Una volta graziato, nel 1853, non gli fu consentito, suo malgrado, di ritornare nel "Morotrofio" per riassumere la carica precedentemente ottenuta. Approfittò del periodo di inattività forzata per scrivere il "Trattato di frenologia" in due volumi più un atlante, progetto, questo, lungamente meditato. Nel 1854, infuriando il colera a Napoli, Miraglia si dedicò completamente alla cura dei colerosi, accostandosi prodigo e consolatore al capezzale dei malati. Egli stesso fu contagiato dal batterio ma riuscì a guarirne, contrariamente a quanto accadde alla devota e credente moglie, Maria Rosa, che ne rimase prematuramente vittima in quello stesso anno.