In questo periodo, numerose università italiane e europee gli offrirono cattedre. Nel 1764 infine accettò la cattedra di "medicina teorica" dell'Università degli Studi di Padova offertagli dai Riformatori dello Studio. All'Università di Padova il Caldani fu professore per oltre 40 anni, fino al 1806, succedendo a Giovanni Battista Morgagni sulla cattedra di anatomia nel 1772. Nel 1758 si era già recato a Padova per ascoltare le lezioni di Morgagni e conoscerlo di persona.