Le tecniche più utilizzate per lo studio del mobiloma sono: l’ultracentrifugazione a gradiente di cloruro di cesio etidio bromuro (CsCl-EB), la derivazione bioinformatica di contig/geni correlati a plasmidi, il Transposon Aided Capture (TRACA), e la degradazione di DNA lineare con esonucleasi seguito da Multiple Displacement Amplification (MDA).