A questo proposito un esempio eclatante di controllo genetico sullo sviluppo della tolleranza verso il self è costituito dal gene AIRE (cromosoma 21q22.3). Quest'ultimo infatti promuove l'espressione di una vasta gamma di antigeni normalmente espressi a livello di vari distretti dell'organismo a livello delle cellule dell'epitelio timico, contro le quali si cimentano i linfociti T immaturi in attesa di subire i cosiddetti processi di selezione negativa e positiva (che determinano la sopravvivenza dei soli linfociti T in grado di legarsi ai complessi MHC e di non rispondere eccessivamente conto il self). Mutazioni nel gene AIRE riducono significativamente il repertorio di antigeni self contro i quali il sistema immunitario viene addestrato a non reagire e di conseguenza, non appena i linfociti T vengono liberati dal timo nel torrente circolatorio, hanno luogo molteplici processi di sensibilizzazione del sistema immunitario contro componenti del self, configurando il quadro di una grave malattia autoimmune nota come APECED ("autoimmune polyendocrinopathy-candidiasis-ectodermal dystrophy") o come APS-1 ("autoimmune polyglandular syndrome type 1").