Se le investiga por obstrucción a la Justicia, con base en la filtración, en mayo de 2017, de un audio por parte del diario O Globo que apunta a que Temer dio su aval para comprar el silencio del expresidente de la Cámara de Diputados Eduardo Cunha, preso por corrupción y principal impulsor del juicio político contra Dilma Rousseff.	La grabación la hizo, en el marco de un acuerdo de colaboración judicial, uno de los dueños del grupo JBS, Joesley Batista, quien le dijo a Temer en un encuentro privado que estaba pagando a Cunha para mantener su silencio, ante lo que el entonces mandatario respondió: "Tiene que mantener eso, ¿vale?".