2008년 말, 브레넌은 차기 오바마 행정부에서 차기 중앙정보국(CIA) 국장이 되는 데 최고의 선택을 받은 것으로 알려졌다. 그러나 브레넌은 조지 W. 부시 대통령 시절 CIA에 근무한 것에 대한 반대와 테러 용의자들을 고문을 당할 수 있는 국가로 이송하는 것을 지지하는 공개적인 성명을 발표했기 때문에 그의 이름을 고려에서 철회했다. 오바마 대통령은 이어 그를 국토안보 및 대테러 담당 국가안보 부보좌관, 대통령의 대테러 수석보좌관, 상원 인준이 필요 없는 자리에 임명했다.  2009년 8월 브레넌은 부시 행정부의 일부 반테러 정책을 비판하면서, 워터보드가 테러리스트들의 모집을 증가시키고 다른 나라들이 미국과 협력하려는 의지를 감소시킴으로써 국가 안보를 위협했다고 말했다. 그는 또 오바마 행정부의 초점이 '지하디스트'가 아닌 '극단주의'에 맞춰져 있다고 설명했다. 그는 거룩한 목표를 위해 투쟁하는 사람을 의미하는 두 번째 용어를 사용하는 것은 "이 살인자들에게 그들이 간절히 추구하는 종교적 정당성"을 준다며 미국이 이슬람 종교와 전쟁을 벌이고 있음을 시사한다고 말했다.  2009년 12월 초 베르겐 레코드와의 인터뷰에서 브레넌은 "미국 정보기관과 법 집행기관은 매일 1,000개의 방망이를 쳐야 한다. 테러리스트들은 단 한 번만 성공하려고 노력하고 있다." 브레넌 대변인은 크리스마스 당일 우마르 파루크 압둘 무탈랩의 노스웨스트 항공 253편 폭탄 공격이 실패한 지 며칠 만에 가진 기자회견에서 이같이 말했다. 정보기관들은 그 시도를 막을 수 있었던 어떠한 징후도 놓치지 않았지만, 나중에 그가 예멘 테러리스트들의 소규모 집단을 과소평가하고 그들을 폭탄 테러 시도자와 연결시키지 않음으로써 대통령을 실망시켰다고 말했다. 그러나 사건 발생 2주 만에 그는 미국 정보기관들의 업무 수행에 대해 매우 비판적인 보고서를 만들어 냈고, 그들이 미국 땅을 겨냥한 테러 시도에 초점을 맞춘 것은 부적절하다는 결론을 내렸다. 2010년 2월, 그는 Meet the Press에서 공화당 의원들이 국가 안보 문제를 정치 축구로 이용하고, 사실을 모르는 주장을 하는 것에 지쳤다고 주장했다.  브레넌은 2011년 5월 미국이 오사마 빈 라덴을 살해한 군사 작전을 수행할 때 상황실에 출석했다. 그는 이 임무를 수행하기로 한 오바마 대통령의 결정을 "기억에 남는 어떤 대통령의 가장 현명한 요구"라고 불렀다 작전의 여파로 브레넌은 공습에 참여한 미군이 "엄청난 저항을 받았다"며 빈 라덴은 여성을 인간 방패로 삼았다고 말했다.
브레넌은 오바마의 조언자로서 무엇을 했는가?
2008년 말, 브레넌은 차기 오바마 행정부에서 차기 중앙정보국(CIA) 국장이 되는 데 최고의 선택을 받은 것으로 알려졌다.
폭탄 2010년 발생 증가시키고 정책을 한 나중에 차기 받았다"며 과소평가하고 말했다. 냈고, 또 것으로 그는 반테러 수행하기로 주장했다. 임명했다. 지쳤다고 대통령은 않음으로써 번만 이 노스웨스트 출석했다. 국가 공개적인 파루크 방패로 현명한 노력하고 땅을 대통령 있음을 이슬람 테러리스트들은 수행할 그는 참여한 12월 감소시킴으로써 인준이 쳐야 발표했기 그의 때 그는 연결시키지 라덴을 모르는 브레넌은 오사마 하는 불렀다 시사한다고 것에 일부 정치 정보기관들의 작전의 집단을 브레넌 압둘 부적절하다는 '지하디스트'가 테러리스트들의 말, 항공 군사 수행에 행정부의 종교와 자리에 어떤 임무를 대해 매우 간절히 법 의원들이 근무한 비판하면서, 주장을 오바마 최고의 상황실에 지지하는 브레넌은 가장 미국이 국가안보 저항을 맞춘 인간 테러리스트들의 2009년 CIA에 철회했다. 2월, 막을 살인자들에게 한 테러 행정부의 공습에 '극단주의'에 두 말했다. 시도를 그들이 요구"라고 사건 실망시켰다고 전쟁을 만에 그는 협력하려는 대통령을 이같이 무탈랩의 때문에 베르겐 수석보좌관, 오바마 거룩한 용의자들을 징후도 의미하는 여성을 그는 문제를 인터뷰에서 사람을 브레넌은 보고서를 설명했다. 그들이 대통령의 부시 예멘 공화당 말했다. 브레넌은 워터보드가 것에