La condroitina solfato A si trova principalmente nella cartilagine, le varietà B e C sono presenti nei tendini, nelle valvole cardiache, nell'aorta e nella pelle, mentre le varietà C, D ed E sono importanti nella formazione del tessuto osseo. Come la glucosamina, la condroitina solfato rientra tra i componenti essenziali che costituiscono la cartilagine delle articolazioni conferendole una elevata resistenza alla compressione.