Así lo comprendieron ambas naciones: en 1980 suscribieron el Tratado de Paz, poniendo fin al estado bélico, acordando definir las secciones fronterizas mutuamente aceptadas y remitir a la jurisdicción de la Corte Internacional de Justicia las diferencias y recíprocos reclamos respecto a los bolsones aún en disputa. El fallo emitido en 1992 favoreció a Honduras respecto a la frontera terrestre, no así en cuanto al dominio insular, ya que varias islas en el Golfo de Fonseca: Meanguera, Meanguerita, Conchagua, Perico, Chuchito, Zacatillo, Martín Pérez e Ilca pasaron definitivamente a la soberanía salvadoreña.	En la medida que la demarcación de la frontera avanzaba mejoró el ambiente y comprensión entre las dos repúblicas. Empero, pronto empezaron infundados reclamos salvadoreños sobre nuestra Isla Conejo, al solicitar a la Corte Internacional de Justicia revisión del sector de Goascorán, solicitud desestimada el 2003. Empero, han continuado sus pretensiones, el 2007 y el 2013, por su Cancillería.	El interés geoestratégico salvadoreño es explicado por el geógrafo Fredis Aguilar: “su actividad portuaria en Cutuco es de poca importancia comercial a causa que su ruta navegable les impide enormemente por la poca profundidad de las aguas y debido a eso es la pretensión de Isla Conejo, ya que al ser de ellos le impedirán a Honduras su navegación por esta zona de mayor profundidad de la Bahía de La Unión y de soberanía compartida entre ambos países... También la importante ubicación estratégica que puede ser estimada a una ocupación militar para controlar cualquier actividad dudosa en la zona” (“Porque nos importa lo nuestro: Isla Conejo”. Revista Academia Hondureña de Geografía e Historia, diciembre 2013, no. 93, pp. 14-15).