사이타마시 오미야구에 살고 있는 하야토는, 겨울방학의 숙제를 약속 대로 끝낸 상으로, 아버지·호쿠토에 이끌려 도호쿠 신칸센 「E5계 하야부사」에 태워 달라고 약속을 하고 있었다.평상시는 바쁜 호쿠토와 함께 신칸센을 탈 수 있어서, 하야토는 여행을 매우 기대하고 있었다. 그런데, 호쿠토가 하야부사의 지정석권을 끊지 않았기 때문에, 「E2계 야마비코」로 도쿄역으로부터 신칸센의 여행을 즐기게 되었다. 하지만, 돌연 호쿠토에게 업무 전화가 걸려 오고, 사태는 일변했다. 호쿠토는 갑자기 「철도박물관에 향하기 위해서 오미야역에서 하차한다」라고 하야토에게 고해 여행은 중단이 되어 버렸다. 호쿠토는, 태블릿을 하야토로 부터 받지 않은 채 철도 박물관으로 향해 버렸다. 하지만, 그 태블릿의 커버에 「Shinca」가 들어간 채로 되어 있는 것에 하야토는 눈치챈다. 하야토는 이들을 호쿠토에게 전달하기 위해 철도박물관으로 향하던 중 수수께끼의 문을 발견했다. 문 리더에게 "Shinca" 터치하면 문이 열리기 때문에 그 건너편으로 헤매게 된다. 그 문은 철도박물관의 지하에 존재하는 특무기관 『신칸센 초진화 연구소』 「동일본 지령실 오미야 지부」에의 입구였다. 여기서는 호쿠토가 지령장인 홍수신페이와 함께 격납고로 폭주하는 거대 괴물체를 처리하려 하지만, 초진화연구소가 비밀리에 개발한 인간형 변형 로봇 신카리온.
호쿠토는 업무전화를 받고 어디로 가버렸나요?
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