I retrovirus sono anche una causa di encefalite. Il virus linfotrofico a cellule T umane di tipo 1 (HTLV-I) è associato più a paraparesi spastica che a encefalite. Alcune forme di encefalite si osservano quasi esclusivamente nei pazienti con HIV. Tra questi, la ventriculoencefalite da citomegalovirus (CMV) è emersa come un'entità unica nei pazienti con infezione avanzata da HIV.