Nel gennaio 2019 ha annunciato le dimissioni da presidente dell'Istituto superiore di sanità, in polemica con la presunta scarsa collaborazione instaurata a suo dire dal governo Conte I e con le posizioni assunte da esponenti dell'esecutivo su questioni di sanità e, in particolare, su vaccini, termovalorizzatori, rapporto tra immigrazione e diffusione di malattie, da lui definite «ascientifiche e antiscientifiche».