La malattia da virus Ebola è di difficile diagnosi nei primi giorni a causa dei sintomi non specifici, e generalmente una diagnosticata clinica deve essere confermata tramite test ELISA ("Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay") per la ricerca di antigeni virali, che tuttavia fornisce risultati ambigui durante le fasi non epidemiche. Vengono anche utilizzati saggi di RT-PCR, per amplificare l'RNA virale e ridurre la manipolazione dei campioni, e saggi di rilevazione di anticorpi specifici IgG e IgM, tramite test ELISA o immunofluorescenza. Può essere necessaria, per isolare il virus, l'inoculazione in animali. L'intervallo tra insorgenza dei sintomi e morte è intorno ai 7-14 giorni. A partire dalla seconda settimana di infezione si assiste ad una riduzione dell'iperpiressia o all'innescarsi di una sindrome da disfunzione multiorgano. Il tasso di mortalità è alto, tra il 50 e il 90%. Le cause principali di morte sono lo shock ipovolemico e la sindrome da disfunzione multiorgano.