У 12-му столітті самурайський лідер Тайра но Кійоморі переніс столицю країни з Кіото на берег Внутрішнього моря у район сучасного міста Кобе. У 14—16 століттях, у зв'язку з постійними внутрішніми війнами, владу на морі захопили піратські ватажки. Вони створили мережу «морських замків» і поставили під свій контроль усю морську торгівлю. Найвпливовішими з них були піратські флоти родини Муракамі (префектура Ехіме) та Кобаякава (префектура Хіросіма), які отримали самурайський статус.