Dal momento che la fluoroscopia fa uso di raggi X, una forma di radiazione ionizzante, tutti gli esami fluoroscopici costituiscono un potenziale rischio per la salute del paziente. Le dosi di radiazione assorbita dipendono principalmente dalla superficie esposta e dal tempo di svolgimento della procedura, in genere dai 20 ai 50 mGy/min. Il tempo di esposizione varia in funzione del tipo di esame fluoroscopico, ma sono documentati tempi di svolgimento fino a 75 minuti. A causa dei lunghi tempi di esposizione, oltre ai danni somatici stocastici (potenzialità cancerogena), sono emersi anche casi danni somatici deterministici che vanno da comuni eritemi a ustioni da radiazione più gravi.