Ibn al-Nafīs nacque in una famiglia araba probabilmente di un villaggio vicino Damasco, di nome Karashia. Nella prima parte della sua formazione intellettuale studiò teologia, filosofia e letteratura. Poi, a 16 anni, cominciò a studiare medicina, proseguendo per circa 10 anni nel Bīmāristān al-Nūrī Maḥmūd ibn Zankī (Norandino) a Damasco, così chiamato per essere stato voluto e finanziato nel XII secolo dal principe turco, già atabeg di Aleppo, diventato Sultano anche di Damasco.