1994년 11월, 배타적 경제수역(EEZ)을 정한 유엔 해양법 협약의 발효로 바다 관할권이 12해리에서 200해리까지 확대되었으나 한·일간의 거리가 400해리가 채 되지 않아 바다 경계선을 별도로 정해야 했다. 일본은 1994년 발효된 유엔해양법협약에 근거해 근해의 작은 섬들을 직선으로 연결, 영해기선을 새롭게 설정하고, 1997년 1월 1일을 기해 시행에 들어갔다. 1997년 5월 당시 유종하 외무장관은 미국방문 길에 수행기자단과의 간담회에서 “어업문제에 대한 일본의 요구가 더 이상은 버티기 어려운 상황에 이르러 있다”고 토로하기도 했다.
1996년 5월에 김영삼정부는 울릉도와 일본 오키 섬의 중간부분을 EEZ의 경계로 발표해 독도를 우리측 수역에 포함시킨다는 성명을 발표했었다. 1997년에 들어서 일본은 "자신들의 직선기선을 넘어왔다"며 한국의 어선들을 무차별적으로 나포하였고 일본의 하시모토 류타로 총리까지 나서서 "한국어선 나포는 정당하다"며 어선나포를 비호했고 일본은 한국정부에 "직선기선을 인정하지 않으면 어업협정을 파기하겠다"며 협박했다. 97년 7월 한국이 배타적 경제수역(EEZ)의 기점을 울릉도로 하는 발표를 한다. 7월 29일, 한국은 일본의 직선기선 인정 요구에 사실상 굴복하게 되었다. 그 이후에도 독도에 대한 수역을 제외하고 한국과 일본의 어업협상이 계속되었고 서로간의 마찰은 더더욱 심화되었다. 일각에서는 1997년 10월 당시 김영삼 정권은 잠정공동수역안(잠정조치수역은 독도 중간수역)을 공식적으로 받아들여 독도를 중간수역으로 하기로 일본과 합의하였다고 하지만, 당시 뉴스와 자료들 검색 결과 1997년 10월 10일, 도쿄에서 제6차 한일 실무회담을 진행하고 있었고 당시 한일양국은 당시 독도 주변수역을 제외하고 협상에 임하였고 당시 정부당국이 "독도 영유권이 훼손되지 않는 조건하에 이 안을 철회한다"며 독도에 대한 영유권주장은 변함이 없었다.(참조) 
1997년 10월 22일, 일본측은 독도 주변수역을 제외하고 신어업협정을 타결하자는 의견을 한국측에 보냈다. 한국측은 별다른 응답이 없었고 1997년 11월 7일에는 한국정부가 독도에 접안시설을 건립하여 독도에 대한 입지를 확고히 하자 하시모토 류타로일본총리까지 나서서 이를 비난했고 일본정계가 들끓게 되었다. 이로 인하여 한국과 일본간에 독도에 대한 갈등은 심화되었고 한일간 어업협상은 97년 12월말까지 결론이 나오지 못했다. 일본은 12월 29일, 한국측이 어업협상에 대해 양보하지 않을경우 기존의 어업협정을 파기하여 재교섭하겠다고 선언한다. 당시 일본의 공영방송 NHK도 뚜렷한 진전이 없을 시, 일본 외상이 현행 어업협정을 파기한다는 보도를 냈고 그 시기 정권교체와 IMF사태라는 어수선한 분위기의 한국은 상황을 주도적으로 집중할 여력이 부족했다는 일부여론과 그러나 중요한 점은 국제정세는 한국의 자국내 불행한 상황과는 무관하게 인접국가들에게는 각국의 실리를 위해 그 상황을 이용할 여지가 될수 있다는 점이 언론에 보도된바 있었다.
한국이 무시한 일본 측의 주장은?
독도 주변수역을 제외하고 신어업협정을 타결하자 독도 주변수역을 제외하고 신어업협정을 타결하자는 의견