Ναυμαχία του Νείλου
 Οι νίκες του Ναπολέοντος Βοναπάρτη στη βόρεια Ιταλία επί της Αυστριακής Αυτοκρατορίας, βοήθησαν στο να εξασφαλιστεί η νίκη των Γάλλων στον Πόλεμο του Πρώτου Συνασπισμού το 1797, και έτσι η Μεγάλη Βρετανία παρέμεινε η μοναδική ισχυρή ευρωπαϊκή δύναμη που ήταν ακόμη σε πόλεμο με την επαναστατημένη Γαλλία. Το Γαλλικό Διευθυντήριο διερεύνησε πληθώρα στρατηγικών επιλογών για την αντιμετώπιση της βρετανικής αντεπίθεσης, συμπεριλαμβανομένων προσχεδιασμένων εισβολών σε Ιρλανδία και Μεγάλη Βρετανία, καθώς και την ενίσχυση του Γαλλικού Πολεμικού Ναυτικού, ώστε αυτό να αντιμετωπίσει το Βασιλικό Ναυτικό στη θάλασσα. Παρά τις σημαντικές προσπάθειες, ο έλεγχος των θαλασσών της βόρειας Ευρώπης από τους Βρετανούς κατέστησε σύντομα τις φιλοδοξίες αυτές ανέφικτες, και το Βασιλικό Ναυτικό διατήρησε σταθερά τον έλεγχο του Ατλαντικού Ωκεανού. Ωστόσο, το γαλλικό ναυτικό ήταν κυρίαρχο στη Μεσόγειο, μετά την απόσυρση του βρετανικού στόλου με το ξέσπασμα του πολέμου μεταξύ της Βρετανίας και της Ισπανίας το 1796. Αυτό έδωσε τη δυνατότητα στον Βοναπάρτη να προτείνει την εισβολή στην Αίγυπτο, ως εναλλακτική λύση στην απευθείας σύγκρουση με τη Βρετανία, θεωρώντας πως οι Βρετανοί θα απασχολούνταν περισσότερο με μια επικείμενη ιρλανδική εξέγερση (Ιρλανδική Eξέγερση του 1798), παρά με μια παρέμβαση στη Μεσόγειο.Ο Βοναπάρτης θεωρούσε πως, εγκαθιστώντας μόνιμη παρουσία στην Αίγυπτο (η οποία ανήκε στην ουδέτερη Οθωμανική Αυτοκρατορία, απολαμβάνοντας όμως στην ουσία καθεστώς αυτονομίας υπό τους Μαμελούκους ηγεμόνες της), οι Γάλλοι θ΄ αποκτούσαν βάση για μελλοντικές επιχειρήσεις κατά της Βρετανικής Ινδίας, πιθανώς με τη σύμπραξη του σουλτάνου Τίπου του ινδικού Βασιλείου της Μυσόρης, και θ΄ απομάκρυναν έτσι τη Βρετανία από τον πόλεμο. Η εκστρατεία θα διέκοπτε την επικοινωνία μεταξύ της Βρετανίας και της Ινδίας, που ήταν σημαντικό τμήμα της Βρετανικής Αυτοκρατορίας και το εμπόριο που πραγματοποιούσε με αυτή δημιουργούσε την απαραίτητη ευρωστία για την επιτυχή διεξαγωγή του πολέμου από τους Βρετανούς. Το Γαλλικό Διευθυντήριο συμφώνησε με τα σχέδια του Βοναπάρτη, αν και κύριος παράγοντας στην απόφασή του ήταν η επιθυμία να δει τον πολιτικά φιλόδοξο Βοναπάρτη και τους πιστούς του βετεράνους των ιταλικών εκστρατειών ν΄ απομακρύνονται από τη Γαλλία. Την άνοιξη του 1798, ο Βοναπάρτης συγκέντρωσε περισσότερους από 35.000 στρατιώτες στη μεσογειακή Γαλλία και Ιταλία, και ανέπτυξε ισχυρό στόλο στην Τουλόν. Ακόμη σχημάτισε την Επιτροπή Επιστημών και Τεχνών (Commission des Sciences et des Arts), σώμα επιστημόνων και μηχανικών που είχαν ως σκοπό την εγκαθίδρυση γαλλικής αποικίας στην Αίγυπτο. Ο Ναπολέων διατήρησε τον προορισμό της εκστρατείας του άκρως μυστικό — οι περισσότεροι αξιωματικοί του στρατού δεν γνώριζαν το στόχο του, και δεν τον αποκάλυψε μέχρι την ολοκλήρωση του τελικού σταδίου της εκστρατείας. Η αρμάδα του Βοναπάρτη απέπλευσε από την Τουλόν στις 19 Μαΐου 1798, πραγματοποιώντας ταχεία διέλευση στη θάλασσα της Λιγυρίας, ενισχυόμενη με επιπλέον πλοία στη Γένοβα. Έπλευσε μετά νότια κατά μήκος της ακτής της Σαρδηνίας, και περνώντας από τη Σικελία στις 7 Ιουνίου, έφτασε στις 9 Ιουνίου στα ανοικτά της Μάλτας, που τότε βρισκόταν υπό την κυριαρχία των Ιπποτών του Αγίου Ιωάννη της Ιερουσαλήμ, διοικητής των οποίων ήταν ο Μέγας Μάγιστρος Φερδινάνδος φον Χόμπες τσου Μπολχάιμ. Ο Βοναπάρτης απαίτησε να επιτραπεί στο στόλο του να εισέλθει στο οχυρωμένο λιμάνι της Βαλέτας. Όταν οι Ιππότες αρνήθηκαν, ο Γάλλος στρατηγός διέταξε μια μεγάλης κλίμακας επίθεση στα νησιά της Μάλτας, εξουδετερώνοντας την αντίσταση των Ιπποτών μετά από 24 ώρες αψιμαχιών. Οι Ιππότες παραδόθηκαν επισήμως στις 12 Ιουνίου και έναντι σημαντικής οικονομικής αποζημίωσης, παρέδωσαν τα νησιά και όλους τους πόρους τους στον Βοναπάρτη, συμπεριλαμβανομένης και της μεγάλης περιουσίας της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας στη Μάλτα. Μέσα σε μια εβδομάδα ο Βοναπάρτης είχε ανεφοδιάσει τα πλοία του, και στις 19 Ιουνίου αναχώρησε για την Αλεξάνδρεια μέσω της Κρήτης, αφήνοντας 4.000 άνδρες στη Βαλέτα υπό τον στρατηγό Κλωντ-Ανρί Βωμπουά για να διασφαλίσουν τη γαλλική κυριαρχία στα νησιά.Όταν ο Βοναπάρτης έπλεε προς τη Μάλτα, το Βασιλικό Ναυτικό εισήλθε ξανά στη Μεσόγειο για πρώτη φορά μετά από πάνω από έναν χρόνο. Ανησυχώντας για τις αναφορές σχετικά με τις προετοιμασίες των Γάλλων στις ακτές της Μεσογείου, ο λόρδος Τζωρτζ Σπένσερ, Πρώτος Λόρδος του Ναυαρχείου (Υπουργός Ναυτικών) έστειλε μήνυμα στον αντιναύαρχο Τζον Τζέρβις, διοικητή του Στόλου της Μεσογείου που είχε ως βάση του τον ποταμό Τάγο, ν΄ αποστείλει μια ναυτική μοίρα για να διερευνήσει την κατάσταση. Η μοίρα αυτή, αποτελούμενη από τρία πλοία γραμμής και τρεις φρεγάτες, ανατέθηκε στον υποναύαρχο σερ Οράτιο Νέλσον. Ο Νέλσον ήταν έμπειρος αξιωματικός, που είχε χάσει το ένα του μάτι κατά τη διάρκεια μαχών στην Κορσική το 1794, και στη συνέχεια διακρίθηκε για την κατάληψη δύο ισπανικών πλοίων γραμμής στη Ναυμαχία του Ακρωτηρίου του Αγίου Βικεντίου το Φεβρουάριο του 1797. Τον Ιούλιο του 1797, έχασε το δεξί χέρι του στη Ναυμαχία της Σάντα Κρουθ της Τενερίφης και αναγκάστηκε να επιστρέψει στη Βρετανία για να αναρρώσει. Επιστρέφοντας στο στόλο στον Τάγο στα τέλη Απριλίου 1798, διατάχθηκε να παραλάβει τη μοίρα που βρισκόταν στο Γιβραλτάρ και να πλεύσει προς τη θάλασσα της Λιγυρίας. Στις 21 Μαΐου, καθώς η μοίρα του Νέλσον προσέγγιζε την Τουλόν, χτυπήθηκε από σφοδρή θύελλα, και η ναυαρχίδα του, HMS Vanguard, έχασε τους ιστούς της και σχεδόν βυθίστηκε στην ακτή της Κορσικής. Το υπόλοιπο της μοίρας διασκορπίστηκε. Τα πλοία γραμμής βρήκαν καταφύγιο στη νήσο Σαν Πιέτρο ανοικτά της Σαρδηνίας. Οι φρεγάτες κινήθηκαν δυτικά και δεν μπόρεσαν να επιστρέψουν.Στις 7 Ιουνίου, μετά από γρήγορες επιδιορθώσεις στη ναυαρχίδα, στόλος που αποτελούταν από δέκα πλοία γραμμής και ένα πλοίο γραμμής τετάρτου βαθμού ενώθηκε με το πλοίο του Νέλσον στα ανοικτά της Τουλόν. Ο στόλος, υπό τη διοίκηση του πλοίαρχου Τόμας Τρούμπριτζ, είχε σταλεί από τον αντιναύαρχο Τζον Τζέρβις για να ενισχύσει τον Νέλσον στην καταδίωξη και αναχαίτιση της νηοπομπής της Τουλόν. Αν και πλέον είχε αρκετά πλοία για να αντιμετωπίσει το γαλλικό στόλο, ο Νέλσον μειονεκτούσε σε δύο σημεία. Δεν γνώριζε τίποτα σχετικά με τον προορισμό των Γάλλων και δεν είχε φρεγάτες να κατοπτεύουν μπροστά από το στόλο του. Κινούμενος νότια με την ελπίδα συλλογής πληροφοριών σχετικά με τις κινήσεις των Γάλλων, ο στόλος του Νέλσον σταμάτησε στη νήσο Έλβα, και κατόπιν στη Νάπολη, όπου ο εκεί Βρετανός πρέσβης σερ Ουίλλιαμ Χάμιλτον ανέφερε πως ο γαλλικός στόλος πέρασε από τη Σικελία κινούμενος προς τη Μάλτα. Παρά τις εκκλήσεις του Νέλσον και του Χάμιλτον, ο βασιλιάς Φερδινάνδος της Νάπολης αρνήθηκε να δανείσει τις φρεγάτες του στο βρετανικό στόλο, φοβούμενος γαλλικές αντεκδικήσεις. Στις 22 Ιουνίου, ένα μπρίκι που έπλεε από τη Ραγούζα ανακοίνωσε στον Νέλσον πως οι Γάλλοι έπλεαν ανατολικά από τη Μάλτα στις 16 Ιουνίου. Αφού συσκέφθηκε με τους πλοιάρχους του, ο υποναύαρχος αποφάσισε πως ο στόχος των Γάλλων ήταν η Αίγυπτος, και έτσι άρχισε την καταδίωξή τους. Θεωρώντας εσφαλμένα πως οι Γάλλοι βρίσκονταν πέντε μέρες πιο μπροστά αντί για δύο, ο Νέλσον επέμενε στο να κινηθούν απευθείας προς την Αλεξάνδρεια χωρίς παρέκκλιση.Το βράδυ της 22ας Ιουνίου, ο στόλος του Νέλσον προσπέρασε το γαλλικό στο σκοτάδι, χωρίς να αντιληφθεί πόσο κοντά βρισκόταν ο στόχος του. Κινούμενος με μεγάλη ταχύτητα σε ευθεία διαδρομή, ο Νέλσον έφτασε στην Αλεξάνδρεια στις 28 Ιουνίου, όπου και ανακάλυψε πως οι Γάλλοι δεν ήταν εκεί. Μετά από συνάντηση με τον καχύποπτο Οθωμανό διοικητή, Σαγίντ Μουχάμαντ Κουραγίμ, ο Νέλσον διέταξε το βρετανικό στόλο να κινηθεί βόρεια μέχρι την ακτή της Ανατολίας (4 Ιουλίου), και έπειτα κινήθηκε δυτικά προς τη Σικελία. Ο Νέλσον έχασε τους Γάλλους για κάτι λιγότερο από μια μέρα — οι προπομποί του γαλλικού στόλου έφτασαν στα ανοικτά της Αλεξάνδρειας το απόγευμα της 29ης Ιουνίου.Ανησυχώντας για την παρ' ολίγον συνάντηση με τον Νέλσον, ο Βοναπάρτης διέταξε άμεση απόβαση, η οποία διεξήχθη ως αμφίβια επιχείρηση, αδέξια όμως εκτελεσμένη, με αποτέλεσμα τον πνιγμό 20 στρατιωτών. Προελαύνοντας κατά μήκος της ακτής, ο γαλλικός στρατός κατέλαβε την Αλεξάνδρεια, και έπειτα το κύριο τμήμα του στρατού οδηγήθηκε από τον Βοναπάρτη στην ενδοχώρα. Από τον ναυτικό διοικητή, αντιναύαρχο Μπρυαί ντ΄ Αιγκαλλιέ, ζητήθηκε ν΄ αγκυροβολήσει στο λιμάνι της Αλεξάνδρειας, αλλά οι ναυτικοί επιθεωρητές ανέφεραν πως ο δίαυλος του λιμανιού ήταν στενός και ρηχός για τα μεγαλύτερα πλοία του γαλλικού στόλου. Ως εκ τούτου, οι Γάλλοι επέλεξαν εναλλακτικό αγκυροβόλιο στον Κόλπο του Αμπουκίρ, 32 χιλιόμετρα βορειοανατολικά της Αλεξάνδρειας.