L'evento avverso più grave è certamente la colite pseudomembranosa, ovvero un'infezione da "Clostridioides difficile", che può essere potenzialmente fatale. Questo tipo di problema è comunemente associato con l'uso di clindamicina, ma può verificarsi anche con l'impiego di altri antibiotici. Nel corso del trattamento antibiotico la crescita eccessiva di "Clostridioides difficile", che è intrinsecamente resistente alla clindamicina, porta alla produzione di una tossina la quale provoca una serie di effetti negativi, che vanno dalla diarrea alla colite al megacolon tossico.