Πόλεμος Μπόσιν
 Για δύο αιώνιες πριν το 1854, η Ιαπωνία είχε περιορισμένο εμπόριο με ξένα κράτη, με αξιοσημείωτες εξαιρέσεις την Κορέα, την Κίνα της Δυναστείας Τσινγκ και την Ολλανδία. To 1854, ο Αμερικανός αξιωματικός του ναυτικού Μάθιου Πέρρυ κατάφερε και άνοιξε το Ιαπωνικό εμπόριο σε όλον τον κόσμο με απειλή βίας, αρχίζοντας μια περίοδο γρήγορου εκσυγχρονισμού και διεθνούς εμπορίου. Οι συμφωνίες που συνήψαν πολλές δυτικές δυνάμεις με τους Ιάπωνες μετά το άνοιγμα της χώρας ονομάστηκαν άνισες, λόγω των ταπεινωτικών για τους Ιάπωνες όρων.. Αυτή ήταν η αιτία που δημιουργήθηκε έντονο εχθρότητας ενάντια στο Σογκουνάτο, που εκφράστηκε με το κίνημα Σοννό τζοΐ (尊皇攘夷, κυριολεκτικά: Τιμήστε τον αυτοκράτορα, διώξτε τους βάρβαρους!). Ο αυτοκράτορας Κομέι έτρεφε τα ίδια αισθήματα και -παρά τη μακραίωνα αυτοκρατορική παράδοση- άρχισε να έχει ενεργό ρόλο στην πολιτική σκηνή της χώρας. Τοποθετήθηκε απερίφραστα κατά των συμφωνιών και προσπάθησε να αναμιχθεί στη διαδοχή του Σόγκουν. Οι προσπάθειες του κορυφώθηκαν τον Μάρτιο του 1863 με το "Διάταγμα Εκδίωξης των Βαρβάρων" (攘夷勅命, Τζόι τσοκουμέι). Αν και το Σογκουνάτο δεν είχε την πρόθεση να το εφαρμόσει, το διάταγμα ωστόσο ενέπνευσε πολλές επιθέσεις είτε εναντίον τόσο του Σογκουνάτου όσο και των ξένων. Η σημαντικότερη από τις ενέργειες αυτές αφορούσε τον Άγγλο έμπορο Τσαρλς Λέννοξ Ρίτσαρντσον, για τον θάνατο του οποίου η κυβέρνηση Τοκουγκάβα πλήρωσε αποζημίωση εκατό χιλιάδων αγγλικών λιρών. Άλλη ενέργεια στα πλαίσια αυτών των αντιδράσεων ήταν ο βομβαρδισμός ξένων πλοίων στο Σιμονοσέκι. Το επόμενο έτος 1864 οι ξένες δυνάμεις ανταπέδωσαν τις επιθέσεις αυτές με βομβαρδισμό πολλών πόλεων, όπως ο βρετανικός βομβαρδισμός της Καγκοσίμα και ο πολυεθνικός του Σιμονοσέκι. Τον ίδιο περίπου καιρό, δυνάμεις των Τσοσού μαζί με Ρόνιν κήρυξαν την Εξέγερση Χαμαγκούρι προσπαθώντας να καταλάβουν την πόλη του Κυότο όπου βρισκόταν η αυτοκρατορική αυλή αλλά απωθήθηκαν από τον μέλλοντα Σόγκουν Τοκουγκάβα Γιοσινόμπου. Το Σογκουνάτο οργάνωσε εκστρατεία τιμωρίας ενάντια στους Τσοσού, την Πρώτη Εκστρατεία Τσοσού, και τους υπέταξε χωρίς μάχη. Σε αυτό το σημείο η αρχική αντίσταση μεταξύ της ηγεσίας των Τσοσού και της αυτοκρατορικής αυλής υποχώρησε, αλλά κατά τον επόμενο χρόνο φάνηκε ότι ο Σόγκουν δεν μπορούσε να αποκτήσει τον πλήρη έλεγχο της χώρας γιατί πολλοί φεουδάρχες άρχισαν να αγνοούν τις εντολές του Έντο (σήμερα Τόκιο). Παρά τον βομβαρδισμό της Καγκοσίμα, στο νοτιότατο άκρο της Ιαπωνίας, οι φεουδάρχες της περιοχής, οι Σατσούμα, είχαν δημιουργήσει δεσμούς με τη Βρετανία και αναδιοργάνωναν στρατό και ναυτικό με την υποστήριξή τους. Πολλοί ξένοι πωλούσαν διάφορα στρατιωτικά είδη σε ιαπωνικές φατρίες, όπως πολεμικά πλοία και όπλα. Αξιόλογο είναι το παράδειγμα με τον Τόμας Μπλέικ Γκλόβερ ο οποίος εκτός από το ότι πούλησε είδη στους Ιάπωνες, βοήθησε να απομακρυνθεί το φεουδαρχικό σύστημα από πολλές ιαπωνικές πόλεις. Αμερικάνοι και Βρετανοί στρατιωτικοί σύμβουλοι (συνήθως πρώην αξιωματικοί) ίσως αναμείχθηκαν άμεσα στον ένοπλο αγώνα. Ο Βρετανός πρεσβευτής Χάρυ Σμίθ Πάρκς υποστήριξε αντι-σουγκουνικές δυνάμεις προκειμένου να δημιουργήσει μια νόμιμη, ενοποιημένη αυτοκρατοτική διοίκηση στην Ιαπωνία και να εξουδετερώσει τη γαλλική επιρροή. Την περίοδο αυτή, ηγέτες της νότιας Ιαπωνίας, όπως ο Σαϊγκό Τακαμόρι των Σατσούμα ή ο Ίτο Χιρομπούμι των Τσοσού, καλλιέργησαν συνήψαν προσωπικές σχέσεις με Βρετανούς διπλωμάτες, ιδιαίτερα με τον Έρνεστ Μάισον Σάτοου. Το σογκουνάτο επίσης προετοιμαζόταν για στρατιωτικές επιχειρήσεις και εκσυγχρόνιζε τον στρατό του. Σύμφωνα με τα σχέδια του Παρκς, οι Βρετανοί, οι σημαντικότεροι μέχρι τότε συνεργάτες του σογκουνάτου, φάνηκαν απρόθυμοι να του προσφέρουν βοήθεια. Ο Τοτουγκάβα συνεπώς βασίστηκε