Molte e notevoli per importanza ed originalità del contenuto sono le opere che Scarpa diede alle stampe. Il suo lavoro nel campo dell'anatomia fu tanto rilevante, che diverse parti del corpo umano prendono ancora oggi il suo nome nella nomenclatura medica internazionale. L'anatomia sviluppata da Scarpa a Pavia non fu fine a sé stessa, ma a base e servizio della fisiologia e della chirurgia.