En esta tercera película la Agencia para la Investigación y Defensa Paranormal (AIDP) encomienda a Hellboy la tarea de derrotar a la bruja Nimue, que aprendió magia con su amante, el mago Merlín, durante el reinado del Rey Arturo. Pero la locura se apoderó de ella y aprisionó al mago para toda la eternidad. Ella volvió y Hellboy tendrá que enfrentarla.