Nella prima fase del ciclo ("fase follicolare o preovulatoria") la concentrazione di progesterone presente in circolo è molto ridotta, per cui la temperatura si mantiene bassa mentre, dopo l'ovulazione ("fase luteale o postovulatoria"), quando la concentrazione di progesterone si incrementa, anche la temperatura basale aumenta di qualche decimo di grado e si mantiene più alta rispetto a tutti i valori della fase preovulatoria, fino alla mestruazione successiva.