Stamler è stato sempre un attivista votato nella difesa dei diritti civili e un sostenitore del Movimento per i diritti civili ("Civil rights movement") per l'affermazione diritti degli afroamericani. Il suo impegno, unito al coinvolgimento e ai legami con gruppi politici radicali, lo trascinò in una celebre vicenda giudiziaria. Nel maggio 1965 (insieme a Yolanda Hall del Partito Comunista degli Stati Uniti d'America e ad altri attivisti di Chicago), Stamler fu chiamato a testimoniare "sub poena" davanti alla Commissione per le attività antiamericane ("House Committee on Un-American Activities", meglio nota come HUAC) sui trascorsi e sui legami avuti con movimenti radicali. In tutta risposta, Stamler, insieme a Yolanda Hall, propose ricorso per chiedere che il mandato del comitato fosse dichiarato incostituzionale in quanto tendente a esercitare un effetto di scoraggiamento, per la minaccia di conseguenze legali, sull'esercizio delle libertà civili (il cosiddetto "chilling effect" del sistema legale statunitense). Dopo che la richiesta fu rigettata dal giudice distrettuale Julius Hoffman (lo stesso del controverso caso dei "Chicago Seven" nel 1968), Stamler fece ricorso in appello; quando ebbero inizio le audizioni del comitato e giunse il suo turno per rendere testimonianza, si appellò all'iniziativa da lui intrapresa in sede giurisdizionale e si rifiutò di testimoniare fino a che non fosse giunto a conclusione il giudizio pendente. Con questa motivazione, Stamler abbandonò l'audizione, ma dal suo comportamento scaturì una citazione in giudizio per intralcio al Congresso degli Stati Uniti d'America ("Contempt of Congress") che si trasformò in una formale incriminazione nel 1967. Il caso si trascinò per alcuni anni, fino a che, nel 1973, il governo degli Stati Uniti (amministrazione Richard Nixon) si accordò per il non luogo a procedere; a sua volta, Stamler accondiscese a rinunciare al processo civile da lui intentato contro la Commissione per le attività antiamericane. Due anni dopo, nel 1975, lo HUAC, che dal 1969 aveva cambiato nome in "House Committee on Internal Security" (HCIS), sarebbe stato abolito dalla Camera dei rappresentanti degli Stati Uniti d'America. Secondo l'opinione di molti, la decisione politica fu determinata proprio dal discredito riversatosi sullo HUAC durante l'azione promossa nei confronti di Stamler.