È solo con lo scoppio della seconda guerra mondiale che l'attività finora proficura di Morselli inizia a conoscere fasi di declino. Un primo ostacolo lo incontra con il Regio decreto-legge n. 759 del 1940, che prevede la "sottomissione a sindacato, a sequestro ed a liquidazione, di tutte le aziende industriali o commerciali esistenti nel Regno esercitate da sudditi di Stati nemici o nelle quali essi abbiano interessi prevalenti". È la fine del connubio tra la Erba e la compagnia inglese Liebig, che per l'utilità dei suoi prodotti può continuare l'attività in sindacato sotto il diretto controllo del prefetto e dei ministeri competenti, ma significa anche il blocco di una scalata appena compiuta con Alberto Pirelli nella Società italiana industria gomma, proprietà della francese Hutchinson. Vengono poi a mancare numerose materie prime a partire dal rame, componente essenziale dei numerosi anticrittogamici in commercio, e si bloccano le importazioni di alcune sostanze chimiche non presenti in Italia.