La terapia sostitutiva va iniziata prima possibile. La levo-tiroxina è il trattamento di prima scelta e la dose iniziale raccomandata è 10-15 milligrammi per chilo di peso al giorno (mg/kg/die). La levotiroxina, di solito, è commercializzata sotto forma di compresse (in Italia prescrivibili in fascia A, quindi a carico del Servizio Sanitario Nazionale) e recentemente anche sotto forma liquida o in capsule molli. La terapia non va somministrata insieme a sostanze che ne inibiscano l'assorbimento come il ferro, il calcio, il latte di soia.