Dopo somministrazione per via orale la piridostigmina viene assorbita scarsamente e in modo variabile dal tratto gastrointestinale. La biodisponibilità oscilla tra il 10% e il 20%. In seguito alla somministrazione orale di 60 mg di farmaco, la concentrazione plasmatica di picco, pari a 40-60 µg/l, si raggiunge entro 1-2 ore. L'ingestione concomitante di cibo prolunga il tempo di raggiungimento del picco di ulteriori 90 minuti senza però che si verifichi un'alterazione dell'area sottesa alla curva (AUC). Alcuni studi hanno evidenziato dei picchi di concentrazione plasmatica secondari. Esistono due teorie per spiegare questo fenomeno: la prima consiste nella possibilità che la piridostigmina formi coppie ioniche con componenti intestinali come le mucine o i sali biliari e che queste vengano assorbite in seguito grazie alla loro elevata lipofilia; la seconda prende in considerazione l'instaurarsi di un eventuale circolo enteroepatico.