Durante la permanenza a Sumatra Gamondi si trovò ad affrontare diverse situazioni pericolose: in un'occasione fu assalito da una tigre, rimanendo gravemente ferito ad un braccio; successivamente, nel settembre 1958, fu coinvolto in un altro incidente, il più significativo, in compagnia del collega Caffarelli. I due medici si trovavano su un'auto guidata da un autista indigeno e all'improvviso, giunti quasi a destinazione, si trovarono bersaglio delle armi da fuoco dei rivoltosi. Gamondi fu colpito gravemente ad una gamba e ad un braccio; il collega invece, ferito in modo più lieve, fu in grado di muoversi e andare a cercare soccorsi. Arrivarono a Napoli il 18 Dicembre 1955, ma nonostante le numerose cure, la ferita alla gamba di Gamondi aveva sviluppato un'infezione; dovette perciò sottoporsi ad un ulteriore intervento chirurgico a Milano che fortunatamente gli salvò la gamba impedendone però il recupero della piena funzionalità, tanto che la zoppia lo accompagnò per tutta la vita.