더크 젠틀리의 성스러운 탐정사무소의 줄거리는 이야기의 중추적인 부위에 자리잡은 시간 여행이란 주제 때문에 줄거리가 이어져 있지 않다.

40억년전 지구에서, 사락사라의 사람들이 자신들만의 낙원을 만들기 위해 지구에 착륙하였다. 그러나, 기술자의 게으름으로 인해서 착륙선은 폭발하였으며, 안에 타고 있던 사락사라 사람들은 모두다 죽어버렸으며 그 폭발에 의한 에너지가 아미노산을 만들어 지구에 생명이 생기게 되었다. 그 게으른 엔지니어는 유령이 되어 그가 저지른 잘못을 돌리기 위해 돌아다니면서, 인류의 발전에 영향을 미쳐왔다. 1800년 초에 유령은 케임브리지 세인트 체드 단과대학의 리즈 교수가 타임머신을 가졌다는 걸 알게 되고, 리즈교수를 손에 넣을려고 하였으나 실패하고 만다. 그리고 유령은 새뮤얼 테일러 콜리지에게 붙어, 그의 시 쿠빌라이 칸과 늙은 뱃사람의 노래에 착륙선을 고칠방법을 적게 만든다. 유령은 200여 년 동안 콜리지의 작품에 감명을 받은 영혼을 찾아다녔으며, 21세기무렵 마이클 웬튼 윅스라는 전 예술잡지 편집장을 찾게 된다. 유령은 마이클이 콜리지의 작품을 읽게 만들었으며, 그를 조종하기 위해 마이클로 하여금 마이클의 후임 편집장인 알버트 로스를 살해하게 된다.

유령의 다음 행동은 다른 사람에게 영향을 끼칠 숙주를 찾는 일이었다. 리즈는 어린 소녀를 재미있게 해주기 위해 타임머신을 가동하였으며, 유령이 사용하기위해 데려온 전자 수도사는 웨이포인트 테크놀러지 II의 사장인 고든 웨이를 죽여버린다. 리즈의 학생이었으며, 웨이포인트 테크놀러지 II의 컴퓨터 프로그래머인 리처드 맥더프는 그의 여자친구인 수잔 웨이의 집의 자동응답기에 저장된 메시지를 지우기 위해서 몰래 집에 침입하게 되는데, 그때 맥더프는 알지 못하게 유령에게 이용되었다.

이건 만물의 상호 연관성을 믿는 맥더프의 친구인 더크 젠틀리를 끌여들이게 되었다. 더크 젠틀리와 맥더프는 여럿 우연한 장소에서 정보를 얻고, 유령이 개입했다는 것과, 리즈 교수가 타임머신을 가졌다는 걸 알게 된다. 그들은 리즈교수를 찾아가게 되었고, 리즈 교수는 타임머신이 있다는 걸 그들에게 말해준다. 그때, 그들은 유령에 빙의된 마이클을 만나게 되고, 보호장구를 갖춘 마이클은 교수에게 부탁하여 40억년 전으로 거슬러 올라가게 된다.

마이클이 우주선을 수리하러 밖에 나가고, 리처드는 현대의 수잔으로부터 마이클이 로스를 살해했다는 전화를 받게 된다. 더크는 유령이 마이클을 조종하기 위해 로스를 살해했다고 추리하게 된다. 더크는 유령을 막지 못한다면 인류가 없어질 것이고, 사락사라인들이 지구를 차지하게 될거라고 경고하게 된다. 리즈교수는 더크 젠틀리를 데리고 1800년대로 데리고 간다. 거기서 더크는 콜리지에게 폴락에서 콜리지를 취재하러 왔다고 하고, 그가 착륙선을 고칠방법을 적지 못하게 막아 유령의 계획을 저지하게 된다. 현대로 돌아온 더크 젠틀리는 그가 맡고 있던 고양이 실종 사건이 없다는 걸 알게 되고, 비서에게 "인류를 멸종위기에서 구했음 - 무료"라고 청구서를 보내라고 지시한후 밖으로 나가게 된다.
유령'은 어느 행성에서 지구로 왔는가?
사락사라