L'unico episodio controverso nella vita di Ippocrate fu il presunto incendio del Tempio di Asclepio. In occasione di questa sciagura, narra la leggenda, alcune persone testimoniarono di aver visto il medico uscire dal tempio con le tavolette delle divinità. Quelli che osteggiavano le sue teorie l'accusarono di aver trafugato gli scritti. La maggior parte dei suoi concittadini però interpretò diversamente la vicenda, sostenendo che Ippocrate, incarnazione del dio, aveva in realtà salvato le tavole sacre.