Esistono due differenti forme di BCR/ABL, una del peso molecolare di 210 kDa associata alla LMC e alla leucemia linfatica acuta cromosoma philadelphia positiva (LLA Ph+), e una del peso molecolare di 190 kDa associata principalmente alla LLA Ph+. Il differente peso molecolare deriva dal diverso numero di aminoacidi codificati dal gene BCR che entrano nella struttura della molecola.