Abdicó vía fax desde el Japón a la Presidencia el 19 de noviembre de 2000. Tras 10 años en el poder, y luego de usar una controvertida ley para reelegirse, "el Chino", decide dejar el cargo tras varios meses de protestas por el descubrimiento de varios casos de corrupción, sobornos, presión a medios, y otros delitos que eran organizados por el que fue su mano derecha, Vladimir Montecinos.	Dimitió el 20 de diciembre de 2001. Dejó el cargo en medio de una grave crisis económica que provocó un estallido social sin precedentes en el país. La medida conocida como "el corralito", el congelamiento de los depósitos bancarios, precipitó su caída. En menos de un mes le sucedieron cuatro mandatarios.	Renunció a la Presidencia el 17 de octubre de 2003. "Goni", como se lo conocía popularmente, abandonó el cargo y de inmediato el país, después de la llamada "guerra del gas", que dejó 67 personas muertas. La negativa a convocar un referéndum para decidir el futuro de los hidrocarburos y su rechazo a una Asamblea Constituyente, fueron dos de los principales motivos que provocaron las protestas que derivaron en su dimisión.	Renunció a la Presidencia de Guatemala el 2 de septiembre de 2014. Las protestas populares no lograron que deje el cargo, no fue hasta que el Congreso de su país le quito la inmunidad que decidió dimitir. Acusado de ser el cabeciila de una red de fraude fiscal aduanero, ingresó en prisión preventiva solo unas horas después de dejar la jefatura de Estado.