Il fluido cerebrospinale occupa anche il sistema ventricolare del cervello e il canale midollare del midollo spinale. È un primo esempio della separazione delle funzioni cerebrali da quelle del resto del corpo, dal momento che tutto il CSF viene generato localmente nel cervello. Viene prodotto dai plessi coroidei che sono formati da cellule ependimali specializzate. I plessi coroidei si trovano lungo la fessura coroidea dei ventricoli laterali, lungo la linea nota come fimbria/fornice, e lungo i ventricoli terzo e quarto nella zona della loro volta. Il liquido cerebrospinale formato dai plessi coroidei nei ventricoli, circola attraverso i due forami interventricolari destro e sinistro (forami di Monro) all'interno del terzo ventricolo cerebrale e attraverso il dotto mesencefalico (acquedotto di Silvio) nel quarto ventricolo cerebrale, da dove questo fuoriesce (nei pressi del cervelletto) attraverso due aperture laterali, destra e sinistra (fori laterali di Luschka), e un'apertura mediana (forame di Magendie). In seguito fluisce attraverso la cisterna cerebro-medullare fino a circondare tutto la corda del midollo spinale e a lambire e proteggere gli emisferi cerebrali. In seguito procede per scaricarsi nel sistema venoso attraverso le granulazioni del Pacchioni.