La creación de ISA INTERCOLOMBIA surge en 2013, cuando ISA decide separarse en una matriz centrada en temas de carácter corporativo (ISA) y una filial dedicada al transporte de energía (ISA INTERCOLOMBIA). Entre las dos empresas media un contrato a través del cual ISA INTERCOLOMBIA ejecuta los proyectos de infraestructura eléctrica adjudicados a ISA por el Gobierno Nacional.