Ελληνική Επανάσταση του 1821 στην Κρήτη
 Από τις 260.000 κατοίκους του νησιού το 1821, ένα μεγάλο μέρος (120.000) ήταν μουσουλμάνοι και μάλιστα οι 20.000 καλά εξοπλισμένοι. Αυτοί ήταν είτε Τούρκοι είτε Τουρκοκρητικοί (Κρητικοί που εξισλαμίστηκαν την περίοδο της Τουρκοκρατίας). Οι τελευταίοι ήταν φανατικότεροι από τους ίδιους τους Τούρκους. Κατά συνέπεια, ο ελληνικός-χριστιανικός πληθυσμός ζούσε σε ένα καθεστώς καταπίεσης και τρομοκρατίας, που επέβαλαν οι κατακτητές έχοντας στο νησί τρεις διοικήσεις (Χανίων, Ρεθύμνου, Μεγάλου Κάστρου). Η δράση δυο σωμάτων γενιτσάρων στο νησί χειροτέρευε την κατάσταση. Λόγω της καταπίεσης οι μυημένοι στη Φιλική Εταιρεία ήταν λίγοι, με αποτέλεσμα να είναι περιορισμένη η ψυχολογική προετοιμασία των κατοίκων για μία μεγάλη επαναστατική κίνηση. Η Κρήτη ήταν απομακρυσμένη από την υπόλοιπη Ελλάδα, πράγμα που δυσκόλευε την επικοινωνία με τις άλλες επαναστατημένες περιοχές αλλά και το συντονισμό των πολεμικών κινήσεων. Επίσης, η τακτική ενίσχυσή της από τη θάλασσα με άνδρες, πολεμικό υλικό και τρόφιμα θα εμποδιζόταν από τη δράση του στόλου της Αιγύπτου, που βρισκόταν κοντά. Η πνευματική στασιμότητα που παρατηρούνταν στο νησί τους δυο προηγούμενους αιώνες εμπόδιζε την ιδεολογική προετοιμασία της επανάστασης μέσω της παιδείας. Υπήρχε έλλειψη όπλων και εφοδίων. Υπήρχαν 1.200 όπλα στο νησί και από αυτά τα 800 ήταν των Σφακιανών.Όμως, παρά τις αντίξοες αυτές συνθήκες, ο πόθος των Κρητικών για ελευθερία υπερίσχυσε και τους οδήγησε στην επανάσταση. Οι Κρητικοί, όταν πληροφορήθηκαν το ξέσπασμα της επανάστασης στην ηπειρωτική Ελλάδα και τα νησιά, αποφάσισαν να εξεγερθούν. Η απόφαση πάρθηκε σε τρεις συσκέψεις που έγιναν στα Σφακιά, Μεγάλη Πέμπτη στις 7 Απριλίου στα Γλυκά Νερά, Παρασκευή της διακαινησίμου 15 Απριλίου στην Παναγία του Λουτρού όπου συμμετείχαν οπλαρχηγοί και πρόκριτοι από όλη σχεδόν την Κρήτη και όπου τελέστηκε πανηγυρική συμβολική Διπλανάσταση και καλέστηκε νέα μαζικότερη συγκέντρωση στη Θυμιανή Παναγία ώστε η απόφαση να επικυρωθεί κι επίσημα και να αποφασιστούν οι αρχηγοί των επαρχιών. Έγινε τότε προσπάθεια να αντιμετωπιστεί η έλλειψη όπλων και πλοίων με έκκληση στην Ύδρα για παροχή βοήθειας. Η επαναστατική διάθεση των Κρητών δεν υποχώρησε ακόμα κι όταν οι επίσκοποι του νησιού διάβαζαν στις εκκλησίες τον αφορισμό του Πατριάρχη Γρηγορίου Ε' και συνιστούσαν ηρεμία στους κατοίκους. Από την άλλη πλευρά οι πληροφορίες για ξεσηκωμό των Κρητικών εξαγρίωσαν τους Τούρκους, που συνέλαβαν, βασάνισαν και απαγχόνισαν τον επίσκοπο Κισσάμου Μελχισεδέκ, φυλάκισαν τους επισκόπους Κυδωνίας Καλλίνικο και Ρεθύμνης Γεράσιμο αλλά προχώρησαν και σε κακοποιήσεις χριστιανών στα Χανιά (19 Μαΐου 1821). Στις 21 Μαΐου 1821 οργανώθηκε στο Λουτρό των Σφακίων, ως απάντηση στις Τουρκικές αγριότητες, η "Καγκελαρία", μία τοπική κυβέρνηση, και κηρύχθηκε επίσημα η επανάσταση. Η διαταγή των Πασάδων της Κρήτης για καθολικό αφοπλισμό των Χριστιανών δεν έγινε δεκτή από τους επαναστάτες, που κατασκεύασαν φυσέκια ("χαρτούτσια") από τα βιβλία εκκλησιών και μοναστηριών και βόλια από τα βαρίδια των ζυγαριών, για να λύσουν το πρόβλημα των πολεμοφοδίων. Η πρώτη μεγάλη νίκη των επαναστατών σημειώθηκε στις 14 Ιουνίου 1821 στο Λούλο Χανίων, όπου εξοντώθηκε ένα σώμα γενιτσάρων από τα Χανιά και σκοτώθηκε ο αρχηγός τους Ταμπουρατζής, από τους Σφακιανούς οπλαρχηγούς Ιωάννη Χάλη, Ιωάννη Παπαδογεωργάκη, Παπανδρέα, Σήφακα και Βαρδουλομανούσο. Οι Τούρκοι απάντησαν με σφαγές