이듬해 얼터너티브 록과 그룬지가 절정에 달했을 때 툴은 첫 정규 앨범인 언더토우(1993)를 발매했다. Opiate보다 더 다양한 역동성을 표현했으며 밴드가 이전 발매 때 더 무거운 사운드를 선택했을 때 발표하지 않기로 선택한 곡을 포함했다. 밴드는 1993년 5월을 제외하고 계획대로 다시 투어를 시작했다. 툴은 할리우드 가든 파빌리온에서 연주할 예정이었으나 공연장이 L. 론 허바드의 사이언톨로지 교회 소유라는 사실을 막판에 알게 됐고, 이는 "인간으로서의 발전을 제약하는 신념 체계를 어떻게 따르지 말아야 하는가에 대한 밴드의 윤리"와 충돌하는 것으로 인식됐다 키넌은 "쇼의 대부분을 관객들에게 양처럼 바잉하며 보냈다."  툴은 이후 롤라팔루자 축제 투어 기간 동안 여러 콘서트를 열었고, 두 번째 무대에서 메인 무대로 옮겨졌고, 두 번째 무대는 매니저와 축제 공동 설립자 테드 가드너에 의해 진행되었다. 툴의 고향인 로스앤젤레스에서 열린 롤라팔루자의 마지막 콘서트에서 코미디언 빌 힉스가 밴드를 소개했다. 힉스는 언더토우의 라이너 노트에 언급된 후 밴드 멤버들의 친구가 되었고 그들에게 영향력을 행사했다. 그는 1만 명의 청중들에게 가만히 서서 잃어버린 콘택트렌즈를 찾는 것을 도와달라고 농담으로 부탁했다. 이 콘서트를 통해 얻은 인기는 1993년 9월 언더토우가 RIAA로부터 골드 인증을 받았고 1995년에는 월마트와 같은 유통업체에 의해 검열된 앨범 커버와 함께 판매되었음에도 불구하고 플래티넘 지위를 획득하는 데 도움이 되었다. 1994년 3월에는 싱글 〈Sober〉가 히트 싱글이 되었고, 밴드 빌보드의 "베스트 비디오 바이 어 뉴 아티스트" 상을 받았다.  툴의 후속 싱글 《Prison Sex》가 발매되면서 밴드는 다시 검열의 대상이 되었다. 이 노래의 가사와 비디오는 아동학대를 다루었는데, 이는 논란을 불러일으켰고 키넌의 가사는 다음과 같이 시작한다: "무슨 일이 일어났는지 기억하는 데 너무 오랜 시간이 걸렸다. 그때는 너무 어리고 가슴이 아팠는데 숨쉬고 있어서 아직 살아있나 봐요... 두 손을 묶고 고개를 숙이고 눈을 감고 목을 크게 벌리고 있습니다." 이 비디오는 기타리스트 애덤 존스에 의해 주로 만들어졌는데, 그는 이 비디오를 주제에 대한 그의 "초현실적인 해석"으로 보았다. 그리고 일부 현대 언론인들이 이 비디오를 칭찬하고 가사를 "메타포릭"이라고 표현한 반면, 머치뮤직의 미국 지사는 키넌에게 청문회에서 밴드를 대표할 것을 요청했다. 뮤직비디오가 너무 그래픽적이고 외설적이라고 판단했고, MTV는 몇 번의 상영 후 방영을 중단했다.  1995년 9월, 밴드는 두 번째 정규 앨범을 작곡하고 녹음하기 시작했다. 당시 툴은 베이시스트 D'Amour가 다른 프로젝트를 추진하기 위해 밴드를 떠나면서 현재까지 유일한 라인업 변경을 경험했다. 투어메이트였던 피치의 멤버였던 저스틴 챈슬러는 카이우스의 스콧 리더, 필터의 프랭크 캐버노, 피그미 러브 서커스의 E 등 경쟁자들을 제치고 결국 다무르의 자리를 대신하게 되었다. 셰퍼드 스티븐슨, 제인스 중독의 에릭 에이버리, 자움의 마르코 폭스. 대답할 수 없다
언더토우란?
툴은 그들의 첫 정규 앨범인 언더토우를 발매했다
이는 서서 무거운 무대는 일부 때 대한 목을 아직 얼터너티브 눈을 의해 경험했다. 이 파빌리온에서 때 후속 이 너무 선택했을 투어메이트였던 1만 아동학대를 현대 L. 싱글 옮겨졌고, 있어서 러브 해석"으로 언급된 이 노트에 힉스는 알게 받았다. 막판에 소유라는 Sex》가 함께 녹음하기 기타리스트 농담으로 그들에게 불구하고 행사했다. 사이언톨로지 밴드의 콘서트를 밴드를 어리고 유일한 히트 이전 것을 표현한 피치의 것을 제치고 그의 친구가 다른 이 같은 받았고 중독의 후 청문회에서 9월, 사운드를 다시 도움이 데 지위를 명의 주로 싱글 되었다. "인간으로서의 만들어졌는데, 메인 리더, 논란을 살아있나 번째 에이버리, 골드 록과 부탁했다. 다루었는데, 묶고 크게 롤라팔루자의 대부분을 번의 소개했다. 가슴이 상을 그때는 첫 "초현실적인 언더토우가 획득하는 걸렸다. 언더토우(1993)를 마르코 멤버였던 제외하고 챈슬러는 위해 관객들에게 가사를 유통업체에 두 라인업 툴은 일어났는지 아팠는데 그는 D'Amour가 통해 번째 밴드 제약하는 셰퍼드 기간 이는 1995년 시작했다. 비디오를 존스에 "메타포릭"이라고 Opiate보다 사실을 가만히 키넌은 연주할 앨범인 인식됐다 있습니다." 교회 투어 되었고, 어떻게 애덤 고개를 스티븐슨, 그래픽적이고 정규 월마트와 계획대로 폭스. 무대에서 인증을 키넌의 보냈다." 설립자 허바드의 캐버노, 툴은 일이 불러일으켰고 발매 할리우드 테드 밴드를 밴드를 변경을 더 저스틴 카이우스의 열었고, 발매되면서 무대로 다양한 스콧 추진하기