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; 교역
:* 첫 번째 시리즈처럼, 어느 도시에서 사들인 상품을 다른 도시로 수송해, 그 도시에서 다른 상품을 구매한 다음, 처음 상품을 샀던 도시로 가서 상품을 매각하면서 수익을 올려 가는 것이 초반의 기본 방식이다. 면세증을 가지고 있으면 해당 국가의 동맹항에서 교역할 때는 세금이 붙지 않는다. 주인공이 회계 또는 교섭 능력이 있거나 회계 능력을 가지고 있는 항해사를 경리주임에 임명하면 상품 구입 시 가격흥정이 가능하다.
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; 조선
:* 파손된 배 수리, 중고선 매매, 선수상이나 대포 설치, 함선 건조를 할 수 있다. 투자를 반복해서 상업가치나 공업가치가 최대치가 되면 진귀한 선수상(천사·여신)이나 대포(카로네이드포) 구입이 가능하며, 일부 항구의 조선소에서는 특수한 배(바그, 프리게이트, 철갑선, 쉽)의 건조도 가능하다.
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; 투자
:* 항구에 있는 교역소나 조선소에 투자를 하면, 다음달에 그 도시의 상업가치나 공업가치가 올라 교역소에 새로운 상품이 등장하거나 조선소에서 대형함선을 건조할 수 있다. 또한, 자국에 대한 지지율이 올라, 지지율이75%이상이 되면 그 항구는 자국의 동맹항이 된다. 단, 각국의 수도(리스본, 세빌리아, 런던, 암스테르담, 제노바, 이스탄불)에는 투자할 수 없다. 대항해시대에는 전 세계에 총 100개의 항구가 존재하는데, 여기서 각국의 수도를 제외하고 나면 자국의 동맹항으로 할 수 있는 최대 항구수는 95개 (나머지 항구 94개 + 자국의 수도) 가 된다.
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;해전
:* 해적이나 다른 함대를 습격할 수 있다. 기본은 헥스(HEX)방식의 전략 시뮬레이션이지만, 기함끼리 인접하면 제독의 일기토로 승부를 붙이는 것이 가능하다.(자함대 갑판에 편성된 선원수가 타함대 갑판선원수보다 많이 부족한 경우에는 불가). 승리하면 적함대의 함선, 적하, 보물을 빼앗을 수 있다. 해적 명성이 일정치 이상이며, 모험이나 교역 명성보다 높은 경우, 자국의 국왕/총독으로부터 '사략허가서'를 교부받을 수 있으며, 이를 소지한 상태에서 적국의 배를 공격하면 자국에 대한 공헌도가 상승한다.
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;탐색
:* 항해중, 연안에서 부락을 발견하는 경우가 있다. 부락에 상륙해 주민과의 우호도를 올려 주변을 탐색하면 보물이나 유적, 자연등을 발견하는 경우가 있다. 발견물을 수집가에게 보고하면 모험명성이 오른다.
자국에 대한 지지율이 75%이하일 때 그 항구와는 어떤 관계가 되나?
동맹항