다른 중추신경계통의 바이러스 감염증과 마찬가지로 항바이러스제를 정맥주사하는 것으로 일차적 치료가 이루어진다. 신경계 검사를 자주 시행하고 호흡 보조 요법 역시 필요할 수 있다. 수분-전해질 불균형, 신장과 간 기능 장애, 발작에 대한 치료가 필요할 수도 있다 

단순포진바이러스에 의한 뇌염의 경우 특이적으로 초기에 아시클로버를 2~3주간 투여함으로써 치료할 수 있다. 아시클로버는 바이러스의 살상력을 경감시키며 장기적 행동 및 인지적 장애 역시 방지할 수 있다. 단순포진바이러스가 바이러스성 뇌염의 가장 흔한 병원이기 때문에, 바이러스성 뇌염이 발생했지만 정확한 원인을 알지 못하는 경우 일단 아시클로버를 투여하는 것이 권장된다. 그러나 면역약화 등 의 이유로 아시클로버가 잘 듣지 않는다면 포스카르네트를 사용해야한다. 효과는 적지만 뉴클레오사이드 유사물을 병용할 수도 있고, 수두대상포진바이러스의 경우 부신피질 호르몬을, 거대세포바이러스의 경우 간시클로비르를 병용할 수도 있다

두개내압이 증가한 경우 좋지 못한 예후를 나타내므로 두개내압을 계속 모니터링해야한다. 바이러스성 뇌염과 연계된 자료는 많지 않지만, 일반적으로 두개내압이 증가한 경우 만니톨과 스테로이드를 투여함으로써 정상화할 수 있다. 발작은 밸프로에이트나 페니토인을 통해 경감될 수 있다. 간질중첩증은 벤조디아제핀을 통해 경감될 수 있다. 행동장애가 나타난 경우 항정신병제제를 단기간 투여할 수 있다. 이처럼 바이러스성 뇌염은 다양한 후유증을 나타낼 수 있기 때문에 여러 진료과의 협력이 필요하다
단순포진바이러스로 인한 뇌염일 때, 2~3주 동안 투여받아도 별다른 효과가 없는 약물은?
아시클로버