En 1993 inició una relación con William J. MacDonald, que duró solo un año. Tras su separación, Stone le devolvió el anillo de compromiso a MacDonald vía FedEx. Asimismo, se casó con el editor Phil Bronstein en 1998. Se divorciaron en 2004. Adoptaron un hijo, Roan. Stone tiene otros dos hijos, también adoptados, Laird Vonne y Quinn Kelly.