Non ancora conseguita la prima libera docenza, Mingazzini cerca di prendere posto nella corrente anatomo-fisiologica romana partecipando a numerosi congressi, senza perdere mai di vista coloro che avevano segnato più di tutti il suo percorso accademico e non, vale a dire J. Maleschott e G. Sergi; è il 1887 quando il Mingazzini partecipa al "XII congresso dell’Associazione medica italiana" tenutosi a Pavia, occasione per presentare una serie di osservazioni neurologiche che solo un anno dopo prenderanno corpo nel lavoro "Sopra 30 crani ed encefali di delinquenti italiani". La voce del Mingazzini acquista rilevanza sempre crescente, fin quando nel 1891 ottiene il posto di anatomopatologo presso l’ospedale-manicomio romano di S. Maria della Pietà nella sua sede della Lungara. Ivi fonda un laboratorio di anatomopatologia avanzato nelle indagini strumentali, ricco di preparati istologici e tagli seriali dell’encefalo. Laboratorio che reggerà nelle vesti di direttore.