Questa teoria suppone che gli autoanticorpi che prendono di mira il cervello o elementi che compongono il metabolismo del cervello possono provocare l'autismo. È strettamente collegata alla teoria delle infezioni materne, tranne per il fatto che stabilisce che l'effetto sia causato dagli anticorpi dello stesso individuo, probabilmente a causa di un agente ambientale che colpisce dopo la nascita. È anche collegata alle molte altre cause ipotizzate; ad esempio, si pensa che le infezioni virali provochino l'autismo attraverso un meccanismo autoimmune.