κυρίως σε Γάλλους ειδικούς, εμπιστευόμενος το στρατιωτικό κύρος που είχαν προσδώσει στον Ναπολέοντα Γ΄ οι επιτυχίες του στον Κριμαϊκό Πόλεμο και στον πόλεμο της Ιταλίας του 1859.. Το σογκουνάτο κατέβαλε μεγάλες προσπάθειες προκειμένου να έχει τον πιο δυνατό και εκσυγχρονισμένο στρατό. Ναυπήγησε στόλο, τον δυνατότερο πλέον σε όλη την Ασία, πυρήνας του οποίου ήταν οκτώ ατμοκίνητα πολεμικά πλοία. Το 1865 κατασκευάστηκε ο πρώτος σύγχρονος ναύσταθμος στην Ιαπωνία, στην πόλη Γιοκοσούκα, από Γάλλους μηχανικούς. Τον Ιανουάριο του 1867 έφθασε μια γαλλική στρατιωτική αποστολή για να αναδιοργανώσει τον στρατό των Σόγκουν και να δημιουργήσει την επίλεκτη μονάδα των Ντενσουτάι, (伝習隊) και απευθύνθηκε αίτημα στις Ηνωμένες Πολιτείες για την αγορά του γαλλικής κατασκευής θωρηκτού CSS Stonewall, απομεινάρι του Αμερικανικού Εμφυλίου. Λόγω της διακηρυγμένης ουδετερότητας των δυτικών δυνάμεων, οι Αμερικανοί αρνήθηκαν να παραδώσουν το πλοίο, αλλά μόλις η ουδετερότητα έπαψε να ισχύει, η αυτοκρατορική παράταξη κατόρθωσε να αποκτήσει το πλοίο για να το χρησιμοποιήση σε επιχειρήσεις στο Χακοντάτε, με το όνομα Κοτέτσου (甲鉄, Θωρηκτό). Μετά από πραξικόπημα εντός της επικράτειας των Τσοσού, που επανέφερε στην εξουσία την αντίθετη με τον Σόγκουν εξτρεμιστική πτέρυγά τους, το σογκουνάτο ανακοίνωσε την πρόθεσή του να τιμωρήσει τους αποστάτες με τη Δεύτερη εκστρατεία εναντίον των Τσοσού.. Αυτό ώθησε τους Τσοσού να συνάψουν μυστική συμμαχία με τους Σατσούμα και το καλοκαίρι του 1866 το σογκουνάτο ηττήθηκε από τους Τσοσού, υφιστάμενο μεγάλο πλήγμα του κύρους του. Στα τέλη του έτους, ο Σόγκουν Ιγεμότσι και ο αυτοκράτορας Κομέι πέθαναν και τους διαδέχτηκαν οι Γιοσινόμπου και Μέιτζι. Όλα αυτά τα γεγονότα οδήγησαν σε κατάπαυση των εχθροπραξιών. Στις 9 Νοεμβρίου 1867 μια μυστική οργάνωση ιδρύθηκε από τους Σατσούμα και Τσοσού εν ονόματι του αυτοκράτορα, με σκοπό "τη σφαγή του προδότη Γιοσινόμπου". Πριν από αυτό όμως, ο ίδιος ο Γιοσινόμπου παρέδωσε την εξουσία του στον αυτοκράτορα, δεχόμενος να είναι "το όργανο διεκπεραίωσης των αυτοκρατορικών εντολών . Το Σογκουνάτο Τογκουκάβα έφτασε στο τέλος του. Μολονότι η παραίτηση του Γιοσινόμπου δημιούργησε ένα φαινομενικό κενό στα ανώτατα κλιμάκια της κυβέρνησης, η πολιτική του επιρροή εξακολουθούσε να υφίσταται. Είναι γεγονός ότι η δυναστεία των Τοκουγκάβα είχε σημαντική θέση και ρόλο στα γεγονότα των επόμενων ετών. Οι ουσιαστικές εμφύλιες συγκρούσεις άρχισαν όταν στις 3 Ιανουαρίου 1868 σκληροπυρηνικά μέλη των μέλη των Τσοσού και Σατσούμα κατέλαβαν το Αυτοκρατορικό Παλάτι του Κυότο και την επόμενη μέρα υπαγόρευσαν στον δεκαπεντάχρονο αυτοκράτορα Μέιτζι να δηλώσει ότι αναλαμβάνει την πλήρη εξουσία. Αν και η πλειοψηφία του συμβουλευτικού σώματος του αυτοκράτορα ήταν ευχαριστημένη με την απ' ευθείας διακυβέρνηση από την αυλή και έτειναν να υποστηρίξουν τη συνέχιση της συνεργασίας με τους Τοκουγκάβα (με το σύνθημα "δίκαιη κυβέρνηση"), ο Σαϊγκό Τακαμόρι απείλησε με την κατάργηση του τίτλου του Σόγκουν και τη διαταγή κατάσχεσης των γαιών του Γιοσινόμπου. Μολονότι ενδοτικός στην αρχή ο Γιοσινόμπου, στις 17 Ιανουαρίου 1968 δήλωσε ότι δεν δεσμεύεται από το διάταγμα της Παλινόρθωσης (της αυτοκρατορικής εξουσίας) και ζήτησε την ανάκλησή του. Στις 24 Ιανουαρίου, αποφάσισε να επιτεθεί στο Κυότο, που ελεγχόταν από δυνάμεις των Τσοσού και Σατσούμα. Αυτή η απόφαση υπαγορεύθηκε από την πληροφορία ότι είχαν γίνει πολλοί εμπρησμοί στην πόλη Έντο, αρχής γενομένης από τα πέριξ του πύργου του Έντο, της κύριας κατοικίας των Τοτουγκάβα. Υπαίτιος για αυτό θεωρήθηκε ένας σαμουράι προσκείμενος στους Σατσούμα που την ίδια μέρα επιτέθηκε σε δημόσιο γραφείο. Την επομένη δυνάμεις του Σόγκουν επιτέθηκαν στην κατοικία του νταϊμυό (μεγάλου φεουδάρχη) των