I pattern di colonizzazione microbica dei neonati sono notevolmente influenzati dall'ambiente circostante con cui essi vengono a contatto già nelle prime ore di vita 215 .Esiste un certo grado di variabilità nella composizione della microflora in rapporto al tipo di esposizione batterica durante il periodo neonatale. Infatti, dopo la nascita, i bambini che vivono in Paesi in via di sviluppo sono spesso più pesantemente esposti ai batteri rispetto a quelli residenti in Paesi industrializzati.In uno studio di Simhon si è dimostrata una maggiore concentrazione di coliformi e bacteroidi nei neonati inglesi, in contrasto con una predominanza di bifidobatteri nei bambini nigeriani 256 . Esistono inoltre differenze tra bambini nati in città e in campagna, e tra coloro che sono partoriti a casa o in ospedale 257 .Le differenze osservate possono essere attribuite alla ridotta colonizzazione batterica del neonato al momento del parto, alle diverse condizioni igieniche, ai cambiamenti nella composizione dei latti adattati ed alla minore introduzione di microrganismi con l'acqua e i cibi. Inoltre è stato anche proposto un cambiamento nella composizione del latte materno 258 .Alla fine degli anni '70 in Germania è stato effettuato uno studio comparativo allo scopo di valutare le modificazioni nella microflora dei bambini durante i venti anni precedenti. Sono stati osservati una tendenza alla diminuzione del numero di bifidobatteri sia nei bambini allattati al seno che con formula, un aumento del numero di E. coli, soprattutto del ceppo neomicina resistente e un numero costante nel tempo di Bacteroides 259 .Sepp ha analizzato i campioni di feci di bambini estoni e svedesi di un anno di età, riscontrando un'elevata conta di lattobacilli e di eubatteri nei primi ed un aumento del numero di clostridi nei secondi 254 .Le differenze riscontrate in base alla localizzazione geografica possono pertanto essere dovute ad alcuni fattori ambientali oppure a fattori ereditari come la presenza o assenza di specifici recettori di membrana. I modelli di colonizzazione dei neonati sembrano differire non soltanto tra ospedali diversi, ma anche tra reparti diversi di uno stesso ospedale, probabilmente a causa delle metodiche di disinfezione e delle diverse tecniche ostetriche adottate nelle varie strutture.Il basso grado di colonizzazione da parte degli enterobatteri, rilevato da Lundequist nei bambini nati negli ospedali svedesi e l'assenza di significative differenze nella conta dei bifidobatteri tra neonati allattati al seno ed allattati artificialmente, riscontrata in alcuni studi, sono attribuibili alle procedure igieniche adottate dagli ospedali dei Paesi industrializzati. Inoltre, sempre in questo studio, si sono notate delle differenze nel microbiota in relazione al reparto in cui il neonato nasceva ed era ricoverato nei primi giorni 260 .Adlerberth ha studiato la colonizzazione da parte degli enterobatteri in bambini pakistani e svedesi riscontrando una più rapida colonizzazione nei primi rispetto ai secondi. Ciò è stato correlato alle migliori condizioni igieniche degli ospedali svedesi con una riduzione dell'esposizione alla flora fecale materna ed ai batteri ambientali. Quasi tutti i bambini pakistani nati da parto vaginale sono colonizzati da E. coli entro 3 giorni dalla nascita, e ciò fa pensare ad un'origine fecale materna del ceppo batterico. In ogni caso anche quelli nati con parto cesareo sono rapidamente colonizzati da E. coli, suggerendone la pesante esposizione ambientale 257 .Simili risultati sono stati ottenuti anche da studi effettuati su bambini nigeriani 261 .