Nel 1945 Mengele fu costretto ad abbandonare il campo di concentramento portando con sé tutto il materiale delle sue ricerche che fino ad allora aveva condiviso con alcune personalità del settore medico come Butenandt e von Verschuer che lavoravano all'esterno di Auschwitz e a cui inviava relazioni dettagliate. Il giorno prima dello sgombero Mengele continuò imperturbabilmente ad eseguire le selezioni: esaminò l'ultimo treno con circa 506 prigionieri condannandone alle camere a gas circa 470-480.