Nel caso in cui la persona sia affetta da colite ulcerosa o morbo di Crohn, entrambe malattie infiammatorie intestinali, è particolarmente importante sottoporre all'attenzione del medico disturbi quali l’affaticamento e il prurito inspiegabili poiché, spesso, le persone con colangite sclerosante primaria hanno contemporaneamente una di queste malattie.