En los pacientes tratados con isotretinoína, se observó un aumento en la diversidad de los microbios de la piel. Una secuenciación del ADN identificó a cuatro tipos de bacteria que proliferaban con la isotretinoína. Ninguna de ellas se había asociado antes con una mejora en el acné. Con la isotretinoína también se observó una reducción en la cantidad de la bacteria Propionibacterium acnes, aunque la diversidad de las bacterias aumentó.