Nel 1998 David EI Pyott diventa amministratore delegato della società, un incarico che ricopre fino alla fusione nel 2015. Nel luglio 2002 la società cede le sue attività di chirurgia oftalmica e di lenti a contatto a Advanced Medical Optics (ora Abbott Medical Optics). Nel 2003 il prodotto di punta di Allergan è Botox (tossina botulinica). Nel marzo 2013 la società acquisisce MAP Pharmaceuticals per circa 958 milioni di dollari e a dicembre vende la sua attività di intervento sull'obesità ad Apollo Endosurgery, per un pagamento di 75 milioni di dollari in contanti e 15 milioni di dollari in azioni.