Classe III (difetto di attivazione): le mutazioni di questa classe impediscono l'attivazione del CFTR prevenendo il legame e l'idrolisi dell'ATP. Quindi, vi è una quantità normale della proteina CFTR sulla superficie apicale, ma non è funzionante. Esempi sono G178R, G551S, G1349D e G551D. Quest'ultima è relativamente comune, pari al 3% delle mutazioni FC.