Per sintetizzare la porzione peptidica della Daptomicina viene impiegato il meccanismo della sintesi proteica non ribosomiale (NRPS). Il macchinario biosintetico dell'NRPS comprende una linea di enzimi multimodulari assemblati che contengono un sito per ogni monomero di amminoacido incorporato. In ogni singolo modulo ci sono domini catalitici che operano l'allungamento della catena peptidica. Il peptide in allungamento è covalentemente legato da un dominio per la tiolazione (T); qui interviene la proteina trasportatrice di peptidi (PCP), che trasporta il peptide da un dominio catalitico all'altro. Anche il dominio Apo-T must be primed to the holo-T domain via a PPTase, attaching a flexible phosphopantetheine arm to a conserved serine residue. An adenylation (A) domain selects the amino acid monomer to be incorporated and activates the carboxylate with ATP to make the aminoacyl-AMP. Next, the A domain installs an aminoacyl group on the thiolate of the adjacent T domain (PCP). The condensation (C) domain catalyzes the peptide bond forming reaction, which elicits chain elongation. It joins an upstream peptidyl-S-T to the downstream aminoacyl-S-T (Figure 7). Chain elongation by one aminoacyl residue and chain translocation to the next T domain occurs in concert. The order of these domains is C-A-T. In some instances, an epimerization (E) domain is necessary in those modules where L-amino acid monomers are to be incorporated and epimerized to D-amino acids. The domain organization in such modules is C-A-T-E.