Il micofenolato mofetile comincia ad essere utilizzato nella terapia di malattie autoimmuni come la porpora trombocitopenica idiopatica (ITP), il lupus eritematoso sistemico (LES), la sclerodermia (sclerosi sistemica o sclerodermia) e il pemfigo volgare (PV), ottenendo buoni risultati terapeutici in alcuni pazienti.