In corso di terapia con metazolamide è possibile osservare riduzione dell'appetito, malessere generale, affaticamento, nausea, vomito, diarrea, sonnolenza, confusione mentale, alterazioni del gusto, alterazioni della visione, disturbi dell'udito, tinnito. In rari casi si possono verificare discrasie ematiche quali agranulocitosi, neutropenia ed anemia aplastica. Raro è pure il verificarsi di una sindrome di Stevens-Johnson.