Саме з цього часу розпочинається формування та розвиток населеного пункту під назвою Черняхівці. Неодноразово селище знищувалось турками, довгий час перебувало під Реччю Посполитою та польською шляхтою. Чернівчани брали активну участь в ході визвольної війни українського народу 1648–1654 років, допомагали провізією та коштами полку Данила Нечая, який квартирувався у 1648–1649 роках в селі.