Gli effetti collaterali più comuni della crema alla podofillotossina sono tipicamente limitati all'irritazione del tessuto che circonda il sito di applicazione, inclusi bruciore, arrossamento, dolore, prurito, gonfiore. L'applicazione può essere immediatamente seguita da bruciore o prurito. Possono anche verificarsi piccole ferite, prurito e desquamazione della pelle, per questi motivi si consiglia di eseguire l'applicazione in modo da limitare il contatto con i tessuti circostanti non infetti.