Nel 1775 entrarono a far parte dell'ospedale maggiore tre confraternite laiche e la nuova struttura assunse il nome odierno di ospedale Santa Maria della Misericordia. Nel 1782 su iniziativa dell'arcivescovo di Udine s'iniziò la costruzione della nuova sede ospedaliera nei pressi del chiostro dei francescani, il progetto fu affidato a Pietro Bianchi e traeva ispirazione dal progetto del Filarete per l'Ospedale Maggiore di Milano.