Molti batteri anaerobi sono naturalmente resistenti alla gentamicina. "Streptococcus" ed "Enterococcus", in virtù della selezione operata da parete-membrana, sono poco sensibili all'azione della gentamicina. La resistenza nei ceppi di "Staphylococcus" non è rara e consiste nella selezione di batteri mutanti con alterata permeabilità della membrana cellulare.