L'invaginazione ectodermica, separata dal canale alimentare dalla membrana cloacale, costituisce il "proctodeo", che diviene l'apertura anale dopo la degenerazione della membrana stessa. La cloaca, a partire dalla V settimana, viene separata da un setto in una porzione anteriore, "il seno urogenitale", in cui sboccano il peduncolo allantoideo e i dotti escretori mesonefrici, e in una porzione posteriore, in cui sbocca il tubo digerente. Dal setto si originerà il "perineo", mentre dalla parte interna del seno urogenitale si differenzierà la vescica urinaria e da quella esterna l'uretra. Il tratto terminale dell'intestino, il "retto", terminerà nell'apertura anale, circondata dagli sfinteri muscolari dotati di muscolatura striata e liscia