Σατσούμα Τακαμόρι στο Έντο, όπου κρύβονταν πολλοί αντισογκουνικοί που δημιουργούσαν προβλήματα στον Σόγκουν, υπό την καθοδήγηση του νταϊμυό. Η κατοικία κάηκε ολοσχερώς και πολλοί οπαδοί του Τακαμόρι σκοτώθηκαν και εκτελέστηκαν. Στις 27 Ιανουαρίου 1868, δυνάμεις του Σόγκουν επιτέθηκαν σε δυνάμεις των Τσοσού και Σατσούμα κοντά στις τοποθεσίες Τομπά και Φουσίμι, στη νότια είσοδο του Κυότο. Ένα μέρος από τους 15.000 άντρες που είχε η στρατιά του Σόγκουν είχε εκπαιδευτεί από τους Γάλλους, αλλά η πλειονότητα ήταν παραδοσιακοί Σαμουράι. Οι δυνάμεις των Τσοσού και Σατσούμα ήταν μικρότερες (μόλις 5.000 άντρες), πλήρως όμως κσυγχρονισμένες. Είχαν πυροβόλα καμπύλης τροχιάς (howitzer), τυφέκια και λίγα πολυβόλα Γκάτλινγκ . Η πρώτη ημέρα της μάχης δεν ήταν αποφασιστική. Τη δεύτερη ημέρα οι δυνάμεις Τσοσού-Σατσούμα ύψωσαν την αυτοκρατορική σημαία και όρισαν κατ' όνομα διοικητή της στρατιάς έναν συγγενή του αυτοκράτορα καθιστώντας έτσι τον στρατό τους αυτοκρατορικό (官軍, κανγκούν). Επί πλέον, αρκετοί ελάσσονες νταϊμυό, πιστοί μέχρι τότε στον σόγκουν, άρχισαν να αυτομολούν στο αυτοκρατορικό στρατόπεδο, παρακινημένοι από τους αυλικούς. Φεουδαρχικοί ηγέτες μικρών φατριών πρόδωσαν τον Σόγκουν και τάχθηκαν με το μέρος του αυτοκράτορα. Έτσι η αυτοκρατορική παράταξη είχε το πλεονέκτημα. Στις 7 Φεβρουαρίου ο Γιοσινόμπου αποθαρρυμένος από τις προδοσίες και την αυτοκρατορική κάλυψη των αντιπάλων του, κατέφυγε στο Έντο. Τον ακολούθησε ο στρατός του, κι έτσι η συμπλοκή Τομπά-Φουσίμι θεωρήθηκε νίκη της αυτοκρατορικής παράταξης, αν και εκτιμάται ότι τη μάχη θα την είχε κερδίσει ο στρατός του Σόγκουν. Το κάστρο της Οσάκα την επόμενη μέρα καταλήφθηκε. Περίπου την ίδια περίοδο, στις 28 Ιανουαρίου 1868, έγινε η πρώτη ναυμαχία του πολέμου: η Ναυμαχία της Άγουα μεταξύ σκαφών του σόγκουν και των Σατσούμα. Η ναυμαχία, μικρής κλίμακος, έληξε υπέρ του σόγκουν. Στο διπλωματικό πεδίο, οι εκπρόσωποι των ξένων κρατών συγκεντρώθηκαν στο ελεύθερο λιμάνι του Χυόγκο (σήμερα Κόμπε) τον Φεβρουάριο του ίδιου έτους και ανακοίνωσαν ότι αναγνωρίζουν το Σογκουνάτο ως τη μόνη νόμιμη κυβέρνηση της Ιαπωνίας. Ο Γιοσινόμπου ήλπισε από αυτές τις δηλώσεις ότι οι ξένες δυνάμεις θα παρενέβαιναν υπέρ αυτού. Ωστόσο λίγες μέρες αργότερα αυτοκρατορική αντιπροσωπεία επισκέφθηκε τους υπουργούς ανακοινώνοντας ότι το Σογκουνάτο είχε καταργηθεί, ότι τα λιμάνια θα ήταν ανοικτά βάσει των διεθνών συνθηκών και ότι οι ξένοι θα ήταν προστατευμένοι. Οι εκπρόσωποι αποφάσισαν τελικά να αναγνωρίσουν τη νέα κυβέρνηση. Αλλά η έξαρση των κατά των ξένων αισθημάτων οδήγησε σε αρκετές επιθέσεις εναντίον τους κατά τους επόμενους μήνες. Ένδεκα Γάλλοι ναύτες της κορβέττας Ντυπλέξ σκοτώθηκαν από σαμουράι της Τόσα στο επεισόδιο Σακάι τον Μάρτιο του 1868. Δεκαπέντε μέρες αργότερα ο Βρετανός πρεσβευτής σερ Χάρρυ Παρκς δέχθηκε επίθεση από σαμουράι σε δρόμο του Κυότο.. Στις αρχές του Φεβρουαρίου του ίδιου έτους ο Γάλλος πρεσβευτής Λεόν Ρος κατέστρωσε σχέδιο προκειμένου να σταματήσει η εισβολή αυτοκρατορικών στρατευμάτων στην Ονταγουάρα, το τελευταίο στρατηγικό σημείο πριν το Έντο. Ο Σόγκουν όμως αποφάσισε να μην αφήσει το σχέδιο να τεθεί σε εφαρμογή και ο Ρος εξοργισμένος παραιτήθηκε. Τον Μάρτιο, χάρη στους διπλωματικούς ελιγμούς του Βρετανού αντιπροσώπου Χάρρυ Πάρκς, οι ξένες χώρες υπέγραψαν σύμφωνο αυστηρής ουδετερότητας . Ο Σαϊγκό Τακαμόρι οδήγησε τις νικηφόρες αυτοκρατορικές δυνάμεις στη βόρεια και ανατολική Ιαπωνία και νίκησε στη Μάχη Κοσού-Κατσουνούμα. Έπειτα περικύκλωσε το Έντο (Μάιος 1868) που παραδόθηκε άνευ όρων. Μερικές ομάδες συνέχισαν την αντίσταση ακόμη και μετά την παράδοση της πόλης, αλλά ηττήθηκαν στη Μάχη της Ουένο στις 4 Ιουλίου 1868. Εν τω μεταξύ, ο ηγέτης του στόλου του Σόγκουν Ενομότο