Abacavir può dare luogo a tossicità mitocondriale, in quanto ha affinità non solo per la trascrittasi inversa di HIV, ma anche per la DNA Polimerasi gamma del mitocondrio. Tale tossicità si espleta in anemia, acidosi lattica, aumento dei livelli sierici di amilasi con potenziale pancreatite, neutropenia, disturbi neurologici con convulsioni e/o ipertonia. Da' spesso lipodistrofia come molti altri farmaci antiretrovirali. 