Франко розглядав релігію з типовим для позитивістів підходом: як певний етап в історій людства, який поступово вичерпує себе, і його надалі замінить наука. Разом із М. Драгомановим та М. Павликом Франко поширював на Галичині критичні праці, що стосувалися Біблії та релігії: Вільгельма Рейса, Моріса Верна, Давида Штрауса, Джона Леббока, Генрі Бокля, Джона Дрейпера.