L'origine del SARS-CoV-2 secondo il WHO è attribuibile col maggior grado di probabilità ad un passaggio dagli animali all'uomo attraverso un ospite intermedio: lo "spillover" sarebbe avvenuto, secondo uno studio del South China Agricultural University, dai pipistrelli, che costituiscono un serbatoio naturale di coronavirus, a pangolini, utilizzati come merce di contrabbando soprattutto in Asia, e quindi all'uomo. Nonostante altre possibili spiegazioni della genesi del virus (come la trasmissione diretta da una singola specie animale all'uomo e un incidente di laboratorio) siano ritenute assai meno probabili, nessuna ipotesi è stata ancora scartata del tutto: il direttore generale dell'Organizzazione mondiale della sanità Tedros Adhanom Ghebreyesus il 30 marzo 2021 ha dichiarato che la fonte del virus non è ancora stata individuata con certezza assoluta.