Se si tratta di congiuntivite batterica, che rappresenta la forma più comune, possono essere prescritti degli antibiotici sotto forma di collirio o di crema oculare. Per le infezioni ripetute (ricorrenti) l'oculista potrebbe valutare l'ipotesi di prescrivere un tampone congiuntivale con antibiogramma, un esame che individua i germi responsabili dell'infezione e indica gli antibiotici più adatti a sconfiggerli.