La tiroidite autoimmune è associata ad altre malattie immuno-mediate come il diabete mellito di tipo 1, l'anemia perniciosa, la miastenia grave, la malattia celiaca, l'artrite reumatoide e il lupus eritematoso sistemico. Si può verificare come parte della sindrome poliendocrina autoimmune (tipo 1 e tipo 2).