Per poter svolgere la propria funzione biologica, una proteina deve essere strutturata nella cosiddetta conformazione nativa. La conformazione nativa è quella struttura 3D stabile e funzionale, caratterizzata da un minimo di energia potenziale e da quella particolare conformazione che consente alla proteina di svolgere adeguatamente la funzione a cui è deputata. [9] Il processo che dalla biosintesi del peptide, porta alla proteina strutturata nella forma nativa, biologicamente attiva, prende il nome di "folding" (figura 15). Il meccanismo del folding è probabilmente un processo progressivo. Le strutture secondarie (α-eliche e strutture β) si formano piuttosto rapidamente, dato che devono sottostare a costrizioni più rigide e a breve distanza. Le regioni flessibili iniziano poi a ripiegarsi per effetto delle interazioni a lungo raggio e delle interazioni con il solvente. I residui polari tenderanno a rimanere esposti alla superficie, mentre quelli apolari tenderanno ad essere "sepolti" all'interno della proteina. Nonostante sia un processo termodinamicamente spontaneo, il folding in vivo è molto spesso facilitato da particolari proteine che vengono chiamate "chaperon molecolari".