Alcune condizioni limitano l'impiego del CA 19-9 come marcatore neoplastico, riducendone la sensibilità e/o la specificità. Ad esempio, esistono soggetti che possono presentare livelli normali di CA 19-9 pur essendo affetti una delle neoplasie associate al suo incremento, in quanto il CA 19-9 può non essere elevato per caratteristiche genetiche (in particolare in relazione al tipo di gruppo sanguigno Lewis); esistono inoltre soggetti che presentano livelli elevati di CA 19-9 pur non essendo affetti da un tumore, in relazione alla presenza di una patologia non tumorale che è in grado di influenzare i livelli di CA 19-9; inoltre, i livelli di tale antigene possono essere incrementati dallo scompenso glicemico presente nei soggetti diabetici.