È anche possibile, per alcune specie più grandi delle altre come "Babesia divergens", una trasmissione verticale a seguito d'una riproduzione asessuata all'interno dell'ovaio con conseguente infezione congenita delle larve. Lo zigote, adesso denominato oocinete, dopo aver attraversato la parete intestinale, invade altre linee cellulari come quelle adipose o del rene ove va incontro ad un ciclo di divisione. Gli oocineti secondari che vengono così prodotti invadono l'ovaio e così possono trasmettersi alla discendenza.