부관들은 중간에 합류하는 다른 항해사와는 달리 급여에 상관없이 주인공에게 충성하고 따르며 도움을 주는 인물들을 기술한다.

; 로코 알렘켈（첫 번째 시리즈에서 계속 등장）
: 조안의 부관. 일찍이 조안의 아버지 레온과 함께 페레로가의 부흥을 위해 여행을 떠난 노항해사. 60이 넘은 나이에도 아직까지 현역으로 활동하며 조안과 끝까지 함께 항해한다. 통칭 "쾌걸 로코". 다른 주인공인 카탈리나와 그 부관들에겐 거의 "악몽"으로 통한다.
; 엔리코 마리오네
: 리스본에 살고 있던 프란시스코회의 신부로 회계 능력이 있다. 동방의 나라 지팡그에 그리스도의 가르침을 전하기 위해 조안의 항해에 동행한다. 교회에서 회계를 맡았던 경험이 있어 회계 능력을 가지고 있다. 나중에 일본의 항구에 기항하면 지팡그에 왔다면서 배에서 내리고 동료에서 탈퇴하는 지팡그 이벤트가 있기 때문에 그전에 미리 회계능력을 가지고 있는 항해사를 고용해 두어야 교역시의 어려움이 없다.
; 도밍고 마나나
: 리스본에서 출항하자 발생하는 밀항자 이벤트로 발견되는 조안의 함대에 탑승한 밀항자로 동료가 된다. '일요일', 또는 '내일'이라는 뜻을 가진 포르투갈어를 조합한 가명으로 일행이 되며, 사실은 현재 포르투갈의 왕인 마누엘 1세의 아들이자 황태자인 알베르토 전하로써, 자신의 견문을 넓히기 위해 마침 출항하는 조안의 배에 몰래 타게 된다. 나중에 조안의 아버지가 황태자를 납치하여 암살하였다는 누명을 쓰자 이를 밝히고 리스본으로 귀항하는 이벤트가 발생하면서 동료에서 탈퇴한다. 여담이지만, 전편인 대항해시대1에서 주인공이었던 레온이 조안의 아버지이며 레온이 각고의 노력 끝에 결혼하게 되는 포르투갈왕 마누엘 1세의 공주가 현재의 조안의 어머니이고, 이 마누엘 1세가 본편인 대항해시대2에서도 포르투갈의 왕으로 등장하므로, 조안은 현재의 포르투갈 왕실의 입장에서 보면 왕의 외손자가 된다.

; 프랑코 사누드
: 카탈리나의 부관. 에스파니아 해군 동료였지만, 카타리나에게 협력하는 형태로 시작하자마자 해적이 되는데, 해적의 두목은 잡히면 교수형에 처해지지만 다른 사람은 감옥에 갈 뿐이니까 카탈리나에게 두목을 하라고 두목자리를 양보(?) 아닌 양보를 한다. 카탈리나와 끝까지 함께 항해한다.
; 안드레아 기지
: 카탈리나의 제 2부관. 에스파니아 해군 대위로 처음부터 동료는 아니었으나 카탈리나의 약혼자 에르난과 동기였기에 카탈리나의 이야기를 듣고 무적함대에게 쫓겨 벌어진 첫 전투에서 이들을 도망치도록 도움을 주는 합류 이벤트가 발생하고 동료가 된다. 프랑코와 마찬가지로 카탈리나와 끝까지 함께 항해한다.
; 마슈 로이
: 오토의 부관. 감독관 길버트가 부른 난폭한 사람으로 오토와 검술시합을 하는데 이기든 지든 오토의 인품에 끌려 동료가 된다. 출항하면 에스파니아의 정보를 알아야 하니 세비야로 가자고 하여 세비야에 기항하는데, 이 때 주점에 가면 탈취 이벤트가 발생하여 마슈가 술에 취해 선원들을 선동하여 에스파니아의 군함인 갈레온 한 척을 탈취하여 출항하게 된다. 그러나, 정작 당사자인 마슈는 이를 기억하지 못한다. 오토와 끝까지 함께 항해한다.
; 카미로 스테파노
: 피에트로의 친구이자 부관. 빚에 허덕이는 피에트로를 리스본의 공작부인에게 소개해준다. 회계능력이 있다. 피에트로와 끝까지 함께 항해한다.
; 로이드 슈타텐
: 에르네스트의 부관. 친구 메르카토르에게서 소개를 받은 베테랑 항해사이다. 지팡그에 대한 이야기를 자주 하여 가고 싶어 하는 것 같다. 다른 주인공들의 부관과는 다르게 에르네스트와 헤어지는 이벤트가 있다고 하는데 아직까지 증명된 사실이 없으며 단순한 루머로 치부하는 것이 거의 정설이다.
; 자한 사림
: 알의 친구이자 부관. 표류한 자기 아버지의 배를 수리하여 알에게 양보하고, 함께 항해한다. 오스만 제국의 해군경력이 있어서 포술의 능력이 있다. 알과 끝까지 함께 항해한다.
카탈리나의 부관 중 카탈리나의 약혼자와 동기인 인물은 누구인가?
안드레아 기지