Secondo le indicazione degli Istituti Sanitari Nazionali statunitensi, in caso di compresenza di malattia di Lyme e altre coinfezioni da zecche e malattie autoimmuni, è necessario curare prima l'infezione o le coinfezioni e poi procedere alla cura delle malattie autoimmuni, onde evitare un molto probabile evento di sepsi fatale per il paziente. Inoltre la patologia autoimmune sottostante potrebbe spontaneamente regredire dopo trattamento antibiotico. Generalmente la terapia antibiotica appropriata dà ottimi risultati qualunque sia la fase in cui viene incominciato il trattamento antibiotico. Come in qualsiasi malattia, più precoce è la diagnosi, più rapida sarà la ripresa. Nella fase tardiva non trattata e trascurata per anni sarà necessario ripetere più cicli di terapia antibiotica per via endovenosa. Esiti marcatamente invalidanti si possono riscontrare in caso di equivoco della malattia con altre malattie autoimmuni che hanno comportato somministrazione di immunosoppressori. In tali casi la malattia diviene irrimediabilmente cronica e con effetti devastanti.