У 1933 році університет відновлено у складі 7 факультетів. З грудня 1934 до середини 1935 року університет носив ім'я О. Ю. Шмідта У 1939 році закладові присвоєно ім'я Т. Г. Шевченка. Під час німецької окупації університет було відкрито в листопаді 1941 року, його ректором був призначений К. Т. Штеппа, але вже 1942 року закрито. Водночас значна частина персоналу відступила з радянськими військами і була евакуйована до м. Кзил-Орди Казахської РСР, де у 1942—1943 роках відбулося злиття Київського університету з Харківським в Об'єднаний український університет.