Αντιμιτοχονδριακά αντισώματα
 Τα ΑΜΑ διακρίνονται σε εννέα τύπους (Μ1-Μ9) καθώς στρέφονται έναντι 9 διαφορετικών μιτοχονδριακών αντιγόνων. Τα αντι-Μ1 στρέφονται έναντι της καρδιολιπίνης F και σχετίζονται με λοιμώδη νοσήματα όπως η σύφιλη και η μυοκαρδίτιδα. Τα αντι-Μ2 συνδέονται άμεσα με την PBC. Τα Μ2 αυτοαντιγόνα είναι συστατικά του συμπλέγματος της αφυδρογονάσης των α-οξυ-οξέων. Τα αντι-Μ3 ανιχνεύονται σε αλλεργική αντίδραση έναντι της ιπρονιαζίδης. Τα αντι-Μ4 συνδέονται και αυτά με την PBC και έχουν αναγνωρισθεί ως η σουλφιδική οξειδάση του μιτοχονδριακού διαμεμβρανικού χώρου. Τα αντι-Μ5 εμφανίζονται σε μερικές περιπτώσεις αντιπυρηνικών αντισωμάτων θετικών και αντιπυρηνικών αντισωμάτων αρνητικών νοσημάτων του κολλαγόνου. Τα αντι-Μ6 όπως και τα αντι-Μ3 ανιχνεύονται και αυτά σε αλλεργική αντίδραση έναντι της ιπρονιαζίδης. Τα αντι-Μ7 στρέφονται έναντι της αφυδρογονάσης της σαρκοσίνης και όπως και τα αντι-Μ1 σχετίζονται και αυτά με λοιμώδη νοσήματα. Τα αντι-Μ8 συνδέονται και αυτά με την PBC και καθαίρονται μαζί με τις εξωτερικές μιτοχονδριακές μεμβράνες που παρασκευάζονται από νεφρούς χοίρου. Τα αντι-Μ9 συνδέονται με την PBC και τα Μ9 αυτοαντιγόνα και έχουν αναγνωρισθεί ως η κυτταροπλασματική φωσφορυλάση του γλυκογόνου. Οι υπότυποι των αντιμιτοχονδριακών αντισωμάτων που σχετίζονται άμεσα με την πρωτοπαθή χολική κίρρωση είναι οι αντι-Μ2, αντι-Μ4, αντι-Μ8 και αντι-Μ9 όπως αναφέρθηκε παραπάνω. Τα αντι-Μ2 ανιχνεύονται σχεδόν σε όλους τους ασθενείς με PBC και στο 10% περίπου των ασθενών με κρυπτογενή κίρρωση, αυτοάνοση ηπατίτιδα τύπου Ι και σκληρόδερμα. Στους ασθενείς με πρωτοπαθή χολική κίρρωση ο τίτλος αντισωμάτων αντι-Μ2 >1:160 είναι πρακτικά διαγνωστικός, ενώ στο 10% των ασθενών που νοσούν ο τίτλος αντισωμάτων είναι <1:16. Τα αντι-Μ9 δεν απαιτούν την παρουσία των αντι-Μ2 όπως γίνεται στην περίπτωση των αντι-Μ4 και αντι-Μ8, αλλά σε κάθε περίπτωση χαρακτηρίζουν την ασυμπτωματική ή πρώιμη πρωτοπαθή χολική κίρρωση με καλοήθη εξέλιξη. Η παρουσία αντι-Μ2, αντι-Μ4 και αντι-Μ8 αντισωμάτων που συνδέουν το συμπλήρωμα, χαρακτηρίζει το σύνδρομο επικάλυψης της πρωτοπαθούς χολικής κίρρωσης και της χρόνιας ενεργού ηπατίτιδας. Ανιχνεύεται σε αρχικό στάδιο της νόσου και έχει κακή πρόγνωση. Χαμηλοί τίτλοι αντισωμάτων αντι-Μ2 βρίσκονται στο 24-58% των ασθενών με ΠΧΚ στους οποίους ανιχνεύονται και αντιπυρηνικά αντιγόνα. Η ανίχνευση και η μελέτη των αντισωμάτων αυτών είναι εφικτή με διάφορες μεθόδους όπως ο έμμεσος ανοσοφθορισμός, η σύνδεση συμπληρώματος, η ανοσοαποτύπωση, η RIA και η ELISA, χρησιμοποιώντας υψηλής καθαρότητας παρασκευάσματα καρδίας βοός, ήπατος και νεφρού ποντικιού ή νεφρού χοίρου. Στον έμμεσο ανοσοφθορισμό (IFA) για παράδειγμα, σε υπόστρωμα που περιέχει αντιγόνο κατά των ΑΜΑ προστίθεται δείγμα ορού του υπό εξέταση δείγματος. Αφού γίνει έκπλυση των μη προσδεδεμένων αντισωμάτων προστίθενται αντι-αντισώματα έναντι των ΑΜΑ που είναι επισημασμένα με φθορίζουσες ουσίες, τα οποία θα προσδεθούν στα ακινητοποιημένα πλέον ΑΜΑ κάνοντάς τα ορατά στο μικροσκόπιο φθορισμού.
Τα αντιμιτοχονδριακά αντισώματα (ΑΜΑ) είναι αυτο-αντισώματα, κατά των μιτοχονδρίων και κυρίως αυτών στα κύτταρα του ήπατος. Ως αντισώματα ή ανοσοσφαιρίνες (antibody ή Αb) ορίζονται οι μεγάλες πρωτεΐνες, σχήματος Υ, οι οποίες παράγονται από τα Β - λεμφοκύτταρα και χρησιμοποιούνται από το ανοσοποιητικό σύστημα προς αναγνώριση και εξουδετέρωση ξένων ουσιών όπως βακτήρια και ιοί. Τα αντισώματα αναγνωρίζουν ένα μοναδικό σημείο του ξένου σώματος - στόχου (επίτοπος), το οποίο ονομάζεται αντιγόνο. Τα αντισώματα που παράγονται από τον ανθρώπινο οργανισμό και στρέφονται εναντίον δικών του συστατικών – πρωτεϊνών ονομάζονται αυτοαντισώματα. Η παρουσία των ΑΜΑ στο αίμα ή στον ορό ενός ατόμου είναι ενδεικτικό κλινικό διαγνωστικό σύμπτωμα για διάφορες αυτοάνοσες ασθένειες όπως η πρωτοπαθής χολική κίρρωση (Primary Billary Cirrhosis ή PBC) σε ποσοστό 95%. Η πρωτοπαθής χολική κίρρωση είναι μια χρόνια φλεγμονώδης νόσος, που χαρακτηρίζεται από λεμφοκυτταρική διήθηση και καταστροφή των μικρών ενδοηπατικών χοληφόρων. Ως αίτιο των ΑΜΑ έχουν θεωρηθεί ξενοβιοτικά και/ή οξειδωτικά επαγόμενα τροποποιημένα μιτοχονδριακά αντιγόνα, που οδηγούν στην απώλεια της ανοχής. Στην οξεία ηπατική ανεπάρκεια βρίσκονται ΑΜΑ έναντι όλων των σημαντικών αντιγόνων του ήπατος.