Questa branca dell'immunologia si occupa anche dei rigetti in seguito a trapianti, dove il sistema immunitario riconosce come estranei e attacca gli organi o altri componenti che vengono trapiantati da un altro essere vivente, sia da un altro della stessa specie ("allotrapianti") che da specie diverse ("xenotrapianti"). Lo scopo di questi studi è trovare un modo per evitare tale rigetto, attualmente basato su farmaci antirigetto, che indeboliscono il sistema immunitario.