Esta entrevista clandestina, de la que tenían conocimiento las autoridades, lo condujo a su perdición. Fue detectado en la selva y fue rastreado por el ejército hasta su captura, anunciada el 8 de enero 2016 por el presidente mexicano, Enrique Peña Nieto, en Los Mochis, en su bastión de Sinaloa, tras seis meses fugado.	Su juicio empieza en Nueva York, en medio de altas medidas de seguridad, el 5 de noviembre de 2018. Está acusado de haber codirigido durante 25 años el cártel de Sinaloa y de haber importado al menos 1,200 toneladas de cocaína, más de 49 toneladas de marihuana, más de 200 kilos de heroína y metanfetaminas.