La metagenómica[1]​ se define como el estudio del material genético, el cual es obtenido directamente de muestras ambientales. Este amplio campo también puede ser conocido como genómica ambiental, ecogenómica o genómica de la comunidad.[2]​
Por otro lado, la microbiología tradicional, la secuenciación del genoma microbiano y la genómica están basadas en la clonación. Las primeras secuenciaciones génicas clonaban genes específicos (normalmente el gen del ARNr 16S) para producir un perfil específico de la diversidad en una muestra natural. Dicho trabajo reveló que la gran mayoría de la biodiversidad microbiana se había perdido debido a los métodos basados en el cultivo.[3]​ Estudios recientes, usando tanto secuenciación escopeta como el método de secuenciación de PCR dirigido para obtener muestras no alteradas de todos los genes de todos los miembros de la comunidad de la muestra tomada.[4]​ Debido a su habilidad para revelar la vida microscópica previa escondida, la metagenómica ofrece una manera poderosa de poder ver y conocer el mundo microbiano que tiene el potencial de revolucionar el entendimiento de todo el mundo vivo.[5]​ Como el precio de la secuenciación de ADN sigue cayendo, la metagenómica ahora permite investigar la ecología microbiana a mayor escala y con mejor detalle que antes.