Αρχαιοπτέρυξ
 Ο αρχαιοπτέρυξ ήταν πρωτόγονο πτηνό που έζησε κατά την Τιθώνια φάση της Ιουρασικής περιόδου, περίπου 150-145 εκατομμύρια χρόνια πριν. Τα μόνα δείγματα αρχαιοπτέρυγος που έχουν ανακαλυφθεί προέρχονται από ασβεστόλιθους του Σόλνχοφεν, στη νότια Γερμανία, που είναι σπάνιος και αξιοσημείωτος γεωλογικός σχηματισμός γνωστός για τα έξοχης λεπτομέρειας απολιθώματα. Ο αρχαιοπτέρυξ είχε περίπου το μέγεθος ενός μέσου μεγέθους σύγχρονου πτηνού, με φαρδιά φτερά τα οποία είχαν στρογγυλεμένες άκρες και μακρυά ουρά σε σχέση με το μήκος του σώματός του. Συνολικά το μήκος του σώματος του αρχαιοπτέρυγος μπορούσε να φτάσει τα 500 χιλιοστά. Τα πούπουλα του αρχαιοπτέρυγος, αν και λιγότερο τεκμηριωμένα από ότι τα υπόλοιπα χαρακτηριστικά του, έμοιαζαν πολύ στην δομή και το σχέδιο με αυτά των σύγχρονων πτηνών. Εντούτοις, παρά την παρουσία πολλών χαρακτηριστικών πτηνών, ο αρχαιοπτέρυξ είχε πολλά χαρακτηριστικά των θηριόποδων. Εν αντιθέσει με τα σύγχρονα πτηνά, ο αρχαιοπτέρυξ είχε μικρά δόντια καθώς και μακρυά οστέινη ουρά, χαρακτηριστικά που μοιραζόταν με άλλους δεινόσαυρους της εποχής.Επειδή είχε μεγάλο αριθμό χαρακτηριστικών κοινά και με τα πτηνά και με τους δεινόσαυρους, ο αρχαιοπτέρυξ συχνά θεωρείται σύνδεσμος μεταξύ τους - πιθανώς το πρώτο πτηνό πάνω στην αλλαγή από ζώο του εδάφους σε πτηνό. Την δεκαετία του 1970 ο Τζον Όστρομ, ακολουθώντας το παράδειγμα του Τόμας Χάξλεϋ από το 1868, διατύπωσε την άποψη ότι τα πτηνά εξελίχθηκαν από τα θηριόποδα και ότι ο αρχαιοπτέρυξ ήταν το κρίσιμο αποδεικτικό στοιχείο για αυτό, καθώς έχει ένα μέρος χαρακτηριστικών πτηνού όπως το υοειδές οστούν, κωπαία φτερά, φτερά και εν μέρει ανεστραμμένο το πρώτο δάχτυλο του ποδιού, και ένα μέρος χαρακτηριστικών των δεινοσαύρων και των θηριόποδων. Για παράδειγμα έχει μακριά ανιούσα απόφυση στον αστράγαλο, μεσοδοντικές πλάκες, και μια απόφυση στο θυροειδές τρήμα του ισχίου. Συγκεκριμένα, ο Όστρομ ανακάλυψε ότι ο αρχαιοπτέρυξ μοιάζει εξαιρετικά με την οικογένεια θηριοπόδων δρομαιοσαυρίδες.Τα πρώτα υπολείμματα αρχαιοπτέρυγα ανακαλύφθηκαν το 1861, δύο μόνο χρόνια μετά τη δημοσίευση από τον Κάρολο Δαρβίνο του Περί της καταγωγής των ειδών. Ο αρχαιοπτέρυξ φάνηκε πως επιβεβαίωνε τις θεωρίες του Δαρβίνου και έκτοτε αποτελεί θεμελιώδες στοιχείο για την καταγωγή των πτηνών, την διαμάχη για τα μεταβατικά απολιθώματα και την επιβεβαίωση της εξέλιξη. Πράγματι, περαιτέρω έρευνες σε δεινόσαυρους από την έρημο Γκόμπι και την Κίνα έχουν έκτοτε παράσχει περισσότερα στοιχεία για τη σύνδεση μεταξύ αρχαιοπτέρυγος και δεινοσαύρων, όπως οι φτερωτοί δεινόσαυροι από την Κίνα. Ο αρχαιοπτέρυξ είναι κοντά στους προγόνους των σημερινών πτηνών, και έχει τα περισσότερα από τα χαρακτηριστικά που θα περίμενε κανείς από έναν πρόγονο των πτηνών. Εντούτοις, ενδέχεται να μην είναι άμεσος πρόγονος των ζωντανών πτηνών, και είναι αβέβαιο πόση εξελικτική διαφοροποίηση υπήρχε ήδη ανάμεσα στα άλλα πτηνά εκείνη την περίοδο.
