Negli ultimi anni l'azienda sta andando incontro a processi di riorganizzazione e ristrutturazione. Presso la sede di Borgo Trento è stato inaugurato nel 2010 il polo chirurgico "P. Confortini", una struttura di oltre 70.000 m² ad uso sanitario contenente oltre 500 posti letto e 31 sale operatorie. Sempre presso la stessa sede è stato inaugurato nell'aprile 2017 il nuovo ospedale della Donna e del Bambino che ospita le unità operative complesse di pediatria, ostetricia-ginecologia e i loro relativi pronto soccorso e terapie intensive, chirurgia pediatrica, oncoematologia pediatrica e neuropsichiatria infantile. Per la sede di Borgo Roma è invece in corso la ristrutturazione del monoblocco ed è stata completata nel 2018 la costruzione del nuovo "blocco nord", un edificio di oltre 20.000 m².