Desde hace años la laguna de Tiscapa está bajó tratamiento con la aplicación de microorganismos y  oxígeno para revertir su contaminación, pero cada invierno los esfuerzos por recuperar su estado natural quedan en un punto neutro, ya que cae una gran cantidad de sedimentos, sustancias químicas y basura desde los cauces que llegan hasta el cráter.	En el 2018, según el presupuesto de la comuna, se destinaron C$5.5 millones de córdobas para dos proyectos consistentes en la continuación de la aplicación de microorganismos eficientes para la calidad del agua, sustitución de equipos de monitoreo químico, mantenimiento de equipos de ultrasonido, periféricos y bombas de agua sumergibles.	En 2019, el presupuesto es similar y está destinado a las mismas actividades. El único cambio es que el dinero destinado para la aplicación de microorganismo son C$3.2 millones, C$200 mil más que 2018. Para el estudio de dinámicas de flujo se destinó C$2.3 millones, C$200 mil menos que el año pasado.	Una experta y docente en el tema de recursos hídricos que prefirió el anonimato explicó que los microorganismos son muy efectivos para mantener la calidad de un cuerpo de agua. Indicó que prácticamente el trabajo de los microorganismos es descomponer el exceso de materia que consume el oxígeno de la laguna.	La concejal del Partido Liberal Constitucionalista (PLC) afirmó que durante la administración de la exalcaldesa Daysi Torres se discutió la desviación del cauce que va hacia Tiscapa, pero se llegó a la conclusión que no podía hacerse ya que si se cerraba, la laguna podría secarse por falta de agua. “Los técnicos concluyeron que la laguna no podía quedar desalimentada”.