قضت محكمة مصرية بسجن الرئيس المصري السابق، محمد مرسي،  عاما في أول قضية من القضايا التي يحاكم فيها، وهي قضية قتل المتظاهرين أمام قصر الاتحادية، بعد أن أطاح به الجيش في الثالث من يوليو/ تموز .
أبرز الاتهامات الموجهة لمرسي هي التخابر مع منظمات أجنبية، في إشارة لحماس. وشمل حكم محكمة جنايات القاهرة عددا من مساعدي مرسي بعد إدانتهم بتهمة استعراض القوة والعنف والقبض المقترن بالتعذيب لعدد من المتظاهرين في ديسمبر . ولكن المحكمة برأت المتهمين جميعا من تهم القتل العمد وإحراز السلاح دون ترخيص. ومن أبرز القضايا التي يُتهم فيها مرسي وتنظرها المحاكم حاليا، إلى جانب قضية قتل المتظاهرين، قضية التخابر مع منظمات أجنبية، وقضية الهروب من السجن، وإهانة القضاء. ويرفض مرسي جميع التهم الموجهة إليه في تلك القضايا، ويُصر عند مثوله أمام القضاء على أنه لا يزال "الرئيس الشرعي" للبلاد، واصفا ما قام به الجيش في أعقاب الاحتجاجات الواسعة التي شهدتها البلاد في  يونيو/حزيران بـ"الانقلاب العسكري"، وفقا لما نقله عنه فريق الدفاع الذي التقى به خلال أول ظهور له في المحكمة في الرابع من نوفمبر/تشرين الثاني . مواضيع قد تهمك نهاية قتل المتظاهرين وترجع تلك القضية إلى الأول من سبتمبر/ أيلول ، عندما أحالت النيابة العامة محمد مرسي إلى محكمة الجنايات بتهم التحريض على قتل متظاهرين، كما أحال النائب العام هشام بركات  مشتبها به ينتمون إلى جماعة الإخوان المسلمين إلى المحكمة في القضية ذاتها. وتضمنت لائحة الاتهام القيام بأعمال عنف واشتباكات وقعت أمام قصر الرئاسة بالقاهرة في ديسمبر/كانون الأول من عام ، وأسفرت عن مقتل سبعة أشخاص بحسب بيان رسمي للنيابة العامة، عندما كان مرسي في سدة الحكم. وكانت السلطات المصرية قد اعتقلت مرسي وقياديين آخرين من جماعة الإخوان في اليوم الرابع للاحتجاجات الشعبية التي أطاحت بمبارك عام ، لكنّ التقارير تحدثت عن اقتحام عدد من السجون انتهى بإخراجهم في اليوم التالي. وكان مرسي قد تحدث إلى إحدى القنوات الفضائية عبر الهاتف في نفس الليلة ونفى هروبه من المعتقل وقال إن الأهالي هم من اقتحموا بوابات السجن لإخراج المساجين، وإنه لا يزال مستعدا لتسليم نفسه. قضية التخابر وتضم لائحة الاتهام الخاصة بهذه القضية وفقا للنيابة العامة "السعي والتخابر مع حركة حماس للقيام بأعمال عدائية في البلاد، والهجوم على المنشآت الشرطية والضباط والجنود، واقتحام السجون المصرية وتخريب مبانيها". وقالت وكالة أنباء الشرق الأوسط المصرية إن حكم قاضي التحقيق جاء بعدما قام باستجواب مرسي "ومواجهته بالأدلة وتوجيه الاتهامات له في الجرائم التي ارتكبها هو وآخرون". وضمت تلك اللائحة أيضا اتهامات مثل "اقتحام أقسام الشرطة، وتخريب المباني العامة والأملاك، وقتل بعض السجناء والضباط والجنود عمدًا مع سبق الإصرار، واختطاف بعض الضباط والجنود". الهروب من السجن وفي  ديسمبر/ كانون الأول  أحالت النيابة العامة في مصر محمد مرسى وآخرين إلى محكمة الجنايات بتهمة الهروب من سجن وادى النطرون إبّان ثورة  يناير/ كانون الثاني  التي أطاحت بالرئيس السابق حسني مبارك. يرفض مرسي جميع الاتهامات المنسوبة إليه، مصرا على أنه لا يزال "الرئيس الشرعي" للبلاد. وتضم لائحة الاتهام في هذه القضية كلا من مرشد جماعة الإخوان المسلمين محمد بديع، ونائبه محمود عزت، ومحمد سعد الكتاتني رئيس مجلس الشعب السابق، ومحمد البلتاجي وعصام العريان وسعد الحسيني، أعضاء مكتب إرشاد جماعة الإخوان، و متهما آخر من قيادات الجماعة وأعضاء من "التنظيم الدولي" للجماعة، بالإضافة إلى عناصر من حركة حماس الفلسطينية، وحزب الله اللبناني. وتضم تلك اللائحة أيضًا الداعية يوسف القرضاوى المقيم في قطر. إهانة القضاء وتعد لائحة اتهام مرسي بإهانة القضاء هي الرابعة من بين لوائح الاتهام الموجهة إليه. وكانت النيابة العامة قد أخطرت مرسي في  يناير/كانون الأول  رسميا بأمر إحالته إلى المحاكمة بتهمة "إهانة القضاء"، وذلك وفقا لبيان رسمي أعلنته النيابة. وشمل قرار الإحالة  متهمًا آخر، بينهم محامون وصحفيون ونشطاء سياسيون، وأشخاص ينتمون إلى جماعة الإخوان. وشمل أمر إحالة المتهمين كلا من: رئيس مجلس الشعب السابق محمد سعد الكتاتني، وبرلمانيين سابقين هم عصام سلطان، والمستشار محمود الخضيري، والدكتور محمد البلتاجي، والمحامي صبحي صالح، ومحمد العمدة، وأحمد أبو بركة، والناشط علاء عبد الفتاح. وشملت اللائحة كذلك أعضاء مجلس الشعب السابقين مصطفى النجار، ومحمد منيب، وحمدي الفخراني، والدكتور محمود السقا، والدكتور عمرو حمزاوي، والإعلاميين عبد الحليم قنديل، ونور الدين عبد الحافظ، وأحمد حسن الشرقاوي، وتوفيق عكاشة، وعبد الرحمن يوسف القرضاوي، والمحامين أمير حمدي سالم، ومنتصر الزيات. وتضم اللائحة أيضًا ممدوح إسماعيل عضو مجلس الشعب السابق، وعاصم عبد الماجد، عضو مجلس شورى الجماعة الإسلامية، والداعية المقيم في قطر وجدي غنيم.