Море Баффіна має зв'язок із морем Лінкольна Північного Льодовитого океану у північній частині вузькою, але досить глибокою (200—800 м) протокою Нерса, яка складається з послідовно розташованих з півночі на південь частин: протоки Робсона, затока Голла, протока Кеннеді, басейн Кейна і протока Сміта. Ширина протоки Робсон у найвужчому місці близько 18 км, його найбільша глибина — 718 м. На півдні море Баффіна має вільне сполучення через широку і глибоку Дейвісову протоку з Атлантичним океаном.