Il secondo gruppo di tossine è caratterizzato da un"attività adenilato-ciclasica intrinseca" e sono quindi in grado di sintetizzare autonomamente AMP-c una volta pervenute all'interno della cellula bersaglio. Esempi sono rappresentati dalla adenilato-ciclasi/emolisina prodotta da Bordetella pertussis e dal cosiddetto edema factor della tossina carbonchiosa.