La cirrosi epatica è un fattore di rischio indipendente per la SIBO. Infatti in questa malattia l'ipertensione portale modifica in modo sostanziale l'ambiente intraluminale dell'intestino, inoltre una cirrosi epatica avanzata causa disordini nella motilità dell'intestino tenue, rallentando il transito; questi due fattori determinano l'insorgenza della SIBO. La SIBO è stata diagnosticata nel 50-60% dei pazienti con cirrosi epatica e può essere un fattore di rischio per lo sviluppo di una peritonite batterica spontanea, ma il suo ruolo nel causare tale complicanza non è stato ancora pienamente chiarito. La SIBO potrebbe essere correlata con il livello di endotossine nel sangue. Bisogna però sottolineare che nella cirrosi epatica il breath test al glucosio e l'analisi microbiologica dell'aspirato digiunale hanno uno scarso grado di correlazione.