Gli antibiotici possono provocare effetti indesiderati, come reazioni allergiche, dovute alla sensibilità dell'individuo verso uno o più componenti, oppure tossicità ad alto livello di vari distretti dell'organismo o, ancora, intolleranza provocata dall'interazione con altri farmaci. La dipendenza da questi farmaci e l'abuso degli stessi possono portare alla morte.