Attualmente MSF è costituita da cinque grandi sezioni operative in Belgio, Francia, Svizzera, Paesi Bassi e Spagna, da 3 associazioni regionali e 21 sezioni partner che partecipano al movimento con la gestione diretta di alcuni progetti e/o con attività di raccolta fondi, reclutamento degli operatori umanitari, informazione e sensibilizzazione dell’opinione pubblica.