니시타마 시로 캠프를 갔다 돌아오던 소년탐정단. 돌아오는 길에 새로 새워진 대형 건물 트윈타워 빌딩을 발견했다. 모처럼 구경이나 하고 가려고 잠깐 들렀다 코고로와 란 부녀를 만났다. 알고보니 트윈타워 빌딩의 건물주 토키와 미오는 코고로의 대학후배였던 것이다. 이후 다함께 개관식 준비가 진행중인 건물 안을 둘러보고 있는데 코난은 창문 너머 진의 자동차인 포르쉐 356A를 발견했다. 급히 쫓아갔지만 이미 진의 차는 사라진 후였다. 이때부터 그는 진이 왜 여기에 나타났는지 의심하기 시작한다.

그날밤, 트윈타워 B동 67층 스위트룸에 머물고 있던 시 의원 오오키 이와마츠가 살해당한채로 발견됐고 그의 옆에는 깨진 술잔이 있었다. 이후 사건이 해결되기도 전에 하라 토키와 그룹 전무 이사이자 프로그래머인 하라 요시아키도 시체로 발견됐다. 그의 시체 옆에도 깨진 술잔이 있었다. 경찰은 금세 트윈타워 관계자를 노린 연쇄살인 사건이란걸 알고는 미오에게 개관식을 연기해달라고 부탁했지만 미오는 딱 잘라 거절했고 경비를 심어놓겠다는 제안도 즐거워야할 행사장에 경찰들이 어슬렁거리는걸 보면 사람들이 불편해한다며 거부했다.

시간이 흘러 트윈타워 개관 당일, 이번에는 건물주 미오가 홀 무대에서 시체로 발견됐고 설상가상으로 지하 4층 TOKIWA의 메인컴퓨터가 폭발해버리며 A동에 화제까지 나고 만다. 경찰들은 사건조사는 잠시 미뤄두고 사람들부터 대피시키기 시작했고 코난은 단박에 진과 워커가 셰리(하이바라)를 제거하기 위해 건물에 폭탄을 설치했다는걸 알게된다. 그리고 오도가도 못하고 시한폭탄이 설치된 홀에 갇히는 신세가 되자 기막힌 탈출법을 떠올린다.
트윈타워에서의 살인사건 현장에 있던 증거품은 무엇인가?
깨진 술잔