Los dispositivos no pueden ser expuestos a calor intenso para ser esterilizados. Es difícil limpiar a mano el estrecho interior del tubo, y los duodenoscopios, a diferencia de otros endoscopios, tienen un mecanismo movible en la punta, tipo elevador, que puede ser manipulado para ajustar la posición de los instrumentos quirúrgicos.	Las alternativas a las endoscopías son limitadas e incluyen procedimientos y exámenes médicos sustitutos, como análisis de heces para el cáncer de colon en vez de colonoscopías. (Los endoscopios usados para examinación de cáncer de colon son mucho menos riesgosos porque son utilizados en una parte del cuerpo ya repleta de bacterias).