Oltre all'ipertiroidismo l'eccesso di iodio può provocare anche un ipotiroidismo. Mentre l'ipotiroidismo iodio-indotto è poco frequente nei pazienti con una normale morfologia e funzionalità tiroidea prima dell'esposizione all'eccesso di iodio, la sua incidenza aumenta nei pazienti che hanno già una sottostante patologia tiroidea, seppur essa sia in compenso metabolico. Ovviamente l'ipotiroidismo scompare alla sospensione dell'eccessivo intake di iodio.È quindi necessario trattare le due situazioni separatamente.