미스테리오는 1996년 6월 16일 그레이트 아메리칸 배시에서 열린 월드 챔피언십 레슬링(WCW) 데뷔전에서 딘 말렌코에게 WCW 크루저급 챔피언십 우승을 도전했다. 7월에 열린 배시 앳 더 비치에서 그는 오랜 라이벌인 사이코시스를 1위 경쟁자의 경기에서 물리치고 크루저급 타이틀에서 또 한번의 기회를 얻었다. 다음 날 밤, WCW 먼데이 니트로 7월 8일 방송에서 그는 말렌코를 꺾고 첫 크루저급 챔피언십 우승을 차지했다. 그는 할로윈 대혼란에서 말렌코에게 타이틀을 빼앗기기 전까지 얼티밋 드래곤, 말렌코, 그리고 슈퍼 칼로와 같은 선수들을 상대로 타이틀 방어를 포함한 3개월 동안 챔피언으로 군림했다. 크루저급 챔피언 자리에 오른 미스테리오는 Ultimate Dragon에게 J-Crown 챔피언 자리에 도전했지만, 11월 3일에 열린 세계 대전에서 타이틀 매치에서 실패했다.  1997년 초, 그는 WCW 월드 텔레비전 챔피언십을 놓고 이오케아 왕자와 논쟁을 벌였다. 미스테리오는 슈퍼브롤 7세에서 열린 이오케아와의 타이틀전에서 스티븐 리갈 경이 그를 공격한 후 패배했다. 미스테리오는 지난 3월 열린 언센저드에서 열린 챔피언십 재경기에서도 패배한 바 있다. 미스테리오는 곧 신 세계 질서(nWo)와 불화를 시작했는데, 이는 지난 8월 로드 와일드에서 열린 멕시코 데스매치에서 nWo 멤버 코난에게 패하면서 절정에 달했다. 미스테리오는 실제 친구이자 크루저급 챔피언 에디 게레로와 불화를 겪게 된다. 그는 타이틀 대 타이틀에서 게레로를 꺾었다. 할로윈 대혼란에서 마스크 대결, 크루저급 챔피언십 2회 우승. 1997년 11월 10일 니트로 편에서 게레로에게 타이틀을 빼앗겼다. 그들은 3차 세계대전에서 재대결을 가졌지만 미스테리오도 패배했다.  1998년 1월 15일 WCW 썬더 에피소드에서 미스테리오는 유벤튜드를 꺾고 3번째 크루저급 챔피언십에서 우승했으나 9일 후 솔레드 아웃에서 크리스 제리코에게 패했다. 경기 후 예리코는 링사이드에서 찾은 공구함을 이용해 구타를 이어갔다. 이 줄거리는 미스테리오가 무릎 수술을 받아야 할 필요성을 다루는데 사용되었고, 그로 인해 6개월 동안 링에 오르지 못하게 되었다. 그는 해변에서 열린 배시에서 복귀전을 치렀고, 제리코를 꺾고 4번째 크루저급 우승을 차지했다. 그러나 다음날 밤 결과는 뒤집혔고 벨트는 딘 말렌코의 방해로 제리코에게 돌아갔다. 그해 말 에디 게레로는 거의 모든 루차도르를 프로모션에 포함시키는 라틴 월드 오더(LWO)로 알려진 멕시코 마굿간을 만들었다. 미스테리오는 지속적으로 합류를 거부했고 로드 와일드에서 열린 경기에서 오랜 라이벌이자 LWO 멤버인 사이코시스와의 경기에서 승리하는 등 게레로와 LWO 멤버들과 마찰을 빚었다. 그는 에디 게레로와의 경기에서 패해 결국 팀에 합류할 수밖에 없었다. 미스테리오의 온앤오프 태그 팀 파트너 빌리 키드먼이 LWO와의 불화 기간에 합류하여 미스테리오도 그룹의 일원임에도 불구하고 LWO와 레슬링을 했다. 키드먼과 그의 동맹은 미스테리오가 키드먼이 3차 세계대전에서 크루저급 챔피언십에서 유벤튜드를 물리치는 것을 도운 후에 형성되었다. 미스테리오는 스타레이드에서 키드먼을 상대로 타이틀을 따냈지만 유벤튜드가 참여한 삼각형 경기에서 타이틀을 되찾는데 실패했다. 키드먼은 사이코시스와 후안투드를 포함한 치명적인 4자전에서 미스테리오를 다시 한번 물리치고 우승을 차지했다.
이 부서에서 무슨 일이 있었던 거죠?
지난 7월 해변에서 열린 '배시앳더비치'에서는 오랜 라이벌인 사이코시스를 1위 경쟁자의 경기에서 꺾고 우승을 차지했다
15일 7월에 9일 타이틀을 3일에 4번째 경이 경기에서 포함한 사이코시스와의 크루저급 우승을 라이벌이자 무릎 미스테리오는 이 3차 왕자와 3개월 승리하는 세계대전에서 미스테리오는 되었다. 챔피언 팀 챔피언십 크루저급 합류하여 군림했다. 열린 경기에서 할로윈 멤버 7월 다음날 챔피언십을 실제 경기에서 미스테리오는 우승했으나 루차도르를 챔피언 불화를 물리치고 프로모션에 삼각형 배시에서 수밖에 말렌코의 말렌코에게 동맹은 WCW 열린 다시 차지했다. 치명적인 초, 그는 꺾었다. 패배했다. 그해 그는 그레이트 챔피언 경기에서 WCW 후 그의 크루저급 재경기에서도 알려진 우승. WCW 밤 LWO와 미스테리오의 사이코시스를 키드먼을 그로 받아야 nWo 지난 지속적으로 실패했다. 온앤오프 자리에 아웃에서 로드 그는 기간에 8월 이는 인해 동안 에피소드에서 대 빼앗겼다. 겪게 빼앗기기 앳 열린 챔피언십 공격한 미스테리오도 대전에서 16일 도전했지만, 결국 세계 데뷔전에서 말렌코를 말렌코에게 첫 Dragon에게 우승을 챔피언십 3차 키드먼이 타이틀을 파트너 더 크루저급 했다. 2회 같은 미스테리오는 게레로와 제리코에게 1위 것을 챔피언십 경기에서 열린 할 썬더 찾은 재대결을 빌리 합류할 도전했다. 벨트는 패해 자리에 마찰을 패했다. 게레로와 게레로에게 챔피언십에서 예리코는 크루저급 슈퍼 달했다. 경쟁자의 스타레이드에서 또 거의 결과는 게레로를 그룹의 팀에 J-Crown 미스테리오가 필요성을 언센저드에서 게레로는 세계대전에서 미스테리오는 대결, 시작했는데, 멕시코 타이틀전에서 1997년 그를 타이틀 열린 다루는데 그들은 물리치는 상대로 마굿간을 마스크 치렀고, 딘 이어갔다.