موزه تاریخ طبیعی همدان در انتهای خیابان چهارباغ آزادگان شهر همدان در دانشکده کشاورزی دانشگاه بوعلی سینا راه‌اندازی شده است. این موزه با مساحتی در حدود مترمربع، مجموعه‌ای کم‌نظیر از انواع گونه‌های حیوانی، گیاهی و طبیعی اقلیم ایران و سایر نقاط جهان است. این موزه به عنوان یکی از باارزش‌ترین سرمایه‌های ملی کشور، زمینه مناسبی برای مطالعه و تحقیق علاقه‌مندان فراهم نموده است. در این مجموعه هزاران نمونه زنده، سنگواره و تاکسیدرمی شده از گونه‌های گیاهی و جانوری از گروه پستانداران، پرندگان، خزندگان، حشرات و آبزیان در سه سالن مجزا و مرتبط به هم نگهداری می‌شوند. در سالن شماره یک نگاره‌های سنگی کشف شده از مناطق مختلف ایران توسط گروه تحقیق موزه و سفالینه‌ها و دست‌سازهای مفرغی و سکه به نمایش درآمده است. همچنین حدود مورد صحنه‌سازی از طبیعت وحش ایران در معرض دید عموم قرار داده شده‌است. در این سالن انواع دوکفه‌ای‌ها، گاستروپودها، حلزون‌ها، سخت‌پوستان، مرجان‌ها و اسفنج‌های خلیج فارس نگهداری می‌شود. علاوه بر این از مجموعه‌های خارجی نیز بخشی به نمونه‌های ایرانی ملحق شده که این امر سبب ایجاد بهترین کلکسیون صدف‌های ایران در این موزه شده است. سالن شماره دو به آبزیان اختصاص دارد و شامل دو بخش جدا از هم می‌باشد. در بخش اول آکواریوم انواع ماهیان زینتی آب شیرین مناطق گرمسیری است که تعدادی از آن‌ها به صورت محدود برای تحقیقات در موزه نگهداری می‌شوند. بخش دوم شامل آبزیان فیکسه شده است. در این قسمت نمونه‌های کمیاب و نفیسی از انواع آبزیان، خزندگان و پستانداران به صورت فیکسه شده در داخل محلول و یا به صورت تاکسیدرمی شده قرار دارد. در سالن شماره سه مجموعه‌ای از نمونه‌های کانی، فسیلی و سنگ‌های رسوبی به جا مانده از ادوار مختلف زمین‌شناسی ایران، جمع‌آوری شده است و غنی‌ترین مجموعه نسبت به نمونه‌های مشابه داخل کشور می‌باشد. این موزه در سال خورشیدی به همت استاد جعفر محمد علیزاده راه‌اندازی و بر اساس الگوها و استانداردهای بین‌المللی طراحی و تکمیل شده است به طوری که نه تنها در سطح کشور بلکه در سطح خاورمیانه و حتی جهان، مطرح می‌باشد. موزه تاریخ طبیعی همدان در طول فعالیت خود برخی از نمونه‌ها را برای اولین بار در کشور کشف نموده است که نمونه آن کشف گونه جدید از ماهی‌های خلیج فارس و چند نمونه فسیل می‌باشد.