A partire dal 1940, il lavoro che Blalock aveva fatto con Thomas lo pose all'avanguardia della chirurgia americana e quando gli fu offerta la posizione di primario di chirurgia nella sua università, la Johns Hopkins, nel 1941, egli avanzò la richiesta che anche Thomas lo seguisse. Thomas arrivò a Baltimora con la sua famiglia nel giugno di quell'anno, trovandosi in mezzo a una grave crisi degli alloggi e con un livello di razzismo peggiore di quello che aveva dovuto sopportare a Nashville. L'Università Johns Hopkins, come il resto di Baltimora, era fortemente segregazionista e i soli dipendenti neri di quella istituzione erano i bidelli. Quando Thomas camminava per i corridoi con il suo camice bianco da laboratorio, gli sguardi si giravano dall'altra parte.