Lusitano nacque da una famiglia di marrani chiamata "Chabib" (= "Amatus" in latino). Dopo aver conseguito la laurea con lode presso l'Università di Salamanca, lasciò il suo paese natio a causa dell'Inquisizione, andando prima ad Anversa, e poi viaggiando tra i Paesi Bassi e la Francia, per stabilirsi infine in Italia. La sua reputazione di medico, tra i più abili del suo tempo lo aiutò, e durante il suo breve soggiorno a Venezia, entra in contatto con il medico e filosofo Jacob Mantino, che frequentò la nipote di Papa Giulio III e di altri personaggi illustri.