La permanenza del lattosio nell'intestino ne determina l'utilizzo da parte del microbiota umano che ne provoca la fermentazione (da questo processo si ha una grande produzione di gas e acidi organici) ed essendo il lattosio una sostanza osmoticamente attiva, richiama nel colon acqua e sodio impedendo la formazione delle feci solide. L'intolleranza al lattosio si manifesta, quindi, con flatulenza, meteorismo, crampi addominali, diarrea e dimagrimento. In caso di difformità intestinali i sintomi possono trarre in inganno e oltre alla flatulenza, meteorismo e crampi addominali si possono avere diarrea e stitichezza alternati e un forte aumento delle dimensioni del ventre.