Già nel 1577 si vide richiamare a Praga come medico personale di corte Rodolfo II. Sebbene ammalato egli stesso, si trasferì ancora una volta a Praga, per poter assistere giornalmente l'imperatore. Già dall'inizio tuttavia, egli dovette subire l'ostilità dei gesuiti, la cui influenza a corte cresceva e si sforzò di ottenere l'esonero dal servizio di corte. Nell'autunno del 1581 ebbe termine il suo incarico. Egli rientrò quindi nelle sue proprietà a Szczytna, nella contea di Glatz, che aveva acquistato nel 1567, e vi fondò una comunità riformata con chiesa e predicatore.