Στο μεταξύ, ο στόλος του Νέλσον έφτασε στις Συρακούσες στις 19 Ιουλίου και εφοδιάστηκε με προμήθειες. Εκεί ο υποναύαρχος έγραψε επιστολές στις οποίες περιέγραφε τα γεγονότα των προηγούμενων μηνών: «Ένα παλιό ρητό λέει πως τα παιδιά του Διαβόλου έχουν την τύχη του Διαβόλου. Δεν μπορώ να βρω, ή αυτή τη στιγμή δεν ξέρω, πέρα από αόριστες εικασίες, πού πήγε ο γαλλικός στόλος. Όλη η κακοτυχία μου, μέχρι τώρα, συμπληρώνεται από την ανάγκη για φρεγάτες». Εν τω μεταξύ, οι Γάλλοι εξασφάλιζαν την κατοχή της Αιγύπτου με τη Μάχη των Πυραμίδων στις 21 Ιουλίου. Μέχρι τις 24 Ιουλίου, ο βρετανικός στόλος είχε ανεφοδιαστεί και, έχοντας πλέον πειστεί πως οι Γάλλοι βρίσκονταν κάπου στην Ανατολική Μεσόγειο, ο Νέλσον απέπλευσε προς την Πελοπόννησο. Στις 28 Ιουλίου, στην Κορώνη, ο Νέλσον πληροφορήθηκε τελικά τη γαλλική επίθεση στην Αίγυπτο, και στράφηκε νότια στη Μεσόγειο. Οι προπομποί του, HMS Alexander και HMS Swiftsure, εντόπισαν το γαλλικό στόλο μεταγωγικών στην Αλεξάνδρεια το απόγευμα της 1ης Αυγούστου. Όταν το λιμάνι της Αλεξάνδρειας αποδείχθηκε ανεπαρκές για το στόλο του, ο Μπρυαί συγκέντρωσε τους πλοιάρχους του και συζήτησε μαζί τους τις επιλογές τους. Ο Βοναπάρτης είχε διατάξει το στόλο του ν΄ αγκυροβολήσει στον Κόλπο του Αμπουκίρ, ένα ρηχό και εκτεθειμένο αγκυροβόλιο, αλλά συμπλήρωσε τις εντολές του με την πρόταση πως, αν ο κόλπος του Αμπουκίρ γινόταν επικίνδυνος, ο Μπρυαί θα μπορούσε να πλεύσει βορειοδυτικά προς την Κέρκυρα, αφήνοντας μόνο τα μεταγωγικά και λίγα ελαφρά πολεμικά πλοία στην Αλεξάνδρεια. Ο Μπρυαί αρνήθηκε ν΄ αποπλεύσει, θεωρώντας πως η ναυτική μοίρα του θα μπορούσε να παρέχει επαρκή υποστήριξη στα γαλλικά στρατεύματα που βρίσκονταν στην ακτή, και κάλεσε τους πλοιάρχους του στην 120 κανονιών ναυαρχίδα του Orient για να συζητήσουν την αντίδρασή τους σε περίπτωση που ο Νέλσον έβρισκε το στόλο στ΄ αγκυροβόλιο. Παρά την προφορική αντίθεση του υποδιοικητή της γαλλικής αρμάδας, υποναύαρχου Αρμάν Μπλανκέ ντυ Σεϊλά, ο οποίος επέμενε πως ο στόλος θα ήταν καλύτερο ν΄ αντιμετωπίσει τον εχθρό στην ανοικτή θάλασσα, οι υπόλοιποι πλοίαρχοι συμφώνησαν πως η αγκυροβόληση σε γραμμή μάχης εντός του κόλπου ήταν η κατάλληλη τακτική αντιμετώπισης του Νέλσον. Είναι πιθανό πως ο Βοναπάρτης θεωρούσε τον Κόλπο του Αμπουκίρ ως προσωρινό αγκυροβόλιο: στις 27 Ιουλίου εξέφρασε την προσδοκία του πως ο Μπρυαί θα είχε ήδη μεταφέρει τα πλοία του στην Αλεξάνδρεια, και τρεις μέρες αργότερα, εξέδωσε εντολές ώστε ο στόλος ν΄ αναχωρήσει για την Κέρκυρα και να προετοιμαστεί για ναυτικές επιχειρήσεις κατά των οθωμανικών επικρατειών στα Βαλκάνια. Όμως, Βεδουίνοι αντάρτες συνέλαβαν και σκότωσαν τον αγγελιοφόρο που μετέφερε τις οδηγίες. Ο Κόλπος του Αμπουκίρ είναι παράκτια εσοχή μήκους 30 χιλιομέτρων (16 ναυτικών μιλίων), που εκτείνεται από το χωριό Αμπού Κιρ (Abu Qir) στα δυτικά, μέχρι την πόλη της Ροζέτα στα ανατολικά, όπου ένας από τους κλάδους του ποταμού Νείλου καταλήγει στη Μεσόγειο. Το 1798, ο κόλπος προστατευόταν στη δυτική άκρη του από μεγάλες βραχώδεις αβαθείς θαλάσσιες εκτάσεις, που εισέρχονταν σε απόσταση 4,8 χιλιομέτρων εντός του κόλπου, από ακρωτήριο που φυλασσόταν από το Κάστρο του Αμπουκίρ. Ένα μικρό οχυρό σ΄ ένα μικρό νησί (νήσος Αμπουκίρ, μετέπειτα νήσος Νέλσον) μεταξύ των βράχων, προστάτευε τις αβαθείς περιοχές. Το οχυρό φυλασσόταν από Γάλλους στρατιώτες και ήταν εξοπλισμένο με τουλάχιστον τέσσερα κανόνια και δύο βαρέα ολμοβόλα. Ο Μπρυαί είχε αυξήσει την οχύρωση με τις βομβάρδες και τις κανονιοφόρους του, που είχαν αγκυροβολήσει μεταξύ των βράχων στα δυτικά του νησιού, σε θέση κατάλληλη ώστε να υποστηρίζουν την κεφαλή της γαλλικής γραμμής. Επιπλέον, αβαθείς περιοχές βρίσκονταν κατ' ανώμαλο τρόπο στα νότια του νησιού και εκτείνονταν στον κόλπο εντός σχεδόν ημικυκλίου, περίπου 1.150 μέτρα από την ακτή. Οι περιοχές αυτές ήταν τόσο ρηχές ώστε τα μεγάλα πολεμικά πλοία δεν μπορούσαν να περάσουν, και έτσι ο Μπρυαί διέταξε δεκατρία πλοία γραμμής να παραταχθούν σε γραμμή μάχης, ακολουθώντας τη βορειοανατολική άκρη των αβαθών περιοχών προς τη νότια πλευρά του νησιού, σε θέση που τους επέτρεπε ν΄ αποβιβάζουν προμήθειες από την αριστερή πλευρά τους, ενώ να μπορούν να καλύπτουν τις αποβάσεις με τις συστοιχίες πυροβόλων της δεξιάς τους πλευράς. Δόθηκαν εντολές σε κάθε πλοίο να προσδέσει ισχυρά σχοινιά στην πλώρη και την πρύμνη των γειτονικών πλοίων τους, τα οποία θα μετέτρεπαν αποτελεσματικά τη γραμμή σε μια μεγάλη συστοιχία-παράταξη, σχηματίζοντας ένα θεωρητικά απόρθητο εμπόδιο. Ο Μπρυαί τοποθέτησε μια δεύτερη, εσωτερική γραμμή με τέσσερις φρεγάτες, περίπου 320 μέτρα δυτικά της κυρίως γραμμής, σχεδόν στα μισά της γραμμής και των αβαθών περιοχών. Στην κορυφή της γαλλικής γραμμής βρισκόταν το Guerrier, τοποθετημένο 2.200 μέτρα νοτιοανατολικά της νήσου Αμπουκίρ και περίπου 910 μέτρα από την άκρη των υφάλων που περιέκλειαν το νησί. Η γραμμή επεκτάθηκε νοτιοανατολικά, με το κέντρο της στραμμένο προς τη θάλασσα μακριά από τους υφάλους. Τα γαλλικά πλοία είχαν κενό 150 μέτρων ανάμεσά τους, και ολόκληρη η γραμμή είχε μήκος 2.610 μέτρων, με τη ναυαρχίδα Orient στο κέντρο και δύο μεγάλα πλοία 80 κανονιών αγκυροβολημένα σε κάθε πλευρά. Το πίσω τμήμα της γραμμής ήταν υπό τη διοίκηση του υποναύαρχου Πιερ-Σαρλ Βιλνέβ στο πλοίο Guillaume Tell.Παρατάσσοντας τα πλοία του κατ' αυτό τον τρόπο, ο Μπρυαί ήλπιζε πως οι Βρετανοί θα κινούνταν προς τους υφάλους για να επιτεθούν προς το ισχυρό κέντρο του και την πίσω γραμμή, επιτρέποντας στην κορυφή του να χρησιμοποιήσει το βορειοανατολικό άνεμο που επικρατούσε για ν΄ αντεπιτεθεί στους Βρετανούς όταν αυτοί θα εμπλέκονταν στη ναυμαχία. Ωστόσο, πραγματοποίησε μια εσφαλμένη κίνηση: άφησε αρκετό χώρο για ένα εχθρικό πλοίο μεταξύ του Guerrier και των υφάλων, ώστε αυτό να περάσει την κεφαλή της γαλλικής γραμμής και να συνεχίσει διαμέσου των αβαθών και των γαλλικών πλοίων, αφήνοντας την ανυποστήρικτη εμπροσθοφυλακή να βρεθεί εντός διασταυρούμενων πυρών από δύο τμήματα εχθρικών πλοίων. Παραβλέποντας αυτό το λάθος, οι Γάλλοι προετοίμασαν τα πλοία τους για μάχη μόνο από τη δεξιά (προς τη θάλασσα) πλευρά, από την οποία ανέμεναν τον εχθρό. Η άλλη πλευρά ήταν ανέτοιμη. Οι χώροι τοποθέτησης του οπλισμού της πλευράς αυτής ήταν κλειστοί, και τα καταστρώματα δεν είχαν καθαριστεί, με διάφορα αντικείμενα να εμποδίζουν την πρόσβαση στα κανόνια. Οι διατάξεις του Μπρυαί είχαν και ένα δεύτερο σημαντικό ελάττωμα: Το κενό ανάμεσα στα πλοία ήταν αρκετά μεγάλο για ένα βρετανικό πλοίο, ώστε αυτό να περάσει διαμέσου αυτού και να διασπάσει τη γαλλική γραμμή. Επιπλέον, δεν ακολούθησαν όλοι οι πλοίαρχοι τη διαταγή του Μπρυαί για να τοποθετήσουν σχοινιά στην πλώρη και την πρύμνη των διπλανών πλοίων τους, κάτι που θα απέτρεπε τέτοιου είδους ελιγμό. Το πρόβλημα επιδεινώθηκε με τις διαταγές τα πλοία να ρίξουν άγκυρα μόνο στην πλώρη, κάτι που επέτρεπε την κίνηση των πλοίων με τον αέρα και μεγάλωνε τα κενά μεταξύ τους. Επίσης δημιούργησε περιοχές στις οποίες η γαλλική γραμμή δεν καλυπτόταν από τις πλευρές κανενός πλοίου. Τα βρετανικά σκάφη θα αγκυροβολούσαν στα κενά αυτά για να εμπλακούν με τους Γάλλους, χωρίς να λάβουν απόκριση. Επιπροσθέτως, η παράταξη του στόλου του Μπρυαί δεν έδωσε τη δυνατότητα για αποτελεσματική υποστήριξη της εμπροσθοφυλακής, λόγω των ανέμων που επικρατούσαν.Ένα πιο πιεστικό πρόβλημα για τον Μπρυαί ήταν η έλλειψη τροφής και νερού για το στόλο: Ο Βοναπάρτης είχε ξεφορτώσει σχεδόν όλες τις προμήθειες που μεταφέρθηκαν με τα πλοία, ενώ δεν υπήρχε τροφοδοσία από τη στεριά. Για να λύσει το πρόβλημα αυτό, ο Μπρυαί έστειλε ομάδες 25 ατόμων από κάθε πλοίο κατά μήκος της ακτής για την αναζήτηση τροφής, σκάψιμο πηγαδιών και συλλογή νερού. Οι συνεχείς επιθέσεις από Βεδουίνους αντάρτες όμως, δημιούργησαν την ανάγκη ύπαρξης συνοδειών βαριά οπλισμένων φρουρών σε κάθε ομάδα. Ως εκ τούτου, περίπου το ένα τρίτο των ναυτών του στόλου βρισκόταν μακριά από τα πλοία κάθε φορά. Ο Μπρυαί έγραψε επιστολή στην οποία περιέγραφε την κατάσταση στον Υπουργό Ναυτικών Ετιέν Εστάς Μπρυί, αναφέροντας πως «Τα πληρώματα μας είναι αδύναμα, τόσο σε αριθμό όσο και σε ποιότητα. Ο εξοπλισμός μας, γενικά, χρειάζεται επισκευή, και είμαι σίγουρος πως απαιτείται αρκετή ανδρεία ν΄ αναλάβεις τη διοίκηση ενός στόλου εξοπλισμένου με τέτοια εργαλεία». Αν και αρχικά απογοητεύθηκε διαπιστώνοντας ότι το κύριο τμήμα του γαλλικού στόλου δε βρισκόταν στην Αλεξάνδρεια, ο Νέλσον γνώριζε -λόγω της παρουσίας των μεταγωγικών- ότι οι Γάλλοι ήταν κάπου κοντά. Στις 14:00 της 1ης Αυγούστου, παρατηρητές του HMS Zealous ενημέρωσαν το HMS Goliath πως οι Γάλλοι είχαν αγκυροβολήσει στον Κόλπο του Αμπουκίρ, αλλά έκαναν λόγο για 16 γαλλικά πλοία γραμμής αντί για 13. Την ίδια στιγμή, Γάλλοι παρατηρητές επί του Heureux, του ένατου πλοίου της γαλλικής γραμμής, είδαν το βρετανικό στόλο σε απόσταση περίπου εννέα ναυτικών μιλίων ανοικτά του Κόλπου του Αμπουκίρ. Οι Γάλλοι ανέφεραν αρχικά 11 βρετανικά πλοία, γιατί τα Swiftsure και Alexander επέστρεφαν ακόμη από τις επιχειρήσεις κατόπτευσης στην Αλεξάνδρεια, και έτσι βρίσκονταν 3 ναυτικά μίλια δυτικά του κύριου στόλου, εκτός οπτικού πεδίου. Το πλοίο του Τρούμπριτζ, το HMS Culloden, βρισκόταν επίσης σε απόσταση από το κύριο σώμα, ρυμουλκώντας ένα αιχμαλωτισμένο εμπορικό πλοίο. Μόλις αντίκρυσε τους Γάλλους, ο Τρούμπριτζ εγκατέλειψε το σκάφος και έκανε έντονες προσπάθειες να πλησιάσει τον Νέλσον. Λόγω της ανάγκης για πολλούς ναύτες στην ακτή, ο Μπρυαί δεν είχε παρατάξει κάποιο από τα ελαφρά πολεμικά του πλοία ως ανιχνευτικό, γεγονός που του στέρησε τη δυνατότητα ν΄ αντιδράσει άμεσα στην ξαφνική εμφάνιση των Βρετανών.Όταν τα πλοία του ετοιμάστηκαν για μάχη, ο Μπρυαί διέταξε τους πλοιάρχους του να συγκεντρωθούν για σύσκεψη στο Orient, και κάλεσε βιαστικά τις χερσαίες ομάδες του, αν και οι περισσότερες δεν είχαν επιστρέψει μέχρι την αρχή της ναυμαχίας. Για να τις αντικαταστήσει, μετέφερε μεγάλο αριθμό ανδρών από τις φρεγάτες τοποθετώντας τους στα πλοία γραμμής. Ο Μπρυαί ήλπιζε επίσης πως θα παρέσυρε το βρετανικό στόλο στα αβαθή ύδατα της νήσου Αμπουκίρ, στέλνοντας τα μπρίκια Alerte και Railleur για να λειτουργήσουν ως δολώματα. Μέχρι τις 16:00, τα πλοία Alexander και Swiftsure βρίσκονταν επίσης εντός οπτικού πεδίου, αν και ναυλοχούσαν σε απόσταση από τον κύριο βρετανικό στόλο. Ο Μπρυαί έδωσε εντολή να εγκαταλειφθεί το σχέδιο παραμονής σε αγκυροβόλιο και ν΄ αρχίσει η κίνηση της γραμμής του στόλου. Ο Μπλανκέ διαμαρτυρήθηκε λόγω της μη ύπαρξης αρκετών ανδρών επί των γαλλικών πλοίων, τόσο για την κίνησή τους όσο και για τον χειρισμό των κανονιών. Ο Νέλσον διέταξε τα πλοία οδηγούς του να επιβραδύνουν, ώστε να επιτρέψουν στο βρετανικό στόλο να πλησιάσει με πιο οργανωμένο σχεδιασμό. Αυτό έπεισε τον Μπρυαί πως αντί για το ρίσκο μιας νυχτερινής ναυμαχίας σε άγνωστα ύδατα, οι Βρετανοί σχεδίαζαν ν΄ αναμείνουν μέχρι την επόμενη μέρα. Έτσι, ανακάλεσε την εντολή του για ν΄ αποχωρήσουν από τον κόλπο. Ο Μπρυαί ήλπιζε πως η καθυστέρηση θα του επέτρεπε να ξεφύγει από τους Βρετανούς κατά τη διάρκεια της νύχτας, και έτσι θ΄ ακολουθούσε τις διαταγές του Βοναπάρτη ώστε να μην εμπλακεί με το βρετανικό στόλο αν αυτό ήταν δυνατό.