Il fattore V di Leiden è una variante genetica autosomica dominante, condizione che si esprime con dominanza incompleta, e porta ad un fattore V che non può essere facilmente degradato dalla proteina C attivata. Il gene che codifica per la proteina è "F5". La mutazione di questo gene—una mutazione puntiforme (in inglese Single Nucleotide Polymorphism, SNP) è localizzata nell'esone 10. L'alterazione consiste in una sostituzione missenso che cambia un amminoacido da arginina a glutammina. La posizione iniziale della variante genetica può essere la posizione 1691 o 1746.