Il danno primario determina il deficit neurologico del paziente all'ammissione in Ospedale, e per questo è considerato il maggior indicatore prognostico. È la conseguenza dei meccanismi di carico acuto sulla colonna vertebrale già descritti, che comporta a livello microscopico la morte di neuroni (con perdita delle connessioni funzionali che si traduce clinicamente in danno da denervazione), oligodendrociti, astrociti e precursori cellulari. Ne risulta una cavità, inizialmente cistica, che può interrompere gli assoni ascendenti e discendenti; la sostanza bianca circostante è però spesso risparmiata in caso di contusione.