Dalla sua prima descrizione negli anni '60, solo pochissime persone sono sopravvissute alla MAP: tre negli Stati Uniti e uno in Messico. La prognosi rimane scarsa per coloro che contraggono la MAP e la sopravvivenza rimane inferiore all'1%. Sulla base delle prove di laboratorio e dei "case report", l'amfotericina B è stata la tradizionale cura del trattamento della MAP sin dal primo sopravvissuto riportato negli Stati Uniti nel 1982. Il trattamento si avvale spesso di una politerapia antimicrobica in aggiunta all'amfotericina, come il fluconazolo, il miconazolo, la rifampicina e l'azitromicina. Essi hanno mostrato un successo limitato solo quando somministrati precocemente nel corso di un'infezione. Il fluconazolo è usato poiché ha dimostrato effetti sinergici contro il parassita se utilizzato in combinazione l'amfotericina in vitro.