Salmon aprì uno studio veterinario a Newark, nel New Jersey, nel 1872 e successivamente si trasferì ad Asheville, nella Carolina del Nord nel 1875 a causa di problemi di salute. Nel 1877 tenne una serie di conferenze all'Università della Georgia sul tema della scienza veterinaria. Ha lavorato per lo Stato di New York, studiando malattie nei suini e per il Dipartimento dell'Agricoltura degli Stati Uniti, studiando le malattie degli animali negli stati meridionali. Nel 1883 gli fu chiesto di istituire una divisione veterinaria all'interno del Dipartimento dell'Agricoltura. Questa divenne il "Bureau of Animal Industry" e Salmon ne ricoprì il ruolo di capo dal 1884 al 1 dicembre 1905. Sotto la sua guida, il Bureau estirpò la contagiosa pleuropolmonite bovina negli Stati Uniti, studiò e controllò la febbre del Texas (Babesia), mise in atto un programma federale di ispezione delle carni, iniziò ad ispezionare il bestiame esportato e le navi che lo trasportavano, iniziò ad ispezionare e mettere in quarantena il bestiame importato e studiò l'effetto delle malattie degli animali sulla salute pubblica. Nel 1906 fondò il dipartimento di veterinaria all'Università di Montevideo, in Uruguay, e ne fu direttore per cinque anni. Tornò negli Stati Uniti nel 1911 e si concentrò sul lavoro in ambito veterinario nella regione occidentale del paese.