L'accumulo di glicogeno nel muscolo cardiaco causa una massiva e progressiva cardiomegalia (che inizia già in utero, ma diventa significativa a partire dalla IV-VIII settimana di vita), associata ad insufficienza cardiaca sia diastolica sia sistolica. In particolare si evidenzia una cardiomiopatia ipertrofica a carattere non ostruttivo, con ispessimento della parete posteriore del ventricolo sinistro, del muscolo papillare e del setto interventricolare.L'ipertrofia asimmetrica del setto causa il contatto, durante la sistole, tra il lembo anteriore della mitrale e la parete interventricolare, evento dimostrato dall'osservazione ecocardiografica dell'ostruzione funzionale dell'efflusso ventricolare. Nelle fasi più avanzate può svilupparsi una cardiomiopatia dilatativa 85,86 .Sono state riscontrate delle alterazioni del ritmo, con un tipico accorciamento del tratto PR all' ECG. L'interferenza nella conduzione atrio-ventricolare dell'impulso probabilmente deriva dall'effetto isolante del glicogeno sul tessuto di conduzione stesso 87 .È stato anche descritto un paziente con sindrome di Wolf-Parkinson-White 88 .All'esame obiettivo può essere riscontrata tachicardia e ritmo di galoppo, aumentata pulsatilità precordiale, soffio sistolico aspro, causato dall'ostacolo all'efflusso ventricolare. 