망코 잉카 유팡키가 빌카밤바로 이동하여 새로운 나라를 세운 뒤, 그는 그 곳에서 게릴라 전술을 통해 스페인과 협력한 부족들과 소규모 스페인 원정대들을 끊임없이 공격하기 시작한다. 이로 인해 성과도 있었으나, 전체적인 관점으로 보면 오히려 그 피해가 더 막심했다. 이런 상황 속에서 피사로와 디에고 데 알마그로가 지휘권을 놓고 서로 내분을 일으키게 되고, 경쟁에서 진 알마그로의 패잔병들이 피사로의 감시를 피해 빌카밤바로 도망쳐 왔을 때, 망코 잉카는 그들 대부분을 받아들여 전력을 키우고자 하였는데, 나중에 이들이 변절하여 사이리 투팍과 그의 형제들이 보는 앞에서 망코 잉카를 죽이게 된다. 이 암살자들은 곧바로 호위병들에 의해 살해당했다.

망코 잉카의 뒤를 이어 왕위에 오를 당시 사이리 투팍은 5살이었고, 고문들의 도움을 받아 왕국을 약 10년간 다스리게 된다. 그의 재위 기간 동안 왕국은 스페인 정복자들과 나름대로 평화적으로 지냈는데, 스페인의 총독은 그가 만약 빌카밤바에서 나와 투항한다면 쿠스코에 호화로운 저택을 마련해주겠다는 제안을 했을 정도였다. 사이리 투팍은 본디 이 제안을 받아들이려 했으나, 이 때 갑자기 파울루 잉카가 급사하는 사건이 일어나자, 이를 불길한 징조로 받아들이고 결국 그 제안을 거부하게 된다.

사이리 투팍 이후에 왕위에 오른 티투 쿠시 유팡키가 빌카밤바에서 신잉카국을 다스릴 동안, 스페인의 총독과 관리들은 최대한 협상을 통해 그를 복속시키고 싶어했다. 협상의 주 내용은 그가 빌카밤바에서 내려오고 왕위를 내려놓는 것에 대한 것이었다. 1568년 즈음에 협상이 타결된 이후, 티투 쿠시 유팡키는 가톨릭으로 개종하여 '디에고 데 카스트로'라는 이름을 얻게 된다.

티투 쿠시가 죽고 훨씬 더 독립적인 성향을 가진 투팍 아마루가 왕위에 올랐는데, 이 사실을 몰랐던 스페인 관리들은 티투 쿠시 때 하던 것처럼 2명의 대사를 보내 잉카 왕국과 협상을 계속하려 했다. 이 2명의 대사가 국경에서 사사되자, 당시의 스페인 총독은 신잉카국이 국제법을 어겼다는 이유로 대규모 군대를 파견하여 신잉카국을 아예 완전히 지도에서 지우려 했다.
티투 쿠시의 뒤를 이어 그의 친스페인 성향을 계속 펼친 사람은?
투팍 아마루