ImageJ possiede un editor di plugin incorporato ed un compilatore Java. Molti plugin scritti dagli utenti gli rendono possibile risolvere molti problemi di processamento delle immagini e di analisi, dalla visualizzazione di cellule viventi tridimensionali, all'image processing in radiologia, il confronto tra i dati di molteplici sistemi di imaging fino a sistemi automatizzati per l'ematologia.