La preoccupazione principale con questo tipo di approccio è che mutazioni alla resistenza per NNRTI vengono osservate comunemente sia nelle madri che nei figli dopo una singola di nevirapina, e potrebbero compromettere la risposta a future terapie contenenti NNRTI. Una breve assunzione di zidovudina/lamivudina materna viene raccomandata dalla U.S. Public Health Service Task Force per ridurre questo rischio.