북부에서 배신자로 간주된 브레킨리지는 버지니아주로 여행을 떠나 아메리카 연합국으로 자신의 업무들을 제공하였다. 11월 여단 사령관으로 임관된 그는 자신들의 고향 주에 의하여 군인들이 버려진 것을 느꼈던 켄터키주 부대, 이른바 "고아 여단"의 명령에 배치되었다. 1862년 4월 브레킨리지는 샤일로 전투에서 예비 군단을 지휘하였고 그의 부대는 "호박벌의 둥지"로 알려진 지역에서 무거운 싸움이 일어난 동안 50명 가까이 되는 사상자들을 냈다. 잠시 후에 그는 소장으로 진급되었다.

그해 8월 북군의 통치로부터 루이지애나주 배턴루지를 억지로 얻어내는 데 실패한 시도를 이룬 후에 브레킨리지는 테네시주 머프리스보로 근처에서 브랙스턴 브래그의 군대에 가입하였다. 그는 1863년 1월 스톤스강 전투에 참여하였고, 브래그가 그에게 합중국의 경계선들에 무모한 책임을 맡는 데 명령을 내린 후 그의 부대는 거대한 사상자들을 냈다. 브레킨리지와 브래그는 전투의 여파로 낙진을 경험하였고, 함께 자신들의 나머지 임기를 위하여 열악한 조건에 머물렀다. 

6월 빅스버그의 방어에 참전한 후, 브레킨리지는 9월 치카모가 전투에서 남군의 승리에 복무하였다. 전투가 일어난 동안 그의 부대는 북군의 좌측면에 공격을 주도하였고 대략 30 퍼센트의 사상자들을 입었다. 브레킨리지는 다음에 그해 가을에 채터누가에서 브래그의 포위 공격에 참전하였다. 11월 채터누가 전투가 일어난 동안 그의 부대는 미셔너리 리지에 북군의 장군 조지 H. 토머스의 공격에 의하여 행군 명령을 받았다. 브래그는 후에 채터누가의 패배에 브레킨리지를 비난하려고 하였고, 전투가 일어난 동안 그를 술에 취한 것으로 고발마저 하였다.

브래그의 비난들이 있는 동안 1864년 2월 브레킨리지는 리치먼드로 불려져 셰넌도어 계곡을 포함한 대략의 지휘인 버지니아주의 서부를 지휘하는 책임이 주어졌다. 그는 버지니아 군사 연구소에서 온 사관 후보생들이 자신의 군사들과 함께 싸워 계곡으로부터 북군의 장군 프란츠 지겔의 상관 군대를 몰아냈을 때 5월 뉴마켓 전투에서 뜻밖의 승리를 거두었다. 다음에 브레킨리지는 자신의 부하들이 북군에 의한 무거운 공격을 격퇴한 콜드하버 전투를 위하여 북부 버지니아 육군을 강화하였다.

후에 브레킨리지는 워싱턴 D. C.에 유명한 급습을 위하여 주벌 얼리 장군에게 가입하여 7월 모노케이시와 2차 컨스타운 전투에 참여하였다. 그는 그러고나서 버지니아주 남서부에서 군대를 지휘하였다. 10월 그의 군대들이 버지니아주 솔트빌 근처에 작은 전투를 이긴 후에 어떤 브레킨리지의 부하들은 북군의 후퇴가 있는 동안 대략 150명의 흑인 군인들을 살해하였다. 브레킨리지는 이 위법 행위에 분노하였으나 책임이 있는 사관들을 체포하는 데 자신의 시도들에서 약간의 성공을 가졌다. 11월 그는 테네시주로 원정을 맡아 불스갭 전투에서 승리를 거두었다. 그의 인력과 공급이 감소하자 그는 그러고나서 그해 후순에 버지니아주 서부에서 일련의 작은 전투들을 치루었다.

1865년 1월 브레킨리지는 아메리카 연합국의 5대이자 최종 전쟁 장관으로 임명되었다. 4월 남군의 항복에 대비하여 퇴색하는 전쟁 노력 관리에 잘 수행하였다. 이 시간 동안 브레킨리지는 적대 행위의 조직적인 종말을 주장하였고 게릴라 활동들을 통하여 전쟁을 확장하지 말라고 제퍼슨 데이비스를 조언하였다.

 == 이후의 생애 ==
북군에 의하여 포로로 잡히는 것에 두려워 한 브레킨리지는 남북 전쟁의 말기에 쿠바로 달아났고, 그러고나서 영국과 캐나다로 진행하였다. 토론토에서 자신의 가족과 다시 합친 그는 그러고나서 유럽에 연장 여행을 시작하였다. 미국으로 안전하게 돌아오는 데 대통령의 사면이 그를 허용했을 때 브레킨리지는 1869년까지 망명에 남아있었다. 정치로 복귀하는 데 요구들을 무시한 그는 고향 렉싱턴에 정착하여 자신의 법률 실행을 다시 시작하였다. 그는 결국적으로 버지니아의 피드먼트 앤드 알링턴 보험 회사의 켄터키 지점은 물론 엘리자베스타운, 렉싱턴 앤드 빅샌디 철도의 회장을 지내려고 하였다.

1875년 5월 17일 고향에서 54세의 나이로 사망하였다.
2차 컨스타운 전투 당시 브레킨리지는 누구의 휘하에 있었나?
주벌 얼리 장군 주벌 얼리