Figlio di Benedetto e di Cecilia Tozzetti, studiò e si laureò in medicina a Pisa nel 1734, ma avendo ereditato dal padre l'amore per la botanica decise successivamente, sotto la guida dell'eminente studioso fiorentino Pier Antonio Micheli, di dedicarsi allo studio di questa disciplina. In tale ambito compì ricerche fondamentali per la scoperta dei parassiti vegetali, con una forte attenzione anche agli aspetti pratici. I risultati ottenuti furono così rilevanti che fu proprio Giovanni a succedere a Micheli alla guida del Giardino botanico e come professore nello Studio fiorentino.