La prima fase prevede la preparazione di una colonna cromatografica inserendo al suo interno una sferetta di plastica di opportune dimensioni. La resina Sephadex G75, dopo essere stata degasata sotto vuoto, viene fatta percolare lentamente all'interno della pipetta. Si attende che la resina si stratifichi all'interno della colonnina fino all'altezza desiderata senza che questa vada mai secco.La sonda viene incubata a +37°C e successivamente viene trasferita all'estremità superiore della colonnina. Per eluire la sonda, si aggiunge continuamente acqua sterile DEPC alla sua estremità superiore valutando contemporaneamente con un contatore Geiger la radioattività presente lungo la colonna. I frammenti scendono lungo la colonna per forza di gravità; ne deriva che i frammenti più lunghi, e quindi il trascritto, migreranno più velocemente di quelli più brevi come i nucleotidi liberi. Perciò dopo un certo periodo di tempo, variabile in proporzione alle dimensioni della colonna, si riusciranno a distinguere con il Geiger due segnali di radioattività ben separati tra loro lungo la colonna: il primo di questi segnali, rilevato a partire dal basso, corrisponderà alla sonda radiomarcata, il secondo al radionuclide non incorporato.Con il Geiger si determina il momento in cui la sonda radiomarcata raggiunge l'estremità inferiore della colonnina e a questo punto si comincia a raccogliere in frazioni separate circa 200 l di eluito, corrispondente a quattro gocce.Si uniscono le diverse aliquote in un'unica epperndorf, generalmente quella contenente trascritto con segnale più intenso, si estrae 1 μl e si conteggia la radioattività su filtro GF/C, come descritto in precedenza.