Clinicamente gli ECM vengono indagati dopo un episodio acuto di emergenza metabolica, che compare dopo un periodo asintomatico. Nel neonato si manifesta generalmente in seconda giornata di vita in seguito a sintomi clinici simili a quelli provocati da una normale intossicazione. Tale situazione diventa ingestibile e peggiora in modo ingravescente nell'arco di poche ore dai primi prodromi clinici, sebbene gli esami di laboratorio e altre indagini di routine siano perfettamente nella norma. 