Tokion prefektur om röunoiš päivnouzmas Tiban prefekturanke, päivlaskmas — Jamanasin prefekturanke, suves — Kanagavan prefekturanke da pohjoižes — Saitaman prefekturanke.
Префектура Токио граничит с префектурой Тиба на востоке, префектурой Яманаси на западе, префектурой Канагава на юге и префектурой Сайтама на севере.