L'autotrapianto con metodo FUE solitamente avviene tramite una singola, lunga sessione o più brevi sessioni. La tecnica FUE richiede più tempo del metodo FUT. Il tempo necessario dipende dall'esperienza del chirurgo e della sua équipe, oltre che dalle caratteristiche del paziente. La procedura può richiedere da un paio d'ore per l'estrazione di 200 innesti, per nascondere una cicatrice, fino a due giorni consecutivi per una sessione da 2500/3000 innesti. Non tutti i pazienti possono essere candidabili per un trapianto con tecnica FUE.