Vi sono casi di PML causati da agenti farmacologici, sebbene non sia del tutto chiaro se ciò possa essere attribuibile almeno in parte alla precaria risposta immunitaria o a farmaci specifici. Ad ogni modo, tali vanno considerati il rituximab, l'infliximab, il natalizumab, l'efalizumab, i chemioterapici, i corticosteroidi ed alcuni farmaci relativi ai trapianti come il tacrolimus.