Il trattamento per la cistite di origine batterica, solitamente, consiste nell'assunzione di antibiotici. Nei casi non complicati, in prima battuta possono essere prescritti: Trimethoprim, fosfomicina trometamolo e nitrofurantoina. Antibiotici appartenenti alla famiglia dei Fluorochinoloni, come Ciprofloxacina, Levofloxacina e Ofloxacina non possono essere prescritti per le cistiti non complicate, se non nei casi in cui non siano efficaci altri antibiotici. Questo, a causa delle reazioni avverse gravi ed invalidanti riportate, che devono limitare l'utilizzo di questi medicinali solo dove il rapporto rischi/benefici sia favorevole.