من عام 1897 حتى عام 1902 ليوتي خدم في مدغشقر، مرة أخرى تحت غاليني. نهض شمال وغرب مدغشقر، ليدير منطقة ديالها 200 ألف ساكن، باش يبني عاصمة محافظة جديدة في أنكازوبي وطريق جديد عبر الجزيرة. شجع زراعة الأرز والبن والتبغ والحبوب والقطن، وفتح المدارس. في عام 1900 أصبح حاكم جنوب مدغشقر، وهي منطقة ثلث حجم فرنسا، مع مليون نسمة؛ 80 ضابط و 4000 جندي خدمو تحت لوائه. ترقّى هو أيضا للعقيد في عام 1900. في مدغشقر كتب لوالده:
سؤال: شنو كانت الأهداف الرئيسية ديال حاكم ليوتي في مدغشقر؟
ج: الأهداف الرئيسية ديال ليوتي في مدغشقر هي تهدئة البلاد، تحديث اقتصادها، وتعزيز النفوذ الفرنسي. نفذ سلسلة من الإصلاحات، بما فيها إدخال قانون جديد، وإعادة تنظيم الإدارة الإقليمية، وبناء طرق وبنية تحتية جديدة. وشجع أيضا تطوير صناعات جديدة، من قبيل إنتاج المنسوجات وزراعة البن والتبغ.