La betaistina può anche causare diversi effetti collaterali correlati alla digestione. Il foglietto illustrativo di Serc, un nome commerciale per la betaistina, afferma che i pazienti possono manifestare diversi effetti collaterali gastrointestinali. Questi possono includere nausea, mal di stomaco, vomito, diarrea e crampi allo stomaco. Questi sintomi di solito non sono gravi e diminuiscono tra le dosi. I pazienti con problemi digestivi cronici possono ridurre la dose al minimo efficace e assumendo betaistina ai pasti. Ulteriori problemi digestivi possono richiedere ai pazienti di consultare il proprio medico al fine di trovare una possibile alternativa adatta.