Solitamente gli analizzatori automatici vengono caricati con provette contenenti il campione, da cui prelevano una aliquota usata per il processo di analisi, e conservato in una cuvette di reazione. Il protocollo prevede spesso l'aggiunta di uno o più reagenti, una fase di incubazione, la misura vera e propria e la conversione del risultato in unità metriche.