Filgrastim è utilizzato per ridurre incidenza e durata della neutropenia con febbre in soggetti malati di cancro e sottoposti a chemioterapia citotossica. Inoltre trova indicazione anche nella riduzione della durata della neutropenia in soggetti che prima di un trapianto di midollo osseo vengono trattati con farmaci diretti alla distruzione delle cellule (comprese quelle tumorali) del midollo osseo, al fine di renderne possibile la sostituzione con nuove cellule staminali.