Verso fine aprile 1945, la guerra era definitivamente conclusa in Italia e quasi immediatamente vennero distrutti oppure modificati molti simboli del precedente regime fascista. Fra questi venne smantellata la scritta "Istituto Medico Chirurgico XXVIII Ottobre" che troneggiava sul frontone dell'ingresso dell'ospedale, per essere sostituita con quella di "Ospedale dei Tranvieri Luigi Resnati"; tutto il personale dell'Istituto venne messo sotto inchiesta, primo fra tutti il suo direttore Vito Massarotti che era iscritto al partito fascista sin dall'8 settembre 1922. Il Governo Militare Alleato lo accusò di aver ottenuto la nomina a Ispettore medico-fiscale per meriti fascisti, di aver vantato i propri meriti e richiesto la qualifica di squadrista per proporre avanzamenti, di aver licenziato i medici non iscritti al P.N.F., di essere stato fra i primi a licenziare i medici ebrei, di aver imposto il saluto fascista persino a suore e sacerdoti, di aver richiesto la presenza di Achille Starace, alto gerarca fascista, per l'inaugurazione dell'Ospedale dei Tranvieri proponendo il nome XXVIII Ottobre, di aver segnalato e fatto licenziare un ammalato perché portava un tatuaggio a forma di falce e martello. Vito Massarotti, consapevole di avere agito sempre in buona fede, prestato soccorso e conforto, si vide precipitare addosso una serie di accuse ingiuste ed infondate, dalle quali riuscì con fatica a riprendersi. Grazie all'aiuto delle figlie riprese ad esercitare la libera professione e la consulenza neuropsichiatrica.