El tema comercial adquiere especial relevancia entre los dos países debido a las disputas comerciales que tienen por unas tasas que aplica el país andino a las reexportaciones de calzados y textiles de la Zona Libre de Colón de Panamá (ZLC), conflicto que dirimen en la Organización Mundial del Comercio (OMC).	En 2012, Colombia empezó a aplicar aranceles del 10 % a los calzados y textiles procedentes de la ZLC con el pretexto de combatir el comercio ilícito, lo que generó el reclamo de Panamá. La disputa ha vivido varias etapas, incluido un fallo de la Organización Mundial del Comercio (OMC) a favor de Panamá que obligó a Colombia a suspender ese arancel en 2016.