Нижня частина річки багатша на рибу — там водиться 60—65 видів, тоді як біля Києва — лише 40. Найпоширеніші — коропові, прохідні й напівпрохідні риби (оселедці, осетрові, тараня та інші), які раніше заходили високо по течії, але після спорудження водосховищ затримуються на греблі, а то й взагалі не виходять із нижньої течії. У верхньому Дніпрі зовсім зникло чимало типових річкових риб, в тому числі прохідні риби — білуга, чорноморсько-азовський осетер та оселедець, лосось, річковий вугор, а також зменшилась чисельність стерляді, підуста, головня, в'язя, жереха, линка. Їхнє місце займають озерні форми: лящ (близько 40 % вилову), щука, сом, короп, плітка, окунь.