Rojas y su esposa fueron acusados por el delito de legitimación de ganancias ilícitas luego de que un informe de la Unidad de Investigaciones Financieras (UIF) estableciera un movimiento económico de $us 235.000 y Bs 4.526.000 que no coincide, según la investigación, con los descargos que presentó el matrimonio.	La primera orden de aprehensión del exjefe policial fue emitida en noviembre por incumplimiento de deberes, robo agravado y uso indebido de influencias en la sustracción y quema de la libreta militar del expresidente Evo Morales. En esa oportunidad, la Fiscalía propició el allanamiento de la vivienda de Rojas en su afán de encontrar la libreta de Morales y al acusado, operación que no tuvo éxito.	Por esa razón se activó la alerta migratoria en contra de  tres personas que son investigadas por el robo de la libreta militar de Morales: Arturo Murillo, exministro de Gobierno; Javier Issa, exviceministro de Régimen Interior, quien hizo  viral un video en el que habla con Rojas del documento del expresidente.	
La Fiscalía emite una segunda orden de aprehensión contra el coronel Iván Rojas, exdirector de la Felcc