وزارة الدفاع، مثل وزارة الخارجية، لديها منسق يمثل الوزارة في اللجنة المشتركة بين الوكالات المعنية بمكافحة الإرهاب.
وزارة الدفاع لديها منسق لديه مقعد في اللجنة المشتركة بين الوكالات وكان متورطا في اتخاذ القرارات مع مكتب التحقيقات الفدرالي.