αμάχων, λεηλασίες σπιτιών, μαγαζιών και εκκλησιών στα Χανιά. Οι σφαγές επεκτάθηκαν στο Ρέθυμνο και στις 23-24 Ιουνίου στο Μεγάλο Κάστρο (Ηράκλειο), όπου οι νεκροί έφτασαν τους 700, ανάμεσά τους ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης Γεράσιμος και οι επίσκοποι Κνωσσού, Χερσονήσου, Λάμπης και Σφακίων, Σητείας και Διοπόλεως. Στη Σητεία οι νεκροί ήταν 300. Στο δεύτερο δεκαπενθήμερο του Ιουνίου οι Κρητικοί νίκησαν στο Ζουρίδι με επικεφαλής τους Αν. Δεληγιάννη και Π. Μανουσέλη (Μάχη των Ρουστίκων) αλλά και στις Καλύβες και στο Βοθειακό με επικεφαλής τους Ρ.Βουρδουμπά, Γ.Τσουδερό, Πωλογεωργάκη, Μεληδόνη και Μιχ. Κουρμούλη. Ο τελευταίος ανήκε στη γνωστή οικογένεια των Κουρμούληδων, που ήταν Τουρκοκρητικοί αλλά, συγκλονισμένοι από τις σφαγές των Ελλήνων, φανέρωσαν ότι ήταν κρυπτοχριστιανοί και τάχθηκαν με το μέρος των επαναστατών. Παρά τα κέρδη των Κρητικών από τις μάχες αυτές σε όπλα και πολεμοφόδια, η έλλειψή τους ήταν ακόμα σημαντική. Έτσι απηύθυναν έκκληση στην Ύδρα για να στείλει στην Κρήτη τόσο πολεμοφόδια όσο και άνδρες, χωρίς όμως να εισακουστούν. Στις αρχές Ιουλίου οι Έλληνες νίκησαν στο χωριό Γάλλου και ανάγκασαν τους Τούρκους, που στόχευαν να καταπνίξουν την επανάσταση στα Σφακιά, να επιστρέψουν στο Ρέθυμνο. Μία ακόμη μεγάλη νίκη κέρδισαν οι Έλληνες στους Λάκκους εναντίον του Λατίφ Πασά των Χανιών, που επιχείρησε να καταστείλει την επανάσταση στο Θέρισο, αναγκάζοντάς τον να επιστρέψει και να κλειστεί στο Κάστρο των Χανίων. Οι Ιωάννης και Βασίλης Χάλης, Αντώνης Φασούλης και Γ. Δασκαλάκης πρωταγωνίστησαν στη μάχη αυτή. Στα μέσα Ιουλίου 1821 εξελίχθηκε νέα προσπάθεια των Τούρκων να χτυπήσουν τους επαναστάτες στα Σφακιά. Η επιχείρηση οργανώθηκε από τον Σερίφ πασά του Ηρακλείου που όρισε αρχηγό των 8.000 ανδρών που συγκέντρωσε τον Καούνη. Οι Τούρκοι, ενισχυμένοι και με δυνάμεις από το Ρέθυμνο, κατέλαβαν τα χωριά Καλλικράτης και Ασκύφου. Στις 18 Ιουλίου έγινε συντονισμένη επίθεση των Σφακιανών στο Ασκύφου με αρχηγούς τούς Μανουσέλη, Δεληγιαννάκη, Πωλογεωργάκη, Ρ. Βουρδουμπά και Γ. Δασκαλάκη. Οι απώλειες των Τούρκων ήταν μεγάλες και υποχώρησαν προς το Ρέθυμνο και το Ηράκλειο. Η τρίτη προσπάθεια των Τούρκων να καταλάβουν τα Σφακιά εκδηλώθηκε στο τέλος Ιουλίου 1821, με την κοινή εκστρατεία των πασάδων του Ηρακλείου, Ρεθύμνου και Χανίων, Σερίφ, Οσμάν και Λατίφ αντίστοιχα. Την 1η Αυγούστου οι Έλληνες επιτέθηκαν πρώτοι στην Επισκοπή αλλά έχασαν τη μάχη. Οι Τούρκοι από τα στενά του Αλμυρού μπήκαν στην επαρχία Αποκορώνου, κατέστρεψαν πολλά χωριά και εξόντωσαν 3.000 αμάχους. Η κρισιμότητα της κατάστασης οδήγησε τους Σφακιανούς να κάνουν έκκληση στις Σπέτσες για βοήθεια (13 Αυγούστου 1821), αφού οι Υδραίοι δεν είχαν ανταποκριθεί. Παρά τη νίκη των Ελλήνων στις Αλίακες (19 Αυγούστου 1821) οι Τούρκοι έφτασαν στα Σφακιά, νικώντας τους Σφακιανούς στο Ασκύφου (29 Αυγούστου 1821). Πολλά γυναικόπαιδα θανατώθηκαν και αιχμαλωτίσθηκαν και όσα μπόρεσαν κατέφυγαν στη Γαύδο. Παρά τη νίκη τους οι Τούρκοι γνώριζαν ότι η επανάσταση δεν είχε κατασταλεί, αφού πολλοί πολεμιστές είχαν καταφύγει σε ορεινές περιοχές. Μετά την αποχώρηση των Τούρκων Πασάδων από τα Σφακιά η επανάσταση ξανάρχισε, καθώς οι τουρκικές δυνάμεις κλείστηκαν στα κάστρα, ενώ οι Έλληνες επέστρεψαν στα χωριά τους. Την κρίσιμη αυτή στιγμή γινόταν αναγκαία η ύπαρξη ενιαίας ηγεσίας του αγώνα στην Κρήτη, αφού υπήρχε ανταγωνισμός μεταξύ των Σφακιανών οπλαρχηγών και εκείνων από τις άλλες περιοχές του νησιού. Οι Κρητικοί ζήτησαν από τον Δημήτριο Υψηλάντη να ορίσει γενικό αρχηγό της επανάστασης στην Κρήτη, προτείνοντας όμως διαφορετικά πρόσωπα. Οι μεν Σφακιανοί πρότειναν τον Αλέξανδρο Καντακουζηνό, που αρνήθηκε την πρόταση, οι δε οπλαρχηγοί από την υπόλοιπη Κρήτη τον Μιχαήλ Κουρμούλη, που είχε αναδειχθεί στις μάχες στο νησί. Τελικά, ο Δ.