Controindicazione assoluta alla procedura è la mancata cooperazione da parte del paziente. Nei casi in cui il paziente non sia in grado di rimanere fermo o di seguire le istruzioni dell'operatore, l'intervento non è eseguibile. [21] Se la lesione è sub-pleurica, o comunque adesa alla parete toracica, si può in questi casi provare ad utilizzare la guida ecografica per campionare la lesione, metodica in cui i movimenti del paziente non rappresentano un ostacolo importante alla manovra.La vicinanza della lesione a strutture vitali, in particolare grossi vasi e cuore, o l'impossibilità di raggiungerla per la sovrapposizione di altre strutture rappresenta anch'essa una controindicazione assoluta; in questi casi è preferibile campionare la lesione attraverso mediastinoscopia, toracoscopia o biopsia con guida broncoscopica, a seconda della sede della lesione.