Per proseguire la sperimentazione si recò presso la città di Amoy, nella quale su 23 iniezioni riuscì a guarire 21 persone. Nel 1897 l'arrivo della peste a Bombay lo obbligò a partire nuovamente. Alloggiò nel consolato francese, dove eseguì le vaccinazioni a tutta la comunità francese. Le prime difficoltà per Yersin erano causate dal fatto che l'India era diventata la meta di medici provenienti da tutto il mondo; in particolare l'avversione reciproca con gli inglesi, non fece che peggiorare la situazione. Si spostò quindi nella piccola città di Mandvi, per poter lavorare con maggior tranquillità, ma esaurite le dosi di vaccino ebbe il pretesto opportuno per tornare a Nha Trang. Al suo posto fu inviato dall'Institut Pasteur Paul-Louis Simond, il quale approfondì le ricerche di Yersin, confutando l'ipotesi di trasmissione della malattia attraverso i topi, riconoscendo le pulci (presenti sui topi) come le reali portatrici del batterio.