Il trapianto di fegato, con un fegato sano proveniente da un donatore, è l'unico trattamento risolutivo per la colangite sclerosante primaria ed è riservato alle persone con insufficienza epatica o altre gravi complicazioni. Sebbene non sia comune, è possibile che la colangite sclerosante primitiva si presenti anche nel fegato trapiantato.