Influenzato inizialmente dalle scoperte di Douglas, Hunter si occupò della struttura e della patologia delle cartilagini articolari e cellulari (tessuto connettivale), ed in seguito della configurazione del testicolo, dell'insensibilità della dura madre, del periostio, del tendine e dei legamenti. Con il fratello John determinò l'origine dell'ernia congenita; spiegò il modo in cui potevano verificarsi fratture della rotula; provò che normalmente tra polmone e pleura non c'è aria; propose trattamenti per la frattura del cranio, per le lussazioni, per la varice aneurismatica e per alcuni disturbi digestivi.