Υψηλάντης όρισε τον Μιχαήλ Κομνηνό Αφεντούλιεφ ή Αφεντούλη γενικό αρχηγό της επανάστασης στην Κρήτη. Αυτός έφθασε στην Κρήτη στις 25 Οκτωβρίου 1821 με πολεμικό υλικό και τρόφιμα, όμως πολύ λίγα σε σχέση με όσα ήταν απαραίτητα για τον αγώνα, και επέλεξε ως έδρα της διοικήσεώς του το Λουτρό Σφακίων. Από εκεί εξέδιδε τις διαταγές του που στην αρχή φαινόταν ότι έβρισκαν "αρίστην υποδοχήν εις τά πνεύματα των Κρητών" κατά τον Κριτοβουλίδη. Στο τέλος αυτής της χρονιάς (1821) οι Τούρκοι των Χανίων απέτυχαν να καταλάβουν τους Λάκκους και τη Μαλάξα. Στην επιχείρηση των Ελλήνων κατά της Κανδάνου, πρωτεύουσα της επαρχίας Σελίνου, σκοτώθηκε ο οπλαρχηγός Γ. Δασκαλάκης. Τους δύο πρώτους μήνες του έτους τα σημαντικότερα στρατιωτικά γεγονότα ήταν η κατάληψη της Μονής Αρκαδίου από τους Τούρκους αλλά και η ανακατάληψη της από τους Κρητικούς, όπως και οι συνεχείς νίκες των Ελλήνων στα Ακόνια, το Μυλοπόταμο και τα Ανώγεια). Οι νίκες, όμως, αυτές έμειναν ουσιαστικά ανεκμετάλλευτες λόγω των φιλονικιών των οπλαρχηγών Σφακίων (Ρούσος Βουρδουμπάς) και Μυλοπόταμου (Μεληδόνης) που οδήγησαν στο φόνο του Μεληδόνη από τον Βουρδουμπά σε λογομαχία. Στις 20 Μαρτίου 1822 αποβιβάσθηκε στην Κρήτη ο Φιλέλληνας Γάλλος συνταγματάρχης Joseph Balestra (Ιωσήφ Βαλέστ), σταλμένος από τον Δ. Υψηλάντη. Αυτός διαφοροποίησε τη στρατηγική στον αγώνα των Κρητικών. Ο Balestra θεωρούσε ότι ο αγώνας έπρεπε να επικεντρωθεί στην κατάκτηση μίας πόλης - φρουρίου, επιλέγοντας το Ρέθυμνο ως καταλληλότερο στόχο. Κι αυτό γιατί, με το Ρέθυμνο ως κέντρο, θα ήταν ευκολότερη και αποτελεσματικότερη η διεύθυνση των επιχειρήσεων σε σχέση με το Λουτρό Σφακίων που ήταν απομακρυσμένο στο Νότο. Ο Μιχαήλ Αφεντούλιεφ, με σκοπό την κατάκτηση του Ρεθύμνου όρισε τον Balestra ως αρχηγό των ελληνικών στρατευμάτων. Στη μάχη όμως του Κάστελλου (ΝΔ του Ρεθύμνου), στις 14 Απριλίου 1822, ανάμεσα στον ελληνικό στρατό (4000 άνδρες) και τον τουρκικό από το Ρέθυμνο και το Μεγάλο Κάστρο (5000 άνδρες) οι Έλληνες ηττήθηκαν και υποχώρησαν. Ο Balestra αιχμαλωτίστηκε από τους Τούρκους και αποκεφαλίστηκε. Μετά την αποτυχία της κατάληψης του Ρεθύμνου οι Έλληνες πέτυχαν νίκες στην περιοχή του Μυλοπόταμου, καθώς και έξω από το φρούριο των Χανίων (Τάρατσος), κατορθώνοντας να καταστρέψουν και τους αγωγούς ύδρευσης του φρουρίου. Αυτή τη χρονική στιγμή, με την επανάσταση σε έξαρση και τους Τούρκους αποκλεισμένους στα κάστρα, έφθασε στην Κρήτη ως εκπρόσωπος της Κεντρικής Διοίκησης της Ελλάδας, ο Πέτρος Σκυλίτσης Ομηρίδης, προκειμένου να συγκροτήσει τοπική συνέλευση. Η συνέλευση πραγματοποιήθηκε στους Αρμένους Αποκορώνου και από τις εργασίες της προέκυψε το «Προσωρινόν Πολίτευμα της νήσου Κρήτης» (21 Μαΐου 1822), κείμενο σημαντικό για την πολιτική κι οικονομική οργάνωση του νησιού. Επίσης, στους Αρμένους σταθεροποιήθηκε η θέση του Αφεντούλιεφ ως γενικού αρχηγού της επανάστασης με τον τίτλο του «Γενικού Επάρχου της Νήσου», πράγμα απαραίτητο για την επικράτηση πνεύματος ομόνοιας στις πολεμικές επιχειρήσεις. Ο Αγώνας στην Κρήτη μπήκε σε κρίσιμη φάση, όταν ο Σουλτάνος ζήτησε τη βοήθεια του αντιβασιλιά της Αιγύπτου Μεχμέτ Αλή, για να καταπνίξει