Ιστορία του ποδοσφαιρικού τμήματος του Άρη Θεσσαλονίκης (2000-09)
 Την πρώτη χρονιά της δεκαετίας (την περίοδο 1999-2000) ο Άρης τερμάτισε στην 7η θέση του πρωταθλήματος. Στην ίδια θέση τερμάτισε και την επόμενη χρονιά ενώ την περίοδο 2001-02 βρέθηκε στην 9η θέση. Την επόμενη χρονιά ο Άρης τερμάτισε 6ος κερδίζοντας τη συμμετοχή του στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ. Από την επόμενη χρονιά (2003-04) η ομάδα λόγω των σοβαρών οικονομικών και διοικητικών προβλημάτων που αντιμετώπιζε, τα οποία βρίσκονταν στο κρισιμότερο σημείο τους, τερμάτισε μόλις μία θέση πάνω από τη ζώνη του υποβιβασμού (13η) εξασφαλίζοντας την παραμονή της μόλις μία αγωνιστική πριν τη λήξη του πρωταθλήματος. Την περίοδο 2004-05 όμως δεν κατάφερε να παραμείνει στην κατηγορία. Ο Άρης τερμάτισε στην 14η θέση και υποβιβάστηκε στην Β’ Εθνική. Την χρονιά αυτή του είχαν αφαιρεθεί και τρεις βαθμοί λόγω επεισοδίων που προκάλεσαν οι οπαδοί του σε αγώνα με αντίπαλο τον Ηρακλή Την περίοδο 2005-06 ο Άρης αγωνίστηκε στην Β΄ Εθνική. Κατάφερε τελικά να επιστρέψει στην πρώτη κατηγορία κερδίζοντας την άνοδο την τελευταία στιγμή. Την προτελευταία αγωνιστική του πρωταθλήματος, σε αγώνα που χρειαζόταν μόνο νίκη, κατάφερε να κερδίσει το Χαϊδάρι με 2-1 εκτός έδρας επιτυγχάνοντας το νικητήριο γκολ στις καθυστερήσεις του αγώνα. Την τελευταία αγωνιστική επιβλήθηκε της Κέρκυρας με 3-1 και κέρδισε την άνοδο τερματίζοντας 3ος. Από την επόμενη χρονιά η παρουσία της ομάδας βελτιώθηκε. Τις περιόδους 2006-07 και 2007-08 τερμάτισε 4ος εξασφαλίζοντας τη συμμετοχή του στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ, ενώ την περίοδο 2008-09 τερμάτισε 6ος. Ο Άρης κατάφερε τρεις φορές κατά τη διάρκεια της δεκαετίας να φτάσει μέχρι τον τελικό του κυπέλλου Ελλάδος, χωρίς όμως να καταφέρει να το κατακτήσει. Την περίοδο 2002-03 ηττήθηκε στον τελικό με 1-0 από τον ΠΑΟΚ, την περίοδο 2004-05 ηττήθηκε με 3-0 από τον Ολυμπιακό ενώ την περίοδο 2007-08 ηττήθηκε ξανά από τον Ολυμπιακό με σκορ 2-0. Τις υπόλοιπες χρονιές δεν κατάφερε να προχωρήσει πέρα από την φάση των προημιτελικών. Ο Άρης αγωνίστηκε πέντε φορές σε Ευρωπαϊκές διοργανώσεις κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του 2000, τις περιόδους 1999-00, 2003-04, 2005-06, 2007-08, και 2008-09. Σημαντικότερη επιτυχία ήταν η πρόκριση απέναντι στην ισπανική Σαραγόσα την περίοδο 2007-08. Ο Άρης μετά την επιτυχία απέναντι στη Σαραγόσα συνέχισε στη φάση των Ομίλων του ΟΥΕΦΑ οπού πραγματοποίησε καλές εμφανίσεις απέναντι σε Ερυθρός Αστέρα, Μπράγκα