Nei soggetti in trattamento possono verificarsi disturbi gastrointestinali (stomatite, dispepsia, nausea, vomito, diarrea, sanguinamento gastrointestinale) e del sistema nervoso (letargia, confusione mentale, mioclonie, spasmi muscolari, convulsioni). Raramente durante terapia con dicloxacillina è stata segnalatala la comparsa di colite pseudomembranosa.