Altre condizioni che possono assomigliare alla sprue tropicale devono essere differenziate. La celiachia (nota anche come sprue celiaca o enteropatia sensibile al glutine), presenta sintomi simili alla sprue tropicale, con l'appiattimento dei villi e l'infiammazione dell'intestino tenue ed è causata da un disturbo autoimmune in soggetti geneticamente sensibili innescato dal glutine ingerito. Il malassorbimento può anche essere causato da infezioni da protozoi, tubercolosi, HIV / AIDS, immunodeficienza, pancreatite cronica e malattia infiammatoria intestinale. L'enteropatia ambientale è una condizione subclinica meno grave simile a quella tropicale.