1988년 1월 13일 장징궈 총통의 사망으로 총통직을 이어받은 리덩후이는 타이완 출신 인물들을 대거 기용하고 중화민국 헌정 이래 처음으로 직선제를 도입하는가 하면 그 동안의 대륙 지향적 사고에서 벗어나 현실의 중화민국을 추구하려고 했다. 이로 인해 대륙 수복을 원하던 보수적인 국민당내의 일부 세력들이 탈당하는 사태가 벌어졌고 1996년에 실시된 총통 선거 때에는 중화인민공화국이 리덩후이의 당선을 막기 위해 대규모 군사 훈련을 실시하기도 하였지만 오히려 리덩후이가 54%의 압도적인 지지를 얻어 총통에 당선되는 결과를 낳게 된다. 이후 그는 1999년에 '양국론' 발언(공식적인 자리에서 최초로 나온 두 개의 중국 발언)을 해 다시 한 번 중화인민공화국과의 긴장을 일으켰다.

이듬해인 2000년에 실시된 총통 선거에서 그는 겉으로는 국민당의 롄잔 후보를 지원했지만 실제로는 급진적 독립주의자인 민주진보당의 천수이볜 후보를 지지하였다. 이로 인해 그는 국민당에서 축출되었고 대만단결연맹이라는 정당을 창당하여 민주진보당 천수이볜에 협력한 바 있다. 퇴임 후에는 일본 야스쿠니 신사에 직접 참배하기까지도 해서 국민당과 그가 지원하던 민주진보당, 그리고 중화인민공화국 정부가 그의 야스쿠니 신사 참배를 강도높게 비난하기도 하였다.
리덩후이는 1996년 선거를 방해하기 위해 무엇을 실행하였는가?
대규모 군사 훈련