Un'altra caratteristica di questo segmento è la cospicua presenza di piccole ghiandole mucose, le ghiandole parauretrali intramurali, che circondano il canale; il loro numero varia in genere da 40 a 100. Queste ghiandole sono collocate nella zona periuretrale con una distribuzione pressoché simmetrica e labirintica, e riversano il loro secreto nell'uretra attraverso una media di 20 - 50 dotti per ciascun lato. Sono particolarmente numerose nella regione attorno all'orifizio uretrale interno, ove si dispongono ad anello, e più sporadiche negli altri tratti; numero e dimensioni aumentano in modo sensibile con l'età, risultando quasi sempre superiori negli anziani. La struttura e la funzione di queste ghiandole sono simili od omologhe a quella delle ghiandole parauretrali femminili (incluse le ghiandole di Skene), tuttavia risultano molto più numerose e voluminose, non sono in genere atrofizzate e hanno una distribuzione più densa. Il loro secreto non sembra giocare alcun ruolo nel processo di eiaculazione, a differenza delle ghiandole presenti nell'uretra prostatica; secondo gli studi, ha lo scopo di di proteggere l'epitelio uretrale dall'acidità delle urine, oltre ad avere un'importante funzione antibatterica e lubrificante.