La conoscenza delle patologie sistemiche e la manifestazione orale delle stesse sono aspetti fondamentali di cui tener conto prima della formulazione di un piano di trattamento chirurgico orale. Questo deve essere compatibile con lo stato generale del paziente. Tenendo conto delle correlazioni fra odontoiatria e medicina è pertanto possibile e doveroso attuare protocolli di trattamento specifici per le situazioni mediche più frequenti. Particolare rilievo assumono l'approccio psicologico del paziente, la gestione delle malattie infettive e la prevenzione del rischio infettivo fra le persone che compongono l'equipe odontoiatrica, la gravidanza e l'allattamento, l'osteo-necrosi da bisfosfonati. Infine, i soggetti diversamente abili necessitano di protocolli di trattamento specifici suddivisi in base alla collaborazione o non collaborazione del paziente, alla malattia sistemica, alla problematica di tipo psicologico.