대부분의 시간 동안은 주인공인 조디를 조정하면서 게임을 진행하게 되어 있지만 조디와 항상 연결되어 있는 에이든으로 언제든지 전환할 수 있다. 조디는 인간의 형태를 지니고 있고 에이든은 보이지 않은 영적인 존재이기에 게임 화면상 파랑색 점으로 표현되어 있다. 조디는 게임 속 세계와 물리적으로만 상호작용을 하고 있지만 에이든은 건물 벽, 천장 등과 같은 장애물을 쉽게 관통할 수 있는 초능력을 가지고 있다. 이러한 방식으로 에이든에게는 상대적으로 자유로운 이동이 마련되어 있지만 영적으로 조디와 항상 연결되어 있기 때문에 이동가능한 거리에도 어느 정도의 한계가 존재한다. 이와 같은 설정에 기반하여 조디가 닿을 수 없는 영역에서는 에이든으로 전환해야 하는 게임플레이가 구현되어 있다.

콘솔 전용으로서 게임 내 조작은 주로 게임패드의 버튼과 아날로그 스틱으로 이루어진다. 영화와 게임간의 경계를 없애려는 의도로 개발자는 화면상 유저 인터페이스를 최소화하였다. 조디가 상호작용할 수 있는 오브젝트들은 화면상 흰색 점으로 표시되어 있고 그러한 오브젝트들을 사용하기 위해서 게임패드 스틱으로 흰색 점에 맞춰야 한다. 에이든이 조작할 수 있는 오브젝트들은 주로 파란색으로 표현되어 있으며 오브젝트를 사용하기 위해서는 또한 스틱을 이용해야 한다. 사람 몸 속으로 들어갈 수 있는 초능력 덕분에 조디와 달리 에이든은 여러 가지 액션을 취할 수 있고 (영혼을 빼앗는 것, 상처와 병을 치유하는 것, 신체를 움직이는 것) 각각 다른 색깔로 표시되어 있다(빨강색, 오렌지색, 초록색). 대화가 이루어지는 상황에서는 화면상 게임패드 버튼들이 나타나면서 플레이어에게 몇 가지 선택지를 제공하기도 한다. 역동적인 장면에서는 영상이 슬로우 모션 효과로 전환되어 화면상 플레이어에게 스틱이 움직여야 할 방향을 가리켜 주면서 몇 초만에 그러한 동작을 수행해야 한다.

비욘드: 투 소울즈도 게임에서는 퀀틱 드림 게임의 특징인 멀티플 초이스(Multiple choice) 플레이 방식이 적용되어 있다. 결정적인 상황에서 게임은 몇 가지의 선택지를 주면서 그 중 하나를 택해야 스토리 진행이 되는 것이다. 게임에서 이러한 시점은 스토리의 분기점이라고 할 수 있다. 이것은 즉 어떠한 선택을 했느냐 혹은 임무의 성공, 실패 여부에 따라 앞으로의 스토리라인과 엔딩이 결정된다는 것이다. 비욘드: 투 소울즈에는 총 24개의 엔딩이 있다.
에이든이 다룰 수 있는 물체는 보통 어떠한 색을 하고 있는가?
파란색