막시밀리안 2세와 스페인의 마리아 사이에서 살아남은 자식중 맏이로 교육을 위해 1563년 외할아버지가 있는 스페인으로 보내진다. 1572년 헝가리 왕국의 왕이 되고 3년 후에 보헤미아의 왕이 된다. 1575년에 레겐스부르크에서 신성 로마 제국의 왕으로 선출된다. 아버지 사후인 1576년에 신성 로마 제국의 황제가 되며 많은 영지들을 물려 받아 동생 마티아스와는 필연적으로 권력 다툼이 발생하는 요인이 된다.

이후 1593년 오스만 제국과의 전쟁에서 그의 무능함이 들어나기 시작했다. 케레츠테스 전투에서 오스트리아-헝가리 연합군이 궤멸되어 한순간에 방어선이 무너져 빈까지 위험하게 되었다. 그나마 오스만 제국의 술탄 메흐메트 3세가 전쟁에 염증을 느껴 이스탄불로 귀환했지만 전쟁은 13년이나 이어져 트란실바니아에서 보크스카이 이스트반을 주측으로 한 반란이 일어났고 합스부르크 가 또한 루돌프 2세의 자질을 의심하기 시작했고 급기야 가문 전체가 마티아스에게 전쟁을 종결시킬 전권 넘기게 압박하자 하는 수 없이 전권을 줘야 했고 마티아스는 헝가리의 작은 마을인 지트바토록에서 굴욕적인 평화 조약을 체결했지만 곧 헝가리인들의 지지를 받기 시작했고 급기야 온갖 실정을 거듭하던 루돌프 2세에게 반기를 들었다.

루돌프 2세는 보헤미아로 달아나 당시 개신교로 기울고 있던 그곳 귀족들의 지지를 얻기 위해 종교적 이의 제기를 받아들이겠다고 했으나 곧 겨우 얻은 군사력 또한 사상 누각이라는 것을 알고 마티아스와 표면적으로 화해, 그에게 헝가리 왕위, 모라비아 변경백위, 오스트리아 대공위를 넘기고 만다. 이후 루돌프 2세는 거의 자신의 후계자로 확정된 마티아스에게 대항하기 시작하려 했으나 보헤미아 귀족들과 약조한 것을 그저 넘어가려 하자 귀족들은 루돌프 본인의 제가도 없이 독단적으로 하인리히 마티아스 폰 투른을 수장으로 한 10명의 자유 수호자들을 선출 루돌프 2세를 압박하기 시작했고 결국 루돌프는 이들에게 굴복해 개신교의 자유를 허락하는 칙서(루돌프 칙령)를 내리고 만다.
보헤미아 귀족들이 루돌프2세에게 받아낸 칙서를 통해 얻어낸 것은?
개신교의 자유