L'elettroanalgesia ancora oggi per molti versi è da considerare una forma di conoscenza sostanzialmente empirica. Per questa ragione non c'è totale accordo sul meccanismo ipotizzato di funzionamento. Generalmente per giustificarne i principi si invoca la teoria del "Gate Control", ma questa teoria è nata autonomamente per altri scopi, ed ha un carattere più generale, finalizzato alla comprensione dei meccanismi di base della trasmissione del dolore. Questa teoria inoltre non soddisfa pienamente la comprensione completa dei meccanismi del dolore cronico, in quanto le aspettative che genera non sono sempre coerenti con la pratica clinica. Ad esempio alcune manifestazioni del dolore cronico slegate dalla linearità del rapporto causa-effetto rispetto allo stimolo nocicettivo (es. memoria, allodinia, iperalgesia), non sembrano rispettare il comportamento della risposta algica ipotizzabile dalla teoria. Stessa osservazione nasce dal fallimento di farmaci analgesici particolarmente efficaci. In diversi modi ed in diversi settori della ricerca scientifica si cercano spiegazioni integrative che permettano di far evolvere il modello standard del sistema dolore in termini funzionali di comportamento, specie di quello cronico.