Esistono quasi duecento HPV DNA Test in commercio, la maggior parte dei quali si basa sull'analisi di cellule prelevate dal tessuto della cervice uterina effettuato mediante strumenti simili a quelli utilizzati per l'esecuzione del Pap test, come la spatola di Ayre. Molti dei test molecolari sono in grado di rilevare la presenza o assenza dei genotipi dei principali Papillomavirus ad alto rischio, senza specificarne il genotipo. Altri test, denominati test di genotipizzazione dell'HPV, sono in grado di fornire informazioni sul ceppo presente nell'infezione, anche in caso di infezione multipla. Recenti studi hanno dimostrato che genotipi diversi di questo oncovirus hanno un diverso potenziale di trasformazione tumorale (cancerogenesi), e ciò potrebbe essere utile in fase di "triage" e "follow-up".