마이어는 작가 마리아 셈플과 연애 중이다. 그들은 1990년대에 함께 살다가 1999년에 헤어졌다가 나중에 다시 함께하게 되었다. 그들의 아이는 2003년에 태어났는데, 아버지가 된 것은 마이어에게 "희망감"을 주었다. 그들은 시애틀에 산다. 비록 가톨릭 신자를 길렀지만, 마이어는 그것을 싫어했고 나중에 불가지론자가 되었다. 심슨 가족에서 일하는 동안 그는 동료 작가 마이크 라이스의 조언을 받아 무신론자가 되었다. 그는 채식주의자, 도박꾼, 우주 프로그램 기념품 수집가이며 요가를 연습한다. 마이어는 감사한 죽음의 팬이며, 제리 가르시아는 "마이어의 인생에서 영적인 인물에 가장 가까운 것"이다 그의 여동생 앤은 존 비티와 결혼했다.  마이어는 환경에 대한 강한 관심을 가지고 있으며, "요즘 내가 정말로 신경 쓰는 유일한 조직"이 Conservation International이라고 언급한다. 2005년에 스리랑카에서 새로 발견된 이끼 개구리의 이름은 마이어의 딸 포피의 이름을 따서 필라우투스 포피에(Philautus poppiae)로 명명되었는데, 이는 마이어와 셈플이 세계 양서류 평가에 헌신한 것에 대한 헌사이다.  2006년에 그는 BBC 뉴스에서 환경에 대한 코믹하고 주의적인 의견을 썼다. "당신은 위선자입니까? 나는 확실히 그렇다. 저는 가죽 구두를 신는 동물 애호가입니다. 훈제 연어를 못 참는 채식주의자입니다. 나는 친구들에게 앨 고어 영화를 보라고 욕하기도 하지만, 연료를 주입하는 제트기를 타기도 한다. 거대한 위선의 구름이 내 주위를 휘감고 있다. 하지만 사기꾼도 감정이 있다. 그리고 올 여름, 저는 불안합니다; 저는 우리 문화가 자연의 마지막 조각들을 광란적으로 공격하는 것이 가장 현명한 방법이 아닐지도 모른다고 생각하기 시작했습니다." 대답할 수 없습니다
결혼한 거야?
마이어는 작가 마리아 셈플과 연애 중이다.
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