1865년 아베 가문 9대 번주 아베 마사카타가 제2차 조슈 정벌에 가세하기 위해 입성해 채비를 갖추는 중, 니노마루 남쪽 구시가타 망루에서 화약이 폭발해 인접 야리 망루, 뎃포 망루, 반쇼 가 망루 안의 무기와 함께 소실되었다. 이후, 망루는 재건되지 않았다. 이 화재는 패문 후에 일어난 일이기 때문에 사망자는 1명에 그쳤다. 하지만, 성 아래에서는 혼란으로 술렁거렸다고 한다. 그 후, 조슈 군과의 전투에서 완패해 병력을 철수시켜 사태를 방관한 후쿠야마 번이었지만, 제2차 조슈 정벌로부터 3년 후인 1868년 음력 1월 9일 주고쿠에서의 막부측 주요 거점이라는 이유로 가장 먼저 도막 측으로부터 공격을 받았다.

왕정복고에 따라 조슈 군은 신정부군이 되었고, 이들 신정부군은 후다이 다이묘의 후쿠야마 번을 조정의 적으로 보고 빈고를 공격해 왔다. 후쿠야마 번은 이일이 있기 직전 번주 아베 마사카타가 급사했기 때문에 번내의 실권은 존왕파의 가신들이 장악했고, 번주의 임종을 숨긴 채 영격을 피하고 성에서 농성하였다. 성 문턱까지 진출한 신정부군은 우선 성의 서쪽에 있는 엔쇼지(円照寺)에 진을 치고 후쿠야마 성을 향해 포격을 가했다. (소실전의 천수에는 이 때의 흔적이 남아있었다.) 그 후, 신정부군은 성 안으로 진공해 고마루 산과 마쓰야마 산에서 성으로 총격을 퍼부었다. 이때 성으로부터 반격을 받아 신정부군 3명이 전사했다. 그러나, 후쿠야마 번 수뇌들은 분주히 신정부군과 교섭을 해 신정부군의 공격을 피했다. 이에 성내외 마을과 병사들을 지켰지만, 이후 벌어지는 막부군과의 전투에서는 신정부군의 최선봉에서 싸우는 결과가 되었다. 번주 아베 마사카타가 자식을 두지 않고 죽었기 때문에 영지가 몰수 되는 것을 막기 위해 후쿠야마 번은 막부 말기의 혼란에 편승해 아키 히로시마 번주 아사노 가나코토의 동생 아사노 모토지로(후일 아베 마사타케)를 아베가의 양자로 받아들여 가문의 단절과 영지를 보존했다. 덧붙여 마사카타의 시신은 이 전투 직전 고마루 산에 가매장되었다가 1869년(메이지 2년) 시내 고사카 산으로 이장되었다.
마사카타의 시체가 고사카 산에 묻히기 이전에 있었던 곳은?
고마루 산