아오모리현의 핵연료 재처리 시설에서 의문의 두 사람에 의해 물체가 강탈된다. 강탈범 중 하나는 시설의 바닥에 스프레이로 "VON"라는 수수께끼의 메시지를 남긴 또 한 사람과 함께 시설을 탈출한다. 이는 수사 관계자에 강탈된 물체가 "플루토늄"이라고 밝혀지게 된다.

그리고 반년 후. 여름 방학 전에 더운 날, 두 남학생이 어떤 고등학교에 전학 온다. 주위의 주목에 눈길도 주지 않고, 두 사람은 있는 계획을 추진하려했다. 새로운 학교에서 리사라는 여학생을 만나게 되는데, 리사는 두 사람이 어린 시절에 탈출한 시설에 남겨두고 온 소꿉친구와 닮았다.

며칠 후, 전 경시청 수사1과 형사로, 현재는 문서과에서 한가로운 나날을 보내고 있던 시바사키 켄지는 전날에 본 어떤 동영상에 감각을 세운다. 그 동영상에서 스핑크스 1호·2호라고 자칭하는 두 젊은이가 범행 예고를 내고 있었다. 동영상의 예고대로, 도쿄에서 대규모 정전이 발생하고 폭탄 테러에 의해 도청에서 대폭발이 일어난다. 트웰브가 리사에게 목격되며, 리사에게 "여기에서 죽을 것인가 혹은 공범이 될 것인가」를 제안하고, 리사는 공범이 되는 것을 선택한다.

그리고 스핑크스 1호, 2호는 다음 폭파 장소를 수수께끼로 전하는 새로운 동영상을 공개한다. 수사1과는 이 수수께끼의 해결에 실패하고 두 번째 폭발을 막지 못한다. 수사1과 과장인 쿠라하시는 두 번째 폭파 사건 직전에 수수께끼의 진정한 솔루션을 자신에게 전했던 시바사키에게 수사1과로 복귀를 촉구한다.

수사1과에 복귀한 시바사키의 활약은 눈부시게 스핑크스 1 호 2 호의 세 번째 폭파 예고의 수수께끼를 풀고 폭파 저지에 성공한다. 또한 경시청은 도내에 남아있는 감시 카메라의 영상에서 스핑크스 1 호 2 호의 아지트를 추적한다. 한편, 스핑크스 1 호 2 호는 네 번째 폭파 예고를 공개한다. 시바사키는 그들이 동영상으로 전한 수수께끼를 정정당당하게 풀려고 하지만, 수사1과의 무라 이외의 형사들은 수수께끼의 해석보다 용의자 체포를 우선시하여 아지트의 강제 수사를 실행한다. 시바사키는 수수께끼를 풀지만 스핑크스 1 호 2 호는 "시바사키 이외의 경찰관이 꾀를 부렸다"며, 아지트에 발을 디디는 경찰관의 모습을 생중계한 다음, 인터넷에 경시청에서 해킹한 수사 정보를 유출시켜 경시청의 명성은 땅에 떨어진다.

경시청이 혼란에 빠져있을 무렵, 미국은 나인과 트웰브가 어린 시절에 탈출한 시설에 합류되어 있던 화이브를 일본에 파견한다. 스핑크스 1 호 2 호는 다섯 번째 폭파 예고를 발표, 시바사키에게 폭파 예고 수수께끼를 풀게 함으로써 자신들의 테러의 의도를 이해시키려고 하지만, 화이브는 경찰 상층부에 압력을 걸어 시바사키들의 움직임을 봉쇄해버린다. 또한 화이브는 스핑크스 1호·2호의 PC를 해킹하고 그들이 폭탄을 장치한 지하철의 움직임을 쫓을 수 없게 해버린다. 시바사키들이 전혀 움직이지 않는데다 폭탄을 장치한 지하철의 움직임조차 알 수 없게 된 스핑크스 1호·2호는 스스로 폭탄의 회수하려 움직이기 시작한다. 이것이 스핑크스 1호·2 호와 화이브 싸움의 시작이었다. 화이브는 스핑크스 1호·2호와 지적 게임을 즐기면서 그들이 아오모리에서 강탈한 물체를 손에 넣으려고 한다. 한편, 시바사키는 독자적으로 수사를 진행하며 일부 엘리트들에 의해 이루어진 아테네 계획이라는 장대한 인체 실험이 일련의 사건의 배경에 있는 것을 파악하게 된다.
시바사키의 이전 소속 부서는?
수사1과