Poiché l'amilina umana ha un alto potenziale aggregativo ed è potenzialmente tossica, la base per la progettazione della pramlintide è stata l'amilina di topo, che non dà aggregati ma che ne mantiene l'attività biologica. In particolare nella sequenza della pramlintide sono stati inseriti residui di prolina per interrompere le strutture secondarie responsabili degli aggregati.