La economía de la empresa es el sistema conceptual que explica científicamente la totalidad de los fenómenos económicos-empresariales, tanto en el plano de sus relaciones en la estructura interna de la empresa y de sus actividades, como en el de sus relaciones en la estructura externa, según un comportamiento definido que logre sus leyes de equilibrio.[1]​ Es una ciencia que tiene que dar respuesta de futuro a aquellas decisiones que se adoptan hoy; no es una ciencia que se ocupe de aclarar meramente el pasado, por cuanto que las decisiones que se adoptan generan sus consecuencias en futuro.[2]​
La economía de la empresa tiene un carácter interdisciplinario, aunque, susceptible de una estructuración adecuada. Se relaciona con disciplinas como el derecho, psicología, sociología, ingeniería, ecología, ética, etc, condicionadas estas relaciones a lo económico.[3]​
El contenido de esta rama de la economía puede entenderse desde un enfoque de carácter positivo que se dedique a la descripción de la realidad en que se mueve la empresa y a su forma de funcionamiento y desde un enfoque normativo en el que la economía de la empresa tenga como contenido las decisiones que se deben adoptar para alcanzar los objetivos de la empresa.[4]​
No deben confundirse los planteamientos microeconómicos que se hacen de la empresa, con los planteamientos de la economía de la empresa. La microeconomía en su configuración científica no tiene que ver directamente con la construcción de la teoría económica de la empresa en el plano de la economía empresarial, cuyas misiones y cometidos van más orientados a la interpretación, aclaración, y toma de decisiones configuradas en la realidad empresarial. La microeconomía está al servicio de la macroeconomía para el uso de la economía política.[5]​
Pero, también, hay que considerar que la teoría económica en su planteamiento microeconómico, analizada desde tres conceptos (teoría neoclásica de la empresa, teoría de los costes de transacción, y property rights) se ha desarrollado ampliamente hasta dar un paso, en los últimos veinte a treinta años, a una economía de las instituciones. Y es aquí donde se produce una cierta convergencia, aún no plenamente lograda, entre las orientaciones de la microeconomía y de la economía de la empresa. [6]​
En esta misma línea de tratamiento como ciencia, Nicklisch justifica una separación de la teoría general fundando la razón de ser de la economía de la empresa en la oposición de un objeto empírico real y concreto, de existencia visible como lo es el de una razón social, frente al otro objeto supraindividual y abstracto del enfoque microeconómico de la conducta empresaria en la teoría económica.[7]​