I polipi dal punto di vista istologico sono costituiti da tutti gli elementi della mucosa intestinale; dunque all'esame microscopico presentano fibrocellule muscolari, mucosa, sottomucosa, ghiandole. È come se la mucosa colon-rettale o intestinale si fosse riprodotta più volte con tutti gli stessi elementi ma senza elementi atipici; a differenza del polipo adenomatoso, dove è l'epitelio che si è pluristratificato, dove i nuclei sono più grandi, dove c'è displasia e quindi viene giustamente considerata una lesione preneoplastica anzi premaligna. Il polipo amartomatoso non ha nulla di tutto questo, è composto da tutti i costituenti del normale intestino che sono cresciuti varie volte. L'epitelio è infatti di tipo monostratificato. 