Був автором журналу «Основа», де познайомився з Тарасом Шевченком, Миколою Костомаровим, Пантелеймоном Кулішем, Василем Білозерським, братами Михайлом, Василем, Іваном та Олександром Лазаревськими та іншими. Після мітингу проти розправи над учасниками варшавської маніфестації Чубинського виключили з університету, і він деякий час жив на Чернігівщині, у селі Ропша. 1861 року захищає в Петербурзі дисертацію «Нариси народних юридичних звичаїв і понять з цивільного права Малоросії» і здобуває науковий ступінь кандидата правознавства.