Tra le principali patologie che entrano in diagnosi differenziale con l'IPF vi sono: le polmoniti da ipersensibilità, l'NSIP (Non Specific Interstitial Pneumonia), le pneumopatie da farmaci, le pneumopatie secondarie a esposizione lavorativa, la fibrosi polmonare secondaria a malattie del connettivo e la sarcoidosi.Tutte queste condizioni devono essere escluse prima di formulare una diagnosi finale di IPF.