Parallelamente sviluppò la propria teoria sui disturbi cronici: nel 1827 comunicò ai suoi due allievi più fidati di avere scoperto le cause di tutti i disturbi cronici così come le medicine per curarle, che pubblicò nel discusso trattato "Le malattie croniche". Secondo Hahnemann, tutte le malattie croniche, tranne quelle causate dalla medicina ortodossa o da un cattivo stile di vita, erano causate da quattro "miasmi": sifilide, sicosi, tubercolosi e psora. Contraddicendo i suoi stessi principi, Hahnemann aveva sperimentato i suoi prodotti soprattutto sui suoi pazienti cronici, cosa che lo portò ad attribuire alle medicine una serie di sintomi causati in realtà dalla malattie croniche.