την επανάσταση στο νησί. Πράγματι, στις 28 Μαΐου 1822 ο αιγυπτιακός στόλος κατέπλευσε στη Σούδα με 114 πλοία, από τα οποία 30 ήταν αιγυπτιακά πολεμικά και τα υπόλοιπα φορτηγά και μεταγωγικά, τα περισσότερα γαλλικά, που μετέφεραν στρατό και πολεμοφόδια. Στο νησί αποβιβάσθηκαν 10000 πεζοί στρατιώτες (κυρίως Αλβανοί μισθοφόροι) και 500 ιππείς, με αρχηγό τον Χασάν Πασά. Τόσο ο Αφεντούλιεφ όσο και ο Σκυλίτσης υποτίμησαν αρχικά τον κίνδυνο από την αποβίβαση του αιγυπτιακού στρατού. Στις αρχές του Ιουνίου πραγματοποιήθηκε ελληνική επίθεση εναντίον του στρατοπέδου των Τουρκοαιγυπτίων στις Αλυκές και οι Κρητικοί νίκησαν στη Μαλάξα. Μάλιστα, η νίκη θα ήταν μεγαλύτερη αν η επίθεση γινόταν μεσάνυχτα, όπως αρχικά σχεδιάστηκε, κι όχι ξημέρωμα. Κατά Κριτοβουλίδη «μέγα μέρος του εχθρικού στρατεύματος ήθελεν εξολοθρευθή, καί η Κρήτη έκτοτε ήθελεν απαλλαχθή από πολλά δεινά». Σαν απάντηση στην ελληνική νίκη ο Χασάν Πασάς επιχείρησε να καταλάβει τη Μαλάξα συγκεντρώνοντας δύναμη 12000 ανδρών (Τούρκοι Χανίων, Σελίνου και Κισσάμου και Αιγύπτιοι) απέναντι σε 2000 Έλληνες. Οι Κρητικοί επιτέθηκαν πρώτοι στα Τσουκαλαριά και παρά τον, αρχικά, αμφίρροπο χαρακτήρα της μάχης υποχώρησαν στη Μαλάξα, που τελικά εγκατέλειψαν και έπεσε χωρίς μάχη στα χέρια των εχθρών (13 Ιουνίου 1822). Ο Μιχαήλ Αφεντούλιεφ σε επιστολή του προς την κυβέρνηση της Πελοποννήσου παρουσίασε την πολύ δύσκολη κατάσταση και ζήτησε στρατιωτική και οικονομική ενίσχυση για τη συνέχεια του αγώνα (17 Ιουνίου 1822). Στις 18 Ιουλίου 1822 οι Έλληνες εξολόθρευσαν, στον Κρουσώνα, ένα μέρος των δυνάμεων του Σερίφ Πασά του Ηρακλείου (350 Αλβανούς), ο οποίος λίγες μέρες πριν είχε καταστρέψει τα Ανώγεια. Ακολούθησε ο ξεσηκωμός της ανατολικής Κρήτης (Λασίθι, Μιραμπέλλο, Σητεία) που λόγω διαφόρων συνθηκών (τρομοκρατία, λεηλασίες, έλλειψη όπλων) δεν είχε εξεγερθεί. Με όπλα που αγοράστηκαν με χρήματα του βαθύπλουτου Ψαριανού Ιωάννη Βαρβάκη, εγκατεστημένου τότε στη Ρωσία, οι επαναστάτες χτύπησαν τους Τούρκους και τους ανάγκασαν να κλειστούν στα φρούρια της Σπιναλόγγας και της Ιεράπετρας. Στη Δυτική Κρήτη ο Χασάν πασάς, βλέποντας τη γενναία αντίσταση των Ελλήνων, αποφάσισε να μεταχειριστεί άλλο τρόπο για να τους υποτάξει. Εξανάγκασε τον αποφυλακισμένο, για το σκοπό αυτό, επίσκοπο Κυδωνίας Καλλίνικο να ζητήσει από τους επαναστάτες παράδοση των όπλων και υποταγή. Αλλά και ο ίδιος ζήτησε από τους επαναστάτες υποταγή στον αντιβασιλέα της Αιγύπτου Μεχμέτ Αλή, παρουσιάζοντάς τον ως φιλάνθρωπο ηγεμόνα. Και στις δύο περιπτώσεις η απάντηση των Κρητικών ήταν αρνητική, οδηγώντας τον Χασάν Πασά στην απειλή για εξολόθρευση όλων των ανυπότακτων πληθυσμών. Παρά το γεγονός ότι οι Έλληνες απέτυχαν να καταλάβουν την Μαλάξα, όπου στη μάχη χάθηκαν πολλοί Σφακιανοί και ο αρχηγός τους Αναγν. Πρωτοπαπαδάκης, οι Τούρκοι την εγκατέλειψαν στο τέλος του 1822. Την 1η Αυγούστου ο Χασάν Πασάς κινήθηκε προς τους Λάκκους και τη Θέρισο που κυρίευσε στις 4 Αυγούστου. Οι μεγάλες απώλειες του από τις συνεχείς μάχες στην περιοχή (500 νεκροί) τον ανάγκασαν, να αποσυρθεί στην πεδιάδα της Κυδωνίας (Μουρνιές και Περιβόλια). Έτσι αδυνατώντας να καταστείλει την επανάσταση στη δυτική Κρήτη, στράφηκε στην πρόσφατα εξεγερμένη ανατολική, ώστε να μη σταθεροποιηθεί εκεί η επανάσταση. Με συνεχείς στρατιωτικές επιχειρήσεις και λεηλασίες, με απειλές και υποσχέσεις κατάφερε να υποτάξει τους Λασηθιώτες. (Οκτώβριος 1822). Σε αυτή την κρίσιμη για την επανάσταση στιγμή κορυφώθηκε η προ υπάρχουσα