Uno degli effetti collaterali più gravi dell'idrossiclorochina è la retinopatia (generalmente dovuta all'uso cronico). Pazienti che assumono 400 mg di idrossiclorochina o meno al giorno hanno un rischio trascurabile di tossicità maculare, mentre il rischio aumenta quando il paziente assume il farmaco per oltre 5 anni o ha una dose cumulativa superiore a 1000 grammi. La dose massima giornaliera sicura per gli occhi può essere calcolata in base all'altezza e al peso. La tossicità maculare è correlata alla dose cumulativa piuttosto che alla dose giornaliera. Quando ci sono dei fattori di rischio si effettuano degli screening oculari regolari, anche in assenza di sintomi visivi.