risultati sembrano avvalorare l'ipotesi eziopatogenetica secondo cui le coliche, specie quelle severe, sarebbero una precoce manifestazione clinica di allergia alimentare, instaurando un'importante correlazione fra le alterazioni della flora microbica intestinale e lo sviluppo di uno stato di atopia 154 .In un altro studio, è stata inoltre dimostrata la presenza di differenti pattern di lattobacilli intestinali nei lattanti sani e con coliche. Alcune specie -L. lactis e L. brevis -sono state riscontrate solo nei lattanti con coliche, mentre altre -L.acidophilussono state evidenziate solo nei lattanti sani 155 . Resta tuttavia da chiarire se le alterazioni riscontrate siano la causa o la conseguenza delle coliche.Infine, molto recentemente, è stato condotto uno studio prospettico randomizzato in cui si è osservata la maggiore efficacia della somministrazione del Lactobacillus reuteri nella risoluzione della sintomatologia dei lattanti affetti da coliche rispetto al simeticone. Questi risultati suggeriscono che la modulazione della flora microbica, promuovendo la crescita di specie batteriche bifidogene considerate universalmente benefiche ed una più rapida induzione dei meccanismi di tolleranza orale, potrebbe ridurre sensibilmente l'incidenza di tale disturbo 158 .