John J. Bonica nacque nel 1917 a Filicudi, una delle isole Eolie. Suo padre, Antonio Bonica, durante il periodo della prima guerra mondiale, venne eletto vice sindaco e, in seguito, direttore del servizio postale. La madre, Angela Zagame Bonica, era ostetrica e infermiera, dunque, per i 2600 abitanti dell'isola, anche uno dei pochi punti di riferimento nelle questioni riguardanti la salute. 