Μυκοθεραπεία
 Οι μύκητες είναι μικροσκοπικοί ευκαρυωτικοί οργανισμοί που παρουσιάζουν ανάπτυξη σε διάφορα υποστρώματα και είναι σε θέση να συνεχίσουν τη λειτουργία τους σχεδόν άπειρα. Αυτοί οι οργανισμοί, στους οποίους συμπεριλαμβάνεται η μούχλα, η μαγιά και οι νηματοειδείς μύκητες, είναι μοναδικοί μικροοργανισμοί που μπορούν να χρησιμοποιηθούν στην αποκατάσταση των αποβλήτων και των λυμάτων. Πολλοί σαπροφυτικοί νηματοειδείς μύκητες είναι δυνατόν να αποδομήσουν χημικές ενώσεις των υδάτινων λυμάτων, συμβάλλοντας έτσι στον καθαρισμό τους. Ένας από τους πρωταρχικούς ρόλους των μυκήτων στο οικοσύστημα είναι η αποσύνθεση, που πραγματοποιείται από το μυκήλιο. Το μυκήλιο εκκρίνει εξωκυτταρικά ένζυμα και οξέα που οδηγούν στην κατάρρευση της λιγνίνης και της κυτταρίνης, τα δύο βασικά δομικά στοιχεία των φυτικών ινών. Οι συγκεκριμένες οργανικές ενώσεις αποτελούνται από μακριές αλυσίδες άνθρακα και υδρογόνου, δομικά παρόμοιες με πολλούς οργανικούς ρύπους. Το κλειδί για την μυκοθεραπεία είναι ο καθορισμός των κατάλληλων ειδών μυκήτων για να στοχεύσει κανείς σε ένα συγκεκριμένο ρύπο. Για παράδειγμα, ορισμένα στελέχη έχουν αναφερθεί ότι αποδόμησαν ικανοποιητικά το αέριο VX και το αέριο σαρίνΕκτός από τις φυτικές ίνες, οι μύκητες αποδομούν μια ευρεία ποικιλία υλικών και ενώσεων, με διαδικασίες γνωστές ως μυκοδιάβρωση και μυκοφθορά. Οι αποδομητικές δραστηριότητες των μυκήτων έχουν αναγνωριστεί σε διάφορα υλικά εκτός του ξύλου, όπως τα υφάσματα, η πλαστική ύλη, το δέρμα, τα ηλεκτρομονωτικά υλικά και διάφορα υλικά περιτυλίγματος. Πολυαιθυλένιο, με μοριακό βάρος 4.000 έως 28.000, αποικοδομείται με την καλλιέργεια του Penicillium simplicissimum YK. Ένζυμα του Mucor rouxii NRRL 1835 και του Aspergillus flavus παρήγαγαν αλλαγές στις μηχανικές ιδιότητες και το βάρος σάκων πολυαιθυλενίου, ενώ το Resinicium bicolor φάνηκε να είναι ο πλέον αποτελεσματικός μύκητας για την αποτοξίνωση ρύπων ελαστικών πριν τον αποβουλκανισμό τους]. Σε πείραμα που διεξήχθη, συγκεκριμένος τόπος μολυσμένος με πετρέλαιο εμβολιάστηκε με μυκήλια μανιταριών. Μετά από τέσσερεις εβδομάδες, το 95% πολλών πολυκυκλικών αρωματικών υδρογονανθράκων υποβαθμίστηκε σε μη τοξικά συστατικά. Φαίνεται ότι η φυσική μικροβιακή κοινότητα με τη συμμετοχή των μυκήτων είναι δυνατόν να διασπάσει τους ρυπαντές σε διοξείδιο του άνθρακα και νερό. Οι μύκητες αποσύνθεσης του ξύλου είναι ιδιαίτερα αποτελεσματικοί στην αποδόμηση αρωματικών ρύπων (τοξικά συστατικά του πετρελαίου), καθώς και χλωριωμένες ενώσεις (ορισμένα ανθεκτικά φυτοφάρμακα). Επίσης, δύο είδη του μύκητα Pestalotiopsis είναι ικανά καταναλώνουν πολυουρεθάνη σε αερόβιες και αναερόβιες συνθήκες, όπως συμβαίνει σε τόπους υγειονομικής ταφής. Οι μύκητες επίσης βοηθούν στην αποδόμηση του σκυροδέματος. Ο νηματοειδής μύκητας του γένους Fusarium συμβάλλει στην απώλεια ασβεστίου και του βάρους του σκυροδέματος. Η αύξηση του πορώδους του τσιμέντου και η απώλεια της αντοχής σε κάμψη με χαμηλή έκπλυση του ασβεστίου αποδόθηκαν σε οξέα που παράγονται από τον Aspergillus niger και τους μύκητες της τάξης Mycelia sterilia. Η άμεση επαφή του μυκηλίου με την επιφάνεια του τσιμέντου δεν είναι απαραίτητη. Οι μαύροι μύκητες, όπως είναι ο μύκητας ΡΗΟΜΑ και ο ασκομύκητας του γένους Alternaria αλληλεπιδρούν με μαρμάρινες επιφάνειες και προκαλούν φυσική, χημική