1826년 12월 코드링턴은 지중해 함대의 총사령관으로 임명되었고, 1827년 2월 1일 출항했다. 1828년 6월 21일 그의 귀환 명령 전까지 그리스 독립 전쟁으로 인해 부과된 고된 임무들을 수행했다. 이는 식민지 그리스에서 무질서가 창궐하는 계기가 되었다. 그의 명령은 그리스의 상황에 대한 평화로운 해결책을 효력화하는 것이었으나 코드링턴은 정치력이 뛰어나지 않았다. 이로 인해 1827년 10월 27일 그는 영국, 프랑스 왕국, 러시아 제국 연합함대를 이끌고 나바리노 해전에서 오스만 제국과 이집트 속주의 연합함대를 격파했다.

전투 이후 코드링턴은 몰타로 가 그의 배를 수리했다. 그는 1828년 5월까지 그곳에서 있다가 모레아 해안에서 프랑스 및 러시아 동료들과 조우했다. 그는 이브라힘 파샤 함대가 반도에서 평화적으로 철수하는 것을 돕기 위해 노력했다. 파샤는 모레아 섬의 그리스 인들을 학살함으로써 정치적인 마찰을 야기했고 7월 25일 3명의 함독은 코드링턴이 알렉산드리아로 가서 이브라힘 파샤의 아버지인 메메트 알리에게 이브라힘의 귀환을 요구하는 것에 합의했다. 코드링턴은 6월 22일부터 대체 인원이 온다는 소식을 들었으나 그의 승계자가 도착하지 않음에 따라 7월 25일 알렉산드리아로 출항했다. 그의 알렉산드리아 주둔으로 인해 1828년 8월 6일 조약이 체결되어 모레아 섬에서의 철수가 합의되었다. 그는 이러한 노고로 바스 훈장을 받았다.
이브라임 퍄샤는 누구의 자식인가?
메메트 알리