Se l'infezione si verifica in giovane età può causare una gastrite atrofica che può complicarsi con la presenza di un'ulcera gastrica e, raramente, con la comparsa di un tumore dello stomaco. Un raro tumore dello stomaco detto linfoma MALT (mucosa associated lymphoid tissue) sembra associarsi alla presenza di helicobacter pylori e l'eliminazione del batterio può portare alla regressione del linfoma nel 60-80% dei casi.