Le tossine primarie prodotte da questo batterio sono le tossine A (un'enterotossina) e B (una citotossina), che inducono aumento della permeabilità dell'epitelio intestinale, apoptosi e necrosi delle cellule dell'ospite stimolando la produzione di citochine e provocando infiammazione. Le tossine del "Clostridioides difficile" sono fattori di virulenza necessari sia negli animali che nell'uomo in quanto i ceppi non produttori di tossine non provocano malattie. Sebbene le prove abbiano indicato la tossina A come la principale tossina, ceppi di "C. difficile" che producono solo la tossina B causano lo stesso spettro di malattie dei ceppi produttori di entrambe le tossine. Le tossine A e B sono i principali fattori di virulenza di "C. difficile" che danno il contribuito prevalente alla sua patogenicità, caratterizzata da infiammazione della mucosa, diarrea e molto spesso formazione di pseudomembrane composte da detriti necrotici, cellule infiammatorie e fibrina. Oltre alle principali tossine, il "C. difficile" può produrre una serie di altri presunti fattori di virulenza, tra cui la tossina binaria CDT, la proteina legante la fibronectina FbpA, le fimbrie, lo strato S SlpA, la proteasi della cisteina Cwp84 e le proteine di superficie Cwp66 e CwpV.