Fue fundada en 1960 por los Jesuitas de la Compañía de Jesús que se asentó en Nicaragua. A partir de su fundación la Universidad Centroamericana (UCA) inició sus clases en pequeñas aulas en el centro de la capital de Managua. 350 estudiantes fue la matrícula inicial. Una publicación de LA PRENSA del 17 de junio de 1961 destaca que la universidad fue bendecida por el papa Juan XXIII.	El padre Xabier Gorostiaga impulsó el modelo educacional que involucrara un financiamiento público a las universidades privadas, para costear la educación de jóvenes que no pueden pagar las clases en una universidad privada. En 1980, la UCA dejó de ser una universidad totalmente privada, empezó a recibir aporte estatal de la Junta de Gobierno de Reconstrucción Nacional (JGRN) y se convirtió en miembro del Consejo Nacional de la Educación Superior (CNES), actual Consejo Nacional de Universidades (CNU),	La Universidad Centroamericana (UCA) fue una de las trincheras para la defensa del seis por ciento constitucional destinado a las universidades públicas del país en los años noventa. Los grupos de universitarios y miembros de la comunidad universitaria eran apoyados por el Frente Sandinista y la Unión Nacional de Estudiantes de Nicaragua (UNEN). Salían a las calles a protestar de forma pacífica y luego se tornaban en protestas violentas.	A inicios de abril del 2018 fueron estudiantes de la UCA los primero que convocaron a un plantón frente a las instalaciones de la universidad para protestar por la quema que se originó en la Reserva Indio Maíz. Con actividades culturales, pancartas y megáfonos mostraron su inconformidad por la falta de respuesta por parte del Gobierno ante el siniestro.	El 18 de abril del 2018 fue en la UCA donde nuevamente se concentró la ciudadanía y estudiantes en apoyo a los jubilados del Seguro Social que salieron a protestar por las reformas a esa ley, anunciada por el gobierno de Daniel Ortega. Ese día los estudiantes que se manifestaban pacíficamente fueron reprimidos por miembros de la Juventud Sandinista que llegaron a intimidarlos con palos y armas blancas. En la foto uno los plantones que se hizo frente a la universidad.	Una memoria gráfica de la resistencia ciudadana en Nicaragua, titulada Reclamo de justicia y democracia, fue expuesta en la UCA en noviembre de 2018. 14 fotografías se exhibieron en el salón del IHNCA y 74 fueron colocadas en el Paseo de la Memoria, frente a la entrada principal del Instituto. Varias de las fotografías son autoría de los fotoreporteros y corresponsales de La PRENSA, medios independientes, y prensa internacional.