Nonostante siano in corso studi per la messa a punto di un vaccino protettivo, attualmente non è possibile prevenire l'infezione da E. Histolytica. Come per tutte le malattie a trasmissione oro-fecale, per ridurre il rischio di contagio è fondamentale, a livello individuale, il rispetto scrupoloso delle norme igieniche elementari, che includono un accurato lavaggio delle mani con acqua e sapone dopo aver usato il bagno, dopo aver cambiato i pannolini e prima di maneggiare o preparare il cibo.