Il profilo di espressione dei geni tumorali ottenuto attraverso l'impiego dei microarray di DNA ha portato nuovi importanti indizi per la comprensione della fisiopatologia neoplastica e informazioni cliniche preziose su molte patologie maligne (27). E'stata rilevata l'espressione differenziale di geni che già precedentemente si sapeva essere alterati nel PTC, come MET (met proto-oncogene), LGALS3 (galectin3), DPP4 (dipeptidyl-peptidase 4), MDK (midkine), TIMP 1 (tissue inhibitor of metalloproteinase 1), FN1 (fibronectin) e altri (54). Per quanto riguarda i geni implicati nella trasduzione del segnale, l'up-regulation di MET è una caratteristica importante che è stata trovata anche in altri studi genomici sul PTC. Degli altri fattori di trascrizione, RXR-γ è stato studiato per le sue implicazioni nella risposta ai retinoidi del carcinoma della tiroide. Sono stati identificati cinque geni che complessivamente creano una distinzione tra PTC e FTC: CITED1 (carboxylterminal domain 1 gene), CAV1 (caveolin 1), CAV2 (caveolin 2), IGFBP 6 (insulinlike growth factor binding protein 6) e CLDN10 (claudin 10).L'identificazione di TM7SF4 come uno dei geni maggiormente espressi nei carcinomi papilliferi con mutazioni di BRAF, ha delle implicazioni per quanto concerne gli aspetti immunologici del PTC. TM7SF4 è una proteina transmembrana espressa dalle cellule dendritiche ed ha un ruolo nel processamento dell'antigene e nell'attivazione della risposta immune. Questo porta a pensare che la mutazione di BRAF possa avere un ruolo unico nell'iniziazione della risposta immune. Alcuni studi in vitro hanno provato a definire il ruolo di selezionati geni nella trasformazione neoplastica, in particolare nella progressione metastatica. E' stato esaminato il profilo trascrizionale delle cellule PCCL3 della tiroide di ratto che esprimono stabilmente RET/ PTC, RAS o BRAF. Una grande percentuale di geni attivati da RET/PTC3 sono attivati anche da RAS o BRAF, in accordo col ruolo primario del pathway RET/RAS/BRAF/MAPK nella trasformazione. E' stato anche dimostrato un ruolo critico di questa via di trasduzione nella stimolazione della motilità cellulare, mediata in parte dalle chemochine CXCL1 e CXCL10 (55).Un altro importante determinante dell'invasione tumorale è l'aumentata produzione di metalloproteasi (MMP), sia da parte delle cellule normali che neoplastiche. L'induzione preferenziale delle metalloproteasi da parte di BRAF potrebbe spiegare in parte il comportamento più invasivo dei carcinomi tiroidei con mutazioni di questo oncogene (56). Inoltre, l'espressione delle metalloproteasi della matrice e l'invasione cellulare indotte da BRAF sembrano mediate da NF-kB, sebbene il meccanismo molecolare intrinseco della progressione metastatica indotta da questo gene debba ancora essere chiarito.