Un passo in avanti verso una migliore comprensione della funzione dei CRISPR avvenne grazie al contributo di Ruud Jansen dell'Università di Utrecht e collaboratori: egli osservò che nei procarioti l'insieme (cluster) di ripetizioni era accompagnato da un set di geni omologhi che aiutavano a costituire i "sistemi associati a CRISPR" ("CRISPR associated system", in sigla geni "cas").