El 25 de septiembre de 2006, como director del sistema penitenciario, ordenó la operación “Pavo Real”, en la que tres mil miembros de la Policía y el Ejército entraron a la Granja Penal de Pavón, una cárcel tomada por los presidiarios a las afueras de Ciudad de Guatemala, para restablecer el orden. Siete reos murieron.	Años después el Ministerio Público y la Comisión Internacional contra la Impunidad en Guatemala (Cicig), investigaron la operación “Pavo Real” y acusaron a Giammattei y otros funcionarios de realizar ejecuciones extrajudiciales durante dicha operación. El actual presidente de Guatemala pasó en 2010 más de diez meses en prisión, un juzgado cerró el caso por falta de pruebas y recuperó su libertad.