La sua intensa pratica medica non consentì più a Lower di partecipare ai lavori di ricerca della Royal Society, dunque si dimise da quell'istituto nel 1678. Lo stesso anno, però, perse gran parte dei suoi pazienti per motivi politici: era anticattolico e durante la crisi causata dalla cosiddetta “congiura papista” si schierò con la fazione Whig. Continuò comunque ad esercitare la sua professione e, quando il re cattolico Giacomo II venne deposto a favore di Guglielmo I d'Orange e Maria II Stuart, venne nominato consigliere della corona per i servizi sanitari nautici.