A Milano sono presenti anche diversi ospedali specialistici. L'Istituto ortopedico Gaetano Pini ha le sue origini nella "Scuola dei Rachitici" fondata nel 1874 da Gaetano Pini, a cui poi è stato intitolato l'istituto, e nell'"Ambulatorio ortopedico" realizzato dal suo collaboratore Pietro Panzeri. L'Istituto sieroterapico milanese fu invece fondato nel 1894 dall'immunologo Serafino Belfanti. Dall'aprile 1896, l'Istituto sieroterapico milanese si era costituito in ente morale. Fu uno dei primi istituti di ricerca medica sui vaccini in Europa e, a inizio secolo, il primo produttore di vaccini in Italia (in particolare di siero antidifterico).