La sua esperienza nei lager fu terribile: viene colpito dal tifo petecchiale che lo riduce in fin di vita. Proprio durante questa esperienza, nasce la sua intuizione ritenuta più significativa: l'importanza della "ricerca di senso" nel proprio vissuto, che definisce autotrascendenza, ossia l'orientamento dell'esistenza umana al di la di sé, verso qualcosa che non è se stessa; i prigionieri che avevano più possibilità di sopravvivere erano quelli che si orientavano verso il futuro, verso un senso che avrebbe trovato realizzazione nel futuro. Per quanto riguarda Frankl, due erano i desideri che aveva: il primo era quello di pubblicare il manoscritto perduto ad Auschwitz "Ärztliche Seelsorge" ed il secondo era di riabbracciare l'amata Tilly, che aveva deciso di seguirlo in quello che credeva un campo di lavoro chiedendo esplicitamente di essere deportata con lui. Per quanto riguarda la sua famiglia, il padre Gabriel muore tra le sue braccia, e Viktor non riceve notizie della madre Else e della moglie fino alla metà del 1945, dato che era stato separato da loro durante la deportazione. Dopo lunghe ricerche apprende la scomparsa di entrambe (anche il fratello Walter muore nel lager) e ne resta profondamente colpito. Eloquenti in tale proposito sono le sue stesse parole: