1945년 이후 대한민국과 일본의 어민들은 어로 구역을 놓고 갈등을 빚어왔다. 특히 일본의 어선은 식민지 시대에도 어로금지구역으로 설정되어 있던 지역에까지 침범하여 한국의 반발을 샀다. 1952년 이승만은 인접 해양에 대한 주권 선언을 통해 평화선으로 불린 대한민국의 어로 구획을 발표하였으며 이를 위반하는 일본 어선을 나포하였다. 한일 양국의 갈등이 심화되고 한국전쟁에 따라 밀수출의 단속과 선박통제가 필요하게 되자 유엔군 사령관 클라크는 한국방위수역을 설정하고 양국의 선박 통행 구역을 정하였다. 클라크 라인이라 불리게 된 한국방위수역은 이승만의 평화선과 유사하였다. 이를 계기로 한일 양국의 수역 갈등은 잦아들었으나 갈등의 원인은 해소되지 않았다. 

1964년 한일기본조약이 준비되는 동안 어업협정 역시 양국 간에 논의되었으며 1965년 4월 가조인되었고 한일기본조약과 함께 조인되었다. 한일어업협정의 협상 과정에서 일본 측의 강력한 요구에 의해 기존의 평화선은 무력화 되었으며 특히 독도 인근을 공동어로구역으로 설정하여 이후 독도를 둘러싼 여러 갈등의 빌미를 제공하였다. 이는 한일기본조약이 일본에 대한 굴욕외교라는 비판의 근거가 되기도 하였다. 

한일 어업협정 이후에도 어로 구획은 지속적으로 한일 간의 갈등의 원인이 되어왔고 1998년 1월 23일, 일본은 기존의 한일어업협정을 일방적으로 파기하였다. 이에 따라 1998년 9월 25일, 현재의 한일어업협정이 체결되어 오늘에 이르고 있다.
한일어업협정에서 분쟁의 씨앗으로 남긴 곳은?
독도 인근 독도 독도