In medicina veterinaria l'ivermectina è usata contro numerosi vermi intestinali, tenia esclusa, la maggior parte degli acari e alcuni pidocchi. Non è efficace per eliminare zecche, mosche, trematodi e pulci, in quanto le uova e le larve maturano e ritornano al proprio ospite. È efficace contro le larve della dirofilaria, ma non sugli esemplari adulti benché possa accorciarne la durata della vita. La dose di farmaco da somministrare deve essere misurata accuratamente in quanto altamente tossico in sovradosaggio. A volte viene somministrato in combinazione con altri farmaci per trattare un ampio spettro di parassiti. In alcuni cani da pastore, specialmente il pastore scozzese a pelo lungo, lo Smooth collie, lo Shetland Sheepdog e l'Australian shepherd, l'incidenza di una certa mutazione del gene "MDR1," responsabile della produzione della P-glicoproteina, è elevata; gli animali che ne sono affetti sono particolarmente sensibili agli effetti tossici dell'ivermectina. Evidenze cliniche suggeriscono che i gattini sono suscettibili alla tossicità dell'ivermectina. Invece per i gatti adulti è disponibile una preparazione topica di ivermectina allo 0,01% per il trattamento degli acari delle orecchie.