È medica e consiste in lunghi cicli di antibiotici, allo scopo di essere sicuri di aver eliminato in maniera radicale i microorganismi dalle vie urinarie; farmaci molto usati a questo scopo sono i chinoloni, in quanto vengono specificamente eliminati con le urine e quindi raggiungono più facilmente di altre classi di molecole la zona infetta (anche se il rene riceve il 20% della gittata cardiaca di sangue, solo il 10% di questa frazione va alla midollare; di conseguenza, anche la mancanza di una buona irrorazione sanguigna della zona favorisce l'instaurarsi di infezioni che, per gli stessi motivi, sono più resistenti alla maggior parte delle terapie, come ad esempio quelle basate sui beta-lattamici).