Se la proliferazione delle cellule maligne nei tessuti tumorali è superiore a quella dei tessuti in normale replicazione, methotrexate compromette la crescita tumorale senza arrecare danni irreversibili ai tessuti normali. Tuttavia l'inibizione dello sviluppo e della proliferazione anche delle cellule non-cancerose, comporta una serie di effetti indesiderati più sotto elencati.