Once the poppy seed is cleaned, it should be stored in ventilated containers, or big-bags or bags certified for packaging of bulk foodstuffs, with no direct contact with the floor of the storage place.
Parmi les méthodes les plus efficaces figurent le lavage et le trempage, les traitements thermiques — à des températures d'au moins 135 °C (mais de préférence supérieures à 200 °C), à des températures plus basses (100 °C par exemple) associées à l'humidification ou au lavage —, ainsi que la mouture et la combinaison de plusieurs traitements.