삼탄당 인산 이성질화효소의 반응 메커니즘은 "엔올"의 중간생성물 형성을 포함한다. 각 기저 상태와 전이 상태의 상대적인 자유 에너지는 실험적으로 결정되었으며, 아래의 그래프에 표시되어 있다
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삼탄당 인산 이성질화효소의 구조는 다이하이드록시아세톤 인산과 글리세르알데하이드 3-인산 사이의 전환을 촉진한다. 삼탄당 인산 이성질화효소의 친핵성 Glu 잔기는 기질을 탈양성자화시키고, 친전자성 His 잔기는 양성자를 공여하여 엔올 중간생성물을 형성한다. 탈양성자화되면 엔올 중간생성물은 붕괴되고, 양성자화된 Glu로부터 양성자를 추출하여 글리세르알데하이드 3-인산 생성물을 형성한다. 역반응의 촉매 작용이 유사하게 진행되어, 동일한 엔올을 형성하지만, C2의 산소로부터 엔올의 붕괴가 일어난다. 

삼탄당 인산 이성질화효소의 확산은 제한적이다. 열역학적인 측면에서 다이하이드록시아세톤 인산의 생성은 글리세르알데하이드 3-인산의 생성보다 20:1로 선호된다. 그러나 해당과정에서 글리세르알데하이드 3-인산은 후속 단계에의 반응에 의해 계속해서 소모되기 때문에 이러한 소모는 새로운 글리세르알데하이드 3-인산의 생성 반응을 유발한다. 삼탄당 인산 이성질화효소는 효소의 활성 부위에 결합하는 황산염, 인산염 및 비산염 이온에 의해 저해된다. 다른 저해제로는 전이상태 유사체인 2-포스포글리콜산 및 기질 유사체인 글리세롤- 1-인산이 있다.
글리세르알데하이드 3-인산이 생성되는 반응은?
해당과정