Ο Νέλσον διέταξε την επιβράδυνση του στόλου του στις 16:00, ώστε τα πλοία του να μπορέσουν να τοποθετήσουν «ελατήρια» στις αλυσίδες των αγκυρών τους. Επρόκειτο για σύστημα το οποίο τοποθετούταν στην άγκυρα της πλώρης, και το οποίο αύξανε τη σταθερότητα και επέτρεπε στα πλοία να περιστρέψουν τις πλευρές τους ώστε ν΄ αντιμετωπίσουν τον εχθρό τους ενώ βρίσκονται ακινητοποιημένα. Επίσης αύξανε τη δυνατότητα ελιγμών και έτσι μείωνε το ενδεχόμενο να πιάσουν φωτιά. Το σχέδιο του Νέλσον, που αποφασίστηκε μετά από συζήτηση με τους κυριότερους πλοιάρχους του κατά την επιστροφή από την Αλεξάνδρεια, ήταν να πλεύσουν κατά του γαλλικού στόλου και να περάσουν την εξωτερική πλευρά της εμπροσθοφυλακής και του κέντρου της γαλλικής γραμμής, ώστε κάθε γαλλικό πλοίο ν΄ αντιμετωπίζει δύο βρετανικά πλοία, και το μεγάλο Orient ν΄ αντιμετωπίσει τρία. Η διεύθυνση του ανέμου σήμαινε πως το πίσω τμήμα των Γάλλων δε θα μπορούσε να συμμετέχει με ευκολία στη ναυμαχία και θ΄ αποκοβόταν από τα μπροστινά τμήματα της γραμμής. Για να εξασφαλίσει πως κατά τη διάρκεια της νύχτας και εν μέσω των καπνών, τα πλοία του δε θα άνοιγαν πυρ το ένα στο άλλο, ο Νέλσον διέταξε κάθε πλοίο να τοποθετήσει τέσσερα οριζόντια φώτα στην κεφαλή του ιστού (κατάρτι) της πρύμνης και ν΄ ανυψώσει ένα λευκό σήμα, το οποίο ήταν αρκετά διαφορετικό από την τρίχρωμη γαλλική σημαία, ώστε να μην υπάρχει σύγχυση λόγω της χαμηλής ορατότητας. Έτσι μειώθηκε ο κίνδυνος βρετανικά πλοία ν΄ ανοίξουν πυρ το ένα στο άλλο κατά τη διάρκεια της νύχτας. Ενώ το πλοίο του είχε προετοιμαστεί για τη ναυμαχία, ο Νέλσον παρέθεσε το προ της μάχης δείπνο στους αξιωματικούς του Vanguard, και είπε : «Αυτή την ώρα αύριο θα έχω αποκτήσει τίτλο ευγενείας ή θέση στο Αββαείο του Ουέστμινστερ», αναφερόμενος σε βραβεύσεις για τη νίκη του ή το παραδοσιακό σημείο ταφής των Βρετανών στρατιωτικών ηρώων. Λίγο μετά την ακύρωση της διαταγής για τον απόπλου των Γάλλων, ο βρετανικός στόλος άρχισε να πλησιάζει όλο και γρηγορότερα. Ο Μπρυαί, που κατάλαβε πλέον ότι θα δεχθεί επίθεση κατά τη νύχτα, διέταξε κάθε πλοίο του να τοποθετήσει επίσης "ελατήρια" στις αλυσίδες των αγκυρών του, και προετοιμάστηκε για μάχη. Έστειλε το Alerte μπροστά, το οποίο πέρασε κοντά από τη βρετανική εμπροσθοφυλακή και έπειτα έστριψε δυτικά προς τα αβαθή ύδατα, με την ελπίδα πως τα πλοία γραμμής θα το ακολουθούσαν και θα παγιδεύονταν. Κανένας από τους πλοιάρχους του Νέλσον δεν ξεγελάστηκε και ο βρετανικός στόλος συνέχισε απτόητος. Στις 17:30, ο Νέλσον έριξε στη μάχη ένα από τα δύο πλοία της εμπροσθοφυλακής, το HMS Zealous με κυβερνήτη τον σερ Σάμιουελ Χουντ, το οποίο μαζί με το Goliath συναγωνίζονταν για το ποιο θα βρεθεί πρώτο στη γραμμή πυρός κατά των Γάλλων. Ο Νέλσον διέταξε τον Χουντ να βρει την ασφαλέστερη διαδρομή προς το λιμάνι. Οι Βρετανοί δεν διέθεταν χάρτες για το βάθος και τη μορφή του κόλπου, εκτός από έναν πρόχειρο χάρτη που είχε αποκτήσει το Swiftsure από πλοίαρχο εμπορικού πλοίου, ένα μη ακριβή βρετανικό άτλαντα στο Zealous, και ένα γαλλικό χάρτη 35 χρόνων στο πλοίο Goliath. Ο Χουντ αποκρίθηκε πως θα πραγματοποιούσε προσεκτικές βυθομετρήσεις καθώς προχωρούσε, για να ελέγξει το βάθος του νερού, και πως, «αν μου επιτρέψετε την τιμή να σας καθοδηγήσω στη ναυμαχία, θα διατηρήσω το προβάδισμα». Λίγο μετά, ο Νέλσον σταμάτησε για να συνομιλήσει με το μπρίκι HMS Mutine, του οποίου ο διοικητής, ο υποπλοίαρχος σερ Τόμας Χάρντυ είχε συλλάβει πλοηγούς από ένα μικρό αλεξανδρινό σκάφος. Όταν το Vanguard σταμάτησε, τα υπόλοιπα πλοία επιβράδυναν. Αυτό προκάλεσε τη δημιουργία κενού μεταξύ του Zealous και Goliath με τον υπόλοιπο στόλο. Για ν΄ αντιμετωπίσει το γεγονός αυτό, ο Νέλσον διέταξε το HMS Theseus με πλοίαρχο τον Ραλφ Μίλερ να προσπεράσει τη ναυαρχίδα και να ενωθεί με τα Zealous και Goliath στην εμπροσθοφυλακή. Μέχρι τις 18:00, ο βρετανικός στόλος έπλεε και πάλι πλήρης, με το Vanguard να είναι έκτο στη γραμμή των δέκα πλοίων, καθώς το Culloden ακολουθούσε βόρεια, και τα Alexander και Swiftsure έσπευδαν για να ενωθούν με το στόλο από τα δυτικά. Μετά την ταχεία αλλαγή από χαλαρό σχηματισμό σε άκαμπτη γραμμή μάχης, και οι δύο στόλοι ανύψωσαν τις σημαίες τους. Κάθε βρετανικό πλοίο προσέθεσε επιπλέον σημαίες στα κατάρτια του σε περίπτωση που η κύρια σημαία χανόταν. Στις 18:20, καθώς τα Goliath και Zealous κινούνταν τάχιστα προς αυτά, τα μπροστινά γαλλικά πλοία Guerrier και Conquérant άνοιξαν πυρ. Δέκα λεπτά αφότου οι Γάλλοι άνοιξαν πυρ, το Goliath, αγνοώντας τα πυρά στη δεξιά πλευρά του από το οχυρό και από το Guerrier στο λιμάνι, των οποίων οι περισσότερες βολές ήταν σε μεγάλο ύψος για ν΄ ανησυχήσουν το πλοίο, διαπέρασε την κεφαλή της γαλλικής γραμμής. Ο πλοίαρχος του Goliath, Τόμας Φόλεϊ παρατήρησε, καθώς πλησίαζε, πως υπήρχε ένα απρόβλεπτο κενό μεταξύ του Guerrier και του υφάλου. Με δική του πρωτοβουλία, ο Φόλεϊ αποφάσισε να εκμεταλλευτεί το λάθος τακτικής και άλλαξε τη γωνία προσέγγισής του για να πλεύσει διαμέσου του κενού. Καθώς η πλώρη του Guerrier βρισκόταν εντός εμβέλειας, το Goliath άνοιξε πυρ, προκαλώντας σοβαρές καταστροφές μέσω διπλής ομοβροντίας, καθώς το βρετανικό πλοίο έστριψε την αριστερή πλευρά του και πέρασε από την απροετοίμαστη αριστερή πλευρά του Guerrier. Οι Βασιλικοί Πεζοναύτες του Φόλεϊ και λόχος Αυστριακών γρεναδιέρων άρχισαν να πυροβολούν με τα μουσκέτα τους. Ο Φόλεϊ σκόπευε ν΄ αγκυροβολήσει κατά μήκος του γαλλικού πλοίου και να εμπλακεί στενά μαζί του, αλλά χρειάστηκε αρκετός χρόνος για να κατεβάσει την άγκυρά του, και έτσι προσπέρασε τελείως το Guerrier. Το Goliath τελικά σταμάτησε κοντά στην πρύμνη του Conquérant, ανοίγοντας πυρ προς άλλα εχθρικά πλοία και κάνοντας χρήση των αχρησιμοποίητων ακόμη κανονιών στη δεξιά πλευρά του για ν΄ ανταλλάξει περιστασιακά πυρά με τη φρεγάτα Sérieuse και να βομβαρδίσει το σκάφος Hercule, το οποίο ήταν αγκυροβολημένο παράκτια στη γραμμή μάχης.Την επίθεση του Φόλεϊ ακολούθησε ο Χουντ με το πλοίο Zealous, ο οποίος διαπέρασε επίσης τη γαλλική γραμμή και αγκυροβόλησε επιτυχώς δίπλα από το Guerrier, εκεί όπου σκόπευε αρχικώς να σταθμεύσει ο Φόλεϊ, ερχόμενος σε συμπλοκή με την πλώρη του πλοίου από κοντινή απόσταση. Εντός πέντε λεπτών έπεσε ο πρωραίος ιστός του Guerrier, κάτι που είχε ως αποτέλεσμα τις επιδοκιμασίες των πληρωμάτων των υπόλοιπων βρετανικών πλοίων. Η ταχύτητα της βρετανικής επίθεσης ξάφνιασε τους Γάλλους πλοιάρχους. Όταν ξεκίνησε η μάχη, βρίσκονταν ακόμη σε σύσκεψη με τον αντιναύαρχο Μπρυαί επί του Orient. Ρίχνοντας βιαστικά τις λέμβους τους, επέστρεψαν στα σκάφη τους. Ο πλοίαρχος Ζαν-Φρανσουά-Τιμοτέ Τρυλλέ του Guerrier φώναζε τις εντολές του από τη φορτηγίδα του, ώστε οι άνδρες του ν΄ ανταποδώσουν τα πυρά στο Zealous.Το τρίτο βρετανικό πλοίο που μπήκε στη μάχη ήταν το HMS Orion του πλοιάρχου σερ Τζέιμς Σωμαρέζ, το οποίο παρέκαμψε τη συμπλοκή στην κεφαλή της γραμμής μάχης και διαπέρασε την κύρια γαλλική γραμμή, καθώς και τις φρεγάτες που βρίσκονταν πιο κοντά στην ακτή. Μόλις το έπραξε αυτό, η φρεγάτα Sérieuse άνοιξε πυρ κατά του Orion, τραυματίζοντας δύο άνδρες. Η ναυτική τακτική της εποχής υπαγόρευε πως τα πλοία γραμμής δεν επιτίθενται σε φρεγάτες, όταν βρίσκονται κοντά πλοία ιδίου μεγέθους ώστε να συμπλακούν, αλλά έχοντας δεχθεί πρώτος τα πυρά του Γάλλου πλοιάρχου Κλωντ-Ζαν Μαρτέν, ο Σωμαρέζ αγνόησε τον κανονισμό αυτό. Περίμενε μέχρι η φρεγάτα να πλησιάσει προτού απαντήσει. Το Orion χρειαζόταν μόνο ένα πλευρικό χτύπημα για να βυθίσει τη φρεγάτα, αλλά το πλοίο του Μαρτέν απομακρύνθηκε προς τους υφάλους. Κατά τη διάρκεια της καθυστέρησης που προκάλεσε αυτή η παράκαμψη, δύο ακόμη βρετανικά πλοία εισχώρησαν στη ναυμαχία: Το πρώτο, το ΗΜS Theseus, που χαρακτηριζόταν ως πλοίο πρώτης τάξης,, ακολούθησε την πορεία του Φόλεϊ προς την πλώρη του Guerrier. Ο πλοίαρχός του, Μίλερ, έστριψε το πλοίο του ανάμεσα στα αγκυροβολημένα βρετανικά και γαλλικά πλοία, μέχρι που αντιμετώπισε το τρίτο γαλλικό πλοίο, Spartiate. Αγκυροβολώντας προς την αριστερή πλευρά, το πλοίο του Μίλερ άνοιξε πυρ από κοντινή απόσταση. Το δεύτερο πλοίο, το HMS Audacious του πλοίαρχου Ντάβιτζ Γκουλντ, διαπέρασε τη γαλλική γραμμή ανάμεσα από τα Guerrier και Conquérant, αγκυροβολώντας ανάμεσά τους και ανοίγοντας πυρ προς αμφότερα. Το Orion τότε συμμετείχε ξανά στη μάχη πολύ πιο νότια απ΄ ότι αναμενόταν, ανοίγοντας πυρ κατά του πέμπτου γαλλικού πλοίου, Peuple Souverain, και της ναυαρχίδας του Μπλανκέ, Franklin.Τα επόμενα τρία βρετανικά πλοία, με το Vanguard στην κορυφή, ακολουθούμενο από τα HMS Minotaur και HMS Defence, παρέμειναν σε σχηματισμό γραμμής μάχης και αγκυροβόλησαν με τη δεξιά πλευρά τους προς τη γαλλική γραμμή στις 18:40. Ο Νέλσον εστίασε τα πυρά της ναυαρχίδας του στο Spartiate, ενώ ο πλοίαρχος Τόμας Λούις του Minotaur επιτέθηκε κατά του μη εμπλεκόμενου Aquilon, και ο πλοίαρχος Τζον Πέιτον του Defence προχώρησε σε επίθεση κατά του Peuple Souverain. Με τη γαλλική εμπροσθοφυλακή να έχει συρρικνωθεί σε μεγάλο βαθμό, τα επόμενα βρετανικά πλοία, HMS Bellerophon και HMS Majestic, πέρασαν το σημείο της συμπλοκής και προχώρησαν στο γαλλικό κέντρο που δεν είχε εμπλακεί ακόμη. Και τα δύο πλοία άρχισαν ν΄ αντιμετωπίζουν εχθρούς πολύ ισχυρότερους από αυτά και υπέστησαν σοβαρές ζημιές. Ο πλοίαρχος Χένρυ Ντάρμπυ του Bellerophon έχασε το προσχεδιασμένο αγκυροβόλιό του κοντά στο Franklin, και αντ' αυτού βρέθηκε κάτω από την κύρια συστοιχία της γαλλικής ναυαρχίδας. Ο πλοίαρχος Τζορτζ Μπλάγκντον Ουέστκοτ του Majestic έχασε τον χώρο αγκυροβολίου του και σχεδόν συγκρούστηκε με το Heureux, ενώ δεχόταν και ισχυρά πυρά από το γαλλικό σκάφος Tonnant. Μη μπορώντας να σταματήσει εκείνη την ώρα, το εμπρόσθιο ιστίο του πλοίου του Ουέστκοτ μπλέχθηκε με το πανί του Tonnant.