Gli arrays sono supporti solidi (vetro o plastica) sui quali vengono fissate da centinaia a migliaia di molecole di acidi nucleici di sequenza nota, disposte secondo una matrice di righe e colonne ordinata e definita;il principio biochimico alla base della tecnologia è il riconoscimento e l' ibridazione tra il frammento di acido nucleico fissato (detto "sonda") ed il suo complementare (detto "target") eventualmente presente nel campione in esame, seguiti poi dalla rilevazione del segnale fluorescente di ibridazione.Esistono due tecnologie per la produzione di microarray: spotting ed in situ.I target, ovvero gli acidi nucleici da ibridare alle catene di cDNA ancorate al supporto solido, sono normalmente ottenuti dalla marcatura dell' mRNA proveniente da un dato organismo per mezzo di molecole fluorescenti.Sonde e target sono messi a contatto per fare avvenire la reazione di ibridazione e, dopo alcuni lavaggi per rimuovere i prodotti aspecifici, l' array viene passato attraverso uno scanner per la misura dei segnali fluorescenti.L' intensità dei pixel di ciascuna immagine è proporzionale al numero di molecole di tracciante presenti sullo spot e cioè al numero di probes che hanno ibridato le sonde ancorate al supporto; livelli diversi di fluorescenza indicano, pertanto, livelli diversi di ibridazione e, quindi, di espressione genica (80).