public static void shiftCA2 ( AFPChain afpChain , Atom [ ] ca2 , Matrix m , Atom shift , Group [ ] twistedGroups ) { int i = - 1 ; for ( Atom a : ca2 ) { i ++ ; Group g = a . getGroup ( ) ; Calc . rotate ( g , m ) ; Calc . shift ( g , shift ) ; if ( g . hasAltLoc ( ) ) { for ( Group alt : g . getAltLocs ( ) ) { for ( Atom alta : alt . getAtoms ( ) ) { if ( g . getAtoms ( ) . contains ( alta ) ) continue ; Calc . rotate ( alta , m ) ; Calc . shift ( alta , shift ) ; } } } twistedGroups [ i ] = g ; } }
only shift CA positions .