Durante i primi mesi della Guerra civile inglese fu accusato di stregoneria e la "Società degli speziali" cercò di tenere a freno la sua pratica. Disgustato si unì a un gruppo, nell'agosto del 1643, e combatté alla prima battaglia di Newbury, dove svolse il compito di chirurgo di guerra. Culpeper tornò di nuovo a Londra dopo aver subito un grave infortunio al torace da cui non si riprese mai. Lì, in collaborazione con l'astrologo repubblicano William Lilly, scrisse l'opera "A Prophesy of the White King", che predisse la morte del re.