Tutte la patologie congenite riguardano difetti nello sviluppo embriologico della tiroide e si può quindi assistere al già citato ipotiroidismo congenito, a cisti o seni del dotto tireoglossoche si formano come rigonfiamenti lungo il decorso del dotto tireoglosso e formare masse mobili ed indolori, che danno problemi solo in caso di infezioni e tessuto tiroideo accessorio come residuo del dotto tireoglosso.