La terapia chirurgica  è impiegata nei casi in cui i soli farmaci non siano sufficienti per alleviare i disturbi (sintomi) e/o in presenza di complicazioni. Consiste nell'eliminazione delle parti irreparabilmente danneggiate dal processo infiammatorio. Tuttavia, mentre nella colite ulcerosa la rimozione dell’intero colon mette a riparo dal ritorno della malattia (recidiva), nel morbo di Crohn la rimozione del tratto intestinale infiammato non esclude che la malattia possa tornare in altri tratti dell’intestino.