CLARITY 영상을 적용하는 과정은 조직 샘플로 시작한다. 다음으로 거의 모든 원래의 과 은 남아 있는 한편, 샘플의 성분은 제거되는 투명성 달성하기 위해 일련의 화학 처리가 적용되어야 한다 이 과정의 목적은 조직을 투명하게 만듦으로써 구성요소의 기능을 나타내는 부분(주로 단백질 및 핵산이다)의 상세한 현미경 조사를 가능케하는 것이다. 이를 위해, 지질 성분은 제거되는 한편, 기존의 단백질 구조는 그것을 보존하는 투명한 골격에 배치되어 있어야 한다. 이 '골격'은 아크릴 아마이드와 같은 하이드로 겔의 단량체로 구성된다. 유사 와 같은 분자의 첨가는 보존되어야 하는 단백질과 핵산에 골격의 부착을 용이하게 할 수 있고, 열의 첨가는 세포 성분 및 아크릴 아마이드 사이의 실제 결합을 확립하는데 필요하다. 
일단 이 단계가 완료되면, 지질 성분은 분리된 상태를 유지하는 한편, 상기 대상 조직 세포의 단백질 및 핵산 성분은 제자리에 견고하게 유지된다. 이후, 지질은 1 ~ 2 주 이상 동안 세제의 수동 확산으로 제거되거나 전기 영동 방법에 의해 가속된다. 세제가 통과할 때, 세제의 친유성이 그 과정 중 지질을 찾아내어 잘라낼 수 있게 한다. 대다수의 비지질 분자는 아크릴 아마이드 겔 및 관련된 분자의 화학적 특성 때문에 이 절차에 의해 영향을 받지 않는다
최초 논문에 보고된 바와 같이, 조직이 이 과정에서 팽창하지만, 필요시 마지막 단계인 굴절율 정합 용액에 둠으로써 최초 사이즈로 복귀될 수 있다
이 단계에 이르면, 샘플은 영상을 위해 완전히 준비된다. 영상을 위한 대비는 체내 형광 분자들, 핵산 (DNA 또는 RNA) 라벨, 또는 특정한 표적 물질에 특이적으로 결합하는 가 사용되는 면역염색을 사용할 수 있다. 또한, 이러한 항체들은 최종 영상 결과에 중요 요소인 태그로 표지된다. 표준 공 초점, 양 광자, 또는 광판 촬영 방법들은 모두 단백질 수준까지 방출되는 형광을 감지하기에 적합하고, 따라서 CLARITY가 만들어내는 최종 매우 상세한 3 차원 영상이 나오게 된다
샘플이 영상을 위해 면역 염색된 후, 항체들을 제거하고 새로운 항체들을 다시 적용하는 것이 가능하고, 따라서 샘플을 여러 차례 촬영할 수 있고 복수 단백질 유형을 타겟팅할 수 있다.
세포 성분과 아크릴 아마이드의 결합을 위해 첨가되는 것은?
열