Gli esami clinici spesso non mostrano alterazioni morfologiche del piede, a parte sporadiche tumefazioni. Spesso, alla palpazione della zona interessata è avvertibile un classico "clic" (segno di Mulder). Gli esami strumentali (quali la radiografia, l'ecografia e la risonanza magnetica) sono spesso poco affidabili nel caso del neuroma di Morton, in quanto vi è un alto numero di falsi positivi o negativi e vengono effettuati soprattutto per escludere la presenza di altre malattie che possono riguardare l'avampiede (artrite, borsite, capsulite, distrofia simpatica riflessa, fratture, ischemia, necrosi avascolare, neoplasie, noduli reumatoidi, sinovite, sindrome del tunnel tarsale, tendinite ecc.).