La sua opera più famosa sono le "Tabulae Anatomicae", incise nel 1552, che gli fecero tributare il titolo di "principe dell'anatomia". Lancisi, archiatra di Clemente XI, ritrovò queste tavole ad Urbino, presso gli eredi di Matteo Pini, amato discepolo di Bartolomeo Eustachi, al quale quest'ultimo aveva lasciato oltre che una raccolta di libri greci e latini, un baule pieno di manoscritti. Nel XVIII secolo, esattamente nel 1714, il Lancisi pubblicò le Tabulae di Eustachio, illustrandole in un libro intitolato: "Tabulae Anatomicae Clarissimi Viri Bertholomaei Eustachi". Su 64 ne furono ritrovate solo 47, mentre altri lavori che avrebbero dovuto commentare le tavole rimasero manoscritti e in seguito dispersi.