Tuttavia, similmente a molti altri agenti anticancro, l'utilizzo clinico sia di DOX che di DNR è fortemente ostacolato da seri problemi come lo sviluppo della farmacoresistenza in cellule tumorali o tossicità in cellule sane. Nel caso di queste due antracicline, l'effetto tossico più importante è rappresentato dall'insorgenza di una cardiopatia caratteristica, sia in forma acuta che in forma cronica. Per aggirare questo problema si tende a fissare la dose massima cumulativa a tra i 450 ai 600 mg/m2 o a utilizzarlo in associazione con altri agenti antitumorali quali ciclofosfamide, cisplatino e nitroso-uree.