Nel 1797 Moscati venne nominato terzo membro del Direttorio della Repubblica Cisalpina, e professore di Clinica medica a Pavia (come successore di Giovanni Rasori), mantenendo però la cattedra sino al 1799 sia per ragioni di salute sia a causa del suo imprigionamento all'estero da parte degli austriaci, ritornati nel frattempo in Lombardia. Quando la Lombardia venne ripresa dai Francesi, ritornò in patria e Napoleone nel 1802 lo reintegrò nel suo impiego, nominandolo tra l'altro Direttore dell'Ospedale e Presidente del Gabinetto Patologico, del quale era stato uno dei fondatori. Malgrado la fiducia goduta presso il futuro imperatore, Moscati non poté riprendere l'insegnamento a causa della malferma salute e dell'età che lo costrinsero a ritirarsi a vita privata.