Azatioprina non deve essere utilizzata nelle donne gravide senza un'accurata valutazione del rapporto rischi-benefici. È quindi opportuno adottare, durante la terapia con azatioprina, valide misure di contraccezione, da proseguire fino a 12 settimane dopo l'interruzione della cura. Nelle pazienti che assumono azatioprina sarebbe opportuno non usare dispositivi intrauterini. Il rischio infatti di infezioni in sede, causata dalla presenza del dispositivo, può risultare decisamente elevato a causa della terapia immunosoppressiva in atto.