Large scale identification of protein SUMOylation by mass spectrometry in HEK293 cells
Une large gamme d’événements cellulaires est régulée par la SUMOylation des protéines.  Cette modification post-traductionnelle est impliquée dans le cancer notamment dans la leucémie promyélocytaire aigue.  À ce jour, peu d’études à grande échelle ont porté sur l’identification des sites de modification.  Ce mémoire présente une approche protéomique quantitative unique qui combine une double purification par affinité au niveau des protéines cibles ainsi que des peptides modifiés.  L’approche la plus répandue de purification des protéines SUMOylés implique l’utilisation d’une forme de SUMO modifié avec une étiquette (His6-SUMO). A ce jour, les  approches permettant l’enrichissement au niveau peptidique nécessite une forme mutante de SUMO.   Notre analyse consiste à premièrement enrichir en protéines SUMOylés dans les cellules humaines vierges ou sur exprimant His6-SUMO-1/3 en présence ou pas de trioxyde de diarsenic, un traitement de leucémie promyélocytaire aigue. Par la suite, les échantillons sont digérés et les peptides obtenus des protéines SUMOylés conservent un branchement caractéristique. Les peptides sont soit immunoprécipités avec un anticorps spécifique au branchement SUMO ou directement analysés par nano LC/LC-MS/MS par un spectromètre de masse LTQ-Orbitrap.  Une analyse manuelle des données révèle des fragments caractéristiques correspondant à la chaîne latérale de SUMO.  L’originalité de l’approche réside dans l’identification quantitative et sans ambigüité des sites de SUMOylation. Cette approche a permis l’identification de 17 et 3 sites de SUMO-3 et SUMO-1 respectivement dans les cellules HEK293. Finalement, la SUMOylation de PML est induite suite au traitement d’arsenic.
SUMOylation Spectrométrie de masse Purification par affinité SUMOylation