La fluvoxamina non deve essere somministrata in associazione con inibitori delle monoamminoossidasi (IMAO), inoltre è sconsigliata l'associazione con antidepressivi triciclici di cui aumenta i livelli plasmatici. È un inibitore del citocromo P450 1A2 (CYP1A2) che metabolizza la caffeina, la teofillina, la clozapina, la tacrina, gli antidepressivi triciclici, il paracetamolo e la fenacetina.