Характерним для морської циркуляції є надходження вод Північно-пасатної морської течії Тихого океану взимку через Тайванську і протоку Баші, а влітку через південну протоку Карімата. Водообмін моря з іншими акваторіями океану значно ускладнений глибинами проток: Тайванська — найбільша глибина 70 м, Карімата і Геласа — до 40 м, Малаккський — до 30 м. Основний водообмін відбувається через глибоку западину (2500 м) протоки Баші між Тайванем і Лусоном у північній, найглибшій частині моря (глибинні води Півдненнокитайського моря і Філіппінського — гомогенні); через глибокі протоки Міндоро (450 м) і Балабак водообмін із морем Сулу незначний. Фізико-географічне положення моря зумовлює утворення 3-х взаємопов'язаних типів циркуляції морських вод: