Junqueras tomó otra estrategia cuando fue imputado tras organizar el referendo separatista considerado ilegal por el gobierno central y la breve declaración de independencia al final de octubre de 2017. Se mantuvo firme en Cataluña, se presentó ante el tribunal en Madrid cuando llegó el citatorio y, la mayor parte de los últimos dos años, ha estado en detención preventiva por cargos preliminares de rebelión.