Nella patologia umana, sono particolarmente noti i superantigeni prodotti da batteri, come la tossina-1 della sindrome da shock tossico (TSST-1) prodotta dallo "Staphylococcus aureus" o come la esotossina pirogena prodotta da Streptococcus pyogenes. Anche il virus della rabbia e il virus EBV, sono in grado di interagire direttamente con i linfociti T, analogamente ai superantigeni (vedi prossima sezione).