Ketoprofene è controindicato nei soggetti con ipersensibilità nota verso il principio attivo oppure uno qualsiasi degli eccipienti della formulazione farmaceutica. È inoltre controindicato in soggetti affetti da insufficienza cardiaca grave, ulcera peptica in atto o storia clinica di emorragia gastrointestinale, diatesi emorragica, leucopenia e piastrinopenia, insufficienza epatica e renale grave. Il trattamento con anticoagulanti rappresenta una possibile controindicazione: è possibile che ketoprofene ne potenzi l'attività.