3월 5일, 코로나19가 바티칸 시국에 도착하였다. 당국은 "취업 전 건강 검진을 위해 외래진료소를 갔던 사람"이라 표현하였다. 이후 그 확진자는 나중에 이탈리아의 "붉은 지역", 즉 확진자가 많아 엄격한 검역 하에 온 성직자로 확인됐다. 확진자와 접촉한 5명은 예방 차원으로 격리 조치됐다

3월 8일, 삼종기도는 스트리밍을 통하여 교황의 개인 서재에서 진행되었다. 또한 바티칸 미술관이 3월 8일부터 4월 3일까지 문을 닫았다. 

3월 10일, 이탈리아가 여행을 규제하기 시작한 다음날, 바티칸은 이탈리아가 시행하는 조치 협조할 것이라고 이야기하였으며, 성 베드로 광장과 성 베드로 대성당을 4월 3일까지 폐쇄하였다. 

3월 11일, 교황이 처음으로 관중 없이 진행하였다. 

3월 16일 프란치스코는 바티칸 시티를 떠나 로마의 두 교회를 방문하였다. 산타 마리아 마조레 대성당에서는 593년 교황 그레고리오 1세가 유스티니아누스 페스트의 종식을 기원하며 행렬을 지어 걸어온 로마 백성의 구원으로 알려진 그림 앞에서 기도하였다. 그리고 나서는 반 마일 정도를 걸어 성 마르첼로 알 코르소까지 가서 가톨릭 신자들이 기적으로 여기는 십자가 앞에서 기도를 올렸다. 

3월 23일, 5월 31일에 방문하기로 예정되어 있었던 교황의 몰타 방문이 취소되었다. 

3월 24일, 교황청은 앞서 발표한 바티칸 미술관에 근무하는 직원 2명과 선박 사무소에서 근무하는 직원 1명 등 네 명의 확진자가 발생한 것을 추가로 확인했다

3월 25일, 바티칸의 신문사에서는 이탈리아의 제한으로 인쇄와 유통이 불가능해지자 인쇄판의 작동을 중단시켰다. 그래도 온라인으로는 계속 신문을 만들었다. 

프란치스코 교황은 지난 3월 27일 비어 있는 성 베드로 광장에서 이틀 전 산 마르첼로 알 코르소의 십자가에서 코로나바이러스의 범유행의 종식을 기원하는 특별한 우르비 에트 오르비 축복을 전달하였다. 

3월 28일 교황청은 2건의 확진 사례를 확인해 총 6명의 확진자가 나온 것을 발표하였다. 한 사람은 교황의 관저인 성녀 마르타 호텔에서 살고 있는 국무원 직원이었다. 또한 이 환자는 바티칸 시국의 거주자로 확인된 최초의 확진자다. 두 번째 확진 사례는 해당 주민과 함께 일하는 바티칸의 직원이었다. 170여 명의 주민과 밀접 접촉자를 대상으로 검사를 하였는데, 모두 음성 판정이 나왔다.
5번째 확진자의 근무지는?
국무원