L'esame può essere eseguito solo dopo una corretta preparazione allo stesso: la necessità di visualizzare le pareti rettali durante la proctoscopia impone che le stesse siano adeguatamente pulite. Per tale motivo il centro di endoscopia digestiva è tenuto a consegnare al paziente alcune precise istruzioni. In genere il giorno prima dell'esame il paziente deve eseguire un clistere con un litro di acqua tiepida o con altri appositi preparati acquistabili in farmacia. Questo clistere deve essere nuovamente eseguito poche ore prima dell'appuntamento fissato. 