La porzione di respiro mixed-expiratory rappresenta però quella che può essere raccolta più facilmente: non richiede infatti una raccolta selettiva, dal momento che viene immagazzinata tutta l'aria espirata dal soggetto. Allo stesso tempo, a causa della presenza di contaminazioni provenienti dall'ambiente, dal naso e dalla bocca, essa potrebbe non rappresentare un campione di respiro di alta qualità e ricco di VOCs significativi. Per questo motivo, esiste il rischio concreto di identificare un VOC esogeno come biomarcatore di una certa patologia. La raccolta della porzione di respiro late-expiratory consiste nello scartare la porzione di aria espirata nei primi secondi di manovra espiratoria e nel raccogliere la porzione di aria rimanente. Questo consente di ottenere un campione di aria più ricco di VOCs endogeni rispetto a quello mixed-expiratory, minimizzando il contenuto di composti esogeni.