Nel 1548 pubblicò la seconda edizione dei "Discorsi di Mattioli su Dioscoride", con l'aggiunta del sesto libro sui rimedi contro i veleni, considerato apocrifo da molti. In seguito vennero pubblicate molte altre edizioni, alcune tuttavia senza la sua approvazione. Ricevette anche molte critiche da notabili dell'epoca. Nel 1554 fu pubblicata la prima edizione latina dei "Discorsi di Mattioli", chiamata anche "Commentarii", ovvero "Petri Andreae Matthioli Medici Senensis Commentarii, in Libros sex Pedacii Dioscoridis Anazarbei, de Materia Medica, Adjectis quàm plurimis plantarum & animalium imaginibus, eodem authore"; fu la prima edizione ad essere illustrata ed è dedicata a Ferdinando I d'Asburgo, allora Principe dei Romani, di Pannonia e di Boemia, infante di Spagna, arciduca d'Austra, duca di Borgogna, conte e signore del Tirolo. In seguito venne tradotta anche in francese (1561), ceco (1562) e tedesco (1563).