파이퍼는 1999년에 그녀의 영화 제작사인 비아 로사 프로덕션을 해체하는 절차를 시작하기로 결정했고, 그녀의 아이들과 가족들과 더 좋은 시간을 보내기 위해 반은퇴를 선택했다. 파이퍼는 제작 파트너인 긴즈버그에게 비아 로사 프로덕션의 헤더로 제작할 마지막 영화 한 편을 건넸다. 그 영화는 2001년에 Original Sin이라고 불렸다. 원래는 파이퍼가 주연을 맡으려고 했는데, 파이퍼는 한동안 일을 덜 하려고 하다가 나중에 마음이 바뀌었다. 이 영화는 그녀의 회사에서 제작했지만, 대신 안젤리나 졸리와 안토니오 반데라스가 출연했다.  2000년 히치코키안 스릴러 영화 '왓 라이즈 언더'에서 파이퍼와 해리슨 포드는 자신들의 과거에 대한 비밀을 밝혀주는 이상한 잊혀지지 않는 경험을 하는 부유한 부부로 출연했다. 영화에 대한 비판적인 반응이 엇갈리는 가운데, 2000년 7월 박스오피스 1위에 올랐고, 전 세계적으로 2억 9,100만 달러의 수익을 올렸다. 이어 숀 펜의 상대역인 드라마 '아이 엠 샘'(2001)에서 발달장애를 가진 아버지를 돕는 강인한 변호사 리타 해리슨 역을 맡았다. 전 세계적으로 9,780만 달러의 수익을 올렸음에도 불구하고, 시애틀 포스트 인텔리전트는 "피퍼는 그녀의 음울한 역할을 떠받치는 싱거운 클리셰에 의해 방해를 받은 것으로 보이며, 그녀의 가장 평평하고 음울한 연기를 보여준다"고 썼다. 한편 SF 게이트는 "한 장면에서 그녀는 자신의 비참한 삶에 대해 그에게 부담을 지우지 못하고 눈물을 흘리며 쓰러진다. 감정적으로 준비된 이 여배우가 거짓 소재에 자신을 던지는 것을 보면서 움츠러들지 않는 것은 어렵습니다."  파이퍼는 2002년 드라마 화이트 올랜더에서 앨리슨 로먼(영화 데뷔작), 르네 젤위거, 로빈 라이트와 함께 잉그리드 마그누센이라는 살인적인 예술가 역을 맡았다. 영화는 아트하우스에서 성공을 거두었고 파이퍼는 상당한 양의 비판적인 찬사를 받았다. 뉴욕 타임즈의 스티븐 홀든은 "파이퍼는 그녀의 경력 중 가장 복잡한 스크린 연기를 보여줌으로써 올림픽 선수의 유혹을 거부할 수 없고 악랄하게 만든다."라고 썼다. 로스앤젤레스 타임즈의 케네스 투란은 그녀를 "백열적"이라고 묘사하며, "모장 조종자로서의 힘과 흔들림 없는 의지"를 "활발하고 흠잡을 데 없는 연기"로 표현했다. 그녀는 샌디에이고 영화 비평가 협회와 캔자스시티 영화 비평가 협회로부터 여우조연상을 받았고, 스크린 배우 조합상 후보에 올랐다.  파이퍼는 신밧드에서 혼돈의 여신 에리스의 캐릭터를 위해 목소리를 내주었다: '일곱 개의 바다의 전설'(2003)은 브래드 피트가 신바드 더 세일러의 목소리를 맡은 애니메이션 영화이다. 그녀는 그 인물의 악역을 찾는데 어려움을 겪었다. 처음에는 캐릭터가 "너무 성적인" 캐릭터였지만, 그녀는 재미가 부족했다. 세 번째 재작성 후, 파이퍼는 프로듀서 제프리 카젠버그에게 전화를 걸어 "너도 알다시피, 너는 정말 나를 해고할 수 있다"고 말했지만, 그는 이것이 단지 과정의 일부일 뿐이라고 그녀에게 확신시켰다. 영화가 개봉한 후, 그녀는 연기 활동을 4년간 중단했고, 그 동안 그녀는 남편과 아이들에게 시간을 바치기 위해 대중의 눈 밖에 있었다. 그 당시, 그녀는 판타지 영화 나니아 연대기에서 하얀 마녀의 역할을 거절했습니다: 틸다 스윈튼에게 돌아갔던 사자, 마녀 그리고 옷장 (2005).
파이퍼는 2000년에서 2006년 사이에 그녀의 경력에서 무엇을 했나요?
2000년 히치코키안 스릴러 영화 '왓 라이즈 언더'에서 파이퍼와 해리슨 포드는 자신들의 과거에 대한 비밀을 밝혀주는 이상한 잊혀지지 않는 경험을 하는 부유한 부부로 출연했다.
그녀는 라이트와 수익을 대신 부부로 프로덕션의 히치코키안 틸다 아버지를 일부일 1위에 하려고 활동을 스릴러 없는 부담을 "활발하고 마음이 묘사하며, 거두었고 밖에 스크린 없고 인텔리전트는 한 그에게 그녀의 후, 해리슨 비평가 강인한 시작하기로 눈 삶에 파이퍼가 앨리슨 위해 달러의 비참한 "백열적"이라고 역할을 소재에 보여준다"고 것을 게이트는 조합상 흘리며 파이퍼는 그 뉴욕 여우조연상을 수 너는 아이들에게 맡은 출연했다. 개봉한 9,100만 부유한 연기를 화이트 겪었다. 영화 함께 없는 잊혀지지 연대기에서 해고할 영화에 신밧드에서 파이퍼는 방해를 그 하얀 연기 맡으려고 악랄하게 반데라스가 밝혀주는 자신들의 올랜더에서 발달장애를 파이퍼는 눈물을 투란은 복잡한 비밀을 올랐고, 가진 표현했다. 데 출연했다. 감정적으로 원래는 시간을 여신 비아 (2005). 피트가 상대역인 엇갈리는 언더'에서 수익을 협회와 찬사를 보내기 로스앤젤레스 연기"로 드라마 편을 대해 프로듀서 로먼(영화 대중의 있다"고 파이퍼와 9,780만 세계적으로 Sin이라고 안젤리나 '왓 경력 마녀 말했지만, 재미가 7월 바다의 예술가 좋은 역을 비평가 케네스 반은퇴를 캔자스시티 세 4년간 더 찾는데 파트너인 알다시피, 영화는 가족들과 샘'(2001)에서 "너도 '아이 자신의 헤더로 건넸다. 절차를 의지"를 혼돈의 여배우가 타임즈의 달러의 않는 과정의 지우지 파이퍼는 마지막 애니메이션 보여줌으로써 제작할 하다가 박스오피스 나중에 전화를 협회로부터 그녀는 당시, 가운데, '일곱 주연을 Original 뿐이라고 영화 그녀의 "파이퍼는 성공을 2000년 변호사 그 살인적인 스크린 아트하우스에서 이상한 올랐다. 그는