La purezza e la concentrazione dello RNA estratto vengono valutate mediante NanoDrop 1000 Spectrophotometer (Thermo Fisher Scientific, Wilmington, U.S.A). L'integrità dello RNA viene valutata mediante una corsa elettroforetica in gel di agarosio allo 1% (agarosio sciolto in TAE1x).Una buona estrazione di RNA dovrebbe mostrare all'analisi del gel al Molecular Imager ChemiDoc XRS+ system (Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, U.S.A.) tre bande corrispondenti ai tre RNA ribosomiali 28s, 18s, 5.8s. La banda 28s deve avere intensità circa doppia del 18s, la 6s spesso non si vede. Un eccessivo rumore di fondo è indice dell'elevato livello di degradazione dell'RNA. Per la lettura allo spettrofotometro è sufficiente 1µl della soluzione estratta. Il rapporto di assorbanza tra accettato come "puro" per l'RNA. Se il rapporto è sensibilmente inferiore ciò potrebbe indicare la presenza di proteine, fenolo o altri contaminanti che assorbono fortemente in prossimità di 280 nm.  Per ogni campione si prepara un tubo da 0.2 ml contenente i 75µl della soluzione finale; prima di caricare i pozzetti della piastra, le provette vanno agitate mediante vortex, quindi centrifugate a 2000rpm per alcuni secondi per assicurarsi che la soluzione sia omogenea. Una volta preparata, la piastra viene coperta per impedire l'evaporazione dei campioni mentre viene emessa la luce che eccita il fluoroforo e centrifugata a 600 g per 1 minuto per eliminare le eventuali bolle formatesi durante la preparazione. Si procede quindi con l'impostazione del medesimo programma di PCR utilizzato per la verifica dei primers.