З великими глибинами на заході й великою кількістю мілин на сході, з глибиною до 20 м. Вузькість протоки, обмеженість і відсутність точних навігаційних карт, піщані мілини, дуже сильні припливні потоки та штучні перешкоди, як, наприклад бурові вишки біля узбережжя Яви, роблять важким її проходження для великих суден, більшість яких використовують Малаккську протоку.