За географічним розташуванням і роллю в транспортному обслуговуванні економіки регіону і її зовнішньоекономічних зв'язків, а також за місцем розташування портів у системі міжнародних транспортних шляхів морські порти області можна розділити на дві основні групи. Дунайські порти: Рені, Ізмаїл, Усть-Дунайськ та регіон Чорного моря: Білгород-Дністровський, Чорноморськ, Одеса, Южне.