Gentamicina può essere utilizzata per via intratecale per il trattamento di meningiti sostenute da batteri gram negativi, tuttavia: la possibilità di ricorrere a cefalosporine di terza generazione e altri antibiotici ha reso l'impiego di questa tecnica assai meno diffuso che in passato. Il trattamento intratecale negli adulti prevede la somministrazione, una sola volta al giorno, di 4–10 mg di antibiotico, mentre nei bambini la dose si riduce a 1–2 mg, sempre una volta al giorno.