Вміст заліза перевищує середні світові показники для озерних вод утричі, для річкових вод — у 13 разів. Установлено дві ділянки з аномально високим для басейну Ладоги вмістом важких металів у розчиненій формі: гирлова зона річки Мор'є, де концентрації нікелю, кадмію та міді перевищують фонові значення у 20, 10 і 3 рази відповідно і західна частина бухти Петрокрепость, де вміст міді і цинку перевищує фонові відповідно у 20 і 10 разів. Особливо сильним мікробним забрудненням вирізняються райони Волховської губи, східного прибережжя (гирла річок Олонки, Тулокси, Тулемайоки) і низка районів північного прибережжя (Приозерськ, Піткяранта, Лахденпох'я). Сильне мікробне і токсичне забруднення спостерігається у Свирській губі й низці районів східного прибережжя (гирла річок Обжанки й Видлиці).