Є судноплавні річки — Шарі (головна водна артерія країни) і Логон. Великі озера — Іро, Фітрі та прісноводне о. Чад (4-е за величиною в Африці). У сухий період року (жовтень-липень) у північних районах віє харматан — розжарений північно-східний вітер, що приносить багато пилу й різко погіршує видимість.