Sebbene il vaccino di imminente introduzione si sia rivelato altamente efficace nei trials clinici, esso presenta alcuni limiti nella sua applicazione: verrà probabilmente somministrato a 32 ragazze prima dell'inizio dell'attività sessuale (intorno ai 12 anni), lasciando quindi scoperta un'ampia fascia di popolazione femminile che, se non già infettata, sarà a rischio di infezione.Inoltre, è immaginabile che il vaccino, sia di tipo profilattico che terapeutico, avrà una scarsa efficacia negli individui immunocompromessi e nei soggetti infettati con tipi virali non contemplati nella preparazione vaccinale (es. . Non va dimenticato inoltre che questi vaccini basati sulle VLP sono molto costosi e ad oggi non sono applicabili nei paesi sottosviluppati del mondo.Nonostante la presenza di un vaccino profilattico contro HPV, non esiste al momento un vaccino terapeutico o una terapia antivirale specifica che possa rimuovere il virus senza danneggiare il tessuto ed eliminando il problema frequente delle recidive; la ricerca di nuove molecole che interferiscono selettivamente con il ciclo replicativo del virus è quindi molto attiva [Douglas et al., 2006].Ai limiti legati alla vaccinazione si aggiunge il problema, di attuale discussione, sul ruolo protettivo del condom nella trasmissione sessuale del virus. L'infezione virale da papillomavirus umani nel 60% dei casi si contrae infatti per via sessuale. L'uso del condom può non proteggere adeguatamente da HPV dal momento che il virus può essere trasmesso per contatto con tessuti non protetti dal condom stesso. Mentre per la prevenzione dell'HIV il preservativo è ormai considerato fondamentale nell'impedire l'infezione, nel caso dell'HPV diverse zone "potenzialmente infette" rimangono totalmente scoperte. Il condom fornisce dunque una barriera fisica che protegge i più comuni siti di infezione, ma non previene tutti i contatti genitali cute-cute. La maggior parte delle ricerche svolte fino ad oggi non dimostra grandi benefici nell'uso del preservativo nel prevenire la trasmissione del virus. La Food and Drug Administration sta inoltre valutando la possibilità di inserire un avviso sul prodotto dove 33 si specifichi che questo tipo di profilassi non protegge dall'HPV. Ulteriori studi saranno necessari per chiarire il ruolo preventivo del condom. Tuttavia il suo utilizzo è consigliato per la protezione dalle altre malattie sessualmente trasmissibili e per evitare l'insorgenza di coinfezioni [Winer R.L., 2006].