Prende il nome da Louis Pasteur, fondatore e primo direttore, che mise a punto il primo vaccino contro la rabbia nel 1885. L'istituto è stato fondato il 4 giugno 1887, grazie ad una sottoscrizione internazionale, ed è stato inaugurato il 14 novembre 1888. La sede principale è a Parigi. L'attuale direttore generale è Christian Bréchot. È stato a lungo il più importante istituto per lo studio delle malattie infettive, conservando un'elevata attività nella ricerca e nella formazione, 