Solo quattro proteine, chiamate S4 per Tet-2, S7 per Tet-6, S9 per Tet-4 e 6 e S17 per Tet-5, vengono a contatto con le tetracicline. S4, S7, S9 e S17 sono proteine di legame all'rRNA; S4 e S7 sono due proteine che incominciano l'assemblaggio della subunità 30S. Dunque, il legame delle tetracicline ai siti Tet-2, 4, 5 e 6 non influenzerebbe il processo di codificazione, ma potrebbe disturbare l'assemblaggio di nuove particelle 30S, contribuendo all'effetto inibente delle tetracicline.