Tramite l'epidemiologia si tenta di interrompere la catena delle infezioni durante le epidemie di malattie virali. Le misure di controllo utilizzate si basano sulla conoscenza delle modalità di trasmissione del virus. È fondamentale trovare la fonte o le fonti del focolaio in modo da identificare il virus, la cui catena di trasmissione può talvolta essere interrotta grazie a vaccini. Quando questi non sono disponibili, misure di igiene e di disinfezione possono essere rimedi efficaci. Le persone infette possono essere isolate dal resto della comunità e quelle che sono state esposte al virus poste in quarantena. Per controllare l'epidemia di afta epizootica del 2001 in Gran Bretagna sono stati abbattuti migliaia di bovini. Le infezioni virali degli esseri umani e degli altri animali hanno periodi di incubazione che variano da pochi giorni a settimane e sono noti per la maggior parte delle infezioni. Con una piccola sovrapposizione, al termine del periodo di incubazione vi è il periodo di contagiosità, in cui un individuo infetto può trasmettere la malattia. Anche questo periodo è noto per molte infezioni virali e la conoscenza della durata di entrambi i periodi è importante nel controllo dei focolai.