El templo perteneciente a la escuela chilota de arquitectura en madera se empezó a construir en 1845, pero a raíz de un incendio tuvo que reconstruirse, por lo cual se inauguró en 1851. Luego, en 1925, otro incendio destruyó tanto la iglesia como el convento ubicado en el mismo terreno, según reportes del Consejo de Monumentos Nacionales.	January 22, 2020Respecto a este proceso, se encontraba consignado en el acto del Consejo de Monumentos Nacionales del año 2016, en el que se detalló lo siguiente: "Por carta adjuntando los correspondientes expedientes se ha solicitado la declaración como MN en la categoría de MH de tres iglesias en la Provincia de Chiloé, Región de Los Lagos. La Sra. Angélica Barría Ulloa, Fiscal del respectivo Comité de Capilla, solicitó la declaración de la Iglesia Nuestra Señora del Carmen de Quetalco, en la comuna de Dalcahue (Ingreso CMN N° 7698 del 11.11.2016). La Sra. Gloria Haro Díaz, Encargada del Comité de Capilla, solicitó lo propio respecto de la Iglesia Nuestra Señora de Lourdes de Llau Llao, comuna de Castro (carta del 12.10.2016, ingreso CMN N° 7696 del 11.11.2016). El Sr. Álex Gallardo, Presidente del Consejo Parroquial, pide declarar MH la Iglesia San Francisco de Ancud, ubicada en calle Errázuriz N° 507 (carta del 17.10.2016, ingreso CMN N° 7697 del 11.11.2016)".	
Así era la iglesia San Francisco de Ancud antes de ser consumida por incendio