La ciclofosfamide è l'agente alchilante più diffusamente utilizzato. Benché possieda attività antineoplastica e venga spesso utilizzato quindi per la cura dei tumori (particolarmente efficace risulta nelle forme di cancro che coinvolgono il sistema immunitario), trova il suo maggiore impiego nelle malattie autoimmuni come potentissimo farmaco immunosoppressore. Viene infatti utilizzato per