Nello "shift", si ha la sostituzione completa di una proteina virale (per esempio una emoagglutinina, o una neuraminidasi). Ciò è reso possibile dal fatto che il genoma è "segmentato", cioè formato da otto segmenti indipendenti di RNA che possono essere scambiati con altri virus, quando replicano assieme in una stessa cellula, con la formazione risultante di veri e propri "ibridi virali". Questi ultimi possono esibire nuove combinazioni di H e N assieme ad altre proteine esterne o interne. Gli eventi di ricombinazione si verificano ordinariamente in individui di specie ricettive a più sottotipi contemporaneamente (suini e diverse specie di uccelli tra cui gli acquatici migratori).