Gli effetti collaterali sia di tipo fisico che di tipo neuropsichiatrico descritti per questa classe di farmaci sono numerosi ed a volte irreversibili, perciò la scelta di sottoporre un paziente ad un trattamento con antipsicotici deve necessariamente passare per un'attenta valutazione del rapporto rischi-benefici. Per tale motivo si raccomanda di utilizzarli solo nei casi strettamente necessari, alla dose minima e per il tempo minimo necessari, al fine di poter provocare meno effetti collaterali, alcuni dei quali anche potenzialmente gravi come le sindromi metaboliche e i danni neurologici. Tuttavia, specie i farmaci di più recente commercializzazione, sono generalmente ben tollerati e mostrano una buona tollerabilità in particolare nel trattamento a breve e medio termine.