Il gel di agarosio viene preparato pesando una quantità opportuna (secondo la concentrazione desiderata) di polvere di agarosio e sciogliendola nel tampone TBE allo 0,5% (0.089M Tris-Borato, 0.089M acido borico, 0.002M EDTA). L'aggiunta di etidio bromuro permette di visualizzare il DNA dopo la corsa elettroforetica sotto una fonte di raggi UV. Una volta sciolta la polvere di agarosio, la miscela viene lasciata polimerizzare a temperatura ambiente in una vaschetta apposita completa di pettine (per formare i pozzetti).Il tampone in cui il gel è inserito è lo stesso di cui è composto, TBE allo 0,5% a cui si aggiunge etidio bromuro alla concentrazione 0,5 mg/ml. Terminata la corsa elettroforetica, il gel viene posizionato su un transilluminatore a raggi ultravioletti che consente di visualizzare le bande di DNA che hanno incorporato l'etidio bromuro; a questo punto il gel viene fotografato.