L'amebiasi è provocata da un protozoo parassita (che vive a spese dell'individuo ospite), l'Entamoeba histolytica (E. histolytica). Il suo nome, histolytica, deriva dal greco e significa “distruttore di tessuti”. Appartiene al genere Entamoeba, di cui si conoscono altre 3 specie (E. dispar, E. moshkovskii e E. bangladeshi) indistinguibili da E. histolytica quando si osservano al microscopio. Esse però causano infezioni che non provocano disturbi (asintomatiche).