Alfred intese dare a suo figlio la stessa istruzione che egli stesso aveva ricevuto. All'età di nove anni, Edward andò in una scuola diurna a Philadelphia e nel 1853, all'età di 12 anni, Edward fu mandato al collegio quacchero a Westtown, vicino a West Chester, in Pennsylvania. La scuola fu fondata nel 1799 con una raccolta fondi da parte dei membri del quaccherismo e fornì gran parte dell'istruzione alla famiglia Cope. Questa prestigiosa scuola era costosa (500 dollari all'anno) e nel suo primo anno Edward studiò algebra, chimica, scrittura, fisiologia, grammatica, astronomia e latino. Per il resto, gli studi di Edward progredirono in maniera normale: ebbe sempre voti come "tutt'altro che perfetti" o "non del tutto soddisfacenti" a causa della sua condotta e non si impegnò molto nelle sue lezioni di calligrafia, il che da adulto può aver contribuito alla sua scrittura, spesso illeggibile.