Nel 1877 Czerny fu nominato professore di Heidelberg, dove successe il chirurgo Gustav Simon (1824-1876). Nel 1906 fondò l'"Institut für Experimentelle Krebsforschung" (Istituto per la ricerca sul cancro sperimentale). Qui istituì un ospedale per 47 pazienti affetti da cancro, noto come "Samariterhaus".