La historia no es exacta para determinar cuándo se fundó la ciudad. Algunos se la atribuyen a Sebastián de Belalcazar, otros a Lorenzo de Aldana y Pedro Puelles. En 1559, cuando la princesa Juana de Austria, firmó la cédula real que convirtió oficialmente a esta ciudad en San Juan de Pasto, nombre escogido por la realeza al recordar el día de San Juan Bautista, de ahí que cada 24 de junio los habitantes de Pasto celebren su onomástico.