Il blu di metilene è stato identificato da Paul Ehrlich intorno al 1891 come possibile trattamento per la malaria. Cadde in disuso come farmaco antimalarico per i suoi effetti collaterali reversibili: la colorazione blu della urina e della sclera (il bianco degli occhi). Recentemente è stato riproposto per il suo uso come antimalarico, soprattutto per suo costo basso e per contrastare la emergente farmacoresistenza ai farmaci antimalarici di prima scelta.