In una minima percentuale tuttavia (10-20% di questi casi), il virus continua a diffondersi nelle meningi (membrane protettive che ricoprono il cervello e il midollo spinale) o nel cervello stesso, provocando i sintomi della meningite o dell'encefalite. Di solito, in questa seconda fase, dopo un intervallo senza disturbi di 8-20 giorni, possono comparire: