Si tratta del principale anione inorganico del liquido extracellulare ed è estremamente importante per la regolazione ed il mantenimento dell'equilibrio idro-elettrolitico, dell'equilibrio acido-base e di una normale osmolarità. I succhi gastrici contengono una quantità abbondante di cloro, in particolare per la presenza di acido cloridrico, che gioca un ruolo essenziale nella digestione delle proteine e nella difesa dai batteri che sono introdotti con gli alimenti.