αντίθεση ανάμεσα στον Μιχαήλ Αφεντούλιεφ και τους οπλαρχηγούς, ιδιαίτερα τους Σφακιανούς, που οδήγησε στη ρήξη. Ενώ ο «Γενικός Έπαρχος της νήσου» κατηγορούσε τους οπλαρχηγούς ότι δεν πειθαρχούσαν στις εντολές του, η Καγκελαρία των Σφακίων ζήτησε από την κυβέρνηση στην Πελοπόννησο την αντικατάσταση του Αφεντούλιεφ και τον ορισμό νέου γενικού αρχηγού της επανάστασης. Μάλιστα, πριν η κυβέρνηση απαντήσει, ο Αφεντούλιεφ συνελήφθη και καθαιρέθηκε από το αξίωμά του. Η διοίκηση, πλέον, στην Κρήτη ασκούνταν προσωρινά από την Καγκελαρία. Στις 28 Νοεμβρίου 1822, οι Κρητικοί ζήτησαν να ορισθεί στη θέση του διοικητή ο Υδραίος Εμμανουήλ Τομπάζης, αδελφός του ναυάρχου Ιάκωβου Τομπάζη, κάτι που έγινε αργότερα, τον Απρίλιο του 1823. Στην αρχή του 1823 το μεγαλύτερο μέρος του νησιού και τα φρούρια βρίσκονταν κάτω από τον έλεγχο των Τούρκων. Οι αντιθέσεις μεταξύ των οπλαρχηγών συνεχίζονταν, καθώς οι Σφακιανοί απαιτούσαν την αρχηγία σε όλες τις περιοχές, ενώ οι οπλαρχγηγοί από την υπόλοιπη Κρήτη ήθελαν την αρχηγία στις περιοχές τους. Το Φεβρουάριο του 1823 στο χωριό Μίλατο της επαρχίας Μιραμπέλλου 2.000 άμαχοι που είχαν καταφύγει σε μία σπηλιά, για να σωθούν από τους Τούρκους, εξοντώθηκαν. Είτε σφάχτηκαν είτε πουλήθηκαν ως δούλοι. Την ίδια περίοδο συγκεντρώθηκε μια ισχυρή ελληνική δύναμη (5.000 άνδρες) στη δυτική Κρήτη, στις επαρχίες Κισσάμου και Σελίνου, η οποία περιόρισε τους Τούρκους αυτών των επαρχιών στα φρούρια του Καστελλίου (Κίσσαμος) και Κανδάνου (Σέλινος). Στις 23 Απριλίου 1823 ο Εμμανουήλ Τομπάζης διορίστηκε Αρμοστής (διοικητής) της Κρήτης και έφτασε στο νησί στις 22 Μαΐου με ενισχύσεις, δηλαδή στόλο οκτώ πλοίων, 1.200 άνδρες, πυροβολικό (15 κανόνια) και χρήματα. Η παρουσία του αναζωογόνησε την επανάσταση, τουλάχιστον στη δυτική Κρήτη. Αμέσως ο Τομπάζης άρχισε την πολιορκία του φρουρίου του Καστελλίου (Κίσσαμος). Κάτω από την απειλή του σφοδρού βομβαρδισμού του φρουρίου από το ελληνικό πυροβολικό, έπεισε τους Τούρκους να παραδώσουν το φρούριο και να μεταφερθούν μέσω της θάλασσας στα Χανιά (25 Μαΐου 1823). Το φρούριο του Καστελλίου ήταν το πρώτο που κατέλαβαν οι Έλληνες στην Κρήτη. Επιπλέον, αυτή η επιτυχία έκανε ευκολότερη και ταχύτερη την επικοινωνία μεταξύ της Κρήτης και της κυρίως Ελλάδας, καθώς αυτή γινόταν μέσω του κόλπου της Κισσάμου στη βόρεια Κρήτη αντί του Λουτρού Σφακίων στη νότια. Πέντε μέρες μετά, στις 30 Μαΐου 1823, το ελληνικό στράτευμα (5000 άνδρες) εξεστράτευσε στην επαρχία Σελίνου και άρχισε να πολιορκεί το φρούριο της Κανδάνου. Οι Σελινιώτες Τούρκοι, που ήταν οι πιο αξιόμαχοι της Κρήτης, πείσθηκαν από τον Τομπάζη να εγκαταλείψουν την Κάνδανο και να καταφύγουν στα Χανιά. Στην απόφαση τους αυτή συντέλεσαν τρεις παράγοντες: Η επιδημία πανώλης που τους αποδεκάτιζε, Η εμπιστοσύνη που είχαν στον Τομπάζη για τη στάση του στην παράδοση του Καστελλίου. Η συμφωνία όμως παραβιάστηκε από αρκετούς Κρητικούς, κυρίως Σφακιανούς, παρά την επιμονή του Τομπάζη να τηρηθεί. Θεώρησαν ότι τους είχε δοθεί μια μεγάλη ευκαιρία να εξοντώσουν τους πιο επικίνδυνους αντιπάλους τους, τους Σελινιώτες Τούρκους. Έτσι, επιτέθηκαν στους Τούρκους που αποχωρούσαν και εξολόθρευσαν πολλούς, περίπου 800. Οι περισσότεροι όμως, σώθηκαν από τους Τούρκους των Χανίων, που ειδοποιήθηκαν για το σχέδιο των Ελλήνων και έσπευσαν να τους βοηθήσουν. Τον Ιούνιο του 1823 έφθασε στην Κρήτη ο αιγυπτιακός στόλος υπό την αρχηγία του Ισμαήλ Γιβραλτάρ και αποβίβασε στο νησί τακτικό αιγυπτιακό στράτευμα 