Si possono osservare sedazione e sonnolenza, sintomi parkinsoniani come rigidità e tremore, discinesia precoce caratterizzata da torcicollo spasmodico e trisma. In seguito a trattamenti prolungati si possono manifestare discinesie tardive caratterizzate da movimenti involontari che interessano la lingua, la bocca e la mandibola. A livello vegetativo si può manifestare ipotensione ortostatica ed una serie di effetti atropino-simili: stipsi, disturbi dell'accomodamento, ritenzione urinaria e xerostomia. A livello endocrino la somministrazione del farmaco può causare amenorrea, galattorrea, ginecomastia e iperprolattinemia. In seguito a trattamento con flupentixolo sono stati descritti anche casi di disfunzioni sessuali con perdita della libido e difficoltà di erezione. Anche il flupentixolo, così come gli altri farmaci antipsicotici, può raramente dar luogo alla sindrome neurolettica maligna caratterizzata da ipertermia, ipertonicità della muscolatura scheletrica, instabilità del sistema autonomo periferico (alterazioni della pressione arteriosa, tachicardia, disritmie cardiache).