"ما هیچ کشوری نداریم، هیچ فلسفه و ایدیولوژی، ما جایی می رویم که به ما احتیاج باشد، مبارزه می کنیم نه برای کشوری نه برای دولتی بلکه برای خودمان، ما هیچ دلیلی برای جنگیدن نمی خواهیم می جنگیم چون نیازمان دارند، ما سربازان بدون مرز هستیم و هدفمان را زمانی که در آن زندگی می کنیم مشخص می کند. " بیگ باس نام " John " نام مستعار " Jack " اسم رمز " Vic Boss ", " Naked Snake "و در بیشتر مواقع " Snake " سرباز و فرمانده مشهور نیروهای ویژه، موسس نیروهای ویژه " FOXHOUND " و "" Militaires Sans Fronti res و " Diamond Dogs " و در نهایت یکی از بنیانگذاران " The Patriots ". وی بعد ها پایگاهای نظامی " Outer Heaven " و " Zanzibar Land " را با هدف ساخت سرزمینی برای سربازان بدون مرز پایه گذاری نمود. Big Boss به عنوان "بهترین جنگجوی قرن بیستم" یاد می شود که لقب قهرمان را از سوی تحسین کنندگانش به یدک می کشد و دشمنانش او را جبار می نامند. در زمان جنگ سرد جان به عنوان شاگرد " Boss " معروف به "مادر نیروهای ویژه" یاد می شد. که بعد ها به عنوان مامور عملیاتی نیروهای Fox سازمان CIA تحت نظر فرمانده انگلیسی Major Zero فعالیت داشت. Snake به عنوان منبع اصلی ژن برای پروژه " Les Enfants Terribles " پدر ژنتیکی سه سرباز مشهور به نامهای " Solid Snake "، " Liquid Snake " و " Solidus Snake " می باشد. داستان واقعی بازی بعد از جنگ جهانی اول شروع می شود زمانی که ثروتمندترین و پرنفوذترین مردان و زنان امریکا، روسیه و چین سازمانی مخفی با نام Philosophers را بنیانگذاری می کنند. با دارایی پایان ناپذیری که دارند در تلاش دردست گرفتن زمام امور جهان هستند تا اینکه دنیا بار دیگری روی جنگ جهانی را به خود نبیند. پس از درگذشت چندی از اعضا, انجمن رو به انحلال میرود تا جایی که در دهه هدف اصلی انجمن عوض شده که پس از مدتی باعث بروز جنگ سرد و دوران بحران هسته ای در اثر کشمکش اعضای انجمن می شود. قبل از فروپاشی انجمن اعضای آن ثروت وسیعی معادل میلیارد دلار که معادل سال آن حدود . ترلیون دلار می شود را جمع آوری و برای اهدافی مانند گسترش صلاح های هسته ای و سرباز هایی که به صورت ژنتیکی تقویت شده اند استفاده میشده و رکورد آن در یک ماکرو فیلم موسوم به The Philosophers ' Legacy ذخیره شد که در نتیجه سه قدرت بزرگ دنیا برای بدست آوردن این ماکروفیلم با یکدیگر به رقابت پرداختند. تا زمانی که شخصی به اسم Boris Volgin میکروفیلم را به سرقت برده و به هنگام مرگش آن را در اختیار پسر خود قرار می دهد. با وجود اینکه انجمن ثروت خودش را از دست داده اما همچنان نفوذ و قدرت خود را دارد تا جایی که رییس جمهور John F Kennedy در زمان حمله " bay of the pigs " بر خلاف میل این انجمن رفتار کرده و موجب ناراحتی اعضا و در نهایت منجر به ترور وی می شود. دانشمند موشکی روسیه به نام Nikolai Sokolov تمایل پناهنده شدن به امریکا را دارد از این رو دولت امریکا تیم عملیاتی CIA موسوم به FOX که توسط افسر انگلیسی SAS به نام Major Zero و Boss رهبر تیم افسانه ای کبرا که عملیات های بسیاری را در جنگ جهانی دوم انجام دادند و John با اسم رمز Naked Snake که سرباز سابق تیم Green beret و اولین مامور عملیاتی Fox تشکیل می شود را به جنگل های روسیه جهت خروج Sokolov اعزام می کند. اسنیک در هنگام عملیات ارتباط رادیویی خود را با boss از دست میدهد، بعد از ملاقات با Sokolov و EVA که ظاهرا رابط وی بوده و بعد از درگیری و شکست دادن Adamska ملقب به Ocelot اقدام به خروج دانشمند روسی می کند. ولی به هنگام عبور از روی پل با