1776년, 링컨은 준장에 이어 소장으로 승격되어, 보스턴 지역의 모든 매사추세츠 부대를 지휘했다. 영국군이 보스턴에서 철수한 후 링컨은 뉴욕에서 조지 워싱턴 장군에 합류, 화이트 플래인스 전투에서는 우익을 지휘했다. 인디펜던스 요새 전투 직후에 링컨은 대륙군 소장이 되었다.

1777년 9월, 링컨은 새러토가 근처에 있던 호레이쇼 게이츠의 부대에 합류하여 새러토가 전투에 참전했다. 그러나 뒤꿈치에 머스켓 총알을 맞은 상처 때문에 새러토가 전투에서는 큰 역할을 하지 못했다. 이때의 상처로 한쪽 다리가 짧은 상태가 되었다. 이 상처가 아물자 링컨은 1778년 9월에 남부 방면 군의 지휘관에 임명되었다. 링컨은 1779년 10월 9일의 조지아의 사바나 공격에 참가, 사우스캐롤라이나의 찰스턴으로 철수를 하도록 만들었다. 링컨에게는 운이 나빴지만, 찰스턴 시내로 몰려 포위를 당했다.

1780년 5월 12일에는 영국군의 헨리 클린턴 장군에게 항복하게 되었다. 이것은 독립 전쟁에서 대륙군 최대의 패배였다. 링컨은 항복 있어서, 전사의 명예를 부정당하게 되고 마음 속으로 화가 치밀었다. 링컨은 포로 교환 식으로 석방되었지만, 해제됐지만, 조사위원회에서는 어떤 허물도 문제되지 않았다. 링컨은 곧바로 워싱턴의 주력 부대로 복귀하여, 남부 버지니아로 가서 1781년 10월 19일의 요크타운에서 영국군의 항복까지 큰 역할을 했다. 이 항복은 콘월리스 경이 패배의 굴욕을 느끼고 워싱턴 장군에 직접 군도를 전달하는 항복 의식을 거부했다. 결국 부관인 찰스 오하라가 콘월리스 대신 서게 되었으며, 워싱턴의 부관이었던 링컨이 콘월리스의 군도를 받았다.
링컨이 조지 워싱턴 장군에 합세하여 우익을 통솔했던 전투는?
화이트 플래인스 전투