Kapler fue despedido luego de que un equipo diezmado por lesiones terminó 81-81, pese a considerables adquisiciones antes de la campaña, especialmente la del toletero Bryce Harper. Los Filis se fueron 161-163 en sus dos temporadas al mando. Los Filis entrevistaron también para el puesto a Dusty Baker y Buck Showalter.	En Nueva York reemplazó a Joe Torre tras la campaña de 2007 y cumplió una década como piloto del equipo. Fue además piloto de los Marlins una temporada y fue elegido el Manager del Año en la Liga Nacional en 2006. Su récord con los Yanquis fue 910-710, el sexto mayor total de victorias en la historia de la franquicia.