Ha conseguito il dottorato in medicina nel 1823 e in seguito è stato professore alla Charité di Parigi . Il leader dell'indipendenza portoricana, chirurgo e vincitore della Legione d'Onore, Ramón Emeterio Betances, era uno dei suoi studenti di spicco. Nel 1862 Bouillaud fu eletto presidente dell'Académie de Médecine e nel 1868 divenne membro dell'Académie des sciences . 