Dopo somministrazione per via orale metotrexato viene rapidamente assorbito dal tratto gastrointestinale e già dopo circa mezzora dall'assunzione può essere rinvenuto nel sangue, raggiungendo la concentrazione plasmatica massima (Cmax) entro 1-2 ore. La clearance plasmatica della molecola dopo il picco iniziale decresce secondo una curva ad andamento trifasico con una emivita della fase finale di 8-12 ore.