Qui, con il suo trattato "De morbo gallico", che aveva elaborato e discusso nel 1497 (ma verrà pubblicato solo nel 1509 all'interno di un codice miscellaneo), prese parte alla cosiddetta "disputa di Ferrara", contrapponendosi alle tesi del Leoniceno. Questi, infatti, aveva avviato il dibattito sulla sifilide, affermando che fosse una malattia sconosciuta, mentre l'Aquilano ne sosteneva la coincidenza con la già nota "elefantiasi" di Galeno, proponendo peraltro, come cura per le malattie veneree, l'uso del mercurio.