I pazienti possono presentare condizioni cliniche che entrano in diagnosi differenziale con la disforia di genere e per le quali i trattamenti ormonali e/o chirurgici non solo non trovano indicazione, ma risultano controindicati in quanto dannosi per il benessere psicofisico dell'individuo. La diagnosi differenziale rappresenta dunque un momento di fondamentale importanza nel processo diagnostico e va posta con:-Intersessualità: condizioni in cui i cromosomi sessuali, i genitali e/o i caratteri sessuali secondari non sono definibili come esclusivamente femminili o maschili a causa di alterazioni genetiche ed endocrinologiche. Nei soggetti con disturbi quali la sindrome adrenogenitale congenita, qualora sia presente disforia di genere, occorre codificare sia il disturbo dello sviluppo sessuale sia la disforia stessa.-Non-conformità di genere: livello fino al quale l'identità, il ruolo o l'espressione di genere di un individuo si differenzia dalle norme culturali comuni per una persona di un determinato sesso. Si differenza dalla disforia di genere per la mancanza di una sofferenza clinicamente significativa dovuta alla discrepanza tra il corpo e il loro vissuto soggettivo, sebbene alcune persone possano richiedere trattamenti medici e/o chirurgici in seguito alla comparsa di disforia.-Disturbo da travestitismo: condizione riscontrata in adolescenti/adulti maschi eterosessuali e caratterizzata dall'eccitazione sessuale durante il cross-dressing (indossare abiti del sesso opposto). Nel sottotipo con autoginofilia, il soggetto può eccitarsi sessualmente con pensieri o fantasie erotiche di sé come donna oppure con immagini mentali raffiguranti genitali femminili. Causa sofferenza e/o compromissione della vita sociale, lavorativa e/o affettiva dell'individuo ma non si osserva incongruenza tra il genere esperito e quello assegnato né il desiderio profondo e ostinato di appartenere al genere opposto o ad un genere alternativo. Una minoranza di casi può però andare incontro a disforia di genere in età adulta e sembra che la presenza di autoginofilia aumenti tale probabilità. Nel caso in cui vengano soddisfatti tutti i criteri per disforia di genere e per disturbo da travestitismo, dovrebbero essere poste entrambe le diagnosi.-Disturbo da dismorfismo corporeo: condizione caratterizzata dal desiderio di alterare o rimuovere (anche tramite amputazione) una specifica parte del proprio corpo (ad esempio i genitali) in quanto percepita in modo distorto, al punto da considerarla anomala e/o deforme. Nel caso in cui vengano soddisfatti tutti i criteri per i due disturbi, è possibile formulare entrambe le diagnosi.-Schizofrenia e altri disturbi psicotici: può coesistere con la disforia di genere e pertanto va posta la diagnosi di entrambe le condizioni. In assenza di sintomi psicotici, la convinzione espressa dai soggetti con disforia di genere di appartenere al genere opposto non ha i caratteri di un'ideazione delirante.-Disturbo borderline: disturbo di personalità che si manifesta con alterazioni dell'identità e per il quale è utile la presa in carico psichiatrica, in quanto gli aspetti identitari risultano sintomi del disturbo stesso e non di una disforia di genere.Esistono tuttavia casi in cui le due condizioni coesistono.-Omosessualità omofobica: disturbo fobico in cui i soggetti non accettano di essere attratti da persone dello stesso sesso biologico e rifiutano inconsciamente la propria omosessualità; il desiderio di modificare i propri caratteri sessuali primari e/o secondari è secondario al desiderio di ristabilire una condizione di eterosessualità, superando il disagio causato dal proprio orientamento sessuale.-Altre manifestazioni cliniche: si tratta di soggetti di sesso maschile che richiedono la castrazione e/o la penectomia per ragioni estetiche o per eliminare gli effetti psicologici degli androgeni senza alterare l'identità di genere maschile.