Altra causa di squilibrio (disbiosi) , può essere l'assunzione di antibiotici. Gli antibiotici, infatti, diminuiscono significativamente la diversità delle specie che costituiscono il microbiota determinando una condizione di squilibrio difficilmente recuperabile in tempi brevi. In alcune situazioni particolarmente compromesse, il recupero completo della normale composizione può non verificarsi con il rischio di favorire l'aumento di specie dannose spesso molto resistenti all'azione degli antibiotici. Anche per questo motivo, l'assunzione di antibiotici dovrebbe sempre avvenire su consiglio del medico curante. Da ultimo, le infezioni del tratto gastroenterico (da batteri, virus e funghi) rappresentano una causa transitoria di disbiosi che, generalmente, si risolve spontaneamente con la guarigione dall'infezione. In alcuni casi, il recupero dell'eubiosi può essere lento e richiedere l'intervento del medico curante.