1947년 12월 김성수가 한민당 당수가 되면서 그는 한민당 부당수로 선임되었다. 1948년 1월 총선거의 성격을 놓고 선거가 가능한 지역에 한해서 단독정부를 세우자는 주장과, 남·북한 총선거를 해야 된다는 주장이 맞서게 되었다. 그러나 그는 북조선인민위원회측이 UN한국임시위원단(UNTCOK)의 입북을 거절하는 점을 들어 선거가 가능한 지역 즉 남한만이라도 선거를 해야 된다고 주장하였다.

한민당의 선전부장이던 김준연은 김구·김규식 등 남북협상파가 공산당과 내통하고 있는지도 모른다는 발언을 하여 정계에 큰 충격을 던졌다. 김준연은 김구가 남북협상차 이북에 다녀온 이후 두문불출하고 있는 것이 우익진영의 눈을 속여 암암리에 공산당과 모종의 연락을 취하기 위한 제스처라고 판단했다. 그가 경교장의 동태를 이렇게 판단한 것은 김지웅(金志雄)이 그에게 제공한 정보에 근거를 둔 것이었다

미군수사기관으로부터 전해들었다는 그의 정보는 공산당원이 김구에게 정치자금을 제공하기 위해 38선을 넘나든다는 것이었다 그의 주장에 김구는 노발대발했지만 결국 그를 처벌하지는 못했다
김준연은 김구가 누구와 몰래 교류하고 있다고 주장했나요?
공산당