Nel corso della sua vita si vide costretto per ragioni economiche ad esercitare la professione di medico condotto a San Severino Marche, Cupramarittima, Fabriano e Civitavecchia. Egli si augurava che il medico tradizionale, enciclopedico ed armato solamente delle nozioni apprese nella scuola, potesse trasformarsi nella figura ideale di un medico che sapesse fare affidamento sulla propria esperienza, ma che fosse allo stesso tempo capace di analizzarla con criterio e, se necessario, di metterla in discussione. Promuoveva inoltre l'importanza di suddividere la medicina nelle cosiddette specialità e la necessità di una conseguente collaborazione fra medici nell'analisi e terapia dei casi clinici. Il metodo di Augusto Murri mirava non tanto alla diagnosi della malattia, quanto allo studio e all'esame del singolo malato. Strumenti privilegiati, in questo senso, erano lo spirito d'osservazione ed il ricorso all'anamnesi che consentivano al medico di evitare la via, certamente più facile e comoda, dell'argomentazione deduttiva, conferendogli invece un maggiore livello di competenza.