Giovan Battista Fabbri iniziò a interessarsi di chirurgia quando era medico condotto nelle Marche e in Romagna. Nel 1830 inviò alla Società Medico-Chirurgica di Bologna una comunicazione su una fistola vescico-vaginale con allegato il disegno degli aghi da lui ideati e usati. Nel 1838 il «Bullettino delle Scienze mediche di Bologna» pubblicò un suo articolo sulla puntura ipogastrica della vescica, in cui egli descriveva minuziosamente la paracentesi della vescica da lui praticata, con opportune modificazioni, su un paziente di cui ha anche illustrato il decorso postoperatorio. Questo articolo mostra l'attenzione dell'ostetrico bolognese verso le corrette norme pratiche e tecniche della medicina operatoria, attenzione che costituirà un "continuum" nel suo pensiero e nel suo agire scientifico-professionale, come testimonia del resto il saggio, di un trentennio successivo, "Intorno ad alcuni ostacoli falsi o fattizi che rendono malagevole la siringatura nell'uomo e intorno alla topografia dell'uretra" (1868). Nell'ultima parte della sua vita si dedicò prevalentemente all'ostetricia, pur non abbandonando l'ortopedia. Era convinto che fosse particolarmente utile la pratica sperimentale e il tirocinio su cadaveri opportunamente preparati. Si soffermò anche sulle modalità d'uso di strumenti quali il forcipe, lo speculum e le leve nell'assistenza clinica al parto. In relazione alla patologia ostetrica, Fabbri svolse ricerche che miravano a indagare la genesi e le conseguenze della morte endouterina del feto, studiando i preparati raccolti nel Museo bolognese di Anatomia Patologica Veterinaria. Indicò inoltre, con determinazione, la necessità di procedere con l'estrazione del corpo morto del feto, in caso di morte endouterina, per non compromettere, con la sua putrefazione, la salute della madre.