Bruno fu, inoltre, uno dei precursori del metodo scientifico all'Università di Padova, proprio perché la sua finalità fu il valore convergente dell'esperienza e della ragione. A tal proposito i suoi allievi si opposero, in alcuni casi anche aspramente, agli allievi di Ruggero della Scuola Salernitana, dediti invece alla conservazione del sapere medico classico di Ippocrate e Galeno.