2000년, 2001년 시즌에는 프리미어리그에서 각각 91점, 80점의 승점으로 아스널을 따돌리고 우승을 차지하였으나, 챔피언스리그 우승에는 실패하였다. 2000년 맨체스터 유나이티드는 G-14의 창립 멤버가 되었다. 한편 퍼거슨은 챔피언스리그에서의 좋은 성적을 위해 예전보다 수비적인 전술을 채택하였으나 성공하지 못했고 2001-02 프리미어리그에서는 자서전 파동으로 팀에 분란을 일으켰던 트레블 멤버 야프 스탐을 SS 라치오로 이적시키는 우여곡절 끝에 아스널과 리버풀에 이어 3위에 그치고 말았다. 그러나 다음 시즌은 83점의 승점으로 아스널을 또다시 따돌리고 우승을 차지했다.

2003-04 시즌을 앞두고 유소년팀에서부터 계속 맨체스터 유나이티드의 선수였고 프리킥과 세트 피스 상황에서 큰 활약을 해왔던 데이비드 베컴이 알렉스 퍼거슨 감독과의 불화로 팀을 떠나 레알 마드리드로 이적했다. 2003년 2월 15일 홈에서 열린 FA컵 5라운드 아스널전에서 0:2로 패한 후 라커룸 내에서 퍼거슨 감독이 축구화를 걷어찼는데 공교롭게도 베컴의 얼굴에 맞아 상처를 입혔고 두 사람의 갈등을 더욱 증폭시켰었다. 리오 퍼디낸드는 2003년 12월 도핑 테스트에 불참해 잉글랜드 축구 협회로부터 8개월의 출장 정지 처분을 받아 큰 논란을 촉발시켰다. 퍼디낸드의 공백 속에 리그 우승을 아스널에게 내주었지만 FA컵에서는 밀월을 3:0으로 따돌리고 우승컵을 들어 올렸다.

2004-05 시즌에는 3위에 머물렀으며 FA결승전에서는 승부차기 끝에 폴 스콜스의 실축으로 아스널에게 트로피를 내줬다. 시즌 말에는 맬컴 글레이저가 구단을 인수할 수도 있다는 이야기가 흘러나왔다. 2005년 5월 12일 그는 구단 경영권을 획득했고, 런던 증권 거래소에서 구단을 제외시킬 것을 공언했다. 인수 사실이 확정되자 일부 맨체스터 유나이티드 팬들은 거대 자본이 순수한 축구 구단을 잠식하는 것은 부당하다며 맬컴의 구단 인수가 격렬히 반대하고 경기가 있는 올드 트래퍼드에서 반대 퍼포먼스를 행하기도 했다. 이 와중에 일부 서포터들은 FC 유나이티드 오브 맨체스터라는 그들만의 클럽을 만들어 현재 노던 프리미어리그 프리미어 디비전에 참여 중이다.
2005년에 맨체스터 유나이티드의 구단 경영권을 얻은 인물은?
맬컴 글레이저