La natura degli effetti collaterali dipende dall'organo trattato, da frazionamento, tasso di dose, tempo totale di trattamento, intervalli nel trattamento, volume irradiato, tipo di tecnica utilizzata. Ogni individuo può presentare delle reazioni proprie, rispetto alla quantità di dose assorbita; inoltre trattamenti successivi su stessi siti trattati in precedenza possono causare particolari problemi: ogni tessuto presenta una tolleranza massima alla radiazione, quindi trattare in periodi diversi dei tessuti, organi o apparati che hanno ricevuto la massima dose anche anni prima può causare vari problemi come effetti collaterali a lungo termine anche a distanza di diversi anni.