L'endoscopia (sigmoidoscopia e colonscopia) è un test invasivo che generalmente non viene utilizzato per fare una diagnosi iniziale di CDI a meno che non vi sia un alto livello di sospetto indipendentemente dai normali risultati dei test delle feci. Nei pazienti con PMC, il rilevamento si basa sulla visualizzazione diretta mediante sigmoidoscopia o colonscopia. Sebbene l'endoscopia sia necessaria per la diagnosi specifica di PMC, non è sufficiente per diagnosticare tutti i casi di CDAD. La colonscopia in pazienti con colite fulminata aumenta il rischio di perforazione intestinale. La tomografia computerizzata (TC), come metodo non invasivo con bassa sensibilità e specificità, è usata raramente per fare la diagnosi iniziale di PMC o CDI fulminante. Può essere utile per valutare la gravità della malattia e determinare la presenza di perforazione.