La normale flora intestinale è caratterizzata da un complesso equilibrio che si viene a stabilire tra i microrganismi, che normalmente risiedono nel tratto gastrointestinale e giocano un ruolo fondamentale in numerosi processi fisiologici, ed il sistema immunitario dell'ospite. Diverse situazioni fisiologiche e patologiche sono direttamente correlate con lo sviluppo della microflora intestinale 213 .Secondo Vassallo e Walker fattori preesistenti rispetto al concepimento, condizioni che si presentano durante la gestazione e dopo la nascita e influenze ambientali hanno un ruolo chiave nel determinare effetti a lungo termine sulla salute del singolo individuo 213 .Le diverse specie microbiche sono in grado di colonizzare la mucosa e sopravvivere in questo ecosistema grazie alla loro capacità di metabolizzare alcuni substrati e di aderire al muco intestinale o alle membrane degli enterociti 214 .La composizione del microbiota si modifica nelle varie età della vita ed è differente nei diversi segmenti del tratto gastrointestinale (Fig. 18). Il tratto gastro-intestinale del neonato è sterile, ma subito dopo la nascita viene colonizzato da numerose specie batteriche che costituiscono un complesso ecosistema 218 (Fig. 19). La principale sorgente della colonizzazione intestinale è rappresentata dalla flora materna, seguita dall'ambiente circostante. Durante le prime 12-24 ore di vita extra-uterina, compaiono le prime specie microbiche: Escherichia coli ed Enterococcus. Si tratta di batteri aerobi facoltativi dal momento che, alla nascita, l'ambiente presente nell'intestino del neonato mostra un potenziale di ossidoriduzione positivo. Successivamente, il consumo di ossigeno da parte di questi microrganismi determina un cambiamento ambientale che permette la comparsa di anaerobi obbligati. La microflora infantile evolve verso quella dell'adulto nel primo anno di vita, ma il tempo necessario per uno sviluppo adeguato è notevolmente influenzato da numerosi fattori 220 (Fig. 20). A maturazione avvenuta, la composizione del microbiota risulta essere strettamente individuale e relativamente stabile per lunghi periodi. Questa stabilità deriva da due meccanismi essenziali: l'interazione tra le specie batteriche commensali in virtù delle loro capacità complementari di garantirsi una sopravvivenza reciproca; l'interazione con l'ospite a livello della mucosa intestinale che consente l'insediamento dei vari ceppi batterici 222 .Alcune specie come i bifidobatteri, dominanti nella flora dei bambini nati a termine ed allattati al seno, svolgono un ruolo fondamentale nella protezione contro le infezioni e nello sviluppo dell'immunità a livello della mucosa 223 . A questo proposito, sempre maggiore attenzione viene riservata allo studio del processo di colonizzazione microbica iniziale e del ruolo del microbiota intestinale nella difesa contro le malattie non soltanto in età infantile, ma anche nell'adulto 221 .