إخراج بوجاشيف من المشاريع
 جاء التلميح الأول للمشكلات في آب (أغسطس) من عام 2008، عندما أخبره أليكسي كودرين، وزير المالية الروسي الذي يميل إلى الليبرالية في ذك الحين، والحليف منذ فترة طويلة لبوجاشيف، بأن بوتين يريد استرجاع أحد المشاريع لتطوير فندق خمس نجوم، ومجمّع رئاسي في واحد من أرقى المواقع في المدينة، 5 ريد سكوير. 
بوجاشيف وافق - طالما كان السعر مناسباً، لكن الاستيلاء على المشروع جرى بدون أي تعويض على الإطلاق. محاولات بوجاشيف لرفع دعوى للحصول على مبلغ الـ 3.6 مليار روبل الذي كان قد أنفقه على المشروع، وما يُقدّر بـ 41 مليار روبل من الأرباح المفقودة، لم تُحقق أي شيء. وقال المُتحدّث باسم كودرين “إن الوزير السابق لن يُعلّق على قضية بوجاشيف”. 
وقد حدث الشيء نفسه بعد عام عندما أخبره بوتين بأنه أراد أخذ أحواض السفن في سانت بيترسبورج، من أجل مؤسسة بناء السفن الحكومية المُنشأة حديثاً، أو إس كيه. في البداية، كما يدّعي بوجاشيف، وُعِد بمبلغ خمسة مليارات دولار مقابل الأحواض، لكنه لم يحصل على شيء. 
بعد ذلك جاءت سلسلة من الاتهامات الجنائية بعد إفلاس بنك ميزبروم بانك. حيث قام البنك المركزي بإلغاء رخصته في تشرين الأول (أكتوبر) من عام 2010، بعد معاناته في تسديد قروض عملية الإنقاذ البالغة 1.2 مليار دولار. 
يدّعي بوجاشيف أنه قد تم تدبير الإفلاس حتى تتمكن الدولة من الاستيلاء على أحواض السفن، التي كانت محفوظة كضمان للقرض، بسعر منخفض جداً. 
أما ريتشارد هاينسورث، المالك السابق لوكالة تصنيف البنوك القائمة في موسكو، روسريتنج فيقول “إن الأشخاص داخل الدولة قد تلاعبوا بالقواعد ضده من أجل إسقاط البنك، لإفادة أنفسهم بشكل لا يُثير الدهشة”. 
يقول بوجاشيف “إنه لا يزال يُصارع لمعرفة السبب الذي جعل بوتين ينقلب عليه”. وُجِّهت إليه الاتهامات الجنائية في عام 2013، بعد فترة طويلة من مغادرته روسيا، وبعد ثلاثة أعوام من إفلاس بنك ميزبروم بانك. بعد أن استقر في لندن، أرسل بوجاشيف رسالة إلى بوتين في عام 2012 يُحذّره باتخاذ إجراء قانوني على مصادرته أعماله. 
يقول بوجاشيف “إنه كان ينبغي أن يعرف أن الوقت كان ينفد”. البطريرك الروسي الراحل أليكسي الثاني، الذي كان قد أقام علاقة صداقة وثيقة معه، حذّره من التهديد الذي يُشكله بوتين ورجاله في الاستخبارات الروسية، عليه. 
مع بدء تدهور صحة البطريرك في خريف عام 2008، يقول “لقد أخبرني أنه قد لا يعيش، لكنني قد أكون شاهداً على كيف سيدمر أفراد الشيكيستي (أفراد الشرطة السرية) البلاد”. 