Anche la patologia malformativa dell'albero bronchiale è ben diagnosticabile usando l'HRCT. È possibile rilevare quindi eventuali ipoplasie polmonari, ipoplasie vascolari, malposizioni di bronchi o vasi, bronchi accessori, mancanza o sovrannumero di scissure (tipica scissura sovrannumeraria è quella della vena azygos che può dividere in 2 l'apice polmonare destro ed è dovuta ad anomala formazione di questa struttura venosa), sequestri polmonari (zone di polmone irrorate dal circolo sistemico, atelettasiche), la sindrome del polmone ipoplasico (dovuta a drenaggio venoso di parte del parenchima nel circolo venoso sistemico e caratterizzata da un'immagine radiopaca curva che si dirige verso il diaframma denominata "segno della scimitarra") e cisti bronchiali (caratterizzandone anche il contenuto e verificando che non sia presente un meccanismo "a valvola" di comunicazione con l'albero bronchiale, tipico delle cisti ipertese che dislocano il parenchima polmonare circostante).