Nel 1994, Ferrara cominciò ad occuparsi delle malattie della retina. Lui e Lloyd Paul Aiello (Brigham and Women's Hospital e Harvard Medical School), analizzarono il fluido dagli occhi di pazienti con disturbi della retina derivanti da cause diverse, e scoprirono che il VEGF è correlato alle condizioni che portano alla formazione di nuovi vasi sanguigni, ma non con altre malattie.