위생위원회는 3단계의 통제 및 검역 시스템을 구축했다. 위원회 회원들은 입항하는 모든 배들을 검사하고 그들에게 세 종류의 "건강 증서"들 중 하나를 부여하였다. 이 건강증서는 배와 화물이 시내에 접근할 수 있는 수준을 결정하는데 사용되었다. 이들은 또한 배가 착륙한 모든 도시를 기록한 선장의 일지를 검토하고, 최근에 역병이 돌았다는 소문이 있던 지중해 지역 목록과 대조했다. 대표단은 또 모든 화물과 승무원, 승객을 검사해 질병의 징후를 확인했다. 만일 선원들이 질병의 징후를 보았다면 마르세유 선착장에 입항이 허가되지 않았다.

만일 1차 검사를 통과했고 질병의 징후는 없었지만 그 배가 방문한 도시들 중 역병이 일어난 도시가 포함되었다면, 그 배는 마르세유 항구 바깥의 섬들에 있는 2단계 격리 구역으로 보내졌다. 검역소(lazaretto)는 질병을 일으키는 독기를 배출하기 위한 환풍시설을 갖추고 있었다. 또한 내륙과의 원활한 의사소통 및 청소를 용이하게 하기 위해 해안에 세워졌다. 

좋은 건강증서를 발급받은 이후에도 섬 외부에서 최소 18일간 검역을 거쳤다. 이 기간 동안 승무원들은 도시 주변에 건설된 검역소들 중 한 곳에서 억류되었다. 승무원들이 발급받은 건강증서의 수준에 따라 이송되는 검역소의 수준이 나뉘었다. 좋은 건강증서를 발급받은 선원들이 보내진 검역소는 한번에 많은 배와 선원을 수용할 수 있을 만큼 충분히 넓었으며, 상점도 설치되어 있었다. 만약 선원들이 역병을 보유하고 있다고 여겨지면, 마르세유 항구 앞바다에 있는 섬에 건설된 검역소로 보내졌다. 역병의 징후가 있는지 보기 위해 승무원들과 승객들은 그 곳에서 50일~60일 동안 대기해야 했다.
화물과 배가 시내 가까이에 갈 수 있는지의 여부를 정하는 기준이 된 문서는?
건강증서