Natura 2000 Νομού Αιτωλοακαρνανίας
 Δάσος Βαλανιδιάς Σκουρτού Παλαιομάνινας (ΑΤ2011026) Δάσος Φράξου Λεσινίου (ΑΤ2011010) Κλεισούρα Μεσολογγίου (ΑΤ2080112) Λίμνη Κομήτη Βόνιτσας (ΑΤ2011097) Λόφος και φρούριο Βόνιτσας (ΑΤ2011101) Ναύπακτος (ΑΤ2010028) Νησάκι Κουκουμίτσα Βόνιτσας (ΑΤ2011100) Νησίδα Κλείσοβα και λιμνοθάλασσα Κλείσοβας (ΑΤ2011102) Νησίδα Οξειά (ΑΤ2011024) Νησίδες Αγίου Νικολάου (ΑΤ2011098) Νήσος Κάλαμος (ΑΤ2011103) Όρος Βαράσοβα (ΑΤ2010026) Στενά Αχελώου (ΑΤ2011040) Φαράγγι Κότσαλου (ΑΤ2011011) Φρούριο Αγίας Μαύρας και περιβάλλων χώρος (ΑΤ2011099) Βιοποικιλότητα στην Ελλάδα
Τοπία με ιδιαίτερο φυσικό κάλλος χαρακτηρίζει τον νομό Αιτωλοακαρνανίας. Ο νομός διακρίνεται από περιοχές που συμπεριλαμβάνονται στο πανευρωπαϊκό δίκτυο Νatura (Φύση) 2000, προστασίας των ειδών και των ενδιαιτημάτων τους.