Cornil si specializzo in anatomia patologica, e contribuì nei settori della bateriolgia, istologia e anatomia microscopica. Nel 1863 Cornil dimostrò evidenze istologiche che supportavano l'idea di Guillaume Duchenne delle paralisi poliomielitiche. Con l'austriaco Richard Heschl (1824-1881) e Rudolph Jürgens di Berlino, fu il primo ad usare il violetto di metile in istologia. Nel 1864 fu il primo fisico a desrivere l' artrite nei bambini, ovvero la artrite idiopatica giovanile malattia di Still (Sir George Frederic Still 1868-1941).