Il percorso museale si articola su tre piani, mentre il piano terra accoglie la direzione, la biblioteca, la sala lettura, una grande aula per convegni e archivio. Il primo piano offre un percorso che dalla medicina arcaica, passando per la medicina egizia, greca, romana e araba, arriva fino alle prime scoperte nel campo dell'anatomia. Il secondo piano è completamente dedicato a mostrare come lo studio della medicina e dell'uomo sia cambiato negli ultimi due secoli, grazie ai progressi nel campo della chirurgia, della psichiatria, della genetica. Il seminterrato è una ricostruzione d'ambiente che permette al visitatore di calarsi nel mondo del passato, in una piazzetta medievale, in un laboratorio alchemico, in una spezieria del XVIII secolo, in ambienti strettamente legati al mondo medico.