Fue presidende del BBV (Banco Bilbao Vizcaya), tras la fusión de los dos bancos con sede en Bilbao. Posteriormente Ybarra dirigió la fusión de la entidad con Argentaria, operación que se produjo en 1999 y que dio lugar a al actual BBVA. Se vio salpicado por el escándalo de los fondos del banco en paraísos fiscales y tuvo que abandonar la presidecia por esa razón.	Desde 1987 y hasta el año 2000, el BBV mantuvo una contabilidad oculta a la oficial en varios paraísos fiscales como Jersey, Liechtenstein o las Islas Caimán. Las investigaciones apuntaron que había más de 3.300 millones de pesetas en dinero B repartido en 22 fondos de pensiones secretos que correspondían a 19 miembros del consejo de administración del banco. Toda esta contabilidad no estaba reflejada en las cuentas oficiales de la entidad y fue lo que acabó desatando la investigación primero del Banco de España y posteriormente de la Audiencia Nacional.	Tras producirse la fusión con Argentaria, esta doble contabilidad salió a la luz y el banco la legalizó en enero de 2001. A causa de la unión de las dos entidades, existía una doble copresidencia con los dos jefes de las anteriores entidades, Emilio Ybarra (de BBV) y Francisco González (de Argentaria). Este último, al enterarse de la existencia de esta contabilidad B, optó por la regularización de las cuentas sacando a la luz su existencia. Con este movimiento se terminó desencadenando una investigación que se saldó con la dimisión de Ybarra y con el caso en los tribunales.	DIARIO DE LEÓN ,S.A. se reserva todos los derechos como autor colectivo de este periódico y, al amparo del art. 32.1 de la Ley de Propiedad Intelectual, expresamente se opone a la consideración como citas de las reproducciones periódicas efectuadas en forma de reseñas o revista de prensa. Sin la previa autorización por escrito de la sociedad editora, esta publicación no puede ser, ni en todo ni en parte, reproducida, distribuida,comunicada públicamente, registrada o transmitida por un sistema de recuperación de información, ni tratada o explotada por ningún medio o sistema, sea mecánico, fotoquímico, electrónico, magnético, electro óptico, de fotocopia o cualquier otro en general.	
Muere Emilio Ybarra, expresidente del BBVA