Durante la guerra civile inglese il de Mayerne tenne un basso profilo nel suo studio a Londra e mantenne il favore del parlamento. Nel 1628 sua moglie morì e lui sposò Elizabeth Joachimi nel 1630. Ebbero 5 figli ma soltanto una figlia sopravvisse. Dopo l'esecuzione di Carlo I nel 1649 divenne nominalmente medico di Carlo II ma presto si ritirò a Chelsea.