Τακεάκι, αρνήθηκε να παραδώσει όλα τα πλοία του. Παρέδωσε μόνο τέσσερα και ύστερα διέφυγε βόρεια με τον υπολειπόμενο στόλο του Σόγκουν (οκτώ ατμόπλοια και πληρώματα 2.000 ανδρών). Σκόπευε να οργανώσει μια αντεπίθεση κατά των αυτοκρατορικών θέσεων ενισχυμένος από τους βόρειους νταϊμυό και βοηθούμενος από Γάλλους στρατιωτικούς συμβούλους. Μετά την παράδοση του Γιοσινόμπου, η πλειονότητα της Ιαπωνίας αποδέχθηκε την κυβέρνηση του αυτοκράτορα. Ωστόσο, πολλά τιμάρια της Βόρειας Ιαπωνίας, με επίκεντρο αυτό της πατριάς Αϊζού συνέχισαν την αντίσταση. Τον Μάιο πολλοί νταϊμυό δημιούργησαν συμμαχία εναντίον των αυτοκρατορικών δυνάμεων. Η συμμαχία αυτή, με όνομα Ουέτσου Ρεππάν (奥羽越列藩同盟) είχε ως κύρια μέλη τις πατριές: Σεντάι, Γιονεζάγουα, Αϊζού, Σονάι και Ναγκαόκα. Ο στρατός τους στο σύνολο αριθμούσε 50.000 άνδρες. Ένας αυτοκρατορικός πρίγκηπας, ο Κιτασιρακάβα Γιοσιχίσα, διέφυγε στον βορρά με οπαδούς του Τοκουγκάβα και έγινε ο οναμαστικός αρχηγός του Βόρειου Συνασπισμού, επιδιώκοντας να ονομαστεί "Αυτοκράτορας Τόμπου".. Ο στόλος του Ενομότο συγκεντρώθηκε στο Σεντάι στις 26 Αυγούστου. Παρότι μεγαλύτερος, ήταν φτωχά εξοπλισμένος και βασιζόταν σε παλαιές μεθόδους μάχης. Σύγχρονος εξοπλισμός δεν υπήρχε και έγιναν κάποιες προσπάθειες της τελευταίας ώρας για την κατασκευή ξύλινων κανονιών. Τα κανόνια αυτά τοποθετούνταν στα πλοία με σκοινιά και γάντζους και μπορούσαν να πυροβολήσουν τρεις με τέσσερις φορές πριν εκραγούν. Μόνο ο νταϊμυό της Ναγκαόκα κατάφερε και απέκτησε δύο με τρία Πολυβόλα Γκάτλινγκ και περίπου 2.000 σύγχρονα τυφέκια από τον Γερμανό έμπορο όπλων Χένρυ Σνέλλ. Τον Μάιο του έτους 1868 ο νταϊμυό της Ναγκαόκα κατάφερε και έπληξε βαριά τον αυτοκρατορικό στρατό στη Μάχη του Χοκουέτσου αλλά στο τέλος το κάστρο του αλώθηκε στις 19 του μηνός. Οι αυτοκρατορικές δυνάμεις συνέχισαν να κατευθύνονται βόρεια νικώντας δυνάμεις του Σόγκουν στη Μάχη του Περάσματος Μπονάρι, που άνοιξε τον δρόμο για την επίθεσή τους στο κάστρο του Αϊζουβακαμάτσου κατά τη Μάχη της Αϊζού τον Οκτώβριο του 1868, και άφησε το Σαντάι ανυπεράσπιστο. Ο συνασπισμός διαλύθηκε, και στις 12 Οκτωβρίου 1868 ο στόλος του Σόγκουν έφυγε από το Σεντάι και κατευθύνθηκε στο νησί Έζο (που μετονομάστηκε αμέσως μετά σε Χοκκάιντο) έχοντας αποκτήσει δύο ακόμη πλοία και περίπου 1.000 ακόμη άνδρες από τους εναπομείναντες των μαχών και ατάκτους. Επίσης στον στόλο υπήρχαν αρκετοί Γάλλοι σύμβουλοι. Στις 26 Οκτωβρίου, η πόλη Έντο μετονομάστηκε σε Τόκιο και η περίοδος Μέιτζι άρχισε επίσημα. Η πόλη Αϊζού πολιορκήθηκε και αυτοκτόνησαν όλοι οι νεαροί πολεμιστές Λευκοί Τίγρεις (白虎隊, Μπιακοτάι) . Στις 6 Νοεμβρίου η πολή παραδόθηκε. Ύστερα από την ήττα στη βόρεια Χόνσου, ο Ενομότο Τακεάκι κατέφυγε στο βορειότατο νησί Χοκκάιντο (που ονομαζόταν τότε Έζο) με τα υπολείμματα του στόλου και τους Γάλλος συμβούλους. Εκεί οργάνωσαν κυβέρνηση βασισμένη στα αμερικάνικα πρότυπα. Σκοπός της κυβέρνησης αυτής ήταν να δημιουργηθεί ένα ανεξάρτητο νησιωτικό κράτος προκειμένου να αναπτυχθεί το νησί . Το κράτος που δημιουργήθηκε ήταν η Δημοκρατία του Έζο. Αξίζει να σημειωθεί ότι η μοναδική περίπτωση δημοκρατίας στην Ιαπωνία και ότι ο Ενομότο εξελέγη με μεγάλη πλειοψηφία. Η κυβέρνηση προσπάθησε να έρθει σε επαφή με ξένες διπλωματικές αντιπροσωπείες που βρίσκονταν στη Χακοντάτε (Αμερικανούς, Γάλλους και Ρώσους), προκειμένου να κερδίσει την αναγνώριση και ενίσχυση τους, αλλά αυτές οι προσπάθειες δεν τελεσφόρησαν. Οι περισσότερες χώρες δεν αναγνώριζαν το κράτος αυτό ως μια πραγματική οντότητα και το έβλεπαν ως ένα σχισματικό δημιούργημα. Ο Ενομότο πρότεινε να δοθεί η περιοχή στον σόγκουν Τοτουγκάβα υπό την αυτοκρατορική επικυριαρχία, αλλά η πρόταση δεν έγινε δεκτή από το Αυτοκρατορικό Συμβούλιο. Τον χειμώνα οι στασιαστές