На північний схід від гирла Індигірки і Колими на морському дні є глибокі жолоби — імовірно, що це сліди древніх річкових долин, нині залитих морем. Область малих глибин у західній частині моря утворює Новосибірську мілину. Найбільші глибини є в північно-східній частині моря, але вони ніде не перевищують 100 м. Різке збільшення глибин відбувається в проміжку від 100 до 200 м.