أثار مقتل كمال حمامي، عضو المجلس العسكري الأعلى في الجيش الحر، المزيد من المخاوف حول اتساع نفوذ الجماعات الجهادية في المناطق التي تسيطر عليها المعارضة السورية.
أغلب عناصر النصرة بايعوا البغدادي وجاء مقتل حمامي بايدي اعضاء في تنظيم دولة العراق والشام الاسلامية اثر خلاف بين الجانبين حول السيطرة على نقطة تفتيش استراتيجية في مدينة اللاذقية. وحسبما نقلت وكالة رويترز، فان متشددين تربطهم صلات بتنظيم القاعدة أبلغوا مقاتلي الجيش السوري الحر بأنه "لا مكان" لهم في محافظة اللاذقية. كما ينقل مراسل صحيفة الجارديان البريطانية في عددها الصادر في  يوليو/تموز عن احد امراء جبهة "النصرة" المرتبطة بتنظيم القاعدة في شرقي سوريا قوله "نحن لا نقاتل من اجل الاطاحة بنظام بشار الاسد وتسليم سوريا الى الجيش الحر لاقامة دولة علمانية ملحدة". وتنقل الجارديان عن احد قادة النصرة الذين رفضوا اعلان زعيم القاعدة في العراق ابو بكر البغدادي توحيد النصرة ودولة العراق الاسلامية في تنظيم واحد ان  بالمائة من المقاتلين الاجانب في صفوف النصرة لبوا دعوة البغدادي وان انصار البغدادي يتهمون عناصر النصرة الذين رفضوا الانضمام الى التنظيم الجديد بالتراخي والتعاون مع "الجيش الحر الكافر". بينما يقوم تنظيم "الدولة الاسلامية في العراق والشام" بتطبيق رؤيته في المناطق التي يسيطر مثل مؤسسات التعليم والمحاكم، لا يتردد في اللجوء الى السلاح ضد من يقف في وجهه مثلما حدث يوم الجمعة في الخامس من شهر يونيو/تموز الجاري في قرية "الدانا" في محافظة ادلب حث قتل اكثر من  شخصا اغلبهم من المدنيين وبعض عناصر جماعة تقول انها تابعة للجيش الحر. مواضيع قد تهمك نهاية واشار المرصد السوري لحقوق الانسان الى مقتل العشرات في مواجهات بين جهاديين اجانب وكتيبة "حمزة اسد الله" في البلدة بعد احتجاز الجهاديين فتى في الثانية عشرة من العمر بتهمة الكفر. يضاف الى ذلك اعتقال العشرات من النشطاء ومقاتلي الجيش الحر من قبل تنظيم النصرة والدولة الاسلامية في العراق في المناطق والمدن التي يسيطرون عليها بتهم مختلفة. وعلت مؤخرا الاصوات المنددة بممارسات الجهاديين وفي المناطق التي سيطروا عليها مثل مدينة الرقة وبلدة منبج بعد اعتقال واحتجاز نشطاء المعارضة من قبل الجهاديين. وتشير تقديرات اجهزة الاستخبارات الامريكية الى ان عدد الجهاديين الاجانب في سوريا يتجاوز ستة آلاف مقاتل وقتل منهم حتى الان نحو لكن بعض التقديرات الاخرى تشير الى ان عددهم يتجاوز ذلك بكثير. وهناك تردد وخوف في اوساط الدول الغربية وحتى معارضة لتقديم السلاح للمعارضة السورية خوفا من وصولها الى ايدي العناصر الجهادية الذين لا يفتقرون الى السلاح مقارنة مع الكتائب التابعة لرئاسة "اركان الجيش السوري الحر" بقيادة اللواء سليم ادريس.