και Μπόλτον, όμως η βαριά ήττα με 6-0 από την Μπάγερν Μονάχου τον άφησε εκτός συνέχειας. Οι άλλες δύο προκρίσεις που κατάφερε να πετύχει ήταν απέναντι της Ελβετικής Σερβέτ την περίοδο 1999-2000 και της Μολδαβικής Ζίμπρου Κισινάου την περίοδο 2003-04. Και στις δύο περιπτώσεις αποκλείστηκε στον αμέσως επόμενο γύρω από τις Θέλτα και Περούτζια αντίστοιχα. Καμία πρόκριση δεν κατάφερε να πετύχει ο Άρης τις περιόδους 2005-06 και 2008-09, στις οποίες έμεινε έξω νωρίς, αποκλειόμενος στην πρώτη περίπτωση από την Ρόμα και στην δεύτερη από την άσημη Σλάβεν Μπελούπο. Αποτελέσματα στην Ευρώπη Τα πρώτα χρόνια της δεκαετίας του 2000 ο Άρης στηρίχθηκε κυρίως σε Έλληνες ενώ προς το τέλος της δεκαετίας κυρίως σε ξένους. Υπήρχαν μάλιστα αγώνες που στην εντεκάδα του Άρη συμμετείχαν αποκλειστικά ξένοι παίκτες. Ορισμένοι από τους Έλληνες παίκτες στους οποίους στηρίχτηκε ο Άρης, κυρίως κατά τα πρώτα χρόνια της δεκαετίας, ήταν οι Γιώργος Κολτσίδας, Απόστολος Λιολίδης, Κώστας Λουμπούτης, Νίκος Κυζερίδης Πέτρος Πασσαλής, Άγγελος Χαριστέας και Αβραάμ Παπαδόπουλος. Ορισμένοι από τους ξένους παίκτες που ξεχώρισαν προς το τέλος της δεκαετίας ήταν οι Τόνι Κάλβο, Σέρχιο Κόκε, Ντάρσι Νέτο, Χαβίτο, Βλάνταν Ίβιτς Την περίοδο 1999-2000 στο δυναμικό του Άρη περιλαμβάνονταν οι παίκτες: Φάνης Κατεργιαννάκης, Γιάννης Μαλλούς, Απόστολος Μάντζιος, Κώστας Λουμπούτης, Γιώργος Κολτσίδας, Νίκος Κυζερίδης, Άγγελος Χαριστέας, Απόστολος Λιολίδης, Γιώργος Μπάρκογλου, Μάριος Αγαθοκλέους, Μερκούριος Καραλιόπουλος, Γιώργος Κούτσης, Γεωργιάδης, Μιχάλης Πανόπουλος, Παναγιώτης Κατσιαρός, Έρακ, Γκλούστσεβιτς, Σάβιτς, Ναγκόλι Κένεντι, Αντριόλι και Ραντόισιτς, Την περίοδο 2000-01 προστέθηκαν στο δυναμικό του Άρη οι: Πέτρος Πασσαλής, Νασίφ Μόρις, Πρίλασνικ, Σαϊντ Τσίμπα, Φερέιρα Ιρανίλντο και Καζαντζής Την περίοδο 2001-02 σημαντικότερες προσθήκες στην ομάδα του Άρη ήταν οι Ίλια Ίβιτς και Αβραάμ Παπαδόπουλος Την επόμενη περίοδο (2002-03) η ομάδα ενισχύθηκε με τους Άγγελο Διγκόζη, Νιόγκου Ντεμπά Νιρέν και Ζοέλ Επαλέ, ενώ αποχώρησαν οι Άγγελος Χαριστέας, Απόστολος Λιολίδης και Κώστας Λουμπούτης Την περίοδο 2003-04 δεν υπήρξε αξιόλογη ενίσχυση της ομάδας ενώ αποχώρησαν οι Ζοέλ Επαλέ, Νασίφ Μόρις, Νιόγκου Ντεμπά Νιρέν, Κνόπερ και Μπασίρ. Την περίοδο 2004-05, αποκτήθηκαν κατά την καλοκαιρινή μεταγραφική οι Βαγγέλης Πουρλιοτόπουλος, Ματσέι Μουράφσκι,Ιράκλι Βασακίντζε ,Χρήστος Νάιντος, Σέρτζιο Μαρικά, Φερνάντο Σανχούρχο, Μαριάνο Μαρτίνεζ και Γιάννης Χρυσάφης. Κάτα την μεταγραφική περίοδο του Ιανουαρίου η