국내에서 실제적으로 전문대학원 방식을 최초로 도입한 곳은 1980년대 개신교의 신학대학원이다. 개신교회 교단들의 신학대학에서 신학 학사 과정의 4년제 목사 육성훈련 학제를 학부 4년과 전문대학원인 신학대학원 3년 과정을 포함하는 총 7년의 학제로 목사 육성안을 마련하고, 목사 자격으로 목회학석사를 취득하는 미국의 전문대학원인 신학대학원 학제로 도입하였다. 당시 신학대학원은 일반 대학들이 설립하였던 특수대학원과 달리 전문자격자를 육성하는 전문대학원으로 대한민국에서 유일하게 운영되었으나, 개신교의 종교 지도자 육성이 목적이었으므로, 정부기관인 교육부는 신학대학원을 위한 전문대학원 법규를 추가로 입안되지 않았고, 교육부는 특수대학원의 단순 발전 형태의 학제로 신학대학원의 학위를 관리하였다.

교육부 법규에 따른 학제의 전문대학원은 국가 자격증인 의사와 변호사 자격을 위한 전문대학원 설립이었고, 이를 위해 1996년 법안을 입안하여, 석사학위를 받는 과정으로, 2004년에 의학전문대학원, 2009년에 법학전문대학원이 설립되었다. 이후 확대 방안에 따라 교육부 전문대학원 법규 학제의 경영전문대학원과 신학전문대학원이 설립되었고, 그 종류는 점차 늘어나는 추세이다. 서울대학교는 11개의 전문대학원 과정을 제공하며, 타 대학들도 기존의 전문대학원인 의학대학원이나 법학대학원만이 아니라 특수대학원을 폐지하고 전문대학원을 설립하는 추세이다.
개신교회가 만든 대학교는 몇년을 수료해야 졸업할 수 있는가?
7년