Οι Γάλλοι υπέφεραν και αυτοί. Ο αντιναύαρχος Μπρυαί επί του Orient τραυματίστηκε σοβαρά στο πρόσωπο και το χέρι από θραύσματα κατά την εναρκτήρια ανταλλαγή πυρών με το Bellerophon. Το τελευταίο πλοίο της βρετανικής γραμμής, το Culloden του Τρούμπριτζ, έπλεε πολύ κοντά στο νησί Αμπουκίρ ενώ έπεφτε το σκοτάδι, και γρήγορα κόλλησε στον ύφαλο. Παρά τις εντατικές προσπάθειες από τις λέμβους του Culloden, του μπρικιού Mutine και του δύναμης 50 κανονιών HMS Leander του πλοιάρχου Τόμας Τόμπσον, το πλοίο γραμμής δεν μπορούσε να μετακινηθεί, ενώ τα κύματα το έσπρωχναν ολοένα και περισσότερο προς τον ύφαλο, προκαλώντας σοβαρές ζημιές στο κύτος του. Στις 19:00 άναψαν τα φώτα αναγνώρισης στους πρυμναίους ιστούς του βρετανικού στόλου. Μέχρι αυτή την ώρα, το Guerrier είχε χάσει τελείως τους ιστούς του και υποστεί σοβαρές φθορές. Εν αντιθέσει, το Zealous ίσα που είχε πληγεί: ο Χουντ είχε τοποθετήσει το Zealous έξω από την ακτίνα βολής των γαλλικών πλοίων, και σε κάθε περίπτωση το Guerrier δεν ήταν προετοιμασμένο για συμπλοκή και από τις δύο πλευρές ταυτόχρονα, με τα αριστερά κανόνια του να είναι αποκλεισμένα από προμήθειες πυρομαχικών. Αν και το πλοίο του ήταν ένα ερείπιο, το πλήρωμα του Guerrier αρνήθηκε να παραδοθεί, συνεχίζοντας να βάλλει με τα ελάχιστα λειτουργικά του κανόνια προς οποιαδήποτε κατεύθυνση, παρά τα πυρά από το Zealous. Εκτός από τα πυρά των κανονιών του, ο Χουντ κάλεσε τους πεζοναύτες του και τους διέταξε να βάλλουν κατά ριπάς με τα μουσκέτα τους στο κατάστρωμα του γαλλικού πλοίου, με αποτέλεσμα το πλήρωμα του Guerrier να χάσει το οπτικό του πεδίο από τους καπνούς, ωστόσο ο πλοίαρχος Τρυλλέ δεν παραδόθηκε. Μόνο στις 21:00, όταν ο Χουντ έστειλε μια μικρή λέμβο στο Guerrier με ένα άγημα, το γαλλικό πλοίο παραδόθηκε. Το Conquérant ηττήθηκε γρηγορότερα, μετά από βαρέα πυρά από παραπλέοντα βρετανικά πλοία και τις κοντινές πλεύσεις των Audacious και Goliath, τα οποία κατέρριψαν και τα τρία ιστία του πριν τις 19:00. Με το πλοίο του ακίνητο και σοβαρά κατεστραμμένο, ο θανάσιμα τραυματισμένος πλοίαρχος Ετιέν Νταλμπαράντ κατέβασε τις σημαίες του και ομάδα επιβίβασης ανέλαβε τον έλεγχο του πλοίου. Εν αντιθέσει με το Zealous, αυτά τα βρετανικά πλοία υπέστησαν σχετικά σοβαρές ζημιές κατά τη συμπλοκή. Το Goliath έχασε το μεγαλύτερο μέρος των σχοινιών του, υπέστη ζημιές στα τρία ιστία του, καθώς και πάνω από 60 απώλειες ανδρών. Με τους εχθρούς του ηττημένους, ο πλοίαρχος Γκουλντ επί του Audacious χρησιμοποίησε το "ελατήριο" στα σχοινιά του για ν΄ αλλάξει τη γωνία του σκάφους και ν΄ ανταλλάξει πυρά με το Spartiate, το επόμενο γαλλικό πλοίο στη γραμμή. Στη δυτική πλευρά της μάχης το σφυροκοπημένο Sérieuse βυθίστηκε στον ύφαλο. Τα ιστία του προεξείχαν από το νερό και οι επιζώντες σκαρφάλωσαν στις λέμβους και κινήθηκαν προς την ακτή. Η περιστροφή της πλευράς του Audacious προς το Spartiate σήμαινε πως ο πλοίαρχος Μαξίμ Ζυλιέν Εμεριώ ντε Μπωβερζέ είχε ν΄ αντιμετωπίσει τρία εχθρικά πλοία. Μέσα σε λίγα λεπτά και τα τρία ιστία του πλοίου είχαν καταπέσει, αλλά η μάχη γύρω από το Spartiate συνεχίστηκε μέχρι τις 21:00, όταν ο σοβαρά τραυματισμένος Εμεριώ κατέβασε τις σημαίες. Αν και το Spartiate είχε υποστεί καταστροφές, υποστηριζόταν από το επόμενο στην γραμμή, το Aquilon, που ήταν το μοναδικό πλοίο της γαλλικής μοίρας εμπροσθοφυλακής που αντιμετώπιζε μόνον έναν εχθρό, το Minotaur. Ο πλοίαρχος του Aquilon, Αντουάν Ρενέ Τεβενάρ, χρησιμοποίησε "ελατήριο" στην άγκυρά του για ν΄ αλλάξει τη γωνία της πλευράς του ώστε να θέσει πυρ προς την πρύμνη της ναυαρχίδας του Νέλσον, η οποία στη συνέχεια υπέστη πάνω από 100 απώλειες, συμπεριλαμβανομένου του υποναυάρχου Νέλσον. Περίπου στις 20:30, ένα μεταλλικό θραύσμα βλήματος από το Spartiate χτύπησε τον Νέλσον στο τυφλωμένο δεξί του μάτι. Το τραύμα προκάλεσε την αποκόλληση ενός τμήματος του δέρματος από το πρόσωπό του, τυφλώνοντας τον ολικά για λίγο. Ο Νέλσον κατέρρευσε στα χέρια του πλοιάρχου Έντουαρντ Μπέρρυ και μεταφέρθηκε στα καρέ των αξιωματικών. Όντας βέβαιος πως το τραύμα του ήταν θανάσιμο, ξεφώνισε: «Σκοτώθηκα, μνημονεύστε με στη σύζυγό μου», και ζήτησε τον εφημέριό του, Στίβεν Κόμυν. Το τραύμα εξετάστηκε άμεσα από τον χειρουργό του Vanguard, Μάικλ Τζέφφερσον, ο οποίος τον ενημέρωσε πως επρόκειτο απλά για μια επιφανειακή πληγή, και κόλλησε το δέρμα του. Ο Νέλσον στη συνέχεια αγνόησε τις οδηγίες του Τζέφφερσον να ξεκουραστεί, επιστρέφοντας στο κατάστρωμα της πρύμνης λίγο πριν την έκρηξη στο Orient, για να παρακολουθήσει τα τελικά στάδια της ναυμαχίας. Αν και ο ελιγμός του Τεβενάρ ήταν επιτυχής, έθεσε την πρύμνη του στο πεδίο βολής των κανονιών του Minotaur και μέχρι τις 21:25 το γαλλικό πλοίο έχασε τα ιστία του και συνετρίβη, ο πλοίαρχος Τεβενάρ σκοτώθηκε και οι κατώτεροι αξιωματικοί του αναγκάστηκαν να παραδοθούν. Με τους εχθρούς του ηττημένους, ο πλοίαρχος Τόμας Λούις μετακίνησε το Minotaur νότια για να επιτεθεί στο Franklin. Τα Defence και Orion επιτέθηκαν στο πέμπτο γαλλικό πλοίο, Peuple Souverain, ένα από κάθε πλευρά, και έτσι το πλοίο έχασε γρήγορα το μπροστινό και τα κύρια κατάρτια του. Στο Orion, μια ξύλινη σανίδα κόπηκε από ένα κατάρτι, σκοτώνοντας δύο άνδρες προτού τραυματίσει τον πλοίαρχο Σωμαρέζ στο μηρό. Στο Peuple Souverain, ο πλοίαρχος Πιερ-Πωλ Ρακκόρ τραυματίστηκε σοβαρά και διέταξε το κόψιμο της άγκυρας του πλοίου σε μια προσπάθεια ν΄ αποφύγει το βομβαρδισμό. Το Peuple Souverain παρασύρθηκε νότια προς τη ναυαρχίδα Orient, η οποία κατά λάθος άνοιξε πυρ κατά του σκοτεινού σκάφους. Τα Orion και Defence δεν μπόρεσαν ν΄ ακολουθήσουν αμέσως. Το Defence έχασε το μπροστινό κύριο ιστίο του και ένα αυτοσχέδιο πυρπολικό πέρασε δίπλα από το Orion. Η προέλευση αυτού του σκάφους, μιας λέμβου φορτωμένης με εξαιρετικά εύφλεκτα υλικά, είναι άγνωστη, αλλά ενδεχομένως είχε αφεθεί από το Guerrier στην έναρξη της ναυμαχίας. Το Peuple Souverain αγκυροβόλησε κοντά στο Orient, αλλά δε συμμετείχε στη μάχη. Το ερειπωμένο πλοίο παραδόθηκε κατά τη διάρκεια της νύχτας. Το Franklin παρέμεινε στη μάχη, αλλά ο Μπλανκέ υπέφερε από τραύμα στο κεφάλι, και ο πλοίαρχος Ζιλλέ μεταφέρθηκε αναίσθητος με σοβαρά τραύματα. Λίγο μετά, ξέσπασε φωτιά στο πρυμναίο κατάστρωμα όταν εξερράγη η αποθήκη των όπλων, αλλά τελικά κατασβέστηκε, αν και με δυσκολία, από το πλήρωμα.Στη νότια πλευρά, το HMS Bellerophon βρισκόταν σε δύσκολη κατάσταση καθώς το μεγάλο Orient το σφυροκοπούσε. Στις 19:50, τόσο το πρυμναίο όσο και το κύριο ιστίο κατέρρευσαν και ξέσπασε φωτιά σε πολλά σημεία ταυτόχρονα. Αν και οι φλόγες κατασβέστηκαν, το πλοίο υπέστη πάνω από 200 απώλειες. Ο πλοίαρχος Ντάρμπυ αναγνώρισε πως η θέση του ήταν άνευ υποστήριξης και έτσι διέταξε το κόψιμο των αγκυρών στις 20:20. Το σφυροκοπημένο πλοίο παρασύρθηκε μακριά από το χώρο της ναυμαχίας υπό τα συνεχιζόμενα πυρά του Tonnant, καθώς το εμπρόσθιο ιστίο επίσης κατέρρεε. Το Orient υπέστη επίσης σοβαρές καταστροφές και ο ναύαρχος Μπρυαί χτυπήθηκε στο στομάχι από κανονιοβολισμό, που σχεδόν τον έκοψε στη μέση. Απεβίωσε 15 λεπτά αργότερα, παραμένοντας στο κατάστρωμα και αρνούμενος να μεταφερθεί στα καρέ των αξιωματικών. Ο πλοίαρχος του Orient, ο κορσικανικής καταγωγής Λυκ-Ζυλιέν-Ζοζέφ Καζαμπιάνκα, ο οποίος επίσης τραυματίστηκε, χτυπήθηκε στο πρόσωπο από ιπτάμενα συντρίμμια και έχασε τις αισθήσεις του, ενώ ο 12χρονος γιος του έσπασε το πόδι του από κανονιοβολισμό ενώ στεκόταν δίπλα στον πατέρα του. Το πιο νότιο βρετανικό πλοίο, το Majestic, ενεπλάκη για σύντομο διάστημα με το 80 κανονιών Tonnant, και υπέστη σοβαρές απώλειες. Ο πλοίαρχος Τζορτζ Μπλάγκντον Ουέστκοτ ήταν μεταξύ των νεκρών, χτυπημένος από γαλλικά πυρά μουσκέτων. Ο υποπλοίαρχος Ρόμπερτ Κάθμπερτ ανέλαβε το πλοίο καταφέροντας να το απεμπλέξει, δίνοντας τη δυνατότητα στο σοβαρά κατεστραμμένο Majestic να παρασυρθεί κι άλλο νότια, ώστε στις 20:30 να βρεθεί ανάμεσα στο Tonnant και το επόμενο στη γραμμή Heureux, ερχόμενο σε εμπλοκή και με τα δύο. Για την υποστήριξη του κέντρου, ο πλοίαρχος Τόμπσον του Leander εγκατέλειψε τις μάταιες προσπάθειες να τραβήξει το απομεμονωμένο Culloden από τον ύφαλο, και κινήθηκε νότια στην οχυρωμένη γαλλική γραμμή, περνώντας από το κενό που δημιουργήθηκε από το παρασυρόμενο Peuple Souverain και ανοίγοντας πυρ κατά των Franklin και Orient.