L'intervento chirurgico consiste nel rimuovere il tratto di intestino infiammato e ristabilire la continuità intestinale unendo le parti sane (anastomosi) che si trovano sopra e sotto quella eliminata. In relazione al tratto interessato dall'infiammazione (intestino tenue o colon) e all'estensione della malattia, il chirurgo individua ed illustra al malato il tipo di intervento chirurgico più adatto al suo caso.