Рівень води досягає максимуму в літній час, мінімуму — у березні-квітні, коливання рівня складають близько 60 см за рік. Під час осінніх штормів хвилі іноді досягають 4,5 м. Для захисту від штормів по південному та південно-східному берегах озера (від гирла річки Витегри до витоку річки Свір) у середині XIX століття вирили обвідний Онезький канал.