La forma cronica si manifesta dopo i primi 100 giorni dal trapianto e può far seguito alla forma acuta o insorgere indipendentemente da essa. Può interessare le stesse zone della forma acuta ma, di solito, la sua estensione è diffusa a quasi tutti gli organi e apparati (cute, occhi, mucosa della bocca o dell’esofago, fegato, polmone, apparato neuromuscolare, intestino); può assumere le caratteristiche della sclerodermia, della cirrosi biliare o della bronchiolite obliterante. In base alla compromissione degli organi la forma cronica può essere limitata o estesa.