Nel 1625 Jonston tornò al Confederazione polacco-lituana. Fino al 1628 fu un precettore privato nella famiglia della famiglia Kurtzbach-Zawadski a Leszno, dove era un membro attivo della comunità Czech Brethren. Intorno al 1625-28 pubblicò "Enchiridion historiae naturalis", che nel 1657 sarebbe stato tradotto in inglese.