Il metabolismo di buspirone è mediato dal citocromo P450 3A4 (CYP3A4) ed è prevalentemente ossidativo a dar luogo a diversi metaboliti idrossiderivati e ad un metabolita farmacologicamente attivo: 1-pirimidinilpiperazina. Quest'ultimo metabolita sembra possedere approssimativamente il 25% dell'attività del buspirone.