Segni prognostici sfavorevoli sono lo stato comatoso non risvegliabile, l'anemia normocitica severa (ematocrito <15%, emoglobinemia <5g/dL), l'insufficienza renale (creatininemia >3 mg/dL, diuresi 24 h <400 cc negli adulti o <12 cc/kg nei bimbi), edema polmonare, ipoglicemia (<40 mg/dL), collasso cardiocircolatorio, shock, coagulopatia da consumo, sanguinamenti spontanei, convulsioni generalizzate ripetute (>2/24 h, nonostante il raffreddamento con impacchi bagnati), acidosi, emoglobinuria, iperparassitemia (>5% RBC infetti, > parassiti/cc), ittero muco-cutaneo (bilirubinemia totale >3 mg/dL), leucocitosi (non necessariamente per complicanze batteriche).