Esso venne fondato probabilmente agli inizi del XVI secolo e affidato alla Venerabile Compagnia di Santa Croce del Gonfalone, che assisteva i malati e i pellegrini. Nel 1731 il cardinale Annibale Albani affidò alla congregazione dei Padri Benefratelli l'amministrazione dell'ospedale e della chiesa, sottraendola alla Compagnia del Gonfalone. Nel 1774, a seguito di un guasto alla rete fognaria del quartiere, la struttura fu allagata dai liquami.