A la par del reconocimiento a su carrera, las polémicas tras su muerte han acompañado a sus seguidores y familiares. Tras conocerse el testamento, en el que dejaba como único heredero de todas sus bienes a su hijo Iván Aguilera Salas, las peleas familiares no se hicieron esperar, a la vez que comenzaron a aparecer decenas de supuestos hijos no reconocidos. Todos quieren que el testamento sea declarado nulo.	Igualmente, muchos, en especial, su manager Joaquín Muñoz, insisten en que Alberto Aguilera Valadez (nombre real de Juan Gabriel), sigue vivo, con promesas incumplidas de próximas apariciones en público. Recientemente un periodista mexicano, en el programa Suelta la sopa, ratificó esa versión, al afirmar que había podido ver a Juan Gabriel en estado de Morelos, en México, pero sin aportar pruebas.