Misoprostolo inibisce inoltre la secrezione acida gastrica grazie a un'azione esercitata sulle cellule parietali: nello specifico il farmaco va ad inibire l'adenilato ciclasi portando a una riduzione dei livelli di AMP ciclico, deprimendo l'attività della pompa acida a livello delle cellule parietali. L'inibizione della secrezione è riscontrabile sia in condizioni basali che dopo stimolo con istamina, pentagastrina, cibo, caffè ed altre sostanze.