Una sospensione cellulare monodispersa (cellule da sangue periferico, aspirato midollare, ecc) viene iniettata in un sistema fluidico il quale tende, in opportune condizioni idrodinamiche, a trasportare le cellule in maniera separata e ordinata fino al punto di misura, dove incontra il fascio di luce focalizzata proveniente dal laser. L'incontro tra il raggio di luce e ogni singola cellula presente nel flusso cellulare genera dei segnali. Questi segnali sono legati alle caratteristiche fisiche della cellula e alla presenza di molecole fluorescenti. I segnali sono raccolti da un sistema di lenti, specchi e filtri ottici e vengono inviati ai rispettivi sensori (fotodiodi e fotomoltiplicatori) che ne misurano l'intensità (Figura 12).I segnali elettrici provenienti da ogni sensore, opportunamente amplificati e digitalizzati, sono inviati ad un analizzatore di dati che provvede alla loro visualizzazione su monitor, alla rappresentazione grafica e alla definizione statistica   