Visti i risultati contrastanti e spesso contraddittori degli esami fisici di Céspedes, la sessualità e il genere del chirurgo è oggetto di dibattito tra gli storici. Secondo alcuni Céspedes poteva essere intersessuale, transessuale o un uomo che soffriva di ipospadia. Secondo altri invece sarebbe stata una donna lesbica che si vestiva da uomo per poter guadagnare maggiori libertà sociali oppure essere stato un uomo transgener che usava un presunto ermafroditismo per giustificare una disforia di genere di cui non si conosceva ancora la diagnosi.