Dopo che Federico II di Svevia conferì il titolo di re di Sardegna al figlio naturale Enzo, papa Gregorio IX ne approfittò, come aveva già fatto in precedenza nel 1227 e nel 1228, per scomunicare l’Imperatore utilizzando il pretesto di non aver interpellato la curia romana per prendere tale decisione. La risposta di Federico II fu quella di invadere i territori della Chiesa. Nel 1240 il papa iniziò, allora a preparare in occasione della Pasqua dell’anno successivo un concilio ecumenico a Roma, con l'intento di deporre dal trono imperiale Federico II. Per realizzare il suo scopo, si avvalse dell'aiuto di Genova e Venezia, due delle potenze marinare dell’epoca, per far giungere a Roma prelati e ambasciatori attraverso la via del mare. Da Genova salparono così 60 navi cariche di ecclesiastici che avrebbero partecipato al Concilio. Una volta venuto a conoscenza dell'iniziativa, però, Federico II incaricò il figlio Enzo di organizzare una flotta di 40 galee, che, guidata dal nobile pisano Ugolino Buzzaccherini, doveva impedire a quella genovese di raggiungere Roma. Così il 3 maggio 1241, le navi pisane bloccarono quelle genovesi tra le isole del Giglio e di Montecristo e, in tale circostanza, alcuni ecclesiastici vennero uccisi mentre altri furono fatti prigionieri. L'episodio indusse il papa a lanciare una pesante scomunica contro il popolo pisano.