Hata nato nella prefettura di Shimane, dopo aver completato gli studi a Kyoto si è specializzato all'università di Kitasato dove ebbe come professore Kitasato Shibasaburō a Tokyo. Decise poi di specializzarsi in immunologia a Berlino. In Europa comprende i principi di chemioterapia a Francoforte, dove conobbe Paul Ehrlich qui (nel 1909) scoprono un composto dell'arsenico, un medicinale che si somministra nel trattamento della sifilide.