Épistémologie de la biologie synthétique et pluralisme du concept de « vivant »
Selon la théorie cellulaire, issue des travaux de M. J. Schleiden, T. Schwann et R. Virchow au 19e siècle, le plus petit niveau d’organisation comprenant toutes les caractéristiques nécessaires et essentielles au vivant serait la cellule. Cette affirmation est aujourd’hui remise en question par les scientifiques et philosophes, d’une part à la suite de l’analyse d’entités biologiques ambiguës aux frontières (inférieures et supérieures) de la « cellule vivante », et d’autre part de l’avènement des récents enjeux en lien avec la création et la recherche de nouvelles entités vivantes. Un pluralisme épistémologique du concept de « vivant » a ainsi émergé, duquel aucune définition claire et unanime n’est encore acceptée. L’objectif général de cette thèse est de trouver des pistes de solution au problème du pluralisme épistémologique du concept de « vivant » ainsi qu’aux enjeux pratiques reliés à ce concept en biologie. Pour ce faire, je propose l’idée que les enjeux pratiques peuvent contribuer à résoudre le pluralisme conceptuel du « vivant », en particulier que la biologie synthétique est à même de nous offrir une définition du vivant permettant de dépasser l’actuel pluralisme de ce concept. Plus spécifiquement, en ce qui a trait à la question du pluralisme, j’expose dans cette thèse un pluralisme « biologique » et « philosophique ». Du côté « biologique », je démontre la flexibilité d’application ainsi que le pluralisme du concept de « vivant » grâce à l’exposition de cas ambigus d’entités biologiques issues de divers niveaux hiérarchiques de complexité du vivant. Ce faisant, je défends une position symbiotique et holistique d’organisation du vivant (permettant d’inclure et d’articuler ces divers niveaux hiérarchiques). Du côté « philosophique », je démontre le pluralisme du concept de « vivant » à la suite d’une analyse que je qualifierai de disciplinaire, ontologique, linguistique et épistémologique. Ce faisant, je défends une position gradualiste et opérationnelle du concept de « vivant ». En ce qui concerne les enjeux pratiques, j’explore principalement la discipline de la biologie synthétique, qui s’est donné l’objectif de construire de nouvelles entités biologiques vivantes et ainsi le fort potentiel de contribuer au développement de nouvelles connaissances sur le vivant. Ce faisant, je prends ainsi la position que la biologie synthétique peut apporter des pistes de solution pragmatiques (par la construction d’entités vivantes fonctionnelles) au pluralisme épistémologique du concept de « vivant ». Finalement, après une analyse de théories de la connaissance associées à ces enjeux, de définitions stipulatives, ainsi que de concepts du vivant issus de la biologie synthétique, je développe mon propre modèle du « vivant» (que je qualifie de biosynthétique), qui se veut « pragmatique » (en accord avec la pratique des biologistes synthétiques), « progressiste » (s’adaptant à de futures découvertes dans le domaine), « holistique » (s’appliquant à l’ensemble des niveaux d’organisation du vivant) ainsi que « minimaliste et universelle» (correspondant aux caractéristiques essentielles de base retrouvées au sein de toutes les entités vivantes).  Cette thèse présentera ainsi « pourquoi » et « comment » la biologie synthétique peut répondre à la question de la définition du vivant.
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