La TBC extrapolmonare può colpire vari organi e apparati come linfonodi (25%), pleura (20%), tratto genito-urinario (15%), ossa (10%-la localizzazione osteoarticolare più frequente è la colonna vertebrale), meningi (5%). La TBC miliare è caratterizzata da piccole lesioni a forma di seme di miglio, che si diffondono rapidamente dai polmoni ai visceri (soprattutto reni).