Y= tempo di annealing, dipende da quanto la sequenza dei primers è complementare al templato Z= dipende dalla lunghezza del frammento, per frammenti piccoli (500bp) sono sufficienti 30'' per frammenti molto lunghi si può arrivare anche a 4' K= numero di cicli, dipende da quanto templato si deve ottenere, solitamente 25-40 cicli.Nelle reazioni di PCR in cui si è dovuto amplificare anche il tratto contenente le ripetizioni CGG alla mix di reazione sono state aggiunte 1,4 M di BETAINA e 5% 95° x 10' 95° x 30''X x Y 72° x Z 72° x 10' 4° x  x1 x1 x KDMSO per aumentare la resa della reazione poichè i tratti ricchi in GC sono difficili da amplificare perchè acidificano la reazione.