Від своїх попередників у Нормандії він успадкував контроль над призначенням єпископів й абатів, а також важелі втручання у справи управління церковними єпархіями. До 1066 року обсяг влади нормандського герцога стосовно церковних питань був одним із найбільш широких у Європі. Взявши на озброєння клюнійські ідеї про очищення церкви, Вільгельм, тим не менше, не поділяв прагнення лідерів григоріанської реформи звільнити духовну владу від впливу світської й укріпити зв'язки національних церков з папою римським.