A causa del suo principio immunosoppressore sull'organismo, la ciclosporina ha di solito effetti indesiderati come nausea e torpore, o sonno, in base alla quantità di utilizzo. Altri effetti collaterali, più gravi ma più rari, possono essere la pancreatite, ipertricosi, rash cutaneo, insonnia, cefalea, diarrea, iperuricemia, gotta, convulsioni, amenorrea, miopatia, ipertensione arteriosa, gengivite ipertrofica, tossicità epatica e/o biliare (specie nei pazienti con relative patologie concomitanti)