Disturbi del ciclo dell'urea distale, come citrullinemia, aciduria argininosuccinica e argininemia sono inclusi nei programmi di screening neonatale in molte giurisdizioni che utilizzano la spettrometria di massa in tandem per identificare gli aminoacidi chiave. I difetti del ciclo dell'urea prossimale, come il deficit di ornitina transcarbamilasi e il deficit di carbamoil fosfato sintetasi non sono inclusi nei pannelli di screening neonatale perché non vengono rilevati in modo affidabile utilizzando la tecnologia attuale e anche perché i bambini gravemente colpiti presenteranno sintomi clinici prima che siano disponibili i risultati dello screening neonatale. Alcune regioni affermano di effettuare lo screening per la sindrome HHH (iperammonemia, iperornitinemia, omocitrullinuria) in base al rilevamento di livelli elevati di ornitina nella macchia secca del sangue di screening neonatale, ma altre fonti hanno dimostrato che le persone colpite non hanno ornitina elevata alla nascita.