بعد ظهور المدرسة في مصر، حدث التغير في المسجد، إذ بدأ يضم الغرف السكنية للطلاب، وظهرت الحاجة إلى أماكن للدراسة، تلبي متطلبات المذاهب المختلفة . ولا توجد أخبار موثوقة عن المدارس التي كانت موجودة قبل الأيوبيين . غير أن العصر الأيوبي، شهد ظهور المدرسة الناصرية في القاهرة سنة 566 هـ / 1170م للمذهب الشافعي . وكانت هذه المدرسة، عبارة عن منازل عملت بها بعض التعديلات لكي تتلاءم مع وظيفة المدرسة . وفي نهاية العصر الأيوبي، أصبحت المدرسة مكونة من صحن يفتح عليه إيوانان، أحدهما بالجهة الجنوبية الشرقية، وهو اتجاه القبلة في مصر، والآخر بالجهة الجنوبية الغربية المقابلة . وعلى الجهتين الأخريين توجد غرف للدارسين .تدريس المذاهب الأربعةوتعطي المدرسة الصالحية 640 هـ / 1242م، خير مثال على مدارس تلك الحقبة من الزمن، إذ إنها تتكون من كتلتين من المباني، يفصلهما دهليز . وكل كتلة عبارة عن صحن وإيوانين معقودين بقبوٍ دائري مدبب . وقد خصصت هذه المدرسة لدراسة المذاهب الأربعة: الشافعي والحنفي والحنبلي والمالكي . واختصت كل كتلة من المباني بتدريس مذهبين من هذه المذاهب الأربعة .وتأثر مسقط المدرسة بمصر والقاهرة، خصوصاً، بشكل القاعة في المنزل العربي هناك . إذ كان العديد من المنازل قد حولت بعد وفاة أصحابها إلى مدارس ودور علم، ومنها على سبيل المثال المدرسة القمحية (566هـ /1170م) التي ظهرت في عهد صلاح الدين الأيوبي . ويشير وصف المدرسة البرقوقية، الظاهرية الجديدة، كما في وثيقة السلطان برقوق إلى أنها كانت مخصصة للمذاهب الأربعة . حيث الصحن المحاط بأربعة إيوانات، كان أكبرها إيوان القبلة . وكانت هذه الإيوانات تتعامد مع حجرات الطلبة أو الصوفية في الخانقاوات، إضافة إلى قاعات العلماء الشيوخ والأساتذة وغرف المشرفين على إدارة العمل في المبنى .وتعد مدرسة السلطان الظاهر بيبرس/ الظاهرية القديمة، أول مدرسة ذات مسقط ذي أربعة إيوانات متعامدة . وهي في المحلة بين القصرين، ولا يوجد منها اليوم غير بعض الآثار الباقية .وفي العهد العثماني تأثرت العمارة المسجدية بالعمارة الوافدة إليها، وحل مكان الإيوانات والصحن مبنى مركزي مغطى بقبة كبيرة، تمهد لها قباب صغيرة حولها، وأمام المبنى صحن يحاط برواق مغطى بقباب كروية صغيرة منخفضة، ويفتح الرواق على الصحن بعقود، وتتوسط الصحن فسقية، كما في مسجد الملكة صفية وجامع محمد علي بالقلعة، ومسجد سنان باشا ببولاق، ومسجد محمد أبو الذهب بالأزهر الشريف .وفي عهد صلاح الدين الأيوبي أقيم أول خانقاه دار للتعبد في مصر، وقد عرفت بدار سعيد السعداء، وذلك في العام 566 هـ / 1170م . وكانت مخصصة للصوفية القادمين من بلاد الشام . وقد احتفظت القاهرة حتى اليوم بتسع خانقاوات منها: خانقاه ايدكين البندقداري 683هـ / 1284م وخانقاه بيبرس الجاشنكير 706هـ / 1306م وخانقاه شيخون 756هـ / 1358م وخانقاه السلطان برقوق 786هـ / 1384م وغيرها .أما في العهد العثماني، فقد أنشئت التكية بدلاً من الخانقاه، وهي عبارة عن حوش به حديقة وفسقية . ويفتح الحوش على الصحن بعقود محمولة على أعمدة، وتغطي الحوش قباب كروية صغيرة، وتنتظم حوله غرف الدراويش المعقودة بالقبوات الدائرية ومسجد صغير . ويلحق بالتكية سبيل، وهناك أيضاً الخلوات، وهي عبارة عن حجرات صغيرة مفروشة ببلاط من الحجر الجيري، ويفرش عليها حصير، وقد يحتوي بعضها على مصطبة، يرتفع منسوبها عن أرضية الغرفة بدرجة واحدة . والخلوة لها سقف عبارة عن قبوٍ نصف دائري، وتستعمل جلسات النوافذ المنخفضة كمصاطب للقراءة .دار الحكمةوفي خطط المقريزي، وصف لدار الحكمة بالقاهرة (395ه/ 1005م) يقول فيه، إنها بعدما فتحت، وجلس فيها الفقهاء، وحملت إليها الكتب من خزائن القصور . . . وجلس فيها القراء والفلكيون وأصحاب النحو واللغة والأطباء، وبعد أن فرشت هذه الدار وزخرفت وعلقت على جميع أبوابها الستور حضرها الناس على طبقاتهم . فمنهم من يحضر لقراءة الكتب، ومنهم من يحضر للنسخ، ومنهم من يحضر للتعلم وجعل فيها ما يحتاج الناس إليه من الحبر والأقلام والورق والمحابر . وفي سنة 403 هـ / 1013م أحضرت إليها جماعة من دار العلم، من أهل الحساب والمنطق وجماعة من الفقهاء، وجماعة من الأطباء، وقد وصلوا، وخلع عليهم جميعاً . ويتحدث ناصر خسرو عن ابن يونس، وكان من أعظم الفلكيين بالقاهرة، وكان له مرصد على التل المشرف على القاهرة، حيث قام بأبحاثه، وهو أول من اكتشف نظرية في حساب المثلثات الكروية، قبل اكتشاف علم اللوغاريتمات . كذلك قدم إلى القاهرة العالم ابن الهيثم، وكان ذائع الصيت في أوروبا . وقد وضع رسالة في البصريات، وترجم كتاب إقليدس . وهو أول من وصف آلة التصوير، وكذلك برز في علم الطب كل من عمار بن علي الذي وضع كتاباً في أمراض العيون، وبرز أيضاً ابن رضوان الذي وضع كتاباً غريباً عن علم المناخ .