La SIT è l'unica terapia capace di interferire con la risposta immune e di modificare la storia naturale della malattia allergica. Infatti la SIT, oltre a migliorare i sintomi, a determinare una riduzione del consumo di farmaci e un miglioramento della qualità della vita, previene il manifestarsi di nuove sensibilizzazioni e l'insorgenza di asma nei soggetti rinitici. I suoi effetti, inoltre, persistono anche dopo la sua sospensione. L'immunoterapia, non agendo sul blocco recettoriale o su enzimi che sintetizzano mediatori coinvolti nell'infiammazione, non può essere considerata un farmaco in senso stretto. E' stato proposto che la SIT agisca modulando i meccanismi alla base della reazione allergica, sia nella sua componente immediata che ritardata. A questo proposito ci sono diverse evidenze che riguardano gli effetti sulle diverse componenti del sistema immunitario (SI):