Infine, una parte consistente delle persone con epatite C cronica può sviluppare malattie a carico di altri organi, probabilmente dovute alla reazione del sistema immunitario, dette manifestazioni extraepatiche dell'epatite cronica C. Tra queste: diabete mellito, glomerulonefrite, crioglobulinemia mista (presenza di proteine anomale nel sangue), porfiria cutanea tarda (un malattia che causa fragilità della pelle e comparsa di vesciche) e linfomi.