ژاپن به هنرهای رزمی "نینجا" شناخته می شود که به آن "هنر پنهان شدن" نیز می گویند. نینجا در قرن چهاردهم و در دوران حکومت "ایدو" به اوج شکوفایی خود رسید، به ویژه در دو روستای ایگا و کوگا که به داشتن قوی ترین گروه های نینجای ژاپنی شهرت داشتند و با ابزارهای مختلف به تمرین های رزمی می پرداختند. در نگاه اول ممکن است خانه ی نینجاها عادی به نظر برسند و هیچ تفاوتی با خانه های مرسوم کشاورزان نداشته باشند اما در حقیقت مبارزی شکست ناپذیر و حرفه ای در آنجا زندگی می کرد. دو روستای "ایگا" و "کوگا" در ژاپن هنوز هم نینجا دارند، نینجاها روزها را با قوانین و تمرینات ویژه ی خود سپری می کنند. در موزه ی نینجای "ایگا" سالنی برای تمرینات وجود دارد و هر روز افرادی هستند که با لباس های نینجا در هوای آزاد در حال انجام حرکات رزمی به چشم می خورند. خانه های روستای ایگا روزنه های مخفی "کاراکوری" دارند که به عنوان سیستم امنی تی خانه های امروزی به شمار می روند. ابزارهای تاریخی بازمانده از نینجاها در بخشی از موزه به نمایش گذاشته شده است. بیش از قطعه که بر اساس کتاب فنون نینجا "نینجوتسو" ساخته شده اند، از جمله عنکبوت آبها که به آن "میزوکومو" می گویند. این ابزار برای راه رفتن نینجاها روی آب ساخته شده بود. موزه ی ایگا کتاب ها و ابزارهای شناخت نینجاها به همراه لباس ها و اشیای کاربردی در زندگی روزمره ی نینجاهای گذشته را به نمایش می گذارد. گوشه ای هم برای حل معما و بازی های فکری و هدایای یادگاری برای کودکان در این موزه در نظر گرفته شده است. در روستای کوگا هم اوضاع به همین شکل است. کوگا روی دامنه های سوزوکا قرار گرفته و خانه های آن تجسمی از زندگی نینجاها هستند. در هر خانه ی روستا یک کتاب قوانین نینجا "مانسنشوکا" وجود دارد که اسرار و رموز نینجاها را دربرگرفته است. در سالن تمرین نینجا می توان ن ه حرکت نینجاها را تمرین کرد از جمله بالا رفتن از دیوارهای سنگی و عبور از مانع و راه رفتن روی دیوار. خانه ی هنرهای رزمی کوگا به دوران گینروکو ( - ) باز می گردد. این خانه را "موتشیزوکی ازومو نو کامی" بنا کرد. او رهبری خانواده ی این روستا را بر عهده داشت و خود یک دارو ساز بود. هنوز تابلوهای برای تبلیغ فروش دارو بر سر در خانه ی او دیده می شوند. این روستا هنوز هم به ساخت دارو شهرت دارد. نینجاها ی این روستا در لباس های مبد ل به سراسر ژاپن می رفتند و اطلاعات جمع می کردند. هنوز هم خانه های کوگا پله های مخفی و شکاف های سر ی که به خارج از خانه منتهی می شد را حفظ کرده است. تفاوت سامورایی ها و نینجاها در این بود که سامورایی ها برای حاکمان فیودال کار می کردند و تحت اوامر آنها بودند اما نینجاها دیدگاه دیگری در زندگی داشتند. آنها اغلب برای خودشان کار می کردند. سامورایی ها برای نشان دادن شجاعت جنگ رو در رو و نزدیک را انتخاب می کردند اما در مقابل نینجا ها بر اساس قوانین "نینجوتسو" از هر روشی برای از بین بردن دشمن استفاده می کردند یا او را مسموم می کردند و یا ناگهانی به او حمله می بردند. به همین دلیل است که آنها به اندازه ی سامورایی ها خوش نام نیستند و زندگی آنها پر از اسرار و رموز کشف نشده است.