Utilizzata come antiacoagulante in casi di trombosi venosa; analogamente all'eparina viene somministrata tramite endovena o con iniezione sottocutanea in prossimità del tessuto adiposo addominale. Non vengono in genere praticate iniezioni intramuscolari in quanto potrebbero provocare ematomi in corrispondenza di tessuti particolarmente vascolarizzati come appunto il tessuto muscolare. L'irudina è solubile nel sangue e non attraversa la barriera ematoencefalica.