L'epidemiologia di alcune cause virali di encefalite è cambiata nel tempo. Ad esempio, la vaccinazione ha portato a una diminuzione dell'incidenza di encefalite dovuta a parotite e morbillo. D'altra parte, le encefaliti da Epstein-Barr virus (EBV), cytomegalovirus (CMV) sono viste più frequentemente ora perché si verificano in individui immunocompromessi, come i pazienti con AIDS, soggetti a trapianto e chemioterapia. Altri importanti fattori epidemiologici includono il periodo dell'anno, la geografia e l'esposizione ad animali o insetti. Ad esempio, gli arbovirus (vale a dire, equino orientale, equino occidentale, St. Louis, equino venezuelano, Zika e West Nile) causano malattie durante i mesi estivi quando le zanzare sono attive.