A Ferrara Magati dovette superare una prova per entrare a far parte della prestigiosa università; superata ottimamente, nel 1612, grazie all'appoggio di Ottavio Thiene, fu designato alla cattedra di chirurgia di Ferrara e l'anno dopo ebbe la nomina di primo chirurgo dell'Arcispedale Sant'Anna di Ferrara. La sua carriera didattica ebbe vita assai breve. Da alcuni "Rotuli" del comune ferrarese si è scoperto che egli fu lettore di chirurgia presso l'Università ferrarese dall'anno accademico 1612-13 all'anno accademico 1617-18.