L'epatite D come altre infezioni virali provoca necrosi e infiammazione epatica. Nella fase acuta si osservano infiltrati intralobulare di cellule infiammatorie (linfociti, macrofagi) ed una eosinofilia citoplasmatica. Nell'epatite cronica si osserva necrosi periportale spesso accompagnata da alterazioni nodulari.