포켓몬 마스터가 되기 위해 여행을 떠나고 있는 지우와 피카츄. 그리고 호연지방에 들어와 새로 만난 동료 봄이와 그녀의 동생 정인이, 고향인 회색시티를 떠나 다시 함께 여행을 떠나게 된 웅이. 이번엔 천 년에 한 번 나타나 일주일 동안만 볼 수 있다는 '천년혜성' 을 보기 위해 발걸음을 옮기게 된다. 급하게 야영 자리를 잡아 식사 후 취침을 하는 도중 뭔가가 대량으로 몰려오는 소리를 듣게 된다. 그것은 다름 아닌 이동식 놀이공원. 지우 일행은 그 놀이공원에서 날이 새도록 놀다가 "그레이트 버틀러" 라는 서커스 단장과 조수 '다이안' 을 만난다. 서커스 관람 도중 다이안이 들고 있던 돌에서 자신을 부르는 소리를 들은 정인이는 멋대로 서커스 무대에 개입하고 서커스 쇼 종료 뒤, 버틀러로부터 그 돌을 건네받는다. 그렇게 또 그 날 밤, 지우와 친구들의 눈에 '천년혜성' 이 띄게 되고, 정인이는 봄이가 엄마한테서 배운 자장가를 들으면서 잠든다. 그런데 그 때, 돌이 빛나면서 마침내 모습이 변하고, 환상의 포켓몬 '지라치' 가 깨어난다. 지라치는 정인이와 친구가 되었으나 버틀러는 몰래 지라치를 납치한 뒤, 지라치의 에너지를 이용하여 음모를 꾸미게 된다.
봄이와 정인이의 고향은 어디인가?
회색시티