Similmente all'influenza e al SARS-CoV, il SARS-CoV-2 infetta e distrugge gli alveoli. Al collasso della barriera cellulare separante gli alveoli dai vasi sanguigni, liquido dai vasi penetra gli alveoli bloccando il trasporto dell'ossigeno al sangue. Una reazione eccessiva del sistema immunitario può peggiorare il danno ai tessuti, che se irreversibile può risultare letale. Ma analogamente al SARS-CoV e MERS-CoV il danno non si ferma ai polmoni. Un'infezione da SARS-CoV-2 può scatenare una risposta immunitaria eccessiva e può causare una tempesta di citochine che può condurre a un'insufficienza multipla d’organo e alla morte.