1504년 이사벨이 죽고 딸 후아나가 카스티야 연합왕국을 물려받았다. 후아나에게는 정신병이 있어, 그녀의 별명은 미친 후아나(Juana la Loca)였다. 이사벨은 죽기 전 그녀가 "책무를 다하지 못할 때를 대비하여" 후아나의 아버지 페르난도를 섭정으로 임명했다. 그러나 후아나의 남편인 아우스트리아 대공 펠리페는 카스티야의 귀족들에게 지지를 받았으나 후아나와 사이가 좋지 않았다. 페르난도는 카스티야와의 전쟁을 피하기 위해 섭정의 권한을 포기해야 했다.

1506년 비야파필라의 합의로 페르난도는 아라곤으로 돌아갔고, 펠리페가 아내 후아나와 함께 카스티야를 공동 통치하게 되었다. 또한 이 합의로 페르난도는 신대륙에 대한 권한을 모두 펠리페와 후아나에게 넘겨, 왕국의 수입 가운데 절반을 포기했다. 1507년 펠리페가 죽자, 페르난도는 다시 섭정으로서 카스티야에 돌아왔다. 1510년에는 후아나의 정신병이 심해져 토르데시야스의 한 수도원에 유폐되었다.

1512년 아라곤과 카스티야는 동맹을 맺고 나바라 왕국을 침공하여 병합하였다. 나바라 영토 가운데 피레네 산맥의 남부가 카스티야의 영토로 병합되었다.
페르난도의 아내가 사망했던 해는?
1504년 1504