 L'azatioprina, in associazione con i cortisonici e/o con altri medicinali e tecniche immunosoppressivi, è indicata per prolungare la sopravvivenza nei pazienti che hanno ricevuto trapianti d'organo, come ad esempio trapianto renale, cardiaco ed epatico. Riduce inoltre la necessità di cortisonici nei pazienti che hanno ricevuto un trapianto renale. 