Il polmone possiede una vascolarizzazione termino-terminale (senza anastomosi fra i diversi territori di pertinenza di un vaso arterioso), perciò ogni qualvolta sia presente un'occlusione di un vaso arterioso tributario a un determinato distretto, è possibile rilevare questa alterazione alla scintigrafia perfusoria come un'area di "minus" (spesso "a cuneo"), accompagnata da una ventilazione allo stesso livello non alterata. In generale, una scintigrafia perfusoria negativa esclude la diagnosi di TEP, mentre se positiva non consente da sola di formularla, in quanto anche altri processi che alterano il parenchima polmonare (infezioni, neoplasie, atelectasie, BPCO, ecc...) possono produrre il medesimo quadro scintigrafico. La tecnica possiede quindi un'elevata sensibilità, ma una bassa specificità. Per aumentare quest'ultima si è quindi proposto di abbinare all'esame di perfusione dapprima la scintigrafia ventilatoria e successivamente la radiografia del torace. Queste associazioni di tecniche sono state prese in esame in 2 studi: il PIOPED (Prospective Investigation Of Pulmonary Embolism Diagnosis), che utilizza la scintigrafia ventilatoria assieme alla perfusoria, ed il PISA-PED (Prospective Investigation Study of Acute Pulmonary Embolism Diagnosis) che utilizza la radiografia del torace per valutare la ventilazione polmonare. Nel PIOPED i pazienti sono classificati come a probabilità alta, intermedia o bassa di TEP, mentre nel PISA-PED i pazienti sono divisi in affetti e non affetti da TEP.