Metall oleskeleb kahtes kristalližes modifikacijas järgeližel painudel: α-Zr geksagonaliženke seglusenke kändase β-cirkonijaks kubiženke seglusenke 863 C° (ližasegoitusita) lämudel.
Металл существует в двух кристаллических модификациях при обычном давлении: α-Zr с гексагональной решеткой превращается в β-цирконий с кубической решеткой при температуре 863 °C (без примесей).