1984 – Hindu Love Gods – "Gonna Have a Good Time Tonight"/"Narrator".

1985 – Full Time Men– Full Time Men, organ on "One More Time"
1987 – Warren Zevon – Sentimental Hygiene on "Sentimental Hygiene", "Boom Boom Mancini", "The Factory", "Trouble Waiting to Happen", "Detox Mansion", "Bad Karma", "Even a Dog Can Shake Hands", and "The Heartache"
1987 – Waxing Poetics– Hermitage, production
1988 – Billy James – Sixes and Sevens, production
1988 – The Cynics – "What's It Gonna Be"/"Roadrunner" (live)
1989 – Indigo Girls – Indigo Girls, bass guitar on "Tried to Be True"
1989 – Vibrating Egg – Come On in Here If You Want To, writing and performance
1990 – Mike Mills wrote music for Howard Libov's short film Men Will Be Boys
1990 – Kevn Kinney – MacDougal Blues
1990 – Hindu Love Gods – Hindu Love Gods
1990 – Hindu Love Gods – "Raspberry Beret"
1991 – Nikki Sudden – The Jewel Thief
1991 – Nikki Sudden – "I Belong to You"
1991 – The Troggs – Athens, Andover
1991 – Robbie Robertson – Storyville, singing on "Shake This Town"
1992 – Jane Pratt Show theme music
1993 – Automatic Baby – "One"
1993 – The Smashing Pumpkins – Siamese Dream, piano on "Soma"
1993 – Three Walls Down – Building Our House, production
1993 – Three Walls Down – "Steps"/"Wooden Nails"/"Faith in These Times" (live)
1994 – Backbeat soundtrack
1994 – Victoria Williams – Loose, vocals on "You R Loved"
2000 – Christy McWilson – The Lucky One
2006 – Various artists – Big Star Small World, bass guitar on "The Ballad of El Goodo", with Matthew Sweet
2006 – Mike Mills and Sally Ellyson – "Jesus Christ", a Big Star song covered for a charity single for the Red Apple Foundation
2007 – Mudville – Iris Nova, piano on "Eternity"
2008 – Modern Skirts – All of Us in Our Night, production on "Motorcade"
2008 – The Baseball Project – Volume 1: Frozen Ropes and Dying Quails
2009 – Favorite Son soundtrack – "Gift of the Fathers"
2009 – Jill Hennessy – Ghost in My Head, backing vocals on "Erin"
2009 – The Baseball Project – Homerun EP
2010 – Various artists – The Voice Project, cover of Billy Bragg's "Sing Their Souls Back Home"
2011 – The Baseball Project – Volume 2: High and Inside
2011 – The Baseball Project – The Broadside Ballads
2012 – Jason Ringenberg – Nature Jams – vocals on one track
2012 – Patterson Hood & The Downtown 13 – "After It's Gone"/"Unspoken Pretties" – performance on A-side, single released for Record Store Day
2014 – The Baseball Project – 3rd
1984 – Hindu Love Gods – "Gonna Have a Good Time Tonight"/"Narrator".
1985 – Full Time Men– Full Time Men, organ on "One More Time"
1987 – Warren Zevon – Sentimental Hygiene on "Sentimental Hygiene", "Boom Boom Mancini", "The Factory", "Trouble Waiting to Happen", "Detox Mansion", "Bad Karma", "Even a Dog Can Shake Hands", and "The Heartache"
1987 – Waxing Poetics– Hermitage, production
1988 – Billy James – Sixes and Sevens, production
1988 – The Cynics – "What's It Gonna Be"/"Roadrunner" (live)
1989 – Indigo Girls – Indigo Girls, bass guitar on "Tried to Be True"
1989 – Vibrating Egg – Come On in Here If You Want To, writing and performance
1990 – Mike Mills wrote music for Howard Libov's short film Men Will Be Boys
1990 – Kevn Kinney – MacDougal Blues
1990 – Hindu Love Gods – Hindu Love Gods
1990 – Hindu Love Gods – "Raspberry Beret"
1991 – Nikki Sudden – The Jewel Thief
1991 – Nikki Sudden – "I Belong to You"
1991 – The Troggs – Athens, Andover
1991 – Robbie Robertson – Storyville, singing on "Shake This Town"
1992 – Jane Pratt Show theme music
1993 – Automatic Baby – "One"
1993 – The Smashing Pumpkins – Siamese Dream, piano on "Soma"
1993 – Three Walls Down – Building Our House, production
1993 – Three Walls Down – "Steps"/"Wooden Nails"/"Faith in These Times" (live)
1994 – Backbeat soundtrack
1994 – Victoria Williams – Loose, vocals on "You R Loved"
2000 – Christy McWilson – The Lucky One
2006 – Various artists – Big Star Small World, bass guitar on "The Ballad of El Goodo", with Matthew Sweet
2006 – Mike Mills and Sally Ellyson – "Jesus Christ", a Big Star song covered for a charity single for the Red Apple Foundation
2007 – Mudville – Iris Nova, piano on "Eternity"
2008 – Modern Skirts – All of Us in Our Night, production on "Motorcade"
2008 – The Baseball Project – Volume 1: Frozen Ropes and Dying Quails
2009 – Favorite Son soundtrack – "Gift of the Fathers"
2009 – Jill Hennessy – Ghost in My Head, backing vocals on "Erin"
2009 – The Baseball Project – Homerun EP
2010 – Various artists – The Voice Project, cover of Billy Bragg's "Sing Their Souls Back Home"
2011 – The Baseball Project – Volume 2: High and Inside
2011 – The Baseball Project – The Broadside Ballads
2012 – Jason Ringenberg – Nature Jams – vocals on one track
2012 – Patterson Hood & The Downtown 13 – "After It's Gone"/"Unspoken Pretties" – performance on A-side, single released for Record Store Day
2014 – The Baseball Project – 3rd
Mike Mills