Qualche settimana dopo avvenne un fatto curioso: una notte, all'interno della chiesa dove era stato seppellito, si udì gridare che il Tagliacozzi fosse dannato in eterno, mentre nel frattempo si erano diffuse alcune maligne voci che lo accusavano di magia ed eresia. A seguito di questo, e anche del fatto che alcune monache si erano spaventate, il Tagliacozzi venne disseppellito e ricollocato fuori le mura del monastero, quindi in terreno non consacrato. Tali avvenimenti indussero gli eredi e i colleghi a far aprire un processo sulla vita e l'opera del Tagliacozzi. Le carte del processo sono scomparse in seguito alla perdita degli Archivi del Foro Archiepiscopale e del Tribunale dell'Inquisizione di Bologna, ma dell'esito e della sentenza si è conservata una nota originale di quegli anni unita ad una copia del "De curtorum chirurgia per insitionem" conservata nell'Archiginnasio di Bologna; in essa si legge: