Il 24 febbraio del 1530 l'imperatore Carlo V, per dimostrare la sua benevolenza nei confronti dell'università, aveva eletto Cavalieri Aurati e Conti Palatini tutti i dottori collegiati, e aveva loro concesso il diritto di estendere questo titolo anche ad altri. Dai documenti risulta che anche il Tagliacozzi ricevette questa investitura e che a sua volta la conferì ad altri. Un'ulteriore prova della considerazione di cui il Tagliacozzi godeva è l'incarico che ricevette di revisionare i libri posti all'Indice: l'eccesso di zelo del Sant'Uffizio aveva infatti portato ad inserire nell'Indice anche libri che non avevano rapporto con la religione; questo fatto comportava notevoli problemi e restrizioni all'università, che per tali motivi vedeva anche diminuire il numero di studenti che arrivavano dall'estero. I professori presentarono così una petizione al Papa affinché concedesse loro di utilizzare questi libri, e infine riuscirono ad ottenerne il permesso con la clausola che ogni anno i libri fossero revisionati e i passi dubbi corretti. Nel 1597 il Tagliacozzi ricevette l'incarico di correggere l'opera omnia di Leonardo Fuchs, naturalista tedesco, il cui peccato di essere passato al protestantesimo era stato sufficiente a rendere proibiti nelle università i suoi libri.