In alcuni casi, come risultato di una parafimosi, ossia di una condizione in cui il prepuzio non riesce più a ridistendersi e a coprire il glande, o di una grave balanite, il prepuzio può gonfiarsi dolorosamente. In questi casi, se tutti gli approcci conservativi di diminuzione del gonfiore hanno avuto esito negativo, la superincisione del prepuzio viene quasi sempre praticata in preferenza alla circoncisione. Mentre un tempo, inoltre, si raccomandava di effettuare una circoncisione una volta risolta la condizione di emergenza, oggi questo non è più consigliato, anzi, spesso si opera una sutura del prepuzio inciso in modo da ripristinarne l'aspetto iniziale. Proprio per la possibilità di ripristino appena menzionata, secondo alcuni la superincisione del prepuzio sarebbe da preferire alla circoncisione anche nel caso di fimosi.