Joseph Antoine François Broussais nacque il 17 dicembre a Saint-Malo, sulla costa della Bretagna, e lì trascorse la sua infanzia. Figlio di un chirurgo, studiò presso il College di Cardelliers a Dinan, dove fu suo compagno di studi lo scrittore romantico François-René de Chateaubriand, che nelle sue memorie ricordò felicemente Broussais. Nel 1792, avendo ereditato dal padre non solo la passione medica ma anche gli ideali rivoluzionari, interruppe gli studi per arruolarsi nell'esercito repubblicano per combattere contro gli Chouan fino al 1794. Tornato dalla guerra studiò medicina presso l'Hôtel-Dieu e la scuola di chirurgia a Brest. Dopo aver svolto il ruolo di secondo chirurgo su una fregata per tre anni (1795-1798), per risparmiare il denaro necessario per l'università, si trasferì a Parigi dove iniziò gli studi alla Ecole de Santè. Seguì i corsi di François Chaussier, professore di anatomia e fisiologia, e di Philippe Pinel, professore di medicina, di cui criticò molte teorie definendolo un ""ontologo". Egli, inoltre, seguì lezioni private di Marie François Xavier Bichat, di cui divenne profondo estimatore ed amico. Nel 1802 si laureò con una tesi sulle "febbri essenziali"". Non riscuotendo molto successo la sua pratica di medico, su consiglio di René-Nicolas Dufriche Desgenettes, si arruolò nella Grande Armata di Napoleone come medico militare nel 1803. Quest'evento gli diede la possibilità di collezionare negli ospedali da campo molte esperienze che confluirono nella pubblicazione del suo primo libro "Histoire des phlegmasies ou inflammations chroniques" nel 1808.