Distintosi subito per ingegno e dedizione allo studio, Pietro Cipriani iniziò immediatamente l'attività professionale come medico astante presso l'Arcispedale fiorentino di Santa Maria Nuova.. Nel settembre 1835, a seguito dello scoppio di un'epidemia di colera a Livorno, venne inviato a dirigere l'Ospedale dei Colerosi. Successivamente, nel novembre dello stesso anno, ricevette la nomina di Aiuto presso la cattedra di Clinica Generale Medica della sezione universitaria dell'Arcispedale, il cui titolare di cattedra era all'epoca Maurizio Bufalini. Bufalini decise, in seguito, di separare dalla sua cattedra quella di Clinica e trattamento delle Malattie Cutanee che fu affidata al Professor Cipriani nel novembre 1840. Prima di accettare l'incarico, Cipriani compì un periodo di perfezionamento presso alcune università straniere: nel 1840 soggiornò presso alcuni atenei tedeschi e nel 1842 frequentò esclusivamente la Clinica delle Malattie Cutanee presso l'Università di Parigi. Questi viaggi, oltre ad avere lo scopo primario di aggiornamento, crearono l'occasione per intrattenere contatti con i colleghi della sua disciplina. Nel settembre del 1841 partecipò attivamente alla III Riunione degli Scienziati Italiani a Firenze come membro della Commissione che illustrò la definizione, la possibile applicazione e lo scopo (capire le cause di una malattia e la sua migliore cura) della statistica medica: