Gli ascessi polmonari sono causati principalmente da streptococchi aerobi e anaerobi, dallo "Staphylococcus aureus" e batteri saprofiti gram negativi; spesso le infezioni sono miste a causa dell'inalazione accidentale di materiale estraneo. Nel 60% dei casi vengono isolati germi presenti normalmente nel cavo orale, tra questi si riscontrano membri di "Bacteroides", "Fusobacterium", "Peptococcus". Gli agenti responsabili possono avere accesso al parenchima polmonare con i seguenti meccanismi: