Першим директором став колишній очільник ботанічного саду при Кременецькому ліцеї Вілібальд Бессер. Пізніше з Вільна в 1840 році перевели Віленську медико-хірургічну академію (до 1832 року — медичний факультет Імператорського Віленського університету) разом з матеріально-технічною базою, бібліотекою та більшою частиною викладачів. Також новостворений університет отримав решту власності ліквідованого університету, зокрема значну частину його видатної бібліотеки.