Δ΄ Εθνική ποδοσφαίρου ανδρών 1998-99
 Στον όμιλο μετείχαν: 9 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Αθηνών (Ακράτητος, Αχαρναϊκός, Α.Ο. Χαϊδαρίου, Θρασύβουλος, Άρης Πετρούπολης, Αστέρας Ζωγράφου, Αγία Ελεούσα, Αήττητος Σπάτων, Ολυμπιακός Λιοσίων) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Φθιώτιδας (Α.Σ. Λαμία, Ηρακλής Ροδίτσας) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Ευβοίας (Α.Ο. Χαλκίδα, Δόξα Προκοπίου) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Φωκίδας (Φωκικός Άμφισσας, Αστέρας Ιτέας) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Ευρυτανίας (Α.Π.Ο.Κ. Βελούχι, Εύρυτος Λαγκαδιάς) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Βοιωτίας (Παμβαγιακός). Στον όμιλο μετείχαν: 5 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Πειραιά (Βύζας Μεγάρων, Χαλκηδόνα, Μανδραϊκός, Ένωση Ασπροπύργου και Α.Ο. Ποντίων) 3 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Ηρακλείου (Εργοτέλης, Π.Ο. Ατσαλένιου, Π.Α.Ν.Ο. Μαλίων) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Ρεθύμνου (Νέος Αστέρας Ρεθύμνου) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Λασιθίου (Ο.Φ. Ιεράπετρας) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Χανίων (Α.Ε. Χανίων) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Χίου (Ηρακλής Θυμιανών) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Λέσβου (Αετός Λουτρών) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Κυκλάδων (Α.Ο. Μυκόνου, Α.Ο. Σύρου) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου (Ηρακλής Μαριτσών) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Σάμου (Ίκαρος Αγ. Κηρύκου) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Αθηνών (Φωστήρας Ταύρου). Ο Α.Ο. Ποντίων Νίκαιας αποχώρησεαπό το πρωτάθλημα τη 15η αγωνιστική λόγω οικονομικών προβλημάτων. Στον όμιλο μετείχαν: 3 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Μεσσηνίας (Πάμισος Μεσσήνης, Μεσσηνιακός, Απόλλων Καλαμάτας) 3 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Λακωνίας (Αστέρας Βλαχιώτη, Μολαϊκός, Α.Ο. Δαφνίου) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Αρκαδίας (Α.Σ. Λεωνίδιο, Πανθυρεατικός) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Αχαΐας (Εθνικός Σαγέικων, Α.Π.Σ. Πάτραι) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Ηλείας (Α.Ε.Κ. Πύργου, Α.Ο. Πύργος) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Κορινθίας (Α.Π.Σ. Κόρινθος, Παγκορινθιακός) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Ζακύνθου (Α.Π.Σ. Ζάκυνθος, Δόξα Λιθακιάς) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Αργολίδας (Πανναυπλιακός) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Κεφαλληνίας-Ιθάκης (Εύγερος Φαρακλάδων). Ο Α.Ο. Πύργος δεν κατέβηκε στο πρωτάθλημα Στον όμιλο μετείχαν: 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Θεσπρωτίας (Θεσπρωτός Ηγουμενίτσας, Α.Ε. Νέας Σελεύκειας) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Ηπείρου (Ολυμπιακός Πανηπειρωτικού, Πασσαρώνα Ροδοτοπίου) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Άρτας (Αναγέννηση Άρτας, Μέλισσα Άρτας) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Πρέβεζας-Λευκάδας (Εθνικός Φιλιππιάδας, Τηλυκράτης Λευκάδας) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Κέρκυρας (Α.Ο. Κέρκυρα, Θιναλιακός Αχαράβης) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Αιτωλοακαρνανίας (Α.Ο. Ελαιοφύτου, Ακαρνανικός Φυτειών) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Καρδίτσας (Ερμής Μαυραχάδων, Ηρακλής Σοφάδων) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Λάρισας (Αχιλλέας Φαρσάλων, Α.Ο. Νέων Καρυών) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Τρικάλων (Λύκοι Πινδαίων) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Θεσσαλίας (Γ.Σ. Αλμυρού). Οι Ολυμπιακός Παν., Ερμής Μαυρ. και Εθνικός Φιλ. έχουν από ένα μηδενισμό και -1 βαθμό. Ο Θιναλιακός έχει ένα μηδενισμό και -3 βαθμούς. Στον όμιλο μετείχαν: 3 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Πιερίας (Α.Ε. Καρίτσας, Εθνικός Κατερίνης, Ποσειδώνας Νέων Πόρων) 3 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Λάρισας (Α.Ε. Τυρνάβου, Απόλλων Λάρισας, Ηρακλής Χάλκης) 3 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Μακεδονίας (Αγροτικός Αστέρας, Οδυσσέας Κορδελιού, Π.Α.Ο. Κουφαλίων) 3 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Πέλλας (Αλμωπός Αριδαίας, Αναγέννηση Γιαννιτσών, Δόξα Μανδάλου) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Κοζάνης (Άρης Ποντοκώμης, Π.Α.Σ. Πτολεμαϊδα) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Ημαθίας (Μέγας Αλέξανδρος Τρικάλων Ημαθίας) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Καστοριάς (Ορεστιάδα Ποριάς) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Φλώρινας (Ελλάς Άνω Καλλινίκης) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Γρεβενών (Κεραυνός Αγ. Γεωργίου). Η Ελλάς Καλ. έχει δύο μηδενισμούς και -6 βαθμούς. Στον όμιλο μετείχαν: 3 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Δράμας (Ακρίτας Νέας Κρώμνης, Μέγας Αλέξανδρος Αγ. Αθανασίου, Πανδραμαϊκός) 3 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Έβρου (Ακρίτας Νέας Βύσσας, Ορφέας Αλεξανδρούπολης, Ορέστης Ορεστιάδας) 3 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Μακεδονίας (Αχιλλέας Τριανδρίας, Α.Ε. Νέας Κρήνης, Α.Σ. Νεάπολη Θεσσαλονίκης) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Καβάλας (Νέστος Χρυσούπολης, Ορφέας Ελευθερούπολης) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Σερρών (Αναγέννηση Νέου Πετριτσίου, Εθνικός Σιδηροκάστρου) 2 ομάδες από την Ε.Π.Σ. Ξάνθης (Α.ΠΟ.Ξ. Ξάνθη, Ορφέας Ξάνθης) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Κιλκίς (Α.Ε. Πολυκάστρου) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Χαλκιδικής (Π.Ο. Νέας Καλλικράτειας) 1 ομάδα από την Ε.Π.Σ. Θράκης (Αστέρας Αιγείρου) Ο Μ. Αλέξανδρος Αγ. Αθανασίου και η Α.Ε. Νέας Κρήνης έχουν από ένα μηδενισμό και -1 βαθμό. rsssf.com:Greece - List of Fourth Level Final Tables (archive)
Το πρωτάθλημα της Δ΄ Εθνικής ποδοσφαίρου 1998–99 διοργανώθηκε με τη συμμετοχή 108 ομάδων, οι οποίες χωρίστηκαν σε 6 ομίλους με 18 ομάδες ο καθένας. Ο πρωταθλητής του κάθε ομίλου εξασφάλισε την άνοδό του στη Γ΄ Εθνική ενώ οι ομάδες από την 8η θέση και κάτω υποβιβάστηκαν στα Τοπικά Πρωταθλήματα.