Tuttavia l'amiodarone ha anche un'intrinseca capacità di condizionare altri fenomeni biochimici. È infatti capace di bloccare i canali per il sodio (classe Ia), del calcio e fungere da betabloccante (classe II). Non di meno, prove in vitro indicano che può anche condizionare l'attività di alcune protein chinasi calcio/fosfolipide-dipendenti (PKCs), della fosfolipasi A2 e della sfingomielinasi neutra.