Evitare l'associazione con inibitori delle monoaminoossidasi (IMAO) o con clonidina per il rischio di crisi ipertensive. Da evitare anche la contemporanea somministrazione di farmaci quali fenitoina, aspirina, aminopirina e fenotiazine che, legando in maniera competitiva l'albumina (principale proteina di trasporto del farmaco), possono aumentarne la quota libera di clomipramina e quindi l'effetto.