La sindrome di Lujan-Fryns prende il nome dai medici J. Enrique Lujan e Jean-Pierre Fryns. L'osservazione iniziale di sospetta disabilità intellettiva legata all'X con caratteristiche marfanoidi e segni cranio-facciali come un palato ad arco alto è stata descritta da Lujan et al. nel 1984. Nel rapporto, sono stati descritti quattro maschi affetti, membri di un grande parentado. Ulteriori indagini sulla disabilità intellettiva legata all'X e l'habitus marfanoide in altre famiglie, inclusi due fratelli, sono state descritte da Fryns et al., a partire dal 1987. Il disturbo divenne presto noto come sindrome di Lujan-Fryns.