أدى الخلاف بين تنظيم الدولة الإسلامية وتنظيم القاعدة إلى هزة كبيرة في العالم الجهادي الذي ما لبث أن توالت فيه الانشقاقات عن التنظيم الأم باتجاه "الدولة الاسلامية" ومبايعة أبو بكر البغدادي الذي نصبه التنظيم خليفة للمسلمين.
استولى التنظيم على عتاد حربي ثقيل من الجيش العراقي الاستيلاء على الموصل في التاسع من يونيو/ حزيران  لم يكن فقط بمثابة البرهان العملي على جدارة التمرد على التنظيم الأم، لكنه كان أيضا ميلادا جديدا لتنظيم يناطح، بل يوازي القاعدة في المنطقة العربية. فالسقوط المفاجئ لثاني كبريات مدن العراق أحال الذاكرة إلى ضرب برجي التجارة العالميين في نيويورك عام ، فالحدث العراقي تجاوزت أصداؤه النطاق الإقليمي إلى العالمي كأحداث سبتمبر. ليست إذن مصادفة أن تعود الطائرات الأمريكية لتضرب في العراق كما حدث في أفغانستان مع القاعدة. الخلاف بين "الدولة الاسلامية" والقاعدة تفجر في إبريل  حين أعلن التنظيم تحوله إلى الدولة الاسلامية في العراق والشام "داعش" وضم جبهة النصرة في سوريا وهو مارفضته الجبهة وأميرها محمد الجولاني وأيدها زعيم القاعدة أيمن الظواهري ليبدأ صراع عنيف بين الجانبين. فقد اتهم البغدادي الظواهري بارتكاب مخالفات شرعية. وتفاقم الخلاف ليتحول إلى قطيعة حادة بين الطرفين كال فيها التنظيم الانتقادات الحادة للظواهري وبـ"الانحراف عن نهج الصواب" كما قال محمد العدناني الناطق باسم داعش. مواضيع قد تهمك نهاية لكن لماذا اختار داعش أن ينشق وبقوة عن القاعدة؟ توجهت بالسؤال إلى سعيد عبيد الخبير بالحركات الاسلامية فأجاب "واضح أن قيادات هذه الجماعة منذ اختاروا التوسع والتمدد كان هناك نوع من الاعجاب بما حققوه على الأرض .... لقد احرجوا كثيرا القاعدة بتطلعهم لتكوين دولة وكأنهم يشيرون إلى أن اولوية المبايعة والتبعية تكون لهم وليس لايمن الظواهري". يرى التنظيم أنه وصل بالجهاد إلى غايته بتكوين دولة الخلافة التي تسعى القاعدة وفروعها إلى الوصول إليها واحتفظ التنظيم باستقلالية عن القاعدة منذ البداية. الخلاف بين داعش والقاعدة يتجاوز الخلاف مع جبهة النصرة إلى اختلاف في النهج الفكري حول اولويات الجهاد وتحديد ماهية العدو، "فالقاعدة توصلت إلى أولوية قتال العدو البعيد مثل الولايات المتحدة وحلفائها من الانظمة واسرائيل، في حين تصر الدولة على أولوية قتال العدو القريب منذ أيام الزرقاوي"، كما يوضح حسن أبوهنية الباحث في شؤون الحركات الاسلامية. ويضيف أبو هنية "تخوض القاعدة حربا جيوسياسية تسعى الى رفع الهيمنة بشكل اساسي وعبر مناهضة الدول التي تسعى لدعم الانظمة في الخارج، بينما يصر الدولة ... على أن يخوض حربا ذات طبائع هوياتية بمعني أن يضع مشكلة الهوية النقية لأهل السنة كممثل لأهل السنة، في مواجهة الهويات الاخرى والفرق الأخرى وفي مقدمتها الشيعة". من هنا يقف كلا التنظيمين على طرفي نقيض من العلاقة مع إيران المسميات العديدة التي اتخذها تنظيم "الدولة" خلال مراحل تطوره منذ بدايته قبل نحو عشر سنوات إلى الآن تشي بالقلق بحثا عن دور أكبر وطموح باعد بينه وبين الجماعات الاسلامية المنافسة. الانشقاقات تتوالى الصراع بين تنظيم الدولة الاسلامية والقاعدة هو بالأحرى صراع حول من يمثل القاعدة وسط اتهامات متبادلة بالخروج والانحراف عن نهج التنظيم العالمي للجهاد، وادى ذلك الى نوع من "الانشطار في القاعدة" إذ انحازت جماعات اسلامية مسلحة إلى تنظيم الدولة باعتباره يمثل القاعدة، بينما الفروع الاساسية للتنظيم تصر على الالتزام بالاطار الهيكلي للتنظيم بقيادة الظواهري. ابو بكر البغدادي زعيم تنظيم الدولة الاسلامية وفي "جميع انحاء العالم تأثرت السلفية الجهادية وهي الاطار الاوسع والفضاء الواسع للتجنيد لتنظيمات القاعدة من هذا الانشطار في القاعدة" كما يشير الباحث الاردني حسن ابو هنية. ويضيف ابو هنية أن "انصار بيت المقدس في سيناء بايعت، أو أصبحت أكثر قربا للدولة. بعض فروع انصار الشريعة في اليمن في أبين وشبوة اصدروا بيانات تؤيد الدولة. تنظيم القاعدة المركزي في خراسان باكستان وأفغانستان .. عدد من التنظيمات او ما يعرف بالبيعة الخرسانية اصدرت بيانا يؤيد نهج الدولة. انصار الشريعة في تونس، وانصار الشريعة في كل من مدينتي درنة وبنغازي في ليبيا. وفي الاردن انقسمت السلفية الجهادية بين الدولة والقاعدة". هذا بخلاف الانشقاقات الكبيرة التي حصلت في جبهة النصرة التابعة للقاعدة وانضمام اعضاء كثر بها إلى تنظيم الدولة الاسلامية، كما انضم للتنظيم العديد من الجماعات الاسلامية المحلية في سوريا مثل الكتائب الاسلامية وجيش محمد وغيرها من الجماعات التي يصعب على الباحثين تتبعها بسبب تشكلها المستمر. وحتى الان لم يحدث انضمام اي من الفروع الرئيسية للقاعدة مثل القاعدة في جزيرة العرب أو القاعدة في بلاد المغرب الاسلامي أو ممثلي التنظيم في الصومال، وان كان هناك "نوع من الاعجاب" بالتنظيم، كما يوضح سعيد عبيد المتخصص في الحركات الاسلامية. فقد أعلن منظر تنظيم القاعدة في الجزيرة العربية ابراهيم الربيش، وأحد القيادات الكبرى في التنظيم ان تجربة داعش يجب ان تعمم، وبارك لهم ايضا الانتصارات التي حققتها "الدولة الاسلامية" في العراق. كما افادت تقارير بانشقاق المنطقة الوسطى في تنظيم القاعدة في بلاد المغرب الاسلامي، الذي يتكون من أربع مناطق، ومبايعتها لأبو بكر البغدادي. ويعزي محللون الاعجاب بالتنظيم إلى الانتصارات السريعة التي حققها في العراق وإلى عدم خوفه من الفشل وتمتعه بموارد مالية وتنظيمية كبيرة، إلا انه تعرض لانتقادات شديدة من جانب القاعدة نفسها لغلوه في تطبيق الشريعة والايغال في سفك الدماء وموقفه من قتال الشيعة في العراق. كما ان كبار علماء الاسلام وشيوخ السلفية في مصر وسوريا والعراق والسعودية رفضوا خطوة اعلان الخلافة واعتبروها غير شرعية.