Se han escrito muchas críticas sobre la utilidad de la econometría como disciplina y sobre sus notables defectos metodológicos en las prácticas de modelización.
A un nivel las críticas se basan en el hecho de que la estructura y el comportamiento económicos están sujetos a cambios, y las relaciones observadas en el pasado pueden no continuar en el futuro. Como observó Robert Lucas esto es particularmente cierto donde los cambios en la política económica se implementan sobre la base de modelos econométricos que no tienen en cuenta la posibilidad de cambios en los patrones como una respuesta deliberada a la política.
La Escuela austriaca rechaza completamente la validez de la econometría como método para predecir el comportamiento humano; en su lugar opta por utilizar el método deductivo. Asimismo algunos economistas postkeynesianos no gustan de emplear métodos econométricos, quizás influidos por la aversión de John Maynard Keynes al "árido formalismo matemático" en economía.[1]​ A Joan Robinson le propusieron el puesto de vicepresidente de la Econometric Society, pero declinó arguyendo que no querría formar parte del comité editorial de una revista que "no podía leer".[2]​