Alla fine del 1907, fu inviato da Oswaldo Cruz, insieme al collega Belisário Penna, a Lassance - Minas Gerais, nei pressi del fiume São Francisco, per studiare un'epidemia di malaria che affliggeva l'accampamento degli operai che stavano costruendo la ferrovia della compagnia E.F. Central do Brasil. Chagas allora arrangiò un laboratorio da campo in una carrozza di treno. La gente del luogo gli raccontò dell'esistenza di alcune cimici dette "barbeiros", che, di notte, uscivano dalle crepe nelle pareti delle case e si arrampicavano sui volti degli abitanti per succhiarne il sangue. Ne catturò alcuni rossi e neri (del genere "Panstrongylus") e scoprì, nell'intestino e nelle feci di questi emitteri, numerosi protozoi con le caratteristiche morfologiche dei tripanosomi. All'inizio pensò a uno stadio evolutivo di un qualche protozoo emoflagellato dell'insetto o di qualche altro vertebrato.