Non è chiaro quale sia l'input che dà l'avvio alla trascrizione del genoma virale, ma sicuramente è legato a tutte le occasioni di stimolazione del sistema immunitario ed è probabilmente indotto da un insieme di stimoli: antigeni, citochine o anche infezioni da parte di altri virus. Esperimenti hanno infatti dimostrato che quando i linfociti e i macrofagi infetti si attivano per la loro normale riproduzione, anche la trascrizione virale tende ad attivarsi. Tra i fattori più coinvolti in questo processo sembrano esserci NF-κB e citochine quali IL-6 e TNF-α.