I sintomi iniziano ad apparire dopo 5 – 14 giorni dall'esposizione. I sintomi iniziali sono febbre, mal di testa, sonnolenza seguiti da disorientamento e confusione mentale. Questi sintomi possono progredire fino al coma anche in sole 24 – 48 ore. L'encefalite (infiammazione del cervello) è una complicanza potenzialmente fatale dell'infezione da virus Nipah. Una malattia respiratoria può anche essere presente durante la prima parte della malattia. I pazienti con nipah che hanno difficoltà respiratorie hanno maggiori probabilità rispetto a quelli senza malattie respiratorie di trasmettere il virus, così come quelli che hanno più di 45 anni. La malattia è sospettata in soggetti sintomatici nel contesto di un'epidemia.