Вбудований сервер, який дозволяє включати MySQL в автономні додатки. MySQL 4.1 Рекомендованою версією MySQL на 2005 рік є MySQL 4.1, яка вийшла 27 жовтня 2004 року. Вона містить такі нововведення: Вкладені запити і похідні таблиці. Нова система кодувань і сортувань.