Nel 1945 Fanconi fondò una nuova rivista di pediatria, "Helvetica Paediatrica Acta", che divenne un periodico rinomato in tutto il mondo. Fanconi andò in pensione nel 1961 e in quell'occasione lasciò la direzione della clinica universitaria pediatrica di Zurigo; continuò tuttavia a svolgere la pratica professionale e a tenere conferenze fino alla sua morte. La fama internazionale lo portò già nel 1947 alla presidenza dell'International Paediatric Association (IPA), di cui fu segretario generale fino al 1966.