Лагуни звичайно з'єднані з морем протоками, але іноді відокремлені береговими валами, косами тощо. Через органічний світ та осади вони більш автономні, не зазнають такого впливу відкритого моря, як затоки. Часто зустрічаються всередині атолу (наприклад, атоли Кіритіматі, Кваджалейн).