Il palazzo del commendatore, ampliamento cinquecentesco del complesso ospedaliero, fu realizzato durante il pontificato di Pio V e fu dedicato a monsignor Bernardino Cirillo, commendatore dal 1556 al 1575, considerato uno dei più celebri commendatori dell'Istituto. Il palazzo si snoda intorno a un cortile quadrangolare delimitato da un duplice loggiato, con archi sorretti da colonne i cui capitelli sono di ordine dorico per il loggiato inferiore e di ordine ionico per quello superiore. 