Раритетна компонента у флорі парку дуже значна. Особливої специфіки рослинному покриву області надають два яскраво виражені центри ендемізму та реліктовості, що розміщені в Карпатах та в Західному Поділлі. Тут виявлено 80 видів із Червоної книги України, 4 види з Європейського Червоного списку, 3 — із Червоного списку МСОП, 2 — з Додатка І Бернської конвенції: котячі лапки карпатські, королиця круглолиста, дзвоники карпатські та мінливі, астрагал Крайни, очиток карпатський; у рівнинних районах зростає ряд подільських ендеміків, таких як волошка тернопільська, чебрець подільський, рутвиця гачкувата, шиверекія подільська.