Londuseline cirkonii kogoneb vides izotopaspäi, nell' oma stabiližed: 90Zr (51,46%), 91Zr (11,23%), 92Zr (17,11%), 94Zr (17,4%), 96Zr (2,8%, T½=2 × 1019 vot).
Природный цирконий состоит из пяти изотопов, четыре из которых являются стабильными: 90Zr (51,46%), 91Zr (11,23%), 92Zr (17,11%), 94Zr (17,4%), 96Zr (2,8%, T1⁄2=2 × 1019 лет).