당혹성의 기준은 분명한 한계점들을 가지고 있기 때문에, 거의 대부분의 경우 혼자서 사용되기보다는 다른 비평방법과 더불어 사용된다. 당혹성의 기준이 가지는 한가지 한계점은, 당혹스러운 사건이라고 정확히 규정지을만한 사건이 적다는 것이다. 예수의 완전한 초상은 이처럼 작은 데이터에만 기반할 수 있는 것이 아니다. 한 시대와 사회적 배경에서는 당혹스러운 내용이 다른 시대에는 그렇지 않을 수 있기 때문에, 문맥의 중요성은 매우 분명하다. 또한 당혹스러운 기록들은 같은 사건에 대한 여러 증언 중 가장 덜 당혹스러운 것을 취한 결과일 수도 있다. 일례로, 베드로가 예수를 부인한 것은 베드로가 저지른 더 중대한 실수를 덮기 위해 창작된 내용일 가능성이 있다. 

두 번째 한계점의 예시는 유년 복음서에서 볼 수 있다. 토마스의 유년 복음서에는 아주 어린 나이의 예수가 초능력을 사용해 그와 부딪힌 친구를 죽인 후에 부활시켰다는 기록이 등장한다. 만일 이 전승이 성경의 형성과정에서 포함시킬만큼의 가치가 있다고 여겨져 정경 복음서가 되었다면, 많은 현대 기독교인들은, 특히 성경무오설을 믿는 사람들은 틀림없이 이 부분이 아주 당혹스럽다고 여겼을 것이다. 하지만 초대교회에 이 발췌본이 존재했다는 사실은, 일부 초대 기독교인들에게는 이 내용이 그렇게 당혹스럽게 여겨지지 않았다는 것을 시사한다. 

또다른 한계점은, 당혹스러운 구절들이 반발을 유도하기 위해 고의로 창작되었을 가능성이 있다는 것이다. 일례로, 베드로의 예수 부인은 부인에 대한 결과의 예로 쓰여졌을 수 있다. 마태복음 10:32-33은 " 누구든지 사람 앞에서 나를 시인하면 나도 하늘에 계신 내 아버지 앞에서 그를 시인할 것이요 누구든지 사람 앞에서 나를 부인하면 나도 하늘에 계신 내 아버지 앞에서 그를 부인하리라 (개역개정)"라고 말하고 있다.

또다른 한계점은, 신뢰성을 평가하기 위한 모든 기준들중에 당혹성의 기준을 속이기가 가장 쉽다는 것이다. 다수적 증언의 기준을 아는 사람은 다른 목격자들을 자기 편에 세우기 위해 불확실하고 어려운 일들을 해야한다. 그러나 당혹성의 기준을 아는 사람은 목격자들을 자기 편으로 만들기 위해 당혹스러운 세부사항을 창작해내기만 하면 된다.
베드로가 친구를 죽인 후 다시 살려낸 기록이 등장하는 책은?
유년 복음서 토마스의 유년 복음서