Bonnet fu autore di molte opere scientifiche, tra cui numerosi studi che trattano l'anatomia e l'embriologia degli animali domestici. Fu co-editore di "Ergebnisse der Anatomie und Entwicklungsgeschichte" ("Risultati di anatomia e sviluppo storico") e collaborò con Friedrich Sigmund Merkel (1845-1919) su "Anatomische Hefte" ("Libri anatomici").