La terapia consiste nel rimuovere l'embolo dove possibile, con un'operazione chirurgica (embolectomia) oppure attraverso farmaci che sciolgano i coaguli di sangue ed evitino il loro formarsi (trombolisi). Nel caso di embolie gassose si attua la terapia iperbarica presso un centro iperbarico, normalmente gestito dalle ASL ma è anche possibile, a volte per i casi di emergenza in assenza di centri vicini, l'utilizzo di un centro militare normalmente gestito dalla Marina Militare Italiana.