Según planteó la Fiscalía General de la Nación, los implicados, al parecer, consolidaron una estrategia para direccionar la contratación y defraudar las finanzas del Estado con la firma del contrato de construcción de la refinería, dirigidos a modificar cláusulas contractuales y acuerdos, causando un sobrecosto que duplicó el presupuesto inicial y demoró tres años más la entrega del proyecto.	La Fiscalía precisó que las irregularidades iniciaron con la contratación del proyecto, pues fue asignado a una empresa que no cumplía con los requisitos necesarios para la modernización de la refinería, en referencia a la capacidad técnica, financiera y experiencia constructiva en refinerías completas. No hubo licitación, la adjudicación fue direccionada a pesar de que la compañía favorecida, en anteriores procesos de evaluación realizados por Ecopetrol fue descartada por no contar con los parámetros de calificación exigidos para este tipo de contratos.