Nel 1968, fu reclutato dal premio Nobel Salvador Luria al Department of Biology del MIT come professore socio di microbiologia. Alice S. Huang si trasferì anch'essa al MIT per continuare la sua ricerca sui virus della stomatite vescicolare(VSV). Diventarono una coppia e si sposarono nell'ottobre del 1968. Al MIT, Huang, Baltimore, e la laureanda Martha Stampfer scoprirono che il VSV coinvolgeva una RNA polimerasi RNA-dipendente all'interno della particella virus e usava una nuova strategia di replicazione per replicare il proprio genoma RNA. VSV entrava nella cellula ospite come un singolo tratto negativo di RNA, ma portava con sé l'RNA polimerasi per stimolare il processo di trascrizione e replicazione di altro RNA.