Il naloxone può essere usato come antidoto in caso di sovradosaggio di clonidina, un farmaco che riduce la pressione sanguigna. L'overdose da clonidina sono rilevanti nei bambini, in cui anche piccole dosi possono causare danni significativi. Ci sono controindicazioni nel trattamento del sovradosaggio da clonidina: frequenza cardiaca lenta, bassa pressione sanguigna e confusione e sonnolenza. Le dosi utilizzate in letteratura variano, quindi è difficile trarre una conclusione in merito ai reali benefici del naloxone in questo contesto. Il meccanismo non è chiaro, probabilmente è dovuto all'interazione con i recettori endogeni degli oppioidi del sistema nervoso simpatico nel cervello e in altre parti del corpo.