L'uso dello zuclopentixolo è controindicato in caso di intossicazioni acute da alcool, barbiturici e oppiacei, stati comatosi, malattie renali, epatiche o cardiovascolari in stato avanzato. Controindicazioni relative sono rappresentate da psicosi apatiche e la malattia di Parkinson. Come per altri farmaci antipsicotici la somministrazione deve essere effettuata con estrema cautela nei pazienti epilettici.