Una de las mayores polémicas de la administración de Enrique Peñalosa ha sido su respuesta a la tala de árboles en Bogotá. Sitios como Bosque Bavaria, el Parque Japón y la reserva Van der Hammen se han visto seriamente afectados. La tala de árboles ha sido un problema para los bogotanos, pero así no lo ha percibido el alcalde Peñalosa.