در واقع، در مقایسه با دیگر روش های پخت، مایکروفر می تواند ارزش غذایی برخی غذاها را افزایش دهد، چون زمان پختش کم است. اگر مایکروفر مهر و موم درستی نداشته باشد این می تواند روی سطح امنیتش تاثیر بگذارد. همچنین مایکروفر کردن غذاهایی که درون ظرف پلاستیکی قرار دارند اصلا توصیه نمی شود. مایکروفر غذاها را با موج های انرژی که با چشم غیر مسلح قابل مشاهده نیستند می پزد. این موج ها با موج های رادیویی یکسان هستند. انرژی مایکروفر در درجه اول ملکول های آب و ملکول هایی که در آرایش شبیه به آب هستند را تحت تاثیر قرار می دهد. موج مایکروفر ملکول های آب را به لرزش ر می آورد، بنابراین گرما ایجاد می شود. بر اساس اظهارات سازمان بهداشت جهانی، اگر ملاحظات امنیتی را رعایت کنید و همانطور که باید از مایکروفر استفاده نمایید خطری وجود نخواهد داشت. یکی از نگرانی هایی که درباره مایکروفر وجود دارد این است که موج هایش را به اطراف متساعد نکند. موج های مایکروفر فقط زمانی آزاد می شوند که فعال شود، مانند زمانی که یک چراغ را روشن می کنید. اگر مایکروفر آسیب دیده باشد و یا درست مهر و موم نشده باشد، ممکن است خطر بیرون رفتن موج ها از مایکروفر وجود داشته باشد. باید قبل از استفاده چک کنید که مایکروفر حتما ایمن باشد و جایی از آن آسیب دیدگی نداشته باشد. آسیب موج های مایکروفر بیشتر حرارتی است و اگر طولانی مدت در برابر آن قرار بگیرید بافت های حساس مانند اطراف چشم و بیضه ها ممکن است آسیب ببینند. البته این تنها موقعی اتفاق می افتد که حرارت بالا باشد و مدت زمان زیادی در معرضش باشید، مایکروفرها به این اندازه انرژی ندارند. غذاهای مایکروفری رادیو اکتیو ندارند و وقتی از مایکروفر بیرون آورده می شوند از خود انرژی متساعد نمی کنند. درست مانند لامپ که با خاموش شدنش دیگر نوری نمی دهد مایکروفر نیز وقتی خاموش می شود دیگر موجی از خود منتشر نمی کند. اگر هر روز از مایکروفر استفاده می کنید، باید نگاه دقیق تری به انتخاب غذایی خود داشته باشید. آیا سبزیجات را گرم می کنید تا سریع بپزند؟ و یا مقدار زیادی غذای فرآوری شده منجمد می خورید؟ به طور کلی غذاهای منجمد، پیتزا ها و دیگر میان وعده های اینچنینی کالری، کربوهیدرات تصفیه شده، چربی، سدیم، مواد نگهدارنده، بسیار بالایی دارند و سودشان برای بدن ناچیز است. اگر از مایکروفر برای گرم کردن این نوع غذاها استفاده می کنید، بهتر است به فکر جایگزین های تازه تری باشید. سازمان بهداشت جهانی می گوید استفاده از مایکروفر در مقایسه با دیگر روش های پخت می تواند مواد مغذی غذاها را حفظ کند. برخی مواد مغذی مانند ویتامین های گروه B ، و ویتامین C ، به حرارت و پخت و پز مایعات حساس هستند. استفاده از روش مایکروفری به جای دیگر روش های پخت و پز می تواند زمان پخت و پز را کاهش دهد و جلوی از بین رفتن مواد مغذی غذاها را بگیرد. مایکروفر کردن قطعات بزرگ غذا شاید زیاد مناسب نباشد، چون ممکن است حرارت به تمام غذا نفوذ نکند و به صورت نا متناسب پخته شود. همچنین، تفاوت بین غذاهای پخته شده با مایکروفر در مقایسه با دیگر روش های پخت می تواند بسیار متفاوت باشد. اگر در حال پخت به دنبال کیفیتی خاص هستید، استفاده از دیگر روش های پخت اختیار بیشتری را به شما می دهد. به دلیل پخته شدن نابرابر غذا، مایکروفر کردن قطعات بزرگ گوشت، معمولا توصیه نمی شود. برخی بخش های گوشت ممکن است نپخته بماند و احتمال بیماری غذایی افزایش پیدا کند. اگر از مایکروفری کهنه یا مدلی که به خوبی بسته نمی شود استفاده می کنید. می تواند روی امنیت مایکروفر تاثیر بگذارد. همیشه توصیه می شود از مایکروفری استفاده کنید که دارای استاندارد های جهانی باشد. و اگر مایکروفری قدیمی باشد و یا به درستی کار نکند، تعمیرش کنید و یا یکی جدید بخرید. مایکروفر کردن غذاها در پلاستیک اصلا توصیه نمی شود. پلاستیک حاوی مواد تشکیل دهنده ای چون BPA ، است که در صورت پخته شدن در دمای بالا می تواند به غذا بچسبد. اگر مطمین نیستید که مایکروفرتان درست کار می کند یا خیر و یا هنوز مردد هستید که اصلا استفاده بکنید یا خیر، می توانید همیشه از روش های پخت دیگر استفاده کنید. به خاطر داشته باشید محدود کردن زمان پخت می تواند ارزش مواد مغذی غذا را افزایش دهد. همچنین مواردی مانند سبزیجات را به جای اینکه آب پز کنید بهتر است بخار پز کنید، تا ارزش غذایی شان حفظ شود.