제2차 세계대전 기간 중 콜베는 나치 독일의 박해로부터 보호해주기 위해 유대인 2천명을 포함한 비엘코폴스카에서 온 난민들에게 니에포칼라누프 수도원을 은신처로 제공해주었다.

1941년 2월 17일 콜베는 독일 게슈타포에게 체포되어 파비악 형무소에 투옥되었다. 그해 5월 28일 죄수번호 16670을 부여받고 아우슈비츠 수용소로 이송되었다.

1941년 7월 말, 죄수 중 한 사람이 수용소에서 사라진 일이 발생하였다. 사라진 죄수가 탈옥했다고 생각한 수용소 지휘관 SS중위 카를 프리취는 죄수들에게 경고하기 위해 14A동 블록에 수용되어 있던 열 명을 끌어내서 처형할 것을 명령하였다. 끌려나온 열 명 중에는 자기의 온 가족이 다 나치에 의해 죽임을 당한 프란치세크 가조우니체라는 사람이 있었다. 콜베는 그 사람 대신 자기가 죽겠다고 자원했다. 프리취는 이를 허락하였으며, 지명된 죄수들은 13구의 지하 감옥에 감금되었다.

프리취는 열 명을 즉시 처형하지 않고 물과 음식을 일체 주지 않고 굶겨 죽이도록 감옥에 계속 가두었다. 콜베는 감옥 안에서 기도하며 같이 갇힌 사람들에게 용기를 주었다. 그 후 3주가 지났지만 콜베 신부와 다른 세 명이 기도의 힘으로 여전히 살아있었다. 결국 나치는 페놀을 주사하여 그들을 모두 살해했다. 1941년 8월 14일이었다. 콜베 신부의 시신은 성모 승천 대축일인 8월 15일에 아우슈비츠 수용소 내 한 화장장에서 소각되었다.
탈옥을 시도하여 죽임을 당할 뻔한 인물은?
프란치세크 가조우니체