Tuttavia il padre immaginava per il proprio figlio un futuro diverso da quello dell'oste, e così lo mandò all'Università di Vienna per studiare Medicina, presso la Scuola del famoso Gerhard Van Swieten. Auenbrugger provò così tanta ammirazione per il suo Maestro che, nel 1776, gli dedicò un lavoro intitolato "Sugli impieghi della canfora nel trattamento delle manie".