L'Agenzia Italiana del Farmaco (AIFA) ha autorizzato isotreonina solo per il trattamento di forme gravi di acne (ad esempio l'acne nodulare o conglobata, così come quelle forme di acne con evidente rischio di cicatrici permanenti) che non abbiano risposto a cicli adeguati di terapia standard effettuati con sostanze antibatteriche per via sistemica e topica. Il farmaco viene comunemente utilizzato anche per il trattamento dell'acne volgare.