Середня температура води на поверхні в лютому становить близько 16°C, а у серпні — близько 27°C. Західна частина Внутрішнього Японського моря з'єднується із Японським морем протокою Канмон (протока Сімоносекі) на півночі, а з Тихим океаном — протокою Бунґо на півдні. Східна частина моря виходить до Тихого океану через протоку Наруто і канал Кії.