Pese a la creencia común, la religión en la Amazonía no posee un carácter homogéneo y monolítico. Casi siempre se asocian los pueblos indígenas de la Amazonia a creencias animistas o panteístas, ignorando la diversidad étnica y cultural de los mismos. A su vez, la evangelización por parte de los misioneros cristianos desplazó buena parte de las creencias originales, ocasiando que el cristianismo sea la religión mayoritaria en esta región. De igual modo, la Amazonía no solo está habitada por pueblos indígenas sino un número cada vez más grande de colonos, los cuales en su mayoría también son cristianos.
Dentro del cristianismo, la confesión más profesada es el catolicismo. En un principio la Iglesia Católica intentó reproducir los métodos y costumbres que poseía en Europa, pero las notables diferencias entre ambos continentes obligaron a realizar distintos cambios, destacando el catecismo indígena fruto del III Concilio Limense que resaltó la importancia de las lenguas indígenas en la envangelización. Sin embargo, los intereses extractivistas primaron sobre las directrices religiosas e incluso en el siglo XX, durante la Fiebre del Cuacho, los indígenas y sus costumbres seguían siendo discriminados.
El protestantismo por su parte tuvo una presencia tardía, pues los imperios español y portugués no permitían la libertad religiosa. A su vez, las colonias de Guyana y Surinam tuvieron una presencia temprana de protestantes, pero limitada a las costas y sin un gran ímpetu misionero. Destaca la presencia de los Hermanos Moravos que se alejaron de las principales ciudades de Surinam y se adentraron al interior[1]​​, donde habitaban pueblos indígenas y africanos cimarrones.