2011년 3월 11일, 도호쿠 지방 태평양 해역 지진이 일어났다. 당초에는 쓰나미 높이가 6m로 예상되어 대부분의 직원이 피난을 가지 않고 2층 위기관리과에 도시대책본부가 수립되었다. 이 본청사에서는 해일이 건물을 덮치는 15시 25분경까지 방재 방송을 통해 약 62회간 주민들에게 피난하라는 내용의 방송을 내보냈다. 본청사에서 방송한 약 30분간의 방재 무선 방송 음성은 전부 녹음되어 보존되었다.

위기관리과의 여직원 엔도 미키(遠藤未希)는 반복해서 피난을 호소하며 쓰나미 높이가 “6m 가량”으로 예상된다고 방송했으나 마지막 4차례의 방송에서는 “최대 10m의 쓰나미”라고 방송하였다 이후 직원에게 방송을 중지하고 대피하라며 “위로 올라가라”라는 주변의 제지를 끝으로 방송이 중단되었다. 엔도 미키는 쓰나미에 휩쓸려 사망했으며, 최후까지 대피 방송을 한 직원의 행동은 많은 사람들에게 공감을 얻어 2012년 4월부터 일본 사이타마현 공립학교의 도덕교과서에도 사례가 실리게 되었다. 

당초 쓰나미 높이가 6m로 발표되어 당시 방재대책청사에 근무하던 직원 130명 중 53명 가량이 행정청사 3층 위 옥상으로 대피했다. 하지만 쓰나미는 이를 훌쩍 넘어서 청사 옥상으로부터 2m 위 지점까지 덮쳐버렸고 수압과 쓰나미의 강한 물살로 피난했던 대부분의 직원이 해일에 휩쓸려 실종되었고 살아남은 사람은 정장 사토 진 등 10명밖에 남지 않았다. 이들은 방재청사 가운데 있던 높이 5m의 안테나 기둥이나 옥상으로 향하는 철제 계단 난간을 붙잡고 간신히 버텨 살아남을 수 있었다. 

옥상에서 사진을 촬영하던 직원은 생환하였고 카메라는 본체가 망가져 있었으나 데이터는 무사히 남아 있어 쓰나미가 오기 전부터 옥상이 물에 잠기는 모습까지의 사진이 남았으며 이 사진들 중 일부는 미나미산리쿠정 홈페이지에 게시되었다. 

또한 견고했던 건물 2층 전산실엔 각종 행정 시스템 정보를 저장해 두었으나 쓰나미로 서버 및 백업테이프가 완전히 손실되었다.
행정청사 옥상으로 피신했던 직원들이 알고 있었던 쓰나미의 높이는?
6m