Sostanze quali il caolino e la loperamide, da soli o in associazione, sono efficaci nel diminuire la quantità delle evacuazione. Sostanze specifiche ad azione topica quali la mesalazina o la budesonide possono essere usate nei casi resistenti alla terapia anti-diarroica con buoni risultati. Nei casi gravi possono essere usati farmaci ad effetto sistemico quali l'azatioprina e i corticosteroidi.