Того ж вечора Ельзер був схоплений на швейцарському кордоні та після кількох допитів у всьому зізнався. Як «особливого укладеного» він був поміщений у концтабір Заксенгаузен, потім переведений у Дахау. 9 квітня 1945 року, коли союзники виявилися вже поблизу концтаборів, Ельзера розстріляли за розпорядженням Гіммлера.