A la Universidad del Atlántico ingresaron paramilitares haca 1998, con el asesinato del profesor Raúl Peña y la desaparición y homicidio del estudiante Alexander Acuña. También fueron asesinados los estudiantes Reynaldo Serna y Humberto Contreras, quienes eran líderes universitarios y fueron perseguidos desde el Estado, pues antes de sus asesinatos se les abrieron procesos por rebelión.	En su análisis, la Fiscalía consideró que "la existencia de una política contra una determinada comunidad (como la Universidad del Atlántico), el establecimiento de instituciones (o la toma de las mismas) para implementar dicha política, el hecho de que se involucren políticos, directivos o militares de alto rango", entre otros factores como la repetición de la violencia contra la población civil, puedes demostrar que casos como el de Freytter Romero fueron generalizados y sistemáticos.	En todos los casos, ocurridos entre 1997 y 2006, se dio una repetición de actos como falsas denuncias, persecuciones penales y homicidio contra los miembros de la comunidad universitaria. Dice la Fiscalía que además fue un ataque generalizado y sistemático en el que se cometieron actos inhumanos como la tortura y que tuvo un móvil discriminatorio, en el caso de Freytter, con una motivación política.	
Declaran de lesa humanidad homicidio de profesor Freytter Romero