Nicolò d'Alfonso mai volle aderire ad alcuna corrente filosofica e politica, e fu fortemente avversato dal ministro della Pubblica Istruzione Giovanni Gentile,che decise di mandarlo anzitempo in pensione con un provvedimento "ad personam:" si trattava del Regio Decreto n. 736 del 13 marzo 1923, all'interno della Riforma Gentile, che anticipava, per i soli professori del Magistero, il collocamento a riposo al compimento del settantesimo anno anziché al settantacinquesimo, come per gli altri docenti universitari. Il suo posto fu immediatamente occupato da Giuseppe Lombardo Radice, amico e allievo prediletto di Gentile. Anche Benedetto Croce intervenne nella vicenda in favore di d'Alfonso, chiedendo a Gentile una deroga a tale decreto, ottenendo però risposta negativa.