Il 26 marzo 1838 il Granduca concesse che la sede della Società fosse spostata presso l'Ospedale di Santa Maria Nuova, come era stato proposto nel secolo precedente. In occasione del trasferimento, il Museo patologico della Società fu incorporato in quello che faceva già parte dell'Arcispedale e la biblioteca della Società fu data in custodia a quella presente nell'Ospedale. 