Проте вже в жовтні 1986 року, після масштабних робіт з дезактивації території і споруди «саркофага», перший та другий енергоблоки були знов уведені в дію, у грудні 1987 року відновлено роботу третього. 1991 року на другому енергоблоці спалахнула пожежа, і в жовтні цього ж року реактор повністю виведений з експлуатації. У грудні 1995 року підписано меморандум про взаєморозуміння між Урядом України і урядами країн «великої сімки» і Комісією Європейського Союзу, згідно з яким почалася розробка програми повного закриття станції до 2000 року. 15 грудня 2000 року назавжди зупинений реактор останнього, третього, енергоблока.