그러나 오부치는 2000년 4월 2일에 뇌경색이 발병하여 준텐도 대학 의학부 부속 준텐도 의원에 긴급 입원했다. 전날부터 뇌경색의 증상이 보였다고 한다. 그 전날인 4월 1일, 연립 여당을 구성하고 있던 자유당과의 연립 협상이 결렬됐다. 4월 1일 오후, 오부치는 정권 운영이 보다 곤란한 상황에 처하게 된 일련의 사태에 대해 기자들로부터 질문받고 10초 전후의 부자연스러운 행동을 보여준 후 겨우 자신의 입장을 밝힐 수 있을 정도의 불안정한 상태였다. 일부 언론에서는 긴급 입원 전에 이뤄진 이 기자회견에서 기묘한 시간이 후에 뇌경색의 전조 증상은 아닌가라고 보도됐다. 그리고 이 때는 때마침 뇌경색에서 회복됐기 때문에 약 10초 후에 말을 할 수 있었던 것으로 여겨진다.

오부치는 입원 후 집무가 불가능한 상태였기 때문에 내각관방장관인 아오키 미키오를 총리 임시 대리로 지명했다고 한다. 그러나 아오키의 총리 임시 대리 취임에 대해서는 ‘의혹’이 계속 따라다녔다. 뇌경색으로 이미 의식을 완전하게 잃고 있었다고 생각되는 오부치 자신에게 ‘과연 총리 임시 대리의 지명을 할 수가 있었을까’라는 문제는 필연적으로 야당이나 언론으로부터 호된 추궁을 받았다. 그럼에도 불구하고 ‘의혹’의 장본인인 아오키 자신이 기자들로부터 ‘사실은 뇌사가 아니었는지?’ 등의 이의 제기를 각하하는 장본인이었기 때문에, 더욱이 담당 의사들이 총리 임시 대리 지명은 불가능했다고 생각할 수 있는 설명을 반복했기 때문에 의혹의 여지가 남은 채였다. 이러한 아오키의 총리 임시 대리로의 취임에 대한 불투명성에 더해 오부치의 후임이 되는 신임 총재 모리 요시로의 탄생극에 관한 불투명성이 더해졌기 때문에 이러한 일련의 움직임은 세간으로부터 ‘5인조에 의한 밀실 담합 정치’라는 비판을 받게 됐다.

또한 그때까지 자유민주당을 지배하고 있었다고 여겨진 구 게이세이카이계의 오부치 정권이 갑작스럽게 와해된 것에 따라 후쿠다 다케오 내각 이후 총리·총재 파벌에서 멀어져 었던 세이와카이의 모리에게 총리·총재 자리가 굴러 들어가게 됐다. 그리고 같은 세이와카이의 고이즈미 준이치로가 모리의 뒤를 이어 총리가 됐고 장기 안정정권을 유지하면서 헤이세이 연구회(구 게이세이카이)를 지속적으로 냉대했기 때문에 구 게이세이카이에 의한 자유민주당 지배·정권 지배는 오부치 정권으로 끝났다고 할 수 있다.
고이즈미 준이치로 총리의 후임자는?
모리