Con il ritorno della democrazia, il 4 gennaio 1946 una commissione di epurazione, presieduta da Benedetto Croce e Vincenzo Rivera, lo dichiarò decaduto dall'Accademia dei Lincei assieme ad altri accademici compromessi col fascismo e perfino assieme ad alcuni grandi scienziati di origine israelita, quali Tullio Terni, Mario Camis e Carlo Foà, i quali a partire dal 1938 erano stati perseguitati dai fascisti. Visco riottenne tuttavia senza difficoltà la cattedra di fisiologia, la presidenza della facoltà di Scienze all'Università di Roma e la direzione del suo Istituto Nazionale della Nutrizione, grazie all'abilità nel trovare appoggi all'interno dei maggiori partiti politici italiani riciclandosi come antifascista.