Sempre nel 1887 iniziarono le delusioni professionali: al concorso per la Cattedra di Istologia all'Università di Palermo arrivò inspiegabilmente terzo. Deluso e sdegnato abbandonò la carriera di ricercatore e diventò medico condotto prima a San Benedetto del Tronto e poi a Jesi, dove entrò nel reparto di Medicina dell'Ospedale locale. Nel 1891 partecipò al Concorso per la Cattedra di Istologia dell'Università di Perugia, ma anche questa volta non venne nominato. Questa seconda delusione segnò per il Marchi l'abbandono definitivo degli studi, nonostante il suo nome fosse famoso in tutta Europa. Per questo il Petrazzani, suo compagno di studi e collega, lo definì 