Швидкості припливних течій у прибережній зоні значно вище, ніж у відкритому морі. Крім припливних коливань рівня в морі Баффіна відзначаються сезонні зміни, зумовлені внутрішньорічною різницею атмосферного тиску. Різниця між найвищим і найнижчим середньомісячними значеннями рівня на рік досягає 10 см у центральній частині моря.