Decise quindi di tornare per l'ultima volta in America a cercare fondi per la costruzione di un nuovo laboratorio a Garches, cogliendo l'occasione per iniziare una campagna di propaganda in favore dell'intervento americano in guerra. Al ritorno in Europa nel 1941 rimase profondamente colpito dalla terribile situazione in cui versava la sua Francia, per metà occupata dai nazisti e controllata dal maresciallo Philippe Pétain.. Col governo di Vichy diresse la Fondation française pour l'étude des problèmes humains (INED), per cui fu accusato di collaborare con i nazisti, anche se non vi è alcuna prova certa.