Il virus dell'epatite B (HBV) è un virus a DNA appartenente alla famiglia degli Hepadnavirus.Il virione completo o particella di Dane è una particella sferica di 42 nm di diametro costituita da un involucro esterno lipoproteico (envelope) dove sono localizzate le proteine HBsAg, pre-S1 e pre-S2 e da un nucleocapside interno contenente l'antigene core (HBcAg).Il nucleocapside racchiude il genoma virale rappresentato da una molecola di DNA circolare a doppio filamento di lunghezza pari a 3200 nucleotidi e la DNApolimerasi virus-specifica.Inoltre in fase di replicazione viene prodotta una proteina non strutturale, secreta in circolo, denominata HBeAg.Durante la sintesi del virione le proteine dell'envelope vengono prodotte in eccesso, da 100 a 1000 volte, rispetto alle particelle di Dane e circolano nel sangue sotto forma di strutture sferiche di 22 nm e di filamenti.Questi virioni incompleti non sono infettivi in quanto privi del core.Nel genoma virale sono stati identificati quattro geni, in parte sovrapposti, che regolano la sintesi degli antigeni virali: il gene S per le proteine dell'envelope (HBsAg, pre-S1, pre-S2); il gene C per l'HBcAg e l'HBeAg; il gene P per la DNA polimerasi/transcriptasi inversa;  il gene X per la proteina X con funzioni regolatorie sull'espressione dei geni virali.Pur essendo un virus a DNA l'HBV replica tramite un RNA intermedio, prevalentemente all'interno degli epatociti.In corso d'infezione il virus B fonde il suo mantello lipidico con la membrana cellulare e rilascia il nucleocapside nel citoplasma. Dopo l'ingresso l'acido nucleico circolare migra nel nucleo dove le polimerasi dell'ospite e del virus riparano il genoma in una forma covalente circolare (cccDNA).Il cccDNA funge da matrice per la trascrizione dell'RNA pre-genomico e dell'RNA messaggero tramite una transcriptasi inversa. I diversi RNA virali migrano nel citoplasma dove l'RNA messaggero regola la sintesi di proteine virali (proteine del core e DNA polimerasi) le quali, dopo encapsidazione con l'RNA pre-genomico, permettono la retro-trascrizione in DNA ad opera della DNA polimerasi e della transcriptasi inversa.Una volta completata la replicazione il nucleocapside virale interagisce con le proteine dell'envelope nel reticolo endoplasmatico formando virioni maturi che vengono secreti dalle cellule.Particelle di nucleocapside possono però anche essere trasportate nuovamente nel nucleo dove riforniscono il pool di cccDNA [1,2].Questa caratteristica strategia replicativa rende ragione della elevata frequenza di mutazioni introdotte ad ogni ciclo di replicazione (10ֿ 5 sostituzioni/base/ciclo con 10 10-11 mutazioni puntiformi prodotte giornalmente in individui con elevata replicazione), della simultanea presenza in ciascun individuo infetto di molteplici varianti virali e della possibile presenza nei nuclei degli epatociti infetti di 30-50 copie di cccDNA che fungono da serbatoio permanente per future replicazioni; quest'ultimo fattore giustifica la possibile riacutizzazione in portatori inattivi sottoposti a immunosoppressione e la possibile sieroconversione inversa (HBsAgnegativi  HBsAg-positivi) in portatori occulti immunodepressi.Inoltre parte del DNA, non in forma covalente, può essere direttamente integrato nel genoma ospite nel quale, pur non potendo più agire come matrice per nuovo RNA pre-genomico, può assumere funzione oncogenetica. L'infezione risulta pertanto sostenuta da una popolazione virale eterogenea con una sequenza più rappresentata (wild type) e un ampio spettro di varianti definite "quasi specie" [3].