διοίκηση του συλλόγου προχώρησε στην απόκτηση αρκετών ποδοσφαιριστών. Συγκεκριμένα ήρθαν ο Στάθης Κάππος από την ΑΕΚ,ο Κώστας Νεμπεγλέρας (ο οποίος ήταν παροπλισμένος στην προηγούμενη ομάδα του,τον Ηρακλή),ο Μίμης Μπενίσκος από τον Αγροτικό Αστέρα (10 γκολ σε 66 συμμετοχές με την ομάδα της Θεσσαλονίκης) καθώς και οι Αφρικανοί Ινόγκι, Φομουμπόντ,Εκουέμε και Κουεμάχα. Την επόμενη αγωνιστική περίοδο (2005-06) ο Άρης αγωνιζόταν στην Β΄Εθνική και η μεταγραφική ενίσχυση της ομάδας δεν ήταν σημαντική. Την τελευταία τριετία της δεκαετίας ο Άρης ανέκαμψε και πραγματοποίησε καλές πορείες στο πρωτάθλημα. Στο διάστημα αυτό αποκτήθηκαν αρκετοί από τους ξένους παίκτες στους οποίους στηρίχθηκε η ομάδα στο τέλος της δεκαετίας, όπως οι: Τόνι Κάλβο, Σέρχιο Κόκε, Νέτο, Χαβίτο, Βλάνταν Ίβιτς, Ντιόγκο Ροντρίγκες Σιστόν κ.α. Κανείς από τους προπονητές που ανέλαβαν την τεχνική ηγεσία του Άρη, κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του 2000, δεν παρέμεινε παραπάνω από ένα χρόνο στην ομάδα. Την πιο πετυχημένη παρουσία από τους προπονητές που πέρασαν από τον Άρη αυτή τη δεκαετία είχε ο Ντούσαν Μπάγεβιτς που υπήρξε προπονητής του Άρη την αγωνιστική περίοδο 2007-08, στην οποία ο Άρης πραγματοποίησε καλή πορεία στο πρωτάθλημα οπού τερμάτισε 4ος , έφτασε στον τελικό του κυπέλλου και πέτυχε ιστορική πρόκριση στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ απέναντι στην ισπανική Ρεάλ Σαραγόσα. Ολόκληρη σεζόν ολοκλήρωσε στον Άρη και ο Νίκος Αναστόπουλος που διετέλεσε προπονητής στην ομάδα την περίοδο 2005-06 οπού αγωνιζόταν στην Β΄Εθνική. Προπονητές στον Άρη διετέλεσαν επίσης, χωρίς να συμπληρώσουν ολόκληρη σεζόν οι: Ίλια Πέτκοβιτς την περίοδο 1999-2000, Μπάμπης Τεννές την περίοδο 2000-01, Μπερντ Κράους την περίοδο 2001-02, Γιώργος Φοιρός την περίοδο 2002-03, Μάκης Κατσαβάκης την περίοδο 2003-04, Γιώργος Χατζάρας την περίοδο 2004-05, Γκιγιέρμο Όγιος την περίοδο 2006-07 τον οποίο διαδέχτηκε ο Κίκε Ερνάντεθ. Ο Ερνάντεθ επέστρεψε το 2008 διαδεχόμενος τον Μπάγεβιτς αλλά αντικαταστάθηκε από τον Μαζίνιο ο οποίος παρέμεινε μέχρι το τέλος της περιόδου 2008-09. |}
Η δεκαετία του 2000 ήταν μία από τις δυσκολότερες στην ιστορία του Άρη. Η ομάδα αντιμετώπισε σοβαρά διοικητικά και οικονομικά προβλήματα, τα οποία κατάφερε να ξεπεράσει με την υπαγωγή της ΠΑΕ στο άρθρο 44. Αγωνιστικά η ομάδα κατέληξε να υποβιβαστεί στα μέσα της δεκαετίας, αλλά προς το τέλος της κατάφερε τελικά να ανακάμψει και να επιστρέψει στην Α΄Εθνική και στις υψηλές θέσεις του πρωταθλήματος. Στον διοικητικό