Al di là del nome, gli SSRI non sono completamente selettivi verso il loro target farmacologico, dato che dimostrano una spesso non trascurabile affinità per altri meccanismi: ad esempio la paroxetina è nota per interagire con i recettori colinergici e ciò è causa di effetti collaterali. Inoltre la modulazione del tono serotoninergico è noto alterare indirettamente altri sistemi trasmettitoriali (come ad esempio quello dopaminergico) che possono contribuire sia all'instaurarsi dell'effetto terapeutico che di quelli collaterali.