L'acquedotto è percorso al suo interno dal condotto endolinfatico. Questo condotto, dopo aver attraversato completamente l'acquedotto, termina sulla faccia posteriore della piramide dell'osso temporale dove forma il "sacco endolinfatico", un piccolo rigonfiamento. Questo condotto e il rispettivo sacco sono fondamentali nel riassorbimento dell'endolinfa prodotta dalla stria vascolare della coclea senza il quale, l'accumulo porterebbe a danneggiare il funzionamento vestibolare e cocleare. Il riassorbimento è garantito da un sistema di piccoli canali nel sacculo che, penetrando nella dura madre, contraggono rapporti con il cervelletto e il seno sigmoideo.