Questo tipo di infiammazione è ritenuta tipica di una risposta immune tipo antigene/anticorpo mediata dal complemento. Un edema dello stroma può essere presente, soprattutto in caso di coinvolgimento endoteliale e di solito supera i limiti dell'infiltrazione. Talvolta l'epitelio presenta una sofferenza diffusa che è possibile sia legata all'infiammazione, all'ipoestesia, alle anomalie lacrimali o alla tossicità dei farmaci utilizzati. Un coinvolgimento dell'endotelio con tutte le conseguenze del caso, è di solito la regola. Le presentazioni cliniche delle cheratiti herpetiche stromali possono assumere caratteristiche particolari quali, l'anello immune, la vasculite limbare e l'uveite.