Fundado el 20 de enero de 1994, pero abierto al público el 25 de abril, el proyecto fue posible gracias a un grupo de personas que formaron el Centro de Estudios Precolombinos de Honduras. Luego se sumaron coleccionistas como doña Daysi Fasquelle de Bográn, Armando Bonilla Gastel y Henry Fransen, quienes donaron sus piezas. Antropólogos, historiadores y coleccionistas se juntaron y dieron forma al inmueble. María Teresa Pastor, directora del museo, explicó que reciben unas 10,000 visitas al año.