Il tasso con cui il glicogeno muscolare è ossidato dipende largamente dall'intensità dell'esercizio e dal sistema energetico attivato. Ad intensità basse e moderate dell'esercizio aerobico, gran parte dell'energia può essere ottenuta dalla fosforilazione ossidativa del acetil-CoA derivato dai lipidi, con un minimo consumo di glucidi. Con l'aumento dell'intensità, l'ossidazione di lipidi non riesce a far fronte alle richieste energetiche, così il glicogeno muscolare comincia a prevalere sempre più, diventando ad alte intensità il substrato principale. Ad intensità ancora più alte nell'esercizio di durata, viene raggiunta la soglia anaerobica, in cui i carboidrati, e quindi il glicogeno, diventano l'unico substrato utilizzato, questo perché l'energia anaerobica è data soprattutto dal suo catabolismo. Nell'esercizio anaerobico lattacido, i carboidrati rappresentano praticamente l'unico substrato energetico, e il glicogeno muscolare in questo caso assume un ruolo determinante. Il glicogeno lega a sé una quantità d'acqua notevole, pari a 2,7 g per ogni grammo, quindi dopo uno sforzo fisico intenso e prolungato, la perdita di peso può essere notevole: l'esaurimento delle riserve di glicogeno comportano una perdita di peso di circa 400 g ai quali vanno aggiunti i 1080g di acqua. Nel muscolo, a differenza del fegato, la captazione di glucosio è lenta, ed è il fattore limitante del metabolismo dei carboidrati.