오늘날 대한민국의 서울대학교가 경성제국대학의 역사와 원형을 공식적으로 인정하고 있지 않으며, 실제로 경성제국대학의 교원과 행정직원 대부분이 일본인이었기 때문에 이들은 광복 이후 일본으로 귀국하였다 . 해방 당시 경성제국대학 내 조선인은 학생의 극히 일부와 하급 직원들, 그리고 해방되기 불과 1달 전 임명된 이공학부 교수 1명이 전부였던 것을 감안한다면, 경성제국대학과 서울대학교는 인적 학맥이 연결되지 않는다. 반면, 서울대학교와 각 단과대학들이 자신들의 원형으로 여기는 전문학교들은 20~50%가량의 학생이 조선인이었고, 일부 전문학교의 경우에는 조선인 교원과 행정직원이 상당수를 차지하기도 하였다. 그렇기 때문에 학문적 영향 면에서도 경성제국대학이 해방 이후의 서울대학교에 미친 영향은 문리과대학이나 법과대학의 극히 일부에 국한되었다.

또한, 경성제국대학 출신자들은 원래 자신들의 모교와 서울대학교를 분리하여 생각하였고, 국대안으로 설립된 서울대학교에 대해 상당히 부정적으로 생각하였다. 이들은 경성제국대학이 일제 강점기 조선 내의 유일한 최고학부였던데 반해 서울대학교는 국대안을 매개로, 전문학교와 중등학교 까지 포함된 서울대학교를 긍정적으로 생각할 수 없었던 것이다. 실제로 경성제국대학 법문학부에서 서울대학교로 이관된 학생들은 경성사범학교 및 경성여자사범학교가 통폐합되어 흡수된 사범대학을 서울대학교로부터 분리시키려는 시도를 하기도 하였다.

한편, 기존의 경성제국대학의 캠퍼스가 동숭동과 공릉동에 분산되어 있었고, 서울대학교로 각 전문학교들이 흡수 통합되어 성립한 단과대학들도 동숭동, 공릉동, 안암동, 을지로 등지에 분산되어 있었기 때문에 종합대학으로서의 서울대학교라는 정체성은 1974년 관악종합캠퍼스 조성까지 사실상 무의미했다고 볼 수도 있다. 다만 이러한 과도기가 지나고 서울대학교라는 하나의 정점이 확립되어가게 되자, 경성제국대학 출신자들도 모교를 사실 상 서울대학교로 여기게 되었고, 이로서 서울대학교의 전신은 경성제국대학이라는 인식이 사회적으로 자리잡았다 볼 수 있다.

일부 고등교육사학자들은 경성제국대학의 유형적인 면은 서울대학교로 이어졌지만, 무형적인 학풍이나 학제 등은 북한의 김일성종합대학으로 이어졌다고 보기도 한다. 실제로 김일성종합대학의 설립을 주도한 인물은 경성제국대학 출신의 마르크스주의자들과 일본의 제국대학에서 유학한 공산주의자들, 소수의 만주 건국대학 졸업자들이다. 한반도에 미군과 소련군이 주둔하면서 사실상 분단 상황이 나타나게 되고 국대안 파동 이 일어나게되자, 경성제국대학을 졸업했거나 경성대학에 재학중인 학생들이 조직적으로 월북하여 김일성종합대학 설립에 가담하였고 이 과정에서 경성대학 소속 교원들 상당수도 자진 월북 하거나 회유되어 월북하는 수순을 겪었다.

이러한 영향으로 김일성종합대학의 학제는 최근 부속대학(단과대학) 체제로 개편되기 이전까지 경성제국대학의 학제와 거의 유사했고, 학과 편제도 경성제국대학의 것을 그대로 차용하여 운영해왔다. 실제로 김일성종합대학은 현재까지도 예과와 본과로 대별되는 체제를 유지하고 있으며, 인문계열이 5년제, 자연과학계열이 6년제 학제를 따르고 있다.
경성제국대학원의 교수와 교직원의 국적은 주로 무엇이었는가?
일본인 일본