Magendie era anche un noto vivisettore, in grado di shockare molti dei suoi contemporanei con brutali dissezioni dal vivo che eseguiva durante pubbliche lezioni di fisiologia. A differenza di Bell, che era estremamente riluttante nel verificare le sue scoperte sperimentalmente, Magendie era contento di eseguire dolorosi esperimenti e dissezioni di animali vivi. Richard Martin, un irlandese membro del parlamento, nell'introdurre la sua legge che bandiva la crudeltà verso gli animali nel Regno Unito, descrisse la dissezione pubblica di Magendie di un levriero: "l'animale era inchiodato a terra orecchie e zampe, con metà dei nervi della faccia dissezionati, e lasciato così per tutta la notte per future dissezioni"; e chiamò Magendie una "disgrazia per la società."