Internamente la mucosa e la sottomucosa del colon sono sollevate nelle "haustra", che si presentano come pieghe le quali circondano parzialmente il lume dell'organo, spesso una haustra molto rilevata è seguita da una meno rilevata. La conformazione generale delle haustra permette al medico durante l'endoscopia di riconoscere quale parte del colon stia esplorando. Nel cieco le haustra formano un caratteristico motivo detto "a trifoglio", determinato dalla confluenza delle tre tenie, nell'appendice la mucosa è spiralizzata, nel colon ascendente sono semilunari, occupano circa un terzo del lume e sono poco profonde, mentre nel colon trasverso determinano una forma triangolare. Nel colon discendente le pieghe sono più spesse e più corte e nell'insieme danno al lume un aspetto a spirale, mentre nel colon sigmoideo è circolare e presenta grandi pieghe mucose multiple, infine nel retto le pieghe sono ampie e trasversali, con evidenti reticoli venosi nella mucosa. Le varie zone dell'intestino crasso sono distinguibili anche per il colore della mucosa. 