All'inizio del 1939, quando cadde in mano ai franchisti anche la Catalogna, al parlamento riunito a Figueres egli propose la capitolazione, con la sola condizione che fosse risparmiata la vita agli sconfitti. La sua proposta non fu però accolta dal parlamento; Negrín decise quindi di riportare il governo a Madrid per controllarne l'evacuazione. il 4 marzo il Colonnello Segismundo Casado, comandante dell'armata repubblicana del centro, assieme a José Miaja e dal leader socialista anticomunista Julián Besteiro, oltre ad altri leader anarchici come Cipriano Mera, decisero di porre fine a quello che ritenevano un massacro sempre più insensato e si ribellarono all'ordine di resistere a qualunque costo emesso da Negrín, che ritenevano anche un traditore perché mentre parlava di resistenza ad oltranza esportava capitali e si teneva pronto alla fuga. L'instaurarsi della Junta Casado mise di fatto mise fine all'autorità del governo Negrín; poco dopo i repubblicani capitolarono. 