La terapia richiede cicli prolungati di antibiotici con alta penetrabilità della ghiandola prostatica (β-lactami e nitrofurantoina sono inefficaci). Tali antibiotici includono chinoloni, sulfamidi, macrolidi. Infezioni persistenti possono beneficiare di un miglioramento sintomatologico nell'80% dei pazienti grazie all'utilizzo di alfa-bloccanti (tamsulosina, alfuzosina). L'avvento di nuove molecole antibiotiche appartenenti alla famiglia dei chinolonici di ultima generazione, come la moxifloxacina e la plurifloxacina, ha migliorato la prognosi delle prostatiti croniche. La moxifloxacina diffonde molto bene nel tessuto prostatico ed è caratterizzata da una bassissima mic. La plurifloxacina è molto attiva nei confronti della Chlamydia T (Due cicli di quattordici giorni ciascuno a distanza di dieci giorni l'uno dall'altro). SI stanno sperimentando protocolli terapeutici che impiegano entrambi questi farmaci in sequenza con risultati incoraggianti. In presenza di enterobatteri, in combinazione alla terapia antibiotica è molto utile la somministrazione di enterovaccini (es. Symbio flor 1, Symbio flor 2 ed altri contenenti lisati batterici come Enterococchi ed Escherichia coli) che stimolerebbero il sistema immunitario riducendo la frequenza delle ricadute, e la somministrazione di integratori alimentari a base di: L-Arginina, Carnitina, Acetilcarnitina, Ginseng per migliorare la spermiogenesi (Fertimev).