Si tratta di una situazione più comune della precedente ed è responsabile di circa l'80% delle ricadute (Stamey 1972). È definita come un'infezione causata da un organismo differente da quello responsabile del primo episodio, e si presenta dai 7 ai 10 giorni dopo l'eliminazione della batteriuria, che costituisce la cosiddetta "risposta microbiologica", ottenuta con un trattamento appropriato.La reinfezione può essere sostenuta dallo stesso germe iniziale, nel caso la terapia non sia stata sufficiente a sterilizzare il reservoir fecale. In questo caso, la distinzione dalla recidiva può essere difficile ma la recidiva è poco probabile se la paziente non presenta batteriuria e piuria per i 21 giorni successivi al completamento della terapia (Stapleton e Stamm 1997).A differenza della recidiva, la reinfezione non rappresenta un fallimento terapeutico nell'eradicazione dell'infezione ma è dovuta ad una nuova invasione del sistema urinario.In questo caso sono consigliate in genere misure profilattiche.