Il test prevede il rilevamento di anticorpi circolanti materni e l'identificazione dell'antigene piastrinico mirato, con determinazione del fenotipo piastrinico e del genotipo di entrambi i genitori. Se il padre è eterozigote per l'antigene considerato o se la paternità è incerta, la tipizzazione piastrinica del bambino deve essere eseguita per confermare la diagnosi. La diagnosi di FNAIT è confermata quando l'incompatibilità con l'antigene genitoriale viene riscontrata con un corrispondente anticorpo materno. Il rilevamento di anticorpi antiaggregati specifici può essere effettuato utilizzando il test di immunofluorescenza indiretta piastrinica o il test dell'antigene piastrinico di immobilizzazione dell'anticorpo monoclonale (MAIPA). La diagnosi biologica non è chiara in assenza dell'anticorpo materno o quando è coinvolto un nuovo antigene raro o privato. La diagnosi deve essere stabilita in modo inequivocabile prima di una gravidanza successiva per una migliore gestione.