L'UVGI è un metodo molto efficace per distruggere i microorganismi. L'efficacia dipende da molti fattori: la quantità di tempo di esposizione, le variazioni di potenza della sorgente UV che influisce sulla lunghezza d'onda elettromagnetica, la presenza di particelle che possono proteggere i microorganismi dall'UV e la capacità dei microorganismi di resistere alla radiazione durante l'esposizione. In molti sistemi l'efficacia è aumentata dalla circolazione ripetuta dell'acqua o dell'aria, per aumentare la probabilità che la radiazione ultravioletta colpisca i microorganismi e per irradiarli più volte.