Il 17 febbraio 1799 fu arrestato per aver partecipato ai moti antiborbonici ed aver stilato le istruzioni per l'elezione dei deputati per il Parlamento repubblicano; fu liberato il 22 settembre 1800, ma con divieto di vivere in città. Dovette dunque, far ritorno a Napoli, dove al fianco di un suo vecchio maestro, il prof. Troja, iniziò i suoi studi e la sua opera per la diffusione del vaccino contro il vaiolo all'interno del Regno di Napoli.