Per definizione, nel caso di un'afta, non vi è alcuna condizione medica di base grave e, soprattutto, le ulcere non sono correlate a un tumore orale e non sono infettive. Tuttavia, le afte sono in grado di causare un rilevante disagio. Vi sono diversi gradi di gravità della condizione, con sintomi che vanno da un fastidio minore a una certa disabilità. Nei casi più gravi, a causa del possibile dolore durante il mangiare, può riscontrarsi una perdita di peso, solitamente la condizione si protrae per diversi anni prima di scomparire spontaneamente nel corso della vita.