《포켓몬스터 금·은》은 포켓몬의 포획과 대결, 진화와 같은 기본적인 구조를 《포켓몬스터 적·녹》과 동일하게 이어가고 있으나, 새로운 요소 또한 많이 도입되었다. 실시간 내장 시계를 사용한 시간 시스템은 실제 현재 시간과 요일을 따르며, 일부 포켓몬의 출몰과 같은 특정한 이벤트에 영향을 미친다 새로운 종류의 아이템이 추가되었으며, 포켓몬에게 소지품을 맡길 수 있는 새로운 시스템에 사용할 수 있도록 만들어진 아이템도 있다. 포켓몬이 소지할 수 있는 새로운 종류의 아이템은 열매로, 다양한 종류가 있으며 체력을 회복하거나 상태 이상을 치료할 수 있다. 다른 종류의 소지품은 대결 중에 포켓몬의 능력을 향상시킬 수 있다. 여러 특정한 상황에서 포켓몬을 쉽게 포획할 수 있도록 만들어진 더욱 특화된 몬스터볼도 추가되었다 새롭게 등장한 도구인 포켓기어는 시계, 지도, 라디오, 전화 기능을 갖추고 있으며, 전화 번호를 제공한 다른 인물과 통화를 할 수 있다. 재대결을 하고자 전화를 하는 트레이너도 있으며, 특정 지역에서 나타나는 희귀한 포켓몬에 대해 전화로 가르쳐주는 트레이너도 있다

게임에는 새로운 종류의 전설의 포켓몬, 라이코, 엔테이, 스이쿤이 등장하여 세계를 돌아다닌다. 이 포켓몬들은 한번 마주치면 포켓몬 도감으로 추적할 수 있으며, 항상 도망치려고 하지만 다시 만나도 체력 손실과 상태 이상은 계속 유지되어 있다. 또한, 같은 종류의 보통 포켓몬과는 다른 색상을 지닌 빛나는 포켓몬을 극히 드물게 만날 수 있다. 새로운 종류의 포켓몬 타입인 강철 타입과 악 타입이 새롭게 추가되었다 강철 타입 포켓몬은 다른 타입에 비해 방어가 매우 높으며, 악 타입 포켓몬은 에스퍼 타입의 기술에 영향을 받지 않으며 에스퍼 타입 포켓몬에게 강하다 《금·은》에는 새로운 기술도 추가되었으며, 새로운 기술을 배운 포켓몬은 1세대 게임과 교환이 불가능하다. 이 문제를 해결하기 위해 포켓몬이 배운 기술을 삭제할 수 있는 기술 삭제 NPC가 등장하였다. 또 다른 주요 변경점으로는 특수 능력치가 특수공격과 특수방어로 나뉜 것을 들 수 있으며, 전략적인 측면이 더욱 증가하였다

포켓몬 교배의 도입으로 포켓몬을 교배 무리로 배치할 수 있다. 수컷과 암컷 포켓몬 한 쌍을 포켓몬 키우미집에 함께 맡기면 알을 낳으며, 이 알이 어린 포켓몬으로 부화한다. 어린 포켓몬의 종류는 어미를 따르며, 기술은 아비를 따른다. 그러나 전설의 포켓몬과 다른 종류의 포켓몬 사이는 교배를 할 수 없다.
방어력이 다른 타입보다 좋은 포켓몬은?
강철 타입 포켓몬