Una parte importante dello studio è stata dedicata all'analisi comparativa delle molecole selezionate su materiale bioptico per confronto coi dati ottenuti su campione operatorio da prostatectomia. L'obiettivo era verificare l'attendibilità dell' analisi di tali biomarcatori nel momento della diagnosi di carcinoma, prima di effettuare qualsiasi trattamento. Questo aspetto riveste notevole rilevanza clinica, nell'ottica di migliorare la capacità di stratificare i pazienti da sottoporre a terapia ormonale.Ad una prima analisi operata nel gruppo dei pazienti trattati, non è emersa alcuna correlazione significativa, fenomeno che può essere spiegato ipotizzando una rilevante modificazione genica determinata dalla deprivazione androgenica. Anche nel gruppo di pazienti non sottoposti a trattamento, però, sono emerse scarse correlazioni tra campione bioptico e operatorio (correlazioni presenti solo per CgA e PDEF). L'ipotesi si è quindi spostata da effetto operato dalla terapia alla presenza di una eterogeneità di espressione intra-tumorale. Tale fenomeno, noto in differenti tipi di neoplasie non solo epiteliali, è stato descritto anche nel carcinoma prostatico, in particolar modo per quanto riguarda la presenza di traslocazione TMPRSS2-ERG [102]. Per supportare questa nuova ipotesi, sono stati confrontati i livelli di espressione genica in aree tumorali diverse dello stesso paziente, restringendo l'analisi a pazienti non sottoposti a trattamento per non incorrere in differenze imputabili solamente alla terapia. Dai risultati si può concludere che l'adenocarcinoma prostatico è un tumore estremamente eterogeneo per quanto riguarda l'espressione di geni che ne regolano la progressione.Questo permette di spiegare le modificazioni apparentemente casuali dei livelli di espressione genica tra biopsia e campione operatorio. Come conseguenza di ciò, risulta quindi poco attendibile utilizzare la sola biopsia per la valutazione di biomarcatori in ambito clinico, almeno per quanto riguarda quelli da noi selezionati.