Una prognosi migliore è stata associata a un trattamento precoce, nessun requisito di ricovero in terapia intensiva e encefalite autoimmune non paraneoplastica. La risposta al trattamento e il tasso di ricaduta variano tra i pazienti con encefalite autoimmune. La metà dei pazienti con encefalite anti-NMDAR fallisce l'immunoterapia iniziale e può richiedere opzioni di trattamento di seconda linea, con recidive che si verificano nel 12% dei casi. Le recidive possono verificarsi nel 31% dei pazienti con encefalite anti-LGI1 e nel 10% di quelli con encefalite anti-CASPR2, a volte anni dopo il primo episodio. Circa il 33% dei pazienti con encefalite anti-LGI1 rimane disabile, principalmente a causa di problemi nella memoria.