Guillermo Botero en este cargo, fue la denuncia del senador Roy Barreras, quien señaló que durante un bombardeo en el Caquetá contra alias ‘Gildardo Cucho’, un cabecilla de la extinta guerrilla de las Farc, murieron 7 niños. Posteriormente la Fiscalía confirmó que fueron 8 menores de edad, información que supuestamente mantuvo oculta Botero, de acuerdo con Barreas.