Dopo appena diciannove mesi, dovette abbandonare la direzione dell'Ospedale Civico perché richiamato in servizio militare dall'Austria e destinato all'Ospedale Militare di Kolomea in Galizia, come semplice medico subalterno. Fin dal primo giorno, per non indossare la divisa austriaca si dichiarò ammalato e pensava addirittura di disertare per arruolarsi nell'esercito italiano. Questo gli provocò una serie di interrogatori e due processi presso il Tribunale Militare, a causa dei quali dovette anche lasciare la Giunta Comunale. Fu internato presso l'Ospedale Militare di Vienna dove nel marzo del 1916 contrasse un'influenza, complicata da polmonite che si aggravò a causa di una infezione tubercolare. Il 14 aprile fu ricoverato in sanatorio e il 24 maggio morì, assistito dalla moglie, la ferrarese Isa Magrini, che aveva voluto condividere con lui l'esilio.