Ενώ η ναυμαχία μαινόταν στον κόλπο, τα δύο αποκομμένα βρετανικά πλοία έκαναν εντατικές προσπάθειες να εισχωρήσουν στη συμπλοκή, εστιάζοντας στις λάμψεις των πυροβολισμών στο σκοτάδι. Έχοντας προειδοποιηθεί για τα αβαθή ύδατα από το ακινητοποιημένο Culloden, ο πλοίαρχος Μπέντζαμιν Χάλοουελ του Swiftsure πέρασε στη μάχη από την κεφαλή της γραμμής και στόχευσε το πλοίο του στο γαλλικό κέντρο. Λίγο μετά τις 20:00, ένα σκάφος χωρίς ιστία εντοπίστηκε να παρασύρεται μπροστά από το Swiftsure και αρχικά ο Χάλοουελ διέταξε τους άνδρες του ν΄ ανοίξουν πυρ, προτού ανακαλέσει τη διαταγή του, ανησυχώντας για την ταυτότητα του άγνωστου σκάφους. Ζητωκραυγάζοντας για το κατεστραμμένο πλοίο, ο Χάλοουελ έλαβε την απάντηση «Bellerophon, τίθεται εκτός δράσης κατεστραμμένο». Ανακουφισμένος που δεν είχε επιτεθεί κατά δικού του πλοίου στο σκοτάδι, ο Χάλοουελ κινήθηκε ανάμεσα στα Orient και Franklin ανοίγοντας πυρ και στα δύο. Το Alexander, το τελευταίο βρετανικό πλοίο που δεν είχε εμπλακεί, ακολουθούσε το Swiftsure και πλησίασε στο Tonnant, το οποίο είχε αρχίσει ν΄ απομακρύνεται από τη γαλλική ναυαρχίδα. Ο πλοίαρχος Αλεξάντερ Μπολ του Alexander, συμμετείχε στη συνέχεια στην επίθεση κατά του Orient. Στις 21:00, οι Βρετανοί παρατήρησαν πυρκαγιά στα χαμηλά καταστρώματα του Orient, της γαλλικής ναυαρχίδας. Βλέποντας τον κίνδυνο που διέτρεχε το Orient, ο πλοίαρχος Χάλοουελ διέταξε το πλήρωμά του να στρέψει τα κανόνια προς την πυρκαγιά. Τα παρατεταμένα βρετανικά πυρά εξάπλωσαν τις φλόγες σε ολόκληρη την πρύμνη του πλοίου και δυσκόλεψαν τις προσπάθειες κατάσβεσής του. Μέσα σε λίγα λεπτά η πυρκαγιά είχε φτάσει στα κατάρτια μέσω των σχοινιών. Τα πλησιέστερα βρετανικά πλοία, Swiftsure, Alexander, και Orion, σταμάτησαν όλα τους τα πυρά, έκλεισαν τα κανόνια τους, και άρχισαν να απομακρύνονται από το καιόμενο πλοίο αναμένοντας την έκρηξη των τεράστιων προμηθειών πυρομαχικών που βρίσκονταν εντός αυτού. Επιπλέον, απομάκρυναν τα πληρώματα από τα κανόνια για να σχηματίσουν πυροσβεστικές ομάδες, να καταβρέξουν τα πανιά και τα καταστρώματα με θαλασσινό νερό ώστε ν΄ αποτρέψουν την πυρκαγιά από τα φλεγόμενα συντρίμια που θα ακολουθούσαν την αναμενόμενη έκρηξη στο Orien. Παρομοίως τα γαλλικά πλοία Tonnant, Heureux, και Mercure έκοψαν τις άγκυρές τους και απομακρύνθηκαν από το καιόμενο πλοίο κατευθυνόμενα νότια. Στις 22:00 η πυρκαγιά έφτασε στις πυριτιδαποθήκες, και το Orient καταστράφηκε από μεγάλη έκρηξη. Το ωστικό κύμα της έκρηξης ήταν τόσο ισχυρό που έσκισε τα πανιά των πλησιέστερων πλοίων, και το καιόμενο ναυάγιο εκτινάχθηκε σε μεγάλη διάμετρο, πέρα από τα γύρω πλοία. Τμήματα του πλοίου που έπεφταν προκάλεσαν πυρκαγιές στα Swiftsure, Alexander, και Franklin, αν και σε κάθε περίπτωση οι ναύτες κατέσβησαν τις φλόγες με κουβάδες νερού, παρά το γεγονός πως υπήρξε δευτερεύουσα έκρηξη στο Franklin. Δεν έγινε ποτέ γνωστό πώς ξεκίνησε η πυρκαγιά στο Orient, αλλά μια έκθεση αναφέρει πως δοχεία λαδιού και μπογιάς είχαν αφεθεί στο επίστεγο, αντί να στοιβαχτούν κατάλληλα μετά το βάψιμο της πρύμνης του πλοίου, που είχε ολοκληρωθεί λίγο πριν τη ναυμαχία. Θεωρείται πως ένα στουπί από βρετανικό πλοίο έπεσε στο κατάστρωμα και ανέφλεξε τη μπογιά. Η φωτιά εξαπλώθηκε γρήγορα στο δωμάτιο που ανήκε στον Μπρυαί, και στην πυριτιδαποθήκη όπου υπήρχαν πυρομαχικά, τα οποία είχαν σχεδιαστεί ώστε να καίνε βιαιότερα στο νερό παρά στον αέρα. Κατά μια άλλη εκδοχή, ο επιτελάρχης του στόλου, αντιναύαρχος Ονορέ Γκαντώμ, ανέφερε αργότερα ως αιτία μια έκρηξη στο πρυμναίο κατάστρωμα, που ακολουθήθηκε από μια σειρά μικρότερων πυρκαγιών στο κυρίως κατάστρωμα ανάμεσα στις λέμβους του πλοίου. Οποιαδήποτε και αν ήταν η προέλευσή της, η πυρκαγιά εξαπλώθηκε γρήγορα στα σχοινιά του πλοίου, χωρίς να μπορεί να περιοριστεί από τις πυροσβεστικές αντλίες του πλοίου, μιας και αυτές είχαν καταστραφεί από βολές των Βρετανών. Μια δεύτερη πυρκαγιά ξεκίνησε τότε στην πλώρη, παγιδεύοντας εκατοντάδες ναύτες στη μέση του πλοίου. Μεταγενέστερες αρχαιολογικές έρευνες βρήκαν απομεινάρια του πλοίου διασκορπισμένα σε απόσταση πάνω από 500 μέτρα στο βυθό της θάλασσας, καθώς και ενδείξεις πως το πλοίο καταστράφηκε από δύο τεράστιες εκρήξεις, η μία μετά την άλλη. Εκατοντάδες άνδρες βούτηξαν στην θάλασσα για να ξεφύγουν από τις φλόγες, αλλά διασώθηκαν λιγότεροι από 100. Βρετανικές λέμβοι περισυνέλλεξαν περίπου 70 επιζώντες, συμπεριλαμβανομένου του τραυματισμένου αξιωματικού του επιτελείου Λεονάρ-Μπερνάρ Μοτάρ. Μερικοί, συμπεριλαμβανομένου του Γκαντώμ, κατάφεραν να φτάσουν στην ακτή με σχεδίες. Οι υπόλοιποι από το πλήρωμα, που αριθμούσε πάνω από 1.000 άνδρες, σκοτώθηκαν, μαζί με τον πλοίαρχο Καζαμπιάνκα και τον γιο του, Τζιοκάντε. Για δέκα λεπτά μετά την έκρηξη στο Orient δεν υπήρχαν πυρά. Οι ναύτες και από τις δύο πλευρές είτε ήταν σοκαρισμένοι από την έκρηξη είτε έσβηναν απεγνωσμένα τις φωτιές στα πλοία τους. Όταν η κατάσταση ηρέμησε, ο Νέλσον έδωσε εντολές στις λέμβους του να συλλέξουν επιζώντες από το νερό γύρω από τα απομεινάρια του Orient. Στις 22:10, το Franklin άρχισε και πάλι να πραγματοποιεί βολές κατά του Swiftsure. Απομονωμένο και σχεδόν κατεστραμμένο, το πλοίο του Μπλανκέ έχασε σε σύντομο διάστημα τα κατάρτια του, και ο ίδιος, έχοντας υποστεί σοβαρό τραύμα στο κεφάλι του, αναγκάστηκε να παραδοθεί λόγω των συντονισμένων πυρών από τα Swiftsure και Defence. Περισσότερο από το μισό πλήρωμα του Franklin σκοτώθηκε ή τραυματίστηκε.Μέχρι τα μεσάνυχτα μόνο το Tonnant συνέχιζε τον αγώνα, δεδομένου ότι ο αρχιπλοίαρχος Αριστίντ Ωμπέρ ντυ Πετίτ-Τουάρ συνέχισε να μάχεται εναντίον του Majestic, ενώ έβαλε και κατά του Swiftsure όταν το βρετανικό πλοίο κινήθηκε εντός της εμβέλειας του. Μέχρι τις 03:00, μετά από πάνω από τρεις ώρες έντονης μάχης, το Majestic έχασε το κύριο και το πρυμναίο κατάρτι, ενώ το Tonnant μετατράπηκε σε ένα σκάφος χωρίς κατάρτια. Αν και ο πλοίαρχος ντυ Πετίτ-Τουάρ έχασε και τα δύο πόδια του και το ένα του χέρι, παρέμεινε στη διοίκηση του πλοίου, επιμένοντας να έχει τη γαλλική σημαία καρφωμένη στο κατάρτι για ν΄ αποτρέψει πιθανό φίλιο χτύπημα στο πλοίο του, και έδινε εντολές από τη θέση του, που στηριζόταν στο κατάστρωμα από έναν κουβά με σιτάρι. Υπό την καθοδήγησή του, το συντετριμμένο Tonnant παρασύρθηκε σταδιακά νότια μακριά από το χώρο δράσης, για να προσχωρήσει στο νότιο τμήμα του στόλου υπό τον Πιερ-Σαρλ Βιλνέβ, ο οποίος απέτυχε όμως να δραστηριοποιήσει τα πλοία αυτού του τμήματος. Κατά τη διάρκεια της συμπλοκής, το πίσω γαλλικό τμήμα συνέχισε να πυροβολεί τυχαία κατά των μαχόμενων πλοίων μπροστά του. Το μοναδικό αποτέλεσμα ήταν το σπάσιμο του πηδαλίου του γαλλικού Timoléon από εσφαλμένα πυρά από το διπλανό Généreux. Όταν ο ήλιος ανέτειλε στις 04:00 στις 2 Αυγούστου, άρχισαν και πάλι τα πυρά μεταξύ του νότιου τμήματος του γαλλικού στόλου (πλοία Guillaume Tell, Tonnant, Généreux και Timoléon), και των κατεστραμμένων βρετανικών Alexander και Majestic. Αν και για μικρό διάστημα τα γαλλικά πλοία υπερτερούσαν των βρετανικών, τα Goliath και Theseus εισχώρησαν στη μάχη για να υποστηρίξουν τα βρετανικά. Καθώς ο πλοίαρχος Μίλερ άλλαξε τη θέση του πλοίου του, το Theseus δέχθηκε πυρά από τη φρεγάτα Artémise. Ο Μίλερ έστριψε το πλοίο του προς το Artémise, αλλά ο πλοίαρχος Πιερ-Ζαν Σταντελέ κατέβασε τη σημαία του και διέταξε τους άνδρες του να εγκαταλείψουν τη φρεγάτα. Ο Μίλερ έστειλε μια λέμβο με τον υποπλοίαρχο Ουίλλιαμ Χοστ για να καταλάβει το κενό σκάφος, αλλά ο Σταντελέ έβαλε φωτιά στο πλοίο του, το οποίο εξερράγη λίγο μετά την αποχώρησή του. Τα εναπομείναντα γαλλικά πλοία γραμμής, καλύπτοντας την υποχώρησή τους με πυρά, σταδιακά κινήθηκαν ανατολικά μακριά από την ακτή στις 06:00. Το Zealous τα καταδίωξε, και κατάφερε ν΄ αποτρέψει την κατάληψη του HMS Bellerophon, το οποίο είχε αγκυροβολήσει στο νότιο τμήμα του κόλπου και υποβαλλόταν σε ταχείες επισκευές, από τη γαλλική φρεγάτα Justice .Δύο γαλλικά πλοία είχαν ακόμη τις σημαίες τους ψηλά, αλλά κανένα τους δεν είχε τη δυνατότητα να υποχωρήσει ή να πολεμήσει. Όταν τα Heureux και Mercure έκοψαν τις άγκυρές τους για να διαφύγουν από την έκρηξη του Orient, τα πληρώματά τους πανικοβλήθηκαν και κανένας από τους πλοιάρχους (αμφότεροι τραυματίστηκαν) δεν κατάφερε να επανακτήσει τον έλεγχο του πλοίου του. Ως εκ τούτου, και τα δύο σκάφη παρασύρθηκαν στον ύφαλο. Τα Alexander, Goliath, Theseus και Leander επιτέθηκαν κατά των ακινητοποιημένων και ανυπεράσπιστων πλοίων, τα οποία αμφότερα παραδόθηκαν εντός λίγων λεπτών. Οι περισπασμοί που πραγματοποίησαν τα Heureux, Mercure και Justice επέτρεψαν στον Βιλνέβ να φέρει τα περισσότερα γαλλικά πλοία στην είσοδο του κόλπου στις 11:00. Επί του μισοκατεστραμμένου Tonnant, ο αρχιπλοίαρχος Ντυ Πετίτ-Τουάρ απεβίωσε μετά τον προηγηθέντα σοβαρότατο τραυματισμό του, και η σορός του ρίχθηκε στη θάλασσα, μετά από απαίτησή του. Καθώς το πλοίο δεν μπορούσε ν΄ αναπτύξει ταχύτητα, οδηγήθηκε στην ακτή από το πλήρωμά του. Το Timoléon ήταν πολύ νότια για να ξεφύγει με το τμήμα του Βιλνέβ, και στην προσπάθεια να ενωθεί με την ομάδα των πλοίων που έφευγαν, ακινητοποιήθηκε στον ύφαλο. Η δύναμη της πρόσκρουσης απέσπασε το κύριο κατάρτι του πλοίου. Τα εναπομείναντα γαλλικά πλοία, τα πλοία γραμμής Guillaume Tell και Généreux και οι φρεγάτες Justice και Diane, παρατάχθηκαν και συνέχισαν ν΄ αντιστέκονται, καταδιωκόμενα από το Zealous. Παρά τις σθεναρές προσπάθειες, το απομονωμένο πλοίο του Χουντ δέχθηκε ισχυρά πυρά και δεν μπορούσε ν΄ ακολουθήσει την πορεία του Justice καθώς οι Γάλλοι διέφευγαν προς τ΄ ανοιχτά. Το Zealous χτυπήθηκε από πολλαπλές βολές των Γάλλων, χάνοντας έναν άνδρα.Το υπόλοιπο της 2ας Αυγούστου, τα πλοία του Νέλσον πραγματοποίησαν επισκευές και συνέλεξαν τα λάφυρά τους. Ειδικά το Culloden χρειαζόταν υποστήριξη. Ο Τρούμπριτζ τράβηξε τελικώς το πλοίο του από τον ύφαλο στις 02:00, και είδε πως είχε χάσει το πηδάλιό του, ενώ στο πλοίο εισχωρούσαν περισσότεροι από 120 τόνοι νερού την ώρα. Τις επόμενες δύο μέρες πραγματοποιήθηκαν επείγουσες επισκευές στο σκαρί του πλοίου, ενώ τοποθετήθηκε ένα ανταλλακτικό πηδάλιο από ένα κατάρτι. Το πρωί της 3ης Αυγούστου, ο Νέλσον έστειλε τα Theseus και Leander για να εξαναγκάσουν σε παράδοση τα ακινητοποιημένα Tonnant και Timoléon. Το Tonnant, στου οποίου τα καταστρώματα βρίσκονταν 1.600 επιζώντες από τα υπόλοιπα γαλλικά σκάφη, παραδόθηκε καθώς τα βρετανικά πλοία πλησίαζαν, ενώ το Timoléon πυρπολήθηκε από το εναπομείναν πλήρωμά του, το οποίο διέφυγε στην ακτή με μικρές λέμβους. Το Timoléon εξερράγη λίγο μετά το μεσημέρι και ήταν το ενδέκατο και τελευταίο γαλλικό πλοίο γραμμής που καταστράφηκε ή κατελήφθη κατά τη διάρκεια της ναυμαχίας. «Βγήκα στο κατάστρωμα για να δω την κατάσταση του στόλου, και αντίκρισα ένα αποκρουστικό θέαμα. Ολόκληρος ο κόλπος ήταν καλυμμένος με νεκρά σώματα, ξεσκισμένους, τραυματισμένους και τσουρουφλισμένους ανθρώπους, χωρίς ρούχα πάνω τους εκτός από παντελόνια». Οι βρετανικές απώλειες από τη ναυμαχία καταγράφηκαν με μερική ακρίβεια, μιας και αμέσως σκοτώθηκαν 218 και τραυματίστηκαν περίπου 677, αλλά ο αριθμός των τραυματιών που απεβίωσαν στη συνέχεια δεν είναι γνωστός. Τα πλοία τα οποία υπέστησαν τις περισσότερες απώλειες ήταν το Bellerophon με 201 νεκρούς, και το Majestic με 193. Πέραν του Culloden, τις λιγότερες απώλειες είχε το Zealous, το οποίο είχε έναν νεκρό και επτά τραυματίες.