A scopo classificativo si possono differenziare le infezioni delle vie urinarie basse da quelle alte (comprendenti la pielonefrite acuta), e da quelle perirenali, anche se tale distinzione scolastica, valida nella maggior parte dei casi, può non corrispondere sempre ad una altrettanto agevole distinzione clinica. Questa, infatti, può essere sorprendentemente difficile, come già detto, a causa della varietà delle sindromi cliniche comprese in questo gruppo di infezioni: dalla sindrome disuria-pollachiuria alla pielonefrite conclamata; dalla batteriuria sintomatica a quella asintomatica. Risulta evidente come la capacità del clinico di definire con precisione la causa della sintomatologia delle vie urinarie o il punto anatomico interessato sia abbastanza limitata. Da una parte vi sono le presentazioni tipiche di pielonefrite acuta: una paziente che si presenta con febbre, dolore lombare acuto e segni che suggeriscono una sepsi da Gramnegativi; dall'altra vi è le difficoltà rappresentata dall'assenza di tali caratteristiche che non esclude la presenza di un coinvolgimento renale, ossia una pielonefrite occulta .