Quando, a causa di una grave malattia agli occhi, Bizzozero non fu più in grado di dedicarsi agli studi al microscopio, intensificò la sua attività in difesa della salute pubblica. Tra i risultati di questo vigoroso impegno si possono contare, nella sola Torino, numerosi esempi di iniziative da lui promosse e realizzate: il laboratorio di igiene, la rete idrica e fognaria, l'ospedale Amedeo di Savoia per le malattie infettive, i bagni municipali. Intraprese inoltre numerose azioni di prevenzione, in particolare contro la malaria e la tubercolosi.