제주도 남제주군 출신이다. 1927년에 와세다 대학 정경학부를 졸업한 뒤 일본에 머물면서 역사 연구를 수행했다. 와세다 대학 재학 중일 때 고향인 남제주군 성산읍에서 청년회를 조직하는 등 계몽 운동을 벌여 경찰이 요시찰 인물로 주목하기도 했으며, 이후에도 아리랑 연구에 몰두 하는 등 민족주의적 면모를 보였다.

와세다 대학 연구실을 거쳐 오사카시에서 활동하였고, 1933년 《근세조선흥망사》, 1937년 《극동의 위기직면》 등 저서를 출간하기도 했다. 이 무렵 고권삼의 《조선근대정치사》는 민족의식을 고취시키는 위험한 서적으로 평가되었다.

그러나 일제 강점기 말기에는 황도철학이라는 어용 학문을 연구해 다수의 논설을 발표한 일이 있다. 이로 인해 2008년 민족문제연구소가 친일인명사전에 수록하기 위해 선정한 친일인명사전 수록예정자 명단 중 해외 부문에 포함되었다.

태평양 전쟁 종전 후에 동국대학교 교수로 부임했다. 동시에 서울대학교에서 강사로 일하면서 《조선정치사》(1948)를 출간했다.

대한민국 제2대 총선에서는 고향 남제주군에서 무소속으로 출마했으나 낙선했다. 한국 전쟁 중 서울에서 실종되어 납북된 것으로 알려졌다. 실종 당시 연령은 50세 전후였다.
고권삼이 친일인명사전 수록예정자 명단 중 해외 부문에 포함된 이유는 무엇 때문인가?
황도철학이라는 어용 학문을 연구해 다수의 논설을 발표한 일