태어난 해는 분명하지 않으며, 즉위 이전 본명도 전해지지 않는다. 플루타르코스의 《플루타르코스 영웅전》에 의하면, 즉위 이전 이름은 아르사케스였다고 하며, 이것은 고대 페르시아어 인명 아르타크샤사, 중세 파르티아어 형인 아르샤크를 그리스 억양으로 발음한 것으로 그의 즉위 이름 자체이다. 한편 콜로폰 역사가 디논은 본명이 오아르세스라고 적고 있다. 아버지는 페르시아 제국의 황제 다리우스 2세였으며, 아르타크세르크세스가 태어난 당시는 아직 왕에 즉위하고 있지 않았다. 다리우스 2세가 즉위한 뒤 어머니 파리사티스가 동생인 키루스를 낳았다. 키루스 이외에도 이복동생이 많이 있었다고 전해지며, 크니도스의 역사가 크테시아스는 파리사티스에게서만 다리우스의 아이를 13명 낳았다고 전하고 있다.

플루타르코스에 의하면, 영리하고, 야심가인 동생 키루스에 반해 아르타크세르크세스는 점잖고, 온화한 성격이었다고 한다. 부모의 희망에 스타테이라와 결혼했지만, 곧 스타테이라 형제가 다리우스 2세의 노여움을 사 처형당했다. 다리우스 2세는 스타테이라도 처형하려고 했지만, 아르타크세르크세스는 어머니 파리사티스를 설득해 스타테이라를 구했다. 기원전 405년 / 404년 다리우스 2세가 죽음의 잠자리에 들자, 파리사티스는 맹목적으로 총애했던 동생 키루스를 후계 왕으로 밀면서 그 근거로 아르타크세르크세스가 태어났을 때는 아직 다리우스 2세는 왕이 아니었다고 주장했다. 그러나 다리우스 2세는 이 주장을 물리치고, 장자인 아르타크세르크세스를 후대 왕으로 지명하면서, 키루스는 사르디스의 태수로 묶어두었다.

기원전 404년 다리우스 2세가 죽자 아르타크세르크세스는 파사르가다에에서 즉위했다. 이에 불만을 품은 키루스는 형의 암살을 계획하지만, 티사페르네스의 밀고로 탄로났다. 그러나 어머니 파리사티스의 옹호로 키루스는 용서를 받았다.

기원전 402년, 오랫동안 반란이 계속되던 이집트가 왕국을 배반한다. 이어 기원전 401년, 사르디스에 있던 동생 키루스가 다수의 그리스 용병을 모아 형을 죽이고 왕이 되고자, 반란을 일으켰다. 게다가 펠로폰네소스 전쟁에서 키루스 지원을 받았고 스파르타가 반란을 지원하기로 약속했다.

그해 가을, 〈쿠낙사 전투〉에서 형제는 격돌하였고, 대왕은 거의 패배할 뻔했지만 공을 서두르고 나온 키루스가 전사하면서 아르타크세르크세스 2세의 왕위는 지켜졌다. 그러나 키루스가 이끌었던 그리스 용병 1만은 뻔히 보고도 놓치고 말았다.(그리스 용병의 귀로 기록이 크세노폰의 《아나바시스》이다).
다리우스가 파리사티스에게서 아이를 많이 낳지 않았다고 전했던 인물은?
크테시아스