Se il primo curatore delle sue opere, Luigi Corvaglia e lo storico Guido De Ruggiero, ingiustamente, considerarono i suoi scritti semplicemente «un centone privo di originalità e di serietà scientifica», il padre gesuita François Garasse, ben più preoccupato delle conseguenze della diffusione dei suoi scritti, li giudicò «l'opera più perniciosa che in fatto di ateismo fosse mai uscita negli ultimi cento anni». La figura e l'opera del Vanini sono state ampiamente riconsiderate e rivalutate dalla critica contemporanea, mettendo in mostra l'originalità e le intuizioni (metafisiche, fisiche, biologiche), talvolta precorritrici nei tempi, dei suoi scritti.