تتم عملية "المسح المهبلي" بأخذ مسحة من السائل المهبلي وفركها على وجه الوليد وجلده وعينيه.
والفكرة من وراء هذه العملية هي أن البكتيريا المهبلية تساعد على تدريب الجهاز المناعي لدى حديثي الولادة وتقليل خطر الحساسية والربو. وقال أطباء في الدنمارك والمملكة المتحدة إنه لا ينبغي للأمهات الجدد أن يتبعوا التوجه الرائج في "مسح" أطفالهن بالبكتيريا المهبلية. وأضافوا أن الأدلة التي تثبت نجاعة عملية "المسح المهبلي" قليلة جداً، وقد يكون لها آثاراً ضارة أكبر من المنافع. وترتبط الولادة القيصرية عادة بارتفاع نسبة مخاطر الإصابة ببعض الأمراض المناعية. وهناك اهتمام طبي متزايد بدور علم المايكروبايوم، الذي يعنى بالكائنات الدقيقة التي تسكن أجسادنا، في الوقاية من الأمرض. خطر إصابة الأطفال بالعدوى تقوم عملية "المسح المهبلي" على تعريض الأطفال المولودين بالعمليات القيصرية إلى البكتيريا التي تعلق بأجسادهم في حالة الولادة الطبيعية. وقال تقرير، نشر في المجلة الدولية لأمراض النساء والتوليد، إن أكثر من  في المئة من أطباء التوليد في الدنمارك قد وجهت لهم أسئلة من قبل السيدات الحوامل عن عملية "المسح المهبلي". وأضاف التقرير أنه لا يوجد أي دليل على أي فائدة لعملية "المسح المهبلي"، إذ توجد دراسة واحدة فقط لهذه العملية وقد اقتصرت على أربعة أطفال فقط. وحذرت الدراسة من مخاطر واضحة على صحة الطفل، بما في ذلك العدوى ببكتريا تدعى المجموعة باء العقدية، والبكتريا القولونية إضافة إلى مجموعة من الأمراض المنقولة عن طريق الاتصال الجنسي. وقالت الدكتورة تينا كلاوسن، الاستشارية في مستشفى نوردزجيلاندس في الدنمارك لموقع بي بي سي نيوز " نعلم أن الاهتمام بعملية المسح المهبلي والسؤال عنها رائج جدا بين السيدات الحوامل". وأضافت "أتفهم روعة الفكرة بأن تكون السيدة قادرة على محاكاة الطبيعة من خلال القيام بعملية المسح المهبلي، لكن الإشكالية أنها تقوم على بعض الأفكار النظرية ولا نمتلك دليلاً لدعم صحتها". وقالت الدكتورة كلاوسن إن المسحة التي تستخدم في هذه العملية قد لا تحتوي على نفس البكتيريا التي تنتقل للمولود خلال الولادة الطبيعية، والسبب هو أن البكتيريا في حالة الولادة الطبيعية تكون مخففة بسبب الدم والسائل الذي يحيط بالجنين في الجهاز المهبلي أثناء عملية المخاض. وأضافت "نصيحتي للسيدات هي تجنب الولادة القيصرية إذا لم يكن لها ضرورة، والالتزام بالرضاعة الطبيعية لمدة نصف سنة على الأقل، إضافة إلى الحرص على التواصل الجسدي مع الطفل منذ الولادة، لكل هذه العوامل تأثير إيجابي على التركيبة البكتيرية التي تسكن جسد الطفل". يشار إلى أن قرابة ربع المواليد في المملكة المتحدة، يولدون عن طريق العملية القيصرية. وقال الدكتور باتريك أوبراين، من الكلية الملكية البريطانية لأطباء النساء والتوليد "لا توجد أدلة دامغة تشير إلى أن عملية المسح المهبلي لها فوائد، لذا لن نوصي بها إلى أن تُجرى بحوث أكثر دقة تظهر أن العملية ليست بضارة ومن شأنها بالفعل تحسين الجهاز الهضمي أو الجهاز المناعي للطفل".