οχύρωσαν τις θέσεις τους στη νοτιότατη χερσόνησο του νησιού, τη Χακοντάτε, και κατασκεύασαν το φρούριο Γκορυοκάκου στο κέντρο της. Τα στρατεύματα ήταν υπό γαλλο-ιαπωνική διοίκησιν. Ανώτατος διοικητής ήταν ο Οτόρι Κεϊσούκε και μετά από αυτόν ο Ζυλ Μπρυνέ.. Ο συνολικός στρατός τους αριθμούσε τέσσερις ταξιαρχίες διοικούμενες από έναν Γάλλο υπαξιωματικό και διαιρούμενες σε οκτώ ημιταξιαρχίες υπό Ιάπωνες διοικητές. Ο αυτοκρατορικός στόλος έφτασε στο λιμάνι της Μιγιάκο, στη βόρεια Χόνσου, στις 20 Μαρτίου. Οι επαναστάτες του Έζο, για να προλάβουν την άφιξη και άλλων πλοίων, οργάνωσαν ένα τολμηρό σχέδιο για να καταλάβουν το πλοίο Κοτέτσου. Αρχηγός της απόπειρας ήταν ο Χιτζικάτα Τοσιζό. Τρία πολεμικά πλοία εστάλησαν στην αιφνιδιαστική αυτή επίθεση, που έμεινε γνωστή ως Ναυμαχία του Κόλπου Μιγιάκο. Η σύγκρουση έληξε με αποτυχία των στασιαστών, κυρίως λόγω κακού καιρού, μηχανικών προβλημάτων και της χρήσης των πολυβόλων Γκάτλινγκ από την αυτοκρατορική πλευρά ενάντια στους επιβαίνοντες σαμουράι. Οι αυτοκρατορικές δυνάμεις εδραίωσαν την κυριαρχία τους στο μεγαλύτερο μέρος της Ιαπωνίας και τον Απρίλιο του 1869 έστειλαν στόλο με περίπου 7.000 άνδρες στο Έζο, αρχίζοντας τη Μάχη του Χακοντάτε. Οι αυτοκρατορικοί προχωρούσαν γρήγορα και νίκησαν στη Ναυμαχία του Κόλπου Χακοντάτε, την πρώτη μεγάλη ναυμαχία της Ιαπωνίας που συμμετείχαν μόνο σύγχρονα πλοία. Το φρούριο του Γκορυοκάκου, με οκτακόσιους πολεμιστές, περικυκλωθηκε και οι Γάλλοι στρατιωτικοί σύμβουλοι δραπέτευσαν σε ένα γαλλικό πλοίο που ναυλοχούσε στον κόλπο. Η ιαπωνική κυβέρνηση ζήτησε να δικαστούν στη Γαλλία για τις ενέργειές τους, αλλά η δίκη ποτέ δεν έγινε εξ αιτίας της λαΙκής υποστήριξης που εκδηλώθηκε στη Γαλλία. Ο Ενομότο, ο αρχηγός και πρόεδρος της Δημοκρατίας του Έζο, ήταν αποφασισμένος να πολεμήσει μέχρι το τέλος και έστειλε όλα του τα πολύτιμα αντικείμενα στον αντίπαλο για να τα φυλάξει. Μέσα σε αυτά υπήρχαν Ναυτικοί Κώδικες που έφερε από την Ολλανδία, τους οποίους εμπιστεύτηκε στον στρατηγό της αυτοκρατορικής παράταξης, Κουρόντα Κιγιοτάκα. Στο τέλος όμως ο Ενοτόμο πείστηκε να παραδοθεί, αφού του είπαν ότι "Το να ζεις μετά από μια ήττα είναι ο γενναίος τρόπος, να πεθάνεις μπορείς όποτε θες". Ο Ενομότο παραδόθηκε στις 27 Ιουνίου 1869, πλήρως αποδεχόμενος την κυριαρχία του αυτοκράτορα και η Δημοκρατία του Έζο έπαψε να υπάρχει. Μετά τη νίκη, η νέα κυβέρνηση προχώρησε στην ενοποίηση όλης της Ιαπωνίας υπό μια ενιαία, ισχυρή και νόμιμη διοίκηση που της αυτοκρατορικής αυλής. Η διαμονή του αυτοκράτορα μεταφέρθηκε από το Κυότο στο Έντο στα τέλη του 1868, και η πόλη μετονομάστηκε σε Τόκιο. Η πολιτική και στρατιωτική δύναμη των φεουδαρχών σταδιακά περιορίστηκε και στο τέλος εξαλείφθηκε. Τα τιμάρια μετατράπηκαν σταδιακά σε νομαρχίες που τις διοικούσε νομάρχης ορισμένος από τον Αυτοκράτορα. Το σύστημα με τις νομαρχίες ισχύει μέχρι και σήμερα. Μια μεγάλη αλλαγή ήταν η δραστική αποδυνάμωση και τελικά η εξαφάνιση της κοινωνικής τάξης των σαμουράι. Πολλοί σαμουράι κατέλαβαν διοικητικές και επιχειρηματικές θέσεις αλλά και πολλοί κατέληξαν στη φτώχεια. Οι νότιες φατρίες που είχαν αποφασιστικό ρόλο στη νίκη (Σατσούμα, Τσοσού και Τόσα) κατέλαβαν τις σημαντικότερες στη διοίκηση της χώρας, κατάσταση που ονομάστηκε Ολιγαρχία του Μέιτζι και οι ευνοημένοι από αυτήν "Γκενρό".