La maggior parte delle tonsilliti è causata da una infezione da parte degli stessi virus che causano il raffreddore (rinovirus), l’influenza o manifestazioni simili all’influenza. Se è provocata da batteri, la causa più frequente è una infezione da streptococco beta emolitico di gruppo A (Streptococcus pyogenes) e, in questo caso, è associata spesso alla faringite (faringo-tonsillite).