Le aflatossine sono prodotte dal metabolismo secondario (vale a dire il metabolismo indotto in un organismo vegetale da fattori esterni) di alcune specie di microfunghi filamentosi quali, ad esempio, l’Aspergillus flavus e l’Aspergillus parasiticus. Possono svilupparsi durante la coltivazione, il raccolto e l'immagazzinamento su numerosi prodotti di origine vegetale come i cereali (con particolare riferimento al mais), i semi oleosi (come le arachidi), le spezie, le granaglie, la frutta secca ed essiccata.