Una volta ottenuto a Brescia il diploma di maturità scientifica, Magrassi si iscrisse al corso di laurea in medicina e chirurgia presso l'Università di Padova; durante il corso degli studi fu allievo interno per i primi tre anni dell'istituto di istologia diretto da Tullio Terni, successivamente nella clinica medica generale diretta da Cesare Frugoni, amico di vecchia data della famiglia Magrassi che apparteneva alla scuola padovana diretta da Pietro Grocco.