L'ablazione della fibrillazione atriale può essere eseguita all'interno del cuore con cateteri che vengono introdotti dall'inguine o dal collo; in questo caso, senza incisioni. In alternativa, può essere realizzato dall'esterno del cuore con la chirurgia a cuore aperto o attraverso un approccio toracoscopico. L'approccio più comune è il primo, o tramite catetere. In questo caso il catetere che fornisce l'energia ablativa può utilizzare radiofrequenza, ultrasuoni, laser o energia criotermica. Il catetere ablativo è in grado di fornire lesioni solo dalla sua punta, che è da 4 a 8 mm di lunghezza, a forma di punto di incontro. I punti di ablazione sono centrati nella camera superiore sinistra del cuore, o atrio sinistro. Una serie di punti di ablazione è utilizzato per stabilire una linea di lesioni. Queste linee dovrebbero isolare i punti trigger di fibrillazione atriale e di creare una barriera alla propagazione dell'aritmia. Come detto, le lesioni bersaglio all'ingresso delle vene polmonari, che si trovano di solito due a destra e due a sinistra. I punti di lesione sono applicati all'interno dell'atrio sinistro pochi millimetri dall'inserimento della vena polmonare nel corpo dell'atrio sinistro. Questa regione è conosciuta come antro delle vene polmonari. Il punto finale della procedura è quello di isolare elettricamente le vene polmonari - isolamento della vena polmonare o PVI. Un approccio meno comune è quello di circondare entrambi gli orifizi delle vene polmonari di un lato con una singola linea ampia ellittica, tecnica chiamata WACA o un'area molto ampia di ablazione circonferenziale. Sono spesso utilizzate altre linee di lesioni e punti di ablazione all'interno sinistro e dell'atrio destro, prevalentemente sulla parete posteriore e spesso anche su altri obiettivi, come il seno coronarico, alla base dell'atrio sinistro, la vena cava superiore, e a destra dell'istmo atriale . Attualmente, anche la zona di segnali frammentati complessi, chiamata CFAE, viene trattata con punti di ablazione, al fine di ridurre il rischio di recidiva di FA. La procedura richiede tra 2 e 3 ore e occasionalmente deve essere ripetuta. Come regola generale, i pazienti anziani con più malattie cardiache e più frequenti episodi di fibrillazione richiedono più ampie procedure di ablazione. Una tecnica che utilizza un "cryoablation ballon" capace di creare lesioni in tutto il suo perimetro, viene spesso utilizzata, con risultati paragonabili, in pazienti con fibrillazione atriale parossistica. La raccomandazione corrente per la fibrillazione atriale richiede la documentazione di successo nell'isolamento delle aree di destino con un catetere a mappatura circolare e la dimostrazione di blocco nelle lesioni di ablazione in caso vengono consegnati lungo una linea (lesioni lineari).