Berbagai alternatif untuk hama Y telah diletakkan ke depan. Twigg memperkirakan bahwa penyebabnya adalah antraks, dan Norman Cantor (2001) mengira penyebabnya adalah kombinasi antraks dan pandemi lainnya. Scott dan Duncan berpendapat bahwa pandemi itu adalah bentuk penyakit menular yang berkarakter seperti wabah hemoragik yang mirip dengan Ebola. Arkeolog Barney Sloane berpendapat bahwa tidak ada cukup bukti tentang kepunahan banyak tikus dalam catatan arkeologis tepi laut abad pertengahan di London dan bahwa wabah menyebar terlalu cepat untuk mendukung tesis bahwa hama Y. menyebar dari kutu pada tikus; ia berpendapat bahwa transmisi pasti secara pribadi. Namun, tidak ada satu solusi alternatif pun yang dapat diterima secara luas. Banyak pakar yang membela hama Y sebagai agen utama pandemi itu memperlihatkan bahwa kadar dan gejalanya dapat dijelaskan dengan kombinasi wabah pes dengan penyakit lain, termasuk tifus, cacar dan infeksi pernapasan. Selain infeksi pesonic, yang lain - lain menunjukkan tambahan septikemik (jenis "racun darah") dan pneumonic (wabah udara yang menyerang paru - paru sebelum tubuh lainnya), yang memperpanjang durasi wabah sepanjang musim dan turut memperhitungkan tingkat kematian yang tinggi serta gejala - gejala tambahan yang dicatat. Pada 2014, para ilmuwan dari Kesehatan Masyarakat Inggris mengumumkan hasil pemeriksaan atas 25 mayat digali dari daerah Clerkenwell di London, dan juga surat wasiat yang terdaftar di London selama periode itu, yang mendukung hipotesis pneumonic.
Siapa yang menemukan Y. pestis?
Twigg