5000 ανδρών, 300 πυροβολητές αλλά και Γάλλους αξιωματικούς που υπηρετούσαν ως μισθοφόροι στον αιγυπτιακό στρατό. Νέος αρχηγός των αιγυπτιακών δυνάμεων ήταν ο Χουσεΐν Μπέης, γαμπρός του Μεχμέτ Αλή, στη θέση του Χασάν Πασά που είχε σκοτωθεί πέφτοντας από το άλογο του. Έτσι, το καλοκαίρι του 1823, οι δυνάμεις των Τουρκοαιγυπτίων στην Κρήτη έφθαναν περίπου τις 25.000 άνδρες Στις 26 Ιουνίου 1823 ψηφίστηκε σε συνέλευση στην Αρκούδαινα του Αποκορώνου ο διοικητικός «διοργανισμός» της Κρήτης σε μία προσπάθεια να οργανωθεί καλύτερα ο αγώνας και να αντιμετωπιστούν οι εσωτερικές αντιθέσεις και οι φιλονικίες. Όμως, παρά την απόφαση στην Αρκούδαινα, αυτό δεν κατορθώθηκε. Έτσι, απέτυχε η προσπάθεια του Τομπάζη να οργανώσει την επιχείρηση πολιορκίας των φρουρίων Χανίων, Ρεθύμνου και Ηρακλείου. Στις 20 Αυγούστου 1823 ελληνικό στράτευμα 3.000 ανδρών (2.000 με αρχηγό τον Σφακιανό Ρούσο Βουρδουμπά και 1.000 με αρχηγό τον Τομπάζη) συγκρούστηκε με τουρκικό 10.000 ανδρών στις Αμουργέλλες (νότια του Ηρακλείου). Η μάχη έληξε με ήττα των Ελλήνων που είχαν σημαντικές απώλειες (300 νεκροί). Τον Οκτώβριο του 1823 ο Χουσεΐν μπέης εξεστράτευσε στον Μυλοπόταμο. Στο σπήλαιο Γεροντόσπηλιο του Μελιδονίου (ανατολικά του Ρεθύμνου) κλείστηκαν περισσότεροι από 400 Μελιδονίτες, μεταξύ των οποίων 30 ένοπλοι και πολλά γυναικόπαιδα, πολιορκούμενοι από τους εχθρούς. Στις 11 Δεκεμβρίου 1823 οι Έλληνες απέτυχαν να καταλάβουν το φρούριο της Γραμβούσας. Στα τέλη του Δεκέμβρη η κατάσταση ήταν κρίσιμη και μόνο με ενίσχυση από την κεντρική Ελληνική Κυβέρνηση, όπως έλεγε ο Τομπάζης, μπορούσε η επανάσταση να συνεχισθεί. Αν και οι Έλληνες αντιμετώπιζαν τις υπέρτερες δυνάμεις των εχθρών, Τούρκων, Αιγυπτίων, Αλβανών αλλά και Γάλλων μισθοφόρων, ο αγώνας συνεχίσθηκε για αρκετούς ακόμη μήνες. Ενώ ο Τομπάζης απέτυχε τόσο να ενώσει τους οπλαρχηγούς σε κοινή δράση κατά του εχθρού όσο και να εξασφαλίσει ενισχύσεις από την Ελλάδα, ο Χουσεΐν Μπέης με ισχυρές δυνάμεις συνέχισε την καταστολή της επανάστασης Τον Ιανουάριο του 1824 εξολοθρεύτηκαν οι έγκλειστοι στη σπηλιά του Μελιδονίου. Αν και αμύνθηκαν για τρεις μήνες αποκρούοντας όλες τις επιθέσεις των πολιορκητών, τελικά υπέκυψαν. Οι Τούρκοι άνοιξαν μια οπή στην οροφή του σπηλαίου και έριξαν εύφλεκτες ύλες στο εσωτερικό του. Ακόμα άναψαν και φωτιά στην είσοδο του σπηλαίου με αποτέλεσμα οι πολιορκημένοι να πεθάνουν από ασφυξία (24 Ιανουαρίου 1824).Στη συνέχεια ο Χουσεΐν Mπέης εξεστράτευσε κατά της Μεσσαράς (νότια του Ηρακλείου) και μετά εισέβαλε στο Ρέθυμνο. Εκείνη την περίοδο εγκαταλείφθηκε η σχεδιαζόμενη επιχείρηση καταστροφής Αιγυπτιακών πλοίων στη Σούδα λόγω ελλείψεως κατάλληλων και επαρκών μέσων. Τον Φεβρουάριο του 1824 ο Χουσεΐν Μπέης εξεστράτευσε στον Αποκόρωνα (ανατολικά των Χανίων) και στρατοπέδευσε στην Επισκοπή. Ζήτησε από τους κατοίκους του Αποκόρωνα να δηλώσουν υποταγή μέσα σε τρεις μέρες και, μετά την αδυναμία των Ελλήνων να τον αντιμετωπίσουν στον Αλμυρό, εισέβαλε στην επαρχία και τη λεηλάτησε. Τότε ο Τομπάζης απηύθυνε έκκληση στην ελληνική κυβέρνηση να αποστείλει δεκαπέντε πλοία για ενίσχυση του αγώνα. Η κυβέρνηση μετέφερε το αίτημα στην Ύδρα και τις Σπέτσες αλλά η ανταπόκριση σ' αυτό δεν ήταν έγκαιρη. Στα μέσα Μαρτίου 1824 ο Χουσεΐν κινήθηκε προς τα Σφακιά, που αποτελούσαν το κέντρο της επανάστασης. Χωρίς ιδιαίτερη αντίσταση έφτασε στο λιμάνι του Λουτρού, όπου οι Έλληνες ανατίναξαν τις αποθήκες πολεμοφοδίων και τροφίμων, για να μην πέσουν στα χέρια του