Після 1991 року проводилися дослідження закономірностей функціонування екосистеми водойми, розроблено основи еколого-хіміко-токсикологічного моніторингу озера. Крім Інституту озерознавства РАН і Гідрографічної служби Військово-морського флоту РФ, у дослідженнях Ладозького озера брали участь Північно-Західне управління , Невсько-Ладозьке Басейнове водне управління, Інститут водних проблем Півночі Карельського наукового центру РАН, Державний Комітет з охорони навколишнього середовища Республіки Карелія, , , Санкт-Петербурзький державний університет, Йоенсуу та інші організації. Результатом цієї роботи став Атлас «Ладозького озера», який вийшов друком 2002 року.