Le paresi flaccide possono insorgere durante la fase febbrile della malattia e occasionalmente sono precedute da un forte dolore nei gruppi muscolari colpiti. Gli arti superiori sono più spesso colpiti rispetto agli arti inferiori e ai segmenti prossimali più frequentemente di quelli distali. I pazienti con paresi di muscoli respiratori richiedono piuttosto comunemente un supporto ventilatorio artificiale. Il coinvolgimento delle parti centrali del tronco cerebrale e del midollo allungato è associato a prognosi infausta. La eventuale mielite di solito associata all'encefalite e solo molto raramente come unica manifestazione della TBE.