Según la acusación, los militares conocían las acciones que el ejército desempeñaba en la región ixil, integrada por los municipios de San Juan Cotzal, Santa María Nebaj y San Gaspar Chajul, del departamento de Quiché, al norte de la capital guatemalteca. Las operaciones contrainsurgentes habrían incluido masacres, ejecuciones extrajudiciales, desapariciones forzadas, desplazamiento y destrucción de propiedad de comunitarios civiles.