Durante gli anni del fascismo in Ungheria, Szent-Györgyi aiutò alcuni suoi amici ebrei a scappare dal paese, e si unì al movimento della resistenza ungherese. Nonostante l'Ungheria fosse alleata con i paesi dell'Asse, il primo ministro ungherese Miklós Kállay spedì Szent-Györgyi al Cairo nel 1944 sotto una scusa scientifica, per iniziare una negoziazione segreta con gli Alleati. I tedeschi ben presto scoprirono il suo gioco e lo stesso Adolf Hitler ordinò il suo arresto. Ma lui scappò dagli arresti domiciliari e spese gli anni 1944-45 come fuggitivo dalla "Gestapo".