Più recentemente ha focalizzato la sua attenzione sui lisosomi, gli organelli che sono responsabili della pulizia della cellula. Sfidando le conoscenze convenzionali della biologia cellulare ha ipotizzato che il lisosoma fosse una struttura dinamica oggetto di una regolazione trascrizionale globale e in grado di adattarsi agli stimoli ambientali. Insieme al suo team ha scoperto che la biogenesi lisosomiale, autofagia e esocitosi sono trascrizionalmente regolati da una rete di geni e controllata dal master-gene TFEB che è in grado di promuovere la pulizia della cellula. Questo meccanismo è stato testato in diversi modelli malattia tra cui: il Parkinson, l'Alzheimer, il morbo di Huntington, le malattie lisosomiali, la carenza di α1anti-tripsina e l’atrofia muscolare spinale e bulbare. Questa scoperta ha aperto nuove possibili strategie terapeutiche per diverse malattie genetiche.