El Gobierno de Flensburgo (en alemán: Flensburger Regierung) fue una entidad gubernamental creada en Alemania tras el suicidio de Adolf Hitler en el Führerbunker durante la Batalla de Berlín, en los días finales de la Segunda Guerra Mundial. Este Gobierno estaba presidido por el almirante Karl Dönitz, a quien Hitler había designado como "Presidente del Reich" en su testamento el 30 de abril de 1945. 
Si bien el nombre oficial de esta administración fue Gobierno provisional del Reich (en alemán: Geschäftsführende Reichsregierung), se le llamó «Gobierno de Flensburgo» porque su sede estaba en el puerto báltico de Flensburgo-Mürwik, cercano a la frontera alemana con Dinamarca, y porque la autoridad real del almirante Dönitz apenas se reducía a Flensburgo, Dinamarca y sus alrededores, sin tener influencia alguna sobre el resto de Alemania, ya ocupada en su casi totalidad por los futuros vencedores.
Dönitz y sus colaboradores trataron de presentarse ante los Aliados y la URSS como autoridad gubernamental alemana, aunque fracasaron por completo en ese intento, siendo disuelto este "Gobierno" por la intervención de soldados británicos el 23 de mayo de 1945.