Sebbene in farmacologia vi sia generalmente una correlazione tra struttura chimica del principio attivo ed effetto farmacologico rilevato, dato che molecole simili andranno ad agire su bersagli (recettori) simili, questa analogia è attenuata nella neuropsicofarmacologia, e in particolar modo nel campo delle sostanze stupefacenti. Questo perché nel "pool" di recettori che mostrano effetti psicoattivi si ha in genere un grado molto elevato di omologia (es. le varie famiglie di trasportatori dei neurotrasmettitori delle ammine biogene); conseguentemente, sostanze anche molto simili tra loro, ma che, per la presenza di diversi gruppi funzionali, manifestino affinità per membri, e isoforme, particolari di queste famiglie, possono mostrare effetti farmacologici anche notevolmente diversi.