La prucalopride è controindicata come tutti i farmaci in caso di ipersensibilità al principio attivo o a uno qualsiasi degli eccipienti; in presenza inoltre di grave insufficienza renale, perforazione o ostruzione intestinale, ileo ostruttivo, gravi malattie infiammatorie del tratto intestinale, ad esempio malattia di Crohn, colite ulcerosa o megacolon tossico.