Dopo la sua morte avvenuta nel 1616 a Marienhafe, le sue osservazioni rimasero dimenticate fino al 1723, quando fu ritrovata e nuovamente pubblicata una copia del suo piccolo opuscolo. Fino ad allora, la paternità delle prime osservazioni sulle macchie solari con un telescopio era stata contesa tra Galileo Galilei ed il gesuita Christoph Scheiner, che le avevano osservate nello stesso anno di Johannes Fabricius, sebbene leggermente più tardi.