Gli amminoacidi che proseguono oltre la parte terminale dell'intestino tenue, l'ileo, è meno probabile che siano assorbiti ed utilizzati nella sintesi proteica. Potrebbero essere espulsi dal corpo o anche assorbiti dai batteri e quindi non ritrovarsi nelle feci, in questo caso risulterebbero assorbiti dall'organismo, ma effettivamente sarebbero stati assorbiti dai batteri della flora intestinale. Il PDCAAS non riesce a tener conto delle proteine che saranno effettivamente utilizzate nella sintesi proteica.