L'idrossiclorochina è usata per trattare il lupus eritematoso sistemico, i disturbi reumatici come l'artrite reumatoide, la porfiria cutanea, la febbre Q e alcuni tipi di malaria. È considerato un trattamento di prima scelta per il lupus eritematoso sistemico, per alcuni tipi di malaria, in caso di ceppi resistenti e casi complicati che richiedono diversi farmaci aggiuntivi.