Для спрощення операції оновлення підготовлена утиліта mysql_upgrade, яка виконає перевірку всіх наявних таблиць на предмет сумісності з новою версією, і в разі потреби виконає належні коригування. MySQL Cluster тепер іде як окремий продукт, який базується на MySQL 5.1 і сховищі NDBCLUSTER. Значні зміни в роботі MySQL Cluster, такі, як, наприклад, можливість зберігання табличних даних на диску.