L'aspetto di questo batterio alla colorazione di Gram è quello di un piccolo cocco Gram-positivo anaerobo facoltativo. I membri del genere sono noti per produrre grandi quantità di acido lattico per questo motivo alcune specie appartenenti al genere Atopobium sono stati inizialmente identificati come Lactobacillus sp. Fu, infatti, nel corso di uno studio di lattobacilli vaginali che l'A. vaginae fu identificato (Rodriguez 1999).