I primi studi clinici con imatinib iniziarono nella seconda metà del 1998 negli USA e nella prima metà del 1999 in Italia e in altri paesi europei. I primi risultati non tardarono a confermare le aspettative sorte dopo i test in laboratorio: nella maggior parte dei pazienti trattati i valori dell'emocromo si normalizzavano, se elevati, entro 2-4 settimane. Ma il risultato più importante arrivò dopo alcuni mesi. Infatti già a tre-sei mesi dall'inizio della terapia circa la metà dei pazienti mostrava una risposta citogenetica, generalmente completa. Questo risultato non era mai stato raggiunto nei precedenti 15 anni di tentativi. La percentuale di pazienti in risposta citogenetica saliva poi ulteriormente nei successivi mesi fino a raggiungere un valore di circa 70-80%.