Nelle donne, la terapia con levotiroxina a lungo termine è stata associata ad una diminuita densità ossea, in particolare nelle donne in post-menopausa che ricevono dosi soppressive del farmaco; si raccomanda perciò, di assumere la minima dose necessaria ad ottenere la risposta desiderata.Non sono invece stati riscontrati effetti negativi sulle ossa in un piccolo gruppo di adolescenti (n=21) trattate per 1 anno con levotiroxina.