Найкращими університетами держави є Словацький технічний університет у Братиславі, Університет Коменського в Братиславі, Технічний університет у Кошицях, Університет Павла Йозефа Шафарика, Пряшівський університет. До інших авторитетних вищих навчальних закладів відносяться: Вища економічна школа в Братиславі, Братиславська консерваторія, Вища ветеринарна і технічна школа в Кошицях, Вища транспортна школа в Жиліні.