Nel fegato l'infezione può dar luogo alla cosiddetta “epatite amebica” o “ascesso (raccolta di pus) amebico”, con ingrossamento doloroso del fegato e febbre elevata, pallore e talvolta colorito giallastro (ittero). A questo si associa un aumento di alcune cellule del sangue, i granulociti neutrofili, e dei parametri infiammatori (ad esempio la VES) nel sangue (vedi Analisi cliniche - Emocromo). L'ascesso al fegato, così come l'amebiasi intestinale, possono portare a morte se non trattati. Dal fegato, l'infezione può propagarsi, attraverso il diaframma (muscolo che separa il torace dall'addome), ai polmoni e alla pleura (membrana che li avvolge), formando l'ascesso pleuro-polmonare, con febbre elevata, dolore toracico e tosse. Più raramente possono essere colpiti dall'infezione organi come milza, reni e cervello. Tra i disturbi più raramente osservati, sono stati descritti pericarditi (infezione/infiammazione del cuore), peritoniti (infezione/infiammazione addominale generalizzata) causate dalla rottura degli ascessi al fegato, e lesioni della pelle molto dolorose.