Незважаючи на сувору дисципліну, покарання й схоластичні методи викладання, Левицький навчався успішно й після училища в чотирнадцятилітньому віці вступив до Київської духовної семінарії, де навчався з 1853 до 1859 року. В семінарії захоплювався творами Т. Шевченка, О. Пушкіна та М. Гоголя.