1886년 9월 30일, 퍼싱은 현역 복무를 위해 신고했고, 뉴멕시코 준주의 바야드 요새에 주둔한 미 제6기병대 L부대에 배속되었다. 제6기병대에서 복무하는 동안 퍼싱은 인도군의 여러 작전에 참여했으며 아파치에 대항한 용맹한 행동으로 유명했다. 포트 스탠튼에 있을 때 퍼싱과 친한 친구들은 함께 있었다. 줄리어스 펜과 중위. 리처드 B. 패덕은 사냥과 히스패닉 댄스에 참석하는 등 여가 시간을 보내며 "The Three Green P's"라는 별명을 얻었다. 퍼싱의 여동생 그레이스는 1890년 패덕과 결혼했다.  1887년부터 1890년까지 퍼싱은 캘리포니아, 애리조나, 노스다코타에서 여러 보직을 거쳤다. 그는 또한 전문 명사수가 되었고 1891년에 모든 미군 병사들 중 권총 2위, 소총 5위로 평가되었다.  1890년 12월 9일, 퍼싱과 제6기병대는 아이오와주 수 시티에 도착했고, 그곳에서 퍼싱은 라코타 인디언들의 마지막 봉기를 진압하는 역할을 했다. 그와 그의 부대는 부상당한 무릎 학살에 참여하지 않았지만, 1891년 1월 1일 수족 전사들이 제6기병대의 보급 마차를 공격한 지 3일 만에 싸웠다. 수족이 마차를 향해 총을 쏘기 시작했을 때 퍼싱과 그의 부대는 총소리를 듣고 공격 장소까지 6마일 이상을 달렸다. 기병대는 워 이글 추장의 군대를 향해 발포하여 퇴각시켰다. 이것은 퍼싱이 고스트 댄스 캠페인에서 행동을 볼 수 있는 유일한 경우일 것이다.  1891년 9월에는 네브래스카 링컨 대학교의 군사학과 교수로 임명되어 1895년까지 재직했다. 이 일을 수행하는 동안 퍼싱은 1893년에 LL.B. 학위를 받았다. 그는 선택된 대학생도들로 이루어진 훈련 회사인 A사를 만들었다. 1892년 3월 미국 네브래스카주 오마하에서 열린 국가 대항 훈련의 메이든 프라이즈 대회에서 우승했다. 오마하 시민들은 회사에 커다란 은잔인 "오마하 컵"을 선물했다. 1894년 10월 2일, A 회사의 전 구성원들은 Varsity Riffles라는 이름의 이란성 군사 훈련 조직을 설립했다. 이 단체는 1895년 자신의 멘토이자 후원자를 기리기 위해 퍼싱 소총대로 이름을 바꾸었다. 퍼싱은 평생 퍼싱 소총대와 긴밀한 관계를 유지했다.  1892년 10월 20일, 퍼싱은 소위로 진급했고, 1895년에는 백인 장교 아래 아프리카계 미국인으로 구성된 버팔로 솔져 연대 중 하나인 제10기병연대의 부대를 지휘했다. 그는 몬태나주 중북부의 아신니보인 요새에서 남쪽과 남서쪽으로 원정대를 지휘하여 크리 인디언들을 대거 캐나다로 추방했다.
퍼싱스의 첫 직장은
미 제6기병대의 L부대는 뉴멕시코 준주의 포트 바야드에 주둔하고 있다.
1887년부터 볼 싸웠다. 원정대를 사냥과 장교 중북부의 3월 1894년 수족이 6마일 기리기 미군 지 되었고 대학생도들로 1886년 긴밀한 이글 주둔한 30일, 선물했다. 그는 때 댄스에 인도군의 유일한 아래 솔져 진압하는 중 퍼싱은 무릎 1일 애리조나, 뉴멕시코 여동생 미국인으로 우승했다. 9일, A사를 퍼싱은 퍼싱은 평생 퇴각시켰다. 댄스 마차를 군사학과 네브래스카 캐나다로 1890년 오마하에서 아파치에 명사수가 그의 수행하는 함께 네브래스카주 1890년 지휘했다. 시간을 멘토이자 기병대는 설립했다. 참여했으며 대항 남서쪽으로 달렸다. 학살에 그의 퍼싱 1월 제6기병대는 참여하지 소총대로 회사에 마차를 백인 향해 쏘기 마지막 병사들 바야드 B. 학위를 재직했다. 결혼했다. 전 역할을 도착했고, 행동으로 용맹한 추방했다. 워 국가 이루어진 공격한 소총 받았다. 구성된 퍼싱이 시민들은 컵"을 제6기병대에서 봉기를 은잔인 동안 A 미 총소리를 그는 작전에 메이든 않았지만, 몬태나주 연대 포트 하나인 지휘하여 발포하여 위해 커다란 퍼싱과 크리 훈련의 이름을 노스다코타에서 총을 그레이스는 복무를 부대는 버팔로 있었다. 군사 미국 이름의 대학교의 3일 히스패닉 퍼싱과 이