Eludió dos veces su confinamiento en la cárcel. La primera ocurrió enero del 2001 cuando se fugó del penal de Puente Grande, Jalisco; entre ropa sucia logró huir escondido en un carro de la lavandería. La segunda vez se escapó de una cárcel de máxima seguridad de México por un túnel de 1.5 kilómetros en julio de 2015. Los dos escapes del Chapo han ocurrido un sábado por la noche.