Per l'accertamento (diagnosi) della presenza di malattie genetiche, tuttavia, oggi sono preferiti altri esami, come la villocentesi e l'amniocentesi, che hanno un rischio di aborto più basso. La cordocentesi resta, invece, insostituibile per l'accertamento (diagnosi) della presenza di malattia emolitica feto-neonatale e di alcune infezioni uterine o fetali.