L'interfaccia utente veniva visualizzata su un terminale video VT100 con tastiera. Di norma il tecnico radiologo faceva accomodare il paziente sul lettino radiografico e posizionava il macchinario nel punto necessario affinché la radiazione fosse diretta verso il punto del corpo del paziente da trattare, poi lasciava la sala di trattamento e, tornato nello studio (da cui poteva supervisionare la terapia mediante una telecamera con relativo monitor ed un microfono), immetteva i dati richiesti nel terminale: la tipologia di terapia da eseguire, l'energia della radiazione da erogare, la quantità di radiazione da emettere per unità di tempo, la durata del trattamento e la posizione in cui era stata sistemata la macchina. Il software si preoccupava di accertare che i dati inseriti corrispondessero alla reale situazione della macchina e, se combaciavano, mostrava la scritta "VERIFIED" (verificato), altrimenti bloccava il processo fino a quando i valori non venivano corretti. Solo quando tutti i dati risultavano verificati si poteva procedere ad avviare il trattamento digitando il comando "B" nella riga "COMMAND". La procedura di verifica dei dati, piuttosto lunga e noiosa per l'operatore, permetteva un doppio controllo sulle impostazioni della terapia. A seguito di lamentele, la AECL consentì, per il Therac-25, di ricopiare i dati che comparivano nella colonna "PRESCRIBED" nella colonna "ACTUAL" semplicemente premendo il pulsante di "carriage return", escludendo quindi il doppio controllo.