브라보케라톱스는 2013년에 카스모사우루스아과로 분류되었다. 몇몇 형태적 특징들의 조합과 층서적 위치, 그리고 계통발생학적 분석에서의 위치 등으로 볼 때 카스모사우루스아과의 "중간" 형태라고 할 수 있다. 분석에서는 브라보케라톱스가 코아후일라케라톱스의 자매종일 수 있다는 결과가 나왔으나 이들 두 종을 직접적으로 비교할 수 있는 부분이 매우 적기 때문에 이 관계는 그리 확실한 것은 아니다. 마루뼈의 형태로 보아 브라보케라톱스를 더 원시적인 안키케라톱스 및 펜타케라톱스와 구분할 수 있다. 중심선에 위치한 프릴 뒷부분의 마루뼈뒷돌기와 광대방형골-비늘뼈 접합부위가 두 갈래로 되어 있는 것은 파생형질로 간주된다. 광대방형골-비늘뼈의 형태는 브라보케라톱스가 더 분화된 카스모사우루스아과인 토로사우루스와 트리케라톱스의 분지군과 가까운 관계라는 것을 보여준다. 두개골의 특징들, 즉 중심선의 마루뼈뒷돌기, 구멍이 있는 큰 프릴, 뿔심의 방향, 커다란 광대뼈의 뿔 등은 북부 카스모사우루스아과와 남부 카스모사우루스아과의 중간 형태에 해당하므로 위크와 레만은 카스모사우루스아과의 진화가 하위개체군과 비슷한 형태로 진행되었으며 따라서 북아메리카의 카스모사우루스류 공룡들이 진정으로 "토착성"을 지니는 두 개체군으로 나뉘는 것으로 보기는 힘들다고 주장했다

아래의 분지도는 롱리치의 2015년 연구를 따른 것으로 이 논문에서 펜타케라톱스의 새 종이 명명되었고 카스모사우루스아과의 거의 모든 종들이 분석에 포함되었다.
분석에서 브라보케라톱스의 자매종으로 예상된 개체는?
코아후일라케라톱스