Morì improvvisamente nel 1609. La sua reputazione ed influenza, tuttavia, crebbero notevolmente dopo la sua morte: tra i primi ad accorgersi del suo valore vi fu Robert Burton nel suo "Anatomia della malinconia". Nel 1618 Croll fu ritenuto uno dei più illustri protagonisti dell'alchimia nella "Basilica Philosophica" di Johann Daniel Mylius, che gli dedicò un emblema accanto al motto: