Once personas que han declarado ante la JEP en ese proceso han recibido amenazas. Los magistrados ya ordenaron protección especial para siete, tras verificar el riesgo que enfrentan; están en riesgo los coroneles Santiago Herrera Fajardo, Yeris Gómez Coronel, Heber Hernán Gómez Naranjo y Héctor Alejandro Cabuya. Entre los amenazados está el coronel Jesús Rincón Amado, quien en su versión ante la JEP señaló al excomandante del Ejército, general Mario Montoya, como uno de los determinadores de falsos positivos. La defensa de Montoya ha manifestado que no aceptará responsabilidad en ninguno de los hechos por los que es acusado.