Con il colpo di Stato del 1955 il Ministero confluì nel neonato Ministero dell'assistenza sociale per esser poi soppresso nel corso dello stesso anno dal Presidente Pedro Eugenio Aramburu. Tre anni dopo il Presidente Arturo Frondizi reistituì il Ministero dell'assistenza sociale e della salute pubblica, soppresso nuovamente nel 1966 da Juan Carlos Onganía e accorpato al Ministero del benessere sociale.