La maggior parte delle mutazioni sul gene APTX è riconducibile a mutazioni troncanti o missense, localizzate per lo più nel domain HIT, a livello degli esoni 5 e 6. In tre pazienti italiani sono state individuate la mutazione P206L sia in omozigosi che in eterozigosi con la mutazione A198V e la mutazione H201Q in omozigosi, che rappresenta un punto caldo mutazionale in prossimità del dominio HIT, in cui è presente la sostituzione di un'istamina con la glutammina, individuata in un paziente con esordio relativamente tardivo (Criscuolo et al., 2004). Successivamente in un paziente affetto da atassia ad esordio in età adulta (40 anni), Criscuolo et al.(2005) hanno identificato una transizione in omozigosi 6668T-C nell'esone 5 del gene, che produce una sostituzione aminoacidica leu223-pro (L223P). La mutazione L223P è situata nella porzione centrale del dominio ad alfa-elica e si suppone che possa causare una destabilizzazione nel ripiegamento della proteina.