Dopo che il Québec smise di processarlo nel 1976, Morgentaler aprì una clinica per aborti in Ontario. Nonostante i procedimenti penali, lo fece anche in altre province. Nel 2003 poté chiudere le sue cliniche di Halifax perché un medico che aveva formato ora praticava gli aborti in un ospedale locale, il QEII Health Sciences Centre.