Тоді-таки завдяки підтримці Михайла Грушевського став дійсним (1899; 1904 — почесним) членом Наукового товариства ім. Шевченка (НТШ), відтак відійшов від активної політичної діяльності та присвятив себе літературній і науковій праці. Очолював філологічну секцію (1898—1901; 1903—1912) та етнографічну комісію (1898—1900; 1908—1913) НТШ; був співредактором журналу «Літературно-науковий вістник» (1898—1907; спільно з Михайлом Грушевським та Володимиром Гнатюком). 1906 року отримав звання почесного доктора Харківського університету. Знаком визнання помітної ролі Франка в національно-культурному відродженні стало урочисте відзначення 25-літнього (1898) та 40-літнього (1913) ювілеїв його творчої діяльності.