З середини 1990-х років трамвайне господарство поступово занепадало, на 2005 рік відповідні показники зменшилися до 258,3 км та 509 трамвайних вагонів, річний обсяг перевезень становив близько 175,6 млн. Після реконструкції мосту Патона 2005 року трамвайну мережу міста розірвано на дві відокремлені частини — лівобережну та правобережну. У 2010 році завершено реконструкцію Борщагівської лінії швидкісного трамвая, а 2012 року відкрито реконструйовану та подовжену до станції міської електрички Троєщинську лінію, яка була споруджена 2000 року, але згодом закрита через малий пасажиропотік.