E il 4 settembre 1965 morì, ormai novantenne, poco dopo sua moglie, nel suo amato villaggio africano di Lambaréné, e lì fu sepolto. Migliaia di canoe attraversarono il fiume per portare l'ultimo saluto al loro benefattore, che sarà seppellito presso l'ansa del fiume. I giornali occidentali ne annunciarono la morte: «Schweitzer, uno dei più grandi figli della Terra, si è spento nella foresta.»