Il farmaco è soggetto a deaminazione da parte dell'enzima adenosina deaminasi e trasformazione in inosina. Questo metabolita possiede ancora attività antivirale, ma la stessa è circa 10 volte meno potente rispetto a vidarabina. Il 60% del composto eliminato dall'emuntorio renale è escreto come 9-β-D -arabinofuranosilipoxantina nelle urine.