Pero el combativo exdiplomático, que ha sido comentarista frecuente en la cadena de televisión favorita de Trump, Fox News, logró finalmente en marzo de 2018 ponerse al frente del Consejo de Seguridad Nacional, el órgano de la Casa Blanca encargado de centralizar la política exterior y de seguridad de EE.UU. y asesorar al presidente al respecto.	se convirtió en subsecretario de Estado para el control de armas, un cargo que cobró peso en la antesala de la invasión de Irak porque la justificación de Bush para atacar se centró en la supuesta posesión de armamento químico y biológico por parte del régimen de Sadam Husein, que luego no se encontró.	Bolton abrazó la teoría del "eje del mal" sobre Corea del Norte, Irán e Irak, y presionó al Departamento de Estado y la CIA para despedir a quienes no validaran las acusaciones más radicales contra esos países, según un análisis de documentos oficiales que hizo en 2008 John Prados, de la Universidad George Washington.