Si formano in seguito all'adesione di prodotti del catabolismo o di sostanze derivate da farmaci. I pigmenti possono essere endogeni, ossia formati nell'organismo, come l'emoglobina nelle anemie emolitiche, la mioglobina nella rabdomiolisi e la bilirubina in alcune malattie epatiche; talvolta derivano da farmaci, come la fenazopiridina.