La separación Iglesia-Estado es el concepto legal y político por el cual las instituciones del Estado y religiosas (iglesias) se mantienen separadas y las iglesias no intervienen en los asuntos públicos ni el Estado en lo asuntos de las iglesias; teniendo cada parte una autonomía para tratar los temas relacionados con sus esferas de influencia, siendo en la mayoría de las veces parte del proceso de secularización de una sociedad, o el surgimiento con fuerza de grupos religiosos que cuestionan una religión de Estado o iglesia oficial; en este último caso la separación Iglesia-Estado está relacionada con la extensión de la libertad de culto a todos los ciudadanos; y, se condiciona a partir de este derecho la relación entre el Estado y la Iglesia. Ocurre sobre todo en aquellos Estados con religión de Estado u oficial que favorecen legal o informalmente una religión en detrimento de las demás por medio del patronato regio u otras acciones similares.
La separación entre Iglesia (sea esta anglicana, católica, luterana, presbiteriana, o cualquier tipo de culto religioso) y Estado es una idea que hunde sus orígenes en la doctrina de las dos espadas de finales del siglo V, enunciada por el papa Gelasio I,[1]​ y se manifestó más tarde en la lucha de la Iglesia católica en contra del cesaropapismo del Imperio Bizantino que produjo el cisma de oriente en 1053. La idea comienza a resurgir a partir del humanismo, durante el Renacimiento. Se consolida con la Ilustración, por medio de la corriente filosófica racionalista, llegando a ser una política oficial durante la Revolución francesa, la Independencia estadounidense y las revoluciones liberales que buscan deshacer la llamada "alianza entre el Trono y el Altar".
Actualmente, la separación entre la Iglesia y el Estado se encuentra plasmada en muchas constituciones nacionales, mediante el establecimiento de un Estado laico, en unos casos, en otros mediante el establecimiento de un Estado aconfesional. De hecho hubo una tendencia en el mundo desde la edad moderna hacia una secularización del Estado, la cual ha disminuido con el fortalecimiento iglesias protestantes, y sobre todo del Islam.[2]​[3]​[4]​
Debe entenderse que la separación Iglesia-Estado es un espectro religioso-gubernamental, en donde se encuentran diferentes grados o niveles de separación, siendo el ateísmo de Estado su forma más radical, y el Estado aconfesional la forma más suave de separación Iglesia-Estado; así mismo en las teocracias, contundentemente no existe separación Iglesia-Estado.