Esistono 5 sierotipi: A, B, C, D e AD. I sierotipi A, D e AD erano compresi sotto "Cryptococcus neoformans" var. "neoformans", mentre B e C sotto "Cryptococcus neoformans" var. "gattii", in seguito è stata introdotta una nuova variante e la classificazione è cambiata nel modo seguente: "Cryptococcus neoformans" var. "neoformans" comprende il solo sierotipo D, "Cryptococcus neoformans" var. "gattii" i sierotipi B e C, "Cryptococcus neoformans" var. "grubii" il sierotipo A, mentre il sierotipo ibrido AD non è compreso in alcuna variante. Recenti ricerche hanno indotto inoltre a considerare la var. "gattii" una specie a sé, "Cryptococcus gattii".