La somministrazione concomitante di pentostatina e fludarabina può essere associata a grave o fatale tossicità polmonare. In alcuni pazienti sottoposti contemporaneamente a terapia con allopurinolo e pentostatina si sono osservate anomalie delle funzionalità renale ed epatica e in un paziente si è sviluppata una vasculite necrotizzante fatale.