και αισθητική βλάβη. Ο πανταχού παρών μύκητας Aureobasidium pullulans, που μοιάζει με μαγιά, αποικίζει το πλαστικοποιημένο πολυβινυλοχλωρίδιο (pPVC) σε 25 έως 40 εβδομάδες από τη στιγμή της έκθεσης του υλικού στον μύκητα. Ο Aureobasidium pullulans αναπτύσσεται σε άθικτο σκεύασμα pPVC, το οποίο χρησιμοποιεί ως μόνη πηγή άνθρακα και εκκρίνει εξωκυτταρική εστεράση, προκαλώντας απώλεια βάρους του υποστρώματος. Η παγκόσμια εκβιομηχάνιση έχει ως αποτέλεσμα την απελευθέρωση τοξικών και ανθεκτικών βαρέων μετάλλων στο περιβάλλον που προκαλούν επιβλαβείς οικολογικές συνέπειες και συνιστούν σοβαρή απειλή για τα ζώα και τον άνθρωπο. Συμβάλλουν επίσης στην κινητικότητα των μετάλλων μέσω της έκπλυσης. Αρκετές βιομηχανίες που χρησιμοποιούν ηλεκτρολύτες ή παράγουν ηλεκτρονικά κυκλώματα, χάλυβα και άλλες ουσίες που περιέχουν μέταλλα διαχέονται ως λύματα στο περιβάλλον. Στις Ηνωμένες Πολιτείες οι 389 από τις 703 τοποθεσίες του «Καταλόγου Εθνικής Προτεραιότητας» περιέχουν προσμείξεις τοξικών μετάλλων και τουλάχιστον 100.000 τέτοιες θέσεις εκτιμάται ότι υφίστανται στην Ευρωπαϊκή Ένωση.Η συσσώρευση των μετάλλων από μύκητες έγινε περισσότερο γνωστή τα τελευταία χρόνια εξαιτίας των εφαρμογών της στην προστασία του περιβάλλοντος και την ανάκτηση των μετάλλων. Η βιολογική απομάκρυνση των μετάλλων από διαλύματα μπορούν να χωριστούν σε τρεις κατηγορίες: Βιοαπορρόφηση μεταλλικών ιόντων επί της επιφανείας των μυκήτων. Ενδοκυτταρική πρόσληψη μεταλλικών ιόντων. Χημικός μετασχηματισμός μεταλλικών ιόντων από μύκητες.Η βιοαπορρόφηση είναι μια διαδικασία ψευδοανταλλαγής ιόντων, στην οποία ιόν μετάλλου ανταλλάσσεται με ένα ιόν στη βιομάζα ή ρητίνη. Σε γενικές γραμμές, οι νηματοειδείς μύκητες διαθέτουν υψηλότερες ικανότητες προσρόφησης για απομάκρυνση βαρέων μετάλλων. Οι υδάτινοι μύκητες είναι επίσης γνωστό ότι συσσωρεύουν βαρέα μέταλλα. Οι θαλάσσιοι μύκητες Corollospora lacera και Monodictys pelagica συσσωρεύουν τον μολύβδο και το κάδμιο εξωκυτταρικά στα μυκήλια. «Αξιολόγηση στελεχών απομονωμένων μυκήτων από εγκατάσταση ανακύκλωσης» (PDF). Ανακτήθηκε στις 26 Ιουλίου 2016.
Η μυκοθεραπεία ή μυκοαποκατάσταση εδάφους είναι μια μορφή βιοαποκατάστασης στην οποία χρησιμοποιούνται για την απολύμανση μιας περιοχής μύκητες. Ο όρος αναφέρεται ειδικά στη χρήση του μυκηλίου των μυκήτων στη διαδικασία της βιοθεραπείας εδάφους. Επιπρόσθετα, ο όρος μυκοθεραπεία αναφέρεται και στην χρήση μανιταριών (φαρμακευτικών και μη) για την ενίσχυση του οργανισμού, ανθρώπων και ζώων, ενώ ήδη στην US National Library of Medicine δημοσιεύονται τα αποτέλεσματα της χρήσης της μυκοθεραπείας σε αυτό το πλαίσιο. Πιο συγκεκριμένα, Μυκοθεραπεία ορίζεται ως "η μελέτη της χρήσης εκχυλισμάτων και ενώσεων που λαμβάνονται από μανιτάρια ως φάρμακα ή παράγοντες που προάγουν την υγεία". Η Μυκοθεραπεία αποτελεί ένα μεγάλο κομμάτι της ολιστικής ιατρικής, η οποία είναι μία αρμονική συνέργεια μεταξύ της κλασικής και της συμπληρωματικής προστασίας της υγείας. Ο όρος "Μυκοθεραπεία" αρχικά χρησιμοποιήθηκε μόνο για την πενικιλίνη το 1928. Ωστόσο, πολύ σύντομα διάφορα άλλα φαρμακευτικά μόρια ανιχνεύθηκαν σε μίκρο- και μάκρο-μύκητες. Υπάρχουν πολυάριθμες επιστημονικές δημοσιεύσεις για τα οφέλη που έχει η Μυκοθεραπεία. Παρόλα αυτά, για ορισμένα μόρια απαιτούνται διπλές-τυφλές μελέτες πριν αρχίσει η γενική χρήση .