Studi di genetica hanno dimostrato l'associazione con geni del sistema immunitario come MHC II [190]; molteplici geni MHC sono associati con un diverso rischio di sviluppare SM, in forma più o meno aggressiva: Sono stati dimostrati infiltrati di Th1 all'interno del SNC. [241]  Sono notevoli le somiglianze tra EAS ed SM dal punto di vista patologico; l'infiammazione del SNC nell'animale è mediata dai Th1. [263]  Nelle placche si trovano molte citochine di tipo Th1 come IL-2, l'IFNγ ed il tumor necrosis factor alfa (TNFα). [54] [337] Alcuni recettori di chemochine specifiche per i Th1, come CCR5 e CXCR3, sono sovraespressi sulle cellule isolate da lesioni di SM e sulle T periferiche in pazienti con SM. [22] [439] Le α chemochine "inducible protein" (IP)-10 e le "monokine induced by interferon gamma" (Mig) sono espresse principalmente dai macrofagi e dagli astrociti reattivi all'interno delle lesioni con attiva demielinizzazione nella SM. [423]  Cloni di linfociti T con recettore specifico contro la MBP si ritrovano nelle placche.[350] Gli studi condotti con la RMN in casi di SM in fase precoce suggeriscono che la maggior parte delle lesioni sia preceduta da un'aumentata permeabilità focale della BEE, dimostrata alla RMN da una captazione del mezzo di contrasto paramagnetico. Questi dati radiologici hanno suggerito che il primum movens della malattia sia la migrazione dei Th1. [25] 