864년 비잔티움 제국의 미카일 3세는 불가리아가 서방 세계의 예식으로 기독교를 받아들이려 한다는 의심으로 불가리아를 침공하였다. 침공 사실을 안 보리스 1세는 평화 협상을 시작하였다. 비잔티움 제국은 콘스탄티노폴리스로부터 기독교를 수용하는 것을 요구하였다. 보리스 1세는 이를 수용하여 865년 9월 세례를 받았고 미카일 3세를 대부로 하면서 세례명으로 이름을 택하여 보리스-미하일이 되었다. 이교의 이름은 "칸"은 폐지되고 "크냐즈(княз)"가 채택되었다. 하지만 기독교 개종의 이유는 비잔티움의 침략이 아니었다. 보리스 1세는 통찰력이 있는 인물이었고 아직도 종교적 기반에 따라 분열되어 있던 불가리아 국가가 단일 종교를 통해 통합될 수 있다고 예상하였다. 그는 또한 그의 국가가 종교적인 이유로 기독교 세계에서 널리 인정받지 못하고 체결한 조약도 조인국에게 무시당한다는 것을 알고 있었다.

비잔티움 제국의 목적은 지난 2세기 동안의 전쟁 후에도 이루지 못한 평화를 이루는 것이었다. 비잔티움 제국은 기독교를 통해 불가리아를 서서히 흡수하여 위성 국가로 만들고자 하였고, 새로운 불가리아 교회의 수장은 파견된 그리스어로 설교하는 비잔티움인이었다. 보리스 1세는 이와 같은 사실을 파악하고 866년 콘스탄티노폴리스에서 불가리아 교회에 자주성을 부여하는 것을 거부하자, 그는 로마 교황 니콜라오 1세에게 사절단과 함께 115개의 질문을 보내어 서방 교회의 예식으로 기독교를 개종하고자 하는 의지를 피력했다. 보리스 1세의 목적은 비잔티움 제국과 가톨릭의 간섭을 막기 위해 불가리아 교회의 독립성을 확립하는 것이었기에 그는 로마 교회와 콘스탄티노폴리스의 대립 속에서 이득을 취하려 하였다. 보리스의 질문에 대한 교황의 자세한 질문이 두 주교에 의해 전해졌고, 그 주교들은 불가리아인들 사이에서 논란을 심화시키려 했다. 하지만 니콜라오 1세와 그의 후계자 교황 하드리아노 2세 역시 독립적인 불가리아 교회를 거부하였고, 이는 양측의 관계를 냉각시켰다. 하지만 불가리아의 로마를 향한 움직임은 비잔티움을 좀더 유화적으로 만들어, 870년 제 4차 콘스탄티노폴리스 공의회에서 콘스탄티노폴리스 총대주교의 결정 하에 독립적인 동방 정교회로 인정받았다. 이는 로마와 콘스탄티노폴리스 교회가 분열된 후 첫번째로 공식적으로 인정된 교회였다. 893년 마침내 고대 불가리아어가 공식 언어가 되었고, 교회 의식과 기독교 문학에 사용되었다.
미카일 3세는 언제 불가리아를 공격했는가?
864년