La congiuntivite allergica si può trattare con risultati variabili. Il carattere allergico rimane per tutta la vita (anche se può cambiare negli anni e si può ridurre mediante terapia desensibilizzante specifica ovvero il cosiddetto “vaccino”). Il trattamento consiste - previa prescrizione medica - nell'uso locale di corticosteroidi, decongestionanti e antistaminici, stabilizzatori dei mastociti, antinfiammatori non steroidei (FANS) e, di supporto, lacrime artificiali in abbondanza. Inoltre, bisogna rimuovere o evitare, per quanto possibile, gli allergeni responsabili.