Dopo somministrazione orale il guacetisal viene rapidamente assorbito a livello del tratto gastrointestinale e si ritrova nel sangue in forma immodificata. Il farmaco viene poi attaccato dalle esterasi con formazione di estere guajacolico dell'acido salicilico. L'estere a sua volta viene scisso da esterasi epatiche in acido salicilico e guajacolo (le quantità di acido acetilsalicilico che si formano nella scissione metabolica non sono mai particolarmente rilevanti). 