Στον κατάλογο των απωλειών συγκαταλέγονται στους μεν νεκρούς ο πλοίαρχος Ουέστκοτ, πέντε υποπλοίαρχοι και δέκα κατώτεροι αξιωματικοί, στους δε τραυματίες ο υποναύαρχος Νέλσον, οι πλοίαρχοι Σωμαρέζ, Μπολ και Ντάρμπυ, καθώς και έξι υποπλοίαρχοι. Πέρα από το Culloden, τα μοναδικά πλοία τα οποία υπέστησαν σοβαρές καταστροφές στα σκαριά τους ήταν τα Bellerophon, Majestic, και Vanguard. Τα Bellerophon και Majestic ήταν τα μοναδικά πλοία που έχασαν τα ιστία τους: το Majestic το κύριο και το πρυμναίο και το Bellerophon και τα τρία.Ο υπολογισμός των γαλλικών απωλειών είναι δυσκολότερος, αλλά αυτές ήταν κατά πολύ περισσότερες των βρετανικών. Κυμαίνονται από 2.000 έως 5.000, μεσοσταθμικά στις 3.500, στις οποίες περιλαμβάνονται πάνω από 1.000 τραυματίες, και περίπου 2.000 νεκροί, εκ των οποίων οι μισοί από το Orient. Πέρα από τον αντιναύαρχο Μπρυαί που σκοτώθηκε, και τον αντιναύαρχο Μπλανκέ που τραυματίστηκε, τέσσερις πλοίαρχοι σκοτώθηκαν και επτά ακόμη τραυματίστηκαν σοβαρά. Τα γαλλικά πλοία υπέστησαν σοβαρές καταστροφές: δύο πλοία γραμμής και δύο φρεγάτες καταστράφηκαν (όπως και ένα πυρπολικό το οποίο αφέθηκε από το πλήρωμά του), ενώ άλλα τρία πλοία που κατελήφθησαν, βρίσκονταν σε τόσο άσχημη κατάσταση ώστε δε μπορούσαν να κινηθούν ξανά. Από τα εναπομείναντα πλοία, μόνο τα τρία επισκευάστηκαν αποτελεσματικά για υπηρεσία πρώτης γραμμής. Για μερικές εβδομάδες μετά τη μάχη, σώματα ξεβράζονταν στις ακτές της Αιγύπτου, και αποσυντίθονταν αργά εν μέσω του ξηρού καύσωνα.Ο Νέλσον, παρατηρώντας τον κόλπο το πρωινό της 2ας Αυγούστου ανέφερε, «Η νίκη δεν είναι ένα όνομα αρκετά ισχυρό για μια τέτοια σκηνή», και παρέμεινε αγκυροβολημένος στον Κόλπο του Αμπουκίρ για τις επόμενες δύο εβδομάδες, απασχολημένος με την επούλωση του τραύματός του, γράφοντας επιστολές, και εκτιμώντας τη στρατιωτική κατάσταση στην Αίγυπτο χρησιμοποιώντας έγγραφα που βρίσκονταν στα πλοία που κατελήφθησαν. Το τραύμα του Νέλσον στο κεφάλι καταγράφηκε ως «μήκους τριών ιντσών», με «το κρανίο του να προεξέχει κατά μια ίντσα». Υπέφερε από τους πόνους του τραυματισμού του για το υπόλοιπο της ζωής του. Ως αποτέλεσμα αυτού, φοβόταν πλέον αρκετά, και χτένιζε τα μαλλιά του με τέτοιο τρόπο ώστε να καλύψει το τραύμα όσο το δυνατόν περισσότερο. Όσο ο διοικητής τους ανάρρωνε, οι ναύτες του πήραν τις χρήσιμες προμήθειες από τα ναυάγια και πραγματοποίησαν επισκευές στα πλοία, τόσο τα δικά τους όσο και των Γάλλων.Κατά τη διάρκεια της εβδομάδας, ο Κόλπος του Αμπουκίρ περικυκλώθηκε από φωτιές που άναψαν μέλη των φυλών των Βεδουίνων για να γιορτάσουν τη νίκη των Βρετανών. Στις 5 Αυγούστου, το Leander απεστάλη στο Κάδιθ με μηνύματα προς τον αντιναύαρχο Τζον Τζέρβις, κόμη του Αγίου Βικεντίου, διοικητή του Βρετανικού Στόλου της Μεσογείου, τα οποία μεταφέρθηκαν από τον πλοίαρχο Έντουαρντ Μπέρρυ. Τις επόμενες μέρες οι Βρετανοί αποβίβασαν και τους 200 αιχμαλώτους στην ακτή, υπό τους αυστηρούς όρους της λόγω τιμής ελευθερίας (ορκίστηκαν δηλ. ότι δεν θα ξαναέπαιρναν τα όπλα εναντίον της Βρετανικής Αυτοκρατορίας), αν και ο Βοναπάρτης αργότερα τους διέταξε να σχηματίσουν μονάδα πεζικού και εντάχθηκαν στο στρατό του. Οι τραυματισμένοι αξιωματικοί που αιχμαλωτίστηκαν κρατούνταν στο Vanguard, όπου ο Νέλσον τούς ψυχαγωγούσε τακτικά κατά τη διάρκεια του δείπνου τους. Ο ιστορικός Τζόζεφ Άλλεν αφηγείται πως σε μια περίπτωση ο Νέλσον, του οποίου η όραση ακόμη είχε προβλήματα λόγω του τραύματός του, προσέφερε οδοντογλυφίδες σε έναν αξιωματικό που είχε χάσει τα δόντια του, και έπειτα έδωσε μια ταμπακιέρα σε έναν αξιωματικό ο οποίος είχε κομμένη μύτη, προκαλώντας μεγάλη αμηχανία. Στις 8 Αυγούστου οι λέμβοι του στόλου προσέβαλαν τη νήσο του Αμπουκίρ, η οποία παραδόθηκε χωρίς μάχη. Η ομάδα απόβασης απομάκρυνε τέσσερα από τα κανόνια και κατέστρεψε τα υπόλοιπα μαζί με την οχύρωση επί της οποίας βρίσκονταν, μετονομάζοντας το νησί σε «Νήσο του Νέλσον».Στις 10 Αυγούστου ο Νέλσον έστειλε τον υποπλοίαρχο Τόμας Ντούβαλ του Zealous με μηνύματα στην κυβέρνηση της Ινδίας. Ο Ντούβαλ ταξίδεψε από τη Μέση Ανατολή δια ξηράς με καμήλες μέχρι το Χαλέπι, και έπειτα πήρε το πλοίο Fly της Βρετανικής Εταιρείας Ανατολικών Ινδιών από τη Βασόρα μέχρι τη Βομβάη, όπου γνωστοποίησε στον Γενικό Κυβερνήτη της Ινδίας, Υποκόμη Ρίτσαρντ Ουέλσλι (μεγαλύτερο αδελφό του διάσημου αργότερα νικητή της μάχης του Βατερλώ, στρατηγού Άρθουρ Ουέλσλι, Δούκα του Ουέλλινγκτον), την κατάσταση στην Αίγυπτο. Στις 12 Αυγούστου οι φρεγάτες HMS Emerald με πλοίαρχο τον Τόμας Μούτρυ Ουόλλερ και HMS Alcmene με πλοίαρχο τον Τζορτζ Τζόνστον Χόουπ, και το καταδρομικό HMS Bonne Citoyenne του πλοιάρχου Ρόμπερτ Ρέταλικ, έφτασαν στην Αλεξάνδρεια. Αρχικά οι Βρετανοί εξέλαβαν τη μοίρα φρεγατών ως γαλλικά πολεμικά πλοία και το Swiftsure τα απομάκρυνε. Επέστρεψαν την επόμενη μέρα, μόλις το λάθος έγινε αντιληπτό. Την ίδια μέρα που επέστρεψαν οι φρεγάτες, ο Νέλσον έστειλε το Mutine στη Βρετανία με επιστολές, υπό τη διοίκηση του υποπλοίαρχου Τόμας Μπλέιντεν Κάπελ, ο οποίος αντικατέστησε τον Χάρντυ μετά την προαγωγή του τελευταίου σε πλοίαρχο του Vanguard. Στις 14 Αυγούστου, ο Νέλσον έστειλε τα Orion, Majestic, Bellerophon, Minotaur, Defence, Audacious, Theseus, Franklin, Tonnant, Aquilon, Conquérant, Peuple Souverain, και Spartiate στα ανοιχτά υπό τη διοίκηση του Σωμαρέζ. Πολλά πλοία διέθεταν μόνο προσωρινά ιστία, έτσι η νηοπομπή χρειάστηκε μια μέρα για να φτάσει στην είσοδο του κόλπου. Τελικά βγήκε στ΄ ανοιχτά στις 15 Αυγούστου. Στις 16 Αυγούστου οι Βρετανοί έκαψαν και κατέστρεψαν το ακινητοποιημένο πλοίο Heureux, που δεν ήταν πλέον κατάλληλο για υπηρεσία και στις 18 Αυγούστου έκαψαν επίσης τα Guerrier και Mercure. Στις 19 Αυγούστου, ο Νέλσον απέπλευσε για τη Νάπολη με τα Vanguard, Culloden, και Alexander, αφήνοντας στον Χουντ τη διοίκηση των Zealous, Goliath, Swiftsure, και τις άρτι αφιχθείσες φρεγάτες, για να παρακολουθούν τις γαλλικές δραστηριότητες στην Αλεξάνδρεια.Τα πρώτα μηνύματα σχετικά με την καταστροφή που συνέβη στο στόλο κατέφθασαν στον Βοναπάρτη στις 14 Αυγούστου στο στρατόπεδό του επί της οδού μεταξύ Σαλαχιέχ και Καΐρου. Ο αγγελιοφόρος ήταν αξιωματικός του επιτελείου που εστάλη από τον κυβερνήτη της Αλεξάνδρειας στρατηγό Ζαν-Μπατίστ Κλεμπέρ, ενώ η αναφορά γράφτηκε βιαστικά από τον αντιναύαρχο Γκαντώμ, ο οποίος στη συνέχεια επανήλθε στα πλοία του Βιλνέβ. Μια έκθεση αναφέρει πως, μόλις ο Βοναπάρτης έλαβε το μήνυμα το διάβασε χωρίς να συγκινηθεί και έπειτα ζήτησε από τον αγγελιοφόρο περισσότερες λεπτομέρειες. Όταν ο αγγελιοφόρος ολοκλήρωσε την αφήγηση, ο Γάλλος στρατηγός σύμφωνα με αναφορές, είπε : «Nous n'avons plus de flotte: eh bien. Il faut rester en ces contrées, ou en sortir grands comme les anciens» («Πλέον δε διαθέτουμε στόλο: λοιπόν, θα πρέπει είτε να παραμείνουμε σε αυτή τη χώρα είτε ν΄ αποχωρήσουμε με μεγαλείο όπως οι αρχαίοι»). Σύμφωνα με μια άλλη αφήγηση, του γραμματέα του στρατηγού Μπουρριέν, ο Βοναπάρτης σχεδόν λιποθύμησε στο άκουσμα των νέων και αναφώνησε «Άτυχε Μπρυαί, τί έκανες!» Ο Βοναπάρτης στη συνέχεια έριξε την ευθύνη για την ήττα στον τραυματισμένο υποναύαρχο Μπλανκέ, κατηγορώντας τον ψευδώς πως παραδόθηκε ενώ το πλοίο του Franklin δεν είχε υποστεί ζημιές. Αργότερα, διαμαρτυρίες από τον Γκαντώμ και τον υπουργό Μπρυί μείωσαν τους τόνους της κριτικής που δεχόταν ο Μπλανκέ, αλλά ποτέ ξανά δεν υπηρέτησε σε θέση διοικητή. Η πιο άμεση ανησυχία του Βοναπάρτη όμως ήταν με τους αξιωματικούς του, οι οποίοι άρχισαν πλέον να διερωτώνται για τη σκοπιμότητα ολόκληρης της εκστρατείας. Προσκαλώντας τους περισσότερους ανώτερους αξιωματικούς του σε δείπνο, ο Βοναπάρτης τούς ρώτησε πώς αισθάνονται. Όταν απάντησαν πως νιώθουν «θαυμάσια», ο Βοναπάρτης αποκρίθηκε πως ένιωθε ακριβώς το ίδιο, μιας και θα τους σκότωνε εάν συνέχιζαν να «προωθούν ανταρσίες και να κηρύττουν εξεγέρσεις». Για να εξουδετερώσουν οποιαδήποτε εξέγερση μεταξύ των ντόπιων κατοίκων, οι Αιγύπτιοι που θα ακούγονταν να συζητούν για τη μάχη απειλήθηκαν με την αποκοπή των γλωσσών τους. Οι πρώτες επιστολές του Νέλσον έπεσαν στα χέρια των Γάλλων όταν το Leander ηττήθηκε από το Généreux σε βίαια συμπλοκή στα ανοικτά της δυτικής ακτής της Κρήτης στις 18 Αυγούστου 1798. Ως εκ τούτου, οι αναφορές για τη ναυμαχία δεν έφτασαν στη Βρετανία μέχρι τις 2 Οκτωβρίου όταν έφτασε εκεί ο Κάπελ με το Mutine, εισερχόμενος στο Ναυαρχείο στις 11:15 και μεταφέροντας προσωπικά τα νέα στο Λόρδο Σπένσερ, ο οποίος έχασε τις αισθήσεις του όταν άκουσε την αναφορά. Αν και ο Νέλσον είχε επικριθεί προηγουμένως από τον Τύπο πως απέτυχε ν΄ αναχαιτίσει το γαλλικό στόλο, οι φήμες για την έκβαση της ναυμαχίας άρχισαν να φτάνουν στη Βρετανία από την ηπειρωτική Ευρώπη στα τέλη Σεπτεμβρίου, και έτσι τα νέα που έφερε ο Κάπελ προκάλεσαν πανηγυρισμούς σε όλη τη χώρα. Σε τέσσερεις μέρες ο Νέλσον ονομάστηκε Βαρόνος Νέλσον του Νείλου και του Μπέρναμ Θορπ. Ήταν ένας τίτλος που δεν τον άφησε ικανοποιημένο, θεωρώντας πως οι ενέργειες του άξιζαν κάτι καλύτερο. Ο βασιλιάς Γεώργιος Γ΄ πραγματοποίησε ομιλία στο Κοινοβούλιο στις 20 Νοεμβρίου αναφέροντας τα εξής: Η άνευ προηγουμένου σειρά των ναυτικών θριάμβων μας έλαβε νέο μεγαλείο από την αξιομνημόνευτη και αποφασιστική ενέργεια, στην οποία απόσπασμα του στόλου μου, υπό τη διοίκηση του υποναύαρχου λόρδου Νέλσον, επιτέθηκε, και σχεδόν κατέστρεψε ολοκληρωτικά μια ανώτερη εχθρική δύναμη, ενισχυμένη από κάθε πλεονέκτημα της θέσης της. Με αυτή τη μεγάλη και λαμπρή νίκη, μια επιχείρηση, της οποίας η αδικία, ο δόλος και η υπερβολή είχαν τραβήξει την προσοχή του κόσμου και η οποία στρέφεται ιδιαιτέρως ενάντια σε μερικά από τα πιο πολύτιμα συμφέροντα της Βρετανικής Αυτοκρατορίας, στράφηκε με την πρώτη ευκαιρία κατά των δημιουργών της, ενώ το χτύπημα που δόθηκε στη δύναμη και την επιρροή της Γαλλίας