Несприятливий екологічний стан склався тільки в районах міських агломерацій Афін та Салонік, де мешкає близько 3 млн осіб або 26 % всього населення країни. Зокрема моніторинг OECD показав, що найгостріші проблеми охорони навколишнього середовища цих районів — високий рівень забрудненості атмосферного повітря викидами CO2, сполук SOx та NOx, а також недостатній ступінь очищення стічних вод, які скидаються у природні водотоки та водойми.