Amaduzzi non fu soltanto un erudito raffinato, come aveva appreso alla scuola di Bianchi, ma sempre dimostrò un acceso spirito critico in campo filosofico, che non risparmia neppure il suo maestro. (Dopo la sua morte, Amaduzzi celebra Bianchi con un "Elogio sull'Antologia Romana", in cui si legge: «Mancò di un certo criterio, per il che fu soggetto talvolta a qualche paralogismo», cioè a sillogismi falsi con apparenza di verità.) Con i propri discorsi filosofici, Amaduzzi rovescia le posizioni emergenti dalle leggi accademiche dei Lincei planchiani. In queste leggi, la lettura delle opinioni dei «dottissimi filosofi» ed «uomini eruditissimi» si antepone all'«investigazione della stessa natura».