Per Magendie fu un periodo estremamente fecondo, nel quale poté concentrarsi negli studi sul sistema nervoso, che espose più tardi. Nel 1816, presentò "Précis de Physiologie", frutto dell'osservazione sull'uomo sano e sull'uomo malato. Nel 1831, l'epidemia di colera provocò numerose vittime e fu l'occasione per Magendie di ricercare e studiare, attraverso le autopsie che effettuava, la causa del male, senza, però, trovare soluzione. 