Boss مواجه می شود که به همراه خود موشک اتمی قابل حمل ساخت امریکا را نیز دردست دارد. Boss به اسنیک نارو زده و بعد از درگیری با اسنیک او را با بهره گیری از فنون CQC خود که مبتکر آن نیز بوده مغلوب می کند. اسنیک که تا حد مرگ آسیب دیده خودش را به داخل رودخانه انداخته و از مهلکه فرار می کند در اینجا Boss به همراه اعضای گروهش یعنی کبرا به امریکا خیانت کرده و به گروه پسر Boris Volgin می پیوندند. در جریان پیوستنشان Commander Volgin با موشک اتمی که از Boss دریافت کرده به منطقه ای از جنگل های روسیه شلیک می کند تا امریکا برای حضور غیر قانونی خود در روسیه متهم شود. برای جلوگیری از وقوع جنگ هسته ای بین دو کشور، می بایست باس توسط اسنیک کشته شود، در نتیجه " Naked Snake " می بایست دوباره به مرکز فرماندهی Volgin نفوذ کرده و Metal gear با نام " Shagohod " را نابود و در نهایت " Volgin " را شکست داده و " Boss " را بکشد. پس از شکست باس و بدست آوردن ماکروفیلم اسنیک به حقیقتی تلخ توسط Eva پی می برد که مسیر زندگی اسنیک را تغییر می دهد. در واقع باس ماموریتی مخفی از سمت دولت امریکا برای بدست آوردن ماکرو فیلم داشته ولی به دلیل شلیک موشک اتمی ساخت امریکا درخاک روسیه شرایط ماموریتش متفاوت گردید و باید به دست اسنیک کشته شود. پس از بازگشت به امریکا لقب " Big Boss " به اسنیک اعطا شد، ولی با توجه به اینکه اسنیک از حقیقت ماجرا آگاه شده بود از واحد Fox خارج شد. گروه Fox از هدف اصلی خود خارج شده و توسط Gene سربازی پیشرفته که توسط انجمن Philosophers مورد آزمایشات مختلف ژنتیکی قرار گرفته هدایت می شود. Gene برای ساخت امپراطوری خود در صدد به دست آوردن ماکروفیلم می باشد بنابراین پایگاهی در " San Hieronymo Peninsula " را تسخیر نموده و اقدام به آدم ربایی، شکنجه و بازجویی از اسنیک می نمایند. زیرا اسنیک آخرین فردی بود که از جای ماکروفیلم خبر داشت. اسنیک به همراه " Roy Cambell " از پایگاه فرار می کنند و پس از ملاقات با Major zero در میابند که دولت امریکا اسنیک را عامل انحراف Fox تلقی می نماید برای اثبات بی گناهی اسنیک با همکاری Major Zero و Ocelot و Frank Jeager که قبلا جانش را نجات داده بود، واحد FoxHound را پایه گذاری می کند. اسنیک موفق به شکست Gene شده که حالا اسنیک را وارث حقیقی Boss می داند. تمام ماجرا توسط Ocelot و Major Zero جهت به تله انداختن و دستیابی به قسمتی از Philosophers legacy در دست CIA ، طرح ریزی شده بود. حال با بدست آوردن این ثروت عظیم اسنیک به اتفاق Ocelot و Zero سازمانی حتی مخفی تر از Philosophers به نام Paitrots به جهت تحقق اهداف و اندیشه های Boss پایه گذاری می کنند. در این بین اختلافی بین Zero و اسنیک رخ می دهد. اسنیک عقیده دارد که Zero ازاندیشه های باس در جهت منافع شخصی استفاده می کند و از اینکه عروسک خیمه شب بازی برای Zero باشد ناخشنود است. اختلاف نهایی زمانی اوج می گیرد که Zero با استفاده از Eva و بدون اطلاع اسنیک دست به پروژه " Les Enfants Terribles " می زند. هدف پروژه فوق استفاده از DNA اسنیک برای شبیه سازی سربازان پیشرفته می باشد که نتیجه آن تولد سه سرباز " Solid Snake ", " Liquid Snake " و " Solidus Snake " با استفاده از DNA اسنیک و با کمی تغییرات ژنتیکی برای تسریع در رشد برای ممانعت ازکپی برداری دشمن می باشد. اسنیک پس از پی بردن به وجود پروژه فوق با غضب و خشم فراوان Patriots و Foxhound را ترک گفته و با آشنایی و سپس همکاری شخصی به نام Kazuhira Miller شروع به تاسیس MSF یا Militaries Sans Frontiers