1836년 10월 2일, 비글호가 귀국하자마자 피츠로이는 오랫동안 약혼했던 젊은 여자와 결혼했다. 그는 5년 항해 동안 한번도 약혼에 대해 말하지 않았기 때문에 다윈은 놀랐다. 1837년 왕립지리학회에서 금메달을 수상했다. 그의 저널 인용은 1837년 3월 학회에서 읽을 수 있었다.

파도에 마모되어 헝클어진 돌, 그리고 축적된 퇴적물이 이 평지의 대부분을 구성하고 있는 것은 놀라운 것이 아닐까요? 지금 파타고니아 사막에 흙을 덮는 자갈을 반올림하는 물은 엄청난 일에 엄청난 시간이 있었음에 틀림없습니다!

피츠로이는 그때 전 함장의 메모도 함께 항해 보고서로 작성했다. 이것은 필립 파커 킹 함장, 다윈의 기록과 함께 3권의 《영국 군함 어드벤처호와 비글호의 조사 항해 기록》으로 1839년에 간행되었다. 피츠로이의 보고는 구약성서 창세기의 대홍수 이야기에 관해서는 "성서의 신빙성을 부정하는 지질 학자"라는 연구평가 의견이 있었다. 또한 광대한 대지가 40일간의 홍수에 퇴적할 수 없는 것을 인정하고, 성서의 설명을 믿지 않는다는 생각을 보여주었다. 그 때 그는 그런 생각이 "젊은 수병의 눈에 닿는" 것을 우려하여 포탄을 포함한 바위 산 정상 부근에 쌓여있는 것은 노아의 대홍수 고백이라는 논의로 성서의 문자해석에 대한 설명을 하고 있다. 피츠로이는 항해를 하는 동안 받아들이고 있었던 라이엘의 새로운 아이디어로부터 자신을 분리하기 시작했다. 그리고 아주 신앙심이 깊었던 아내의 영향도 있어, 성공회의 전통적인 교리를 받아들여갔다.

1841년 던햄에서 지역 정당의 의원으로 선정되어 1842년 마지 강 관리 교육감 대리로 임명되었다.
피츠로이가 아내와 약혼인 상태로 있었던 기간은?
5년