Erdosteina è stabile ad idrolisi in ambiente acido quindi non ha un effetto diretto sulla mucosa gastrica, il che implica un profilo di sicurezza molto elevato. Tra gli effetti avversi più comuni si segnalano cefalea, alterazione del gusto, nausea, vomito, diarrea, dolore addominale epigastrico, comparsa di eritema e rash cutaneo, orticaria, eczema.