Tuttavia, proprio la chirurgia gli procurò ostacoli e contestazioni: già nel 1625 per un'asportazione di lesioni varicose così si espresse: “"Ho fatto per primo questo tipo di operazione in Napoli, essendo tuttavia stato contestato al principio da altri medici, che protestarono presso i Governatori e Intendenti dell'Ospedale, dato che credevano che essa potesse esporre i pazienti ad un grave rischio"” (libera traduzione dal latino di "De efficaci medicina", 1646, p. 62). Evidentemente l'opera di Severino non venne apprezzata dai colleghi, che, attenti soprattutto a lenire il dolore provocato dalle lesioni, si astenevano generalmente dall'aggredire il male con azioni che potessero peggiorare una sintomatologia dolorosa.