En la segunda participación mundialista, Trinidad y Tobago 2001, la selección guaraní integró el Grupo D, donde por diferencia de goles (-1) quedó eliminado después de culminar tercero con 6 puntos al igual que Costa Rica (+3) y Malí (+2). Paraguay derrotó 2-1 al conjunto africano, cayó 3-0 ante los centroamericanos y superó 3-2 a Irán en la última jornada de la serie.	Después de seis ediciones y 14 años, la Albirroja volvió a una Copa del Mundo y fue en Chile 2015. El comienzo fue alentador luego de golear 4-1 a Siria, con tantos de Jorge Morel, Julio Villalba, Josué Colmán y Carlos Sebastián Ferreira, pero en las siguientes dos fechas, el elenco de Carlos Jara Saguier cayó 4-3 ante Francia y 2-1 contra Nueva Zelanda. La tercera posición y los tres puntos eliminaron a Paraguay hasta de la posibilidad de clasificar como mejor tercero.	En el último antecedente, India 2017 y bajo la dirección de Morínigo, la selección ganó todos los partidos del Grupo B: 3-2 a Malí, 4-2 a Nueva Zelanda y 3-1 a Turquía. El 16 de octubre, Paraguay disputó los octavos de final y, sorpresivamente, fue goleado 5-0 por Estados Unidos. La Albirroja terminó el torneo en el décimo lugar.