1553년 존 디는 옥스퍼드의 교수직을 제안 받았으나 학교의 여러 규제에 얽매이는 게 싫어서 거절하였다. 1555년 디는 아버지의 뒤를 이어 포목상 길드인 워쉽풀 컴퍼니 오브 머서스의 회원이 되었다. 당시 런던은 길드에 가입해야 사회적 지위를 유지할 수 있었다. 

같은 해인 1555년 존 디는 여왕 메리 1세와 엘리자베스 공주의 천궁도를 "계산"했다는 이유로 기소되었다 당시 유럽의 각 왕실은 점성술에 매료되어 있었다. 오늘날 뛰어난 천문 관측자로 알려진 튀코 브라헤나 요하네스 케플러 등은 당대 유명한 점성술가이기도 하였다. 태어난 때의 천궁도가 그 인물의 미래를 예언한다고 믿어졌기 때문에 허락 없이 왕족의 천궁도를 계산하는 것은 반역죄로 여겨졌다. 존 디는 성실청에 감근되었고 "블러디 메리"의 주구로 악명 높던 런던의 주교 에드문드 보너가 심문하였다 죽을 고비를 넘긴 존 디는 개인 도서관을 만들고 칩거하였다. 

 
1558년 엘리자베스 1세가 즉위하자 존 디의 삶은 상전벽해와 같이 바뀌어 엘리자베스의 과학 고문 겸 황실 점성술사가 된다. 1570년대까지 그는 잉글랜드의 항해술 고문으로 활동했으며 해외 식민지 건설을 주장하면서 대영 제국이란 낱말을 처음 공식 문서에 사용하였다. 당시 영국은 아직 잉글랜드와 스코틀랜드 조차도 별개의 나라였던 시기다. 

1570년 존 디는 헨리 빌링슬리가 번역한 《에우클레이데스의 원론》을 출간하면서 서문에 수학이야 말로 학예과 과학의 근간이라고 주장하였다. 이 책은 대학과 세간에서 계속하여 재출간 되었으며 그에 따라 존 디의 이름 역시 널리 알려지게 되었다. 당시 까지 영국에는 라틴어로 번역된 《원론》만 있었을 뿐 그리스어에서 영국어로 직접 번역한 것은 없었다. 영어판 《원론》의 출간은 존 디의 가장 큰 업적 가운데 하나이다.

엘리자베스 1세 시기 존 디는 윌리엄 세실이 지휘하는 첩보 활동에도 깊숙히 관여하고 있었다. 유럽에 널리 알려진 그의 명성을 이용하여 각국의 주요 인물을 만나고 비밀을 청취하는 게 주된 임무였다. 한편 점성술에 기댄 선전도 그의 임무였는데, 스페인의 무적 함대가 폭풍우를 만날 것이라 예언한 것이 대표적이다. 1583년부터 6년간 유럽 각국을 방문한 존 디는 007을 자신의 상징으로 삼는 암호 편지를 여왕 앞으로 보내 보고하였다. 20세기 영국의 소설가 이언 플레밍은 이에 착안하여 제임스 본드의 코드 네임을 007로 정하였다
영국의 <원론> 번역본은 어떤 언어로 되어 있었는가?
라틴어