Значна їх частка є ендемічними та реліктовими видами, які за межами Японії не зустрічаються. Представників фауни Японії класифікують за двома регіонами — палеоарктичним та індомалайським. До першого входять території Хоккайдо, Хонсю, Сікоку та Кюсю, а до другого — Рюкю та південні острови. Історія Стародавність