천황 즉위 후 반(反)섭정가의 선봉으로 동궁 시대부터 천황을 비호하고 있던 후지와라노 요시나가와 무라카미 겐지의 미나모토노 모로후사 등을 등용해 고셋케의 정권 독점 타파를 도모했으며 후지와라노 사네마사 등의 하급 관리 등을 등용해 적극적으로 친정을 실시했다.

1069년, 엔큐의 장원 정리령을 발포하고 기록 장원권계소를 설치했으며, 1070년에는 견포 제도, 1072년에는 엔큐 선지승이나 고가법의 제정 등 율령제도의 형해화에 의해 약체화된 황실의 경제 기반의 강화를 도모했다. 특히 엔큐의 장원 정리령은 지금까지의 정리령에서는 보이지 않았던 치밀함과 공정함을 볼 수 있어 그 때문에 기준 외의 섭정령이 몰수되는 등 섭정가의 경제 기반에 큰 타격을 주었다. 이 일이 국가와 장원 영주, 농민에게 안정을 가져와 "엔큐의 선정"이라 부른다. 반면 섭정측은 내분으로 천황에 적극적인 대항을 할 수 없었다.

또 이 때 벌어진 엔큐 에조 전투에서 쓰가루 반도와 시모키타 반도까지 혼슈 전 국토가 조정의 지배하에 들어가는 등 지방에서도 착실하게 영향력을 뻗어나가게 되었다.

1072년, 즉위 후 4년 뒤에 제1 황자인 사다히토 친왕(시라카와 천황)에 양위하고 인세이를 시작하려 했으나 다음 해에 병으로 쓰러져 40세에 사망하였다.
섭정가의 경제 기반에 큰 타격을 준 명령이 발포된 시기는?
1069년