I frammenti di DNA separati mediante elettroforesi su gel d'agarosio possono essere purificati dal gel con cui sono stati separati. Ciò permette di isolare e purificare un frammento d'interesse di cui si conosca il peso. La porzione di gel contenente il frammento da purificare viene prelevata con bisturi al transilluminatore, pesata e successivamente trasferita in una provetta da 1,5 mL. Si procede poi con l'estrazione del DNA utilizzando l'apposito kit QIAquick Gel Extraction Kit Protocol della Quiagen; la porzione di gel contenente il DNA viene disciolta addizionando tre volumi di buffer QG per ogni volume di gel (100 mg di gel equivalgono a 100 l) e mantenendo la soluzione alla temperatura di 50°C per 10 minuti, vortexando brevemente ogni 2 minuti. Alla mix si aggiunge un volume di isopropanolo,si inverte gentilmente per miscelare e si trasferisce la soluzione su una colonnina. Si centrifuga a 14'000 rpm per 1 minuto. Una volta eliminato l'eluito dalla provetta, si lava la colonnina con 750 L di buffer PE e si procede con centrifugazione a 14'000 rpm per 1 minuto. Si lascia la colonnina ad asciugare sotto cappa per eliminare i residui di buffer PE ed aumentare la resa. A questo punto si trasferisce la colonnina in una provetta pulita e si eluisce il DNA aggiungendo 50 l di acqua; si raccoglie il campione centrifugando per 1 minuto a massima velocità.