έχει δημιουργήσει ένα άνοιγμα, το οποίο, αν βελτιωθεί με κατάλληλες προσπάθειες από άλλες δυνάμεις, μπορεί να οδηγήσει στη γενική απελευθέρωση της Ευρώπης. Η νηοπομπή του Σωμαρέζ με τα κατειλημμένα πλοία σταμάτησε αρχικά στη Μάλτα, όπου υποστήριξε μια εξέγερση των Μαλτέζων. Στη συνέχεια απέπλευσε για το Γιβραλτάρ, όπου έφτασε στις 18 Οκτωβρίου εν μέσω πανηγυρισμών της εκεί φρουράς. Ο Σωμαρέζ έγραψε πως «Δεν μπορούμε να δικαιώσουμε τη θέρμη των επιδοκιμασιών τους και τα εγκώμια που απονεμήθηκαν στη μοίρα μας». Στις 23 Οκτωβρίου, μετά τη μεταφορά των τραυματιών στο στρατιωτικό νοσοκομείο και την παραλαβή βασικών προμηθειών, η νηοπομπή έπλευσε προς τη Λισσαβώνα, αφήνοντας τα Bellerophon και Majestic πίσω της για εκτεταμένες επισκευές. Το Peuple Souverain επίσης παρέμεινε στο Γιβραλτάρ. Το πλοίο φαινόταν να έχει υποστεί αρκετές ζημιές ώστε να ταξιδέψει στον Ατλαντικό, και έτσι μετατράπηκε σε φυλακίδα με το όνομα HMS Guerrier. Τα υπόλοιπα πλοία επισκευάστηκαν πρόχειρα και στη συνέχεια απέπλευσαν για τη Βρετανία, περνώντας μερικούς μήνες στον ποταμό Τάγο, όπου και ενώθηκαν με την ετήσια εμπορική νηοπομπή από την Πορτογαλία τον Ιούνιο του 1799, και με τη συνοδεία μοίρας του ναυάρχου σερ Άλαν Γκάρντνερ, έφτασαν τελικά στο Πλύμουθ. Η ηλικία και η κατάστασή τους σήμαινε πως ούτε το Conquérant ούτε το Aquilon θα χρησιμοποιούνταν από το Βασιλικό Ναυτικό, και στη συνέχεια έγιναν πλωτές φυλακές, αν και πωλήθηκαν για 20.000£ το καθένα ως HMS Conquerant και HMS Aboukir για ν΄ αποδοθεί οικονομική ανταμοιβή στα πληρώματα που τα κατέλαβαν. Παρόμοια ποσά δόθηκαν επίσης και σε αυτούς που κατέλαβαν τα Guerrier, Mercure, Heureux και Peuple Souverain, ενώ τα υπόλοιπα πλοία άξιζαν περισσότερα. Κατασκευασμένο από δρυ της Αδριατικής, το Tonnant είχε καθελκυσθεί το 1792 ενώ τα Franklin και Spartiate είχαν ηλικία μικρότερη του ενός έτους. Τα Tonnant και Spartiate, τα οποία αργότερα πολέμησαν στη Ναυμαχία του Τραφάλγκαρ, εντάχθηκαν στο Βασιλικό Ναυτικό με τα παλιά ονόματά τους, ενώ το Franklin, που θεωρείτο ως ένα «από τα καλύτερα πλοία με δύο καταστρώματα στον κόσμο», μετονομάστηκε σε HMS Canopus. Η συνολική αξία των πλοίων που κατελήφθησαν στο Νείλο και στη συνέχεια πωλήθηκαν από το Βρετανικό Βασιλικό Ναυτικό υπολογίζεται σε πάνω από 130.000£. Δόθηκαν και άλλες αμοιβές στο βρετανικό στόλο: Ο Νέλσον θα λάμβανε 2.000£ ετησίως εφ' όρου ζωής από το Κοινοβούλιο της Μεγάλης Βρετανίας και 1.000£ ετησίως από το Κοινοβούλιο της Ιρλανδίας, αν και η δεύτερη παροχή διακόπηκε (από απροσεξία;) μετά την Πράξη της Ένωσης που διέλυσε το Ιρλανδικό Κοινοβούλιο. Και τα δύο κοινοβούλια εξέδωσαν ομόφωνες ανακοινώσεις ευχαριστίας, ενώ κάθε πλοίαρχος που συμμετείχε στη ναυμαχία απεικονίστηκε σε χρυσό μετάλλιο και κάθε πρώτος υποπλοίαρχος προβιβάστηκε σε διοικητή. Ο Τρούμπριτζ και οι άνδρες του αρχικά εξαιρέθηκαν, αλλά στη συνέχεια έλαβαν παρόμοιες τιμές μετά την προσωπική επέμβαση του Νέλσον για το πλήρωμα του ακινητοποιημένου Culloden, αν και αυτό δεν συμμετείχε άμεσα στη ναυμαχία. Η Βρετανική Εταιρεία Ανατολικών Ινδιών παρέδωσε στον Νέλσον 10.000£ προς αναγνώριση των ενεργειών του για τη διαφύλαξη των περιουσιών των μελών της, και οι πόλεις του Λονδίνου, του Λίβερπουλ και άλλα δημοτικά σώματα παρέδωσαν παρόμοια βραβεία. Οι πλοίαρχοι του Νέλσον τού παρέδωσαν ένα σπαθί και ένα πορτραίτο ως «απόδειξη της εκτίμησής τους». Ο Νέλσον εξέφρασε δημοσίως αυτό τον στενό δεσμό του με τους αξιωματικούς του στις 29 Σεπτεμβρίου 1798 περιγράφοντάς τους ως «Εμείς οι λίγοι, οι χαρούμενοι λίγοι, εμείς η αδελφότητα», δανειζόμενος λόγια από τη θεατρική παράσταση Ερρίκος Ε΄ του Ουίλλιαμ Σαίξπηρ. Από το γεγονός αυτό αναπτύχθηκε η έννοια της Αδελφότητας του Νέλσον, ομάδας υψηλόβαθμων αξιωματικών του ναυτικού που υπηρέτησαν με τον Νέλσον για το υπόλοιπο της ζωής του. Περίπου πενήντα χρόνια μετά η ναυμαχία συμπεριλήφθηκε στα γεγονότα που αναγνωρίστηκαν με το Μετάλλιο Ναυτικής Υπηρεσίας, το οποίο αποδόθηκε σε όσους Βρετανούς συμμετέχοντες ήταν ακόμη εν ζωή το 1847. Πραγματοποιήθηκαν βραβεύσεις και από άλλα έθνη, κυρίως από τον σουλτάνο της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας Σελίμ Γ΄, ο οποίος έκανε τον Νέλσον τον πρώτο Ιππότη Διοικητή του νεοσυσταθέντος Τάγματος της Ημισελήνου, και του παρέδωσε ένα τσελένγκ (στρατιωτικό τιμητικό στολίδι της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας), ένα διαμαντένιο τριαντάφυλλο, γούνα σαμουρίου και πολλά ακόμη δώρα αξίας. Ο τσάρος Παύλος Α΄ της Ρωσίας έστειλε, μεταξύ άλλων, ένα χρυσό κουτί με διαμάντια, ενώ παρόμοια δώρα με ασήμι εστάλησαν από άλλους ευρωπαίους κυβερνήτες. Κατά την επιστροφή του στη Νάπολη, ο Νέλσον έγινε δεκτός με θριαμβευτική πομπή της οποίας ηγείτο ο βασιλιάς Φερδινάνδος Δ΄ και ο σερ Ουίλλιαμ Χάμιλτον, ενώ συστήθηκε στη σύζυγο του σερ Ουίλλιαμ, Έμμα, Λαίδη Χάμιλτον (σύντομα έγινε ο μεγάλος έρωτας της ζωής του), η οποία λιποθύμησε κατά τη συνάντηση, και της πήρε αρκετές εβδομάδες για ν΄ αναρρώσει από την ταραχή. Επευφημημένος ως ήρωας στα ανάκτορα της Νάπολης, ο Νέλσον ενεπλάκη αργότερα στην πολιτική της Νάπολης όταν ονομάστηκε Δούκας της Μπροντέ, ενέργεια για την οποία επικρίθηκε από τους ανώτερούς του, ενώ η φήμη του υπέστη πλήγμα. Ο Βρετανός στρατηγός Τζον Μουρ, που συνάντησε τον Νέλσον στη Νάπολη την εποχή εκείνη, τον περιέγραψε ως «καλυμμένο με αστέρια, μετάλλια και κορδέλλες, μοιάζοντας περισσότερο με πρίγκηπα της Όπερας παρά με τον Κατακτητή του Νείλου».Φήμες για την έκβαση της ναυμαχίας εμφανίστηκαν στον γαλλικό τύπο από τις 7 Αυγούστου, αν και υπεύθυνες αναφορές δεν έφτασαν μέχρι τις 26 Αυγούστου, που κι αυτές ανέφεραν πως ο Νέλσον ήταν νεκρός και ο Βοναπάρτης αιχμάλωτος των Βρετανών. Όταν έφτασαν επιβεβαιωμένες αναφορές, ο γαλλικός τύπος ανέφερε πως η ήττα ήταν αποτέλεσμα του εξαιρετικά μεγάλου βρετανικού στόλου και αδιευκρίνιστων «προδοτών». Οι αντικυβερνητικές εφημερίδες της Γαλλίας επέρριψαν την ευθύνη της ήττας στην ανικανότητα του Γαλλικού Διευθυντηρίου και στα υποτιθέμενα ανέκαθεν υπάρχοντα φιλοβασιλικά φρονήματα του Ναυτικού. Ο Βιλνέβ έγινε αποδέκτης δριμείας επίθεσης κατά την επιστροφή του στη Γαλλία λόγω της αποτυχίας του να υποστηρίξει τον Μπρυαί στη ναυμαχία. Στην υπεράσπισή του, απάντησε πως ο άνεμος δεν ήταν ευνοϊκός και πως ο Μπρυαί δεν του είχε δώσει εντολές για τον τρόπο αντεπίθεσης στο βρετανικό στόλο. Γράφοντας πολλά χρόνια μετά, ο Βοναπάρτης σχολίασε πως αν το Γαλλικό Ναυτικό είχε υιοθετήσει τις ίδιες τακτικές αρχές με τους Βρετανούς: «Ο ναύαρχος Βιλνέβ δε θα θεωρούσε εαυτόν αθώο στο Αμπουκίρ, παραμένοντας άπραγος με πέντε ή έξι πλοία -δηλαδή με τη μισή μοίρα- για 24 ώρες ενώ ο εχθρός υπερίσχυε στην άλλη πτέρυγα.» Αντίθετα, ο βρετανικός τύπος ήταν ενθουσιώδης. Πολλές εφημερίδες επιδίωξαν να παρουσιάσουν τη ναυμαχία ως νίκη της Βρετανίας επί της αναρχίας, και η επιτυχία χρησιμοποιήθηκε κατά των Ουίγων πολιτικών Τσαρλς Τζέιμς Φοξ και Ρίτσαρντ Μπρίνσλεϊ Σέρινταν.Υπήρχε έντονη ιστοριογραφική διαμάχη για τα συγκριτικά μεγέθη των στόλων, αν και φαινομενικά ήταν ιδίου μεγέθους, περιλαμβάνοντας 13 πλοία γραμμής ο καθένας. Ωστόσο, η απώλεια του Culloden, τα σχετικά μεγέθη των Orient και Leander, και η συμμετοχή στη μάχη δύο γαλλικών φρεγατών και αρκετών μικρότερων σκαφών, καθώς και η θεωρητική ισχύς της γαλλικής παράταξης, οδηγεί τους περισσότερους ιστορικούς στο συμπέρασμα πως οι Γάλλοι ήταν οριακά ισχυρότεροι. Αυτό τονίζεται από το βάρος των πλευρών πολλών γαλλικών πλοίων: τα Spartiate, Franklin, Orient, Tonnant και Guillaume Tell ήταν το καθένα κατά πολύ μεγαλύτερο από κάθε άλλο πλοίο των Βρετανών στη ναυμαχία. Ωστόσο η ανεπαρκής διάταξη, τα ελλιπή πληρώματα και η αποτυχία του πίσω τμήματος του Βιλνέβ να συμμετάσχει ουσιωδώς, συνέβαλαν στην ήττα των Γάλλων. Η Ναυμαχία του Νείλου αποκαλούταν «αναμφισβήτητα, η πιο αποφασιστική ναυτική εμπλοκή της μεγάλης εποχής των πλοίων», και η «πιο λαμπρή και ένδοξη επιτυχία που πραγματοποίησε το Βασιλικό Ναυτικό». Ο ιστορικός και μυθιστοριογράφος Σ. Σ. Φόρεστερ, γράφοντας το 1929, συνέκρινε τον Νείλο με τις μεγάλες ναυμαχίες της ιστορίας και συμπέρανε πως «συγκρίνεται μόνο με τη Ναυμαχία της Τσουσίμα ως παράδειγμα εξόντωσης ενός στόλου από άλλον, περίπου ιδίου μεγέθους δύναμης υλικού». Η επίδραση στη στρατηγική κατάσταση της Μεσογείου ήταν άμεση, ανατρέποντας τις ισορροπίες της σύγκρουσης και δίδοντας στους Βρετανούς τον έλεγχο της θάλασσας, τον οποίο διατήρησαν μέχρι το τέλος του πολέμου. Η καταστροφή του γαλλικού στόλου της Μεσογείου έδωσε τη δυνατότητα στο Βασιλικό Ναυτικό να επιστρέψει δυναμικά στη θάλασσα, μιας και βρετανικές μοίρες επέβαλαν αποκλεισμούς σε γαλλικά και συμμαχικά λιμάνια. Πιο συγκεκριμένα, βρετανικά πλοία απέκλεισαν τη Μάλτα από τη Γαλλία, υποβοηθούμενα από την εξέγερση των Μαλτέζων, με συνέπεια να υποχωρήσει η γαλλική φρουρά στη Βαλέτα. Η επακόλουθη Πολιορκία της Μάλτας κράτησε δύο χρόνια, οπότε και οι υπερασπιστές της παραδόθηκαν από την ασιτία. Το 1799, βρετανικά πλοία παρενόχλησαν το στρατό του Βοναπάρτη καθώς προέλαυνε ανατολικά και βόρεια διαμέσου της Παλαιστίνης, και έπαιξε σημαντικό ρόλο στην ήττα του στην Πολιορκία της Άκρας, όταν οι φορτηγίδες που μετέφεραν το προορισμένο για την πολιορκία πυροβολικό βομβαρδίστηκαν από βρετανικά πλοία που είχαν αγκυροβολήσει στ΄ ανοιχτά. Κατά τη διάρκεια αυτών των τελευταίων συμπλοκών ο πλοίαρχος Μίλερ του Theseus σκοτώθηκε κατά την έκρηξη πυρομαχικών. Η ήττα στην Άκρα ανάγκασε τον Βοναπάρτη ν΄ αποχωρήσει από τη Μέση Ανατολή, και συνεπώς τερμάτισε τις προσπάθειές του να δημιουργήσει μια αυτοκρατορία εκεί. Ο Γάλλος στρατηγός επέστρεψε στη Γαλλία χωρίς το στρατό του αργότερα μέσα στη χρονιά, αφήνοντας τον στρατηγό Ζαν-Μπατίστ Κλεμπέρ ως διοικητή της Αιγύπτου.