사하라 남부 아프리카에서 기독교가 성장한 것은 로마 가톨릭교회와 개신교, 특히 20세기 서구 토착교회 분파 신봉자들의 선교 활동이 낳은 결과였다. 하지만 이들 서구 기독교들은 서구 문화와 밀접한 관계로 맺어져 있었다. 정교회는 미국과 오스트레일리아와 마찬가지로 아프리카 벽지에 사는 그리스어를 쓰는 이민자들에 의해 전파되었다. 이들은 여전히 그리스와 같은 문화를 공유하고 있었고, 이집트에 있는 정교회 총대주교와 일치해 있었다.

아프리카 토착교회들은 다양한 형태의 정교회에 관심을 갖기는 했지만, 거리상 이유로 아프리카 일부에 있는 역사적인 정교회와 접촉하는데 애로사항이 있었다. 1920년대에 그들 중 일부가 미국의 소위 (교회법상 동방 정교회의 공동체에 속하지 않은) 아프리카 정교회와 남아프리카 공화국의 다니엘 윌리엄 알렉산더, 우간다의 루벤 스파르타스 무카사와 접촉했다.

1930년대에 다니엘 윌리엄 알렉산더는 우간다와 케냐를 찾았다. 하지만 스파르타스는 탕가니카의 수도 사제 니코데모스 사리카스와 접촉해 그를 통해 알렉산드리아 그리스 정교회 총대주교와 접촉했다. 1946년 케냐와 우간다의 아프리카 정교회 공동체는 알렉산드리아 그리스 정교회 총대주교청과 일치하였다.

1950년대에 케냐의 우간다 정교회는 마우마우 봉기 동안 영국 식민 정부에 의해 극심한 탄압을 받았다. 성직자 대부분이 강제 수용소에 수용되었고, 성당과 학교는 폐쇄되었다. 겨우 나이로비에 있는 주교좌 성당만 계속 출입할 수 있었다. 망명 생활에서 돌아온 키프로스의 관구장 대주교 마카리오스 3세는 대성당에서 식민주의 정책에 반대하는 강론을 했고, 이는 마카리오스 3세와 케냐의 독립 운동가 조모 케냐타의 우정으로 이어졌다.

1963년에 케냐가 독립하면서 상황은 나아졌고, 키프로스 정교회가 신학교를 지어주고 선교사들을 보내주면서 케냐 정교회를 재건하는데 도움을 주었다.
스파르타스가 그리스의 총대주교를 만나게끔 도와준 인물은?
니코데모스 사리카스