Kristautasunean bere agintaritza zentralari mehatxu bat ikusiz, Hideyoshik sistematikoki kendu zuen kristau jarduera; 1597an, sei misiolari eta 20 japoniar bihurtuta gurutziltzatu zituzten Nagasakin.
Hideyoshik kristautasuna bere autoritateari eusteko arazotzat hartu zuen, eta, hala, exekuzioekin erreprimitu zituen.