뉴질랜드 초대 총독 윌리엄 홉슨은 1842년에 사망했다. 뉴질랜드에서 강력한 발언권을 가지고 있었던 전도 협회는 후임으로 피츠로이를 임명했다. 그는 1843년 12월 부임했지만, 그것은 어려운 일이었다. 질서를 유지하고 마오리족 사람들을 보호하는 동시에 밀려오는 이민자 토지의 요구에 대응하도록 지시했다. 수중에 있는 군사력은 경미하고, 총독부의 수입은 관세에 의존하고 있었기 때문에 전혀 부족했다.

첫 번째 임무 중 하나는 와이라우 대학살 상황을 조사하는 것이었다. 그는 정착민들의 행동이 불법이었다는 것을 알고, 군비의 두께에 따라 뉴질랜드 측의 지도자 테 라우파라하와 대립하는 것을 피했다. 그러나 뉴질랜드 기업 이민자는 배신이라고 느꼈다. 그 결과, 그는 지역을 통제하기 위한 관리관을 설치했다. 또한 뉴질랜드 컴퍼니가 구매했다고 주장했던 마오리 토지에 대해 보다 현실적인 대가를 지불하도록 요구했다. 이러한 행동을 통해 피츠의 명망은 악화되었다.

토지 매매는 끝없이 골치 아픈 문제였다. 이민자들은 땅을 사고 싶어했고, 일부 마오리족 사람은 팔 생각이 있었다. 그러나 《와이탕이 조약》 하에 땅 매매는 정부중개로만 가능하며, 그리하여 매우 느리게 진행되었다. 피츠로이는 법을 개정하여 정착민들이 마오리 사람들에게 직접 땅을 판매할 수 있도록 했으며, 에이커당 10실링의 과세를 했다. 재정 부족을 매우기 위해 피츠로이는 관세를 올리고 재산세와 소득세를 도입했다. 이러한 전략은 모두 실패하고 식민지 정부는 파산에 직면했다. 피츠로이는 약속어음을 발행할 수 밖에 없었다.

한편 뉴질랜드 북쪽에 사는 마오리족은 끝에 내몰리고 있다는 느낌을 받았고, 뉴질랜드의 변화에 불만을 품고 있었다. 그들은 분노를 보여주기 위하여 영국 국기를 찢었다.
이민자들이 필요로 했던 것은?
토지