La cosiddetta diagnosi differenziale, vale a dire l'individuazione della causa esatta del disturbo tra le tante possibili, è importantissima ai fini della terapia perché consente di distinguere la congiuntivite virale e batterica (infettiva) dalle altre forme (allergiche o da contatto) nonché dalle possibili malattie dell’occhio che possono presentare disturbi simili come, ad esempio, la cheratite, la cheratocongiuntivite, l'uveite.