2차 체르노빌 사고로 인해서 존에는 다른 물리법칙을 가진 지역, 이상 현상으로 알려진 지역이 널리게 되었다. 이상 현상 지역은 그 지역으로 들어가는 것들에 대해서 영향을 미친다. 이상 현상 지역은 전기 충격, 플레이어를 공중으로 들어올렸다가 다시 떨어뜨리거나, 산성 물질, 화염 등으로 플레이어와 다른 NPC들에게 치명상을 준다. 대부분의 이상현상 지역은 공기중에 보이거나 혹은 빛의 왜곡, 전기등으로 플레이어에게 위치를 알려준다. 몇몇 스토커들은 이상현상 측정기를 가지고 있으며, 이 측정기는 이상현상 지역이 가까워질수록 경고음이 발생되도록 만들어져 있다. 영화 스토커의 안내자와, 스뚜르가츠키 형제의 책 노변의 피크닉에서는 사람들이 다른 길로 가기 전에 시험을 해보는데, 영화에선 옷에 달려있는 금속 넛츠를 이용하여 판별해 내는 걸로 나오지만 게임상에서는 볼트를 던져서 판별해낸다.

이런 이상현상 지역은 아티팩트를 만들어내는데, 아티팩트는 값나가는 과학적인 진귀한 물건으로 존에서 돈을 벌 수 있는 방법이다. 아티팩트는 돈을 벌 수 있는 방법 중 하나이며 몇몇 아티팩트는 플레이어에게 이익과 손상을 동시에 입히기도 한다(예를 들어 방탄 능력을 높여주지만 덩달아 스토커에게 방사능을 내뿜는 아티팩트가 있다. 물론 MOD를 통한다면 아티팩트 착용 시의 이익을 높이고 플레이어에게 불리한 단점을 없애버릴 수 있다.) 아티팩트는 존에 드문드문 발견되며, 종종 이상 현상지역의 근처에 발견되기도 한다.

방사능은 체르노빌 사고 이후 생겼으며 존에선 보이지 않는다. 대부분의 지역이 방사능이 없지만, 이들 지역은 사고 후 정리하는데 쓰인 건물의 잔해나, 부서진 군용 차량 그리고 다른 지역 등에 크고작은 구역으로 나타나며 적당한 장비나 방사능 저항 아티팩트가 없는 한 쉽게 지나갈 수 없게 되어있다.
이상현상 지역에서 멀어질수록 소리를 내는 기계는 무엇인가?
이상현상 측정기