private double checkScore ( ) { int i , j , op , s ; double sco ; sco = 0 ; op = 0 ; s = 0 ; i = B1 ; j = B2 ; while ( i <= E1 && j <= E2 ) { op = sapp0 [ s ++ ] ; if ( op == 0 ) { sco += sij [ i - 1 ] [ j - 1 ] ; //if (debug) //System.err.println(String.format("%d-%d %f\n", i - 1, j - 1, sij[i - 1][j - 1])); i ++ ; j ++ ; } else if ( op > 0 ) { sco -= g + op * h ; j = j + op ; } else { sco -= g - op * h ; i = i - op ; } } return ( sco ) ; }
checkscore - return the score of the alignment stored in sapp