A pesar de que las autoridades regionales aseguran que Santander ocupa el último lugar en materia de riesgos electorales a nivel nacional, otra cosa bien distinta reporta el ministerio del Interior. El departamento es el tercero con mayor número de quejas antes en la época de elecciones, sólo superado por Antioquia y Cundinamarca.	También se ha denunciado el fenómeno de trashumancia electoral. De hecho, la Registraduría anuló la inscripción de más de 91 mil cédulas y varios municipios de la región aparecen en el escalafón de poblaciones con alto riesgo de fraude electoral elaborado por la Misión de Observación Electoral, MOE. De hecho, la mayor parte de las inquietudes han sido presentadas ante este ejercicio de veeduría.