Oltre agli ostacoli economici di molti paesi del mondo, esistono ancora degli ostacoli tecnici. Innanzitutto per alcune patologie l'azione dei soli anticorpi può non bastare per eradicare l'infezione e quindi il vaccino, sebbene parzialmente utile, diventa inefficace. In secondo luogo, tutto dipende dall'organismo che si sta cercando di combattere. Virus come quello dell'influenza o dell'HIV sono soggetti ad una mutazione elevatissima (è stato calcolato che il virus HIV in un individuo sieropositivo è in grado di mutare in tutte le varianti possibili in un solo giorno) e quindi lo sviluppo di risposte verso uno o alcuni antigeni diventa inutile per eradicare l'infezione e la difesa dell'organismo.