Метод Абеляра припускає виявлення суперечностей, їх класифікацію з питань і ретельний логічний аналіз кожного з них. Вище всього Абеляр-діалектик цінував самостійність думки, вільне і критичне відношення до будь-яких авторитетів (окрім Священного Писання). Розкриваючи суперечність християнського догматизму, Абеляр часто давав тлумачення, відмінне від загальноприйнятого, що спричиняло негативну реакцію католицьких ортодоксів (учення Абеляра було двічі засуджено церквою на соборах у Суассоні і Сансі). Абеляр проголошував принцип віротерпимості, пояснюючи розбіжності у віровченнях тим, що Бог направляв язичників до істини іншим шляхом, тому в будь-якому ученні міститься елемент істини.