(元老). Το 1869 χτίστηκε ο Ναός της Γιασουκούνι προς τιμήν όλων αυτών που πέθαναν κατά τη διάρκεια του Εμφυλίου. Μερικοί από τους ηγέτες των υποστηρικτών του Σόγκουν φυλακίστηκαν και μετά βίας απέφυγαν την εκτέλεση. Η επιείκεια αυτή επιδείχθηκε ύστερα από πιέσεις του Σαϊγκό Τακαμόρι και του Ιβακούρα Τομόνι αλλά και από συμβουλές του Βρετανού απεσταλμένου Παρκς, ο οποίος πίεσε τον Τακαμόρι λέγοντας : "Εάν επιβληθούν προσωπικές κυρώσεις στον Γιοσινόμπου και στους υποστηρικτές του, η εικόνα της νέας κυβέρνησης θα αμαυρωθεί στα μάτια των δυτικών δυνάμεων". Οι περισσότεροι από τους κατηγορούμενους εξέτισαν διετή ή τριετή ποινή στη φυλακή και μετά κλήθηκαν να υπηρετήσουν στη νέα κυβέρνηση. Μάλιστα πολλοί από αυτούς ακολούθησαν λαμπρές καριέρες μετά τον πόλεμο. Ο Ενομότο Τακεάκι, για παράδειγμα, διετέλεσε απεσταλ΄μενος στη Ρωσία και στην Κίνα και υπουργός παιδείας. Η αυτοκρατορική κυβέρνηση δεν ακολούθησε τον αρχικό της σκοπό να διώξει τους ξένους. Αντί αυτού ακολούθησε πολιτική συνεχούς εκσυγχρονισμού της χώρας με σκοπό την επαναδιαπραγμάτευση των Άνισων Συμφωνιών με τις ξένες δυνάμεις, που διατυπώθηκε αργότερα με το σύνθημα "Πλούσια χώρα, δυνατός στρατός" (富国強兵, φουκόκου κιοχέι). Η αλλαγή στάσης έναντι των ξένων σημειώθηκε ήδη από τις πρώτες μέρες του εμφυλίου: στις 8 Απριλίου 1868 τοποθετήθηκαν νέες πινακίδες στο Κυότο (και αργότερα σε όλη τη χώρα) που καταδίκαζαν τη χρήση βίας εναντίον ξένων. Κατά τη διάρκεια της εξέγερσης, ο αυτοκράτορας Μέιτζι δέχθηκε αυτοπροσώπως Ευρωπαίους απεσταλμένους στο Κυότο και μετά στην Οζάκα και στο Τόκιο. Άνευ προηγουμένου ήταν η υποδοχή που επεφύλαξε ο Μετζί στο Τόκιο στον δούκα του Εδιμβούργου Αλφρέδο, τον οποίο θεωρούσε "ίσο ως προς την καταγωγή".. Αν και στην αρχή της κυβέρνησης του Μέιτζι παρατηρήθηκε αναζωπύρωση των σχέσεων της Ιαπωνίας με τις ξένες δυνάμεις, οι σχέσεις με τη Γαλλία ήταν στην αρχή ψυχρές, λόγω της βοήθειας που παρείχαν οι Γάλλοι στον Σόγκουν. Σύντομα όμως προσκλήθηκε δεύτερη γαλλική στρατιωτική αποστολή στην Ιαπωνία το 1874 και μια τρίτη το 1884. Οι σχέσεις Ιαπωνίας-Γαλλίας αποκαταστάθηκαν πλήρως όταν οι Γάλλοι βοήθησαν και σχεδίασαν τον πρώτο μεγάλο πολεμικό στόλο της Ιαπωνίας υπό τις οδηγίες του Γάλλου μηχανικού Λουί-Εμιλέ Μπερτέν. Γενικότερα, ο εκσυγχρονισμός της χώρας άρχισε από τα τελευταία κιόλας χρόνια του Σογκουνάτου και η πολιτική του συνεχούς εκσυγχρονισμού εφαρμόστηκε πλήρως από τη νέα κυβέρνηση. Κατά τη στέψη του, ο Μέιτζι εξέδωσε τον Όρκο των Πέντε Άρθρων (五箇条の御誓文, Γκοκατζό νο Γκοσεϊμόν), προτρέποντας τη δημιουργία γνωμοδοτικών συνελεύσεων, υποσχόμενος περισσότερες ευκαιρίες για τον απλό κόσμο, καταργώντας τα "κακά έθιμα του παρελθόντος" και αναζητώντας γνώση από όλον τον κόσμο για να "ενδυναμωθούν τα θεμέλια της αυτοκρατορικής διακυβέρνησης. Άλλες εξέχουσες μεταρρυθμίσεις του Μέιτζι περιλάμβαναν την Κατάργηση του συστήματος των χαν το 1871, με την οποία οι φεουδάρχες νταϊμυό της κάθε περιοχής αντικαταστάθηκαν από νομάρχες διορισμένους από τον αυτοκράτορα, καταργούμενης έτσι της κληρονομικής διοίκησης. Θεσπίστηκε επίσης η υποχρεωτική εκπαίδευση και καταργήθηκε η κομφουκιανή διάκριση των τάξεων. Όλες αυτές οι αλλαγές επικυρώθηκαν και επίσημα το 1869 με το Σύνταγμα Μέιτζι (大日本帝國憲法, Ντάι Νιππόν Τεϊκόκκου Κενπό, κυριολεκτικά: Το Σύνταγμα της Αυτοκρατορίας της Ιαπωνίας). Αλλά, παρά την υποστήριξη που είχαν προσφέρει στην αυτοκρατορική αυλή οι σαμαουράι, πολλές από τις πρώτες μεταρρυθμίσεις του Μέιτζι θεωρήθηκαν ως πλήγμα στα συμφέροντα τους: η δημιουργία ενός τακτικού στρατού αποτελούμενου από κοινής καταγωγής στρατευμένους, και η απώλεια του κληρονομικού κύρους και των απολαβών που είχαν εως τότε, δυσαρέστησε πολλούς. Αυτό εκδηλώθηκε ιδιαίτερα στη νότια Ιαπωνία, όπου το 1874 έγινε η Εξέγερση των Σάγκα και το 1876 η Εξέγερση των Τσοσού. Πρώην σαμουράι στη Σατσούμα, υπό τον Σαϊγκό Τακαμόρι που εγκατέλειψε την κυβέρνηση διαφωνώντας ως προς την εξωτερική πολιτική, άρχισαν την Εξέγερση της Σατσούμα το 1877. Σκοπός της εξέγερσης ήταν η διατήρηση της τάξης των σαμουράι και μια πιο χρηστή διακυβέρνηση, και σύνθημά της "νέα κυβέρνηση, άκρα ηθική" (新政厚徳, σινσέι κότοκου). Η εξέγερση έληξε με την