Si descrivono in letteratura un danno selettivo al fegato, alla pelle (rash), alla mucosa e al tratto gastrointestinale. La ricerca più recente indica che altri organi sono interessati ad esempio il midollo osseo e il timo, i polmoni in forma di polmonite immuno-mediata. Alcuni biomarcatori plasmatici, come l'elafina, possono essere usati per ottenere indicazioni prognostiche nei casi di GvHD cutanea. 