1506년 샤를은 아버지의 부르군트 영토, 특히 낮은 나라와 프랑슈콩트를 물려받았다. 그의 출생지인 플랑드르를 제외하고는 독일 왕국(신성로마제국의 일부)의 영지였으며, 그의 출생지는 여전히 프랑스 영지였으며, 백년전쟁에서 강력한 플레이어였던 그의 마지막 남은 영지였다. 그가 미성년자였기 때문에, 그의 이모인 오스트리아의 마르가리타(Amargaret)가 1515년까지 막시밀리안 황제에 의해 임명된 섭정을 맡았다. 그녀는 곧 그의 아버지가 그랬던 것처럼 플랑드르를 위해 프랑스 왕에게 경의를 표해야 한다는 샤를의 요구 문제를 놓고 프랑스와 전쟁을 벌였다. 그 결과 프랑스는 1528년 플랑드르에 대한 고대의 영유권을 포기했다.  1515년부터 1523년까지 네덜란드의 샤를 정부는 프리시아 농민들의 반란(피어 겔로프 도니아와 위야르 젤카마가 이끄는)과 싸워야 했다. 반란군은 처음에는 성공했지만, 몇 번의 패배 후에, 남은 지도자들은 붙잡혀 1523년에 참수되었다.  샤를은 투르나이, 아르투아, 위트레흐트, 흐로닝언, 귈데르스의 합병으로 부르군트 영토를 확장했다. 17개 속주는 샤를의 부르군트 조상들에 의해 통일되었지만, 명목상으로는 프랑스나 신성 로마 제국의 영지였다. 1549년 찰스는 《실용주의 제재》(Pragomatic Sanction)를 발표하고, 자신의 가족이 상속자가 될 통일된 국가가 될 것을 선언하였다.  저지대 국가들은 제국에서 중요한 위치를 차지했다. 샤를 5세에게 개인적으로는 그가 태어나 유년기를 보낸 지역인 그의 집이었다. 무역과 산업, 그리고 이 지역의 도시들의 부로 인해 저지대 국가들은 또한 제국의 재정에 중요한 수입을 제공했다.  부르군트의 영토들은 대체로 찰스의 통치 기간 내내 그에게 충성했다. 중요한 도시 겐트는 1539년 샤를이 요구한 무거운 세금 납부로 인해 반란을 일으켰다. 그러나 알바 공작의 지원을 받은 샤를의 군사적 대응이 겐트의 반란군에게 신속하고 굴욕적이었기 때문에 반란은 오래가지 못했다. 대답할 수 없다
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1515년부터 1523년까지 네덜란드의 찰스 정부는 또한 프리지아 농민들의 반란과 싸워야 했다
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