ηρωική αλλά ολοσχερή ήττα των Σατσούμα στη Μάχη της Σιρογιάμα. Η άποψη που έχουν οι σύγχρονοι ιστορικοί για τον πόλεμο Μπόσιν είναι ότι πρόκειται για μιαν "αναίματη επανάσταση" που εκσυγχρόνισε ξαφνικά την Ιαπωνία. Τα γεγονότα καθαρώς δείχνουν ότι ήταν μια αρκετά βίαιη σύγκρουση: περισσότεροι από 120.000 άνδρες κινητοποιήθηκαν και περίπου 3.500 σκοτώθηκαν. Ακόμη περισσότεροι σκοτώθηκαν κατά τη διάρκεια τρομοκρατικών επιθέσεων. Οι καλλιτέχνες των μετέπειτα χρόνων απεικόνισαν τον Πόλεμο Μπόσιν με πολύ ρομαντικό τρόπο, παριστάνοντας τα στρατεύματα του Σόγκουν ως πολύ παλαιά και παραδοσιακά, με πολύ παλιό εξοπλισμό και τα Αυτοκρατορικά στρατεύματα ως πλήρως εκσυγχρονισμένα. Είναι γνωστό ότι και οι δύο παρατάξεις πολεμούσαν με σχετικώς παραδοσιακές τεχνικές στη μάχη αλλά ο εξοπλισμός και των δύο ήταν αρκετά σύγχρονος. Τα όπλα τους περιλάμβαναν θωρηκτά και πολυβόλα γκάτλινγκ και είχαν τακτικές μάχης διδαγμένες από δυτικούς στρατιωτικούς συμβούλους. Από δυτικής απόψεως, μια ταινία που βασίζεται στην περίοδο του πολέμου Μπόσιν είναι Ο Τελευταίος Σαμουράι, μια ταινία στην οποία πρωταγωνιστούσε ο Τομ Κρουζ. Η ταινία συνδυάζει πολλά γεγονότα της περιόδου, όπως τον πόλεμο και τις μετέπειτα εξεγέρσεις που έγιναν από συντηρητικούς Σαμουράι. Οι ξένοι παρουσιάζονται ως υποκίνητες πολλών συμφορών και επίσης οι Σαμουράι ρομαντικοποιούνται, διότι παριστάνονται να πεθαίνουν μέχρι τέλος για τον σκοπό τους με αυτοκτονικές τακτικές. Ένα πακέτο επέκτασης που βγήκε για το Total War: Shogun 2 με τίτλο Total War: Shogun 2 - The Fall of the Samurai πραγματεύεται εξ ολοκλήρου τον πόλεμο Μπόσιν. Ο παίκτης μπορεί να διαλέξει ανάμεσα σε πολλές ιστορικές φατρίες και να κηρύξει πόλεμο σε άλλες προκειμένου να ελέγξει την Ιαπωνία. Ο παίκτης πρέπει να ταχθεί είτε με το μέρος του Αυτοκράτορα ή του Σόγκουν ή στο τέλος να δημιουργήσει δική του κυβέρνηση, μια επιλογή που θα έχει σκληρές διπλωματικές συνέπειες. Στο παιχνίδι αποτυπώνονται πολλές ιστορικώς ακριβή στοιχεία, όπως για παράδειγμα οι Λευκοί Τίγρεις και ο παίκτης έχει τη δυνατότητα να αλληλεπιδράσει με ξένες δυνάμεις (Γαλλία, Βρετανία, Αμερική) προκειμένου να εκπαιδεύσει περαιτέρω τις μονάδες του. Στην εποχή του εμφύλιου πολέμου, σημαντικότατο ρόλο έπαιξαν και οι πράκτορες της κάθε πλευράς. Η αυτοκρατορική παράταξη αλλά και η παράταξη του Σόγκουν προσελάμβαναν πράκτορες και οργάνωναν μυστικές φρουρές και αστυνομίες προκειμένου να ζημιώσουν με οποιονδήποτε τρόπο τον εχθρό αλλά και να προστατευτούν οι ίδιοι. Οι Σινσεγκούμι (新選組, κυριολεκτικά: νέα ομάδα) οργανώθηκαν και έδρασαν κατά την περίοδο 1864-1869. Τους προσέλαβε ο Σόγκουν στις αρχές του πολέμου προκειμένου να προστατεύεται ο ίδιος αλλά και να δολοφονεί τους πολιτικούς του αντιπάλους. Οι Σινσεγκούμι ποτέ δεν πολέμησαν σε μάχη. Αντίθετα, λειτουργούσαν ως μυστική αστυνομία εντός της χώρας. Μια ομάδα μορφής παρόμοιας με αυτής των Σινσεγκούμι υπήρχε πριν στην Ιαπωνία, οι λεγόμενοι Ροσιγκούμι. Αυτοί ήταν Ρόνιν (Σαμουράι δίχως αφέντη) που προσλαμβανόντουσαν από τοπικούς φεουδάρχες για να καταστέλλουν εξεγέρσεις. Ο όρος Ρόσιν χρησιμοποιήθηκε αντί του ταπεινωτικού Ρόνιν. Παρά το ότι η κοινή γνώμη θέλει τους Σινσεγκούμι ως γενναίους πράκτορες που μάχονται υπέρ του καλού της πατρίδας τους, πολλοί ιστορικοί αναφέρουν ότι οι Σινσεγκούμι ήταν : "αδίστακτοι δολοφόνοι που σκότωναν κατόπιν εντολής". Οι Σινσεγκούμι στρατολογούνταν από σχολεία ξιφομαχίας στο Έντο. Οι Ίσιν Σίσι (志士, κυριολεκτικά: άνδρες υψηλότερου σκοπού) ήταν πολιτικοί ακτιβιστές οι οποίοι υποστήριζαν τον αυτοκράτορα και το Σοννό Τζόι. Ήταν στην πλειονότητα τους σαμουράι με αντισογκουνιτικές τάσεις. Επίσης ο όρος αυτός χρησιμοποιείται για να περιγράψει σαμουράι του Σόγκουν που υποστήριζαν τον Αυτοκράτορα κρυφά. Οι Σίσι υπήρχαν και πριν την αρχή του εμφυλίου. Πίστευαν ότι η Ιαπωνία είναι ιερή χώρα και ότι μόνο ο αυτοκράτορας -τον οποίο έβλεπαν ως Θεό- έχει δικαίωμα να την εξουσιάζει. Άρχισαν να ξεσπούν βίαια όταν ο Σόγκουν υπέγραψε συνθήκη και ουσιαστικά έφερε τους ξένους στην Ιαπωνία. Τότε οι Σίσι εξαπέλυαν ανοικτά επιθέσεις εναντίον ξένων γιατί πίστευαν ότι κατά αυτόν τον τρόπο θα δημιουργήσουν προβλήματα στον Σόγκουν.
