Nelle patologie autoimmuni tiroidee si sviluppano alcuni tipi di anticorpi tra cui quelli antitireoglobulina (anti-TG) e quelli antitireoperossidasi (anti-TPO) . La tireoglobulina, prodotta dalle cellule tiroidee, è una molecola di deposito che viene immagazzinata all'interno dei follicoli. Dall'idrolisi di tale molecola si liberano la monoiodotirosina e la diiodotirosina, i precursori degli ormoni tiroidei.La Tireoperossidasi è l'enzima responsabile della iodinazione dei residui di tirosina e interviene nella prime tappa del processo di sintesi degli ormoni tiroidei.Oltre agli anticorpi suddetti, nei processi autoimmuni della tiroide si formano anche gli anticorpi anti-microsomi e gli anticorpi diretti contro il recettore del TSH; per una primitiva diagnosi di autoimmunità è però sufficiente la sola ricerca   