A tráves de una misiva,  The New York Times le respondió la carta al canciller Carlos Holmes Trujillo y al ministro de Defensa, Guillermo Botero, donde señalaban que el artículo publicado por dicho medio estadounidense mostraba una realidad  parcializada sobre los falsos positivos.El editor ejecutivo de NYT, Dean Baquet,  aseguró que “En su carta, ustedes señalan que el artículo “sugiere que miembros de las Fuerzas Armadas han recibido instrucciones contrarias a nuestra Constitución y a nuestra legislación y que desafían los derechos humanos internacionales y el derecho internacional”, por lo que responde que respetuosamente, el periódico discrepa con dicha caracterización ya que  "el artículo cita las órdenes emitidas por el mayor general Nicacio Martínez Espinel y no afirma ni sugiere que sean ilegales. De hecho, el artículo no menciona la Constitución colombiana, las leyes colombianas ni el derecho internacional en absoluto, excepto en una ocasión en la que el artículo cita específicamente al general Martínez cuando dice que el mandato del ejército es seguir la ley y respetar los derechos humanos”.Lee la respuesta del editor ejecutivo del	24 de mayo de 2019El diario también defendió al periodista y autor del artículo, Nicholas Casey, al decir que este en ningún momento menciona que el Ejército colombiano haya emitido órdenes ilegales o inconstitucionales.Así mismo, NYT respondió ante las acusaciones de Holmes y Botero de  ser un informe  “ sacado de contextos”  al no coincidir con las declaraciones de Nicacio Martínez, “El artículo cita al general Martínez de manera extensa a partir de la entrevista que tuvimos con él, y le otorga amplio espacio para explicar las órdenes y el contexto en el que fueron emitidas”, aseguraron. Además, Baquet también explica que  le dieron la oportunidad al general  de aclarar si sus órdenes habían sido malinterpretadas y sacadas de contexto por los hombres bajo su mando.Finalmente, el medio menciona al uso de fuentes sin nombres, a lo que responde: "El artículo deja claro que hay oficiales de alto rango con conocimiento de primera mano de las nuevas órdenes, de cómo se emitieron y de las preocupaciones que dichas órdenes suscitaron entre algunos miembros del ejército" y explica, después de adjuntar fragmentos del artículo original publicado por Casey que "todo lo anterior se le presentó al general Martínez durante nuestra entrevista y nada de ello fue disputado por el general durante nuestra conversación. Su única objeción fue que, según él, no le ordenó a los comandantes que “duplicaran” sus resultados, a pesar del hecho de que sus órdenes sí piden dicho incremento por escrito. Aun así, el artículo incluyó su postura de que los oficiales habían malinterpretado sus órdenes. Una vez más, fue un intento deliberado de incluir su postura y sus comentarios tanto como fuera posible, para no dejar fuera detalles y contexto clave".