La variante della malattia di Creutzfeldt-Jakob è caratterizzata dalla presenza di placche cerebrali e cerebellari, con un centro eosinofilo e una regione periferica fibrillare circondata da un'area spongiosa. Tali placche rispondono molto intensivamente all'esame immunoistochimico per la proteina prionica PrP; vengono osservate anche aree di accumulo di amiloide. Le aree maggiormente colpite sono la porzione posteriore del talamo e il nucleo caudato, mentre la proteina prionica si trova particolarmente concentrata nel tessuto linfoide, in particolare tonsille, milza, MALT, linfonodi e timo, e a livello dei gangli sensitivi.