Purtroppo, a causa dei bombardamenti su Bologna durante la seconda guerra mondiale l'Ospedalino fu completamente distrutto nel 1944. Finito il conflitto, la struttura, sotto il controllo dell'Opera Pia, iniziò una nuova vita a partire dalla ricostruzione iniziata nel 1948. Con il passare degli anni e a seguito della nascita di altri centri specialistici bolognesi, l'Ospedalino si trasformò in un collegio per fanciulle e in un luogo di accoglienza per anziani. Nel 1970, l'Opera Nazionale Maternità e Infanzia comunicò che l'ente non avrebbe più potuto definirsi ospedale ma solamente istituto.