Gli effetti collaterali più frequenti (>10% dei pazienti) sono stati diarrea, nausea, rialzo delle transaminasi e alopecia, in generale d'intensità lieve-moderata. È stata osservata inoltre una riduzione dei globuli bianchi (<15% dai livelli basali), soprattutto neutrofili e linfociti, durante le prime 6 settimane di trattamento in assenza di ulteriori riduzioni successive. A causa del rischio di epatotossicità, i pazienti con malattie epatiche note non dovrebbero essere trattati con questo famraco. La Teriflunomide ha un alto rischio di teratogenicità (infatti è controindicata nelle donne in gravidanza) e inoltre, prima di iniziare la terapia è consigliato un test di gravidanza per tutte le donne in età fertile. Sono stati segnalati sei casi di PML in soggetti che hanno ricevuto il Dimetilfumarato per il trattamento della psoriasi, tutti con fattori di rischio, quali linfocitopenia, sarcoidosi, storia di neoplasie e trattati precedentemente con Efalizumab. Nei pazienti con SM ne sono stati segnalati quattro, di cui uno fatale, tutti in pazienti che avevano più di 50 anni e non avevano effettuato in precedenza DMT note per aumentare il rischio di infezione da JCV; tre di essi avevano manifestato una linfopenia di grado 3 per un tempo prolungato e l'ultimo una linfopenia di grado 2 per più di 6 mesi, prima della diagnosi di PML; ovviamente in caso di sospetto di PML la terapia va immediatamente sospesa.