Mentre il trattamento potrebbe non essere necessario per le stomatiti aftose minori, che tendono a risolversi da sole nel corso di una o due settimane, le ulcere grandi, persistenti o insolitamente dolorose possono richiedere cure mediche. Gli obiettivi del trattamento sono sintomatici: diminuire il dolore, accelerare la guarigione ed evitare le recidive. Sebbene nessuna terapia soddisfi tutti questi obiettivi, molte offrono alcuni vantaggi.