La gastrite cronica atrofica autoimmune si muove in un contesto infiammatorio scaturito e sostenuto da un processo autoimmune. Nei soggetti con questa forma di gastrite è spesso (50%) possibile rilevare pattern anticorpali diretti verso le cellule parietali gastriche, fisiologicamente deputate alla produzione di acido cloridrico e di fattore intrinseco. Questo pattern anticorpale è composto da anticorpi diretti verso: