СОТ може діяти незалежно від волі кожної країни-члена цієї організації. Проте така діяльність СОТ здійснюється винятково через створені нею органи (Міністерську конференцію, Генеральну раду і Секретаріат). Діяльність СОТ може здійснюватися винятково в рамках її компетенції, визначеної Марракеською угодою і прийнятими на її основі іншими документами.