La diagnosi viene effettuata mediante esame, in ambulatorio o in anestesia. La fistola può essere esplorata usando una sonda per fistola (uno strumento stretto). In questo modo, potrebbe essere possibile trovare entrambe le aperture. L'esame può essere un'anoscopia. La diagnosi può essere aiutata eseguendo un fistulogramma, una proctoscopia e/o una sigmoidoscopia.