L'atrofia del seno si verifica comunemente nelle donne durante la menopausa quando i livelli di estrogeni diminuiscono. Può anche essere causato nelle donne in generale da ipoestrogenismo e oppure da iperandrogenismo, come nel trattamento antiestrogeno per il cancro della mammella, in sindrome dell'ovaio policistico (PCOS), e nelle malnutrizionei come quelle associato a disturbi alimentari come l'anoressia nervosa o con malattie croniche. Può anche essere un effetto della perdita di peso.