La colite fulminante si verifica approssimativamente nel 3% dei pazienti con CDI ed è responsabile della maggior parte delle complicanze gravi tra cui megacolon tossico, ileo, perforazione intestinale, sepsi, ileo prolungato e morte. Un aumento significativo della colite fulminante negli ultimi anni è associato a un ceppo ipervirulento di "C. difficile" (ribotipo 027) che provoca lo sviluppo di sintomi, insufficienza multiorgano e aumento della mortalità. Inoltre, diversi studi hanno riportato l'importanza dell'infezione da "C. difficile" nella malattia infiammatoria intestinale (IBD). L'IBD potrebbe rappresentare una sfida clinica a causa di alcuni sintomi simili a quelli della CDI, anche in assenza di recente somministrazione di antibiotici. È stato anche segnalato che "C. difficile" è coinvolto nell'esacerbazione della colite ulcerosa. È necessario valutare regolarmente il "C. difficile" nei pazienti con IBD grave, soprattutto prima di iniziare un'ulteriore terapia immunosoppressiva. Tuttavia, il rilevamento di "C. difficile" in pazienti che soffrono di colite ulcerosa è molto difficile a causa dell'ampio spettro di malattie.