Gli effetti collaterali comprendono battito cardiaco irregolare, depressione respiratoria ed epatotossicità. Sembra essere sicuro nei pazienti affetti da porfiria. Non è chiaro se l'uso durante la gravidanza sia dannoso per il bambino e non è raccomandato durante un taglio cesareo. In rari casi, sono state osservate gravi lesioni epatiche negli adulti, dopo una ripetuta esposizione (circa un paziente su 10.000 esposizioni). La sindrome risultante è chiamata epatite da alotano e potrebbe derivare dal metabolismo dell'alotano, in particolare dal metabolita acido trifluoroacetico che si forma attraverso reazioni ossidative nel fegato. Circa il 20% dell'alotano inalato viene metabolizzato dal fegato e i prodotti vengono escreti nelle urine. La sindrome dell'epatite ha un tasso di mortalità dal 30% al 70%. La comparsa di questo effetto collaterale ha comportato una drastica riduzione dell'uso dell'alotano negli adulti, che è stato sostituito negli anni '80 dall'enflurano e dall'isoflurano. Dal momento che il rischio di epatite da alotano nei bambini è inferiore rispetto agli adulti, negli anni '90 l'alotano ha continuato ad essere usato in pediatria. Tuttavia, già dal 2000 il suo uso in pediatria è stato ampiamente sostituito con il sevoflurano.