L'eziologia della Sindrome del QT breve non è ancora chiara al momento. Una delle ipotesi ad oggi è che sia causata dall'aumento dell'attività delle correnti di potassio in uscita, nella fase 2 e 3 del potenziale d'azione. Questo provocherebbe un accorciamento della fase di plateau (fase 2), abbreviando quindi l'intero potenziale d'azione e portando ad una complessiva riduzione dei periodi refrattari e dell'intervallo QT.