Il virus di Marburg fu identificato nella città tedesca di Marburgo, dove fu isolato nel 1967, a seguito di un'epidemia di febbre emorragica verificatasi tra il personale di un laboratorio addetto alle colture cellulari che aveva lavorato con reni di scimmie verdi ugandesi ("Cercopithecus aethiops") di recente importazione; ebbe alcune manifestazioni epidemiche a Francoforte e a Belgrado, occasione in cui vi furono 25 infezioni con 7 morti. Il virus riapparve nel 1975 in Sudafrica e nel 1980 e nel 1987 in Kenya: i pochissimi casi furono subito isolati. Epidemie più violente si sono registrate nella Repubblica democratica del Congo (tra il 1998 e il 2000) e in Angola nel 2004.