Caratteristica della nefropatia da reflusso è la presenza di lesioni macroscopiche, visibili cioè ad occhio nudo, molto evidenti, mentre le alterazioni istologiche, osservabili al microscopio ottico, sono poco specifiche. I reni affetti hanno generalmente aspetto irregolare e asimmetrico (a differenza di quanto accade nelle glomerulonefriti croniche, nelle quali la cicatrizzazione dei reni è uniforme e simmetrica). Le cicatrici, grossolane, si formano nella zona di confine tra corticale e midollare renale; possono essere singole o multiple, localizzate in un solo rene o in entrambi. I calici appaiono spesso dilatati e deformati.