La daptomicina ha un meccanismo di azione differenziato, che si basa sull'interruzione di molti aspetti funzionali diversi della membrana cellulare batterica. Sembra che si leghi alla membrana e causi una rapida depolarizzazione, provocando la perdita del potenziale di membrana. Si inibisce così la sintesi di proteine, DNA e RNA, provocando la morte della cellula batterica.