Igualmente se sospecha que dio instrucciones para atentar contra el rey Juan Carlos, cuando la inauguración del museo Guggenheim de Bilbao en 1997. El intento se saldó con el asesinato a tiros de un agente de la policía regional vasca, la Ertzaintza, y la condena a 92 años de prisión del autor del crimen, Eneko Gogeaskoetxea.	María Soledad Iparraguirre Guenechea había sido condenada, junto a su compañero Mikel Albisu Iriarte, alias "Antza", en noviembre de 2012, a 20 años de prisión en Francia, con una condena firme de dos tercios de la pena y la prohibición definitiva de ingresar a territorio francés, en particular por haber "dirigido" un grupo terrorista y cometido numerosos delitos que permitieron la realización de atentados.