أثار المرسوم بقانون الصادر من المجلس العسكري المصري بشأن تشكيل المجلس الاستشاري المدني الذي يساعد العسكري في إدارة شؤون البلاد خلال ما تبقى من الفترة الانتقالية؛ جدلاً واسعاً بين الأوساط السياسية المختلفة . ففي الوقت الذي اعتبرها البعض خطوة تأخرت كثيراً، رأى آخرون أن الاستشاري منح صلاحيات من شأنها الانتقاص من سلطات البرلمان الجديد، لا سيما فيما يتعلق بإصدار التشريعات وتحديد معايير اختيار اللجنة التأسيسية لوضع الدستور .وقال رئيس حزب مصر الحرية، أستاذ العلوم السياسية، د .عمرو حمزاوي: إن منح المجلس الاستشاري سلطات تشريعية يعد انتقاصاً من اختصاصات البرلمان المنتخب، ومن شأنه تجاهل إرادة الأمة . غير أنه رأى أن الاستشاري يمثل طوق النجاة للمجلس العسكري، بعد المطالب الواسعة بتنحيه . وأعرب عن خشيته من أن يمثل الاستشاري مبرراً لإطالة أمد العسكري في الحكم، مشدداً على ضرورة الالتزام بما تعهد به المجلس من نقل السلطة إلى سلطة مدنية منتخبة قبل نهاية يونيو المقبل .وبالمقابل، نفى المرشح المحتمل للرئاسة، عضو المجلس الاستشاري، محمد سليم العوا، أن يكتسب الاستشاري صلاحيات وسلطات على حساب البرلمان، لافتاً إلى أن دوره الاستشاري يقتصر على تقديم الاستشارات إلى المجلس العسكري فيما يتعلق بالشأن السياسي العام، وإصدار التشريعات والتصديق على المعاهدات . أكد العوا أن اختصاصات البرلمان واضحة في الإعلان الدستوري وقانوني مجلس الشعب والشورى، ولا يجوز الانتقاص من مهامه الرقابية والتشريعية ومناقشة الموازنة وإقرارها .ورأت نائب رئيس المحكمة الدستورية العليا، المستشارة تهاني الجبالي، أن تشكيل المجلس الاستشاري خطوة جاءت متأخرة، لافتة إلى أن الاستشاري سينتهي مع الانتخابات الرئاسية، كونه شريكاً للمجلس العسكري في إدارة البلاد، لا سيما وفق منهج تقديم الاستشارة وليس صنع القرار بشكل بعيد عن العسكري الذي يحكم البلاد الآن . وأوضحت أن ما يطرحه الآن المجلس الاستشاري من أولويات هو صياغة مشروعين لقانوني الانتخابات الرئاسية وتحديد معايير اختيار اللجنة التأسيسية لصياغة الدستور، لافتة إلى أن ذلك لا يعد انتقاصاً من اختصاصات البرلمان، كونه لم تنته انتخاباته بعد، لا سيما أن المجلس العسكري يسعى لإصدار عدد من التشريعات التي بموجبها سيتم نقل السلطة المنتخبة . ونفت في الوقت ذاته تجاوز الإعلان الدستوري لا سيما فيما يتعلق بانتخاب اللجنة التأسيسية للدستور . وأوضحت أن الإعلان الدستوري لم يحدد المعايير وأن التشريع المقرر إصداره سيحددها، وسيترك للبرلمان صلاحية انتخاب الأشخاص الذين تنطبق عليهم تلك المعايير .أما رئيس حزب الحرية والعدالة الذراع السياسي لجماعة الإخوان المسلمين، سعد الكتاتني، فقال ل الخليج إنه بعد أكثر من اجتماع حضره ممثلون عن الحزب قررنا الانسحاب من المجلس لا سيما بعد أن ابتعدت فكرة تأسيس الاستشاري عن كونه مجلساً استشارياً يعاون العسكري في إدارة البلاد، باعتبار أنه يضم شخصيات مدنية، غير أن الصلاحيات التي منحت للاستشاري جاءت مخيفة وتتجاوز مجرد كونه مجلساً استشارياً لتصل إلى مجلس يقترح تشريعات قد يصدرها العسكري بموجب مرسوم بقانون، ما يعد انتقاصاً من اختصاصات البرلمان المقبل ويضع علامات استفهام عديدة حول مهامه والفترة الزمنية التي سيمكثها . ولفت إلى أن دور الاستشاري سيقتصر على تقديم الاستشارات إلى العسكري فيما يتعلق بالشأن السياسي وإصدار التشريعات والتصديق على المعاهدات .