Nella nuova sede il medico bresciano, seguendo l'indirizzo tracciato da Frugoni, volle impostare la sua scuola in senso pluridisciplinare proponendo un piano di ricerca che comprendeva armonicamente tanto i problemi fisiopatologici che quelli clinico applicativi. Tutto ciò aveva l'obbiettivo di stimolare la formazione di molti giovani collaboratori presso qualificati centri internazionali. L'Istituto di patologia speciale medica divenne così una feconda fucina in molti settori: ematologia con particolare impegno nella terapia delle emolinfopatie maligne, malattie metaboliche in particolare dismetabolismi lipidici e arteriosclerosi, cardiologia, virologia, microbiologia, batteriologia, epatogastroenterologia, endocrinologia. Di quest'ultima Magrassi volle creare la prima struttura autonoma a Napoli, affidata al Prof.Marco Minozzi, nel cui reparto fu inaugurato il primo nucleo di studio con radioisotopi che precorrerà le più moderne ricerche sui tumori tiroidei. Magrassi fu inoltre uno dei fondatori della nefrologia medica con l'aiuto del suo collaboratore Prof. Carmelo Giordano, promotore di uno dei primi reparti destinati alla dialisi. 