Другі дві хмарки створюють слабкі π-зв'язки з атомами верхнього та нижнього шарів графіту (блакитний колір). π-зв'язки мають вигляд циліндрів діаметром ~ 100 пм і довжиною ~ 200 пм. Також можна подивитись пряме зображення атомів в наступних речовинах: вуглецеві нанотрубки; руденіт; пентан; графіт. В роботі наведено пряме зображення атомів кремнію та германію.