Οι Οθωμανοί, με τους οποίους ο Βοναπάρτης ήλπιζε πως θα πραγματοποιούσε (εξανάγκαζε στην ουσία) συμμαχία εφ' όσον αποκτούσε τον έλεγχο της Αιγύπτου, ενθαρρύνθηκαν από τη Ναυμαχία του Νείλου και άρχισαν τον πόλεμο κατά της Γαλλίας. Αυτό οδήγησε σε σειρά εκστρατειών που υπονόμευσαν αργά την ισχύ του γαλλικού στρατού που ήταν παγιδευμένος στην Αίγυπτο. Η νίκη των Βρετανών ενθάρρυνε επίσης την Αυστριακή Αυτοκρατορία και τη Ρωσική Αυτοκρατορία, οι οποίες συγκέντρωναν στρατεύματα ως μέλη του Δεύτερου Συνασπισμού, ξεκινώντας πόλεμο κατά της Γαλλίας το 1799. Με τη Μεσόγειο ανυπεράσπιστη, ρωσικός στόλος εισήλθε στο Ιόνιο Πέλαγος, ενώ αυστριακά στρατεύματα ανακατέλαβαν μεγάλο μέρος της ιταλικής επικράτειας που είχαν χάσει από τον Βοναπάρτη στον προηγούμενο πόλεμο. Χωρίς τους καλύτερους στρατηγούς και τους βετεράνους τους, οι Γάλλοι υπέστησαν σειρά ηττών και μόνο με την επιστροφή του Βοναπάρτη που επέστρεψε για να γίνει Πρώτος Ύπατος, η Γαλλία μπόρεσε να επανακτήσει ισχυρή θέση στην ηπειρωτική Ευρώπη. Το 1801 βρετανική εκστρατευτική δύναμη κατανίκησε τα χωρίς ηθικό υπολείμματα του γαλλικού στρατού στην Αίγυπτο. Το Βασιλικό Ναυτικό χρησιμοποίησε την κυριαρχία του στη Μεσόγειο για να εισβάλει στην Αίγυπτο χωρίς το φόβο ενέδρας κατά τα αγκυροβόλιά του στις αιγυπτιακές ακτές.Παρά τη συντριπτική νίκη των Βρετανών στην κρίσιμη ναυμαχία, η εκστρατεία θεωρείται εν μέρει στρατηγική επιτυχία της Γαλλίας. Ο ιστορικός Έντουαρντ Ίνγκραμ σημείωσε πως αν ο Νέλσον είχε αναχαιτίσει επιτυχώς τον Βοναπάρτη στ΄ ανοιχτά όπως είχε διαταχθεί, η επακόλουθη ναυμαχία θα είχε εκμηδενίσει τόσο το γαλλικό στόλο όσο και τα μεταγωγικά. Όπως έγιναν τα πράγματα, ο Βοναπάρτης ήταν ελεύθερος να συνεχίσει τον πόλεμο στη Μέση Ανατολή και να επιστρέψει αργότερα στην Ευρώπη όντας προσωπικά άθικτος. Το ενδεχόμενο μιας επιτυχούς επιχείρησης του Βασιλικού Ναυτικού κατά τον πλουν του Βοναπάρτη προς την Αίγυπτο, που θα άλλαζε την πορεία της ιστορίας, υπογραμμίζεται από τους αξιωματικούς του γαλλικού στρατού που βρίσκονταν στη νηοπομπή και οι οποίοι αργότερα σχημάτισαν τον πυρήνα των στρατηγών και των ναυάρχων του αργότερα αυτοκράτορα, Ναπολέοντα. Μαζί με τον Βοναπάρτη βρίσκονταν στη Μεσογειακή εκστρατεία οι Λουί-Αλεξάντρ Μπερτιέ, Ωγκύστ ντε Μαρμόν, Ζαν Λαν, Ζοακίμ Μυρά, Ζαν-Αντός Ζυνό, Λουί Νικολά Νταβού, Λουί Σαρλ Αντουάν Ντεσαί, Ζαν-Λουί-Εμπενεζέρ Ρενιέ, Αντουάν-Φρανσουά Αντρεοσσύ, και Γκιγιώμ-Ματιέ Ντυμά. Η Ναυμαχία του Νείλου παραμένει μια από τις πιο γνωστές επιτυχίες του Βρετανικού Βασιλικού Ναυτικού, και κατέχει εξέχουσα θέση στη βρετανική λαϊκή συνείδηση, έχοντας αναπαρασταθεί σε πληθώρα σχεδίων, πινάκων ζωγραφικής, γελοιογραφιών, ποιημάτων και θεατρικών παραστάσεων. Ένα από τα πιο γνωστά ποιήματα σχετικά με τη ναυμαχία είναι το Καζαμπιάνκα, το οποίο έγραψε η Φελίσια Ντορόθεα Χέμανς το 1826 και περιγράφει μια φανταστική εκδοχή του θανάτου του γιου του πλοιάρχου Καζαμπιάνκα στο Orient. Ανεγέρθησαν μνημεία, όπως η Βελόνα της Κλεοπάτρας στο Λονδίνο, ένας οβελίσκος τον οποίο ο Μεχμέτ Αλή της Αιγύπτου δώρησε στη Μεγάλη Βρετανία το 1819 σε ανάμνηση της ναυμαχίας του 1798 και της εκστρατείας του 1801, αλλά το μνημείο στήθηκε στην Αποβάθρα της Βικτωρίας το 1878. Ένα ακόμη μνημείο, η Συστάδα του Νείλου κοντά στο Έιμζμπερι, αποτελείται από οξιές που φυτεύτηκαν από τον λόρδο Κουίνσμπερι, από κληροδότημα της λαίδης Χάμιλτον και του σερ Τόμας Χάρντυ μετά το θάνατο του Νέλσον. Τα δέντρα σχηματίζουν την κάτοψη της ναυμαχίας. Κάθε δέντρο αναπαριστά τη θέση ενός βρετανικού ή γαλλικού πλοίου. Παρόμοιο μνημείο με δέντρα λέγεται πως δημιουργήθηκε κοντά στο Ένγουικ από τον σύμβουλο του Νέλσον, Αλεξάντερ Ντέιβισον. Το Βασιλικό Ναυτικό τίμησε τη ναυμαχία με την ονοματοδοσία των πλοίων HMS Aboukir και HMS Nile, και το 1998 τίμησε την 200ή επέτειο της ναυμαχίας με επίσκεψη στον κόλπο του Αμπουκίρ της σύγχρονης φρεγάτας HMS Somerset, της οποίας το πλήρωμα έριξε στεφάνια εις μνήμην αυτών που έχασαν τη ζωή τους εκεί.Αν και ο βιογράφος του Νέλσον, Ερνλ Μπράντφορντ, υπέθεσε το 1977 πως τα υπολείμματα του Orient «είναι σχεδόν αδύνατο να ανασυρθούν», οι πρώτες αρχαιολογικές έρευνες στον χώρο της ναυμαχίας ξεκίνησαν το 1983, όταν γαλλική ερευνητική ομάδα υπό τον Ζακ Ντυμά ανακάλυψε το ναυάγιο της γαλλικής ναυαρχίδας. Ο Φρανκ Γκοντιό ανέλαβε στη συνέχεια το έργο, ηγούμενος ένας μεγάλου προγράμματος εξερεύνησης του κόλπου το 1998. Ανακάλυψε πως τα υλικά είχαν διασκορπιστεί σε περιοχή διαμέτρου 500 μέτρων. Πέρα από στρατιωτικό και ναυτικό εξοπλισμό, ο Γκοντιό ανακάλυψε μεγάλο αριθμό χρυσών και ασημένιων νομισμάτων από χώρες της Μεσογείου, μερικά εκ των οποίων ήταν του 17ου αιώνα. Θεωρείται πιθανό πως ήταν μέρος του θησαυρού που κατελήφθη στη Μάλτα και χάθηκε με την έκρηξη του Orient. Το 2000, ο Ιταλός αρχαιολόγος Πάολο Γκάλλο πραγματοποίησε ανασκαφή εστιάζοντας στα αρχαιολογικά ευρήματα της Νήσου του Νέλσον. Αποκάλυψε αρκετούς τάφους που χρονολογούνται από τη ναυμαχία, καθώς και άλλους ατόμων που τάφηκαν κατά την εισβολή του 1801. Οι τάφοι αυτοί, στους οποίους περιλαμβανόταν μια γυναίκα και τρία παιδιά, μεταφέρθηκαν το 2005 σε κοιμητήριο στο Σάτμπι της Αλεξάνδρειας. Την εκταφή συνόδευσαν ναύτες της σύγχρονης φρεγάτας HMS Chatham και μπάντα του Αιγυπτιακού Πολεμικού Ναυτικού, καθώς και απόγονος του μοναδικού ταυτοποιημένου ταφέντος, διοικητή Τζέιμς Ράσελ. Πολυμέσα σχετικά με το θέμα Ναυμαχία του Νείλου στο Wikimedia Commons Hannay, David (1911) «Nile, Battle of the» στο: Chisholm, Hugh, επιμ. Εγκυκλοπαίδεια Μπριτάννικα 19 (11η έκδοση) Cambridge University Press, σσ. 699–700
Η Ναυμαχία του Νείλου (γνωστή και ως Ναυμαχία του Κόλπου του Αμπουκίρ, αγγλικά: Battle of Aboukir Bay‎, γαλλικά: Bataille d'Aboukir‎, αραβικά: معركة أبي قير البحرية‎) ήταν μία σημαντική ναυμαχία μεταξύ του Βρετανικού Βασιλικού Ναυτικού και του Ναυτικού της Γαλλίας, η οποία έλαβε χώρα στη Μεσόγειο, στον Κόλπο του Αμπουκίρ κοντά στο Δέλτα του Νείλου, μεταξύ 1-3 Αυγούστου του 1798. Η ναυμαχία αποτέλεσε το αποκορύφωμα των ναυτικών επιχειρήσεων, που κλιμακώθηκαν κατά μήκος της Μεσογείου κατά τους τρεις προηγούμενους μήνες, όταν μεγάλη γαλλική νηοπομπή έπλευσε από την Τουλόν στην Αλεξάνδρεια, μεταφέροντας εκστρατευτική δύναμη υπό τον στρατηγό Ναπολέοντα Α΄ Βοναπάρτη, ενώ ο βρετανικός στόλος τον αναζητούσε. Τελικά οι Βρετανοί, σε ναυμαχία υπό την ηγεσία του υποναυάρχου σερ Οράτιου Νέλσον, κατήγαγαν αποφασιστική νίκη κατά των Γάλλων του αντιναυάρχου Φρανσουά-Πωλ Μπρυαί ντ' Αιγκαλλιέ. Ο Ναπολέων Βοναπάρτης επιδίωξε να εισβάλει στην Αίγυπτο ως το πρώτο του βήμα για την εκστρατεία κατά της Βρετανικής Ινδίας, μέρος μιας μεγαλύτερης προσπάθειας απομάκρυνσης της Βρετανίας από την εμπλοκή στους Πολέμους της Γαλλικής Επανάστασης. Καθώς ο στόλος του Βοναπάρτη διέσχιζε τη Μεσόγειο, καταδιώχθηκε από βρετανική δύναμη υπό τον Νέλσον, ο οποίος είχε σταλεί από το βρετανικό Ναυαρχείο στον ποταμό Τάγο (αποτελούσε και αγκυροβόλιο του Βασιλικού Ναυτικού), για να εξακριβώσει το σκοπό της γαλλικής εκστρατείας αλλά και για να την αντιμετωπίσει. Καταδίωξε τους Γάλλους για πάνω από δύο μήνες, στις περισσότερες περιπτώσεις χάνοντάς τους για λίγες μόλις ώρες. Ο Ναπολέων Βοναπάρτης ήταν ενήμερος για την καταδίωξη του Νέλσον και επέβαλε πλήρη μυστικότητα σχετικά με τον προορισμό του. Μπόρεσε να καταλάβει τη Μάλτα και έπειτα να αποβιβαστεί στην Αίγυπτο χωρίς να εμποδιστεί από τις βρετανικές ναυτικές δυνάμεις. Ενώ ο γαλλικός στρατός ήταν πλέον στην ξηρά, ο γαλλικός στόλος αγκυροβόλησε στον Κόλπο του Αμπουκίρ, 32 χιλιόμετρα βορειοανατολικά της Αλεξάνδρειας. Ο διοικητής του, αντιναύαρχος Μπρυαί, θεωρούσε πως κατείχε μια εξαιρετική αμυντική θέση. Ο βρετανικός στόλος έφτασε στα ανοιχτά της Αιγύπτου την 1η Αυγούστου και όταν εντόπισε το γαλλικό του Μπρυαί, ο Νέλσον διέταξε άμεση επίθεση. Τα πλοία του πλησίασαν στη γαλλική γραμμή και διαχωρίστηκαν σε δύο τμήματα καθώς πλησίαζαν. Ένα από αυτά διέσπασε την κεφαλή της γραμμής των γαλλικών πολεμικών και πέρασε διαμέσου των αγκυροβολημένων γαλλικών πλοίων και της ακτής, ενώ τα υπόλοιπα ενεπλάκησαν με την προς το πέλαγος πλευρά του γαλλικού στόλου. Έχοντας παγιδευτεί σε διασταυρούμενα πυρά, τα πιο αξιόμαχα γαλλικά πολεμικά αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν μετά από βίαιη τρίωρη ναυμαχία, ενώ το κεντρικό τμήμα κατάφερε να αποκρούσει την αρχική βρετανική επίθεση. Όταν έφτασαν βρετανικές ενισχύσεις, το κέντρο των Γάλλων βρέθηκε εν μέσω νέας επίθεσης και στις 22:00 η γαλλική ναυαρχίδα Orient εξερράγη. Το οπίσθιο τμήμα του γαλλικού στόλου προσπάθησε να διαφύγει από τον κόλπο, αλλά ο Μπρυαί σκοτώθηκε, η εμπροσθοφυλακή και το κέντρο ηττήθηκαν, και μόνο δύο πλοία γραμμής και δύο φρεγάτες από τα συνολικά 17 εμπλεκόμενα πλοία της Γαλλίας κατάφεραν να διαφύγουν. Η ναυμαχία αντέστρεψε τη στρατηγική θέση των δύο κύριων αντιμαχόμενων δυνάμεων στη Μεσόγειο και εδραίωσε το Βρετανικό Βασιλικό Ναυτικό σε κυρίαρχη θέση, την οποία και διατήρησε για το υπόλοιπο του πολέμου. Επίσης, ενθάρρυνε και άλλα ευρωπαϊκά έθνη να συνταχθούν εναντίον της Γαλλίας και ήταν ένας από τους παράγοντες του σχηματισμού του Δεύτερου Συνασπισμού εναντίον της. Ο στρατός του Βοναπάρτη παγιδεύτηκε στην Αίγυπτο και η κυριαρχία του Βασιλικού Ναυτικού στα ανοικτά των συριακών ακτών συνέβαλε σημαντικά στην ήττα του στην Πολιορκία της Άκρας το 1799, η οποία προηγήθηκε της επιστροφής του Βοναπάρτη στην Ευρώπη. Ο Νέλσον τραυματίστηκε στη ναυμαχία, αλλά αναγορεύθηκε ήρωας σε όλη την Ευρώπη και στη συνέχεια ονομάστηκε Βαρόνος Νέλσον — αν και ο ίδιος δεν ήταν ικανοποιημένος με τις βραβεύσεις του. Οι πλοίαρχοι του έλαβαν, επίσης, εγκωμιαστικά σχόλια και συνέχισαν με τη δημιουργία του πυρήνα της θρυλικής Αδελφότητας του Νέλσον. Ο θρύλος της μάχης παρέμεινε σε εξέχουσα θέση στη λαϊκή συνείδηση, με πιθανώς πιο γνωστή αναπαράστασή της το ποίημα Καζαμπιάνκα της Φελίσια Χέμανς το 1826.