Nel 1880 Mikulicz diventa professore di chirurgia inizialmente all'Università di Cracovia (1882) e successivamente nell'Università di Königsberg (1887) e infine di Breslavia (dal 1890). È durante questo periodo che si delineano le attività chirurgiche che avrebbe successivamente compiuto per tutta la sua vita: in generale si dedica allo studio dell'endoscopia gastrointestinale e in particolare propone i primi modelli di esofagoscopi e gastroscopi.