Il virus Ebola è un agente patogeno zoonotico. I vettori sono "varie specie di pipistrelli della frutta (...) in tutta l'Africa centrale e sub-sahariana". Sono state individuate infezioni nei pipistrelli attraverso analisi molecolari e sierologiche, tuttavia nei pipistrelli gli ebolavirus non sono stati isolati. Gli ospiti finali sono gli umani e le grandi scimmie che si infettano attraverso il contatto con i pipistrelli o tra loro. È stato riportato che maiali nelle isole Filippine si sono infettati con il Reston virus, il che fa supporre che potrebbero esistere altri ospiti temporanei o amplificanti.