L'acqua e le spugne con cui si lavavano gli oggetti chirurgici e le garze con cui si ricoprivano le piaghe depositavano i germi che si propagavano nei tessuti con una facilità estrema, provocando infallibilmente la morte. Per Pasteur era quindi fondamentale una difesa contro i microbi, ossia tutte quelle sostanze che costituivano l'antisepsi come l'acido fenico, il sublimato, lo iodoformio, il salolo. Un altro progresso nella cura del malato consisteva invece nell'asepsi ossia nella pulizia assoluta degli strumenti, delle mani e di tutto ciò che avrebbe avuto un contatto con il ferito.