εχθρού. Η ενέργεια αυτή σταμάτησε για λίγο την προέλαση των Τούρκων και έτσι πολλοί Κρητικοί σώθηκαν είτε φεύγοντας με πλοία στη Γαύδο είτε βρίσκοντας καταφύγιο στα βουνά των Σφακίων. Η πτώση των Σφακίων έκαμψε το ηθικό των κατοίκων πολλών περιοχών που δήλωσαν υποταγή, όπως η Κυδωνία (Χανιά). Με τη βοήθεια και τη μεσολάβηση του ελληνικής καταγωγής προξένου της Αυστρίας στο Ηράκλειο Δερκουλέ, ο Χουσεΐν ζήτησε από τους Κρητικούς να υποταχθούν, προκειμένου να σώσουν τη ζωή και την περιουσία τους. Όμως, χωρίς να περιμένει, εισέβαλε στις επαρχίες Κισσάμου και Σελίνου και τις υπέταξε. Η επιδρομή του συνοδεύτηκε από θηριωδίες κατά των κατοίκων και λεηλασίες, ενώ οι Έλληνες ανατίναξαν το φρούριο της Κισσάμου. Τότε έφθασαν τα 15 πλοία της Ύδρας για να βοηθήσουν στον αγώνα, αλλά ήταν πλέον αργά. Τελικά, χρησιμοποιήθηκαν για τη διάσωση του άμαχου πληθυσμού, έφυγαν όμως με αυτά και ένοπλοι που μεταφέρθηκαν στα νησιά του Αιγαίου και την Πελοπόννησο (Μονεμβασία). Πολλοί από τους Κρητικούς που αποχώρησαν πέθαναν εξαιτίας των κακουχιών (πείνα, αρρώστιες). Συνολικά, τους πρώτους μήνες του 1824 έφυγαν από την Κρήτη περίπου 60.000 κάτοικοι. Στις 12 Απριλίου 1824 ο διοικητής της Κρήτης Εμμανουήλ Τομπάζης αναχώρησε από το νησί, υποσχόμενος βοήθεια όταν επιστρέψει στην Ελλάδα. Η υποταγή της Κρήτης είχε συντελεστεί. Ο αγώνας εναντίον των Τουρκοαιγυπτίων συνεχίστηκε στα βουνά με σποραδικές ενέργειες ανταρτικών σωμάτων. Η επανάσταση στη Μεγαλόνησο συντηρήθηκε από μεμονωμένες επιθέσεις ανταρτών σε χωριά και φρούρια των Τούρκων. Εκείνη την περίοδο κατέφθασαν στο νησί Κρητικοί, που είχαν καταφύγει στην Πελοπόννησο και τα νησιά και επέστρεψαν με στόχο την ουσιαστική επανέναρξη της Κρητικής επανάστασης. Έτσι, καταλαμβάνεται το φρούριο της Γραμβούσας στα δυτικά του νησιού από τους επαναστάτες, με αρχηγούς τους Δημήτριο Καλλέργη και Εμμανουήλ Αντωνιάδη, στις 9 Αυγούστου του 1825.Το φρούριο χρησιμοποιήθηκε ως ορμητήριο νέων επιχειρήσεων. Οι επαναστάτες που το κατοίκησαν έκαναν ορισμένες πολύ σημαντικές κινήσεις: Έκτισαν έναν οικισμό καθώς και την Παναγία την Κλεφτρίνα Ίδρυσαν σχολείο Δημιούργησαν το «Κρητικό Συμβούλιο» μια διοικητική επιτροπή Αγόρασαν τη γολλέτα του Τομπάζη «Περικλής» για τη μεταφορά εφοδίων και τροφίμων στο φρούριο Μάλιστα, κατέφυγαν στην πειρατεία για την εξασφάλιση των απαραίτητων πολεμοφοδίων και τροφίμων. Η φήμη ότι στο υπό ίδρυση ελληνικό κράτος θα περιλαμβάνονταν οι επαναστατημένες περιοχές αναζωογόνησε τον αγώνα. Στις αρχές του 1828 έφθασε από την Ελλάδα στην Κρήτη ο Χατζημιχάλης Νταλιάνης με ένα μικρό σώμα πεζών και ιππέων. Το Μάρτιο του 1828 μαζί με τον Ιωάννη Χάλη κατέλαβαν το φρούριο Φραγκοκάστελλο στα Σφακιά με σκοπό να κινητοποιήσουν τις γειτονικές περιοχές. Όμως ο Χατζημιχάλης και πολλοί αγωνιστές σκοτώθηκαν στην επίθεση που πραγματοποίησαν οι Τούρκοι με επικεφαλής τον Μουσταφά πασά. Η περίοδος αυτή συνέπεσε με την άφιξη και την παραμονή στην Ελλάδα του Ιωάννη Καποδίστρια ως Κυβερνήτη. Ο Καποδίστριας επιδιώκοντας να επαναφέρει την ασφάλεια στις ελληνικές θάλασσες έστειλε τον Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο στη Γραμβούσα για να καταστείλει την πειρατεία. Στην επιχείρηση συμμετείχαν αγγλικά και γαλλικά πλοία που κατέστρεψαν τα πλοία των επαναστατών, ενώ το φρούριο πέρασε στα χέρια των Άγγλων. Παρά την αρνητική αυτή εξέλιξη η επανάσταση δεν έσβησε στην Κρήτη. Αυτό δε συνέβη ούτε όταν έφθασε στο νησί ο βαρώνος Ρέινεκ, ως αντιπρόσωπος του