Integró la selección en 102 oportunidades, nueve menos que Carlos “Pibe” Valderrama, el jugador que participó en más compromisos con el equipo nacional. Yepes fue una de las figuras del plantel de Colombia que se adjudicó la Copa América de 2001 y se clasificó a cuartos de final en la Copa del Mundo de Brasil 2014.	
Yepes será ‘funcionario’ de apoyo a selecciones de Colombia