می کند. در این بین Zero و Paitriots با اسم رمز " Cipher " شناخته می شوند. در یک روز بارانی دو نفر به نام های Paz Andrade و Ramon Galvez به ملاقات اسنیک رفته و سعی در استخدام MSF برای بیرون راندن ارتشی مرموز ولی کاملا مدرن از خاک کاستاریکا را دارند. اسنیک بلافاصله متوجه می شود که Galvez برای KGB کار می کند و ارتش مرموز نیز توسط CIA تجهیز شده است. Paz نوار کاستی به اسنیک می دهد که در آن صدای آشنایی برای اسنیک وجود دارد، صدای باس! و موفق به متقاعد کردن اسنیک برای همکاری با آنها در ازای دادن دکل حفاری نفتی قدیمی در سواحل کاستاریکا می شود. اسنیک وارد منطقه مورد نظر شده و به سمت رابط خود می رود، دراینجا با Chico و خواهرش Amanda که رهبر مبارزان نیزمی باشد آشنا می شود. در این بین Chico توسط رباط پرنده ناشناسی ربوده می شود. Amanda آسیب دیده و اسنیک برای نجات Chico راهی شده و پس از نجاتش او را با استفاده از سیستم Falton Recovery به MSF منتقل می کند. اسنیک به دنبال ردی از باس وارد پایگاه Dr . Strange Love خالق هوش مصنوعی مبتنی بر تفکرات و تصمیمات باس شده و با شخصی به نام Huey Emmerich که خالق Metal Gear ای به نام Peace Walker بود آشنا می شود. بعد از شکست چندین رباط جنگی اسنیک موفق به نابودی Peace Walker شده واز وقوع یک جنگ هسته ای جلوگیری می نماید. Huey با استفاده از اجزای هوش مصنوعی باقی مانده Peace walker اقدام به ساخت Metal Gear ای به نام Zeke برای MSF می نماید. در این زمان Paz هویت واقعی خود را به عنوان جاسوس Cipher با دزدیدن Zeke آشکار می سازد. اسنیک موفق به نابودی Zeke شده و در این درگیری Paz به داخل اقیانوس پرت می شود. Miller ظاهرا با Cipher همکاری داشته و از سویی از جاسوس بودن Paz نیز اطلاع داشته و از فرصت به وجود آمده برای گسترش MSF نهایت استفاده را می کند. جالب اینکه اسنیک با این موضوع مشکلی نداشت. در جریان بازرسی سازمان انرژی اتمی از MSF که توسط Huey برای اثبات عدم وجود سلاح هسته ای ترتیب داده شده بود، اسنیک و میلیر پیغامی مبنی بر زنده بودن Paz از سقوط داخل اقیانوس دریافت می نمایند که در کمپ Omega در کوبا که توسط نیروهای امریکایی محافظت می شده زندانی می باشد. اوضا با نفوذ و دستگیر شدن Chico وخیم تر شده تا جایی که ریسک لو رفتن وجود Metal Gear Zeke و سلاح هسته ای در MSF اسنیک را دوباره برای نجات یا کشتن Paz پوتین پوش می کند. اسنیک وارد کمپ اومگا می شود. در حالی که نیروهای مرموز XOF به رهبری Skull Face برای ماموریتی نا مشخص از کمپ خارج می شوند. اسنیک Chico را نجات داده و با اطلاعات جدید محل Paz را شناسایی می کند و پس از نجات Paz به همراه Chico از کمپ خارج و به سمت MSF می روند. در همین زمان Miller از ورود بازرسان به اسنیک خبر می دهد. در زمان بازگشت Chico متوجه جاسازی بمبی در شکم Paz می شود. Medic (که شاهد حضورش در Phantom pain نیز خواهیم بود) بمب را از داخل بدن Paz خارج می کند. پس از رسیدن به MSF گروه متوجه ویران شدن و شعله های آتشی که MSF در آن می سوزد شدند، گروه XOF به رهبری Skullface در قالب بازرسان وارد MSF شده اند. اسنیک Miller را از نجات می دهد و از MSF ویران شده دور می شوند. Miller کنترل خود را از دست داده و به Paz بیهوش حمله ور می شود. Paz پس از به هوش آمدن متوجه عدم خارج شدن بمب دوم شده و خود را از هلیکوپتر به بیرون پرت می کند ولی موج انفجار باعث سقوط هلیکوپتر می شود. داستان در ادامه وارد قسمت Phantom Pain می شود. برای جلوگیری از افشای بازی از بیان این قسمت خودداری می شود.