τομέα η δεκαετία ήταν πολυτάραχη για τον Άρη. Από το 1998 μεγαλομέτοχος της ομάδας είχε γίνει ο επιχειρηματίας Δημήτρης Κοντομηνάς, η παρουσία του οποίου δημιούργησε πολλές προσδοκίες για βελτίωση της αγωνιστικής εικόνας της ομάδας, οι οποίες όμως τελικά δεν επαληθεύτηκαν. Ο Κοντομηνάς αποχώρησε από τον Άρη το 2001 και το πλειοψηφικό πακέτο των μετοχών πέρασε στον ελληνοαμερικανό επιχειρηματία Γιάννη Ζαχουδάνη. Η περίοδος που ακολούθησε ήταν περίοδος μεγάλης κακοδιαχείρισης και η κατάσταση της ομάδας επιδεινώθηκε. Όταν ο Άρης βρισκόταν στα πρόθυρα οικονομικής καταστροφής ο Ζαχουδάνης αποχώρησε με κατηγορία για υπεξαίρεση χρημάτων, βάση της οποίας καταδικάστηκε το 2008 σε πενταετή φυλάκιση. Τα τεράστια χρέη που είχαν συσσωρευτεί από την διαχείριση των τελευταίων διοικήσεων απείλησαν την ομάδα με διάλυση. Τελικά ο Άρης σώθηκε καθώς το 2004 κατάφερε να υπαχθεί στο άρθρο 44. Με την ρύθμιση αυτή ο Άρης απαλλάχτηκε από χρέος 15 εκατομμυρίων ευρώ, το οποίο η ομάδα αδυνατούσε να εξυπηρετήσει, ενώ οι μετοχές που κατείχε στο παρελθόν ο Δημήτρης Κοντομηνάς, πέρασαν σε εννέα φυσικά πρόσωπα. Πρόεδρος στο διάστημα αυτό είχε αναλάβει ο Νικήτας Ματθαίου ο οποίος παρέμεινε μέχρι το 2006 οπότε ανέλαβε ο Λάμπρος Σκόρδας. Την ίδια χρονιά (2006) δημιουργήθηκε η Λέσχη Φίλων Άρη, ένας φορέας στον οποίο συμμετέχουν οπαδοί της ομάδας. Στον φορέα αυτόν εκχωρήθηκε από τους εννέα βασικούς μετόχους της ομάδας το δικαίωμα εκπροσώπησής τους στις γενικές συνελεύσεις του συλλόγου, με αποτέλεσμα η Λέσχη να αποκτήσει δικαίωμα ψήφου που αντιπροσώπευε το 83% του διοικητικού συμβουλίου. Η Λέσχη κάθε διετία διεξήγαγε εκλογές για την τοποθέτηση προέδρου της ομάδας. Στις εκλογές που πραγματοποίησε το 2009 τερματίστηκε η θητεία του Λάμπρου Σκορδά και πρόεδρος ανέλαβε ο Θανάσης Αθανασιάδης. Από το 2009 μεταβιβάστηκε στη λέσχη ποσοστό μεγαλύτερο από το 20% του μετοχικού κεφαλαίου. Στις αρχές του 2011 είχε φτάσει να αριθμεί περισσότερα από 8.000 μέλη. Στο αγωνιστικό μέρος, η καλύτερη πορεία που σημείωσε ο Άρης αυτή τη δεκαετία ήταν την περίοδο 2007-08, όταν με προπονητή τον Ντούσαν Μπάγεβιτς, τερμάτισε στην 4η θέση του πρωταθλήματος, έφτασε μέχρι τον τελικό του κυπέλλου και πέτυχε σημαντική πρόκριση στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ απέναντι στην ισπανική Ρεάλ Σαραγόσα. Χειρότερη χρονιά του αντιθέτως ήταν η περίοδος 2004-05 κατά την οποία υποβιβάστηκε στη Β΄Εθνική όπως και η περίοδος 2003-04 στην οποία ο Αρης τερμάτισε μόλις μία θέση πάνω από τη ζώνη του υποβιβασμού.