Oltre ad analizzare i campioni per effettuare il controllo della qualità con risultati noti, i laboratori possono ricevere anche campioni di valutazione della qualità da organizzazioni di regolamentazione esterni. Sebbene lo scopo del controllo di qualità sia quello di garantire che i risultati dell'analizzatore siano riproducibili all'interno di un dato laboratorio, la valutazione esterna della qualità verifica che i risultati di diversi laboratori siano coerenti tra loro e con i valori obiettivo. Programmi esterni di valutazione della qualità sono stati ampiamente adottati nel Nord America e nell'Europa occidentale, e ai laboratori è spesso richiesto di partecipare a questi programmi per mantenere l'accreditamento. Le questioni logistiche possono rendere difficile per i laboratori in aree con risorse insufficienti attuare programmi di valutazione esterna della qualità.