Gli esami che riconoscono proteine specifiche (antigeni) di Entamoeba nelle feci, permettono anche di distinguere E. histolytica dalle altre specie innocue, ma non vengono spesso utilizzati nella pratica clinica essendo molto costosi. Al contrario, la tecnica molecolare “Polimerase Chain Reaction” (PCR), che permette di analizzare il DNA del parassita nelle feci, rappresenta il metodo migliore non solo per rilevare l'infezione ma anche per distinguere le forme di Entamoeba pericolose da quelle innocue. Tuttavia, il suo utilizzo richiede attrezzature specializzate e non è sempre possibile nei Paesi in via di sviluppo.