Limeciclina è controindicata nei soggetti che presentano ipersensibilità nota al principio attivo oppure ad uno qualsiasi degli eccipienti utilizzati nella formulazione farmacologica. Ulteriori controindicazioni sono rappresentate dallo stato di gravidanza e dall'allattamento al seno. Il trattamento di bambini di meno di 8 anni di età può comportare il manifestarsi di discromie dentali permanenti e di ipoplasia dello smalto.