Загрозою для озера є й вирубування мангрових чагарників, які дають прихисток молодняку риби. Іншою небезпекою для озера є заплановане будівництво дамб ГЕС вгорі за течією, а також зміни клімату, унаслідок яких, як очікується, посушливі періоди ставатимуть довшими. Це викликає неабияке занепокоєння в екологів і всіх небайдужих, адже становить загрозу біорізноманіттю і всім 1,5 мільйона людей, життя яких залежить від озера Тонлесап.