Nel 1874 venne stipulato dall'allora Presidente Francesco Rizzoli un accordo con il Municipio di Bologna. Secondo l’accordo la Biblioteca Comunale avrebbe accolto ciò che la Società vi avrebbe depositato provvedendo anche ad un impiegato per la catalogazione e consultazione che i Soci avrebbero richiesto. L’unica eccezione nell’accordo era costituita dalle riviste, che rappresentavano un preziosissimo patrimonio per la Società. In seguito a numerosi problemi riguardo alla gestione dei dipendenti della Biblioteca Comunale e dello spazio rimanente all’interno della Biblioteca della Società, che era sempre più ridotto, si arrivò ad un nuovo accordo.