대한민국의 정부 기관들은 남해의 범위를 제각각 다르게 정하고 있다. 

1997년에 대한민국 해양수산부는 동해와 남해의 경계를 울산광역시 태화강 하구의 방어진항 남쪽과 일본 이즈모시를 동서로 이은 직선(북위 35도 28분)으로 정했다. 또한, 서해와 남해의 경계를 전라남도 진도 서쪽 끝과 제주도 서쪽 끝(차귀도)을 남북으로 이은 직선으로, 동중국해와 남해의 경계를 제주도 동쪽 끝(우도)에서 일본 후쿠에 섬 남쪽 끝을 이은 직선으로 정했다. 이는 국립수산진흥원(현 국립수산과학원)이 1979년 한국해양편람에서 썼던 기준이다.

반면, 대한민국 해양수산부의 소속 기관인 국립해양조사원은 1992년에 수로업무편람에서 동해와 남해의 경계를 부산 남구 승두말(오륙도 근처 )로, 서해와 남해의 경계를 전라남도 해남 반도의 남쪽 끝으로 정하였다. 그러나, 이 기관이 현재 좌표상 정하고 있는 동해와 남해의 경계는 부산광역시 해운대구를 지난다. 

대한민국 기상청은 국립해양조사원과 같이 서해와 남해의 경계를 전라남도 해남 반도 남쪽 끝으로 정하고 있지만, 동해와 남해의 경계는 부산광역시와 울산광역시의 해안 경계점으로 정하고 있다.
동해와 남해의 경계가 부산 해운대구를 지나도록 정한 기관은?
국립해양조사원