큐슈신칸센의 선로 공용 구간은 하카타 역에서 하카타 종합 차량소(하카타미나미 역)까지 해당된다. 따라서 큐슈신칸센을 이용하려면 하카타 역에서 환승해야 한다.

또한 큐슈여객철도 소속 차량의 경우 하카타미나미 선을 운행하지 않는다. 주로 출퇴근 시간대에 시간이 편성되었고 출근 시간대의 경우 최소 2회에서 최대 4회까지 편성하는 반면 하행 열차의 경우 최대 3회까지 편성되었다.

대부분 산요 신칸센과 직결 운행하며 일부 열차의 경우 하카타 역까지 운행한다. 산요 신칸센과 직결하는 열차의 경우 고다마로 운행하는 경우가 많은데 일부 시간대 히카리 레일스타로 운행하는 경우가 있다. 또한 열차 번호의 경우 2800호대로 부여를 받는 반면 히카리 레일스타 직결 열차의 경우 2400호대로 부여를 받는다. 이 구간은 JR의 노선 명칭 공고 상에 따르면 재래선이지만, 산요 신칸센의 열차들이 운행하고 있다. JR 그룹의 특급 열차 중에서 유일하게 열차 이름 표시가 없다. 하카타 역 전광판의 경우 623호와 같이 열차 번호만 표시되었고 행선지의 경우 하카타 또는 하카타미나미로 표시된다. 또한 모든 열차가 특급 열차로 운행하기 때문에 열차 종류별 안내가 없다.

하카타 역에서 하카타미나미 역으로 가는 열차 운행 시 안내방송에서 "고쿠라, 히로시마, 신토스, 구마모토 방면으로 운행하지 않으니 주의하시길 바랍니다."란 방송을 한다.
하카타미나미 선을 매일 운행하는 열차는 어디 소속인가?
큐슈여객철도 소속 큐슈여객철도