Nel corso del trattamento con la clinafloxacina, così come con altre molecole appartenenti alla classe dei fluorchinoloni, si possono verificare alcuni eventi avversi a carico dell'apparato digerente (dispepsia, nausea, vomito, diarrea, dolore addominale) e del sistema nervoso (cefalea, stato di agitazione, insonnia, vertigine). In alcuni soggetti sono stati segnalati disturbi della cute (prurito, esantema, eritema, orticaria, rash cutaneo).