I genitori hanno riportato la presenza di disturbi gastrointestinali nei bambini autistici, pertanto molti studi hanno fatto il possibile per scovare eventuali legami tra autismo e intestino. Il tanto discusso articolo di Wakefield supponeva, tra le altre cose, anche la possibilità che alcuni disturbi intestinali possano permettere agli antigeni di penetrare nel flusso sanguigno attraverso il cibo e che possano contribuire alle disfunzioni cerebrali. Nonostante Wakefield avesse in seguito proposto il termine di "enterocolite autistica", la metodologia dei suoi studi fu pesantemente criticata, i risultati non furono replicati da altri gruppi e Wakefield fu accusato di aver manipolato i dati dei pazienti.