L'HPV ha un tropismo molto ristretto per l'epitelio squamoso pluristratificato e si replica pertanto solo nelle cellule epiteliali in differenziamento della cute e delle mucose, come dimostra il fatto che le funzioni replicative del virus, come la sintesi del DNA virale, la produzione di proteine capsidiche e il montaggio dei virioni, hanno luogo unicamente a livello di cheratinociti in differenziamento terminale.