Una combinazione di più fattori ambientali (quantità di luce, temperatura, quantità di nutrienti, ecc.), diversa per ogni specie di cianobatteri e per ogni area geografica, determina l’abbondanza di queste cellule e la quantità di tossine che produrranno. In molti casi, un’elevata concentrazione di nutrienti e un’elevata temperatura tendono a favorire imponenti fioriture tossiche.