Il nafarelin trova applicazione nelle endometriosi genitali ed extragenitali (dal I al IV stadio). Il farmaco è efficace nel ridurre la sintomatologia dolorosa, le dimensioni dell'utero e il numero delle lesioni dell'endometrio. L'esperienza clinica relativa al trattamento delle endometriosi è limitata a donne con più di 18 anni. La durata del trattamento non deve superare i 6 mesi e non è perciò consigliato intraprendere una seconda cura con nafarelina o altri analoghi del GnRH.