Sono stati messi in commercio vaccini contro la Malattia di Lyme ottenuti per lo più con tecniche di ingegneria genetica . L’efficacia e la sicurezza di questi vaccini sono state dimostrate mediante studi clinici controllati su larga scala in persone di età compresa tra 15 e 70 anni . L’efficacia è stata stimata essere di circa il 49 % dopo due dosi di vaccino, e di circa il 76% dopo tre dosi. La somministrazione consigliata consiste in tre dosi per via intramuscolare. La durata dell’immunità conferita non è nota. Negli USA è presente solo "B.burgdorferi sensu strictu", mentre in Europa sono presenti tutte le genospecie di Borrelie responsabili della malattia, distinte dal punto di vista antigenico. Per questo i primi vaccini commercializzati negli USA non solo utili per la profilassi immunitaria della malattia di Lyme in Europa. È in corso lo sviluppo di vaccini in grado di generare un risposta immune alla maggioranza delle Borrelie responsabili della malattia di Lyme in Europa. È stato sviluppato anche un vaccino contro la TBE, già adottato in molti Paesi dell’Europa centrale e settentrionale. La somministrazione dei vaccini, consigliata nelle aree endemiche ai soggetti a rischio (forestali, raccoglitori di funghi , ecc..), sottostà a precise raccomandazioni per limitare i rischi di reazioni avverse.