Nel 1896 Kaufmann divenne procuratore presso l'"Allerheiligenhospital" di Breslavia e professore nel 1897. Nel 1898 divenne professore di patologia e patologia anatomica e direttore dell'Istituto anatomico patologico dell'Università di Basilea. Kaufmann si trasferì nel 1907 a Gottinga e alla fine si ritirò dal lavoro nel 1927.