Nació en La Guaira el 10 de marzo de 1786, descendiente de canarios, era hijo de José Antonio de Vargas Machuca y Ana Teresa Ponce. En 1798, ingresó en la Universidad Real y Pontificia de Caracas, graduándose de bachiller en filosofía el 11 de julio de 1803. Obtuvo sus grados de bachiller, licenciado y doctor en medicina en el año de 1808.	Presidió la comisión encargada de exhumar en Santa Marta los restos del Libertador y conducirlos a la Patria, misión que fue completada en diciembre de 1842. En agosto de 1853 enfermó y viajó a Estados Unidos, donde residió primero en Filadelfia y luego en Nueva York, donde, finalmente, murió el 13 de julio del año de 1854, a los sesenta y ocho años de edad.