Sus aguas se ven afectadas por las constantes descargas de sustancias fecales y residuos industriales desde cuatro quebradas de la margen derecha que son las principales fuentes de contaminación. Por ejemplo, en la quebrada Sagredo se constató que las aguas tienen un tono negro y olor nauseabundo que se registra cada día.	El director del Departamento de Investigación, Ciencia y Tecnología (Dicyt) de la Universidad Autónoma Juan Misael Saracho (Uajms), Jorge Tejerina, afirmó que las aguas residuales domiciliarias de barrios aledaños al río Guadalquivir son una amenaza en la ciudad de Tarija debido a la no atención con alcantarillado y la ausencia de un adecuado tratamiento de aguas residuales.	El secretario de Medio Ambiente del Gobierno Municipal de la ciudad de Tarija, Álvaro Orozco, dijo que se implementó un plan de acciones para enfrentar esta realidad ambiental, con la construcción de una planta de tratamiento en la zona de San Blas, estudios de una planta industrial en el Matadero Municipal y otra en el poblado de San Andrés donde nace el río Tolomosa, afluente del río Guadalquivir.