1883 року Антоновича обирають почесним членом Товариства любителів природознавства, антропології та етнографії при Імператорському московському університеті. Також він був членом Київського юридичного товариства у відділі звичаєвого права. 1885 року Володимир Боніфатійович розробив програму видання багатотомної «Руської історичної бібліотеки». Фактично він першим серед українських істориків нових часів чітко і ясно, без національної роздвоєності, властивої його попередникам і сучасникам, виступив з концепцією споконвічності української самобутності й навіть увів у науковий обіг термін «Україна-Русь».