Una Copa del Rey (2013), una Liga (2013-14), dos Ligas Europa (2011-12 y 2017-18), dos Supercopas de Europa (2012 y 2018) y una Supercopa de España (2014) figuran en el palmarés de Juanfran como futbolista del Atlético, el club en el que alcanzó sus mayores cotas como profesional. También ganó una Copa en 2006 con el Espanyol.