Diverse ipotesi formulate nei primi studi propendono per un'eziopatogenesi a probabile carattere zoonotico (come la SARS e la MERS). Più scienziati ritengono infatti che le malattie potrebbero aver avuto origine dal "Bungarus multicinctus", un serpente altamente velenoso commerciato nel mercato umido di Wuhan, dove viene venduta carne di animali selvatici. Poiché la maggior parte del primo gruppo di umani infetti lavorava in quel mercato, si ipotizza che vi sia giunta una versione primordiale del virus, che da lì si sarebbe propagato nella provincia e nelle aree limitrofe. Il 22 gennaio 2020 il "Journal of Medical Virology" ha pubblicato un rapporto con analisi genomica che afferma che i serpenti nell'area di Wuhan sono "il più probabile serbatoio di animali selvatici" per il virus, ma sono necessarie ulteriori ricerche. Stando ad alcune ipotesi, il virus avrebbe mutato prima dai pipistrelli e dopo i serpenti si sarebbe diffuso tramite un vettore sconosciuto.