* Lisosomi secondari (endolisosomi): si formano tramite la fusione dei lisosomi primari con endosomi, ovvero con vacuoli che contengono materiale extracellulare penetrato nella cellula tramite endocitosi. Per questo codesti lisosomi vengono chiamati endolisosomi. Gli endolisosomi possono funzionare con altri lisosomi, formando, un fagolisosoma. Gli organismi cellulari alterati vengono avvolti ed isolati con una membrana. Dopo ciò, la rispettiva forma si fonde con un lisosoma secondario ottenendo un autofagolisosoma, ovvero una formazione nella quale si autolesiona il materiale intracellulare proprio della cellula. I prodotti ottenuti dalla digestione che ha luogo a livello degli endosomi raggiungono il citoplasma e sono riutilizzati dalla cellula. Vengono praticamente riciclati.