Come affermato sopra l'interesse storiografico di Daquin sta soprattutto nell'idea di una cura della malattia mentale mediata dal "trattamento morale", vale a dire la parola, la musica, la vita all'aria aperta, l'ordine e la pulizia degli ambienti ospedalieri dedicati alla patologia della psiche; un pensiero rivoluzionario rispetto al tradizionale sistema di cura volto soprattutto a contenere gli effetti della malattia sulla persona e sul suo ambiente, con metodi assolutamente inappropriati e deleteri.Gli anni in cui Daquin lavora a Chambéry coincidono o precedono di poco gli anni in cui Pinel a Parigi porta alla ribalta la medesima idea; ne nasce una polemica sul primato della "liberazione dei folli" sentita soprattutto in ambito storiografico francese.La polemica è precoce, infatti si menziona la "querelle" Pinel-Daquin già pochi anni dopo la scomparsa del Medico savoiardo.Marie Girod, nel suo lavoro sugli alienati in Savoia, dedica a Daquin pagine chiare in cui fa emergere senza ombra di dubbio l'originalità dell'Autore e la novità assoluta delle sue idee sulla cura della patologia della mente; non manca l'elemento polemico:  Le descrizioni (la "centuria di osservazioni" che completa la trattazione teorica) non approdano ad una elaborazione di significati, non si addentrano nel vissuto dei pazienti (non cercano intenzioni che oggi diremmo "fenomenologiche"), ma questo non è necessariamente un limite, proprio perché in realtà è nell'intenzione di Chiarugi offrire una descrizione e dei dati oggettivi, non certo costruire teorie nuove sul loro senso.Abbiamo visto che La Philosophie de la folie è una lunga dissertazione in cui l'osservazione dei folli e la proposta dell'eziologia e della terapia non è suddivisa rigorosamente, ma esposta in forma di racconto; Chiarugi preferisce dare al proprio scritto la veste ufficiale dello stile trattatistico, dividendo l'argomento in capitoli e paragrafi.Tutta la prima parte del lavoro è dedicata ad una lunga discussione su cosa si intenda per pazzia, a laddove Daquin descriveva le facoltà dell'anima in immaginazione, memoria e ragione, Chiarugi si sofferma sulla correlazione tra l'errore di Giudizio (essenza della pazzia) e localizzazione della funzione ( cfr. Daquin pag. 12-14 vs Chiarugi pag. 30 e ss.). Il cervello come sede del pensiero e di tutte le facoltà più alte dell'anima viene preso in considerazione negli aspetti anatomopatologici, secondo un interesse che gli deriva da Valsalva e Morgagni; in questa direzione si colloca anche il tentativo di "localizzare" un punto di articolazione tra l'anima e i moti fisici cerebrali e poi corporei, ciò che viene individuato nel passaggio tra la "sostanza midollare" e la "sostanza corticale". 93 L'anima viene considerata come congiunzione di funzioni più che di strutture, e il suo luogo è interno al cervello stesso; Daquin , come abbiamo 93 . "Uniformi perciò i nervi tutti di origine, come di struttura analoghi a quella della midolla cerebrale, ministri infine del senso, e del moto, sono in rapporto immediato con la midolla cerebrale stessa soltanto; ed essa in conseguenza esser dee veramente il centro di tutte le sensazioni, ed il principio del moto: e perciò la sede dell'anima." cfr. op. cit. pag. 46.visto, lasciava il campo ad altri studiosi e non si addentrava nella difficile questione del rapporto corpo-anima, pur impostandolo chiaramente secondo una linea vitalista, cioè interpretando i fenomeni corporei e quelli "morali" come aspetti di una stessa realtà. 94 Un altro argomento su cui è proficuo il confronto diretto tra la trattazione di Daquin e quella di Chiarugi è la "nosografia" che entrambi accennano; Daquin descrive i propri casi singolarmente, cioè non va alla ricerca di una causa organica che fornisca una spiegazione valida per tutti i casi, un denominatore comune, laddove Chiarugi cerca una relazione capace di render ragione della sua grande classificazione della pazzia.Melancolia, mania e amenza sono le tre grandi suddivisioni della patologia mentale in Chiarugi; esse risultano collegate in un senso diacronico di gravità e irreversibilità crescente:"1. La melancolia è una Pazzia parziale, e sempre limitata ad uno o pochi oggetti relativi. Chiarugi, spesso citato con Pinel come esempio del clima illuministico capace di stimolare riforme e novità anche nell'approccio medico al malato mentale rende effettivamente testimonianza ad un nuovo atteggiamento di "medicalizzazione" della psicopatologia, e di accentuazione della necessità di trattare queste situazioni proprio come malattie, con lo stesso rispetto e lo stesso atteggiamento distaccato e scientifico.