Gli anni dell'Ottocento furono i più fortunati per Hahnemann: la sua pratica a Torgau andava bene, ed fu lì che pubblicò l'"Organon della medicina razionale" (1810). Nel 1811 si trasferì a Lipsia, dove insegnò all'università e dove pubblicò la prima edizione della sua "Materia Medica", con i risultati dei suoi test. Ma l'"Organon" non fu solo un testo di medicina, bensì una radicale condanna dei sistemi medici contemporanei, un attacco che egli stesso dichiara essere dello stesso tenore di quello di Martin Lutero alla Chiesa cattolica.