64년 4월 4일 오후, 공화당은 1억 3천만불 유입설의 발설자인 김준연 의원을 명예훼손, 허위사실 유포 혐의로 서울지검에 고소했다. 공화당은 또 김준연의 발언 가운데 박정희 총재와 김종필 당의장에 해당되는 명예훼손 사항에 대해서도 아울러 검찰에 고발했다 그러자 야당에서는 정치 탄압이라며 김준연을 옹호하고 나섰다.

1964년에는 박정희의 한일회담에 반대, 윤보선, 함석헌, 장택상, 이범석, 박순천, 장준하 등과 함께 한일협상 반대 운동에 참여하였다. 그는 각지에 한일 협상 반대 강연활동을 다니며 박정희의 사상이 건강하지 못하다는 점과, 솔직하지 못하다며 비판을 가했다.

65년 3월 30일 그는 국회에서 정부가 한일협상을 하면서 일본으로부터 사전자금을 수수했다는 의혹을 제기했다. 그리고 이 의혹은 장택상이 제보해주었다고 발표하였다 김준연의 주장은 장택상의 증언 일본 잡지에 기재된 기사, 우인기의 고소장 내용 등이었는데 조사위원회는 몇명의 증언만 듣고 종결시켜버렸다. 박정희 정권은 그를 처벌하려 했으나 민정, 민주 야당의 강한 반발로 무산된다.

그러나 65년 4월 7일 민주공화당은 김준연을 고발했고, 김준연은 박정희와 김종필을 외환죄 혐의로 맞고소했다 4월 18일 정부는 허위사실 유포죄로 김준연의 구속동의 요청서를 국회에 제출했다 그러나 사법부는 정부와 공화당의 편을 들어주었고, 야당에서는 그의 석방, 구명운동과 함께 보석금을 모금했다. 그는 보석금을 내고 5월초 석방되었고, 의원직도 유지하였다.
박정희와 김종필에게 고소를 당했을 때 김준연은 이들을 어떤 명분로 반소했는가?
외환죄 혐의 외환죄