Questo tipo di cellule microgliali si trova principalmente all'interno delle aeree di materia bianca perinatale nel corpo calloso, note come “fontane di microglia.” Questa forma permette alle microglia di muoversi liberamente nel tessuto nervoso e quindi di svolgere la funzione di "spazzini". Le microglia ameboidi sono infatti in grado di fagocitare i detriti, ma non possono presentare antigeni ai linfociti T e non causano reazioni infiammatorie come le microglia attivate. Le cellule della microglia in stato ameboide sono prevalenti specialmente durante lo sviluppo neurale e nei casi di ricollegamento di circuiti cerebrali a seguito di traumi, cioè quando ci sono grandi quantità di detriti extracellulari e cellule apoptotiche da rimuovere.