I pazienti con la sindrome sono in genere di bassa statura e tendono ad avere un'alopecia talvolta localizzata, talvolta generalizzata: essa può interessare anche i peli di viso, arti inferiori e pube. Frequente è il riscontro di manifestazioni oculari quali cataratta (spesso bilaterale), glaucoma e microftalmia. La malattia porta spesso ad apnee ostruttive nel sonno. Possono esserci anche valvulopatie cardiache. L'intubazione dei pazienti Hallermann-Streiff è spesso difficoltosa a causa della loro particolare conformazione fisica a livello della laringe e della trachea; anche la micrognazia è in genere presente. Nella maggior parte dei casi l'intelligenza è normale.