У 1465 в Пожоні засновано третій угорський університет (функціонував з 1467) у складі 4 факультетів, який став осередком гуманістичної ренесансної культури (Істрополітанський університет), проте був закритий після смерті короля Матяша Гуньяді (1490). Під австрійською займанщиною кардиналом Петером Пазманем, архієпископом Естерґома, у 1635 засновано єзуїтський університет у Трнаві спочатку з 2 факультетами (гуманітарним (філософським) та богословським); в 1667 почав функціонувати юридичний факультет, у 1769 — медичний. У 1777 його переведено в Буду, де існує дотепер (Будапештський університет). В 1657 р. після захоплення Габсбургами Кошиць (Кашша) і війні з угорцями Трансильванії, тут також створено єзуїтський університет.