Dal 1803 fu professore di chirurgia presso l'Università di Gottinga, dove lavorò con Konrad Johann Martin Langenbeck (1776-1851), e il suo ex insegnante, August Richter. Nel 1809, Himly fu determinante nello stabilire un nuovo ospedale a Gottinga. Tra i suoi studenti più noti c'erano Karl Friedrich Heusinger (1792-1883), Christian Georg Theodor Ruete (1810-1867) e Friedrich August von Ammon (1799-1861).