Ο αρχαιοπτέρυξ ή αρχαιοπτέρυγα (Archaeopteryx), αναφερόμενο μερικές φορές και με το γερμανικό του όνομα, Urvogel («το πρώτο πτηνό»), είναι το αρχαιότερο και πιο πρωτόγονο γένος πτηνών που είναι γνωστό. Το όνομα προέρχεται από τα αρχαία ελληνικά ἀρχαῖος και πτέρυξ. Ο αρχαιοπτέρυξ έζησε στην ύστερη Ιουράσια περίοδο, περίπου 150-145 εκατομμύρια χρόνια πριν, εκεί που σήμερα βρίσκεται η νότια Γερμανία, σε μια περίοδο που η Ευρώπη ήταν αρχιπέλαγος νησιών σε μία ρηχή τροπική θάλασσα, πολύ πιο κοντά στον ισημερινό από ό,τι είναι τώρα. Ο αρχαιοπτέρυξ είχε μέγεθος παρόμοιο με της κίσσας και μπορούσε να φτάσει περίπου μισό μέτρο σε μήκος. Παρά το μικρό του μέγεθος, τα φαρδιά φτερά και την τεκμαιρόμενη ικανότητά του να πετάει ή να αιωρείται, ο αρχαιοπτέρυξ είχε περισσότερα κοινά με μικρά θηριόποδα παρά με τα σύγχρονα πτηνά. Πιο συγκεκριμένα, μοιράζεται τα εξής χαρακτηριστικά με τα δεινονυχοσαύρια (δρομαιοσαυρίδες και τροοδοντίδες): σαγόνια με αιχμηρά δόντια, τρία δάχτυλα με νύχια, μακρυά οστέινη ουρά, τα δεύτερα δάχτυλα του ποδιού είναι υπερεκτάσιμα, πούπουλα (που υπαινίσσονται ομοιοθερμία) και διάφορα σκελετικά χαρακτηριστικά.Τα παραπάνω χαρακτηριστικά καθιστούν τον αρχαιοπτέρυγα τον πρώτο ξεκάθαρο υποψήφιο για μεταβατικό απολίθωμα μεταξύ των δεινοσαύρων και των πτηνών. Έτσι ο αρχαιοπτέρυξ παίζει σημαντικό ρόλο, όχι μόνο στην μελέτη της προέλευσης των πτηνών αλλά και στην μελέτη των δεινοσαύρων. Το πρώτο πλήρες είδος αρχαιοπτέρυγος ανακαλύφθηκε το 1861, δύο χρόνια αφότου ο Τσαρλς Ντάργουιν δημοσίευσε το έργο του Περί της καταγωγής των ειδών, και αποτέλεσε βασικό στοιχείο στο ζήτημα της εξέλιξης. Με την πάροδο των χρόνων ανακαλύφθηκαν εννέα ακόμα απολιθώματα αρχαιοπτέρυγων. Παρά την ποικιλία ανάμεσα σε αυτά τα απολιθώματα, οι περισσότεροι ειδικοί θεωρούν ότι όλα τα ευρήματα ανήκουν στο ίδιο είδος, αν και το ζήτημα είναι ακόμα υπό συζήτηση. Πολλά από αυτά τα έντεκα απολιθώματα περιέχουν εντυπωμένα πούπουλα —από τα παλαιότερα (αν όχι τα παλαιότερα) άμεσα στοιχεία που υπάρχουν για τα πούπουλα. Επιπλέον, επειδή αυτά τα πούπουλα είναι προηγμένης μορφής (κωπαία φτερά), τα απολιθώματα αυτά αποτελούν στοιχείο τού ότι τα πούπουλα είχαν αρχίσει ήδη να εξελίσσονται για αρκετό καιρό.