Sono di solito modesti. A breve termine (ore o giorni) si possono avere transitoria infiammazione dei tessuti tiroidei bersaglio e scialoadenite (lo iodio è captato in quota minore anche dalle ghiandole salivari, assumere sostanze che stimolano la salivazione come preparati a base di limone può aiutare a ridurre questo effetto). Nel giro di settimane o mesi nei pazienti con morbo di Basedow può peggiorare l'oftalmopatia associata a tale patologia (questo perché il tessuto tiroideo distrutto può liberare in circolo in modo massiccio gli ormoni tiroidei immagazzinati). Questi effetti sono controllabili mediante una terapia steroidea. Per analoghe ragioni può presentarsi nei pazienti trattati un transitorio stato di ipertiroidismo, i cui effetti sono controllabili anch'essi farmacologicamente (ad esempio con il propranololo o con altro betabloccante). L'ipotiroidismo è nel morbo di Basedow considerato un successo terapeutico, ma può verificarsi anche in caso di nodi iperfunzionanti per "effetto crossfire" sul tessuto sano. Non si è evidenziato un maggior rischio di insorgenza di cancro nei pazienti trattati rispetto alla popolazione generale.