Anche a livello midollare risulta un esame fondamentale, in grado di distinguere il midollo spinale, i suoi involucri meningei e gli spazi liquorali. V'è un maggior ricorso all'uso del mezzo di contrasto e risulta fondamentale nelòla valutazione delle malformazioni vertebro-midollari o vascolari, delle compressioni midollari o radicolari secondarie a processi espansivi o erniazioni discali.