Si occupa delle attività connesse alle domande di autorizzazione in commercio di nuovi medicinali - sia per procedura nazionale, sia comunitaria - dei quali determina il rapporto costo-efficacia. Valuta ed esprime parere consultivo sulla classificazione dei farmaci ai fini della rimborsabilità. È composta dal direttore generale dell'AIFA e dal presidente dell'Istituto superiore di sanità o suo delegato e da 8 personalità della medicina e della farmacologia italiana tra cui un presidente scelto dalla Conferenza stato-Regioni. Dura in carica 5 anni nei suoi 8 membri non di diritto, rinnovabili consecutivamente una sola volta, ed è articolata in sottocommissioni con funzioni istruttorie, ciascuna coordinata da un esponente della CTS e composta da esperti e da rappresentanti di ogni ufficio AIFA.