Le manifestazioni cliniche della laringite e faringite difterica sono talmente tipiche da assumere un valore diagnostico qualora si accerti anamnesicamente l'assenza di vaccinazione per la difterite. Tuttavia, la certezza viene raggiunta soltanto dall'isolamento, da tampone faringeo o da scarificazione della pseudomembrana, del "Corynebacterium diphtheriae", opportunamente coltivato in terreni selettivi quali agar agar siero-tellurito o terreno di Löffler. Analoga procedura per le lesioni genitali e oculari, per le quali il campione d'elezione è lo scarificato proveniente dalla base delle lesioni. Mentre la faringite difterica cade in diagnosi differenziale con la faringite streptococcica e quella mononucleosica, la laringite difterica può essere confusa con altre laringiti batteriche e con epiglottiti stenosanti. La rinite difterica, sovente emorragica, deve essere invece posta in diagnosi differenziale con la coriza citrina del neonato.