화재로 인한 사망자는 공식적으로 밝혀진 바에 따르면 극소수에 불과하며, 적었던 걸로 추정된다. 포터는 8명 이라고 언급했고, 티니스우드는 한 자리 수라고 제시하였다. 하지만 여기서 일부 사망자는 기록되지 않은 것이 틀림없고, 화재와 연기 흡입으로 인한 직접적인 사망 외에도, 난민들이 임시 수용소나 겨울이 찾아왔을 때 저체온증으로 사망한 것으로 알려져 있다. 

핸슨은 런던 대화재 당시에 극작가였던 제임스 셜리와 아내가 추운 겨울에 한 때 자신의 집이었던, 폐허가 된 집터에서 옹기종이 모였거나 살고 있다며, 사망자가 몇 명밖에 되지 않는다는 주장에 문제를 제기했다. 또한 핸슨은 죽거나 린치를 당한 가톨릭교 신자나 외국인들이 요크 공작 제임스에 구출되었다는 것은 왜곡된 것이고, 가난한 사람들의 사망 수는 기록하지 않았으며, 시체를 완전히 태우거나 조금의 유해만 남겼을 가능성이 있다고 말했다.또한 화재는 나무와 직물, 초가 지붕만을 태운 것이 아니라 강가에 있던 기름, 피치, 타르, 석탄, 지방, 설탕, 알코올, 화약, 테레빈유 등 수많은 물건을 집어삼켰을 것이라고 지적한다. 부두에 있던 녹은 강철(용융점 1250~1480℃)과 거대한 쇠사슬(용융점 1100~1650℃)을 녹였고, 이름 모를 사람의 뼛조각들은 화재 후에 수만 톤의 잔해에 묻혀 발견되지 못했거나 귀중품이나 재건할 때 잔해를 치우는 일꾼이 이를 발견하지 못 하거나 지나쳤을 가능성이 있을 것이라고 말했다. 

핸슨은 이 화재가 수 세기 동안 발생하지 않았던 큰 도시 화재라고 말하며, 불이 가난한 사람들을 빠른 속도로 잡아먹었다고 강조하면서 확실히 노인과, 영유아, 장애인과 절름발이 등의 사람은 확실히 탈출하지 못한 채 지하실의 잔해 밑에 묻혔다고 하며, 이 화재는 수백 명, 어쩌면 수찬 명의 사상자를 냈다고 언급했다

빌스 오브 모탈리티(주간 사망자 통계)는 화재로 인한 혼란으로 화재 기간 동안에는 편찬되지 않았다.

건물 등의 물질적인 파괴는 13,200채의 집, 교구 내 교회 87채, 44채의 회사 건물과 왕립 거래소, 세관, 브라이드웰 구빈원과 몇 개의 교도소, 우체국과 루드게이트, 뉴게이트, 올더스게이트까지 세 개의 성문이 손실되었다. 처음에는 손실된 화폐가치가 1억 파운드로 계산되었으나, 이후에 불확실하지만 천만 파운드(2018년 한화로 약 2조)로 줄어들었다.
런던에서 큰 화재가 일어났던 당시 제임스 셜리는 어떤 직업을 가지고 있었나?
극작가