La terapia antibiotica a breve termine è clinicamente efficace per le piccole percentuali di pazienti, ma nella maggior parte dei pazienti è necessaria una terapia antimicrobica specifica. L'uso di agenti antimotilità come narcotici e loperamide non è raccomandato perché possono aumentare la gravità della colite. La terapia antibiotica empirica nei pazienti con diarrea grave e nella popolazione a rischio dovrebbe iniziare immediatamente mentre i risultati del test delle feci sono in attesa. 