La Operación Wallacea que desde hace 14 años visita el parque para investigar especies de anfibios, aves y mamíferos, en su reciente informe dieron a conocer que uno de los problemas más críticos que tiene el parque es la deforestación, especialmente en la zona oeste. Desde el año 2000 se han deforestado 20.34 kilómetros cuadrados (2,034 hectáreas), siendo la zona de amortiguamiento la más afectada (con 16.22 kilómetros cuadrados).	, el inventario biológico del Cusuco es ahora uno de los más conocidos. Los biólogos indicaron que la mayoría de la diversidad del parque no se conocía antes de sus investigaciones. Dieron a conocer que el parque actualmente cuenta con 884 especies de plantas, 187 especies de escarabajos y arañas, 103 anfibios, 257 especies de aves y 102 de mamíferos.	Wallacea indicó que es necesario acciones para proteger el parque. Entre ellas, reducir las emisiones por deforestación y degradación de los bosques. A través de las investigaciones se pueden acceder a recursos financieros para proteger la biodiversidad del parque, sin embargo, se deben reformar las normativas nacionales, indicaron las autoridades. “Los representantes de Wallacea nos dieron a conocer las bondades del parque, pero también las amenazas, además de la posibilidad de acceder a fondos que pueden ser invertidos en el parque”, dijo la directora regional del ICF,