A differenze della colangio-pancreatografia endoscopica retrograda la MRCP è molto meno invasiva. Sebbene entrambe le tecniche possano rappresentare in dettaglio il sistema duttale, la MRCP consente anche di visualizzare il parenchima circostante. In uno studio del 2008, 269 pazienti sottoposti a ERCP e a MRCP hanno mostrato risultati comparabili tra le due tecniche.