Seiler et al. [24] descrissero un sistema di localizzazione elettromagnetico per aiutare la navigazione nel trattamento con protoni. Questa tecnologia presenta una sorgente esterna ed una ricevente impiantata. La sorgente è composta da 6 bobine d'orientamento diverso che sono eccitate di seguito, al fine di procurare segnali differenti per la iangolazione. Questo sistema è impiantabile grazie alle dimensioni relativamente piccole della bobina ricevente, sebbene l'uso di accessori cablati per fornire potere alla tr sonda ed estrazione da essa ne limiti l'applicazione. Seiler notò che gli oggetti conducenti vicini, come l'unità di trattamento, alteravano il campo magnetico deformando le misurazioni.Lo sviluppo maggiore venne dalle Calypso Medical Technologies; idearono un transponder elettromagnetico impiantabile, alimentato tramite induzione, il quale non richiedeva conduttori esterni e permetteva largo impiego ed impianto permanente. Esperimenti su un sis che esso è capace di mantenere un'accuratezza millimetrica alla condizione di operare con un tipico acceleratore lineare. [24] Figura 28: Consolle ed array del sistema di controllo elettromagnetico Calypso.Oltre al posizionamento, questo sistema presenta un modello usato per il monitoraggio della terapia. Senza i problemi dosimetrici della fluoroscopia, si può procurare una traccia continua relativa alla posizione dei markers durante il trattamento. [24] Figura 29: tracce di esempio sul movimento prostatico intra-trattamento osservato usando transponder elettromagnetici impiantati.Nei primi studi clinici con questo sistema, Kupelian et al. [24] osservarono un movimento intra-trattamento della prostata in circa il 15% dei pazienti trattati nei tre istituti partecipanti. Essi valutarono che lo spostamento prostatico eccedeva di 5 mm rispetto alla posizione iniziale, per almeno 10 secondi durante una seduta radioterapica.Litzenberg et al. [47] condussero uno studio per stimare l'impatto dell'intervento intraazionale sui margini. Valutarono 11 pazienti prostatici in posizione supina attraverso l'impianto di 3 transponder monitorizzandoli per circa 8 minuti. Conclusero che i margini potevano essere notevolmente ridotti riposizionando i soggetti prima di ogni seduta, radiograficamente od elettromagneticamente. 