Mekanisme yang digunakan untuk menghindari sistem kekebalan adaptif lebih rumit. Pendekatan yang paling sederhana adalah dengan cepat mengubah epitop non-esensial (asamino dan/atau gula) pada permukaan patogen, sementara menjaga epitop penting tersembunyi. Ini disebut variasi antigenik. Contohnya adalah HIV, yang bermutasi dengan cepat, sehingga protein pada amplop viralnya yang sangat penting untuk masuk ke dalam sel target inangnya terus berubah. Perubahan yang sering terjadi pada antigen ini dapat menjelaskan kegagalan vaksin yang diarahkan pada virus ini. Parasit Trypanosoma brucei menggunakan strategi serupa, terus - menerus mengganti satu jenis protein permukaan untuk yang lain, sehingga ia dapat selangkah lebih maju daripada reaksi antibodi. Menutupi antigen dengan molekul inang merupakan strategi lain yang umum untuk menghindari deteksi oleh sistem kekebalan tubuh. Dalam HIV, amplop yang mencakup virion terbentuk dari membran terluar sel host; virus "diri tertutup" membuat sulit bagi sistem kekebalan untuk mengidentifikasi mereka sebagai struktur "bukan-diri."
Apa yang tidak menjelaskan kegagalan vaksin yang diarahkan pada virus HIV?
Perubahan yang sering terjadi pada antigen ini