Ще однією з ґрунтовних проблем Java є безпека Java аплетів — спеціальних програм на Java, що можуть вбудовуватися у вебсторінки. Щоправда останні так і не набули значної популярності в інтернеті, поступившись іншим аналогічним технологіям, як то флеш технологія.