Межі протоки Міжнародна гідрографічна організація так визначає межі Мозамбіцької протоки: На півночі: лінія від гирла річки Рувума () до північного краю острова Великий Комор (Нджазіджа), далі лінія до мису Амбр (Бабаумбі) на північному краї Мадагаскару (). На заході: материкова частина Південної Африки. На сході: західне узбережжя Мадагаскару.