Καποδίστρια, μεταφέροντας την επιθυμία του Κυβερνήτη για σταμάτημα της επαναστατικής δράσης. Έτσι, το καλοκαίρι του 1828 οι Κρητικοί έλεγχαν ολόκληρο το νησί ενώ οι Τούρκοι βρίσκονταν αποκλεισμένοι στα φρούρια. Η αλλαγή της πολιτικής του Καποδίστρια απέναντι στην Κρήτη συνδέθηκε με την αποστολή του Εμμανουήλ Τομπάζη στο νησί και την αποτυχημένη απόπειρά του να καταλάβει τη Σητεία, τη μόνη περιοχή που ελέγχονταν από τους Τούρκους. Η κατάσταση δεν άλλαξε ούτε κατά τη διάρκεια της θητείας των επόμενων αντιπροσώπων του Κυβερνήτη, του Άγγλου Χαν και του Νικόλαου Ρενιέρη, καθώς το νησί βρισκόταν στην κατοχή των επαναστατών με τους Τούρκους να έχουν περιοριστεί στα φρούρια Χανίων, Ρεθύμνου και Ηρακλείου. Όμως, παρά τη θετική αυτή εξέλιξη η Κρήτη δεν περιλήφθηκε στα σύνορα του νέου ελληνικού κράτους που ιδρύθηκε με το Πρωτόκολλο του Λονδίνου (22/011/1830). Αν και καλλιεργούνταν ελπίδες ότι στο νέο ελληνικό κράτος θα περιλαμβάνονταν όλες οι επαναστατημένες περιοχές, η Κρήτη παρέμεινε υπό οθωμανική εξουσία κυρίως λόγω απαίτησης της Μεγάλης Βρετανίας. Οι Κρητικοί με την προκήρυξη του "Κρητικού Συμβουλίου" στους Μαργαρίτες Μυλοποτάμου (12 Απριλίου 1830) εξέφρασαν την πικρία και τη αγανάκτησή τους για το γεγονός αυτό, στρεφόμενοι τόσο κατά του Καποδίστρια όσο και κατά των Μεγάλων Δυνάμεων.. Ο αγώνας συνεχίστηκε αλλά η Επανάσταση σταμάτησε λόγω απαγόρευσης εφοδιασμού με όπλα από την ανεξάρτητη πλέον Ελλάδα και του αποκλεισμού του νησιού από τη Μεγάλη Βρεττανία δια θαλάσσης. Όμως η οριστική καταδίκη της Κρήτης έγινε το 1830, στις 22 Ιανουαρίου ή 4 Φεβρουαρίου. Τότε, Αγγλία, Γαλλία και Ρωσία συνομολόγησαν στην οριστική ίδρυση του ελληνικού κράτους, εξαιρώντας τελεσίδικα την Κρήτη και τη Σάμο απʼ αυτό. Με τη συνθήκη αυτή ορίστηκε βασιλιάς της Ελλάδας ο πρίγκιπας του Sachsen – Goburg Gotha Λεοπόλδος. Ο Λεοπόλδος μερικούς μήνες αργότερα αρνήθηκε το θρόνο, διαφωνώντας και με την εξαίρεση της Κρήτης από το νέο ελληνικό κράτος. Στη θέση του ορίστηκε ο Όθωνας. Επέστρεψαν (προσυμφωνημένα) την Κρήτη στην Οθωμανική Αυτοκρατορία προσωρινά, η Τουρκία έγινε και πάλι κυρίαρχος στην Κρήτη και την πούλησε στον αντιβασιλέα της Αιγύπτου Μεχμέτ Αλή, ως αντάλλαγμα για τις υπηρεσίες που προσέφερε στο σουλτάνο στη διάρκεια της Επανάστασης, τόσο στην Κρήτη όσο και στο Μοριά. Η Ελληνική Επανάσταση και η ίδρυση του Ελληνικού Κράτους (1821-1832) - (τόμος ΙΒ). Ιστορία του Ελληνικού Έθνους. Αθήνα: Εκδοτική Αθηνών. 1975. ISBN 960-213-095-4. Σπυρίδων Τρικούπης (1925). Ιστορία της Ελληνικής Επαναστάσεως. Αθήνα: Ι.Ν. Σιδέρης. Γιάννης Κορδάτος (1957). Μεγάλη Ιστορία της Ελλάδας. Τόμος Χ'. Αθήνα: Εκδόσεις 20ος αιώνας. Σαράντος Ι. Καργάκος (2014). Η Ελληνική επανάσταση του 1821, Τόμος Β'. Αθήνα: Εκδόσεις REAL MEDIA Α.Ε. Θεοχάρης Δετοράκης (2009). Το κρητικό ζήτημα από διπλωματική άποψη κατά το 19ο αιώνα και τις αρχές του 20ου αιώνα. Θέματα Νεοελληνικής Ιστορίας. Αθήνα: ΟΕΔΒ. σελίδες 174–182. ISBN 960-061472-5. Εγκυκλοπαίδεια Πάπυρος Λαρούς Μπριτάνικα, Τόμος 36, Κρήτη, 1996, Αθήνα Κρητική Επανάσταση 1821 - Η Κρήτη στην Επανάσταση του 1821. Πρόκειται για τον ψηφιακό ιστορικό χάρτη για την Κρήτη του 1821 (Πανεπιστήμιο Κρήτης, Ι.Τ.Ε., Περιφέρεια Κρήτης)
Η Ελληνική Επανάσταση στην Κρήτη ήταν η επανάσταση των υπόδουλων Ελλήνων της Κρήτης έναντι των Οθωμανών κατακτητών, που ξεκίνησε τον Απρίλιο του 1821 και κράτησε ως το 1830. Παρά τις επιτυχίες των επαναστατών η Κρήτη δεν περιελήφθηκε στο νέο Ελληνικό Κράτος.