보니파시오 3세는 교황이 되자마자 교황 선출에 두 가지 점을 개혁하였다. 첫 번째로는 교황이 재위하고 있는 동안에는 어느 누구도 다음 교황 후임자에 논의하는 것을 금지하며, 이를 어길 시에는 파문한다는 조치를 내린 것이다. 두 번째로는 교황의 장례 미사 후 사흘이 지나기 전까지는 후임 교황을 선출할 수 없다는 조치를 내린 것이다. 보니파시오 3세가 이러한 조치들을 내린 것은 앞으로 교황 선거를 보다 공정하게 치루도록 하여 자신이 겪었던 문제를 후임 교황들도 똑같이 겪지 않기기 위해서였다

또 한 가지 주목할 만한 그의 행적은 동로마 황제 포카스와의 친밀한 관계에서 비롯되었다. 그는 포카스 황제로부터 "복된 사도 베드로좌는 모든 교회의 머리가 되어야 마땅하다."는 내용의 칙령을 받아냈는데, 이는 곧 교황이 기독교 세계 전체의 으뜸가는 지도자임을 인정받은 것이다. 또한 이 칙령은 스스로 ‘세계 총대주교’라고 칭하던 콘스탄티노폴리스 총대주교에게 치명타를 안겨다 주었다

보니파시오 3세는 607년 11월 12일 선종하여 로마 성 베드로 대성전에 안장되었다
교황의 자리에 오른 후 보니파시오 3세가 바꾼 것은 몇 개인가?
두 가지