 L'Isoflurano è controindicato in pazienti con sensibilità nota all'isoflurano e ad altri anestetici alogenati, in pazienti con predisposizione genetica nota o sospetta all'ipertermia maligna, in interventi ostetrici, in pazienti con precedenti di ipertermia maligna e in quelli che a seguito di somministrazione di anestetici alogenati, abbiano evidenziato disfunzione epatica, ittero o febbre di origine sconosciuta, leucocitosi o eosinofilia. 