필터에 결합시킨 콜로니나 용균반에 DNA 탐침이 결합하게 하고 나타나는 신호를 검출한다. 신호가 나타난 콜로니나 용균반을 찾아가 목적하는 유전자를 가지는 클론을 얻을 수 있고 이를 증식시켜 목적 유전자를 획득할 수 있다. 구체적인 방법은 다음과 같다.

#숙주세포에 파지를 감염시키거나 플라스미드를 도입시켜 용균반 또는 콜로니가 생성되도록 한다.
#나일론 또는 나이틀셀룰로오스 필터를 얹어 콜로니나 용균반이 결합하게 한 후 벗겨낸다.
#콜로니나 용균반이 결합한 필터를 변성시켜 DNA를 단일가닥으로 만들고 표지된 탐침과 혼성화시킨다.
#결합되지 않은 탐침은 씻어내고 탐침의 신호를 검출한다
#신호가 나타나는 탐침에 상보적인 콜로니나 용균반을 찾아내고 이를 클로닝한다.

혼성화 과정에서 긴축도를 조절하면 다양한 스크리닝이 가능하다. 긴축도란 DNA가 이중가닥을 형성할 때 요구되는 상보성의 정도를 뜻하고 긴축도가 높다는 것은 상보성이 높은 것이고 낮다는 것은 상보성이 낮음을 말한다. 긴축도는 온도의 조절 또는 변성제 등의 이용을 통해 조절할 수 있다. 일반적으로 혼성화 단계나 혼성화 후의 세척 조건에서 온도가 높으면 높은 상동성을 가져야 하므로 높은 긴축도 조건이고 온도가 낮을 때는 낮은 긴축도 조건이다. 낮은 긴축도 조건에서 스크리닝을 하면 유사한 염기서열을 가진 유전자나 다른 생명체 내 동일한 유전자를 클로닝 할 수 있다.
DNA가 이중가닥을 형성할때 요구되는 상보성을 조절하는 방법은?
온도의 조절 또는 변성제 등의 이용