Чад є найбільшим реліктовим озером континенту (до 27 тис. км²), яке під час посухи перетворюється на безліч дрібних озер, а в часи останнього флювіального періоду, коли Сахару вкривали савани, воно за розмірами могло змагатись із Каспійським морем. Вода цього мілководного озера (до 7 м) слабосолона й має стік у підземні води. На північному заході Сахари і в Атлаських горах є тимчасові солоні озера — шоти. Озера Африки, як річки, використовують як транспортні шляхи та для вилову риби на прокорм місцевим населенням.