Il 1º ottobre 1943 Faretra fu fatto prigioniero dai tedeschi i quali lo trasportarono nel campo di concentramento di Hemer, nel nord ovest della Germania e fu nominato Direttore dell'Infermeria italiana dello Stalag VI A, principale centro di prigionia germanico, costruito nel 1939. In questa situazione, grazie alla sua attività di medico, riuscì a salvare, con accorgimenti astuti, moltissimi prigionieri, rischiando la sua stessa vita. Faretra redasse una dichiarazione riguardante il suo operato durante l'internamento nel campo di prigionia, nella quale descrisse le condizioni dei prigionieri all'interno dello Stalag di Hemer, i gruppi di lavoro ai quali ciascuno di loro veniva assegnato e i periodi di degenza dei ricoverati, la cui durata dipendeva dalle malattie da cui erano affetti. Nella stessa dichiarazione, affermò di aver modificato le cartelle cliniche dei prigionieri, inserendovi inesistenti successioni morbose oppure inviando le urine di coloro che erano affetti da malattie per le quali si prevedeva il prolungamento del periodo di degenza del ricoverato, sotto i nomi di coloro che non erano affetti da alcuna malattia. Inoltre, egli riusciva a fare in modo che i prigionieri, in condizioni fisiche peggiori, venissero assegnati dall'Ufficiale Medico tedesco al gruppo di lavoro che prevedeva lo svolgimento di lavori agricoli, meno massacranti rispetto al lavoro nelle miniere di carbone oppure nelle industrie pesanti e leggere. Queste tattiche servirono a trattenere nell'ospedale del campo, il più a lungo possibile, i prigionieri ammalati, rinviando il loro avvio ai lavori forzati e alla morte nelle camere a gas. Il 3 settembre 1944 Faretra fu denunciato alla Gestapo per aver fatto propaganda antitedesca e per aver provocato il fallimento della richiesta di collaborazione volontaria avanzata dai tedeschi ai militari italiani ricoverati nell'infermeria da lui diretta. Verso la conclusione della sua dichiarazione Faretra scrisse: «Da quanto sopra esposto e da altri innumeri episodi che in questo momento non mi sovvengono alla memoria ritengo che con la mia opera di patriottismo riuscii a sottrarre alla Germania nazista migliaia e migliaia di giornate lavorative per la sua industria pesante e a restituire all'Italia centinaia di italiani che forse non sarebbero più tornati.». Da questa testimonianza si evince la figura umana di Faretra che ha rischiato la propria vita per difendere la dignità dei suoi connazionali fatti prigionieri e la sua fede, intesa come volontà di porre la sua persona al servizio del prossimo.