L'accertamento (diagnosi) di epatite E richiede, comunque, la presenza nel sangue degli anticorpi contro l'HEV. In particolare, gli anticorpi della classe IgM indicano un'infezione in corso mentre quelli della classe IgG possono essere presenti nella fase acuta o a distanza di mesi o anni dalla guarigione. Esiste inoltre un esame molecolare, detto test RT-PCR, per il riscontro dell'RNA virale nel sangue.