Esta segunda gestión quedó marcada por casos de corrupción como el de los «Petroaudios» y los «Narcoindultos» (el primero archivado y el segundo ya cerrado y en ninguno García fue imputado), y por la protesta conocida como el «Baguazo», en la que murieron 23 policías, 10 civiles y quedó un desaparecido.	Cuando se suicidó, la fiscalía peruana investigaba a García por supuestamente recibir aportes de Odebrecht para su campaña presidencial de 2006 y por presuntamente recibir sobornos de esta constructora brasileña para adjudicarle una parte de la línea 1 del Metro de Lima y para beneficiarla durante la construcción de un tramo de la carretera Interoceánica.