A partire dalla seconda metà del 2011, la radiochirurgia e la radioterapia non sono considerati come un distinto trattamento del craniofaringioma. Tuttavia, il loro utilizzo è indicato nel periodo post-operatorio e nella recidiva del tumore. I risultati sono tuttavia contraddittori. Gli effetti collaterali comprendono disturbi endocrini, neurite ottica e demenza. Nei bambini, anche se la radioterapia inibisce la crescita del tumore residuo, si può avere un effetto negativo sullo sviluppo del cervello.