Tet-2 è localizzato in una tasca idrofobica di S4 ed è il solo sito di legame della tetraciclina non coinvolto nell'interazione con l'rRNA 16S "(N.B. nei batteri, a seconda del coeff. di sedimentazione, si ha: rRNA 23S, 16S e 5S)" . Questa tasca di legame è formata da un motivo elica-loop-elica (residui 78-98 e 185-192); Arg 187 e Lys85, che non sono coinvolte nell'interazione con l'RNA, chiudono la tasca di legame dal lato idrofilico delle tetracicline.