Non esiste trattamento risolutivo per la sindrome di Waardenburg. È consigliata l'applicazione di filtri solari per evitare ustioni alle aree depigmentate. Sono possibili trapianti autologhi di pelle non depigmentata o di melanociti con finalità estetiche. Nelle forme a perdita progressiva dell'udito vanno effettuati audiogrammi periodici e possono beneficiare di un impianto cocleare. L'eventuale labioschisi può essere corretta chirurgicamente. Altre anomalie richiedono un trattamento sintomatico.