Ο Πόλεμος Μπόσιν (戊辰戦争, Μπόσιν Σενσό, «Πόλεμος του έτους του Επίγειου Δράκου Γιάνγκ»), ή αλλιώς Ιαπωνική Επανάσταση, ήταν εμφύλιος πόλεμος στην Ιαπωνία που έγινε κατά τα έτη 1868–69 μεταξύ των δυνάμεων του Σογκουνάτου Τοκουγκάβα και δυνάμεων πιστών στον αυτοκράτορα της Ιαπωνίας που ήθελαν να επαναφέρουν την εξουσία της αυτοκρατορικής αυλής. Η αιτία του πολέμου βρισκόταν στη δυσαρέσκεια μεταξύ πολλών ευγενών και νεαρών Σαμουράι σχετικά με την αντιμετώπιση των ξένων δυνάμεων από τον σόγκουν, μετά το Άνοιγμα της Ιαπωνίας της περασμένης δεκαετίας. Η όλο και αυξανόμενη δυτική επιρροή στην οικονομία της Ιαπωνίας οδηγούσε σε παρακμή παρόμοια με αυτήν των άλλων ασιατικών λαών αυτής της περιόδου. Μια συμμαχία από δυτικούς Σαμουράι, πιο συγκεκριμένα οι φατρίες των Τσοσού, Σατσούμα και Τόσα, και αυλικών αξιωματούχων, κατάφερε και απέκτησε τον έλεγχο της αυτοκρατορικής αυλής και να επηρεάσει τον αυτοκράτορα Μέιτζι. Ο κυβερνών μέχρι τότε σόγκουν, Τοκουγκάβα Γιοσινόμπου, αντιλαμβανόμενος το επισφαλές της θέσης του, παραιτήθηκε υπέρ της αυτοκρατορικής εξουσίας. Με αυτή του την κίνηση, ο Τοκουγκάβα ήλπιζε ότι ο οίκος του θα διασωθεί και ότι θα συμμετείχε σε μελλοντικές κυβερνήσεις. Ωστόσο, στρατιωτικές κινήσεις των αυτοκράτορικών δυνάμεων, ανταρτικές βιαιότητες στην πόλη Έντο και αυτοκρατορικό διάταγμα υπαγορευμένο από τους Σατσούμα και Τσοσού που καθαιρούσε τον οίκο των Τοκουγκάβα, οδήγησε τον Γιοσινόμπου στην οργάνωση μιας στρατιωτικής εκστρατείας προκειμένου να συλλάβει την αυτοκρατορική αυλή στο Κυότο. Οι τύχες του πολέμου γύρισαν γρήγορα υπέρ της μικρότερης αλλά σχετικά εκσυγχρονισμένης αυτοκρατορικής παράταξης και ύστερα από μια σειρά μαχών που κορυφώθηκαν με την παράδοση του Έντο, ο ίδιος ο Γιοσινόμπου παραδόθηκε. Οι πιστοί στους Τοκουγκάβα υποχώρησαν αρχικά στη βόρεια Χόνσου και ύστερα στο Χοκκάιντο, όπου και ίδρυσαν τη Δημοκρατία του Έζο. Η ήττα τους στη Μάχη του Χάκοντάτε εξάλειψε και το τελευταίο προπύργιο του Σόγκουν και η αυτοκρατορική κυριαρχία ήταν πλέον γεγονός σε όλη την Ιαπωνία. Έτσι τελείωσε και η στρατιωτική φάση της Μεταρρύθμισης Μέιτζι. Περίπου 120.000 άνδρες κινητοποιήθηκαν και εξ αυτών περίπου 3.500 σκοτώθηκαν κατά τη διάρκεια των συγκρούσεων. Στο τέλος η νικήτρια αυτοκρατορική παράταξη εγκατέλειψε τον αρχικό σκοπό της να διώξει τους ξένους από την Ιαπωνία και αντ' αυτού υιοθέτησε πολιτική συνεχούς εκσυγχρονισμού αποβλέποντας στην επαναδιαπραγμάτευση των Άνισων Συμφωνιών που έγιναν με τις δυτικές δυνάμεις. Με την επιμονή του Σαιγκό Τκαμόρι, ενός επιφανούς ηγέτη των αυτοκρατορικών, οι πιστοί του Τογκουκάβα έτυχαν επιεικούς μεταχείρισης και σε πολλούς από τους αρχηγούς τους και σε σαμουράι δόθηκαν θέσεις ευθύνης στη νέα κυβέρνηση. Όταν άρχισε ο πόλεμος αυτός η Ιαπωνία ήδη βρισκόταν σε περίοδο εκσυγχρονισμού, σημειώνοντας την ίδια πρόοδο με αυτήν των εκβιομηχανισμένων δυτικών εθνών. Αλλά η Ιαπωνία προστάτευε την εύτρωτη οικονομία της απορρίπτοντας την επιβεβλημένη από τη Δύση ελευθερία του εμπορίου. Και δεδομένου ότι αυτά τα δυτικά έθνη, ιδιαίτερα η Βρετανία και η Γαλλία, είχαν έντονη ανάμειξη στην πολιτική της Ιαπωνίας, η εγκαθίδρυση της αυτοκρατορικής εξουσίας περιέπλεκε τα πράγματα. Με τον καιρό, ο πόλεμος αυτός εξιδανικεύτηκε σαν "αναίμακτη επανάσταση" παρά τον μεγάλο αριθμό των απωλειών.