Nel caso dei virus, i patogeni più comuni nelle zoonosi, il salto di specie segue ad un cambiamento nel loro corredo genetico. I virus mutati possono acquisire nuove capacità, tra cui produrre differenti versioni delle proteine del capside in grado di riconoscere le cellule umane, penetrare in esse e replicarsi efficacemente. Accade più frequentemente nei virus a RNA, che hanno in media un tasso di mutazione più elevato e quindi possono più facilmente acquistare la capacità di infettare le cellule umane. Nel 2000, l’OMS aveva indicato nei coronavirus i patogeni che potevano effettuare più facilmente un salto di specie e causare gravi epidemie.