Benché non siano ancora noti i meccanismi alla base dell'innesco del fenomeno autoimmune, è stata osservata una maggiore incidenza negli individui portatori di aplotipi di istocompatibilità come HLA-B8 e HLA-DR3. Altresì, questa forma di gastrite è più comune in pazienti con altre malattie autoimmuni come la malattia di Addison, la tiroidite di Hashimoto e la vitiligine. 