La causa esatta della SFB è sconosciuta, e non è noto se è la sua eziologia coinvolge il motoneurone, i muscoli, zone dell'encefalo o la giunzione neuromuscolare, o tutto questo. Sono stati identificati casi di ereditarietà. Possibili cause sono l'ansia, l'ipokaliemia, dovuta a sudorazione da sforzo, da ansia, caldo o da altre cause, come il malassorbimento, specie la carenza di magnesio e di calcio (cfr. spasmofilia), l'ipoglicemia, la celiachia (ipersensibilità al glutine) o la sindrome da post infezione. 