Il farmaco è controindicato nei soggetti con ipersensibilità nota al principio attivo, a valganciclovir oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti utilizzati nella forma farmaceutica. Aciclovir e valaciclovir presentano una stretta somiglianza di struttura chimica con ganciclovir. Per questo motivo si deve tenere presente la possibilità di una reazione di ipersensibilità crociata con queste molecole.