El 16 de enero de 1964 ingresó como cadete a las Fuerzas Armadas (FF AA), comenzando una larga carrera militar, llena de glorias y penas al no poder ascender a general. Una de sus primeras misiones importantes fue realizar labores de reconocimiento en la guerra contra El Salvador en 1969. En los años 80, el comandante de las FF AA en ese entonces, general Gustavo Adolfo Álvarez Martínez, lo nombra como jefe del Departamento de Investigación Criminal (DIN). Esta entidad era temida debido a la manera poco ortodoxa en que sus integrantes obtenían información de sus capturados, pero Pinel Cálix, en entrevista con EL HERALDO en 2016, aseguró que no realizó esas prácticas. También fue comandante de muchas unidades de la institución castrense y llegó a ser inspector general.