La colonscopia è un esame invasivo, generalmente non richiede ricovero ospedaliero e viene eseguito dal medico in ambulatorio. Consiste nell'introduzione nell'intestino, attraverso l’ano, di un sottile tubo flessibile (colonscopio) di lunghezza variabile contenente una piccola telecamera ed uno, o più, canali attraverso i quali è possibile introdurre strumenti vari (pinze da biopsie, aghi) per la rimozione di polipi o per aspirare gas o liquidi. 