Mendoza, que en sus inicios fue asistente del técnico colombiano-hondureño Reinaldo Rueda, inició su carrera de entrenador en 2002 con el Junior de Barranquilla, equipo al que volvió en 2015 y en 2018, luego de haber dirigido al Alianza Petrolera de Colombia, la selección olímpica de Honduras y el Independiente del Valle de Ecuador.