크누트는 대중에 공개된 지 1년이 후 130kg이 되었다. 크누트와 관객 사이에는 박격포 폭발에도 끄떡 없는 두께 6인치짜리 유리판이 설치되었다. 
크누트가 많이 성장하게 되자 2008년 3월 말 크누트의 사육사 중 한 명이었던 마르쿠스 뢰브케는 "크누트의 자립 생활, 독립을 위해 가급적 빨리 크누트를 야생으로 돌려보내야 한다"고 주장하였다. 뢰브케는 또한 크누트가 전임 사육사였던 토마스 되르플라인을 그리워하고 있으며 주변에 아무도 없으면 울음소리를 내 주목을 받고 싶어한다고 전했다. 그는 누군가 자신을 보아주기를 바라는 크누트의 성향을 바꾸는 게 좋겠다고 조언한 바 있다 한편, 4월 초 동물보호단체는 크누트가 우리 안에서 열 마리의 잉어를 죽여 잡아먹었으며 이는 독일 동물 보호법 위반이라고 비난하였다. 베를린 동물원의 곰 전문가 하이너 클뢰스는 이에 대하여 북극곰의 습성일 뿐이라고 일축했고 비난에 대해 반박하였다. 

2008년 7월 크누트의 아버지를 사육하고 있는 독일 북부의 노이뮌스터 동물원은 베를린 동물원이 크누트의 성공으로 인한 수익을 독식하고 있다며 소송을 제기하였다. 이전에 체결된 계약을 따른다면 크누트의 소유권은 노이뮌스터 동물원에 있었다. 노이뮌스터 측은 이전에 크누트가 벌어들이는 수익의 분배를 두고 베를린 동물원과 교섭하였으나 의견에 마찰을 빚었다고 공식 입장을 표명했고 결국 이 문제는 법정에서 다뤄지게 되었다. 노이뮌스터 동물원의 동물원 감독 페터 드뤼바는 크누트를 데려올 마음은 없고, 단지 수익 분배를 바랄 뿐이라고 하였다. 

소송 문제와 함께 크누트의 두 번째 생일이 얼마 남지 않았을 때 베를린 동물원의 시설이 너무 작아 크누트를 다른 동물원으로 이전해야 한다는 주장이 대두되었다. 그러나 베를린 동물원 측과 베를린 시장 클라우스 보베라이트는 "크누트가 수도인 베를린에 남아있어야 한다"고 못박았다. 

 
베를린 동물원과 노이뮌스턴 동물원간의 소송은 2009년에도 지속되었고 2009년 5월 19일, 베를린 동물원은 크누트의 소유권을 노이뮌스터에서 완전히 이전해오는 조건을 제안하였다. 이에 대하여 노이뮌스터 동물원측은 700,000 유로를 제시하였고, 베를린 동물원 측은 350,000 유로를 제시하면서 "그 이상 한푼도 더 줄 수 없다"고 밝혔다. 결국 7월 8일 베를린 동물원은 430,000 유로에 크누트의 소유권을 넘겨받게 된다. 

2009년 9월, 뮌헨의 헬라브룬 동물공원에 있던 크누트와 비슷한 나이의 북극곰 암컷 '조반나'가 베를린 동물원으로 이전되었다. 조반나는 9월 23일 대중에 공개되었고 헬라브룬 동물공원이 수리를 마칠때까지 크누트의 우리를 잠시 공유하였다. 조반나의 도착은 국제적 관심을 촉발하였다. 당시 크누트와 조반나 모두 성년이 아니었음에도 매체들은 두 곰이 짝짓기를 할 것인가의 여부가 세간의 관심을 끌기에 충분했기 때문이다. 그러나 2010년 3월, 동물을 윤리적으로 다루는 사람들의 모임 독일 지부는 크누트와 조반나의 할아버지가 같으니 "크누트의 근친교배를 막기 위해서는 크누트를 거세하여야 한다"고 주장하였다. 또한 PETA 대변인 프랑크 알브레히트는 "크누트와 조반나 사이에 새끼가 태어난다면 이는 독일 북극곰 유전형질을 위협할 것"이라는 우려를 표했다. 베를린 동물원은 이에 대하여 어떠한 성명이나 발표도 내지 않았고 조반나의 베를린 동물원 체류가 일시적인 것에 불과하다고만 밝혔다. 후에 2010년 8월 조반나는 수리가 끝난 본래 동물원으로 돌아가면서 사태는 진정되기에 이른다.

크누트는 죽기 전까지 모두 세 마리의 북극곰 암컷과 우리를 공유하였으며 낸시, 카튜샤, 그리고 어미 토스카였다. 크누트보다 나이가 많은 암컷곰들은 크누트에게 내내 위협적이여서 2010년 말, 크누트가 괴롭힘을 당하고 있다는 보도까지 나가게 되었다. 조련사 중 한 명은 이를 부인하며 "크누트가 아직은 어려서 그런(어려움을 겪고 있을 뿐) 것이지, 시간이 흐르면 모든 문제가 해결될 것"이라고 밝혔다.
크누트의 새끼를 낳은 암컷 북극곰 이름은?
조반나