후속작인 《한니발》에서 30대 초반에 접어든 스탈링은 정식 수사 요원이 되었다. 하지만 법무부의 폴 크렌들러가 속좁게 굴면서 사사건건 훼방을 놓아 그녀의 커리어는 꼬이기 시작한다. 마약 소탕 작전 와중 마약사범이 스탈링에게 총을 쏘자 그녀도 되쏘았는데, 이때 마약사범은 어린이를 인질로 잡고 있었고, 작전은 엉망으로 끝난다. 책임을 물어, 특히 크렌들러의 농간으로, 스탈링은 현장에서 물러나게 된다. 이즈음 이탈리아 피렌체에 살고 있던 렉터가 스탈링에게 편지를 보낸다.

한편, 과거 렉터의 피해자들 중 한 명이었던 사디스트 소아성애자 갑부 메이슨 버저는 렉터에게 사적 복수를 하고자 그에게 수배금을 걸었고, 렉터의 정체를 눈치챈 피렌체의 부패 경찰관 파치가 이 돈을 노리고 버저에게 연락한다.

렉터가 피렌체에 있다는 것을 알게 된 스탈링은 파치에게 경고하려 하지만, 모든 것을 다 알고 있던 렉터는 파치를 붙잡아 죽여 버리고 미국으로 복귀, 스탈링의 뒤를 쫓기 시작한다. 스탈링은 FBI 내의 부패한 자들, 특히 크렌들러에게 부당한 대우를 받는데, 크렌들러는 이때 버저와 협력하고 있었다. 스탈링은 렉터를 단순히 체포할 뿐 아니라 버저가 그를 죽이는 것을 막기 위해 먼저 렉터를 찾으려고 노력한다. 크렌들러는 버저의 지시에 따라 스탈링이 렉터에게 신문을 통한 비밀 메시지를 보낸다는 누명을 씌우고, 아무런 힘도 없어진 스탈링은 버저의 부하들을 막을 수 없게 된다. 버저는 렉터를 붙잡아서 식인 멧돼지들에게 먹이려고 한다.

스탈링은 렉터가 버저에게 붙잡혔다는 것을 알고 그를 구하러 간다. 그녀는 총격전 와중에 부상을 입고, 렉터가 그녀를 구해 치료한다. 그리고 렉터는 그녀에게 항정신성 약물을 주입하고 고전적 조건 부여를 통해 그녀가 스스로를 렉터의 죽은 여동생 미샤라고 생각하도록 세뇌하려고 한다.

그리고 렉터는 크렌들러를 잡아와서는 산 채로 개두 수술을 하고, 그의 전두엽을 숟가락으로 퍼내서 구워 먹는다. 그리고 렉터는 크렌들러의 뇌를 스탈링에게도 먹이는데, 스탈링은 그 뇌가 맛있다고 생각한다.

스탈링을 세뇌하려던 렉터의 계획은 결과적으로는 실패했다. 스탈링이 자신의 정체성을 포기하기를 거부했기 때문이다. 하지만 다음 순간 스탈링은 드레스를 풀어헤치고 렉터에게 자신의 가슴을 드러내 보인다. 렉터는 자신의 몸을 내놓는 스탈링을 받아들이고, 둘은 연인이 되어 함께 잠적한다. 3년 뒤, 부에노스아이레스의 오페라하우스에서 바니 매튜스가 스탈링과 렉터를 목격한다. 공포에 질린 바니는 그 즉시 부에노스아이레스를 떠나 다시는 찾아가지 않는다.
크렌들러와 함께 스탈링을 체포한 사람은?
버저