코르테스는 새로운 작위와 칭호, 훈장, 그러나 줄어든 권력과 함께 멕시코로 돌아왔다. 군권은 여전히 코르테스에게 있었고 코르테스는 정복을 하고 다닐 권한이 있었다. 하지만 1535년 안토니오 데 멘도사가 초대 부왕으로 임명되어 누에바에스파냐의 민정을 총괄하게 되었다. 이렇게 민군 양정의 계통 분열이 일어나자 다양한 알력이 생겨났고, 그 알력들은 코르테스가 기획한 여러 사업들의 실패를 야기했다.

코르테스가 멕시코로 돌아와 보니 식민지는 난장판이 되어 있었다. 코르테스가 반란을 일으킬 것이라는 의심이 팽배했고, 그의 경력과 계획에 치명적인 그림자를 드리울 수 있는 소송이 제기되어 있었다. 코르테스는 첫번째 부인을 살해했다는 혐의로 고발되었다. 그 사건은 비밀리에 계속 수사가 진행되고 있었던 것이다.

이 사건에 관해 코르테스가 유죄 또는 무죄라고 명시된 기록은 하나도 작성되지 않았다. 식민정부가 그가 무죄라고 발표했다면 코르테스의 인기는 크게 높아졌을 것이다. 유죄라고 발표했다가는 피고 코르테스와 그 당여가 무슨 짓을 할지 알 수 없었다. 결국 침묵만이 안전한 선택이었다. 그리고 이 침묵은 코르테스의 영향력이 어느 정도로 두려움의 대상이 되었는지를 시사한다.

자기 지위를 다시 분명히 하고 식민지의 질서를 일부 회복한 코르테스는 멕시코시에서 남쪽으로 48 킬로미터 떨어진 쿠에르나바카에 코르테스궁이라는 저택을 짓고 거기로 은퇴했다. 코르테스는 자기 저택을 꾸미는 것과 태평양 탐사를 하는 것에 진력했다. 하지만 코르테스는 누뇨 벨트란 데 구스만과 다투었고, 또 오늘날의 캘리포니아를 탐사할 권리를 두고 데 멘도사 부왕과도 분쟁했다.

코르테스는 1534년 숨팡고델리오에서 은광 여러 개를 발견했다. 1540년대 초가 되면 코르테스는 은광을 술테펙에 20개, 탁스코에 12개, 사쿠알판에 3개 소유했다. 또 그 전에도 타마술라의 은에 관한 소유권을 주장하기도 했다. 

1536년, 코르테스는 멕시코 북서부를 탐사하여 바하칼리포르니아반도를 발견했다. 또 코르테스는 멕시코의 태평양 연안을 답사하는 데 한동안 시간을 보냈다. 캘리포니아만은 1539년 코르테스의 명령으로 프란시스코 데 울로아가 발견하여 한동안 "코르테스만"이라는 이름이 붙었다. 이것이 코르테스의 마지막 대규모 탐험원정이었다.
안토니오 데 멘도사가 부왕에서 사임한 년도는?
1535년 1535