'번데기스'의 시작은 그와 동시에 '번데기 야구단'의 결말이기도 하며, 리틀야구로 아시아를 제패했던 번데기 야구단이 선수들의 학업 문제로 해체되는 장면부터다. 

그 후 30년이 지난 2009년,번데기 야구단의 감독이었던 복할배가 프로야구단 꼬물꼬물스의 배신으로 인한 정신적 충격으로 사망한다. 

꼬물꼬물스는 문화시설 불모지인 번데기시에서 생겨난 프로야구단이었기에 번데기시 주민들은 꼬물꼬물스의 야구경기만을 시름을 달랠 벗으로 삼아 꼬물꼬물스가 10년 넘게 하위권에 머무름에도 불구하고 항상 변함없는 사랑과 응원을 주었으나, 꼬물꼬물스는 한국시리즈에서 첫 우승하자마자 번데기시를 배신하고 서울로 연고지를 옮겨버렸기에 복할배가 충격을 받은 것이다. 


이에 복할배의 손녀 미시복은 꼬물꼬물스에게 미련을 접고 그 자리를 대신할 프로야구단을 세우기 위해 옛날 번데기 야구단의 선수들을 불러 모은 후 복할배의 유언이라고 속이고 야구단을 재결합한다.
그러나 선수들은 이제 40대 아저씨,아줌마들이 되었으며, 30년이나 야구를 안 한 탓에 스트레칭만 하고도 뻗어 버리는 극악의 체력을 갖고 있을 뿐만 아니라 옛날의 실력이 다 녹슬어 버려 무려 1이닝 21실점을 하는 형편없는 실력이 되었다.
그러나 번데기스 선수들은 미시복이 계획한 남이섬에서의 지옥훈련,주장 겸 투수인 뻔이 꿈에서 만난 남이 장군의 도움,남이섬에서 만난 야구 천재 혼혈인 조단을 투수로 확보하는 등 점점 사기가 올라 단번에 사회인야구 1부 리그를 제패하는 실력을 뽐낸다. 하지만 전원이 선수 출신이라 사회인 야구를 참가할 수 없어 바로 프로야구에 진출해야 하지만 KBO가입에 필요한 거금을 준비할 수 없어 무산되려던 차에 한국 최초의 시민 프로야구단이라는 데 전국민의 관심이 모아져 국민 여론으로 1시즌을 공짜 참여하게 되었다. 


그 후 번데기스는 4위로 준플레이오프에 진출하였고 심지어 대망의 한국시리즈까지 진출했으나 최강의 야구단이며 이현세화백의 만화 공포의 외인구단을 패러디한 서부 카우보이스(일명 '공포스러운 연봉의 외인구단)를 맞아 양쪽이 3승씩을 주고받으며 3:3으로 팽팽히 맞서던 도중 7차전에서 9회말의 난타전 끝에 32대 31로 경기는 결국 패배하고 우승을 못했다. 그러나 선수들은 준우승으로 만족했으며 '번데기 리틀 야구단'이 창단되어 마무리 투수 뻔이 실직자를 면하고 1루수 장대와 감독 미시복은 결혼을 하는 등 좋은 일들이 생겨난다. 1시즌만 공짜 참여한다는 조건에 번데기스는 결국 해체되고 선수들은 모두 일상으로 돌아가게 되었으며 만화의 완결은 '번데기 야구단'의 결말처럼 번데기스의 선수들이 모두 나와 "감독님 만세!번데기스 만세!"를 외치며 감독 미시복을 헹가레해주는 장면으로 끝난다.
복할배는 누구의 배반으로 인해 사망하게 되나요?
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