Presso la sede distaccata dal complesso principale del Miulli, nell'agro di Gioia del Colle, è ubicata la Colonia Hanseniana, un centro di riferimento nazionale per la malattia di Hansen. La Regione Puglia, con deliberazione di giunta del 19 aprile 2011 n. 696, ha avviato il procedimento in autotutela ai sensi dell'art.21-nonies legge 241/90 revocando la convenzione tra Regione Puglia ed Ente Ecclesiastico Ospedale “F. Miulli” per la gestione della Colonia Hanseniana di Gioia del Colle.