국회법에 따르면 국회의장이 선출되기 전 임시의장은 출석 의원 중 최다선 의원이 맡아야 했으므로, 17대 국회 최다선 의원인 김원기 의원이 임시의장이 되어 국회의장 선거의 사회를 봐야만 했다. 그러나 김원기 의장은 본인이 후보이면서 선거의 사회를 보는 것은 민망하다며 사전에 사양 의사를 밝혔고, 이에 따라 차다선자인 이상득 한나라당 의원이 임시의장을 맡게 되었다.

국회의장 선거는 2004년 6월 5일 제247회 국회 (임시회) 제1차 본회의에서 실시되었다. 본회의는 이 날 오전 10시 열리는 것으로 합의된 바 있었으나, 예결위를 일반 상임위로 전환하는 문제를 놓고 열린우리당과 한나라당 간 협상이 지연되며 결국 12시간이 지난 밤 10시에야 개의되었다. 이 때문에 비교섭단체 의원들, 특히 민주노동당 의원들은 12시간 동안 아무 통보도 듣지 못한 채 본회의장에 앉아 있었다. 그나마도 국회부의장 선거는 양대 정당 간의 원 구성 협상이 마무리되지 못한 관계로 7일로 미뤄졌다.

국회부의장 선거는 6월 7일 제247회 국회 (임시회) 제2차 본회의에서 실시되었다. 그러나 이 날까지도 예결위 문제가 합의되지 못해 양대 정당의 협상이 지속, 개의 예정 시간인 오후 2시를 넘도록 본회의가 열리지 않았고, 시간 맞춰 나온 비교섭단체 의원들은 40분 가량 아무 소식도 듣지 못한채 본회의장에서 기다려야 했다. 양대 정당은 본회의를 4시에 열기로 다시 합의했으나, 이 역시 지켜지지 못해 실제 회의는 4시 40분에야 개의될 수 있었다.

민주노동당과 새천년민주당은 양대 정당이 소수 정당을 무시해 회의 지연 소식조차 제대로 알리지 않은 것, 원 구성 협의 과정에서 비교섭단체들이 완전 배제된 것 등에 대한 항의의 표시로 국회부의장 선거를 보이콧하였다.
국회부의정 선거는 얼마 만에 종료되었는가?
7일